JP2012503985A5 - - Google Patents
Download PDFInfo
- Publication number
- JP2012503985A5 JP2012503985A5 JP2011529281A JP2011529281A JP2012503985A5 JP 2012503985 A5 JP2012503985 A5 JP 2012503985A5 JP 2011529281 A JP2011529281 A JP 2011529281A JP 2011529281 A JP2011529281 A JP 2011529281A JP 2012503985 A5 JP2012503985 A5 JP 2012503985A5
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- loci
- subject
- lupus
- variation
- prognosis
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 206010025135 Lupus erythematosus Diseases 0.000 claims 26
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 claims 15
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims 12
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 10
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 10
- 102100002932 UBE2L3 Human genes 0.000 claims 9
- 101710021996 UBE2L3 Proteins 0.000 claims 9
- 108010051539 HLA-DR2 Antigen Proteins 0.000 claims 7
- 108010064885 HLA-DR3 Antigen Proteins 0.000 claims 7
- 102100016182 IRAK1 Human genes 0.000 claims 7
- 101700063385 IRAK1 Proteins 0.000 claims 7
- 102100013276 IRF5 Human genes 0.000 claims 7
- 101700047673 IRF5 Proteins 0.000 claims 7
- 108010019992 STAT4 Transcription Factor Proteins 0.000 claims 7
- 102000005886 STAT4 Transcription Factor Human genes 0.000 claims 7
- 102100011846 TNFSF4 Human genes 0.000 claims 7
- 101710025695 TNFSF4 Proteins 0.000 claims 7
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims 7
- 230000000875 corresponding Effects 0.000 claims 6
- 238000004166 bioassay Methods 0.000 claims 5
- 230000002068 genetic Effects 0.000 claims 5
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims 4
- 108010092776 Autophagy-Related Protein 5 Proteins 0.000 claims 2
- 102000016614 Autophagy-Related Protein 5 Human genes 0.000 claims 2
- 102000014150 Interferons Human genes 0.000 claims 2
- 108010050904 Interferons Proteins 0.000 claims 2
- 229920000272 Oligonucleotide Polymers 0.000 claims 2
- 102100014221 PTTG1 Human genes 0.000 claims 2
- 101700005669 PTTG1 Proteins 0.000 claims 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims 2
- 229940079322 interferon Drugs 0.000 claims 2
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims 2
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims 2
- 102000003852 Autoantibodies Human genes 0.000 claims 1
- 108090000206 Autoantibodies Proteins 0.000 claims 1
- 101700080605 NUC1 Proteins 0.000 claims 1
- 102000020497 RNA-Binding Proteins Human genes 0.000 claims 1
- 108091022184 RNA-Binding Proteins Proteins 0.000 claims 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims 1
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 claims 1
- 238000000034 method Methods 0.000 claims 1
- 101700006494 nucA Proteins 0.000 claims 1
- 230000001225 therapeutic Effects 0.000 claims 1
Claims (25)
- 被検体においてループスを診断し又は予後予測するか又はループスの診断又は予後予測を助ける方法において、表2に記載された少なくとも3つのSLEリスク遺伝子座の各々におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで、
(a)生物学的試料は、表2に記載された少なくとも3つのSLEリスク遺伝子座を含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ、各遺伝子座はバリエーションを含み;
(b)各遺伝子座におけるバリエーションが表2に記載されたSNPを含むか、該SNPに対応するヌクレオチド位置に位置し;及び
(c)各遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの診断又は予後である方法。 - バリエーションが少なくとも4遺伝子座、又は少なくとも5遺伝子座、又は少なくとも7遺伝子座、又は少なくとも10遺伝子座、又は少なくとも12遺伝子座において、又は16遺伝子座において検出される請求項1に記載の方法。
- 3つのSLEリスク遺伝子座がPTTG1、ATG5及びUBE2L3である請求項1に記載の方法。
