JP6573611B2 - びまん性大細胞型b細胞リンパ腫、多発性骨髄腫、及び骨髄癌の治療の薬効を決定するための方法 - Google Patents
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Description
本出願は、2013年12月6日に出願された米国仮出願第61/913,003号、2014年3月4日に出願された米国仮出願第61/947,963号、2014年5月8日に出願された米国仮出願第61/990,621号、2014年10月7日に出願された米国仮出願第62/061,050号、2014年10月15日に出願された米国仮出願第62/064,413号、2014年11月10日に出願された米国仮出願第62/077,835号、及び2014年12月3日に出願された米国仮出願第62/087,111号に対する優先権の恩典を主張するものであり、これらの各々は、その全体が引用により本明細書中に組み込まれる。
(1 分野)
本明細書に提供されるのは、いくつかの実施態様において、Aiolos、Ikaros、インターフェロン(IFN)及びIFN経路タンパク質、カゼインキナーゼ1、アルファ1(CSNK1A1又はCK1α)、並びにZFP91などの特定のセレブロン関連タンパク質を、癌(例えば、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、多発性骨髄腫(MM)、骨髄異形成症候群(MDS)、及び急性骨髄性白血病(AML))、並びにIFN関連障害などの様々な疾患及び障害を有する患者における特定の化合物に対する臨床的感受性及び治療応答を予測及びモニタリングする際に使用するためのバイオマーカーとして使用する方法である。さらに提供されるのは、本方法を実施するためのキットである。また本明細書に提供されるのは、ある実施態様において、免疫調節化合物の効力を決定する方法である。
(2.1 癌の病理生物学)
癌は、主に、ある正常な組織に由来する異常な細胞の数の増加、これらの異常な細胞による隣接組織の浸潤、又は悪性細胞の所属リンパ節及び離れた部位へのリンパ性もしくは血行性の拡大(転移)を特徴とする。臨床データ及び分子生物学的研究は、癌が微小な前新生物性変化に始まる多段階のプロセスであり、特定の条件下で新生物形成へと進行し得ることを示している。新生物性病変はクローン発生し、特に新生物性細胞が宿主の免疫監視機構を免れる条件下で、浸潤、増殖、転移、及び異質性の増大する能力を発達させ得る。Roitt,I., Brostoff,J及びKale,D.の文献、Immunology, 17.1-17.12(第3版, Mosby, St. Louis, Mo., 1993)。
現在の癌療法は、患者の新生物性細胞を根絶するための外科手術、化学療法、ホルモン療法、及び/又は放射線治療を含み得る(例えば、Stockdaleの文献、1998, Medicine, 第3巻, Rubenstein及びFederman編, 第12章, 第IV節を参照されたい)。最近、癌療法は、生物療法又は免疫療法も含み得る。これらの手法は全て、患者にとって重大な欠点をもたらし得る。例えば、外科手術は、患者の健康が原因で禁忌となり得るか、又は患者にとって許容し得ないものとなり得る。さらに、外科手術では、新生物性組織を完全には除去することができない。放射線療法は、新生物性組織が放射線に対して正常組織よりも高い感受性を示す場合にしか効果的でない。放射線療法はまた、深刻な副作用を誘発することがしばしばある。ホルモン療法は、単剤として施されることが稀である。ホルモン療法は効果的であり得るが、それは、他の治療によって癌細胞の大部分が除去された後に、癌の再発を予防するか又は遅延させるために用いられることが多い。特定の生物療法及び他の療法は、数が限られており、発疹もしくは腫脹、発熱、悪寒、及び疲労を含むインフルエンザ様症状、消化管障害、又はアレルギー反応などの副作用をもたらし得る。
それぞれ、442アミノ酸長及び441アミノ酸長である、タンパク質セレブロン(CRBN)の少なくとも2つのアイソフォームが存在し、CRBNは、植物からヒトまで保存されている。ヒトでは、CRBN遺伝子は、常染色体劣性非症候群性精神遅滞(ARNSMR)の候補遺伝子として同定されている。Higgins, J.J.らの文献、Neurology, 2004, 63:1927-1931を参照されたい。CRBNは、当初は、ラット脳のカルシウム活性化カリウムチャネルタンパク質(SLO1)と相互作用するRGS含有新規タンパク質として特徴付けられ、後に、AMPK1及びDDB1とともに網膜の電位開口型クロライドチャネル(CIC-2)と相互作用することが示された。Jo, S.らの文献、J. Neurochem, 2005, 94:1212-1224; Hohberger B.らの文献、FEBS Lett, 2009, 583:633-637; Angers S.らの文献、Nature, 2006, 443:590-593を参照されたい。DDB1は、最初、損傷DNA結合タンパク質2(DDB2)と会合するヌクレオチド除去修復タンパク質として同定された。その欠陥のある活性は、色素性乾皮症相補群E(XPE)を有する患者において修復欠陥を引き起こす。DDB1は、標的タンパク質のユビキチン化及びその後のプロテアソーム分解を媒介する数多くの異なるDCX(DDB1-CUL4-X-ボックス)E3ユビキチン-タンパク質リガーゼ複合体の構成要素として機能するようにも見える。CRBNは、大脳皮質の疾患に対する治療剤の開発の標的としても同定されている。WO 2010/137547 A1号を参照されたい。
CRBNは、出生異常を引き起こすサリドマイドに結合する重要な分子標的として最近同定された。Ito, T.らの文献、Science, 2010, 327:1345-1350を参照されたい。DDB1は、CRBNと相互作用することが分かり、それにより、サリドマイドと間接的に関連付けられた。さらに、サリドマイドは、CRBNの自己ユビキチン化をインビトロで阻害することができ、サリドマイドがE3ユビキチン-リガーゼ阻害剤であることが示唆された(同上)。重要なことに、この活性は、サリドマイドによって、野生型細胞では阻害されたが、サリドマイド結合を妨げる突然変異したCRBN結合部位を有する細胞では阻害されなかった(同上)。サリドマイド結合部位は、CRBN中の高度に保存されたC末端の104アミノ酸の領域に位置付けられた(同上)。CRBN中の個々の点突然変異であるY384A及びW386Aはどちらも、サリドマイド結合に欠陥があり、二重点突然変異は、最も低いサリドマイド結合活性を有する(同上)。CRBNとサリドマイドの催奇形効果との関連は、ゼブラフィッシュ及びニワトリ胚の動物モデルにおいて確認された(同上)。
異常なTNF-α産生と関連する疾患を治療するために安全かつ効果的に使用することができる化合物を提供する目的で多くの研究が実施されている。例えば、Marriott, J.B.らの文献、Expert Opin. Biol. Ther., 2001, 1(4): 1-8; G.W. Mullerらの文献、J Med Chem., 1996, 39(17): 3238-3240;及びG.W. Mullerらの文献、Bioorg & Med Chem Lett., 1998, 8: 2669-2674を参照されたい。いくつかの研究は、LPS刺激されたPBMCによるTNF-α産生を強力に阻害するその能力について選択された化合物群に焦点を合わせている。L.G. Corralらの文献、Ann. Rheum. Dis., 1999, 58:(Suppl I)1107-1113。これらの化合物は、TNF-αの強力な阻害だけでなく、LPS誘導性の単球IL1β及びIL12産生の顕著な阻害も示す。LPS誘導性IL6も、一部ではあるが、そのような化合物によって阻害される。これらの化合物は、LPS誘導性IL10の強力な刺激因子である(同上)。
一態様において、本明細書に提供されるのは、化合物が免疫調節性であるかどうかを決定する方法であって:
a.第1の細胞を該化合物と接触させること
b.工程(a)の該第1の細胞から第1の試料を得ること;
c.該第1の試料中のバイオマーカーのレベルを決定すること、及び
d.工程(c)の該バイオマーカーのレベルを参照試料から得られる同じタンパク質のレベルと比較することを含み、ここで、該参照試料と比較したときの該バイオマーカーレベルの変化が免疫調節化合物としての該化合物の効力を示す、方法である。いくつかの実施態様において、癌はびまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)である。他の実施態様において、癌は多発性骨髄腫(MM)である。ある実施態様において、癌は骨髄異形成症候群(MDS)(例えば、染色体5qの欠失(del(5q))を有するMDS)である。ある実施態様において、癌は急性骨髄性白血病(AML)である。ある実施態様において、細胞は癌細胞である。別の実施態様において、細胞は免疫細胞である。
a.第1の細胞を該化合物と接触させること;
b.工程(a)の該第1の細胞から第1の試料を得ること;
c.該第1の試料中のバイオマーカーのレベルを決定すること;
d.工程(c)の該バイオマーカーのレベルを参照試料から得られる同じタンパク質のレベルと比較することを含み、ここで、該参照試料と比較したときの該バイオマーカーレベルの変化が抗腫瘍(又は抗癌)剤としての該化合物の効力を示す、方法である。いくつかの実施態様において、癌はDLBCLである。他の実施態様において、癌はMMである。別の実施態様において、癌はMDSである。また別の実施態様において、癌はAMLである。ある実施態様において、細胞は癌細胞である。別の実施態様において、細胞は免疫細胞である。
a.癌を有する対象に化合物を投与すること;
b.該対象から第1の試料を得ること;
c.該第1の試料中のバイオマーカーのレベルを決定すること;及び
d.工程(c)の該バイオマーカーのレベルを参照試料から得られる同じタンパク質のレベルと比較することを含み、ここで、該参照試料と比較したときの該バイオマーカーレベルの変化が該癌を治療する際の該化合物の効力を示す、方法である。いくつかの実施態様において、癌はDLBCLである。他の実施態様において、癌はMMである。別の実施態様において、癌はMDSである。また別の実施態様において、癌はAMLである。
a.化合物を対象に投与すること;
b.該対象から第1の試料を得ること;
c.該第1の試料中のバイオマーカーのレベルを決定すること;及び
d.該第1の試料中のバイオマーカーのレベルが参照試料中のレベルと異なる場合、該対象が該化合物に応答する可能性が高いと診断することを含む、方法である。いくつかの実施態様において、癌はDLBCLである。他の実施態様において、癌はMMである。別の実施態様において、癌はMDSである。また別の実施態様において、癌はAMLである。
a.該治療化合物を該癌を有する対象に投与すること;
b.該対象由来の試料を得ること;
c.該対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを決定すること;及び
d.該対象の試料中のバイオマーカーのレベルが参照試料中の該バイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、該対象が該治療化合物に応答する可能性が高いと診断することを含む、方法である。いくつかの実施態様において、癌はDLBCLである。他の実施態様において、癌はMMである。別の実施態様において、癌はMDSである。また別の実施態様において、癌はAMLである。
a.該治療化合物を該対象に投与すること;
b.該対象由来の試料を得ること;
c.該対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを決定すること;及び
d.該試料中のバイオマーカーのレベルが参照試料から得られる該バイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、該対象が該治療化合物に応答する可能性が高いと予測又は診断することを含む、方法である。いくつかの実施態様において、癌はDLBCLである。他の実施態様において、癌はMMである。別の実施態様において、癌はMDSである。また別の実施態様において、癌はAMLである。
a.癌を有する対象に該治療化合物を投与すること;
b.該対象由来の試料を得ること;
c.該対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを決定すること;及び
d.該試料中のバイオマーカーのレベルを参照試料から得られる該バイオマーカーのレベルと比較することを含み、ここで、該参照試料と比較したときの該レベルの変化が該対象の癌を治療する際の該治療化合物の効力を示す、方法である。いくつかの実施態様において、癌はDLBCLである。他の実施態様において、癌はMMである。別の実施態様において、癌はMDSである。また別の実施態様において、癌はAMLである。
a.該患者由来の細胞を含む試料を得ること、
b.該細胞を該化合物の存在下又は非存在下で培養すること、
c.該培養細胞からタンパク質又は核酸(例えば、RNA、例えば、mRNA、もしくはDNA)を精製すること、及び
d.バイオマーカーの有無を測定することを含む、方法である。いくつかの実施態様において、癌はDLBCLである。他の実施態様において、癌はMMである。別の実施態様において、癌はMDSである。また別の実施態様において、癌はAMLである。ある実施態様において、細胞は癌細胞である。別の実施態様において、細胞は免疫細胞である。
a.該患者由来の第1の試料を得ること、
b.該第1の試料中のバイオマーカーの発現を測定すること、
c.該患者に化合物を投与すること、
d.その後、該患者由来の第2の試料を得ること、
e.該第2の試料中のバイオマーカー発現を測定すること、並びに
f.該第1の試料及び該第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルを比較することを含む、方法である。いくつかの実施態様において、癌はDLBCLである。他の実施態様において、癌はMMである。別の実施態様において、癌はMDSである。また別の実施態様において、癌はAMLである。
a.患者由来の第1の試料を得ること、
b.該第1の試料中のバイオマーカーの発現を測定すること、
c.該患者に化合物を投与すること、
d.その後、該患者由来の第2の試料を得ること、
e.該第2の試料中のバイオマーカー発現を測定すること、
f.該第1の試料及び該第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルを比較することを含む、方法である。いくつかの実施態様において、癌はDLBCLである。他の実施態様において、癌はMMである。別の実施態様において、癌はMDSである。また別の実施態様において、癌はAMLである。
a.該患者由来の第1の試料を得ること、
b.該第1の試料中のバイオマーカーの発現を測定すること、
c.該患者に1以上の化合物を投与すること、
d.その後、該患者由来の第2の試料を得ること、
e.該第2の試料中のバイオマーカー発現を測定すること、並びに
f.該第1の試料及び該第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルを比較することを含む、方法である。いくつかの実施態様において、癌はDLBCLである。他の実施態様において、癌はMMである。別の実施態様において、癌はMDSである。また別の実施態様において、癌はAMLである。
a.該患者由来の第1の試料を得ること、
b.該第1の試料中のバイオマーカーの発現を測定すること、
c.該患者に1以上の化合物を投与すること、
d.その後、該患者由来の第2の試料を得ること、
e.該第2の試料中のバイオマーカー発現を測定すること、並びに
f.該第1の試料及び該第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルを比較すること
を含む、方法である。
本明細書に提供される方法、アレイ、プローブ、及びキットは、一つには、生体試料中の特定の分子(例えば、mRNA、cDNA、又はタンパク質)のレベルの変化、例えば、レベルの増加及び/又はレベルの減少をバイオマーカーとして用いて、癌(例えば、DLBCL、MM、MDS、もしくはAML)を有するか又はそれを有することが疑われる対象の、治療化合物(例えば、サリドマイド、レナリドマイド、ポマリドマイド、化合物A、もしくは化合物B、又はこれらの立体異性体、或いはこれらの医薬として許容し得る塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包摂化合物、又は多形)に対する応答性を予測することができるという発見に基づいている。
本明細書で使用されるように、別途規定されない限り、「治療する(treat)」、「治療する(treating)」、及び「治療」という用語は、患者が特定の癌に罹患している間に行われる行為であって、癌の重症度を軽減するか、又は癌の進行を遅延もしくは減速させる行為を指す。
本明細書に提供される方法は、特定のバイオマーカーの検出可能な増加又は減少が、所与の治療(例えば、化合物、例えば、サリドマイド、レナリドマイド、ポマリドマイド(pomlidomide)、もしくはこれらの立体異性体、又はこれらの医薬として許容し得る塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包摂化合物、もしくは多形)に応答する、癌(例えば、DLBCL、MM、MDS、又はAML)を有する対象で観察されるという発見に一部基づいており、これらのバイオマーカーのレベルを、治療に対する対象の応答性を予測するために使用することができる。
a.第1の細胞(例えば、癌細胞又は免疫細胞)を該化合物と接触させること;
b.工程(a)の該第1の細胞から第1の試料を得ること;
c.該第1の試料中のバイオマーカーのレベルを決定すること、及び
