JP2014508118A - プロテインａの新規アルカリ抵抗性変異体及びアフィニティークロマトグラフィーにおけるその使用 - Google Patents

プロテインａの新規アルカリ抵抗性変異体及びアフィニティークロマトグラフィーにおけるその使用 Download PDF

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Abstract

本発明は、アルカリ抵抗性を有する免疫グロブリン（Ｉｇ）結合タンパク質に関する。本発明は、その一実施形態において、少なくとも１個のアスパラギン残基がヒスチジン、セリン、アスパラギン酸又はスレオニン残基に置換されたＩｇ結合タンパク質を含むＩｇ結合タンパク質の変異体を提供する。上記少なくとも１個の置換は、変異体Ｉｇ結合タンパク質のアルカリ性溶液中での安定性を、野生型Ｉｇ結合と比べて向上させることができる。本発明は、また、本発明のＩｇ結合タンパク質を含む免疫グロブリンのアフィニティー分離のためのマトリクスと、混合組成物から免疫グロブリンを分離するための本発明のＩｇ結合タンパク質を用いる方法とに関する。
【選択図】図３

Description

本発明は、アルカリ抵抗性を有する数種の免疫グロブリン（Ｉｇ）リガンドタンパク質、それらの固体支持体への固定化、及びその結果得られるアフィニティーマトリクスのＩｇ精製への適用に関する。
プロテインＡは、細菌（黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus））によってコードされる膜タンパク質である。プロテインＡは、Ｅ−Ｄ−Ａ−Ｂ−Ｃに配置された５個の相同なドメインからなる。プロテインＡは、ヒトを含む様々な生物種由来の抗体の多く（ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＥ、ＩｇＡ等）に結合することができるという特徴を有する。従って、プロテインＡは、研究及び治療用の抗体精製用アフィニティーカラムを形成するための、固体支持体（例えば、樹脂）に固定化されたタンパク質リガンドとして広範に用いられている。
医薬用途とバイオテクノロジー用途の両方にプロテインＡの抗体結合特性を十分に活用するために、固体樹脂へのプロテインＡの固定化効率を改善する方法と共に、固定化後にプロテインＡ安定性を向上させ、その漏出を低減させる方法が研究されている。この点に関し、特許文献１及び２は、プロテインＡのＮ末端又はその１つ若しくは複数のドメインに１個のシステイン残基又は１個のアルギニン残基が付加することによりその固定化を促進する、プロテインＡを固定化する方法を開示している。特許文献３は、抗体精製の際の温度を下げることによりプロテインＡリガンドの漏出を軽減する、固定化タンパク質を安定化する方法を開示し、特許文献４は、配列中の特定のアスパラギン残基をグルタミン又はアスパラギン酸以外のアミノ酸に変異させることによりプロテインＡドメインのアルカリ安定性を向上させた固定化タンパク質を安定化する方法を開示している。
米国特許第５，０８４，５５９号明細書 米国特許第５，２６０，３７３号明細書 米国特許第７，４８５，７０４号明細書 米国特許第７，７０９，２０９号明細書
前述の状況にもかかわらず、タンパク質固定化及びリガンド安定性増強のための改良された方法の開発が依然として求められている。
アフィニティークロマトグラフィーは、ワンステップで高い回収率を有するタンパク質精製のための最も有用な分離方法の１つである。エポキシベースのカップリングは、ペプチド又はタンパク質固定化のために広く用いられている技術である。エポキシ基は、２個の隣接する炭素原子に単結合してエポキシド環を形成する酸素原子を含有する。この官能基は、タンパク質表面における種々の求核基と反応して、最小限の化学修飾で強固な結合を形成することができる。しかし、エポキシ樹脂における固定化効率は、アミノ酸配列、ｐＩ及びタンパク質二次構造等の所定のペプチド又はタンパク質の組成、及びｐＨ、カップリングバッファー組成及び塩濃度等の反応条件に大きく依存する。
本発明は、その一実施形態において、免疫グロブリン（Ｉｇ）結合タンパク質の変異体を提供する。該変異体は、該Ｉｇ結合タンパク質における少なくとも１個のアスパラギン（Ａｓｎ）残基が、ヒスチジン（Ｈｉｓ）残基、セリン（Ｓｅｒ）残基、アスパラギン酸（Ａｓｐ）残基又はスレオニン（Ｔｈｒ）残基に置換されているＩｇ結合タンパク質を含み、該少なくとも１個の置換によって、該変異体は、該Ｉｇ結合タンパク質と比べてアルカリ安定性が向上している。
本発明は、その一実施形態において、アフィニティー分離のためのマトリクスを提供する。該マトリクスは、固体支持体とカップリングした免疫グロブリン（Ｉｇ）結合タンパク質の変異体を含み、該変異体は、該Ｉｇ結合タンパク質における少なくとも１個のＡｓｎ残基がＨｉｓ、Ｓｅｒ、Ａｓｐ又はＴｈｒ残基に置換されているＩｇ結合タンパク質を含み、該少なくとも１個の置換によって、該変異体は、該Ｉｇ結合タンパク質と比べてアルカリ安定性が向上していることを特徴とする。
本発明は、その一実施形態において、免疫グロブリン（Ｉｇ）及び該Ｉｇが分離されるべき少なくとも１種の他の物質を含む組成物から該免疫グロブリン（Ｉｇ）を分離する方法を提供する。該方法は、固体支持体とカップリングしたＩｇ結合タンパク質の変異体を含むアフィニティー分離のためのマトリクスと該組成物とを接触させ、これにより該組成物における該少なくとも１種の他の物質から該Ｉｇを分離することを含み、該変異体は、該Ｉｇ結合タンパク質における少なくとも１個のＡｓｎ残基がＨｉｓ、Ｓｅｒ、Ａｓｐ又はＴｈｒ残基に置換されているＩｇ結合タンパク質を含み、該少なくとも１個の置換によって、該変異体は、該Ｉｇ結合タンパク質と比べてアルカリ安定性が向上していることを特徴とする。
本発明の一実施形態において、上記変異体Ｉｇ結合タンパク質はプロテインＡである。
本発明の他の一実施形態において、上記Ｉｇ結合タンパク質は配列番号１のアミノ酸配列を含む。
