JP2021523731A - 1,3−pdo生成能を有し、3−hp生成能が阻害された組換えコリネバクテリウム及びこれを用いた1,3−pdoの製造方法 - Google Patents

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Abstract

本発明は、1,3−PDO生成能を有し、3−HP生成能が阻害された組換えコリネバクテリウム及びこれを用いた1,3−PDOの製造方法に関し、本発明に係る変異コリネバクテリウム・グルタミクムを用いれば、安価のグリセロールを炭素源として副産物である3−HPの生産能が抑制され、高効率で1,3−PDOを生産できる。【選択図】 図1

Description

本発明は、1,3−PDO(1,3−プロパンジオール)生成能を有し、3−HP生成能が阻害された組換えコリネバクテリウム及びこれを用いた1,3−PDOの製造方法に関し、より詳細には、コリネバクテリウム・グルタミクムにおいて、グリセロールファシリテーター(glycerol facilitator)をコードする遺伝子、グリセロールキナーゼをコードする遺伝子、グリセロールデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子、グリセロールデヒドラターゼ(glycerol dehydratase)をコードする遺伝子、グリセロールレアクティバーゼ(glycerol reactivase)をコードする遺伝子、及び1,3−PDOオキシドレダクターゼをコードする遺伝子が導入されており、アルデヒドデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子が欠失又は弱化しており、3−HP生産能が欠失又は弱化し、グリセロールから1,3−PDOを生成する変異微生物及びこれを用いた1,3−PDOの製造方法に関する。
1,3−プロパンジオール(1,3−propanediol,1,3−PDO)は、ポリエーテル、ポリウレタン、ポリトリメチレンテレフタレート(PTT)のような高分子合成の単量体として用いられる化学物質である。1,3−PDOに対する既存の生産方法は、主に化学的な合成方法が用いられており、アクロレイン(acrolein)を水和したり、エチレンオキシドをホスフィン(phosohine)の存在下でヒドロホルミル化(hydroformylation)したり、或いはグリセロールを酵素的に転換する方法などが用いられている。このような化学的な生産方法は、高費用、及び環境有害生産工程が含まれている点から限界がある(Lee et al.,Renewable and Sustainable Energy Reviews,42(Supplement C):963−972;米国登録特許8,236,994B2)。
生物学的な方法は、微生物を用いて1,3−PDOを生産する方法であり、主にクレブシエラ(Klebsiella)、クロストリジア(Clostridia)、エンテロバクター(Enterobacter)、シトロバクター(Citrobacter)、ラクトバシリ(Lactobacilli)などの微生物を用いて行う。これらはいずれも、グリセロールを連続した2代謝回路を経て1,3−PDOに直接転換し、グリセロールデヒドラターゼ(glycerol dehydratase)でグリセロールを3−ヒドロキシプロピオンアルデヒド(3−hydroxyproprionaldehyde,3−HPA)に転換した後、1,3−PDOオキシドレダクターゼで3−HPAを1,3−PDOに還元させる代謝回路である(図1)。デュポン社は既に、前記代謝回路を大腸菌に導入して1,3−PDOの商業化に成功した。しかし、1,3−PDOを生合成する大腸菌を含む前記大部分の微生物は、ホルメート、アセテート、ラクテート、エタノール、2,3−ブタンジオールなどの種々の副産物が共に生産されるという短所がある。
コリネバクテリウム・グルタミクムは、グラム陽性の通性嫌気性菌であり、アミノ酸生産発酵工程に広く用いられており、また、コリネバクテリウム・グルタミクムを用いて種々の化学物質、燃料などを生産するために、ブドウ糖、キシロースなどの種々の炭素源を摂取できるように代謝工学的に多く研究が行われたが、1,3−PDOを生産する研究は殆どなく、コリネバクテリウム・グルタミクムにおいて、ブドウ糖とグリセロールを炭素源とし、ブドウ糖で細胞成長を図り、グリセロールで1,3−PDOを生産して、グルタミン酸を同時生産する研究が報告されている(Huang et al.,Scientific Reports,7:42246,2017)。
しかしながら、1,3−PDO生合成代謝回路において、中間体である3−ヒドロキシプロピオンアルデヒド(3−hydroxypropionaldehyde,3−HPA)は、細胞内蓄積時に毒性(toxic effect)を引き起こし、1,3−PDOの副産物の一つである3−ヒドロキシプロピオン酸(3−hydroxypropionic acid,3−HP)の前駆体として働くこともある。3−HPは、アルデヒドデヒドロゲナーゼ酵素によって3−HPAに転換され、これは既に、コリネバクテリウム・グルタミクム内にカプリアビダスネカトール(Cupriavidus necator)由来のアルデヒドデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子GabD4の変異酵素であるGabD4(E209Q/E269Q)を過発現させて3−HPを生産した研究にも報告されたことがある(Chen et al.,Metabolic Engineering,39:151,2017)。しかし、これは外来酵素の過発現による効果であり、まだ、コリネバクテリウム・グルタミクム内に自然的に存在するアルデヒドデヒドロゲナーゼのうち3−HPAを特異的に基質として取り込んで3−HP生合成に関与する遺伝子についての報告は存在しない。
