JP2003534770A - バクテリア検出とバクテリア系統発生学的単位の検出のための核酸分子 - Google Patents

Abstract

(57)【要約】 本発明はバクテリア、又はバクテリア系の同定を可能にする核酸分子に関するものである。その検出には23S／5SrRNAを含むバクテリアのゲノムの領域をバクテリア検出の標的配列として使用する。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】 本発明はバクテリア、又はバクテリア系の同定を可能にする核酸分子に関する
ものである。

【０００２】 バクテリアは人間のすむ自然界に遍在する成分であるが、食物腐敗菌、あるい
は病原体として頻繁に問題をひき起こすため、効率が良く、迅速で確実な疾病診
断法が重要になる。

【０００３】 食物を腐敗させる主な微生物に、ボツリスムの病原体であるクリストリジウム
・ボツリヌム(Clostridium Botulinum)、カンピロバクター(Campylobacter jeju
ni)、クロストリジウム(Clostridium perfringens)、原虫クリプトスポリジウム
(Cryptosporidium parvum)、病原性大腸菌(enteropathologische Escherichia c
oli Stamme)、シゲラ（shigella）、リステニア・モノチトゲン(Listeria monoc
ytogenes)、サルモネラ種(Salmonellen Spezies)、黄色ブドウ球菌(Staphylococ
cus aureus)、ビブリオ菌(Vibrio vulnificus)、エルシニア・エントロリティカ
(Yersinia enterolytica)、の細菌が属する。1996年の合衆国のGAOの報告による
と、毎年食中毒が6、5-81百万件、発生している。そのうちの2〜3％が食中毒か
ら副次的慢性病に至っていると同国厚生省食品医薬品局は推定している。更に、
毎年、2〜4百万件の合衆国における感染症発病が2000種のサルモネラ菌株に原因
があると推定している。このような驚愕させる統計は他の食物腐敗菌に関しても
任意にあてはめることができるだろう。食中毒は人間を苦しめ、最悪の場合は死
因となるばかりではなく、過大な経済的損失をもたらす。1991年の合衆国の統計
によると、その損害が56億〜95億ドルに上ると推定される。

【０００４】 感染病原体となる微生物には想像も及ばないほどの危険性が潜在していること
は一般によく知られている。統計数値は例えば国際保健機関（WHO）は世界健康
報告書にも反映する。1998年、寄生虫を含めた感染病原体が9百8千万件の死因（
発生前、また発生後の感染はここに含まれない）となっており、その数はすべて
の疾病死因の18、2％を占める。このような危険な病原物質は食物腐敗菌のよう
にうまくまとめることができない。というのは、この病原菌は良性大腸菌系のう
ちの多くの系統発生的支系から補充されるためである。特に大きな感染潜在力は
病原性バクテリア科の内部に現存する。

【０００５】 人的疾病発生因子菌との戦いには、疾病、又はその症状の原因となる細菌の同
定が重要な措置となる。細菌を同定して始めて、適切な医学的治療が可能になる
ことが頻繁に起こる。その上、食物品質管理の予防処置として有効性あるバクテ
リア検出法を活用することも可能になる。

【０００６】 従来使われている典型的なバクテリア検出法は通常アガーアガー含有選択培地
での分離化による微生物学的同定で成り立っている。しかし、この方法には根本
的な欠陥が2ケ所ある。その一つにはこの検出法はしばしば信憑性に欠けること
があったり、特異性があらわれなかったりすることである。もう一つはコロニー
に分離するために少なくても18時間の培養時間を要することである。そのうちの
ほとんどは、さらに付随的分離、あるいは付随的検出が必要になる。すべて合わ
せると、疾病診断に要する期間が1週間に及ぶことも稀ではない。その上、培養
不能な病原菌もある。(J.J.Byrd et al.1991,Appl.Environ. Microbiol.57,875
-878) 今日の迅速な運輸、そしてグローバルな商品流通の時代には、感染病原
体が繁殖したり、食中毒疾患が1ケ所の病原菌発生地からグローバルにまん延し
たりすることを妨げるために、理想的には24時間以内で実施可能な診断法が有効
性を持つ。

【０００７】 過去数年間、このような現代の要望に対応するために、信憑性があり、迅速で
、定着化した細菌の確認方法が多数開発された。例えば、免疫学的方法はバクテ
リア表面抗原にモノクロナール抗体、あるいはポリクロナール抗体の特異的結合
を利用する。この手法は特にセロタイプ、例えばサルモネラのそれに使用される
。一般にはELISAを用いた検出法が比較的速いが、それにはそれぞれの抗原の発
現作業と分離が必要となり、それは多くの問題点をはらんでいる。とりわけ有効
的な方法はDNAプローブを用いたバクテリア検出法である。それは検出感度が優
れている上に、比較的特異性があるからである。更に、微生物の検出には実験検
査に2〜3日の期間が要する。

【０００８】発明の背景 本発明は特異的DNA塩基配列を提供し、バクテリア検出に最適なDNA部位を選択
することである。本使用は遺伝情報による有機体の同定に基づく。規定のDNA領
域のヌクレオチド配列における差異がたった1個の要素であっても、種類の区別
が可能である。

【０００９】 歴史的にもリボソームRNA遺伝子はすでに有機体の系統発生的分類に利用され
ていた。様々なバクテリアの5Sと16Sリボソーム遺伝子の配列を比較することに
より、系統分類にかなりの修正をもたらし、アーシバクテリアArchaebacteria界
の発見に導いた。23SRNAはその大きさとそれに応じて手間のかかるシークエンス
発現処置のため、数年前にやっと体系的分類の目的に使われるようになった。

【００１０】 実際的利用において、微生物同定のため直接的な遺伝子配列を決定するのは経
費も時間もかかった。そのため、80年代はバクテリア検出にもっぱらヌクレオチ
ドプローブが使用された。これは、かなり良質の特異性があったが、検出限界が
低すぎることがよく起きた。決定的な改善がみられたのは、検出されるヌクレオ
チド配列を増幅し、検出感度を著しく高めた増幅技術と組み合わせたプローブ法
の開発による。これにより、極端な場合、分離されたたった1個のゲノムを検出
することも可能になった。実際には、DNAを分離する過程において、材料の損失
が考えられる。この点において、検出限界は約10²から10⁴個の細胞に拡大される
。

【００１１】 基礎研究の論文に寄ると、5S-、16S-、そして23S-遺伝子のDNAプローブは実用
的な用途に使われた。次にその特許例として、Nietupski（US 5,147,778）サル
モネラ(Salmonella)検出； Mann & Wood（US 6,554,144）エルシニア(Yersinia
)種の検出； Leong（EP 0479117 A1）多種のグラム(gram)陰性大腸菌とグラム
陽性大腸菌の検出； Carico（EP 133671 B1)多種の病原性バクテリアの検出；
Shah (EP 0339783 B1)エルシニア・エントロリティカ(Yersinia enterolytica
)の検出； Carrico (EP 0163220 B1)病原性大腸菌(Escherichia coli)の検出；
Hogan(WO 88/03957)病原性バクテリア(Enterobakteria)種とマイコバクテリウ
ム(Mycobacterium)種とマイコプラズマ(Mycoplasma)種とレジオネラ(Legionella
)種の検出； Leister (WO 97/41253)多種の微生物の検出； Grosz & Jensen (
WO 95/33854)サルモネラ・エンテリカ(Salmonelle enterica)の検出； Stackeb
randt & Curiaie (EP 0314294 A2) リステリア・モノチトゲン(Listeria monoc
ytogenes)の検出； Wolff (EP 0408077 A2); Hogan & Hammond (US 5681698)
マイコバクテリウム・カンサシ(Mycobacterium kansasii)の検出； Hogan (US
5 679 520)多種のバクテリアの検出； Kohne (US 5 567 587) 特にバクテリアr
RNAの検出； Kohne (US 5 714 324) 多種のバクテリアの検出； Pelletier (
WO 94/28174) レジオネラ(Legionella)の検出； Kohne (US 5 601 984) 多種の
バクテリアの検出等があげられる。特許文書の大部分は16SrDNA遺伝子配列、更
に多くは23SrDNA遺伝子配列に関連する。

【００１２】 最後にあげた遺伝子は余りにもよく保存してあるため、実用面には細分化に役
だたないことが明らかになった。特に、近親系の微生物は区別することができな
い。逆に、基礎研究において、5SrDNA遺伝子が元々少量のため系統発生学の研究
に使われた。しかし、実用的には通常多様すぎ、細分化効率が低すぎる。

【００１３】 5S、16S及び23SのrDNA遺伝子は診断用薬としては多くの欠点をはらんでいるの
で、あらゆる大腸菌の確認の対象になるDNA領域を探した。このDNA領域はかなり
の可変性があると同時に強固に保存された配列を持つことが望ましい。可変性領
域は菌株や種のような近親系の種を区別するのに適している。保存配列部位は遠
い系のバクテリア検出、あるいは高分子の分類区分単位にある種の検出に利用す
ることになる。

【００１４】 近年になり、リボソーム・オペロンに関する広範囲にわたる研究を背景にして
、16S-23S転写スぺーサーを多々の文献が取り立て始めた。ただし、系統細菌学
上での応用の可能性については疑問が残っている。Nagpal et al.(J.Microbiol.
Meth.33,1998,S.212) は同スぺーサーの利用価値について極めて批判的である
。同転写スペーサーの問題点はそれが頻繁にtRNA挿入を含んでいることにある。
そのような挿入物は劇的な配列誤差を引き起こし、また系統発生学上の位置関係
を必ずしも持たない。しかし、過去において挿入配列は1つの系統発生的特徴と
して、RFLP（制限酵素断片多型）に利用された。(Jensen et al.1993,Appl.Envi
r.Microb.59,945-952; Jensen,WO93/11264 ; Kur et al.1995, Acta.Microb.Pol
.44,111-117)

【００１５】 バクテリア同定のための代案の標的配列は23Sと5SのrDNAの間の転写スぺーサ
ーにある。Zhu et al.(J.Appl.Bacteriol.80,1996,244-251)は疾病診断用DNA領
域を用いたサルモネラ菌検出法を発表した。このスぺーサーが他のバクテリアの
検出にも一般的に有効性があるかどうかはこの論文から導きだすことはできない
。かなり多くの研究実例が提示したように、一ケ所のDNA領域は1個か、または少
数のバクテリア種の検出にのみ適用できる。個々のパテントはバクテリア感染症
診断のための23S-5S 転写DNA領域の有効性を示すが、そこにはかなり限界がある
。これらすべてに共通する点は、それらの有効性がそれぞれただ1個のバクテリ
ア種にのみ限定されることである。すなわち、レジオネラ(Legionelle)の検出 (
Heidrich et al., EP 0739988 A1)、 Pseudomonas aeruginosaの検出(Berghof e
t al.,DE 19739611 A1)、 黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)検出(Bergho
f et al.,WO 99/05159)

【００１６】 本発明の発想根拠は技術上の問題点を解決すべく、検査物質のなかに含まれて
いる任意のバクテリア（主に病原性バクテリア）の検出をうながす研究材料と方
法を提示することにある。

【００１７】 バクテリア検出のために、プローブ及び／あるいはプライマーとしての核酸分
子を本発明に従って使用し、問題点を解決する。 a）1つの核酸、包括すると、少なくとも、SEQ ID Nrn.1から530を使った配列及
び／あるいは、位置が、2667から2720まで、2727から2776まで、2777から2801ま
で、2801から2832まで、2857から2896まで、2907から2931まで、2983から2999ま
での配列、及び／あるいはSEQ ID No.1に基づく3000から3032までの配列。ある
いは、加えて、相同性核酸。 b）特異的にa)の中の1つの核酸1個とハイブリする核酸。 c）a)又はb)の中の1個の核酸と70％、又は優先的には少なくとも90％ の同一性を持つ核酸。 d）a)からc)までの中の1個の核酸と相補性を有する核酸、 及び／あるいは、SEQ ID No.1を除いた、a)からd)までの中の規定された核酸の
結合。

【００１８】 下記の請求項は主として実施方式に関連する。

【００１９】 特に優先する実施方式では、解析試料のなかの病原性バクテリアを検出するこ
とであるが、それはこの解析試料のゲノム断片を病原性バクテリアの23S／5SrDN
Aを検出するプローブと結び付けるという方法で実施される。

【００２０】 請求項1にあげたNo.1の配列は病原性大腸菌に由来する。相補的DNA配列は上記
の病原性大腸菌の配列として他のバクテリアに由来するものであるが、他のバク
テリアのゲノム断片はSEQ ID No.1による配列に対応する。この詳細については
次章にある相補性DNA配列の定義を参照されたい。

【００２１】 本発明に基づく核酸分子は主として、少なくとも10のヌクレオチド、とりわけ
、少なくとも、14のヌクレオチドを包括する。この長さの核酸分子は主にプライ
マーとして使用されるが、プローブとして使われる核酸は主として、少なくとも
、50のヌクレオチドを含有する。

【００２２】 次に述べる実施方式では、プローブ、又はプライマーのヌクレオチドの替わり
に、最終的に検出反応に利用される付加群を含有して修飾したヌクレオチドを代
用することも可能である。特に優先する誘導性については請求項4にて述べる。

【００２３】 次に述べる実施方式では、上記の核酸分子の組み合わせで行う。核酸分子同士
の組み合わせ構成が検出反応の選択性を決定する。その際に、プライマーの組み
合わせ、及び／あるいは、プローブの組み合わせからの選択によって、検出反応
の条件を決定することができる。すなわち、試料の中に全般的なバクテリア検出
を求めるか、もしくは規定のバクテリア種の存在を特異的に示すことか、どちら
かの選択による。

【００２４】 本発明によるキットには少なくとも本発明の核酸に加えて、さらに核酸検出に
用いる他の試薬が含まれる。例えば、ビオチン標識核酸ハイブリッドを検出する
際に使われる緩衝液や検出用機材、そして酵素等がこれにあげられる。

【００２５】 次に述べる実施方式では、コンセンサスPCRと名付けられている方法で、請求
項8に従って実施する。まず最初に、保存プライマー（核酸に様々なバクテリア
系分類区分単位を融合させたもの）を使って、核酸断片を増幅させる。さらに、
特異的核酸（わずかな分類区分単位で、又はたった1個の規定された種と融合さ
せたもの）を使って、特異性核酸断片を検出する。これにより解析試料の中にあ
る規定の属、種類、または種の存在の帰納的推測が成り立つ。

【００２６】 核酸検出で使われる方法に関しては、サザンブロット法、PCR法、そしてLCR法
等の、すでに定着している様々な検出法を利用することもできる。

【００２７】 広範囲にわたる研究においては、23Sと5SrDNAの間の転写スペーサーに関して
、疾病診断の標的分子としての全般的な有効性をめぐって研究した。これを目的
にかなり多くのバクテリア菌株のゲノムDNAを分離し、洗浄してから、ベクター
でクローニングし、配列してから、最後に広範な領域の配列を比較して、解析し
た。驚くべきことにも、この配列断片はほとんどすべてのバクテリア種の同定に
も適用できた。この結果に勇気づけられて、スぺーサーに隣接する領域の解析を
試みた。すべてのバクテリア綱DNA断片、又は系統発生的単位の小さいDNA断片を
検査した。これらの配列は400-750bp.の長さであり、末端からの配列を含む、つ
まり、その種に応じて23rDNA遺伝子の末端330-430ヌクレオチド、複製スぺーサ
ー完成長5srDNA遺伝子を含む。断片の全体の大きさは400〜750の塩基対になる。
ほとんどすべてのバクテリア系において23SrDNA遺伝子と5SrDNA遺伝子が隣接し
ていることが実験により判明した。本研究による新たな認識が本発明の利用価値
と有効性を示す重要な前提をなしている。

【００２８】 本発明は大部分が少なくとも2個の隣接した遺伝子を含有した微生物の検出の
ために、1ケ所のDNA領域を選択することに基づいている。実際には、領域の有効
性は特にその系統発生的多様性により決定する。遠い親族関係にある系統のバク
テリアか、あるいは分類区分単位か、又は、種の系統が決定されるかどうかによ
って、それぞれに全く相反する要求が課されられることがある。変化する領域も
保存された領域もその存在度は23S-5 S-タンデムの例で示したように、1個の遺
伝子よりも2個の遺伝子の方が大きい。可変遺伝子領域を含めて、隣接する2個の
遺伝子の利用価値は極めて大きい。

【００２９】 さらに、23SrDNA遺伝子の端末とその間にある転写スぺーサーと5SrDNA遺伝子
はかなり変化するものから、かなり保存されたものまでの多様性に富んだ塩基配
列を含有していることがわかった。この領域の精密な解析により、様々な系統発
生的バクテリア系の細分化が潜在している可能性を解明するさらに興味深い知識
が得られた。（図2、表6を参照）ほとんどすべての分類区分単位は下位部の使用
のもとに検出し、及び／あるいは、隔離される。特に多少の可変性領域をセクシ
ョン1-9、図2に提示した。強度に保存された領域は遺伝子間、あるいは周辺に位
置する。後者の保存されたものは特に、すべての大腸菌、または綱、門で表す分
類単位の上位部にある細菌の検出に適する。

【００３０】 さらに、図1の系統発生的系統図が領域の有効性を示す。大雑把な類別に関し
て、23SrDNA-5SrDNA領域でかなり良い区別が可能になる。Firmicutesが分離され
る一方、Proteobakteriaの構成成分は逆に1-2の群に配属される。近親系統の種
もそれぞれ区別できるように、分枝の長さで表示した。系統図にて近親関係にあ
るものの系統発生的分類は断じて望ましくない。なぜなら、それらがお互いに関
連し合って密接に共存する群のなかに現存していたとするならば、簡単にはそれ
ぞれを区別することができないからである。

【００３１】 実施例１）：病原性バクテリア科の検出 表1に表示したバクテリアの純粋培養からよく知られている標準手法にてゲノ
ムDNAを分離した。このゲノムDNAのプレパレーションからそれぞれ約1〜100ngを
PCRに使用した。反応液は下記の組成の通りである。 ゲノムDNA 1μl H₂O 19.8μl 緩衝液（10x）^*1 2.5μl dNTP（10mM）^*2 0.25μl フォアード・プライマー（10μM）^*3 0.20μl リバース・プライマー（10μM）^*3 0.20μl MgCl₂ 0.75μl Taq-ポリメラーゼ（5U/μl）^*1 0.3μl *1 Biomaster社製造の緩衝液と酵素、あるいは他の任意の納入業者 *2 Boehringer Mannheim社製造のヌクレオチド、あるいは他の任意の納入業者 *3 フォアード・プライマー、又はリバース・プライマーがそれぞれ10μMの最
終濃度である、混合物の場合は等モル量のプライマーになる。

【００３２】 PCRはPerkin Elmer社の9600サーマルサイクラーで下記の温度特性のもとに実
施した。 初期の変性 95℃ 5min 増幅（35サイクル） 92℃ 1min 62℃ 1min 72℃ 30s 最終合成 72℃ 5min

【００３３】 病原性バクテリア系の確認には表1にあげた種類を検査した。使用したプライ
マー混合物と特異的プライマーの変数は表7に表示した。フォアードプライマー
又はリバースプライマーが1個以上表7に記されている場合はそれぞれの混合物が
使われる。

【００３４】 PCRの結果はアガロース電気泳動ゲルをエチジウムブロマイドで染色して解析
した。PCR産物が生成されると病原性バクテリアが存在するとみなされる。

【００３５】 PCR合成物はそのほとんどが400〜750の塩基対間の範囲内にある。その際、多
くのバクテリア種のリボソームアリルribosomale Alleleが不均質であるため、
たくさんのバンドが現れることがある。これから得た結果は表1にまとめて、他
の分類単位の菌から区別した病原性バクテリアの包括的な範囲を示した。

【００３６】 実施例２）： Pantoea dispersaを例にしたバクテリア種の検出 バクテリアの純粋培養からよく知られている標準手法にてゲノムDNAを分離で
きる。このゲノムDNAのプレパレーションのうちそれぞれ約1〜100ngをPCRに使用
する。反応液は下記の組成から成る。 ゲノムDNA 1μl H₂O 19.8μl 緩衝液（10x）^*1 2.5μl dNTP（10mM）^*2 0.25μl フォアード・プライマー（10mM）^*3 0.20μl リバース・プライマー（10mM）^*3 0.20μl MgCl₂ 0.75μl Taq-ポリメラーゼ（5U/μl）^*1 0.3μl *1 Biomaster社製造の緩衝液と酵素、 *2 Boehringer Mannheim社製造のヌクレオチド、あるいは他の任意の納入業者 *3 フォアード・プライマー、又はリバース・プライマーがそれぞれ10μMの最
終濃度である、混合物の場合は等モル量のプライマーになる。

【００３７】 Pantoea dispersaの検出にはプライマー混合液SEQ ID 2＋プライマーx1、SEQ
ID（3-6）＋プライマーx1、あるいは相補鎖配列プライマーx1＋相補鎖配列SEQ I
D 147を使用した。この場合にはプライマーx1はヌクレオチドCGTTGCCCCGCTCGCGC
CGCTCAGTCACに値する。プライマーx1はSEQ ID 108の部分配列である。

【００３８】 PCRはパーキンエルマー（Perkin Elmer）社の9600サーマルサイクラーで下記
の温度特性のもとに実施した。 初期の変性 95℃ 5min 増幅（35サイクル） 92℃ 1min 62℃ 1min 72℃ 20s 最終合成 72℃ 5min

【００３９】 PCRの結果はアガロース電気泳動ゲルをエチジウムブロマイドで染色して可視
化する。PCR産物が生成すると病原性バクテリアが発現するとみなされる。PCR合
成物は370、320、及び70の塩基対の範囲内にある。増幅産物が発現しなければ、
Pantoea dispersaのゲノムDNAの不在を意味することになる。この実験を手がか
りにして、表2に示した結果が得られた。

【００４０】実施例３）：チップテクノロジーにおけるコンセンサスPCRの使用 3a）コンセンサスPCRの原理 図8の図解が示すように、コンセンサスPCRは少なくとも2つの分類区分単位のD
NAを検出できるいわゆるコンセンサスプライマー（A1，A2）を使う。2つの分類
区分単位のDNAを検出できるものである。この単位は門や種、または上位分類区
分単位にあたる界や綱に関わる事柄である。検出法式では少なくとも2回目の検
出措置のあとに次のPCR法、及び／あるいはプローブを使用して、増幅された分
類区分単位の分離が行われる。2回目又は次の増幅処理のPCRプライマー（B1，B2
）はいずれも、増幅産物の範囲内にあり、規定の分類区分単位にとって検出可能
性があるものを選択する。その他のプライマー（C，D，E...）の使用により多く
の分類区分単位のプールは必要に応じて同時に制限することも可能である。その
他に複合の混合物（例えば、A1a，A1b，A1c，...）では検出可能性をより多くの
分類区分単位に広げることもできる。後者は個別のヌクレオチドがプライマーに
変異したり、プライマーが全く異なっている場合に起こる。コンセンサスプライ
マーの命名は図8の凡例から読み取れる。

【００４１】 増幅産物の同定はプライマーによって行われる。プライマーが標的DNAを認識
して増幅に成功すればポジティブ（陽性）検出が成立する。その上、プローブは
特異性検出を果たすことができる。プローブは増幅されたDNAと特異的にハイブ
リダイズして、色素と直接的、また間接的に結合させることによって、規定のDN
A配列を検出できる。要するに、プローブは多くの専門家によく知られている技
術手法で使用される。例をあげれば、サザンブロット法、蛍光色素プローブを用
いた光サイクルテクノロジー、チップテクノロジー等がマイクロアレイにある任
意の多量のプローブに配置される。

【００４２】 コンセンサスPCRの完成に特に好都合な点は、プライマーがA，B，C...の順序
で徐々に特異的になることである。図2に従うと、DNA標的部位（領域）の選択を
通してこれが保証される。

【００４３】 コンセンサスPCRはたった1個の、それに相応して少量の核酸試料から、2つ以
上の分類区分単位の同時的検出ができることが有利な点である。検出可能な微生
物の数は様々な方法にて増やすことができる。コンセンサス方式による検出可能
性は図8で定義してあるように、プライマー種（A，B，C...又はA1a，A1b，A1c，
...，）の数とともに増大する。最初の処理過程の後、PCR生成物を1対のプライ
マーA1，A2で分け、分けられた生成物でさらに他の1対のプライマーB1a＋B2a，
又はB1b＋B2bで増幅させることもできる。最後にPCR増幅産物の実体をプローブ
とのハイブリダイゼーションにより同定することができる。

【００４４】 3b）病原性バクテリア属群の検出の実施例 ゲノムDNAはよく知られている標準的方法でバクテリアの純粋培養から分離さ
れる。PCRではこのゲノムDNAのプレパレーションからそれぞれ約1〜100ngが使用
される。従って、反応液は下記の組成から成り立つ。 ゲノムDNA 1μl H₂O 19.8μl 緩衝液（10x）^*1 2.5μl dNTP（10mM）^*2 0.25μl フォアード・プライマー（10μM）^*3 0.20μl リバース・プライマー（10μM）^*3 0.20μl MgCl₂ 0.75μl Taq-ポリメラーゼ（5U/μl）^*1 0.3μl *1 Biomaster社製造の緩衝液と酵素、 *2 Boehringer Mannheim社製造のヌクレオチド、あるいは他の任意の納入業者 *3 フォアード・プライマー、又はリバース・プライマーがそれぞれ10μMの最
終濃度である、混合物の場合は等モル量のプライマーになる。

【００４５】 チップテクノロジーでは通常ごく少量の反応容量が使用されるので、不変の濃
度では上記の反応液を軽減させることができる。場合によってはPCRサイクル時
間に合わせることが必要になる。コンセンサスPCRには最初にリボソームDNA断片
を増幅することができる。この過程は広大な分類区分単位にとって特異的であり
、実施例1で示したように、同述のプライマーを使用している。その替わりに、
すべてのバクテリアから1つのリボソームDNA断片を増幅することができる。非常
に広範囲にわたるバクテリアの分類学的多様性を持つリボソームDNAは例えば、
プライマーの結合SEQ ID 211＋SEQ ID 212に使用できる。増幅したDNAは標準手
法により変性させ、1本鎖DNAにする。この形質はDNA、RNA、あるいはPNAプロー
ブと結合させるのに適している。そして、チップの形質に応じて、プローブとの
増幅産物のハイブリゼーションが検出される。替わりに、ELISAを用いた検出も
可能である。プローブは要望に応じた特異性を持つように作られている。それに
従って、菌株、属、あるいはさらに上位の分類区分単位を検出することができる
。

【００４６】 表3ではプローブGTTCCGAGATTGGTTを部分配列のSEQ ID 164として使用して、病
原性バクテリア科の属群の検出を例証する。様々なグループの検出が互いに交差
している場合には、そのような群の検出はチップテクノロジーにおいて、特に有
効である。共通項として、個別の種の検出、あるいは、例えば食品物検査に重要
になる種の群の検出が可能になる。

【００４７】 3c）すべてのバクテリアの検出のためのコンセンサスPCRの使用 すべてのバクテリアの検出のためには強固に保存されたコンセンサス・プライ
マーがまず始めの増幅過程で使われる。図2によると、リボソーム断片の周辺に
ある領域が配列選択に向いている。その結果として、発端が位置2571、又は末端
が位置3112のSEQ ID 1の領域と相同する。とりわけ、この領域から、SEQ ID 211
（例えば、プライマーとしてのA1a）とSEQ ID 212（例えば、プライマーとして
のA2a）が全般的な増幅に適する。さらに、複合PCRには任意の範囲にある大腸菌
分類区分領域を把握する他のプライマー（A1b，A1c，...あるいは、A2b，A2c，.
..）を容易く導くことができる。この命名ではプライマーA1とA2が1対のプライ
マーをなし、BとC..等が入れ子式のプライマーを、あるいは、A1aとA1bが相同な
、又は類似のプライマーをなす。

