JP2000228990A - 複製可能なdna、形質転換された微生物、プラスミドベクター及びd−パントテン酸の製造方法 - Google Patents
複製可能なdna、形質転換された微生物、プラスミドベクター及びd−パントテン酸の製造方法Info
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Abstract
法の提供 【解決手段】 アスパルテート−1−デカルボキシラー
ゼをコードするヌクレオチド配列を含む、コリネバクテ
リウム属及びエシェリキア属の微生物中で複製可能な、
場合により組み換えられたDNA
Description
品、栄養食品及び動物飼料中に使用される商業的に重要
なビタミンである。
液中での適当な微生物の発酵により生物工学的に製造す
ることができる。化学合成の場合にはDL−パントラク
トンが重要な中間体である。これはホルムアルデヒド、
イソブチルアルデヒド及びシアニドから多工程法で製造
される。他の方法工程においてラセミ混合物を分離し、
D−パントラクトンをβ−アラニンで縮合し、D−パン
トテン酸が得られる。
トテン酸不含のパントテン酸の所望のD−形の直接形成
にある。
a coli、Arthrobacter ureaf
aciens、Corynebacterium er
ythrogenes、Brevibacterium
ammoniagenes及び酵母、例えばDeba
romyces castelliiの多様な種類は、
欧州特許出願公開第0493060号明細書に示された
ように、グルコース、DL−パントイン酸及びβ−アラ
ニンを含有する培養液中でD−パントテン酸を産生する
ことができる。欧州特許出願公開第0493060号明
細書は、さらに、Escherichia coliか
らの、プラスミドpFV3及びpFV5上に含まれるパ
ントテン酸−生合成遺伝子の増幅により、グルコース、
DL−パントイン酸及びβ−アラニンを含有する培養液
中で、D−パントテン酸の生成が改善されることが示さ
れている。
書及び米国特許5518906号明細書は、Esche
richia coli株IFO3547から誘導され
た突然変異種、例えばFV5714、FV525、FV
814、FV521、FV221、FV6051及びF
V5069を記載しており、これらは多様な代謝拮抗
物、例えばサリチル酸、α−ケト酪酸、β−ヒドロキシ
アスパラギン酸、O−メチルトレオニン及びα−ケトイ
ソ吉草酸に対して耐性を有し、グルコース含有培養液中
でパントイン酸を及びグルコース及びβ−アラニンを含
有する培養液中でD−パントテン酸を産生する。欧州特
許出願公開0590857号明細書及び米国特許551
8906号明細書中では、さらに、プラスミドpFV3
1上に含まれるパントテン酸−生合成遺伝子の増幅によ
り、上記の株中で、グルコース含有培養液中でD−パン
トイン酸の産生が、及びグルコース及びβ−アラニンを
含有する培養液中でD−パントテン酸の産生が改善され
ることが示されている。
トテン酸を形成するEscherichia coli
の株中で、酵素のアセトヒドロキシ酸−シンターゼII
の活性の向上により、バリン−生合成の酵素、パントテ
ン酸−産生をさらに高めることができる。
によるパントテン酸の改善された製造方法に対する新規
の基本を提供することであった。
は、化粧品、医薬品、栄養食品及び動物飼料中に使用さ
れる商業的に重要な生成物である。従って、パントテン
酸の改善された製造方法を提供するという一般的興味が
生じる。
又はパントテネートに言及する場合、遊離酸だけでなく
D−パントテン酸の塩、例えばカルシウム塩、ナトリウ
ム塩、アンモニウム塩又はカリウム塩を意味するものと
する。
酸を産生する微生物の使用下で、微生物中でL−アスパ
ルテート−1−デカルボキシラーゼ(E.C. 4.
1.1.11)をコードするpanD−遺伝子を単独又
は遺伝子panB及び/又はpanCと組み合わせて強
化する(特に過剰発現させる)D−パントテン酸の発酵
による製造方法である。本発明はさらに特許請求の範囲
に記載されているような相応する組換えDNA−配列に
関する。本発明の対象は、請求項8から17に従って製
造され、改善された、D−パントテン酸産生微生物の使
用下で実施される、D−パントテン酸の発酵により製造
方法にも関する。
遺伝子のコピー数を高めるか、強いプロモータを使用す
るか又は高い活性を有する相当する酵素をコードする遺
伝子を使用することにより、及び場合によりこれらの手
法を組み合わせることにより、微生物中で相当するDN
Aによりコードされる1種以上の酵素の細胞内活性を高
めることを意味する。
ス、サッカロース、ラクトース、フルクトース、マルト
ース、糖蜜、デンプン、セルロースから又はグリセリン
とエタノールとからパントテン酸を製造できる。菌類又
は酵母又はグラム陽性バクテリア、例えばCoryne
bacterium属又はグラム陰性バクテリア、例え
ば腸内細菌科が挙げられる。腸内細菌科において、特に
Escherichiacoliの種類のEscher
ichia属が挙げられる。この種のEscheric
hia coliの中で、いわゆるK−12株、例えば
MG1655又はW3110(Neidhard et al.: Esche
richia coli and Salmonella. Cellularand Molecular
Biology (ASM Press, Washington D.C.))又はEsch
erichia coli野生型IFO3547(Inst
itut fuer Fermentation, Osaka, Japan)及びこれらか
ら誘導された突然変異種が挙げられる。コリネバクテリ
ウム属の場合に特にCorynebacterium
glutamicumの種類が挙げられ、これはこの専
門分野においてそのアミノ酸を産生する能力が公知であ
る。この種に属する野生型株、例えばB. Coryn
ebacterium glutamicum ATC
C13032、Brevibacterium fla
vum ATCC14067、Corynebacte
riummelassecola ATCC17965
及びこれらの突然変異種が挙げられる。
1−デカルボキシラーゼ(E.C.4.1.1.11)
をコードする新規のpanD−遺伝子、特にコリネバク
テリウム グルタミクムからのpanD−遺伝子の過剰
発現によりパントテン酸を改善して産生することを見出
した。
付加的にケトパントエートヒドロキシメチルトランスフ
ェラーゼ及びパントテネートシンテターゼをコードする
遺伝子のpanB及びpanCを個々に又は一緒に過剰
発現させて存在する株中で有利に作用することが見出さ
れた。
遺伝子のコピー数を高めるか、又は構造遺伝子の上流に
存在するプロモーター部位及びレギュレーション部位を
突然変異させることができる。同様に、構造遺伝子の上
流に組み込まれた発現カセットが作用する。誘導可能な
プロモーターにより、付加的に発酵によるD−パントテ
ネート形成の過程において発現を向上させることができ
る。m−RNAの寿命を延長させる手段によっても同様
に発現を改善できる。さらに酵素タンパク質の分解を阻
害することによっても同様に酵素活性が強化される。遺
伝子又は遺伝子構造体は異なるコピー数を有するプラス
ミド中に存在するか又は染色体中に組み込まれ、増幅さ
れ得る。また、さらに該当する遺伝子の過剰発現は、培
地組成の変更及び培養操作の変更により達成することが
できる。
Martin et al. (Bio/Technology 5,137-146 (1987)), G
uerrero et al. (Gene 138, 35-41 (1994)), Tsuchiya
andMorinaga (Bio/Technology 6, 428-430 (1988)), Ei
kmanns et al. (Gene 102,93-98 (1991)), 欧州特許第
0472869明細書, 米国特許第4601893号明
細書, Schwarzer and Puehler (Bio/Technology 9, 84-
87 (1991), Reinscheid et al. (Applied and Envirome
ntal Microbiology 60, 126-132 (1994)), LaBarre et
