JP2005517900A - デジタルアッセイ - Google Patents
デジタルアッセイ Download PDFInfo
- Publication number
- JP2005517900A JP2005517900A JP2003546815A JP2003546815A JP2005517900A JP 2005517900 A JP2005517900 A JP 2005517900A JP 2003546815 A JP2003546815 A JP 2003546815A JP 2003546815 A JP2003546815 A JP 2003546815A JP 2005517900 A JP2005517900 A JP 2005517900A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- target
- specific
- beads
- probe
- certain embodiments
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- IMMMOXWIMYISFY-UHFFFAOYSA-N CCCCC1=CC(C2)CC2C1 Chemical compound CCCCC1=CC(C2)CC2C1 IMMMOXWIMYISFY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B82—NANOTECHNOLOGY
- B82Y—SPECIFIC USES OR APPLICATIONS OF NANOSTRUCTURES; MEASUREMENT OR ANALYSIS OF NANOSTRUCTURES; MANUFACTURE OR TREATMENT OF NANOSTRUCTURES
- B82Y10/00—Nanotechnology for information processing, storage or transmission, e.g. quantum computing or single electron logic
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B82—NANOTECHNOLOGY
- B82Y—SPECIFIC USES OR APPLICATIONS OF NANOSTRUCTURES; MEASUREMENT OR ANALYSIS OF NANOSTRUCTURES; MANUFACTURE OR TREATMENT OF NANOSTRUCTURES
- B82Y5/00—Nanobiotechnology or nanomedicine, e.g. protein engineering or drug delivery
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
Abstract
Description
本願は、米国仮出願番号60/332,519(2001年11月21日出願)、および米国仮出願番号60/384,731(2002年5月31日出願)の優先権の利益を主張する。出願番号60/332,519および出願番号60/384,731は、任意の目的についてそれらの全体が本明細書中に参考として援用される。
(発明の分野)
本発明は、サンプル中の標的の検出のための方法および組成物に関する。
1つ以上の標的配列を含むサンプル中の1つ以上の標的配列の存在または非存在の検出は、一般に実施されている。例えば、癌および多くの感染性の疾患(例えば、AIDSおよび肝炎)の検出は、診断特徴的な核酸配列の存在または非存在について、生物学的サンプルをスクリーニングする工程を通常包含する。また、核酸配列の存在または非存在の検出は、法医学、親子鑑定、遺伝学カウンセリング、および臓器移植において、しばしば用いられる。
ある実施形態において、標的を定量する方法が提供される。ある実施形態において、この方法は、以下:標的をおそらく含むサンプル;コード化可能標識;各々の標的特異的プローブが、選択的結合条件下で標的に特異的に結合する、1つ以上の標的特異的プローブ;および分離部分、を含む反応混合物を形成する工程を包含する。ある実施形態において、この方法は、標的が存在する場合は、検出可能な複合体が生成され、そして標的が存在しない場合は、検出可能な複合体が生成されないような反応条件下で、この反応混合物を処理する工程をさらに包含し、ここで、検出可能な複合体は、コード化可能標識、標的特異的プローブ、および分離部分を含む。ある実施形態において、この方法は、検出可能な複合体をコード化可能標識(検出可能な複合体に含まれない)から分離する工程、およびコード化可能標識の数を数えることによって標的を定量する工程を、さらに包含する。
前述の一般的な説明および以下の詳細な説明の両方は、例示的かつ説明的なだけであって、特許請求されるようには、本発明を限定しないことが理解されるべきである。本願において、単数形の使用は、そうでないと具体的に述べない限り、複数形を含む。本願において、「または(or)」の使用は、そうでないと述べない限り「および/または(and/or)」を意味する。さらに、用語「含む(including)」ならびに他の形態(例えば、「含む(includes)」および「含まれる(included)」)の使用は、限定的でない。また、用語「部分(portion)」の使用は、部分(moiety)の一部または部分の全部を含み得る。
用語「ヌクレオチド塩基」とは、本明細書中で使用される場合、置換または非置換の芳香環を指す。特定の実施形態において、この芳香環は、少なくとも1個の窒素原子を含む。特定の実施形態において、このヌクレオチド塩基は、適切に相補的なヌクレオチド塩基とワトソン−クリック水素結合および/またはフーグスティーン水素結合を形成可能である。例示的ヌクレオチド塩基およびそのアナログとしては、天然に存在するヌクレオチド塩基であるアデニン、グアニン、シトシン、ウラシル、チミン、および天然に存在するヌクレオチド塩基のアナログ(例えば、7−デアザアデニン、7−デアザグアニン、7−デアザ−8−アザグアニン、7−デアザ−8−アザアデニン、N6−Δ2−イソペンテニルアデニン(6iA)、N6−Δ2−イソペンテニル−2−メチルチオアデニン(2ms6iA)、N2−ジメチルグアニン(dmG)、7−メチルグアニン(7mG)、イノシン、ネブラリン、2−アミノプリン、2−アミノ−6−クロロプリン、2,6−ジアミノプリン、ヒポキサンチン、プソイドウリジン、プソイドシトシン、プソイドイソシトシン、5−プロピニルシトシン、イソシトシン、イソグアニン、7−デアザグアニン、2−チオピリミジン、6−チオグアニン、4−チオチミン、4−チオウラシル、O6−メチルグアニン、N6−メチルアデニン、O4−メチルチミン、5,6−ジヒドロチミン、5,6−ジヒドロウラシル、ピラゾロ[3,4−D]ピリミジン(例えば、米国特許第6,143,877号および同第6,127,121号およびPCT公開出願WO 01/38584を参照のこと)、エテノアデニン)、インドール(例えば、ニトロインドールおよび4−メチルインドール)およびピロール(例えば、ニトロピロール)が挙げられるが、これらに限定されない。特定の例示的ヌクレオチド塩基は、例えば、Fasman,1989,Practical Handbook of Biochemistry and Molecular Biology,pp.385−394,CRC Press,Boca Ratonおよびその中に引用された参考文献中に、見出され得る。
用語「プローブ」または「標的特異的プローブ」は、標的を特異的に結合し得る部分を含む任意の一部分をいう。プローブとしては、以下が挙げられ得るが、これらに限定されない:サンプル中の標的に特異的に結合し得る核酸、ペプチドおよび他の分子。このような特異的な結合としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない:核酸分子間のハイブリダイゼーション、抗体−抗原相互作用、リガンドとレセプターとの間の相互作用、およびアプトマーとタンパク質との間の相互作用。
用語「標識」とは、検出可能なシグナルを提供し得るかまたは第2の分子または分子のセットの他のメンバーと相互作用して、検出可能なシグナルを提供する(第1の分子によって提供されるか、または第2の分子によって提供されるかのいずれか)(例えば、FRET(蛍光共鳴エネルギー転移)任意の分子または分子のセットをいう。標識の使用は、公知の標識、結合、連結基、試薬、反応条件ならびに分析方法および精製方法を使用する、多くの公知の技術のうちのいずれか1つを使用して達成され得る。標識としては、検出可能な蛍光シグナル、化学発光シグナルまたは生物発光シグナルを生じるかまたはクエンチする光放射化合物または光吸収化合物が挙げられるが、これらに限定されない(例えば、Kricka,L.in Nonisotopic DNA Probe Techniques(1992),Academic Press,San Diego,pp.3−28を参照のこと)。標識として有用な蛍光レポーター色素としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない:フルオレセイン(例えば、米国特許第5,188,934号;同第6,008,379号;および同第6,020,481号を参照のこと)、ローダミン(例えば、米国特許第5,366,860号;同第5,847,162号;同第5,936,087号;同第6,051,719号;および同第6,191,278号を参照のこと)、ベンゾフェノキサジン(例えば、米国特許第6,140,500号を参照のこと)、エネルギー転移蛍光色素(ドナーおよびアクセプターの対を含む)(例えば、米国特許第5,863,727号;同第5,800,996号;および同第5,945,526号を参照のこと)およびシアニン(例えば、Kubista,WO 97/45539を参照のこと)ならびに検出可能なシグナルを生産し得る任意の他の蛍光部分。フルオレセイン色素の例としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない:6−カルボキシフルオレセイン;2’,4’,1,4,−テトラクロロフルオレセイン;および2’,4’,5’,7’,1,4−ヘキサクロロフルオレセイン。
本発明の用語「検出可能な複合体」は、コード化可能標識を含む複合体である。特定の実施形態では、検出可能な複合体は、少なくとも1つのプローブをさらに含む。
用語「分離部分」とは、検出可能な複合体中に含まれる場合、サンプル中の少なくとも1つの他の部分から検出可能な複合体を分離するために使用され得る任意の部分をいう。
図28に示される特定の実施形態において、検出可能な複合体は、コード化可能標識および分離部分(例えば、ビオチン分子)を含むビーズを備えて形成される。特定の実施形態において、検出可能な複合体を形成するプロセスにおいて、連結反応を包含し得る。特定の実施形態において、検出可能な複合体を形成するプロセスにおいて、抗体−ペプチド反応を包含し得る。特定の実施形態において、ビオチン以外の分離部分を使用し得る。
特定の実施形態において、本発明は、コード化可能標識の検出を提供する。特定の実施形態において、本発明は、標識の計数を提供する。標識の検出および/または計数のいくつかの方法が企図され、そして当業者は、補発明のコード化可能標識を検出および/または計数し得る種々の方法を理解する。
標識が核酸配列である特定の実施形態において、プローブの配列特異的部分は、標的配列において相補的な配列に対して特異的なアニーリングをすることを可能にするのに十分な長さである。特定の実施形態において、配列特異的な部分の長さは、12〜35ヌクレオチドである。配列特異的アニーリングを提供するプローブ設計の詳細な説明が、特に、DiffenbachおよびDveksler,PCR Primer,A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Press,1995,ならびにKwokら(Nucl.Acid Res.18:999−1005,1990)において見出され得る。
本発明は、サンプル中の標的を定量するための方法、試薬、およびキットに関する。特定の実施形態において、連結反応を使用して標的核酸配列の存在または非存在を検出する。
