JP2013544498A5 - - Google Patents
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Description
標的DNAの配列決定を行うための新規アプローチを以下に提示する。本方法は、標的DNA捕捉デバイスとしての役割を果たすように、固相支持体上で汎用プライマー叢(lawn)(すなわち、ランダムに分布された少なくとも2つのプライマーを含有する叢)を修飾し、サンプルを大幅に操作することなく、捕捉されたDNAの直接的な配列決定を可能にすることに基づく。本方法は、関連する流体プラットフォームを用いて、標的DNAの捕捉と配列決定実験のシームレスな統合を可能にする。このアプローチは、その配列決定の可能性を維持しながら、固相支持体上でDNA捕捉基質としての役割を果たす普遍的プライマー叢を使用する。本方法は、配列決定のための鋳型として未処理の天然DNAを使用することができる。この方法を使用した配列決定は、必ずしも研究施設に依存するわけではない。さらに、サンプル処理の間に導入されるあらゆるバイアスが回避され、他の方法と比較してより少ない時間および低コストで実質的により小さなサンプルを分析することができる。本方法は、一本鎖および二本鎖の鋳型を分析するために使用することができる。一本鎖DNA鋳型を分析する能力は、病理学アーカイブからのホルマリン固定パラフィン包埋サンプルを使用するいくつかの配列決定用途にとって重要であり得る。同様に、一本鎖DNA鋳型による配列決定を可能にすることにより、本方法は、複雑な核酸抽出ステップ、およびDNAの二本鎖編成を保存するように設計された高価な断片化機器を必要としない。むしろ、廉価かつ効率的な溶解および加熱による断片化によってサンプルを調製することができる。単純な捕捉・配列決定アッセイは、ヒトゲノムDNAに限定されず、細菌およびウイルスのDNAおよびRNA等の他の核酸基質も分析することができる。トランスクリプトーム、非翻訳領域、およびmiRNAも、捕捉および配列決定することができる。また、ヌクレオチド配列の捕捉および配列決定、他の遺伝子特性およびエピジェネティックな特性(DNAメチル化、大きなゲノムの再編成、および遺伝子発現等)も調べることができる。本方法は、集団から合成DNAを選択するためにも用いることができる。
一般的に、配列決定は、DNAサンプルが、配列決定システム上での分析を促進するように構造的に修飾されるプロセスとして見なされてきた。以下に記載する方法は、配列決定システムを修飾するため、サンプルを修飾して大規模に調製する必要がない。合成DNAを使用して汎用プライマー叢を官能基化することにより、未処理サンプルの標的遺伝子のオリゴヌクレオチドライブラリーを直接的にアッセイすることができる。非特異的捕捉を減少させるために、ブリッジ構造の形成において用いられる配列を提供する特異的DNA構成要素を経時的に導入すると、プライマー叢自体が修飾される。あらゆる種類のシーケンサーのための配列決定用ライブラリーの調製は、特異的二本鎖アダプター配列をDNA鋳型に付加することに依存する。捕捉オリゴヌクレオチドが固体支持体上に固定化されたアダプターとしての役割を果たしたため、アッセイのためのライブラリーの調製は、単一アダプターの付加を必要とするだけであった。これによって、サンプル処理が実質的に短縮され、クローン増幅またはゲル電気泳動に基づくサイズ分別が不要となる。特定の場合において、固体支持体上で捕捉された鋳型に第2のアダプターが付加されてもよい。本方法の特定の実施形態は、配列決定用の鋳型としての粗DNAの使用を可能にする。
追加の実施形態は、断片化DNAを鋳型として使用すること、および流体システムを使用して、捕捉されたDNA断片に配列決定アダプターを付加することにより、固体支持体上での配列決定のためにDNA断片の調製を可能にする方法を提供する。概念実証として、Illumina社の次世代DNAシーケンサーを使用してこれらのアプローチを開発した。プライマー叢の修飾およびヒトゲノム中の366ヶ所の標的部位を使用した、統合された捕捉および配列決定調製反応の結果を提示する。25分間の加熱による断片化を除いて、全てのステップをIllumina社のフローセルの固相支持体上で行うことができる。
以下に記載するデータは、アッセイのロバスト性、ならびに捕捉基質としての普遍的プライマー叢および流体システムの適用性を証明するものである。本方法がロバストに作用することを可能にする、プライマー叢の修飾の特有のパラメータを同定した。複雑な真核生物のゲノムに加えて、本方法は、真菌および他の微生物のゲノム、ウイルスのDNAおよびRNA、異なる源のトランスクリプトーム、ならびに合成DNAを捕捉するためにも適用できる。さらに、流体システムの固体支持体上に固定化された未変性のプライマー叢を「プログラミング」して、特異的な用途を実行するという概念を導入して立証した。
標的選択およびコンピュータによるOS−Seqオリゴヌクレオチドの設計 CCDS Build Release 20090902、NCBIのヒトゲノムBuild37−hg19、およびdbSNP Build ID131を多型参照データセットとして使用した。遺伝子選択のために、GeneRankerアノテーションデータベースを使用して、重要性によって優先順位をつけた344個の癌遺伝子を選択した。オリゴヌクレオチドの標的特異的配列を検索するために、候補遺伝子のためのエクソンの定義をCCDSから採択した。標的エクソン(500bp未満)のほとんどにおいて、40−mer標的特異的配列が、エクソン境界の5’末端の10塩基外側にあった(図3a)。個々のプライマー・プローブを使用してエクソンの両方の鎖を標的とした。OS−Seq−366は、エクソンの隣接領域のみを覆っていた。OS−Seq−11kアッセイにおいて、エクソン領域全体が覆われるまで標的特異的配列をタイリングすることにより、500bpよりも大きいエクソンを処理した(図3b)。OS−Seq−11kのオンターゲット特異性を向上させるために、Repbaseを使用して反復性の高い配列を標的とするオリゴヌクレオチド配列を同定し、排除した。
フローセルプライマー叢の修飾によるOS−Seqプライマー・プローブの合成 Illumina社のGenome Analyzer IIx(Illumina、San Diego)システムにおいて、固相支持体(すなわち、フローセル)は、ポリアクリルアミド層上に極めて高密度でランダムに固定化された2つのプライマー(「C」および「D」)を有する。OS−Seq実験のために、Illumina社のCluster Stationを使用して「D」プライマーのサブセットを特異的に修飾した。NGSプライマー修飾の前に、133nMオリゴヌクレオチドのプールを95℃で5分間熱変性させた。熱ショック(95℃で5分間)を用いてOS−Seqオリゴヌクレオチドのコード鎖を遊離させた。第2の鎖はフローセル上で不活性であり、ハイブリダイゼーション後に洗浄されたため、さらなる鎖の精製は必要なかった。変性オリゴヌクレオチドを4xハイブリダイゼーションバッファー(20xSSC、0.2%Tween−20)で希釈した。得られた100nMオリゴヌクレオチドをフローセル修飾実験に使用した。30μlのオリゴヌクレオチド混合物をフローセルの各レーンに分注した。温度勾配(18分間で96℃から40℃)の間に、オリゴヌクレオチドは、固定化プライマー「D」に特異的にアニールした。次いで、アニールしたオリゴヌクレオチドを鋳型として「D」プライマーを伸長させるためにDNAポリメラーゼを使用した。伸長後、元のオリゴヌクレオチド鋳型を伸長させた「D」プライマーから変性させ、固相支持体から洗浄した。伸長、洗浄、および変性ステップには標準的なIllumina社のv4試薬を使用した。プライマー「D」の修飾によって、プライマー・プローブの固定化がもたらされた。
OS−Seqの処理は3つのステップを伴う:Illumina社の配列決定システムを、標的特異的プライマー・プローブを含むように修飾し、単一アダプターライブラリーから標的を捕捉し、固定化された断片を配列決定のために完成させる(図1b)。捕捉基質を調製するために、既存のプライマー叢のサブセットを標的特異的プライマー・プローブになるように修飾することにより、Illumina社のフローセルを分子的に再設計する。これらのプライマー・プローブを作製するために、オリゴヌクレオチドの複雑なプールの3’普遍的配列をフローセル上でその補体とハイブリダイズさせ、DNAポリメラーゼ伸長反応を使用して固定化プライマーを伸長させる。ランダムに配置された標的特異的プライマー・プローブのセットが得られ、フローセル表面上に固定される。65℃の高温インキュベーションの間に、プライマー・プローブは、単一アダプターゲノムDNAライブラリー内の標的相補的配列に特異的にハイブリダイズする:ハイブリダイゼーション後、次いで、プライマー・プローブは、別のDNAポリメラーゼ伸長反応のためのプライマーとして機能する。伸長ステップは、標的配列を効率的に捕捉する。伸長後、変性ステップを行い、次いで、40℃の低温ハイブリダイゼーションにより配列決定用ライブラリーアダプターをフローセル上でその補体に安定化させ、ブリッジ構造を作製する。第3のDNAポリメラーゼ伸長反応により、3’末端に追加の配列を組み込み、固相増幅が可能な2つの分子を作製する。OS−Seqに特異的な3つのステップの後、捕捉された分子をブリッジ増幅し、処理し、Illumina社のNGSシステムからの標準的な配列決定プロトコルを使用して配列決定する。OS−Seqにおける分子生物学的ステップの詳細な説明は、上記に示され、Illumina社のOS−Seq用Cluster Stationプログラムはそれに応じて変更される。
原理の実証の証拠として、2つの捕捉アッセイを開発した。最初に、10個の癌遺伝子のエクソンに隣接する366個のOS−Seqプライマー・プローブ(OS−Seq−366)を設計した(図3)。このアッセイは、OS−Seqの方法をテストすることを企図するものであって、決定的なエクソンカバレッジをテストすることを企図するものではなかった。カラムに基づく方法を使用してOS−Seq−366オリゴヌクレオチドを合成した。次に、拡張性を証明するために、344個の癌遺伝子のエクソンを捕捉するための11,742個のプライマー・プローブを設計および合成した(OS−Seq−11k)。これらのプライマー・プローブは、エクソンカバレッジの向上のために、反復を避けて大きなエクソンにわたってタイリングした。OS−Seq−11kのハイスループットな産生のために、プログラム可能なマイクロアレイ上でオリゴヌクレオチドを合成した。これらのアレイ合成オリゴヌクレオチドは、処理のためおよびOS−Seqに十分な材料を得るために増幅を必要とする(図4)。処理後、OS−Seqオリゴヌクレオチドは、標的領域の5’末端に相補的な標的特異的40−merを含有する(図5)。また、これらのオリゴヌクレオチドは、ペアエンド配列決定プライマーのアニーリングおよびフローセル上の固定化プライマー叢へのハイブリダイゼーションに必要な配列を含有する。
Claims (17)
- 選択された配列を捕捉および増幅する方法であって、
a)i)表面結合オリゴヌクレオチドの第1の集団およびii)表面結合オリゴヌクレオチドの第2の集団を含む叢を含む基質を得ることであって、前記表面結合オリゴヌクレオチドの第1および第2の集団のメンバーは基質の表面全体にランダムに分布され、前記基質は空間的にまたは光学的にアドレス指定された単一ヌクレオチドの集団を含まないものであることと、
b)前記表面結合オリゴヌクレオチドの第1の集団の第1のメンバーを、前記第1のメンバーとハイブリダイズする領域およびゲノム配列を含有する領域を含む合成選択オリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることと、
c)前記表面結合オリゴヌクレオチドの第1の集団の前記第1のメンバーを伸長させて、前記ゲノム配列に相補的な配列を含む支持体結合選択プライマーを生成することと、
d)前記支持体結合選択プライマーを、前記ゲノム配列を含む核酸断片を含む断片化されたゲノムとハイブリダイズさせることであって、前記核酸断片が5’末端にアダプターを含むものであることと、
e)前記支持体結合選択プライマーを伸長させて、ゲノム内の前記ゲノム配列に隣接する隣接配列を含有する伸長産物を生成することであって、前記伸長産物が、d)工程のアダプターに相補的な配列を3’末端に含むものであることと、
f)前記表面結合オリゴヌクレオチドの第1および第2の集団の伸長されていないメンバーを使用して、前記基質上で前記伸長産物をブリッジPCRによって増幅して、前記隣接配列を含むPCR産物を生成することであって、前記表面結合オリゴヌクレオチドの第2の集団のメンバーが、e)工程の伸長産物の3’末端のアダプターに相補的な配列とハイブリダイズし、前記隣接配列を含むPCR産物を生成すること
を含む方法。 - d)工程の前記5’末端アダプターは、前記断片化されたゲノムにライゲートされた末端に配列決定プライマーのための結合部位を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記表面結合オリゴヌクレオチドの第2の集団は、
i.表面結合オリゴヌクレオチドの最初の第2の集団のメンバーを、前記表面結合オリゴヌクレオチドの第2の集団の前記メンバーとハイブリダイズする領域および前記核酸断片の配列に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることと、
ii.前記表面結合オリゴヌクレオチドの最初の第2の集団の前記メンバーを伸長させて、前記表面結合オリゴヌクレオチドの第2の集団を生成することと、によって作製される、請求項1に記載の方法。 - 前記選択オリゴヌクレオチドは、前記第1のメンバーとハイブリダイズする前記領域と前記ゲノム配列を含有する前記領域との間に配列決定プライマーのための結合部位を含む、請求項1に記載の方法。
- f)工程の前記PCR産物の第1の鎖を配列決定して、前記ゲノム配列に隣接する前記配列のヌクレオチド配列の少なくとも一部を得ることをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- f)工程の前記PCR産物の第2の鎖を配列決定して、前記ゲノム配列に隣接する前記配列のヌクレオチド配列の少なくとも一部を得ることをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 断片化されたゲノムを生成するために哺乳動物のゲノムを断片化することと、前記断片化されたゲノムにアダプターを付加することと、前記基質に前記断片化されたゲノムを適用することと、を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記断片化は、物理的に、化学的に、または制限酵素を使用して行われる、請求項7に記載の方法。
- 前記断片化は、超音波処理または剪断によって行われる、請求項8に記載の方法。
- 前記ハイブリッド形成は、複数の異なる個体からの複数の断片化されたゲノムを調製することと、プールを生成するために前記複数の断片化されたゲノムをプールすることと、前記断片化されたゲノムのプールを前記基質に適用することと、前記異なる個体の前記ゲノム配列に隣接する配列を含むPCR産物を得ることと、によって行われる、請求項7に記載の方法。
- 前記PCR産物の少なくとも前記第1の鎖を配列決定して、前記異なる個体の前記ゲノム配列に隣接する前記配列のヌクレオチド配列の少なくとも一部を得ることをさらに含む、請求項10に記載の方法。
- プールすることの前に、異なるアダプターが、前記異なる個体からの前記断片化されたゲノムにライゲートされ、前記アダプターは、前記PCR産物が配列決定された後に、前記アダプターをライゲートしたゲノム断片の源が同定されることを可能にするバーコード配列を含む、請求項10に記載の方法。
- 第1のバーコード配列を含む第1のアダプターを使用して、第1の対象からの断片化されたゲノムDNAにアダプターをライゲートして、第1の産物を生成することと、
第2のバーコード配列を含む第2のアダプターを使用して、第2の対象からの断片化されたゲノムDNAにアダプターをライゲートして、第2の産物を生成することと、
前記第1および第2の産物を組み合わせて、混合鋳型を生成することと、
前記混合鋳型を使用して請求項1の方法を行って、各々が前記バーコード配列を含有する第1および第2のPCR産物を提供することと、を含む、請求項12に記載の方法。 - 前記混合された鋳型は、少なくとも1,000の対象からの断片化されたゲノムDNAを含む、請求項13に記載の方法。
- i.前記核酸断片を、配列決定プライマーのための部位および前記第2の表面結合オリゴヌクレオチドと同じヌクレオチド配列を含有するアダプターにライゲートすることと、
ii.前記アダプターをライゲートした断片を、前記表面結合オリゴヌクレオチドの第1の集団の第1のメンバーとハイブリダイズさせることと、
iii.前記アダプターをライゲートした断片がハイブリダイズされた前記表面結合オリゴヌクレオチドの第1の集団の前記第1のメンバーを伸長させることと、
iv.前記伸長産物の前記アダプターを含有する末端を、第2の支持体結合ポリヌクレオチドとハイブリダイズさせ、それによってブリッジを生成し、ブリッジPCRを促進することと、を含む、請求項1に記載の方法。 - 前記表面結合オリゴヌクレオチドの第2の集団は、前記核酸断片の配列に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを表面結合オリゴヌクレオチドの最初の第2の集団にライゲートして、前記表面結合オリゴヌクレオチドの第2の集団を生成することによって作製される、請求項1に記載の方法。
