JP2021016357A - 核酸の検出方法 - Google Patents
核酸の検出方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2021016357A JP2021016357A JP2019134717A JP2019134717A JP2021016357A JP 2021016357 A JP2021016357 A JP 2021016357A JP 2019134717 A JP2019134717 A JP 2019134717A JP 2019134717 A JP2019134717 A JP 2019134717A JP 2021016357 A JP2021016357 A JP 2021016357A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- sample
- kit
- pcr
- dna polymerase
- dna
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 86
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title description 7
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 title description 7
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title description 7
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims abstract description 76
- 239000000243 solution Substances 0.000 claims abstract description 76
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 claims abstract description 70
- 239000000047 product Substances 0.000 claims abstract description 33
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 claims abstract description 31
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 claims abstract description 31
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 26
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 claims abstract description 22
- 241001493065 dsRNA viruses Species 0.000 claims abstract description 21
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 claims abstract description 19
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 claims abstract description 19
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims abstract description 19
- 239000008213 purified water Substances 0.000 claims abstract description 16
- 238000002156 mixing Methods 0.000 claims abstract description 13
- 239000002504 physiological saline solution Substances 0.000 claims abstract description 11
- 239000000725 suspension Substances 0.000 claims abstract description 10
- 238000012545 processing Methods 0.000 claims abstract description 3
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 155
- 241001263478 Norovirus Species 0.000 claims description 39
- 239000004094 surface-active agent Substances 0.000 claims description 35
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 30
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 28
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 28
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical group [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims description 24
- -1 alkyl ether sulfate Chemical class 0.000 claims description 24
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 23
- KWYUFKZDYYNOTN-UHFFFAOYSA-M Potassium hydroxide Chemical compound [OH-].[K+] KWYUFKZDYYNOTN-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims description 18
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-M hydroxide Chemical compound [OH-] XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims description 18
- 238000005259 measurement Methods 0.000 claims description 15
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical group [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims description 14
- 150000008051 alkyl sulfates Chemical class 0.000 claims description 14
- 239000003945 anionic surfactant Substances 0.000 claims description 14
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 claims description 11
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 claims description 10
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims description 9
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 claims description 8
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 claims description 7
- 238000002844 melting Methods 0.000 claims description 7
- 230000008018 melting Effects 0.000 claims description 7
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 claims description 6
