JP2019187360A - カンジダ・アウリス検出用プライマーセット、カンジダ・アウリス検出キットおよびカンジダ・アウリスの検出方法 - Google Patents
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Abstract
Description
FIPは、配列番号1に示される塩基配列のうち、5’末端側の5〜20塩基と3’末端側の5〜20塩基とを含むポリヌクレオチドであり、
BIPは、配列番号2に示される塩基配列のうち、5’末端側の5〜20塩基と3’末端側の5〜20塩基とを含むポリヌクレオチドであり、
F3は、配列番号3からなるポリヌクレオチドであり、
B3は、配列番号4からなるポリヌクレオチドであることを特徴としている。
LAMP法におけるプライマーセットは、FIP、BIP、F3およびB3からなる4種のプライマーを含み、
FIPは、配列番号1に示される塩基配列のうち、5’末端側の5〜20塩基と3’末端側の5〜20塩基とを含むポリヌクレオチドであり、
BIPは、配列番号2に示される塩基配列のうち、5’末端側の5〜20塩基と3’末端側の5〜20塩基とを含むポリヌクレオチドであり、
F3は、配列番号3からなるポリヌクレオチドであり、
B3は、配列番号4からなるポリヌクレオチドであることを特徴としている。
(カンジダ・アウリス検出用プライマーセット)
FIP:AGGCTACTGAGCTTGCTGGTGTAACCAAACCAACAGGAGAGG(配列番号1)
BIP:ACGGTTTCAGGGTTAGCATGGCTCAACAAAGTCGCTGGTACA(配列番号2)
F3:GGGAAAGGAACCCTGACCT(配列番号3)
B3:GGACACAGCATTCGAAGTGT(配列番号4)
Loop-F:CATCTCGAAGGCCTCGGT(配列番号5)
Loop-B:CACATACTCGAACGGAGTC(配列番号6)
LAMP法において使用するプライマーセットを設計するために、4つのカンジダ種、C.auris(PRJNA342691)、C. tropicalis(GCF_000006335.2)、C.albicans(GCA_000182965.3)およびC. lusitaniae(LYUB00000000.2)のゲノム配列を整列させ、 Mauve(バージョン20150226)を用いて比較し、他のカンジダ種と相同性が低い配列を検索することによって概ね数百の塩基配列を得た。
(配列番号7)
CACTACAGCAGGATCAACGGATGCTTCATACTCTGAAATCACCTTTAATGCTGGGATTGGCGCCCACACAAAGTTGGCTGGGTGGACAAACTCCTCCACAGAAACAGAACCGAAACGGCCAGCGAGGAACAACGAAGCAGCAACGTCAGCCTTCAAGGTTGAGCCAGCATCCGAAGATACCACAACAACCTTGCGTGCAGACGAAGGCACAGAAGCCACGAAGTGTTCTTGAGCAAATGGGAAAGGAACCCTGACCTTAACCAAACCAACAGGAGAGGAAACCGAGGCCTTGGAGATGACACCAGCAAGCTCAGTAGCCTGGTGAGCACCAAAAGCGACAAAAACAGTTTCAGGGTTAGCATGGCCCACATACTCGAACGGAGTCAAATTTGTACCAGCGACTTTGTTGAACACTTCGAATGCTGTGTCCACTGCCTTTTCCAAAGAATAGTCGCCGTCGGGAATCGAAGACACCAATTGCTGGTATAAGCGGCCCACATCGGTCACAGACAAGATGTCATCGAACTTGGAGATCGCTTTAGCAAACTCAGGACCGTCGAAAACGTGCAAGGCTGGTCCCTGAAGCAAAGTAGCCACAAAGTGAGTGAAGATGGTGATGTACTGCAACTCCACGGCGCTCTGCGAGTCCGCCGGGGCCACCACAGGGATACCCGTGGAGCGAGCAGTTGCCAAAGGAGTCGTATAGTTTGAAACCAACGAGTTTGTTTCCACATCAAAGTCGATAGCGGAAACGTTCAAGGTCAATGGCAATTTTGCAGCCTTGGCCAAAGTGGGCTGCATCCATGGCAAGGCGTTGGCGCCCAACACAGCAGTATGTGGTCCAGTGGAGGACACGTTGCTAGCGGCATAGC
