JP2016521704A - 微生物叢回復療法（ｍｒｔ）、組成物および製造方法 - Google Patents

Abstract

微生物叢回復療法組成物、ならびに微生物叢回復療法組成物を製造、処理、および／または配送するための方法が開示される。微生物叢回復療法組成物を製造するための方法の一例は、ヒト糞便サンプルを採取すること、および前記ヒト糞便サンプルに希釈剤を加えて希釈サンプルを作製することを含み得る。前記希釈剤は、凍結保護剤を含み得る。本方法はまた、前記希釈サンプルを混合装置で混合すること、および前記希釈サンプルを濾過することも含み得る。濾過は濾液を形成し得る。本方法はまた、前記濾液をサンプルバッグに移すこと、および前記サンプルバッグを封止することも含み得る。

Description

本開示は、消化管の疾患および／または病態を治療するための組成物および方法に関する。

消化管の疾患および／または病態を治療するために多様な組成物および方法が開発されている。既知の組成物および方法にはそれぞれ特定の利点と欠点がある。消化管の疾患および／または病態を治療するための別の組成物および方法を提供する目下の必要性がある。

微生物叢回復療法組成物、ならびに微生物叢回復療法組成物を製造、処理、および／または配送するための方法が開示される。微生物叢回復療法組成物を製造するための方法の一例は、ヒト糞便サンプルを採取すること、および前記ヒト糞便サンプルに希釈剤を加えて希釈サンプルを作製することを含み得る。前記希釈剤は、凍結保護剤を含み得る。本方法はまた、前記希釈サンプルを混合装置で混合すること、および前記希釈サンプルを濾過することも含み得る。濾過は濾液を形成し得る。本方法はまた、前記濾液をサンプルバッグに移すこと、および前記サンプルバッグを封止することも含み得る。

微生物叢回復療法組成物を製造、処理、および梱包するための方法の一例は、プレスクリーニングドナーから糞便サンプルを採取すること、前記糞便サンプルをフィルターバッグに移すこと、および前記フィルターバッグに希釈剤を加えることを含み得る。前記希釈剤は凍結保護剤を含み得る。本方法はまた、前記フィルターバッグを封止すること、封止フィルターバッグを混合機に移すこと、および前記フィルターバッグからの濾液をサンプルバッグに移すことも含み得る。前記フィルターバッグからの濾液をサンプルバッグに移すことは、前記微生物叢回復療法組成物を前記サンプルバッグ内に限定し（ｄｅｆｉｎｅ）得る。本方法はまた、前記サンプルバッグを封止すること、サンプルバッグを冷却すること、および冷却サンプルバッグを温度制御保存デバイスに移すことも含み得る。冷却サンプルバッグを温度制御保存デバイスに移すことは、前記微生物叢回復療法組成物を冷凍することを含み得る。本方法はまた、前記冷凍微生物叢回復療法組成物を解凍すること、前記サンプルバッグを断熱梱包システム中に梱包すること、および前記梱包サンプルバッグを治療施設に輸送することを含み得る。

医療のための方法の一例は、プレスクリーニングドナーから糞便サンプルを採取すること、前記糞便サンプルをフィルターバッグに移すこと、および前記フィルターバッグに希釈剤を加えることを含み得る。前記希釈剤は凍結保護剤を含み得る。本方法はまた、前記フィルターバッグを封止すること、前記封止フィルターバッグを混合機に移すこと、および前記フィルターバッグからの濾液をサンプルバッグに移すことも含み得る。前記フィルターバッグからの濾液をサンプルバッグに移すことは、微生物叢回復療法組成物を前記サンプルバッグ内に限定し得る。本方法はまた、前記サンプルバッグを封止すること、サンプルバッグを冷却すること、および前記冷却サンプルバッグを温度制御保存デバイスに移すことも含み得る。前記冷却サンプルバッグを温度制御保存デバイスに移すことは、前記微生物叢回復療法組成物を冷凍することも含み得る。本方法はまた、前記冷凍微生物叢回復療法組成物を解凍すること、前記サンプルバッグを断熱梱包システム中に梱包すること、前記梱包サンプルバッグを治療施設に輸送すること、および前記微生物叢回復療法組成物を患者に投与することも含み得る。

いくつかの実施形態の上記の概要は、開示される各実施形態または本開示の全ての実装を記載することを意図しない。以下の図面および詳細な説明は、これらの実施形態をより詳しく例示する。

本開示は、添付の図面とともに以下の詳細な説明を考慮すればより完全に理解できる。

ドナー糞便サンプルを採取および検査するためのプロセスを模式的に示す流れ図である。 糞便ドナーをスクリーニングするためのプロセスを模式的に示す流れ図である。 微生物叢回復療法組成物を製造するための方法の一例を示す流れ図である。 微生物叢回復療法組成物を製造するための方法の一例を示す流れ図である。 微生物叢回復療法組成物を発注および輸送するためのプロセスの一例を示す流れ図である。 微生物叢回復療法組成物を発注および輸送するための別の例のプロセスを示す流れ図である。 梱包システムの一例の概略図である。 サンプルバッグの一例を示す。 図８は、チューブアセンブリの一例を示す。

本開示は種々の改変および変更形態に従うが、その詳細は図面に例として示されており、以下詳細に記載する。しかしながら、その趣旨は記載の特定の実施形態に本発明を限定するものではないと理解されるべきである。逆に、本発明は、本開示の趣旨および範囲内にある全ての改変、等価物、および変更を包含するものとする。

以下に定義される用語については、特許請求の範囲または本明細書の他所において、違った定義が示されない限り、これらの定義が当てはまるものとする。
本明細書において、数値は全て、明示されていてもいなくても、「約」という用語で修飾されるものとする。用語「約」は一般に、当業者が、挙げられた値と同等である（例えば、同じ機能または結果を有する）と考える一定範囲の数値を意味する。多くの場合、用語「約」は、最も近い有効数字に丸められる数値を含み得る。

終点による数値範囲の列挙は、その範囲内の全ての数値を含む（例えば、１〜５は、１、１．５、２、２．７５、３、３．８０、４、および５を含む）。
本明細書および添付の特許請求の範囲で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈がそうではないことを明示しない限り、複数の指示対象を含む。本明細書および添付の特許請求の範囲で使用される場合、用語「または」は、文脈がそうではないことを明示しない限り、一般に、その意味に「および／または」を含んで使用される。

本明細書において「実施形態」、「いくつかの実施形態」、「他の実施形態」などという場合には、記載の実施形態は１以上の特定の特徴、構造、および／または特性を含み得ることに留意されたい。しかしながら、このような列挙は、全ての実施形態が特定の特徴、構造、および／または特性を含むことを必ずしも意味しない。加えて、特定の特徴、構造、および／または特性が１つの実施形態に関して記載されている場合には、このような特徴、構造、および／または特性は、背反することが明示されない限り、明示されているいないにかかわらず、他の実施形態に関しても使用可能であると理解されるべきである。

以下の詳細な説明は図面の参照しながら読むべきであり、図面では、図面が違っても同じ要素は同じ番号が付されている。これらの図面は必ずしも一定の尺度で示されていないが、例示的な実施形態を示し、本発明の範囲を限定することを意図しない。

「哺乳動物」は、本明細書で使用される場合、限定されるものではないが、ヒトおよび非ヒト霊長類、例えば、チンパンジー、および他の無尾猿および有尾猿種；農用動物、例えば、ウシ、ヒツジ、ブタ、ヤギおよびウマ；家庭内哺乳動物、例えば、イヌおよびネコ；マウス、ラットおよびモルモットなどの齧歯類を含む実験室動物などを含む哺乳綱の任意のメンバーを意味する。この用語は特定の齢または性を表すものではない。よって、雄であれ雌であれ、成体および新生対象、ならびに胎児がこの用語の範囲内含まれるものとする。

用語「冷凍保存」は、本明細書で使用される場合、生体細胞、組織、または器官を、それらの生存力を維持するような低温に冷却し保存する処理を意味する。限定されない例として、冷凍保存は、凍結点より低い温度（例えば、−２０℃以下、−８０℃以下など）に細胞を冷却し保存し、解凍時に細胞の高い生存率を可能とする技術であり得る。

用語「凍結保護剤」は、本明細書で使用される場合、生体細胞または組織を凍結の影響から保護するために使用される物質を意味する。
本明細書で使用される場合、用語「微生物叢」は、ヒトマイクロバイオーム、ヒト微生物叢、またはヒト消化管微生物叢を意味し得る。ヒトマイクロバイオーム（またはヒト微生物叢）は、ヒトの皮膚の表面および深層、唾液および口腔粘膜、結膜、および消化管に定着する微生物の集塊と理解され得る。ヒトマイクロバイオームは、細菌、真菌、ウイルスおよび古細菌からなる。これらの生物の少なくとも一部は、ヒト宿主に有用な役割を果たしている。通常の状況では、これらの微生物はヒト宿主に疾患を引き起こすことはなく、その代わりに健康の維持に関わっている。ゆえに、この生物集団はよく「ノーマルフローラ（ｎｏｒｍａｌ ｆｌｏｒａ）」と呼ばれる。

ヒト消化管に生息する微生物集団は一般に、「微生物叢」、「腸管内菌叢」、および／または「消化管微生物叢」と呼ばれる。ヒト消化管の微生物叢は、消化、ビタミン類の合成を助け、ヒト身体によって産生されない酵素を作り出す広範な微生物を包含する。

本明細書で使用される場合、「微生物叢回復療法」という句は、限定されるものではないが、患者またはドナー由来の生きている腸管内菌叢を含有するヒト糞便材料、希釈剤、および凍結保護剤を含み得る組成物を意味する。さらなる組成物は、等価な凍結乾燥・再構成糞便または「合成」糞便組成物を含む。ヒト糞便材料は、微生物叢回復療法におけるその使用に先立って病原性微生物の存在に関してスクリーニングする。ヒト糞便材料は、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）の種、例えば、Ｃ．ディフィシル（ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、ノロウイルス、アデノウイルス、腸管病原体、ジアルジア属（Ｇｉａｒｄｉａ）の種、クリプトスポリジウム属（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉａ）の種およびその他の病原体（例えば、抗酸菌）、腸球菌（例えば、限定されるものではないが、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ： ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ）、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）（ＭＲＳＡ：ｍｅｔｈｉｃｉｌｌｉｎ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ））に対する抗原、ならびに任意の卵または寄生虫、または胞子形成寄生虫、例えば、限定されるものではないが、イソスポラ属（Ｉｓｏｓｐｏｒａ）、クリスロスポラ属（Ｃｌｙｓｌｏｓｐｏｒａ）、およびクリプトスポラ属（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒａ）の存在に関してスクリーニングする。

健康な消化管（ＧＩ：ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ ｔｒａｃｔ）には、１０００を超える細菌種が存在する。クロストリジウム属は嫌気性の胞子形成細菌である。クロストリジウム属のある特定の種は、ヒトに有害であり得る毒素を産生する病原体である。クロストリジウム・ディフィシル（「Ｃ ｄｉｆｆ」）は、ＧＩ管で過密となった場合に、鼓脹、便秘、下痢、炎症、腹痛を含むいくつかの症状を引き起こし得、とりわけ、特定の場合には死に至り得る毒素を放出することがある、クロストリジウム属の一種である。

ストレスを受けた場合、クロストリジウム・ディフィシルは、多くの活性細菌が耐え得ない極限条件に耐え得る胞子を作る。一般に、クロストリジウム属は健康なＧＩ管では十分な競争力がない。しかしながら、抗生物質は正常な腸管菌叢を乱し、クロストリジウム・ディフィシルの過剰な成長をもたらすことがある。特定の例では、クロストリジウム・ディフィシル胞子は、種々の抗生物質に対して耐性となり得る。従って、正常な腸管菌叢が解除されると、クロストリジウム・ディフィシル胞子は残り、クロストリジウム・ディフィシルの大集団に至る。

疾病管理予防センター（ＣＤＣ：Ｄｉｓｅａｓｅ Ｃｏｎｔｒｏｌ ａｎｄ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ）によれば、米国では毎年およそ３３７，０００例のクロストリジウム・ディフィシル感染（ＣＤＩ：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ）が報告され、約１４，０００の死者を出している。現行の標準治療は、一般に、メトロニダゾールおよび／またはバンコマイシンを用いた抗生物質処置である。初回の抗微生物処置の後、およそ２５％の患者が症状の再発を被る。この再発患者集団では、およそ４５〜６５％が持続性再発ＣＤＩを発症した。持続性再発ＣＤＩは高い罹患率および死亡率を伴う。例えば、クロストリジウム・ディフィシル過密罹患率の推計は、米国で年間１５０万〜２７０万件と変動があり、増加している。ある推計では、クロストリジウム・ディフィシルを伴う退院は２００１年から２００５年までに２倍となり、年平均成長率は５％〜２５％と推定される。目下の推計では、クロストリジウム・ディフィシル過密の影響を受けている患者は、影響を受けていない患者よりも、３〜３６日入院期間が長く、影響下の患者の２０％近くが１８０日以内に再入院し、各々長期医療施設に送られる可能性が高いことを示している。クロストリジウム・ディフィシルの財政的影響は、年間１０億ドル〜３０億ドルと推計される。さらに、１日に推定３００名の患者の死亡がクロストリジウム・ディフィシル過密に帰され、死亡率は１〜７．７％であり、増加している。

クロストリジウム・ディフィシルに対する従来の治療は、一般に、抗生物質の適用を含む。メトロニダゾール（「Ｆｌａｇｙｌ（登録商標）」）は、低価格と高い有効性のために選択される抗生物質である。しかしながら、再発症例（例えば、メトロニダゾール耐性は全症例の最大２０％）、妊娠患者、または１０歳未満の患者には、バンコマイシン（「Ｖａｎｃｏｃｉｎ（登録商標）」）が一般に使用される。しかしながら、バンコマイシンは、一般にメトロニダゾールよりも副作用が少ないものの、コストがはるかに高く、さらなる抗生物質に対する既存のクロストリジウム・ディフィシルの耐性に至る可能性がある。

初発時に、クロストリジウム・ディフィシルの抗生物質処置は、おおよそ９０％以上の割合で、２〜４日以内に下痢の治療に即効的効果があり得る。しかしながら、クロストリジウム・ディフィシルは一般に、推定２０％（例えば、１５％〜３０％）の割合で、初発後（例えば、抗生物質の中止後数日〜１２週間）に再発する。しかしながら、最初の再発後の各再発でこの割合は、２回目の再発後には推定４０％の割合、それ以降では推定６０％より高い割合、またはそれより高いといったように大幅に増える。患者のおよそ５％が６回以上の再発を受けると推測される。

クロストリジウム・ディフィシルの処置は一般に、各発生後で異なる。例えば、１回目の軽度から中等度の再発では、メトロニダゾールを経口投与することができる（例えば、５００ｍｇの用量で、１日３回（「ＴＩＤ」、１０〜１４日間）。２回目の再発では、バンコマイシンをテーパー用量またはパルス用量（例えば、１２５ｍｇの用量で１日４回（「ＱＩＤ」）、１４日間；１２５ｍｇの用量で、１日２回（「ＢＩＤ」）、７日間；１２５ｍｇの用量で１日１回（「ＱＤ」）、７日間；１２５ｍｇの用量で２日ごとに１回、８日間（４用量）；１２５ｍｇの用量で、３日ごとに１回、１５日間（５用量）など）経口投与することができる。３回目の再発では、静脈内免疫グロブリン（例えば、体重ｋｇ当たり４００ｍｇの用量で、３週間ごとに１回、効果に応じて合計２用量または３用量）などの再発感染に対する他の選択肢のうちいずれか、またはバンコマイシン投与の後にリファマイシン（例えば、４００ｍｇの用量で１日２回（「ＢＩＤ」）、１４日間のリファマイシン）などと組み合わせて、バンコマイシンをより高用量で（例えば、１２５ｍｇの用量で１日４回（「ＱＩＤ」）、１４日間）適用することができる。

