ES2850428T3 - Procedimientos de monitorización y tratamiento del cáncer - Google Patents

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Abstract

Un procedimiento para monitorizar la respuesta de un paciente que tiene un cáncer de riñón al tratamiento con un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje de PD-L1, comprendiendo el procedimiento: (a) determinar, en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior a la administración del tratamiento antineoplásico, el nivel de expresión de ARNm de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1; y (b) comparar el nivel de expresión de ARNm de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 en la muestra biológica con un nivel de referencia, monitorizando de este modo la respuesta del paciente al tratamiento con el tratamiento antineoplásico.

Description

DESCRIPCIÓN
Procedimientos de monitorización y tratamiento del cáncer
Campo de la invención
La presente invención se refiere en general a procedimientos para diagnosticar, monitorizar y tratar el cáncer de riñón.
Antecedentes de la invención
El cáncer sigue siendo una de las amenazas más mortales para la salud humana. Solo en los EE. UU., el cáncer afecta a casi 1,3 millones de nuevos pacientes cada año y es la segunda causa principal de muerte después de las enfermedades cardiovasculares, lo que representa aproximadamente 1 de cada 4 muertes. Los tumores sólidos son responsables de la mayoría de esas muertes. Aunque ha habido avances significativos en el tratamiento médico de determinados cánceres, la tasa de supervivencia global a 5 años para todos los cánceres ha mejorado solo en aproximadamente un 10 % en los últimos 20 años. El cáncer de riñón, en particular, ha aumentado en incidencia desde la década de 1990 y ahora se encuentra entre los 10 cánceres más comunes tanto en hombres como en mujeres.
Los tratamientos combinados que combinan agentes antiangiogénicos con otros agentes antineoplásicos, tales como los fármacos que promueven la inmunidad antitumoral, ofrecen un nuevo enfoque prometedor para el tratamiento del cáncer, tal como el cáncer de riñón.
En consecuencia, existe una necesidad insatisfecha en el campo de los tratamientos y procedimientos de diagnóstico mejorados para cánceres, incluyendo el cáncer de riñón.
Herbst et al. Nature 515(7528):563-567, 2014 analiza diversos factores predictivos de la respuesta a la monoterapia con el anticuerpo anti-PD-LI atezolizmab. Kuznar, “Adding Anti-PD-L1 Antibody to Bevacizumab Induces Responses in CCRm”, 2015 (https://www.onclive.com/conference-coverage/gu-2015/adding-anti-pd-l1-antibody-to-bevacizumabinduces-responses-in-mrcc) se refiere a la politerapia con el anticuerpo anti-PD-L1 atezolizumab y el anticuerpo anti-VEGF bevacizumab para CCRm y divulga que se observó un incremento en la infiltración de células CD8+ después del tratamiento.
Sumario de la invención
La presente invención proporciona composiciones y procedimientos para monitorizar, diagnosticar y tratar el cáncer de riñón (por ejemplo, carcinoma de células renales metastásico (CCRm)).
En un aspecto, la invención presenta un procedimiento para monitorizar la respuesta de un paciente que tiene un cáncer de riñón al tratamiento con un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje de PD-L1, comprendiendo el procedimiento: (a) determinar, en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior a la administración del tratamiento antineoplásico, el nivel de expresión de ARNm de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1; y (b) comparar el nivel de expresión de ARNm de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 en la muestra biológica con un nivel de referencia, monitorizando de este modo la respuesta del paciente al tratamiento con el tratamiento antineoplásico.
En algunos modos de realización, el nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 se correlaciona con la presencia de linfocitos T efectores (Teff) CD8+ en el microambiente tumoral. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de uno o más de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13 se correlaciona con la presencia de quimiocinas Th1 en el microambiente tumoral.
En algunos modos de realización, la presencia de GZMB, KLRK1 o SLAMF7 se correlaciona con la presencia de linfocitos citolíticos naturales (NK) en el microambiente tumoral.
En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de uno o más de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de al menos dos o al menos tres de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de CXCL9, CXCL10, CXCL11 y CXCL13.
En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de uno o más de GZMB, KLRK1 o SLAMF7. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de al menos dos de GZMB, KLRK1 o SLAMF7. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de GZMB, KLRK1 y SLAMF7.
En algunos modos de realización, el nivel de referencia se selecciona del grupo que consiste en (i) el nivel de expresión del uno o más genes en una muestra biológica del paciente obtenida antes de la administración del tratamiento antineoplásico; (ii) el nivel de expresión del uno o más genes en una población de referencia; (iii) un nivel de expresión preasignado para el uno o más genes; (iv) el nivel de expresión del uno o más genes en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal previo, en el que el punto temporal previo es posterior a la administración del tratamiento antineoplásico; o (v) el nivel de expresión del uno o más genes en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior. En algunos modos de realización, el nivel de expresión del uno o más genes se incrementa en la muestra biológica obtenida del paciente con respecto al nivel de referencia.
En algunos modos de realización, el nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 se incrementa al menos aproximadamente 2 veces con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 se incrementa al menos aproximadamente 15 veces con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 se incrementa al menos aproximadamente 50 veces con respecto al nivel de referencia.
En algunos modos de realización, el nivel de expresión de uno o más de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13 se incrementa al menos aproximadamente 3 veces con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de uno o más de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13 se incrementa al menos aproximadamente 80 veces con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de uno o más de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13 se incrementa al menos aproximadamente 250 veces con respecto al nivel de referencia.
En algunos modos de realización, el nivel de expresión de uno o más de GZMB, KLRK1 o SLAMF7 se incrementa al menos aproximadamente 2 veces con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de uno o más de GZMB, KLRK1 o SLAMF7 se incrementa al menos aproximadamente 8 veces con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de uno o más de GZMB, KLRK1 o SLAMF7 se incrementa al menos aproximadamente 13 veces con respecto al nivel de referencia.
En algunos modos de realización, el nivel de expresión incrementado del uno o más genes indica que el paciente está respondiendo al antagonista de VEGF.
En algunos modos de realización de cualquiera de los aspectos precedentes, la muestra biológica del paciente se obtiene de aproximadamente 4 a aproximadamente 6 semanas después de la administración del tratamiento antineoplásico.
En otro aspecto, la invención presenta un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje de PD-L1 para su uso en un procedimiento de tratamiento de un paciente que tiene un cáncer de riñón, comprendiendo el procedimiento: (a) determinar, en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior a la administración del tratamiento antineoplásico, el nivel de expresión de c D8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1; CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13; o GZMB, KLRK1 o SLAMF7; (b) comparar el nivel de expresión del uno o más genes en la muestra biológica con un nivel de referencia; y (c) continuar administrando el tratamiento antineoplásico al paciente si el nivel de expresión de sus uno o más genes se incrementa con respecto al nivel de referencia.
En algunos modos de realización, el nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 se correlaciona con la presencia de linfocitos T efectores (Teff) CD8+ en el microambiente tumoral. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de uno o más de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13 se correlaciona con la presencia de quimiocinas Th 1 en el microambiente tumoral. En algunos modos de realización, la presencia de GZMB, KLRK1 o SMALF7 se correlaciona con la presencia de linfocitos citolíticos naturales (NK) en el microambiente tumoral.
En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de uno o más de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de al menos dos o al menos tres de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de CXCL9, CXCL10, CXCL11 y CXCL13.
En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de uno o más de GZMB, KLRK1 o SLAMF7. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de al menos dos de GZMB, KLRK1 o SLAMF7. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de GZMB, KLRK1 y SLAMF7.
En algunos modos de realización, el nivel de referencia se selecciona del grupo que consiste en (i) el nivel de expresión del uno o más genes en una muestra biológica del paciente obtenida antes de la administración del tratamiento antineoplásico; (ii) el nivel de expresión del uno o más genes en una población de referencia; (iii) un nivel de expresión preasignado para el uno o más genes; (iv) el nivel de expresión del uno o más genes en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal previo, en el que el punto temporal previo es posterior a la administración del tratamiento antineoplásico; o (v) el nivel de expresión del uno o más genes en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior.
En algunos modos de realización, el nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 se incrementa al menos aproximadamente 2 veces con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 se incrementa al menos aproximadamente 15 veces con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 se incrementa al menos aproximadamente 50 veces con respecto al nivel de referencia.
En algunos modos de realización, el nivel de expresión de uno o más de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13 se incrementa al menos aproximadamente 3 veces con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de uno o más de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13 se incrementa al menos aproximadamente 80 veces con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de uno o más de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13 se incrementa al menos aproximadamente 250 veces con respecto al nivel de referencia.
En algunos modos de realización, el nivel de expresión de uno o más de GZMB, KLRK1 o SLAMF7 se incrementa al menos aproximadamente 2 veces con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de uno o más de GZMB, KLRK1 o SLAMF7 se incrementa al menos aproximadamente 8 veces con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de uno o más de GZMB, KLRK1 o SLAMF7 se incrementa al menos aproximadamente 13 veces con respecto al nivel de referencia.
En algunos modos de realización de cualquiera de los aspectos precedentes, la muestra biológica del paciente se obtiene de aproximadamente 4 a aproximadamente 6 semanas después de la administración del tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, el antagonista de VEGF es un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab. En algunos modos de realización, el antagonista de unión al eje de PD-L1 se selecciona del grupo que consiste en un antagonista de unión a PD-L1, un antagonista de unión a PD-1 o un antagonista de unión a PD-L2.
En algunos modos de realización de cualquiera de los aspectos precedentes, el antagonista de unión al eje de PD-L1 es un antagonista de unión a PD-L1. En algunos modos de realización, el antagonista de unión a PD-L1 inhibe la unión de PD-L1 a uno o más de sus compañeros de unión a ligando. En algunos modos de realización, el antagonista de unión a PD-L1 inhibe la unión de PD-L1 a PD-1. En algunos modos de realización, el antagonista de unión a PD-L1 inhibe la unión de PD-L1 a B7-1. En algunos modos de realización, el antagonista de unión a PD-L1 inhibe la unión de PD-L1 tanto a PD-1 como a B7-1.
En algunos modos de realización, el antagonista de unión a PD-L1 es un anticuerpo. En algunos modos de realización, el anticuerpo se selecciona del grupo que consiste en: MPDL3280A (atezolizumab), YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (durvalumab) y MSB0010718C (avelumab). En algunos modos de realización, el anticuerpo comprende una cadena pesada que comprende la secuencia de HVR-H1 de SEQ ID NO: 19, la secuencia de HVR-H2 de SEQ ID NO: 20 y la secuencia de HVR-H3 de SEQ ID NO: 21; y una cadena ligera que comprende la secuencia de HVR-L1 de SEQ ID NO: 22, la secuencia de HVR-L2 de SEQ ID NO: 23 y la secuencia de HVR-L3 de SEQ ID NO: 24. En algunos modos de realización, el anticuerpo comprende una región variable de la cadena pesada que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 26 y una región variable de la cadena ligera que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 4.
En algunos modos de realización, el antagonista de unión al eje de PD-L1 es un antagonista de unión a PD-1. En algunos modos de realización, el antagonista de unión a PD-1 inhibe la unión de PD-1 a uno o más de sus compañeros de unión a ligando. En algunos modos de realización, el antagonista de unión a PD-1 inhibe la unión de PD-1 a PD-L1. En algunos modos de realización, el antagonista de unión a PD-1 inhibe la unión de PD-1 a PD-L2. En algunos modos de realización, el antagonista de unión a PD-1 inhibe la unión de PD-1 tanto a PD-L1 como a PD-L2.
En algunos modos de realización, el antagonista de unión a PD-1 es un anticuerpo. En algunos modos de realización, el anticuerpo se selecciona del grupo que consiste en: MDX-1106 (nivolumab), MK-3475 (pembrolizumab), CT-011 (pidilizumab), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810 y b Gb -108. En algunos modos de realización, el antagonista de unión a PD-1 es una proteína de fusión Fc. En algunos modos de realización, la proteína de fusión Fc es AMP-224.
En algunos modos de realización de cualquiera de los aspectos precedentes, el procedimiento comprende además administrar un agente terapéutico adicional al paciente. En algunos modos de realización, el agente terapéutico adicional se selecciona del grupo que consiste en un agente inmunoterápico, un agente citotóxico, un agente inhibidor del crecimiento, un agente de radioterapia, un agente antiangiogénico y combinaciones de los mismos.
En algunos modos de realización de cualquiera de los aspectos precedentes, el cáncer de riñón es un carcinoma de células renales. En algunos modos de realización, el carcinoma de células renales es un carcinoma de células renales metastásico.
En algunos modos de realización de cualquiera de los aspectos precedentes, el nivel de expresión es un nivel de expresión de ARNm. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de ARNm se determina usando un procedimiento seleccionado del grupo que consiste en reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (qPCR), qPCR con transcripción inversa (RT-qPCR), secuenciación de ARN, análisis de micromatrices, hibridación in situ y análisis en serie de la expresión génica (SAGE).
En algunos modos de realización de cualquiera de los aspectos precedentes, el nivel de expresión es un nivel de expresión de proteína. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de proteína se determina usando un procedimiento seleccionado del grupo que consiste en inmunohistoquímica (IHQ), inmunofluorescencia, espectrometría de masas, citometría de flujo e inmunoelectrotransferencia.
En algunos modos de realización de cualquiera de los aspectos precedentes, la muestra biológica obtenida del paciente es una muestra tumoral o una muestra celular. En algunos modos de realización, la muestra tumoral es una muestra tumoral fijada con formol e incluida en parafina, fresca, de archivo o congelada. En algunos modos de realización, la muestra celular comprende linfocitos T CD8+ periféricos.
En algunos modos de realización de cualquiera de los aspectos precedentes, el paciente es un paciente humano.
Breve descripción de los dibujos
La FIG. 1 es un gráfico que muestra la carga tumoral en el tiempo entre pacientes con carcinoma de células renales (CCR) que reciben politerapia con atezolizumab y bevacizumab. Los puntos del gráfico muestran la reducción máxima desde el valor de referencia en la suma del diámetro más largo (SDML) para lesiones diana. RP, respuesta parcial; EP, enfermedad progresiva; EE, enfermedad estable.
La FIG. 2 es un gráfico que muestra la duración del tratamiento del estudio para cada paciente con CCR. El tiempo de la primera RP o RC se indica con un círculo; el tiempo de la primera EP se indica con un triángulo; la interrupción del tratamiento se indica con una barra negra; y los pacientes que todavía estaban en tratamiento en el punto temporal del análisis se identifican con una flecha.
La FIG. 3 es un gráfico que muestra niveles de expresión génica de biomarcadores tumorales después del tratamiento con bevacizumab ("Bev"). Los niveles de expresión de muestras tumorales bajo tratamiento se muestran con respecto a los niveles de expresión al inicio del estudio (pretratamiento). Los genes de firma vascular (ANGPT2, CD34, DLL4, EGFL7 y ESM1) se muestran en negro, los genes efectores de linfocitos T CD8 (CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, IFNG y PRF1) se muestran en gris estampado, las quimiocinas Th1 (CXCL10, CXCL11, CXCL13 y CXCL9) se muestran en blanco y los genes de linfocitos citolíticos naturales (NK) (GZMB, KLRK1 y SLAMF7) se muestran en gris sólido.
La FIG. 4 es un gráfico que muestra niveles de expresión génica de biomarcadores tumorales después de la politerapia con atezolizumab y bevacizumab (“Bev+Atezo”). Los niveles de expresión de muestras tumorales bajo tratamiento se muestran con respecto a los niveles de expresión al inicio del estudio (pretratamiento). Los genes de firma vascular (ANGPT2, CD34, DLL4, EGFL7 y ESM1) se muestran en negro, los genes efectores de linfocitos T CD8 (CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, IFNG y PRF1) se muestran en gris estampado, las quimiocinas Th1 (CXCL10, CXCL11, CXCL13 y CXCL9) se muestran en blanco y los genes de linfocitos NK (GZMB, KLRK1 y SLAMF7) se muestran en gris sólido.
La FIG. 5 es una serie de imágenes representativas que muestran la expresión de proteína de marcadores inmunológicos y vasculares en muestras tumorales del paciente 3, según lo evaluado por inmunohistoquímica (IHC). CD31 está teñido de gris oscuro (primera fila), CD8 está teñido de gris oscuro (segunda fila), MHC-I está teñido de gris oscuro (tercera fila) y PD-L1 está teñido de gris oscuro (cuarta fila). Las muestras previas al tratamiento se muestran en la columna de la izquierda, las muestras posteriores al tratamiento con bevacizumab se muestran en la columna central y las muestras posteriores al tratamiento con bevacizumab+atezolizumab se muestran en la columna de la derecha.
La FIG. 6 es una serie de gráficos que muestran la cuantificación de marcadores inmunológicos y vasculares en los puntos temporales indicados, según lo evaluado por IHC. La expresión de CD31 se muestra en el panel superior, la expresión de CD8 se muestra en el panel central y la expresión de MHC-I se muestra en el panel inferior. Los valores de P se determinaron mediante la prueba de la t para datos emparejados. “VPOSVE” es una medida de la densidad vascular.
La FIG. 7 es una serie de imágenes representativas que muestran la expresión de proteínas de marcadores inmunológicos y vasculares a partir de secciones seriadas de muestras tumorales del paciente 3, según lo evaluado por IHC. La primera fila muestra la expresión de CD34, alfa actina de músculo liso (aSMA) y podoplanina. La segunda fila muestra la expresión de CD8 y Ki67. La tercera fila muestra la expresión de CD68 y CD163. Las muestras previas al tratamiento se muestran en la columna de la izquierda, las muestras posteriores al tratamiento con bevacizumab se muestran en la columna central y las muestras posteriores al tratamiento con bevacizumab+atezolizumab se muestran en la columna de la derecha.
La FIG. 8 es una serie de imágenes representativas que muestran la expresión de proteína de CD34 y aSMA en muestras tumorales, según lo evaluado por IHC. Las muestras previas al tratamiento se muestran en la columna de la izquierda, las muestras posteriores al tratamiento con bevacizumab se muestran en la columna central y las muestras posteriores al tratamiento con bevacizumab+atezolizumab se muestran en la columna de la derecha. Las secciones de pacientes individuales 1-6 se disponen en cada fila. También se indica la respuesta de cada paciente.
La FIG. 9 es una serie de imágenes representativas que muestran la expresión de proteína de marcadores inmunológicos y vasculares a partir de secciones seriadas de tumores, según lo evaluado por IHC. La primera fila muestra la expresión de CD34, aSMA y podoplanina. La segunda fila muestra la expresión de CD8 y Ki67. La tercera fila muestra la expresión de CD68 y CD163. Las muestras posteriores al tratamiento con bevacizumab se muestran en la columna de la izquierda y las muestras posteriores al tratamiento con bevacizumab+atezolizumab se muestran en la columna de la derecha.
La FIG. 10 es una serie de imágenes representativas que muestran la expresión de proteína de marcadores inmunológicos y vasculares a partir de secciones seriadas de tumores posteriores al tratamiento con bevacizumab+atezolizumab, según lo evaluado por IHC. La imagen superior muestra la expresión de CD34, aSMA y podoplanina. La imagen central muestra la expresión de CD8 y Ki67. La imagen inferior muestra la expresión de CD68 y CD163.
La FIG. 11 es un gráfico que muestra la regulación por incremento de la expresión del transcrito de VEGF en tumores en respuesta al tratamiento con bevacizumab y con bevacizumab+atezolizumab. La expresión se normaliza a la expresión de genes constitutivos (HK). Cada línea representa un paciente individual.
La FIG. 12 es una serie de imágenes representativas que muestran la expresión de proteínas de CD8 (teñida de gris oscuro) a partir de secciones tumorales, según lo evaluado por IHC. Las muestras previas al tratamiento se muestran en la columna de la izquierda, las muestras posteriores al tratamiento con bevacizumab se muestran en la columna central y las muestras posteriores al tratamiento con bevacizumab+atezolizumab se muestran en la columna de la derecha. Las secciones de pacientes individuales 1-6 se disponen en cada fila. También se indica la respuesta de cada paciente.
La FIG. 13 es una serie de imágenes representativas que muestran la expresión de proteínas de CD8 y Ki67 a partir de secciones tumorales, según lo evaluado por IHC. Las muestras previas al tratamiento se muestran en la columna de la izquierda, las muestras posteriores al tratamiento con bevacizumab se muestran en la columna central y las muestras posteriores al tratamiento con bevacizumab+atezolizumab se muestran en la columna de la derecha. Las secciones de pacientes individuales 1-6 se disponen en cada fila.
Las FIGS. 14A-14C son una serie de gráficos que muestran el número de células que expresan CD8 o tanto Ki67 como CD8 por milímetro cuadrado (mm2) de área tumoral para cada paciente en el punto temporal previo al tratamiento. La FIG. 14A muestra datos de los pacientes 1 y 2. La FIG. 14B muestra datos de los pacientes 3 y 4. La FIG. 14C muestra datos del paciente 5. También se indica la respuesta de cada paciente.
Las FIGS. 15A-15C son una serie de gráficos que muestran el número de células que expresan CD8 o tanto Ki67 como CD8 por mm2 de área tumoral para cada paciente en el punto temporal posterior al tratamiento con bevacizumab. La FIG. 15A muestra datos de los pacientes 1 y 2. La FIG. 15B muestra datos de los pacientes 3 y 5. La FIG. 15C muestra datos del paciente 6. También se indica la respuesta de cada paciente.
Las FIGS. 16A-16C son una serie de gráficos que muestran el número de células que expresan CD8 o tanto Ki67 como CD8 por mm2 de área tumoral para cada paciente en el punto temporal posterior al tratamiento con bevacizumab+atezolizumab. La FIG. 16A muestra datos de los pacientes 1 y 2. La FIG. 16B muestra datos de los pacientes 3 y 4. La FIG. 16C muestra datos de los pacientes 5 y 6. También se indica la respuesta de cada paciente.
Las FIGS. 17A y 17B son una serie de diagramas de citometría de flujo que muestran el porcentaje de células CD8+ en muestras tumorales que expresan CX3CR1. Las muestras previas al tratamiento se muestran en la columna de la izquierda, las muestras posteriores al tratamiento con bevacizumab se muestran en la columna central y las muestras posteriores al tratamiento con bevacizumab+atezolizumab se muestran en la columna de la derecha. Cada fila muestra los resultados de un paciente individual. La FIG. 17A muestra datos de los pacientes 2 y 3. La FIG. 17B muestra datos de los pacientes 5 y 6.
La FIG. 18 es un gráfico que muestra la expresión de CX3CR1 como porcentaje del total de células CD8+ (izquierda) y como porcentaje de linfocitos T específicos de antígeno tumoral (Dex-APC+) (derecha), en base al análisis por citometría de flujo.
La FIG. 19 es una serie de diagramas de citometría de flujo que muestran frecuencias representativas de linfocitos T específicos de antígeno en la sangre. Se muestran datos representativos de dos pacientes positivos para HLA-A2 con extracciones de sangre coincidentes con los puntos temporales de biopsia tumoral.
La FIG. 20 es una serie de gráficos que muestran el cambio en la expresión de quimiocinas (CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 y CXCL10) en tumores en los puntos temporales de tratamiento indicados. La expresión se normalizó a la expresión de genes constitutivos (HK).
Las FIGS. 21A-21C son una serie de gráficos que muestran los resultados de la secuenciación de TCRp de linfocitos infiltrantes (TIL) antes y después del tratamiento en muestras tumorales del paciente 6. Se muestran los clones superiores (hasta 25) de cada grupo. La prevalencia de las poblaciones de clones de TCRp con tendencia se muestra en las líneas más oscuras en las FIGS. 21A (panel inferior), 22B y 22C.
La FIG. 22 es un gráfico que muestra los resultados de secuenciación de TCRp de TIL del paciente 3 antes y después del tratamiento con bevacizumab+atezolizumab.
La FIGS. 23A y 23B son una serie de gráficos que muestran los resultados de secuenciación de TCRp de PBMC previos al tratamiento, leucocitos monomorfonucleares en sangre periférica (PBMC) posteriores al tratamiento con bevacizumab+atezolizumab y TIL posteriores tratamiento con bevacizumab+atezolizumab de los pacientes 2, 3 y 6. La FIG. 23A muestra datos de los pacientes 2 y 3, y la FIG. 23B muestra datos del paciente 6. Se muestran los clones superiores (hasta 25) de cada grupo.
La FIG. 24 es una matriz cromática que muestra el número de clones específicos de antígeno vírico en el grupo de PBMC frente al grupo de TIL en cada punto temporal del tratamiento, para los pacientes 3 y 6.
Descripción detallada de la invención
I. Introducción
La presente invención proporciona procedimientos para diagnosticar, monitorizar y tratar el cáncer de riñón (por ejemplo, carcinoma de células renales (CCR), por ejemplo, CCR metastásico). La invención se basa, al menos en parte, en el descubrimiento de que el tratamiento con un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) da como resultado cambios en los niveles de expresión de biomarcadores (por ejemplo, biomarcadores inmunológicos, por ejemplo, genes asociados con linfocitos T eff CD8+ (por ejemplo, CD8A, CD8B, Eo MES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1), quimiocinas Th1 (por ejemplo, CXCL9, CXLC10, CXCL11 y CXCL13), linfocitos NK (por ejemplo, GZMB, Kl Rk 1 y SLAMF7), presentación de antígenos (por ejemplo, MHC-I) y moléculas de transporte inmunitario (por ejemplo, CCL2, Cc L5, CCR5, CXCL1 y CCR7) y/o infiltración tumoral de células inmunitarias (por ejemplo, linfocitos Teff CD8+ y/o macrófagos CD68+/CD163+)). La invención proporciona procedimientos para monitorizar la respuesta de un paciente que tiene cáncer de riñón al tratamiento con una politerapia antineoplásica que incluye un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) detectando y comparando los niveles de expresión de los biomarcadores de la invención. La divulgación también proporciona procedimientos para tratar a un paciente que tiene cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón) mediante la administración de antagonistas de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y antagonistas de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab).
II. Definiciones
Se debe entender que los aspectos y modos de realización de la invención descrita en el presente documento incluyen "que comprende", "que consiste en" y "que consiste esencialmente en" aspectos y modos de realización. Como se usa en el presente documento, la forma singular "un", "un/a" y "el/la" incluye las referencias en plural a menos que se indique de otro modo.
El término "aproximadamente", como se usa en el presente documento, se refiere al intervalo de error habitual para el valor respectivo fácilmente conocido por el experto en este campo técnico. La referencia a "aproximadamente" un valor o parámetro en el presente documento incluye (y describe) modos de realización que están dirigidos a ese valor o parámetro per se.
Como se usa en el presente documento, los términos "individuo", "paciente" o "sujeto" se usan de manera intercambiable y se refieren a cualquier animal individual, más preferentemente un mamífero (incluyendo dichos animales no humanos como, por ejemplo, perros, gatos, caballos, conejos, animales de zoológico, vacas, cerdos, ovejas y primates no humanos) para los que se desea el tratamiento. En modos de realización particulares, el paciente en el presente documento es un ser humano. El paciente puede ser un "paciente con cáncer", es decir, uno que padece cáncer o que está en riesgo de padecer cáncer, o que padece uno o más síntomas de cáncer.
Los términos "cáncer" y "canceroso" se refieren a o describen la afección fisiológica en los mamíferos que se caracteriza típicamente por un crecimiento celular no regulado. En esta definición se incluyen los cánceres benignos y malignos, así como los tumores latentes o micrometástasis. Los ejemplos de cáncer incluyen, pero no se limitan a, carcinoma, linfoma, blastoma (incluyendo meduloblastoma y retinoblastoma), sarcoma (incluyendo liposarcoma y sarcoma de células sinoviales), tumores neuroendocrinos (incluyendo tumores carcinoides, gastrinoma e insulinoma), mesotelioma, schwannoma (incluyendo neurinoma del acústico), meningioma, adenocarcinoma, melanoma y leucemia o neoplasias malignas linfoides. Ejemplos más particulares de dichos cánceres incluyen cáncer de riñón (por ejemplo, carcinoma de células renales (CCR), por ejemplo, CCR metastásico), cáncer de células escamosas (por ejemplo, cáncer de células escamosas epiteliales), cáncer de pulmón (incluyendo el carcinoma de pulmón microcítico (CPM), carcinoma de pulmón no microcítico (CPNM), adenocarcinoma de pulmón y carcinoma escamoso de pulmón), cáncer de peritoneo, cáncer hepatocelular, cáncer gástrico o cáncer de estómago incluyendo cáncer gastrointestinal, cáncer de páncreas, glioblastoma, cáncer de cuello uterino, cáncer de ovario, cáncer de hígado, hepatoma, cáncer de mama (incluyendo cáncer de mama metastásico), cáncer de vejiga, cáncer de colon, cáncer rectal, cáncer colorrectal, carcinoma endometrial o uterino, carcinoma de glándulas salivales, cáncer de próstata, cáncer de vulva, cáncer de tiroides, carcinoma hepático, carcinoma anal, carcinoma de pene, cáncer de células de Merkel, micosis fungoide, cáncer testicular, cáncer de esófago, tumores de las vías biliares, cáncer de cabeza y cuello, así como linfoma de linfocitos B (incluyendo linfoma no Hodgkin (LNH) folicular/de grado bajo; LNH linfocítico pequeño (LP); LNH folicular/de grado intermedio; LNH difuso de grado intermedio; LNH inmunoblástico de grado alto; LNH linfoblástico de grado alto; LNH de células pequeñas no escindidas de grado alto; LNH voluminoso; linfoma de células de manto; linfoma relacionado con el SIDA; y macroglobulinemia de Waldenstrom); leucemia linfocítica crónica (LLC); leucemia linfocítica aguda (LLA); leucemia de células pilosas; leucemia mieloblástica crónica; y el trastorno linfoproliferativo postrasplante (TLPT), así como proliferación vascular anormal asociada con las facomatosis, edema (tal como el asociado con los tumores cerebrales) y síndrome de Meigs. En algunos modos de realización, el cáncer es cáncer de riñón. En modos de realización particulares, el cáncer de riñón es CCR (por ejemplo, CCRm).
Por "cáncer en fase precoz" o "tumor en fase precoz" se quiere decir un cáncer que no es invasivo ni metastásico o que se clasifica como un cáncer en fase 0, I o II.
Un cáncer “avanzado” es aquel que se ha diseminado fuera del sitio u órgano de origen, ya sea por invasión local o metástasis.
Un cáncer "resistente al tratamiento" es uno que progresa a pesar de que se esté administrando un agente antitumoral, tal como un agente quimioterápico, al paciente con cáncer. Un ejemplo de un cáncer resistente al tratamiento es uno que es resistente al tratamiento con platino.
Un cáncer "recurrente" es uno que ha vuelto a crecer, en el sitio inicial o bien en un sitio distante, después de una respuesta al tratamiento inicial.
Los términos "trastorno proliferativo celular" y "trastorno proliferativo" se refieren a trastornos que se asocian con algún grado de proliferación celular anómala. En un modo de realización, el trastorno proliferativo celular es cáncer.
El término "tumor", como se usa en el presente documento, se refiere a todo crecimiento y proliferación de células neoplásicas, ya sea maligno o benigno, y a todas las células y tejidos precancerosos y cancerosos.
Los términos "cáncer", "canceroso", "trastorno proliferativo celular", "trastorno proliferativo" y "tumor" no son mutuamente excluyentes como se hace referencia en el presente documento.
Un "trastorno" es cualquier afección que se beneficiaría del tratamiento, incluyendo, pero sin limitarse a, trastornos o enfermedades crónicas y agudas, incluyendo aquellas afecciones patológicas que predisponen al mamífero al trastorno en cuestión.
El término "detección" incluye cualquier medio de detección, incluyendo detección directa e indirecta.
El término "muestra", como se usa en el presente documento, se refiere a una composición que se obtiene o deriva de un paciente y/o individuo de interés que contiene una entidad celular y/u otra entidad molecular que se debe caracterizar y/o identificar, por ejemplo, en base a características físicas, bioquímicas, químicas y/o fisiológicas. Por ejemplo, la expresión "muestra de enfermedad" y variaciones de la misma se refiere a cualquier muestra obtenida de un paciente de interés que se esperaría o se sabe que contiene la entidad celular y/o molecular que se va a caracterizar. Las muestras incluyen, pero no se limitan a, muestras tisulares, líneas celulares o células primarias o cultivadas, sobrenadantes celulares, lisados celulares, plaquetas, suero, plasma, humor vítreo, líquido linfático, líquido sinovial, líquido folicular, semen, líquido amniótico, leche, sangre completa, células derivadas de sangre, orina, líquido cefalorraquídeo, saliva, esputo, lágrimas, sudor, moco, lisados tumorales y medio de cultivo tisular, extractos tisulares tales como tejido homogeneizado, tejido tumoral, extractos celulares y combinaciones de los mismos.
Como se usa en el presente documento, las expresiones "célula", "línea celular" y "cultivo celular" se usan de manera intercambiable y dichas designaciones incluyen la descendencia. Por tanto, las palabras "transformantes" y "células transformadas" incluyen la célula objeto primaria y cultivos derivados de la misma sin tener en cuenta el número de transferencias. También se entiende que es posible que no toda la descendencia sea exactamente idéntica en cuanto al contenido de ADN, debido a mutaciones deliberadas o accidentales. Se incluye la descendencia mutante que tiene la misma función o actividad biológica que la cribada en la célula transformada originalmente. Si se pretenden designaciones distintas, esto quedará claro a partir del contexto.
Los términos "biomarcador" y "marcador" se usan de manera intercambiable en el presente documento para referirse a un marcador molecular de ADN, ARN, proteína, carbohidrato, glucolípido o de base celular, cuya expresión o presencia en una muestra de un paciente se puede detectar mediante procedimientos estándar (o procedimientos divulgados en el presente documento). Dichos biomarcadores incluyen, pero no se limitan a, los genes y proteínas establecidos en la tabla 2. En algunos modos de realización, un marcador puede ser una célula (por ejemplo, un linfocito T CD8+ o un macrófago CD68+/CD163+). Se puede determinar que la expresión de dicho biomarcador en una muestra obtenida de un paciente sensible o que responde a un antagonista de VEGF y/o a un antagonista de unión al eje de PD-L1 es mayor o menor que un nivel de referencia (incluyendo, por ejemplo, la mediana del nivel de expresión del biomarcador en una muestra de un grupo/población de pacientes, por ejemplo, pacientes que tienen cáncer, y que se están analizando para determinar su capacidad de respuesta a un antagonista de VEGF y/o a un antagonista de unión al eje de PD-L1; la mediana del nivel de expresión del biomarcador en una muestra de un grupo/población de pacientes, por ejemplo, pacientes que tienen cáncer, y que se identifican como que no responden a un antagonista de VEGF y/o a un antagonista de unión al eje de PD-L1; el nivel en una muestra obtenida previamente del individuo en un punto temporal previo; o el nivel en una muestra de un paciente que recibió tratamiento previo con un antagonista de VEGF y/o un antagonista de unión al eje de PD-L1 en un entorno tumoral primario, y que ahora puede estar experimentando metástasis).
El término "CD8A", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CD8A natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba CD8a no procesado "de longitud completa", así como cualquier forma de CD8A que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CD8A, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CD8A humano ejemplar se establece en la SEQ ID NO: 34. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CD8A humano se muestra en la SEQ ID NO: 35.
El término "CD8B", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CD8B natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba CD8B no procesado "de longitud completa", así como cualquier forma de CD8B que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CD8B, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CD8B humano ejemplar se establece en la SEQ ID NO: 36. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CD8B humano se muestra en la SEQ ID NO: 37.
El término "EOMES", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier EOMES (Eomesodermina) natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba la EOMES no procesada "de longitud completa", así como cualquier forma de EOMES que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de EOMES, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de una EOMES humana ejemplar se establece en la SEQ ID NO: 38. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por EOMES humana se muestra en la SEQ ID NO: 39.
El término "GZMA", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier GZMA (granzima A) natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba la GZMA no procesada "de longitud completa", así como cualquier forma de GZMA que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de GZMA, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de una GZMA humana ejemplar se establece en la SEQ ID NO: 40. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por GZMA humana se muestra en la SEQ ID NO: 41.
El término "GZMB", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier GZMB (granzima B) natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba la GZMB no procesada "de longitud completa", así como cualquier forma de GZMB que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de GZMB, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de una GZMB humana ejemplar se establece en la SEQ ID NO: 42. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por GZMB humana se muestra en la SEQ ID NO: 43.
El término "IFNG", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier IFNG (interferón gamma) natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba el IFNG no procesado "de longitud completa", así como cualquier forma de IFNG que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de IFNG, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un IFNG humano ejemplar se establece en la SEQ ID NO: 44. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por IFNG humano se muestra en la SEQ ID NO: 45.
El término "PRF1", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier PRF1 (perforina 1; también conocida como proteína formadora de poros) natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba la PRF1 no procesada "de longitud completa", así como cualquier forma de PRF1 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de PRF1, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de una PRF1 humana ejemplar se establece en la SEQ ID NO: 46. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por PRF1 humana se muestra en la SEQ ID NO: 47.
El término "CXCL9", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CXCL9 (ligando 9 de quimiocina (motivo C-X-C)) natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba el CXCL9 no procesado "de longitud completa", así como cualquier forma de CXCL9 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CXCL9, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CXCL9 humano ejemplar se establece en la SEQ ID NO: 48. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CXCL9 humano se muestra en la SEQ ID NO: 49.
El término "CXCL10", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CXCL10 (ligando 10 de quimiocina (motivo C-X-C)) natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba el CXCL10 no procesado "de longitud completa", así como cualquier forma de CXCL10 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CXCL10, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CXCL10 humano ejemplar se establece en la SEQ ID NO: 50. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CXCL10 humano se muestra en la SEQ ID NO: 51.
El término "CXCL11", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CXCL11 (ligando 11 de quimiocina (motivo C-X-C)) natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba el CXCL11 no procesado "de longitud completa", así como cualquier forma de CXCL11 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CXCL11, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CXCL11 humano ejemplar se establece en la SEQ ID NO: 52. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CXCL11 humano se muestra en la SEQ ID NO: 53.
El término "CXCL13", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CXCL13 (ligando 11 de quimiocina (motivo C-X-C)) natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba la CXCL13 no procesado "de longitud completa", así como cualquier forma de CXCL13 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CXCL13, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CXCL13 humano ejemplar se establece en la SEQ ID NO: 54. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CXCL13 humano se muestra en la SEQ ID NO: 55.
El término "KLRK1", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier KLRK1 (subfamilia K (Kappa) del receptor similar a la lectina de linfocitos citolíticos, miembro 1) natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba el KLRK1 no procesado "de longitud completa", así como cualquier forma de KLRK1 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de KLRK1, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un KLRK1 humano ejemplar se establece en la SEQ ID NO: 56. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por KLRK1 humano se muestra en la SEQ ID NO: 57.
El término "SLAMF7", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier SLAMF7 (miembro 7 de la familia SLAM) natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba el SLAMF7 no procesado "de longitud completa", así como cualquier forma de SLAMF7 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de SLAMF7, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un SLAMF7 humano ejemplar se establece en la SEQ ID NO: 58. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por SLAMF7 humano se muestra en la SEQ ID NO: 59.
El término "CX3CR1", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CX3CR1 (receptor 1 de quimiocina CXC3, también conocido en la técnica como receptor de fractalcina o receptor 13 acoplado a proteína G (GPR13)) natural de cualquier fuente de vertebrados, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba el CX3CR1 no procesado "de longitud completa", así como cualquier forma de CX3CR1 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CX3CR1, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CX3CR1 humano ejemplar se establece en la SEQ ID NO: 70. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CX3CR1 humano se muestra en la SEQ ID NO: 71.
El término "CCL2", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CCL2 (ligando 2 (motivo C-C) de quimiocina) natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba el c CL2 no procesado "de longitud completa", así como cualquier forma de CCL2 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CCL2, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CCL2 humano ejemplar se establece en la SEQ ID NO: 60. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CCL2 humano se muestra en la SEQ ID NO: 61.
El término "CCL5", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CCL5 (ligando 5 (motivo C-C) de quimiocina) natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba el c CL5 no procesado "de longitud completa", así como cualquier forma de CCL5 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de c CL5, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CCL5 humano ejemplar se establece en la SEQ ID NO: 62. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CCL5 humano se muestra en la SEQ ID NO: 63.
El término "CCR5", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CCR5 (receptor 5 (motivo C-C) de quimiocina) natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba el CCR5 no procesado "de longitud completa", así como cualquier forma de CCR5 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CCR5, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CCR5 humano ejemplar se establece en la SEQ ID NO: 64. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CCR5 humano se muestra en la SEQ ID NO: 65.
El término "CX3CL1", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CX3CL1 (ligando 1 (motivo C-X3-C) de quimiocina; también conocido en la técnica como fractalcina) natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba el CX3CL1 no procesado "de longitud completa", así como cualquier forma de CX3CL1 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CX3CL1, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CX3CL1 humano ejemplar se establece en la SEQ ID NO: 66. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CX3CL1 humano se muestra en la SEQ ID NO: 67.
El término "CCR7", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CCR7 (receptor 7 (motivo C-C) de quimiocina) natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba el CCR7 no procesado "de longitud completa", así como cualquier forma de c CR7 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CCR7, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CCR7 humano ejemplar se establece en la SEQ ID NO: 68. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CCR7 humano se muestra en la SEQ ID NO: 69.
El término "MHC-I", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier MHC-I (complejo principal de histocompatibilidad I) natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El MHC-I humano también se conoce como antígeno leucocitario humano I (HLA-I). El nivel de expresión de MHC-I o HLA-I se puede evaluar determinando el nivel de expresión de cualquier gen o pseudogen de HLA-I (por ejemplo, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-E, HLA-F, HLA-G, HLA-K o HLA-L) o haplotipo del mismo. El nivel de expresión se puede evaluar detectando todo o una parte del gen o pseudogen (por ejemplo, la cadena alfa de MHC-I o la cadena alfa del antígeno de histocompatibilidad HLA-I).
En general, el término "nivel de expresión" se usa de manera intercambiable y se refiere en general a la cantidad de un biomarcador en una muestra biológica. "Expresión" en general se refiere al procedimiento por el que la información (por ejemplo, información codificada por genes y/o epigenética) se convierte en las estructuras presentes y en funcionamiento en la célula. Por lo tanto, como se usa en el presente documento, "expresión" se puede referir a transcripción en un polinucleótido, traducción en un polipéptido, o incluso modificaciones de polinucleótidos y/o polipéptidos (por ejemplo, modificación postraduccional de un polipéptido). Los fragmentos del polinucleótido transcrito, el polipéptido traducido, o las modificaciones de polinucleótidos y/o polipéptidos (por ejemplo, la modificación postraduccional de un polipéptido) también se considerarán expresados si se originan a partir de un transcrito generado por empalme alternativo o un transcrito degradado, o de un procesamiento postraduccional del polipéptido, por ejemplo, por proteólisis. Los "genes expresados" incluyen los que se transcriben en un polinucleótido como ARNm y a continuación se traducen en un polipéptido, y también los que se transcriben en ARN pero no se traducen en un polipéptido (por ejemplo, ARN de transferencia y ribosómicos).
"Expresión incrementada", "nivel de expresión incrementado", "niveles incrementados", "expresión elevada", "niveles de expresión elevados" o "niveles elevados" se refieren a una expresión incrementada o niveles incrementados de un biomarcador en un individuo con respecto a un control, tal como un individuo o individuos que no padecen la enfermedad o trastorno (por ejemplo, cáncer), un control interno (por ejemplo, un biomarcador constitutivo), o el nivel de un biomarcador en una muestra obtenida antes de la administración de un tratamiento (por ejemplo, un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF y/o un antagonista de PD-L1).
"Expresión disminuida", "nivel de expresión disminuido", "niveles disminuidos", "expresión reducida", "niveles de expresión reducidos" o "niveles reducidos" se refieren a una expresión disminuida o niveles disminuidos de un biomarcador en un individuo con respecto a un control, tal como un individuo o individuos que no padecen la enfermedad o trastorno (por ejemplo, cáncer), un control interno (por ejemplo, un biomarcador constitutivo), o el nivel de un biomarcador en una muestra obtenida antes de la administración de un tratamiento (por ejemplo, un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF y/o un antagonista de pD-L1. En algunos modos de realización, la expresión reducida es poca o ninguna expresión.
Una muestra o célula que "expresa" una proteína de interés es una en la que se determina que el ARNm que codifica la proteína, o la proteína, incluyendo fragmentos de la misma, está presente en la muestra o célula.
La "cantidad" o "nivel" de un biomarcador asociado con un incremento en el beneficio clínico para un individuo es un nivel detectable en una muestra biológica. Estos se pueden medir por procedimientos conocidos para un experto en la técnica y también divulgados en el presente documento. La cantidad o nivel de expresión de biomarcador evaluado se puede usar para determinar la respuesta al tratamiento.
La expresión "en base a" o "basado/a en", cuando se usa en el presente documento, quiere decir que la información sobre uno o más biomarcadores se usa para informar de una decisión de tratamiento, información proporcionada en un prospecto del envase, u orientación de comercialización/promoción, etc.
El término "biomarcador constitutivo" se refiere a un biomarcador o grupo de biomarcadores (por ejemplo, polinucleótidos y/o polipéptidos) que típicamente están presentes de forma similar en todos los tipos de células. En algunos modos de realización, el biomarcador constitutivo es un "gen constitutivo". Un "gen constitutivo" se refiere en el presente documento a un gen o grupo de genes que codifican proteínas con actividades que son esenciales para el mantenimiento de la función celular y que típicamente están presentes de forma similar en todos los tipos de células.
"Amplificación", como se usa en el presente documento, en general se refiere al procedimiento de producir múltiples copias de una secuencia deseada. "Múltiples copias" quiere decir al menos dos copias. Una "copia" no quiere decir necesariamente una complementariedad o identidad de secuencia perfecta respecto a la secuencia molde. Por ejemplo, las copias pueden incluir análogos nucleotídicos tales como desoxiinosina, alteraciones de secuencia intencionadas (tales como alteraciones de secuencia introducidas a través de un cebador que comprende una secuencia que es hibridable, pero no complementaria, al molde) y/o errores de secuencia que se producen durante la amplificación.
La expresión "PCR múltiple" se refiere a una única reacción de PCR llevada a cabo en un ácido nucleico obtenido de una única fuente (por ejemplo, un individuo) usando más de un conjunto de cebadores con el propósito de amplificar dos o más secuencias de ADN en una única reacción.
La técnica de "reacción en cadena de la polimerasa" o "PCR", como se usa en el presente documento, en general se refiere a un procedimiento en el que se amplifican pequeñas cantidades de una parte específica de ácido nucleico, ARN y/o ADN, como se describe, por ejemplo, en la patente de EE. UU. n.° 4.683.195. En general, es necesario que la información de secuencia de los extremos de la región de interés o más allá esté disponible, de modo que se puedan diseñar cebadores oligonucleotídicos; estos cebadores serán idénticos o similares en secuencia a hebras opuestas del molde que se va a amplificar. Los nucleótidos 5' terminales de los dos cebadores pueden coincidir con los extremos del material amplificado. La PCR se puede usar para amplificar secuencias de ARN específicas, secuencias de ADN específicas de ADN genómico total y ADNc transcritas a partir de secuencias de ARN, bacteriófagos o plásmidos celulares totales, etc. Véase en general Mullis et al., Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 51:263 (1987) y Erlich, ed., PCR Technology, (Stockton Press, NY, 1989). Como se usa en el presente documento, se considera que la PCR es uno, pero no el único, ejemplo de un procedimiento de reacción de la ácido nucleico polimerasa para amplificar una muestra de prueba de ácido nucleico, que comprende el uso de un ácido nucleico conocido (ADN o ARN) como cebador y utiliza una ácido nucleico polimerasa para amplificar o generar una parte específica de ácido nucleico o para amplificar o generar una parte específica de ácido nucleico que es complementaria a un ácido nucleico particular.
"Reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real cuantitativa" o "qRT-PCR" se refiere a una forma de PCR en la que la cantidad de producto de PCR se mide en cada etapa en una reacción de PCR. Esta técnica se ha descrito en diversas publicaciones, incluyendo, por ejemplo, Cronin et al., Am. J. Pathol. 164(1):35-42 (2004) y Ma et al., Cancer Cell 5:607-616 (2004).
