JP2019525944A - 潰瘍性大腸炎を治療するための方法 - Google Patents

Abstract

本開示は、治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎を治療するための方法および治療計画を提供する。具体的には、本明細書において説明される方法は、生きた非病原性糞便細菌を含む薬学的組成物を少なくとも８週間にわたって、１週間当たり少なくとも３回投与する治療計画で、治療を必要とする被検体を治療することを含む。ある態様では、治療を必要とする被検体は、３点以下のＭａｙｏ内視鏡スコアを示す。幾つかの態様では、治療を必要とする被検体は、コルチコステロイドの併用を当該方法実施中に行わず、当該方法を開始する直前のコルチコステロイド使用がない。

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０１６年８月３日出願の米国仮特許出願第６２／３７０，５０８号および２０１６年１１月２３日出願の米国特許出願第１５／３６０，７０３号の利益を主張するものであり、これらの出願は、これらの全内容が参照により本明細書に組み込まれる。

本開示は、治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎を治療するために好適な方法および投与計画に関する。

哺乳動物は、多様な微生物種を哺乳動物の消化管（ＧＩ）内に宿している。これらの微生物間および微生物と宿主、例えば宿主免疫系との間の相互作用が生じることにより微生物叢が形成される。健康な微生物叢は、広範囲の病原体に対するコロニー形成抵抗性、必須栄養素の生合成および吸収、ならびに健康な腸上皮および適切に制御された全身性免疫を維持する免疫刺激を含む複数の利点を宿主に提供する。不均衡な微生物叢（「ｄｙｓｂｉｏｓｉｓ（腸内毒素症）」または「ｄｉｓｒｕｐｔｅｄ ｓｙｍｂｉｏｓｉｓ（混乱した共生）」とも呼ばれる）は、微生物叢の機能を失い、病原体に対する感受性の増加、代謝プロファイルの変化、または局所もしくは全身の炎症、または自己免疫につながる炎症性シグナルの誘導をもたらす。腸内細菌叢は、腸の病原性感染症のような多くの疾患の発症機序において重要な役割を果たしている。

潰瘍性大腸炎は、結腸としても知られている大腸の慢性疾患であり、結腸の内層が炎症を起こし、膿や粘膜を形成する小さな開いた傷口、または潰瘍を発症する。潰瘍性大腸炎は、１５〜３０歳の人に最も頻繁に発生するが、この疾患はあらゆる年齢の人を苦しめる可能性がある。潰瘍性大腸炎は男性および女性に等しく影響を及ぼし、幾つかの家族では潰瘍性大腸炎に感染しているように思われる。

潰瘍性大腸炎は、大腸の表層における炎症および微小潰瘍を特徴とする疾患である。炎症は普通、直腸および結腸の下部に発生するが、大腸全体に影響を与える可能性がある（全結腸炎）。潰瘍性大腸炎は、大腸の遠位部分の小腸に非常にまれにしか影響を及ぼさない（逆流性回腸炎）。

炎症は普通、下痢を伴い、下痢により大量に出血することがある。微小潰瘍は、炎症が腸の内側を覆う細胞を破壊した場所に生じ、これらの領域は出血して膿および粘膜を生成する。潰瘍性大腸炎は、特に軽症の場合、症状が他の腸疾患、最も顕著にはクローン病と呼ばれる他のタイプの過敏性腸疾患（ＩＢＤ）、さらには過敏性腸症候群に似ているため、診断が困難となり得る。クローン病は、腸壁の厚さ全体にわたって炎症を引き起こし、深部潰瘍を生じるので、潰瘍性大腸炎とは異なる。クローン病は普通、小腸で発生するが、大腸、肛門、食道、胃、虫垂、および口腔でも発生し得る。クローン病が瘻孔を引き起こすのに対し、潰瘍性大腸炎は引き起こさない。クローン病および潰瘍性大腸炎の両方が同じ患者に同時に発生することがある。炎症および潰瘍形成の組み合わせは、腹部の不快感および頻繁な結腸の排出を引き起こし得る。潰瘍性大腸炎に関する既存の治療は、著しい副作用を伴う強くて長い併用薬物療法を含むか、または結腸の一部を除去するための手術を必要とすることさえある。さらに、かなりの割合の潰瘍性大腸炎患者が、標準的な薬物療法に抵抗がある。したがって、投与がより容易な潰瘍性大腸炎に対するより効果的な治療が必要になる。

病気の患者の腸内へのヒト結腸微生物叢の移植または投与は、糞便細菌療法としても広く知られている糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）と呼ばれている。ＦＭＴは、移植による増殖および生存に反する生態環境を作り出すことにより、主要な病原体を制御する多様な微生物群により腸を再増殖させると考えられる。ＦＭＴは正常な組成的および機能的腸内微生物群集の迅速な再構成を可能にする治療プロトコールを表している。

「ｆｅｃａｌ ｂａｃｔｅｒｉｏｔｈｅｒａｐｙ（糞便細菌療法）」としても知られる糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）は、正常な組成物および機能的腸内微生物群集の最速の再構成を可能にする１つの治療プロトコールを表している。何十年にもわたって、ＦＭＴは、典型的に、再発性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（クロストリジウム・ディフィシル）感染症（ＣＤＩ）の患者に対する最後の手段の選択肢として、セレクトセンターにより世界中で提供されている。ＦＭＴはまた、大腸菌およびバンコマイシン耐性腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ）（ＶＲＥ）のような他の腸管感染症の治療にも提案されている。現在、ＦＭＴは、結腸鏡、浣腸を介して、または経鼻空腸チューブを介して、均質な便、均質な便抽出物、または培養便成分の形態のヒト微生物叢の注入を含む幾つかの経路により投与される。

米国仮特許出願第６２／３７０，５０８号 米国特許出願第１５／３６０，７０３号

本開示は、潰瘍性大腸炎を治療または予防するための方法および投与計画を提供する。

１つの態様では、本開示は、治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎を治療するための方法を提供し、当該方法は、当該患者を、生きた非病原性糞便細菌を含む薬学的組成物の投与を少なくとも８週間にわたって、１週間当たり少なくとも３回行う治療計画で治療することを含む。

ある態様では、本開示は、治療を必要とし、３点以下のＭａｙｏ内視鏡スコアを示す被検体の潰瘍性大腸炎（ＵＣ）を治療するための方法を提供し、当該方法は、当該被検体に、生きた非病原性糞便細菌を含む薬学的組成物を投与することを含む。

ある態様では、本開示は、治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎を治療するための方法を提供し、当該方法は、被検体に、生きた非病原性糞便細菌を含む薬学的組成物を投与することを含み、被検体は、コルチコステロイドの併用を当該方法実施中に行わず、当該方法を開始する直前のコルチコステロイド使用がない。

１つの態様では、本開示は、治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎（ＵＣ）を治療する治療計画を選択するための方法を提供し、当該方法は、当該被検体の腸内のフソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、サテレラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、またはフソバクテリウムおよびサテレラの両方のレベルを判定することを含み、糞便細菌治療を、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、サテレラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、またはフソバクテリウムおよびサテレラの両方の当該レベルが所定のレベルを上回る場合に推奨することを含む。

ある態様では、本開示は、治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎（ＵＣ）を治療する治療計画を選択するための方法を提供し、当該方法は、当該被検体の腸内のバルネシエラ（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ）、パラバクテロイデス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウムＩＶ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＩＶ）、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、ブラウチア（Ｂｌａｕｔｉａ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）、ルミノコッカス２（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ２）、およびクロストリジウムＸＶＩＩＩ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＸＶＩＩＩ）からなる群から選択される１種類以上の細菌のレベルを判定することを含み、糞便細菌治療を、これらの細菌からなる群から選択される１種類以上の細菌の当該レベルが所定のレベルを上回る場合に推奨することを含む。

本開示の実施例１による治験患者ＣＯＮＳＯＲＴ（ランダム化比較試験の報告を改善する）フロー図を示している。 本開示の実施例４による治験デザインの図式表現を示している。 本開示の実施例５によるステロイドフリーでの臨床的寛解および内視鏡的寛解または奏効の主要転帰を治療後８週目に達成するＦＭＴ治療群およびプラセボ治療群の患者の人数を示している。 本開示の実施例による治療後８週目にステロイドフリーでの臨床的寛解および臨床的奏効に至っている患者の人数を示している。 本開示の実施例による治療後にステロイドフリーでの内視鏡的奏効および完全な粘膜治癒に至っている患者の人数を示している。 本開示の実施例５による２５ｃｍの直腸Ｓ状結腸活動性大腸炎の例示的なベースライン内視鏡的外観を示している。 本開示の実施例５による８週目の盲検ＦＭＴ治療の終了時における例示的な内視鏡的外観を示している。 本開示の実施例５による肝撓みに至る広範囲の大腸炎の例示的なベースライン内視鏡的外観を示している。 本開示の実施例５による８週目の非盲検ＦＭＴの完了時の例示的な内視鏡的外観を示している。 本開示の実施例５による治療効果が現れ始める速さを示している。 本開示の実施例６による１糞便サンプル当たりの操作上の分類単位（ＯＴＵ）の数を示している。 本開示の実施例６による各糞便サンプル内の系統的多様性を示している。 本開示の実施例６による属分類レベルでの糞便サンプルの主成分分析を示している。 本開示の実施例６による主要転帰、個人ドナー、およびドナー集団に応じたＦＭＴ治療を受ける盲検治験患者のＯＴＵの数を示している。 治療前の直腸の顕著なＵＣ炎症の内視鏡画像（左１および２）；２０週目の便が直腸粘膜に付着した状態の炎症の劇的な低減（右１）；治療前のＳ状結腸の顕著なＵＣ炎症（左３および４）；および２０週目のＳ状結腸の炎症の顕著な低減（右２および３）を示している。右２は、便がＳ状結腸の炎症を起こした腸壁に付着していることを示している。右３は、炎症変化が点在して起こっていることを示している。 治療後８週目の横行結腸の炎症および有意な粘膜の肥厚の内視鏡画像（左７、８、９、および１０）；および２０週目の炎症の改善（右６）を示している。右６では、横行結腸の炎症は改善されているが、まだ見えている。血管は見えない。

本組成物および方法を記載する前に、本開示は、記載される特定のプロセス、組成物、または方法は変わり得るので、これらのプロセス、組成物、または方法に限定されないことを理解されたい。また、説明に使用される専門用語は、特定のバージョンまたは実施形態を説明することのみを目的としており、添付の特許請求の範囲によってのみ限定される本発明の範囲を限定するものではないことを理解されたい。例えば、１つの実施形態に関して示される特徴は他の実施形態に組み込むことができ、特定の実施形態に関して示される特徴は当該実施形態から削除することができる。したがって、本開示は、本開示の幾つかの実施形態において、本明細書に記載の任意の特徴または特徴の組み合わせを除外または省略することができると考えられる。さらに、本明細書において示唆される様々な実施形態に対する多数の変形および追加は、当業者には、本開示から逸脱しない範囲で本開示を考慮すれば明らかになる。他の例では、本発明を不必要に不明瞭にすることがないように、周知の構造、インターフェース、およびプロセスは詳細には示されていない。本明細書のいかなる部分も、本発明の全範囲のうちのいかなる部分の否定をもたらすと解釈されてはならないことが意図される。したがって、以下の説明は、本開示の幾つかの特定の態様を例示することを意図しており、これらの態様の全ての置換、組合せ、および変形を網羅的に特定することを意図していない。

本明細書において別途定義されていない限り、用語は、関連技術分野の当業者による従来の用法に従って理解されるものとする。本明細書における本開示の説明に使用される専門用語は、特定の実施形態を説明することのみを目的としており、本開示を限定することを意図していない。

本明細書において引用される全ての刊行物、特許出願、特許、および他の参考文献は、これらの全内容が参照により、本明細書に組み込まれる。

文脈から別途明白に示されていない限り、本明細書に記載される本開示の様々な特徴は任意の組み合わせで使用され得ることが特に意図される。さらに、本開示はまた、本開示の幾つかの実施形態において、本明細書に記載の任意の特徴または特徴の組み合わせを除外または省略することができると考えられる。

本明細書において開示される方法は、説明される方法を達成する１つ以上のステップまたは処理を含むことができる。方法ステップおよび／または処理は、本発明の範囲から逸脱しない範囲で互いに入れ替えることができる。言い換えれば、ステップまたは処理の特定の順序が実施形態の適切な操作に必要とされない限り、特定のステップおよび／または処理の順序および／または使用は、本発明の範囲から逸脱しない範囲で変更することができる。

本開示の説明および添付の特許請求の範囲に使用されているように、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈から別途明白に示されていない限り、複数形も含むものとする。

本明細書において使用されるように、「ａｎｄ／ｏｒ（および／または）」は、関連する列挙アイテムのうちの１つ以上のアイテムのいずれか、および可能な全ての組み合わせ、ならびに、あるいは（「ｏｒ（または）」）として解釈される場合の組み合わせの欠如を指しており、かつ含む。

本明細書において使用される「ａｂｏｕｔ（約）」および「ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ（およそ）」という用語は、百分率、密度、体積などのような測定可能な値を指している場合、指定された量の２０％、１０％、５％、１％、０．５％または０．１％をも含むことを意味する。

本明細書において使用されるように、「ｂｅｔｗｅｅｎ Ｘ ａｎｄ Ｙ（ＸとＹとの間）」および「ｂｅｔｗｅｅｎ ａｂｏｕｔ Ｘ ａｎｄ Ｙ（約ＸとＹとの間）」のような語句は、ＸおよびＹを含むと解釈されるべきである。本明細書において使用されるように、「ｂｅｔｗｅｅｎ ａｂｏｕｔ Ｘ ａｎｄ Ｙ（約ＸとＹとの間）」のような語句は「ｂｅｔｗｅｅｎ ａｂｏｕｔ Ｘ ａｎｄ ａｂｏｕｔ Ｙ（約Ｘと約Ｙとの間）」を意味し、「ｆｒｏｍ ａｂｏｕｔ Ｘ ｔｏ Ｙ（約ＸからＹまで）」のような語句は「ｆｒｏｍ ａｂｏｕｔ Ｘ ｔｏ ａｂｏｕｔ Ｙ（約Ｘから約Ｙまで）」を意味する。

本明細書において使用される「ｓｕｂｓｔａｎｔｉａｌｌｙ ｆｒｅｅ（実質的にフリー」」という用語は、組成物中の物質の存在に言及する場合、当該物質が、体積換算または質量換算で、物質全体の１％未満、０．５％未満、０．１％未満または０．０１％未満をも構成することを含むことを意味する。

本明細書において使用されるように、「ｔｒｅａｔｉｎｇ（治療する）」という用語は、（ｉ）疾患、障害、または症状を完全にまたは部分的に阻害すること、例えばその発症を阻止すること、（ｉｉ）疾患、障害、または症状を完全または部分的に軽減する、例えば疾患、障害、および／または症状の後退を引き起こすこと、または（ｉｉｉ）疾患、障害、および／または症状にかかりやすいが、まだそれに罹っていると診断されていない患者に発症する疾患、障害、または症状を完全にまたは部分的に予防することを指している。同様に、「ｔｒｅａｔｍｅｎｔ（治療）」とは、治療療法および予防対策または予防的対策の両方を指している。

本明細書において使用されるように、「ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃａｌｌｙ ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ ａｍｏｕｎｔ（治療有効量）」または「ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｌｙ ａｃｔｉｖｅ ｄｏｓｅ（薬学的に有効な用量）」とは、指定された疾患、障害、または症状を治療するのに有効である組成物の量を指している。

本明細書において使用されるように、「ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ（微生物叢）」および「ｆｌｏｒａ（フローラ：細菌叢）」とは、真核生物、古細菌、細菌、およびウイルス（細菌ウイルス（すなわち、ファージ）を含む）を持続的および一時的の両方で被検体の身体の中に、または体表に住んでいる微生物の群集を指している。非選択的糞便微生物叢（ｎｏｎ−ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ ｆｅｃａｌ ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ）とは、選択なしのドナーの糞便サンプルに由来する糞便微生物の群集または混合物を指し、このような糞便サンプルに見られる微生物成分および微生物群集構造に実質的に類似している。

本明細書において使用されるように、「ｒｅｍｉｓｓｉｏｎ（寛解）」、「ｃｕｒｅ（治癒）」、または「ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ ｒａｔｅ（解消率）」とは、所定の治療に応じて、治癒しているか、または症状の寛解または完全な解消が得られる患者の割合を指している。本明細書において使用されるように、「ｃｌｉｎｉｃａｌ ｒｅｍｉｓｓｉｏｎ ｓｕｓｔａｉｎｉｎｇ ｒａｔｅ（臨床的寛解維持率）」とは、治療の完了時に寛解を達成する全ての患者のうち、特定の治療期間後に臨床的寛解を維持する患者の割合を指している。定量的には、寛解、治癒、または解消は、患者のＵＣＤＡＩスコアが、８週間の治療の後に評価される２点以下になると達成される。寛解、治癒、または解消は、内視鏡的治癒および粘膜治癒によりさらに確認することができる。

本明細書において使用されるように、「ｓｔｅｒｏｉｄ−ｆｒｅｅ（ステロイドフリー）」とは、ステロイドの使用が全くないことを、または実質的にないことを指している。

本明細書において使用されるように、「ｐｒｉｍａｒｙ ｏｕｔｃｏｍｅ ｒａｔｅ（主要転帰率）」とは、当該治療または治療計画を受けている全ての患者のうち、特定の治療または治療計画の後に主要転帰を達成している患者の割合を指している。

本明細書において使用されるように、「ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｒａｔｅ（奏効率）」とは、所定の治療で治癒の方向に向かう患者の割合を指している。定量的には、患者のＵＣＤＡＩ（潰瘍性大腸炎疾患活動性指数）スコアが８週目までにベースラインから少なくとも２減少すると、患者は治療で治癒の方向に向かっている。

本明細書において使用されるように、「Ｍａｙｏ Ｃｌｉｎｉｃ ｓｃｏｒｅ（Ｍａｙｏ臨床的スコア」または「Ｍａｙｏ ｓｃｏｒｅ（Ｍａｙｏスコア）」とは、潰瘍性大腸炎疾患の症状の重症度を評価するための指数系を指している。表１およびＮ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ １９８７；３１７：１６２５〜９に掲載されたＳｃｈｏｅｄｅｒらによる論文を参照されたい。Ｍａｙｏ臨床的スコアは、サブスコアが０〜３の状態で０〜１２の範囲であり、スコアが高いほど疾患がより重症であることを示している。幾つかの態様では、サブスコアは、排便頻度、直腸出血、内視鏡検査での粘膜の外観、および医師による総合評価（ＰＧＡ）に関して評価することができる。

