JP2020536570A5 - - Google Patents

Claims (30)

1. リボ核酸（ＲＮＡ）を生成するための方法であって、
   （ａ）（ｉ）細胞ＲＮＡ、ここで、細胞ＲＮＡは、リボソームＲＮＡ、メッセンジャーＲＮＡ、および／またはトランスファーＲＮＡを含む、および（ｉｉ）リボヌクレアーゼをインキュベートして、５’ヌクレオシド一リン酸（ＮＭＰ）を生成すること；
   （ｂ）リボヌクレアーゼを除去すること；および
   （ｃ）５’ＮＭＰを、ポリリン酸キナーゼ（ＰＰＫ）、ポリリン酸、目的のＲＮＡをコードするデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）鋳型、およびＲＮＡポリメラーゼとインキュベートして、目的のＲＮＡを生成すること
   を含む、前記方法。
2. リボヌクレアーゼが、ヌクレアーゼＰ１またはRNase Rである、請求項１に記載の方法。
3. ５’ＮＭＰが、５’ＡＭＰ、５’ＧＭＰ、５’ＣＭＰ、および／または５’ＵＭＰを含む、請求項１に記載の方法。
4. リボヌクレアーゼが、温度、ｐＨ、塩、洗剤、アルコール、化学阻害剤、分離、沈殿、ろ過、キャプチャー、および／またはクロマトグラフィーを介して除去される、請求項１に記載の方法。
5. ＰＰＫが、ＰＰＫ１ファミリーの酵素またはＰＰＫ２ファミリーの酵素である、請求項１に記載の方法。
6. ＰＰＫが、Deinococcus geothermalisからのクラスＩＩＩのＰＰＫ２酵素（配列番号１）である、請求項１に記載の方法。
7. ポリリン酸が、テトラポリリン酸、ペンタポリリン酸、およびヘキサメタリン酸からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
8. ステップ（ｃ）が、ＰＰＫ、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）鋳型、および／またはＲＮＡポリメラーゼを生成する細胞から得られた酵素調製物または細胞ライセートを含む、請求項１に記載の方法。
9. 細胞ライセートまたは酵素調製物中のネイティブな酵素の活性が、遺伝子修飾、細胞からの酵素分泌、プロテアーゼターゲティング、温度、ｐＨ、塩、洗剤、アルコール、化学阻害剤、分離、沈殿、ろ過、キャプチャー、および／またはクロマトグラフィーを介して除去されている、請求項８に記載の方法。
10. ネイティブな酵素が、ホスファターゼ、ヌクレアーゼ、プロテアーゼ、デアミナーゼ、オキシドレダクターゼ、およびヒドロラーゼからなる群より選択される、請求項９に記載の方法。
11. リボ核酸（ＲＮＡ）を生成するための方法であって、
    （ａ）（ｉ）細胞ＲＮＡおよび（ｉｉ）リボヌクレアーゼをインキュベートして、５’ヌクレオシド一リン酸（ＮＭＰ）を生成すること；
    （ｂ）リボヌクレアーゼを除去すること；および
    （ｃ）５’ＮＭＰを少なくとも１つのＮＭＰキナーゼ、少なくとも１つのＮＤＰキナーゼ、少なくとも１つのポリリン酸キナーゼ（ＰＰＫ）、ポリリン酸、目的のＲＮＡをコードするデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）鋳型、およびＲＮＡポリメラーゼとインキュベートして、目的のＲＮＡを生成すること
    を含む、前記方法。
12. 細胞ＲＮＡが、リボソームＲＮＡ、メッセンジャーＲＮＡ、および／またはトランスファーＲＮＡを含む、請求項１１に記載の方法。
13. リボヌクレアーゼが、ヌクレアーゼＰ１またはRNase Rである、請求項１１に記載の方法。
14. ５’ＮＭＰが、５’ＡＭＰ、５’ＧＭＰ、５’ＣＭＰ、および／または５’ＵＭＰを含む、請求項１１に記載の方法。
15. リボヌクレアーゼが、温度、ｐＨ、塩、洗剤、アルコール、化学阻害剤、分離、沈殿、ろ過、キャプチャー、および／またはクロマトグラフィーを介して除去される、請求項１１に記載の方法。
16. 少なくとも１つのＮＭＰキナーゼが、ＡＭＰキナーゼ、ＣＭＰキナーゼ、ＵＭＰキナーゼ、またはＧＭＰキナーゼである、請求項１１に記載の方法。