本発明の他の一実施形態において、上記変異体Ｉｇ結合タンパク質は、Ａｓｎ３Ｈｉｓ置換（配列番号１の３位のアスパラギン残基がヒスチジン残基に置換）又はＡｓｎ３Ｓｅｒ置換を有する配列番号１のアミノ酸配列を含むＩｇ結合タンパク質を含む。
本発明の他の一実施形態において、上記変異体Ｉｇ結合タンパク質は、Ａｓｎ６Ａｓｐ置換を有する配列番号１のアミノ酸配列を含むＩｇ結合タンパク質を含む。
本発明の他の一実施形態において、上記変異体Ｉｇ結合タンパク質は、Ａｓｎ２３Ｓｅｒ置換を有する配列番号１のアミノ酸配列を含むＩｇ結合タンパク質を含む。
本発明の他の一実施形態において、上記変異体Ｉｇ結合タンパク質は、Ａｓｎ３Ｈｉｓ／Ａｓｎ２３Ｓｅｒ又はＡｓｎ３Ｈｉｓ／Ａｓｎ２３Ｔｈｒから選択される二重置換を有する配列番号１のアミノ酸配列を含むＩｇ結合タンパク質を含む。
本発明の他の一実施形態において、上記変異体Ｉｇ結合タンパク質は、三重置換Ａｓｎ３Ｈｉｓ／Ａｓｎ６Ａｓｐ／Ａｓｎ２３Ｓｅｒを有する配列番号１のアミノ酸配列を含むＩｇ結合タンパク質を含む。
本発明の他の一実施形態において、上記変異体Ｉｇ結合タンパク質は、配列番号８の４個のタンデムを有するＩｇ結合タンパク質を含む。
本発明の他の一実施形態において、上記変異体Ｉｇ結合タンパク質は、少なくとも１個のＡｓｎ残基がＡｓｐ残基に置換されたＩｇ結合タンパク質を含む。
本発明の他の一実施形態は、上記変異体をアフィニティー分離のためのマトリクスに固定化させることができるリンカーペプチドとカップリングしていることを特徴とする変異体Ｉｇ結合タンパク質である。本発明の態様において、該リンカーペプチドは、配列番号１５のアミノ酸配列を含む。
本発明の他の一実施形態は、変異体Ｉｇ結合タンパク質であって、該Ｉｇ結合タンパク質が配列番号２〜１１及び１４から選択されることを特徴とする変異体Ｉｇ結合タンパク質である。
本発明の上述の実施形態及び他の態様は、以下の図面を参照することにより、詳細な説明から明らかになるであろう。
Ｚドメインの配列（配列番号１）及び本発明において作製される種々の変異体を示す図である。 対照として用いたＺドメイン自身と比較した、０．５Ｎ ＮａＯＨ中における２７時間の継続的なインキュベーション２７時間後の、種々のＺドメイン突然変異体の残存ＩｇＧ結合能を示す図である。 異なる持続期間での０．５Ｎ ＮａＯＨ浸漬における、３種のアフィニティーカラムの動的結合能保持率を示す図である。第一のカラムは、固定化された４ＤＨＳ（ＺドメインのＤＨＳ変異体の４個のタンデム反復）を含有し、第二のカラムは、固定化されたＸ０３（４個のＺドメイン反復）を含有し、第三のカラムは、ＭａｂＳｅｌｅｃｔ ＳｕＲｅTMビーズ（ＧＥヘルスケア）を含有する。 プロテインＡドメインＺ又はドメインＺの三重変異体、ＨＤＳの４ドメイン反復のクローニングに用いた手順の概要を表す図である。
定義
特段に定義を与えない限り、本明細書におけるあらゆる専門及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって通常理解されているものと同様の意味を有する。また、特段の記載が無い限り、特許請求の範囲を除き、「又は」の使用は、「及び」を包含し、その逆もまた同じである。非限定的な用語は、他に特に記述がなければ、或いは文脈がそれ以外を明示する場合を除き、限定的な用語として解釈すべきではない（例えば、「包含する」、「有する」及び「含む」は通常、「限定することなく包含する」を示す）。特許請求の範囲も含め、単数形（「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」等）は、他に特に記述がない限り複数への参照を包含する。
本明細書において「機能的に均等な誘導体」とは、タンパク質機能を実質的に失うことなく選択されたタンパク質を固定化するためのアンカー機能を保持する、誘導体を意味する。
本明細書において「リガンド」とは、受容体の１以上の特異的部位に結合する分子又は分子群を意味する。
概説
本発明は、アルカリ抵抗性を有する数種の免疫グロブリン（Ｉｇ）リガンドタンパク質に関する。本発明は、その一実施形態において、野生型又は親Ｉｇ結合タンパク質の少なくとも１個のアスパラギン（Ａｓｎ）残基が、ヒスチジン（Ｈｉｓ）残基、セリン（Ｓｅｒ）残基、アスパラギン酸（Ａｓｐ）残基又はスレオニン（Ｔｈｒ）残基に置換された、免疫グロブリン（Ｉｇ）結合タンパク質の変異体に関する。図３Ｂに示すように、該少なくとも１個の置換は、変異体Ｉｇ結合タンパク質のアルカリ性溶液中における安定性を、野生型Ｉｇ結合比べて向上させることができる。
本発明はまた、新規アミノ酸配列及び新規Ｉｇ結合タンパク質に関する。本発明の一実施形態において、該新規Ｉｇ結合タンパク質は、配列番号２〜１１及び配列番号１４から選択することができる。
本発明のＩｇリガンドタンパク質は、Ｆｃフラグメント結合タンパク質であり得、ＩｇＧ、ＩｇＡ及び／又はＩｇＭ、好ましくはＩｇＧの選択的結合に用いることができる。
Ｉｇ結合タンパク質変異体
本発明は、その一実施形態において、免疫グロブリン（Ｉｇ）結合タンパク質の変異体に関する。該変異体は、少なくとも１個のＡｓｎ残基がＨｉｓ、Ｓｅｒ、Ａｓｐ又はＴｈｒ残基に置換されたＩｇ結合タンパク質を含むことができる。少なくとも１個の置換は、変異体Ｉｇ結合タンパク質に、野生型Ｉｇ結合と比較した場合に、アルカリ性溶液において向上した安定性を付与することができる。
本発明は、その一実施形態において、プロテインＡと比べてアルカリ性溶液における安定性が向上しているＩｇ結合タンパク質に関する。本発明のＩｇ結合タンパク質は、プロテインＡのＺドメイン又はＢドメインの少なくとも１個のＡｓｎ残基がＨｉｓ、Ｓｅｒ、Ａｓｐ又はＴｈｒ残基に置換されたプロテインＡを含むことができる。
一実施形態において、本発明のＩｇ結合タンパク質は、プロテインＡのＺドメイン（配列番号１）又はＢドメインにおけるＡｓｎ３（即ち、３位アスパラギン）、Ａｓｎ６及びＡｓｎ２３における変異等、単一、二重又は三重置換を有するプロテインＡを含むことができる。単一置換は、Ａｓｎ３Ｈｉｓ（即ち、３位におけるアスパラギンがヒスチジンに置換又は変異）、Ａｓｎ３Ｓｅｒ、Ａｓｎ６Ａｓｐ、Ａｓｎ２３Ｈｉｓ又はＡｓｎ２３Ｓｅｒから選択することができ、二重置換は、Ａｓｎ３Ｈｉｓ／Ａｓｎ２３Ｓｅｒ又はＡｓｎ３Ｈｉｓ／Ａｓｎ２３Ｔｈｒから選択することができ、三重変異は、Ａｓｎ３Ｈｉｓ／Ａｓｎ６Ａｓｐ／Ａｓｎ２３Ｓｅｒであり得る。