d.工程(c)の該バイオマーカーのレベルを参照試料から得られる同じタンパク質のレベルと比較することを含み、ここで、該参照試料と比較したときの該バイオマーカーレベルの変化が免疫調節化合物としての該化合物の効力を示す、方法である。いくつかの実施態様において、癌はびまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)である。他の実施態様において、癌は多発性骨髄腫(MM)である。ある実施態様において、癌は骨髄異形成症候群(MDS)(例えば、染色体5qの欠失(del(5q))を有するMDS)である。ある実施態様において、癌は急性骨髄性白血病(AML)である。ある実施態様において、第1の細胞は癌細胞である。他の実施態様において、細胞は免疫細胞である。
a.第1の細胞(例えば、癌細胞又は免疫細胞)を該化合物と接触させること;
b.工程(a)の該第1の細胞から第1の試料を得ること;
c.該第1の試料中のバイオマーカーのレベルを決定すること;及び
d.工程(c)の該バイオマーカーのレベルを参照試料から得られる同じタンパク質のレベルと比較することを含み、ここで、該参照試料と比較したときの該バイオマーカーレベルの変化が抗腫瘍(又は抗癌)剤としての該化合物の効力を示す、方法である。いくつかの実施態様において、癌はDLBCLである。他の実施態様において、癌はMMである。別の実施態様において、癌はMDSである。また別の実施態様において、癌はAMLである。ある実施態様において、第1の細胞は癌細胞である。他の実施態様において、細胞は免疫細胞である。
a.癌を有する対象に化合物を投与すること;
b.該対象から第1の試料を得ること;
c.該第1の試料中のバイオマーカーのレベルを決定すること;及び
d.工程(c)の該バイオマーカーのレベルを参照試料から得られる同じタンパク質のレベルと比較することを含み、ここで、該参照試料と比較したときの該バイオマーカーレベルの変化が該癌を治療する際の該化合物の効力を示す、方法である。いくつかの実施態様において、癌はDLBCLである。他の実施態様において、癌はMMである。別の実施態様において、癌はMDSである。また別の実施態様において、癌はAMLである。
a.化合物を対象に投与すること;
b.該対象から第1の試料を得ること;
c.該第1の試料中のバイオマーカーのレベルを決定すること;及び
d.該第1の試料中のバイオマーカーのレベルが参照試料中のレベルと異なる場合、該対象が該化合物に応答する可能性が高いと診断することを含む、方法である。いくつかの実施態様において、癌はDLBCLである。他の実施態様において、癌はMMである。別の実施態様において、癌はMDSである。また別の実施態様において、癌はAMLである。
a.該治療化合物を該癌を有する対象に投与すること;
b.該対象由来の試料を得ること;
c.該対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを決定すること;及び
d.該対象の試料中のバイオマーカーのレベルが参照試料中の該バイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、該対象が該治療化合物に応答する可能性が高いと診断することを含む、方法である。いくつかの実施態様において、癌はDLBCLである。他の実施態様において、癌はMMである。別の実施態様において、癌はMDSである。また別の実施態様において、癌はAMLである。
a.該治療化合物を該対象に投与すること;
b.該対象由来の試料を得ること;
c.該対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを決定すること;及び
d.該試料中のバイオマーカーのレベルが参照試料から得られる該バイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、該対象が該治療化合物に応答する可能性が高いと予測又は診断することを含む、方法である。いくつかの実施態様において、癌はDLBCLである。他の実施態様において、癌はMMである。別の実施態様において、癌はMDSである。また別の実施態様において、癌はAMLである。
a.癌を有する対象に該治療化合物を投与すること;
b.該対象由来の試料を得ること;
c.該対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを決定すること;及び
d.該試料中のバイオマーカーのレベルを参照試料から得られる該バイオマーカーのレベルと比較することを含み、ここで、該参照試料と比較したときの該レベルの変化が該対象の癌を治療する際の該治療化合物の効力を示す、方法である。いくつかの実施態様において、癌はDLBCLである。他の実施態様において、癌はMMである。別の実施態様において、癌はMDSである。また別の実施態様において、癌はAMLである。
a.該患者由来の細胞(例えば、癌細胞又は免疫細胞)を含む試料を得ること
b.該細胞を化合物の存在下又は非存在下で培養すること、
c.該培養細胞からタンパク質又は核酸(例えば、RNA、例えば、mRNA、もしくはDNA)を精製すること、及び
d.バイオマーカーの有無を測定することを含む、方法である。いくつかの実施態様において、癌はDLBCLである。他の実施態様において、癌はMMである。別の実施態様において、癌はMDSである。また別の実施態様において、癌はAMLである。ある実施態様において、第1の細胞は癌細胞である。他の実施態様において、細胞は免疫細胞である。
a.該患者由来の第1の試料を得ること、
b.該第1の試料中のバイオマーカーの発現を測定すること、
c.該患者に化合物を投与すること、
d.その後、該患者由来の第2の試料を得ること、
e.該第2の試料中のバイオマーカー発現を測定すること、並びに
f.該第1の試料及び該第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルを比較することを含む、方法である。いくつかの実施態様において、癌はDLBCLである。他の実施態様において、癌はMMである。別の実施態様において、癌はMDSである。また別の実施態様において、癌はAMLである。
a.患者由来の第1の試料を得ること、
b.該第1の試料中のバイオマーカーの発現を測定すること、
c.該患者に化合物を投与すること、
d.その後、該患者由来の第2の試料を得ること、
e.該第2の試料中のバイオマーカー発現を測定すること、
f.該第1の試料及び該第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルを比較することを含む、方法である。いくつかの実施態様において、癌はDLBCLである。他の実施態様において、癌はMMである。別の実施態様において、癌はMDSである。また別の実施態様において、癌はAMLである。
a.該患者由来の第1の試料を得ること、
b.該第1の試料中のバイオマーカーの発現を測定すること、
c.該患者に1以上の化合物を投与すること、
d.その後、該患者由来の第2の試料を得ること、
e.該第2の試料中のバイオマーカー発現を測定すること、並びに
f.該第1の試料及び該第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルを比較することを含む、方法である。いくつかの実施態様において、癌はDLBCLである。他の実施態様において、癌はMMである。別の実施態様において、癌はMDSである。また別の実施態様において、癌はAMLである。
a.該患者由来の第1の試料を得ること、
b.該第1の試料中のバイオマーカーの発現を測定すること、
c.該患者に1以上の化合物を投与すること、
d.その後、該患者由来の第2の試料を得ること、
e.該第2の試料中のバイオマーカー発現を測定すること、並びに
f.該第1の試料及び該第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルを比較すること
を含む、方法である。
実施態様において、バイオマーカーはTRIB3である。一実施態様において、バイオマーカーはWIZである。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはWSB1である。一実施態様において、バイオマーカーはWWC1である。ある実施態様において、バイオマーカーはZFP91である。一実施態様において、バイオマーカーはZMYM2である。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはZNF385Bである。一実施態様において、バイオマーカーはZNF581である。ある実施態様において、バイオマーカーはZNF644である。
て、バイオマーカーはCDC42SE2である。一実施態様において、バイオマーカーはCENPJである。ある実施態様において、バイオマーカーはCEP97である。一実施態様において、バイオマーカーはCFLARである。一実施態様において、バイオマーカーはCLDN23である。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはCLEC17Aである。一実施態様において、バイオマーカーはCOX17である。一実施態様において、バイオマーカーはCROCCである。ある実施態様において、バイオマーカーはCRYMである。一実施態様において、バイオマーカーはCSNK1A1である。一実施態様において、バイオマーカーはDBN1である。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはDENND1Cである。一実施態様において、バイオマーカーはDNM2である。一実施態様において、バイオマーカーはDOK3である。ある実施態様において、バイオマーカーはDTWD1である。一実施態様において、バイオマーカーはEHD1である。一実施態様において、バイオマーカーはEIF4Hである。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはENO2である。一実施態様において、バイオマーカーはEPHA4である。一実施態様において、バイオマーカーはEPHA7である。ある実施態様において、バイオマーカーはEPHB1である。一実施態様において、バイオマーカーはERCC6である。一実施態様において、バイオマーカーはETS1である。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはEVI2Bである。一実施態様において、バイオマーカーはEVLである。一実施態様において、バイオマーカーはFAR1である。ある実施態様において、バイオマーカーはFCRL2である。一実施態様において、バイオマーカーはFCRL3である。一実施態様において、バイオマーカーはFCRL5である。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはGABPB1である。一実施態様において、バイオマーカーはGAMTである。ある実施態様において、バイオマーカーはGAPTである。一実施態様において、バイオマーカーはGAS7である。一実施態様において、バイオマーカーはGATMである。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはGLRXである。一実施態様において、バイオマーカーはGNG2である。一実施態様において、バイオマーカーはGRPEL2である。ある実施態様において、バイオマーカーはGYPCである。一実施態様において、バイオマーカーはGZMBである。一実施態様において、バイオマーカーはHK2である。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはHLTFである。一実施態様において、バイオマーカーはHTRA3である。一実施態様において、バイオマーカーはIFNAR2である。ある実施態様において、バイオマーカーはIKZF1である。一実施態様において、バイオマーカーはIKZF3である。一実施態様において、バイオマーカーはIL16である。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはINF2である。一実施態様において、バイオマーカーはIQSEC1である。一実施態様において、バイオマーカーはIRF4である。ある実施態様において、バイオマーカーはISYNA1である。一実施態様において、バイオマーカーはITGALである。一実施態様において、バイオマーカーはITGB2である。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはKDM5Bである。一実施態様において、バイオマーカーはKHKである。一実施態様において、バイオマーカーはL1CAMである。ある実施態様において、バイオマーカーはLAT2である。一実施態様において、バイオマーカーはLBHである。一実施態様において、バイオマーカーはLNX1である。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはLRRC25である。一実施態様において、バイオマーカーはLUC7Lである。一実施態様において、バイオマーカーはLYSMD2である。ある実施態様において、バイオマーカーはMEF2Bである。一実施態様において、バイオマーカーはMEF2Dである。一実施態様において、バイオマーカーはMICAL3である。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはMYH11である。一実施態様において、バイオマーカーはNARFである。一実施態様において、バイオマーカーはNBR1である。ある実施態様において、バイオマーカーはNEDD9である。一実施態様において、バイオマーカーはNEFLである。一実施態様において、バイオマーカーはOMA1である。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはPARVBである。一実施態様において、バイオマーカーはPDK1である。一実施態様において、バイオマーカーはPFKFB4である。ある実施態様において、バイオマーカーはPGM1である。一実施態様において、バイオマーカーはPIRである。一実施態様において、バイオマーカーはPLEKHG1である。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはPMS2CLである。一実施態様において、バイオマーカーはPODXL2である。一実施態様において、バイオマーカーはPOU2AF1である。ある実施態様において、バイオマーカーはPPP1R2である。一実施態様において、バイオマーカーはPTPRである。一実施態様において、バイオマーカーはPTPREである。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはPTPRFである。一実施態様において、バイオマーカーはPTPROである。一実施態様において、バイオマーカーはPTTG1である。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはPVRL1である。一実施態様において、バイオマーカーはRAB33Aである。一実施態様において、バイオマーカーはRANBP3である。ある実施態様において、バイオマーカーはRASGRP3である。一実施態様において、バイオマーカーはRASSF6である。一実施態様において、バイオマーカーはRBBP5である。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはRHOFである。一実施態様において、バイオマーカーはRPS29である。一実施態様において、バイオマーカーはRPS4Y2である。ある実施態様において、バイオマーカーはSAMD1である。一実施態様において、バイオマーカーはSC5DLである。一実施態様において、バイオマーカーはSEC14L1である。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはSEMA7Aである。一実施態様において、バイオマーカーはSERPINB9である。一実施態様において、バイオマーカーはSETD8である。ある実施態様において、バイオマーカーはSH2D3Cである。一実施態様において、バイオマーカーはSIT1である。一実施態様において、バイオマーカーはSLAMF7である。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはSLC16A3である。一実施態様において、バイオマーカーはSLC19A2である。一実施態様において、バイオマーカーはSNAP23である。ある実施態様において、バイオマーカーはSNX11である。一実施態様において、バイオマーカーはSP140である。一実施態様において、バイオマーカーはSPIBである。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはSPTAN1である。一実施態様において、バイオマーカーはSPTBである。一実施態様において、バイオマーカーはSSBIP1である。ある実施態様において、バイオマーカーはSTK17Bである。一実施態様において、バイオマーカーはSYNCRIPである。一実施態様において、バイオマーカーはTCP11L1である。一実施態様において、バイオマーカーはTGM2である。一実施態様において、バイオマーカーはTJAP1である。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはTNFAIP3である。一実施態様において、バイオマーカーはTNFRSF13Bである。一実施態様において、バイオマーカーはTNFRSF1Bである。ある実施態様において、バイオマーカーはTOM1である。一実施態様において、バイオマーカーはTOR1AIP1である。一実施態様において、バイオマーカーはTP53I11である。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはTSTD1である。一実施態様において、バイオマーカーはTUBB2Bである。一実施態様において、バイオマーカーはUBE2J1である。ある実施態様において、バイオマーカーはVAT1である。一実施態様において、バイオマーカーはVIMである。一実施態様において、バイオマーカーはWIPF1である。いくつかの実施態様において、バイオマーカーはWIZである。一実施態様において、バイオマーカーはZBTB32である。一実施態様において、バイオマーカーはZFP91である。ある実施態様において、バイオマーカーはZMYM2である。一実施態様において、バイオマーカーはZNF316である。一実施態様において、バイオマーカーはZNF644である。一実施態様において、バイオマーカーはZNF805である。