- 前記核酸断片は、ゲノム断片またはcDNAである、請求項1に記載の方法。
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---|---|---|---|---|
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US8728764B2 (en) | 2008-10-02 | 2014-05-20 | Illumina Cambridge Limited | Nucleic acid sample enrichment for sequencing applications |
AU2010242073C1 (en) | 2009-04-30 | 2015-12-24 | Good Start Genetics, Inc. | Methods and compositions for evaluating genetic markers |
EP2470669B1 (en) | 2009-08-25 | 2014-06-18 | Illumina, Inc. | Methods for selecting and amplifying polynucleotides |
PT2556171E (pt) | 2010-04-05 | 2015-12-21 | Prognosys Biosciences Inc | Ensaios biológicos codificados espacialmente |
US20190300945A1 (en) | 2010-04-05 | 2019-10-03 | Prognosys Biosciences, Inc. | Spatially Encoded Biological Assays |
US10787701B2 (en) | 2010-04-05 | 2020-09-29 | Prognosys Biosciences, Inc. | Spatially encoded biological assays |
EP3572528A1 (en) | 2010-09-24 | 2019-11-27 | The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University | Direct capture, amplification and sequencing of target dna using immobilized primers |
US9399217B2 (en) | 2010-10-04 | 2016-07-26 | Genapsys, Inc. | Chamber free nanoreactor system |
US9184099B2 (en) | 2010-10-04 | 2015-11-10 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Biosensor devices, systems and methods therefor |
US9187783B2 (en) | 2010-10-04 | 2015-11-17 | Genapsys, Inc. | Systems and methods for automated reusable parallel biological reactions |
US9163281B2 (en) | 2010-12-23 | 2015-10-20 | Good Start Genetics, Inc. | Methods for maintaining the integrity and identification of a nucleic acid template in a multiplex sequencing reaction |
GB201106254D0 (en) | 2011-04-13 | 2011-05-25 | Frisen Jonas | Method and product |
US8585973B2 (en) | 2011-05-27 | 2013-11-19 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Nano-sensor array |
US9926596B2 (en) | 2011-05-27 | 2018-03-27 | Genapsys, Inc. | Systems and methods for genetic and biological analysis |
CA2852665A1 (en) | 2011-10-17 | 2013-04-25 | Good Start Genetics, Inc. | Analysis methods |
US9206418B2 (en) | 2011-10-19 | 2015-12-08 | Nugen Technologies, Inc. | Compositions and methods for directional nucleic acid amplification and sequencing |
JP6193252B2 (ja) | 2011-12-01 | 2017-09-06 | ジナプシス インコーポレイテッド | 高効率電子配列決定及び検出のためのシステム並びに方法 |
CA2862552A1 (en) | 2012-01-26 | 2013-08-01 | Nugen Technologies, Inc. | Compositions and methods for targeted nucleic acid sequence enrichment and high efficiency library generation |
WO2013117595A2 (en) * | 2012-02-07 | 2013-08-15 | Illumina Cambridge Limited | Targeted enrichment and amplification of nucleic acids on a support |
WO2013134261A1 (en) * | 2012-03-05 | 2013-09-12 | President And Fellows Of Harvard College | Systems and methods for epigenetic sequencing |
US8209130B1 (en) | 2012-04-04 | 2012-06-26 | Good Start Genetics, Inc. | Sequence assembly |
US8812422B2 (en) | 2012-04-09 | 2014-08-19 | Good Start Genetics, Inc. | Variant database |
US10227635B2 (en) | 2012-04-16 | 2019-03-12 | Molecular Loop Biosolutions, Llc | Capture reactions |
WO2013169339A1 (en) | 2012-05-10 | 2013-11-14 | The General Hospital Corporation | Methods for determining a nucleotide sequence |
CN104619894B (zh) | 2012-06-18 | 2017-06-06 | 纽亘技术公司 | 用于非期望核酸序列的阴性选择的组合物和方法 |
US20150011396A1 (en) | 2012-07-09 | 2015-01-08 | Benjamin G. Schroeder | Methods for creating directional bisulfite-converted nucleic acid libraries for next generation sequencing |
US9092401B2 (en) | 2012-10-31 | 2015-07-28 | Counsyl, Inc. | System and methods for detecting genetic variation |
ES2637538T3 (es) * | 2012-07-17 | 2017-10-13 | Counsyl, Inc. | Sistema y métodos para la detección de una variación genética |
US20140024541A1 (en) * | 2012-07-17 | 2014-01-23 | Counsyl, Inc. | Methods and compositions for high-throughput sequencing |
CN103571822B (zh) * | 2012-07-20 | 2016-03-30 | 中国科学院植物研究所 | 一种用于新一代测序分析的多重目的dna片段富集方法 |
SG11201501662TA (en) * | 2012-09-04 | 2015-05-28 | Guardant Health Inc | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
WO2014093330A1 (en) * | 2012-12-10 | 2014-06-19 | Clearfork Bioscience, Inc. | Methods for targeted genomic analysis |
EP2959016A4 (en) * | 2013-02-21 | 2016-10-12 | Toma Biosciences Inc | METHOD, COMPOSITIONS AND NUCLEIC ACID ANALYSIS KITS |
US8778609B1 (en) | 2013-03-14 | 2014-07-15 | Good Start Genetics, Inc. | Methods for analyzing nucleic acids |
US9809852B2 (en) | 2013-03-15 | 2017-11-07 | Genapsys, Inc. | Systems and methods for biological analysis |
US9822408B2 (en) | 2013-03-15 | 2017-11-21 | Nugen Technologies, Inc. | Sequential sequencing |
WO2014197377A2 (en) | 2013-06-03 | 2014-12-11 | Good Start Genetics, Inc. | Methods and systems for storing sequence read data |
CN105849275B (zh) | 2013-06-25 | 2020-03-17 | 普罗格诺西斯生物科学公司 | 检测样品中生物靶标的空间分布的方法和系统 |
US9116866B2 (en) | 2013-08-21 | 2015-08-25 | Seven Bridges Genomics Inc. | Methods and systems for detecting sequence variants |
US9898575B2 (en) | 2013-08-21 | 2018-02-20 | Seven Bridges Genomics Inc. | Methods and systems for aligning sequences |
CA2927637A1 (en) | 2013-10-18 | 2015-04-23 | Seven Bridges Genomics, Inc. | Methods and systems for identifying disease-induced mutations |
US10832797B2 (en) | 2013-10-18 | 2020-11-10 | Seven Bridges Genomics Inc. | Method and system for quantifying sequence alignment |
CN105793689B (zh) | 2013-10-18 | 2020-04-17 | 七桥基因公司 | 用于将遗传样本基因分型的方法和系统 |
US11041203B2 (en) | 2013-10-18 | 2021-06-22 | Molecular Loop Biosolutions, Inc. | Methods for assessing a genomic region of a subject |
US10851414B2 (en) | 2013-10-18 | 2020-12-01 | Good Start Genetics, Inc. | Methods for determining carrier status |
WO2015058120A1 (en) | 2013-10-18 | 2015-04-23 | Seven Bridges Genomics Inc. | Methods and systems for aligning sequences in the presence of repeating elements |
US9063914B2 (en) | 2013-10-21 | 2015-06-23 | Seven Bridges Genomics Inc. | Systems and methods for transcriptome analysis |
WO2015073711A1 (en) | 2013-11-13 | 2015-05-21 | Nugen Technologies, Inc. | Compositions and methods for identification of a duplicate sequencing read |
WO2015081229A2 (en) * | 2013-11-26 | 2015-06-04 | Lc Sciences Llc | Selective amplification of nucleic acid sequences |
EP3080300B1 (en) | 2013-12-11 | 2020-09-02 | Genapsys Inc. | Systems and methods for biological analysis and computation |
WO2015089496A1 (en) * | 2013-12-15 | 2015-06-18 | Academia Sinica | Methods for full-length amplification of double-stranded linear nucleic acids of unknown sequences |
WO2015108663A1 (en) * | 2014-01-16 | 2015-07-23 | Illumina, Inc. | Amplicon preparation and sequencing on solid supports |
US9677132B2 (en) * | 2014-01-16 | 2017-06-13 | Illumina, Inc. | Polynucleotide modification on solid support |
US9944924B2 (en) | 2014-01-16 | 2018-04-17 | Illumina, Inc. | Polynucleotide modification on solid support |
CN106661612A (zh) | 2014-01-27 | 2017-05-10 | 通用医疗公司 | 制备用于测序的核酸的方法 |
US9745614B2 (en) | 2014-02-28 | 2017-08-29 | Nugen Technologies, Inc. | Reduced representation bisulfite sequencing with diversity adaptors |
WO2015161054A2 (en) * | 2014-04-18 | 2015-10-22 | Genapsys, Inc. | Methods and systems for nucleic acid amplification |
US20150298091A1 (en) | 2014-04-21 | 2015-10-22 | President And Fellows Of Harvard College | Systems and methods for barcoding nucleic acids |
US11053548B2 (en) | 2014-05-12 | 2021-07-06 | Good Start Genetics, Inc. | Methods for detecting aneuploidy |
ES2876432T3 (es) * | 2014-05-16 | 2021-11-12 | Illumina Inc | Técnicas de síntesis de ácidos nucleicos |
US20150361422A1 (en) * | 2014-06-16 | 2015-12-17 | Agilent Technologies, Inc. | High throughput gene assembly in droplets |