微生物叢回復療法（ＭＲＴ）に関する処置としての糞便移植（ＦＴ：ｆｅｃａｌ ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）は、再発性ＣＤＩを有する一部の患者に最終手段として実施されてきた。抗微生物処置後のＦＴは、患者の消化管微生物叢に健康な微生物混合物を再樹立するために使用される。再発性ＣＤＩの治癒において、ＦＴ材料に起因する有害事象なく、約９０％の累積成功率で４８０を超える症例が報告されている。現行の施設による実施は、患者への移植のために治療施設内で家族またはボランティアから糞便サンプルを取得することである。この処置技術に伴う明らかな問題は、ＦＴ材料が標準化されないことである。ドナーは一般に提供時に健康であると考えられる者が選択されるが、これは移植される微生物の品質および生存力の両方を保証するには十分でない。糞便材料に影響を及ぼす疾病状態は、ドナーに未知であるものが存在する場合がある。生の糞便材料の品質に加え、受容施設または治療施設での処置および取り扱いに標準法が無いことが、患者に投与するＦＴ材料の品質および生存力の両方に伴う問題につながり得る。さらに、各施設は生の糞便材料を取り扱わなければならず、これは望ましくない。

配送時に患者にＭＲＴ製品の品質および生存力を保証する標準化された前処理ＭＲＴ製品の必要性がある。さらに、各施設での生の糞便材料の取り扱いを無くすように、取り扱いが容易で配送可能な状態に処理した後に適切な治療施設に輸送することもできるＭＲＴ製品を得ることが望ましい。この改良によって、ＭＲＴは、少数の施設での最終手段というより、ＣＤＩの望ましい／実行可能な主要な治療選択となり得る。

本明細書では、とりわけ、複数のドナー糞便サンプルを複数のドナーから受け取り、個々の糞便サンプルの少なくとも１つの特性を用いて各個のドナー糞便サンプルを保存およびインデックス化することを述べる。一例では、患者の消化管内の病原性生物または望ましくない生物を健康なまたは望ましい消化管微生物叢に置き換えるための糞便細菌療法における続いての使用のために、ドナー糞便サンプルをスクリーニングおよび処理することができる。

本開示は、有効量の糞便微生物叢と有効量の凍結保護剤の混合物を含む微生物叢回復療法組成物を提供する。凍結保護剤の一例としては、ポリエチレングリコールを含み得る。加えて、本開示の微生物叢回復療法組成物には、ポリエチレングリコールは約５〜６０ｇ／ｍｌ、または約５〜３０ｇ／ｍｌ、または約３０ｇ／ｍｌ未満の濃度で存在する。本組成物はさらに、希釈剤として生理食塩水を含むことができる。本開示の組成物は、平均分子量が約６００〜約２００００の範囲のポリエチレングリコールを含み得る。例えば、平均分子量が３１５０のＰＥＧ−３１５０を使用することができる。特定の実施形態では、微生物叢回復療法組成物は、１以上のヒト糞便サンプルに由来する糞便微生物叢を含む。

デキストロース、ベタイン、グリシン、スクロース、ポリビニルアルコール、Ｐｌｕｒｏｎｉｃ（登録商標）Ｆ−１２７、マンニトール、Ｔｗｅｅｎ（登録商標）８０、エチレングリコール、１，３−プロパンジオール、ヒドロキシプロピルセルロース、グリセロール、ＰＥＧ／グリセロール混合物、ミルク（例えば、スキムミルク）、およびプロピレングリコールなど他の凍結保護剤を使用してもよい。

他の実施形態では、本開示の組成物の微生物叢の生存力は、微生物叢（および／または濾液および／または細菌療法組成物）をバクテロイデス胆汁エスクリン寒天培地（ＢＢＥ：Ｂａｃｔｅｒｉｏｄｅｓ Ｂｉｌｅ Ｅｓｃｕｌｉｎ Ａｇａｒ）プレート（Ｂｅｃｔｏｎ，Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙから入手可能、カタログ番号２２１８３６、ＢＢＬ（商標）バクテロイデス胆汁エスクリン寒天培地ＢＢＥプレート）、または疾病管理センター（ＣＤＣ：Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｃｏｎｔｒｏｌ）プレート（Ｂｅｃｔｏｎ，Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙから入手可能、カタログ番号２２１７３３、ＢＢＬ（商標）ＣＤＣ嫌気性菌５％ヒツジ血液寒天培地プレート）、またはその両方で培養することにより確認することができる。少なくとも一部の実施形態では、本開示の組成物の微生物叢の生存力は、ＢＢＥプレートおよび／またはＣＤＣプレート上で、１０^−５希釈系でコロニー形成単位（ＣＦＵ：ｃｏｌｏｎｙ ｆｏｒｍｉｎｇ ｕｎｉｔ）総数約３０ＣＦＵ〜約３００ＣＦＵが存在することにより、または１０^−６希釈系でＣＦＵ総数約３０ＣＦＵ〜約３００ＣＦＵが存在することによって確認することができる。さらに、微生物叢の濃度が約１０^７微生物／ｍｌ程度の微生物叢回復療法組成物が提供される。加えて、微生物叢回復療法組成物を作製するための方法は、間に採取したヒト糞便サンプルを用いてプレドナースクリーニングおよびポストドナースクリーニングの両方を行う工程をさらに含んでもよい。

微生物の生存力を確認することに加え、平板培養試験で、存在する生きている微生物の多様性を確認することもできる。存在する微生物の混合物、または微生物の多様性は、ヒト糞便サンプルおよびそのサンプルから作製されるＭＲＴ製品の品質のさらなる指標となる。ＣＤＣプレートおよびＢＢＥプレートは、単独または組合せのいずれかで、本明細書に記載の多様性による品質の指標を提供する。

本開示はまた、微生物叢回復療法組成物へと処理されるヒト糞便サンプルの品質を保証するための方法を提供し、それらの方法は、ヒト糞便ドナーを同定すること；健康歴問診票、食習慣問診票、および少なくとも１つの血液検査を含むドナーの提供前スクリーニングを行うこと；前記ドナーからヒト糞便サンプルを採取すること；前記ドナーからの前記糞便サンプルを処理して１以上の微生物叢回復療法組成物を作製すること；約１５〜１２０日、または約３０〜１００日、または約４５〜９０日の間隔で、健康歴問診票および少なくとも１つの血液検査を含む、前記ドナーの提供後スクリーニングを行うこと；提供前スクリーニングと提供後スクリーニングの間に採取したドナー糞便サンプルから処理した１以上の微生物叢回復療法組成物を隔離状態で保持すること；プレスクリーニング結果およびポストスクリーニング結果の両方から前記微生物叢回復療法組成物の品質を確認すること；および微生物叢回復療法を必要とするヒトにおいて使用するための前記微生物叢回復療法組成物として解放すること（ｒｅｌｅａｓｉｎｇ）を含む。プレ／ポストスクリーニングは、健康なサンプルを採取する見込みを改善し得る。前記の間隔は、ヒト糞便採取の時点で存在している疾病状態または他の因子が症状として発現するか、またはポストスクリーニング時のヒト糞便もしくは血清検査において陽性判定されるに十分な時間をみて選択される。さらに、本組成物は、プレスクリーニングおよびポストスクリーニングの両方によりドナーの健康のバリデーションが確定するまで隔離および保存することができる。

本開示の方法は、ヒト糞便サンプルに対して感染性疾患の存在に関する少なくとも１つの検査を行う工程をさらに含み得る。加えて、本開示の方法は、Ｃ．ディフィシル；ノロウイルス；アデノウイルス；腸管病原体；ジアルジア抗原；クリプトスポリジウム抗原；抗酸染色（クリスロスポラ属（Ｃｌｙｓｌｏｓｐｏｒａ）、イソスポラ属）；卵および寄生虫；バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）；メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）およびそれらの組合せからなる群から選択される成分に関してヒト糞便サンプルを検査する工程をさらに含み得る。本開示の方法は、ドナーの血液を検査することを含んでよく、ここで、血液検査は、ＨＩＶ；Ａ型肝炎；Ｂ型肝炎；Ｃ型肝炎；ＲＰＲおよびそれらの組合せからなる群から選択される成分に関する少なくとも１つの検査を含む。

ヒト糞便サンプルから微生物叢回復療法組成物を作製し、前記組成物の生存力を保証するための代表的方法は、望ましい量のヒト糞便サンプルを採取すること、生理食塩水を加えること、凍結保護剤（例えば、ポリエチレングリコール）を加えること、および前記組成物を混合することを含み得る。得られた混合物は、次に、濾過し、微生物を含有する濾液を採取することができる。前記濾液の一部は検査のために採取することができ、残りの濾液は、検査により、上記のようなプレスクリーニングおよびポストスクリーニングの結果と合わせた検査サンプルの培養に基づいて凍結濾液の品質が確認されるまで、隔離状態で冷凍することができる。

本開示は、病原性生物および／または有効でない生物を健康で有効な細菌叢に置き換えることによる消化管の微生物叢回復療法を用いた組成物、製造方法、および治療方法を対象とする。治療可能な病態および疾病状態の例としては、クロストリジウム・ディフィシル感染、過敏性腸症候群（ＩＢＳ：ｉｒｒｉｔａｂｌｅ ｂｏｗｅｌ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、クローン病、潰瘍性大腸炎（ＵＣ：ｕｌｃｅｒａｔｉｖｅ ｃｏｌｉｔｉｓ）、ブドウ状球菌またはＣ．ディフィシル感染から生じる劇症大腸炎、炎症性腸疾患（ＩＢＤ：ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｂｏｗｅｌ ｄｉｓｅａｓｅ）、潰瘍、糖尿病、結腸癌、便秘、肥満、ならびに腸管細菌叢のアンバランスに関する他の病態および疾病状態が含まれる。

いくつかの例では、クロストリジウム・ディフィシル感染（ＣＤＩ）の治療のための微生物叢回復療法（ＭＲＴ）を用いた組成物、製造方法および治療方法が提供される。ＣＤＩは、一般的な院内感染であり、特に高齢患者では、重大な罹患率および死亡率を伴う場合が多い。

各個体は消化管に定着する推定５００〜５０００またはそれを超える種の細菌、真菌、ウイルス、古細菌およびその他の微生物、最大１００兆の個々の生物を含み、例えば、消化の補助、結腸への栄養供給、ビタミン類の産生、免疫系の刺激、外因性細菌に対する防御の補助、エネルギー代謝の調整、および短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡｓ：ｓｈｏｒｔ ｃｈａｉｎ ｆａｔｔｙ ａｃｉｄｓ）、具体的には、最終産物としてＳＣＦＡ、主として酢酸塩、プロピオン酸塩、および酪酸塩を産生する発酵の基質である耐性デンプンおよび食物繊維を含む食物炭水化物の産生を始めとする有用な共生機能の宿主となっている個別化された消化管微生物叢を有する。しかしながら、不適切なバランスまたは機能の消化管微生物叢は、とりわけ偽膜性大腸炎、クロストリジウム・ディフィシル大腸炎、抗生物質関連の下痢（ＡＡＤ：ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｄｉａｒｒｈｅａ）、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、回腸嚢炎、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、肥満などの特定の疾患または病気に役割を果たし得る。

従って、本発明者は、とりわけ、患者の消化管内の病原性生物を健康な細菌叢、または消化管微生物叢に関連する病気を有する特定の個体に利益をもたらすことを意図した細菌叢に置き換えることにより、クロストリジウム・ディフィシル大腸炎を含む消化管微生物叢に関連した病気を治療することを目的とする細菌療法を提供するためのシステムおよび方法を認識している。一例では、本明細書に記載のシステムおよび方法は、患者に細菌療法を提供するために、既存の診療所および病院の既存の能力および慣例と整合し得る便利で衛生的な機構を提供することができる。特定の例では、同様の治療が、ＩＢＳ、クローン病、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、潰瘍、または他の胃腸、代謝、または消化管関連疾患などの他の疾患を有する患者にも効果的であり得る。他の例では、細菌療法は、消化管内の有効でない微生物叢をより有効な微生物叢に置き換える減量の補助のために使用することができる。他の例では、細菌療法は、心血管疾患および末梢血管疾患における補助のために使用することができる。

一例では、クロストリジウム・ディフィシルまたは１つ以上の他の消化管の疾患もしくは病気を治療するための細菌療法は、抗生物質と健康なまたは望ましい哺乳動物細菌叢の再定着の組合せを用いて提供され得る。特定の例では、細菌叢の再定着は、糞便細菌療法または糞便移植を含み得る。

糞便細菌療法のプロセスは、健康なドナー、または１つ以上の所望の特性を有するドナーの糞便サンプルを患者の消化管に導入して健康なまたは望ましい消化管微生物叢を再定着させることを含み得る。特定の例では、健康なまたは望ましい消化管微生物叢が患者にひとたび導入された際に消化管に容易に定着され得るように、糞便サンプルの導入前に患者の腸管微生物叢を、抗生物質を用いて破壊することができる。

ヒト糞便材料は、微生物叢回復療法におけるその使用の前に選択的に濾過される。
本開示のいくつかの実施形態では、組成物は、プレスクリーニングドナーからの標準化された糞便微生物調製物である。ドナーは、血清およびヒト糞便の両方で一般的な感染性疾患に関してスクリーニングされる。これには臨床検査ならびにドナーの病歴の再検証が含まれる。ひとたびドナーが適格とされれば、そのドナーは選択された間隔で完全な再スクリーニングを受けることを求められる。これには、各１〜３か月の期間を含み得るが、期間の一例はおよそ３か月ごとである。優良または正常な糞便材料を採取するためのシステムのいくつかの方法では、完全な再スクリーニングと再スクリーニングの間に、ドナーは自分の健康状態に変化が行った場合には即、サンプル採取者に連絡するように指示を受ける。さらに、この健康情報は、完全なスクリーニングとスクリーニングの間の毎回の提供時に問診票または他の手段によって収集することができる。ドナーは、スクリーニング検査を合格し続け、健康状態の要件を満し続ける限り、適格ドナーであり続けることができる。

採取されたヒト糞便は、本明細書に開示されるように処理し、その後、冷凍および隔離することができる。この製品は、採取前および採取後のメディカルスクリーニング（例えば、健康状態とともにヒト糞便検査および血液検査）の両方が完了した場合に隔離から解放することができる。このことが、スクリーニングとスクリーニングの間に採取されるサンプルの品質を保証する。本製品は解凍し、温度制御容器内で施設に輸送することもできるし、あるいはまた冷凍状態で輸送して施設で解凍することもできる。

本組成物は、再発性ＣＤＩを有する患者に特に適している。再発性ＣＤＩは、初発エピソードの後に最低少なくとも１回の再発エピソードを有した患者と定義され、ＣＤＩを治療するために少なくとも２コースの経口抗生物質が完了していると思われる。本組成物はまた、ＣＤＩの初発エピソードの治療にも適している。

本ＭＲＴにおける１つの治療方法では、患者は、１０〜１４日コースの経口抗生物質（レジメンの終了時の少なくとも７日のバンコマイシンとその後の２４〜４８時間のウォッシュアウト期間を含む）を完遂することができる。次に、本ＭＲＴ組成物を浣腸によって導入することができる。最初の浣腸の投与後６０日の時点でＣＤＩ症状の消散が見られれば、その治療は成功したと見なすことができる。一部の患者では、この６０日の期間内で症状が戻れば、ＭＲＴ組成物を伴う２つ目の浣腸を投与することができ、治療の成功は、２つ目の浣腸後６０日以内に症状の再発がないことであり得る。

ヒト糞便材料は、本来、ドナー間で異なり、同じドナーであっても日ごとに異なりさえする。さらに、ヒト糞便材料の個々のサンプルは、常に１０００種を超える異なる微生物の存在を含み、このことはサンプル中の全糞便マイクロバイオームを検査および描写することを実現不可能とし、ＣＤＩなどの所与の疾患に対する個々の微生物種の効果を決定することをいっそう実現可能性の低いものとする。しかしながら、本開示をもってすれば、糞便材料の標準化されたまたは正常なサンプルを同定し、処理を施して安全性および生存力を保証するＭＲＴ組成物またはＭＲＴ製品とすることができることが判明した。変動のある原料を用い、ドナースクリーニング法、糞便検査法、糞便処理法、処理材料取り扱い、貯蔵および保存法、ならびにＧＩ管内の微生物のアンバランスによって影響を受ける種々の病態および疾患を処置するための治療製品として配送されるヒト糞便由来の一貫性、再現性があり、品質が管理された組成物を生産するための検査法を用いて作製される。