特定の実施形態に従って、本発明は、標的核酸配列におけるスプライス改変体を同定するために使用され得る。例えば、遺伝子(タンパク質をコードするDNA)は、非コード領域(イントロンといわれる)が散在する一連のコード領域(エキソンといわれる)を含み得る。スプライシングプロセスにおいて、イントロンが除去され、エキソンは、最終的なRNA分子(代表的には、メッセンジャーRNA(mRNA))が、連続したコード配列を含むように、並置される。いくつかの遺伝子は、単一のタンパク質またはポリペプチドをコードする一方、他の遺伝子には、選択的スプライシングに起因して、複数のタンパク質またはポリペプチドをコードし得る。
特定の実施形態において、独特の特異的にアドレス可能なオリゴヌクレオチド、すなわち「アドレス可能な部分」が使用される。アドレス可能な部分は、アドレス可能な部分の相補体にハイブリダイズするように設計されたオリゴヌクレオチドである。互いに相補的なアドレス可能な部分の対に対して、一方のメンバーは、アドレス可能な部分といわれ、他方は、相補的にアドレス可能な部分といわれる。
特定の実施形態において、標的の検出は、2つの分離部分および1つのコード化可能標識を使用して行われ得る。特定の実施形態において、検出は、図25に示されるように、第1のアドレス可能部分(Z1)および第1の標的特異的部分(TSO1)を含む第1のオリゴヌクレオチドプローブを含むプローブセットを使用する。特定の実施形態において、このプローブセットは、図25に示されるように、第2の標的特異的部分(TSO2)、非特異的スペーサー部分(S)および第1の分離部分(例えば、ビオチン分子)を含む第2のオリゴヌクレオチドプローブをさらに含む。特定の実施形態において、標的の存在下で、第1の標的特異的部分および第2の標的特異的部分は、標的にハイブリダイズし、その結果、これら2つの標的特異的部分は、連結に適切である。従って、特定の実施形態において、標的分子が存在する場合、隣接してハイブリダイズされた2つの第1および第2の連結プローブが、一緒に連結されて、図25に示されるように、第1および第2の特異的部分、第1のアドレス可能部分、スペーサー部分、ならびにビオチン分子を含む連結生成物を形成し得る。
本発明の特定の実施形態において、サンプル中の1つ以上の標的(例えば、標的核酸配列)の量が定量され得る。定量は、標的の存在または非存在を検出することに関して上で考察された方法のいずれかに適用され得る。例えば、限定することなく、サンプル中の異なる特定の核酸配列の数(1つ以上の遺伝子座における種々の対立遺伝子の数、特定の単一ヌクレオチド多型の数、および特定のスプライス改変体の数が挙げられるが、これらに限定されない)が定量され得る。
本発明の特定の実施形態において、サンプル中の少なくとも2つの標的タンパク質の存在または非存在を検出する方法が、提供される。特定の実施形態において、本方法は、少なくとも2つの標的タンパク質の各々に対して特異的な異なるプローブセットと、サンプルとを合わせる工程を包含し、各プローブセットは:(a)少なくとも1つの分離ビーズ(磁性粒子を含む)、第1のコード可能標識(少なくとも2つの標識を含む)、および第1の標的特異的プローブ(ここで、第1のコード化可能標識は、第1の標的特異的プローブに対して特異的である)ならびに(b)少なくとも1つの検出ビーズ(少なくとも2つの標識を含む第2のコード化可能標識を含む)および第2の標的特異的プローブ(ここで、第2のコード可能標識は、第2の標識特異的プローブに対して特異的である)を含む。特定のこのような実施形態において、第1および第2の標識特異的プローブは、同じ標的タンパク質の異なる部分に結合する。特定の実施形態において、検出可能な複合体は、標的タンパク質が、サンプル中に存在する場合、形成される。特定の実施形態において、本方法は、少なくとも2つの標的タンパク質の各々に対する検出可能な複合体を計数することによって、サンプル中の少なくとも2つの異なるタンパク質の存在または非存在を検出する工程をさらに包含する。
特定の実施形態において、サンプル中の標的核酸配列を検出するためのキットが、提供される。特定の実施形態において、キットは、標的核酸配列の各々に対して特異的な異なるビーズセットを含む。特定の実施形態において、各異なるビーズセットは、以下:(a)少なくとも1つの分離ビーズ(磁性粒子を含む)、第1のコード化可能標識(2つ以上の標識を含む)、および第1の標的特異的プローブ(ここで、第1のコード化可能標識は、第1の標的特異的プローブに対して特異的である)、ならびに(b)少なくとも1つの検出ビーズ(2つ以上の標識のセットを含む第2のコード可能標識を含む)、および第2の標的特異的プローブ(ここで、第2のコード化可能標識は、第2の標的特異的プローブに対して特異的である)を含み、ここで、第2のコード化可能標識は、第2の標識特異的プローブに対して特異的であり;そして第1のコード化可能標識は、第2のコード化可能標識と検出可能に異なる。特定の実施形態において、各セット中の標的特異的プローブは、相補的標的配列上に互いに隣接してハイブリダイズされる場合、一緒に連結されるのに適している。
以下の実験は、ビーズに結合されたプローブが、標的核酸配列にハイブリダイズし、オリゴヌクレオチド連結アッセイ(OLA)において連結されたことを示した。ビーズに結合されるプローブを用いて産生される連結産物の量を、ビーズに結合されなかった同じプローブによって産生される連結産物の量と比較した。
KPO4(二塩基性) 1.82g/l
NaPO4(一塩基性) 0.22g/l
NaCl 8.76g/l
pH7.4に調整された。
2μl 10×Taq リガーゼ緩衝液
2μl ビオチン−標識pTSOプローブ(100nM)
2μl 蛍光ビーズ(100μg/ml)
16μl TSOに結合された磁性ビーズ(1mg/ml)
0.5μl リガーゼ(40U/μl)
2μl 合成標的(10nM〜10aM)。
2μl 10× リガーゼ緩衝液
11.5μl 水
2μl ビオチン−標識TSOプローブ(100nM)
2μl ビオチン−標識pTSOプローブ(100nM)
0.5μl リガーゼ(40U/μl)
2μl 合成標的(10nM〜10aM)。
1μl 399−TaqmanTMプローブ(5μM)
2.5μl 116/115プライマー(10μM)
6.5μl 水
12.5μl 2×Master Mix
先のOLA反応からの2.5μl サンプル
TaqmanTM反応を、95℃で10分間インキュベートし、続いて、95℃で15秒の第1工程、および60℃で1分の第2工程を含むサイクルが続く。特定の数のサイクルの後、シグナルが現れる。シグナルが現れる前に反応が受けるサイクルの数が記録され、そしてCt値として呼ばれる。TaqmanTM分析反応のための116/115プライマーの配列を、表2に与える。Master Mixを、Applied Biosystemsから得た(カタログ番号4318739)。
異なる量の合成標的分子が使用された場合に検出されたビーズ対の数を決定するために、以下の実験を行った。
2μl 10×リガーゼ緩衝液
2μl ビオチン標識pTSO(100nM)
2μl TSO−ビーズ
14μl ddH2O
0.25μl リガーゼ(40U/μl)
2μl 合成標的(1nM〜1fMの種々の濃度および標的無しでの1つの反応)。
1μl 399−TaqmanTMプローブ(5μM)
2.5μl 116/115プライマー(10μM)
6.5μl 水
12.5μl 2×Master Mix
先のOLA反応からの2.5μl サンプル
TaqmanTM反応を、95℃で10分間インキュベートし、続いて、95℃で15秒の第1工程、および60℃で1分の第2工程を含むサイクルが続く。TaqmanTM反応のための116/115プライマーの配列を、表2に与える。Master Mixを、Applied Biosystemsから得た(カタログ番号4318739)。
直径約5.6μmのコード化ポリスチレンビーズを、Luminex(Luminex Corp.,Austin,TX)から購入した。購入したビーズは、2色の色素を含浸されており、そして異なる強度の色素を有し、Luminex 100Flow Cytometerにより検出可能な特有の光学的コードを生じる。オリゴヌクレオチドを、Luminexのマニュアルに記載されるNH2エステル化学を使用してビーズの表面に結合させた。1つのポリエチレングリコール(PEG)リンカーを、Luminexビーズ上のアミン基と結合されたオリゴヌクレオチドの5’末端との間に含ませた。このオリゴヌクレオチドは、20塩基のプライマー配列と、特定の温度における最小の交差反応性で特異的にハイブリダイズするように設計された20塩基長の配列(アドレス可能(addressable)部分と呼ぶ)を含んでいた。このプライマー配列を、PEGリンカーとアドレス可能部分との間に配置した。オリゴヌクレオチドを結合させた後、このビーズを、ビーズに共有結合していないオリゴヌクレオチドを除去するために、上記の実施例1で記載したように、0.1%のTween−20を含むリン酸緩衝化生理食塩水PBS(pH7.4)で4回洗浄した。この洗浄は、50〜65℃であり、そして20分続けた。異なるようにコード化された2つのビーズに結合された、2つの異なるアドレス可能な部分を伴う2つの異なるオリゴヌクレオチドの配列を、以下の表6に示すようにZ1およびZ2と名付ける。Z1およびZ2の配列のアドレス可能な部分を、太字で示す。
0.5μl 100nMのASO1プローブ(3×1010個のプローブ)
0.5μl 100nMのASO2プローブ(3×1010個のプローブ)
0.5μl 100nMのLSOプローブ(3×1010個のプローブ)
0.5μl 10nM濃度のテンプレートZ3(3×109個の分子)
0.5μl 10nM濃度のテンプレートZ4(3×109個の分子)
1μl B1の溶液(10,000個のビーズ)
1μl B2の溶液(10,000個のビーズ)
0.25μl Taqリガーゼ(40単位/μl)
0.5μl 加熱したgDNA(100ng/μl)
Taqリガーゼおよび10×リガーゼ緩衝液を、New England Biolabs(カタログ番号M0208)から購入した。ビーズを、10秒間超音波処理して、その後反応混合物に加えた。この反応混合物を、熱サイクルにかけて、50℃にて5分間から初めて、ASOプローブおよびLSOプローブを標的に対してハイブリダイズさせて連結させ、そしてZ1オリゴヌクレオチドまたはZ2オリゴヌクレオチドを、合成テンプレート上のASOプローブに連結させた。次いで、標的からプローブを変性させるために温度を85℃まで15秒間上げて、そしてプローブおよびオリゴヌクレオチドから合成テンプレートを変性させた。このサイクルを100回繰り返した。この熱サイクルの完了時に、ビーズをPBS緩衝液0.1%Tween−20中で85℃にて3回洗浄した。
Claims (38)
- 標的を定量するための方法であって、該方法は、以下:
該標的をおそらく含むサンプル;コード化可能標識;1つ以上の標的特異的プローブ;および分離部分、を含む反応混合物を形成する工程であって、ここで、各標的特異的プローブは、選択的結合条件下で該標的に特異的に結合する、工程;
該標的が存在する場合に検出可能な複合体が生じるような反応条件下で該反応混合物を処理する工程であって、該検出可能な複合体は、該コード化可能標識、該標的特異的プローブおよび該分離部分を含む、工程;ならびに
コード化可能標識の数を計数することによって、該標的を定量する工程、
を包含する、方法。 - 請求項1に記載の方法であって、前記反応混合物を処理する工程の後、かつ前記標的を定量する工程の前に、前記検出可能な複合体内に含まれないコード化可能標識から、該検出可能な複合体を分離する工程をさらに包含する、方法。
- 少なくとも2つの異なる特定の標的を定量するための方法であって、該方法は、以下の工程:
2つ以上の異なる特定の標的をおそらく含むサンプル;各異なる特定の標的に対して特異的な、異なるコード化可能標識;選択的結合条件下で、該標的に特異的に結合する、各異なる特定の標的に対して特異的な、1つ以上の異なる標的特異的プローブ;および分離部分、を含む反応混合物を形成する工程;
特定の標的が存在する場合に検出可能な複合体が生じるような反応条件下で該反応混合物を処理する工程であって、該検出可能な複合体は、該特定の標的に対して特異的なコード化可能標識、該特定の標的に対して特異的な標的特異的プローブおよび該分離部分を含む、工程;ならびに
該異なる特定の標的の各々に対して特異的なコード化可能標識の数を計数することによって、該異なる特定の標的の各々を定量する工程、
