JP2007185200A - 核酸増幅コントロール - Google Patents
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Abstract
【解決手段】核酸増幅のためのポジティブコントロールとして非病原性の微生物を含む組成物を製造するための方法であって、(a)表面タンパク質およびインタクトな核成分を含む精製した微生物を提供するための工程(b)該核成分を実質的にインタクトに保ちつつ1以上の表面タンパク質を不可逆的に改変して、しれによって該微生物が非病原性となる工程;および(c)生物学的流体または合成生物学的流体を含む液体マトリックスに該微生物を懸濁する工程を包含し、ここで、該組成物は、核酸増検出試験においてポジティブ内部コントロールとして有用である、方法。
【選択図】なし
Description
本発明は、一般的に、生物学的サンプル中のウイルス検出の領域に関する。よ
り詳細には、本発明は、核酸増幅方法によるウイルス検出において、信頼性のあ
るコントロールとして機能し得る組成物に関する。
生物学的サンプル中のウイルス(例えば、ヒト免疫不全ウイルス(HIV))
の存在は、代表的に、間接的な方法によって、すなわち、特定のウイルスまたは
ウイルス成分に対する抗体を検出することによって、同定される。この検出方法
は、微量のウイルスを検出するその能力によって制限される。なぜなら、抗体は
、代表的に、ウイルスが体内でかなり増殖するかまたはかなり再生される後まで
、検出可能なレベルで出現しないからである。従って、例えば、輸血のための血
液供給物をスクリーニングする方法において、既存の間接的な方法は、感染した
血液を十分にスクリーニングし得ない。初期段階でウイルス感染を診断するため
の努力において、生物学的サンプル中のウイルスを検出し、そして定量するため
に核酸増幅技術が開発されている。このような技術としては、ポリメラーゼ連鎖
反応(PCR)、転写媒介増幅(TMA)、核酸のシグナルに基づく増幅(nu
cleic acid signal based amplificatio
n)(NASBA)、およびリガーゼ連鎖反応(LCR)が挙げられる。これら
の技術は、ウイルス感染の診断および処置の間に感染個体中に負荷されたウイル
スをモニターするのに、有用である。さらに、これらの技術は、輸血前に血液を
スクリーニングする場合に、有用である。
ica’s Blood Centersの16室の研究室は、非常に初期段階
でのウイルス感染を検出するように設計された新規遺伝子試験を用いて、1型ヒ
ト免疫不全ウイルス(HIV)およびC型肝炎ウイルスについてドナー血液を試
験し始めた。これらの試験(核酸試験(NAT)を称される)は、血液ドナーの
身体が免疫応答を高める前に、少量のウイルスを検出し得る。NATの能力とは
、抗体の存在について間接的に試験するよりも、ウイルスゲノム核酸について直
接試験することによって感染の存在を検出するその能力である。さらに、NAT
が臨床検体において50ウイルス粒子という低さで検出し得るという点で、NA
Tは、HIV p24抗原検出アッセイのような他の直接的検出方法よりも、は
るかにより感度がよい。NATは、潜在的に、感染の約10日後に血液中のHI
Vを検出し得る。米国食品医薬品局(FDA)は、血液銀行にNAT試験を始め
ること、および病院にNATスクリーニングされた血液を使用することを、強く
奨励している(Kornmanら,1999,Cancer Control,
Volume 6,Number 5)。
イルス(HCV)およびB型肝炎ウイルス(HBV)の試験について利用可能で
ある(例えば、Roche Diagnostics(Indianapoli
s,IN)、National Genetics Institute,In
c.(Los Angeles,CA)、Bayer Corporation
(Tarrytown,NY)およびGen−Probe,Inc.(San
Diego,CA)によって販売されるキットおよびサービス)。これらのキッ
トおよび試験サービスは、複数のアッセイを使用し、ここで、最初の工程は、標
的核酸の抽出または部分的な精製であり、続いて、その核酸の増幅および検出で
ある。従って、NATに基づく検出のために開発されたポジティブコントロール
は:1)感染個体由来の血漿または血清であり、そして2)合成核酸およびクロ
ーン化された核酸である。これらのコントロールは、いくつかの欠点を有する。
例えば、感染個体由来の血漿または血清は診断手順中の全工程に対して完全な処
理コントロールとして機能するが、これは、感染性物質を含み、そして冷蔵庫の
温度(2〜8℃)にて安定ではない。合成核酸またはクローン化された核酸は、
抽出工程に対するコントロールとしては機能せず、従って、完全な処理コントロ
ールではない。さらに、合成核酸およびクローン化された核酸は、ヌクレアーゼ
に極度に感受性であり、ゆえに、操作に特別の注意が必要とされる。ヌクレアー
ゼ耐性「強化(armored)RNA」が開発された。しかし、この強化材料
は、インタクトなウイルス粒子内に含まれず、従って、ウイルス感染血漿と同様
に抽出されない。従って、強化材料は、抽出処理に対するコントロールとして機
能せず、さらにTMAでもLCRでも増幅しない。
tion and Research(CBER)の支部は、HIV NATコ
ントロール材料についてのガイドラインを発表した。このガイドライン(Gui
dance for Industry,In the Manufactur
e and Clinical Evaluation of in vitr
o Tests to Detect Nucleic Acid Seque
nces of Human Immunodeficiency Virus
es Types 1 and 2,BBS,FDA,CBER,1999年1
2月)は、NATに基づくキットに対するコントロールおよび検定物質の形式お
よび性能についての、FDAの推奨を提供する。これらのガイドラインに従って
、コントロール材料は、完全な処理コントロールとして機能するべきであり、す
なわち、コントロール材料は、サンプル操作および検出処理の全工程に対するコ
ントロールとして機能するべきである。さらに、このガイドラインのもと、材料
は、非感染性であり、かつ十分に検証された微生物に基づくべきである。従って
、理想的なコントロールは、超遠心工程、抽出工程、増幅工程、ハイブリダイゼ
ーション工程、定量工程、および可能性のある夾雑の指標を提供するべきである
。
れた欠点を考慮すると、ウイルス検出技術の領域において、完全な処理コントロ
ールとして機能し得、冷蔵庫の温度で安定であり、そして操作するのに安全であ
るポジティブコントロールを開発する必要性がある。
性の完全な処理ポジティブコントロールを提供することである。
することである。
ンプルをスクリーニングする方法を提供することである。
ントロール材料として使用される、破壊されていない不活化微生物粒子を含む本
発明によって満たされる。コントロール材料は、破壊されていない不活化微生物
を含み、そして安定化された血漿マトリックス中に処方され得る。コントロール
材料は非感染性であり、不凍保存(例えば、2〜8℃)下で安定であり、そして
核酸増幅アッセイにおいて再現性のある結果を生じる。本発明のコントロール材
料は、冷蔵庫温度で保存され得る。さらに、このコントロール材料は全微生物粒
子を含むので、これは、完全な処理コントロールとして実施され、従って、試験
される生物学的サンプルと正に同じ様式で操作され、そして処理される。完全な
処理コントロールとして、この材料は、サンプル調製工程中で使用され得、そし
て検出手順全体を通して保有される。従って、本発明のコントロール材料は、F
ADガイドラインに適合する品質である。
全に記載するために、本明細書中にその全体が本明細書によって援用される。
(1) 表面タンパク質および実質的にインタクトな核成分を含む精
製微生物であって、ここで1つ以上の該表面タンパク質は、該微生物が非病原性
を与えられるように不可逆的に改変されている、精製微生物。
(2) 表面タンパク質および実質的にインタクトな核成分を含む精
製微生物であって、ここで1つ以上の該表面タンパク質は、1つ以上の反応性官
能基を含む化合物と該表面タンパク質の1つ以上の反応性部位との共有結合によ
って、該微生物が非病原性を与えられるように不可逆的に改変されている、精製
微生物。
(3) 前記化合物が単一の反応性官能基を含む、項目2に記載の
精製微生物。
(4) 項目3に記載の精製微生物であって、前記化合物が、ホル
ムアルデヒド、アセトアルデヒド、パラホルムアルデヒド、プロピオンアルデヒ
ド、n−ブチルアルデヒド、ベンズアルデヒド、p−ニトロベンズアルデヒド、
p−トルアルデヒド、サリチルアルデヒド、フェニルアセトアルデヒド、2−メ
チルペンタナール、3−メチルペンタナールおよび4−メチルペンタナールから
なる群より選択される、精製微生物。
(5) 前記化合物がパラホルムアルデヒドである、項目4に記載
の精製微生物。
(6) 前記化合物が2つ以上の反応性官能基を含む、項目2に記
載の精製微生物。
(7) 前記化合物がジアルデヒドである、項目6に記載の精製微
生物。
(8) 項目7に記載の精製微生物であって、前記ジアルデヒドが
、グルタルアルデヒド、グリオキサール、マロンジアルデヒド、スクシンアルデ
ヒド、アジポアルデヒドおよびフタルアルデヒドからなる群より選択される、精
製微生物。
(9) 項目6に記載の精製微生物であって、前記化合物が、NH
Sイミデート、マレイミド、クロロアセチル、フルオロアセチル、ヨードアセチ