al. (Journal of Bacteriology 175, 1001-1007 (199
3)), 特許出願WO 96/15246, Jensen and Ha
mmer (Biotechnology and Bioengineering 58, 191-195
(1998))又はハンドブック”Manual of Methods for Ge
neral Bacteriology (Washington D.C., USA, 1981)”
に見ることができる。
n (Journal of Bacteriology 134:1141-1156 (1978)),
Hartley and Gregori (Gene 13:347-353 (1981)), Aman
n and Brosius (Gene 40:183-190 (1985)), Broer et a
l. (Proceedings of the National of Sciences of the
United States of America 80:21-25 (1983)), LaVall
ie et al. (BIO/TECHNOLOGY 11, 187-193 (1993)), PCT
/US97/13359, Llosa et al. (Plasmid 26:222-224 (199
1)), Quandt and Klipp (Gene 80:161-169 (1989)), Ha
milton (Journal of Bacteriology 171:4617-4622 (198
9), Makrides (Microbiological Reviews 60:512-538
(1996)) 及び遺伝学及び分子生物学の公知の教書に見る
ことができる。
伝子又は他の遺伝子例えば遺伝子panB及びpanC
の単離のために、まずE.coli中の微生物の遺伝子
ライブラリーを作成する。遺伝子ライブラリーの作成は
一般に公知の教書及びハンドブックにおいて記載されて
いる。例として、Winnackerの教書:Gene und Klone,Ei
ne Einfuehrung in die Gentechnologie (Verlag Chemi
e, Weinheim, Deutschland, 1990)又はSambrook et al.
の教書:Molecular Cloning, A Laboratory Manual (Co
ld Spring Harbor Laboratory Press, 1989)が挙げられ
る。公知の遺伝子ライブラリーは、Kohara et al. (Cel
l 50, 495-508 (1987))によるλ−ベクター中に作成さ
れたE.coli K−12株W3110の遺伝子ライ
ブラリーである。Bathe et al. (Molecular and Genera
l Genetics, 252:255-265, 1996)はC.glutami
cum ATCC13032の遺伝子ライブラリを記載
しており、この遺伝子ライブラリーはコスミドベクター
SuperCos I(Wahl et al., 1987, Proceeding
s of the National Academy of Sciences USA, 84:2160
-2164)を用いてE.coliK−12株NM554(Ra
leigh et al., 1988, Nucleic Acids Research 16:1563
-1575)中で作成された。E.coli中のC.glu
tamicumの遺伝子ライブラリーの製造は、pBR
322(Bolivar, Life Sciences, 25, 807-818 (197
9))又はpUC9(Vieria et al., 1982, Gene, 19:25
9-268)のようなプラスミドも使用することができる。
宿主として特に制限欠失(restriktionsdefekt)及び組
換え欠失(rekombinationsdefekt)であるようなE.c
oli株が適している。これについての例は、Grant et
al. (Proceedings of the National Academy of Scienc
es USA, 87 (1990) 4645-4649)に記載されてた株DH5
αmcrである。
中へ形質転換(Hanahan, Journal of Molecular Biolog
y 166, 577-580, 1983)又はエレクトロポレーション
(Tauch et. al., 1994, FEMS Microbiological Letter
s, 123:343-347)によって導入することができる。この
指示株は、検出可能な表現型、例えば栄養要求性を生じ
させる重要な遺伝子中に突然変異を有することにおいて
優れている。本発明の範囲内で、panD遺伝子中に突
然変異を有するE.coli突然変異体DV9(Vallar
i and Rock, Journal of Bacteriology 1985, 164:136-
142)が特に重要である。パントテン酸必要性E.co
li突然変異体の他の例はSJ2株であり、これはpa
nB−遺伝子中に突然変異を有し、Yale大学のGene
tic StockCenter(New Haven, Cnnecticut, USA)から
購入することができる。指示株、例えばpanD−突然
変異体DV9を、重要な遺伝子、例えばpanD−遺伝
子を有する組換えプラスミドで形質転換し、該当する遺
伝子を発現させた後で、この指示株は相応する特性、例
えばパントテン酸−要求性に関して原栄養体となる。こ
のように単離された遺伝子もしくはDNA−フラグメン
トは、例えばSanger et al. (Proceedings of the Nati
onal of Sciences of the United States of America U
SA, 74:5463-5467, 1977)に記載されたように配列決定
により特性決定された。引き続き、例えばGenBank (Ben
son et al., 1998, Nucleic Acids Research, 26:1-7)
のデータバンク中に含まれている公知の遺伝子に対する
同一性の度合いを、公開された方法(Altschul et al.,
1990, Journal of Molecular Biology 215:403-410)
で分析することができる。
伝子panDをコードする新規のDNA−配列が得ら
れ、この配列は配列番号1として本発明の構成要素であ
る。さらに、本発明のDNA−配列から上記記載の方法
を用いて相応する酵素のアミノ酸配列が誘導された。配
列番号2中ではpanD−遺伝子産物の得られたアミノ
酸配列、つまりL−アスパルテート−1−デカルボキシ
ラーゼが示されている。さらにC.glutamicu
mの遺伝子panB及びpanCをコードする新規のD
NA−配列が得られ、この配列は配列番号3として本発
明の構成要素である。配列番号4中にはpanB−遺伝
子産物の得られたアミノ酸配列、つまりケトパントエー
トヒドロキシメチルトランスフェラーゼが示されてお
り、配列番号5中にはpanC−遺伝子産物の得られた
アミノ酸配列、つまりパントテネートシンテターゼが示
されている。
子コードの同義性(Degeneriertheit)により生じたコ
ードするDNA−配列も同様に本発明の構成要素であ
る。同様に、配列番号1及び/又は配列番号3とハイブ
リダイズするDNA−配列も本発明の構成要素である。
この専門分野において、さらにタンパク質中での同類ア
ミノ酸置換(konservative Aminosaeureaustausch)、
例えばグリシンのアラニンによる置換又はアスパラギン
酸のグルタミン酸による置換は「センス突然変異」(se
nse mutations; Sinnmutationen)として公知であり、
このセンス突然変異はタンパク質の活性の根本的な変更
を引き起こさない、つまり機能的に中立である。さら
に、タンパク質のN−及び/又はC−末端での変更はそ
の機能に本質的に影響を及ぼさないか、それどころか安
定化することもできることは公知である。これについて
の情報は、当業者は特にBen-Bassat et al. (Journal o
f Bacteriology 169:751-757 (1987)), O'Regan et al.