を包含する、方法。 - 請求項3に記載の方法であって、前記反応混合物を処理する工程の後、かつ前記異なる特定の標的の各々を定量する工程の前に、前記検出可能な複合体内に含まれないコード化可能標識から、生成された任意の検出可能な複合体を分離する工程をさらに包含する、方法。
- サンプル中の、少なくとも2つの異なる標的核酸配列を定量するための方法であって、該方法は、以下の工程:
該サンプルを、該少なくとも2つの異なる標的核酸配列の各々に対して特異的な異なるプローブセットと合わせて、連結反応混合物を形成する工程であって、各プローブセットは、(a)磁性粒子および第一の標的特異的プローブを含む、少なくとも1つの分離ビーズ、ならびに(b)コード化可能標識および第二の標的特異的プローブを含む、少なくとも1つの検出ビーズ、を含み、ここで、各セット中の該標的特異的プローブは、相補的標的配列上で互いに隣接してハイブリダイズする場合に、一緒に連結するのに適切である、工程;
該連結反応混合物を連結反応に供する工程であって、ここで、隣接してハイブリダイズする相補的な標的特異的プローブが、互いに連結して、該分離ビーズおよび該検出ビーズを含む連結産物を形成する、工程;ならびに
各異なる標的核酸配列に対するコード化可能標識の数を計数することによって、少なくとも2つの異なる標的核酸配列の各々を定量する工程、
を包含する、方法。 - 請求項5に記載の方法であって、前記反応混合物を処理する工程の後、かつ前記少なくとも2つの異なる標的核酸配列の各々を定量する工程の前に、未連結の分離ビーズおよび検出ビーズから、任意の連結産物を分離する、方法。
- 請求項6に記載の方法であって、未連結の検出ビーズおよび分離ビーズから、前記連結産物を分離することが、以下の工程:
前記標的核酸配列から該連結産物を分離する工程;および
前記サンプルから該連結産物を分離する工程、
を包含する、方法。 - サンプル中の、少なくとも2つの異なる標的核酸配列を検出するための方法であって、該方法は、以下の工程:
該サンプルを、該少なくとも2つの異なる標的核酸配列の各々に対して特異的な異なるビーズセットと合わせて、連結反応混合物を形成する工程であって、各ビーズセットは、(a)磁性粒子、少なくとも2つの標識を含むコード化可能標識、および第一の標的特異的プローブを含む、少なくとも1つの分離ビーズ、ならびに(b)少なくとも2つの標識を含む第二のコード化可能標識、および第二の標的特異的プローブを含む、少なくとも1つの検出ビーズ、を含み、ここで、該第一のコード化可能標識は、該第一標的特異的プローブに特異的にハイブリダイズし、該第二のコード化可能標識は、該第二標的特異的プローブに特異的であり、ここで、該第一のコード化可能標識は、該第二のコード化可能標識とは、検出可能に異なり;ここで、各セット中の該標的特異的プローブは、相補的標的配列上で互いに隣接してハイブリダイズする場合に、一緒に連結するのに適切である、工程;
該連結反応混合物を連結反応に供する工程であって、ここで、隣接してハイブリダイズする相補的な標的特異的プローブが、互いに連結して、該分離ビーズおよび該検出ビーズを含む連結産物を形成する、工程;ならびに
該検出可能な複合体を定量することによって、該サンプル中の、該少なくとも2つの異なる標的核酸配列を定量する工程、
を包含する、方法。 - 請求項6〜8のいずれか1項に記載の方法であって、前記標的核酸配列から前記連結産物を分離することが、熱変性を含む、方法。
- 請求項9に記載の方法であって、前記標的核酸配列を定量する工程の前に、連結産物中に存在しない任意の分離ビーズを除去する工程をさらに包含する、方法。
- 請求項10に記載の方法であって、前記連結産物中に存在しない任意の分離ビーズを除去する工程が、以下:
任意の分離ビーズおよび連結産物を、密度勾配に置く工程であって、該分離ビーズおよび連結産物が、異なる密度である、工程;ならびに
連結産物中に存在しない任意の分離ビーズを除去する工程、
を包含する、方法。 - 請求項5〜11のいずれか1項に記載の方法であって、前記コード化可能標識は、前記第二の標的特異的プローブに対して特異的な強度レベルを有する、方法。
- 請求項12に記載の方法であって、前記分離ビーズは、第二のコード化可能標識をさらに含み、ここで、該第二のコード化可能標識は、前記第一の標的特異的プローブに対して特異的な強度レベルを有する、方法。
- 請求項13に記載の方法であって、標的核酸配列に対して特異的な、前記少なくとも2つのプローブセットの各々が、同じ発光スペクトルを有するコード化可能標識を含む、方法。
- 請求項1〜14のいずれか1項に記載の方法であって、前記コード化可能標識は、1つ以上の量子ドットである、方法。
- 請求項5〜14のいずれか1項に記載の方法であって、前記コード化可能標識が1つ以上の量子ドットであり、そして各プローブセットの前記検出ビーズが、少なくとも1,000量子ドットを含み、ここで、該量子ドットは、該検出ビーズを異なる検出ビーズから識別可能にする所定の波長を有する、方法。
- 請求項16に記載の方法であって、前記分離ビーズが、少なくとも1,000量子ドットをさらに含み、該粒子ドットは、該分離ビーズを異なる分離ビーズから識別可能にする所定の波長を有する、方法。
- 請求項5〜14、16および17のいずれか1項に記載の方法であって、前記サンプル中の前記少なくとも2つの標的核酸配列を定量する前記工程が、検出容器中で実施され、該検出容器は、磁気供給源の近傍の該検出容器の1つの表面上に溝を含み、ここで、前記分離ビーズは、該溝にはまり、前記検出ビーズは、該溝にはまらず、そして該磁気供給源に誘引された前記連結産物が整列される、方法。
- 請求項5〜14および16〜18のいずれか1項に記載の方法であって、前記連結反応混合物が、連結剤をさらに含む、方法。
- 請求項19に記載の方法であって、前記連結剤がリガーゼである、方法。
- 請求項19に記載の方法であって、前記連結剤が熱安定性リガーゼである、方法。
- 請求項21に記載の方法であって、前記熱安定性リガーゼが、Tthリガーゼ、TaqリガーゼおよびPfuリガーゼのうち少なくとも1つから選択される、方法。
- 請求項5〜14および16〜22のいずれか1項に記載の方法であって、ここで、各分離ビーズは、各検出ビーズとは密度が異なり、その結果、連結産物中に含まれない任意の分離ビーズと連結産物との間の距離は、磁気デバイスへの該連結産物の誘引を可能にし、そして該磁気デバイスへの、連結産物中に含まれない該分離ビーズの誘引を可能にしない、方法。
- 請求項23に記載の方法であって、前記連結産物を定量する前記工程が、前記サンプルの存在下で生じる、方法。
- 請求項1〜24のいずれか1項に記載の方法であって、前記コード化可能標識が、少なくとも2つの蛍光体を含む、方法。
- 請求項1〜24のいずれか1項に記載の方法であって、前記コード化可能標識が、少なくとも2つの蛍光分子を含む、方法。
- 請求項8に記載の方法であって、前記連結反応の後、かつ前記少なくとも2つの異なる標的核酸配列を定量する工程の前に、未連結の検出ビーズおよび分離ビーズから、前記検出可能な複合体を分離する工程をさらに包含する、方法。
- 請求項27に記載の方法であって、未連結の検出ビーズおよび分離ビーズから、前記検出可能な複合体を分離する前記工程が、以下:
少なくとも2つの異なる標的核酸配列から、該検出可能な複合体を分離すること、および
前記サンプルから該検出可能な複合体を分離すること、
を包含する、方法。 - 請求項28に記載の方法であって、前記少なくとも2つの異なる標的核酸配列からの、前記検出可能な複合体の分離が、熱変性を含む、方法。
- 請求項29に記載の方法であって、前記少なくとも2つの異なる標的核酸配列を定量する前記工程の前に、検出可能な複合体中に含まれない任意の分離ビーズを除去する工程をさらに包含する、方法。
- 請求項30に記載の方法であって、前記検出可能な複合体中に含まれない任意の分離ビーズを除去する工程が、以下:
任意の分離ビーズおよび検出可能な複合体を、密度勾配に置く工程であって、該分離ビーズおよび検出可能な複合体が、異なる密度である、工程;ならびに
検出可能な複合体中に存在しない任意の分離ビーズを除去する工程、
を包含する、方法。 - 請求項5〜14および16〜31のいずれか1項に記載の方法であって、前記検出ビーズが、磁性粒子をさらに含む、方法。
- 請求項32に記載の方法であって、前記サンプル中の前記少なくとも2つの標的核酸配列を定量する前記工程が、検出容器中で実施され、該検出容器は、磁気供給源の近傍の該検出容器の1つの表面上に溝を含み、ここで、該溝は、第一端部および第二端部を備え、そして該検出可能な複合体中の前記第一のコード化可能標識および前記第二のコード化可能標識は、該磁気供給源を用いて、該溝内に整列され、その結果、該検出可能な複合体の該分離ビーズは、該検出可能な複合体の該検出ビーズよりも、該第一端部に近接して整列する、方法。
- サンプル中の標的核酸配列を検出するためのキットであって、該キットは、以下:
該標的核酸配列の各々に対して特異的な異なるビーズセットを備え、該ビーズセットは、(a)磁性粒子、2つ以上の標識を含む第一コード化可能標識、および第一の標的特異的プローブを含む、少なくとも1つの分離ビーズであって、ここで、該第一のコード化可能標識は、該第一の標的特異的プローブに対して特異的である、少なくとも1つの分離ビーズ、ならびに(b)2つ以上の標識のセットを含む第二のコード化可能標識、および第二の標的特異的プローブを含む、少なくとも1つの検出ビーズであって、ここで、該第二のコード化可能標識は、該第二の標的特異的プローブに対して特異的である、少なくとも1つの検出ビーズ、を含み;ここで、該第一のコード化可能標識は、該第二のコード化可能標識とは、検出可能に異なり;そしてここで、各セット中の該標的特異的プローブは、相補的標的配列上で互いに隣接してハイブリダイズする場合に、一緒に連結するのに適切である、
キット。 - 請求項34に記載のキットであって、連結剤をさらに備える、キット。
- 請求項35に記載のキットであって、前記連結剤がリガーゼである、キット。
- 請求項35に記載のキットであって、前記連結剤が熱安定性リガーゼである、キット。
- 請求項37に記載のキットであって、前記熱安定性リガーゼが、Tthリガーゼ、TaqリガーゼおよびPfuリガーゼのうち少なくとも1つから選択される、キット。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US33251901P | 2001-11-21 | 2001-11-21 | |
US38473102P | 2002-05-31 | 2002-05-31 | |
PCT/US2002/037499 WO2003045310A2 (en) | 2001-11-21 | 2002-11-21 | Digital assay |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2009124765A Division JP2009229468A (ja) | 2001-11-21 | 2009-05-22 | デジタルアッセイ |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2005517900A true JP2005517900A (ja) | 2005-06-16 |
JP2005517900A5 JP2005517900A5 (ja) | 2005-12-22 |
Family
ID=26988251
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2003546815A Pending JP2005517900A (ja) | 2001-11-21 | 2002-11-21 | デジタルアッセイ |
JP2009124765A Pending JP2009229468A (ja) | 2001-11-21 | 2009-05-22 | デジタルアッセイ |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2009124765A Pending JP2009229468A (ja) | 2001-11-21 | 2009-05-22 | デジタルアッセイ |
Country Status (7)
Country | Link |
---|---|
US (3) | US20050118589A1 (ja) |
EP (2) | EP2196544A1 (ja) |
JP (2) | JP2005517900A (ja) |
