JP2020058380A - キメラ抗原受容体及びその製造方法 - Google Patents

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Abstract

【課題】キメラ抗原受容体(CAR)を生成する方法を提供すること。【解決手段】本発明のいくつの実施形態では、抗原−結合ドメイン(例えば、scFv領域)、ヒンジ領域、及びエンドドメインをコード化するベクターのライブラリーからのベクターのランダムな結合によって前記CARをコード化するベクターを生成することによりCARのライブラリースクリーニングを実施する。本発明のいくつかの実施形態では、前記ベクターはトランスポゾンを含有する。【選択図】なし

Description

本出願は、2014年2月14日に出願された米国仮特許出願第61/940,339号の利益を主張し、その全体を参照により本明細書に組み入れる。
本発明は通常分子生物学及び医薬の分野に関する。特に本発明はキメラ抗原受容体(CAR)を製造する方法に関する。
養子T細胞移入は癌の治療に使用可能な有望な治療アプローチである。養子T細胞移入には 、選択的に腫瘍細胞を死滅可能な抗原特異的T細胞の単離及び増殖を含む。通常、T細胞は被験体から得られインビトロで培養される。キメラ抗原受容体(CAR)をT細胞にインビトロで導入し、抗原の発現に基づいて、前述の被験体に再導入されたT細胞に選択的に腫瘍細胞を死滅させることができる(例えば、Wieczorekら、2013;Berryら、2013)。
養子T細胞移入に関連した一つの問題は、例えば特定の癌を治療する目的で、どのCARが所定の患者集団においてより効果的に作用するかについて可変性が大きいことである。生成可能であり癌に対する治療活性を発揮しうる見込みのある異なるCARが多数存在することによって、現在臨床医にとってどのCARが所定の癌または癌のサブタイプに対する治療活性を提示できるのか予測することを非常に難しくなっている。養子T細胞移入の大きな治療可能性によって、新たなCARを特定及び生成する方法の向上に対する明らかなニーズが存在する。
Wieczorekら,Genetically Modified T Cells for the Treatment of Malignant Disease. Transfus Med Hemother. 2013 Dec;40(6):388−402.
本発明は、いくつかの態様において、CARの生成方法及び具体的なCARを提供する。いくつかの態様では、特定の癌または癌のサブタイプに対する活性についてスクリーニング可能な多数のCARの生成方法が提供される。この方法において、特定の癌または癌のサブタイプに対する向上した治療可能性を発揮可能なCARを生成及び特定可能である。本明細書で提供されるCARを治療目的で被験体またはヒト患者に投与し、例えば癌を治療できる。
所定の腫瘍関連抗原(TAA)に対する特定のキメラ抗原受容体(CAR)デザイン標的化T細胞が異なる患者に対し様々な治療可能性を示し得ることは、臨床データより明らかである。例えば、キメラCD28/CD3ζまたはCD137/CD3−ζにより活性化される第二世代CD19特異的CARは、自己遺伝子改変T細胞を慢性よりも急性のB系統白血病患者に投与した場合に、優れた臨床応答性を発揮できる。この課題に取り組むため、本発明では、所定の腫瘍に対し向上した抗腫瘍効果を発揮可能なCAR種を生成する方法を提供する。
例えば、本発明で提供する方法を用いて所定の患者の癌を治療する能力について多数のCARを生成及びスクリーニングしても良い。このように、前述の方法を用いて患者に対する治療を個別化し、特定の患者または特定の癌患者のサブセットに対する向上した治療可能性を呈する特定のCARを選択しても良い。遺伝子療法への臨床アプローチとして、Sleeping Beauty(SB)トランスポゾンシステムからDNAプラスミドを電気移動が可能であり、例えば、小さな患者サブセットに個別のCARデザインを製造するコストや複雑さを軽減しても良い。これらのCART細胞を個別化する方法に、所定の患者に利益をもたらす能力をスクリーニング及びアセスメント可能な多数のCAR分子の生成を利用しても良い。
いくつかの態様では、三重部位特異的組換えシステム(「EZ−CAR」プラットフォームとも称する)を用いたCAR分子ハイスループットアセンブリ方法が提供される。いくつかの実施形態では、これらの方法により原型的なCARの下記の3コンポーネントの迅速な組み合わせが可能になる:(i)特異性を定義する単鎖可変断片(scFv)、(ii)細胞表面からscFvを付加するスキャフォールド/ヒンジ、及び(iii)1つまたは複数の細胞内シグナリングドメイン。例えば、下記に記載の実施例に示すように、クリニカルグレードのCD19RCD28mζ CAR+T細胞(CG CAR)と共にEZ CARプラットフォームを用いてキメラCD28/CD3−ζを介して活性化されるCD19特異的CARを生成した。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のまたは本発明により製造されるCARを、膜結合型IL−15と共にT細胞に共発現しても良い。このようにして、前述のT細胞は、インビトロまたはインビボで顕著に増殖することなく休止状態で生存または存在しても良い。対照的に、従来の記載にあるとおり、サイトカインをインビトロで取り除いた状態では、CAR発現T細胞は通常死滅し、ある場合においてはT細胞を臨床で投与する際にこの細胞死が安全性をもたらしても良い。T細胞増殖は通常自律性細胞アッセイを用いて測定される。よって、従来特定されたCARとは対照的に、本発明では、抗原性刺激なしにインビトロでT細胞が維持不可能である場合、インビトロでの自律増殖なしで細胞毒性を誘導可能なCARを提供する。望ましい特定の実施形態によっては、本発明によるまたは本明細書に記載の方法により製造されるCARは、膜結合型IL−15の前述のT細胞での共発現ありまたはなしでT細胞中に発現しても良い。
本発明の一つの態様は、(a)1つまたは複数の特徴的な抗原結合ドメインをコード化する複数の第一のベクター、(b)1つまたは複数の特徴的なヒンジドメインをコード化する複数の第二のベクター、及び(c)1つまたは複数の特徴的なエンドドメインをコード化する複数の第三のベクターを含む組成物であって、少なくとも2つの第一、第二、及び第三のベクターが複数の2つ以上の特徴的な抗原結合ドメイン、ヒンジドメイン、及び/またはエンドドメインをコード化するベクターをそれぞれ含み、さらに前述のベクターが、キメラ抗原受容体(CAR)をコード化する第四のベクターの生成を可能にする相同組換え部位を含む、前述の組成物に関する。
本発明では、抗原結合ドメイン、ヒンジドメイン、膜貫通ドメイン、及びエンドドメインといったタンパク質ドメイン及びポリペプチドを参照して使用するように、用語「特徴的な」は異なるポリペプチド(アミノ酸)配列を有する、含む、またはからなるドメインを意味する。例えば、2つの「特徴的な」抗原結合ドメインは同一の抗原(実際には抗原上の同一のエピトープでもよい)に結合しても良いが、前述の抗原結合ドメインは、連続するアミノ酸組成物がそれぞれ異なる場合に、「特徴的」である。同様に2つの「特徴的な」抗原結合ドメインもまた、連続するアミノ酸組成物が異なる場合、異なる抗原及びエピトープに特異的に結合しても良い。逆に、本明細書において、同一のアミノ酸配列の2つの分子(ポリペプチド)は「特徴的な」ポリペプチドではない。
いくつかの実施形態では、前述の複数の第一のベクターが複数の特徴的な抗原結合ドメインをコード化し、前述の複数の第二のベクターが一つのヒンジドメインをコード化し、及び前述の複数の第三のベクターが複数の特徴的なエンドドメインをコード化する。いくつかの実施形態では、前述の複数の第一のベクターが複数の特徴的な抗原結合ドメインをコード化し、前述の複数の第二のベクターが、複数の特徴的なヒンジドメインをコード化し、及び前述の複数の第三のベクターが複数の特徴的なエンドドメインをコード化する。いくつかの実施形態では、前述の複数の第一のベクターが複数の特徴的な抗原結合ドメインをコード化し、前述の複数の第二のベクターが複数の特徴的なヒンジドメインをコード化し、及び前述の複数の第三のベクターが一つのエンドドメインをコード化する。いくつかの実施形態では、前述の複数の第一のベクターが一つの抗原結合ドメインをコード化し、前述の複数の第二のベクターが複数の特徴的なヒンジドメインをコード化し、及び前述の複数の第三のベクターが複数の特徴的なエンドドメインをコード化する。いくつかの実施形態では、前述の抗原結合ドメインがscFvを含むまたはからなる。前述の第三のベクターが膜貫通ドメインをコード化しても良い。前述の第二のベクターが膜貫通ドメインをコード化。いくつかの実施形態では、前述の組成物がさらに1つまたは複数の膜貫通ドメインをコード化する複数の第五のベクター含み、前述の第一のベクター、前述の第二のベクター、前述の第三のベクター、及び前述の第五のベクターは、キメラ抗原受容体(CAR)をコード化する第四のベクターを生成するための相同組換え部位を含む。前述の第一のベクターが第一の相同組換え配列及び第二の相同組換え部位を含んでも良い。前述の第二のベクターが前述の第二の相同組換え配列及び第三の相同組換え配列を含んでも良い。前述の第三のベクターが前述の第三の相同組換え配列及び第四の相同組換え配列を含んでも良い。前述の第三のベクターが前述の第三の相同組換え配列及び第四の相同組換え配列を含んでも良い。前述の第四のベクターは、前述の第一の相同組換え配列及び前述の第四の相同組換え配列を含む。前述の第一のベクター、前述の第二のベクター、及び/または前述の第三のベクターがトランスポーゼースをコード化しても良い。前述のトランスポーゼースはサケ科型Tc1様トランスポーゼース(SB)であっても良い。いくつかの実施形態では、前述の第一のベクター、前述の第二のベクター、前述の第三のベクター、前記第四のベクター及び/または前述の第五のベクターのうち1、2、3、4、または全てがSleeping Beauty(SB)またはpiggyBacトランスポゾンベクターである。もしくは、いくつかの実施形態では、前述の第一のベクター、前述の第二のベクター、前述の第三のベクター、前述の第四のベクター、及び/または前述の第五のベクターは、例えばSleeping Beauty(SB)またはpiggyBacトランスポゾンベクターではない。いくつかの実施形態では、Sleeping Beauty(SB)またはpiggyBacベクターなしにCARが生成されても良く、その後前述のCARはT細胞をトランスフェクトするために適切なベクターに挿入されても(例えば、Singhら、2015に記載のようにSleeping Beauty(SB)ベクターに挿入されても)良い。しかしながら、いくつかの実施形態では、T細胞のトランスフェクトに適切なベクターに存在しているCARの生成によって、プロセスを簡略化したりCARの生成及びT細胞のトランスフェクションに要する工程数を減らしたりしても良い。前述の特徴的な抗原結合ドメインが異なる抗原に選択的に結合しても良い。いくつかの実施形態では、前述の特徴的な抗原結合ドメインが同一の抗原に選択的に結合する。前述の抗原結合ドメインが、CD19、汎用抗原(マウス)、HER−3、GD2、Gp75、CS1タンパク質、メソテリン、ホスファチジルセリン、cMyc、CD22、CD4、CD44v6、CD45、CD28、CD3、CD3e、CD123、CD138、CD52、CD56、CD74、CD30、Gp75、CD38、CD33、CD20、Her1/HER3融合物、GD2、炭水化物、Aspergillus、ROR1、c−MET、EGFR、デクチン、エボラ、真菌、GP、HERV−K(HERVK)、NY−ESO−1、VEGF−R2、TGF−b2R、IgG4、ビオチン、またはO−AcGD2に選択的に結合しても良い。前述の特徴的な抗原結合ドメインがscFvを含むまたはからなっても良い。前述のヒンジ領域が、12AAペプチド(GAGAGCAAGTACGGCCCTCCCTGCCCCCCTTGCCCT、配列番号1)、t−20AAペプチド、IgG4 Fc Δ EQ、IgG4 Fc Δ Q、(t−12AA+t−20AA)、mKate、phiLov、dsRed、Venus、eGFP、CH3 HA、(CD8α+t−20AA)、Double t−20AA、(t−20AA+CD8α)、(CD8α+Leucine Zipper Basep1)、(CD8α+Leucine Zipper Acid1)、2D3、CD8α、またはIgG4Fcを含んでまたはからなっていても良い。少なくとも1つの前述のエンドドメインがCD3ζを含んでも良い。少なくとも1つの前述のエンドドメインが1つまたは複数のITAMドメインを含んでも良い。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの前述のエンドドメインが、(CD28+CD3ζ)、(CD28+CD27+CD3ζ)、(CD28+OX40+CD3ζ)、(CD28+4−1BB+CD3ζ)、(CD28+CD27+OX40+CD3ζ)、(CD28+4−1BB+CD27+CD3ζ)、(CD28+4−1BB+OX40+CD3ζ)、(4−1BB+CD3ζ)、(4−1BB+OX40+CD3ζ)、(4−1BB+CD27+CD3ζ)、(CD27+CD3ζ)、(CD27+OX40+CD3ζ)、(CD28Δ+CD3ζ)、(CD28Δ+CD27+CD3ζ)、(CD28Δ+OX40+CD3ζ)、(CD28Δ+4−1BB+CD3ζ)、(CD28Δ+4−1BB+OX40+CD3ζ)、(CD28Δ+CD27+OX40+CD3ζ)、(CD28Δ+4−1BB+CD27+CD3ζ)、(4−1BB+ICOS+CD3ζ)、(CD28+ICOS+CD3ζ)、(ICOS+CD3ζ)、またはCD3ζ若しくはCD28のみを含む。いくつかの実施形態では、前述のCARを、例えばiQue(商標)Screener(IntelliCyt、ニューメキシコ州アルバカーキ)を用いて活性を試験しても良い。いくつかの実施形態では、T細胞等の細胞に発現される場合、CARを1つまたは複数の特徴(例えば、生存率、活性化シグナルの上方調節、CD25の上方調節、サイトカイン 放出、及び/または細胞死滅)についてフローサイトメトリーといった手法を用いて評価しても良い。
本発明の別の態様は、複数の特徴的な抗原結合ドメイン、ヒンジドメイン、及びエンドドメインをコード化するキメラ抗原受容体をコード化するベクターのコレクションを含む組成物であって、該コレクションにおける前述のベクターを前述のドメインに対してランダム化した前述の組成物に関する。