CN106604994B (zh) * | 2014-06-23 | 2021-12-14 | 通用医疗公司 | 通过测序评估的DSBs的全基因组无偏鉴定(GUIDE-Seq) |
US11408024B2 (en) | 2014-09-10 | 2022-08-09 | Molecular Loop Biosciences, Inc. | Methods for selectively suppressing non-target sequences |
JP2017536087A (ja) | 2014-09-24 | 2017-12-07 | グッド スタート ジェネティクス, インコーポレイテッド | 遺伝子アッセイのロバストネスを増大させるためのプロセス制御 |
US9558321B2 (en) | 2014-10-14 | 2017-01-31 | Seven Bridges Genomics Inc. | Systems and methods for smart tools in sequence pipelines |
US10066259B2 (en) | 2015-01-06 | 2018-09-04 | Good Start Genetics, Inc. | Screening for structural variants |
EP3530752B1 (en) | 2015-04-10 | 2021-03-24 | Spatial Transcriptomics AB | Spatially distinguished, multiplex nucleic acid analysis of biological specimens |
EP3283629A4 (en) | 2015-04-17 | 2018-08-29 | President and Fellows of Harvard College | Barcoding systems and methods for gene sequencing and other applications |
US10844428B2 (en) | 2015-04-28 | 2020-11-24 | Illumina, Inc. | Error suppression in sequenced DNA fragments using redundant reads with unique molecular indices (UMIS) |
US10275567B2 (en) | 2015-05-22 | 2019-04-30 | Seven Bridges Genomics Inc. | Systems and methods for haplotyping |
JP6890096B2 (ja) * | 2015-06-02 | 2021-06-18 | バイオファイアー・ディフェンス・エルエルシー | サンプルからのシーケンス |
RU2604198C1 (ru) * | 2015-06-22 | 2016-12-10 | Федеральное Государственное Бюджетное Учреждение Науки Институт Молекулярной Биологии Им. В.А. Энгельгардта Российской Академии Наук (Имб Ран) | Способ получения гетерогенного набора одноцепочечных фрагментов днк для мультиплексного генетического анализа |
US10793895B2 (en) | 2015-08-24 | 2020-10-06 | Seven Bridges Genomics Inc. | Systems and methods for epigenetic analysis |
US10584380B2 (en) | 2015-09-01 | 2020-03-10 | Seven Bridges Genomics Inc. | Systems and methods for mitochondrial analysis |
US10724110B2 (en) | 2015-09-01 | 2020-07-28 | Seven Bridges Genomics Inc. | Systems and methods for analyzing viral nucleic acids |
CA3005985A1 (en) * | 2015-09-09 | 2017-03-16 | uBiome, Inc. | Method and system for microbiome-derived diagnostics and therapeutics of infectious disease and other health conditions associated with antibiotic usage |
CN111154754B (zh) | 2015-09-18 | 2024-02-02 | 苏州新波生物技术有限公司 | 分析dna样品的探针集合和使用所述探针集合的方法 |
US11347704B2 (en) | 2015-10-16 | 2022-05-31 | Seven Bridges Genomics Inc. | Biological graph or sequence serialization |
KR101651817B1 (ko) * | 2015-10-28 | 2016-08-29 | 대한민국 | Ngs 라이브러리 제작용 프라이머 세트 및 이를 이용한 ngs 라이브러리 제작방법 및 키트 |
MX2018005858A (es) | 2015-11-11 | 2019-02-20 | Resolution Bioscience Inc | Construccion de alta eficacia de bibliotecas de adn. |
US10364468B2 (en) | 2016-01-13 | 2019-07-30 | Seven Bridges Genomics Inc. | Systems and methods for analyzing circulating tumor DNA |
US10460829B2 (en) | 2016-01-26 | 2019-10-29 | Seven Bridges Genomics Inc. | Systems and methods for encoding genetic variation for a population |
US10262102B2 (en) | 2016-02-24 | 2019-04-16 | Seven Bridges Genomics Inc. | Systems and methods for genotyping with graph reference |
JP7086855B2 (ja) * | 2016-03-28 | 2022-06-20 | エヌキャン ジェノミクス, インコーポレイテッド | 連結された二重鎖標的捕捉 |
US10961573B2 (en) | 2016-03-28 | 2021-03-30 | Boreal Genomics, Inc. | Linked duplex target capture |
US11708574B2 (en) | 2016-06-10 | 2023-07-25 | Myriad Women's Health, Inc. | Nucleic acid sequencing adapters and uses thereof |
WO2018017884A1 (en) | 2016-07-20 | 2018-01-25 | Genapsys, Inc. | Systems and methods for nucleic acid sequencing |
CN109642219B (zh) | 2016-08-05 | 2021-02-26 | 生物辐射实验室股份有限公司 | 第二链引导 |
BR112019003704A2 (pt) | 2016-08-25 | 2019-05-28 | Resolution Bioscience Inc | métodos para a detecção de alterações na cópia genômica em amostras de dna |
US11250931B2 (en) | 2016-09-01 | 2022-02-15 | Seven Bridges Genomics Inc. | Systems and methods for detecting recombination |
EP3933039A1 (en) | 2016-09-15 | 2022-01-05 | ArcherDX, LLC | Methods of nucleic acid sample preparation |
JP6997773B2 (ja) | 2016-09-15 | 2022-01-18 | アーチャーディーエックス, エルエルシー | 無細胞dnaの分析用の核酸サンプル調製の方法 |
CA3037366A1 (en) | 2016-09-29 | 2018-04-05 | Myriad Women's Health, Inc. | Noninvasive prenatal screening using dynamic iterative depth optimization |
JP7048609B2 (ja) | 2016-12-09 | 2022-04-05 | ボリアル ジェノミクス, インコーポレイテッド | 連結型ライゲーション |
GB201704754D0 (en) * | 2017-01-05 | 2017-05-10 | Illumina Inc | Kinetic exclusion amplification of nucleic acid libraries |
RU2022101605A (ru) | 2017-01-18 | 2022-03-25 | Иллюмина, Инк. | Способы и системы для получения наборов уникальных молекулярных индексов с гетерогенной длиной молекул и коррекции в них ошибок |
WO2018144216A1 (en) | 2017-01-31 | 2018-08-09 | Counsyl, Inc. | Methods and compositions for enrichment of target polynucleotides |
WO2018144217A1 (en) | 2017-01-31 | 2018-08-09 | Counsyl, Inc. | Methods and compositions for enrichment of target polynucleotides |
US10787699B2 (en) * | 2017-02-08 | 2020-09-29 | Microsoft Technology Licensing, Llc | Generating pluralities of primer and payload designs for retrieval of stored nucleotides |
WO2018161019A1 (en) * | 2017-03-03 | 2018-09-07 | Counsyl, Inc. | Methods for optimizing direct targeted sequencing |
CA3057589A1 (en) | 2017-03-24 | 2018-09-27 | Counsyl, Inc. | Copy number variant caller |
US11447818B2 (en) | 2017-09-15 | 2022-09-20 | Illumina, Inc. | Universal short adapters with variable length non-random unique molecular identifiers |
SG11202002516WA (en) | 2017-09-21 | 2020-04-29 | Genapsys Inc | Systems and methods for nucleic acid sequencing |
CN118048419A (zh) * | 2017-10-04 | 2024-05-17 | 生捷科技控股公司 | 酶法合成寡核苷酸的方法和系统 |
US11725228B2 (en) | 2017-10-11 | 2023-08-15 | The General Hospital Corporation | Methods for detecting site-specific and spurious genomic deamination induced by base editing technologies |
US11099202B2 (en) | 2017-10-20 | 2021-08-24 | Tecan Genomics, Inc. | Reagent delivery system |
EP3749779A4 (en) * | 2018-02-07 | 2021-11-24 | Nugen Technologies, Inc. | LIBRARY PRODUCTION |
AU2019256287A1 (en) | 2018-04-17 | 2020-11-12 | The General Hospital Corporation | Sensitive in vitro assays for substrate preferences and sites of nucleic acid binding, modifying, and cleaving agents |
WO2020018824A1 (en) * | 2018-07-19 | 2020-01-23 | Ultima Genomics, Inc. | Nucleic acid clonal amplification and sequencing methods, systems, and kits |
CN113728114A (zh) * | 2018-10-09 | 2021-11-30 | 台湾地区“中央研究院” | 用于检测样本中的核酸的数位聚合酶连锁反应方法 |
US20220025354A1 (en) * | 2018-12-14 | 2022-01-27 | Bgi Shenzhen | Nucleic acid synthesis and purification device, use thereof, and nucleic acid synthesis and purification method |
CN112654714A (zh) * | 2018-12-17 | 2021-04-13 | 伊卢米纳剑桥有限公司 | 用于测序的引物寡核苷酸 |
US11473136B2 (en) | 2019-01-03 | 2022-10-18 | Ncan Genomics, Inc. | Linked target capture |
US11649485B2 (en) | 2019-01-06 | 2023-05-16 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
US11926867B2 (en) | 2019-01-06 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
WO2020237010A1 (en) * | 2019-05-21 | 2020-11-26 | Academia Sinica | Method for amplifying and detecting ribonucleic acid (rna) fragments |
US11639521B2 (en) * | 2019-06-03 | 2023-05-02 | The Chinese University Of Hong Kong | Method for determining the copy number of a tandem repeat sequence |
CN112342269B (zh) * | 2019-08-09 | 2023-12-05 | 深圳市真迈生物科技有限公司 | 一种捕获核酸分子的方法及其应用 |
US11795495B1 (en) * | 2019-10-02 | 2023-10-24 | FOXO Labs Inc. | Machine learned epigenetic status estimator |
US11821035B1 (en) | 2020-01-29 | 2023-11-21 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods of making gene expression libraries |
EP4097231A4 (en) * | 2020-01-31 | 2024-04-03 | Agilent Technologies Inc | SYSTEMS AND METHODS FOR TARGETED CAPTURE OF NUCLEIC ACIDS |
CA3145539A1 (en) * | 2020-02-26 | 2021-09-02 | Illumina, Inc. | Kits for genotyping |