CN (1) | CN100360722C (ja) |
AU (1) | AU2002362013B2 (ja) |
CA (1) | CA2466821A1 (ja) |
WO (1) | WO2003045310A2 (ja) |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2015508995A (ja) * | 2011-12-30 | 2015-03-26 | アボツト・モレキユラー・インコーポレイテツド | 核酸ハイブリダイゼーションプローブ |
JP2016517275A (ja) * | 2013-03-15 | 2016-06-16 | ザ キュレイターズ オブ ザ ユニバーシティ オブ ミズーリ | 多重核酸検出のためのコード化ナノポアセンサー |
JP2019528675A (ja) * | 2016-06-14 | 2019-10-17 | ベース4 イノベーション リミテッド | ポリヌクレオチド分離法 |
Families Citing this family (55)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
AU2002362013B2 (en) * | 2001-11-21 | 2008-04-24 | Applied Biosystems, Llc. | Digital assay |
US7361821B2 (en) * | 2002-09-20 | 2008-04-22 | Intel Corporation | Controlled alignment of nanobarcodes encoding specific information for scanning probe microscopy (SPM) reading |
JP4520857B2 (ja) | 2002-09-20 | 2010-08-11 | インテル・コーポレーション | 走査型プローブ顕微鏡検査(spm)読取用の特定の情報をエンコードするナノバーコードの制御された整列 |
EP2261372B1 (en) | 2003-01-29 | 2012-08-22 | 454 Life Sciences Corporation | Methods of amplifying and sequencing nucleic acids |
EP1704256A4 (en) * | 2004-01-13 | 2008-01-16 | Us Genomics Inc | DETECTION AND QUANTIFICATION OF ANALYTES IN SOLUTION USING POLYMERS |
US7408051B2 (en) * | 2004-04-14 | 2008-08-05 | Applera Corporation | Modified oligonucleotides and applications thereof |
US7517978B1 (en) | 2004-04-14 | 2009-04-14 | Applied Biosystems, Llc | Modified oligonucleotides and applications thereof |
WO2006112818A2 (en) * | 2005-04-14 | 2006-10-26 | Applera Corporation | 3' modified oligonucleotides containing pseudoisocytosine nucleobase derivatives and applications thereof as primers or probes |
US20070015176A1 (en) * | 2005-02-18 | 2007-01-18 | Applera Corporation | Small nucleic acid detection probes and uses thereof |
US8628918B2 (en) * | 2005-05-09 | 2014-01-14 | Affymetrix, Inc. | Multiplex capture of nucleic acids |
US8632970B2 (en) | 2005-05-09 | 2014-01-21 | Affymetrix, Inc. | Multiplex capture of nucleic acids |
CA2607221A1 (en) * | 2005-05-12 | 2006-11-23 | Panomics, Inc. | Multiplex branched-chain dna assays |
EP1890146A4 (en) * | 2005-06-01 | 2009-05-13 | Olympus Corp | METHOD FOR DETECTING NUCLEIC ACID |
DK2500439T4 (da) * | 2005-06-20 | 2017-11-13 | Advanced Cell Diagnostics Inc | Kits og produkter til detektering af nukleinsyrer i individuelle celler og til identifikation af sjældne celler fra store heterogene cellepopulationer |
US20070087360A1 (en) * | 2005-06-20 | 2007-04-19 | Boyd Victoria L | Methods and compositions for detecting nucleotides |
US20070031977A1 (en) * | 2005-08-02 | 2007-02-08 | Vann Charles S | Portable genomic analyzer |
JP2008002948A (ja) * | 2006-06-22 | 2008-01-10 | Olympus Corp | 標的核酸の検出方法及び該検出方法に用いる容器 |
US20090081807A1 (en) * | 2007-09-25 | 2009-03-26 | April Cui | Method for rapid and quantitative assay using primary color principle |
EP2265942B1 (en) | 2008-03-12 | 2017-10-18 | University Of Virginia Patent Foundation | Detection of polymeric analytes |
WO2011026128A2 (en) | 2009-08-31 | 2011-03-03 | Life Technologies Corporation | Flowcells and methods of filling and using same |
WO2011056215A1 (en) * | 2009-11-03 | 2011-05-12 | Landers James P | Versatile, visible method for detecting polymeric analytes |
US8658361B2 (en) | 2010-10-21 | 2014-02-25 | Advanced Cell Diagnostics, Inc. | Ultra sensitive method for in situ detection of nucleic acids |
WO2013095691A1 (en) * | 2011-12-20 | 2013-06-27 | Rarecyte, Inc. | Tube and reflective float systems for analyzing suspensions |
GB2504240B (en) | 2012-02-27 | 2015-05-27 | Cellular Res Inc | Compositions and kits for molecular counting of nucleic acids |
US10005594B2 (en) * | 2012-08-31 | 2018-06-26 | Universal Bio Research Co., Ltd. | Deforming element-included dispensing tip, deforming element-included dispensing device, and deforming element-included dispensing processing method |
US9512468B2 (en) * | 2012-11-06 | 2016-12-06 | Industrial Technology Research Institute | Detection method uses magnetic and detectable nanoparticles with oligonucleotides attached thereto |
KR102536833B1 (ko) | 2013-08-28 | 2023-05-26 | 벡톤 디킨슨 앤드 컴퍼니 | 대량의 동시 단일 세포 분석 |
EP2949759B1 (en) | 2014-05-27 | 2017-07-26 | Université Paris Sud 11 | Multiplexed homogeneous oligonucleotide detection |
NO337444B1 (no) | 2014-06-19 | 2016-04-11 | Spinchip Diagnostics As | Analysemetode |
EP3262192B1 (en) | 2015-02-27 | 2020-09-16 | Becton, Dickinson and Company | Spatially addressable molecular barcoding |
EP4180535A1 (en) | 2015-03-30 | 2023-05-17 | Becton, Dickinson and Company | Methods and compositions for combinatorial barcoding |
EP3286326A1 (en) | 2015-04-23 | 2018-02-28 | Cellular Research, Inc. | Methods and compositions for whole transcriptome amplification |
US10619186B2 (en) | 2015-09-11 | 2020-04-14 | Cellular Research, Inc. | Methods and compositions for library normalization |
DK3362462T3 (da) | 2015-10-12 | 2021-10-11 | Advanced Cell Diagnostics Inc | In situ-detektion af nukleotidvarianter i prøver med højt støjniveau, og sammensætninger og fremgangsmåder relateret dertil |
US10301677B2 (en) | 2016-05-25 | 2019-05-28 | Cellular Research, Inc. | Normalization of nucleic acid libraries |
US10640763B2 (en) | 2016-05-31 | 2020-05-05 | Cellular Research, Inc. | Molecular indexing of internal sequences |
US10202641B2 (en) | 2016-05-31 | 2019-02-12 | Cellular Research, Inc. | Error correction in amplification of samples |
SG11201901733PA (en) | 2016-09-26 | 2019-04-29 | Cellular Res Inc | Measurement of protein expression using reagents with barcoded oligonucleotide sequences |