さらに本発明の別の態様は、それぞれキメラ抗原受容体(CAR)をコード化する複数のベクターを製造する方法であって、(i)(例えば上記記載のように)本発明の複数のベクターを含む前述の組成物を得ること、及び(ii)前述の組成物を、前述のベクターにコード化される前述の特徴的な抗原結合ドメイン、ヒンジドメイン及び/またはエンドドメインを相同組換えにより組み替え可能とする条件に供することにより、複数の第四のベクターを製造することを含み、該第四のベクターがそれぞれCARをコード化する前述の方法に関する。前述の方法は、前述のCARを細胞中で発現することをさらに含んでも良い。前述の方法は、前述のCARの活性を試験することをさらに含んでも良い。いくつかの実施形態では、1つまたは複数の前述の第一のベクターがscFv領域をコード化する。いくつかの実施形態では、1つまたは複数の前述の第三のベクターが膜貫通ドメインをコード化する。いくつかの実施形態では、1つまたは複数の前述の第二のベクターが膜貫通ドメインをコード化する。前述の方法は、膜貫通ドメインをコード化する第五のベクターを前述の第一のベクター、第二のベクター、及び第三のベクターに組換えによりランダムに組み込んで前述の第四のベクターを形成することをさらに含んでも良い。いくつかの実施形態では、前述の第一のベクター及び前述の第二のベクターは、複数の特徴的なscFv領域及び複数の特徴的なヒンジ領域をコード化する複数のベクターからランダムに結合される。いくつかの実施形態では、前述の第一のベクター及び前述の第三のベクターは、複数の特徴的なscFv領域及び複数の特徴的なエンドドメインをコード化する複数のベクターからランダムに結合される。いくつかの実施形態では、前述の第二のベクター及び前述の第三のベクターは、複数の特徴的なヒンジ領域及び複数の特徴的なエンドドメインをコード化する複数のベクターからランダムに結合される。いくつかの実施形態では、前述の第一のベクター、前述の第二のベクター、及び前述の第三のベクターは、複数の特徴的なscFv領域、複数の特徴的なヒンジ領域、及び複数の特徴的なエンドドメインをコード化する複数のベクターからランダムに結合される。前述の方法は、複数のscFv領域をコード化するベクターの第一のライブラリーからの前述の第一のベクターのランダムな結合、複数のscFv領域をコード化するベクターの第二のライブラリーからの前述の第二のベクターのランダムな結合、及び複数のエンドドメインをコード化するベクターの第三のライブラリーからの前述の第三のベクターのランダムな結合により前述の第四のベクターを生成することによって、前述のCARをコード化する前述の第四のベクターを形成することをさらに含んでも良い。前述の第一のベクターは、第一の相同組換え配列及び第二の相同組換え部位を含んでも良い。前述の第二のベクターが前述の第二の相同組換え配列及び第三の相同組換え配列を含んでも良い。前述の第三のベクターが前述の第三の相同組換え配列及び第四の相同組換え配列を含んでも良い。前述の第三のベクターが前述の第三の相同組換え配列及び第四の相同組換え配列を含んでも良い。前述の第四のベクターが前述の第一の相同組換え配列及び前述の第四の相同組換え配列を含んでも良い。前述の第一のベクター、前述の第二のベクター、及び/または前述の第三のベクターがトランスポーゼースをコード化しても良い。いくつかの実施形態では、前述の方法が、第六のベクターがトランスポーゼースをコード化し、1つまたは複数の前述の第四のベクター及び前述の第六のベクターを細胞に導入する、電気穿孔する、またはトランスフェクトすることを含む。前述のトランスポーゼースがサケ科型Tc1様トランスポーゼース(SB)であっても良い。前述の方法は、前述のCAR発現T細胞の増殖を刺激可能な人工抗原提示細胞(aAPC)の存在下で前述のCARをトランスフェクトした細胞を培養または提供することをさらに含んでも良い。いくつかの実施形態では、前述のscFv領域、前述のヒンジ領域、及び前述のエンドドメインをそれぞれSleeping Beauty (SB)またはpiggyBacトランスポゾンベクターでコード化する。いくつかの実施形態では、前述の組換えにより、前述の第一のベクター、前述の第二のベクター、及び/または前述の第三のベクターそれぞれが、複数の特徴的なscFv領域、前述のヒンジ領域、及びエンドドメインをコード化する複数のベクターからランダムに結合される。いくつかの実施形態では、前述の第一のベクター、前述の第二のベクター、及び前述の第三のベクターはそれぞれトランスポゾンを含有し、前述の相同組換えによる結合が部位特異的組換えを含む。いくつかの実施形態では、前述の第一のベクター及び前述の第二のベクターがそれぞれ第一の相同組換え部位を有し、前述の第二のベクター及び前述の第三のベクターがそれぞれ第二の相同組換え部位を有する。いくつかの実施形態では、前述の第一のベクターが第三の組換え部位を有し、前述の第四のベクターが第四の組換え部位を有し、前述の第三の組換え部位及び第四の組換え部位が細胞における相同組換えを可能とする。前述の細胞が、αβT細胞、γδT細胞、NK細胞、またはNKT細胞といったT細胞であっても良い。いくつかの実施形態では、前述の細胞が、幹細胞または人工多能性幹細胞といった多能性細胞である。いくつかの実施形態では、前述の細胞が幹細胞、人工多能性幹細胞、または幹細胞に由来する。前述の細胞が人工多能性幹細胞由来のT細胞またはNK細胞であっても良い。いくつかの実施形態では、前述の特徴的な抗原結合ドメインが、異なる抗原を選択的に認識する少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9個またはそれ以上のscFvを含む。いくつかの実施形態では、前述の特徴的な抗原結合ドメインが、同一抗原を選択的に認識する(すなわち、特異的に結合する)少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9個またはそれ以上のscFvを含む。いくつかの実施形態では、前述の抗原結合ドメインが、CD19、汎用抗原(マウス)、HER−3、GD2、Gp75、CS1タンパク質、メソテリン、ホスファチジルセリン、cMyc、CD22、CD4、CD44v6、CD45、CD28、CD3、CD3e、CD123、CD138、CD52、CD56、CD74、CD30、Gp75、CD38、CD33、CD20、Her1/HER3融合物、GD2、炭水化物、Aspergillus、ROR1、c−MET、EGFR、デクチン、エボラ、真菌、GP、HERV−K、NY−ESO−1、VEGF−R2、TGF−b2R、IgG4、ビオチン、またはO−AcGD2に選択的に(特異的に)結合する。いくつかの実施形態では、前述の抗原結合ドメインがscFvを含むまたはからなる。前述のヒンジ領域が12AAペプチド(GAGAGCAAGTACGGCCCTCCCTGCCCCCCTTGCCCT、配列番号1)、t−20AAペプチド、IgG4 Fc Δ EQ、IgG4 Fc Δ Q、(t−12AA+t−20AA)、mKate、phiLov、dsRed、Venus、eGFP、CH3 HA、(CD8α+t−20AA)、Double t−20AA、(t−20AA+CD8α)、(CD8α+Leucine Zipper Basep1)、(CD8α+Leucine Zipper Acid1)、2D3、CD8α、またはIgG4Fcをコード化しても良い。前述のエンドドメインがCD3ζをコード化しても良い。前述のエンドドメインが1つまたは複数のITAMドメインをコード化。いくつかの実施形態では、前述のエンドドメインが、(CD28+CD3ζ)、(CD28+CD27+CD3ζ)、(CD28+OX40+CD3ζ)、(CD28+4−1BB+CD3ζ)、(CD28+CD27+OX40+CD3ζ)、(CD28+4−1BB+CD27+CD3ζ)、(CD28+4−1BB+OX40+CD3ζ)、(4−1BB+CD3ζ)、(4−1BB+OX40+CD3ζ)、(4−1BB+CD27+CD3ζ)、(CD27+CD3ζ)、(CD27+OX40+CD3ζ)、(CD28Δ+CD3ζ)、(CD28Δ+CD27+CD3ζ)、(CD28Δ+OX40+CD3ζ)、(CD28Δ+4−1BB+CD3ζ)、(CD28Δ+4−1BB+OX40+CD3ζ)、(CD28Δ+CD27+OX40+CD3ζ)、(CD28Δ+4−1BB+CD27+CD3ζ)、(4−1BB+ICOS+CD3ζ)、(CD28+ICOS+CD3ζ)、(ICOS+CD3ζ)、またはCD3ζ若しくはCD28のみをコード化する。いくつかの実施形態では、前述のCARを、例えばiQue(商標)Screener(IntelliCyt、Albuquerque、NM)を用いて活性について試験しても良い。いくつかの実施形態では、T細胞等の細胞に発現される場合、CARを1つまたは複数の特徴(例えば、生存率、活性化シグナルの上方調節、CD25の上方調節、サイトカイン放出、及び/または細胞死滅)についてフローサイトメトリーといった手法を用いて評価しても良い。いくつかの実施形態では、前述の活性が、前述のCARが癌細胞選択的に結合する、病原体に選択的に結合する、自己免疫疾患に関与する細胞に選択的に結合するまたはT細胞の活性化、T細胞の破壊、T細胞の分化、T細胞の増殖、T細胞の脱分化、T細胞の移動、T細胞によるサイトカイン産生、またはT細胞による死滅を促進する能力を備える。
いくつかの実施形態では、前述の癌細胞が、卵巣癌、リンパ腫、腎細胞癌、B細胞悪性腫瘍、CLL、B−ALL、ALL、白血病、B細胞悪性腫瘍またはリンパ腫、マントル細胞リンパ腫、無痛性B細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、AML、子宮頸癌、乳癌、結腸直腸癌、卵巣癌、神経芽細胞腫、皮膚癌、メラノーマ、肺癌、骨肉腫、神経膠腫、上皮由来腫瘍、前立腺癌、または小児癌である。前述の病原体がウイルス、真菌、または細菌であっても良い。いくつかの実施形態では、前述の試験が、単一細胞イメージング、単一細胞遺伝学、単一T細胞またはT細胞集団のアセスメント、特異的な死滅または連続的死滅の測定、遺伝子発現、タンパク質発現、標的に近づくまたは標的から遠のく移動、増殖、活性化誘発細胞死、サイトカイン分泌、またはケモカイン分泌を含む。前述の方法が、単一のCARを該単一のCARの特性に基づいて前述の複数のベクターから選択することをさらに含んでも良い。前述の方法が、前述の単一のCARを被験体に治療上投与することをさらに含んでも良い。前述の被験体が、例えばヒトといった哺乳類であっても良い。
本発明の別の態様は、CAR217(配列番号2)、CAR194(配列番号3)、CAR212(配列番号4)、CAR213(配列番号5)、CAR265(配列番号6)、CAR214(配列番号56)、CAR215(配列番号57)、CAR216(配列番号58)、CAR218(配列番号59)、CAR193(配列番号55)、またはCAR268(配列番号7)を含むまたはからなるポリペプチドに関する。
さらに本発明の別の態様は、CAR217(配列番号2)、CAR194(配列番号3)、CAR212(配列番号4)、CAR213(配列番号5)、CAR265(配列番号6)、CAR214(配列番号56)、CAR215(配列番号57)、CAR216(配列番号58)、CAR218(配列番号59)、CAR193(配列番号55)、またはCAR268(配列番号7)を含むまたはからなる前述のポリペプチドを発現する形質転換T細胞に関する。前述の細胞が不死化細胞であっても良い。前述のT細胞がαβT細胞、γδT細胞、NK細胞、NKT細胞、幹細胞、または前述の免疫システムの細胞を含む幹細胞由来の細胞であっても良い。
本発明の別の態様は、本発明の前述の形質転換T細胞を含む医薬品に関する。
さらに本発明の別の態様は、CAR217(配列番号2)、CAR194(配列番号3)、CAR212(配列番号4)、CAR213(配列番号5)、CAR265(配列番号6)、CAR214(配列番号56)、CAR215(配列番号57)、CAR216(配列番号58)、CAR218(配列番号59)、CAR193(配列番号55)、またはCAR268(配列番号7)を含むまたはからなるキメラ抗原受容体をコード化する核酸に関する。前述の核酸が、例えばαβT細胞、γδT細胞、NK細胞、NKT細胞、幹細胞、または多能性細胞由来のT細胞といったT細胞に含まれても良い。前述のT細胞が医薬的に許容される担体または賦形剤に含まれても良い。
本発明の別の態様は、異なるCARをコード化するベクターのライブラリーを含む組成物であって、該ライブラリーの前述のベクターを特徴的な抗原結合ドメイン、ヒンジドメイン及び/またはエンドドメインについてランダム化した、前述の組成物に関する。いくつかの実施形態では、前述のライブラリーは、特徴的な抗原結合ドメイン、ヒンジドメイン、及びエンドドメインについてランダム化したものである。いくつかの実施形態では、前述のライブラリーは、特徴的な抗原結合ドメイン及びエンドドメインについてランダム化したものである。いくつかの実施形態では、前述のライブラリーは、特徴的な抗原結合ドメイン及びヒンジドメインについてランダム化したものである。いくつかの実施形態では、前述のライブラリーは、特徴的な抗原ヒンジドメイン及びエンドドメインについてランダム化したものである。
表1に、CARを生成するために本発明の方法で使用する 抗原結合ドメイン、ヒンジ領域、膜貫通ドメイン、及びエンドドメインの例を示す。前述の抗原結合ドメイン、ヒンジ領域、膜貫通ドメイン、及びエンドドメインは非限定的な例として表1に示されるもので、特定の臨床適用において望まれる実質的にいかなる抗原結合ドメイン(例えば、癌性細胞、細菌、真菌、ウイルス、またはウイルス感染細胞の標的化)を選択しても良いことが期待される。表1では、前述の抗原結合ドメインの標的が提供される(例えば、「CD19」とはCD19に選択的に結合するscFv領域を意味しても良い)。いくつかの実施形態では、前述の抗原結合ドメインは前述の抗原に選択的に結合するscFvを含むまたはからなる。望ましくは、前述のscFvの一部(例えば、scFvの可変領域の一部)はランダム化されても良い。いくつかの実施形態では、前述の抗原結合ドメインはタンパク質に選択的に結合する。もしくは、前述の抗原結合ドメインは真菌、ウイルス、細菌、または癌性細胞といった標的上に発現される炭水化物に選択的に結合しても良い。例えば、いくつかの実施形態では、前述の抗原結合ドメインは、真菌細胞壁に見られるβ−グルカン及び炭水化物に選択的に結合可能なデクチン−1を含むまたはからなる。いくつかの実施形態では、前述のCARはウイルスに選択的に 結合しても良く、例えば、前述のCARは肝炎エンベロープタンパク質といったウイルスタンパク質に結合しても良い(例えば、Krebsら、2013)。いくつかの実施形態では、前述の抗原結合ドメインはサイトカインである。前述の抗原結合ドメインは、タンパク質、炭水化物、または糖に選択的に結合しても良い。いくつかの実施形態では、単一の標的や抗原に選択的に結合する複数の抗原結合ドメインからCARが生成され、または該抗原結合ドメインはオーバーラップする抗原を有しても良い。いくつかの実施形態では、異なる標的または抗原選択的に結合する複数の抗原結合ドメインからCARが生成される。CARにおけるエンドドメインにより、T細胞またはナチュラルキラー(NK)細胞といったCARを発現する細胞中で抑制シグナル(例えば、PD−1、CTLA−4、TIM−3、LAG−3、BTLA、ITIM、SHP−1、LAIR−1、TIGIT、Siglecs)または刺激シグナル(例えば、CD27、CD28、ICOS、CD134、CD137、LCK、DAP10、ITAM、ZAP−70、LAT、SLP−76、サイトカインやサイトカイン受容体、それらの組み合わせ及び変異)が発生しても良い。抗原結合領域が抗原を選択的に認識する場合、エンドドメインは、CARを含む細胞(例えば、T細胞またはNK細胞)が細胞死滅を活性化する、移動する、分化する、脱分化する、または該細胞でアポトーシスシグナル誘導を導くようにさせるまたは促進してもよい。前述のアポトーシスシグナルはCTLA4アポトーシスシグナル及び/またはPD1(Protein death 1)アポトーシスシグナルを含んでまたはからなっていても良い。いくつかの実施形態では、複数の特徴的なCARが、T細胞またはNK細胞といった細胞中で発現されても良い。例えば、第一のCAR及び第二のCARが細胞中で発現されても良く、前述の第一のCARは健康な細胞上の抗原に選択的に結合して第一のエンドドメインを介して抑制シグナルを誘導し(例えば、前述のT細胞またはNK細胞が前述の健康な細胞を損傷する可能性を低くする)、前述の第二のCARは標的細胞(例えば、癌性細胞、真菌、ウイルス感染細胞、細菌)上の抗原に選択的に結合して第二のエンドドメインを介して刺激シグナルを誘導する(例えば、前述のT細胞またはNK細胞による前述の標的細胞の細胞死滅を促進または引き起こす)。本発明の方法で生成されるCARを、組み込みDNA(例えば、トランスポーゼース/トランスポゾンベクターまたはシステムを介した電気穿孔及び相同組換えを用いて)または非組み込みDNA若しくはRNA(例えば、レンチウイルスまたはレトロウイルスといったウイルスベクターを用いたmRNAのウイルス搬送)としてT細胞またはNK細胞といった標的細胞に挿入しても良い。いくつかの実施形態では、本発明によるCARをコード化するT細胞は不死化細胞であり、そのような不死化細胞は、CARの治療可能性または毒性を評価または測定するように機能し用いられても良い。このようにして、多くのCARを望ましい薬理学的プロファイル、疾患細胞または病原体に対する毒性、健康な細胞における毒性の欠如、及び/または治療有効性についてスクリーニングしても良い。