EP4150126A2 (en) * | 2020-05-12 | 2023-03-22 | Singular Genomics Systems, Inc. | Nucleic acid amplification methods |
WO2022015600A2 (en) | 2020-07-13 | 2022-01-20 | Singular Genomics Systems, Inc. | Methods of sequencing complementary polynucleotides |
CN111676276A (zh) * | 2020-07-13 | 2020-09-18 | 湖北伯远合成生物科技有限公司 | 一种快速精准确定基因编辑突变情况的方法及其应用 |
CA3187366A1 (en) * | 2020-07-31 | 2022-02-03 | Arc Bio, Llc | Systems, methods, and media for determining relative quality of oligonucleotide preparations |
WO2022055969A1 (en) * | 2020-09-08 | 2022-03-17 | Seqwell, Inc. | Sequencing oligonucleotides and methods of use thereof |
RU2748380C1 (ru) * | 2020-11-10 | 2021-05-25 | федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Казанский (Приволжский) федеральный университет" (ФГАОУ ВО КФУ) | Набор олигонуклеотидных праймеров и способ генотипирования однонуклеотидного полиморфизма rs8065080 в гене TRPV1 человека |
CN112837749B (zh) * | 2021-02-01 | 2021-11-26 | 北京百奥纳芯生物科技有限公司 | 一种癌症筛查用基因芯片探针的优选方法 |
AU2022313872A1 (en) * | 2021-07-20 | 2024-02-22 | Freenome Holdings, Inc. | Compositions and methods for improved 5-hydroxymethylated cytosine resolution in nucleic acid sequencing |
CN114621307A (zh) * | 2022-04-12 | 2022-06-14 | 中国科学院苏州生物医学工程技术研究所 | 一种寡核苷酸空间坐标编码方法及其微流控装置 |
Family Cites Families (271)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US3575220A (en) | 1968-08-12 | 1971-04-20 | Scientific Industries | Apparatus for dispensing liquid sample |
US3996345A (en) | 1974-08-12 | 1976-12-07 | Syva Company | Fluorescence quenching with immunological pairs in immunoassays |
US4351760A (en) | 1979-09-07 | 1982-09-28 | Syva Company | Novel alkyl substituted fluorescent compounds and polyamino acid conjugates |
US4458066A (en) | 1980-02-29 | 1984-07-03 | University Patents, Inc. | Process for preparing polynucleotides |
US4683202A (en) | 1985-03-28 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying nucleic acid sequences |
US4739044A (en) | 1985-06-13 | 1988-04-19 | Amgen | Method for derivitization of polynucleotides |
US4757141A (en) | 1985-08-26 | 1988-07-12 | Applied Biosystems, Incorporated | Amino-derivatized phosphite and phosphate linking agents, phosphoramidite precursors, and useful conjugates thereof |
US6127155A (en) | 1986-08-22 | 2000-10-03 | Roche Molecular Systems, Inc. | Stabilized thermostable nucleic acid polymerase compositions containing non-ionic polymeric detergents |
US5618711A (en) | 1986-08-22 | 1997-04-08 | Hoffmann-La Roche Inc. | Recombinant expression vectors and purification methods for Thermus thermophilus DNA polymerase |
US4889818A (en) | 1986-08-22 | 1989-12-26 | Cetus Corporation | Purified thermostable enzyme |
US6090591A (en) | 1987-07-31 | 2000-07-18 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Selective amplification of target polynucleotide sequences |
US5231191A (en) | 1987-12-24 | 1993-07-27 | Applied Biosystems, Inc. | Rhodamine phosphoramidite compounds |
US4997928A (en) | 1988-09-15 | 1991-03-05 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Fluorescent reagents for the preparation of 5'-tagged oligonucleotides |
AU4128089A (en) | 1988-09-15 | 1990-03-22 | Rorer International (Overseas) Inc. | Monoclonal antibodies specific to human epidermal growth factor receptor and therapeutic methods employing same |
US5210015A (en) | 1990-08-06 | 1993-05-11 | Hoffman-La Roche Inc. | Homogeneous assay system using the nuclease activity of a nucleic acid polymerase |
US5994056A (en) | 1991-05-02 | 1999-11-30 | Roche Molecular Systems, Inc. | Homogeneous methods for nucleic acid amplification and detection |
US7223833B1 (en) | 1991-05-24 | 2007-05-29 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Peptide nucleic acid conjugates |
US5981179A (en) | 1991-11-14 | 1999-11-09 | Digene Diagnostics, Inc. | Continuous amplification reaction |
CA2134552A1 (en) | 1992-04-27 | 1993-11-11 | George D. Sorenson | Detection of gene sequences in biological fluids |
ATE208658T1 (de) | 1993-07-28 | 2001-11-15 | Pe Corp Ny | Vorrichtung und verfahren zur nukleinsäurevervielfältigung |
US5925517A (en) | 1993-11-12 | 1999-07-20 | The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. | Detectably labeled dual conformation oligonucleotide probes, assays and kits |
US5538848A (en) | 1994-11-16 | 1996-07-23 | Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. | Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe |
CH686982A5 (fr) | 1993-12-16 | 1996-08-15 | Maurice Stroun | Méthode pour le diagnostic de cancers. |
US5539083A (en) | 1994-02-23 | 1996-07-23 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Peptide nucleic acid combinatorial libraries and improved methods of synthesis |
US5604097A (en) | 1994-10-13 | 1997-02-18 | Spectragen, Inc. | Methods for sorting polynucleotides using oligonucleotide tags |
US5585069A (en) | 1994-11-10 | 1996-12-17 | David Sarnoff Research Center, Inc. | Partitioned microelectronic and fluidic device array for clinical diagnostics and chemical synthesis |
US6312894B1 (en) | 1995-04-03 | 2001-11-06 | Epoch Pharmaceuticals, Inc. | Hybridization and mismatch discrimination using oligonucleotides conjugated to minor groove binders |
US5750341A (en) | 1995-04-17 | 1998-05-12 | Lynx Therapeutics, Inc. | DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions |
US5789206A (en) | 1995-07-07 | 1998-08-04 | Myriad Genetics, Inc. | Method for ligating adaptors to nucleic acids which methods are useful for obtaining the ends of genes |
US5773258A (en) | 1995-08-25 | 1998-06-30 | Roche Molecular Systems, Inc. | Nucleic acid amplification using a reversibly inactivated thermostable enzyme |
NO954667D0 (no) | 1995-11-17 | 1995-11-17 | Dagfinn Oegreid | Fremgangsmåte til deteksjon av Ki-ras mutasjoner |
AU2324997A (en) | 1996-03-15 | 1997-10-01 | Penn State Research Foundation, The | Detection of extracellular tumor-associated nucleic acid in blood plasma or ser um using nucleic acid amplification assays |
JP2000505312A (ja) | 1996-03-18 | 2000-05-09 | モレキュラー バイオロジー リソーシーズ,インコーポレイテッド | 標的核酸配列増幅 |
US6759217B2 (en) | 1996-03-26 | 2004-07-06 | Oncomedx, Inc. | Method enabling use of extracellular RNA extracted from plasma or serum to detect, monitor or evaluate cancer |
US6458530B1 (en) | 1996-04-04 | 2002-10-01 | Affymetrix Inc. | Selecting tag nucleic acids |
SE9602829D0 (sv) | 1996-07-19 | 1996-07-19 | Yngve Johnsson | Förfarande och anordning för betalningsmedelshantering jämte betalningsmedel |
US5998140A (en) | 1996-07-31 | 1999-12-07 | The Scripps Research Institute | Complex formation between dsDNA and oligomer of cyclic heterocycles |
US6262242B1 (en) | 1997-01-30 | 2001-07-17 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Tumor suppressor designated TS10Q23.3 |
US6482795B1 (en) | 1997-01-30 | 2002-11-19 | Myriad Genetics, Inc. | Tumor suppressor designated TS10q23.3 |
AU6846698A (en) | 1997-04-01 | 1998-10-22 | Glaxo Group Limited | Method of nucleic acid amplification |
US6143496A (en) | 1997-04-17 | 2000-11-07 | Cytonix Corporation | Method of sampling, amplifying and quantifying segment of nucleic acid, polymerase chain reaction assembly having nanoliter-sized sample chambers, and method of filling assembly |
JPH10341047A (ja) | 1997-06-06 | 1998-12-22 | Sony Corp | 磁気トンネル素子 |
DE69826697T2 (de) | 1997-07-07 | 2006-02-16 | Medical Research Council | In vitro selektionsmethode |
US6008002A (en) | 1997-09-29 | 1999-12-28 | Bodey; Bela | Immunomagnetic detection and isolation of cancer cells |
US5948902A (en) | 1997-11-20 | 1999-09-07 | South Alabama Medical Science Foundation | Antisense oligonucleotides to human serine/threonine protein phosphatase genes |
AU760560B2 (en) | 1998-02-12 | 2003-05-15 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Methods and reagents for the rapid and efficient isolation of circulating cancer cells |