- 被検体においてループスのサブフェノタイプを診断し又は予後予測するか又はループスのサブフェノタイプの診断又は予後予測を助ける方法において、少なくとも3つのSLEリスク遺伝子座の各々におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料中において検出することを含み、ここで、
(a)生物学的試料はHLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAK1、STAT4、UBE2L3及びIRF5から選択される、少なくとも3つのSLEリスク遺伝子座を含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ、各遺伝子座はバリエーションを含み;
(b)各遺伝子座におけるバリエーションが表2に記載されたSNPを含むか、該SNPに対応するヌクレオチド位置に位置し;及び
(c)各遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの診断又は予後である方法。 - ループスのサブフェノタイプが、被検体から得た生物学的試料中における一又は複数のコントロール被検体と比較して、より高レベルのインターフェロン誘導性遺伝子発現によって少なくとも部分的に特徴づけられる請求項4に記載の方法。
- ループス治療剤での治療のためにループスに罹患している患者を選択する方法において、HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAK1、STAT4、UBE2L3及びIRF5から選択される少なくとも3つのSLEリスク遺伝子座の各々における表2に記載された一塩基多型(SNP)に対応するヌクレオチド位置における遺伝的変異の存在を検出することを含む方法。
- バリエーションが少なくとも4遺伝子座又は少なくとも5遺伝子座において、又は7遺伝子座において検出される請求項6に記載の方法。
- 各バリエーションが表2に記載されたSNPを含む請求項7に記載の方法。
- 検出が、プライマー伸長法;対立遺伝子特異的プライマー伸長法;対立遺伝子特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ;対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ;5’ヌクレアーゼアッセイ;分子ビーコン使用アッセイ;及びオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイから選択されるプロセスを実施することを含む請求項8に記載の方法。
- ループスが、一又は複数のコントロール被検体と比較して、被検体から得た生物学的試料中における一又は複数の治療のためのRNA結合タンパク質に対する自己抗体の存在、及び/又はより高レベルのインターフェロン誘導性遺伝子発現によって少なくとも部分的に特徴づけられるループスのサブフェノタイプである請求項6に記載の方法。
- 被検体にループスを発症するリスクがあるかどうかを評価する方法において、被検体から得た生物学的試料中において、ループスを発症するリスクを示す遺伝的サインの存在を検出することを含み、ここで、該遺伝的サインが少なくとも3つの一塩基多型(SNPs)のセットを含み、各SNPが表2に記載されたSLEリスク遺伝子座で生じている方法。
- 遺伝的サインが、少なくとも4つのSNP、又は少なくとも5つのSNP、又は少なくとも7つのSNP、又は少なくとも10のSNP、又は少なくとも12のSNP、又は16のSNPのセットを含む請求項11に記載の方法。
- SLEリスク遺伝子座が、HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAK1、STAT4、UBE2L3及びIRF5から選択される請求項11に記載の方法。
- SLEリスク遺伝子座がPTTG1、ATG5及びUBE2L3である請求項11に記載の方法。
- 被検体にコントロール被検体と比較して高レベルのインターフェロン誘導性遺伝子発現によって特徴づけられるループスを発症するリスクがあるかどうかを評価する方法において、被検体から得た生物学的試料中において、リスクを示す遺伝的サインの存在を検出することを含み、ここで、該遺伝的サインが少なくとも3つの一塩基多型(SNPs)のセットを含み、各SNPがSLEリスク遺伝子座で生じており、各SLEリスク遺伝子座がHLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAK1、STAT4、UBE2L3及びIRF5から選択される方法。
- 被検体においてループスを予後予測する方法において、HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAK1、STAT4、UBE2L3、及びIRF5の各々におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで各遺伝子座におけるバリエーションが表2に記載されたSNPを含むか、該SNPに対応するヌクレオチド位置に位置し、少なくとも2つの遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの予後を示す方法。
- 少なくとも3つの遺伝子座、又は少なくとも4つの遺伝子座、又は少なくとも5つの遺伝子座、又は少なくとも6つの遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの予後を示す請求項16に記載の方法。
- 予後が、少なくとも2つの遺伝子座においてバリエーションの存在を欠いた被検体と比較した、被検体におけるループスのより早い年齢の診断の危険性の増加である請求項16に記載の方法。
- 被検体においてループスの予後予測を助ける方法であって、HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAK1、STAT4、UBE2L3、及びIRF5の各々におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで各遺伝子座におけるバリエーションが表2に記載されたSNPを含むか、該SNPに対応するヌクレオチド位置に位置し、少なくとも2つの遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの予後を示す方法。
- 少なくとも3つの遺伝子座、又は少なくとも4つの遺伝子座、又は少なくとも5つの遺伝子座、又は少なくとも6つの遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの予後を示す請求項19に記載の方法。
- 予後が、少なくとも2つの遺伝子座においてバリエーションの存在を欠いた被検体と比較した、被検体におけるループスのより早い年齢の診断の危険性の増加である請求項19に記載の方法。
- 被検体においてループスのサブフェノタイプを予後予測するか又はループスのサブフェノタイプの予後予測を助ける方法であって、HLA-DR3、HLA-DR2、TNFSF4、IRAK1、STAT4、UBE2L3、及びIRF5の各々におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで各遺伝子座におけるバリエーションが表2に記載されたSNPを含むか、該SNPに対応するヌクレオチド位置に位置し、少なくとも2つの遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスのサブフェノタイプの予後を示す方法。
- 少なくとも3つの遺伝子座、又は少なくとも4つの遺伝子座、又は少なくとも5つの遺伝子座、又は少なくとも6つの遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスのサブフェノタイプの予後を示す請求項22に記載の方法。