El término "micromatriz" se refiere a una disposición ordenada de elementos de matriz hibridables, preferentemente sondas de polinucleótidos, en un sustrato.
El término "diagnóstico" se usa en el presente documento para referirse a la identificación o clasificación de un estado, enfermedad o afección molecular o patológico (por ejemplo, cáncer). Por ejemplo, "diagnóstico" se puede referir a la identificación de un tipo particular de cáncer. "Diagnóstico" también se puede referir a la clasificación de un subtipo particular de cáncer, por ejemplo, por criterios histopatológicos o por rasgos moleculares (por ejemplo, un subtipo caracterizado por la expresión de un biomarcador o de una combinación de biomarcadores (por ejemplo, genes o proteínas particulares codificadas por dichos genes)).
Una "célula inmunitaria infiltrante de tumor", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier célula inmunitaria presente en un tumor o una muestra del mismo. Las células inmunitarias infiltrantes de tumor incluyen, pero no se limitan a, células inmunitarias intratumorales, células inmunitarias peritumorales u otras células estromales tumorales (por ejemplo, fibroblastos) o cualquier combinación de las mismas. Dichas células inmunitarias infiltrantes de tumor pueden ser, por ejemplo, linfocitos T (tales como linfocitos T CD8+ y/o linfocitos T CD4+), linfocitos B u otras células de linaje de médula ósea, incluyendo granulocitos (por ejemplo, neutrófilos, eosinófilos y basófilos), monocitos, macrófagos (por ejemplo, macrófagos CD68+/CD163+), células dendríticas (por ejemplo, células dendríticas interdigitantes), histiocitos y linfocitos citolíticos naturales (NK).
Una "célula tumoral", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier célula tumoral presente en un tumor o una muestra del mismo. Las células tumorales se pueden distinguir de otras células que pueden estar presentes en una muestra tumoral, por ejemplo, células estromales y células inmunitarias infiltrantes de tumor, usando procedimientos conocidos en la técnica y/o descritos en el presente documento.
Una "muestra de referencia", "célula de referencia", "tejido de referencia", "muestra de control", "célula de control" o "tejido de control", como se usa en el presente documento, se refiere a una muestra, célula, tejido, estándar o nivel que se usa con propósitos de comparación. En un modo de realización, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control se obtiene de una parte sana y/o no enferma del cuerpo (por ejemplo, tejido o células) del mismo paciente o individuo. Por ejemplo, la muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control puede ser células sanas y/o no enfermas o tejido contiguo a las células o tejido enfermo (por ejemplo, células o tejido contiguo a un tumor). En otro modo de realización, una muestra de referencia se obtiene de un tejido y/o célula no tratados del cuerpo del mismo paciente o individuo. Aún en otro modo de realización, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control se obtiene de una parte sana y/o no enferma del cuerpo (por ejemplo, tejidos o células) de un individuo que no es el paciente o individuo. Incluso en otro modo de realización, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control se obtiene de un tejido y/o célula no tratados del cuerpo de un individuo que no es el paciente o individuo. En otro modo de realización, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control se obtiene de un paciente antes de la administración de un tratamiento (por ejemplo, un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF y/o un antagonista de unión al eje de PD-L1).
Por "correlacionar" o "correlación" se quiere decir comparar, de cualquier forma, el rendimiento y/o los resultados de un primer análisis o protocolo con el rendimiento y/o los resultados de un segundo análisis o protocolo. Por ejemplo, se pueden usar los resultados de un primer análisis o protocolo para llevar a cabo un segundo protocolo y/o se pueden usar los resultados de un primer análisis o protocolo para determinar si se debe realizar un segundo análisis o protocolo. Con respecto al modo de realización del protocolo o análisis polipeptídico, se pueden usar los resultados del protocolo o análisis de expresión polipeptídica para determinar si se debe realizar una pauta terapéutica específica. Con respecto al modo de realización del protocolo o análisis polinucleotídico, se pueden usar los resultados del protocolo o análisis de expresión polinucleotídica para determinar si se debe realizar una pauta terapéutica específica.
Como se usa en el presente documento, "tratamiento" (y variaciones gramaticales del mismo tales como "tratar" o "que trata") se refiere a la intervención clínica en un intento de alterar la evolución natural del individuo que se está tratando, y se puede realizar para profilaxis o bien durante la evolución de la enfermedad clínica. Los efectos deseables del tratamiento incluyen, pero no se limitan a, prevención de la aparición o recidiva de la enfermedad, alivio de los síntomas, disminución de cualquier consecuencia patológica directa o indirecta de la enfermedad, prevención de metástasis, disminución de la tasa de progresión de la enfermedad, mejora o atenuación del estado de la enfermedad y remisión o mejora del pronóstico. En algunos modos de realización se usan anticuerpos (por ejemplo, anticuerpos anti-VEGF, anticuerpos anti-PD-L1, anticuerpos anti-PD-1 o combinaciones de los mismos) para retrasar el desarrollo de una enfermedad o para ralentizar la progresión de una enfermedad o trastorno.
Como se usa en el presente documento, "administrar" significa un procedimiento para administrar una dosificación de un compuesto (por ejemplo, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF) y/o un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1)) o una composición (por ejemplo, una composición farmacéutica, por ejemplo, una composición farmacéutica que incluye un antagonista de VEGF y/o un antagonista de unión al eje de PD-L1) a un paciente. Las composiciones utilizadas en los procedimientos descritos en el presente documento se pueden administrar, por ejemplo, por vía intramuscular, intravenosa, intradérmica, percutánea, intraarterial, intraperitoneal, intralesional, intracraneal, intraarticular, intraprostática, intrapleural, intratraqueal, intratecal, intranasal, intravaginal, intrarrectal, tópica, intratumoral, peritoneal, subcutánea, subconjuntival, intravesicular, mucosa, intrapericárdica, intraumbilical, intraocular, intraorbital, intravítrea (por ejemplo, por inyección intravítrea), mediante gotas oftálmicas, por vía oral, tópica, transdérmica, por inhalación, por inyección, por implantación, por infusión, por infusión continua, por perfusión localizada que baña las células diana directamente, por catéter, por lavado, en cremas o en composiciones lipídicas. Las composiciones utilizadas en los procedimientos descritos en el presente documento también se pueden administrar sistémica o localmente. El procedimiento de administración puede variar dependiendo de diversos factores (por ejemplo, el compuesto o composición que se administra y la gravedad de la afección, enfermedad o trastorno que se trata).
Una "cantidad terapéuticamente eficaz" se refiere a una cantidad de un agente terapéutico para tratar o prevenir una enfermedad o trastorno en un mamífero. En el caso de cánceres, la cantidad terapéuticamente eficaz del agente terapéutico puede reducir el número de células cancerosas; reducir el tamaño del tumor primario; inhibir (es decir, ralentizar en cierta medida y preferentemente detener) la infiltración de células cancerosas en órganos periféricos; inhibir (es decir, ralentizar en cierta medida y preferentemente detener) la metástasis tumoral; inhibir, en cierta medida, el crecimiento tumoral; y/o aliviar en cierta medida uno o más de los síntomas asociados con el trastorno. En la medida en que el fármaco puede prevenir el crecimiento de y/o destruir células cancerosas existentes, puede ser citostático y/o citotóxico. Para el tratamiento del cáncer, la eficacia in vivo se puede medir, por ejemplo, evaluando la duración de la supervivencia, tiempo transcurrido hasta la progresión de la enfermedad (TTP), tasas de respuesta (por ejemplo, respuesta completa (RC) y respuesta parcial (RP)), duración de la respuesta y/o calidad de vida.
La expresión "de forma simultánea" se usa en el presente documento para referirse a la administración de dos o más agentes terapéuticos, donde al menos parte de la administración se solapa en el tiempo. En consecuencia, la administración simultánea incluye una pauta posológica cuando la administración de uno o más agentes continúa después de suspender la administración de uno o más de otros agentes. Por ejemplo, en algunos modos de realización, se pueden administrar simultáneamente un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje de PD-L1.
Por "reducir o inhibir" se quiere decir la capacidad de provocar una disminución global de un 20 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 95 % o mayor. Reducir o inhibir se puede referir, por ejemplo, a los síntomas del trastorno que se está tratando, la presencia o tamaño de las metástasis o el tamaño del tumor primario.
Una dosis "fija" o "constante" de un agente terapéutico en el presente documento se refiere a una dosis que se administra a un paciente humano sin tener en cuenta el peso (P) o la superficie corporal (SC) del paciente. La dosis fija o constante no se proporciona por lo tanto como una dosis de mg/kg o una dosis de mg/m2, sino más bien como una cantidad absoluta del agente terapéutico.
Una dosis de "carga" en el presente documento comprende en general una dosis inicial de un agente terapéutico administrado a un paciente, y va seguida de una o más dosis de mantenimiento del mismo. En general, se administra una única dosis de carga, pero en el presente documento se contemplan múltiples dosis de carga. Normalmente, la cantidad de la(s) dosis de carga administrada(s) supera la cantidad de la(s) dosis de mantenimiento administrada(s) y/o la(s) dosis de carga se administra(n) con más frecuencia que la(s) dosis de mantenimiento, para lograr la concentración en equilibrio deseada del agente terapéutico antes de lo que se puede lograr con la(s) dosis de mantenimiento.
Una dosis de "mantenimiento" o dosis "extendida" en el presente documento se refiere a una o más dosis de un agente terapéutico administrado al paciente durante un periodo de tratamiento. Normalmente, las dosis de mantenimiento se administran a intervalos de tratamiento espaciados, tal como aproximadamente cada semana, aproximadamente cada 2 semanas, aproximadamente cada 3 semanas o aproximadamente cada 4 semanas.
La frase "sensible a" en el contexto de la presente invención indica que un paciente que padece, se sospecha que padece o es propenso a padecer cáncer (por ejemplo, un cáncer de riñón, por ejemplo, CCR, por ejemplo, CCR metastásico), muestra una respuesta a un tratamiento, por ejemplo, un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y/o un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab). Un experto en la técnica estará fácilmente en condiciones de determinar si una persona tratada con un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y/o un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) de acuerdo con los procedimientos de la invención muestra una respuesta. Por ejemplo, una respuesta se puede reflejar en una disminución del padecimiento del cáncer, tal como una disminución y/o detención del crecimiento tumoral, reducción del tamaño de un tumor y/o mejora de uno o más síntomas del cáncer. Preferentemente, la respuesta se puede reflejar mediante índices disminuidos o reducidos de la conversión metastásica del cáncer o índices del cáncer, por ejemplo, la prevención de la formación de metástasis o una reducción del número o tamaño de las metástasis.
El término "tratamiento antineoplásico" se refiere a un tratamiento útil en el tratamiento del cáncer. Los ejemplos de agentes terapéuticos antineoplásicos incluyen, pero se limitan a, agentes citotóxicos, agentes quimioterápicos, agentes inhibidores del crecimiento, agentes usados en radioterapia, agentes antiangiogénicos, agentes apoptóticos, agentes antitubulínicos y otros agentes para tratar el cáncer, por ejemplo, anticuerpos anti-CD20, inhibidores del factor de crecimiento derivado de plaquetas (por ejemplo, GLEEVEC™ (mesilato de imatinib)), un inhibidor de la COX-2 (por ejemplo, celecoxib), interferones, citocinas, antagonistas (por ejemplo, anticuerpos neutralizantes) que se unen a una o más de las siguientes dianas: PDGFR-p, receptor(es) BIyS, APRIL, BCMA, TRAIL/Apo2, otros agentes químicos bioactivos y orgánicos, y similares. Las combinaciones de los mismos también se incluyen en la invención.
Un "agente antiangiogénico" o "inhibidor de la angiogénesis" se refiere a una sustancia de bajo peso molecular, un polinucleótido, un polipéptido, una proteína aislada, una proteína recombinante, un anticuerpo, o conjugados o proteínas de fusión de los mismos, que inhibe la angiogénesis, la vasculogénesis o la permeabilidad vascular indeseable, ya sea directa o indirectamente. Se debe entender que el agente antiangiogénico incluye aquellos agentes que se unen y bloquean la actividad angiogénica del factor angiogénico o su receptor. Por ejemplo, un agente antiangiogénico es un anticuerpo u otro antagonista de un agente angiogénico como se define anteriormente, por ejemplo, anticuerpos contra VEGF-A o contra el receptor de VEGF-A (por ejemplo, receptor KDR o receptor Flt-1), inhibidores anti-PDGFR tales como GLEEVEC™ (mesilato de imatinib). Los agentes antiangiogénicos también incluyen inhibidores naturales de la angiogénesis, por ejemplo, angiostatina, endostatina, etc. Véase, por ejemplo, Klagsbrun y D'Amore, Annu. Rev. Physiol., 53:217-39 (1991); Streit y Detmar, Oncogene, 22:3172-3179 (2003) (por ejemplo, la tabla 3 que enumera el tratamiento antiangiogénico en el melanoma maligno); Ferrara y Alitalo, Nature Medicine 5(12):1359-1364 (1999); Tonini et al., Oncogene, 22:6549-6556 (2003) y Sato, Int. J. Clin. Oncol., 8:200-206 (2003).
El término "agente citotóxico", como se usa en el presente documento, se refiere a una sustancia que inhibe o evita la función de las células y/o provoca la destrucción de las células. El término pretende incluir isótopos radiactivos (por ejemplo, At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32 y los isótopos radiactivos de Lu); agentes quimioterápicos (por ejemplo, metotrexato, adriamicina, alcaloides de la vinca (vincristina, vinblastina, etopósido), doxorrubicina, melfalán, mitomicina C, clorambucilo, daunorrubicina u otros agentes intercalantes, enzimas y fragmentos de las mismas tales como enzimas nucleolíticas; antibióticos y toxinas tales como toxinas de moléculas pequeñas o toxinas enzimáticamente activas de origen bacteriano, fúngico, vegetal o animal, incluyendo fragmentos y/o variantes de las mismas, y los diversos agentes antitumorales o antineoplásicos divulgados a continuación. Un agente tumoricida causa la destrucción de células tumorales.
El "agente quimioterápico" incluye compuestos químicos útiles en el tratamiento del cáncer. Los ejemplos de agentes quimioterápicos incluyen erlotinib (TARCEVA®, Genentech/OSI Pharm.), bortezomib (VELCADE®, Millennium Pharm.), disulfiram, galato de epigalocatequina, salinosporamida A, carfilzomib, 17-AAG (geldanamicina), radicicol, lactato deshidrogenasa A (Ld H-A), fulvestrant (FASLODEX®, AstraZeneca), sunitib (Su TENT®, Pfizer/Sugen), letrozol (FEMARA®, Novartis), mesilato de imatinib (GLEEVEC®, Novartis), finasunato (VATALANIB®, Novartis), oxaliplatino (ELOXATIN®, Sanofi), 5-FU (5-fluorouracilo), leucovorina, rapamicina (sirólimus, RAPAMUNE®, Pfizer), lapatinib (TYKERB®, GSK572016, Glaxo Smith Kline), lonafamib (SCH 66336), sorafenib (NEXAVAR® Bayer Labs), gefitinib (IRESSA®, AstraZeneca), AG1478, agentes alquilantes tales como tiotepa y ciclofosfamida CYTOXAN®; alquil sulfonatos tales como busulfano, improsulfano y piposulfano; aziridinas tales como benzodopa, carbocuona, meturedopa y uredopa; etileniminas y metilamelaminas, incluyendo altretamina, trietilenomelamina, trietilenofosforamida, trietilenotiofosforamida y trimetilomelamina; acetogeninas (especialmente bulatacina y bulatacinona); una camptotecina (incluyendo topotecán e irinotecán); briostatina; calistatina; CC-1065 (incluyendo sus análogos sintéticos adozelesina, carzelesina y bizelesina); criptoficinas (en particular criptoficina 1 y criptoficina 8); corticoesteroides (incluyendo prednisona y prednisolona); acetato de ciproterona; 5a-reductasas incluyendo finasterida y dutasterida; vorinostat, romidepsina, panobinostat, ácido valproico, mocetinostat, dolastatina; aldesleucina, talco duocarmicina (incluyendo los análogos sintéticos, KW-2189 y CB1-TM1); eleuterobina; pancratistatina; una sarcodictina; espongistatina; mostazas nitrogenadas tales como clorambucilo, cloromafazina, clorofosfamida, estramustina, ifosfamida, mecloretamina, clorhidrato de óxido de mecloretamina, melfalán, novembicina, fenesterina, prednimustina, trofosfamida, uramustina; nitrosoureas tales como carmustina, clorozotocina, fotemustina, lomustina, nimustina y ranimustina; antibióticos tales como los antibióticos de enediina (por ejemplo, calicheamicina, especialmente calicheamicina y1I y calicheamicina w1I (Angew Chem. Intl. Ed. Engl. 33:183-186, 1994); dinemicina, incluyendo dinemicina A; bisfosfonatos, tales como clodronato; una esperamicina; así como el cromóforo neocarzinostatina y cromóforos de antibióticos enodiinos de cromoproteínas relacionados), aclacinomisinas, actinomicina, autramicina, azaserina, bleomicinas, cactinomicina, carabicina, caminomicina, carzinofilina, cromomicinas, dactinomicina, daunorrubicina, detorrubicina, 6-diazo-5-oxo-L-norleucina, ADRIAMYCIN® (doxorrubicina), morfolinodoxorrubicina, cianomorfolinodoxorrubicina, 2-pirrolinodoxorrubicina y desoxidoxorrubicina, epirrubicina, esorrubicina, idarrubicina, marcelomicina, mitomicinas, tales como mitomicina C, ácido micofenólico, nogalamicina, olivomicinas, peplomicina, porfiromicina, puromicina, quelamicina, rodorrubicina, estreptonigrina, estreptozocina, tubercidina, ubenimex, zinostatina, zorrubicina; antimetabolitos, tales como metotrexato y 5-fluorouracilo (5-FU); análogos de ácido fólico, tales como denopterina, metotrexato, pteropterina, trimetrexato; análogos de purina, tales como fludarabina, 6-mercaptopurina, tiamiprina, tioguanina; análogos de pirimidina, tales como ancitabina, azacitidina, 6-azauridina, carmofur, citarabina, didesoxiuridina, doxifluridina, enocitabina, floxuridina; andrógenos, tales como calusterona, propionato de dromostanolona, epitiostanol, mepitiostano, testolactona; antiadrenales, tales como aminoglutetimida, mitotano, trilostano; reponedor de ácido fólico, tal como ácido frolínico; aceglatona; glucósido de aldofosfamida; ácido aminolevulínico; eniluracilo; amsacrina; bestrabucilo; bisantreno; edatraxato; defofamina; demecolcina; diaziquona; elfomitina; acetato de eliptinio; una epotilona; etoglúcido; nitrato de galio; hidroxiurea; lentinano; lonidamina; maitansinoides, tales como maitansina y ansamitocinas; mitoguazona; mitoxantrona; mopidanmol; nitraerina; pentostatina; phenamet, pirarrubicina; losoxantrona; ácido podofilínico; 2-etilhidracida; procarbacina; complejo de polisacárido PSK® (j Hs Natural Products, Eugene, Oreg.); razoxano; rizoxina; sizofirán; espirogermanio; ácido tenuazónico; triaziquona; 2,2',2"-triclorotrietilamina; tricotecenos (especialmente toxina T-2, verracurina A, roridina A y anguidina); uretano, vindesina; dacarbacina; manomustina; mitobronitol; mitolactol; pipobromán; gacitosina; arabinósido ("Ara-C"); ciclofosfamida; tiotepa; taxoides, por ejemplo, TAXOL (paclitaxel; Bristol-Myers Squibb Oncology, Princeton, N.J.), ABRAXANE® (sin Cremophor), formulaciones de nanopartículas genomanipuladas con albúmina de paclitaxel (American Pharmaceutical Partners, Schaumberg, Ill.) y TAXOTERE® (docetaxel, doxetaxel; Sanofi-Aventis); clorambucilo; GEMZAR® (gemcitabina); 6-tioguanina; mercaptopurina; metotrexato; análogos de platino, tales como cisplatino y carboplatino; vinblastina; etopósido (VP-16); ifosfamida; capecitabina; mitoxantrona; vincristina; NAVELBINE® (vinorelbina); novantrona; tenipósido; edatrexato; daunomicina; aminopterina; capecitabina (XELODA®); ibandronato; CPT-11; inhibidor de topoisomerasa RFS 2000; difluorometilornitina (DMFO); retinoides, tales como ácido retinoico; y sales, ácidos y derivados farmacéuticamente aceptables de cualquiera de los anteriores.
Los agentes quimioterápicos también incluyen agentes antihormonales que actúan para regular o inhibir la acción de las hormonas sobre tumores, tales como antiestrógenos y moduladores selectivos del receptor estrogénico (MSRE), incluyendo, por ejemplo, tamoxifeno (incluyendo NOLVADEX®; citrato de tamoxifeno), raloxifeno, droloxifeno, yodoxifeno, 4-hidroxitamoxifeno, trioxifeno, ceoxifeno, LY117018, onapristona y FARESTON® (citrato de toremifina); inhibidores de aromatasa que inhiben la enzima aromatasa, que regula la producción de estrógenos en las glándulas suprarrenales, tales como, por ejemplo, 4(5)-imidazoles, aminoglutetimida, MEGASE® (acetato de megestrol), a Ro MASIN® (exemestano; Pfizer), formestano, fadrozol, RIVISOR® (vorozol), FEMARA® (letrozol; Novartis) y ARIMIDEX® (anastrozol; AstraZeneca); antiandrógenos, tales como flutamida, nilutamida, bicalutamida, leuprolide y goserelina; buserelina, tripterelina, acetato de medroxiprogesterona, dietilestilbestrol, premarina, fluoximesterona, todo el ácido transretinoico, fenretinida, así como troxacitabina (un análogo de 1,3-dioxolano nucleósido citosina); inhibidores de proteína cinasa; inhibidores de lípido cinasa; oligonucleótidos antisentido, en particular aquellos que inhiben la expresión de genes en vías de señalización implicadas en la proliferación de células anómalas, tales como, por ejemplo, PKC-alfa, Ralf y FI-Ras; ribocimas, tales como inhibidores de la expresión de VEGF (por ejemplo, ANGIOZYME®) e inhibidores de la expresión de FIER2; vacunas, tales como vacunas para el tratamiento génico, por ejemplo, ALLOVECTIN®, LEUVECTIN® y VAXID®; PROLEUKIN®, rIL-2; un inhibidor de topoisomerasa 1, tal como LURTOTECAN®; ABARELIX® rmRH; y sales, ácidos y derivados farmacéuticamente aceptables de cualquiera de los anteriores.
Los agentes quimioterápicos también incluyen anticuerpos tales como alemtuzumab (Campath), bevacizumab (AVASTIN®, Genentech); cetuximab (Er B iTUX®, Imclone); panitumumab (VECTIBIX®, Amgen), rituximab (RITUXAN®, Genentech/Biogen Idec), pertuzumab (OMNITARG®, 2C4, Genentech), trastuzumab (HERCEPTIN®, Genentech), tositumomab (Bexxar, Corixia) y el conjugado anticuerpo-fármaco gemtuzumab ozogamicina (MYLOTARG®, Wyeth). Los anticuerpos monoclonales humanizados adicionales con potencial terapéutico como agentes en combinación con los compuestos de la invención incluyen: apolizumab, aselizumab, atlizumab, bapineuzumab, bivatuzumab mertansina, cantuzumab mertansina, cedelizumab, certolizumab pegol, cidfusituzumab, cidtuzumab, daclizumab, eculizumab, efalizumab, epratuzumab, erlizumab, felvizumab, fontolizumab, gemtuzumab ozogamicina, inotuzumab ozogamicina, ipilimumab, labetuzumab, lintuzumab, matuzumab, mepolizumab, motavizumab, motovizumab, natalizumab, nimotuzumab, nolovizumab, numavizumab, ocrelizumab, omalizumab, palivizumab, pascolizumab, pecfusituzumab, pectuzumab, pexelizumab, ralivizumab, ranibizumab, reslivizumab, reslizumab, resyvizumab, rovelizumab, ruplizumab, sibrotuzumab, siplizumab, sontuzumab, tacatuzumab tetraxetano, tadocizumab, talizumab, tefibazumab, tocilizumab, toralizumab, tucotuzumab celmoleucina, tucusituzumab, umavizumab, urtoxazumab, ustekinumab, visilizumab, y el anti-interleucina 12 (ABT-874/J695, Wyeth Research and Abbott Laboratories), que es un anticuerpo IgG1 A de longitud completa de secuencia exclusivamente humana recombinante genéticamente modificado para reconocer la proteína p40 de interleucina 12.
Los agentes quimioterápicos también incluyen "inhibidores de EGFR", que se refiere a compuestos que se unen a o interactúan directamente de otro modo con EGFR y evitan o reducen su actividad de señalización, y de forma alternativa se denominan "antagonistas de EGFR". Los ejemplos de dichos agentes incluyen anticuerpos y moléculas pequeñas que se unen a EGFR. Los ejemplos de anticuerpos que se unen a EGFR incluyen MAb 579 (ATCC CRL HB8506), MAb 455 (ATCC CRL HB8507), MAb 225 (ATCC CRL 8508), MAb 528 (ATCC CRL 8509) (véase la patente de EE. UU. n.° 4.943.533, Mendelsohn et al.) y variantes de los mismos, tales como 225 quimerizado (C225 o Cetuximab; ERBUTIX®) y 225 humano (H225) remodelado (véase el documento WO 96/40210, Imclone Systems Inc.); IMC-11F8, un anticuerpo dirigido a EGFR completamente humano (Imclone); anticuerpos que se unen a EGFR mutante de tipo II (patente de EE. UU. n.° 5.212.290); anticuerpos humanizados y quiméricos que se unen a EGFR como se describe en la patente de EE. UU. n.° 5.891.996; y anticuerpos humanos que se unen a EGFR, tales como ABX-EGF o Panitumumab (véase el documento WO98/50433, Abgenix/Amgen); EMD 55900 (Stragliotto et al. Eur. J. Cáncer 32A:636-640 (1996)); EMD7200 (matuzumab), un anticuerpo contra EGFR humanizado dirigido contra EGFR que compite tanto con EGF como con TGF-alfa por la unión a EGFR (EMD/Merck); anticuerpo contra EGFR humano, HuMax-EGFR (GenMab); anticuerpos completamente humanos conocidos como E1.1, E2.4, E2.5, E6.2, E6.4, E2.11, E6.3 y E7.6.3 y descritos en el documento Us 6.235.883; MDX-447 (Medarex Inc); y mAb 806 o mAb humanizado 806 (Johns et al., J. Biol. Chem. 279(29):30375-30384 (2004)). El anticuerpo anti-EGFR se puede conjugar con un agente citotóxico, generando, por tanto, un inmunoconjugado (véase, por ejemplo, el documento EP659.439A2, Merck Patent GmbH). Los antagonistas de EGFR incluyen moléculas pequeñas tales como los compuestos descritos en las patentes de EE. UU. n.os 5.616.582, 5.457.105, 5.475.001, 5.654.307, 5.679.683, 6.084.095, 6.265.410, 6.455.534, 6.521.620, 6.596.726, 6.713.484, 5.770.599, 6.140.332, 5.866.572, 6.399.602, 6.344.459, 6.602.863, 6.391.874, 6.344.455, 5.760.041, 6.002.008 y 5.747.498, así como las siguientes publicaciones de PCT: WO98/14451, WO98/50038, WO99/09016 y WO99/24037. Los antagonistas particulares del EGFR de molécula pequeña incluyen OSI-774 (CP-358774, erlotinib, TARCEVA® Genentech/OSI Pharmaceuticals); PD 183805 (Cl 1033, 2-propenamida, N-[4-[(3-cloro-4-fluorofenil)amino]-7-[3-(4-morfolinil)propoxi]-6-quinazolinil]-diclorhidrato, Pfizer Inc.); ZD1839, gefitinib (IRESSA®) (4-(3'-cloro-4'-fluoroanilino)-7-metoxi-6-(3-morfolinopropoxi)quinazolina, AstraZeneca); ZM 105180 ((6-amino-4-(3-metilfenil-amino)-quinazolina, Zeneca); BIBX-1382 (N8-(3-cloro-4-fluoro-fenil)-N2-(1-metil-piperidin-4-il)-pirimido[5,4-d]pirimidin-2,8-diamina, Boehringer Ingelheim); PKI-166 ((R)-4-[4-[(1-feniletil)amino]-1H-pirrolo[2,3-d]pirimidin-6-il]-fenol); (R)-6-(4-hidroxifenil)-4-[(1-feniletil)amino]-7H-pirrolo[2,3-d]pirimidina); c L-387785 (N-[4-[(3-bromofenil)amino]-6-quinazolinil]-2-butinamida); EKB-569 (N-[4-[(3-cloro-4-fluorofenil)amino]-3-ciano-7-etoxi-6-quinolinil]-4-(dimetilamino)-2-butenamida) (Wyeth); AG1478 (Pfizer); AG1571 (SU 5271; Pfizer); inhibidores dobles de tirosina cinasas EGFR/HER2 tales como lapatinib (TYKERB®, GSK572016 o N-[3-cloro-4-[(3-fluorofenil)metoxi]fenil]-6[5[[[(2-metilsulfonil)etil]amino]metil]-2-furanil]-4-quinazolinamina).
Los agentes quimioterápicos también incluyen "inhibidores de tirosina cinasa", incluyendo los fármacos dirigidos a EGFR indicados en el párrafo precedente; inhibidor de tirosina cinasa para HER2 de moléculas pequeñas, tal como TAK165, disponible de Takeda; CP-724.714, un inhibidor selectivo oral del receptor tirosina cinasa ErbB2 (Pfizer y OSI); inhibidores de HER dobles, tales como EKB-569 (disponible de Wyeth), que se une preferentemente a EGFR, pero inhibe las células que sobreexpresan tanto HER2 como EGFR; lapatinib (GSK572016; disponible de Glaxo-SmithKline), un inhibidor de tirosina cinasa oral para HER2 y EGFR; PKI-166 (disponible de Novartis); inhibidores de pan-HER, tales como canertinib (CI-1033; Pharmacia); inhibidores de Raf-1, tales como el agente antisentido ISIS-5132, disponible de ISIS Pharmaceuticals, que inhiben la señalización de Raf-1; inhibidores de TK no dirigidos a HER, tales como mesilato de imatinib (GLEEVEC®, disponible de Glaxo SmithKline); inhibidores de tirosina cinasa con múltiples dianas, tales como sunitinib (SUTENT®, disponible de Pfizer); inhibidores de tirosina cinasa para los receptores de VEGF, tales como vatalanib (PTK787/ZK222584, disponible de Novartis/Schering AG); inhibidor de cinasas I reguladas extracelularmente para MAPK CI-1040 (disponible de Pharmacia); quinazolinas, tales como PD 153035, 4-(3-cloroanilino)quinazolina; piridopirimidinas; pirimidopirimidinas; pirrolopirimidinas, tales como CGP 59326, CGP 60261 y CGP 62706; pirazolopirimidinas, 4-(fenilamino)-7H-pirrolo[2,3-d]pirimidinas; curcumina (diferuloilmetano, 4,5-bis(4-fluoroanilino)ftalimida); tirfostinas que contienen restos nitrotiofeno; PD-0183805 (Warner-Lamber); moléculas antisentido (por ejemplo, las que se unen a ácido nucleico que codifica HER); quinoxalinas (patente de EE. UU. n.° 5.804.396); trifostinas (patente de EE. UU. n.° 5.804.396); ZD6474 (Astra Zeneca); PTK-787 (Novartis/Schering AG); inhibidores de pan-HER, tales como CI-1033 (Pfizer); Affinitac (ISIS 3521; Isis/Lilly); mesilato de imatinib (GLEEVEC®); PKI 166 (Novartis); GW2016 (Glaxo SmithKline); CI-1033 (Pfizer); EKB-569 (Wyeth); semaxinib (Pfizer); ZD6474 (AstraZeneca); PTK-787 (Novartis/Schering Ag ); INC-1C11 (Imclone), rapamicina (sirólimus, RAPAMUNE®); o como se describe en cualquiera de las siguientes publicaciones de patente: patente de EE. UU. n.° 5.804.396, documentos WO 1999/09016, WO 1998/43960, WO 1997/38983, WO 1999/06378, WO 1999/06396, WO 1996/30347, WO 1996/33978, WO 1996/3397 y WO 1996/33980.
Los agentes quimioterápicos también incluyen dexametasona, interferones, colquicina, metoprina, ciclosporina, anfotericina, metronidazol, alemtuzumab, alitretinoína, alopurinol, amifostina, trióxido de arsénico, asparaginasa, BCG viva, bevacuzimab, bexaroteno, cladribina, clofarabina, darbepoetina alfa, denileucina, dexrazoxano, epoetina alfa, elotinib, filgrastim, acetato de histrelina, ibritumomab, interferón alfa-2a, interferón alfa-2b, lenalidomida, levamisol, mesna, metoxaleno, nandrolona, nelarabina, nofetumomab, oprelvecina, palifermina, pamidronato, pegademasa, pegaspargasa, pegfilgrastim, pemetrexed disódico, plicamicina, porfímero sódico, quinacrina, rasburicasa, sargramostim, temozolomida, VM-26, 6-TG, toremifeno, tretinoína, ácido transretinoico (ATRA), valrrubicina, zoledronato y ácido zoledrónico y sales farmacéuticamente aceptables de los mismos.
El término "profármaco", como se usa en el presente documento, se refiere a un precursor o forma derivada de una sustancia farmacéuticamente activa que es menos citotóxica para células tumorales en comparación con el fármaco original y se puede activar o convertir enzimáticamente en la forma original más activa. Véase, por ejemplo, Wilman, “Prodrugs in Cáncer Chemotherapy” Biochemical Society Transactions, 14, pp. 375-382, 615th Meeting Belfast (1986) y Stella et al., “Prodrugs: A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery” Directed Drug Delivery, Borchardt et al., (ed.), pp. 247-267, Humana Press (1985). Los profármacos de la presente invención incluyen, pero no se limitan a, profármacos que contienen fosfato, profármacos que contienen tiofosfato, profármacos que contienen sulfato, profármacos que contienen péptidos, profármacos modificados con aminoácidos D, profármacos glucosilados, profármacos que contienen p-lactama, profármacos que contienen fenoxiacetamida opcionalmente sustituida o profármacos que contienen fenilacetamida opcionalmente sustituida, 5-fluorocitosina y otros profármacos de 5-fluorouridina que se pueden convertir en el fármaco libre citotóxico más activo. Los ejemplos de fármacos citotóxicos que se pueden derivatizar en una forma de profármaco para su uso en la presente invención incluyen, pero no se limitan a, los agentes quimioterápicos descritos anteriormente.
Un "agente inhibidor del crecimiento", cuando se usa en el presente documento, se refiere a un compuesto o composición que inhibe el crecimiento y/o proliferación de una célula (por ejemplo, una célula cuyo crecimiento depende de la expresión de PD-L1) tanto in vitro como in vivo. Por tanto, el agente inhibidor del crecimiento puede ser uno que reduce significativamente el porcentaje de células en fase S. Los ejemplos de agentes inhibidores del crecimiento incluyen agentes que bloquean la progresión del ciclo celular (en un lugar distinto de la fase S), tales como agentes que inducen la interrupción de G1 y la interrupción de la fase M. Los bloqueantes clásicos de la fase M incluyen las vincas (vincristina y vinblastina), taxanos e inhibidores de la topoisomerasa II, tales como el antibiótico de antraciclina doxorrubicina ((8S-cis)-10-[(3-amino-2,3,6-tridesoxi-a-L-lixo-hexapiranosil)oxi]-7,8,9,10-tetrahidro-6,8,11-trihidroxi-8-(hidroxiacetil)-1-metoxi-5,12-naftacenodiona), epirrubicina, daunorrubicina, etopósido y bleomicina. Los agentes que interrumpen la G1 también actúan sobre la interrupción de la fase S, por ejemplo, agentes alquilantes de ADN tales como tamoxifeno, prednisona, dacarbacina, mecloretamina, cisplatino, metotrexato, 5-fluoruracilo y Ara-C. Se puede encontrar información adicional en "The Molecular Basis of Cáncer', Mendelsohn e Israel, eds., capítulo 1, titulado "Cell cycle regulation, oncogenes, and antineoplastic drugs" por Murakami et al. (WB Saunders: Filadelfia, 1995), en especial p. 13. Los taxanos (paclitaxel y docetaxel) son fármacos antineoplásicos derivados ambos del árbol del tejo. Docetaxel (TAXOTERE®, Rhone-Poulenc Rorer), derivado del tejo europeo, es un análogo semisintético de paclitaxel (TAXOL®, Bristol-Myers Squibb). Paclitaxel y docetaxel promueven el ensamblaje de microtúbulos a partir de dímeros de tubulina y estabilizan los microtúbulos previniendo la despolimerización, lo que da como resultado la inhibición de mitosis en células.
Por "radioterapia" se quiere decir el uso de rayos beta o rayos gamma dirigidos para inducir suficiente daño a una célula para limitar su capacidad de funcionar normalmente o destruir la célula por completo. Se apreciará que existen muchas formas conocidas en la técnica para determinar la dosificación y duración del tratamiento. Los tratamientos típicos se dan como una administración en una sola dosis y las dosificaciones típicas varían de 10 a 200 unidades (Gy) por día.
La expresión "formulación farmacéutica" se refiere a una preparación que está en tal forma que permite la actividad biológica de un ingrediente activo contenido en la misma para que sea eficaz, y que no contiene ningún componente adicional que sea inaceptablemente tóxico para un paciente al que se administrará la formulación.
Un "vehículo farmacéuticamente aceptable" se refiere a un ingrediente en una formulación farmacéutica, distinto de un ingrediente activo, que no es tóxico para un paciente. Un vehículo farmacéuticamente aceptable incluye, pero no se limita a, un tampón, excipiente, estabilizador o conservante.
La expresión "prospecto del envase" se usa para referirse a las instrucciones incluidas habitualmente en los envases comerciales de productos terapéuticos que contienen información sobre las indicaciones, uso, dosificación, administración, politerapia, contraindicaciones y/o advertencias en relación con el uso de dichos productos terapéuticos.
Una formulación "estéril" es aséptica o exenta de cualquier microorganismo vivo y de sus esporas.
Un "artículo de fabricación" es cualquier elemento de fabricación (por ejemplo, un envase o recipiente) o kit que comprende al menos un reactivo, por ejemplo, un medicamento para el tratamiento de una enfermedad o trastorno (por ejemplo, cáncer), o una sonda para detectar específicamente un biomarcador descrito en el presente documento. En determinados modos de realización, el elemento de fabricación o kit se promociona, distribuye o vende como una unidad para realizar los procedimientos descritos en el presente documento.
El término "molécula pequeña" se refiere a cualquier molécula con un peso molecular de aproximadamente 2000 daltons o menos, preferentemente, de aproximadamente 500 daltons o menos.
La palabra "marcador", cuando se usa en el presente documento, se refiere a un compuesto o composición que se conjuga o fusiona directa o indirectamente con un reactivo tal como una sonda de polinucleótidos o un anticuerpo y facilita la detección del reactivo con el que se conjuga o fusiona. El marcador en sí mismo puede ser detectable (por ejemplo, marcadores de radioisótopos o marcadores fluorescentes) o, en el caso de un marcador enzimático, puede catalizar la alteración química de un compuesto o composición de sustrato que es detectable. El término pretende englobar el marcado directo de una sonda o anticuerpo mediante el acoplamiento (es decir, la unión física) de una sustancia detectable a la sonda o anticuerpo, así como el marcado indirecto de la sonda o anticuerpo por reactividad con otro reactivo que se marca directamente. Los ejemplos de marcado indirecto incluyen la detección de un anticuerpo primario usando un anticuerpo secundario marcado con fluorescencia y el marcado de extremos de una sonda de ADN con biotina de modo que se pueda detectar con estreptavidina marcada con fluorescencia.
El término "anticuerpo" se usa en el sentido más amplio y abarca específicamente anticuerpos monoclonales (incluyendo anticuerpos monoclonales de longitud completa), anticuerpos policlonales, anticuerpos multiespecíficos (por ejemplo, anticuerpos biespecíficos) y fragmentos de anticuerpo, siempre que presenten la actividad biológica deseada.
Los "anticuerpos naturales" son normalmente glucoproteínas heterotetraméricas de aproximadamente 150.000 daltons, compuestas por dos cadenas ligeras (L) idénticas y dos cadenas pesadas (H) idénticas. Cada cadena ligera se enlaza a una cadena pesada mediante un enlace disulfuro covalente, aunque el número de enlaces disulfuro varía entre las cadenas pesadas de isotipos de inmunoglobulina diferentes. Cada cadena pesada y ligera también tiene puentes disulfuro intracatenarios espaciados regularmente. Cada cadena pesada tiene en un extremo un dominio variable (VH) seguido de una serie de dominios constantes. Cada cadena ligera tiene un dominio variable (VL) en un extremo y un dominio constante en su otro extremo; el dominio constante de la cadena ligera se alinea con el primer dominio constante de la cadena pesada y el dominio variable de la cadena ligera se alinea con el dominio variable de la cadena pesada. Se cree que los residuos aminoacídicos particulares forman una interfase entre los dominios variables de la cadena ligera y de la cadena pesada.
Un anticuerpo "aislado" es uno que se ha identificado y separado y/o recuperado de un componente de su entorno natural. Los componentes contaminantes de su entorno natural son materiales que interferirían en usos de investigación, diagnóstico y/o terapéuticos del anticuerpo, y pueden incluir enzimas, hormonas y otros solutos proteínicos o no proteínicos. En algunos modos de realización, un anticuerpo se purifica (1) hasta más de un 95 % en peso de anticuerpo como se determina, por ejemplo, por el procedimiento de Lowry y. en algunos modos de realización, hasta más de un 99 % en peso; (2) hasta un grado suficiente para obtener al menos 15 residuos de la secuencia de aminoácidos N terminal o interna mediante el uso, por ejemplo, de un secuenciador de vaso giratorio o (3) hasta homogeneidad por SDS-PAGE en condiciones reductoras o no reductoras usando, por ejemplo, tinción con azul de Coomassie o plata. El anticuerpo aislado incluye el anticuerpo in situ dentro de células recombinantes, puesto que al menos un componente del entorno natural del anticuerpo no estará presente. Habitualmente, sin embargo, un anticuerpo aislado se preparará mediante al menos una etapa de purificación.
Un anticuerpo “de bloqueo” o un anticuerpo “antagonista” es uno que inhibe o reduce la actividad biológica del antígeno al que se une. Por ejemplo, un anticuerpo antagonista específico de VEGF se une a VEGF e inhibe la capacidad de VEGF para inducir la proliferación de células endoteliales vasculares. Los anticuerpos de bloqueo o anticuerpos antagonistas preferentes inhiben completamente la actividad biológica del antígeno.
A menos que se indique de otro modo, la expresión "anticuerpo multivalente" se usa a lo largo de esta memoria descriptiva para indicar un anticuerpo que comprende tres o más sitios de unión a antígeno. El anticuerpo multivalente preferentemente se genomanipula para que tenga los tres o más sitios de unión a antígeno y, en general, no es un anticuerpo IgM o IgA de secuencia natural.
Las "cadenas ligeras" de los anticuerpos (inmunoglobulinas) de cualquier especie de mamífero se pueden asignar a uno de dos tipos claramente distintos, denominados kappa ("k") y lambda ("A"), basados en las secuencias de aminoácidos de sus dominios constantes.
El término "dominio constante" se refiere a la parte de una molécula de inmunoglobulina que tiene una secuencia de aminoácidos más conservada con respecto a la otra parte de la inmunoglobulina, el dominio variable, que contiene el sitio de unión al antígeno. El dominio constante contiene los dominios CH1, CH2 y CH3 (colectivamente, CH) de la cadena pesada y el dominio CHL (o CL) de la cadena ligera.
La "región variable" o "dominio variable" de un anticuerpo se refiere a los dominios aminoterminales de la cadena pesada o ligera del anticuerpo. El dominio variable de la cadena pesada se puede denominar "VH". El dominio variable de la cadena ligera se puede denominar "VL". Estos dominios son, en general, las partes más variables de un anticuerpo y contienen los sitios de unión a antígeno.
El término "variable" se refiere al hecho de que determinados segmentos de los dominios variables difieren ampliamente en su secuencia de un anticuerpo a otro. La variable o dominio "V" media en la unión a antígeno y define la especificidad de un anticuerpo particular por su antígeno particular. Sin embargo, la variabilidad no se distribuye uniformemente en toda la extensión de los dominios variables. En cambio, las regiones V consisten en tramos relativamente invariables denominados regiones estructurales (FR) de 15-30 aminoácidos separados por regiones más cortas de variabilidad extrema denominadas "regiones hipervariables" que tienen cada una 9-12 aminoácidos de longitud. El término "región hipervariable" o "HVR", cuando se usa en el presente documento, se refiere a los residuos de aminoácido de un anticuerpo que son responsables de la unión a antígeno. La región hipervariable comprende en general residuos de aminoácido de, por ejemplo, alrededor de aproximadamente los residuos 24-34 (L1), 50-56 (L2) y 89-97 (L3) en el VL, y alrededor de aproximadamente los residuos 26-35 (H1), 49-65 (H2) y 95-102 (H3) en el VH (en un modo de realización, H1 es alrededor de aproximadamente los residuos 31-35); Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5.a ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991) y/o aquellos residuos de un "bucle hipervariable" (por ejemplo, los residuos 26-32 (L1), 50-52 (L2) y 91-96 (L3) en el VL, y 26-32 (H1), 53-55 (H2) y 96-101 (H3) en el VH); Chothia y Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987). Los dominios variables de las cadenas pesada y ligera naturales comprenden cada uno cuatro FR, que adoptan en gran medida una configuración de lámina beta, conectadas por tres regiones hipervariables que forman bucles que conectan y, en algunos casos, forman parte de, la estructura de lámina beta. Las regiones hipervariables en cada cadena se mantienen unidas en estrecha proximidad por las FR y, con las regiones hipervariables de la otra cadena, contribuyen a la formación del sitio de unión a antígeno de los anticuerpos (véase Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5.a ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991)). En consecuencia, las secuencias de HVR y FR aparecen, en general, en la siguiente secuencia en VH (o VL): FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4. Los dominios constantes no están implicados directamente en la unión de un anticuerpo a un antígeno, pero presentan diversas funciones efectoras, tales como la participación del anticuerpo en la citotoxicidad celular dependiente de anticuerpos (ADCC).
Una "región estructural humana aceptadora" para los propósitos en el presente documento es una región estructural que comprende la secuencia de aminoácidos de una región estructural del dominio variable de la cadena ligera (VL) o una región estructural del dominio variable de la cadena pesada (VH) derivada de una región estructural de inmunoglobulina humana o una región estructural consenso humana, como se define a continuación. Una región estructural humana aceptadora "derivada de" una región estructural de inmunoglobulina humana o una región estructural consenso humana puede comprender la misma secuencia de aminoácidos de la misma, o puede contener cambios en la secuencia de aminoácidos. En algunos modos de realización, el número de cambios aminoacídicos es de 10 o menos, 9 o menos, 8 o menos, 7 o menos, 6 o menos, 5 o menos, 4 o menos, 3 o menos o 2 o menos. En algunos modos de realización, la región estructural humana aceptadora de VL tiene una secuencia idéntica a la secuencia de la región estructural de inmunoglobulina humana de VL o la secuencia de la región estructural consenso humana.
El término "región hipervariable", "HVR" o "HV", como se usa en el presente documento, se refiere a las regiones de un dominio variable de anticuerpo que son de secuencia hipervariable y/o forman bucles estructuralmente definidos. En general, los anticuerpos comprenden seis HVR; tres en el VH (H1, H2, H3) y tres en el VL (L1, L2, L3). En anticuerpos naturales, H3 y L3 presentan la mayor diversidad de las seis HVR, y se cree que H3 en particular desempeña un papel exclusivo al conferir una especificidad precisa a los anticuerpos. Véanse, por ejemplo, Xu et al., Immunity 13:37-45 (2000); Johnson y Wu, en Methods in Molecular Biology 248:1-25 (Lo, ed., Human Press, Totowa, N.J., 2003). De hecho, los anticuerpos de camélido naturales que consisten en una cadena pesada solo son funcionales y estables en ausencia de cadena ligera. Véanse, por ejemplo, Hamers-Casterman et al., Nature 363:446-448 (1993); Sheriff et al., Nature Struct. Biol. 3:733-736 (1996).