ル、ブロモアセチル、アミン、およびヒドラジドからなる群より選択される少な
くとも1つの官能基を含む、精製微生物。
(10) 表面タンパク質および実質的にインタクトな核成分を含む
精製微生物であって、ここで1つ以上の該表面タンパク質が、酵素による少なく
とも部分的な消化によって、該微生物が非病原性を与えられるように不可逆的に
改変される、精製微生物。
(11) 項目10に記載の精製微生物であって、前記酵素が、ブ
ロメリン、キモトリプシン、クロストリパイン、コラゲナーゼ、エラスターゼ、
フィシン、カリクレイン、メタロエンドペプチダーゼ、プロテイナーゼK、アミ
ノペプチダーゼM、カルボキシペプチダーゼY、Xa因子、パパイン、キモパパ
イン、ペプシン、黄色ブドウ球菌プロテアーゼ(V−8菌株)、トリプシンおよ
びそれらの混合物からなる群より選択される、精製微生物。
(12) 組成物であり、以下:
(a)表面タンパク質およびインタクトな核成分を含む精製微生物であって、
1つ以上の該表面タンパク質は、該微生物が非病原性を与えられるように不可逆
的に改変されている、精製微生物;ならびに
(b)液体マトリックス
を含む、組成物。
(13) 前記液体マトリックスが凍結乾燥に適するように改変され
ている、項目12に記載の組成物。
(14) 前記微生物がウイルスである、項目1に記載の精製微生
物。
(15) 項目14に記載の精製ウイルスであって、該ウイルスが
、ヒト免疫不全ウイルス、C型肝炎ウイルス、B型肝炎ウイルス、サイトメガロ
ウイルス、ヒトリンパ栄養性ウイルス、エプスタイン−バーウイルス、パルボウ
イルス、単純疱疹ウイルス、ヒト疱疹ウイルス8およびA型肝炎ウイルスからな
る群より選択される、精製ウイルス。
(16) 前記微生物が細胞内寄生生物である、項目1に記載の精
製微生物。
(17) 項目16に記載の精製細胞内寄生生物であって、該細胞
内寄生生物が、Chlamydia trachomatis、Chlamyd
ia psittaci、Rickettsia prowazeki、Ric
kettsia typhi、Rickettsia rickettsi、R
ickettsia sibtricus、Rickettsia conor
i、Rickettsia australis、Rickettsia ak
ari、Rickettsia tsutsugamushi、Coxiell
a bumetiおよびRochalimaea quintanaからなる群
より選択される、精製細胞内寄生生物。
(18) 非病原性微生物を産生する方法であって、(a)表面タン
パク質およびインタクトな核成分を含む精製微生物を与える工程、および(b)
該微生物が非病原性を与えられるように、該核成分を実質的に未改変に残したま
ま、1つ以上の表面タンパク質を不可逆的に改変する工程を含む、方法。
(19) 項目18に記載の方法であって、工程(a)が、1つ以
上の反応性官能基を含む化合物を、前記表面タンパク質の1つ以上の反応性部位
と共有結合させる工程を含む、方法。
(20) 前記化合物が単一の反応性官能基を含む、項目19に記
載の方法。
(21) 項目20に記載の方法であって、前記化合物が、ホルム
アルデヒド、アセトアルデヒド、プロピオンアルデヒド、n−ブチルアルデヒド
、ベンズアルデヒド、p−ニトロベンズアルデヒド、p−トルアルデヒド、サリ
チルアルデヒド、フェニルアセトアルデヒド、2−メチルペンタナール、3−メ
チルペンタナールおよび4−メチルペンタナールからなる群より選択される、方
法。
(22) 前記化合物が2つ以上の反応性官能基を含む、項目20
に記載の方法。
(23) 前記化合物がパラホルムアルデヒドである、項目22に
記載の方法。
(24) パラホルムアルデヒドが5%以下の濃度で用いられる、請
求項23に記載の方法。
(25) 前記化合物がジアルデヒドである、項目22に記載の方
法。
(26) 項目25に記載の方法であって、前記ジアルデヒドが、
グルタルアルデヒド、グリオキサール、マロンジアルデヒド、スクシンアルデヒ
ド、アジポアルデヒドおよびフタルアルデヒドからなる群より選択される、方法
。
(27) 項目19に記載の方法であって、前記化合物は、NHS
イミデート、マレイミド、クロロアセチル、フルオロアセチル、ヨードアセチル
、ブロモアセチル、アミン、およびヒドラジドからなる群より選択される少なく
とも1つの官能基を含む、方法。
(28) 項目19に記載の方法であって、工程(a)が、酵素に
よる、1つ以上の表面タンパク質の少なくとも部分的な消化を含む、方法。
(29) 項目28に記載の方法であって、前記酵素が、ブロメリ
ン、キモトリプシン、クロストリパイン、コラゲナーゼ、エラスターゼ、フィシ
ン、カリクレイン、メタロエンドペプチダーゼ、プロテイナーゼK、アミノペプ
チダーゼM、カルボキシペプチダーゼY、Xa因子、パパイン、キモパパイン、
ペプシン、黄色ブドウ球菌プロテアーゼ(V−8菌株)、トリプシンおよびそれ
らの混合物からなる群より選択される、方法。
(30) 前記微生物がウイルスである、項目19に記載の方法。
(31) 項目30に記載の方法であって、前記ウイルスが、ヒト
免疫不全ウイルス、C型肝炎ウイルス、B型肝炎ウイルス、サイトメガロウイル
ス、ヒトリンパ栄養性ウイルス、エプスタイン−バーウイルス、パルボウイルス
、単純疱疹ウイルス、ヒト疱疹ウイルス8およびA型肝炎ウイルスからなる群よ
り選択される、方法。
(32) 前記微生物が細胞内寄生生物である、項目19に記載の
方法。
(33) 項目32に記載の方法であって、前記寄生生物が、Ch
lamydia trachomatis、Chlamydia psitta
ci、Rickettsia prowazeki、Rickettsia t
yphi、Rickettsia rickettsi、Rickettsia
sibtricus、Rickettsia conori、Rickett
sia australis、Rickettsia akari、Ricke
ttsia tsutsugamushi、Coxiella bumetiお
よびRochalimaea quintanaからなる群より選択される、方
法。
(34) 生物学的サンプル中の表面タンパク質を有する微生物の、
該微生物の核成分の増幅による検出方法であって、該方法が、該生物学的サンプ
ルへの精製コントロール微生物の添加を含み、該コントロール微生物が非病原性
を与えられるように、該コントロール微生物の1つ以上の表面タンパク質が不可
逆的に改変されている、方法。
(35) 項目34に記載の方法であって、該コントロール微生物
が、1つ以上の反応性官能基を含む化合物と、前記表面タンパク質の1つ以上の
反応性部位との共有結合によって不可逆的に改変されている、方法。
(36) 該化合物が単一の反応性官能基を含む、項目35に記載
の方法。
(37) 項目36に記載の方法であって、前記化合物が、ホルム
アルデヒド、アセトアルデヒド、プロピオンアルデヒド、n−ブチルアルデヒド
、ベンズアルデヒド、p−ニトロベンズアルデヒド、p−トルアルデヒド、サリ
チルアルデヒド、フェニルアセトアルデヒド、2−メチルペンタナール、3−メ
チルペンタナールおよび4−メチルペンタナールからなる群より選択される、方
法。
(38) 前記化合物が2つ以上の反応性官能基を含む、項目35
に記載の方法。
(39) 前記化合物がパラホルムアルデヒドである、項目38に
記載の方法。
(40) 前記化合物がジアルデヒドである、項目38に記載の方
法。
(41) 項目40に記載の方法であって、前記ジアルデヒドが、
グルタルアルデヒド、グリオキサール、マロンジアルデヒド、スクシンアルデヒ
ド、アジポアルデヒドおよびフタルアルデヒドからなる群より選択される、方法
。
(42) 項目36に記載の方法であって、前記化合物が、NHS
イミデート、マレイミド、クロロアセチル、フルオロアセチル、ヨードアセチル
、ブロモアセチル、アミン、およびヒドラジドからなる群より選択される少なく
とも1つの官能基を含む、方法。
(43) 項目34に記載の方法であって、前記コントロール微生
物が、1つ以上の前記表面タンパク質の酵素による少なくとも部分的な消化によ
って不可逆的に改変される、方法。
(44) 項目43に記載の方法であって、前記酵素が、ブロメリ
ン、キモトリプシン、クロストリパイン、コラゲナーゼ、エラスターゼ、フィシ
ン、カリクレイン、メタロエンドペプチダーゼ、プロテイナーゼK、アミノペプ
チダーゼM、カルボキシペプチダーゼY、Xa因子、パパイン、キモパパイン、
ペプシン、黄色ブドウ球菌プロテアーゼ(V−8菌株)、トリプシンおよびそれ
らの混合物からなる群より選択される、方法。
(45) 前記微生物がウイルスである、項目34に記載の方法。
(46) 項目45に記載の方法であって、前記ウイルスが、ヒト
免疫不全ウイルス、C型肝炎ウイルス、B型肝炎ウイルス、サイトメガロウイル
ス、ヒトリンパ栄養性ウイルス、エプスタイン−バーウイルス、パルボウイルス
、単純疱疹ウイルス、ヒト疱疹ウイルス8およびA型肝炎ウイルスからなる群よ
り選択される、方法。
(47) 前記微生物が細胞内寄生生物である、項目34に記載の
方法。
(48) 項目47に記載の方法であって、前記寄生生物が、Ch
lamydia trachomatis、Chlamydia psitta
ci、Rickettsia prowazeki、Rickettsia t
yphi、Rickettsia rickettsi、Rickettsia
sibtricus、Rickettsia conori、Rickett
sia australis、Rickettsia akari、Ricke