(Gene 77:237-251 (1989)), Sahin-Toth et al. (Prot
ein Sciences 3:240-247 (1994)), Hochuli et al. (Bi
o/Technology 6:1321-1325 (1988))及び遺伝学及び分子
生物学の公知の教書に見ることができる。相応して配列
番号2、配列番号4及び/又は配列番号5から得られた
アミノ酸配列も同様に本発明の構成要素である。
続き個々に又は場合により他のものと組み合わせて適当
な微生物中で発現させることができる。遺伝子を発現さ
せるもしくは過剰発現させる公知の方法は、さらに発現
シグナルを設置することができるプラスミドベクターを
用いて増幅することである。プラスミドベクターとし
て、相応する微生物中で増幅可能なものが挙げられる。
Escherichiacoli用に例えばベクターp
SC101(Vocke and Bastia, Proceedingsof the Na
tional Academy of Sciences USA 80 (21), 6557-6561
(1983))又はpKK223−3(Brosius and Holy, Pr
oceedings of the National Academyof Sciences USA 8
1, 6929 (1984))又はCorynebacterium
glutamicum用に例えばベクターpEKEx
1(Eikmanns et al., Gene 102:93-98 (1991))又はp
Z8−1(欧州特許第0375889号明細書)が本発
明のために挙げられる。この種の微生物の例は、C.g
lutamicum株ATCC13032/pND−D
2及びATCC13032/pND−DBC2及びE.
coli株MG1655/pND−D2であり、これら
はプラスミドpND−D2及びpND−DBC2を含有
する。プラスミドpND−D2はプラスミドpZ8−1
ベースのE.coli−C.glutamicumシャ
トルベクターであり、このシャトルベクターはC.gl
utamicumのpanD−遺伝子を有する。プラス
ミドpND−DBC2はプラスミドpZ8−1ベースの
E.coli−C.glutamicumシャトルベク
ターであり、このシャトルベクターはC.glutam
icumの遺伝子panD、panB及びpanCを有
する。
質に対する耐性を引き起こすか又はパントテン酸の前駆
体の流出を阻止する染色体突然変異は、本発明の対象で
ある手段を用いて有利に組み合わせることができること
は当業者には明らかである。
に又は不連続的に、バッチ法(Satzkultivierung)又は
フィードバッチ法(fed batch; Zulaufverfahren)又は
繰り返しフィードバッチ法(repeated fed batch;repet
itives Zulaufverfahren)でパントテン酸−産生の目的
で培養することができる。公知の培養法に関する概要は
Chmiel (Bioprozesstechnik 1. Einfuehrung in die Bi
overfahrenstechnik (Gustav Fischer Verlag, Stuttga
rt, 1991))の教書又はStorhas (Bioreaktorenund perip
here Einrichtungen (Vieweg Verlag, Braunschweig/Wi
esbaden, 1994))の教書に記載されている。
の微生物の要求を満たさなければならない。多様な微生
物の培養基の記載は、ハンドブック"Manual of Methods
forGeneral Bacteriology", American Society for Ba
cteriology (Washington D.C., USA, 1981)になされて
いる。炭素源として、糖及び炭水化物、例えばグルコー
ス、サッカロース、ラクトース、フルクトース、マルト
ース、糖蜜、デンプン及びセルロース、油及び脂肪、例
えば大豆油、ヒマワリ油、落花生油及びココナッツ脂
肪、脂肪酸、例えばパルミチン酸、ステアリン酸及びリ
ノール酸、アルコール、例えばグリセリン及びエタノー
ル及び有機酸、例えば酢酸を使用することができる。こ
の材料は単独で又は混合物として使用することができ
る。窒素源として、有機窒素含有化合物、例えばペプト
ン、酵母抽出物、肉抽出物、麦芽抽出物、トウモロコシ
膨潤水、ダイズ粉及び尿素又は無機化合物、硫酸アンモ
ニウム、塩化アンモニウム、リン酸アンモニウム、炭酸
アンモニウム及び硝酸アンモニウムが使用される。この
窒素源は個々に又は混合物として使用することができ
る。リン源として、リン酸、リン酸二水素カリウム又は
リン酸水素二カリウム又は相応するナトリウム含有塩を
使用することができる。この培養基は、さらに成長に必
要な金属塩、例えば硫酸マグネシウム又は硫酸鉄を含有
しなければならない。最後に、必須の成長物質、例えば
アミノ酸及びビタミンを前記の物質に対して付加的に使
用することができる。この培養基にさらにパントテン酸
の前駆体、例えばアスパルテート、β−アラニン、ケト
イソバレレート又はケトパントイン酸又はパントイン酸
及び場合によりこれらの塩を添加することができる。前
記の添加物質は培養へ1回のバッチの形で添加するか、
又は適当な手法で培養の間に供給することができる。
性化合物、例えば水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、
アンモニア、又は酸性化合物、例えばリン酸又は硫酸が
適当な手法で使用される。泡形成を制御するために、消
泡剤、例えば脂肪酸ポリグリコールエステルを使用する
ことができる。プラスミドの安定を維持するために、培
地に適当な選択作用する物質、例えば抗生物質を添加す
ることができる。好気性条件を維持するために、酸素又
は酸素含有ガス混合物、例えば空気を培地中へ導入す
る。培地の温度は通常20℃〜50℃、有利に25℃〜
45℃である。パントテン酸の最大量が生成されるまで
培養は継続される。この目的は通常10時間〜160時
間の間に達成される。
シラーゼの高い活性を有する株は、L−アスパルテート
からβ−アラニンを製造するために使用できることは当
業者には明らかである。このため、発酵による方法、酵
素による変換反応又はこの両方の組合せが使用される。
方法(Velisek; Chromatographic Science 60, 515-560
(1992))で測定することができる。
sche Sammlung fuer Mikrorganismen und Zellkulturen
(DSMZ, Braunschweig, Deutschland)に寄託した:Co
rynebacterium glutamicum
ATCC13032/pND−D2をDSM12438
