JP2008538899A - L−アミノ酸の発酵的製造方法 - Google Patents
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Abstract
本発明では、アラニントランスアミナーゼの活性を減少させるか排除することにより、特にアミノ酸L-バリン、L-リジンおよびL-イソロイシンが高い収量で酸性される。
さらに、配列番号1の101〜1414番目の配列における核酸が、アラニントランスアミナーゼ遺伝子をコードする配列として同定された。これを用いることによりL-アラニンを製造することができる。
Description
図はプラスミドを示す:
図1:実施例3における、アラニントランスアミナーゼ遺伝子の活性を解析するためのプラスミド、
図2:実施例4における、アラニントランスアミナーゼ遺伝子の欠失用に使用されるプラスミド
さらに、以下:
配列番号1:アラニントランスアミナーゼをコードする遺伝子配列
配列番号2:アラニントランスアミナーゼのアミノ酸配列
を示す。
アラニントランスアミナーゼ遺伝子の排除は、欠失または破壊により行うことができる。
− アラニントランスアミナーゼ遺伝子をコードする配列における突然変異、および/または
− アラニントランスアミナーゼの発現の低下、および/または
− アラニントランスアミナーゼに連結したプロモーターの減少または排除、および/または
− アラニントランスアミナーゼ遺伝子に連結した開始コドンの突然変異または欠失、および/または
− 例えば、アラニントランスアミナーゼの触媒中心を遮断する基質の添加、または、例えば突然変異を引き起こす化学的な置換による、前記触媒中心の遮断。
- アセトヒドロキシ酸シンターゼをコードするilvBN遺伝子、
- 異性体レダクターゼ(Isomeroreduktase)をコードするilvC遺伝子
- デヒドラターゼをコードするilvD遺伝子
- トランスアミナーゼCをコードするilvE遺伝子
から選択される1種またはそれ以上の遺伝子を増大、特に、過剰発現させるか、または、これらの遺伝子の対立遺伝子、特に、
- フィードバック抵抗性のアセトヒドロキシ酸シンターゼをコードする遺伝子ilvBN遺伝子
を増大させるかまたは過剰発現させるのが有利である。
- パントテン酸塩の合成をコードするpanBCD遺伝子
- リポ酸の合成をコードするlipAB遺伝子
- ピルビン酸デヒドロゲナーゼをコードするaceE、aceF、1pD遺伝子
- ATPシンターゼAサブユニット、ATPシンターゼBサブユニット、ATPシンターゼCサブユニット、ATPシンターゼアルファサブユニット、ATPシンターゼガンマサブユニット、ATPシンターゼサブユニット、ATPシンターゼイプシロンサブユニット、ATPシンターゼデルタサブユニットの遺伝子、
から選択される1種またはそれ以上の遺伝子を不活化または減少させるのが、L-バリンの産出に有利である。
PCR反応を用いて、アラニントランスアミナーゼ遺伝子を含むDNA断片を増幅させた。以下のプライマーを使用した:
orf234-for:
5’- ATGGTA(GGTCTC)AAATGACTACAGACAAGCGCAAAACCT -3’
orf234rev:
5’- ATGGTA(GGTCTC)AGCGCTCTGCTTGTAAGTGGACAGGAAG -3’
前記のプライマーはMWG Biotech AG(Anzinger Str. 7a, D-85560 エバースベルク)により合成され、PCR反応は適切な標準的プロトコールに従って実施された(Innis et al . PCR Protocols. A guide to Methods and Applications. 1990. Academic Press)。該プライマーにより、アラニントランスアミナーゼをコードする約1.3 kbのDNA断片が得られた。さらに、該プライマーは制限酵素BsaIの切断部位を含み、それは前記のヌクレオチド配列においてカッコで記載されている。
