JP2010075182A5

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Publication number: JP2010075182A5
Application number: JP2009239501A
Authority: JP
Filing date: 2009-10-16
Publication date: 2010-10-07
Anticipated expiration: 2018-10-23

Claims

配列番号：７から選択される蛋白質をコードする核酸を含む単離された核酸またはその相補体。
該核酸が、配列番号：６のヌクレオチド１９−２６３４を持つ核酸を含む請求項１記載の単離された核酸またはその相補体。
良性の家族性新生児痙攣（ＢＦＮＣ）、若年性ミオクローヌス癲癇（ＪＭＥ）またはローランド癲癇を引き起こす突然変異体ヒトＫＣＮＱ３ポリペプチドをコードする核酸を含む単離された核酸またはその相補体。
該単離された核酸がＢＦＮＣ、ＪＭＥまたはローランド癲癇を引き起こす突然変異を含み、ここに該突然変異が配列番号：６のヌクレオチド９４７におけるＴ、およびＫＣＮＱ３のｍＲＮＡにおける配列番号：９２の代替エキソンの存在よりなる群から選択される請求項３記載の単離された核酸。
該単離された核酸が、配列番号：７のコドン３１０におけるバリンをコードする請求項３記載の単離された核酸。
高ストリンジェンシー下で請求項１記載の核酸の全てまたは一部に特異的にハイブリダイズする核酸プローブ。
ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で請求項３記載の核酸の全てまたは一部に特異的にハイブリダイズし、ここに、該ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件が、該核酸プローブが配列番号：６によって定義される核酸にハイブリダイズすることを妨げる核酸プローブ。
ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で請求項４記載の核酸の全てまたは一部に特異的にハイブリダイズし、ここに、該ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件が、該核酸プローブが配列番号：６によって定義される核酸にハイブリダイズすることを妨げる核酸プローブ。
当該突然変異を含む核酸の全てまたは一部へのプローブのハイブリダイゼーションを可能とするが、該プローブの野生型ヒトＫＣＮＱ３へのハイブリダイゼーションを妨げるストリンジェントな条件下で、請求項７記載のプローブをＤＮＡまたはＲＮＡの患者の試料へハイブリダイズさせることを含み、ここに、ハイブリダイゼーションシグナルの存在が該突然変異の存在を示すことを特徴とするＢＦＮＣ、ＪＭＥまたはローランド癲癇を引き起こす突然変異の検出方法。
当該突然変異を含む核酸の全てまたは一部へのプローブのハイブリダイゼーションを可能とするが、該プローブの野生型ヒトＫＣＮＱ３へのハイブリダイゼーションを妨げるストリンジェントな条件下で、請求項８記載のプローブをＤＮＡまたはＲＮＡの患者の試料へハイブリダイズさせることを含み、ここに、ハイブリダイゼーションシグナルの存在が該突然変異の存在を示すことを特徴とするＢＦＮＣ、ＪＭＥまたはローランド癲癇を引き起こす突然変異の検出方法。
患者のＤＮＡまたはＲＮＡが増幅されており、該増幅されたＤＮＡまたはＲＮＡをハイブリダイズさせる請求項９記載の方法。
患者のＤＮＡまたはＲＮＡが増幅されており、該増幅されたＤＮＡまたはＲＮＡをハイブリダイズさせる請求項１０記載の方法。
ハイブリダイゼーションがイン・サイチュにて行われる請求項９記載の方法。
ハイブリダイゼーションがイン・サイチュにて行われる請求項１０記載の方法。
該突然変異が、配列番号：６のヌクレオチド９４７におけるＴの存在、またはＫＣＮＱ３のｍＲＮＡにおける配列番号：９２の代替エキソンの存在である請求項９または１０記載の方法。