【００４８】 入れ子式のプライマー（B，C，D...）の利用によって、最初の細分化／区分(D
ifferenzierung)が可能になる。まず、最初のPCR生成物が分けられて、それぞれ
に分けられたPCR生成物に例えば、1対のプライマーB、C、又はD等を使って、そ
の細分化を押し進めることができる。表6が示すように、この入れ子式はリボソ
ーム領域が図8に従って、外側から中へすすむにつれて可変するので、特に利点
がある。プローブは主として最終的な細分化と同定の際に使用することができる
。例えば、菌株、又は種を検出することが必要であれば、図2に従ってプローブ
は領域7の中央部で融合することが求められる。

【００４９】 表8では多量のポリヌクレオチドがコンセンサスPCRの属と種、又は菌株の検出
に自由に使用されている。表8にあるプライマーNo.1の使用についてはすでに実
施例1にて詳しく述べた。

【００５０】 ポリヌクレオチドはその属性において、表6、あるいは図2からその特質が導か
れる。すなわち、表6、あるいは図2に従って、プライマーA1は領域1に結合し、
プライマーA2は領域2に、プライマーB2は領域8に、及び、プライマーA2は領域9
に結合する。この考察に相応して、表8のプライマーA1-G1をフォアード・プライ
マーとして使用できる一方、プライマーB2とA2は逆にリバース・プライマーとし
て利用することができる。後者にあげた両方のプライマータイプの配列はそれを
目的に、交換しなければならない。（表8のNo.1は例外）種と属の特異的なプロ
ーブとして、特に「プライマーH1」が使用される。

【００５１】 コンセンサスPCRを説明する図解が検出成果に対して、必ずしも逃れえぬ必然
的なものだというわけではない。基本的には、表8のリストにまとめたポリヌク
レオチドは任意に組み合わせることが可能である。まず明らかにすべきことは、
実際にどのバクテリアが「ありがたくない」ものか検出して、取り除くことであ
る。問題提起いかんによって、ここに表示した図式とは異なった簡単なPCRバー
ジョンを選ぶこともできる。コンセンサスPCRの単純な方式はそれに応じて表8の
配列に応じた、たった2つのプライマーからなっていたり、あるいはその相補鎖
配列からなっていたりする。

【００５２】 表8にリストアップした保存プライマーの多くは上位の分類区分単位のDNA、例
えば、鋼、門、あるいは科のDNAを検出する可能性がある。表6からみられるよう
に、これは特に周辺のプライマーA、又はSEQ ID 211＋SEQ ID 212の相同配列に
該当する。表8には特に塩基配列を重複し数え上げたことにより、1つ、又は多く
の属や種の広範なる検出の可能性を表している。1つの属に1つだけの配列を明示
的に数えた場合には、この配列のうちから検出のために2つのプライマーを選ぶ
ことができる。一般的なプライマー、例えば、同類の属であるプライマーAを該
当するバクテリア鋼のために選択することも可能であり、1つの特異的な配列か
ら、例えば「プライマーh1」からプローブをデザインすることもできる。塩基配
列が非常に長ければ、ここから少なくとも15塩基の長さのヌクレオチド断片を選
択することができる。

【００５３】 3d）チップテクノロジーのコンセンサスPCR実施 コンセンサスPCRの具体的な処置は根本的には検出すべき分類区分単位の予期
した（期待した）数値により決定する。コンセンサスPCRはその複雑な形質にお
いて複合PCRも示すので、反応添加物には限られた数のバクテリアが決定される
。通例ではその数は20以下にとどまる。それが理由で、同じ試料と異なったプラ
イマーA、B等（図8による命名）を用いて様々なPCR添加物を処理することは有利
であると考えられる。

【００５４】 まず最初は、天然の試料からバクテリアを濃縮して、よく知られている標準的
手法でゲノムDNAを分離する。このゲノムDNAのプレパレーションのそれぞれ約1
〜100ng をPCRに用いる。反応液は下記の組成からなる。 ゲノムDNA 1μl H₂O 19.8μl 緩衝液（10x）^*1 2.5μl dNTP（10mM）^*2 0.25μl フォアード・プライマー（10mM）^*3 0.20μl リバース・プライマー（10mM）^*3 0.20μl MgCl₂ 0.75μl Taq-ポリメラーゼ（5U/μl）^*1 0.30μl *1 Biomaster社製造の緩衝液と酵素、 *2 Boehringer Mannheim社製造のヌクレオチド、あるいは他の任意の納入業者 *3 混合物がプライマー10μMの最終濃度にある場合は等モル量のプライマーに
なる。上記の3cで述べたように、プライマーは例えば、随意にデザインしたり組
み合わせたりすることが可能である。

【００５５】 チップテクノロジーにおいては、通常ごく微量の反応容量を使用するので、一
定の濃度での反応添加物もやはり軽減することができる。PCRサイクル時間を適
応させることが必要になることもある。

【００５６】 増幅過程を終えた後にDNAを洗浄する。特定の実施方式による表8の「プライマ
ーH1」の欄の配列から選択することができるプローブはチップ上では固定してい
る。これに関する技術的方法は専門家にとってはすでに知られている。合成した
DNAは変性緩衝液（実施例4）と1対1の割合で薄め、室温にて1時間培養する。引
き続いて、それに10倍の容量のハイブリ緩衝液（実施例4）を加える。その溶液
を37〜60℃でゆっくり、プローブが付着したチップの表面に流す。処理されたチ
ップ表面はその後、洗浄緩衝液(実施例4)で、37〜60℃で2分間、少なくとも3回
繰り返して洗浄する。その後、検出する。その際、蛍光色素と結合したプライマ
ーを使用することができる。蛍光素は検出器で、例えば、CCDカメラで観察でき
る。ただし、まだ多くの様々な代用できる検出方法がある。例えば、1本鎖の増
副産物をプラスモン・（Plasmon-Resonanz-Spektroskopie SPR）の表面のプロー
ブに結合させて、その生成数値を計ることも可能である。この方法では検出に色
素を必要とはしないことが利点となる。SPRの使用の際、同じプローブを持つ表
面領域で検出が行われるように設置することが望ましい。とりわけ有利な実施法
はチップ上に100以上の、又は1000に分けた検出表面を配列（配置）することで
ある。この表面上で核酸分子ハイブリダイズすることによって起こるSPRシグナ
ルの上昇はポジティブな結果を示す。このような処置によって、表8にリストア
ップしたプライマーとそれに属するバクテリア、あるいは基本的にはすべてのバ
クテリアを検出し、場合によってはその数値を明示することができる。

【００５７】実施例４）プローブを用いた微生物の検出 プローブはポリヌクレオチドとして、すなわちDNA、RNA、PNAとして、あるい
は専門家には周知の似た実施方式において、DNA、又はRNAの濃縮と検出をするの
に適している。プローブは1本鎖分子として存在し、加熱による、あるいはすで
に発表された標準プロトコールに相応して苛性ソーダ溶液で得られる変性によっ
て、この形質に至る。

【００５８】 微生物検出には微生物からそのDNA、又はRNAを分離し、場合によっては洗浄す
る必要がある。核酸産物を効率良く高める方法にはいろいろな措置がある。 1）微生物は物理学的方法で、例えば、磁気をおびた微粒子に結させた抗体を用
いて、あるいは、遠心分離機で分離させることにより濃縮することができる。 2）微生物のDNAやRNAはPCRで、又はそれに匹敵する増幅反応で増幅することが可
能である。 3）増幅された微生物を洗浄して、DNA、又はRNAを一般市場販売の材料を使って
洗浄濃縮する。

【００５９】 特に増幅により、核酸産物の効率性を改良することで、バクテリアの特異性検
出に多大なる貢献をすることができる。

【００６０】 それに引き続いて、培養過程では、プローブが検出すべき核酸と（ただし、検
出すべき微生物が存在していた場合に限り）雑種分子を生成する。制御された条
件のもとに、分子雑種が生成される。同様に、核酸の特異的なハイブリダイゼー
ションを可能にする条件（pH範囲、温度、イオン濃度）のもとで、バッファーを
用いた洗浄処理をする一方、特異性をあまり持たなく、望ましくないハイブリッ
ド分子は逆に分離する。

【００６１】 続いて、雑種分子の検出が行われる。検出には、専門家に詳しく知られている
多数の実施方式がある。投入物として、直接的に、又間接的にプローブや検出す
べきDNAに結合した、あるいは挿入した色素、場合によっては蛍光色素が使われ
る。これは特にチップテクノロジー、または光サイクルテクノロジーにおいても
投入される。さらに、他の物理学的方法では、例えば、2つの異なった厚さの境
界面に入射する強化された光の完全反射を雑種分子検出に使用することも可能で
ある。

【００６２】 検出の評価には様々な仕方がある。もし、求めていた微生物が存在するのなら
ば、「すべてか否か」といった検出で、雑種分子を検出することができる。上述
の微生物の核酸の増幅反応により核酸が増殖しなかった場合には、雑種分子を検
出することも不可能である。しかし、「望ましくない」核酸が増幅した場合には
、あるいは、それが多量に存在していた場合には、ハイブリダイゼーションに適
した拘束性ある条件で、そのような核酸を排除することも可能である。その上、
ポジティブ検出の限界値を設定することによって、雑種分子の数量化が特異性検
出の精密な判定を可能にする。

【００６３】 本特許におけるすべての特異性を持つ核酸は基本的にプローブとして使用でき
る。表3には特にプローブになりうる抽出物をリストアップした。この核酸は同
表にあげた属の検出を可能にして、ほかのすべての大腸菌属に対して境界をはっ
きり定める。

【００６４】 次に、どのように特異的DNA領域をプローブとして微生物検出に使用できるの
か下記に例証する。ここではELISA方式が検出に使われる。その際には、マイク
ロタイタープレートで進行する酵素呈色反応を用いて核酸を検出する。

【００６５】 当面の実施例ではまずPCR反応でDNAを増幅する。これにはジゴキシゲニンDigo
xygeninと結合したプライマーを使用する。続いて、ストレプトアビジンStrepta
vidinで上塗りしたマイクロタイタープレートはビオチン標識のプローブを負わ
して、プローブがプレート表面に結び付くようにする。アルカリに変性したPCR
増幅産物をプローブとの30分間の反応作用でハイブリする。5'ジゴキシゲニンDi
goxygenin標識のある増幅産物の末端は酵素Peroxidaseに結合させた特異的抗体
の抗原として用いられる。テトラメチルベンジディンTetramethylbenzidinを添
加した後、青色の色素が現れる。この色素の生成は0.5M硫酸で停止させる。する
と、pH範囲が転位するため、色素が黄色に急変する。吸収の強度は450nmのELISA
-Readerで計る。

【００６６】 ELISAの実施にあたり、下記の試薬を使用する。

【００６７】 - ハイブリゼーションバッファー（2.5 x SSC） 2.5 x SSC 20 x SSCから62.5 ml（下記参照） 2 x Denhardts 50 x Denhardtsから20 ml（同上） 10 mM Tris(Gibco,No.15504-038) 1 M Trisから5 ml 1 mM EDTA(Fluka,No.03699) 0.5 M EDTAから1 ml 0.5 Lの蒸留水を加えて、7.5 pHに設定する。

【００６８】 - 洗浄バッファー1 1 x SSC 20 x SSCから50 ml（下記参照） 2 x Denhardts 50 x Denhardtsから40 ml（同上） 10 mM Tris(Gibco,No.15504-038) 1 M Trisから10 ml 1 mM EDTA(Fluka,No.03699) 0.5 M EDTAから2 ml 1 Lの蒸留水を加えて、7.5 pHに設定する。

【００６９】 - 洗浄バッファー2 100 mM Tris(Gibco,No.15504-038) 12.15 g 150 mM NaCl(Merck, No.6404.5000) 8.78 g 0.05％Tween 20(Serva,No.37470) 0.5 g 0.5％Blocking試薬 (Boehringer) 5 gをD1（下記参照）に60℃で溶かす
。 10 μg/ml ニシン精子 10 mlの10 mg/mlストック溶液 1 Lの蒸留水を加えて、7.5 pHに設定する。

【００７０】 - 変性緩衝液 125 mM NaOH(Fluka, No. 71690) 0.5 g 20 mM EDTA(Fluka, No. 03699) 0.745 g 0.1 Lの蒸留水を加える。

【００７１】 - カップリング液 10 mM Tris(Gibco, No. 15504-038) 1 M Trisから10 ml 1 mM EDTA(Fluka,No.03699) 0.5 M EDTAから 2 ml 100 mM NaCl(Merck, No.6404.5000) 5.88 g 0.15％Triton X 100(Chemikalienlager) 15 ml 1 Lの蒸留水を加えて、7.5 pHに設定する。

【００７２】 - 停止液（0.5 M H₂SO₄） 95％ H₂SO₄ 14 ml 0.5 Lの蒸留水を加える。

【００７３】 - 50 X デンハルト（Denhardts） Ficoll 400(Pharmacia Biotech, No. 17-0400-01) 5 g ポリビニルピロリドン（Polyvinylpyrrolidon）(Sigma,No.P-2307) 5 g ウシ血清アルブミン（Rinder-Serumalbumin） 5 g 0.5 Lの蒸留水を加える。

【００７４】 - 20 x SSC NaCl(Merck, No. 106404.1000) 350.36 g クエン酸塩(Trisodium citrate,dihydrate,Fluka, No.71404) 176.29 g 2 Lの蒸留水を加えて、7.0 pHに設定する。

【００７５】 - D1 100 mM マレイン酸(Fluka,No.63190) 11.62 g 150 mM NaCl(Merck, No. 106404.1000) 8.76 g NaOH (Fluka, No.71690) 約7.5 g 2 Lの蒸留水を加えて、7.0 pHに設定する。

【００７６】 ELISAの実施 窩洞ごとに200μlの結合バッファーと1μlのプローブを塗布する。マイクロタ
イタープレートを接着ラップで被せて、室温にて2時間ねかして置く。検査対象
のPCR増幅産物は室温で溶かし、1対1の割合で変性緩衝液と混ぜて、室温で10分
間置く。続いて、10 mlの試料を合間にからにした窩洞に満たした。加えて、窩
洞ごとに100μlのハイブリゼイションバッファーを入れて、37〜60℃で30分間置
く。洗浄するために窩洞をからにしてから、37〜60℃で予め暖めた200 mlの洗浄
バッファー1で満たして、同じ温度で、2分間置く。この洗浄処理は3回繰り返す
。

【００７７】 注意深く洗浄バッファーを取り去った後で、ぺルオキシダーゼ標識抗ジゴキシ
ゲニン抗体(Anti-Dig-POD-Antibody;DAKO)を1対3000の割合でうすめ、（3 mlの
洗浄バッファー2のうちの1 ml）この溶液のそれぞれ100 mlを乾いた窩洞に入れ
る。この措置は37℃の血液棚の中で30分間置く。

【００７８】 それから、マイクロタイタープレートは3回200 mlの洗浄バッファー2でそれぞ
れ深みの部分を洗う。窩洞ごとに100 mlのBMの色素青（Boehringer）を加える。
15分後には100 ml 0.5M H₂SO₄を付加して、反応を停止する。ELISA-Readerにお
いて試料の消光は計量する。

【００７９】 上述の方法で表4にまとめたプローブを記載した種属系の検出に使用できる。

【００８０】実施例５）：バクテリア検出のための本特許のDNA特定領域の一般的な有効性 リボソームDNA特定領域、とりわけ23S-5Sリボソーム・スぺーサート結合させ
た場合には、大腸菌を検出するのに適している。SEQ ID 1-530の中の配列、ある
いは上記のリボソームDNA領域に焦点が置かれた配列を使って、専門家は自分が
選んだバクテリアの分類区分単位をすばやく同定することができる。下記に、す
べての大腸菌にむけた、本発明の一般的な利用の可能性を開く方法を例証する。

【００８１】 ここに述べる方法は基本的に3ステップの手順／過程からなる。最初に、ほぼ2
3S遺伝子の末端330-430ヌクレオチドを包括するリボソーム領域が転位スぺーサ
ーとリボソーム5S遺伝子に増幅される。この領域は様々な大腸菌属においては伸
長の変性があるので、全部で、400から750までのヌクレオチドの伸長がみられる
。DNA配列がまだ知られていない場合は、検出する種と近親の系を区別する種に
とっての配列を決定するのに都合がよい。配列の比較により専門家は求めていた
検出に導く、例えば、PCRプライマー、又はプローブとしての最良のオリゴヌク
レオチドを容易く決定できる。本例ではこのようにして、プライマーもプローブ
も選択する。替わりに、本稿で上述した配列を特にPCR及び／あるいはハイブリ
ゼーションに適した拘束性ある条件が選ばれた場合には、幅広い多様性をもつバ
クテリアに直接利用できる。

【００８２】 Ａ）リボソームDNAの増幅 使用するDNA断片はプロテオバクテリアと他の多くのバクテリア綱のゲノムの
バクテリアDNAからプライマーSEQ ID 211と212を用いて増幅することができる。
他の綱のDNAの増幅の際に問題が起きた場合には、SEQ ID 211と212に対応するDN
A領域から導き出したプライマーが成果をもたらす。

【００８３】 表5にあげたバクテリアの純粋培養からよく知られている標準手法にてゲノムD
NAを分離する。このゲノムDNAのプレパレーションのうちそれぞれ約1〜100ngをP
CRに使用する。反応液は下記の組成から成る。 ゲノムDNA - 1μl H₂O 19.8μl 緩衝液（10x）^*1 2.5μl dNTP（10mM）^*2 0.25μl フォアード・プライマー（10mM）^*3 0.20μl リバース・プライマー（10mM）^*3 0.20μl MgCl₂ 0.75μl Taq-ポリメラーゼ（5U/μl）^*1 0.3μl *1 Biomaster社製造の緩衝液と酵素、あるいは他の任意の納入業者 *2 Boehringer Mannheim社製造のヌクレオチド、あるいは他の任意の納入業者 *3 フォアード・プライマー、又はリバース・プライマーがそれぞれ10μMの最
終濃度である、混合物の場合は等モル量のプライマーになる。

【００８４】 PCRはパーキンエルマー（Perkin Elmer）社の9600サーマルサイクラーで下記
の温度特性のもとに実施する。 初期変性 95℃ 5min 増幅（35サイクル） 92℃ 1min 62℃ 1min 72℃ 30s 最終合成 72℃ 5min

【００８５】 増幅に使用できるゲノムDNAは表5に模範的にまとめてある。

【００８６】 Ｂ）A）の生成物の下位領域の属と種に特異的な増幅 A）によるDNA増幅産物は特に特異性プローブの使用のもとに、バクテリア検出
に直接利用できる。この処置にて、例えば、種、属、又は科のようなバクテリア
の下位の系統単位を限定することが目的であれば、この配列の部分領域を第一次
的に増幅するのが有利である。増幅プライマーによって、少なくとも細分化され
た区分の一部にその成果がみられる。A）で増幅した領域は特定の細分化を果た
す多数の下位部位を提供する。専門家はこの部位を同定すべきバクテリアと近親
の系のバクテリアの配列を比較することにより容易く認識できる。

【００８７】 本例では特異性プライマーの領域として、23S-5S転写スぺーサーの開始点と終
点の末端を選んだ。具体的な配列とプライマーの由来は表5にまとめた。配列を
比較することによって、配列が根本的に種の特異性を検出することがわかる。属
の特異性を検出する異例でさえも、ビブリオ種のプライマーを生成する。フォア
ード・プライマーでは特に、病原性バクテリアに配列CGAAG...TTTT、リバース・
プライマーでは配列AACAGAATTTが保存された。プライマーの特異性を例えば、病
原性バクテリアから、属と属群に拡張する可能性は2つある。第1に、PCRのアニ
ーリング温度を下げることである。第2に、フォアード・プライマーの配列を23S
遺伝子の方向に、リバース・プライマーの配列を5S遺伝子の方向に移すことであ
る。その結果がわずかな特異的変性の配列を持つプライマーである。具体的な実
施は検出の要請に向けて調整することが可能である。ここでは、PCR増幅による
表5のプライマーを用いた種の特異性検出を例証することにある。

【００８８】 表5にあげたバクテリアの純粋培養からよく知られている標準手法にてゲノムD
NAを分離する。このゲノムDNAのプレパレーションのうちそれぞれ約1〜100ngをP
CRに使用する。反応液は下記の組成から成る。 ゲノムDNA 1μl H₂O 19.8μl 緩衝液（10x）^*1 2.5μl dNTP（10mM）^*2 0.25μl フォアード・プライマー（10mM）^*3 0.20μl リバース・プライマー（10mM）^*3 0.20μl MgCl₂ 0.75μl Taq-ポリメラーゼ（5U/μl）^*1 0.3μl *1 Biomaster社製造の緩衝液と酵素、あるいは他の任意の納入業者 *2 Boehringer Mannheim社製造のヌクレオチド、あるいは他の任意の納入業者 *3 フォアード・プライマーAとリバース・プライマー＊は表5にあげた。プライ
マーの最終濃度がそれぞれ10μMである、混合物の場合は等モル量のプライマー
になる。リバース・プライマーは表5のリバース・プライマーの相補的配列を有
する。

【００８９】 PCRはパーキンエルマー（Perkin Elmer）社の9600サーマルサイクラーで下記
の温度特性のもとに実施する。 初期変性 95℃ 5min 増幅（35サイクル） 92℃ 1min ^＊45-72℃ 1min 72℃ 30s 最終合成 72℃ 5min ＊アニーリング温度は一般に使用されるPCRの規定に従って決めることができる
。

【００９０】 増幅の結果は表5に示した。表5のプライマーを使って、バクテリアの種特異性
を検出することにより、表のプライマーと組み合わせたバクテリアを同定するこ
とができる。それに対して、一般的なプライマーについては上述したように、あ
らゆる病原性バクテリア属の検出に、あるいはすべてのプロテオバクテリアγ分
枝の属の検出に導く。

【００９１】 Ｃ）23S-5Sリボソーム・スぺーサーからのプライマー、あるいはプローブの使用
による他の特異性検出 A）、及び／あるいはB）の処理過程の後に高分子の分類区分単位のDNA増幅が
行われると、引き続いてプローブの選択によって他の細分化検出を実施できる。
種特異性検出にはDNA変性領域、例えば、23S-5S転位スぺーサーの中央に位置す
る領域を使うことができる。プローブは、例えばチップの中に統合していたり、
光サイクルテクノロジーの分野で、あるいはELISAで使用できる。後者の例では
実施例4のELISAプロトコールがそれに活用されている。バクテリアの種特異性の
検出の結果は23S-5S転位スぺーサーの選択と対応する。そのうちの大部分が種特
異的な配列領域を含有しているからである。表5の中のプライマーを使い、適し
たスぺーサーの使用（表5のSEQ IDの欄）により、この表にあげた種の同定が成
立する。

【００９２】本稿で使われた用語の説明 DNA配列からの誘導 ポリヌクレオチド、あるいはオリゴヌクレオチドは分類区分単位の検出に利用
するために、それを発見し、開発するが、1つの、又は多くのDNA配列からそれを
導き出すことができる。大量の配列の場合には配列アラインメント、すなわち比
較するのが有利である。誘導したオリゴヌクレオチドはもとの配列と同一のもの
であって、多量の可変体の中から一致するものを確認することができる。そこで
、解析した配列の一定の位置に頻繁に発現し、あるいは優勢な構成要素に相当す
る重合体のヌクレオチドが選ばれる。その上、開発すべき配列の中から「ヌクレ
オチド」の定義に従って、可変体を選択することが可能である。DNA重合体、あ
るいはRNA重合体はこの可変性配列から結果として生じたものであり、それゆえ
に、可変する位置にありとあらゆるヌクレオチドを含有する分子の混合物である
。

【００９３】DNA配列の類似性（アナログDNAシークエンス） DNAアナログ領域は上述の配列と同じ機能を持っていたり、あるいは似たよう
な部位を占めていたりする。しかしながら、それらはすべて同じ系統発生的起源
に帰するわけではない。5SrDNAと23SrDNA間にある転位スぺーサーがそれと比較
すべき同じ部位の転位スぺーサーと何の類似性がみられない場合には、同転位ス
ぺーサーがその例になる。遠縁関係にある系の有機体では転位スぺーサーがあま
りにも頻繁に可変するため、系統上の由来や相同性を立証することができないか
らである。しかし、上記の転位スぺーサーはDNA配列として、また転位スぺーサ
ーとしての機能において、またその部位において定義できる。というのは、それ
がコード化する23SrDNA領域の終点で始まり、5SrDNAの開始点で終わるからであ
る。

【００９４】隣接する遺伝子 遺伝子が他の遺伝子により分離されず、あるいはそれが、2つの規定の遺伝子
において検査対象の種の大部分に該当するならば、遺伝子は隣接する。分離は2
つの異なる遺伝子の間に他の遺伝子がある場合に成り立つ。

【００９５】病原性バクテリア（Enterobacteria） 病原性バクテリアはプロテオバクテリア(Proteobacteria)γ分枝の科である。
この概念はあらゆる科の分類区分単位、特に下記の属の単位を包括する。Altero
coccus, Aquamonas, Aranicola, Arsenophonus, Brenneria, Budvicia, Cedec
ea, Calymmatobacterium, Citrobacter, Edwardsiella, Enterobacter, Erwinia
, Escherichia, Ewingella, Hafnia, Klebsiella, Kluyvera, Koserella, Lecle
rcia, Moellerella, Morganella, Pantoea, Phlomobacter, Photorhabdus, Ples
iomonas, Proteus, Providencia, Rahnella, Salmonella, Serratia, Shigella,
Wigglesworthia, Xenorhabdus, Yersinia, Yokenella属。

【００９６】大腸菌（Eubacteria） 大腸菌はアーシバクテリアArchaebacteriaと並んで、Prokaryontenの界を形成
する。本稿では「バクテリア」と「大腸菌」を同意語として使った。この概念は
この界にあるすべての分類区分単位をさしている。例として、この大腸菌に属す
る学名を以下にあげる。Aquificales, Aquificaceae, Desulfurobacterium群、
Chlamydiales, Verrumicrobia群、Chlamydiaceae, Simkaniaceae, Waddliaceae,
Verrumicrobia, Verrumcrobiales, Coprothermobacter群、Cyanobacteria, C
hroococcales, Nostocales, Oscillatoriales, Pleurocapsales, Prochlorophyt
es, Stigonematales, Cytophagales, 緑硫黄バクテリア群、Bacteroidaceae, Cy
tophagaceae, Flavobacteriaceae, Flexibacter群、Hymenobacter群、Rhodother
mus群、 Saprospira群、Sphingobacteriaceae, Succinovibrionaceae, 緑硫黄
バクテリア、Fibrobacter, Acidobacterium群、Fibrobacter群、Firmicutes, Ac
tinobacteria, Acidomicrobidae, Actinobacteridae, Coriobacteridae, Rubrob
acteridae, Sphaerobacteridae, Bacillus群、Clostridum群、Lactobacillus群
、Streptococcus群、Clostridiaceae, Haloanaerobiales, Heliobacterium群、M
ollicutes, Sporomusa分枝、Syntrophomonas群、Thermoanaerobacter群、Flexis
tipes群、Fusobacteria, 緑無硫黄バクテリア、Chloroflexaceae群、Chloroflex
aceae、光合成のFlexibacteria, Holophaga群、Nitrospira群、Planctomycetale
s, Planctomycetaceae, Proteobacteria, 青紫無硫黄バクテリア、α下位プロ
テオバクテリア、β下位プロテオバクテリア、γ下位プロテオバクテリア、δ／
ε下位プロテオバクテリア、Spirochetales, Leptospiraceae, Spirochaetaceae
, Synergistes群、Thermodesulfobacterium 群、Thermotogales, Thermus群、De
inococcus群。