本明細書において使用されるように、「ｕｌｃｅｒａｔｉｖｅ ｃｏｌｉｔｉｓ ｅｎｄｏｓｃｏｐｉｃ ｉｎｄｅｘ ｏｆ ｓｅｖｅｒｉｔｙ（潰瘍性大腸炎内視鏡的重症度指数）」または「ＵＣＥＩＳ」とは、内視鏡的疾患活動性を評価するための指数を指している。この指数で、血管パターン、出血、びらん、および潰瘍を含む３つの基準を評価する（表２）。Ｔｒａｖｉｓらによる「潰瘍性大腸炎の内視鏡的重症度を評価する機器の開発：潰瘍性大腸炎内視鏡的重症度指数（ＵＣＥＩＳ）」を参照されたい。より高いスコアは疾患の重症度の増加を表している。

本明細書において使用されるように、「ｕｌｃｅｒａｔｉｖｅ ｃｏｌｉｔｉｓ ｄｉｓｅａｓｅ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎｄｅｘ（潰瘍性大腸炎疾患活動性指数）」または「ＵＣＤＡＩ」とは、潰瘍性大腸炎患者の症状の重症度または奏効を評価するための指数系を指している。この指数で、排便頻度、出血の重症度、結腸粘膜の外観、および医師による疾患活動性の全般評価を含む４つの変数を評価する（表３）。Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ．１９８７；９２：１８９４〜８に掲載されたＳｕｔｈｅｒｌａｎｄらによる「遠位潰瘍性大腸炎、直腸Ｓ状結腸炎、および直腸炎の治療における５−アミノサリチル酸浣腸」と題する論文を参照されたい。各変数は０〜３の範囲でスコアリングされるので、総指数スコアは０〜１２の範囲となり、寛解が０〜２の範囲となり、軽症が３〜６の範囲となり、中等症が７〜１０の範囲となり、重症の潰瘍性大腸炎が＞１０となる。

本明細書において使用されるように、「ｅｕｋａｒｙｏｔｉｃ（真核生物）」とは、核および膜結合細胞小器官を含む細胞に属することを指している。

本明細書において使用されるように、「ｂａｃｔｅｒｉａ（バクテリア）」、「ｂａｃｔｅｒｉｕｍ（バクテリウム）」、および「ａｒｃｈａｅａ（アーキア）」とは、膜結合核を欠き、細胞小器官を欠く単細胞原核生物を指している。

本明細書において使用されるように、「ｆｅｃａｌ ｂａｃｔｅｒｉａ（糞便細菌）」とは、糞便物質中に存在し得る細菌を指している。

本明細書において使用されるように、「ｖｉａｂｌｅ（生存能力のある）」とは、増殖する能力を保有していることを意味している。

本明細書において使用されるように、「ｉｓｏｌａｔｅｄ（単離される）」または「ｐｕｒｉｆｉｅｄ（精製される）」とは、（１）最初に生成されたときに付随した（自然界において、または実験現場においてに関係なく）成分のうちの少なくとも幾つかの成分から分離された細菌または他の実体、もしくは物質を指している、ならびに／または（２）人の手で生成、調製、精製、および／もしくは製造された細菌、または他の実体もしくは物質を指している。単離または精製された細菌は、細菌に最初に付随した他の成分の少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、またはそれ以上から分離することができる。

本明細書において使用されるように、細菌または任意の他の生物もしくは実体を指す「ｐａｔｈｏｇｅｎ（病原体）」および「ｐａｔｈｏｇｅｎｉｃ（病原性）」という用語は、当該生物または実体を含む宿主生物の疾患、障害、もしくは症状を引き起こし得る、または疾患、障害、もしくは症状に影響を及ぼし得る任意のこのような生物または実体を含む。

本明細書において使用されるように、「ｓｐｏｒｅ（胞子）」または「ｓｐｏｒｅｓ（胞子）」の群集は、一般的に生存能力があり、同じ細菌の栄養型よりも熱および殺菌剤のような環境影響に対してより耐性があり、典型的に、発芽および増殖が可能な細菌（または他の単細胞生物）を含む。「Ｓｐｏｒｅ−ｆｏｒｍｅｒｓ（胞子形成体）」または「ｃａｐａｂｌｅ ｏｆ ｆｏｒｍｉｎｇ ｓｐｏｒｅｓ（胞子を形成することができる）」細菌は、好適な環境条件下で胞子を生成する遺伝子および他の必要な能力を含む細菌である。

本明細書において使用されるように、２種類以上の細菌の「ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ（組み合わせ）」は、同じ材料中、もしくは生成物中のいずれか、または物理的に結合した生成物中の２種類の細菌の物理的共存、ならびに２種類の細菌の一時的な同時投与または同時局在化を含む。

本明細書において使用されるように、「ｓｕｂｊｅｃｔ（被検体）」とは、ヒト、実験動物（例えば、霊長類、ラット、マウス）、家畜（例えば、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ブタ、シチメンチョウ、ニワトリ）、および家庭用ペット（例えば、犬、猫、げっ歯類など）を含む任意の動物被検体を指している。被検体または患者は、健康であるとすることができる、または消化管病原体による感染症に罹患している可能性がある、もしくは消化管病原体による感染症を発症するリスクがある、または他人に伝染するリスクがある。

本明細書において使用されるように、「Ｓｈａｎｎｏｎ Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｉｎｄｅｘ（シャノン多様性指数）」とは、数式を用いて、所定の群集に存在する種の存在量および均一性を説明する多様性指数を指しており、
式中、Ｈは、Ｓｈａｎｎｏｎ Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｉｎｄｅｘ（シャノン多様性指数）であり、Ｒは群集中の種の総数、ｐ_ｉはｉ番目の種から構成されるＲの割合である。値がより大きくなることは、群集が多様で均等に分布していることを示しており、値が０であることは、１つの種のみが所定の群集中に存在していることを示している。詳細については、イリノイ大学出版から刊行されているＵｒｂａｎａ．１１７ｐｐに掲載されたＳｈａｎｎｏｎおよびＷｅａｖｅｒによる（１９４９）「Ｔｈｅ ｍａｔｈｅｍａｔｉｃａｌ ｔｈｅｏｒｙ ｏｆ ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎ」と題する論文を参照されたい。

本明細書において使用されるように、「ｏｐｅｒａｔｉｏｎａｌ ｔａｘｏｎｏｍｉｃ ｕｎｉｔ（操作分類単位）」または「ＯＴＵ」とは、１６Ｓまたは１８ＳのｒＲＮＡマーカー遺伝子に基づいて決定される密接に関連した微生物種群を指している。

本明細書において使用されるように、「ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ（抗生物質）」とは、細菌感染を、細菌を殺滅することにより、細菌の増殖を阻害することにより、または細菌の生存能力を低減させることにより治療および／または予防するために使用される物質を指している。

本明細書において使用されるように、「ｉｎｔｅｒｍｉｔｔｅｎｔ ｄｏｓｉｎｇ ｓｃｈｅｄｕｌｅ（間欠的な投与スケジュール）」とは、治療用組成物が、所定の期間にわたって投与されることを意味しており、この所定の期間の後に、所定の期間（治療期間）が続き、この所定の期間では、このような治療用組成物による治療が差し控えられる（休息期間）。間欠的投与計画は、数日間または数週間の治療期間／数日間または数週間の休息期間として表すことができる。例えば、４／１間欠的な投与スケジュールとは、治療期間が４週間／４日間で休息期間が１週間／１日間である間欠的な投与スケジュールを指している。

本明細書において使用されるように、「ｃｏｎｔｉｎｕｏｕｓ ｄｏｓｉｎｇ ｓｃｈｅｄｕｌｅ（連続的な投与スケジュール）」とは、治療用組成物が休息期間なしで治療期間中に投与される投与スケジュールを指している。連続的な投与スケジュールの治療期間全体を通じて、治療用組成物は、例えば毎日、または１日おきに、または３日おきに投与することができる。治療用組成物が投与される日には、治療用組成物は当日全体を通じて、単回投与または複数回投与で投与することができる。

本明細書において使用されるように、「ｄｏｓｉｎｇ ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ（投与頻度）」とは、所定投与量の治療用組成物を所定時間内に投与する頻度を指している。投与頻度は、所定時間当たりの投与回数、例えば１日当たり１回、１週間当たり１回、または２週間に１回として表すことができる。

本明細書において使用されるように、「ｄｏｓｉｎｇ ｉｎｔｅｒｖａｌ（投与間隔）」とは、被検体に投与されている複数回の投与間に経過する時間の長さを指している。

異なるタイプの潰瘍性大腸炎がある。本明細書において使用されるように、「ｕｌｃｅｒａｔｉｖｅ ｐｒｏｃｔｉｔｉｓ（潰瘍性直腸炎）」とは、腸の炎症が直腸に限定される疾患病態を指している。潰瘍性直腸炎の範囲が限られているため（普通、直腸の６インチ（１５．２４ｃｍ）未満）、潰瘍性直腸炎は、潰瘍性大腸炎のより軽症の病態になる傾向がある。潰瘍性直腸炎は、非常に稀な合併症に付随して発症するので、より広範囲に蔓延する疾患よりも良好な見通しが得られる。潰瘍性大腸炎の全患者のおよそ３０％にとって、病気は潰瘍性直腸炎として始まる。

本明細書において使用されるように、「ｐｒｏｃｔｏｓｉｇｍｏｉｄｉｔｉｓ（直腸Ｓ状結腸炎）」とは、直腸およびＳ状結腸、直腸の真上に位置する結腸の下方部位に影響を及ぼす大腸炎の病態を指している。症状には、出血性下痢、けいれん、およびテネスムス（裏急後重）として知られる便意をもよおすときの継続する残便感がある。腹部の左下側に中等度の痛みが活動性疾患において発生することがある。

本明細書において使用されるように、「ｌｅｆｔ−ｓｉｄｅｄ ｃｏｌｉｔｉｓ（左側大腸炎）」とは、直腸から始まり、脾臓近くの脾湾曲部と呼ばれる結腸の湾曲部まで延びる連続的な炎症を指している。症状には、食欲不振、体重減少、下痢、腹部左側の激痛、出血がある。

本明細書において使用されるように、「ｐａｎ−ｕｌｃｅｒａｔｉｖｅ（ｔｏｔａｌ）ｃｏｌｉｔｉｓ（汎潰瘍性（総）大腸炎）」は結腸全体に影響を及ぼす。症状には下痢、激しい腹痛、けいれん、および極端な体重減少がある。重度になる可能性がある合併症には、大量の出血および結腸の急性拡張（有毒な巨大結腸）があり、これにより腸壁に穴が開くおそれがある。重度の合併症は手術を必要とする可能性がある。

潰瘍性大腸炎の原因について幾つかの理論が提案されている。身体の免疫系が、腸壁に炎症を起こす遺伝的に感受性の高い個人の環境、食事、または感染性病原体に反応することを示唆する幾つかの証拠がある。最新の推定原因物質は、日本の研究者らによって確認されたＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｒｉｕｍ（フソバクテリウム・バリウム）により内層の感染を引き起こす可能性がある。潰瘍性大腸炎は、特定の食物または食品への感情的な苦痛または過敏性によって引き起こされる訳ではないが、これらの要因によって症状が幾人かに発症する可能性がある。潰瘍性大腸炎は、異常反応ではない可能性が高く、感染症である。

潰瘍性大腸炎の最も一般的な症状は、出血性下痢および腹痛である。患者はまた、発熱、直腸出血、疲労、貧血、食欲不振、体重減少、および体液ならびに栄養素の減少を体験して、栄養欠乏症を引き起こす可能性がある。これらの症状は、症状が治まる（寛解）までの期間中の断続的な発作として起こる。これらの無病期間は数ヶ月または数年さえ続くことがあり得る。普通、発作は、排便の衝動が強くなる、軽度の下腹部けいれんがある、および便中に血液ならびに粘膜がつくことから始まる。

潰瘍性大腸炎は、関節炎、眼の炎症、肝疾患（脂肪肝、肝炎、肝硬変、および原発性硬化性胆管炎）、骨粗鬆症、皮膚発疹、貧血、および腎臓結石のような長期的な問題を引き起こす可能性がある。これらの合併症は、免疫系が身体の他の部分で炎症を引き起こすときに起こり得る。これらの問題は、大腸炎が効果的に治療されると消えてしまう可能性がある。

潰瘍性大腸炎の治療は疾患の重症度によって異なる。ほとんどの人は医薬品で治療される。特定の食品によって引き起こされる症状を有する幾人かは、この症状を、高度に味付けした食品または乳製品のように、これらの人の腸を混乱させる食品を避けることにより抑制することができる。それぞれの人は、潰瘍性大腸炎を異なる形で経験する可能性があるので、治療は各個人に合わせて調整される。

軽症または中等症の疾患を有する多くの患者は、炎症を抑制するのを助ける薬物５−アミノサリチル酸およびスルファサラジンの組み合わせを含む５−ＡＳＡ剤で最初に治療される。スルファサラジンは、これらの薬物の中で最も広く使用されている。スルファサラジンは必要な限り使用することができ、他の薬物と一緒に投与することができる。スルファサラジンが効かない患者は、より新しい５−ＡＳＡ剤に奏効する可能性がある。５−ＡＳＡ製剤の考えられる副作用としては、吐き気、嘔吐、胸やけ、下痢、および頭痛がある。

重症の疾患を有する人、および５−ＡＳＡ製剤に奏効しない人は、コルチコステロイドを追加することにより治療することができる。プレドニゾンおよびブデソニド、ならびにヒドロコルチゾンは、炎症を低減するために使用されるコルチコステロイドである。これらのコルチコステロイドは、炎症の部位によって異なるが、経口的に、静脈内に、浣腸剤を介して、または坐薬として投与することができる。コルチコステロイドは、体重増加、にきび、顔の毛、高血圧、糖尿病、気分変動、および感染のリスクの増加のような副作用を引き起こし得るので、医者はこれらの医薬品を服用している患者を注意深く監視する。

アザチオプリン、６−メルカプトプリン（６−ＭＰ）、およびメトトレキサートのような免疫抑制薬が多くの場合、使用され、副作用がほとんどない低投与量で著しい改善が認められる。他の薬物を投与して、患者を弛緩させる、または疼痛、下痢、または感染を軽減することができる。時折、症状が十分重症になって、人が入院しなければならなくなる。例えば、ある人は脱水を引き起こす重度の出血をする、または重度の下痢をする可能性がある。このような場合、医者は下痢および出血、体液の浸出、ならびに無機塩の浸出を止めようとする。患者は、特別な食事療法、静脈を介した医薬品の供給、または場合によっては手術を必要とする可能性がある。

重症例では、患者は、疾患が認められる結腸を取り除くための手術を必要とする可能性がある。薬物治療が失敗する場合、またはコルチコステロイドまたは他の薬物の副作用が患者の健康を脅かす場合、医者は、結腸を取り除くことを推奨することになる場合がある。

１つの態様では、本開示は、治療を必要とする被検体のカルプロテクチンのレベルを低減させる方法を提供し、この方法は、当該患者を、生きた非病原性糞便細菌を含む薬学的組成物の投与を、少なくとも８週間にわたって、１週間当たり少なくとも３回行う治療計画で治療することを含む。別の態様では、本明細書において提供される任意の方法または治療計画をさらに使用して、治療を必要とする被検体のカルプロテクチンおよび炎症のレベルを低減させることができる。ある態様では、本開示は、治療を必要とする被検体のカルプロテクチンのレベルを、治療前のカルプロテクチンレベルと比較して少なくとも１０％低減させる方法を提供する。別の態様では、カルプロテクチンのレベルは、少なくとも２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％低減する。別の態様では、カルプロテクチンのレベルは、治療前のカルプロテクチンレベルと比較して、２〜１０％、１０〜２０％、２０〜３０％、３０〜４０％、４０〜５０％、５０〜６０％、６０〜７０％、７０〜８０％、８０〜８５％、８５〜９０％、９０〜９５％、および９５〜９９％低減する。さらに別の態様では、カルプロテクチンのレベルは、１００μｇ／ｇ未満、９０μｇ／ｇ未満、８０μｇ／ｇ未満、７０μｇ／ｇ未満、６０μｇ／ｇ未満、６５μｇ／ｇ未満、５５μｇ／ｇ未満、５０μｇ／ｇ未満、４５μｇ／ｇ未満、４０μｇ／ｇ未満、または３５μｇ／ｇ未満に低減する。別の態様では、カルプロテクチンのレベルは、治療を必要とする被検体において、少なくとも８週間にわたって続く治療計画の後に低減する。別の態様では、カルプロテクチンのレベルは、治療を必要とする被検体において、治療計画の完了後８週目に低減する。さらに別の態様では、カルプロテクチンのレベルは、治療を必要とする被検体において、治療計画の完了後、１〜１２週間、２〜１２週間、３〜１２週間、４〜１２週間、５〜１２週間、６〜１２週間、７〜１２週間、８〜１２週間、９〜１２週間、１０〜１２週間、１〜２週間、２〜３週間、３〜４週間、４〜５週間、５〜６週間、６〜７週間、７〜８週間、８〜９週間、９〜１０週間、または１０〜１１週間に低減する。さらに別の態様では、カルプロテクチンのレベルは、治療を必要とする被検体において、治療計画の完了後、１２〜３０週間、１２〜２８週間、１２〜２０週間、１４〜２０週間、１４〜２６週間、１２〜１８週間、１２〜１６週間、２０〜３０週間、２５〜３０週間、および２１〜２７週間に低減する。別の態様では、カルプロテクチンのレベルは、治療を必要とする被検体において、治療計画の完了後、１週間以上、２週間以上、３週間以上、４週間以上、５週間以上、６週間以上、７週間以上、８週間以上、９週間以上、１０週間以上、１１週間以上、１２週間以上、１３週間以上、１４週間以上、１５週間以上、１６週間以上、１８週間以上、２０週間以上、２２週間以上、２４週間以上、２６週間以上、２８週間以上、３０週間以上、４０週間以上、５０週間以上後に低減する。

１つの態様では、本開示は、治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎を治療するための方法を提供し、当該方法は、当該患者を、生きた非病原性糞便細菌を含む薬学的組成物の投与を、少なくとも８週間にわたって、１週間当たり少なくとも３回行う治療計画で治療することを含む。別の態様では、本明細書において提供される任意の方法または治療計画をさらに使用して、コラーゲン蓄積大腸炎、リンパ球性大腸炎、クローン性大腸炎、憩室炎、および嚢炎からなる群から選択される１種類以上の適応症を治療することができる。

ある態様では、本開示は、治療を必要とし、３点以下のＭａｙｏ内視鏡スコアを示す被検体の潰瘍性大腸炎を治療するための方法を提供し、当該方法は、当該被検体に、生きた非病原性糞便細菌を含む薬学的組成物を投与することを含む。１つの態様では、この投与は、少なくとも８週間にわたって続く治療計画に従って行われる。ある態様では、この投与は、少なくとも８週間、および１週間当たり少なくとも３回の治療計画に従って行われる。１つの態様では、この投与は、少なくとも８週間、および１週間当たり少なくとも３回の治療計画に従って行われる。

ある態様では、本開示は、治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎を治療するための方法を提供し、当該方法は、被検体に、生きた非病原性糞便細菌を含む薬学的組成物を投与することを含み、被検体は、コルチコステロイドの併用を当該方法実施中に行わず、当該方法を開始する直前のコルチコステロイド使用がない。１つの態様では、この投与は、少なくとも９週間にわたって続く治療計画に従って行われる。ある態様では、この投与は、少なくとも８週間および１週間当たり少なくとも３回の治療計画に従って行われる。