- 241000713869 Moloney murine leukemia virus Species 0.000 claims description 6
- 239000007788 liquid Substances 0.000 claims description 6
- 239000011259 mixed solution Substances 0.000 claims description 6
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 claims description 6
- 239000011734 sodium Substances 0.000 claims description 6
- HNSDLXPSAYFUHK-UHFFFAOYSA-N 1,4-bis(2-ethylhexyl) sulfosuccinate Chemical compound CCCCC(CC)COC(=O)CC(S(O)(=O)=O)C(=O)OCC(CC)CCCC HNSDLXPSAYFUHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- BACYUWVYYTXETD-UHFFFAOYSA-N N-Lauroylsarcosine Chemical compound CCCCCCCCCCCC(=O)N(C)CC(O)=O BACYUWVYYTXETD-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 claims description 5
- 125000005599 alkyl carboxylate group Chemical group 0.000 claims description 5
- BTBJBAZGXNKLQC-UHFFFAOYSA-N ammonium lauryl sulfate Chemical compound [NH4+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O BTBJBAZGXNKLQC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- 229960003964 deoxycholic acid Drugs 0.000 claims description 5
- 108700004121 sarkosyl Proteins 0.000 claims description 5
- 210000004916 vomit Anatomy 0.000 claims description 5
- 230000008673 vomiting Effects 0.000 claims description 5
- 108010078851 HIV Reverse Transcriptase Proteins 0.000 claims description 4
- 108010002747 Pfu DNA polymerase Proteins 0.000 claims description 4
- 229940018602 docusate Drugs 0.000 claims description 4
- NRHMKIHPTBHXPF-TUJRSCDTSA-M sodium cholate Chemical compound [Na+].C([C@H]1C[C@H]2O)[C@H](O)CC[C@]1(C)[C@@H]1[C@@H]2[C@@H]2CC[C@H]([C@@H](CCC([O-])=O)C)[C@@]2(C)[C@@H](O)C1 NRHMKIHPTBHXPF-TUJRSCDTSA-M 0.000 claims description 4
- KXGVEGMKQFWNSR-LLQZFEROSA-N deoxycholic acid Chemical compound C([C@H]1CC2)[C@H](O)CC[C@]1(C)[C@@H]1[C@@H]2[C@@H]2CC[C@H]([C@@H](CCC(O)=O)C)[C@@]2(C)[C@@H](O)C1 KXGVEGMKQFWNSR-LLQZFEROSA-N 0.000 claims 2
- 239000000872 buffer Substances 0.000 abstract description 8
- 239000012530 fluid Substances 0.000 abstract 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 51
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 14
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 14
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 11
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 11
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 9
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 8
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 8
- 235000019333 sodium laurylsulphate Nutrition 0.000 description 8
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 7
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 7
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 7
- 239000000693 micelle Substances 0.000 description 7
- 210000000234 capsid Anatomy 0.000 description 6
- 239000012153 distilled water Substances 0.000 description 6
- 235000021317 phosphate Nutrition 0.000 description 6
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 5
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 5
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 5
- 108020000999 Viral RNA Proteins 0.000 description 5
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 5
- 210000003608 fece Anatomy 0.000 description 5
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 5
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 5
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 5
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 5
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 5
- 241000713838 Avian myeloblastosis virus Species 0.000 description 4
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 4
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 4
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 4
- 238000007689 inspection Methods 0.000 description 4
- 241000725303 Human immunodeficiency virus Species 0.000 description 3