そこで、本発明者らは、生物学的な経路を通じてより効率的に1,3−PDOを生産しようと鋭意努力した結果、1,3−PDO生産能を有しながら、3−HP生産能が阻害又は欠失した変異コリネバクテリウム・グルタミクムを製作するために、グリセロールデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子、グリセロールデヒドラターゼをコードする遺伝子、グリセロールレアクティバーゼ(glycerol reactivase)をコードする遺伝子、及び1,3−PDOオキシドレダクターゼをコードする遺伝子を導入して、1,3−PDOの生産能を与えると同時に、コリネバクテリウム・グルタミクム内に存在する候補アルデヒドデヒドロゲナーゼ遺伝子の欠失によって3−HPA生産能を阻害した変異コリネバクテリウム・グルタミクムを培養する場合、3−HP生成能が抑制され、1,3−PDOを効率的に生産することを見出し、本発明を完成するに至った。
本発明の目的は、3−HP生成能が抑制され、1,3−PDOを効率的に生産できる変異コリネバクテリウム・グルタミクムを提供することにある。
本発明の他の目的は、前記変異コリネバクテリウム・グルタミクムを培養することを特徴とする1,3−PDOの製造方法を提供することにある。
前記目的を達成するために、本発明は、コリネバクテリウム・グルタミクムにおいて、(i)グリセロールファシリテーター(glycerol facilitator)をコードする遺伝子、(ii)グリセロールキナーゼをコードする遺伝子、グリセロールデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子、(iii)グリセロールデヒドラターゼ(glycerol dehydratase)をコードする遺伝子、(iv)グリセロールレアクティバーゼ(glycerol reactivase)をコードする遺伝子、及び(v)1,3−PDOオキシドレダクターゼをコードする遺伝子が導入されており、アルデヒドデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子が欠失又は弱化しており、3−HP生産能が欠失又は弱化し、グリセロールから1,3−PDOを生成する変異微生物を提供する。
本発明はまた、(a)前記変異微生物をグリセロール含有培地で培養して1,3−PDOを生成させる段階;及び(b)前記生成された1,3−PDOを得る段階を含む、グリセロールから1,3−PDOを製造する方法を提供する。
本発明に係る変異コリネバクテリウム・グルタミクムの1,3−PDO生合成代謝回路、3−HP生合成代謝回路及びグリセロール分解代謝回路を含む全体的な代謝回路の模式図である。
グリセロール分解代謝回路をコードするglpF、glpK及びglpD遺伝子が挿入されたpCSglpFKD組換えベクターを示す図である。
13種のアルデヒドデヒドロゲナーゼ(aldehyde dehydrogenase)候補のうち、NCgl0049遺伝子を欠失するために作製したpCG−9ts−ALD1組換えベクターを示す図である。
3−HPA生合成代謝回路の構築のために、グリセロールデヒドラターゼ(glycerol dehydratase)をコードするpduCDEGH遺伝子クラスターを挿入して製造したpEK−pdu組換えベクターを示す図である。
1,3−PDO生合成代謝回路の構築のために、大腸菌1,3−PDOオキシドレダクターゼをコードするyqhD遺伝子をpEK−pduベクターに挿入して製造したpEK−pduyE組換えベクターを示す図である。
任意の11種のアルデヒドデヒドロゲナーゼが欠失したコリネバクテリウム・グルタミクム菌株にpCSglpFKD、pEK−pduyEベクターを導入し、グリセロールを単一炭素源として活用する時の3−HP生産結果を示す図である。
任意の11種のアルデヒドデヒドロゲナーゼが欠失したコリネバクテリウム・グルタミクム菌株にpCSglpFKD及びpEK−pduyEベクターを導入し、グリセロールを単一炭素源として活用する時の1,3−PDO生産結果を示す図である。
特に定義されない限り、本明細書で使われる技術的及び科学的用語はいずれも、本発明の属する技術の分野における熟練した専門家によって通常理解されるのと同じ意味を有する。一般に、本明細書で用いられる命名法は、本技術分野においてよく知られており、通常用いられているものである。
本発明では、1,3−PDO生産能を有する変異コリネバクテリウム・グルタミクムを用いた1,3−PDO収率を向上させるために、前記変異コリネバクテリウム・グルタミクムにおいて1,3−PDOの前駆体である3−HPAと同じ前駆体から転換される3−HPの生産能を阻害し、1,3−PDO生産が増加した変異コリネバクテリウム・グルタミクムを作製した。
本発明において、前記1,3−PDO生産能を有する変異コリネバクテリウム・グルタミクムは、自然的に1,3−PDO生産能を持たないコリネバクテリウム・グルタミクムに、グリセロールデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子、グリセロールデヒドラターゼ(glycerol dehydratase)をコードする遺伝子、グリセロールレアクティバーゼ(glycerol reactivase)をコードする遺伝子、及び1,3−PDOオキシドレダクターゼ(1,3−PDO oxidoreductase)をコードする遺伝子を導入し、1,3−PDO生産能を有するコリネバクテリウム・グルタミクムを作製した。
