JP2018516563A5 - - Google Patents
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Claims (31)
- 必須遺伝子、非必須遺伝子、および/または消費されてよい(expendable)ゲノムアイランドに関して、細菌細胞の集団をスクリーニングする方法であって、
細菌細胞の前記集団に、(5’から3’に)リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも1つのリピート−スペーサー配列を含むCRISPRアレイを含む異種核酸構築物を導入するステップ
ここで、前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも1つのリピート−スペーサー配列の前記スペーサーは、前記集団の前記細菌細胞の前記ゲノム内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含み、それにより、形質転換された細菌細胞の集団を生産する;
および
形質転換された細菌細胞の前記集団における欠失の存在または不存在を判定するステップ
ここで、形質転換された細菌細胞の前記集団における欠失の存在は、前記標的領域が非必須遺伝子および/または消費されてよいゲノムアイランド内に含まれることを示し、および、前記集団における欠失の不存在は、前記標的領域が必須遺伝子内に含まれることを意味する
を含む、
方法。 - 必須遺伝子、非必須遺伝子、および/または消費されてよいゲノムアイランドに関して、細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団をスクリーニングする方法であって、
細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団に、
(a)トランスコード化CRISPR(tracr)核酸を含む異種核酸構築物、
(b)(5’から3’に)リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも1つのリピート−スペーサー配列を含むCRISPRアレイを含む異種核酸構築物
ここで、前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも1つのリピート−スペーサー配列の前記スペーサーは、前記集団の前記の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記ゲノム(染色体および/またはプラスミド)内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含む、
および、
(c)Cas9ポリペプチドまたはCas9ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む異種核酸構築物、
を導入するステップ
それにより、形質転換された細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団を生産する;
および
形質転換された細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団における欠失の存在または不存在を判定するステップ
ここで、形質転換された細菌、古細菌または酵母細胞の前記集団における欠失の存在は、前記標的領域が非必須遺伝子および/または消費されてよいゲノムアイランド内に含まれることを意味し、形質転換された細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団における欠失の不存在は、前記標的領域が必須遺伝子内に含まれることを意味する、
を含む、
方法。 - 細菌細胞の集団内の1つまたは複数の細菌細胞を死滅させる方法であって、
細菌細胞の前記集団に、(5’から3’に)リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも1つのリピート−スペーサー配列を含むCRISPRアレイ(crRNA、crDNA)を含む異種核酸構築物を導入するステップを含み、
ここで、前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも1つのリピート−スペーサー配列の前記スペーサーは、前記集団の前記細菌細胞の前記ゲノム内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含み、それにより、細菌細胞の前記集団内の前記標的領域を含む1つまたは複数の細菌細胞を死滅させる、
方法。 - 細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団内の1つまたは複数の細胞を死滅させる方法であって、
細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団に、
(a)トランスコード化CRISPR(tracr)核酸を含む異種核酸構築物、
(b)(5’から3’に)リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも1つのリピート−スペーサー配列を含むCRISPRアレイを含む異種核酸構築物
ここで、前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも1つのリピート−スペーサー配列の前記スペーサーは、前記集団の前記の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記ゲノム(染色体および/またはプラスミド)内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含む、
および、
(c)Cas9ポリペプチドおよび/またはCas9ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む異種核酸構築物、
を導入するステップを含み、