- WMFOQBRAJBCJND-UHFFFAOYSA-M Lithium hydroxide Chemical compound [Li+].[OH-] WMFOQBRAJBCJND-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 description 3
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 3
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 3
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 3
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 3
- 239000000138 intercalating agent Substances 0.000 description 3
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 3
- FHHPUSMSKHSNKW-SMOYURAASA-M sodium deoxycholate Chemical compound [Na+].C([C@H]1CC2)[C@H](O)CC[C@]1(C)[C@@H]1[C@@H]2[C@@H]2CC[C@H]([C@@H](CCC([O-])=O)C)[C@@]2(C)[C@@H](O)C1 FHHPUSMSKHSNKW-SMOYURAASA-M 0.000 description 3
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 3
- 229920000742 Cotton Polymers 0.000 description 2
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L Magnesium chloride Chemical compound [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 2
- 239000002280 amphoteric surfactant Substances 0.000 description 2
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 2
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 2
- 239000003093 cationic surfactant Substances 0.000 description 2
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 2
- 230000003196 chaotropic effect Effects 0.000 description 2
- 239000000356 contaminant Substances 0.000 description 2
- 238000013211 curve analysis Methods 0.000 description 2
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 2
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 2
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 2
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 2
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 2
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 2
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 2
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 2
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 2
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 2
- 230000005284 excitation Effects 0.000 description 2
- 230000002550 fecal effect Effects 0.000 description 2
- KWIUHFFTVRNATP-UHFFFAOYSA-N glycine betaine Chemical compound C[N+](C)(C)CC([O-])=O KWIUHFFTVRNATP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000004679 hydroxides Chemical class 0.000 description 2
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 2
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 2
- 239000002736 nonionic surfactant Substances 0.000 description 2
- 238000011330 nucleic acid test Methods 0.000 description 2
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 2
- 239000008055 phosphate buffer solution Substances 0.000 description 2
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 2
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 2
- 239000012266 salt solution Substances 0.000 description 2
- 235000015170 shellfish Nutrition 0.000 description 2
- 239000000377 silicon dioxide Substances 0.000 description 2
- 238000000527 sonication Methods 0.000 description 2
- 238000001179 sorption measurement Methods 0.000 description 2
- FBWNMEQMRUMQSO-UHFFFAOYSA-N tergitol NP-9 Chemical compound CCCCCCCCCC1=CC=C(OCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCO)C=C1 FBWNMEQMRUMQSO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000010998 test method Methods 0.000 description 2
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- JKMHFZQWWAIEOD-UHFFFAOYSA-N 2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid Chemical compound OCC[NH+]1CCN(CCS([O-])(=O)=O)CC1 JKMHFZQWWAIEOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CXRFDZFCGOPDTD-UHFFFAOYSA-M Cetrimide Chemical compound [Br-].CCCCCCCCCCCCCC[N+](C)(C)C CXRFDZFCGOPDTD-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M Cetrimonium bromide Chemical compound [Br-].CCCCCCCCCCCCCCCC[N+](C)(C)C LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- 241000711573 Coronaviridae Species 0.000 description 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 1