本発明において、前記グリセロールデヒドラターゼ(glycerol dehydratase)をコードする遺伝子、グリセロールレアクティバーゼ(glycerol reactivase)をコードする遺伝子、及び1,3−PDOオキシドレダクターゼ(1,3−PDO oxidoreductase)をコードする遺伝子は、クレブシエラニューモニエ(Klebsiella pneumoniae)由来pduCDEGH、大腸菌由来yqhDを使用しており、これらの遺伝子をコリネバクテリウム・グルタミクムに導入し、1,3−PDO生産能を確認した。
本発明で使用しているコリネバクテリウム・グルタミクムは、自然的にグリセロール拡散は可能な微生物であるが、グリセロールを単一炭素源として活用時に細胞成長が不可能なため、グリセロールファシリテーター(glycerol facilitator)をコードする遺伝子、グリセロールキナーゼをコードする遺伝子及びグリセロールデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子を導入し、グリセロール炭素源において細胞成長を有するコリネバクテリウム・グルタミクムを作製した。
本発明において、前記グリセロールファシリテーターをコードする遺伝子、グリセロールキナーゼをコードする遺伝子及びグリセロールデヒドロゲナーゼはそれぞれ、大腸菌由来glpF、glpK、glpDを導入した。
本発明において、1,3−PDO生合成代謝回路が導入されたコリネバクテリウム・グルタミクムは、1,3−PDOの他に3−HP(3−ヒドロキシプロピオン酸)を主副産物として生産し、3−HPは、1,3−PDOと同じ前駆体である3−HPA(3−hydroxypropionaldehyde)から、アルデヒドデヒドロゲナーゼ(aldehyde dehydrogenase)酵素によって転換される。コリネバクテリウム・グルタミクム内に存在するアルデヒドデヒドロゲナーゼの候補酵素に対して3−HPAに特異的に高く反応する酵素を糾明し、in vivo培養を通じて現れる効果を確認した。
したがって、本発明は、一観点において、コリネバクテリウム・グルタミクムにおいて、(i)グリセロールファシリテーター(glycerol facilitator)をコードする遺伝子、(ii)グリセロールキナーゼをコードする遺伝子、グリセロールデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子、(iii)グリセロールデヒドラターゼ(glycerol dehydratase)をコードする遺伝子、(iv)グリセロールレアクティバーゼ(glycerol reactivase)をコードする遺伝子、及び(v)1,3−PDOオキシドレダクターゼをコードする遺伝子が導入されており、アルデヒドデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子が欠失又は弱化しており、3−HP生産能が欠失又は弱化し、グリセロールから1,3−PDOを生成する変異微生物に関する。
本発明において、3−HP生産能が阻害される変異コリネバクテリウム・グルタミクムを提供するのに関与する酵素であるアルデヒドデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子は、コリネバクテリウム・グルタミクム内に存在する11種の候補遺伝子であり、これはそれぞれ、NCgl0049、NCgl0157、Ncgl0437、NCgl0463、NCgl0521、NCgl0523、NCgl0900、NCgl2272、NCgl2578、NCgl2619、NCgl2698である。
本発明において、3−HP生合成阻害のために選択した前記11種の候補遺伝子の欠失を通じて3−HP生産変化を確認し、1,3−PDO生産能が増加した変異コリネバクテリウム・グルタミクムを製造した。
本発明において、前記アルデヒドデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子のうち一つ以上の遺伝子が欠失又は弱化していることを特徴とし得る。
本発明において、前記グリセロールファシリテーター(glycerol facilitator)をコードする遺伝子、グリセロールキナーゼをコードする遺伝子、及びグリセロールデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子はそれぞれ、glpF、glpK及びglpDであることを特徴とし、前記グリセロールデヒドラターゼをコードする遺伝子とグリセロールレアクティバーゼ(glycerol reactivase)をコードする遺伝子、及び1,3−PDOオキシドレダクターゼをコードする遺伝子はそれぞれ、pduCDEG及びyqhDであることを特徴とし得る。
本発明において、前記導入される遺伝子は、tac、trc、及びtufからなる群から選ばれる強いプロモーターによって過発現することを特徴とし得る。
本発明で使われる用語“内在的活性”とは、本来微生物が変形されていない状態で持っている酵素の活性状態を意味し、“内在的活性に比べて強化されるように変形”されるという意味は、変形前状態の酵素活性と比較して、当該活性が新規に導入されたり、或いはより向上したことを意味する。