本組成物は、正常なヒト糞便サンプルとして特徴付けられるもので始めることができる。正常なヒト糞便サンプルを定義するために、他の特性を確認またはチェックするための血液および／またはヒト糞便検査と組み合わせた問診票または他の健康歴手段によって患者をスクリーニングすることができる。さらに、ヒト糞便サンプルは、そのヒト糞便サンプルが正常であったことと、処理および取り扱いが製品組成物中の微生物の生存力を維持するという点で完全であったことの両方を確認するための検査を行った結果としての製品を用い、制御された様式で取り扱いおよび処理を行うことができる。生存力に加え、健康なまたは正常な糞便のもう１つの尺度である、存在する生存微生物の多様性を確認するために選択された検査を行うことができる。このようにして、ドナー間変動およびドナー内での日間変動は、正常ヒト糞便サンプルの基準内で理解および使用することができる。さらに、設計および実装される処理および取り扱い技術の妥当性を確認することができる。正常ヒト糞便を採取することと有効とされた（ｖａｌｉｄａｔｅｄ）処理および取り扱い技術を組み合わせることで、標準化された組成物または製品が得られる。ひとたび標準化された組成物が作製されれば、治療の成功を保証するために製品の生存力を維持するように生産から投与までそれを保存し、取り扱わなければならない。生産時から患者への投与まで標準化された製品の生存力を維持する有効とされた処理は、治療の成功にとって重要である。サンプルの処理、本開示の薬剤を生産するためのこのような抽出物の封入の際に、作製される薬剤がその後の処理、取り扱いおよび使用に適宜なように追跡、保存およびバンク形成されるようにサンプルの追跡情報を記録することが一般に望ましいと認識される。このような追跡を補助するためには、サンプル、抽出物および薬剤を識別するために適切なタグを使用すること、およびこれらを互いに、また、治療される患者と関連付けることが可能であることが望ましいと思われる。これはＲＦＩＤタグまたはドナーサンプルのＤＮＡ分析の使用によって達成可能である。当業者ならば、本開示の薬剤を追跡するために適切な他のタグ、例えば、バーコードを知っているであろう。

それが正常であるか、または正常と見なされる範囲内であるかどうかを決定するためにヒト糞便サンプルを特性決定する場合には、健康歴データ、血清および／または血液分析およびヒト糞便分析を使用することができる。さらに、一定の処理パラメータセットを用いて、生存力のある選択微生物および微生物群の存在を決定するために選択された培地で培養可能な製品を生産して、ヒト糞便サンプル内の生存力および多様性を確認することができる。また、処理パラメータを用いて、特定の微生物および／または微生物群の不在を決定するために選択された培地で培養可能な製品を生産することもできる。処理プロトコールのこの部分は、ＭＲＴ製品において使用するための糞便サンプルの安全性を確認するために使用することができる。

標準化され、生存力のあるＭＲＴ製品とするためのヒト糞便サンプルの取り扱いおよび処理は、一貫した立証済みの採取および取り扱い技術、濾過処理、制御されたホモジナイゼーションならびに選択液体の添加およびこれらの液体の量を含み得る。さらに、この制御された立証済みの取り扱いおよび処理により生産される組成物、すなわち、標準化された組成物または製品は、生存力のある選択微生物および微生物群の存在を決定するために選択された培地上で培養して、その製品中での生存力および微生物の多様性を確認することができる。

標準化された製品の生産時から患者に投与するまで、標準化された製品は、治療の成功のために生存力を維持していなければならない。これは、生存力を維持するための冷凍保存技術および凍結保護剤の使用を含み得る。特に、出願人らは、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ：ｐｏｌｙｅｔｈｙｌｅｎｅ ｇｌｙｃｏｌ）がＭＲＴ製品のための有効な凍結保護剤として使用可能であることを見出した。保存時間、解凍技術、輸送技術および解凍製品の取り扱いも、生存力に影響を及ぼす因子であり、本明細書に定義される。本明細書に定義される技術は、糞便提供が受容された時から標準化された製品の生産まで、および患者への投与まで使用することができる。本明細書で提供される技術はまた、ＭＲＴ製品中の微生物叢の生存力の維持および確認を可能とする。選択微生物および微生物群の存在、生存力および多様性を、選択された培地に培養することにより確認するためのプロトコールが提供される。さらに、本明細書で提供される技術は、採取から、処理まで、生産まで、保存まで、解凍後まで、患者への投与直前までの、プロセス中の任意の時点で、およびその間のあらゆる時点で、選択微生物および微生物群の存在、生存力および多様性を確認するために使用することができる。一実施形態では、凍結保護剤ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）は、処理の時点でヒト糞便サンプルおよび等張生理食塩水と混合することができる。ＰＥＧは、約０．１ｇ／ｍｌ〜約７０ｇ／ｍｌ、または約２ｇ／ｍｌ〜約６８ｇ／ｍｌ、または約４ｇ／ｍｌ〜約６５ｇ／ｍｌ、または約５ｇ／ｍｌ〜約６０ｇ／ｍｌの濃度で加えることができる。使用されるＰＥＧは平均分子量が約６００〜約２００００であり得る。いくつかの実施形態では、ＰＥＧは平均分子量が約２０００〜約４０００、例えば、ＰＥＧ３３５０の製剤で提供されるように約３３５０である。

正常ヒト糞便サンプルを定義するための培養物の増殖は、生のヒト糞便は一貫した培養ができないことを認識する以下の技術を含み得る。処理済みのサンプル製品は５０グラム（ｇ）のヒト糞便サンプルを用いて作製され、無菌混合／フィルターバッグ内の一定の条件下で１ｇのヒト糞便に対して約２〜約４ｍＬの比率のＰＥＧ／生理食塩水混合物と混合して細菌懸濁液を作製した。いくつかの実施形態では、この細菌懸濁液を標準的技術に従って培養前に濾過する。細菌懸濁液の播種およびインキュベーションは、本明細書の以下に記載される増殖培地で行い、工業的標準嫌気培養法に従って行った。得られたコロニー形成単位（ＣＦＵ：ｃｏｌｏｎｙ ｆｏｒｍｉｎｇ ｕｎｉｔｓ）を計数し、これらのプロトコールを用い、一貫した結果が得られた。

細菌懸濁液の培養には２種類の培養培地を使用する。１つ目は、Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｃｏｎｔｒｏｌ（ＣＤＣ）プレートであり、一般に「ＣＤＣ嫌気性菌５％ヒツジ血液寒天培地プレート」と呼ばれる。このプレートは一般的な嫌気性微生物プレートであり、選好性で増殖の遅い偏性嫌気性菌の単離および培養を可能とする。２つ目は、バクテロイデス胆汁エスクリン寒天培地（ＢＢＥ）プレートであり、バクテロイデス用の特定指標種培地である。両タイプの培地は、例えば、Ｂｅｃｔｏｎ、Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ａｎｄ Ｃｏ．，およびＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃなどの実験用供給者からの購入で一般に入手可能である。

選択された培地で培養することにより、出願人らはヒト糞便中に存在する微生物の多様性の指標を提供することができ、製品が生産され、製品が投与される。上記に開示される技術は、任意の段階で、ヒト糞便サンプル中の微生物の多様性の尺度を提供するために使用することができる。特に、ＣＤＣプレートは、ＭＲＴ材料に存在し得る異なる５〜７科の微生物を増殖させるように設計されている。限定されない一例では、細菌懸濁液が培養されるＣＤＣプレートは、その細菌懸濁液がＭＲＴ療法向けに処理および／または使用されるためには、同定可能な少なくとも３属の微生物をその上で増殖しなければならない。さらに、ＢＢＥプレートを使用すれば、ＭＲＴ製品における微生物多様性のさらなる尺度が提供できる。ＢＢＥプレートは、微生物のバクテロイデス属内の複数の種を増殖させる。ＢＢＥプレート上に十分なＣＦＵがあれば、ＭＲＴ製品中に存在する属内の多様性を示す。特定の実施形態では、ＣＤＣプレートまたはＢＢＥプレートは、単独で多様性の尺度として使用することができる。他の実施形態では、ＣＤＣプレートとＢＢＥプレートの両方を一緒に用いて、微生物属レベルでの、ならびに特定の微生物属内の種レベルでの多様性の拡張尺度を提供することができる。

図１は、ＭＲＴ生産プロセスの一例の一部を表す流れ図である。より詳しくは、図１は、ドナー糞便サンプルを採取および検査するためのプロセスを模式的に示す。採取／検査プロセスの工程１として、潜在的糞便ドナーがスクリーニングされる。スクリーニング／プレスクリーニングは、本明細書で詳しく説明する。ひとたび、ドナーがスクリーニングを合格すれば、工程２は、自宅または採取施設で、本明細書で定義されるようなヒト糞便採取キットを用いてドナーの糞便を採取することを含み得る。このキットは、限定されるものではないが、蓋付きの清浄なヒト糞便採取容器、閉鎖可能／封止可能な大型バック、提供フォームおよびヒト糞便採取説明シートを含み得る。採取から処理までの時間および輸送条件を追跡するために、採取日時を、ドナー識別情報および輸送方法とともに記録することができる。限定されない例として、採取容器は、サンプルが曝される最低温度および最高温度のインジケーターを含み得る。別の限定されない例として、約４℃より低温およびおよその室温（約２２〜２９℃）より高温で色が変わる１以上の温度感受性ステッカーを容器に貼付することができる。

工程３は、前記サンプルを処理施設に輸送することを含み得る。サンプルが処理施設で採取された場合には、サンプルの輸送は必要とされないと認識することができる。場合によっては、サンプルの加工流通過程の管理（ｃｈａｉｎ ｏｆ ｃｕｓｔｏｄｙ）をより明確に確立するために処理施設でサンプルを採取することが望ましいことがある。どの個体についても最初の糞便提供を受容するとともに、各ドナーについてのプロファイルは確立されていることになる。その後、糞便サンプルにヒト糞便検査を行うことができ、これを用いてドナーの識別情報と提供物の照合および確認を行う。事前に採取されたサンプルに基づき、ドナーのヒト糞便プロファイルを作成し、提供が繰り返される間、これを維持または拡張することができる。いずれの新しいサンプルもこのプロファイルと比較して、それは同じドナーであることを確認する。ヒト糞便中のバクテリオイデス属（Ｂａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ）の種の呈示に基づきドナー識別情報を確認するために差分（Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ）を作製することもできる。限定されない例では、プロファイルを作成するために使用される糞便サンプルの基本セットは、プロファイルサンプルにおけるドナー識別情報を保証するために処理施設において採取される。別の限定されない例では、プロファイルを作成するために使用される糞便サンプルの基本セットは、状況または場所に適当なドナー識別情報保証プロトコールを用い、処理施設以外の場所で採取することができる。

本方法の工程４は、提供物の「隔離（Ｑｕａｒａｎｔｉｎｅ）」のラベルを付けること、および処理前に長くても２４時間、提供物を隔離状態で、室温以下で保持することを含み得る。温度インジケーターが活性化されていた場合、または提供と受容の間の時間が２４時間を超える場合には、提供は拒絶されることがある。加えて、該当する場合には、ヒト糞便検査結果をドナープロファイルと照合しなければならない。ヒト糞便検査がドナープロファイルと一致しなければ、その日に採取された提供物は廃棄され、そのドナーを失格とする。

本発明の１つの方法では、ヒト糞便サンプルを採取約２４時間以内に処理する。本出願の別の方法では、糞便サンプルが処理施設に到着した時点で、採取時を記録する。工程６は、糞便提供物を検査することを含み得る。目視検品は、糞便サンプルが処理施設に到着した際に完了させることができる。ヒト糞便サンプルがゆるく、形を成さないか、十分な重量がないか（例えば、約５０ｇ未満）、または限定されるものではないが、サンプル品質が低いことを示す証拠もしくはドナーの健康に関する懸念を含む、他の何らかの理由がある場合には、そのサンプルを拒絶してよく、「検品−拒絶」のラベルを付け、その提供物を廃棄する。さらに、ヒト糞便採取フォームに記載されている質問に対する回答は、訓練を受けた者により審査することができる。採取フォームにおける特定の回答は、十分な拒絶を要することがある。サンプルが受け入れられれば、それに「検品−受入れ」のラベルを付けてよく、製造処理に送ることができる。

ドナーをスクリーニングし、ヒト糞便サンプルを入手し、糞便サンプルを処理してＭＲＴ製品とする方法の別の一例が、図２に示される流れ図に例示される。工程１は、潜在的ドナーを参集することを含み得る。工程２は、その潜在的ドナーにイニシャル・ドナー・ヘルス・ヒストリー・クエッショナリー（ＩＤＨＨＱ：Ｉｎｉｔｉａｌ Ｄｏｎｏｒ Ｈｅａｌｔｈ Ｈｉｓｔｏｒｙ Ｑｕｅｓｔｉｏｎｎａｉｒｅ）を完了してもらうことを含み得る。この問診票は潜在的血液ドナーのスクリーニングのために赤十字社により使用されているものと同様であり得る（所望により、付加的なスクリーニング設問を加えてもよい）。「不可」の結果により潜在的ドナーは拒絶され、ドナープールから除かれる。例えば、ドナーは、潜在的ドナーを赤十字社スクリーニングから落とす場合と同様の条件下で「不可」結果を受け取る。「合格」の結果は、ドナーにさらなる検査を受け入れさせる。工程４は、さらなる検査を含んでよく、いずれかを審査し、ドナーが不可であれば、そのドナーをプールから除く。ドナーは一般的な感染性疾患および本明細書に列挙されているような他の病態に関して定期的にスクリーニングを受ける。訓練を受けた者によるドナーの病歴の審査および反復スクリーニング検査は、限定されるものではないが、およそ１５〜９０日ごとなど、定期的に行う。スクリーニングは以下の表１に列挙されている構成要素を含むことができる。

これらは単に例である。他の検査も使用可能である。
工程５は、合格ドナーをドナープールに受け入れることを含み得、工程６は、ドナーに糞便採取キットを供給することを含み得る。工程７段階は、前記受け入れドナーからの糞便サンプルの定期的採取の計画を開始することを含み得、工程８は、採取された糞便サンプルから薬物製品を製造することを含み得る。工程９は、前記薬物製品を隔離することを含み得、工程１０は、前記ドナー糞便サンプルを４５日目に再スクリーニングすることを含み得る。サンプルがスクリーニングを合格しなければ、過去４５日間にそのドナーから生産された全ての薬物製品を廃棄する。サンプルがスクリーニングを合格すれば、その薬物製品は隔離から解放される（工程１１）。

別の例示的方法では、ヒト糞便サンプルを秤量し、４５〜７５ｇのサンプルを無菌フィルターバッグに移す。生理食塩水と凍結保護剤（例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）３３５０）の混合物を希釈剤として使用し、よって、ヒト糞便サンプルに加えることができる。本明細書で使用される場合、用語「生理食塩水／ＰＥＧ混合物」および「希釈剤」は互換的である。希釈剤のＰＥＧ濃度はおよそ約３０〜９０ｇ／リットルであり得る。希釈剤のＰＥＧ濃度はまた、およそ約２５〜７５ｇ／リットルの間であってもよい。一例では、生理食塩水／ＰＥＧ混合物と糞便サンプルの比率は、２：１、すなわち１グラムのヒト糞便に対して２ｍＬの生理食塩水／ＰＥＧ混合物である。限定されない例として、５０ｇのヒト糞便に対しておよそ１００ｍＬの生理食塩水／ＰＥＧ混合物を使用することができる。生理食塩水／ＰＥＧは希釈剤（および／または凍結保護剤）として使用するために適切であり得るが、これに限定されるものではない。他の凍結保護剤も使用可能である。例えば、デキストロース、ベタイン、グリシン、スクロース、ポリビニルアルコール、Ｐｌｕｒｏｎｉｃ（登録商標）Ｆ−１２７、マンニトール、Ｔｗｅｅｎ（登録商標）８０、エチレングリコール、１，３−プロパンジオール、ヒドロキシプロピルセルロース、グリセロール、ＰＥＧ／グリセロール混合物、プロピレングリコール、またはそれらの組合せが凍結保護剤として使用可能である。これらの材料は単独で使用してもよいし、または生理食塩水などの溶媒と併用してもよい。