それにより、それらのゲノム内の前記標的領域を含む細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団内の1つまたは複数の細胞を死滅させる、
方法。 - 請求項3または4の方法であって、
前記標的領域は、必須遺伝子または非必須遺伝子内にある、
方法。 - 細菌遺伝子と関連する表現型を同定する方法であって、
細菌細胞の集団に、(5’から3’に)リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも1つのリピート−スペーサー配列を含むCRISPRアレイを含む異種核酸構築物を導入するステップ
ここで、前記の少なくとも1つのリピート−スペーサー配列およびリピート−スペーサー−リピート配列の前記スペーサーは、前記集団の前記細菌細胞の前記ゲノム内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含み、ここで、前記標的領域は、ポリペプチドまたは機能性核酸をコードするオープンリーディングフレームの少なくとも一部を含み、それにより、前記標的領域を含む前記細胞を死滅させ、そして、前記標的領域を含まない形質転換された細菌細胞の集団を生産する;
および、
前記集団の表現型を分析するステップ、
を含む、
方法。 - 請求項6の方法であって、
分析するステップの前に、形質転換された細菌細胞の前記集団から個々の細菌コロニーを増殖させるステップ;および
前記の個々のコロニーの表現型を分析するステップ、
を含む、
方法。 - 細菌、古細菌、藻類または酵母遺伝子の表現型を同定する方法であって、
細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団に、
(a)トランスコード化CRISPR(tracr)核酸を含む異種核酸構築物、
(b)(5’から3’に)リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも1つのリピート−スペーサー配列を含むCRISPRアレイを含む異種核酸構築物
ここで、前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも1つのリピート−スペーサー配列の前記スペーサーは、前記集団の前記の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記ゲノム(染色体および/またはプラスミド)内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含む、
および、
(c)Cas9ポリペプチドおよび/またはCas9ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む異種核酸構築物、
を導入するステップ
それにより、前記標的領域を含む前記の細菌、古細菌または酵母細胞を死滅させ、そして、前記標的領域を含まない形質転換された細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団を生産する;
および
形質転換された細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団の表現型を分析するステップ、および/または、(i)形質転換された細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団から、個々の細菌、古細菌、藻類または酵母コロニーを増殖させるステップ、および、(ii)前記の個々のコロニーの表現型を分析するステップ、
を含む、
方法。 - 請求項1、3、6、または7のいずれか一項の方法であって、
前記CRISPRアレイは、I型、II型、III型、IV型、V型CRISPRアレイである、
方法。 - 請求項9の方法であって、
前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも1つのリピート−スペーサー配列は、野生型I型CRISPRアレイ、野生型II型CRISPRアレイ、野生型III型CRISPRアレイ、野生型IV型CRISPRアレイ、または、野生型V型CRISPRアレイ由来のリピートと同一のリピートを含む、
方法。 - 請求項2、4、5または8のいずれか一項の方法であって、
前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも1つのリピート−スペーサー配列は、野生型II型CRISPRアレイ由来のリピートと同一のリピートを含む、
方法。 - 請求項1から11のいずれか一項の方法であって、
前記標的領域は、無作為に選択される、または、特異的に選択される、
方法。 - 請求項12の方法であって、
無作為に選択される標的領域は、細菌、古細菌または酵母ゲノム内のPAM配列に隣接して配置された、任意の少なくとも10個の連続するヌクレオチドから選択される、
方法。 - 請求項12の方法であって、
特異的に選択される標的領域は、細菌、古細菌、藻類または酵母ゲノム内のPAM配列に隣接する少なくとも10個の連続するヌクレオチドを含む、遺伝子、オープンリーディングフレームまたは推定のオープンリーディングフレームから選択される、
方法。 - 請求項2、4、5、8、11から14のいずれか一項の方法であって、
トランスコード化CRISPR(tracr)核酸を含む前記異種核酸構築物およびCRISPRアレイを含む前記異種核酸構築物は、場合によりCas9ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む異種核酸構築物をさらに含むCRISPRガイド(gRNA、gDNA)内に含まれる、
方法。 - 請求項15の方法であって、
前記CRISPRガイドは、プロモーターに動作可能に連結される、
方法。 - 細菌細胞の集団から、縮小されたゲノムサイズを有する1つまたは複数の細菌細胞を選択する方法であって、
細菌細胞の集団に、(5’から3’に)リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも1つのリピート−スペーサー配列を含むCRISPRアレイを含む異種核酸構築物を導入するステップ