ある態様では、本開示の被検体は、４、５、６、７、８、９、１０のＭａｙｏスコアのような治療前の少なくとも４のＭａｙｏスコアを示す。１つの態様では、本開示の被検体は、４〜９、５〜１０、５〜８、または６〜８のような治療前の４〜１０のＭａｙｏスコアを示す。

ある態様では、本開示の被検体は、４、５、６、７、８、９、１０のＵＣＥＩＳスコアのような、治療前の少なくとも４のＵＣＥＩＳスコアを示す。１つの態様では、本開示の被検体は、４〜９、５〜１０、５〜８、または６〜８のような、治療前の４〜１０のＵＣＥＩＳスコアを示す。

１つの態様では、本開示の被検体は、主要転帰を治療計画の終了時に達成することができ、主要転帰は、治療計画終了時のステロイドフリーでの臨床的寛解および内視鏡的寛解または奏効として定義され、ステロイドフリーでの臨床的寛解は、総Ｍａｙｏスコアが２点以下、かつサブスコアが１点以下として定義され、内視鏡的寛解または奏効は、内視鏡スコアのベースラインからの少なくとも１点の低減として定義される。別の態様では、本開示の被検体は、主要転帰を治療計画の終了時に達成することができ、主要転帰は、総Ｍａｙｏスコアが２点以下、かつサブスコアが１点以下として定義されるステロイドフリーでの臨床的寛解として定義される。さらに別の態様では、本開示の被検体は、主要転帰を治療計画の終了時に達成することができ、主要転帰は、内視鏡スコアのベースラインからの少なくとも１点の低減として定義されるステロイドフリーでの内視鏡的寛解または奏効として定義される。

ある態様では、本開示の被検体は、本明細書において提供される方法を開始する前の少なくとも１週間以内のステロイド使用がない。別の態様では、本開示の被検体は、本明細書において提供される方法を開始する前の少なくとも２、３、４、または５週間以内のステロイド使用がない。さらに別の態様では、本開示の被検体は、本明細書において提供される方法を開始する前の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日以内のステロイド使用がない。１つの態様では、ステロイドは、プレドニゾン、ブデソニド、またはヒドロコルチゾンとすることができる。ある態様では、本開示の被検体は、本明細書において提供される方法を開始する前の少なくとも１週間以内のコルチコステロイド使用がない。１つの態様では、本開示の被検体は、本明細書において提供される方法を開始する前のコルチコステロイド使用がない。

幾つかの態様では、本開示の方法は、被検体のベースライン腸内細菌多様性を判定することをさらに含む。ある態様では、被検体のベースライン腸内細菌多様性は、治療ステップの前の被検体の糞便サンプルのシャノン多様性を分析することにより評価される。１つの態様では、被検体のベースライン糞便シャノン多様性は、細菌種レベルに基づいて０．５〜２．２である、例えば０．５〜２．０、１．０〜２．２、または１．０〜１．５である。ある態様では、被検体の糞便シャノン多様性は、治療前と比較して少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．５％、９９．８％、または９９．９％だけ増加する。１つの態様では、被検体の糞便シャノン多様性は、治療前と比較して少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１５、２０、または３０倍だけ増加する。１つの態様では、被検体の治療後の糞便シャノン多様性は、細菌種レベルに基づいて１．５〜６．０である、例えば１．５〜５．０、１．５〜４．５、１．５〜４．０、１．５〜３．５、１．５〜３．０、１．５〜２．５、１．５〜２．０、２．０〜４．５、２．５〜４．０、３．０〜３．５、２．０〜６．０、２．５〜６．０、３．０〜６．０、３．５〜６．０、４．０〜６．０、４．５〜６．０、５．０〜６．０、および５．５〜６．０である。

特定の態様では、本開示の方法は、被検体の腸内のフソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、サテレラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、またはフソバクテリウムおよびサテレラの両方のレベルを判定することをさらに含む。幾つかの態様では、本開示の方法は、被検体の腸内のバルネシエラ（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ）、パラバクテロイデス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウムＩＶ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＩＶ）、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、ブラウチア（Ｂｌａｕｔｉａ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）、ルミノコッカス２（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ２）、およびクロストリジウムＸＶＩＩＩ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＸＶＩＩＩ）からなる群から選択される１種類以上の細菌のレベルを判定することをさらに含む。

ある態様では、本開示は、プラセボからの主要転帰率に対して、少なくとも２倍高い主要転帰率を達成することができる治療計画を提供し、主要転帰は、治療計画終了時のステロイドフリーでの臨床的寛解および内視鏡的寛解または奏効として定義され、臨床的寛解は、総Ｍａｙｏスコアが２点以下、かつ全てのサブスコアが１点以下として定義され、内視鏡的寛解または奏効は、Ｍａｙｏ内視鏡スコアのベースラインからの少なくとも１点の低減として定義される。１つの態様では、本開示は、プラセボからの主要転帰率よりも高い主要転帰率を達成することができる治療計画を提供し、主要転帰は、治療計画終了時のステロイドフリーでの臨床的寛解および内視鏡的寛解または奏効として定義され、臨床的寛解は、総Ｍａｙｏスコアが２点以下、かつ全てのサブスコアが１点以下として定義され、内視鏡的寛解または奏効は、Ｍａｙｏ内視鏡スコアのベースラインからの少なくとも１点の低減として定義される。

１つの態様では、本開示による治療計画は、少なくとも２５％、例えば少なくとも２０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、少なくとも９９．５％、または少なくとも９９．９％の主要転帰率を達成することができる。ある態様では、治療計画は、２０％〜４０％、例えば２０％〜３５％、２５％〜４０％、２５％〜３５％、２５％〜３０％、または３０％〜３５％の主要転帰率を達成することができる。

１つの態様では、本開示による治療計画は、治療計画の完了後８週目に少なくとも４０％の臨床的寛解維持率を達成することができる。ある態様では、治療計画は、治療計画の完了後８週目に、少なくとも４５％、例えば少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、少なくとも９９．５％、または少なくとも９９．９％の臨床的寛解維持率を達成することができる。ある態様では、治療計画は、治療計画の完了後８週目に、３５％〜６０％、例えば３５％〜５５％、４０％〜６０％、４０％〜５５％、４０％〜５０％、４５％〜５５％、または４５％〜５０％の臨床的寛解維持率を達成することができる。

１つの態様では、本開示による治療計画は、プラセボからのステロイドフリーでの臨床的寛解率に対して、少なくとも２倍高いステロイドフリーでの臨床的寛解率を達成することができ、臨床的寛解は、直腸出血および排便頻度に関する１点以下の合計Ｍａｙｏスコアとして定義される。ある態様では、本開示による治療計画は、プラセボからのステロイドフリーでの臨床的寛解率よりも高いステロイドフリーでの臨床的寛解率を達成することができ、臨床的寛解は、直腸出血および排便頻度に関する１点以下の合計Ｍａｙｏスコアとして定義される。ある態様では、治療計画は、少なくとも４０％、例えば少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、少なくとも９９．５％、または少なくとも９９．９％のステロイドフリーでの臨床的寛解率を達成することができる。１つの態様では、治療計画は、３５％〜５５％、例えば４０％〜５５％、３５％〜５０％、４０％〜５０％、４０％〜４５％、または４５％〜５０％のステロイドフリーでの臨床的寛解率を達成することができる。

ある態様では、本開示による治療計画は、プラセボからのステロイドフリーでの臨床的奏効率に対して、少なくとも２倍高いステロイドフリーでの臨床的奏効率を達成することができ、臨床的奏効は、３以上の総Ｍａｙｏスコア減少、または直腸出血および排便頻度に関する合計スコアのベースラインからの５０％以上の低減として定義される。１つの態様では、本開示による治療計画は、プラセボからのステロイドフリーでの臨床的奏効率よりも高いステロイドフリーでの臨床的奏効率を達成することができ、臨床的奏効は、３以上の総Ｍａｙｏスコア減少、または直腸出血および排便頻度に関する合計スコアのベースラインからの５０％以上の低減として定義される。１つの態様では、治療計画は、少なくとも５０％、例えば少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、少なくとも９９．５％、または少なくとも９９．９％のステロイドフリーでの臨床的奏効率を達成することができる。ある態様では、本開示による治療計画は、４５％〜６５％、例えば４５％〜６０％、５０％〜６５％、５０％〜６０％、５０％〜５５％、または５５％〜６０％のステロイドフリーでの臨床的奏効率を達成することができる。

１つの態様では、本開示による治療計画は、プラセボからの内視鏡的奏効率に対して、少なくとも２倍高い内視鏡的奏効率を達成することができ、内視鏡的奏効は、ベースラインからの３以上の、または５０％以上の総ＵＣＥＩＳスコア低減として定義される。１つの態様では、本開示による治療計画は、プラセボからの内視鏡的奏効率よりも高い内視鏡的奏効率を達成することができ、内視鏡的奏効は、ベースラインからの３以上の、または５０％以上の総ＵＣＥＩＳスコア低減として定義される。ある態様では、治療計画は、少なくとも３０％、例えば少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、少なくとも９９．５％、または少なくとも９９．９％の内視鏡的改善率を達成することができる。１つの態様では、治療計画は、３０％〜４５％、例えば３０％〜４０％、３５％〜４５％、または３５％〜４０％の内視鏡的奏効率を達成することができる。

１つの態様では、本開示は、治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎を治療するための方法を提供し、当該方法は、被検体に、生きた非病原性糞便細菌を含む治療用組成物の薬理活性投与量を投与することを含む。別の態様では、本開示は、生きた非病原性糞便細菌を含む組成物の使用を可能にして、潰瘍性大腸炎を治療するための医薬品を製造することができる。

幾つかの態様では、本開示の方法は、潰瘍性直腸炎、直腸Ｓ状結腸炎、左側結腸炎、および汎潰瘍性大腸炎からなる群から選択される潰瘍性大腸炎の病態を治療する。ある態様では、本開示による薬学的組成物は、糞便微生物調製物を含む。１つの態様では、薬学的組成物は、単離された、または精製された生きた非病原性糞便細菌の群集を含む。ある態様では、薬学的組成物は、非選択的糞便微生物叢を含む。１つの態様では、薬学的組成物は、非選択的で実質的に完全な糞便微生物叢を含む。ある態様では、薬学的組成物は、フルスペクトルで同定される糞便微生物叢を含む。１つの態様では、方法は、５−アミノサリチル酸剤、コルチコステロイド、免疫抑制剤、またはこれらの物質の組み合わせを投与することをさらに含む。別の態様では、方法は、５−アミノサリチル酸または５−アミノサリチル酸の誘導体、スルファサラジンまたはスルファサラジンの誘導体、もしくはこれらの物質の組み合わせを投与することをさらに含む。

１つの態様では、本開示は、治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎を治療するための方法を提供し、当該方法は、被検体の腸内のフソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、サテレラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、またはフソバクテリウムおよびサテレラの両方のレベルを判定することと、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、サテレラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、またはフソバクテリウムおよびサテレラの両方のレベルが所定のレベルを上回る場合に、糞便細菌療法を推奨することと、を含む。ある態様では、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、サテレラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、またはフソバクテリウムおよびサテレラの両方のレベルは、所定のレベルを約８％上回る、例えば所定のレベルを約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約１００％、約１５０％、または約２００％上回る。ある態様では、本開示は、治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎を治療する治療計画を選択するための方法を提供し、当該方法は、当該被検体の腸内のフソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、サテレラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、またはフソバクテリウムおよびサテレラの両方のレベルを判定することと、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、サテレラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、またはフソバクテリウムおよびサテレラの両方の当該レベルが所定の範囲にある場合に、糞便細菌療法を推奨することと、を含む。１つの態様では、所定の範囲は、所定のレベルを上回る約８％〜約５０％である、例えば所定のレベルを上回る約８％〜約４０％、約１０％〜５０％、約１５％〜約４０％、約２０％〜約３５％、または約２５％〜約３０％である。ある態様では、所定の範囲は、所定のレベルを上回る約５０％〜約２００％である、例えば所定のレベルを上回る約５０％〜約１５０％、約５０％〜約１００％、約１００％〜１５０％、約８０％〜約１２０％、約９０％〜約１１０％、または約９８％〜約１００％である。幾つかの態様では、１種類以上の細菌のレベルは、被検体の糞便を分析することにより判定される。

ある態様では、本開示は、治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎を治療する治療計画を選択するための方法を提供し、当該方法は、当該被検体の腸内のバルネシエラ（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ）、パラバクテロイデス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウムＩＶ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＩＶ）、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、ブラウチア（Ｂｌａｕｔｉａ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）、ルミノコッカス２（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ２）、およびクロストリジウムＸＶＩＩＩ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＸＶＩＩＩ）からなる群から選択される１種類以上の細菌のレベルを判定することと、選択される１種類以上の細菌のレベルが所定のレベルを上回る場合に、糞便細菌療法を推奨することと、を含む。ある態様では、選択される１種類以上の細菌のレベルは、所定のレベルを約８％上回る、例えば所定のレベルを約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約１００％、約１５０％、または約２００％上回る。ある態様では、本開示は、治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎を治療する治療計画を選択するための方法を提供し、当該方法は、当該被検体の腸内のバルネシエラ（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ）、パラバクテロイデス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウムＩＶ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＩＶ）、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、ブラウチア（Ｂｌａｕｔｉａ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）、ルミノコッカス２（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ２）、およびクロストリジウムＸＶＩＩＩ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＸＶＩＩＩ）からなる群から選択される１種類以上の細菌のレベルを判定することと、選択される１種類以上の細菌のレベルが所定の範囲にある場合に、糞便細菌療法を推奨することと、を含む。１つの態様では、所定の範囲は、所定のレベルを上回る約８％〜約５０％である、例えば所定のレベルを上回る約８％〜約４０％、約１０％〜５０％、約１５％〜約４０％、約２０％〜約３５％、または約２５％〜約３０％である。ある態様では、所定の範囲は、所定のレベルを上回る約５０％〜約２００％である、例えば所定のレベルを上回る約５０％〜約１５０％、約５０％〜約１００％、約１００％〜１５０％、約８０％〜約１２０％、約９０％〜約１１０％、または約９８％〜約１００％である。幾つかの態様では、１種類以上の細菌のレベルは、被検体の糞便を分析することにより判定される。

１つの態様では、所定のレベルは、健康な被検体において選択される１種類以上の細菌の対応するレベルにより設定される。ある態様では、所定のレベルは、被検体と同じ人口統計学的カテゴリーに属する健康な被検体において選択される１種類以上の細菌の対応するレベルにより設定される。１つの態様では、所定のレベルは、同じ被検体における総クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）またはバクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｉｏｄｅｔｅｓ）属細菌群集の存在量により設定される。

１つの態様では、本開示は、下痢、けいれん、テネスムス、体重減少、出血、食欲不振、腹痛、発熱、疲労、貧血、炎症、および微小潰瘍からなる群から選択される１種類以上の潰瘍性大腸炎症状を取り除く、または低減する方法を提供する。

１つの態様では、本開示は、治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎を治療するための方法を提供し、当該方法は、被検体に、生きた非病原性細菌を含む治療用組成物の薬理活性投与量を投与することを含む。１つの態様では、本開示は、治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎を治療するための方法を提供し、当該方法は、被検体に、生きた非病原性糞便細菌を含む治療用組成物の薬理活性投与量を毎日投与することを含む。１つの態様では、治療用組成物を、治療を必要とする潰瘍性大腸炎患者に、少なくとも２日間連続して、毎日少なくとも１回投与する。１つの態様では、治療用組成物を、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５日間連続して、毎日少なくとも１回投与する。別の態様では、治療用組成物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間連続して、毎日少なくとも１回投与する。１つの態様では、治療用組成物を、最大４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０日間連続して、もしくは最大４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０週間連続して、毎日少なくとも１回投与する。別の態様では、治療用組成物を、最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間連続して、もしくは最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月間連続して、毎日少なくとも１回投与する。さらに別の態様では、治療用組成物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月間連続して、もしくは少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２年間連続して、毎日少なくとも１回、被検体の全寿命にわたって慢性的に投与するか、または無期限に投与する。

１つの態様では、治療用組成物を、治療を必要とする潰瘍性大腸炎患者に、少なくとも２日間連続して、毎日少なくとも２回投与する。１つの態様では、治療用組成物を、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５日間連続して、毎日少なくとも２回投与する。別の態様では、治療用組成物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間連続して、毎日少なくとも２回投与する。１つの態様では、治療用組成物を、最大４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０日間連続して、もしくは最大４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０週間連続して、毎日少なくとも２回投与する。別の態様では、治療用組成物を、最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間連続して、もしくは最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月間連続して、毎日少なくとも２回投与する。さらに別の態様では、治療用組成物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月間連続して、もしくは少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２年間連続して、毎日少なくとも２回、被検体の全寿命にわたって慢性的に投与するか、または無期限に投与する。

１つの態様では、治療用組成物を、治療を必要とする潰瘍性大腸炎患者に、少なくとも２日間連続して、毎日少なくとも３回投与する。１つの態様では、治療用組成物を、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５日間連続して、毎日少なくとも３回投与する。別の態様では、治療用組成物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間連続して、毎日少なくとも３回投与する。１つの態様では、治療用組成物を、最大４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０日間連続して、もしくは最大４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０週間連続して、毎日少なくとも３回投与する。別の態様では、治療用組成物を、最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間連続して、もしくは最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月間連続して、毎日少なくとも３回投与する。さらに別の態様では、治療用組成物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月間連続して、もしくは少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２年間連続して、毎日少なくとも３回、被検体の全寿命にわたって慢性的に投与するか、または無期限に投与する。

１つの態様では、本開示は、治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎を治療するための方法を提供し、当該方法は、被検体に、非病原性の生きた合成細菌混合物、または非病原性の生きた精製もしくは抽出糞便微生物叢を含む治療用組成物の薬理活性投与量を経口投与することを含み、当該投与量は、少なくとも３日間または３週間連続して、毎日少なくとも１回または２回の投与スケジュールで投与される。別の態様では、投与量は、１〜１２週間、２〜１２週間、３〜１２週間、４〜１２週間、５〜１２週間、６〜１２週間、７〜１２週間、８〜１２週間、９〜１２週間、１０〜１２週間、１〜２週間、２〜３週間、３〜４週間、４〜５週間、５〜６週間、６〜７週間、７〜８週間、８〜９週間、９〜１０週間、または１０〜１１週間の期間にわたって、毎日少なくとも１回、２回、または３回投与される。