本発明において“酵素活性の強化”とは、酵素自体の活性が新しく導入されたり増大して本来機能以上の効果を導出することを含むだけでなく、内在的遺伝子活性の増加、内部又は外部要因から内在的遺伝子の増幅、前記遺伝子発現の抑制調節因子の欠失、遺伝子コピー数の増加、外部からの遺伝子導入、発現調節配列の変形、特に、プロモーター交替又は変形及び遺伝子内突然変異による酵素活性の増加などによってその活性が増加することを含む。
本発明において、“内在的活性に比べて強化されるように変形”されたということは、活性を示す遺伝子が導入されたり又は当該遺伝子のコピー数の増加、前記遺伝子発現の抑制調節因子の欠失又は発現調節配列の変形、例えば、改良されたプロモーターの使用などのような操作がなされる前の微生物が持つ活性に比べて、操作がなされた後の微生物が持つ活性が増加した状態を意味する。
本発明において“欠失”とは、該当遺伝子の一部又は全部の塩基を変異、置換又は削除させる方法によって該当遺伝子が発現しないようにしたり、或いは発現するとしても酵素活性を示さないようにすることを包括する概念で、該当遺伝子の酵素が関与する生合成経路を遮断する全てのことを含む。
本発明において“過発現”とは、通常の状態で細胞内に該当遺伝子が発現するレベルよりも高いレベルの発現を指し、遺伝体上に存在する遺伝子のプロモーターを強力なプロモーターに置換したり、或いは発現ベクターに該当遺伝子をクローニングして細胞に形質転換させる方法によって発現量を増加させることなどを含む概念である。
本発明で使われる用語“ベクター”は、適切な宿主内で目的タンパク質を発現させ得るように適切な調節配列に作動可能に連結された前記目的タンパク質をコードするポリヌクレオチドの塩基配列を含有するDNA製造物を意味する。前記調節配列は、転写を開始できるプロモーター、このような転写を調節するための任意のオペレーター配列、適切なmRNAリボソーム結合部位をコードする配列、及び転写及び解読の終結を調節する配列を含む。ベクターは適当な宿主細胞内に形質転換されたた後、宿主ゲノムに関係なく複製又は機能でき、ゲノム自体に統合され得る。
現在、プラスミドがベクターの最も一般的に用いられる形態であり、よって、本発明の明細書において“プラスミド(plasmid)”及び“ベクター(vector)”は相互互換的に使用されてもよい。本発明の目的上、プラスミドベクターを用いることが好ましい。このような目的に利用可能な典型的なプラスミドベクターは、(a)宿主細胞ごとに数百個のプラスミドベクターを含むように複製を効率的に起こさせる複製起点、(b)プラスミドベクターで形質転換された宿主細胞を選抜可能にする抗生剤耐性遺伝子、及び(c)外来DNA切片が挿入され得る制限酵素切断部位を含む構造を有している。適切な制限酵素切断部位が存在しなくても、通常の方法による合成オリゴヌクレオチドアダプター(oligonucleotide adaptor)又はリンカー(linker)を使用すると、ベクターと外来DNAを容易にライゲーション(ligation)することができる。
ライゲーション後に、ベクターは適切な宿主細胞に形質転換される必要がある。本発明において、選好される宿主細胞は原核細胞である。適切な原核宿主細胞は、E.coli DH5α、E.coli JM101、E.coli K12、E.coli W3110、E.coli X1776、E.coli XL−1Blue(Stratagene)、E.coli B、E.coli B21などを含む。しかし、FMB101、NM522、NM538及びNM539のようなE.coli菌株及び他の原核生物の種(speices)及び属(genera)なども使用可能である。前述したE.coliに加えて、アグロバクテリウムA4のようなアグロバクテリウム属菌株、バチルスサブティリス(Bacillus subtilis)のようなバシリ(bacilli)、サルモネラチフィリウム(Salmonella typhimurium)又はセラチアマルセッセンス(Serratia marcescens)のような他の腸内細菌及び様々なシュードモナス(Pseudomonas)属菌株が宿主細胞として利用可能である。
原核細胞の形質転換は、Sambrook et al.,supraの1.82セクションに記述されたカルシウムクロリド方法を用いて容易に達成できる。選択的に、電気穿孔法(electroporation)(Neumann et al.,EMBO J.,1:841,1982)も、上記のような細胞の形質転換に使用可能である。
本発明に係る遺伝子の過発現のために用いられるベクターは、当業界に公知の発現ベクターを使用でき、pET系列ベクター(Novagen)を使用することが好ましい。前記pET系列ベクターを用いてクローニングを行うと、発現するタンパク質の末端にヒスチジン基が結合して出るので、前記タンパク質を効果的に精製できる。クローニングされた遺伝子から発現したタンパク質を分離するためには当業界に公知の通常の方法を用いることができ、具体的に、Ni−NTA His−結合レジン(Novagen)を使用するクロマトグラフィー方法を用いて分離できる。本発明において、前記組換えベクターはpET−SLTI66であることを特徴とし、前記宿主細胞は大腸菌又はアグロバクテリウムであることを特徴とし得る。