例えばいくつかの実施形態では、表2に示すように、下記の抗原結合ドメイン、ヒンジ/スキャフォールド、膜貫通ドメイン、及びエンドドメインを用いても良い。例えば表1または表2のシグナリングドメインに含まれる配列の例として、CD27(配列番号41)、CD28(配列番号42)、CD28Δ(配列番号43)、CD134(OX40)(配列番号44)、CD137(41BB)(配列番号45)、ICOS(配列番号46)及びCD3ζ(配列番号47)があげられる。表2に記載のscFv抗EGFRドメインの例としてニモツズマブ(配列番号48)及びセツキシマブ(配列番号49)があげられる。表2に記載のscFv抗ホスファチジルセリンの例としてバビツキシマブ(配列番号50)があげられる。
表2:CARの生成に使用するライブラリーの例


本明細書で使用する「キメラ抗原受容体(CAR)」または「CAR」といった用語は人工的なT細胞受容体、キメラT細胞受容体、またはキメラ免疫受容体を含む。通常CARは、人工的な特異性を特定の免疫エフェクター細胞に付与可能な遺伝子組換え受容体である。CARを用いてモノクローナル抗体の特異性をT細胞に付与し、例えば養子細胞療法に使用するための多数の特異的T細胞を生成させても良い。いくつかの実施形態では、CARは前述の細胞は腫瘍関連抗原に対する特異性を持つ。好ましい実施形態では、CARはエンドドメイン(細胞内活性化ドメインを含む)、膜貫通ドメイン、ヒンジまたはスキャフォールド領域、及び標的化ドメインを含む細胞外ドメイン(例えば、モノクローナル抗体由来のscFv)を含む。いくつかの実施形態では、前述の細胞外標的化ドメインは受容体のレセプターであっても良い(例えば、タンパク質受容体選択的に結合するペプチド)。いくつかの実施形態では、前述の悪性細胞に特異的なCARを用いて(例えば、癌性B系統細胞を標的とする抗CD19 scFvを用いて)T細胞に特異性を付与することにより悪性細胞を標的化できる。
scFv領域、ヒンジ/スキャフォールド領域、膜貫通ドメイン、及びエンドドメインの例を表1に示す。また関連する配列の例も本明細書中に記載する。ただし表1では、前述のscFv領域は特定の標的に対する複数のscFv域を意味しても良い(例えば、表1の「CD19」は単一のモノクローナル抗体配列を意味しても良く、またはいくつかの好ましい実施形態では、CD19を選択的に標的化するモノクローナル抗体由来の複数のscFv領域を意味しても良い)。本発明の方法を使用して、例えば表1に記載のscFv領域、ヒンジ/スキャフォールド、膜貫通ドメイン、及びエンドドメインの任意の組み合わせの融合物を含むCARを生成可能であることが期待される。例えば、いくつかの実施形態では、前述のCARは、IgG4 Fcヒンジ/スキャフォールド領域、CD28膜貫通ドメイン、及びCD28及びCD3ζを含むエンドドメインに融合したCD19(例えばマウス、ヒト、またはヒト化モノクローナル抗体由来の)を選択的に標的とするscFv領域を含んでいても良い。いくつかの実施形態では、前述のCARは、IgG4 Fc ヒンジ/スキャフォールド領域、CD28膜貫通ドメイン、及びCD28及びCD3ζを含むエンドドメインに融合したROR1を選択的に標的とするscFv領域を含んでいても良い。いくつかの実施形態では、前述のCARは、IgG4 Fcヒンジ/スキャフォールド領域、CD28膜貫通ドメイン、及び4−1BB及びCD3ζを含むエンドドメインに融合したROR1を選択的に標的とするscFv領域を含んでいても良い。いくつかの実施形態では、前述のCARは、IgG4 Fcヒンジ/スキャフォールド領域、CD28膜貫通ドメイン、及びCD28及びCD3ζを含むエンドドメインに融合したCD19(例えばマウス、ヒト、またはヒト化モノクローナル抗体由来の)を選択的に標的とするscFv領域を含んでいても良い。
本明細書で使用する用語「抗原」は、抗体またはT細胞受容体に結合可能な分子を意味する。通常抗原を使用して体液性免疫応答及び/または細胞性免疫応答を誘導することによりB及び/またはTリンパ球が産生されてもよい。
本明細書における「a」または「an」は一つまたはそれ以上を意味しても良い。請求項にいて、「を含む」という用語をあわせて使用する場合、「a」または「an」は一つまたは一つ以上を意味してもよい。
代替の用語のみを参照するよう明示的に記載される場合または該代替の用語が相互排他的である場合を除き、請求項に使用される用語「または」は「及び/または」を意味するが、本開示は代替の用語及び「及び/または」のみを参照する定義を支持する。本明細書における「他の(別の)」は、少なくとも第二またはそれ以上の選択肢を意味しても良い。
本出願全体において、用語「約」は、ある数値が該数値を求める際に使用した装置や方法の固有のバリエーションまたは被験体間において存在するバリエーションを含むことを意味するものとして使用される。
本発明のその他の目的、特徴、利点は以下の記載において明らかとなる。ただし、本発明の精神及び範囲に基づく種々の変更及び改変は詳細な説明から当業者にとって明らかであるように、本発明の好ましい実施形態を示す詳細な説明や具体的な実施例は、例示目的のみにおいて提示されるものである。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される:
(項目1)
(a)1つまたは複数の特徴的な抗原結合ドメインをコード化する複数の第一のベクター、
(b)1つまたは複数の特徴的なヒンジドメインをコード化する複数の第二のベクター、及び
(c)1つまたは複数の特徴的なエンドドメインをコード化する複数の第三のベクターを含む組成物であって、
少なくとも2つの第一、第二、及び第三のベクターが複数の2つ以上の特徴的な抗原結合ドメイン、ヒンジドメイン、及び/またはエンドドメインをコード化するベクターをそれぞれ含み、さらに前記ベクターが、キメラ抗原受容体(CAR)をコード化する第四のベクターの生成を可能にする相同組換え部位を含む、前記組成物。
(項目2)
前記複数の第一のベクターが複数の特徴的な抗原結合ドメインをコード化し、前記複数の第二のベクターが一つのヒンジドメインをコード化し、及び前記複数の第三のベクターが複数の特徴的なエンドドメインをコード化する、項目1に記載の組成物。
(項目3)
前記複数の第一のベクターが複数の特徴的な抗原結合ドメインをコード化し、前記複数の第二のベクターが、複数の特徴的なヒンジドメインをコード化し、及び前記複数の第三のベクターが複数の特徴的なエンドドメインをコード化する、項目1に記載の組成物。
(項目4)
前記複数の第一のベクターが複数の特徴的な抗原結合ドメインをコード化し、前記複数の第二のベクターが複数の特徴的なヒンジドメインをコード化し、及び前記複数の第三のベクターが一つのエンドドメインをコード化する、項目1に記載の組成物。
(項目5)
前記複数の第一のベクターが一つの抗原結合ドメインをコード化し、前記複数の第二のベクターが複数の特徴的なヒンジドメインをコード化し、及び前記複数の第三のベクターが複数の特徴的なエンドドメインをコード化する、項目1に記載の組成物。
(項目6)
前記抗原結合ドメインがscFvを含むまたはからなる、項目1〜5に記載の前記組成物。
(項目7)
前記第三のベクターが膜貫通ドメインをコード化する、項目1〜5に記載の前記組成物。
(項目8)
前記第二のベクターが膜貫通ドメインをコード化する、項目1〜5に記載の前記組成物。
(項目9)
前記組成物がさらに1つまたは複数の膜貫通ドメインをコード化する複数の第五のベクター含み、前記第一のベクター、前記第二のベクター、前記第三のベクター、及び前記第五のベクターは、キメラ抗原受容体(CAR)をコード化する第四のベクターを生成するための相同組換え部位を含む、項目1〜8に記載の前記組成物。
(項目10)
前記第一のベクターが第一の相同組換え配列及び第二の相同組換え部位を含む、項目1〜9に記載の前記組成物。
(項目11)
前記第二のベクターが前記第二の相同組換え配列及び第三の相同組換え配列を含む、項目1〜10に記載の前記組成物。
(項目12)
前記第三のベクターが前記第三の相同組換え配列及び第四の相同組換え配列を含む、請求項1〜11に記載の前記組成物。
(項目13)
前記第三のベクターが前記第三の相同組換え配列及び第四の相同組換え配列を含む、項目1〜12に記載の前記組成物。
(項目14)
前記第四のベクターは、前記第一の相同組換え配列及び前記第四の相同組換え配列を含む、項目1〜13に記載の前記組成物。
(項目15)
前記第一のベクター、前記第二のベクター、及び/または前記第三のベクターがトランスポーゼースをコード化する、項目1〜14に記載の前記組成物。
(項目16)
前記トランスポーゼースはサケ科型Tc1様トランスポーゼース(SB)である、項目1〜15に記載の前記組成物。
(項目17)
前記第一のベクター、前記第二のベクター、前記第三のベクター、及び/または前記第五のベクターのうち1、2、3、4、5個がSleeping Beauty(SB)またはpiggyBacトランスポゾンベクターである、項目1〜16に記載の前記組成物。
(項目18)
前記特徴的な抗原結合ドメインが異なる抗原に選択的に結合する、項目1〜17に記載の前記組成物。
(項目19)
前記特徴的な抗原結合ドメインが同一の抗原に選択的に結合する、項目1〜18に記載の前記組成物。
(項目20)
前記抗原結合ドメインが、CD19、汎用抗原(マウス)、HER−3、GD2、Gp75、CS1 タンパク質、メソテリン、ホスファチジルセリン、cMyc、CD22、CD4、CD44v6、CD45、CD28、CD3、CD3e、CD123、CD138、CD52、CD56、CD74、CD30、Gp75、CD38、CD33、CD20、Her1/HER3融合物、GD2、炭水化物、Aspergillus、ROR1、c−MET、EGFR、デクチン、エボラ、真菌、GP、HERV−K(HERVK)、NY−ESO−1、VEGF−R2、TGF−b2R、IgG4、ビオチン、またはO−AcGD2に選択的に結合する、項目1〜19に記載の前記組成物。
(項目21)
前記特徴的な抗原結合ドメインがscFvを含むまたはからなる、項目1〜20に記載の前記組成物。
(項目22)
前記ヒンジ領域が、12AAペプチド(GAGAGCAAGTACGGCCCTCCCTGCCCCCCTTGCCCT、配列番号1)、t−20AAペプチド、IgG4 Fc Δ EQ、IgG4 Fc Δ Q、(t−12AA+t−20AA)、mKate、phiLov、dsRed、Venus、eGFP、CH3 HA、(CD8 α+t−20AA)、Double t−20 AA、(t−20AA+CD8α)、(CD8α+Leucine Zipper Basep1)、(CD8α+Leucine Zipper Acid1)、2D3、CD8α、またはIgG4Fcをコード化する、項目1〜21に記載の前記組成物。
(項目23)
少なくとも1つの前記エンドドメインがCD3ζを含む、項目1〜22に記載の前記方法。
(項目24)
少なくとも1つの前記エンドドメインが1つまたは複数のITAMドメインを含む、請求項1〜23に記載の前記方法。
(項目25)
少なくとも1つの前記エンドドメインが、(CD28+CD3ζ)、(CD28+CD27+CD3ζ)、(CD28+OX40+CD3ζ)、(CD28+4−1BB+CD3ζ)、(CD28+CD27+OX40+CD3ζ)、(CD28+4−1BB+CD27+CD3ζ)、(CD28+4−1BB+OX40+CD3ζ)、(4−1BB+CD3ζ)、(4−1BB+OX40+CD3ζ)、(4−1BB+CD27+CD3ζ)、(CD27+CD3ζ)、(CD27+OX 40+CD3ζ)、(CD28Δ+CD3ζ)、(CD28Δ+CD27+CD3ζ)、(CD28Δ+OX40+CD3ζ)、(CD28Δ+4−1BB+CD3ζ)、(CD28Δ+4−1BB+OX40+CD3ζ)、(CD28Δ+CD27+OX40+CD3ζ)、(CD28Δ+4−1BB+CD27+CD3ζ)、(4−1BB+ICOS+CD3ζ)、(CD28+ICOS+CD3ζ)、(ICOS+CD3ζ)、またはCD3ζ若しくはCD28のみを含む、項目1〜24に記載の前記方法。
(項目26)
複数の特徴的な抗原結合ドメイン、ヒンジドメイン、及びエンドドメインをコード化するキメラ抗原受容体をコード化するベクターのコレクションを含む組成物であって、該コレクションにおける前記ベクターを前記ドメインに対してランダム化した前記組成物。
(項目27)
それぞれキメラ抗原受容体(CAR)をコード化する複数のベクターを製造する方法であって、(i)項目1〜25のいずれか1項に記載の前記組成物を得ること、及び(ii)前記組成物を、前記ベクターにコード化される前記特徴的な抗原結合ドメイン、ヒンジドメイン及び/またはエンドドメインを相同組換えにより組み替え可能とする条件に供することにより、複数の第四のベクターを製造することを含み、該第四のベクターがそれぞれCARをコード化する前記方法。
(項目28)
前記CARを細胞中で発現することをさらに含む、項目27に記載の前記方法。
(項目29)
前記CARの活性を試験することをさらに含む、項目27〜28に記載の前記方法。
(項目30)
1つまたは複数の前記第一のベクターがscFv領域をコード化する、項目27〜29に記載の前記方法。
(項目31)
1つまたは複数の前記第三のベクターが膜貫通ドメインをコード化する、項目27〜30に記載の前記方法。
(項目32)
1つまたは複数の前記第二のベクターが膜貫通ドメインをコード化する、項目27〜30に記載の前記方法。
(項目33)
膜貫通ドメインをコード化する第五のベクターを前記第一のベクター、第二のベクター、及び第三のベクターに組換えによりランダムに組み込んで前記第四のベクターを形成することをさらに含む、項目27〜32に記載の前記方法。
(項目34)
前記第一のベクター及び前記第二のベクターは、複数の特徴的なscFv領域及び複数の特徴的なヒンジ領域をコード化する複数のベクターからランダムに結合される、項目27〜33に記載の前記方法。