ttsia tsutsugamushi、Coxiella bumetiお
よびRochalimaea quintanaからなる群より選択される、方
法。
(49) 表面タンパク質を有する微生物の存在について生物学的サ
ンプルを分析するキットであって、該キットが、表面タンパク質およびインタク
トな核成分を含む該微生物の精製サンプルを含むポジティブコントロール組成物
を含み、1つ以上の表面タンパク質が、該微生物が非病原性を与えられるように
不可逆的に改変されている、キット。
(50) 項目49に記載のキットであって、前記ポジティブコン
トロール組成物中の前記微生物の前記表面タンパク質が、1つ以上の反応性官能
基を含む化合物と該表面タンパク質の1つ以上の反応性部位との共有結合によっ
て不可逆的に改変されている、キット。
(51) 前記化合物が単一の反応性官能基を含む、項目50に記
載のキット。
(52) 項目51に記載のキットであって、前記化合物が、ホル
ムアルデヒド、アセトアルデヒド、プロピオンアルデヒド、n−ブチルアルデヒ
ド、ベンズアルデヒド、p−ニトロベンズアルデヒド、p−トルアルデヒド、サ
リチルアルデヒド、フェニルアセトアルデヒド、2−メチルペンタナール、3−
メチルペンタナールおよび4−メチルペンタナールからなる群より選択される、
キット。
(53) 前記化合物が2つ以上の反応性官能基を含む、項目51
に記載のキット。
(54) 前記化合物がパラホルムアルデヒドである、項目53に
記載のキット。
(55) 前記化合物がジアルデヒドである、項目53に記載のキ
ット。
(56) 項目55に記載のキットであって、前記ジアルデヒドが
、グルタルアルデヒド、グリオキサール、マロンジアルデヒド、スクシンアルデ
ヒド、アジポアルデヒドおよびフタルアルデヒドからなる群より選択される、キ
ット。
(57) 項目51に記載のキットであって、前記化合物が、NH
Sイミデート、マレイミド、クロロアセチル、フルオロアセチル、ヨードアセチ
ル、ブロモアセチル、アミン、およびヒドラジドからなる群より選択される少な
くとも1つの官能基を含む、キット。
(58) 項目50に記載のキットであって、前記ポジティブコン
トロール組成物中の前記微生物の前記表面タンパク質が、1つ以上の該表面タン
パク質の酵素による少なくとも部分的な消化によって不可逆的に改変されている
、キット。
(59) 項目58に記載のキットであって、前記酵素が、ブロメ
リン、キモトリプシン、クロストリパイン、コラゲナーゼ、エラスターゼ、フィ
シン、カリクレイン、メタロエンドペプチダーゼ、プロテイナーゼK、アミノペ
プチダーゼM、カルボキシペプチダーゼY、Xa因子、パパイン、キモパパイン
、ペプシン、黄色ブドウ球菌プロテアーゼ(V−8菌株)、トリプシンおよびそ
れらの混合物からなる群より選択される、キット。
(60) 前記微生物がウイルスである、項目50に記載のキット
。
(61) 項目60に記載のキットであって、前記ウイルスが、ヒ
ト免疫不全ウイルス、C型肝炎ウイルス、B型肝炎ウイルス、サイトメガロウイ
ルス、ヒトリンパ栄養性ウイルス、エプスタイン−バーウイルス、パルボウイル
ス、単純疱疹ウイルス、ヒト疱疹ウイルス8およびA型肝炎ウイルスからなる群
より選択される、キット。
(62) 前記微生物が細胞内寄生生物である、項目50に記載の
キット。
(63) 項目62に記載のキットであって、前記寄生生物が、C
hlamydia trachomatis、Chlamydia psitt
aci、Rickettsia prowazeki、Rickettsia
typhi、Rickettsia rickettsi、Rickettsi
a sibtricus、Rickettsia conori、Ricket
tsia australis、Rickettsia akari、Rick
ettsia tsutsugamushi、Coxiella bumeti
およびRochalimaea quintanaからなる群より選択される、
キット。
(64) 生物学的サンプルにおける核酸増幅技術による表面タンパ
ク質を含む微生物の検出方法であって、該方法は、該生物学的サンプル中のポジ
ティブ内部コントロールの同時増幅を含み、ここで該ポジティブ内部コントロー
ルは、項目1に記載の精製微生物を含む、方法。
(65) 生物学的サンプルにおける核酸増幅技術による表面タンパ
ク質を含む微生物の検出方法であって、該方法は、該生物学的サンプル中のポジ
ティブ内部コントロールの同時増幅を含み、ここで該ポジティブ内部コントロー
ルは、項目2に記載の精製微生物を含む、方法。
(66) 生物学的サンプルにおける核酸増幅技術による表面タンパ
ク質を含む微生物の検出方法であって、該方法は、該生物学的サンプル中のポジ
ティブ内部コントロールの同時増幅を含み、ここで該ポジティブ内部コントロー
ルは、項目10に記載の精製微生物を含む、方法。
(67) 前記微生物の核成分の増幅による、生物学的サンプル中の
表面タンパク質を含む微生物の検出方法であって、該方法は、(a)対応する微
生物の存在について試験される生物学的サンプルへの、項目1に記載の精製微
生物の添加、(b)増幅される標的核酸を抽出する工程、(c)標的核酸を増幅
する工程、および(d)増幅された該標的核酸を検出する工程を含む、方法。
(68) 前記微生物の核成分の増幅による、生物学的サンプル中の
表面タンパク質を含む微生物の検出方法であって、該方法は、(a)対応する微
生物の存在について試験される生物学的サンプルへの、項目2に記載の精製微
生物の添加、(b)増幅される標的核酸を抽出する工程、(c)標的核酸を増幅
する工程、および(d)増幅された該標的核酸を検出する工程を含む、方法。
(69) 前記微生物の核成分の増幅による、生物学的サンプル中の
表面タンパク質を含む微生物の検出方法であって、該方法は、(a)対応する微
生物の存在について試験される生物学的サンプルへの、項目10に記載の精製
微生物の添加、(b)増幅される標的核酸を抽出する工程、(c)標的核酸を増
幅する工程、および(d)増幅された該標的核酸を検出する工程を含む、方法。
(発明の要旨)
本発明は、核酸増幅技術のための信頼性のあるコントロールとして機能し得る
、ポジティブコントロール材料を提供する。本発明のこのポジティブコントロー
ル材料は、一般的に、非感染性にされたが核酸増幅プロセスおよび検出プロセス
を受けやすいように実質的にインタクトな核成分を保持する、ウイルスまたは粒
子を含む。
精製された微生物を提供し、ここで、1つ以上の表面タンパク質は、微生物が改
変によって非病原性になるように、不可逆的に改変される。
された微生物を提供し、ここで、1つ以上の表面タンパク質は、この微生物が改
変によって非病原性になるように、化合物の共有結合によって非可逆的に改変さ
れ、この化合物は、表面タンパク質上の1つ以上の反応部位に対して反応性の1
つ以上の官能基を含む。
、ならびに生物学的流体を刺激する液体マトリックスを含む組成物を提供し、こ
こで、1つ以上の表面タンパク質は、微生物が改変によって非病原性になるよう
に、不可逆的に改変される。
製微生物を生成し、かつこの微生物が改変によって非病原性になるように、実質
的に未改変の核成分を残しながら1つ以上の表面タンパク質を不可逆的に改変す
るための方法を提供する。
において表面タンパク質を含む微生物を検出する方法を提供し、この方法は、こ
の微生物の精製コントロールサンプルの核成分の増幅を含み、ここで、コントロ
ール微生物の1つ以上の表面タンパク質は、このコントロール微生物が改変によ
って非病原性になるように、不可逆的に改変される。
ンプルを分析するためのキットを提供し、ここで、このキットは、表面タンパク
質およびインタクトな核成分を含む精製微生物を含むポジティブコントロール組
成物を含み、ここで、1つ以上の表面タンパク質は、この微生物が改変によって
非病原性になるように、不可逆的に改変される。
囲から明らかである。
本発明は、表面タンパク質および実質的にインタクトな核成分を含む精製され
た微生物を提供し、ここで、1つ以上の表面タンパク質は、この微生物が改変に
よって非病原性になるように、不可逆的に改変される。
ることが病気の検出または処置を補助することになる、微生物である。本明細書
中に使用される場合、用語「微生物」は、宿主に感染する微生物の能力を補助ま
たは援助する表面タンパク質を含む、任意の感染性の微視的生物を含む。例えば
、gp120がHIVウイルスの表面上に存在し、そしてウイルスがそのCD4
レセプターへの結合を介して単球およびリンパ球に結合することを可能にするレ
セプタータンパク質として機能する(Maddonら,1986,Cell,4
7:333;MacDougalら,1986,Science 231:38
2;Mooreら,1993,J.Bentz(編),Viral Fusio
n Mechanisms,CRC Press.Boca Raton,Fl
a)。別の好ましい実施形態において、微生物はウイルスであっても細胞内寄生
虫であってもよい。本明細書中に使用される場合、用語「ウイルス」とは、エン
ベロープウイルスまたは非エンベロープウイルスのいずれかおよび核材料として
RNAまたはDNAのいずれかを含むウイルスを含むことを意味する。例として
は、ヒト免疫不全ウイルス(HIV)、A型肝炎ウイルス、B型肝炎ウイルス、
C型肝炎ウイルス、サイトメガロウイルス、ヒトリンパ栄養性ウイルス(hum
an lymphotrophic virus)、エプスタイン−バーウイル
ス、パルボウイルス、単純疱疹ウイルス、ヒト疱疹ウイルス8が挙げられるが、