ある実施態様において、本明細書に提供されるのは、生体試料由来のバイオマーカー、例えば、CRBN又はCAPのタンパク質レベルを検出及び定量する方法であって:(a)該試料をバイオマーカーに免疫特異的に結合する第1の抗体と接触させること;(b)該第1の抗体に結合した試料を、検出可能な標識を有する第2の抗体(ここで、該第2の抗体は該バイオマーカーに免疫特異的に結合し、かつ該第2の抗体は該第1の抗体とは異なる該バイオマーカー上のエピトープに免疫特異的に結合する)と接触させること;(c)該試料に結合した該第2の抗体の存在を検出すること;及び(d)該第2の抗体中の検出可能な標識の量に基づいて該バイオマーカーのタンパク質レベルを決定することを含む、方法である。
(対象及び試料)
ある実施態様において、本明細書に提供される様々な方法は、対象又は個体(例えば、患者)由来の試料(例えば、生体試料)を使用する。対象は、患者、例えば、癌(例えば、DLBCL、MM、MDS、又はAML)を有する患者であることができる。対象は、哺乳動物、例えば、ヒトであることができる。対象は、男性又は女性であることができ、成人、小児、又は幼児であることができる。試料は、癌(例えば、DLBCL、MM、MDS、もしくはAML)の活動期のある時点、又は癌(例えば、DLBCL、MM、MDS、もしくはAML)が活動的でないときに解析することができる。ある実施態様において、対象由来の複数の試料を得ることができる。
ある実施態様において、本明細書に提供される方法で使用される試料は、複数の細胞、例えば、癌(例えば、DLBCL、MM、MDS、又はAML)細胞を含む。そのような細胞としては、任意の種類の細胞、例えば、幹細胞、血液細胞(例えば、末梢血単核細胞)、リンパ球、B細胞、T細胞、単球、顆粒球、免疫細胞、又は腫瘍細胞もしくは癌細胞を挙げることができる。腫瘍生検材料又は腫瘍外植片などの腫瘍細胞もしくは癌細胞又は腫瘍組織。
mRNAレベルを検出又は定量するいくつかの方法が当技術分野で公知である。例示的な方法としては、ノーザンブロット、リボヌクレアーゼ保護アッセイ、PCRベースの方法などが挙げられるが、これらに限定されない。mRNA配列(例えば、CRBNもしくはCAPなどのバイオマーカーのmRNA、又はその断片)を用いて、少なくとも部分的に相補的であるプローブを調製することができる。その後、プローブを用いて、例えば、PCRベースの方法、ノーザンブロッティング、ディップスティックアッセイなどの任意の好適なアッセイを用いて、試料中のmRNA配列を検出することができる。
いくつかのタンパク質検出法及び定量法を用いて、CRBN又はCAPなどのバイオマーカーのレベル測定することができる。任意の好適なタンパク質定量法を使用することができる。いくつかの実施態様において、抗体ベースの方法が使用される。使用することができる例示的な方法としては、免疫ブロッティング(ウェスタンブロット)、酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)、免疫組織化学、フローサイトメトリー、サイトメトリックビーズアレイ、質量分光学などが挙げられるが、これらに限定されない。ある実施態様において、バイオマーカータンパク質は、質量分光学を用いて検出される。使用することができる例示的な質量分光法は、下の第6節に提供されている。直接ELISA、間接ELISA、及びサンドイッチELISAを含む、いくつかのタイプのELISAが一般に使用される。ある実施態様において、バイオマーカーはCAPである。一実施態様において、CAPはIkarosである。別の実施態様において、CAPはAiolosである。別の実施態様において、CAPはCSNK1A1である。他の実施態様において、CAPは、IFIT3、DDX58、XAF1、IFIH1、OAS3、IFI27、IFIT1、もしくはISG15、又はこれらの組合せを伴うIFN誘導性タンパク質である。他の実施態様において、CAPはIRFである。一実施態様において、IRFは、IRF1、IRF3、IRF4、IRF7、及びIRF9からなる群から選択される。他の実施態様において、CAPは、TBK1又はTBK1-PO4である。別の実施態様において、CAPはCSNK1A1である。別の実施態様において、CAPはZFP91である。
本明細書に提供される方法のための化合物には、特定の癌を含むいくつかのタイプのヒト疾患を治療するのに有用であり得る化合物群である、「IMiD(登録商標)」(Celgene社)として知られる化合物を含む免疫調節化合物が含まれるが、これに限定されない。
並びにこれらの光学的に純粋な異性体が挙げられるが、これらに限定されない。
X及びYのうちの一方はC=Oであり、X及びYのうちのもう一方は、C=O又はCH2であり;
(i)R1、R2、R3、及びR4の各々は、他のものとは独立に、ハロ、炭素原子1〜4個のアルキル、もしくは炭素原子1〜4個のアルコキシであるか、又は(ii)R1、R2、R3、及びR4のうちの1つは-NHR5であり、R1、R2、R3、及びR4のうちの残りは水素であり;
R5は、水素又は炭素原子1〜8個のアルキルであり;
R6は、水素、炭素原子1〜8個のアルキル、ベンジル、又はハロであり;
但し、X及びYがC=Oである場合、R6は水素以外のものであり、かつ(i)R1、R2、R3、及びR4の各々はフルオロであるか、又は(ii)R1、R2、R3、もしくはR4のうちの1つはアミノである。
X及びYのうちの一方はC=Oであり、もう一方は、CH2又はC=Oであり;
R1は、H、(C1-C8)アルキル、(C3-C7)シクロアルキル、(C2-C8)アルケニル、(C2-C8)アルキニル、ベンジル、アリール、(C0-C4)アルキル-(C1-C6)ヘテロシクロアルキル、(C0-C4)アルキル-(C2-C5)ヘテロアリール、C(O)R3、C(S)R3、C(O)OR4、(C1-C8)アルキル-N(R6)2、(C1-C8)アルキル-OR5、(C1-C8)アルキル-C(O)OR5、C(O)NHR3、C(S)NHR3、C(O)NR3R3'、C(S)NR3R3'、又は(C1-C8)アルキル-O(CO)R5であり;
R2は、H、F、ベンジル、(C1-C8)アルキル、(C2-C8)アルケニル、又は(C2-C8)アルキニルであり;
R3及びR3'は、独立に、(C1-C8)アルキル、(C3-C7)シクロアルキル、(C2-C8)アルケニル、(C2-C8)アルキニル、ベンジル、アリール、(C0-C4)アルキル-(C1-C6)ヘテロシクロアルキル、(C0-C4)アルキル-(C2-C5)ヘテロアリール、(C0-C8)アルキル-N(R6)2、(C1-C8)アルキル-OR5、(C1-C8)アルキル-C(O)OR5、(C1-C8)アルキル-O(CO)R5、又はC(O)OR5であり;
R4は、(C1-C8)アルキル、(C2-C8)アルケニル、(C2-C8)アルキニル、(C1-C4)アルキル-OR5、ベンジル、アリール、(C0-C4)アルキル-(C1-C6)ヘテロシクロアルキル、又は(C0-C4)アルキル-(C2-C5)ヘテロアリールであり;
R5は、(C1-C8)アルキル、(C2-C8)アルケニル、(C2-C8)アルキニル、ベンジル、アリール、又は(C2-C5)ヘテロアリールであり;
各々の出現するR6は、独立に、H、(C1-C8)アルキル、(C2-C8)アルケニル、(C2-C8)アルキニル、ベンジル、アリール、(C2-C5)ヘテロアリール、もしくは(C0-C8)アルキル-C(O)O-R5であるか、又は該R6基は結合して、ヘテロシクロアルキル基を形成し;
nは、0又は1であり;かつ
*は、キラル炭素中心を表す。
R2は、H又は(C1-C8)アルキルであり;かつ
R3は、(C1-C8)アルキル、(C3-C7)シクロアルキル、(C2-C8)アルケニル、(C2-C8)アルキニル、ベンジル、アリール、(C0-C4)アルキル-(C1-C6)ヘテロシクロアルキル、(C0-C4)アルキル-(C2-C5)ヘテロアリール、(C5-C8)アルキル-N(R6)2;(C0-C8)アルキル-NH-C(O)O-R5;(C1-C8)アルキル-OR5、(C1-C8)アルキル-C(O)OR5、(C1-C8)アルキル-O(CO)R5、又はC(O)OR5であり;かつ他の変数は、同じ定義を有する。
X及びYのうちの一方はC=Oであり、もう一方は、CH2又はC=Oであり;
Rは、H又はCH2OCOR'であり;
(i)R1、R2、R3、もしくはR4の各々は、他のものとは独立に、ハロ、炭素原子1〜4個のアルキル、もしくは炭素原子1〜4個のアルコキシであるか、又は(ii)R1、R2、R3、もしくはR4のうちの1つは、ニトロもしくは-NHR5であり、R1、R2、R3、もしくはR4のうちの残りは水素であり;
R5は、水素又は炭素原子1〜8個のアルキルであり、
R6は、水素、炭素原子1〜8個のアルキル、ベンゾ、クロロ、又はフルオロであり;
R'は、R7-CHR10-N(R8R9)であり;
R7は、m-フェニレン又はp-フェニレン又は-(CnH2n)-(ここで、nは、0〜4の値を有する)であり;
R8及びR9の各々は、もう一方とは独立に、水素又は炭素原子1〜8個のアルキルであるか、或いはR8及びR9は、一緒になって、テトラメチレン、ペンタメチレン、ヘキサメチレン、又は-CH2CH2X1CH2CH2-(ここで、X1は、-O-、-S-、もしくは-NH-である)であり;
R10は、水素、炭素原子8個のアルキル、又はフェニルであり;かつ
*は、キラル炭素中心を表す。
X及びYのうちの一方はC=Oであり、X及びYのうちのもう一方は、C=O又はCH2であり;
(i)R1、R2、R3、もしくはR4の各々は、他のものとは独立に、ハロ、炭素原子1〜4個のアルキル、もしくは炭素原子1〜4個のアルコキシであるか、又は(ii)R1、R2、R3、及びR4のうちの1つは-NHR5であり、R1、R2、R3、及びR4のうちの残りは水素であり;
R5は、水素又は炭素原子1〜8個のアルキルであり;
R6は、水素、炭素原子1〜8個のアルキル、ベンゾ、クロロ、又はフルオロであり;
R7は、m-フェニレン又はp-フェニレン又は-(CnH2n)-(ここで、nは、0〜4の値を有する)であり;
R8及びR9の各々は、もう一方とは独立に、水素又は炭素原子1〜8個のアルキルであるか、或いはR8及びR9は、一緒になって、テトラメチレン、ペンタメチレン、ヘキサメチレン、又は-CH2CH2X1CH2CH2-(ここで、X1は、-O-、-S-、もしくは-NH-である)であり;かつ
R10は、水素、炭素原子8個のアルキル、又はフェニルである。
X及びYのうちの一方はC=Oであり、X及びYのうちのもう一方は、C=O又はCH2であり;
R1、R2、R3、及びR4の各々は、他のものとは独立に、ハロ、炭素原子1〜4個のアルキル、もしくは炭素原子1〜4個のアルコキシであるか、又は(ii)R1、R2、R3、及びR4のうちの1つは、ニトロもしくは保護アミノであり、R1、R2、R3、及びR4のうちの残りは水素であり;かつ
R6は、水素、炭素原子1〜8個のアルキル、ベンゾ、クロロ、又はフルオロである。
X及びYのうちの一方はC=Oであり、X及びYのうちのもう一方は、C=O又はCH2であり;
(i)R1、R2、R3、及びR4の各々は、他のものとは独立に、ハロ、炭素原子1〜4個のアルキル、もしくは炭素原子1〜4個のアルコキシであるか、又は(ii)R1、R2、R3、及びR4のうちの1つは-NHR5であり、R1、R2、R3、及びR4のうちの残りは水素であり;
R5は、水素、炭素原子1〜8個のアルキル、又はCO-R7-CH(R10)NR8R9(ここで、R7、R8、R9、及びR10の各々は、本明細書に定義されている通りである)であり;かつ
R6は、炭素原子1〜8個のアルキル、ベンゾ、クロロ、又はフルオロである。
X及びYのうちの一方はC=Oであり、X及びYのうちのもう一方は、C=O又はCH2であり;
R6は、水素、炭素原子1〜8個のアルキル、ベンジル、クロロ、又はフルオロであり;
R7は、m-フェニレン、p-フェニレン、又は-(CnH2n)-(ここで、nは、0〜4の値である)であり;
R8及びR9の各々は、もう一方とは独立に、水素又は炭素原子1〜8個のアルキルであるか、或いはR8及びR9は、一緒になって、テトラメチレン、ペンタメチレン、ヘキサメチレン、又は-CH2CH2X1CH2CH2-(ここで、X1は、-O-、-S-、又は-NH-である)であり;かつ
R10は、水素、炭素原子1〜8個のアルキル、又はフェニルである。
Yは、酸素又はH2であり、かつ
R1、R2、R3、及びR4の各々は、他のものとは独立に、水素、ハロ、炭素原子1〜4個のアルキル、炭素原子1〜4個のアルコキシ、又はアミノである。
Yは、酸素又はH2であり、
R1及びR2の第一のものは、ハロ、アルキル、アルコキシ、アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、シアノ、又はカルバモイルであり、R1及びR2の第二のものは、第一のものとは独立に、水素、ハロ、アルキル、アルコキシ、アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、シアノ、又はカルバモイルであり、かつ
R3は、水素、アルキル、又はベンジルである。
R1及びR2の第一のものは、ハロ、炭素原子1〜4個のアルキル、炭素原子1〜4個のアルコキシ、ジアルキルアミノ(ここで、各々のアルキルは、1〜4個の炭素原子に由来するものである)、シアノ、又はカルバモイルであり;
R1及びR2の第二のものは、第一のものとは独立に、水素、ハロ、炭素原子1〜4個のアルキル、炭素原子1〜4個のアルコキシ、アルキルアミノ(ここで、アルキルは、1〜4個の炭素原子に由来するものである)、ジアルキルアミノ(ここで、各々のアルキルは、1〜4個の炭素原子に由来するものである)、シアノ、又はカルバモイルであり;かつ
R3は、水素、炭素原子1〜4個のアルキル、又はベンジルである。具体的な例としては、1-オキソ-2-(2,6-ジオキソピペリジン-3-イル)-4-メチルイソインドリンが挙げられるが、これに限定されない。
R1及びR2の第一のものは、ハロ、炭素原子1〜4個のアルキル、炭素原子1〜4個のアルコキシ、ジアルキルアミノ(ここで、各々のアルキルは、1〜4個の炭素原子に由来するものである)、シアノ、又はカルバモイルであり;
R1及びR2の第二のものは、第一のものとは独立に、水素、ハロ、炭素原子1〜4個のアルキル、炭素原子1〜4個のアルコキシ、アルキルアミノ(ここで、アルキルは、1〜4個の炭素原子に由来するものである)、ジアルキルアミノ(ここで、各々のアルキルは、1〜4個の炭素原子に由来するものである)、シアノ、又はカルバモイルであり;かつ
R3は、水素、炭素原子1〜4個のアルキル、又はベンジルである。
X1及びX2のうちの一方は、ニトロ又はNH-Zであり、X1又はX2のうちのもう一方は、水素であり;
R1及びR2の各々は、もう一方とは独立に、ヒドロキシ又はNH-Zであり;
R3は、炭素1〜6個のアルキル、ハロ、又は水素であり;
Zは、水素、フェニル、炭素1〜6個のアシル、又は炭素1〜6個のアルキルであり;かつ
nは、0、1、又は2の値を有し;かつ
-COR2及び-(CH2)nCOR1が異なる場合、C*と表記された炭素原子は、キラリティの中心を構成する。
X1及びX2のうちの一方は、炭素1〜6個のアルキルであり;
R1及びR2の各々は、もう一方とは独立に、ヒドロキシ又はNH-Zであり;
R3は、炭素1〜6個のアルキル、ハロ、又は水素であり;
Zは、水素、フェニル、炭素1〜6個のアシル、又は炭素1〜6個のアルキルであり;かつ
nは、0、1、又は2の値を有し;かつ
-COR2及び-(CH2)nCOR1が異なる場合、C*と表記された炭素原子は、キラリティの中心を構成する。
*と表記された炭素原子は、キラリティの中心を構成し;
Xは、-C(O)-又は-CH2-であり;
R1は、炭素原子1〜8個のアルキル又は-NHR3であり;
R2は、水素、炭素原子1〜8個のアルキル、又はハロゲンであり;かつ
R3は、水素、
置換されていない、又は炭素原子1〜8個のアルコキシ、ハロ、アミノ、もしくは炭素原子1〜4個のアルキルアミノで置換されている、炭素原子1〜8個のアルキル、
炭素原子3〜18個のシクロアルキル、
置換されていない、又は炭素原子1〜8個のアルキル、炭素原子1〜8個のアルコキシ、ハロ、アミノ、もしくは炭素原子1〜4個のアルキルアミノで置換されている、フェニル、
置換されていない、又は炭素原子1〜8個のアルキル、炭素原子1〜8個のアルコキシ、ハロ、アミノ、もしくは炭素原子1〜4個のアルキルアミノで置換されている、ベンジル、或いは-COR4
であり、ここで、
R4は、水素、
置換されていない、又は炭素原子1〜8個のアルコキシ、ハロ、アミノ、もしくは炭素原子1〜4個のアルキルアミノで置換されている、炭素原子1〜8個のアルキル、
炭素原子3〜18個のシクロアルキル、
置換されていない、又は炭素原子1〜8個のアルキル、炭素原子1〜8個のアルコキシ、ハロ、アミノ、もしくは炭素原子1〜4個のアルキルアミノで置換されている、フェニル、或いは
置換されていない、又は炭素原子1〜8個のアルキル、炭素原子1〜8個のアルコキシ、ハロ、アミノ、もしくは炭素原子1〜4個のアルキルアミノで置換されている、ベンジル
である。
R1は:水素;ハロ;-(CH2)nOH; 1以上のハロで任意に置換された(C1-C6)アルキル;
1以上のハロで任意に置換された(C1-C6)アルコキシ;又は
-(CH2)nNHRa
であり、ここで、Raは:
水素;
1以上のハロで任意に置換された(C1-C6)アルキル;
-(CH2)n-(6〜10員アリール);
