ES2903155T3 - Métodos para determinar la eficacia del fármaco para el tratamiento de linfoma difuso de células B grandes, mieloma múltiple y cánceres mieloides - Google Patents

Métodos para determinar la eficacia del fármaco para el tratamiento de linfoma difuso de células B grandes, mieloma múltiple y cánceres mieloides Download PDF

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Anita Gandhi
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Maria Wang
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Suzana Couto
Yan Ren
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Abstract

Un método para evaluar o monitorizar la efectividad de un compuesto de tratamiento en el tratamiento de un cáncer, o predecir la sensibilidad de un sujeto que tiene o se sospecha que tiene un cáncer a un compuesto de tratamiento, que comprende: (a) determinar el nivel de un biomarcador en una primera muestra de un sujeto que tiene o se sospecha que tiene un cáncer, a quien se ha administrado un compuesto de tratamiento; y (b) comparar el nivel del biomarcador de la etapa (a) al nivel de la misma proteína obtenida de una muestra de referencia, en donde un cambio en el nivel de biomarcador en comparación con la muestra de referencia es indicativo de la eficacia del compuesto en el tratamiento del cáncer o la sensibilidad del sujeto al compuesto de tratamiento, en donde el compuesto de tratamiento es lenalidomida, talidomida, pomalidomida, Compuesto A o Compuesto B; en donde el biomarcador es caseína quinasa 1, alfa 1 (CSNK1A1) o ZFP91; en donde el cáncer se selecciona de un grupo que consiste en (i) linfoma, tal como linfoma difuso de células B grandes (DLBCL), (ii) mieloma múltiple (MM), (iii) síndrome mielodisplásico (MDS) y (iv) leucemia mieloide aguda (AML).

Description

DESCRIPCIÓN
Métodos para determinar la eficacia del fármaco para el tratamiento de linfoma difuso de células B grandes, mieloma múltiple y cánceres mieloides
1 Campo
En algunas realizaciones, se proporcionan en el presente documento métodos para usar determinadas proteínas asociadas a cereblon, alfa 1 (CSNK1A1 o CK1 a) y ZFP91 como biomarcadores para su uso en predecir y monitorizar la sensibilidad clínica y respuesta terapéutica para determinados compuestos en pacientes que tienen diversas enfermedades y trastornos, tales como cánceres (por ejemplo, linfoma difuso de células B grandes [DLBCL], mieloma múltiple [MM], síndromes mielodisplásicos [MDS] y leucemia mieloide aguda [AML]) y trastornos relacionados con IFN. En determinadas realizaciones, también se proporcionan en el presente documento métodos para determinar la eficacia de un compuesto inmunomodulador.
2 Antecedentes
2.1 Biopatología del cáncer
El cáncer se caracteriza principalmente por un aumento en el número de células anómalas derivadas de un tejido normal determinado, invasión de tejidos adyacentes por estas células anómalas, o propagación linfática o de origen sanguíneo de células malignas hacia los nódulos linfáticos regionales y a sitios distantes (metástasis). Los datos clínicos y los estudios biológicos moleculares indican que el cáncer es un proceso de múltiples etapas que comienza con cambios preneoplásicos menores, los cuales bajo determinadas condiciones pueden avanzar a neoplasia. La lesión neoplásica puede evolucionar en forma clónica y desarrollar una capacidad aumentada para invasión, crecimiento, metástasis y heterogeneidad, especialmente bajo condiciones en las cuales las células neoplásicas escapan a la vigilancia inmunitaria del hospedador. Roitt, I., Brostoff, J y Kale, D., Immunology, 17.1-17.12 (3a ed., Mosby, St. Louis, Mo., 1993).
Existe una enorme diversidad de cánceres que se describen en detalle en la bibliografía médica. Los ejemplos incluyen cánceres del pulmón, de colon, de recto, de próstata, de mama, de cerebro, de sangre y de intestino. La incidencia de cáncer continúa escalando conforme envejece la población general, se desarrollan nuevos cánceres y crecen las poblaciones susceptibles (por ejemplo, personas infectadas con SIDA o expuestas de forma excesiva a la luz solar). Sin embargo, las opciones para el tratamiento de cáncer son limitadas. Por ejemplo, en el caso de cánceres en sangre (por ejemplo, mieloma múltiple), se encuentran disponibles pocas opciones de tratamiento, especialmente cuando la quimioterapia convencional falla y el trasplante de médula ósea no es una opción. Por lo tanto, existe una demanda tremenda para nuevos métodos y composiciones que puedan usarse para tratar pacientes con cáncer.
Muchos tipos de cánceres se asocian a nueva formación de vasos sanguíneos, un proceso conocido como angiogénesis. Se han aclarado diversos de los mecanismos implicados en la angiogénesis inducida por tumor. El más directo de estos mecanismos es la secreción por las células de tumor de citocinas con propiedades angiogénicas. Ejemplos de estas citocinas incluyen el factor de crecimiento fibroblástico ácido y básico (a,b-FGF), angiogenina, factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) y TNF-a. Alternativamente, las células tumorales pueden liberar péptidos angiogénicos a través de la producción de proteasas y la lisis posterior de la matriz extracelular donde se almacenan algunas citocinas (por ejemplo, b-FGF). La angiogénesis también puede inducirse indirectamente a través del reclutamiento de células inflamatorias (particularmente macrófagos) y su liberación posterior de citocinas angiogénicas (por ejemplo, TNF-a, b-FGF).
“Linfoma” se refiere a cánceres que se originan en el sistema linfático. El linfoma se caracteriza por neoplasias malignas de linfocitos: linfocitos B y linfocitos T (es decir, células B y células T). El linfoma generalmente comienza en los nódulos linfáticos o las colecciones de tejido linfático en órganos que incluyen, entre otros, el estómago o los intestinos. En algunos casos, el linfoma puede implicar la médula ósea y sangre. El linfoma puede propagarse desde un sitio a otras partes del cuerpo.
Los tratamientos de diversas formas de linfomas se describen, por ejemplo, en la Patente de los Estados Unidos N.° 7.468.363. Tales linfomas incluyen, entre otros, linfoma de Hodgkin, linfoma no Hodgkin, linfoma de células B cutáneas, linfoma de células B activadas, DLBCL, linfoma de células del manto (MCL), linfoma de centro folicular, linfoma transformado, linfoma linfocítico de diferenciación intermedia, linfoma linfocítico intermedio (ILL), linfoma linfocítico diferenciado pobremente difuso (PDL), linfoma centrocítico, linfoma difuso de células escindidas pequeñas (DSCCL), linfomas de células T periféricas (PTCL), linfoma de células T cutáneas y linfoma de células del manto y linfoma folicular de bajo grado.
El linfoma no Hodgkin (NHL) es el quinto cáncer más común tanto para hombres como para mujeres en los Estados Unidos, con una estimación de 63 190 casos nuevos y 18 660 muertes en 2007. Jemal A, et al., CA Cáncer J Clin 2007; 57(1):43-66. La probabilidad de desarrollar NHL aumenta con la edad y la incidencia de NHL en adultos mayores ha aumentado de forma constante en la última década, lo que ha provocado preocupación debido a la tendencia del envejecimiento de la población de los Estados Unidos. Id. Clarke C A, et al., Cáncer2002; 94(7):2015 -2023.
El DLBCL representa aproximadamente un tercio de los linfomas no Hodgkin. Mientras que algunos pacientes con DLBCL se curan con la quimioterapia tradicional, el resto muere debido a la enfermedad. Los fármacos antineoplásicos provocan una supresión rápida y persistente de linfocitos, posiblemente por la inducción de apoptosis directa en células T y B maduras. Véase K. Stahnke. et al., Blood 2001, 98:3066-3073. Se ha mostrado que el recuento absoluto de linfocitos (ALC) es un factor de diagnóstico en el linfoma no Hodgkin folicular y los resultados recientes han sugerido que el ALC en el momento del diagnóstico es un factor de diagnóstico importante en DLBCL.
DLBCL puede dividirse en subtipos moleculares distintos de acuerdo con sus patrones de proliferación genética: DLBCL similar a células B de centro germinal (GCB-DLCL), DLBCL similar a células B activadas (ABC-DLCL) y linfoma de células B mdiastínicas primarias (PMBL) o de tipo no clasificado. Estos subtipos se caracterizan por diferencias distintas de supervivencia, sensibilidad a la quimioterapia y dependencia de las rutas de señalización, particularmente la ruta NF-kB. Véase D. Kim et al., Journal o f Clinical Oncology, 2007 ASCO Annual Meeting Proceedings Parte I. Vol.
25, N.° 18S (20 de junio, Suplemento), 2007: 8082. Véase Bea S, et al., Blood 2005; 106: 3183-90; Ngo V.N. et al., Nature 2011; 470: 115-9. Tales diferencias han llevado a la búsqueda para estrategias de tratamiento específico del subtipo y más eficaces en DLBCL.
Leucemia se refiere a neoplasias malignas de los tejidos que forman la sangre. Se han descrito diversas formas de leucemia, por ejemplo, en la Patente de los Estados Unidos N.° 7.393.862 y en la Solicitud de Patente Provisional de los Estados Unidos N.° 60/380.842, presentada el 17 de mayo de 2002. Aunque los virus según se informa, provocan varias formas de leucemia en animales, las causas de leucemia en humanos se desconocen en gran medida. The Merck Manual, 944-952 (17a ed. 1999). La transformación a tumores malignos normalmente se produce en una sola célula a través de dos o más etapas con proliferación posterior y expansión clónica. En algunas leucemias, las translocaciones cromosómicas específicas se han identificado con una morfología celular leucémica consistente y características clínicas especiales (por ejemplo, translocaciones de 9 y 22 en leucemia mielocítica crónica y de 15 y 17 en leucemia promielocítica aguda). Las leucemias agudas son predominantemente poblaciones celulares indiferenciadas y las leucemias crónicas son formas celulares más maduras.
Las leucemias agudas se dividen en los tipos linfoblástico (ALL) y no linfoblástico (ANLL). The Merck Manual, 946-949 (17a ed. 1999). Además pueden subdividirse por su apariencia morfológica y citoquímica de acuerdo con la clasificación Francesa-Americana-Británica (FAB) o de acuerdo con su tipo y grado de diferenciación. El uso de células T y B específicas y anticuerpos monoclonales de antígeno mieloide son más auxiliares para la clasificación. ALL es de forma predominante una enfermedad en niños que se establece por descubrimientos de laboratorio y examen de la médula ósea. ANLL, también conocida como leucemia mielógena aguda o leucemia mieloide aguda (AML), aparece en todas las edades y es la leucemia aguda más común entre adultos; es la forma habitualmente asociada a irradiación como un agente causal.
Las leucemias crónicas se describen como que son linfocíticas (CLL) o mielocíticas (CML). The Merck Manual, 949­ 952 (17a ed. 1999). CLL se caracteriza por la aparición de linfocitos maduros en sangre, médula ósea y órganos linfoides. El distintivo de CLL es una linfocitosis aguda sostenida (> 5.000/pl) y un aumento de linfocitos en la médula ósea. La mayoría de pacientes con CLL también tiene una expansión clónica de linfocitos con características de células B. CLL es una edad de mediana o avanzada edad. En CML, el elemento característico es la predominancia de células granulocíticas de todas las etapas de diferenciación en sangre, médula ósea, hígado, bazo y otros órganos. En los pacientes sintomáticos en diagnóstico, el recuento total de linfocitos (WBC) habitualmente es aproximadamente 200.000/pl, pero puede alcanzar 1.000.000/pl. CML es relativamente fácil de diagnosticar debido a la presencia del cromosoma Filadelfia.
Las células estromales de médula ósea se conocen bien por soportar el avance de la enfermedad CLL y resistencia a quimioterapia. Interrumpir las interacciones entre las células CLL y células estromales es una diana adicional de la quimioterapia contra CLL.
Además de la categorización aguda y crónica, las neoplasias también se categorizan basándose en las células que dan lugar a tal trastorno en precursoras o periféricas. Véase por ejemplo, la Publicación de Patente de los Estados Unidos N.° 2008/0051379. Las neoplasias precursoras incluyen los ALL y linfomas linfoblásticos y aparece en linfocitos antes de que se diferencien en cualquiera de células T o B. Las neoplasias periféricas son aquellas que aparecen en linfocitos que se han diferenciado ya sea en células T o B. Tales neoplasias periféricas incluyen, entre otros, CLL de células B, leucemia prolinfocítica de células B, linfoma linfoplasmacítico, linfoma de células del manto, linfoma folicular, linfoma de células B de zona marginal extranodular de tejido linfoide asociado a mucosa, linfoma de zona marginal nodular, linfoma de zona marginal esplénica, leucemia de células pilosas, plasmacitoma, DLBCL y linfoma de Burkitt. En más del 95 por ciento de casos CLL, la expansión clónica es de un linaje de células B. Véase Cancer: Principles & Practice of Oncology (3a edición) (1989) (pp. 1843-1847). En menos del 5 por ciento de casos de CLL, las células de tumor tienen un fenotipo de células T. Sin embargo, a pesar de estas clasificaciones, la discapacidad patológica de la hematopoyesis normal es el distintivo de todas las leucemias.
Mieloma múltiple (MM) es un cáncer de células plasmáticas en la médula ósea. Normalmente, las células plasmáticas producen anticuerpos y juegan un papel clave en la función inmunitaria. Sin embargo, el crecimiento descontrolado de estas células lleva a dolor en hueso y fracturas, anemia, infecciones y otras complicaciones. El mieloma múltiple es la segunda neoplasia hematológica más común, aunque las causas exactas de mieloma múltiple permanecen desconocidas. El mieloma múltiple provoca altos niveles de proteínas en la sangre, orina y órganos, incluyendo pero no limitado a proteína M y otras inmunoglobulinas (anticuerpos), albúmina y beta-2-microglobulina. La proteína M, corta para proteína monoclonal, también conocida como paraproteína, es una proteína particularmente anormal producida por células plasmáticas de mieloma y puede encontrarse en la sangre u orina de casi todos los pacientes con mieloma múltiple.
Los síntomas esqueléticos, incluyendo dolor en huesos, se encuentran entre los síntomas clínicamente más significativos de mieloma múltiple. Las células plasmáticas de mieloma liberan factores estimulantes de osteoclastos (incluyendo IL-1, IL-6 y TNF) los cuales provocan que el calcio se lixivie de los huesos provocando lesiones líticas; la hipercalcemia es otro síntoma. Los factores estimulantes de osteoclastos, también denominados como citocinas, pueden evitar la apoptosis, o muerte de células de mieloma. Cincuenta por ciento de pacientes tienen lesiones esqueléticas relacionadas con mieloma radiológicamente detectables en el diagnóstico. Otros síntomas clínicos comunes para mieloma múltiple incluyen polineuropatía, anemia, hiperviscosidad, infecciones, e insuficiencia renal.
Las células estromales de médula ósea se conocen bien por soportar el avance de la enfermedad de mieloma múltiple y resistencia a la quimioterapia. Interrumpir las interacciones entre células de mieloma múltiple y células estromales es una diana adicional de la quimioterapia para mieloma múltiple.
El síndrome mielodisplásico (MDS) se refiere a un grupo diverso de trastornos de células madre hematopoyéticas. El MDS se caracteriza por una médula celular con morfología y maduración dañada (dismielopoyesis), citopenias de sangre periférica y riesgo variable de avance a leucemia aguda, que resulta de la producción no eficaz de células sanguíneas. Véase The Merck Manual 953 (17a ed. 1999) y List et al., 1990, J Clin. Oncol. 8:1424. El tratamiento de MDS usando compuestos inmunomoduladores se describe en la Publicación de Patente de los Estados Unidos N.° 2004/0220141.
Los tumores sólidos son masas anómalas de tejido que pueden, pero habitualmente no contienen quistes o áreas líquidas. Los tumores sólidos pueden ser benignos (sin cáncer), o malignos (cáncer). Se mencionan diferentes tipos de tumores para el tipo de células que los forman. Ejemplos de tipos de tumores sólidos incluyen, entre otros melanoma maligno, carcinoma adrenal, carcinoma de mama, cáncer de células renales, carcinoma del páncreas, carcinoma de pulmón de células no microcíticas (NSCLC) y carcinoma de células primarias desconocidas. Los fármacos comúnmente administrados a pacientes con diversos tipos o etapas de tumores sólidos incluyen, entre otros, Celebrex, etopósido, ciclofosfamida, docetaxel, apecitabina, IFN, tamoxifeno, IL-2, GM-CSF, o una combinación de los mismos.
Mientras que los pacientes quienes logran una remisión completa después de la terapia inicial tienen una buena oportunidad para curarse, menos del 10 % de aquellos quienes no respondieron o recayeron logrando una cura o una respuesta que dura más de 3 años. Véase Cerny T, et al., Ann Oncol 2002; 13 Supl. 4:211 -216.
Rituximab se conoce por suprimir las células B hospedadoras normales. Véase M. Aklilu et al., Annals of Oncology 15:1109-1114, 2004. Los efectos inmunológicos a largo plazo de supresión de células B con rituximab y las características para la reconstitución del grupo de células B en pacientes con linfoma no se encuentran bien definidas, a pesar del uso generalizado de esta terapia. Véase Jennifer H. Anolik et al., Clinical Immunology, vol. 122, emisión del 2 de febrero de 2007, páginas 139-145.
El enfoque para pacientes con enfermedad por recaída o refractaria depende en gran medida de los tratamientos experimentales seguidos por el trasplante de células madre, el cual puede no ser apropiado para pacientes con un mal estado de desempeño o edad avanzada. Por lo tanto, existe una demanda tremenda para nuevos métodos que pueden usarse para tratar pacientes con NHL.
Ha sido bien establecida la vinculación entre un metabolismo celular alterado de cáncer. Véase Cairns, R.A., et al., Nature Rev., 2011, 11:85-95. El entendimiento del metabolismo de células de tumor y los cambios genéticos asociados de las mismas puede llevar a la identificación de métodos mejorados de tratamiento de cáncer. Id. Por ejemplo, la supervivencia y proliferación de células de tumor mediante un metabolismo de glucosa aumentado se ha vinculado a la ruta de PIK3, por lo cual las mutaciones en los genes supresores de tumor tales como PTEN activan el metabolismo de células de tumor. Id. AKT1 (también conocido como, PKB) estimula el metabolismo de la glucosa asociado al crecimiento de células de tumor por diversas interacciones con PFKFB3, ENTPD5, mTOR y TSC2 (también conocido como tuberina). Id.
Los factores de la transcripción HIF1 y HIF2 son responsables en gran medida de la respuesta celular para bajas condiciones de oxígeno asociadas a menudo con tumores. Id. Una vez activado, HIF1 promueve la capacidad de las células de tumor para llevar a cabo la glicólisis. Id. De este modo, la inhibición de HIF1 puede ralentizar o invertir el metabolismo de células de tumor. La activación de HIF1 se ha vinculado con PI3K, proteínas supresoras de tumor tales como VHL, succinato deshidrogenasa (SDH) y fumarato hidratasa. Id. el factor de transcripción oncogénica MYC también se ha vinculado con el metabolismo de células de tumor, específicamente glicólisis. Id. MYC también promueve la proliferación celular por las rutas metabólicas de glutamina. Id.
Las proteína quinasas activadas por AMP (AMPK) funcionan como un punto de control metabólico con las células de tumor que pueden sobreponerse para proliferar. Id. Se han identificado diversas mutaciones que suprimen la señalización de AMPK en células de tumor. Véase Shackelford, D.B. & Shaw, R.J., Nature Rev. Cáncer, 2009, 9: 563­ 575. STK11 Se ha identificado como un gen supresor de tumor relacionado con el papel de AMPK. Véase Cairns, R.A., et al. Nature Rev., 2011, 11:85-95.
El factor de transcripción p53, un supresor de tumor, también tiene un papel importante en la regulación del metabolismo celular. Id. La pérdida de p53 en las células de tumor puede ser un contribuyente significativo para los cambios en el metabolismo de las células de tumor a la ruta glucolítica. Id. El factor de la transcripción OCT1, otra diana potencial para la quimioterapia, puede cooperar con p53 para regular el metabolismo de células de tumor. Id.
La piruvato quinasa M2 (PKM2) promueve cambios en el metabolismo celular que confiere ventajas metabólicas a las células de cáncer al apoyar la proliferación celular. Id. Por ejemplo, se ha encontrado que las células de cáncer de pulmón que expresan PKM2 sobre PKM1 tienen tal ventaja. Id. en la clínica, se ha identificado PKM2 como que se sobreexpresa en un número de tipos de cáncer. Id. De este modo, PKM2 puede ser un biomarcador útil para la detección temprana de tumores.
Las mutaciones en las isocitrato deshidrogenasas IDH1 e IDH2 se han vinculado con la tumorigénesis, específicamente en glioblastoma y leucemia mieloide aguda. Véase Mardis, E.R. et al., N. Engl. J. Med., 2009, 361:1058-1066; Parsons, D.W. et al., Science, 2008, 321: 1807-1812.
La incidencia de cáncer continúa incrementándose cuando la población general envejece, como desarrollo de cánceres nuevos y como crecimiento de poblaciones susceptibles (por ejemplo, personas infectadas con SIDA, los adultos mayores o expuestos de forma excesiva a la luz solar). Por lo tanto, existe una demanda tremenda para nuevos métodos, tratamientos y composiciones que puedan usarse para tratar pacientes con cáncer incluyendo, pero no limitándose a aquellos con linfoma, NHL, mieloma múltiple, AML, leucemias y tumores sólidos.
Una diversidad de otras enfermedades y trastornos también se asocian a, o se caracterizan por, una angiogénesis indeseada. Por ejemplo, se ha implicado una angiogénesis intensificada o no regulada en un número de enfermedades y afecciones médicos que incluyen, entre otros, enfermedades neovasculares oculares, enfermedades neovasculares coroidales, enfermedades neovasculares de la retina, rubeosis (neovascularización del ángulo), enfermedades virales, enfermedades genéticas, enfermedades inflamatorias, enfermedades alérgicas, fibrosis, artritis y enfermedades autoinmunitarias. Ejemplos de tales enfermedades y afecciones incluyen, entre otros: retinopatía diabética; retinopatía del prematuro; rechazo de injerto córneo; glaucoma neovascular; fibroplasia retrolental; y vitreorretinopatía proliferativa.
En consecuencia, los compuestos que pueden controlar y/o inhibir la angiogénesis indeseada o inhibir la producción de determinadas citocinas, incluyendo TNF-a, puede ser útil en el tratamiento y prevención de diversas enfermedades y afecciones.
2.2 Métodos para tratar Cáncer
La terapia de cáncer actual puede implicar cirugía, quimioterapia, terapia hormonal y/o tratamiento por radiación para erradicar las células neoplásicas en un paciente (Véase, por ejemplo, Stockdale, 1998, Medicine, vol. 3, Rubenstein y Federman, eds., Capítulo 12, Sección IV). De forma reciente, la terapia de cáncer podría implicar terapia biológica o inmunoterapia. Todos estos procedimientos pueden poseer inconvenientes significativos del paciente. La cirugía, por ejemplo, puede contraindicarse debido a la salud de un paciente o puede ser inaceptable para el paciente. Adicionalmente, la cirugía puede no retirar completamente el tejido neoplásico. La terapia de radiación solo es eficaz cuando el tejido neoplásico muestra una sensibilidad mayor a la radiación que el tejido normal. La terapia de radiación a menudo también puede obtener efectos secundarios serios. La terapia hormonal raramente se proporciona como un solo agente. Aunque la terapia hormonal puede ser eficaz, a menudo se usa para prevenir o retardar la recurrencia de cáncer después que otros tratamientos han retirado la mayoría de las células de cáncer. Determinadas terapias biológicas y otras se limitan en número y producen efectos secundarios tales como erupciones o hinchazones, síntomas similares a gripe, incluyendo fiebre, escalofríos y fatiga, problemas del tracto digestivo o reacciones alérgicas.
Con respecto a la quimioterapia, existe una diversidad de agentes quimioterapéuticos disponibles para el tratamiento de cáncer. Un número de quimioterapéuticos de cáncer actúa al inhibir la síntesis de ADN, ya sea directa o indirectamente al inhibir la biosíntesis de precursores de desoxirribonucleótido trifosfato, para prevenir la replicación de ADN y división celular simultánea. Gilman et al., Goodman and Gilman's: The Pharmacological Basis of Therapeutics, Décima Ed. (McGraw Hill, Nueva York).
A pesar de la disponibilidad de una diversidad de agentes quimioterapéuticos, la quimioterapia tiene muchos inconvenientes. Stockdale, Medicine, vol. 3, Rubenstein y Federman, eds., capítulo 12, sección 10, 1998. Casi todos los agentes quimioterapéuticos son tóxicos y la quimioterapia provoca efectos secundarios significativos y a menudo peligrosos incluyendo náusea grave, depresión de la médula ósea, e inmunosupresión. Adicionalmente, incluso con la administración de combinaciones de agentes terapéuticos, muchas células de tumor son resistentes o desarrollan resistencia a los agentes quimioterapéuticos. En efecto, aquellas células resistentes a los agentes quimioterapéuticos particulares usados en el protocolo de tratamiento a menudo prueban ser resistentes a otros fármacos, incluso si aquellos agentes actúan por un mecanismo diferente de aquellos de los fármacos usados en el tratamiento específico. Este fenómeno se denomina resistencia a múltiples fármacos. Debido a la resistencia del fármaco, muchos cánceres prueban ser refractarios a los protocolos de tratamiento quimioterapéutico convencional.
Existe una necesidad significativa de métodos seguros y eficaces para tratar, prevenir y manejar cáncer, particularmente para cánceres que son refractarios a los tratamientos convencionales, tales como cirugía, terapia de radiación, quimioterapia y terapia hormonal, mientras que se reducen o evitan toxicidades y/o efectos secundarios asociados a las terapias convencionales. La presente invención satisface estas y otras necesidades.
2.3 Cereblon
Existen al menos dos isoformas de la proteína cereblon (CRBN), las cuales tienen 442 y 441 aminoácidos de largo, respectivamente y CRBN se conserva desde la planta hasta el ser humano. En seres humanos, el gen CRBN se ha identificado como un gen candidato de un retraso mental no sindrómico recesivo (ARNSMR). Véase Higgins, J.J. et al., Neurology, 2004, 63: 1927-1931. CRBN inicialmente se caracterizó como una proteína novedosa que contenía RGS que interactuaba con una proteína de canal de potasio activado con calcio (SLO1) en el cerebro de rata y después se mostró que interactúa con un canal de cloruro activado por voltaje (CIC-2) en la retina con AMPK1 y DDB1. Véase Jo, S. et al., J. Neurochem, 2005, 94: 1212-1224; Hohberger B. et al., FEBS Lett, 2009, 583:633-637; Angers S. et al., Nature, 2006, 443:590-593. DDB1 se identificó originalmente como una proteína de reparación de la escisión de nucleótidos que se asocia a la proteína de unión al ADN dañado 2 (DDB2). Su actividad defectuosa provoca el defecto de reparación en los pacientes con el grupo E de complementación de xeroderma pigmentoso (XPE). DDB1 también parece funcionar como un componente de numerosos complejos de proteína ligasa-ubiquitina E3 distintos a DCX (DDB1 -CUL4-X-bloque) los cuales median la ubiquitinación y degradación proteasómica posterior de proteínas diana. CRBN también se ha identificado como una diana para el desarrollo de agentes terapéuticos para enfermedades de la corteza cerebral. Véase el documento WO 2010/137547 A1.
CRBN se ha identificado recientemente como una diana clave que se une a talidomida para provocar defectos de nacimiento. Véase Ito, T. et al., Science, 2010, 327:1345-1350. Se encontró que DDB1 interactúa con CRBN y de este modo, se asoció indirectamente con talidomida. Más aún, la talidomida fue capaz de inhibir la auto-ubiquitinación de CRBN in vitro, sugiriendo que la talidomida es un inhibidor ligasa-ubiquitina E3. Id. De forma importante, esta actividad se inhibió por talidomida en células de tipo silvestre, pero no en células con sitios de unión de CRBN mutados que previenen la unión de talidomida. Id. El sitio de unión a talidomida se mapeó en una región de 104 aminoácidos C-terminales altamente conservada en CRBN. Id. Los mutantes puntuales individuales en CRBN, Y384A y W386A fueron ambos defectuosos para la unión a talidomida, con el mutante puntual doble que tenía la actividad de unión a talidomida más baja. Id. Una vinculación entre CRBN y el efecto teratogénico de talidomida se conformó en modelos animales de pez cebra y embriones de pollo. Id.
Aún debe establecerse si se requiere la unión a CRBN, el complejo de ligasa-ubiquitina E3 de CRBN, o uno o más sustratos de CRBN, para los efectos benéficos de talidomida y otros fármacos. Entendiendo estas interacciones con talidomida y otras dianas de fármaco, permitirá la definición de los mecanismos moleculares de eficacia y/o toxicidad y puede llevar a fármacos con eficacia y perfiles de toxicidad mejorados.
El documento WO 2014/004990 A2 se refiere al uso de proteínas asociadas a cereblon como biomarcadores para sensibilidad clínica al cáncer, enfermedades inflamatorias y respuesta del paciente a tratamiento con fármacos.
2.4 Compuestos
Se han llevado a cabo un número de estudios con el objeto de proporcionar compuestos que puedan usarse de forma segura y eficaz para tratar enfermedades asociadas a la producción anormal de TNF-a. Véase, por ejemplo, Marriott, J.B., et al., Expert Opin. Biol. Ther., 2001, 1(4): 1-8; G.W. Muller, et al., J Med Chem., 1996, 39(17): 3238-3240; and G.W. Muller, et a l, Bioorg & Med Chem Lett., 1998, 8: 2669-2674. Algunos estudios se han enfocado a un grupo de compuestos seleccionados por su capacidad de inhibir de forma potente la producción de TNF-a por PBMC estimuladas por LPS. L.G. Corral, et al., Ann. Rheum. Dis., 1999, 58:(Suplemento I) 1107-1113. Estos compuestos no solo muestran una inhibición potente de TNF-a sino también una inhibición marcada de producción de monocitos IL1 p e IL12 inducidos por LPS. IL6 inducido por LPS también se inhibe por tales compuestos, aunque de forma parcial. Estos compuestos son estimuladores potentes de IL10 inducida por LPS. Id.
Los compuestos para los métodos proporcionados en el presente documento incluyen, entre otros, las 2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)ftalimidas sustituidas y 2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1-oxoisoindoles sustituidos descritos en las Patentes de los Estados Unidos N.° 6.281.230 y 6.316.471, ambas de G.W. Muller, et al. Incluso otros compuestos específicos en el presente documento que pertenecen a una clase de isoindol-imidas descritas en las Patentes de los Estados Unidos N.° 6.395.754, 6.555.554, 7.091.353, Publicación de los Estados Unidos N.° 2004/0029832 y Publicación Internacional N.° WO 98/54170.
La talidomida, lenalidomida y pomalidomida han mostrado respuestas notables en pacientes con mieloma múltiple, linfoma y otras enfermedades hematológicas tales como síndrome mielodisplásico. Véase Galustian C, et al., Expert Opin Pharmacother., 2009, 10:125-133. Estos fármacos despliegan un amplio espectro de actividad, incluyendo propiedades anti-angiogénicas, modulación de citocinas pro-inflamatorias, coestimulación de células T, toxicidad aumentada de células NK, efectos antitumoral directos y modulación de la diferenciación de células madre.
Por ejemplo, la talidomida y lenalidomida han surgido como opciones importantes para el tratamiento de mieloma múltiple en pacientes nuevos diagnosticados, en pacientes con enfermedad avanzada quienes han fallado a quimioterapia o trasplante y en pacientes con mieloma múltiple por recaída o refractario. La lenalidomida en combinación con dexametasona se ha aprobado para el tratamiento de pacientes con mieloma múltiple quienes han recibido al menos una terapia anterior. También puede administrarse pomalidomida en combinación con dexametasona. La Publicación de Patente de los Estados Unidos N.° 2004/0029832 A1 describe el tratamiento de mieloma múltiple.
Otro compuesto proporcionado en el presente documento es 3-(5-amino-2-metil-4-oxo-4H-quinazolin-3-il)-piperidin-2,6-diona ("Compuesto A"), que tiene la siguiente estructura:
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o un enantiómero o una mezcla de enantiómeros del mismo; o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable del mismo.
El Compuesto A puede prepararse como se describe en la Patente de los Estados Unidos N.° 7.635.700. El compuesto también puede sintetizarse de acuerdo con otros métodos evidentes para los expertos en la materia basándose en las enseñanzas en el presente documento. En determinadas realizaciones, el Compuesto A se encuentra en una forma cristalina descrita en la Solicitud de Patente Provisional de los Estados Unidos N.° 61/451.806, presentada el 11 de marzo de 2011. En algunas realizaciones, la sal de clorhidrato del Compuesto A se usa en los métodos proporcionados en el presente documento. Los métodos para tratar, prevenir y/o manejar cánceres y otras enfermedades usando el Compuesto A se describen en la Solicitud de Patente Provisional de los Estados Unidos N.° 61/451.995, presentada el 11 de marzo de 2011.
Incluso otro compuesto proporcionado en el presente documento es 3-[4-(4-morfolin-4-ilmetil-benciloxi)-1-oxo-1,3-dihidro-isoindol-2-il]-piperidin-2,6-diona ("Compuesto B"), el cual tiene la siguiente estructura:
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o un enantiómero o una mezcla de enantiómeros del mismo; o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable del mismo.
Los métodos convencionales para evaluar los efectos de los compuestos inmunomoduladores requieren de ensayos de células vivas o criterios de valoración prolongados. Estas pruebas celulares son incómodas y a menudo requieren del uso de diversos estimulantes (por ejemplo, lipopolisacáridos o anticuerpo anti-CD3). Los criterios de valoración indirectos tales como producción de citocina se evalúan, los cuales pueden influirse mediante múltiples rutas. Además, la eficacia clínica de estos compuestos puede no predecirse de forma correcta, como si solo pudiera medirse en términos de respuesta del paciente, el cual habitualmente requiere de un mínimo de varios meses de tratamiento. En vista de las deficiencias de los métodos convencionales, existe una necesidad de desarrollar un método eficiente, sensible y preciso para detectar, cuantificar y caracterizar la actividad farmacodinámica de los compuestos inmunomoduladores.
3 Sumario de la invención
La presente invención proporciona un método para evaluar o monitorizar la efectividad de un compuesto de tratamiento en el tratamiento de un cáncer, o predecir la sensibilidad de un sujeto que tiene o se sospecha que tiene un cáncer a un compuesto de tratamiento, que comprende
(a) determinar el nivel de un biomarcador en una primera muestra de un sujeto que tiene o se sospecha que tiene un cáncer, a quien se ha administrado un compuesto de tratamiento;
y
(b) comparar el nivel del biomarcador de la etapa (a) al nivel de la misma proteína obtenida de una muestra de referencia, en donde un cambio en el nivel de biomarcador en comparación con la muestra de referencia es indicativo de la eficacia del compuesto en el tratamiento del cáncer o la sensibilidad del sujeto al compuesto de tratamiento,
en donde el compuesto de tratamiento es lenalidomida, talidomida, pomalidomida, Compuesto A o Compuesto B; en donde el biomarcador es caseína quinasa 1, alfa 1 (CSNK1A1) o ZFP91; en donde el cáncer se selecciona de un grupo que consiste en
(i) linfoma, tal como linfoma difuso de células B grandes (DLBCL),
(ii) mieloma múltiple (MM),
(iii) síndrome mielodisplásico (MDS) y
(iv) leucemia mieloide aguda (AML).
En un aspecto, se desvela en el presente documento un método para determinar si un compuesto es inmunomodulador, que comprende:
a. poner en contacto una primera célula con el compuesto;
b. obtener una primera muestra a partir de la primera célula de la etapa (a);
c. determinar el nivel de un biomarcador en la primera muestra, y
d. comparar el nivel del biomarcador de la etapa (c) con el nivel de la misma proteína obtenida a partir de una muestra de referencia, en donde un cambio en el nivel de biomarcador cuando se compara con la muestra de referencia es indicador de la eficacia del compuesto como un compuesto inmunomodulador.
En algunos ejemplos, el cáncer es linfoma difuso de células B grandes (DLBCL). En otros ejemplos, el cáncer es mieloma múltiple (MM). En determinados ejemplos, el cáncer es síndrome mielodisplásico (MDS) (por ejemplo, un MDS con supresión del cromosoma 5q (del(5q)). En determinados ejemplos, el cáncer es leucemia mieloide aguda (AML). En determinados ejemplos, la célula es una célula de cáncer. En otro ejemplo, la célula es una célula inmunitaria.
En otros ejemplos, se desvela en el presente documento un método para tratar un cáncer, que comprende un método para determinar si un compuesto es inmunomodulador, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando el compuesto se indica como que probablemente es eficaz como un compuesto inmunomodulador. En otros ejemplos, se desvela en el presente documento un método para tratar un cáncer, que comprende un método para determinar si un compuesto es inmunomodulador, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando se indica que el compuesto es improbable que sea efectivo como un compuesto inmunomodulador.
En otro aspecto, se proporciona en el presente documento un método para determinar si un compuesto es eficaz como un agente antitumoral (o antineoplásico), que comprende:
a. poner en contacto una primera célula con el compuesto;
b. obtener una primera muestra a partir de la primera célula de la etapa (a);
c. determinar el nivel de un biomarcador en la primera muestra; y
d. comparar el nivel del biomarcador de la etapa (c) con el nivel de las mismas proteínas obtenidas a partir de una muestra de referencia, en donde un cambio en el nivel de biomarcador cuando se compara con la muestra de referencia es indicador de la eficacia del compuesto como un agente antitumoral (o antineoplásico).
En algunos ejemplos, el cáncer es DLBCL. En otros ejemplos, el cáncer es MM. En otros ejemplos, el cáncer es MDS. En aún otros ejemplos, el cáncer es AML. En determinados ejemplos, la célula es una célula de cáncer. En otro ejemplo, la célula es una célula inmunitaria.
En determinados ejemplos, se desvela en el presente documento un método para tratar un cáncer, que comprende el método del método para determinar si un compuesto es eficaz como un agente antitumoral (o antineoplásico) proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando el compuesto se indica como que probablemente es eficaz como un agente antitumoral. En algunas realizaciones, se proporciona en el presente documento un método para tratar un cáncer, que comprende el método del método para determinar si un compuesto es eficaz como un agente antitumoral (o antineoplásico) proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando se indica que el compuesto es improbable que sea efectivo como un agente antitumoral.
En otro aspecto, se proporciona en el presente documento un método para evaluar la eficacia de un compuesto en el tratamiento de cáncer, que comprende:
a. administrar un compuesto a un sujeto que tiene cáncer;
b. obtener una primera muestra del sujeto;
c. determinar el nivel de un biomarcador en la primera muestra; y
d. comparar el nivel del biomarcador de la etapa (c) con el nivel de la misma proteína obtenida a partir de una muestra de referencia, en donde un cambio en el nivel de biomarcador cuando se compara con la muestra de referencia es indicador de la eficacia del compuesto en el tratamiento de cáncer,
en donde el compuesto de tratamiento es lenalidomida, talidomida, pomalidomida, Compuesto A o Compuesto B; en donde el biomarcador es CSNK1A1 o ZFP91; en donde el cáncer es linfoma (tal como DLBCL), MM, MDS o AML.
Un método para tratar un cáncer, puede comprender el método para evaluar la eficacia de un compuesto en el tratamiento de cáncer proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando el compuesto se indica como que probablemente es eficaz en el tratamiento de cáncer. Un método para tratar un cáncer, puede comprender el método para evaluar la eficacia de un compuesto en el tratamiento de cáncer proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando se indica que el compuesto es improbable que sea efectivo en el tratamiento de cáncer.
En otro aspecto, se desvela en el presente documento un método para seleccionar un grupo de sujetos con cáncer para los fines de predecir la respuesta clínica, monitorizar la respuesta clínica, o monitorizar el cumplimiento del paciente a la dosificación por un compuesto, que comprende:
a. administrar un compuesto a un sujeto;
b. obtener una primera muestra del sujeto;
c. determinar el nivel de un biomarcador en la primera muestra; y
d. diagnosticar que es probable que el sujeto sea sensible al compuesto si el nivel del biomarcador en la primera muestra es diferente del nivel en una muestra de referencia.
En algunos ejemplos, el cáncer es DLBCL. En otras realizaciones, el cáncer es MM. En otra realización, el cáncer es MDS. En aún otra realización, el cáncer es AML.
En algunos ejemplos, el método es un método para seleccionar un grupo de sujetos con cáncer para los fines de predecir respuesta clínica a la dosificación por un compuesto. En algunas realizaciones, el método es un método para seleccionar un grupo de sujetos con cáncer para los fines de monitorizar la respuesta clínica a la dosificación por un compuesto. En algunas realizaciones, el método es un método para seleccionar un grupo de sujetos con cáncer para los fines de monitorizar el cumplimiento de un paciente a la dosificación por un compuesto. En determinados ejemplos, se desvela en el presente documento un método para tratar un cáncer, que comprende el método de seleccionar un grupo de sujetos con cáncer para los fines de predecir respuesta clínica, monitorizar la respuesta clínica, o monitorizar el cumplimiento del paciente para dosificarse por un compuesto proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando el sujeto se indica como que probablemente es sensible al compuesto. En determinados ejemplos, se desvela en el presente documento un método para tratar un cáncer, que comprende el método de seleccionar un grupo de sujetos con cáncer para los fines de predecir respuesta clínica, monitorizar la respuesta clínica, o monitorizar el cumplimiento del paciente para dosificarse por un compuesto proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando el sujeto se indica como uno que probablemente es sensible al compuesto.
En otro aspecto, se proporciona en el presente documento un método para identificar un sujeto que tiene un cáncer quien es probable que sea sensible a un compuesto de tratamiento, que comprende:
a. administrar el compuesto de tratamiento a un sujeto que tiene el cáncer;
b. obtener una muestra del sujeto;
c. determinar el nivel de un biomarcador en la muestra del sujeto; y
d. diagnosticar que es probable que el sujeto sea sensible al compuesto de tratamiento si el nivel del biomarcador en la muestra del sujeto cambia cuando se compara con un nivel del biomarcador en una muestra de referencia,
en donde el compuesto de tratamiento es lenalidomida, talidomida, pomalidomida, Compuesto A o Compuesto B; en donde el biomarcador es CSNK1A1 o ZFP91; en donde el cáncer es linfoma (tal como DLBCL), MM, MDS o AML.
Un método para tratar un cáncer, puede comprender el método para identificar un sujeto que tiene un cáncer quien es probable que sea sensible a un compuesto de tratamiento proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando el sujeto se diagnostica que es probable que sea sensible al compuesto de tratamiento. Un método para tratar un cáncer, puede comprender el método para identificar un sujeto que tiene un cáncer quien es probable que sea sensible a un compuesto de tratamiento proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando el sujeto se diagnostica que es improbable que sea sensible al compuesto de tratamiento.
En otro aspecto, se proporciona en el presente documento un método para predecir la sensibilidad de un sujeto que tiene o se sospecha que tiene un cáncer, a un compuesto de tratamiento, que comprende:
a. administrar el compuesto de tratamiento al sujeto;
b. obtener una muestra del sujeto;
c. determinar el nivel de un biomarcador en la muestra del sujeto; y
d. predecir o diagnosticar que es probable que el sujeto sea sensible al compuesto de tratamiento si el nivel del biomarcador en la muestra cambia cuando se compara con el nivel del biomarcador obtenido a partir de una muestra de referencia,
en donde el compuesto de tratamiento es lenalidomida, talidomida, pomalidomida, Compuesto A o Compuesto B; en donde el biomarcador es CSNK1A1 o ZFP91; en donde el cáncer es linfoma (tal como DLBCL), MM, MDS o AML.
Un método para tratar un cáncer, puede comprender el método para predecir la sensibilidad de un sujeto que tiene o se sospecha que tiene un cáncer, a un compuesto de tratamiento proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando el sujeto se diagnostica que es probable que sea sensible al compuesto de tratamiento. Un método para tratar un cáncer, puede comprender el método para predecir la sensibilidad de un sujeto que tiene o se sospecha que tiene un cáncer, a un compuesto de tratamiento proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando el sujeto se diagnostica que es improbable que sea sensible al compuesto de tratamiento.
En otro aspecto, se proporciona en el presente documento un método para monitorizar la eficacia de un tratamiento de un cáncer en un sujeto con un compuesto de tratamiento, que comprende:
a. administrar el compuesto de tratamiento a un sujeto que tiene cáncer;
b. obtener una muestra del sujeto;
c. determinar el nivel de un biomarcador en la muestra del sujeto; y
d. comparar el nivel del biomarcador en la muestra con el nivel del biomarcador obtenido a partir de una muestra de referencia, en donde un cambio en el nivel cuando se compara con la muestra de referencia es indicador de la eficacia del compuesto de tratamiento en el tratamiento de cáncer en el sujeto,
en donde el compuesto de tratamiento es lenalidomida, talidomida, pomalidomida, Compuesto A o Compuesto B; en donde el biomarcador es CSNK1A1 o ZFP91; en donde el cáncer es linfoma (tal como DLBCL), MM, MDS o AML.
Un método para tratar un cáncer, puede comprender el método para monitorizar la eficacia de un tratamiento de un cáncer en un sujeto con un compuesto de tratamiento proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando el compuesto se indica que es eficaz en el tratamiento de cáncer en el sujeto. Un método para tratar un cáncer, puede comprender el método para monitorizar la eficacia de un tratamiento de un cáncer en un sujeto con un compuesto de tratamiento proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando el compuesto se indica que tiene una carencia de eficacia en el tratamiento de cáncer en el sujeto.
En otro aspecto, se proporciona en el presente documento un método para predecir la respuesta de un paciente al tratamiento con un compuesto en un paciente con cáncer, comprendiendo el método:
a. obtener una muestra que comprende células del paciente,
b. cultivar las células en presencia o ausencia del compuesto,
c. purificar la proteína o ácido nucleico (por ejemplo, un ARN, tal como ARNm, o ADN) a partir de células cultivadas, y
d. medir la presencia o ausencia de un biomarcador.
En algunas realizaciones, el cáncer es DLBCL. En otras realizaciones, el cáncer es MM. En otra realización, el cáncer es MDS. En aún otra realización, el cáncer es AML. En determinadas realizaciones, las células son células de cáncer. En otra realización, las células son células inmunitarias.
Un método para tratar un cáncer, puede comprender el método para predecir la respuesta de un paciente al tratamiento con un compuesto en un paciente con cáncer proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando se predice que un paciente tiene una respuesta al tratamiento con el compuesto. Un método para tratar un cáncer, puede comprender el método para predecir la respuesta de un paciente al tratamiento con un compuesto en un paciente con cáncer desvelado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando no se predice que un paciente tiene una respuesta al tratamiento con el compuesto.
En otro aspecto, se proporciona en el presente documento un método para monitorizar la respuesta de tumor al tratamiento con un compuesto en un paciente con cáncer, comprendiendo el método
a. obtener una primera muestra del paciente,
b. medir la expresión de un biomarcador en la primera muestra,
c. administrar un compuesto al paciente,
d. posteriormente, obtener una segunda muestra del paciente,
e. medir la expresión del biomarcador en la segunda muestra, y
f. comparar los niveles de expresión del biomarcador en la primera y segunda muestras.
en donde el compuesto de tratamiento es lenalidomida, talidomida, pomalidomida, Compuesto A o Compuesto B; en donde el biomarcador es CSNK1A1 o ZFP91; en donde el cáncer es linfoma (tal como DLBCL), MM, MDS o AML.
Un método para tratar un cáncer, puede comprender el método para monitorizar la respuesta de tumor al tratamiento con un compuesto en un paciente con cáncer desvelado en el presente documento, en donde el método además comprende (g) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando existe una probabilidad de una respuesta de tumor eficaz.
Un método para tratar un cáncer, puede comprender el método para monitorizar la respuesta de tumor al tratamiento con un compuesto en un paciente con cáncer proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (g) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando no existe una probabilidad de una respuesta de tumor eficaz.
En otro aspecto, se desvela en el presente documento un método para tratar un sujeto con un compuesto, comprendiendo el método:
a. obtener una primera muestra del paciente,
b. medir la expresión de un biomarcador en la primera muestra,
c. administrar un compuesto al paciente,
d. posteriormente, obtener una segunda muestra del paciente,
e. medir la expresión del biomarcador en la segunda muestra,
f. comparar los niveles de expresión del biomarcador en la primera y segunda muestras.
En algunos ejemplos, el cáncer es DLBCL. En otros ejemplos, el cáncer es MM. En otro ejemplo, el cáncer es MDS. En aún otro ejemplo, el cáncer es AML.
En determinados ejemplos, el método además comprende (g) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando existe una probabilidad de una respuesta de tumor eficaz. En otros ejemplos, un nivel reducido de expresión del biomarcador en la segunda muestra después de la administración del compuesto indica una probabilidad reducida de una respuesta de tumor eficaz. En determinados ejemplos, el método además comprende (g) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando no existe una probabilidad de una respuesta de tumor eficaz.
En otro aspecto, se desvela en el presente documento un método para monitorizar una respuesta al tratamiento con terapia IFN para el tratamiento con un compuesto en un paciente con cáncer, comprendiendo el método
a. obtener una primera muestra del paciente,
b. medir la expresión de un biomarcador en la primera muestra,
c. administrar uno o más compuestos al paciente,
d. posteriormente, obtener una segunda muestra del paciente,
e. medir la expresión del biomarcador en la segunda muestra, y
f. comparar los niveles de expresión del biomarcador en la primera y segunda muestras.
En algunos ejemplos, el cáncer es DLBCL. En otros ejemplos, el cáncer es MM. En otro ejemplo, el cáncer es MDS. En aún otro ejemplo, el cáncer es AML.
En determinados ejemplos, se desvela en el presente documento un método para tratar un cáncer, que comprende el método para monitorizar una respuesta al tratamiento con terapia IFN para el tratamiento con un compuesto en un paciente con cáncer proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (g) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando existe una probabilidad de una respuesta eficaz al tratamiento con terapia IFN. En determinados ejemplos, se proporciona en el presente documento un método para tratar un cáncer, que comprende el método para monitorizar una respuesta al tratamiento con terapia IFN para el tratamiento con un compuesto en un paciente con cáncer desvelado en el presente documento, en donde el método además comprende (g) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando no existe una probabilidad de una respuesta eficaz al tratamiento con terapia IFN.
En determinadas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es linfoma difuso de células B grandes (DLBCL). En determinadas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es mieloma múltiple (MM). En determinadas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es síndrome mielodisplásico (MDS). En algunas realizaciones, el MDS es un MDS con supresión del cromosoma 5q (del(5q)). En determinadas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es leucemia mieloide aguda (AML). En algunos ejemplos de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es linfoma de células del manto (MCL). En otros ejemplos de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es linfoma folicular (FL). En algunos ejemplos de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es leucemia linfocítica crónica (CLL). En otros ejemplos de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es linfoma de no Hodgkin (NHL). En determinados ejemplos de los diversos métodos desvelados en el presente documento, el cáncer es leucemia de células pilosas. En algunos ejemplos de los diversos métodos desvelados en el presente documento, el cáncer es leucemia mielógena crónica (CML). En determinados ejemplos de los diversos métodos desvelados en el presente documento, el cáncer es sarcoma de Kaposi relacionado con SIDA. En otros ejemplos de los diversos métodos desvelados en el presente documento, el cáncer es un melanoma maligno.
En otro aspecto, se desvela en el presente documento un método para monitorizar una respuesta al tratamiento con terapia IFN para el tratamiento con un compuesto en un paciente que tiene un trastorno asociado a IFN, comprendiendo el método
a. obtener una primera muestra del paciente,
b. medir la expresión de un biomarcador en la primera muestra,
c. administrar uno o más compuestos al paciente,
d. posteriormente, obtener una segunda muestra del paciente,
e. medir la expresión del biomarcador en la segunda muestra, y
f. comparar los niveles de expresión del biomarcador en la primera y segunda muestras.
En determinados ejemplos, se desvela en el presente documento un método para tratar un trastorno asociado a IFN, que comprende el método para monitorizar una respuesta al tratamiento con terapia IFN para el tratamiento con un compuesto en un paciente que tiene un trastorno asociado a IFN, en donde el método además comprende (g) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando existe una probabilidad de una respuesta eficaz al tratamiento con terapia IFN. En determinados ejemplos, se desvela en el presente documento un método para tratar un trastorno asociado a IFN, que comprende el método para monitorizar Una respuesta al tratamiento con terapia IFN para el tratamiento con un compuesto en un paciente que tiene un trastorno asociado a IFN, en donde el método además comprende (g) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando no existe una probabilidad de una respuesta eficaz al tratamiento con terapia IFN.
En determinados ejemplos, el trastorno asociado a IFN es condiloma acuminado. En algunas realizaciones, el trastorno asociado a IFN es hepatitis B crónica. En otros ejemplos, el trastorno asociado a IFN es hepatitis C crónica. En determinados ejemplos, el trastorno asociado a IFN es esclerosis múltiple remitida por recaída. En algunos ejemplos, el trastorno asociado a IFN es enfermedad granulomatosa crónica. En algunos ejemplos, el trastorno asociado a IFN es un cáncer. De acuerdo con la invención, el biomarcador es una proteína asociada a cereblon (CRBN) (CAP), CSNK1A1 o ZFP91.
En determinados ejemplos, CAP es ABCE1, ACLY, ACTB, ALDOA, ARID1A, C7ORF42, COPS6, CPSF6, CSNK2A1, CTPS, CRBN, DDB1, DDIT4, DDX17, DDX21, DDX58, DDX58, DDX60, DDX60L, DHX9, DNAJC1, DUT, EEF1A1, EEF1AL3, EEF1G, EIF2S1, EIF2S2, EIF3J, EIF4A1, EWSR1, FASN, FBXO21, FERMT3, FUBP1, G3BP1, G3BP2, GBE1, GBP1, GNAS, GNB2L1, GNB3, H2AFJ, H2AFX, H2AFZ, HIST1H1A, HIST1H1B, HIST1H1C, HIST1H1D, HIST1H1E, HIST1H2AA, HNRNPA2B1, HNRNPC, HNRNPH2, HNRNPR, HSPA1A, HSPA1B, HSPA8, HSPA9, IFI16, IFI27, IFI27L2, IFI35, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIH1, IFIT1, IFIT2, IFIT3, IFIT5, IFITM2, IFITM3, IFN, IFNA16, IFNA5, IFNG, IFNGR1, IGF2BP2, IKKE, IKZF1 (Ikaros), IKZF3 (Aiolos), ILF3, IPO5, IRF1, IRF2, IRF3, IRF4, IRF7, IRF8, IRF9, ISG15, ISG20, KCNAB2, MACF1, MCM2, MCM7, MX1, MX2, MYH10, NACA, NAP1L2, NCL, NEDD8, NUP88, OAS1, OAS2, OAS3, OASL, PABPC1, PABPC4, PCM1, PDXK, PPAT, PRKDC, PTPRC, PTRH2, RPL10A, RPL11, RPL12, RPL13A, RPL14, RPL15, RPL18A, RPL19, RPL21, RPL3, RPL30, RPL4, RPL7, RPL7A, RPL9, RPLP1, RPLP2, RPS13, RPS16, RPS19, RPS2, RPS6, SEC23B, SEC24A, SEC24C, SMC4, SND1, un STAT, un STAT-PO4 , STAT3, SYNCRIP, TBK1, TBK1-PO4 , TBL1XR1, TLR1, TLR3, TLR4, TLR7, TLR8, TPD52, TUBA1A, TUBA1B, TUBA1C, UAP1, UBA52, UBAP2L, UBB, UBE2O, UBE2Q1, USP15, VAPA, XAF1, XRCC6, YWHAE, o cualquier combinación de los mismos. En algunos ejemplos, la CAP es una proteína de la ruta de IFN. El biomarcador puede ser una o más proteínas listadas en la Tabla 1 o 3-8. El biomarcador puede ser una o más proteínas listadas en la Tabla 1 y/o Tabla 3 y/o Tabla 4 y/o Tabla 5 y/o Tabla 6 y/o Tabla 7 y/o Tabla 8
El compuesto puede ser un compuesto de unión a CRBN (CBC). El compuesto puede ser un fármaco inmunomodulador IMiD® (de Celgene Corporation). En algunas realizaciones, el compuesto es lenalidomida, pomalidomida, talidomida, 3-(5-amino-2-metil-4-oxo-4H-quinazolin-3-il)-piperidin-2,6-diona (Compuesto A), o 3-(4-((4-(morfolinometil)benzil)oxi)-1 -oxoisoindolin-2-il)piperidin-2,6-diona (Compuesto B).
Diversas combinaciones de uno o más compuestos (por ejemplo, uno o más compuestos de unión a CRBN) y uno o más biomarcadores (por ejemplo, una o más CAP) se contemplan para su uso en los diversos métodos proporcionados en el presente documento.
Una disposición de anticuerpos puede usarse para determinar los niveles de dos o más biomarcadores en una muestra. En determinadas realizaciones, los niveles de los biomarcadores se usan en los diversos métodos proporcionados en el presente documento, por ejemplo, para seleccionar un sujeto para tratamiento con un compuesto; predecir o monitorizar la sensibilidad de un sujeto al tratamiento; o monitorizar el cumplimiento de un sujeto con el tratamiento.
Una disposición de sondas puede usarse para determinar los niveles de dos o más biomarcadores en una muestra al hibridarlos con uno o más de los polinucleótidos de los biomarcadores bajo condición rigurosa. En algunas realizaciones, los niveles de los biomarcadores se usan en los diversos métodos proporcionados en el presente documento, por ejemplo, para seleccionar un sujeto para tratamiento con un compuesto; predecir o monitorizar la sensibilidad de un sujeto al tratamiento; o monitorizar el cumplimiento de un sujeto con el tratamiento.
Una disposición de sondas puede usarse para determinar los niveles de dos o más biomarcadores en una muestra al hibridarlos con uno o más de los ARNm de los biomarcadores bajo condición rigurosa. En algunas realizaciones, los niveles de los biomarcadores se usan en los diversos métodos proporcionados en el presente documento, por ejemplo, para seleccionar un sujeto para tratamiento con un compuesto; predecir o monitorizar la sensibilidad de un sujeto al tratamiento; o monitorizar el cumplimiento de un sujeto con el tratamiento.
Un panel de biomarcadores aislados puede comprender uno o más biomarcadores, en donde un biomarcador es una CAP. En una realización específica, la CAP es CSNK1A1. La CAP puede ser CRBN. La CAP puede ser Ikaros. La CAP puede ser Aiolos. La CAP puede ser una proteína de la ruta de IFN. La CAP puede ser una IFN. La CAP puede ser una STAT. En una realización, la CAP es ZFP91.
En otro ejemplo, en el presente documento es un kit para determinar el nivel de un biomarcador en una muestra de un sujeto, en donde el biomarcador es una CAP. En determinados ejemplos, la muestra es una muestra biológica.
En otro aspecto, se desvelan en el presente documento kits para llevar a cabo los métodos desvelados en el presente documento.
4 Breve descripción de las figuras
Las FIGURAS 1A-C representan que Aiolos e Ikaros son sustratos de CRBN en ABC y GCB DLBCL. Las células DLBCL se trataron con DMSO, Lenalidomida o el Compuesto A durante 1,6, 12 o 72 horas y entonces se evaluaron los niveles de Aiolos, Ikaros, IRF4 o p-actina. (A) La lenalidomida y el Compuesto A son bioquímicamente activos tanto en los subconjuntos GCB como ABC DLBCL. (B) y (C) Aiolos e Ikaros son sustratos del complejo CRBN en DLBCL; y lenalidomida y el Compuesto A reduce los niveles de IRF4 a las 72 horas.
Las FIGURAS 2A-B representan que Aiolos e Ikaros son sustratos de CRL4crbn in vivo. Los ratones SCID con xenoinjerto de WSU-DLCL2 se trataron con cualquier vehículo o 30 mg/kg del Compuesto A qd. Las muestras de tumor se cosecharon en los puntos de tiempo indicados después de la última dosis. Entonces los tejidos se sometieron a FFPE IHC para Aiolos e Ikaros. (A) el Compuesto A induce la degradación de Aiolos a las 6 horas de tratamiento en ratones SCID con xenoinjerto de WSU-DLCL2. (B) el Compuesto A induce la degradación de Ikaros a las 6 horas de tratamiento en ratones SCID con xenoinjerto de WSU-DLCL2.
Las FIGURAS 3A-C representan que Aiolos es un accionador de la proliferación de linfoma y regula c-Myc. Las líneas celulares de ARNhp que inducen Aiolos se trataron con 0-100 ng/ml de doxiciclina durante 72 horas y se evaluaron los niveles de proteína Aiolos, c-myc, IRF4 o p-actina. (A) Al menos tres de cinco de los ARNhp de Aiolos ARNhp resultaron en niveles de proteína Aiolos reducidos. (B) y (C) Tres de los ARNhp de Aiolos también redujeron la proliferación y niveles de c-Myc. El ARNhp de Aiolos resultó en la reducción significativa de c-myc pero no de IRF4. Los ensayos de proliferación indicaron que el ARNhp dirigido a Aiolos inhibió la proliferación de células en los días 3 y 5 después del tratamiento con doxiciclina.
Las FIGURAS 4A-C representan la generación de líneas celulares de DLBCL resistentes a lenalidomida y al Compuesto A. Las líneas celulares se hicieron resistentes a lenalidomida y al Compuesto A a través de la exposición crónica a ambos compuestos. La proliferación de células progenitoras y resistentes se evaluó a través de los ensayos de incorporación de timidina tritiada. (A)-(C) Lenalidomida ("Len") resistente o líneas celulares del Compuesto A demuestran resistencia comparadas con las células progenitoras después de un período de lavado de 10 días indicando que la resistencia ahora fue un rasgo independiente de la célula resistente.
Las FIGURAS 5A-B representan la resistencia al mecanismo de acción de lenalidomida y el Compuesto A. (A) La resistencia adquirida en DLBCL no implica la regulación negativa de los niveles de CRBN como se observa en mieloma múltiple. Sin embargo, los niveles de Aiolos e Ikaros se redujeron ligeramente en células resistentes a WSU-DLCL2 comparadas con las progenitoras. Adicionalmente, los niveles de c-Myc se redujeron en ambas células resistentes a WSU-DLCL2 y TMD8 mientras que CD44, un marcador de enfermedad agresiva, se aumenta en la línea celular ABC DLBCL (TMD8). (B) La tasa de destrucción de Aiolos en CmpA-R (Compuesto A resistente) a la línea celular WSU-DLCL2 se redujo en comparación con la línea celular progenitora.