(項目35)
前記第一のベクター及び前記第三のベクターは、複数の特徴的なscFv領域及び複数の特徴的なエンドドメインをコード化する複数のベクターからランダムに結合される、項目27〜34に記載の前記方法。
(項目36)
前記第二のベクター及び前記第三のベクターは、複数の特徴的なヒンジ領域及び複数の特徴的なエンドドメインをコード化する複数のベクターからランダムに結合される、項目27〜35に記載の前記方法。
(項目37)
前記第一のベクター、前記第二のベクター、及び前記第三のベクターは、複数の特徴的なscFv領域、複数の特徴的なヒンジ領域、及び複数の特徴的なエンドドメインをコード化する複数のベクターからランダムに結合される、項目27〜36に記載の前記方法。
(項目38)
複数のscFv領域をコード化するベクターの第一のライブラリーからの前記第一のベクターのランダムな結合、複数のscFv領域をコード化するベクターの第二のライブラリーからの前記第二のベクターのランダムな結合、及び複数のエンドドメインをコード化するベクターの第三のライブラリーからの前記第三のベクターのランダムな結合により前記第四のベクターを生成することによって、前記CARをコード化する前記第四のベクターを形成することさらに含む、項目27〜36に記載の前記方法。
(項目39)
前記第一のベクターは、第一の相同組換え配列及び第二の相同組換え部位を含む、項目27〜38に記載の前記方法。
(項目40)
前記第二のベクターが前記第二の相同組換え配列及び第三の相同組換え配列を含む、項目27〜39に記載の前記方法。
(項目41)
前記第三のベクターが前記第三の相同組換え配列及び第四の相同組換え配列を含む、項目27〜40に記載の前記方法。
(項目42)
前記第三のベクターが前記第三の相同組換え配列及び第四の相同組換え配列を含む、項目27〜41に記載の前記方法。
(項目43)
前記第四のベクターが前記第一の相同組換え配列及び前記第四の相同組換え配列を含む、項目27〜42に記載の前記方法。
(項目44)
前記第一のベクター、前記第二のベクター、及び/または前記第三のベクターがトランスポーゼースをコード化する、項目27〜43に記載の前記方法。
(項目45)
第六のベクターがトランスポーゼースをコード化し、1つまたは複数の前記第四のベクター及び前記第六のベクターを細胞に導入する、電気穿孔する、またはトランスフェクトすることを含む、項目27〜44に記載の前記方法。
(項目46)
前記トランスポーゼースがサケ科型Tc1様トランスポーゼース(SB)である、項目45に記載の前記方法。
(項目47)
前記CAR発現T細胞の増殖を刺激可能な人工抗原提示細胞(aAPC)の存在下で前記CARをトランスフェクトした細胞を培養または提供することをさらに含む、項目27〜46に記載の前記方法。
(項目48)
前記scFv領域、前記ヒンジ領域、及び前記エンドドメインをそれぞれSleeping Beauty (SB)またはpiggyBacトランスポゾンベクターでコード化する、項目27〜47に記載の前記方法。
(項目49)
前記組換えにより、前記第一のベクター、前記第二のベクター、及び/または前記第三のベクターそれぞれが、複数の特徴的なscFv領域、前記ヒンジ領域、及びエンドドメインをコード化する複数のベクターからランダムに結合される、項目27〜48に記載の前記方法。
(項目50)
前記第一のベクター、前記第二のベクター、及び前記第三のベクターはそれぞれトランスポゾンを含有し、前記相同組換えによる結合が部位特異的組換えを含む、項目27〜49に記載の前記方法。
(項目51)
前記第一のベクター及び前記第二のベクターがそれぞれ第一の相同組換え部位を有し、前記第二のベクター及び前記第三のベクターがそれぞれ第二の相同組換え部位を有する、項目50に記載の前記方法。
(項目52)
前記第一のベクターが第三の組換え部位を有し、前記第四のベクターが第四の組換え部位を有し、前記第三の組換え部位及び第四の組換え部位が細胞における相同組換えを可能とする、項目50〜51に記載の前記方法。
(項目53)
前記細胞がT細胞である、項目28〜52に記載の前記方法。
(項目54)
前記T細胞がαβT細胞、γδT細胞、NK細胞、またはNKT細胞である、項目53に記載の前記方法。
(項目55)
前記細胞が多能性細胞である、項目53に記載の前記方法。
(項目56)
前記多能性細胞が幹細胞または人工多能性幹細胞である、項目55に記載の前記方法。
(項目57)
前記細胞が幹細胞、人工多能性幹細胞、または幹細胞に由来する、項目53に記載の前記方法。
(項目58)
前記細胞が人工多能性幹細胞由来のT細胞またはNK細胞である、項目56〜57に記載の前記方法。
(項目59)
前記特徴的な抗原結合ドメインが、異なる抗原を選択的に認識する少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9個またはそれ以上のscFvを含む、項目27〜58に記載の前記方法。
(項目60)
前記特徴的な抗原結合ドメインが、同一抗原を選択的に認識する少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9個またはそれ以上のscFvを含む、項目27〜59に記載の前記方法。
(項目61)
前記抗原結合ドメインが、CD19、汎用抗原(マウス)、HER−3、GD2、Gp75、CS1タンパク質、メソテリン、ホスファチジルセリン、cMyc、CD22、CD4、CD44v6、CD45、CD28、CD3、CD3e、CD123、CD138、CD52、CD56、CD74、CD30、Gp75、CD38、CD33、CD20、Her1/HER3融合物、GD2、炭水化物、Aspergillus、ROR1、c−MET、EGFR、デクチン、エボラ、真菌、GP、HERV−K(HERVK)、NY−ESO−1、VEGF−R2、TGF−b2R、IgG4、ビオチン、またはO−AcGD2に選択的に結合する、項目27〜60に記載の前記方法。
(項目62)
前記抗原結合ドメインがscFvを含むまたはからなる、項目27〜61に記載の前記方法。
(項目63)
前記ヒンジ領域が12AAペプチド(GAGAGCAAGTACGGCCCTCCCTGCCCCCCTTGCCCT、配列番号1)、t−20 AAペプチド、IgG4 Fc Δ EQ、IgG4 Fc Δ Q、(t−12AA+t−20AA)、mKate、phiLov、dsRed、Venus、eGFP、CH3 HA、(CD8 α+t−20AA)、Double t−20 AA、(t−20AA+CD8α)、(CD8α+Leucine Zipper Basep1)、(CD8α+Leucine Zipper Acid1)、2D3、CD8α、またはIgG4 Fcをコード化する、項目27〜62に記載の前記方法。
(項目64)
前記エンドドメインがCD3ζをコード化する、項目27〜63に記載の前記方法。
(項目65)
前記エンドドメインが1つまたは複数のITAMドメインをコード化する、項目27〜64に記載の前記方法。
(項目66)
前記エンドドメインが、(CD28+CD3ζ)、(CD28+CD27+CD3ζ)、(CD28+OX40+CD3ζ)、(CD28+4−1BB+CD3ζ)、(CD28+CD27+OX40+CD3ζ)、(CD28+4−1BB+CD27+CD3ζ)、(CD28+4−1BB+OX40+CD3ζ)、(4−1BB+CD3ζ)、(4−1BB+OX40+CD3ζ)、(4−1BB+CD27+CD3ζ)、(CD27+CD3ζ)、(CD27+OX40+CD3ζ)、(CD28Δ+CD3ζ)、(CD28Δ+CD27+CD3ζ)、(CD28Δ+OX40+CD3ζ)、(CD28Δ+4−1BB+CD3ζ)、(CD28Δ+4−1BB+OX40+CD3ζ)、(CD28Δ+CD27+OX40+CD3ζ)、(CD28Δ+4−1BB+CD27+CD3ζ)、(4−1BB+ICOS+CD3ζ)、(CD28+ICOS+CD3ζ)、(ICOS+CD3ζ)、またはCD3ζ若しくはCD28のみをコード化する、項目27〜65に記載の前記方法。
(項目67)
前記活性が、前記CARが癌細胞選択的に結合する、病原体に選択的に結合する、自己免疫疾患に関与する細胞に選択的に結合するまたはT細胞の活性化、T細胞の破壊、T細胞の分化、T細胞の増殖、T細胞の脱分化、T細胞の移動、T細胞によるサイトカイン産生、またはT細胞による死滅を促進する能力を備える、項目29〜66に記載の前記方法。
(項目68)
前記癌細胞が、卵巣癌、リンパ腫、腎細胞癌、B細胞悪性腫瘍、CLL、B−ALL、ALL、白血病、B細胞悪性腫瘍またはリンパ腫、マントル細胞リンパ腫、無痛性B細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、AML、子宮頸癌、乳癌、結腸直腸癌、卵巣癌、神経芽細胞腫、皮膚癌、メラノーマ、肺癌、骨肉腫、神経膠腫、上皮由来腫瘍、前立腺癌、または小児癌である、項目67に記載の前記方法。
(項目69)
前記病原体がウイルス、真菌、または細菌である、項目67に記載の前記方法。
(項目70)
前記試験が、単一細胞イメージング、単一細胞遺伝学、単一T細胞またはT細胞集団のアセスメント、特異的な死滅または連続的死滅の測定、遺伝子発現、タンパク質発現、標的に近づくまたは標的から遠のく移動、増殖、活性化誘発細胞死、サイトカイン分泌、またはケモカイン分泌を含む、項目29〜69に記載の前記方法。
(項目71)
単一のCARを該単一のCARの特性に基づいて前記複数のベクターから選択することをさらに含む、項目27〜70に記載の前記方法。
(項目72)
前記単一のCARを被験体に治療上投与することをさらに含む、項目71に記載の前記方法。
(項目73)
前記被験体が哺乳類である、項目72に記載の前記方法。
(項目74)
前記哺乳類がヒトである、項目73に記載の前記方法。
(項目75)
CAR217(配列番号2)、CAR194(配列番号3)、CAR212(配列番号4)、CAR213(配列番号5)、CAR265(配列番号6)、CAR214(配列番号56)、CAR215(配列番号57)、CAR216(配列番号58)、CAR218(配列番号59)、CAR193(配列番号55)、またはCAR268(配列番号7)を含むまたはからなるポリペプチド。
(項目76)
項目75に記載の前記ポリペプチドを発現する形質転換T細胞。
(項目77)
前記細胞が不死化細胞である、項目76に記載の前記形質転換細胞。
(項目78)
前記T細胞がαβT細胞、γδT細胞、NK細胞、NKT細胞、幹細胞、または前記免疫システムの細胞を含む幹細胞由来の細胞である、項目76に記載の前記T細胞。
(項目79)
項目76−78のいずれか1項に記載の前記形質転換T細胞を含む医薬品。
(項目80)
CAR217(配列番号2)、CAR194(配列番号3)、CAR212(配列番号4)、CAR213(配列番号5)、CAR265(配列番号6)、CAR214(配列番号56)、CAR215(配列番号57)、CAR216(配列番号58)、CAR218(配列番号59)、CAR193(配列番号55)、またはCAR268(配列番号7)を含むまたはからなるキメラ抗原受容体をコード化する核酸。
(項目81)
前記核酸がT細胞に含まれる、項目80に記載の前記核酸。
(項目82)
前記T細胞がαβT細胞、γδT細胞、NK細胞、NKT細胞、幹細胞、または多能性細胞由来のT細胞である、項目81に記載の前記核酸。
(項目83)
前記T細胞が医薬的に許容される担体または賦形剤に含まれる、項目81に記載の前記核酸。
(項目84)
異なるCARをコード化するベクターのライブラリーを含む組成物であって、該ライブラリーの前記ベクターを特徴的な抗原結合ドメイン、ヒンジドメイン及び/またはエンドドメインについてランダム化した、前記組成物。
(項目85)
前記ライブラリーは、特徴的な抗原結合ドメイン、ヒンジドメイン、及びエンドドメインについてランダム化したものである、項目84に記載の前記組成物。
(項目86)
前記ライブラリーは、特徴的な抗原結合ドメイン及びエンドドメインについてランダム化したものである、項目84に記載の前記組成物。
(項目87)
前記ライブラリーは、特徴的な抗原結合ドメイン及びヒンジドメインについてランダム化したものである、項目84に記載の前記組成物。
(項目88)
前記ライブラリーは、特徴的な抗原ヒンジドメイン及びエンドドメインについてランダム化したものである、項目84に記載の前記組成物。
以下に記載の図面は本明細書の一部を構成するものであり、本発明の所定の態様をさらに明示するために本明細書に含まれる。本明細書に示す具体的な実施形態の詳細な記載と共に1つまたは複数の図面を参照することにより本発明はさらに理解されうる。
クローニングベクターを用いて、(i)特定のscFv、(ii)細胞外ヒンジ、及び(iii)エンドドメインを発現する3つのドナープラスミドによりCARを再構築した。このアプローチを、ヒンジ、膜貫通、及び細胞内領域が異なるCARのパネルの生成に採用できる。コンポーネントであるscFv、IgG4 Fc(大ヒンジ)またはCD8a(中ヒンジ)またはペプチドのみ(小ヒンジ)、及び と異なるシグナリングドメインと組み合わせて、三重組換え部位システムを用いてCAR分子を構築する。3つのドナープラスミド(エントリークローン)にコード化されたscFv並びに特徴的なスキャフォールド及びシグナリングドメインのライブラリーを前述の発現DNA ベクターに組み替える。このアプローチにより前述のscFv−B−スキャフォールド−C−シグナリングドメインのフォーマットにおける複数のCAR種を生成した。