プラスミドの単離後、制限酵素消化およびゲル電気泳動解析により、得られたプラスミドの特性を解析した。回収したプラスミドはpASK-IBA-3Corf234と命名した。これは図1に示す。
pASK-IBA-3Corf234を有するE. coli DH5を、25 mg/Lのクロラムフェニコールを含む100 mLのLB中で、光学密度が0.5になるまで30℃で培養した。その後、ジメチルホルムアミド1 mLあたり2 mgの無水テトラサイクリンを含む無水テトラサイクリン溶液を0.01 mL添加した。培養液を30℃で3時間インキュベートした。引き続いて、5000rpm、4℃で12分間遠心分離を行うことにより細胞を回収した。その後、細胞ペレットを洗浄バッファー(100 mM トリヒドロキシメチルアミノメタン、1 mM エチレンジアミンテトラ酢酸、pH 8)に再懸濁し、エッペンドルフ反応チューブに移した。超音波破砕機(Branson Sonifier W-250、 Branson Sonic Power Company製、ダンベリー、米国;超音波処理時間 10分、パルス長 20 %、超音波処理強度 2)により、細胞破砕を0℃で行った。超音波処理の後に、細胞の破片を遠心分離(30分、13000rpm、4℃)により取り除き、上清を粗製抽出物として回収した。
酵素試験の反応液は、1 mLの全容量中に、0.25 M Tris/HCl(pH 8)を0.2 ml、アラニントランスアミナーゼ蛋白質を0.005 mlおよび2.5 mM ピリドキサルリン酸塩を0.1 ml、並びに、40 mM ピルビン酸塩を0.1 mlおよび0.5 M L-グルタミン酸塩を0.1 ml、または40 mMピルビン酸塩を0.1 mlおよび0.5 Mアスパラギン酸塩を0.1 ml、または40 mM ピルビン酸塩を0.1 mlおよび0.5 M α-アミノ-ブチレートを0.1 ml、または40 mM ピルビン酸塩を0.1 mlおよび0.5 M L-グルタミン酸塩を0.1 ml(アラニントランスアミナーゼ蛋白質を含まない)、を含んでいた。エッペンドルフ社(ハンブルク)製のサーマルサイクラー5436において、30℃で酵素試験を行った。蛋白質の添加により反応を開始させた。30μLの停止剤(水における6.7%(v/v)の過塩素酸(70 %)、40 % (v/v)のエタノール(95 %))を各50μLの試験反応液に添加することにより、酵素試験を停止させた。形成したアミノ酸の逆相HPLCによる確認のためのサンプルを調製するために、20μLの中和バッファー(20 mM Tris、2.3 M 炭酸二カリウム、pH 8)を添加した。過塩素酸の中和により沈殿した沈殿物について遠心分離(13000 rpm、10分)を行い、上清を様々に希釈したものをHPLCを用いる定量化に使用した。これは、記載されるように(Hara et al. 1985, Analytica Chimica Acta 172:167-173)、O-フタルジアルデヒドを用いる自動誘導化の後に行われた。表1に示すように、単離された蛋白質は、ピルビン酸塩からアラニンへのL-グルタミン酸、L-アスパラギン酸およびα-アミノブチレートに依存するアミノ化を触媒する。
表1
PCR反応を用いて、アラニントランスアミナーゼ遺伝子の側に位置する2個のDNA断片を増幅させた。以下のプライマー:
Del234_1:
5’- CG(GGATCC)CATGCAACCGATCTGGTTTTGTG - 3’
Del234_2:
5’- CCCATCCACTAAACTTAAACAGCGCTTGTCTGTAGTCACCCG - 3’
Del234_3:
5’- TGTTTAAGTTTAGTGGATGGGCGCCTGGGTAACTTCCTGTCC - 3’
Del234_4:
5’- CG(GGATCC)GATTGATCATGTCGAGGAAAGCC - 3’
を使用した。
プラスミドの単離後、制限酵素消化およびゲル電気泳動解析により、得られたプラスミドの特性を解析した。得られたプラスミドはpk19mobsacB-orf234と命名した。これは図2に示す。