ヒト糞便サンプルを含有するバッグに希釈剤を加えたところで、このバッグを封止する。パドルミキサーを用い、糞便サンプルを希釈剤と混合する。糞便サンプルと希釈剤を混合した製品を細菌調製物と呼ぶ。

細菌調製物は標準的技術に従って濾過することができ、濾液を混合バックから取り出して無菌ポーチまたはバッグに移すことができる。いくつかの実施形態では、細菌調製物は濾過されない。

他の実施形態では、細菌調製物（濾過済みまたは濾過しない）を含有する各バッグは、１用量のＭＲＴ製品相当であり、１用量のＭＲＴとして処理される。他の実施形態では、これらのバッグは適切なプロトコールに従って保存され、後日、少量に分割してもよい。さらに他の実施形態では、これらのバッグは適切なプロトコールに従って保存され、合わせて１用量以上としてもよい。加えて、細菌調製物の１以上のバッグを品質管理（ＱＣ：Ｑｕａｌｉｔｙ ｃｏｎｔｒｏｌ）のために保持することもできる。

１つの限定されない例では、これらのバッグは製品番号のラベルを付け、冷凍することができる。ひとたび、これを行えば、これらのバッグは、考慮された用量のＭＲＴ製品となり得る。製品番号は、ドナーＩＤと製造日（処理日）に対する参照を含むことができる。ＭＲＴ製品は約−２０℃〜約−８０℃またはそれより低温で冷凍することができる。その後、ＭＲＴ製品は、下記のようにＱＣ検査およびさらなる検査からの結果の評価まで、隔離することができる。

別の限定されない例では、これらのバッグは製品番号のラベルを付け、冷凍することができる。製品番号は、ドナーＩＤと製造日（処理日）に対する参照を含むことができる。これらのラベル付きバッグは、約−２０℃〜約−８０℃またはそれより低温（例えば、所望により液体窒素で凍結させることにより達成され得る約−１９２℃といった低温）で凍結させることができる。その後、これらのバッグの内容物を下記のようにＱＣ検査およびさらなる検査からの結果の評価まで、隔離することができる。

製造されたＭＲＴ製品の品質（処理した際の微生物の生存力を含む）の１つの例示的検査では、単一日に単一の適格ドナーから採取された糞便提供物または糞便サンプルを処理することができる。いくつかの実施形態では、ドナー間、または個々のドナーサンプル間でサンプルのプールは行わない。他の実施形態では、個々のドナーからのサンプル調製物をプールするか、または合わせる。他の実施形態では、２以上のドナーからのサンプル調製物を合わせる。

処理済みのヒト糞便またはＭＲＴ製品のサンプルは、標準的な工業的手順に従って、希釈し、播種し、インキュベートすることができる。嫌気性ＣＦＵはＣＤＣプレート上で計数することができ、バクテロイデス属ＣＦＵはＢＢＥプレート上で計数することができる。プレートの計数値は、品質管理標準に対して確認され、品質管理標準は、限定されるものではないが、特定のドナーの提供前からの検査結果および他の確立された適当な標準を含み得る。これらの計数値が許容範囲内であれば、そのＭＲＴ製品は許容できると見なされる。これらの計数値が許容範囲内でなければ、同じヒト糞便サンプルから作製されたＭＲＴ製品の全てのバッグを冷凍庫から取り出して破棄する。最終的な許容計数値範囲は、サンプル調製物またはＭＲＴ製品の冷凍前に、ＣＤＣプレート上での１０^−６希釈系で約３０〜約３００ＣＦＵ、およびＢＢＥプレート上での１０^−５希釈系で約３０〜約３００ＣＦＵであり得る。

隔離からの解放から顧客への輸送までの原薬（ＭＲＴ組成物）を処理する例示的方法を図３Ａおよび３Ｂに示す。工程１は、原薬を隔離から解放することを含み得、工程２は、採取容器をレベルＩＩバイオセーフティーキャビネットに移すことを含み得る。工程３は、較正済みの秤でバイオセーフティーキャビネット内のバッグホルダー上のフィルターバッグの風袋を量ることを含み得、その後に、工程４で、約５０ｇ±１０ｇの原薬をフィルターバッグに量り取る。工程５は、３ｍＬ／ｇのプレミックスＰＥＧ／生理食塩水溶液をフィルターバッグ内の原薬に加えることを含み得る。プレミックスＰＥＧ／生理食塩水溶液は、工程Ａで、ＰＥＧ粉末を０．９％塩化ナトリウム潅注ＵＳＰ中、３０ｇ／Ｌの濃度で再構成することによって調製できる。工程６は、クロージャーバッグに装填されたフィルターバッグを封止すること、およびそのクロージャーバッグを封止することを含み得る。工程７は、封止したバッグアセンブリをバイオセーフティーキャビネットから取り出すこと、およびそのバッグをパドルミキサーに入れることを含み得る。工程８では、バッグをパドルミキサーにて２３０ｒｐｍで２分間混合することができ、その後、工程９で、パドルミキサーからバッグを取り出し、バッグをバイオセーフティーキャビネットに戻す。工程１０で、１５０ｍＬの濾過懸濁液をエチレンビニルアセテート（ＥＶＡ：ｅｔｈｙｌｅｎｅ ｖｉｎｙｌ ａｃｅｔａｔｅ）浣腸バッグにピペットで移すことができ、その後、工程１１で浣腸バッグを封止する。製品の品質検査のために濾過懸濁液からのサンプルを取っておいてもよい。工程Ｂ１で、ＣＤＣプレートおよびＢＢＥプレートを調製することができる。工程Ｂ２は、残っている濾過懸濁液から希釈系を作成することを含み得る。この工程は、各バッチにつき１回行う。工程Ｂ３で、ＣＤＣプレートおよびＢＢＥプレートに連続希釈系を接種し、４８時間３７℃でインキュベートする。工程Ｂ４で、プレート当たりのコロニー形成単位（ＣＦＵ）を計数する。

この例示的方法は図３Ｂに続く。工程１３で、ＥＶＡ浣腸バッグ中に封止された薬物製品を６０分間０℃で予冷することができる。工程１４で、工程Ｂおよびドナー検査から結果を受け取るまで、ＥＶＡバッグを隔離状態で−８０℃の冷凍庫に置くことができる。薬物製品が検査で不合格であれば、その薬物製品の影響を受けた全ての用量を廃棄する。その薬物製品が検査を合格すれば、工程１５で、ＥＶＡバッグを隔離から−８０℃の冷凍庫の長期保存エリアに移すことができる。この薬物製品が−８０℃の冷凍庫に保存されている間に、顧客から発注を受けることができる。工程１６で、ＥＶＡバッグを冷凍庫から取り出し、６０分間０℃まで解凍することができる。工程１７で、ＥＶＡバッグを漏れに関して検品することができる。バッグが検品で不合格であればその製品は廃棄し、バッグが検品に合格すれば、工程１８で、そのＥＶＡバッグを梱包し、顧客に輸送する。

図４は、配送方法の一例を流れ図にまとめる。顧客または現場のＭＲＴ製品の発注がきっかけとなり、出荷製品が−８０℃の長期保存から引き出される。この現場は、ＭＲＴ製品が使用される医院、診療所、病院、または他の場所であり得る。この製品は解凍され、ラベルが付けられる。ラベル処理の品質管理（ＱＣ）が行われ、ラベル処理に失敗すれば製品は再ラベルされ、再び品質管理を通される。ＱＣを合格すると製品は梱包段階に送られ、そこで製品は輸送ボックスに詰められ、その後現場へ輸送される。

図５は、配送方法の別の例を流れ図にまとめる。製品が発注され、受け取られ、検品される。製品が検品を合格しなければ、その製品は廃棄され、処理センターに報告書が送られ、製品の再発注が出される。製品が検品を合格すれば、処理センターに報告書が送られ、その製品は治療のために患者に接種されるか、または治療のために患者に接種されるまで、安全な場所に保管される。いずれの場合でも、製品が患者に投与された後に主要な梱包は廃棄される。

一例としての梱包システム１０を図６に示す。梱包システム１０は、サンプルバッグ１２を含み得る。サンプルバッグ１２は、本明細書に記載のＭＲＴ組成物、保護用内箱１４、チューブアセンブリ１６、チューブアセンブリ１６用パッケージ１８（例えば、ＴＹＶＥＫ（登録商標））、シェルフボックス２０（サンプルバッグ１２、保護用内箱１４、パッケージ１８内のチューブアセンブリ１６、および説明書を収容する）を含有するために使用され得る。シェルフボックス２０は、断熱輸送ボックス２２（例えば、スタイロフォームを含み得る）内にアイスパックとともに置くことができ、輸送ボックス２２は治療施設に輸送することができる。輸送ボックス２２は閉じて、梱包システム１０と外部大気の間の空気の交換を制限するためにＨ型にテープで遮断することができる。

次に、梱包システム１０を長時間様々な範囲の温度に曝した。試験条件は、解凍槽からサンプルバッグ１２を取り出す（例えば、０±０．５℃）、梱包システム１０を「低温」に置く（例えば、−２０±３℃、４時間±３０分）、梱包システム１０を第１の期間室温で保持する（２２±３℃、８時間±３０分）、梱包システム１０を「高温」環境に置く（５０±３℃、４時間±３０分）、梱包システム１０を第２の期間室温で保持する（２２±３℃、８時間±３０分）、梱包システム１０を「温暖」環境に置く（３５±３℃、４時間±３０分）、および梱包システム１０を第３の期間室温で保持する（２２±３℃、８時間±３０分）。これらの条件下で、サンプルバッグ１２の温度は前期間（およそ３６時間）、２０℃より低いままであった。これらの試験結果によれば、梱包システム１０は、本明細書に開示されるＭＲＴ組成物の配送に関して予想される気候極限からサンプルバッグ１２に適切な保護を提供する。

図７は、サンプルバッグ１２を示す。バッグ１２は、エチルビニルアセテートから形成され得る。他の材料も企図される。例えば、バッグ１２は、ガスを実質的に通さない材料であるポリエチレンテレフタレートポリエステルフィルム、またはその他のポリマーなどを含み得る。バッグ１２は静注バッグに類似し、選択的に、バッグ１２は、バッグ１２をスタンドに吊すことを可能とする付属部品を含み得る（例えば、内視鏡の上に位置させる／吊すため）。

バッグ１２は、約２５〜２５０ｍｌの範囲（例えば、５０ｍｌ）の容量を有し得る。バッグ１２は、ＭＲＴ組成物をバッグ１２に送り込むためのフィルポート（ｆｉｌｌ ｐｏｒｔ）２４を有し得る。フィルポート２４は、ＭＲＴ組成物の送り込みを補助するためのルアーまたは他のタイプのアダプタを含み得る。バッグ１２にＭＲＴ組成物を充填した後、フィルポート２４は封止してよく、ＭＲＴ組成物がバッグ１２内に効果的に密封される。バッグ１２はまた、スパイクポート（ｓｐｉｋｅ ｐｏｒｔ）２６も含み得る。スパイクポート２６は、使用時にバッグ１２からＭＲＴ組成物を抽出するために使用することができる。

図８は、チューブアセンブリ１６を示す。チューブアセンブリ１６は、バッグ１２にスパイクポート２６を接合するように設計されたスパイク部材２８を含み得る。チューブアセンブリ１６はまた、ステップアダプタ３２を備えたチューブ本体３０を含み得る。ステップアダプタ３２は、チューブ１６を送達チューブ３４と連結可能とする。

チューブアセンブリ１６は、いくつかの付加的特徴を含み得る。例えば、クランプ３６は、送達チューブ３４と連結可能である。加えて、送達チューブ３４に沿って目印３８を配置してもよい。スパイク部材２８に沿ってスパイクカバー４０を配置してもよい。

本明細書で開示されるＭＲＴ組成物は、様々な温度条件で長期間、安定を維持するように設計されている。例えば、およそ２０〜２５℃の温度で保存した場合、本ＭＲＴ組成物は、約２４時間以上、約４８時間以上、約９６時間以上、または約１９２時間以上、安定を維持し得る（例えば、生存力のある微生物集団を伴う）。およそ４℃の温度で保存した場合にも、本ＭＲＴ組成物は、約２４時間以上、約４８時間以上、約９６時間以上、約１９２時間以上、または約２４０時間以上、安定を維持し得る（例えば、生存力のある微生物集団を伴う）。言い換えれば、本ＭＲＴ組成物の「解凍保存寿命」は、約２４時間以上、約４８時間以上、約９６時間以上、約１９２時間以上、または約２４０時間以上程度であり得る。

およそ−２０℃の温度で保存した場合にも、本ＭＲＴ組成物は、約６０〜９０日以上、約４〜６か月以上、または約６〜９か月以上、安定を維持し得る（例えば、生存力のある微生物集団を伴う）。およそ−８０℃の温度で保存した場合にも、本ＭＲＴ組成物は、約６０〜９０日以上、約４〜６か月以上、約６〜９か月以上、または約１２か月以上、安定を維持し得る（例えば、生存力のある微生物集団を伴う）。言い換えれば、本ＭＲＴ組成物の「冷凍保存寿命」は、約６０〜９０日以上、約４〜６か月以上、約６〜９か月以上、または約１２か月以上程度であり得る。

本開示のＭＲＴ組成物は、少なくとも１門、少なくとも２門、少なくとも３門、少なくとも４門、少なくとも５門、少なくとも６門、少なくとも７門、少なくとも８門、少なくとも９門、または少なくとも１０門のメンバーである細菌を含み得る。少なくとも一部の実施形態では、本開示のＭＲＴ組成物は、少なくとも１綱、少なくとも２綱、少なくとも３綱、少なくとも４綱、少なくとも５綱、少なくとも６綱、または少なくとも７綱のメンバーである細菌を含み得る。少なくとも一部の実施形態では、本開示のＭＲＴ組成物は、少なくとも１目、少なくとも２目、少なくとも３目、少なくとも４目、少なくとも５目、少なくとも６目、または少なくとも７目のメンバーであるの細菌を含み得る。少なくとも一部の実施形態では、本開示のＭＲＴ組成物は、少なくとも１科、少なくとも２科、少なくとも３科、少なくとも４科、少なくとも５科、少なくとも６科、少なくとも７科のメンバーである細菌を含み得る。少なくとも一部の実施形態では、本開示のＭＲＴ組成物は、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも２０、または少なくとも３０の異なる細菌属のメンバーである細菌を含み得る。少なくとも一部の実施形態では、本開示のＭＲＴ組成物は、少なくとも１０、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００、少なくとも３００、または少なくとも４００の異なる細菌種を含み得る。

例えば、本ＭＲＴ組成物は、限定されるものではないが、バクテロイデス目（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ）およびクロストリジウム目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）を含む１目以上または２目以上に由来する生存力のある細菌を含み得る。いくつかの実施形態では、本ＭＲＴ組成物中の生存力のある細菌の約２０〜９５％、または約３０〜８５％、または約４０〜６０％がバクテロイデス目に由来し得る。これらおよび他の実施形態のいくつかでは、本ＭＲＴ組成物中の生存力のある細菌の約１０〜８５％、または約２０〜６０％、または約３０〜４０％がクロストリジウム目に由来し得る。