KR101862198B1 (ko) * | 2016-09-30 | 2018-05-30 | (주)스파크바이오파마 | 2차원 겔 전기영동에서의 열 안정성 변화-기반 형광 차이를 이용한 표적 단백질의 규명 방법 |
US11319583B2 (en) | 2017-02-01 | 2022-05-03 | Becton, Dickinson And Company | Selective amplification using blocking oligonucleotides |
AU2018281745B2 (en) | 2017-06-05 | 2022-05-19 | Becton, Dickinson And Company | Sample indexing for single cells |
US10781480B1 (en) * | 2017-07-01 | 2020-09-22 | Acgt Corporation | Method of detecting nucleic acids with amplified signal using nanoparticles |
WO2019213237A1 (en) | 2018-05-03 | 2019-11-07 | Becton, Dickinson And Company | Molecular barcoding on opposite transcript ends |
JP7407128B2 (ja) | 2018-05-03 | 2023-12-28 | ベクトン・ディキンソン・アンド・カンパニー | ハイスループットマルチオミクスサンプル解析 |
CN112805389A (zh) | 2018-10-01 | 2021-05-14 | 贝克顿迪金森公司 | 确定5’转录物序列 |
JP2022506546A (ja) | 2018-11-08 | 2022-01-17 | ベクトン・ディキンソン・アンド・カンパニー | ランダムプライミングを使用した単一細胞の全トランスクリプトーム解析 |
EP3894552A1 (en) | 2018-12-13 | 2021-10-20 | Becton, Dickinson and Company | Selective extension in single cell whole transcriptome analysis |
ES2945227T3 (es) | 2019-01-23 | 2023-06-29 | Becton Dickinson Co | Oligonucleótidos asociados con anticuerpos |
US11684926B2 (en) * | 2019-07-14 | 2023-06-27 | Zhuhai Sanmed Biotech Ltd. | System and processes for isolation and enrichment by magnetic separation |
US11939622B2 (en) | 2019-07-22 | 2024-03-26 | Becton, Dickinson And Company | Single cell chromatin immunoprecipitation sequencing assay |
US11773436B2 (en) | 2019-11-08 | 2023-10-03 | Becton, Dickinson And Company | Using random priming to obtain full-length V(D)J information for immune repertoire sequencing |
CN115244184A (zh) | 2020-01-13 | 2022-10-25 | 贝克顿迪金森公司 | 用于定量蛋白和rna的方法和组合物 |
WO2021231779A1 (en) | 2020-05-14 | 2021-11-18 | Becton, Dickinson And Company | Primers for immune repertoire profiling |
US11932901B2 (en) | 2020-07-13 | 2024-03-19 | Becton, Dickinson And Company | Target enrichment using nucleic acid probes for scRNAseq |
EP4247967A1 (en) | 2020-11-20 | 2023-09-27 | Becton, Dickinson and Company | Profiling of highly expressed and lowly expressed proteins |
Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH01211500A (ja) * | 1987-12-21 | 1989-08-24 | Amoco Corp | アフィニティー検定用増幅を伴う標的およびバックグラウンド捕獲法 |
JPH09510878A (ja) * | 1994-04-04 | 1997-11-04 | チバ コーニング ダイアグノスティクス コーポレイション | 特定の核酸配列を検出するためのハイブリダイゼーション−ライゲーション分析 |
WO1999037814A1 (en) * | 1998-01-22 | 1999-07-29 | Luminex Corporation | Microparticles with multiple fluorescent signals |
WO2000068692A1 (en) * | 1999-05-07 | 2000-11-16 | Quantum Dot Corporation | A method of detecting an analyte using semiconductor nanocrystals |
Family Cites Families (106)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US603117A (en) | 1898-04-26 | Cinder-car | ||
US3853987A (en) | 1971-09-01 | 1974-12-10 | W Dreyer | Immunological reagent and radioimmuno assay |
US3957741A (en) | 1974-01-17 | 1976-05-18 | California Institute Of Technology | Crosslinked, porous, polyacrylate beads |
US4108972A (en) | 1974-03-15 | 1978-08-22 | Dreyer William J | Immunological reagent employing radioactive and other tracers |
US4053433A (en) | 1975-02-19 | 1977-10-11 | Minnesota Mining And Manufacturing Company | Method of tagging with color-coded microparticles |
US4035316A (en) | 1975-11-24 | 1977-07-12 | California Institute Of Technology | Cell specific, variable density, polymer microspheres |
US4326008A (en) | 1976-08-27 | 1982-04-20 | California Institute Of Technology | Protein specific fluorescent microspheres for labelling a protein |
US4224198A (en) | 1978-05-26 | 1980-09-23 | California Institute Of Technology | Protein specific polymeric immunomicrospheres |
US4499052A (en) | 1982-08-30 | 1985-02-12 | Becton, Dickinson And Company | Apparatus for distinguishing multiple subpopulations of cells |
US4717655A (en) | 1982-08-30 | 1988-01-05 | Becton, Dickinson And Company | Method and apparatus for distinguishing multiple subpopulations of cells |
US5242794A (en) * | 1984-12-13 | 1993-09-07 | Applied Biosystems, Inc. | Detection of specific sequences in nucleic acids |
US5093234A (en) | 1984-12-24 | 1992-03-03 | Caribbean Microparticles Corporation | Method of aligning, compensating, and calibrating a flow cytometer for analysis of samples, and microbead standards kit therefor |
US5506337A (en) | 1985-03-15 | 1996-04-09 | Antivirals Inc. | Morpholino-subunit combinatorial library and method |
SE458968B (sv) | 1987-06-16 | 1989-05-22 | Wallac Oy | Biospecifikt analysfoerfarande foer flera analyter i vilket ingaar partikelraekning och maerkning med fluorescerande maerksubstanser |
US5132242A (en) | 1987-07-15 | 1992-07-21 | Cheung Sau W | Fluorescent microspheres and methods of using them |
CA1323293C (en) | 1987-12-11 | 1993-10-19 | Keith C. Backman | Assay using template-dependent nucleic acid probe reorganization |
US5104791A (en) * | 1988-02-09 | 1992-04-14 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Particle counting nucleic acid hybridization assays |
DE68926504T2 (de) | 1988-07-20 | 1996-09-12 | David Segev | Verfahren zur amplifizierung und zum nachweis von nukleinsäuresequenzen |
US5185243A (en) | 1988-08-25 | 1993-02-09 | Syntex (U.S.A.) Inc. | Method for detection of specific nucleic acid sequences |
US5234809A (en) | 1989-03-23 | 1993-08-10 | Akzo N.V. | Process for isolating nucleic acid |
US5800992A (en) * | 1989-06-07 | 1998-09-01 | Fodor; Stephen P.A. | Method of detecting nucleic acids |