【００９７】遺伝子 遺伝子はDNAの開かれた読み取りの枠組み（機構）、又はコード化した領域を
包括する。それはただタンパク質のみコード化する。シストロンも遺伝子の1つ
であるが、他のシストロンと結合して伝令RNAにある。プロモーターPromotor、
ターミネーターTerminator, エンヘンサーEnhancerのように、遺伝子の転写を調
節するDNA領域も同様に遺伝子に属する。本特許において、簡略化した形で23SrD
NA遺伝子と5SrDNA遺伝子と呼んでいるのは、一般的に使われている名称に準拠す
る。しかし、我々の定義においては、それはタンパク質をコード化しないし、コ
ードンに分割できないので、23SrDNA遺伝子、又は5SrDNA遺伝子は遺伝子ではな
く、自律的に機能するDNA断片であるとみなす。

【００９８】転写スぺーサー 本稿にて重点的に取り扱った転写スぺーサーは23SrDNA遺伝子の暗号化した領
域の後に、5SrDNA遺伝子の暗号化した領域の前に位置する。それは系統的な分類
においては特殊な地位を占める。転写スぺーサーは転写されるものであるので、
すなわち、伝令RNAと生物学的に無活動な先行分子である伝令RNA前駆体prae-rRN
Aの構成要素であるため、遺伝子間の領域には関与しない。先行分子は転写スぺ
ーサーの切断により、リボソーム環境で生物学的に活動する分子に転換する。そ
の一方、それは機能面でも系統上でも明確に23S遺伝子にも5S遺伝子にも分類す
ることができない。この場合には明らかに遺伝子の概念を分類の基準にすること
ができないので、リボソームオペロンの「転写スぺーサー」に「遺伝子」と同等
の意味をもたせ、「遺伝子間の領域」は自律的に機能するDNA（RNA）の部類とみ
なす。

【００９９】相同性DNA配列 DNAとRNAの配列は2者が同一の系統的起源を持つ場合には相同性がある。DNA断
片のなかで少なくとも40％のヌクレオチドが一致すれば、相同性を認めることが
できる。多量のDNA断片の中には可変性の断片があり得る。この場合には 25塩
基配列のヌクレオチドが比較の対象となる他のDNAの25塩基配列と少なくとも60
％一致すれば、系統発生的関係を認めることができる。さらに、近親系の有機体
と比較をすることにより、相同な配列を最も良く認知できる。遠縁の系の有機体
の関係において相同性配列を認識するのには、遠縁の系統発生上の隔たりに橋を
かけるように、種の配列を用いた配列の比較が必要になる。

【０１００】同定のDNA配列 ／パーセント同定 DNA、又はRNAの配列の同定（完全な一致の意味、100％の同定に相当する。）
を決定するのにはより大きなポリヌクレオチドの部分配列を観察する。この部分
配列は10個のヌクレオチドを含有し、2つの比較する配列においてその10個のす
べての要素が一致していれば、部分配列は同定である。ヌクレオチドのチミン(T
) Thymidinとユリン(U)Uridinは同定である。大量のポリヌクレオチドではあり
とあらゆる断片を部分配列として観察することができる。

【０１０１】 比較する2つの配列に1つの断片につき9〜10個、又は18〜20個のヌクレオチド
が同一であれば、90％の同定が確認できる。

【０１０２】 例として、20個のヌクレオチドを含有し、その中の5つの構成要素に違いがみ
られる2種のポリヌクレオチドを観察してみる。配列比較すると、1つの構成要素
に違いがあるので、10個のヌクレオチドに6個の同一が認められ、5個は同一では
ない。

【０１０３】 さらに、割合で同定を決定することができる。その場合はその単位はパーセン
トで示すことになる。同定の程度を決定するために、例えばプライマーとして、
又は20個のヌクレオチドの長さの、実際に使用した配列の最小限の長さを含有す
る部分配列も観察する。

【０１０４】 例として、ポリヌクレオチドAは100個の長さのヌクレオチドと比較し、ポリヌ
クレオチドBは200個の長さのヌクレオチドと比較する。ポリヌクレオチドBから1
4個の長さのヌクレオチドでプライマーが導き出される。同定の程度を決定する
ために、ポリヌクレオチドAがプライマーの全体の長さと比較する。もしも、プ
ライマーの配列がポリヌクレオチドAに発現するならば、そして1種の構成要素に
差異がみられる場合には、その断片の同定の度合いは13：14、→92、3％である
。

【０１０５】 2つめの例としては、すでに述べたポリヌクレオチドAとBの全体を捉えて比較
する。この場合には、20個の長さのヌクレオチドのありとあらゆる比較コーナー
を作って、同定の度合いを決める。ポリヌクレオチドAとBのヌクレオチドNo.50-
69がヌクレオチドNo.55の例外を除いて、すべて同一であるならば、この2つの断
片の同定の度合いは19：20→95％である。

【０１０６】保存と可変性プライマー 保存されたプライマーは保存されたDNAの、又はそのRNA領域でハイブリダイズ
するヌクレオチドである。「保存された」という概念は様々な分類区分単位の種
のヌクレオチド配列における進化論的な可変性を特徴づける。それゆえにそれは
比較の基準になる。どの配列が比較の対象になるかによって、ある領域は、又は
、プライマーは保存されるし、又は可変的でもありえる。保存されたもの、又は
可変的なものとしてのプライマーの特徴はハイブリダイゼーションの目的に関連
して、直接に隣接している、又は交差しているプライマーと同じ長さを持つ部位
を手がかりにして行われる。すなわち、比較配列は同じ有機体から選び、相同の
、又は類似の配列は他の有機体から選ぶことが可能である。2個の配列の比較の
場合には、その1つの配列が比較する配列と少なくとも95％同一であれば、それ
は保存されている。しかし、95％以下であれば、可変的である。

【０１０７】入れ子式のプライマー 入れ子式のプライマーは特にコンセンサスPCRに使われる。それはすでに増幅
したポリヌクレオチドの断片を増幅するプライマーである。入れ子式のプライマ
ーはすでに増やした標的分子のDNA、又はRNAの範囲内で1つの領域とハイブリダ
イスする。入れ子式のプライマーとの増幅は任意に繰り返して行い、漸次にさら
に微小な増幅産物を生成することができる。

【０１０８】DNA、又はRNAのハイブリダイゼーション 2つの同一の、又は類似のヌクレオチド断片を合わせて2本鎖にハイブリダイズ
することができる。このようなハイブリダイゼーションは一本鎖のDNA、RNA、又
はPNAの間で行なえるばかりでなく、DNAとRNA、DNAとPNA、RNAとPNA等の間でハ
イブリッド分子を生成できる。2つのポリヌクレチドがハイブリダイズするかど
うか決定する要因は多くある。ハイブリダイゼーションは主に37〜60℃の温度範
囲で成立する。さらに、ハイブリダイゼーションは不連続的なハイブリダイゼー
ション処置や洗浄処置によって進行する。ハイブリダイゼーションの条件となる
特異性のための実験的パラメーターは実施例4で示した。特異性ハイブリダイゼ
ーションは試料の中にある他のDNAではなく、プローブ使用によるもので、ただ
望ましい標的配列を用いた時にのみ成立した。

【０１０９】ヌクレオチドの利用における組み合わせ プライマー、プローブ、DNA断片、ポリヌクレオチド、又はオリゴヌクレオチ
ドの下位領域は多くの組み合わせに利用できる。プライマー群から2種のプライ
マーを任意に組み合わせることや配列群から1つのプローブを任意に選ぶことや
又同じ配列群からプライマーを選ぶこと等が可能である。後者ではプライマーと
プローブが同一のものでも、又は異なるものでもできる。プライマーやプローブ
は2つ、又はそれより多くのDNA断片から合成されたものであり、ありとあらゆる
多様な組み合わせを検討する。プローブを適用して、様々なプライマーを用いる
処理を限定されたPCR処理過程に組み合わせることも可能である。

【０１１０】コンセンサスPCR コンセンサスPCRはコンセヌスプライマー(Konsenusprimer)を用いて処理する
。これは少なくとも2個の分類区分単位からのDNAを、理想的にはすべての分類区
分単位からのDNAを増幅することができる。それに引き続く解析過程では増幅し
たDNAの同定が決定される。その目的のために、場合によっては小さな分類区分
単位を弁別するために、可変性で、入れ子式のプライマーを用いてさらに他のPC
R処理操作が行われる。分類区分単位の最後の決定は可変性プライマー以外にも
特異性プローブを使って処理することも可能である。

【０１１１】ヌクレオチド ヌクレオチドはDNA、又はRNAの構成要素である。下記にその略字を示す。 G＝Guanosin、A＝Adenosin、T＝Thymidin、C＝Cytidin、 R＝G又はA、Y＝C又はT、K＝G又はT、W＝A又はT、S＝S又はG、M＝A又はC、B＝C,G
又はT、D＝A,G又はT、H＝A,C又はT、V＝A,C又はG、N＝A,C,G又はT、I＝Inosin

【０１１２】分類区分単位 バクテリアの分類区分単位はすべて知られている分類学的区分である。例えば
、界、綱、門、目、科、属、種、株、あるいは下位綱、下位目、下位科等、のよ
うな分類区分単位の中間単位、又は、分類区分単位の群。

【０１１３】本発明の詳細な解説 本発明は基本的に以下の5つの着眼点からなっており、それは本発明を一般的
な形式と特定の視点で表わしている。 - 隣接する遺伝子の利用によるDNA標的領域の選択ストラテジー - すべてのバクテリアの検出のための23SrDNAの末端と転写スぺーサーと5SrDNA
の部分からのリボソームDNA領域の利用に関する解説 - 多種多数のバクテリアのためのプライマーとプローブの提供 - 病原性バクテリア科とそれに属する部類の検出 - すべてのバクテリア検出のためのコンセンサスPCRの使用

【０１１４】隣接する遺伝子の利用によるDNA標的領域の選択ストラテジー 本発明は分類区分単位の検出のための、隣接する遺伝子の利用に基づく。例え
ば、界、綱、科、属、株、さらにこれらの単位の中間単位。本発明の利点は2つ
の遺伝子が被っている変異性と関連して、非常に不均質に合成しているDNA領域
の発見、リボソームオペロンの例の様に、特に23S／5SrDNAの断片の発見にある
。非常に強度に、また逆に微少に保存された領域の存在を見分けることによって
、専門家はありとあらゆる近縁の、又は遠縁の系の有機体を検出できるようにな
る。

【０１１５】すべてのバクテリアの検出のための23SrDNAの末端と転写スぺーサーと5SrDNAの
部分からのリボソームDNA領域の利用に関する解説 特に、約400-750のヌクレオチドを含有する23S-5SrDNA領域をバクテリア検出
に利用できる。終点の領域は23SrDNA末端領域の約330-430のヌクレオチドからな
り、それに転写スぺーサーと5SrDNA遺伝子が続く。場合によっては、スぺーサー
にあるtRNA遺伝子が付着していることもありえるので、検出にも利用される。上
述の領域は病原性大腸菌Escherichia coliの23Sと5SrDNA遺伝子が示すヌクレオ
チドSEQ ID 1の2571-3112に相当する。専門家にとっては周知の配列比較によっ
て、上記の領域に適合した相同な他のバクテリアの断片を決定することができる
。特に、同じ科、目、又は門の単位内にある有機体では、23SrDNA遺伝子の境界
にある上述の領域の開始点と5SrDNA遺伝子の終点がAとBの2種のリボソームDNA配
列の比較によって決定される。A種とその遠縁の系にあるC種との比較がこの方法
で簡単に行われない場合には、お互い近縁の系にあるB種とC種の配列を比較する
ことにより、求める結果に到達できる。多数の個別の配列比較によって、上記の
領域に適合する相同な、あらゆる大腸菌の23SrDNAの、転写スぺーサー、及び5Sr
DNAのリボソーム領域を決定することができる。個々の下位領域の変異性のゆえ
に、ヌクレオチドの長さに数百の差異があらわれることもあり得る。さらに、本
発明は上述の領域の下位部位の利用も可能にする。この領域の大部分は表6に提
示した。

【０１１６】多数のバクテリアのためのプライマーとプローブの提供 有益なrDNA領域の全般的な解説と並んで、バクテリア検出の目的に使われる配
列（SEQ ID 1-530）を提供する。当面の課題により、SEQ ID 1-530にある特異性
ポリヌクレオチドをすべて完全に使うことも、又はその中の断片を使うこともで
きる。SEQ ID 1-530で特異化された配列は前述した23SrDNA遺伝子、転写スぺー
サー及び5SrDNA遺伝子の領域に由来する。

【０１１７】 技術的処置ではプローブ、あるいはプライマーの使用により本稿で特定したDN
A領域と配列を用いて有機体を検出することができる。プライマーはスタート分
子として増幅に利用するヌクレオチドである。プライマーを標的配列に付加する
ことにより、ポリメラーゼを使って部位を新たに合成する。プライマーの標的配
列との同一性の度合いによりその特異性を調整することができる。分類区分の特
異性は上述のリボソーム領域範囲内における標的配列の選択によって確定される
。（表6を参照）それに応じてプライマーは様々な方法で利用できる。例えば、
図2に相応する全体の領域、あるいはヌクレオチドSEQ ID 1（病原性大腸菌）のN
o.2571-3112をプライマーSEQ ID 211と212を使って増幅することも可能である。
増幅を最善の状態にするために2つ以上のプライマーの混合物を使うこともでき
る。その上、一定のバクテリアのDNAだけを増幅するようにプライマーを選ぶこ
とも可能である。この場合には2通りの情報を示す。第一に、それが存在してい
ること、第2には、ポジティブな増幅の場合には求めるバクテリアの同定を示す
。入れ子式のプライマーを使った漸次の増幅処理を通して、DNA合成の終了時に
その結果がもたらす情報を必要に応じて操作することが可能である。

【０１１８】 別の過程においては、理想的には前もってプローブで増幅したDNAを凝縮して
検出することができる。プローブは一本鎖のDNA断片に結合できるオリゴヌクレ
オチド、又はポリヌクレオチドである。標的配列とのプローブの親和性はその同
定の度合いによって決定する。その上、ハイブリダイゼーションの条件は重大な
影響を持つ。例えば、バッファーの塩濃度、放置時間、及び温度において最善の
条件を満たさなければならない。専門家は一般に行われている方法でこのパラメ
ーターを迅速に最善の状況に適応させることができる。模範的なハイブリダイゼ
ーションの条件はすでに実施例で示した。プローブはプライマーと全く同様に2
通りのことを果たす。第一に、バクテリアのDNA、又は増幅産物の発現を示すこ
とができる。第二には一定のバクテリアのDNA検出に貢献する。この機能の二元
性はプライマーのそれと同じである。従って、有機体を同定する際にプライマー
とプローブの間に役割分担をすることができる。さらに、プローブはプライマー
と同様に23SrDNAの末端領域、転写スぺーサー、又は5SrDNAの自由に選べる領域
に由来しており、すべての領域を包括する。

【０１１９】 本発明の特別な利点は図2に基づいて選択したリボソーム領域が、極端に幅広
い多様性を含んだ、非常に可変性があったり、保存されていたりする領域から不
均質に組み合わせたことにある。表6に基づき、下位領域の使用による組み合わ
せが多数あるため、本発明はあらゆるバクテリア種とその分類区分単位の検出の
可能性を提示する。

【０１２０】病原性バクテリア科とそれに属する部類の検出 本稿で特徴づけたDNA標的領域を使って、例えば、病原性バクテリアのような
バクテリア科を検出することができる。（実施例1）病原性バクテリアはプロテ
オバクテリアproteobacteria、又は青紫バクテリアpurpurbacteriaのγ分枝の相
同の分類区分単位である。病原性大腸菌Escherichia coli (EHEC etc.), シゲラ
Shigella, サルモネラ Salmonella, エルシニアYersinia, 等の多くの病原性の
バクテリアが病原性バクテリアに属するため、これはとても注目を浴びている。
それは食品物の衛生上の状態を検査するため、有機体標識として適している。臨
床の微生物学では病原性バクテリアの検出が病原性細菌の限定と同定に最初の措
置を示した。本稿にある一覧表の中では、例えばプライマーSEQ ID 2-25が病原
性バクテリアを科として同定する、多様な組み合わせに適している。リストにあ
げた配列の多くは病原菌バクテリアに属する個体、すなわち属、種、株の単位を
同定するのに適している。その他の配列はプロテオバクテリアの分類区分単位の
ために、特にすべてのγ分枝、さらに、Firmicutesのために準備した。図2に基
づいたリボソーム領域の解説では、すべての大腸菌検出のために専門家がいかに
して簡単に他の配列が獲得できるかを示す方法を紹介した。

【０１２１】すべてのバクテリア検出のためのコンセンサスPCRの使用 本発明の特に有利な点はDNA標的領域が図2が示すように理想的にはコンセンサ
スPCRにおいて検出できることである。この方法の実験的利用に基本的に前提と
なることは配列が増幅すべき標的領域範囲内でますます可変性を高めることであ
る。その配置はすべての検査された種にとって、我々が特徴づけたリボソームオ
ペロン領域において実現する。

【０１２２】 コンセンサスPCRの図式は図8に画いた。通例では、まず「マスターフラーグメ
ント」を増幅する。これは図2に対応する断片の総体に類似するか、もしくはそ
の一部をなす。試料の中に多種の同定すべき細菌が混在している場合には、その
すべての細菌を対象にこの断片を増幅する。最後に、個々の細菌は特異性のプロ
ーブと、及び／あるいは他のPCR処理との組み合わせで同定する。プローブを使
った検出は小型化して、チップで処理することもできる。替わりに、従来行われ
たELISA方式で検出することも可能である。バクテリア検出の構成要素はキット
で提供する。

【０１２３】 検出には特に蛍光色素を使うと有利である。これはプライマー、又はプローブ
に結合できる。しかし、ELISAやサザンブロット法には特に蛍光性のない色素が
よく使われる。他の検出の可能性としては、Genetrakや光サイクルテクノロジー
があげられる。原則としてこれらの方法はすべて定量検出のオプションに利用さ
れる。最終的には検出シグナルの評価により試料の中にあるバクテリアの数値を
推定できる。

【０１２４】 本発明を使用したバクテリア検出は専門家には周知である実験的背景のもとに
実施される。まず検出する前にバクテリアを適当な培地で増殖する。食料品検査
では沈積物の遠心分離のように、物理的な分離処理が有効な方法としてあげられ
る。また、事後に初期の細菌量が逆推測できるようにバクテリアを添加して強化
することも可能である。その他に細菌量に関して、その限界値を決定することが
できる。ともかくも、数量的な、または、半数量的な細菌検出が可能である。

【０１２５】 ゲノムDNAの分離には、（強化された）バクテリアの皮膜が裂かれる。専門家
によく知られている細胞膜破壊に関する報告書では物理的（ガラス玉、加熱）で
、化学的（NaOH）な影響がその根拠になっている。しかし、DNA検出に細胞を直
接PCRに挿入することも可能である。その上、特にゲノムDNAが食料品の鋳型に配
分されている場合には、それを洗浄することも有効である。この方法は専門家に
は知られている。そのためのDNA洗浄キットは市販されている。

【０１２６】

【表１】 他のバクテリアを除いた病原性バクテリアの検出（実施例１）

【０１２７】

【表２】 他のバクテリアを除いたPantoea dispersaの検出（実施例２）

【０１２８】

【表３】 プローブGTTCCGAGATTGGTTによる属群の検出

【０１２９】

【表４】 バクテリアの属と種の検出のための特異性プローブ

【０１３０】

【表５】 バクテリアの種、又は属の検出のためのプライマー

【０１３１】

【表６】 rDNAオペロンからDNA断片の位置の特異性と検出可能性

【０１３２】

【表７】 実施例1のプライマー

【０１３３】

【表８】 バクテリアの検出のためのコンセンサスPCR

【図面の簡単な説明】

【図１】 本研究にて検出したバクテリアの系統発生的系統図。Proteobakt
eriaとFirmicutesが切り離せられる分枝であることを示す。

【図２】 本稿にて上述した23SrDNAの末端にあたる領域と転写スぺーサー
と5SrDNAから成るリボソーム領域の図解。この領域、又はその1部分はバクテリ
ア検出に使用される。表6に個々の領域の特質を詳細に提示する。

【図３〜７】 PCRを使用した病原性バクテリアの検出。エチジウムブロマ
イド染色ゲル使用。バンドは病原性バクテリアの存在を示す。各ページの上半分
は陽性の検出を表し、下半分はネガティブコントロールを示す。プライマーの使
用は表7にまとめた。DNA標準サイズとしてBgl IとHinfI制限酵素処理pBR328-プ
ラスミドDNA（Boehringer Mannheim）の混合物を使用した。DNAラダーは制限酵
素断片サイズ 154、220、234、298、394、453、517、653、1033、1230、1766、
そして、2176の塩基対を包括する。

【図８】 コンセンサスPCRの図解。保存プライマーは外縁に配置されてい
る。保存が少ないものは入れ子式の内側にある。コンセンサスPCRは広範囲の分
類区分のDNAを増幅する。極端な事例ではすべてのバクテリア種の場合もある。
次の段階では小さい分類単位向けの特異的なプライマーを用いて、別の反応器に
入れてまたさらに増幅させることも可能である。最終段階では特異性検出を担う
プローブを使うことも可能である。その上、例えば、着色して検出することもで
きる。この図と本稿では次の命名法が使われる。プライマーA＝検出システムの
範囲内で最も保存されて、外縁にあるプライマー。プライマー［A，B，C...］＝
上記のように入れ子式のなかのプライマーの順序。プライマー［大文字］1＝フ
ォアード・プライマー。プライマー［大文字］2＝リバース・プライマー。プラ
イマー［大文字］［数字］［小文字］＝小文字は似たプライマーを表示する。又
は、ターゲットDNAのなかの相同な位置、あるいはそれに相当する位置でハイブ
リする物質を表示する。種、あるいは菌株の検出の際には、プローブは主に中央
にあって変化の多い領域に位置する。

【配列表】

【手続補正書】

【提出日】平成１５年２月６日（２００３．２．６）

【手続補正１】

【補正対象書類名】明細書

【補正対象項目名】００６９

【補正方法】変更

【補正の内容】

【００６９】 - 洗浄バッファー2 100 mM Tris(Gibco,Nr.15504-038) 12.15 g 150 mM NaCl(Merck, No.6404.5000) 8.78 g 0.05％Tween 20(Serva,No.37470) 0.5 g 0.5％Blocking試薬 (Boehringer) 5 gをD1（下記参照）に60℃で溶かす
。 10 μg/ml ニシン精子 1 Lの蒸留水を加えて、7.5 pHに設定する。

【手続補正２】

【補正対象書類名】明細書

【補正対象項目名】００７６

【補正方法】変更

【補正の内容】

【００７６】 ELISAの実施 窩洞ごとに200μlの結合バッファーと1μlのプローブを塗布する。マイクロタ
イタープレートを接着ラップで被せて、室温にて2時間ねかして置く。検査対象
のPCR増幅産物は室温で溶かし、1対1の割合で変性緩衝液と混ぜて、室温で10分
間置く。続いて、10μlの試料を合間にからにした窩洞に満たした。加えて、窩
洞ごとに100μlのハイブリゼイションバッファーを入れて、37〜60℃で30分間置
く。洗浄するために窩洞をからにしてから、37〜60℃で予め暖めた200μlの洗浄
バッファー1で満たして、同じ温度で、2分間置く。この洗浄処理は3回繰り返す
。

【手続補正３】

【補正対象書類名】明細書

【補正対象項目名】００７７

【補正方法】変更

【補正の内容】

【００７７】 注意深く洗浄バッファーを取り去った後で、ぺルオキシダーゼ標識抗ジゴキシ
ゲニン抗体(Anti-Dig-POD-Antibody;DAKO)を1対3000の割合でうすめ、（3 mlの
洗浄バッファー2のうちの1μl）この溶液のそれぞれ100μlを乾いた窩洞に入れ
る。この措置は37℃の血液棚の中で30分間置く。