それに加えて、またはその代わりに、本ＭＲＴ組成物は、５以上の科、または約６〜１２科、または約７〜１０科に由来する細菌を含み得る。これは、バクテロイデス科（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ）、バークホルデリア目（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｌｅｓ）、クロストリジウム科（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ）、クロストリジウム目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）、ユーバクテリウム科（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フィルミクテス門（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、ポルフィロモナス科（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、プレボテラ科（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）、リケネラ科（Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）、ルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、およびストレプトコッカス科（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）に由来する細菌を含み得る。いくつかの実施形態では、本ＭＲＴ組成物中の生存力のある細菌の約２０〜８４％、または約３０〜５０％、または約３６〜４８％がバクテロイデス科に由来し得る。これらおよび他の実施形態のいくつかでは、本ＭＲＴ組成物中の生存力のある細菌の約０．５〜２％または約１％が、バークホルデリア科に由来し得る。これらおよび他の実施形態のいくつかでは、本ＭＲＴ組成物中の生存力のある細菌の約１〜１０％、または約１〜８％、または約２〜７％が、クロストリジウム科に由来し得る。これらおよび他の実施形態のいくつかでは、本ＭＲＴ組成物中の生存力のある細菌の約１〜２２％、または約３〜２２％、または約１〜１０％、または約１〜８％、または約４〜７％が、クロストリジウム目に由来し得る。これらおよび他の実施形態のいくつかでは、本ＭＲＴ組成物中の生存力のある細菌の約１〜１０％、または約１〜９％、または約４〜８％が、ユーバクテリウム科に由来し得る。これらおよび他の実施形態のいくつかでは、本ＭＲＴ組成物中の生存力のある細菌の約０．５〜２％または約１％が、フィルミクテス門に由来し得る。これらおよび他の実施形態のいくつかでは、本ＭＲＴ組成物中の生存力のある細菌の約０．５〜２３％、または約１〜１０％、または約４〜９％が、ラクノスピラ科に由来し得る。これらおよび他の実施形態のいくつかでは、本ＭＲＴ組成物中の生存力のある細菌の約０．５〜８％、または約１〜５％、または約１〜３％が、ポルフィロモナス科に由来し得る。これらおよび他の実施形態のいくつかでは、本ＭＲＴ組成物中の生存力のある細菌の約０．５〜２％または約１％が、プレブテラ科に由来し得る。これらおよび他の実施形態のいくつかでは、本ＭＲＴ組成物中の生存力のある細菌の約１〜３０％、または約１〜５２％、または約４〜２３％が、リケネラ科に由来し得る。これらおよび他の実施形態のいくつかでは、本ＭＲＴ組成物中の生存力のある細菌の約５〜３０％、または約８〜２５％、または約１０〜１８％が、ルミノコッカス科に由来し得る。これらおよび他の実施形態のいくつかでは、本ＭＲＴ組成物中の生存力のある細菌の約０．５〜２％または約１％が、ストレプトコッカス科に由来し得る。

本開示のＭＲＴ組成物は、約０．４〜２．５、または約１．０〜２．０、または約１．０８〜１．８９、または約１．２５〜１．７５のシャノン多様度指数（Ｓｈａｎｎｏｎ Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｉｎｄｅｘ）を有し得る。これらの数値は「科」のレベルで算出されている。他のレベル（例えば、門、種など）で算出すると、異なる数値となる（例えば、１〜８など）。よって、シャノン多様度指数は、門、種、または他のレベルで算出すると、約１〜８程度であり得る。

本開示のＭＲＴ組成物は、対象（例えば、ヒト、哺乳動物、動物など）の消化管、好ましくは、結腸に植え付けるために適切な方法によって投与され得る。投与経路の例としては、結腸内視鏡、坐剤、浣腸、上部内視鏡、上部プッシュ式小腸内視鏡による直腸投与が含まれる。加えて、経鼻胃管、経鼻腸管、または経鼻空腸管による鼻または口腔からの挿管も使用可能である。丸剤、錠剤、懸濁液、ジェル、ジェルタブ、半固体、錠剤、サシェ剤、トローチ剤またはカプセルもしくはマイクロカプセルなどの固体による、あるいは腸製剤としての、あるいは液体、懸濁液、ジェル、ジェルタブ、半固体、錠剤、サシェ剤、トローチ剤もしくはカプセル剤、または腸製剤としての最終送達のための再処方品による経口投与も同様に使用可能である。組成物は処理済みまたは未処理の糞便細菌叢、完全な（もしくは実質的に完全な）微生物叢、または部分的に、実質的にもしくは完全に単離または精製された糞便細菌叢であり得、凍結乾燥、フリーズドライ、もしくは冷凍するか、または粉末に加工される。

本開示の方法における治療的使用に関して、組成物は、好都合には、１種類以上の薬学上許容される担体を含有する剤形で投与され得る。適切な担体は当技術分野で周知であり、組成物の所望の剤形および投与様式によって異なる。例えば、担体としては、希釈剤または賦形剤、例えば、増量剤、結合剤、湿潤剤、崩壊剤、界面活性剤、流動促進剤、滑沢剤などを含み得る。一般に、担体は、固体（粉末を含む）、液体、またはそれらの組合せであり得る。各担体は好ましくは、組成物中の他の成分と適合し、かつ、対象に害がないという点で「許容」されるものである。担体は、生物学的に許容され、かつ、不活性であり得る（例えば、担体は、適当な部位に送達されるまで組成物がその生物材料の生存力を維持することを可能とする）。

経口組成物は、不活性希釈剤または可食担体を含み得る。経口の治療的投与の目的では、有効化合物を賦形剤と配合し、錠剤、トローチ剤、またはカプセル剤、例えば、ゼラチンカプセル剤の形態で使用することができる。経口組成物はまた、本開示の組成物と食品を合わせることによって調製することもできる。一実施形態では、投与に使用される食品は冷却される（例えば、アイスクリーム）。薬学上適合する結合剤、および／またはアジュバント材料を本組成物の一部として含むことができる。錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ剤などは、以下の類似の性質の成分、または化合物のいずれかを含み得る：微晶質セルロース、トラガカントガムまたはゼラチンなどの結合剤；デンプンまたはラクトースなどの賦形剤；アルギン酸、プリモゲル、またはコーンスターチなどの崩壊剤；ステアリン酸マグネシウムまたはステローテ（ｓｔｅｒｏｔｅｓ）などの滑沢剤；コロイド状二酸化ケイ素などの流動促進剤；スクロースまたはサッカリンなどの甘味剤；またはペパーミント、サリチル酸メチル、オレンジフレーバー、または他の適切な香味剤などの香味剤。これらは単に例示を目的とし、限定を意図するものではない。

本有効化合物はまた、直腸送達用の坐剤（例えば、カカオ脂および他のグリセリドなどの従来の坐剤基剤を用いる）または保留浣腸の剤形で調製することもできる。本有効化合物は、インプラントを含む放出制御製剤など、身体からの迅速な排出から化合物を保護する担体を用いて調製してもよい。エチレンビニルアセテート、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸などの生分解性、生体適合性ポリマーが使用できる。このような製剤は標準技術を用いて調製することができる。これらの材料はまた例えば、Ａｌｚａ ＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎおよびＮｏｖａ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．から商業的に入手することもできる。また、リポソーム懸濁液も薬学上許容される担体として使用できる。これらは当業者に既知の方法に従って調製することができる。

組成物はカプセル封入してもよい。例えば、組成物が経口投与される場合には、投与剤形は、組成物が、例えば、高酸度および胃および／または腸に存在する消化酵素など、結腸の前の消化管での一般的な条件に曝されないように調剤される。治療用組成物のカプセル封入は、当技術分野で慣例である。カプセル封入は、乾燥した粉末状成分に使用可能な硬質剤皮カプセル、軟質剤皮カプセルを含み得る。カプセルは、動物タンパク質（例えば、ゼラチン）、カラギーナンおよび修飾型のデンプンおよびセルロースのような植物多糖類または誘導体といったゲル化剤の水溶液から作製され得る。ゲル化剤溶液には、可塑剤（例えば、グリセリンおよびまたはソルビトール）、着色剤、保存剤、崩壊剤、滑沢剤および表面処理剤などの他の成分を添加してもよい。

直腸投与に適切な製剤としては、ジェル、クリーム、ローション、水性もしくは油性懸濁液、分散性粉末または顆粒、エマルション、可溶性固体材料、潅注剤などが含まれる。これらの製剤は好ましくは、坐剤基剤を形成する１以上の固体担体（例えば、カカオ脂）中に有効成分を含む単位用量坐剤として提供される。このような製剤のために適切な担体としては、石油ゼリー、ラノリン、ポリエチレングリコール、アルコール、およびそれらの組合せが含まれる。あるいは、結腸または直腸投与のために、本開示の迅速再定着配備剤（ｒａｐｉｄ ｒｅｃｏｌｏｎｉｚａｔｉｏｎ ｄｅｐｌｏｙｍｅｎｔ ａｇｅｎｔ）を用いた結腸洗浄液を調剤してもよい。

経口投与に適切な製剤は、それぞれ所定量の有効化合物を含有する錠剤、カプセル剤、カシェ剤、シロップ、エリキシル剤、チューインガム、「ロリポップ」製剤、マイクロエマルション、溶液、懸濁液、トローチ剤、もしくはゲルコーティングアンプルなどの離散単位として、粉末もしくは顆粒として、水性もしくは非水性の溶液もしくは懸濁液として、または水中油型もしくは油中水型エマルションとして提供され得る。

舌下または頬側投与などの経粘膜法に適切な製剤としては、有効化合物と一般に糖およびアラビアガムまたはトラガカントガムなどの香味基剤とを含むトローチ剤、パッチ剤、錠剤など、ならびにゼラチンおよびグリセリンまたはスクロース、アラビアガムなどの不活性基剤中に有効化合物を含む香錠が含まれる。

本開示の製剤は、任意の適切な方法により、一般には、所定の腸管内菌叢を液体または微粉固体担体またはその両方と必要な割合で均質かつ緊密に混合した後、必要であれば、得られた混合物を所望の形状に成形することにより調製できる。加えて、所定の腸管内菌叢を、保存寿命を延長するために処理し、好ましくは、所定の腸管内菌叢の保存寿命はフリーズドライにより延長される。

さらに、錠剤は、有効成分および１以上の任意選択成分、例えば、結合剤、滑沢剤、不活性希釈剤、もしくは界面活性分散剤の粉末もしくは顆粒を含む緊密混合物を圧縮することにより、または本開示の粉末有効成分の緊密混合物を成形することにより調製することができる。上記に具体的に述べた成分に加え、本開示の製剤は、対象とする製剤のタイプを考慮して、当業者に公知の他の薬剤を含んでもよい。例えば、経口投与に適切な製剤は香味剤を含んでよく、鼻腔内投与に適切な製剤は香料を含んでよい。

本開示の治療組成物は、個々の治療薬として、または治療薬の組合せで、薬剤とともに使用するために利用可能な従来の任意の方法によって投与することができる。投与される用量は、当然のことながら、特定の薬剤の薬動力学的特性およびその投与様式および投与経路；レシピエントの齢、健康状態および体重；症状の性質および程度；併用治療の種類；治療の頻度；および所望の効果などの既知の因子によって異なる。有効成分の１日用量は、約０．００１〜１０００ミリグラム（ｍｇ）／体重キログラム（ｋｇ）であると予想することができる。

剤形（投与に適切な組成物）は、１単位当たり約１ｍｇ〜約５００ｍｇの有効成分を含有する。これらの医薬組成物では、有効成分は、通常、組成物の総重量に対して約０．５〜９５重量％の量で存在する。

軟膏、ペースト、フォーム、閉塞剤、クリームおよびゲルはまた、デンプン、トラガカントガム、セルロース誘導体、シリコーン、ベントナイト、ケイ酸（ｓｉｌｉｃａ ａｃｉｄ）、およびタルク、またはそれらの混合物などの賦形剤も含有することができる。散剤および噴霧剤はまた、ラクトース、タルク、ケイ酸（ｓｉｌｉｃａ ａｃｉｄ）、水酸化アルミニウム、およびケイ酸カルシウム、またはこれらの物質の混合物などの賦形剤も含有することができる。

直腸投与に適切な製剤は、乳化基剤または水溶性基剤などの様々な基剤と混合することにより坐剤として提供することができる。
膣投与に適切な製剤は、有効成分に加え、当技術分野で適当であることが知られている担体を含有する膣坐剤、タンポン、クリーム、ゲル、ペースト、フォーム、またはスプレー製剤として提供することができる。適切な医薬担体は、当技術分野の標準的な参照テキストであるＲｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙに記載されている。

本開示に関して対象、特に動物、特にヒトに投与される用量は、妥当な時間枠で治療応答を果たすために十分なものであるべきである。当業者ならば、用量は、動物の状態、動物の体重ならびに治療される病態を含む様々な因子によって決まることを認識するであろう。適切な用量は、対象において、所望の応答を果たすことが知られている治療組成物濃度をもたらす量である。

用量のサイズはまた、投与の経路、タイミングおよび頻度ならびに治療組成物の投与および所望の生理学的作用に伴うことがある有害な副作用の存在、性質および程度により決定される。

本組合せの化合物は、（１）共製剤（ｃｏ−ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎ）中の化合物の組合せにより同時に、または（２）交互に、すなわち、これらの化合物を個別の医薬製剤で順次、逐次に、並行してまたは同時に送達することにより投与することができることが認識される。交互療法では、第２の有効成分、および所望により第３の有効成分を投与する場合の時間差は、それらの有効成分の組合せの相乗的治療効果の利益の低下などが無いようにするべきである。投与（１）または（２）のいずれかの方法による特定の実施形態によれば、理想的には、本組合せは、最も効果的な結果を達成するように投与するべきである。特定の実施形態では、投与方法（１）または（２）のいずれかにより、理想的にはこの組合せは、各有効成分のピーク血漿濃度を達成するように投与されるべきである。

当業者ならば、治療における使用に必要とされる本開示の組合せ中の有効成分の量は、治療される病態の性質、ならびに患者の齢および状態を含む様々な因子によって異なり、最終的には担当医または医療従事者の裁量下にあることを認識するであろう。考慮される因子としては、投与経路、および製剤の性質、動物の体重、齢および健康状態、ならびに治療される疾患の性質および重篤度が含まれる。

サンプル薬物組成物は、発注時に顧客への輸送のために、シェルフボックスに梱包された後に断熱段ボール箱に梱包することができる。サンプル薬物組成物は、−８０℃の長期保存冷凍庫から０℃まで解凍した後に輸送される。この液体懸濁物は輸送中の温度の変動から十分に保護されることを保証するために、この梱包システムを２４時間種々の温度に曝した。この試験プロセスの計画は、ＡＳＴＭインターナショナルＦ２８２５−１０，Ｓｔａｎｄａｒｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｆｏｒ Ｃｌｉｍａｔｉｃ Ｓｔｒｅｓｓｉｎｇ ｏｆ Ｐａｃｋａｇｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍｓ ｆｏｒ Ｓｉｎｇｌｅ Ｐａｒｃｅｌ Ｄｅｌｉｖｅｒｙから採用した。この試験の目的は、製品が許容閾値（３２°Ｆまたは０℃）より低いか、または許容閾値（８４°Ｆまたは２９℃）を超える温度を受けなかったことを保証することであった。