Varias delimitaciones de HVR están en uso y se engloban en el presente documento. Las regiones determinantes de la complementariedad (CDR) de Kabat se basan en la variabilidad de secuencia y son las más comúnmente usadas (Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5.a ed., Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991)). Chothia se refiere en cambio a la localización de los bucles estructurales (Chothia y Lesk J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)). Las HVR de AbM representan un término medio entre las HVR de Kabat y los bucles estructurales de Chothia, y se usan por el programa informático de modelado de anticuerpos AbM de Oxford Molecular. Las HVR de "contacto" se basan en un análisis de las estructuras cristalinas complejas disponibles. Los residuos de cada una de estas HVR se indican a continuación.
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Las HVR pueden comprender "HVR extendidas" como sigue: 24-36 o 24-34 (L1), 46-56 o 50-56 (L2) y 89-97 o 89-96 (L3) en el VL y 26-35 (H1), 50-65 o 49-65 (H2) y 93-102, 94-102, o 95-102 (H3) en el VH. Los residuos del dominio variable se numeran de acuerdo con Kabat et al., supra, para cada una de estas definiciones.
Los residuos "estructurales" o "FR" son aquellos residuos del dominio variable diferentes de los residuos de HVR, como se definen en el presente documento.
Una "región estructural consenso humana" es una región estructural que representa los residuos de aminoácido que se producen lo más comúnmente en una selección de secuencias de la región estructural de VL o VH de inmunoglobulina humana. En general, la selección de secuencias de VL o VH de inmunoglobulina humana es de un subgrupo de secuencias de dominio variable. En general, el subgrupo de secuencias es un subgrupo como en Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, quinta edición, publicación del NIH91-3242, Bethesda MD (1991), volúmenes 1-3. En un modo de realización, para el VL, el subgrupo es el subgrupo kappa I según Kabat et al., supra. En un modo de realización, para el VH, el subgrupo es el subgrupo III según Kabat et al., supra.
El término "numeración de residuos del dominio variable según Kabat" o "numeración de la posición de aminoácidos según Kabat", y las variaciones del mismo, se refieren al sistema de numeración usado para dominios variables de cadena pesada o dominios variables de cadena ligera de la compilación de anticuerpos en Kabat et al., supra. Usando este sistema de numeración, la secuencia de aminoácidos lineal real puede contener menos aminoácidos o aminoácidos adicionales correspondientes a un acortamiento de o una inserción en una FR o HVR del dominio variable. Por ejemplo, un dominio variable de cadena pesada puede incluir un único inserto de aminoácido (residuo 52a de acuerdo con Kabat) después del residuo 52 de H2 y residuos insertados (por ejemplo, residuos 82a, 82b y 82c, etc. de acuerdo con Kabat) después del residuo 82 de FR de cadena pesada. La numeración de residuos de Kabat se puede determinar para un anticuerpo dado por alineación en regiones de homología de la secuencia del anticuerpo con una secuencia numerada según Kabat "estándar".
El sistema de numeración de Kabat se usa, en general, cuando se hace referencia a un residuo en el dominio variable (aproximadamente los residuos 1-107 de la cadena ligera y los residuos 1-113 de la cadena pesada) (por ejemplo, Kabat et al., Sequences of Immunological Interest. 5.a ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)). El "sistema de numeración EU" o "índice EU" se usa, en general, cuando se hace referencia a un residuo en una región constante de cadena pesada de inmunoglobulina (por ejemplo, el índice EU del que se informa en Kabat et al., supra). El "índice EU según Kabat" se refiere a la numeración de residuos del anticuerpo humano IgG1 EU. A menos que se establezca de otro modo en el presente documento, las referencias a números de residuos en el dominio variable de anticuerpos se refieren a la numeración de residuos según el sistema de numeración de Kabat. A menos que se establezca de otro modo en el presente documento, las referencias a números de residuos en el dominio constante de anticuerpos se refieren a la numeración de residuos según el sistema de numeración EU (por ejemplo, véase la solicitud provisional de los Estados Unidos n.° 60/640.323, cifras para la numeración EU).
A menos que se indique de otro modo, los residuos de HVR y otros residuos del dominio variable (por ejemplo, los residuos de FR) se numeran en el presente documento de acuerdo con Kabat et al., supra.
Los términos "anticuerpo de longitud completa", "anticuerpo intacto" y "anticuerpo completo" se usan de manera intercambiable en el presente documento para referirse a un anticuerpo en su forma sustancialmente intacta, no a fragmentos de anticuerpo como se define a continuación. Los términos se refieren en particular a un anticuerpo con cadenas pesadas que contienen una región Fc.
Los "fragmentos de anticuerpo" comprenden una parte de un anticuerpo inalterado, que comprende preferentemente la región de unión a antígeno del mismo. En algunos modos de realización, el fragmento de anticuerpo descrito en el presente documento es un fragmento de unión a antígeno. Los ejemplos de fragmentos de anticuerpo incluyen fragmentos Fab, Fab', F(ab')2 y Fv; diacuerpos; anticuerpos lineales; moléculas de anticuerpo de cadena sencilla; y anticuerpos multiespecíficos formados a partir de fragmentos de anticuerpo.
La digestión con papaína de anticuerpos produce dos fragmentos de unión a antígeno idénticos, llamados fragmentos "Fab", cada uno con un único sitio de unión a antígeno, y un fragmento "Fc" residual, cuyo nombre refleja su capacidad de cristalizar fácilmente. El tratamiento con pepsina produce un fragmento F(ab')2 que tiene dos sitios de combinación con antígeno y todavía se puede reticular con el antígeno.
El término "región Fc" en el presente documento se usa para definir una región C terminal de una cadena pesada de inmunoglobulina que contiene al menos una parte de la región constante. El término incluye regiones Fc de secuencia natural y regiones Fc variantes. En un modo de realización, una región Fc de la cadena pesada de IgG humana se extiende desde Cys226, o desde Pro230, hasta el extremo carboxilo de la cadena pesada. Sin embargo, la lisina C terminal (Lys447) de la región Fc puede estar o no estar presente. A menos que se especifique de otro modo en el presente documento, la numeración de los residuos de aminoácido en la región Fc o región constante está de acuerdo con el sistema de numeración EU, también llamado índice EU, como se describe en Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5.a ed., Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991.
Las "funciones efectoras" se refieren a las actividades biológicas atribuibles a la región Fc de un anticuerpo, que varían con el isotipo del anticuerpo. Los ejemplos de funciones efectoras de anticuerpo incluyen: unión a C1q y citotoxicidad dependiente del complemento (CDC); unión al receptor de Fc; citotoxicidad celular dependiente de anticuerpos (ADCC); fagocitosis; regulación por disminución de receptores de la superficie celular (por ejemplo, un receptor de linfocitos B) y activación de linfocitos B.
"Fv" es el mínimo fragmento de anticuerpo que contiene un sitio de unión a antígeno completo. En un modo de realización, una especie de Fv bicatenario consiste en un dímero de un dominio variable de la cadena pesada y uno de la ligera en asociación estrecha no covalente. En una especie de Fv monocatenario (scFv), un dominio variable de la cadena pesada y uno de la ligera se pueden enlazar de forma covalente mediante un conector peptídico flexible de modo que las cadenas ligera y pesada se puedan asociar en una estructura "dimérica" análoga a la de una especie de Fv bicatenario. Es en esta configuración en la que las tres HVR de cada dominio variable interactúan para definir un sitio de unión a antígeno en la superficie del dímero VH-VL. Conjuntamente, las seis HVR confieren especificidad de unión a antígeno al anticuerpo. Sin embargo, incluso un único dominio variable (o la mitad de un Fv que comprende solo tres HVR específicas para un antígeno) tiene la capacidad de reconocer y unirse al antígeno, aunque con una afinidad menor que el sitio de unión completo.
El fragmento Fab contiene los dominios variables de la cadena pesada y ligera y también contiene el dominio constante de la cadena ligera y el primer dominio constante (CH1) de la cadena pesada. Los fragmentos Fab' difieren de los fragmentos Fab en la adición de unos pocos residuos en el extremo carboxílico del dominio CH1 de la cadena pesada, incluyendo una o más cisteínas de la región bisagra de anticuerpo. Fab'-SH es la designación en el presente documento para un Fab' en el que el/los residuo(s) de cisteína de los dominios constantes tienen un grupo tiol libre. Los fragmentos de anticuerpo F(ab')2 se produjeron originalmente como pares de fragmentos Fab' que tienen cisteínas bisagra entre ellos. También son conocidos otros acoplamientos químicos de fragmentos de anticuerpo.
Los fragmentos de anticuerpo "Fv monocatenarios" o "scFv" comprenden los dominios VH y VL del anticuerpo, en los que estos dominios están presentes en una cadena polipeptídica única. En general, el polipéptido scFv comprende además un conector polipeptídico entre los dominios VH y VL que permite que el scFv forme la estructura deseada para la unión a antígeno. Para una revisión de los scFv, véase, por ejemplo, Pluckthün, en The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., (Springer-Verlag, Nueva York, 1994), págs. 269-315.
El término "anticuerpo multiespecífico" se usa en el sentido más amplio y abarca específicamente un anticuerpo que comprende un dominio variable de cadena pesada (VH) y un dominio variable de cadena ligera (VL), donde la unidad VH-Vl tiene especificidad poliepitópica (es decir, se puede unir a dos epítopos diferentes de una molécula biológica o a cada epítopo de una molécula biológica diferente). Dichos anticuerpos multiespecíficos incluyen, pero no se limitan a, anticuerpos de longitud completa, anticuerpos que tienen dos o más dominios VL y VH, fragmentos de anticuerpos tales como Fab, Fv, dsFv, scFv, diacuerpos, diacuerpos y triacuerpos biespecíficos, fragmentos de anticuerpos que se han unido covalentemente o no covalentemente. "Especificidad poliepitópica" se refiere a la capacidad de unirse específicamente a dos o más epítopos diferentes en la(s) misma(s) o diferente(s) diana(s). "Especificidad dual" o "biespecificidad" se refiere a la capacidad de unirse específicamente a dos o más epítopos diferentes en la(s) misma(s) o diferente(s) diana(s). Sin embargo, a diferencia de los anticuerpos biespecíficos, los anticuerpos de doble especificidad tienen dos brazos de unión a antígeno que son idénticos en su secuencia de aminoácidos y cada brazo Fab puede reconocer dos antígenos. La especificidad dual permite que los anticuerpos interactúen con alta afinidad con dos antígenos diferentes como una sola molécula Fab o IgG. De acuerdo con un modo de realización, el anticuerpo multiespecífico en una forma de IgG1 se une a cada epítopo con una afinidad de 5 pM a 0,001 pM, de 3 pM a 0,001 pM, de 1 pM a 0,001 pM, de 0,5 pM a 0,001 pM o de 0,1 pM a 0,001 pM. "Monoespecífico" se refiere a la capacidad de unirse solo a un epítopo.
El término "diacuerpos" se refiere a fragmentos de anticuerpo con dos sitios de unión a antígeno, comprendiendo los fragmentos un dominio variable de la cadena pesada (VH) conectado a un dominio variable de la cadena ligera (VL) en la misma cadena polipeptídica (VH-VL). Usando un conector que es demasiado corto para permitir el emparejamiento entre los dos dominios en la misma cadena, se fuerza a los dominios a emparejarse con los dominios complementarios de otra cadena y a crear dos sitios de unión a antígeno. Los diacuerpos pueden ser bivalentes o biespecíficos. Los diacuerpos se describen con más detalle en, por ejemplo, el documento Ep 404.097; el documento WO 1993/01161; Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003); y Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448 (1993). También se describen triacuerpos y tetracuerpos en Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003).
La "clase" de un anticuerpo se refiere al tipo de dominio constante o región constante que posee su cadena pesada. Existen cinco clases principales de anticuerpos: IgA, IgD, IgE, IgG e IgM, y varias de estas se pueden dividir además en subclases (isotipos), por ejemplo, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 e IgA2. Los dominios constantes de cadena pesada que se corresponden con las diferentes clases de anticuerpos se denominan a, ó, £, y y P, respectivamente.
El término "anticuerpo monoclonal", como se usa en el presente documento, se refiere a un anticuerpo obtenido a partir de una población de anticuerpos sustancialmente homogéneos, por ejemplo, los anticuerpos individuales que comprende la población son idénticos excepto por posibles mutaciones, por ejemplo, mutaciones naturales, que pueden estar presentes en cantidades menores. Por tanto, el modificador "monoclonal" indica que el carácter del anticuerpo no es una mezcla de distintos anticuerpos. En determinados modos de realización, dicho anticuerpo monoclonal incluye típicamente un anticuerpo que comprende una secuencia polipeptídica que se une a una diana, en el que la secuencia polipeptídica de unión a la diana se obtuvo mediante un procedimiento que incluye la selección de una única secuencia polipeptídica de unión a la diana entre una pluralidad de secuencias polipeptídicas. Por ejemplo, el procedimiento de selección puede ser la selección de un clon único de una pluralidad de clones, tal como un grupo de clones de hibridoma, clones de fago o clones de ADN recombinante. Se debe entender que se puede alterar adicionalmente una secuencia de unión a diana seleccionada, por ejemplo, para mejorar la afinidad por la diana, para humanizar la secuencia de unión a diana, para mejorar su producción en cultivo celular, para reducir su inmunogenicidad in vivo, para crear un anticuerpo multiespecífico, etc., y que un anticuerpo que comprende la secuencia de unión a diana alterada también es un anticuerpo monoclonal de la presente invención. En contraste con las preparaciones de anticuerpos policlonales, que típicamente incluyen anticuerpos diferentes dirigidos contra diferentes determinantes (epítopos), cada anticuerpo monoclonal de una preparación de anticuerpos monoclonales se dirige contra un único determinante en un antígeno. Además de su especificidad, las preparaciones de anticuerpos monoclonales son ventajosas ya que típicamente no están contaminadas por otras inmunoglobulinas.
El modificador "monoclonal" indica el carácter del anticuerpo como que se obtiene de una población sustancialmente homogénea de anticuerpos, y no se debe interpretar como que requiere la producción del anticuerpo por cualquier procedimiento particular. Por ejemplo, los anticuerpos monoclonales que se van a usar de acuerdo con la invención se pueden producir mediante una variedad de técnicas, que incluyen, por ejemplo, el procedimiento del hibridoma (por ejemplo, Kohler y Milstein, Nature, 256:495-97 (1975); Hongo et al., Hybridoma, 14 (3): 253-260 (1995), Harlow et al., Antibodies: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2.a ed. 1988); Hammerling et al., en: Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas 563-681 (Elsevier, NY, 1981)), procedimientos de ADN recombinante (véase, por ejemplo, la patente de EE. UU. n.° 4.816.567), tecnologías de presentación en fagos (véase, por ejemplo, Clackson et al., Nature, 352:624-628, 1991; Marks et al., J. Mol. Biol. 222: 581-597, 1992; Sidhu et al., J. Mol. Biol.
338(2): 299-310, 2004; Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093, 2004; Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472, 2004; y Lee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132, 2004); y tecnologías para producir anticuerpos humanos o similares a humanos en animales que tienen parte o la totalidad de los locus de inmunoglobulina humana o genes que codifican secuencias de inmunoglobulina humana (véanse, por ejemplo, los documentos WO 1998/24893; WO 1996/34096; WO 1996/33735; WO 1991/10741; Jakobovits et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:2551, 1993; Jakobovits et al., Nature 362: 255-258, 1993; Bruggemann et al., Year in Immunol. 7:33, 1993; las patentes de EE. UU. n.os 5.545.807; 5.545.806; 5.569.825; 5.625.126; 5.633.425 y 5.661.016; Marks et al., Bio/Technology 10: 779-783 (1992); Lonberg et al., Nature 368: 856-859, 1994; Morrison, Nature 368: 812-813, 1994; Fishwild et al., Nature Biotechnol. 14: 845-851, 1996; Neuberger, Nature Biotechnol. 14: 826, 1996; y Lonberg et al., Intern. Rev. Immunol. 13: 65-93, 1995).
Los anticuerpos monoclonales en el presente documento incluyen específicamente anticuerpos "quiméricos" en los que una parte de la cadena pesada y/o ligera es idéntica u homóloga a las secuencias correspondientes en anticuerpos derivados de una especie particular o que pertenecen a una clase o subclase de anticuerpo particular, mientras que el resto de la(s) cadena(s) es idéntico u homólogo a las secuencias correspondientes en anticuerpos derivados de otra especie o que pertenecen a otra clase o subclase de anticuerpo, así como fragmentos de dichos anticuerpos, siempre que presenten la actividad biológica deseada (patente de e E. UU. n.° 4.816.567; y Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:6851-6855 (1984)). Los anticuerpos quiméricos incluyen anticuerpos PRIMATIZED® en los que la región de unión a antígeno del anticuerpo se deriva de un anticuerpo producido, por ejemplo, por la inmunización de monos macacos con el antígeno de interés.
Un "anticuerpo humano" es uno que posee una secuencia de aminoácidos que se corresponde con la de un anticuerpo producido por un humano o una célula humana o derivado de una fuente no humana que utiliza repertorios de anticuerpos humanos u otras secuencias que codifican anticuerpos humanos. Esta definición de un anticuerpo humano excluye específicamente un anticuerpo humanizado que comprende residuos de unión a antígeno no humanos.
Las formas "humanizadas" de anticuerpos no humanos (p. ej., de roedores) son anticuerpos quiméricos que contienen una secuencia mínima derivada del anticuerpo no humano. En su mayor parte, los anticuerpos humanizados son inmunoglobulinas humanas (anticuerpo receptor) en las que los residuos de una región hipervariable del receptor se reemplazan por residuos de una región hipervariable de una especie no humana (anticuerpo donante), tal como ratón, rata, conejo o primate no humano, que tiene la especificidad, afinidad y capacidad de anticuerpo deseadas. En algunos casos, los residuos FR de la inmunoglobulina humana se reemplazan por los correspondientes residuos no humanos. Además, los anticuerpos humanizados pueden comprender residuos que no se encuentran ni en el anticuerpo receptor ni en el anticuerpo donante. Estas modificaciones se realizan para refinar adicionalmente el comportamiento del anticuerpo. En general, el anticuerpo humanizado comprenderá sustancialmente todos de al menos uno, y típicamente dos, dominios variables, en los que todos o sustancialmente todos los bucles hipervariables corresponden a los de una inmunoglobulina no humana y todas o sustancialmente todas las FR son las de una secuencia de inmunoglobulina humana. El anticuerpo humanizado opcionalmente también comprenderá al menos una parte de una región constante (Fc) de inmunoglobulina, típicamente la de una inmunoglobulina humana. Para más detalles, véanse Jones et al., Nature 321:522-525, 1986; Riechmann et al., Nature 332:323-329, 1988; y Presta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596, 1992.
Una "variante" o "mutante" de un polipéptido de partida o de referencia (por ejemplo, un anticuerpo de referencia o su(s) dominio(s) variable(s)/HVR) es un polipéptido que (1) tiene una secuencia de aminoácidos diferente a la del polipéptido de partida o de referencia y (2) se derivó del polipéptido de partida o de referencia mediante mutagénesis natural o artificial (hecha por el hombre). Dichas variantes incluyen, por ejemplo, deleciones y/o inserciones y/o sustituciones de residuos dentro de las secuencias de aminoácidos de los polipéptidos de interés, denominados en el presente documento "alteraciones de residuos de aminoácidos". Por tanto, una HVR variante se refiere a una HVR que comprende una secuencia variante con respecto a una secuencia polipeptídica de partida o de referencia (tal como la de un anticuerpo de origen o un fragmento de unión a antígeno). Una alteración de un residuo de aminoácido, en este contexto, se refiere a un aminoácido diferente del aminoácido en la posición correspondiente en una secuencia polipeptídica de partida o de referencia (tal como la de un anticuerpo de referencia o fragmento del mismo). Se puede realizar cualquier combinación de deleción, inserción y sustitución para llegar a la construcción de variante o mutante final, siempre que la construcción final posea las características funcionales deseadas. Los cambios de aminoácidos también pueden alterar los procesos postraduccionales del polipéptido, tales como cambiar el número o posición de sitios de glucosilación.
Una secuencia "natural (WT)" o "de referencia" o la secuencia de una proteína/polipéptido "natural" o "de referencia", tal como una HVR o un dominio variable de un anticuerpo de referencia, puede ser la secuencia de referencia de la que se derivan las variantes de polipéptidos a través de la introducción de mutaciones. En general, la secuencia "natural" para una proteína dada es la secuencia que es más común en la naturaleza. De forma similar, una secuencia génica "natural" es la secuencia para el gen que se encuentra de forma más común en la naturaleza. Se pueden introducir mutaciones en un gen "natural" (y, por tanto, en la proteína que lo codifica) a través de procesos naturales o bien a través de medios inducidos por el hombre. Los productos de dichos procesos son formas "variantes" o "mutantes" de la proteína o gen "natural" original.
Un "anticuerpo de referencia", como se usa en el presente documento, se refiere a un anticuerpo o fragmento del mismo cuya secuencia de unión a antígeno sirve como secuencia molde sobre la cual se realiza la diversificación de acuerdo con los criterios descritos en el presente documento. Una secuencia de unión a antígeno en general incluye una región variable de anticuerpo, preferentemente al menos una HVR, que incluye preferentemente regiones estructurales.
Como se usa en el presente documento, "colección" se refiere a una pluralidad de secuencias de anticuerpos o de fragmentos de anticuerpos (por ejemplo, anticuerpos anti-VEGF o anticuerpos anti-PD-L1 de la invención), o a los ácidos nucleicos que codifican estas secuencias, siendo las secuencias diferentes en la combinación de aminoácidos variantes que se introducen en estas secuencias de acuerdo con los procedimientos de la invención.
"Afinidad" se refiere a la fuerza de la suma total de las interacciones no covalentes entre un único sitio de unión de una molécula (por ejemplo, un anticuerpo) y su compañero de unión (por ejemplo, un antígeno). A menos que se indique de otro modo, como se usa en el presente documento, "afinidad de unión" se refiere a la afinidad de unión intrínseca que refleja una interacción 1:1 entre los miembros de un par de unión (por ejemplo, anticuerpo y antígeno). La afinidad de una molécula X por su compañero Y se puede representar en general por la constante de disociación (Kd). Se puede medir la afinidad por procedimientos comunes conocidos en la técnica, incluyendo los descritos en el presente documento. Los modos de realización ilustrativos y ejemplares específicos para medir la afinidad de unión se describen en el presente documento.
Con respecto a la unión de un anticuerpo con una molécula diana, el término "unión específica a" o "se une específicamente a" o "es específico para" un polipéptido particular o un epítopo en una diana polipeptídica particular significa que una unión es cuantificablemente diferente de una interacción inespecífica. La unión específica se puede medir, por ejemplo, determinando la unión de una molécula en comparación con la unión de una molécula de control. Por ejemplo, se puede determinar la unión específica mediante competencia con una molécula de control que sea similar a la diana, por ejemplo, un exceso de diana no marcada. En este caso, se indica la unión específica si la unión de la diana marcada a una sonda se inhibe de forma competitiva mediante la diana no marcada en exceso. El término "unión específica" o "se une específicamente a" o es "específico para" un polipéptido particular o un epítopo en una diana polipeptídica particular, como se usa en el presente documento, se puede presentar, por ejemplo, por una molécula que tiene una Kd para la diana de 10-4 M o menos, de forma alternativa 10-5 M o menos, de forma alternativa 10-6 M o menos, de forma alternativa 10-7 M o menos, de forma alternativa 10-8 M o menos, de forma alternativa 10­ 9 M o menos, de forma alternativa 10-10 M o menos, de forma alternativa 10-11 M o menos, de forma alternativa 10-12 M o menos o una Kd en el intervalo de 10-4 M a 10-6 M o de 10-6 M a 10-10 M o de 10-7 M a 10-9 M. Como apreciará el experto en la técnica, los valores de afinidad y Kd están inversamente relacionados. Una alta afinidad por un antígeno se mide mediante un valor de Kd bajo. En un modo de realización, el término "unión específica" se refiere a la unión donde una molécula se une a un polipéptido particular o epítopo en un polipéptido particular sin unirse sustancialmente a ningún otro polipéptido o epítopo de polipéptido.
Un anticuerpo "de afinidad madurada" se refiere a un anticuerpo con una o más alteraciones en una o más regiones hipervariables (HVR), en comparación con un anticuerpo original que no posee dichas alteraciones, dando como resultado dichas alteraciones una mejora en la afinidad del anticuerpo por el antígeno.
Un "anticuerpo que se une al mismo epítopo" que un anticuerpo de referencia se refiere a un anticuerpo que bloquea la unión del anticuerpo de referencia a su antígeno en un ensayo de competencia en un 50 % o más y, a la inversa, el anticuerpo de referencia bloquea la unión del anticuerpo a su antígeno en un ensayo de competencia en un 50 % o más.
Un "inmunoconjugado" es un anticuerpo conjugado con una o más moléculas heterólogas, incluyendo pero sin limitarse a un agente citotóxico.
Como se usa en el presente documento, el término "inmunoadhesina" designa moléculas similares a anticuerpo que combinan la especificidad de unión de una proteína heteróloga (una "adhesina") con las funciones efectoras de los dominios constantes de inmunoglobulina. Estructuralmente, las inmunoadhesinas comprenden una fusión de una secuencia de aminoácidos con la especificidad de unión deseada que es distinta del sitio de reconocimiento de y unión a antígeno de un anticuerpo (es decir, es "heteróloga"), y una secuencia del dominio constante de inmunoglobulina. La parte de adhesina de una molécula de inmunoadhesina típicamente es una secuencia de aminoácidos contiguos que comprende al menos el sitio de unión de un receptor o un ligando. La secuencia del dominio constante de inmunoglobulina en la inmunoadhesina se puede obtener a partir de cualquier inmunoglobulina, tal como los subtipos IgG1, IgG2 (incluyendo IgG2A e IgG2B), IgG3 o IgG4, IgA (incluyendo IgA1 e IgA2), IgE, IgD o IgM. Las fusiones de Ig incluyen preferentemente la sustitución de un dominio de un polipéptido o anticuerpo descrito en el presente documento en lugar de al menos una región variable dentro de una molécula de Ig. En un modo de realización preferente en particular, la fusión de inmunoglobulina incluye las regiones bisagra, CH2 y CH3, o las bisagra, CH1, CH2 y CH3, de una molécula de IgG1. Para la producción de fusiones de inmunoglobulina, véase también la patente de EE. UU. n.° 5.428.130. Por ejemplo, en el presente documento, las inmunoadhesinas útiles como medicamentos útiles para tratamiento incluyen polipéptidos que comprenden el dominio extracelular (ECD) o las partes de unión a PD-1 de PD-L1 o PD-L2 o las partes extracelulares o de unión a PD-L1 o PD-L2 de PD-1, fusionados a un dominio constante de una secuencia de inmunoglobulina, tal como un ECD-Fc de PD-L1, un ECD-Fc de PD-L2 y un ECD-Fc de PD-1, respectivamente. Las combinaciones de inmunoadhesinas de Ig Fc y ECD de receptores de superficie celular a veces se denominan receptores solubles.
Una "proteína de fusión" y un "polipéptido de fusión" se refieren a un polipéptido que tiene dos partes enlazadas covalentemente, en el que cada una de las partes es un polipéptido que tiene una propiedad diferente. La propiedad puede ser una propiedad biológica, tal como actividad in vitro o in vivo. La propiedad también puede ser una simple propiedad química o física, tal como unión a una molécula diana, catálisis de una reacción y similares. Las dos partes pueden estar unidas directamente por un único enlace peptídico o a través de un conector peptídico, pero están en un marco de lectura entre sí.
El "porcentaje (%) de identidad de secuencia de aminoácidos" con respecto a las secuencias de polipéptidos identificadas en el presente documento se define como el porcentaje de residuos de aminoácidos de una secuencia candidata que son idénticos a los residuos de aminoácidos del polipéptido con el que se comparan, después de alinear las secuencias e introducir huecos, según sea necesario, para lograr el máximo porcentaje de identidad de secuencia, y sin considerar ninguna sustitución conservadora como parte de la identidad de secuencia. Se puede lograr la alineación para los propósitos de determinar el porcentaje de identidad de secuencia de aminoácidos de diversas formas que están dentro de la habilidad en la técnica, por ejemplo, usando un programa informático disponible públicamente, tal como el programa informático BLAST, BLAST-2, ALIGN o Megalign (DNASTAR). Los expertos en la técnica pueden determinar parámetros apropiados para medir la alineación de secuencias, incluyendo cualquier algoritmo necesario para lograr una alineación máxima sobre la longitud completa de las secuencias que se comparan. Sin embargo, para los propósitos en el presente documento, los valores de % de identidad de secuencia de aminoácidos se generan usando el programa informático de comparación de secuencias ALIGN-2. El programa informático de comparación de secuencias ALIGN-2 fue creado por Genentech, Inc. y el código fuente se ha presentado con la documentación de usuario en la Oficina de Derechos de Autor de EE. UU., Washington D.C., 20559, donde se ha registrado con el n.° de registro de derechos de autor de EE. UU. TXU510087. El programa ALIGN-2 está disponible públicamente a través de Genentech, Inc., South San Francisco, California. Se debe compilar el programa ALIGN-2 para su uso en un sistema operativo UNIX, preferentemente UNIX V4.0D digital. Todos los parámetros de comparación de secuencias se establecen por el programa ALIGN-2 y no varían.
En situaciones donde se emplea ALIGN-2 para las comparaciones de secuencias de aminoácidos, el % de identidad de secuencia de aminoácidos de una secuencia de aminoácidos A dada con respecto a, con o frente a una secuencia de aminoácidos B dada (que, de forma alternativa, se puede parafrasear como una secuencia de aminoácidos A dada que tiene o comprende un determinado % de identidad de secuencia de aminoácidos con respecto a, con o frente a una secuencia de aminoácidos B dada) se calcula como sigue:
100 veces la fracción X/Y
donde X es el número de residuos de aminoácido puntuados como emparejamientos idénticos por el programa de alineación de secuencias ALIGN-2 en esa alineación del programa de A y B, y donde Y es el número total de residuos de aminoácido de B. Se apreciará que, si la longitud de la secuencia de aminoácidos A no es igual a la longitud de la secuencia de aminoácidos B, el % de identidad de secuencia de aminoácidos de A con respecto a B no igualará el % de identidad de secuencia de aminoácidos de B con respecto a A. A menos que se establezca específicamente de otro modo, todos los valores de % de identidad de secuencia de aminoácidos usados en el presente documento se obtienen como se describe en el párrafo inmediatamente precedente usando el programa informático ALIGN-2.
"Polinucleótido" o "ácido nucleico", como se usan de manera intercambiable en el presente documento, se refieren a polímeros de nucleótidos de cualquier longitud, e incluyen ADN y ARN. Los nucleótidos pueden ser desoxirribonucleótidos, ribonucleótidos, bases o nucleótidos modificados y/o sus análogos, o cualquier sustrato que se pueda incorporar en un polímero mediante ADN o ARN polimerasa, o mediante una reacción sintética. Por tanto, por ejemplo, los polinucleótidos como se definen en el presente documento, incluyen, sin limitación, ADN mono y bicatenario, ADN que incluye regiones mono y bicatenarias, ARN mono y bicatenario y ARN que incluye regiones mono y bicatenarias, moléculas híbridas que comprenden ADN y ARN que pueden ser monocatenarios o, más típicamente, bicatenarios o que incluyen regiones mono y bicatenarias. Además, el término "polinucleótido", como se usa en el presente documento, se refiere a regiones tricatenarias que comprenden ARN o ADN o tanto ARN como ADN. Las hebras en dichas regiones pueden ser de la misma molécula o de moléculas diferentes. Las regiones pueden incluir todas de una o más de las moléculas, pero más típicamente implican solo una región de algunas de las moléculas. Una de las moléculas de una región triple helicoidal a menudo es un oligonucleótido. El término "polinucleótido" incluye específicamente ADNc.
Un polinucleótido puede comprender nucleótidos modificados, tales como nucleótidos metilados y sus análogos. Si están presentes, se puede conferir una modificación a la estructura de los nucleótidos antes o después del ensamblaje del polímero. La secuencia de nucleótidos se puede interrumpir por componentes no nucleotídicos. Un polinucleótido se puede modificar además después de la síntesis, tal como mediante conjugación con un marcador. Otros tipos de modificaciones incluyen, por ejemplo, "caperuzas", sustitución de uno o más de los nucleótidos naturales por un análogo, modificaciones internucleotídicas, tales como, por ejemplo, aquellas con enlaces no cargados (por ejemplo, metilfosfonatos, fosfotriésteres, fosfoamidatos, carbamatos y similares) y con enlaces cargados (por ejemplo, fosforotioatos, fosforoditioatos y similares), aquellas que contienen restos laterales, tales como, por ejemplo, proteínas (por ejemplo, nucleasas, toxinas, anticuerpos, péptidos señal, poli-L-lisina y similares), aquellas con intercalantes (por ejemplo, acridina, psoraleno y similares), aquellas que contienen quelantes (por ejemplo, metales, metales radiactivos, boro, metales oxidativos y similares), aquellas que contienen alquilantes, aquellas con enlaces modificados (por ejemplo, ácidos nucleicos alfa anoméricos), así como formas no modificadas del/de los polinucleótido(s). Además, cualquiera de los grupos hidroxilo presentes habitualmente en los azúcares se puede reemplazar, por ejemplo, por grupos fosfonato, grupos fosfato, proteger por grupos protectores estándar o activar para preparar enlaces adicionales a nucleótidos adicionales, o se puede conjugar con soportes sólidos o semisólidos. El Oh 5' y 3' terminal se puede fosforilar o sustituir con aminas o restos del grupo de caperuza orgánico de desde 1 hasta 20 átomos de carbono. Otros hidroxilos también se pueden derivatizar a grupos protectores estándar. Los polinucleótidos también pueden contener formas análogas de los azúcares ribosa o desoxirribosa que en general son conocidos en la técnica, que incluyen, por ejemplo, 2-O-metil-, 2-O-alil-, 2'-fluoro- o 2'-azido-ribosa, análogos de azúcares carbocíclicos, azúcares a-anoméricos, azúcares epiméricos tales como arabinosa, xilosas o lixosas, azúcares de piranosa, azúcares de furanosa, sedoheptulosas, análogos acíclicos y análogos nucleosídicos abásicos, tales como metil-ribósido. Se pueden reemplazar uno o más enlaces fosfodiéster por grupos de enlace alternativos. Estos grupos de enlace alternativos incluyen, pero no se limitan a, modos de realización en los que el fosfato se reemplaza por P(O)S (“tioato”), P(S)S (“ditioato”), (O)NR2 (“amidato”), P(O)R, P(O)OR', CO o CH2 (“formacetal”), en los que cada R o R' es independientemente H o alquilo (1-20 C) sustituido o no sustituido que contiene opcionalmente un enlace éter (-O-), arilo, alquenilo, cicloalquilo, cicloalquenilo o araldilo. No es necesario que todos los enlaces en un polinucleótido sean idénticos. La descripción precedente se aplica a todos los polinucleótidos a los que se hace referencia en el presente documento, incluyendo ARN y ADN.
"Oligonucleótido", como se usa en el presente documento, en general se refiere a polinucleótidos monocatenarios cortos que tienen, pero no necesariamente, menos de aproximadamente 250 nucleótidos de longitud. Los oligonucleótidos pueden ser sintéticos. Los términos “oligonucleótido” y “polinucleótido” no son mutuamente excluyentes. La descripción anterior para polinucleótidos es igual y completamente aplicable a oligonucleótidos.
El término "cebador" se refiere a un polinucleótido monocatenario que se puede hibridar a un ácido nucleico y permitir la polimerización de un ácido nucleico complementario, en general proporcionando un grupo 3'-OH libre.
Los términos “célula huésped”, “línea de células huésped” y “cultivo de células huésped” se usan de manera intercambiable y se refieren a células en las que se ha introducido ácido nucleico exógeno, incluyendo la descendencia de dichas células. Las células huésped incluyen “transformantes” y “células transformadas”, que incluyen la célula transformada principal y la descendencia derivada de la misma, independientemente del número de pases. La descendencia puede no ser completamente idéntica en contenido de ácido nucleico a una célula original, sino que puede contener mutaciones. La descendencia mutante que tiene la misma función o actividad biológica que la cribada o seleccionada en la célula transformada originalmente se incluye en el presente documento.
El término “vector”, como se usa en el presente documento, se refiere a una molécula de ácido nucleico que puede propagar otro ácido nucleico al que se enlaza. El término incluye el vector como una estructura de ácido nucleico autorreplicante, así como el vector incorporado en el genoma de una célula huésped en la que se ha introducido. Determinados vectores pueden dirigir la expresión de los ácidos nucleicos a los que se unen de forma funcional. Dichos vectores se denominan en el presente documento “vectores de expresión”.
Una molécula de ácido nucleico “aislada” es una molécula de ácido nucleico que se identifica y separa de al menos una molécula de ácido nucleico contaminante con la que se asocia de manera ordinaria en la fuente natural del ácido nucleico. Una molécula de ácido nucleico aislada es distinta en la forma o configuración en la que se encuentra en la naturaleza. Por lo tanto, las moléculas de ácido nucleico aisladas se distinguen de la molécula de ácido nucleico como existe en las células naturales. Sin embargo, una molécula de ácido nucleico aislada incluye una molécula de ácido nucleico contenida en células que de manera ordinaria expresan el anticuerpo donde, por ejemplo, la molécula de ácido nucleico está en una localización cromosómica diferente de la de las células naturales.
Una "mutación" es una deleción, inserción o sustitución de uno o varios nucleótidos con respecto a una secuencia de nucleótidos de referencia, tal como una secuencia natural.
Como se usa en el presente documento, “conjunto de codones” se refiere a un conjunto de secuencias de tripletes de nucleótidos diferentes usadas para codificar aminoácidos variantes deseados. Un conjunto de oligonucleótidos se puede sintetizar, por ejemplo, mediante síntesis en fase sólida, incluyendo secuencias que representan todas las posibles combinaciones de tripletes de nucleótidos proporcionadas por el conjunto de codones y que codificarán el grupo deseado de aminoácidos. Una forma estándar de designación de los codones es el código IUB, que se conoce en la técnica y se describe en el presente documento. Un conjunto de codones se representa típicamente mediante 3 letras mayúsculas en cursiva, por ejemplo, NNK, NNS, XYZ, DVK y similares. La síntesis de oligonucleótidos con "degeneración" de nucleótidos seleccionados en determinadas posiciones es bien conocida en esa técnica, por ejemplo, el enfoque TRIM (Knappek et al., J. Mol. Biol. 296:57-86, 1999; Garrard et al., Gene 128:103, 1993). Dichos conjuntos de oligonucleótidos que tienen determinados conjuntos de codones se pueden sintetizar usando sintetizadores comerciales de ácidos nucleicos (disponibles de, por ejemplo, Applied Biosystems, Foster City, CA) o se pueden obtener comercialmente (por ejemplo, de Life Technologies, Rockville, MD). Por lo tanto, un conjunto de oligonucleótidos sintetizados que tiene un conjuntos de codones particular incluirá típicamente una pluralidad de oligonucleótidos con diferentes secuencias, con las diferencias establecidas por el conjuntos de codones dentro de la secuencia global. Los oligonucleótidos, como se usa de acuerdo con la invención, tienen secuencias que permiten la hibridación a un molde de ácido nucleico de dominio variable y también pueden incluir, pero no necesariamente, sitios de enzimas de restricción útiles, por ejemplo, para propósitos de clonación.
La expresión "secuencias de control" hace referencia a secuencias de ADN necesarias para la expresión de una secuencia codificante enlazada de forma funcional en un organismo huésped particular. Las secuencias de control que son adecuadas para procariotas, por ejemplo, incluyen un promotor, opcionalmente una secuencia de operador, y un sitio de unión a ribosoma. Se sabe que las células eucariotas utilizan promotores, señales de poliadenilación y potenciadores.
El ácido nucleico está "enlazado de forma funcional" cuando está ubicado en relación funcional con otra secuencia de ácido nucleico. Por ejemplo, el ADN para una presecuencia o secuencia líder secretora está enlazado de forma funcional al ADN para un polipéptido si se expresa como una preproteína que participa en la secreción del polipéptido; un promotor o potenciador está enlazado de forma funcional a una secuencia codificante si afecta a la transcripción de la secuencia; o un sitio de unión a ribosoma está enlazado de forma funcional a una secuencia codificante si se sitúa para facilitar la traducción. En general, "enlazado de forma funcional" significa que las secuencias de ADN que están enlazadas son contiguas y, en el caso de una secuencia líder secretora, son contiguas y están en fase de lectura. Sin embargo, los potenciadores no tienen por qué ser contiguos. El enlace se consigue por fijación en sitios de restricción convenientes. Si no existen dichos sitios, se usan los adaptadores o conectores oligonucleotídicos sintéticos de acuerdo con la práctica convencional.
El término "factor de crecimiento endotelial vascular" o "VEGF" se refiere a la proteína A del factor de crecimiento endotelial vascular, como se ejemplifica por el número de acceso Swiss Prot P15692, Gene ID (NCBI): 7422. El término "VEGF" engloba la proteína que tiene la secuencia de aminoácidos de número de acceso Swiss Prot P15692, Gene ID (NCBI): 7422, así como homólogos e isoformas de la misma. El término "VEGF" también abarca las isoformas conocidas, por ejemplo, isoformas de empalme, de VEGF, por ejemplo, VEGF111, VEGF121, VEGF145, VEGF165, VEGF189 y VEGF206, conjuntamente con las formas alélicas y procesadas naturales del mismo, incluyendo el factor de crecimiento de células endoteliales vasculares humanas de 110 aminoácidos generado por la escisión de plasmina de VEGF165 como se describe en Ferrara Mol. Biol. Cell. 21:687, 2010; Leung et al., Science, 246:1306, 1989; y Houck et al., Mol. Endocrin., 5:1806, 1991. El término "VEGF" también se refiere a VEGF de especies no humanas, tales como ratón, rata o primate. A veces, el VEGF de una especie específica se indica con términos tales como hVEGF para VEGF humano o mVEGF para VEGF murino, y similares. El término "VEGF" también se usa para referirse a formas truncadas del polipéptido que comprenden los aminoácidos 8 a 109 o 1 a 109 del factor de crecimiento de células endoteliales vasculares humano de 165 aminoácidos. Se puede identificar la referencia a cualquiera de dichas formas de VEGF en la presente solicitud, por ejemplo, mediante "VEGF109", "VEGF (8-109)", o "VEGF (1-109)" o "VEGF165". Las posiciones de aminoácidos para un VEGF natural “truncado” se numeran como se indica en la secuencia de VEGF natural. Por ejemplo, la posición del aminoácido 17 (metionina) en el VEGF natural truncado también es la posición 17 (metionina) en el VEGF natural. El VEGF natural truncado tiene afinidad de unión por los receptores KDR y Flt-1 en comparación con el VEGF natural. El término “variante de VEGF”, como se usa en el presente documento, se refiere a un polipéptido de VEGF que incluye una o más mutaciones de aminoácidos en la secuencia de VEGF natural. Opcionalmente, la una o más mutaciones de aminoácidos incluyen sustitución(es) de aminoácidos. Con el propósito de designación abreviada de variantes de VEGF descritas en el presente documento, cabe destacar que los números hacen referencia a la posición del residuo de aminoácidos a lo largo de la secuencia de aminoácidos del supuesto VEGF natural (proporcionada en Leung et al., supra y Houck et al., supra). A menos que se especifique de otro modo, el término "VEGF" ,como se usa en el presente documento, indica v Eg F-A.
Un "antagonista del VEGF" o "antagonista específico del VEGF" se refiere a una molécula que se puede unir a VEGF, reducir los niveles de expresión de VEGF o neutralizar, bloquear, inhibir, anular, reducir o interferir en las actividades biológicas del VEGF, incluyendo, pero sin limitarse a, la unión del VEGF a uno o más receptores de VEGF, la señalización de VEGF y la angiogénesis y la supervivencia o la proliferación de células endoteliales mediadas por el VEGF. Por ejemplo, una molécula que puede neutralizar, bloquear, inhibir, anular, reducir o interferir en las actividades biológicas de VEGF puede ejercer sus efectos al unirse a uno o más receptores de VEGF (VEGFR) (por ejemplo, VEGFR1, VEGFR2, VEGFR3, receptor de VEGF unido a membrana (mbVEGFR) o receptor de VEGF soluble (sVEGFR)). Como antagonistas específicos del VEGF útiles en los procedimientos de la invención se incluyen polipéptidos que se unen específicamente al VEGF, anticuerpos anti-VEGF y fragmentos de unión a antígeno de los mismos, moléculas receptoras y derivados que se unen específicamente al VEGF, secuestrando de este modo su unión a uno o más receptores, proteínas de fusión (por ejemplo, VEGF-Trap (Regeneron)) y VEGF121-gelonina (Peregrine). Los antagonistas específicos de VEGF también incluyen variantes de antagonistas de polipéptidos de VEGF, oligómeros de nucleobases antisentido complementarios de al menos un fragmento de una molécula de ácido nucleico que codifica un polipéptido de VEGF; pequeños ARN complementarios de al menos un fragmento de una molécula de ácido nucleico que codifica un polipéptido de VEGF; ribozimas que se dirigen a VEGF; pepticuerpos contra VEGF; y aptámeros de VEGF. Los antagonistas de VEGF también incluyen polipéptidos que se unen a VEGFR, anticuerpos anti-VEGFR y fragmentos de unión a antígeno de los mismos, y derivados que se unen a VEGFR bloqueando, inhibiendo, anulando, reduciendo o interfiriendo de este modo con las actividades biológicas de VEGF (por ejemplo, señalización de VEGF), o proteínas de fusión. Los antagonistas específicos de VEGF también incluyen moléculas pequeñas no peptídicas que se unen al VEGF o VEGFR y pueden bloquear, inhibir, anular, reducir o interferir en las actividades biológicas del VEGF. Por tanto, el término "actividades del VEGF" incluye específicamente actividades biológicas del VEGF mediadas por el VEGF. En determinados modos de realización, el antagonista del VEGF reduce o inhibe, en al menos un 10 %, 20 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 % o más, el nivel de expresión o la actividad biológica del VEGF. En algunos modos de realización, el VEGF inhibido por el antagonista específico de VEGF es VEGF (8-109), VEGF (1-109) o VEGF165.
Como se usa en el presente documento, los antagonistas de VEGF pueden incluir, pero no se limitan a, anticuerpos anti-VEGFR2 y moléculas relacionadas (por ejemplo, ramucirumab, tanibirumab, aflibercept), anticuerpos anti-VEGFR1 y moléculas relacionadas (por ejemplo, icrucumab, aflibercept (VEGF Trap-Eye; EYLEA®) y ziv-aflibercept (VEGF Trap; ZALTRAP®)), anticuerpos de v Eg F biespecíficos (por ejemplo, MP-0250, vanucizumab (VEGF-ANG2) y anticuerpos biespecíficos divulgados en el documento US 2001/0236388), anticuerpos biespecíficos que incluyen combinaciones de dos de los brazos anti-VEGF, anti-VEGFR1 y anti-VEGFR2, anticuerpos anti-VEGFA (por ejemplo, bevacizumab, sevacizumab), anticuerpos anti-VEGFB, anticuerpos anti-VEGFC (por ejemplo, VGX-100), anticuerpos anti-VEGFD y antagonistas no peptídicos de VEGF de molécula pequeña (por ejemplo, pazopanib, axitinib, vandetanib, stivarga, cabozantinib, lenvatinib, nintedanib, orantinib, telatinib, dovitinig, cediranib, motesanib, sulfatinib, apatinib, foretinib, famitinib y tivozaninib).
Un "anticuerpo anti-VEGF" es un anticuerpo que se une a VEGF con suficiente afinidad y especificidad. En determinados modos de realización, el anticuerpo tendrá una afinidad de unión suficientemente alta por el VEGF, por ejemplo, el anticuerpo se puede unir a hVEGF con un valor de Kd de entre 100 nM y 1 pM. Las afinidades de los anticuerpos se pueden determinar, por ejemplo, mediante un ensayo basado en resonancia de plasmones superficiales (tal como el ensayo BIAcore® como se describe en la publicación de solicitud de PCT n.° WO2005/012359); ensayo de inmunoadsorción enzimática (ELISA); y ensayos de competencia (por ejemplo, radioinmunoanálisis (RIA)).