(配列番号8)AGTAAGAGCTGCGGTCATCAAGCTCAACATCTTCATCGTCTATCGCCGACAGAGACGCCTCCATTTGGTTTTTTCTTGTT
AAATTGTCCACCGACAAAGGCTGGTGGCCTGAAGTCTCCGCAGAGTCTGCCATAAAGTTTGAGCAATTGTAGATGTTGTA
GGTTTTTTTTGCAAGTGTTATCGGCGTCCGAAGTTGAAGTGTGACGGGCGCGCAGGAAGGTCAGAAAGCAGCAAGGAAAC
GGCCAAAGGTACCAGATAGAAGAAACGGTCTGTTGGGGCTGATTTTGTAGAAACTGATGTTTAATTCACATTTTCTTCAC
CCGTGGGGGTTCGTTGGGAACCGTCACGAGGCACGTTTGTTGTGGGGCACGTGTGGTTGCAAAATGAGATAAGCAAGGTA
GTGTGGTTTGACAGCTTCATATAGGAAGGTGCAAAAAAGTGCAAAGAGAGAAGAATGTAAATTGAAATTGTAATATTCCA
ATGAGTGAAGTGCTAATTTTGGAAATCTGAGCTTTTTAATGTCTACTCAACTTTGATGTTTCAGTGGATGAAGCCTGTTT
GGCGTAAAGTCCACAGGTTTTCGGAGTTTTGGCGAGCATCGACACATAACAAGGCAACAATGCAAAGTCACGAAAATCTC
GAACAATGGCGAGTCGTAAATTGGGTCTCTGATTTTCCTAGCGTGAATTGAACAGAAACAGTCCAAGTCCATGCTTGCAT
TCAGTCACTTGTTTTGAGATGTGGCCGGTGAGAGCCACTGAAAGCGAACCACATACATGTATCCATAATGTACACAATAA
AGGCTCCTAGATCAAAGGATCAAGCTCATAATACAAGCAACAACGCCATCGTGTCAGCCGAGCTATTTGAGTGTCACCTG
AAGAATAATACCCATACTTGCGCTCTTAAGTGGTAGTATCTGCTGAGCGTCTATCTGATCTGTTGAACTGCTACCACGAG
CTTTGGGGATTTTTCGCAGCAATTATACCTGGGCAAATACAAAGCACAATATTCACAAGCACAGCACTTGTAGGCGACCT
CATGCCACTGGTCTGATTAACAAACAATAAGCTTTTGTTTGATAAAACTAATAACGGATCTTGCGAGGGTGATGTAGCTA
TGAAGAACATGCATGCAACCTCAGCCAGCATGAGGTATTAGCTCGTAGAATGGCTACGAAGAGACCTAAACAAAAGTAGA
AGTAAGTTTAAAGCCTTTCCGATGGAATTTAACAAACTACAAAGTGGAGCAATTCTTTTTGTCGGCTGTTATCTGCTTGA
GTGGTATTCATCACGCTGTCTGTGCTCCCGAGGACTCTCCGATACCACAAACTATAATGTTAAATCCACATATTTTACAT
GAGCCGAGATGAAGTTATGCAGACTCAACACAAAGGAAATCAGGGGTCGTATCTTAAGTTCTTCTTGTTTCTAATAATCC
TCTCCAGAGGACTCCATTTGCAGCCACAAATACCTCATCGCGAAAAAGTGCAGCTTCATCTCACTCCATAACTATGTCAG
CTGCCGTCGAAAC
(配列番号9)
ATACTTCAACGAAGGAGATTACTTCCAATTTCGAAGCAAAAGATTGGGGTCAGAAGAGCCCAAGTCACCAAGGTCAGGTT
ATGACTCGACAAAGCAAGCAACAGCCGACGAAGATAAATCGGAGGGAGATGAGGACGATATATTAAATGAGGGAAACCTC
CATTTCCTTGACTTTATTGAGAATAAAACCTTTGGTGTCAACCCCAGATCAAAGTCGGTCTTCGACCGCCTGGCATACGA
CTCTGTTGCTTTCATGTCGAACGATGCTGAGGAAGAGGAAAAGGAGAAATCTCTCACGACTACCTTAGAAGTTCTTGTTG
