JP2019504647A - 糞便由来の細菌集団を含む組成物を特徴付けるためのシステムおよび方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2016年2月11日に出願された、「SYSTEMS AND METHODS FOR CHARACTERIZING COMPOSITIONS COMPRISING FECAL-DERIVED BACTERIAL POPULATIONS」という名称の、米国特許出願第62/294,125号の優先権を主張するものであり、全ての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本発明の技術分野は、胃腸障害を治療するための治療法に関する。特に、本発明は、胃腸障害を治療するための治療法として使用される、糞便由来の細菌集団を含む組成物を特徴付けるためのシステムおよび方法を提供する。
糞便由来の細菌集団を含む組成物を、胃腸障害を治療するために用いることができる。
a.糞便由来の細菌集団を含む第1の組成物の生きた培養物を得ることであって、ここで、糞便由来の細菌集団を含む第1の組成物は、検出閾値未満のレベルの少なくとも1つの細菌株を含む;
b.糞便由来の細菌集団を含む第2の組成物をケモスタットに含まれる培地に播種することによって、検出閾値未満のレベルの少なくとも1つの細菌株を、検出閾値レベルを上回るように選択的に増殖させるファクターを供給すること;
c.糞便由来の細菌集団を含む第1の組成物の生きた培養物を該播種したケモスタットに添加し、糞便由来の細菌集団を含む第1の組成物を、糞便由来の細菌集団を含む第2の組成物と共にケモスタットで十分な時間培養して、検出閾値未満のレベルの少なくとも1つの細菌株を、検出閾値レベルを上回るように増殖させること;
d.十分な時間の後、ケモスタット培養物のサンプルを取り出すこと;および
e.検出閾値未満のレベルの少なくとも1つの細菌株を同定すること。
開示された利益および改善点の中で、本発明の他の目的および利点は、添付の図面と併せて以下の説明から明らかになるであろう。本発明の詳細な実施形態が、本明細書に開示されている。しかしながら、開示された実施形態は、様々な形で具体化され得る本発明の単なる例示にすぎないことは、理解されるべきである。さらに、本発明の様々な実施形態に関連して与えられた各実施例は、例示を意図したものであり、限定を意図してはいない。
a.糞便由来の細菌集団を含む第1の組成物の生きた培養物を得ることであって、ここで、糞便由来の細菌集団を含む第1の組成物は、検出閾値未満のレベルの少なくとも1つの細菌株を含む;
b.糞便由来の細菌集団を含む第2の組成物をケモスタットに含まれる培地に播種することによって、検出閾値未満のレベルの少なくとも1つの細菌株を、検出閾値レベルを上回るように選択的に増殖させるファクターを供給すること;
c.糞便由来の細菌集団を含む第1の組成物の生きた培養物を、該播種したケモスタットに添加し、糞便由来の細菌集団を含む第1の組成物を、糞便由来の細菌集団を含む第2の組成物と共にケモスタットで十分な時間培養して、検出閾値未満のレベルの少なくとも1つの細菌株を、検出閾値レベルを上回るように増殖させること;
d.十分な時間の後、ケモスタット培養物のサンプルを取り出すこと;および
e.検出閾値未満のレベルの少なくとも1つの細菌株を同定すること。
いくつかの実施形態において、糞便由来の細菌集団を含む第1の組成物は、健常患者の生態系を含む。
a.新たに排泄された便サンプルを獲得し、嫌気性チャンバー内に(90%窒素、5%二酸化炭素、および5%水素の雰囲気下に)サンプルを置くこと;
b.便サンプルをバッファーに浸漬することにより、糞便スラリーを生成すること;および
c.遠心分離によって食品粒子を除去して、上清を保持すること。
細菌集団を特徴付ける方法の有効性は、例えば、方法の感度などのファクターによって制限され得る(すなわち、細菌株が閾値レベルを超えて存在する場合にのみ、その方法が、特定の細菌株を検出することができる)。
いくつかの実施形態において、検出閾値未満のレベルの少なくとも1つの細菌株は、米国特許出願第20140342438号に開示される方法を用いて同定される。あるいは、いくつかの実施形態において、検出閾値未満のレベルの少なくとも1つの細菌株は、米国特許出願第20140363397号に開示される方法を用いて同定される。
糞便由来の細菌集団(以下、MET−1+と称する)を得た。厳密に嫌気的に増殖させたFastidious Anaerobe Agar(FAA)上の株の単一のコロニー形態に基づく解析、および、純粋な16S全長サンガー配列を得ることに基づく解析は、最初に、16S rRNA配列16−6−S 14 LGにより同定された細菌株が、アシダミノコッカス・インテスティニ(Acidaminococcus intestini)の純粋株であること、すなわち、相対的存在量が100%であることを示した。図4は、サンガーシーケンシング法による16S rRNAプロファイリングで得られた配列データを示す。トレースは最小限のノイズを示し、これは純粋な株であることを示すとされている。比較のために、図5は、コンタミした株から、サンガーシーケンシング法による16S rRNAプロファイリングで得られた配列データを示す。図5は大量のノイズを示し、ソフトウエアは個々のピークを分離することができず、従って、ピークに対応するヌクレオチドを規定することができない。