- 241000725619 Dengue virus Species 0.000 description 1
- 241000709661 Enterovirus Species 0.000 description 1
- 206010016952 Food poisoning Diseases 0.000 description 1
- 208000019331 Foodborne disease Diseases 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000007995 HEPES buffer Substances 0.000 description 1
- 241000711549 Hepacivirus C Species 0.000 description 1
- 241000710842 Japanese encephalitis virus Species 0.000 description 1
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- 239000000232 Lipid Bilayer Substances 0.000 description 1
- JLVVSXFLKOJNIY-UHFFFAOYSA-N Magnesium ion Chemical compound [Mg+2] JLVVSXFLKOJNIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 1
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920003171 Poly (ethylene oxide) Polymers 0.000 description 1
- 206010039101 Rhinorrhoea Diseases 0.000 description 1
- 241000702670 Rotavirus Species 0.000 description 1
- 101000837455 Thermus aquaticus DNA polymerase I, thermostable Proteins 0.000 description 1
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 1
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 1
- 239000003570 air Substances 0.000 description 1
- 229910052783 alkali metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000001340 alkali metals Chemical class 0.000 description 1
- 229910052784 alkaline earth metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000001342 alkaline earth metals Chemical class 0.000 description 1
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 1
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 1
- 150000001450 anions Chemical class 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 230000003172 anti-dna Effects 0.000 description 1
- 235000003704 aspartic acid Nutrition 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 1
- RQPZNWPYLFFXCP-UHFFFAOYSA-L barium dihydroxide Chemical compound [OH-].[OH-].[Ba+2] RQPZNWPYLFFXCP-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 229910001863 barium hydroxide Inorganic materials 0.000 description 1
- OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N beta-carboxyaspartic acid Natural products OC(=O)C(N)C(C(O)=O)C(O)=O OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960003237 betaine Drugs 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- KGBXLFKZBHKPEV-UHFFFAOYSA-N boric acid Chemical compound OB(O)O KGBXLFKZBHKPEV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004327 boric acid Substances 0.000 description 1
- AXCZMVOFGPJBDE-UHFFFAOYSA-L calcium dihydroxide Chemical compound [OH-].[OH-].[Ca+2] AXCZMVOFGPJBDE-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000000920 calcium hydroxide Substances 0.000 description 1
- 229910001861 calcium hydroxide Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000001768 cations Chemical class 0.000 description 1
- 238000010411 cooking Methods 0.000 description 1
- 230000001351 cycling effect Effects 0.000 description 1
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 239000003599 detergent Substances 0.000 description 1
- 235000014113 dietary fatty acids Nutrition 0.000 description 1
- 238000004821 distillation Methods 0.000 description 1
- 239000000428 dust Substances 0.000 description 1
- 230000001516 effect on protein Effects 0.000 description 1
- 229940125532 enzyme inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 239000002532 enzyme inhibitor Substances 0.000 description 1
- UMSGVWVBUHUHEH-UHFFFAOYSA-M ethyl(trimethyl)azanium;bromide Chemical compound [Br-].CC[N+](C)(C)C UMSGVWVBUHUHEH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 239000000194 fatty acid Substances 0.000 description 1
- 229930195729 fatty acid Natural products 0.000 description 1
- 238000001917 fluorescence detection Methods 0.000 description 1
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 1
- 210000000514 hepatopancreas Anatomy 0.000 description 1