CTCCAGATTCTCCGCCTCCAAGCGATTACGTGATCGATCTTATTCACGAGATATCATCAATTTGCACGGACGTAAAACTC
ATGTTACGTTCGCTCAATGTGAAACAAATGTCGAAAGCGTTGAAGCAGACTGAGGAGGACTACCACAAGCTTGAAAGTTT
GGCTCGTCAAGAACGTGAAACCGACGAAGACAACAATCTGCAAATCACTATGAAACAGACGTCACCTACTAGGCCATCGG
TGACGACGCTAAAGACGGGCAGTGGATCTGTGGCTTCTGTTCCGTTCAGGCGTCTGCAAACACTGGAAATCAGTGAGCAG
ATTCCGCCACCGTCGCAATTGCAAGGCATGAGATCGTCAACATCGCTCAACACCACAACATCGGCTCTCAAATTCACGCC
TCTTAAGTCTGCAACAACAGGTGGTAAAACATTTTCTAAGGGCCTGCTCGAAGACAACAAAGATTTGGACCGGCGCATTG
CACAACTTGTGAAAGAAGATGAGAAGAAGAAGCTGAAGGCTGCCAAAGAAGAGAAGCAAAGATTGGCGAAAGAAGAGAAG
CTAGCTGCTAAACAAAGCAAGCAGAGGGAAAAGGAAAAACAAAGAGAGGAGTTGTCGCATACGAAGCACAAGGCTACTCC
TCTTGAAAGGAACCATACTGAGCCACAAGACTTCTTCTCTACGAAGCTGAACCGCGAAGATACCGATGAGTCTTCGTTGT
TTTCGAAGCCATCGATCACTTCGAAAGACAAGAAAGGAAGCATTATACTGCGGATCGGACACAAACTCAAACATACCGAG
CCGCTCAAGCACACGGAGTCTGTTGACAGTGATGTGAGGAGTATTTCCACAACTAAATCGTCCAGTAGCCAAACGTCAAA
CACTAGCAAGAAGTCGTCACGCAAGGTTGGATTATTTGGGTTGCGCAAGAGGAATTGAGAAACAAAAGGCAAGAGAGAAA
AAAAAAAAAAAAATATATATATATATACTAAGTTGGAGGAGAAATCAATCTGCTCCTTGTCAGTGTCTTTTGGAATGATT
GCATCGTAATATTCTTTTCTGGAGATTTTTTTTGGGTTTTTTGGAACAGCTGCAACACCATCAACACTCTGAGAAACAAC
TCCCCGAGACGCGCCAGCTGCGGCTGCCGCGTAGGAAAGTTGAGCCCCACTGGACTTTTGAGAAGTCTGGGTGCCGGAGG
AGGGACCTTCGGCGCGATTTGGGGAGGAAGCAACCTTAGTTGCTTTCTCCAGGATCATTGGATCGCTGAGCAGGGAGTTT
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AAACTTTGCTTTGAGTCTTTTATTGTATTATTAACTACTGTTTACTATTGCTGTCATATTGAACACCTTTTTGAAATTCG
CCAC
(配列番号10)
CTTCGTTGCGTTGAGAAGCGCCTTGTCCAACTTTTTGGACTGCTCTAAAAAGCTGCGAAGCTTCTTAGACTTGGAGTAAA
CTTGTAGGAATGACACGGCTACACCTTGAAGAAGGGTGATGGGGGGAGTGACTCCTCCGTGAACGTAGAGCATGTACATG
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ACATAGCTGGTTTCTGTCAACCTCGTCGCTATCAACTAACAAACTCTTTTACTAAAAAAGAGAAGCTCTTCTTTCACTAC
ACGTACTGTACTAGCCTTCGCTCGTGTGACGATTAGCCAGCCGTACTTTTCCCCATCACCGTAAACCATCTATTGATGTT
CATATATACAGATTCCAATGACGACGCCAATGGCAATGCCACGAGCCCCCAAAAACCTCAATCAAAGAAATCATCGTCAT