En determinados modos de realización, el anticuerpo anti-VEGF se puede usar como un agente terapéutico para dirigirse a e interferir en enfermedades o afecciones en las que está implicada la actividad del VEGF. Además, el anticuerpo se puede someter a otros ensayos de actividad biológica, por ejemplo, para evaluar su eficacia como agente terapéutico. Dichos ensayos son conocidos en la técnica y dependen del antígeno diana y del uso previsto del anticuerpo. Los ejemplos incluyen el ensayo de inhibición con HUVEC; ensayos de inhibición del crecimiento de células tumorales (como se describe en el documento WO 89/06692, por ejemplo); ensayos de citotoxicidad celular dependiente de anticuerpos (ADCC) y citotoxicidad mediada por el complemento (CDC) (patente de EE. UU. n.° 5.500.362); y ensayos de actividad agonista o hematopoyesis (véase el documento WO 95/27062). Un anticuerpo anti-VEGF normalmente no se unirá a otros homólogos del VEGF, tales como VEGF-B o VEGF-C, ni a otros factores de crecimiento tales como PlGF, PDGF o bFGF. En un modo de realización, el anticuerpo anti-VEGF es un anticuerpo monoclonal que se une al mismo epítopo que el anticuerpo anti-VEGF monoclonal A4.6.1 producido por el hibridoma ATCC HB 10709. En otro modo de realización, el anticuerpo anti-VEGF es un anticuerpo monoclonal anti-VEGF humanizado recombinante generado de acuerdo con Presta et al. (CáncerRes. 57:4593-4599, 1997), incluyendo, pero sin limitarse a, el anticuerpo conocido como bevacizumab (BV; AVASTIN®).
El anticuerpo anti-VEGF "bevacizumab (BV)", también conocido como "rhuMAb VEGF" o "AVASTIN®", es un anticuerpo monoclonal anti-VEGF humanizado recombinante generado de acuerdo con Presta et al. (Cáncer Res.
57:4593-4599, 1997). Comprende regiones estructurales de IgG1 humana mutadas y regiones determinantes de complementariedad de unión a antígeno del anticuerpo monoclonal anti-hVEGF murino A.4.6.1 que bloquea la unión del VEGF humano a sus receptores. Aproximadamente el 93 % de la secuencia de aminoácidos de bevacizumab, incluyendo la mayoría de las regiones estructurales, se deriva de la IgG1 humana, y aproximadamente el 7 % de la secuencia se deriva del anticuerpo murino A4.6.1. Bevacizumab tiene una masa molecular de aproximadamente 149000 daltons y está glucosilado. Bevacizumab y otros anticuerpos anti-VEGF humanizados se describen además en la patente de EE. UU. n.° 6.884.879 expedida el 26 de febrero de 2005. Los anticuerpos preferentes adicionales incluyen los anticuerpos de la serie G6 o B20 (por ejemplo, G6-31, B20-4.1), como se describe en la publicación de solicitud PCT n.° WO 2005/012359. Para anticuerpos preferentes adicionales, véanse las patentes de EE. UU. n.os 7.060.269, 6.582.959, 6.703.020; 6.054.297; los documentos WO98/45332; WO 96/30046; WO94/10202; EP 0666868B1; las publicaciones de solicitud de patente de EE. UU. n.os 2006009360, 20050186208, 20030206899, 20030190317, 20030203409 y 20050112126; y Popkov et al., (Journal of Immunological Methods 288:149-164, 2004). Otros anticuerpos preferentes incluyen aquellos que se unen a un epítopo funcional en el VEGF humano que comprende los residuos F17, M18, D19, Y21, Y25, Q89, 191, K101, E103 y C104 o, de forma alternativa, que comprenden los residuos F17, Y21, Q22, Y25, D63, 183 y Q89.
Cuando se administra un antagonista de VEGF como un "agente antitumoral único", es el único agente antitumoral que se administra para tratar el cáncer, es decir, no se administra en combinación con otro agente antitumoral, tal como la quimioterapia.
Un "ácido nucleico que codifica un anticuerpo anti-VEGF" se refiere a una o más moléculas de ácido nucleico que codifican las cadenas pesada y ligera de anticuerpo (o fragmentos de las mismas), incluyendo dicha(s) molécula(s) de ácido nucleico en un único vector o vectores separados, y estando dicha(s) molécula(s) de ácido nucleico presente(s) en una o más localizaciones en una célula huésped.
El término "disfunción", en el contexto de la disfunción inmunitaria, se refiere a un estado de reactividad inmunitaria reducida a la estimulación antigénica. El término incluye los elementos comunes de "agotamiento" y/o "anergia" en los que se puede producir el reconocimiento de antígenos, pero la respuesta inmunitaria resultante es ineficaz para controlar la infección o el crecimiento tumoral.
El término "disfuncional", como se usa en el presente documento, también incluye resistente al tratamiento o que no responde al reconocimiento de antígenos, específicamente, con alteración de la capacidad para traducir el reconocimiento de antígenos a funciones efectoras de linfocitos T posteriores, tales como proliferación, producción de citocinas (por ejemplo, IL-2) y/o destrucción de células diana.
El término "anergia" se refiere al estado de falta de reactividad a la estimulación antigénica resultante de señales incompletas o insuficientes emitidas a través del receptor de linfocitos T (por ejemplo, incremento del Ca2+ intracelular en ausencia de activación de Ras). La anergia de linfocitos T también puede ser el resultado de la estimulación con antígeno en ausencia de coestimulación, dando como resultado que la célula se vuelva resistente a la posterior activación por el antígeno incluso en el contexto de coestimulación. El estado de falta de reactividad se puede anular a menudo por la presencia de interleucina-2. Los linfocitos T anérgicos no experimentan expansión clónica y/o adquieren funciones efectoras.
El término "agotamiento" se refiere al agotamiento de los linfocitos T como un estado de disfunción de los linfocitos T que surge de la señalización mantenida de TCR que se produce durante muchas infecciones crónicas y cáncer. Se distingue de la anergia en que surge no de una señalización incompleta o insuficiente, sino de una señalización mantenida. Se define por una función efectora deficiente, expresión mantenida de receptores inhibidores y un estado transcripcional distinto del de los linfocitos T de memoria o efectores funcionales. El agotamiento evita el control óptimo de infecciones y tumores. El agotamiento puede ser el resultado de las vías reguladoras negativas extrínsecas (por ejemplo, citocinas inmunorreguladoras), así como de las vías reguladoras (coestimuladoras) negativas intrínsecas celulares (PD-1, B7-H3, B7-H4, etc.).
"Potenciar la función de los linfocitos T" significa inducir, causar o estimular que un linfocito T tenga una función biológica mantenida o amplificada, o renovar o reactivar linfocitos T agotados o inactivos. Los ejemplos de potenciación de la función de los linfocitos T incluyen: secreción incrementada de interferón y desde los linfocitos T CD8+, proliferación incrementada, reactividad incrementada a antígenos (por ejemplo, eliminación vírica, patógena o tumoral) con respecto a dichos niveles antes de la intervención. En un modo de realización, el nivel de potenciación es al menos un 50 %, de forma alternativa un 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 100 %, 120 %, 150 % o 200 % de potenciación. La manera de medir esta potenciación es conocida por un experto en la técnica.
La "inmunidad tumoral" se refiere al proceso en el que los tumores evaden el reconocimiento y la eliminación por parte del sistema inmunitario. Por tanto, como concepto terapéutico, la inmunidad tumoral se "trata" cuando dicha evasión se atenúa y los tumores son reconocidos y atacados por el sistema inmunitario. Los ejemplos de reconocimiento tumoral incluyen unión al tumor, reducción del volumen tumoral y eliminación tumoral.
"Inmunogenicidad" se refiere a la capacidad de una sustancia particular de provocar una respuesta inmunitaria. Los tumores son inmunógenos y la potenciación de la inmunogenicidad tumoral ayuda en la eliminación de las células tumorales por la respuesta inmunitaria. Los ejemplos de potenciación de la inmunogenicidad tumoral incluyen el tratamiento con un antagonista de unión al eje de PD-L1.
Los términos "ligando de muerte programada 1" y "PD-L1" se refieren en el presente documento a un polipéptido PD-L1 de secuencia natural, variantes del polipéptido y fragmentos de un polipéptido de secuencia natural y variantes del polipéptido (que se definen además en el presente documento). El polipéptido PD-L1 descrito en el presente documento puede ser el que se aísla de una variedad de fuentes, tales como de tipos de tejido humano o de otra fuente, o se prepara por procedimientos recombinantes o sintéticos.
Un "polipéptido PD-L1 de secuencia natural" comprende un polipéptido que tiene la misma secuencia de aminoácidos que el polipéptido PD-L1 correspondiente derivado de la naturaleza.
Una "variante del polipéptido PD-L1", o variaciones del mismo, quiere decir un polipéptido PD-L1, en general un polipéptido PD-L1 activo, como se define en el presente documento, que tiene al menos aproximadamente un 80 % de identidad de secuencia de aminoácidos con cualquiera de las secuencias del polipéptido PD-L1 de secuencia natural como se divulga en el presente documento. Dichas variantes del polipéptido PD-L1 incluyen, por ejemplo, polipéptidos PD-L1 en los que uno o más residuos de aminoácidos se añaden o se delecionan en el extremo N o C de una secuencia de aminoácidos natural. Habitualmente, una variante del polipéptido PD-L1 tendrá al menos aproximadamente un 80 % de identidad de secuencia de aminoácidos, de forma alternativa al menos aproximadamente un 81 %, 82 %, 83 %, 84 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % de identidad de secuencia de aminoácidos, con una secuencia del polipéptido PD-L1 de secuencia natural como se divulga en el presente documento. Habitualmente, las variantes del polipéptido PD-L1 tienen al menos aproximadamente 10 aminoácidos de longitud, de forma alternativa al menos aproximadamente 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 190, 200, 210, 220, 230, 240, 250, 260, 270, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288 o 289 aminoácidos de longitud, o más. Opcionalmente, las variantes del polipéptido PD-L1 no tendrán más de una sustitución aminoacídica conservadora en comparación con una secuencia del polipéptido PD-L1 natural, de forma alternativa no más de 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10 sustituciones aminoacídicas conservadoras en comparación con la secuencia del polipéptido PD-L1 natural.
El término "antagonista de unión al eje de PD-L1" se refiere a una molécula que inhibe la interacción de un compañero de unión al eje de PD-L1 con uno o más de sus compañeros de unión, para eliminar la disfunción de linfocitos T resultante de la señalización en el eje de señalización de PD-1, con la restauración o potenciación de la función de linfocitos T como resultado. Como se usa en el presente documento, un antagonista de unión al eje de PD-L1 incluye un antagonista de unión a PD-L1 y un antagonista de unión a PD-1, así como moléculas que interfieren en la interacción entre PD-L1 y PD-1 (por ejemplo, fusión PD-L2-Fc).
Los términos "anticuerpo anti-PD-L1" y "un anticuerpo que se une a PD-L1" se refieren a un anticuerpo que se puede unir a PD-L1 con una afinidad suficiente, de modo que el anticuerpo sea útil como agente de diagnóstico y/o terapéutico al dirigirse a PD-L1. En un modo de realización, el grado de unión de un anticuerpo anti-PD-L1 a una proteína distinta de PD-L1 no relacionada es inferior a aproximadamente un 10 % de la unión del anticuerpo a PD-L1 como se mide, por ejemplo, mediante un RIA. En determinados modos de realización, un anticuerpo anti-PD-L1 se une a un epítopo de PD-L1 que está conservado entre PD-L1 de especies diferentes.
Los términos "anticuerpo anti-PD-1" y "un anticuerpo que se une a PD-1" se refieren a un anticuerpo que se puede unir a PD-1 con una afinidad suficiente, de modo que el anticuerpo sea útil como agente de diagnóstico y/o terapéutico al dirigirse a PD-1. En un modo de realización, el grado de unión de un anticuerpo anti-PD-1 a una proteína distinta de PD-1 no relacionada es inferior a aproximadamente un 10 % de la unión del anticuerpo a PD-1 como se mide, por ejemplo, mediante un RIA. En determinados modos de realización, un anticuerpo anti-PD-1 se une a un epítopo de PD-1 que está conservado entre PD-1 de especies diferentes.
Como se usa en el presente documento, un "antagonista de unión a PD-L1" es una molécula que disminuye, bloquea, inhibe, anula o interfiere en la transducción de señales resultante de la interacción de PD-L1 con bien uno o más de sus compañeros de unión, tales como PD-1 y/o B7-1. En algunos modos de realización, un antagonista de unión a PD-L1 es una molécula que inhibe la unión de PD-L1 a sus compañeros de unión. En un aspecto específico, el antagonista de unión a PD-L1 inhibe la unión de PD-L1 a PD-1 y/o B7-1. En algunos modos de realización, los antagonistas de unión a PD-L1 incluyen anticuerpos anti-PD-L1 y fragmentos de unión a antígeno de los mismos, inmunoadhesinas, proteínas de fusión, oligopéptidos, antagonistas de moléculas pequeñas, antagonistas de polinucleótidos y otras moléculas que disminuyen, bloquean, inhiben, anulan o interfieren en la transducción de señales resultante de la interacción de PD-L1 con uno o más de sus compañeros de unión, tales como PD-1 y/o B7-1. En un modo de realización, un antagonista de unión a PD-L1 reduce la señal negativa mediada por o a través de proteínas de la superficie celular expresadas en linfocitos T y otras células, la señalización mediada a través de PD-L1 o PD-1 para hacer que un linfocito T disfuncional sea menos disfuncional. En algunos modos de realización, un antagonista de unión a PD-L1 es un anticuerpo anti-PD-L1. En un aspecto específico, un anticuerpo anti-PD-L1 es YW243.55.S70. En otro aspecto específico, un anticuerpo anti-PD-L1 es MDX-1105. Todavía en otro aspecto específico, un anticuerpo anti-PD-L1 es MEDI4736 (druvalumab). Todavía en otro aspecto específico, un anticuerpo anti-PD-L1 es MSB0010718C (avelumab). Todavía en otro aspecto específico, un anticuerpo anti-PD-L1 es atezolizumab (MPDL3280A), descrito en el presente documento.
Como se usa en el presente documento, un "antagonista de unión a PD-1" es una molécula que disminuye, bloquea, inhibe, anula o interfiere en la transducción de señales resultante de la interacción de PD-1 con uno o más de sus compañeros de unión, tales como PD-L1 y/o PD-L2. En algunos modos de realización, el antagonista de unión a PD-1 es una molécula que inhibe la unión de PD-1 a sus compañeros de unión. En un aspecto específico, el antagonista de unión a PD-1 inhibe la unión de PD-1 a PD-L1 y/o PD-L2. Por ejemplo, los antagonistas de unión a PD-1 incluyen anticuerpos anti-PD-1 y fragmentos de unión a antígeno de los mismos, inmunoadhesinas, proteínas de fusión, oligopéptidos, antagonistas de moléculas pequeñas, antagonistas de polinucleótidos y otras moléculas que disminuyen, bloquean, inhiben, anulan o interfieren en la transducción de señales resultante de la interacción de PD-1 con PD-L1 y/o PD-L2. En un modo de realización, un antagonista de unión a PD-1 reduce la señal negativa mediada por o a través de proteínas de la superficie celular expresadas en linfocitos T y otras células, la señalización mediada a través de PD-1 o PD-L1 para hacer que un linfocito T disfuncional sea menos disfuncional. En algunos modos de realización, el antagonista de unión a PD-1 es un anticuerpo anti-PD-1. En un aspecto específico, un antagonista de unión a PD-1 es MDX-1106 (nivolumab). En otro aspecto específico, un antagonista de unión a PD-1 es MK-3475 (pembrolizumab). En otro aspecto específico, un antagonista de unión a PD-1 es CT-011 (pidilizumab). En otro aspecto específico, un antagonista de unión a PD-1 es MEDI-0680 (AMP-514). En otro aspecto específico, un antagonista de unión a PD-1 es PDR001. En otro aspecto específico, un antagonista de unión a PD-1 es REGN2810. En otro aspecto específico, un antagonista de unión a PD-1 es BGB-108. En otro aspecto específico, un antagonista de unión a PD-1 es AMP-224.
Cuando se administra un antagonista de unión al eje de PD-L1 como un "agente antitumoral único", es el único agente antitumoral administrado para tratar el cáncer, es decir, no se administra en combinación con otro agente antitumoral, tal como la quimioterapia.
Un "ácido nucleico que codifica un antagonista de unión al eje de PD-L1" se refiere a una o más moléculas de ácido nucleico que codifican las cadenas pesada y ligera de anticuerpo (o fragmentos de las mismas), incluyendo dicha(s) molécula(s) de ácido nucleico en un único vector o vectores separados, y estando dicha(s) molécula(s) de ácido nucleico presente(s) en una o más localizaciones en una célula huésped.
La "respuesta individual" o "respuesta" se puede evaluar usando cualquier criterio de valoración que indique un beneficio para el individuo, incluyendo, sin limitación, inhibición, en cierto grado, de la progresión de la enfermedad (por ejemplo, progresión del cáncer), incluyendo ralentización e interrupción completa; una reducción en el tamaño tumoral; inhibición (es decir, reducción, ralentización o detención completa) de la infiltración de células cancerosas en órganos y/o tejidos periféricos contiguos; inhibición (es decir, reducción, ralentización o detención completa) de metástasis; alivio, en cierto grado, de uno o más síntomas asociados con la enfermedad o trastorno (por ejemplo, cáncer); incremento o prolongación en la duración de la supervivencia, incluyendo supervivencia global y supervivencia sin progresión; y/o disminución de la mortalidad en un punto temporal dado después del tratamiento.
Una "respuesta eficaz" de un paciente o la "reactividad" de un paciente al tratamiento con un medicamento y redacción similar se refiere al beneficio clínico o terapéutico impartido a un paciente en riesgo de padecer, o que padece, una enfermedad o trastorno, tal como cáncer. En un modo de realización, dicho beneficio incluye uno cualquiera o más de: prolongar la supervivencia (incluyendo supervivencia global y supervivencia sin progresión); dando como resultado una respuesta objetiva (incluyendo una respuesta completa o una respuesta parcial); o mejorar los signos o síntomas de cáncer. En un modo de realización, el biomarcador (por ejemplo, expresión de PD-L1 en células inmunitarias infiltrantes de tumor, por ejemplo, como se determina usando iHq ) se usa para identificar al paciente que se predice que tiene un incremento en la probabilidad de ser sensible al tratamiento con un medicamento (por ejemplo, un tratamiento que comprende un antagonista de unión al eje de PD-L1, por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1), con respecto a un paciente que no expresa el biomarcador. En un modo de realización, el biomarcador (por ejemplo, expresión de CD8A en células inmunitarias infiltrantes de tumor, por ejemplo, como se determina usando IHQ) se usa para identificar al paciente que se predice que tiene un incremento en la probabilidad de ser sensible al tratamiento con un medicamento (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF y/o un anticuerpo anti-PD-L1), con respecto a un paciente que no expresa el biomarcador al mismo nivel. En un modo de realización, la presencia del biomarcador se usa para identificar a un paciente que es más probable que responda al tratamiento con un medicamento, con respecto a un paciente en el que el biomarcador no está presente. En otro modo de realización, la presencia del biomarcador se usa para determinar que un paciente tendrá un incremento en la probabilidad de beneficiarse del tratamiento con un medicamento, con respecto a un paciente en el que el biomarcador no está presente.
Una “respuesta objetiva” se refiere a una respuesta medible, incluyendo la respuesta completa (RC) o la respuesta parcial (RP). En algunos modos de realización, la "tasa de respuesta objetiva" (TRO) se refiere a la suma de la tasa de respuesta completa (RC) y la tasa de respuesta parcial (RP).
Por "respuesta completa" o "RC" se entiende la desaparición de todos los signos de cáncer (por ejemplo, desaparición de todas las lesiones diana) en respuesta al tratamiento. Esto no siempre quiere decir que el cáncer se haya curado.
Como se usa en el presente documento, "respuesta parcial" o "RP" se refiere a una disminución del tamaño de uno o más tumores o lesiones, o de la extensión del cáncer en el cuerpo, en respuesta al tratamiento. Por ejemplo, en algunos modos de realización, la RP se refiere a al menos una disminución de un 30 % en la suma de los diámetros más largos (SDML) de las lesiones diana, tomando como referencia la SDML al inicio del estudio.
"Respuesta mantenida" se refiere al efecto mantenido en la reducción del crecimiento tumoral después de la interrupción de un tratamiento. Por ejemplo, el tamaño del tumor puede permanecer igual o más pequeño en comparación con el tamaño al comienzo de la fase de administración. En algunos modos de realización, la respuesta mantenida tiene una duración al menos igual que la duración del tratamiento, al menos 1,5, 2,0, 2,5 o 3,0 veces la duración del tratamiento o mayor.
Como se usa en el presente documento, "enfermedad estable" o "EE" se refiere a una contracción no suficiente de las lesiones diana para considerar que hay RP y a un incremento no suficiente para considerar que hay EP, tomando como referencia la SDML más pequeña desde que comenzó el tratamiento.
Como se usa en el presente documento, "enfermedad progresiva" o "EP" se refiere a al menos un incremento de un 20 % en la SDML de las lesiones diana, tomando como referencia la SDML más pequeña registrada desde que comenzó el tratamiento o la presencia de una o más lesiones nuevas.
El término "supervivencia" se refiere a que el paciente permanezca con vida e incluye la supervivencia global, así como la supervivencia sin progresión.
La frase "supervivencia sin progresión" en el contexto de la presente invención se refiere al período de tiempo durante y después del tratamiento durante el cual, de acuerdo con la evaluación del investigador o médico especialista, la enfermedad de un paciente no empeora, es decir, no progresa. Como apreciará el experto en la técnica, la supervivencia sin progresión de un paciente mejora o se potencia si el paciente experimenta un período de tiempo más largo durante el cual la enfermedad no progresa en comparación con el tiempo de supervivencia sin progresión promedio o medio de un grupo de control de pacientes en situación similar.
Como se usa en el presente documento, "supervivencia global" (SG) se refiere al porcentaje de individuos de un grupo que probablemente estén vivos después de un periodo de tiempo particular.
Por "prolongación de la supervivencia" se quiere decir el incremento de la supervivencia global o sin progresión en un paciente tratado con respecto a un paciente no tratado (es decir, con respecto a un paciente no tratado con el medicamento), o con respecto a un paciente que no expresa un biomarcador en el nivel designado y/o con respecto a un paciente tratado con un agente antitumoral aprobado (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF o un antagonista de unión al eje de PD-L1).
El término "beneficio" se usa en el sentido más amplio y se refiere a cualquier efecto deseable e incluye específicamente el beneficio clínico como se define en el presente documento. El beneficio clínico se pueden evaluar usando diversos criterios de valoración, por ejemplo, la inhibición, en cierto grado, de la progresión de la enfermedad, incluyendo la ralentización y la detención completa; la reducción del número de episodios y/o síntomas de la enfermedad; la reducción del tamaño de la lesión; la inhibición (es decir, reducción, ralentización o detención completa) de la infiltración de células de la enfermedad en órganos y/o tejidos periféricos contiguos; la inhibición (es decir, reducción, ralentización o detención completa) de la propagación de la enfermedad; la disminución de la respuesta autoinmunitaria, que puede dar como resultado, pero no tiene por qué hacerlo, la regresión o destrucción de la lesión de la enfermedad; el alivio, en cierto grado, de uno o más síntomas asociados con el trastorno; el incremento en la duración de la presentación sin enfermedad después del tratamiento, por ejemplo, la supervivencia sin progresión; el incremento de la supervivencia global; una tasa de respuesta mayor; y/o la disminución de la mortalidad en un punto temporal dado después del tratamiento.
III. Procedimientos
En un aspecto, la invención se basa, en parte, en el descubrimiento de que cambios en el nivel de expresión de uno o más biomarcadores inmunológicos (por ejemplo, CD8A, CD8B, Eo Me S, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1, SLAMF7, MHC-I, CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CCR7, CX3CL1) y/o infiltración tumoral de células inmunes (por ejemplo, linfocitos Teff CD8+ y/o macrófagos CD68+/CD163+) se asocian con respuestas del paciente al tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y/o un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, por ejemplo, atezolizumab). En determinados modos de realización, se proporcionan procedimientos para monitorizar la respuesta de un paciente al tratamiento de acuerdo con la expresión de dichos biomarcadores. En otros modos de realización, se proporcionan procedimientos para tratar el cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón) de acuerdo con el nivel de expresión o el número de dichos biomarcadores. En algunos modos de realización, se proporcionan procedimientos para identificar a un paciente con cáncer que es probable que se beneficie de un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje de PD-L1. En algunos modos de realización, se proporcionan procedimientos para seleccionar un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje de PD-L1 para un paciente con cáncer. La presente invención también proporciona procedimientos para tratar a un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, un cáncer de riñón, tal como CCR, por ejemplo, CCRm). En algunos casos, los procedimientos de la invención incluyen administrar al paciente un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje de PD-L1 basado en el nivel de expresión de un biomarcador de la invención.
A. Procedimientos de monitorización de las respuestas al tratamiento, diagnóstico, pronóstico y selección de pacientes
La presente invención se refiere a la identificación, selección y uso de biomarcadores (por ejemplo, biomarcadores inmunológicos) de cáncer, tal como un cáncer de riñón (por ejemplo, carcinoma de células renales (CCR), por ejemplo, CCR metastásico (CCRm)), que se correlacionan con la respuesta a antagonistas de VEGF (por ejemplo, anticuerpos anti-VEGF, tal como bevacizumab) y/o antagonistas de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, antagonistas de unión a PD-L1, tal como atezolizumab). A este respecto, la invención se refiere al uso de perfil(es) de expresión de uno o más de los biomarcadores de la invención con respecto al/a los nivel(es) de referencia para el uno o más biomarcadores para identificar pacientes sensibles o que responden a la combinación de antagonistas de VEGF (por ejemplo, anticuerpos anti-VEGF, tal como bevacizumab) y antagonistas de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, antagonistas de unión a PD-L1, tal como atezolizumab). En algunos casos, la administración de antagonistas de VEGF (por ejemplo, anticuerpos anti-VEGF, tal como bevacizumab) y antagonistas de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, antagonistas de unión a PD-L1, tal como atezolizumab) se basa en una determinación y/o comparación del/de los nivel(es) de expresión específico(s) del tumor de uno o más biomarcadores con respecto al/a los nivel(es) de referencia.
La invención proporciona procedimientos para monitorizar la respuesta de un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón) al tratamiento con un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab), que implica determinar el nivel de expresión de uno o más biomarcadores inmunológicos en una muestra obtenida del paciente y comparar el nivel de expresión del uno o más biomarcadores en la muestra con un nivel de referencia, monitorizando de este modo la respuesta del paciente al tratamiento con el tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, el nivel de expresión se incrementa con respecto al nivel de referencia. En la tabla 2 a continuación se establece una lista de biomarcadores inmunológicos ejemplares. En algunos modos de realización, el procedimiento implica seleccionar un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab) para el paciente en base al nivel de expresión de un biomarcador establecido en la tabla 2 a continuación.
Tabla 2. Biomarcadores inmunológicos
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En otros modos de realización, la invención proporciona un procedimiento para identificar a un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón) que es probable que se beneficie del tratamiento con un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de uno o más biomarcadores inmunológicos en una muestra biológica obtenida del paciente y comparar el nivel de expresión del uno o más biomarcadores en la muestra con un nivel de referencia, identificando de este modo al paciente como alguien con probabilidad de beneficiarse del tratamiento con el tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, un cambio en el nivel de expresión (por ejemplo, un incremento o una disminución) del uno o más biomarcadores inmunológicos en la muestra biológica con respecto al nivel de referencia identifica al paciente como alguien con probabilidad de beneficiarse del tratamiento con el tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, el biomarcador inmunológico se establece en la tabla 2. En otros modos de realización, el biomarcador inmunológico es MHC-I.
En otro modo de realización, la invención proporciona un procedimiento para diagnosticar o pronosticar un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de uno o más biomarcadores inmunológicos en una muestra biológica obtenida del paciente y comparar el nivel de expresión del uno o más biomarcadores en la muestra con un nivel de referencia, diagnosticando o pronosticando de este modo el cáncer. En algunos modos de realización, un cambio en el nivel de expresión (por ejemplo, un incremento o una disminución) del uno o más biomarcadores inmunológicos en la muestra biológica con respecto al nivel de referencia diagnostica o pronostica al paciente. En algunos modos de realización, el biomarcador inmunológico se establece en la tabla 2. En otros modos de realización, el biomarcador inmunológico es MHC-I.
Aún en otro modo de realización, la invención proporciona un procedimiento para determinar si un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón) tiene probabilidad de responder al tratamiento con un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de uno o más biomarcadores inmunológicos en una muestra biológica obtenida del paciente y comparar el nivel de expresión del uno o más biomarcadores en la muestra con un nivel de referencia, identificando de este modo al paciente como alguien con probabilidad de responder al tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, un cambio en el nivel de expresión (por ejemplo, un incremento o una disminución) del uno o más biomarcadores inmunológicos en la muestra biológica con respecto al nivel de referencia identifica al paciente como alguien con probabilidad de responder al tratamiento con el tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, el biomarcador inmunológico se establece en la tabla 2. En otros modos de realización, el biomarcador inmunológico es MHC-I.
En otros modos de realización, la invención proporciona un procedimiento para optimizar la eficacia terapéutica de un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de PD-L1, tal como atezolizumab), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de uno o más biomarcadores inmunológicos en una muestra biológica obtenida del paciente y comparar el nivel de expresión del uno o más biomarcadores en la muestra con un nivel de referencia, en el que un cambio (por ejemplo, un incremento o disminución) en el nivel de expresión del uno o más biomarcadores inmunológicos en la muestra biológica con respecto al nivel de referencia identifica a un paciente que es probable que responda al tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, el biomarcador inmunológico se establece en la tabla 2. En otros modos de realización, el biomarcador inmunológico es MHC-I.
Todavía en otros modos de realización, la invención proporciona procedimientos para seleccionar un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab) para un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de uno o más biomarcadores inmunológicos en una muestra biológica obtenida del paciente, comparar el nivel de expresión del uno o más biomarcadores en la muestra biológica con un nivel de referencia, y seleccionar un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje de PD-L1 para el paciente en base al nivel de expresión del uno o más biomarcadores inmunológicos. En algunos modos de realización, un cambio en el nivel de expresión (por ejemplo, un incremento o una disminución) del uno o más biomarcadores inmunológicos en la muestra biológica con respecto al nivel de referencia se usa para seleccionar el tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, el biomarcador inmunológico se establece en la tabla 2. En otros modos de realización, el biomarcador inmunológico es MHC-I.
En algunos modos de realización, la invención proporciona un procedimiento para monitorizar la respuesta de un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón) al tratamiento con un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab), que implica determinar, en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior a la administración del tratamiento antineoplásico, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 o 13) de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1 y/o SLAMF7, y comparar el nivel de expresión del uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 o 13) de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1 y/o SLAMF7 con un nivel de referencia, monitorizando de este modo la respuesta del paciente al tratamiento con el tratamiento antineoplásico.
En otros modos de realización, la invención proporciona un procedimiento para identificar a un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón) que es probable que se beneficie del tratamiento con un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 o 13) de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1 y/o SLAMF7 en una muestra biológica obtenida del paciente y comparar el nivel de expresión del uno o más de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1 y/o SLAMF7 en la muestra biológica con un nivel de referencia, identificando de este modo al paciente como alguien con probabilidad de beneficiarse del tratamiento con el tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, un cambio en el nivel de expresión (por ejemplo, un incremento o una disminución) de uno o más de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1 y/o SLAMF7 en la muestra biológica con respecto al nivel de referencia identifica al paciente como alguien con probabilidad de beneficiarse del tratamiento con el tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, el cambio es un incremento. En otros modos de realización, el cambio es una disminución.
En otro modo de realización, la invención proporciona un procedimiento para diagnosticar o pronosticar un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 o 13) de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1 y/o SLAMF7 en una muestra biológica obtenida del paciente y comparar el nivel de expresión del uno o más de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1 y/o SLAMF7 en la muestra biológica con un nivel de referencia, diagnosticando o pronosticando de este modo el cáncer. En algunos modos de realización, un cambio en el nivel de expresión (por ejemplo, un incremento o una disminución) de uno o más de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1 y/o SLAMF7 en la muestra biológica con respecto al nivel de referencia diagnostica o pronostica al paciente. En algunos modos de realización, el cambio es un incremento. En otros modos de realización, el cambio es una disminución.
Aún en otro modo de realización, la invención proporciona un procedimiento para determinar si un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón) tiene probabilidad de responder al tratamiento con un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 o 13) de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1 y/o SLAMF7 en una muestra biológica obtenida del paciente y comparar el nivel de expresión del uno o más de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1 y/o SLAMF7 en la muestra biológica con un nivel de referencia, identificando de este modo al paciente como alguien con probabilidad de responder al tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, un cambio en el nivel de expresión (por ejemplo, un incremento o una disminución) de uno o más de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, iFn G, p Rf 1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1 y/o SLAMF7 en la muestra biológica con respecto al nivel de referencia identifica al paciente como alguien con probabilidad de responder al tratamiento con el tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, el cambio es un incremento. En otros modos de realización, el cambio es una disminución.
En otros modos de realización, la invención proporciona un procedimiento para optimizar la eficacia terapéutica de un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión al eje de PD-L1, tal como atezolizumab), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 o 13) de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1 y/o SLAMF7 en una muestra biológica obtenida del paciente y comparar el nivel de expresión del uno o más de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1 y/o SLAMF7 en la muestra biológica con un nivel de referencia, en el que un cambio (por ejemplo, un incremento o disminución) en el nivel de expresión de uno o más de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1 y/o SLAMF7 en la muestra biológica con respecto al nivel de referencia identifica a un paciente que es probable que responda al tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, el cambio es un incremento. En otros modos de realización, el cambio es una disminución.
Todavía en otros modos de realización, la invención proporciona procedimientos para seleccionar un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab) para un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 o 13) de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1 y/o SLAMF7 en una muestra biológica obtenida del paciente, comparar el nivel de expresión del uno o más de c D8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1 y/o SLAMF7 en la muestra biológica con un nivel de referencia y seleccionar un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje de PD-L1 para el paciente en base al nivel de expresión de uno o más de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CX CL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1 y/o SLAMF7 en la muestra biológica con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización, un cambio en el nivel de expresión (por ejemplo, un incremento o una disminución) de uno o más de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, c Xc L9, c Xc L10, CXCL11, CXCL13, KLRK1 y/o SLAMF7 en la muestra biológica con respecto al nivel de referencia se usa para seleccionar el tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, el cambio es un incremento. En otros modos de realización, el cambio es una disminución.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG o PRF1 se correlaciona con la presencia de linfocitos T efectores (Teff) CD8+ en el microambiente tumoral. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2 o 3) de GZMB, KLRK1 o SLAMF7 se correlaciona con la presencia de linfocitos citolíticos naturales (NK) en el microambiente tumoral. Los procedimientos para detectar la presencia de linfocitos Teff CD8+ y/o linfocitos NK se describen en el presente documento e incluyen, por ejemplo, análisis de citometría de flujo en células de muestra tumoral (por ejemplo, análisis de células inmunitarias infiltrantes de tumor en una biopsia tumoral). En determinados modos de realización, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3 o 4) de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13 se correlaciona con la presencia de quimiocinas Th1 en el microambiente tumoral. Los procedimientos para detectar la presencia de quimiocinas Th1 en el microambiente tumoral se describen en el presente documento e incluyen, por ejemplo, análisis ELISA en una muestra tumoral (por ejemplo, un lisado de biopsia tumoral).
En determinados modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes se determina el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6 o 7) de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG o PRF1. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5 o al menos 6 de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG o PRF1. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1. En algunos modos de realización, el nivel de CD8A se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 60 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 17 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 25 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 35 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 45 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 55 veces, aproximadamente 60 veces, o de aproximadamente 1 vez a aproximadamente 50 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de c D8A se incrementa en aproximadamente 50 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 50 veces, 100 veces, 200 veces, 250 veces, 500 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de CD8B se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 60 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 17 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 25 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 35 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 45 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 55 veces, aproximadamente 60 veces, o de aproximadamente 1 vez a aproximadamente 50 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de CD8B se incrementa en aproximadamente 50 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 50 veces, 100 veces, 200 veces, 250 veces, 500 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de EOMES se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 60 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 17 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 25 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 35 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 45 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 55 veces, aproximadamente 60 veces, o de aproximadamente 1 vez a aproximadamente 50 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de EOMES se incrementa en aproximadamente 50 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 50 veces, 100 veces, 200 veces, 250 veces, 500 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de GZMA se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 60 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 17 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 25 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 35 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 45 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 55 veces, aproximadamente 60 veces, o de aproximadamente 1 vez a aproximadamente 50 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de GZMA se incrementa en aproximadamente 50 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 50 veces, 100 veces, 200 veces, 250 veces, 500 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de GZMB se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 60 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 17 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 25 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 35 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 45 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 55 veces, aproximadamente 60 veces, o de aproximadamente 1 vez a aproximadamente 50 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de GZMB se incrementa en aproximadamente 50 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 50 veces, 100 veces, 200 veces, 250 veces, 500 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de IFNG se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 60 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 17 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 25 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 35 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 45 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 55 veces, aproximadamente 60 veces, o de aproximadamente 1 vez a aproximadamente 50 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de IFNG se incrementa en aproximadamente 50 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 50 veces, 100 veces, 200 veces, 250 veces, 500 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de PRF1 se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 60 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 17 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 25 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 35 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 45 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 55 veces, aproximadamente 60 veces, o de aproximadamente 1 vez a aproximadamente 50 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de PRF1 se incrementa en aproximadamente 50 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 50 veces, 100 veces, 200 veces, 250 veces, 500 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En determinados modos de realización se determina el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3 o 4) de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de al menos 2 o al menos 3 de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de CXCL9, CXCL10, CXCL11 y CXCL13. En algunos modos de realización, el nivel de CXCL9 se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 300 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 60 veces, aproximadamente 70 veces, aproximadamente 80 veces, aproximadamente 90 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 150 veces, aproximadamente 200 veces, aproximadamente 250 veces, de aproximadamente 3 veces a aproximadamente 250 veces, o de aproximadamente 1 vez a aproximadamente 80 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de CXCL9 se incrementa en aproximadamente 50 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 50 veces, 80 veces, 100 veces, 150 veces, 200 veces, 250 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de CXCL10 se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 300 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 60 veces, aproximadamente 70 veces, aproximadamente 80 veces, aproximadamente 90 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 150 veces, aproximadamente 200 veces, aproximadamente 250 veces, de aproximadamente 3 veces a aproximadamente 250 veces, o de aproximadamente 1 vez a aproximadamente 80 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de CXCL10 se incrementa en aproximadamente 50 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 50 veces, 80 veces, 100 veces, 150 veces, 200 veces, 250 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de CXCL11 se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 300 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 60 veces, aproximadamente 70 veces, aproximadamente 80 veces, aproximadamente 90 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 150 veces, aproximadamente 200 veces, aproximadamente 250 veces, de aproximadamente 3 veces a aproximadamente 250 veces, o de aproximadamente 1 vez a aproximadamente 80 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de CXCL11 se incrementa en aproximadamente 50 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 50 veces, 80 veces, 100 veces, 150 veces, 200 veces, 250 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de CXCL13 se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 300 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 60 veces, aproximadamente 70 veces, aproximadamente 80 veces, aproximadamente 90 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 150 veces, aproximadamente 200 veces, aproximadamente 250 veces, de aproximadamente 3 veces a aproximadamente 250 veces, o de aproximadamente 1 vez a aproximadamente 80 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de CXCL13 se incrementa en aproximadamente 50 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 50 veces, 80 veces, 100 veces, 150 veces, 200 veces, 250 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes se determina el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2 o 3) de GZMB, KLRK1 o SLAMF7. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de al menos 2 de GZMB, KLRK1 o SLAMF7. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de GZMB, KLRK1 y SLAMF7. En algunos modos de realización, el nivel de GZMB se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente20 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 6 veces, aproximadamente 7 veces, aproximadamente 8 veces, aproximadamente 9 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 12 veces, aproximadamente 13 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 20 veces, entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 8 veces, o entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 13 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de GZMB se incrementa en aproximadamente 8 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 8 veces, 9 veces, 10 veces, 13 veces, 15 veces, 20 veces, 50 veces, 100 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de KLRK1 se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 20 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 6 veces, aproximadamente 7 veces, aproximadamente 8 veces, aproximadamente 9 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 12 veces, aproximadamente 13 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 20 veces, entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 8 veces, o entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 13 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de KLRK1 se incrementa en aproximadamente 8 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 8 veces, 9 veces, 10 veces, 13 veces, 15 veces, 20 veces, 50 veces, 100 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de SLAMF7 se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 20 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 6 veces, aproximadamente 7 veces, aproximadamente 8 veces, aproximadamente 9 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 12 veces, aproximadamente 13 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 20 veces, entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 8 veces, o entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 13 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de SLAMF7 se incrementa en aproximadamente 8 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 8 veces, 9 veces, 10 veces, 13 veces, 15 veces, 20 veces, 50 veces, 100 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 o 13) de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1 y/o SLAMF7 en la muestra biológica obtenida del paciente se incrementa (por ejemplo, en aproximadamente 1,1 veces, aproximadamente 1,2 veces, aproximadamente 1,3 veces, aproximadamente 1,4 veces, aproximadamente 1,5 veces, aproximadamente 1,6 veces, aproximadamente 1,7 veces, aproximadamente 1,8 veces, aproximadamente 1,9 veces, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 2,1 veces, aproximadamente 2,2 veces, aproximadamente 2,3 veces, aproximadamente 2,4 veces, aproximadamente 2,5 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 3,5 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 4,5 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 5,5 veces, aproximadamente 6 veces, aproximadamente 6,5 veces, aproximadamente 7 veces, aproximadamente 7,5 veces, aproximadamente 8 veces, aproximadamente 8,5 veces, aproximadamente 9 veces, aproximadamente 9,5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 11 veces, aproximadamente 12 veces, aproximadamente 13 veces, aproximadamente 14 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 16 veces, aproximadamente 17 veces, aproximadamente 18 veces, aproximadamente 19 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 500 veces, aproximadamente 1000 veces o más) con respecto al nivel de referencia.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, un nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más genes (por ejemplo, CD8A, Cd 8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1 y/o SLAMF7) en una muestra biológica del paciente obtenida antes de (por ejemplo, minutos, horas, días, semanas (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7 semanas), meses o años antes de) la administración del tratamiento antineoplásico. En determinados modos de realización, un nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más genes en una población de referencia. En determinados modos de realización, el nivel de referencia es un nivel de expresión preasignado para el uno o más genes. En algunos modos de realización, el nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más genes en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal previo, en el que el punto temporal previo es posterior a la administración del tratamiento antineoplásico. En otros modos de realización, el nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más genes en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior (por ejemplo, minutos, horas, días, semanas, meses o años después de la administración de un tratamiento antineoplásico).
En otro aspecto, la invención proporciona un procedimiento para monitorizar la respuesta de un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón) al tratamiento con un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab), que implica determinar el nivel de expresión de MHC-I en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior a la administración del tratamiento antineoplásico y comparar el nivel de expresión de MHC-I en la muestra biológica con un nivel de referencia, monitorizando de este modo la respuesta del paciente al tratamiento con el tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, el nivel de expresión en la muestra biológica obtenida del paciente se incrementa con respecto al nivel de referencia.
En otros modos de realización, la invención proporciona un procedimiento para identificar a un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón) que es probable que se beneficie del tratamiento con un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de MHC-I en una muestra biológica obtenida del paciente y comparar el nivel de expresión de MHC-I en la muestra biológica con un nivel de referencia, identificando de este modo al paciente como alguien con probabilidad de beneficiarse del tratamiento con el tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, un cambio en el nivel de expresión (por ejemplo, un incremento o una disminución) de MHC-I en la muestra biológica con respecto al nivel de referencia identifica al paciente como alguien con probabilidad de beneficiarse del tratamiento con el tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, el cambio es un incremento. En otros modos de realización, el cambio es una disminución.
En otro modo de realización, la invención proporciona un procedimiento para diagnosticar o pronosticar un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de MHC-I en una muestra biológica obtenida del paciente y comparar el nivel de expresión de MHC-I en la muestra del paciente con un nivel de referencia, diagnosticando o pronosticando de este modo el cáncer. En algunos modos de realización, un cambio en el nivel de expresión (por ejemplo, un incremento o una disminución) de MHC-I en la muestra biológica con respecto al nivel de referencia diagnostica o pronostica al paciente. En algunos modos de realización, el cambio es un incremento. En otros modos de realización, el cambio es una disminución.
Aún en otro modo de realización, la invención proporciona un procedimiento para determinar si un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón) tiene probabilidad de responder al tratamiento con un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de MHC-I en una muestra biológica obtenida del paciente y comparar el nivel de expresión de MHC-I en la muestra del paciente con un nivel de referencia, identificando de este modo al paciente como alguien con probabilidad de responder al tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, un cambio en el nivel de expresión (por ejemplo, un incremento o una disminución) de MHC-I en la muestra biológica con respecto al nivel de referencia identifica al paciente como alguien con probabilidad de responder al tratamiento con el tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, el cambio es un incremento. En otros modos de realización, el cambio es una disminución.
En otros modos de realización, la invención proporciona un procedimiento para optimizar la eficacia terapéutica de un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de PD-L1, tal como atezolizumab), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de MHC-I en una muestra biológica obtenida del paciente y comparar el nivel de expresión de MHC-I en la muestra del paciente con un nivel de referencia, en el que un cambio (por ejemplo, un incremento o disminución) en el nivel de expresión de MHC-I en la muestra biológica con respecto al nivel de referencia identifica a un paciente que es probable que responda al tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, el cambio es un incremento. En otros modos de realización, el cambio es una disminución.
Todavía en otros modos de realización, la invención proporciona procedimientos para seleccionar un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) para un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de MHC-I en una muestra biológica obtenida del paciente, comparar el nivel de expresión de MHC-I en la muestra biológica con un nivel de referencia y seleccionar un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF y un antagonista de PD-L1 para el paciente en base al nivel de expresión de MHC-I en la muestra del paciente con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización, un cambio en el nivel de expresión (por ejemplo, un incremento o una disminución) de MHC-I en la muestra biológica con respecto al nivel de referencia se usa para seleccionar el tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, el cambio es un incremento. En otros modos de realización, el cambio es una disminución.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, el nivel de expresión de MHC-I se evalúa determinando el nivel de expresión de cualquier gen o pseudogen del antígeno leucocitario humano de clase I (HLA-I) (por ejemplo, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-E, HLA-F, HLA-G, HLA-K o HLA-L), o haplotipo del mismo, mediante cualquiera de los procedimientos de detección descritos en el presente documento. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de MHC-I se evalúa mediante la expresión de proteínas de la cadena alfa de MHC-I o la cadena alfa del antígeno de histocompatibilidad HLA-I.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, un nivel de referencia es el nivel de expresión de MHC-I en una muestra biológica del paciente obtenida antes de (por ejemplo, minutos, horas, días, semanas (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7 semanas), meses o años antes de) la administración del tratamiento antineoplásico. En otros modos de realización, un nivel de referencia es el nivel de expresión de MHC-I en una población de referencia. En otros modos de realización, el nivel de referencia es un nivel de expresión preasignado para MHC-I. En otros modos de realización, el nivel de referencia es el nivel de expresión de m HC-I en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal previo, en el que el punto temporal previo es posterior a la administración del tratamiento antineoplásico. En otros modos de realización, el nivel de referencia es el nivel de expresión de MHC-I en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior (por ejemplo, minutos, horas, días, semanas, meses o años después de la administración de un tratamiento antineoplásico).