図2Aは、電気穿孔後66日目のフローサイトメトリーによるT細胞におけるCAR(Fc)及びCD8の発現を示す。細胞をCD19抗原(クローン4)で負荷したaAPCで増殖した。図2Bは、CD19+EL−4の溶解とバックグラウンドであるCD19negEL−4の溶解の比較を示す。CD19CAR+T細胞、三重組換え部位(EZ CAR)によるクリニカルグレード(CG)のCD19CAR+T細胞、及びCARnegT細胞を用いて4時間クロミウムリリースアッセイを行った。前述のCARnegTを照射済み抗CD3(OKT3)負荷K562由来aAPCクローン#4で増殖した。 図2Aは、電気穿孔後66日目のフローサイトメトリーによるT細胞におけるCAR(Fc)及びCD8の発現を示す。細胞をCD19抗原(クローン4)で負荷したaAPCで増殖した。図2Bは、CD19+EL−4の溶解とバックグラウンドであるCD19negEL−4の溶解の比較を示す。CD19CAR+T細胞、三重組換え部位(EZ CAR)によるクリニカルグレード(CG)のCD19CAR+T細胞、及びCARnegT細胞を用いて4時間クロミウムリリースアッセイを行った。前述のCARnegTを照射済み抗CD3(OKT3)負荷K562由来aAPCクローン#4で増殖した。 CARデザインを示す。CAR212=配列番号4、CAR213=配列番号5、CAR214=配列番号56、CAR215=配列番号57、CAR216=配列番号58、CAR217=配列番号2、CAR218=配列番号59、CAR193=配列番号55。 Sleeping Beautyトラッキングプラスミド。 CAR発現。 CAR発現。 CAR発現動態。 表現型。 図8A及び図8Bは延長された表現型を示す。 図8A及び図8Bは延長された表現型を示す。 図8A及び図8Bは延長された表現型を示す。 図8A及び図8Bは延長された表現型を示す。 ウエスタンブロット分析。 増殖動態。 全細胞における増殖倍数。 CAR+T細胞における増殖倍数。 細胞毒性。 4−1BB CARsにおける細胞毒性。 TMドメインにおける細胞毒性。 スペーサー(IgG4対CD8)における細胞毒性。 IFN−γ産生。 4−1BB CARsにおけるIFN−γ産生。 TMドメインにおけるIFN−γ産生。 スペーサー(IgG4対CD8)におけるIFN−γ産生。 SB11トランスポーゼースのPCRに関連した安全性。 CARコピー数(qPCR)に関連した安全性。 自律増殖に関連した安全性。図示されるように、自律増殖の喪失が認められた。 CARデザイン。CARの例を図の右手に示す。 CD3−ζ。Query=配列番号51、Subject(上段)=配列番号52、Subject(中段)=配列番号53、Subject(下段)=配列番号54。 CARデザイン。 CAR。 CAR発現。 増殖動態。 増殖動態。 細胞毒性。 細胞毒性。 メモリーマーカーのCART細胞におけるCD27、CD62L、CD28及びCCR7のパーセント発現(図26に示す発現コンストラクト)を示す。 IFN−γ産生。 IFN−γ産生(PMA−Ion)。 自律増殖。 CARコピー数。 CARコピー数。 CARコピー数。 図40A〜図40Eに、前述のCAR DNA(pSBSO EZ CAR)を有するプラスミドを293−HEK細胞にリポフェクタミンによりトランスフェクトした。抗Fcまたは抗イディオタイプ(抗CD19svFv)抗体で染色した前述のトランスフェクトした細胞をフローサイトメトリーで分析した。 図40A〜図40Eに、前述のCAR DNA(pSBSO EZ CAR)を有するプラスミドを293−HEK細胞にリポフェクタミンによりトランスフェクトした。抗Fcまたは抗イディオタイプ(抗CD19svFv)抗体で染色した前述のトランスフェクトした細胞をフローサイトメトリーで分析した。 図40A〜図40Eに、前述のCAR DNA(pSBSO EZ CAR)を有するプラスミドを293−HEK細胞にリポフェクタミンによりトランスフェクトした。抗Fcまたは抗イディオタイプ(抗CD19svFv)抗体で染色した前述のトランスフェクトした細胞をフローサイトメトリーで分析した。 図40A〜図40Eに、前述のCAR DNA(pSBSO EZ CAR)を有するプラスミドを293−HEK細胞にリポフェクタミンによりトランスフェクトした。抗Fcまたは抗イディオタイプ(抗CD19svFv)抗体で染色した前述のトランスフェクトした細胞をフローサイトメトリーで分析した。 図40A〜図40Eに、前述のCAR DNA(pSBSO EZ CAR)を有するプラスミドを293−HEK細胞にリポフェクタミンによりトランスフェクトした。抗Fcまたは抗イディオタイプ(抗CD19svFv)抗体で染色した前述のトランスフェクトした細胞をフローサイトメトリーで分析した。 図41Aに、 Nalm−6、EL−4CD19+細胞、GFPを発現するようあらかじめ改変されたMCL及びCLL(標的)を有する患者腫瘍細胞。5×10個の標的細胞を、CD19RIgG4CD28CAR T細胞、CD19RCD8αCD28 CAR T細胞、及びCARnegT細胞(前述のコントロールとして使用)の濃度を上げながら4時間培養した。4時間後、前述の細胞をIntelliCyt社のiQueにより測定しデータを専用のソフトウェアで分析した。図42Bのグラフは、腫瘍細胞に対するCAR T細胞の死滅割合を示す。エフェクター対標的細胞の比率は0〜40細胞であった。 図41Aに、 Nalm−6、EL−4CD19+細胞、GFPを発現するようあらかじめ改変されたMCL及びCLL(標的)を有する患者腫瘍細胞。5×10個の標的細胞を、CD19RIgG4CD28CAR T細胞、CD19RCD8αCD28 CAR T細胞、及びCARnegT細胞(前述のコントロールとして使用)の濃度を上げながら4時間培養した。4時間後、前述の細胞をIntelliCyt社のiQueにより測定しデータを専用のソフトウェアで分析した。図42Bのグラフは、腫瘍細胞に対するCAR T細胞の死滅割合を示す。エフェクター対標的細胞の比率は0〜40細胞であった。 図41Aに、 Nalm−6、EL−4CD19+細胞、GFPを発現するようあらかじめ改変されたMCL及びCLL(標的)を有する患者腫瘍細胞。5×10個の標的細胞を、CD19RIgG4CD28CAR T細胞、CD19RCD8αCD28 CAR T細胞、及びCARnegT細胞(前述のコントロールとして使用)の濃度を上げながら4時間培養した。4時間後、前述の細胞をIntelliCyt社のiQueにより測定しデータを専用のソフトウェアで分析した。図42Bのグラフは、腫瘍細胞に対するCAR T細胞の死滅割合を示す。エフェクター対標的細胞の比率は0〜40細胞であった。 5×10個の標的細胞(EL−4 CD19+グランザイムB細胞レポーター)を、クリニカルグレードのCD19RIgG4CD28CAR T細胞、EZ CD19RCD8αCD28 CAR T細胞及びCARnegT細胞(前述のコントロールとして使用)の濃度を上げながら4時間及び10時間培養した。培養時間経過後、前述の細胞はIntelliCyt社のiQueにより測定し及びデータを専用のソフトウェアで分析した。グラフは、腫瘍細胞に対するCAR T細胞の死滅割合を示す。エフェクター対標的細胞の比率は0〜20細胞であった。
キメラ抗原受容体(CAR)を生成する方法を提供する。前述の方法では、抗原結合ドメイン(例えば、scFv領域)、ヒンジ領域、膜貫通領域、及び/またはエンドドメインをそれぞれコード化する複数のベクターを利用する。例えばいくつかの実施形態では、第一のベクターは前述の抗原結合ドメインをコード化し、第二のベクターは、前述のヒンジ領域をコード化し、及び第三の領域はエンドドメインをコード化する。いくつかの実施形態では、前述の膜貫通領域は、前述の第二のベクター、前述の第三のベクター、または第四のベクターのいずれかにコード化される。いくつかの好ましい実施形態では、前述のベクターは、相同組替えにより、前述の抗原結合ドメイン、前述のヒンジ領域、前述の膜貫通領域、及び前述のエンドドメインを含むCARをコード化する核酸を形成することができる。このようにして、多くのCARを、例えば前述のCARが選択的に結合する抗原を発現する癌性細胞の選択的認識及び死滅といった望ましい活性のために生成及びスクリーニングしてもよい。前述のCARはその後、組み込み核酸(例えば、トランスポーゼース/トランスポゾンを用いて前述の宿主ゲノムに組み込まれたDNA)または非組み込み核酸(例えば、レンチウイルスまたはレトロウイルスといったウイルスベクターによって搬送されるmRNA)としてT細胞またはナチュラルキラー(NK)細胞といった細胞中で発現されても良い。前述のCARを発現する前述のT細胞またはNK細胞はその後、医薬品または賦形剤として、疾患(例えば、癌、真菌感染、細菌感染、またはウイルス感染)を治療または予防するためにヒト患者等の被験体に投与してもよい。
I.ライブラリー生成
複数のscFv領域、ヒンジ/スキャフォールド領域、膜貫通ドメイン、及びエンドドメイン(シグナリングドメイン)をコード化するライブラリーは、当業者に周知の方法で生成しても良い。いくつかの実施形態では、2つまたは3つの前述のscFv領域、ヒンジ/スキャフォールド領域、及びエンドドメイン(シグナリングドメイン)に対して複数の選択肢がある。いくつかの実施形態では、2つ、3つ、または全ての前述のscFv領域、ヒンジ/スキャフォールド領域、膜貫通ドメイン、及びエンドドメイン(シグナリングドメイン)に対して複数の選択肢がある。表1に示すようなscFv領域、ヒンジ/スキャフォールド領域、膜貫通ドメイン、及びエンドドメイン(シグナリングドメイン)の例があげられる。いくつかの実施形態では、前述のライブラリーは、複数の抗癌または腫瘍標的化抗原といった異なる抗原を標的化する複数のscFvをコード化しても良い。他の実施形態では、前述のライブラリーは、単一の標的(例えば、CD19といった単一の抗癌抗原)に選択的に結合する複数の異なるscFvをコード化しても良い。このようにして、前述の方法を用いて、どの腫瘍標的化コンストラクトが所定の細胞サンプル(例えば個別化医療に用いられる)により効果的に作用するかを特定しても良いし、または前述の方法を用いて、所定の抗原の標的化により効果的に機能する新たなCARを特定しても良い。通常前述のscFv領域は、抗体の可変軽鎖(VL)及び可変重鎖(VH)を含む。いくつかの実施形態では、必要に応じて前述のVL及びVH領域部分をランダム化しても良い。通常のライブラリー生成方法は、例えば、酵母ライブラリー、細菌またはファージライブラリー、浸潤B細胞、ハイブリドーマ(ヒト及びげっ歯類由来のものを含む)、またはラマ、ラクダ、及びウマライブラリー由来のライブラリーの生成方法及びコンピューターによる方法(例えばLennard、2002を参照)を含む。
いくつかの実施形態では、前述のscFvをコード化する異なるベクター、ヒンジ/スキャフォールド領域、膜貫通ドメイン、及びエンドドメインを融合し、CARをコード化する単一のベクターを形成する。トランスポゾン媒介相同組換えを介して前述の融合を生じても良い。
例えば、いくつかの実施形態では、前述のscFvをコード化するベクター、ヒンジ/スキャフォールド領域、膜貫通ドメイン、及び/またはエンドドメインはSleeping Beauty(SB)またはpiggyBacDNAプラスミドであっても良い。Sleeping Beauty(SB)及びpiggyBacDNAプラスミドについては、例えばMaitiら(2013)、Singhら(2008)、及びHulsら(2013)に記載されている。いくつかの実施形態では、前述のトランスポゾンは、サケ科型Tc1様トランスポーゼース(SB)に媒介される。いくつかの好ましい実施形態では、前述のCARをコード化するベクターは、Singhら、2014またはHulsらに記載の前述の方法によって、ヒト癌患者といった被験体由来のT細胞にトランスフェクトまたは組み込まれる。例えば、前述のSleeping Beauty(SB)システム由来のDNAベクターを用いて、リコンビナントウイルスベクターのT細胞への形質導入に関連したコスト及び製造上の問題を解消できる。電気穿孔後に、前述のトランスポゾン/トランスポーゼースは、前述のT細胞でのCAR及び他の導入遺伝子の発現に使用したプラスミドの組込み効率を向上できる。人工的な抗原提示細胞(aAPC)が結合した前述のSBシステムは、ヒト用途に適したCAR(+)T細胞を選択的に増殖及び製造可能である。いくつかの実施形態では、2つのDNAプラスミド、SBトランスポゾン(目的のCARをコード化する)及びSBトランスポーゼース(例えば、SB11)の同期した電気移動後に、可溶性リコンビナントヒトIL−2及びIL−21の存在下で前述のγ照射aAPCの7日間添加(刺激サイクル)により安定した組み込み体の回収を行っても良い。例えば、4サイクル(28日間の連続培養)実施し、臨床上好ましい数の目的のCARを安定して発現するT細胞を生成しても良い。トランスポゾン/トランスポーゼースシステムの利用を、例えHackettらに記載されるようにCARを発現するT細胞の搬送に適用しても良い。
II.キメラ抗原受容体
本発明の実施形態は、抗原特異的キメラ抗原受容体(CAR)ポリペプチドをコード化する核酸の生成及び特定を含む。いくつかの実施形態では、前述のCARはヒト化され免疫原性が低下している(hCAR)。
いくつかの実施形態では、前述のCARは、1つまたは複数の抗原間の共通のスペースを含むエピトープを認識しても良い。デクチン−1といったパターン認識受容体を、炭水化物抗原に対する特異性を得るために使用しても良い。ある実施形態では、前述の結合領域は、モノクローナル抗体の相補性決定領域、モノクローナル抗体の可変領域、及び/またはそれらの抗原結合断片を含んでも良い。いくつかの実施形態では前述の結合領域はscFvである。別の実施形態では、受容体または細胞標的に結合するペプチド(例えば、サイトカイン)が選択肢として含まれていても良くまたは CARの前述の結合領域でscFv領域に置換されていても良い。よって、いくつかの実施形態では、CARは、複数のscFv領域及び/または他の標的化タンパク質をコード化する複数のベクターから生成されても良い。相補性決定領域(CDR)は、抗原を補完することによって特定の抗原に対する特異性を持つ受容体を提供する抗原受容体(例えば、イムノグロブリン及びT細胞受容体)タンパク質の前述の可変ドメインに見られる短いアミノ酸配列である。抗原受容体の各ポリペプチド鎖は、3つのCDR(CDR1、CDR2、及びCDR3)を有する。前述の抗原受容体は一般的に2つのポリペプチド鎖で構成されるため、前述の抗原に接触可能な各抗原受容体に六つのCDRが存在する−各重鎖及び軽鎖は3つのCDRを含有する。イムノグロブリン及びT細胞受容体選択性に関連するほとんどの配列バリエーションは通常CDRに見られるため、これらの領域は「超可変ドメイン」と称されることもある。これらの内、VJ(重鎖及びTCRαβ鎖の場合におけるVDJ)領域の組換えによってコード化されるCDR3が最も高い可変性を示す。
本発明により生成されるCARコード化核酸は、ヒト患者の細胞性免疫療法を高めるために1つまたは複数のヒト遺伝子または遺伝子断片を含んでも良い。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法により、全長CARcDNAまたはコーディング領域を生成しても良い。前述の抗原結合領域またはドメインは、参照により本明細書に組み入れる米国特許第7,109,304号に記載されるような、特定のヒトモノクローナル抗体由来の単鎖可変断片(scFv)の前述のV及びV鎖の断片を含んでいても良い。いくつかの実施形態では、前述のscFvはヒト抗原特異的抗体の抗原結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、前述のscFv領域は、ヒト細胞での発現のためのヒトコドン利用のために最適化される配列によってコード化される抗原特異的scFvである。
CARの前述の抗原結合ドメインの配置は、二重特異性抗体または多量体といった多重体であっても良い。前述の多量体を、前述の軽鎖及び重鎖の前述の可変部分の交差対形成により、二重特異性抗体と称される抗体に形成することもできる。いくつかの実施形態では、前述のCARの前述のヒンジ部分を短縮または除外しても良い(すなわち、抗原結合ドメイン、膜貫通領域及び細胞内シグナリングドメインを含むだけのCARを生成する)。本発明では、例えば表1に示すようなヒンジの多重度を用いても良い。いくつかの実施形態では、前述のヒンジ領域は第一のシステインを保持していても良くまたはプロリンまたはセリン置換により変異させてもよく、または第一のシステインまでトランケートされていてもよい。本発明において、抗原結合領域として使用するscFvから前述のFc部分を除去してCARを生成しても良い。いくつかの実施形態では、前述のFcドメインの一つのみ、例えばヒトイムノグロブリン由来の前述のCH2またはCH3ドメインのいずれかを抗原結合領域がコード化しても良い。一つは、二量体化及びオリゴマー化を向上するために改変されたヒトイムノグロブリンの前述のヒンジ、CH2、及びCH3領域を含むことができる。いくつかの実施形態では、前述のヒンジ部分は、8−14アミノ酸ペプチド(例えば、12AAペプチド)、CD8α部分、または前述のIgG4 Fcを含むまたはからなることが可能である。いくつかの実施形態では、前述の抗原結合ドメインは、CD8αといったオリゴマー化を促進するドメインを利用して細胞表面にサスペンドされていてもよい。いくつかの実施形態では、前述の抗原結合ドメインは、モノクローナル抗体(mAb)クローン2D3(例えばSinghら、2008に記載のmAbクローン2D3)に認識されるドメインを利用して細胞表面にサスペンドされていてもよい。