これらに限定されない。細胞内寄生虫の例としては、Chlamydia tr
achomatis、Chlamydia psittaci、Rickett
sia prowazeki、Rickettsia typhi、Ricke
ttsia rickettsi、Rickettsia sibtricus
、Rickettsia conori、Rickettsia austra
lis、Rickettsia akari、Rickettsia tsut
sugamushi、Coxiella bumetiおよびRochalim
aea quintanaが挙げられるが、これらに限定されない。
よって増殖され得る。例えば、HIVウイルスに関して、増殖方法は、米国特許
第5,135,864号に開示され、この特許は、HIVの産生および精製を記
載する。代替的な供給源として、微生物は、感染した生物学的流体から(例えば
、感染動物由来の血液から)単離され得る。この技術は、細胞培養物からウイル
スを精製する場合に使用される技術に類似する。Davisら,Microbi
ology,第2編(Harper & Row,1980)を参照のこと。従
って、例えば、B型肝炎およびC型肝炎は、この方法によって感染個体の血液か
ら精製され得る。さらに、所望の微生物の大量生産が、例えば、国立衛生研究所
(NIH)のAIDS Research and Reference Re
agent Programおよびアメリカンタイプカルチャーコレクション(
ATCC)から利用可能である、慢性的に感染した細胞株から誘導され得る。
いて精製され得る。代表的な精製方法は、以下である。微生物精製の最初工程は
、細胞および細胞の破片の除去を含む。これは、大きさまたは質量に基づく分離
技術(例えば、濾過または低速遠心)によって達成され得る。この後、微生物は
、適切な孔サイズを用いたろ過または高速の遠心を用いた精製によって濃縮され
て、部分的に精製された微生物調製物を形成し得る。次いで、この部分的に精製
された調製物は、超遠心および密度勾配精製技術に供されて、精製された微生物
調製物を獲得し得る。続く精製によって得られた大量の精製材料は、一般的に、
−70℃で保存され、そして培養技術によってウイルス活性もしくは寄生虫活性
について、ならびに当該分野で公知の方法もしくは本明細書中に記載される方法
に従う増幅技術によって核酸の完全性について試験され得る。
従って非病原性にされ、これによって、核成分を実質的にインタクトにしたまま
で、微生物を非感染性にする。従って、本発明は、非病原性微生物を生成するた
めの方法を提供し、この方法は、表面タンパク質およびインタクトな核成分を含
む精製された微生物を提供する工程、ならびに微生物が改変によって非病原性に
なるように、核成分を実質的に未改変のままで1つ以上の表面タンパク質を不可
逆的に改変する工程を包含する。
細書中に議論される核酸増幅技術を受けやすいように、改変試薬による分解から
十分な核内容物(特に、細胞の核酸内容物)を保存するために、微生物の細胞内
成分と改変剤とを最小限に接触させることを考慮する。本明細書中に使用される
場合、用語「非病原性」とは、本発明の方法に従う表面タンパク質の改変結果を
意味し、この微生物は、その核内容物が実質的にインタクトであるにもかかわら
ず、細胞を感染し得ず、複製することも疾患を引き起こすこともできない。
によって非病原性になるように、化合物の共有結合によって改変され、この化合
物は、表面タンパク質上の1つ以上の反応部位と反応性である1つ以上の官能基
を含む。本明細書中に使用される場合、使用される「化合物」は、表面タンパク
質に共有結合し得るか、または微生物上の2つ以上の表面タンパク質を架橋し得
る化合物である。表面タンパク質は、代表的に、化合物の共有結合および架橋が
可能である、いくつかの反応部位を含む。例えば、アミノ基は、アシル化によっ
て改変され得;スルフヒドリル基は、付加反応およびアルキル化によって改変さ
れ得;カルボニル基およびカルボキシル基は、アシル化によって改変され得;そ
してアルデヒド基およびヒドロキシル基は、アミノ化および還元性アミノ化によ
って改変され得る。これらの改変反応のうちの1つ以上が、本発明の非病原性微
生物の調製に使用され得る。
アミノ酸残基との反応を介したタンパク質への共有結合を含む。当業者に公知の
任意の型の共有結合的な改変または架橋が使用され得るが、アミノ残基、スルフ
ヒドリル残基、およびカルボン酸残基の共有結合的な改変または架橋を使用する
ことが好ましい。例えば、アミノ基を改変する架橋剤としては、グルタルアルデ
ヒドおよびパラホルムアルデヒドが挙げられる。これらの各々は、タンパク質末
端由来または内部リジン側鎖のいずれかに由来する求核性遊離アミンによって、
pH7より上において直ちに攻撃される。生じる生成物は、タンパク質の遊離ア
ミンを有するシッフ塩基である。グルタルアルデヒドはまた、その反応性アミン
残基によって特異的に攻撃されて、高い割合の架橋を導く。
可逆的なスルフヒドリルブロッキング剤であるN−エチルマレイミド(NEM)
またはn置換ビスマレイミド架橋剤である。NEMは、安定なチオエーテル結合
を形成するスルフヒドリル結合と反応するアルキル化試薬である。この反応は、
遊離アミンとの反応を回避するために、pH6.0にて実行され得る。他のスル
フヒドリル反応試薬(例えば、ビスマレイミドヘキサン(BMH))もまた、使
用され得る。BMHは、活性部位間に6炭素スペーサーを有する、ホモ二官能性
架橋剤である。この架橋剤はまた、pH7.0において安定なチオエーテル結合
を形成する。
のような単一の反応性官能基を含む、単官能性架橋剤を含有する。アルデヒド官
能基を含む薬剤の例としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない:ホ
ルマリン(ホルムアルデヒド)、アセトアルデヒド、プロピオンアルデヒド、n
−ブチルアルデヒド、ベンズアルデヒド、p−ニトロベンズアルデヒド、p−ト
ルアルデヒド、サリチルアルデヒド、フェニルアセトアルデヒド、2−メチルペ
ンタナール、3−メチルペンタナール、および4−メチルペンタナール。あるい
は、この化学改変剤は、以下のような官能基を含み得る:NHSイミデート、イ
ミドエステル、マレイミド、クロロアセチル、フルオロアセチル、ヨードアセチ
ル、ブロモアセチル、アミン、ヒドラジン、カルボジイミド、およびこれらの基
の誘導体。好ましい実施形態において、この化学改変剤は、このような反応性官
能基の2つ以上を含み、単一の表面タンパク質上の反応部位との複数の共有結合
または別個の表面タンパク質の架橋を容易にする。2つの同一の官能基を含む化
合物は、本明細書中でホモ二官能性(homobifunctional)構造
を有すると呼ばれ、2つの異なる官能基を含む化合物は、ヘテロ二官能性(he
terobifunctional)構造を有すると呼ばれる。特に好ましいホ
モ二官能性試薬としては、以下のようなジアルデヒドが挙げられる:パラホルム
アルデヒド、グリオキサール、マロンジアルデヒド、スクシンアルデヒド、アジ
ピンアルデヒド、グルタルアルデヒドおよびフタルアルデヒド。
は、Pierce Chemical Companyから市販されており、そ
して利用可能な製品文献(この内容は、技術水準を記載するために、本明細書に
おいてその全体が参考として援用される)に記載されている方法に従って使用さ
れ得る。このような化合物および一般的な方法の例は、以下の通りである。
ce Chemical Co.製品番号22297)。BMPHは、スルフヒ
ドリル反応性かつカルボニル反応性のヘテロ二官能性剤である。このヒドラジド
基は、アルデヒドを生成するために、酸化後、糖タンパク質および他の糖結合体
中の糖残基に共有結合され得る。糖基は、特定のオキシダーゼ(例えば、ガラク
トースオキシダーゼ)または過ヨウ素酸ナトリウムによるいずれかの使用によっ
て酸化され得る。糖タンパク質を、0℃において1mMの過ヨウ素酸ナトリウム
で処理して、シアル酸基をカルボニルを有するように酸化する。室温(RT)に
おける10mMの過ヨウ素酸ナトリウムとの反応により、ジオールを含む全ての
糖上にアルデヒドを生成する。BMPHとこれらのアルデヒドとの反応により、
ヒドラゾン結合を生成する。架橋剤のマレイミド末端は、表面タンパク質上のス
ルフヒドリル基と反応され得る。スルフヒドリルが存在しない場合、これらは、
ジスルフィド還元または2−イミノチオランもしくはSATAでのチオール化(
thiolation)を介して生成され得る。マレイミドは、pH6.5〜7
.5でスルフヒドリル基と反応し、安定なチオエーテル結合を形成する。マレイ
ミド反応は、代表的に、室温にて約2時間、または4℃にて約4時間で完了する
。
ロリド(CAS#25952−53−8)(EDC))(Pierce Che
mical Co.製品番号22980、22981)。EDCは、最初に、カ
ルボキシル基と反応し、そしてアミン反応性中間体(O−アシルイソウレア)を
形成する。水溶液を使用する、2工程の結合手順において、この中間体の安定化
は、N−ヒドロキシスクシンイミドを使用して達成される。アミンとの反応は、
この中間体の加水分解、このカルボキシルの再生、およびN−置換ウレアの遊離
を生じる。副反応は、N−アシルウレアの形成であり、これは、通常、タンパク
質の疎水性領域に位置するカルボキシルに制限される。
号20660、20663、21667、21666、20700、20665
)。ホモ二官能性イミドエステルは、1級アミノ基と反応して、安定な共有結合
を形成し得る、2つの同一の基を有する。これらとしては、ジメチルアジポイミ