ここで、前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも1つのリピート−スペーサー配列の前記スペーサーは、前記集団の1つまたは複数の細菌細胞の前記ゲノム内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含み、ここで、前記標的領域を含む細胞は死滅して、それにより、細菌細胞の前記集団から、前記標的領域を含まない縮小されたゲノムサイズを有する1つまたは複数の細菌細胞を選択する、
を含む、
方法。 - 細菌細胞の集団から、縮小されたゲノムサイズを有する1つまたは複数の細菌細胞を選択する方法であって、
細菌細胞の集団に、以下の(a)および(b)を導入するステップ;
(a)(i)前記細菌細胞の前記ゲノム内に存在する少なくとも300個の連続したヌクレオチドと少なくとも80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、1つまたは複数の異種核酸構築物、または、(ii)少なくとも1つのトランスポゾンを含む2以上の異種核酸構築物
それにより、前記ゲノム中に組み込まれた前記の1つまたは複数の異種核酸構築物および前記ゲノム内に存在する前記の少なくとも300個の連続したヌクレオチドの間、または、前記ゲノム中に組み込まれた第1および第2のトランスポゾンの間の、相同組み換えに関する非天然部位を含むトランスジェニック細菌細胞の集団を生産する;
および
(b)(5’から3’に)リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも1つのリピート−スペーサー配列を含むCRISPRアレイを含む異種核酸構築物、
ここで、前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも1つのリピート−スペーサー配列の前記スペーサーは、前記集団の1つまたは複数の細菌細胞の前記ゲノム内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含み、ここで、前記標的領域は、前記ゲノム中に導入された前記の1つまたは複数の異種核酸構築物および前記ゲノム内に存在する前記の少なくとも300個の連続したヌクレオチドの間、および/または、前記の第1のトランスポゾンおよび第2のトランスポゾンの間に位置し、前記標的領域を含む細胞は死滅して、それにより、トランスジェニック細菌細胞の前記集団から、前記標的領域を含まない縮小されたゲノムサイズを有する1つまたは複数の細菌細胞を選択する、
を含む、
方法。 - 細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団から、縮小されたゲノムサイズを有する1つまたは複数の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞を選択する方法であって、
細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団に、
(a)トランスコード化CRISPR(tracr)核酸を含む異種核酸構築物、
(b)リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも1つのリピート−スペーサー配列を含むCRISPRアレイを含む異種核酸構築物
ここで、前記の少なくとも1つのリピート−スペーサー配列および前記の少なくとも1つのリピート−スペーサー−リピート配列の前記スペーサーは、前記集団の前記の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記ゲノム(染色体および/またはプラスミド)内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含む、
および
(c)Cas9ポリペプチドおよび/またはCas9ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む異種核酸構築物、
を導入するステップ
ここで、前記標的領域を含む細胞は死滅して、それにより、細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団から、前記標的領域を含まない縮小されたゲノムサイズを有する1つまたは複数の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞を選択する、
を含む、
方法。 - 細菌、古細菌または酵母細胞の集団から、縮小されたゲノムサイズを有する1つまたは複数の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞を選択する方法であって、
細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団に、以下の(a)および(b)を導入するステップ;
(a)(i)前記の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記ゲノム内に存在する少なくとも300個の連続したヌクレオチドと少なくとも80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、1つまたは複数の異種核酸構築物、または、(ii)少なくとも1つのトランスポゾンを含む2以上の異種核酸構築物
それにより、前記ゲノム中に組み込まれた前記の1つまたは複数の異種核酸構築物および前記ゲノム内に存在する前記の少なくとも300個の連続したヌクレオチドの間、または、前記ゲノム中に組み込まれた第1および第2のトランスポゾンの間の、相同組み換えに関する非天然部位を含むトランスジェニック細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団を生産する;
および