JPH11355695A (ja) | 1998-06-10 | 1999-12-24 | Sony Corp | 映像信号処理装置 |
DE19833738A1 (de) | 1998-07-27 | 2000-02-03 | Michael Giesing | Verfahren zur Isolierung von Krebszellen aus zellhaltigen Körperflüssigkeiten sowie Sets zur Durchführung dieses Verfahrens |
US6787308B2 (en) | 1998-07-30 | 2004-09-07 | Solexa Ltd. | Arrayed biomolecules and their use in sequencing |
US6204375B1 (en) | 1998-07-31 | 2001-03-20 | Ambion, Inc. | Methods and reagents for preserving RNA in cell and tissue samples |
AR021833A1 (es) | 1998-09-30 | 2002-08-07 | Applied Research Systems | Metodos de amplificacion y secuenciacion de acido nucleico |
US6086740A (en) | 1998-10-29 | 2000-07-11 | Caliper Technologies Corp. | Multiplexed microfluidic devices and systems |
US6429027B1 (en) | 1998-12-28 | 2002-08-06 | Illumina, Inc. | Composite arrays utilizing microspheres |
WO2000040758A2 (en) | 1999-01-06 | 2000-07-13 | Hyseq Inc. | Enhanced sequencing by hybridization using pools of probes |
US6565727B1 (en) | 1999-01-25 | 2003-05-20 | Nanolytics, Inc. | Actuators for microfluidics without moving parts |
US9534254B1 (en) | 1999-02-02 | 2017-01-03 | Abbott Molecular Inc. | Patient stratification for cancer therapy based on genomic DNA microarray analysis |
US6395481B1 (en) | 1999-02-16 | 2002-05-28 | Arch Development Corp. | Methods for detection of promoter polymorphism in a UGT gene promoter |
US6410231B1 (en) | 1999-02-26 | 2002-06-25 | Incyte Genomics, Inc. | SNP detection |
US7324926B2 (en) | 1999-04-09 | 2008-01-29 | Whitehead Institute For Biomedical Research | Methods for predicting chemosensitivity or chemoresistance |
US20010034023A1 (en) | 1999-04-26 | 2001-10-25 | Stanton Vincent P. | Gene sequence variations with utility in determining the treatment of disease, in genes relating to drug processing |
US6492161B1 (en) | 1999-06-02 | 2002-12-10 | Prokaria Ltd. | Bacteriophage RM 378 of a thermophilic host organism |
US6300070B1 (en) * | 1999-06-04 | 2001-10-09 | Mosaic Technologies, Inc. | Solid phase methods for amplifying multiple nucleic acids |
US6524456B1 (en) | 1999-08-12 | 2003-02-25 | Ut-Battelle, Llc | Microfluidic devices for the controlled manipulation of small volumes |
ATE503843T1 (de) | 1999-09-01 | 2011-04-15 | Whitehead Biomedical Inst | Gesamt-chromosom analyse von protein-dns wechselwirkungen |
US6586177B1 (en) | 1999-09-08 | 2003-07-01 | Exact Sciences Corporation | Methods for disease detection |
US6849403B1 (en) | 1999-09-08 | 2005-02-01 | Exact Sciences Corporation | Apparatus and method for drug screening |
US7244559B2 (en) | 1999-09-16 | 2007-07-17 | 454 Life Sciences Corporation | Method of sequencing a nucleic acid |
US7211390B2 (en) | 1999-09-16 | 2007-05-01 | 454 Life Sciences Corporation | Method of sequencing a nucleic acid |
US7205105B2 (en) | 1999-12-08 | 2007-04-17 | Epoch Biosciences, Inc. | Real-time linear detection probes: sensitive 5′-minor groove binder-containing probes for PCR analysis |
WO2001053460A1 (en) | 2000-01-21 | 2001-07-26 | Variagenics, Inc. | Identification of genetic components of drug response |
EP1356289A2 (en) | 2000-01-26 | 2003-10-29 | 20/20 Genomics, LLC | A system for developing assays for personalized medicine |
AU2001241939A1 (en) | 2000-02-28 | 2001-09-12 | Maxygen, Inc. | Single-stranded nucleic acid template-mediated recombination and nucleic acid fragment isolation |
ES2391213T3 (es) | 2000-03-01 | 2012-11-22 | Epoch Biosciences, Inc. | Oligonucle�tidos modificados para discriminaci�n de desapareamiento |
US20020120409A1 (en) | 2000-05-19 | 2002-08-29 | Affymetrix, Inc. | Methods for gene expression analysis |
WO2001096382A2 (en) | 2000-06-15 | 2001-12-20 | Prokaria Ehf. | Thermostable cellulase |
US6773566B2 (en) | 2000-08-31 | 2004-08-10 | Nanolytics, Inc. | Electrostatic actuators for microfluidics and methods for using same |
WO2002023163A1 (en) | 2000-09-15 | 2002-03-21 | California Institute Of Technology | Microfabricated crossflow devices and methods |
AU2001292802A1 (en) | 2000-09-19 | 2002-04-02 | Dana-Farber Cancer Institute Inc. | Genetic markers for tumors |
AU2002246612B2 (en) | 2000-10-24 | 2007-11-01 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Direct multiplex characterization of genomic DNA |
US20050021240A1 (en) | 2000-11-02 | 2005-01-27 | Epigenomics Ag | Systems, methods and computer program products for guiding selection of a therapeutic treatment regimen based on the methylation status of the DNA |
WO2002036761A2 (en) | 2000-11-03 | 2002-05-10 | Dana Farber Cancer Institute | Compositions and methods for the diagnosis of cancer |
EP1207209A3 (en) | 2000-11-09 | 2002-09-11 | Agilent Technologies, Inc. (a Delaware corporation) | Methods using arrays for detection of single nucleotide polymorphisms |
CN1488002A (zh) | 2000-12-01 | 2004-04-07 | ��˹��ŵ�� | 测定表皮生长因子受体和HER2-neu的基因表达及其水平与存活率之间相关性的方法 |
US6582919B2 (en) | 2001-06-11 | 2003-06-24 | Response Genetics, Inc. | Method of determining epidermal growth factor receptor and HER2-neu gene expression and correlation of levels thereof with survival rates |
US6958217B2 (en) | 2001-01-24 | 2005-10-25 | Genomic Expression Aps | Single-stranded polynucleotide tags |
US20020115073A1 (en) | 2001-02-16 | 2002-08-22 | Nickolas Papadopoulos | Genome-based personalized medicine |
DE60211857T2 (de) | 2001-02-23 | 2006-12-21 | Japan Science And Technology Agency, Kawaguchi | Verfahren zur herstellung einer emulsion und vorrichtung dafür |
US6632611B2 (en) | 2001-07-20 | 2003-10-14 | Affymetrix, Inc. | Method of target enrichment and amplification |
US20040110193A1 (en) | 2001-07-31 | 2004-06-10 | Gene Logic, Inc. | Methods for classification of biological data |
US20030165940A1 (en) | 2001-12-06 | 2003-09-04 | The Johns Hopkins University | Disease detection by digital protein truncation assays |
WO2003054149A2 (en) | 2001-12-07 | 2003-07-03 | University Of Massachusetts | Targeted genetic risk-stratification using microarrays |
US6949342B2 (en) | 2001-12-21 | 2005-09-27 | Whitehead Institute For Biomedical Research | Prostate cancer diagnosis and outcome prediction by expression analysis |
NZ532780A (en) | 2001-12-21 | 2006-10-27 | Wellcome Trust | Isolated naturally occurring mutant human B-Raf polypeptides and nucleic acids encoding them |
US7730063B2 (en) | 2002-12-10 | 2010-06-01 | Asset Trust, Inc. | Personalized medicine service |
US7473534B2 (en) | 2002-03-01 | 2009-01-06 | Siemens Healthcare Diagnostics Inc. | Assays for cancer patient monitoring based on levels of epidermal growth factor receptor (EGFR) extracellular domain (ECD) analyte, alone or in combination with other analytes, in body fluid samples |
AU2003213836A1 (en) | 2002-03-11 | 2003-09-29 | Epoch Biosciences, Inc. | Negatively charged minor groove binders |
US7427480B2 (en) | 2002-03-26 | 2008-09-23 | Perlegen Sciences, Inc. | Life sciences business systems and methods |
US7138226B2 (en) | 2002-05-10 | 2006-11-21 | The University Of Miami | Preservation of RNA and morphology in cells and tissues |
AU2003249681A1 (en) * | 2002-05-31 | 2003-12-19 | Diversa Corporation | Multiplexed systems for nucleic acid sequencing |
US9388459B2 (en) * | 2002-06-17 | 2016-07-12 | Affymetrix, Inc. | Methods for genotyping |
TWI266907B (en) | 2002-07-24 | 2006-11-21 | Nitto Denko Corp | Polarizing device, optical thin film using the same, and image display device using the same |
AU2003275138A1 (en) | 2002-09-19 | 2004-04-08 | Applied Biosystems, Llc. | Methods and compositions for detecting targets |
WO2004027054A1 (en) | 2002-09-20 | 2004-04-01 | Prokaria Ehf. | Thermostable rna ligase from thermus phage |