-C(O)-(CH2)n-(6〜10員アリール)又は-C(O)-(CH2)n-(6〜10員ヘテロアリール)(ここで、該アリール又はヘテロアリールは:ハロ;-SCF3; 1以上のハロでそれ自体任意に置換された(C1-C6)アルキル;又は1以上のハロでそれ自体任意に置換された(C1-C6)アルコキシのうちの1つ又は複数で任意に置換されている);
-C(O)-(C1-C8)アルキル(ここで、該アルキルは、1以上のハロで任意に置換されている);
-C(O)-(CH2)n-(C3-C10-シクロアルキル);
-C(O)-(CH2)n-NRbRc(ここで、Rb及びRcは、各々独立に:
水素;
1以上のハロで任意に置換された(C1-C6)アルキル;
1以上のハロで任意に置換された(C1-C6)アルコキシ;又は
ハロ; 1以上のハロでそれ自体任意に置換された(C1-C6)アルキル;もしくは1以上のハロでそれ自体任意に置換された(C1-C6)アルコキシのうちの1つもしくは複数で任意に置換された6〜10員アリール
である);
-C(O)-(CH2)n-O-(C1-C6)アルキル;或いは
-C(O)-(CH2)n-O-(CH2)n-(6〜10員アリール)
であり;
R2は:水素;-(CH2)nOH;フェニル;-O-(C1-C6)アルキル;又は1以上のハロで任意に置換された(C1-C6)アルキルであり;
R3は:水素;又は1以上のハロで任意に置換された(C1-C6)アルキルであり;かつ
nは、0、1、又は2である。
Xは、C=O又はCH2であり;
R1は-Y-R3であり;
R2は、H又は(C1-C6)アルキルであり;
Yは:その各々が1以上のハロゲンで任意に置換されていてもよい、6〜10員アリール、ヘテロアリール、もしくはヘテロ環;又は結合であり;
R3は:-(CH2)n-アリール、-O-(CH2)n-アリール、又は-(CH2)n-O-アリール(ここで、該アリールは、1以上の: 1以上のハロゲンでそれ自体任意に置換された(C1-C6)アルキル; 1以上のハロゲンでそれ自体置換された(C1-C6)アルコキシ;オキソ;アミノ;カルボキシル;シアノ;ヒドロキシル;ハロゲン;重水素; 1以上の(C1-C6)アルキル、(C1-C6)アルコキシ、もしくはハロゲンで任意に置換された6〜10員アリールもしくはヘテロアリール;-CONH2;又は-COO-(C1-C6)アルキル(ここで、該アルキルは、1以上のハロゲンで任意に置換されていてもよい)で任意に置換されている);
-(CH2)n-ヘテロ環、-O-(CH2)n-ヘテロ環、又は-(CH2)n-O-ヘテロ環(ここで、該ヘテロ環は、1以上の: 1以上のハロゲンでそれ自体任意に置換された(C1-C6)アルキル; 1以上のハロゲンでそれ自体置換された(C1-C6)アルコキシ;オキソ;アミノ;カルボキシル;シアノ;ヒドロキシル;ハロゲン;重水素;1以上の(C1-C6)アルキル、(C1-C6)アルコキシ、もしくはハロゲンで任意に置換された6〜10員アリールもしくはヘテロアリール;-CONH2;又は-COO-(C1-C6)アルキル(ここで、該アルキルは、1以上のハロゲンで任意に置換されていてもよい)で任意に置換されている);或いは
-(CH2)n-ヘテロアリール、-O-(CH2)n-ヘテロアリール、又は-(CH2)n-O-ヘテロアリール(ここで、該ヘテロアリールは、1以上の: 1以上のハロゲンでそれ自体任意に置換された(C1-C6)アルキル; 1以上のハロゲンでそれ自体置換された(C1-C6)アルコキシ;オキソ;アミノ;カルボキシル;シアノ;ヒドロキシル;ハロゲン;重水素; 1以上の(C1-C6)アルキル、(C1-C6)アルコキシ、もしくはハロゲンで任意に置換された6〜10員アリールもしくはヘテロアリール;-CONH2;又は-COO-(C1-C6)アルキル(ここで、該アルキルは、1以上のハロゲンで任意に置換されていてもよい)で任意に置換されている)
であり;かつ
nは、0、1、2、又は3である。
本明細書に提供される方法を実施するためのキット及び組成物も企図される。ある実施態様において、本明細書に提供されるのは、免疫調節化合物の効力を決定するのに有用なキットである。ある実施態様において、本明細書に提供されるのは、化合物が免疫調節性であるかどうかを決定するのに有用なキットである。ある実施態様において、本明細書に提供されるのは、疾患又は障害を治療する際の化合物の効力を評価するのに有用なキットである。いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、免疫調節化合物の効果を決定するのに有用なキットである。ある実施態様において、本明細書に提供されるのは、効果的なDLBCL、MM、MDS、もしくはAMLの可能性を予測するのに、又は1以上の化合物(例えば、薬物)による治療の有効性をモニタリングするのに有用なキットである。該キットは、固体支持体、及び生体試料中の少なくとも1つのバイオマーカーのタンパク質発現を検出するための手段を含む。
別の具体的な実施態様において、医薬キット又はアッセイキットは、容器中に、化合物又はその医薬組成物を含み、かつ1以上の容器中に、タンパク質を単離するための構成要素をさらに含む。別の具体的な実施態様において、医薬キット又はアッセイキットは、容器中に、化合物又はその医薬組成物を含み、かつ1以上の容器中に、フローサイトメトリー又はELISAを実施するための構成要素をさらに含む。
別の態様において、本明細書に提供されるのは、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子又は遺伝子のサブセット(例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、又はそれより多くの遺伝子)の遺伝子産物のうちの1つ又は複数の存在量を測定するのに必要な材料を提供するバイオマーカーを測定するためのキットである。そのようなキットは、RNA又はタンパク質を測定するのに必要な材料及び試薬を含むことができる。いくつかの実施態様において、そのようなキットは、マイクロアレイを含み、ここで、該マイクロアレイは、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子もしくは遺伝子のサブセットのうちの1つもしくは複数の産物のうちの1つもしくは複数にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド及び/もしくはDNA及び/もしくはRNA断片、又はこれらの任意の組合せから構成される。いくつかの実施態様において、そのようなキットは、該遺伝子もしくは遺伝子のサブセットのRNA産物もしくはRNA産物のcDNAコピーのどちらか又はその両方のPCRのためのプライマーを含むことができる。いくつかの実施態様において、そのようなキットは、PCR用のプライマー及び定量的PCR用のプローブを含むことができる。いくつかの実施態様において、そのようなキットは、複数のプライマー及び複数のプローブを含むことができ、ここで、該プローブのうちの一部は、1つの遺伝子産物又は複数の遺伝子産物の複数の産物のマルチプレックス化を可能にするために異なるフルオロフォアを有する。いくつかの実施態様において、そのようなキットは、RNAからcDNAを生成させるための材料及び試薬をさらに含むことができる。いくつかの実施態様において、そのようなキットは、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子又は遺伝子のサブセットのタンパク質産物に特異的な抗体を含むことができる。そのようなキットは、生体試料からRNA及び/又はタンパク質を単離するための材料及び試薬をさらに含むことができる。さらに、そのようなキットは、生体試料から単離されたRNAからcDNAを合成するための材料及び試薬を含むことができる。いくつかの実施態様において、そのようなキットは、患者が化合物に臨床的に感受性があるかどうかを予測するためのコンピュータ可読媒体に埋め込まれたコンピュータプログラム製品を含むことができる。いくつかの実施態様において、該キットは、コンピュータ可読媒体に埋め込まれたコンピュータプログラム製品を説明書とともに含むことができる。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子又は遺伝子のサブセットの1以上の核酸配列の発現を測定するためのキット。具体的な実施態様において、そのようなキットは、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子又は遺伝子のサブセットと関連する1以上の核酸配列の発現を測定する。この実施態様に従って、該キットは、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子又は遺伝子のサブセットの特定の核酸配列産物の発現を測定するために必要である材料及び試薬を含むことができる。例えば、マイクロアレイ又はRT-PCRキットは、特定の条件のために製造され、患者の血液癌が化合物に臨床的に感受性があるかどうかを予測するために、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子又は遺伝子のサブセットの特定のRNA転写物産物のレベルを測定するのに必要な試薬及び材料のみを含むことができる。或いは、いくつかの実施態様において、該キットは、本明細書に提供されるバイオマーカーの任意の特定の遺伝子の特定の核酸配列の発現を測定するのに必要とされるものに限定されない材料及び試薬を含むことができる。例えば、ある実施態様において、該キットは、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子以外の少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25、少なくとも30、少なくとも35、少なくとも40、少なくとも45、少なくとも50個、又はそれより多くの遺伝子の発現のレベルを測定するのに必要な試薬及び材料に加えて、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子のうちの1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50個、又はそれより多くの発現のレベルを測定するのに必要な材料及び試薬を含む。他の実施態様において、該キットは、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子のうちの少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25、少なくとも30、少なくとも35、少なくとも40、少なくとも45、少なくとも50個、又はそれより多く、及び本明細書に提供されるバイオマーカーのものではない遺伝子である1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、125、150、175、200、225、250、300、350、400、450個、もしくはそれより多くの遺伝子、又は本明細書に提供されるバイオマーカーのものではない遺伝子である1〜10、1〜100、1〜150、1〜200、1〜300、1〜400、1〜500、1〜1000、25〜100、25〜200、25〜300、25〜400、25〜500、25〜1000、100〜150、100〜200、100〜300、100〜400、100〜500、100〜1000、もしくは500〜1000個の遺伝子の発現のレベルを測定するのに必要な試薬及び材料を含む。
核酸マイクロアレイキットについて、該キットは、通常、固体支持体表面に付着したプローブを含む。1つのそのような実施態様において、プローブは、オリゴヌクレオチド、又はそれより長い、150ヌクレオチド長〜800ヌクレオチド長の範囲のプローブを含むプローブであることができる。プローブは、検出可能な標識で標識されていてもよい。具体的な実施態様において、プローブは、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子産物のうちの1つ又は複数に特異的である。マイクロアレイキットは、アッセイを実施するための説明書、及びアッセイの実施の結果として得られるデータを解釈及び解析するための方法を含むことができる。具体的な実施態様において、該キットは、患者の血液癌が化合物に臨床的に感受性があるかどうかを予測するための説明書を含む。該キットは、ハイブリダイゼーション試薬及び/又はプローブが標的核酸配列にハイブリダイズしたときに生じるシグナルを検出するのに必要な試薬を含むこともできる。通常、マイクロアレイキットのための材料及び試薬は、1以上の容器に入っている。該キットの各々の構成要素は、通常、それ自体の好適な容器に入っている。
ある実施態様において、核酸マイクロアレイキットは、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子以外の少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25、少なくとも30、少なくとも35、少なくとも40、少なくとも45、少なくとも50個、又はそれより多くの遺伝子の発現のレベルを測定するのに必要な試薬及び材料に加えて、本明細書に提供されるバイオマーカーの同定された遺伝子、又はその組合せのうちの1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50個、又はそれより多くの発現のレベルを測定するのに必要な材料及び試薬を含む。他の実施態様において、核酸マイクロアレイキットは、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子、又はその任意の組合せのうちの少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25、少なくとも30、少なくとも35、少なくとも40、少なくとも45、少なくとも50個、又はそれより多く、及び本明細書に提供されるバイオマーカーのものではない1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、125、150、175、200、225、250、300、350、400、450個、もしくはそれより多くの遺伝子、又は本明細書に提供されるバイオマーカーのものではない1〜10、1〜100、1〜150、1〜200、1〜300、1〜400、1〜500、1〜1000、25〜100、25〜200、25〜300、25〜400、25〜500、25〜1000、100〜150、100〜200、100〜300、100〜400、100〜500、100〜1000、もしくは500〜1000個の遺伝子の発現のレベルを測定するのに必要な試薬及び材料を含む。
定量的PCRについて、キットは、通常、特定の核酸配列に特異的な予め選択されたプライマーを含む。定量的PCRキットは、核酸を増幅するのに好適な酵素(例えば、ポリメラーゼ、例えば、Taq)、並びに増幅用の反応混合物に必要とされるデオキシヌクレオチド及びバッファーを含むこともできる。定量的PCRキッは、状態と関連するか又は状態を示す核酸配列に特異的なプローブを含むこともできる。該プローブは、フルオロフォアで標識されていても、標識されていなくてもよい。該プローブは、クエンチャー分子で標識されていても、標識されていなくてもよい。いくつかの実施態様において、定量的PCRキットはまた、酵素(例えば、逆転写酵素、例えば、AMV、MMLVなど)を含む、RNAの逆転写に好適な構成要素及び逆転写用のプライマーを、逆転写反応に必要とされるデオキシヌクレオチド及びバッファーとともに含む。定量的PCRキットの各々の構成要素は、通常、それ自体の好適な容器に入っている。したがって、これらのキットは、通常、各々の個々の試薬、酵素、プライマー、及びプローブに好適な別々の容器を含む。さらに、定量的PCRキットは、アッセイを実施するための説明書、及びアッセイの実施の結果として得られるデータを解釈及び解析するための方法を含むことができる。具体的な実施態様において、該キットは、患者の血液癌が化合物に臨床的に感受性があるかどうかを予測するための説明書を含む。
本実施例は、とりわけ、以下のことを示す:(i) Aiolos及びIkarosはDLBCLにおけるレナリドマイド及び化合物Aの重要な基質であり、かつAiolos及びIkarosはABC DLBCLとGCB DLBCLの両方においてレナリドマイド及び化合物A依存的な機構で分解される;(ii) AiolosはDLBCLにおける増殖の駆動因子であり、かつAiolos shRNAはc-mycレベルの減少及び増殖能力の低下をもたらす;(iii) CRBN、Aiolos、及びIkarosはDLBCLにおける応答の予測バイオマーカーとして有用であることが示され、かつCRBN、Aiolos、及びIkarosのダイナミックレンジ又は発現はレナリドマイド及び/又は化合物A臨床試験の患者階層化戦略として有用であり得る;(iv)DLBCLにおけるレナリドマイド及び化合物Aの抵抗性の機構、並びにレナリドマイド及び化合物Aに抵抗性の細胞株は潜在的に抵抗性機構としてAiolos、Ikaros、及びc-mycのレベルを下方調節する;(v) DLBCLにおけるレナリドマイド及び化合物Aの作用機序の識別、並びにABC DLBCL細胞株はレナリドマイド及び化合物Aに感受性があるが、GCB細胞株はレナリドマイドに対して感受性が低い;(vi) IFN及びCSNK1A1はDLBCLにおけるレナリドマイド及び/又は化合物Aの重要な基質であり、かつ化合物AはABC DLBCLとGCB DLBCLの両方においてIFN応答を誘導する;(vii) ZFP91のレベルはレナリドマイド、ポマリドマイド、化合物A、サリドマイド、又は化合物B処理に応答して減少する;(viii) ZFP91のレベルは、CRBN依存的経路を介して、本明細書に提供される化合物を用いる処理に応答して減少する;(ix)レナリドマイドはMDS及びAML細胞におけるカゼインキナーゼ1α(CK1α(CSNK1A1))の分解を促進する;並びに(x) MG-132又は化合物Aによる前処理はHNT-34細胞におけるレナリドマイド誘導性のCK1α及びIkaros分解を阻止する。