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, el nivel de expresión de MHC-I en la muestra biológica obtenida del paciente se incrementa (por ejemplo, en aproximadamente 1,1 veces, aproximadamente 1,2 veces, aproximadamente 1,3 veces, aproximadamente 1,4 veces, aproximadamente 1,5 veces, aproximadamente 1,6 veces, aproximadamente 1,7 veces, aproximadamente 1,8 veces, aproximadamente 1,9 veces, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 2,1 veces, aproximadamente 2,2 veces, aproximadamente 2,3 veces, aproximadamente 2,4 veces, aproximadamente 2,5 veces, aproximadamente 3 veces,
aproximadamente 4 veces, aproximadamente 4,5 veces, aproximadamente mente 5,5 vec aproximadamente 6 veces, aproximadamente 6,5 veces, aproximadamente mente 7,5 vec aproximadamente 8 veces, aproximadamente 8,5 veces, aproximadamente mente 9,5 vec aproximadamente 10 veces, aproximadamente 11 veces, aproximadamente 12 veces,
aproximadamente 14 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 16 veces,
aproximadamente 18 veces, aproximadamente 19 veces, aproximadamente 20 veces,
aproximadamente 40 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 100 veces
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,
aproximadamente 1000 veces o más) con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel
de expresión de MHC-I en la muestra biológica obtenida del paciente se incrementa en al menos aproximadamente 2
veces.
En otro aspecto, la invención proporciona un procedimiento para monitorizar la respuesta de un paciente que tiene un
cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón) al tratamiento con un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista
de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1
(por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab), que implica determinar el nivel de expresión
de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6 o 7) de los siguientes genes: Cx 3c R1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7
o CXCL10 en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior a la administración del
tratamiento antineoplásico y comparar el nivel de expresión del uno o más de CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1,
CCR7 o CXCL10 en la muestra biológica con un nivel de referencia, monitorizando de este modo la respuesta del
paciente al tratamiento con el tratamiento antineoplásico.
En otros modos de realización, la invención proporciona un procedimiento para identificar a un paciente que tiene un
cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón) que es probable que se beneficie del tratamiento con un tratamiento
antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como
bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como
atezolizumab), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5,
6, o 7) de los siguientes genes: CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 o CXCL10 en una muestra biológica
obtenida del paciente y comparar el nivel de expresión del uno o más de CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1,
CCR7 o CXCL10 en la muestra biológica con un nivel de referencia, identificando de este modo al paciente como
alguien con probabilidad de beneficiarse del tratamiento con el tratamiento antineoplásico. En algunos modos de
realización, un cambio en el nivel de expresión (por ejemplo, un incremento o una disminución) del uno o más de
CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 o CXCL10 en la muestra biológica con respecto al nivel de referencia
identifica al paciente como alguien con probabilidad de beneficiarse del tratamiento con el tratamiento antineoplásico.
En algunos modos de realización, el cambio es un incremento. En otros modos de realización, el cambio es una
disminución.
En otro modo de realización, la invención proporciona un procedimiento para diagnosticar o pronosticar un cáncer (por
ejemplo, cáncer de riñón), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,
2, 3, 4, 5, 6 o 7) de los siguientes genes: CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 o CXCL10 en una muestra
biológica obtenida del paciente y comparar el nivel de expresión del uno o más de CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5,
CX3CL1, CCR7 o CXCL10 en la muestra biológica con un nivel de referencia, diagnosticando o pronosticando de este
modo el cáncer. En algunos modos de realización, un cambio en el nivel de expresión (por ejemplo, un incremento o
una disminución) del uno o más de CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, c Cr 7 o c Xc L10 en la muestra biológica
con respecto al nivel de referencia diagnostica o pronostica al paciente. En algunos modos de realización, el cambio
es un incremento. En otros modos de realización, el cambio es una disminución.
Aún en otro modo de realización, la invención proporciona un procedimiento para determinar si un paciente que tiene
un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón) tiene probabilidad de responder al tratamiento con un tratamiento
antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y
un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab),
implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de los
siguientes genes: CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, Cx 3c L1, CCR7 o CXCL10 en una muestra biológica obtenida del
paciente y comparar el nivel de expresión del uno o más de CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 o CXCL10
en la muestra biológica con un nivel de referencia, identificando de este modo al paciente como alguien con
probabilidad de responder al tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, un cambio en el nivel de
expresión (por ejemplo, un incremento o una disminución) del uno o más de CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1,
c CR7 o CXCL10 en la muestra biológica con respecto al nivel de referencia identifica al paciente como alguien con
probabilidad de responder al tratamiento con el tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, el cambio
es un incremento. En otros modos de realización, el cambio es una disminución.
En otros modos de realización, la invención proporciona un procedimiento para optimizar la eficacia terapéutica de un
tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como
bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como
atezolizumab), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5,
6 o 7) de los siguientes genes: CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 o CXCL10 en una muestra biológica obtenida del paciente y comparar el nivel de expresión del uno o más de CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 o CXCL10 en la muestra biológica con un nivel de referencia, en el que un cambio (por ejemplo, un incremento o disminución) en el nivel de expresión del uno o más de CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 o CXCL10 en la muestra biológica con respecto al nivel de referencia identifica a un paciente que es probable que responda al tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, el cambio es un incremento. En otros modos de realización, el cambio es una disminución.
Todavía en otros modos de realización, la invención proporciona procedimientos para seleccionar un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab) para un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de los siguientes genes: CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 o CXCL10 en una muestra biológica obtenida del paciente, comparar el nivel de expresión del uno o más de CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 o CXCL10 en la muestra biológica con un nivel de referencia y seleccionar un tratamiento antineoplásico que comprenda un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje de PD-L1 para el paciente en base al nivel de expresión del uno o más de CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 o CXCL10 en la muestra biológica con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización, un cambio en el nivel de expresión (por ejemplo, un incremento o una disminución) del uno o más de CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, Cc R7 o CXCL10 en la muestra biológica con respecto al nivel de referencia se usa para seleccionar el tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, el cambio es un incremento. En otros modos de realización, el cambio es una disminución.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, el nivel de expresión en la muestra biológica obtenida del paciente se incrementa con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco o al menos seis de CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 o CXCL10. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 y CXCL10.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, el nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más genes (por ejemplo, CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 y/o CXCL10) en una muestra biológica del paciente obtenida antes de (por ejemplo, minutos, horas, días, semanas, meses o años antes de) la administración del tratamiento antineoplásico. En otros modos de realización, el nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más genes en una población de referencia. En otros modos de realización, el nivel de referencia es un nivel de expresión preasignado para el uno o más genes. En otros modos de realización, el nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más genes en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal previo, en el que el punto temporal previo es posterior a la administración del tratamiento antineoplásico. En otros modos de realización, el nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más genes en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 y/o CXCL10 en la muestra biológica obtenida del paciente se incrementa (por ejemplo, en aproximadamente 1,1 veces, aproximadamente 1,2 veces, aproximadamente 1,3 veces, aproximadamente 1,4 veces, aproximadamente 1,5 veces, aproximadamente 1,6 veces, aproximadamente 1,7 veces, aproximadamente 1,8 veces, aproximadamente 1,9 veces, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 2,1 veces, aproximadamente 2,2 veces, aproximadamente 2,3 veces, aproximadamente 2,4 veces, aproximadamente 2,5 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 3,5 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 4,5 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 5,5 veces, aproximadamente 6 veces, aproximadamente 6,5 veces, aproximadamente 7 veces, aproximadamente 7,5 veces, aproximadamente 8 veces, aproximadamente 8,5 veces, aproximadamente 9 veces, aproximadamente 9,5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 11 veces, aproximadamente 12 veces, aproximadamente 13 veces, aproximadamente 14 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 16 veces, aproximadamente 17 veces, aproximadamente 18 veces, aproximadamente 19 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 500 veces, aproximadamente 1000 veces o más) con respecto al nivel de referencia.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos descritos anteriormente, la muestra biológica del paciente se obtiene de aproximadamente 2 a aproximadamente 10 semanas (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10 semanas) después de la administración del tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, la muestra biológica del paciente se obtiene de aproximadamente 4 a aproximadamente 6 semanas después de la administración del tratamiento antineoplásico.
En determinados modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, el procedimiento de la invención implica además la etapa de administrar uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 o más) dosis adicionales del tratamiento antineoplásico a un paciente cuyo nivel de expresión de MHC-I o del uno o más genes (por ejemplo, CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1, SLAMF7, CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1 y/o CCR7) se incrementa con respecto al nivel de referencia.
La presencia y/o nivel de expresión de cualquiera de los biomarcadores descritos anteriormente se pueden evaluar cualitativa y/o cuantitativamente en base a cualquier criterio adecuado conocido en la técnica, incluyendo, pero sin limitarse a, ADN, ARNm, ADNc, proteínas, fragmentos de proteínas y/o número de copias génicas. Las metodologías para medir dichos biomarcadores son conocidas en la técnica y son comprendidas por el experto en la técnica, incluyendo, pero sin limitarse a, inmunohistoquímica ("IHQ"), análisis de inmunoelectrotransferencia, inmunoprecipitación, ensayos de unión molecular, ELISA, ELIFA, separación celular activada por fluorescencia ("FACS"), MassARRAY, proteómica, ensayos cuantitativos a base de sangre (por ejemplo, ELISA en suero), ensayos bioquímicos de actividad enzimática, hibridación in situ, hibridación in situ con fluorescencia (FISH), análisis de Southern, análisis de Northern, secuenciación del genoma completo, reacción en cadena de la polimerasa ("PCR") incluyendo PCR cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR) y otros procedimientos de detección de tipo amplificación, tales como, por ejemplo, ADN ramificado, SISBA, TMA y similares, RNA-Seq, análisis de micromatrices, identificación del perfil de expresión génica, secuenciación del genoma completo (WGS) y/o análisis en serie de expresión génica ("SAGE"), así como uno cualquiera de la amplia variedad de ensayos que se puede realizar por análisis de matrices de proteínas, genes y/o tejidos. Los protocolos típicos para evaluar el estado de genes y productos génicos se encuentran, por ejemplo, en Ausubel et al., eds., (Current Protocols In Molecular Biology, 1995), unidades 2 (transferencia Northern), 4 (transferencia de Southern), 15 (inmunotransferencia) y 18 (análisis de PCR). También se pueden usar inmunoanálisis multiplexados tales como los disponibles de Rules Based Medicine o Meso Scale Discovery ("MSD").
En cualquiera de los procedimientos precedentes, el nivel de expresión de un biomarcador puede ser un nivel de expresión de proteínas. En determinados modos de realización, el procedimiento comprende poner en contacto la muestra biológica con anticuerpos que se unen específicamente a un biomarcador descrito en el presente documento en condiciones propicias para la unión del biomarcador, y detectar si se forma un complejo entre los anticuerpos y el biomarcador. Dicho procedimiento puede ser un procedimiento in vitro o in vivo. En algunos casos se usa un anticuerpo para seleccionar pacientes elegibles para tratamiento con un antagonista de VEGF y/o un antagonista de unión al eje de PD-L1, por ejemplo, un biomarcador para la selección de individuos. Se puede usar cualquier procedimiento para medir los niveles de expresión de proteínas conocidos en la técnica o proporcionados en el presente documento. Por ejemplo, en algunos modos de realización se determina un nivel de expresión de proteínas de un biomarcador usando un procedimiento seleccionado del grupo que consiste en citometría de flujo (por ejemplo, separación celular activada por fluorescencia (FACS™)), inmunoelectrotransferencia, ensayo de inmunoabsorción enzimática (ELISA), inmunoprecipitación, inmunohistoquímica (IHQ), inmunofluorescencia, radioinmunoanálisis, inmunotransferencia por puntos, procedimientos de inmunodetección, HPLC, resonancia de plasmones superficiales, espectroscopía óptica, espectrometría de masas y HPLC. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de proteínas del biomarcador se determina en células inmunitarias infiltrantes de tumor. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de proteínas del biomarcador se determina en células tumorales. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de proteínas del biomarcador se determina en células inmunitarias infiltrantes de tumor y/o en células tumorales. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de proteínas del biomarcador se determina en leucocitos monomorfonucleares en sangre periférica (PBMC).
En determinados modos de realización, la presencia y/o la cantidad/nivel de expresión de una proteína biomarcadora en una muestra se examina usando IHQ y protocolos de tinción. Se ha demostrado que la tinción IHQ de secciones tisulares es un procedimiento fiable de determinación o detección de la presencia de proteínas en una muestra. En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos, ensayos y/o kits, el biomarcador es uno o más de los productos de expresión de proteínas de los siguientes genes: CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1, SLAMF7, CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 y MHC-I. En un modo de realización se determina un nivel de expresión de biomarcador usando un procedimiento que comprende: (a) realizar un análisis IHQ de una muestra (tal como una muestra tumoral obtenida de un paciente) con un anticuerpo; y (b) determinar el nivel de expresión de un biomarcador en la muestra. En algunos modos de realización, la intensidad de tinción IHQ se determina con respecto a una referencia. En algunos modos de realización, la referencia es un valor de referencia. En algunos modos de realización, la referencia es una muestra de referencia (por ejemplo, una muestra de tinción de línea celular de control, una muestra tisular de un paciente no canceroso o una muestra tumoral que se determina como negativa para el biomarcador de interés).
La IHQ se puede realizar en combinación con técnicas adicionales tales como tinción morfológica y/o hibridación in situ (por ejemplo, HISF). Están disponibles dos procedimientos generales de IHQ; ensayos directos e indirectos. De acuerdo con el primer ensayo, la unión del anticuerpo al antígeno diana se determina directamente. Este ensayo directo usa un reactivo marcado, tal como una marca fluorescente o un anticuerpo primario marcado con enzima, que se puede visualizar sin interacción de anticuerpo adicional. En un ensayo indirecto típico, el anticuerpo primario no conjugado se une al antígeno y, a continuación, un anticuerpo secundario marcado se une al anticuerpo primario. Cuando el anticuerpo secundario se conjuga con un marcador enzimático, se añade un sustrato cromógeno o fluorógeno para proporcionar la visualización del antígeno. La amplificación de señal se produce porque varios anticuerpos secundarios pueden reaccionar con diferentes epítopos en el anticuerpo primario.
El anticuerpo primario y/o secundario usados para IHQ típicamente se marcarán con un resto detectable. Están disponibles numerosos marcadores que se pueden agrupar en general en las siguientes categorías: (a) radioisótopos, tales como 35S, 14C, 125I, 3H y 131I; (b) partículas de oro coloidales; (c) marcadores fluorescentes incluyendo, pero sin limitarse a, quelatos de tierras raras (quelatos de europio), Texas Red, rodamina, fluoresceína, dansilo, lisamina, umbeliferona, ficoeritina, ficocianina o fluoróforos disponibles comercialmente tales como SPECTRUM ORANGE7 y SPECTRUM GREEN7 y/o derivados de uno cualquiera o más de los anteriores; (d) están disponibles diversos marcadores enzima-sustrato y la patente de EE. UU. n.° 4.275.149 proporciona una revisión de algunos de ellos. Los ejemplos de marcadores enzimáticos incluyen luciferasas (por ejemplo, luciferasa de luciérnaga y luciferasa bacteriana; véase, por ejemplo, la patente de EE. UU. n.° 4.737.456), luciferina, 2,3-dihidroftalacindionas, malato deshidrogenasa, ureasa, peroxidasa tal como peroxidasa de rábano picante (HRPO), fosfatasa alcalina, pgalactosidasa, glucoamilasa, lisozima, sacárido oxidasas (por ejemplo, glucosa oxidasa, galactosa oxidasa y glucosa-6-fosfato deshidrogenasa), oxidasas heterocíclicas (tales como uricasa y xantina oxidasa), lactoperoxidasa, microperoxidasa y similares.
Los ejemplos de combinaciones enzima-sustrato incluyen, por ejemplo, peroxidasa de rábano picante (HRPO) con peroxidasa de hidrógeno como sustrato; fosfatasa alcalina (AP) con para-nitrofenilfosfato como sustrato cromógeno; y p-D-galactosidasa (p-D-Gal) con un sustrato cromógeno (por ejemplo, p-nitrofenil-p-D-galactosidasa) o sustrato fluorógeno (por ejemplo, 4-metilumbeliferil-p-D-galactosidasa). Para una revisión general de estos, véanse, por ejemplo, las patentes de EE. UU. n.° 4.275.149 y 4.318.980.
Las muestras se pueden preparar, por ejemplo, manualmente, o usando un instrumento de tinción automatizado (por ejemplo, un instrumento Ventana BenchMark XT o Benchmark ULTRA). Las muestras así preparadas se pueden montar y cubrir. A continuación, se determina la evaluación del portaobjetos, por ejemplo, usando un microscopio, y se pueden emplear criterios de intensidad de tinción, usados de forma rutinaria en la técnica. En un modo de realización, se entenderá que, cuando se examinan células y/o tejidos de un tumor usando IHQ, la tinción en general se determina o evalúa en células y/o tejidos tumorales (a diferencia del tejido estromal o circundante que puede estar presente en la muestra). En algunos modos de realización, se entiende que, cuando se examinan células y/o tejido de un tumor usando IHQ, la tinción incluye la determinación o evaluación en células inmunitarias infiltrantes de tumor, incluyendo células inmunitarias intratumorales o peritumorales. En algunos modos de realización, la IHQ detecta la presencia de un biomarcador en >0 % de la muestra, en al menos un 1 % de la muestra, en al menos un 5 % de la muestra, en al menos un 10 % de la muestra, en al menos un 15 % de la muestra, en al menos un 15 % de la muestra, en al menos un 20 % de la muestra, en al menos un 25 % de la muestra, en al menos un 30 % de la muestra, en al menos un 35 % de la muestra, en al menos un 40 % de la muestra, en al menos un 45 % de la muestra, en al menos un 50 % de la muestra, en al menos un 55 % de la muestra, en al menos un 60 % de la muestra, en al menos un 65 % de la muestra, en al menos un 70 % de la muestra, en al menos un 75 % de la muestra, en al menos un 80 % de la muestra, en al menos un 85 % de la muestra, en al menos un 90 % de la muestra, en al menos un 95 % de la muestra o más. Las muestras se pueden puntuar usando cualquier procedimiento conocido en la técnica, por ejemplo, por un anatomopatólogo o análisis de imágenes automatizado.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos, el biomarcador se detecta por inmunohistoquímica usando un anticuerpo de diagnóstico (es decir, un anticuerpo primario). En algunos modos de realización, el anticuerpo de diagnóstico se une específicamente a antígeno humano. En algunos modos de realización, el anticuerpo de diagnóstico es un anticuerpo no humano. En algunos modos de realización, el anticuerpo de diagnóstico es un anticuerpo de rata, ratón o conejo. En algunos modos de realización, el anticuerpo de diagnóstico es un anticuerpo de conejo. En algunos modos de realización, el anticuerpo de diagnóstico es un anticuerpo monoclonal. En algunos modos de realización, el anticuerpo de diagnóstico se marca directamente. En algunos modos de realización, el anticuerpo de diagnóstico se marca indirectamente.
En otros modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, el nivel de expresión de un biomarcador puede ser un nivel de expresión de ácidos nucleicos (por ejemplo, un nivel de expresión de ADN o un nivel de expresión de ARN (por ejemplo, un nivel de expresión de ARNm)). Se puede usar cualquier procedimiento adecuado para determinar un nivel de expresión de ácidos nucleicos. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de ácidos nucleicos se determina usando qPCR, rtPCR, RNA-seq, RT-qPCR o qPCR múltiple, análisis de micromatrices, análisis en serie de expresión génica (SAGE), técnica MassARRAY, hibridación in situ (por ejemplo, FISH) o combinaciones de los mismos.
Los procedimientos para la evaluación de ARNm en células son bien conocidos e incluyen, por ejemplo, análisis en serie de expresión génica (SAGE), secuenciación de genoma completo (WGS), ensayos de hibridación usando sondas de ADN complementario (tales como hibridación in situ usando ribosondas marcadas específicas para el uno o más genes, transferencia de Northern y técnicas relacionadas) y diversos ensayos de amplificación de ácidos nucleicos (tales como RT-PCR (por ejemplo, qRT-PCR) usando cebadores complementarios específicos para uno o más de los genes y otros procedimientos de detección de tipo amplificación, tales como, por ejemplo, ADN ramificado, SISBA, TMA y similares). Además, dichos procedimientos pueden incluir una o más etapas que permiten determinar los niveles de ARNm diana en una muestra biológica (por ejemplo, examinando simultáneamente los niveles de una secuencia de ARNm de control comparativo de un gen "constitutivo" tal como un miembro de la familia de la actina). Opcionalmente, se puede determinar la secuencia del ADNc diana amplificado. Los procedimientos opcionales incluyen protocolos que examinan o detectan ARNm, tales como ARNm diana, en una muestra tisular o celular por tecnologías de micromatrices. Usando micromatrices de ácido nucleico, las muestras de ARNm de prueba y control de las muestras tisulares de prueba y control se transcriben inversamente y se marcan para generar sondas de ADNc. A continuación, las sondas se hibridan a una matriz de ácidos nucleicos inmovilizados en un soporte sólido. La matriz se configura de modo que la secuencia y la posición de cada miembro de la matriz son conocidas. Por ejemplo, una selección de genes cuya expresión se correlaciona con un incremento o reducción en el beneficio clínico del tratamiento que comprende un antagonista de unión al eje de PD-L1 se puede disponer en una matriz en un soporte sólido. La hibridación de una sonda marcada con un miembro de matriz particular indica que la muestra de la que se derivó la sonda expresa ese gen.
En algunos modos de realización, la invención proporciona procedimientos para monitorizar la respuesta de un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón) tratado con un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, antagonistas de unión a PD-L1, tal como atezolizumab) mediante la determinación del número de linfocitos T CD8+ y/o macrófagos CD68+/CD163+ en una muestra tumoral obtenida del paciente en un punto temporal posterior a la administración del tratamiento antineoplásico y comparar el número de linfocitos T CD8+ y/o macrófagos CD68+/CD163+ en la muestra tumoral con una muestra de referencia, monitorizando de este modo la respuesta en el paciente sometido a tratamiento con el tratamiento antineoplásico.
En otros modos de realización, la invención proporciona un procedimiento para identificar a un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón) que es probable que se beneficie del tratamiento con un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab), implicando el procedimiento determinar el número de linfocitos T CD8+ y/o macrófagos CD68+/CD163+ en una muestra tumoral obtenida del paciente y comparar el número de linfocitos T CD8+ y/o macrófagos CD68+/CD163+ en la muestra tumoral con una muestra de referencia, identificando de este modo al paciente como alguien con probabilidad de beneficiarse del tratamiento con el tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, un cambio en el número de linfocitos T CD8+ y/o macrófagos CD68+/CD163+ (por ejemplo, un incremento o una disminución) en la muestra tumoral con respecto a la muestra de referencia identifica al paciente como alguien con probabilidad de beneficiarse del tratamiento con el tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, el cambio es un incremento. En otros modos de realización, el cambio es una disminución.
En otro modo de realización, la invención proporciona un procedimiento para diagnosticar o pronosticar un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón), implicando el procedimiento determinar el número de linfocitos T CD8+ y/o macrófagos CD68+/CD163+ en una muestra tumoral obtenida del paciente y comparar el número de linfocitos T CD8+ y/o macrófagos CD68+/CD163+ en la muestra tumoral con una muestra de referencia, diagnosticando o pronosticando de este modo el cáncer. En algunos modos de realización, un cambio en el número de linfocitos T CD8+ y/o macrófagos CD68+/CD163+ (por ejemplo, un incremento o una disminución) en la muestra tumoral con respecto a la muestra de referencia diagnostica o pronostica al paciente. En algunos modos de realización, el cambio es un incremento. En otros modos de realización, el cambio es una disminución.
Aún en otro modo de realización, la invención proporciona un procedimiento para determinar si es probable que un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón) responda al tratamiento con un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab), implicando el procedimiento determinar el número de linfocitos T CD8+ y/o macrófagos CD68+/CD163+ en una muestra tumoral obtenida del paciente y comparar el número de linfocitos T CD8+ y/o macrófagos CD68+/CD163+ en la muestra tumoral con una muestra de referencia, identificando de este modo al paciente como alguien con probabilidad de responder al tratamiento con el tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, un cambio en el número de linfocitos T CD8+ y/o macrófagos CD68+/CD163+ (por ejemplo, un incremento o una disminución) en la muestra tumoral con respecto a la muestra de referencia identifica al paciente como alguien con probabilidad de responder al tratamiento con el tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, el cambio es un incremento. En otros modos de realización, el cambio es una disminución.
En otros modos de realización, la invención proporciona un procedimiento para optimizar la eficacia terapéutica de un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab), implicando el procedimiento determinar el número de linfocitos T CD8+ y/o macrófagos CD68+/CD163+ en una muestra tumoral obtenida del paciente y comparar el número de linfocitos T CD8+ y/o macrófagos CD68+/CD163+ en la muestra tumoral con una muestra de referencia, en el que determinar el número de linfocitos T CD8+ y/o macrófagos CD68+/CD163+ en una muestra tumoral obtenida del paciente y comparar el número de linfocitos T CD8+ y/o macrófagos CD68+/CD163+ en la muestra tumoral con una muestra de referencia identifica a un paciente que es probable que responda al tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, el cambio es un incremento. En otros modos de realización, el cambio es una disminución.
Todavía en otros modos de realización, la invención proporciona procedimientos para seleccionar un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab) para un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón), implicando el procedimiento determinar el número de linfocitos T CD8+ y/o macrófagos CD68+/CD163+ en una muestra tumoral obtenida del paciente, comparar el número de linfocitos T CD8+ y/o macrófagos CD68+/CD163+ en la muestra tumoral con una muestra de referencia y seleccionar un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje de PD-L1 para el paciente en base al número de linfocitos T CD8+ y/o macrófagos CD68+/CD163+ en la muestra tumoral con respecto a una muestra de referencia. En algunos modos de realización, un cambio en el número de linfocitos T CD8+ y/o macrófagos CD68+/CD163+ en la muestra tumoral con respecto a una muestra de referencia se usa para seleccionar el tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, el cambio es un incremento. En otros modos de realización, el cambio es una disminución.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, la muestra tumoral obtenida del paciente tiene un número mayor (por ejemplo, en al menos aproximadamente 1,1 veces, aproximadamente 1,2 veces, aproximadamente 1,3 veces, aproximadamente 1,4 veces, aproximadamente 1,5 veces, aproximadamente 1,6 veces, aproximadamente 1,7 veces, aproximadamente 1,8 veces, aproximadamente 1,9 veces, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 2,1 veces, aproximadamente 2,2 veces, aproximadamente 2,3 veces, aproximadamente 2,4 veces, aproximadamente 2,5 veces, aproximadamente 2,6 veces, aproximadamente 2,7 veces, aproximadamente 2,8 veces, aproximadamente 2,9 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 3,1 veces, aproximadamente 3,2 veces, aproximadamente 3,3 veces, aproximadamente 3,4 veces, aproximadamente 3,5 veces, aproximadamente 3,6 veces, aproximadamente 3,7 veces, aproximadamente 3,8 veces, aproximadamente 3,9 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 4,1 veces, aproximadamente 4,2 veces, aproximadamente 4,3 veces, aproximadamente 4,4 veces, aproximadamente 4,5 veces, aproximadamente 4,6 veces, aproximadamente 4,7 veces, aproximadamente 4,8 veces, aproximadamente 4,9 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 5,5 veces, aproximadamente 6 veces, aproximadamente 6,5 veces, aproximadamente 7 veces, aproximadamente 7,5 veces, aproximadamente 8 veces, aproximadamente 8,5 veces, aproximadamente 9 veces, aproximadamente 9,5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 11 veces, aproximadamente 12 veces, aproximadamente 13 veces, aproximadamente 14 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 16 veces, aproximadamente 17 veces, aproximadamente 18 veces, aproximadamente 19 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 500 veces, aproximadamente 1000 veces o más) de linfocitos T CD8+ y/o macrófagos (por ejemplo, macrófagos CD68+/CD163+) con respecto a la muestra de referencia.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, la muestra biológica del paciente se obtiene de aproximadamente 2 a aproximadamente 10 semanas (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10 semanas) después de la administración del tratamiento antineoplásico. En algunos modos de realización, la muestra biológica del paciente se obtiene de aproximadamente 4 a aproximadamente 6 semanas después de la administración del tratamiento antineoplásico.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, el nivel de expresión o el número de un biomarcador se detecta en una muestra tisular, una línea celular o de células primarias o cultivadas, un sobrenadante celular, un lisado celular, plaquetas, suero, plasma, humor vítreo, líquido linfático, líquido sinovial, líquido folicular, semen, líquido amniótico, leche, sangre completa, células derivadas de sangre, orina, líquido cefalorraquídeo, saliva, esputo, lágrimas, sudor, moco, lisados tumorales y medio de cultivo tisular, extractos tisulares tales como tejido homogeneizado, tejido tumoral, extractos celulares o cualquier combinación de los mismos.
Por ejemplo, en algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, el nivel de expresión de un biomarcador se detecta en células inmunitarias infiltrantes de tumor, células tumorales, PBMC o combinaciones de las mismas usando técnicas conocidas (por ejemplo, citometría de flujo o IHQ). Las células inmunitarias infiltrantes de tumor incluyen, pero no se limitan a, células inmunitarias intratumorales, células inmunitarias peritumorales o cualquier combinación de las mismas y otras células estromales tumorales (por ejemplo, fibroblastos). Dichas células inmunitarias infiltrantes de tumor pueden ser linfocitos T (tales como linfocitos T CD8+ (por ejemplo, linfocitos T efectores (Teff) CD8+) y/o linfocitos T CD4+ (por ejemplo, linfocitos Teff CD4+), linfocitos B u otras células de linaje de médula ósea, incluyendo granulocitos (neutrófilos, eosinófilos, basófilos), monocitos, macrófagos, células dendríticas (por ejemplo, células dendríticas interdigitantes), histiocitos y linfocitos citolíticos naturales (NK). En algunos modos de realización, la tinción para un biomarcador se detecta como tinción de membrana, tinción citoplásmica o combinaciones de las mismas. En otros modos de realización, la ausencia de un biomarcador se detecta como ausente o sin tinción en la muestra, con respecto a una muestra de referencia.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, la muestra obtenida del paciente se puede seleccionar del grupo que consiste en tejido, sangre completa, plasma, suero y combinaciones de los mismos. En algunos modos de realización, la muestra es una muestra tisular. En algunos modos de realización, la muestra tisular es una muestra tumoral. En algunos modos de realización, la muestra tumoral comprende células inmunitarias infiltrantes de tumor, células tumorales, células estromales o cualquier combinación de las mismas. En cualquiera de los modos de realización precedentes, la muestra tumoral puede ser una muestra tumoral fijada con formol e incluida en parafina (FFIP), una muestra tumoral de archivo, una muestra tumoral fresca o una muestra tumoral congelada.
En modos de realización particulares de cualquiera de los procedimientos precedentes, el nivel de expresión de un biomarcador se evalúa en una muestra biológica que contiene o se sospecha que contiene células cancerosas. La muestra puede ser, por ejemplo, una biopsia de tejido o una lesión metastásica obtenida de un paciente que padece, se sospecha que padece o ha recibido un diagnóstico de cáncer (por ejemplo, un cáncer de riñón, en particular carcinoma de células renales). En algunos modos de realización, la muestra es una muestra de tejido renal, una biopsia de un tumor de riñón, una lesión o sección que se sabe o se sospecha que es cáncer de riñón metastásico, o una muestra de sangre, por ejemplo, una muestra de sangre periférica, que se sabe o se sospecha que comprende células cancerosas circulantes, por ejemplo, células de cáncer de riñón. La muestra puede comprender tanto células cancerosas, es decir, células tumorales, como células no cancerosas (por ejemplo, linfocitos, tales como linfocitos T o linfocitos NK) y, en determinados modos de realización, comprende tanto células cancerosas como no cancerosas. Los procedimientos para obtener muestras biológicas que incluyen resecciones de tejidos, biopsias y fluidos corporales, por ejemplo, muestras de sangre que comprenden células cancerosas/tumorales, son bien conocidos en la técnica.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, la muestra obtenida del paciente se recoge después del comienzo de un tratamiento antineoplásico, por ejemplo, un tratamiento para el tratamiento del cáncer o el manejo o mejora de un síntoma del mismo. Por lo tanto, en algunos modos de realización, la muestra se recoge después de la administración de quimioterápicos o del inicio de un régimen de quimioterapia.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, el paciente tiene carcinoma, linfoma, blastoma (incluyendo meduloblastoma y retinoblastoma), sarcoma (incluyendo liposarcoma y sarcoma de células sinoviales), tumores neuroendocrinos (incluyendo tumores carcinoides, gastrinoma e insulinoma), mesotelioma, schwannoma (incluyendo neurinoma del acústico), meningioma, adenocarcinoma, melanoma y leucemia o neoplasias malignas linfoides. En algunos modos de realización, el cáncer es cáncer de riñón (por ejemplo, carcinoma de células renales (CCR), por ejemplo, CCR metastásico), cáncer de células escamosas (por ejemplo, cáncer de células escamosas epiteliales), cáncer de pulmón (incluyendo el carcinoma de pulmón microcítico (CPM), carcinoma de pulmón no microcítico (CPNM), adenocarcinoma de pulmón y carcinoma escamoso de pulmón), cáncer de peritoneo, cáncer hepatocelular, cáncer gástrico o cáncer de estómago incluyendo cáncer gastrointestinal, cáncer de páncreas, glioblastoma, cáncer de cuello uterino, cáncer de ovario, cáncer de hígado, hepatoma, cáncer de mama (incluyendo cáncer de mama metastásico), cáncer de vejiga, cáncer de colon, cáncer rectal, cáncer colorrectal, carcinoma endometrial o uterino, carcinoma de glándulas salivales, cáncer de próstata, cáncer de vulva, cáncer de tiroides, carcinoma hepático, carcinoma anal, carcinoma de pene, cáncer de células de Merkel, micosis fungoide, cáncer testicular, cáncer de esófago, tumores de las vías biliares, cáncer de cabeza y cuello, linfoma de linfocitos B (incluyendo el linfoma no Hodgkin (LNH) folicular/de grado bajo; LNH linfocítico pequeño (LP); LNH folicular/de grado intermedio; LNH difuso de grado intermedio; LNH inmunoblástico de grado alto; LNH linfoblástico de grado alto; LNH de células pequeñas no escindidas de grado alto; LNH voluminoso; linfoma de células de manto; linfoma relacionado con el SIDA; y macroglobulinemia de Waldenstrom); leucemia linfocítica crónica (LLC); leucemia linfocítica aguda (LLA); leucemia de células pilosas; leucemia mieloblástica crónica; y el trastorno linfoproliferativo postrasplante (TLPT), proliferación vascular anormal asociada con las facomatosis, edema (tal como el asociado con los tumores cerebrales) o síndrome de Meigs. En modos de realización preferentes, el paciente tiene un cáncer de riñón (por ejemplo, CCR, por ejemplo, CCRm). El paciente puede tener opcionalmente una forma del cáncer avanzada, resistente, recurrente, resistente a la quimioterapia y/o resistente al platino.
En determinados modos de realización, la presencia y/o la cantidad/niveles de expresión de un biomarcador en una primera muestra se incrementan o se elevan en comparación con la presencia/ausencia y/o cantidad/niveles de expresión en una segunda muestra. En determinados modos de realización, la presencia/ausencia y/o la cantidad/niveles de expresión de un biomarcador en una primera muestra disminuyen o se reducen en comparación con la presencia y/o cantidad/niveles de expresión en una segunda muestra. En determinados modos de realización, la segunda muestra es una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control.
En determinados modos de realización, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control es una única muestra o una combinación de múltiples muestras del mismo paciente o individuo que se obtienen en uno o más puntos temporales diferentes a cuando se obtiene una muestra de prueba. Por ejemplo, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control se obtiene en un punto temporal anterior del mismo paciente o individuo a cuando se obtiene la muestra de prueba. Dicha muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control puede ser útil si la muestra de referencia se obtiene durante el diagnóstico inicial de cáncer y la muestra de prueba se obtiene más tarde cuando el cáncer se vuelve metastásico.
En determinados modos de realización, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control es una combinación de múltiples muestras de uno o más individuos sanos que no son el paciente. En determinados modos de realización, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control es una combinación de múltiples muestras de uno o más individuos con una enfermedad o trastorno (por ejemplo, cáncer) que no son el paciente o individuo. En determinados modos de realización, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control son muestras de ARN agrupadas de tejidos normales o muestras de plasma o suero agrupadas de uno o más individuos que no son el paciente. En determinados modos de realización, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control son muestras de ARN agrupadas de tejidos tumorales o muestras de plasma o suero agrupadas de uno o más individuos con una enfermedad o trastorno (por ejemplo, cáncer) que no son el paciente.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, la expresión o número incrementado o elevado se refiere a un incremento global de aproximadamente cualquiera de un 10 %, 20 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o mayor del nivel o número de un biomarcador (por ejemplo, proteína, ácido nucleico (por ejemplo, gen o ARNm) o célula), detectado por procedimientos tales como los descritos en el presente documento y/o conocidos en la técnica, en comparación con una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control. En determinados modos de realización, la expresión o número elevado se refiere al incremento en la cantidad/nivel de expresión de un biomarcador en la muestra, en el que el incremento es al menos aproximadamente cualquiera de 1,1 veces, 1,2 veces, 1.3 veces, 1,4 veces, 1,5 veces, 1,6 veces, 1,7 veces, 1,8 veces, 1,9 veces, 2 veces, 2,1 veces, 2,2 veces, 2,3 veces, 2.4 veces, 2,5 veces, 2,6 veces, 2,7 veces, 2,8 veces, 2,9 veces, 3 veces, 3,5 veces, 4 veces, 4,5 veces, 5 veces, 6 veces, 7 veces, 8 veces, 9 veces, 10 veces, 15 veces, 20 veces, 30 veces, 40 veces, 50 veces, 100 veces, 500 veces o 1000 veces la cantidad/nivel de expresión del biomarcador respectivo en una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control. En algunos modos de realización, la expresión o número elevado se refiere a un incremento global de más de aproximadamente 1,1 veces, aproximadamente 1,2 veces, aproximadamente 1,3 veces, aproximadamente 1,4 veces, aproximadamente 1,5 veces, aproximadamente 1,6 veces, aproximadamente 1,7 veces, aproximadamente 1,8 veces, aproximadamente 1,9 veces, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 2,1 veces, aproximadamente 2,2 veces, aproximadamente 2,3 veces, aproximadamente 2,4 veces, aproximadamente 2,5 veces, aproximadamente 2,6 veces, aproximadamente 2,7 veces, aproximadamente 2,8 veces, aproximadamente 2,9 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 3,5 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 4,5 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 6 veces, aproximadamente 7 veces, aproximadamente 8 veces, aproximadamente 9 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 500 veces, aproximadamente 1000 veces o más en comparación con una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control, tejido de control o control interno (por ejemplo, gen constitutivo).
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, la expresión o número reducido se refiere a una reducción global de aproximadamente cualquiera de un 10 %, 20 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o mayor del nivel de biomarcador (por ejemplo, proteína, ácido nucleico (por ejemplo, gen o ARNm) o célula), detectado por procedimientos conocidos de la técnica estándar tales como los descritos en el presente documento, en comparación con una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control. En determinados modos de realización, la expresión o número reducido se refiere a la disminución en la cantidad/nivel de expresión de un biomarcador en la muestra en el que la disminución es al menos aproximadamente cualquiera de 0,9 veces, 0,8 veces, 0,7 veces, 0,6 veces, 0,5 veces, 0,4 veces, 0,3 veces, 0,2 veces, 0,1 veces, 0,05 veces o 0,01 veces la cantidad/nivel de expresión del respectivo biomarcador en una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control. En algunos modos de realización, un nivel de expresión disminuido de un biomarcador enumerado anteriormente después de la administración de un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje de PD-L1 indica que el paciente no responde adecuadamente al tratamiento antineoplásico.
B. Procedimientos de tratamiento
La presente invención proporciona procedimientos para tratar a un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, un cáncer de riñón, tal como CCR, por ejemplo, CCRm). En algunos casos, los procedimientos de la invención incluyen administrar al paciente un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje de PD-L1 basado en el nivel de expresión de un biomarcador de la invención. Cualquiera de los antagonistas de VEGF, antagonistas de unión al eje de PD-L1 u otros agentes antineoplásicos descritos en el presente documento (por ejemplo, como se describe en las secciones "Composiciones" o "Ejemplos") o conocidos en la técnica se pueden usar en los procedimientos.
En algunos casos, los procedimientos implican determinar la presencia y/o nivel de expresión de un biomarcador (por ejemplo, un biomarcador inmunológico, tal como un biomarcador enumerado en la tabla 2) en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior a la administración del tratamiento antineoplásico, comparar el nivel de expresión del uno o más de los genes en la muestra biológica con un nivel de referencia, y continuar administrando el tratamiento antineoplásico al paciente si el nivel de expresión se incrementa con respecto al nivel de expresión. Los niveles de expresión génica se pueden determinar o comparar usando cualquiera de los procedimientos descritos en el presente documento o conocidos en la técnica. La invención se refiere además a procedimientos para mejorar la supervivencia sin progresión (SSP) y/o la supervivencia global (SG) de un paciente que padece cáncer de riñón (por ejemplo, CCR, por ejemplo, CCRm) mediante la administración de un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab). El nivel de expresión o número de cualquiera de los biomarcadores descritos en el presente documento se puede determinar usando cualquier procedimiento conocido en la técnica y/o descrito en el presente documento, por ejemplo, en la sección A anterior y/o en los ejemplos de explotación.
En algunos modos de realización, la invención proporciona un procedimiento para tratar a un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, un cáncer de riñón) con un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab), determinando, en una muestra biológica obtenida del paciente, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 o 13) de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1, SLAMF7, comparando el nivel de expresión del uno o más de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1, SLAMF7 con un nivel de referencia, y administrando el tratamiento antineoplásico al paciente si el nivel de expresión de sus uno o más genes cambia (por ejemplo, se incrementa o disminuye) en la muestra del paciente con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización, el tratamiento antineoplásico se administra al paciente si el nivel de expresión de sus uno o más genes se incrementa con respecto al nivel de referencia.
En otros modos de realización, la invención proporciona un procedimiento para tratar a un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, un cáncer de riñón) con un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab), determinando, en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior a la administración del tratamiento antineoplásico, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 o 13) de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1, SLAMF7, y comparando el nivel de expresión del uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 o 13) de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1, SLAMF7 con un nivel de referencia, y continuando la administración del tratamiento antineoplásico al paciente si el nivel de expresión de sus uno o más genes se incrementa con respecto al nivel de referencia.
En determinados modos de realización se determina el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG o PRF1. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6 o 7) de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG o PRF1 se correlaciona con la presencia de linfocitos T efectores (Teff) CD8+ en el microambiente tumoral. En determinados modos de realización se determina el nivel de expresión de uno o más (1,2, 3 o 4) de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de uno o más (1,2, 3 o 4) de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13 se correlaciona con la presencia de quimiocinas Th1 en el microambiente tumoral. En algunos modos de realización se determina la presencia de uno o más (por ejemplo, 1, 2 o 3) de GZMB, KLRK1 o SLAMF7. En algunos modos de realización, la presencia de uno o más (por ejemplo, 1, 2 o 3) de GZMB, KLRK1 o SLAMF7 se correlaciona con la presencia de linfocitos citolíticos naturales (NK) en el microambiente tumoral.
En determinados modos de realización se determina el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG o PRF1. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5 o al menos 6 de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG o PRF1. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1. En algunos modos de realización, el nivel de CD8A se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 60 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 17 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 25 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 35 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 45 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 55 veces, aproximadamente 60 veces, o de aproximadamente 1 vez a aproximadamente 50 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de CD8A se incrementa en aproximadamente 50 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 50 veces, 100 veces, 200 veces, 250 veces, 500 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de CD8B se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 60 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 17 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 25 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 35 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 45 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 55 veces, aproximadamente 60 veces, o de aproximadamente 1 vez a aproximadamente 50 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de c D8B se incrementa en aproximadamente 50 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 50 veces, 100 veces, 200 veces, 250 veces, 500 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de EOMES se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 60 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 17 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 25 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 35 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 45 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 55 veces, aproximadamente 60 veces, o de aproximadamente 1 vez a aproximadamente 50 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de EOMES se incrementa en aproximadamente 50 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 50 veces, 100 veces, 200 veces, 250 veces, 500 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de GZMA se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 60 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 17 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 25 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 35 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 45 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 55 veces, aproximadamente 60 veces, o de aproximadamente 1 vez a aproximadamente 50 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de GZMA se incrementa en aproximadamente 50 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 50 veces, 100 veces, 200 veces, 250 veces, 500 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de GZMB se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 60 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 17 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 25 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 35 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 45 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 55 veces, aproximadamente 60 veces, o de aproximadamente 1 vez a aproximadamente 50 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de GZMB se incrementa en aproximadamente 50 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 50 veces, 100 veces, 200 veces, 250 veces, 500 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de IFNG se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 60 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 17 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 25 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 35 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 45 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 55 veces, aproximadamente 60 veces, o de aproximadamente 1 vez a aproximadamente 50 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de IFNG se incrementa en aproximadamente 50 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 50 veces, 100 veces, 200 veces, 250 veces, 500 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de PRF1 se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 60 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 17 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 25 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 35 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 45 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 55 veces, aproximadamente 60 veces, o de aproximadamente 1 vez a aproximadamente 50 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de PRF1 se incrementa en aproximadamente 50 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 50 veces, 100 veces, 200 veces, 250 veces, 500 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia.
En determinados modos de realización se determina el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3 o 4) de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de al menos 2 o al menos 3 de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de CXCL9, CXCL10, CXCL11 y CXCL13. En algunos modos de realización, el nivel de CXCL9 se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 300 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 60 veces, aproximadamente 70 veces, aproximadamente 80 veces, aproximadamente 90 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 150 veces, aproximadamente 200 veces, aproximadamente 250 veces, de aproximadamente 3 veces a aproximadamente 250 veces, o de aproximadamente 1 vez a aproximadamente 80 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de CXCL9 se incrementa en aproximadamente 50 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 50 veces, 80 veces, 100 veces, 150 veces, 200 veces, 250 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de CXCL10 se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 300 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 60 veces, aproximadamente 70 veces, aproximadamente 80 veces, aproximadamente 90 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 150 veces, aproximadamente 200 veces, aproximadamente 250 veces, de aproximadamente 3 veces a aproximadamente 250 veces, o de aproximadamente 1 vez a aproximadamente 80 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de CXCL10 se incrementa en aproximadamente 50 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 50 veces, 80 veces, 100 veces, 150 veces, 200 veces, 250 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de CXCL11 se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 300 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 60 veces, aproximadamente 70 veces, aproximadamente 80 veces, aproximadamente 90 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 150 veces, aproximadamente 200 veces, aproximadamente 250 veces, de aproximadamente 3 veces a aproximadamente 250 veces, o de aproximadamente 1 vez a aproximadamente 80 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de CXCL11 se incrementa en aproximadamente 50 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 50 veces, 80 veces, 100 veces, 150 veces, 200 veces, 250 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de CXCL13 se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 300 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 60 veces, aproximadamente 70 veces, aproximadamente 80 veces, aproximadamente 90 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 150 veces, aproximadamente 200 veces, aproximadamente 250 veces, de aproximadamente 3 veces a aproximadamente 250 veces, o de aproximadamente 1 vez a aproximadamente 80 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de CXCL13 se incrementa en aproximadamente 50 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 50 veces, 80 veces, 100 veces, 150 veces, 200 veces, 250 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia.
En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2 o 3) de GZMB, KLRK1 o SLAMF7. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de al menos 2 de GZMB, KLRK1 o SLAMF7. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de GZMB, KLRK1 y SLAMF7. En algunos modos de realización, el nivel de GZMB se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente20 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 6 veces, aproximadamente 7 veces, aproximadamente 8 veces, aproximadamente 9 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 12 veces, aproximadamente 13 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 20 veces, entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 8 veces, o entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 13 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de GZMB se incrementa en aproximadamente 8 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 8 veces, 9 veces, 10 veces, 13 veces, 15 veces, 20 veces, 50 veces, 100 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de KLRK1 se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 20 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 6 veces, aproximadamente 7 veces, aproximadamente 8 veces, aproximadamente 9 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 12 veces, aproximadamente 13 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 20 veces, entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 8 veces, o entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 13 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de KLRK1 se incrementa en aproximadamente 8 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 8 veces, 9 veces, 10 veces, 13 veces, 15 veces, 20 veces, 50 veces, 100 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de SLAMF7 se incrementa entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 20 veces (por ejemplo, aproximadamente 1 vez, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 6 veces, aproximadamente 7 veces, aproximadamente 8 veces, aproximadamente 9 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 12 veces, aproximadamente 13 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 20 veces, entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 8 veces, o entre aproximadamente 1 vez y aproximadamente 13 veces) en comparación con un nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de SLAMF7 se incrementa en aproximadamente 8 veces o más (por ejemplo, aproximadamente 8 veces, 9 veces, 10 veces, 13 veces, 15 veces, 20 veces, 50 veces, 100 veces, 1000 veces o más) en comparación con un nivel de referencia.