US6911132B2 (en) | 2002-09-24 | 2005-06-28 | Duke University | Apparatus for manipulating droplets by electrowetting-based techniques |
JP4606879B2 (ja) | 2002-11-15 | 2011-01-05 | ジェノミック ヘルス, インコーポレイテッド | Egfr陽性癌の遺伝子発現プロファイリング |
US8275554B2 (en) | 2002-12-20 | 2012-09-25 | Caliper Life Sciences, Inc. | System for differentiating the lengths of nucleic acids of interest in a sample |
AU2003302770B2 (en) | 2002-12-20 | 2007-07-12 | Caliper Life Sciences, Inc. | Single molecule amplification and detection of DNA |
US20040137539A1 (en) | 2003-01-10 | 2004-07-15 | Bradford Sherry A. | Cancer comprehensive method for identifying cancer protein patterns and determination of cancer treatment strategies |
WO2004069849A2 (en) | 2003-01-29 | 2004-08-19 | 454 Corporation | Bead emulsion nucleic acid amplification |
US20090124514A1 (en) * | 2003-02-26 | 2009-05-14 | Perlegen Sciences, Inc. | Selection probe amplification |
US7041481B2 (en) | 2003-03-14 | 2006-05-09 | The Regents Of The University Of California | Chemical amplification based on fluid partitioning |
US20080044813A1 (en) | 2003-03-20 | 2008-02-21 | Kristian Jansson | Amp Ligation Assay (Ala) |
WO2004092333A2 (en) | 2003-04-09 | 2004-10-28 | Omicia Inc. | Methods of selection, reporting and analysis of genetic markers using broad based genetic profiling applications |
AU2004235298A1 (en) | 2003-04-25 | 2004-11-11 | Janssen Pharmaceutica N.V. | Preservation of RNA in a biological sample |
EP1631689A2 (en) | 2003-05-28 | 2006-03-08 | Genomic Health, Inc. | Gene expression markers for predicting response to chemotherapy |
RU2392324C2 (ru) * | 2003-09-18 | 2010-06-20 | Симфоген А/С | Способ связывания интересующих последовательностей |
WO2005040400A2 (en) | 2003-10-24 | 2005-05-06 | Mmi Genomics, Inc. | Methods and systems for inferring traits to manage non-beef livestock |
SI1687609T1 (sl) | 2003-10-28 | 2015-03-31 | Epoch Biosciences, Inc. | Fluorescenäśne sonde za detekcijo dna s hibridizacijo z izboljĺ ano obäśutljivostjo in nizkim ozadjem |
EP1756137A4 (en) | 2003-11-05 | 2007-10-31 | Univ Texas | DIAGNOSTIC AND THERAPEUTIC PROCEDURES AND COMPOSITIONS CONCERNING PTEN AND BREAST CANCER |
WO2005049849A2 (en) | 2003-11-14 | 2005-06-02 | Integrated Dna Technologies, Inc. | Fluorescence quenching azo dyes, their methods of preparation and use |
US20050181377A1 (en) | 2004-02-13 | 2005-08-18 | Markovic Svetomir N. | Targeted cancer therapy |
US20060195266A1 (en) | 2005-02-25 | 2006-08-31 | Yeatman Timothy J | Methods for predicting cancer outcome and gene signatures for use therein |
US20060046258A1 (en) | 2004-02-27 | 2006-03-02 | Lapidus Stanley N | Applications of single molecule sequencing |
US20100216153A1 (en) | 2004-02-27 | 2010-08-26 | Helicos Biosciences Corporation | Methods for detecting fetal nucleic acids and diagnosing fetal abnormalities |
JP2007527241A (ja) | 2004-03-01 | 2007-09-27 | ユニバーシティ オブ シカゴ | 上皮細胞成長因子受容体遺伝子プロモーターにおける多型 |
US7601821B2 (en) | 2004-03-24 | 2009-10-13 | Applied Biosystems, Llc | Encoding and decoding reactions for determining target molecules |
BRPI0508286B8 (pt) | 2004-03-31 | 2021-05-25 | Dana Farber Cancer Inst Inc | método para determinar a probabilidade de eficácia de um inibidor da tirosina quinase egfr para tratar câncer, uso de um inibidor da tirosina quinase de egfr, sonda, kit, e, par de iniciadores |
US20080176209A1 (en) | 2004-04-08 | 2008-07-24 | Biomatrica, Inc. | Integration of sample storage and sample management for life science |
ES2550614T3 (es) | 2004-04-09 | 2015-11-11 | Genomic Health, Inc. | Marcadores de expresión génica para predecir la respuesta a la quimioterapia |
US20090246756A1 (en) | 2004-05-06 | 2009-10-01 | Prokaria Ehe | Thermostable polypeptide having polynucleotide kinase activity and/or phosphatase activity |
US7622281B2 (en) * | 2004-05-20 | 2009-11-24 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Methods and compositions for clonal amplification of nucleic acid |
US7932026B2 (en) | 2004-06-04 | 2011-04-26 | Genentech, Inc. | EGFR mutations |
US7329495B2 (en) | 2004-06-09 | 2008-02-12 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Mutations in KIT confer imatinib resistance in gastrointestinal stromal tumors |
US20060115827A1 (en) | 2004-07-01 | 2006-06-01 | University Of Southern California | Genetic markers for predicting disease and treatment outcome |
EP1784646B1 (en) | 2004-08-11 | 2012-06-13 | Albert Einstein College Of Medicine Of Yeshiva University | Method for identifying metastasis in motile cells |
ES2359322T3 (es) | 2004-10-18 | 2011-05-20 | Brandeis University | Procedimiento para la amplificación de ácidos nucleicos. |
US7700283B2 (en) | 2004-10-21 | 2010-04-20 | New England Biolabs, Inc. | Repair of nucleic acids for improved amplification |
US9109256B2 (en) | 2004-10-27 | 2015-08-18 | Esoterix Genetic Laboratories, Llc | Method for monitoring disease progression or recurrence |
US20060278241A1 (en) | 2004-12-14 | 2006-12-14 | Gualberto Ruano | Physiogenomic method for predicting clinical outcomes of treatments in patients |
US20060184489A1 (en) | 2004-12-17 | 2006-08-17 | General Electric Company | Genetic knowledgebase creation for personalized analysis of medical conditions |
US20060188909A1 (en) | 2005-01-21 | 2006-08-24 | Medical College Of Ohio | Business methods for assessing nucleic acids |
US7442507B2 (en) | 2005-01-24 | 2008-10-28 | New York University School Of Medicine | Methods for detecting circulating mutant BRAF DNA |
BRPI0607213B1 (pt) | 2005-01-28 | 2017-04-04 | Univ Duke | aparelho para manipulação de gotículas em uma placa de circuito impresso |
BRPI0609615A2 (pt) | 2005-04-01 | 2010-04-27 | Amgen Inc | métodos de predição da eficácia de tratamento de agente de ligação especìfica a egfr em tratamento de cáncer relacionado com egfr num sujeito, de tratamento do mesmo e de determinação da eficácia de tratamento em paciente |
ES2313143T3 (es) | 2005-04-06 | 2009-03-01 | Maurice Stroun | Metodo para el diagnostico de cancer mediante la deteccion de adn y arn circulantes. |
US20090269344A1 (en) | 2005-04-14 | 2009-10-29 | Salvatore Siena | Anti-EGFR antibody therapy based on an increased copy number of the EGFR gene in tumor tissues |
JP4547301B2 (ja) | 2005-05-13 | 2010-09-22 | 株式会社日立ハイテクノロジーズ | 液体搬送デバイス及び分析システム |
US20070020657A1 (en) | 2005-05-20 | 2007-01-25 | Grebe Stefan K | Methods for detecting circulating tumor cells |
EP1885878B1 (en) | 2005-05-31 | 2010-08-11 | Dako Denmark A/S | Compositions and methods for predicting outcome of treatment |
ES2398709T5 (es) | 2005-06-28 | 2017-04-18 | Genentech, Inc. | Mutaciones en EGFR y KRAS para predecir la respuesta de un paciente al tratamiento con inhibidores de EGFR |
GB0514909D0 (en) * | 2005-07-20 | 2005-08-24 | Solexa Ltd | Methods of nucleic acid amplification and sequencing |
US7993821B2 (en) | 2005-08-11 | 2011-08-09 | University Of Washington | Methods and apparatus for the isolation and enrichment of circulating tumor cells |
US7666593B2 (en) | 2005-08-26 | 2010-02-23 | Helicos Biosciences Corporation | Single molecule sequencing of captured nucleic acids |
JP2009508495A (ja) | 2005-09-16 | 2009-03-05 | 454 ライフ サイエンシーズ コーポレイション | cDNAライブラリー調製 |
EP1946114A4 (en) | 2005-09-21 | 2010-05-26 | Ccc Diagnostics Llc | EXHAUSTIVE DIAGNOSTIC TEST PROCEDURES FOR PERSONALIZED ANTICANCER CHEMOTHERAPIES |
US20070172844A1 (en) | 2005-09-28 | 2007-07-26 | University Of South Florida | Individualized cancer treatments |
PT1948816E (pt) | 2005-10-24 | 2012-03-19 | Univ Johns Hopkins | Processos melhorados de focalização |
DK1966394T3 (da) | 2005-12-22 | 2012-10-29 | Keygene Nv | Forbedrede strategier til transkriptprofilering under anvendelse af high throughput-sekventeringsteknologier |
EP2298438A1 (en) | 2006-02-07 | 2011-03-23 | Stokes Bio Limited | A microfluidic droplet queuing network |