としてCorynebacterium glutam
icum ATCC13032/pND−DBC2をD
SM12437として。
ニング及び配列決定 1. panD−遺伝子のクローニング C.glutamicum ATCC 13032から
の染色体DNAを、Tauch et al. (1995, Plasmid, 33:
168-179)に記載されたように単離し、制限酵素Sau3
A(Pharmacia Biotech (Freiburg, Deutschland),製品
表示Sau3A、Code no. 27-0913-02)を用いて部分
的に分解した。7〜9kbのサイズ領域のDNA−フラ
グメントを"Nucleotrap Extraction Kit for Nucleic A
cids" (Machery und Nagel, Duersen, Deutschland; Ca
t. No. 740584)を用いて単離し、MBI Fermentas社(Vil
nius, Litauen)から販売されたベクターpUC19(N
orrander et al., 1982, Gene, 26:101-106)の脱リン
酸化されたBamHI−切断部位へ連結した。この連結
はSambrook et al. (1989, Molecular Cloning: Alabor
atory Manual, Cold Spring Harbor)に記載されたよう
に実施し、その際、DNA−混合物はT4−リガーゼ
(Pharmacia Biotech, Freiburg, Deutschland)と一緒
に一晩中インキュベートした。この連結混合物を引き続
きE.coli株DH5αMCR(Grant, 1990, Proce
edings of the National Acadimies ofSciences USA, 8
7:4645-4649)中へエレクトロポレーション(Tauch, 19
94, FEMS Microbiological Letters, 123:343-347)
し、LB−寒天(Lennox, 1955, Virology, 1:190)+
アンピシリン100μg/ml上で平板培養した。37
℃で24時間のインキュベーションの後に、C.glu
tamicum遺伝子ライブラリーを、"Alkalischen-L
yse-Methode" Birnboim and Doly (Nucleic Acids Rese
arch, 7:1513-1523, 1997)によるプラスミド−DNAの
再単離によって形質転換体から得た。この遺伝子バンク
を用いて、panD−遺伝子中に突然変異を有するE.
coli株DV9(Vallari and Rock, 1985, Journal
of Bacteriology, 164:136-142)のコンピテント細胞を
エレクトロポレーションした。このエレクトロポレーシ
ョン処理物を再生期間(Tauch et al., 1994, FEMS Mic
robiological Letters, 123:343-347)に引き続き培地
E(Vogel and Bonner, 1956, Journal of Biological
Chemistry, 218:97-106)を用いて2回培養した。培地
Eの組成を表1に示した。この細胞を250mlのエル
レンマイヤーフラスコ中に装入した培地E 50ml+
アンピシリン100μg/mlに接種し、エアシェーカ
ー中で250rpmで39℃でインキュベーションし
た。2日間のインキュベーションの後に、バクテリア懸
濁液を希釈し、アンピシリン100μg/mlを補充し
たLB−寒天(Lennox, 1955, Virology, 1:190)上に
塗り付けた。
を単離し、これをpNIC−1.3とし、アガロースゲ
ル電気泳動(Sambrook et al., Molecular cloning. A
laboratory manual (1989) Cold Spring Harbour Labor
atory Press)及び公知の長さの標準−DNA−フラグ
メントとの比較により特性決定した。プラスミドpNI
C−1.3は7kbpの長さの挿入物を有する。pNI
C−1.3の相補能力をpanD突然変異体DV9の新
たな形質転換により調査した。得られた形質転換体は再
び、β−アラニン不含培地E中で上記の条件下で成長す
ることができた。
は、プラスミドpNIC−1.3を制限酵素BamHI
(Pharmacia Biotech (Freiburg, Deutschland),製品表
示BamHI、Code no. 27-0868-03)、EcoRI(P
harmacia Biotech (Freiburg,Deutschland),製品表示E
coRI、Code no. 27-0884-03)及びBglII(Pha
rmacia Biotech (Freiburg, Deutschland),製品表示B
glII、Code no. 27-0946-02)を用いて分解し及び
引き続き相応する制限消化したベクターpK18mob
(Schaefer, 1994, Gene, 145:69-73)中へ連結した。
得られた連結物をE.coli panD突然変異体D
V9中へエレクトロポレーションし;相補的形質転換体
に関して上記のように選択を行った(この場合、寒天プ
レートはカナマイシン50μg/mlを含有)。相補的
な単一クローンのプラスミドを単離し、制限分析により
特性決定した。約3kbのサイズのDNA−インサート
を有するEcoRI−サブクローン(以後pNIC−1
0とする)を次の配列分析のために選択した。
に、この断片を多様な制限酵素で分解し、この断片をプ
ラスミドpUC19又はpK18mob中へサブクロー
ニングした。配列決定のために使用したプラスミド−D
NAは、"QIAGEN Plasmid Mini kit" (Qiagen, Inc., C
hatsworth, Ca., USA)を用いて製造元の指示により単離
し、プラスミドサイズの決定をアガロースゲル電気泳動
を用いて実施した。
Acids Research, 18:1067, 1990)により改良したSange
r et al. (Proceedings of the National Academies of
Sciences USA, 74:5463-5467, 1977)のジデオキシ−鎖
中断−法により行った。Pharmacia (Product No. 27-26
90-02, Freiburg, Germany)の"Cy5-AutoRead Sequencin
g kit"を使用した。ゲル電気泳動による分離及び配列反
応の分析を、Amersham Pharmacia Biotech (Uppsala, S
chweden)社の"automatischen Laser-Fluoreszenz (A.L.