US5366860A (en) | 1989-09-29 | 1994-11-22 | Applied Biosystems, Inc. | Spectrally resolvable rhodamine dyes for nucleic acid sequence determination |
US5188934A (en) | 1989-11-14 | 1993-02-23 | Applied Biosystems, Inc. | 4,7-dichlorofluorescein dyes as molecular probes |
US5378841A (en) | 1989-12-20 | 1995-01-03 | Antivirals Inc. | Alpha-morpholino ribonucleoside derivatives and polymers thereof |
US5279936A (en) * | 1989-12-22 | 1994-01-18 | Syntex (U.S.A.) Inc. | Method of separation employing magnetic particles and second medium |
KR950013953B1 (ko) | 1990-01-26 | 1995-11-18 | 애보트 래보라토리즈 | 리가제 연쇄 반응에 적용가능한 표적 핵산의 증폭 방법 |
US5470967A (en) | 1990-04-10 | 1995-11-28 | The Dupont Merck Pharmaceutical Company | Oligonucleotide analogs with sulfamate linkages |
US5326692B1 (en) | 1992-05-13 | 1996-04-30 | Molecular Probes Inc | Fluorescent microparticles with controllable enhanced stokes shift |
US5723218A (en) | 1990-04-16 | 1998-03-03 | Molecular Probes, Inc. | Dipyrrometheneboron difluoride labeled flourescent microparticles |
US5185144A (en) | 1990-10-26 | 1993-02-09 | Bristol-Myers Squibb Company | Gastroprotectant compositions and use thereof |
US5719262A (en) | 1993-11-22 | 1998-02-17 | Buchardt, Deceased; Ole | Peptide nucleic acids having amino acid side chains |
DK51092D0 (da) | 1991-05-24 | 1992-04-15 | Ole Buchardt | Oligonucleotid-analoge betegnet pna, monomere synthoner og fremgangsmaade til fremstilling deraf samt anvendelser deraf |
US5994069A (en) | 1996-01-24 | 1999-11-30 | Third Wave Technologies, Inc. | Detection of nucleic acids by multiple sequential invasive cleavages |
US5846717A (en) | 1996-01-24 | 1998-12-08 | Third Wave Technologies, Inc. | Detection of nucleic acid sequences by invader-directed cleavage |
US5470705A (en) | 1992-04-03 | 1995-11-28 | Applied Biosystems, Inc. | Probe composition containing a binding domain and polymer chain and methods of use |
ATE173767T1 (de) | 1992-04-03 | 1998-12-15 | Perkin Elmer Corp | Proben zusammensetzung und verfahren |
US5817781A (en) | 1992-06-01 | 1998-10-06 | Gilead Sciences, Inc. | Modified internucleoside linkages (II) |
FI925064A (fi) | 1992-11-09 | 1994-05-10 | Erkki Juhani Soini | Metod och apparatur foer bioaffinitetsbestaemningar |
WO1994024143A1 (en) | 1993-04-12 | 1994-10-27 | Northwestern University | Method of forming oligonucleotides |
US6007987A (en) * | 1993-08-23 | 1999-12-28 | The Trustees Of Boston University | Positional sequencing by hybridization |
US5925517A (en) * | 1993-11-12 | 1999-07-20 | The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. | Detectably labeled dual conformation oligonucleotide probes, assays and kits |
US5538848A (en) | 1994-11-16 | 1996-07-23 | Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. | Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe |
US5777148A (en) | 1994-01-28 | 1998-07-07 | Prolinx, Inc. | Boronic compound complexing reagents and highly stable complexes |
US5837878A (en) | 1994-01-28 | 1998-11-17 | Prolinx, Inc. | Boronic compound complexing reagents and highly stable complexes |
US5852178A (en) | 1994-01-28 | 1998-12-22 | Prolinx, Inc. | Phenylboronic acid complexing reagents for conjugating biologically active molecules |
US5744627A (en) | 1994-01-28 | 1998-04-28 | Prolinx, Inc. | Boronic compound complexing reagents and complexes |
US5594151A (en) | 1994-01-28 | 1997-01-14 | Prolinx, Inc. | Phenylboronic acid complexing reagents derived from aminosalicylic acid |
US5876924A (en) * | 1994-06-22 | 1999-03-02 | Mount Sinai School Of Medicine | Nucleic acid amplification method hybridization signal amplification method (HSAM) |
ATE206764T1 (de) * | 1994-07-16 | 2001-10-15 | Roche Diagnostics Gmbh | Verfahren zum sensitiven nachweis von nukleinsäuren |
US6013445A (en) * | 1996-06-06 | 2000-01-11 | Lynx Therapeutics, Inc. | Massively parallel signature sequencing by ligation of encoded adaptors |
EP0852004B1 (en) | 1995-10-11 | 2011-01-19 | Luminex Corporation | Multiplexed analysis of clinical specimens |
CZ228598A3 (cs) * | 1996-01-23 | 1998-12-16 | Rapigene, Inc. | Způsoby a kompozice pro analyzování molekul nukleových kyselin za použití postupu třídění |
DE69701671T3 (de) * | 1996-01-23 | 2006-08-17 | Qiagen Genomics, Inc., Bothell | Verfahren und zusammenstellungen zur sequenzbestimmung von nukleinsäuremolekülen |
US5985557A (en) | 1996-01-24 | 1999-11-16 | Third Wave Technologies, Inc. | Invasive cleavage of nucleic acids |
US6020481A (en) | 1996-04-01 | 2000-02-01 | The Perkin-Elmer Corporation | Asymmetric benzoxanthene dyes |
US5800996A (en) | 1996-05-03 | 1998-09-01 | The Perkin Elmer Corporation | Energy transfer dyes with enchanced fluorescence |
US5945526A (en) | 1996-05-03 | 1999-08-31 | Perkin-Elmer Corporation | Energy transfer dyes with enhanced fluorescence |
US5847162A (en) | 1996-06-27 | 1998-12-08 | The Perkin Elmer Corporation | 4, 7-Dichlororhodamine dyes |
US5863727A (en) | 1996-05-03 | 1999-01-26 | The Perkin-Elmer Corporation | Energy transfer dyes with enhanced fluorescence |
SE506700C2 (sv) | 1996-05-31 | 1998-02-02 | Mikael Kubista | Sond och förfaranden för analys av nukleinsyra |
US20030054376A1 (en) * | 1997-07-07 | 2003-03-20 | Mullis Kary Banks | Dual bead assays using cleavable spacers and/or ligation to improve specificity and sensitivity including related methods and apparatus |
US5831046A (en) | 1996-08-05 | 1998-11-03 | Prolinx, Incorporated | Boronic acid-contaning nucleic acid monomers |
US6075126A (en) | 1996-08-05 | 2000-06-13 | Prolinx, Inc. | Phenyldiboronic acid reagents and complexes |