US20080280331A1 (en) | 2006-02-07 | 2008-11-13 | Stokes Bio Limited | Microfluidic Analysis System |
US20100304446A1 (en) | 2006-02-07 | 2010-12-02 | Stokes Bio Limited | Devices, systems, and methods for amplifying nucleic acids |
WO2007095644A2 (en) | 2006-02-16 | 2007-08-23 | Ventana Medical Systems, Inc. | Reagents and methods for cancer prognosis and pathological staging |
WO2007100243A1 (en) | 2006-03-01 | 2007-09-07 | Keygene N.V. | High throughput sequence-based detection of snps using ligation assays |
US8086005B2 (en) | 2006-03-08 | 2011-12-27 | Olympus Medical Systems Corp. | Medical image processing apparatus and medical image processing method |
WO2007106432A2 (en) | 2006-03-10 | 2007-09-20 | George Mason Intellectual Properties, Inc. | Egf receptor phosphorylation status for disease treatment |
WO2007109571A2 (en) | 2006-03-17 | 2007-09-27 | Prometheus Laboratories, Inc. | Methods of predicting and monitoring tyrosine kinase inhibitor therapy |
US20070231823A1 (en) | 2006-03-23 | 2007-10-04 | Mckernan Kevin J | Directed enrichment of genomic DNA for high-throughput sequencing |
TW200806789A (en) | 2006-03-27 | 2008-02-01 | Globeimmune Inc | RAS mutation and compositions and methods related thereto |
TWI395754B (zh) | 2006-04-24 | 2013-05-11 | Amgen Inc | 人類化之c-kit抗體 |
WO2007133506A2 (en) | 2006-05-09 | 2007-11-22 | University Of Louisville Research Foundation , Inc. | Personalized medicine management software |
EP2047910B1 (en) | 2006-05-11 | 2012-01-11 | Raindance Technologies, Inc. | Microfluidic device and method |
US8768629B2 (en) | 2009-02-11 | 2014-07-01 | Caris Mpi, Inc. | Molecular profiling of tumors |
IL282783B2 (en) | 2006-05-18 | 2023-09-01 | Caris Mpi Inc | A system and method for determining a personalized medical intervention for a disease stage |
US20080090239A1 (en) | 2006-06-14 | 2008-04-17 | Daniel Shoemaker | Rare cell analysis using sample splitting and dna tags |
WO2008015396A2 (en) | 2006-07-31 | 2008-02-07 | Solexa Limited | Method of library preparation avoiding the formation of adaptor dimers |
US20080065411A1 (en) | 2006-09-08 | 2008-03-13 | Diaceutics | Method and system for developing a personalized medicine business plan |
CA2662508A1 (en) | 2006-09-19 | 2008-07-10 | Novartis Ag | Biomarkers of target modulation, efficacy, diagnosis and/or prognosis for raf inhibitors |
ZA200902543B (en) | 2006-09-28 | 2010-07-28 | Stokes Bio Ltd | A QPCR analysis apparatus |
EP2076609A1 (en) | 2006-10-10 | 2009-07-08 | Illumina Inc. | Compositions and methods for representational selection of nucleic acids fro complex mixtures using hybridization |
BRPI0718322A2 (pt) | 2006-10-27 | 2013-11-26 | Decode Genetics | Métodos para diagnosticar uma suscetibilidade para câncer em um indivíduo humano, para identificar um marcador para o uso na avaliação da suscetibilidade para câncer, para genotipar uma amostra de ácido nucléico, para avaliar um inidivíduo quanto a probabilidade de resposta a um agente terapêutico, para predizer o prognóstico e para monitorar o progresso de um tratamento de um indivíduo, kit para avaliar a suscetibilidade para câncer em um indivíduo, uso de uma sonda de oligonucleotídeo, meio legível por computador, e, aparelho para determinar um indicador genético para câncer em um indivíduo. |
JP2010508277A (ja) | 2006-11-01 | 2010-03-18 | ジョージ メイソン インテレクチュアル プロパティーズ,インコーポレイテッド オブ フェアファックス,バージニア | 癌を検出および抑制するための方法 |
US20100196889A1 (en) | 2006-11-13 | 2010-08-05 | Bankaitis-Davis Danute M | Gene Expression Profiling for Identification, Monitoring and Treatment of Colorectal Cancer |
US20080131887A1 (en) | 2006-11-30 | 2008-06-05 | Stephan Dietrich A | Genetic Analysis Systems and Methods |
US20100143935A1 (en) | 2006-12-01 | 2010-06-10 | Apocell, Inc. | c-KIT Phosphorylation in Cancer |
ES2923759T3 (es) | 2006-12-14 | 2022-09-30 | Life Technologies Corp | Aparato para medir analitos utilizando matrices de FET |
US8262900B2 (en) | 2006-12-14 | 2012-09-11 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays |
US20080177608A1 (en) | 2007-01-19 | 2008-07-24 | Diaceutics | Business method for enabling personalized medicine |
JP2010528585A (ja) | 2007-02-26 | 2010-08-26 | ジョン ウェイン キャンサー インスティテュート | 癌の診断および治療におけるb−rafdna変異の有用性 |
EP2129397B1 (en) | 2007-03-02 | 2018-10-31 | Amgen, Inc. | Methods and compositions for treating tumor diseases |
WO2008112269A2 (en) | 2007-03-13 | 2008-09-18 | Amgen Inc. | K-ras mutations and anti-egfr antibody therapy |
WO2008112274A2 (en) | 2007-03-13 | 2008-09-18 | Amgen Inc. | K-ras and b-raf mutations and anti-egfr antibody therapy |
EP2140020A2 (en) | 2007-03-15 | 2010-01-06 | Genomic Health, Inc. | Gene expression markers for prediction of patient response to chemotherapy |
WO2008115556A2 (en) | 2007-03-19 | 2008-09-25 | Cold Spring Harbor Laboratory | Identification of genetic alterations that modulate drug sensitivity in cancer treatments |
WO2008127707A1 (en) | 2007-04-13 | 2008-10-23 | Dana Farber Cancer Institute, Inc. | Receptor tyrosine kinase profiling |
WO2008127716A2 (en) | 2007-04-13 | 2008-10-23 | George Mason Intellectual Properties, Inc. | Stat3 as a theranostic indicator |
WO2008147879A1 (en) | 2007-05-22 | 2008-12-04 | Ryan Golhar | Automated method and device for dna isolation, sequence determination, and identification |
WO2008148072A2 (en) | 2007-05-24 | 2008-12-04 | The Brigham And Women's Hospital, Inc. | Disease-associated genetic variations and methods for obtaining and using same |
CA2691364C (en) | 2007-06-19 | 2020-06-16 | Stratos Genomics, Inc. | High throughput nucleic acid sequencing by expansion |
GB0712882D0 (en) * | 2007-07-03 | 2007-08-15 | Leicester University Of | Nucleic acid amplification |
ES2526211T3 (es) | 2007-07-13 | 2015-01-08 | Nestec S.A. | Selección de fármacos para la terapia del cáncer de pulmón utilizando matrices basadas en anticuerpos |
CA2694007C (en) | 2007-07-23 | 2019-02-26 | The Chinese University Of Hong Kong | Determining a nucleic acid sequence imbalance |
WO2009021019A1 (en) | 2007-08-06 | 2009-02-12 | Health Research Inc. | Methods for analysis of pdef and survivin as interconnected cancer biomarkers and targets for personalized medicine |
US20090062138A1 (en) | 2007-08-31 | 2009-03-05 | Curry Bo U | Array-based method for performing SNP analysis |
US20110212991A1 (en) | 2007-09-11 | 2011-09-01 | Roche Molecular Systems, Inc. | Diagnostic Test for Susceptibility to B-RAF Kinase Inhibitors |
US20100173294A1 (en) | 2007-09-11 | 2010-07-08 | Roche Molecular Systems, Inc. | Diagnostic test for susceptibility to b-raf kinase inhibitors |
US9388457B2 (en) * | 2007-09-14 | 2016-07-12 | Affymetrix, Inc. | Locus specific amplification using array probes |
WO2009039202A1 (en) * | 2007-09-17 | 2009-03-26 | Twof, Inc. | Hydrogel labeled primer extension method for microarrays |
JP2010539991A (ja) | 2007-10-04 | 2010-12-24 | ハルシオン モレキュラー | 電子顕微鏡を用いた核酸ポリマーの配列決定 |
EP2053132A1 (en) | 2007-10-23 | 2009-04-29 | Roche Diagnostics GmbH | Enrichment and sequence analysis of geomic regions |
US20090264298A1 (en) | 2007-11-06 | 2009-10-22 | Ambergen, Inc. | Methods for enriching subpopulations |
EP2063132A1 (de) * | 2007-11-24 | 2009-05-27 | Festo AG & Co. KG | Linearantriebsvorrichtung |
EP2235217B1 (en) | 2008-01-09 | 2016-04-20 | Life Technologies Corporation | Method of making a paired tag library for nucleic acid sequencing |
WO2009091934A1 (en) | 2008-01-17 | 2009-07-23 | Sequenom, Inc. | Single molecule nucleic acid sequence analysis processes and compositions |
US11051733B2 (en) | 2008-01-18 | 2021-07-06 | Wake Forest University Health Sciences | Isolating and purifying cells for therapy |
US20110053157A1 (en) | 2008-02-01 | 2011-03-03 | The General Hospital Corporation | Use of microvesicles in diagnosis, prognosis and treatment of medical diseases and conditions |