【手続補正４】

【補正対象書類名】明細書

【補正対象項目名】０１３３

【補正方法】変更

【補正の内容】

【０１３３】

【表８】 バクテリアの検出のためのコンセンサスPCR

【配列表】 SEQUENCE LISTING <110> BioteCon Diagnostics GmbH <120> Nucleic acid molecules for the detection of bacteria and phylogenetic units of bacteria <140> JP 2001-526988 <141> 2000-09-08 <150> DE 199 45 916.9 <151> 1999-09-24 <160> 530 <170> PatentIn Ver. 2.1 <210> 1 <211> 3118 <212> DNA <213> Escherichia coli <400> 1 ggttaagcga ctaagcgtac acggtggatg ccctggcagt cagaggcgat gaaggacgtg 60 ctaatctgcg ataagcgtcg gtaaggtgat atgaaccgtt ataaccggcg atttccgaat 120 ggggaaaccc agtgtgtttc gacacactat cattaactga atccataggt taatgaggcg 180 aaccggggga actgaaacat ctaagtaccc cgaggaaaag aaatcaaccg agattccccc 240 agtagcggcg agcgaacggg gagcagccca gagcctgaat cagtgtgtgt gttagtggaa 300 gcgtctggaa aggcgtgcga tacagggtga cagccccgta cacaaaaatg cacatgctgt 360 gagctcgatg agtagggcgg gacacgtggt atcctgtctg aatatggggg gaccatcctc 420 caaggctaaa tactcctgac tgaccgatag tgaaccagta ccgtgaggga aaggcgaaaa 480 gaaccccggc gaggggagtg aaaaagaacc tgaaaccgtg tacgtacaag cagtgggagc 540 acgcttaggc gtgtgactgc gtaccttttg tataatgggt cagcgactta tattctgtag 600 caaggttaac cgaatagggg agccgaaggg aaaccgagtc ttaactgggc gttaagttgc 660 agggtataga cccgaaaccc ggtgatctag ccatgggcag gttgaaggtt gggtaacact 720 aactggagga ccgaaccgac taatgttgaa aaattagcgg atgacttgtg gctgggggtg 780 aaaggccaat caaaccggga gatagctggt tctccccgaa agctatttag gtagcgcctc 840 gtgaattcat ctccgggggt agagcactgt ttcggcaagg gggtcatccc gacttaccaa 900 cccgatgcaa actgcgaata ccggagaatg ttatcacggg agacacacgg cgggtgctaa 960 cgtccgtcgt gaagagggaa acaacccaga ccgccagcta aggtcccaaa gtcatggtta 1020 agtgggaaac gatgtgggaa ggcccagaca gccaggatgt tggcttagaa gcagccatca 1080 tttaaagaaa gcgtaatagc tcactggtcg agtcggcctg cgcggaagat gtaacggggc 1140 taaaccatgc accgaagctg cggcagcgac actatgtgtt gttgggtagg ggagcgttct 1200 gtaagcctgt gaaggtgtgc tgtgaggcat gctggaggta tcagaagtgc gaatgctgac 1260 ataagtaacg ataaagcggg tgaaaagccc gctcgccgga agaccaaggg ttcctgtcca 1320 acgttaatcg gggcagggtg agtcgacccc taaggcgagg ccgaaaggcg tagtcgatgg 1380 gaaacaggtt aatattcctg tacttggtgt tactgcgaag gggggacgga gaaggctatg 1440 ttggccgggc gacggttgtc ccggtttaag cgtgtaggct ggttttccag gcaaatccgg 1500 aaaatcaagg ctgaggcgtg atgacgaggc actacggtgc tgaagcaaca aatgccctgc 1560 ttccaggaaa agcctctaag catcaggtaa catcaaatcg taccccaaac cgacacaggt 1620 ggtcaggtag agaataccaa ggcgcttgag agaactcggg tgaaggaact aggcaaaatg 1680 gtgccgtaac ttcgggagaa ggcacgctga tatgtaggtg aagcgacttg ctcgtggagc 1740 tgaaatcagt cgaagatacc agctggctgc aactgtttat taaaaacaca gcactgtgca 1800 aacacgaaag tggacgtata cggtgtgacg cctgcccggt gccggaaggt taattgatgg 1860 ggttagccgc aaggcgaagc tcttgatcga agccccggta aacggcggcc gtaactataa 1920 cggtcctaag gtagcgaaat tccttgtcgg gtaagttccg acctgcacga atggcgtaat 1980 gatggccagg ctgtctccac ccgagactca gtgaaattga actcgctgtg aagatgcagt 2040 gtacccgcgg caagacggaa agaccccgtg aacctttact atagcttgac actgaacatt 2100 gagccttgat gtgtaggata ggtgggaggc tttgaagtgt ggacgccagt ctgcatggag 2160 ccgaccttga aataccaccc tttaatgttt gatgttctaa cgttgacccg taatccgggt 2220 tgcggacagt gtctggtggg tagtttgact ggggcggtct cctcctaaag agtaacggag 2280 gagcacgaag gttggctaat cctggtcgga catcaggagg ttagtgcaat ggcataagcc 2340 agcttgactg cgagcgtgac ggcgcgagca ggtgcgaaag caggtcatag tgatccggtg 2400 gttctgaatg gaagggccat cgctcaacgg ataaaaggta ctccggggat aacaggctga 2460 taccgcccaa gagttcatat cgacggcggt gtttggcacc tcgatgtcgg ctcatcacat 2520 cctggggctg aagtaggtcc caagggtatg gctgttcgcc atttaaagtg gtacgcgagc 2580 tgggtttaga acgtcgtgag acagttcggt ccctatctgc cgtgggcgct ggagaactga 2640 ggggggctgc tcctagtacg agaggaccgg agtggacgca tcactggtgt tcgggttgtc 2700 atgccaatgg cactgcccgg tagctaaatg cggaagagat aagtgctgaa agcatctaag 2760 cacgaaactt gccccgagat gagttctccc tgactccttg agagtcctga aggaacgttg 2820 aagacgacga cgttgatagg ccgggtgtgt aagcgcagcg atgcgttgag ctaaccggta 2880 ctaatgaacc gtgaggctta accttacaac gccgaaggtg ttttggcgga ttgagagaag 2940 attttcagcc tgatacagat taaatcagaa cgcagaagcg gtctgataaa acagaatttg 3000 cctggcggca gtagcgcggt ggtcccacct gaccccatgc cgaactcaga agtgaaacgc 3060 cgtagcgccg atggtagtgt ggggtctcct catgcgagag tagggaactg ccaggcat 3118 <210> 2 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 2 ttcgggttgt catgccaatg 20 <210> 3 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 3 ctgaaagcat ctaagcgcga aacttg 26 <210> 4 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 4 ctgaaagcat ctaagcggga aacttg 26 <210> 5 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 5 ctgaaagcat ctaagcacga aacttg 26 <210> 6 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 6 ctgaaagcat ctaagcagga aacttg 26 <210> 7 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 7 gggaggactc atctcgaggc aagtt 25 <210> 8 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 8 gggaggactc atctcggggc aagtt 25 <210> 9 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 9 gggaggactc atctcaaggc aagtt 25 <210> 10 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 10 gggaggactc atctcagggc aagtt 25 <210> 11 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 11 gggaggactc atcttgaggc aagtt 25 <210> 12 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 12 gggaggactc atcttggggc aagtt 25 <210> 13 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 13 gggaggactc atcttaaggc aagtt 25 <210> 14 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 14 gggaggactc atcttagggc aagtt 25 <210> 15 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 15 gggagaactc atctcgaggc aagtt 25 <210> 16 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 16 gggagaactc atctcggggc aagtt 25 <210> 17 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 17 gggagaactc atctcaaggc aagtt 25 <210> 18 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 18 gggagaactc atctcagggc aagtt 25 <210> 19 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 19 gggagaactc atcttgaggc aagtt 25 <210> 20 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 20 gggagaactc atcttggggc aagtt 25 <210> 21 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 21 gggagaactc atcttaaggc aagtt 25 <210> 22 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 22 gggagaactc atcttagggc aagtt 25 <210> 23 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 23 ccgccaggca aattcggt 18 <210> 24 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 24 tcaggtggga ccaccgc 17 <210> 25 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 25 ccgccaggca aattctgt 18 <210> 26 <211> 54 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus enterobacteria <400> 26 ccggagtgga cgcaccactg gtgttcgggt tgtcatgcca atggcattgc ccgg 54 <210> 27 <211> 54 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Acinetobacter <400> 27 ccagagtgga cgaacctctg gtgtaccggt tgtgacgcca gtcgcatcgc cggg 54 <210> 28 <211> 54 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence:derived von from species of the genus Aeromonas <400> 28 ccggagtgaa cgaacctctg gtgttcgggt tgtcacgcca gtggcactgc ccgg 54 <210> 29 <211> 54 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence:derived from species of the genus Haemophilus <400> 29 ccggagtgga cgcatcactg gtgttccggt tgtgtcgcca gacgcattgc cggg 54 <210> 30 <211> 54 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence:derived from species of the genus Moraxella <400> 30 ccggagtgga cgcatcactg gtgttccggt tgtgtcgcca gacgcattgc cggg 54 <210> 31 <211> 54 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence:derived from species of the genus Pasteurella <400> 31 ccgggatgga cacaccgctg gtgtaccagt tgttctgcca agagcatcgc tggg 54 <210> 32 <211> 54 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Stenotrophomonas <400> 32 ccggagtgga cgaacctctg gtgtaccggt tgtcacgcca gtggcattgc cggg 54 <210> 33 <211> 54 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Vibrio <400> 33 ccggagtgga cgaacctctg gtgttcgggt tgtgtcgcca gacgcattgc ccgg 54 <210> 34 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 34 gagataaccg ctgaaagcat ctaagcggga aacttgcctc g 41 <210> 35 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Acinetobacter <400> 35 gggataaccg ctgaaagcat ctaagcggga agcctacctc a 41 <210> 36 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence:derived from species of the genus Aeromonas <400> 36 tcgataaccg ctgaaagcat ctaagcggga agcgagccct g 41 <210> 37 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence:derived from species of the genus Haemophilus <400> 37 gagataagtg ctgaaagcat ctaagcacga aacttgccaa g 41 <210> 38 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence:derived from species of the genus Moraxella <400> 38 gggataaccg ctgaaagcat ctaagcggga agcccacctt aa 42 <210> 39 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence:derived from species of the genus Pasteurella <400> 39 gggataagtg ctgaaagcat ctaagcacga agcccccctc aa 42 <210> 40 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Stenotrophomonas <400> 40 gagataaccg ctgaaagcat ctaagcggga aacttgcctt ga 42 <210> 41 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Vibrio <400> 41 tcgataaccg ctgaaagcat ctaagcggga agcgagcctt ga 42 <210> 42 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 42 agatgagtct tccctgggcc ttta 24 <210> 43 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Acinetobacter <400> 43 agataagatt tccctaggac ttta 24 <210> 44 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence:derived from species of the genus Aeromonas <400> 44 agatgagtca tccctgaccc cttg 24 <210> 45 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence:derived from species of the genus Haemophilus <400> 45 agatgagtca tccctgactt t 21 <210> 46 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence:derived from species of the genus Moraxella <400> 46 agataagatt tcc 13 <210> 47 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence:derived from species of the genus Pasteurella <400> 47 agatgagatt tcccattacg c 21 <210> 48 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Stenotrophomonas <400> 48 agatgagatt tcccggagcc ttg 23 <210> 49 <211> 24 <212> DNA <213> Vibrio alginolyticus <400> 49 agatgagttc tccctgatac ttta 24 <210> 50 <211> 13 <212> DNA <213> Vibrio fisheri <400> 50 agattagatt tcc 13 <210> 51 <211> 24 <212> DNA <213> Vibrio harbeyi <400> 51 agatgagtct tccctgggcc ttta 24 <210> 52 <211> 24 <212> DNA <213> Vibrio parahaemolyticus <400> 52 agatgagtct tccctgatac ttta 24 <210> 53 <211> 24 <212> DNA <213> Vibrio proteolyticus <400> 53 agatgagtct tccctggcac ttta 24 <210> 54 <211> 32 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 54 agggtcctga agggacgttg aagactacga cg 32 <210> 55 <211> 32 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Acinetobacter <400> 55 tgtcctctaa agagccgttc gagactagga cg 32 <210> 56 <211> 32 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence:derived from species of the genus Aeromonas <400> 56 tgtcctctaa agagccgttc gagactagga cg 32 <210> 57 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence:derived from species of the genus Haemophilus <400> 57 aagtcagtaa gggttgttgt agactacgac g 31 <210> 58 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence:derived from species of the genus Moraxella <400> 58 ctaaagagcc gttgtagacg acgacg 26 <210> 59 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence:derived from species of the genus Pasteurella <400> 59 aagtaagtaa gatccctcaa agacgatgag g 31 <210> 60 <211> 32 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Stenotrophomonas <400> 60 agctccttga agggtcgttc gagaccagga cg 32 <210> 61 <211> 32 <212> DNA <213> Vibrio alginolyticus <400> 61 agtatcctaa agggttgtcg tagmtacgac gt 32 <210> 62 <211> 27 <212> DNA <213> Vibrio fisheri <400> 62 ctaaagagcc gttcaagact aggacgt 27 <210> 63 <211> 33 <212> DNA <213> Vibrio harbeyi <400> 63 agtatcctaa agggttgttc gagactagaa cgt 33 <210> 64 <211> 33 <212> DNA <213> Vibrio parahaemolyticus <400> 64 agtatcctaa agggttgttc gagactagaa cgt 33 <210> 65 <211> 33 <212> DNA <213> Vibrio proteolyticus <400> 65 agtgtcctga agggttgttc gagactagaa cgt 33 <210> 66 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 66 agcgatgcgt tgagctaacc agtactaatg acccgtgagg 40 <210> 67 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Acinetobacter <400> 67 agtgatatgt gaagctgacc aatactaatt gctcgtgagg 40 <210> 68 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Aeromonas <400> 68 ggcgacgtgt tgagctaacc catactaatt acccgtgagg 40 <210> 69 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence:derived from species of the genus Haemophilus <400> 69 tgtgagtcat tgagctaacc aatactaatt gcccgagagg 40 <210> 70 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence:derived from species of the genus Moraxella <400> 70 agtgatacat gtagctaacc aatactaatt gctcgtttgg 40 <210> 71 <211> 47 <212> DNA <213> Pasteurella pneumotropica <400> 71 tggcgacacg tgcagctgac gaatactaat cgatcgagga cttaacc 47 <210> 72 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Stenotrophomonas <400> 72 agtaatgcat taagctaacc agtactaatt gcccgtacgg 40 <210> 73 <211> 40 <212> DNA <213> Vibrio alginolyticus <400> 73 tgtgaggcgt tgagctaacc tgtactaatt gcccgtgagg 40 <210> 74 <211> 40 <212> DNA <213> Vibrio fisheri <400> 74 agtgatgcgt gtagctaacc tgtactaatt gctcgtttgg 40 <210> 75 <211> 40 <212> DNA <213> Vibrio harveyi <400> 75 tgtgaggcgt tgagctaacc tgtactaatt gcccgtgagg 40 <210> 76 <211> 40 <212> DNA <213> Vibrio paramaemolyticus <400> 76 tgtgaggcat tgagctaact gatactaatt gcccgtgagg 40 <210> 77 <211> 40 <212> DNA <213> Vibrio proteolyticus <400> 77 tgtgaggcgt tgagctaacc tgtactaatt gcccgtgagg 40 <210> 78 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 78 acccgtgagg cttaacctta caacaccgaa 30 <210> 79 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Acinetobacter <400> 79 gctcgtgagg cttgactata caacacccaa 30 <210> 80 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Aeromonas <400> 80 acccgtgagg cttaaccata caacacccaa 30 <210> 81 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence:derived from species of the genus Haemophilus <400> 81 gcccgagagg cttaactata caacgctcaa 30 <210> 82 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence:derived from species of the genus Moraxella <400> 82 gctcgtttgg cttgaccata caacacccaa 30 <210> 83 <211> 33 <212> DNA <213> Pasteurella pneumotropica <400> 83 gctgacgaat actaatcgat cgaggactta acc 33 <210> 84 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Stenotrophomonas <400> 84 gcccgtacgg cttgtcccta taaccttggt 30 <210> 85 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 85 caacaccgaa ggtgttttgg aggaatc 27 <210> 86 <211> 27 <212> DNA <213> Acinetobacter calcoaceticus <400> 86 caacacccaa gcagttgtat ataaagc 27 <210> 87 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Aeromonas <400> 87 caacacccaa gaagtgttct aaggctt 27 <210> 88 <211> 27 <212> DNA <213> Haemophilus influenzae <400> 88 caacgctcaa gtgtttttgg gagctaa 27 <210> 89 <211> 27 <212> DNA <213> Moraxella catarrhalis <400> 89 caacacccaa gtggtttacc actgact 27 <210> 90 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Stenotrophomonas <400> 90 taaccttggt agtccaaggt cgagtac 27 <210> 91 <211> 27 <212> DNA <213> Vibrio alginolyticus <400> 91 caacacccaa ggggttttga tggactc 27 <210> 92 <211> 27 <212> DNA <213> Vibrio fisheri <400> 92 caacacccaa gtggtttgta tcaagca 27 <210> 93 <211> 27 <212> DNA <213> Vibrio harveyi <400> 93 caacacccaa ggggttttga tggactc 27 <210> 94 <211> 27 <212> DNA <213> Vibrio paramaemolyticus <400> 94 caacacccaa ggggttttga tggactc 27 <210> 95 <211> 36 <212> DNA <213> Vibrio proteolyticus <400> 95 caacacccaa ggggttttga tggactcaat gaaaga 36 <210> 96 <211> 118 <212> DNA <213> Budvicia aquatica <400> 96 caacatccga ggtgttttaa ggaaagttga agagacgaaa gaataagtag aattccagct 60 tgaaccgaga ttgagttgat ggttgtgtga atgacacgac ggtcaataga cagaatat 118 <210> 97 <211> 111 <212> DNA <213> Buttiauxella agrestis <400> 97 caacaccgaa ggtgttttgg ttgagagact aagatattga attttcagct tgaaccgaga 60 ttttaagtcg atggttgtgt gaacagcatg acggttgatg aaacagaata t 111 <210> 98 <211> 193 <212> DNA <213> Enterobacter aglomerans <400> 98 caacgccgaa gatgttttgg cggattgaga agattttcag cattgattac agattttcgg 60 gaacgaaaga ttttacgctg aggcaaggcg gcaaatgaag taaaggaagg agcatacatg 120 agtatgtgac tgactttgcg aatgcagcca acgcagccac agtgaaaaag attcgtttct 180 ggcaacagaa ttt 193 <210> 99 <211> 123 <212> DNA <213> Erwinia carotovora <400> 99 caacaccgaa ggtgttttga gagtgactca aagagatgtt gataatcagc ttgttttagg 60 attggttctg atggttatgc gagagcgaaa gcgaagcatg acggttggga tgaaacagaa 120 ttt 123 <210> 100 <211> 101 <212> DNA <213> Erwinia chrysanthemi <400> 100 caacaccgaa ggtgttttag agagattggt ttgaattttc agtgaagttc cgagattggt 60 tctgatggct acggagtagc ggtcgggatg aaacaaaatt t 101 <210> 101 <211> 92 <212> DNA <213> Escherichia coli <400> 101 caacgccgaa gctgttttgg cggatgagag aagattttca gcctgataca gattaaatca 60 gaacgcagaa gcggtctgat aaaacagaat tt 92 <210> 102 <211> 104 <212> DNA <213> Escherichia hermannii <400> 102 caacgccaga gtggttttgg tgttgcggtg tgagagacga ttttcagctt gaccggatag 60 acatctgtgg cggcgcgcga gcacgcagca ggtgaacaga attt 104 <210> 103 <211> 92 <212> DNA <213> Escherichia vulneris <400> 103 caacgccgaa gatgttttgg cggatttgaa agacgatttt cagctgatac agattaagtc 60 tgccgcctga cggcgtcaga cagacagaat tt 92 <210> 104 <211> 119 <212> DNA <213> Hafnia alvei <400> 104 caacaccgaa ggtgttttaa gacgcagaga cgcgaaaaca caaagagtaa gcttgttgaa 60 cagattggtt tgtatggcta gctgtagaaa tacagaaagc ggtacaaata acagaatat 119 <210> 105 <211> 195 <212> DNA <213> Klebsiella oxytoca <400> 105 cgccgaagat gttttggcga tttgagaaga caacaatttc agcattgatt acagattttc 60 gggaacgaaa gattttacgc tgaggcaagg cggcaaatga aggaaaggaa ggagcatact 120 gaagtatgtg actgacttta cgaatgcagc caacgcagca tcggtgtaaa agattcgttt 180 ctgacaacag aattt 195 <210> 106 <211> 90 <212> DNA <213> Kluyvera cryoescens <400> 106 cgccaaagat gttttggtga aaagagacat caataatcag cttgatacag ataaattaac 60 tggccgaaag gcgggttaat aacagaattt 90 <210> 107 <211> 105 <212> DNA <213> Morganella morganii <400> 107 caccgaaggt gttttgagtt gagagacgat taaagagatt tttcagcaca gtgaagaggc 60 agaagtcatt cactgtgaaa gcttattttg gattgaaatg aattt 105 <210> 108 <211> 192 <212> DNA <213> Pantoea dispersa <400> 108 cgccagaggc gttttggtct gagagaccna aagaattttc agcattgttc accggattac 60 ntccagtgga ttttgtgctg tgacaaggcg gcacgcgaga cgacgggaag gagcatacac 120 gagtatgtga ctgagcggcg cgagcggggc aacgcagtca gagcgcaaaa gacgcggtnt 180 aaaacaaaat tt 192 <210> 109 <211> 190 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Pantoea <400> 109 cgccgaagat gttttggcgg aatgagaaga ttttcagcat tgattacaga ttttcgggaa 60 cgaaagattt tacgctgagg caaggcggca aatgaagtaa aggaaggagc atacatgagt 120 atgtgactga ctttkcggat gcagccaacg cagccacagt gaaaaagatt cgtttctggc 180 aacagaattt 190 <210> 110 <211> 111 <212> DNA <213> Proteus mirabilis <400> 110 caacaccgaa agtgttttgt cagagagacg aaacgatgaa gtcagcttgt tcaanattga 60 attactggcg acttaccgaa aggaaagaag cgagtgatta aaaccgaatt t 111 <210> 111 <211> 139 <212> DNA <213> Proteus rettgeri <400> 111 caacaccgaa ggtgttttag agagatagag ttgttttcaa gaaagagtga gaagccaaaa 60 ggtgaaggac acgcagcttg tttgagattg aggttctggt ttagtgaaga aaaaactaaa 120 cgggaacaaa acagaattt 139 <210> 112 <211> 137 <212> DNA <213> Providencia stuartii <400> 112 caacaccgaa ggtgttttag agagacgaag agacgaattg ttgaagcgca cgagatagag 60 tggtgcgaaa aaatcagctt gttcaagatt gcagttctgg tttgcggtgt agacgcgaac 120 gggaacgaac cgaattt 137 <210> 113 <211> 135 <212> DNA <213> Rahnella aquatilis <400> 113 caacaccgaa ggtgtttttg atttgagaga cagactcgag agagtagatt ttcagcgaat 60 tgttccggta ttggttcgta tggcggcgtg tgatgagaaa ttatgacacg acgcggtatg 120 aatgaaacag aattt 135 <210> 114 <211> 100 <212> DNA <213> Serratia ficaria <400> 114 caacaccgaa ggtgttttag agagacgaat aattttcagc gaagttctta gattggttct 60 ggtggttacg cgagtaacgg ccaagaatga aacagaattt 100 <210> 115 <211> 106 <212> DNA <213> Serratia fonticola <400> 115 caacacccaa ggtgttttga agagattgaa gtagattttc agcgaagttc cgagattggt 60 ttcaatggcg acacgagagt gaagcggttg aaatgaaaca gaattt 106 <210> 116 <211> 97 <212> DNA <213> Serratia marcescens <400> 116 caacaccgaa ggtgttttta gagagatttt cagcgaagtt ccgagattgg ttctgatggc 60 gacacgaaag tgaagcggtt