本発明において“発現調節配列(expression control sequence)”という表現は、特定の宿主生物において作動可能に連結されたコーディング配列の発現に必須であるDNA配列を意味する。このような調節配列は、転写を実施するためのプロモーター、このような転写を調節するための任意のオペレーター配列、適切なmRNAリボソーム結合部位をコードする配列、及び転写及び解読の終結を調節する配列を含む。例えば、原核生物に適切な調節配列は、プロモーター、任意にオペレーター配列及びリボソーム結合部位を含む。真核細胞は、プロモーター、ポリアデニル化シグナル及びエンハンサーがそれに含まれる。プラスミドにおいて遺伝子の発現量に最も影響を及ぼす因子はプロモーターである。高発現用のプロモーターとして、SRαプロモーターとサイトメガロウイルス(cytomegalovirus)由来プロモーターなどが好ましく用いられる。本発明のDNA配列を発現させるために、非常に様々な発現調節配列中のいかなる配列もベクターに使用可能である。有用な発現調節配列には、例えば、SV40又はアデノウイルスの初期及び後期プロモーター、lacシステム、trpシステム、TAC又はTRCシステム、T3及びT7プロモーター、ファージラムダの主要オペレーター及びプロモーター領域、fdコードタンパク質の調節領域、3−ホスホグリセレートキナーゼ又は他のグリコール分解酵素に対するプロモーター、前記ホスファターゼのプロモーター、例えば、Pho5、酵母アルファ−交配システムのプロモーター及び原核細胞又は真核細胞又はウイルスの遺伝子発現を調節するものとして知られたその他配列及びこれらの様々な組合せが含まれる。T7プロモーターは、大腸菌において本発明のタンパク質を発現させるのに有用に使用可能である。
核酸は他の核酸配列と機能的関係で配置される時に“作動可能に連結(operably linked)”される。これは、適切な分子(例えば、転写活性化タンパク質)が調節配列に結合するとき、遺伝子発現を可能にする方式で連結された遺伝子及び調節配列であり得る。例えば、前配列(pre−sequence)又は分泌リーダー(leader)に対するDNAは、ポリペプチドの分泌に参加するタンパク質として発現する場合、ポリペプチドに対するDNAに作動可能に連結され;プロモーター又はエンハンサーは、配列の転写に影響を及ぼす場合、コーディング配列に作動可能に連結されたり;又はリボソーム結合部位は、配列の転写に影響を及ぼす場合、コーディング配列に作動可能に連結されたり;又はリボソーム結合部位は、翻訳を容易にするように配置される場合、コーディング配列に作動可能に連結される。一般に、“作動可能に連結された”とは、連結されたDNA配列が接触し、また、分泌リーダーの場合、接触しリーディングフレーム内に存在することを意味する。しかし、エンハンサー(enhancer)は、接触する必要がない。これらの配列の連結は、便利な制限酵素部位においてライゲーション(連結)によって行われる。そのような部位が存在しない場合、通常の方法による合成オリゴヌクレオチドアダプター(oligonucleotide adaptor)又はリンカー(linker)を使用する。
本願明細書に使われた用語“発現ベクター”は、通常、異種のDNAの断片が挿入された組換えキャリア(recombinant carrier)であり、一般に、二本鎖DNAの断片を意味する。ここで、異種DNAは、宿主細胞から天然的に発見されないDNAである異型DNAを意味する。発現ベクターは、一応、宿主細胞内にあると、宿主染色体DNAに関係なく複製でき、ベクターの数個のコピー及びその挿入された(異種)DNAが生成され得る。
当業界に周知のように、宿主細胞において形質感染遺伝子の発現レベルを高めるためには、当該遺伝子が、選択された発現宿主内で機能を発揮する転写及び解読発現調節配列に作動可能に連結される必要がある。好ましくは、発現調節配列及び該当遺伝子は、細菌選択マーカー及び複製起点(replication origin)を共に含んでいる一つの発現ベクター内に含まれる。宿主細胞が真核細胞である場合には、発現ベクターは真核発現宿主内で有用な発現マーカーをさらに含まなければならない。
上述した発現ベクターによって形質転換又は形質感染された宿主細胞は、本発明のさらに他の側面を構成する。本願明細書に使われた用語“形質転換”は、DNAを宿主に導入し、DNAが染色体外因子として又は染色体統合完成によって複製可能になることを意味する。本願明細書に使われた用語“形質感染”は、任意のコーディング配列が実際に発現しようがしまいが、発現ベクターが宿主細胞によって受容されることを意味する。
勿論、全てのベクターと発現調節配列が本発明のDNA配列を発現するのにいずれも同等に機能を発揮するわけではないということを理解すべきである。同様に、全ての宿主が同じ発現システムに対して同一に機能を発揮するわけではない。しかし、当業者であれば、過度な実験的負担無しに本発明の範囲から逸脱することなく、様々なベクター、発現調節配列及び宿主の中から適切な選択を行うことができる。例えば、ベクターを選択するに当たっては宿主を考慮する必要があるが、これは、ベクターが宿主内で複製されなければならないためである。ベクターの複製数、複製数を調節できる能力及び当該ベクターによってコードされる他のタンパク質、例えば、抗生剤マーカーの発現も考慮される必要がある。発現調節配列を選定するに当たっても、様々な因子を考慮しなければならない。例えば、配列の相対的強度、調節可能性及び本発明のDNA配列との相溶性など、特に、可能性がある二次構造と関連して考慮しなければならない。単細胞宿主は、選定されたベクター、本発明のDNA配列によってコードされる産物の毒性、分泌特性、タンパク質を正確にフォールディングさせ得る能力、培養及び発酵要件、本発明DNA配列によってコードされる産物を宿主から精製することの容易性などの因子を考慮して選定される必要がある。それらの変数の範囲内で、当業者は、本発明のDNA配列を発酵又は大規模の動物培養において発現させ得る各種のベクター/発現調節配列/宿主組合せを選定することができる。発現クローニングによって本発明に係るタンパク質のcDNAをクローニングしようとする時のスクリーニング法として、バインディング法(binding法)、パンニング法(panning法)、フィルムエマルジョン法(film emulsion法)などを適用できる。