四塩化炭素(200mL)中のメチル2-メチル-3-ニトロベンゾエート(14.0g、71.7mmol)とN-ブロモスクシンイミド(15.3g、86.1mmol)の撹拌混合物を、2cm離れた位置にある100Wバルブでフラスコを照らしながら、穏やかに還流させて15時間加熱した。該混合物を濾過し、固体を塩化メチレン(50mL)で洗浄した。濾液を水(2×100mL)、ブライン(100mL)で洗浄し、乾燥させた。溶媒を真空中で除去し、残渣をフラッシュクロマトグラフィー(ヘキサン/酢酸エチル、8/2)で精製すると、19g(96%)の生成物が黄色の固体として得られた: mp 70.0〜71.5℃;
HPLC、Water Nove-Pak/C18、3.9×150mm、4ミクロン、1mL/分、240nm、40/60 CH3CN/0.1%H3PO4(水性) 7.27分(98.92%); C9H8NO4Brの分析計算値: C、39.44; H、2.94; N、5.11; Br、29.15。実測値: C、39.46; H、3.00; N、5.00; Br、29.11。
水酸化カリウム(16.1g、286mmol)の水(500mL)溶液に、3-ニトロフタルイミド(25.0g、130mmol)を少しずつ0℃で添加した。懸濁液を0℃で3時間撹拌し、その後、30℃まで3時間加熱した。該溶液に、HCl(100mL、6N)を添加した。得られた懸濁液を0℃まで1時間冷却した。該懸濁液を濾過し、冷水(2×10mL)で洗浄すると、3-ニトロ-フタルアミド酸が白色の固体(24.6g、90%収率)として得られた:
工程1: 3-(4-ヒドロキシ-1-オキソ-1,3-ジヒドロ-イソインドール-2-イル)-ピペリジン-2,6-ジオン(2.5g、8.56mmol)のTHF(60mL)溶液に、トリフェニルホスフィン(ポリマー担持型、1.6mmol/g、12g、18.8mmol)を添加した。混合物を室温で15分間撹拌した。アゾジカルボン酸ジイソプロピル(3.96mL、18.8mmol)を0℃で添加し、混合物を0℃で30分間撹拌した。(4-モルホリン-4-イルメチル-フェニル)-メタノール(2.62g、12.4mmol)を0℃で添加し、混合物を室温に温めておき、室温で一晩撹拌した。反応混合物を濾過し、濾液を濃縮した。得られた油状物を、塩化メチレン及びメタノール(勾配、生成物は6%メタノールで溶出した)で溶出させるシリカゲルカラムで精製すると、4-カルバモイル-4-[4-(4-モルホリン-4-イルメチル-ベンジルオキシ)-1-オキソ-1,3-ジヒドロ-イソインドール-2-イル]-酪酸メチルエステル(2.2g、54%収率)が得られた。生成物を、それ以上精製することなく、次の工程で使用した。
10%胎仔ウシ血清及び1%ペニシリン/ストレプトマイシンを含むRPMI-1640中で培養されたびまん性大細胞型B細胞リンパ腫(OCI-LY10、OCI-LY3、SUDHL-10、WSU-DLCL2、SUDHL-6、KARPAS-422、TMD8、HT、RIVA、KARPAS-1106P、OCI-LY19、及びSUDHL-4)。
免疫ブロットを: Aiolos、Ikaros、セレブロン、IRF4、c-myc、CD44、EZH2、EBF1、PU.1、及びβ-アクチンを認識する抗体でプロービングした。シグナルをLI-CORイメージャーで検出した。
2×10e4個の細胞を、DMSO又は増加濃度のレナリドマイド、化合物A、もしくは化合物Cのいずれかを含む培地中に、ウェル毎にプレーティングした。その後、細胞を37℃で3日間培養した。トリチウム化チミジンを、最後の6時間、細胞培養物に適用し、その後、細胞をフィルタープレート上に回収した。プレートを乾燥させた後、シンチレーション液を該プレートに添加し、Top-カウントリーダーで読み取った。
DLBCLは、現在、3つの臨床疾患:胚中心B細胞(GBC)リンパ腫、活性化B細胞(ABC)リンパ腫、及び原発性縦隔B細胞リンパ腫にサブグループ化されている。歴史的に、ABC表現型を有すると診断された患者は、全体的な予後がより悪く、レナリドマイドは、GCB表現型と比較して、ABC表現型においてより大きい効力を有する。これは、レナリドマイドで処置された再発性/不応性ABC患者におけるより大きな全生存によって示される。
レナリドマイド及び化合物Aを、様々なびまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)細胞株に対するその活性及び効果について試験した。以下のDLBCL細胞株: OCI-Ly10(ABC)、OCI-Ly-3(ABC)、RIVA(ABC)、OCI-Ly-19(GCB),WSU-DLCL2(GCB)、Karpas-1106P(GCB)、HT(GCB)、SUDHL-10(GCB)、SUDHL-4(GCB)、SUDHL-6(GCB)、Karpas 422(GCB)、及びTMD8(ABC)をレナリドマイド及び化合物Aに対する感受性について評価した。
WSU-DLCL2異種移植SCIDマウスを、当技術分野で公知の方法を用いて用意することができる。簡潔に述べると、雌CB17重症複合免疫不全(SCID)マウス(6〜12週齢)をCharles River Laboratory(Wilmington, MA)から入手し、滅菌条件下、マイクロアイソレーターケージで維持する。100%Matrigel(登録商標)(Becton Dickinson, San Jose, CA)中の合計10×106個のWSU-DLCL2 DLBCL細胞をマウスの右側腹に皮下注射する。マウスを、腫瘍の出現について、週に2又は3回モニタリングする。腫瘍が100〜150mgの平均サイズに達したら、各々の群のマウスを、ビヒクル(例えば、脱イオン化H2O中の0.5%カルボキシメチルセルロース: 0.25%Tween 80)又は一定用量のレナリドマイド(例えば、30mg/kg、1日1回)のどちらかで処置する。
WSU-DLCL2(GCB)及びOCI-LY10(ABC)細胞に、0、10、又は100ng/mlの濃度の陰性対照siRNA(ルシフェラーゼ)又はAiolos特異的siRNAをトランスフェクトした。72時間後、Aiolos、IRF4、c-myc、及びβ-アクチン(対照)を、本質的に第6.8節に記載されている通りに、ウェスタンブロットにより測定した。或いは、3又は5日後、細胞を、3H-チミジン取込みアッセイを用いて、増殖について解析した。
WSU-DLCL2(GCB)又はTMD8(ABC)をレナリドマイド又は化合物A中で培養し、長期間細胞継代した。各々の化合物に対する抵抗性を、3H-チミジン取込み増殖アッセイを用いて評価した。
図5は、レナリドマイド及び化合物Aに対する抵抗性の作用機序を示している。
腫瘍細胞をヒト患者から回収及び調製し、CRBN、Aiolos、又はIkarosを検出するための免疫組織化学検査を、本質的に第6.9節に記載されている通りに実施した。
1〜100μMの様々な濃度のレナリドマイド及び化合物Aを、様々なびまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)細胞株: SUDHL-10(GCB)、HT(GCB)、Karpas 422(GCB)、WSU-DLCL2(GCB)、SUDHL-6(GCB)、Farange(GCB)、OCI-Ly-3(ABC)、TMD8(ABC)、及びOCI-Ly10(ABC)に対するその活性及び効果について試験した。その後、細胞を、3H-チミジン取込みアッセイを用いて、増殖について解析した。
TMD8(ABC)又はKarpas 422(GCB)細胞を、レナリドマイド;化合物A;及び100μMのレナリドマイド、1-(3-クロロ-4-メチルフェニル)-3-((2-(2,6-ジオキソピペリジン-3-イル)-1-オキソイソインドリン-5-イル)メチル)ウレア(化合物C(Cmp C));又は化合物C及び100μMのレナリドマイドのいずれかで処理した。これらをレナリドマイド又は化合物A中で培養し、長期間細胞継代した。その後、細胞を、3H-チミジン取込みアッセイを用いて、増殖について解析した。
GCB細胞株(WSU-DLCL2、WSU-DLCL2-Cmp A-Resistant(化合物A抵抗性)、Karpas 422、及びHT)並びにABC細胞株(TMD8、TMD8-Cmp A-Resistant、OCT-LY10、及びU2932)をレナリドマイド又は化合物Aのどちらかで24又は72時間で処理した。Aiolos又はβ-アクチン(対照)タンパク質レベルを、本質的に第6.8節に記載されている通りに、ウェスタンブロッティングにより解析した。また、これらの細胞由来のタンパク質を標識し、タンデム質量タグプロテオミクスで解析して、レナリドマイド及び化合物Aによって示差的に影響を受けるタンパク質レベルの差を定量的に測定した。
U2932(ABC)細胞を、第6.10節に記載されている通りに、化合物A中で培養し、長期間細胞継代した。Aiolos、IRF7、及びβ-アクチン(対照)のレベルを、本質的に上で第6.8節に記載されている通りに、ウェスタンブロッティングを用いて評価した。
(ABC-DLBCL)細胞株をレナリドマイド又は化合物Aのどちらかで24及び72時間処理した。細胞を回収し、タンパク質を塩基性pH逆勾配法を用いて分画した。分画した試料をタンデム質量タグ法を用いて標識した。図11において、24時間暴露後の24時間DMSO対照処理の相対存在量に対する、反復実験にわたって平均化された、10uMのレナリドマイド及び10uMの化合物Aの相対存在量のLog2比が、互いに対してプロットされている。示された回帰直線は、r2=0.752、傾き1.45、及び切片0.03を有し、この濃度でのレナリドマイドと比較した化合物Aの全体としてより強い効果を示唆している。一般にdel5q MDS亜型と関連付けられる5番染色体のq32領域に位置するタンパク質CSNK1A1(カゼインキナーゼ1、アルファ1又はCK1α)は、化合物Aによるよりも明らかに大きい程度にレナリドマイド暴露によって影響を受ける数少ないタンパク質のうちの1つとして際立っている。
図13A〜Gに示したように、レナリドマイド、ポマリドマイド、又は化合物Aは、IFN経路に影響を及ぼす。図13Aは、レナリドマイド、ポマリドマイド、又は化合物Aが、IFIT1、IFIT3、DDX58、XAF1、IFIH1、及びOAS3タンパク質発現を上方調節することを示している。図13Bは、レナリドマイド、ポマリドマイド、又は化合物Aが、DDX58、IFI27、IFIT1、IFIT3、DDX58、及びXAF1遺伝子発現を上方調節することを示している。図13Cは、レナリドマイド、ポマリドマイド、又は化合物Aが、ISG15及びOAS3遺伝子発現を上方調節することを示している。図13Dは、shAiolosがIFN経路遺伝子を誘導し、IFIT1タンパク質発現を上方調節することを示している。図13Eは、レナリドマイド、ポマリドマイド、又は化合物AがIRF変化を誘導することを示している。図13Fは、レナリドマイド、ポマリドマイド、又は化合物Aが、IFIT1及びIFIT3タンパク質発現を上方調節し、TBK1リン酸化(TBK1-PO4)を上方調節し、IKKEタンパク質レベルを低下させることを示している。図13Gは、レナリドマイド、ポマリドマイド、又は化合物Aが、IFIT1及びIFIT3タンパク質発現を上方調節し、STAT又はリン酸化STATのレベルの変化を誘導することを示している。
細胞株OCI-LY10、TMD8、及びWSU-DLCL2由来のリンパ腫細胞を、DMSO、レナリドマイド、又は化合物Aのいずれかで24及び72時間処理した。細胞を回収し、タンパク質を塩基性pH逆勾配法を用いて分画した。分画した試料をタンデム質量タグ法(TMT)を用いて標識した。相対存在量を計算した。DMSO対照と比較して相対存在量が減少又は増加したタンパク質が、下の表1に記載されている。示したように、ZFP91のレベルは、化合物A処理に応答して、これらのリンパ腫細胞株で低下する。表1に示したような上方調節又は下方調節されるタンパク質を、化合物Aによる治療のための患者を選択するための又は本明細書に提供される方法に従ってリンパ腫を治療する際の化合物Aの効力を予測/モニタリングするためのバイオマーカーとして用いることができる。
表1:化合物A処理に応答してリンパ腫細胞株で上方調節又は下方調節されるタンパク質
OCI-LY10細胞を、DMSO、100μMのサリドマイド、10μMのレナリドマイド、1μMのポマリドマイド、1μMの化合物A、10μMの化合物A、100μMの化合物B、又は100μMの化合物Cで6時間処理した。細胞をRIPAバッファーを用いて回収し、細胞溶解物由来のタンパク質を10%ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミド(SDS-PAGE)ゲル電気泳動(Bio-Rad)により分離し、PVDFメンブレン(Invitrogen)に転写した。免疫ブロットを、Aiolos(9-9-7; Celgene)、CK1a(Abcam)、GSPT1(Sigma)、ZFP91(LSBio)、及びβ-アクチン(Li-Cor)を認識する抗体でプロービングした。シグナルをLi-Cor Odysseyイメージャーで検出した。結果を図14Aに示した。示したように、ZFP91及びAiolosのレベルは、様々な化合物による処理に応答して、リンパ腫細胞で低下する。
多発性骨髄腫細胞(U266、DF15、RPMI8226)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫細胞(OCI-LY10、WSU-DLCL2、WSU-DLCL2化合物A抵抗性)、及び初代B細胞をDMSO、1mMのポマリドマイド、又は1mMの化合物Aで8時間処理した。細胞を回収し、細胞溶解バッファー中で処理して、細胞溶解物を生成させた。細胞溶解物由来のタンパク質をゲル電気泳動(10%SDS-PAGE)により分離し、ニトロセルロースメンブレンに転写した。その後、免疫ブロットを、Aiolos、CRBN、Ikaros、ZFP91(LSBio)、IRF4、IRF7、Myc、及びβ-アクチン(Li-Cor)を認識する抗体でプロービングした。結果を図15に示した。示したように、これらの全ての細胞株において、化合物による処理は、Aiolos、Ikaros、及びZFP91のレベルを低下させた。
図16Aに示したように、ポマリドマイド誘導性ZFP91分解はU266細胞においてCRBN依存的である。U266細胞に、CRBNを標的とするか又は対照としてのルシフェラーゼを標的とする誘導性shRNAコンストラクトを形質導入した。細胞を、10ng/mlのドキシサイクリンの存在下又は非存在下及び1μMのポマリドマイドの存在下又は非存在下で増殖させた。細胞を回収し、細胞溶解バッファー中で処理して、細胞溶解物を生成させた。細胞溶解物由来のタンパク質をゲル電気泳動により分離し、ニトロセルロースメンブレンに転写した。その後、免疫ブロットを、Aiolos、CRBN、Ikaros、ZFP91、IRF4,IFIT1、IFIT3、P-STAT1、及びβ-アクチン(Li-Cor)を認識する抗体でプロービングした。示したように、CRBNをshRNAによりノックダウンしたとき、ポマリドマイド誘導性のAiolos、Ikaros、及びZFP91の低下が阻止された。
OCI-LY10細胞をDMSO又は様々な薬物で6時間処理した。細胞をRIPAバッファーを用いて回収し、細胞溶解物由来のタンパク質を10%ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミド(SDS-PAGE)ゲル電気泳動(Bio-Rad)により分離し、PVDFメンブレン(Invitrogen)に転写した。免疫ブロットを: Aiolos(9-9-7; Celgene)、CK1a(Abcam)、GSPT1(Sigma)、ZFP91(LSBio)、及びβ-アクチン(Li-Cor)を認識する抗体でプロービングした。シグナルをLi-Cor Odysseyイメージャーで検出した。結果を図17A〜Bに示した。図17Aに示したように、100mMのサリドマイド、10mMのレナリドマイド、1mMのポマリドマイド、1μMもしくは10μMの化合物A、又は100nMの化合物Bは、OCI-LY10細胞でZFP91及びAiolosのレベルを低下させた。図17Bに示したように、1μMのレナリドマイド、10μMのレナリドマイド、0.1μMの化合物A、1μMの化合物A、及び10μMの化合物Aは、ZFP91及びAiolosのレベルを低下させた。
この実施例は、二重染色免疫組織化学検査(IHC)を用いて、CRBN、Aiolos、及びIkarosタンパク質を測定することを例示している。二重染色免疫組織化学検査を、Bond Polymer Refine Detection Kit及びBond Polymer Refine Red Detection Kitを用いて、Bond-Max自動スライド染色装置(Leica Microsystems)で実施した。多発性骨髄腫細胞モデル(DF15、ポマリドマイド抵抗性DF15R、及びU266 CRBN shRNA)並びに25症例の市販の多発性骨髄腫患者骨髄クロット又は生検材料をアッセイで用いた。ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織又は細胞ペレットを薄切し、この装置で脱パラフィン処理した。抗原賦活化を、Epitope Retrieval 2(pH 9.0)を用いて、100℃で20分間実施した。スライドを、内在性ペルオキシダーゼ活性について、Peroxide Blockで、室温で5分間ブロッキングする。その後、切片を、第1の抗体−CRBNに対するウサギモノクローナル抗体(Celgeneから入手可能なCGN-6-4-5)、Aiolosに対するウサギモノクローナル抗体(Celgeneから入手可能な9B-9-7)、又はIkarosに対するウサギポリクローナル抗体(Santa Cruz、sc-13039)とともに室温で15分間インキュベートし、その後、HRP標識Polymerとともに室温で8分間インキュベートした。試料を過酸化水素基質及びジアミノベンジジンテトラヒドロクロリド(DAB)色素原とともに室温で10分間処理し、その後、結合洗浄バッファー中、90℃で5分間処理した。その後、切片を抗CD128マウスモノクローナル抗体(Dako、M7228)とともに15分間インキュベートし、その後、AP標識Polymerとともに室温で8分間インキュベートした。試料を過酸化水素基質及びRefine Redとともに室温で10分間処理した。スライドを、ヘマトキシリンで、室温で5分間対比染色した。その後、スライドを光学顕微鏡下で解析し、40倍対物レンズを用いて、最終的なスコアを割り当てた。