デート(DMA)、ジメチルピメルイミデート(DMP)、ジメチルスベルイミ
デート(DMS)およびジメチル3,3’−ジチオビスプロプリオンイミデート
(DTBP)が挙げられる。他の連結化学物質のようではなく、イミドエステル
は、タンパク質中の他の求核基に対して最小の架橋反応性を有する。穏やかなア
ルカリ性のpH(7〜10)において、イミドエステルは、1級アミンとのみ反
応して、イミドアミドを形成する。イミドエステル結合は、通常、pH8.5と
9.0との間で実施される。イミドエステルは、タンパク質の全体的な電荷に影
響を与えないので、他の架橋剤を越える利点を有する。このイミドエステルは、
これらが置換する1級アミンと同様に、生理学的pHにおいて正の電荷を有する
。イミドエステル反応は、0℃または室温で実施される。なぜならば、高温は、
これらの反応の際に、低い収率に寄与し得るからである。ホモ二官能性中間体は
、異なる架橋ニーズのために基と基との間の距離を変えて(例えば、タンパク質
と高分子錯体との残基間の距離、およびタンパク質間の隣接関係に適合するため
に)利用可能である。DTBP(チオールが切断可能であるホモ二官能性架橋剤
)を、隣接関係を研究するために、これらの架橋剤の切断し得ない形態と結合さ
せて使用する。DMPを、アガロース支持体上に固定したタンパク質Aに抗体を
架橋するために使用した。
ce Chemical Co.製品番号21555、21580、21655
、21658、22311、22312、22416、22317、22309
、22324、22307、22308)。ジスクシンイミジルスベレート(D
SS)は、水不溶性のホモ二官能性NHSエステルであり;ビス(スルホスクシ
ンイミジル)基質(BS3)は、その水溶性アナログである。これらの架橋剤は
、切断し得ず、そして細胞表面レセプターに放射標識したリガンドを結合するた
めに広範に使用される。さらなる例としては、以下のようなマレイミド基を有す
る、マレイミド種が挙げられる:m−マレイミドベンゾイル−N−ヒドロキシス
クシンイミドエステル(MBS)、m−マレイミドベンゾイル−N−ヒドロキシ
スクシンイミドエステル(スルホ−MBS)、スクシンイミジル4−[p−マレ
イミドフェニル]ブチレート(SMBP)、スルホスクシンイミジル4−[p−
マレイミドフェニル]ブチレート(スルホ−SMBP)、N−[γ−マレイミド
ブチリルオキシ]スクシンイミドエステル(GMBS)、N−[γ−マレイミド
ブチリルオキシ]スルホスクシンイミドエステル(スルホ−GMBS)、N−[
ε−マレイミドカプロイルオキシ]スクシンイミドエステル(EMCS)、およ
びN−[ε−マレイミドカプロイルオキシ]スルホスクシンイミドエステル(ス
ルホ−EMCS)。
−アミン基は、NHS−エステルと反応する、ペプチドおよびタンパク質のN末
端上に存在する。しかし、α−アミンは、タンパク質上でまれにしか利用可能で
なく、従って、アミノ酸の側鎖との反応は、重要となる。5つのアミノ酸は、側
鎖中に窒素を有するが、リジンのε−アミンのみが、NHS−エステルと有意に
反応する。共有アミド結合は、NHS−エステル結合試薬が、1級アミンと反応
する場合に、形成される。この反応は、N−ヒドロキシスクシンイミドの遊離を
生じる。
びホウ酸塩の緩衝液中で最も一般的に実施される。他の緩衝液はまた、1級アミ
ンを含まないことを条件として、使用され得る。1級アミンは、Trisの構造
中に見出され、TrisをNHSエステル反応に対して許容不可能な緩衝液にす
る。中性〜塩基性のpHにおいて、大過剰のTrisが、反応をクエンチする目
的で反応の最後に添加され得る。グリシンは、同様な様式で使用され得る1級ア
ミンである。
の別個のクラス(水溶性形態および不水溶性形態)に広範に分類され得る。水溶
性NHS−エステルの溶解度は、N−ヒドロキシスクシンイミド環上のスルホネ
ート(−SO3−)基に起因する。スルホン化NHS−エステルの架橋剤は、ナ
トリウム塩として供給され、そして10mMの濃度まで水溶性である。
性ではない。これらの化合物は、まず、有機溶媒中に溶解され、次いで水性反応
混合物に添加される。水不溶性NHS−エステル架橋剤は、荷電した基を有さな
い。この架橋剤は、親油性であり、従って膜透過性である。この架橋剤は、細胞
内結合および膜内結合のために有用である。
に溶解され得る。次いで、この架橋剤溶液を、この水性反応性混合物に添加し、
その最終容積は、10%までの有機溶媒を含む。架橋剤は、乳状の濁った溶液の
外観によって示されるような高濃度の溶液になり始める。架橋はなお、このよう
な条件下で生じ得るが、このプロトコールは、NHS−エステルの完全な溶解を
確実にするために改変され得る。例えば、この水相は、さらなる有機溶媒で補充
され得る。
、スルフヒドリル基に対して最も選択的である。pH7において、スルフヒドリ
ルとマレイミドとの反応の速度は、アミンとの反応よりも1000倍速い。この
pHの範囲を越えると、1級アミンとの反応速度は、より顕著となる。マレイミ
ドは、ヨードアセトアミドのように、チロシン、ヒスチジンまたはメチオニンと
反応しない。マレイミド基と反応したスルフヒドリルとの間の安定なチオエーテ
ル結合が、形成され、これにより、生理学的条件下で、切断され得ない。マレイ
ミドの非反応性マレアミック酸(maleamic acid)への加水分解は
、特にpH8.0より上で、チオールの改変で完了し得る。加水分解は、チオー
ル結合の前または後に生じ得る。
システイン、および他のチオール化合物は、結合の前に除去されなければならな
い。過剰なマレイミドは、システインまたはβ−メルカプトエタノールのような
遊離チオールの添加によって、インキュベート期間の終わりにクエンチされ得る
。EDTAは、ジスルフィドの再酸化を防止するために結合緩衝液中に含まれ得
る。
cal Co.製品番号22331)。BMBは、中間の長さのスルフヒドリル
反応性ホモ二官能性架橋剤である。この架橋剤のマレイミド末端は、表面タンパ
ク質上のスルフヒドリル基と反応し得る。スルフヒドリルが存在しない場合、こ
れらは、ジスルフィド還元または2−イミノチオランもしくはSATAでのチオ
ール化を介して生成される。マレイミドは、pH6.5〜7.5で−SH基と反
応し、安定なチオエーテル結合を形成する。マレイミド反応は、室温にて約2時
間、または4℃にて約4時間で完了する。
により改変された反応基中に含まれるのと同一の反応基を有する薬剤)を使用す
ることによってクエンチされる。例えば、グリシンは、パラホルムアルデヒドで
の架橋をクエンチするために使用され得る。
させることによって不活化され得る。結合剤の例としては、活性なアルデヒド中
間体を形成するために、タンパク質上にある、糖ヒドロキシルおよび末端カルボ
ン酸を酸化する過ヨウ素酸ナトリウムである。次いで、この活性化された基を、
グリシンまたはリジンの形態で上昇したpHで求核試薬に曝露し、これにより、
アミノ酸のタンパク質への不可逆的な結合を生じ得る。結合プロトコールを最適
化するために、結合時間、温度、および振盪速度を変えることは、十分に当業者
の範囲内である。
パク質を酵素により消化することによって、非病原性にされ得る。表面タンパク
質の改変のために使用され得る酵素としては、以上が挙げられるが、これらに限
定されない:ブロメライン、キモトリプシン、クロストリパン(clostri
pain)、コラゲナーゼ、エラスターゼ、フィシン、カリクレイン、メタロエ
ンドペプチダーゼ、プロテイナーゼ、アミノペプチダーゼ、カルボキシペプチダ
ーゼ、第Xa因子、パパイン、キモパパイン、ペプシン、黄色ブドウ球菌プロテ
アーゼ(V−8株)、またはトリプシン(単独または組み合わせのいずれか)。
本発明のこの局面において、微生物の表面タンパク質を少なくとも部分的に消化
して、この微生物を非病原性にするのに十分であり、微生物の核酸含有量を実質
的にインタクトで維持する、条件および期間で、この微生物は、反応混合物中で
酵素調製物と反応される。このような反応のための酵素溶液を調製する方法およ
びこの反応を実施する方法は、当業者に公知であり、そして手引きは、The
Worthington Enzyme Manual(Worthingto
n Biochemical Corporation)のような教科書におい
て見出され得る。
うな因子(これらの各々は、当業者によって評価され得る)に依存し得る。反応
は、微生物が酵素に曝される時間の長さによって、または酵素インヒビターとの
反応をクエンチすることによって制御され得る。例えば、パパインおよび同様に
キモパパインは、複数のペプチド結合およびエステル結合を加水分解し、そして
例えば、システイン、スルフィド、およびスルファイトによって活性化され、そ
してスルフヒドリル試薬(重金属を含む)、カルボニル試薬、およびアスコルビ
ン酸のような試薬の添加によって阻害される。キモトリプシン(アミドおよび感
受性のアミノ酸のエステルに対して容易に作用するエンドペプチダーゼ)は、芳
香族アミノ酸を含む結合に対して特異性を有し、そしてロイシル、メチオニル、
アスパラギニル、およびグルタミルの残基の結合の加水分解を触媒する。この酵
素は、例えば、重金属、および有機リン化合物によって阻害される。トリプシン
(タンパク分解性酵素)は、アルギニンまたはリジンのカルボキシ基と別のアミ
ノ酸のアミノ基との間のペプチド結合の加水分解を触媒し、そして例えば、有機
リン化合物、ベンジル4−グアニジノベンゾエート(4−guanidiobe
nzoate)および4’−ニトロベンジル4−グアニジノベンゾエートによっ
て阻害される。ペプシンは、種々のペプチド結合の加水分解を触媒するエンドペ