F.) Express DNA Sequenziergeraet"を備えた"Long Ran
ger Gel Solution"-Polyacrylamidgel (FMC BioProduct
s, Rockland, Me., USA)中で行った。得られた粗−配列
データを引き続きStaden-Programpakets(Nucleic Acid
s Research, 14:217-231, 1986)Version 97-0を使用し
て処理した。pNIC−10サブクローンの全体の単一
配列は関連する3060bpの長さのContigに組
み立て、これをConting13とした。全体のDN
A−フラグメントのプログラム XNIP (Staden, 1986, N
ucleic Acids Research, 14:217-231)を用いたコンピュ
ータによるコード領域分析は5つのオープンリードフレ
ーム(ORFs)の同定が明らかになった。
マップ及びorf−1〜orf−5として示されるOR
Fsの長さが示されている。相同性分析は、"National
Library of Medicine" (Bethesda, MD, USA)のNCBI
−サービスのオンラインサービスを介して供給された"B
LAST search programs" (Gish and States, 1993, Natu
re of Genetics, 3:266-272; Altschul et al., 1990,
Journal of MolecularBiology, 215:403-410)を用いて
実施した。Conting13の分析によりorf−3
がpanD−遺伝子であることを明らかになった。以
後、orf−3をpanDとした。panD−遺伝子を
有するDNA−フラグメントのヌクレオチド配列を配列
番号1として記載した。上記方法で生じたpanD−遺
伝子産物のアミノ酸配列、つまりL−アスパルテート−
1−デカルボキシラーゼを配列番号2として記載した。
anCのクローニング及び配列決定 1. 遺伝子panB及びpanCのクローニング C.glutamicum ATCC 13032から
の染色体DNAを、Schwarzer and Puehler (Bio/Techn
ology 9 (1990) 84-87)に記載されたように単離し、制
限酵素Sau3Aを用いて部分的に分解した。3〜7k
bもしくは9〜20kbのサイズ領域のDNA−フラグ
メントを抽出し、次いでベクターpBR322の一本鎖
のBamHI切断部位中へ連結させた。この連結物を用
いてE.coli株DH5αmcr(Grant et al., Pr
oceedings of the National Acadimies of Sciences un
ited States of America USA, 87 (1990),4645-4649)
を形質転換した(Hanahan, Journal of Molecular Biol
ogy 166 (1983) 557-580)。インサートを有するクロー
ンをそのテトラサイクリン感度に基づき、テトラサイク
リン10μg/mlを含有するLB−寒天プレート上に
接種した後に同定した。合わせたクローンのプラスミド
調製(Sambrook et al., Molecular cloning. A labora
tory manual (1989) Cold Spring Harbour Laboratory
Press)により、9〜20kbのインサートサイズを有
するそれぞれ400のプラスミド、3〜7kbのインサ
ートサイズを有するそれぞれ500のプラスミドを有す
る8グループを単離した。E.coliのpanB突然
変異体SJ2(Cronan et al.1982, Journal of Bacter
iology 149: 916-922)をこの遺伝子ライブラリでエレ
クトロポレーション(Wehrmann et al. 1994, Microbio
logy 140: 3349-3356)により形質転換した。この形質
転換物を、寒天15g/lを有するCGXII−培地
(Keilhauer et al., Journal of Bacteriology (1993)
175: 5595-5603)上で直接平板培養した。パントテネ
ート補足なしで成長できるクローンからプラスミド−D
NAを単離した(Sambrook et al., Molecular clonin
g. A laboratory manual (1989) Cold Spring Harbour
Laboratory Press)。8つのプラスミドにおいて、再形
質転換により、E.coli突然変異体SJ2のpan
B−欠失を非相同的に相補する能力が確認された。
作成を実施した。調査したプラスミドベクターの1つ
(以後pUR1とする)は9.3kbのインサートを有
していた(図2)。E.coliのpanC突然変異体
DV39(Vallari and Rock 1985, Journal of Bacter
iology 164: 136-142)の形質転換は、ベクターpUR
1が同様にこの突然変異体のpanC欠失を相補するこ
とができることを示した。
伝子の配列決定 pUR1のインサート(図2)の2.2kbのサイズの
フラグメントを、 Sanger et al. (Proceedings of the
National Academies of Sciences of the United Stat
es of America USA, (1977) 74:5463-5467,)のジデオキ
シ−鎖中断−法により行った。このために、まずエキソ
ヌクレアーゼIIIを用いてサブクローンを製造し、こ
れを標準プライマー(Universal and reverse primer,
Boehringer Mannheim社, Deutschland)を用いて配列決
定した。配列決定物のゲル電気泳動分析を、Amersham P
harmacia Biotech (Uppsala, Schweden)の自動的レーザ
−蛍光−シークエンサー装置(A.L.F.)を用いて行っ
た。得られたヌクレオチド配列を、プログラムパケット
HUSAR(Release 4.0, EMBL, Cambrige, GB)を用
いて分析した。このヌクレオチド配列を配列番号3とし
て記載した。この分析により2つのオープンリードフレ
ームの同定が示された。813bpの長さの第1のオー
プンリードフレームはpanB−遺伝子として同定さ
れ、これは271個のアミノ酸のポリペプチドをコード
し、配列番号4として記載されている。第2のオープン
リードフレームはpanCとして同定され、873個の
塩基対を有する。これは279個のアミノ酸のポリペプ