一連の骨髄癌細胞株におけるレナリドマイド処理に対する感受性をトリチウム化チミジン及び/又はBrdUアッセイにより評価した。13種のMDS/AML細胞株及び1種のMM細胞株を、レナリドマイド(LEN)に対する感受性について、4日間のBrdU細胞アッセイで評価した。結果を図22Aに示す。示したように、レナリドマイドに対する感受性について評価された一連の骨髄癌細胞株にわたって、HNT-34細胞及びMDS-L細胞は、それぞれ、0.6uM及び1.5uMのEC50でレナリドマイドに対する最も大きい感受性を示し、一方、他の細胞株は、大部分が非感受性であった(EC50>10uM)。図22Bに示したように、HNT-34細胞とMDS-L細胞はどちらも、レナリドマイドに対して感受性であったが、MDS-L細胞のみが化合物Aに対して感受性であり、これらの化合物の選択性を示した。図22Cに示したように、レナリドマイド(LEN)及び化合物Aに対する骨髄癌細胞株の感受性。図22Dに示したように、レナリドマイドは、感受性細胞株(HNT-34、MDS-L)で、カゼインキナーゼ1、アルファ1(CSNK1A1;本明細書では互換的に「CK1a」及び「CK1α」とも呼ばれる)の分解を促進するが、非感受性細胞株(例えば、MOLM-13、THP)ではCSNK1A1を分解しない。レナリドマイドは、非感受性細胞株KG-1及びHL-60でもCSNK1A1の分解を促進した。図23Eは、未処理の骨髄癌細胞及びレナリドマイド(LEN)処理した骨髄癌細胞におけるCK1α、Ikaros、及びCRBNタンパク質レベルのウェスタンブロット解析を示している。
HNT-34細胞を、3μMもしくは10μMのMG-132を用いて又はこれらを用いないで、30分間前処理した。その後、細胞を10μMのレナリドマイドで3時間又は6時間処理した。結果を図26に示した。示したように、レナリドマイド(lenalimoide)処理は、3時間又は6時間で、CSNK1A1タンパク質レベルとIkarosタンパク質レベルの両方を減少させ、プロテアソーム阻害剤MG-132によるHNT-34細胞の前処理は、レナリドマイドの存在下で、CSNK1A1タンパク質レベルを安定化し、これにより、プロテアソーム依存的分解が示された。
本件出願は、以下の構成の発明を提供する。
(構成1)
化合物が免疫調節性であるかどうかを決定する方法であって:
(a)第1の細胞を該化合物と接触させること;
ここで、任意に、該細胞は癌細胞であるか、又は任意に、該細胞は免疫細胞である;
(b)工程(a)の該第1の細胞から第1の試料を得ること;
(c)該第1の試料中のバイオマーカーのレベルを決定すること、及び
(d)工程(c)の該バイオマーカーのレベルを参照試料から得られる同じタンパク質のレベルと比較することを含み、ここで、該参照試料と比較したときの該バイオマーカーレベルの変化が、免疫調節化合物としての該化合物の効力を示す、前記方法。
(構成2)
前記参照試料と比較したときの前記第1の試料中のバイオマーカーのレベルの増加が、前記化合物が免疫調節化合物として効果がある可能性が高いことを示す、構成1記載の方法。
(構成3)
前記参照試料と比較したときの前記第1の試料中のバイオマーカーのレベルの減少が、前記化合物が免疫調節化合物として効果がある可能性が高いことを示す、構成1記載の方法。
(構成4)
構成2又は3記載の方法を含む、癌を治療する方法であって、(e)前記化合物が免疫調節化合物として効果がある可能性が高いことが示されたとき、前記対象に該化合物の治療有効量を投与することをさらに含む、前記方法。
(構成5)
前記参照試料と比較したときの前記第1の試料中のバイオマーカーのレベルの増加が、前記化合物が免疫調節化合物として効果がある可能性が低いことを示す、構成1記載の方法。
(構成6)
前記参照試料と比較したときの前記第1の試料中のバイオマーカーのレベルの減少が、前記化合物が免疫調節化合物として効果がある可能性が低いことを示す、構成1記載の方法。
(構成7)
構成5又は6記載の方法を含む、癌を治療する方法であって、(e)前記化合物が免疫調節化合物として効果がある可能性が低いことが示されたとき、前記対象に該化合物以外の療法の治療有効量を投与することをさらに含む、前記方法。
(構成8)
化合物が抗腫瘍剤として有効であるかどうかを決定する方法であって:
(a)第1の細胞を該化合物と接触させること;
ここで、任意に、該細胞は癌細胞であるか、又は任意に、該細胞は免疫細胞である;
(b)工程(a)の該第1の細胞から第1の試料を得ること、
(c)該第1の試料中のバイオマーカーのレベルを決定すること;及び
(d)工程(c)の該バイオマーカーのレベルを参照試料から得られる同じタンパク質のレベルと比較することを含み、ここで、該参照試料と比較したときの該バイオマーカーレベルの変化が、抗腫瘍剤としての該化合物の効力を示す、前記方法。
(構成9)
前記参照試料と比較したときの前記第1の試料中のバイオマーカーのレベルの増加が、前記化合物が抗腫瘍剤として効果がある可能性が高いことを示す、構成8記載の方法。
(構成10)
前記参照試料と比較したときの前記第1の試料中のバイオマーカーのレベルの減少が、前記化合物が抗腫瘍剤として効果がある可能性が高いことを示す、構成8記載の方法。
(構成11)
構成9又は10記載の方法を含む、癌を治療する方法であって、(e)前記化合物が抗腫瘍剤として効果がある可能性が高いことが示されたとき、前記対象に該化合物の治療有効量を投与することをさらに含む、前記方法。
(構成12)
前記参照試料と比較したときの前記第1の試料中のバイオマーカーのレベルの増加が、前記化合物が抗腫瘍剤として効果がある可能性が低いことを示す、構成8記載の方法。
(構成13)
前記参照試料と比較したときの前記第1の試料中のバイオマーカーのレベルの減少が、前記化合物が抗腫瘍剤として効果がある可能性が低いことを示す、構成8記載の方法。
(構成14)
構成12又は13記載の方法を含む、癌を治療する方法であって、(e)前記化合物が抗腫瘍剤として効果がある可能性が低いことが示されたとき、前記対象に該化合物以外の療法の治療有効量を投与することをさらに含む、前記方法。
(構成15)
工程(a)における前記接触させることがインビトロで行われる、構成1〜14のいずれか1記載の方法。
(構成16)
工程(a)における前記接触させることがインビボで行われる、構成1〜14のいずれか1記載の方法。
(構成17)
癌を治療する際の化合物の効力を評価する方法であって:
(a)癌を有する対象に化合物を投与すること;
(b)該対象から第1の試料を得ること;
(c)該第1の試料中のバイオマーカーのレベルを決定すること;及び
(d)工程(c)の該バイオマーカーのレベルを参照試料から得られる同じタンパク質のレベルと比較することを含み、ここで、該参照試料と比較したときの該バイオマーカーレベルの変化が、該癌を治療する際の該化合物の効力を示す、前記方法。
(構成18)
前記参照試料と比較したときの前記第1の試料中のバイオマーカーのレベルの増加が、前記化合物が前記癌を治療する際に効果がある可能性が高いことを示す、構成17記載の方法。
(構成19)
前記参照試料と比較したときの前記第1の試料中のバイオマーカーのレベルの減少が、前記化合物が前記癌を治療する際に効果がある可能性が高いことを示す、構成17記載の方法。
(構成20)
構成18又は19記載の方法を含む、癌を治療する方法であって、(e)前記化合物が癌を治療する際に効果がある可能性が高いことが示されたとき、前記対象に該化合物の治療有効量を投与することをさらに含む、前記方法。
(構成21)
前記参照試料と比較したときの前記第1の試料中のバイオマーカーのレベルの増加が、前記化合物が前記癌を治療する際に効果がある可能性が低いことを示す、構成17記載の方法。
(構成22)
前記参照試料と比較したときの前記第1の試料中のバイオマーカーのレベルの減少が、前記化合物が前記癌を治療する際に効果がある可能性が低いことを示す、構成17記載の方法。
(構成23)
構成21又は22の方法を含む、癌を治療する方法であって、(e)前記化合物が癌を治療する際に効果がある可能性が低いことが示されたとき、前記対象に該化合物以外の療法の治療有効量を投与することをさらに含む、前記方法。
(構成24)
化合物による投薬に対する臨床応答を予測し、化合物による投薬に対する臨床応答をモニタリングし、又は化合物による投薬に対する患者コンプライアンスをモニタリングするために癌対象の群を選択する方法であって:
(a)化合物を対象に投与すること;
(b)該対象から第1の試料を得ること;
(c)該第1の試料中のバイオマーカーのレベルを決定すること;及び
(d)該第1の試料中のバイオマーカーのレベルが参照試料中のレベルと異なる場合、該対象が該化合物に応答する可能性が高いと診断すること
を含む、前記方法。
(構成25)
前記参照試料と比較したときの前記第1の試料中のバイオマーカーのレベルの増加が、前記対象が前記化合物に応答する可能性が高いことを示す、構成24記載の方法。
(構成26)
前記参照試料と比較したときの前記第1の試料中のバイオマーカーのレベルの減少が、前記対象が前記化合物に応答する可能性が高いことを示す、構成24記載の方法。
(構成27)
構成25又は26記載の方法を含む、癌を治療する方法であって、(e)前記対象が前記化合物に応答する可能性が高いことが示されたとき、該対象に該化合物の治療有効量を投与することをさらに含む、前記方法。
(構成28)
前記参照試料と比較したときの前記第1の試料中のバイオマーカーのレベルの増加が、前記対象が前記化合物に応答する可能性が低いことを示す、構成24記載の方法。
(構成29)
前記参照試料と比較したときの前記第1の試料中のバイオマーカーのレベルの減少が、前記対象が前記化合物に応答する可能性が低いことを示す、構成24記載の方法。
(構成30)
構成28又は29記載の方法を含む、癌を治療する方法であって、(e)前記対象が前記化合物に応答する可能性が低いことが示されたとき、該対象に該化合物以外の療法の治療有効量を投与することをさらに含む、前記方法。
(構成31)
前記第1の試料が、腫瘍生検材料、節生検材料、又は骨髄、脾臓、肝臓、脳、もしくは乳房由来の生検材料から得られる、構成1〜30のいずれか1記載の方法。
(構成32)
前記参照試料が、前記化合物と接触していない第2の試料を用いることにより調製される、構成1〜31のいずれか1記載の方法。
(構成33)
前記参照試料が、前記対象への前記化合物の投与の前に該対象から得られる第2の試料を用いることにより調製される、構成9〜32のいずれか1記載の方法。
(構成34)
前記参照が、前記癌を有していない健常対象から得られる第2の試料を用いることにより調製される、構成1〜32のいずれか1記載の方法。
(構成35)
前記第2の試料が、前記第1の試料と同じ源に由来するものである、構成1〜34のいずれか1記載の方法。
(構成36)
治療化合物に応答する可能性が高い癌を有する対象を特定する方法であって:
(a)該治療化合物を該癌を有する対象に投与すること;
(b)該対象由来の試料を得ること;
(c)該対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを決定すること;及び
(d)該対象の試料中のバイオマーカーのレベルが参照試料中の該バイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、該対象が該治療化合物に応答する可能性が高いと診断すること
を含む、前記方法。
(構成37)
前記対象の試料中のバイオマーカーのレベルが参照試料中の該バイオマーカーのレベルよりも高い場合、該対象が前記治療化合物に応答する可能性が高いと診断される、構成36記載の方法。
(構成38)
前記対象の試料中のバイオマーカーのレベルが参照試料中の該バイオマーカーのレベルよりも低い場合、該対象が前記治療化合物に応答する可能性が高いと診断される、構成36記載の方法。
(構成39)
構成37又は38記載の方法を含む、癌を治療する方法であって、(e)前記対象が前記治療化合物に応答する可能性が高いと診断されたとき、該対象に該化合物の治療有効量を投与することをさらに含む、前記方法。
(構成40)
前記対象の試料中のバイオマーカーのレベルが参照試料中の該バイオマーカーのレベルよりも高い場合、該対象が前記治療化合物に応答する可能性が低いと診断される、構成36記載の方法。
(構成41)
前記対象の試料中のバイオマーカーのレベルが参照試料中の該バイオマーカーのレベルよりも低い場合、該対象が前記治療化合物に応答する可能性が低いと診断される、構成36記載の方法。
(構成42)
構成40又は41記載の方法を含む、癌を治療する方法であって、(e)前記対象が前記治療化合物に応答する可能性が低いと診断されたとき、該対象に該化合物以外の療法の治療有効量を投与することをさらに含む、前記方法。
(構成43)
癌を有するか又は癌を有することが疑われる対象の治療化合物に対する応答性を予測する方法であって:
(a)該治療化合物を該対象に投与すること;
(b)該対象由来の試料を得ること;
(c)該対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを決定すること;及び
(d)該試料中のバイオマーカーのレベルが参照試料から得られる該バイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、該対象が該治療化合物に応答する可能性が高いと予測又は診断すること
を含む、前記方法。
(構成44)
前記対象の試料中のバイオマーカーのレベルが参照試料中の該バイオマーカーのレベルよりも高い場合、該対象が前記治療化合物に応答する可能性が高いと診断される、構成43記載の方法。
(構成45)
前記対象の試料中のバイオマーカーのレベルが参照試料中の該バイオマーカーのレベルよりも低い場合、該対象が前記治療化合物に応答する可能性が高いと診断される、構成43記載の方法。
(構成46)
構成44又は45記載の方法を含む、癌を治療する方法であって、(e)前記対象が前記治療化合物に応答する可能性が高いと診断されたとき、該対象に該化合物の治療有効量を投与することをさらに含む、前記方法。
(構成47)
前記対象の試料中のバイオマーカーのレベルが参照試料中の該バイオマーカーのレベルよりも高い場合、該対象が前記治療化合物に応答する可能性が低いと診断される、構成43記載の方法。
(構成48)
前記対象の試料中のバイオマーカーのレベルが参照試料中の該バイオマーカーのレベルよりも低い場合、該対象が前記治療化合物に応答する可能性が低いと診断される、構成43記載の方法。
(構成49)
構成47又は48記載の方法を含む、癌を治療する方法であって、(e)前記対象が前記治療化合物に応答する可能性が低いと診断されたとき、該対象に該化合物以外の療法の治療有効量を投与することをさらに含む、前記方法。
(構成50)
治療化合物による対象の癌の治療の効力をモニタリングする方法であって:
(a)癌を有する対象に該治療化合物を投与すること;
(b)該対象由来の試料を得ること;
(c)該対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを決定すること;及び
(d)該試料中のバイオマーカーのレベルを参照試料から得られる該バイオマーカーのレベルと比較することを含み、ここで、該参照試料と比較したときの該レベルの変化が、該対象の癌を治療する際の該治療化合物の効力を示す、前記方法。
(構成51)
前記参照試料中のバイオマーカーのレベルと比較したときの前記試料中の該バイオマーカーのレベルの増加が、前記対象の癌を治療する際の前記治療化合物の効力を示す、構成50記載の方法。
(構成52)
前記参照試料中のバイオマーカーのレベルと比較したときの前記試料中の該バイオマーカーのレベルの減少が、前記対象の癌を治療する際の前記治療化合物の効力を示す、構成50記載の方法。
(構成53)
構成51又は52記載の方法を含む、癌を治療する方法であって、(e)前記化合物が前記対象の癌を治療するのに効果があることが示されたとき、該対象に該化合物の治療有効量を投与することをさらに含む、前記方法。
(構成54)
前記参照試料中のバイオマーカーのレベルと比較したときの前記試料中の該バイオマーカーのレベルの増加が、前記対象の癌を治療する際の前記治療化合物の効力の欠如を示す、構成50記載の方法。
(構成55)
前記参照試料中のバイオマーカーのレベルと比較したときの前記試料中の該バイオマーカーのレベルの減少が、前記対象の癌を治療する際の前記治療化合物の効力の欠如を示す、構成50記載の方法。
(構成56)
構成54又は55記載の方法を含む、癌を治療する方法であって、(e)前記化合物に、前記対象の癌を治療する際の効力がないことが示されたとき、該対象に該化合物以外の療法の治療有効量を投与することをさらに含む、前記方法。
(構成57)
前記試料が、腫瘍生検材料、節生検材料、又は骨髄、脾臓、肝臓、脳、もしくは乳房由来の生検材料から得られる、構成36〜56のいずれか1記載の方法。
(構成58)
前記参照試料が、前記化合物と接触していない第2の試料を用いることにより調製される、構成36〜57のいずれか1記載の方法。
(構成59)
前記参照試料が、前記対象への前記化合物の投与の前に該対象から得られる第2の試料を用いることにより調製される、構成36〜58のいずれか1記載の方法。
(構成60)
前記参照が、前記癌を有していない健常対象から得られる第2の試料を用いることにより調製される、構成36〜58のいずれか1記載の方法。
(構成61)
前記第2の試料が、前記第1の試料と同じ源に由来するものである、構成36〜60のいずれか1記載の方法。
(構成62)
工程(c)が:
(i)工程(b)由来の試料中のタンパク質を前記バイオマーカーに免疫特異的に結合する第1の抗体と接触させること;