以下、実施例を用いて本発明をより詳細に説明する。これらの実施例は単に本発明を例示するためのもので、本発明の範囲がこれらの実施例によって制限されるものとして解釈されないことは、当業界における通常の知識を有する者にとって明らかであろう。
下記実施例では、導入対象遺伝子として、特定菌株由来の遺伝子だけを例示したが、導入される宿主細胞で発現して同じ活性を示す限り、特に制限がないということは、当業者には明らかであろう。
実施例1:グリセロールを単一炭素源として成長可能な変異コリネバクテリウム・グルタミクムの製造のためのpCSglpFKDベクターの作製
1−1:グリセロール分解代謝回路構築のためのpCSglpFKDベクターの作製
コリネバクテリウム・グルタミクムは、グリセロールを単一炭素源として用いて細胞成長できないものとして知られている。したがって、グリセロール分解代謝回路を構築するために、まず、大腸菌W3110由来のグリセロール分解代謝回路を担当する酵素をコードする遺伝子を、コリネバクテリウム・グルタミクムシャトルベクターであるpCES208s−H36−S3を用いて発現させた。
大腸菌W3110(ATCC39936)の染色体DNAを鋳型とし、配列番号1及び2のプライマーでPCRを行って、グリセロールファシリテーターとグリセロールキナーゼオペロン酵素をコードするglpFK遺伝子切片を得、配列番号3及び4のプライマーでPCRを行って、グリセロール−3−リン酸デヒドロゲナーゼ(glycerol−3−phosphate dehydrogenase)をコードするglpD遺伝子切片を得た。前記glpFK遺伝子切片と前記glpD遺伝子切片を接合させるために配列番号1及び4のプライマーでオーバーラッピングPCRを行い、glpFKD遺伝子切片(配列番号53)を作製した。pCES208s−H36−S3ベクター(pCES208−H36ベクター(大韓民国特許公開第10−2013−0022691号又はYim SS,et al.,Biotechnol Bioeng,110:2959,2013、配列番号54)のKm抗生剤をスペクチノマイシン抗生剤に置換したベクター、配列番号21)を線形化させるために、配列番号5及び6のプライマーを用いてPCRを行い、前記製造されたglpFKD遺伝子切片とギブソンアセンブリ(Gibson assembly)方法を用いてpCSglpFKDベクターを作製した(図2)。
Figure 2021523731
実施例2:3−HP生合成阻害のためのアルデヒドデヒドロゲナーゼ欠失ベクターの作製
グリセロールから1,3−PDOを生産する場合、生産される前駆体である3−HPAは、細胞内に存在するアルデヒドデヒドロゲナーゼ酵素によって3−HPに転換される。しかし、コリネバクテリウム・グルタミクム内に当該前駆体を基質として取り込む反応を触媒する酵素は報告されたことがない。したがって、当該反応を媒介するアルデヒドデヒドロゲナーゼ酵素を糾明し、当該酵素をコードする遺伝子を菌株のゲノム上で欠失させて3−HP生合成を阻害するために、まず、コリネバクテリウム・グルタミクム内に存在する13種の任意のアルデヒドデヒドロゲナーゼ酵素を選別した(表2)。
その後、当該13種の任意のアルデヒドデヒドロゲナーゼ酵素をコードする遺伝子(配列番号56〜68)の欠失による3−HP生合成阻害効果を確認するために、まず、コリネバクテリウム・グルタミクムにpTacCC1−HrTベクターが形質転換された菌株を作製した(Cho et al.,Metabolic Engineering,42:157−167,2017)。その後、前記作製されたコリネバクテリウム・グルタミクム菌株に対して、i)12種の遺伝子のsgRNA配列をそれぞれ含むpCG9ts−series、ii)13種の遺伝子にそれぞれ結合するssODNを作製し、コリネバクテリウム・グルタミクムに対する遺伝子欠失を試みた。
2−1:13種の遺伝子のsgRNA案内配列を含むpCG9ts−seriesベクターの製造
まず、sgRNAの案内配列の非特異的標的を分析して最適のsgRNA案内配列を提供するオンラインプログラムCRISPy−web(Blin et al.,Synthetic and Systems Biotechnology,1(2):118−121,2016)を用いて、オフターゲット効果(off−target effect)の低い最適の案内配列(guide sequence)を次のように選別した(表2)。
Figure 2021523731