本製品は、様々な異なる健康状態の患者に投与することができ、望ましくは、これらの状態に影響を与え得る。望ましく影響を受け得る健康状態のいくつかとしては、心血管および／または末梢血管疾患、アレルギー、肥満、低血糖症、便秘、セリアックスプルー（例えば、セリアック病）、消化管癌（例えば、消化管癌は、胃癌、食道癌、結腸癌、胆嚢癌、肝臓癌、膵臓癌、結腸直腸癌、肛門癌、および消化管間質腫瘍のうちの少なくとも１である）、ミオクロヌス失調症、仙腸骨炎（ｓａｃｒｏｉｌｉｉｔｉｓ）、脊椎関節症（ｓｐｏｎｄｙｌｏａｒｔｈｒｏｐａｔｌｉｙ）、脊椎関節炎（ｓｐｏｎｄｙｌａｒｔｈｒｉｔｉｓ）、近位型筋強直性ミオパチー；自己免疫疾患、腎炎症候群、自閉症、旅行者下痢、小腸細菌過剰増殖、慢性膵炎、膵機能不全、慢性疲労症候群、良性筋痛性脳脊髄炎、慢性疲労免疫不全症候群、パーキンソン病（ＰＤ：Ｐａｒｋｉｎｓｏｎ’ｓ Ｄｉｓｅａｓｅ）、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ：ａｍｙｏｔｒｏｐｈｉｃ ｌａｔｅｒａｌ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ）、多発性硬化症（ＭＳ：ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ）、変性性神経疾患、大発作または小発作、スタイナート病、慢性伝染性単核球症、流行性筋痛性脳脊髄炎（ｅｐｉｄｅｍｉｃ ｍｙａｌｇｉｃ ｅｎｃｅｐｈａｌｏｍｙｅｌｉｔｉｓ）、特発性血小板減少性紫斑病（ＩＴＰ：ｉｄｉｏｐａｔｈｉｃ ｔｈｒｏｍｂｏｃｙｔｏｐｅｎｉｃ ｐｕｒｐｕｒａ）、急性または慢性アレルギー反応、肥満症、食欲不振症、過敏性腸症候群（ＩＢＳ：ｉｒｒｉｔａｂｌｅ ｂｏｗｅｌ ｓｙｎｄｒｏｍｅまたは痙攣性結腸）、クローン病、過敏性腸疾患（ＩＢＤ：ｉｒｒｉｔａｂｌｅ ｂｏｗｅｌ ｄｉｓｅａｓｅ）、大腸炎、潰瘍性大腸炎またはクローン大腸炎、慢性伝染性単核球症、流行性筋痛性脳脊髄炎（ｅｐｉｄｅｍｉｃ ｍｙａｌｇｉｃ ｅｎｃｅｐｈａｌｏｍｙｅｌｉｔｉｓ）、急性または慢性じんま疹、狼瘡、関節リウマチ（ＲＡ：ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ）または若年性特発性関節炎（ＪＩＡ：ｊｕｖｅｎｉｌｅ ｉｄｉｏｐａｔｈｉｃ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ）、前糖尿病性症候群、線維筋痛症（ＦＭ：ｆｉｂｒｏｍｙａｌｇｉａ）、Ｉ型またはＩＩ型糖尿病、急性または慢性不眠症、および注意欠陥／多動障害（ＡＤＨＤ：ａｔｔｅｎｔｉｏｎ ｄｅｆｉｃｉｔ／ｈｙｐｅｒａｃｔｉｖｉｔｙ ｄｉｓｏｒｄｅｒ）が含まれる。

ヒトの場合、本開示は、異常な腸内微生物叢の存在に関連する慢性障害の治療方法を包含する。このような障害としては、限定されるものではないが、以下のカテゴリーの病態が含まれる：消化管障害（過敏性腸症候群または痙攣性結腸を含む）、機能性腸疾患（ＦＢＤ：ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｂｏｗｅｌ ｄｉｓｅａｓｅ）（便秘型ＦＢＤ、疼痛型ＦＢＤ、上腹部ＦＢＤを含む）、非潰瘍性消化不良（ＮＵＤ：ｎｏｎｕｌｃｅｒ ｄｙｓｐｅｐｓｉａ）、胃食道逆流、炎症性腸疾患（クローン病、潰瘍性大腸炎、鑑別不能大腸炎、膠原線維性大腸炎、顕微鏡的大腸炎、慢性クロストリジウム・ディフィシル感染症、偽膜性大腸炎、粘液性大腸炎、抗生物質関連大腸炎、特発性または単純性便秘、憩室症、ＡＩＤＳ腸症、小腸細菌過剰増殖、小児脂肪便症、大腸ポリポーシス、結腸ポリープ、慢性特発性偽性閉塞症候群；細菌、ウイルス、真菌および原虫を含む特定の病原体による慢性消化管感染；ウイルス消化管障害（ウイルス性胃腸炎、ノーウォークウイルス性胃腸炎、ロタウイルス胃腸炎、ＡＩＤＳ関連胃腸炎を含む）；肝臓障害（例えば、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎、脂肪肝または特発性硬変）；リウマチ性障害（例えば、関節リウマチ）、非リウマチ性関節炎、非リウマチ性因子陽性関節炎、強直性脊椎炎、ライム病、およびライター症候群；免疫介在障害（例えば、糸球体腎炎、溶血性尿毒症症候群、若年性真性糖尿病、混合型寒冷グロブリン血症、多発性動脈炎、家族性地中海熱、アミロイドーシス、硬皮症、全身性紅斑性狼瘡、およびベーチェット症候群）；自己免疫障害（全身性狼瘡、特発性血小板減少性紫斑病、シェーグレン症候群、溶血性尿毒症症候群または硬皮症を含む）：神経症候群（例えば、慢性疲労症候群、片頭痛、多発性硬化症、筋萎縮性側索硬化症、重症筋無力症、ギラン−バレー症候群、パーキンソン病、アルツハイマー病、慢性炎症性脱髄性多発神経障害，および他の変性障害）；精神疾患（慢性鬱病、統合失調症、精神病、躁鬱病を含む）；退行性障害（アスペルガー症候群（Ａｓｂｅｒｇｅｒｓ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、レット症候群、注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ）、および注意欠陥障害（ＡＤＤ：ａｔｔｅｎｔｉｏｎ ｄｅｆｉｃｉｔ ｄｉｓｏｒｄｅｒを含む）；退行性障害、自閉症；乳幼児突然死症候群（ＳＩＤＳ：ｓｕｄｄｅｎ ｉｎｆａｎｔ ｄｅａｔｈ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、神経性無食欲症；皮膚病態（例えば、慢性じんま疹、座瘡、疱疹性皮膚炎および血管炎障害）；ならびに心血管および／または血管障害および疾患。

本開示は以下の実施例を参照することによりさらに明らかになり得るが、これらの実施例はいくつかの実施形態を例示するためのものであり、本発明を何ら限定するものではない。

実施例１：サンプル特性決定法の確定
正常なヒト糞便サンプルの特性決定を行うための方法を確定するために試験を行った。上記の試験測定における変形形態の成分を特定するために、測定システム分析（ＭＳＡ：Ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ａｎａｌｙｓｉｓ）を行った。これを行うために、年齢、性別、および体重の異なる５名の健康なヒトドナーを募集した。各ドナーから糞便サンプルを採取し、所定の標準法に従って処理した。得られた細菌懸濁液を上記の異なる２種類のプレート（ＣＤＣプレートおよびＢＢＥプレート）に播種し、増殖させた。

試験した変数には、５名の異なるドナー、３種類の液体／ヒト糞便比、２種類のプレート、１プレートにつき４種類の希釈レベル、１つの希釈レベルにつき６枚のプレート、２回の計数（ヒトプレートカウンターに起因する誤差を計算するために使用）、合計５５０枚のプレートを２回計数、および２０反復（プレートセット）を含んだ。

Ｍｉｎｉｔａｂ １５統計ソフトウエアを用いて、ネステッドＧａｇｅ Ｒ＆Ｒで試験測定を分析し（反復性および再現性）、誤差帯域を評価した。本試験処理は、特定の誤差帯域内で反復性および再現性があると判定された。全ての微生物が培養および計数できるわけではないと認識されたが、この方法は細菌懸濁液中の微生物の代表的なサブセットが正常な健康なヒト糞便サンプルのインジケーターとして使用可能であることを示す。

実施例２：浣腸バッグおよびポートの耐久性
サンプルバッグ１２と同様の３つのエチレンビニルアセテート（ＥＶＡ）バッグを、−８０℃で冷凍した場合のポートの耐久性を評価するために試験した。各製造手順について、将来の製品の製造および取り扱いを模擬するような温度および時間を用いた。これらのバッグを冷凍前、解凍前および解凍後の漏れに関して試験した。これらのバッグに１００ｍＬの生理食塩水を充填し、ポートを封止した。バッグの縁に沿った封止が漏れたかどうかを判定するために、これらのバッグを逆さまにし、ポートが完全に封止されていたかどうかを調べた。バッグを０℃の冷却槽に１時間置いた後、−８０℃の冷凍庫に様々な向きで１か月置いた。バッグサンプルＡは平らに置き、バッグサンプルＢは長辺を付けて置き、バッグサンプルＣは短辺を付けて置いた。１か月後、これらのバッグを−８０℃の冷凍庫から取り出し、破れ目、裂け目、および漏れを点検した。加えて、落下試験を、冷凍ＥＶＡバッグを９１．４４センチメートル（３６インチ）の高さから角、面、およびポートで落下させることにより行った。落下試験は、将来の製品を保存庫から取り出す際の潜在的取り扱いエラーを模擬するために、サンプルを製品の角、ポート、および平坦面で落下させることを含んだ。その後、これらのバッグを各落下の後に上記の判定基準を用いて再点検した。最初のバッグ周囲の封止の点検を除き、各落下試験は１サンプルにつき３回繰り返した。全てのサンプルバッグが全ての試験に合格した（漏れは検知されなかった）。

次に、これらのバッグに解凍プロセスを行った。各サンプルを０℃で１時間、グリセロール／水浴中に浸漬させた。その後、サンプルを取り出し、乾燥させ、落下試験を繰り返した。この場合にも、全てのサンプルバッグが全ての試験に合格した（漏れは検知されなかった）。

実施例３：臨床試験
本明細書に開示されるＭＲＴ組成物を、第２相臨床試験において３１名の対象者に投与した。重大な有害事象は報告されず、本製品またはその投与に伴う有害事象は無かった。被験者のうち２７名は、ＭＲＴ組成物の１用量または２用量を受けた後、ｒＣＤＡＤ（再発性クロストリジウム・ディフィシル関連下痢（ｒｅｃｕｒｒｅｎｔ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｄｉａｒｒｈｅａ）症状）の良好な消散を経験し、この消散は、投与後５６日間ｒＣＤＡＤ症状の再発がないことと定義される。これらの２７名の被験者のうち１６名は、１用量のＭＲＴ組成物を受容した後にｒＣＤＡＤの完全な消散を経験し、他の１１名の被験者は初回の投与後に再発したが、その後、２回目のＭＲＴ組成物投与の後に首尾良く５６日の有効性エンドポイントに到達した。これらの被験者のうち４名の被験者は治療が不首尾であったと考えられ、３名の被験者は、ＭＲＴ組成物の２回目の用量を受けた後にｒＣＤＡＤの再発を経験し、１名の被験者は１回目の用量の後に再発し、２回目の投与は受けなかった。

ＭＲＴ組成物の用量は、製造された利用可能な臨床バッチから無作為に選択した。投与された用量は４名のドナーから作製された製品を反映している。製品特質（用量の大きさ（ｄｏｓｅ ｍａｓｓ）、生存力のある微生物、保存寿命、解凍保存など）に、臨床転帰と相関することが明らかなもの、またはある用量が好転帰をもたらすかどうかを予測するために使用することができるものはない。この臨床結果情報はこのＩＤの末尾に示される。

第２相臨床試験で投与されたＭＲＴ組成物用量に関する情報：
４５用量のＭＲＴ組成物を解凍し、輸送し、ヒト患者に投与した。用量エイジ（ＡＤ：ａｇｅ ｏｆ ｔｈｅ ｄｏｓｅ）（すなわち、その用量の製造日から臨床患者に対する投与日まで）を表す。ＭＲＴ組成物のいくつかの特質に関連する統計値を以下に示す。

ＡＤ平均時間＝４３．２時間
ＡＤ標準偏差＝１４．９時間
ＡＤ最小時間＝２２．１時間
ＡＤ最大時間＝７３．８時間
臨床転帰（再発性クロストリジウム・ディフィシル関連下痢の消散）およびこれらの製品特質に対する相関または悪影響は見られない。

実施例４：凍結保護剤の選択
凍結保護剤、特に、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）の使用は、冷凍および再解凍後のＭＲＴ組成物の生存力を維持することが判明した（ＣＤＣおよびＢＢＥプレート上のＣＦＵにより判定）。これには解凍、温度制御パッケージでの輸送からの時間（開封から患者を処置するまでの時間を考慮）が含まれる。上記の品質検査と同様に、冷凍前にＭＲＴ製品に関して最終許容計数範囲は、ＣＤＣプレートでの希釈レベル１０^−６では約３０〜約３００ＣＦＵ、ＢＢＥプレートでの希釈レベル１０^−５では約３０〜約３００ＣＦＵの間である。生存力が維持されることを保証する１つの方法は、限定されるものではないが、医師または臨床家を含む、エンドユーザーまたは顧客に、製品の受け取りから４８時間以内に製品を使用することを要求することである。加えて、エンドユーザーは、使用まで製品を約２〜約２９℃の間で保管することが要される。

凍結保護剤の添加を２つの展望から分析した。第一に、数種の凍結保護剤を、ＭＲＴ製品に対する凍結保護剤の添加の初期効果を評価するためにスクリーニングした。この試験を用いて、特定の凍結保護剤と混合した際のＭＲＴ製品の死滅率または生存率を求めた。分析した第二の見通しは、ＭＲＴ製品を冷凍した後に患者に配送するために再解凍した場合の、ＭＲＴ製品に対する特定の凍結保護剤の実際の凍結保護能であった。この培養の結果は、冷凍／解凍後にどれだけ生存力のある製品が残ったかを示した。

ホモジナイズし濾過したヒト糞便混合物（またはＭＲＴ製品）に種々の潜在的ＭＲＴ凍結保護剤を添加する効果を調べるために試験を行った。これらの試験は、凍結保護剤の初期添加に対する細菌の応答を定量することだけを意図し、凍結保護剤がその後の冷凍−解凍サイクルにおいて細菌を保護することに奏効したかどうかの試験は含まなかった。これらの試験では、単一のヒト糞便提供物を種々の試験間で分割し、ベースラインとして、等張の生理食塩水のみの「対照」サンプル（すなわち、凍結保護剤の添加無し）を用いた。ＣＤＣプレートとＢＢＥプレートの両方を使用した。全ての試験について、２種類の異なる希釈レベルの結果を合わせたＣＦＵ計数値の加重平均を使用した。使用した凍結保護剤には、１０％スキムミルク、５％グリセロール、１０％グリセロール、１０％ＤＭＳＯおよび分子量範囲６００〜２００００のポリエチレングリコール（ＰＥＧ）を含んだ。

ＣＤＣプレートの場合：１０％スキムミルク、１０％グリセロール、およびＰＥＧは全て妥当に十分な性能を示し、ＣＦＵ計数値は生理食塩水対照のおよそ２５％内に留まった。より高濃度のグリセロールは、用量依存的に顕著な微生物死滅率をもたらしたことを注記しておく。

ＢＢＥプレートの場合：ＰＥＧ製剤だけが有意な微生物死滅率を示さなかった。１０％グリセロール製剤は９０％近くの死滅率（生存率１０％）をもたらし、より高濃度のグリセロールは１００％の死滅率をもたらした（現行の希釈レベルを用いて見られた限り）ことを注記しておく。

１０％グリセロールのＢＢＥプレートからの結果を考慮して、グリセロールを添加することからのこの９０％死滅率（ＢＢＥプレート上）を無くすことができるかどうかをみるためのさらなる検討を行った。グリセロール濃度を５％に引き下げること、またはグリセロールの添加前に微生物混合物を冷却すること（代謝活性を緩慢にするため）が予想される高い死滅率を軽減できるという仮説を立てた。５％グリセロール溶液は１０％より死滅率が低く、冷却もまた用量依存的に死滅率を低下させた。しかしながら、これらの効果は、ベースラインの結果を克服するには十分に強いとは言えず、対照に対するグリセロールの全ての試験で少なくとも６０％の死滅率が見られた。

ヒト糞便採取時からＭＲＴ製品用量を患者に投与する時まで、ＭＲＴ製品中の微生物の生存力を維持することが重要である。従って、添加する凍結保護剤は、最初に加えた際に微生物に有意な毒性作用を持たないことが重要である。試験下凍結保護剤のうち、ＰＥＧ製剤だけが十分な性能を示した。スキムミルクは、ＢＢＥ結果に関しては特に良好な性能を示さなかった。ミルクの使用の付加的な欠点としては、アレルギー反応の機会が増える可能性およびミルクの変動のある特性プロファイルが含まれる。同様に、ＤＭＳＯも、ＢＢＥプレートでは十分な性能を示さなかった。加えて、ＤＭＳＯは医学用途に局所的に使用されるが、現在のところ、ヒト消化管系における使用は知られていない。１０％グリセロールはＣＤＣプレートで十分な性能を示したが、ＢＢＥプレートでは８０〜９０％の死滅率（１０〜２０％の生存率）を呈した。