１つの態様では、本開示は、治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎を治療するための方法を提供し、当該方法は、第１の投与計画と、第１の投与スケジュールに続く第２の投与スケジュールと、を含む。１つの態様では、第１の投与スケジュールは、治療投与または導入投与を含む。１つの態様では、第１の投与スケジュールは、連続的な投与スケジュールを含む。別の態様では、第２の投与スケジュールは、第１の投与スケジュールの薬理活性投与量以下の維持投与量を含む。別の態様では、第２の投与計画は、少なくとも約２、４、６、８、１０、１２、１８、２４、３６、４８、７２、または９６ヶ月間続く。１つの態様では、第２の投与スケジュールは、治療対象の被検体の全寿命にわたって、または無期限に永久に続く。１つの態様では、第２の投与スケジュールは、連続的な投与スケジュールである。別の態様では、第２の投与スケジュールは、間欠的な投与スケジュールである。さらに別の態様では、第２の投与スケジュールは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日間の治療期間を含む間欠的な投与スケジュールであり、この治療期間の後に、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日間の休息期間が続く。別の態様では、第２の投与スケジュールは、１日おきに、２日おきに、または３、４、５、６、７、８日おきに２回目の投与量（例えば、維持投与量）を投与することを含む。別の態様では、維持投与量は、滴定を伴って、または伴わないで（または別様に、投与量もしくは投与スケジュールを変更しながら）長期間にわたって投与される。１つの態様では、第１の投与スケジュールと第２の投与スケジュールの間隔は、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間である。別の態様では、第２の投与スケジュール（例えば、維持投与）は、第１の投与スケジュール（例えば、初回治療用量）で使用される投与量より約２、５、１０、５０、１００、２００、４００、８００、１０００、５０００倍以上低い投与量を含む。別の態様では、第２の投与スケジュール（例えば、維持投与スケジュール）は、第１の投与スケジュール（例えば、初回治療投与スケジュール）と同じ、または第１の投与計画よりも少ない投与頻度を有する。別の態様では、第２の投与スケジュール（例えば、維持投与スケジュール）は第１の投与スケジュール（例えば、初回治療投与スケジュール）よりも長い投与間隔を有する。

１つの態様では、ある方法において使用される第１または第２の投与スケジュールは、週に１回、週に２回、または週に３回とすることができる。「ｏｎｃｅ−ａ−ｗｅｅｋ（週に１回）」という用語は、投与量が１週間のうちに１回、好ましくは各週の同じ曜日に投与されることを意味する。「Ｔｗｉｃｅ−ａ−ｗｅｅｋ（週に２回）」とは、投与量が１週間のうちに２回、好ましくは各週期間の２つの同じ曜日に投与されることを意味する。「Ｔｈｒｉｃｅ−ａ−ｗｅｅｋ（週に３回）」とは、投与量が１週間のうちに３回、好ましくは各週期間の３つの同じ曜日に投与されることを意味する。

１つの態様では、治療対象の被検体は、既に潰瘍性大腸炎を患っている被検体である。遺伝的に潰瘍性大腸炎にかかりやすいか、または罹患しやすい臨床的に無症候性のヒト被検体への開示対象の治療用組成物の投与は、潰瘍性大腸炎の臨床的症状の発症を予防するためにも有用である。遺伝的に潰瘍性大腸炎にかかりやすいか、または罹患しやすいヒト被検体は、潰瘍性大腸炎を示すか、または罹患している身近な家族、または親類を有するヒト被検体とすることができる。別の態様では、治療対象の被検体は、潰瘍性大腸炎を予防する必要がある被検体である。別の態様では、治療対象の被検体は、潰瘍性大腸炎にかかりやすいか、または潰瘍性大腸炎に罹患しやすい。別の態様では、治療対象の被検体は、潰瘍性大腸炎を有すると診断される被検体である。１つの態様では、治療対象の被検体は、治療を必要とする患者である。

１つの態様では、治療対象の被検体はヒト患者である。１つの態様では、患者は男性患者である。１つの態様では、患者は女性患者である。１つの態様では、患者は未熟児である。１つの態様では、患者は正期産児である。１つの態様では、患者は新生児である。１つの態様では、患者は乳児である。１つの態様では、患者は幼児である。１つの態様では、患者は低年齢小児である。１つの態様では、患者は子供である。１つの態様では、患者は青年期の人である。１つの態様では、患者は小児科患者である。１つの態様では、患者は老年患者である。１つの態様では、ヒト患者は、約１８、１５、１２、１０、８、６、４、３、２、または１歳以下の未成年患者である。別の態様では、ヒト患者は成人患者である。別の態様では、ヒト患者は高齢患者である。さらに別の態様では、ヒト患者は、約３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、または９５歳を超える患者である。別の態様では、患者は、約１〜５歳、２〜１０歳、３〜１８歳、２１〜５０歳、２１〜４０歳、２１〜３０歳、５０〜９０歳、６０〜９０歳、７０〜９０歳、６０〜８０歳、または６５〜７５歳である。１つの態様では、患者は、若い高齢患者（６５〜７４歳）である。１つの態様では、患者は、中程度の高齢患者（７５〜８４歳）である。１つの態様では、患者は、非常に高齢の患者（＞８５歳）である。

１つの態様では、ある方法は、治療用組成物を経口的に投与する、浣腸剤で投与する、または直腸坐剤を利用して投与することを含む。１つの態様では、本明細書において投与される治療用組成物は、腸溶性（および／または、耐酸性）カプセルもしくはマイクロカプセルとして製剤化されるか、または食品、食品添加物、乳製品ベースの製品、大豆ベースの製品、またはこれらの食品の派生物、ゼリー、もしくはヨーグルトの一部として製剤化されるか、または食品、食品添加物、乳製品ベースの製品、大豆ベースの製品、またはこれらの食品の派生物、ゼリー、もしくはヨーグルトと一緒に投与される。別の態様では、本明細書において投与される治療用組成物は、耐酸腸溶性カプセルとして製剤化される。治療用組成物は、食品または飲料と組み合わせて、販売用の粉末として提供することができる。食品または飲料は、乳製品ベースの製品または大豆ベースの製品とすることができる。別の態様では、食品または栄養補助食品は、治療用組成物を含有する腸溶性および／または耐酸性のマイクロカプセルを含む。

ある態様では、治療用組成物は液体培養物を含む。別の態様では、治療用組成物は凍結乾燥され、粉砕され、粉末化される。次に、治療用組成物を注入することができ、例えば食塩水中に浣腸剤として溶解させることができる。あるいは、粉末は、経口投与用の腸溶性および／または耐酸性カプセルとしてカプセル化することができる。これらのカプセルは、腸溶性および／または耐酸性のマイクロカプセルの形態を採ることができる。粉末は、飲料を再構成するための、または食品添加物として再構成するための口当たりの良い形態で提供することができることが好ましい。さらに別の態様では、食品はヨーグルトである。１つの態様では、粉末を再構成して、経鼻十二指腸注入を利用して注入することができる。

別の態様では、本明細書において投与される治療用組成物は、液状である、凍結状である、凍結乾燥（ｆｒｅｅｚｅ−ｄｒｉｅｄ）状である、噴霧乾燥状である、凍結乾燥（ｌｙｏｐｈｉｌｉｚｅｄ）状である、または粉末状である。さらに別の態様では、本明細書において投与される治療用組成物は、遅延放出剤形または徐放性腸溶放出剤形として製剤化される。別の態様では、本明細書において投与される治療用組成物は、賦形剤、食塩水、緩衝剤、緩衝化剤、または流体−グルコース−セロビオース寒天（ＲＧＣＡ）培地を含む。別の態様では、本明細書において投与される治療用組成物は抗凍結剤を含む。１つの態様では、抗凍結剤は、ポリエチレングリコール、スキムミルク、エリトリトール、アラビトール、ソルビトール、グルコース、フルクトース、アラニン、グリシン、プロリン、スクロース、ラクトース、リボース、トレハロース、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、グリセロール、またはこれらの物質の組み合わせを含む。

１つの態様では、本明細書において投与される治療用組成物は、酸抑制剤、制酸剤、Ｈ２拮抗薬、プロトンポンプ阻害剤、またはこれらの物質の組み合わせをさらに含む。１つの態様では、本明細書において投与される治療用組成物は、無生物を実質的に含まない。別の態様では、本明細書において投与される治療用組成物は、残留繊維、ＤＮＡ、抗ウイルスコート材料、および生存不可能な物質からなる群から選択される無細胞物質を実質的に含まない。

１つの態様では、治療用組成物はまた、ポリオール、フルクトオリゴ糖（ＦＯＳ）、オリゴフルクトース、イヌリン、ガラクトオリゴ糖（ＧＯＳ）、キシロオリゴ糖（ＸＯＳ）、ポリデキストロース、単糖、タガトース、および／またはマンノオリゴ糖からなる群から選択されるプレバイオティクス栄養素を含む、またはプレバイオティクス栄養素で補充される。

１つの態様では、ある方法は、治療用細菌または微生物叢組成物を投与する前に、被検体を抗生物質組成物で前治療することをさらに含む。１つの態様では、本明細書において投与される抗生物質組成物は、リファブチン、クラリスロマイシン、クロファジミン、バンコマイシン、リファンピシン、ニトロイミダゾール、クロラムフェニコール、およびこれらの物質の組み合わせからなる群から選択される抗生物質を含む。別の態様では、本明細書において投与される抗生物質組成物は、リファキシミン、リファマイシン誘導体、リファンピシン、リファブチン、リファペンチン、リファラジル、ビコザマイシン、アミノグリコシド、ゲンタマイシン、ネオマイシン、ストレプトマイシン、パロモマイシン、ベルダムシン、ムタマイシン、シソマイシン、ネチルマイシン、レチマイシン、カナマイシン、アズトレオナム、アズトレオナムマクロライド、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、ロキシトロマイシン、テリスロマイシン、アジスロマイシン、サリチル酸ビスマス、バンコマイシン、ストレプトマイシン、フィダキソマイシン、アミカシン、アルベカシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、パロモマイシン、ロドストレプトマイシン、トブラマイシン、アプラマイシン、およびこれらの物質の組み合わせからなる群から選択される抗生物質を含む。さらに別の態様では、ある方法は、治療用細菌または微生物叢組成物の投与の前に、被検体を抗炎症薬で前治療することをさらに含む。

１つの態様では、ある方法は、少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または９９％の潰瘍性大腸炎の寛解率、治癒率、奏効率、または解消率を達成する。１つの態様では、治療方法は、８週間の治療後に、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、または１１を超える潰瘍性大腸炎疾患活動性指数（ＵＣＤＡＩ）の低減を達成する。別の態様では、治療方法は、治療の８週間後に、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、または１１を超える潰瘍性大腸炎疾患活動性指数（ＵＣＤＡＩ）の低減を、患者集団の少なくとも１０％、２０％、３０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％の患者において達成する。１つの態様では、治療方法は、ベースライン（例えば、治療直前）と比較して、治療の８週間後に潰瘍性大腸炎疾患活動性指数（ＵＣＤＡＩ）の少なくとも１０％、２０％、３０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％の低減を達成する。１つの態様では、治療方法は、ベースライン（例えば、治療直前）と比較して、治療の８週間後に潰瘍性大腸炎疾患活動性指数（ＵＣＤＡＩ）の少なくとも１０％、２０％、３０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％の低減を、少なくとも１０％、２０％、３０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％の患者において達成する。

さらに別の態様では、患者は、Ｎ Ｅｎｇ Ｊ「Ｍｅｄ． 」１９８７；３１７：１６２５〜１６２９に掲載されたＳｃｈｒｏｅｄｅｒらによる論文で、軽度から中等度の活動性の潰瘍性大腸炎を腸溶性製剤による経口５−アミノサリチル酸療法で治療すると記載している通り、疾患活動性指数（ＤＡＩ）またはＭａｙｏスコア系を使用して評価される。１つの態様では、治療方法は、ベースライン（例えば、治療直前）と比較して、治療の８週間後にＭａｙｏスコアの少なくとも１０％、２０％、３０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％の低減を達成する。１つの態様では、治療方法は、ベースライン（例えば、治療直前）と比較して、治療の８週間後にＭａｙｏスコアの少なくとも１０％、２０％、３０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％の低減を、少なくとも１０％、２０％、３０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％の患者において達成する。

１つの態様では、薬理活性投与量または治療有効投与量は、少なくとも約１０^５、１０^６、１０^７、１０^８、１０^９、１０^１０、１０^１１、１０^１２、または１０^１３ｃｆｕを含む。別の態様では、薬理活性投与量または治療有効投与量は、最大約１０^５、１０^６、１０^７、１０^８、１０^９、１０^１０、１０^１１、１０^１２、または１０^１３ｃｆｕを含む。さらに別の態様では、薬理活性投与量または治療有効投与量は、１０^８ｃｆｕ〜１０^１４ｃｆｕ、１０^９ｃｆｕ〜１０^１３ｃｆｕ、１０^１０ｃｆｕ〜１０^１２ｃｆｕ、１０^９ｃｆｕ〜１０^１４ｃｆｕ、１０^９ｃｆｕ〜１０^１２ｃｆｕ、１０^９ｃｆｕ〜１０^１１ｃｆｕ、１０^９ｃｆｕ〜１０^１０ｃｆｕ、１０^１０ｃｆｕ〜１０^１４ｃｆｕ、１０^１０ｃｆｕ〜１０^１３ｃｆｕ、１０^１１ｃｆｕ〜１０^１４ｃｆｕ、１０^１１ｃｆｕ〜１０^１３ｃｆｕ、１０^１２ｃｆｕ〜１０^１４ｃｆｕ、および１０^１３ｃｆｕ〜１０^１４ｃｆｕからなる群から選択される。

１つの態様では、薬理活性投与量または治療有効投与量は、少なくとも約１０^５、１０^６、１０^７、１０^８、１０^９、１０^１０、１０^１１、１０^１２、または１０^１３個の細胞または胞子を含む。別の態様では、薬理活性投与量または治療有効投与量は、最大で約１０^５、１０^６、１０^７、１０^８、１０^９、１０^１０、１０^１１、１０^１２、または１０^１３個の総細胞または胞子を含む。さらに別の態様では、薬理活性投与量または治療有効投与量は、１０^８〜１０^１４、１０^９〜１０^１３、１０^１０〜１０^１２、１０^９〜１０^１４、１０^９〜１０^１２、１０^９〜１０^１１、１０^９〜１０^１０、１０^１０〜１０^１４、１０^１０〜１０^１３、１０^１１〜１０^１４、１０^１１〜１０^１３、１０^１２〜１０^１４及および１０^１３〜１０^１４個の細胞または胞子からなる群から選択される。ある態様では、薬理活性投与細胞数または治療有効投与細胞数は、生細胞に関するものである。

１つの態様では、本明細書において投与される治療用組成物は糞便細菌を含む。１つの態様では、本明細書において投与される治療用組成物は、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、エシェリヒア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、ジェムミガー（Ｇｅｍｍｉｇｅｒ）、デススルホモナス（Ｄｅｓｕｌｆｏｍｏｎａｓ）、ペプトストレプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）、およびモニリア（Ｍｏｎｉｌｉａ）からなる群から選択される１種類以上、２種類以上、３種類以上、４種類以上、または５種類以上の単離微生物、精製微生物、または培養微生物を含む。

１つの態様では、本明細書において投与される治療用組成物は、バクテロイデス・フラギリス亜種ブルガタス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ ｓｓｐ．ｖｕｌｇａｔｕｓ）、コリンゼラ・アエロファシエンス（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ）、バクテロイデス・フラギリス亜種テタイオタオミクロン（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ ｓｓｐ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ）、ペプトストレプトコッカス・プロダクタスＩＩ（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ ＩＩ）、パラバクテロイデス・ディスタゾニス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ）、フソバクテリウム・プラウスニッツィ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、コプロコッカス・オイタクツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ）、コリンゼラ・アエロファシエンスＩＩＩ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ ＩＩＩ）、ペプトストレプトコッカス・プロダクツスＩ（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ Ｉ）、ルミノコッカス・ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ）、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）、ゲンミゲル・フォルミシリス（Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ）、ビフィドバクテリウム・ロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）、ユーバクテリウム・シラエウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｒａｅｕｍ）、ルミノコッカス・トルクエス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ）、ユーバクテリウム・レクタル（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ ）、ユーバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）、バクテロイデス・エガーシイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｅｇｇｅｒｔｈｉｉ）、クロストリジウム・レプタム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌｅｐｔｕｍ）、バクテロイデス・フラギリス亜種Ａ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ ｓｓｐ．Ａ）、ユーバクテリウム・バイフォーム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ）、ビフィドバクテリウム・インファンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ）、ユーバクテリウム・レクターレＩＩＩ−Ｆ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ ＩＩＩ−Ｆ）、コプロコッカス・コメス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ）、シュードフラボニフラクター・カピローサス（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ）、ルミノコッカス・アルバス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ａｌｂｕｓ）、ドレア・フォルミシゲネランス（Ｄｏｒｅａ ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ）、ユーバクテリウム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ）、ユーバクテリウム・ヴェントリオスムＩ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ Ｉ）、フソバクテリウム・ルッシ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｕｓｓｉ）、ルミノコッカス・オベウム（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ）、ユウバクテリウム・レクターレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、クロストリジウム・ラモーサム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ）、ラクトバチルス・ライヒマニ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｅｉｃｈｍａｎｎｉｉ）、ルミノコッカス・カリダス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｌｌｉｄｕｓ）、ブチリビブリオ・クロッソタス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｃｒｏｓｓｏｔｕｓ）、アシドアミノコッカス・ファーメンタンス（Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、ユーバクテリウム・ヴェントリオスム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ）、バクテロイデス・フラギリス亜種フラギリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ ｓｓｐ．Ｆｒａｇｉｌｉｓ）、バクテロイデスＡＲ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ＡＲ）、コプロコッカス・カツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｔｕｓ）、アナエロスチペス・ハドルス（Ａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｈａｄｒｕｓ）、ユーバクテリウム・シリンドロイデス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ）、ユーバクテリウム・ルミナンティウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、ユーバクテリウムＣＨ−１（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＣＨ−１）、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、ペプトストレプトコッカスＢＬ（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ＢＬ）、ユウバクテリウム・リモサム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ）、ティセラ・プラエアキュータ（Ｔｉｓｓｉｒｅｌｌａ ｐｒａｅａｃｕｔａ）、バクテロイデスＬ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ Ｌ）、フゾバクテリウム・モルティフェルムＩ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ Ｉ）、フゾバクテリウム・ナビフォルメ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｎａｖｉｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・イノキューム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ）、クロストリジウム・ラモーサム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ）、プロピオニバクテリウム・アクネス（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）、ルミノコッカス・フラベファシエンス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ）、ルミノコッカスＡＴ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ＡＴ）、ペプトコッカスＡＵ−１（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ＡＵ−１）、バクテロイデス・フラギリス亜種オバータス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ ｓｓｐ．ｏｖａｔｕｓ）、亜種ｄ、亜種ｆ；バクテロイデスＬ−１、Ｌ−５（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ Ｌ−ｌ，Ｌ−５）；フゾバクテリウム・ヌクレアタム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｎｕｃｌｅａｔｕｍ）、フゾバクテリウム・モルティフェルム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）、エシェリキア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、ゲメラ・モルビロルム（Ｇｅｍｅｌｌａ ｍｏｒｂｉｌｌｏｒｕｍ）、フィネゴルディア・マグヌス（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎｕｓ）、ペプトコッカスＧ、−ＡＵ−２（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ Ｇ，−ＡＵ−２）；ストレプトコッカス・インターメディウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ）、ルミノコッカス・ラクタリス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔａｒｉｓ）、ルミノコッカスＣＯゲミガーＸ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ＣＯ Ｇｅｍｍｉｇｅｒ Ｘ）、コプロコッカスＢＨ、−ＣＣ（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ＢＨ，−ＣＣ）；ユーバクテリウム・テヌエ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｅｎｕｅ）、ユーバクテリウム・ラムルス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒａｍｕｌｕｓ）、バクテロイデス・クロストリジフォルミス亜種クロストリジフォルミス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｆｏｒｍｉｓ ｓｓｐ．ｃｌｏｓｔｒｉｄｌｉｆｏｒｍｉｓ）、バクテロイデス・コアグランス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、プレボテラ・オラリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｏｒａｌｉｓ）、プレボテラ・ルミニコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｒｕｍｉｎｉｃｏｌａ）、オドリバクター・スプランクニカス（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ）、デスイフォモナス・ピグラ（Ｄｅｓｕｉｆｏｍｏｎａｓ ｐｉｇｒａ）、ラクトバチルスＧ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ Ｇ）、サクシニビブリオＡ（Ｓｕｃｃｉｎｉｖｉｂｒｉｏ Ａ）、およびこれらの物質の組み合わせからなる群から選択される少なくとも１種類、少なくとも２種類、少なくとも３種類、少なくとも４種類、少なくとも５種類、少なくとも６種類、または少なくとも７種類の糞便微生物を含む。