(b)(i)トランスコード化CRISPR(tracr)核酸を含む異種核酸構築物、(ii)リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも1つのリピート−スペーサー配列を含むCRISPRアレイを含む異種核酸構築物;ここで、前記の少なくとも1つのリピート−スペーサー配列および前記の少なくとも1つのリピート−スペーサー−リピート配列の前記スペーサーは、前記集団の1つまたは複数の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記ゲノム(染色体および/またはプラスミド)内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含む、および、(iii)Cas9ポリペプチドおよび/またはCas9ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む異種核酸構築物、
ここで、前記標的領域は、前記ゲノム中に組み込まれた前記の1つまたは複数の異種核酸構築物および前記ゲノム内に存在する前記の少なくとも300個の連続したヌクレオチドの間、および/または、前記の第1のトランスポゾンおよび第2のトランスポゾンの間に位置し、および、前記標的領域を含む細胞は死滅して、それにより、トランスジェニック細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団から、前記標的領域を含まない縮小されたゲノムサイズを有する1つまたは複数の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞を選択する、
を含む、
方法。 - 細菌の集団において、そのゲノム内に欠失を有する少なくとも1つの単離物を同定する方法であって、
細菌細胞の集団に、(5’から3’に)リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも1つのリピート−スペーサー配列を含むCRISPRアレイを含む異種核酸構築物を導入するステップ
ここで、前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも1つのリピート−スペーサー配列の前記スペーサーは、前記集団の1つまたは複数の細菌細胞の前記ゲノム内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含み、ここで、前記標的領域を含む細胞は死滅して、それにより、前記標的領域を含まない形質転換された細菌細胞の集団を生産する;
および
形質転換された細菌細胞の前記集団から個々の細菌コロニーを増殖させるステップ
それにより、形質転換された細菌の前記集団から、そのゲノム内に欠失を有する少なくとも1つの単離物を同定する、
を含む、
方法。 - 細菌の集団において、そのゲノム内に欠失を有する少なくとも1つの単離物を同定する方法であって、
細菌細胞の前記集団に、以下の(a)および(b)を導入するステップ;
(a)(i)前記細菌細胞の前記ゲノム内に存在する少なくとも300個の連続したヌクレオチドと少なくとも80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、1つまたは複数の異種核酸構築物、または、(ii)少なくとも1つのトランスポゾンを含む2以上の異種核酸構築物
それにより、前記ゲノム中に組み込まれた前記の1つまたは複数の異種核酸構築物および前記ゲノム内に存在する前記の少なくとも300個の連続したヌクレオチドの間、または、前記ゲノム中に組み込まれた第1および第2のトランスポゾンの間の、相同組み換えに関する非天然部位を含むトランスジェニック細菌細胞の集団を生産する
;および
(b)(5’から3’に)リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも1つのリピート−スペーサー配列を含むCRISPRアレイを含む異種核酸構築物、
ここで、前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも1つのリピート−スペーサー配列の前記スペーサーは、前記集団の1つまたは複数の細菌細胞の前記ゲノム内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含み、ここで、前記標的領域は、前記ゲノム中に導入された前記の1つまたは複数の異種核酸構築物および前記ゲノム内に存在する前記の少なくとも300個の連続したヌクレオチドの間、および/または、前記の第1のトランスポゾンおよび第2のトランスポゾンの間に位置し、前記標的領域を含む細胞は死滅して、それにより、前記標的領域を含まない形質転換された細菌細胞の集団を生産する;
および
形質転換された細菌細胞の前記集団から個々の細菌コロニーを増殖するステップ
それにより、細菌の前記集団から、そのゲノム内に欠失を有する少なくとも1つの単離物を同定する、
を含む、
方法。 - 細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団において、そのゲノム内に欠失を有する少なくとも1つの単離物を同定する方法であって、
細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団に、以下の(a)〜(c)を導入するステップ;
(a)トランスコード化CRISPR(tracr)核酸を含む異種核酸構築物、
(b)(5’から3’に)リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも1つのリピート−スペーサー配列を含むCRISPRアレイを含む異種核酸構築物
ここで、前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも1つのリピート−スペーサー配列の前記スペーサーは、前記集団の前記の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記ゲノム(染色体および/またはプラスミド)内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含む、