突然変異の存在を同定する手段により行われ、ここに、該手段は、該突然変異につき検定するために一本鎖立体配座多形技術を用いることを含む、ＢＦＮＣ、ＪＭＥまたはローランド癲癇を引き起こすヒトＫＣＮＱ３における突然変異の存在を検出する方法。
該突然変異が、配列番号：６のヌクレオチド９４７におけるＴの存在、またはＫＣＮＱ３のｍＲＮＡにおける配列番号：９２の代替エキソンの存在である請求項１６記載の方法。
該突然変異が配列番号：６の９４７におけるＴであり、さらに該一本鎖立体配座多形技術が増幅された核酸を用い、ここに、該増幅された核酸が配列番号：１８および配列番号：１９のプライマーを用いて調製された請求項１７記載の方法。
突然変異の存在を同定する手段により行われ、ここに、該手段は、ヒトＫＣＮＱ３の全てまたは一部を配列決定することを含む、ＢＦＮＣ、ＪＭＥまたはローランド癲癇を引き起こすヒトＫＣＮＱ３における突然変異の存在を検出する方法。
該突然変異が、配列番号：６のヌクレオチド９４７におけるＴの存在、またはＫＣＮＱ３のｍＲＮＡにおける配列番号：９２の代替エキソンの存在である請求項１９記載の方法。
突然変異の存在を同定する手段により行われ、ここに、該手段は、ＲＮＡｓｅアッセイを行うことを含む、ＢＦＮＣ、ＪＭＥまたはローランド癲癇を引き起こすヒトＫＣＮＱ３における突然変異の存在を検出する方法。
該突然変異が、配列番号：６のヌクレオチド９４７におけるＴの存在、またはＫＣＮＱ３のｍＲＮＡにおける配列番号：９２の代替エキソンの存在である請求項２１記載の方法。
配列番号：７のポリペプチドの全てまたは一部に結合する抗体。
突然変異体ヒトＫＣＮＱ３ポリペプチドに結合するが、野生型ヒトＫＣＮＱ３ポリペプチドには結合せず、該突然変異体ポリペプチドがＢＦＮＣ、ＪＭＥまたはローランド癲癇を引き起こす抗体。
該突然変異体ポリペプチドが、配列番号：７のアミノ酸残基３１０におけるバリンを含む請求項２４記載の抗体。
患者からの蛋白質を含む試料を請求項２５記載の抗体と反応させることによって、該患者における突然変異体ＫＣＮＱ３ポリペプチドの存在につき検定することを含み、ここに、陽性反応の存在がＢＦＮＣ、ＪＭＥまたはローランド癲癇を示すことを特徴とするヒト患者においてＢＦＮＣ、ＪＭＥまたはローランド癲癇を診断する方法。
該突然変異体ＫＣＮＱ３が配列番号：７のアミノ酸残基３１０におけるバリンを含む請求項２６記載の方法。
該抗体が、モノクローナル抗体である請求項２７記載の方法。
ＢＦＮＣ、ＪＭＥまたはローランド癲癇を引き起こす突然変異を含む単離されたヒトＫＣＮＱ３ポリペプチド。
該突然変異が、配列番号：７のアミノ酸残基３１０におけるバリンである請求項２９記載のポリペプチド。
個体からのＫＣＮＱ３ポリペプチドの全てまたは一部を配列決定し、あるいは、個体に由来する核酸から合成されたＫＣＮＱ３ポリペプチドを配列決定することを含み、ここに、ＫＣＮＱ３におけるアミノ酸残基３１０におけるバリンの存在が、ＢＦＮＣ、ＪＭＥまたはローランド癲癇を示すことを特徴する、個体においてＢＦＮＣ、ＪＭＥまたはローランド癲癇を診断する方法。
ポリメラーゼ鎖反応によってＫＣＮＱ３のヌクレオチド配列を決定するための一本鎖ＤＮＡプライマーの対であって、ここに、該プライマーの配列はヒト染色体８ｑ２４に由来し、ここに、ポリメラーゼ鎖反応における該プライマーの使用の結果、ＫＣＮＱ３の配列の全てまたは一部を有するＤＮＡが合成される該対。
該対が、
（ａ）配列番号：５４および配列番号：５５、
（ｂ）配列番号：５６および配列番号：５７、
（ｃ）配列番号：５８および配列番号：５９、
（ｄ）配列番号：６０および配列番号：６１、
（ｅ）配列番号：６２および配列番号：６３、
（ｆ）配列番号：６４および配列番号：６５、
（ｇ）配列番号：６６および配列番号：６７、
（ｈ）配列番号：６８および配列番号：６９、
（ｉ）配列番号：７０および配列番号：７１、
（ｊ）配列番号：７２および配列番号：７３、