En algunos modos de realización, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 o 13) de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1 y/o SLAMF7 en la muestra biológica obtenida del paciente se incrementa (por ejemplo, en aproximadamente 1,1 veces, aproximadamente 1,2 veces, aproximadamente 1,3 veces, aproximadamente 1,4 veces, aproximadamente 1,5 veces, aproximadamente 1,6 veces, aproximadamente 1,7 veces, aproximadamente 1,8 veces, aproximadamente 1,9 veces, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 2,1 veces, aproximadamente 2,2 veces, aproximadamente 2,3 veces, aproximadamente 2,4 veces, aproximadamente 2,5 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 3,5 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 4,5 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 5,5 veces, aproximadamente 6 veces, aproximadamente 6,5 veces, aproximadamente 7 veces, aproximadamente 7,5 veces, aproximadamente 8 veces, aproximadamente 8,5 veces, aproximadamente 9 veces, aproximadamente 9,5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 11 veces, aproximadamente 12 veces, aproximadamente 13 veces, aproximadamente 14 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 16 veces, aproximadamente 17 veces, aproximadamente 18 veces, aproximadamente 19 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 500 veces, aproximadamente 1000 veces o más) con respecto al nivel de referencia.
En algunos modos de realización, un nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más genes (por ejemplo, CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL13, KLRK1 y/o SLAMF7) en una muestra biológica del paciente obtenida antes de (por ejemplo, minutos, horas, días, semanas (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7 semanas), meses o años antes de) la administración del tratamiento antineoplásico. En determinados modos de realización, un nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más genes en una población de referencia. En determinados modos de realización, el nivel de referencia es un nivel de expresión preasignado para el uno o más genes. En algunos modos de realización, el nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más genes en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal previo, en el que el punto temporal previo es posterior a la administración del tratamiento antineoplásico. En otros modos de realización, el nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más genes en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior (por ejemplo, minutos, horas, días, semanas, meses o años después de la administración de un tratamiento antineoplásico).
En algunos modos de realización, la invención proporciona un procedimiento para tratar a un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, un cáncer de riñón), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de MHC-I en una muestra biológica (por ejemplo, una muestra tumoral) obtenida del paciente en un punto temporal, comparar el nivel de expresión de MHC-I con un nivel de referencia y administrar el tratamiento antineoplásico al paciente si el nivel de expresión de MHC-I cambia (por ejemplo, se incrementar o disminuye) en la muestra del paciente con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización, el tratamiento antineoplásico se administra al paciente si el nivel de expresión de MHC-I se incrementa en la muestra del paciente con respecto al nivel de referencia.
En algunos modos de realización, la invención proporciona un procedimiento para tratar a un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, un cáncer de riñón), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de MHC-I en una muestra biológica (por ejemplo, una muestra tumoral) obtenida del paciente en un punto temporal posterior a la administración del tratamiento antineoplásico, comparar el nivel de expresión de MHC-I con un nivel de referencia y continuar administrando el tratamiento antineoplásico al paciente si el nivel de expresión de MHC-I se incrementa. En algunos modos de realización, un nivel de referencia es el nivel de expresión de MHC-I en una muestra biológica del paciente obtenida antes de (por ejemplo, minutos, horas, días, semanas (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7 semanas), meses o años antes de) la administración del tratamiento antineoplásico. En otros modos de realización, un nivel de referencia es el nivel de expresión de MHC-I en una población de referencia. En otros modos de realización, el nivel de referencia es un nivel de expresión preasignado para MHC-I. En otros modos de realización, el nivel de referencia es el nivel de expresión de MHC-I en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal previo, en el que el punto temporal previo es posterior a la administración del tratamiento antineoplásico. En otros modos de realización, el nivel de referencia es el nivel de expresión de MHC-I en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior (por ejemplo, minutos, horas, días, semanas, meses o años después de la administración de un tratamiento antineoplásico).
En algunos modos de realización, el nivel de expresión de MHC-I se incrementa (por ejemplo, aproximadamente 1,1 veces, aproximadamente 1,2 veces, aproximadamente 1,3 veces, aproximadamente 1,4 veces, aproximadamente 1,5 veces, aproximadamente 1,6 veces, aproximadamente 1,7 veces, aproximadamente 1,8 veces, aproximadamente 1,9 veces, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 2,1 veces, aproximadamente 2,2 veces, aproximadamente 2,3 veces, aproximadamente 2,4 veces, aproximadamente 2,5 veces, aproximadamente 2,6 veces, aproximadamente 2,7 veces, aproximadamente 2,8 veces, aproximadamente 2,9 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 3,1 veces, aproximadamente 3,2 veces, aproximadamente 3,3 veces, aproximadamente 3,4 veces, aproximadamente 3,5 veces, aproximadamente 3,6 veces, aproximadamente 3,7 veces, aproximadamente 3,8 veces, aproximadamente 3,9 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 4,1 veces, aproximadamente 4,2 veces, aproximadamente 4,3 veces, aproximadamente 4,4 veces, aproximadamente 4,5 veces, aproximadamente 4,6 veces, aproximadamente 4,7 veces, aproximadamente 4,8 veces, aproximadamente 4,9 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 5,5 veces, aproximadamente 6 veces, aproximadamente 6,5 veces, aproximadamente 7 veces, aproximadamente 7,5 veces, aproximadamente 8 veces, aproximadamente 8,5 veces, aproximadamente 9 veces, aproximadamente 9,5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 11 veces, aproximadamente 12 veces, aproximadamente 13 veces, aproximadamente 14 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 16 veces, aproximadamente 17 veces, aproximadamente 18 veces, aproximadamente 19 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 500 veces, aproximadamente 1000 veces o más) con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de MHC-I se incrementa al menos 2 veces con respecto al nivel de referencia.
En algunos modos de realización, la invención proporciona un procedimiento para tratar a un paciente con cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR7, CX3CL1, CCR7 o CXCL10 en una muestra biológica obtenida del paciente, comparar el nivel de expresión con un nivel de referencia y administrar el tratamiento antineoplásico al paciente si cambia el nivel de expresión (por ejemplo, se incrementa o disminuye) con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización, el tratamiento antineoplásico se administra al paciente si el nivel de expresión del uno o más genes se incrementa en la muestra del paciente con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5 o al menos 6 de CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 o CXCL10. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 y CXCL10.
En otros modos de realización, la invención proporciona un procedimiento para tratar a un paciente con cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón), implicando el procedimiento determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR7, CX3CL1, CCR7 o CXCL10 en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior a la administración del tratamiento antineoplásico, comparar el nivel de expresión con un nivel de referencia y continuar administrando el tratamiento antineoplásico al paciente si el nivel de expresión se incrementa con respecto al nivel de referencia. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5 o al menos 6 de CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 o CXCL10. En algunos modos de realización se determina el nivel de expresión de CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 y CXCL10.
En algunos modos de realización, el nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más genes (por ejemplo, CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 y/o CXCL10) en una muestra biológica del paciente, obtenida antes de (por ejemplo, minutos, horas, días, semanas, meses o años antes de) la administración del tratamiento antineoplásico. En otros modos de realización, el nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más genes en una población de referencia. En otros modos de realización, el nivel de referencia es un nivel de expresión preasignado para el uno o más genes. En otros modos de realización, el nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más genes en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal previo, en el que el punto temporal previo es posterior a la administración del tratamiento antineoplásico. En otros modos de realización, el nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más genes en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior.
En algunos modos de realización, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de CX3CR1, CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 y/o CXCL10 en la muestra biológica obtenida del paciente se incrementa (por ejemplo, en aproximadamente 1,1 veces, aproximadamente 1,2 veces, aproximadamente 1,3 veces, aproximadamente 1,4 veces, aproximadamente 1,5 veces, aproximadamente 1,6 veces, aproximadamente 1,7 veces, aproximadamente 1,8 veces, aproximadamente 1,9 veces, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 2,1 veces, aproximadamente 2,2 veces, aproximadamente 2,3 veces, aproximadamente 2,4 veces, aproximadamente 2,5 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 3,5 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 4,5 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 5,5 veces, aproximadamente 6 veces, aproximadamente 6,5 veces, aproximadamente 7 veces, aproximadamente 7,5 veces, aproximadamente 8 veces, aproximadamente 8,5 veces, aproximadamente 9 veces, aproximadamente 9,5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 11 veces, aproximadamente 12 veces, aproximadamente 13 veces, aproximadamente 14 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 16 veces, aproximadamente 17 veces, aproximadamente 18 veces, aproximadamente 19 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 500 veces, aproximadamente 1000 veces o más) con respecto al nivel de referencia.
En otro aspecto, la invención proporciona un procedimiento para tratar a un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón), implicando el procedimiento determinar el número de linfocitos T (por ejemplo, linfocitos T c D8+, por ejemplo, linfocitos Teff CD8+) y/o macrófagos (por ejemplo, macrófagos CD68+, CD168+ o CD68+CD168+) en una muestra tumoral obtenida del paciente, comparar el número de linfocitos T (por ejemplo, linfocitos T CD8+, por ejemplo, linfocitos Teff CD8+) y/o macrófagos (por ejemplo, macrófagos CD68+, CD168+ o CD68+CD168+) en una muestra tumoral con el número de linfocitos T (por ejemplo, linfocitos T CD8+, por ejemplo, linfocitos Teff CD8+) y/o macrófagos (por ejemplo, macrófagos CD68+, CD168+ o CD68+CD168+) en una muestra de referencia, y administrar un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje de PD-L1 al paciente si el número de linfocitos T (por ejemplo, linfocitos T CD8+, por ejemplo, linfocitos Teff CD8+) y/o macrófagos (por ejemplo, macrófagos CD68+, CD168+ o CD68+CD168+) en la muestra del paciente cambia (por ejemplo, se incrementa o disminuye) con respecto a la muestra de referencia. En algunos modos de realización, el tratamiento antineoplásico se administra al paciente si el número de linfocitos T (por ejemplo, linfocitos T CD8+, por ejemplo, linfocitos Teff CD8+) y/o macrófagos (por ejemplo, macrófagos CD68+, CD168+ o CD68+CD168+) en la muestra biológica obtenida del paciente se incrementa con respecto al nivel de referencia.
Aún en otro aspecto, la invención proporciona un procedimiento para tratar a un paciente que tiene un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón) determinando el número de linfocitos T (por ejemplo, linfocitos T CD8+, por ejemplo, linfocitos Teff CD8+) y/o macrófagos (por ejemplo, macrófagos CD68+, CD168+ o CD68+CD168+) en una muestra tumoral obtenida del paciente en un punto temporal posterior a la administración de un agente antineoplásico, comparando el número de linfocitos T (por ejemplo, linfocitos T CD8+, por ejemplo, linfocitos Teff CD8+) y/o macrófagos (por ejemplo, macrófagos CD68+, CD168+ o CD68+CD168+) en una muestra tumoral con el número de linfocitos T (por ejemplo, linfocitos T CD8+, por ejemplo, linfocitos Teff CD8+) y/o macrófagos (por ejemplo, macrófagos CD68+, CD168+ o CD68+CD168+) en una muestra de referencia, y continuando la administración del tratamiento antineoplásico al paciente si el número de linfocitos T (por ejemplo, linfocitos T CD8+, por ejemplo, linfocitos Teff CD8+) y/o macrófagos (por ejemplo, macrófagos CD68+, CD168+ o CD68+CD168+) en la muestra del paciente se incrementa con respecto a la muestra de referencia. En algunos modos de realización, el agente antineoplásico comprende un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje de PD-L1.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, la muestra tumoral obtenida del paciente tiene un número mayor (por ejemplo, en al menos aproximadamente 1,1 veces, aproximadamente 1,2 veces, aproximadamente 1,3 veces, aproximadamente 1,4 veces, aproximadamente 1,5 veces, aproximadamente 1,6 veces, aproximadamente 1,7 veces, aproximadamente 1,8 veces, aproximadamente 1,9 veces, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 2,1 veces, aproximadamente 2,2 veces, aproximadamente 2,3 veces, aproximadamente 2,4 veces, aproximadamente 2,5 veces, aproximadamente 2,6 veces, aproximadamente 2,7 veces, aproximadamente 2,8 veces, aproximadamente 2,9 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 3,1 veces, aproximadamente 3,2 veces, aproximadamente 3,3 veces, aproximadamente 3,4 veces, aproximadamente 3,5 veces, aproximadamente 3,6 veces, aproximadamente 3,7 veces, aproximadamente 3,8 veces, aproximadamente 3,9 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 4,1 veces, aproximadamente 4,2 veces, aproximadamente 4,3 veces, aproximadamente 4,4 veces, aproximadamente 4,5 veces, aproximadamente 4,6 veces, aproximadamente 4,7 veces, aproximadamente 4,8 veces, aproximadamente 4,9 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 5,5 veces, aproximadamente 6 veces, aproximadamente 6,5 veces, aproximadamente 7 veces, aproximadamente 7,5 veces, aproximadamente 8 veces, aproximadamente 8,5 veces, aproximadamente 9 veces, aproximadamente 9,5 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 11 veces, aproximadamente 12 veces, aproximadamente 13 veces, aproximadamente 14 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 16 veces, aproximadamente 17 veces, aproximadamente 18 veces, aproximadamente 19 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 500 veces, aproximadamente 1000 veces o más) de linfocitos T CD8+ y/o macrófagos con respecto a la muestra de referencia.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, el tratamiento con un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) en combinación con un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab) preferentemente prolonga y/o mejora la supervivencia, incluyendo la supervivencia sin progresión (SSP) y/o la supervivencia global (SG). En un modo de realización, el tratamiento con el antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) en combinación con un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab) prolonga la supervivencia en al menos aproximadamente un 10 %, 20 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 100 %, 200 % o más con respecto a la supervivencia lograda mediante la administración de un agente antitumoral aprobado, o tratamiento de referencia, para el cáncer que se está tratando.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, el nivel de expresión o el número de un biomarcador se detecta en una muestra tisular, una línea celular o de células primarias o cultivadas, un sobrenadante celular, un lisado celular, plaquetas, suero, plasma, humor vítreo, líquido linfático, líquido sinovial, líquido folicular, semen, líquido amniótico, leche, sangre completa, células derivadas de sangre, orina, líquido cefalorraquídeo, saliva, esputo, lágrimas, sudor, moco, lisados tumorales y medio de cultivo tisular, extractos tisulares tales como tejido homogeneizado, tejido tumoral, extractos celulares o cualquier combinación de los mismos.
Por ejemplo, en algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, el nivel de expresión de un biomarcador se detecta en células inmunitarias infiltrantes de tumor, células tumorales, PBMC o combinaciones de las mismas usando técnicas conocidas (por ejemplo, citometría de flujo o IHQ). Las células inmunitarias infiltrantes de tumor incluyen, pero no se limitan a, células inmunitarias intratumorales, células inmunitarias peritumorales o cualquier combinación de las mismas y otras células estromales tumorales (por ejemplo, fibroblastos). Dichas células inmunitarias infiltrantes de tumor pueden ser linfocitos T (tales como linfocitos T CD8+ (por ejemplo, linfocitos T efectores (Teff) CD8+) y/o linfocitos T CD4+ (por ejemplo, linfocitos Teff CD4+), linfocitos B u otras células de linaje de médula ósea, incluyendo granulocitos (neutrófilos, eosinófilos, basófilos), monocitos, macrófagos, células dendríticas (por ejemplo, células dendríticas interdigitantes), histiocitos y linfocitos citolíticos naturales (NK). En algunos modos de realización, la tinción para un biomarcador se detecta como tinción de membrana, tinción citoplásmica o combinaciones de las mismas. En otros modos de realización, la ausencia de un biomarcador se detecta como ausente o sin tinción en la muestra, con respecto a una muestra de referencia.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, la muestra obtenida del paciente se puede seleccionar del grupo que consiste en tejido, sangre completa, plasma, suero y combinaciones de los mismos. En algunos modos de realización, la muestra es una muestra tisular. En algunos modos de realización, la muestra tisular es una muestra tumoral. En algunos modos de realización, la muestra tumoral comprende células inmunitarias infiltrantes de tumor, células tumorales, células estromales o cualquier combinación de las mismas. En cualquiera de los modos de realización precedentes, la muestra tumoral puede ser una muestra tumoral fijada con formol e incluida en parafina (FFIP), una muestra tumoral de archivo, una muestra tumoral fresca o una muestra tumoral congelada.
En modos de realización particulares de cualquiera de los procedimientos precedentes, el nivel de expresión o número de un biomarcador se evalúa en una muestra biológica que contiene o se sospecha que contiene células cancerosas. La muestra puede ser, por ejemplo, una biopsia de tejido o una lesión metastásica obtenida de un paciente que padece, se sospecha que padece o ha recibido un diagnóstico de cáncer (por ejemplo, un cáncer de riñón, en particular carcinoma de células renales). En algunos modos de realización, la muestra es una muestra de tejido renal, una biopsia de un tumor de riñón, una lesión o sección que se sabe o se sospecha que es cáncer de riñón metastásico, o una muestra de sangre, por ejemplo, una muestra de sangre periférica, que se sabe o se sospecha que comprende células cancerosas circulantes, por ejemplo, células de cáncer de riñón. La muestra puede comprender tanto células cancerosas, es decir, células tumorales, como células no cancerosas (por ejemplo, linfocitos, tales como linfocitos T o linfocitos NK) y, en determinados modos de realización, comprende tanto células cancerosas como no cancerosas. Los procedimientos para obtener muestras biológicas que incluyen resecciones de tejidos, biopsias y fluidos corporales, por ejemplo, muestras de sangre que comprenden células cancerosas/tumorales, son bien conocidos en la técnica.
En algunos modos de realización, la muestra obtenida del paciente se recoge después del comienzo de un tratamiento antineoplásico, por ejemplo, un tratamiento para el tratamiento del cáncer o el manejo o mejora de un síntoma del mismo. Por lo tanto, en algunos modos de realización, la muestra se recoge después de la administración de quimioterápicos o del inicio de un régimen de quimioterapia.
En algunos modos de realización de cualquiera de los procedimientos precedentes, el paciente tiene carcinoma, linfoma, blastoma (incluyendo meduloblastoma y retinoblastoma), sarcoma (incluyendo liposarcoma y sarcoma de células sinoviales), tumores neuroendocrinos (incluyendo tumores carcinoides, gastrinoma e insulinoma), mesotelioma, schwannoma (incluyendo neurinoma del acústico), meningioma, adenocarcinoma, melanoma y leucemia o neoplasias malignas linfoides. En algunos modos de realización, el cáncer es cáncer de riñón (por ejemplo, carcinoma de células renales (CCR), por ejemplo, CCR metastásico), cáncer de células escamosas (por ejemplo, cáncer de células escamosas epiteliales), cáncer de pulmón (incluyendo el carcinoma de pulmón microcítico (CPM), carcinoma de pulmón no microcítico (CPNM), adenocarcinoma de pulmón y carcinoma escamoso de pulmón), cáncer de peritoneo, cáncer hepatocelular, cáncer gástrico o cáncer de estómago incluyendo cáncer gastrointestinal, cáncer de páncreas, glioblastoma, cáncer de cuello uterino, cáncer de ovario, cáncer de hígado, hepatoma, cáncer de mama (incluyendo cáncer de mama metastásico), cáncer de vejiga, cáncer de colon, cáncer rectal, cáncer colorrectal, carcinoma endometrial o uterino, carcinoma de glándulas salivales, cáncer de próstata, cáncer de vulva, cáncer de tiroides, carcinoma hepático, carcinoma anal, carcinoma de pene, cáncer de células de Merkel, micosis fungoide, cáncer testicular, cáncer de esófago, tumores de las vías biliares, cáncer de cabeza y cuello, linfoma de linfocitos B (incluyendo el linfoma no Hodgkin (LNH) folicular/de grado bajo; LNH linfocítico pequeño (LP); LNH folicular/de grado intermedio; LNH difuso de grado intermedio; LNH inmunoblástico de grado alto; LNH linfoblástico de grado alto; LNH de células pequeñas no escindidas de grado alto; LNH voluminoso; linfoma de células de manto; linfoma relacionado con el SIDA; y macroglobulinemia de Waldenstrom); leucemia linfocítica crónica (LLC); leucemia linfocítica aguda (LLA); leucemia de células pilosas; leucemia mieloblástica crónica; y el trastorno linfoproliferativo postrasplante (TLPT), proliferación vascular anormal asociada con las facomatosis, edema (tal como el asociado con los tumores cerebrales) o síndrome de Meigs. En modos de realización preferentes, el paciente tiene un cáncer de riñón (por ejemplo, CCR, por ejemplo, CCRm). El paciente puede tener opcionalmente una forma del cáncer avanzada, resistente, recurrente, resistente a la quimioterapia y/o resistente al platino.
Para la prevención o el tratamiento del cáncer, la dosis de un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y/o un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab) dependerá del tipo de cáncer que se va a tratar, como se define anteriormente, la gravedad y la evolución del cáncer, si el anticuerpo se administra con propósitos preventivos o terapéuticos, el tratamiento previo, la anamnesis del paciente y la respuesta al fármaco, y el criterio del médico especialista.
En algunos modos de realización, el antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y/o un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab) se pueden administrar de forma adecuada al paciente de una vez o durante una serie de tratamientos. Una dosificación diaria típica podría variar de aproximadamente 1 pg/kg a 100 mg/kg o más, dependiendo de los factores mencionados anteriormente. Para administraciones repetidas durante varios días o más, dependiendo de la afección, en general, se prolongaría el tratamiento hasta que se produjera una supresión deseada de los síntomas de la enfermedad. Dichas dosis se pueden administrar intermitentemente, por ejemplo, cada semana o cada tres semanas (por ejemplo, de modo que el paciente reciba, por ejemplo, de aproximadamente dos a aproximadamente veinte o, por ejemplo, aproximadamente seis dosis del antagonista de VEGF y/o del antagonista de unión al eje de PD-L1). Se puede administrar una dosis inicial mayor de carga, seguida de una o más dosis menores. Sin embargo, pueden ser útiles otras pautas de dosificación. La progresión de este tratamiento se supervisa fácilmente por técnicas y ensayos convencionales.
Por ejemplo, como propuesta general, la cantidad terapéuticamente eficaz de un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y/o un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab) administrada al ser humano estará en el intervalo de aproximadamente 0,01 a aproximadamente 50 mg/kg de peso corporal del paciente, ya sea mediante una o más administraciones. En algunos modos de realización, el anticuerpo usado se administra de aproximadamente 0,01 mg/kg a aproximadamente 45 mg/kg, de aproximadamente 0,01 mg/kg a aproximadamente 40 mg/kg, de aproximadamente 0,01 mg/kg a aproximadamente 35 mg/kg, de aproximadamente 0,01 mg/kg a aproximadamente 30 mg/kg, aproximadamente 0,01 mg/kg a aproximadamente 25 mg/kg, aproximadamente 0,01 mg/kg a aproximadamente 20 mg/kg, aproximadamente 0,01 mg/kg a aproximadamente 15 mg/kg, aproximadamente 0,01 mg/kg a aproximadamente 10 mg/kg, aproximadamente 0,01 mg/kg a aproximadamente 5 mg/kg o aproximadamente 0,01 mg/kg a aproximadamente 1 mg/kg diariamente, semanalmente, cada dos semanas, cada tres semanas o mensualmente, por ejemplo. En algunos modos de realización, el anticuerpo se administra a 15 mg/kg. Sin embargo, pueden ser útiles otras pautas de dosificación. En un modo de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y/o un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab) se administran a un ser humano a una dosis de aproximadamente 100 mg, aproximadamente 200 mg, aproximadamente 300 mg, aproximadamente 400 mg, aproximadamente 420 mg, aproximadamente 500 mg, aproximadamente 525 mg, aproximadamente 600 mg, aproximadamente 700 mg, aproximadamente 800 mg, aproximadamente 840 mg, aproximadamente 900 mg, aproximadamente 1000 mg, aproximadamente 1050 mg, aproximadamente 1100 mg, aproximadamente 1200 mg, aproximadamente 1300 mg, aproximadamente 1400 mg, aproximadamente 1500 mg, aproximadamente 1600 mg, aproximadamente 1700 mg o aproximadamente 1800 mg el día 1 de ciclos de 21 días (cada tres semanas, c3s).
En algunos modos de realización, el atezolizumab se administra a 1200 mg por vía intravenosa cada tres semanas (c3s). En algunos modos de realización, el bevacizumab se administra a una dosis fija una vez o durante una serie de tratamientos. Cuando se administra una dosis fija, esta está preferentemente en el intervalo de aproximadamente 5 mg a aproximadamente 2000 mg. Por ejemplo, la dosis fija puede ser de aproximadamente 420 mg, aproximadamente 525 mg, aproximadamente 840 mg o aproximadamente 1050 mg. En algunos modos de realización, el bevacizumab se administra a 10 mg/kg por vía intravenosa cada dos semanas. En algunos modos de realización, el bevacizumab se administra a 15 mg/kg por vía intravenosa cada tres semanas. La dosis de antagonista de VEGF y/o antagonista de unión al eje de PD-L1 se puede administrar como una dosis única o como dosis múltiples (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10 o más dosis). Cuando se administra una serie de dosis, estas se pueden, por ejemplo, administrar aproximadamente cada semana, aproximadamente cada 2 semanas, aproximadamente cada 3 semanas o aproximadamente cada 4 semanas. La dosis del anticuerpo administrado en una politerapia se puede reducir en comparación con la de un tratamiento único. La evolución de este tratamiento se sigue fácilmente por técnicas convencionales.
Los antagonistas de VEGF (por ejemplo, anticuerpos anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y antagonistas de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo, polipéptido de unión y/o molécula pequeña) descritos en el presente documento (cualquier agente terapéutico adicional) se pueden formular, dosificar y administrar de forma consecuente con la buena práctica médica. Los factores que se deben tener en consideración en este contexto incluyen el trastorno particular que se trata, el mamífero particular que se trata, la afección clínica del paciente individual, la causa del trastorno, el sitio de administración del agente, el procedimiento de administración, la programación de la administración y otros factores conocidos por los médicos. El antagonista de unión al eje de PD-L1 y/o el antagonista de VEGF no lo necesitan, pero opcionalmente se formulan con y/o se administran simultáneamente con uno o más agentes usados actualmente para prevenir o tratar el trastorno en cuestión. La cantidad eficaz de dichos otros agentes depende de la cantidad del antagonista de unión al eje de PD-L1 y/o del antagonista de VEGF presentes en la formulación, el tipo de trastorno o tratamiento y otros factores analizados anteriormente. Estos se usan, en general, en las mismas dosificaciones y por las vías de administración como se describe en el presente documento, o aproximadamente de un 1 a un 99 % de las dosificaciones descritas en el presente documento, o en cualquier dosificación y por cualquier vía que se determine empíricamente/clínicamente que es apropiada.
En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) se administra simultáneamente con un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab). En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se administran como parte de la misma formulación. En otros modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) se administra por separado de un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab).
En algunos modos de realización, cualquiera de los procedimientos precedentes puede incluir además administrar un agente terapéutico adicional. En algunos modos de realización, el agente terapéutico adicional se selecciona del grupo que consiste en un agente inmunoterápico, un agente citotóxico, un agente inhibidor del crecimiento, un agente de radioterapia, un agente antiangiogénico y combinaciones de los mismos.
En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se administran simultáneamente con un agonista dirigido contra una molécula coestimuladora activadora. En algunos modos de realización, una molécula coestimuladora activadora puede incluir CD40, CD226, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, HVEM o CD127. En algunos modos de realización, el agonista dirigido contra una molécula coestimuladora activadora es un anticuerpo agonista que se une a CD40, CD226, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, HVEM o CD127. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con un antagonista dirigido contra una molécula coestimuladora inhibidora. En algunos modos de realización, una molécula coestimuladora inhibidora puede incluir CTLA-4 (también conocido como CD152), TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7-H3, B7-H4, IDO, TIGIT, MICA/B o arginasa. En algunos modos de realización, el antagonista dirigido contra una molécula coestimuladora inhibidora es un anticuerpo antagonista que se une a CTLA-4, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7-H3, B7-H4, IDO, TIGIT, MICA/B o arginasa.
En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-LI, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con un antagonista dirigido contra CTLA-4 (también conocido como CD152), por ejemplo, un anticuerpo de bloqueo. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con ipilimumab (también conocido como MDX-010, MDX-101 o YERVOy ®). En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con tremelimumab (también conocido como ticilimumab o CP-675.206). En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con un antagonista dirigido contra B7-H3 (también conocido como CD276), por ejemplo, un anticuerpo de bloqueo. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con MGA271. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con un antagonista dirigido contra un TGF-beta, por ejemplo, metelimumab (también conocido como CAT-192), fresolimumab (también conocido como GC1008) o LY2157299.
En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con un agonista dirigido contra CD137 (también conocido como TNFRSF9,
4-1BB o ILA), por ejemplo, un anticuerpo activador. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con urelumab (también conocido como BMS-663513). En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con un agonista dirigido contra CD40, por ejemplo, un anticuerpo activador. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con CP-870893. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con agonista dirigido contra OX40 (también conocido como CD134), por ejemplo, un anticuerpo activador. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con un anticuerpo anti-OX40 (por ejemplo, AgonOX). En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con un agonista dirigido contra CD27, por ejemplo, un anticuerpo activador. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con CDX-1127. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, po atezolizumab) se pueden administrar junto con un antagonista dirigido contra TIGIT, por ejemplo, un anticuerpo anti-TIGIT. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con un antagonista dirigido contra indolamina-2,3-dioxigenasa (IDO). En algunos modos de realización, el antagonista de IDO es 1-metil-D-triptófano (también conocido como 1-D-MT).
En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, po atezolizumab) se pueden administrar junto con una vacuna contra el cáncer. En algunos modos de realización, la vacuna contra el cáncer es una vacuna peptídica contra el cáncer, que, en algunos modos de realización, es una vacuna peptídica personalizada. En algunos modos de realización, la vacuna peptídica contra el cáncer es una vacuna de péptido largo multivalente, péptido múltiple, cóctel de péptidos, péptido híbrido o células dendríticas pulsadas con péptidos (véase, por ejemplo, Yamada et al., Cáncer Sci. 104:14-21, 2013). En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con un adyuvante. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con un tratamiento que comprende un agonista de TLR, por ejemplo, Poly-ICLC (también conocido como HILTONOL®), LPS, MPL o CpG ODN. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con el factor de necrosis tumoral (FNT) alfa. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con IL-1. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con HMGB1. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con un antagonista de IL-10. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con un antagonista de IL-4. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con un antagonista de IL-13. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con un antagonista de HVEm . En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con un agonista de ICOS, por ejemplo, mediante la administración de ICOS-L, o un anticuerpo agonista dirigido contra ICOS. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con un tratamiento dirigido a CX3CL1. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con un tratamiento dirigido a CXCL9. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con un tratamiento dirigido a CXCL10. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con un tratamiento dirigido a CCL5. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con un agonista de LFA-1 o ICAM1. En algunos modos de realización, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, por ejemplo, bevacizumab) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) se pueden administrar junto con un agonista de selectina.
Si se administra un agente quimioterápico, normalmente se administra a dosificaciones ya conocidas para el mismo u opcionalmente reducidas debido a la acción combinada de los fármacos o a los efectos secundarios negativos que puedan atribuirse a la administración del agente quimioterápico. La preparación y los regímenes de dosificación de dichos agentes quimioterápicos se pueden usar de acuerdo con las instrucciones del fabricante o como determine empíricamente el médico experto. Cuando el agente quimioterápico es paclitaxel, preferentemente se administra a una dosis de entre aproximadamente 130 mg/m2 y 200 mg/m2 (por ejemplo, aproximadamente 175 mg/m2), por ejemplo, durante 3 horas, una vez cada 3 semanas. Cuando el agente quimioterápico es carboplatino, preferentemente se administra calculando la dosis de carboplatino usando la fórmula de Calvert que se basa en la función renal preexistente del paciente o en la función renal y la concentración mínima plaquetaria deseada. La excreción renal es la principal vía de eliminación del carboplatino. El uso de esta fórmula de dosificación, en comparación con el cálculo de la dosis empírica basado en el área de superficie corporal, permite compensar las variaciones del paciente en la función renal previa al tratamiento, que de otro modo podrían dar como resultado una infradosificación (en pacientes con función renal por encima del promedio) o una sobredosificación (en pacientes con insuficiencia renal). El ABC diana de 4-6 mg/ml/min usando carboplatino como agente único parece proporcionar el intervalo de dosis más apropiado en pacientes tratados previamente.
Además de los regímenes terapéuticos anteriores, el paciente se puede someter a la extirpación quirúrgica de tumores y/o células cancerosas.
Dichas politerapias indicadas anteriormente engloban la administración combinada (donde se incluyen dos o más agentes terapéuticos en la misma formulación o en formulaciones separadas) y la administración separada, en cuyo caso, la administración de un antagonista de VEGF y/o de un antagonista de unión al eje de PD-L1 se puede producir antes de, simultáneamente a y/o después de la administración del agente o agentes terapéuticos adicionales. En un modo de realización, la administración de un antagonista de VEGF y/o un antagonista de unión al eje de PD-L1 y la administración de un agente terapéutico adicional se produce en aproximadamente un mes, o en aproximadamente una, dos o tres semanas, o en aproximadamente uno, dos, tres, cuatro, cinco o seis días, entre sí.
En modos de realización donde el antagonista de VEGF o el antagonista de unión al eje de PD-L1 es un anticuerpo (por ejemplo, bevacizumab o atezolizumab), el anticuerpo administrado puede ser un anticuerpo no marcado. El antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y/o el antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab) administrados se pueden conjugar con un agente citotóxico. Preferentemente, el conjugado y/o el antígeno al que está unido está/están internalizados en la célula, dando como resultado una eficacia terapéutica incrementada del conjugado en la destrucción de las células cancerosas a las que se une. En un modo de realización preferente, el agente citotóxico se dirige contra o interfiere en el ácido nucleico de la célula cancerosa. Los ejemplos de dichos agentes citotóxicos incluyen maitanosinoides, calicheamicinas, ribonucleasas y endonucleasas de ADN.
Las composiciones utilizadas en los procedimientos descritos en el presente documento se pueden administrar mediante cualquier procedimiento adecuado, que incluye, por ejemplo, por vía intravenosa, intramuscular, subcutánea, intradérmica, percutánea, intraarterial, intraperitoneal, intralesional, intracraneal, intraarticular, intraprostática, intrapleural, intratraqueal, intratecal, intranasal, intravaginal, intrarrectal, tópica, intratumoral, peritoneal, subconjuntival, intravesicular, mucosa, intrapericárdica, intraumbilical, intraocular, intraorbital, oral, tópica, transdérmica, intravítrea (por ejemplo, por inyección intravítrea), mediante gotas oftálmicas, por inhalación, por inyección, por implantación, por infusión, por infusión continua, por perfusión localizada que baña las células diana directamente, por catéter, por lavado, en cremas o en composiciones lipídicas. Las composiciones utilizadas en los procedimientos descritos en el presente documento también se pueden administrar sistémica o localmente. El procedimiento de administración puede variar dependiendo de diversos factores (por ejemplo, el compuesto o composición que se administra y la gravedad de la afección, enfermedad o trastorno que se trata). En algunos modos de realización, el antagonista de la unión al eje de PD-L1 se administra por vía intravenosa, intramuscular, subcutánea, tópica, oral, transdérmica, intraperitoneal, intraorbitaria, por implantación, por inhalación, por vía intratecal, intraventricular o intranasal. La dosificación puede ser por cualquier vía adecuada, por ejemplo, por inyecciones, tales como inyecciones intravenosas o subcutáneas, dependiendo, en parte, de si la administración es breve o crónica. En el presente documento se contemplan diversas pautas de dosificación que incluyen, pero sin limitarse a, administraciones únicas o múltiples durante diversos puntos temporales, administración con inyección intravenosa rápida e infusión intermitente.
IV. Composiciones
En un aspecto, la invención se basa, en parte, en el descubrimiento de que las combinaciones de antagonistas de VEGF (por ejemplo, anticuerpos anti-VEGF, tal como bevacizumab) y antagonistas de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, anticuerpos anti-PD-L1, tales como atezolizumab), tienen efectos antitumorales en cánceres tales como cáncer de riñón. En determinados modos de realización se proporcionan antagonistas de VEGF y antagonistas de unión al eje de PD-L1. Estos agentes, y combinaciones de los mismos, son útiles para el tratamiento del cáncer, por ejemplo, como parte de cualquiera de los procedimientos descritos en el presente documento.
A. Antagonistas de VEGF ejemplares
Los antagonistas de VEGF de la invención incluyen cualquier molécula que se puede unir a VEGF, reducir los niveles de expresión de VEGF o neutralizar, bloquear, inhibir, anular, reducir o interferir con las actividades biológicas de VEGF. Un ejemplo de VEGF humano se muestra con el n.° de acceso de UniProtKB/Swiss-Prot P15692, Gene ID (NCBI): 7422.
En algunos casos, el antagonista de VEGF es un anticuerpo anti-VEGF. En algunos modos de realización, el anticuerpo anti-VEGF es bevacizumab, también conocido como "rhuMAb VEGF" o "AVASTIN®". El bevacizumab es un anticuerpo monoclonal anti-VEGF humanizado recombinante generado de acuerdo con Presta et al. (Cáncer Res.
57:4593-4599, 1997). Comprende regiones estructurales de IgG1 humana mutadas y regiones determinantes de complementariedad de unión a antígeno del anticuerpo monoclonal anti-hVEGF murino A.4.6.1 que bloquea la unión del VEGF humano a sus receptores. Aproximadamente el 93 % de la secuencia de aminoácidos de bevacizumab, incluyendo la mayoría de las regiones estructurales, se deriva de la IgG1 humana, y aproximadamente el 7 % de la secuencia se deriva del anticuerpo murino A4.6.1. Bevacizumab tiene una masa molecular de aproximadamente 149000 daltons y está glucosilado. Bevacizumab y otros anticuerpos anti-VEGF humanizados se describen además en la patente de EE. UU. n.° 6.884.879 expedida el 26 de febrero de 2005. Los anticuerpos preferentes adicionales incluyen los anticuerpos de la serie G6 o B20 (por ejemplo, G6-31, B20-4.1), como se describe en la publicación de solicitud PCT n.° WO 2005/012359. Para anticuerpos preferentes adicionales, véanse las patentes de EE. UU. n.os 7.060.269, 6.582.959, 6.703.020; 6.054.297; los documentos WO98/45332; WO96/30046; WO94/10202; EP 0666868B1; las publicaciones de solicitud de patente de EE. UU. n.os 2006009360, 20050186208, 20030206899, 20030190317, 20030203409 y 20050112126; y Popkov et al., (Journal of Immunological Methods 288:149-164, 2004). Otros anticuerpos preferentes incluyen aquellos que se unen a un epítopo funcional en el VEGF humano que comprende los residuos F17, M18, D19, Y21, Y25, Q89, 191, K101, E103 y C104 o, de forma alternativa, que comprenden los residuos F17, Y21, Q22, Y25, D63, 183 y Q89.
En otros casos, el antagonista de VEGF es un anticuerpo anti-VEGFR2 o molécula relacionada (por ejemplo, ramucirumab, tanibirumab, aflibercept); un anticuerpo anti-VEGFR1 o moléculas relacionadas (por ejemplo, icrucumab, aflibercept (VEGF Trap-Eye; EYLEA®) o ziv-aflibercept (VEGF Trap; ZALTRAP®)); un anticuerpo de VEGF biespecífico (por ejemplo, MP-0250, vanucizumab (VEGF-ANG2) o anticuerpos biespecíficos divulgados en el documento US 2001/0236388); un anticuerpo biespecífico que incluye una combinación de dos brazos anti-VEGF, anti-VEGFR1 y anti-VEGFR2; un anticuerpo anti-VEGFA (por ejemplo, bevacizumab, sevacizumab); un anticuerpo anti-VEGFB; un anticuerpo anti-VEGFC (por ejemplo, VGX-100), un anticuerpo anti-VEGFD; o un antagonista no peptídico de VEGF de molécula pequeña (por ejemplo, pazopanib, axitinib, vandetanib, stivarga, cabozantinib, lenvatinib, nintedanib, orantinib, telatinib, dovitinig, cediranib, motesanib, sulfatinib, apatinib, foretinib, famitinib o tivozanib).
Se contempla expresamente que dichos anticuerpos antagonistas de VEGF u otros anticuerpos descritos en el presente documento (por ejemplo, anticuerpos anti-VEGF para la detección de niveles de expresión de VEGF) para su uso en cualquiera de los modos de realización enumerados anteriormente pueden tener cualquiera de los rasgos característicos, individualmente o en combinación, descritos en las secciones i-vii de la sección C a continuación.
B. Antagonistas de unión al eje de PD-L1 ejemplares
Los antagonistas de unión al eje de PD-L1 de la invención incluyen antagonistas de unión a PD-1, antagonistas de unión a PD-L1 y antagonistas de unión a PD-L2. PD-1 (muerte programada 1) también se conoce en la técnica como "muerte celular programada 1", "PDCD1", "CD279" y "SLEB2". Un PD-1 humano ejemplar se muestra en UniProtKB/Swiss-Prot con n.° de acceso Q15116. PD-L1 (ligando 1 de muerte programada) también se denomina en la técnica "ligando 1 de muerte celular programada 1", "PDCD1LG1", "CD274", "B7-H" y "pDL1". Un PD-L1 humano ejemplar se muestra en UniProtKB/Swiss-Prot con n.° acceso Q9NZQ7.1. PD-L2 (ligando de muerte programada 2) también se conoce en la técnica como "ligando 2 de muerte celular programada 1", "PDCD1LG2", "CD273", "B7-DC", "Btdc" y "PDL2". Un PD-L2 humano ejemplar se muestra en UniProtKB/Swiss-Prot con n.° de acceso Q9BQ51. En algunos modos de realización, PD-1, PD-L1 y PD-L2 son PD-1, PD-L1 y PD-L2 humanos.
En algunos casos, el antagonista de unión al eje de PD-L1 es un antagonista de unión a PD-L1. En algunos casos, el antagonista de unión a PD-L1 inhibe la unión de PD-L1 a uno o más de sus compañeros de unión a ligando. En otros casos, el antagonista de unión a PD-L1 inhibe la unión de PD-L1 a PD-1. Aún en otros casos, el antagonista de unión a PD-L1 inhibe la unión de PD-L1 a B7-1. En algunos casos, el antagonista de unión a PD-L1 inhibe la unión de PD-L1 tanto a PD-1 como a B7-1. En algunos casos, el antagonista de unión a PD-L1 es un anticuerpo. En algunos modos de realización, el anticuerpo se selecciona del grupo que consiste en: YW243,55.S70, MPDL3280A (atezolizumab), MDX-1105, MEDI4736 (durvalumab) y MSB0010718C (avelumab). En algunos modos de realización, el anticuerpo comprende una cadena pesada que comprende la secuencia de HVR-H1 de SEQ ID NO: 19, la secuencia de HVR-H2 de SEQ ID NO: 20 y la secuencia de HVR-H3 de SEQ ID NO: 21; y una cadena ligera que comprende la secuencia de HVR-L1 de SEQ ID NO: 22, la secuencia de HVR-L2 de SEQ ID NO: 23 y la secuencia de HVR-L3 de SEQ ID NO: 24. En algunos modos de realización, el anticuerpo comprende una región variable de la cadena pesada que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 26 y una región variable de la cadena ligera que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 4.
En algunos casos, el antagonista de unión al eje de PD-L1 es un antagonista de unión a PD-1. Por ejemplo, en algunos casos, el antagonista de unión a PD-1 inhibe la unión de PD-1 a uno o más de sus compañeros de unión a ligando. En algunos casos, el antagonista de unión a PD-1 inhibe la unión de PD-1 a PD-L1. En otros casos, el antagonista de unión a PD-1 inhibe la unión de PD-1 a PD-L2. Aún en otros casos, el antagonista de unión a PD-1 inhibe la unión de PD-1 tanto a PD-L1 como a PD-L2. En algunos casos, el antagonista de unión a PD-1 es un anticuerpo. En algunos casos, el anticuerpo se selecciona del grupo que consiste en: MDX 1106 (nivolumab), MK-3475 (pembrolizumab), CT-011 (pidilizumab), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810 y BGB-108. En algunos casos, el antagonista de unión a PD-1 es una proteína de fusión Fc. Por ejemplo, en algunos casos, la proteína de fusión Fc es AMP-224.
En otro aspecto, la invención proporciona el uso de un antagonista de unión al eje de PD-L1 en la fabricación o preparación de un medicamento. En un modo de realización, el medicamento es para el tratamiento de un cáncer. En otro modo de realización, el medicamento es para su uso en un procedimiento de tratamiento de un cáncer que comprende administrar a un paciente que padece cáncer de riñón (por ejemplo, un carcinoma de células renales (CCR), por ejemplo, CCR metastásico (CCRm)) una cantidad eficaz del medicamento. En un modo de realización de este tipo, el procedimiento comprende además administrar al individuo una cantidad eficaz de al menos un agente terapéutico adicional, por ejemplo, como se describe a continuación.
En algunos modos de realización, el antagonista de unión a PD-1 es una molécula que inhibe la unión de PD-1 a sus compañeros de unión ligandos. En un aspecto específico, los compañeros de unión ligandos de PD-1 son PD-L1 y/o PD-L2. En otro modo de realización, un antagonista de unión a PD-L1 es una molécula que inhibe la unión de PD-L1 a sus ligandos de unión. En un aspecto específico, los compañeros de unión a PD-L1 son PD-1 y/o B7-1. En otro modo de realización, el antagonista de unión a PD-L2 es una molécula que inhibe la unión de PD-L2 a sus compañeros de unión ligandos. En un aspecto específico, el compañero de unión ligando de PD-L2 es PD-1. El antagonista puede ser un anticuerpo, un fragmento de unión a antígeno del mismo, una inmunoadhesina, una proteína de fusión u oligopéptido.
En algunos modos de realización, el antagonista de unión a PD-1 es un anticuerpo anti-PD-1 (por ejemplo, un anticuerpo humano, un anticuerpo humanizado o un anticuerpo quimérico), por ejemplo, como se describe a continuación. En algunos modos de realización, el anticuerpo anti-PD-1 se selecciona del grupo que consiste en MDX-1106 (nivolumab), MK-3475 (pembrolizumab), CT-011 (pidilizumab), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810 y BGB-108. MDX-1106, también conocido como MDX-1106-04, ONO-4538 o BMS-936558 o nivolumab, es un anticuerpo anti-PD-1 descrito en el documento WO2006/121168. MK-3475, también conocido como pembrolizumab o lambrolizumab, es un anticuerpo anti-PD-1 descrito en el documento WO2009/114335. CT-011, también conocido como hBAT, hBAT-1 o pidilizumab, es un anticuerpo anti-PD-1 descrito en el documento WO2009/101611. En algunos modos de realización, el antagonista de unión a PD-1 es una inmunoadhesina (por ejemplo, una inmunoadhesina que comprende una parte extracelular o de unión a PD-1 de PD-L1 o PD-L2 fusionada a una región constante (por ejemplo, una región Fc de una secuencia de inmunoglobulina). En algunos modos de realización, el antagonista de unión a PD-1 es AMP-224. AMP-224, también conocido como B7-DCIg, es un receptor soluble de fusión PD-L2-Fc descrito en los documentos WO2010/027827 y WO2011/066342.