ggaatgaaac agaattt 97 <210> 117 <211> 99 <212> DNA <213> Serratia plymuthica <400> 117 caacaccgaa ggtgttttag agagattaca gtagattttc agcgacgttc cgagattggt 60 ttcaatggcc caaaaggcgg ttggaatgaa acagaattt 99 <210> 118 <211> 100 <212> DNA <213> Serratia proteamaculans <400> 118 caacaccaaa ggtgttttag agagattgta gagattttca gcgagttccg agattggttt 60 caatggctgc gagagtagcg gttggaatga aacanaattt 100 <210> 119 <211> 101 <212> DNA <213> Serratia rubidea <400> 119 caacaccgaa ggtgttttag agagattggt ttgaattttc agtgaagttc cgagattggt 60 tctgatggct acggagtagc ggtcgggatg aaacagaatt t 101 <210> 120 <211> 116 <212> DNA <213> Yersinia enterolytica <400> 120 caacaccaaa ggtgttttgt atttgagaga tagatattga ttttcagcga atgttccgag 60 attgggctgg ctggctgtgt gaaagattgc atagcgggtt agtttagaca gaattt 116 <210> 121 <211> 104 <212> DNA <213> Yersinia pseudotuberculosis <400> 121 caacaccgaa gtcttgaatt gagagagatt ttcagcgtcg ttccgagatt ggattgactg 60 gcgtcacaag cgctgtttgt gtgcgggtta attaaaacag attt 104 <210> 122 <211> 179 <212> DNA <213> Acinetobacter calcoaceticus <400> 122 caacacccaa gcagttgtat ataaagcatc aatcgattca ttaatatgca aagcaacttg 60 atttagttat acgcttagct aaaatgaaca aaatatagta agactcaatc agcccatctg 120 taaagatttg gaaaacgcat cggcaaccaa taagaccaat gcaagtatcc ataccagtt 179 <210> 123 <211> 118 <212> DNA <213> Aeromonas enteropelogenes <400> 123 caacacccaa gaagtgtttn tggtgcttgt agcgaatgaa cgaactacgc attcagtgat 60 aacgacaagc cacgagcaac atcgttattc acgtcagctt tccaagattg aagatttt 118 <210> 124 <211> 81 <212> DNA <213> Aeromonas hydrophila <400> 124 caacacccaa gaagtgttct aaggcttgta gcagataccg agaacgaaca acaaaatcag 60 ctttctcaga ttgaagaatt t 81 <210> 125 <211> 96 <212> DNA <213> Cedecea davisae <400> 125 caacaccaaa ggtgttttgc gagacgcaat tttaattttc agcgaagttc aggattagac 60 tgatggtcac aaagtgacgg tcagtaaaca gaattt 96 <210> 126 <211> 217 <212> DNA <213> Haemophilus influenzae <400> 126 caacgctcaa gtgtttttgg gagctaagtg aagtaagaga tgaaaagcga agcaaataaa 60 agcagagcga aagagaagta aaagactaaa caaagaaaag taaatataga agacttaata 120 gaaagaaaat cggattcagc ttgtgaccaa taagaacgag tgaaaggtag aggaaagact 180 gagtaacgag agataaaaga gacgagagat aaaagag 217 <210> 127 <211> 90 <212> DNA <213> Moraxella catarrhalis <400> 127 caacacccaa gtggtttacc actgactgtg ttgattggta atatataaga tgaaccttaa 60 tcttgatttg gtaataaaca gactcataca 90 <210> 128 <211> 134 <212> DNA <213> Pasteurella pneumotropica <400> 128 cgaggactta accaaatttg tttatcgtaa caatgtcgtt tatccagttt tgaaagaata 60 aatttttatt aaataactct tgcattattc tacagagttg ttataataaa acatgtcctt 120 caaaagtatt caag 134 <210> 129 <211> 141 <212> DNA <213> Stenotrophomonas multophila <400> 129 taaccttggt agtccaaggt cgagtacaac tgctcgatac aaaagctaca acccnactta 60 cttcttccag attcatggcc acgctgaaca aagcgtaggg tgggcggctg tnccgcccac 120 gcgtaactca agcgtagcca g 141 <210> 130 <211> 100 <212> DNA <213> Vibrio alginolyticus <400> 130 caacacccaa ggggttttga tggactcaat gaaagaacat tgaatgtgta agaacgagaa 60 ttaaaaaaca gctttccaga ttaaagaatt tgcttggcga 100 <210> 131 <211> 122 <212> DNA <213> Vibrio fisheri <400> 131 caacacccaa gtggtttgta tcaagcatta tatcgatatc accgttatcc ttgattcagt 60 taggataagt gatacttaag tcattaagta aaacaaacac agactcatat ctaaccccct 120 tt 122 <210> 132 <211> 122 <212> DNA <213> Vibrio harveyi <400> 132 caacacccaa gtggtttgta tcaagcatta tatcgatatc accgttatcc ttgattcagt 60 taggataagt gatacttaag tcattaagta aaacaaacac agactcatat ctaaccccct 120 tt 122 <210> 133 <211> 89 <212> DNA <213> Vibrio paramaemolyticus <400> 133 caacacccaa ggggttttga tggactcgaa gcaagaacag aattgaatgt gtagagaaca 60 caaaaacagc tttccgaatt aaagaattt 89 <210> 134 <211> 169 <212> DNA <213> Vibrio proteolyticus <400> 134 caacacccaa ggggttttga tggactcaat gaaagaacat tgaatgtgta agaacgagaa 60 ttaaaaaaca gctttccgaa tttaggaatt gaatttatta acgacatcca tgtcgttaac 120 ccttcgggcc gcactgaagt gcgttaaatt ttgttccaga caaaatttt 169 <210> 135 <211> 33 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from genera of enterobacteria <400> 135 gcctggcggc actagcgcgg tggtcccacc tga 33 <210> 136 <211> 33 <212> DNA <213> Buttiauxella agrestis <400> 136 gcctggcggc agtagcgcgg tggtcccacc tga 33 <210> 137 <211> 33 <212> DNA <213> Enterobacter agglomerans <400> 137 gcctggcggc tttagcgcgg tggtcccacc tga 33 <210> 138 <211> 33 <212> DNA <213> Erwinia carotovora <400> 138 gcctggcggc gatagcgcgg tggtcccacc tga 33 <210> 139 <211> 33 <212> DNA <213> Erwinia chrysanthemi <400> 139 gcctggcggc ggtagcgcgg tggtcccacc tga 33 <210> 140 <211> 33 <212> DNA <213> Escherichia coli <400> 140 gcctggcggc agtagcgcgg tggtcccacc tga 33 <210> 141 <211> 33 <212> DNA <213> Escherichia hermannii <400> 141 gcctggcggc aagagcgcgg tggtcccacc tga 33 <210> 142 <211> 33 <212> DNA <213> Escherichia vulneris <400> 142 gcctggcggc actagcgcgg tggtcccacc tga 33 <210> 143 <211> 33 <212> DNA <213> Hafnia alvei <400> 143 gcctggcggc gatagcgcgg tggtcccacc tga 33 <210> 144 <211> 32 <212> DNA <213> Klebsiella oxytoca <400> 144 gcctggcggc actagcgcgg tggtccacct ga 32 <210> 145 <211> 33 <212> DNA <213> Kluyvera cryoescens <400> 145 gcctggcggc aacagcgcgg tggtcccacc tga 33 <210> 146 <211> 33 <212> DNA <213> Morganella morganii <400> 146 gcctggcggc cgtagcgcgg tggtcccacc tga 33 <210> 147 <211> 31 <212> DNA <213> Pantoea dispersa <400> 147 gcctggcggc aacagccgcg gtggtcccac c 31 <210> 148 <211> 33 <212> DNA <213> Proteus mirabilis <400> 148 gcttggtggc catagcgcgg tggtcccacc tga 33 <210> 149 <211> 33 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genera Proteus, Providencia <400> 149 gtctggcggc aatagcacgg tggtcccacc tga 33 <210> 150 <211> 33 <212> DNA <213> Rahnella aquatilis <400> 150 gcctggcggc agtagcgcgg tggtcccacc tga 33 <210> 151 <211> 33 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Serratia <400> 151 gcctggcggc aatagcgcgg tggtcccacc tga 33 <210> 152 <211> 33 <212> DNA <213> Yersinia enterolytica <400> 152 gcctggcggc catagcgcgg tggacccacc tga 33 <210> 153 <211> 33 <212> DNA <213> Yersinia pseudotuberculosis <400> 153 gtctggcggc catagcgcgg tggtcycacc tga 33 <210> 154 <211> 51 <212> DNA <213> Acinetobacter calcoaceticus <400> 154 aagtatccat accagttgtg ctggcgacca tagcaagagt gaaccacctg a 51 <210> 155 <211> 33 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Aeromonas <400> 155 gcctggcggc catagcgccg tggaaccacc tga 33 <210> 156 <211> 51 <212> DNA <213> Haemophilus influenzae <400> 156 aaaagacgag ttatcaaaga attatcctgg cggcgatagt gcggtggacc c 51 <210> 157 <211> 54 <212> DNA <213> Moraxella catarrhalis <400> 157 acagcgttgt taatcctttt acgctgacga caatagcaag atggaaccac ctga 54 <210> 158 <211> 43 <212> DNA <213> Pasteurella pneumotropica <400> 158 tctagtgatg atggcgaaga ggtcacaccc gttcccatac cga 43 <210> 159 <211> 54 <212> DNA <213> Stenotrophomonas multophila <400> 159 acaagtcaaa gcctgatgac catagcaagt cggtcccacc ccttcccatc ccga 54 <210> 160 <211> 33 <212> DNA <213> Vibrio alginolyticus <400> 160 gcttggcgac catagcgttt tggacccacc tga 33 <210> 161 <211> 51 <212> DNA <213> Vibrio fisheri <400> 161 ctcatatcta accccctttg ctgacgacaa tagcacgatg gcaccacctg a 51 <210> 162 <211> 45 <212> DNA <213> Vibrio harveyi <400> 162 gcttggcgac catagcgatt tggacccacc tgacttccat tccga 45 <210> 163 <211> 33 <212> DNA <213> Vibrio proteolyticus <400> 163 gcttggcgac catagcgttt tggacccacc tga 33 <210> 164 <211> 37 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genera Rahnella, Serratia, Yersinia <400> 164 agattttcag cgaagttccg agattggttt caatggc 37 <210> 165 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <221> modified_base <222> (14)..(16) <223> a is inosine <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genera Enterobacter, Escherichia, Klebsiella, Pantoea <400> 165 ggaaggagca tacaaaagta t 21 <210> 166 <211> 32 <212> DNA <213> Budvicia aquatica <400> 166 aggtccctga aggaacgttt gagactaaga cg 32 <210> 167 <211> 32 <212> DNA <213> Buttiauxella agrestis <400> 167 agggtcctga aggaacgttg aagactacga cg 32 <210> 168 <211> 32 <212> DNA <213> Enterobacter agglomerans <400> 168 aggacactaa aggaacgttg aagacgacga cg 32 <210> 169 <211> 32 <212> DNA <213> Erwinia carotovora <400> 169 atgcccctga agggccgttg aagactacga cg 32 <210> 170 <211> 32 <212> DNA <213> Erwinia chrysanthemi <400> 170 aggcccctga agggacgttt aagacgaaga cg 32 <210> 171 <211> 29 <212> DNA <213> Escherichia coli <400> 171 agggtcctga aggaacgttg aagacgacg 29 <210> 172 <211> 32 <212> DNA <213> Escherichia hermannii <400> 172 agagtcctga aggaacgttg aagacgacga cg 32 <210> 173 <211> 32 <212> DNA <213> Escherichia vulneris <400> 173 agtctcctga aggaacgttg aagacgacga cg 32 <210> 174 <211> 32 <212> DNA <213> Hafnia alvei <400> 174 agtctcctaa aggaacgttt aagactaaga cg 32 <210> 175 <211> 32 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genera Klebsiella, Kuyvera <400> 175 agggtcctga aggaacgttg aagacgacga cg 32 <210> 176 <211> 32 <212> DNA <213> Morganella morganii <400> 176 agggtcctga aggaacgttt gagactaaga cg 32 <210> 177 <211> 32 <212> DNA <213> Pantoea dispersa <400> 177 agggtcctga agggacgctg aagacgacga cg 32 <210> 178 <211> 32 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Pantoea <400> 178 aggacactaa aggaacgtta aagacgatga cg 32 <210> 179 <211> 32 <212> DNA <213> Proteus mirabilis <400> 179 agtgacctaa aggaacgttt aagactaaga cg 32 <210> 180 <211> 32 <212> DNA <213> Proteus rettgeri <400> 180 agggtcctaa aggaacgttt aagactaaga cg 32 <210> 181 <211> 32 <212> DNA <213> Providencia stuartii <400> 181 agggtcctaa aggaacgttt aagacgaaga cg 32 <210> 182 <211> 32 <212> DNA <213> Rahnella aquatilis <400> 182 agccacctga agggacgttt aagactaaga cg 32 <210> 183 <211> 32 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Serratia <400> 183 aggcccctga aggaacgttt aagactaaga cg 32 <210> 184 <211> 32 <212> DNA <213> Yersinia enterolytica <400> 184 agccccctga aggaacgtta aagactatga cg 32 <210> 185 <211> 32 <212> DNA <213> Yersinia pseudotuberculosis <400> 185 agccccctga gggaacgtta aagactatga cg 32 <210> 186 <211> 32 <212> DNA <213> Cedecea davisae <400> 186 agacccctga agggacgttg aagactacga cg 32 <210> 187 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genera Buttiauxella, Escherichia, Klebsiella, Kluyvera, Pantoea <400> 187 agatgagttc tccctgaccc ttta 24 <210> 188 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genera Enterobacter, Pantoea <400> 188 agatgagttc tcccttgtcc ttta 24 <210> 189 <211> 24 <212> DNA <213> Erwinia carotovora <400> 189 agatgagtct tccctgggca ccag 24 <210> 190 <211> 24 <212> DNA <213> Erwinia chrysanthemi <400> 190 agatgagtct tccctgggcc cttg 24 <210> 191 <211> 24 <212> DNA <213> Escherichia hermannii <400> 191 agatgagttc tccctgactc cttg 24 <210> 192 <211> 24 <212> DNA <213> Escherichia vulneris <400> 192 agatgagttc tccctgagac ttta 24 <210> 193 <211> 24 <212> DNA <213> Hafnia alvei <400> 193 agatgagtct tccctgagac cttg 24 <210> 194 <211> 24 <212> DNA <213> Morganella morganii <400> 194 agatgagtct tccctgaccc ttta 24 <210> 195 <211> 24 <212> DNA <213> Proteus mirabilis <400> 195 agatgagtct tccctgtcac ttta 24 <210> 196 <211> 24 <212> DNA <213> Proteus rettgeri <400> 196 agatgagtct tccctgaccc ttta 24 <210> 197 <211> 24 <212> DNA <213> Providencia stuartii <400> 197 agatgagtct tccctgactc ttta 24 <210> 198 <211> 24 <212> DNA <213> Rahnella aquatilis <400> 198 agatgagtct tccctgtggc ttta 24 <210> 199 <211> 24 <212> DNA <213> Yersinia enterolytica <400> 199 agatgagtct tccctggggc ttta 24 <210> 200 <211> 24 <212> DNA <213> Yersinia pseudotuberculosis <400> 200 agatgagtct tccctggggc ttaa 24 <210> 201 <211> 24 <212> DNA <213> Cedecea davisae <400> 201 agatgaattc tccctgggtc cttg 24 <210> 202 <211> 199 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Citrobacter <400> 202 caacgccgaa gatgttttgg cggaattgag aagattttca gcattgattc agagtccgaa 60 ggattttgcg ctgagacaag gcggcawccc caccacggaa ggagcataca aaagtatgtg 120 actgaggttc gcaagcgcag ccaacgcagt atcagcacaa aagacacagg acagagcaca 180 aagaatttct ggcggccgt 199 <210> 203 <211> 199 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Citrobacter <400> 203 caacgccgaa gatgttttgg cggattgaga agattttcag tattgattac agattttgcg 60 aaaacgaaag attttacgct gaggcaaggc ggcaagtgaa gcgacggaag kggcatacaa 120 aagtatgtga ctgaggttcg caggcgcagc caacgcagca tcagtggaaa agattcgttt 180 taagagcaca aagaatttc 199 <210> 204 <211> 199 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Salmonella <400> 204 caacsccsaa gatgttttgg csgatsagag argattttca gcactgattc ckgattttcg 60 vgaacgaaag attttacgct gaggcaaggc rgcaavcgaa ggaaaggaag gagcatactg 120 aagtatgtga ctgactttac gagcgcagcc aacgctagca tcsgtgtaaa agattcgttt 180 ctggcaacag aatttcctg 199 <210> 205 <211> 201 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Salmonella <400> 205 caacgccgaa gctgttttgg cggatranaa sacgaacaat tttcagcact gattcagagt 60 tgagtacgca ataatttgcg cagcagcaag gcggcaagcg aaggaaagga aggagcatac 120 agaagtatgt gactgacttt acgagcgcag ccaacgccgc tgatgcgata aagaattgcg 180 tacagagcac aaaagaatat t 201 <210> 206 <211> 193 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Salmonella <400> 206 caacgccgaa gatgttttgg csgttgagaa gacgattttc agcagtgatt ccgrgttgag 60 trcgcmrtaa tttkcgcmgc wgcarggcgg cargcgaagg arrggaggga gcatccwgaa 120 gtatktgact gagttttcgr gcgcwggcam cgccgctgat gcgataaaga attgcgtach 180 gmgcacamag aat 193 <210> 207 <211> 199 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Salmonella <400> 207 caacgccgaa gatgttttgg cggattgaga gacgattttc agcactgatt ccggattttc 60 gggaacgaaa gattttacgc tgaggcaagg cggcaaatgr aggaaaggaa ggagcatact 120 gaagtatgtg actgactttt cgaatgcagc cgacgcagca tcggtgtaaa agattcgttt 180 ccggcaacag aattgtcct 199 <210> 208 <211> 189 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Salmonella <400> 208 caacgccgaa gatgttttgg cggatgagag acgattttca gcactgattc agagttgagt 60 acgcaataat ttgcgcagca gcaaggcggc aagcgaagga aaggaaggag catacagaag 120 tatgtgactg agtttacgag cgcaggcaac gccgctgatg cgataaagaa ttgcgtactg 180 agcataaaa 189 <210> 209 <211> 196 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Salmonella <400> 209 caacgccgaa gatgttttgg cggattgaga agacaacaat tttcagcyca gattcagagt 60 ccgaaggatt ttacgctgag acaaggcggc aaacgcagcs mcsgaaggas cmycacagaa 120 gtatgtgact gacgctcgca agagcagcca acgccgtatc agtgtaaaag acacaggacg 180 grgcacaaag aaattt 196 <210> 210 <211> 77 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Salmonella <400> 210 gagagacgat tttcagcact gattccggat tttcgggaac gaaagataaa agattcgttt 60 ccggcaacag aatttcc 77 <210> 211 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species and genera of eubacteria <400> 211 ggtacgcgag ctgggtttag aacg 24 <210> 212 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species and genera of eubacteria <400> 212 gbgagagtag gdmayygcc 19 <210> 213 <211> 54 <212> DNA <213> Pseudomonas stutzeri <400> 213 ccggagtgga cgaacctctg gtgttccggt tgtcacgcca gtggcattgc cggg 54 <210> 214 <211> 53 <212> DNA <213> Thiobacilluc ferrooxidans <400> 214 ccggagtgga cgtactctgg tgttccggtt gttctgccaa gggcattgcc ggg 53 <210> 215 <211> 54 <212> DNA <213> Agrobacterium vitis <400> 215 ccgggatgga catatctctg gtggacctgt tgtcgtgcca acggcatagc aggg 54 <210> 216 <211> 54 <212> DNA <213> Adalia bipunctata <400> 216 ccgaggtgga cgtacctctg gtggaccagt tgtcatgcca atggcacagc tggg 54 <210> 217 <211> 54 <212> DNA <213> Amycolatopsis orientalis <400> 217 ccgggacgga cgaacctctg gtgtgccagt tgtcctgcca agggcatggc tggt 54 <210> 218 <211> 54 <212> DNA <213> Brucella ovis <400> 218 ccgggatgga cgtatctntg gtggacctgt tgtggcgcca gccgcatagc aggg 54 <210> 219 <211> 54 <212> DNA <213> Bradyrhizobium japonicum <400> 219 ccggggtgaa cgtacctctg gtggagctgt tgtcgcgcca gcggcagtgc agca 54 <210> 220 <211> 54 <212> DNA <213> Pseudomonas paucimobilis <400> 220 ccgggatgga cgcaccgctg gtgtaccagt tgttctgcca agggcatcgc tggg 54 <210> 221 <211> 54 <212> DNA <213> Rhodobacter sphaeroides <400> 221 ccgggatgga cgcaccgctg gtgtaccagt tgttctgcca agggcatcgc tggg 54 <210> 222 <211> 57 <212> DNA <213> Rickettsia prowazekii <400> 222 ccgaggtgga cgtacccctg gtggaccagt tgtcgtgcca acggcaagct gggtagc 57 <210> 223 <211> 54 <212> DNA <213> Sphingomonas paucimobilis <400> 223 ccggagtgga cgaacctctg gtgtaccggt tgtcacgcca gtggcattgc cggg 54 <210> 224 <211> 54 <212> DNA <213> Zymomonas mobilis <400> 224 ccggggtgaa catgcctctg gtggacctgt cgtggcgcca gccgcgcagc aggg 54 <210> 225 <211> 54 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Alcaligenes <400> 225 ccagagtgga cgaacctctg gtgtaccggt tgtgacgcca gtcgcatcgc cggg 54 <210> 226 <211> 53 <212> DNA <213> Pseudomonas cepacia <400> 226 ccgggacgac gaacctctgg tgtgtcagtt gtactgccaa gtgcaccgct gat 53 <210> 227 <211> 54 <212> DNA <213> Ralstonia pickettii <400> 227 ccggagtgga cgaacctctg gtgttccggt tgtcacgcca gtggcattgc cggg 54 <210> 228 <211> 54 <212> DNA <213> Campylobacter jejuni <400> 228 ccgggttgaa caaaccactg gtgtagctgt tgttctgcca agagcatcgc agcg 54 <210> 229 <211> 53 <212> DNA <213> Helicobacter pylori <400> 229 ccgggatgga cgtgtcactg gtgcaccagt tgtctgccaa gagcatcgct ggg 53 <210> 230 <211> 53 <212> DNA <213> Actinoplanes utahensis <400> 230 ccgggacgga cgaacctctg gtgtgccagt tgttctgcca agagcacggc tgg 53 <210> 231 <211> 54 <212> DNA <213> Bacillus halodurans <400> 231 ccgggatgga cacaccgctg gtgtaccagt tgttccgcca ggagcatcgc tggg 54 <210> 232 <211> 54 <212> DNA <213> Bacillus subtilis <400> 232 ccgggatgga cgcaccgctg gtgtaccagt tgttctgcca agggcatcgc tggg 54 <210> 233 <211> 54 <212> DNA <213> Clostridium tyrobutyricum <400> 233 ccgggatgga ctgacctctg gtgtaccagt tgttccgcca ggagcatggc tggg 54 <210> 234 <211> 54 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Frankia <400> 234 ccgggacgga cgaacctctg gtgtgccagt tgttctgcca agggcatggc tggt 54 <210> 235 <211> 54 <212> DNA <213> Microbispora bispora <400> 235 ccggaacgga cgaacctctg gtgtgccagt tgtgccgcca ggtgcacggc tggt 54 <210> 236 <211> 54 <212> DNA <213> Mycobacterium leprae <400> 236 ccgggacgga cgaacctctg gtataccagt tgtctcacca ggggcaccgc tgga 54 <210> 237 <211> 54 <212> DNA <213> Mycobacterium smegmatis <400> 237 ccgggacgga cgaacctctg gtataccagt tgtcccacca ggggcacggc tgga 54 <210> 238 <211> 54 <212> DNA <213> Mycobacterium tuberculosis <400> 238 ccgggacgga cgaacctctg gtgcaccagt tgtcccgcca ggggcaccgc tgga 54 <210> 239 <211> 54 <212> DNA <213> Mycobacterium gallisepticum <400> 239 ccggagtgaa gacacctctt gtgctccagt tgtagcgcca actgcaccgc tggg 54 <210> 240 <211> 58 <212> DNA <213> Propionibacterium freudenreichii <400> 240 ccgggacgga ccaacctctg gtgtgccagt tgttccacca ggagcatggc tggttggc 58 <210> 241 <211> 54 <212> DNA <213> Rhodococcus erythropolis <400> 241 ccgggacgga cgaacctctg gtgtgccagt tgttccgcca ggagcaccgc tggt 54 <210> 242 <211> 57 <212> DNA <213> Rhodococcus fascians <400> 242 ccgggacgac gaacctctgg tgtgccagtt gttccaccag gagcaccgct ggttggc 57 <210> 243 <211> 58 <212> DNA <213> Staphylococcus aureus <400> 243 ccgggatgga catacctctg gtgtaccagt tgtcgtgcca acggcatagc tgggtagc 58 <210> 244 <211> 54 <212> DNA <213> Streptococcus faecalis <400> 244 ccgggatgga cttnccgctg gtgtaccagt tgttctgcca agggcattgc tggg 54 <210> 245 <211> 54 <212> DNA <213> Streptomyces ambifaciens <400> 245 ccgggatgga cttnccgctg gtgtaccagt tgttctgcca agggcattgc tggg 54 <210> 246 <211> 54 <212> DNA <213> Flavobacterium resinovorum <400> 246 ccggagtgga cgtaccgctg gtgtacctgt tgtctcgcca gaggcatcgc aggg 54 <210> 247 <211> 54 <212> DNA <213> Sphingobacterium multivorans <400> 247 ccgggttgga cagacctctg gtgaacctgt catnccgcca ggtgtacggc aggg 54 <210> 248 <211> 54 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Synechococcus <400> 248 ccggaggaac gcaccgctgg tgtaccagtt atcgtgccaa cggtaaacgc tggg 54 <210> 249 <211> 55 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Synechocystis <400> 249 ccgggaagta cgcacctctg gtgtacctgt tatcgtgcca acggtaaacg caggg 55 <210> 250 <211> 59 <212> DNA <213> Borrelia burgdorferi <400> 250 ccgagatgga cgaacctcta gtgtaccagt tatcctgcca agggtaagtg ctgggtagc 59 <210> 251 <211> 58 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 251 ccggaatgga cgaaccaatg gtgtgtcggt tgttttgcca agggcatagc cgagtagc 58 <210> 252 <211> 42 <212> DNA <213> Pseudomonas stutzeri <400> 252 gagataaccg ctgaaagcat ctaagcggga aacttgcctc aa 42 <210> 253 <211> 41 <212> DNA <213> Thiobacilluc ferrooxidans <400> 253 gggataaccg