Las FIGURAS 6A-C representan el intervalo dinámico de los niveles de expresión de CRBN, Aiolos e Ikaros en pacientes con DLBCL. IHC de muestras FFPE a partir de 90 pacientes para CRBN, Aiolos e Ikaros indicaron un amplio intervalo de niveles de expresión en DLBCL primario. (A) Intervalo de la expresión de CRBN en tres pruebas clínicas ilustrativas en pacientes, C4, F2 y B9. Se observó la tinción de CRBN en 76/90 casos (84 %). Se observó CRBN nuclear en 23/76 tumores CRBN positivos. (B) Intervalo de la expresión Aiolos en dos pruebas clínicas ilustrativas en pacientes, E2 y G4. Se observó tinción de Aiolos en 85/90 casos (94 %). Aiolos se expresó fuertemente en 61/85 pacientes. (C) Intervalo de la expresión de Ikaros en dos pruebas clínicas ilustrativas en pacientes, E2 y G4. La tinción de Ikaros se observó en 76/90 casos (84 %). El intervalo dinámico de CRBN, Aiolos e Ikaros en DLBCL puede usarse como un proceso de inclusión positivo para su participación en una prueba clínica con el Compuesto A (u otro compuesto).
Las FIGURAS 7A-C representan la actividad diferencial de lenalidomida y el Compuesto A en GCB y ABC DLBCL. Se cultivaron múltiples líneas celulares de DLBCL con cualquiera de Lenalidomida o el Compuesto A durante 3 días. La proliferación se evaluó a través de la incorporación de timidina tritiada. Se observaron tres fenómenos; resistencia independiente, actividad diferencial del Compuesto A comparada con Lenalidomida o una diferencia de potencia diferente entre las dos moléculas. (A) y (B) La actividad diferencial del Compuesto A se observó en algunos GCB DLBCL comparados con lenalidomida. (C) el Compuesto A es más potente que lenalidomida en ABC DLBCL.
Las FIGURAS 8A-B representan que lenalidomida compite con el Compuesto A y 1-(3-cloro-4-metilfenil)-3-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1-oxoisoindolin-5-il)metil)urea ("Compuesto C" o Cmp C) para CRBN. (A) y (B) Cotratamiento de lenalidomida con cualquiera del Compuesto A o Compuesto C que bloquea los efectos antiproliferativos de cualquier fármaco a través de la competencia de unión del complejo CRBN en ambos de ABC y GCB DLBCL. El co-cultivo de Lenalidomida con cualquiera del Compuesto A o Compuesto C amortigua la actividad de estos compuestos cuando dirigen la misma cavidad de unión con afinidad relativa.
La FIGURA 9 representa la diferenciación de lenalidomida y Compuesto A en DLBCL usando espectrometría de masas TMT. Las líneas celulares GCB y ABC se trataron con cualquiera de lenalidomida o Compuesto A durante 24 y 72 horas. Los niveles de proteína Aiolos se analizaron y mostraron reducir en una forma dependiente de la dosis tan poco como 24 horas en ABC y GCB DLBCL (paneles inferiores). Las proteínas de estas células también pueden etiquetarse y analizarse con proteómica etiqueta de masa en tándem para respuestas de firma (paneles superiores).
Las FIGURAS 10A-B muestran las respuestas de la proteína en la ruta IFN. La FIGURA 10A muestra que el Compuesto A regula positivamente la expresión génica de la respuesta de IFN y regula positivamente la expresión de la proteína IRF7. La FIGURA 10B muestra que shAiolos regula positivamente la expresión de la proteína IRF7. La FIGURA 11 muestra que la proteína CSNK1A1 es una de las pocas proteínas afectadas por la exposición a lenalidomida en un grado evidentemente mayor que por el Compuesto A.
La FIGURA 12 ilustra una lista de las proteínas de la ruta de IFN que pueden afectarse por exposición al Compuesto A y/o lenalidomida.
Las FIGURAS 13A-G representan el efecto de lenalidomida, pomalidomida, o el Compuesto A sobre la ruta de IFN. La FIGURA 13A muestra que lenalidomida, pomalidomida, o el Compuesto A regulan positivamente la expresión de las proteínas IFIT1, IFIT3, DDX58, XAF1, IFIH1 y OAS3. La FIGURA 13B muestra que lenalidomida, pomalidomida, o el Compuesto A regula positivamente la expresión génica de DDX58, IFI27, IFIT1, IFIT3, DDX58 y XAF1. La FIGURA 13C muestra que lenalidomida, pomalidomida, o el Compuesto A regulan positivamente la expresión génica de ISG15 y OAS3. La FIGURA 13D muestra que shAiolos induce las proteínas de la ruta de IFN y regula positivamente el nivel de la proteína IFIT1. La FIGURA 13E muestra que lenalidomida, pomalidomida, o el Compuesto A inducen cambios en el nivel de IRF. La FIGURA 13F muestra que lenalidomida, pomalidomida, o el Compuesto A regulan positivamente la expresión de proteínas IFIT1 e IFIT3, regulan positivamente la fosforilación de TBK1 (TBKI-PO4) y reducen el nivel de la proteína IKKE. La FIGURA 13G muestra que lenalidomida, pomalidomida, o el Compuesto A regula positivamente la expresión de proteínas IFIT1 e IFIT3, induce cambios STAT.
Las FIGURAS 14A-B muestran que se reducen los niveles de ZFP91 y Aiolos en respuesta al tratamiento con diversos compuestos en líneas celulares de linfoma usando un análisis de transferencia Western.
La FIGURA 15 muestra los niveles de cambio de ZFP91, CRBN, Ikaros y Aiolos en respuesta al tratamiento con compuestos en líneas celulares de mieloma, linfoma y células B primarias usando análisis de transferencia Western.
La FIGURA 16A-C muestra la reducción del nivel de ZFP91 inducido por los compuestos que se encuentran en una ruta dependiente de CRBN en células U266 usando un análisis de transferencia Western. La FIGURA 16A muestra la degradación de ZFP91 inducida con pomalidomida que es dependiente de CRBN en células U266; la FIGURA 16B muestra cuando CRBN se reguló negativamente, se bloqueó la reducción de las proteínas Aiolos, Ikaros y ZFP91 inducidas por los compuestos (talidomida, lenalidomida, pomalidomida, o Compuesto A); y la FIGURA 16C muestra cuando se usaron los inhibidores de NAE1 o de proteasoma para tratar las células, se bloqueó la reducción de las proteínas Aiolos, Ikaros y ZFP91 inducidas por los compuestos (talidomida, lenalidomida, pomalidomida, o Compuesto A).
Las FIGURAS 17A-D muestran la reducción del nivel de ZFP91 inducido por los compuestos que se encuentran en una ruta dependiente de CRBN en células OCI-LY10 usando análisis de transferencia Western. La FIGURA 17A muestra que talidomida 100 mM, lenalidomida 10 mM, pomalidomida 1 mM, el Compuesto A (Cmp A) 1 pM o 10 pM, o el Compuesto B (Cmp B) 100 nM reduce los niveles de ZFP91 y Aiolos en células OCI-LY10. La FIGURA 17B muestra que lenalidomida 1 pM, lenalidomida 10 pM, Compuesto A 0.1 pM, Compuesto A 1 pM, o el Compuesto A 10 pM reduce los niveles de ZFP91 y Aiolos en células OCI-LY10. Las FIGURAS 17C-D muestran el tratamiento previo por MLN-4924, restauran el nivel de Aiolos y ZFP91 en células OCI-LY10 tratadas con los compuestos.
La FIGURA 18 muestra la evaluación patológica de 22 muestras de MM usando el ensayo doble y el método puntuación H.
Las FIGURAS 19A-C muestran los resultados de un ensayo de tinción doble para CRBN. La FIGURA 19A muestra que el ensayo de tinción doble diferencia niveles de expresión de CRBN altos y bajos en la línea celular DF15 de mieloma múltiple y DF15R resistente a pomalidomida, respectivamente. La FIGURA 19B muestra los resultados de tinción de CRBN y puntuación H para la Muestra MM12. La FIGURA 19C muestra los resultados de tinción de CRBN y puntuación H para las Muestras MM13 y MM15.
La FIGURA 20 muestra la tinción de Aiolos y puntuación H nuclear en la Muestra MM23.
La FIGURA 21 muestra la tinción de Ikaros y puntuación H nuclear en la Muestra MM23.
Las FIGURAS 22A-E muestran sensibilidad al tratamiento con lenalidomida en un panel de líneas celulares de cáncer mieloide evaluado por timidina tritiada y/o ensayos BrdU. La FIGURA 22A muestra que las líneas celulares 13 MDS/AMF y 1 MM se evaluaron para sensibilidad a lenalidomida (LEN) en un ensayo celular de 4d BrdU, con células HNT-34 y MDS-L que muestran la mayor sensibilidad a lenalidomida. La FIGURA 22B muestra ambas células HNT-34 y MDS-L que son sensibles a lenalidomida. La FIGURA 22C muestra la sensibilidad de líneas celulares de cáncer mieloide a lenalidomida (LEN) y al Compuesto A. La FIGURA 22D muestra que lenalidomida promueve la degradación de caseína quinasa 1, alfa 1 (CSNK1A1; también denominada de forma intercambiable en el presente documento como "CK1a" y "CK1a") en las líneas celulares sensibles (HNT-34, MDS-L), pero no degrada CSNK1A1 en las líneas celulares insensibles (por ejemplo, MOFM-13, THP-1). La lenalidomida también promueve la degradación de CSNK1A1 en las líneas celulares insensibles KG-1 y HL-60. La FIGURA 22E muestra un análisis de transferencia Western de los niveles de proteína CK1 a, Ikaros y CRBN en células de cáncer mieloide tratadas con lenalidomida (LEN) y no tratadas.
Las FIGURAS 23A-D muestran que lenalidomida reduce Ikaros y CSNK1A1 en una línea celular MDS del(5q) (MDS-L) y en una línea celular de AML (HNT-34). La FIGURA 23A y FIGURA 23B muestran resultados de la proteómica etiquetada de masa en tándem en una línea celular del(5q) MDS (MDS-L) y una línea celular AML (HNT-34), después del tratamiento con el vehículo o lenalidomida 10 uM durante 8, 24 y 72 horas. La FIGURA 23C muestra la reducción de las proteínas Ikaros y CSNK1A1 por lenalidomida se confirman por análisis de transferencia western en células MDS-L. La FIGURA 23D muestra que la reducción de las proteínas Ikaros y CSNK1A1 por lenalidomida se confirmó por análisis de transferencia Western en células HNT-34.
Las FIGURAS 24A-B muestran degradaciones de CSNK1A1 e Ikaros en células HNT-34 tratadas con lenalidomida son dependientes de la dosis y el tiempo. La FIGURA 24A muestra que las degradaciones de CSNK1A1 e Ikaros en células HNT-34 tratadas con lenalidomida son dependientes del tiempo. La FIGURA 24B muestra que las degradaciones de CSNK1A1 e Ikaros en células HNT-34 tratadas con lenalidomida son dependientes de la dosis. Las FIGURAS 25A-B muestran que el tratamiento con lenalidomida reduce los niveles de CSNK1A1 e Ikaros en pacientes con AML. La FIGURA 24A muestra que ambos de CK1a e Ikaros se modularon (regularon negativamente) en 4 de 5 pacientes tratados con lenalidomida. La FIGURA 25B muestra que los niveles de proteínas CK1a e Ikaros se redujeron en médula ósea o sangre periférica de pacientes tratados con lenalidomida (LEN) con AML in vivo.
La FIGURA 26 muestra que el tratamiento con lenalidomida reduce ambos niveles de proteínas CSNK1A1 e Ikaros a las 3h o 6h y las células HNT-34 de tratamiento previo con el inhibidor de proteasoma MG-132 que estabiliza los niveles de la proteína CSNK1A1 en presencia de lenalidomida.
Las FIGURAS 27A-B muestran datos para un mecanismo de reducción mediada por lenalidomida de los niveles de CK1a. La FIGURA 27A muestra que las células HNT-34 tratadas previamente con el Compuesto A bloquea la degradación de CSNK1A1 inducida por lenalidomida. La FIGURA 27B muestra que la reducción de los niveles de CK1a mediados por LEN son dependientes de culina y dependientes de CRBN. Por ejemplo, el tratamiento previo con inhibidor de proteosoma (MG-132) e inhibición de neddilación (MLN-4924) anula la reducción de CK1a mediada por LEN en células HNT-34 (FIGURA 27B, panel izquierdo). Además, el tratamiento previo con ARNi de CRBN inhibió la reducción de CK1a mediada por Le N en células HNT-34 (FIGURA 27B, panel derecho).
5 Descripción detallada de la invención
Los métodos, disposiciones, sondas y kits se basan en parte en el descubrimiento de que un nivel cambiado, por ejemplo, un nivel aumentado y/o un nivel reducido de determinadas moléculas (por ejemplo, los ARNm, ADNc, o proteínas) en una muestra biológica pueden usarse como biomarcadores para predecir la sensibilidad de un sujeto que tiene o se sospecha que tiene un cáncer (por ejemplo, DLBCL, MM, MDS o AML) a un compuesto de tratamiento (por ejemplo, talidomida, lenalidomida, pomalidomida, Compuesto A, o Compuesto B, o un estereoisómero del mismo, o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato, o un polimorfo farmacéuticamente aceptable del mismo).
5.1 Definiciones
Como se usa en el presente documento y a menos que se especifique de otro modo, los términos "tratar", "que trata" y "tratamiento" se refieren a una acción que se produce mientras que un paciente se encuentra padeciendo el cáncer especificado, la cual reduce la gravedad del cáncer, o retarda o ralentiza el avance del cáncer.
El término "sensibilidad" y "sensible" cuando se hace con referencia a un tratamiento con el compuesto es un término relativo que se refiere al grado de efectividad del compuesto en la disminución o reducción del avance de un tumor o la enfermedad que se trata. Por ejemplo, el término "sensibilidad aumentada" cuando se usa con referencia al tratamiento de una célula o tumor junto con un compuesto se refiere a un aumento de al menos un 5 %, o más, en la eficacia del tratamiento de tumor.
Como se usa en el presente documento, los términos "compuesto" y "compuesto de tratamiento" se usan de forma intercambiable, e incluye el compuesto inmunomodulador o fármaco inmunomodulador. Como se usa en el presente documento, la expresión "compuesto inmunomodulador" o "fármaco inmunomodulador" se refiere generalmente a una molécula o agente capaz de alterar de alguna manera la respuesta inmunitaria. Los ejemplos no limitantes de compuestos inmunomoduladores incluyen aquellos descritos en la Sección 5.7 a continuación.
Como se usa en el presente documento y a menos que se especifique de otro modo, la expresión "cantidad terapéuticamente eficaz" de un compuesto es una cantidad suficiente para proporcionar un beneficio terapéutico en el tratamiento o manejo de un cáncer, o para retardar o minimizar uno o más síntomas asociados a la presencia del cáncer. Una cantidad terapéuticamente eficaz de un compuesto significa una cantidad de agente terapéutico, solo o en combinación con otras terapias, lo cual proporciona un beneficio terapéutico en el tratamiento o manejo del cáncer. La expresión "cantidad terapéuticamente eficaz" puede abarcar una cantidad que mejore la terapia general, reduzca o evite los síntomas o causas de cáncer, o intensifique la eficacia terapéutica de otro agente terapéutico. El término también se refiere a la cantidad de un compuesto que sea suficiente para inducir la respuesta biológica o médica de una molécula biológica (por ejemplo, una proteína, enzima, ARN, o ADN), célula, tejido, sistema, animal, o humano, que se busca por un investigador, veterinario, doctor médico, o clínico.
El término "sensibilidad" o "sensible" cuando se usa con referencia a un tratamiento, se refiere al grado de eficacia del tratamiento en disminuir o reducir los síntomas de una enfermedad, por ejemplo, DLBCL, MM, MDS o AML, que se trata. Por ejemplo, la expresión "sensibilidad aumentada" cuando se usa con referencia a un tratamiento de una célula o un sujeto se refiere a un aumento en la eficacia de disminuir o reducir los síntomas de la enfermedad cuando se miden usando cualquier método conocido en la técnica. El aumento en la eficacia es al menos aproximadamente el 5 %, al menos aproximadamente el 10 %, al menos aproximadamente el 20 %, al menos aproximadamente el 30 %, al menos aproximadamente el 40 %, o al menos aproximadamente el 50 %.
Como se usa en el presente documento, las expresiones "respuesta eficaz del sujeto", "respuesta eficaz del paciente", o "respuesta de tumor eficaz del paciente" se refieren a cualquier aumento en beneficio terapéutico del paciente. Una "respuesta de tumor eficaz del paciente" puede ser, por ejemplo, una disminución del 5 %, 10 %, 15 %, 20 %, 25 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, o 100 % en la tasa de avance del tumor. Una "respuesta de tumor eficaz del paciente" puede ser, por ejemplo, una disminución del 5 %, 10 %, 15 %, 20 %, 25 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, o 100 % en los síntomas físicos de un cáncer. Una "respuesta de tumor eficaz del paciente" puede ser, por ejemplo, una disminución del 5 %, 10 %, 15 %, 20 %, 25 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, o 100 % en el tamaño de un tumor. Una "respuesta de tumor eficaz del paciente" puede ser, por ejemplo, una disminución del 5 %, 10 %, 15 %, 20 %, 25 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, o 100 % en los síntomas físicos de un cáncer. Una "respuesta de tumor eficaz del paciente" también puede ser, por ejemplo, un aumento del 5 %, 10 %, 15 %, 20 %, 25 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 100 %, 200 %, o más en la respuesta del paciente, como se mide por cualquier medio adecuado, tal como expresión génica, recuentos celulares, resultados de análisis, etc.
Una mejora en el cáncer o enfermedad relacionada con cáncer pude caracterizarse como una respuesta completa o parcial. "Respuesta completa" se refiere a una ausencia esencial o enfermedad clínicamente detectable con la normalización de cualesquier estudios radiográficos previamente anómalas, de médula ósea y líquido cefalorraquídeo (LCR) o mediciones anómalas de proteína monoclonal. "Respuesta parcial" se refiere al menos aproximadamente una disminución del 5 %, 10 %, 15 %, 20 %, 25 %, 30 %, 35 %, 40 %, 45 %, 50 %, 55 %, 60 %, 65 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 % o 90 % en toda la carga de tumor medible (es decir, el número de células malignas presentes en el sujeto, o las masas de volumen de tumor medidas o la calidad de proteína monoclonal anormal) en ausencia de nuevas lesiones. El término "tratamiento" contempla ambas de una respuesta completa y una parcial.
El término "probabilidad" generalmente se refiere a un aumento en la probabilidad de un evento. El término "probabilidad" cuando se usa con referencia a la efectividad de una respuesta de tumor de un paciente, generalmente contempla una probabilidad aumentada de que se reducirá la tasa de avance de tumor o crecimiento de células de tumor. El término "probabilidad" cuando se usa con referencia a la efectividad de una respuesta de tumor del paciente generalmente también puede significar el aumento de indicadores, tales como ARNm o expresión de proteínas, que pueden evidenciar un aumento en el avance del tumor que se trata.
El término "predecir" generalmente significa determinar o decir de antemano. Cuando se usa para "predecir" la eficacia de un tratamiento de cáncer, por ejemplo, el término "predecir" puede significar que la probabilidad del resultado del tratamiento de cáncer puede determinarse al principio, antes que haya comenzado el tratamiento, o antes que el período de tratamiento haya avanzado de forma sustancial.
El término "monitorizar", como se usa en el presente documento, generalmente se refiere a la vigilancia, supervisión, regulación, observación, rastreo, o inspección de una actividad. Por ejemplo, el término "monitorizar la efectividad de un compuesto" se refiere a rastrear la efectividad en tratar un cáncer en un paciente o en un cultivo de células de tumor. De forma similar, la "monitorización", cuando se usa junto con el cumplimiento del paciente, ya sea de forma individual, o en una prueba clínica, se refiere al rastreo o confirmación de que el paciente está tomando actualmente un fármaco que se prueba como se prescribe. El monitoreo puede realizarse, por ejemplo, al seguir la expresión de biomarcadores de ARNm o proteínas.
Una mejora en el cáncer o enfermedad relacionada con cáncer pude caracterizarse como una respuesta completa o parcial. "Respuesta completa" se refiere a una ausencia de enfermedad clínicamente detectable con normalización de cualesquier estudios radiográficos previamente anómalos, de médula ósea y líquido cefalorraquídeo (LCR) o mediciones anómalas de proteína monoclonal. "Respuesta parcial" se refiere al menos aproximadamente una disminución del 10 %, 20 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, o 90 % en toda la carga de tumor medible (es decir, el número de células malignas presentes en el sujeto, o las masas de volumen de tumor medidas o la cantidad de proteína monoclonal anormal) en ausencia de nuevas lesiones. El término "tratamiento" contempla ambas respuestas parcial y completa.
"Tumor", como se usa en el presente documento, se refiere a todo el crecimiento y proliferación de células neoplásicas, ya sean malignas o benignas y todas las células y tejidos cancerosos y pre-cancerosos. "Neoplásico", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier forma de crecimiento celular regulado negativamente o no regulado, ya sea maligno o benigno, que resulta en el crecimiento de tejido anormal. De este modo, "células neoplásicas" incluyen células malignas y benignas que tienen un crecimiento celular regulado negativamente o no regulado.
Como se usa en el presente documento, la expresión "proteína asociada a cereblon" o "CAP" se refiere a una proteína que interactúa con o se une a CRBN, ya sea directa o indirectamente. Por ejemplo, la expresión se refiere a cualquier proteína que se une directamente a cereblon, así como cualquier proteína que es un efector indirecto posterior de las rutas de cereblon. Una "proteína asociada a cereblon" o "CAP" puede ser un sustrato de CRBN, por ejemplo, un sustrato de proteína del complejo ligasa-ubiquitina E3 que implica CRBN, o los sustratos posteriores del mismo. La CAP proporcionada puede ser un sustrato de CRBN tal como IKZF3, también conocido como "Aiolos", y/o IKZF1, también conocido como "Ikaros." Una "proteína asociada a cereblon" o "CAP" puede ser una proteína de unión de CRBN. La CAP puede ser IFN. La CAP puede ser una proteína de la ruta de IFN listada en la FIGURA 12. La proteína de la ruta IFN puede ser una proteína 3 de transmembrana inducida por IFN (IFITM3) y/o factor 7 regulador de IFN (IRF7). La CAP puede ser CSNK1A1. La CAP puede ser una proteína inducida por IFN con IFIT3, DDX58, XAF1, IFIH1, OAS3, IFI27, IFIT1, o ISG15. La CAP puede ser un IRF. El IRF puede ser IRF se selecciona de un grupo que consiste en IRF1, IRF3, iRf4, IRF7, e IRF9. La CAP puede ser TBK1 o TBK1-P04. La CAP puede ser una proteína STAT o una STAT fosforilada. La CAP puede ser ZNF198. Otras CAP ilustrativas se desvelan en otra parte en el presente documento.
El término "regular" como se usa en el presente documento se refiere a controlar la actividad de una molécula o función biológica, tal como intensificar o disminuir la actividad o función.
Los términos "cáncer" y "canceroso" se refieren a o describen la afección fisiológica en mamíferos que normalmente se caracteriza por un crecimiento celular no regulado. Los ejemplos de cáncer incluyen, entre otros, tumores de origen sanguíneo (por ejemplo, mieloma múltiple, linfoma y leucemia) y tumores sólidos.
El término "refractario o resistente" se refiere a una circunstancia donde los pacientes, incluso después de un tratamiento intensivo, tienen células de cáncer residual (por ejemplo, células de leucemia o linfoma) en su sistema linfático, sangre y/o tejidos formadores de sangre (por ejemplo, médula).
Como se usa en el presente documento, los términos "polipéptido" y "proteína" cuando se usan de forma intercambiable en el presente documento, se refieren a un polímero de aminoácidos de tres o más aminoácidos en una disposición en serie, enlazados a través de enlaces peptídicos. El término "polipéptido" incluye proteínas, fragmentos de proteína, análogos de proteína, oligopéptidos y similares. El término polipéptido como se usa en el presente documento también puede referirse a péptido. Los aminoácidos que conforman el polipéptido pueden derivar de forma natural, o pueden ser sintéticos. El polipéptido puede purificarse a partir de una muestra biológica. El polipéptido, proteína, o péptido también abarca polipéptidos, proteínas y péptidos modificados, por ejemplo, un glucopolipéptido, glicoproteína, o glucopéptido; o un lipopolipéptido, lipoproteína, o lipopéptido.
El término "anticuerpo" se usa en el presente documento en el sentido más amplio y abarca anticuerpos completamente ensamblados, fragmentos de anticuerpo que retienen la capacidad de unirse específicamente al antígeno (por ejemplo, Fab, F(ab’)2, Fv y otros fragmentos), anticuerpos de cadena simple, diacuerpos, quimeras de anticuerpo, anticuerpos híbridos, anticuerpos biespecíficos, anticuerpos humanizados y similares. El término "anticuerpo" abarca ambos de anticuerpos policlonales y monoclonales. El término "anticuerpo" e "inmunoglobulina" o "Ig" puede usarse de forma intercambiable en el presente documento. Las expresiones "anticuerpos que se unen inmunoespecíficamente a un antígeno de CRBN", "anticuerpos que se unen inmunoespecíficamente a un epítopo de CRBN", "anticuerpos de CRBN", "anticuerpos anti-CRBN" y términos análogos también se usan de forma intercambiable en el presente documento y se refieren a anticuerpos y fragmentos de los mismos, que se unen específicamente a un polipéptido de CRBN, tal como un antígeno de CRBN o epítopo (por ejemplo, péptido 65-76 humano de CRBN). Los anticuerpos, incluyen ambos de anticuerpos modificados (es decir, anticuerpos que comprenden una IgG modificada (por ejemplo, IgG1) de dominio constante y anticuerpos no modificados (es decir, anticuerpos que no comprenden una IgG modificada (por ejemplo, IgG1) de dominio constante que se unen específicamente a un polipéptido de CRBN. Un anticuerpo o un fragmento del mismo que se une inmunoespecíficamente a un antígeno de CRBN puede ser de reacción cruzada con antígenos relacionados. Un anticuerpo o un fragmento del mismo que se une inmunoespecíficamente a un antígeno de CRBN no reacciona de forma cruzada con otros antígenos. Puede identificarse un anticuerpo o un fragmento del mismo que se une inmunoespecíficamente a un antígeno de CRBN, por ejemplo, por inmunoanálisis, BIAcore, u otras técnicas conocidas por los expertos en la materia. Un anticuerpo o un fragmento del mismo se une específicamente a un antígeno de CRBN cuando se une a un antígeno de CRBN con mayor afinidad que cualquier antígeno de reacción cruzada como se determina usando cualquier técnica experimental, tales como radioinmunoanálisis (RIA) y análisis inmunosorbente ligado a enzima (ELISA). Normalmente, una reacción específica o selectiva será al menos dos veces la señal o ruido de fondo y más normalmente más de 10 veces el fondo. Véase, por ejemplo, Paul, ed., 1989, Fundamental Immunology Segunda edición, Raven Press, Nueva York en las páginas 332-336 para una discusión con respecto de la especificidad de anticuerpo.
Los anticuerpos desvelados en el presente documento incluyen, entre otros, anticuerpos sintéticos, anticuerpos monoclonales, anticuerpos que se producen de forma recombinante, anticuerpos multiespecíficos (incluyendo anticuerpos biespecíficos), anticuerpos humanos, anticuerpos humanizados, anticuerpos quiméricos, intracuerpos, Fv de cadena simple (scFv) (por ejemplo, incluyendo monoespecíficos, biespecíficos, etc.), anticuerpos camelizados, fragmentos Fab, fragmentos F(ab"), Fv con enlace disulfuro (sdFv), anticuerpos anti-idiotípicos (anti-id) y fragmentos de unión a epítopo de cualquiera de los anteriores. En particular, los anticuerpos desvelados en el presente documento incluyen moléculas de inmunoglobulina y porciones inmunológicamente activas de moléculas de inmunoglobulina, es decir, dominios de unión al antígeno o moléculas que contienen un sitio de unión a antígeno que se une inmunoespecíficamente a un antígeno de CRBN (por ejemplo, una o más regiones determinantes de la complementariedad (CDR) de un anticuerpo anti-CRBN). Los anticuerpos pueden ser de cualquier tipo (por ejemplo, IgG, IgE, IgM, IgD, IgA e IgY), cualquier clase (por ejemplo, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 e IgA2), o cualquier subclase (por ejemplo, IgG2a e IgG2b) de molécula de inmunoglobulina. Los anticuerpos anti-CRBN pueden ser completamente humanos, tales como los anticuerpos CRBN monoclonales completamente humanos. Los anticuerpos pueden ser anticuerpos de IgG, o una clase (por ejemplo, IgG1 o IgG4 humana) o subclase de los mismos.
La expresión "dominio de unión al antígeno", "región de unión al antígeno", "fragmento de unión al antígeno" y expresiones similares se refieren a aquella porción de un anticuerpo que comprende los restos de aminoácidos que interactúan con un antígeno y confieren en el agente de unión su especificidad y afinidad para el antígeno (por ejemplo, la CDR). La región de unión al antígeno puede derivar de cualquier especie animal, tales como roedores (por ejemplo, conejo, rata o hámster) y humanos. En algunos ejemplos, la región de unión al antígeno será de origen humano.
La expresión "región constante" o "dominio constante" de un anticuerpo se refiere a una porción carboxi terminal de las cadenas ligera y pesada que no se implica directamente en la unión del anticuerpo al antígeno pero muestra diversas funciones efectoras, tales como la interacción con el receptor. Los términos se refieren a la porción de una molécula de inmunoglobulina que tiene una secuencia de aminoácidos más conservada en relación con la otra porción de la inmunoglobulina, el dominio variable, que contiene el sitio de unión al antígeno. El dominio constante contiene los dominios CH1, CH2 y CH3 de cadena pesada y el dominio CL de la cadena ligera.
El término "epítopo" como se usa en el presente documento se refiere a una región localizada en la superficie de un antígeno, tal como polipéptido de CRBN o fragmento de polipéptido de CRBN, que es capaz de enlazarse a una o más regiones de unión al antígeno de un anticuerpo y que tiene actividad antigénica o inmunogénica en un animal, tal como un mamífero (por ejemplo, un ser humano), que es capaz de provocar una respuesta inmunitaria. Un epítopo que tiene actividad inmunogénica es una porción de un polipéptido que provoca una respuesta de anticuerpo en un animal. Un epítopo que tiene actividad antigénica es una porción de un polipéptido en el cual se une inmunoespecíficamente un anticuerpo como se determina por cualquier método conocido en la técnica, por ejemplo, por los inmunoanálisis descritos en el presente documento. Los epítopos antigénicos no necesariamente son inmunogénicos. Los epítopos habitualmente consisten en agrupaciones de superficies químicamente activas de moléculas tales como aminoácidos o cadenas laterales de azúcar y tienen características estructurales tridimensionales específicas, así como características de carga específica. Una región de un polipéptido que contribuye con un epítopo puede ser de aminoácidos contiguos del polipéptido o el epítopo puede encontrarse junto a partir de dos o más regiones no contiguas del polipéptido. El epítopo puede o no ser una característica de superficie tridimensional del antígeno.
Las expresiones "anticuerpo completamente humano" o "anticuerpo humano" se usan de forma intercambiable en el presente documento y se refieren a un anticuerpo que comprende una región variable humana y, en algunos ejemplos, una región constante humana. Los términos se refieren a un anticuerpo que comprende una región variable y una región constante de origen humano. Los anticuerpos anti-CRBN "completamente humanos", también pueden abarcar anticuerpos que se unen a los polipéptidos de CRBN y se codifican por secuencias de ácidos nucleicos que son variantes somáticas de origen natural de la secuencia de ácidos nucleicos de inmunoglobulina de línea germinal humana. Los anticuerpos anti-CRBN pueden ser anticuerpos completamente humanos. La expresión "anticuerpo completamente humano" incluye anticuerpos que tienen regiones variables y constantes que corresponden con secuencias de inmunoglobulina de línea germinal humana como se describe por Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, quinta edición, U.S. Department of Health y Human Services, Publicación NIH N.° 91 -3242, 1991.
La frase "anticuerpo humano recombinante" incluye anticuerpos humanos que se preparan, expresan, crean o aíslan por medios recombinantes, tales como los anticuerpos expresados que usan un vector de expresión recombinante transfectado en una célula hospedadora, anticuerpos aislados a partir de bibliotecas de anticuerpos humanos recombinantes, de combinación, anticuerpos aislados a partir de un animal (por ejemplo, un ratón o vaca) que es transgénico y/o transcromosómico para genes de inmunoglobulina humana (véase, por ejemplo, Tailor, L. D. et al. (1992) Nucl. Acids Res. 20:6287-6295) o anticuerpos preparados, expresados, creados o aislados por cualquier otro medio que implique el corte y empalme de secuencias génicas de inmunoglobulina humana a otras secuencias de ADN. Tales anticuerpos humanos recombinantes pueden tener regiones variable y constante derivadas de secuencias de inmunoglobulina de línea germinal humana. Véase Kabat, E. A. et al. (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Quinta Edición, U.S. Department of Health y Human Services, Publicación NIH N.° 91-3242. Tales anticuerpos humanos recombinantes se someten a mutagénesis in vitro (o, cuando se usa un animal transgénico para secuencias de Ig humana, mutagénesis somática in vivo) y de este modo las secuencias de aminoácidos de las regiones VH y VL de los anticuerpos recombinantes son secuencias que, mientras deriven de y se relacionen con las secuencias VH y VL de la línea germinal humana, pueden no existir de forma natural dentro del repertorio de la línea germinal de anticuerpo humano in vivo.
La expresión "cadena pesada" cuando se usa con referencia a un anticuerpo, se refiere a cinco tipos distintos, llamados alfa (a), delta (5), épsilon (s), gamma (y) y mu (p), basándose en la secuencia de aminoácidos y secuencia del dominio constante de cadena pesada. Estos tipos distintos de cadenas pesadas se conocen bien y dan lugar a cinco clases de anticuerpos, IgA, IgD, IgE, IgG e IgM, respectivamente, incluyendo cuatro subclases de IgG, llamadas IgG1, IgG1, IgG3 e IgG4. En algunas realizaciones, la cadena pesada puede ser una cadena pesada humana.
Las expresiones "numeración de Kabat" y términos similares se reconocen en la técnica y se refieren a un sistema para numerar restos de aminoácidos que son más variables (es decir hipervariables) que otros restos de aminoácidos en las regiones variables de cadena pesada y ligera de un anticuerpo, o una porción de unión al antígeno del mismo. Kabat et al. (1971)Ann. any Acad. Sci. 190:382-391 y Kabat et al. (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Quinta edición, U.S. Department of Health y Human Services, Publicación NIH N.° 91-3242. Para la región variable de cadena pesada, la región hipervariable normalmente oscila desde las posiciones de aminoácidos 31 a 35 para CDR1, posiciones de aminoácidos 50 a 65 para CDR2 y posiciones de aminoácidos 95 a 102 para CDR3. Para la región variable de cadena ligera, la región hipervariable normalmente oscila de las posiciones de aminoácidos 24 a 34 para CDR1, posiciones de aminoácidos 50 a 56 para CDR2 y posiciones de aminoácidos 89 a 97 para CDR3. Otros esquemas de numeración se entenderán fácilmente por los expertos en la materia.
La expresión "cadena ligera" cuando se usa con referencia a un anticuerpo se refiere a dos tipos distintos, llamados kappa (k) o lambda (A), basándose en la secuencia de aminoácidos de los dominios constantes. Las secuencias de aminoácidos de cadena ligera se conocen bien en la técnica. La cadena ligera puede ser una cadena ligera humana.
La expresión "anticuerpo monoclonal" se refiere a un anticuerpo obtenido de una población de anticuerpos homogéneos o sustancialmente homogéneos y cada anticuerpo monoclonal normalmente reconocerá un único epítopo en el antígeno. Un "anticuerpo monoclonal", como se usa en el presente documento, puede ser un anticuerpo producido por un hibridoma simple u otra célula, en donde el anticuerpo solo se une de forma inmunoespecífica a un epítopo de CRBN como se determina, por ejemplo, por ELISA u otros análisis de unión al antígeno o de unión competitiva conocidos en la técnica o en los Ejemplos. El término "monoclonal" no se limita a ningún método particular para elaborar el anticuerpo. Por ejemplo, los anticuerpos monoclonales proporcionados en el presente documento pueden elaborarse por el método del hibridoma como se describe en Kohler et al.; Nature, 256:495 (1975) o pueden aislarse a partir de bibliotecas de fagos que usan las técnicas como se describe en el presente documento, por ejemplo. Otros métodos para la preparación de líneas celulares clonales y de anticuerpos monoclonales expresados de este modo se conocen bien en la técnica. Véase, por ejemplo, Capítulo 11 en: Short Protocols in Molecular Biology, (2002) 5a Ed., Ausubel et al., eds., John Wiley y Sons, Nueva York. Otros métodos ilustrativos para producir otros anticuerpos monoclonales se proporcionan en los Ejemplos en el presente documento.
"Anticuerpos policlonales" como se usa en el presente documento, se refiere a una población de anticuerpos generada en una respuesta inmunogénica en una proteína que tiene muchos epítopos y de este modo, incluye una diversidad de anticuerpos diferentes dirigidos a los mismos epítopos y diferentes dentro de la proteína. Los métodos para producir anticuerpos policlonales se conocen en la técnica. Véase, por ejemplo, Capítulo 11 en: Short Protocols in Molecular Biology, (2002) 5a Ed., Ausubel et al., eds., John Wiley y Sons, Nueva York.
Los términos "cereblon" o "CRBN" y términos similares se refieren a los polipéptidos ("polipéptidos", "péptidos" y "proteínas" se usan de forma intercambiable en el presente documento) que comprenden la secuencia de aminoácidos de cualquier CRBN, tal como una proteína de CRBN humana (por ejemplo, isoforma 1 CRBN humana, N.° de Acceso GenBank. NP_057386; o isoformas 2 de CRBN humana, N.° de Acceso GenBank. NP_001166953) y polipéptidos relacionados, incluyendo variantes SNP de los mismos. Los polipéptidos de CRBN relacionados incluyen variantes alélicas (por ejemplo, variantes SNP); variantes de corte y empalme; fragmentos; derivados; variantes de sustitución, supresión, e inserción; polipéptidos de fusión; y homólogos interespecie, que en determinados ejemplos, retienen la actividad de CRBN y/o son suficientes para generar una respuesta inmunitaria anti-CRBN.
La expresión "antígeno de CRBN" se refiere a aquella porción de un polipéptido de CRBN en la cual se une inmunoespecíficamente un anticuerpo. Un antígeno de CRBN también se refiere a un análogo o derivado de un polipéptido de CRBN o fragmento del mismo al cual se une inmunoespecíficamente un anticuerpo. Una región localizada en la superficie de un antígeno de CRBN que es capaz de provocar una respuesta inmunitaria es un "epítopo" de CRBN. Una región de polipéptido de CRBN que contribuye con un epítopo puede ser de aminoácidos contiguos del polipéptido o el epítopo puede encontrarse junto para dos o más regiones no contiguas del polipéptido. El epítopo puede o no ser una característica de superficie tridimensional del antígeno.
La expresión "región variable" o "dominio variable" se refiere a una porción de las cadenas ligera y pesada, normalmente 120 a 130 aminoácidos aproximadamente del extremo amino-terminal en la cadena pesada y aproximadamente 100 a 110 aminoácidos en la cadena ligera, los cuales difieren de forma extensa entre los anticuerpos y se usan en la unión y especificidad de cada anticuerpo particular para su antígeno particular. La variabilidad en secuencia se concentra en aquellas regiones llamadas regiones determinantes de complementariedad (CDR) mientras que las regiones más altamente conservadas en el dominio variable se llaman regiones marco (FR). Las CDR de las cadenas ligera y pesada son principalmente responsables de la interacción del anticuerpo con el antígeno. La numeración de las posiciones de aminoácidos usadas en el presente documento es de acuerdo con el Índice EU, como se observa en Kabat, E. A. et al. (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Quinta edición, U.S. Department of Health y Human Services, Publicación NIH N.° 91 -3242. La región variable puede ser una región variable humana.
El término "expresado" o "expresión" como se usa en el presente documento se refiere a la transcripción de un gen para proporcionar una molécula de ácido nucleico de ARN al menos complementaria en parte con una región de una de las dos cadenas de ácidos nucleicos del gen. El término "expresado" o "expresión" como se usa en el presente documento, también se refiere a la traducción de la molécula de ARN para dar una proteína, un polipéptido o una porción del mismo.
El término "nivel" se refiere a la cantidad, acumulación, o tasa de una molécula de biomarcador. Un nivel puede representarse, por ejemplo, por la cantidad o la tasa de síntesis de un ARN mensajero (ARNm) codificado por un gen, la cantidad o la tasa de síntesis de un polipéptido o proteína codificada por un gen, o la cantidad o la tasa de síntesis de una molécula biológica acumulada en una célula o fluido biológico. El término "nivel" se refiere a una cantidad absoluta de una molécula en una muestra o a una cantidad relativa de la molécula, determinada en condiciones de un estado estable o estado no estable.
Un ARNm que se "regula positivamente" generalmente se aumenta después de un tratamiento o condición dada. Un ARNm que se "regula negativamente" se refiere generalmente a una reducción en el nivel de expresión del ARNm en respuesta a un tratamiento o afección dados. En algunas situaciones, el nivel de ARNm puede permanecer sin cambiar después de un tratamiento o afección dados. Un ARNm de una muestra de un paciente puede "regularse positivamente" cuando se trata con un fármaco, cuando se compara con un control no tratado. Esta regulación positiva puede ser, por ejemplo, un aumento de aproximadamente el 5 %, 10 %, 20 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 90 %, 100 %, 200 %, 300 %, 500 %, 600 %, 700 %, 800 %, 900 %, 1.000 %, 1.500 %, 2.000 %, 2.500 %, 3.00 %, 3.500 %, 4.000 %, 4.500 %, 5.000 % o más del nivel de ARNm control comparativo. Alternativamente, un ARNm puede "regularse negativamente", o expresarse a un nivel menor, en respuesta a la administración de determinados compuestos u otros agentes. Un ARNm regulado negativamente puede encontrarse, por ejemplo, presente a un nivel de aproximadamente el 99 %, 95 %, 90 %, 85 %, 80 %, 75 %, 70 %, 65 %, 60 %, 55 %, 50 %, 45 %, 40 %, 35 %, 30 %, 25 %, 20 %, 15 %, 10 %, 5 %, 3 %, 1 % o menos del nivel de ARNm de control comparativo.
De forma similar, el nivel de un biomarcador de polipéptido o proteína de una muestra de paciente puede aumentarse cuando se trata con un fármaco, cuando se compara con un control no tratado. Este aumento puede ser de aproximadamente el 5 %, 10 %, 20 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 100 %, 200 %, 300 %, 400 %, 500 %, 700 %, 1.000 %, 1.500 %, 2.000 %, 2.500 %, 3.000 %, 3.500 %, 4.000 %, 4.500 %, 5.000 % o más del nivel de proteína de control comparativo. Alternativamente, el nivel de un biomarcador de proteínas puede reducirse en respuesta a la administración de determinados compuestos u otros agentes. Esta reducción puede encontrarse, por ejemplo, presente a un nivel de aproximadamente el 99 %, 95 %, 90 %, 80 %, 70 %, 60 %, 50 %, 40 %, 30 %, 20 %, 10 %, 5 %, 3 %, 1 % o menos del nivel de proteína de control comparativo.
Los términos "determinar", "medir", "evaluar", "valorar" y "ensayar" como se usan en el presente documento se refieren generalmente a cualquier forma de medición e incluyen determinar si un elemento se encuentra presente o no. Estos términos incluyen ambas de determinaciones cuantitativas y/o cualitativas. La valoración puede ser relativa o absoluta. "Valorar la presencia de" puede incluir determinar la cantidad de algo presente, así como determinar si se encuentra presente o ausente.
El término "monitorizar", como se usa en el presente documento, se refiere generalmente a la inspección, supervisión, regulación, observación, rastreo, o vigilancia de una actividad. Por ejemplo, el término "monitorizar la eficacia de un compuesto" se refiere a rastrear la eficacia en que se trata un cáncer en un paciente o en un cultivo de células de tumor. De forma similar, la "monitorización", cuando se usa junto con el cumplimiento de un paciente, ya sea de forma individual o en una prueba clínica, se refiere al rastreo o confirmación de que el paciente actualmente se encuentra tomando un fármaco que se prueba como se prescribe. La monitorización puede realizarse, por ejemplo, al seguir la expresión de biomarcadores de ARNm o proteína.
Los términos y expresiones "ácido nucleico" y "polinucleótido" se usan de forma intercambiable en el presente documento para describir un polímero de cualquier longitud compuesto por nucleótidos, por ejemplo, desoxirribonucleótidos o ribonucleótidos, o compuestos producidos sintéticamente, los cuales pueden hibridarse con ácidos nucleicos de origen natural de una manera análoga específica de la secuencia para aquellos de dos ácidos nucleicos de origen natural, por ejemplo, pueden participar en las interacciones emparejamiento de bases de Watson-Crick. Como se usa en el presente documento en el contexto de una secuencia de polinucleótidos, el término "bases" (o "base") es sinónimo con "nucleótidos" (o "nucleótido"), es decir, la subunidad monomérica de un polinucleótido. Los términos "nucleósido" y "nucleótido" pretenden incluir aquellas fracciones que contienen no solo las bases de purina y pirimidina conocidas, sino también otras bases heterocíclicas que se han modificado. Tales modificaciones incluyen purinas o pirimidinas metiladas, purinas pirimidinas aciladas, ribosas alquiladas u otros heterociclos. Además, los términos "nucleósido" y "nucleótido" incluyen aquellas fracciones que contienen no solo azúcares de ribosa y desoxirribosa convencionales, sino también otros azúcares. Los nucleósidos o nucleótidos modificados también incluyen modificaciones sobre la fracción de azúcar, por ejemplo, en donde uno o más de los grupos hidroxilo se remplazan con átomos de halógeno o grupos alifáticos, o se funcionalizan como éteres, aminas, o similares. "Análogos" se refiere a moléculas que tienen características estructurales que se reconocen en la bibliografía como que son miméticos, derivados, que tienen estructuras análogas, u otros términos similares, e incluyen, por ejemplo, polinucleótidos que incorporan nucleótidos no naturales, miméticos de nucleótidos tales como nucleósidos 2'-modificados, ácidos nucleicos peptídicos, nucleósido-fosfonatos oligoméricos y cualquier polinucleótido que tenga agregados grupos sustitutos, tales como fracciones enlazadoras o grupos protectores.
El término "complementario" se refiere a la unión específica entre polinucleótidos basándose en las secuencias de polinucleótidos. Como se usa en el presente documento, un primer polinucleótido y un segundo polinucleótido son complementarios si se unen entre sí en un ensayo de hibridación bajo condiciones rigurosas, por ejemplo si producen un nivel detectable o dado de señal en un ensayo de hibridación. Las porciones polinucleótidos son complementarias entre sí si siguen las reglas de emparejamiento de bases convencionales, por ejemplo, pares A con T (o U) y pares G con C, aunque pueden encontrarse presentes pequeñas regiones de coincidencia, inserción o de secuencia eliminada (por ejemplo, menor que aproximadamente 3 bases).
"Identidad de secuencia" o "identidad" en el contexto de dos secuencias de ácidos nucleicos se refiere a los restos en las dos secuencias que son los mismos cuando se alinean para una correspondencia máxima durante una ventana de comparación especificada y pueden tomar en consideración adiciones, supresiones y sustituciones.
La expresión "identidad sustancial" u "homóloga" en sus diversas formas gramaticales en el contexto de polinucleótidos significa que un polinucleótido comprende una secuencia que tiene una identidad deseada, por ejemplo, al menos el 60 % de identidad, preferentemente al menos el 70 % de identidad de secuencia, más preferentemente al menos el 80 %, aún más preferentemente al menos el 90 % e incluso más preferentemente al menos el 95 %, comparada con una secuencia de referencia. Otra indicación de que las secuencias de nucleótidos son sustancialmente idénticas es si dos moléculas se hibridan entre sí bajo condiciones rigurosas.
Los términos "aislado" y "purificado" se refieren al aislamiento de una sustancia (tal como ARNm, anticuerpo o proteína) de modo que la sustancia comprende una porción sustancial de la muestra en la cual reside, es decir, mayor que la sustancia que se encuentra normalmente en su estado natural o no aislado. Normalmente, una porción sustancial de la muestra comprende, por ejemplo, mayor que el 1 %, mayor que el 2 %, mayor que el 5 %, mayor que el 10 %, mayor que el 20 %, mayor que el 30 %, mayor que el 50 %, o más, habitualmente hasta aproximadamente el 90 %-100 % de la muestra. Por ejemplo, una muestra de ARNm aislado normalmente puede comprender al menos aproximadamente el 1 % de ARNm total. Las técnicas para purificar polinucleótidos se conocen bien en la técnica e incluyen, por ejemplo, electroforesis en gel, cromatografía de intercambio iónico, cromatografía de afinidad, clasificación de flujo y sedimentación de acuerdo con la densidad.
Como se usa en el presente documento, el término "unir" puede usarse en el presente documento para indicar unión directa o indirecta. En el contexto de las estructuras químicas, "unir" (o "unido") puede referirse a la existencia de un enlace químico que une directamente dos fracciones o que une indirectamente dos fracciones (por ejemplo, mediante un grupo enlazador o cualquier otra fracción de intervención de la porción de la molécula). El enlace químico puede ser un enlace covalente, un enlace iónico, un complejo de coordinación, enlace de hidrógeno, interacciones de van der Waals o apilado hidrofóbico, o puede mostrar características de múltiples tipos de enlaces químicos. En determinados casos, "unir" incluye ejemplos donde la unión es directa y también ejemplos donde la unión es indirecta.
El término "muestra" como se usa en el presente documento, se refiere a un material o mezcla de materiales, de forma típica aunque no necesaria, en forma de fluido que contiene uno o más componentes de interés.
"Muestra biológica" como se usa en el presente documento, se refiere a una muestra obtenida a partir de un sujeto biológico, incluyendo muestra de tejido biológico o de origen líquido, obtenida o recolectada in vivo o in situ. Una muestra biológica también incluye muestras de una región de un sujeto biológico que contiene células o tejidos precancerosos o cancerosos. Tales muestras pueden ser, entre otros órganos, tejidos, fracciones y células aisladas de un mamífero. Las muestras biológicas ilustrativas incluyen entre otros lisado celular, un cultivo celular, una línea celular, un tejido, tejido oral, tejido gastrointestinal, un órgano, un orgánulo, un fluido biológico, una muestra de sangre, una muestra de orina, una muestra de piel y similares. Las muestras biológicas preferidas incluyen entre otros sangre total, sangre parcialmente purificada, las PBMC, biopsias de tejido y similares.
El término "analito" como se usa en el presente documento, se refiere a un componente conocido o desconocido de una muestra.
El término "agente de captura", como se usa en el presente documento, se refiere a un agente que une un ARNm o proteína a través de una interacción que es suficiente para permitir que el agente una y concentre el ARNm o proteína a partir de una mezcla homogénea.
El término "sonda" como se usa en el presente documento, se refiere a un agente de captura que se dirige a una secuencia de biomarcador de ARNm diana específico. En consecuencia, cada sonda de un conjunto de sondas tiene un biomarcador de ARNm diana respectivo. Un dúplex de ARNm de sonda/diana es una estructura formada al hibridar una sonda a su biomarcador de ARNm diana.
La expresión "sonda de ácidos nucleicos" o "sonda de oligonucleótidos" se refiere a un ácido nucleico capaz de unirse a un ácido nucleico diana de secuencia complementaria, tal como los biomarcadores de ARNm proporcionados en el presente documento, aunque uno o más tipos de enlaces químicos, habitualmente a través del emparejamiento de bases complementarias, habitualmente a través de formación de enlaces hidrógeno. Como se usa en el presente documento, una sonda puede incluir bases naturales (por ejemplo, A, G, C, o T) o modificadas (7-deazaguanosina, inosina, etc.). Además, las bases en una sonda pueden unirse por un enlace diferente a un enlace fosfodiéster, siempre que no interfiera con la hibridación. Se entenderá por el experto en la materia que las sondas pueden unir secuencias diana careciendo de una complementariedad complete con la secuencia de sonda dependiendo de la rigurosidad de las condiciones de hibridación. Preferentemente, las sondas se marcan de forma directa con isótopos, por ejemplo, cromóforos, luminóforos, cromógenos, o se marcan de forma indirecta con biotina en la cual puede unirse después un complejo de estreptavidina. Al evaluar para presencia o ausencia de la sonda, uno puede detectar la presencia o ausencia de un biomarcador de ARNm diana de interés.
La expresión "condiciones de ensayo rigurosas" se refiere a las condiciones que son compatibles para producir pares de unión de ácidos nucleicos, por ejemplo, sondas y ARNm diana, de complementariedad suficiente para proporcionar el nivel deseado de especificidad en el ensayo mientras que es generalmente incompatible con la formación de los pares de unión entre los miembros de unión de complementariedad insuficiente para proporcionar la especificidad deseada. La expresión condiciones de ensayo rigurosas se refiere a la combinación de hibridación y condiciones de lavado.
Un "marcador" o una "fracción detectable" con referencia a un ácido nucleico, se refiere a una composición que cuando se enlaza con un ácido nucleico, hace al ácido nucleico detectable, por ejemplo, por un medio espectroscópico, fotoquímico, bioquímico, inmunoquímico, o químico. Los marcadores ilustrativos incluyen, entre otros, isótopos radioactivos, perlas magnéticas, perlas metálicas, partículas coloidales, tintes fluorescentes, enzimas, biotina, digoxigenina, haptenos y similares. Una "sonda de ácidos nucleicos u oligonucleótidos marcada" es generalmente una que se une, ya sea de forma covalente, a través de un enlazador o enlace químico, o de forma no covalente, a través de enlaces iónicos, fuerzas de van der Waals, atracciones electrostáticas, interacciones hidrófobas, o enlaces de hidrógeno, a un marcador de modo que pueda detectarse la presencia del ácido nucleico o sonda al detectar la presencia del enlace marcado en el ácido nucleico o sonda.
Las expresiones "reacción de la cadena de polimerasa", o "PCR", como se usa en el presente documento se refiere generalmente a un procedimiento en donde se amplifican pequeñas cantidades de un ácido nucleico, ARN y/o ADN, como se describe, por ejemplo, en la Patente de Estados Unidos N.° 4.683.195 de Mullis. En general, la información de secuencia de los extremos de la región de interés o más allá de las necesidades que se encuentren disponibles, de tal manera que los cebadores de oligonucleótidos puedan diseñarse; estos cebadores serán idénticos o similares en secuencia a las cadenas opuestas de la plantilla que se amplifica. Los nucleótidos 5’ terminales de los dos cebadores pueden coincidir con los extremos del material amplificado. Puede usarse la PCR para amplificar secuencias de ARN específicas, secuencias de ADN específicas a partir del ADN genómico total y ADNc transcrito a partir del ARN celular total, secuencias de bacteriófagos o plásmidos, etc. Véase en general, Mullis et al., Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 51: 263 (1987); Erlich, ed., PCR Technology, (Stockton Press, NY, 1989).
La expresión "número de ciclo" o "CT" cuando se usa en el presente documento con referencia a los métodos de PCR, se refiere al número de ciclo PCR en el cual el nivel de fluorescencia pasa a un nivel de umbral en conjunto dado. Puede usarse la medición de CT, por ejemplo, para niveles aproximados de ARNm en una muestra original. La medición de CT a menudo se usa en términos de "dCT" o de la "diferencia en el registro de CT", cuando el CT de un ácido nucleico se resta del CT de otro ácido nucleico.
Como se usa en el presente documento y a menos que se indique de otro modo, la expresión "ópticamente puro" significa una composición que comprende un isómero óptico de un compuesto y se encuentra sustancialmente libre de otros isómeros de ese compuesto. Por ejemplo, una composición ópticamente pura de un compuesto que tiene un centro quiral se encontrará sustancialmente libre del enantiómero opuesto del compuesto. Una composición ópticamente pura de un compuesto que tiene dos centros quirales se encontrará sustancialmente libre de otros diastereoisómeros del compuesto. Un compuesto ópticamente puro típico comprende más de aproximadamente el 80 % en peso del enantiómero del compuesto y menos de aproximadamente el 20 % en peso de otros enantiómeros del compuesto, más preferentemente más de aproximadamente el 90 % en peso del enantiómero del compuesto y menos de aproximadamente el 10 % en peso de los otros enantiómeros del compuesto, incluso más preferentemente más de aproximadamente el 95 % en peso del enantiómero del compuesto y menos de aproximadamente el 5 % en peso de los otros enantiómeros del compuesto, más preferentemente más de aproximadamente el 97 % en peso del enantiómero del compuesto y menos de aproximadamente el 3 % en peso de los otros enantiómeros del compuesto y más preferentemente más de aproximadamente el 99 % en peso del enantiómero del compuesto y menos de aproximadamente el 1 % en peso de los otros enantiómeros del compuesto.
Como se usa en el presente documento y a menos que se indique de otro modo, la expresión "sal farmacéuticamente aceptable" abarca sales de adición ácidas y básicas no tóxicas del compuesto al cual se refiere la expresión. Las sales de adición ácidas no tóxicas aceptables incluyen aquellas derivadas de ácidos o bases orgánicas e inorgánicas conocidas en la técnica, que incluyen por ejemplo, ácido clorhídrico, ácido bromhídrico, ácido fosfórico, ácido sulfúrico, ácido metanosulfónico, ácido acético, ácido tartárico, ácido láctico, ácido succínico, ácido cítrico, ácido málico, ácido maleico, ácido sórbico, ácido aconítico, ácido salicílico, ácido ftálico, ácido embólico, ácido enántico y similares.
Los compuestos que son de naturaleza ácida son capaces de formar sales con diversas bases farmacéuticamente aceptables. Las bases que pueden usarse para preparar sales de adición básicas farmacéuticamente aceptables de tales compuestos ácidos son aquellas que forman sales de adición básicas no tóxicas, es decir, sales que contienen cationes farmacológicamente aceptables tales como, pero no limitadas a, sales de metales alcalinos o de metales alcalinotérreos y sales de calcio, magnesio, sodio o potasio en particular. Las bases orgánicas adecuadas incluyen, entre otros, N,N-dibenciletilendiamina, cloroprocaína, colina, dietanolamina, etilendiamina, meglumina (N-metilglucamina), lisina y procaína.
Como se usa en el presente documento y a menos que se indique de otro modo, el término "solvato" significa un compuesto proporcionado en el presente documento o una sal del mismo, que incluye además una cantidad estequiométrica o no estequiométrica de un enlace de disolvente por fuerzas intermoleculares no covalentes. Cuando el disolvente es agua, el solvato es un hidrato.
Como se usa en el presente documento y a menos que se indique de otro modo, la expresión "estereoisoméricamente puro" significa una composición que comprende un estereoisómero de un compuesto y se encuentra sustancialmente libre de otros estereoisómeros de ese compuesto. Por ejemplo, una composición estereoisoméricamente pura de un compuesto que tiene un centro quiral se encontrará sustancialmente libre del enantiómero opuesto del compuesto. Una composición estereoisoméricamente pura de un compuesto que tiene dos centros quirales se encontrará sustancialmente libre de otros diastereoisómeros del compuesto. Un compuesto estereoisoméricamente puro típico comprende más de aproximadamente el 80 % en peso de un estereoisómero del compuesto y menos de aproximadamente el 20 % en peso de otros estereoisómeros del compuesto, más preferentemente más de aproximadamente el 90 % en peso de un estereoisómero del compuesto y menos de aproximadamente el 10 % en peso de los otros estereoisómeros del compuesto, incluso más preferentemente más de aproximadamente el 95 % en peso de un estereoisómero del compuesto y menos de aproximadamente el 5 % en peso de los otros estereoisómeros del compuesto y más preferentemente más de aproximadamente el 97 % en peso de un estereoisómero del compuesto y menos de aproximadamente el 3 % en peso de los otros estereoisómeros del compuesto. Como se usa en el presente documento y a menos que se indique de otro modo, el término "estereoisoméricamente enriquecido" significa una composición que comprende más de aproximadamente el 60 % en peso de un estereoisómero de un compuesto, preferentemente más de aproximadamente el 70 % en peso, más preferentemente más de aproximadamente el 80 % en peso de un estereoisómero de un compuesto. Como se usa en el presente documento y a menos que se indique de otro modo, el término "enantioméricamente puro" significa una composición estereoisoméricamente pura de un compuesto que tiene un centro quiral. De forma similar, el término "estereoisoméricamente enriquecido" significa una composición estereoisoméricamente enriquecida de un compuesto que tiene un centro quiral.
Como se usa en el presente documento y a menos que se indique de otro modo, el término "co-cristal" significa una forma cristalina que contiene más de un compuesto en una red de cristal. Los co-cristales incluyen complejos moleculares cristalinos de dos o más compuestos no volátiles enlazados juntos en una red de cristal a través de interacciones no iónicas. Como se usa en el presente documento, los co-cristales incluyen co-cristales farmacéuticos en donde los complejos moleculares cristalinos contienen un compuesto terapéutico y uno o más compuesto o compuestos no volátiles adicionales (denominados en el presente documento contramolécula o contramoléculas). Una contramolécula en un co-cristal farmacéutico normalmente es una molécula farmacéuticamente no tóxica aceptable, tal como, por ejemplo, aditivos alimenticios, conservantes, excipientes farmacéuticos u otros API. Los co-cristales farmacéuticos pueden potenciar determinadas propiedades fisicoquímicas de productos de fármaco (por ejemplo, solubilidad, tasa de disolución, biodisponibilidad y/o estabilidad), sin comprometer la integridad estructural química del ingrediente farmacéutico activo (API). Véase, por ejemplo, Jones et al., "Pharmaceutical Cocristals: An Emerging Approach to Physical Property Enhancement", MRS Bulletin, 2006, 31, 875-879; Trask, "An Overview of Pharmaceutical Cocristals as Intellectual Property", Molecular Pharmaceutics, 2007, 4(3), 301-309; Schultheiss & Newman, "Pharmaceutical Cocristals y Their Physicochemical Properties", Cristal Growth & Design, 2009, 9(6), 2950­ 2967; Shan & Zaworotko, "The Role of Cocristals in Pharmaceutical Science", Drug Discovery Today, 2008, 13(9/10), 440-446; y Vishweshwar et al., "Pharmaceutical Co-Cristals", J. Pharm. Sci., 2006, 95(3), 499-516.
Como se usa en el presente documento, la expresión "Puntuación H" se refiere a un método para evaluar el grado de inmunorreactividad y los resultados de la misma. Una Puntuación H se obtiene mediante la fórmula: 3 x porcentaje de células teñidas fuertemente 2 x porcentaje de células teñidas de forma moderada 1 x porcentaje de células teñidas débilmente 0 x porcentaje de células con tinción negativa, la cual proporciona un intervalo de 0 a 300.
Un marcador biológico o "biomarcador" es una sustancia cuya detección indica un estado biológico particular, tal como, por ejemplo, la presencia de cáncer. Los biomarcadores pueden determinarse ya sea de forma individual, o pueden medirse diversos biomarcadores de forma simultánea.
Un "biomarcador" puede indicar un cambio en el nivel de expresión de ARNm que puede correlacionarse con el riesgo o avance de una enfermedad, o con la susceptibilidad de la enfermedad para un tratamiento dado. El biomarcador es un ácido nucleico, tal como un ARNm o ADNc.