プチダーゼであり、そしてフェニルアシルブロミド、脂肪族アルコール、および
ジフェニルジアゾメタンによって阻害される。
在する他の材料から分離される。これは、標準的な精製技術によって達成され、
これには、透析、ゲル濾過およびタンジェンタル(tangential)濾過
が挙げられるが、これらに限定されない。最終の精製された不活化調製物を、当
業者に公知の方法によって活性ウイルスの存在について試験し得る。活性ウイル
スについて試験する従来の方法は、ウイルスが複製する能力について試験するこ
とである。例えば、HIVについて、この試験は、培養培地中でHIV p24
抗原の産生をモニタリングすることによってなされ得る。本発明の精製された不
活化微生物は、2〜8℃のような不凍結温度で貯蔵され得る。
物を含む物質(ここで、1つ以上の表面タンパク質は、不可逆的に改変され、こ
れにより、この微生物が非病原性にされる)および液体マトリクスの組成物をさ
らに提供する。従って、ポジティブコントロール物質として調製される場合、こ
の精製された不活化微生物は、好ましくは、生物学的サンプルが分析される流体
に対応する安定化された生物学的流体を含む、液体マトリクスに懸濁される。こ
のような流体としては、血清、血漿、線維素除去された血漿、安定化された血漿
プール、脳脊髄液(CSF)、尿、唾液、精液および痰が挙げられるが、これら
に限定されない。あるいは、液体マトリクスは、生物学的な流体をシミュレート
するために処方される合成マトリクスを含み得る。合成の生物学的流体を調製す
る方法は、当該分野で周知である。さらに、この液体マトリクスは、抗酸化剤、
緩衝塩、保存剤および抗生物質のような添加物、糖(単糖類および多糖類)のよ
うなマトリクス安定性賦形剤、タンパク質(アルブミン、オボアルブミン、γグ
ロブリン、赤血球溶解物、カゼイン、乾燥粉ミルク、および/または他の血清タ
ンパク質を含む)、ポリビニルピロリジン、ポリ−1−リジン、およびメチル化
ウシ血清アルブミン(BSA)のような合成安定剤を含み得る。この液体マトリ
クスはまた、例えば、スクロースおよびマンノースの添加によって、凍結乾燥で
の長期間の保存性および安定性のために改変され得る。
サンプルを分析するためのキットを提供し、ここで、このキットは、表面タンパ
ク質および実質的にインタクトな核成分を含む、精製された微生物のサンプルを
含む、ポジティブコントロール組成物を含み、ここで、1つ以上の表面タンパク
質は、非可逆的に改変され、これにより、この微生物が非病原性にされる。好ま
しい実施形態において、このキットは、上記のような液体マトリクス中に、非病
原性微生物コントロールを含む。本発明の実施において、このキットは、当業者
に公知の核酸増幅技術を行うのに必要なさらなる材料を含み得る。さらに、本発
明は、核酸増幅技術に使用される現存のキットおよびサービスに、本発明の非病
原性微生物の追加を含むことが意図される。このようなキットおよびサービスと
しては、以下が挙げられるが、これらに限定されない:Roche Diagn
ostics(Indianapolis,IN)(COBAS AMPLIC
ORの商品名)によって市販されているキットおよびサービス、Nationa
l Genetics Institute,Inc.(Los Angele
s,CA)、Bayer Corporation(Tarrytown,NY
)およびGen−Probe,Inc.(San Diego,CA)により市
販されているNATスクリーニングサービス。
関してポジティブコントロールとして役立つ。例えば、不活化HIVウイルスを
含む、本発明のコントロール材料は、(1)サンプルの調製(カオトロピック(
chaotrophic)塩/溶媒抽出物)、(2)必要な場合、cDNAを産
生するためのRNAの逆転写、(3)核酸の増幅、および(4)増幅された核酸
の検出の工程を介して処理され得る。
での表面タンパク質を含む微生物を検出する方法を提供し、この方法は、本発明
の精製したコントロール物質の核成分を増幅する工程を包含する。好ましい実施
形態において、この方法は、以下の工程を包含する:(a)本発明の非病原性微
生物コントロールを微生物サンプルに添加して、対応する微生物の存在について
試験するサンプルを調製する工程;(b)増幅される標的核酸を抽出する工程;
(c)標的核酸を増幅する工程;(d)この増幅された標的核酸を検出可能に標
識された増幅された核酸プローブとハイブリダイズさせる工程;(e)このハイ
ブリダイズされた標的核酸を検出する工程。このような個々の方法の工程は、当
業者に周知である。例えば、標的核酸の増幅は、RNAをcDNAに逆転写した
後、DNAまたはRNAをポリメラーゼ連鎖反応(PCR)することによって達
成され得る。ハイブリダイゼーションおよび検出は、例えば、アルカリホスファ
ターゼ標識された核酸プローブの使用によって、またはエネルギー移動法(en
ergy transfer methodology)を用いたアンプリコン
の検出によって達成され得る。特に好ましい実施形態において、この方法は、生
物学的サンプル中に含まれる標的核酸を定量する工程をさらに包含し得る。
前に、生物学的な流体をスクリーニングするような方法)、診断ツール(病原性
微生物を有すると疑われる個体からの生物学的流体を、このような微生物の存在
について分析するツール)または治療モニタリングツール(感染の処置を受けて
いる患者からの生物学的なサンプルを、微生物の存在およびその量について分析
するツール)として使用され得る。
理解されるが、これらは、例示を意図するものであって、限定を意図するもので
はない。
この実施例は、精製されたHIV粒子の大規模製造を記載する。慢性的に感染
された細胞株(BP−1と称する)を使用して、このウイルスを提供した。この
細胞株は、元のH−9細胞株の高産生性改変体であり、そしてDr.Berna
rd Poieszによって提供された。この細胞株を、FBSおよび抗生物質
(ペニシリンおよびストレプトマイシン)を補充したRPMI−1640培地中
に維持した。各細胞株のマスター細胞バンク(MCB)および作用細胞バンク(
WCB)を樹立し、そして生物製剤の製造に対して認容されたUSFDAガイド
ラインに従って、維持した。代表的にMCBは、30〜50バイアルの凍結細胞
を有する。MCBのバイアルを解凍し、培養において増殖させ、そして30〜5
0バイアルの、WCBを構成する凍結細胞を調製するために使用する。MCBお
よびWCBを、安全な液体窒素容器内に貯蔵し、そして追跡可能性を確実にする
ために、対数を維持する。
640、ウシ胎仔血清(FBS)および抗生物質を含む培養において増殖させた
。最初に、細胞を固定的細胞培養フラスコ内で、1リットルの容量に達するまで
増殖させた。この時点で、細胞を、1つのボトルあたり1リットルの培養流体を
含む2リットルのローラーバッフルに移し、そして60〜70のローラーボトル
の製造規模に達するまで、さらに増殖させた。ローラーボトル培養物を、書面の
標準操作手順に従って維持し、そして慣用的な試験を行って、マイコプラスマお
よび他の外来性因子を確認した。
。代表的に、各培養物の90%を採取したが、これは、採取の時点の細胞密度に
よってわずかに変動し得る。採取された細胞培養物を、2つの濾過ループからな
る二重流路の接線流システム内で処理した。第1のループは、10平方フィート
の0.45μmの膜を使用して、細胞および細胞砕片を除去し、そして第2の流
路は、10平方フィートの300Kdのカットオフ膜を使用して、ウイルスを含
む培養上清を濃縮した。このシステムを、tris緩衝化生理食塩水で2回洗浄
し、そしてウイルスを含む上清を、約2リットルに濃縮した。
離した。ペレット化したウイルスを、50mlのtris緩衝化生理食塩水に再
懸濁させた。次いで、この物質を、1.2リットルの22〜66%のスクロース
の直線勾配で装填し、そしてウイルスを密度勾配超遠心分離によって精製した。
ビリオンを含む勾配画分を、屈折率によって同定し、そしてプールした画分を、
tris緩衝化生理食塩水で希釈し、そしてビリオンを再度ペレット化させた。
次いで、ビリオンを、リン酸緩衝化生理食塩水に再懸濁させた。
ベル3(BL−3)の実験室内で実施した。これらの手順によって生じた液体廃
棄物を、次亜塩素酸塩(hypoclorite)または活性化ヨウ素で処理し
、その後、市の下水に排出した。固体廃棄物を、オートクレーブによって処理し
、その後、BL−3実験室から移動させた。
この実施例は、表面タンパク質を架橋することによる、本発明により精製され
たウイルスの不活化の1つの方法を記載する。説明として、ビリオンエンベロー
プタンパク質の、パラホルムアルデヒド(組織および細胞の調製のために通常使
用される固定性物質)との架橋を試験した。生物学的流体中でのウイルスの不活
化のために、この固定性物質の滴定を、CDCによって推奨される濃度より高濃
度および低濃度で実施した(1992年5月8日/41(RR−8);001
CDC Guidelines for the Performance o
f CD4+ T−Cell Determinations in Pers
ons with Human Immunodeficiency Viru
s Infection)。最初に、精製したウイルスを2〜8℃で6〜8時間
ゆっくりと解凍して、ウイルスの溶解を最小にした。次に、氷上のままで、ウイ
ルスを冷PBSで、約1×1010コピー/mL(cp/mL)の最終濃度に希
釈した。次いで、希釈したウイルスを4つの異なる5mlのアリコートに分割し
、そして新たに調製したパラホルムアルデヒドを、それぞれに0.625、1.