実施例５：さらなる凍結保護剤
ヒト消化管微生物叢をヒト糞便から、いくつかの異なる潜在的凍結保護剤を特定の濃度で含有する生理食塩水中に抽出した。これらの溶液のｐＨを調べ、ＣＤＣおよびＢＢＥ寒天プレート上で培養して生存力のある微生物量を測定し、その後、−８０℃で１〜７日間冷凍した後に解凍した。次に、解凍溶液からのサンプルのｐＨを調べ、ＣＤＣおよびＢＢＥ寒天プレート上で培養して生存力のある微生物量を測定した。「＋＋」のスクリーニング結果を有する凍結保護剤は、ＰＥＧ３３５０（およびグリセロール）に比べて有意に高い生存力を示し、「＋」を有するものは、グリセロールと少なくとも同等と見なされる結果を示し、「０」を有するものは、混合型の結果を有し、適切な凍結保存剤であると言える場合と言えない場合があり、「−」を有するものは、グリセロールよりも劣る性能を示し、ヒト消化管微生物叢溶液に対する有効な凍結保存剤と考えるべきではない。ｐＨ測定およびＣＤＣおよびＢＢＥ寒天プレートを用いた生存力のある微生物の列挙に基づけば、これらの結果は以下のことを示唆した：ＤＭＳＯ中のデキストロース、ベタイン、グリシン、スクロース、ポリビニルアルコール、およびＰｌｕｒｏｎｉｃ（登録商標）Ｆ−１２７は、「＋＋」と判定される結果を有した。マンニトール、Ｔｗｅｅｎ（登録商標）８０、エチレングリコール、１，３−プロパンジオール、ヒドロキシプロピルセルロース、グリセロール、ＰＥＧ／グリセロール混合物、およびプロピレングリコールは、「＋」と判定される結果を有した。プロピレングリコール（３％ｗ／ｖ）および魚油は、「０」と判定される結果を有した。水酸化マグネシウム、尿素、およびキサンタンガムは、「−＋」の判定を有した。「−＋」の判定は、ｐＨは許容されないことが判明したが、平板培養結果は許容されるものと判定されたことを示すために使用される。

実施例６：製造プロセスの例
ヒト糞便の処理済みサンプル（希釈、ホモジナイズ、および濾過済み）を冷却し、長期保存のために冷凍し、解凍し、顧客の元に輸送し、浣腸保留の前に体温まで温めるという全製造プロセス例を模擬するための試験を行った。この製造プロセスでは、ヒト糞便採取の名義的プロセス；ヒト糞便の、凍結保護溶液（または希釈剤もしくは生理食塩水／ＰＥＧ混合物）への、２：１〜４：１比での直接的希釈、名義的ホモジナイゼーションおよび濾過プロセス、循環流動槽での包装製品の冷却、長期冷凍保存、循環流動槽での包装製品の温め、「コールドパック」を用い、断熱材料中での輸送のための製品の梱包、顧客への一晩の輸送、患者に即注入するためのベッドサイドでの温めを模擬した。研究の一部として、全微生物生存力または生残率（インキュベーションのためのＣＤＣおよびＢＢＥプレート上での連続希釈およびＣＦＵの計数により測定）に対するそれらの効果を調べるために３つのパラメータを変動させた。これらのパラメータは、凍結保護剤の使用、冷却槽の温度、および解凍槽の温度を含んだ。

凍結保護剤の試験では、検討に、凍結保護剤無し（生理食塩水）；１０％グリセロールおよびＰＥＧ ３３５０ ５９ｇ／リットルを用いたサンプルを含んだ。冷却槽の使用の試験では、検討に、そのまま冷凍庫（−８０℃）に入れた、従って、冷却槽を通らなかったサンプル、そのまま０℃の冷却槽に入れたサンプル、およびそのまま−１１℃の冷却槽に入れたサンプルを含んだ。温めは、０℃、＋１０℃、および＋２０℃で試験した。各試験の入れ替え（ｐｅｒｍｕｔａｔｉｏｎ）は、対照サンプル（同じ凍結保護剤を用いたが、即、平板培養し、冷凍−解凍プロセスを受けなかった）に対して正規化した。

凍結保護剤は、使用する場合、生理食塩水と混合し、ホモジナイゼーションプロセス（希釈剤および生理食塩水／ＰＥＧ混合物の定義を参照）中に加えた。従って、凍結保護剤の添加による微生物の死滅率（例えば、特にＢＢＥプレートでのグリセロールで見られたもの）は、対照サンプルのＣＦＵと比較することによってのみ見出される。

冷凍パラメータおよび解凍パラメータは全微生物の生残率にほとんど影響を及ぼさないことが判明した。このことは一般に、ＣＤＣプレートに関して明瞭であり、この場合データは一般に良好な挙動を示し、冷凍−解凍パラメータの全てに関する結果は、十分、単一の対数希釈レベルの範囲内でのみ変動する。ＢＢＥプレートでは、生データはあまり良い挙動を示さず、数例の明瞭な異常値（ｏｕｔｌｉｅｒ）と、隣接する希釈レベルを比較する１０倍規則（すなわち、対数レベル）が乱されている場合があった。しかしながら、冷凍−解凍パラメータによる明瞭な違いはやはり見られなかった。

異なる凍結保護剤を用いたことによる影響は明瞭に見られた。この分析では、異なる冷凍−解凍パラメータからの結果の単純算術平均を用いて凍結保護剤の性能を比較した。ＣＤＣプレートの場合、「凍結保護無し」は冷凍−解凍による１８％の生残率（８２％の死滅率）を示したが、グリセロールおよびＰＥＧの添加は、この死滅率をおよそ３０％引き下げた（それぞれ６７％および７５％の生残率）。グリセロールで処理したサンプルについては、上記の結果はグリセロールの初期添加からの死滅率を無視している。凍結保護剤の初期添加を冷凍／解凍の影響に加えると、この影響の大きさは８０％前後の死滅率となった。これを、凍結保護剤としてＰＥＧを用いたサンプルの約３２％の死滅率と比較した。

ＢＢＥプレートでは、グリセロール添加の影響は、８０％〜９０％と極めて高い死滅率であった。これに対して、ＰＥＧプレートは、凍結保護剤からの初期毒性が低いかまたは皆無であることと、冷凍−解凍サイクルでの強い保存剤効果を示した。ＰＥＧを用いた全累積生残率は対照に対して７５％（２５％の死滅率）である。初期死滅率と冷凍−解凍損失の組合せが１ログ程度の損失である（１０％の生残率）ことに基づけば、１０％グリセロールはＢＢＥプレートで十分な性能を示さないと結論づけられた。ＰＥＧ−３３５０は、ＣＤＣプレートとＢＢＥプレートの両方で十分な性能を示す。ＰＥＧは微生物に対する初期毒性が低く（ヒト糞便に対する凍結保護剤の添加からの損失はほとんど無いか全くない）、「凍結保護剤無し」に対して有意な保護を提供する。ＭＲＴの各用量は最低１０^７微生物／ｍＬ懸濁液を含み、１用量当たり最低１００ｍＬの懸濁液が送達されると予想される。

実施例７：糞便移植キット
一例において、糞便移植を補助するためのパーツキットを作製することができる。一例において、提供キットを臨床家に輸送することができる。提供キットは、患者、または特定の例では健康なドナーからの血液サンプルおよび糞便サンプルのための器具を含み得る。患者の消化管微生物叢の多くは嫌気性であるため、多くの生物が空気に曝されると死滅する可能性がある。一例では、提供キットは、血液サンプルおよび糞便サンプルを、それらのサンプルを損なうことなく輸送するための材料を含み得る（例えば、クイックフリーズ、ドライアイスなど）。

施設（例えば、１箇所、域内の場所（ｒｅｇｉｏｎａｌ ｌｏｃａｔｉｏｎｓ）、多箇所など）に輸送されたら、それらのサンプルを検査し、クロストリジウム・ディフィシル、または１つ以上の他の疾患もしくは病態の有無を確認することができる。他の例では、健康な糞便サンプルを検査し、治療薬として使用するために調製することができる。

一例では、患者のサンプルを、疾患もしくは病態を確認するために検査するか、またはドナーのサンプルを、健康または他の適合性（例えば、１つ以上の所望の状態の存在など）を確認するために検査し、治療薬を調製し（例えば、健康なドナーの糞便サンプル、糞便バンクからの材料などの１つ以上の健康な保存糞便サンプルの少なくとも一部などを使用）、患者への配送および患者の治療のために臨床家に返送することができる。特定の例では、この治療薬は輸送の間、保存される（例えば、冷凍など）。このキットは、無菌容器内に処理済み糞便サンプルまたは治療薬、例えば、経鼻胃（ＮＧ）管、バイアル（例えば、保留浣腸とともに使用するため）、胃耐性カプセル（例えば、外側が無菌で、腸管に到達するために酸−生物耐性）などを含み得る。一例では、ひとたび受け取れば、臨床家は、患者に挿入する準備ができるまで、それらの内容物を、微生物叢を保存する様式で保管することができる。

実施例８：保存寿命延長製剤
ドナー糞便の健康なヒト微生物内容物の生残率の長期保存を検討した。糞便サンプルを凍結保護剤で処理し、また処理せず、様々な制御温度で冷却／解凍した。次に、−８０℃および−２０℃で３６０日（１２か月）保存した後にサンプルを取り出し、制御温度で解凍し、２種類の寒天プレート（それぞれＣｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｃｏｎｔｒｏｌ５％血液寒天培地（ＣＤＣ）およびバクテロイデス胆汁エスクリン寒天培地（ＢＢＥ））に平板培養した。１ミリリットル当たりの総コロニー形成単位（ＣＦＵ／ｍＬ）を記録し、分析した。この試験から、まず凍結保護剤を用いずに保存したサンプルを分析した後、様々な濃度の異なる凍結保護剤を用いて保存したサンプルを分析した。

「凍結保護剤無し」のサンプルから増殖させたＣＤＣプレートの計数値は、冷凍庫の温度および保存時間が回復可能なＣＦＵ数に有意な影響を及ぼすことを示した。これらのデータは、以前の時点で記録されたデータと一致している。このモデルでは、Ｒ^２値は、データにおけるおよそ５９％の変動（Ａｄｊ．Ｒ^２）がこのモデル、すなわち、１８０日（６か月）の保存後に示されるおよそ８０％からの低下によって説明されることを示す。

−２０℃で保存した場合、サンプルのほとんどが、製品仕様に対して許容されると見なされる下限（１０^８ＣＦＵ／ｍＬ）を下回るＣＦＵ／ｍＬ計数値をもたらした。これに対し、−８０℃で保存したサンプルは、製品仕様の所望の下限を上回り続ける計数値を示した。このことから、凍結保護剤を使用せずに調製し、−８０℃で保存したサンプルの長期保存は、−２０℃で保存したサンプルに比べて高い生存力をもたらすことが分かったと結論づけられた。

凍結保護剤を用いて保存したサンプルから収集されたデータについて、保存時間および冷凍庫の温度はＣＤＣ計数値応答（ＣＦＵ／ｍＬ）に対して最も有意な因子であった。データに見られた変動のほとんどは、０．５９で得られたＲ^２値により見て取れるように、保存時間、冷凍庫の温度、およびこれらの間の相互作用により説明される。

凍結保護剤と組合せ、かつ、−２０℃で保存したサンプルは、回復可能なＣＦＵ／ｍＬにて有意な低下を示し続けた。サンプルの推移としては、−２０℃で保存したサンプルに関しては６０日〜９０日（２〜３か月）の間に１０^８製品仕様を下回り始める。回復可能なＣＦＵ／ｍＬの量の低下速度は保存６０日（２か月）を超えると緩慢になる。しかしながら、−８０℃の保存温度では、回復可能なＣＦＵ／ｍＬ計数値は、保存２７０日（９か月）まで比較的安定を維持する。加えて、ほとんどの計数値は１０^８ＣＦＵ／ｍＬの最小製品仕様限界の上に留まった。

より低い冷凍庫温度で、より短時間サンプルを保存することは、計数値にプラスの効果を有し、製造時点からさらに時間が経つと、製品の生存力のある微生物集団を示すＣＦＵ／ｍＬの信頼性のある回復がより保証困難となる。しかしながら、データは、保存時間の影響は凍結保護剤としてのＰＥＧ ３５５０の添加、ならびに材料を低温（この場合、−８０℃）で保存することによって弱めることができることを示唆する。

実施例９：保存寿命延長製剤
ヒト糞便を本明細書に開示したように処理し、処理済み懸濁液の最初のサンプルを用いて、寒天プレートの播種用の希釈系を作製した。この懸濁液からサンプルを取り出したところで、残りの懸濁液（およそ１５０ｍＬ）を２つの別個の無菌ＥＶＡ保存バッグに移した。各バッグを−８０℃で１週間冷凍した。

１週間後、これらのバッグを冷凍庫から取り出し、ＭＲＴ組成物バッチプロトコールに従って解凍した。冷凍直後の回復可能なＣＦＵ／ｍＬ計数値および多様性を評価するためにこれらのバッグのサンプルを採取し、各サンプルを連続希釈し、ＣＤＣプレートおよびＢＢＥプレート上で平板培養した。その後、これらのバッグは２種類の異なる温度、４℃と２５℃で保存し、合計１９２時間の間、２４時間ごとにサンプルを採取した。

各時点のサンプルはまた、契約研究室により、１６ｓ ｒＲＮＡ法を使用することによって生物多様性についても検査された。各サンプルについて、細菌細胞からＲＮＡを抽出し、ＲＮＡ複製の開始に必要とされる一連の塩基対から作製されたタグプライマーを用いて複製（増幅）する。ＲＮＡが増殖された後、これらの配列のノイズ除去、すなわち、適切にまたは不適切に対合したヌクレオチドセットの統計的確率を決定するプロセスを行い、これを使用し、米国国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ：Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）配列ライブラリーからのＢＬＡＳＴｎソフトウエアを用いて各生物を同定する。各サンプルに見られる生物の同定は、サンプル中の最も連続的な統計的に可能性の高い塩基対を含有する配列の長さによって決定される。次に、最終的な数（直接的計数値および該当する場合には、門から種までの同定される生物のパーセンテージ）が、各サンプルにおける経時的な生物多様性の変化を判定する上で使用するために、レビオティクス（Ｒｅｂｉｏｔｉｘ）に報告される。

製品は、ＣＤＣプレートおよびＢＢＥプレートの両方で、冷凍庫および解凍（ｔ＝０時間時点）からひとたび取り出すと、レビオティクスによって行われた事前の試験から見られたもの（Ｐ−００６、Ｐ−００７、Ｐ−００９、Ｐ−０１２）と一致して、回復可能なＣＦＵ／ｍＬに初期低下を受ける。

２５℃で保持された解凍製品は、１９２時間４℃で保存された材料よりも高い総体的な回復可能ＣＦＵ／ｍＬ計数値を維持した。
全てのＣＤＣプレートで計数された回復可能なＣＦＵ／ｍＬは、総計数値にかかわらず、レビオティクス測定システム（Ｐ−００１）に基づいた試験の間中、両温度で「安定」と見なされた。両保存温度でのＣＦＵ／ｍＬ結果は、解凍時の初期計数値から１９２時間まで１ログ内に留まった。

ＢＢＥプレートで計数された回復可能なＣＦＵ／ｍＬは、冷凍前の元のサンプルに比べて、２５℃で保存した場合、保存１９２時間の経過で、回復可能なＣＦＵ／ｍＬに増加を示した。しかしながら、４℃では、回復可能なＣＦＵ／ｍＬは、１９２時間の保持時間で不変の計数値（１ログの変化より小さい）を維持した。