CTTCAT
(配列番号13)GTGGTATCTTCGGATGCTGGCTCCAGCGAGGAACAACGAA(FIP)
(配列番号14)ACAACCTTGCGTGCAGACGAAGGGTTCCTTTCCCATTTGC(BIP)
(配列番号15)AGAAACGGAACCGAAACGG(F3)
(配列番号16)CCTCTCCTGTTGGTTTGGTT(B3)
カンジダ・アウリス(Candida auris)の培養検体について、LAMP法による増幅反応はLoopamp Turbidimeter RT-160C(栄研化学株式会社製)を用いて56℃で90分間行った。 DNAポリメラーゼを80℃で5分間失活させることにより反応を停止させた。各反応液は、2×Reaction Mix(栄研化学製)12.5μL、上記のLAMP Aurisプライマーセットの各プライマー(40μM FIP、40μM BIP、20μM Loop-F、20μM Loop-B、5μM F3、 5μM B3)、1μL Bst DNAポリメラーゼ、2μL サンプルDNA溶液、および蒸留水を添加して、各反応の総容量を25μLとした。
カンジダ・アリウス(C. auris)に対するLAMP Aurisプライマーセットの特異性を評価するために、38種(20糸状菌および18酵母)の合計57株を試験した(表2)。
上記LAMP Aurisプライマーセットを用いたLAMP法を臨床検体に適用した。 C.auris LC318417によって引き起こされた耳炎(非特許文献5)から得られた耳拭き標本を試験した。
上記LAMPプライマーセットを用いたLAMP法の環境調査への適用性も評価した。 1×10 6個のカンジダ・アリウス(C. auris)を含む約25μLの生理食塩水を清潔なペトリ皿の中で乾燥させ、細胞を環境サンプリングのために最適化された拭き取り法で回収した(サンプルA〜D)。
Claims (7)
- LAMP法によって検体中のカンジダ・アウリスの標的配列を増幅させて検出する際に用いられる、FIP、BIP、F3およびB3からなる4種のプライマーを含むカンジダ・アウリス検出用プライマーセットであって、
FIPは、配列番号1に示される塩基配列のうち、5’末端側の5〜20塩基と3’末端側の5〜20塩基とを含むポリヌクレオチドであり、
BIPは、配列番号2に示される塩基配列のうち、5’末端側の5〜20塩基と3’末端側の5〜20塩基とを含むポリヌクレオチドであり、
F3は、配列番号3からなるポリヌクレオチドであり、
B3は、配列番号4からなるポリヌクレオチドであることを特徴とするカンジダ・アウリス検出用プライマーセット。 - FIPは配列番号1からなるポリヌクレオチドであり、BIPは配列番号2からなるポリヌクレオチドであることを特徴とする請求項1のカンジダ・アウリス検出用プライマーセット。
- さらに、ループプライマーとして配列番号5、6のポリヌクレオチドを含むことを特徴とする請求項1または2のカンジダ・アウリス検出用プライマーセット。
- 請求項1から3のいずれかのカンジダ・アウリス検出用プライマーセットを含むカンジダ・アウリス検出キット。
- 検体から得られた核酸試料に対してLAMP法による核酸増幅反応を行い、増幅産物を検出するカンジダ・アウリスの検出方法であって、
LAMP法におけるプライマーセットは、FIP、BIP、F3およびB3からなる4種のプライマーを含み、
FIPは、配列番号1に示される塩基配列のうち、5’末端側の5〜20塩基と3’末端側の5〜20塩基とを含むポリヌクレオチドであり、
BIPは、配列番号2に示される塩基配列のうち、5’末端側の5〜20塩基と3’末端側の5〜20塩基とを含むポリヌクレオチドであり、
F3は、配列番号3からなるポリヌクレオチドであり、
B3は、配列番号4からなるポリヌクレオチドであることを特徴とするカンジダ・アウリスの検出方法。 - FIPは配列番号1からなるポリヌクレオチドであり、BIPは配列番号2からなるポリヌクレオチドであることを特徴とする請求項5のカンジダ・アウリスの検出方法。
- 前記プライマーセットが、さらに、ループプライマーとして配列番号5、6のポリヌクレオチドを含むことを特徴とする請求項5または6のカンジダ・アウリスの検出方法。
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