25、2.5、または5%のいずれかの最終濃度で添加した。次いで、これらの
反応混合物を、穏やかに揺らしながら、2〜8℃で60分間インキュベートした
。この反応をクエンチするために、1mLの0.5Mグリシン(pH7.4)を
添加し、そして残余の全てのパラホルムアルデヒドと反応させた。グリシンの添
加後、この反応物を2〜8℃で2時間、穏やかに揺らした。グリシンおよび任意
の過剰のクエンチされていない固定性物質を除去するために、次いで、各反応混
合物を、1LのPBS(pH7.4、2〜8℃)に対して4回交換して透析した
(10〜14K分子量カットオフ)。次いで、透析したウイルスを15mLのチ
ューブに移し、そして3,000×gで10分間遠心分離して、任意の沈澱した
ウイルスをペレット化させた。次いで、各上清のサンプルを、細胞培養において
、感染性ウイルスの存在について試験した。
た:リン酸緩衝化生理食塩水(pH7.4)中の、4%クエン酸ナトリウム中に
収集したヒト起源の血漿、1mL EDTA、1U/mLリボヌクレアーゼイン
ヒビター(ヒト胎盤)、0.09% NaN3、1mMジチオトレイトール、0
.05%ゲンタマイシン。他のウイルスに対してこのマトリックスを最適化する
ために、1種以上の添加剤が削除され得る。
実施例2に記載されたように産生した改変ウイルスを試験して、このプロセス
がウイルスを不活化したことを確認した。説明として、American Ty
pe Culture Collectionから入手したCEM細胞株を、ウ
イルス感染性研究についての宿主細胞として使用した。この株を使用することの
利点は、インビトロHIV感染の確立が、比較的少ないビリオンを必要とするこ
と、およびこの感染が、細胞溶解性ではなくむしろ慢性的であり、分析を容易に
することである。これらの研究のために、ZeptoMetrix HIV p
24 Antigen EIA(ZeptoMetrix,Buffalo N
Y)を使用して、感染を検出および追跡する。
ート内で培養する。細胞を、1ml容量で1ウェル当たり105細胞でプレート
し、そして種々のウイルス(処理されたか処理されていないかのいずれか)の希
釈物100μlを、個々のウェルに添加する。培養物に、週に2回、50%培地
交換を与え、そして培養上清を、HIV p24についてアッセイする。全ての
培養物が、最初はHIV p24を含む。しかし、ウイルスが非感染性である培
養物においては、HIV p24レベルは経時的に低下し、最終的にバックグラ
ウンドレベルに達する。感染性のビリオンを含む培養物は、経時的に増加するレ
ベルのHIV p24を示し、非感染性ウイルスを含む培養物に対する感染性ウ
イルスを含む培養物の容易な識別を可能にする。従って、ウイルスの異なる希釈
物を使用して得られた結果を比較することによって、感染性HIVのいかに多く
の対数が、所定の処置手順によって不活化されたかを推定し得る。
理された実験からのデータを要約する。ここで、HIVのアリコートをとり、そ
して0.625%、1.25%、2.5%または5.0%のパラホルムアルデヒ
ドで処理した。次いで、処理されたウイルスの異なる希釈物(1:8,000、
1:80,000、および1:800,000)を、CEM細胞の培養物に入れ
、そしてp24アッセイを、接種の3日後、7日後、10日後、および14日後
に、培養上清において実施した。データを、培養上清におけるHIV p24タ
ンパク質のpg/mlとして表す。p24アッセイに対する標準曲線は、7.8
pg/ml〜125pg/mlで直線である。7.8pg/ml未満のHIV
p24濃度を「<7.8pg/ml」で表して、このアッセイの感度を示し、そ
してこのアッセイは125pg/mlより上では非直線であるので、125pg
/mlより高い値を「>125pg/ml」で表す。
p24の存在を証拠とする場合、全ての培養物において、試験した全ての希釈
物で、増殖した。他方で、パラホルムアルデヒドでのウイルスの処理は、14日
目までに培養上清において、検出不可能な量のp24を生じた。3日目、7日目
および10日目に検出され得たHIV p24 Agのレベルは、14日の期間
にわたってこれらのレベルが次第に低下することを証拠とする場合、不活化した
ウイルスを培養物に添加したことに起因した。表2は、ウイルスが架橋剤と共に
インキュベートされる曝露時間(分)に従って、本発明の不活化方法の効果を示
す。
本実施例は、表面タンパク質の酵素消化によって本発明のコントロール材料を
調製する方法を提供する。精製したウイルス(例えば、実施例1のように生成さ
れる)を、Hankの緩衝化生理食塩水中、0.25%ウシトリプシンおよび0
.1% EDTAを含有する混合物において、37℃にて約2時間、インキュベ
ートする。インキュベートの終わりに、この反応を、等量の胎仔ウシ血清を添加
することによって止める。次いで、材料を公知の技術に従って精製し、そして非
病原性を、実施例3に記載のような方法によって確認する。
本実施例は、このウイルス核酸がインタクトであり、その結果、実施例3に記
載される不活化手順に従って増幅できることを実証する。説明のように、化学的
に不活化したHIVがPCRによってなお検出されるか否かを試験するために、
実験を実施した。COBAS AmpliScreen HIV−1 Moni
torアッセイ(Roche)(HIV RNAコピー数を定量化する臨床キッ
トに基づくPCR)を使用した。これらの実験を、安定化した血漿形成において
、実施例3に記載される不活化反応からの材料を滴定することによって実施した
。次いで、DNAse、RNAseおよび発熱物質を含まないPCRチューブ(
Chasma Scientific,Cambridge,MA)に分注した
。HIV RNAコピー数の定量化を、Roche COBASアッセイを用い
て、低温凍結ウイルスのサンプル上で決定した。サンプルを、1:1000に希
釈し、そしてデータをこの希釈でのコピー数として表す。このデータを、以下の
表3にまとめる。
いくつかの架橋試薬を、種々の濃度での不活化HIVにおけるこれらの効力に
ついて試験した。表4に、本実験において使用した材料(これらの濃度、体積、
分子量および質量)を列挙する。
上に置く。1つの希釈において、0.5mLのHIVを、20mLのPBS緩衝
液に添加し、次いで穏やかに混合し、そして氷上に貯蔵する。別の希釈において
、0.5mLのHIVを、20mLのMBS緩衝液に添加し、次いで穏やかに混
合し、そして氷上に貯蔵する。
ルについて)の通り、HIVを架橋試薬および/または希釈物(PBSもしくは
MES)の1つと結合させ、そして室温にて2時間、穏やかに混合した(x、y
、zローテイター)。この反応を、0.5mL(0.5M)のグリシンの添加に
よって室温にて1時間クエンチした(表5および6に示す)。次いで、2.4m
Lの反応混合溶液を、PD−10 Desaltingカラム(生理食塩水で予
め平衡化した)に添加した。このウイルスを、3.5mLの生理食塩水を用いて
溶出した。
炭水化物を酸化した。過ヨウ素酸NaおよびHIVを結合させ、そして30分間
、暗所にてインキュベートした。BMPHと架橋させるために、BMPHを予め
処理したHIVに添加し、そして室温にて2時間穏やかに混合した。この反応を
、0.5mL(0.5M)のグリシンの添加によってクエンチした。室温にて1
時間インキュベートした。2.5mLの反応混合溶液を、Desaltingカ
ラムに添加し、3.5mLの生理食塩水で溶出し、次いで0.5mL画分にアリ
コートした。HIVを、脱繊維素血漿プールを用いて1:10に希釈した。表7
に材料と試験した量を列挙する。
た。EDCを水に添加し、滴定し、次いで900μLを反応混合溶液に添加し、
そして室温にて2時間インキュベートした。この反応混合溶液を、Desalt
ingカラムで精製し、3.5mLの生理食塩水で溶出し、次いで0.5mL画
分にアリコートした。HIVを、脱繊維素血漿プールを用いて1:10に希釈し
た。表8に材料と試験した量を列挙する。
Cobas HIV−1 Monitorアッセイにおいて試験した。結果を
表9に記載する。
〜750,000 cp/mL)
**NHP=脱繊維素した正常ヒト血漿
He−異種の2つの機能
Ho−相同な2つの機能
I−イミドエステル
M−マレイミド(maleimide)
H−ヒドリジド
C−カルボジイミド
SH−スルフヒドリル
CO−カルボニル(アルデヒド)
(実施例7)
(B型肝炎ウイルスの不活化)
本実施例において、本発明の方法を、パラホルムアルデヒドを用いるB型肝炎
ウイルスの不活化に適用する。精製したウイルス(本明細書中に記載されるよう
に調製した)を、実施例2に記載の方法を用いて不活化した。HBV不活化の研
究において、倫理的懸念、アベイラビリティーおよびコストは、HBV不活化研
究におけるチンパンジーの使用を制限するので、アヒルのB型肝炎ウイルス(D
HBV)を、ヒトB型肝炎ウイルス(HHBV)の代理として使用した。このモ