- 238000005342 ion exchange Methods 0.000 description 1
- 229910001629 magnesium chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- VTHJTEIRLNZDEV-UHFFFAOYSA-L magnesium dihydroxide Chemical compound [OH-].[OH-].[Mg+2] VTHJTEIRLNZDEV-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000000347 magnesium hydroxide Substances 0.000 description 1
- 229910001862 magnesium hydroxide Inorganic materials 0.000 description 1
- 229910001425 magnesium ion Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 1
- 210000004779 membrane envelope Anatomy 0.000 description 1
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 1
- 229910021645 metal ion Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 1
- 208000010753 nasal discharge Diseases 0.000 description 1
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 1
- 239000003960 organic solvent Substances 0.000 description 1
- 238000005375 photometry Methods 0.000 description 1
- 239000000244 polyoxyethylene sorbitan monooleate Substances 0.000 description 1
- 235000010482 polyoxyethylene sorbitan monooleate Nutrition 0.000 description 1
- 229920000136 polysorbate Polymers 0.000 description 1
- 229920000053 polysorbate 80 Polymers 0.000 description 1
- 229910001414 potassium ion Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000012264 purified product Substances 0.000 description 1
- 238000001223 reverse osmosis Methods 0.000 description 1
- 230000018528 secretion by tissue Effects 0.000 description 1
- 239000013049 sediment Substances 0.000 description 1
- 239000002689 soil Substances 0.000 description 1
- 108010068698 spleen exonuclease Proteins 0.000 description 1
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 1
- BDHFUVZGWQCTTF-UHFFFAOYSA-M sulfonate Chemical compound [O-]S(=O)=O BDHFUVZGWQCTTF-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N tetramethylrhodamine Chemical compound C=12C=CC(N(C)C)=CC2=[O+]C2=CC(N(C)C)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C([O-])=O ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 1
- 238000000108 ultra-filtration Methods 0.000 description 1
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
- C12Q1/701—Specific hybridization probes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
- C12Q2521/10—Nucleotidyl transfering
- C12Q2521/101—DNA polymerase
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
- C12Q2521/10—Nucleotidyl transfering
- C12Q2521/107—RNA dependent DNA polymerase,(i.e. reverse transcriptase)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2523/00—Reactions characterised by treatment of reaction samples
- C12Q2523/30—Characterised by physical treatment
- C12Q2523/32—Centrifugation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2561/00—Nucleic acid detection characterised by assay method
- C12Q2561/113—Real time assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
- C12Q2563/107—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties fluorescence
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Virology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
〔1〕
検体中のRNAウイルスを検出する方法であって、
(1)検体を、内部コントロールDNAならびに該DNAに特異的にハイブリダイズするフォワードおよびリバースプライマーからなる群より選ばれる少なくとも1つの要素を含む精製水、生理食塩水または緩衝液に懸濁する工程;
(2)工程(1)で得られた懸濁液の遠心上清を抽出する行程、
(3)工程(2)で抽出した遠心上清と、検体処理液とを混合する工程、
(4)工程(3)で得られた混合液を、逆転写酵素およびDNAポリメラーゼを含む1ステップRT−PCR反応液であって、工程(1)で選ばれた要素を含まない1ステップRT−PCR反応液と混合し、RT−PCRを行う工程;および、
(5)前記RT−PCR産物を検出する工程;
を含む方法。
〔2〕
前記検体が、生物試料、生物由来試料、環境試料および環境由来試料からなる群より選ばれる試料に由来する、〔1〕に記載の方法。
〔3〕
前記検体が、排泄物試料、排泄物由来試料、嘔吐物および嘔吐物由来試料からなる群より選ばれる試料に由来する、〔1〕に記載の方法。
〔4〕
前記RNAウイルスが、ノロウイルスである、〔1〕に記載の方法。
〔5〕
前記ノロウイルスの遺伝子型が、ジェノグループI(GI)またはジェノグループII(GII)である、〔4〕に記載の方法。
〔6〕
前記工程(3)における検体処理液が、1種以上の界面活性剤を含む、〔1〕に記載の方法。
〔7〕
前記界面活性剤が、陰イオン界面活性剤である、〔6〕に記載の方法。
〔8〕
前記陰イオン界面活性剤が、アルキルサルフェート、アルキルエーテルサルフェート、ドキュセート、スルホネートフルオロ界面活性剤、アルキルベンゼンスルホネート、アルキルアリールエーテルホスフェート、アルキルエーテルホスフェート、アルキルカルボキシレート、ラウロイルサルコシンナトリウム、カルボキシレートフルオロ界面活性剤、コール酸ナトリウムおよびデオキシコール酸ナトリウムからなる群より選ばれる、〔7〕に記載の方法。
〔9〕