Un "biomarcador" puede indicar un cambio en el nivel de expresión de polipéptidos o proteínas que pueden correlacionarse con el riesgo, susceptibilidad al tratamiento, o avance de una enfermedad. El biomarcador puede ser un polipéptido o proteína, o un fragmento del mismo. El nivel relativo de proteínas específicas puede determinarse por métodos conocidos en la técnica. Por ejemplo, pueden usarse métodos basados en anticuerpos, tales como una inmunotransferencia, análisis inmunosorbente ligado a enzima (ELISA), u otros métodos.
El término "alrededor" o "aproximadamente" significa un error aceptable para un valor particular como se determina por el experto en la materia, que depende en parte en cómo se mide o determina el valor. El término "alrededor" o "aproximadamente" significa dentro de 1,2, 3, o 4 desviaciones estándar. El término "alrededor" o "aproximadamente" significa dentro del 50 %, 20 %, 15 %, 10 %, 9 %, 8 %, 7 %, 6 %, 5 %, 4 %, 3 %, 2 %, 1 %, 0,5 % o 0,05 % de un valor o intervalo dado.
Deberá observarse que si existe una discrepancia entre una estructura representada y un nombre dado a esa estructura, se acordará que la estructura representada es la que tendrá más peso. Además, si no se indica la estereoquímica de una estructura o una porción de una estructura, por ejemplo, con líneas en negrita o discontinuas, la estructura o porción de la estructura se interpretará como que abarca todos los estereoisómeros de ésta.
La práctica de las realizaciones proporcionadas en el presente documento empleará, a menos que se indique de otro modo, técnicas convencionales de biología molecular, microbiología, e inmunología, las cuales se encuentran dentro de la experiencia de aquellos que trabajan en la técnica. Tales técnicas se explican completamente en la bibliografía.
Los ejemplos de textos particularmente adecuados para su consulta incluyen los siguientes: Sambrook et al. (1989) Molecular Cloning; A Laboratory Manual (2a ed.); D.N Glover, ed. (1985) ADN Cloning, Volúmenes I y II; M.J. Gait, ed. (1984) Oligonucleotide Synthesis; B.D. Hames & SJ. Higgins, eds. (1984) Nucleic Acid Hybrídization; B.D. Hames & S.J. Higgins, eds. (1984) Transcription and Translation; R.I. Freshney, ed. (1986) Animal Cell Culture; Immobilized Cells and Enzymes (IRL Press, 1986); Immunochemical Methods in Cell and Molecular Biology (Academic Press, London); Scopes (1987) Protein Purification: Principles and Practice (2a ed.; Springer Verlag, N.Y.); y D.M. Weir y C. C. Blackwell, eds. (1986) Handbook o f Experimental Immunology, Volúmenes I-IV.
5.2 Biomarcadores y Métodos de uso de los mismos
Los métodos proporcionados en el presente documento se basan en parte, en el descubrimiento de que se observó el aumento o reducción detectable en determinados biomarcadores en sujetos con cánceres (por ejemplo, DLBCL, MM, MDS o AML), quienes fueron sensibles a un tratamiento dado (por ejemplo, un compuesto, tal como talidomida, lenalidomida, pomalidomida, o un estereoisómero del mismo, o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato, o un polimorfo farmacéuticamente aceptable del mismo), los niveles de estos biomarcadores pueden usarse para predecir la sensibilidad de los sujetos en el tratamiento.
Un marcador biológico o ''biomarcador'' es una sustancia, el cambio y/o detección de la cual indica un estado biológico particular. En algunas realizaciones, la indicación es la sensibilidad de una enfermedad, por ejemplo, un cáncer (por ejemplo, DLBCL, MM, MDS o AML), para un tratamiento dado (por ejemplo, un compuesto, tal como talidomida, lenalidomida, pomalidomida, Compuesto A, o Compuesto B, o un estereoisómero del mismo, o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato, o un polimorfo farmacéuticamente aceptable del mismo).
El biomarcador es una proteína asociada a cereblon (CRBN) (CAP).
El biomarcador puede comprender una CAP. El biomarcador puede comprender dos CAP. En otros ejemplos, el biomarcador comprende tres CAP. En determinados ejemplos, el biomarcador comprende cuatro CAP. En algunos ejemplos, el biomarcador comprende cinco CAP. En otros ejemplos, el biomarcador comprende seis CAP. En otro ejemplo, el biomarcador comprende siete CAP. En determinados ejemplos, el biomarcador comprende ocho CAP. En otros ejemplos, el biomarcador comprende nueve CAP. En otro ejemplo, el biomarcador comprende diez o más CAP.
En un ejemplo, se desvela en el presente documento un método para determinar si un compuesto es inmunomodulador, que comprende:
a. poner en contacto una primera célula (por ejemplo, una célula de cáncer o una célula inmunitaria) con el compuesto;
b. obtener una primera muestra a partir de la primera célula de la etapa (a);
c. determinar el nivel de un biomarcador en la primera muestra, y
d. comparar el nivel del biomarcador de la etapa (c) con el nivel de la misma proteína obtenida a partir de una muestra de referencia, en donde un cambio en el nivel de biomarcador cuando se compara con la muestra de referencia es indicador de la eficacia del compuesto como un compuesto inmunomodulador.
En algunos ejemplos, el cáncer es linfoma difuso de células B grandes (DLBCL). En otros ejemplos, el cáncer es mieloma múltiple (MM). En determinados ejemplos, el cáncer es síndrome mielodisplásico (MDS) (por ejemplo, un MDS con supresión del cromosoma 5q (del(5q)). En determinados ejemplos, el cáncer es leucemia mieloide aguda (AML). En determinados ejemplos, la primera célula es una célula de cáncer. En otros ejemplos, la célula es una célula inmunitaria.
En algunos ejemplos, un nivel aumentado del biomarcador en la primera muestra cuando se compara con la muestra de referencia indica que el compuesto es probable que sea efectivo como un compuesto inmunomodulador. En otra realización, un nivel reducido del biomarcador en la primera muestra cuando se compara con la muestra de referencia indica que el compuesto es probable que sea efectivo como un compuesto inmunomodulador. Un método para tratar un cáncer puede comprender un método para determinar si un compuesto es inmunomodulador desvelado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando el compuesto se indica como que es probable que sea efectivo como un compuesto inmunomodulador.
En otros ejemplos, un nivel aumentado del biomarcador en la primera muestra cuando se compara con la muestra de referencia indica que el compuesto es improbable que sea efectivo como un compuesto inmunomodulador. En determinados ejemplos, un nivel reducido del biomarcador en la primera muestra cuando se compara con la muestra de referencia indica que el compuesto es improbable que sea efectivo como un compuesto inmunomodulador. Un método para tratar un cáncer puede comprender un método para determinar si un compuesto es inmunomodulador desvelado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando se indica que el compuesto es improbable que sea efectivo como un compuesto inmunomodulador.
En otro ejemplo, se desvela en el presente documento un método para determinar si un compuesto es eficaz como un agente antitumoral (o antineoplásico), que comprende:
a. poner en contacto una primera célula (por ejemplo, una célula de cáncer o una célula inmunitaria) con el compuesto;
b. obtener una primera muestra a partir de la primera célula de la etapa (a);
c. determinar el nivel de un biomarcador en la primera muestra; y
d. comparar el nivel del biomarcador de la etapa (c) con el nivel de las mismas proteínas obtenidas a partir de una muestra de referencia, en donde un cambio en el nivel de biomarcador cuando se compara con la muestra de referencia es indicador de la eficacia del compuesto como un agente antitumoral (o antineoplásico).
En algunos ejemplos, el cáncer es DLBCL. En otros ejemplos, el cáncer es MM. En otro ejemplo, el cáncer es MDS. En aún otro ejemplo, el cáncer es AML. En determinados ejemplos, la primera célula es una célula de cáncer. En otros ejemplos, la célula es una célula inmunitaria.
En un ejemplo, un nivel aumentado del biomarcador en la primera muestra cuando se compara con la muestra de referencia indica que el compuesto es probable que sea efectivo como un agente antitumoral. En otros ejemplos, un nivel reducido del biomarcador en la primera muestra cuando se compara con la muestra de referencia indica que el compuesto es probable que sea efectivo como un agente antitumoral. Un método para tratar un cáncer puede comprender el método para determinar si un compuesto es eficaz como un agente antitumoral (o antineoplásico) desvelado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando el compuesto se indica como que es probable que sea efectivo como un agente antitumoral.
En algunos ejemplos, un nivel aumentado del biomarcador en la primera muestra cuando se compara con la muestra de referencia indica que el compuesto es improbable que sea efectivo como un agente antitumoral. En otros ejemplos, un nivel reducido del biomarcador en la primera muestra cuando se compara con la muestra de referencia indica que el compuesto es improbable que sea efectivo como un agente antitumoral. Un método para tratar un cáncer puede comprender el método para determinar si un compuesto es eficaz como un agente antitumoral (o antineoplásico) proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando se indica que el compuesto es improbable que sea efectivo como un agente antitumoral.
El poner en contacto en la etapa (a) puede ser in vitro. El poner en contacto en la etapa (a) puede realizarse in vivo. Las células pueden ponerse en contacto con el compuesto durante un período de tiempo, por ejemplo, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, o 55 minutos, o 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, o 24 horas, o 2 o 3 o más días. Las células pueden obtenerse a partir de una línea celular. Las células pueden obtenerse a partir de un sujeto que tiene (o se sospecha que tiene) el cáncer.
En otro aspecto, se proporciona en el presente documento un método para evaluar la efectividad de un compuesto en el tratamiento de cáncer, que comprende:
a. administrar un compuesto a un sujeto que tiene cáncer;
b. obtener una primera muestra del sujeto;
c. determinar el nivel de un biomarcador en la primera muestra; y
d. comparar el nivel del biomarcador de la etapa (c) con el nivel de la misma proteína obtenida a partir de una muestra de referencia, en donde un cambio en el nivel de biomarcador cuando se compara con la muestra de referencia es indicador de la efectividad del compuesto en el tratamiento de cáncer,
en donde el compuesto de tratamiento es lenalidomida, talidomida, pomalidomida, Compuesto A o Compuesto B; en donde el biomarcador es CSNK1A1 o ZFP91; en donde el cáncer es linfoma (tal como DLBCL), MM, MDS o AML.
En algunas realizaciones, un nivel aumentado del biomarcador en la primera muestra cuando se compara con la muestra de referencia indica que el compuesto es probable que sea efectivo en el tratamiento de cáncer. En otras realizaciones, un nivel reducido del biomarcador en la primera muestra cuando se compara con la muestra de referencia indica que el compuesto es probable que sea efectivo en el tratamiento de cáncer. Un método para tratar un cáncer puede comprender el método para evaluar la efectividad de un compuesto en el tratamiento de cáncer proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando el compuesto se indica como que es probable que sea efectivo en el tratamiento de cáncer.
En unas realizaciones, un nivel aumentado del biomarcador en la primera muestra cuando se compara con la muestra de referencia indica que el compuesto es improbable que sea efectivo en el tratamiento de cáncer. En otras realizaciones, un nivel reducido del biomarcador en la primera muestra cuando se compara con la muestra de referencia indica que el compuesto es improbable que sea efectivo en el tratamiento de cáncer. Un método para tratar un cáncer puede comprender el método para evaluar la efectividad de un compuesto en el tratamiento de cáncer proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando se indica que el compuesto es improbable que sea efectivo en el tratamiento de cáncer.
En otro ejemplo, se desvela en el presente documento un método para seleccionar un grupo de sujetos con cáncer para los fines de predecir respuesta clínica, monitorizar la respuesta clínica, o monitorizar el cumplimiento del paciente a la dosificación por un compuesto, que comprende:
a. administrar un compuesto a un sujeto;
b. obtener una primera muestra del sujeto;
c. determinar el nivel de un biomarcador en la primera muestra; y
d. diagnosticar que es probable que el sujeto sea sensible al compuesto si el nivel del biomarcador en la primera muestra es diferente del nivel en una muestra de referencia.
En algunos ejemplos, el cáncer es DLBCL. En otros ejemplos, el cáncer es MM. En otro ejemplo, el cáncer es MDS. En aún otro ejemplo, el cáncer es AML.
En algunos ejemplos, el método es un método para seleccionar un grupo de sujetos con cáncer para los fines de predecir respuesta clínica a la dosificación por un compuesto. En algunos ejemplos, el método es un método para seleccionar un grupo de sujetos con cáncer para los fines de monitorizar la respuesta clínica a la dosificación por un compuesto. En algunos ejemplos, el método es un método para seleccionar un grupo de sujetos con cáncer para los fines de monitorizar el cumplimiento de un paciente a la dosificación por un compuesto.
En algunos ejemplos, un nivel aumentado del biomarcador en la primera muestra cuando se compara con la muestra de referencia indica que es probable que el sujeto sea sensible al compuesto. En otros ejemplos, un nivel reducido del biomarcador en la primera muestra cuando se compara con la muestra de referencia indica que es probable que el sujeto sea sensible al compuesto. Un método para tratar un cáncer puede comprender el método de seleccionar un grupo de sujetos con cáncer para los fines de predecir respuesta clínica, monitorizar la respuesta clínica, o monitorizar el cumplimiento del paciente para dosificarse por un compuesto proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando el sujeto se indica como que probablemente es sensible al compuesto.
En algunos ejemplos, un nivel aumentado del biomarcador en la primera muestra cuando se compara con la muestra de referencia indica que es improbable que el sujeto sea sensible al compuesto. En otros ejemplos, un nivel reducido del biomarcador en la primera muestra cuando se compara con la muestra de referencia indica que es improbable que el sujeto sea sensible al compuesto. Un método para tratar un cáncer puede comprender el método de seleccionar un grupo de sujetos con cáncer para los fines de predecir respuesta clínica, monitorizar la respuesta clínica, o monitorizar el cumplimiento del paciente para dosificarse por un compuesto proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando se indica que es improbable que el sujeto sea sensible al compuesto.
En algunos ejemplos, la primera muestra se obtiene antes de la administración del compuesto al sujeto. En consecuencia, en determinados ejemplos, se desvela en el presente documento un método para seleccionar un grupo de sujetos con cáncer para los fines de predecir respuesta clínica a la dosificación por un compuesto, que comprende: obtener una primera muestra del sujeto; determinar el nivel de un biomarcador en la primera muestra; y diagnosticar que es probable que el sujeto sea sensible al compuesto si el nivel del biomarcador en la primera muestra es diferente que el nivel en una muestra de referencia. Un método para tratar un cáncer puede comprender el método de seleccionar un grupo de sujetos con cáncer para los fines de predecir respuesta clínica para dosificarse por un compuesto proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando el sujeto se diagnostica que es probable que sea sensible al compuesto de tratamiento. En algunos ejemplos, el cáncer es DLBCL. En otros ejemplos, el cáncer es MM. En otro ejemplo, el cáncer es MDS. En aún otro ejemplo, el cáncer es AML.
En algunas realizaciones, de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, la primera muestra se obtiene a partir de una biopsia de tumor, biopsia nodular, o una biopsia de médula ósea, bazo, hígado, cerebro o mama. En algunas realizaciones, la muestra de referencia se prepara al usar una segunda muestra que no se encuentra en contacto con el compuesto. En una realización, la muestra de referencia se prepara al usar una segunda muestra obtenida del sujeto antes de la administración del compuesto al sujeto. En algunas realizaciones, la referencia se prepara al usar una segunda muestra obtenida a partir de un sujeto saludable que no tiene el cáncer. En una realización, la segunda muestra es de la misma fuente que la primera muestra.
En otro aspecto, se proporciona en el presente documento un método para identificar un sujeto que tiene un cáncer quien es probable que sea sensible a un compuesto de tratamiento, que comprende:
a. administrar el compuesto de tratamiento a un sujeto que tiene el cáncer;
b. obtener una muestra del sujeto;
c. determinar el nivel de un biomarcador en la muestra del sujeto; y
d. diagnosticar que es probable que el sujeto sea sensible al compuesto de tratamiento si el nivel del biomarcador en la muestra del sujeto cambia cuando se compara con un nivel del biomarcador en una muestra de referencia,
en donde el compuesto de tratamiento es lenalidomida, talidomida, pomalidomida, Compuesto A o Compuesto B; en donde el biomarcador es CSNK1A1 o ZFP91; en donde el cáncer es linfoma (tal como DLBCL), MM, MDS o AML.
En algunas realizaciones, el sujeto se diagnostica como que es probable que sea sensible al compuesto de tratamiento si el nivel del biomarcador en la muestra del sujeto es mayor que un nivel de biomarcador en una muestra de referencia. En otras realizaciones, el sujeto se diagnostica como que es probable que sea sensible al compuesto de tratamiento si el nivel del biomarcador en la muestra del sujeto es menor que un nivel de biomarcador en una muestra de referencia. Un método para tratar un cáncer puede comprender el método para identificar un sujeto que tiene un cáncer quien es probable que sea sensible a un compuesto de tratamiento proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando el sujeto se diagnostica que es probable que sea sensible al compuesto de tratamiento.
En algunas realizaciones, el sujeto se diagnostica que es improbable que sea sensible al compuesto de tratamiento si el nivel del biomarcador en la muestra del sujeto es mayor que un nivel de biomarcador en una muestra de referencia. En otras realizaciones, el sujeto se diagnostica que es improbable que sea sensible al compuesto de tratamiento si el nivel del biomarcador en la muestra del sujeto es menor que un nivel del biomarcador en una muestra de referencia. Un método para tratar un cáncer puede comprender el método para identificar un sujeto que tiene un cáncer quien es probable que sea sensible a un compuesto de tratamiento proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando el sujeto se diagnostica que es improbable que sea sensible al compuesto de tratamiento.
En otro aspecto, se proporciona en el presente documento un método para predecir la sensibilidad de un sujeto que tiene o se sospecha que tiene un cáncer, a un compuesto de tratamiento, que comprende:
a. administrar el compuesto de tratamiento al sujeto;
b. obtener una muestra del sujeto;
c. determinar el nivel de un biomarcador en la muestra del sujeto; y
d. predecir o diagnosticar que es probable que el sujeto sea sensible al compuesto de tratamiento si el nivel del biomarcador en la muestra cambia cuando se compara con el nivel del biomarcador obtenido a partir de una muestra de referencia,
en donde el compuesto de tratamiento es lenalidomida, talidomida, pomalidomida, Compuesto A o Compuesto B; en donde el biomarcador es CSNK1A1 o ZFP91; en donde el cáncer es linfoma (tal como DLBCL), MM, MDS o AML.
En algunas realizaciones, el sujeto se diagnostica como que es probable que sea sensible al compuesto de tratamiento si el nivel del biomarcador en la muestra del sujeto es mayor que el nivel de biomarcador en una muestra de referencia. En otras realizaciones, el sujeto se diagnostica como que es probable que sea sensible al compuesto de tratamiento si el nivel de biomarcador en la muestra del sujeto es menor que el nivel de biomarcador en una muestra de referencia. Un método para tratar un cáncer puede comprender el método para predecir la sensibilidad de un sujeto que tiene o se sospecha que tiene un cáncer, a un compuesto de tratamiento proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando el sujeto se diagnostica que es probable que sea sensible al compuesto de tratamiento.
En algunas realizaciones, el sujeto se diagnostica que es improbable que sea sensible al compuesto de tratamiento si el nivel de biomarcador en la muestra del sujeto es mayor que el nivel de biomarcador en una muestra de referencia. En otras realizaciones, el sujeto se diagnostica que es improbable que sea sensible al compuesto de tratamiento si el nivel de biomarcador en la muestra del sujeto es menor que el nivel de biomarcador en una muestra de referencia. Un método para tratar un cáncer puede comprender el método para predecir la sensibilidad de un sujeto que tiene o se sospecha que tiene un cáncer, a un compuesto de tratamiento proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando el sujeto se diagnostica que es improbable que sea sensible al compuesto de tratamiento.
En otro aspecto, se proporciona en el presente documento un método para monitorizar la efectividad de un tratamiento de un cáncer en un sujeto con un compuesto de tratamiento, que comprende:
a. administrar el compuesto de tratamiento a un sujeto que tiene cáncer;
b. obtener una muestra del sujeto;
c. determinar el nivel de un biomarcador en la muestra del sujeto; y
d. comparar el nivel del biomarcador en la muestra con el nivel del biomarcador obtenido a partir de una muestra de referencia, en donde un cambio en el nivel cuando se compara con la muestra de referencia es indicador de la eficacia del compuesto de tratamiento en el tratamiento de cáncer en el sujeto,
en donde el compuesto de tratamiento es lenalidomida, talidomida, pomalidomida, Compuesto A o Compuesto B; en donde el biomarcador es CSNK1A1 o ZFP91; en donde el cáncer es linfoma (tal como DLBCL), MM, MDS o AML.
En algunas realizaciones, un nivel aumentado del biomarcador en la muestra cuando se compara con el del nivel del biomarcador en la muestra de referencia es indicador de la eficacia del compuesto de tratamiento en el tratamiento de cáncer en el sujeto. En otras realizaciones, un nivel reducido del biomarcador en la muestra cuando se compara con el del nivel del biomarcador en la muestra de referencia es indicador de la efectividad del compuesto de tratamiento en el tratamiento de cáncer en el sujeto. Un método para tratar un cáncer puede comprender el método para monitorizar la efectividad de un tratamiento de un cáncer en un sujeto con un compuesto de tratamiento proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando el compuesto se indica que es efectivo en el tratamiento de cáncer en el sujeto.
En algunas realizaciones, un nivel aumentado del biomarcador en la muestra cuando se compara con el del nivel del biomarcador en la muestra de referencia es indicador de la carencia de efectividad del compuesto de tratamiento en el tratamiento de cáncer en el sujeto. En otras realizaciones, un nivel reducido del biomarcador en la muestra cuando se compara con el del nivel del biomarcador en la muestra de referencia es indicador de la carencia de efectividad del compuesto de tratamiento en el tratamiento de cáncer en el sujeto. Un método para tratar un cáncer puede comprender el método para monitorizar la eficacia de un tratamiento de un cáncer en un sujeto con un compuesto de tratamiento proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando el compuesto se indica que tiene una carencia de efectividad en el tratamiento de cáncer en el sujeto.
En algunas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento la muestra del sujeto es una muestra biológica. En determinadas realizaciones, la muestra del sujeto se obtiene a partir de una biopsia de tumor, biopsia nodular, o una biopsia de médula ósea, bazo, hígado, cerebro o mama.
En algunas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento la muestra de referencia es una muestra biológica. En determinadas realizaciones, las muestras de referencia se obtienen a partir de una biopsia de tumor, biopsia nodular, o una biopsia de médula ósea, bazo, hígado, cerebro o mama. En algunas realizaciones, la muestra de referencia se prepara al usar una segunda muestra que no se encuentra en contacto con el compuesto. En otras realizaciones, la muestra de referencia se prepara al usar una segunda muestra obtenida del sujeto antes de la administración del compuesto al sujeto. En otra realización, la muestra de referencia se prepara al usar una segunda muestra obtenida a partir de un sujeto saludable que no tiene el cáncer. En otras realizaciones, la segunda muestra es de la misma fuente que la primera muestra.
En determinadas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, la etapa (c) comprende: (i) poner en contacto las proteínas dentro de la muestra de la etapa (b) con un primer anticuerpo que se une inmunoespecíficamente al biomarcador; (ii) poner en contacto las proteínas enlazadas al primer anticuerpo con un segundo anticuerpo con un marcador detectable, en donde el segundo anticuerpo se une inmunoespecíficamente al biomarcador y en donde el segundo anticuerpo se une inmunoespecíficamente a un epítopo diferente en el biomarcador que el primer anticuerpo; (iii) detectar la presencia del segundo anticuerpo enlazado al biomarcador; y (iv) determinar la cantidad de biomarcador basándose en la cantidad de marcador detectable en el segundo anticuerpo. En algunos ejemplos de los diversos métodos desvelados en el presente documento, la etapa (c) comprende usar inmunohistoquímica para determinar el nivel del biomarcador. En algunas realizaciones, la etapa (c) comprende: (i) poner en contacto proteínas dentro de la primera muestra de la etapa (b) con un primer anticuerpo que se une inmunoespecíficamente a un biomarcador, el primer anticuerpo se acopla con un primer marcador detectable; (ii) poner en contacto las proteínas dentro de la primera muestra de la etapa (b) con un segundo anticuerpo que se une inmunoespecíficamente a un biomarcador de cáncer, el segundo anticuerpo se acopla con una segunda etiqueta detectable; (iii) detectar la presencia del primer anticuerpo y el segundo anticuerpo enlazados a las proteínas; y (iv) determinar el nivel del biomarcador basándose en la cantidad de marcador detectable en el primer anticuerpo y determinar el nivel del biomarcador de cáncer basándose en la cantidad de marcador detectable en el segundo anticuerpo. En algunos ejemplos, el biomarcador de cáncer es un biomarcador de DLBCL. En otros ejemplos, el biomarcador de cáncer es un biomarcador de MM. En otro ejemplo, el biomarcador de cáncer es un biomarcador de MDS. En aún otro ejemplo, el biomarcador de cáncer es un biomarcador de AML. En determinados ejemplos, el biomarcador de cáncer es CD138. En algunos ejemplos, se usa Puntuación H para determinar el nivel del biomarcador. En algunos ejemplos, se usa Puntuación H para determinar el nivel del biomarcador cuando el nivel del biomarcador de cáncer es mayor que un nivel de referencia. En otras realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento etapa (c) comprende: (i) poner en contacto ARN dentro de la primera muestra con un cebador que comprende una secuencia que se une específicamente al ARN para generar una primera molécula de ADN que tiene una complementariedad de secuencia para el ARN; (ii) amplificar el ADN que corresponde a un segmento de un biomarcador para codificación génica; y (iii) determinar el nivel del biomarcador de ARN basándose en la cantidad de ADN amplificado. Mientras que estas realizaciones de la etapa de referencia (c) de determinados métodos proporcionados en el presente documento, se entenderá que tales realizaciones pueden aplicarse para la determinación o medición de un biomarcador en cualquier muestra (por ejemplo, una muestra de un sujeto, una muestra de referencia, o ambas de una muestra de un sujeto y una muestra de referencia).
En otro aspecto, se proporciona en el presente documento un método para predecir la respuesta de un paciente al tratamiento con un compuesto en un paciente con cáncer, comprendiendo el método:
a. obtener una muestra que comprende células (por ejemplo, células de cáncer o células inmunitarias) del paciente, b. cultivar las células en presencia o ausencia del compuesto,
c. purificar la proteína o el ácido nucleico (por ejemplo, un ARN, tal como ARNm, o ADN) a partir de las células cultivadas, y
d. medir la presencia o ausencia de un biomarcador,
en donde el compuesto de tratamiento es lenalidomida, talidomida, pomalidomida, Compuesto A o Compuesto B; en donde el biomarcador es CSNK1A1 o ZFP91; en donde el cáncer es linfoma (tal como DLBCL), MM, MDS o AML.
En algunas realizaciones, la presencia del biomarcador indica o es predictivo de la probabilidad de respuesta del paciente al tratamiento con el compuesto. En otras realizaciones, la ausencia de biomarcador indica o es predictivo de la probabilidad de respuesta del paciente al tratamiento con el compuesto. Un método para tratar un cáncer puede comprender el método para predecir la respuesta de un paciente al tratamiento con un compuesto en un paciente con cáncer proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando se predice que un paciente tiene una respuesta al tratamiento con el compuesto.
En algunas realizaciones, la presencia del biomarcador indica o es predictivo de una probabilidad reducida de respuesta del paciente al tratamiento con el compuesto. En otras realizaciones, la ausencia del biomarcador indica o es predictivo de una probabilidad reducida de respuesta del paciente al tratamiento con el compuesto. Un método para tratar un cáncer puede comprender el método para predecir la respuesta de un paciente al tratamiento con un compuesto en un paciente con cáncer proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (e) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando no se predice que un paciente tiene una respuesta al tratamiento con el compuesto.
El poner en contacto en la etapa (a) puede ser in vitro. El poner en contacto en la etapa (a) puede realizarse in vivo. Las células pueden ponerse en contacto con el compuesto durante un período de tiempo, por ejemplo, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, o 55 minutos, o 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, o 24 horas, o 2 o 3 o más días. Las células pueden obtenerse a partir de una línea celular. Las células pueden obtenerse a partir de un sujeto que tiene (o se sospecha que tiene) el cáncer.
En otro aspecto, se proporciona en el presente documento un método para monitorizar la respuesta de tumor al tratamiento con un compuesto en un paciente con cáncer, comprendiendo el método
a. obtener una primera muestra del paciente,
b. medir la expresión de un biomarcador en la primera muestra,
c. administrar un compuesto al paciente,
d. posteriormente, obtener una segunda muestra del paciente,
e. medir la expresión del biomarcador en la segunda muestra, y
f. comparar los niveles de expresión del biomarcador en la primera y segunda muestras,
en donde el compuesto de tratamiento es lenalidomida, talidomida, pomalidomida, Compuesto A o Compuesto B; en donde el biomarcador es CSNK1A1 o ZFP91; en donde el cáncer es linfoma (tal como DLBCL), MM, MDS o AML.
En algunas realizaciones, un nivel aumentado de expresión del biomarcador en la segunda muestra después de la administración del compuesto indica la probabilidad de una respuesta de tumor eficaz. En otras realizaciones, en donde un nivel reducido de expresión del biomarcador en la segunda muestra después de la administración del compuesto indica la probabilidad de una respuesta de tumor eficaz. Un método para tratar un cáncer puede comprender el método para monitorizar la respuesta de tumor al tratamiento con un compuesto en un paciente con cáncer proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (g) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando existe una probabilidad de una respuesta de tumor eficaz.
En algunos ejemplos, un nivel aumentado de expresión del biomarcador en la segunda muestra después de la administración del compuesto indica una probabilidad reducida de una respuesta de tumor eficaz. En otros ejemplos, un nivel reducido de expresión del biomarcador en la segunda muestra después de la administración del compuesto indica una probabilidad reducida de una respuesta de tumor eficaz. Un método para tratar un cáncer puede comprender el método para monitorizar la respuesta de tumor al tratamiento con un compuesto en un paciente con cáncer proporcionado en el presente documento, en donde el método además comprende (g) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando no existe una probabilidad de una respuesta de tumor eficaz.
En otro ejemplo, se desvela en el presente documento un método para tratar un sujeto con un compuesto, comprendiendo el método
a. obtener una primera muestra del paciente,
b. medir la expresión de un biomarcador en la primera muestra,
c. administrar un compuesto al paciente,
d. posteriormente, obtener una segunda muestra del paciente,
e. medir la expresión del biomarcador en la segunda muestra,
f. comparar los niveles de expresión del biomarcador en la primera y segunda muestras.
En algunos ejemplos, el cáncer es DLBCL. En otros ejemplos, el cáncer es MM. En otro ejemplo, el cáncer es MDS. En aún otro ejemplo, el cáncer es AML.
En algunos ejemplos, un nivel aumentado de expresión del biomarcador en la segunda muestra después de la administración del compuesto indica la probabilidad de una respuesta de tumor eficaz. En otros ejemplos, un nivel reducido de expresión del biomarcador en la segunda muestra después de la administración del compuesto indica la probabilidad de una respuesta de tumor eficaz. En determinados ejemplos, el método además comprende (g) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando existe una probabilidad de una respuesta de tumor eficaz.
En algunos ejemplos, un nivel aumentado de expresión del biomarcador en la segunda muestra después de la administración del compuesto indica una probabilidad reducida de una respuesta de tumor eficaz. En otros ejemplos, un nivel reducido de expresión del biomarcador en la segunda muestra después de la administración del compuesto indica una probabilidad reducida de una respuesta de tumor eficaz. En determinados ejemplos, el método además comprende (g) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando no existe una probabilidad de una respuesta de tumor eficaz.
En otros ejemplos, se desvela en el presente documento un método para monitorizar Una respuesta al tratamiento con terapia IFN para el tratamiento con un compuesto en un paciente con cáncer, comprendiendo el método
a. obtener una primera muestra del paciente,
b. medir la expresión de un biomarcador en la primera muestra,
c. administrar uno o más compuestos al paciente,
d. posteriormente, obtener una segunda muestra del paciente,
e. medir la expresión del biomarcador en la segunda muestra, y
f. comparar los niveles de expresión del biomarcador en la primera y segunda muestras.
En algunos ejemplos, el cáncer es DLBCL. En otros ejemplos, el cáncer es MM. En otro ejemplo, el cáncer es MDS. En aún otro ejemplo, el cáncer es AML.
En algunos ejemplos, un nivel aumentado de expresión del biomarcador en la segunda muestra después de la administración del compuesto indica la probabilidad de una respuesta eficaz al tratamiento con terapia IFN. En otros ejemplos, un nivel reducido de expresión del biomarcador en la segunda muestra después de la administración del compuesto indica la probabilidad de una respuesta eficaz al tratamiento con terapia IFN. Un método para tratar un cáncer puede comprender el método para monitorizar una respuesta al tratamiento con terapia IFN para el tratamiento con un compuesto en un paciente con cáncer desvelado en el presente documento, en donde el método además comprende (g) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando existe una probabilidad de una respuesta eficaz al tratamiento con terapia IFN.
En algunos ejemplos, un nivel aumentado de expresión del biomarcador en la segunda muestra después de la administración del compuesto indica una probabilidad reducida de una respuesta eficaz al tratamiento con terapia IFN. En otros ejemplos, un nivel reducido de expresión del biomarcador en la segunda muestra después de la administración del compuesto indica una probabilidad reducida de una respuesta eficaz al tratamiento con terapia IFN. Un método para tratar un cáncer puede comprender el método para monitorizar una respuesta al tratamiento con terapia IFN para el tratamiento con un compuesto en un paciente con cáncer desvelado en el presente documento, en donde el método además comprende (g) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando no existe una probabilidad de una respuesta eficaz al tratamiento con terapia IFN.
En algunas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, la primera muestra es una muestra biológica. En determinadas realizaciones, la primera muestra se obtiene a partir de una biopsia de tumor, biopsia nodular, o una biopsia de médula ósea, bazo, hígado, cerebro o mama. En algunas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, la segunda muestra es una muestra biológica. En determinadas realizaciones, la segunda muestra se obtiene a partir de una biopsia de tumor, biopsia nodular, o una biopsia de médula ósea, bazo, hígado, cerebro o mama. En algunas realizaciones, la segunda muestra es de la misma fuente que la primera muestra.
En un ejemplo, la terapia con IFN es para tratar condiloma acuminado, hepatitis B crónica, hepatitis C crónica, esclerosis múltiple remitida por recaída, o enfermedad granulomatosa crónica.
En algunos ejemplos de los diversos métodos desvelados en el presente documento, la etapa o etapas de medición comprenden: (i) poner en contacto proteínas dentro de la muestra con un primer anticuerpo que se une inmunoespecíficamente al biomarcador; (ii) poner en contacto las proteínas enlazadas al primer anticuerpo con un segundo anticuerpo con un marcador detectable, en donde el segundo anticuerpo se une inmunoespecíficamente al biomarcador y en donde el segundo anticuerpo se une inmunoespecíficamente a un epítopo diferente en el biomarcador que el primer anticuerpo; (iii) detectar la presencia del segundo anticuerpo enlazado al biomarcador; y (iv) determinar la cantidad de biomarcador basándose en la cantidad de marcador detectable en el segundo anticuerpo. En algunos ejemplos de los diversos métodos desvelados en el presente documento la etapa o etapas de medición comprenden usar inmunohistoquímica para determinar el nivel del biomarcador. En algunos ejemplos de los diversos métodos desvelados en el presente documento la etapa o etapas de medición comprenden: (i) poner en contacto proteínas dentro de la muestra con un primer anticuerpo que se une inmunoespecíficamente a un biomarcador, el primer anticuerpo se acopla con un primer marcador detectable; (ii) poner en contacto las proteínas dentro de la muestra con un segundo anticuerpo que se une inmunoespecíficamente a un biomarcador de cáncer, el segundo anticuerpo se acopla con un segundo marcador detectable; (iii) detectar la presencia del primer anticuerpo y el segundo anticuerpo enlazado al biomarcador; y (iv) determinar el nivel del biomarcador basándose en la cantidad de marcador detectable en el primer anticuerpo y determinar el nivel del biomarcador de cáncer basándose en la cantidad de marcador detectable en el segundo anticuerpo. En algunos ejemplos, el biomarcador de cáncer es un biomarcador de DLBCL. En otros ejemplos, el biomarcador de cáncer es un biomarcador de MM. En otro ejemplo, el biomarcador de cáncer es un biomarcador de MDS. En aún otro ejemplo, el biomarcador de cáncer es un biomarcador de AML. En determinados ejemplos, el biomarcador de cáncer es CD138. En algunos ejemplos, en donde se usa puntuación H para determinar el nivel del biomarcador. En otros ejemplos, se usa puntuación H para determinar el nivel del biomarcador cuando el nivel del biomarcador de cáncer es mayor que un nivel de referencia. En otros ejemplos de los diversos métodos desvelados en el presente documento, las etapas de medición comprenden: (i) poner en contacto el ARN dentro de la muestra con un cebador que comprende una secuencia que se une específicamente al ARN para generar una primera molécula de ADN que tiene una complementariedad de secuencia para el ARN; (ii) amplificar el ADN que corresponde a un segmento de un biomarcador para codificación génica; y (iii) determinar el nivel del biomarcador de ARN basándose en la cantidad del ADN amplificado.
En algunos ejemplos, la etapa o etapas de medición son la medición (o de otro modo la determinación) de la expresión (tal como el nivel (por ejemplo, nivel de proteínas o ARN)) del biomarcador en una muestra del paciente (por ejemplo, una primera muestra, una segunda muestra, o ambas de una primera y una segunda muestras). En otros ejemplos, la etapa o etapas de medición son la medición (o de otro modo la determinación) de la expresión (tal como el nivel (por ejemplo, nivel de proteínas o ARN)) del biomarcador en una muestra de referencia.
En determinadas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es linfoma difuso de células B grandes (DLBCL). En determinadas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es mieloma múltiple (MM). En determinadas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es síndrome mielodisplásico (MDS). En algunas realizaciones, el MDS es un MDS con supresión del cromosoma 5q (del(5q)). En determinadas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es leucemia mieloide aguda (AML). En algunos ejemplos de los diversos métodos desvelados en el presente documento, el cáncer es linfoma de células del manto (MCL). En otros ejemplos de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es linfoma folicular (FL). En algunos ejemplos de los diversos métodos desvelados en el presente documento, el cáncer es leucemia linfocítica crónica (CLL). En otros ejemplos de los diversos métodos desvelados en el presente documento, el cáncer es linfoma no Hodgkin (NHL). En determinados ejemplos de los diversos métodos desvelados en el presente documento, el cáncer es leucemia de células pilosas. En algunos ejemplos de los diversos métodos desvelados en el presente documento, el cáncer es leucemia mielógena crónica (CML). En determinados ejemplos de los diversos métodos desvelados en el presente documento, el cáncer es sarcoma de Kaposi relacionado con SIDA. En otros ejemplos de los diversos métodos desvelados en el presente documento, el cáncer es un melanoma maligno.
En otro ejemplo, se desvela en el presente documento un método para monitorizar una respuesta al tratamiento con terapia iFn para el tratamiento con un compuesto en un paciente que tiene un trastorno asociado a IFN, comprendiendo el método
a. obtener una primera muestra del paciente,
b. medir la expresión de un biomarcador en la primera muestra,
c. administrar uno o más compuestos al paciente,
d. posteriormente, obtener una segunda muestra del paciente,
e. medir la expresión del biomarcador en la segunda muestra, y
f. comparar los niveles de expresión del biomarcador en la primera y segunda muestras.
En algunos ejemplos, un nivel aumentado de expresión del biomarcador en la segunda muestra después de la administración del compuesto indica la probabilidad de una respuesta eficaz al tratamiento con terapia IFN. En otros ejemplos, un nivel reducido de expresión del biomarcador en la segunda muestra después de la administración del compuesto indica la probabilidad de una respuesta eficaz al tratamiento con terapia IFN. En determinados ejemplos, se desvela en el presente documento un método para tratar un trastorno asociado a IFN, que comprende el método para monitorizar una respuesta al tratamiento con terapia IFN para el tratamiento con un compuesto en un paciente que tiene un trastorno asociado a IFN, en donde el método además comprende (g) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto cuando existe una probabilidad de una respuesta eficaz al tratamiento con terapia IFN.
En algunos ejemplos, un nivel aumentado de expresión del biomarcador en la segunda muestra después de la administración del compuesto indica una probabilidad reducida de una respuesta eficaz al tratamiento con terapia IFN. En otro ejemplo, un nivel reducido de expresión del biomarcador en la segunda muestra después de la administración del compuesto indica una probabilidad reducida de una respuesta eficaz al tratamiento con terapia IFN. En determinados ejemplos, se desvela en el presente documento un método para tratar un trastorno asociado a IFN, que comprende el método para monitorizar una respuesta al tratamiento con terapia IFN para el tratamiento con un compuesto en un paciente que tiene un trastorno asociado a IFN, en donde el método además comprende (g) administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de una terapia diferente del compuesto cuando no existe una probabilidad de una respuesta eficaz al tratamiento con terapia IFN.
En un ejemplo, la terapia con IFN es para tratar condiloma acuminado, hepatitis B crónica, hepatitis C crónica, esclerosis múltiple remitida por recaída, o enfermedad granulomatosa crónica.
En algunas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, la primera muestra es una muestra biológica. En determinadas realizaciones, la primera muestra se obtiene a partir de una biopsia de tumor, biopsia nodular, o una biopsia de médula ósea, bazo, hígado, cerebro o mama. En algunas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, la segunda muestra es una muestra biológica. En determinadas realizaciones, la segunda muestra se obtiene a partir de una biopsia de tumor, biopsia nodular, o una biopsia de médula ósea, bazo, hígado, cerebro o mama. En algunas realizaciones, la segunda muestra es de la misma fuente que la primera muestra.
En algunos ejemplos, la etapa o etapas de medición comprenden: (i) poner en contacto proteínas dentro de la muestra con un primer anticuerpo que se une inmunoespecíficamente al biomarcador; (ii) poner en contacto las proteínas enlazadas al primer anticuerpo con un segundo anticuerpo con un marcador detectable, en donde el segundo anticuerpo se une inmunoespecíficamente al biomarcador y en donde el segundo anticuerpo se une inmunoespecíficamente a un epítopo diferente en el biomarcador que el primer anticuerpo; (iii) detectar la presencia del segundo anticuerpo enlazado al biomarcador; y (iv) determinar la cantidad de biomarcador basándose en la cantidad de marcador detectable en el segundo anticuerpo. En determinados ejemplos, la etapa o etapas de medición comprenden usar inmunohistoquímica para determinar el nivel del biomarcador. En algunos ejemplos, la etapa o etapas de medición comprenden: (i) poner en contacto el ARN dentro de la muestra con un cebador que comprende una secuencia que se une específicamente al ARN para generar una primera molécula de ADN que tiene una complementariedad de secuencia para el ARN; (ii) amplificar el ADN que corresponde a un segmento de un biomarcador para codificación génica; y (iii) determinar el nivel del biomarcador de ARN basándose en la cantidad de ADN amplificado.
En algunos ejemplos, la etapa o etapas de medición son la medición (o de otro modo la determinación) de la expresión (tal como el nivel (por ejemplo, nivel de proteínas o ARN)) del biomarcador en una muestra del paciente (por ejemplo, una primera muestra, una segunda muestra, o ambas de una primera y una segunda muestras). En otros ejemplos, la etapa o etapas de medición son la medición (o de otro modo la determinación) de la expresión (tal como el nivel (por ejemplo, nivel de proteínas o ARN)) del biomarcador en una muestra de referencia.
En determinados ejemplos, el trastorno asociado a IFN es condiloma acuminado. En algunos ejemplos, el trastorno asociado a IFN es hepatitis B crónica. En otros ejemplos, el trastorno asociado a IFN es hepatitis C crónica. En determinados ejemplos, el trastorno asociado a IFN es esclerosis múltiple remitida por recaída. En algunos ejemplos, el trastorno asociado a IFN es enfermedad granulomatosa crónica. En algunos ejemplos, el trastorno asociado a IFN es un cáncer.
En algunas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el nivel (por ejemplo, la expresión) de un biomarcador se determina al medir ácidos nucleicos, por ejemplo, ARN o ADN. En algunas realizaciones, el nivel (por ejemplo, la expresión) de un biomarcador se determina al medir proteínas. En determinadas realizaciones, se monitoriza el nivel de ácidos nucleicos (por ejemplo, ARNm de ADNc) (por ejemplo, la expresión) de un solo biomarcador. En determinadas realizaciones, se monitorizan de forma secuencial o simultánea los niveles de ácidos nucleicos (por ejemplo, ARNm o ADNc) (por ejemplo, la expresión) de dos o más biomarcadores. En una realización, el ARN (por ejemplo, ARNm) o proteína se purifica a partir de la muestra y el nivel del biomarcador se mide por el análisis de la expresión génica o de proteínas. En determinadas realizaciones, el nivel (por ejemplo, la expresión) del biomarcador se mide por PCR cuantitativa en tiempo real (QRT-PCR), microensayo, citometría de flujo o inmunofluorescencia. En otras realizaciones, el nivel (por ejemplo, la expresión) del biomarcador se mide por metodologías a base de análisis inmunosorbente ligado a enzima (ELISA) u otros métodos similares conocidos en la técnica. En determinadas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el nivel (por ejemplo, la expresión) del biomarcador se mide al determinar el nivel de ARNm del biomarcador. En otras realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el nivel (por ejemplo, la expresión) del biomarcador se mide al determinar el nivel de ADNc del biomarcador. En aún otras realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el nivel (por ejemplo, la expresión) del biomarcador se mide al determinar el nivel de proteínas del biomarcador. En algunas realizaciones, el biomarcador se mide por un método que comprende la secuenciación de los ácidos nucleicos (por ejemplo, ARNm). En algunas realizaciones, la secuenciación comprende la secuenciación de la siguiente generación. En determinadas realizaciones, se monitoriza el nivel de proteínas de un solo biomarcador. En determinadas realizaciones, se monitorizan de forma simultánea o secuencial los niveles de proteínas de dos o más biomarcadores. Pueden monitorizarse múltiples biomarcadores de forma simultánea o secuencial.
En algunas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento la muestra (por ejemplo, del sujeto o una referencia) es una muestra biológica. En algunas realizaciones, la muestra se obtiene a partir de una biopsia de tumor, biopsia nodular, o una biopsia de médula ósea, bazo, hígado, cerebro o mama. En algunas realizaciones, las células son células de cáncer y las células de cáncer se obtienen a partir de una biopsia de tumor, biopsia nodular, o una biopsia de médula ósea, bazo, hígado, cerebro o mama.
En una realización de los diversos métodos proporcionados en el presente documento la referencia se prepara al usar una segunda célula (u otra muestra biológica) que no se encuentra en contacto con el compuesto. En otra realización de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, la referencia se prepara al usar una segunda muestra obtenida del sujeto antes de la administración del compuesto al sujeto; en donde la segunda muestra es de la misma fuente que la primera muestra. En otras realizaciones, la referencia se prepara al usar una segunda muestra obtenida a partir de un sujeto saludable que no tiene la enfermedad o trastorno; en donde la segunda muestra es de la misma fuente que la primera muestra.
El método comprende usar inmunohistoquímica para determinar el nivel del biomarcador. En algunos ejemplos, el método comprende usar inmunohistoquímica de doble tinción para determinar el nivel del biomarcador.
El biomarcador es una proteína asociada a cereblon (CRBN) (CAP). El compuesto puede reducir el nivel (por ejemplo, nivel de proteínas o ARN) de la CAP cuando se compara con la referencia. El compuesto puede aumentar el nivel (por ejemplo, nivel de proteínas o ARN) de la CAP cuando se compara con la referencia.
El biomarcador puede comprender una CAP. El biomarcador puede comprender dos CAP. El biomarcador comprende tres CAP. El biomarcador comprende cuatro CAP. El biomarcador comprende cinco CAP. El biomarcador comprende seis CAP. El biomarcador comprende siete CAP. El biomarcador comprende ocho CAP. El biomarcador comprende nueve CAP. El biomarcador comprende diez o más CAP.
En determinados ejemplos, CAP es ABCE1, ACLY, ACTB, ALDOA, ARID1A, C7ORF42, COPS6, CPSF6, CSNK1A1, CSNK2A1, CTPS, CRBN, DDB1, DDIT4, DDX17, DDX21, DDX58, DDX58, DDX60, DDX60L, DHX9, DNAJC1, DUT, EEF1A1, EEF1AL3, EEF1G, EIF2S1, EIF2S2, EIF3J, EIF4A1, EWSR1, FASN, FBXO21, FERMT3, FUBP1, G3BP1, G3BP2, GBE1, GBP1, GNAS, GNB2L1, GNB3, H2AFJ, H2AFX, H2AFZ, HIST1H1A, HIST1H1B, HIST1H1C, HIST1H1D, HIST1H1E, HIST1H2AA, HNRNPA2B1, HNRNPC, HNRNPH2, HNRNPR, HSPA1A, HSPA1B, HSPA8, HSPA9, IFI16, IFI27, IFI27L2, IFI35, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIH1, IFIT1, IFIT2, IFIT3, IFIT5, IFITM2, IFITM3, IFN, IFNA16, IFNA5, IFNG, IFNGR1, IGF2BP2, IKKE, IKZF1 (Ikaros), IKZF3 (Aiolos), ILF3, IPO5, IRF1, IRF2, IRF3, IRF4, IRF7, IRF8, IRF9, ISG15, ISG20, KCNAB2, MACF1, MCM2, MCM7, MX1, MX2, MYH10, NACA, NAP1L2, NCL, NEDD8, NUP88, OAS1, OAS2, OAS3, OASL, PABPC1, PABPC4, PCM1, PDXK, PPAT, PRKDC, PTPRC, PTRH2, RPL10A, RPL11, RPL12, RPL13A, RPL14, RPL15, RPL18A, RPL19, RPL21, RPL3, RPL30, RPL4, RPL7, RPL7A, RPL9, RPLP1, RPLP2, RPS13, RPS16, RPS19, RPS2, RPS6, SEC23B, SEC24A, SEC24C, SMC4, SND1, un STAT (por ejemplo, STAT1, STAT2 o STAT3), un STAT-PO4, STAT3, SYNCRIP, TBK1, TBK1-PO4, TBL1XR1, TLR1, TLR3, TLR4, TLR7, TLR8, TPD52, TUBA1A, TUBA1B, TUBA1C, UAP1, UBA52, UBAP2L, UBB, UBE2O, UBE2Q1, USP15, VAPA, XAF1, XRCC6, Yw Ha E, ZFP91, ZNF198, o cualquier combinación de los mismos.
En algunos ejemplos, la CAP es ARHGAP18, CASS4, CCNA2, CORO1B, CSNK1A1, CYTL1, DAB2, HSPB1, IKZF1, ITM2C, PPFIBP1, SERPINH1, YEATS2 o ZFP91, o cualquier combinación de los mismos.
La CAP es ARHGAP18, CALM1, CASS4, CCNA2, CORO1B, CSNK1A1, DAB2, HSPB1, IKZF1, ITM2C, PPFIBP1, SERPINH1, o ZFP91, o cualquier combinación de los mismos.
El biomarcador es AHNAK, ALOX5, AMPD3, ANXA4, ANXA6, ATP2B4, BMF, BST2, C10orf76, C19orf66, CD36, CLN3, CNN3, CORO1B, CPNE2, CSRP2, CTNND1, CTSH, DAPK2, DDX58, DHX58, DLG2, DTX3L, EIF2AK2, EPB41L1, ETV6, EXTL2, F13A1, FAM65B, FCGR2B, FES, FMNL3, GBP1, GMFG, GMPR, HIP1, HLA-B, HLA-DMA, HPSE, ID3, IFI35, IFIH1, IFIT1, IFIT3, IFIT5, IFITM2, IL4I1, IRF7, IRF9, ISG15, ISG20, ITGB7, JAK3, LAP3, LGALS1, LGALS3BP, LIMD1, MAN2A2, MARCKS, MFI2, MGARP, MOV10, MPP7, MUC1, MX1, MX2, MYO1G, NCF2, NME3, NMI, NT5C3A, OAS1, OAS2, OAS3, PARP14, PARP9, PBXIP1, PLD4, PLEKHO1, PLSCR1, PLXNB2, POMP, PPFIBP1, PTMS, QPRT, RAB13, RCN1, RGCC, RNF213, S100A13, SAMD9L, SAMHD1, SERPINH1, SLFN11, SLFN13, SLFN5, SP110, SP140, SPN, SPR, STAP1, STAT1, STAT2, TAP1, TAX1BP3, THEMIS2, THTPA, TNFAIP8L2, TNFSF8, TP53I3, TREX1, TRIM22, TTC39C, TXNIP, UBA7, UBE2L6, USP41, VCL, VNN2, ZBTB38, ARHGAP19, ASNS, ASPM, B4GALT3, BANK1, BCDIN3D, BLZF1, CA2, CA8, CAMSAP3, CCDC69, CCNB1, CDC7, CDCA3, CENPF, CSNK1A1, DHPS, DLGAP5, DOK3, ECT2, EFCAB4B, EHMT1, EHMT2, EPCAM, ESRP1, FAM195A, FBRSL1, FHOD1, FIGNL1, GPT2, GRAMD1A, GRAMD1B, GRPEL2, HJURP, HMCES, HMMR, HOXC4, ICAM2, IKZF1, IKZF3, IRS2, KIF18B, KIF22, KIF2C, LIPG, LPXN, MINA, MIS18BP1, NEIL1, NFKBID, NPIPB5, OMA1, ORC6, PARVB, PBK, PDE6D, PKMYT1, PLK1, PODXL, PODXL2, POLE2, PRDM15, PRNP, PTAFR, PTTG1, PYROXD1, RASA4B, RASSF6, RGS1, RGS2, SEC14L1, SGOL1, SGOL2, SLCO3A1, SLCO4A1, TACC3, TIMM8B, TOP2A, TPX2, TRIB3, WIZ, WSB1, WWC1, ZFP91, ZMYM2, ZNF385B, ZNF581 o ZNF644, o cualquier combinación de los mismos.
En un ejemplo, el biomarcador es ADAM19, AIF1, ALDH1A1, ALDH2, ALOX5, AMPD3, APOBEC3G, APOE, APOH, ARHGAP10, ATP2B4, BST2, C4A, C4BPA, C4orf33, biomarcadorN2, CASP4, CCR7, CD1D, CD63, CD86, CDR2, CORO1B, CPNE2, CYTH4, DAPK2, DDX58, DDX60, DDX60L, DHX58, DNASE 1L3, DTX3L, EIF2AK2, ELOVL7, EPB41L1, F13A1, FAM129A, FBLN1, FCRLA, FERMT3, FGD6, FLNA, GALNT7, GBP1, GBP2, GBP4, GIPC1, GPD1, GPX3, HABP2, HBA1, HBD, HERC3, HERC6, HGF, HIGD1A, HMOX1, HSPA8, HSPB1, IFI35, IFI44, IFI44L, IFIH1, IFIT1, IFIT2, IFIT3, IFIT5, IFITM3, IL3RA, IRF7, IRF9, ISG15, ISG20, ITGA1, ITGB3, ITGB7, ITPKB, KIAA1618, L1TD1, LAP3, LDB3, LGALS1, LGALS3BP, LGALS9, LGALS9B, LMNA, LPIN1, MAP3K11, MCAM, MCM8, MGLL, MPP7, MUC1, MX1, MX2, MYL4, NCF4, NMI, NQO1, NUB1, OAS1, OAS2, OAS3, OASL, ORMDL2, OTOF, P2RY6, PAPSS2, PARP14, PARP9, PBXIP1, PHF11, PHF15, PLG, PLSCR1, PREX1, PREX2, PRIC285, PRKCI, PSAP, PTMS, RAB13, RASSF4, RCN1, RGL1, RGS13, RNF213, RTN2, RTP4, RUNX3, S100A13, SAMD9, SAMD9L, SAMHD1, SERPINA7, SERPINF2, SERPINH1, SIPA1L3, SLAMF1, SLC1A3, SLC23A2, SLC27A3, SLFN5, SOD2, SPN, SPR, SRC, STAT1, STAT2, SYNJ2BP, TAX1BP3, TBC1D13, TDRD7, TGOLN2, TLR7, TMEM87A, TMOD2, TNFAIP2, TNFAIP8L2, TRANK 1, TRIM 14, TRPC4, TRPM4, TSPAN14, TSPAN3, UBA7, UBE2L6, USP18, USP41, VNN2, VTN, XAF1, ZCCHC2, ZER1, ZNF385A, ZNF480, ZNF770, 3-Sep, ADIPOR2, AHR, ALCAM, ALDOC, ALKBH6, ALPL, AP1S3, APBB1IP, ARHGAP24, ARHGAP27, ARNT, BCL11 A, BCL2A1, BCL2L1, BCLAF1, BNIP3L, C19orf22, C9orf40, CANX, CD22, CD44, CD5, CDC42SE2, CENPJ, CEP97, CFLAR, CLDN23, CLEC17A, COX17, CROCC, CRYM, CSNK1A1, DBN1, DENND1C, DNM2, DOK3, DTWD1, EHD1, EIF4H, ENO2, EPHA4, EPHA7, EPHB1, ERCC6, ETS1, EVI2B, EVL, FAR1, FCRL2, FCRL3, FCRL5, GABPB1, GAMT, GAPT, GAS7, GATM, GLRX, GNG2, GRPEL2, GYPC, GZMB, HK2, HLTF, HTRA3, IFNAR2, IKZF1, IKZF3, IL16, INF2, IQSEC1, IRF4, ISYNA1, ITGAL, ITGB2, KDM5B, KHK, L1CAM, LAT2, LBH, LNX1, LRRC25, LUC7L, LYSMD2, MEF2B, MEF2D, MICAL3, MYH11, NARF, NBR1, NEDD9, NEFL, OMA1, PARVB, PDK1, PFKFB4, PGM1, PIR, PLEKHG1, PMS2CL, PODXL2, POU2AF1, PPP1R2, PTPR, PTPRE, PTPRF, PTPRO, PTTG1, PVRL1, RAB33A, RANBP3, RASGRP3, RASSF6, RBBP5, RHOF, RPS29, RPS4Y2, SAMD1, SC5DL, SEC14L1, SEMA7A, SERPINB9, SETD8, SH2D3C, SIT1, SLAMF7, SLC16A3, SLC19A2, SNAP23, SNX11, SP140, SPIB, SPTAN1, SPTB, SSBIP1, STK17B, SYNCRIP, TCP11L1, TGM2, TJAP1, TNFAIP3, TNFRSF13B, TNFRSF1B, TOM1, TOR1AIP1, TP53I11, TSTD1, TUBB2B, UBE2J1, VAT1, VIM, WIPF1, WIZ, ZBTB32, ZFP91, ZMYM2, ZNF316, ZNF644, ZNF805, o cualquier combinación de los mismos.
En algunos ejemplos, el biomarcador es ACSS1, ACY3, ADAM19, ADCY7, AIF1, ALDH2, AMPD3, ANK3, ANXA4, ANXA6, ANXA6, APOBEC3G, APOBR, B2M, BCL9L, BST2, C19orf66, CASP10, CCDC28B, CD40, CD59, CD83, CGN, CLSTN1, CMPK2, COL23A1, CORO1B, CORO1C, CTNND1, CTSH, CTTNBP2NL, CYTH1, CYTH4, DDX58, DDX60, DTX3L, EIF2AK2, ETHE1, F11R, FADS2, FAM76A, FDFT1, FGD4, FLNA, FLNB, FRRS1, FSCN1, GCH1, GMFG, GNB4, GNG2, H1F0, HECTD1, HELZ2, HGF, HGSNAT, HLA-A, HLA-B, HLA-G, HSPB1, HYI, IFI35, IFIT1, IFIT3, IFIT5, IL4I1, IPCEF1, IRF9, ISG15, ISG20, JADE2, KIAA0101, LAT2, LGALS1, LGALS3BP, LGALS9, LGALS9B, LMCD1, LMNA, LY75, LYSMD2, MAGED4, MAPKI0, MBD1, MEA1, MT2A, MX1, MX2, MYBPC2, NCOA7, NCOA7, NEXN, NT5C3A, OAS1, OAS2, OAS3, OSBPLIO, PARP10, PARP14, PARP9, PCDHGC3, PLG, PLSCR1, PRCP, PTTG1IP, PYGO2, QPCT, S100A13, SAMHD1, SERPINH1, SIRPB1, SLC23A2, SLC25A33, SLC7A7, SLFN5, SOWAHD, SP110, SP140, SPR, STAT1, STAT2, STK3, SYBU, TAP1, TAP2, TDRD7, THEMIS2, TNFAIP8L2, TNFSF9, TRIM14, TRIM21, TRIM22, TYMP, UBE2L6, USP40, VPREB1, ADIPOR2, ATF5, BACH2, BANK1, BCDIN3D, CD320, CSNK1A1, DEPTOR, ETS1, GLIPR1L1, GNG7, GPT2, HSBP1, ICAM2, IKZF1, IKZF3, KRT1, KRT14, KRT2, KRT6B, KRT9, MED12L, NEIL1, NUGGC, OMA1, PDE6D, PDZRN3, PODXL, SYNGR3, SYTL1, WIZ, ZFP91 o ZMYM2, o cualquier combinación de los mismos.
En otros ejemplos, el biomarcador es ADIPOR2, ATF5, BACH2, BANK1, BCDIN3D, CD320, CSNK1A1, DEPTOR, ETS1, GLIPR1L1, GNG7, GPT2, HSBP1, ICAM2, IKZF1, IKZF3, KRT1, KRT14, KRT2, KRT6B, KRT9, MED12L, NEIL1, NUGGC, OMA1, PDE6D, PDZRN3, PODXL, SYNGR3, SYTL1, WIZ, ZFP91 o ZMYM2, o cualquier combinación de los mismos.