En algunos modos de realización, el anticuerpo anti-PD-1 es MDX-1106. Los nombres alternativos para "MDX-1106" incluyen MDX-1106-04, ONO-4538, BMS-936558 y nivolumab. En algunos modos de realización, el anticuerpo anti-PD-1 es nivolumab (número de registro de CAS: 946414-94-4). Todavía en otro modo de realización se proporciona un anticuerpo anti-PD-1 aislado que comprende una región variable de la cadena pesada que comprende la secuencia de aminoácidos de la región variable de la cadena pesada de SEQ ID NO: 1 y/o una región variable de la cadena ligera que comprende la secuencia de aminoácidos de la región variable de la cadena ligera de SEQ ID NO: 2. Todavía en otro modo de realización se proporciona un anticuerpo anti-PD-1 aislado que comprende una secuencia de la cadena pesada y/o una de la cadena ligera, en el que:
(a) la secuencia de la cadena pesada tiene al menos un 85 %, al menos un 90 %, al menos un 91 %, al menos un 92 %, al menos un 93 %, al menos un 94 %, al menos un 95 %, al menos un 96 %, al menos un 97 %, al menos un 98 %, al menos un 99 % o un 100 % de identidad de secuencia con la secuencia de la cadena pesada:
QVQLVESGGGVVQPGRSLRLDCKASGITFSNSGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGSKRYYADSVKGR
FTISRDNSKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCATNDDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTA
ALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSWTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNT
KVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDG
VEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTL
PPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQE GNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK (SEQ ID NO: 1) y
(b) la secuencia de la cadena ligera tiene al menos un 85 %, al menos un 90 %, al menos un 91 %, al menos un 92 %, al menos un 93 %, al menos un 94 %, al menos un 95 %, al menos un 96 %, al menos un 97 %, al menos un 98 %, al menos un 99 % o un 100 % de identidad de secuencia con la secuencia de la cadena ligera:
EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTD
FTLTISSLEPEDFAVYYCQQSSNWPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYP
REAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFN RGEC (SEQ ID NO: 2).
En algunos modos de realización, el antagonista de la unión al eje de PD-L1 es un antagonista de la unión a PD-L2. En algunos modos de realización, el antagonista de la unión a PD-L2 es un anticuerpo anti-PD-L2 (por ejemplo, un anticuerpo humano, un anticuerpo humanizado o un anticuerpo quimérico). En algunos modos de realización, un antagonista de unión a PD-L2 es una inmunoadhesina.
En algunos modos de realización, el antagonista de unión a PD-L1 es un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, como se describe a continuación. En algunos modos de realización, el anticuerpo anti-PD-L1 puede inhibir la unión entre PD-L1 y PD-1 y/o entre PD-L1 y B7-1. En algunos modos de realización, el anticuerpo anti-PD-L1 es un anticuerpo monoclonal. En algunos modos de realización, el anticuerpo anti-PD-L1 es un fragmento de anticuerpo seleccionado del grupo que consiste en fragmentos Fab, Fab'-SH, Fv, scFv o (Fab')2. En algunos modos de realización, el anticuerpo anti-PD-L1 es un anticuerpo humanizado. En algunos modos de realización, el anticuerpo anti-PD-L1 es un anticuerpo humano. En algunos modos de realización, el anticuerpo anti-PD-L1 se selecciona del grupo que consiste en YW243.55.S70, MPDL3280A (atezolizumab), MDX-1105 y MEDI4736 (durvalumab) y MSB0010718C (avelumab). El anticuerpo YW243.55.S70 es un anti-PD-L1 descrito en el documento WO2010/077634. MDX-1105, también conocido como b Ms -936559, es un anticuerpo anti-PD-L1 descrito en el documento WO2007/005874. MEDI4736 (durvalumab) es un anticuerpo monoclonal anti-PD-L1 descrito en el documento WO2011/066389 y el documento US2013/034559. Los ejemplos de anticuerpos anti-PD-L1 útiles para los procedimientos de la presente invención y los procedimientos para preparar los mismos se describen en las solicitudes de patente PCT WO 2010/077634, w O 2007/005874, WO 2011/066389, en la patente de EE. UU. n.° 8.217.149 y en el documento US 2013/034559.
Los anticuerpos anti-PD-LI descritos en los documentos WO 2010/077634 A1 y US 8.217.149 se pueden usar en los procedimientos descritos en el presente documento. En algunos modos de realización, el anticuerpo anti-PD-L1 comprende una secuencia de la región variable de cadena pesada de SEQ ID NO: 3 y/o una secuencia de la región variable de cadena ligera de SEQ ID NO: 4. Todavía en otro modo de realización se proporciona un anticuerpo anti-PD-L1 aislado que comprende una secuencia de la región variable de cadena pesada y una de la región variable de cadena ligera, en el que:
(a) la secuencia de la cadena pesada tiene al menos un 85 %, al menos un 90 %, al menos un 91 %, al menos un 92 %, al menos un 93 %, al menos un 94 %, al menos un 95 %, al menos un 96 %, al menos un 97 %, al menos un 98 %, al menos un 99 % o un 100 % de identidad de secuencia con la secuencia de la cadena pesada:
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGR FTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSA (SEQ ID NO: 3) y
(b) la secuencia de la cadena ligera tiene al menos un 85 %, al menos un 90 %, al menos un 91 %, al menos un 92 %, al menos un 93 %, al menos un 94 %, al menos un 95 %, al menos un 96 %, al menos un 97 %, al menos un 98 %, al menos un 99 % o un 100 % de identidad de secuencia con la secuencia de la cadena ligera:
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGT DFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR (SEO ID NO: 4).
En un modo de realización, el anticuerpo anti-PD-L1 comprende una región variable de cadena pesada que comprende una secuencia de HVR-H1, HVR-H2 y HVR-H3, en la que:
(a) la secuencia de HVR-H1 es GFTFSXiSWlH (SEQ ID NO: 5)
(b) la secuencia de HVR-H2 es AWIX2PYGGSXjYYADSVKG (SEQ ID NO: 6)
(c) la secuencia de HVR-H3 es RHWPGGFDY (SEQ ID NO: 7)
en la que, además: X 1 es D o G; X2 es S o L; X3 es T o S. En un aspecto específico, X1 es D; X2 es S y X3 es T. En otro aspecto, el polipéptido comprende además secuencias estructurales de cadena pesada de región variable yuxtapuestas entre las HVR de acuerdo con la fórmula: (FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4). Aún en otro aspecto, las secuencias estructurales se derivan de secuencias estructurales consenso humanas. En otro aspecto, las secuencias estructurales son la secuencia estructural consenso de subgrupo III de VH. Todavía en otro aspecto, al menos una de las secuencias estructurales es la siguiente:
FR-H1 es EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAAS (SEQ ID NO: 8)
FR-H2 es WVRQAPGKGLEWV (SEQ ID NO: 9)
FR-H3 es RFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAR (SEQ ID NO: 10)
FR-H4 es WGQGTLVTVSA (SEQ ID NO: 11).
Todavía en otro aspecto, el polipéptido de la cadena pesada se combina además con una cadena ligera de región variable que comprende una HVR-L1, HVR-L2 y HVR-L3, en la que:
(a) la secuencia de HVR-L1 es RASQX-iXsXeTXrXaA (SEQ ID NO: 12)
(b) la secuencia de HVR-L2 es SASXsLXioS, (SEQ ID NO: 13)
(c) la secuencia de HVR-L3 es QQXnXiaXisXnPXisT (SEQ ID NO: 14)
en la que: X4 es D o V; X5 es V o I; X6 es S o N; X7 es A o F;X8 es V o L; X9 es F o T; X10 es Y o A; X11 es Y, G, F o S; X12 es L, Y, F o W; X13 es Y, N, A, T, G, F o I; X14 es H, V, P, T o I; X15 es A, W, R, P o T. Todavía en otro aspecto, X4 es D; X5 es V; X6 es S; X7 es A; X6 es V; X9 es F; X10 es Y; X11 es Y; X12 es L; X13 es Y; X14 es H; X15 es A.
Todavía en otro aspecto, la cadena ligera comprende además secuencias estructurales de la cadena ligera de la región variable yuxtapuestas entre las HVR de acuerdo con la fórmula: (FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4). Todavía en otro aspecto, las secuencias estructurales se derivan de secuencias estructurales consenso humanas. Todavía en otro aspecto, las secuencias estructurales son una estructura consenso de kappa I de VL. Todavía en otro aspecto, al menos una de las secuencias estructurales es la siguiente:
FR-L1 es DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITC (SEQ ID NO: 15)
FR-L2 es WYQQKPGKAPKLLIY (SEQ ID NO: 16)
FR-L3 es GVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYC (SEQ ID NO: 17)
FR-L4 es FGQGTKVEIKR (SEQ ID NO: 18).
En otro modo de realización se proporciona un anticuerpo anti-PD-LI aislado o un fragmento de unión a antígeno que comprende una secuencia de la región variable de la cadena pesada y una de la cadena ligera, en la que:
(a) la cadena pesada comprende una HVR-H1, HVR-H2 y HVR-H3, en la que, además:
(i) la secuencia de HVR-H1 es GFTFSXiSWIH; (SEQ ID NO: 5)
(ii) la secuencia de HVR-H2 es AWIX2PYGGSX3YYADSVKG (SEQ ID NO: 6)
(iii) la secuencia de HVR-H3 es RHWPGGFDY, y (SEQ ID NO: 7)
(b) la cadena ligera comprende una HVR-L1, HVR-L2 y HVR-L3, en la que, además:
(i) la secuencia de HVR-L1 es RASQX*XsXsTX7XeA (SEQ ID NO: 12)
( i i ) la s e c u e n c ia d e H V R - L 2 e s S A S X s L X i t S ; y (SEQ ID NO: 13)
( i i i ) la s e c u e n c ia d e F IV R -L 3 e s Q Q X 11 X 12 X - 2 X 14 P X 1 & T ; (SEQ ID NO: 14)
en la que: X 1 es D o G; X2 es S o L; X3 es T o S; X4 es D o V; X5 es V o I; X6 es S o N; X7 es A o F; X8 es V o L; X9 es F o T; X10 es Y o A; X 11 es Y, G, F o S; X 12 es L, Y, F o W; X 13 es Y, N, A, T, G, F o I; X14 es H, V, P, T o I; X15 es A, W, R, P o T. En un aspecto específico, X 1 es D; X2 es S y X3 es T. En otro aspecto, X4 es D; X5 es V; X6 es S; X7 es A; X8 es V; X9 es F; X10 es Y; X11 es Y; X12 es L; X13 es Y; X14 es H; X15 es A. Aún en otro aspecto, X1 es D; X2 es S y X3 es T, X4 es D; X5 es V; X6 es S; X7 es A; X8 es V; X9 es F; X10 es Y; X11 es Y; X 12 es L; X13 es Y; X14 es H y X15 es A.
En otro aspecto, la región variable de la cadena pesada comprende una o más secuencias estructurales yuxtapuestas entre las HVR como: (FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4), y las regiones variables de la cadena ligera comprenden una o más secuencias estructurales yuxtapuestas entre las HVR como: (FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4). Todavía en otro aspecto, las secuencias estructurales se derivan de secuencias estructurales consenso humanas. Todavía en otro aspecto, las secuencias estructurales de la cadena pesada se derivan de una secuencia del subgrupo I, II o III de Kabat. Todavía en otro aspecto, la secuencia estructural de la cadena pesada es una secuencia estructural consenso del subgrupo III de VH. Todavía en otro aspecto, una o más de las secuencias estructurales de la cadena pesada se exponen como SEQ ID NO: 8, 9, 10 y 11. Todavía en otro aspecto, las secuencias estructurales de la cadena ligera se derivan de una secuencia del subgrupo kappa I, II, II o IV de Kabat. Todavía en otro aspecto, las secuencias estructurales de la cadena ligera son una secuencia estructural consenso de kappa I de VL. Todavía en otro aspecto, una o más de las secuencias estructurales de la cadena ligera se exponen como SEQ ID NO: 15, 16, 17 y 18.
Todavía en otro aspecto específico, el anticuerpo comprende además una región constante humana o murina. Todavía en otro aspecto, la región constante humana se selecciona del grupo que consiste en IgG1, IgG2, IgG2, IgG3, IgG4. Todavía en otro aspecto específico, la región constante humana es IgG1. Todavía en otro aspecto, la región constante murina se selecciona del grupo que consiste en IgG1, IgG2A, IgG2B, IgG3. Todavía en otro aspecto, la región constante murina es IgG2A. Todavía en otro aspecto específico, el anticuerpo tiene una función efectora reducida o mínima. Todavía en otro aspecto específico, la función efectora mínima es el resultado de una "mutación de Fc sin efector" o aglucosilación. Todavía en otro modo de realización, la mutación de Fc sin efector es una sustitución N297A o D265A/N297A en la región constante.
Aún en otro modo de realización se proporciona un anticuerpo anti-PD-L1 que comprende una secuencia de la región variable de la cadena pesada y una de la cadena ligera, en el que:
(a) la cadena pesada comprende además una secuencia de HVR-H1, HVR-H2 y HVR-H3 que tiene al menos un 85 % de identidad de secuencia con GFTFSDSWIH (SEQ ID NO: 19), AWISPYGGSTYYADSVKG (SEQ ID NO: 20) y RHWPGGFDY (SEQ ID NO: 21), respectivamente, o
(b) la cadena ligera comprende además una secuencia de HVR-L1, HVR-L2 y HVR-L3 que tiene al menos un 85 % de identidad de secuencia con RASGDVSTAVA (SEQ ID NO: 22), SASFLYS (SEQ ID NO: 23) y QQYLYHPAT (SEQ ID NO: 24), respectivamente.
En un aspecto específico, la identidad de secuencia es un 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o 100 %.
En otro aspecto, la región variable de la cadena pesada comprende una o más secuencias estructurales yuxtapuestas entre las HVR como: (FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4), y las regiones variables de la cadena ligera comprenden una o más secuencias estructurales yuxtapuestas entre las HVR como: (FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4). Aún en otro aspecto, las secuencias estructurales se derivan de secuencias estructurales consenso humanas. Todavía en otro aspecto, las secuencias estructurales de la cadena pesada se derivan de una secuencia del subgrupo I, II o III de Kabat. Todavía en otro aspecto, la secuencia estructural de la cadena pesada es una secuencia estructural consenso del subgrupo III de VH. Todavía en otro aspecto, una o más de las secuencias estructurales de la cadena pesada se exponen como SEQ ID NO: 8, 9, 10 y 11. Todavía en otro aspecto, las secuencias estructurales de la cadena ligera se derivan de una secuencia del subgrupo kappa I, II, II o IV de Kabat. Todavía en otro aspecto, las secuencias estructurales de la cadena ligera son una secuencia estructural consenso de kappa I de VL. Todavía en otro aspecto, una o más de las secuencias estructurales de la cadena ligera se exponen como SEQ ID NO: 15, 16, 17 y 18.
Todavía en otro aspecto específico, el anticuerpo comprende además una región constante humana o murina. Todavía en otro aspecto, la región constante humana se selecciona del grupo que consiste en IgG1, IgG2, IgG2, IgG3, IgG4. Todavía en otro aspecto específico, la región constante humana es IgG1. Todavía en otro aspecto, la región constante murina se selecciona del grupo que consiste en IgG1, IgG2A, IgG2B, IgG3. Todavía en otro aspecto, la región constante murina es IgG2A. Todavía en otro aspecto específico, el anticuerpo tiene una función efectora reducida o mínima. Todavía en otro aspecto específico, la función efectora mínima es el resultado de una "mutación de Fc sin efector" o aglucosilación. Todavía en otro modo de realización, la mutación de Fc sin efector es una sustitución N297A o D265A/N297A en la región constante.
Aún en otro modo de realización adicional se proporciona un anticuerpo anti-PD-L1 aislado que comprende una secuencia de la región variable de la cadena pesada y una de la cadena ligera, en el que:
(a) la secuencia de la cadena pesada tiene al menos un 85 % de identidad de secuencia con la secuencia de la cadena pesada:
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGR FTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO: 25), y/o
(b) la secuencia de la cadena ligera tiene al menos un 85 % de identidad de secuencia con la secuencia de la cadena ligera:
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGT DFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR (SEQ ID NO: 4).
En un aspecto específico, la identidad de secuencia es un 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o 100 %. En otro aspecto, la región variable de la cadena pesada comprende una o más secuencias estructurales yuxtapuestas entre las HVR como: (FR-H1)-(HVR-H1)-(f R-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4), y las regiones variables de la cadena ligera comprenden una o más secuencias estructurales yuxtapuestas entre las HVR como: (FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4). Aún en otro aspecto, las secuencias estructurales se derivan de secuencias estructurales consenso humanas. En otro aspecto, las secuencias estructurales de la cadena pesada se derivan de una secuencia del subgrupo I, II o III de Kabat. Todavía en otro aspecto, la secuencia estructural de la cadena pesada es una secuencia estructural consenso del subgrupo III de VH. Todavía en otro aspecto, una o más de las secuencias estructurales de la cadena pesada se exponen como SEQ ID NO: 8, 9, 10 y WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO: 27).
Todavía en otro aspecto, las secuencias estructurales de la cadena ligera se derivan de una secuencia del subgrupo kappa I, II, II o IV de Kabat. Todavía en otro aspecto, las secuencias estructurales de la cadena ligera son una secuencia estructural consenso de kappa I de VL. Todavía en otro aspecto, una o más de las secuencias estructurales de la cadena ligera se exponen como SEQ ID NO: 15, 16, 17 y 18.
Todavía en otro aspecto específico, el anticuerpo comprende además una región constante humana o murina. Todavía en otro aspecto, la región constante humana se selecciona del grupo que consiste en IgG1, IgG2, IgG2, IgG3, IgG4. Todavía en otro aspecto específico, la región constante humana es IgG1. Todavía en otro aspecto, la región constante murina se selecciona del grupo que consiste en IgG1, IgG2A, IgG2B, IgG3. Todavía en otro aspecto, la región constante murina es IgG2A. Todavía en otro aspecto específico, el anticuerpo tiene una función efectora reducida o mínima. Todavía en otro aspecto específico, la función efectora mínima es el resultado de la producción en células procariotas. Todavía en otro aspecto específico, la función efectora mínima es el resultado de una "mutación de Fc sin efector" o aglucosilación. Todavía en otro modo de realización, la mutación de Fc sin efector es una sustitución N297A o D265A/N297A en la región constante.
En otro aspecto, la región variable de la cadena pesada comprende una o más secuencias estructurales yuxtapuestas entre las HVR como: (FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4), y las regiones variables de la cadena ligera comprenden una o más secuencias estructurales yuxtapuestas entre las HVR como: (FR-LI)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4). Todavía en otro aspecto, las secuencias estructurales se derivan de secuencias estructurales consenso humanas. Todavía en otro aspecto, las secuencias estructurales de la cadena pesada se derivan de una secuencia del subgrupo I, II o III de Kabat.
Todavía en otro aspecto, la secuencia estructural de la cadena pesada es una secuencia estructural consenso del subgrupo III de VH. Todavía en otro aspecto, una o más de las secuencias estructurales de la cadena pesada es la siguiente:
FR-H1 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFS (SEQ ID NO: 29)
FR-H2 WVRQAPGKGLEWVA (SEQ ID NO: 30)
FR-H3 RFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAR (SEQ ID NO: 10)
FR-H4 WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO: 27).
Todavía en otro aspecto, las secuencias estructurales de la cadena ligera se derivan de una secuencia del subgrupo kappa I, II, II o IV de Kabat. Todavía en otro aspecto, las secuencias estructurales de la cadena ligera son una secuencia estructural consenso de kappa I de VL. Todavía en otro aspecto, una o más de las secuencias estructurales de la cadena ligera es la siguiente:
FR-L1 DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITC (SEQ ID NO: 15)
FR-L2 WYQQKPGKAPKLLIY (SEQ ID NO: 16)
FR-L3 GVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYC (SEQ ID NO: 17)
FR-L4 FGQGTKVEIK (SEQ ID NO: 28).
Todavía en otro aspecto específico, el anticuerpo comprende además una región constante humana o murina. Todavía en otro aspecto, la región constante humana se selecciona del grupo que consiste en IgG1, IgG2, IgG2, IgG3, IgG4. Todavía en otro aspecto específico, la región constante humana es IgG1. Todavía en otro aspecto, la región constante murina se selecciona del grupo que consiste en IgG1, IgG2A, IgG2B, IgG3. Todavía en otro aspecto, la región constante murina es IgG2A. Todavía en otro aspecto específico, el anticuerpo tiene una función efectora reducida o mínima. Todavía en otro aspecto específico, la función efectora mínima es el resultado de una "mutación de Fc sin efector" o aglucosilación. Todavía en otro modo de realización, la mutación de Fc sin efector es una sustitución N297A o D265A/N297A en la región constante.
Aún en otro modo de realización se proporciona un anticuerpo anti-PD-L1 que comprende una secuencia de la región variable de la cadena pesada y una de la cadena ligera, en el que:
(c) la cadena pesada comprende además una secuencia de HVR-H1, HVR-H2 y HVR-H3 que tiene al menos un 85 % de identidad de secuencia con GFTFSDSWIH (SEQ ID NO: 19), AWISPYGGSTYYADSVKG (SEQ ID NO: 20) y RHWPGGFDY (SEQ ID NO: 21), respectivamente, y/o
(d) la cadena ligera comprende además una secuencia de HVR-L1, HVR-L2 y HVR-L3 que tiene al menos un 85 % de identidad de secuencia con FfASGDVSTAVA (SEQ ID NO: 22), SASFLYS (SEQ ID NO: 23) y GQYLYHPAT (SEQ ID NO: 24), respectivamente.
En un aspecto específico, la identidad de secuencia es un 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o 100 %.
En otro aspecto, la región variable de la cadena pesada comprende una o más secuencias estructurales yuxtapuestas entre las HVR como: (FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4), y las regiones variables de la cadena ligera comprenden una o más secuencias estructurales yuxtapuestas entre las HVR como: (FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4). Aún en otro aspecto, las secuencias estructurales se derivan de secuencias estructurales consenso humanas. Todavía en otro aspecto, las secuencias estructurales de la cadena pesada se derivan de una secuencia del subgrupo I, II o III de Kabat. Todavía en otro aspecto, la secuencia estructural de la cadena pesada es una secuencia estructural consenso del subgrupo III de VH. Todavía en otro aspecto, una o más de las secuencias estructurales de la cadena pesada se exponen como SEQ ID NO: 8, 9, 10 y WGQGTLVTVSSASTK (SEQ ID NO: 31).
Todavía en otro aspecto, las secuencias estructurales de la cadena ligera se derivan de una secuencia del subgrupo kappa I, II, II o IV de Kabat. Todavía en otro aspecto, las secuencias estructurales de la cadena ligera son una secuencia estructural consenso de kappa I de VL. Todavía en otro aspecto, una o más de las secuencias estructurales de la cadena ligera se exponen como SEQ ID NO: 15, 16, 17 y 18. Todavía en otro aspecto específico, el anticuerpo comprende además una región constante humana o murina. Todavía en otro aspecto, la región constante humana se selecciona del grupo que consiste en IgG1, IgG2, IgG2, IgG3, IgG4. Todavía en otro aspecto específico, la región constante humana es IgG1. Todavía en otro aspecto, la región constante murina se selecciona del grupo que consiste en IgG1, IgG2A, IgG2B, IgG3. Todavía en otro aspecto, la región constante murina es IgG2A. Todavía en otro aspecto específico, el anticuerpo tiene una función efectora reducida o mínima. Todavía en otro aspecto específico, la función efectora mínima es el resultado de una "mutación de Fc sin efector" o aglucosilación. Todavía en otro modo de realización, la mutación de Fc sin efector es una sustitución N297A o D265A/N297A en la región constante.
Todavía en otro modo de realización se proporciona un anticuerpo anti-PD-L1 aislado que comprende una secuencia de la región variable de la cadena pesada y una de la cadena ligera, en el que:
(a) la secuencia de la cadena pesada tiene al menos un 85 % de identidad de secuencia con la secuencia de la cadena pesada:
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGR FTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTK (SEQ ID NO: 26), o
(b) la secuencia de la cadena ligera tiene al menos un 85 % de identidad de secuencia con la secuencia de la cadena ligera:
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLUYSASFLYSGVPSRFSGSGSGT DFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR (SEQ ID NO: 4).
En algunos modos de realización se proporciona un anticuerpo anti-PD-L1 aislado que comprende una secuencia de la región variable de la cadena pesada y una de la cadena ligera, en el que la secuencia de la región variable de la cadena ligera tiene al menos un 85 %, al menos un 86 %, al menos un 87 %, al menos un 88 %, al menos un 89 %, al menos un 90 %, al menos un 91 %, al menos un 92 %, al menos un 93 %, al menos un 94 %, al menos un 95 %, al menos un 96 %, al menos un 97 %, al menos un 98 %, al menos un 99 % o un 100 % de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 4. En algunos modos de realización se proporciona un anticuerpo anti-PD-L1 aislado que comprende una secuencia de la región variable de cadena pesada y una de cadena ligera, en el que la secuencia de la región variable de cadena pesada tiene al menos un 85 %, al menos un 86 %, al menos un 87 %, al menos un 88 %, al menos un 89 %, al menos un 90 %, al menos un 91 %, al menos un 92 %, al menos un 93 %, al menos un 94 %, al menos un 95 %, al menos un 96 %, al menos un 97 %, al menos un 98 %, al menos un 99 % o un 100 % de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 26. En algunos modos de realización se proporciona un anticuerpo anti-PD-L1 aislado que comprende una secuencia de la región variable de cadena pesada y una de cadena ligera, en el que la secuencia de la región variable de cadena ligera tiene al menos un 85 %, al menos un 86 %, al menos un 87 %, al menos un 88 %, al menos un 89 %, al menos un 90 %, al menos un 91 %, al menos un 92 %, al menos un 93 %, al menos un 94 %, al menos un 95 %, al menos un 96 %, al menos un 97 %, al menos un 98 %, al menos un 99 % o un 100 % de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 4 y la secuencia de la región variable de cadena pesada tiene al menos un 85 %, al menos un 86 %, al menos un 87 %, al menos un 88 %, al menos un 89 %, al menos un 90 %, al menos un 91 %, al menos un 92 %, al menos un 93 %, al menos un 94 %, al menos un 95 %, al menos un 96 %, al menos un 97 %, al menos un 98 %, al menos un 99 % o un 100 % de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 26. En algunos modos de realización, uno, dos, tres, cuatro o cinco residuos de aminoácido en el extremo N de la cadena pesada y/o ligera se pueden delecionar, sustituir o modificar.
Todavía en otro modo de realización se proporciona un anticuerpo anti-PD-L1 aislado que comprende una secuencia de cadena pesada y una de cadena ligera, en el que:
(a) la secuencia de la cadena pesada tiene al menos un 85 % de identidad de secuencia con la secuencia de la cadena pesada:
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGR
FTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKST
SGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHK
PSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKF
NWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRWSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPR
EPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVD
KSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (SEQ ID NO: 32), y/o
(b) la secuencia de la cadena ligera tiene al menos un 85 % de identidad de secuencia con la secuencia de la cadena ligera:
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGT
DFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFY
PREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSF N R G E C (SEQ ID NO: 33).
En algunos modos de realización se proporciona un anticuerpo anti-PD-L1 aislado que comprende una secuencia de la cadena pesada y una de la cadena ligera, en el que la secuencia de la cadena ligera tiene al menos un 85 %, al menos un 86 %, al menos un 87 %, al menos un 88 %, al menos un 89 %, al menos un 90 %, al menos un 91 %, al menos un 92 %, al menos un 93 %, al menos un 94 %, al menos un 95 %, al menos un 96 %, al menos un 97 %, al menos un 98 % o al menos un 99 % de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 33. En algunos modos de realización se proporciona un anticuerpo anti-PD-L1 aislado que comprende una secuencia de la cadena pesada y una de la cadena ligera, en el que la secuencia de la cadena pesada tiene al menos un 85 %, al menos un 86 %, al menos un 87 %, al menos un 88 %, al menos un 89 %, al menos un 90 %, al menos un 91 %, al menos un 92 %, al menos un 93 %, al menos un 94 %, al menos un 95 %, al menos un 96 %, al menos un 97 %, al menos un 98 % o al menos un 99 % de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 32. En algunos modos de realización se proporciona un anticuerpo anti-PD-L1 aislado que comprende una secuencia de la cadena pesada y una de la cadena ligera, en el que la secuencia de la cadena ligera tiene al menos un 85 %, al menos un 86 %, al menos un 87 %, al menos un 88 %, al menos un 89 %, al menos un 90 %, al menos un 91 %, al menos un 92 %, al menos un 93 %, al menos un 94 %, al menos un 95 %, al menos un 96 %, al menos un 97 %, al menos un 98 % o al menos un 99 % de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 33 y la secuencia de la cadena pesada tiene al menos un 85 %, al menos un 86 %, al menos un 87 %, al menos un 88 %, al menos un 89 %, al menos un 90 %, al menos un 91 %, al menos un 92 %, al menos un 93 %, al menos un 94 %, al menos un 95 %, al menos un 96 %, al menos un 97 %, al menos un 98 % o al menos un 99 % de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 32.
En algunos modos de realización, el anticuerpo anti-PD-L1 aislado no está glucosilado. La glucosilación de anticuerpos es típicamente unida a N o bien unida a O. Unida a N se refiere al acoplamiento del resto glucídico a la cadena lateral de un residuo asparagina. Las secuencias tripeptídicas asparagina-X-serina y asparagina-X-treonina, donde X es cualquier aminoácido excepto prolina, son las secuencias de reconocimiento para el acoplamiento enzimático del resto glucídico a la cadena lateral de asparagina. Por tanto, la presencia de cualquiera de estas secuencias tripeptídicas en un polipéptido crea un sitio de glucosilación potencial. La glucosilación unida a O se refiere al acoplamiento de uno de los glúcidos N-acetilgalactosamina, galactosa o xilosa a un hidroxiaminoácido, lo más comúnmente serina o treonina, aunque también se puede usar 5-hidroxiprolina o 5-hidroxilisina. La retirada de sitios de glucosilación de un anticuerpo se logra convenientemente alterando la secuencia de aminoácidos de modo que se retira una de las secuencias tripeptídicas descritas anteriormente (para sitios de glucosilación unida a N). La alteración se puede realizar por sustitución de un residuo asparagina, serina o treonina dentro del sitio de glucosilación por otro residuo aminoacídico (por ejemplo, glicina, alanina o una sustitución conservadora).
En cualquiera de los modos de realización en el presente documento, el anticuerpo anti-PD-L1 aislado se puede unir a un PD-L1 humano, por ejemplo, un PD-L1 humano como se muestra en UniProtKB/Swiss-Prot, n.° de acceso Q9NZQ7.1, o una variante del mismo.
Todavía en otro modo de realización se proporciona un ácido nucleico aislado que codifica cualquiera de los anticuerpos descritos en el presente documento. En algunos modos de realización, el ácido nucleico comprende además un vector adecuado para la expresión del ácido nucleico que codifica cualquiera de los anticuerpos anti-PD-L1 descritos previamente. Todavía en otro aspecto específico, el vector es una célula huésped adecuada para la expresión del ácido nucleico. Todavía en otro aspecto específico, la célula huésped es una célula eucariota o una célula procariota. Todavía en otro aspecto específico, la célula eucariota es una célula de mamífero, tal como una célula de ovario de hámster chino (CHO).
El anticuerpo o fragmento de unión a antígeno del mismo se puede preparar usando procedimientos conocidos en la técnica, por ejemplo, mediante un procedimiento que comprende cultivar una célula huésped que contiene ácido nucleico que codifica cualquiera de los anticuerpos anti-PD-L1 o fragmento de unión a antígeno descritos previamente en una forma adecuada para la expresión, en condiciones adecuadas para producir dicho anticuerpo o fragmento, y recuperar el anticuerpo o fragmento.
Se contempla expresamente que dichos anticuerpos antagonistas de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, anticuerpos anti-PD-L1, anticuerpos anti-PD-1 y anticuerpos anti-PD-L2) u otros anticuerpos descritos en el presente documento (por ejemplo, anticuerpos anti-PD-L1 para la detección de los niveles de expresión de PD-L1) para su uso en cualquiera de los modos de realización enumerados anteriormente puedan tener cualquiera de los rasgos característicos, individualmente o en combinación, descritos en las secciones i-vii de la sección C a continuación.
C. Anticuerpos
i. Afinidad de anticuerpos
En determinados modos de realización, un anticuerpo proporcionado en el presente documento (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, un anticuerpo anti-PD-L1 o un anticuerpo anti-PD-1) tiene una constante de disociación (Kd) de <1 pM, <100 nM, <10 nM, <1 nM, <0,1 nM, <0,01 nM o <0,001 nM (por ejemplo, 10-8 M o menos, por ejemplo, de 10-8 M a 10-13 M, por ejemplo, de 10-9 M a 10-13 M).
En un modo de realización, Kd se mide mediante un ensayo de unión a antígeno radiomarcado (RIA). En un modo de realización, se realiza un RIA con la versión Fab de un anticuerpo de interés y su antígeno. Por ejemplo, se mide la afinidad de unión en solución de los Fab por el antígeno equilibrando los Fab con una concentración mínima de antígeno marcado con (125I) en presencia de una serie de valoraciones de antígeno no marcado, capturando, a continuación, el antígeno unido con una placa recubierta con anticuerpo anti-Fab (véase, por ejemplo, Chen et al., J. Mol. Biol. 293:865-881, 1999). Para establecer las condiciones para el ensayo, se recubren placas de múltiples pocillos MICROTITER® (Thermo Scientific) durante la noche con 5 pg/ml de un anticuerpo anti-Fab de captura (Cappel Labs) en carbonato de sodio 50 mM (pH 9,6) y posteriormente se bloquean con seroalbúmina bovina al 2 % (p/v) en PBS durante dos a cinco horas a temperatura ambiente (aproximadamente 23 °C). En una placa no adsorbente (n.° 269620, de Nunc), se mezcla [125I]-antígeno 100 pM o 26 pM con diluciones en serie de un Fab de interés (por ejemplo, consecuente con la evaluación del anticuerpo anti-VEGF, Fab-12, en Presta et al., Cáncer Res. 57:4593-4599, 1997). A continuación, se incuba el Fab de interés durante la noche; sin embargo, la incubación puede continuar durante un periodo más largo (por ejemplo, de aproximadamente 65 horas) para garantizar que se alcanza el equilibrio. Después de esto, se transfieren las mezclas a la placa de captura para su incubación a temperatura ambiente (por ejemplo, durante una hora). A continuación se retira la solución y se lava la placa ocho veces con polisorbato 20 (TWEEN-20®) al 0,1 % en PBS. Cuando las placas se han secado, se añaden 150 pl/pocillo de centelleador (MICROSCINT-20™; Packard) y se cuentan las placas en un contador gamma TOPCOUNT™ (Packard) durante diez minutos. Se eligen concentraciones de cada Fab que den menos de o igual a un 20 % de unión máxima para su uso en ensayos de unión competitiva.
De acuerdo con otro modo de realización, se mide Kd usando un ensayo de resonancia de plasmones superficiales BIACORE®. Por ejemplo, se realiza un ensayo usando un BIACORE®-2000 o un BIACORE®-3000 (BIAcore, Inc., Piscataway, NJ) a 25 °C con chips CM5 con antígeno inmovilizado a ~10 unidades de respuesta (UR). En un modo de realización, se activan los chips de biosensor de dextrano carboximetilado (CM5, BIAcore, Inc.) con clorhidrato de W-etil-W-(3-dimetilaminopropil)carbodiimida (EDC) y N-hidroxisuccinimida (NHS) de acuerdo con las instrucciones del proveedor. El antígeno se diluye con acetato de sodio 10 mM, pH 4,8, hasta 5 pg/ml (~0,2 pM) antes de la inyección a un caudal de 5 pl/minuto para conseguir aproximadamente 10 unidades de respuesta (UR) de proteína acoplada. Después de la inyección del antígeno, se inyecta etanolamina 1 M para bloquear los grupos sin reaccionar. Para las mediciones cinéticas, se inyectan diluciones sucesivas a la mitad de Fab (de 0,78 nM a 500 nM) en PBS con tensioactivo polisorbato 20 (TWEEN-20™) (PBST) al 0,05 % a 25 °C a un caudal de aproximadamente 25 pl/min. Se calculan las velocidades de asociación (kas) y velocidades de disociación (kdis) usando un modelo de Langmuir de unión uno a uno sencillo (programa informático de evaluación de BIACORE®, versión 3.2) ajustando simultáneamente los sensogramas de asociación y disociación. Se calcula la constante de disociación en equilibrio (Kd) como la proporción kdis/kas. Véase, por ejemplo, Chen et al., (J. Mol. Biol. 293:865-881, 1999). Si la velocidad de asociación supera 106 M 'V por el ensayo de resonancia de plasmones superficiales anterior, entonces, se puede determinar la velocidad de asociación usando una técnica de extinción fluorescente que mide el incremento o disminución de la intensidad de emisión de fluorescencia (excitación = 295 nm; emisión = 340 nm, paso de banda de 16 nm) a 25 °C de un anticuerpo antiantígeno 20 nM (forma Fab) en PBS, pH 7,2, en presencia de concentraciones crecientes de antígeno medidas en un espectrómetro, tal como un espectrofotómetro equipado con detención de flujo (Aviv Instruments) o un espectrofotómetro SLM-AMINCO™ de la serie 8000 (ThermoSpectronic) con una cubeta agitada.
ii. Fragmentos de anticuerpo
En determinados modos de realización, un anticuerpo (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1 o un anticuerpo anti-PD-1) proporcionado en el presente documento es un fragmento de anticuerpo. Los fragmentos de anticuerpo incluyen, pero no se limitan a, los fragmentos Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2, Fv y scFv, y otros fragmentos descritos a continuación. Para una revisión de determinados fragmentos de anticuerpo, véase Hudson et al. (Nat. Med. 9:129-134, 2003). Para una revisión de los fragmentos scFv, véase, por ejemplo, Pluckthün, en The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., (Springer-Verlag, Nueva York), págs. 269-315 (1994). Véase también el documento WO 93/16185 y las patentes de EE. UU. n.os 5.571.894 y 5.587.458. Para un análisis de los fragmentos Fab y F(ab')2 que comprenden residuos de epítopos de unión al receptor de rescate y que tienen una semivida in vivo incrementada, véase la patente de EE. UU. n.° 5.869.046.
Los diacuerpos son fragmentos de anticuerpo con dos sitios de unión a antígeno que pueden ser bivalentes o biespecíficos. Véase, por ejemplo, el documento EP 404.097, el documento WO 1993/01161; Hudson et al., Nat. Med.
9:129-134 (2003); y Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448, 1993. También se describen triacuerpos y tetracuerpos en Hudson et al. (Nat. Med. 9:129-134, 2003).
Los anticuerpos de dominio único son fragmentos de anticuerpo que comprenden todo o una parte del dominio variable de la cadena pesada o todo o una parte del dominio variable de la cadena ligera de un anticuerpo. En determinados modos de realización, un anticuerpo de único dominio es un anticuerpo de único dominio humano (Domantis, Inc., Waltham, MA; véase, por ejemplo, la patente de EE. UU. n.° 6.248.516 B1).
Se pueden preparar fragmentos de anticuerpo por diversas técnicas, incluyendo pero sin limitarse a, digestión proteolítica de un anticuerpo intacto, así como la producción por células huésped recombinantes (por ejemplo, E. coli o fago), de acuerdo con procedimientos conocidos.
iii. Anticuerpos quiméricos y humanizados
En determinados modos de realización, un anticuerpo (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, un anticuerpo anti-PD-L1 o un anticuerpo anti-PD-1) proporcionado en el presente documento es un anticuerpo quimérico. Determinados anticuerpos quiméricos se describen, por ejemplo, en la patente de EE. UU. n.° 4.816.567; y Morrison et al. (Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855, 1984). En un ejemplo, un anticuerpo quimérico comprende una región variable no humana (por ejemplo, una región variable derivada de un ratón, rata, hámster, conejo o primate no humano, tal como un mono) y una región constante humana. En otro ejemplo, un anticuerpo quimérico es un anticuerpo "con cambio de clase" en el que se ha cambiado la clase o subclase con respecto a la del anticuerpo original. Los anticuerpos quiméricos incluyen fragmentos de unión a antígeno de los mismos.
En determinados modos de realización, un anticuerpo quimérico es un anticuerpo humanizado. Típicamente, un anticuerpo no humano se humaniza para reducir la inmunogenicidad en humanos, mientras conserva la especificidad y afinidad del anticuerpo no humano original. En general, un anticuerpo humanizado comprende uno o más dominios variables en los que las HVR, por ejemplo, las CDR (o partes de las mismas), se derivan de un anticuerpo no humano y las FR (o partes de las mismas) se derivan de secuencias de anticuerpos humanos. Un anticuerpo humanizado también comprenderá opcionalmente al menos una parte de una región constante humana. En algunos modos de realización se sustituyen algunos residuos de FR de un anticuerpo humanizado por los residuos correspondientes de un anticuerpo no humano (por ejemplo, el anticuerpo del que se derivan los residuos de HVR), por ejemplo, para restablecer o mejorar la especificidad o afinidad del anticuerpo.
Los anticuerpos humanizados y los procedimientos de preparación de los mismos se revisan, por ejemplo, en Almagro y Fransson (Front. Biosci. 13:1619-1633, 2008), y se describen además, por ejemplo, en Riechmann et al. (Nature 332:323-329, 1988); Queen et al. (Proc. Nat’l Acad. Sci. USA 86:10029-10033, 1989); patentes de EE. UU. n.os 5.821.337, 7.527.791, 6.982.321 y 7.087.409; Kashmiri et al. (Methods 36:25-34, 2005) (que describe el injerto de regiones determinantes de la especificidad (SDR)); Padlan (Mol. Immunol. 28:489-498, 1991) (que describe el "rebamizado"); Dall'Acqua et al. (Methods 36:43-60, 2005) (que describe el "reordenamiento de FR"); Osbourn et al. (Methods 36:61-68, 2005) y Klimka et al. (Br. J. Cancer, 83:252-260, 2000) (que describen el enfoque de "selección guiada" para el reordenamiento de FR).
Las regiones estructurales humanas que se pueden usar para la humanización incluyen, pero no se limitan a: regiones estructurales seleccionadas usando el procedimiento de "mejor ajuste" (véase, por ejemplo, Sims et al. J. Immunol.
151:2296, 1993); regiones estructurales derivadas de la secuencia consenso de anticuerpos humanos de un subgrupo particular de regiones variables de la cadena ligera o pesada (véanse, por ejemplo, Carter et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285, 1992; y Presta et al. J. Immunol., 151:2623, 1993); regiones estructurales maduras (mutadas somáticamente) humanas o regiones estructurales de la estirpe germinal humana (véase, por ejemplo, Almagro y Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633, 2008); y regiones estructurales derivadas del cribado de colecciones de f R (véanse, por ejemplo, Baca et al., J. Biol. Chem. 272:10678-10684, 1997 y Rosok et al., J. Biol. Chem. 271:22611-22618, 1996).
iv. Anticuerpos humanos
En determinados modos de realización, un anticuerpo (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, un anticuerpo anti-PD-L1 o un anticuerpo anti-PD-1) proporcionado en el presente documento es un anticuerpo humano. Se pueden producir anticuerpos humanos usando diversas técnicas conocidas en la técnica. Los anticuerpos humanos se describen en general en van Dijk y van de Winkel (Curr. Opin. Pharmacol. 5:368-74, 2001) y Lonberg (Curr. Opin. Immunol. 20:450-459, 2008).
Se pueden preparar anticuerpos humanos administrando un inmunógeno a un animal transgénico que se ha modificado para producir anticuerpos humanos intactos o anticuerpos intactos con regiones variables humanas en respuesta a una exposición antigénica. Dichos animales contienen típicamente todo o una parte de los locus de inmunoglobulina humana, que remplazan los locus de inmunoglobulina endógena, o que están presentes de forma extracromosómica o integrados aleatoriamente en los cromosomas del animal. En dichos ratones transgénicos, los locus de inmunoglobulina endógena, en general, se han inactivado. Para una revisión de los procedimientos para obtener anticuerpos humanos de animales transgénicos, véase Lonberg (Nat. Biotech. 23:1117-1125, 2005). Véanse también, por ejemplo, las patentes de EE. UU. n.os 6.075.181 y 6.150.584 que describen la tecnología XENOMOUSE™; la patente de EE. UU. n.° 5.770.429 que describe la tecnología HUMAB®; la patente de EE. UU. n.° 7.041.870 que describe la tecnología K-M MOUSE® y la publicación de solicitud de patente de EE. UU. n.° US 2007/0061900 que describe la tecnología VELOCIMOUSE®. Las regiones variables humanas de anticuerpos intactos generados por dichos animales se pueden modificar además, por ejemplo, por combinación con una región constante humana diferente.
También se pueden preparar anticuerpos humanos por procedimientos basados en hibridoma. Se han descrito líneas celulares de mieloma humano y heteromieloma humano-murino para la producción de anticuerpos monoclonales humanos. Véanse, por ejemplo, Kozbor (J. Immunol., 133:3001, 1984); Brodeur et al. (MonoclonalAntibodyProduction Techniques and Applications, pp. 51-63, Marcel Dekker, Inc., Nueva York, 1987); y Boerner et al. (J. Immunol., 147: 86, 1991). Los anticuerpos humanos generados por medio de la tecnología de hibridoma de linfocitos B humanos también se describen en Li et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562, 2006. Los procedimientos adicionales incluyen los descritos, por ejemplo, en la patente de EE. UU. n.° 7.189.826 (que describe la producción de anticuerpos IgM humanos monoclonales de líneas celulares de hibridoma) y Ni (Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268, 2006) (que describe hibridomas humano-humano). La tecnología de hibridoma humano (tecnología de trioma) también se describe en Vollmers y Brandlein (Histology and Histopathology, 20(3):927-937, 2005) y Vollmers y Brandlein (Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3):185-91,2005).
También se pueden generar anticuerpos humanos aislando secuencias de dominio variable del clon Fv seleccionadas de colecciones de presentación en fagos derivadas de humano. A continuación, se pueden combinar dichas secuencias de dominio variable con un dominio constante humano deseado. Las técnicas para seleccionar anticuerpos humanos de colecciones de anticuerpos se describen a continuación.
v. Anticuerpos derivados de colecciones
Los anticuerpos de la invención (por ejemplo, anticuerpos anti-VEGF, anticuerpos anti-PD-L1 y anticuerpos anti-PD-1) se pueden aislar cribando colecciones combinatorias para determinar anticuerpos con la actividad o actividades deseadas. Por ejemplo, una variedad de procedimientos son conocidos en la técnica para generar colecciones de presentación en fagos y cribar dichas colecciones para determinar los anticuerpos que poseen las características de unión deseadas. Dichos procedimientos se revisan, por ejemplo, en Hoogenboom et al. (Methods in Molecular Biology 178:1-37, O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, 2001) y se describen además, por ejemplo, en McCafferty et al. (Nature 348:552-554, 1990); Clackson et al. (Nature 352:624-628, 1991); Marks et al. (J. Mol. Biol. 222:581-597, 1992); Marks y Bradbury (Methods in Molecular Biology 248:161-175, Lo, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2003); Sidhu et al. (J. Mol. Biol. 338(2): 299-310, 2004); Lee et al. (J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093, 2004); Fellouse (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472, 2004); y Lee et al. (J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132, 2004).
En determinados procedimientos de presentación en fagos, los repertorios de genes de VH y VL se clonan por separado por reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y se recombinan aleatoriamente en colecciones de fagos que, a continuación, se pueden cribar para determinar el fago de unión a antígeno como se describe en Winter et al. (Ann. Rev. Immunol., 12:433-455, 1994). Típicamente, los fagos presentan fragmentos de anticuerpo, como fragmentos Fv monocatenarios (scFv) o bien como fragmentos Fab. Las colecciones de fuentes inmunizadas proporcionan anticuerpos de alta afinidad por el inmunógeno sin el requisito de construir hibridomas. De forma alternativa, se puede clonar el repertorio sin exposición previa (por ejemplo, de un humano) para proporcionar una única fuente de anticuerpos para una amplia gama de antígenos propios y no propios sin ninguna inmunización, como se describe por Griffiths et al. (EMBO J, 12:725-734, 1993). Finalmente, también se pueden preparar sintéticamente colecciones sin exposición previa clonando segmentos del gen V no reordenados a partir de células madre y usando cebadores de PCR que contienen secuencias aleatorias para codificar las regiones CDR3 altamente variables y conseguir el reordenamiento in vitro, como se describe por Hoogenboom y Winter (J. Mol. Biol., 227:381-388, 1992). Las publicaciones de patente que describen colecciones de fagos-anticuerpos humanos incluyen, por ejemplo: la patente de EE. UU. n.° 5.750.373 y las publicaciones de patente de EE. UU. n.os 2005/0079574, 2005/0119455, 2005/0266000, 2007/0117126, 2007/0160598, 2007/0237764, 2007/0292936 y 2009/0002360.