- 予後が、少なくとも2つの遺伝子座においてバリエーションの存在を欠いた被検体と比較した、ループスのサブフェノタイプのより早い年齢の診断の危険性の増加である請求項22に記載の方法。
- ループスのサブフェノタイプが、被検体から得た生物学的試料中における一又は複数のコントロール被検体と比較して、より高レベルのインターフェロン誘導性遺伝子発現によって少なくとも部分的に特徴づけられる請求項22に記載の方法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US10065908P | 2008-09-26 | 2008-09-26 | |
US61/100,659 | 2008-09-26 | ||
PCT/US2009/058478 WO2010036960A2 (en) | 2008-09-26 | 2009-09-25 | Methods for treating, diagnosing, and monitoring lupus |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2012503985A JP2012503985A (ja) | 2012-02-16 |
JP2012503985A5 true JP2012503985A5 (ja) | 2012-11-15 |
Family
ID=42060417
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2011529281A Pending JP2012503985A (ja) | 2008-09-26 | 2009-09-25 | ループスの治療、診断、モニタリング方法 |
Country Status (11)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20100099101A1 (ja) |
EP (1) | EP2344674A4 (ja) |
JP (1) | JP2012503985A (ja) |
KR (1) | KR20110081161A (ja) |
CN (1) | CN102224258A (ja) |
AU (1) | AU2009296393A1 (ja) |
BR (1) | BRPI0913778A2 (ja) |
CA (1) | CA2736373A1 (ja) |
IL (1) | IL211462A0 (ja) |
MX (1) | MX2011003273A (ja) |
WO (1) | WO2010036960A2 (ja) |
Families Citing this family (18)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2009147281A (ru) * | 2007-05-21 | 2011-06-27 | Дженентек, Инк. (Us) | Способы и композиции для диагностики и лечения волчанки |
BR112012007778A2 (pt) * | 2009-10-07 | 2020-08-11 | Genentech, Inc. | método para identificar lúpus, método para avaliar se um sujeito está em risco de desenvolver lúpus, medicamentos para tratar uma condição de lupus, método e usos de um agente terapêutico. |
ES2626000T3 (es) | 2009-11-02 | 2017-07-21 | University Of Washington | Composiciones terapéuticas de nucleasas y métodos |
CN102465170A (zh) * | 2010-11-05 | 2012-05-23 | 复旦大学附属华山医院 | 一种检测bank1基因单核苷酸多态性的方法 |
BR112013020498A2 (pt) * | 2011-02-10 | 2016-08-09 | Genqual Corp | método para determinar a capacidade de resposta a inibidores e para tratamento de um sujeito |
IL300276B1 (en) | 2011-04-29 | 2024-07-01 | Univ Washington | Therapeutic nuclease preparations and methods |
CN102360016A (zh) * | 2011-07-21 | 2012-02-22 | 南京工业大学 | 流式微球法对SLE的Sm-RNP抗体检测试剂盒的制备 |
KR20150064066A (ko) * | 2012-10-08 | 2015-06-10 | 에프. 호프만-라 로슈 아게 | Irf5에 결합하는 세포 침투 펩티드 |
KR101491214B1 (ko) * | 2012-10-10 | 2015-02-06 | 가톨릭대학교 산학협력단 | 1q25.1(RABGAP1L) 위치, 6p21.32 (C4) 위치 및 10q21.3위치의 DNA 복제 수 변이 검출용 프라이머를 포함하는 전신성 홍반성 루푸스 발병 위험도 예측용 조성물 |
WO2014058254A1 (ko) * | 2012-10-10 | 2014-04-17 | 가톨릭대학교 산학협력단 | 1q25.1(RABGAP1L) 위치, 6P21.32 (C4) 위치 및 10q21.3위치의 DNA 복제 수 변이 검출용 프라이머를 포함하는 전신성 홍반성 루푸스 발병 위험도 예측용 조성물 |
RU2680270C2 (ru) * | 2013-02-08 | 2019-02-19 | Аллегени-Сингер Рисерч Инститьют | Клеточно-связанные продукты активации комплемента в качестве диагностических биомаркеров волчанки в доклинической стадии |
US20140278133A1 (en) * | 2013-03-15 | 2014-09-18 | Advanced Throughput, Inc. | Systems and methods for disease associated human genomic variant analysis and reporting |
CN103397103B (zh) * | 2013-08-26 | 2016-04-20 | 中国人民解放军第三军医大学第三附属医院 | 一种检测socs家族基因标签单核甘酸多态性位点的方法及试剂盒 |
WO2015066557A1 (en) | 2013-10-31 | 2015-05-07 | Resolve Therapeutics, Llc | Therapeutic nuclease molecules with altered glycosylation and methods |
EP2886140A1 (en) | 2013-12-17 | 2015-06-24 | University of Limerick | An apparatus for the extracorporeal treatment of blood |