Ko_delorf234_for:
5’- CTGGGTATTCGCCACGGACGT - 3’
Ko_delorf234_rev:
5’- TCGGCGGTGTCAAAAGCATTGC - 3’
を使用した。
前記のプライマーはMWG Biotechにより合成され、PCR反応は適切な標準的プロトコールに従って実施された(Innis et al . PCR Protocols. A guide to Methods and Applications. 1990. Academic Press)。1 kBの大きさのDNA断片の増幅により、アラニントランスアミナーゼ遺伝子の欠失が確認された。得られた株は13032ΔpanBCΔalaTと命名した。
13032ΔpanBCΔalaT株およびコントロール株の13032ΔpanBCを、30℃でCGIII培地(Menkel et al. 1989, Appl . Environ. Microbiol . 55:684-8)中において培養した。そして、光学密度1においてこのCGXII培地を播種した。CGXII培地には、1Lあたり以下:20 gの(NH4)2SO4、5 gの尿素、1 gのKH2PO4、1 gのK2HPO4、0.25 gのMg2O4*7 H2O、42 gの3-モルホリノプロパンスルホン酸、10 mgのCaCl2、10 mgのFeSO4*7 H2O、10 mgのMnSO4* H2O、1 mgのZnSO4*7 H2O、0.2 mgのCuSO4、0.02 mgのNiCl2*6 H2O、0.2 mgのビオチン、40 gのグルコース、0.5μMのパントテン酸塩、および0.03 mgのプロトカテキュ酸、が含まれる。培地を30℃、120 rpm/分においてインキュベートし、56時間後に、培地中におけるアラニンの蓄積およびL-バリンの蓄積をHPCLを用いて測定した。これは、記載されるように(Hara et al . 1985, Analytica Chimica Acta 172:167-173)、o-フタルジアルデヒドを用いて行った。測定したアラニン濃度およびL-バリン濃度を表2に示す。
表2
Claims (29)
- アラニントランスアミナーゼ活性を低下させるかまたは排除し、あるいはアラニン産生を低下させるかまたは排除することを特徴とする、L-アミノ酸の微生物的製造方法。
- アラニントランスアミナーゼ遺伝子を欠失させるかまたは破壊することを特徴とする、請求項1記載の方法。
- アラニントランスアミナーゼをコードする配列に突然変異させることを特徴とする、請求項1または2のいずれか1つに記載の方法。
- アラニントランスアミナーゼの発現を低下させるかまたは排除することを特徴とする、請求項1〜3のいずれか1つに記載の方法。
- アラニントランスアミナーゼ遺伝子に連結したプロモーターを減少させるかまたは排除するかまたは弱いプロモーターと交換することを特徴とする、請求項1〜4のいずれか1つに記載の方法。
- アラニントランスアミナーゼ遺伝子に連結した開始コドンの活性を低下させるかまたは排除するかまたは弱い開始コドンと交換することを特徴とする、請求項1〜5のいずれか1つに記載の方法。
- アラニントランスアミナーゼの触媒中心を遮断することを特徴とする、請求項1〜6のいずれか1つに記載の方法。
- 以下の群:
アセトヒドロキシ酸シンターゼをコードするilvBN遺伝子、
異性体レダクターゼをコードするilvC遺伝子、
デヒドラターゼをコードするilvD遺伝子、
トランスアミナーゼCをコードするilvE遺伝子、
フィードバック抵抗性のアセトヒドロキシ酸シンターゼをコードする遺伝子ilvBN遺伝子、
から選択される少なくとも1種の構成要素を増大または過剰発現させることを特徴とする、請求項1〜7のいずれか1つに記載の方法。 - 以下の群:
−パントテン酸塩の合成をコードするpanBCD遺伝子
−リポ酸の合成をコードするlipAB遺伝子
−ピルビン酸デヒドロゲナーゼをコードするaceE、aceF、1pD遺伝子