通常、CARの前述のエンドドメインまたは細胞内シグナリングドメインは、前述のCARを含む免疫細胞の少なくとも1つの前述のノーマルエフェクター機能の活性化を引き起こすまたは促進できる。例えば、前述のエンドドメインは、例えばサイトカインの分泌を含む細胞溶解活性またはヘルパー活性といったT細胞のエフェクター機能を促進しても良い。ナイーブ、メモリー、またはメモリー型T細胞における前述のエフェクター機能に、抗原依存性増殖が含まれても良い。前述の用語「細胞内シグナリングドメイン」または「エンドドメイン」は、前述のエフェクター機能シグナルを形質導入する及び/または前述の細胞が特化した機能を発揮するように指示することができるCARの一部分を意味する。一般的に、細胞内シグナリングドメイン全体がCARに含まれても良いが、エンドドメインの切断部分が含まれていても良い。通常、エンドドメインは切断型エンドドメインを含み、前述の切断型エンドドメインは、シグナル細胞中でエフェクター機能を形質導入する能力を維持する。
いくつかの実施形態では、エンドドメインは、他の類似の分子及び断片と同様に、前述のT細胞受容体のζ鎖またはその同族体のいずれか(例えば、η、δ、γ、またはε)、MB1鎖、B29、Fc RIII、Fc RI、及びシグナリング分子の組み合わせ(CD3ζ及びCD28、CD27、4−1BB、DAP−10、OX40、及びそれらの組み合わせ)を含む。FcγRIII及びFcεRIといった前述の活性化タンパク質のファミリーの他のメンバーの細胞内シグナリング部分が使用可能である。これらの代替となる膜貫通及び細胞内ドメインの例が、例えば本明細書に参照により組み込まれるGrossら(1992)、Stancovskiら(1993)、Moritzら(1994)、Hwuら(1995)、Weijtensら(1996)、及びHekeleら(1996)に記載されている。いくつかの実施形態では、エンドドメインは前述のヒトCD3ζ細胞内ドメインを含んでも良い。
前述の抗原特異的細胞外ドメイン及び前述の細胞内シグナリングドメインは、好ましくは膜貫通ドメインに結合される。CARに含まれていても良い膜貫通ドメインは、例えば、前述のヒトIgG4 Fcヒンジ及びFc領域、前述のヒトCD4膜貫通ドメイン、前述のヒトCD28膜貫通ドメイン、前述の膜貫通ヒトCD3ζドメイン、またはシステイン変異ヒトCD3ζドメイン、または前述のCD16及びCD8及びエリスロポエチン受容体といったヒト膜貫通シグナリングタンパク質由来の膜貫通ドメインを含む。膜貫通ドメインの例を表1に示す。
いくつかの実施形態では、前述のエンドドメインは、例えば改変CD28細胞内シグナリングドメイン、またはCD28、CD27、OX−40(CD134)、DAP10、または4−1BB CD137)といった共刺激受容体共刺激受容体をコード化する配列を含む。いくつかの実施形態では、より効果的に形質転換T細胞活性化するために、CD3ζ主導の一次シグナル及びヒト共刺激受容体により供される付加シグナルの両方がCARに含まれていても良く、それによってインビボ持続性及び養子免疫療法の治療上の成功を促進するようにしても良い。表1に示すように、前述のエンドドメインまたは細胞内受容体 シグナリングドメインは、CD3のζ鎖のみまたはCD28、CD27、DAP10、CD137、OX40、CD2、4−1BBといったFcγRIII共刺激シグナリングドメインを一緒に含んでいても良い。いくつかの実施形態では、前述のエンドドメインは、1つまたは複数のTCRζ鎖、CD28、CD27、OX40/CD134、4−1BB/CD137、FcεRIγ、ICOS/CD278、IL−2Rβ/CD122、IL−2Rα/CD132、DAP10、DAP12、及びCD40の一部のまたは全てを含む。いくつかの実施形態では、1、2、3、4またはそれ以上の細胞質ドメインがエンドドメインに含まれていても良い。例えばいくつかのCARでは、少なくとも2つまたは3つのシグナリングドメインの融合により相加効果または相乗効果が得られることが認められた。
いくつかの態様では、単離された核酸セグメント及びCARをコード化するDNA配列を含む発現カセットが生成されても良い。種々のベクターを使用しても良い。いくつかの好ましい実施形態では、前述のベクターによりCARをコード化するDNAの搬送が可能となりT細胞等を免疫しても良い。CAR発現は、MNDU3プロモーター、CMVプロモーター、EF1αプロモーター、またはユビキチンプロモーターといった調節真核生物プロモーターの制御下にあっても良い。また、前述のベクターは、他の理由がなければ、インビトロでの操作を容易にするために選択可能なマーカーを含有していても良い。いくつかの実施形態では、前述のCARをDNAテンプレートからインビトロ転写されたmRNAによって発現可能である。
キメラ抗原受容体分子は組換え体であり、抗原を結合する能力及び細胞質テールに存在する免疫受容体活性化モチーフ(ITAM)を介した活性化シグナルを形質導入する能力の両方によって識別される。抗原結合部分(例えば、単鎖抗体(scFv)から生成される)を利用した受容体コンストラクトにとって「普遍的」であることの付加的利点は、受容体コンストラクトが、HLA非依存的に前述の標的細胞表面においてナイーブ抗原に結合可能であることである。例えば、scFvコンストラクトが、前述のCD3複合体のζ鎖、前述のFc受容体γ鎖、及びチロシンキナーゼSky(Eshharら、1993、Fitzer−Attasら、1998)の前述の細胞内部分をコード化する配列に融合しても良い。CTLによる腫瘍認識及び溶解を含む再指向T細胞エフェクターメカニズムは、いくつかのマウス及びヒト抗原−scFv:ζシステム(Eshharら、1997、Altenschmidtら、1997、Brockerら、1998)について記載されている。
前述の抗原結合領域は、例えばヒトまたは非ヒトscFv由来でも良い。マウスモノクローナル抗体といった非ヒト抗原結合領域利用により生じうる問題はヒトエフェクター機能性の低下及び腫瘍塊に浸透する能力の低下である。さらに、非ヒトモノクローナル抗体は、ヒト宿主により外来性タンパク質として認識されうるため、そうした外来性抗体を繰り返し注入することにより、免疫応答が誘導され有害な過敏性反応を惹き起こす可能性がある。マウス系モノクローナル抗体では、この影響はヒト抗マウス抗体(HAMA)応答と称される。いくつかの実施形態では、CARがヒト抗体またはscFv配列を含むことにより、いくつかのマウス抗体と比較してHAMA応答がわずかに認められるか全く認められない。同様に、CARがヒト配列を含むことを利用して免疫媒介認識または前述のレシピエントに存在する内在性のT細胞による除去のリスクを低減または回避してもよく、それによりHLAに基づいて加工抗原が認識される可能性もある。
いくつかの実施形態では、前述のCARは以下を含む:a)細胞内シグナリングドメイン、b)膜貫通ドメイン、c)ヒンジ領域、及びd)抗原結合領域を含む細胞外ドメイン。いくつかの実施形態では、前述の細胞内シグナリングドメイン及び膜貫通ドメインは、ヒンジ領域をコード化するベクター及び抗原結合領域をコード化するベクターと融合(例えば、トランスポゾン指向性相同組換えを介して)可能な単一のベクターによって前述のエンドドメインにコード化される。他の実施形態では、前述の細胞内シグナリング領域及び膜貫通領域は、融合する(例えば、トランスポゾン指向性相同組換えにより)2つの別々のベクターにコード化されても良い。
いくつかの実施形態では、抗原結合領域を含む細胞外ドメインとも称されるCARの前述の抗原特異的部分は、腫瘍関連抗原を選択的に標的化する。腫瘍関連抗原は、腫瘍細胞の細胞表面に発現される限り、種類を問わない。本発明によって生成されるCARに標的化されても良い腫瘍関連抗原の例として、CD19、CD20、がん胎児性抗原、αフェトタンパク質、CA−125、MUC−1、CD56、EGFR、c−Met、AKT、Her2、Her3、上皮腫瘍抗原、メラノーマ関連抗原、変異p53、変異ras、デクチン−1等があげられる。いくつかの実施形態では、前述のCARの抗原特異的部分はscFvである。腫瘍標的化scFvの例を表1に示す。いくつかの実施形態では、腫瘍関連抗原の量が少ない場合、持続性を向上する目的でCARを膜結合サイトカイン等と共発現してもよい。例えば、CARは膜結合IL−15と共発現可能である。
いくつかの実施形態では、HA−1、サバイビン、WT1、及びp53といった細胞内腫瘍関連抗原をCARで標的化してもよい。これはHLAに関連して前述の細胞内腫瘍関連抗原に由来する加工ペプチドを認識する汎用T細胞上に発現されるCARによって行われても良い。また、HLAに関連して前述の細胞内の加工された腫瘍関連抗原を認識するT細胞受容体対を発現するために、前述の汎用T細胞を遺伝子組換えしても良い。
CARに認識される前述の病原体は原則としていかなる種類の病原体でも良いが、いくつかの実施形態では前述の病原体は真菌、細菌、またはウイルスである。ウイルス病原体の例には、アデノウイルス科のファミリーのウイルス、エプスタイン・バールウイルス(EBV)、サイトメガロウイルス(CMV)、RSウイルス (RSV)、JCウイルス、BKウイルス、HSV及びHHVファミリーのウイルス、ピコナウイルス科、ヘルペスウイルス科、ヘパドナウイルス科、フラビウイルス科、レトロウイルス科、オルトミクソウイルス科、パラミクソウイルス科、パポバウイルス科、ポリオーマウイルス、ラブドウイルス科、及びトガウイルス科が含まれる。例となる病原体ウイルスは、天然痘、インフルエンザ、流行性耳下腺炎、麻疹、水痘、エボラ、及び風疹を惹き起こす。例となる病原体真菌にはCandida、Aspergillus、Cryptococcus、Histoplasma、Pneumocystis、及びStachybotrysが含まれる。病原体細菌の例には、Streptococcus、Pseudomonas、Shigella、Campylobacter、Staphylococcus、Helicobacter、E.coli、Rickettsia、Bacillus、Bordetella、Chlamydia、Spirochetes、及びSalmonellaが含まれる。いくつかの実施形態では前述の病原体受容体デクチン−1を使用してアスペルギルス等の真菌の細胞壁上の炭水化物構造を認識するCARを生成しても良い。別の実施形態では、ウイルス感染及び病態を緩和するために、ウイルス決定因子(例えば、CMV及びエボラ由来の前述の糖タンパク質)認識する抗体に基づいてCARを作成可能である。
いくつかの実施形態では、ネイキッドDNAまたはCARをコード化する適切なベクターを被験体のT細胞(例えば、癌または他の疾患のヒト患者から得たT細胞)に導入できる。ネイキッドDNAを用いた電気穿孔によりT細胞を安定的にトランスフェクトする方法は当該分野において知られている(例えば、米国特許第6,410,319号参照)。通常、ネイキッドDNAはプラスミド発現ベクターで発現するよう正方向に含まれる本発明のキメラ受容体をコード化するDNA指す。いくつかの実施形態では、前述のネイキッドDNAの使用により、本発明の方法により生成したCARを発現するT細胞の製造に要する時間を短縮可能である。
もしくは、ウイルスベクター(例えば、レトロウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ関連ウイルスベクター、またはレンチウイルスベクター)を用いて、前述のキメラコンストラクトをT細胞に導入可能である。通常、被験体由来のT細胞をトランスフェクトするために用いるCARをコード化するベクターは前述の被験体のT細胞において非複製となる。多数のベクターが、ウイルスに基づくことが知られており、前述の細胞で維持されるウイルスのコピー数は細胞の生存率を維持するために十分低くなっている。図解のベクターには、HIV、SV40、EBV、HSV、またはBPVに基づくベクターと同様に前述のpFB−neoベクター(STRATAGENE(登録商標))を含む。
前述のトランスフェクトまたは形質導入したT細胞が、CARを膜表面タンパク質として望ましいレベルでの望ましい制御により発現可能になると、前述のキメラ受容体が前述の宿主細胞において望ましいシグナル誘導を生じるよう機能するかどうか判定できる。続いて、前述の形質導入したT細胞を前述の被験体に再導入または投与して、前述の被験体における抗腫瘍応答を活性化しても良い。投与を容易にするために、前述の形質導入したT細胞を医薬組成物としても良いし、好ましくは医薬的に許容される適当な担体または希釈剤を用いてインビボ投与に適したインプラントとしても良い。そのような組成物またはインプラントの作製手段は当該分野の記載に見られる(例えば、Remington's
Pharmaceutical Sciences, 16th Ed.,Mack編(1980)参照)。必要に応じて、CARを発現する形質導入したT細胞を、カプセル、溶液、注射液、吸入剤、または噴霧剤といった半固形または液体の製剤にそれぞれの投与経路に応じた通常の方法によって製剤化できる。当該分野で周知の手段を利用することにより、標的組織または臓器に到達するまで、前述の組成物の放出及び吸収を防ぎまたは最小限に抑えて前述の組成物の持続放出を確実にすることができる。通常、前述のキメラ受容体を発現する前述の細胞を阻害しない医薬的に許容される剤型が好ましく用いられる。よって、望ましくは前述の形質導入したT細胞をハンクス液または生理食塩水といった平衡塩類溶液を含有する医薬組成物として得られる。
IV.人工的な抗原提示細胞
いくつかの場合、aAPCはCAR系治療組成物及び細胞療法製品の製造に有用である。前述の製剤及び抗原提示システムの使用についての一般的な指針については、例えば、米国特許第6,225,042号、6,355,479号、6,362,001号及び6,790,662号、米国特許出願第2009/0017000号及び2009/0004142号、及び国際公開WO2007/103009を参照。
aAPCを用いてCARを発現するT細胞を増殖しても良い。腫瘍抗原の存在下で、抗原提示細胞によりT細胞に送られたシグナルは、T細胞プログラミング及びその後の治療有効性に影響しうる。これをふまえてT細胞に供される前述のシグナルの最適なコントロールを可能にする人工抗原提示細胞の開発が盛んになった(Turtleら、2010)。目的の抗体または抗原に加えて、前述のaAPCシステムは、少なくとも一つの外因性補助分子を含んでも良い。いかなる適切な補助分子の数や組み合わせも可能である。前述の補助分子を、同時刺激性分子及び接着分子といった補助分子から選択しても良い。同時刺激性分子の例として、T細胞表面でCD28 及び/またはCTLA−4分子に結合することによって、例えばT細胞増殖、Th1分化、短期T細胞生存、及びインターロイキン(IL)−2等のサイトカイン分泌(Kimら、2004参照)に影響を与えるCD70及びB7.1 (B7またはCD80とも称される)があげられる。接着分子は、セレクチン等の炭水化物結合糖タンパク質、インテグリン等の膜貫通結合糖タンパク質、カドヘリン等のカルシウム依存性タンパク質、及び、例えば細胞間または細胞・マトリックス間の接触を促進する細胞内接着分子(ICAM)等の1回膜貫通イムノグロブリン(Ig)スーパーファミリータンパク質を含んでいても良い。 接着分子の例として、LFA−3及びICAM−1等のICAMがあげられる。選択、クローニング、製剤化、及び同時刺激性分子及び接着分子を含む例示補助分子の発現に有用な手法、方法、及び試薬については、例えば、米国特許第6,225,042号、6,355,479号、及び6,362,001号に例示されている。