(ii)該第1の抗体に結合したタンパク質を、検出可能な標識を有する第2の抗体(ここで、該第2の抗体は該バイオマーカーに免疫特異的に結合し、かつ該第2の抗体は該第1の抗体とは異なる該バイオマーカー上のエピトープに免疫特異的に結合する)と接触させること;
(iii)該バイオマーカーに結合した第2の抗体の存在を検出すること;及び
(iv)該第2の抗体中の検出可能な標識の量に基づいて該バイオマーカーの量を決定すること
を含む、構成1〜61のいずれか1記載の方法。
(構成63)
工程(c)が、免疫組織化学を用いて、前記バイオマーカーのレベルを決定することを含む、構成1〜62のいずれか1記載の方法。
(構成64)
工程(c)が:
(i)工程(b)由来の第1の試料中のタンパク質を、バイオマーカーに免疫特異的に結合する第1の抗体であって、第1の検出可能な標識とカップリングされている、前記第1の抗体と接触させること;
(ii)工程(b)由来の第1の試料中のタンパク質を、癌バイオマーカーに免疫特異的に結合する第2の抗体であって、第2の検出可能な標識とカップリングされている、前記第2の抗体と接触させること;
(iii)該タンパク質に結合した該第1の抗体及び該第2の抗体の存在を検出すること;並びに
(iv)該第1の抗体中の検出可能な標識の量に基づいて該バイオマーカーのレベルを決定すること、及び該第2の抗体中の検出可能な標識の量に基づいて該癌バイオマーカーのレベルを決定すること
を含む、構成63記載の方法。
(構成65)
前記癌バイオマーカーがCD138である、構成64記載の方法。
(構成66)
H-スコアを用いて、前記バイオマーカーのレベルを決定する、構成64又は65記載の方法。
(構成67)
前記癌バイオマーカーのレベルが参照レベルよりも高いとき、H-スコアを用いて、該バイオマーカーのレベルを決定する、構成66記載の方法。
(構成68)
工程(c)が:
(i)前記第1の試料中のRNAを、該RNAに特異的に結合する配列を含むプライマーと接触させて、該RNAと相補的な配列を有する第1のDNA分子を生成させること;
(ii)前記バイオマーカーをコードする遺伝子のセグメントに対応するDNAを増幅させること;及び
(iii)該増幅したDNAの量に基づいて該バイオマーカーのRNAレベルを決定すること
を含む、構成1〜62のいずれか1記載の方法。
(構成69)
癌患者における化合物治療に対する患者応答を予測する方法であって:
(a)該患者由来の細胞を含む試料を得ること、
(b)該細胞を前記化合物の存在下又は非存在下で培養すること、
(c)該培養細胞からタンパク質又は核酸(例えば、RNA、例えば、mRNA、もしくはDNA)を精製すること、及び
(d)バイオマーカーの有無を測定すること
を含む、前記方法。
(構成70)
前記バイオマーカーの存在が、前記化合物治療に対する患者応答の可能性を示すか、又はそれを予測する、構成69記載の方法。
(構成71)
前記バイオマーカーの不在が、前記化合物治療に対する患者応答の可能性を示すか、又はそれを予測する、構成69記載の方法。
(構成72)
構成70又は71記載の方法を含む、癌を治療する方法であって、(e)患者が前記化合物治療に対する応答を有すると予測されたとき、前記対象に前記化合物の治療有効量を投与することをさらに含む、前記方法。
(構成73)
前記バイオマーカーの存在が、前記化合物治療に対する患者応答の可能性の減少を示すか、又はそれを予測する、構成69記載の方法。
(構成74)
前記バイオマーカーの不在が、前記化合物治療に対する患者応答の可能性の減少を示すか、又はそれを予測する、構成69記載の方法。
(構成75)
構成73又は74記載の方法を含む、癌を治療する方法であって、(e)患者が前記化合物治療に対する応答を有すると予測されないとき、前記対象に前記化合物以外の療法の治療有効量を投与することをさらに含む、前記方法。
(構成76)
癌患者における化合物治療に対する腫瘍応答をモニタリングする方法であって、
(a)該患者由来の第1の試料を得ること、
(b)該第1の試料中のバイオマーカーの発現を測定すること、
(c)該患者に化合物を投与すること、
(d)その後、該患者由来の第2の試料を得ること、
(e)該第2の試料中のバイオマーカー発現を測定すること、並びに
(f)該第1の試料及び該第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルを比較すること
を含む、前記方法。
(構成77)
化合物投与後の前記第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルの増加が効果的な腫瘍応答の可能性を示す、構成76記載の方法。
(構成78)
化合物投与後の前記第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルの減少が効果的な腫瘍応答の可能性を示す、構成76記載の方法。
(構成79)
構成77又は78記載の方法を含む、腫瘍を治療する方法であって、(g)効果的な腫瘍応答の可能性があるとき、前記対象に前記化合物の治療有効量を投与することをさらに含む、前記方法。
(構成80)
化合物投与後の前記第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルの増加が効果的な腫瘍応答の可能性の減少を示す、構成76記載の方法。
(構成81)
化合物投与後の前記第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルの減少が効果的な腫瘍応答の可能性の減少を示す、構成76記載の方法。
(構成82)
構成80又は81記載の方法を含む、腫瘍を治療する方法であって、(g)効果的な腫瘍応答の可能性がないとき、前記対象に前記化合物以外の療法の治療有効量を投与することをさらに含む、前記方法。
(構成83)
対象を化合物で処置する方法であって、
(a)該患者由来の第1の試料を得ること、
(b)該第1の試料中のバイオマーカーの発現を測定すること、
(c)該患者に化合物を投与すること、
(d)その後、該患者由来の第2の試料を得ること、
(e)該第2の試料中のバイオマーカー発現を測定すること、
(f)該第1の試料及び該第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルを比較すること
を含む、前記方法。
(構成84)
化合物投与後の前記第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルの増加が効果的な腫瘍応答の可能性を示す、構成83記載の方法。
(構成85)
化合物投与後の前記第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルの減少が効果的な腫瘍応答の可能性を示す、構成83記載の方法。
(構成86)
(g)効果的な腫瘍応答の可能性があるとき、前記対象に前記化合物の治療有効量を投与することをさらに含む、構成84又は85記載の方法。
(構成87)
化合物投与後の前記第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルの増加が効果的な腫瘍応答の可能性の減少を示す、構成83記載の方法。
(構成88)
化合物投与後の前記第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルの減少が効果的な腫瘍応答の可能性の減少を示す、構成83記載の方法。
(構成89)
(g)効果的な腫瘍応答の可能性がないとき、前記対象に前記化合物以外の療法の治療有効量を投与することをさらに含む、構成87又は88記載の方法。
(構成90)
癌患者における化合物治療に対するインターフェロン(IFN)療法治療応答をモニタリングする方法であって、
(a)該患者由来の第1の試料を得ること、
(b)該第1の試料中のバイオマーカーの発現を測定すること、
(c)該患者に1以上の化合物を投与すること、
(d)その後、該患者由来の第2の試料を得ること、
(e)該第2の試料中のバイオマーカー発現を測定すること、並びに
(f)該第1の試料及び該第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルを比較すること
を含む、前記方法。
(構成91)
化合物投与後の前記第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルの増加が効果的なIFN療法治療応答の可能性を示す、構成90記載の方法。
(構成92)
化合物投与後の前記第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルの減少が効果的なIFN療法治療応答の可能性を示す、構成90記載の方法。
(構成93)
構成91又は92記載の方法を含む、癌を治療する方法であって、(g)効果的なIFN療法治療応答の可能性があるとき、前記対象に前記化合物の治療有効量を投与することをさらに含む、前記方法。
(構成94)
化合物投与後の前記第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルの増加が効果的なIFN療法治療応答の可能性の減少を示す、構成90記載の方法。
(構成95)
化合物投与後の前記第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルの減少が効果的なIFN療法治療応答の可能性の減少を示す、構成90記載の方法。
(構成96)
構成91又は92記載の方法を含む、癌を治療する方法であって、(g)効果的なIFN療法治療応答の可能性がないとき、前記対象に前記化合物以外の療法の治療有効量を投与することをさらに含む、前記方法。
(構成97)
前記第1の試料が、腫瘍生検材料、節生検材料、又は骨髄、脾臓、肝臓、脳、もしくは乳房由来の生検材料から得られる、構成62〜89のいずれか1記載の方法。
(構成98)
前記第2の試料が、腫瘍生検材料、節生検材料、又は骨髄、脾臓、肝臓、脳、もしくは乳房由来の生検材料から得られる、構成69〜90のいずれか1記載の方法。
(構成99)
前記第2の試料が、前記第1の試料と同じ源に由来するものである、構成62〜91のいずれか1記載の方法。
(構成100)
前記測定する工程が:
(i)前記試料中のタンパク質を前記バイオマーカーに免疫特異的に結合する第1の抗体と接触させること;
(ii)該第1の抗体に結合したタンパク質を、検出可能な標識を有する第2の抗体(ここで、該第2の抗体は該バイオマーカーに免疫特異的に結合し、かつ該第2の抗体は該第1の抗体とは異なる該バイオマーカー上のエピトープに免疫特異的に結合する)と接触させること;
(iii)該バイオマーカーに結合した第2の抗体の存在を検出すること;及び
(iv)該第2の抗体中の検出可能な標識の量に基づいて該バイオマーカーの量を決定すること
を含む、構成69〜99のいずれか1記載の方法。
(構成101)
前記測定する工程が、免疫組織化学を用いて、前記バイオマーカーのレベルを決定することを含む、構成62〜100のいずれか1記載の方法。
(構成102)
前記測定する工程が:
(i)前記試料中のタンパク質を、バイオマーカーに免疫特異的に結合する第1の抗体であって、第1の検出可能な標識とカップリングされている、前記第1の抗体と接触させること;
(ii)前記試料中のタンパク質を、癌バイオマーカーに免疫特異的に結合する第2の抗体であって、第2の検出可能な標識とカップリングされている、前記第2の抗体と接触させること;
(iii)該バイオマーカーに結合した該第1の抗体及び該第2の抗体の存在を検出すること;並びに
(iv)該第1の抗体中の検出可能な標識の量に基づいて該バイオマーカーのレベルを決定すること、及び該第2の抗体中の検出可能な標識の量に基づいて該癌バイオマーカーのレベルを決定すること
を含む、構成101記載の方法。
(構成103)
前記癌バイオマーカーがCD138である、構成102記載の方法。
(構成104)
H-スコアを用いて、前記バイオマーカーのレベルを決定する、構成102又は103記載の方法。
(構成105)
前記癌バイオマーカーのレベルが参照レベルよりも高いとき、H-スコアを用いて、該バイオマーカーのレベルを決定する、構成104記載の方法。
(構成106)
前記測定する工程が:
(i)前記試料中のRNAを、該RNAに特異的に結合する配列を含むプライマーと接触させて、該RNAと相補的な配列を有する第1のDNA分子を生成させること;
(ii)前記バイオマーカーをコードする遺伝子のセグメントに対応するDNAを増幅させること;及び
(iii)該増幅したDNAの量に基づいて該バイオマーカーのRNAレベルを決定すること
を含む、構成62〜91のいずれか1記載の方法。
(構成107)
前記癌がびまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)である、構成1〜106のいずれか1記載の方法。
(構成108)
前記癌が多発性骨髄腫(MM)である、構成1〜106のいずれか1記載の方法。
(構成109)
前記癌が骨髄異形成症候群(MDS)である、構成1〜106のいずれか1記載の方法。
(構成110)
前記MDSが染色体5qの欠失(del(5q))を有するMDSである、構成109記載の方法。
(構成111)
前記癌が急性骨髄性白血病(AML)である、構成1〜106のいずれか1記載の方法。
(構成112)
前記癌がマントル細胞リンパ腫(MCL)である、構成1〜106のいずれか1記載の方法。
(構成113)
前記癌が濾胞性リンパ腫(FL)である、構成1〜106のいずれか1記載の方法。
(構成114)
前記癌が急性骨髄芽球性白血病(AML)である、構成1〜106のいずれか1記載の方法。
(構成115)
前記癌が慢性リンパ球性白血病(CLL)である、構成1〜106のいずれか1記載の方法。
(構成116)
前記癌が非ホジキンリンパ腫(NHL)である、構成1〜106のいずれか1記載の方法。
(構成117)
前記癌が有毛細胞白血病である、構成1〜106のいずれか1記載の方法。
(構成118)
前記癌が慢性骨髄性白血病(CML)である、構成1〜106のいずれか1記載の方法。
(構成119)
前記癌がAIDS関連カポジ肉腫である、構成1〜106のいずれか1記載の方法。
(構成120)
前記癌が悪性黒色腫である、構成1〜106のいずれか1記載の方法。
(構成121)
IFN関連障害を有する患者における化合物治療に対するIFN療法治療応答をモニタリングする方法であって、
(a)該患者由来の第1の試料を得ること、
(b)該第1の試料中のバイオマーカーの発現を測定すること、
(c)該患者に1以上の化合物を投与すること、
(d)その後、該患者由来の第2の試料を得ること、
(e)該第2の試料中のバイオマーカー発現を測定すること、並びに
(f)該第1の試料及び該第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルを比較すること
を含む、前記方法。
(構成122)
化合物投与後の前記第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルの増加が効果的なIFN療法治療応答の可能性を示す、構成121記載の方法。
(構成123)
化合物投与後の前記第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルの減少が効果的なIFN療法治療応答の可能性を示す、構成121記載の方法。
(構成124)
構成122又は123記載の方法を含む、IFN関連障害を治療する方法であって、(g)効果的なIFN療法治療応答の可能性があるとき、前記対象に前記化合物の治療有効量を投与することをさらに含む、前記方法。
(構成125)
化合物投与後の前記第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルの増加が効果的なIFN療法治療応答の可能性の減少を示す、構成121記載の方法。
(構成126)
化合物投与後の前記第2の試料中のバイオマーカー発現のレベルの減少が効果的なIFN療法治療応答の可能性の減少を示す、構成121記載の方法。
(構成127)
構成125又は126記載の方法を含む、IFN関連障害を治療する方法であって、(g)効果的なIFN療法治療応答の可能性がないとき、前記対象に前記化合物以外の療法の治療有効量を投与することをさらに含む、前記方法。
(構成128)
前記第1の試料が、腫瘍生検材料、節生検材料、又は骨髄、脾臓、肝臓、脳、もしくは乳房由来の生検材料から得られる、構成106〜112のいずれか1記載の方法。
(構成129)
前記第2の試料が、腫瘍生検材料、節生検材料、又は骨髄、脾臓、肝臓、脳、もしくは乳房由来の生検材料から得られる、構成106〜113のいずれか1記載の方法。
(構成130)
前記第2の試料が、前記第1の試料と同じ源に由来するものである、構成106〜114のいずれか1記載の方法。
(構成131)
前記測定する工程が:
(i)前記試料中のタンパク質を前記バイオマーカーに免疫特異的に結合する第1の抗体と接触させること;
(ii)該第1の抗体に結合したタンパク質を、検出可能な標識を有する第2の抗体(ここで、該第2の抗体は該バイオマーカーに免疫特異的に結合し、かつ該第2の抗体は該第1の抗体とは異なる該バイオマーカー上のエピトープに免疫特異的に結合する)と接触させること;
(iii)該バイオマーカーに結合した第2の抗体の存在を検出すること;及び
(iv)該第2の抗体中の検出可能な標識の量に基づいて該バイオマーカーの量を決定すること
を含む、構成120〜129のいずれか1記載の方法。
(構成132)
前記測定する工程が、免疫組織化学を用いて、前記バイオマーカーのレベルを決定することを含む、構成120〜130のいずれか1記載の方法。
(構成133)
前記測定する工程が:
(i)前記試料中のRNAを、該RNAに特異的に結合する配列を含むプライマーと接触させて、該RNAと相補的な配列を有する第1のDNA分子を生成させること;
(ii)前記バイオマーカーをコードする遺伝子のセグメントに対応するDNAを増幅させること;及び
(iii)該増幅したDNAの量に基づいて該バイオマーカーのRNAレベルを決定すること.
