JP2017501733A5

JP2017501733A5 -

Info

Publication number: JP2017501733A5
Application number: JP2016544385A
Authority: JP
Filing date: 2014-12-30
Publication date: 2018-02-08

Claims

サンプル中のE.ヒストリチカ（E. histolytica）核酸配列をE.ジスパー(E. dispar)の存在による実質的な干渉を受けずに検出する方法であって、
サンプルに対して核酸増幅反応を行うこと、を含み、
前記核酸増幅は第一のオリゴヌクレオチドプライマーおよび第二のオリゴヌクレオチドプライマーを含み、
前記第一のオリゴヌクレオチドプライマーが２６〜７５ヌクレオチドの長さを有し、配列番号：１を含み、標準的な増幅条件下で配列番号：１０又はその相補物にそれらが存在する場合にハイブリダイズするが、配列番号：１１又はその相補物にはそれらが存在していても標準的増幅条件下でハイブリダイズせず、
前記第二のオリゴヌクレオチドプライマーが２４〜７５ヌクレオチドの長さを有し、配列番号：２を含み、標準的な増幅条件下で配列番号：１０又はその相補物にそれらが存在する場合にハイブリダイズし、かつ、配列番号：１１又はその相補物にそれらが存在する場合にも標準的条件下でハイブリダイズし、
前記第一および第二のオリゴヌクレオチドプライマーのアンプリコンが存在する場合には標準的なハイブリダイゼーション条件下で前記アンプリコンにハイブリダイズする、配列番号：３を含む検出可能に標識されたプローブからの（存在する場合には）シグナルを検出すること、を含み、
前記シグナルがアンプリコンが存在することの指標となり、E.ジスパーの存在による実質的な干渉を受けない、前記方法。
第一のオリゴヌクレオチドプライマーが２６〜５０ヌクレオチド長であり、第二のオリゴヌクレオチドプライマーが２４〜５０ヌクレオチド長である、請求項１記載の方法。
第一のオリゴヌクレオチドプライマーが配列番号：１０の標的配列又はその相補物と少なくとも９５％の同一性を有し、第二のオリゴヌクレオチドプライマーが配列番号：１０の標的配列又はその相補物と９５％の同一性を有する、請求項１又は２記載の方法。
プローブが配列番号：１０の標的配列又はその相補物と少なくとも９５％の同一性を有する、請求項１〜３のいずれか１項記載の方法。
サンプルが固定材料を含む、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
サンプル中にE.ヒストリチカポリヌクレオチド配列が存在する場合は、E.ジスパーは存在していても第一および第二のオリゴヌクレオチドプライマーのアンプリコン生成を阻害しない、請求項１〜５のいずれか１項記載の方法。
クリプトスポリジウム・パルブム（Cryptosporidium parvum）、ギアルジア・ランブリア（Giardia lamblia）、又はE.ジスパーの存在は検出可能なシグナルを生じさせず、E.ヒストリチカ由来の検出可能なシグナルを実質的に抑制しない、請求項１〜６のいずれか１項記載の方法。
以下を含む、E.ジスパーの存在による実質的な干渉を受けずにE.ヒストリチカを検出するための試薬を含むキット：
２６〜７５ヌクレオチドの長さを有し、配列番号：１を含む第一のオリゴヌクレオチドプライマーであって、標準的な増幅条件下で配列番号：１０又はその相補物にそれらが存在する場合にハイブリダイズするが、配列番号：１１又はその相補物にはそれらが存在していても標準的条件下でハイブリダイズしない、前記第一のオリゴヌクレオチドプライマー、
２４〜７５ヌクレオチドの長さを有し、配列番号：２を含む第二のオリゴヌクレオチドプライマーであって、標準的な増幅条件下で配列番号：１０又はその相補物にそれらが存在する場合にハイブリダイズし、かつ、配列番号：１１又はその相補物にそれらが存在する場合に標準的条件下でハイブリダイズする、前記第二のオリゴヌクレオチドプライマー、および、
配列番号：３の配列を含むポリヌクレオチドを含む検出可能に標識されたプローブであって、前記第一および第二のオリゴヌクレオチドプライマーのアンプリコンが存在する場合には標準的なハイブリダイゼーション条件下で前記アンプリコンにハイブリダイズし、E.ジスパーの存在による実質的な干渉を受けずに前記アンプリコンが存在することの指標となるシグナルを生成するように設計されている、前記検出可能に標識されたプローブ。
第一のオリゴヌクレオチドプライマーが、配列番号：１０の標的配列又はその相補物と少なくとも９５％の同一性を有する、請求項８記載のキット。
第二のオリゴヌクレオチドプライマーが、配列番号：１０の標的配列又はその相補物と少なくとも９５％の同一性を有する、請求項８又は９記載のキット。
第一のオリゴヌクレオチドプライマーが２６〜５０ヌクレオチド長であり、第二のオリゴヌクレオチドプライマーが２４〜５０ヌクレオチド長である、請求項８〜１０のいずれか１項記載のキット。
検出可能に標識されたプローブが配列番号：１０の標的配列又はその相補物と少なくとも９５％の同一性を有する、請求項８〜１１のいずれか１項記載のキット。
第一のオリゴヌクレオチドプライマー配列が配列番号：１からなり、第二のオリゴヌクレオチドプライマー配列が配列番号：２からなり、検出可能に標識されたプローブが配列番号：３からなるポリヌクレオチド配列を含む、請求項８〜１２のいずれか１項記載のキット。
ギアルジア・ランブリア、クリプトスポリジウム・パルブム、またはクリプトスポリジウム・ホミニスの少なくとも1つを検出するための多重アッセイ用試薬を含む、請求項８〜１３のいずれか１項記載のキット。
サンプル中にE.ヒストリチカポリヌクレオチド配列が存在する場合は、E.ジスパーが存在していてもE.ヒストリチカポリヌクレオチド由来のアンプリコンの生成を阻害しないように、第一のオリゴヌクレオチドプライマー、第二のオリゴヌクレオチドプライマー、および第三のオリゴヌクレオチドプライマーが設計されている、請求項８〜１４のいずれか１項記載のキット。