ctgaaagcat ctaagcggaa gccatcctaa g 41 <210> 254 <211> 41 <212> DNA <213> Agrobacterium vitis <400> 254 tggataaccg ctgaaggcat ctaagcggga aaccaacctg a 41 <210> 255 <211> 41 <212> DNA <213> Adalia bipunctata <400> 255 gggataaccg ctgaatgcat ctaagcagga aactcacctc a 41 <210> 256 <211> 41 <212> DNA <213> Amycolatopsis orientalis <400> 256 aggataaccg ctgaaagcat ctaagcggga agcctgcttc g 41 <210> 257 <211> 42 <212> DNA <213> Brucella ovis <400> 257 gggataaccg ctgaaggcat ntaagcggga aacccacctg aa 42 <210> 258 <211> 41 <212> DNA <213> Bradyrhizobium japonicum <400> 258 gggataaccg ctgaaagcat ctaagcggga aacccacctc a 41 <210> 259 <211> 41 <212> DNA <213> Pseudomonas paucimobilis <400> 259 gggataagtg ctgaaagcat ctaagcatga agcccccctc a 41 <210> 260 <211> 41 <212> DNA <213> Rhodobacter sphaeroides <400> 260 aggataaccg ctgaaggcat ctaagcggga agcccccttc a 41 <210> 261 <211> 40 <212> DNA <213> Rickettsia prowazekii <400> 261 gggataactg ctgaatgcat ctaagcagga aacccacctc 40 <210> 262 <211> 41 <212> DNA <213> Sphingomonas paucimobilis <400> 262 gagataaccg ctgaaagcat ctaagcggga aacttgcctt g 41 <210> 263 <211> 41 <212> DNA <213> Zymomonas mobilis <400> 263 gggataaccg ctgaaagcat ctaagcggga agcctccctc a 41 <210> 264 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Alcaligenes <400> 264 gggataaccg ctgaaagcat ctaagcggga agcctacctc a 41 <210> 265 <211> 41 <212> DNA <213> Pseudomonas cepacia <400> 265 gggataaccg ctgaaagcat ctaagcggga agctcgcttc a 41 <210> 266 <211> 41 <212> DNA <213> Ralstonia pickettii <400> 266 gagataaccg ctgaaagcat ctaagcggaa aacttgcctc a 41 <210> 267 <211> 41 <212> DNA <213> Campylobacter jejuni <400> 267 aggataaacg ctgaaagcat ctaagcgtga agccaactct a 41 <210> 268 <211> 42 <212> DNA <213> Helicobacter pylori <400> 268 tgtgataact gctgaaagca tctaagcagg aaccaactcc aa 42 <210> 269 <211> 41 <212> DNA <213> Actinoplanes utahensis <400> 269 gggataaccg ctgaaagcat ctaagcggga agctcgcttc g 41 <210> 270 <211> 41 <212> DNA <213> Bacillus halodurans <400> 270 gggataagtg ctgaaagcat ctaagcatga agcccccctc a 41 <210> 271 <211> 40 <212> DNA <213> Clostridium tyrobutyricum <400> 271 gggataaacg ctgaaagcat ctaagcgtga agcccacctc 40 <210> 272 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Frankia <400> 272 gggataaccg ctgaaagcat ctaagcggga agcctgcttc g 41 <210> 273 <211> 41 <212> DNA <213> Microbispora bispora <400> 273 gggataaccg ctgaaagcat ctaagcggga agcccgcccc g 41 <210> 274 <211> 41 <212> DNA <213> Mycobacterium leprae <400> 274 aagataaccg ctgaaagcat ctaagcggga aaccttctcc a 41 <210> 275 <211> 41 <212> DNA <213> Mycobacterium smegmatis <400> 275 aggataaccg ctgaaagcat ctaagcggga aacctcttcc a 41 <210> 276 <211> 41 <212> DNA <213> Mycobacterium tuberculosis <400> 276 aggataaccg ctgaaagcat ctaagcggga aaccttctcc a 41 <210> 277 <211> 41 <212> DNA <213> Mycobacterium gallisepticum <400> 277 cggataaacg ctgaaagcat ctaagtgtga aaccgacttt a 41 <210> 278 <211> 43 <212> DNA <213> Propionibacterium freudenreichii <400> 278 agtgataacc gctgaaagca tctaagtggg aagcacgctt caa 43 <210> 279 <211> 41 <212> DNA <213> Rhodococcus erythropolis <400> 279 gggataaccg ctgaaagcat ctaagcggga agcctgttcc a 41 <210> 280 <211> 41 <212> DNA <213> Staphylococcus aureus <400> 280 gggataagtg ctgaaagcat ctaagcatga agcccccctc a 41 <210> 281 <211> 41 <212> DNA <213> Streptococcus faecalis <400> 281 gggataaacg ctgaaagcat ctaagtgtga agcccncctc a 41 <210> 282 <211> 41 <212> DNA <213> Streptomyces ambifaciens <400> 282 gggataaccg ctgaaagcat ctaagcggga agcctgcttc g 41 <210> 283 <211> 41 <212> DNA <213> Flavobacterium resinovorum <400> 283 gagataaccg ctgaaagcat ctaagcggga aactcgcctg a 41 <210> 284 <211> 41 <212> DNA <213> Sphingobacterium multivorans <400> 284 tagataagcg ctgaaagcat ctaagtgcga aactagccac g 41 <210> 285 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Synechococcus <400> 285 gtggataacc gctgaaagca tctaagtggg aagcccacct caa 43 <210> 286 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Synechocystis <400> 286 gtggataacc gctgaaagca tctaagtggg aagcccacct caa 43 <210> 287 <211> 41 <212> DNA <213> Borrelia burgdorferi <400> 287 aggataaccg ctgaaagcat ctaagtggga agccttcctc a 41 <210> 288 <211> 41 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 288 aggataagca ttgaaagcat ctaaatgcca agcctccctc a 41 <210> 289 <211> 24 <212> DNA <213> Pseudomonas stutzeri <400> 289 agatgagatc tcactggagc cttg 24 <210> 290 <211> 19 <212> DNA <213> Thiobacillus ferrooxidans <400> 290 atgagatctc ccgggcata 19 <210> 291 <211> 18 <212> DNA <213> Agrobacterium vitis <400> 291 aaacgagtat tccctatc 18 <210> 292 <211> 18 <212> DNA <213> Adalia bipunctata <400> 292 aaactagact tccccatc 18 <210> 293 <211> 23 <212> DNA <213> Amycolatopsis orientalis <400> 293 agatgagggc tcccacctcc ttg 23 <210> 294 <211> 18 <212> DNA <213> Brucella ovis <400> 294 aaacgagtat tccctatc 18 <210> 295 <211> 17 <212> DNA <213> Bradyrhizobium japonicum <400> 295 aaacgagcat tcccttg 17 <210> 296 <211> 22 <212> DNA <213> Pseudomonas paucimobilis <400> 296 agatgagatt tcccattccg ca 22 <210> 297 <211> 22 <212> DNA <213> Rhodobacter sphaeroides <400> 297 agatgagatt tcccattccg ca 22 <210> 298 <211> 18 <212> DNA <213> Rickettsia prowazekii <400> 298 aaactagact tccccatt 18 <210> 299 <211> 23 <212> DNA <213> Sphingomonas paucimobilis <400> 299 agatgagatt tcccggagcc ttg 23 <210> 300 <211> 14 <212> DNA <213> Zymomonas mobilis <400> 300 agataagata tctc 14 <210> 301 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Alcaligenes <400> 301 agataagatt tccctaggac ttta 24 <210> 302 <211> 23 <212> DNA <213> Pseudomonas cepacia <400> 302 agatgagatt tccatacacc ttg 23 <210> 303 <211> 24 <212> DNA <213> Ralstonia pickettii <400> 303 agatgagatc tcactggaac cttg 24 <210> 304 <211> 24 <212> DNA <213> Campylobacter jejuni <400> 304 agatgaatct tctctaagct ctct 24 <210> 305 <211> 13 <212> DNA <213> Helicobacter pylori <400> 305 gataaacttt ccc 13 <210> 306 <211> 23 <212> DNA <213> Actinoplanes utahensis <400> 306 agatgaggta tcccaccacc ttg 23 <210> 307 <211> 22 <212> DNA <213> Bacillus halodurans <400> 307 agatgagatt tcccatggag ta 22 <210> 308 <211> 22 <212> DNA <213> Clostridium tyrobutyricum <400> 308 agattagatt tcccacagcg ta 22 <210> 309 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Frankia <400> 309 agatgaggtc tcccacaggg tag 23 <210> 310 <211> 23 <212> DNA <213> Microbispora bispora <400> 310 agatgaggtc tccctccggg tta 23 <210> 311 <211> 22 <212> DNA <213> Mycobacterium leprae <400> 311 agatcaggtt tcttacccac tt 22 <210> 312 <211> 22 <212> DNA <213> Mycobacterium smegmatis <400> 312 agaccaggct tctcaccctc ta 22 <210> 313 <211> 22 <212> DNA <213> Mycobacterium tuberculosis <400> 313 agatcaggtt tctcacccac tt 22 <210> 314 <211> 30 <212> DNA <213> Mycobacterium gallisepticum <400> 314 agaataatct tcccttccag caatggagta 30 <210> 315 <211> 21 <212> DNA <213> Propionibacterium freudenreichii <400> 315 gatgagggtt cctgcacagt t 21 <210> 316 <211> 22 <212> DNA <213> Rhodococcus erythropolis <400> 316 agatgaggtt tctcaccccc tc 22 <210> 317 <211> 20 <212> DNA <213> Staphylococcus aureus <400> 317 agatgagatt tcccaacttc 20 <210> 318 <211> 22 <212> DNA <213> Streptococcus faecalis <400> 318 agatgagatt tcccatttct tt 22 <210> 319 <211> 23 <212> DNA <213> Streptomyces ambifaciens <400> 319 agatgaggac tcccaccccc ttg 23 <210> 320 <211> 24 <212> DNA <213> Flavobacterium resinovorum <400> 320 agatgaggat tccctggcgg cttg 24 <210> 321 <211> 17 <212> DNA <213> Sphingobacterium multivorans <400> 321 agatgagact tccttat 17 <210> 322 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Synechococcus <400> 322 gatgagtact ctcatggcat 20 <210> 323 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Synechocystis <400> 323 gatgagtact ctcatggtgt t 21 <210> 324 <211> 16 <212> DNA <213> Borrelia burgdorferi <400> 324 agatgagata tccttt 16 <210> 325 <211> 14 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 325 agataaggta tccc 14 <210> 326 <211> 32 <212> DNA <213> Pseudomonas stutzeri <400> 326 agctccctga agggccgtcg aagactacga cg 32 <210> 327 <211> 32 <212> DNA <213> Thiobacillus ferrooxidans <400> 327 agccccctga agggacgtgg aagactacca cg 32 <210> 328 <211> 22 <212> DNA <213> Agrobacterium vitis <400> 328 agagccgtgg aagacgacca cg 22 <210> 329 <211> 22 <212> DNA <213> Adalia bipunctata <400> 329 agagccgtgg aagaccacca cg 22 <210> 330 <211> 30 <212> DNA <213> Amycolatopsis orientalis <400> 330 aggggttaag gctcccagta gacgactggg 30 <210> 331 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genera Brucella, Bradyrhizobium <400> 331 agagccgtgg aagaccacca cg 22 <210> 332 <211> 30 <212> DNA <213> Pseudomonas paucimobilis <400> 332 aggaagtaag atccctgaaa gatgatcagg 30 <210> 333 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genera Rhodobacter, Rickettsia <400> 333 agggccgtgg aagaccacca cg 22 <210> 334 <211> 26 <212> DNA <213> Sphingomonas paucimobilis <400> 334 agctccttga agggtcgttc gagacc 26 <210> 335 <211> 22 <212> DNA <213> Zymomonas mobilis <400> 335 agagccgtcg aagactacga cg 22 <210> 336 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Alcaligenes <400> 336 tgtcctctaa agagccgttc gagact 26 <210> 337 <211> 25 <212> DNA <213> Pseudomonas cepacia <400> 337 tgtgtgagag gcccccagcc agacc 25 <210> 338 <211> 26 <212> DNA <213> Ralstonia pickettii <400> 338 agttccctga agggccgtcg aagact 26 <210> 339 <211> 14 <212> DNA <213> Campylobacter jejuni <400> 339 agaagactac tagt 14 <210> 340 <211> 25 <212> DNA <213> Helicobacter pylori <400> 340 tgaagctcgc acaaagacta tgtgc 25 <210> 341 <211> 28 <212> DNA <213> Actinoplanes utahensis <400> 341 agtgggtaag gctcccagct agactact 28 <210> 342 <211> 31 <212> DNA <213> Bacillus halodurans <400> 342 aatccagtaa gaccccttag agatgatgag g 31 <210> 343 <211> 30 <212> DNA <213> Bacillus subtilis <400> 343 aggaagtaag atccctgaaa gatgatcagg 30 <210> 344 <211> 32 <212> DNA <213> Clostridium tyrobutyricum <400> 344 agctggtaag gccccttgaa gaacacaagg tg 32 <210> 345 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Frankia <400> 345 cctggtaagg cccccgacta gatgatcggg 30 <210> 346 <211> 30 <212> DNA <213> Microbispora bispora <400> 346 accgggtaag gctcccagta gatgactggg 30 <210> 347 <211> 31 <212> DNA <213> Mycobacterium leprae <400> 347 ggtgggataa ggccccccgc agaacacggg a 31 <210> 348 <211> 31 <212> DNA <213> Mycobacterium smegmatis <400> 348 ggagggataa ggccccccgc agaccacggg a 31 <210> 349 <211> 31 <212> DNA <213> Mycobacterium tuberculosis <400> 349 ggtgggataa ggccccccgc agaacacggg t 31 <210> 350 <211> 30 <212> DNA <213> Propionibacterium freudenreichii <400> 350 aatgtggtaa ggcccccggt agaccaccgg 30 <210> 351 <211> 31 <212> DNA <213> Rhodococcus erythropolis <400> 351 gagggggtaa ggcccccggc agaccaccgg g 31 <210> 352 <211> 29 <212> DNA <213> Staphylococcus aureus <400> 352 ggttataaga tccctcaaag atgatgagg 29 <210> 353 <211> 31 <212> DNA <213> Streptococcus faecalis <400> 353 aagaaagtaa gacccctnan agatgatcag g 31 <210> 354 <211> 30 <212> DNA <213> Streptomyces ambifaciens <400> 354 aggggttaag gctcccagta gacgactggg 30 <210> 355 <211> 32 <212> DNA <213> Flavobacterium resinovorum <400> 355 accgccttga agggtcgttc gagaccagga cg 32 <210> 356 <211> 22 <212> DNA <213> Sphingobacterium multivorans <400> 356 agggtcgtag aagatgacta cg 22 <210> 357 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Synechococcus <400> 357 aagccagtaa ggtcacgggt agaacacccg 30 <210> 358 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Synechocystis <400> 358 aagccagtaa ggtcacggga agactacccg 30 <210> 359 <211> 23 <212> DNA <213> Borrelia burgdorferi <400> 359 aagggtcctg gaagaatacc agg 23 <210> 360 <211> 26 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 360 aatgagactc catgtagact acgtgg 26 <210> 361 <211> 40 <212> DNA <213> Pseudomonas stutzeri <400> 361 agtaatgcat taagctaacc agtactaatt gcccgtacgg 40 <210> 362 <211> 40 <212> DNA <213> Thiobacillus ferrooxidans <400> 362 agcaatgcgt gcagctaagg agtactaatc ggccgtgcgg 40 <210> 363 <211> 40 <212> DNA <213> Agrobacterium vitis <400> 363 ggtaacctgc gaagcttacc gttactaata gctcgattgg 40 <210> 364 <211> 40 <212> DNA <213> Adalia bipunctata <400> 364 agtaatgcgt gtagctaacc gatactaata gctcgattga 40 <210> 365 <211> 40 <212> DNA <213> Brucella ovis <400> 365 ggcaacgcat gcagcttacc ggtactaata gctcgatcga 40 <210> 366 <211> 40 <212> DNA <213> Bradyrhizobium japonicum <400> 366 agtaatgcat gcagcttacc ggtactaatc gttcgattgg 40 <210> 367 <211> 40 <212> DNA <213> Pseudomonas paucimobilis <400> 367 ggcgacacat ggagctgaca gatactaatc gatcgaggac 40 <210> 368 <211> 40 <212> DNA <213> Rhodobacter sphaeroides <400> 368 agcaatgcgt tcagctgact ggtactaatt gcccgatagg 40 <210> 369 <211> 40 <212> DNA <213> Rickettsia prowazekii <400> 369 agtaatgtgt gtagctaacc gatactaata gctcgattga 40 <210> 370 <211> 40 <212> DNA <213> Sphingomonas paucimobilis <400> 370 agtaatgcat taagctaacc agtactaatt gcccgtncgg 40 <210> 371 <211> 40 <212> DNA <213> Zymomonas mobilis <400> 371 ggtaacacat gtagctaact ggtcctaatt gctctattca 40 <210> 372 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Alcaligenes <400> 372 agtgatatgt gaagctgacc aatactaatt gctcgtgagg 40 <210> 373 <211> 40 <212> DNA <213> Ralstonia pickettii <400> 373 tgtgaggcgt tgagctaacc aatactaatt gcccgtgagg 40 <210> 374 <211> 40 <212> DNA <213> Campylobacter jejuni <400> 374 tgaaagtcct ttagctgacc agtactaata gagcgtttgg 40 <210> 375 <211> 40 <212> DNA <213> Helicobacter pylori <400> 375 agtaatgcgt ttagctgact actactaata gagcgtttgg 40 <210> 376 <211> 40 <212> DNA <213> Bacillus halodurans <400> 376 ggcgacacgt gaagctgaca gatactaatc ggtcgaggac 40 <210> 377 <211> 40 <212> DNA <213> Bacillus subtilis <400> 377 ggcgacacat ggagctgaca gatactaatc gatcgaggac 40 <210> 378 <211> 40 <212> DNA <213> Clostridium tyrobutyricum <400> 378 ggcaacatgt tcagctgact gatactaata ggccgagggc 40 <210> 379 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Frankia <400> 379 cggtgacgca tggagctgac cggtactaat aggccgaggg c 41 <210> 380 <211> 42 <212> DNA <213> Microbispora bispora <400> 380 cggtaacgtg tggagccgac cggtactaat aagccgagag gc 42 <210> 381 <211> 41 <212> DNA <213> Mycobacterium leprae <400> 381 cagtaatgag tgtagggaac tggcactaac tggccgaaag c 41 <210> 382 <211> 41 <212> DNA <213> Mycobacterium smegmatis <400> 382 tagtaatagg tgcagggaac tggcactaac cggccgaaaa c 41 <210> 383 <211> 41 <212> DNA <213> Mycobacterium tuberculosis <400> 383 cagtaatggg tgtagggaac tggtgctaac cggccgaaaa c 41 <210> 384 <211> 86 <212> DNA <213> Mycobacterium gallisepticum <400> 384 agaatcgttg tagactacga cgttgatagg ctaaaggtgt aagtgccgcg aggtatttag 60 ctgattagta ctaataattc gaggac 86 <210> 385 <211> 27 <212> DNA <213> Propionibacterium freudenreichii <400> 385 gctgaccgat actaagtggc cgagggc 27 <210> 386 <211> 41 <212> DNA <213> Rhodococcus erythropolis <400> 386 cagtaatgca tgcaggtgac tggtactaat aggccgagga c 41 <210> 387 <211> 41 <212> DNA <213> Rhodococcus fascians <400> 387 cagcaatgta tgcaggtgac tggtactaat aggccgagga c 41 <210> 388 <211> 27 <212> DNA <213> Staphylococcus aureus <400> 388 gctgacgaat actaatcgat cgagggc 27 <210> 389 <211> 27 <212> DNA <213> Streptococcus faecalis <400> 389 gcggaccaat actaatcggt cgaggac 27 <210> 390 <211> 51 <212> DNA <213> Streptomyces ambifaciens <400> 390 ccgcaaggtg tggaggtgac cggtactaat aggccgaggg cttgtcctca t 51 <210> 391 <211> 51 <212> DNA <213> Streptomyces galbus <400> 391 cggtaacgtg tggaggtgac cggtactaat aggccgaggg cttgtcctca g 51 <210> 392 <211> 51 <212> DNA <213> Streptomyces griseus <400> 392 cggtaacggg tggagctgac tggtactaat aggccgaggg cttgtcctca g 51 <210> 393 <211> 51 <212> DNA <213> Streptomyces lividans <400> 393 ccgtgaggtg tggaggtgac cggtactaat aggccgaggg cttgtcctca g 51 <210> 394 <211> 51 <212> DNA <213> Streptomyces mashuensis <400> 394 cggtaacggt tggagctgac tggtactaat aggccgaggg cttgtccata g 51 <210> 395 <211> 28 <212> DNA <213> Flavobacterium resinovorum <400> 395 gctaaccagt actaattgcc cgtaaggc 28 <210> 396 <211> 28 <212> DNA <213> Sphingobacterium multivorans <400> 396 gccaagtggt actaatagcc cgaagctt 28 <210> 397 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Synechococcus <400> 397 gctgaggcgt actaatagac cgagggc 27 <210> 398 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Synechocystis <400> 398 gtcgaggagt actaatagac cgagggc 27 <210> 399 <211> 27 <212> DNA <213> Borrelia burgdorferi <400> 399 gctgactaat actaattacc cgtatct 27 <210> 400 <211> 28 <212> DNA <213> Chlamyia trachomatis <400> 400 gctaaccaat actaataagt ccaaagac 28 <210> 401 <211> 36 <212> DNA <213> Salmonella typhi <400> 401 cttaacctta caacgccgaa gatgttttgg cggatg 36 <210> 402 <211> 35 <212> DNA <213> Buchnera aphidocola <400> 402 cttaacctta caacaccaga ggtgtttttt ataaa 35 <210> 403 <211> 35 <212> DNA <213> Pseudomonas stutzeri <400> 403 cttgaccata taacacccaa acaatttgat gtttg 35 <210> 404 <211> 35 <212> DNA <213> Thiobacillus ferrooxidans <400> 404 cttgaccata tatcaccaag cattaaagag cttcc 35 <210> 405 <211> 35 <212> DNA <213> Sphingomonas paucimobilis <400> 405 cttgtcccta taaccttggt agtccaaggt cgagt 35 <210> 406 <211> 35 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Alcaligenes <400> 406 cttgactata caacacccaa gcagttgtat ataaa 35 <210> 407 <211> 23 <212> DNA <213> Pseudomonas cepacia <400> 407 aggactaacg actcgtgaag ctg 23 <210> 408 <211> 29 <212> DNA <213> Ralstonia pickettii <400> 408 cttgaccata taacacccaa gcaatttga 29 <210> 409 <211> 35 <212> DNA <213> Campylobacter jejuni <400> 409 cttatcttta ataaagcatc acttccttgt taagg 35 <210> 410 <211> 35 <212> DNA <213> Helicobacter pylori <400> 410 cttgtttttt gctttttgat aagataacgg caata 35 <210> 411 <211> 33 <212> DNA <213> Actinoplanes utahensis <400> 411 cggtaacgtg ttgagttgac cggtactaat agg 33 <210> 412 <211> 35 <212> DNA <213> Bacillus halodurans <400> 412 ttatccaaaa acaaatcaaa agcaacgtct cgaac 35 <210> 413 <211> 21 <212> DNA <213> Bacillus subtilis <400> 413 ttaaccacat tttgaatgat g 21 <210> 414 <211> 32 <212> DNA <213> Clostridium tyrobutyricum <400> 414 ttgaccaaat ttatcttact gtgcaatttt ca 32 <210> 415 <211> 56 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Frankia <400> 415 cggtgacgca tggagctgac cggtactaat aggccgaggg cttgtcttcg aaggtg 56 <210> 416 <211> 56 <212> DNA <213> Microbispora bispora <400> 416 cggtaacgtg tggagccgac cggtactaat aagccgagag gcttgacttc acatgc 56 <210> 417 <211> 56 <212> DNA <213> Mycobacterium leprae <400> 417 cagtaatgag tgtagggaac tggcactaac tggccgaaag cttacaaaac acacac 56 <210> 418 <211> 56 <212> DNA <213> Mycobacterium smegmatis <400> 418 tagtaatagg tgcagggaac tggcactaac cggccgaaaa cttacaacac cccata 56 <210> 419 <211> 56 <212> DNA <213> Mycobacterium tuberculosis <400> 419 cagtaatggg tgtagggaac tggtgctaac cggccgaaaa cttacaacac cctccc 56 <210> 420 <211> 39 <212> DNA <213> Mycobacterium gallisepticum <400> 420 cgttgatagg ctaaaggtgt aagtgccgcg aggtattta 39 <210> 421 <211> 39 <212> DNA <213> Propionibacterium freudenreichii <400> 421 ttgtcccaca ctttaattct tgtagattgt tgtgaagag 39 <210> 422 <211> 41 <212> DNA <213> Rhodococcus erythropolis <400> 422 cagtaatgca tgcaggtgac tggtactaat aggccgagga c 41 <210> 423 <211> 41 <212> DNA <213> Rhodococcus fascians <400> 423 cagcaatgta tgcaggtgac tggtactaat aggccgagga c 41 <210> 424 <211> 33 <212> DNA <213> Staphylococcus aureus <400> 424 ttaaccaaaa taaatgtttt gcgaagcaaa atc 33 <210> 425 <211> 42 <212> DNA <213> Streptococcus faecalis <400> 425 ttaaccaaag aatggataag taaaagcaac ttggttattt tg 42 <210> 426 <211> 56 <212> DNA <213> Streptomyces lividans <400> 426 ccgcaaggtg tggaggtgac cggtactaat aggccgaggg cttgtcctca tttgct 56 <210> 427 <211> 56 <212> DNA <213> Streptomyces mashuensis <400> 427 cggtaacggt tggagctgac tggtactaat aggccgaggg cttgtccata gttgct 56 <210> 428 <211> 43 <212> DNA <213> Flavobacterium resinovorum <400> 428 cttgatccta taaccagtgt gttttgcctg gtgggtgatc gcg 43 <210> 429 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Synechococcus <400> 429 ttgacctcta acactttgat atcggcac 28 <210> 430 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Synechocystis <400> 430 ttgaccttta ttcttcattt ttctttct 28 <210> 431 <211> 34 <212> DNA <213> Chlamyia trachomatis <400> 431 cttggtcttt ttatgattgg aagagccgaa aggc 34 <210> 432 <211> 51 <212> DNA <213> Salmonella typhi <400> 432 cttaacctta caacaccgaa ggtgttttgg aggataaaag aaacagaatt t 51 <210> 433 <211> 117 <212> DNA <213> Buchnera aphidocola <400> 433 cttaacctta caacaccaga ggtgtttttt ataaaaaata aaaaatcttg ttttactgaa 60 tttattgttg tattaatata tatatattat aatagcacta aaaaatgcct ggtaaaa 117 <210> 434 <211> 233 <212> DNA <213> Pseudomonas stutzeri <400> 434 cttgaccata taacacccaa acaatttgat gtttgcgtgt cagacggttg aagtcgacaa 60 acaaaccgaa agacgcaacg ctcgcaaagc gaaagcgata ccgaagcaac catcacatac 120 ccaattaggg aagcgactca acaccgactc cccagttgaa cttgcttgac gaccatagag 180 cgttggaacc acctgatccc atcccgaact cagtagtgaa acgacgcatc gcc 233 <210> 435 <211> 91 <212> DNA <213> Thiobacillus ferrooxidans <400> 435 cttgaccata tatcaccaag cattaaagag cttcccttca gcaacacctc gagggcggca 60 cagccgcgcc cgggaccaga ccagttttaa c 91 <210> 436 <211> 230 <212> DNA <213> Agrobacterium vitis <400> 436 cttaatcgtt ctcattgacc atgctcatcg acttcgtcga tgagccatct gtttagcgct 60 cacgcatgag cggctcgtat acgagcctat gctccgcgag ggcgccgaac gatcggcgac 120 gcgccttgcg cttgcggact tcgtccgaaa gtgccaagca aaacgtcgcg gaatgacgtg 180 ttcacacaat aagaaaacgg gcaatgcccg ccagcttctc atcaacattg 230 <210> 437 <211> 162 <212> DNA <213> Adalia bipunctata <400> 437 tttactttgc tgtgagatta cacatgcata tggtgttaat tctataaaca tgtaagtatc 60 aactcacaaa gttatcaggt taaattagct ttatcaacca ataaagatgt tgttacatgt 120 ctctttctat gttgttcctg tgaaagtaag aatctagaaa aa 162 <210> 438 <211> 120 <212> DNA <213> Amycolatopsis orientalis <400> 438 tggtaacggg tggagttgac tggtactaat aggccgaggg cttgtcctca gttgctcgcg 60 tccactgtgt tagttctgaa gtaacgaaca tcgccttgtc ggctggagtt caacttcata 120 <210> 439 <211> 189 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Brucella <400> 439 cttgatcact cccatttaca atatccatca agcaaaagct tgatgttgaa ggcaatatgg 60 aagtagggca ataaggcaat atgtttgccc aaagccctca accatcgcca cgcagaaaaa 120 caaagcacaa aggcaaagaa caggcgcagc ccaaacatac tgccctattc ccctaatgcc 180 ttaagcccc 189 <210> 440 <211> 109 <212> DNA <213> Bradyrhizobium japonicum <400> 440 cttgattgct ctcattttca gtgtccatag ggccgcaagg cccgcgacca gaatgaaatg 60 agaggcgcta gtcgcccaac aaagatcgct tgcttcgtat tccttgtcc 109 <210> 441 <211> 125 <212> DNA <213> Pseudomonas paucimobilis <400> 441 cttaaccaat ttgaatgtat gcttactgtt atctagtttt gagagaacac tctcaatggt 60 ttggtggcga tagcgaagag gtcacacccg ttcccatgcc gaacacggaa gttaagctct 120 tcagc 125 <210> 442 <211> 100 <212> DNA <213> Rhodobacter sphaeroides <400> 442 cttgatctga cccggtaaca gcaaggctca aaagccaacg ctctacccca gatcagaagc 60 aatagacccg gaacaagcaa aagcctgatg ttgtcgtttc 100 <210> 443 <211> 196 <212> DNA <213> Rickettsia prowazekii <400> 443 tttactttgc tgtgagatta tatatgcata tagtgttaat tatataagta tttaagcatc 60 aatttgtaaa ttataatttt aatgttaaat tagctttatc aataaataaa aatgttattc 120 tatcgtttta tgttacgatt tgatagtaaa gttttgatct ttctttaaga tattgtagac 180 aattgtatat tatacc 196 <210> 444 <211> 249 <212> DNA <213> Pseudomonas cepacia <400> 444 aggactaacg actcgtgaag ctgaccggta ctaataggcc gataacttac accacacacc 60 cttttcgtga acggattcaa aagacgttca caccaggaga gggtaaaaag aaaaaacaag 120 actgcttgcg tccactatgt ggttcccaac caacaaaccc gccacgggca cgttgcgaca 180 ggaacacaac tgaataacaa caccacaatg ttgtaaccac aaagacttcc cacccccggc 240 atcagaccc 249 <210> 445 <211> 209 <212> DNA <213> Ralstonia pickettii <400> 445 cttgaccata taacacccaa gcaatttgag cgtaggcgcc aaattgtggt ggtgaagatg 60 atacgaaccg aaagttcgca acgaaccaca acatcacata tccgaattcg ctgggctgtc 120 catctggaca ttctggctac agaatttctt gacgaccata gagcattgga accacctgat 180 cccatcccga actcagcagt gnaacgatg 209 <210> 446 <211> 271 <212> DNA <213> Campylobacter jejuni <400> 446 cttatcttta ataaagcatc acttccttgt taaggttttt aagaagactt tgaatataga 60 taatatttag agtttaatag aaatctttca agtaaagttt gtattagaac ttgctcttaa 120 cattgttttt taagtattct atataaaaac ttatcaaaga taaaagataa gaaaagaaga 180 aagagaataa aagattaagt tttattctta aattcaattt ttcaaagaat atttaaataa 240 caatgtccgt gattatacag atgtggaaac g 271 <210> 447 <211> 228 <212> DNA <213> Helicobacter pylori <400> 447 cttgtttttt gctttttgat aagataacgg caataagcgc gaatgggtta ccactgcctt 60 actgagtgta agagagttgg agttttatga agacttttat aagattaaac tttaatgagg 120 aatgagatac catctcaatg gtttaaagtt aaaggctatt aacgatcttc tttgttaaaa 180 acagctcccc tataaagaga aaggggagtt aagggtaaat gcgttttt 228 <210> 448 <211> 155 <212> DNA <213> Actinoplanes utahensis <400> 448 cggtaacgtg ttgagttgac cggtactaat aggccgaggg cttaaccacc ctaaattttc 60 tgcttgcgtc cactgtgtga ttcacagcaa acgaacaacc accccggttc aagagtgccg 120 ggttgctggt ttgttctgct gatggctgtt tcgat 155 <210> 449 <211> 296 <212> DNA <213> Bacillus halodurans <400> 449 cttatccaaa aacaaatcaa aagcaacgtc tcgaactcga gaagcgtccc attatctagt 60 tttgagagaa tcttgttctc caaagaagcg ctccgacgca gcatcgcaag atgcgaagtt 120 gatcggaagc cgtgatcaag agattattct cttaggtcca aagaaaaggg tttcgagaaa 180 cgagcagttt taggaatcga gcgacgacag atcggagcgt acacacggta cgtgaggatc 240 tggaggagtg aagatgacac caaaatgcga tgttgatcgg aggccgtaac tatcta 296 <210> 450 <211> 122 <212> DNA <213> Bacillus halodurans <400> 450 cttaaccaca ttttgaatga tgtcacacct gttatctagt tttgagagaa cacctctcta 60 aaggcggaag gtaaggaaac tccgctaagg gctctcacat cctgtgagaa acgcccagta 120 cc 122 <210> 451 <211> 209 <212> DNA <213> Clostridium tyrobutyricum <400> 451 cttgaccaaa tttatcttac tgtgcaattt tcagagaata attattctct tatctccatt 60 agaaatataa tgtttctatt ttattataga gaataaagta agtaaattga taataaccat 120 tagtacaagg aagatatgag cgaagagcgg aatttactta ggtaaatgag cactggagtg 180 aataattctg acggtgtaat gagaagtta 209 <210> 452 <211> 100 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Frankia <400> 452 cggtgacgca tggagctgac cggtactaat aggccgaggg cttgtcttcg aaggtgctac 60 gcgtccactg tgcggttctc gggtgtacgg ccggttcggc 100 <210> 453 <211> 85 <212> DNA <213> Microbispora bispora <400> 453 cggtaacgtg tggagccgac cggtactaat aagccgagag gcttgacttc acatgcacgc 60 acccactatg cgattctcga tcagc 85 <210> 454 <211> 124 <212> DNA <213> Mycobacterium leprae <400> 454 cagtaatgag tgtagggaac tggcactaac tggccgaaag cttacaaaac acacacatcg 60 caaccacata attcagatcc actttgtcgt ggagcatcac accccccatc agaacaaatt 120 ttta 124 <210> 455 <211> 146 <212> DNA <213> Mycobacterium smegmatis <400> 455 tagtaatagg tgcagggaac tggcactaac cggccgaaaa cttacaacac cccataatcg 60 ttgtaagaag aaaacattga cgcaccgcgc tcgcaaccac actccacgga tgatcaaacc 120 cacaagtttg ctctccatgt gggtca 146 <210> 456 <211> 135 <212> DNA <213> Mycobacterium tuberculosis <400> 456 cagtaatggg tgtagggaac tggtgctaac cggccgaaaa cttacaacac cctccctttt 60 ggaaaaggga ggcaaaaaca aactcgcaac cacatccgtt cacggcgcta gccgtgcgtc 120 cacacccccc accag 135 <210> 457 <211> 169 <212> DNA <213> Mycobacterium gallisepticum <400> 457 cgttgatagg ctaaaggtgt aagtgccgcg aggtatttag ctgattagta ctaataattc 60 gaggacttag atttgatcaa aaacattagc tgttttttat ctaatatgat ttgttgtatt 120 ttgtttttca aagagcaatg tgtgtgatat cgatatcgtg atggaaaca 169 <210> 458 <211> 43 <212> DNA <213> Propionibacterium freudenreichii <400> 458 cttgtcccac actttaattc ttgtagattg ttgtgaagag ttt 43 <210> 459 <211> 182 <212> DNA <213> Rhodococcus erythropolis <400> 459 cagtaatgca tgcaggtgac tggtactaat aggccgagga cttaccacaa agaagctacg 60 cgtccactgt gcggtatctg aaacaacaca cagatactga tgagaaaccc tgttttctcc 120 atcccccaac accagaaact ggtgttgacg tggtgaaacc aggtgatcag aagaaggtta 180 ct 182 <210> 460 <211> 168 <212> DNA <213> Rhodococcus fascians <400> 460 cagcaatgta tgcaggtgac tggtactaat aggccgagga cttaccacaa agaagctacg 60 cgtccactgt gcaatatctg aaacaacaca cgagtagttg ttcgacaaca gaaccgaata 120 cacgaatccg ccacccacac gagtgtgggt gacaggttcg ctcgttga 168 <210> 461 <211> 64 <212> DNA <213> Staphylococcus aureus <400> 461 cttaaccaaa ataaatgttt tgcgaagcaa aatcactttt acttactatc tagttttgaa 60 tgta 64 <210> 462 <211> 87 <212> DNA <213> Streptococcus faecalis <400> 462 cttaaccaaa gaatggataa gtaaaagcaa cttggttatt ttgattcaaa cttcaatcca 60 gttttgagtg aatnaagatt cnctcaa 87 <210> 463 <211> 123 <212> DNA <213> Streptomyces ambifaciens <400> 463 ccgcaaggtg tggaggtgac cggtactaat aggccgaggg cttgtcctca tttgctcgcg 60 tccactgtgt tggttctgaa accacgaaca accccatgtg ccacacatgg tgcggttgtc 120 agt 123 <210> 464 <211> 134 <212> DNA <213> Streptomyces galbus <400> 464 cggtaacgtg tggaggtgac cggtactaat aggccgaggg cttgtcctca gttgctcgcg 60 tccactgtgt tggttctgaa accacgaaca gccccatgct ctggcatggt gcggcattgt 120 tcgacagttt cata 134 <210> 465 <211> 143 <212> DNA <213> Streptomyces griseus <400> 465 cggtaacggg tggagctgac tggtactaat aggccgaggg cttgtcctca gttgctcgcg 60 tccactgtgt tgttcccggg ttgcgaacag ttatcgcacc ggttgaacag tttcactact 120 taattgaaga gtgtgcttgt tcg 143 <210> 466 <211> 137 <212> DNA <213> Streptomyces lividans <400> 466 ccgtgaggtg tggaggtgac cggtactaat aggccgaggg cttgtcctca gttgctcgcg 60 tccactgtgt tagttctgag gcaacgaccg ttgccggatt tgagtagaac gcacaattaa 120 agagtgtgct tgttcgc 137 <210> 467 <211> 135 <212> DNA <213> Streptomyces mashuensis <400> 467 cggtaacggt tggagctgac tggtactaat aggccgaggg cttgtccata gttgctcgcg 60 ttcactgtgt tggttctgaa acaacaacca agaagcatac gccgtgtgtg gttgacagtt 120 tcatagtgtt tcggt 135 <210> 468 <211> 114 <212> DNA <213> Flavobacterium resinovorum <400> 468 cttgatccta taaccagtgt gttttgcctg gtgggtgatc gcgactgtgc cgaaacagtt 60 gacacgcaca accccaacta catccctatt cgcagcgttg acctcaacct cagc 114 <210> 469 <211> 126 <212> DNA <213> Sphingobacterium multivorans <400> 469 ctttctcaag cagataacac tgttgtcttc ctctttaatt tttagaaacg aaaagaataa 60 caaaaaagaa acgaagctct ttcaatagat atgtcagttg gcctgacgat gatatattat 120 cataag 126 <210> 470 <211> 63 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Synechococcus <400> 470 cttgacctct aacactttga tatcggcact ctcctctatg cagccttcaa ggctctaatc 60 tcc 63 <210> 471 <211> 67 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Synechocystis <400> 471 cttgaccttt attcttcatt tttctttctc ttttcttgtg cagtcttctg ggtttcttct 60 cagcaaa 67 <210> 472 <211> 17 <212> DNA <213> Borrelia burgdorferi <400> 472 ctttggccat atttttg 17 <210> 473 <211> 111 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 473 cttggtcttt ttatgattgg aagagccgaa aggcaaagac aataagaaaa agagtagaga 60 gtgcaagtac gtagaagaca agcttttaag cgtctattag tatacgtgag a 111 <210> 474 <211> 148 <212> DNA <213> Azotobacter vinelandii <400> 474 aaacaatctg ttgccagccc cagcggggcg gcacggagag ggcgcagccg acaggccgaa 60 gatttggctg gaccgcacgc tgccggaaac aggctaccgc tatcacctac ccgattggct 120 gtcgtgtcat cgacacggcg gcaaccga 148 <210> 475 <211> 229 <212> DNA <213> Cowduria ruminantium <400> 475 ggtgtgtaag tatggtaaca tatgtagcta accagtacta atagcccgat tgatttactt 60 aatttgtaat tatatgtagt attaaaactg cagcttgtct ttttgcttat tttgttttat 120 agtttaattg ggttggtggt aatagcagaa gtgatacacc cagctacatt tcgaacctgg 180 aagttaagcc ttctagcgct tatggtactt tgtcttaagg cacgggaga 229 <210> 476 <211> 110 <212> DNA <213> Mycobacterium intracellulare <400> 476 taagcttgat tcacacactc gcaaccacag tccatttcgc gcgttctgcc gctgaagcta 60 gaacaccgca ccccccacca aacaaattta aatagagtta cggcggccac 110 <210> 477 <211> 107 <212> DNA <213> Mycobacterium lufu <400> 477 aaaacttacc gaacacacaa tcgcaaccac agtccatttc acggcagcaa tgccgcgaaa 60 cgccacaccc cccaccaaac aaatttaaat agagttacgg cggccac 107 <210> 478 <211> 120 <212> DNA <213> Mycobacterium simiae <400> 478 taagcttgat tcacacacat cgcaaccact atcgtcgcga cttattgtcg cgccgaatgc 60 cacacccccc accagaacaa ctaataaaat agtgttccgt aatagagtta cggcggccac 120 <210> 479 <211> 149 <212> DNA <213> Mycobacterium smegmatis <400> 479 caccccataa cgttgtaaga agaaaacatt gaccaccgcg ctcgcaacca cactccacgg 60 atgatcaaac cgatcacccc accaccaaaa caaacccaca agtttgctct ccatgtgggt 120 caccacataa gagaatagag ttacggcgg 149 <210> 480 <211> 75 <212> DNA <213> Saccharomonospora azurea <400> 480 caaagatgct acgcacccac tctgcaactc tgaaacacca caccccggaa acatgatcct 60 gggttgtttc acagt 75 <210> 481 <211> 73 <212> DNA <213> Saccharomonospora caesia <400> 481 caaagatgct acgcacccac tctgcaactc tgaaacacca caccccggaa acgatcctgg 60 gttgtttcac agt 73 <210> 482 <211> 75 <212> DNA <213> Saccharomonospora cyanea <400> 482 caaacatgct acgcacccac tctgcaactc tgaaacacca ccccgggaac acacccggcg 60 tgattgtttc ccaga 75 <210> 483 <211> 69 <212> DNA <213> Saccharomonospora glauca <400> 483 caaagacgct acgcacccac tctgcgactc tgaaacacca ccctggtgtg ccagtggttg 60 tttcacaga 69 <210> 484 <211> 74 <212> DNA <213> Saccharomonospora viridis <400> 484 caaaggtgct acgcacccac tctgcaactc tgaaacacca cacccccaca acaccgggct 60 ggttgtttca caga 74 <210> 485 <211> 304 <212> DNA <213> Wolbachia pipientis <400> 485 taactggtac taatagcctg attgatttat ttgctttcta tatgtgcata tgcagtgtta 60 aatattaagt taaaatttat taagtcagaa atttttgttg acttggtggc tatagcaaaa 120 atgaaccacc cgatctcatt tcgaactcgg aagtgaaact ttttagcgcc gatgatactt 180 aaaaacccaa agtaggtcgt tgccaagttt ataaaaattt cttcttattt atatcttttc 240 agtagagcga tgaaacaagg taaacataga gtagctgtga ggtaatataa ctgatctttt 300 agaa 304 <210> 486 <211> 34 <212> DNA <213> Salmonella typhi <400> 486 ttcctggcgg cactagcgcg gtggtcccac ctga 34 <210> 487 <211> 22 <212> DNA <213> Buchnera aphidocola <400> 487 atagtgtagt ggtaccacct ga 22 <210> 488 <211> 53 <212> DNA <213> Pseudomonas stutzeri <400> 488 catcgccgat ggtagctgtg gggtctcccc atgtgagagt aggtcatcgt caa 53 <210> 489 <211> 35 <212> DNA <213> Thiobacillus ferrooxidans <400> 489 cttgtctggc ggccatagcg cagtggaacc acccc 35 <210> 490 <211> 52 <212> DNA <213> Agrobacterium vitis <400> 490 atcaacattg cccttagctg acctggtggt catggcgggg cggccgcacc cg 52 <210> 491 <211> 38 <212> DNA <213> Adalia bipunctata <400> 491 gccatgcaac aatgttaaca gcagactaat acaaatct 38 <210> 492 <211> 52 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Brucella <400> 492 atgtttgtgt tcttcgccga cctggtggtt atggcggagc ggccgcaccc ga 52 <210> 493 <211> 40 <212> DNA <213> Bradyrhizobium japonicum <400> 493 ttcgccggcc tggtggtttt agcgaagagc ctcaacccga 40 <210> 494 <211> 36 <212> DNA <213> Pseudomonas paucimobilis <400> 494 tcttcagcgc cgatggtagt cggggttccc cctaat 36 <210> 495 <211> 40 <212> DNA <213> Rhodobacter sphaeroides <400> 495 ttctccggtc tggtggccat agcacgagca aaacacccga 40 <210> 496 <211> 53 <212> DNA <213> Rickettsia prowazekii <400> 496 ccttgcttaa gaataatata atagcattaa cagcatatta taatacaacc tat 53 <210> 497 <211> 51 <212> DNA <213> Rickettsia bellii <400> 497 aaatttcttt aagtcctgca acaacactaa cagcaaacca atacaaatct a 51 <210> 498 <211> 53 <212> DNA <213> Rickettsia rickettsii <400> 498 gaattttttt gagtcgtgca acaacattaa cagtagacta taatacaaat cta 53 <210> 499 <211> 47 <212> DNA <213> Sphingomonas paucimobilis <400> 499 gccagacaag tcaaagcctg atgaccatag caagtcggtc ccacccc 47 <210> 500 <211> 33 <212> DNA <213> Zymomonas mobilis <400> 500 gcttggtggc tatagcgtca gtgacccacc cga 33 <210> 501 <211> 53 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Alcaligenes <400> 501 gcaagtatcc ataccagttg tgctggcgac catagcaaga gtgaaccacc tga 53 <210> 502 <211> 51 <212> DNA <213> Pseudomonas cepacia <400> 502 cgggcggacg ggtacaaggg ttacggcggt catagcgtgg gggaaacgcc c 51 <210> 503 <211> 48 <212> DNA <213> Ralstonia pickettii <400> 503 catcgccgat ggtagtgtgg ggtttcccca tgcgagagta ggacatag 48 <210> 504 <211> 51 <212> DNA <213> Helicobacter pylori <400> 504 ttatctttag ctcccttttc cttgtgcctt tagagaagag gaactaccca g 51 <210> 505 <211> 52 <212> DNA <213> Bacillus halodurans <400> 505 caaagaggat caagagattt gcggaagcaa gcgagtgacg aactgagcgt at 52 <210> 506 <211> 52 <212> DNA <213> Bacillus halodurans <400> 506 ccttcatcct gaaggcattt gtttggtggc gatagcgaag aggtcacacc cg 52 <210> 507 <211> 52 <212> DNA <213> Clostridium tyrobutyricum <400> 507 ttagcagcaa tttacggttg atctggtaac aatgacgtga aggtaacact cc 52 <210> 508 <211> 51 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Frankia <400> 508 ggttgtatag ttgaatagtg tttcggtggt tttggcgaag gggaaacgcc c 51 <210> 509 <211> 50 <212> DNA <213> Microbispora bispora <400> 509 gtcctcacct gaaggcttgc cgctatcccg cgtcgagcag gtgaattccg 50 <210> 510 <211> 45 <212> DNA <213> Mycobacterium leprae <400> 510 aattttatag agttacggtg gccacagcga tagggaaacg cccgg 45 <210> 511 <211> 52 <212> DNA <213> Mycobacterium smegmatis <400> 511 accacataag agaatagagt tacggcggtc catagcggca gggaaacgcc cg 52 <210> 512 <211> 49 <212> DNA <213> Mycobacterium tuberculosis <400> 512 agaacaaatt tgcatagagt tacggcggcc acagcggcag ggaaacgcc 49 <210> 513 <211> 51 <212> DNA <213> Rhodococcus erythropolis <400> 513 ctgtgacagt ttcatagagt tacggcggtc atagcgaagg ggaaacgccc g 51 <210> 514 <211> 52 <212> DNA <213> Rhodococcus fascians <400> 514 ttgacactgt ttcgcagagt tacggcggcc atagcggagg ggaaaccgcc cg 52 <210> 515 <211> 53 <212> DNA <213> Staphylococcus aureus <400> 515 tgtataaatt acattcatat gtctggtgac tatagcaagg aggtcacacc tgt 53 <210> 516 <211> 50 <212> DNA <213> Streptococcus faecalis <400> 516 taagaaacaa cacccagtgt ggtggcgata gcgagaagga tacacctgtt 50 <210> 517 <211> 47 <212> DNA <213> Streptomyces ambifaciens <400> 517 tcagtttcat agtgtttcgg tggtcatagc gttagggaaa cgcccgg 47 <210> 518 <211> 53 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Streptomyces <400> 518 ttcgctagaa cccgataggg tttcggtggt cattgcgtta gggaaacgcc cgg 53 <210> 519 <211> 47 <212> DNA <213> Flavobacterium resinovorum <400> 519 gctgcaaccc ctcatgcctg gtgaccatag cgagctggaa ccacccc 47 <210> 520 <211> 52 <212> DNA <213> Spingobacterium multivorans <400> 520 taagacagac caataaagat ttttaggtgc ctatatcggc ggtgtctacc tc 52 <210> 521 <211> 53 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Synechococcus <400> 521 ccatagagtc acacccttcc tggtgtctat ggcggtatgg aaccactctg acc 53 <210> 522 <211> 60 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Synechocystis <400> 522 agcaaaaccc aaaaatcttt cttggtgtct ttagcgtcat ggaaccactc cgatcccatc 60 <210> 523 <211> 53 <212> DNA <213> Borrelia burgdorferi <400> 523 ttttgtcttc cttgtaaaaa ccctggtggt taaagaaaag aggaaacacc tgt 53 <210> 524 <211> 51 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 524 gagaaacgat gccaggatta gcttggtgat aatagagaga gggaaacacc t 51 <210> 525 <211> 138 <212> DNA <213> Sphingomonas paucimobilis <400> 525 ctataacctt ggtagtccaa ggtcgagtac aactgctcga tacaagctac aacccaacaa 60 tacttcttcc agattcatgg ccacgctgaa caaagcgtag ggtgggcggc tgtnccgccc 120 acgcgtaact caagcgta 138 <210> 526 <211> 107 <212> DNA <213> Zymomonas mobilis <400> 526 ttttgagaac tccactgtca atgtcagcat tgctgacctg ataatgtttt ctcttagctc 60 ttttgaatat cttcgatttt caattaactt cacgcacagg tgtcata 107 <210> 527 <211> 167 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Description of the artificial sequence: derived from species of the genus Alcaligenes <400> 527 atacaacacc caagcagttg tatataaagc atcaatcgat tcattaatat gcaaagcaac 60 ttgatttagt tatacgctta gctaaaatga acaaaatata gtaagactca atcagcccat 120 ctgtaaagat ttggaaaacg catcggcaac caataagacc aatgcaa 167 <210> 528 <211> 225 <212> DNA <213> Borrelia burgdorferi <400> 528 ctgcgagttc gcgggagagt aagttattgc cagggttttt tatttttttt tagtttttat 60 gttatttaaa tggcttattc aaacaacata aaaaagaaaa tagatattga catggattaa 120 acaaaagata tatattattc tatgttgcat aaacaaattg gcaaagtaga gatggaagat 180 aaaaatatgg tcaaagtaat aagagtctat ggtgaatgcc tagga 225 <210> 529 <211> 681 <212> DNA <213> Xanthomonas campestris <400> 529 tggagcaaga cgtcattcgt cctagtcggg cgtcctcaca aattacctgc attcagagat 60 tcataccggc acaggtcggt atgcgaagtc ccttttgggg ccttagctca gctgggagag 120 cacctgcttt gcaagcaggg ggtcgtcggt tcgatcccga caggctccac catattgagt 180 gaaaagactt cgggtctgta gctcaggtgg ttagagcgca cccctgataa gggtgaggtc 240 ggtagttcga gtctacccag acccaccact ctgaatgtag tgcacactta agaatttata 300 tggatcagcg ttgaggctga gacatgttct tttataactt gtgacgtagc gagcgtttga 360 gatatctatc taaacgtgtc gttgaagcta aggcggggac ttcgagtccc taaataattg 420 agtcgtatgt tcgcgttggg tggctttgtt acccacacaa cacgtacatg ttagctccga 480 ggcaacttgg ggttatatgg tcaagcgaat aagcgcacac ggtggatgcc taggcggtca 540 gtggcgatgt aggacgtggt agcctgcgaa aagtgtcggg gagctggcaa caagctttga 600 tccggcaata tccgaatggg gaaacccact gcttcggcag tatcttgcag tgaattcata 660 gctgcttgaa gcgaaccccg t 681 <210> 530 <211> 229 <212> DNA <213> Cowduria ruminantium <400> 530 ggtgtgtaag tatggtaaca tatgtagcta accagtacta atagcccgat tgatttactt 60 aatttgtaat tatatgtagt attaaaactg cagcttgtct ttttgcttat tttgttttat 120 agtttaattg ggttggtggt aatagcagaa gtgatacacc cagctacatt tcgaacctgg 180 aagttaagcc ttctagcgct tatggtactt tgtcttaagg cacgggaga 229