一実施形態において、本発明のＩｇ結合タンパク質を、組換え手段によりＮ又はＣ末端伸長のいずれかとしてスペーサー又はリンカー配列を含むよう改変して、これにより、固体支持体への固定化が改善され得る融合タンパク質−リンカー産物を作製することができる。この点に関し、リンカー又はスペーサーを十分に確立された方法により化学的に合成し、選択されたＩｇ結合タンパク質と共有結合させ得ることは、当業者には理解されよう。また、リンカー及び本発明のＩｇリガンドを含む融合産物を、組換え技術を用いて作製することもできる。この点に関し、リンカーは一般に、Ｉｇリガンドの機能を実質的に保持できるようにＩｇリガンドの末端と結合又は融合し得る。従って、タンパク質の種類に応じて、リンカーはＩｇリガンドのＮ末端に結合していても、Ｃ末端に結合していてもよい。ある場合、リンカーは両末端に結合していてもよく、又は末端残基以外のアミノ酸残基に付加的に結合していてもよい。また他の例において、リンカーは、化学的若しくは組換え手段により又は酵素の使用により、Ｉｇ結合タンパク質のカップリング前に固体支持体と結合されていてもよい。
リンカーは、本発明のＩｇ結合タンパク質を、Ｉｇ結合タンパク質の機能をその固定化状態において実質的に保持しつつ、即ち、免疫グロブリン結合の少なくとも約５０％を保持しつつ、固体支持体に適切に固定化することができる。
米国特許出願公開第２００７／００５５０１３号は、本発明のＩｇリガンドと融合することのできるリンカーの一例を提供している。
更に本発明は、本発明のＩｇ結合タンパク質をコードする核酸を含むベクター、又はリンカーと融合した該Ｉｇ結合タンパク質をコードする核酸を含むベクターを包含することが意図されている。
当業者に理解されるように、本発明のＩｇ結合タンパク質は、ラベルにより標識することによりＩｇ分離アッセイにおけるＩｇ結合タンパク質の検出を容易にすることができる。このようなラベルとしては、限定ではないが、放射性標識及び蛍光標識を挙げることができる。本発明のＩｇ結合タンパク質は、例えば、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）又はキーホールリンペットヘモシアニンへのカップリング等の形式で、担体を備えることができる。
固体支持体
本発明は、その一実施形態において、アフィニティー分離のためのマトリクスに関する。該マトリクスは、固体支持体とカップリングした、本発明のＩｇ結合タンパク質のいずれかから作製することが可能なＩｇリガンドを含むことができる。図２に示すように、本発明の実施形態に係るマトリクスは、親分子をＩｇリガンドとして構成されたマトリクス（図２におけるＺ）と比較して、断続的アルカリクリーニングを行った２回以上の分離プロセスにおいて結合能の増加を示す。予期せぬことに本発明者らは、アスパラギン残基のアスパラギン酸（Ｄ）への突然変異が、Ｉｇリガンドに改善された結合能を付与することを見出した。本発明のＩｇリガンドタンパク質は、好ましくは、Ｆｃフラグメント結合タンパク質であり得、ＩｇＧ、ＩｇＡ及び／又はＩｇＭ、好ましくはＩｇＧの選択的結合に用いることができる。
リガンドタンパク質がアンカーペプチドと結合又は融合すると、融合産物は固体支持体に（共有結合的又は非共有結合的に）カップリングすることができる。適切な固体支持体として、エポキシベースの支持体（例えば、ビーズ又は樹脂）、エポキシ基の表面化学性質を有する固体支持体、或いはタンパク質がアンカー配列を介してカップリングできるよう表面が官能化された材料が挙げられる。
固体支持体の材料の例としては、親水性表面を有するポリマー、例えば、ヒドロキシル基（−ＯＨ）、カルボキシル基（−ＣＯＯＨ）、アミノカルボニル基（−ＣＯＮＨ2、Ｎ置換型可）、アミノ基（−ＮＨ2、置換型可）、オリゴ又はポリエチレンオキシ基を外表面、更には存在するならば内表面にも有するポリマーをベースとするものである。一実施形態において、該ポリマーは合成ポリマー（例えば、ポリメタクリル酸、ポリアクリルアミド又はスチレン−ジビニルベンゼンコポリマー）である。このような合成ポリマーは、公知の方法により容易に製造することができる（例えば、Ｊ．ＭＡＴＥＲ．ＣＨＥＭ １９９１，１（３），３７１〜３７４参照）。或いは、ＴＯＹＯＰＥＡＲＬ（東ソー社製）等、市販品を用いることもできる。他の一実施形態において、該ポリマーは多糖類（例えば、デキストラン、デンプン、セルロース、プルラン又はアガロース）である。このような多糖類は、公知の方法により容易に作製することができる（例えば、日本特許第４０８１１４３号明細書参照）。また、セファロース（ＧＥヘルスケアバイオサイエンス社製）等、市販品を用いることもできる。更に他の一実施形態においては、無機支持体（例えば、シリカ又は酸化ジルコニウム）を用いることができる。
本発明のＩｇリガンドタンパク質又は融合産物を固体支持体に固定化するために、固体支持体を水溶液中で処理することができる。該水溶液としては、結合バッファー、例えば、０．１Ｍリン酸ナトリウム／０．５Ｍ Ｎａ2ＳＯ4（ｐＨは例えば約６．５〜７．２の範囲、好ましくは６．８）を挙げることができる。ここで適切に使用される塩としては、固体支持体及び融合産物に適合性があり、固定化されたタンパク質の使用目的に対して無毒性であり、使用に適切な塩が挙げられる。固体支持体は、例えば、ほぼ室温で、固定化が行われるのに十分な時間、Ｉｇリガンドペプチドと混合することができる。
固体支持体は、粒子状であり得る。この粒子は、多孔性であっても非多孔性であってもよい。粒子状の固体支持体は充填ベッドとしても、懸濁形態でも用いることができる。懸濁形態は、粒子が自由に移動できる膨張ベッド又は純粋サスペンジョン（pure suspension）とすることができる。充填ベッド又は膨張ベッドを用いる場合、公知のアフィニティークロマトグラフィーにおいて用いられる分離プロセスを用いることができる。純粋サスペンジョンを用いる場合には、バッチ法が用いられる。