前記sgRNA案内配列(配列番号7〜19)を含むpCG9ts−seriesベクターを製造するために、pUC19−sgRNAベクター(大韓民国特許出願第2017−0042124号;Cho et al.,Metabolic Engineering,42:157−167,2017、配列番号55)を鋳型とし、配列番号20及び23のプライマーを用いてNCgl0049遺伝子を標的にしながらsgRNA−T1/TE配列(大韓民国特許出願第2017−0042124号;Cho et al.,Metabolic Engineering,42:157−167,2017)をコードするDNA切片を増幅した。増幅したDNA切片を、配列番号21及び22のプライマーでPCRを行ってさらに増幅した。pEKts−Cas9ベクター(大韓民国特許出願第2017−0042124号;Cho et al.,Metabolic Engineering,42:157−167,2017、配列番号66)をStuIの酵素処理した後、前記増幅された切片とギブソンアセンブリ方法を用いて、最終的に、Cas9タンパク質と共に、NCgl0049遺伝子を標的とするsgRNAを発現するpCG9ts−ALD1ベクターを製造した。その後、同一の方法で、各13種の任意の酵素をコードする遺伝子を標的する切片を作製し(配列番号20、21、22は同一。各遺伝子に対して配列番号24〜35の順にPCRを行う。)、pCG9ts− ALD2、pCG9ts−ALD3、pCG9ts−ALD4、pCG9ts−ALD5、pCG9ts−ALD6、pCG9ts−ALD7、pCG9ts−ALD8、pCG9ts−ALD9、pCG9ts−ALD10、pCG9ts−ALD11、pCG9ts−ALD12及びpCG9ts−ALD13ベクターを作製した。
Figure 2021523731
Figure 2021523731
2−2:13種の遺伝子にそれぞれ結合するssODNの製造
13種の任意のターゲット遺伝子を欠失させるためのssODNは、sgRNAの案内配列が結合する位置がssODNの2つの結合配列間の区間に位置するように選定し、その長さが合計80ヌクレオチドになるようにデザインした(表5)。このとき、ssODNは、5’−ホモロジーアーム及び3’−ホモロジーアームで構成され、各ホモロジーアームは40塩基対であり、sgRNAの案内配列と相補的な配列を含むターゲット遺伝子領域の両末端外側に結合できるようにデザインした。ssODNがターゲットと結合すればループ構造が形成され、この部位が、欠失する領域となる、前記欠失領域の長さは、PCRによって標的遺伝子欠失の有無が把握し易いように、100塩基対となるようにデザインした。
Figure 2021523731
実施例3:3−HP生産能が阻害され、1,3−PDO生産能が向上したコリネバクテリウム・グルタミクムの製造及び確認
3−1:3−HP生産能が阻害されたコリネバクテリウム・グルタミクムの製造
3−HP生合成に関与するものと考えられる任意の13種のアルデヒドデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子をゲノム上で欠失させるために、実施例2−1及び2−2で作製されたpCG9ts−ALDベクターとssODNをそれぞれ、野生型コリネバクテリウム・グルタミクム(ATCC13032)に形質転換した。その後、形質転換された変異コリネバクテリウム・グルタミクム菌株に対して、pTacCC1−HrTベクター(大韓民国特許出願第2017−0042124号;Cho et al.,Metabolic Engineering,42:157−167,201、配列番号57)とpCG9ts−ALDベクターを、37℃ BHIプレートでキュアリング(curing)作業で除去した。この過程によって作製された菌株は、表6に示す通りである。しかし、WAH3菌株とWAH9菌株は作製されていないが、当該両遺伝子は、細胞生存に必要な必須遺伝子と判断される。
Figure 2021523731
3−2:1,3−PDO生合成代謝回路構築のためのpEK−pduyEベクターの作製
1,3−PDO生合成代謝回路を構築するために、コリネバクテリウム・グルタミクムのpEKEx1シャトルベクター(Eikmanns et al.,Gene 102:93,1991、配列番号58)を用いてクレブシエラニューモニエ(Klebsiella pneumoniae)DSMZ2026(KCTC4952)と大腸菌W3110由来の外来酵素を発現させた。
まず、クレブシエラニューモニエDSMZ2026菌株の染色体DNAを鋳型とし、配列番号49及び50のプライマーでPCRを行って、グリセロールデヒドラターゼとグリセロールレアクティバーゼをコードするpduCDEGH遺伝子クラスター切片(配列番号59)を得た。該得られたpduCDEGH遺伝子切片をシャトルベクターpEKEx1ベクターに接合させるために制限酵素EcoRI及びPstIで処理した後、ギブソンアセンブリで接合させてpEK−pduベクター(図4)を作製した。
その後、pTac15kyqhD組換えベクター(pTac15kベクター(p15A origin、tac promoter、KmR)にE.coli W3110由来yqhDが挿入されている組換えベクター、配列番号60)を鋳型とし、配列番号51及び52のプライマーでPCRを行って、1,3−PDOオキシドレダクターゼをコードするyqhD遺伝子切片を得た。
該得られた遺伝子切片をpEK−pduベクターに接合させるために、制限酵素DraIを処理し、ギブソンアセンブリで接合させてpEK−pduyEベクター(図5)を作製した。
Figure 2021523731
3−3: in vivo培養による3−HP生産能阻害及び1,3−PDO生産能向上の確認