チドをコードし、配列番号5として記載されている。
ベクターの構成 C.glutamicum及びE.coliからのパン
トテネート生合成−遺伝子をポリメラーゼ連結反応(P
CR)並びに合成オリゴヌクレオチドの適用下に増幅し
た。 PCR−実験はGibco-BRL (Eggestein, Deutschla
nd)社のTaq DNAポリメラーゼを用いて"PCT-100
Thermocycler" (MJ Research Inc.,Watertown, Mass.,
USA)中で実施した。94℃で2分間の1回の変性工程
に続き94℃で90秒の変性工程、T=(2AT+4G
C)−5℃のプライマー依存温度(Suggs, et al., 198
1, p. 638-693, In: D.D. Brown, and C.F. Fox (Ed
s.), Developmental biology using purified genes. A
cademic Press, New York,USA)で90秒のアニーリン
グ工程並びに72℃で90秒間の延長工程を続けた。後
の3工程を35回のサイクルで繰り返し、この反応は7
2℃で10分の最後の延長工程で完了した。こうして増
幅した産物を、アガロースゲル中で電気泳動により試験
した後、製造元の指示に応じて、ベクターpCR(R)
2.1(Original TA Cloning Kit, Invitrogene (Lee
k, Niederlande),製品表示Original TACloning (R) Ki
t, Cat. no. KNM2030-01)中に連結し、引き続きE.c
oli株TOP10F′中へ形質転換した。形質転換体
に関する選択は、アンピシリン100μg/ml及びX
−Gal(5−ブロモ−4−クロロ−3−インドリル−
β−D−ガラクトシド)40μg/mlを有するLB−
寒天プレート上で24時間37℃でインキュベーション
することによって行った。
glutamicum ATCC13032及びE.c
oli K12(W.K. Merkel and B.P. Nichols, 199
3,GenBank: L17086)のpanD(配列番号1)及びp
anBC(配列番号3)のヌクレオチド配列から出発
し、PCR−プライマーを合成した(MWG Biotech, Ebe
rsberg, Deutschland)。このプライマーは、増幅され
たフラグメントが前記遺伝子並びにそのネガティブなリ
ボソーム−結合部位を有するが、可能なプロモータ−部
位は有していないように選択された。さらに、目的ベク
ター中へのクローニングを可能にするように適当な制限
切断部位を挿入した。PCR−プライマーの配列、挿入
された切断部位(下線の配列)並びに増幅された遺伝子
(フラグメントのサイズを括弧中にbpで記載)を次の
表2に記載した。
li中での発現のための基本ベクターとして、図3に示
したE.coli−C.glutamicumシャトル
−発現ベクターpZ8−1(欧州特許第0375889
号明細書)を使用した。予めベクターpCR(R)2.1
中にクローニングされた増幅物を、プライマーが挿入さ
れた制限切断部位を用いて同様に処理された発現ベクタ
ーpZ8−1中へ連結し、それによりこのプラスミド上
に含まれるtac−プロモータの制御下におかれる。唯
一の例外は、 EcoRI−BglII−フラグメント
をベクターpZ8−1の適合するEcoRI−BamH
I−制限末端中へクローニングした増幅物のpanD
E.c.である。こうして構成された発現プラスミドについ
てのそれぞれプラスミドの表示を表2に記載した。E.
coliの遺伝子panDE.c.を有する発現ベクターp
Z8−1をpDN−D1とし、C.glutamicu
mの遺伝子panDC.g.を有するpZ8−1をpND−
D2とした。相応してpanBCE.c.及びpanBCC.
g.を有する発現プラスミドをpND−BC1もしくはp
ND−BC2とした。例えば図3中にベクターpZ8−
1中のpanDE.c.及びpanDC.g.のためのクローニ
ングストラテジーを図示した。全ての発現プラスミドの
正確なクローニングはそれぞれのインサートの配列決定
により調査された。
tamicumのpanD遺伝子を用いて人工的にpa
nDBC−オペロンが構築した。E.coliオペロン
について、panDE.c.含有ベクターpCR2.1をE
coRIで分解し、このDNAをアガロースゲル中で分
離し、panD−フラグメントを、例えば既に例1.1
に記載したように、"Nucleotrap Extraction Kit for N
ucleic Acids" (Macherey and Nagel, Dueren, Deutsch
land)を用いてゲルから精製した。引き続きこのフラグ
メントをEcoRI分解したプラスミドpND−BC1
中へ連結した。panD−遺伝子の正確な位置を有する
プラスミドは、この連結混合物をpanD栄養要求性
E.coli株DV9中へ形質転換し、これを例えば例
1に記載されたように栄養要求性の相補性に基づいて選
択することにより得られた。相補された突然変異のプラ
スミド−DNAが単離され、正確な遺伝子配置がpND
−DBC1としたプラスミドのインサートの配列決定に
より確認された(図4)。
−オペロンの構成のために、同様に実施した。panD
C.g.含有ベクターpCR2.1をEcoRIで分解し、
それによりpanDC.g.−遺伝子を一方でプライマー介
在を介して及び他方ではベクターのEcoRI−切断部
位を介してベクターから分解して取り出した。この遺伝
子−フラグメントを精製後にEcoRI分解ベクターp
Z8−1中へクローニングし、正確なpanD−配置を
有するプラスミドを(pND−D4とする)を上記した
ように得られ、調査された。引き続き、プラスミドpN
D−D4を制限酵素SalIで分解し、プラスミドpN
D−BC2のSalI−消化(Pharmacia Biotech (Fre
iburg, Deutschland),製品表示SalI, Code no. 27-
0882-01)により得られた、精製されたpanBC−断
片と連結した。このエレクトロポレーション混合物を、
E.coli株DH5αMCR中へエレクトロポレーシ
ョンし、遺伝子配置panDBCを有する10のプラス
ミドが制限分析により探し出された。このプラスミドの
一つの正確な遺伝子配置をpNd−DBC2(図4)と
し、配列分析により確認した。
ミドに基づく構成物pND−D1、pND−D2及びp
ND−DBC1は、E.coli株MG1655中へ形
質転換され、この形質転換体をLB−寒天(Lennox, 19
55, Virology, 1:190)+カナマイシン50μg/ml
上で選択した。得られた株をMG1655/pZ8−