本実施形態に係る粒子状の固体支持体の粒子径（体積平均粒子径）は、好ましくは約２０〜約２００μｍ、より好ましくは約３０〜約１００μｍである。固体支持体が約２０μｍ未満の粒子径を有する場合、この支持体が充填されたカラムの圧力が、高流速では使用できないレベルまで増加し得る。固体支持体が約２００μｍを超える粒子径を有する場合、結合能が悪化し得る。本明細書において「粒子径」とは、レーザー回折／散乱粒子径分布分析計を用いて決定された体積平均粒子径を意味する。
本実施形態に係る固体支持体は、好ましくは多孔性で、比表面積が好ましくは約５０超〜約１０００ｍ2／ｇ、より好ましくは約８０〜約４００ｍ2／ｇとすることができる。アフィニティークロマトグラフィー充填材料が約５０ｍ2／ｇ未満の比表面積を有する場合、結合能は悪化し得る。アフィニティークロマトグラフィー充填材料が約１０００ｍ2／ｇ超の比表面積を有する場合、充填材料はカラム圧力が増加し強度が減少するため高流速で破壊され得る。本明細書において「比表面積」とは、水銀ポロシメーターを用いて粒子の乾燥重量で決定された孔（孔径：約１０〜約５０００ｎｍ）の表面積の値を意味する。
本実施形態に係る固体支持体は、体積平均孔径約５０〜約４００ｎｍ、より好ましくは約１００〜約３００ｎｍを有することができる。アフィニティー用固体支持体が約５０ｎｍ未満の体積平均孔径を有する場合、結合能は高流速において非常に悪化し得る。アフィニティークロマトグラフィー充填材料が約４００ｎｍを超える体積平均孔径を有する場合、流速に関係なく結合能は悪化し得る。本明細書において「体積平均孔径」とは、水銀ポロシメーターを用いて決定された孔（孔径：１０〜５０００ｎｍ）の体積平均孔径を意味する。
本実施形態に係る固体支持体として用いられる多孔性粒子の具体例としては、２０〜５０ｗｔ％の架橋性ビニルモノマーと、３〜８０ｗｔ％のエポキシ基含有ビニルモノマーと、２０〜８０ｗｔ％のジオール基含有ビニルモノマーのコポリマーを含有し、粒子径２０〜８０μｍ、比表面積５０〜１５０ｍ2／ｇ、及び体積平均孔径１００〜４００ｎｍを有する多孔性有機ポリマー粒子が挙げられる。
更にまた他の一実施形態において、固体支持体は、面、モノリス、チップ、キャピラリー又はフィルター等の他の形態とすることができる。
本発明のＩｇ結合タンパク質は、例えば、リガンドに存在するアミノ及び／又はカルボキシ基を利用する従来のカップリング技法により支持体に結合させることができる。ビスエポキシド、エピクロロヒドリン、ＣＮＢｒ、Ｎ−ヒドロキシコハク酸イミド（ＮＨＳ）等は、よく知られたカップリング試薬である。支持体とリガンドとの間にスペーサー又はリンカーとして知られる分子を導入することができ、この操作は、Ｉｇ結合タンパク質の利用能を改善し、支持体へのＩｇ結合タンパク質の化学的カップリングを容易にする。また、Ｉｇ結合タンパク質は、物理吸着又は生物学的特異的吸着等、非共有結合により支持体に結合させることができる。
一実施形態において、本発明のＩｇリガンドは、イミノ（−ＮＨ−）結合により支持体にカップリングさせることができる。このようなカップリングを行うための方法は、当該分野においてよく知られており、当該分野の通常の知識を有する者であれば、標準的技法及び機器を用いて容易に行うことができる。有利な一実施形態において、その後のカップリングを考慮して、リガンドに先ず１又は複数個の末端リジン残基を付加することができる。当該分野の通常の知識を有する者であれば、適切な精製工程を容易に行うこともできる。
上述のように、本リガンドの免疫グロブリンに対する親和性（即ち、結合特性）、言い換えればマトリクスの能力は、本質的にはアルカリ剤処理によって継時的に変化することはない（即ち、アルカリ抵抗性を有する）。従来、装荷された状態でのアフィニティー分離マトリクスのクリーニングに用いるアルカリ剤はＮａＯＨであり得、その濃度は最大約０．８Ｍ（例えば約０．５Ｍ）であり得る。
使用方法
本発明は、その一実施形態において、組成物からＩｇＧ、ＩｇＡ及び／又はＩｇＭ等の免疫グロブリン（Ｉｇ）、又はＦｃ融合タンパク質を分離する方法に関する。該組成物は、Ｉｇ、及びＩｇが分離されるべき少なくとも１種の他の物質から構成され得る。本方法は、固体支持体とカップリングした本発明の実施形態に係る変異体又は変異体Ｉｇ結合タンパク質、本発明に係るマルチマー又はマトリクスを含む、アフィニティー分離のためのマトリクスと、該組成物とを接触させることにより、該組成物における該少なくとも１種の他の物質から該Ｉｇを分離する工程を含むことができる。本方法は更に、溶出剤をマトリクスに添加することにより、固体支持体からＩｇを溶出させる工程を含むことができる。
本方法は、固定化されたタンパク質と結合するリガンド、例えば、ＩｇＧ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＭ、ＩｇＡ及びＩｇＥ等の免疫グロブリンの単離における有用性を有するアフィニティーカラムの調製に用いるための、タンパク質、特に免疫グロブリン結合タンパク質の信頼性の高い固定化を提供する。
以下、本発明を具体的な実施例に基づいて詳細に説明するが、本発明はこれらに限定されるとは解釈されない。
実施例１ Ｚドメイン部位特異的突然変異、及びアルカリ抵抗性の評価
黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus）のプロテインＡのＢドメインの変異体であるＺドメイン（配列番号１）を鋳型として用いて、Ｑｕｉｃｋｃｈａｎｇｅ（ストラタジーン社）により突然変異を誘発させ、１、２又は３個のアミノ酸残基の部位特異的突然変異を含む変異体を作製した。ニッケルアフィニティーカラム（キアゲン社）におけるタンパク質精製を容易にするため、（Ｈｉｓ）６タグを備えるｐＥＴＭ１１発現ベクターに、Ｚドメイン変異体をクローニングした。ＧＥヘルスケア社製エポキシ活性化樹脂、又は（５）多孔性ビーズの合成セクションに示す独自開発したエポキシ樹脂に、精製Ｚドメイン変異体を固定化した。後述のように、各Ｚドメイン変異体のＩｇＧ結合能及びアルカリ抵抗性能力を評価した。