両温度での解凍製品は、ＣＦＵ／ｍＬ計数値の増減にかかわらず、１９２時間の保持時間、レビオティクス製品出荷仕様を満たした：
ＣＤＣ冷凍後微生物量仕様：１０^７〜１０^１４ＣＦＵ／ｍＬ
ＢＢＥ冷凍後微生物量仕様：１０^５〜１０^１４ＣＦＵ／ｍＬ。

本試験から現在収集されている結果は、ＣＤＣプレート上での回復可能な表現型の多様性は、解凍後に製品を２５℃で保存した場合の冷凍前の元のサンプル多様性と最も密接に一致している。加えて、両サンプルは、≧３のユニークなコロニー表現型の経時的多様性に関するレビオティクス製品出荷仕様を満たしていた。

サンプルの遺伝的生物多様特性決定（１６ｓ ｒＲＮＡ）は、サンプル中に存在する全バクテリアの種類（可能性あれば種まで）ならびにこれらの種類の細菌の濃度パーセントを調べる契約研究室によって経時的に行われる。

２種類の異なる温度での最大１９２時間の保持時間の製品挙動の予備調査は、ＣＤＣプレートおよびＢＢＥプレートに播種するために使用される場合のＣＦＵ／ｍＬのレビオティクス製品出荷基準を満たし続ける。これらの所見を確認するためにはさらなる研究が必要である。各時点での１６ｓ ｒＲＮＡデータは現在分析中である。

実施例１０：１６ｓ ｒＲＮＡデータ
本開示は、糞便微生物を含む組成物を提供する。本明細書で使用される場合、用語「糞便微生物」は、健常な成人の消化管、腸、または結腸、好ましくは、結腸に存在する微生物を意味する。このような組成物は、本明細書に開示されるように糞便材料を処理することによって調製され得る。本明細書で使用される場合、用語「糞便材料」は、ヒト糞便を意味する。非処理糞便材料は、無生物材料および生物材料を含む。「無生物材料」は、限定されるものではないが、死滅細菌、遊離宿主細胞、タンパク質、炭水化物、脂肪、無機物、粘液、胆汁、未消化繊維および他の食物、ならびに食物および代謝老廃物および食材の部分消化または完全消化から生じる他の化合物を含み得る。「生物材料」は、糞便材料中の生きている材料を意味し、細菌および古細菌などの原核細胞（例えば、生きている原核細胞、および胞子形成して生きている原核細胞となり得る胞子）、原虫および真菌などの真核細胞、ならびにウイルスを含む微生物を含む。「生物材料」はまた、健常なヒトの結腸に存在する生きている材料（例えば、微生物、真核細胞、およびウイルス）を意味し得る。本開示の組成物中に存在し得る原核細胞の例としては、放線菌綱（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、例えば、放線菌亜綱（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉｄａｅ）またはコリオバクテリウム亜綱（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉｄａｅ）、例えば、ビフィドバクテリウム目（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）またはコリオバクテリウム目（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、および／または例えば、ビフィドバクテリウム科（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）またはコリオバクテリウム科（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）のメンバー；バクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、例えば、バクテロイデス綱（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ）、例えば、バクテロイデス綱（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ）、および／または例えば、バクテロイデス科（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ）またはリケネラ科（Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）のメンバー；フィルミクテス門（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、例えば、バチルス綱（Ｂａｃｉｌｌｉ）、クロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）、またはエリシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉ）、例えば、バチルス目（Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）またはラクトバチルス目（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）またはクロストリジウム目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄａｌｅｓ）またはエリシペロトリクス目（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ）、および／または例えば、パエニバチルス科（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）またはエーロコッカス科（Ａｅｒｏｃｃａｃｅａｅ）またはラクトバチルス科（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）またはストレプトコッカス科（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）またはカタバクテリウム科（Ｃａｔａｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）またはペプトコッカス科（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）またはペプトストレプトコッカス科（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）またはルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）またはクロストリジウム科（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ）またはユーバクテリウム科（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）またはラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）またはエリシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）のメンバー；プロテオバクテリア門（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、例えば、アルファプロテオバクテリア綱（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）またはベータプロテオバクテリア綱（Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）またはガンマプロテオバクテリア綱（Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、例えば、リゾビウム目（Ｒｈｉｚｏｂｉａｌｅｓ）またはバークホルデリア目（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｌｅｓ）またはアルテロモナス目（ＡＪｔｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ）またはエンテロバクター目（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、および／または例えば、ロドビウム科（Ｒｈｏｄｏｂｉａｃｅａｅ）またはバークホルデリア科（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ）またはシェワネラ科（Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｃｅａｅ）または腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）のメンバー；テネリクテス門（Ｔｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ）、例えば、モリクテス綱（Ｍｏｌｌｉｃｕｔｅｓ）、例えば、エントモプラズマ目（Ｅｎｔｏｍｏｐｌａｓｍａｔａｌｅｓ）、および／または例えば、スピロプラズマ科（Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａｔａｃｅａｅ）のメンバー；および／またはヴェルコミクロビウム綱（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ）、例えば、ヴェルコミクロビウム目（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ）、および／または例えば、ヴェルコミクロビウム科（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ）のメンバーが含まれる。これらは単に例である。

本開示のＭＲＴ組成物は、少なくとも１門、少なくとも２門、少なくとも３門、少なくとも４門、少なくとも５門、少なくとも６門、少なくとも７門、少なくとも８門、少なくとも９門、または少なくとも１０門のメンバーである細菌を含み得る。少なくとも一部の実施形態では、本開示のＭＲＴ組成物は、少なくとも１綱、少なくとも２綱、少なくとも３綱、少なくとも４綱、少なくとも５綱、少なくとも６綱、または少なくとも７綱のメンバーである細菌を含み得る。少なくとも一部の実施形態では、本開示のＭＲＴ組成物は、少なくとも１目、少なくとも２目、少なくとも３目、少なくとも４目、少なくとも５目、少なくとも６目、または少なくとも７目のメンバーである細菌を含み得る。少なくとも一部の実施形態では、本開示のＭＲＴ組成物は、少なくとも１科、少なくとも２科、少なくとも３科、少なくとも４科、少なくとも５科、少なくとも６科、少なくとも７科のメンバーである細菌を含み得る。少なくとも一部の実施形態では、本開示のＭＲＴ組成物は、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも２０、または少なくとも３０の異なる属の細菌のメンバーである細菌を含み得る。少なくとも一部の実施形態では、本開示のＭＲＴ組成物は、少なくとも１０、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００、少なくとも３００、または少なくとも４００の異なる種の細菌を含み得る。

製造されたＭＲＴ組成物（本明細書に開示されるように製造）のサンプルは、１６ｓＲＮＡ増幅およびＩｌｌｕｍｉｎａ ＭｉＳｅｑプラットフォームを用いたシーケンシングのためにＲｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ｔｅｓｔｉｎｇ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（テキサス州Ｌｕｂｂｏｃｋ）に提供された。この分析の目的は、暫定的力価放出アッセイ（ｔｅｎｔａｔｉｖｅ ｐｏｔｅｎｃｙ ｒｅｌｅａｓｅ ａｓｓａｙｓ）をバリデートする（ｖａｌｉｄａｔｉｎｇ）ため、また、ドナー内およびドナー間の細菌多様性および一貫性を評価するために有用なデータを得ることであった。

全ての製品バッチの１６ｓ ｒＲＮＡ分析は、本明細書に開示されたプロセスが一貫性のある望ましい細菌多様性プロファイルをもたらすことを示した。これらのデータはまた、本製造プロセスが、正常な糞便と一致する一定レベルの細菌多様性を保存し、優勢なバクテロイデス門およびフィルミクテス門の維持を含む、再発性Ｃ．ディフィシルの治療に実効性があると見なされることも示した。

加えて、個々のドナーの糞便から製造された製品は時間が経過しても極めて類似した多様性プロファイルを維持した。表２は、要約版のデータを、製造および試験を行った全てのバッチの目による細菌のパーセントの平均および標準偏差を強調して示す。これらの「目」のカテゴリーは、製品バッチにおいて最も一般的に同定される細菌のコミュニティを表す。

実施例１１：１６ｓ ｒＲＮＡデータ−個々のドナー
製品製造の一貫性をさらに示すために、同じドナーから製造された製品の複数のバッチを経時的に分析した。下表は、臨床試験製造期間中、単一のドナーに由来する製品の複数のバッチが類似の多様性プロファイルを呈したことを示す。各ドナーの微生物叢は、多様性の傾向がより詳細な遺伝子レベルで連続的となるように細菌の科により分析した。シャノン多様度指数（Ｈ’によっても示される）は、マイクロバイオーム中に存在する生物の存在量および均等度を報告する産業上受け入れられている方法であり、本実施例を通して使用した。この方法は、サンプリング深度の変動を最も完全に包含することが示されており、従って、複雑な微生物コミュニティを記述するために適している。

ドナー１の細菌多様性を表３にまとめる。

ドナー１由来の複数のサンプルのシャノン多様度指数を表４にまとめる。

ドナー２の細菌多様性を表５にまとめる。

ドナー２由来の複数のサンプルのシャノン多様度指数を表６にまとめる。

ドナー３の細菌多様性を表７にまとめる。

ドナー３由来の複数のサンプルのシャノン多様度指数を表８にまとめる。

ドナー４の細菌多様性を表１０にまとめる。

ドナー４の複数のサンプルのシャノン多様度指数を表１１にまとめる。

ドナー５の細菌多様性を表１２にまとめる。

ドナー５由来の複数のサンプルのシャノン多様度指数を表１３にまとめる。

ドナー６の細菌多様性を表１４にまとめる。

ドナー６由来の複数のサンプルのシャノン多様度指数を表１５にまとめる。

ドナー６から製造されたバッチは１つだけであるという事実により、平均（Ｈ’）または（Ｈ’）の標準偏差はこの時点では算出できなかった。
本明細書に開示されるＭＲＴ組成物の１６ｓ ｒＲＮＡ分子の特徴は、本製造プロセスを通して顕著な細菌多様性が保存されていたことを示す。ドナー間で種々の細菌の相対量に変動はあるものの、特定の細菌目の平均パーセンテージの標準偏差により測定される変動は極めて小さい。経時的に採取した個々のドナーから作製した製品の多様性プロファイルは、科レベルで高い類似性を示した（ドナー１〜５に関する表を参照）。これに対して、患者の疾患に一般に関連する微生物についての１６ｓデータは、健康なドナーから作製したＭＲＴ組成物には顕著な存在は見られなかった。この分析において評価された製品バッチを第２相臨床試験に用いたところ、許容可能な軽度から中等度の有害事象を伴って８７％の治癒率を示した。このデータは、本明細書に開示されるＭＲＴ組成物における細菌多様性のレベルが治療利益を提供したことも実証するので重要である。

実施例１２：ドナーの性別による成否
本明細書に開示されるＭＲＴ組成物を用いた治療の成功を、ドナーの性別を考慮して表に示した。単回用量のＭＲＴ組成物の後の治療の成功は、糞便ドナー（その糞便サンプルがＭＲＴ組成物の製造において使用された）が男性であった場合に大きかったことが見出された。用量２の応答はドナー間でより類似しており、これらの用量は抗生物質ナイーブ患者（抗生物質の前処置無しで、活動性疾患を有する）に送達されたことから、女性ドナーからの細菌叢は抗生物質に対してより感受性が高い可能性がある。

米国特許出願第６１／３３７，２８３号は、引用することにより本明細書の一部とされる。
米国特許出願第６１／３５１，１８４号は、引用することにより本明細書の一部とされる。

米国特許出願第１３／５７６，５７３号（米国特許出願公開第ＵＳ２０１３／００４５２７４号として公開）は、引用することにより本明細書の一部とされる。
米国特許出願第１４／０９３，９１３号（米国特許出願公開第ＵＳ２０１４／００８６８７７として公開）は、引用することにより本明細書の一部とされる。

本開示は多くの点で単に例示であると理解されるべきである。詳細においては、特に、形状、サイズおよび工程の構成の事項においては、本開示の範囲を超えることなく変更してもよい。これは、それが適当である限り、一例としての実施形態の特徴のいずれかの使用が他の実施形態で使用されることを含み得る。本発明の範囲は、当然のことながら、添付の特許請求の範囲が表現される文言で定義される。

Claims (15)

1. 微生物叢回復療法組成物を製造するための方法であって、前記方法は、
   ヒト糞便サンプルを採取することと、
   前記ヒト糞便サンプルに希釈剤を加えて希釈サンプルを作製することであって、前記希釈剤は凍結保護剤を含む、前記希釈サンプルを作製することと、
   前記希釈サンプルを混合装置で混合することと、
   前記希釈サンプルを濾過することであって、濾過により濾液を形成する、前記濾過することと、
   前記濾液をサンプルバッグに移すことと、
   前記サンプルバッグを封止することと、
   を含む、方法。
2. 前記ヒト糞便サンプルに希釈剤を加えて希釈サンプルを作製することが、前記ヒト糞便サンプルに生理食塩水と凍結保護剤との混合物を加えることを含む、請求項１に記載の方法。
3. 前記凍結保護剤がポリエチレングリコールを含み、前記ヒト糞便サンプルに希釈剤を加えて希釈サンプルを作製することが、前記ヒト糞便サンプルに生理食塩水とポリエチレングリコールの混合物を加えることを含む、請求項１に記載の方法。
4. 前記希釈サンプルを濾過することが、前記希釈サンプルをフィルターバッグで濾過することを含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
5. 前記希釈サンプルを混合装置で混合することが、前記フィルターバッグを前記混合装置内に配置することを含む、請求項４に記載の方法。
6. 前記サンプルバッグを約−２０℃〜約−８０℃の温度で保存することをさらに含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
7. 前記サンプルバッグを約−８０℃の温度で保存することをさらに含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
8. 前記サンプルバッグを約４℃〜約−４℃の温度で予冷することをさらに含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
9. 予冷サンプルを冷凍すること、および冷凍サンプルを約−２０℃〜約−８０℃の温度で保存することをさらに含む、請求項８に記載の方法。
10. 前記冷凍サンプルを解凍することをさらに含む、請求項９に記載の方法。
11. 前記冷凍サンプルを解凍することが、前記冷凍サンプルを約４℃〜約−４℃の温度で解凍することを含む、請求項１０に記載の方法。
12. 解凍サンプルを断熱パッケージアセンブリ中に梱包することをさらに含む、請求項１１に記載の方法。
13. 前記サンプルバッグが微生物叢回復療法組成物を含有し、前記微生物叢回復療法組成物を患者に投与することをさらに含む、請求項１２に記載の方法。
14. 微生物叢回復療法組成物を製造、処理、および梱包するための方法であって、前記方法は、
    プレスクリーニングドナーから糞便サンプルを採取することと、
    前記糞便サンプルをフィルターバッグに移すことと、
    前記フィルターバッグに希釈剤を加えることであって、前記希釈剤は凍結保護剤を含む、前記希釈剤を加えることと、
    前記フィルターバッグを封止することと、
    封止フィルターバッグを混合機に移すことと、
    前記フィルターバッグからの濾液をサンプルバッグに移すことであって、前記フィルターバッグからの濾液をサンプルバッグに移すことは、前記微生物叢回復療法組成物を前記サンプルバッグ内に限定する、前記サンプルバッグに移すことと、
    前記サンプルバッグを封止することと、
    サンプルバッグを冷却することと、
    冷却サンプルバッグを温度制御保存デバイスに移すことであって、前記冷却サンプルバッグを温度制御保存デバイスに移すことは、前記微生物叢回復療法組成物を冷凍することを含む、前記冷却サンプルバッグを温度制御保存デバイスに移すことと、
    冷凍微生物叢回復療法組成物を解凍することと、
    前記サンプルバッグを断熱梱包システム中に梱包することと、
    梱包サンプルバッグを治療施設に輸送することと、
    を含む、方法。
15. 前記凍結保護剤がポリエチレングリコールを含み、前記フィルターバッグに希釈剤を加えることが、前記フィルターバッグに生理食塩水とポリエチレングリコールとの混合物を加えることを含む、請求項１４に記載の方法。