aAPCとなるために選択された細胞は、好ましくは細胞内抗原プロセシング、細胞内ペプチドトラフィッキング、及び/または細胞内MHCクラスIまたはクラスII分子−ペプチド負荷において欠損を示すか、変温性(すなわち、哺乳類細胞株より温度変化に敏感でない)であるか、または欠損及び変温特性の双方を備える。好ましくは、aAPCとなるために選択された細胞は、前述の細胞に導入される外因性MHCクラスIまたはクラスII分子及び補助分子コンポーネントに対して少なくとも一つの内因性の対応物(例えば、上記内因性MHCクラスIまたはクラスII分子及び/または内在性の補助分子)を発現する能力を欠く。さらに、aAPCは好ましくは、改変前にaAPCを生成するために細胞が有していた欠損及び変温性特性を維持する。昆虫細胞株といった抗原プロセシング(TAP)欠損細胞株に関連するトランスポーターを構成するaAPCまたは該トランスポーターに由来するaAPCが例としてあげられる。変温性昆虫細胞株の例として、シュナイダー2細胞株等のショウジョウバエ細胞株(例えば、Schneider, J.m 1972)があげられる。前述のシュナイダー細胞株の作製、増殖、及び培養方法は、米国特許第6,225,042号、6,355,479号、及び6,362,001号に図解されている。
aAPCを凍結融解サイクルに供しても良い。例えば、aAPCを含有する適切なレセプタクルを適当な量の液体窒素、固形二酸化炭素(ドライアイス)、または同様の低温材料に接触させることにより、急速凍結を起こしてaAPCを凍結しても良い。その後、前述の低温材料から前述のaAPCを除去するか環境室温条件下に曝露することにより、または微温浴または手で温めることにより融解時間を短縮することによって、前述の凍結aAPCを融解する。付加的に、融解前にaAPCの凍結及び保存期間を延長しても良い。凍結したaAPCは使用前に融解後凍結乾燥しても良い。ジメチルスルフォキシド(DMSO)、ポリエチレングリコール(PEG)、及び他の保存料といった前述の凍結融解手順に悪影響を及ぼす可能性のある保存料は前述の凍結融解サイクルに供されるaAPCを含有する培地に含まれない方が良い、または保存料を元々含まない培地にaAPCを移動するなど基本的に除去しておく。
他の好ましい実施形態では、架橋により異種の核酸及び前述のaAPCの内因性の核酸を活性化することにより、原則として細胞増殖、複製または核酸発現が活性化後に起こらない。例えば、外因性MHC及び補助分子の発現、aAPC表面におけるそれら分子の提示、及び選択したペプチドとともに提示されたMHC分子の負荷後のある時点でaAPCを不活性化しても良い。これにより、不活性化され選択されたaAPC負荷ペプチドが、原則として増殖または複製できない状態で、選択されたペプチド提示機能を維持しても良い。前述の架橋により、原則として細菌及びウイルスといった微生物による汚染のないaAPCが、aAPCの抗原提示細胞機能を実質的に低下させることなく得られる。よって、架橋によりaAPCを用いて開発された細胞療法製品の安全性に関する懸念を低減させaAPCの重要なAPC機能が維持できる。架橋及びaAPCに関連した方法では、例えば、参照により本明細書に組み入れる米国特許出願第20090017000号を参照。IV
以下の実施例は、本発明の好ましい実施形態を明示する目的で含まれる。以下の実施例に記載の手法は本発明者らにより見出された代表的手法に従って本発明の実施において十分に機能するものであり、発明の実施の好ましい様式を構成するものであると当業者に認識される。しかしながら、本発明の開示における本発明の精神及び範囲から逸脱することなく本明細書に記載の具体的な実施形態の種々の変更が可能であり、類似または同様の結果が得られることが当業者に理解される。
実施例1:
材料及び方法
クリニカルグレードのDNAプラスミドの生成
前述のSBトランスポゾンであるCoOpCD19RCD28ζ/pSBSOは、伸長因子1a(EF−1a [Kimら、1990])及び前述のヒトT細胞白血病ウイルス(HTLV)の59非翻訳領域[Singhら、2011、Daviesら、2010]含むEF−1/HTLVハイブリッド複合プロモーター(InvivoGen)下で前述のヒトコドン最適化(CoOp)第二世代CoOpCD19RCD28ζ CARを発現する。このDNAプラスミドの起源を図S1に示す。 前述のSBトランスポーゼースであるSB11は、前述のサイトメガロウイルス(CMV)プロモーター下においてシス型の前述のDNA プラスミド pCMV−SB11に発現される(Singhら、2011、Singhら、2008)。 いずれのプラスミドも全体を配列決定し、Waisman Clinical Biomanufacturing Facility(ウィスコンシン州マディソン)においてE.Coli細菌株DH5a選択用カナマイシンを用いて製造した。
三重部位特異的組換えDNAプラスミド−EZ−Build−CARの生成
上記CAR(CoOpCD19RCD28z/pSBSO)由来のDNA配列を用いて、CD3ζシグナリングドメインに抱合されるCD19 ScFv部分、ヒンジIgG4 Fc部分及びドメインCD28膜貫通部分及び細胞質部分をλ組換え部位に隣接させ、PCR産物としてGeneart(Life Technologies)により合成した。これら3つの部分を、BPクロナーゼ酵素(Invitrogen)によりそれぞれpDonors221プラスミド(Invitrogen)に挿入した。scFv−B−スキャフォールド−C−シグナリングドメイン型のEZ−Build CD19CD28ζ CARを生成するLR PLUSクロナーゼ酵素(Invitrogen)によって三重部位特異的組換えSleeping Beautyプラスミドを用いて前述の3つのプラスミドを組み替えた(図1)。
細胞数カウント
トリパンブルー色素排除試験法を用いて生細胞と死細胞を識別し、細胞数をCellometer(Nexecelom Bioscience)(Singhら、2011)を用いてカウントした。
PBMC単離
二人の健康な男性ボランティアドナー由来の白血球除去輸血製品をKey Biologics LLC(テネシー州メンフィス)から購入した。末梢血単核細胞細胞(PBMC)を、cGMP準拠のBiosafe Sepax(エザン、スイス)の本発明に適応したシステムにより単離した。簡潔には、CS−900キットの全てのクランプを閉めた後、100mLのFicoll(GE Healthcare)を無菌的にLuerロックコネクター付き密度勾配培地バッグ(「ficollバッグ」)へ60mLシリンジを使って移し、チューブをハンドヘルドシーラー(Sebra、Model#2380)で加熱密封した。前述のキットを、20mLの25%ヒト血清アルブミン(HSA)(Baxter)(2%v/v、洗浄バッファー)を含むCliniMACSバッファー(PBS/EDTA、Miltenyi、Cat#70026)を入れた洗浄用1,000mLバッグ、最終製品バッグ[Coupler(Baxter/Fenwal 4R2014)付き300mLトランスファーパック]、及び試薬/血液バッグにスパイクで接続した。密度勾配系分離プロトコル(v126)を用いて、シリンジピストンをSepax aAPC(クローン#4)の遠心室及びカバーに装着しCAR+T細胞を選択的に増殖した。c照射aAPCを用いて前述の遺伝子改変T細胞を数的に増殖した。WCB由来の融解aAPCをVueLife細胞培養バッグを用いてCM中で60日間増殖し、Biosafe Sepax II集菌手順に従って集菌した。簡潔には、CS−490.1キットを、Luerロック接続により300mLアウトプットバッグ(トランスファーパック)に接続した。前述のピットに分離室を設置し、前述のチューブを光学センサへ挿入し活栓をT位置にあわせた。圧力センサラインを接続後、前述の製品バッグ及び上清/血漿バッグをホルダーに吊るした。Sepaxメニューから改変プロトコルPBSCv302を選択し、インプット製品の処理容量(最初の量)を#840mLに設定した。バリデーション及びキット試験後、前述の手順を開始した。終了後、前述のバッグを取り外し、クランプを閉め、前述のキットを取り外した。前述の最終製品バッグから前述の細胞を無菌的に除去し、洗浄培地(10% HSA含有Plasmalyte)で二回洗浄後、細胞数をカウントした。CIS BIO Internationalラジエーター(IBL−437C#09433)を用いてaAPCを照射し(100Gy)、後で用いるため速度制御フリーザー(Planer Kryo 750)で凍結保存培地に凍結保存した。抗CD3(OKT3)負荷K562由来aAPCクローン#4を用いて、遺伝子改変していないコントロール(CARneg)の自己コントロールT細胞を増殖した。培養で得た前述のaAPCを、ローディング培地(LM)と称する0.2%アセチルシステイン(Acetadote、Cumberland Pharmaceuticals)を含有する無血清X−Vivo 15(カタログ番号04−744Q、Lonza)で一晩培養した。翌日、細胞を洗浄し、Gamma Cell 1000 Elite Cs−137ラジエーター(MDS Nordion)で照射し(100Gy)、106個の細胞/mL濃度で1mg/10個の細胞の機能性グレード精製抗ヒトCD3(クローン−OKT3、16−0037−85、eBioscience)とともにLMに再懸濁し、3−Dローテーター(Lab−Line)で静かに攪拌しながら4℃で30分間培養した。LMで三回洗浄後、前述の細胞を実験に使用または後で用いるために蒸気層の液体窒素中のアリコート中で凍結した。
CAR+T細胞の製造
融解したPBMCを、(i)ヒトT細胞キット(カタログ番号VPA−1002、Lonza、一つのキュベット中100μL中2×10個の細胞)に再懸濁した。(i)は、(ii)CD19RCD28CARトランスポゾンコード化DNAプラスミド(CoOpCD19RCD28/pSBSO)(キュベット中2×10個のPBMCに対し15μgの超らせんDNA)及び(iii)SB11トランスポーゼースコード化DNAプラスミド(pCMVSB11)(キュベット中2×10個のPBMCに対し5μgの超らせんDNA)をそれぞれ含む。混合物をただちにキュベット(Lonza)へ移し、Nucleofector II(Program U−14、Amaxa/Lonza)を用いて電気穿孔し(培養0日目とする)、10%RPMI完全培地中で2〜3時間休ませ、培地の半量を交換後、5%CO中37℃で一晩培養した。翌日、細胞を集菌し、カウントし、フローサイトメトリーで表現型を決定し、c照射aAPCと1:2の比率で(CAR+T細胞:aAPC)共培養した。この日を培養1日目とし7日間の刺激サイクルを開始した。月・水・金のスケジュールで1日目及び7日目以降にそれぞれIL−21(カタログ番号AF−200−21、PeproTech)及びIL−2(カタログ番号NDC65483−116−07、Novartis)を添加した。NK細胞は、特に組織培養プロセス初期に異常増殖が起こる場合、CAR+T細胞の数的増殖を抑制できる。よって、25%HSA(80mL/107個の細胞)含有CliniMACSバッファー中を入れたCD56ビーズ(カタログ番号70206、Miltenyi Biotech、20mLビーズ/107個の細胞)を充填したLSカラム(カタログ番号130−042−401、Miltenyi Biotech)を用いてCD3negCD56+細胞が$10%の場合、CD56欠乏とした。
CARnegコントロールT細胞の生成
コントロールとして、5×10個のモックトランスフェクトしたPBMCを照射済み抗CD3(OKT3)負荷K562由来aAPCクローン#4と1:1の比率で7日間刺激サイクルで共培養した。全ての培養物にIL−21(30ng/mL)を培養1日目以降添加し、培養開始後7日目からIL−2(50U/mL)を添加した。全てのサイトカインを1日おきに添加した。
細胞の免疫表現型
100mLのFACSバッファー(2%FBS、0.1%アジ化ナトリウム)中で細胞を抗体を用いて4℃で30分間染色した。免疫表現型の獲得はFACSCalibur(BD Bioscience)を用いて実施し、FCS Express 3.00.0612を用いて分析した。
クロミウムリリースアッセイ
51Cr標識標的細胞を用いた標準4時間クロミウムリリースアッセイで、T細胞の細胞毒性を評価した。T細胞を底面プレート(Costar)にトリプリケートに播種した(1×10、0.5×10、0.25×10、0.125×10)。培養後、50μLの上清をLumaPlate(Perkin Elmer)上に回収し、TopCount NXT(Perkin Elmer)で読み出し、パーセント特異的な溶解を下記のとおり計算した。
実験的 51 Cr放出−自発的 51 Cr放出×100
最大51Cr放出−自発的51Cr放出
自発的及び最大放出を、CMまたは0.1%Triton X−100(Sigma)で培養した標的細胞培養の調節上清中のクロミウムを測定することによりそれぞれ求め、96−ウェルV(製造元:Novo Software、オンタリオ州ソーンヒル、カナダ)中5×10個の標的細胞で0.0625×10個の細胞/ウェルであった。
実施例2:
CD19 CARの生成
実施例1に記載の方法(「EZ」法と称する)を用いてCD19+CARを生成した。得られたCD19CAR(CD19CAR)を前述の方法で生成したクリニカルグレート(「CG」)のCD19CARと比較した。
得られたデータにより、前述の三重部位−組換えシステムで前述のクリニカルグレート
CD19CAR(CG)と同様のCD19CAR(EZ)が生成されたことがわかった。前述のプラスミドの組換え部位に残されたフットプリントはCARの発現及び機能に干渉していなかった(図2A及び図2B)。
実施例3:
CAR含有(CD8、CD28)膜貫通ドメイン及び(CD28、4−1BB)シグナリングドメインの生成
試験した種々のCARは同様の増殖、細胞毒性、及びTh1細胞毒性を示した。CD19−BB−zはTh2 サイトカインの産生低下を示し、インビボでマウスの疾患コントロールに効果的であった(Molecular Therapy 17(8):1453−1464、2009)。しかしながら、インビトロでは抗原性刺激なしに細胞が維持された事実に対する懸念がある。
表2は臨床におけるCARを示す。いくつかの実施形態では、本発明のCARは表2に示す特異的なコンストラクトを有していない。もしくは、いくつかの実施形態では、本発明の方法を用いて、臨床で現在使用されているCARと異なる表2に記載のCARの特徴を有するCARの他のバリエーションを生成しても良い。
表2:臨床におけるCAR