US5786219A (en) | 1996-10-28 | 1998-07-28 | Molecular Probes, Inc. | Microspheres with fluorescent spherical zones |
ES2192672T3 (es) | 1996-11-18 | 2003-10-16 | Takeshi Imanishi | Nuevos analogos de nucleotidos. |
US5981297A (en) * | 1997-02-05 | 1999-11-09 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy | Biosensor using magnetically-detected label |
JP3756313B2 (ja) | 1997-03-07 | 2006-03-15 | 武 今西 | 新規ビシクロヌクレオシド及びオリゴヌクレオチド類縁体 |
US6143877A (en) | 1997-04-30 | 2000-11-07 | Epoch Pharmaceuticals, Inc. | Oligonucleotides including pyrazolo[3,4-D]pyrimidine bases, bound in double stranded nucleic acids |
CA2287570C (en) * | 1997-05-02 | 2008-10-28 | Gen-Probe Incorporated | Two-step hybridization and capture of a polynucleotide |
DE69829760T3 (de) | 1997-09-12 | 2016-04-14 | Exiqon A/S | Bi- und tri-zyklische - nukleosid, nukleotid und oligonukleotid-analoga |
US6008379A (en) | 1997-10-01 | 1999-12-28 | The Perkin-Elmer Corporation | Aromatic-substituted xanthene dyes |
CA2306501C (en) | 1997-10-14 | 2011-03-29 | Luminex Corporation | Precision fluorescently dyed particles and methods of making and using same |
US6322901B1 (en) | 1997-11-13 | 2001-11-27 | Massachusetts Institute Of Technology | Highly luminescent color-selective nano-crystalline materials |
US5990479A (en) | 1997-11-25 | 1999-11-23 | Regents Of The University Of California | Organo Luminescent semiconductor nanocrystal probes for biological applications and process for making and using such probes |
US6207392B1 (en) | 1997-11-25 | 2001-03-27 | The Regents Of The University Of California | Semiconductor nanocrystal probes for biological applications and process for making and using such probes |
US5936087A (en) | 1997-11-25 | 1999-08-10 | The Perkin-Elmer Corporation | Dibenzorhodamine dyes |
CA2313047A1 (en) | 1997-12-04 | 1999-12-16 | Nicholas Thomas | Multiple assay method |
US6232066B1 (en) * | 1997-12-19 | 2001-05-15 | Neogen, Inc. | High throughput assay system |
US6127121A (en) | 1998-04-03 | 2000-10-03 | Epoch Pharmaceuticals, Inc. | Oligonucleotides containing pyrazolo[3,4-D]pyrimidines for hybridization and mismatch discrimination |
AU3555599A (en) | 1998-04-13 | 1999-11-01 | Luminex Corporation | Liquid labeling with fluorescent microparticles |
US6251303B1 (en) | 1998-09-18 | 2001-06-26 | Massachusetts Institute Of Technology | Water-soluble fluorescent nanocrystals |
EP0990903B1 (en) | 1998-09-18 | 2003-03-12 | Massachusetts Institute Of Technology | Biological applications of semiconductor nanocrystals |
EP1113986A2 (en) | 1998-09-18 | 2001-07-11 | Massachusetts Institute Of Technology | Inventory control |
US6426513B1 (en) | 1998-09-18 | 2002-07-30 | Massachusetts Institute Of Technology | Water-soluble thiol-capped nanocrystals |
EP1115888B1 (en) | 1998-09-24 | 2008-03-12 | Indiana University Research and Technology Corporation | Water-soluble luminescent quantum dots and bioconjugates thereof |
WO2000027365A1 (en) | 1998-11-10 | 2000-05-18 | Biocrystal Limited | Functionalized nanocrystals and their use in detection systems |
US6261779B1 (en) | 1998-11-10 | 2001-07-17 | Bio-Pixels Ltd. | Nanocrystals having polynucleotide strands and their use to form dendrimers in a signal amplification system |
WO2000028089A1 (en) | 1998-11-10 | 2000-05-18 | Biocrystal Limited | Functionalized nanocrystals and their use in labeling for strand synthesis or sequence determination |
US6114038A (en) | 1998-11-10 | 2000-09-05 | Biocrystal Ltd. | Functionalized nanocrystals and their use in detection systems |
GB9905807D0 (en) | 1999-03-12 | 1999-05-05 | Amersham Pharm Biotech Uk Ltd | Analysis of differential gene expression |
TW496775B (en) * | 1999-03-15 | 2002-08-01 | Aviva Bioscience Corp | Individually addressable micro-electromagnetic unit array chips |
US6013783A (en) | 1999-03-19 | 2000-01-11 | Prolinx Incorporated | Boronic acid containing oligonucleotides and polynucleotides |
US6355431B1 (en) * | 1999-04-20 | 2002-03-12 | Illumina, Inc. | Detection of nucleic acid amplification reactions using bead arrays |
US20010055764A1 (en) * | 1999-05-07 | 2001-12-27 | Empedocles Stephen A. | Microarray methods utilizing semiconductor nanocrystals |
SE9902479D0 (sv) | 1999-06-30 | 1999-06-30 | Amersham Pharm Biotech Ab | Particle classification as marker |
ATE324588T1 (de) | 1999-08-17 | 2006-05-15 | Luminex Corp | Verkapselung von fluoreszierenden partikeln |
AU6788100A (en) | 1999-08-20 | 2001-03-19 | Luminex Corporation | Liquid array technology |
US6140500A (en) | 1999-09-03 | 2000-10-31 | Pe Corporation | Red-emitting [8,9]benzophenoxazine nucleic acid dyes and methods for their use |
WO2001025481A1 (fr) * | 1999-10-04 | 2001-04-12 | Olympus Optical Co., Ltd. | Procede de detection d'acide nucleique |
US6191278B1 (en) | 1999-11-03 | 2001-02-20 | Pe Corporation | Water-soluble rhodamine dyes and conjugates thereof |
US6660845B1 (en) | 1999-11-23 | 2003-12-09 | Epoch Biosciences, Inc. | Non-aggregating, non-quenching oligomers comprising nucleotide analogues; methods of synthesis and use thereof |
WO2001057269A2 (en) * | 2000-02-07 | 2001-08-09 | Illumina, Inc. | Nucleic acid detection methods using universal priming |
WO2001061040A1 (en) * | 2000-02-16 | 2001-08-23 | Quantum Dot Corporation | Microarray methods utilizing semiconductor nanocrystals |
AU2001264860A1 (en) | 2000-05-24 | 2001-12-03 | Biocrystal Ltd. | Tluorescent nanocrystal-labelled microspheres for fluorescence analyses |