前記陰イオン界面活性剤が、アルキルサルフェートである、〔7〕に記載の方法。
〔10〕
前記アルキルサルフェートが、ドデシル硫酸ナトリウムまたはドデシル硫酸アンモニウムである、〔9〕に記載の方法。
〔11〕
前記界面活性剤の濃度が、0.02〜0.5%(w/v)である、〔6〕〜〔10〕のいずれかに記載の方法。
〔12〕
前記工程(3)における検体処理液が、水酸化物を含む、〔1〕に記載の方法。
〔13〕
前記水酸化物が、水酸化ナトリウムまたは水酸化カリウムである、〔12〕に記載の方法。
〔14〕
前記水酸化物の濃度が、10〜100mMである、〔12〕または〔13〕に記載の方法。
〔15〕
前記工程(3)における遠心上清と検体処理液との混合比が、体積比として1:3〜6である、〔1〕〜〔14〕のいずれかに記載の方法。
〔16〕
前記工程(3)における検体処理液が、ノロウイルス検出試薬キット(プローブ法)(島津製作所、製品番号241-09325シリーズ)に含まれるSample Treatment Reagentである、〔1〕に記載の方法。
〔17〕
前記工程(4)における1ステップRT−PCR反応液が、ノロウイルス検出試薬キット(プローブ法)(島津製作所、製品番号241-09325シリーズ)に含まれるNoV Reagent A、BおよびCの混合物であって、前記工程(1)で選ばれた要素を含まない混合物である、〔1〕に記載の方法。
〔18〕
前記逆転写酵素が、AMV逆転写酵素、MMLV逆転写酵素、HIV逆転写酵素およびこれらの変異体からなる群より選ばれる、〔1〕に記載の方法。
〔19〕
前記DNAポリメラーゼが、Taq DNAポリメラーゼ、Tth DNAポリメラーゼ、KOD DNAポリメラーゼ、Pfu DNAポリメラーゼおよびこれらの変異体からなる群より選ばれる、〔1〕に記載の方法。
〔20〕
前記工程(5)におけるRT−PCR産物の検出が、リアルタイム測定によりモニターされる、〔1〕に記載の方法。
〔21〕
前記リアルタイム測定において、蛍光フィルターを用いてRT−PCR産物の増幅曲線または融解曲線におけるピークを測定することにより、検体におけるRNAの存在が、陽性または陰性であることを判定する、〔20〕に記載の方法。
〔22〕
前記リアルタイム測定において、内部コントロールDNAに対するPCR産物の増幅曲線または融解曲線におけるピークを測定することにより、検体に対する再検査が必要であるか否かを判定する、〔20〕または〔21〕に記載の方法。
〔23〕
検体中のRNAウイルス検出用キットであって、
(1)内部コントロールDNAならびに該DNAに特異的にハイブリダイズするフォワードおよびリバースプライマーからなる群より選ばれる少なくとも1つの要素を含む精製水、生理食塩水または緩衝液;
(2)検体処理液;および、
(3)逆転写酵素およびDNAポリメラーゼを含む1ステップRT−PCR反応液であって、(1)で選ばれた要素を含まない1ステップRT−PCR反応液;
を含む、キット。
〔24〕
前記逆転写酵素が、AMV逆転写酵素、MMLV逆転写酵素、HIV逆転写酵素およびこれらの変異体からなる群より選ばれる、〔23〕に記載のキット。
〔25〕
前記DNAポリメラーゼが、Taq DNAポリメラーゼ、Tth DNAポリメラーゼ、KOD DNAポリメラーゼ、Pfu DNAポリメラーゼおよびこれらの変異体からなる群より選ばれる、〔23〕に記載のキット。
〔26〕
前記検体処理液が、1種以上の界面活性剤を含む、〔23〕に記載のキット。
〔27〕
前記界面活性剤が、陰イオン界面活性剤である、〔26〕に記載のキット。
〔28〕
前記陰イオン界面活性剤が、アルキルサルフェート、アルキルエーテルサルフェート、ドキュセート、スルホネートフルオロ界面活性剤、アルキルベンゼンスルホネート、アルキルアリールエーテルホスフェート、アルキルエーテルホスフェート、アルキルカルボキシレート、ラウロイルサルコシンナトリウム、カルボキシレートフルオロ界面活性剤、コール酸ナトリウムおよびデオキシコール酸ナトリウムからなる群より選ばれる、〔27〕に記載のキット。
〔29〕
前記陰イオン界面活性剤が、アルキルサルフェートである、〔27〕に記載のキット。
〔30〕
前記アルキルサルフェートが、ドデシル硫酸ナトリウムまたはドデシル硫酸アンモニウムである、〔29〕に記載のキット。
〔31〕
前記検体処理液が、水酸化物を含む、〔23〕に記載のキット。
〔32〕
前記水酸化物が、水酸化ナトリウムまたは水酸化カリウムである、〔31〕に記載のキット。
〔33〕
前記検体処理液が、ノロウイルス検出試薬キット(プローブ法)(島津製作所、製品番号241-09325シリーズ)に含まれるSample Treatment Reagentである、〔23〕に記載のキット。
〔34〕
前記1ステップRT−PCR反応液が、ノロウイルス検出試薬キット(プローブ法)(島津製作所、製品番号241-09325シリーズ)に含まれるNoV Reagent A、BおよびCの混合物であって、前記(1)で選ばれた要素を含まない混合物である、〔23〕に記載のキット。
検体であるノロウイルス感染患者の糞便を100mg採取し、1mLの蒸留水に懸濁して、約10%(w/v)の糞便乳剤とした。使用した蒸留水には、ノロウイルス検出試薬キット(プローブ法)(島津製作所、製品番号241-09325シリーズ)のNoV Reagent Bに含まれる内部コントロールDNAならびに該DNAに特異的にハイブリダイズするフォワードおよびリバースプライマーを予め添加した。得られた糞便乳剤を、微量遠心分離機により10000rpmで5分間遠心分離し、遠心上清を得た。
(2)検体処理
下記の成分を蒸留水に添加し、検体処理液を調製した。
50mM 水酸化ナトリウム(NaOH)、
0.1%(w/v)ドデシル硫酸ナトリウム(SDS)、および
625μM dNTP(dATP、dGTP、dCTPおよびdTTP)
検体処理は、蓋なしPCR反応チューブに上記検体処理液4μLを取り、そこへ、(1)で得られた糞便乳剤の遠心上清1μLを加えた後、室温で3分間放置することにより行った。
(3)1ステップRT−PCR反応
(2)で得られた、糞便乳剤の遠心上清と検体処理液との混合液5μLを含むPCR反応チューブに、下記反応液組成になるように調製した1ステップRT−PCR反応液であって、内部コントロールDNAならびに該DNAに特異的にハイブリダイズするフォワードおよびリバースプライマーを含まないRT−PCR反応液20μLを添加し、撹拌混合した後、小型遠心分離器によりスピンダウンした。この後、リアルタイムPCR装置(GVP-9600、島津製作所)を用いて、直ちにRT−PCR反応をモニターした。反応は、45℃/5分間の逆転写反応後、95℃/3分間の初期変性を行い、次いで95℃/1秒間−56℃/10秒間のPCRを45サイクル行い、増幅曲線を測定した。PCRにおける測光は、56℃/10秒間のステップで行った。
(反応液組成)
40mM トリス
0.025ユニット/μL Taqポリメラーゼ
1ユニット/μL 逆転写酵素
3.75mM 塩化マグネシウム
400nM PCRプライマーセット(COG1F/COG1RおよびCOG2F/COG2R)(非特許文献3、表11を参照)
200nM 蛍光標識プローブ(TaqManプローブ:G1A、G1BおよびG2)
(4)結果
測定結果を図1に示した。内部コントロールDNAに帰属される増幅曲線が検出されることから、PCR反応が進行していることが示された。その上で、ノロウイルス遺伝子に帰属される増幅曲線が検出されることから、検査に供した検体はノロウイルス陽性と判定される。
Claims (34)
- 検体中のRNAウイルスを検出する方法であって、
(1)検体を、内部コントロールDNAならびに該DNAに特異的にハイブリダイズするフォワードおよびリバースプライマーからなる群より選ばれる少なくとも1つの要素を含む精製水、生理食塩水または緩衝液に懸濁する工程;
(2)工程(1)で得られた懸濁液の遠心上清を抽出する行程、
(3)工程(2)で抽出した遠心上清と、検体処理液とを混合する工程、
(4)工程(3)で得られた混合液を、逆転写酵素およびDNAポリメラーゼを含む1ステップRT−PCR反応液であって、工程(1)で選ばれた要素を含まない1ステップRT−PCR反応液と混合し、RT−PCRを行う工程;および、
(5)前記RT−PCR産物を検出する工程;
を含む方法。 - 前記検体が、生物試料、生物由来試料、環境試料および環境由来試料からなる群より選ばれる試料に由来する、請求項1に記載の方法。
- 前記検体が、排泄物試料、排泄物由来試料、嘔吐物および嘔吐物由来試料からなる群より選ばれる試料に由来する、請求項1に記載の方法。
- 前記RNAウイルスが、ノロウイルスである、請求項1に記載の方法。
- 前記ノロウイルスの遺伝子型が、ジェノグループI(GI)またはジェノグループII(GII)である、請求項4に記載の方法。
- 前記工程(3)における検体処理液が、1種以上の界面活性剤を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記界面活性剤が、陰イオン界面活性剤である、請求項6に記載の方法。