2つの糞便由来の細菌集団(以下、MET−1およびMET−2と称する)を得て、米国特許出願公開第20140342438号に記載される方法に従い、別々に培養した。MET−1集団は、米国特許出願第20140363397号に記載されている。MET−2集団は、Yen et al., J. Proteome Res. 2015, 14, 1472-1482に記載されている。培養に先立ち、代謝産物プロファイルをNMRにより決定した。2つの糞便由来の細菌集団を10日間培養し、代謝産物プロファイルを、Yen et al., J. Proteome Res. 2015, 14, 1472-1482に開示された方法に従い、NMRにより決定した。結果を表3に示す。表3より、細菌集団に由来する糞便は両方とも、培地に代謝産物が追加されていた。さらに、いくつかの代謝産物は、培地で枯渇していた。これらのデータは、例えばケモスタット容器などの規定された条件下で、米国特許出願公開第20140342438号に記載される方法に従い培養した後に得られる「代謝産物の特徴」を、特定の細菌集団を同定するために用いることができることを示唆する。あるいは、例えばケモスタット容器などの規定された条件下で、米国特許出願公開第20140342438号に記載の方法に従い培養した後に得られる「代謝産物の特徴」を、細菌集団の完全性を決定するために用いることができる。
2つの糞便由来の細菌集団(以下、MET−1およびMET−2と称する)を得て、米国特許出願公開第20140342438号に記載される方法に従い、別々に培養した。MET−1集団は、米国特許出願第20140363397号に記載されている。MET−2集団は、Yen et al., J. Proteome Res. 2015, 14, 1472-1482に記載されている。培養に先立ち、代謝産物プロファイルをNMRにより決定した。2つの糞便由来の細菌集団を、表4に示した時間培養し、代謝産物プロファイルを、Yen et al., J. Proteome Res. 2015, 14, 1472-1482に開示された方法に従いNMRにより決定した。代謝産物の濃度(mM)を表4に示す。
Claims (13)
- 糞便由来の細菌集団を含む第1の組成物を特徴付けるための方法であって、以下のステップを含む方法:
a.糞便由来の細菌集団を含む第1の組成物の生きた培養物を得ることであって、ここで、糞便由来の細菌集団を含む第1の組成物は、検出閾値未満のレベルの少なくとも1つの細菌株を含む;
b.糞便由来の細菌集団を含む第2の組成物をケモスタットに含まれる培地に播種することによって、検出閾値未満のレベルの少なくとも1つの細菌株を、検出閾値レベルを上回るように選択的に増殖させるファクターを供給すること;
c.糞便由来の細菌集団を含む第1の組成物の生きた培養物を該播種したケモスタットに添加し、糞便由来の細菌集団を含む第1の組成物を、糞便由来の細菌集団を含む第2の組成物と共にケモスタットで十分な時間培養して、検出閾値未満のレベルの少なくとも1つの細菌株を、検出閾値レベルを上回るように増殖させること;
d.十分な時間の後、ケモスタット培養物のサンプルを取り出すこと;および
e.検出閾値未満のレベルの少なくとも1つの細菌株を同定すること。 - 糞便由来の細菌集団を含む第2の組成物もまた、検出閾値未満のレベルの少なくとも1つの細菌株を含み得る、請求項1に記載の方法。
- 同定された検出閾値未満のレベルの少なくとも1つの細菌株が、糞便由来の細菌集団を含む第1の組成物に由来するか、または、糞便由来の細菌集団を含む第2の組成物に由来するかどうかを決定することをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 検出閾値未満のレベルの少なくとも1つの細菌株が、ケモスタットでの培養に先立ち得られる糞便由来の細菌集団を含む第1の組成物の細菌16S rRNAプロファイルと、十分な時間培養した後に得られるケモスタット培地の細菌16S rRNAとを比較することによって同定される、請求項1に記載の方法。
- 糞便由来の細菌集団を含む第1の組成物が、健常患者の生態系を含む、請求項1に記載の方法。
- 糞便由来の細菌集団を含む第2の組成物が、健常患者の生態系を含む、請求項1に記載の方法。
- 糞便由来の細菌集団を含む第1の組成物と、第2の組成物とが同一である、請求項1に記載の方法。
- 糞便由来の細菌集団を含む第1の組成物が、腸内ディスバイオシスを有する患者に由来する、請求項1に記載の方法。
- 糞便由来の細菌集団を含む第1の組成物が、胃腸疾患を有する患者に由来する、請求項1に記載の方法。
- 糞便由来の細菌集団を含む第2の組成物が、腸内ディスバイオシスを有する患者に由来する、請求項1に記載の方法。
- 糞便由来の細菌集団を含む第2の組成物が、胃腸疾患を有する患者に由来する、請求項1に記載の方法。
- 胃腸疾患が、ディスバイオシス、クロストリジウム・ディフィシル(Clostridium difficile(Clostridioides difficile))感染症、クローン病、潰瘍性大腸炎、過敏性腸症候群、炎症性腸疾患および憩室性疾患からなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 新たに同定された細菌株が、糞便由来の細菌集団を含む第1の組成物に由来するか、または、糞便由来の細菌集団を含む第2の組成物に由来するかを決定することが、新たに同定された細菌株に特異的なプライマーを用いた、第1の培養物または第2の培養物のいずれかのサンプルに対するPCRによって実施される、請求項1に記載の方法。
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