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ， ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，Ｉ Ｔ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，ＭＬ， ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，Ｋ Ｅ，ＬＳ，ＭＷ，ＭＺ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＴＺ，ＵＧ ，ＺＷ)，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ， ＲＵ，ＴＪ，ＴＭ)，ＡＥ，ＡＧ，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ， ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＢＺ，Ｃ Ａ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＲ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ，ＤＫ，ＤＭ ，ＤＺ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＤ，ＧＥ，ＧＨ， ＧＭ，ＨＲ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＮ，ＩＳ，ＪＰ，Ｋ Ｅ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＡ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ， ＭＷ，ＭＸ，ＭＺ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，Ｒ Ｕ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ ，ＴＲ，ＴＴ，ＴＺ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＳ，ＵＺ，ＶＮ， ＹＵ，ＺＡ，ＺＷ Ｆターム(参考） 4B024 AA11 CA04 CA09 EA04 FA10 HA12 4B063 QA01 QQ06 QR32 QR55 QR62 QS25 QS34 QX02

Claims (74)

【特許請求の範囲】
1. 【請求項１】 バクテリアの検出にはプローブ、及び／あるいはプライマー
   としての核酸分子を次項から選択する。 ａ） 核酸分子はＳＥＱ ＩＤ−Ｎｏ．１−５３０を使った少なくとも１つの配
   列、及び／あるいはＳＥＱ ＩＤ−Ｎｏ．１に基づいて、下記の位置にある配列
   、すなわち、位置が２６６７から２７２０まで、２７２７から２７７６まで、２
   ７７７から２８０１まで、２８０１から２８３２まで、２８５７から２８９６ま
   で、２９０７から２９３１まで、２９８３から２９９９まで、及び／あるいは３
   ０００から３０３２までを含める。あるいは、それに加えて、相同な、類似、又
   は少なくとも７０％同一の核酸。 ｂ）ａ）による核酸で特異的にハイブリダイズした核酸分子。 ｃ）ａ）又はｂ）による核酸と７０％、主として 少なくとも９０％同定である
   核酸分子。 ｄ）ａ）からｃ）までの核酸と相補性のある核酸分子。
2. 【請求項２】 請求項１の核酸分子は、それが少なくとも１０個のヌクレオ
   チド、主として少なくとも１４個の長さを持つ、と表記される。
3. 【請求項３】 上記の請求項目のうちの１項による核酸分子は、それが１０
   個繋がったヌクレオチドのうち２０％までのヌクレオチド、特に、バクテリアに
   自然には現れないような、１０個からなるブロックのうち、１、又は２個のヌク
   レオチドを変換して、核酸分子を修飾する、と表記される。
4. 【請求項４】 上記の請求項目の核酸分子は、それがそれ自体としては知ら
   れている解析検出において信号を示す際に、下記のような方法で修飾され、又は
   標識される、と表記される。その修飾は以下から選ばれる。（ｉ）放射性グルー
   プ（ｉｉ）着色グループ（ｉｉｉ）蛍光性グループ（ｉｖ）固相に固定化するグ
   ループ（ｖ）特に抗体、抗原、酵素、及び／あるいは酵素や酵素複合体に親和性
   のある物質を使った、間接的な、又は直接的な反応を示すグループ。
5. 【請求項５】 少なくとも２つの核酸分子の組み合わせは下記から選ばれる
   。 ａ）１つの組み合わせの中に、少なくとも１つのＤＮＡ分子が配列ＳＥＱ ＩＤ
   −Ｎｏ．１と比べて、位置２５７１から２９０６まで短縮し、少なくとも１つの
   ＤＮＡ分子が２３Ｓと５Ｓ遺伝子間の転写スぺーサーと比べて、ＳＥＱ ＩＤ−
   Ｎｏ．１の２９０７から２９９９までの位置に相応して短縮した／短縮しない、
   あるいはこれに加えて、相同で、類似の、又は少なくとも７５％同一のＤＮＡ分
   子。 ｂ）１つの組み合わせの中に、少なくとも１つのＤＮＡ分子が２３Ｓと５Ｓ遺伝
   子間の転写スぺーサーと比べて、ＳＥＱ ＩＤ−Ｎｏ．１の位置２９０７から２
   ９９９までに短縮し／短縮しなく、少なくとも１つのＤＮＡ分子が５ＳｒＤＮＡ
   遺伝子と比べて、ＳＥＱ ＩＤ−Ｎｏ．１の位置３０００と３１１２の間の配列
   で短縮し、あるいはこれに加えて、相同で、類似の、又は少なくとも７５％同一
   のＤＮＡ分子。 ｃ）１つの組み合わせの中に、少なくとも１つのＤＮＡ分子が２３Ｓ遺伝子と比
   べて、ＳＥＱ ＩＤ−Ｎｏ．１の位置２９０７から２９９９までの配列で短縮し
   て／短縮せずに、 ＳＥＱ ＩＤ−Ｎｏ．１の位置３０００から３１１２までの
   ５ＳｒＤＮＡから短縮した、少なくとも１つのＤＮＡ分子、あるいはこれに加え
   て、相同で、類似の、又は少なくとも７５％同一のＤＮＡ分子。 ｄ）１つの組み合わせの中に、少なくとも１つのＤＮＡ分子が２３Ｓ遺伝子と比
   べて、ＳＥＱ ＩＤ−Ｎｏ．１の位置２５７１から２９０６までの配列で短縮し
   て、ＳＥＱ ＩＤ−Ｎｏ．１の位置３０００から３１１２までの５ＳｒＤＮＡか
   ら短縮した、少なくとも１つのＤＮＡ分子、 あるいはこれに加えて、相同で、
   類似の、又は少なくとも７５％同一のＤＮＡ分子。 ｅ）請求項目１による２つの核酸分子からの組み合わせ。 ｆ）２３ＳｒＤＮＡの３’末端から５’末端の方向に、少なくとも１００個のヌ
   クレオチド、すなわち、２３ＳｒＤＮＡ以内でハイブリダイズした領域でハイブ
   リダイズしたＤＮＡ分子を少なくとも１つ含有する組み合わせ。 その際、バクテリアや系統発生的バクテリア群、主として病原性バクテリアの検
   出には、ａ）からｆ）に基づく組み合わせが少なくとも１５塩基対を含有して、
   合成された核酸分子である可能性もある。
6. 【請求項６】 核酸分子、又は上記の請求項による核酸分子の組み合わせの
   入ったキット。
7. 【請求項７】 解析試料の中にあるバクテリア、主として病原性バクテリア
   の検出の方法で、１つの核酸、又は請求項１から５までの１項による核酸の組み
   合わせを解析試料に付加し活性化する処理を包む。及び、ハイブリット核酸に適
   応した検出法で、挿入した核酸とバクテリアの核酸を含む。
8. 【請求項８】 請求項１から５までによるプライマーの使用のもとに、様々
   な、特に属と種の分類区分単位の多数のバクテリアＤＮＡを増幅する方法。その
   際に最初の増幅処理にて、綱と門と科の上位の分類区分単位のＤＮＡを保存され
   たプライマーで増幅する。場合によっては、入れ子式の漸次に変性するプライマ
   ーを用いた少なくとも１回の他の増幅処理で、属、又は種に特異性のある最初の
   増幅産物の断片の一部を増加させる。さらに場合によっては、その他の処理で、
   属、又は種に特異性のある、増幅により得られたＤＮＡ断片をプローブを使用し
   て検出する。
9. 【請求項９】 上記の請求項による方法は、それが検出すべき核酸のＰＣＲ
   増幅を含む、と表記される。
10. 【請求項１０】 上記の請求項による方法は、それがサザンブロットハイブ
    リダイゼイションを含む、と表記される。
11. 【請求項１１】 バクテリア、あるいはバクテリアの核酸の検出のために請
    求項１から５までの１項に基づいた核酸分子の使用。
12. 【請求項１２】 請求項１１に基づいた核酸分子の使用は、それがその検出
    がポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を含む、と表記される。
13. 【請求項１３】 請求項１１に基づいた核酸分子の使用は、それがその検出
    がリガーゼ結合反応を含む、と表記される。
14. 【請求項１４】 請求項１１に基づいた核酸分子の使用は、それがその検出
    が等温の核酸増幅を含む、と表記される。
15. 【請求項１５】 バクテリアの同定、及び／あるいは特性を確認するために
    請求項１から５までの１項に基づいた核酸分子の使用。
16. 【請求項１６】 任意の大腸菌、又は大腸菌の分類区分単位の検出にＳＥＱ
    ＩＤ Ｎｏ．１１及び／あるいはＮｏ．２１２の配列、あるいは請求項１ａ）
    からｄ）の定義にあるように、そこから派生した誘導体を含む核酸分子の使用。
17. 【請求項１７】 病原性バクテリア科、又は病原性バクテリア科のうちの任
    意のバクテリアの検出に以下の配列を含む核酸分子の使用； 請求項１から５ま
    での１項に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤのＮｏ．１から２６、３４、４２、５４
    、６６、７８、８５、まで、１３５から１５３まで、１６６から２０１まで、９
    ６から１２１、１２５、及び／あるいは２０２から２１２。
18. 【請求項１８】 プロテオバクテリアのγ分枝、又はプロテオバクテリアの
    γ分枝のうちの任意のバクテリアの検出に以下の配列を含む核酸分子の使用：請
    求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．２から９５まで、１３５から２０
    １まで、２１１から２１４まで、２５２、２５３、２８９、２９０、３２６、３
    ２７、３６１、３６２、４０１、４０２及び、／あるいは４８６。
19. 【請求項１９】 Ｃｈｌａｍｙｄｉａｌｅｓ、又は Ｖｅｒｒｕｍｉｃｒｏ
    ｂｉａの群、あるいはＣｈｌａｍｙｄｉａｌｅｓ、又は Ｖｅｒｒｕｍｉ ｃｒ
    ｏｂｉａの群からの任意のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ
    ＩＤ Ｎｏ．２５１、２８８、３２５、３２６、４００、４３１及び、／ある
    いは５２４を含む核酸分子の使用。
20. 【請求項２０】 Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａの群、あるいはＣｙａｎｏｂ
    ａｃｔｅｒｉａの群からの任意のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列
    ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．２４８、２８５、３２２、３５７、３９７、４２９、５２
    １、２４９、２８６、３２３、３５８、３９８、４３０及び、／あるいは５２２
    を含む核酸分子の使用。
21. 【請求項２１】 Ｃｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓ 又は 緑硫黄バクテリアの群
    、あるいはＣｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓの群 又は 緑硫黄バクテリアの群からの
    任意のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．３９
    ５、４２８、５１９、２４６、２８３、３２０、３５５、５２０、２４７、２８
    ４、３２１、３５６及び、／あるいは３９６を含む核酸分子の使用。
22. 【請求項２２】 Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓの群、又は グラム陽性大腸菌の群
    、あるいはＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの群、又は グラム陽性大腸菌の群から の任
    意のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．２３０
    から２４５、２６９から２８２、３０６−３１９、３４１−３５４、３７６−３
    ９４、４１１から４２７及び、／あるいは５０５から５１８を含む核酸分子の使
    用。
23. 【請求項２３】 Ｓｐｉｒｏｃｈａｅｔａｌｅｓの群、又は Ｓｐｉｒｏｃ
    ｈａｅｔａｌｅｓの群からの任意のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配
    列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．２５０、２８７、３２４、３５９、３９９及び、／ある
    いは５２３を含む核酸分子の使用。
24. 【請求項２４】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    ４２、９６、１３５及び、／あるいは１６６を含む核酸分子の使用。これが、Ｂ
    ｕｄｖｉｃｉｃａ属又は、任意のＢｕｄｖｉｃｉｃａ属の種群又は、任意のＢｕ
    ｄｖｉｃｉｃａ属の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテリア、
    又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
25. 【請求項２５】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    ４２、１１４−１１９、１５１、１６４及び、／あるいは１８３を含む核酸分子
    の使用。これが、Ｓｅｒｒａｔｉａ属又は、任意のＳｅｒｒａｔｉａ属の種群又
    は、任意のＳｅｒｒａｔｉａ属の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系の
    バクテリア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
26. 【請求項２６】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    ９６、１２５、１８６及び、／あるいは２０１を含む核酸分子の使用。これが、
    Ｃｅｄｅｃｅａ属又は、任意のＣｅｄｅｃｅａ属の種群又は、任意のＣｅｄｅ
    ｃｅａ属の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテリア、又は微生
    物を除外して、検出する、と表記される。
27. 【請求項２７】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    ９７、１３６、１６７及び、／あるいは１８７を含む核酸分子の使用。これが、
    Ｂｕｔｔｉａｕｘｅｌｌａ属又は、任意のＢｕｔｔｉａｕｘｅｌｌａ属の種群又
    は、任意のＢｕｔｔｉａｕｘｅｌｌａ属の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠
    縁の系のバクテリア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
28. 【請求項２８】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    ９８、１３７、１６５、１６８及び、／あるいは１８８を含む核酸分子の使用。
    これが、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ属 （病原性バクテリア属）又は、任意のＥ
    ｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ属の種群又は、任意のＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ属の菌
    株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテリア、又は微生物を除外して
    、検出する、と表記される。
29. 【請求項２９】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    ９９、１００、１３８、１３９、１６９、１７０、１８９及び、／あるいは１９
    ０を含む核酸分子の使用。これが、Ｅｒｗｉｎｉａ属又は、任意のＥｒｗｉｎｉ
    ａ属の種群又は、任意のＥｒｗｉｎｉａ属の菌株を他の近縁の系及び／あるいは
    遠縁の系のバクテリア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
30. 【請求項３０】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    １、１０１３、１４０−１４２、１６５、１７１−１７３、１８７、１９１及び
    、／あるいは１９２を含む核酸分子の使用。これが、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ属
    又は、任意のＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ属の種群又は、任意のＥｓｃｈｅｒｉｃｈ
    ｉａ属の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテリア、又は微生物
    を除外して、検出する、と表記される。
31. 【請求項３１】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    １０４、１４３、１７４及び、／あるいは１９３を含む核酸分子の使用。これが
    、Ｈａｆｎｉａ属又は、任意のＨａｆｎｉａ属の種群又は、任意のＨａｆｎｉａ
    属の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテリア、又は微生物を除
    外して、検出する、と表記される。
32. 【請求項３２】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    １０５、１４４、１６５、１７５及び、／あるいは１８７を含む核酸分子の使用
    。これが、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属又は、任意のＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ属の種群
    又は、任意のＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ属の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁
    の系のバクテリア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
33. 【請求項３３】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    １０７、１４６、１７６及び、／あるいは１９４を含む核酸分子の使用。これが
    、Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ属又は、任意のＭｏｒｇａｎｅｌｌａ属の種群又は、任
    意のＭｏｒｇａｎｅｌｌａ属の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバ
    クテリア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
34. 【請求項３４】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    １０８、１０９、１４７、１６５、１７７、１７８、１８７及び、／あるいは１
    ８８を含む核酸分子の使用。これが、Ｐａｎｔｏｅａ属又は、任意のＰａｎｔｏ
    ｅａ属の種群又は、任意のＰａｎｔｏｅａ属の菌株を他の近縁の系及び／あるい
    は遠縁の系のバクテリア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
35. 【請求項３５】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    １１０、１１１、１４８、１４９、１７９、１８０、１９５及び、／あるいは１
    ９６を含む核酸分子の使用。これが、Ｐｒｏｔｅｕｓ属又は、任意のＰｒｏｔｅ
    ｕｓ属の種群又は、任意のＰｒｏｔｅｕｓ属の菌株を他の近縁の系及び／あるい
    は遠縁の系のバクテリア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
36. 【請求項３６】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    １２１、１２２、１５２、１５３、１６４、１８４、１８５、１９９及び、／あ
    るいは２００を含む核酸分子の使用。これが、Ｙｅｒｓｉｎｉａ属又は、任意の
    Ｙｅｒｓｉｎｉａ属の種群又は、任意のＹｅｒｓｉｎｉａ属の菌株を他の近縁の
    系及び／あるいは遠縁の系のバクテリア、又は微生物を除外して、検出する、と
    表記される。
37. 【請求項３７】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    １１２、１４９、１８１及び、／あるいは１９７を含む核酸分子の使用。これが
    、Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ属又は、任意のＰｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ属の種群又は
    、任意のＰｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ属の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の
    系のバクテリア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
38. 【請求項３８】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    １１３、１５０、１６４、１８２及び、／あるいは１９８を含む核酸分子の使用
    。これが、Ｒａｈｎｅｌｌａ属又は、任意のＲａｈｎｅｌｌａ属の種群又は、任
    意のＲａｈｎｅｌｌａ属の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテ
    リア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
39. 【請求項３９】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    ２０２及び、／あるいは２０３を含む核酸分子の使用。これが、Ｃｉｔｒｏｂａ
    ｃｔｅｒ属又は、任意のＣｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ属の種群又は、任意のＣｉｔｒ
    ｏｂａｃｔｅｒ属の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテリア、
    又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
40. 【請求項４０】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    ２０４−２１０、４０１、４３２及び、／あるいは４８６を含む核酸分子の使用
    。これが、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ属又は、任意のＳａｌｍｏｎｅｌｌａ属の種群
    又は、任意のＳａｌｍｏｎｅｌｌａ属の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁
    の系のバクテリア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
41. 【請求項４１】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    ２７、３５、４３、５５、６７、７９、８６、１２２及び、／あるいは１５４を
    含む核酸分子の使用。これが、γ群の蛍光性Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄ群、又は、
    γ群の蛍光性Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄ群から任意の属群、種群、又は菌株群、又
    は、γ群の蛍光性Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄ群から任意の属、種、又は菌株、又は
    、γ群の蛍光性ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｄのＭｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ科又は、
    γ群のＭｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ科から任意の属、種、又は菌株、又は、Ａｃ
    ｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ属又は、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ属の任意の種群、
    又は、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ属の任意の菌株を他の近縁の系及び／あるい
    は遠縁の系のバクテリア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
42. 【請求項４２】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    ２８、３６、４４、５６、６８、８０、８７、１２３、１２４及び、／あるいは
    １５５を含む核酸分子の使用。これが、プロテバクテリアのγ群の「Ａｅｒｏｍ
    ｏｎａｓ群」又は、γ群の「Ａｅｒｏｍｏｎａｓ群」から任意の属群、種群、又
    は菌株群、あるいは、γ群の「Ａｅｒｏｍｏｎａｓ群」から任意の属、種、又は
    菌株、又は、Ａｅｒｏｍｏｎａｓ属、又は、Ａｅｒｏｍｏｎａｓ属の任意の種群
    、又は、Ａｅｒｏｍｏｎａｓ属の任意の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁
    の系のバクテリア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
43. 【請求項４３】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    ２９、３７、４５、５７、６９、８１、８８、１２６及び、／あるいは１５６を
    含む核酸分子の使用。これが、γ群のＰａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ科又は、
    γ群のＰａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ科から任意の属群、種群、又は菌株群、
    又は、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ属、又は、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ属の任意の種
    群、又は、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ属の任意の菌株を他の近縁の系及び／あるい
    は遠縁の系のバクテリア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
44. 【請求項４４】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    ３０、３８、４６、５８、７０、８２、８９、１２７及び、／あるいは１５７を
    含む核酸分子の使用。これが、γ群の蛍光性Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄ群、又は、
    γ群の蛍光性Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄ群から任意の属群、種群、又は菌株群、又
    は、γ群の蛍光性ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｄのＭｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ科、又
    は、γ群のＭｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ科から任意の属、種、又は菌株、又は、
    Ｍｏｒａｘｅｌｌａ属、又は、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ属の任意の種群、又は、Ｍｏ
    ｒａｘｅｌｌａ属の任意の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテ
    リア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
45. 【請求項４５】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    ３１、３９、４７、５９、７１、８３、１２８及び、／あるいは１５８を含む核
    酸分子の使用。これが、γ群のＰａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ科、又は、γ群
    のＰａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ科から任意の属、種、又は菌株、又は、Ｐａ
    ｓｔｅｕｒｅｌｌａ属、又は、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ属の任意の種群、又は、
    Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ属の任意の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系
    のバクテリア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
46. 【請求項４６】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    ３２、４０、４８、６０、７２、８４、９０、１２９及び、／あるいは１５９を
    含む核酸分子の使用。これが、γ群のＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓ群、又は、γ群の
    Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ群から任意の属、種、又は菌株、又は、Ｓｔｅｎｏｔｒ
    ｏｐｈｏｍｏｎａｓ属、又は、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ属の任意の種
    群、又は、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ属の任意の菌株を他の近縁の系及
    び／あるいは遠縁の系のバクテリア、又は微生物を除外して、検出する、と表記
    される。
47. 【請求項４７】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    ３３、４１、５０−５３、６１−６５、７３−７７、９１−９５、１３０−１３
    ４、１６０−１６２及び、／あるいは１６３を含む核酸分子の使用。これが、γ
    群のＶｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ科、又は、γ群のＶｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ科か
    ら任意の属、種、又は菌株、又は、Ｖｉｂｒｉｏ属、又は、Ｖｉｂｒｉｏ属の任
    意の種群、又は、Ｖｉｂｒｉｏ属の任意の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠
    縁の系のバクテリア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
48. 【請求項４８】 バクテリア、又は系統発生的群のバクテリアの検出に請求
    項１に基づいた、核酸分子ＳＥＱ ＩＤ ４７４ の使用。これが、Ａｚｏｔｏ
    ｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ科、及び／あるいはそのメンバー、又は、γ群のＶｉ
    ｂｒｉｏｎａｃｅａｅ科から任意の属、種、又は菌株、又は、Ａｚｏｔｏｂａｃ
    ｔｅｒ属、又は、Ａｚｏｔｏｂａｃｔｅｒ属の任意の種群、又は、Ａｚｏｔｏｂ
    ａｃｔｅｒ属の任意の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテリア
    、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
49. 【請求項４９】 バクテリア、又は系統発生的群のバクテリアの検出に請求
    項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．４０２、４３３及び、／あるいは４
    ８７を含む核酸分子の使用。これが、Ｂｕｃｈｎｅｒａ属、又は、Ｂｕｃｈｎｅ
    ｒａ属の任意の種群、又は、Ｂｕｃｈｎｅｒａ属の任意の菌株を他の近縁の系及
    び／あるいは遠縁の系のバクテリア、又は微生物を除外して、検出する、と表記
    される。
50. 【請求項５０】 バクテリア、又は系統発生的群のバクテリアの検出に請求
    項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．２１３、２５２、２８９、３２６、
    ３６１、４０３、４３４及び、／あるいは４８８を含む核酸分子の使用。これが
    、プロテオバクテリアのγ群蛍光性Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄｅ群、又は、蛍光性
    Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属、又は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属の任意の種群、又
    は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属の任意の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁
    の系のバクテリア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
51. 【請求項５１】 バクテリア、又は系統発生的群のバクテリアの検出に請求
    項１−１０に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．５２９を含む核酸分子の使用
    。これが、プロテオバクテリアのγ群のＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓ群、Ｘａｎｔｈ
    ｏｍｏｎａｓ群、又は、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ属の任意の種群、又は、Ｘａｎ
    ｔｈｏｍｏｎａｓ属の任意の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバク
    テリア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
52. 【請求項５２】 プロテオバクテリアのγ分枝からのバクテリア、又は系統
    発生的群のバクテリアの検出に請求項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．
    ２１３、２５２、２８９、３２６、３６１、４０３、４３４及び、／あるいは４
    ８８を含む核酸分子の使用。これが、γ群の蛍光性Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄ群、
    又は、γ群の蛍光性Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄ群から任意の属群、種群、又は菌株
    群、又は、γ群の蛍光性Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄ群から任意の属、種、又は菌株
    、又は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属、又は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｔｕｔ
    ｚｅｒｉ種、又は、γ群の蛍光性Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄ群からＰｓｅｕ−ｄｏ
    ｍｏｎａｓ属の任意の菌株を、他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテリ
    ア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
53. 【請求項５３】 バクテリア、又は系統発生的群のバクテリアの検出に請求
    項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．２１６、２５５、２９２、３２９、
    ３６４、４３７及び／あるいは４９１を含む核酸分子の使用。これが、Ｒｉｃｋ
    ｅｔｔｓｉａｌｅｓ、又は、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｃｅａｅ科、又は、Ａｄａｌ
    ｉａ属、又は、Ａｄａｌｉａ属の任意の種群、又は、Ａｄａｌｉａ属の任意の菌
    株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテリア、又は微生物を除外して
    、検出する、と表記される。
54. 【請求項５４】 バクテリア、又は系統発生的群のバクテリアの検出に請求
    項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．２１５、２５４、２９１、３２８、
    ３６３、４３６及び／あるいは４９０を含む核酸分子の使用。これが、Ｒｈｉｚ
    ｏｂｉａｃｅａｅ科、又は、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、又は、Ａｇｒｏｂ
    ａｃｔｅｒｉｕｍ属の任意の種群、又は、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属の任意
    の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテリア、又は微生物を除外
    して、検出する、と表記される。
55. 【請求項５５】 バクテリア、又は系統発生的群のバクテリアの検出に請求
    項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．４３９及び／あるいは４９２を含む
    核酸分子の使用。これが、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ群、又はＲｈｉｚｏｂａｃ
    ｔｅ−ｒｉａ、Ｂｒｕｃｅｌｌａ属、又は、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属の任
    意の種群、又は、Ｂｒｕｃｅｌｌａ ａｂｏｒｔｕｓ種、又は、Ｂｒｕｃｅｌｌ
    ａ属の任意の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテリア、又は微
    生物を除外して、検出する、と表記される。
56. 【請求項５６】 バクテリア、又は系統発生的群のバクテリアの検出に請求
    項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．２１８、２５７、２９４、３３１、
    ３６５、４３９及び／あるいは４９２を含む核酸分子の使用。これが、Ｒｈｉｚ
    ｏｂｉａｃｅａｅ群、又はＲｈｉｚｏｂａｃｔｅ−ｒｉａ、又は、Ｂｒｕｃｅｌ
    ｌａ属、又は、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属の任意の種群、又は、Ｂｒｕｃｅ
    ｌｌａ ｏｖｉｓ種、又は、Ｂｒｕｃｅｌｌａ属の任意の菌株を他の近縁の系及
    び／あるいは遠縁の系のバクテリア、又は微生物を除外して、検出する、と表記
    される。
57. 【請求項５７】 バクテリア、又は系統発生的群のバクテリアの検出に請求
    項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．４３９及び／あるいは４９２を含む
    核酸分子の使用。これが、Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ群、又はＲｈｉｚｏｂａｃ
    ｔｅ−ｒｉａ、又は、Ｂｒｕｃｅｌｌａ属、又は、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ
    属の任意の種群、又は、Ｂｒｕｃｅｌｌａ ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓ種、又は、Ｂ
    ｒｕｃｅｌｌａ属の任意の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテ
    リア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
58. 【請求項５８】 バクテリア、又は系統発生的群のバクテリアの検出に請求
    項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．２１９、２５８、２９５、３３１、
    ３６６、４４０及び／あるいは４９３を含む核酸分子の使用。これが、Ｂｒａｄ
    ｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ群、又は、Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ属、又は、Ｂｒ
    ａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ属の任意の種群、又は、Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕ
    ｍ属の任意の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテリア、又は微
    生物を除外して、検出する、と表記される。
59. 【請求項５９】 バクテリア、又は系統発生的群のバクテリアの検出に請求
    項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．５３０を含む核酸分子の使用。これ
    が、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、又は、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｃｅａｅ科、又
    は、Ｅｈｒｌｉｃｈｉｅａｅ、Ｃｏｗｄｕｒｉａ属、Ｃｏｗｄｕｒｉａ属の任意
    の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテリア、又は微生物を除外
    して、検出する、と表記される。
60. 【請求項６０】 バクテリア、又は系統発生的群のバクテリアの検出に請求
    項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．２２０、２５９、２９６、３３２、
    ３６７、４４１及び／あるいは４９４を含む核酸分子の使用。これが、Ｐｒｏｔ
    ｅｏｂａｋｔｅｒｉａのα群のＺｙｍｏｍｏｎａｓ群又は、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏ
    ｎａｓ属、又は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｐａｕｃｉｍｏｂｉｌｉｓ種、又は
    、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ属の任意の菌株、又はＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｐ
    ａｕｃｉｍｏｂｉｌｉｓ種を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテリア
    、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
61. 【請求項６１】 バクテリア、又は系統発生的群のバクテリアの検出に請求
    項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．２２１、２６０、２９７、３３３、
    ３６８、４４２及び／あるいは４９５を含む核酸分子の使用。これが、Ｐｒｏｔ
    ｅｏｂａｋｔｅｒｉａのα群のＲｈｏｄｏｂａｃ−ｔｅｒｉａ群又は、Ｒｈｏｄ
    ｏｂａｃｔｅｒ属、又は、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒ属の任意の菌株、他の近縁の
    系及び／あるいは遠縁の系のバクテリア、又は微生物を除外して、検出する、と
    表記される。
62. 【請求項６２】 バクテリア、又は系統発生的群のバクテリアの検出に請求
    項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．２２２、２６１、２９８、３３３、
    ３６９、４４３、４９６、４９７及び／あるいは４９８を含む核酸分子の使用。
    これが、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、又は、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｃｅａｅ、
    又は、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉｅａｅ、又は、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ属、又は、Ｒｉ
    ｃｋｅｔｔｓｉａ ｐｒｏｗａｚｅｋｉｉ種、又はＲｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｂｅ
    ｌｌｉｉ、又はＲｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｒｉｃｋｅｔｔｓｉｉ、又は、Ｒｉｃｋ
    ｅｔｔｓｉａ属の任意の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテリ
    ア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
63. 【請求項６３】 バクテリア、又は系統発生的群のバクテリアの検出に請求
    項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．２２３、２６２、２９９、３３４、
    ３７０、４０５、４９９及び／あるいは５２５を含む核酸分子の使用。これが、
    Ｐｒｏｔｅｏｂａｋｔｅｒｉａのα群のＺｙｍｏｍｏｎａｓ群又は、Ｓｐｈｉｎ
    ｇｏｍｏｎａｓ属、又は、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ属の任意の菌株を他の近縁
    の系及び／あるいは遠縁の系のバクテリア、又は微生物を除外して、検出する、
    と表記される。
64. 【請求項６４】 バクテリア、又は系統発生的群のバクテリアの検出に請求
    項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．４８５を含む核酸分子の使用。これ
    が、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ、又は、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｃｅａｅ、又は
    、Ｗｏｌｂａｃｈｉｅａｅ、又は、Ｗｏｌｂａｃｈｉａ属、又は、Ｗｏｌｂａｃ
    ｈｉａ属の任意の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテリア、又
    は微生物を除外して、検出する、と表記される。
65. 【請求項６５】 バクテリア、又は系統発生的群のバクテリアの検出に請求
    項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．２２４、２６３、３００、３３５、
    ３７１、５００及び／あるいは５２６を含む核酸分子の使用。これが、Ｐｒｏｔ
    ｅｏｂａｋｔｅｒｉａのα群のＺｙｍｏｍｏｎａｓ群又は、Ｚｙｍｏｍｏｎａｓ
    属、又は、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ属の任意の菌株を他の近縁の系及び／ある
    いは遠縁の系のバクテリア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
66. 【請求項６６】 バクテリア、又は系統発生的群のバクテリアの検出に請求
    項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．２２５、２６４、３０１、３３６、
    ３７２、４０６、５０１及び／あるいは５２７を含む核酸分子の使用。これがＡ
    ｌｃａｌｉｇｅｎａｃｅａｅ、又は、Ａｌｃａｌｉｇｅｎｅｓ属、又は、Ａｌｃ
    ａｌｉｇｅｎｅｓ属の任意の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバク
    テリア、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
67. 【請求項６７】 バクテリア、又は系統発生的群のバクテリアの検出に請求
    項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．２２６、２６５、３０１、３３７、
    ４０７、４４４及び／あるいは５０２を含む核酸分子の使用。これが、Ｐｒｏｔ
    ｅｏｂａｋｔｅｒｉａのβ群のＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｄｅｎのＰｓｅｕｄｏｍａ
    ｌｌｅｉ群又は、Ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ群Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属、又は
    、Ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ群のＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属の任意の菌株を、他
    の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテリア、又は微生物を除外して、検出
    する、と表記される。
68. 【請求項６８】 バクテリア、又は系統発生的群のバクテリアの検出に請求
    項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．２２７、２６６、３０３、３３８、
    ３７３、４０８、４４５及び／あるいは５０３を含む核酸分子の使用。これが、
    Ｂｕｒｋｈｏｌｄｄｅｒｉａ群、又は、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ属、又は、Ｒａｌｓ
    ｔｏｎｉａ属の任意の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテリア
    、又は微生物を除外して、検出する、と表記される。
69. 【請求項６９】 バクテリア、又は系統発生的群のバクテリアの検出に請求
    項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．２２８、２６７、３０４、３３９、
    ３７４、４０９及び／あるいは４４６を含む核酸分子の使用。これが、Ｃａｍｐ
    ｙｌｏｂａｃｔｅｒ群、又は、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ属、又は、Ｃａｍｐ
    ｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ種、又は、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ属の
    任意の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテリア、又は微生物を
    除外して、検出する、と表記される。
70. 【請求項７０】 バクテリア、又は系統発生的群のバクテリアの検出に請求
    項１に基づいた、配列ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．２２９、２６８、３０５、３４０、
    ３７５、４１０、４４７及び／あるいは５０４を含む核酸分子の使用。これが、
    Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ群、又は、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ属、又は、Ｈｅ
    ｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ種、又は、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ属の
    任意の菌株を他の近縁の系及び／あるいは遠縁の系のバクテリア、又は微生物を
    除外して、検出する、と表記される。
71. 【請求項７１】 請求項１に基づく核酸分子は、それが代案ａ）従い、ＳＥ
    Ｑ ＩＤ Ｎｏ．２１１とＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．２１２から選択された、１つの
    配列を含有する、と表記される。
72. 【請求項７２】 請求項５に基づく組み合わせは、それが請求項７１に従い
    、１つの配列に少なくとも１個の核酸分子を含む、と表記される。
73. 【請求項７３】 請求項７２に基づく組み合わせは、それがＳＥＱ ＩＤ
    Ｎｏ．２１１に従った１つの配列を用いた１個の核酸分子とＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ
    ．２１２に従った１つの配列を用いた１個の核酸分子を含有する、と表記される
    。
74. 【請求項７４】 キットには請求項７１に基づく１個の核酸、及び／あるい
    は請求項７２と７３に基づく組み合わせが含まれている。