1、MG1655/pND−D1、MG1655/pN
D−D2及びMG1655/pND−DBC1とした。
ND−D2及びpND−DBC2をC.glutami
cum株ATCC13032中へエレクトロポレーショ
ンし、引き続きLB−寒天(Lennox, 1955, Virology,
1:190)+カナマイシン25μg/ml上で選択するこ
とにより、株ATCC13032/pZ8−1、ATC
C13032/pND−D1、ATCC13032/p
ND−D2及びATCC13032/pND−DBC2
が得られた。
形成 D−パントテネートの定量的測定は、Lactobac
illus plantarumパントテネート−アッ
セイ(試験株:Lactobacillusplant
arum ATCC 8014,Cat. No. 3211-30-3;
培養基:Bacto Pantotenate Assay Medium (DIFCO Labo
ratories, Michigan, USA), Cat. No.0604-15-3)を用
いて行った。この指示株はパントテネートの存在の場合
にだけ前記の培養基中で成長し、この成長は、測光によ
り測定可能に、培養基のパントテネート濃度に直線的に
依存することが示された。校正のためにパントテネート
のヘミカルシウム塩を使用した(Sigma,製品表示 P
2250)。光学密度はLKB Biochrom Photometer, Pha
rmacia Biotech社(Freiburg, Deutschland)で、580
nmの測定波長(o.D.580)で決定した。
1、MG1655/pND−D1、MG1655/pN
D−D2及びMG1655/pND−DBC1のパント
テネート産生のために、試験培地(培地E及びカナマイ
シン50μg/ml)50mlを同じ培地の16時間後
の培養から出発して、o.D.580が0.1になる程度
に増幅した。この培養を37℃で250rpmで72時
間インキュベーションした後、この細胞を5000×g
で10分間遠心分離することでペレット化した。得られ
た細胞不含の上澄液を滅菌濾過し、パントテネート−定
量化のために4℃で貯蔵した。
化は、L. plantarumATCC 8014を
用いてDIFCO (DIFCO Manual, 10th Edition, p. 1100-1
102; Michigan, USA)社のハンドブックの記載により行
った。この測定結果を表3に記載した。
ートの形成 C.glutamicum株ATCC13032/pZ
8−1、ATCC13032/pND−D1、ATCC
13032/pND−D2及びC.glutamicu
mATCC13032/pND−DBC2によるパント
テネートの形成は、カナマイシン25μg/mlを補足
した培地CGXII(Keilhauer et al., 1993, Journa
l of Bacteriology, 175:5595-5603;表4)中で試験し
た。この培地を以後C.glutamicum−試験培
地とする。C.glutamicum−試験培地それぞ
れ50mlを、o.D.580を有する同じ培地の16時
間後の培地から接種した。48時間30℃で150rp
mでインキュベーションした後、この細胞を5000×
gで10分間の遠心分離で除去し、上澄液を滅菌濾過
し、パントテネート−濃度を例4に記載したと同様に測
定した。C.glutamicumの多様な株によるパ
ントテネート−産生の結果を表5にまとめた。
れた微生物、プラスミドベクター及びD−パントテン酸
の製造方法 (iii) 配列の数:5 (iv) コンピュータ記録方式: (A)記録媒体:フロッピーディスク (B)コンピュータ:IBM PC互換 (C)オペレーションシステム:PC-DOS/MS-DOS (D)ソフトウェアー:PatentIn Release #1.0, Versi
on #1.30 (EPA) (2) 配列番号1に関する情報: (i) 配列の特徴 (A)長さ:540塩基対 (B)配列の型:ヌクレオチド (C)鎖の数:二本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (ii) 配列の種類:ゲノム−DNA (iii) ハイポセティカル:なし (iv) アンチセンス:なし (vi) 起源 (A)生物名:Corynebacterium glutamicum (B)株名:ATCC13032 (ix) 配列の特徴: (A)特徴を表す記号:CDS (B)存在位置:77..484 (D)他の情報:/codon_start=77 /EC_number=4.1.1.11 /product="L−アスパルテート−1−デカルボキシラー
ゼ" /gene="panD" (xi) 配列番号1:
フェラーゼ" /gene="panB" (ix) 配列の特徴: (A)特徴を表す記号:CDS (B)存在位置:1166..2002 (D)他の情報:/codon_start=1166 /EC_number=6.3.2.1 /product="パントテネートシンテターゼ" /gene="panC" (xi) 配列番号3:
13のマップを示す図。
A−フラグメントのマップ及び配列決定されたDNA−
断片の位置表示を示す図。
C−D2のマップを示す図。
C2のマップを示す図。
ション−ターミネータ Ptac tacプロモータ panB panB遺伝子のコード領域 panC panC遺伝子のコード領域 panD panD遺伝子のコード領域 rep−C.g. C.glutamicum中の複製
のためのDNA−領域 oriV−E.c. E.coli中の栄養成長のトラ
ンスファー用の起源 kan カナマイシン耐性 EcoRI 制限酵素EcoRIの切断部位 E 制限酵素EcoRIの切断部位 BamHI 制限酵素BamHIの切断部位 B 制限酵素BamHIの切断部位 BglII 制限酵素BglIIの切断部位 ClaI 制限酵素ClaIの切断部位 H 制限酵素HindIIIの切断部位 NcoI 制限酵素NcoIの切断部位 NruI 制限酵素NruIの切断部位 NsiI 制限酵素NsiIの切断部位 P 制限酵素PstIの切断部位 PstI 制限酵素PstIの切断部位 PvuI 制限酵素PvuIの切断部位 SacI 制限酵素SacIの切断部位 SalI 制限酵素SalIの切断部位 ScaI 制限酵素ScaIの切断部位 SphI 制限酵素SphIの切断部位 X 制限酵素XbaIの切断部位 XhoI 制限酵素XhoIの切断部位
Claims (24)
- 【請求項1】 アスパルテート−1−デカルボキシラー
ゼをコードするヌクレオチド配列を含む、コリネバクテ
リウム属及びエシェリキア属の微生物中で複製可能な、
場合により組み換えられたDNA。 - 【請求項2】 図1中に前記ヌクレオチドの配列位置が