Ｚドメイン変異体のアルカリ抵抗性を評価するため、大腸菌で各変異体タンパク質を発現させ、ニッケルアフィニティーカラム、続いてＦＰＬＣにより精製した。精製タンパク質（ＦＰＬＣに基づく純度＞９０％）をエポキシ樹脂に固定化し、アフィニティーカラムを作製した。Ｚ変異体アフィニティーカラムを０．５ ＮａＯＨ中で、異なる時間インキュベートした。アルカリ溶液における２７時間のインキュベーション後、カラムをＰＢＳで十分に洗浄し、ｐＨを中性に戻した。続いて、ヒトポリクローナルＩｇＧをカラムにロードした。ＰＢＳで３回洗浄した後、結合しているＩｇＧをカラムからｐＨ３．２溶出バッファー中に溶出した。溶出したＩｇＧ試料の２８０ｎｍでのＵＶ吸光度を測定して、カラムのＩｇＧ結合能を定量化した。ＩｇＧ結合能は、アルカリ処理前及びアルカリ処理中の様々な時点で測定した。本発明において作製されたＺドメイン変異体を図１に示し、評価結果を表１及び図２に示す。個々の、又は様々に組み合わせた１以上のＡｓｎのＨｉｓ、Ｓｅｒ及びＡｓｐへの変異は、親Ｚドメインよりも優れたアルカリ抵抗性を示す単一、二重又は三重部位Ｚドメイン突然変異体のパネルの作製を可能にした（表１及び図２）。
Figure 2014508118
実施例２ Ｚドメイン及び三重変異体Ｎ３Ｈ／Ｎ６Ｄ／Ｎ２３Ｓの４タンデムコピー又は４ＨＤＳの発現ベクターの構築
クローニング手順のフローチャートを図４に示す。野生型Ｚドメイン（図４（ａ））（ＮｃｏＩ−ＥｃｏＲＩによりｐＥＴＭ１１にライゲーションされている）を構成ブロックとして用いて、４ＨＤＳ（Ｚドメイン及び三重変異体Ｎ３Ｈ／Ｎ６Ｄ／Ｎ２３Ｓの４タンデムコピー）構築物を作製した。
Ｑｕｉｃｋｃｈａｎｇｅ ＰＣＲプロトコール（ストラタジーン社）を用いてＮ３Ｈ／Ｎ６Ｄ／Ｎ２３Ｓ変異をＺドメインに連続的に導入し、単一コピーのＨＤＳ（配列番号８）を作製した（図４（ｂ））。変異の存在は、ＤＮＡ配列決定により検証した。
次に、隣接制限酵素部位としてＥｃｏＲＩ及びＳａｃＩを用いた第二のＨＤＳドメインの挿入により、終止のための終止コドンを有する２×ＨＤＳドメインを作製した（図４（ｃ））。
２コピーのＥｃｏＲＩ−ＥｃｏＲＩ ＨＤＳドメインの挿入により、４×ＨＤＳドメイン（配列番号１０）構築物を作製した。
Ｑｕｉｃｋｃｈａｎｇｅ ＰＣＲを用いて構築物のＮ末端におけるＮｃｏＩ部位を除去してリンカー配列（ＡＴＫＡＳＫ、配列番号１５）を挿入し、最終的な４×ＨＤＳプラスミドを作製した（図４（ｄ））。次に、この４×ＨＤＳ配列をＮｄｅＩ−ＸｈｏＩ制限酵素を用いてｐＥＴ２４ａベクター（ノバジェン）にサブクローニングした。
代替的な制限酵素部位を用いて一部のドメインが挿入された以外は同様の方法で、Ｚドメインの４タンデム反復、Ｘ０３を構築した（図４（ｅ））。
４×ＨＤＳコンストラクトの最終タンパク質産物の配列を下に記す。
４ＨＤＳのアミノ酸配列（変異した残基は二重下線で特定；クローニング由来のドメイン間残基は下線で特定；Ｎ末端伸長は太字下線で特定、配列番号９）。
Figure 2014508118
実施例１及び２の方法及び材料
（１）プロテインＡ発現ベクターの構築
ｐＥＴＭ１１ベクター（ヨーロピアンモレキュラーバイオロジーラボラトリー）又はｐＥＴ２４ａベクター（ノバジェン）のいずれかにおいて全構築物を発現させた。プロテインＡ遺伝子を含有するＴＡＰ−Ｔａｇプラスミド（ＥＭＢＬ）を鋳型として用いたＰＣＲ法により、オリジナルのプロテインＡ遺伝子を増幅した。ＰＣＲによる部位特異的突然変異誘発（PCR assisted site-directed mutagenesis）によりＺドメインを作製した（後述を参照）。
フージョン（Phusion）ポリメラーゼ（０．５ユニット、ニューイングランドバイオラボ、米国マサチューセッツ州イプスウィッチ）によりプロテインＡ遺伝子を増幅した。ＰＣＲ条件を次に記す：９４℃１分間、２５サイクルの９４℃３０秒間、５５℃３０秒間及び７２℃２．５分間、続いて、最後の伸長ステップ、７２℃１０分間。Ｔ４ ＤＮＡリガーゼ（０．５ユニット、インビトロジェン、米国カリフォルニア州カールスバッド）を用いて室温で１６時間ライゲーション反応を行った。次に、これらの反応産物を大腸菌ＤＨ５α（Ｆ−ｅｎｄＡ１ ｇｌｎＶ４４ ｔｈｉ−１ ｒｅｃＡ１ ｒｅｌＡ１ ｇｙｒＡ９６ ｄｅｏＲ ｎｕｐＧ ｌａｃＺΔＭ１５ ｈｓｄＲ１７λ−）の形質転換に用いて、次に、細胞をＳＯＢ培地（組成：１Ｌ当たり２０ｇトリプトン、５ｇ酵母エキス、１０ｍＭ ＮａＣｌ、２．５ｍＭ ＫＣｌ、１０ｍＭ ＭｇＣｌ2、１０ｍＭ ＭｇＳＯ4）と混合した。形質転換後、次に、ＬＢ培地（組成：１Ｌ当たり１０ｇトリプトン、５ｇ酵母エキス、１０ｇ塩化ナトリウム）、１．２％寒天及び３０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含有するＬＢ寒天培地のプレート上に細胞を蒔き、３７℃で一晩培養した。１個のコロニーを２ｍＬのＬＢ培地に置き、３７℃一晩でインキュベートすることによりコロニーＰＣＲを行って、インサートの存在を確認した。翌日、鋳型として３μＬの培養物、センスプライマーとしてＴ７プロモーター（５’−ＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡＧＧＧ−３’）（配列番号１６）及びアンチセンスプライマーとしてＴ７ターミネーター（５’−ＧＣＴＡＧＴＴＡＴＴＧＣＴＣＡＧＣＧＧ−３’）（配列番号１７）を用いてＰＣＲを行った。ＰＣＲ条件は、Ｔａｑポリメラーゼ（０．３７５ユニット、ファーメンタス、カナダ、オンタリオ州バーリントン）を用いた以外は上述と同一であった。次に、ＤＮＡミニプレップキット（ＧＥヘルスケア、カナダ、ケベック州ベ・デュルフ（Baie d'Urfe））を用いて、所望のインサートを含有するＤＮＡを精製した。