EP2245198A1 (en) | 2008-02-04 | 2010-11-03 | Massachusetts Institute of Technology | Selection of nucleic acids by solution hybridization to oligonucleotide baits |
WO2009102957A2 (en) | 2008-02-14 | 2009-08-20 | The Johns Hopkins University | Methods to connect gene set expression profiles to drug sensitivity |
WO2009101639A1 (en) | 2008-02-14 | 2009-08-20 | Decode Genetics Ehf. | Susceptibility variants for lung cancer |
NZ617520A (en) | 2008-02-25 | 2015-05-29 | Nestec Sa | Drug selection for breast cancer therapy using antibody-based arrays |
US20090226975A1 (en) * | 2008-03-10 | 2009-09-10 | Illumina, Inc. | Constant cluster seeding |
US8067178B2 (en) | 2008-03-14 | 2011-11-29 | Genomic Health, Inc. | Gene expression markers for prediction of patient response to chemotherapy |
US20090307180A1 (en) | 2008-03-19 | 2009-12-10 | Brandon Colby | Genetic analysis |
US7842248B2 (en) | 2008-06-20 | 2010-11-30 | Silverbrook Research Pty Ltd | Microfluidic system comprising microfluidic pump, mixer or valve |
WO2010003132A1 (en) | 2008-07-02 | 2010-01-07 | Illumina Cambridge Ltd. | Using populations of beads for the fabrication of arrays on surfaces |
US20100041048A1 (en) | 2008-07-31 | 2010-02-18 | The Johns Hopkins University | Circulating Mutant DNA to Assess Tumor Dynamics |
WO2010021936A1 (en) | 2008-08-16 | 2010-02-25 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Digital pcr calibration for high throughput sequencing |
JP2010041985A (ja) * | 2008-08-18 | 2010-02-25 | Hitachi Plant Technologies Ltd | 核酸配列増幅方法、核酸配列の検出方法及び核酸増幅・検出用基板 |
EP3216874A1 (en) | 2008-09-05 | 2017-09-13 | TOMA Biosciences, Inc. | Methods for stratifying and annotating cancer drug treatment options |
CA2738578C (en) | 2008-09-23 | 2021-05-04 | Quantalife, Inc. | Droplet-based assay system |
EP3075864A1 (en) | 2008-10-14 | 2016-10-05 | Caris MPI, Inc. | Gene and gene expressed protein targets depicting biomarker patterns and signature sets by tumor type |
US20100137143A1 (en) * | 2008-10-22 | 2010-06-03 | Ion Torrent Systems Incorporated | Methods and apparatus for measuring analytes |
US8349563B2 (en) | 2008-11-18 | 2013-01-08 | Life Technologies Corporation | Sequence amplification with target primers |
WO2010059742A1 (en) | 2008-11-18 | 2010-05-27 | Collabrx, Inc. | Individualized cancer treatment |
CA2747026A1 (en) | 2008-12-17 | 2010-07-08 | Life Technologies Corporation | Methods, compositions, and kits for detecting allelic variants |
US8790873B2 (en) | 2009-01-16 | 2014-07-29 | Affymetrix, Inc. | DNA ligation on RNA template |
CN102317475B (zh) | 2009-02-16 | 2014-07-16 | 阿霹震中科技公司 | 单链dna的不依赖模板的连接 |
US20100286143A1 (en) | 2009-04-24 | 2010-11-11 | Dora Dias-Santagata | Methods and materials for genetic analysis of tumors |
DK2511843T3 (en) | 2009-04-29 | 2017-03-27 | Complete Genomics Inc | METHOD AND SYSTEM FOR DETERMINING VARIATIONS IN A SAMPLE POLYNUCLEOTIDE SEQUENCE IN TERMS OF A REFERENCE POLYNUCLEOTIDE SEQUENCE |
EP2470669B1 (en) | 2009-08-25 | 2014-06-18 | Illumina, Inc. | Methods for selecting and amplifying polynucleotides |
US10072287B2 (en) | 2009-09-10 | 2018-09-11 | Centrillion Technology Holdings Corporation | Methods of targeted sequencing |
EP2494069B1 (en) * | 2009-10-30 | 2013-10-02 | Roche Diagniostics GmbH | Method for detecting balanced chromosomal aberrations in a genome |
US20110117559A1 (en) | 2009-11-13 | 2011-05-19 | Integrated Dna Technologies, Inc. | Small rna detection assays |
EP2504448B1 (en) | 2009-11-25 | 2016-10-19 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Methods and compositions for detecting genetic material |
US8964013B2 (en) | 2009-12-31 | 2015-02-24 | Broadcom Corporation | Display with elastic light manipulator |
WO2011100604A2 (en) | 2010-02-12 | 2011-08-18 | Raindance Technologies, Inc. | Digital analyte analysis |
EP2539450B1 (en) | 2010-02-25 | 2016-02-17 | Advanced Liquid Logic, Inc. | Method of making nucleic acid libraries |
WO2011123749A1 (en) | 2010-04-01 | 2011-10-06 | New England Biolabs, Inc. | Compositions and methods for adenylating oligonucleotides |
WO2011140510A2 (en) | 2010-05-06 | 2011-11-10 | Bioo Scientific Corporation | Oligonucleotide ligation, barcoding and methods and compositions for improving data quality and throughput using massively parallel sequencing |
US20110299645A1 (en) | 2010-06-07 | 2011-12-08 | Korea Hydro & Nuclear Power Co., Ltd. | Breeding Nuclear Fuel Mixture Using Metallic Thorium |
US20120003657A1 (en) | 2010-07-02 | 2012-01-05 | Samuel Myllykangas | Targeted sequencing library preparation by genomic dna circularization |
US9376709B2 (en) | 2010-07-26 | 2016-06-28 | Biomatrica, Inc. | Compositions for stabilizing DNA and RNA in blood and other biological samples during shipping and storage at ambient temperatures |
EP3572528A1 (en) | 2010-09-24 | 2019-11-27 | The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University | Direct capture, amplification and sequencing of target dna using immobilized primers |
US9353406B2 (en) | 2010-10-22 | 2016-05-31 | Fluidigm Corporation | Universal probe assay methods |
JP5907990B2 (ja) | 2010-12-17 | 2016-05-11 | ライフ テクノロジーズ コーポレーション | 核酸増幅のための方法、組成物、システム、装置およびキット |
KR20210131432A (ko) | 2010-12-30 | 2021-11-02 | 파운데이션 메디신 인코포레이티드 | 종양 샘플의 다유전자 분석의 최적화 |
WO2012103154A1 (en) | 2011-01-24 | 2012-08-02 | Nugen Technologies, Inc. | Stem-loop composite rna-dna adaptor-primers: compositions and methods for library generation, amplification and other downstream manipulations |
ES2625288T3 (es) | 2011-04-15 | 2017-07-19 | The Johns Hopkins University | Sistema de secuenciación segura |
BR112014005205A2 (pt) | 2011-09-07 | 2017-03-21 | X-Chem Inc | métodos para etiquetar bibliotecas codificadas com dna |
ES2729554T3 (es) | 2011-10-21 | 2019-11-04 | Chronix Biomedical | Biomarcadores de ácidos nucleicos en circulación asociados al cáncer colorrectal |
CA2862552A1 (en) | 2012-01-26 | 2013-08-01 | Nugen Technologies, Inc. | Compositions and methods for targeted nucleic acid sequence enrichment and high efficiency library generation |
EP3584327A1 (en) | 2012-01-27 | 2019-12-25 | The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University | Methods for profiling and quantitating cell-free rna |
US20130203635A1 (en) | 2012-02-06 | 2013-08-08 | Ronald T. Raines | Nucleic acid ligation method |
WO2013173472A1 (en) | 2012-05-15 | 2013-11-21 | Predictive Biosciences, Inc. | Methods of assessing chromosomal instabilities |
US11261494B2 (en) | 2012-06-21 | 2022-03-01 | The Chinese University Of Hong Kong | Method of measuring a fractional concentration of tumor DNA |
US9683230B2 (en) | 2013-01-09 | 2017-06-20 | Illumina Cambridge Limited | Sample preparation on a solid support |
WO2014110272A1 (en) | 2013-01-09 | 2014-07-17 | The Penn State Research Foundation | Low sequence bias single-stranded dna ligation |
EP2959016A4 (en) | 2013-02-21 | 2016-10-12 | Toma Biosciences Inc | METHOD, COMPOSITIONS AND NUCLEIC ACID ANALYSIS KITS |
US20140287937A1 (en) | 2013-02-21 | 2014-09-25 | Toma Biosciences, Inc. | Methods for assessing cancer |
US9217167B2 (en) | 2013-07-26 | 2015-12-22 | General Electric Company | Ligase-assisted nucleic acid circularization and amplification |
CN104946737B (zh) | 2013-12-11 | 2019-02-22 | 安可济控股有限公司 | 用于检测罕见序列变体的组合物和方法 |
US20190050530A1 (en) | 2016-02-09 | 2019-02-14 | Toma Biosciences, Inc. | Systems and Methods for Analyzing Nucleic Acids |
-
2011
- 2011-09-21 EP EP19172328.7A patent/EP3572528A1/en not_active Withdrawn
- 2011-09-21 MX MX2013003349A patent/MX346956B/es active IP Right Grant
- 2011-09-21 CA CA2810931A patent/CA2810931C/en active Active
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