En un ejemplo, la CAP es ABCE1. En otro ejemplo, la CAP es ACLY. En un ejemplo, la CAP es ACTB. En otro ejemplo, la CAP es Al Do A. En algunos ejemplos, la c A p es ARID1A. En un ejemplo, la CAP es C7ORF42. En otro ejemplo, la CAP es COPS6. En algunos ejemplos, la CAP es CPSF6. En un ejemplo, la CAP es CSNK1A1. En otro ejemplo, la CAP es CSNK2A1. En algunos ejemplos, la CAP es CTPS. En un ejemplo, la CAP es CRBN. En otro ejemplo, la CAP es DDB1. En algunos ejemplos, la CAP es DDIT4. En un ejemplo, la CAP es DDX17. En otro ejemplo, la CAP es DDX21. En algunos ejemplos, la CAP es DDX58. En un ejemplo, la CAP es DDX58. En otro ejemplo, la CAP es DDX60. En algunos ejemplos, la CAP es DDX60L. En un ejemplo, la CAP es DHX9. En otro ejemplo, la CAP es DNAJC1. En algunos ejemplos, la CAP es DUT. En un ejemplo, la CAP es EEF1A1. En otro ejemplo, la CAP es EEF1AL3. En algunos ejemplos, la CAP es EEF1G. En un ejemplo, la CAP es EIF2S1. En otro ejemplo, la CAP es EIF2S2. En algunos ejemplos, la CAP es EIF3J. En un ejemplo, la CAP es EIF4A1. En otro ejemplo, la c A p es EWSR1. En algunos ejemplos, La CAP es FASN. En un ejemplo, la CAP es FBX021. En otro ejemplo, la CAP es FERMT3. En algunos ejemplos, la CAP es FUBP1. En un ejemplo, la CAP es G3BP1. En otro ejemplo, la CAP es G3BP2. En algunos ejemplos, la CAP es GBE1. En un ejemplo, la CAP es GBP1. En otro ejemplo, la CAP es GNAS. En algunos ejemplos, la CAP es GNB2L1. En un ejemplo, la CAP es GNB3. En otro ejemplo, la CAP es H2AFJ. En algunos ejemplos, la CAP es H2AFX. En algunos ejemplos, la CAP es H2AFZ. En otro ejemplo, la CAP es HIST1H1A. En algunos ejemplos, la CAP es HIST1H1B. En un ejemplo, la CAP es HIST1H1C. En otro ejemplo, la CAP es HIST1H1D. En algunos ejemplos, la CAP es HIST1H1E. En un ejemplo, la CAP es HIST1H2AA. En otro ejemplo, la CAP es HNRNPA2B1. En algunos ejemplos, la CAP es HNRNpC. En un ejemplo, la CAP es HNRNPH2. En otro ejemplo, la CAP es HNRNPR. En algunos ejemplos, la CAP es HSPA1A. En un ejemplo, la CAP es HSPA1B. En otro ejemplo, la CAP es HSPA8. En algunos ejemplos, la CAP es HSPA9. En un ejemplo, la CAP es IFI16. En otro ejemplo, la CAP es IFI27. En algunos ejemplos, la CAP es IFI27L2. En un ejemplo, la CAP es IFI35. En otro ejemplo, la CAP es IFI44. En algunos ejemplos, la CAP es IFI44L. En un ejemplo, la CAP es IFI6. En otro ejemplo, la CAP es IFIH1. En algunos ejemplos, la CAP es IFIT1. En un ejemplo, la CAP es IFIT2. En otro ejemplo, la CAP es IFIT3. En algunos ejemplos, la CAP es IFIT5. En un ejemplo, la Ca P es IFITM2. En otro ejemplo, la CAP es IFITM3. En algunos ejemplos, la CAP es IFN. En un ejemplo, la CAP es IFNA16. En otro ejemplo, la c Ap es IFNA5. En algunos ejemplos, la c A p es IFNG. En un ejemplo, la CAP es IFNGR1. En otro ejemplo, la CAP es IGF2BP2. En algunos ejemplos, la CAP es IKKE. En un ejemplo, la CAP es IKZF1 (Ikaros). En otro ejemplo, la CAP es IKZF3 (Aiolos). En algunos ejemplos, la CAP es ILF3. En un ejemplo, la CAP es IPO5. En otro ejemplo, la CAP es IRF1. En algunos ejemplos, la CAP es IRF2. En un ejemplo, la CAP es IRF3. En otro ejemplo, la CAP es IRF4. En algunos ejemplos, la CAP es IRF7. En un ejemplo, la CAP es IRF8. En otro ejemplo, la CAP es IRF9. En algunos ejemplos, la CAP es ISG15. En un ejemplo, la CAP es ISG20. En otro ejemplo, la CAP es KCNAB2. En algunos ejemplos, la CAP es MACF1. En un ejemplo, la CAP es MCM2. En otro ejemplo, la CAP es MCM7. En algunos ejemplos, la CAP es MX1. En un ejemplo, la c A p es MX2. En otro ejemplo, la CAP es MYH10. En algunos ejemplos, la c A p es NACA. En un ejemplo, la CAP es NAP1L2. En otro ejemplo, la CAP es NCL. En algunos ejemplos, la CAP es NEDD8. En un ejemplo, la CAP es NUP88. En otro ejemplo, la c Ap es OAS1. En algunos ejemplos, la CAP es OAS2. En un ejemplo, la Ca P es OAS3. En otro ejemplo, la CAP es OASL. En algunos ejemplos, la CAP es PABPC1. En un ejemplo, la c A p es PABPC4. En otro ejemplo, la CAP es PCM1. En algunos ejemplos, la CAP es PDXK. En un ejemplo, la c A p es PPAT. En otro ejemplo, la c A p es PRKDC. En algunos ejemplos, la CAp es PTPRC. En un ejemplo, la c A p es PTRH2. En otro ejemplo, la CAP es RPL10A. En algunos ejemplos, la CAP es RPL11. En un ejemplo, la CAP es RPL12. En otro ejemplo, la CAP es RPL13A. En algunos ejemplos, la CAP es RPL14. En un ejemplo, la CAP es RPL15. En otro ejemplo, la CAP es RPL18A. En algunos ejemplos, la CAP es RPL19. En un ejemplo, la CAP es RPL21. En otro ejemplo, la CAP es RPL3. En algunos ejemplos, la CAP es RPL30. En un ejemplo, la CAP es RPL4. En otro ejemplo, la CAP es RPL7. En algunos ejemplos, la CAP es RPL7A. En un ejemplo, la CAP es RPL9. En otro ejemplo, la CAP es RPLP1. En algunos ejemplos, la CAP es RPLP2. En un ejemplo, la CAP es RPS13. En otro ejemplo, la CAP es RPS16. En algunos ejemplos, la CAP es RPS19. En un ejemplo, la CAP es RPS2. En otro ejemplo, la CAP es RPS6. En algunos ejemplos, la CAP es SEC23B. En un ejemplo, la CAP es SEC24A. En otro ejemplo, la CAP es SEC24C. En algunos ejemplos, la CAP es SMC4. En un ejemplo, la CAP es SND1. En otro ejemplo, la CAP es a STAT. En algunos ejemplos, la CAP es a STAT-PO4. En un ejemplo, la CAP es STAT1 En algunos ejemplos, la CAP es un STAT1-PO4. En un ejemplo, la CAP es STAT2. En un ejemplo, la CAP es STAT3. En algunos ejemplos, la CAP es a STAT3-PO4. En otro ejemplo, la CAP es SYNCRIP. En algunos ejemplos, la CAP es TBK1. En un ejemplo, la CAP es TBK1-PO4. En otro ejemplo, la CAP es TBL1XR1. En algunos ejemplos, la CAP es TLR1. En un ejemplo, la CAP es TLR3. En otro ejemplo, la CAP es TLR4. En algunos ejemplos, la CAP es TLR7. En un ejemplo, la CAP es TLR8. En otro ejemplo, la CAP es TPD52. En algunos ejemplos, la c A p es TUBA1A. En un ejemplo, la CAP es TUBA1B. En otro ejemplo, la CAP es TUBA1C. En algunos ejemplos, la CAP es UAP1. En un ejemplo, la CAP es UBA52. En otro ejemplo, la CAP es UBAP2L, UBB. En algunos ejemplos, la CAP es UBE2O. En un ejemplo, la CAP es UBE2Q1. En otro ejemplo, la CAP es USP15. En algunos ejemplos, la CAP es VAPA. En un ejemplo, la CAP es XAF1. En otro ejemplo, la CAP es XRCC6. En algunos ejemplos, la CAP es YWHAE. En un ejemplo, la c A p es ZFP91. En otro ejemplo la CAP es ZNF198.
En un ejemplo ARHGAP18. En un ejemplo, la CAP es CASS4. En un ejemplo, la CAP es CCNA2. En un ejemplo, la CAP es CORO1B. En un ejemplo, la CAP es CYTL1. En un ejemplo, la CAP es DAB2. En un ejemplo, la CAP es HSPB1. En un ejemplo, la CAP es ITM2C. En un ejemplo, la CAP es PPFIBP1. En un ejemplo, la CAP es SERPINH1.
En un ejemplo, la CAP es YEATS2. En un ejemplo, la CAP es CALM1. En un ejemplo, la CAP es CASS4. En un ejemplo, la CAP es CCNA2. En un ejemplo, la c A p es DAB2. En un ejemplo, la CAP es HSPB1. En un ejemplo, la CAP es ITM2C. En un ejemplo, la CAP es PPFIBP1. En un ejemplo, la CAP es SERPINH1.
En una realización, el biomarcador es CSNK1A1. En una realización, el biomarcador es CSNK1A1. En una realización, el biomarcador es CSNK1A1.
Las combinaciones de dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, 10, once, doce, trece, catorce, quince, dieciséis, diecisiete, dieciocho, diecinueve, veinte, veinticinco, treinta, treinta y cinco, cuarenta, cuarenta y cinco, cincuenta o hasta todas las CAP a las que se hace referencia en lo anterior también se desvelan.
Sin estar limitado por una teoría en particular, se encontró que determinados compuestos proporcionados en el presente documento (por ejemplo, lenalidomida, pomalidomida y Compuesto A), activan una ruta o rutas de IFN.
En consecuencia, en determinados ejemplos, la CAP es un IFN. En algunos ejemplos, realizaciones, la CAP es IFN y aumenta el nivel de IFN cuando se compara con la referencia. En, la CAP es una proteína de la ruta de IFN y aumenta el nivel de la proteína cuando se compara con la referencia. En algunos ejemplos, la CAP es IFN y otra o más proteínas de la ruta de IFN y aumentan los niveles de ambos de la proteína de IFN y las proteínas de la ruta de IFN cuando se comparan con la referencia. En algunas realizaciones, la CAP es ZFP91 y se reduce el nivel de proteína ZFP91 cuando se compara con la referencia. En diversos ejemplos de los métodos desvelados en el presente documento, los compuestos desvelados en el presente documento regulan positivamente la expresión de IFN (por ejemplo, expresión génica o de proteínas). En determinados ejemplos, los compuestos proporcionados en el presente documento aumentan los niveles de proteína IFN. En otro ejemplo, el compuesto es lenalidomida y se regula positivamente la expresión de IFN (por ejemplo, expresión génica o de proteínas). En otro ejemplo, el compuesto es el Compuesto A e IFN se regula positivamente (por ejemplo, expresión génica o de proteínas). En ejemplos específicos, aumentan los niveles de proteína IFN. En otros ejemplos, los compuestos proporcionados en el presente documento regulan positivamente la expresión (por ejemplo, expresión génica o de proteínas) de una proteína de la ruta de IFN. En determinadas realizaciones, los compuestos proporcionados en el presente documento aumentan los niveles de proteína. En otra realización, el compuesto es lenalidomida. En otra realización, el compuesto es el Compuesto A. En determinados ejemplos, la proteína de la ruta de IFN es la proteína 3 de transmembrana inducida por IFN (IFITM3) y/o factor 7 regulador de IFN (IRF7). En algunos ejemplos, el biomarcador es un IFN y aumenta el nivel de IFN cuando se compara con la referencia. En otros ejemplos, la CAP es una proteína de la ruta de IFN y aumenta el nivel de la proteína de la ruta de IFN cuando se compara con la referencia. En algunos ejemplos, la proteína de la ruta de IFN es IFN (IFN). En determinados ejemplos, la proteína de la ruta de IFN es un Factor Regulador de IFN (IRF). En algunos ejemplos, el IRF se selecciona de un grupo que consiste en IRF1, IRF2, IRF3, IRF4, IRF7, IRF8, IRF9, o cualquier combinación de los mismos. En algunos ejemplos, el IRF se selecciona de un grupo que consiste en IRF1, IRF3, IRF4, IRF7, e IRF9, o cualquier combinación de los mismos. En algunos ejemplos, la proteína de la ruta de IFN es DDX58, IFI27, IFIH1, IFIT1, IFIT3, IFITM3, IFN, ISG15, OAS3, a STAT, a STAT-PO4, TBK1, TBK1-PO4, XAF1, o cualquier combinación de los mismos. En otros ejemplos, la proteína de la ruta de IFN es IFITM3 y/o IRF7. En algunos ejemplos, la proteína de la ruta de IFN es DDX58, IFI27, IFIH1, IFIT1, IFIT3, IKKE, ISG15, OAS3, XAF1, o cualquier combinación de los mismos. En determinados ejemplos, la proteína de la ruta de IFN es una proteína proporcionada en la FIGURA 12. En otros ejemplos, la proteína de la ruta de IFN es DDX58, DDX60, DDX60L, GBP1, IFI16, IFI27, IFI27L2, IFI35, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIH1, IFIT1, IFIT2, IFIT3, IFIT5, IFITM2, IFNA16, IFNA5, IFNG, IFNGR1, IRF1, IRF2, IRF4, IRF7, IRF8, ISG15, ISG20, MX1, MX2, OAS1, OAS2, OAS3, OASL, TLR1, TLR3, TLR4, TLR7, TLR8, o cualquier combinación de los mismos. En algunos ejemplos, la CAP es IFN y una o más de las proteínas de la ruta de IFN y aumentan los niveles de ambos de la proteína de IFN y las proteínas de la ruta de IFN cuando se comparan con la referencia. En diversos ejemplos de los métodos desvelados en el presente documento, los compuestos proporcionados en el presente documento regulan positivamente la expresión de IFN o proteínas de la ruta de IFN (por ejemplo, expresión génica o de proteínas). En determinados ejemplos, los compuestos proporcionados en el presente documento aumentan los niveles de IFN.
En algunos ejemplos, la CAP es IFIT1, IFIT3, DDX58, XAF1, IFIH1, u OAS3 y aumenta el nivel de la proteína cuando se compara con la referencia. En algunos ejemplos, aumentan los niveles de dos o más de IFIT1, IFIT3, DDX58, XAF1, IFIH1 y OAS3 cuando se comparan con la referencia. En algunos ejemplos, la CAP es DDX58, IFI27, IFIT1, IFIT3, DDX58, o XAF1 y aumenta el nivel de la proteína cuando se compara con la referencia. En algunos ejemplos, aumentaron los niveles de dos o más de DDX58, IFI27, IFIT1, IFIT3, DDX58 y XAF1 comparados con la referencia. En algunos ejemplos, la CAP es ISG15 u OAS3 y aumenta el nivel de la proteína cuando se compara con la referencia. En algunos ejemplos, aumenta el nivel de ISG15 y OAS3 cuando se comparan con la referencia. En algunos ejemplos, CAP es in IRF y los niveles de los IRF cambiaron cuando se compararon con la referencia. En algunos ejemplos, CAP es IFIT1, IFIT3, TBK1, TBK1-PO4, o IKKE y cambia el nivel de la proteína cuando se compara con la referencia. En un ejemplo, aumentaron los niveles de IFIT1, IFIT3 y TBK1-PO4 cuando se compararon con la referencia. En un ejemplo, el nivel de IKKE se redujo cuando se comparó con la referencia. En un ejemplo, aumentaron los niveles de IFIT1, IFIT3 y TBK1-PO4 cuando se compararon con la referencia y se redujo el nivel de IKKE cuando se comparó con la referencia. En determinados ejemplos, la CAP es IFN y aumenta el nivel de IFN cuando se compara con la referencia. En otros ejemplos, la CAP es una proteína de la ruta de IFN y aumenta el nivel de la proteína cuando se compara con la referencia. En algunos ejemplos, la CAP es IFN y una o más de las proteínas de la ruta de IFN y aumentaron los niveles de IFN y las proteínas de la ruta de IFN cuando se compararon con la referencia.
En algunos ejemplos, la CAP es IKZF1 (Ikaros). En algunos ejemplos, el biomarcador es Ikaros, en donde se reduce el nivel de Ikaros cuando se compara con la referencia. En algunos ejemplos, la CAP además comprende Ikaros.
Aiolos (IKZF3) es un miembro de la familia Ikaros de proteínas de dedos de zinc. IKZF3 es un factor de la transcripción hematopoyético específico implicado en la regulación del desarrollo de linfocitos (por ejemplo, proliferación y diferenciación de linfocitos B). El dominio de unión al ADN de IKZF3 reconoce el motivo de núcleo de GGGA. IKZF3 mostró que participa en la remodelación de cromatina, regula los miembros de la familia Bel, se une a los HDAC, mSin3, Mi-2 en las células T y actúa como un represor de la transcripción. Se ha mostrado que la interacción de Aiolos Foxp3 silencia la expresión de IL-2 en células T de humano.
En determinados ejemplos, el biomarcador es la CAP IKZF3 (Aiolos). En algunos ejemplos, el Aiolos tiene un peso molecular proteico de 42 kDa. En algunos ejemplos, el Aiolos tiene un peso molecular proteico de 58 kDa. En algunos ejemplos, el biomarcador es Aiolos, en donde se reduce el nivel de Aiolos cuando se compara con la referencia. En otros ejemplos, la CAP además comprende Aiolos. En determinados ejemplos, la CAP es Ikaros y Aiolos. En algunos ejemplos, el biomarcador es Ikaros y Aiolos, en donde se reducen los niveles de Ikaros y Aiolos cuando se comparan con una referencia. En algunos ejemplos, la CAP es CRBN. En algunos ejemplos, el biomarcador es CRBN, en donde se aumenta el nivel de CRBN cuando se compara con una referencia. En otros ejemplos, la CAP además comprende CRBN. En algunas realizaciones, la CAP no (o no comprende) Ikaros. En otras realizaciones, la CAP no (o no comprende) Aiolos. En algunas realizaciones, la CAP no (o no comprende) CRBN.
En determinados ejemplos, la CAP es Ikaros y se reduce el nivel de proteína Ikaros cuando se compara con la referencia. En otros ejemplos, la CAP es Aiolos y se reduce el nivel de proteína Aiolos cuando se comparan con la referencia. En algunos ejemplos, la CAP es Ikaros y Aiolos y se reducen los niveles de la proteína Ikaros y proteína Aiolos cuando se comparan con la referencia.
En otro ejemplo, los compuestos desvelados en el presente documento regulan negativamente la expresión de Aiolos (por ejemplo, expresión génica o de proteínas). En otra realización, el compuesto es lenalidomida. En otra realización, el compuesto es el Compuesto A. En ejemplos específicos, se reduce el nivel de la proteína Aiolos.
En diversos ejemplos de los métodos desvelados en el presente documento, los compuestos regulan negativamente la expresión de Ikaros (por ejemplo, expresión génica o de proteínas). En determinados ejemplos, los compuestos desvelados en el presente documento regulan negativamente los niveles de la proteína Ikaros. En otra realización, el compuesto es lenalidomida. En otra realización, el compuesto es el Compuesto A. En ejemplos específicos, se reducen los niveles de proteína Ikaros. En algunos ejemplos, se reducen los niveles de la proteína Aiolos y se reducen los niveles de proteína Ikaros.
En determinados ejemplos, el compuesto es inmunomodulador si se reduce el nivel de Ikaros (por ejemplo, nivel de proteína o ARN) cuando se compara con la referencia. En determinados ejemplos, el compuesto es inmunomodulador si aumenta el nivel (por ejemplo, nivel de proteína o ARN) de Ikaros cuando se compara con la referencia. En una realización, la referencia se prepara al usar una segunda célula (por ejemplo, una célula de cáncer o una célula inmunitaria) que no se encuentra en contacto con el compuesto. En algunas realizaciones, el compuesto es lenalidomida. En algunas realizaciones, el compuesto es el Compuesto A.
En determinados ejemplos, el compuesto es inmunomodulador si se reduce el nivel (por ejemplo, nivel de proteína o ARN) de Aiolos cuando se comparan con la referencia. En determinados ejemplos, el compuesto es inmunomodulador si se aumenta el nivel (por ejemplo, nivel de proteína o ARN) de Aiolos cuando se compara con la referencia. En una realización, la referencia se prepara al usar una segunda célula de DLBCL que no se encuentra en contacto con el compuesto. En algunas realizaciones, el compuesto es lenalidomida. En algunas realizaciones, el compuesto es el Compuesto A.
En algunos ejemplos, los compuestos inmunomoduladores desvelados en el presente documento regulan positivamente la expresión de CRBN (por ejemplo, expresión de proteína) cuando se comparan con la referencia. Los IMiD pueden regular positivamente la expresión de CRBN (por ejemplo, expresión génica o de proteínas) cuando se comparan con la referencia. En un ejemplo, la 3-(5-amino-2-metil-4-oxo-4H-quinazolin-3-il)-piperidin-2,6-diona regula positivamente la expresión de CRBN (por ejemplo, expresión génica o de proteínas) cuando se comparan con la referencia. En otro ejemplo, lenalidomida regula positivamente la expresión de CRBN (por ejemplo, expresión génica o de proteínas) cuando se comparan con la referencia. En otro ejemplo, el Compuesto A regula positivamente la expresión de CRBN (por ejemplo, expresión génica o de proteínas) cuando se comparan con la referencia. En algunos ejemplos, se aumentan los niveles de proteína CRBN cuando se comparan con la referencia. En algunos ejemplos, no se reducen los niveles de CRBN cuando se comparan con la referencia.
En algunos ejemplos, la CAP es una STAT. En un ejemplo, la CAP es una proteína STAT y cambia el nivel de las proteínas cuando se compara con la referencia. En un ejemplo, el compuesto cambia el nivel de una proteína STAT y/o su forma fosforilada.
En determinadas realizaciones, la CAP es CSNK1A1. En algunas realizaciones, el biomarcador es CSNK1A1 y se reduce el nivel de CSNK1A1 cuando se compara con la referencia. En algunas realizaciones, la CAP es CSNK1A1. En una realización, la CAP es CSNK1A1 y el nivel de CSNK1A1 cambia cuando se compara con la referencia. En determinadas realizaciones, el cambio es un aumento. En otras realizaciones, el cambio es una reducción. En diversas realizaciones de los métodos proporcionados en el presente documento, los compuestos proporcionados en el presente documento regulan positivamente la expresión CSNK1A1 (por ejemplo, expresión génica o de proteínas). En determinadas realizaciones, los compuestos proporcionados en el presente documento aumentan los niveles de la proteína CSNK1A1. En realizaciones específicas, aumentan los niveles de la proteína CSNK1A1. En diversas realizaciones de los métodos proporcionados en el presente documento, los compuestos proporcionados en el presente documento regulan negativamente la expresión de CSNK1A1 (por ejemplo, expresión génica o de proteínas). En determinadas realizaciones, los compuestos proporcionados en el presente documento reducen los niveles de la proteína CSNK1A1. En otra realización, el compuesto es lenalidomida y se regula negativamente la expresión de CSNK1A1 (por ejemplo, expresión génica o de proteínas).
En determinados ejemplos, el compuesto es un compuesto antitumoral efectivo si se aumenta el nivel de IFN (por ejemplo, nivel de proteína o ARN) o proteína de la ruta de IFN cuando se compara con la referencia. En determinados ejemplos, el compuesto es el compuesto antitumoral efectivo si se aumenta el nivel de IFN (por ejemplo, nivel de proteína o ARN) o proteína de la ruta de IFN cuando se compara con la referencia. En una realización, la referencia se prepara al usar una segunda célula de DLBCL que no se encuentra en contacto con el compuesto. En algunas realizaciones, el compuesto es lenalidomida. En algunas realizaciones, el compuesto es el Compuesto A.
En determinadas realizaciones, el compuesto es inmunomodulador si se aumenta el nivel de CSNK1A1 (por ejemplo, nivel de proteína o ARN) cuando se compara con la referencia. En determinadas realizaciones, el compuesto es inmunomodulador si el nivel de CSNK1A1 (por ejemplo, se reduce nivel de proteína o ARN) cuando se compara con la referencia. En una realización, la referencia se prepara al usar una segunda célula (por ejemplo, una célula de cáncer o una célula inmunitaria) que no se encuentra en contacto con el compuesto. En algunas realizaciones, el compuesto es lenalidomida y se reduce el nivel de proteína CSNK1A1 cuando se comparan con la referencia. En algunas realizaciones, el compuesto es lenalidomida y se reduce el nivel de proteína CSNK1A1 cuando se comparan con la referencia.
En algunas realizaciones, la CAP es ZFP91. En algunas realizaciones, el biomarcador es ZFP91 y se reduce el nivel de ZFP91 cuando se compara con la referencia. En algunos ejemplos, la CAP es Ikaros, Aiolos y ZFP91 y se reduce los niveles de cada una de la proteína Ikaros, proteína Aiolos y proteína ZFP91 cuando se comparan con la referencia. En algunas realizaciones, la reducción en el nivel de proteína ZFP91 es el resultado de la degradación de proteína. En diversas realizaciones de los métodos proporcionados en el presente documento, los compuestos proporcionados en el presente documento regulan negativamente la expresión de ZFP91 (por ejemplo, expresión génica o de proteínas). En una realización, el compuesto es lenalidomida y ZFP91 se regula negativamente. En una realización, el compuesto es pomalidomida y ZFP91 se regula negativamente. En una realización, el compuesto es el Compuesto A y ZFP91 se regula negativamente. En una realización, el compuesto es talidomida y ZFP91 se regula negativamente. En una realización, el compuesto es el Compuesto B y ZFP91 se regula negativamente.
En realizaciones específicas de los métodos proporcionados en el presente documento, la CAP es ZFP91. En una realización, la proteína ZFP91 tiene un peso molecular proteico de 63,4 kDa. En algunas realizaciones, los compuestos proporcionados en el presente documento regulan negativamente la expresión de ZFP91 (por ejemplo, expresión génica o de proteínas). En una realización, el compuesto es lenalidomida y ZFP91 se regula negativamente. En una realización, el compuesto es pomalidomida y ZFP91 se regula negativamente. En una realización, el compuesto es el Compuesto A y ZFP91 se regula negativamente. En una realización, el compuesto es talidomida y ZFP91 se regula negativamente. En una realización, el compuesto es el Compuesto B y ZFP91 se regula negativamente.
En determinadas realizaciones, el compuesto es inmunomodulador si se reduce el nivel (por ejemplo, nivel de proteína o ARN) de ZFP91 cuando se comparan con la referencia. En una realización, la referencia se prepara al usar una segunda célula (por ejemplo, una célula de cáncer o una célula inmunitaria) que no se encuentra en contacto con el compuesto. En algunas realizaciones, el compuesto es lenalidomida y se reduce el nivel de la proteína ZFP91 cuando se comparan con la referencia. En algunas realizaciones, el compuesto es el Compuesto A y se reduce el nivel de la proteína ZFP91 cuando se comparan con la referencia. En algunas realizaciones, el compuesto es pomalidomida y se reduce el nivel de la proteína ZFP91 cuando se comparan con la referencia. En algunas realizaciones, el compuesto es talidomida y se reduce el nivel de la proteína ZFP91 cuando se comparan con la referencia. En algunas realizaciones, el compuesto es el Compuesto B y se reduce el nivel de la proteína ZFP91 cuando se comparan con la referencia.
Los biomarcadores son una o más proteínas listadas en la Tabla 1 o 3-8. Los biomarcadores son una o más proteínas listadas en la Tabla 1 y/o Tabla 3 y/o Tabla 4 y/o Tabla 5 y/o Tabla 6 y/o Tabla 7 y/o Tabla 8.
En algunos ejemplos de los diversos métodos desvelados en el presente documento, los compuestos proporcionados en el presente documento regulan negativamente uno o más de la expresión de ABCE1, ACLY, ACTB, ALDOA, ARID1A, C7ORF42, COPS6, CPSF6, CSNK2A1, CTPS, DDB1, DDIT4, DDX17, DDX21, DHX9, DNAJC1, DUT, EEF1A1, EEF1AL3, EEF1G, EIF2S1, EIF2S2, EIF3J, EIF4A1, EWSR1, FASN, FBXO21, FERMT3, FUBP1, G3BP1, G3BP2, GBE1, GNAS, GNB2L1, GNB3, H2AFJ, H2AFX, H2AFZ, HIST1H1A, HIST1H1B, HIST1H1C, HIST1H1D, HIST1H1E, HIST1H2AA, HNRNPA2B1, HNRNPC, HNRNPH2, HNRNPR, HSPA1A, HSPA1B, HSPA8, HSPA9, IFI16, IGF2BP2, ILF3, IP05, KCNAB2, MACF1, MCM2, MCM7, MYH10, NACA, NAP1L2, NCL, NEDD8, NUP88, PABPC1, PABPC4, PCM1, PDXK, PPAT, PRKDC, PTPRC, PTRH2, RPL10A, RPL11, RPL12, RPL13A, RPL14, RPL15, RPL18A, RPL19, RPL21, RPL3, RPL30, RPL4, RPL7, RPL7A, RPL9, RPLP1, RPLP2, RPS13, RPS16, RPS19, RPS2, RPS6, SEC23B, SEC24A, SEC24C, SMC4, SND1, STAT3, SYNCRIP, TBL1XR1, TPD52, TUBA1A, TUBA1B, TUBA1C, UAP1, UBA52, UBAP2L, UBB, UBE20, UBE2Q1, USP15, VAPA, XRCC6 o YWHAE (por ejemplo, expresión génica o de proteínas). En otros ejemplos de los diversos métodos desvelados en el presente documento, los compuestos proporcionados en el presente documento regulan positivamente una o más de la expresión de ABCE1, ACLY, ACTB, ALDOA, ARID1A, C7ORF42, COPS6, CPSF6, CSNK2A1, CTPS, DDB1, DDIT4, DDX17, DDX21, DHX9, DNAJC1, DUT, EEF1A1, EEF1AL3, EEF1G, EIF2S1, EIF2S2, EIF3J, EIF4A1, EWSR1, FASN, FBXO21, FERMT3, FUBP1, G3BP1, G3BP2, GBE1, GNAS, GNB2L1, GNB3, H2AFJ, H2AFX, H2AFZ, HIST1H1A, HIST1H1B, HIST1H1C, HIST1H1D, HIST1H1E, HIST1H2AA, HNRNPA2B1, HNRNPC, HNRNPH2, HNRNPR, HSPA1A, HSPA1B, HSPA8, HSPA9, IFI16, IGF2BP2, ILF3, IPO5, KCNAB2, MACF1, MCM2, MCM7, MYH10, NACA, NAP1L2, NCL, NEDD8, NUP88, PABPC1, PABPC4, PCM1, PDXK, PPAT, PRKDC, PTPRC, PTRH2, RPL10A, RPL11, RPL12, RPL13A, RPL14, RPL15, RPL18A, RPL19, RPL21, RPL3, RPL30, RPL4, RPL7, RPL7A, RPL9, RPLP1, RPLP2, RPS13, RPS16, RPS19, RPS2, RPS6, SEC23B, SEC24A, SEC24C, SMC4, SND1, STAT3, SYNCRIP, TBL1XR1, TPD52, TUBA1A, TUBA1B, TUBA1C, UAP1, UBA52, UBAP2L, UBB, UBE20, UBE2Q1, USP15, VAPA, XRCC6 o YWHAE (por ejemplo, expresión génica o de proteínas). Estas CAP se evalúan en combinación con otras CAP proporcionadas en el presente documento, tales como CRBN, Ikaros, Aiolos, IFN, una proteína de la ruta de IFN, CSNK1A1, y/o ZFP91.
El biomarcador se selecciona de la Tabla 1. El compuesto de tratamiento es el Compuesto A y el biomarcador se selecciona de la Tabla 1. Se aumenta el nivel de biomarcador cuando se compara con una referencia, por ejemplo, los biomarcadores regulados positivamente en la Tabla 1. Se reduce el nivel de biomarcador cuando se compara con la referencia, por ejemplo, los biomarcadores regulados negativamente en la Tabla 1.
El biomarcador es una proteína listada en las Tablas 3-8. El biomarcador es una o más proteínas listadas en la Tabla 3 y/o Tabla 4 y/o Tabla 5 y/o Tabla 6 y/o Tabla 7 y/o Tabla 8. Como se muestra en los Ejemplos y Tablas 3-8, se aumenta la cantidad de determinadas proteínas listadas en las Tablas en respuesta al compuesto de tratamiento; mientras que se reduce la cantidad de determinadas proteínas listadas en las Tablas en respuesta al compuesto de tratamiento. De este modo, en algunas realizaciones, se aumenta el nivel de biomarcador cuando se compara con una referencia. En otras realizaciones, se reduce el nivel de biomarcador cuando se compara con la referencia.
En algunas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, solo se determina el nivel (por ejemplo, de expresión) de un biomarcador. En otras realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, se determinan los niveles (por ejemplo, de expresión) de dos biomarcadores.
En determinados ejemplos, se desvelan en el presente documento métodos para el tratamiento o manejo de un cáncer con un compuesto usando biomarcadores, tales como Ikaros, Aiolos, IFN, una proteína de la ruta de IFN, CSNK1A1, y/o ZFP91, como un factor predictivo o de diagnóstico para los compuestos proporcionados en el presente documento.
En otros ejemplos, se desvelan en el presente documento métodos para seleccionar o identificar pacientes con cáncer, por ejemplo, MM, DLBCL, linfoma de células del manto, linfoma folicular, leucemia mieloblástica aguda, leucemia linfocítica crónica, pacientes con MDS, linfoma de no Hodgkin, leucemia de células pilosas, leucemia mielógena crónica, sarcoma de Kaposi relacionado con SIDA, melanoma, melanoma maligno, MDS para tratamiento con un compuesto usando un biomarcador, tal como Ikaros, Aiolos, IFN, una proteína de la ruta de IFN, CSNK1A1 y/o ZFP91, niveles como un factor predictivo o de diagnóstico.
En determinados ejemplos, también se desvelan en el presente documento métodos para el tratamiento o manejo de una enfermedad usando un biomarcador, tal como Ikaros, Aiolos, IFN, una proteína de la ruta de IFN, CSNK1A1, y/o ZFP91, como un factor predictivo o de diagnóstico para los compuestos proporcionados en el presente documento.
En otros ejemplos, se desvelan en el presente documento métodos para seleccionar o identificar pacientes, por ejemplo, condiloma acuminado, hepatitis B crónica, hepatitis C crónica, esclerosis múltiple remitida por recaída, o enfermedad granulomatosa crónica para tratamiento con un compuesto usando un biomarcador, tal como Ikaros, Aiolos, IFN, una proteína de la ruta de IFN, CSNK1A1 y/o ZFP91 niveles como un factor predictivo o de diagnóstico.
En algunos ejemplos, se desvelan en el presente documento métodos para seleccionar pacientes que tienen una mayor tasa de respuesta a la terapia con un compuesto proporcionado en el presente documento, usando CRBN y/o a CAP, tal como Ikaros, Aiolos, IFN, una proteína de la ruta de IFN, CSNK1A1, y/o ZFP91, niveles como un factor predictivo o de diagnóstico.
En otra realización, se proporciona en el presente documento un método para predecir la respuesta de un paciente al tratamiento de cáncer con un compuesto proporcionado en el presente documento, comprendiendo el método obtener material biológico del paciente y medir la presencia o ausencia de un biomarcador, por ejemplo, CSNK1A1 y/o ZFP91.
En otra realización, se proporciona en el presente documento un método para predecir la respuesta de un paciente al tratamiento en un paciente con cáncer, comprendiendo el método obtener células (por ejemplo, una célula de cáncer o una célula inmunitaria) del paciente, cultivar las células en presencia o ausencia de un compuesto proporcionado en el presente documento, purificar proteínas o ARN a partir de las células cultivadas y medir la presencia o ausencia de un biomarcador, por ejemplo, por análisis de la expresión génica o de proteínas. En una realización, las células son células de cáncer. En otro ejemplo, las células son células inmunitarias. La expresión monitorizada puede ser, por ejemplo, la expresión de ARNm o expresión de proteína. En un ejemplo, el cáncer del paciente es un linfoma, leucemia, mieloma múltiple, tumor sólido, linfoma de no Hodgkin, DLBCL, linfoma de células del manto, linfoma folicular, leucemia mieloblástica aguda, leucemia linfocítica crónica, MDS, leucemia de células pilosas, leucemia mielógena crónica, sarcoma de Kaposi relacionado con SIDA, melanoma, melanoma maligno en un paciente.
En otro ejemplo, se desvela en el presente documento un método para predecir la respuesta de un paciente al tratamiento en un paciente, comprendiendo el método obtener células del paciente, cultivar las células en presencia o ausencia de un compuesto desvelado en el presente documento, purificar proteínas o ARN a partir de las células cultivadas y medir la presencia o ausencia de un biomarcador, por ejemplo, por análisis de la expresión génica o de proteínas. La expresión monitorizada puede ser, por ejemplo, la expresión de ARNm o expresión de proteína. En un ejemplo, el paciente es un paciente con condiloma acuminado, hepatitis B crónica, hepatitis C crónica, esclerosis múltiple remitida por recaída, o enfermedad granulomatosa crónica.
En otro ejemplo, se desvela en el presente documento un método para monitorizar la respuesta de tumor al tratamiento con el compuesto (por ejemplo, fármaco) en un paciente con cáncer. El método comprende obtener una muestra biológica del paciente, medir la expresión de un biomarcador en la muestra biológica, administrar uno o más compuestos al paciente, obteniendo después de eso una segunda muestra biológica del paciente, medir el biomarcador de expresión en la segunda muestra biológica y comparar los niveles de expresión, donde un nivel aumentado de biomarcador de expresión después del tratamiento indica la probabilidad de una respuesta de tumor eficaz. El paciente de cáncer puede ser un paciente de linfoma, leucemia, mieloma múltiple, tumor sólido, linfoma de no Hodgkin, DLBCL, linfoma de células del manto, linfoma folicular, leucemia mieloblástica aguda, leucemia linfocítica crónica, MDS o melanoma.
En determinados ejemplos, no se regulan negativamente o reducen los niveles de proteína CRBN, mientras que se regulan negativamente o reducen los niveles de la proteína Ikaros y/o niveles de la proteína Aiolos. En algunos ejemplos, tal fenotipo indica que el paciente tiene o puede desarrollar una resistencia adquirida al compuesto. En determinados ejemplos, el biomarcador es c-Myc. En determinados ejemplos, se reducen los niveles de c-Myc. En otros ejemplos, el biomarcador es CD44. En determinados ejemplos, se aumentan los niveles de CD44.
En otros ejemplos, una reducción en los niveles de las proteínas Ikaros, Aiolos y/o ZFP91 indica un tratamiento eficaz con el compuesto. En otros ejemplos, un aumento en el nivel de la proteína de la ruta de IFN indica un tratamiento eficaz del compuesto.
En una realización, un nivel reducido de biomarcador de expresión después del tratamiento indica la probabilidad de una respuesta de tumor eficaz. La expresión de biomarcador monitorizada puede ser, por ejemplo, la expresión de ARNm o expresión de proteína.
En un ejemplo, el tumor es un linfoma, leucemia, MM, tumor sólido, linfoma de no Hodgkin, DLBCL, melanoma, leucemia de células pilosas, leucemia mielógena crónica, sarcoma de Kaposi relacionado con SIDA, linfoma folicular, melanoma, melanoma maligno, o MDS.
El compuesto puede ser un compuesto de unión a CRBN (CBC). El compuesto puede ser un fármaco inmunomodulador IMiD® (de Celgene Corporation). En algunas realizaciones, el compuesto es lenalidomida, pomalidomida, talidomida, 3-(5-amino-2-metil-4-oxo-4H-quinazolin-3-il)-piperidin-2,6-diona (Compuesto A), o 3-(4-((4-(morfolinometil)bencil)oxi)-1 -oxoisoindolin-2-il)piperidin-2,6-diona (Compuesto B).
Diversas combinaciones de uno o más compuestos (por ejemplo, uno o más compuestos de unión a CRBN) y uno o más biomarcadores (por ejemplo, una o más CAP) se desvelan para su uso en los diversos métodos proporcionados en el presente documento.
En una realización, el compuesto es lenalidomida. En algunas realizaciones, el compuesto es un estereoisómero de lenalidomida, o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable de lenalidomida.
En una realización, el compuesto es pomalidomida. En otras realizaciones, el compuesto es un estereoisómero de pomalidomida, o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable de pomalidomida.
En otra realización, el compuesto es talidomida. En determinadas realizaciones, el compuesto es un estereoisómero de talidomida, o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable de talidomida. En algunas realizaciones, el compuesto es el Compuesto A. En otras realizaciones, el compuesto es un estereoisómero de Compuesto A, o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable de Compuesto A. En algunas realizaciones, el compuesto es el Compuesto B. En otras realizaciones, el compuesto es un estereoisómero de Compuesto B, o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable de Compuesto B.
En determinadas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es DLBCL, MM, MDS (por ejemplo, un MDS con supresión del cromosoma 5q (del(5q)), AML, MCL, FL, c Ll , NHL, CML, o un melanoma maligno. En determinadas realizaciones, el cáncer es un tumor. En realizaciones específicas, el cáncer es DLBCL, MM, MDS o AML.
En una realización específica de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es DLBCL y el compuesto es lenalidomida. En otra realización de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es DLBCL y el compuesto es un estereoisómero de lenalidomida, o una sal, solvato, hidrato, cocristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable de lenalidomida. En una realización específica de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es DLBCL y el compuesto es pomalidomida. En otra realización de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es DLBCL y el compuesto es un estereoisómero de pomalidomida, o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable de pomalidomida. En otra realización específica de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es DLBCL y el compuesto es talidomida. En otra realización de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es DLBCL y el compuesto es un estereoisómero de talidomida, o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable de talidomida. En aún otra realización específica de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es DLBCL y el compuesto es el Compuesto A. En otra realización de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es DLBCL y el compuesto es un estereoisómero de Compuesto A, o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable de Compuesto A. En aún otras realizaciones específicas de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es DLBCL y el compuesto es el Compuesto B. En otra realización de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es DLBCL y el compuesto es un estereoisómero de Compuesto B, o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable del Compuesto B. El biomarcador puede ser una CAP. En determinadas realizaciones, el compuesto probablemente es eficaz al tratar DLBCL si se reduce el nivel (por ejemplo, nivel de proteína o ARN) de la CAP cuando se compara con la referencia. En determinadas realizaciones, el compuesto probablemente es eficaz al tratar DLBCL si aumenta el nivel (por ejemplo, nivel de proteína o ARN) de la CAP cuando se comparan con la referencia. En algunos ejemplos, el biomarcador es Aiolos, Ikaros, IFN, una proteína de la ruta de IFN, un IRF, una STAT, CSNK1A1, o ZFP91. En determinados ejemplos, el biomarcador es CRBN. El biomarcador puede ser CRBN y se aumenta el nivel del CRBN cuando se compara con una referencia. En determinados ejemplos, el biomarcador es Aiolos. En algunos ejemplos, el biomarcador es Aiolos y se reduce el nivel de Aiolos cuando se compara con la referencia. En determinados ejemplos, el biomarcador es Ikaros. En algunos ejemplos, el biomarcador es Ikaros y se reduce el nivel de Ikaros cuando se compara con la referencia. En otros ejemplos, el biomarcador es una proteína de la ruta de IFN. En algunos ejemplos, el biomarcador es una proteína de la ruta de IFN y se aumenta el nivel de la proteína de la ruta de IFN cuando se compara con una referencia. En algunos ejemplos, el biomarcador es un IFN. En algunos ejemplos, el biomarcador es un IFN y se aumenta el nivel de IFN cuando se compara con una referencia. En algunos ejemplos, el biomarcador es un IRF. En algunos ejemplos, el biomarcador es un IRF y se aumenta el nivel de IRF cuando se compara con una referencia. En algunos ejemplos, el biomarcador es una STAT. En aún otras realizaciones, el biomarcador es CSNK1A1. En algunas realizaciones, el biomarcador es CSNK1A1 y se reduce el nivel de CSNK1A1 cuando se compara con la referencia. En otras realizaciones, el biomarcador es ZFP91. En algunas realizaciones, el biomarcador es ZFP91 y se reduce el nivel de ZFP91 cuando se compara con la referencia. También se contemplan las combinaciones de 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 o más de los biomarcadores a los que se hacen referencia en lo anterior (u otros biomarcadores) se desvelan en el presente documento.
En un ejemplo específico de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el biomarcador es un IFN o una proteína de la ruta de IFN. De este modo, en algunas realizaciones, el método proporcionado en el presente documento comprende seleccionar un grupo de sujetos que tienen DLBCL para fines de predecir la respuesta clínica, monitorizar la respuesta clínica, o monitorizar el cumplimiento del paciente con la dosificación por un compuesto. Como se muestra en los Ejemplos, el nivel de IFN o proteína de la ruta de IFN cambia en respuesta al tratamiento con el compuesto de tratamiento (o compuesto) proporcionado en el presente documento. De este modo, un nivel cambiado de IFN o una proteína de la ruta de IFN puede usarse para identificar sujetos quienes probablemente sean sensibles al tratamiento con el compuesto de tratamiento proporcionado en el presente documento y/o predecir si un tratamiento adicional con el compuesto de tratamiento recibirá sensibilidad del sujeto.
En una realización, el cáncer es DLBCL. En una realización, el cáncer es DLBCL y el compuesto es lenalidomida. En una realización, el cáncer es DLBCL y el compuesto es pomalidomida. En una realización, el cáncer es DLBCL y el compuesto es talidomida. En una realización, el cáncer es DLBCL y el compuesto es el Compuesto A. En una realización, el cáncer es DLBCL y el compuesto es el Compuesto B. En una realización, el cáncer es DLBCL. En una realización, el cáncer es DLBCL y el compuesto es lenalidomida. En una realización, el cáncer es DLBCL y el compuesto es pomalidomida. En una realización, el cáncer es DLBCL y el compuesto es talidomida. En una realización, el cáncer es DLBCL y el compuesto es el Compuesto A. En una realización, el cáncer es DLBCL y el compuesto es el Compuesto B.
En otra realización específica de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el biomarcador es CSNK1A1. De este modo, en algunas realizaciones, el método proporcionado en el presente documento comprende seleccionar un grupo de sujetos que tienen DLBCL basándose en el nivel de CSNK1A1, o los niveles de CSNK1A1 de expresión dentro de DLBCL, para fines de predecir la respuesta clínica, monitorizar la respuesta clínica, o monitorizar el cumplimiento del paciente con la dosificación por un compuesto. En una realización, el cáncer es DLBCL y el biomarcador es CSNK1A1. En una realización, el cáncer es DLBCL, el biomarcador es CSNK1A1 y el compuesto es lenalidomida. En una realización, el cáncer es DLBCL, el biomarcador es CSNK1A1 y el compuesto es pomalidomida. En una realización, el cáncer es DLBCL, el biomarcador es CSNK1A1 y el compuesto es talidomida. En una realización, el cáncer es DLBCL, el biomarcador es CSNK1A1 y el compuesto es el Compuesto A. En una realización, el cáncer es DLBCL, el biomarcador es CSNK1A1 y el compuesto es el Compuesto B.
En otra realización específica de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el biomarcador es ZFP91. De este modo, en algunas realizaciones, el método proporcionado en el presente documento comprende seleccionar un grupo de sujetos que tienen DLBCL basándose en el nivel de ZFP91, o los niveles de ZFP91 de expresión dentro de DLBCL, para fines de predecir la respuesta clínica, monitorizar la respuesta clínica, o monitorizar el cumplimiento del paciente con la dosificación por un compuesto. En una realización, el cáncer es DLBCL y el biomarcador es ZFP91. En una realización, el cáncer es DLBCL, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es lenalidomida. En una realización, el cáncer es DLBCL, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es pomalidomida. En una realización, el cáncer es DLBCL, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es talidomida. En una realización, el cáncer es DLBCL, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es el Compuesto A. En una realización, el cáncer es DLBCL, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es el Compuesto B.
En una realización específica de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es MM y el compuesto es pomalidomida. En otra realización de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es MM y el compuesto es un estereoisómero de pomalidomida, o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable de pomalidomida. En otra realización específica de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es MM y el compuesto es talidomida. En otra realización de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es MM y el compuesto es un estereoisómero de talidomida, o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable de talidomida. En aún otra realización específica de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es MM y el compuesto es el Compuesto A. En otra realización de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es MM y el compuesto es un estereoisómero de Compuesto A, o una sal, solvato, hidrato, cocristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable de Compuesto A. En aún otras realizaciones específicas de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es MM y el compuesto es el Compuesto B. En otra realización de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es MM y el compuesto es un estereoisómero de Compuesto B, o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable de Compuesto B. En determinados ejemplos, el biomarcador es una CAP. En determinadas realizaciones, el compuesto probablemente es eficaz al tratar MM si se reduce el nivel (por ejemplo, nivel de proteína o ARN) de la CAP cuando se comparan con la referencia. En determinadas realizaciones, el compuesto probablemente es eficaz al tratar MM si se reduce el nivel (por ejemplo, nivel de proteína o ARN) de la CAP cuando se comparan con la referencia. En determinados ejemplos, el biomarcador es una CAP. En algunos ejemplos, el biomarcador es Aiolos, Ikaros, IFN, una proteína de la ruta de IFN, un IRF, una STAT, CSNK1A1, o ZFP91. En determinados ejemplos, el biomarcador es CRBN. En algunos ejemplos, el biomarcador es CRBN y se aumenta el nivel de CRBN cuando se compara con una referencia. En determinados ejemplos, el biomarcador es Aiolos. En algunos ejemplos, el biomarcador es Aiolos y se reduce el nivel de Aiolos cuando se compara con la referencia. En determinados ejemplos, el biomarcador es Ikaros. En algunos ejemplos, el biomarcador es Ikaros y se reduce el nivel de Ikaros cuando se compara con la referencia. En otros ejemplos, el biomarcador es una proteína de la ruta de IFN. En algunos ejemplos, el biomarcador es una proteína de la ruta de IFN y se aumenta el nivel de la proteína de la ruta de IFN cuando se compara con una referencia. En algunos ejemplos, el biomarcador es un IFN. En algunos ejemplos, el biomarcador es un IFN y se aumenta el nivel de IFN cuando se compara con una referencia. En algunos ejemplos, el biomarcador es un IRF. En algunos ejemplos, el biomarcador es un IRF y se aumenta el nivel de IRF cuando se compara con una referencia En algunos ejemplos, el biomarcador es una STAT. En aún otras realizaciones, el biomarcador es CSNK1A1. En algunas realizaciones, el biomarcador es CSNK1A1 y se reduce el nivel de CSNK1A1 cuando se compara con la referencia. En otras realizaciones, el biomarcador es ZFP91. En algunas realizaciones, el biomarcador es ZFP91 y se reduce el nivel de ZFP91 cuando se compara con la referencia. Las combinaciones de 2 de los biomarcadores a los que se hacen referencia en lo anterior (u otros proporcionados en el presente documento, también se contemplan.
En un ejemplo específico de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el biomarcador es un IFN o una proteína de la ruta de IFN. De este modo, en algunos ejemplos, el método desvelado en el presente documento comprende seleccionar un grupo de sujetos que tienen m M basándose en el nivel de IFN o una proteína de la ruta de IFN, o los niveles de IFN o una proteína de la ruta de IFN de expresión dentro de MM, para fines de predecir la respuesta clínica, monitorizar la respuesta clínica, o monitorizar el cumplimiento del paciente con la dosificación por un compuesto. Como se muestra en los Ejemplos, el nivel de IFN o proteína de la ruta de IFN cambia en respuesta al tratamiento con el compuesto de tratamiento (o compuesto) desvelado en el presente documento. De este modo, un nivel cambiado de IFN o una proteína de la ruta de IFN puede usarse para identificar sujetos quienes probablemente sean sensibles al tratamiento con el compuesto de tratamiento proporcionado en el presente documento y/o predecir si un tratamiento adicional con el compuesto de tratamiento recibirá sensibilidad del sujeto.
En una realización, el cáncer es MM. En una realización, el cáncer es MM y el compuesto es lenalidomida. En una realización, el cáncer es MM y el compuesto es pomalidomida. En una realización, el cáncer es MM y el compuesto es talidomida. En una realización, el cáncer es MM y el compuesto es el Compuesto A. En una realización, el cáncer es MM y el compuesto es el Compuesto B.
En una realización, el cáncer es MM. En una realización, el cáncer es MM y el compuesto es lenalidomida. En una realización, el cáncer es MM y el compuesto es pomalidomida. En una realización, el cáncer es MM y el compuesto es talidomida. En una realización, el cáncer es MM y el compuesto es el Compuesto A. En una realización, el cáncer es MM y el compuesto es el Compuesto B.
En otra realización específica de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el biomarcador es CSNK1A1. De este modo, en algunas realizaciones, el método proporcionado en el presente documento comprende seleccionar un grupo de sujetos que tienen MM basándose en el nivel de CSNK1A1, o los niveles de CSNK1A1 de expresión dentro de MM, para fines de predecir la respuesta clínica, monitorizar la respuesta clínica, o monitorizar el cumplimiento del paciente con la dosificación por un compuesto. En una realización, el cáncer es MM y el biomarcador es CSNK1A1. En una realización, el cáncer es MM, el biomarcador es CSNK1A1 y el compuesto es lenalidomida. En una realización, el cáncer es MM, el biomarcador es CSNK1A1 y el compuesto es pomalidomida. En una realización, el cáncer es MM, el biomarcador es CSNK1A1 y el compuesto es talidomida. En una realización, el cáncer es MM, el biomarcador es CSNK1A1 y el compuesto es el Compuesto A. En una realización, el cáncer es MM, el biomarcador es CSNK1A1 y el compuesto es el Compuesto B.
En otra realización específica de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el biomarcador es ZFP91. De este modo, en algunas realizaciones, el método proporcionado en el presente documento comprende seleccionar un grupo de sujetos que tienen MM basándose en el nivel de ZFP91, o los niveles de ZFP91 de expresión dentro de MM, para fines de predecir la respuesta clínica, monitorizar la respuesta clínica, o monitorizar el cumplimiento del paciente con la dosificación por un compuesto. En una realización, el cáncer es MM y el biomarcador es ZFP91. En una realización, el cáncer es MM, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es lenalidomida. En una realización, el cáncer es MM, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es pomalidomida. En una realización, el cáncer es MM, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es talidomida. En una realización, el cáncer es MM, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es el Compuesto A. En una realización, el cáncer es MM, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es el Compuesto B.
En una realización específica de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es MDS y el compuesto es pomalidomida. En otra realización de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es MDS y el compuesto es un estereoisómero de pomalidomida, o una sal, solvato, hidrato, cocristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable de pomalidomida. En otra realización específica de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es MDS y el compuesto es talidomida. En otra realización de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es MDS y el compuesto es un estereoisómero de talidomida, o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable de talidomida. En aún otra realización específica de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es MDS y el compuesto es el Compuesto A. En otra realización de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es MDS y el compuesto es un estereoisómero de Compuesto A, o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable de Compuesto A. En aún otras realizaciones específicas de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es MDS y el compuesto es el Compuesto B. En otra realización de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es MDS y el compuesto es un estereoisómero de Compuesto B, o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable de Compuesto B. En determinadas realizaciones, el MDS es un MDS con supresión del cromosoma 5q (del(5q)). El biomarcador puede ser una CAP. En determinados ejemplos, el compuesto probablemente es eficaz al tratar MDS si se reduce el nivel (por ejemplo, nivel de proteína o a RN) de la CAP cuando se comparan con la referencia. En determinados ejemplos, el compuesto probablemente es eficaz al tratar MDS si se aumenta el nivel (por ejemplo, nivel de proteína o ARN) de la CAP cuando se comparan con la referencia. En determinados ejemplos, el biomarcador es una CAP. En algunos ejemplos, el biomarcador es Aiolos, Ikaros, IFN, una proteína de la ruta de IFN, un IRF, una STAT, CSNK1A1, o ZFP91. En determinados ejemplos, el biomarcador es CRBN. En algunos ejemplos, el biomarcador es CRBN y se aumenta el nivel de CRBN cuando se compara con una referencia. En determinados ejemplos, el biomarcador es Aiolos. En algunos ejemplos, el biomarcador es Aiolos y se reduce el nivel de Aiolos cuando se compara con la referencia. En determinados ejemplos, el biomarcador es Ikaros. En algunos ejemplos, el biomarcador es Ikaros y se reduce el nivel de Ikaros cuando se compara con la referencia. En otros ejemplos, el biomarcador es una proteína de la ruta de IFN. En algunos ejemplos, el biomarcador es una proteína de la ruta de IFN y se aumenta el nivel de la proteína de la ruta de IFN cuando se compara con una referencia. En algunos ejemplos, el biomarcador es un IFN. En algunos ejemplos, el biomarcador es un IFN y se aumenta el nivel de IFN cuando se compara con una referencia. En algunos ejemplos, el biomarcador es un IRF. En algunas realizaciones, el biomarcador es un IRF y se aumenta el nivel de IRF cuando se compara con una referencia En algunos ejemplos, el biomarcador es una STAT. En aún otras realizaciones, el biomarcador es CSNK1A1. En algunas realizaciones, el biomarcador es CSNK1A1 y se reduce el nivel de CSNK1A1 cuando se compara con la referencia. En otras realizaciones, el biomarcador es ZFP91. En algunas realizaciones, el biomarcador es ZFP91 y se reduce el nivel de ZFP91 cuando se compara con la referencia. Las combinaciones de 2 de los biomarcadores a los que se hacen referencia en lo anterior (u otros proporcionados en el presente documento, también se contemplan.
La presente divulgación también se basa, en parte, en el descubrimiento de que la caseína quinasa 1A1 (CSNK1A1, también conocida como CK1a) se regula negativamente en líneas celulares de MDS en respuesta a un tratamiento con los compuestos de tratamiento proporcionados en el presente documento (por ejemplo, lenalidomida). De este modo, en una realización específica, el biomarcador es CSNK1A1. CSNK1A1 es un miembro de la familia CSNK1 quinasa. Esta familia de quinasas se encuentra implicada en muchos procesos celulares tales como transcripción génica, reparación de ADN, división celular, localización nuclear y transporte de membrana. En particular, se ha mostrado que CSNK1A1 se encuentra implicada en rutas de señalización y ha mostrado ser un supresor de tumor.
En una realización, el cáncer es MDS y el biomarcador es CSNK1A1. En una realización, el cáncer es MDS, el biomarcador es CSNK1A1 y el compuesto es lenalidomida. En una realización, el cáncer es MDS, el biomarcador es CSNK1A1 y el compuesto es pomalidomida. En una realización, el cáncer es MDS, el biomarcador es CSNK1A1 y el compuesto es talidomida. En una realización, el cáncer es MDS, el biomarcador es CSNK1A1 y el compuesto es el Compuesto A. En una realización, el cáncer es MDS, el biomarcador es CSNK1A1 y el compuesto es el Compuesto B. En algunas realizaciones, el biomarcador es CSNK1A1 y en donde se reduce el nivel de CSNK1A1 cuando se compara con la referencia.
En una realización específica de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es AML y el compuesto es pomalidomida. En otra realización de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es AML y el compuesto es un estereoisómero de pomalidomida, o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable de pomalidomida. En otra realización específica de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es AML y el compuesto es talidomida. En otra realización de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es AML y el compuesto es un estereoisómero de talidomida, o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable de talidomida. En aún otra realización específica de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es AML y el compuesto es el Compuesto A. En otra realización de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es AML y el compuesto es un estereoisómero de Compuesto A, o una sal, solvato, hidrato, cocristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable de Compuesto A. En aún otras realizaciones específicas de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es AML y el compuesto es el Compuesto B. En otra realización de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el cáncer es AML y el compuesto es un estereoisómero de Compuesto B, o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato o polimorfo farmacéuticamente aceptable de Compuesto B. El biomarcador puede ser una CAP. El compuesto probablemente puede ser eficaz al tratar AML si se reduce el nivel (por ejemplo, nivel de proteína o ARN) de la CAP cuando se comparan con la referencia. El compuesto probablemente puede ser eficaz al tratar AML si aumenta el nivel (por ejemplo, nivel de proteína o ARN) de la CAP cuando se comparan con la referencia. En determinados ejemplos, el biomarcador es una CAP. En algunos ejemplos, el biomarcador es Aiolos, Ikaros, IFN, una proteína de la ruta de IFN, un IRF, una STAT, CSNK1A1, o ZFP91. En determinados ejemplos, el biomarcador es CRBN. En algunos ejemplos, el biomarcador es CRBN y se aumenta el nivel de CRBN cuando se compara con una referencia. En determinados ejemplos, el biomarcador es Aiolos. En algunas realizaciones, el biomarcador es Aiolos y se reduce el nivel de Aiolos cuando se compara con la referencia. En determinados ejemplos, el biomarcador es Ikaros. En algunos ejemplos, el biomarcador es Ikaros y se reduce el nivel de Ikaros cuando se compara con la referencia. En otros ejemplos, el biomarcador es una proteína de la ruta de IFN. En algunos ejemplos, el biomarcador es una proteína de la ruta de IFN y se aumenta el nivel de la proteína de la ruta de IFN cuando se compara con una referencia. En algunos ejemplos, el biomarcador es un IFN. En algunos ejemplos, el biomarcador es un IFN y se aumenta el nivel de IFN cuando se compara con una referencia. En algunos ejemplos, el biomarcador es un IRF. En algunos ejemplos, el biomarcador es un IRF y se aumenta el nivel de IRF cuando se compara con una referencia En algunos ejemplos, el biomarcador es una STAT. En aún otras realizaciones, el biomarcador es CSNK1A1. En algunas realizaciones, el biomarcador es CSNK1A1 y se reduce el nivel de CSNK1A1 cuando se compara con la referencia. En otras realizaciones, el biomarcador es ZFP91. En algunas realizaciones, el biomarcador es ZFP91 y se reduce el nivel de ZFP91 cuando se compara con la referencia. Las combinaciones de 2 de los biomarcadores a los que se hacen referencia en lo anterior (u otros biomarcadores proporcionados en el presente documento, también se contemplan.
La presente descripción también se basa, en parte, en el descubrimiento de que CSNK1A1 se regula negativamente en líneas celulares de AML en respuesta a un tratamiento con los compuestos de tratamiento proporcionado en el presente documento (por ejemplo, lenalidomida). De este modo, en una realización específica, el biomarcador es CSNK1A1.
En una realización, el cáncer es AML y el biomarcador es CSNK1A1. En una realización, el cáncer es AML, el biomarcador es CSNK1A1 y el compuesto es lenalidomida. En una realización, el cáncer es AML, el biomarcador es CSNK1A1 y el compuesto es pomalidomida. En una realización, el cáncer es AML, el biomarcador es CSNK1A1 y el compuesto es talidomida. En una realización, el cáncer es AML, el biomarcador es CSNK1A1 y el compuesto es el Compuesto A. En una realización, el cáncer es AML, el biomarcador es CSNK1A1 y el compuesto es el Compuesto B. En algunas realizaciones, el biomarcador es CSNK1A1 y en donde se reduce el nivel de CSNK1A1 cuando se compara con la referencia.