プラスミドＤＮＡ増幅及び配列決定のため、大腸菌ＤＨ５αにおいてＤＮＡクローニングを行った。組換えタンパク質の発現のために大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）（インビトロジェン）を用いた。ＬＢ培地において３７℃にて２００ｒｐｍで振盪しつつ、大腸菌を通常の方法で増殖させた。アンピシリン又はカナマイシン（１００μｇ／ｍＬ）を適宜培地に組み入れた。
（２）組換えタンパク質発現及び精製
ＢＬ２１（ＤＥ３）ｐＬｙｓＳコンピテント細胞は、Ｔ７プロモーターの制御下にありリボソーム結合部位を有する任意の遺伝子からの、高効率のタンパク質発現を可能にする。ＢＬ２１（ＤＥ３）ｐＬｙｓＳは、ｌａｃ ＵＶ５プロモーターの制御下においてＴ７ ＲＮＡポリメラーゼをコードするＴ７バクテリオファージ遺伝子Ｉを含有するλ−ＤＥ３に対し溶原性である。ＢＬ２１（ＤＥ３）ｐＬｙｓＳは、Ｔ７リゾチームをコードする遺伝子を保有するプラスミド、ｐＬｙｓＳも含有する。Ｔ７リゾチームは、Ｔ７プロモーターの制御下における標的遺伝子のバックグラウンド発現レベルを低下させるが、ＩＰＴＧによる誘導後に達成される発現のレベルに干渉しない。標的ＤＮＡプラスミドを用いて、ＢＬ２１コンピテント細胞をトランスフェクトした。約０．５ｇのＤＮＡを含有する０．５μＬのプラスミドＤＮＡをトランスフェクションに用いた。ＢＬ２１コンピテント細胞は−８０℃で保存した。ＢＬ２１細胞のアリコート（２０μＬ）を解凍し、氷上に置いた。０．５μＬのプラスミドＤＮＡをコンピテント細胞と混合し、氷上に６０分間置いた。氷上におけるインキュベーション後に、このプラスミドＤＮＡを含有する細胞に、４５℃水浴において４５秒間「熱ショック」を与え、直ちに更に２分間氷上に置いた。次に、細菌細胞に３０μＬのＬＢ培地を添加し、３７℃で１時間振盪した。続いて、カナマイシン（終濃度：１００μｇ／ｍＬ）を含有する寒天／ＬＢプレート上にこの細胞を蒔いた。このプレートを３７℃で一晩インキュベートした。
組換えプロテインＡドメインの発現のため、大腸菌ＢＬ２１にＤＮＡプラスミドを形質転換した。一晩培養した培養物を新鮮な培地に接種し、ＯＤ６００（６００ｎｍにおける光学密度）が約０．５となるまで増殖させた。イソプロピルベータ−Ｄ−１−チオガラクトピラノシド（ＩＰＴＧ）を１ｍＭの濃度となるよう添加し、更に１５時間１８℃で培養物を増殖させた。ソルヴァールＧＳ−３ローターによる７，０００ｒｐｍ、１０分間の遠心分離により細胞を収集した。
プロテアーゼ阻害剤（ロシュアプライドサイエンス）、リゾチーム（２００μｇ／ｍＬ）及びＤＮａｓｅ Ｉ（３μｇ／ｍＬ）を含有するリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）にペレットを再懸濁した。凍結／融解サイクルの反復により細胞を溶解した。細胞デブリを遠心分離により除去した。
ｐＥＴＭ１１ベクターにおいて発現した組換えタンパク質は、アミノ末端Ｈｉｓタグを含有した。Ｈｉｓタグ融合タンパク質はＮｉ−ＮＴＡカラム（キアゲン）を用いて精製し、ＰＢＳに対して透析した。
ｐＥＴ２４ａベクターにおいて発現した組換えタンパク質は、Ｈｉｓタグを含有していない。発現した融合タンパク質を、ヒトＩｇＧアフィニティーカラムを用いて精製した。
（３）ＰＣＲによる部位特異的突然変異誘発
ＰＣＲに基づく部位特異的な突然変異誘発方法を用いてＺ又はＢドメインに変異を導入した。即ち、所望の変異を保有する重複するオリゴヌクレオチドを適切な隣接プライマーと組み合わせ、２個の重複する変異体産物を得た。変異したドメインを適切な発現ベクターに方向性を考慮してサブクローニングした。全ての変異はＤＮＡ配列決定により確認した。
（４）ポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）によるタンパク質解析
ポリアクリルアミドゲルにおいてドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）存在下で電気泳動を行った。試料（１０μＬ）を１０μＬのサンプルバッファー（６２．５ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、ｐＨ６．８、２％ＳＤＳ、５％メルカプトエタノール、１０％グリセロール及び０．００２５％ブロモフェノールブルー（brophenol blue））と混合し、９０℃で２分間加熱し、冷却し、ゲルにロードした。バイオラッドから購入された装置にて７５ｍＡにて電気泳動を行った。５：５：１メタノール／水／酢酸（acidic acid）に溶解した０．５ｍｇ／ｍＬクーマシーブルー溶液中でゲルを染色し、電子レンジ内で加熱した水中で脱染した。
（５）多孔性ビーズの合成
８．２ｇのメタクリル酸グリシジル（三菱レイヨン社製）、６５．９ｇのトリメタクリル酸トリメチロールプロパン（サルトマー社製）及び９０．６ｇのモノメタクリル酸グリセロール（ＮＯＦ社製）を２４５．８ｇの２−オクタノン（東洋合成社製）及び６２ｇのアセトフェノン（和光純薬社製）に溶解し、２ｇの２，２’−アゾイソブチロニトリル（和光純薬社製）を溶液に添加して、有機モノマー溶液を調製した。
８．５ｇのポリビニルアルコール（「ＰＶＡ−２１７」、クラレ社製）、０．４３ｇのドデシル硫酸ナトリウム（「Ｅｍａｌ １０Ｇ」、花王社製）及び２１．３ｇの硫酸ナトリウム（和光純薬社製）を、４２４０ｇの蒸留水に添加した。混合物を一晩撹拌して、水溶液を調製した。
得られた水溶液をセパラブル・フラスコ（７Ｌ）に入れた。セパラブル・フラスコは、温度計、撹拌翼及び冷却管を備えており、これを温水浴に置いた。窒素雰囲気下６００ｒｐｍで水溶液を撹拌した。水溶液の温度が８５℃に達したら、滴下漏斗を用いて有機モノマー溶液を水溶液に添加した。混合物を５時間撹拌した。
反応溶液を冷却した後、反応溶液をポリプロピレン瓶（５Ｌ）に移した。反応溶液を、ビーズが浮遊するまで静置した。次に、瓶底から不要な水を吸引した。続いて反応溶液にアセトンを添加し、ビーズを沈殿させた。反応溶液を３分間静置させた後、デカンテーションによりアセトンを除去した。この操作を２回反復した後、水を添加して、ビーズを沈殿させた。混合物を３分間静置した後、混合物をデカンテーションに付した。ビーズ分散液の分散媒をアセトンに交換した後、混合物を一晩風乾した。次に、真空乾燥機を用いて混合物を乾燥して、９０ｇの多孔性ビーズ（以下、「ＰＢ」と称する）を得た。ＰＢの平均粒子径は４３μｍであり、ＰＢの比表面積は８３ｍ2／ｇであった。