US20030003464A1 (en) * | 2000-11-27 | 2003-01-02 | Phan Brigitte C. | Dual bead assays including optical biodiscs and methods relating thereto |
AU2002362013B2 (en) * | 2001-11-21 | 2008-04-24 | Applied Biosystems, Llc. | Digital assay |
-
2002
- 2002-11-21 AU AU2002362013A patent/AU2002362013B2/en not_active Ceased
- 2002-11-21 US US10/496,300 patent/US20050118589A1/en not_active Abandoned
- 2002-11-21 JP JP2003546815A patent/JP2005517900A/ja active Pending
- 2002-11-21 EP EP09016057A patent/EP2196544A1/en not_active Withdrawn
- 2002-11-21 CN CNB028259718A patent/CN100360722C/zh not_active Expired - Fee Related
- 2002-11-21 CA CA002466821A patent/CA2466821A1/en not_active Abandoned
- 2002-11-21 EP EP02797138A patent/EP1448800A4/en not_active Withdrawn
- 2002-11-21 WO PCT/US2002/037499 patent/WO2003045310A2/en active Application Filing
- 2002-11-21 US US10/302,688 patent/US20030165935A1/en not_active Abandoned
-
2009
- 2009-05-22 JP JP2009124765A patent/JP2009229468A/ja active Pending
- 2009-09-17 US US12/562,108 patent/US20100167293A1/en not_active Abandoned
Patent Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH01211500A (ja) * | 1987-12-21 | 1989-08-24 | Amoco Corp | アフィニティー検定用増幅を伴う標的およびバックグラウンド捕獲法 |
JPH09510878A (ja) * | 1994-04-04 | 1997-11-04 | チバ コーニング ダイアグノスティクス コーポレイション | 特定の核酸配列を検出するためのハイブリダイゼーション−ライゲーション分析 |
WO1999037814A1 (en) * | 1998-01-22 | 1999-07-29 | Luminex Corporation | Microparticles with multiple fluorescent signals |
WO2000068692A1 (en) * | 1999-05-07 | 2000-11-16 | Quantum Dot Corporation | A method of detecting an analyte using semiconductor nanocrystals |
Cited By (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2015508995A (ja) * | 2011-12-30 | 2015-03-26 | アボツト・モレキユラー・インコーポレイテツド | 核酸ハイブリダイゼーションプローブ |
US10385392B2 (en) | 2011-12-30 | 2019-08-20 | Abbott Molecular Inc. | Nucleic acid hybridization probes |
JP2016517275A (ja) * | 2013-03-15 | 2016-06-16 | ザ キュレイターズ オブ ザ ユニバーシティ オブ ミズーリ | 多重核酸検出のためのコード化ナノポアセンサー |
JP2019528675A (ja) * | 2016-06-14 | 2019-10-17 | ベース4 イノベーション リミテッド | ポリヌクレオチド分離法 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN1608139A (zh) | 2005-04-20 |
JP2009229468A (ja) | 2009-10-08 |
WO2003045310A2 (en) | 2003-06-05 |
EP1448800A2 (en) | 2004-08-25 |
WO2003045310A3 (en) | 2003-11-13 |
WO2003045310A9 (en) | 2004-07-22 |
EP1448800A4 (en) | 2007-05-16 |
US20050118589A1 (en) | 2005-06-02 |
AU2002362013B2 (en) | 2008-04-24 |
EP2196544A1 (en) | 2010-06-16 |
US20100167293A1 (en) | 2010-07-01 |
US20030165935A1 (en) | 2003-09-04 |
CN100360722C (zh) | 2008-01-09 |
WO2003045310A8 (en) | 2004-05-27 |
AU2002362013A1 (en) | 2003-06-10 |
CA2466821A1 (en) | 2003-06-05 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP2005517900A (ja) | デジタルアッセイ | |
Li et al. | Nucleic acid tests for clinical translation | |
EP3074535B1 (en) | Rolling circle amplification method | |
ES2886923T3 (es) | Métodos y composición para generar sondas de ADN de secuencia única, marcaje de sondas de ADN y el uso de estas sondas | |
JP3738910B2 (ja) | 特定の核酸配列を検出するためのハイブリダイゼーション−ライゲーション分析 | |
CN104471077B (zh) | 颗粒群的单颗粒分析 | |
JP5537034B2 (ja) | ナノレポーターならびにその作製方法および使用方法 | |
US20070249001A1 (en) | Multiplex Detection Compositions, Methods, and Kits | |
US20050048498A1 (en) | Compositions, methods, and kits for assembling probes | |
Yeh et al. | Homogeneous point mutation detection by quantum dot-mediated two-color fluorescence coincidence analysis | |
US20100112572A1 (en) | Compositions, methods, and kits for fabricating coded molecular tags | |
EP1969142B1 (en) | Comparative genomic hybridization on encoded multiplex particles | |
US20240002917A1 (en) | Method of detection of a target nucleic acid sequence | |
CN112166199A (zh) | 用于对核酸分子进行计数的方法、系统和组合物 | |
JP4847961B2 (ja) | 微小粒子に自己集合体を形成させる方法及び標的分析物の検出方法 | |
US20230167496A1 (en) | Compositions and methods for isolating nucleic acid molecules | |
EP1761647B1 (en) | Two-hybrid system | |
KR20230150748A (ko) | 단일 염기 다형성 분석을 위한 미세입자 프로브 | |
AU2013201151B2 (en) | Comparative genomic hybridization on encoded multiplex particles | |
WO2023205784A2 (en) | Heteromultivalent nucleic acid functionalized materials to detect mutations and use in diagnostic applications | |
WO2023170152A1 (en) | Method for detecting nucleic acid amplification products using blocking agents | |
JP4598338B2 (ja) | 核酸検出方法 | |
Jain | Molecular diagnosis of neurologic disorders | |
Ramachandraiah | Molecular Bead Shaving: A new procedure for magnetic readout biosensors |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20051102 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20081125 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20090223 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20090302 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20090319 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20090327 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20090424 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20090507 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20090522 |
|
A711 | Notification of change in applicant |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A712 Effective date: 20090618 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20100325 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20100526 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20100602 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20100630 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20100707 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20101122 |