を含む、構成120〜130のいずれか1記載の方法。
(構成134)
前記IFN関連障害が尖圭コンジローマ(conyloma accuminata)である、構成121〜133のいずれか1記載の方法。
(構成135)
前記IFN関連障害が慢性B型肝炎である、構成121〜133のいずれか1記載の方法。
(構成136)
前記IFN関連障害が慢性C型肝炎である、構成121〜133のいずれか1記載の方法。
(構成137)
前記IFN関連障害が再発寛解型多発性硬化症である、構成121〜133のいずれか1記載の方法。
(構成138)
前記IFN関連障害が慢性肉芽腫性疾患である、構成121〜133のいずれか1記載の方法。
(構成139)
前記バイオマーカーのレベルが、該バイオマーカーのmRNAレベルを決定することにより測定される、構成1〜138のいずれか1記載の方法。
(構成140)
前記バイオマーカーのレベルが、該バイオマーカーのcDNAレベルを決定することにより測定される、構成1〜138のいずれか1記載の方法。
(構成141)
前記バイオマーカーのレベルが、該バイオマーカーのタンパク質レベルを決定することにより測定される、構成1〜138のいずれか1記載の方法。
(構成142)
前記バイオマーカーがセレブロン(CRBN)関連タンパク質(CAP)である、構成1〜141のいずれか1記載の方法。
(構成143)
前記CAPが、ABCE1、ACLY、ACTB、ALDOA、ARID1A、C7ORF42、COPS6、CPSF6、CSNK1A1、CSNK2A1、CTPS、CRBN、DDB1、DDIT4、DDX17、DDX21、DDX58、DDX58、DDX60、DDX60L、DHX9、DNAJC1、DUT、EEF1A1、EEF1AL3、EEF1G、EIF2S1、EIF2S2、EIF3J、EIF4A1、EWSR1、FASN、FBXO21、FERMT3、FUBP1、G3BP1、G3BP2、GBE1、GBP1、GNAS、GNB2L1、GNB3、H2AFJ、H2AFX、H2AFZ、HIST1H1A、HIST1H1B、HIST1H1C、HIST1H1D、HIST1H1E、HIST1H2AA、HNRNPA2B1、HNRNPC、HNRNPH2、HNRNPR、HSPA1A、HSPA1B、HSPA8、HSPA9、IFI16、IFI27、IFI27L2、IFI35、IFI44、IFI44L、IFI6、IFIH1、IFIT1、IFIT2、IFIT3、IFIT5、IFITM2、IFITM3、IFN、IFNA16、IFNA5、IFNG、IFNGR1、IGF2BP2、IKZF1(Ikaros)、IKZF3(Aiolos)、ILF3、IPO5、IRF1、IRF2、IRF3、IRF4、IRF7、IRF8、IRF9、ISG15、ISG20、KCNAB2、MACF1、MCM2、MCM7、MX1、MX2、MYH10、NACA、NAP1L2、NCL、NEDD8、NUP88、OAS1、OAS2、OAS3、OASL、PABPC1、PABPC4、PCM1、PDXK、PPAT、PRKDC、PTPRC、PTRH2、RPL10A、RPL11、RPL12、RPL13A、RPL14、RPL15、RPL18A、RPL19、RPL21、RPL3、RPL30、RPL4、RPL7、RPL7A、RPL9、RPLP1、RPLP2、RPS13、RPS16、RPS19、RPS2、RPS6、SEC23B、SEC24A、SEC24C、SMC4、SND1、STAT、STAT-PO 4 、STAT3、SYNCRIP、TBK1、TBK1-PO 4 、TBL1XR1、TLR1、TLR3、TLR4、TLR7、TLR8、TPD52、TUBA1A、TUBA1B、TUBA1C、UAP1、UBA52、UBAP2L,UBB、UBE2O、UBE2Q1、USP15、VAPA、XAF1、XRCC6、YWHAE、ZFP91、又はこれらの任意の組合せである、構成142記載の方法。
(構成144)
前記CAPがIFN経路タンパク質である、構成142又は143記載の方法。
(構成145)
前記IFN経路タンパク質がIFN調節因子(IRF)である、構成144記載の方法。
(構成146)
前記IRFが、IRF1、IRF3、IRF4、IRF7、及びIRF9、又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される、構成145記載の方法。
(構成147)
前記IFN経路タンパク質が、DDX58、IFI27、IFIH1、IFIT1、IFIT3、IFITM3、IFN、ISG15、OAS3、STAT、STAT-PO 4 、TBK1、TBK1-PO 4 、XAF1、又はこれらの任意の組合せである、構成144〜146のいずれか1記載の方法。
(構成148)
前記IFN経路タンパク質が、DDX58、DDX60、DDX60L、GBP1、IFI16、IFI27、IFI27L2、IFI35、IFI44、IFI44L、IFI6、IFIH1、IFIT1、IFIT2、IFIT3、IFIT5、IFITM2、IFNA16、IFNA5、IFNG、IFNGR1、IRF1、IRF2、IRF4、IRF7、IRF8、ISG15、ISG20、MX1、MX2、OAS1、OAS2、OAS3、OASL、TLR1、TLR3、TLR4、TLR7、TLR8、又はこれらの任意の組合せである、構成144〜147のいずれか1記載の方法。
(構成149)
前記CAPがIKZF1(Ikaros)である、構成142〜148のいずれか1記載の方法。
(構成150)
前記CAPがIKZF3(Aiolos)である、構成142〜149のいずれか1記載の方法。
(構成151)
前記CAPが、Ikaros及びAiolosである、構成142〜150のいずれか1記載の方法。
(構成152)
前記CAPがCRBNである、構成142〜151のいずれか1記載の方法。
(構成153)
前記CAPがCSNK1A1である、構成142〜152のいずれか1記載の方法。
(構成154)
前記CAPが、CSNK1A1及びIFNである、構成153記載の方法。
(構成155)
前記CAPがZFP91である、構成142〜154のいずれか1記載の方法。
(構成156)
前記化合物がセレブロン結合化合物である、構成1〜155のいずれか1記載の方法。
(構成157)
前記化合物が、レナリドマイド、ポマリドマイド、サリドマイド、3-(5-アミノ-2-メチル-4-オキソ-4H-キナゾリン-3-イル)-ピペリジン-2,6-ジオン(化合物A)、又は3-(4-((4-(モルホリノメチル)ベンジル)オキシ)-1-オキソイソインドリン-2-イル)ピペリジン-2,6-ジオン(化合物B)である、構成156記載の方法。
(構成158)
前記化合物がレナリドマイドである、構成157記載の方法。
(構成159)
前記化合物が、レナリドマイドの立体異性体、又はレナリドマイドの医薬として許容し得る塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包摂化合物、もしくは多形である、構成158記載の方法。
(構成160)
前記化合物がポマリドマイドである、構成157記載の方法。
(構成161)
前記化合物が、ポマリドマイドの立体異性体、又はポマリドマイドの医薬として許容し得る塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包摂化合物、もしくは多形である、構成160記載の方法。
(構成162)
前記化合物がサリドマイドである、構成157記載の方法。
(構成163)
前記化合物が、サリドマイドの立体異性体、又はサリドマイドの医薬として許容し得る塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包摂化合物、もしくは多形である、構成162記載の方法。
(構成164)
前記化合物が化合物Aである、構成157記載の方法。
(構成165)
前記化合物が、化合物Aの立体異性体、又は化合物Aの医薬として許容し得る塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包摂化合物、もしくは多形である、構成164記載の方法。
(構成166)
前記化合物が化合物Bである、構成157記載の方法。
(構成167)
前記化合物が、化合物Bの立体異性体、又は化合物Bの医薬として許容し得る塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包摂化合物、もしくは多形である、構成166記載の方法。
Claims (27)
- 化合物が抗腫瘍剤として有効であるかどうかを決定する方法であって:
(a)第1の細胞を該化合物と接触させること;
ここで、任意に、該細胞は癌細胞であるか、又は任意に、該細胞は免疫細胞である;
(b)工程(a)の第1の細胞から第1の試料を得ること、
(c)該第1の試料中のバイオマーカーのレベルを決定すること;及び
(d)工程(c)のバイオマーカーのレベルを参照試料中のバイオマーカーのレベルと比較することを含み、ここで、該第1の試料中のバイオマーカーのレベルを、該参照試料中のバイオマーカーのレベルと比較したときの変化が、抗腫瘍剤としての該化合物の効力を示し、
該バイオマーカーが、カゼインキナーゼ1、アルファ1(CSNK1A1)である、前記方法。 - 前記バイオマーカーのレベルが、該バイオマーカーのRNA又はDNAレベルを決定することにより測定される、請求項1記載の方法。
- 前記バイオマーカーのレベルが、該バイオマーカーのmRNAレベルを決定することにより測定される、請求項2記載の方法。
- 前記バイオマーカーのレベルが、該バイオマーカーのcDNAレベルを決定することにより測定される、請求項2記載の方法。
- 前記バイオマーカーのレベルが、該バイオマーカーのタンパク質レベルを決定することにより測定される、請求項1記載の方法。
- 前記第1の試料が、腫瘍生検材料、節生検材料、又は骨髄、脾臓、肝臓、脳、もしくは乳房由来の生検材料から得られる、請求項1〜5のいずれか一項記載の方法。
- 前記癌がびまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)である、請求項1〜6のいずれか一項記載の方法。
- 前記癌が多発性骨髄腫(MM)である、請求項1〜6のいずれか一項記載の方法。
- 前記癌が骨髄異形成症候群(MDS)である、請求項1〜6のいずれか一項記載の方法。
- 前記MDSが染色体5qの欠失(del(5q))を有するMDSである、請求項9記載の方法。
- 前記癌が急性骨髄性白血病(AML)である、請求項1〜6のいずれか一項記載の方法。
- 前記癌がマントル細胞リンパ腫(MCL)である、請求項1〜6のいずれか一項記載の方法。
- 前記癌が濾胞性リンパ腫(FL)である、請求項1〜6のいずれか一項記載の方法。
- 前記癌が急性骨髄芽球性白血病(AML)である、請求項1〜6のいずれか一項記載の方法。
- 前記癌が慢性リンパ球性白血病(CLL)である、請求項1〜6のいずれか一項記載の方法。
- 前記癌が非ホジキンリンパ腫(NHL)である、請求項1〜6のいずれか一項記載の方法。
- 前記癌が有毛細胞白血病である、請求項1〜6のいずれか一項記載の方法。
- 前記癌が慢性骨髄性白血病(CML)である、請求項1〜6のいずれか一項記載の方法。
- 前記癌がAIDS関連カポジ肉腫である、請求項1〜6のいずれか一項記載の方法。
- 前記癌が悪性黒色腫である、請求項1〜6のいずれか一項記載の方法。
- 前記化合物がセレブロン結合化合物である、請求項1〜20のいずれか一項記載の方法。
- 前記化合物がレナリドマイド、ポマリドマイド、サリドマイド、3-(5-アミノ-2-メチル-4-オキソ-4H-キナゾリン-3-イル)-ピペリジン-2,6-ジオン(化合物A)、又は3-(4-((4-(モルホリノメチル)ベンジル)オキシ)-1-オキソイソインドリン-2-イル)ピペリジン-2,6-ジオン(化合物B)、又はその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包摂化合物、もしくは多形である、請求項21記載の方法。
- 前記化合物がレナリドマイド、又はその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包摂化合物、もしくは多形である、請求項22記載の方法。
- 前記化合物がポマリドマイド、又はその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包摂化合物、もしくは多形である、請求項22記載の方法。
- 前記化合物がサリドマイド、又はその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包摂化合物、もしくは多形である、請求項22記載の方法。
- 前記化合物が化合物A、又はその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包摂化合物、もしくは多形である、請求項22記載の方法。
- 前記化合物が化合物B、又はその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包摂化合物、もしくは多形である、請求項22記載の方法。
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