（６）Ｈｉｓタグを有する４ＨＤＳ（４ＨＤＳ（＋））の調製
プロテインＡドメインＺのＨＤＳ変異体の４コピーを、マルチクローニング部位の前にヒスチジンタグをコードする改変型ｐＥＴＭ−１１ベクターにクローニングする。大腸菌において発現すると、このｐＥＴＭ−４ＨＤＳコンストラクトは、配列番号１０に示す配列を有するタンパク質を産生する。４ＨＤＳ（＋）と呼ばれるこのタンパク質は、Ｎ末端（Ｈｉｓ）７タグ、Ｔｅｖ切断配列ＥＮＬＹＦＱＧ（配列番号１８）及びＡＴＫＡＳＫ（配列番号１５）リンカー（アンカー）を特色とする。２個のドメイン間残基、ＥＦ（緑色）は、クローニングに用いたＥｃｏＲＩ制限酵素部位に由来する（図４）。
（７）Ｈｉｓタグを有さない４ＨＤＳ（４ＨＤＳ（−））の調製
上述のように、４ＨＤＳ（＋）タンパク質はＮ末端にＴｅｖ切断部位を含有する。ＴＥＶプロテアーゼは、タバコエッチウイルス（ＴＥＶ）において発見された高度に部位特異的なシステインプロテアーゼである。この酵素の最適な認識配列は、Ｇｌｕ−Ａｓｎ−Ｌｅｕ−Ｔｙｒ−Ｐｈｅ−Ｇｌｎ−（Ｇｌｙ／Ｓｅｒ）（又はＥＮＬＹＦＱ（Ｇ／Ｓ））（配列番号１９）であり、切断は、ＧｌｎとＧｌｙ／Ｓｅｒ残基との間で行われる。本発明者らは、ＴＥＶ酵素（ＭｏＢｉＴｅｃｈ）を用いて、標準的な消化及び精製プロトコールに従って４ＨＤＳ（＋）タンパク質を消化し、Ｈｉｓタグ配列を除去した。Ｔｅｖ切断により、４ＨＤＳ（−）と呼ばれるタンパク質を産生した。４ＨＤＳ（−）のアミノ酸配列を配列番号１１に示す。
（８）Ｈｉｓタグを有するＸ０３（Ｘ０３（＋））の調製
４ＨＤＳ（＋）のクローニングに関して記載されている手順と同じ手順を用いて、ヒスチジン（histine）タグ及びＴｅｖ切断部位が先行するＺドメインの４タンデム反復を含有するＸ０３（＋）を調製することができる。Ｘ０３ ＤＮＡは、ヒスチジンタグとＴｅｖ切断配列との間に（Ｈｉｓ）6タグ及び１０個の追加的な残基（ＰＭＳＤＹＤＩＰＴＴ）（配列番号２０）を含有する親ｐＥＴＭ−１１ベクターにサブクローニングする。特異的なアンカー又はリンカー配列は、この構築物に導入されていない。
Ｘ０３（＋）のアミノ酸配列を配列番号１２に示す。
（９）Ｈｉｓタグを有さないＸ０３（Ｘ０３（−））の調製
本発明者らは、ＴＥＶ酵素（ＭｏＢｉＴｅｃｈ）を用いて、標準的な消化及び精製プロトコールに従ってＸ０３（＋）タンパク質を消化し、Ｈｉｓタグ配列を除去した。得られたタンパク質をＸ０３（−）と呼ぶ。Ｘ０３（−）のアミノ酸配列を配列番号１３に示す。
（１０）ビーズへの４ＨＤＳ（−）の固定化
１００ｍＬの０．１Ｍリン酸バッファー（ｐＨ：６．８）中に１１ｍＬのＰＢ及び２００ｍｇの４ＨＤＳ（−）が分散している混合物を調製した。２１ｇの硫酸ナトリウムを添加した後、混合物を２５℃で２４時間振盪して、４ＨＤＳ（−）をＰＢに固定化した。得られたビーズを濾過し、１００ｍＬの５Ｍチオグリセロールと混合し、３０℃で４時間反応させて、残存するエポキシ基をブロッキングした。ビーズをＰＢＳ／０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０で洗浄し、ＰＢＳで洗浄して、１１ｍＬの４ＨＤＳ（−）固定化多孔性ビーズ（４ＨＤＳ（−）−ＰＢ）を得た。
（１１）ビーズへのＸ０３（−）の固定化
４ＨＤＳ（−）の代わりにＸ０３（−）を用いる以外は上述の固定化実施例と同じ方法により、Ｘ０３（−）固定化ビーズ（Ｘ０３（−）−ＰＢ）を得た。
（１２）動的結合能（ＤＢＣ）の測定
「ＡＫＴＡｐｒｉｍｅ ｐｌｕｓ」（ＧＥヘルスケア）クロマトグラフィーシステムによりＤＢＣ測定を行った。カラム（内径：０．５ｃｍ）に、それぞれＨＤＳ（−）−ＰＢ、Ｘ０３（−）−ＰＢ又はＭａｂＳｅｌｅｃｔ ＳｕＲｅ（ＧＥヘルスケア）をベッド高２０ｃｍまで充填した。２０ｍＭリン酸バッファー（ｐＨ：７．４）を用いて各カラムを平衡化した後、ヒトポリクローナルＩｇＧ（５ｍｇ／ｍＬ）を含有する２０ｍＭリン酸バッファー（ｐＨ：７．４）を、各カラムに３００ｃｍ／時間の線形流速でポンプ注入した。ＤＢＣを１０％ブレークスルーで計算した。４ＨＤＳ（−）−ＰＢ、Ｘ０３（−）−ＰＢ及びＭａｂｓｅｌｅｃｔ ＳｕＲｅのアルカリ処理を行わない初期のＤＢＣは、それぞれ４６ｍｇ／ｍＬ、４５ｍｇ／ｍＬ及び４２ｍｇ／ｍＬであった。
（１３）アルカリ抵抗性の測定
測定実施例１において用いた各カラムを、「ＡＫＴＡｐｒｉｍｅ ｐｌｕｓ」機器に設置し、４０ｍＬの０．５Ｎ水酸化ナトリウムを各カラム内に流した。各カラムを装置から取り出し、密封し、室温で所定の時間静置し（０．５Ｎ ＮａＯＨ浸漬実験）、次に、２０ｍＭリン酸バッファー（ｐＨ：７．４）で洗浄した。上述の動的結合測定と同じ方法で０．５Ｎ水酸化ナトリウム浸漬後のＤＢＣを測定した。０．５Ｎ水酸化ナトリウム処理時間に対するＤＢＣ保持率を図３に示す。図３に示すように、アフィニティーマトリクス４ＨＤＳ（−）−ＰＢは、Ｘ０３（−）−ＰＢよりも、さらに最もよく知られた市販のアルカリ抵抗性プロテインＡアフィニティーマトリクスであるＭａｂＳｅｌｅｃｔ ＳｕＲｅよりも、アルカリ処理後のＤＢＣ保持率において顕著に改善した性能を有する。

Claims (34)

  1. 免疫グロブリン（Ｉｇ）結合タンパク質の変異体であって、該Ｉｇ結合タンパク質における少なくとも１個のアスパラギン（Ａｓｎ）残基が、ヒスチジン（Ｈｉｓ）残基、セリン（Ｓｅｒ）残基、アスパラギン酸（Ａｓｐ）残基又はスレオニン（Ｔｈｒ）残基に置換されているＩｇ結合タンパク質を含み、該少なくとも１個の置換によって、該Ｉｇ結合タンパク質と比べてアルカリ安定性が向上している、変異体。
  2. 前記Ｉｇ結合タンパク質がプロテインＡであることを特徴とする、請求項１に記載の変異体Ｉｇ結合タンパク質。
  3. 前記Ｉｇ結合タンパク質が配列番号１のアミノ酸配列を含むことを特徴とする、請求項１に記載の変異体Ｉｇ結合タンパク質。