示されており、前記ヌクレオチド配列がコリネバクテリ
ウム由来のpanDをコードする、請求項1記載の複製
可能なDNA。 - 【請求項3】 (i) 配列番号1で示された、pan
Dをコードするヌクレオチド配列、又は(ii) 遺伝
子コードの同義性の範囲内で配列(i)に相当する配
列、又は(iii) 配列(i)又は(ii)に対する
相補的配列とハイブリダイズする配列、及び場合により
(iiii) (i)において機能的に中立なセンス突
然変異を有する、請求項2記載の複製可能なDNA。 - 【請求項4】 請求項1から3までのいずれか1項記載
の複製可能なDNAを導入することにより形質転換され
た微生物。 - 【請求項5】 コリネバクテリウム・グルタミクムAT
CC 13032/pND−D2として、DSM124
38の名称で寄託された、図2に記載された制限マップ
を特徴とするプラスミドベクターpND−D2。 - 【請求項6】 コリネバクテリウム・グルタミクムAT
CC 13032/pND−DBC2として、DSM1
2437の名称で寄託された、図4に記載された制限マ
ップを特徴とするプラスミドベクターpND−DBC
2。 - 【請求項7】 panD−遺伝子を微生物中で強化し
(過剰発現させ)、この微生物を発酵のために使用す
る、D−パントテン酸の製造方法。 - 【請求項8】 強化の達成のために、遺伝子もしくはヌ
クレオチド配列のコピー数を、この遺伝子もしくはヌク
レオチド配列を有するプラスミドベクターを用いた微生
物の形質転換又は染色体増幅により高める、請求項7記
載の方法。 - 【請求項9】 過剰発現の達成のために、構造遺伝子の
上流に存在するプロモータ部位及びレギュレーション部
位を突然変異させる、請求項7記載の方法。 - 【請求項10】 過剰発現の達成のために、構造遺伝子
の上流に発現カセットを組み込む、請求項7記載の方
法。 - 【請求項11】 微生物中でのpanD−遺伝子の発現
を、相応するm−RNAの寿命を延長する及び/又は該
当する酵素タンパク質の分解を阻害することにより改善
する、請求項7記載の方法。 - 【請求項12】 panD−遺伝子を、代謝物質−もし
くは代謝拮抗物質−耐性突然変異を有する微生物中で過
剰発現させる、請求項8から11までのいずれか1項記
載の方法。 - 【請求項13】 過剰発現を達成するために、微生物を
変更した培養基中で発酵させる及び/又は発酵操作を変
更する、請求項8から12までのいずれか1項記載の方
法。 - 【請求項14】 パントテネート−(パントテン酸)−
形成を低下させる物質代謝経路が少なくとも部分的に遮
断されている微生物を使用する、請求項8から13まで
のいずれか1項記載の方法。 - 【請求項15】 微生物を使用し、その微生物中でpa
nD−遺伝子に対して付加的に、パントテン酸形成の物
質代謝経路の他の遺伝子を個々に又は一緒に強化する
(過剰発現させる)、請求項8から14までのいずれか
1項記載の方法。 - 【請求項16】 微生物を使用し、その微生物中で、p
anD−遺伝子に対して付加的に、酵素のケトパントエ
ート−ヒドロキシメチルトランスフェラーゼ(EC
4.1.2.12)、及びパントテネート−シンテター
ゼ(EC 6.3.2.1)をコードする1以上の遺伝
子を強化する(過剰発現させる)、請求項15記載の方
法。 - 【請求項17】 前記の遺伝子を個々に含有する多様な
適合性のプラスミドベクターを用いて形質転換した微生
物を使用する、請求項15又は16記載の方法。 - 【請求項18】 プラスミドベクターを用いて形質転換
した株を使用し、前記プラスミドベクターはpanD−
遺伝子を含めた前記の遺伝子の1種以上を有し、前記ベ
クター中で前記遺伝子は連続して配置されておりかつ共
通のプロモータの制御下にあるか、又は相互に別々に配
置されており、異なるプロモータの制御下にある、請求
項15又は16記載の方法。 - 【請求項19】 プラスミドベクターpND−D2で形
質転換した微生物を使用する、請求項17記載の方法。 - 【請求項20】 プラスミドベクターpND−DBC2
で形質転換した微生物を使用する、請求項17記載の方
法。 - 【請求項21】 次の工程: a) 少なくともpanD−遺伝子を強化する(過剰発
現させる)、請求項1から20までのいずれか1項記載
の微生物の発酵、 b) パントテン酸を培地中で又は微生物の細胞中で富
化させ、及び c) パントテン酸を単離する、 を実施することを特徴とするパントテン酸の製造方法。 - 【請求項22】 過剰発現した遺伝子がコリネバクテリ
ウム属の微生物から由来する、請求項21記載の方法。 - 【請求項23】 工程a)において、アスパルテート、
β−アラニン、ケトイソバレレート、ケトパントエート
又はパントエートのグループから選択されるパントテン
酸の前駆体を添加する、請求項21又は22記載の方
法。 - 【請求項24】 エシェリキア属又はコリネバクテリウ
ム属の微生物を使用する、請求項7から23までのいず
れか1項記載の方法。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE19855313.7 | 1998-12-01 | ||
DE19855313A DE19855313A1 (de) | 1998-12-01 | 1998-12-01 | Verfahren zur fermentativen Herstellung von D-Pantothensäure durch Verstärkung des panD-Gens in Mikroorganismen |
Publications (1)
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JP2000228990A true JP2000228990A (ja) | 2000-08-22 |
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Family Applications (1)
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---|---|---|---|
JP11340840A Ceased JP2000228990A (ja) | 1998-12-01 | 1999-11-30 | 複製可能なdna、形質転換された微生物、プラスミドベクター及びd−パントテン酸の製造方法 |
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Country | Link |
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