および
(c)Cas9ポリペプチドまたはCas9ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む異種核酸構築物、
ここで、前記標的領域を含む細胞は死滅して、それにより、前記標的領域を含まない形質転換された細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団を生産する;
および
形質転換された細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団から、個々の細菌、古細菌または酵母コロニーを増殖させるステップ
それにより、形質転換された細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団から、そのゲノム内に欠失を有する少なくとも1つの単離物を同定する、
を含む、
方法。 - 細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団において、そのゲノム内に欠失を有する少なくとも1つの単離物を同定する方法であって、
細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団に、以下の(a)および(b)を導入するステップ;
(a)(i)前記の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記ゲノム内に存在する少なくとも300個の連続したヌクレオチドと少なくとも80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、1つまたは複数の異種核酸構築物、または、(ii)少なくとも1つのトランスポゾンを含む2以上の異種核酸構築物
それにより、前記ゲノム中に組み込まれた前記の1つまたは複数の異種核酸構築物および前記ゲノム内に存在する前記の少なくとも300個の連続したヌクレオチドの間、または、前記ゲノム中に組み込まれた第1および第2のトランスポゾンの間の、相同組み換えに関する非天然部位を含むトランスジェニック細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団を生産する;
および
(b)(i)トランスコード化CRISPR(tracr)核酸を含む異種核酸構築物、(ii)(5’から3’に)リピート−スペーサー−リピート配列または少なくとも1つのリピート−スペーサー配列を含むCRISPRアレイを含む異種核酸構築物;ここで、前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも1つのリピート−スペーサー配列の前記スペーサーは、前記集団の1つまたは複数の細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記ゲノム(染色体および/またはプラスミド)内の標的領域に実質的に相補なヌクレオチド配列を含む、および、(iii)Cas9ポリペプチドおよび/またはCas9ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む異種核酸構築物、
ここで、前記標的領域は、前記ゲノム中に組み込まれた前記の1つまたは複数の異種核酸構築物および前記ゲノム内に存在する前記の少なくとも300個の連続したヌクレオチドの間、および/または、前記の第1のトランスポゾンおよび第2のトランスポゾンの間に位置し、前記標的領域を含む細胞は死滅して、それにより、前記標的領域を含まない形質転換された細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の集団を生産する;
および
形質転換された細菌、古細菌、藻類または酵母細胞の前記集団から、個々の細菌、古細菌または酵母コロニーを増殖させるステップ
それにより、前記集団から、そのゲノム内に欠失を有する少なくとも1つの単離物を同定する、
を含む、
方法。 - 請求項17、18、21、または22のいずれか一項の方法であって、
前記CRISPRアレイは、I型、II型、III型、IV型、V型CRISPRアレイである、
方法。 - 請求項25の方法であって、
前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも1つのリピート−スペーサー配列は、野生型I型CRISPRアレイ、野生型II型CRISPRアレイ、野生型III型CRISPRアレイ、野生型IV型CRISPRアレイ、または、野生型V型CRISPRアレイ由来のリピートと同一のリピートを含む、
方法。 - 請求項19、20、23、または24のいずれか一項の方法であって、
前記リピート−スペーサー−リピート配列または前記の少なくとも1つのリピート−スペーサー配列は、野生型II型CRISPRアレイ由来のリピートと同一のリピートを含む、
方法。 - 請求項15から27のいずれか一項の方法であって、
前記標的領域は、無作為に選択される、または、特異的に選択される、
方法。 - 請求項28の方法であって、
無作為に選択される標的領域は、細菌、古細菌または酵母ゲノム内のPAM配列に隣接して配置された任意の少なくとも10個の連続するヌクレオチドから選択される、
方法。 - 請求項28の方法であって、
特異的に選択される標的領域は、細菌、古細菌、藻類または酵母ゲノム内のPAM配列に隣接する少なくとも10個の連続するヌクレオチドを含む、遺伝子、オープンリーディングフレームまたは推定のオープンリーディングフレームから選択される、
方法。 - 請求項3から5または請求項9から15のいずれか一項の方法であって、
前記の導入されるCRISPRアレイは、死滅される前記の1つまたは複数の細菌細胞におけるCRISPR−Casシステムと適合し、細菌細胞の前記集団内の少なくとも1つまたは複数の細菌細胞の前記CRISPR Casシステムと適合しない、
方法。
Priority Applications (2)
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