−ATPシンターゼAサブユニット、ATPシンターゼBサブユニット、ATPシンターゼCサブユニット、ATPシンターゼアルファサブユニット、ATPシンターゼガンマサブユニット、ATPシンターゼサブユニット、ATPシンターゼイプシロンサブユニット、ATPシンターゼデルタサブユニットの遺伝子、
から選択される少なくとも1種の構成要素を不活化させるかまたはその活性を減少させることを特徴とする、請求項1〜10のいずれか1つに記載の方法。 - コリネ型細菌が使用されることを特徴とする、請求項1〜9のいずれか1つに記載の方法。
- コリネバクテリウム属の細菌が使用されることを特徴とする、請求項10記載の方法。
- 以下の群:
コリネバクテリウム・グルタミカム ATCC13032、
コリネバクテリウム・アセトグルタミカム ATCC15806、
コリネバクテリウム・アセトアシッドフィラムATCC13870、
コリネバクテリウム・サーモアミノゲン FERM BP-1539、
ブレビバクテリウム・フラバム ATCC14067、
ブレビバクテリウム・ラクトフェルメンタム ATCC13869、および
ブレビバクテリウム・ディバリカタム ATCC14020
から選択される生物が使用されることを特徴とする、請求項10または11のいずれか1つに記載の方法。 - L-バリン、L-イソロイシンまたはL-リジンが製造されることを特徴とする、請求項1〜12のいずれか1つに記載の方法。
- 配列番号1のヌクレオチド101〜1414によるヌクレオチド配列。
- 配列番号1のヌクレオチド101〜1414によるアラニントランスアミナーゼ遺伝子を含有する遺伝子構造体。
- 突然変異させることを特徴とする、請求項15記載の遺伝子構造体。
- 核酸の挿入および/または欠失および/または交換によって突然変異させることを特徴とする、請求項16記載の遺伝子構造体。
- 請求項15〜17のいずれか1つに記載の遺伝子構造体または請求項14記載のヌクレオチド配列を含有するベクター。
- プラスミド、ファージまたはウイルスであることを特徴とする、請求項18記載のベクター。
- 請求項15〜17のいずれか1つに記載の遺伝子構造体または請求項14記載のヌクレオチド配列を含有する染色体。
- アラニントランスアミナーゼ遺伝子が部分的にまたは完全に欠失していることを特徴とする、請求項20記載の染色体。
- 請求項15〜17のいずれか1つに記載の遺伝子構造体および/または請求項18または19のいずれか1つに記載のベクターおよび/または請求項20または21のいずれか1つに記載の染色体または請求項14記載のヌクレオチド配列を含有する組み換え細胞。
- 請求項16または17のいずれか1つに記載の改変の前に既に、L-リジン、L-バリンまたはL-イソロイシンを産生していることを特徴とする、請求項22記載の組み換え細胞。
- コリネバクテリウムであることを特徴とする、請求項22または23のいずれか1つに記載の組み換え細胞。
- コリネバクテリウム・グルタミカムであることを特徴とする、請求項24記載の組み換え細胞。
- 以下の群:
コリネバクテリウム・グルタミカム ATCC13032、
コリネバクテリウム・アセトグルタミカム ATCC15806、
コリネバクテリウム・アセトアシッドフィラムATCC13870、
コリネバクテリウム・サーモアミノゲン FERM BP-1539、
ブレビバクテリウム・フラバム ATCC14067、
ブレビバクテリウム・ラクトフェルメンタム ATCC13869、および
ブレビバクテリウム・ディバリカタム ATCC14020
から選択される生物であることを特徴とする、請求項25記載の組み換え細胞。 - 請求項15記載の遺伝子構造体または請求項14記載のヌクレオチド配列をアラニンの製造に使用する方法。
- アラニントランスアミナーゼ遺伝子の内部配列またはアラニントランスアミナーゼ遺伝子の3’末端および5’末端付近の配列を含むプラスミド。
- 配列番号2の配列によって特徴付けられるアラニントランスアミナーゼ。
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