１つの態様では、本明細書において投与される治療用組成物は、生存可能なバクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、フゾバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、エシェリキア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、ゲミガー（Ｇｅｍｍｉｇｅｒ）、デスイフォモナス（Ｄｅｓｕｌｆｏｍｏｎａｓ）、ペプトストレプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、モニリア（Ｍｏｎｉｌｉａ）、またはこれらの物質の任意の組み合わせを含まない。別の態様では、本明細書において投与される治療用組成物は、生存可能なバクテロイデス・フラギリス亜種ブルガタス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ ｓｓｐ．ｖｕｌｇａｔｕｓ）、コリンセラ・アエロファシエンス（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ）、バクテロイデス・フラギリス亜種テタイオタオミクロン（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ ｓｓｐ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ）、ペプトストレプトコッカス・プロダクツスＩＩ（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ ＩＩ）、パラバクテロイデス・ディスタソニス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ）、フゾバクテリウム・プラウスニッツイ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、コプロコッカス・ユウタクタス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ）、コリンセラ・アエロファシエンスＩＩＩ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ ＩＩＩ）、ペプトストレプトコッカス・プロダクツスＩ（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ Ｉ）、ルミノコッカス・ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ）、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）、ゲミガー・フォルミシリス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｒａｅｕｍ）、ビフィドバクテリアム・ロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）、ユーバクテリウム・シラエウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｒａｅｕｍ）、ルミノコッカス・トルキース（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ）、ユーバクテリウム・レクターレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、ユーバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）、バクテロイデス・エガーシイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｅｇｇｅｒｔｈｉｉ）、クロストリジウム・レプタム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌｅｐｔｕｍ）、バクテロイデス・フラギリス亜種Ａ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ ｓｓｐ．Ａ）、ユーバクテリウム・ビフォルメ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｏｒｍｅ）、ビフィドバクテリウム・インファンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ）、ユーバクテリウム・レクターレＩＩＩ−Ｆ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ ＩＩＩ−Ｆ）、コプロコッカス・コメス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ）、シュードフラボニフラクター・カピローサス（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ）、ルミノコッカス・アルブス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ａｌｂｕｓ）、ドレア・フォルミシゲネランス（Ｄｏｒｅａ ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ）、ユーバクテリウム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ）、ユーバクテリウム・ヴェントリオスムＩ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ Ｉ）、フゾバクテリウム・ルッシ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｕｓｓｉ）、ルミノコッカス・オベウム（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ）、ユーバクテリウム・レクターレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、クロストリジウム・ラモーサム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ）、ラクトバチルス・ライヒマンニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｅｉｃｈｍａｎｎｉｉ）、ルミノコッカス・カリダス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｌｌｉｄｕｓ）、ブチリビブリオ・クロッソタス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｃｒｏｓｓｏｔｕｓ）、アシダミノコッカス・フェルメンタンス（Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、ユーバクテリウム・ヴェントリオスム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ）、バクテロイデス・フラギリス亜種フラギリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ ｓｓｐ．ｆｒａｇｉｌｉｓ）、バクテロイデスＡＲ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ＡＲ）、コプロコッカス・カツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｔｕｓ）、アナエロスチペス・ハドルス（Ａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｈａｄｒｕｓ）、ユーバクテリウム・シリンドロイデス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ）、ユーバクテリウム・ルミナンチウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、ユーバクテリウムＣＨ−１（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＣＨ−１）、スタフィロコッカス・エピデルミディス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、ペプトストレプトコッカスＢＬ（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ＢＬ）、ユーバクテリウム・リモーサム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ）、ティセラ・プラエアキュータ（Ｔｉｓｓｉｒｅｌｌａ ｐｒａｅａｃｕｔａ）、バクテロイデスＬ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ Ｌ）、フゾバクテリウム・モルティフェルムＩ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ Ｉ）、フゾバクテリウム・ナビフォルメ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｎａｖｉｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・イノキューム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ）、クロストリジウム・ラモーサム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ）、プロピオニバクテリウム・アクネス（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ）、ルミノコッカス・フラベファシエンス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ）、ルミノコッカスＡＴ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ＡＴ）、ペプトコッカスＡＵ−１（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ＡＵ−１）、バクテロイデス・フラギリス亜種オバータス、亜種ｄ、亜種ｆ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ ｓｓｐ．ｏｖａｔｕｓ，−ｓｓｐ．ｄ，−ｓｓｐ．ｆ）；バクテロイデスＬ−ｌ、Ｌ−５（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ Ｌ−１，Ｌ−５）；フゾバクテリウム・ヌクレアタム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｎｕｃｌｅａｔｕｍ）、フゾバクテリウム・モルティフェルム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）、エシェリキア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、ゲメラ・モルビロルム（Ｇｅｍｅｌｌａ ｍｏｒｂｉｌｌｏｒｕｍ）、フィネゴルディア・マグヌス（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎｕｓ）、ペプトコッカスＧ、−ＡＵ−２（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ Ｇ，−ＡＵ−２）；ストレプトコッカス・インターメディウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ）、ルミノコッカス・ラクタリス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔａｒｉｓ）、ルミノコッカスＣＯゲミガーＸ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ＣＯ Ｇｅｍｍｉｇｅｒ Ｘ）、コプロコッカスＢＨ、−ＣＣ（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ＢＨ，−ＣＣ）；ユーバクテリウム・テヌエ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｅｎｕｅ）、ユーバクテリウム・ラムルス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒａｍｕｌｕｓ）、バクテロイデス・クロストリジフォルミス亜種クロストリジフォルミス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｆｏｒｍｉｓ ｓｓｐ．ｃｌｏｓｔｒｉｄｌｉｆｏｒｍｉｓ）、バクテロイデス・コアグランス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、プレボテラ・オラリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｏｒａｌｉｓ）、プレボテラ・ルミニコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｒｕｍｉｎｉｃｏｌａ）、オドリバクター・スプランクニカス（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ）、デスイフォモナス・ピグラ（Ｄｅｓｕｉｆｏｍｏｎａｓ ｐｉｇｒａ）、ラクトバチルスＧ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ Ｇ）、サクシニビブリオＡ（Ｓｕｃｃｉｎｉｖｉｂｒｉｏ Ａ）、またはこれらの物質の組み合わせを含まない。

１つの態様では、本明細書において投与される治療用組成物は糞便微生物叢を含む。別の態様では、本明細書において使用される糞便微生物叢の調製は、エタノール処理、洗浄剤処理、熱処理、照射、および超音波処理からなる群から選択される処理を含む。別の態様では、本明細書において使用される糞便微生物叢の調製は、エタノール処理、洗浄剤処理、熱処理、照射、および超音波処理からなる群から選択される処理を含まない。１つの態様では、本明細書において使用される糞便微生物叢の調製は、密度勾配法、ろ過処理（例えば、ふるい、ナイロンメッシュ）、およびクロマトグラフィーからなる群から選択される分離工程を含む。別の態様では、本明細書において使用される糞便微生物叢の調製は、密度勾配法、ろ過処理（例えば、ふるい、ナイロンメッシュ）、およびクロマトグラフィーからなる群から選択される分離工程を含まない。別の態様では、本明細書において使用される糞便微生物叢は、ドナーの全糞便微生物叢を含む。別の態様では、本明細書において投与される治療用組成物は、糞便微生物叢のドナーに由来する真核細胞を実質的に含まない糞便微生物叢を含む。

別の態様では、本明細書において投与される治療用組成物は、糞便微生物をさらに補充した、植種した、または増強した糞便微生物叢を含む。１つの態様では、糞便微生物叢に、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ベイヨネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、バチルス（Ｂａｃｃｉｌｌｕｓ）、またはこれらの物質の組み合わせの非病原性（または、弱毒化病原性）細菌を補充する。別の態様では、本明細書において投与される治療用組成物は、便微生物叢は、ベイヨネラ種（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）、フィルミクテス種（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、ガンマプロテオバクテリア種（Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、バクテロイデス種（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、またはこれらの物質の組み合わせの種をさらに補充した、植種した、または補強した糞便微生物叢を含む。別の態様では、本明細書において投与される治療用組成物は、糞便細菌胞子をさらに補充した糞便微生物叢を含む。１つの態様では、糞便細菌胞子は、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）胞子、バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）胞子、またはクロストリジウム胞子およびバチルス胞子の両方である。

ある態様では、治療用組成物は、ヒト、ウシ、乳用子牛、反すう動物、ヒツジ、ヤギ、またはシカからなる群から選択される被検体に由来する糞便微生物叢を含む。別の態様では、治療用組成物は、ヒト、ウシ、乳用子牛、反すう動物、ヒツジ、ヤギ、またはシカからなる群から選択される被検体に投与することができる。ある態様では、治療用組成物は実質的に無臭であるか、またはほとんど無臭である。

ある態様では、本明細書において提供または投与される治療用組成物は、０．３以上、０．４以上、０．５以上、０．６以上、０．７以上、０．８以上、０．９以上、１．０以上、１．１以上、１．２以上、１．３以上、１．４以上、１．５以上、１．６以上、１．７以上、１．８以上、１．９以上、２．０以上、２．１以上、２．２以上、２．３以上、２．４以上、２．５以上、３．０以上、３．１以上、３．２以上、３．３以上、３．４以上、３．５以上、３．６以上、３．７以上、３．８以上、３．９以上、４．０以上、４．１以上、４．２以上、４．３以上、４．４以上、４．５以上、または５．０以上のシャノン多様性指数を有する糞便微生物叢を含む。別の態様では、治療用組成物は、０．１〜３．０、０．１〜２．５、０．１〜２．４、０．１〜２．３、０．１〜２．２、０．１〜２．１、０．１〜２．０、０．４〜２．５、０．４〜３．０、０．５〜５．０、０．７〜５．０、０．９〜５．０、１．１〜５．０、１．３〜５．０、１．５〜５．０、１．７〜５．０、１．９〜５．０、２．１〜５．０、２．３〜５．０、２．５〜５．０、２．７〜５．０、２．９〜５．０、３．１〜５．０、３．３〜５．０、３．５〜５．０、３．７〜５．０、３１．９〜５．０、または４．１〜５．０のシャノン多様性指数を有する糞便微生物叢を含む。１つの態様では、シャノン多様性指数は、門レベルで計算される。別の態様では、シャノン多様性指数は、科レベルで計算される。１つの態様では、シャノン多様性指数は、属レベルで計算される。別の態様では、シャノン多様性指数は種レベルで計算される。さらに別の態様では、治療用組成物は、正常な健康なヒト糞便細菌叢に似た割合の含有量の細菌叢調製物を含む。

さらに別の態様では、治療用組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０の異なる科に由来する糞便細菌を含む。さらに別の態様では、治療用組成物は、複数のドナーに由来する糞便細菌を含む。ある態様では、本明細書において提供または投与される治療用組成物は、重量割合で０．０５％、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、または１０％以下の非生体物質／重い生物学的物質を含む糞便微生物叢を含む。別の態様では、本明細書において提供または投与される治療用組成物は、重量割合で２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％，８０％，８５％，９０％，または９５％以下の非生体物質／重い生物学的物質を含む糞便微生物叢を含む。別の態様では、本明細書において提供または投与される治療用組成物は、２．０ｍｍ、１．０ｍｍ、０．５ｍｍ、０．２５ｍｍ、０．２１２ｍｍ、０．１８０ｍｍ、０．１５０ｍｍ、０．１２５ｍｍ、０．１０６ｍｍ、０．０９０ｍｍ、０．０７５ｍｍ、０．０６３ｍｍ、０．０５３ｍｍ、０．０４５ｍｍ、０．０３８ｍｍ、０．０３２ｍｍ、０．０２５ｍｍ、０．０２０ｍｍ、０．０１ｍｍ、または０．２ｍｍのふるいサイズ、除外サイズ、または粒子ろ過サイズを有するふるい、カラム、または同様のろ過装置を通過する糞便サンプルの非生体物質の粒子および／または生物学的物質の粒子を含む、粒子により構成されるか、または粒子により基本的に構成される。「Ｎｏｎ−ｌｉｖｉｎｇ ｍａｔｅｒｉａｌ（非生体物質）」は賦形剤、例えば処理対象の糞便材料に添加される抗凍結剤のような薬学的に不活性な物質を含まない。「Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｍａｔｅｒｉａｌ（生物学的物質）」は、糞便材料中の生きた物質を指しており、細菌および古細菌のような原核細胞（例えば、胞子を形成して生きた原核細胞になることができる生きた原核細胞および胞子）、原虫および真菌、ならびにウイルスのような真核細胞を含む微生物を含む。１つの実施形態では、「ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｍａｔｅｒｉａｌ（生物学的物質）」とは、正常な健康なヒトの結腸に存在する生体物質、例えば微生物、真核細胞、およびウイルスを指している。ある態様では、本明細書において提供または投与される治療用組成物は、当該組成物が実質的に無臭であるヒト糞便の抽出物を含む。ある態様では、本明細書において提供または投与される治療用組成物は、凍結乾燥製剤、粗精製製剤、半精製製剤、または精製製剤中の糞便材料または糞便細菌叢調製物を含む。

ある態様では、治療用組成物中の糞便微生物叢は、高度に微調整または精製された糞便細菌叢、例えば糞便細菌叢材料以外の材料を実質的に含まない糞便細菌叢を含む。ある態様では、糞便微生物叢をさらに処理して、例えば篩分けの前に、後に、または前後に精密ろ過することができる。別の態様では、高度に精製された糞便微生物叢の代謝産物を限外ろ過して大きな分子を除去するが、治療用微生物叢、例えば細菌を保持する。

別の態様では、本明細書において使用される治療用組成物中の糞便微生物叢は、実質的に単離された、もしくは精製された糞便細菌叢または全（もしくは実質的に全ての）微生物叢を含むか、または基本的に糞便細菌叢または全微生物叢により構成され、全微生物叢は、糞便細菌叢の単離物であり（または、単離物を含み）、単離物は、糞便細菌叢材料以外の材料を少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、または９９．９％単離して、または精製して得られる、もしくは約０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、または１．０％以下の糞便細菌叢材料以外の材料を有するか、それよりも多くの糞便細菌叢材料以外の材料を有する、もしくはＳａｄｏｗｓｋｙらによるＷＯ２０１２／１２２４７８Ａ１号パンフレット、またはＢｏｒｏｄｙらによるＷＯ２０１２／０１６２８７Ａ２号パンフレットに記載されているように、実質的に単離、精製された細菌叢であるか、または実質的に全ての細菌叢である。

ある態様では、治療用組成物中の糞便微生物叢は、ドナーの実質的に全ての、または非選択的な糞便微生物叢、再構成糞便材料、または合成糞便材料を含む。別の態様では、治療用組成物中の糞便微生物叢は抗生物質耐性群集を含まない。別の態様では、治療用組成物は糞便微生物叢を含み、異物（例えば、残留繊維、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ウイルスコート材料、非生存材料のような無細胞物質を含む非生体物質、および糞便物質のドナーに由来する真核細胞のような生体物質）をほとんど含まない。

ある態様では、本明細書において使用される治療用組成物中の糞便微生物叢は、疾患スクリーニングされた新鮮な同種糞便または同等に凍結乾燥され、再構成された糞便に由来する。ある態様では、新鮮な同種糞便は抗生物質耐性群集を含まない。別の態様では、治療用組成物中の糞便微生物叢は合成糞便組成物に由来する。ある態様では、合成糞便組成物は、好ましくは比例含有量で、抗生物質耐性群集を含まない正常な健康なヒト糞便細菌叢に類似する生きた細菌叢の調製物を含む。好適な微生物は、以下から選択することができる：バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、エシェリヒア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、ジェミガー（Ｇｅｍｍｉｇｅｒ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、デススルホモナス（Ｄｅｓｕｌｆｏｍｏｎａｓ）、ペプトストレプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）、およびルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）。

ある態様では、治療用組成物を制酸剤のような他のアジュバントと組み合わせて、胃内の細菌不活性化を抑制する。（例えば、Ｍｙｌａｎｔａ、Ｍｕｃａｉｎｅ、Ｇａｓｔｒｏｇｅｌ）。別の態様では、胃内の酸分泌は、Ｈ２−拮抗薬またはプロトンポンプ阻害剤を使用して薬学的に抑制することもできる。Ｈ２−拮抗薬の例は、ラニチジンである。プロトンポンプ阻害剤の例は、オメプラゾールである。１つの態様では、酸抑制剤は、治療用組成物を投与する前に、または治療用組成物の投与と同時に投与される。

ある態様では、治療用組成物は、以下の形態である：適切な希釈剤で再構成することができる浣腸組成物、腸溶性カプセル、腸溶性マイクロカプセル、耐酸性錠剤、耐酸性カプセル、耐酸性マイクロカプセル、鼻腔内注入もしくは結腸鏡下注入に適する希釈剤で再構成される粉末、経口摂取に適する希釈剤、香味剤、および胃酸抑制剤で再構成される粉末、食品もしくは飲料で再構成される粉末、または組成物、粉末、ゼリー、もしくは液体の腸溶性および／もしくは耐酸性のマイクロカプセルを含む食品もしくは栄養補助食品。