US20170269075A1 (en) * | 2014-05-12 | 2017-09-21 | Biogen Ma Inc. | Biomarkers predictive of lupus progression and uses thereof |
CN109790526A (zh) | 2016-07-01 | 2019-05-21 | 分解治疗有限责任公司 | 优化的二核酸酶融合体和方法 |
EP4401849A1 (en) * | 2021-10-18 | 2024-07-24 | Karsten Manufacturing Corporation | Golf club sensor housing |
Family Cites Families (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US7022476B2 (en) * | 2002-02-26 | 2006-04-04 | New York Society For Ruptured And Crippled Maintaining The Hospital For Special Surgery | Human FcγRIIB gene polymorphisms for assessing development of systemic lupus erythematosus and compositions for use thereof |
US20070269827A1 (en) * | 2006-05-18 | 2007-11-22 | Oklahoma Medical Research Foundation | Predicting and Diagnosing Patients With Autoimmune Disease |
RU2009147281A (ru) * | 2007-05-21 | 2011-06-27 | Дженентек, Инк. (Us) | Способы и композиции для диагностики и лечения волчанки |
WO2010100113A1 (en) * | 2009-03-03 | 2010-09-10 | Merck Serono S.A. | Bank1 related snps and sle and/or ms susceptibility |
-
2009
- 2009-09-25 CA CA2736373A patent/CA2736373A1/en not_active Abandoned
- 2009-09-25 BR BRPI0913778A patent/BRPI0913778A2/pt not_active IP Right Cessation
- 2009-09-25 MX MX2011003273A patent/MX2011003273A/es unknown
- 2009-09-25 US US12/567,669 patent/US20100099101A1/en not_active Abandoned
- 2009-09-25 JP JP2011529281A patent/JP2012503985A/ja active Pending
- 2009-09-25 AU AU2009296393A patent/AU2009296393A1/en not_active Abandoned
- 2009-09-25 EP EP09816951A patent/EP2344674A4/en not_active Withdrawn
- 2009-09-25 CN CN200980146949XA patent/CN102224258A/zh active Pending
- 2009-09-25 WO PCT/US2009/058478 patent/WO2010036960A2/en active Application Filing
- 2009-09-25 KR KR1020117006867A patent/KR20110081161A/ko not_active Application Discontinuation
-
2011
- 2011-02-28 IL IL211462A patent/IL211462A0/en unknown
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP2012503985A5 (ja) | ||
Ruggiero et al. | Genetics of VEGF serum variation in human isolated populations of cilento: importance of VEGF polymorphisms | |
JP2014533949A5 (ja) | ||
JP2010528590A5 (ja) | ||
CN107475371B (zh) | 发现药物基因组生物标志物的方法 | |
JP2009509508A5 (ja) | ||
JP2010508042A5 (ja) | ||
JP2018038436A5 (ja) | ||
JP2010075182A5 (ja) | ||
JP2011520433A5 (ja) | ||
JP2011528903A5 (ja) | ||
RU2018122965A (ru) | Улучшенный способ и набор для определения тяжести и прогрессирования периодонтального заболевания | |
JP2013544536A5 (ja) | ||
WO2017004189A1 (en) | Single nucleotide polymorphism in hla-b*15:02 and use thereof | |
Kim et al. | Gene-based copy number variation study reveals a microdeletion at 12q24 that influences height in the Korean population | |
JP2013507127A5 (ja) | ||
TW201345919A (zh) | 探針、微陣列、探針群組、β地中海型貧血檢測套組、β血球蛋白基因變異檢測用套組、多態性檢測用微陣列探針對的評價方法以及基因型判別顯示程式 | |
RU2016131167A (ru) | Способы лечения, диагностики и мониторинга волчанки | |
WO2011088306A1 (en) | Methods of using genetic variants to diagnose crohn's disease | |
EP2689034B1 (en) | Role of ifng methylation in inflammatory bowel disease | |
WO2011020906A3 (en) | sPLA2 IIA POLYMORPHISM ANALYSIS FOR THE DIAGNOSIS/PROGNOSIS OF A CARDIOVASCULAR DISEASE/EVENT | |
JP2006521812A5 (ja) | ||
EP3315613B1 (en) | Methods and kits for diagnosing or assessing the risk of cervical cancer | |
Savarese et al. | Enhancer chip: detecting human copy number variations in regulatory elements | |
KR101724130B1 (ko) | 장 베체트병 진단용 바이오마커 및 이의 용도 |