（ｋ）配列番号：７４および配列番号：７５、
（ｌ）配列番号：７６および配列番号：７７、
（ｍ）配列番号：７８および配列番号：７９、
（ｎ）配列番号：８０および配列番号：８１、
（ｏ）配列番号：８２および配列番号：８３、
（ｐ）配列番号：８４および配列番号：８５または、
（ｑ）配列番号：８６および配列番号：８７
から選択される請求項３２記載の一本鎖ＤＮＡプライマーの対。
配列番号：６の少なくとも８個の連続したヌクレオチドを有するＤＮＡを含む単離されたＤＮＡ。
配列番号：６の少なくとも１５個の連続したヌクレオチドを含む請求項３４記載の単離されたＤＮＡ。
配列番号：１１５−１２９のうちのいずれか１つの少なくとも８個の連続したヌクレオチドを有するＤＮＡを含む単離されたＤＮＡ。
配列番号：１１５−１２９のいずれか１つの少なくとも１５個の連続したヌクレオチドを有するＤＮＡを含む単離されたＤＮＡ。
配列番号：１１５−１２９のうちのいずれか１つから選択される配列を含む単離された核酸。
多型の存在を同定する手段により行われるＫＣＮＱ３における多型を検出する方法。
該多型が、配列番号：６のヌクレオチド８５２での多型、配列番号：６のヌクレオチド６７８での多型、配列番号：６のヌクレオチド７５０での多型、配列番号：６のヌクレオチド１０８９での多型または配列番号：６のヌクレオチド２５９８での多型から選択される請求項３９記載の方法。
該多型を含む核酸の全てまたは一部へのプローブのハイブリダイゼーションを可能とするが、該プローブの野生型ヒトＫＣＮＱ３へのハイブリダイゼーションを妨げるストリンジェントな条件下で、請求項７または請求項８記載のプローブをＤＮＡまたはＲＮＡの試料へハイブリダイズさせることを含み、ここに、ハイブリダイゼーションシグナルの存在が該多型の存在を示すことを特徴とする請求項３９記載の方法。
試料ＤＮＡまたはＲＮＡが増幅されており、該増幅されたＤＮＡまたはＲＮＡをハイブリダイズさせる請求項４１記載の方法。
ハイブリダイゼーションがイン・サイチュにて行われる請求項４１記載の方法。
該方法が、ＫＣＮＱ３を配列決定することを含む請求項３９記載の方法。
該突然変異につき検定するために一本鎖立体配座多形技術を用いることを含む請求項３９記載の方法。
ＲＮＡｓｅアッセイを行うことを含む請求項３９記載の方法。
ＫＣＮＱ３遺伝子の核酸配列における突然変異または欠失の存在もしくは不存在を検出する方法であって、
（ａ）ＫＣＮＱ３遺伝子を含むテスト試料を分析し；
（ｂ）配列番号：６を含むＫＣＮＱ３遺伝子を含む対照試料を分析し；
（ｃ）テスト試料の分析結果と対照試料の分析結果とを比較し、ここに、テスト試料と対照試料との差の存在の検出は、テスト試料中のＫＣＮＱ３遺伝子の核酸配列における突然変異または欠失の存在を示すか、あるいはテスト試料と対照試料との差の不存在の検出は、テスト試料中のＫＣＮＱ３遺伝子の核酸配列における突然変異または欠失の不存在を示すことを特徴とする該方法。
該突然変異が配列番号：６のヌクレオチド９４７におけるＴの存在、またはＫＣＮＱ３のｍＲＮＡにおける配列番号：９２の代替エキソンの存在である請求項４７記載の単離された核酸。
ＫＣＮＱ３ポリペプチドをコードする核酸配列における突然変異または欠失の存在もしくは不存在を検出する方法であって、
（ａ）ＫＣＮＱ３ポリペプチドをコードする核酸を含むテスト試料を分析し；
（ｂ）配列番号：７を含むＫＣＮＱ３ポリペプチドをコードする核酸配列を含む対照試料を分析し；
（ｃ）テスト試料の分析結果と対照試料の分析結果とを比較し、ここに、テスト試料と対照試料との差の存在の検出は、テスト試料中のＫＣＮＱ３ポリペプチドをコードする核酸配列における突然変異または欠失の存在を示すか、あるいはテスト試料と対照試料との差の不存在の検出は、テスト試料中のＫＣＮＱ３ポリペプチドをコードする核酸配列における突然変異または欠失の不存在を示すことを特徴とする該方法。
該突然変異が、配列番号：７のアミノ酸残基３１０でのバリンであることを特徴とする請求項４９記載の方法。