図3は具体的なCARコンストラクトデザインを示す。図3に示すように、CD19scfv、CD8aヒンジ若しくはIgG4 Fcストーク、CD8膜貫通(TM)若しくはCD28 TM若しくはCD137 TM、及びCD28若しくはCD137エンドドメインとCD3ζエンドドメインを介したシグナリングの組み合わせを用いて、種々のCARの概略図を作成した。
図3に示す前述のCARコンストラクトはその後SIM及びFRAタグを含有するSleeping Beautyプラスミドにクローン化され、共通のCVseq7プライマーを用いて増幅される場合、競合する再増殖試験におけるトラッキングが可能となった。前述のSleeping Beautyトラッキングプラスミドを図4に示す。
図3に示す前述のCARコンストラクトをAmaxa Nucleofector IIを用いてT細胞に電気穿孔し、サイトカイン(IL2、IL−21)の存在下でaAPCと28日間共培養した。電気穿孔翌日(1日目)及びaAPCとの共培養開始28日後(28日目)のCAR発現を示す。CD3及び抗CD19scfv特異的Abを用いてT細胞及びCARを識別したCD3及びCARのドットプロッティングを示す。図5はCAR発現結果を示す。
図3に示す前述のCARコンストラクトをCAR発現について経時的に28日間評価を行った。21日間経過後、ほとんどの培養物が、>80%のCAR発現を示した。図6にCAR発現動態を示す。
図3は、aAPCと28日間共培養した後CARでヌクレオフェクトした培養物中のCD4及びCD8 T細胞のパーセント発現を示す。図7にこれら表現型結果を示す。
28日間の共培養後、CART細胞(CARを発現する図3に記載の細胞)を、メモリー(CD45RA、CCR7、CD27)、活性化(CD69、HLA−DR)、細胞毒性(Perforin、Granzyme B)、消耗/老化(CD57、KLRG1、PD1)、及び接着(CD39、CD150)に関連するマーカーの発現について評価した。この延長された表現型の結果を図8A及び図8Bに示す。
ウエスタンブロットを用いてCD3ζ発現についてCART細胞(CARを発現する図3に記載の細胞)を評価した。細胞溶解物を変性条件に供した後移し、キメラCD3ζの発現を、一次マウス抗ヒトCD3ζmAb及びHRP結合ヤギ抗マウスIgGを用いてSuperSignal West Femto Maximum Sensitivity Substrateによって測定した。CARコンストラクトのサイズに対応して52、71及び78kDでキメラCD3ζバンドが観察される。図9にこれらのウエスタンブロット結果を示す。
前述のCARコンストラクトで電気穿孔したT細胞(図3に記載)を1日目及びその後7日毎に28日間かけてK562aAPCで刺激した。各刺激サイクルの最後に、細胞をトリパンブルー色素排除試験法によりカウントし、CD3及びCAR発現の表現型を決定した。図10のグラフは、全細胞、CD3細胞、及びCART細胞の経時的な推定細胞数を示す。
細胞増殖を測定した。共培養14日目、21日目、28日目の全細胞(図11)及びCART細胞(図12)の細胞増殖率を1日目のカウント数(電気穿孔後)との比較により求めた。図11及び図12に結果を示す。
前述のCAR発現T細胞(CART細胞)の細胞毒性を測定した。標準4時間クロミウムリリースアッセイで、CART細胞(CARを発現する図3に記載の細胞)のCD19腫瘍標的に対する細胞毒性(Daudiβ2m、NALM−6及びCD19EL−4)をCD19negEL−4との比較により評価した。結果を図13、図14、図15、及び図16に示す。
細胞内IFN−γ産生。 CART細胞(図3に記載の前述のコンストラクトを発現する細胞)を、タンパク質トランスポートインヒビターの存在下で(CD19及びCD19neg)刺激細胞と4〜6時間培養し、固定し、透過処理し、IFN−γ特異的mAbで染色した。PMA−イノマイシンをポジティブコントロールとして用いた。細胞内IFN−γ産生の結果を図17、図18、図19、及び図20に示す。
SB11トランスポーゼースのPCR。CAR+T細胞から単離したDNA(図3)を、サーマルサイクラーでSB11特異的プライマーを用いて増幅した。GAPDHをハウスキーピング遺伝子として用い、線形化pCMV−SB11プラスミド及びSB11を発現するJurkaT細胞由来ゲノムDNAをポジティブコントロールとして使用した。CARneg細胞(DNAなし)をネガティブコントロールとして使用した。これらのPCR結果を図21に示す。
CARコピー数を定量的PCR(qPCR)により測定した。CAR細胞中の導入遺伝子(図3に示す前述のCARコンストラクト)の積算数を、IgG4Fcストーク及び逆方向の繰り返し配列/同方向の繰り返し配列(IR/DR)に特異的なプライマー及びプローブを用いてゲノムDNAを増幅することにより評価した。RNAseP遺伝子を内部コントロールとして用い、前述のJurkaT細胞株を発現するCARの単一コピーを用いて標準曲線を生成した。結果を図22に示す。
次に、CAR+T細胞を、自律増殖の有無に基づいて測定した。CAR+T細胞(図3に記載のCARコンストラクトを発現する細胞)の異常増殖を、サイトカイン及びaAPCの非存在下でT細胞を培養することによりモニター及び測定した。細胞を7日間毎にカウントし、生細胞率/死滅細胞率(1日目より)を計算しプロットした。図23に示すように、>80%のT細胞が14日目までに死滅し自律増殖の喪失が認められた。
種々のCARを発現(>80%)、増殖(〜1010)することができ、同程度の細胞毒性(〜60%、Daudi)が見られた。スキャフォールデイングドメイン(IgG4またはCD8α)を用いてCARを組み立てたが、発現または有効性に影響はなかった。膜貫通ドメイン(CD8、CD28)は有効性に影響しなかった。4−1BB膜貫通ドメイン(216)は発現(抗scFv Ab)に影響したが、細胞毒性及びサイトカイン産生には影響しなかった。シグナリングドメイン、CD28、及び4−1BBの組み合わせには効果はなかった。CAR+T細胞はメモリー/エフェクター表現型を示した。4−1BBドメイン(212、214、217)のみを含有するCARは他と比べて高いCCR7発現を示した。メモリー(CD27hi、CD45RAhi、CCR7lo)、活性化(CD69med、HLA−DRhi)、細胞溶解(granzymehi、perforinlo)、及び接着(CD39hi、CD150lo)に関するマーカーの発現が見られたが、阻害マーカー(CD57、PD1、KLRG1)については無視できる発現量であった。4−1BBドメインを含有するものを含む全てのCARがSB11トランスポーゼースを有さず自己増殖しなかった。
実施例4
CD3−ζ含有CARの生成
CD3ζ含有CARを本実施例で提供する。CARデザインの一般的なダイアグラムを図24に示す。図24にCARデザイン(図24、右)と抗体分子(図24、左)との比較を示す。
図25にCD3ζ配列を示す。CD3ζの配列及びアイソフォームを図25に示す。前述のCARデザインは、前述のエンドドメインシグナリング部分の一つを形成し3つのITAMを持つCD3ζ(アイソフォーム1)を含んでいた。
図26及び図27に具体的なCARコンストラクトを示す。図26は、CD28またはCD137エンドドメインを介したシグナリングの大(IgG4)、中(CD8aヒンジ)、及び小(IgG12aa)ストークを有するCD19特異的CARの概略図を示す。異なるストーク及びシグナリングのCAR分子の命名を図27に示す。
CAR発現を測定した。CARの発現(図26に示す)を、電気穿孔翌日(1日目)及びaAPCによる28日間の共培養後(28日目)に測定した。図28にCD3及びCARのドットプロット(CD19scfv特異的mAbにより測定)を示す。
前述のCARについて増殖動態を測定した。CARコンストラクトで電気穿孔したT細胞(図26に示す)をaAPCと7日間刺激サイクルで共培養した。CD3及びCARの発現について細胞数をカウントし評価した。図29及び図30に結果を示す。
前述のCART細胞の細胞毒性を測定した。28日間の共培養後、CART細胞(図26に記載のコンストラクトを発現する細胞)を腫瘍標的に対する細胞毒性についてクロミウムリリースアッセイで評価した。図31に示すように、パーセント細胞毒性を、CD19及びCD19neg腫瘍標的に対するCD19RCD28(CAR194)及びCD19RCD137(CAR217)CARの様々なエフェクター対標的比率で測定した。図32に示すとおり、E:T比20:1で、CART細胞(図26に記載のコンストラクトを発現する細胞)におけるCD19EL−4のパーセント溶解のデータが得られた。CART細胞(図26に記載のコンストラクトを発現する細胞)におけるCD27、CD62L、CD28及びCCR7のパーセント発現を測定した。結果を図33に示す。
前述のCART細胞について細胞内サイトカイン産生を測定した。刺激細胞(CD19及びCD19neg)をタンパク質トランスポートインヒビターの存在下でCART細胞(図26に記載のCARを発現する細胞)により4時間培養し、IFN−γ及びIL−2mAbで染色した。PMA−イノマイシンをポジティブコントロールとして用い、T細胞のみをネガティブコントロールとして用いた。図34に刺激後のIFN−γ産生細胞の割合を示す。図35に細胞刺激カクテル(PMA−イノマイシン)で培養後のIFN−γ及び/またはIL−2産生細胞の分解を示す。
前述のCART細胞を自律増殖の有無について測定した。CART細胞(図26に記載のCARを発現する細胞)を、18日間の外的刺激(サイトカイン及びaAPC)の非存在下での異常増殖の喪失について評価した。18日後、>80%の前述の細胞が死滅し、望まない増殖の喪失を示した。図36に示すとおり自律増殖の喪失が観察された。
前述のCART細胞におけるCARコピー数を測定した。組み込まれたCAR分子のコピー数を、IgG4−Fc及びIR/DR領域に特異的なプライマー/プローブを用いてqPCRにより評価した。図37に示すとおり、組み込まれたCARコピー数(図26に示すCAR)をIR/DRプローブを用いて観察した。図38及び図39に示すとおり、CARコピー数データのコンパイルについて、2つの別々の実験として試験されたCARコンストラクトの表及びグラフとして提供される(図3のCARコンストラクト及び図26のCARコンストラクトの両方)(P491;C714及びGCR357861)。
これらのデータは、本明細書に記載の前述の培養システムにおいて、種々のスペーサーを持つCARがインビトロで発現及び増殖可能であるであることを示す。全CARが同様のCAR発現を有することが観察された。CD19+EL−4sの最大細胞毒性はCD8ヒンジ領域を有するCARに認められた。CD62L及びCD28の同様の発現が試験した全てのCARに観察された。IgG4−Fcストークを含有するCARを除き、CARコピー数として測定される高い組込み頻度が全てのCARに認められた。自律増殖及びSB11の喪失がPCRにより認められた。既報に反して、これらの試験において前述のCARにおける12aaスペーサーの含有は機能性の改善をもたらさなかった。
実施例5
主要成分からのCARの迅速なアセンブリ
本発明者らは、クリニカルグレードのCD19RCD28mζ CAR+T細胞(CG CAR)と共にEZ CARプラットフォームを用いてキメラCD28/CD3−ζを介して活性化されるCD19特異的CARを生成した。クリニカルグレードCD28/CD3−ζ及びEZ CAR CD19RCD28mζ CAR配列の両方をSleeping Beautyトランスポゾンベクターへ挿入し、T細胞に電気穿孔した。電気穿孔後、前述のT細胞を、T細胞の抗原特異的増殖ためのCD19+人工抗原提示細胞(活性化及び増殖性細胞と称する、またはAaPC)の存在下で培養した。T細胞表面のCARの発現をフローサイトメトリー(Fc+発現)で毎週測定した結果、クリニカルグレードCD19 CART細胞及びEZ CD19 CART細胞における同様のCAR発現が示された。またクロミウムリリースアッセイ(CRA)を実施し、EZ CARプラットフォームにより生成したCD19CAR+T細胞の腫瘍細胞に対する死滅機能を評価した。培養4時間後、特異的な細胞溶解の割合はEZ CART細胞では52%、CG CART細胞では49%であった。
これらの結果によりこれらの方法を用いて機能性CART細胞が生成されたことが明らかになった。本発明者らはその後、CAR分子の下記3つのコンポーネントを含有するプラスミドのライブラリーと組み合わせて上記方法により迅速なCAR産生を行った:(i)抗CD19scFv(ii)サイズの異なる5つのヒンジ(大IgG4a及びIgG4ΔEQ、中CD8α、小t−20AA及びt−12AA)及び(iii)7つのシグナリングドメインと前述のCD3ζドメインの異なる組み合わせ(CD27、CD28、CD28ΔY173→F173、CD134、CD137、CD278)。前述のCAR導入遺伝子を含有するプラスミドによるHEK293細胞のトランスフェクションを利用して27の異なるCARコンストラクトをスクリーニングすることにより細胞表面での前述のCARタンパク質の発現を確保した。個々のCAR分子のハイスループット試験を前述のiQue(商標)Screener(Intellicyt、ニューメキシコ州アルバカーキ)及びハイスループットフローサイトメーターを用いて実施した。細胞毒性アッセイは、蛍光グランザイムBレポーターまたはGFPを発現する改変標的細胞を用いて行った。図40A〜図40Eに結果を示す。
IntelliCyt社のiQue(商標)を用いて付加実験を行うことにより前述のCAR分子をスクリーニングした。iQue(商標)は、ハイスループットフローサイトメトリーを利用し、多重化能力及び細胞ごとの分析により大きな集団を検査して情報を得る補完的技術である。本発明者らは、CARのパネルで改変したT細胞の治療可能性を報告するためにこの技術を採用した。前述のウェルのT細胞を、生存率だけでなく活性化シグナル(例えば、CD25の上方調節)、サイトカイン放出、及び死滅について染色可能である。よって本発明者らはiQue Screenerを採用し、多重化ビーズ系サイトカイン検出及び細胞系アッセイを実施する性能を利用した。得られた結果は、本技術を用いてEZ CARプラットフォームにより生成された異なる多数のCAR T細胞を試験可能であることを示す。IntelliCyt社のiQue(商標)を用いてデータを生成した。CAR T細胞の2集団を標的細胞を死滅させる能力について評価した。結果を図41A−B及び図42に示す。これらの結果により、CAR分子は活性が認められたためiQue(商標)方法を効果的に利用してCAR活性を評価可能であることが明らかである。
* * *
本開示において開示及び請求される全ての方法は過度の実験なしに実施及び遂行可能である。本発明の前述の組成物及び方法は好ましい実施形態について記載されているが、本発明の概念、精神、及び範囲から逸脱することなく本明細書に開示された前述の方法及び前述の方法の工程や工程の順序に変更を加えても良いことは当業者にとって明白である。より詳細には、同一または同様の結果が得られる限り、化学的及び生理学的に関連する所定の物質を本明細書に記載の物質で置換可能であることは明白である。全てのそうした同様の置換基及び改変は当業者にとって明らかであり、別記請求項に定義される本発明の精神、範囲及び概念に包含されるとみなされる。

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