ある態様では、治療方法は、潰瘍性大腸炎の症状の治癒、低減、または症状の割合の低減をもたらす。細菌叢の変化は、可能な限り「ｎｅａｒ−ｃｏｍｐｌｅｔｅ（ほぼ完全）」であることが好ましく、細菌叢は、残っている元の細菌叢が必ず密集することになる生きた微生物により置き換えられる。典型的に、腸内細菌叢中の変化は、胃腸系への一連の所定の細菌叢の導入を含み、したがって好ましい形態では、治療方法は、このような治療を必要とする患者の病原性腸内細菌叢を、実質的にまたは完全に置き換えることを含む。

別の態様では、治療用組成物を薬学的に許容される担体と一緒に投与することができる。本明細書において使用されるように、「ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｌｙ ａｃｃｅｐｔａｂｌｅ ｃａｒｒｉｅｒ（薬学的に許容される担体）」とは、薬学的組成物、例えば患者に投与することができる投与剤形の形成を可能にする、生きた細菌と混合される無毒性の溶媒、分散剤、賦形剤、アジュバント、または他の材料を指している。薬学的に許容される担体は、液体（例えば、生理食塩水）、ゲル、または固体の希釈剤、アジュバント、賦形剤、もしくは耐酸性の封入成分とすることができる。好適な希釈剤および賦形剤には、薬学的グレードの生理食塩水、デキストロース、グリセロール、マンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、セルロース、炭酸マグネシウムなど、およびこれらの組み合わせが含まれる。別の態様では、治療用組成物は、湿潤剤または乳化剤のような補助物質、安定化剤、またはｐＨ緩衝剤を含有していてもよい。ある態様では、治療用組成物は、約１％〜５％、５％〜１０％、１０％〜１５％、１５〜２０％、２０％〜２５％、２５〜３０％、３０〜３５％、４０〜４５％、５０％〜５５％、１％〜９５％、２％〜９５％、５％〜９５％、１０％〜９５％、１５％〜９５％、２０％〜９５％、２５％〜９５％、３０％〜９５％、３５％〜９５％、４０％〜９５％、４５％〜９５％、５０％〜９５％、５５％〜９５％、６０％〜９５％、６５％〜９５％、７０％〜９５％、４５％〜９５％、８０％〜９５％、または８５％〜９５％の活性成分を含有する。ある態様では、治療用組成物は、約２％〜７０％、５％〜６０％、１０％〜５０％、１５％〜４０％、２０％〜３０％、２５％〜６０％、３０％〜６０％、または３５％〜６０％の活性成分を含有する。

ある態様では、治療用組成物を錠剤、飲薬、ボーラス、カプセル、またはプレミックスに配合することができる。このような投与剤形へのこれらの活性成分の製剤化は、薬学的製剤分野で周知の方法により達成することができる。例えば、米国特許第４，３９４、３７７号を参照されたい。ゼラチンカプセルに任意の所望の剤形の活性成分を充填すると、カプセルを容易に製造することができる。必要に応じて、これらの材料は、砂糖、デンプン、粉ミルク、精製結晶セルロースなどのような不活性粉末希釈剤で希釈することができ、カプセルに充填するのに便利なように容積を増やすことができる。

ある態様では、従来の製剤プロセスを使用して、治療用組成物を含有する錠剤を調製することができる。活性成分の他に、錠剤は、基剤、崩壊剤、吸収剤、結合剤、および滑沢剤を含むことができる。典型的な基剤として、ラクトース、砂糖、塩化ナトリウム、デンプン、およびマンニトールを挙げることができる。デンプンもアルギン酸と同様に優れた崩壊剤である。ラウリル硫酸ナトリウムおよびジオクチルスルホコハク酸ナトリウムのような界面活性剤もまた、使用される場合がある。広く使用される吸収剤は、デンプンおよびラクトースを含む。炭酸マグネシウムは、油性物質にも有用である。結合剤としては、例えばゼラチン、ガム、デンプン、デキストリン、ポリビニルピロリドン、および種々のセルロース誘導体を使用することができる。広く使用される滑沢剤の中でもとりわけ、ステアリン酸マグネシウム、タルク、パラフィンワックス、様々な金属石鹸、およびポリエチレングリコールがある。

ある態様では、錠剤のような固形組成物を調製する場合、活性成分を薬学的担体、例えばコーンスターチ、ラクトース、スクロース、ソルビトール、タルク、ステアリン酸、ステアリン酸マグネシウム、リン酸二カルシウム、もしくはガムのような従来の錠剤化成分と混合するか、または他の薬学的希釈剤、例えば水と混合して、本発明の組成物の均質混合物を含有する固形予備処方組成物を形成する。これらの予備処方組成物を均質であると記載する場合、活性成分が組成物全体に均一に分散されていて、組成物を錠剤、丸薬、およびカプセルのような等しく有効な単位投与剤形に容易に細分割することができることを意味している。次に、この固形予備処方組成物を、所望量（例えば、少なくとも約１０^５、１０^６、１０^７、１０^８、１０^９、１０^１０、１０^１１、１０^１２、または１０^１３ｃｆｕ）の活性成分を含有する上記のタイプの単位投与剤形に細分割する。本明細書において使用される治療用組成物には、風味を付けることができる。

ある態様では、治療用組成物は錠剤または丸薬とすることができる。１つの態様では、錠剤または丸薬にコーティングを施すか、または別様に、錠剤もしくは丸薬を配合して、長期作用の利点をもたらす投与剤形を形成することができる。例えば、錠剤または丸薬は、内部投与成分および外部投与成分を含むことができ、外部投与成分が内部投与成分を上から包み込む剤形である。２つの成分は、腸溶層で分離することができ、腸溶層は、胃内の崩壊に耐えて、内部成分が無傷で通過して十二指腸に達することができるか、または内部成分の放出を遅らせることができるように作用する。多種多様な材料をこのような腸溶層またはコーティングに使用することができ、このような材料には、複数種類のポリマー酸、およびポリマー酸と、シェラック、セチルアルコール、ならびに酢酸セルロースのような材料との複数種類の混合物が含まれる。

ある態様では、治療用組成物は飲薬とすることができる。１つの態様では、飲薬は、生理食塩水の懸濁液の形態の治療用組成物を選択することにより調製される。水溶性の形態の一方の成分は、懸濁液の一方の成分を水溶液の他方の成分と合わせて調製することにより、水不溶性の形態の他方の成分と合わせて使用することができる。水不溶性の形態のいずれの活性成分も、懸濁液として調製することができるか、またはポリエチレングリコールのような幾つかの生理学的に許容される溶媒中で調製することができる。水不溶性の形態のいずれの活性成分の懸濁液も、ピーナッツ油、コーン油、ゴマ油などのような油の中で調製することができる、プロピレングリコールまたはポリエチレングリコールのようなグリコールの中で調製することができるか、もしくは特定の活性成分の溶解度に応じて、水の中で調製することができる。活性成分を懸濁状態に保つためには、好適な生理学的に許容されるアジュバントが必要となる。アジュバントは、カルボキシメチルセルロース、ポリビニルピロリドン、ゼラチン、およびアルギン酸塩のような増粘剤を含むことができ、増粘剤の中から選択することができる。界面活性剤は普通、活性成分、特に脂溶性プロピオン酸塩増強化合物を懸濁するように作用する。液体非溶媒中で懸濁液を作製するために最も有用なものが、アルキルフェノールポリエチレンオキシド付加物、ナフタレンスルホネート、アルキルベンゼンスルホネート、およびポリオキシエチレンソルビタンエステルである。さらに、液体の親水性、密度、および表面張力に影響を与える多くの物質が、懸濁液を個々の場合において作製し易くすることができる。例えば、シリコーン消泡剤、グリコール、ソルビトール、および糖は、有用な懸濁剤とすることができる。

ある態様では、治療用組成物は、クロストリジウム・アブソナム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｂｓｏｎｕｍ）、クロストリジウム・アルゼンチネンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｒｇｅｎｔｉｎｅｎｓｅ）、クロストリジウム・バラティ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂａｒａｔｉｉ）、クロストリジウム・ボツリヌス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ）、クロストリジウム・カダベリス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃａｄａｖｅｒｉｓ）、クロストリジウム・カーニス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃａｒｎｉｓ）、クロストリジウム・セラータム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌａｔｕｍ）、クロストリジウム・ショーボ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｈａｕｖｏｅｉ）、クロストリジウム・クロストリディオフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・コクレアリウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｏｃｈｌｅａｒｉｕｍ）、クロストリジウム・ファラックス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｆａｌｌａｘ）、クロストリジウム・フェルシネウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｆｅｌｓｉｎｅｕｍ）、クロストリジウム・ゴニ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｈｏｎｉｉ）、クロストリジウム・グリコリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｍ）、クロストリジウム・ヘモリチカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・ハスティフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｓｔｉｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・ヒストリチカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・インドリス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ）、クロストリジウム・イレグレア（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｒｒｅｇｕｌａｒｅ）、クロストリジウム・リモーサム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ）、クロストリジウム・マレノミナツム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｍａｌｅｎｏｍｉｎａｔｕｍ）、クロストリジウム・ノビイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｎｏｖｙｉ）、クロストリジウム・オロティカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｏｒｏｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・パラプトリフィカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐａｒａｐｕｔｒｉｆｉｃｕｍ）、クロストリジウム・パーフリンジェンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、ティザー菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｉｌｉｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・プトレファシエンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｕｔｒｅｆａｃｉｅｎｓ）、クロストリジウム・プトリフィカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｕｔｒｉｆｉｃｕｍ）、クロストリジウム・サルディニエンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｒｄｉｎｉｅｎｓｅ）、クロストリジウム・サルタゴフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｒｔａｇｏｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・シンデンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ）、クロストリジウム・セプチカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｅｐｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・ソルデリィイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ）、クロストリジウム・スフェノイデス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｈｅｎｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム・スピロフォルム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｉｒｏｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・スポロゲネス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ）、クロストリジウム・サブターミナレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｕｂｔｅｒｍｉｎａｌｅ）、クロストリジウム・シンビオサム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ，）、クロストリジウム・ターティウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｒｔｉｕｍ）、クロストリジウム・テタニ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ）、ウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｗｅｌｃｈｉｉ）、およびフィリファクター・ビロサス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｖｉｌｌｏｓｕｍ）からなる群から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、または４つ以上のクロストリジウム種の非病原性胞子を含む。

ある態様では、治療用組成物は、精製、単離、または培養された生存可能な非病原性クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）と、コリンゼラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、およびルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）からなる群から選択される１つ以上の属に由来する複数種類の精製、単離、または培養された生存可能な非病原性微生物と、を含む。別の態様では、治療用組成物は、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、およびルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）からなる群から選択される１つ以上の属に由来する複数種類の精製、単離、または培養された生存可能な非病原性微生物を含む。

ある態様では、治療用組成物は、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、およびルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）からなる群から選択される２つ以上の属を含む。別の態様では、治療用組成物は、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、およびルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）からなる群から選択される２つ以上の属を含む。さらに別の態様では、治療用組成物は、コプロコッカス・カタス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｔｕｓ）、コプロコッカス・コメス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ）、ドレア・ロンジカテナ（Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、ユーバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）、ユーバクテリウム・ハドルム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｄｒｕｍ）、ユーバクテリウム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ）、ユーバクテリウム・レクターレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、およびルミノコッカス・トルキース（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ）からなる群から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、または５つ以上の種を含む。

１つの態様では、治療用組成物は少なくとも約１０^５、１０^６、１０^７、１０^８、１０^９、１０^１０、１０^１１、１０^１２、または１０^１３ｃｆｕを含む。別の態様では、治療用組成物は最大約１０^５、１０^６、１０^７、１０^８、１０^９、１０^１０、１０^１１、１０^１２、１０^１３、または１０^１４ｃｆｕを含む。

別の態様では、治療用組成物は少なくとも約１０^５、１０^６、１０^７、１０^８、１０^９、１０^１０、１０^１１、１０^１２、または１０^１３個の細胞を含む。別の態様では、治療用組成物は最大約１０^５、１０^６、１０^７、１０^８、１０^９、１０^１０、１０^１１、１０^１２、１０^１３、または１０^１４個の細胞を含む。

これまでの説明から、本発明は、以下の実施形態を含むが以下の実施形態に限定されない様々な方法で具体化することができることが理解されよう。

１．治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎（ＵＣ）を治療するための方法であって、被検体を、少なくとも８週間にわたって、１週間当たり少なくとも３回、生きた非病原性糞便細菌を含む薬学的組成物を投与する治療計画で治療することを含む、方法。

２．治療を必要とする被検体の症状を治療するための方法であって、被検体を、少なくとも８週間にわたって、１週間当たり少なくとも３回、生きた非病原性糞便細菌を含む薬学的組成物を投与する治療計画で治療することを含み、症状は、コラーゲン性大腸炎、リンパ球性大腸炎、クローン性大腸炎、憩室炎、およびパウチ炎からなる群から選択される、方法。

３．治療計画は、プラセからの主要転帰率に対して、少なくとも２倍高い主要転帰率を達成することができ、主要転帰は、治療計画終了時のステロイドフリーでの臨床的寛解および内視鏡的寛解または奏効として定義され、臨床的寛解は、総Ｍａｙｏスコアが２点以下、かつ全てのサブスコアが１点以下として定義され、内視鏡的寛解または奏効は、Ｍａｙｏ内視鏡スコアのベースラインからの少なくとも１点の低減として定義される、実施形態１または２に記載の方法。

４．治療計画は、少なくとも２５％の主要転帰率を達成することができる、実施形態３に記載の方法。

５．治療計画は、２０％〜４０％の主要転帰率を達成することができる、実施形態３に記載の方法。

６．治療計画は、治療計画の完了後８週目に、少なくとも４０％の臨床的寛解維持率を達成することができる、実施形態３に記載の方法。

７．治療計画は、治療計画の完了後８週目に、３５％〜６０％の臨床的寛解維持率を達成することができる、実施形態３に記載の方法。

８．治療計画は、プラセボからのステロイドフリーでの臨床的寛解率に対して、少なくとも２倍高いステロイドフリーでの臨床的寛解率を達成することができ、臨床的寛解は直腸出血および排便頻度に関する１点以下の合計Ｍａｙｏスコアとして定義される、実施形態１または２に記載の方法。

９．治療計画は、少なくとも４０％のステロイドフリーでの臨床的寛解率を達成することができる、実施形態８に記載の方法。

１０．治療計画は、３５％〜５５％のステロイドフリーでの臨床的寛解率を達成することができる、実施形態８に記載の方法。

１１．治療計画は、プラセボからのステロイドフリーでの臨床的奏効率に対して、少なくとも２倍高いステロイドフリーでの臨床的奏効率を達成することができ、３以上の総Ｍａｙｏスコアの減少、または臨床的奏効は直腸出血および排便頻度に関する合計スコアのベースラインからの５０％以上の低減として定義される、実施形態１または２に記載の方法。

１２．治療計画は、少なくとも５０％のステロイドフリーでの臨床的奏効率を達成することができる、実施形態１１に記載の方法。

１３．治療計画は、４５％〜６５％のステロイドフリーでの臨床的奏効率を達成することができる、実施形態１１に記載の方法。

１４．治療計画は、プラセボからの内視鏡的奏効率に対して、少なくとも２倍高い内視鏡的奏効率を達成することができ、内視鏡的奏効は、総ＵＣＥＩＳスコアの３以上の減少、またはベースラインからの５０％以上の低減として定義される、実施形態１または２に記載の方法。

１５．治療計画は、少なくとも３０％の内視鏡的奏効率を達成することができる、実施形態１４に記載の方法。

１６．治療計画は、３０％〜４５％の内視鏡的奏効率を達成することができる、実施形態１４に記載の方法。

１７．方法は、被検体のベースライン腸内細菌多様性を判定することをさらに含む、実施形態１または２に記載の方法。

１８．被検体のベースライン腸内細菌多様性は、治療ステップの前に、被検体の糞便サンプルのシャノン多様性を分析することにより評価される、実施形態１７に記載の方法。

１９．被検体の糞便のシャノン多様性は、細菌種レベルに応じて０．５〜２．２である、実施形態１８に記載の方法。

２０．方法は、被検体の腸内のフソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ステッタレラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、またはフソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）およびステッタレラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）の両方のレベルを判定することをさらに含む、実施形態１または２に記載の方法。

２１．方法は、被検体の腸内のバルネシエラ（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ）、パラバクテロイデス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウムＩＶ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＩＶ）、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、ブラウチア（Ｂｌａｕｔｉａ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）、ルミノコッカス２（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ２）、およびクロストリジウムＸＶＩＩＩ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＸＶＩＩＩ）からなる群から選択される１種類以上の細菌のレベルを判定することをさらに含む、実施形態１または２に記載の方法。

２２．薬学的組成物は糞便微生物調製物を含む、実施形態１または２に記載の方法。

２３．被検体は、治療ステップの前に、少なくとも４のＭａｙｏスコアを示す、実施形態１または２に記載の方法。

２４．被検体は、治療ステップの前に、４〜１０のＭａｙｏスコアを示す、実施形態１または２に記載の方法。

２５．治療を必要とし、３点以下のＭａｙｏ内視鏡スコアを示す被検体の潰瘍性大腸炎（ＵＣ）を治療するための方法であって、被検体に、生きた非病原性糞便細菌を含む薬学的組成物を投与することを含む、方法。

２６．投与は、少なくとも８週間にわたって続く治療計画に従って行われる、実施形態２５に記載の方法。

２７．投与は、少なくとも８週間および１週間当たり少なくとも３回の治療計画に従って行われる、実施形態２５に記載の方法。

２８．被検体は、治療計画の終了時に主要転帰を達成することができ、主要転帰は、治療計画終了時のステロイドフリーでの臨床的寛解および内視鏡的寛解または奏効として定義され、ステロイドフリーでの臨床的寛解は、総Ｍａｙｏスコアが２点以下、かつ全てのサブスコアが１点以下として定義され、内視鏡的寛解または奏効は、内視鏡スコアのベースラインからの少なくとも１点の低減として定義される、実施形態２７に記載の方法。

２９．投与ステップは、少なくとも８週間にわたって毎日という治療計画に従って行われる、実施形態２５に記載の方法。

３０．治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎（ＵＣ）を治療するための方法であって、当該方法は、被検体に、生きた非病原性糞便細菌を含む薬学的組成物を投与することを含み、被検体は、コルチコステロイドの併用を当該方法実施中に行わず、方法を開始する直前のコルチコステロイド使用がない、方法。

３１．被検体は、方法を開始する前の少なくとも１週間以内のステロイド使用がない、実施形態３０に記載の方法。

３２．被検体は、方法を開始する前の少なくとも１週間以内のコルチコステロイド使用がない、実施形態３０に記載の方法。

３３．被検体は、方法を開始する前のコルチコステロイド使用がない、実施形態３０に記載の方法。

３４．投与は、少なくとも８週間にわたって続く治療計画に従って行われる、実施形態３０に記載の方法。

３５．投与は、少なくとも８週間および１週間当たり少なくとも３回の治療計画に従って行われる、実施形態３０に記載の方法。

３６．被検体は、治療計画の終了時に主要転帰を達成することができ、主要転帰は、治療計画終了時のステロイドフリーでの臨床的寛解および内視鏡的寛解または奏効として定義され、ステロイドフリーでの臨床的寛解は、総Ｍａｙｏスコアが２点以下、かつ全てのサブスコアが１点以下として定義され、内視鏡的寛解または奏効は、内視鏡スコアのベースラインからの少なくとも１点の低減として定義される、実施形態３５に記載の方法。