実施例3−1に作製されたそれぞれの菌株に、グリセロール分解代謝回路構築のためのpCSglpFKDベクターと1,3−PDO生合成代謝回路構築のためのpEK−pduyEを共に形質転換した。その後、25μg/Lカナマイシン(Kanamycin)及び200μg/Lスペクチノマイシン(Spectinomycin)が添加されたBHIS平板培地(組成は、37g/L BHI(Brain Heart Infusion)、91g/Lソルビトール、15g/L寒天)で選別した。前記形質転換された11種の変異微生物を、10mL BHIS培地(組成は、37g/L BHI、91g/Lソルビトール)が含まれた試験管(test tube)に接種して30℃で16時間前培養を行った後、前培養した培養液1mLを250mLバッフルフラスコに25mLのCGXII培地(表8)に接種して培養した。初期グリセロール濃度は40g/Lに設定し、培地内の酵母抽出物10g/Lを追加し、3倍数フラスコ培養を48時間行った。
Figure 2021523731
3−HP濃度測定のために使用したHPLC条件は、次の通りである。まず、Agilent 1100 series HPLC機器を使用し、検出器とカラムとしてDAD検出器、agilent MetaCarb 87Hカラム、UV210nm(他の検出器)を用い、この時、バッファーとしては0.1% HPOを40℃条件下に流量(flow rate)0.5mL/minで流して測定した。次に、1.3−PDO測定のためにWaters 1515高速液体クロマトグラフィー(Waters 1 Co.,Milford,MA,USA)を使用し、この時、検出器とカラムは、Waters 2414示差屈折率検出器とA MetaCarb 87Hカラム(300 by 7.8mm;Agilent)を用いた。このとき、バッファーとしては0.01N HSOを35℃条件下に流量0.5mL/minで流して測定した。
その結果、図6及び図7に示すように、WAH13菌株内にpCSglpFKDベクターとpEK−pduyEベクターが形質転換された菌株において3−HP生産が最も阻害され、これに応じて1,3−PDO生産量が最も増加することを確認した。また、WAH1、WAH2、WAH5、WAH6、及びWAH7も共に、3−HP生産が阻害され、1,3−PDO生産量が増加することを確認した。
本発明に係る変異コリネバクテリウム・グルタミクムを用いれば、安価のグリセロールを炭素源として副産物である3−HPの生産能が抑制され、高効率で1,3−PDOを生産することができる。
以上、本発明内容の特定の部分を詳細に記述してきたが、当業界における通常の知識を有する者にとって、このような具体的記述は好ましい実施様態であるだけで、これによって本発明の範囲が制限されない点は明らかであろう。したがって、本発明の実質的な範囲は、添付する請求項及びそれらの等価物によって定義されると言えよう。

Claims (6)

  1. コリネバクテリウム・グルタミクムに、(i)グリセロールファシリテーター(glycerol facilitator)をコードする遺伝子、(ii)グリセロールキナーゼをコードする遺伝子、グリセロールデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子、(iii)グリセロールデヒドラターゼ(glycerol dehydratase)をコードする遺伝子、(iv)グリセロールレアクティバーゼ(glycerol reactivase)をコードする遺伝子、及び(v)1,3−PDOオキシドレダクターゼをコードする遺伝子が導入されており、そしてコリネバクテリウム・グルタミクムからアルデヒドデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子が欠失又は弱化しており、3−HP生産能が欠失又は弱化し、そしてグリセロールから1,3−PDOを生成する変異微生物。
  2. 前記アルデヒドデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子は、NCgl0049、NCgl0157、Ncgl0437、NCgl0463、NCgl0521、NCgl0523、NCgl0900、NCgl2272、NCgl2578、NCgl2619及びNCgl2698からなる群から選ばれることを特徴とする、請求項1に記載の変異微生物。
  3. 前記グリセロールファシリテーター(glycerol facilitator)をコードする遺伝子、グリセロールキナーゼをコードする遺伝子、及びグリセロールデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子はそれぞれ、glpF、glpK、及びglpDであることを特徴とする、請求項1に記載の変異微生物。
  4. 前記グリセロールデヒドラターゼをコードする遺伝子及びグリセロールレアクティバーゼ(glycerol reactivase)をコードする遺伝子は、pduCDEGHクラスターであり、1,3−PDOオキシドレダクターゼをコードする遺伝子は、yqhDであることを特徴とする、請求項1に記載の変異微生物。
  5. 前記導入される遺伝子は、tac,trc及びtufからなる群から選ばれる強いプロモーターによって過発現することを特徴とする、請求項1に記載の変異微生物。
  6. 次の段階を含むグリセロールから1,3−PDOを製造する方法:
    (a)請求項1〜5のいずれか一項に記載の変異微生物をグリセロール含有培地で培養して1,3−PDOを生成させる段階;及び
    (b)前記生成された1,3−PDOを得る段階。
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