- 前記陰イオン界面活性剤が、アルキルサルフェート、アルキルエーテルサルフェート、ドキュセート、スルホネートフルオロ界面活性剤、アルキルベンゼンスルホネート、アルキルアリールエーテルホスフェート、アルキルエーテルホスフェート、アルキルカルボキシレート、ラウロイルサルコシンナトリウム、カルボキシレートフルオロ界面活性剤、コール酸ナトリウムおよびデオキシコール酸ナトリウムからなる群より選ばれる、請求項7に記載の方法。
- 前記陰イオン界面活性剤が、アルキルサルフェートである、請求項7に記載の方法。
- 前記アルキルサルフェートが、ドデシル硫酸ナトリウムまたはドデシル硫酸アンモニウムである、請求項9に記載の方法。
- 前記界面活性剤の濃度が、0.02〜0.5%(w/v)である、請求項6〜10のいずれか1項に記載の方法。
- 前記工程(3)における検体処理液が、水酸化物を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記水酸化物が、水酸化ナトリウムまたは水酸化カリウムである、請求項12に記載の方法。
- 前記水酸化物の濃度が、10〜100mMである、請求項12または13に記載の方法。
- 前記工程(3)における遠心上清と検体処理液との混合比が、体積比として1:3〜6である、請求項1〜14のいずれか1項に記載の方法。
- 前記工程(3)における検体処理液が、ノロウイルス検出試薬キット(プローブ法)(島津製作所、製品番号241-09325シリーズ)に含まれるSample Treatment Reagentである、請求項1に記載の方法。
- 前記工程(4)における1ステップRT−PCR反応液が、ノロウイルス検出試薬キット(プローブ法)(島津製作所、製品番号241-09325シリーズ)に含まれるNoV Reagent A、BおよびCの混合物であって、前記工程(1)で選ばれた要素を含まない混合物である、請求項1に記載の方法。
- 前記逆転写酵素が、AMV逆転写酵素、MMLV逆転写酵素、HIV逆転写酵素およびこれらの変異体からなる群より選ばれる、請求項1に記載の方法。
- 前記DNAポリメラーゼが、Taq DNAポリメラーゼ、Tth DNAポリメラーゼ、KOD DNAポリメラーゼ、Pfu DNAポリメラーゼおよびこれらの変異体からなる群より選ばれる、請求項1に記載の方法。
- 前記工程(5)におけるRT−PCR産物の検出が、リアルタイム測定によりモニターされる、請求項1に記載の方法。
- 前記リアルタイム測定において、蛍光フィルターを用いてRT−PCR産物の増幅曲線または融解曲線におけるピークを測定することにより、検体におけるRNAの存在が、陽性または陰性であることを判定する、請求項20に記載の方法。
- 前記リアルタイム測定において、内部コントロールDNAに対するPCR産物の増幅曲線または融解曲線におけるピークを測定することにより、検体に対する再検査が必要であるか否かを判定する、請求項20または21に記載の方法。
- 検体中のRNAウイルス検出用キットであって、
(1)内部コントロールDNAならびに該DNAに特異的にハイブリダイズするフォワードおよびリバースプライマーからなる群より選ばれる少なくとも1つの要素を含む精製水、生理食塩水または緩衝液;
(2)検体処理液;および、
(3)逆転写酵素およびDNAポリメラーゼを含む1ステップRT−PCR反応液であって、(1)で選ばれた要素を含まない1ステップRT−PCR反応液;
を含む、キット。 - 前記逆転写酵素が、AMV逆転写酵素、MMLV逆転写酵素、HIV逆転写酵素およびこれらの変異体からなる群より選ばれる、請求項23に記載のキット。
- 前記DNAポリメラーゼが、Taq DNAポリメラーゼ、Tth DNAポリメラーゼ、KOD DNAポリメラーゼ、Pfu DNAポリメラーゼおよびこれらの変異体からなる群より選ばれる、請求項23に記載のキット。
- 前記検体処理液が、1種以上の界面活性剤を含む、請求項23に記載のキット。
- 前記界面活性剤が、陰イオン界面活性剤である、請求項26に記載のキット。
- 前記陰イオン界面活性剤が、アルキルサルフェート、アルキルエーテルサルフェート、ドキュセート、スルホネートフルオロ界面活性剤、アルキルベンゼンスルホネート、アルキルアリールエーテルホスフェート、アルキルエーテルホスフェート、アルキルカルボキシレート、ラウロイルサルコシンナトリウム、カルボキシレートフルオロ界面活性剤、コール酸ナトリウムおよびデオキシコール酸ナトリウムからなる群より選ばれる、請求項27に記載のキット。
- 前記陰イオン界面活性剤が、アルキルサルフェートである、請求項27に記載のキット。
- 前記アルキルサルフェートが、ドデシル硫酸ナトリウムまたはドデシル硫酸アンモニウムである、請求項29に記載のキット。
- 前記検体処理液が、水酸化物を含む、請求項23に記載のキット。
- 前記水酸化物が、水酸化ナトリウムまたは水酸化カリウムである、請求項31に記載のキット。
- 前記検体処理液が、ノロウイルス検出試薬キット(プローブ法)(島津製作所、製品番号241-09325シリーズ)に含まれるSample Treatment Reagentである、請求項23に記載のキット。
- 前記1ステップRT−PCR反応液が、ノロウイルス検出試薬キット(プローブ法)(島津製作所、製品番号241-09325シリーズ)に含まれるNoV Reagent A、BおよびCの混合物であって、前記(1)で選ばれた要素を含まない混合物である、請求項23に記載のキット。
Priority Applications (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2019134717A JP7434742B2 (ja) | 2019-07-22 | 2019-07-22 | 核酸の検出方法 |
CN202010407782.6A CN112280894A (zh) | 2019-07-22 | 2020-05-14 | 核酸的检测方法 |
US16/929,032 US20210025012A1 (en) | 2019-07-22 | 2020-07-14 | Method for detecting nucleic acid |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2019134717A JP7434742B2 (ja) | 2019-07-22 | 2019-07-22 | 核酸の検出方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2021016357A true JP2021016357A (ja) | 2021-02-15 |
JP7434742B2 JP7434742B2 (ja) | 2024-02-21 |
Family
ID=74187846
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2019134717A Active JP7434742B2 (ja) | 2019-07-22 | 2019-07-22 | 核酸の検出方法 |
Country Status (3)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20210025012A1 (ja) |
JP (1) | JP7434742B2 (ja) |
CN (1) | CN112280894A (ja) |
Families Citing this family (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN113025758A (zh) * | 2021-04-07 | 2021-06-25 | 拱北海关技术中心 | 用于检测水产品gi型诺如病毒的引物、探针及试剂盒 |
Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2007052765A1 (ja) * | 2005-11-02 | 2007-05-10 | Shimadzu Corporation | Rnaの抽出方法及びrnaの検出方法 |
JP2015533288A (ja) * | 2012-11-07 | 2015-11-24 | キアゲン ゲーエムベーハー | 診断アッセイのための制御 |
WO2018198682A1 (ja) * | 2017-04-26 | 2018-11-01 | 東洋紡株式会社 | ウイルスの検査方法およびウイルスの検査用キット |
WO2019017452A1 (ja) * | 2017-07-21 | 2019-01-24 | タカラバイオ株式会社 | 非エンベロープ型rnaウイルスの有無を検出する方法 |