３７．治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎（ＵＣ）を治療する治療計画を選択するための方法であって、当該方法は、被検体の腸内のフソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ステッタレラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、またはフソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）およびステッタレラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）の両方のレベルを判定することと、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ステッタレラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、またはフソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）およびステッタレラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）の両方のレベルが所定のレベルを下回っている場合に、糞便細菌療法を推奨することと、を含む、方法。

３８．治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎（ＵＣ）を治療する治療計画を選択するための方法であって、当該方法は、被検体の腸内のバルネシエラ（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ）、パラバクテロイデス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウムＩＶ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＩＶ）、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、ブラウチア（Ｂｌａｕｔｉａ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）、ルミノコッカス２（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ２）、およびクロストリジウムＸＶＩＩＩ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＸＶＩＩＩ）からなる群から選択される１種類以上の細菌のレベルを判定することと、上記細菌からなる群から選択される１種類以上の細菌のレベルが所定のレベルを上回る場合に、糞便細菌療法を推奨することと、を含む、方法。

３９．１種類以上の細菌のレベルは、当該被検体の糞便を分析することにより判定される、実施形態３７または３８に記載の方法。

実施例１．患者選択基準．
排便頻度、直腸出血、内視鏡検査での粘膜の外観、および医師による総合評価（ＰＧＡ）を取り入れた４〜１０の総Ｍａｙｏスコアを有する臨床的および内視鏡的活動性潰瘍性大腸炎を有する１８〜７５歳の男性および女性を含む患者が含まれる。内視鏡スコアは１以上、ＰＧＡスコアは２点以下である必要がある。さらに、このような潰瘍性大腸炎は、３ヶ月よりも長い期間にわたって続いている必要がある。５ｃｍ未満の孤立性直腸炎を除き、いかなる程度の潰瘍性大腸炎も治療される。全ての包含基準に関する表４を参照されたい。

５−アミノサリチル酸、チオプリン、およびメトトレキサートの経口投与薬治療を受けている患者は、安定した投与量で投与される必要がある。経口投与薬プレドニソロンが患者に許可され、該当する投与量が投与される場合、ｉｓｉｓｏｌｏｎｅの投与が登録時に許可される。必須経口投与薬プレドニソロンを服用した患者は、１週間に最大２．５ｍｇまで漸減するようにしてもよく、８週目までにステロイドフリーになる必要がある。

過去２週間のうちに直腸治療を受け、過去４週間のうちに抗生物質またはプロバイオティクスを受け、過去１２週間のうちに生物学的治療を受けている患者は除外される。中毒性巨大結腸症の既往歴または病歴、ならびにこれらに限定されないが、過敏性腸症候群、憩室炎、および腫瘍を含む全ての他の重度の胃腸症状を示す患者も除外される。クローン病または未確定大腸炎と診断されている患者は除外される。瘻孔および既存の亀裂のような肛門周囲疾患のある患者は除外される。重度の貧血、白血球減少症、または顆粒球減少症の患者は除外される。治療前３ヵ月未満に虫垂切除術を受けた患者も除外される。著しい食物過敏症を有する患者は除外される。全ての除外基準に関する表５を参照されたい。

上記基準に基づいて、８５人の患者がこの治験に募集されている。選択された患者が無作為に選ばれて、８１人が治療を開始する（図１）。２つの群は疾患の重症度を除いて、良好に一致しており、最も軽症（Ｍａｙｏ１）の内視鏡的疾患を有する非常に多くの患者が無作為に選ばれてプラセボ治療を受ける。表６は、募集された患者のベースライン特性をまとめたものである。

実施例２．糞便ドナーの選択．
これらに限定されないが炎症性腸疾患および過敏性腸症候群を含む消化管疾患の病歴または現症状を有しない１８〜６５歳の男性および女性を含む糞便ドナーが含まれる。ドナーは、いかなる大きな活動性の医学的併存疾患を有していない必要がある。ドナーは、提供以前の３ヶ月のうちに、抗菌剤、プロバイオティクス、プロトンポンプ阻害剤を含まない薬物治療であって、便の活動を妨げる可能性のある医薬品による最小限の定期的な薬物治療を全く受けていない必要がある。全てのドナー包含基準に関する表７を参照されたい。

不健康なドナーを除外するために、潜在的なドナーの便が以下の検査項目の１つ以上を使用して評価される。クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）毒素ＰＣＲ、腸内病原体に対する通常の細菌培養による糞便顕微鏡検査／培養／感度、糞便ジアルジア抗原、糞便クリプトスポリジウム抗原、糞便卵／嚢胞／寄生虫（ブラストシスチス・ホミニス（Ｂｌａｓｔｏｃｙｓｔｉｓ ｈｏｍｉｎｉｓ）およびディエンタモエバ・フラギリス（Ｄｉｅｎｔａｍｏｅｂａ ｆｒａｇｉｌｉｓ）を含む）、およびノロウイルスＥＩＡ（Ｎｏｒｏｖｉｒｕｓ ＥＩＡ）。潜在的なドナーの血液も、以下のうちの１つ以上について検査される：全血球計算値（ＣＢＣ）、電解質、尿素、およびクレアチニン（ＥＵＣ）；肝機能検査（ＬＦＴ）；赤血球沈降速度（ＥＳＲ）；Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）；ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）１型および２型；Ａ型肝炎ウイルスＩｇＭ；Ｂ型肝炎ウイルス表面抗原；Ｂ型肝炎ウイルスコア抗体（ＩｇＭ＋ＩｇＧ）；Ｂ型肝炎ウイルス表面抗体；Ｃ型肝炎ウイルス抗体；急速血漿レアギンおよび／または蛍光トレポネーマ抗体吸収；およびヒトＴ細胞リンパ球向性ウイルス（ＨＴＬＶ）１型および２型。

上記基準および検査に基づいて、１４人のドナーが選択される。

実施例３．ＦＭＴおよびプラセボの調製ならびに保存．
ＦＭＴ注入は、微生物の不均一性を高めるために、３〜７人のドナーの混合糞便で構成される。各患者は、全てのＦＭＴ注入物を同じドナー集団から受け入れて、注入される糞便微生物叢の一貫性および再現性を確保する。

プラセボ注入は等張食塩水を含む。臭気物質、褐色食品の２ナトリウム４，４’−２，４−ジヒドロキシ−５−ヒドロキシメチル−１，３−フェニレン−ビスアゾジ−１−ナフタレンスルホネート（糞便臭および色をそれぞれ再現するための）、およびグリセロール凍結防止剤（濃度１０％）を１５０ｍｌのプラセボ注入およびＦＭＴ注入に添加し、次に−８０℃で保存する。

選択されたドナーのうちの３〜７人が、治験における２１個のＦＭＴバッチの各ＦＭＴバッチに影響を与える。複数人のドナーを全ての注入に対応して使用することが、この治験の特徴の１つである。

実施例４．治験デザイン．

３つの臨床センターでは、患者を、ＦＭＴ：プラセボに対して１：１の二重盲検で、治験部位および付随するコルチコステロイド使用に層別化された４つの置換ブロックを使用してランダム化する。

腸調製を完了した後に、結腸鏡検査が回腸末端に対して行われ、最初の注入が施される。次に、患者は、８週間にわたって１週間当たり５回の浣腸を自身に施す。８週間後、粘膜炎症をＳ状結腸鏡検査で評価する。

最初の８週間の治験期間の後、プラセボ治療を受ける患者に、最初の結腸内視鏡注入なしで、非盲検下で８週間のＦＭＴ（糞便微生物叢移植）浣腸を１週間当たり５回施す。Ｓ状結腸鏡検査は、非盲検下のＦＭＴ（糞便微生物叢移植）の後に繰り返される。

図２は、この治験デザインの図式表示を示している。

実施例５．治験評価および評価項目．
患者は、ＦＭＴ後８週目に最終レビューが行われる盲検および非盲検試験期間中、２週間毎にレビューされる。血液検査および糞便検査は、試験治療中は４週間毎に実施される。血液検査には、ＣＢＣ、ＥＵＣ、ＬＦＴ、ＥＳＲ、およびＣＲＰが含まれる。糞便検査では、糞便中のカルプロテクチンを測定する。

Ｍａｙｏ内視鏡的サブスコアおよびＵＣＥＩＳスコアを使用する各内視鏡検査での最悪の炎症部位の評価は、５人のＩＢＤ専門胃腸科医による全内視鏡写真画像の盲検レビューおよびセントラルコンセンサススコアリングを用いて行われる。

主要複合転帰率は、８週目に内視鏡的寛解または奏効を伴うステロイドフリーでの臨床的寛解であり、このステロイドフリーでの臨床的寛解は、総Ｍａｙｏスコアが２点以下であり、かつ全てのサブスコアが１点以下であり、内視鏡スコアのベースラインから低減が１点以上として定義される。

４１人のＦＭＴ治療患者のうちの１１人（２７％）、および４０人のプラセボ治療患者のうちの３人（８％）が、主要転帰を達成している（Ｐ＝０．０２、ＯＲ（オッズ比）４．５（９５％ＣＩ １．２〜１７．７））（図３Ａ、図４Ａ〜図４Ｄ）。

図３Ａは、ステロイドフリーでの臨床的寛解および内視鏡的寛解または奏効の主要転帰を８週目に達成したＦＭＴおよびプラセボ治療群の患者数を示している（総Ｍａｙｏスコアが２点以下であり、全てのサブスコアが１点以下であり、内視鏡的サブスコアのベースラインからの低減が１点以上）。総Ｍａｙｏスコアは０〜１２の範囲とすることができ、サブスコアは０〜３の範囲とすることができ、より高いスコアは、疾患がより重篤であることを示している。

図４Ａおよび図４Ｂは、最善の経口局所５−ＡＳＡ療法であるにもかかわらず、左側潰瘍性大腸炎および急性大腸炎（出血を伴う１日当たり６回の下痢）の４年間の病歴を有する３７歳の女性患者におけるＦＭＴ療法の効果を示している。図４Ａは、内視鏡的Ｍａｙｏサブスコア２、および総Ｍａｙｏスコア８を示す２５ｃｍの直腸Ｓ状結腸活性大腸炎の例示的なベースライン内視鏡的外観を示している。図４Ｂは、内視鏡検査Ｍａｙｏサブスコア０、および総Ｍａｙｏスコア０を示す８週間の盲検ＦＭＴ療法の終了時の同じ患者における例示的な内視鏡的外観を示している。この患者は、臨床的寛解を、盲検ＦＭＴ療法の完了後８週間の最終治験追跡調査時に維持している。

図４Ｃおよび図４Ｄは、広範囲の潰瘍性大腸炎の７年間の病歴を有する２８歳の女性患者におけるＦＭＴ療法の効果を示している。この患者は、メサラミン、プロバイオティック、およびアダリムマブによる治療の失敗を経験している。したがって、患者はアザチオプリンおよびアロプリノールを服用し続けており、経口ブデソニド９ｍｇ／日でステロイド依存していた。治験参加時に、この患者は、出血および腹痛を伴って１日当たり８回下痢をしている。図４Ｃは、内視鏡的Ｍａｙｏサブスコアが３点であり、かつ総Ｍａｙｏスコアが１０点である、肝撓みに至る広範囲の大腸炎の例示的なベースライン内視鏡的外観を示している。この患者は、一次治験中にプラセボ治療を受けているが、コルチコステロイドを漸減することはできず、したがって治療に失敗して主要転帰に至らなかった。図４Ｄは、内視鏡的Ｍａｙｏサブスコア０および総Ｍａｙｏスコア０を示す８週間の非盲検ＦＭＴの完了時の同じ患者における内視鏡的外観を示している。非盲検ＦＭＴの８週間後、この患者はコルチコステロイドから完全に離脱しており、臨床的および内視鏡的寛解にある。

副次的転帰には、ステロイドフリーでの臨床的寛解（直腸出血＋排便頻度のＭａｙｏサブスコアに対応する１点以下の合計スコア）、臨床的奏効（直腸出血＋排便頻度の合成Ｍａｙｏサブスコアのベースラインからの３点以上の減少、および／または５０％以上の低減）、内視鏡的奏効（ベースラインからの１点以上の低減を伴う１点以下のＭａｙｏ内視鏡的サブスコア）、完全な粘膜治癒（Ｍａｙｏ内視鏡的サブスコア０）、ＩＢＤＱ^１０および安全性を用いた生活の質が含まれる。

全ての内視鏡画像の盲検法中心値読み取りは、ＭａｙｏおよびＵＣＥＩＳのスコアリングの両方を使用して行われる。ＵＣＥＩＳスコアのベースラインからの３ポイント以上の減少、および／または５０％以上の低減を使用したステロイドフリーでの内視鏡的転帰を評価すると、８週目のＦＭＴ治療群とプラセボ治療群との差は、３７％対１０％、ｐ＜０．０１、ＯＲ（オッズ比）５．２、９５％ＣＩ １．５〜１７．５の関係であった。ＵＣＥＩＳ≦１の基準を使用する場合、ＦＭＴ治療患者とプラセボ治療患者との差は、８週目に１７％対８％、ｐ＝０．１９、ＯＲ（オッズ比）２．５、９５％ＣＩ ０．６〜１０．６の関係であった。

有意差が、ＦＭＴ治療群とプラセボ治療群との間で、８週目に、総Ｍａｙｏスコアにおいて観察され、総Ｍａｙｏスコアの減少において観察される（表９）。ＩＢＤＱ ＦＭＴデータは３１人の患者からのみ入手可能である。全ての欠損データには、全コホートの中で最悪の値が割り当てられる。全ての連続変数は中央値および四分位範囲として報告される。

図３Ｂは、８週目に、ステロイドフリーでの臨床的寛解（直腸出血＋排便頻度Ｍａｙｏサブスコアに対応する１点以下の合計スコア）および臨床的奏効（直腸出血＋排便頻度Ｍａｙｏサブスコアに対応する合計スコアのベースラインからの３点以上の減少、および／または５０％以上の低減）になっている患者の数を示している。８週目のステロイドフリーでの臨床的寛解（４４％対２０％、Ｐ＝０．０２、または３．１、９５％ＣＩ １．２〜８．４）およびステロイドフリーでの臨床的奏効（５４％対２３％、Ｐ＜０．０１、ＯＲ（オッズ比）４．０、９５％ＣＩ １．５〜１０．４）は、プラセボ治療患者よりもＦＭＴ患者において有意に、より大きい。

図３Ｃは、ステロイドフリーでの内視鏡的奏効（ベースラインからの１点以上の低減を伴う１点以下のＭａｙｏ内視鏡的サブスコア）になっていて、完全に粘膜治癒（Ｍａｙｏ内視鏡的サブスコア０）している患者の数を示している。８週目では、ステロイドフリーでの内視鏡的奏効（３２％対１０％、Ｐ＝０．０２、ＯＲ（オッズ比）４．２、９５％ＣＩ １．２〜１４．２）は、ＦＭＴ治療患者において有意に、より大きい。完全な粘膜治癒（Ｍａｙｏ ０：１２％対８％、Ｐ＝０．４８、ＯＲ（オッズ比）１．７、９５％ＣＩ ０．４〜７．７）は、プラセボ治療群よりもＦＭＴ治療群において、より大きいが、この差は有意ではなかった。転帰は、ＵＣＥＩＳのスコアリングと同様である（図５）。図５は、治療効果が現れ始める速さを示している。４週目の終了時には、臨床的奏効は、プラセボ治療患者［４０人中５人（１３％）］よりもＦＭＴ患者［４１人中１７人（４１％）］において有意に大きい（ｐ＜０．０１、ＯＲ（オッズ比）５．０、９５％ＣＩ １．６〜１５．３］。臨床的寛解は、治療群間で有意な差はない［それぞれ４１人中１２人（２９％）対４０人中５人（１３％）（Ｐ＝０．０６、ＯＲ（オッズ比）２．９、９５％ＣＩ ０．９１〜９．２）］。

ＩＢＤＱスコアおよび炎症性マーカーは群間で有意な差がない（表９）。

３７人の最初にプラセボ治療を受けた患者が、非盲検ＦＭＴに進む。非盲検ＦＭＴ後、１０人（２７％）が主要評価項目を満たし、１７人（４６％）が臨床的寛解に至っており、８人（２２％）が完全な粘膜治癒に至っている。

転帰と解剖学的疾患の程度との間の関係は観察されない（Ｐ＝０．２３）。内視鏡的炎症の重症度は、治療転帰に関連付けられ（ｐ＝０．０１）、治験参加時には、Ｍａｙｏ内視鏡スコア３の患者は、主要転帰を達成していない。コルチコステロイド使用も治療転帰に関連付けられ（ｐ＝０．０２）、コルチコステロイドに関する治験に参加している患者は、盲検治療の終了時に主要評価項目を達成していない。非盲検ＦＭＴ参加時にコルチコステロイドを服用している１人の患者が、完了時に主要評価項目を満たしている。

６３人の患者が、二重盲検または非盲検ＦＭＴの完了後の８週間の最終治験追跡調査に参加し、これらの患者のうちの２８人が臨床的寛解に至っており、２０人がＵＣ治療の段階的拡大を必要としている。

盲検ＦＭＴを受けている９人の患者、およびプラセボを受けている１１人（Ｐ＝０．５６）が、８週目の前に離脱したか、またはプロトコールに失敗している。盲検治療における離脱またはプロトコールの失敗の理由には、ステロイド離脱症が悪化する疾患（３人ＦＭＴ、６人プラセボ）、持続する疾患またはステロイド離脱症なしの状態で悪化する疾患（５人ＦＭＴ、３人プラセボ）、および服薬不履行（１人ＦＭＴ、２人プラセボ）が含まれる。

非盲検ＦＭＴを開始する１１人の患者は、離脱するか、またはプロトコールに失敗しているかのいずれか：５人はステロイド離脱症が悪化する疾患を有し、２人はステロイド離脱症なしの状態で持続する疾患、または悪化する疾患を有し、４人は服薬不履行である。

盲検治療中に、３２人のＦＭＴ患者（７８％）および３３人のプラセボ治療患者（８３％）が少なくとも１つの有害事象を経験し、有害事象の回数またはタイプに有意差はない（表１０）。最も一般的な有害事象は、自己抑制的な消化管の病気（腹痛、膨満感、および鼓腸）である。６人に重篤な有害事象（ＳＡＥ）が治験治療中に起こる：２人が盲検ＦＭＴ、１人がプラセボ、３人が非盲検ＦＭＴである。盲検ＦＭＴ時に難治性大腸炎を患っている１人の患者は、臨床的および内視鏡的（Ｍａｙｏ２〜３、ＵＣＥＩＳ ５〜７）悪化により２週目に離脱して、結腸切除術を受けた。中等度から重度の大腸炎を患っている１人の患者は、盲検能動的治療の３週目に体調不良のままであり、離脱し、入院して静脈内コルチコステロイド治療を受けている。中等度から重度の大腸炎を患っている１人の患者は、プラセボ治療の３週目に離脱し、入院を必要としている。最初の３人のプラセボ治療患者は、非盲検ＦＭＴによる改善に失敗し、治療の段階的拡大のために入院した。