En determinadas realizaciones, el nivel de biomarcador es el nivel de expresión de ácidos nucleicos del biomarcador (por ejemplo, ADN o ARN, tal como ARNm). En algunas realizaciones, el nivel de biomarcador es el nivel de expresión de proteínas del biomarcador. En determinadas realizaciones, se reduce el nivel de biomarcador como resultado de la regulación negativa del gen. En otras realizaciones, se aumenta el nivel de biomarcador como resultado de la regulación positiva de un gen. En algunas realizaciones, se aumenta el nivel de biomarcador como resultado de un aumento en el nivel de ARNm del biomarcador. En otras realizaciones, se reduce el nivel de biomarcador como resultado de una reducción en el nivel de ARNm del biomarcador (por ejemplo, por degradación). En algunas realizaciones, se aumenta el nivel de biomarcador como resultado de un aumento en el nivel de proteínas del biomarcador. En otras realizaciones, se reduce el nivel de biomarcador como resultado de una reducción en el nivel de proteínas del biomarcador (por ejemplo, por degradación), tal como después de la ubiquitinación. Los métodos ilustrativos para medir o determinar de otro modo tales niveles se proporcionan en otra parte en el presente documento. En algunas realizaciones, se regula positivamente un biomarcador (por ejemplo, expresión génica o de proteínas). En realizaciones específicas, se aumentan los niveles de biomarcador. En determinadas realizaciones, los compuestos proporcionados en el presente documento aumentan los niveles de biomarcador. En algunas realizaciones, se regula negativamente un biomarcador (por ejemplo, expresión génica o de proteínas). En realizaciones específicas, se reducen los niveles del biomarcador. En determinadas realizaciones, los compuestos proporcionados en el presente documento reducen los niveles del biomarcador.
En algunas realizaciones, el nivel de biomarcador proporcionado en el presente documento se correlaciona con o es indicador de la sensibilidad de una enfermedad (por ejemplo, DLBCL, MM, MDS o AML) a un tratamiento, (por ejemplo, talidomida, lenalidomida, pomalidomida, Compuesto A y Compuesto B).
En algunas realizaciones, el biomarcador es una proteína. Cuando un biomarcador es un polipéptido, proteína o péptido, el nivel de biomarcador puede medirse al determinar el nivel de proteína, o la actividad enzimática del biomarcador. En otras realizaciones, el biomarcador es ARNm. En aún otras realizaciones, el biomarcador es un ADNc. El nivel de biomarcador puede determinarse usando los métodos proporcionados en el presente documento.
En algunas realizaciones, el nivel de un biomarcador se determina al medir ácidos nucleicos, por ejemplo, ARN o ADN. En algunas realizaciones, el nivel de un biomarcador se determina midiendo una proteína. En una realización, el ARN (por ejemplo, ARNm) o proteína se purifica a partir de la muestra y el nivel de biomarcador se mide por análisis de la expresión génica o de proteínas. En determinadas realizaciones, el nivel de biomarcador se mide por PCR cuantitativa en tiempo real (QRT-PCR), micromatriz, citometría de flujo o inmunofluorescencia. En otras realizaciones, el nivel de biomarcador se mide por metodologías a base del análisis inmunosorbente ligado a enzima (ELISA) u otros métodos similares conocidos en la técnica. En determinadas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el nivel de biomarcador se mide al determinar el nivel de ARNm del biomarcador. En otras realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el nivel de biomarcador se mide al determinar el nivel de ADNc del biomarcador. En aún otras realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el nivel de biomarcador se mide al determinar el nivel de proteína del biomarcador.
En una realización, el ARNm o proteína se purifica a partir del tumor (u otra muestra) y la presencia o ausencia de un biomarcador se mide por análisis de la expresión génica o de proteína. En determinadas realizaciones, la presencia o ausencia de un biomarcador se mide por PCR cuantitativa en tiempo real (QRT-PCR), micromatriz, citometría de flujo o inmunofluorescencia. En otras realizaciones, la presencia o ausencia de un biomarcador se mide por metodologías a base del análisis inmunosorbente ligado a enzima (ELISA) u otros métodos conocidos en la técnica. Los biomarcadores asociados a, por ejemplo, linfomas no Hodgkin se describen por ejemplo, en la Publicación de Patente de los Estados Unidos N.° 20l1 /0223157.
En algunas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento la muestra es una muestra biológica.
En algunas realizaciones, la muestra (por ejemplo, una muestra biológica) se obtiene a partir de una biopsia de tumor, biopsia de nódulos, o una biopsia a partir de médula ósea, bazo, hígado, cerebro o mama. En algunas realizaciones, las células de cáncer se obtienen a partir de una biopsia de tumor, biopsia de nódulos, o una biopsia a partir de médula ósea, bazo, hígado, cerebro o mama.
En una realización de los diversos métodos proporcionados en el presente documento la referencia se prepara al usar una segunda célula (u otra muestra biológica) que no se encuentra en contacto con el compuesto. En otra realización de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, la referencia se prepara al usar una segunda muestra obtenida a partir del sujeto antes de la administración del compuesto al sujeto; en donde la segunda muestra es de la misma fuente que la primera muestra. En otras realizaciones, la referencia se prepara al usar una segunda muestra obtenida a partir de un sujeto saludable que no tiene la enfermedad o trastorno; en donde la segunda muestra es de la misma fuente que la primera muestra.
En otras realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, el método comprende usar inmunohistoquímica para determinar el nivel de biomarcador. En algunas realizaciones, el método comprende usar inmunohistoquímica de doble tinción para determinar el nivel de biomarcador.
El nivel de referencia puede determinarse por una pluralidad de métodos. En algunas realizaciones, el nivel de referencia es aquella decisión de tratamiento que se hace basándose en si un sujeto tiene o se sospecha que tiene una enfermedad, tal como un cáncer (por ejemplo, DLBCL, MM, MDS o AML) que tiene el nivel de biomarcador por encima del nivel de referencia. Los sujetos quienes tienen un nivel de biomarcador mayor que el nivel de referencia tienen una probabilidad diferente de sensibilidad al tratamiento que los sujetos que tienen un nivel de biomarcador menor que el nivel de referencia. En determinadas realizaciones, el nivel de referencia se mide de forma simultánea con la muestra biológica del sujeto. En algunas realizaciones, se predetermina el nivel de referencia.
En algunas realizaciones, el nivel de referencia se determina a partir de una muestra del mismo sujeto que no contiene células enfermas, tales como células de cáncer (por ejemplo, DLBCL, MM, MDS o AML). En otras realizaciones, el nivel de referencia se determina a partir de una muestra de un grupo de sujetos que no contiene células enfermas, tales como células de cáncer (por ejemplo, DLBCL, MM, MDS o AML). En aún otras realizaciones, el nivel de referencia se determina a partir de una muestra de un grupo de sujetos quienes no tienen la enfermedad, tal como un cáncer (por ejemplo, DLBCL, MM, MDS o AML). Un nivel aumentado o un nivel reducido del biomarcador se correlaciona de forma positiva con la sensibilidad aumentada del sujeto a un tratamiento por un compuesto de tratamiento (por ejemplo, talidomida, lenalidomida, pomalidomida, Compuesto A, o Compuesto B, o un estereoisómero del mismo, o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato o un polimorfo farmacéuticamente aceptable del mismo).
En algunas realizaciones, la muestra control es una muestra que no contiene células enfermas, tales como células de cáncer (por ejemplo, DLBCL, MM, MDS o AML) del mismo sujeto. En otras realizaciones, la muestra control es una muestra que no contiene células enfermas, tal como unas células de cáncer (por ejemplo, DLBCL, MM, MDS o AML) de un grupo de sujetos. En aún otras realizaciones, la muestra control es una muestra que no tiene enfermedad, tal como un cáncer (por ejemplo, DLBCL, MM, MDS o AML). En aún otras realizaciones, la muestra control es una muestra de un grupo de sujetos que no tienen enfermedad, tal como un cáncer (por ejemplo, DLBCL, MM, MDS o AML). Un nivel aumentado o un nivel reducido de uno o más biomarcadores cuando se comparan con el nivel de la muestra control se correlaciona de forma positiva con la sensibilidad aumentada del sujeto a un tratamiento por un compuesto de tratamiento.
En algunas realizaciones, la referencia se prepara al usar una segunda célula de tumor que no se trata con el compuesto. En otras realizaciones, la referencia se prepara al usar una segunda muestra obtenida a partir del sujeto antes de la administración del compuesto de tratamiento al paciente; y en donde la segunda muestra es de la misma fuente que la muestra. En aún otras realizaciones, la referencia se prepara al usar una segunda muestra obtenida a partir de un sujeto saludable no tiene una enfermedad, tal como un cáncer (por ejemplo, DLBCL, MM, MDS o AML); y en donde la segunda muestra es de la misma fuente que la muestra.
En algunas realizaciones, los biomarcadores proporcionados en el presente documento se determinan de forma individual. En otras realizaciones, dos o más de los biomarcadores proporcionados en el presente documento se determinan de forma simultánea.
En algunas realizaciones, el nivel de un ácido nucleico o polipéptido biomarcador proporcionado en el presente documento se mide en una muestra biológica de un sujeto, tal como una muestra que contiene células de cáncer (por ejemplo, DLBCL, MM, MDS o AML) del sujeto. En otras realizaciones, se usa un ensayo de afinidad de unión para medir el nivel de polipéptido biomarcador. Los ensayos de afinidad de unión que pueden aplicarse para su uso en los métodos proporcionados en el presente documento incluyen ensayos de fase soluble y sólida.
Un ejemplo de un ensayo de afinidad de unión en fase soluble es la inmunoprecipitación usando un agente de unión al biomarcador, por ejemplo, un anticuerpo reactivo con el polipéptido biomarcador. Ejemplos de ensayos de afinidad de unión de fase sólida incluyen ensayos de unión inmunohistoquímicos y ensayos de unión de inmunoafinidad. Ejemplos de ensayos de unión de inmunoafinidad incluyen, entre otros, métodos inmunohistoquímicos, métodos de inmunotransferencia, ELISA y radioinmunoensayo (RIA).
Un anticuerpo útil en los métodos desvelados en el presente documento incluye anticuerpos policlonales y monoclonales. Un anticuerpo útil en los métodos desvelados en el presente documento incluye anticuerpos de origen natural, así como anticuerpos que no son de origen natural, por ejemplo, anticuerpos de cadena simple, anticuerpos quiméricos, anticuerpos bifuncionales, anticuerpos humanizados y fragmentos de unión al antígeno de los mismos.
La muestra biológica puede ser tejido hepático o un fluido tal como sangre, suero u orina. En determinadas realizaciones, la muestra de células de un sujeto se obtiene mediante biopsia. Una vez que se determina un nivel de biomarcador, este valor puede correlacionarse con datos clínicos en el sujeto de quien se deriva la muestra, por ejemplo, la sensibilidad de un sujeto a un tratamiento dado.
En algunas realizaciones, la muestra de células de un sujeto se obtiene mediante biopsia.
En algunas realizaciones, solo se monitoriza el nivel de uno de los biomarcadores. En otras realizaciones, se monitorizan de forma simultánea los niveles de dos de los biomarcadores. En determinadas realizaciones, solo se monitoriza el nivel de uno de los biomarcadores de ARNm. En determinadas realizaciones, se monitorizan de forma simultánea los niveles de dos de los biomarcadores de ARNm.
En algunas realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es menor que 90 % del nivel de biomarcador de una referencia. En algunas realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es menor que 80 % del nivel de biomarcador de una referencia. En otras realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es menor que 70 % del nivel de biomarcador de una referencia. En otras realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es menor que 60 % del nivel de biomarcador de una referencia. En otras realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es menor que 50 % del nivel de biomarcador de una referencia. En otras realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es menor que 40 % del nivel de biomarcador de una referencia. En aún otras realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es menor que 30 % del nivel de biomarcador de una referencia. En aún otras realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es menor que 20 % del nivel de biomarcador de una referencia. En aún otras realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es menor que 10 % del nivel de biomarcador de una referencia.
En otras realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es 10 % mayor que el nivel de biomarcador de una referencia. En aún otras realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es 20 % mayor que el nivel de biomarcador de una referencia. En aún otras realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es 30 % mayor que el nivel de biomarcador de una referencia. En aún otras realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es 40 % mayor que el nivel de biomarcador de una referencia. En aún otras realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es 50 % mayor que el nivel de biomarcador de una referencia. En aún otras realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es 60 % mayor que el nivel de biomarcador de una referencia. En aún otras realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es 70 % mayor que el nivel de biomarcador de una referencia. En aún otras realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es 80 % mayor que el nivel de biomarcador de una referencia. En aún otras realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es 90 % mayor que el nivel de biomarcador de una referencia. En algunas realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es 1,5-100 veces el nivel de biomarcador de una referencia. En algunas realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es 1,5 veces el nivel de biomarcador de una referencia. En otras realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es 2 veces el nivel de biomarcador de una referencia. En aún otras realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es 5 veces el nivel de biomarcador de una referencia. En aún otras realizaciones, el nivel de biomarcador en la muestra es 10 veces el nivel de biomarcador de una referencia.
En determinadas realizaciones, el cambio en el nivel de un biomarcador puede evaluarse por prueba de hipótesis estadística, por ejemplo, contra una hipótesis nula de no diferencia entre dos niveles (por ejemplo, muestra contra referencia) en un nivel predeterminado de significancia. Por ejemplo, en determinadas realizaciones, el valor p puede ser menor de 0,01, menor de 0,0,001, menor de 10-4, menor de 10-5, menor de 10-6, menor de 10-7, menor de 10-8 y etcétera. Tales métodos ilustrativos se proporcionan en la Sección 6, más adelante.
En algunas realizaciones, se mide el nivel de proteína de biomarcador. Por ejemplo, en algunas realizaciones, el método proporcionado en el presente documento comprende poner en contacto proteínas dentro de la muestra con un primer anticuerpo que se une inmunoespecíficamente a la proteína biomarcadora. En algunas realizaciones, el método proporcionado en el presente documento además incluye (i) poner en contacto las proteínas enlazadas al primer anticuerpo con un segundo anticuerpo con una etiqueta detectable, en donde el segundo anticuerpo se une bioespecíficamente al biomarcador y en donde el segundo anticuerpo se une bioespecíficamente a un epítopo diferente en la proteína biomarcadora que el primer anticuerpo; (ii) detectar la presencia del segundo anticuerpo enlazado a las proteínas; y (iii) determinar la cantidad de proteína biomarcadora basándose en la cantidad de etiqueta detectable en el segundo anticuerpo. En otras realizaciones, el método proporcionado en el presente documento además comprende (i) poner en contacto las proteínas enlazadas al primer anticuerpo con un segundo anticuerpo con una etiqueta detectable, en donde el segundo anticuerpo se une bioespecíficamente al primer anticuerpo; (ii) detectar la presencia del segundo anticuerpo enlazado a las proteínas; y (iii) determinar la cantidad de proteína biomarcadora basándose en la cantidad de etiqueta detectable en el segundo anticuerpo.
Las cantidades terapéuticamente eficaces de los compuestos de tratamiento dependen del recipiente de tratamiento, el trastorno que se trata y la gravedad del mismo, la composición que contiene el compuesto de tratamiento, el tiempo de administración, la vía de administración, la duración del tratamiento, la potencia del compuesto, su tasa de eliminación y si se co-administra o no otro fármaco. En algunas realizaciones, la cantidad de un compuesto de tratamiento proporcionado en el presente documento usado para elaborar una composición que se administra diariamente a un sujeto en una sola dosis o en dosis divididas es de aproximadamente 0,03 a aproximadamente 200 mg/kg de peso corporal. Las composiciones de una sola dosis contienen estas cantidades o una combinación de submúltiplos de las mismas. En algunas realizaciones, los compuestos de tratamiento se administran de 1 mg/día a 100 mg/día al sujeto que tiene DLBCL o MM. Dosis diarias ilustrativas incluyen 1,5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90 o 100 mg. En algunas realizaciones, los compuestos de tratamiento se administran de 1 a 40 días.
Los métodos desvelados en el presente documento también se basan, en parte, en el descubrimiento de que CRBN se asocia a las actividades anti-proliferativas de determinados fármacos, tales como los compuestos proporcionados en el presente documento. Pueden usarse como biomarcador o biomarcadores CRBN o una CAP (por ejemplo, Ikaros, Aiolos, IFN, una proteína de la ruta de IFN, CSNK1A1, ZFP91 o una combinación de los mismos) para indicar la efectividad o avance de un tratamiento de enfermedad con un compuesto proporcionado en el presente documento. De este modo, en determinadas realizaciones, los métodos proporcionados en el presente documento son útiles para caracterizar una enfermedad o trastorno (por ejemplo, un cáncer, tal como DLBCL, MM, MDS o AML) en un sujeto, antes, durante o después de que el sujeto recibe un compuesto de tratamiento (por ejemplo, un compuesto proporcionado en la Sección 5.7 a continuación).
Sin estar ligado a una teoría particular, la unión de CRBN puede contribuir a o incluso requerirse para una actividad anti-proliferativa u otras actividades de determinados compuestos, tales como los compuestos proporcionados en el presente documento. Los compuestos pueden dirigirse a CRBN o una o más CAP. En un ejemplo, los compuestos desvelados en el presente documento se unen directamente a CRBN-DDB1 y/o al complejo de ligasa-ubiquitina E3 de CRBN. Las mutaciones en CRBN podrían asociarse con la resistencia a los compuestos proporcionados en el presente documento.
Por ejemplo, los niveles de Aiolos e Ikaros fueron significativamente menores en las líneas celulares WSU-DLCL2 y TMD8 resistentes a lenalidomida y la línea celular WSU-DLCL2 de 3-(5-amino-2-metil-4-oxo-4H-quinazolin-3-il)-piperidin-2,6-diona comparada con las líneas progenitoras coincidentes. La sensibilidad de un cáncer (por ejemplo, DLBCL, MM, MDS o AML) o un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, DLBCL, MM, MDS o AML), a la terapia con un compuesto desvelado en el presente documento se relaciona con los niveles de Aiolos y/o Ikaros.
La inhibición de IRF4 por lenalidomida provocó la regulación negativa de la activación de NF-kB dependiente del receptor de células B (BCR). Mientras que los efectos mimetizan ARNip específico para IRF4 de lenalidomida reducen la activación de NF-kB, la sobreexpresión IRF4 intensificó la activación de NF-kB y confirió resistencia a lenalidomida. Además, la regulación negativa de IRF4 inducida por lenalidomida requirió de la expresión de CRBN. Sin estar ligado por una teoría particular, estos datos muestran que lenalidomida puede tener una actividad antitumoral directa contra células DLBCL, preferentemente células ABC-DLBCL, al bloquear la expresión de IRF4 y la ruta de señalización BCR-NF-kB de una manera dependiente de CRBN.
Se ha propuesto que la proteína CRBN funciona como un receptor de sustrato para complejos de Cul4-E3-ligasa a través de su interacción con DDB1. En células H929, los compuestos proporcionados en el presente documento reducen la poliubiquitinación total enlazada a K48, pero no la ubiquitinación enlazada a K-63 después de 30 minutos de tratamiento. Actualmente, se reportaron casi dos docenas de proteínas que se degradaron por una Cul4-DDB1 ligasa 2. Diversos estudios han mostrado la ubiquitinación dependiente de Cul4/DDB1 de las histonas nucleares, proteínas de reparación de ADN, reguladores del ciclo celular y moléculas de rutas de señalización clave. La señalización de mTORC1 requiere de una función proteasómica y la implicación de ubiquitina E3 ligasa de CUL4-DDB1. Usando la tecnología de CST Ubiscan, se identificaron 162 péptidos de ubiquitina únicos que se modularon de forma significativa por los compuestos proporcionados en el presente documento después de tratamientos cortos (1­ 4 h). Las proteínas correspondientes participan en la función de nucleosoma y cromatina, ensamble de proteína-ADN e histona H2A. La relevancia de esta modificación temprana en el modo de acción de los compuestos proporcionados en el presente documento y la relación con las actividades de CRBN y CUL4/DDB1 se encuentran bajo investigación.
Los ejemplos en la Sección 6 a continuación muestran, entre otras cosas: (i) Aiolos e Ikaros son sustratos de consecuencia para lenalidomida y Compuesto A en DLBCL y Aiolos e Ikaros se degradan en un mecanismo dependiente de lenalidomida y el Compuesto A en ABC y GCB DLBCL; (ii) Aiolos es un conductor de la proliferación en DLBCL y el ARNhp de Aiolos ARNhp resulta en niveles reducidos de c-myc y capacidad de proliferación reducida; (iii) CRBN, Aiolos e Ikaros se muestra que son útiles como biomarcadores predictivos de response en DLBCL y un intervalo dinámico o de expresión de CRBN, Aiolos e Ikaros puede ser útil como una estrategia de estratificación de pacientes para pruebas clínicas con lenalidomida y/o Compuesto A; (iv) mecanismos de resistencia para o lenalidomida y el Compuesto A en DLBCL y las líneas celulares resistentes a lenalidomida y el Compuesto A regulan negativamente los niveles de Aiolos, Ikaros y c-myc, de forma potencial como un mecanismo de resistencia; (v) la diferenciación del mecanismo de acción de lenalidomida y el Compuesto A en las líneas celulares DLBCL y ABC DLBCL son sensibles a lenalidomida y el Compuesto A, mientras que las líneas celulares de GCB son menos sensibles a lenalidomida; (vi) IFN y CSNK1A1 son sustratos de consecuencia para lenalidomida y/o el Compuesto A en DLBCL y el Compuesto A induce respuesta en IFN en ABC y GCB DLBCL; (vii) se reduce el nivel de ZFP91 en respuesta al tratamiento con lenalidomida, pomalidomida, Compuesto A, talidomida, o Compuesto B; y (viii) reduce el nivel de ZFP91 en respuesta al tratamiento usando los compuestos proporcionados en el presente documento a través de una ruta dependiente de CRBN.
En determinados ejemplos, los métodos desvelados en el presente documento son útiles para evaluar la sensibilidad clínica y respuesta del paciente al tratamiento con un compuesto inmunomodulador (por ejemplo, un compuesto desvelado en la Sección 5.7 a continuación). En un ejemplo, el compuesto inmunomodulador desvelado en el presente documento regula (por ejemplo, regula negativamente o reduce) CRBN o una o más CAP (por ejemplo, Ikaros, Aiolos, ZFP91 o una combinación de los mismos). En un ejemplo, el compuesto desvelado en el presente documento regula (por ejemplo, regula positivamente o regula negativamente) CRBN o una o más CAP (por ejemplo, IFN, una proteína de la ruta de IFN, CSNK1A1, o una combinación de los mismos). En otro ejemplo, el compuesto inmunomodulador desvelado en el presente documento se une directamente a CRBN-DDB1.
En determinados ejemplos, se evalúan Ikaros y Aiolos. En otros ejemplos, se evalúan Ikaros, Aiolos y CRBN, o cualquier combinación de los mismos. En determinados ejemplos, se evalúan IFN y proteína de la ruta de IFN. En otros ejemplos, se evalúan IFN, la proteína de la ruta de IFN y CRBN, o cualquier combinación de los mismos. En determinadas realizaciones, se evalúa ZFP91. En determinados ejemplos, se evalúa ZFP91 y CRBN. En algunos ejemplos, se evalúa ZFP91 e Ikaros. En algunos ejemplos, se evalúa ZFP91 y Aiolos. En algunos ejemplos, se evalúan todos de ZFP91, CRBN, Ikaros y Aiolos.
En una realización, el cáncer es DLBCL y el compuesto es lenalidomida. En algunos ejemplos, se reduce el nivel de Ikaros cuando se compara con el nivel de referencia. En determinados ejemplos, la reducción en Ikaros es el resultado de la degradación de proteínas. En una realización, el cáncer es DLBCL y el compuesto es lenalidomida. En algunos ejemplos, se reduce el nivel de Aiolos cuando se compara con el nivel de referencia. En determinados ejemplos, la reducción en Aiolos es el resultado de la degradación de proteínas. En algunas realizaciones, el cáncer es DLBCL y el compuesto es lenalidomida. En algunos ejemplos, se reduce el nivel de Ikaros y Aiolos cuando se compara con el nivel de referencia. En determinados ejemplos, la reducción en Ikaros y Aiolos es el resultado de la degradación de proteínas.
En una realización, el cáncer es DLBCL, el biomarcador es Ikaros y el compuesto es el Compuesto A. En algunos ejemplos, se reduce el nivel de Ikaros cuando se compara con el nivel de referencia. En determinados ejemplos, la reducción en Ikaros es el resultado de la degradación de proteínas. En un ejemplo, el cáncer es DLBCL, el biomarcador es Aiolos y el compuesto es el Compuesto A. En algunos ejemplos, se reduce el nivel de Aiolos cuando se compara con el nivel de referencia. En determinados ejemplos, la reducción en Aiolos es el resultado de la degradación de proteínas. En un ejemplo, el cáncer es DLBCL, el biomarcador es Ikaros y Aiolos y el compuesto es el Compuesto A. En algunos ejemplos, se reduce el nivel de Ikaros y Aiolos cuando se compara con el nivel de referencia. En determinados ejemplos, la reducción en Ikaros y Aiolos es el resultado de la degradación de proteínas.
En una realización, el cáncer es DLBCL y el compuesto es el Compuesto A. En algunos ejemplos, aumenta el nivel de IFN cuando se compara con el nivel de referencia. En determinados ejemplos, el aumento en el IFN es el resultado de la regulación positiva de la expresión génica. En algunos ejemplos, el aumento en el IFN es el resultado de la regulación positiva de la expresión de proteínas. En otros ejemplos, el aumento en el IFN es un resultado de la degradación reducida de la proteína.
En un ejemplo, el cáncer es DLBCL, el biomarcador es IFN y el compuesto es el Compuesto A. En algunos ejemplos, aumenta el nivel de IRF7 cuando se compara con el nivel de referencia. En determinados ejemplos, el aumento en el IRF7 es el resultado de la regulación positiva de la expresión génica. En algunos ejemplos, el aumento en el IRF7 es el resultado de la regulación positiva de la expresión de proteínas. En otros ejemplos, el aumento en el IRF7 es un resultado de la degradación reducida de la proteína.
En una realización, el cáncer es DLBCL, el biomarcador es CSNK1A1 y el compuesto es lenalidomida. En algunas realizaciones, se reduce el nivel de CSNK1A1 cuando se compara con el nivel de referencia. En determinadas realizaciones, la reducción en CSNK1A1 es el resultado de la degradación de proteínas.
En una realización, el cáncer es DLBCL y el compuesto es el Compuesto A. En algunos ejemplos, aumenta el nivel de IRF7 cuando se compara con el nivel de referencia. En determinados ejemplos, el aumento en el IRF7 es el resultado de la regulación positiva de la expresión génica. En algunos ejemplos, el aumento en el IRF7 es el resultado de la regulación positiva de la expresión de proteínas. En otros ejemplos, el aumento en el IRF7 es un resultado de la degradación reducida de la proteína.
En un ejemplo, el biomarcador es una proteína de la ruta de IFN y el compuesto es lenalidomida. En un ejemplo, el biomarcador es una proteína de la ruta de IFN y el compuesto es pomalidomida. En un ejemplo, el biomarcador es una proteína de la ruta de IFN y el compuesto es el Compuesto A. En algunos ejemplos, aumenta el nivel de proteínas en la ruta de IFN cuando se compara con el nivel de referencia. En determinados ejemplos, el aumento en la proteína de la ruta de IFN es el resultado de la regulación positiva de la expresión génica. En algunos ejemplos, el aumento en la proteína de la ruta de IFN es el resultado de la regulación positiva de la expresión de proteínas. En otros ejemplos, el aumento en la proteína de la ruta de IFN es un resultado de la degradación reducida de la proteína. En determinadas realizaciones, el cáncer es un MM.
En un ejemplo, el biomarcador es una proteína de la ruta de IFN de una o más seleccionadas del grupo que consiste en IFIT1, IFIT3, DDX58, XAF1, IFIH1 y OAS3 y el compuesto es lenalidomida. En un ejemplo, el biomarcador es una proteína de la ruta de IFN es de una o más seleccionadas del grupo que consiste en IFIT1, IFIT3, DDX58, XAF1, IFIH1 y OAS3 y el compuesto es pomalidomida. En un ejemplo, el biomarcador es una proteína de la ruta de IFN es de una o más seleccionadas del grupo que consiste en IFIT1, IFIT3, DDX58, XAF1, IFIH1 y OAS3 y el compuesto es el Compuesto A. En algunos ejemplos, aumentan el nivel o niveles de proteínas en la ruta de los IFN cuando se compara con el nivel de referencia. En determinados ejemplos, el aumento en la proteína o proteínas de la ruta de los IFN es el resultado de la regulación positiva de la expresión génica. En algunos ejemplos, el aumento en la proteína o proteínas de la ruta de los IFN es el resultado de la regulación positiva de la expresión de proteínas. En otros ejemplos, el aumento en la proteína o proteínas de la ruta de los IFN es un resultado de la degradación reducida de la proteína. En determinadas realizaciones, el cáncer es un MM.
En un ejemplo, el biomarcador es una proteína de la ruta de IFN es de una o más seleccionadas del grupo que consiste en DDX58, IFI27, IFIT1, IFIT3, DDX58 y XAF1 y el compuesto es lenalidomida. En un ejemplo, el biomarcador es una proteína de la ruta de IFN es de una o más seleccionadas del grupo que consiste en DDX58, IFI27, IFIT1, IFIT3, DDX58 y XAF1 y el compuesto es pomalidomida. En un ejemplo, el biomarcador es una proteína de la ruta de IFN es de una o más seleccionadas del grupo que consiste en DDX58, IFI27, IFIT1, IFIT3, DDX58 y XAF1 y el compuesto es el Compuesto A. En algunos ejemplos, aumentan el nivel o niveles de proteínas en la ruta de los IFN cuando se compara con el nivel de referencia. En determinados ejemplos, el aumento en la proteína o proteínas de la ruta de los IFN es el resultado de la regulación positiva de la expresión génica. En algunos ejemplos, el aumento en la proteína o proteínas de la ruta de los IFN es el resultado de la regulación positiva de la expresión de proteínas. En otros ejemplos, el aumento en la proteína o proteínas de la ruta de los IFN es un resultado de la degradación reducida de la proteína. En determinadas realizaciones, el cáncer es un MM.
En un ejemplo, el biomarcador es ISG15 y/o OAS3 y el compuesto es lenalidomida. En un ejemplo, el biomarcador es ISG15 y/o OAS3 y el compuesto es pomalidomida. En un ejemplo, el biomarcador es ISG15 y/o OAS3 y el compuesto es el Compuesto A. En algunos ejemplos, aumentan el nivel o niveles de proteínas ISG15 y/o OAS3 cuando se compara con el nivel de referencia. En determinados ejemplos, el aumento en el nivel o niveles de ISG15 y/o OAS3 es el resultado de la regulación positiva de la expresión génica. En algunos ejemplos, el aumento en el nivel o niveles de ISG15 y/o OAS3 es el resultado de la regulación positiva de la expresión de proteínas. En otros ejemplos, el aumento en el nivel o niveles de ISG15 y/o OAS3 es un resultado de la degradación reducida de la proteína. En determinadas realizaciones, el cáncer es un MM.
En un ejemplo, el biomarcador es IFIT1 y/o IFIT3y el compuesto es lenalidomida. En un ejemplo, el biomarcador es IFIT1 y/o IFIT3 y el compuesto es pomalidomida. En un ejemplo, el biomarcador es IFIT1 y/o IFIT3 y el compuesto es el Compuesto A. En algunos ejemplos, aumentan el nivel o niveles de proteínas IFIT1 y/o IFIT3 cuando se comparan con el nivel de referencia. En determinados ejemplos, el aumento en el nivel o niveles de IFIT1 y/o IFIT3 es el resultado de la regulación positiva de la expresión génica. En algunos ejemplos, el aumento en el nivel o niveles de IFIT1 y/o IFIT3 es el resultado de la regulación positiva de la expresión de proteínas. En otros ejemplos, el aumento en el nivel o niveles de IFIT 1 y/o IFIT3 es un resultado de la degradación reducida de la proteína. En determinadas realizaciones, el cáncer es un m M.
En un ejemplo, el biomarcador es uno o más de STAT1, STAT1-PO4, STAT2 o STAT3-PO4 y el compuesto es lenalidomida. En un ejemplo, el biomarcador es uno o más de STAT1, STAT1-PO4, STAT2 o STAT3-PO4 y el compuesto es pomalidomida. En un ejemplo, el biomarcador es uno o más de STAT1, STAT1-PO4, STAT2 o STAT3-PO4 y el compuesto es el Compuesto A. En algunos ejemplos, el biomarcador es uno o más del nivel o niveles de proteína STAT1, STAT 1-PO4, STAT2 o STAT3-PO4 que aumentan cuando se comparan con el nivel de referencia. En determinados ejemplos, el aumento en el nivel o niveles de uno o más de STAT1, STAT1-PO4, STAT2 o STAT3-PO4 es el resultado de la regulación positiva de la expresión génica. En algunos ejemplos, el aumento en el nivel o niveles de STAT1, STAT1-PO4, STAT2 o STAT3-PO4 es el resultado de la regulación positiva de la expresión de proteínas. En otros ejemplos, el aumento en el nivel o niveles de STAT1, STAT1-PO4, STAT2 o STAT3-PO4 es un resultado de la degradación reducida de la proteína. En algunos ejemplos, el aumento en STAT 1-PO4 o STAT3-PO4 es el resultado de la fosforilación aumentada de STAT1 o STAT3, respectivamente. En determinadas realizaciones, el cáncer es un MM.
En un ejemplo, el biomarcador es IKKE y el compuesto es lenalidomida. En un ejemplo, el biomarcador es IKKE y el compuesto es pomalidomida. En un ejemplo, el biomarcador es IKKE y el compuesto es el Compuesto A. En algunos ejemplos, se reduce el nivel de IKKE cuando se compara con el nivel de referencia. En determinados ejemplos, la reducción en IKKE es el resultado de la degradación de proteínas. En determinadas realizaciones, el cáncer es un MM.
En un ejemplo, el biomarcador es TBK1-PO4 y el compuesto es lenalidomida. En un ejemplo, el biomarcador es TBK1 -PO4 y el compuesto es pomalidomida. En un ejemplo, el biomarcador es TBK1-PO4 y el compuesto es el Compuesto A. En algunos ejemplos, el nivel de TBK1-PO4 aumenta cuando se compara con el nivel de referencia. En determinados ejemplos, el aumento en el TBK1-PO4 es el resultado de la regulación positiva de la expresión génica. En algunos ejemplos, el aumento en el TBK1-PO4 es el resultado de la regulación positiva de la expresión de proteínas. En otros ejemplos, el aumento en el TBK1-PO4 es un resultado de la degradación reducida de la proteína. En algunos ejemplos, el aumento de TBK1-PO4 es el resultado de la fosforilación aumentada de TBK1. En determinadas realizaciones, el cáncer es un MM.
En algunas realizaciones, el cáncer es DLBCL, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es el Compuesto A. En algunas realizaciones, se reduce el nivel de ZFP91 cuando se compara con el nivel de referencia. En determinadas realizaciones, la reducción en ZFP91 es el resultado de la degradación de proteínas.
En algunas realizaciones, el cáncer es DLBCL, el biomarcador ZFP91 y el compuesto es el Compuesto A. En algunas realizaciones, el cáncer es DLBCL, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es el Compuesto B. En algunas realizaciones, el cáncer es DLBCL, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es lenalidomida. En algunas realizaciones, el cáncer es DLBCL, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es pomalidomida. En algunas realizaciones, el cáncer es DLBCL, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es talidomida. En algunas realizaciones, se reduce el nivel de ZFP91 cuando se compara con el nivel de referencia. En determinadas realizaciones, la reducción en ZFP91 es el resultado de la degradación de proteínas.
En algunas realizaciones, el cáncer es MM, el biomarcador es Aiolos, Ikaros y ZFP91 y el compuesto es pomalidomida. En algunas realizaciones, el cáncer es MM, el biomarcador es Aiolos, Ikaros y ZFP91 y el compuesto es el Compuesto A. En algunas realizaciones, el cáncer es MM, el biomarcador es Aiolos, Ikaros y ZFP91 y el compuesto es el Compuesto B. En algunas realizaciones, el cáncer es MM, el biomarcador es Aiolos, Ikaros y ZFP91 y el compuesto es lenalidomida. En algunas realizaciones, el cáncer es MM, el biomarcador es Aiolos, Ikaros y ZFP91 y el compuesto es talidomida. En algunas realizaciones, el biomarcador además comprende CRBN. En algunas realizaciones, el biomarcador además comprende ZNF198. En otras realizaciones, el biomarcador además comprende IRF4, IFIT1, IFIT3 y/o P-STAT1. En algunas realizaciones, el nivel de Aiolos, Ikaros y ZFP91 se reduce cuando se compara con el nivel de referencia. En determinadas realizaciones, la reducción en Aiolos, Ikaros y ZFP91 es el resultado de la degradación de proteínas.
En algunas realizaciones, el cáncer es MM, el biomarcador es En algunas realizaciones, el cáncer es MM, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es el Compuesto A. En otras realizaciones, el cáncer es MM, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es el Compuesto B. En determinadas realizaciones, el cáncer es MM, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es talidomida. En algunas realizaciones, el cáncer es MM, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es lenalidomida. En otras realizaciones, se reduce el nivel de ZFP91 cuando se compara con el nivel de referencia. En determinadas realizaciones, la reducción en ZFP91 es el resultado de la degradación de proteínas.
En algunas realizaciones, el cáncer es MM, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es pomalidomida. En algunas realizaciones, el cáncer es MM, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es el Compuesto A. En algunas realizaciones, el cáncer es MM, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es el Compuesto B. En algunas realizaciones, el cáncer es MM, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es lenalidomida. En algunas realizaciones, el cáncer es MM, el biomarcador es ZFP91 y el compuesto es talidomida. En algunas realizaciones, se reduce el nivel de ZFP91 cuando se compara con el nivel de referencia. En determinadas realizaciones, la reducción en ZFP91 es el resultado de la degradación de proteínas.
En algunos ejemplos, el biomarcador es AHNAK, ALOX5, AMPD3, ANXA4, ANXA6, ATP2B4, BMF, BST2, C10orf76, C19orf66, CD36, CLN3, CNN3, CORO1B, CPNE2, CSRP2, CTNND1, CTSH, DAPK2, DDX58, DHX58, DLG2, DTX3L, EIF2AK2, EPB41L1, ETV6, EXTL2, F13A1, FAM65B, FCGR2B, FES, FMNL3, GBP1, GMFG, GMPR, HIP1, HLA-B, HLA-DMA, HPSE, ID3, IFI35, IFIH1, IFIT1, IFIT3, IFIT5, IFITM2, IL4I1, IRF7, IRF9, ISG15, ISG20, ITGB7, JAK3, LAP3, LGALS1, LGALS3BP, LIMD1, MAN2A2, MARCKS, MFI2, MGARP, MOV10, MPP7, MUC1, MX1, MX2, MYOIG, NCF2, NME3, NMI, NT5C3A, OAS1, OAS2, OAS3, PARP14, PARP9, PBXIP1, PLD4, PLEKHO1, PLSCR1, PLXNB2, POMP, PPFIBP1, PTMS, QPRT, RAB13, RCN1, RGCC, RNF213, S100A13, SAMD9L, SAMHD1, SERPINH1, SLFN11, SLFN13, SLFN5, SP110, SP140, SPN, SPR, STAP1, STAT1, STAT2, TAPI, TAX1BP3, THEMIS2, THTPA, TNFAIP8L2, TNFSF8, TP53I3, TREX1, TRIM22, TTC39C, TXNIP, UBA7, UBE2L6, USP41, VCL, VNN2, ZBTB38, ARHGAP19, ASNS, ASPM, B4GALT3, BANK1, BCDIN3D, BLZF1, CA2, CA8, CAMSAP3, CCDC69, CCNB1, CDC7, CDCA3, CENPF, CSNK1A1, DHPS, DLGAP5, DOK3, ECT2, EFCAB4B, EHMT1, EHMT2, EPCAM, ESRP1, FAM195A, FBRSL1, FHOD1, FIGNL1, GPT2, GRAMD1A, GRAMD1B, GRPEL2, HJURP, HMCES, HMMR, HOXC4, ICAM2, IKZF1, IKZF3, IRS2, KIF18B, KIF22, KIF2C, LIPG, LPXN, MINA, MIS18BP1, NEIL1, NFKBID, NPIPB5, OMA1, ORC6, PARVB, PBK, PDE6D, PKMYT1, PLK1, PODXL, PODXL2, POLE2, PRDM15, PRNP, PTAFR, PTTG1, PYROXD1, RASA4B, RASSF6, RGS1, RGS2, SEC14L1, SGOL1, SGOL2, SLCO3A1, SLCO4A1, TACC3, TIMM8B, TOP2A, TPX2, TRIB3, WIZ, WSB1, WWC1, ZFP91, ZMYM2, ZNF385B, ZNF581 o ZNF644, o cualquier combinación de los mismos. En una realización específica, el cáncer es DLBCL. En una realización, el DLBCL es ABC DLBCL. En otra realización, el DLBCL es GBC DLBCL. En determinadas realizaciones, el compuesto es el Compuesto A. En algunas realizaciones, el compuesto es el Compuesto B. En otras realizaciones, el compuesto es lenalidomida. En otras realizaciones, el compuesto es pomalidomida. En aún otras realizaciones, el compuesto es talidomida.
En algunos ejemplos, el biomarcador es AHNAK, ALOX5, AMPD3, ANXA4, ANXA6, ATP2B4, BMF, BST2, C10orf76, C19orf66, CD36, CLN3, CNN3, CORO1B, CPNE2, CSRP2, CTNND1, CTSH, DAPK2, DDX58, DHX58, DLG2, DTX3L, EIF2AK2, EPB4IL1, ETV6, EXTL2, FI3A1, FAM65B, FCGR2B, FES, FMNL3, GBP1, GMFG, GMPR, HIP1, HLA-B, HLA-DMA, HPSE, ID3, IFI35, IFIH1, IFIT1, IFIT3, IFIT5, IFITM2, IL4I1, IRF7, IRF9, ISG15, ISG20, ITGB7, JAK3, LAP3, LGALS1, LGALS3BP, LIMD1, MAN2A2, MARCKS, MFI2, MGARP, MOV10, MPP7, MUC1, MX1, MX2, MYO1G, NCF2, NME3, NMI, NT5C3A, OAS1, OAS2, OAS3, PARP14, PARP9, PBXIP1, PLD4, PLEKHO1, PLSCR1, PLXNB2, POMP, PPFIBP1, PTMS, QPRT, RAB13, RCN1, RGCC, RNF213, S100A13, SAMD9L, SAMHD1, SERPINH1, SLFN11, SLFN13, SLFN5, SP110, SP140, SPN, SPR, STAP1, STAT1, STAT2, TAPI, TAX1BP3, THEMIS2, THTPA, TNFAIP8L2, TNFSF8, TP53I3, TREX1, TRIM22, TTC39C, TXNIP, UBA7, UBE2L6, USP41, VCL, VNN2 o ZBTB38, o cualquier combinación de los mismos. En realizaciones específicas, se aumenta el nivel de biomarcador cuando se compara con el nivel de referencia. En determinadas realizaciones, el aumento en el nivel de biomarcador es el resultado de la regulación positiva de la expresión génica. En algunas realizaciones, el aumento en el nivel de biomarcador es el resultado de la regulación positiva de la expresión de proteínas. En otras realizaciones, el aumento en el nivel de biomarcador es un resultado de la degradación reducida de la proteína. En una realización específica, el cáncer es DLBCL. En una realización, el DLBCL es ABC DLBCL. En otra realización, el DLBCL es GBC DLBCL. En determinadas realizaciones, el compuesto es el Compuesto A. En algunos ejemplos, el cáncer es DLBCL, el compuesto es el Compuesto A y el biomarcador es AHNAK, ALOX5, AMPD3, ANXA4, ANXA6, ATP2B4, BMF, BST2, C10orf76, C19orf66, CD36, CLN3, CNN3, CORO1B, CPNE2, CSRP2, CTNND1, CTSH, DAPK2, DDX58, DHX58, DLG2, DTX3L, EIF2AK2, EPB41L1, ETV6, EXTL2, F13A1, FAM65B, FCGR2B, FES, FMNL3, GBP1, GMFG, GMPR, HIP1, HLA-B, HLA-DMA, HPSE, ID3, IFI35, IFIH1, IFIT1, IFIT3, IFIT5, IFITM2, IL4I1, IRF7, IRF9, ISG15, ISG20, ITGB7, JAK3, LAP3, LGALS1, LGALS3BP, LIMD1, MAN2A2, MARCKS, MFI2, MGARP, MOV10, MPP7, MUC1, MX1, MX2, MYOIG, NCF2, NME3, NMI, NT5C3A, OAS1, OAS2, OAS3, PARP14, PARP9, PBXIP1, PLD4, PLEKHO1, PLSCR1, PLXNB2, POMP, PPFIBP1, PTMS, QPRT, RAB13, RCN1, RGCC, RNF213, S100A13, SAMD9L, SAMHD1, SERPINH1, SLFN11, SLFN13, SLFN5, SP110, SP140, SPN, SPR, STAP1, STAT1, STAT2, TAPI, TAX1BP3, THEMIS2, THTPA, TNFAIP8L2, TNFSF8, TP53I3, TREX1, TRIM22, TTC39C, TXNIP, UBA7, UBE2L6, USP41, VCL, VNN2 o ZBTB38, o cualquier combinación de los mismos. En realizaciones adicionales, el nivel de biomarcador aumenta cuando se compara con el nivel de referencia.
En algunos ejemplos, el biomarcador es ARHGAP19, ASNS, ASPM, B4GALT3, BANK1, BCDIN3D, BLZF1, CA2, CA8, CAMSAP3, CCDC69, CCNB1, CDC7, CDCA3, CENPF, CSNK1A1, DHPS, DLGAP5, DOK3, ECT2, EFCAB4B, EHMT1, EHMT2, EPCAM, ESRP1, FAM195A, FBRSL1, FHOD1, FIGNL1, GPT2, GRAMD1A, GRAMD1B, GRPEL2, HJURP, HMCES, HMMR, HOXC4, ICAM2, IKZF1, IKZF3, IRS2, KIF18B, KIF22, KIF2C, LIPG, LPXN, MINA, MIS18BP1, NEIL1, NFKBID, NPIPB5, OMA1, ORC6, PARVB, PBK, PDE6D, PKMYT1, PLK1, PODXL, PODXL2, POLE2, PRDM15, PRNP, PTAFR, PTTG1, PYROXD1, RASA4B, RASSF6, RGS1, RGS2, SEC14L1, SGOL1, SGOL2, SLCO3A1, SLCO4A1, TACC3, TIMM8B, TOP2A, TPX2, TRIB3, WIZ, WSB1, WWC1, ZFP91, ZMYM2, ZNF385B, ZNF581 o ZNF644, o cualquier combinación de los mismos. En realizaciones específicas, el nivel de biomarcador se reduce cuando se compara con el nivel de referencia. En determinadas realizaciones, la reducción en el nivel de biomarcador es el resultado de la regulación negativa de la expresión génica. En algunas realizaciones, la reducción en el nivel de biomarcador es el resultado de la regulación negativa de la expresión de proteínas. En otras realizaciones, la reducción en el nivel de biomarcador es un resultado de la degradación aumentada de la proteína. En una realización específica, el cáncer es DLBCL. En una realización, el DLBCL es ABC DLBCL. En otra realización, el DLBCL es GBC DLBCL. En determinadas realizaciones, el compuesto es el Compuesto A. En algunos ejemplos, el cáncer es DLBCL, el compuesto es el Compuesto A y el biomarcador es ARHGAP19, ASNS, ASPM, B4GALT3, BANK1, BCDIN3D, BLZF1, CA2, CA8, CAMSAP3, CCDC69, CCNB1, CDC7, CDCA3, CENPF, CSNK1A1, DHPS, DLGAP5, DOK3, ECT2, EFCAB4B, EHMT1, EHMT2, EPCAM, ESRP1, FAM195A, FBRSL1, FHOD1, FIGNL1, GPT2, GRAMD1A, GRAMD1B, GRPEL2, HJURP, HMCES, HMMR, HOXC4, ICAM2, IKZF1, IKZF3, IRS2, KIF18B, KIF22, KIF2C, LIPG, LPXN, MINA, MIS18BP1, NEIL1, NFKBID, NPIPB5, OMA1, ORC6, PARVB, PBK, PDE6D, PKMYT1, PLK1, PODXL, PODXL2, POLE2, PRDM15, PRNP, PTAFR, PTTG1, PYROXD1, RASA4B, RASSF6, RGS1, RGS2, SEC14L1, SGOL1, SGOL2, SLCO3A1, SLCO4A1, TACC3, TIMM8B, TOP2A, TPX2, TRIB3, WIZ, WSB1, WWC1, ZFP91, ZMYM2, ZNF385B, ZNF581 o ZNF644, o cualquier combinación de los mismos. En realizaciones adicionales, se reduce el nivel de biomarcador cuando se compara con el nivel de referencia.
En un ejemplo, el biomarcador es ADAM19, AIF1, ALDH1A1, ALDH2, ALOX5, AMPD3, APOBEC3G, APOE, APOH, ARHGAP10, ATP2B4, BST2, C4A, C4BPA, C4orf33, biomarkerN2, CASP4, CCR7, CD1D, CD63, CD86, CDR2, CORO1B, CPNE2, CYTH4, DAPK2, DDX58, DDX60, DDX60L, DHX58, DNASE1L3, DTX3L, EIF2AK2, ELOVL7, EPB41L1, F13A1, FAM129A, FBLN1, FCRLA, FERMT3, FGD6, FLNA, GALNT7, GBP1, GBP2, GBP4, GIPC1, GPD1, GPX3, HABP2, HBA1, HBD, HERC3, HERC6, HGF, HIGD1A, HMOX1, HSPA8, HSPB1, IFI35, IFI44, IFI44L, IFIH1, IFIT1, IFIT2, IFIT3, IFIT5, IFITM3, IL3RA, IRF7, IRF9, ISG15, ISG20, ITGA1, ITGB3, ITGB7, ITPKB, KIAA1618, L1TD1, LAP3, LDB3, LGALS1, LGALS3BP, LGALS9, LGALS9B, LMNA, LPIN1, MAP3K11, MCAM, MCM8, MGLL, MPP7, MUC1, MX1, MX2, MYL4, NCF4, NMI, NQO1, NUB1, OAS1, OAS2, OAS3, OASL, ORMDL2, OTOF, P2RY6, PAPSS2, PARP14, PARP9, PBXIP1, PHF11, PHF15, PLG, PLSCR1, PREX1, PREX2, PRIC285, PRKCI, PSAP, PTMS, RAB13, RASSF4, RCN1, RGL1, RGS13, RNF213, RTN2, RTP4, RUNX3, S100A13, SAMD9, SAMD9L, SAMHD1, SERPINA7, SERPINF2, SERPINH1, SIPA1L3, SLAMF1, SLC1A3, SLC23A2, SLC27A3, SLFN5, SOD2, SPN, SPR, SRC, STAT1, STAT2, SYNJ2BP, TAX1BP3, TBC1D13, TDRD7, TGOLN2, TLR7, TMEM87A, TMOD2, TNFAIP2, TNFAIP8L2, TRANK1, TRIM 14, TRPC4, TRPM4, TSPAN14, TSPAN3, UBA7, UBE2L6, USP18, USP41, VNN2, VTN, XAF1, ZCCHC2, ZER1, ZNF385A, ZNF480, ZNF770, 3-Sep, ADIPOR2, AHR, ALCAM, ALDOC, ALKBH6, ALPL, AP1S3, APBB1IP, ARHGAP24, ARHGAP27, ARNT, BCL11 A, BCL2A1, BCL2L1, BCLAF1, BNIP3L, C19orf22, C9orf40, CANX, CD22, CD44, CD5, CDC42SE2, CENPJ, CEP97, CFLAR, CLDN23, CLEC17A, COX17, CROCC, CRYM, CSNK1A1, DBN1, DENND1C, DNM2, DOK3, DTWD1, EHD1, EIF4H, ENO2, EPHA4, EPHA7, EPHB1, ERCC6, ETS1, EVI2B, EVL, FAR1, FCRL2, FCRL3, FCRL5, GABPB1, GAMT, GAPT, GAS7, GATM, GLRX, GNG2, GRPEL2, GYPC, GZMB, HK2, HLTF, HTRA3, IFNAR2, IKZF1, IKZF3, IL16, INF2, IQSEC1, IRF4, ISYNA1, ITGAL, ITGB2, KDM5B, KHK, L1CAM, LAT2, LBH, LNX1, LRRC25, LUC7L, LYSMD2, MEF2B, MEF2D, MICAL3, MYH11, NARF, NBR1, NEDD9, NEFL, OMA1, PARVB, PDK1, PFKFB4, PGM1, PIR, PLEKHG1, PMS2CL, PODXL2, POU2AF1, PPP1R2, PTPR, PTPRE, PTPRF, PTPRO, PTTG1, PVRL1, RAB33A, RANBP3, RASGRP3, RASSF6, RBBP5, RHOF, RPS29, RPS4Y2, SAMD1, SC5DL, SEC14L1, SEMA7A, SERPINB9, SETD8, SH2D3C, SIT1, SLAMF7, SLC16A3, SLC19A2, SNAP23, SNX11, SP140, SPIB, SPTAN1, SPTB, SSBIP1, STK17B, SYNCRIP, TCP11L1, TGM2, TJAP1, TNFAIP3, TNFRSF13B, TNFRSF1B, TOM1, TOR1AIP1, TP53I11, TSTD1, TUBB2B, UBE2J1, VAT1, VIM, WIPF1, WIZ, ZBTB32, ZFP91, ZMYM2, ZNF316, ZNF644, ZNF805, o cualquier combinación de los mismos. En una realización específica, el cáncer es Dl Bc L. En una realización, el DLBCL es ABC DLBCL. En otra realización, el DLBCL es GBC DLBCL. En determinadas realizaciones, el compuesto es el Compuesto A. En algunas realizaciones, el compuesto es el Compuesto B. En otras realizaciones, el compuesto es lenalidomida. En otras realizaciones, el compuesto es pomalidomida. En aún otras realizaciones, el compuesto es talidomida.
En un ejemplo, el biomarcador es ADAM19, AIF1, ALDH1A1, ALDH2, ALOX5, AMPD3, APOBEC3G, APOE, APOH, ARHGAP10, ATP2B4, BST2, C4A, C4BPA, C4orf33, biomarkerN2, CASP4, CCR7, CD ID, CD63, CD86, CDR2, CORO1B, CPNE2, CYTH4, DAPK2, DDX58, DDX60, DDX60L, DHX58, DNASE1L3, DTX3L, EIF2AK2, ELOVL7, EPB41L1, F13A1, FAM129A, FBLN1, FCRLA, FERMT3, FGD6, FLNA, GALNT7, GBP1, GBP2, GBP4, GIPC1, GPD1, GPX3, HABP2, HBA1, HBD, HERC3, HERC6, HGF, HIGD1A, HMOX1, HSPA8, HSPB1, IFI35, IFI44, IFI44L, IFIH1, IFIT1, IFIT2, IFIT3, IFIT5, IFITM3, IL3RA, IRF7, IRF9, ISG15, ISG20, ITGA1, ITGB3, ITGB7, ITPKB, KIAA1618, L1TD1, LAP3, LDB3, LGALS1, LGALS3BP, LGALS9, LGALS9B, LMNA, LPIN1, MAP3K11, MCAM, MCM8, MGLL, MPP7, MUC1, MX1, MX2, MYL4, NCF4, NMI, NQO1, NUB1, OAS1, OAS2, OAS3, OASL, ORMDL2, OTOF, P2RY6, PAPSS2, PARP14, PARP9, PBXIP1, PHF11, PHF15, PLG, PLSCR1, PREX1, PREX2, PRIC285, PRKCI, PSAP, PTMS, RAB13, RASSF4, RCN1, RGL1, RGS13, RNF213, RTN2, RTP4, RUNX3, S100A13, SAMD9, SAMD9L, SAMHD1, SERPINA7, SERPINF2, SERPINH1, SIPA1L3, SLAMF1, SLC1A3, SLC23A2, SLC27A3, SLFN5, SOD2, SPN, SPR, SRC, STAT1, STAT2, SYNJ2BP, TAX1BP3, TBC1D13, TDRD7, TGOLN2, TLR7, TMEM87A, TMOD2, TNFAIP2, TNFAIP8L2, TRANK 1, TRIM 14, TRPC4, TRPM4, TSPAN14, TSPAN3, UBA7, UBE2L6, USP18, USP41, VNN2, VTN, XAF1, ZCCHC2, ZER1, ZNF385A, ZNF480 o ZNF770, o cualquier combinación de los mismos. En realizaciones específicas, el nivel de biomarcador aumenta cuando se compara con el nivel de referencia. En determinadas realizaciones, el aumento en el nivel de biomarcador es el resultado de la regulación positiva de la expresión génica. En algunas realizaciones, el aumento en el nivel de biomarcador es el resultado de la regulación positiva de la expresión de proteínas. En otras realizaciones, el aumento en el nivel de biomarcador es un resultado de la degradación reducida de la proteína. En una realización específica, el cáncer es DLBCL. En una realización, el DLBCL es ABC DLBCL. En otra realización, el DLBCL es GBC DLBCL. En determinadas realizaciones, el compuesto es el Compuesto A. En algunos ejemplos, el cáncer es DLBCL, el compuesto es el Compuesto A y el biomarcador es ADAM19, AIF1, ALDH1A1, ALDH2, ALOX5, AMPD3, APOBEC3G, APOE, APOH, ARHGAP10, ATP2B4, BST2, C4A, C4BPA, C4orf33, biomarkerN2, CASP4, CCR7, CD1D, CD63, CD86, CDR2, CORO1B, CPNE2, CYTH4, DAPK2, DDX58, DDX60, DDX60L, DHX58, DNASE1L3, DTX3L, EIF2AK2, ELOVL7, EPB41L1, F13A1, FAM129A, FBLN1, FCRLA, FERMT3, FGD6, FLNA, GALNT7, GBP1, GBP2, GBP4, GIPC1, GPD1, GPX3, HABP2, HBA1, HBD, HERC3, HERC6, HGF, HIGD1A, HMOX1, HSPA8, HSPB1, IFI35, IFI44, IFI44L, IFIH1, IFIT1, IFIT2, IFIT3, IFIT5, IFITM3, IL3RA, IRF7, IRF9, ISG15, ISG20, ITGA1, ITGB3, ITGB7, ITPKB, KIAA1618, L1TD1, LAP3, LDB3, LGALS1, LGALS3BP, LGALS9, LGALS9B, LMNA, LPIN1, MAP3K11, MCAM, MCM8, MGLL, MPP7, MUC1, MX1, MX2, MYL4, NCF4, NMI, NQO1, NUB1, OAS1, OAS2, OAS3, OASL, ORMDL2, OTOF, P2RY6, PAPSS2, PARP14, PARP9, PBXIP1, PHF11, PHF15, PLG, PLSCR1, PREX1, PREX2, PRIC285, PRKCI, PSAP, PTMS, RAB13, RASSF4, RCN1, RGL1, RGS13, RNF213, RTN2, RTP4, RUNX3, S100A13, SAMD9, SAMD9L, SAMHD1, SERPINA7, SERPINF2, SERPINH1, SIPA1L3, SLAMF1, SLC1A3, SLC23A2, SLC27A3, SLFN5, SOD2, SPN, SPR, SRC, STAT1, STAT2, SYNJ2BP, TAX1BP3, TBC1D13, TDRD7, TGOLN2, TLR7, TMEM87A, TMOD2, TNFAIP2, TNFAIP8L2, TRANK1, TRIM14, TRPC4 TRPM4, TSPAN14, TSPAN3, UBA7, UBE2L6, USP18, USP41, VNN2, VTN, XAF1, ZCCHC2, ZER1, ZNF385A, ZNF480 o ZNF770, o cualquier combinación de los mismos. En realizaciones adicionales, aumenta el nivel de biomarcador cuando se compara con el nivel de referencia.
En otro ejemplo, el biomarcador es 3-Sep, ADIPOR2, AHR, ALCAM, ALDOC, ALKBH6, ALPL, AP1S3, APBB1IP, ARHGAP24, ARHGAP27, ARNT, BCL11A, BCL2A1, BCL2L1, BCLAF1, BNIP3L, C19orf22, C9orf40, CANX, CD22, CD44, CD5, CDC42SE2, CENPJ, CEP97, CFLAR, CLDN23, CLEC17A, COX17, CROCC, CRYM, CSNK1A1, DBN1, DENND1C, DNM2, DOK3, DTWD1, EHD1, EIF4H, ENO2, EPHA4, EPHA7, EPHB1, ERCC6, ETS1, EVI2B, EVL, FAR1, FCRL2, FCRL3, FCRL5, GABPB1, GAMT, GAPT, GAS7, GATM, GLRX, GNG2, GRPEL2, GYPC, GZMB, HK2, HLTF, HTRA3, IFNAR2, IKZF1, IKZF3, IL16, INF2, IQSEC1, IRF4, ISYNA1, ITGAL, ITGB2, KDM5B, KHK, L1CAM, LAT2, LBH, LNX1, LRRC25, LUC7L, LYSMD2, MEF2B, MEF2D, MICAL3, MYH11, NARF, NBR1, NEDD9, NEFL, OMA1, PARVB, PDK1, PFKFB4, PGM1, PIR, PLEKHG1, PMS2CL, PODXL2, POU2AF1, PPP1R2, PTPR, PTPRE, PTPRF, PTPRO, PTTG1, PVRL1, RAB33A, RANBP3, RASGRP3, RASSF6, RBBP5, RHOF, RPS29, RPS4Y2, SAMD1, SC5DL, SEC14L1, SEMA7A, SERPINB9, SETD8, SH2D3C, SIT1, SLAMF7, SLC16A3, SLC19A2, SNAP23, SNX11, SP140, SPIB, SPTAN1, SPTB, SSBIP1, STK17B, SYNCRIP, TCP11L1, TGM2, TJAP1, TNFAIP3, TNFRSF13B, TNFRSF1B, TOM1, TOR1AIP1, TP53I11, TSTD1, TUBB2B, UBE2J1, VAT1, VIM, WIPF1, WIZ, ZBTB32, ZFP91, ZMYM2, ZNF316, ZNF644, ZNF805, o cualquier combinación de los mismos. En realizaciones específicas, se reduce el nivel de biomarcador cuando se compara con el nivel de referencia. En determinadas realizaciones, la reducción en el nivel de biomarcador es el resultado de la regulación negativa de la expresión génica. En algunas realizaciones, la reducción en el nivel de biomarcador es el resultado de la regulación negativa de la expresión de proteínas. En otras realizaciones, la reducción en el nivel de biomarcador es un resultado de la degradación aumentada de la proteína. En una realización específica, el cáncer es DLBCL. En una realización, el DLBCL es ABC DLBCL. En otra realización, el DLBCL es GBC DLBCL. En determinadas realizaciones, el compuesto es el Compuesto A. En algunos ejemplos, el cáncer es DLBCL, el compuesto es el Compuesto A y el biomarcador es 3-Sep, ADIPOR2, AHR, ALCAM, ALDOC, ALKBH6, ALPL, AP1S3, APBB1IP, ARHGAP24, ARHGAP27, ARNT, BCL11A, BCL2A1, BCL2L1, BCLAF1, BNIP3L, C19orf22, C9orf40, CANX, CD22, CD44, CD5, CDC42SE2, CENPJ, CEP97, CFLAR, CLDN23, CLEC17A, COX17, CROCC, CRYM, CSNK1A1, DBN1, DENND1C, DNM2, DOK3, DTWD1, EHD1, EIF4H, ENO2, EPHA4, EPHA7, EPHB1, ERCC6, ETS1, EVI2B, EVL, FAR1, FCRL2, FCRL3, FCRL5, GABPB1, GAMT, GAPT, GAS7, GATM, GLRX, GNG2, GRPEL2, GYPC, GZMB, HK2, HLTF, HTRA3, IFNAR2, IKZF1, IKZF3, IL16, INF2, IQSEC1, IRF4, ISYNA1, ITGAL, ITGB2, KDM5B, KHK, L1CAM, LAT2, LBH, LNX1, LRRC25, LUC7L, LYSMD2, MEF2B, MEF2D, MICAL3, MYH11, NARF, NBR1, NEDD9, NEFL, OMA1, PARVB, PDK1, PFKFB4, PGM1, PIR, PLEKHG1, PMS2CL, PODXL2, POU2AF1, PPP1R2, PTPR, PTPRE, PTPRF, PTPRO, PTTG1, PVRL1, RAB33A, RANBP3, RASGRP3, RASSF6, RBBP5, RHOF, RPS29, RPS4Y2, SAMD1, SC5DL, SEC14L1, SEMA7A, SERPINB9, SETD8, SH2D3C, SIT1, SLAMF7, SLC16A3, SLC19A2, SNAP23, SNX11, SP140, SPIB, SPTAN1, SPTB, SSBIP1, STK17B, SYNCRIP, TCP11L1, TGM2, TJAP1, TNFAIP3, TNFRSF13B, TNFRSF1B, TOM1, TOR1AIP1, TP53I11, TSTD1, TUBB2B, UBE2J1, VAT1, VIM, WIPF1, WIZ, ZBTB32, ZFP91, ZMYM2, ZNF316, ZNF644, ZNF805, o cualquier combinación de los mismos. En realizaciones adicionales, se reduce el nivel de biomarcador cuando se compara con el nivel de referencia.