JP2019506849A (ja) * | 2015-12-28 | 2019-03-14 | エフ.ホフマン−ラ ロシュ アーゲーF. Hoffmann−La Roche Aktiengesellschaft | 特異的rnaの安定化のための汎用法 |
Family Cites Families (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP1586661B1 (en) * | 2001-10-09 | 2006-12-13 | Sysmex Corporation | Method of detecting gene as amplified product by gene amplification and reagent kit therefor |
CN102115794A (zh) * | 2009-12-30 | 2011-07-06 | 上海复星医学科技发展有限公司 | 含内参的hcmv荧光定量pcr检测试剂盒 |
JP2011223940A (ja) * | 2010-04-21 | 2011-11-10 | Asahi Breweries Ltd | 偽陰性を排除するpcr検査方法およびそれに使用するプライマー |
WO2021010239A1 (ja) * | 2019-07-18 | 2021-01-21 | 株式会社島津製作所 | Rnaウイルス検出方法 |
-
2019
- 2019-07-22 JP JP2019134717A patent/JP7434742B2/ja active Active
-
2020
- 2020-05-14 CN CN202010407782.6A patent/CN112280894A/zh active Pending
- 2020-07-14 US US16/929,032 patent/US20210025012A1/en not_active Abandoned
Patent Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2007052765A1 (ja) * | 2005-11-02 | 2007-05-10 | Shimadzu Corporation | Rnaの抽出方法及びrnaの検出方法 |
JP2015533288A (ja) * | 2012-11-07 | 2015-11-24 | キアゲン ゲーエムベーハー | 診断アッセイのための制御 |
JP2019506849A (ja) * | 2015-12-28 | 2019-03-14 | エフ.ホフマン−ラ ロシュ アーゲーF. Hoffmann−La Roche Aktiengesellschaft | 特異的rnaの安定化のための汎用法 |
WO2018198682A1 (ja) * | 2017-04-26 | 2018-11-01 | 東洋紡株式会社 | ウイルスの検査方法およびウイルスの検査用キット |
WO2019017452A1 (ja) * | 2017-07-21 | 2019-01-24 | タカラバイオ株式会社 | 非エンベロープ型rnaウイルスの有無を検出する方法 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US20210025012A1 (en) | 2021-01-28 |
CN112280894A (zh) | 2021-01-29 |
JP7434742B2 (ja) | 2024-02-21 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP5290987B2 (ja) | 核酸増幅用サンプルの調製方法及び調製キット | |
JP7167913B2 (ja) | ウイルスの検査方法およびウイルスの検査用キット | |
WO2021010239A1 (ja) | Rnaウイルス検出方法 | |
JP6642045B2 (ja) | 改良されたウイルス検出方法 | |
JPH03133379A (ja) | タンパク質分解酵素を用いない核酸の抽出およびpcr増幅方法 | |
JP2020156470A (ja) | 非特異増幅が抑制された核酸増幅法 | |
CN112029900A (zh) | 新型冠状病毒的快速核酸检测方法及检测系统 | |
JP2024026545A (ja) | 改良された核酸検出方法 | |
WO2019017452A1 (ja) | 非エンベロープ型rnaウイルスの有無を検出する方法 | |
JP2023024808A (ja) | Rnaウイルス検出方法 | |
JP7434742B2 (ja) | 核酸の検出方法 | |
CN111254217A (zh) | 诺如病毒的检测方法 | |
JP7188645B2 (ja) | 非特異的な核酸増幅を抑制する方法 | |
JP2018000124A (ja) | ウイルスからの核酸抽出増幅キット及びそれを用いた抽出増幅方法 | |
WO2021193853A1 (ja) | 新型コロナウイルスの検査方法および検査試薬 | |
WO2022107023A1 (en) | Systems for the detection of targeted gene variations and viral genomes and methods of producing and using same | |
WO2016134144A1 (en) | Methods and reagents for detecting ebola virus | |
JP2021019558A (ja) | 改良されたウイルス検出方法 | |
JP7516731B2 (ja) | 改良されたウイルス検出方法 | |
CN114375342B (zh) | 经改良的病毒检测方法 | |
WO2022024934A1 (ja) | 改良されたウイルスの検出方法 | |
JP2023134312A (ja) | 生体中や環境あるいは食品中に存在する微小物質の濃縮法 | |
WO2021200717A1 (ja) | 改良されたウイルスの検出方法 | |
WO2021193862A1 (ja) | 改良されたウイルスの検出方法 | |
EP4288563A1 (en) | Liquid composition for molecular diagnostics by pcr |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20211110 |
|
RD02 | Notification of acceptance of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7422 Effective date: 20220620 |
|
RD04 | Notification of resignation of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7424 Effective date: 20220706 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20220927 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20220928 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20221122 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20230126 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20230404 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20230531 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20230803 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20230905 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20231106 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20240109 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20240122 |
|
R151 | Written notification of patent or utility model registration |
Ref document number: 7434742 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R151 |