デルは、宿主として初代アヒル肝細胞(PDH)を使用する(Pughら、19
99)。本発明者らは、先の手順(BerryおよびFriend、1969、
Seglen、1976、PughおよびSummers、1989、Pugh
ら、2000、Tuttlemanら、1986)からの改変を用いて、一週齢
未満の血清反応陰性のホワイトペキンの雛アヒル(Anas dornesti
cus)からPDHを単離し、そして維持した。簡単に言うと、アヒルをCO2
に曝露することによって安楽死させ、肝臓を、2つの溶液(各約200mL)を
用いて、心房を経由して2回灌流した。第一の溶液は、0.5mmol/L E
GTA、2mmol/L Hepes(pH7.45)および50ug/mL
ペニシリンおよびストレプトマイシン(Biofluids,Rockvill
e,MD)を補充したSWIMのS−77培地(Sigma)から構成した。第
2の溶液は、2.5mmol/L CaCl2、0.5mgのコラゲナーゼ/m
L(I型、Sigma、St.Louis)および50ug/mLペニシリンお
よびストレプトマイシンを補充したSWIMのS−77培地を含有する。これら
の灌流液を、約15mL/分で、蠕動ポンプを用いて投与し、そして灌流(pe
rftisate)の温度を肝臓で37℃に維持するように調節した。この肝臓
を取り出し、鋏で細かくして、完全L−15培地(Biofluids,Roc
kville,MD)(0.05%(w/v)炭酸ナトリウム(Bioflui
ds)、1mmol/Lグルタミン(Biofluids)、20mmol/L
HEPES(Biofluids)、50ug/mLペニシリンおよびストレ
プトマイシン(Biofluids)、I(g/mLインスリン(Sigma、
St.Luois)および10(moi/Lヒドロコルチゾン−ヘミスクシナー
ト(Sigma)を補充した)中に肝細胞が分散するように25mLピペットを
用いて繰り返し混合した。細胞を滅菌したガーゼによって濾過し、50×gで4
分間遠心分離し、そして生じた細胞ペレットをL−15培地で3回洗浄し、そし
てL−15培地に再懸濁した。12ウェルプレートに、約2mLの細胞懸濁(約
105細胞)を播種した。プレートした細胞上の培地を、2日ごとに吸引し、新
しいL−15培地に置き換えた。
るウイルスの供給源として用いた。処理したDHBVおよびコントロールDHB
Vスパイクした赤血球サンプルを、L−15培地において10倍に連続希釈し、
続いて1mL体積を、4連でPDH単層に接種した。感染した培養物を、ウイル
スの付着および侵入のために37℃+20℃、5+1%CO2で一晩、インキュ
ベートした。次いで、接種材料を取り除き、細胞の単層を完全L−15培地で1
回洗浄し、過剰な赤血球を除去し、次いで各細胞に約2mLの新しいL−15培
地をかぶせた。感染した単層を、さらに10〜14日間、37+20℃、5+1
%CO2で、培地を2日ごとに交換してインキュベートした。
た。簡単に述べると、PDH単層から、培地を吸引によって除去し、そして単層
を1〜2mlのリン酸緩衝化生理食塩水(PBS)で5〜10分間振とうして洗
浄した。次いで、洗浄溶液を吸引によって除去し、そして1〜2mLの−20+
2℃のエタノールに置き換えた。エタノールで覆ったサンプルを、エタノールを
除去する前に2〜48時間、4+1℃にて固定した。その後、1〜2mL PB
Sで洗浄し、攪拌した単層を室温で少なくとも2時間、各ウェルに対して0.5
%胎仔ウシ血清を含有するPBS中、0.25mLの抗DHBVモノクローナル
抗体(DHVBエンベロープ(1H.1)のプレ(pre)−Sドメインに対す
る(Pughら、1995))(1:2希釈)を用いてインキュベートした。こ
の抗体溶液を吸引によって除去し、そして一次抗体染色した単層をPBSで洗浄
した。洗浄溶液を除去した後、0.5%胎仔ウシ血清を含有するPBS中、0.
25mLのヤギ抗マウスIgG−FITC(フルオレセインイソチオシアナート
結合体)(Jackson ImmnuroResearch Laborat
ories,Inc.、West Grove.PA)(1:200希釈)を各
ウェルに添加し、そして室温にて2時間攪拌させながらインキュベートした。二
次抗体を吸引によって除去し、蛍光(flourescently)染色した単
層をPBSで洗浄した。PBSの除去後、逆にしたウェルを、Nikon Di
aphot顕微鏡を用いるUV光学顕微鏡法によって試験し、1つ以上のDHB
V表面抗原陽性肝細胞を含む乾燥した単層を陽性とスコアした。ウイルス力価を
、ReedおよびMuench法(1938)を用いて、蛍光(floures
cence)焦点形成単位用量50のスカーリングによって決定した。
されなかった。
(周囲の室温(20℃)での60分間の懸濁における、アヒルB型肝炎ウイル
ス(DHBV)の不活化に対するパラホルムアルデヒドの影響)
として、蛍光焦点形成単位用量50。(+)FFFUの存在または(−)FFF
Uの非存在。
+、DHBV感染細胞検出;−、DHBV感染細胞非検出。
(ウシのウイルス性下痢ウイルス(BVDV)の不活化)
本実施例において、ウシのウイルス性下痢ウイルス(BVDV)(1生物型(
CPE)、1遺伝子型)宿主:Madin−Darbyウシ腎臓(MDBK)細
胞を、実施例2において議論した方法に従って、不活化した。
型)を、Madin−Darbyウシ腎臓(MDBK)細胞を感染させるこれら
の研究において使用した。感染性BVDVをアッセイするための手順は、以下の
差異を伴ってDHBV(上を参照)に記載したのと同じであった:2.5%パラ
ホルムアルデヒドを用いて、試験およびコントロールBVDVサンプルの両方を
処理した後、反応を0.5Mグリシンでクエンチした。これらのサンプル(0.
5mL)を、プレ(pre)−スパンセファクリル(sephacryl)カラ
ム中にロードした。このカラムを、4分間、1000rpmで回転させた。この
サンプルを、カラムから無菌的に取り出し、次いで10倍連続希釈を最小必須培
地(MEM)に調製した。そして組織培養プレートに播種した宿主細胞の単層上
に、37±2℃および5±1%CO2にて1時間吸着させた。吸着後、この単層
を、EBSSで洗浄し、新しいMEMで置換し、そして37±2℃および5±1
%CO2にて5〜7日間接種した。感染性ウイルスの存在を、以下に記載のよう
に決定した:インキュベーション後、このプレートをPBSで3回洗浄し、TC
グレードアルコールで固定し、そしてブタポリクローナル抗BVDV結合体化抗
体を用いて染色した。染色したプレートを、Nikon Diaphot顕微鏡
を用いるUV顕微鏡法を用いてスコアし、1つ以上のBVDV表面抗原陽性肝細
胞を含む単層を、陽性とスコアした。1希釈あたり4つのウェルを接種し、そし
て結果を、ReedおよびMunch(1938)によって算出したFFFUD
50として記録した。
出されなかった。
(周囲の室温(20℃)での60分間の懸濁における、ウシのウイルス性下痢
ウイルス(BVDV)の不活化に対するパラホルムアルデヒドの影響)
される、蛍光焦点形成単位用量50。(+)FFFUの存在または(−)FFF
Uの非存在。
表の脚注:+、BVDV感染細胞検出;−、BVDV感染細胞非検出。
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めに提供されることが理解されるべきである。当業者に明らかである本発明の実
施形態の他の改変は、本発明の範囲内であることが意図され、上記の特許請求の
範囲に、より完全に規定される。
Claims (3)
- 核酸増幅のためのポジティブコントロールとして非病原性の微生物を含む組成物を製造するための方法であって、
(a)表面タンパク質およびインタクトな核成分を含む精製した微生物を提供するための工程
(b)該核成分を実質的にインタクトに保ちつつ1以上の表面タンパク質を不可逆的に改変して、しれによって該微生物が非病原性となる工程;および
(c)生物学的流体または合成生物学的流体を含む液体マトリックスに該微生物を懸濁する工程
を包含し、ここで、該組成物は、核酸増検出試験においてポジティブ内部コントロールとして有用である、方法。 - 核酸増幅技術によって生物学的サンプル中で微生物を検出するための方法であって、
該方法は、
該生物学的サンプル中のポジティブコントロールの共増幅
を包含し、該ポジティブコントロールは、表面タンパク質および実質的にインタクトな核成分を含む精製した微生物を含み、
ここで、1以上の表面タンパク質が、該タンパク質上の1以上の反応性部位への1以上の反応性官能基を含む化合物との共有結合により不可逆的に改変されて、その結果、該微生物が非病原性となる、
方法。 - 本願明細書に記載されるような、核酸増幅コントロール。
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