En algunos ejemplos, el biomarcador es ACSS1, ACY3, ADAM19, ADCY7, AIF1, ALDH2, AMPD3, ANK3, ANXA4, ANXA6, ANXA6, APOBEC3G, APOBR, B2M, BCL9L, BST2, C19orf66, CASP10, CCDC28B, CD40, CD59, CD83, CGN, CLSTN1, CMPK2, COL23A1, CORO1B, CORO1C, CTNND1, CTSH, CTTNBP2NL, CYTH1, CYTH4, DDX58, DDX60, DTX3L, EIF2AK2, ETHE1, F11R, FADS2, FAM76A, FDFT1, FGD4, FLNA, FLNB, FRRS1, FSCN1, GCH1, GMFG, GNB4, GNG2, H1F0, HECTD1, HELZ2, HGF, HGSNAT, HLA-A, HLA-B, HLA-G, HSPB1, HYI, IFI35, IFIT1, IFIT3, IFIT5, IL4I1, IPCEF1, IRF9, ISG15, ISG20, JADE2, KIAA0101, LAT2, LGALS1, LGALS3BP, LGALS9, LGALS9B, LMCD1, LMNA, LY75, LYSMD2, MAGED4, MAPK10, MBD1, MEA1, MT2A, MX1, MX2, MYBPC2, NCOA7, NCOA7, NEXN, NT5C3A, OAS1, OAS2, OAS3, OSBPL10, PARP10, PARP14, PARP9, PCDHGC3, PLG, PLSCR1, PRCP, PTTG1IP, PYG02, QPCT, S100A13, SAMHD1, SERPINH1, SIRPB1, SLC23A2, SLC25A33, SLC7A7, SLFN5, SOWAHD, SP110, SP140, SPR, STAT1, STAT2, STK3, SYBU, TAP1, TAP2, TDRD7, THEMIS2, TNFAIP8L2, TNFSF9, TRIM 14, TRIM21, TRIM22, TYMP, UBE2L6, USP40, VPREB1, ADIPOR2, ATF5, BACH2, BANK1, BCDIN3D, CD320, CSNK1A1, DEPTOR, ETS1, GLIPR1L1, GNG7, GPT2, HSBP1, ICAM2, IKZF1, IKZF3, KRT1, KRT14, KRT2, KRT6B, KRT9, MED12L, NEIL1, NUGGC, OMA1, PDE6D, PDZRN3, PODXL, SYNGR3, SYTL1, WIZ, ZFP91 o ZMYM2, o cualquier combinación de los mismos. En una realización específica, el cáncer es DLBCL. En una realización, el DLBCL es ABC DLBCL. En otra realización, el DLBCL es GBC DLBCL. En determinadas realizaciones, el compuesto es el Compuesto A. En algunas realizaciones, el compuesto es el Compuesto B. En otras realizaciones, el compuesto es lenalidomida. En otras realizaciones, el compuesto es pomalidomida. En aún otras realizaciones, el compuesto es talidomida.
En algunos ejemplos, el biomarcador es ACSS1, ACY3, ADAM19, ADCY7, AIF1, ALDH2, AMPD3, ANK3, ANXA4, ANXA6, ANXA6, APOBEC3G, APOBR, B2M, BCL9L, BST2, C19orf66, CASP10, CCDC28B, CD40, CD59, CD83, CGN, CLSTN1, CMPK2, COL23A1, CORO1B, CORO1C, CTNND1, CTSH, CTTNBP2NL, CYTH1, CYTH4, DDX58, DDX60, DTX3L, EIF2AK2, ETHE1, F11R, FADS2, FAM76A, FDFT1, FGD4, FLNA, FLNB, FRRS1, FSCN1, GCH1, GMFG, GNB4, GNG2, H1F0, HECTD1, HELZ2, HGF, HGSNAT, HLA-A, HLA-B, HLA-G, HSPB1, HYI, IFI35, IFIT1, IFIT3, IFIT5, IL4I1, IPCEF1, IRF9, ISG15, ISG20, JADE2, KIAA0101, LAT2, LGALS1, LGALS3BP, LGALS9, LGALS9B, LMCD1, LMNA, LY75, LYSMD2, MAGED4, MAPK10, MBD1, MEA1, MT2A, MX1, MX2, MYBPC2, NCOA7, NCOA7, NEXN, NT5C3A, OAS1, OAS2, OAS3, OSBPL10, PARP10, PARP14, PARP9, PCDHGC3, PLG, PLSCR1, PRCP, PTTG1IP, PYG02, QPCT, S100A13, SAMHD1, SERPINH1, SIRPB1, SLC23A2, SLC25A33, SLC7A7, SLFN5, SOWAHD, SP110, SP140, SPR, STAT1, STAT2, STK3, SYBU, TAP1, TAP2, TDRD7, THEMIS2, TNFAIP8L2, TNFSF9, TRIM 14, TRIM21, TRIM22, Ty Mp , UBE2L6, USP40 o VPREB1, o cualquier combinación de los mismos. En realizaciones específicas, aumenta el nivel de biomarcador cuando se compara con el nivel de referencia. En determinadas realizaciones, el aumento en el nivel de biomarcador es el resultado de la regulación positiva de la expresión génica. En algunas realizaciones, el aumento en el nivel de biomarcador es el resultado de la regulación positiva de la expresión de proteínas. En otras realizaciones, el aumento en el nivel de biomarcador es un resultado de la degradación reducida de la proteína. En una realización específica, el cáncer es DLBCL. En una realización, el DLBCL es ABC DLBCL. En otra realización, el DLBCL es GBC DLBCL. En determinadas realizaciones, el compuesto es el Compuesto A. En algunos ejemplos, el cáncer es DLBCL, el compuesto es el Compuesto A y el biomarcador es ACSS1, ACY3, ADAM 19, ADCY7, AIF1, ALDH2, AMPD3, ANK3, ANXA4, ANXA6, ANXA6, APOBEC3G, APOBR, B2M, BCL9L, BST2, C19orf66, CASP10, CCDC28B, CD40, CD59, CD83, CGN, CLSTN1, CMPK2, COL23A1, CORO1B, CORO1C, CTNND1, CTSH, CTTNBP2NL, CYTH1, CYTH4, DDX58, DDX60, DTX3L, EIF2AK2, ETHE1, F11 R, FADS2, FAM76A, FDFT1, FGD4, FLNA, FLNB, FRRS1, FSCN1, GCH1, GMFG, GNB4, GNG2, H1 F0, HECTD1, HELZ2, HGF, HGSNAT, HLA-A, HLA-B, HLA-G, HSPB1, HYI, IFI35, IFIT1, IFIT3, IFIT5, IL4I1, IPCEF1, IRF9, ISG15, ISG20, JADE2, KIAA0101, LAT2, LGALS1, LGALS3BP, LGALS9, LGALS9B, LMCD1, LMNA, LY75, LYSMD2, MAGED4, MAPK10, MBD1, MEA1, MT2A, MX1, MX2, MYBPC2, NCOA7, NCOA7, NEXN, NT5C3A, OAS1, OAS2, OAS3, OSBPL10, PARP10, PARP14, PARP9, PCDHGC3, PLG, PLSCR1, PRCP, PTTG1IP, PYG02, QPCT, S100A13, SAMHD1, SERPINH1, SIRPB1, SLC23A2, SLC25A33, SLC7A7, SLFN5, SOWAHD, SP110, SP140, SPR, STAT1, STAT2, STK3, SYBU, TAP1, TAP2, TDRD7, THEMIS2, TNFAIP8L2, TNFSF9, TRIM 14, TRIM21, TRIM22, TYMP, UBE2L6, USP40 o VPREB1, o cualquier combinación de los mismos. En realizaciones adicionales, aumenta el nivel de biomarcador cuando se compara con el nivel de referencia.
En otros ejemplos, el biomarcador es ADIPOR2, ATF5, BACH2, BANK1, BCDIN3D, CD320, CSNK1A1, DEPTOR, ETS1, GLIPR1L1, GNG7, GPT2, HSBP1, ICAM2, IKZF1, IKZF3, KRT1, KRT14, KRT2, KRT6B, KRT9, MED12L, NEIL1, NUGGC, OMA1, PDE6D, PDZRN3, PODXL, SYNGR3, SYTL1, WIZ, ZFP91 o ZMYM2, o cualquier combinación de los mismos. En realizaciones específicas, el nivel de biomarcador se reduce cuando se compara con el nivel de referencia. En determinadas realizaciones, la reducción en el nivel de biomarcador es el resultado de la regulación negativa de la expresión génica. En algunas realizaciones, la reducción en el nivel de biomarcador es el resultado de la regulación negativa de la expresión de proteínas. En otras realizaciones, la reducción en el nivel de biomarcador es un resultado de la degradación aumentada de la proteína. En una realización específica, el cáncer es DLBCL. En una realización, el DLBCL es ABC DLBCL. En otra realización, el DLBCL es GBC DLBCL. En determinadas realizaciones, el compuesto es el Compuesto A. En algunos ejemplos, el cáncer es DLBCL, el compuesto es el Compuesto A y el biomarcador es ADIPOR2, ATF5, BACH2, BANK1, BCDIN3D, CD320, CSNK1A1, De Pt OR, ETS1, GLIPR1L1, GNG7, GPT2, HSBP1, ICAM2, IKZF1, IKZF3, KRT1, KRT14, KRT2, KRT6B, KRT9, MED12L, NEIL1, NUGGC, OMA1, PDE6D, PDZRN3, PODXL, SYNGR3, SYTL1, WIZ, ZFP91 o ZMYM2, o cualquier combinación de los mismos. En realizaciones adicionales, el nivel de biomarcador se reduce cuando se compara con el nivel de referencia.
En algunas realizaciones, el cáncer es MDS, el compuesto es lenalidomida y el biomarcador es CSNK1A1. En realizaciones específicas, el nivel de CSNK1A1 se reduce cuando se compara con el nivel de referencia. En determinadas realizaciones, la reducción en el nivel de CSNK1A1 es el resultado de la regulación negativa de la expresión génica. En algunas realizaciones, la reducción en el nivel de CSNK1A1 es el resultado de la regulación negativa de la expresión de proteínas. En otras realizaciones, la reducción en el nivel de CSNK1A1 es un resultado de la degradación aumentada de la proteína.
En algunas realizaciones, el cáncer es MDS, el compuesto es lenalidomida y el biomarcador es CSNK1A1 o ZFP91, o cualquier combinación de los mismos. En realizaciones específicas, se reduce el nivel de biomarcador cuando se compara con el nivel de referencia. En determinadas realizaciones, la reducción en el nivel de biomarcador es el resultado de la regulación negativa de la expresión génica. En algunas realizaciones, la reducción en el nivel de biomarcador es el resultado de la regulación negativa de la expresión de proteínas. En otras realizaciones, la reducción en el nivel de biomarcador es un resultado de la degradación aumentada de la proteína.
En algunas realizaciones, el cáncer es MDS, el biomarcador es CSNK1A1 o ZFP91, o cualquier combinación de los mismos y el compuesto es lenalidomida. En algunas realizaciones, el cáncer es MDS, el biomarcador es CSNK1A1 o ZFP91, o cualquier combinación de los mismos y el compuesto es el Compuesto A.
En algunas realizaciones, el cáncer es AML, el biomarcador es CSNK1A1 o ZFP91, o cualquier combinación de los mismos y el compuesto es lenalidomida. En algunas realizaciones, el cáncer es MDS, el biomarcador es CSNK1A1 o ZFP91, o cualquier combinación de los mismos y el compuesto es el Compuesto A.
En los métodos desvelados en el presente documento, la CAP es CRBN. En algunos ejemplos, los compuestos inmunomoduladores proporcionados en el presente documento regulan positivamente la expresión de CRBN (por ejemplo, expresión de proteínas). Los IMiD desvelados en el presente documento pueden regular positivamente la expresión de CRBN (por ejemplo, expresión génica o de proteínas). En un ejemplo, 3-(5-amino-2-metil-4-oxo-4H-quinazolin-3-il)-piperidin-2,6-diona regula positivamente la expresión de CRBN (por ejemplo, expresión génica o de proteínas). Lenalidomida puede regular positivamente la expresión de CRBN (por ejemplo, expresión génica o de proteínas). El Compuesto A puede regular positivamente la expresión de CRBN (por ejemplo, expresión génica o de proteínas). En algunos ejemplos, se aumentan los niveles de proteína CBRN.
En otro ejemplo, los compuestos inmunomoduladores desvelados en el presente documento regulan negativamente la expresión de IL-2. Los IMiD desvelados en el presente documento regulan negativamente la expresión de Aiolos (por ejemplo, expresión génica o de proteínas). En otro ejemplo, 3-(5-amino-2-metil-4-oxo-4H-quinazolin-3-il)-piperidin-2,6-diona regula negativamente la expresión de Aiolos (por ejemplo, expresión génica o de proteínas). Lenalidomida puede regular negativamente la expresión de Aiolos (por ejemplo, expresión génica o de proteínas). El Compuesto A puede regular negativamente la expresión de Aiolos (por ejemplo, expresión génica o de proteínas). En algunos ejemplos, se reducen los niveles de proteína Aiolos. En ejemplos específicos, los niveles de Aiolos se reducen como un resultado de Aiolos la degradación de la proteína Aiolos, por ejemplo, después de la ubiquitinación.
5.3. Métodos para Detectar y Cuantificar CRBN o Proteínas Asociadas a CRBN
En determinados ejemplos, se desvelan en el presente documento métodos para detectar y cuantificar el nivel de proteínas de biomarcador, tal como CRBN o una CAP, a partir de una muestra biológica, que comprende: (a) poner en contacto la muestra con un primer anticuerpo que se une inmunoespecíficamente al biomarcador; (b) poner en contacto la muestra unida al primer anticuerpo con un segundo anticuerpo con un marcador detectable, en donde el segundo anticuerpo se une inmunoespecíficamente al biomarcador y en donde el segundo anticuerpo se une inmunoespecíficamente a un epítopo diferente en el biomarcador que el primer anticuerpo; (c) detectar la presencia del segundo anticuerpo unido a la muestra; y (d) determinar el nivel de proteínas del biomarcador basándose en la cantidad de marcador detectable en el segundo anticuerpo.
En algunos ejemplos de los diversos métodos desvelados en el presente documento, el método comprende usar inmunohistoquímica de doble tinción para determinar el nivel de un biomarcador, tal como CRBN o una CAP. En un ensayo de inmunohistoquímica de doble tinción, una CAP y otro biomarcador de cáncer se detectan de forma simultánea usando un primer anticuerpo marcado que dirige una CAP y un segundo anticuerpo marcado que dirige un biomarcador de cáncer. Tal ensayo puede mejorar la especificidad, precisión y sensibilidad para detectar y medir una CAP. En algunos ejemplos, el biomarcador de cáncer es un biomarcador de DLBCL. En algunos ejemplos, el biomarcador de cáncer es un biomarcador de MM. En algunos ejemplos, el biomarcador de cáncer es un biomarcador de MDS. En algunos ejemplos, el biomarcador de cáncer es un biomarcador de AML. En algunos ejemplos, el biomarcador de cáncer es CD138. El CD138 es un marcador de células plasmáticas y mieloma múltiple. Además, debido a que el ensayo puede detectar de forma simultánea CD138 y una CAP en la misma muestra de células, el ensayo puede detectar muestras de tumor (que contiene células positivas de CD138) que expresan o no pocas CAP. De este modo, el método inmunohistoquímico de doble tinción desvelado en el presente documento proporciona, entre diversas ventajas, una medición más sensible de un cambio de una CAP en una muestra. En algunos ejemplos, el nivel de una CAP se mide usando puntuación H. El método de puntuación H toma consideración de las células de tumor que son positivas a CD138 en todo el espécimen, ya sea con o sin una CAP.
De este modo, en algunos ejemplos, el método desvelado en el presente documento comprende (i) poner en contacto proteínas dentro de una muestra con un primer anticuerpo que se une inmunoespecíficamente a una CAP, el primer anticuerpo se acopla con una primera capa detectable; (ii) poner en contacto las proteínas dentro de la muestra con un segundo anticuerpo que se une inmunoespecíficamente a un biomarcador de cáncer, el segundo anticuerpo se acopla con una segunda etiqueta detectable; (iii) detectar la presencia del primer anticuerpo y el segundo anticuerpo unido a las proteínas; y (iv) determinar el nivel de la CAP basándose en la cantidad de nivel detectable en el primer anticuerpo y determinar el nivel de biomarcador de cáncer basándose en la cantidad de nivel detectable en el segundo anticuerpo. En algunos ejemplos, el biomarcador de cáncer es un biomarcador de DLBCL. En algunos ejemplos, el biomarcador de cáncer es un biomarcador de MM. En algunos ejemplos, el biomarcador de cáncer es un biomarcador de MDS. En algunos ejemplos, el biomarcador de cáncer es un biomarcador de AML. En algunos ejemplos, el biomarcador de cáncer es CD138. En algunas realizaciones, la puntuación H se usa para determinar el nivel de la CAP. En algunos ejemplos, la puntuación H se usa para determinar el nivel de la CAP cuando el nivel de biomarcador de cáncer es mayor que un nivel de referencia.
En determinadas realizaciones, se proporcionan en el presente documento métodos para detectar y cuantificar el nivel de ARN (por ejemplo, ARNm) de un biomarcador a partir de una muestra biológica, que comprende: (a) obtener ARN de la muestra; (b) poner en contacto el ARN con un cebador que comprende una secuencia unida específicamente a una secuencia en el ARN para generar una primera molécula de ADN que tiene una complementariedad de secuencia al ARN; (c) amplificar el ADN que corresponde a un segmento de un gen que codifica el biomarcador; y (d) determinar el nivel de ARN del biomarcador basándose en la cantidad de ADN amplificado.
En algunas realizaciones, el biomarcador o biomarcadores se evalúan en combinación con otros biomarcador o biomarcadores proporcionados en el presente documento, tales como CSNK1A1 y/o ZFP91.
En determinadas realizaciones de los diversos métodos proporcionados en el presente documento, dos o más de las etapas se realizan de forma secuencial. En otras realizaciones de los métodos proporcionados en el presente documento, dos o más de las etapas se realizan en paralelo (por ejemplo, al mismo tiempo).
Los ensayos ilustrativos de los diversos métodos proporcionados en el presente documento para detectar y cuantificar el nivel de proteínas de un biomarcador, tales como CRBN o una CAP (por ejemplo, Ikaros, Aiolos, IFN, una proteína de la ruta de IFN, CSNK1A1, ZFP91, una combinación de los mismos) son inmunoanálisis, tales como el análisis de transferencia Western y un análisis inmunosorbente ligado a enzima (ELISA) (por ejemplo, un ELISA tipo sándwich). Un ensayo ilustrativo proporcionado en el presente documento de los métodos para detectar y cuantificar el nivel de ARN de un biomarcador, tal como CRBN o una CAP (por ejemplo, Ikaros, Aiolos, IFN, una proteína de la ruta de IFN, CSNK1A1, ZFP91, una combinación de los mismos) es la reacción de la cadena de polimerasa de transcripción inversa (RT-PCR), por ejemplo, PCR cuantitativa o qPCR.
5.4. Sujetos, Muestras y Tipos de Células
Sujetos y Muestras
En determinadas realizaciones, los diversos métodos proporcionados en el presente documento usan muestras (por ejemplo, muestras biológicas) a partir de sujetos o individuos (por ejemplo, pacientes). El sujeto puede ser un paciente, tal como un paciente con un cáncer (por ejemplo, DLBCL, MM, MDS o AML). El sujeto puede ser un mamífero, por ejemplo, un humano. El sujeto puede ser varón o mujer y puede ser un adulto, niño o bebé. Las muestras pueden analizarse en un momento durante una fase activa de un cáncer (por ejemplo, DLBCL, MM, MDS o AML), o cuando el cáncer (por ejemplo, DLBCL, MM, MDS o AML) se encuentra inactivo. En determinadas realizaciones, puede obtenerse más de una muestra a partir de un sujeto.
En determinadas realizaciones, la muestra usada en los métodos proporcionados en el presente documento comprende fluidos corporales de un sujeto. Ejemplos no limitantes de fluidos corporales incluyen sangre (por ejemplo, sangre periférica total, sangre periférica), plasma sanguíneo, líquido amniótico, humor acuoso, bilis, cerumen, fluido de cowper, fluido de pre-eyaculación, quilo, quimo, eyaculado femenino, líquido intersticial, linfa, menstruación, leche materna, moco, fluido pleural, pus, saliva, sebo, semen, suero, sudor, lágrimas, orina, lubricación vaginal, vómito, agua, heces, fluidos corporales internos, incluyendo líquido cefalorraquídeo que rodea el cerebro y columna vertebral, líquido sinovial que rodea las articulaciones óseas, líquido intracelular que es el fluido dentro de las células y fluidos del humor vítreo en el globo ocular. En algunas realizaciones, la muestra es una muestra sanguínea. La muestra sanguínea puede obtenerse usando técnicas convencionales como se describe, por ejemplo, en Innis et al, editores, Protocolos PCR (Academic Press, 1990). Los glóbulos blancos pueden separarse de las muestras sanguíneas usando técnicas convencionales o kits disponibles en el mercado, por ejemplo, el kit RosetteSep (Stein Cell Technologies, Vancouver, Canadá). Las subpoblaciones de glóbulos blancos, por ejemplo, células mononucleares, células B, células T, monocitos, granulocitos o linfocitos, pueden aislarse aún más usando técnicas convencionales, por ejemplo clasificación celular activada magnéticamente (MACS) (Miltenyi Biotec, Auburn, California) o clasificación celular activada por fluorescencia (FACS) (Becton Dickinson, San Jose, California).
En una realización, la muestra sanguínea es de aproximadamente 0,1 ml a aproximadamente 10,0 ml, de aproximadamente 0,2 ml a aproximadamente 7 ml, de aproximadamente 0,3 ml a aproximadamente 5 ml, de aproximadamente 0,4 ml a aproximadamente 3,5 ml, o de aproximadamente 0,5 ml a aproximadamente 3 ml, En otra realización, la muestra sanguínea es aproximadamente 0,3, 0,4, 0,5, 0,6, 0,7, 0,8, 0,9, 1,0, 1,5, 2,0, 2,5, 3,0, 3,5, 4,0, 4,5, 5,0, 6,0, 7,0, 8,0, 9,0 o 10,0 ml.
En algunas realizaciones, la muestra usada en los presentes métodos comprende una biopsia (por ejemplo, una biopsia de tumor). La biopsia puede ser de cualquier órgano o tejido, por ejemplo, de piel, hígado, pulmón, corazón, colon, riñón, médula ósea, dientes, nódulos linfáticos, cabello, bazo, cerebro, mama, u otros órganos. Puede usarse cualquier técnica de biopsia conocida por los expertos en la materia para aislar una muestra de un sujeto, por ejemplo, biopsia abierta, biopsia cerrada, biopsia nuclear, biopsia por incisión, biopsia por escisión, o biopsia por aspiración con aguja fina.
En una realización, la muestra usada en los métodos proporcionados en el presente documento se obtiene a partir del sujeto antes de que el sujeto reciba un tratamiento para la enfermedad o trastorno. En otra realización, la muestra se obtiene a partir del sujeto durante un tratamiento que recibe el sujeto para la enfermedad o trastorno. En otra realización, la muestra se obtiene después a partir de que sujeto recibe un tratamiento para la enfermedad o trastorno. En diversas realizaciones, el tratamiento comprende administrar un compuesto (por ejemplo, un compuesto proporcionado en la Sección 5.7 a continuación) al sujeto.
Tipos de células:
En determinadas realizaciones, la muestra usada en los métodos proporcionados en el presente documento comprende una pluralidad de células, tales como células de cáncer (por ejemplo, DLBCL, MM, MDS o AML). Tales células pueden incluir cualquier tipo de células, por ejemplo, células madre, células de sangre (por ejemplo, células mononucleares de sangre periférica), linfocitos, células B, células T, monocitos, granulocitos, células inmunitarias, o células de tumor o cáncer. Las células de tumor o cáncer o un tejido de tumor, tal como una biopsia de tumor o un explante de tumor.
El número de células, tal como células de cáncer (por ejemplo, DLBCL, MM, MDS, o AML) usado en los métodos puede variar desde una simple célula a aproximadamente 109 células. Las células B (linfocitos B) incluyen, por ejemplo, células B plasmáticas, células B de memoria, células B1, células B2, células B de zona marginal y células B foliculares. Las células B pueden expresar inmunoglobulinas (anticuerpos, receptor de células B).
Las células son Karpas 422, TMD8, WSU-DLCL2, OCI-LY10, Karpas 1106P, HT, SUDHL-10, Riva, OCI-LY19, SUDHL-4, SUDHL-6, OCI-LY3, Farage, U266, DF15, o RPMI, por ejemplo, como se detectan por citometría de flujo.
Las poblaciones de células específicas pueden obtenerse usando una combinación de anticuerpos disponibles en el mercado (por ejemplo, Quest Diagnostic (San Juan Capistrano, Calif.); Dako (Dinamarca)).
Las células en los métodos proporcionados en el presente documento pueden obtenerse a partir de una línea celular. En determinados ejemplos, la línea celular es la línea celular de WSU-DLCL2 o TMD8 resistente a lenalidomida. En determinadas realizaciones, la línea celular es una línea celular de DLBCL. La línea celular puede ser una línea celular de ABC-DLBCL (DLBCL similar a células B activadas), por ejemplo, TMD8, OCI-LY10, Riva, o línea celular de OCI-LY3. La línea celular puede ser una línea celular de GCB-DLBCL (DLBCL similar a células B centrales germinales), por ejemplo, línea celular Karpas 422, WSU-DLCL2, Karpas 1106P, HT, SUDHL-10, OCI-LY19, SUDHL-4, o SUDHL-6. En algunas realizaciones, las células de MM en los métodos proporcionados en el presente documento pueden obtenerse a partir de una línea celular. En algunos ejemplos, la línea celular es la línea celular U266. En determinados ejemplos, la línea celular es una línea celular DF15. En algunos ejemplos, la línea celular es una línea celular RPMI. En algunos ejemplos, las células de cáncer mieloide en el método desvelado en el presente documento pueden obtenerse a partir de una línea celular. En algunas realizaciones, la línea celular es una línea celular MDS-L. En algunos ejemplos, la línea celular es una línea celular HNT-34.
En determinadas realizaciones, se entenderá que los resultados proporcionados en los ejemplos en el presente documento pueden extrapolarse a las células de cáncer de poblaciones de pacientes más amplias.
En determinadas realizaciones, la muestra usada en los métodos proporcionados en el presente documento es a partir de un tejido enfermo, por ejemplo, a partir de un individuo que tiene cáncer (por ejemplo, DLBCL, MM, MDS o AML).
En determinadas realizaciones, los métodos proporcionados en el presente documento son útiles para detectar la nueva disposición génica en células de un individuo saludable. En determinadas realizaciones, el número de células usadas en los métodos proporcionados en el presente documento pueden variar desde una única célula hasta aproximadamente 109 células. En algunas realizaciones, el número de células usadas en los métodos proporcionados en el presente documento es aproximadamente 1 x 104, 5 x 104, 1 x 105, 5 x 105, 1 x 106, 5 x 106, 108, o 5 x 108
Puede monitorizarse el número y tipo de células recolectadas de un sujeto, por ejemplo, al medir marcadores de cambios en morfología y superficie celular usando técnicas de detección celular convencionales tales como citometría de flujo, clasificación celular, inmunocitoquímica (por ejemplo, tinción con anticuerpos específicos del marcador de célula o tejido específico) clasificación celular activada por fluorescencia (FACS), clasificación celular activada magnética (MACS), por examen de la morfología de las células usando microscopía de luz o confocal, y/o al medir cambios en la expresión génica usando técnicas bien conocidas en la técnica, tales como PCR y perfilado de expresión génica. Estas técnicas pueden usarse también para identificar células que son positivas para uno o más marcadores particulares. La clasificación celular activada por fluorescencia (FACS) es un método bien conocido para partículas separadas, incluyendo células basadas en las propiedades fluorescentes de las partículas (Kamarch, 1987, Methods Enzymol, 151:150-165). La excitación láser de fracciones fluorescentes en las partículas individuales resulta en una pequeña carga eléctrica que permite la separación electromagnética de partículas positivas y negativas a partir de una mezcla. En una realización, los anticuerpos o ligandos específicos de marcador de superficie o se etiquetan con etiquetas fluorescentes distintas. Las células se procesan a través del clasificador celular, permitiendo la separación de las células basadas en su capacidad para unirse a los anticuerpos usados. Las partículas clasificadas con FACS pueden depositarse directamente en los pocillos individuales de placas de 96 pocillos o 384 pocillos para facilitar la separación y clonación.
En determinadas realizaciones, los subconjuntos de células se usan en los métodos proporcionados en el presente documento. Los métodos para clasificar y aislar poblaciones específicas de células se conocen bien en la técnica y pueden basarse en el tamaño celular, morfología, o marcadores intracelulares o extracelulares. Tales métodos incluyen, entre otros citometría de flujo, clasificación de flujo, FACS, separación a base de perlas tal como clasificación celular magnética, separación a base de tamaños (por ejemplo, un tamiz, una disposición de obstáculos, o un filtro), clasificación en un dispositivo de microfluidos, separación a base de anticuerpos, sedimentación, adsorción por afinidad, extracción por afinidad, centrifugación por gradiente de densidad, microdisección por captura láser, etc.
En una realización, el ARN (por ejemplo, ARNm) o proteína se purifica a partir del tumor y se mide la presencia o ausencia de un biomarcador por análisis de expresión génica o de proteínas. En determinadas realizaciones, la presencia o ausencia de un biomarcador se mide por PCR cuantitativa en tiempo real (QRT-PCR), micromatriz, citometría de flujo o inmunofluorescencia. En otras realizaciones, la presencia o ausencia de un biomarcador se mide por metodologías a base de análisis inmunosorbente ligado a enzima (ELISA) u otros métodos similares conocidos en la técnica.
5.5. Métodos para Detectar Niveles de ARNm en una Muestra
Se conocen en la técnica diversos métodos para detectar o cuantificar los niveles de ARNm. Los métodos ilustrativos incluyen, entre otros transferencias Northern, ensayos de protección de ribonucleasa, métodos a base de PCR y similares. La secuencia de ARNm (por ejemplo, el ARNm de un biomarcador, tal como CRBN o una CAP, o un fragmento de la misma), puede usarse para preparar una sonda que es al menos parcialmente complementaria.
Entonces la sonda puede usarse para detectar la secuencia de ARNm en una muestra, usando cualquier ensayo adecuado, tal como métodos a base de PCR, transferencia Northern, un ensayo en tira reactiva y similares.
En otros ejemplos, puede prepararse un ensayo de ácidos nucleicos para probar la actividad inmunomoduladora en una muestra biológica. Un ensayo contiene normalmente un soporte sólido y al menos un ácido nucleico en contacto con el soporte, donde el ácido nucleico corresponde al menos a una porción de un ARNm que tiene una expresión alterada durante un tratamiento inmunomodulador en un paciente, tal como el ARNm de un biomarcador (por ejemplo, CRBN o una CAP). El ensayo también puede tener un medio para detectar la expresión alterada del ARNm en la muestra.
El método de ensayo puede variar dependiendo del tipo de información deseada de ARNm. Los métodos ilustrativos incluyen entre otros transferencias Northern y métodos a base de PCR (por ejemplo, qRT-PCR). Los métodos tales como qRT-PCR también pueden cuantificar de forma precisa la cantidad de ARNm en una muestra.
Cualquier plataforma de ensayo adecuada puede usarse para determinar la presencia del ARNm en una muestra. Por ejemplo, un ensayo puede encontrarse en forma de una tira reactiva, una membrana, un chip, un disco, una tira de prueba, un filtro, una microesfera, un portaobjetos, una placa de múltiples pocillos, o una fibra óptica. Un sistema de análisis puede tener un soporte sólido en el cual se une un ácido nucleico que corresponde con el ARNm. El soporte sólido puede comprender, por ejemplo, un plástico, silicio, un metal, una resina, vidrio, una membrana, una partícula, un precipitado, un gel, un polímero, una hoja, una esfera, un polisacárido, un capilar, una película de una placa, o un portaobjetos. Los componentes de análisis pueden prepararse y empacarse juntos como un kit para detectar un ARNm.
El ácido nucleico puede marcarse, si se desea, para hacer una población de ARNm marcados. En general, una muestra puede marcarse usando los métodos que se conocen bien en la técnica (por ejemplo, usando una ADN ligasa, transferasa terminal, o al marcar la cadena principal de ARN, etc.; véase, por ejemplo, Ausubel, eta l., ShortProtocols in Molecular Biology, 3a ed., Wiley & Sons 1995 y Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Tercera Edición, 2001 Cold Spring Harbor, N.Y.). En algunas realizaciones, la muestra se marca con un marcador fluorescente. Los tintes fluorescentes ilustrativos incluyen entre otros tintes de xanteno, tintes de fluoresceína, tintes de rodamina, isotiocianato de fluoresceína (FITC), 6-carboxifluoresceína (FAM), 6 carboxi-2’,4’,7’,4,7-hexaclorofluoresceína (HEX), 6-carboxi-4’,5’-dicloro-2’,7’-dimetoxifluoresceína (JOE o J), N,N,N’,N’-tetrametil-6-carboxirrodamina (TAMRA o T), 6-carboxi-X-rodamina (ROX o R), 5-carboxirrodamina-6G (R6G5 o G5), 6-carboxirrodamina-6G (R6G6 o G6) y rodamina 110; tintes de cianina, por ejemplo, tintes Cy3, Cy5 y Cy7; tintes Alexa, por ejemplo, Alexa-fluor-555; cumarina, dietilaminocumarina, umbeliferona; tintes de bencimida, por ejemplo, Hoechst 33258; tintes de fenantridina, por ejemplo, Texas Red; tintes de etidio; tintes de acridina; tintes de carbazol; tintes de fenoxazina; tintes de porfirina; tintes de polimetina, tintes BODIPY, tintes de quinolina, Pireno, Clorotriazinilo Fluoresceína, R110, Eosina, JOE, R6G, Tetrametilrodamina, Lisamina, ROX, Naftofluoresceína y similares.
En algunas realizaciones, las secuencias de ARNm comprenden al menos un ARNm de un biomarcador proporcionado en el presente documento. En un ejemplo, el biomarcador se selecciona del grupo que consiste en el ARNm de DDB1, PABPC1, HNRNPR, RPL19, SYNCRIP, H2AFX, HSPA8, ALDOA, HIST1H2AA, HSPA1A, XRCC6, RPL12, RPL18A, RPL4, HNRNPA2B1, HNRNPC, RPS2, SEC24C, RPL9, USP15, SEC24A, CTPS, ABCE1, EEF1A1, IP05, CPSF6, KCNAB2, C7ORF42, SMC4, GNB3, H2AFZ, HIST1H1C, HIST1H1D, HIST1H1E, ACTB, CSNK2A1, CRBN, DDX21, DHX9, DNAJC1, G3BP1, HSPA1B, IGF2BP2, RPL10A, RPL13A, RPL14, RPL15, RPL21, RPL3, RPL30, RPL7, RPL7A, RPLP1, RPLP2, MYH10, ILF3, NCL, RPS13, RPS16, RPS19, RPS6, SND1, EIF2S2, HNRNPH2, UBB, EEF1G, TBL1XR1, NACA, EIF4A1, FASN, PPAT, G3BP2, TUBA1A, UBAP2L, MCM2, UAP1, TUBA1C, EIF2S1, EIF3J, PRKDC, MCM7, RPL11, TUBA1B, STAT3, PTRH2, PABPC4, PTPRC, MACF1, UBE2O, DUT, GNB2L1, NUP88, H2AFJ, SEC23B, PDXK, ACLY, ARID1A, GBE1, HSPA9, DDX17, FUBP1, FBXO21, EWSR1, IFI16, YWHAE, UBA52, C0PS6, GNAS, UBE2Q1, FERMT3, NAP1L2, TPD52, VAPA, EEF1AL3, DDIT4, NEDD8, HIST1H1A, HIST1H1B, PCM1, IKZF1, IKZF3, IFITM3, o CSNK1A1, o un fragmento de los mismos. En un ejemplo, el ARNm es ARNm de Ikaros. En otro ejemplo, el ARNm es ARNm de Aiolos. En otro ejemplo, el ARNm es ARNm de IFITM3. En otra realización, el ARNm es ARNm de CSNK1A1. En otros ejemplos, el ARNm es ARNm de IFIT3. En un ejemplo, el ARNm es ARNm de DDX58. En un ejemplo, el ARNm es ARNm de XAF1. En un ejemplo, el ARNm es ARNm de IFIH1. En un ejemplo, el ARNm es ARNm de IFI27. En un ejemplo, el ARNm es ARNm de IFIT1. En un ejemplo, el ARNm es ARNm de ISG15. En otros ejemplos, el ARNm es un ARNm de IRF. En una realización, el ARNm es ARNm de ZFP91. Los ácidos nucleicos pueden encontrarse presentes en publicaciones que pueden dirigirse específicas en un soporte sólido; cada una que corresponde al menos a una porción de secuencias de ARNm que se expresan de forma diferencial sobre un tratamiento de un compuesto inmunomodulador en una célula o un paciente.
Un método de ensayo de ARNm típico puede contener las etapas de (1) obtener sondas unidas a una superficie de un sujeto; (2) hibridación de una población de ARNm en las sondas unidas a superficie bajo condiciones suficientes para proporcionar la unión específica; (3) hibridación posterior de lavados para retirar los ácidos nucleicos que no se unieron en la hibridación; y (4) detección de los ARNm hibridados. Los reactivos usados en cada una de esas etapas y sus condiciones para su uso pueden variar dependiendo de la aplicación particular.
La hibridación puede llevarse a cabo bajo condiciones de hibridación adecuadas, que pueden variar la rigurosidad como se desee. Las condiciones típicas son suficientes para producir complejos de sonda/diana en una superficie sólida entre los miembros de unión de complementariedad, es decir, entre las sondas de unión a superficie del sujeto y los ARNm complementarios en una muestra. En determinadas realizaciones, pueden emplearse condiciones de hibridación rigurosas.
La hibridación normalmente se realiza bajo condiciones de hibridación rigurosas. Las técnicas de hibridación convencionales (por ejemplo, en condiciones suficientes para proporcionar la unión específica de los ARNm diana en la muestra en las sondas) se describen en Kallioniemi et al., Science 258:818-821 (1992) y WO 93/18186. Se encuentran disponibles diversas guías para técnicas generales, por ejemplo, Tijssen, Hybridization with Nucleic Acid Probes, Partes I y II (Elsevier, Amsterdam 1993). Para descripciones de las técnicas adecuadas para hibridaciones in situ, véase Gall et al. Meth. Enzymol., 21:470-480 (1981); y Angerer et al. en Genetic Engineering: Principles y Methods (Setlow y Hollaender, Eds.) Volumen 7, páginas 43-65 (Plenum Press, Nueva York 1985). La selección de condiciones apropiadas, incluyendo temperatura, concentración de sal, concentración de polinucleótidos, tiempo de hibridación, rigurosidad de las condiciones de lavado y similares dependerá del diseño experimental, incluyendo la fuente de la muestra, identidad de los agentes de captura, grado de complementariedad esperado, etc. y puede determinarse como tema de experimentación de rutina por aquellos expertos en la materia.
Aquellos expertos en la materia reconocerán fácilmente que las condiciones de hibridación alternativa pero comparable y de lavado pueden usarse para proporcionar condiciones de rigurosidad similar.
Después del procedimiento de hibridación de ARNm, los polinucleótidos de unión a la superficie normalmente se lavan para remover los ácidos nucleicos no unidos. Puede realizarse el lavado usando cualquier protocolo de lavado conveniente, donde las condiciones de lavado son normalmente rigurosas, como se describe en lo anterior. La hibridación de los ARNm diana en las sondas entonces se detecta usando técnicas convencionales.
Otros métodos, tales como los métodos a base de PCR, también pueden usarse para seguir con la expresión de CRBN o proteínas asociadas a CRB. Ejemplos de métodos PCR pueden encontrarse en la bibliografía. Ejemplos de análisis PCR pueden encontrarse en la Patente de los Estados Unidos N.° 6.927.024. Ejemplos de métodos de RT-PCR pueden encontrarse en la Patente de los Estados Unidos N.° 7.122.799. Un método de PCR fluorescente in situ PCR se describe en la Patente de los Estados Unidos N.° 7.186.507.
En algunas realizaciones, la PCR de transcripción inversa en tiempo real (qRT-PCR) puede usarse tanto para la cuantificación como para la detección de dianas de ARN (Bustin, et al., 2005, Clin. Sci., 109:365-379). Los resultados cuantitativos obtenidos por qRT-PCR generalmente son más informativos que los datos cualitativos. De este modo, en algunas realizaciones, los ensayos a base de qRT-PCR pueden ser útiles para medir los niveles de ARNm durante los análisis a base de células. El método de qRT-PCR también es útil para monitorizar la terapia de pacientes. Algunos ejemplos de métodos a base de qRT-PCR pueden encontrarse, por ejemplo, en la Patente de los Estados Unidos N.° 7.101.663.
En contraste con la PCR de transcriptasa inversa regular y el análisis con gel de agarosa, la PCR en tiempo real proporciona resultados cuantitativos. Una ventaja adicional de la PCR en tiempo real es la facilidad relativa y conveniencia de uso. Los instrumentos para PCR en tiempo real, tales como el Applied Biosystems 7500, se encuentran disponibles en el mercado, como se encuentran los reactivos, tales como la química de detección de secuencia TaqMan. Por ejemplo, pueden usarse los análisis de expresión génica TaqMan®, siguiendo las instrucciones del fabricante. Estos kits son análisis de expresión génica formuladas previamente para la detección y cuantificación rápida y confiable de transcritos de ARNm de humano, ratón y rata. Por ejemplo, un programa de PCR ejemplar, es de 50 °C durante 2 minutos, 95 °C durante 10 minutos, 40 ciclos de 95 °C durante 15 segundos, después a 60 °C durante 1 minuto.
Para determinar el número de ciclo en el cual se asocial la señal de fluorescencia asociada a una acumulación de amplicón particular que cruza el umbral (denominado como la CT), los datos pueden analizarse, por ejemplo, usando un software v1.3 de Detección de Secuencia de Sistema PCR 7500 en Tiempo Real usando el método para el cálculo de cuantificación relativa por CT comparativa. Usando este método, la salida se expresa como un cambio en veces de los niveles de expresión. En algunas realizaciones, el nivel de umbral puede seleccionarse para determinarse de forma automática por el software. En algunas realizaciones, el nivel de umbral se configura para encontrarse por encima del valor de referencia pero lo suficientemente bajo para encontrarse dentro de la región de crecimiento exponencial de una curva de amplificación.
Las técnicas conocidas por los expertos en la materia pueden usarse para medir la cantidad de transcrito o transcritos de ARN. La cantidad de uno, dos, tres, cuatro, cinco o más transcritos de ARN puede medirse usando secuenciación profunda, tal como RNASeq ILLUMINA®, secuenciación de siguiente generación (NGS) ILLUMINA®, secuenciación de ARN de última generación de ION TORRENT™, pirosecuenciación 454™, o Secuenciación por Detección de Ligadura Oligo (SOLID™). La cantidad de transcritos múltiples de ARN se mide usando una micromatriz y/o chip génico, como se describe en la Sección 6, más adelante. La cantidad de uno, dos, tres o más transcritos de ARN se determina por RT-PCR. La cantidad de uno, dos, tres transcritos de ARN se miden por RT-qPCR. Las técnicas para llevar a cabo estos análisis se conocen por aquel experto en la materia. Otros ejemplos de análisis para medir transcritos de ARN se describen en otra parte en el presente documento.
En algunas realizaciones, se realiza un análisis estadístico u otro análisis en los datos a partir del análisis usado para medir un transcrito o proteína de ARN. En determinadas realizaciones específicas, el valor p de aquellos transcritos o proteínas de ARN que se expresan de forma diferencial es de 0,1,0,5, 0,4, 0,3, 0,2, 0,01,0,05, 0,001,0,005, o 0,0001. En realizaciones específicas, se selecciona una tasa de descubrimiento falso (FDR) de 10 %, 9 %, 8 %, 7 %, 6 %, 5 %, 4 %, 3 %, 2 %, 1 % o menos.
5.6. Métodos para detectar Niveles de Polipéptidos o Proteínas en una muestra
Pueden usarse métodos de detección y cuantificación de diversas proteínas para medir el nivel de un biomarcador, tal como CRBN o una CAP. Puede usarse cualquier método de cuantificación de proteínas adecuado. Pueden usarse métodos a base de anticuerpos. Los métodos ilustrativos que pueden usarse incluyen entre otros inmunotransferencia (transferencia Western), análisis inmunosorbente ligado a enzima (ELISA), inmunohistoquímica, citometría de flujo, disposición de perlas citométricas, espectroscopía de masas y similares. Se detecta una proteína de biomarcador usando espectroscopía de masas. Los métodos espectroscopía de masas ilustrativos que pueden usarse se proporcionan en la Sección 6, más adelante. Se usan comúnmente diversos tipos de ELISA, incluyendo ELISA directo, ELISA indirecto y ELISA tipo sándwich. En determinados ejemplos, el biomarcador es una CAP. En un ejemplo, la CAP es Ikaros. En otro ejemplo, la CAP es Aiolos. En otra realización, la CAP es CSNK1A1. En otros ejemplos, la CAP es proteína inducida por IFN con IFIT3, DDX58, XAF1, IFIH1, OAS3, IFI27, IFIT1, o ISG15, o una combinación de los mismos. En otros ejemplos, la CAP es un IRF. En un ejemplo, el IRF se selecciona de un grupo que consiste en IRF1, IRF3, IRF4, IRF7, e IRF9. En otros ejemplos, la CAP es TBK1 o TBK1-P04. En otra realización, la CAP es CSNK1A1. En otra realización, la CAP es ZFP91.
5.7. Compuestos
Los compuestos para los métodos incluyen entre otros, los compuestos inmunomoduladores, incluyendo compuestos conocidos como "IMiDs® (Celgene Corporation), un grupo de compuestos que pueden ser útiles para tratar diversos tipos de enfermedades en humanos, incluyendo determinados cánceres.
Como se usa en el presente documento y a menos que se indique de otro modo, la expresión "compuesto inmunomodulador" puede abarcar determinadas moléculas orgánicas pequeñas que inhiben la producción de LPS inducida por monocitos de TNF-a, IL-16, IL-12, IL-6, MIP-1a, MCP-1, Gm -CSF, G-CSF y COX-2. Estos compuestos pueden prepararse de forma sintética, o pueden obtenerse en el mercado.
Los compuestos inmunomoduladores ilustrativos incluyen, entre otros N-{[2-(2,6-dioxo(3-piperidil)-1,3-dioxoisoindolin-4-il]metil}ciclopropil-carboxamida; 3-[2-(2,6-dioxo-piperidin-3-il)-1,3-dioxo-2,3-dihidro-1 H-isoindol-4-ilmetil]-1, 1 -dimetilurea; (-)-3-(3,4-dimetoxi-fenil)-3-(l-oxo-1,3-dihidro-isoindol-2-il)-propionamida; (+)-3-(3,4-dimetoxi-fenil)-3-(1 -oxo-1,3-dihidro-isoindol-2-il)-propionamida; (-)-(2-[1-(3-etoxi-4-metoxifenil)-2-metilsulfoniletil]-4-acetilaminoisoindolin-1,3-diona}; (+)-(2-[1-(3-etoxi-4-metoxifenil)-2-metilsulfoniletil]-4-acetilaminoisoindolin-1,3-diona}; los SelCID de difluorometoxi; 1 -ftalimido-1 -(3,4-dietoxifenil)etano; 3-(3,4-dimetoxifenil)-3-(3,5-dimetoxifenil)acrilonitrilo; 1 -oxo-2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-4-aminoisoindolina; 1,3-dioxo-2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-4-aminoisoindolina; 4-amino-2-(3-metil-2,6-dioxo-piperidin-3-il)-isoindol-1,3-diona; 3-(3-acetoamidoftalimido)-3-(3-etoxi-4-metoxifenil)-N-hidroxipropionamida; 1- oxo-2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-4-metilisoindolina; ciclopropil-N-{2-[(1S)-1-(3-etoxi-4-metoxifenil)-2-(metilsulfonil)etil]-3-oxoisoindolin-4-il}carboxamida; 2-(3-hidroxi-2,6-dioxopiperidin-5-il)isoindolina sustituida; N-[2-(2,6-dioxo-piperidin-3-il)-1,3-dioxo-2,3-dihidro-1 H-isoindol-5-ilmetil]-4-trifluorometoxibenzamida; (S)-4-cloro-N-((2-(3-metil-2,6-dioxopiperidin-3-il)-1,3-dioxoisoindolin-5-il)metil)benzamida; ácido piridin-2-carboxílico de [2-[(3S)-3-metil-2,6-dioxopiperidin-3-il]-1,3-dioxo-2,3-dihidro-1 H-isoindol-5-ilmetil]-amida; (S)-N-((2-(3-metil-2,6-dioxopiperidin-3-il)-1,3-dioxoisoindolin-5-il)metil)-4-(trifluorometil)benzamida; 3-(2,5-dimetil-4-oxo-4H-quinazolin-3-il)-piperidin-2,6-diona, 3-[4-(4-morfolin-4-ilmetil-benciloxi)-1 -oxo-1,3-dihidro-isoindol-2-il]-piperidin-2,6-diona y similares.
La citocina inflamatoria TNF-a, que se produce por macrófagos y monocitos durante la inflamación aguda, provoca un diverso intervalo de eventos de señalización dentro de las células. Sin estar limitado por una teoría particular, uno de los efectos biológicos ejercidos por los compuestos inmunomoduladores descritos en el presente documento es la reducción de la producción de TNF-a de células mieloides. Los compuestos inmunomoduladores descritos en el presente documento pueden intensificar la degradación del ARNm de TNF-a.
Además, sin estar limitados por la teoría, los compuestos inmunomoduladores descritos en el presente documento también pueden ser coestimuladores potentes de células T y aumentar dramáticamente la proliferación celular en una manera dependiente de la dosis. Los compuestos inmunomoduladores descritos en el presente documento también pueden tener un efecto coestimulador mayor en el subconjunto de células T de CD8+ que en el conjunto de células T de CD4+. Además, los compuestos pueden tener propiedades anti-inflamatorias contra las respuestas de células mieloides, aún coestimulando de forma eficiente las células T para producir mayores cantidades de IL-2, IFN-g y para intensificar la proliferación de células T y actividad citotóxica de células T de CD8+ T. Además, sin estar limitado por una teoría particular, los compuestos inmunomoduladores descritos en el presente documento pueden ser capaces de actuar de forma indirecta a través de la activación de citosinas y de forma directa en las células Exterminadoras Naturales ("NK") y células T Exterminadoras Naturales ("NKT") y aumentar la capacidad de las células NK para producir citocinas benéficas tales como, pero no limitadas a, IFN-g y para intensificar la actividad citotóxica de células NK y NKT.
Los ejemplos específicos de los compuestos inmunomoduladores incluyen derivados de ciano y carboxi de estirenos sustituidos tales como aquellos descritos en la Patente de los Estados Unidos N.° 5.929.117; 1-oxo-2-(2,6-dioxo-3-fluoropiperidin-3-il)isoindolinas y 1,3-dioxo-2-(2,6-dioxo-3-fluoropiperidin-3-il)isoindolinas tales como aquellas descritas en la Patente de los Estados Unidos Nos. 5,874,448 y 5,955,476; las 2-(2,6-dioxopiperdin-3-il)-1-oxoisoindolinas tetra-sustituidas descritas en la Patente de los Estados Unidos N.° 5.798.368; 1-oxo y 1,3-dioxo-2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)isoindolinas (por ejemplo, derivados 4-metilo de talidomida), 2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)ftalimidas sustituidas y 2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1-oxoisoindoles sustituidos que incluyen, entre otros, aquellos descritos en la Patente de los Estados Unidos Nos. 5.635.517, 6.281.230, 6.316.471, 6.403.613, 6.476.052 y 6.555.554; 1 -oxo y 1,3-dioxoisoindolinas sustituidas en la posición 4 o 5-del anillo indolina (por ejemplo, el ácido 4-(4-amino-1,3-dioxoisoindolin-2-il)-4-carbamoilbutanoico) descrito en la Patente de los Estados Unidos N.° 6.380.239; isoindolin-1 -ona y isoindolin-1,3-diona sustituidas en la posición 2 con 2,6-dioxo-3-hidroxipiperidin-5-ilo (por ejemplo, 2- (2,6-dioxo-3-hidroxi-5-fluoropiperidin-5-il)-4-aminoisoindolin-1-ona) descrito en la Patente de los Estados Unidos N.° 6.458.810; una clase de amidas cíclicas sin polipéptidos descritas en la Patente de los Estados Unidos Nos. 5,698,579 y 5,877,200; y compuestos de isoindol-imida tales como aquellos descritos en la Publicación de los Estados Unidos N.° 2003/0045552 publicada el 6 de marzo de 2003, Publicación de los Estados Unidos N.° 2003/0096841 publicada el 22 de mayo de 2003 y la Solicitud Internacional N.° PCT/US01/50401 (Publicación Internacional N.° WO 02/059106). La Publicación de los Estados Unidos N.° 2006/0205787 describe composiciones de 4-amino-2-(3-metil-2,6dioxopiperidin-3-il)-isoindol-1,3-diona. La Publicación de los Estados Unidos N.° 2007/0049618 describe compuestos de isoindol-imida. En un ejemplo, los compuestos inmunomoduladores no incluyen talidomida.
Diversos compuestos inmunomoduladores desvelados en el presente documento contienen uno o más centros quirales y pueden existir como mezclas racémicas de enantiómeros o mezclas de diastereoisómeros. De este modo, también se proporciona en el presente documento el uso de formas estereoméricamente puras de tales compuestos, así como el uso de mezclas de aquellas formas. Por ejemplo, pueden usarse mezclas que comprenden cantidades iguales o desiguales de los enantiómeros de particular los compuestos inmunomoduladores particulares. Estos isómeros pueden sintetizarse asimétricamente o resolverse usando técnicas estándares tales como columnas quirales o agentes de resolución quirales. Véase, por ejemplo, Jacques, J., et al., Enantiomers, Racemates and Resolutions (Wiley-Interscience, New York, 1981); Wilen, S. H., et al., Tetrahedron 33:2725 (1977); Eliel, E. L., Stereochemistry of Carbón Compounds (McGraw-Hill, NY, 1962); y Wilen, S. H., Tables o f Resolving Agents y Optical Resolutions p. 268 (E.L. Eliel, Ed., Univ. of Notre Dame Press, Notre Dame, IN, 1972).
Los compuestos inmunomoduladores desvelados en el presente documento incluyen entre otros, 1-oxo- y 1,3 dioxo-2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)isoindolinas sustituidas con amino en el anillo benzo como se describe en la Patente de los Estados Unidos n.° 5.635.517.
Estos compuestos tienen la estructura I:
Figure imgf000063_0001
en la cual uno de X e Y es C=O, el otro de X e Y es C=O o CH2 y R2 es hidrógeno o alquilo inferior, en particular metilo. Los compuestos inmunomoduladores específicos incluyen entre otros:
Figure imgf000063_0002
1 -oxo-2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-4-aminoisoindolina;
Figure imgf000063_0003
1,3-dioxo-2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-4-aminoisoindolina; y
Figure imgf000063_0004
1,3-dioxo-2-(3-metil-2,6-dioxopiperidin-3-il)-4-aminoisoindol, e isómeros ópticamente puros de los mismos.
Los compuestos pueden obtenerse mediante métodos sintéticos convencionales (véase, por ejemplo, Patente de los Estados Unidos N.° 5.635.517). Los compuestos también se encuentran disponibles de Celgene Corporation, Warren, NJ.
Otros compuestos inmunomoduladores específicos pertenecen a una clase de 2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)ftalimidas sustituidas y 2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1-oxoisoindoles sustituidos, tales como aquellos descritos en las Patentes de los Estados Unidos N.° 6.281.230; 6.316.471; 6.335.349; y 6.476.052 y Solicitud de Patente Internacional N.° PCT/US97/13375 (Publicación Internacional N.° WO 98/03502). Los compuestos representativos son de la fórmula:
Figure imgf000064_0001
en la cual:
uno de X e Y es C=O y el otro de X e Y es C=O o CH2;
(i) cada uno de R1, R2, R3 y R4, independiente de los otros, es halo, alquilo de 1 a 4 átomos de carbono, o alcoxi de 1 a 4 átomos de carbono o (ii) uno de R1, R2, R3 y R4 es -NHR5 y el resto de R1, R2, R3 y R4 son hidrógeno; R5 es hidrógeno o alquilo de 1 a 8 átomos de carbono;
R6 es hidrógeno, alquilo de 1 a 8 átomos de carbono, bencilo, o halo;
siempre que R6 sea diferente de hidrógeno si X e Y son C=O y (i) cada uno de R1, R2,
R3 y R4 es fluoro o (ii) uno de R1, R2, R3, o R4 es amino.
Los compuestos representativos de esta clase son de fórmulas:
Figure imgf000064_0002
en donde R1 es hidrógeno o metilo. En un ejemplo separado, se desvela en el presente documento el uso de formas enantioméricamente puras (por ejemplo enantiómeros (R) o (S) ópticamente puros) de estos compuestos.
Aún otros compuestos inmunomoduladores específicos desvelados en el presente documento pertenecen a una clase de isoindol-imidas desveladas en la Patente de los Estados Unidos N.° 7.091.353, Publicación de Patente de los Estados Unidos N.° 2003/0045552 y Solicitud Internacional N.° PCT/US01/50401 (Publicación Internacional N.° WO 02/059106). Los compuestos representativos son de fórmula II:
Figure imgf000064_0003
y sales, hidratos, solvatos, clatratos, enantiómeros, diastereoisómeros, racematos farmacéuticamente aceptables y mezclas de estereoisómeros de los mismos, en donde:
uno de X e Y es C=O y el otro es CH2 o C=O;
R1 es H, alquilo (C1-C8), cicloalquilo (C3-C7), alquenilo (C2-C8), alquinilo (C2-C8), bencilo, arilo, alquilo (C0-C4)-heterocicloalquilo (C1-C6), alquilo (C0-C4)-heteroarilo (C2-C5), C(O)R3, C(S)R3, C(O)OR4, alquilo (C1-C8)-N(R6)2, alquilo (Ci -Cb)-OR5, alquilo (Ci -Cb)-C(O)OR5, C(O)NHR3, C(S)NHR3, C(O)NR3R3', C(S)NR3R3' o alquilo (Ci-Cs)-0(CO)R5;
R2 es H, F, bencilo, alquilo (Ci -Cb), alquenilo (C2-Cb), o alquinilo (C2-Cb);
R3 y R3' son independientemente alquilo (Ci -Cb), cicloalquilo (C3-C7), alquenilo (C2-Cb), alquinilo (C2-b), bencilo, arilo, alquilo (C0-C4)-heterocicloalquilo (Ci -C6), alquilo (C0-C4)-heteroarilo de(C2-C5), alquilo (C0-Cb)-N(R6)2, alquilo (Ci -Cb)-OR5, alquilo (Ci -Cb)-C(0 )0 R 5, alquilo (Ci -Cb)-0(C 0)R 5, o C(O)OR5;
R4 es alquilo (Ci -Cb), alquenilo (C2-Cb), alquinilo (C2-Cb), alquilo (Ci -C4)-0 R5, bencilo, arilo, alquilo (C0-C4)-heterocicloalquilo (Ci -C6), o alquilo (C0-C4)-heteroarilo (C2-C5);
R5 es alquilo (Ci -Cb), alquenilo (C2-Cb), alquinilo (C2-Cb), bencilo, arilo, o heteroarilo (C2-C5); cada aparición de R6 es independientemente H, alquilo (Ci -Cb), alquenilo (C2-Cb), alquinilo (C2-Cb), bencilo, arilo, heteroarilo (C2-C5), o alquilo (C0-Cb)-C(O)0 -R 5 o los grupos R6 pueden unirse para formar un grupo heterocicloalquilo;
n es 0 o 1; y
* representa un centro de carbono quiral.
En los compuestos específicos de fórmula II, donde n es 0, entonces R1 es cicloalquilo (C3-C7), alquenilo (C2-Cb), alquinilo (C2-Cb), bencilo, arilo, alquilo (Cü-C4)-heterocicloalquilo (C1-C6), alquilo (Cü-C4)-heteroarilo (C2-C5), C(O)R3, C(O)OR4, alquilo (C1-Cb)-N(R6)2, alquilo (C1-Cb)-0R 5, alquilo (C1-Cb)-C(O)0 R 5, C(S)NHR3, o alquilo (C1-Cb)-0(C 0)R 5; R2 es H o alquilo (C1-Cb); y
R3 es alquilo (C1-Cb), cicloalquilo (C3-C7), alquenilo (C2-Cb), alquinilo (C2-Cb), bencilo, arilo, alquilo (C0-C4)-heterocicloalquilo (C1-C6), alquilo (Cü-C4)-heteroarilo (C2-C5), alquilo (C5-Cb)-N(R6)2; alquilo (Cü-Cb)-NH-C(O)O-R5; alquilo (C1-Cb)-0R 5, alquilo (C1-Cb)-C(0 )0 R 5, alquilo (C1-Cb)-0(C 0)R 5, o C(O)0r5; y las otras variables tienen las mismas definiciones.