17. 少なくとも１つのＮＭＰキナーゼが、Thermus thermophilusからのＡＭＰキナーゼ（配列番号１２）、Thermus thermophilusからのＣＭＰキナーゼ（配列番号１３）、Pyrococcus furiosusからのＵＭＰキナーゼ（配列番号１４）、および／またはThermotoga maritimaからのＧＭＰキナーゼ（配列番号１５）である、請求項１６に記載の方法。
18. 少なくとも１つのＮＤＰキナーゼが、Aquifex aeolicusからのもの（配列番号１６）である、請求項１１に記載の方法。
19. 少なくとも１つのＰＰＫが、ＰＰＫ１ファミリーの酵素またはＰＰＫ２ファミリーの酵素である、請求項１１に記載の方法。
20. 少なくとも１つのＰＰＫが、Deinococcus geothermalisからのクラスＩＩＩのＰＰＫ２酵素（配列番号１）である、請求項１９に記載の方法。
21. ポリリン酸が、テトラポリリン酸、ペンタポリリン酸、およびヘキサメタリン酸からなる群より選択される、請求項１１に記載の方法。
22. ステップ（ｃ）が、ＰＰＫ、ＮＭＰキナーゼ、ＮＤＰキナーゼ、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）鋳型、および／またはＲＮＡポリメラーゼを生成する細胞から得られた酵素調製物または細胞ライセートを含む、請求項１１に記載の方法。
23. 細胞ライセートまたは酵素調製物中のネイティブな酵素の活性が、遺伝子修飾、細胞からの酵素分泌、プロテアーゼターゲティング、温度、ｐＨ、塩、洗剤、アルコール、化学阻害剤、分離、沈殿、ろ過、キャプチャー、および／またはクロマトグラフィーを介して除去されている、請求項１１に記載の方法。
24. ネイティブな酵素が、ホスファターゼ、ヌクレアーゼ、プロテアーゼ、デアミナーゼ、オキシドレダクターゼ、およびヒドロラーゼからなる群より選択される、請求項２３に記載の方法。
25. リボ核酸（ＲＮＡ）を生成するための方法であって、
    （ａ）（ｉ）細胞ＲＮＡおよび（ｉｉ）ヌクレアーゼＰ１をインキュベートして、５’ヌクレオシド一リン酸（ＮＭＰ）を生成すること；
    （ｂ）ヌクレアーゼＰ１を除去すること；および
    （ｃ）５’ＮＭＰを少なくとも１つのＮＭＰキナーゼ、少なくとも１つのＮＤＰキナーゼ、Deinococcus geothermalisからのクラスＩＩＩのＰＰＫ２酵素（配列番号１）、ポリリン酸、目的のＲＮＡをコードするデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）鋳型、およびＲＮＡポリメラーゼとインキュベートして、目的のＲＮＡを生成すること
    を含む、前記方法。
26. 少なくとも１つのＮＭＰキナーゼが、Thermus thermophilusからのＡＭＰキナーゼ（配列番号１２）、Thermus thermophilusからのＣＭＰキナーゼ（配列番号１３）、Pyrococcus furiosusからのＵＭＰキナーゼ（配列番号１４）、および／またはThermotoga maritimaからのＧＭＰキナーゼ（配列番号１５）である、請求項２５に記載の方法。
27. 少なくとも１つのＮＤＰキナーゼが、Aquifex aeolicusからのもの（配列番号１６）である、請求項２５に記載の方法。
28. リボ核酸（ＲＮＡ）を生成するための方法であって、
    （ａ）（ｉ）細胞ＲＮＡおよび（ｉｉ）リボヌクレアーゼをインキュベートして、５’ヌクレオシド一リン酸（ＮＭＰ）を生成すること；
    （ｂ）リボヌクレアーゼを除去すること、ここで、リボヌクレアーゼは、温度、ｐＨ、塩、洗剤、アルコール、化学阻害剤、分離、沈殿、ろ過、キャプチャー、および／またはクロマトグラフィーを介して除去される；および
    （ｃ）５’ＮＭＰをポリリン酸キナーゼ（ＰＰＫ）、ポリリン酸、目的のＲＮＡをコードするデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）鋳型、およびＲＮＡポリメラーゼとインキュベートして、目的のＲＮＡを生成すること
    を含む、前記方法。
29. リボヌクレアーゼが、ヌクレアーゼＰ１またはRNase Rである、請求項２８に記載の方法。
30. ＰＰＫが、ＰＰＫ１ファミリーの酵素またはＰＰＫ２ファミリーの酵素である、請求項２８に記載の方法。