６人に重篤な有害事象が治験治療中に観察される：２人が盲検ＦＭＴ、１人がプラセボ、３人が非盲検ＦＭＴである。盲検ＦＭＴで難治性ＵＣ（潰瘍性大腸炎）に罹患している１人の患者は、臨床的および内視鏡的悪化により離脱して、結腸切除術を受けた。最初の３人のプラセボ治療患者は、非盲検ＦＭＴによる改善に失敗し、入院して静脈内コルチコステロイド治療または抗ＴＮＦ治療を受ける必要がある。

複数のドナーによるＦＭＴをＵＣ（潰瘍性大腸炎）に集中的に投与することは、短期的には安全であるように思われる。最も重篤な有害事象は、ステロイド離脱症状に耐えられないコルチコステロイド依存性または難治性の患者、または中等度から重度の大腸炎の患者のいずれかに発現する。ＦＭＴを受けながら結腸切除術を受ける患者は、ＵＣ患者の微小部位が、この治療で悪化する疾患に罹り易くなることを示している。

個人ドナーまたはドナー集団が主要転帰を有意に伴うことはないが、この特定の治験はこれを評価することを動機とはしていない。ドナーの１人に利益がもたらされ易くなり、患者の３７％が、このドナーを利用して主要転帰を達成している患者であり、１８％が、このドナーを利用しないで主要転帰を達成している患者である（Ｐ＝０．０５４）。ドナー集団は、主要評価項目または重篤な有害事象には関連しない。

入手可能なデータおよび事例となる経験に基づいて、予測ＦＭＴ寛解率は６０％であり、プラセボ率は１５％であり、ドロップアウト率は３０％である。１群当たり４０人の患者は、治療意図分析において０．０５の両側アルファレベルとの差を示す８０％の確率が必要とされる。

全ての分析は、少なくとも１回の治験投与を受けた全ての患者を含む人を治療することを意図している（ＩＴＴ）。治療を増やした、治験プロトコールに違反した、８週目までにコルチコステロイドの中止に失敗した、または何らかの理由で治験を終わらせた患者は、治療の失敗とみなされる。不完全な欠損データには、統計分析対象のコホートの中で最悪値が割り当てられる。

記述統計量は全ての変数について計算される。正規分布する連続データは、平均および標準偏差として表され、対応のないｔ検定を使用して分析される。正規分布しないデータは、中央値および四分位範囲として表され、Ｗｉｌｃｏｘｏｎ順位和検定を使用して分析される。カテゴリカルデータは、カイ二乗検定およびフィッシャーの正確検定により評価される。結果は、９５％信頼区間のオッズ比として表される。０．０５未満のｐ値が有意であると見なされる。

統計分析は、ＳＰＳＳバージョン２３．０ソフトウェア（イリノイ州シカゴ）を用いて行われる。

実施例６．消化管微生物叢分析．
微生物学的分析は、患者、個人ドナー、およびＦＭＴ集団糞便サンプルに対して行われる。サンプルを−８０℃で保存する。糞便細菌ＤＮＡを抽出する。１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子フラグメントをＦ２７および５１９Ｒプライマーを使用して増幅し、次にＩｌｌｕｍｉｎａ ＭｉＳｅｑプラットフォーム（２ｘ３００ｂｐ化学）でハイスループットシークエンシングに供して、微生物叢の多様性および存在量を確保する。生配列は、ＭＯＴＨＵＲ（ＳｃｈｌｏｓｓらによるＡｐｐｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２００９；７５：７５３７〜４１）を用いて分析される。 統計的検定は、計数および相対存在量に対して行われる。

多様性（α−および系統発生）分析、および主成分分析（ＰＣＡ）、ＳＩＭＰＲＯＦ検定を用いたＣＬＵＳＴＥＲ、順列ＭＡＮＯＶＡ（ＰＥＲＭＡＮＯＶＡ）、およびＰＥＲＭＤＩＳＰを含む統計分析が、読み取り値に対して、ＭＯＴＨＵＲおよびＰｒｉｍｅｒ−Ｅ（Ｃｌａｒｋｅ．Ｊ．ｏｆ Ｅｃｏｌｏｇｙ １９９３；１８（１）：１１７〜４３）を使用して行われる。線形判別分析効果サイズ（ＬＥｆＳｅ）分析（ＳｅｇａｔａらによるＧｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌ．２０１１；１２：Ｒ６０）は、Ｇａｌａｘｙウェブアプリケーション（ＧｏｅｃｋｓらによるＧｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌ．２０１０；１１：Ｒ８６）を使用して行われる。

糞便サンプルは７０人の患者から収集される。３１４人の患者および１１３人のドナーの糞便サンプル（５５人の個人ドナーおよび５８人の集団サンプル）を分析する。１サンプル当たりに行われる清浄化シーケンスの回数は、２６９７６±５４０であり、希薄化曲線は、サンプリングが飽和していることを示唆している。

操作上の分類単位（ＯＴＵ）の数および系統発生的多様性は、個人ドナーよりもドナー集団において有意に増加する（図６Ａおよび図６Ｂ）。ＯＴＵの数およびドナーサンプル（集団および個人）の系統発生的多様性は、ベースラインの患者サンプルよりも有意に増加する（図６Ａおよび図６Ｂ）。＊＊＊図６Ａおよび図６Ｂでは、Ｐ＜０．０００１の関係を示している。

ＯＴＵの数および系統発生的多様性は、４週目および８週目に、全てのＦＭＴ治療患者のベースラインに対して有意に増加し（ｐ＜０．０００１）、ＦＭＴ後８週間持続する（ｐ＜０．０００１）（図６Ａおよび図６Ｂ）。同様のパターンが、種の豊富さ、およびシャノン多様性に対応して観察される。

微生物プロファイルの有意差および低減された分散レベルが、ＦＭＴ後のＯＴＵからクラス分類レベルまで観察される。ＰＣＡ（主成分分析）では、ＦＭＴを受けている患者の微生物プロファイルの変化が確認される（図６Ｃ）。患者プロファイルは、優勢なバクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）からプレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）にシフトする（図６Ｃ）。ＦＭＴを受けている患者の微生物プロファイルのドナーへのシフトは、ＯＴＵレベルで最も顕著である。

患者のベースラインサンプルをＦＭＴ後の４週目、８週目、８週間と比較してＦＭＴにより変更される分類群を特定し、ドナーサンプルと比較してドナー集団に関連するＯＴＵおよび患者に関連するＯＴＵを特定する。全ての分類レベルにわたる２９５の微生物分類群が、ＦＭＴで移植を受けた場合のものであり、２９５の微生物分類群のうちの７８人が強い関連性を示している（ＬＤＡスコア＞３）。臨床的転帰とは無関係に、ＦＭＴを行う場合の患者のバクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）（例えば、ＯＴＵ８、１５、６９）の減少があり、ドナーのプレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）（例えば、ＯＴＵ２）およびドナーのバクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）（例えば、ＯＴＵ１２、２６、５６）の顕著な増加がある。このパターンは、ＯＴＵを、より高い解像度で選択する場合に、より明らかになる。

主要転帰を達成している盲検ＦＭＴ治療患者は、達成していない患者よりも高いベースラインアルファ多様性を有する傾向がある（Ｐ＝０．１、図６Ｄ）。盲検ＦＭＴ治療は、全ての患者において有意に増加する多様性に関連している。しかしながら、主要転帰を達成している患者は、ＦＭＴ中およびＦＭＴ後８週間の間に、より大きな多様性を有し、ドナー集団よりは低いが個人ドナーよりも高いレベルを達成している（図６Ｄ）。α多様性の増加はＦＭＴに特有である。プラセボの主要転帰を満たす３人の患者は多様性の変化を示していない。

ＦＭＴの主要転帰に関連する微生物分類群を特定するために、ＬＥｆＳｅ分析を、盲検ＦＭＴを受ける場合について行い、非盲検ＦＭＴ患者を層別化する。８７分類群は、盲検患者の主要転帰に、４６分類群は、非盲検ＦＭＴ患者の主要転帰に有意に関連付けられる。一連の微生物分類群は、盲検ＦＭＴ患者（例えば、バルネシエラ（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ）、パラバクテロイデス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウムＩＶ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＩＶ）、およびルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）ならびに非盲検ＦＭＴ患者（例えば、ブラウチア（Ｂｌａｕｔｉａ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）、ルミノコッカス２（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ２）、およびクロストリジウムＸＶＩＩＩ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＸＶＩＩＩ））の寛解に関連付けられる。フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）およびサテレラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）は共に、盲検ＦＭＴ患者および非盲検ＦＭＴ患者の両方の寛解の欠如に矛盾なく関連付けられる。フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）の場合、これは、寛解を達成していない患者の病気の根絶の欠如、寛解に至っていない患者への移植、または寛解を達成している患者の病気の根絶のいずれかを含む。

実施例７．治療未経験の潰瘍性大腸炎患者に対する経口糞便微生物治療による治療．
４４歳の治療未経験の男性患者（患者ＤＭ）は、下痢、血便および粘膜便、けいれん／腹痛、および体重減少の１年間の病歴を提示している。患者は、排便時の激しい痛み、運転中の失禁、食欲不振、吐き気、辛い食べ物および魚を食べられないこと、ブレインフォグ（脳に霧がかかったような状態）、および１６ポンド（７２５７グラム）の体重減少を経験している。患者はまた、便の硬さが７（ブリストル）の状態の重度の鼓腸、重度の腹部不快感、および深刻な衝動を伴う１日当たり１０〜１２回の排便を経験している。患者は重症の全結腸炎と診断される。凍結乾燥されたドナー由来の非選択糞便微生物叢を含有する耐酸性／遅延放出二重カプセル化経口カプセル剤を含む治療計画を用いる。簡単に言うと、ドナー糞便を収集して凍結保護剤と均質化し、得られたスラリーを凍結乾燥して、約１．６×１０^１１の生細胞／カプセルを含むＤＲｃａｐｓ（登録商標）カプセルに封入する。患者は、１３週間の導入期間にわたって総４０４カプセルで治療される。この期間中に、症状の質問票を回収し、便を、病原体の培養を目的として培養してＬＦＳＭ治療の有効性を評価する。

患者のＵＣ症状は改善を示している（表１１参照）。治療後８週目までに、血液および粘膜は便中にほとんど見ることができず、１０週目までにはなくなる。患者の失禁は止まり、排便は、２〜３回／日に減少し、便の硬さが４（ブリストル）になる。治療を継続すると、カルプロテクチンレベルは、２２週目の６００μｇ／ｇ〜２６週目の３４４μｇ／ｇに減少する。これにより、進行中の炎症の低減が確認され、図７の内視鏡検査によっても示される。患者は、治療の忍容性に関する副作用を全く報告していない。この症例は、経口糞便微生物治療による潰瘍性大腸炎（ＵＣ）の治療が成功したことを表している。患者のＵＣ症状の改善に由来する生活の質（ＱｏＬ）の向上の他に、エネルギーレベルの大幅な増加をさらにもたらして、失禁の低減による毎日の運動が可能になり、仕事再開の自信が持てるようになる。患者は、１日当たり４個のカプセル薬による維持療法を良好に継続する。経口糞便微生物治療は、全結腸炎に罹患している治療未経験のＵＣ患者を治療する場合に有効であり、ＱＯＬが全体的に向上する。

実施例８．潰瘍性大腸炎患者に対する経口糞便微生物治療による治療．
３１歳の患者（患者ＴＤ）を糞便微生物治療で治療する。凍結乾燥されたドナー由来の非選択糞便微生物叢を含有する耐酸性／遅延放出二重カプセル化経口カプセル剤を含む治療計画を用いる。患者の症状には、便の硬さ２の１日当たり４回の排便、中等度の膨満感、中等度の腹部不快感、軽度の衝動、および脚のピン治療ならびに針治療の感覚、および疲労が含まれる。患者は、導入期間中、１週間当たり１回の結腸鏡検査における糞便微生物治療液注入および１〜２回の直腸内への浣腸液注入を行う６週間の治療プロトコールを受ける。患者は維持期間中、４週間にわたって１日当たり４カプセルを服用する。患者の鼓脹の症状は減弱し、腹部の不快感および衝動の症状は消える。患者は、便の硬さ３の１日当たり１回の排便を経験する。患者はまた、軽度の鼓腸および全身倦怠感を経験する。カプセル治療後２週目では、患者は、２４３μｇ／ｇのカルプロテクチン測定値を有する。最初のカルプロテクチン検査から３週目では、および最初のカプセル服用から４週目では、患者のカルプロテクチンレベルは８８μｇ／ｇに減少する。

様々な変更を、本開示の範囲から逸脱しない範囲で、本明細書において説明され、例示される構造および方法に加えることができることから、これまでの説明に含まれる全ての主題は、限定ではなく、例示として解釈されるべきである。本開示の広さ、および範囲は、上記の例示的な実施形態のいずれによっても限定されるべきではなく、以下の添付の特許請求の範囲およびその均等物に従ってのみ定義されるべきである。本明細書において引用される全ての特許文献および非特許文献は、これらの全内容が参照により本明細書に組み込まれる。

Claims (20)

1. 治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎（ＵＣ）を治療するための方法であって、生きた非病原性糞便細菌を含む薬学的組成物を少なくとも４週間にわたって、１週間当たり少なくとも１回投与することを含む治療計画で、前記被検体を治療することを含み、前記治療計画は、プラセボからの主要転帰率に対して、少なくとも２倍高い主要転帰率を達成することができ、前記主要転帰は、前記治療計画終了時のステロイドフリーでの臨床的寛解および内視鏡的寛解または奏効として定義され、前記臨床的寛解は、総Ｍａｙｏスコアが２点以下、かつ全てのサブスコアが１点以下として定義され、前記内視鏡的寛解または奏効は、Ｍａｙｏ内視鏡スコアのベースラインからの少なくとも１点の低減として定義される、方法。
2. 前記治療計画は、少なくとも８週間にわたって１週間当たり少なくとも３回、生きた非病原性糞便細菌を含む薬学的組成物を投与することを含む、請求項１に記載の方法。
3. 前記治療計画は、少なくとも２５％の主要転帰率を達成することができる、請求項２に記載の方法。
4. 前記治療計画は、前記治療計画の完了後の８週目に、少なくとも４０％の臨床的寛解維持率を達成することができる、請求項２に記載の方法。
5. 前記治療計画は、プラセボからのステロイドフリーでの臨床的寛解率に対して、少なくとも２倍高いステロイドフリーでの臨床的寛解率を達成することができ、前記臨床的寛解は、直腸出血および排便頻度に関する合計Ｍａｙｏスコアが１点以下として定義される、請求項１に記載の方法。
6. 前記治療計画は、少なくとも４０％のステロイドフリーでの臨床的寛解率を達成することができる、請求項５に記載の方法。
7. 前記治療計画は、プラセボからのステロイドフリーでの臨床的奏効率に対して、少なくとも２倍高いステロイドフリーでの臨床的奏効率を達成することができ、前記臨床的奏効は、３点以上の総Ｍａｙｏスコア減少、または直腸出血および排便頻度に関する合計スコアのベースラインからの５０％以上の低減として定義される、請求項１に記載の方法。
8. 前記治療計画は、少なくとも５０％のステロイドフリーでの臨床的奏効率を達成することができる、請求項７に記載の方法。
9. 前記治療計画は、プラセボからの内視鏡的奏効率に対して、少なくとも２倍高い内視鏡的奏効率を達成することができ、前記内視鏡的奏効は、ベースラインからの３点以上の総ＵＣＥＩＳスコア減少、または５０％以上の総ＵＣＥＩＳスコア低減として定義される、請求項１に記載の方法。
10. 前記治療計画は、少なくとも３０％の内視鏡的奏効率を達成することができる、請求項９に記載の方法。
11. 前記方法は、前記被検体のベースラインの腸内細菌多様性を判定することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
12. 前記方法は、前記被検体の腸内のフソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、サテレラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、バルネシエラ（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ）、パラバクテロイデス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウムＩＶ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＩＶ）、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、ブラウチア（Ｂｌａｕｔｉａ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）、ルミノコッカス２（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ２）、およびクロストリジウムＸＶＩＩＩ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＸＶＩＩＩ）からなる群から選択される１種類以上の細菌のレベルを判定することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
13. 前記薬学的組成物は、糞便微生物調製物を含む、請求項１に記載の方法。
14. 前記被検体は、前記治療前に少なくとも４点のＭａｙｏスコアを示す、請求項１に記載の方法。
15. 治療を必要とし、３点以下のＭａｙｏ内視鏡スコアを示す被検体の潰瘍性大腸炎（ＵＣ）を治療するための方法であって、前記方法は、前記被検体に、生きた非病原性糞便細菌を含む薬学的組成物を投与することを含む、方法。
16. 前記投与は、毎日、１週間当たり少なくとも１回、１週間当たり少なくとも２回、および１週間当たり少なくとも３回からなる群から選択される頻度で、少なくとも８週間の治療計画に従って行われる、請求項１５に記載の方法。
17. 前記被検体は、主要転帰を前記治療計画の終了時に達成することができ、前記主要転帰は、前記治療計画終了時のステロイドフリーでの臨床的寛解および内視鏡的寛解または奏効として定義され、前記ステロイドフリーでの臨床的寛解は、総Ｍａｙｏスコアが２点以下、かつ全てのサブスコアが１点以下として定義され、前記内視鏡的寛解または奏効は、内視鏡スコアのベースラインからの少なくとも１点の低減として定義される、請求項１６に記載の方法。
18. 治療を必要とする被検体の潰瘍性大腸炎（ＵＣ）を治療するための方法であって、前記方法は、前記被検体に、生きた非病原性糞便細菌を含む薬学的組成物を投与することを含み、前記被検体は、コルチコステロイドの併用を前記方法実施中に行わず、前記方法を開始する直前のコルチコステロイド使用がない、方法。
19. 前記投与は、少なくとも８週間および１週間当たり少なくとも３回の治療計画に従う、請求項１８に記載の方法。
20. 前記被検体は、主要転帰を前記治療計画の終了時に達成することができ、前記主要転帰は、前記治療計画終了時のステロイドフリーでの臨床的寛解および内視鏡的寛解または奏効として定義され、前記ステロイドフリーでの臨床的寛解は、総Ｍａｙｏスコアが２点以下、かつ全てのサブスコアが１点以下として定義され、前記内視鏡的寛解または奏効は、内視鏡スコアのベースラインからの少なくとも１点の低減として定義される、請求項１９に記載の方法。