En otros compuestos específicos de fórmula II, R2 es H o alquilo (C1-C4).
En otros compuestos específicos de fórmula II, R1 es alquilo (C1-Cb) o bencilo.
En otros compuestos específicos de fórmula II, R1 es H, alquilo (C1-Cb), bencilo, CH2OCH3, CH2CH2OCH3, o
Figure imgf000065_0001
En otra realización de los compuestos de fórmula II, R1 es
Figure imgf000065_0002
en donde Q es O o S y cada aparición de R7 es independientemente H, alquilo (C1-Cb), cicloalquilo (C3-C7), alquenilo (C2-Cb), alquinilo (C2-Cb), bencilo, arilo, halógeno, alquilo (C0-C4)-heterocicloalquilo (C1-C6), alquilo (C0-C4)-heteroarilo (C2-C5), alquilo (C0-Cb)-N(R6)2, alquilo (C1-Cb)-0R 5, alquilo (C1-Cb)-C(O)0 R 5, alquilo (C1-Cb)-0(C 0)R 5, o C(O)OR5, o apariciones adyacentes de R7 pueden tomarse juntas para formar un anillo alquilo o arilo bicíclico.
En otros compuestos específicos de fórmula II, R1 es C(O)R3.
En otros compuestos específicos de fórmula II, R3 es alquilo (C0-C4)-heteroarilo (C2-C5), alquilo (C1-Cb), arilo, o alquilo (C0-C4)-0R5.
En otros compuestos específicos de fórmula II, heteroarilo es piridilo, furilo, o tienilo.
En otros compuestos específicos de fórmula II, R1 es C(O)OR4.
En otros compuestos específicos de fórmula II, el H de C(O)NHC(O) puede remplazarse con alquilo (C1-C4), arilo, o bencilo. Los ejemplos adicionales de los compuestos en esta clase incluyen entre otros: [2-(2,6-dioxo-piperidin-3-il)-1.3- dioxo-2,3-dihidro-1 H-isoindol-4-ilmetil]-amida; éster fer-butílico del ácido de (2-(2,6-dioxo-piperidin-3-il)-1,3-dioxo-2.3- dihidro-1 H-isoindol-4-ilmetil)-carbámico; 4-(aminometil)-2-(2,6-dioxo(3-piperidil))-isoindolin-1,3-diona; N-(2-(2,6-dioxo-piperidin-3-il)-1,3-dioxo-2,3-dihidro-1 H-isoindol-4-ilmetil)-acetamida; N-{(2-(2,6-dioxo(3-piperidil)-1,3-dioxoisoindolin-4-il)metil}ciclopropil-carboxamida; 2-cloro-N-{(2-(2,6-dioxo(3-piperidil))-1,3-dioxoisoindolin-4-il)metil}acetamida; N-(2-(2,6-dioxo(3-piperidil))-1,3-dioxoisoindolin-4-il)-3-pyridilcarboxamida; 3-{1-oxo-4(bencilamino)isoindolin-2-il}piperidin-2,6-diona; 2-(2,6-dioxo(3-piperidil))-4-(bencilamino)isoindolin-1,3-diona; N-{(2-(2,6-dioxo(3-piperidil))-1,3-dioxoisoindolin-4-il)metil}propanamida; N-{(2-(2,6-dioxo(3-piperidil))-1,3-dioxoisoindolin-4-il)metil}-3-piridilcarboxamida; A/-{(2-(2,6-dioxo(3-piperidil))-1,3-dioxoisoindolin-4-il)metil}heptanamida; A/-{(2-(2,6-dioxo(3-piperidil))-1,3-dioxoisoindolin-4-il)metil}-2-furilcarboxamida; acetato de (N-(2-(2,6-dioxo(3-piperidil))-1,3-dioxoisoindolin-4-il)carbamoil}metilo; N-(2-(2,6-dioxo(3-piperidil))-1,3-dioxoisoindolin-4-il)pentanamida; N-(2-(2,6-dioxo(3-piperidil))-1,3-dioxoisoindolin-4-il)-2- tienilcarboxamida; N-{[2-(2,6-dioxo(3-piperidil))-1,3-dioxoisoindolin-4-il] metil}(butilamino)carboxamida; A/-{[2-(2,6-dioxo(3-piperidil))-1,3-dioxoisoindolin-4-il]metil}(octilamino)carboxamida; y N-{[2-(2,6-dioxo(3-piperidil))-1,3-dioxoisoindolin-4-il]metil}(bencilamino)carboxamida.
Aún otros compuestos inmunomoduladores específicos desvelados en el presente documento pertenecen a una clase de isoindol-imidas descrita en las Publicaciones de Solicitud de Patente de los Estados Unidos N.° 2002/0045643, Publicación Internacional N.° WO 98/54170 y la Patente de los Estados Unidos N.° 6.395.754. Los compuestos representativos son de la fórmula III:
Figure imgf000066_0001
y sales, hidratos, solvatos, clatratos, enantiómeros, diastereoisómeros, racematos farmacéuticamente aceptables y mezclas de estereoisómeros de los mismos, en donde:
uno de X e Y es C=O y el otro es CH2 o C=O;
R es H o CH2OCOR';
(i) cada uno de R1, R2, R3, o R4, independientemente entre sí, es halo, alquilo de 1 a 4 átomos de carbono, o alcoxi de 1 a 4 átomos de carbono o (ii) uno de R1, R2, R3, o R4 es nitro o -NHR5 y el resto de R1, R2, R3, o R4 son hidrógeno;
R5 es hidrógeno o alquilo de 1 a 8 carbonos
R6 es hidrógeno, alquilo de 1 a 8 átomos de carbono, benzo, cloro, o fluoro;
R' es R7-CHR10-N(R8R9);
R7 es m-fenileno o p-fenileno o -(CnH2n)- en el cual n tiene un valor de 0 a 4;
cada uno de R8 y R9 tomados independientemente entre sí son hidrógeno o alquilo de 1 a 8 átomos de carbono, o R8 y R9 tomados juntos son tetrametileno, pentametileno, hexametileno,
o -CH2CH2X1CH2CH2- en el cual X1 es -O-, -S-, o -NH-;
R10 es hidrógeno, alquilo de a 8 átomos de carbono, o fenilo; y
* representa un centro quiral de carbono.
Otros compuestos representativos son de la fórmula:
Figure imgf000066_0002
en donde:
uno de X e Y es C=O y el otro de X e Y es C=O o CH2;
(i) cada uno de R1, R2, R3, o R4, independiente entre sí, es halo, alquilo de 1 a 4 átomos de carbono, o alcoxi de 1 a 4 átomos de carbono o (ii) uno de R1, R2, R3 y R4 es -NHR5 y el resto de R1, R2, R3 y R4 son hidrógeno;
R5 es hidrógeno o alquilo de 1 a 8 átomos de carbono;
R6 es hidrógeno, alquilo de 1 a 8 átomos de carbono, benzo, cloro, o fluoro;
R7 es m-fenileno o p-fenileno o -(CnH2n)- en el cual n tiene un valor de 0 a 4;
cada uno de R8 y R9 tomados independientemente entre sí es hidrógeno o alquilo de 1 a 8 átomos de carbono, o R8 y R9 tomados juntos son tetrametileno, pentametileno, hexametileno, o - CH2CH2X1CH2CH2- en el cual X1 es -O-, -S-, o -NH-; y
R10 es hidrógeno, alquilo de a 8 átomos de carbono, o fenilo.
Otros compuestos representativos son de fórmula:
Figure imgf000067_0001
en la cual
uno de X e Y es C=O y el otro de X e Y es C=O o CH2; cada uno de R1, R2, R3 y R4, independiente de los otros, es halo, alquilo de 1 a 4 átomos de carbono, o alcoxi de 1 a 4 átomos de carbono o (ii) uno de R1, R2, R3 y R4 es nitro o amino protegido y el resto de R1, R2, R3 y R4 son hidrógeno; y
R6 es hidrógeno, alquilo de 1 a 8 átomos de carbono, benzo, cloro, o fluoro.
Otros compuestos representativos son de fórmula:
Figure imgf000067_0002
en el cual:
uno de X e Y es C=O y el otro de X e Y es C=O o CH2;
(i) cada uno de R1, R2, R3 y R4, independiente de los otros, es halo, alquilo de 1 a 4 átomos de carbono, o alcoxi de 1 a 4 átomos de carbono o (ii) uno de R1, R2, R3 y R4 es -NHR5 y el resto de R1, R2, R3 y R4 son hidrógeno; R5 es hidrógeno, alquilo de 1 a 8 átomos de carbono, o CO-R7-CH(R10)NR8R9 en el cual cada uno de R7, R8, R9 y R10 es como se define en el presente documento; y
R6 es alquilo de 1 a 8 átomos de carbono, benzo, cloro, o fluoro.
Ejemplos específicos de los compuestos son de fórmula:
Figure imgf000067_0003
en la cual:
uno de X e Y es C=O y el otro de X e Y es C=O o CH2;
R6 es hidrógeno, alquilo de 1 a 8 átomos de carbono, bencilo, cloro, o fluoro;
R7 es m-fenileno, p-fenileno o -(CnH2n)- en el cual n tiene un valor de 0 a 4;
cada uno de R8 y R9 tomados independientemente entre sí es hidrógeno o alquilo de 1 a 8 átomos de carbono, o R8 y R9 tomados juntos son tetrametileno, pentametileno, hexametileno, o - CH2CH2X1CH2CH2- en el cual X1 es -O-, -S- o -NH-; y
R10 es hidrógeno, alquilo de 1 a 8 átomos de carbono, o fenilo.
Otros compuestos inmunomoduladores específicos son 1-oxo-2-(2,6-dioxo-3-fluoropiperidin-3-il)isoindolinas y 1,3 dioxo-2-(2,6-dioxo-3-fluoropiperidin-3-il)isoindolinas tales como aquellas descritas en la Patente de los Estados Unidos N.° 5.874.448 y 5.955.476. Los compuestos representativos son de fórmula:
Figure imgf000068_0001
en donde:
Y es oxígeno o H2 y
cada uno de R1, R2, R3 y R4, independientemente de los otros, es hidrógeno, halo, alquilo de 1 a 4 átomos de carbono, alcoxi de 1 a 4 átomos de carbono, o amino.
Otros compuestos inmunomoduladores específicos son las 2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1-oxoisoindolinas tetrasustituidas descritas en la Patente de los Estados Unidos N.° 5.798.368. Los compuestos representativos son de fórmula:
Figure imgf000068_0002
en donde cada uno de R1, R2, R3 y R4, independientemente de los otros, es halo, alquilo de 1 a 4 átomos de carbono, o alcoxi de 1 a 4 átomos de carbono.
Otros compuestos inmunomoduladores específicos son 1-oxo y 1,3-dioxo-2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)isoindolinas descritas en la Patente de los Estados Unidos N.° 6.403.613. Los compuestos representativos son de fórmula:
Figure imgf000068_0003
en la cual
Y es oxígeno o H2,
un primero de R1 y R2 es halo, alquilo, alcoxi, alquilamino, dialquilamino, ciano, o carbamoílo, el segundo de R1 y R2, independientemente del primero, es hidrógeno, halo, alquilo, alcoxi, alquilamino, dialquilamino, ciano, o carbamoílo y R3 es hidrógeno, alquilo, o bencilo.
Ejemplos específicos de los compuestos son de la fórmula:
Figure imgf000068_0004
en donde
un primero de R1 y R2 es halo, alquilo de 1 a 4 átomos de carbono, alcoxi de 1 a 4 átomos de carbono, dialquilamino en el cual el alquilo es de 1 a 4 átomos de carbono, ciano, o carbamoílo; el segundo de R1 y R2, independientemente del primero, es hidrógeno, halo, alquilo de 1 a 4 átomos de carbono, alcoxi de 1 a 4 átomos de carbono, alquilamino en el cual el alquilo es de 1 a 4 átomos de carbono, dialquilamino en el cual cada alquilo es de 1 a 4 átomos de carbono, ciano, o carbamoílo; y
R3 es hidrógeno, alquilo de 1 a 4 átomos de carbono, o bencilo. Ejemplos específicos incluyen entre otros, 1-oxo-2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-4-metilisoindolina.
Otros compuestos representativos son de fórmula:
Figure imgf000069_0001
en donde:
un primero de R1 y R2 es halo, alquilo de 1 a 4 átomos de carbono, alcoxi de 1 a 4 átomos de carbono, dialquilamino en el cual el alquilo es de 1 a 4 átomos de carbono, ciano, o carbamoílo; el segundo de R1 y R2, independientemente del primero, es hidrógeno, halo, alquilo de 1 a 4 átomos de carbono, alcoxi de 1 a 4 átomos de carbono, alquilamino en el cual el alquilo es de 1 a 4 átomos de carbono, dialquilamino en el cual el alquilo es de 1 a 4 átomos de carbono, ciano, o carbamoílo; y
R3 es hidrógeno, alquilo de 1 a 4 átomos de carbono, o bencilo.
Otros compuestos inmunomoduladores específicos descritos en el presente documento son 1-oxo y 1,3-dioxoisoindolinas sustituidas en la posición 4 o 5 del anillo indolina descrito en la Patente de los Estados Unidos N.° 6.380.239 y Patente de los Estados Unidos N.° 7.244.759. Los compuestos representativos son de fórmula:
Figure imgf000069_0002
en la cual el átomo de carbono designado C* constituye un centro de quiralidad (cuando n no es cero y R1 no es el mismo que R2); uno de X1 y X2 es amino, nitro, alquilo de uno a seis carbonos, o NH-Z y el otro de X1 y X2 es hidrógeno; cada uno de R1 y R2 independientemente entre sí, es hidroxi o NH-Z; R3 es hidrógeno, alquilo de uno a seis carbonos, halo, o haloalquilo; Z es hidrógeno, arilo, alquilo de uno a seis carbonos, formilo, o acilo de uno a seis carbonos; y n tiene un valor de 0, 1, o 2; siempre que X1 sea amino y n sea 1 o 2, entonces R1 y R2 no son ambos hidroxi; y las sales de los mismos.
Los compuestos representativos adicionales son de fórmula:
Figure imgf000069_0003
en la cual el átomo de carbono designado C* constituye un centro de quiralidad cuando n no es cero y R1 no es R2; uno de X1 y X2 es amino, nitro, alquilo de uno a seis carbonos, o NH-Z y el otro de X1 o X2 es hidrógeno; cada uno de R1 y R2 independientemente entre sí, es hidroxi o NH-Z; R3 es alquilo de uno a seis carbonos, halo, o hidrógeno; Z es hidrógeno, arilo o un alquilo o acilo de uno a seis carbonos; y n tiene un valor de 0, 1, o 2.
Ejemplos específicos incluyen entre otros, ácido 2-(4-amino-1-oxo-1,3-dihidro-isoindol-2-il)-4-carbamoil-butírico y ácido 4-(4-amino-1-oxo-1,3-dihidro-isoindol-2-il)-4-carbamoil-butírico, que tienen las siguientes estructuras, respectivamente y sales, solvatos, profármacos y estereoisómeros farmacéuticamente aceptables de los mismos:
Figure imgf000070_0001
en la cual el átomo de carbono designado C* constituye un centro de quiralidad cuando n no es cero y R1 no es R2; uno de X1 y X2 es amino, nitro, alquilo de uno a seis carbonos, o NH-Z y el otro de X1 o X2 es hidrógeno; cada uno de R1 y R2 independientemente entre sí, es hidroxi o NH-Z; R3 es alquilo de uno a seis carbonos, halo, o hidrógeno; Z es hidrógeno, arilo, o un alquilo o acilo de uno a seis carbonos; y n tiene un valor de 0, 1, o 2; y las sales de los mismos.
Los ejemplos específicos incluyen entre otros, ácido 4-carbamoil-4-{4-[(furan-2-il-metil)-amino]-1,3-dioxo-1,3-dihidroisoindol-2-il}-butírico, ácido 4-carbamoil-2-(4-[(furan-2-il-metil)-amino]-1,3-dioxo-1,3-dihidro-isoindol-2-il}-butírico, ácido 2-{4-[(furan-2-il-metil)-amino]-1,3-dioxo-1,3-dihidro-isoindol-2-il}-4-fenilcarbamoil-butírico y ácido 2-{4-[(furan-2-il-metil)-amino]-1,3-dioxo-1,3-dihidro-isoindol-2-il}-pentanedioico, que tienen las siguientes estructuras, respectivamente y sales, solvatos, profármacos y estereoisómeros farmacéuticamente aceptables de los mismos.
Figure imgf000070_0002
Otros ejemplos específicos de los compuestos son de fórmula:
Figure imgf000071_0001
en donde:
uno de X1 y X2 es nitro, o NH-Z y el otro de X1 o X2 es hidrógeno;
cada uno de R1 y R2, independientemente entre sí, es hidroxi o NH-Z;
R3 es alquilo de uno a seis carbonos, halo, o hidrógeno;
Z es hidrógeno, fenilo, un acilo de uno a seis carbonos, o un alquilo de uno a seis carbonos; y
n tiene un valor de 0, 1, o 2; y
si -CO R2 y -(CH2)nCOR1 son diferentes, el átomo de carbono designado C* constituye un centro de quiralidad.
Otros compuestos representativos son de fórmula:
Figure imgf000071_0002
en donde:
uno de X1 y X2 es alquilo de uno a seis carbonos;
cada uno de R1 y R2, independientemente entre sí, es hidroxi o NH-Z;
R3 es alquilo de uno a seis carbonos, halo, o hidrógeno;
Z es hidrógeno, fenilo, un acilo de uno a seis carbonos, o un alquilo de uno a seis carbonos; y
n tiene un valor de 0, 1, o 2; y
si -CO R2 y -(CH2)nCOR son diferentes, el átomo de carbono designado C* constituye un centro de quiralidad.
Incluso otros compuestos inmunomoduladores específicos son isoindolin-1 -ona e isoindolin-1,3-diona sustituida en la posición 2 con el 2,6-dioxo-3-hidroxipiperidin-5-ilo descrito en la Patente de los Estados Unidos N.° 6.458.810. Los compuestos representativos son de fórmula:
Figure imgf000071_0003
en donde:
los átomos de carbono designados * constituyen centros de quiralidad;
X es -C(O)- o -CH2-;
R1 es alquilo de 1 a 8 átomos de carbono o -NHR3;
R2 es hidrógeno, alquilo de 1 a 8 átomos de carbono, o halógeno; y
R3 es hidrógeno,
alquilo de 1 a 8 átomos de carbono, sustituido o no sustituido con alcoxi de 1 a 8 átomos de carbono, halo, amino, o alquilamino de 1 a 4 átomos de carbono,
cicloalquilo de 3 a 18 átomos de carbono,
fenilo, sustituido o no sustituido con alquilo de 1 a 8 átomos de carbono, alcoxi de 1 a 8 átomos de carbono, halo, amino, o alquilamino de 1 a 4 átomos de carbono,
bencilo, sustituido o no sustituido con alquilo de 1 a 8 átomos de carbono, alcoxi de 1 a 8 átomos de carbono, halo, amino, o alquilamino de 1 a 4 átomos de carbono, o -COR4 en el cual
R4 es hidrógeno,
alquilo de 1 a 8 átomos de carbono, sustituido o no sustituido con alcoxi de 1 a 8 átomos de carbono, halo, amino, o alquilamino de 1 a 4 átomos de carbono,
cicloalquilo de 3 a 18 átomos de carbono,
fenilo, sustituido o no sustituido con alquilo de 1 a 8 átomos de carbono, alcoxi de 1 a 8 átomos de carbono, halo, amino, o alquilamino de 1 a 4 átomos de carbono, o
bencilo, sustituido o no sustituido con alquilo de 1 a 8 átomos de carbono, alcoxi de 1 a 8 átomos de carbono, halo, amino, o alquilamino de 1 a 4 átomos de carbono.
Otros compuestos específicos proporcionados en el presente documento son de fórmula:
Figure imgf000072_0001
y sales, solvatos y estereoisómeros farmacéuticamente aceptables de los mismos, en donde:
R1 es: hidrógeno; halo; -(CH2)nOH; alquilo de (C1-C6), sustituido opcionalmente con uno o más halo; alcoxi (C1-C6), sustituido opcionalmente con uno o más halo; o
-(CH2)nNHRa, en donde Ra es:
hidrógeno;
alquilo (C1-C6), sustituido opcionalmente con uno o más halo;
-(CH2)n-(arilo de 6 a 10 miembros);
-C(O)-(CH2)n-(arilo de 6 a 10 miembros) o -C(O)-(CH2)n-(heteroarilo de 6 a 10 miembros), en donde el arilo o heteroarilo se sustituye opcionalmente con uno o más de: halo; -SCF3; alquilo (C1-C6), sustituido opcionalmente en sí mismo con uno o más halo; o alcoxi (C1-C6), sustituido opcionalmente en sí mismo con uno o más halo;
-C(O)-alquilo (C1-C8), en donde el alquilo se sustituye opcionalmente con uno o más halo;
-C(O)-(CH2)n-(C3-C10-cicloalquilo);
-C(O)-(CH2)n-NRbRc, en donde Rb y Rc son cada uno independientemente:
hidrógeno;
alquilo (C1-C6), sustituido opcionalmente con uno o más halo;
alcoxi (C1-C6), sustituido opcionalmente con uno o más halo; o arilo de 6 a 10 miembros, sustituido opcionalmente con uno o más de: halo;
alquilo (C1-C6), sustituido opcionalmente en sí mismo con uno o más halo; o
alcoxi (C1-C6), sustituido opcionalmente en sí mismo con uno o más halo;
-C(O)-(CH2)n-O-alquilo (C1-C6); o
-C(O)-(CH2)n-O-(CH2)n-(arilo de 6 a 10 miembros);
R2 es: hidrógeno; -(CH2)nOH; fenilo; -O-alquilo (C1-C6); o alquilo (C1-C6), sustituido opcionalmente con uno o más halo;
R3 es: hidrógeno; o alquilo (C1-C6), sustituido opcionalmente con uno o más halo; y n es 0, 1, o 2.
Los ejemplos específicos incluyen entre otros, 3-(5-amino-2-metil-4-oxo-4H-quinazolin-3-il)-piperidin-2,6-diona ("Compuesto A"), que tiene la siguiente estructura:
Figure imgf000073_0001
o un enantiómero o una mezcla de enantiómeros del mismo; o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato, o polimorfo farmacéuticamente aceptable del mismo.
El Compuesto A puede prepararse como se describe en la Patente de los Estados Unidos N.° 7.635.700. El compuesto también puede sintetizarse de acuerdo con otros métodos evidentes para aquel experto en la materia basándose en las enseñanzas del presente documento. En determinadas realizaciones, el Compuesto A se encuentra en una forma cristalina descrita en la Solicitud de Patente Provisional de los Estados Unidos N.° 61/451.806, presentada el 11 de marzo de 2011. En algunas realizaciones, la sal de clorhidrato del Compuesto A se usa en los métodos proporcionados en el presente documento. Los métodos para tratar, prevenir y/o manejar cánceres y otras enfermedades usando el Compuesto A se describen en la Solicitud de Patente Provisional de los Estados Unidos N.° 61/451.995, presentada el 11 de marzo de 2011.
Los ejemplos específicos incluyen entre otros lenalidomida, que tiene la siguiente estructura:
Figure imgf000073_0002
o un enantiómero o una mezcla de enantiómeros de la misma; o una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato, o polimorfo farmacéuticamente aceptable de la misma.
La lenalidomida puede prepararse como se describe en el documento WO2012/149299. El compuesto también puede sintetizarse de acuerdo con otros métodos evidentes para aquel experto en la materia basándose en las enseñanzas del presente documento.
Los ejemplos específicos incluyen entre otros 3-[4-(4-morfolin-4-ilmetil-benciloxi)-1 -oxo-1,3-dihidro-isoindol-2-il]-piperidin-2,6-diona (Compuesto B), que tiene la siguiente estructura:
Figure imgf000073_0003
o un enantiómero o una mezcla de enantiómeros del mismo; o a una sal, solvato, hidrato, co-cristal, clatrato, o polimorfo farmacéuticamente aceptable del mismo.
Otros compuestos específicos proporcionados en el presente documento son de fórmula:
Figure imgf000074_0001
o una sal, solvato o estereoisómero farmacéuticamente aceptable del mismo, en donde:
X es C=O o CH2;
R1 es -Y-R3;
R2 es H o alquilo (C1-C6);
Y es: arilo de 6 a 10 miembros, heteroarilo o heterociclo, cada uno de los cuales puede sustituirse opcionalmente con uno o más halógenos; o un enlace;
R3 es: -(CH2)n-arilo, -O-(CH2)n-arilo o -(CH2)n-O-arilo, en donde el arilo se sustituye opcionalmente con uno o más: alquilo (C1-C6), sustituido opcionalmente en sí mismo con uno o más halógeno; alcoxi (C1-C6), sustituido en sí mismo con uno o más halógeno; oxo; amino; carboxilo; ciano; hidroxilo; halógeno; deuterio; arilo de 6 a 10 miembros o heteroarilo, sustituido opcionalmente con uno o más de alquilo (C1-C6), alcoxi (C1-C6) o halógeno; -CONH2; o -COO-alquilo (C1-C6), en donde el alquilo puede sustituirse opcionalmente con uno o más halógeno;
-(CH2)n-heterociclo, -O-(CH2)n-heterociclo o -(CH2)n-O-heterociclo, en donde el heterociclo se sustituye opcionalmente con uno o más: alquilo (C1-C6), se sustituye opcionalmente en sí mismo con uno o más halógeno; alcoxi (C1-C6), sustituido en sí mismo con uno o más halógeno; oxo; amino; carboxilo; ciano; hidroxilo; halógeno; deuterio; arilo de 6 a 10 miembros o heteroarilo, sustituido opcionalmente con uno o más alquilo (C1-C6), alcoxi (C1-C6) o halógeno; -CONH2; o -COO-alquilo (C1-C6), en donde el alquilo puede sustituirse opcionalmente con uno o más halógeno; o
-(CH2)n-heteroarilo, -O-(CH2)n-heteroarilo o -(CH2)n-O-heteroarilo, en donde el heteroarilo se sustituye opcionalmente con uno o más: alquilo (C1-C6), se sustituye opcionalmente en sí mismo con uno o más halógeno; alcoxi (C1-C6), sustituido en sí mismo con uno o más halógeno; oxo; amino; carboxilo; ciano; hidroxilo; halógeno; deuterio; arilo o heteroarilo de 6 a 10 miembros, sustituido opcionalmente con uno o más alquilo (C1-C6), alcoxi (C1-C6) o halógeno; -CONH2; o -COO-alquilo (C1-C6), en donde el alquilo puede sustituirse opcionalmente con uno o más halógeno; y
n es 0, 1,2 o 3.
Todos los compuestos descritos pueden adquirirse en el mercado o prepararse de acuerdo con los métodos descritos en las patentes o publicaciones de patente descritas en el presente documento. Además, los compuestos ópticamente puros pueden sintetizarse o resolverse asimétricamente usando agentes de resolución conocida o columnas quirales, así como otras técnicas estándar de química orgánica sintética. Información adicional sobre compuestos inmunomoduladores, su preparación y uso pueden encontrarse, por ejemplo, en las Publicaciones de Solicitud de Patente de los Estados Unidos N.22006/0188475, 2006/0205787 y 2007/0049618.
Los compuestos pueden ser moléculas orgánicas pequeñas que tienen un peso molecular menor de aproximadamente 1.000 g/mol y no son proteínas, péptidos, oligonucleótidos, oligosacáridos u otras macromoléculas.
Deberá observarse que si existe alguna discrepancia entre una estructura representada y un nombre dado a esa estructura, se acordará que la estructura representada será la de mayor peso. Además, si no se indica la estereoquímica de una estructura o una porción de una estructura, por ejemplo, con líneas en negritas o discontinuas, la estructura o porción de la estructura deberá interpretarse que abarca todos los estereoisómeros de este.
5.8. Kits
También se contemplan kits y composiciones para llevar a cabo los métodos proporcionados en el presente documento. En determinados ejemplos, se desvelan en el presente documento kits útiles para determinar la efectividad de un compuesto inmunomodulador. En determinados ejemplos, se desvelan en el presente documento kits útiles para determinar si un compuesto es inmunomodulador. En determinados ejemplos, se desvelan en el presente documento kits útiles para evaluar la efectividad de un compuesto en tratar una enfermedad o trastorno. En determinados ejemplos, se desvelan en el presente documento kits útiles para determinar el efecto de un compuesto inmunomodulador. En determinados ejemplos, se desvelan en el presente documento kits útiles para predecir la probabilidad de la efectividad para DLBCL, MM, MDS, o AML o para monitorizar la eficacia de un tratamiento con uno o más compuestos (por ejemplo, fármacos). El kit desvela un soporte sólido y medios para detectar la expresión de proteína de al menos un biomarcador en una muestra biológica.
En determinados ejemplos, se desvela en el presente documento un kit para detectar el nivel de ARNm de uno o más biomarcadores. El kit puede comprender una o más sondas que se unen específicamente a los ARNm de uno o más biomarcadores. El kit puede comprender además una solución de lavado. El kit puede comprender además reactivos para realizar un ensayo de hibridación, medios de aislamiento o purificación de ARNm, medios de detección, así como controles positivos y negativos. El kit además comprende una instrucción para usar el kit. El kit puede adaptarse para uso interno, uso clínico, o uso en investigación.
En determinados ejemplos, se desvela en el presente documento un kit para detectar el nivel de proteína de uno o más biomarcadores. Los kits comprenden una tira reactiva revestida con un anticuerpo que reconoce el biomarcador de proteína, soluciones de lavado, reactivos para realizar el ensayo, aislamiento de proteína o medios de purificación, medios de detección, así como controles positivos y negativos. El kit además comprende una instrucción para usar el kit. El kit puede ajustarse para uso casero, uso clínico, o uso en investigación.
Tal kit puede emplear, por ejemplo, una tira reactiva, una membrana, un chip, un disco, una tira de prueba, un filtro, una microesfera, un portaobjetos, una placa de múltiples pocillos, o una fibra óptica. El soporte sólido del kit puede ser, por ejemplo, un plástico, silicio, un metal, una resina, vidrio, una membrana, una partícula, un precipitado, un gel, un polímero, una hoja, una esfera, un polisacárido, un vaso capilar, una película, placa, o un portaobjetos. La muestra biológica puede ser, por ejemplo, un cultivo celular, una línea celular, un tejido, un tejido oral, tejido gastrointestinal, un órgano, un orgánulo, un fluido biológico, una muestra sanguínea, una muestra de orina, o una muestra de piel. La muestra biológica puede ser, por ejemplo, una biopsia de ganglio linfático, una biopsia de médula ósea, o una muestra de células tumorales de sangre periférica.
El kit comprende un soporte sólido, ácidos nucleicos que hacen contacto con el soporte, en donde los ácidos nucleicos son complementarios en al menos 20, 50, 100, 200, 350, o más bases de ARNm y un medio para detectar la expresión del ARNm en una muestra biológica.
El kit farmacéutico o de ensayo comprende, en un recipiente, un compuesto o una composición farmacéutica del mismo y además comprende, en uno o más recipientes, componentes para aislar ARN. El kit farmacéutico o de ensayo comprende, en un recipiente, un compuesto o una composición farmacéutica y además comprende, en uno o más recipientes, componentes para realizar RT-PCR, RT-qPCR, secuenciación profunda o una micromatriz. El kit comprende un soporte sólido, ácidos nucleicos que hacen contacto con el soporte, en donde los ácidos nucleicos son complementarios en al menos 20, 50, 100, 200, 350, o más bases de ARNm y un medio para detectar la expresión del ARNm en una muestra biológica.
Los kits emplean medios para detectar la expresión de un biomarcador por PCR cuantitativa en tiempo real (QRT-PCR), micromatriz, citometría de flujo o inmunofluorescencia. La expresión del biomarcador se mide por metodologías basadas en ELISA u otros métodos similares conocidos en la técnica.
El kit farmacéutico o de ensayo comprende, en un recipiente, un compuesto o una composición farmacéutica del mismo y además comprende, en uno o más recipientes, componentes para aislar proteína. El kit farmacéutico o de ensayo comprende, en un recipiente, un compuesto o una composición farmacéutica y además comprende, en uno o más recipientes, componentes para realizar la citometría de flujo o un ELISA.
En otro ejemplo, se desvelan en el presente documento kits para medir los biomarcadores que proporcionan los materiales necesarios para medir la abundancia de uno o más de los productos génicos de los genes o un subconjunto de genes (por ejemplo, uno, dos, tres, cuatro, cinco o más genes) de los biomarcadores desvelados en el presente documento. Tales kits pueden comprender materiales y reactivos requeridos para la medición de ARN o proteína. En algunos ejemplos, tales kits incluyen micromatrices, en donde la micromatriz está comprendida por oligonucleótidos y/o fragmentos de ADN y/o ARN que hibridan con uno o más de los productos de uno o más de los genes o un subconjunto de genes de los biomarcadores desvelados en el presente documento, o cualquier combinación de los mismos. Tales kits pueden incluir cebadores para PCR del producto de ARN o la copia de ADNc del producto de ARN de los genes o subconjunto de genes, o ambos. Tales kits pueden incluir cebadores para PCR así como sondas para PCR Cuantitativa. En algunos ejemplos, tales kits pueden incluir múltiples cebadores y múltiples sondas en donde algunas de tales sondas tienen diferentes fluoróforos para permitir la multiplexación de múltiples productos de un producto génico o múltiples productos génicos. Tales kits además pueden incluir materiales y reactivos para crear ADNc a partir de ARN. Tales kits pueden incluir anticuerpos específicos para los productos de proteína de un gen o subconjunto de genes de los biomarcadores proporcionados en el presente documento. Tales kits pueden desvelar adicionalmente materiales y reactivos para aislar ARN y/o proteínas a partir de una muestra biológica. Además tales kits pueden incluir materiales y reactivos para sintetizar ADNc del ARN aislado a partir de una muestra biológica. Tales kits pueden incluir, un producto de programa de ordenador incorporado en un medio legible por ordenador para predecir si un paciente es clínicamente sensible a un compuesto. Los kits pueden incluir un producto de programa de ordenador incorporado en un medio legible por ordenador junto con instrucciones.
En algunos ejemplos, los kits para medir la expresión de una o más secuencias de ácido nucleico de un gen o un subconjunto de genes de los biomarcadores desvelados en el presente documento. En un ejemplo específico, tales kits para medir la expresión de una o más secuencias de ácido nucleico asociadas a un gen o un subconjunto de genes de los biomarcadores desvelados en el presente documento. Los kits pueden comprender materiales y reactivos que son necesarios para medir la expresión de productos de secuencia de ácido nucleico particulares de genes o un subconjunto de genes de los biomarcadores desvelados en el presente documento. Por ejemplo, una micromatriz o un kit de RT-PCR puede producirse para una afección específica y puede contener solo aquellos reactivos y materiales necesarios para medir los niveles de productos de transcripción de ARN específicos de los genes o un subconjunto de genes delos biomarcadores proporcionados en el presente documento para predecir si un cáncer hematológico en un paciente es clínicamente sensible a un compuesto. Alternativamente, los kits pueden comprender materiales y reactivos que no se limitan a aquellos requeridos para medir la expresión de secuencias particulares de ácido nucleico de cualquier gen particular de los biomarcadores desvelados en el presente documento. Por ejemplo, en determinados ejemplos, los kits comprenden materiales y reactivos necesarios para medir los niveles de expresión de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 o más de los genes de los biomarcadores desvelados en el presente documento, además de reactivos y materiales necesarios para medir los niveles de la expresión de al menos 1, al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9, al menos 10, al menos 15, al menos 20, al menos 25, al menos 30, al menos 35, al menos 40, al menos 45, al menos 50 o más genes distintos de aquellos de los biomarcadores desvelados en el presente documento. En otros ejemplos, los kits contienen reactivos y materiales necesarios para medir los niveles de expresión de al menos 1, al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9, al menos 10, al menos 15, al menos 20, al menos 25, al menos 30, al menos 35, al menos 40, al menos 45, al menos 50 o más de los genes de los biomarcadores desvelados en el presente documento y 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 300, 350, 400, 450, o más genes que son genes que no son de los biomarcadores proporcionados en el presente documento, o 1-10, 1-100, 1-150, 1-200, 1-300, 1-400, 1-500, 1-1000, 25-100, 25-200, 25-300, 25-400, 25-500, 25- 1000, 100-150, 100-200, 100-300, 100-400, 100-500, 100-1000 o 500­ 1000 genes que son genes que no son de los biomarcadores proporcionados en el presente documento.
Para los kits de micromatrices de ácido nucleico, los kits generalmente desvelan sondas unidas a una superficie de soporte sólido. Las sondas pueden ser de oligonucleótidos o de longitud más larga, incluyendo sondas que oscilan de 150 nucleótidos de longitud a 800 nucleótidos de longitud. Las sondas pueden marcarse con un marcador detectable. Las sondas pueden ser específicas para uno o más de los productos de gen de los biomarcadores desvelados en el presente documento. Los kits de micromatrices pueden comprender instrucciones para realizar el ensayo y los métodos para interpretar y analizar los datos que resultan del rendimiento del ensayo. En un ejemplo específico, los kits desvelan instrucciones para predecir si un cáncer hematológico en un paciente es clínicamente sensible a un compuesto. Los kits también pueden desvelar reactivos de hibridación y/o reactivos necesarios para detectar una señal producida cuando una sonda hibrida a una secuencia de ácido nucleico objetivo. Generalmente, los materiales y reactivos para los kits de micromatrices se encuentran en uno o más recipientes. Cada componente del kit por lo general se encuentra en su propio recipiente adecuado.
Un kit de micromatriz de ácido nucleico comprende materiales y reactivos necesarios para medir los niveles de expresión de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 o más de los genes identificados de los biomarcadores desvelados en el presente documento, una combinación de los mismos, además de reactivos y materiales necesarios para medir los niveles de la expresión de al menos 1, al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9, al menos 10, al menos 15, al menos 20, al menos 25, al menos 30, al menos 35, al menos 40, al menos 45, al menos 50 o más genes distintos de aquellos de los biomarcadores proporcionados en el presente documento. En otros ejemplos, un kit de micromatriz de ácido nucleico contiene reactivos y materiales necesarios para medir los niveles de expresión de al menos 1, al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9, al menos 10, al menos 15, al menos 20, al menos 25, al menos 30, al menos 35, al menos 40, al menos 45, al menos 50 o más de los genes de los biomarcadores desvelados en el presente documento, o cualquier combinación de los mismos y 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 300, 350, 400, 450, o más genes que no son de los biomarcadores desvelados en el presente documento, o 1-10, 1-100, 1-150, 1-200, 1­ 300, 1-400, 1-500, 1-1000, 25-100, 25-200, 25-300, 25-400, 25-500, 25- -1000, 100-150, 100-200, 100-300, 100-400, 100-500, 100-1000 o 500-1000 genes que no son de los biomarcadores desvelados en el presente documento.
Para PCR Cuantitativa, los kits generalmente desvelan cebadores preseleccionados específicos para secuencias particulares de ácido nucleico. Los kits de PCR Cuantitativa también comprenden encimas adecuadas para amplificar los ácidos nucleicos (por ejemplo, polimerasas tales como Taq) y desoxinucleótidos y reguladores necesarios para que la mezcla de reacción se amplifique. Los kits de PCR Cuantitativa también pueden desvelar sondas específicas para las secuencias de ácido nucleico asociadas a o indicativas de un padecimiento. Las sondas pueden o no etiquetarse con un fluoróforo. Las sondas pueden o no etiquetarse con una molécula extintora. En algunos ejemplos los kits de PCR Cuantitativa también comprenden componentes adecuados para ARN de transcripción inversa incluyendo encimas (por ejemplo, transcriptasas inversas tales como AMV, MMLV y similares) y cebadores para transcripción inversa junto con desoxinucleótidos y reguladores necesarios para la reacción de transcripción inversa. Cada componente del kit de PCR cuantitativa por lo general se encuentra en su propio recipiente adecuado. De este modo, estos kits por lo general desvelan distintos recipientes adecuados para cada reactivo, encima, cebador y sonda individual. Además, los kits de PCR cuantitativa pueden desvelar instrucciones para realizar el ensayo y los métodos para interpretar y analizar los datos que resultan del rendimiento del ensayo. En un ejemplo específico, los kits contienen instrucciones para predecir si un cáncer hematológico en un paciente es clínicamente sensible a un compuesto.
Para kits a base de anticuerpos, el kit puede comprender, por ejemplo: (1) un primer anticuerpo (que pueden unirse o no a un soporte sólido) que se enlace a un péptido, un polipéptido o una proteína de interés; y, opcionalmente, (2) un segundo anticuerpo diferente que se enlaza al péptido, al polipéptido o a la proteína, o al primer anticuerpo y se conjuga a un marcador detectable (por ejemplo, un marcador fluorescente, un isótopo radiactivo o una enzima). En un ejemplo específico, el péptido, el polipéptido o la proteína de interés se asocia a o es indicativo de una afección (por ejemplo, una enfermedad). Los kits a base de anticuerpo también pueden comprender perlas para realizar una inmunoprecipitación. Cada componente del kit a base de anticuerpo por lo general se encuentra en su propio recipiente adecuado. De este modo, estos kits por lo general comprenden distintos recipientes adecuados para cada anticuerpo. Además, los kits a base de anticuerpo pueden comprender instrucciones para realizar el ensayo y los métodos para interpretar y analizar los datos que resultan de la realización del ensayo. En un ejemplo específico, los kits contienen instrucciones para predecir si un cáncer hematológico en un paciente es clínicamente sensible a un compuesto.
En un ejemplo, un kit desvelado en el presente documento comprende un compuesto proporcionado en el presente documento, o una sal, solvato, o hidrato farmacéuticamente aceptable del mismo. Los kits además pueden comprender agentes activos adicionales, incluyendo pero sin limitarse a aquellos desvelados en el presente documento.
Los kits además pueden desvelar dispositivos que se usan para administrar los principios activos. Los ejemplos de tales dispositivos incluyen entre otros, jeringas, bolsas de goteo, parches, e inhaladores.
Los kits además pueden comprender células o sangre para trasplante así como vehículos farmacéuticamente aceptables que pueden usarse para administrar uno o más principios activos. Por ejemplo, si un principio activo se desvela en una forma sólida que debe reconstituirse para administración parenteral, el kit puede comprender un recipiente sellado de un vehículo adecuado en el cual el principio activo puede disolverse para formar una solución estéril libre en partículas que es adecuado para administración parenteral. Los ejemplos de los vehículos farmacéuticamente aceptables incluyen entre otros: Agua para Inyección USP; vehículos acuosos tales como, pero sin limitarse a, Inyección de Cloruro de Sodio, Inyección de Ringer, Inyección de Dextrosa, Inyección de Dextrosa y Cloruro de Sodio, e Inyección de Ringer con Lactato; vehículos miscibles en agua tales como, pero sin limitarse a, alcohol etílico, polietilenglicol y polipropilenglicol; y vehículos no acuosos tales como, pero sin limitarse a, aceite de maíz, aceite de algodón, aceite de cacahuate, aceite de sésamo, oleato de etilo, miristato de isopropilo y benzoato de bencilo.
En determinados ejemplos de los métodos y kits desvelados en el presente documento, los soportes de fase sólida se usan para la purificación de proteínas, muestras de marcaje o para realizar los ensayos de fase sólida. Los ejemplos de las fases sólidas adecuadas para llevar a cabo los métodos desvelados en el presente documento incluyen perlas, partículas, coloides, superficies simples, tubos, placas de múltiples pocillos, placas de microtitulación, portaobjetos, membranas, geles y electrodos. Cuando la fase sólida es un material en partículas (por ejemplo, perlas), en un ejemplo, se distribuye en los pocillos de las placas de múltiples pocillos para permitir el procesamiento paralelo de los soportes de fase sólida.
Se observa que cualquier combinación de los ejemplos listados anteriormente, por ejemplo, con respecto a uno o más reactivos, tales como, sin limitación, cebadores de ácido nucleico, soporte sólido y similares, también se contemplan en relación con cualquiera de los diversos métodos y/o kits desvelados y similares, también se contemplan en relación con cualquiera de los diversos métodos y/o kits desvelados en el presente documento.
Determinados ejemplos de la invención se ilustran por los siguientes ejemplos no limitantes.
6 Ejemplos
Los ejemplos muestran, entre otras cosas: (i) Aiolos e Ikaros son sustratos de consecuencia para lenalidomida y Compuesto A en DLBCL y Aiolos e Ikaros se degradan en un mecanismo dependiente de lenalidomida y Compuesto A en ABC y GCB DLBCL; (ii) Aiolos es un conductor de la proliferación en DLBCL y ARNhp de Aiolos resulta en niveles de c-myc disminuidos y capacidad proliferativa reducida; (iii) CRBN, Aiolos e Ikaros muestran ser útiles como biomarcadores predictivos de respuesta en DLBCL y un intervalo dinámico o expresión de CRBN, Aiolos e Ikaros pueden ser útiles como una estrategia de estratificación de pacientes para estudios clínicos de lenalidomida y/o Compuesto A; (iv) los mecanismos de resistencia para lenalidomida y Compuesto A en DLBCL y las líneas celulares resistentes a los niveles reducidos de lenalidomida y Compuesto A de Aiolos, Ikaros y c-myc, posiblemente como un mecanismo de resistencia; (v) la diferenciación del mecanismo de acción de lenalidomida y Compuesto A en DLBCL y las líneas celulares de ABC DLBCL son sensibles a lenalidomida y Compuesto A, mientras que las líneas celulares GCB son menos sensibles a la lenalidomida; (vi) IFN y CSNK1A1 son sustratos de consecuencia para la lenalidomida y/o el Compuesto A en DLBCL y el Compuesto A induce la respuesta de IFN en ABC y GCB DLBCL; (vii) el nivel de ZFP91 disminuye en respuesta al tratamiento de lenalidomida, pomalidomida, Compuesto A, talidomida, o Compuesto B; (viii) el nivel de ZFP91 disminuye en respuesta al tratamiento usando compuestos desvelados en el presente documento a través de una vía dependiente de CRBN; (ix) la lenalidomida promueve la degradación de Caseína Quinasa 1a (CK1a (CSNK1A1)) en células MDS y AML; y (x) degradación inducida por lenalidomida de bloques de tratamiento de MG-132 o Compuesto A de CK1a e Ikaros en Células HNT-34.
6.1 Preparación de 3-(4-amino-1-oxo-1,3-dihidro-isoindol-2-il)-piperidin-2,6-diona (lenalidomida)
2- bromometil-3-nitrobenzoato de metilo
Una mezcla agitada de 2-metil-3-nitrobenzoato de metilo (14,0 g, 71,7 mmol) y N-bromosuccinimida (15,3 g, 86,1 mmol) en tetracloruro de carbono (200 ml) se calentó a reflujo ligero durante 15 horas mientras que un foco de 100 W ubicado 2 cm lejos alumbraba al matraz. La mezcla se filtró y el sólido se lavó con cloruro de metileno (50 ml). El filtrado se lavó con agua (2x100 ml), salmuera (100 ml) y se secó. El disolvente se retiró al vacío y el residuo se purificó por cromatografía instantánea (acetato de hexano/etilo, 8/2) para proporcionar 19 g (96 %) del producto como un sólido amarillo: pf 70,0-71,5 °C; 1H RMN (CDCla) 58,12-8,09(dd, J=1,3 y 7,8 Hz, 1H), 7,97-7,94(dd, J=1,3 y 8,2 Hz, 1H), 7,54(t, J=8,0 Hz, 1H). 5,15(s, 2H), 4,00(s, 3H); 13C RMN (CDCla) 5 165,85, 150,58, 134,68, 132,38, 129,08, 127,80, 53,06, 22,69; HPLC, Water Nova-Pak/C 18, 3,9x150 mm, 4 micrómetros, 1 ml/min, 240 nm, 40/60 CH3CN/0,1 %H3PO4(ac) 7,27 min(98,92 %); Análisis Calculado para CgHeNO4Br: C, 39,44; H, 2,94; N, 5,1 1; Br, 29,15, Encontrado: C, 39,46; H, 3,00; N, 5,00; Br, 29,1 1.
t-Butil N-(1 -oxo-4-nitroisoindolin-2-il)-L-glutamina
Se añadió trietilamina (2,9 g, 28,6 mmol) gota a gota a una mezcla agitada de 2-bromometil-3-nitrobenzoato de metilo (3,5 g, 13,0 mmol) y clorhidrato de éster de t-butil L-glutamina (3,1 g, 13,0 mmol) en tetrahidrofurano (90 ml). La mezcla se calentó a reflujo durante 24 horas. A la mezcla enfriada se añadió cloruro de metileno (150 ml) y la mezcla se lavó con agua (2 x 40 ml), salmuera (40 ml) y se secó. El disolvente se retiró al vacío y el residuo se purificó por cromatografía instantánea (3 % CH3OH en cloruro de metileno) para proporcionar 2,84 g (60 %) de producto bruto que se usó directamente en la siguiente reacción: 1H RMN (CDCl3) 58,40(d, J=8,1 Hz, 1H), 8,15(d, J=7,5 Hz, 1H), 7,71 (t, J=7,8 Hz, 1H), 5,83(s, 1H), 5,61 (s, 1H), 5,12(d, J=19,4 Hz, 1H), 5,04-4,98(m, 1H), 4,92(d, J=19,4 Hz, 1H), 2,49-2,22(m, 4H). 1,46(s, 9H); HPLC, Waters Nova-Pak C18, 3,9x150 mm, 4 micrómetros, 1 ml/min, 240 nm, 25/75 CHsCn /0,1 %HaPO4(ac) 6,75 min(99,94 %).
N-( 1 -oxo-4-nitroisoindolin-2-il)-L-glutamina
Se hizo burbujear cloruro de hidrógeno en una solución a 5 °C agitada de t-butil N-(1-oxo-4-nitro-isoindolin-2-il)-L-glutamina (3,6 g, 9,9 mmol) en cloruro de metileno (60 ml) durante 1 hora. Después, la mezcla se agitó a temperatura ambiente durante otra hora. Se añadió éter (40 ml) y la mezcla resultante se agitó durante 30 minutos. La suspensión se filtró, se lavó con éter y se secó para proporcionar 3,3 g del producto: 1H RMN (DMSO-d6) 58,45(d, J=8,1 Hz, 1H), 8,15(d, J=7,5 Hz, 1H), 7,83(t, J=7,9 Hz. 1H), 7,24(s, 1H), 6,76(s, 1H), 4,93(s, 2H), 4,84-4,78(dd, J=4,8amd 10,4 Hz, 1H), 2,34-2,10(m, 4H); 13C RMN (DMSO-ds) 8173,03, 171,88, 165,96, 143,35, 137,49, 134,77, 130,10, 129,61,126,95, 53,65, 48,13, 31,50, 24,69; Análisis Calculado para C13H13N3O6: C, 50,82; H, 4,26; N, 13,68, Encontrado: C, 50,53; H.
4,37; N, 13,22.
(S)-3-( 1 -oxo-4-nitroisoindolin-2-il)piperidin-2,6-diona
Una mezcla de suspensión agitada de N-(1-oxo-4-nitroisoindolin-2-il)-L-glutamina (3,2 g, 10,5mmol) en cloruro de metileno anhidro (150 ml) se enfrió a -40 °C con baño de isopropanol/hielo seco. Se añadió cloruro de tionilo (0,82 ml, 11,3 mmol) gota a gota a la mezcla enfriada seguido de piridina (0,9 g. 11,3 mmol). Después de 30 min, se añadió trietilamina (1,2 g, 11,5mmol) y la mezcla se agitó a -30 a -40 °C durante 3 horas. La mezcla se vertió en agua con hielo (200 ml) y la capa acuosa se extrajo con cloruro de metileno (40 ml). La solución de cloruro de metileno se lavó con agua (2 x 60 ml), salmuera (60 ml) y se secó. El disolvente se retiró al vacío y el residuo sólido se suspendió con acetato de etilo (20 ml) para proporcionar 2,2 g (75 %) del producto como un sólido blanco: pf 285 °C; 1H RMN (DMSO-ds) 5: 1,04(s, 1H), 8,49-8,45(dd, J=0,8 y 8,2 Hz, 1H), 8,21-8,17(dd, J=7,3 Hz, 1H), 7,84(t, J=7,6 Hz, 1H), 5,23-5,15(dd, J=4,9 y 13,0 Hz, 1H), 4,96(dd, J=19,3 y 32,4 Hz, 2H), 3,00-2,85(m, 1H), 2,64-2,49(m, 2H), 2,08-1,98(m, 1H); 13C RMN (DMSO- de) 5 172,79, 170,69, 165,93, 143,33, 137,40, 134,68, 130,15, 129,60, 127,02,51,82, 48,43, 31,16, 22,23; HPLC, Waters Nova-Pak/C18, 3,9x150 mm, 4 micrómetros, 1 ml/min, 240 nm, 20/80 CHsCn /0,1 %HaPO4(ac) 3,67 min(100 %); Análisis Calculado para C13HnN305: C, 53,98; H, 3,83; N, 14,53, Encontrado: C, 53,92; H, 3,70; N, 14,10.
3- (4-amino-1-oxo-1,3-dihidro-isoindol-2-il)-piperidin-2,6-diona
Una mezcla de (S)-3-(1 -oxo-4-nitroisoindolin-2-il)piperidin-2,6-diona (1,0 g, 3,5 mmol) y 10 % Pd/C (0,3 g) en metanol (600 ml) se hidrogena en un aparato Parr-Shaker a 50 psi de hidrógeno durante 5 horas. La mezcla se filtró a través de Celite y el filtrado se concentró al vacío. El sólido se suspendió en acetato de etilo caliente durante 30 min, se filtró y se secó para proporcionar 0,46 g (51 %) del producto como un sólido blanco: pf 235,5-239 °C; 1H RMN (DMSO-d6) 5 11,01 (s, 1H). 7,19(t, J=7,6 Hz, 1H). 6,90(d. J=7,3 Hz, 1H), 6,78(d, J=7,8 Hz, 1H), 5,42(s, 2H). 5,12(dd. J=5,1 y 13,1 Hz, 1H), 4,17(dd, J=17,0 y 28,8 Hz, 2H), 2,92-2,85(m, 1H). 2,64-2,49(m, 1H). 2,34-2,27(m, 1H), 2,06-1,99(m, 1H); 13C RMN (DMSO-d6) 5 172,85, 171,19, 168,84, 143,58, 132,22, 128,79, 125,56, 1 16,37, 1 10,39, 51,48, 45,49, 31,20, 22,74; HPLC. Waters Nova-Pak/C18, 3,9x150 mm, 4 micrómetros, 1 ml/min, 240 nm, 10/90 cHaCN/0,1 %HaP04(ac) 0,96 min(100 %); análisis Quiral, Daicel Chiral Pak AD, 40/60 Hexano/IPA, 6,60 min(99,42 %); Análisis Calculado para C13H13N3O3: C, 60,23; H, 5,05; N, 16,21. Encontrado: C, 59,96; H. 4,98; N, 15,84.
3-(4-Amino-1 -oxo-1,3-dihidro-isoindol-2-il)-piperidin-2,6-diona también puede prepararse por métodos conocidos en la técnica, por ejemplo, como se desvela en Drugs of the Future, 2003, 28(5): 425-431.
6.2 Preparación de 3-(5-amino-2-metil-4-oxo-4H-quinazolin-3-il)-piperidin-2,6-diona (Compuesto A)
A una solución de hidróxido de potasio (16,1 g, 286 mmol) en agua (500 ml), se añadió 3-nitroftalimida (25,0 g, 130 mmol) en porción a 0 °C. La suspensión se agitó at 0 °C durante 3 h y después se calentó a 30 °C durante 3 h. A la solución, se añadió HCl (100 ml, 6N). La suspensión resultante se enfrió a 0 °C durante 1 h. La suspensión se filtró y se lavó con agua fría (2 x 10 ml) para proporcionar ácido 3-nitro-ftálámico como un sólido blanco (24,6 g, 90 % de rendimiento): 1H RMN (DMSO-ds) 57,69 (s a, 1H, NHH), 7,74 (t, J= 8 Hz, 1H, Ar), 7,92 (dd, J= 1,8 Hz, 1H, Ar), 8,13 (dd, J= 1,8 Hz, 1H, Ar), 8,15 (s a, 1H, NHH), 13,59 (s, 1H, OH); 13C RMN (DMSO-ds) 5125,33, 129,15, 130,25, 132,54, 136,72, 147,03, 165,90, 167,31.
A una mezcla de ácido 3-nitro-ftalámico (24,6 g, 117 mmol) e hidróxido de potasio (6,56 g, 117 mmol) en agua (118 ml), se añadió una mezcla de bromo (6 ml), hidróxido de potasio (13,2 g, 234 mmol) en agua (240 ml) a 0 °C, seguido de la adición de una solución de hidróxido de potasio (19,8 g, 351 mmol) en agua (350 ml). Después de 5 minutos a 0 °C, la mezcla se calentó en un baño de aceite a 100 °C durante 1 h. La solución de reacción se enfrió a temperatura ambiente y después, en un baño de agua con hielo durante 30 minutos. A la mezcla, se añadió una solución de HCl (240 ml, 2N) gota a gota a 0 °C y la mezcla resultante se mantuvo durante 1 h. La suspensión se filtró y se lavó con agua (5 ml) para proporcionar ácido 2-amino-6-nitro-benzoico como sólido amarillo (15,6 g, 73 % de rendimiento): HPLC: Waters Symmetry C18, 5pm, 3,9 x 150 mm, 1 ml/min, 240 nm, CH3CN/0,1 % H3PO4, 5 % grad a 95 % durante 5 min, 5,83 min (85 %); 1H RMN (DMSO-de) 56,90 (dd, J = 1, 8 Hz, 1H, Ar), 7,01 (dd, J= 1,9 Hz, 1H, Ar), 7,31 (t, J= 8 Hz, 1H, Ar), 8,5-9,5 (s a, 3H, OH, NH2); 13C RMN (DMSO-de) 5105,58, 110,14, 120,07, 131,74, 149,80, 151,36, 166,30; LCMS: MH = 183.
Una mezcla de ácido 2-amino-6-nitro-benzoico (1,5 g, 8,2 mmol) en anhídrido acético (15 ml) se calentó a 200 °C durante 30 minutos en un horno de microondas. La mezcla se filtró y se lavó con acetato de etilo (20 ml). El filtrado se concentró al vacío. El sólido se agitó en éter (20 ml) durante 2 h. La suspensión se filtró y se lavó con éter (20 ml) para proporcionar 2-metil-5-nitro-benzo[d][l,3]oxazin-4-ona como un sólido marrón claro (1,4 g, 85 % de rendimiento): HPLC: Waters Symmetry C18, 5pm, 3,9 x 150 mm, 1 ml/min, 240 nm, CH3CN/0,1 % H3PO4, 5 % grad 95 % en 5 min, 5,36 min (92 %); 1H RMN (DMSO-d6) 52,42 (s, 3H, CH3), 7,79 (dd, J= 1,8 Hz, 1H, Ar), 7,93 (dd, J= 1,8 Hz, 1H, Ar), 8,06 (t, J= 8 Hz, 1H, Ar); 13C RMN (DMSO-d6) 520,87, 107,79, 121,54, 128,87, 137,19, 147,12, 148,46, 155,18, 161,78; LCMS: MH = 207.
Dos viales, cada uno con una suspensión de 5-nitro-2-metil-benzo[d][1,3]oxazin-4-ona (0,60 g, 2,91 mmol) y cloruro de hidrógeno de 3-amino-piperidin-2,6-diona (0,48 g, 2,91 mmol) en piridina (15 ml) se calentaron a 170 °C durante 10 minutos en un horno microondas. La suspensión se filtró y se lavó con piridina (5 ml). El filtrado se concentró al vacío. La mezcla resultante se agitó en HCl (30 ml, 1N), acetato de etilo (15 ml) y éter (15 ml) durante 2 h. La suspensión se filtró y se lavó con agua (30 ml) y acetato de etilo (30 ml) para proporcionar un sólido marrón oscuro, que se agitó con metanol (50 ml) a temperatura ambiente durante la noche. La suspensión se filtró y se lavó con metanol para proporcionar 3-(2-metil-5-nitro-4-oxo-4H-quinazolin-3-il)-piperidin-2,6-diona como un sólido negro (490 mg, 27 % de rendimiento). El sólido se usó en la siguiente etapa sin purificación adicional.
Una mezcla de 3-(2-metil-5-nitro-4-oxo-4H-quinazolin-3-il)-piperidin-2,6-diona (250 mg) y Pd(OH)2 en carbono (110 mg) en DMF (40 ml) se agitó bajo hidrógeno (50 psi) durante 12 h. La suspensión se filtró a través de una almohadilla de Celite y se lavó con DMF (10 ml). El filtrado se concentró al vacío y el aceite resultante se purificó por cromatografía de columna instantánea (gel de sílice, cloruro de metanol/metileno) para proporcionar 3-(5-amino-2-metil-4-oxo-4H-quinazolin-3-il)-piperidin-2,6-diona como un sólido blanco (156 mg, 69 % de rendimiento): HPLC: Waters Symmetry C18, 5pm, 3,9 x 150 mm, 1 ml/min, 240 nm, 10/90 CH3CN/0,1 % H3PO4, 3,52 min (99,9 %); pf: 293-295 °C; 1H RMN (DMSO-de) 52,10-2,17 (m, 1H, CHH), 2,53 (s, 3H, CH3), 2,59-2,69 (m, 2H, CH2), 2,76-2,89 (m, 1H, CHH), 5,14 (dd, J= 6, 11 Hz, 1H, NCH), 6,56 (d, J = 8 Hz, 1H, Ar), 6,59 (d, J= 8 Hz, 1H, Ar), 7,02 (s, 2H, NH2), 7,36 (t, J= 8 Hz, 1H, Ar), 10,98 (s, 1H, NH); 13C RMN (DMSO-d6) 520,98, 23,14, 30,52, 55,92, 104,15, 110,48, 111,37, 134,92, 148,17, 150,55, 153,62, 162,59, 169,65, 172,57; LCMS: MH = 287; Análisis Calculado para C14H14N4O3 0,3 H2O: C, 57,65; H, 5,05; N, 19,21, Encontrado: C, 57,50; H, 4,73; N, 19,00.