  4. Ａｓｎ３Ｈｉｓ置換（配列番号１の３位のアスパラギン残基がヒスチジン残基に置換）又はＡｓｎ３Ｓｅｒ置換を有するＩｇ結合タンパク質を含むことを特徴とする、請求項３に記載の変異体Ｉｇ結合タンパク質。
  5. Ａｓｎ６Ａｓｐ置換を有するＩｇ結合タンパク質を含むことを特徴とする、請求項３に記載の変異体Ｉｇ結合タンパク質。
  6. Ａｓｎ２３Ｓｅｒ置換を有するＩｇ結合タンパク質を含むことを特徴とする、請求項３に記載の変異体Ｉｇ結合タンパク質。
  7. Ａｓｎ３Ｈｉｓ／Ａｓｎ２３Ｓｅｒ又はＡｓｎ３Ｈｉｓ／Ａｎ２３Ｔｈｒから選択される二重置換を有するＩｇ結合タンパク質を含むことを特徴とする、請求項３に記載の変異体Ｉｇ結合タンパク質。
  8. 三重置換Ａｓｎ３Ｈｉｓ／Ａｓｎ６Ａｓｐ／Ａｓｎ２３Ｓｅｒを有するＩｇ結合タンパク質を含むことを特徴とする、請求項３に記載の変異体Ｉｇ結合タンパク質。
  9. 配列番号８の４個のタンデムを有するＩｇ結合タンパク質を含むことを特徴とする、請求項１に記載の変異体Ｉｇ結合タンパク質。
  10. 少なくとも１個のＡｓｎ残基がＡｓｐ残基に置換されたＩｇ結合タンパク質を含むことを特徴とする、請求項１に記載の変異体Ｉｇ結合タンパク質。
  11. 前記変異体をアフィニティー分離のためのマトリクスに固定化することができるリンカーペプチドとカップリングしていることを特徴とする、請求項１に記載の変異体Ｉｇ結合タンパク質。
  12. 配列番号２〜１１及び１４から選択されることを特徴とするＩｇ結合タンパク質。
  13. アフィニティー分離のためのマトリクスであって、固体支持体とカップリングした免疫グロブリン（Ｉｇ）結合タンパク質の変異体を含み、該変異体は、該Ｉｇ結合タンパク質における少なくとも１個のＡｓｎ残基がＨｉｓ、Ｓｅｒ、Ａｓｐ又はＴｈｒ残基に置換されているＩｇ結合タンパク質を含み、該少なくとも１個の置換によって、該変異体は、該Ｉｇ結合タンパク質と比べてアルカリ安定性が向上していることを特徴とする、マトリクス。
  14. 前記変異体がリンカーペプチドにより前記固体支持体とカップリングしていることを特徴とする、請求項１３に記載のマトリクス。
  15. 前記Ｉｇ結合タンパク質がプロテインＡであることを特徴とする、請求項１３に記載のマトリクス。
  16. 前記Ｉｇ結合タンパク質が配列番号１のアミノ酸配列を含むことを特徴とする、請求項１３に記載のマトリクス。
  17. 前記変異体がＡｓｎ３Ｈｉｓ置換（配列番号１の３位のアスパラギン残基がヒスチジン残基に置換）又はＡｓｎ３Ｓｅｒ置換を有するＩｇ結合タンパク質を含むことを特徴とする、請求項１６に記載のマトリクス。
  18. 前記変異体がＡｓｎ６Ａｓｐ置換を有するＩｇ結合タンパク質を含むことを特徴とする、請求項１６に記載のマトリクス。
  19. 前記変異体がＡｓｎ２３Ｓｅｒ置換を有するＩｇ結合タンパク質を含むことを特徴とする、請求項１６に記載のマトリクス。
  20. 前記変異体がＡｓｎ３Ｈｉｓ／Ａｓｎ２３Ｓｅｒ又はＡｓｎ３Ｈｉｓ／Ａｓｎ２３Ｔｈｒから選択される二重置換を有するＩｇ結合タンパク質を含むことを特徴とする、請求項１６に記載のマトリクス。
  21. 前記変異体が三重置換Ａｓｎ３Ｈｉｓ／Ａｓｎ６Ａｓｐ／Ａｓｎ２３Ｓｅｒを有するＩｇ結合タンパク質を含むことを特徴とする、請求項１６に記載のマトリクス。
  22. 前記変異体が、Ｉｇ結合タンパク質における少なくとも１個のＡｓｎ残基がＡｓｐ残基に置換されたＩｇ結合タンパク質を含むことを特徴とする、請求項１３に記載のマトリクス。
  23. 前記変異体が配列番号２〜１１及び１４から選択されることを特徴とする、請求項１３に記載のマトリクス。
  24. 前記アンカーは配列番号１５のアミノ酸配列を含むことを特徴とする、請求項１３に記載のマトリクス。
  25. 免疫グロブリン（Ｉｇ）及び該Ｉｇが分離されるべき少なくとも１種の他の物質を含む組成物から該Ｉｇを分離する方法であって、固体支持体とカップリングしたＩｇ結合タンパク質の変異体を含むアフィニティー分離のためのマトリクスと該組成物とを接触させ、これにより該組成物における該少なくとも１種の他の物質から該Ｉｇを分離することを含み、該変異体は、該Ｉｇ結合タンパク質における少なくとも１個のＡｓｎ残基がＨｉｓ、Ｓｅｒ、Ａｓｐ又はＴｈｒ残基に置換されているＩｇ結合タンパク質を含み、該少なくとも１個の置換によって、該変異体は、該Ｉｇ結合タンパク質と比べてアルカリ安定性が向上していることを特徴とする、方法。
  26. 前記Ｉｇ結合タンパク質がプロテインＡであることを特徴とする、請求項２５に記載の方法。
  27. 前記Ｉｇ結合タンパク質が配列番号１のアミノ酸配列を含むことを特徴とする、請求項２５に記載の方法。
  28. 前記変異体がＡｓｎ３Ｈｉｓ置換（配列番号１の３位のアスパラギン残基がヒスチジン残基に置換）又はＡｓｎ３Ｓｅｒ置換を有するＩｇ結合タンパク質を含むことを特徴とする、請求項２７に記載の方法。
  29. 前記変異体がＡｓｎ６Ａｓｐ置換を有するＩｇ結合タンパク質を含むことを特徴とする、請求項２７に記載の方法。
  30. 前記変異体がＡｓｎ２３Ｓｅｒ置換を有するＩｇ結合タンパク質を含むことを特徴とする、請求項２７に記載の方法。
  31. 前記変異体がＡｓｎ３Ｈｉｓ／Ａｓｎ２３Ｓｅｒ又はＡｓｎ３Ｈｉｓ／Ａｓｎ２３Ｔｈｒから選択される二重置換を有するＩｇ結合タンパク質を含むことを特徴とする、請求項２７に記載の方法。
  32. 前記変異体が三重置換Ａｓｎ３Ｈｉｓ／Ａｓｎ６Ａｓｐ／Ａｓｎ２３Ｓｅｒを有するＩｇ結合タンパク質を含むことを特徴とする、請求項２７に記載の方法。
  33. 前記変異体が、Ｉｇ結合タンパク質における少なくとも１個のＡｓｎ残基がＡｓｐ残基に置換されたＩｇ結合タンパク質を含むことを特徴とする、請求項２５に記載の方法。
  34. 前記変異体が配列番号２〜１１及び１４から選択されることを特徴とする、請求項２５に記載の方法。
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