6.3 Preparación de 3-[4-(4-morfolin-4-ilmetil-benciloxi)-1-oxo-1,3-dihidro-isoindol-2-il]-piperidin-2,6-diona (Compuesto B)
Procedimiento 1:
Etapa 1: A la solución de 3-(4-hidroxi-1 -oxo-1,3-dihidro-isoindol-2-il)-piperidin-2,6-diona (2,5g, 8,56 mmol) en THF (60 ml) se añadió trifenilfosfina (polímero soportado 1,6 mmol/g, 12 g, 18,8 mmol). La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 15 minutos. Se añadió azodicarboxilato de diisopropilo (3,96 ml, 18,8 mmol) a 0 °C y la mezcla se agitó a 0 °C durante 30 minutos. Se añadió (4-Morfolin-4-ilmetil-fenil)-metanol (2,62 g, 12,4 mmol) a 0 °C y se dejó que la mezcla se calentara a temperatura ambiente y se agitó a temperatura ambiente durante la noche. La mezcla de reacción se filtró y el filtrado se concentró. El aceite resultante se purificó en columna de gel de sílice eluida con cloruro de metileno y metanol (gradiente, el producto se produjo en el 6 % de metanol) para proporcionar éster de metilo de ácido 4-carbamoil-4-[4-(4-morfolin-4-ilmetil-benciloxi)-1-oxo-1,3-dihidro-isoindol-2-il]-butírico (2,2 g, 54 % de rendimiento). El producto se usó en la siguiente etapa sin purificación adicional.
Etapa 2: A la solución de THF (50 ml) de éster de metilo de ácido 4-carbamoil-4-[4-(4-morfolin-4-ilmetil-benciloxi)-1-oxo-1,3-dihidro-isoindol-2-il]-butírico (2,2g, 4,57 mmol) se añadió terc-butóxido de potasio (0,51 g, 4,57 mmol) a 0 °C. La mezcla se agitó a 0 °C durante 10 minutos y se extinguió con 1N HCl (5 ml, 5 mmol) seguido de NaHCO3 (25 ml) saturado. La mezcla se extrajo con EtOAc (2 X 50 ml). La capa orgánica se lavó con agua (30 ml), salmuera (30 ml), se secó sobre MgSO4 y se concentró. Al sólido resultante se añadió EtOAc (10 ml) seguido de hexano (10 ml) en agitación. La suspensión se filtró para proporcionar 3-[4-(4-morfolin-4-ilmetil-benciloxi)-1 -oxo-1,3-dihidro-isoindol-2-il]-piperidin-2,6-diona como sólido blanco (1,5g, 73 % de rendimiento). HPLC: Waters Symmetry C18, 5gm, 3,9 x 150 mm, 1 ml/min, 240 nm, gradiente a 95/5 acetonitrilo/0,1 % H3PO4 en 5 min,: tR = 4,78 min (97,5 %); pf: 210-212 °C; 1H RMN (DMSO-d6) 5 1,86 - 2,09 (m, 1H, CHH), 2,29 - 2,38 (m, 4H, CH2,CH2),2,44 (dd, J = 4,3, 13,0 Hz, 1H, CHH), 2,53 - 2,64 (m, 1H, CHH), 2,82 - 2,99 (m, 1H, CHH), 3,46 (s, 2H, CH2), 3,52-3,61 (m, 4H, CH2,CH2), 4,18 - 4,51 (m, 2H, CH2), 5,11 (dd, J = 5,0, 13,3 Hz, 1H, NCH), 5,22 (s, 2H, CH2), 7,27 - 7,38 (m, 5H, Ar), 7,40 - 7,53 (m, 3H, Ar), 10,98 (s, 1H, NH) 13C RMN (DMSO-ds) 522,36, 31,21,45,09, 51,58, 53,14, 62,10, 66,17, 69,41,114,97, 115,23, 127,64, 128,99, 129,81, 129.95, 133,31, 135,29, 137,68, 153,50, 168,01, 170,98, 172,83; LCMS: 465; Análisis Calculado para C25H27N3O5 0,86 H2O: C, 64,58; H, 6,23; N, 9,04; Encontrado: C, 64,77; H, 6,24; N, 8,88.
Procedimiento 2
Etapa 1: En un matraz de fondo redondo de 2- l, se cargó 5-amino-4-(4-hidroxi-1-oxoisoindolin-2-il)-5-oxopentanoato de metilo (30 g, 103 mmol), 1,4-bis(bromometil)benceno (81 g, 308 mmol) y carbonato de potasio (14,19 g, 103 mmol) y acetonitrilo (1,2 l). La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 10 minutos y se calentó a 50 °C durante 12 horas. Se permitió que la mezcla de reacción se enfriara a temperatura ambiente. La mezcla se filtró y el filtrado se concentró en evaporador rotativo. El sólido resultante se disolvió en CH2Cl2 y se cargó en 2 columnas de gel de sílice (330 g cada una) y se eluyó usando CH2Cl2/MeOH para proporcionar éster de metilo de ácido 4-[4-(4-bromometilbenciloxi)-1-oxo-1,3-dihidro-isoindol-2-il]-4-carbamoil-butírico como sólido blanco (40 g, 82 % de rendimiento): 1H RMN (DMSO-ds) 5 1,98 - 2,13 (m, 1H, CHH), 2,14 - 2,23 (m, 1H, CHH), 2,23 - 2,32 (m, 2H, CHH, CHH), 3,50 (s, 3H, CH3), 4,34 - 4,63 (m, 2H, CH2), 4,67 - 4,80 (m, 3H, CH2, NCH), 5,25 (s, 4H, CH2), 7,19 (s, 1H, NHH), 7,24 - 7,34 (m, 2H, Ar), 7,41 - 7,54 (m, 5H, Ar), 7,58 (s a, 1H, NHH).
Etapa 2: A la solución de CH2Cl2 de 5-amino-4-(4-(4-(bromometil)benciloxi)-1-oxoisoindolin-2-il)-5-oxopentanoato de metilo (36,5 g, 77 mmol), se añadió morfolina (14,72 ml, 169 mmol) a temperatura ambiente. La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 1 hora. La suspensión resultante se filtró y el filtrado se concentró en evaporador rotativo. El aceite resultante se disolvió en 350 ml de EtOAc y se lavó con agua (50 mlx3). La capa orgánica se concentró en evaporador rotativo para proporcionar éster de metilo de ácido 4-carbamoil-4-[4-(4-morfolin-4-ilmetilbenciloxi)-1 -oxo-1,3-dihidro-isoindol-2-il]-butírico como un sólido espumoso (39 g, 100 % de rendimiento): 1H RMN (DMSO-de) 52,00 - 2,12 (m, 1H, CHH), 2,14 - 2,22 (m, 1H, CHH), 2,22 - 2,29 (m, 2H, CHH,CHH), 2,30 - 2,39 (m, 4H, CH2,CH2), 3,46 (s, 2H, CH2), 3,50 (s, 3H, CH3), 3,53 - 3,63 (m, 4H, CH2,CH2), 4,28 - 4,59 (m, 2H, CH2), 4,73 (dd, J = 4,7, 10,2 Hz, 1H, NCH), 5,22 (s, 2H, CH2), 7,14 - 7,23 (m, 1H, NHH), 7,26 - 7,39 (m, 4H, Ar), 7,41 - 7,51 (m, 3H, Ar), 7,58 (s, 1H, NHH).
Etapa 3: A la solución de THF de 5-amino-4-(4-(4-(morfolinometil)benciloxi)-1-oxoisoindolin-2-il)-5-oxopentanoato de metilo (40 g, 83 mmol), se añadió 2-metilpropan-2-olato de potasio (9,80 g, 87 mmol) en porciones a 0 °C. La mezcla se agitó a esta temperatura durante 30 minutos. A la mezcla de reacción, se agregaron 45 ml de solución de HCl 1 N, seguido de 200 ml de solución de NaHCO3 saturada. La mezcla se diluyó con 500 ml de EtOAc a 0 °C, se agitó durante 5 minutos y se separó. La capa orgánica se lavó con agua (50 ml x 3) y salmuera (100 ml) y se concentró en evaporador rotativo para proporcionar un sólido blanco, que se agitó en dietiléter (300 ml) para proporcionar una suspensión. La suspensión se filtró para proporcionar 3-[4-(4-morfolin-4-ilmetil-benciloxi)-1 -oxo-1,3-dihidro-isoindol-2-il]-piperidin-2,6-diona como sólido blanco (28,5g, 72 % de rendimiento). HPLC: Waters Symmetry C18, 5gm, 3,9 x 150 mm, 1 ml/min, 240 nm, gradiente a 95/5 acetonitrilo/0,1 % H3PO4 en 5 min,: tR = 4,78 min (98,5 %); pf: 209-211 °C; 1H RMN (DMSO-de) 51,86 - 2,09 (m, 1H, CHH), 2,29 - 2,38 (m, 4H, CH2,CH2), 2,44 (dd, J = 4,3, 13,0 Hz, 1H, CHH), 2,53 - 2,64 (m, 1H, CHH), 2,82 - 2,99 (m, 1H, CHH), 3,46 (s, 2H, CH2), 3,52-3,61 (m, 4H, CH2,CH2), 4,18 - 4,51 (m, 2H, CH2), 5,11 (dd, J = 5,0, 13,3 Hz, 1H, NCH), 5,22 (s, 2H, CH2), 7,27 - 7,38 (m, 5H, Ar), 7,40 - 7,53 (m, 3H, Ar), 10,98 (s, 1H, NH); 13C RMN (DMSO-d6) 5 22,36, 31,21, 45,09, 51,58, 53,14, 62,10, 66,17, 69,41, 114,97, 115,23, 127,64, 128,99, 129,81, 129.95, 133,31, 135,29, 137,68, 153,50, 168,01, 170,98, 172,83; LCMS: 465; Análisis Calculado para C25H27N3O5 0,86 H2O: C, 64,63; H, 6,22; N, 9,04; Encontrado: C, 64,39; H, 6,11; N, 8,89; H2O, 3,24.
6.4 Cultivo Celular y Generación de Líneas Celulares Estables
Cultivo celular de las líneas celulares de DLBCL
Linfoma Difuso de Células B Grandes (OCI-LY10, OCI-LY3, SUDHL-10, WSU-DLCL2, SUDHL-6, KARPAS-422, TMD8, HT, RIVA, KARPAS-1106P, OCI-LY19 y Su Dh L-4) cultivado en RPMI-1640 que contiene 10 % de suero fetal de bovino y 1 % de Penicilina/Estreptomicina.
Generación de líneas celulares resistentes al compuesto
La generación de células WSU-DLCL2 y TMD8 resistentes a Lenalidomida o al Compuesto A se logró a través de la exposición crónica del compuesto en una manera ascendente.
Silenciamiento génico con ARNhp
Las células WSU-DLCL2 y OCI-LY10 se transdujeron con lentivirus que codifica el ARNhp que se dirige a Aiolos y cmyc. 24 horas después de la transducción, las células se cultivaron con 1 pg/ml de puromicina para la selección de células estables.
6.5 Transferencia Western
Las inmunotransferencias se sondaron con anticuerpos que reconocen: Aiolos, Ikaros, Cereblon, IRF4, c-myc, CD44, EZH2, EBF1, PU.1 y p-actina. Las señales se detectaron con un generador de imágenes LI-COR
6.6 Análisis de Proliferación Celular
2x10e4 células se colocaron en placas por pocillo en un medio que contiene DMSO o concentraciones aumentadas de Lenalidomida, Compuesto A o Compuesto C. Después, las células se cultivaron durante 3 días a 37 °C. Se aplicó timidina tritiada a la estructura celular durante las 6 horas finales y después las células se cosecharon sobre placas de filtro. Después de que las placas se hayan secado, se añadió fluido de centelleo a las placas y se leyó en un lector Top-count.
6.7 Paradigmas Actuales en DLBCL
DLBCL actualmente se subagrupa en tres enfermedades clínicas: células B de centro germinal (GBC), células B activadas (ABC) y linfoma mediastínico primario de células B. Históricamente, los pacientes diagnosticados con fenotipo ABC tienen un peor pronóstico general y la lenalidomida tiene una eficacia mayor en el fenotipo ABC en comparación con un fenotipo GCB. Esto se muestra por mayor supervivencia general en pacientes ABC recaídos / refractarios tratados con lenalidomida.
6.8 Aiolos e Ikaros son sustratos de CRBN en ABC y GCB
La Lenalidomida y el Compuesto A se probaron para obtener su actividad y efecto en diversas líneas celulares de linfoma difuso de células B grandes (DLBCL). Las siguientes líneas celulares de DLBCL se evaluaron para sensibilidad a lenalidomida y Compuesto A: OCI-Ly10 (ABC), OCI-Ly-3 (ABC), RIVA (ABC), OCI-Ly-19 (GCB), WSU-DLCL2 (GCB), Karpas-1106P (GCB), HT (GCB), SUDHL-10 (GCB), SUDHL-4 (GCB), SUDHL-6 (GCB), Karpas 422 (GCB) y TMD8 (ABC).
Las siguientes etapas pueden realizarse para cosechar células en preparación para Análisis de transferencia Western. Las etapas se realizan en hielo y se realiza cualquier centrifugación en una centrifugadora refrigerada a 4 °C. El regulador de lisis RIPA (Pierce, n.° de cat. 89900) primero se prepara añadiendo 10 pl de inhibidores de proteinasa (Pierce, n.° de cat. 78443) a 1 ml de regulador RIPA. Más tarde, las células se lavaron una vez en agua salina enfriada con hielo regulada con fosfato (PBS). Las células después se lisaron con 0,25 ml de regulador de lisis RIPA. Las PBMC se colocan en hielo durante 30 minutos y se agita en vórtice cada 10 minutos. Los lisados se congelan y almacenan a -80 °C antes de procesamiento adicional.
Los lisados se colocan en un tubo QIAshredder® (QIAGEN, n.° de cat. 79656) y se centrifuga 30 s, a velocidad máxima (13200 rpm) en una centrifugadora de mesa Eppendorf (Modelo 5415 R). El lisado entonces se transfiere a un tubo Eppendorf limpio de 1,5 ml y se centrifuga 10 min a velocidad máxima. El sobrenadante se recolecta sin perturbar los sedimentos de restos celulares. El sobrenadante se congela en hielo seco y se almacena a -80 °C antes del análisis. La concentración de proteína en el sobrenadante se mide usando ensayo BCA y el rendimiento esperado de la proteína es de aproximadamente 0,5-5 pg/pL, o 125-1250 pg total. Aproximadamente >10 pg proteína por carril se carga para transferencia Western (IRF4, IKZF3, etc.) usando anticuerpos contra las proteínas humanas.
Las membranas se inmunotransfieren con anti-Aiolos (Santa Cruz Biotechnology, Dallas, TX), anti-Ikaros (Millipore, Billerica, MA) y anti-Actina (Sigma, St. Louis, MO; o LI-COR Biosciences, Lincoln, NE) y anticuerpos secundarios (LI­ COR Biosciences, Lincoln, NE). Las transferencias se analizan en un generador de imágenes Odyssey (LI-COR Biosciences, Lincoln, NE).
La FIGURA 1 muestra que Aiolos e Ikaros son sustratos de CRBN en DLBCL ABC y GCB. Las células DLBCL se trataron con DMSO, Lenalidomida o Compuesto A durante 1,6, 12 o 72 horas y, después, los niveles de Aiolos, Ikaros, IRF4 o p-actina se evaluaron.
Las células Karpas 422 (GCB) y TMD8 (ABC) hicieron contacto con DMSO (control) o 10 pM de lenalidomida o 10 pM de Compuesto A. Los niveles de Aiolos o p-actina (control) se evaluaron por transferencia Western 1 hora, 6 horas o 12 horas más tarde. La FIGURA 1A muestra que la lenalidomida y el Compuesto A son bioquímicamente activos en los subgrupos de DLBCL GCB y ABC y los niveles de Aiolos disminuyeron después del contacto con la lenalidomida y el Compuesto A, pero no con el compuesto de control de DMSO.
Las células WSU-DLCL2 (GCB) y OCI-LY10 (ABC) también hicieron contacto con DMSO (control) o 10 pM de lenalidomida o 10 pM de Compuesto A. Los niveles de Aiolos, Ikaros, IRF4 o p-actina (control) se evaluaron 1 hora, 6 horas o 12 horas más tarde. La FIGURA 1B muestra que la Lenalidomida y el Compuesto A son bioquímicamente activos en los subgrupos de DLBCL GCB y ABC, con niveles de Aiolos e Ikaros que disminuyen después del contacto con la lenalidomida y el Compuesto A, pero no con el compuesto de control de DMSO.
Las células de WSU-DLCL2 (GCB), Karpas-1106P (GCB), HT (GCB), SUDHL-10 (GCB), RIVA (ABC), OCI-LY-19 (GCB), SUDHL-4 (GCB), SUDHL-6 (GCB) y OCI-LY-3 (ABC) también hicieron contacto con DMSO (control) o 1 pM o 10 pM de lenalidomida, o 1 pM o 10 pM de Compuesto A. Los niveles de Cereblon, Aiolos, Ikaros, IRF4 o p-actina (control) se evaluaron 72 horas más tarde. La FIGURA 1C muestra que la Lenalidomida y el Compuesto A son bioquímicamente activos en los subgrupos de DLBCL GCB y ABC, con niveles de Aiolos e Ikaros que disminuyen después del contacto con la lenalidomida y el Compuesto A, pero no con el compuesto de control de DMSO. Los niveles de CRBN permanecieron constantes. Aiolos e Ikaros son sustratos del complejo de CRBN en DLBCL; y la lenalidomida y el Compuesto A reducen los niveles de IRF4 a las 72 horas.
6.9 Aiolos e Ikaros son sustratos de CRL4crbn in vivo
Los ratones SCID de xenoinjerto WSU-DLCL2 pueden prepararse usando métodos conocidos en la técnica. En breve, los ratones (SCID) (6-12 semanas) hembra CB17 con inmunodeficiencia combinada grave se obtienen de Charles River Laboratory (Wilmington, MA) y se mantienen en jaulas de microaislamiento bajo condiciones estériles. Un total de células DLb Cl de WSU-DLCL2 de 10 X 106 en 100 % de Matrigel® (Becton Dickinson, San José, CA) se inyecta de forma subcutánea en el costado derecho de los ratones. Los ratones se monitorizan 2 o 3 veces en una semana para observar la aparición de tumores. Una vez que los tumores alcanzan un tamaño promedio de 100 - 150 mg, los ratones en cada grupo se tratan con cualquiera de los vehículos (por ejemplo, 0,5 % de carboximetilcelulosa: 0,25 % de Tween 80 en H2O desionizada) o una dosis de lenalidomida (por ejemplo, 30 mg/kg una vez al día).
Los ratones SCID de xenoinjerto WSU-DLCL2 (un modelo de xenoinjerto de tumor humano) se trataron con cualquiera de los vehículos o 30 mg/kg de Compuesto A una vez al día. Las muestras de tumor se cosecharon 1 hora, 6 horas, o 24 horas después de la última dosis.
Se realizó la inmunohistoquímica usando métodos convencionales. Por ejemplo, la inmunohistoquímica se realiza en el equipo de tinción automático de portaobjetos Bond-Max™ (Leica Microsystems) usando el kit Bond™ Polymer Refine Detection asociado. Las secciones de FFPE de cuatro micrómetros de espesor se desparafinan en el instrumento. La recuperación de antígenos se realiza con Epitope Retrieval™ 2 (pH 9,0) durante 20 minutos a 100 °C. Los portaobjetos se bloquean para actividad peroxidasa endógena con Peroxide Block durante 5 minutos a temperatura ambiente. Después, las secciones se incuban con anticuerpo policlonal de conejo en Aiolos (Santa Cruz, sc-101982) o Ikaros a una disolución de 1/1000 durante 15 minutos a temperatura ambiente, seguido de la incubación con Polímero etiquetado con HRP durante 8 minutos a temperatura ambiente. La detección enzimática del anticuerpo anti-Aiolos o anti-Ikaros se completa con sustrato de peróxido de hidrógeno y cromógeno de tetrahidrocloruro de diaminobencidina (DAB) a temperatura ambiente durante 10 minutos. Los portaobjetos se contratiñen con Hematoxilina durante 5 minutos a temperatura ambiente.
Como se muestra en la FIGURA 2, Aiolos e Ikaros son sustratos de CRL4CRBN in vivo. Ratones SCID de xenoinjerto WSU-DLCL2 se trataron con los vehículos o 30 mg/kg de Compuesto A una vez al día. Las muestras de tumor se cosecharon en los puntos de tiempo indicados después de la dosis. Después, los tejidos se sometieron a inmunohistoquímica (IHC) embebida en parafina (FFPE), fijada con formalina para Aiolos, e Ikaros. El Compuesto A induce la degradación de Aiolos e Ikaros a las 6 horas de tratamiento en los ratones SCID de xenoinjerto WSU-DLCL2.
6.10 Aiolos es un conductor de la proliferación de linfoma y regula c-myc
Las células WSU-DLCL2 (GCB) y OCI-LY10 (ABC) se transfectaron con ARNip de control negativo (luciferasa) o ARNip específico de Aiolos en una concentración de 0, 10 o 100 ng/ml. Después de 72 horas, Aiolos, IRF4, c-myc y p-actina (control) se midieron por transferencia Western, esencialmente como se describe en la Sección 6.8. Alternativamente, después de 3 o 5 días, las células se analizaron para obtener proliferación usando un ensayo de incorporación de 3H-timidina.
La FIGURA 3 muestra que Aiolos es un conductor de la proliferación de linfoma y regula c-Myc. Las líneas celulares de ARNhp de Aiolos inducibles se trataron con 0-100 ng/ml de doxiciclina durante 72 horas y los niveles de proteína de Aiolos, c-myc, IRF4 o p-actina se evaluaron. Como se muestra en la FIGURA 3, al menos tres de cinco ARNhp de Aiolos (shl778, sh2982 y sh5472) resultaron en una disminución dependiente de dosis en los niveles de proteína de Aiolos y c-myc (FIGURA 3A) y también se muestra una disminución correspondiente en la proliferación de ambos subconjuntos de DLBCL (FIGURA 3B y 3C). El ARNhp de Aiolos resulta en la disminución significativa de c-myc pero no de IRF4. Los ensayos de proliferación indican que el ARNhp dirigido a Aiolos inhibe la proliferación de las células a los 3 y 5 días después del tratamiento con doxiciclina.
6.11 Generación de líneas celulares de DLBCL resistentes a Lenalidomida y Compuesto A
WSU-DLCL2 (GCB) o TMD8 (ABC) se cultivaron y se transfirieron por células a largo plazo en lenalidomida o Compuesto A. La resistencia de cada uno de los compuestos se evaluó usando ensayos de proliferación de incorporación de 3H-timidina.
La FIGURA 4 muestra la generación de líneas celulares de DLBCL resistentes a Lenalidomida y Compuesto A. Las líneas celulares se hicieron resistentes a Lenalidomida y Compuesto A través de la exposición crónica a ambos compuestos. La proliferación de las células resistentes y parenterales se evaluó a través de ensayos de incorporación de timidina tritiada. Como se muestra en la FIGURA 4, cada una de las líneas celulares demostró resistencia a lenalidomida (Len-R) o Compuesto A (CmpA-R), en comparación de las células parenterales, después de un periodo de lavado de 10 días, el cual indicó que la resistencia ahora era una característica inherente en las células resistentes.
6.12 Mecanismo de Acción de la Resistencia a lenalidomida y Compuesto A
La FIGURA 5 representa el mecanismo de acción de la resistencia a lenalidomida y Compuesto A.
WSU-DLCL2 (GCB) o TMD8 (ABC) se cultivaron y se transfirieron por células a largo plazo en lenalidomida o Compuesto A como se describe en la Sección 6.10. Los niveles de CRBN, Aiolos, Ikaros, IRF4, c-myc, CD44, EZH2, EBF1, PU1 y p-actina (control) se evaluaron usando transferencia Western, esencialmente como se describe anteriormente en la Sección 6.8.
La FIGURA 5 muestra el mecanismo de acción de la resistencia a lenalidomida y Compuesto A. Como se muestra en la FIGURA 5A, la resistencia adquirida en dos DLBCL no involucra la regulación negativa de los niveles de CRBN como se observa en el mieloma múltiple, sin embargo, la resistencia adquirida puede lograrse a través de la regulación negativa de CRBN o u otros mecanismos no identificados en otras células DLBCL. Sin embargo, los niveles de Aiolos e Ikaros disminuyen ligeramente en las células resistentes WSU-DLCL2 en comparación con las parenterales. Adicionalmente, los niveles de c-Myc disminuyen en las células resistentes WSU-DLCL2 y TMD8 mientras que CD44, un marcador de enfermedad agresiva, se aumenta en la línea celular DLBCL ABC (TMD8).
Además, WSU-DLCL2 (GCB) o las células resistentes WSU-DLCL2 resistentes al Compuesto A (Cmp A-R) se trataron con DMSO (control) o 1 o 10 pM de lenalidomida o Compuesto A (Cmp A) y los niveles de Aiolos y p-actina (control) se evaluaron por transferencia Western 24 o 72 horas más tarde, esencialmente como se describe en la Sección 6.8.
Como se muestra en la FIGURA 5B, la tasa de destrucción de Aiolos en la línea celular WSU-DLCL2 Cmp A-R (resistente al Compuesto A) disminuye en comparación con la línea celular parenteral.
6.13 Intervalo dinámico de los niveles de expresión de CRBN, Aiolos e Ikaros en pacientes con DLBCL
Se cosecharon y prepararon células tumorales de pacientes humanos y se realizó inmunohistoquímica para detectar CRBN, Aiolos o Ikaros, esencialmente como se describe en la Sección 6.9.
La FIGURA 6 representa el intervalo dinámico de los niveles de expresión de CRBN, Aiolos e Ikaros en pacientes con DLBCL. La IHC de muestras de FFPE de 90 pacientes para obtener CRBN, Aiolos e Ikaros indica un intervalo amplio de niveles de expresión en DLBCL primario. La FIGURA 6A muestra en intervalo de la expresión de CRBN en tres pacientes de ensayo clínico ilustrativos, C4, F2 y B9. La tinción de CRBN se observó en 76/90 casos (84 %). La CRBN nuclear se observó en 23/76 tumores de CRBN positivos. La FIGURA 6B muestra el intervalo de la expresión de Aiolos en dos pacientes de ensayo clínico ilustrativos, E2 y G4. La tinción de Aiolos se observó en 85/90 casos (94 %). Aiolos se expresó fuertemente en 61/85 pacientes. La FIGURA 6C muestra el intervalo de la expresión de Ikaros en dos pacientes de ensayo clínico ilustrativos, E2 y G4. La tinción de Ikaros se observó en 76/90 casos (84 %).
El intervalo dinámico de CRBN, Aiolos e Ikaros en DLBCL puede usarse como un proceso de inclusión positivo para la participación en un ensayo clínico de Compuesto A (u otro compuesto).
6.14 Actividad diferencial de lenalidomida y Compuesto A
La Lenalidomida y el Compuesto A se probaron en concentraciones variantes de 1 a 100 pM para obtener su actividad y efecto en diversas líneas celulares de linfoma difuso de células B grandes (DLBCL): SUDHL-10 (GCB), HT (GCB), Karpas 422 (GCB), WSU-DLCL2 (GCB), SUDHL-6 (GCB), Farange (GCB), OCI-LY-3 (ABC), TMD8 (ABC) y OCI-Ly10 (ABC). Las células después se analizaron para proliferación usando un ensayo de incorporación de 3H-timidina.
La FIGURA 7 representa la actividad diferencial de la lenalidomida y el Compuesto A en DLBCL GCB y ABC. Se cultivaron múltiples líneas celulares de DLBCL con lenalidomida o Compuesto A durante 3 días. La proliferación se evaluó a través de la incorporación de timidina tritiada. Se observaron tres fenómenos; resistencia inherente, actividad diferencial del Compuesto A en comparación con la Lenalidomida o una diferencia de potencia distinta entre las dos moléculas. La actividad diferencial del Compuesto A se observa en algunos DLBCL GCB en comparación con la lenalidomida. Sin embargo, el Compuesto A es más potente que la lenalidomida en DLBCL ABC
6.15 La Lenalidomida compite con el Compuesto A y el Compuesto C por CRBN
Las células TMD8 (ABC) o Karpas 422 (GCB) se trataron con cualquiera de lenalidomida; Compuesto A; y 100 pM de lenalidomida, 1-(3-cloro-4-metilfenil)-3-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1-oxoisoindolin-5-il)metil)urea (Compuesto C (Cmp C)); o Compuesto C y 100 pM de lenalidomida. Se cultivaron y se transfirieron células a largo plazo en lenalidomida o Compuesto A. Las células después se analizaron para proliferación usando un ensayo de incorporación de 3H-timidina.
La FIGURA 8 muestra que la Lenalidomida compite con el Compuesto A y el Compuesto C para obtener CRBN La FIGURA 8A muestra que el co-tratamiento con el Compuesto A y 10 pM de lenalidomida bloquea los efectos antiproliferativos del Compuesto A, a través de la competición de unión al complejo de CRBN. De la misma manera, la FIGURA 8B muestra que el co-tratamiento con el Compuesto C y 10 pM de lenalidomida bloquea los efectos antiproliferativos del Compuesto C, a través de la competición de la unión al complejo de CRBN. El co-cultivo de Lenalidomida con cualquiera del Compuesto A o Compuesto C amortigua la actividad de estos compuestos a medida que se dirigen a la misma bolsa de unión con afinidad relativa.
6.16 Diferenciación de Lenalidomida y Compuesto A en DLBCL usando espectrometría de masas de TMT
Las líneas celulares GCB (WSU-dLCL2, WSU-dLCL2-Cmp A-Resistente (resistente al Compuesto A), Karpas 422 y HT) y las líneas celulares ABC (TMD8, TMD8-Cmp A-Resistente, OCT-LY10 y U2932) se trataron con cualquiera de lenalidomida o Compuesto A durante 24 o 72 horas. Los niveles de proteínas de Aiolos o p-actina (control) nivel de proteínas se analizaron por transferencia Western, esencialmente como se describe en la Sección 6.8. Las proteínas de estas células también se marcan y analizan con proteómica de Etiqueta de Masas en Tándem para medir cuantitativamente las diferencias en los niveles de proteína afectados diferencialmente por la lenalidomida y el Compuesto A.
La FIGURA 9 muestra la diferenciación de la lenalidomida y el Compuesto A en DLBCL usando espectrometría de masas de TMT Los niveles de proteína de Aiolos disminuyen en una manera dependiente de dosis en tan solo 24 horas en DLBCL ABC y GCB (paneles inferiores).
6.17 El Compuesto A y shAiolos indicen las proteínas de respuesta de IFN
Se cultivaron células U2932 (ABC) y se transfirieron por células a largo plazo en el Compuesto A como se describe en la Sección 6.10. Los niveles de Aiolos, IRF7 y p-actina (control) se evaluaron usando transferencia Western, esencialmente como se describe anteriormente en la Sección 6.8.
Las células Karpas 422 (GCB) se transfectaron con ARNip de control negativo (luciferasa) o ARNip específico de Aiolos en una concentración de 0, o 10 ng/ml. Después de 72 horas, Aiolos, c-myc, IRF7 y p-actina (control) se midieron por transferencia Western, esencialmente como se describe en la Sección 6.8. Alternativamente, después de 3 o 5 días, las células se analizaron para proliferación usando un ensayo de incorporación de 3H-timidina.
La FIGURA 10A muestra que el Compuesto A regula positivamente la expresión del gen de respuesta de IFN y regula positivamente la expresión de proteínas de IRF7. La FIGURA 10B muestra que shAiolos regula positivamente la expresión de proteínas de IRF7.
6.18 El cribado proteómico muestra que el Compuesto A afecta a la proteína CSNK1A1
La línea celular (ABC-DLCL) se trató con cualquiera de lenalidomida o Compuesto A durante 24 y 72 horas. Las células se cosecharon y las proteínas se fraccionaron usando un método de gradiente inverso de pH básico. Las muestras fraccionadas se marcaron usando un método de Etiqueta de Masas en Tándem. Las relaciones de Log2, promediadas a través de repeticiones, de 10 uM de lenalidomida y 10 uM de abundancias relativas de Compuesto A contra aquellos del tratamiento de control de DMSO de 24 h después de una exposición de 24 h se representan contra las otras en la FIGURA 11. La línea de regresión mostrada tiene r2 = 0,752, gradiente de 1,45 e intercepción de 0,03, que sugiere un efecto generalmente fuerte del Compuesto A en comparación con la lenalidomida en esta concentración. La proteína CSNK1A1 (Caseína Quinasa 1, alfa 1 o CK1 a), ubicada en la región q32 de chr5 asociada comúnmente con el subtipo MDS de del5q, destaca como una de unas cuantas proteínas afectadas por la exposición a la lenalidomida en un grado manifiestamente mayor que por el Compuesto A.
De este modo, se mostró que el Compuesto A no parece afectar la proteína CSNK1A1, mientras que la Lenalidomida la disminuye.
6.19 La lenalidomida, la pomalidomida, el Compuesto A, o shAiolos afecta la ruta de IFN
[00564] Como se muestra en la FIGURA 13A-G, la lenalidomida, la pomalidomida, o el Compuesto A afecta a la ruta de IFN. La FIGURA 13A muestra que la lenalidomida, la pomalidomida, o el Compuesto A regula positivamente la expresión de las proteínas IFIT1, IFIT3, DDX58, XAF1, IFIH1 y OAS3. La FIGURA 13B muestra que la lenalidomida, la pomalidomida, o el Compuesto A regula positivamente la expresión genética de DDX58, IFI27, IFIT1, IFIT3, DDX58 y XAF1. La FIGURA 13C muestra que la lenalidomida, la pomalidomida, o el Compuesto A regula positivamente la expresión genética de ISG15 y OAS3. La FIGURA 13D muestra que shAiolos induce los genes de la vía IFN y regula positivamente la expresión de la proteína IFIT1. La FIGURA 13E muestra que la lenalidomida, la pomalidomida, o el Compuesto A induce los cambios de IRF. La FIGURA 13F muestra que la lenalidomida, la pomalidomida, o el Compuesto A regula positivamente la expresión de las proteínas IFIT1 y IFIT3, regula positivamente la fosforilación de TBK1 (TBKI-PO4) y reduce los niveles de la proteína IKKE. La FIGURA 13G muestra que la lenalidomida, la pomalidomida, o el Compuesto A regula positivamente la expresión de las proteínas de IFIT1 y IFIT3, e induce los cambios de los niveles de STAT o STAT fosforilados.
6.20 El análisis de proteómica muestra que el nivel de ZFP91 se reduce en respuesta al tratamiento con diversos compuestos en las líneas celulares de linfoma
Las células de linfoma de las líneas celulares OCI-LY10, TMD8 y WSU-dLCL2, se trataron con cualquiera de DMSO, lenalidomida o Compuesto A durante 24 y 72 horas. Las células se cosecharon y las proteínas se fraccionaron usando un método de gradiente inverso de pH básico. Las muestras fraccionadas se marcaron usando un método de Etiqueta de Masas en Tándem (TMT). Se calculó la abundancia relativa. Aquellas proteínas con abundancia relativa disminuida o aumentada en comparación con el control de DMSO se listan en la Tabla 1 a continuación. Como se muestra, el nivel de ZFP91 se reduce en respuesta al tratamiento de Compuesto A en estas líneas celulares de linfoma. Las proteínas reguladas positivamente o reguladas negativamente como se muestra en la Tabla 1 pueden usarse como un biomarcador para seleccionar a un paciente para tratamiento con Compuesto A o para predecir/monitorizar la eficacia del Compuesto A en el tratamiento de linfomas de acuerdo con los métodos proporcionados en el presente documento.
Tabla 1: Proteínas Reguladas positivamente y Reguladas negativamente en Respuesta al Tratamiento con m A n Lín l l r Linf m
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continuación
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6.21 El Análisis Western muestra que los niveles de ZFP91 y Aiolos se reducen en respuesta al tratamiento con diversos compuestos en las líneas celulares de linfoma
Las células OCI-LY10 se trataron con DMSO, 100 pM de talidomida, 10 pM de lenalidomida, 1 pM de pomalidomida, 1 pM de Compuesto A, 10 pM de Compuesto A, 100 pM de Compuesto B, o 100 pM de Compuesto C durante 6 horas. Las células se cosecharon con regulador RIPA y las proteínas de los lisados celulares se separaron por electroforesis en gel (Bio-Rad) de poliacrilamida de dodecilsulfato de sodio al 10 % (SDS-PAGE) y se transfirieron a membranas PVDF (Invitrogen). Las transferencias se sondearon con anticuerpos que reconocen Aiolos (9-9-7; Celgene), CK1a (Abeam), GSPT1 (Sigma), ZFP91 (LSBio) y p-actina (Li-Cor). Las señales se detectaron con un generador de imágenes Li-Cor Odyssey Los resultaos se mostraron en la FIGURA 14A y como se muestra, los niveles de ZFP91 y Aiolos se reducen en respuesta al tratamiento con diversos compuestos en las células de linfoma.
Las células OCI-LY10 se trataron con DMSO, 100 pM de talidomida, 10 pM de lenalidomida, 1 pM de pomalidomida, 1 pM de Compuesto A, 10 pM de Compuesto A, 100 pM de Compuesto B, o 100 pM de Compuesto C durante 6 horas. Adicionalmente, se pretrató una muestra en 10 pM de MLN-4924 durante 1 hora antes del tratamiento con fármaco con Compuesto A. Las células se cosecharon con regulador RIPA y las Proteínas de los lisados celulares se separaron por 10 % de electroforesis en gel (Bio-Rad) de poliacrilamida de dodecilsulfato de sodio (SDS-PAGE) y se transfirieron a membranas PVDF (Invitrogen). Las transferencias se sondearon con anticuerpos que reconocen Aiolos (9-9-7; Celgene), GSPT1 (Sigma), ZFP91 (LSBio) y p-actina (Li-Cor). Las señales se detectaron con un generador de imágenes Li-Cor Odyssey Los resultados se mostraron en la FIGURA 14B. Como se muestra, MLN-4924 bloqueó la degradación de Aiolos y ZFP91 en respuesta al Compuesto A.
6.22 El Análisis Western muestra que el nivel de ZFP91, CRBN, Ikaros, o Aiolos cambia en respuesta al tratamiento con compuestos en las líneas de células B de mieloma, linfoma y primarias
Las células de mieloma múltiple (U266, DF15, RPMI8226), las células de linfoma difuso de células B grandes (OCI-LY10, WSU-dLCL2, WSU-dLCL2 resistente a Compuesto A) y las células B primarias se trataron con DMSO, 1 mM de pomalidomida o 1 mM de Compuesto A durante 8 horas. Las células se cosecharon y se trataron en regulador de lisis celular para generar lisados celulares. Las proteínas del lisado celular se separaron por electroforesis en gel (SDS-PAGE al 10 %) y se transfirieron a membranas de nitrocelulosa. Las transferencias se sondearon con anticuerpos que reconocen Aiolos, CRBN, Ikaros, ZFP91 (LSBio), IRF4, IRF7, Myc y p-actina (Li-Cor). Los resultados se mostraron en la FIGURA 15. Como se muestra, en todas estas líneas celulares, el tratamiento con los compuestos redujo los niveles de Aiolos, Ikaros y ZFP91.
6.23 Los compuestos inducen la reducción del nivel de ZFP91 en una ruta dependiente de CRBN en células de mieloma múltiple
Como se muestra en la FIGURA 16A, la pomalidomida indujo la degradación de ZFP91 es dependiente de CRBN en las células U266. Las células U266 se transdujeron con constructos de ARNhp inducibles que se dirigen a CRBN o se dirigen a la luciferasa como control. Las células se cultivaron en presencia o en ausencia de 10 ng/ml de Doxiciclina y en presencia o en ausencia de 1 pM de pomalidomida. Las células se cosecharon y se trataron en regulador de lisis celular para generar lisados celulares. Las proteínas del lisado celular se separaron por electroforesis en gel y se transfirieron a membranas de nitrocelulosa. Las transferencias se sondearon con anticuerpos que reconocen Aiolos, CRBN, Ikaros, ZFP91, IRF4, IFIT1, IFIT3, P-STAT1 y P-actina (Li-Cor). Como se muestra, cuando CRBN se eliminó por ARNhp, las reacciones inducidas por pomalidomida de Aiolos, Ikaros y ZFP91 se bloquearon.
También, como se muestra en la FIGURA 16B, la talidomida, la lenalidomida, la pomalidomida, o el Compuesto A indujeron la destrucción de Aiolos, Ikaros y ZFP91 en una vía dependiente de CRBN. La expresión de ARNhp de CRBN se indujo durante 48 horas en células U266 con 10 ng/ml de doxiciclina antes de un tratamiento con compuesto de 6 horas (usando DMSO, 100 mM de thal, 10 mM de len, 1 mM de pom, o 1 mM de Compuesto A). Las células se cosecharon y los lisados se corrieron en SDS-PAGE al 10 % y se inmunotransfirieron con los anticuerpos apropiados. Como se muestra, cuando CRBN se reguló negativamente, la reducción de las proteínas de Aiolos, Ikaros y ZFP91 inducida por los compuestos se bloqueó.
De manera similar, cuando los inhibidores de NAE1 o proteasoma se usaron para tratar las células, la reducción inducida de los compuestos de las proteínas Aiolos, Ikaros y ZFP91 se bloqueó, como se muestra en la FIGURA 16C. MG132 activa la quinasa c-Jun N-terminal (JNK1), lo cual inicia la apoptosis. MG132 también inhibe la activación de NF-kB con una IC50 de 3 pM y la escisión de p-secretasa. MLN4924 es un inhibidor de NAE1 que bloquea la actividad de Ligasas de Anillo Cullin (CRL), tales como CRL4crbn. Las células U266 se pretrataron con 10 mM de MLN4924 o MG 132 durante 1 h y después los compuestos se agregaron durante 6 h (DMSO, 100 mM de thal, 10 mM de len, 1 mM de pom, 1 mM de Compuesto A, o 0,1 mM de Compuesto B). Las células se cosecharon y los lisados se corrieron en SDS-PAGE al 10 %, se transfirieron a nitrocelulosa y se inmunotransfirieron con los anticuerpos correspondientes. Como se muestra, cuando la actividad de CRBN se inhibió, la reducción de las proteínas de Aiolos, Ikaros y ZFP91 inducida por los compuestos (talidomida, lenalidomida, pomalidomida, o Compuesto A) se bloqueó. Los resultados indican que ZFP91 es un sustrato de CRBN y ZFP91 se regula negativamente en respuesta a los compuestos desvelados en el presente documento en una ruta dependiente de CRBN.
. os compues os n ucen a re ucc n e n ve e en una ru a epen en e e en c u as e linfoma difuso de células B grandes
Las células OCI-LY10 se trataron con DMSO o diversos fármacos durante 6 horas. Las células se cosecharon con regulador RIPA y las proteínas de los lisados celulares se separaron por electroforesis en gel al 10 % (Bio-Rad) de poliacrilamida de dodecilsulfato de sodio (SDS-PAGE) y se transfirieron a membranas PVDF (Invitrogen). Las inmunotransferencias se sondearon con anticuerpos que reconocen: Aiolos (9-9-7; Celgene), CK1a (Abcam), GSPT1 (Sigma), ZFP91 (LSBio) y p-actina (Li-Cor). Las señales se detectaron con un generador de imágenes Li-Cor Odyssey Los resultados se mostraron en la FIGURA 17A-B. Como se muestra en la FIGURA 17A, 100 de mM de talidomida, 10 mM de lenalidomida, 1 mM de pomalidomida, 1 gM o 10 gM de Compuesto A, o 100 nM de Compuesto B redujo los niveles de ZFP91 y Aiolos en las células OCI-LY10. Como se muestra en la FIGURA 17B, 1 gM de lenalidomida, 10 gM de lenalidomida, 0,1 gM de Compuesto A, 1 gM de Compuesto A y 10 gM de Compuesto A redujeron los niveles de ZFP91 y Aiolos.
Las células OCI-LY10 después se trataron con DMSO o diversos fármacos durante 6 h. Adicionalmente, se pretrató una muestra con 10 gM de MLN-4924 durante 1 hora antes del tratamiento con el fármaco. Las células se cosecharon con regulador RIPA y las Proteínas de los lisados celulares se separaron por electroforesis en gel (Bio-Rad) de poliacrilamida de dodecilsulfato de sodio al 10 % (SDS-PAGE) y se transfirieron a membranas PVDF (Invitrogen). Las inmunotransferencias se sondearon con anticuerpos que reconocen: Aiolos (9-9-7; Celgene), ZFP91 (LSBio), ZNF198 (LSBio) y [3-actina (Li-Cor). Las señales se detectaron con un generador de imágenes Li-Cor™ Odyssey Los resultados se mostraron en la FIGURA 17C y como se muestra, el pretratamiento por MLN-4924 restauró el nivel de Aiolos y ZFP91.
Las células OCI-LY10 transducidas de forma estable con shCRBN 11 se indujeron durante 48 h con 0 o 10 ng/ml de doxiciclina. Después, las células se trataron con cualquiera de DMSO, lenalidomida, o Compuesto A durante 6 horas adicionales. Donde se presentaron tratamientos con MLN4924, MLN4924 se pre-incubó durante 1 h antes del tratamiento con fármaco. Las células se cosecharon con regulador RIPA y las Proteínas de los lisados celulares se separaron por 10 % de electroforesis en gel (Bio-Rad) de poliacrilamida de dodecilsulfato de sodio (SDS-PAGE) y se transfirieron a membranas PVDF (Invitrogen). Las inmunotransferencias se sondaron con anticuerpos que reconocen: CRBN-65, Aiolos (9-9-7; Celgene), Ikaros (Millipore), ZFP91 (LSBio) y p-actina (Li-Cor). Las señales se detectaron con un generador de imágenes Li-Cor Odyssey Los resultados se mostraron en la FIGURA 17D. De nuevo, como se muestra, el pre-tratamiento por MLN-4924 restauró el nivel de Aiolos y ZFP91 en las células tratadas con todos los compuestos probados, indicando que estos compuestos inducen la reducción del nivel de ZFP91 en una ruta dependiente de CRBN en células de linfoma difuso de células B grandes.
Los ejemplos establecidos anteriormente se desvelan para aportar a aquellos expertos en la materia una descripción completa de cómo elaborar y usar las realizaciones reclamadas y no pretenden limitar el alcance de lo que se desvela en el presente documento. Se pretende que las modificaciones que son obvias para las personas experto en la materia se encuentren dentro del alcance de las siguientes reivindicaciones.
6.25 Ensayo de Inmunohistoquím ica de Doble Tinción para Medir las Proteínas asociadas a CRBN
Este ejemplo ejemplifica la inmunohistoquímica de doble tinción (IHC) para medir las proteínas de CRBN, Aiolos e Ikaros. La inmunohistoquímica de doble tinción se realizó en el equipo de tinción automático de portaobjetos Bond-Max (Leica Microsystems) usando el kit Bond Polymer Refine Detection y el kit Bond Polymer Refine Red Detection. En el ensayo se usaron el modelo de célula de mieloma múltiple (DF 15, DF15R resistente a pomalidomida y ARNhp de CRBN U266) y 25 casos de coágulos o biopsias de médula ósea de pacientes con mieloma múltiple disponibles comercialmente. Los tejidos embebidos en parafina, fijos en formalina (FFPE) o sedimentos celulares se seccionaron y desparafinaron en el instrumento. La recuperación de antígenos se realizó con Epitope Retrieval 2 (pH 9,0) durante 20 minutos a 100 °C. Los portaobjetos se bloquearon para actividad peroxidasa endógena con Peroxide Block durante 5 minutos a temperatura ambiente. Después, las secciones se incubaron con un primer anticuerpo, anticuerpo monoclonal de conejo para CRBN (CGN-6-4-5 disponible de Celgene), anticuerpo monoclonal de conejo para Aiolos (9B-9-7 disponible de Celgene), o anticuerpo policlonal de conejo para Ikaros (Santa Cruz, sc-13039), durante 15 minutos a temperatura ambiente, seguido por la incubación con Polímero etiquetado con HRP durante 8 minutos a temperatura ambiente. La muestra se trató con sustrato de peróxido de hidrógeno y cromógeno de tetrahidrocloruro de diaminobencidina (DAB) a temperatura ambiente durante 10 minutos y después en tampón de lavado unido a 90 °C durante 5 minutos. Después, las secciones se incubaron con un anticuerpo monoclonal de ratón anti-CD 128 (Dako, M7228) durante 15 minutos, seguido de la incubación con Polímero marcado con AP durante 8 minutos a temperatura ambiente. La muestra se trató con sustrato de peróxido de hidrógeno y Refine Red a temperatura ambiente durante 10 minutos. Los portaobjetos se contratiñeron con Hematoxilina durante 5 minutos a temperatura ambiente. Después, los portaobjetos se analizaron bajo microscopio de luz y las puntuaciones finales se asignaron usando un objetivo de 40X.
Los resultados se analizaron usando el método de puntuación H. La puntuación H es un método para evaluar el grado de inmunorreactividad. La puntuación se obtiene por la fórmula: 3 x porcentaje de células con tinción fuerte 2 x porcentaje de células con tinción moderada 1 x porcentaje de células con tinción débil 0 x porcentaje de células con tinción negativa, que proporciona un intervalo de 0 a 300. El área total de la muestra viable se califica para proporcionar la inmunorreactividad del marcador basándose en la distribución e intensidad. La calificación se proporcionó a aquellas muestras con 20 o más células positivas CD 128 preservadas en pocillos y áreas comprometidas por artefacto, por ejemplo, se evita tinción de borde, plegado, encogimiento, frotis y fijación incompleta.
Como se muestra in Tabla 2 a continuación, la inmunohistoquímica de doble tinción detectó un intervalo de niveles de CRBN niveles en 22 casos de MM.
T l 2 i l RB D r Inm n hi ím i l in i n
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Como se muestra en la FIGURA 18, la evaluación patológica de 22 muestras de MM usando el ensayo doble y el método de Puntuación H demostró alta concordancia en las puntuaciones H.
Como se muestra en la FIGURA 19A, el ensayo de tinción doble diferenció los niveles de expresión altos y bajos de CRBN en DF15 de línea celular de mieloma múltiple y DF15R resistente a pomalidomida, respectivamente. La FIGURA 19B muestra los resultados de la tinción de CRBN y la puntuación H para la Muestra MM12. La FIGURA 19C muestra los resultados de la tinción de CRBN y la puntuación H para las Muestras MM 13 y MM15. La FIGURA 20 y la FIGURA 21 muestran la tinción de Aiolos y la puntuación H nuclear y la tinción de Ikaros y la puntuación H nuclear, respectivamente, en la Muestra MM23.
Como se muestra, estos resultados demuestran que el ensayo de inmunohistoquímica de doble tinción puede medir de manera precisa un intervalo amplio de inmunorreactividad. Los ensayos de inmunohistoquímica doble de CD138/CRBN, CD138/Aiolos y CD138/Ikaros son eficaces en biopsias de médula ósea con aguja gruesa y coágulos aspirados de 22 pacientes de MM, para la detección de un intervalo de niveles de CRBN, Aiolos e Ikaros, respectivamente. La evaluación patológica de las muestras de MM usando el ensayo doble y el método de puntuación H demostró alta concordancia en las puntuaciones H. De este modo, el ensayo de inmunohistoquímica de doble tinción proporciona métodos semi-cuantitativos confiables y precisos para evaluar los CAP en un paciente con cáncer.
6.26 La lenalidomida Promueve la Degradación de la Caseína Quinasa 1a(CSNK1A1 o CK1a) en Células MDS y AML
La sensibilidad al tratamiento con lenalidomida en un panel de líneas celulares de cáncer mieloide se evaluó por ensayos de timidina tritiada y/o BrdU. Las líneas celulares de 13 MDS/AML y 1 MM se evaluaron para obtener la sensibilidad a la lenalidomida (LEN) en un ensayo de célula 4d BrdU. Los resultados se muestran en la FIGURA 22A y como se muestra, a través de un panel de líneas celulares de cáncer mieloide evaluado para obtener la sensibilidad a la lenalidomida, las células HNT-34 y MDS-L muestran la mayor sensibilidad a la lenalidomida, con CE50 de 0,6 y 1,5 uM, respectivamente, mientras que otras líneas celulares fueron predominantemente insensibles (CE50 > 10 uM). Como se muestra en la FIGURA 22B, tanto las células HNT-34 y MDS-L fueron sensibles a la lenalidomida, mientras que solo las células MDS-L fueron sensibles al Compuesto A, indicando la selectividad de estos compuestos. Como se muestra en la FIGURA 22C, la sensibilidad de las líneas celulares de cáncer mieloide a la lenalidomida (LEN) y el Compuesto A. Como se muestra en la FIGURA 22D, la lenalidomida promueve la degradación de caseína quinasa 1, alfa 1(CSNK1A1; denominado también de manera intercambiable como "CK1a" y "CK1a" en el presente documento) en las líneas celulares sensibles (HNT-34, MDS-L), pero no degrada la CSNK1A1 en la línea insensible (por ejemplo, MOLM-13, THP). La lenalidomida también promovió la degradación de CSNK1A1 en las líneas celulares KG-1 y H1-60 insensibles. La FIGURA 23E muestra un análisis de transferencia Western de los niveles de proteína CK1a, Ikaros y CRBN en células de cáncer mieloide no tratado o tratado con lenalidomida (LEN).
Como se muestra en la FIGURA 23E, los niveles de CK1a e Ikaros se redujeron en las líneas celulares de cáncer mieloide tratadas con LEN in vitro. En particular, los niveles disminuidos de proteínas CK1a e Ikaros con tratamiento con LEN se confirmaron en células MDS-L y HNT-34. Los niveles disminuidos de proteína CK1a con tratamiento con LEN también se observaron en las células KG-1 y HL-60, pero no en las células THP-1 o MOLM-13 AML. Los niveles disminuidos de proteína Ikaros con tratamiento con LEN también se observaron en las células KG-1, pero no en las células THP-1; las células H1-60 y MOLM-13 no expresaron Ikaros detectable. Además, CRBN se expresó en niveles mayores en las células MDS-L, HNT-34 y KG-1 contra las células HL-60, THP-1 y MOLM-13.
Los cambios en los niveles de proteína celular global se midieron por proteómica etiquetada por masas en tándem en una línea celular (MDS-L) del(5q) MDS y una línea celular (HNT-34) AML, seguido del tratamiento con vehículo o 10 uM de lenalidomida o 1 uM de Compuesto A durante 8, 24 y 72 horas. Las muestras se sometieron a análisis de espectrometría de masas cuantitativa multiplexada. En particular, el lisado celular se preparó a partir de las muestras y se sometió a digestión de proteínas en tándem usando LysC y tripsina, marcaje de péptido con cualquiera de 6-plex de Etiqueta de Masas en Tándem o reactivos de 10-plex y fraccionamiento de péptido. Los datos de la espectrometría de masas cuantitativa multiplexada se recolectaron en un espectrómetro de masas Orbitrap Fusion que opera en un modo MS3 usando selección de precursor sincrónica para la fragmentación de MS2 a MS3. Los datos de MS/MS se buscaron contra una base de datos de humano Uniprot con las secuencias hacia adelante e inversas usando el algoritmo de SEQUEST. Las etapas de procesamiento de datos adicionales incluidas controlan las tasas de falso descubrimiento de niveles de péptido y proteína, el ensamble de proteínas de los péptidos y la cuantificación de proteína de los péptidos. Cada muestra tratada con fármaco tiene 3 réplicas, cada muestra de DMSO tiene 4 réplicas.
Los niveles de proteína se midieron por proteómica etiquetada por masas en tándem en una línea celular (MDS-L) del(5q) MDS, seguido del tratamiento con vehículo o 10 uM de lenalidomida durante 8, 24 y 72 horas (datos no mostrados). Los niveles de proteína se midieron también por proteómica etiquetada por masas en tándem en una línea celular (HNT-34) AML, seguido del tratamiento con vehículo o 10 uM de lenalidomida durante 8, 24 y 72 horas (datos no mostrados).
Los datos seleccionados de los estudios de proteómica se muestran en las Tablas 3-8. La abundancia relativa promedio de la proteína se muestra en las tablas. T es la estadística calculada para la prueba t. El valor P representa la significancia estadística para la prueba. El valor P Adyacente representa la corrección de prueba múltiple de FDR de los valores P en el parámetro previo. El registro B posibilita que la proteína sea diferencialmente abundante entre las condiciones (compuesto frente a control).
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El análisis proteómico de las proteínas reguladas por lenalidomida mostró que CSNK1A1 e Ikaros se regularon negativamente en respuesta al tratamiento con lenalidomida, como se muestra en la FIGURA 23A (las barras corresponden con el cambio múltiplo de log2 promedio de 3 réplicas y las barras de error corresponden con el 95 % de intervalo de confianza para la media). El análisis proteómico de las proteínas reguladas por lenalidomida en células MDS-L reveló a Ikaros como la proteína más regulada negativamente a las 72 horas (aproximadamente 5 veces) y CSNK1A1 fue la segunda proteína más regulada negativamente (aproximadamente 3 veces), como se muestra en la FIGURA 23B.
El análisis de transferencia Western se usó para validar subsecuentemente las proteínas que se regularon de manera diferencial en estas líneas celulares sensibles a lenalidomida. La disminución de las proteínas Ikaros y CSNK1A1 por lenalidomida se confirmó por el análisis de transferencia Western en células MDS-L, como se muestra en la FIGURA 23C. La disminución de las proteínas Ikaros y CSNK1A1 por lenalidomida también se confirmó por el análisis de transferencia Western en células HNT-34, como se muestra en la FIGURA 23C. Como se muestra en la FIGURA 24, las degradaciones de CSNK1A1 e Ikaros en células HNT-34 tratadas con lenalidomida fueron dependientes de tiempo y dosis.
Los estudios mecanicistas que se dirigen a la regulación de CSNK1A1 en células HNT-34 revelaron que los niveles de proteína CSNK1A1 se redujeron por tratamiento con lenalidomida en una manera dependiente de tiempo y dosis, con reducción máxima de 3,3 veces observada a las 4 horas usando 10 uM de lenalidomida y la degradación de CSNK1A1 observada con lenalidomida en una dosis tan baja como 0,1 uM, como se muestra en la FIGURA 24.
Los efectos de lenalidomida en el nivel de CSNK1A1 se validaron en estudios clínicos. Cinco pacientes con leucemia mieloide aguda (sin tratamiento previo y de 65 años o más) se trataron con 50 mg de lenalidomida diariamente y se obtuvieron muestras de médula ósea o sangre de los pacientes y se procesaron para obtener células mononucleares de médula ósea (BMMC) o células mononucleares de sangre periférica (PBMC). 3-5 pg totales de proteína de cada muestra se evaluó para obtener las expresiones de CSNK1A1, Ikaros y GAPDH por análisis Western. Los resultados se mostraron en la FIGURA 25. Como se muestra en la FIGURA 25A, CSNK1A1 e Ikaros se modularon (regularon negativamente) en 4 de 5 pacientes tratados con lenalidomida. Además, la FIGURA 25B muestra que los niveles de proteína CK1a e Ikaros se redujeron en la médula ósea o la sangre periférica de los pacientes con AML tratados con lenalidomida (LEN) in vivo.
6.27 El Pre-tratamiento con MG-132 o Compuesto A Bloquea la Degradación inducida por Lenalidomida de CK1a e IKAROS en Células HNT-34
Las células HNT-34 se pre-trataron con o sin 3 pM o 10 pM de MG-132 durante 30 min. Después, las células se trataron con 10 pM de lenalidomida durante 3 h o 6 h. Los resultados se mostraron en la FIGURA 26 y como se muestra, el tratamiento con lenalidomida redujo los niveles de proteína CSNK1A1 e Ikaros a las 3 h o 6 h y el pretratamiento de las células HNT-34 con el inhibidor de proteasoma MG-132 estabilizó los niveles de proteínas CSNK1A1 en presencia de lenalidomida, demostrando degradación dependiente del proteasoma.
Un experimento de competición realizado al pre-tratar las células HNT-34 células con Compuesto A. Las células HNT-34 se pre-trataron con 10 pM de Compuesto A durante 1,5 h. Después, las células se trataron con 0,1-10 pM de lenalidomida durante 3 h o 6 h. El análisis Western de Ikaros y CSNK1A1 se muestra en la FIGURA 27. Como se muestra en la FIGURA 27A, 10 pM de Compuesto A bloquea 0,3 pM o menos de degradación de CSNK1A1 inducida por lenalidomida a las 3 h o 6 h. El Compuesto A se une a CRBN y como resultado, la proteína CSNK1A1 se estabiliza en presencia de lenalidomida, demostrando la dependencia a CRBN de la degradación inducida por lenalidomida. La FIGURA 27B muestra que la reducción mediada por LEN de los niveles de CK1a es dependiente de culina y dependiente de CRBN. Por ejemplo, el pre-tratamiento con inhibidor de proteasoma (MG-132) e inhibidor de neddilación (MLN-4924) abrogó la reducción de CK1a mediada por LEN en células HNT-34 (FIGURA 27B, panel izquierdo). Además, el pre-tratamiento con ARNi de CRBN inhibió la reducción de CK1a mediada por LEN en células HNT-34 (FIGURA 27B, panel derecho).
Estos resultados indican que CSNK1A1 es un sustrato de CRL4- CRBN inducido por lenalidomida. Ya que el gen de CSNK1A1 se ubica en 5q32, una región comúnmente eliminada en MDS, la reducción adicional de la expresión de haploinsuficiencia de CSNK1A1 es un posible mecanismo de sensibilidad a la lenalidomida en del(5q) MDS.

Claims (13)

REIVINDICACIONES
1. Un método para evaluar o monitorizar la efectividad de un compuesto de tratamiento en el tratamiento de un cáncer, o predecir la sensibilidad de un sujeto que tiene o se sospecha que tiene un cáncer a un compuesto de tratamiento, que comprende:
(a) determinar el nivel de un biomarcador en una primera muestra de un sujeto que tiene o se sospecha que tiene un cáncer, a quien se ha administrado un compuesto de tratamiento; y
(b) comparar el nivel del biomarcador de la etapa (a) al nivel de la misma proteína obtenida de una muestra de referencia, en donde un cambio en el nivel de biomarcador en comparación con la muestra de referencia es indicativo de la eficacia del compuesto en el tratamiento del cáncer o la sensibilidad del sujeto al compuesto de tratamiento,
en donde el compuesto de tratamiento es lenalidomida, talidomida, pomalidomida, Compuesto A o Compuesto B; en donde el biomarcador es caseína quinasa 1, alfa 1 (CSNK1A1) o ZFP91;
en donde el cáncer se selecciona de un grupo que consiste en (i) linfoma, tal como linfoma difuso de células B grandes (DLBCL),
(ii) mieloma múltiple (MM),
(iii) síndrome mielodisplásico (MDS) y
(iv) leucemia mieloide aguda (AML).
2. El método de la reivindicación 1, en donde el biomarcador es caseína quinasa 1, alfa 1 (CSNK1A1).
3. El método de la reivindicación 1, en donde el biomarcador es ZFP91.
4. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en donde el compuesto de tratamiento es lenalidomida.
5. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en donde el compuesto de tratamiento es pomalidomida.
6. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en donde el compuesto de tratamiento es talidomida.
7. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en donde el compuesto de tratamiento es Compuesto A.
8. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en donde el compuesto de tratamiento es Compuesto B.
9. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, en donde el cáncer es linfoma difuso de células B grandes (DLBCL).
10. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, en donde el cáncer es mieloma múltiple (MM).
11. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, en donde el cáncer es síndrome mielodisplásico (MDS).
12. El método de la reivindicación 11, en donde el MDS es un MDS con deleción del cromosoma 5q (del(5q)).
13. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, en donde el cáncer es leucemia mieloide aguda (AML).
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