Los anticuerpos o fragmentos de anticuerpo aislados de colecciones de anticuerpos humanos se consideran anticuerpos humanos o fragmentos de anticuerpo humano en el presente documento.
vi. Anticuerpos multiespecíficos
En cualquiera de los aspectos anteriores, un anticuerpo (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, un anticuerpo anti-PD-L1 o un anticuerpo anti-PD-1) proporcionado en el presente documento puede ser un anticuerpo multiespecífico, por ejemplo, un anticuerpo biespecífico. Los anticuerpos multiespecíficos son anticuerpos monoclonales que tienen especificidades de unión por al menos dos sitios diferentes. En determinados modos de realización, un anticuerpo proporcionado en el presente documento es un anticuerpo multiespecífico, por ejemplo, un anticuerpo biespecífico. En determinados modos de realización, una de las especificidades de unión es por PD-L1 y la otra es por cualquier otro antígeno. En determinados modos de realización, una de las especificidades de unión es por VEGF y la otra es por cualquier otro antígeno. En determinados modos de realización, los anticuerpos biespecíficos se pueden unir a dos epítopos diferentes de PD-L1. En determinados modos de realización, los anticuerpos biespecíficos se pueden unir a dos epítopos diferentes de VEGF. También se pueden usar anticuerpos biespecíficos para localizar agentes citotóxicos con respecto a las células que expresan PD-L1 o VEGF. Se pueden preparar anticuerpos biespecíficos como anticuerpos de longitud completa o fragmentos de anticuerpo.
Las técnicas para preparar anticuerpos multiespecíficos incluyen, pero no se limitan a, la coexpresión recombinante de dos pares cadena pesada-cadena ligera de inmunoglobulina que tengan diferentes especificidades (véase Milstein y Cuello, Nature 305:537, 1983), el documento WO 93/08829 y Traunecker et al. EMBO J. 10:3655, 1991), y la genomanipulación por "botón en ojal" (véase, por ejemplo, la patente de EE. UU. n.° 5.731.168). También se pueden preparar anticuerpos multiespecíficos genomanipulando los efectos de conducción electrostática para preparar moléculas heterodímeras en Fc de anticuerpo (véase, por ejemplo, el documento WO 2009/089004A1); reticulando dos o más anticuerpos o fragmentos (véanse, por ejemplo, la patente de EE. UU. n.° 4.676.980 y Brennan et al., Science, 229:81, 1985); usando cremalleras de leucinas para producir anticuerpos biespecíficos (véase, por ejemplo, Kostelny y col., J. Immunol., 148(5): 1547-1553, 1992); usando la tecnología de "diacuerpos" para preparar fragmentos de anticuerpo biespecífico (véase, por ejemplo, Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:6444-6448, 1993); y usando dímeros en Fv monocatenarios (sFv) (véase, por ejemplo, Gruber et al., J. Immunol., 152:5368, 1994); y preparando anticuerpos triespecíficos como se describe, por ejemplo, en Tutt et al., J. Immunol. 147:60, 1991).
En el presente documento también se incluyen anticuerpos genomanipulados con tres o más sitios de unión a antígeno funcionales, incluyendo los "anticuerpos pulpo" (véase, por ejemplo, el documento US 2006/0025576A1).
El anticuerpo o fragmento en el presente documento incluye un "FAb de doble acción" o "DAF" que comprende un sitio de unión a antígeno que se une a PD-L1 y a otro antígeno diferente. El anticuerpo o fragmento en el presente documento también incluye un DAF que comprende un sitio de unión a antígeno que se une a VEGF y a otro antígeno diferente.
vii. Variantes de anticuerpo
En determinados modos de realización se contemplan variantes de secuencia de aminoácidos de los anticuerpos de la invención (por ejemplo, anticuerpos anti-VEGF, anticuerpos anti-PD-L1 y anticuerpos anti-PD-1). Por ejemplo, puede ser deseable mejorar la afinidad de unión y/u otras propiedades biológicas del anticuerpo. Se pueden preparar variantes de secuencia de aminoácidos de un anticuerpo introduciendo modificaciones apropiadas en la secuencia de nucleótidos que codifica el anticuerpo o por síntesis peptídica. Dichas modificaciones incluyen, por ejemplo, deleciones de, y/o inserciones en y/o sustituciones de residuos dentro de las secuencias de aminoácidos del anticuerpo. Se puede preparar cualquier combinación de deleción, inserción y sustitución para llegar a la construcción final, siempre que la construcción final posea las características deseadas, por ejemplo, unión a antígeno.
a. Variantes por sustitución, inserción y deleción
En determinados modos de realización, se proporcionan variantes de anticuerpo que tienen una o más sustituciones aminoacídicas. Los sitios de interés para la mutagénesis de sustitución incluyen las HVR y las FR. Se muestran sustituciones conservadoras en la tabla 1 bajo el encabezado "sustituciones preferentes". Se proporcionan cambios más sustanciales en la tabla 1 bajo el encabezado de "sustituciones ejemplares" y como se describe además a continuación en referencia a las clases de cadena lateral aminoacídica. Se pueden introducir sustituciones aminoacídicas en un anticuerpo de interés y cribar los productos para determinar una actividad deseada, por ejemplo, conservación/mejora de unión a antígeno, disminución en inmunogenicidad o mejora en ADCC o CDC.
T l 1. i i n min í i m l r r f r n
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Los aminoácidos se pueden agrupar de acuerdo con propiedades de cadena lateral comunes:
(1) hidrófobos: norleucina, Met, Ala, Val, Leu, Ile;
(2) hidrófilos neutros: Cys, Ser, Thr, Asn, Gln;
(3) ácidos: Asp, Glu;
(4) básicos: His, Lys, Arg;
(5) residuos que influyen en la orientación de la cadena: Gly, Pro;
(6) aromáticos: Trp, Tyr, Phe.
Las sustituciones no conservadoras conllevarán intercambiar un miembro de una de estas clases por otra clase.
Un tipo de variante de sustitución implica sustituir uno o más residuos de la región hipervariable de un anticuerpo original (por ejemplo, un anticuerpo humanizado o humano). En general, la(s) variante(s) resultante(s) seleccionada(s) para su estudio adicional tendrá(n) modificaciones (por ejemplo, mejoras) en determinadas propiedades biológicas (por ejemplo, afinidad incrementada y/o inmunogenicidad reducida) con respecto al anticuerpo original y/o habrá(n) retenido sustancialmente determinadas propiedades biológicas del anticuerpo original. Una variante de sustitución ejemplar es un anticuerpo madurado en afinidad que se puede generar convenientemente, por ejemplo, usando técnicas de maduración de la afinidad basadaen presentación en fagos, tales como las descritas en el presente documento. En resumen, se mutan uno o más residuos de HVR y los anticuerpos variantes se presentan en fagos y se criban para determinar una actividad biológica particular (por ejemplo, la afinidad de unión).
Se pueden realizar alteraciones (por ejemplo, sustituciones) en HVR, por ejemplo, para mejorar la afinidad de anticuerpos. Dichas alteraciones se pueden realizar en "puntos calientes" de h Vr , es decir, residuos codificados por codones que se someten a mutación con alta frecuencia durante el proceso de maduración somática (véase, por ejemplo, Chowdhury, Methods Mol. Biol. 207:179-196, 2008) y/o residuos que entran en contacto con el antígeno, sometiendo a prueba el VH o VL variante resultante para determinar la afinidad de unión. La maduración de la afinidad por construcción y reselección de colecciones secundarias se ha descrito, por ejemplo, en Hoogenboom et al. (Methods in Molecular Biology 178:1-37, O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, Nj , 2001). En algunos modos de realización de la maduración de la afinidad se introduce diversidad en los genes variables elegidos para la maduración mediante cualquiera de una variedad de procedimientos (por ejemplo, PCR propensa a error, reordenamiento de cadenas o mutagénesis dirigida por oligonucleótidos). A continuación, se crea una segunda colección. A continuación, se criba la colección para identificar cualquier variante de anticuerpo con la afinidad deseada. Otro procedimiento para introducir diversidad implica enfoques dirigidos a HVR, en los que se aleatorizan varios residuos de HVR (por ejemplo, 4-6 residuos a la vez). Se pueden identificar específicamente los residuos de HVR implicados en la unión a antígeno, por ejemplo, usando modelado o mutagénesis por barrido de alanina. A menudo se seleccionan en particular CDR-H3 y CDR-L3.
En determinados modos de realización se pueden producir sustituciones, inserciones o deleciones dentro de una o más HVR, siempre que dichas alteraciones no reduzcan sustancialmente la capacidad del anticuerpo de unirse al antígeno. Por ejemplo, en las HVR se pueden realizar alteraciones conservadoras (por ejemplo, sustituciones conservadoras como se proporciona en el presente documento) que no reduzcan sustancialmente la afinidad de unión. Dichas alteraciones pueden estar, por ejemplo, fuera de los residuos en contacto con el antígeno en las HVR. En determinados modos de realización de las secuencias de VH y VL variantes proporcionadas anteriormente, cada HVR está inalterada o bien no contiene más de una, dos o tres sustituciones aminoacídicas.
Un procedimiento útil para la identificación de residuos o regiones de un anticuerpo que se pueden seleccionar para mutagénesis se llama "mutagénesis por barrido de alanina" como se describe por Cunningham y Wells (Science, 244:1081-1085, 1989). En este procedimiento se identifica un residuo o grupo de residuos diana (por ejemplo, residuos cargados, tales como Arg, Asp, His, Lys y Glu) y se reemplazan por un aminoácido neutro o cargado negativamente (por ejemplo, alanina o polialanina) para determinar si la interacción del anticuerpo con el antígeno se ve afectada. Se pueden introducir otras sustituciones en las localizaciones de aminoácidos que demuestren sensibilidad funcional a las sustituciones iniciales. De forma alternativa, o adicionalmente, una estructura cristalina de un complejo antígenoanticuerpo para identificar los puntos de contacto entre el anticuerpo y el antígeno. Dichos residuos de contacto y residuos adyacentes se pueden seleccionar o eliminar como candidatos para sustitución. Se pueden cribar variantes para determinar si contienen las propiedades deseadas.
Las inserciones en la secuencia de aminoácidos incluyen fusiones amino y/o carboxiterminales que varían en longitud desde un residuo hasta polipéptidos que contienen cien o más residuos, así como inserciones intrasecuenciales de residuos de aminoácidos únicos o múltiples. Los ejemplos de inserciones terminales incluyen un anticuerpo con un residuo de metionilo N terminal. Otras variantes de inserción de la molécula de anticuerpo incluyen la fusión al extremo N o C del anticuerpo de una enzima (por ejemplo, para ADEPT) o un polipéptido que incrementa la semivida en suero del anticuerpo.
b. Variantes de glucosilación
En determinados modos de realización, los anticuerpos de la invención se pueden alterar para incrementar o disminuir el grado en el que el anticuerpo se glucosila. La adición o deleción de sitios de glucosilación a un anticuerpo de la invención se puede conseguir convenientemente alterando la secuencia de aminoácidos de modo que se cree o elimine uno o más sitios de glucosilación.
Cuando el anticuerpo comprende una región Fc, se puede alterar el carbohidrato unido a la misma. Los anticuerpos naturales producidos por células de mamífero típicamente comprenden un oligosacárido biantenario ramificado que se une, en general, por un enlace N a Asn297 del dominio CH2 de la región Fc. Véase, por ejemplo, Wright et al. TIBTECH 15:26-32, 1997. El oligosacárido puede incluir diversos carbohidratos, por ejemplo, manosa, N-acetilglucosamina (GlcNAc), galactosa y ácido siálico, así como una fucosa unida a una GlcNAc en el "tallo" de la estructura de oligosacárido biantenario. En algunos modos de realización se pueden realizar modificaciones del oligosacárido en un anticuerpo de la invención para crear variantes de anticuerpo con determinadas propiedades mejoradas.
En un modo de realización se proporcionan variantes de anticuerpo que tienen una estructura glucídica que carece de fucosa unida (directa o indirectamente) a una región Fc. Por ejemplo, la cantidad de fucosa en dicho anticuerpo puede ser de un 1 % a un 80 %, de un 1 % a un 65 %, de un 5 % a un 65 % o de un 20 % a un 40 %. La cantidad de fucosa se determina calculando la cantidad promedio de fucosa dentro de la cadena glucídica en Asn297, con relación a la suma de todas las glucoestructuras unidas a Asn297 (por ejemplo, estructuras complejas, híbridas y de alto contenido en manosa) como se mide por espectrometría de masas MALDI-TOF, como se describe en el documento WO 2008/077546, por ejemplo. Asn297 se refiere al residuo de asparagina localizado en aproximadamente la posición 297 de la región Fc (numeración EU de los residuos de la región Fc); sin embargo, la Asn297 también se puede localizar aproximadamente ± 3 aminoácidos en dirección 5' o en dirección 3' de la posición 297, es decir, entre las posiciones 294 y 300, debido a pequeñas variaciones de secuencia en los anticuerpos. Dichas variantes de fucosilación pueden tener una mejora en la función ADCC. Véanse, por ejemplo, las publicaciones de patente de EE. UU. n.° US 2003/0157108 y Us 2004/0093621. Los ejemplos de publicaciones relacionadas con variantes de anticuerpo "desfucosilado" o "con deficiencia de fucosa" incluyen: los documentos US 2003/0157108; WO 2000/61739; WO 2001/29246; US 2003/0115614; US 2002/0164328; US 2004/0093621; US 2004/0132140; US 2004/0110704; US 2004/0110282; US 2004/0109865; WO 2003/085119; WO 2003/084570; WO 2005/035586; WO 2005/035778; WO2005/053742; WO2002/031140; Okazaki et al. (J. Mol. Biol. 336:1239-1249, 2004); y Yamane-Ohnuki et al. (Biotech. Bioeng. 87: 614, 2004). Los ejemplos de líneas celulares que pueden producir anticuerpos desfucosilados incluyen células CHO Lec13 deficientes en fucosilación de proteínas (Ripka et al. Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545, 1986); la solicitud de patente de EE. UU. n.° US 2003/0157108 A1; y el documento WO 2004/056312 A1, especialmente en el ejemplo 11) y líneas celulares con genes inactivados, tales como el gen alfa-1,6-fucosiltransferasa, FUT8, células c Ho con genes inactivados (véase, por ejemplo, Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87:614, 2004; Kanda, Y. et al., Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688, 2006; y el documento WO 2003/085107).
Se pueden proporcionar además variantes de anticuerpo con oligosacáridos bisegmentados, por ejemplo, en las que un oligosacárido biantenario unido a la región Fc del anticuerpo está bisegmentado por GlcNAc. Dichas variantes de anticuerpo pueden tener una reducción en la fucosilación y/o una mejora en la función ADCC. Se describen ejemplos de dichas variantes de anticuerpo, por ejemplo, en el documento WO 2003/011878; la patente de EE. UU. n.° 6.602.684 y el documento US 2005/0123546. También se proporcionan variantes de anticuerpo con al menos un residuo de galactosa en el oligosacárido unido a la región Fc. Dichas variantes de anticuerpo pueden tener una mejora en la función CDC. Dichas variantes de anticuerpo se describen, por ejemplo, en los documentos WO 1997/30087; WO 1998/58964; y WO 1999/22764.
c. Variantes de la región Fc
En determinados modos de realización se pueden introducir una o más modificaciones de aminoácidos en la región Fc de un anticuerpo de la invención, generando de este modo una variante de la región Fc. La variante de la región Fc puede comprender una secuencia de la región Fc humana (por ejemplo, una región Fc de IgG1, IgG2, IgG3 o IgG4 humana) que comprenda una modificación de aminoácidos (por ejemplo, una sustitución) en una o más posiciones de aminoácido.
En determinados modos de realización, la invención contempla una variante de anticuerpo que posee algunas pero no todas las funciones efectoras, lo que le convierte en un candidato deseable para aplicaciones en las que la semivida del anticuerpo in vivo es importante, aunque determinadas funciones efectoras (tales como complemento y ADCC) sean innecesarias o perjudiciales. Se pueden realizar ensayos de citotoxicidad in vitro y/o in vivo para confirmar la reducción/disminución de las actividades CDC y/o ADCC. Por ejemplo, se pueden llevar a cabo ensayos de unión al receptor de Fc (FcR) para garantizar que el anticuerpo carece de unión a FcyR (de ahí que sea probable que carezca de actividad de ADCC), pero retiene su capacidad de unión a FcRn. Las células principales para mediar en la ADCC, los linfocitos NK, expresan FcyRIII solo, mientras que los monocitos expresan FcyRI, FcyRIi y FcyRIII. La expresión de FcR en células hematopoyéticas se resume en la tabla 3 en la página 464 de Ravetch y Kinet (Annu. Rev. Immunol.
9:457-492, 1991). Ejemplos no limitantes de ensayos in vitro para evaluar la actividad de ADCC de una molécula de interés se describen en la patente de EE. UU. n.° 5.500.362 (véase, por ejemplo, Hellstrom, I. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83:7059-7063, 1986 y Hellstrom, I et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82:1499-1502, 1985; la patente de EE. UU. n.° 5.821.337; Bruggemann et al. J. Exp. Med. 166:1351-1361, 1987). De forma alternativa, se pueden emplear procedimientos de ensayos no radioactivos (véase, por ejemplo, el ensayo de citotoxicidad no radioactivo ACTI™ para citometría de flujo (CellTechnology, Inc. Mountain View, CA); y el ensayo de citotoxicidad no radioactivo CYTOTOX96® (Promega, Madison, WI)). Las células efectoras útiles para dichos ensayos incluyen leucocitos monomorfonucleares en sangre periférica (PBMC) y linfocitos citolíticos naturales (NK). De forma alternativa, o adicionalmente, se puede evaluar in vivo la actividad ADCC de la molécula de interés, por ejemplo, en un modelo animal tal como el divulgado en Clynes et al. (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95:652-656, 1998). También se pueden llevar a cabo ensayos de unión a C1q para confirmar que el anticuerpo no se puede unir a C1q y, por tanto, carece de actividad CDC. Véase, por ejemplo, ELISA de unión a C1q y C3c en los documentos WO 2006/029879 y WO 2005/100402. Para evaluar la activación del complemento se puede realizar un ensayo de CDC (véase, por ejemplo, Gazzano-Santoro et al. J. Immunol. Methods 202:163, 1996; Cragg et al. Blood. 101:1045-1052, 2003; y Cragg et al. Blood. 103:2738-2743, 2004). También se pueden realizar determinaciones de la unión a FcRn y del aclaramiento/semivida in vivo usando procedimientos conocidos en la técnica (véase, por ejemplo, Petkova et al., Int’l. Immunol. 18(12):1759-1769, 2006).
Los anticuerpos con función efectora reducida incluyen aquellos con sustitución de uno o más de los residuos de la región Fc 238, 265, 269, 270, 297, 327 y 329 (patentes de EE. UU. n.° 6.737.056 y 8.219.149). Dichos mutantes de Fc incluyen mutantes de Fc con sustituciones en dos o más de las posiciones de aminoácido 265, 269, 270, 297 y 327, incluyendo el mutante de Fc llamado "DANA" con sustitución de los residuos 265 y 297 por alanina (patentes de EE. UU. n.° 7.332.581 y 8.219.149).
Se describen determinadas variantes de anticuerpo con unión mejorada o disminuida a FcR (véanse, por ejemplo, la patente de EE. UU. n.° 6.737.056; el documento WO 2004/056312, y Shields et al., J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604, 2001).
En determinados modos de realización, una variante de anticuerpo comprende una región Fc con una o más sustituciones aminoacídicas que mejoran la ADCC, por ejemplo, sustituciones en las posiciones 298, 333 y/o 334 de la región Fc (numeración EU de residuos).
En algunos modos de realización se realizan alteraciones en la región Fc, que dan como resultado una unión a C1q y/o una citotoxicidad dependiente del complemento (CDC) alteradas (es decir, mejoradas o disminuidas), por ejemplo, como se describe en la patente de EE. UU. n.° 6.194.551, el documento WO 99/51642 e Idusogie et al. (J. Immunol.
164:4178-4184, 2000).
Los anticuerpos con un incremento en las semividas y una mejora en la unión al receptor de Fc neonatal (FcRn), que es responsable de la transferencia de IgG maternas al feto (Guyer et al., J. Immunol. 117:587, 1976; y Kim et al., J. Immunol. 24:249, 1994) se describen en la publicación de EE. UU. n.° 2005/0014934A1. Estos anticuerpos comprenden una región Fc con una o más sustituciones en la misma que mejoran la unión de la región Fc a FcRn. Dichas variantes de Fc incluyen aquellas con sustituciones en uno o más de los residuos de la región Fc: 238, 256, 265, 272, 286, 303, 305, 307, 311, 312, 317, 340, 356, 360, 362, 376, 378, 380, 382, 413, 424 o 434, por ejemplo, sustitución del residuo 434 de la región Fc (patente de EE. UU. n.° 7.371.826).
Véanse también Duncan y Winter (Nature 322:738-40, 1988); patente de EE. UU. n.° 5.648.260; patente de EE. UU. n.° 5.624.821; y documento WO 94/29351 en relación con otros ejemplos de variantes de la región Fc.
d. Variantes de anticuerpo genomanipulado con cisteína
En determinados modos de realización puede ser deseable crear anticuerpos genomanipulados con cisteína, por ejemplo, "tioMAb", en los que uno o más residuos de un anticuerpo se sustituyen por residuos de cisteína. En modos de realización particulares, los residuos sustituidos se producen en sitios accesibles del anticuerpo. Al sustituir esos residuos por cisteína, los grupos tiol reactivos se sitúan de este modo en sitios accesibles del anticuerpo y se pueden usar para conjugar el anticuerpo a otros restos, tales como restos de fármaco o restos de conector-fármaco, para crear un inmunoconjugado, como se describe además en el presente documento. En determinados modos de realización se puede sustituir uno cualquiera o más de los siguientes residuos por cisteína: V205 (numeración de Kabat) de la cadena ligera; A118 (numeración EU) de la cadena pesada; y S400 (numeración EU) de la región Fc de la cadena pesada. Se pueden generar anticuerpos genomanipulados con cisteína como se describe, por ejemplo, en la patente de EE. UU. n.° 7.521.541.
e. Derivados de anticuerpos
En determinados modos de realización, un anticuerpo proporcionado en el presente documento se puede modificar adicionalmente para que contenga restos no proteínicos adicionales que son conocidos en la técnica y están fácilmente disponibles. Los restos adecuados para la derivatización del anticuerpo incluyen, pero no se limitan a, polímeros solubles en agua. Los ejemplos no limitantes de polímeros solubles en agua incluyen, pero no se limitan a, polietilenglicol (PEG), copolímeros de etilenglicol y propilenglicol, carboximetilcelulosa, dextrano, poli(alcohol vinílico), polivinilpirrolidona, poli-1,3-dioxolano, poli-1,3,6-trioxano, copolímero de etileno y anhídrido maleico, poliaminoácidos (homopolímeros o copolímeros aleatorios) y dextrano o poli(n-vinilpirrolidona)polietilenglicol, homopolímeros de propropilenglicol, copolímeros de óxido de polipropileno y óxido de etileno, polioles polioxietilados (por ejemplo, glicerol), poli(alcohol vinílico) y mezclas de los mismos. El polietilenglicol-propionaldehído puede tener ventajas en la fabricación debido a su estabilidad en agua. El polímero puede ser de cualquier peso molecular y puede estar ramificado o no ramificado. El número de polímeros unidos al anticuerpo puede variar y, si se une más de un polímero, pueden ser las mismas moléculas o moléculas diferentes. En general, el número y/o tipo de polímeros usados para la derivatización se pueden determinar en base a consideraciones incluyendo, pero sin limitarse a, las propiedades o funciones particulares del anticuerpo que se van a mejorar, si el derivado de anticuerpo se usará en un tratamiento en condiciones definidas, etc.
En otro modo de realización se proporcionan conjugados de un anticuerpo y un resto no proteínico que se pueden calentar de forma selectiva mediante exposición a la radiación. En un modo de realización, el resto no proteínico es un nanotubo de carbono (Kam et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102:11600-11605, 2005). La radiación puede ser de cualquier longitud de onda e incluye, pero no se limita a, las longitudes de onda que no dañan a las células normales, pero que calientan el resto no proteínico a una temperatura en la que se destruyen las células proximales al anticuerporesto no proteínico.
f. Inmunoconjugados
La invención también proporciona inmunoconjugados que comprenden un anticuerpo en el presente documento (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, un anticuerpo anti-PD-L1 o un anticuerpo anti-PD-1) conjugado a uno o más agentes citotóxicos, tales como agentes o fármacos quimioterápicos, agentes inhibidores del crecimiento, toxinas (por ejemplo, toxinas proteínicas, toxinas enzimáticamente activas de origen bacteriano, fúngico, vegetal o animal o fragmentos de las mismas) o isótopos radioactivos.
En un modo de realización, un inmunoconjugado es un conjugado anticuerpo-fármaco (CAF) en el que un anticuerpo se conjuga a uno o más fármacos, que incluyen pero no se limitan a un maitansinoide (véanse las patentes de EE. UU. n.os 5.208.020, 5.416.064 y la patente europea EP 0425235 B1); una auristatina tal como las restos DE y DF de fármacos de monometilauristatina (MMAE y MMAF) (véanse las patentes de EE. UU. n.os 5.635.483, 5.780.588 y 7.498.298); una dolastatina; una caliqueamicina o un derivado de la misma (véanse las patentes de EE. UU. n.os 5.712.374, 5.714.586, 5.739.116, 5.767.285, 5.770.701,5.770.710, 5.773.001 y 5.877.296; Hinman et al., Cancer Res.
53:3336-3342, 1993; y Lode et al., Cancer Res. 58:2925-2928, 1998); una antraciclina tal como daunomicina o doxorrubicina (véase Kratz et al., Current Med. Chem. 13:477-523, 2006; Jeffrey et al., Bioorganic & Med. Chem. Letters 16:358-362, 2006; Torgov et al., Bioconj. Chem. 16:717-721 (2005); Nagy et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:829-834 (2000); Dubowchik et al., Bioorg. & Med. Chem. Letters 12:1529-1532, 2002; King et al., J. Med. Chem.
45:4336-4343, 2002; y la patente de EE. UU. n.° 6.630.579); metotrexato; vindesina; un taxano tal como docetaxel, paclitaxel, larotaxel, tesetaxel y ortataxel; un tricoteceno; y CC1065.
En otro modo de realización, un inmunoconjugado comprende un anticuerpo como se describe en el presente documento conjugado a una toxina enzimáticamente activa o fragmento de la misma, que incluye, pero sin limitarse a, la cadena A de difteria, fragmentos activos que no se unen de la toxina diftérica, cadena A de exotoxina (de Pseudomonas aeruginosa), cadena A de ricina, cadena A de abrina, cadena A de modeccina, alfa-sarcina, proteínas de Aleurites fordii, proteínas de diantina, proteínas de Phytolaca americana (PAPI, PAPII y PAP-S), inhibidor de Momordica charantia, curcina, crotina, inhibidor de Saponaria officinalis, gelonina, mitogelina, restrictocina, fenomicina, enomicina y los tricotecenos.
En otro modo de realización, un inmunoconjugado comprende un anticuerpo como se describe en el presente documento conjugado a un átomo radioactivo para formar un radioconjugado. Está disponible una variedad de isótopos radioactivos para la producción de radioconjugados. Los ejemplos incluyen At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32, Pb212 e isótopos radioactivos de Lu. Cuando el radioconjugado se usa para la detección, puede comprender un átomo radiactivo para estudios gammagráficos, por ejemplo, tc99m o I123, o un marcador de espín para las pruebas de imagen por resonancia magnética nuclear (RMN) (también conocida como resonancia magnética, RM), tal como yodo-123 de nuevo, yodo-131, indio-111, flúor-19, carbono-13, nitrógeno-15, oxígeno-17, gadolinio, manganeso o hierro. Se pueden preparar conjugados de un anticuerpo y agente citotóxico usando una variedad de agentes de acoplamiento de proteínas bifuncionales, tales como 3-(2-piridilditio)propionato de N-succinimidilo (SPDP), 4-(N-maleimidometil)ciclohexano-1-carboxilato de succinimidilo (SMCC), iminotiolano (IT), derivados bifuncionales de imidoésteres (tales como adipimidato de dimetilo HCl), ésteres activos (tales como suberato de disuccinimidilo), aldehídos (tales como glutaraldehído), compuestos de bis-azido (tales como bis(p-azidobenzoil)hexanodiamina), derivados de bis-diazonio (tales como bis-(p-diazoniobenzoil)-etilendiamina), diisocianatos (tales como toluen-2,6-diisocianato) y compuestos de flúor bis-activos (tales como 1,5-difluoro-2,4-dinitrobenceno). Por ejemplo, se puede preparar una inmunotoxina de ricina, como se describe en Vitetta et al. (Science 238:1098, 1987). El ácido 1-isotiocianatobencil-3-metildietilentriaminopentaacético (MX-DTPA) marcado con carbono 14 es un agente quelante ejemplar para la conjugación del radionúclido al anticuerpo. Véase el documento WO94/11026. El conector puede ser un "conector escindible" que facilite la liberación de un fármaco citotóxico en la célula. Por ejemplo, se puede usar un conector lábil en ácido, conector sensible a peptidasa, conector fotolábil, conector de dimetilo o conector que contiene disulfuro (Chari et al., Cancer Res. 52:127-131, 1992; y la patente de EE. UU. n.° 5.208.020).
Los inmunoconjugados o CAF en el presente documento contemplan expresamente, pero no se limitan a, dichos conjugados preparados con reactivos de reticulación, incluyendo, pero sin limitarse a, BMPS, EMCS, GMBS, HBVS, LC-SMCC, MBS, MPBH, SBAP, SIA, SIAB, SMCC, SMPB, SMPH, sulfo-EMCS, sulfo-GMBS, sulfo-KMUS, sulfo-MBS, sulfo-SIAB, sulfo-SMCC, y sulfo-SMPB y SVSB ((4-vinilsulfona)benzoato de succinimidilo), que están disponibles comercialmente (por ejemplo, de Pierce Biotechnology, Inc., Rockford, IL., EE. UU.).
D. Formulaciones farmacéuticas
Las formulaciones terapéuticas de los antagonistas de VEGF y los antagonistas de unión al eje de PD-L1 usados de acuerdo con la presente invención (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab, y un anticuerpo anti-PD-L1, tal como atezolizumab) se preparan para su almacenamiento mezclando el antagonista que tiene el grado de pureza deseado con vehículos, excipientes o estabilizantes farmacéuticamente aceptables opcionales en forma de formulaciones liofilizadas o soluciones acuosas. Para información general sobre las formulaciones, véanse, por ejemplo, Gilman et al. (eds.) The Pharmacological Bases of Therapeutics, 8.a Ed., Pergamon Press, 1990; A. Gennaro (ed.), Remington’s Pharmaceutical Sciences, 18.a edición, Mack Publishing Co., Pennsylvania, 1990; Avis et al. (eds.) Pharmaceutical Dosage Forms: Parenteral Medications Dekker, Nueva York, 1993; Lieberman et al. (eds.) Pharmaceutical Dosage Forms: Tablets Dekker, Nueva York, 1990; Lieberman et al. (eds.), Pharmaceutical Dosage Forms: Disperse Systems Dekker, Nueva York, 1990; y Walters (ed.) Dermatological and Transdermal Formulations (Drugs and the Pharmaceutical Sciences), Vol. 119, Marcel Dekker, 2002.
Los vehículos, excipientes o estabilizantes aceptables no son tóxicos para los receptores a las dosificaciones y concentraciones empleadas, e incluyen tampones tales como fosfato, citrato y otros ácidos orgánicos; antioxidantes incluyendo ácido ascórbico y metionina; conservantes (tales como cloruro de octadecildimetilbencilamonio; cloruro de hexametonio; cloruro de benzalconio; cloruro de bencetonio; fenol, alcohol butílico o bencílico; alquilparabenos tales como metil o propilparabeno; catecol; resorcinol; ciclohexanol; 3-pentanol; y m-cresol); polipéptidos de bajo peso molecular (menos de aproximadamente 10 residuos); proteínas, tales como seroalbúmina, gelatina o inmunoglobulinas; polímeros hidrófilos tales como polivinilpirrolidona; aminoácidos tales como glicina, glutamina, asparagina, histidina, arginina o lisina; monosacáridos, disacáridos y otros carbohidratos incluyendo glucosa, manosa o dextrinas; agentes quelantes tales como EDTA; glúcidos tales como sacarosa, manitol, trehalosa o sorbitol; contraiones formadores de sales tales como sodio; complejos metálicos (por ejemplo, complejos Zn-proteína); y/o tensioactivos no iónicos tales como TWEEN™, PLURONICS™ o polietilenglicol (PEG).
La formulación en el presente documento también puede contener más de un compuesto activo, preferentemente aquellos que tienen actividades complementarias que no resultan afectadas de manera adversa entre sí. El tipo y las cantidades eficaces de dichos medicamentos dependen, por ejemplo, de la cantidad y tipo de antagonista presente en la formulación y de los parámetros clínicos de los pacientes.
Los ingredientes activos también se pueden atrapar en microcápsulas preparadas, por ejemplo, mediante técnicas de coacervación o mediante polimerización en interfase, por ejemplo, microcápsulas de hidroximetilcelulosa o gelatina y microcápsulas de poli(metacrilato de metilo), respectivamente, en sistemas de administración de fármacos coloidales (por ejemplo, liposomas, microesferas de albúmina, microemulsiones, nanopartículas y nanocápsulas) o en macroemulsiones. Dichas técnicas se divulgan en Remington’s Pharmaceutical Sciences 16.a edición, Osol, A. Ed., 1980.
Se pueden preparar preparaciones de liberación prolongada. Los ejemplos adecuados de preparaciones de liberación prolongada incluyen matrices semipermeables de polímeros hidrófobos sólidos que contienen el antagonista, estando dichas matrices en forma de artículos conformados, por ejemplo, películas o microcápsulas. Los ejemplos de matrices de liberación prolongada incluyen poliésteres, hidrogeles (por ejemplo, poli(metacrilato de 2-hidroxietilo) o poli(alcohol vinílico)), polilactidas (patente de Ee . UU. n.° 3.773.919), copolímeros de ácido L-glutámico y L-glutamato de Y-etilo, copolímeros de etileno y acetato de vinilo no degradables, copolímeros de ácido láctico y ácido glicólico degradables, tales como LUPRON DEPOT™ (microesferas inyectables compuestas por copolímero de ácido láctico y ácido glicólico y acetato de leuprolide) y poli(ácido D-(-)-3-hidroxibutírico).
Las formulaciones que se vayan a usar para la administración in vivo deben ser estériles. Esto se consigue fácilmente por filtración a través de membranas de filtración estériles.
Se debe entender que cualquiera de los artículos de fabricación anteriores puede incluir un inmunoconjugado descrito en el presente documento en lugar de o además de un antagonista de unión al eje de PD-L1.
EJEMPLOS
Ejemplo 1: Materiales y procedimientos experimentales
A. Diseño del estudio
El objetivo del estudio de fase Ib descrito en los ejemplos 1-4 era evaluar la seguridad y tolerancia del anticuerpo anti-PD-L1 atezolizumab, en combinación con bevacizumab, un anticuerpo anti-VEGF humano, monoclonal, genomanipulado y administrado simultáneamente por infusión intravenosa cada 3 semanas (c3s) a pacientes con carcinoma de células renales metastásico avanzado (CCRm) no tratado previamente. El tratamiento continuó mientras los pacientes estuvieran experimentando un beneficio clínico en opinión del investigador (es decir, en ausencia de toxicidad o deterioro sintomático inaceptables atribuidos a la progresión de la enfermedad). Se permitió que los pacientes continuaran recibiendo el tratamiento del estudio a discreción del investigador si se sospechaba una pseudoprogresión o si había evidencia de una respuesta mixta. Los objetivos del estudio incluyeron una evaluación de marcadores farmacodinámicos tumorales y circulantes asociados con la administración de bevacizumab y atezolizumab y una evaluación preliminar de la actividad antitumoral de la combinación de tratamiento.
Se realizaron evaluaciones de seguridad (clínicas y de laboratorio) durante el cribado y durante todo el ensayo. Se realizó una evaluación final 30 días después de la última dosis. La incidencia, la naturaleza y la gravedad de los acontecimientos adversos (AA) se clasificaron de acuerdo con los criterios de terminología común para acontecimientos adversos (CTCAE) del Instituto Nacional del Cáncer, versión 4.0.
Cualquier enfermedad evaluable o medible se documentó en el cribado y se reevaluó en cada evaluación del tumor. Las evaluaciones de los tumores se realizaron al final de los ciclos 2, 4, 6, 8, 12 y 16 o como estaba indicado clínicamente. Las evaluaciones se realizaron durante la última semana del ciclo de administración del fármaco y antes del inicio del tratamiento en el siguiente ciclo. A los pacientes que interrumpieron el tratamiento del estudio por motivos distintos a la progresión de la enfermedad se les continuó realizando evaluaciones del tumor cada 12 semanas hasta que el paciente experimentó una progresión de la enfermedad, inició un tratamiento sistémico adicional contra el cáncer o falleció.
Los criterios de toxicidad limitante de dosis (DLT) definidos por el protocolo incluyeron toxicidades hematológicas y no hematológicas de grado >3 o 4 estándar. La dosificación comenzó con la dosis de fase 2 recomendada de atezolizumab administrada en combinación con la dosis marcada de bevacizumab cada 3 semanas, y no se notificaron DLT.
B. Pacientes
Los pacientes eran elegibles para participar en esta cohorte del estudio de fase Ib si tenían CCR avanzado o metastásico para el que no habían recibido tratamiento sistémico previo. Los pacientes debían tener al menos 18 años; tener una función hematológica y de órganos diana adecuada; y tener un estado funcional según el Grupo Oncológico Cooperativo de la Costa Este de los EE. UU. de 0 o 1. La enfermedad tenía que ser medible según los criterios de evaluación de respuesta en tumores sólidos (RECIST). Se excluyeron los pacientes con neoplasia maligna primaria del sistema nervioso central (SNC) conocida o metástasis sintomáticas en el SNC, antecedentes o riesgo de enfermedad autoinmunitaria o antecedentes de infección por virus de inmunodeficiencia humana, hepatitis B o hepatitis C. También se excluyeron los pacientes que recibieron tratamiento previo con anticuerpos terapéuticos anti-CTLA-4, anti-PD-1 o anti-PD-L1 o agentes dirigidos contra vías específicas, así como los pacientes que fueron tratados con agentes inmunoestimuladores sistémicos o medicamentos inmunosupresores sistémicos dentro de un período específico antes del inicio del estudio.
De los diez pacientes en estudio, seis proporcionaron biopsias con suficientes células tumorales viables en ambos puntos temporales posteriores al tratamiento. De los seis pares de biopsias (es decir, biopsias del mismo paciente en ambos puntos temporales durante el tratamiento), siete se derivaron de lesiones renales, cuatro de la pared abdominal/torácica, una de una lesión pulmonar, una de ganglio linfático y cinco fueron de lesiones no divulgadas.
C. Análisis inmunohistoquímico para PD-L1, CD8 y MHC-I
Se tiñeron secciones de tejido fijadas con formol e incluidas en parafina (FFIP) de 4 pm de espesor para PD-L1 con un anticuerpo monoclonal de conejo anti-PD-L1 humano (clon SP142; Ventana, Tucson, AZ) en una plataforma de tinción automatizada (BenchMark; Ventana) usando una concentración de 4,3 mg/ml, con visualización de la señal por diaminobencidina; las secciones se tiñeron por contraste con hematoxilina. La expresión de PD-L1 se evaluó en células tumorales y células inmunitarias infiltrantes de tumor. Para las células tumorales, la proporción de células tumorales positivas para PD-L1 se estimó como un porcentaje del número total de células tumorales; las células tumorales mostraban típicamente tinción membranosa con un componente de tinción citoplásmica con fuerte variabilidad. La distribución de células tumorales positivas para PD-L1 dentro de una muestra tumoral dada fue típicamente muy focal; en tumores que crecen como agregados sólidos, las células tumorales positivas para PD-L1 se observaron con mayor frecuencia en la interfaz entre las células malignas y el estroma que contiene células inmunitarias infiltrantes de tumor. Para las células inmunitarias infiltrantes de tumor, se determinó el porcentaje de células inmunitarias infiltrantes de tumor positivas para PD-L1 que ocupaban el tumor. Las células inmunitarias infiltrantes de tumor con citoplasma claramente discernible, tal como macrófagos y células dendríticas, mostraron un patrón de tinción membranosa para PD-L1. Esto fue más difícil de determinar para células de morfología linfoide pequeña con escasa cantidad de citoplasma. Las células inmunitarias infiltrantes de tumor positivas para PD-L1 se veían típicamente como agregados de tamaño variable hacia la periferia de la masa tumoral, en bandas estromales que disecaban la masa tumoral, como células individuales dispersas en el estroma o dentro de agregados de células inmunitarias infiltrantes de tumor. Las muestras se puntuaron según la IHC como 0, 1, 2 o 3 si <1 %, >1 % pero <5 %, >5 % pero <10 % o >10 % de células por área fueron positivas para PD-L1, respectivamente. Las puntuaciones de IHC para PD-L1 en pacientes con múltiples muestras se basaron en la puntuación más alta. La IHC para CD8 (clon SP16 (Epitomics)) se realizó en un instrumento de tinción automática Discovery XT (Ventana) usando la recuperación de antígeno CC1 y la tecnología de detección OMNIMAP™ (Ventana).
Todas las etapas de IHC para MHC-I se llevaron a cabo en la plataforma automatizada Discovery XT de Ventana (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ). Las secciones se trataron con acondicionador celular 1, tiempo estándar, y a continuación se incubaron en anticuerpo primario, MHC clase I (EP1395Y, Novus, n.° de cat. NB110-57201) a una dilución 1:5000 durante 60 minutos a 37 °C. El anticuerpo primario unido se detectó mediante el kit de detección anti-HRP de conejo OMNIMAP™, seguido por DAB (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ). Las secciones se tiñeron por contraste con hematoxilina II (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ) durante 4 minutos, solución azulada durante 4 minutos, a continuación se deshidrataron y cubrieron con portaobjetos. Los sedimentos de células humanas que expresan endógenamente MHC-I bajo, medio y alto se usaron en paralelo como controles positivos. Los controles negativos se realizaron usando anticuerpo de isotipo monoclonal de conejo (clon DA1E, tecnología de señalización celular, n.° de cat. 3900S). La tinción de MHC-I en células tumorales se puntuó usando un sistema de puntuación H. En resumen, se asignó a la intensidad de tinción de las membranas de las células tumorales un valor numérico de 0, 1, 2 o 3 correspondiente a ninguna, baja, media o alta intensidad de señal de 3,3'-diaminobencidina (DAB), respectivamente. Con respecto al área total del tumor, se determinó el porcentaje de células a diferentes intensidades de tinción mediante evaluación visual. Se calculó una puntuación final multiplicando la puntuación de intensidad de la membrana por el porcentaje de área para cada población presente en una muestra de tumor determinada como sigue: 1 x (% de 1 células) 2 * (% de 2 células) 3 * (% de 3 células) = puntuación H. Los casos fueron calificados por dos patólogos independientes. Los intervalos de puntuación se definieron como puntuaciones <100, 101-200 y 201-300, y la concordancia se definió como puntuaciones independientes que se encontraban dentro del mismo intervalo. Cualquier discordancia se resolvió mediante la revisión mutua de los casos.
D. Inmunohistoquímica de dos y tres colores y un análisis digital de portaobjetos completo
Se tiñeron secciones consecutivas de 4 pm de espesor de tejidos tumorales FFIP con los siguientes ensayos IHC desarrollados internamente usando las plataformas automatizadas Benchmark XT o Benchmark Ultra de Ventana (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ): Ki67/CD8, PDPN/CD34/ASMA y CD163/CD68.
Para el ensayo KÍ67/CD8, las secciones se trataron con acondicionador celular 1 durante 64 minutos. A continuación, las secciones se incubaron en el anticuerpo primario, Ki67 (30-9, RTU, Ventana) durante 4 minutos a 37 °C. El anticuerpo primario unido se detectó mediante el kit de detección de IHC OptiView DAB (Ventana Medical Systems; Tucson, a Z). Posteriormente, los portaobjetos se incubaron en el anticuerpo primario anti-CD8 (SP239, Spring Biosciences) a una dilución 1:100 durante 60 minutos a 37 °C. El anticuerpo primario unido se detectó mediante el kit de detección UltraView Universal AP Red (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ). Las secciones se tiñeron por contraste con hematoxilina II (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ) durante 4 minutos, solución azulada durante 4 minutos, a continuación se deshidrataron y cubrieron con portaobjetos.
Para el ensayo PDPN/CD34/ASMA, las secciones se trataron con acondicionador celular 1 durante 32 minutos. A continuación, las secciones se incubaron en el anticuerpo primario anti-podoplanina (D2-40, RTU, Ventana) durante 16 minutos a 37 °C. El anticuerpo primario unido se detectó mediante el kit de detección de IHC OptiView DAB (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ). Posteriormente, los portaobjetos se incubaron en anticuerpo primario anti-CD34 (QBEnd/10; RTU, Ventana) durante 16 minutos a 37 °C. El anticuerpo primario unido se detectó mediante el kit de detección iView Blue Plus (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ). Finalmente, los portaobjetos se incubaron en anticuerpo primario anti-actina de músculo liso ("SMActin") (1A4; RTU, Ventana) durante 16 minutos a 37 °C. El anticuerpo primario unido se detectó mediante el kit de detección UltraView Universal AP Red (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ). Las secciones se tiñeron por contraste con hematoxilina II (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ) durante 4 minutos, solución azulada durante 4 minutos, a continuación se deshidrataron y cubrieron con portaobjetos.
Para el ensayo CD163/CD68, las secciones se trataron con acondicionador celular 1 durante 32 minutos y se incubaron en anticuerpo primario anti-CD163 (MRQ-26, RTU, Ventana) durante 8 minutos a 37 °C. El anticuerpo primario unido se detectó mediante el kit de detección de IHC OptiView DAB (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ). Posteriormente, los portaobjetos se incubaron en anticuerpo primario anti-CD68 (KP-1, RTU, Ventana) durante 8 minutos a 37 °C. El anticuerpo primario unido se detectó mediante el kit de detección UltraView Universal AP Red (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ). Las secciones se tiñeron por contraste con hematoxilina II (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ) durante 4 minutos, solución azulada durante 4 minutos, a continuación se deshidrataron y cubrieron con portaobjetos. Se realizaron controles negativos y positivos apropiados de acuerdo con procedimientos conocidos.
Los algoritmos para la detección y clasificación de objetos teñidos con IHC sobre la base de un portaobjetos completo se escribieron en Matlab. Después de la separación de la tinción de campo claro, los objetos teñidos con IHC se detectaron como células candidatas. Para todas las células candidatas, se extrajeron rasgos característicos cuantitativos. A continuación, los candidatos se clasificaron en las diversas clases de células (por ejemplo, células CD8+/K¡67‘) usando el aprendizaje automático supervisado. El procedimiento de clasificación se entrenó usando una galería de verdad básica de objetos teñidos verdaderos y falsos (proporcionada por un patólogo). Finalmente, se informaron las células clasificadas y las áreas tumorales (proporcionadas por un patólogo a través de anotación en portaobjetos digitales) y se generaron imágenes de control de calidad (CC) para la revisión patológica. Los resultados del análisis automatizado de portaobjetos digitales se informaron para las áreas tumorales como sigue: densidades celulares de Ki677CD8+ y Ki67+/CD8+ (número de recuentos de células por mm2), porcentaje de cobertura de área de CD68+/CD163+ y CD68+/CD163' (cobertura de área en relación con toda el área tumoral), densidades de vasos de CD34+/aSMA' y CD34+/aSMA+ (recuento de vasos por mm2).
E. Aislamiento de ARN de tejido tumoral FFIP
El aislamiento de ARN se realizó como se describe por Schleifman et al. (PLoS One 8:e74231, 2014). En resumen, las secciones FFIP del tumor se macrodiseccionaron para enriquecerlas en tejido neoplásico, y el tejido se lisó usando tampón de lisis tumoral y proteinasa K para permitir la digestión y liberación completas de ácidos nucleicos. El ARN se aisló usando el microkit de ARN FFIP de alta pureza (Roche Applied Sciences, Indianápolis, IN) de acuerdo con el protocolo del fabricante. El ADN se aisló usando el kit de tejido f F iP de ADN QIAAMP® (Qiagen, Hilden, Alemania) de acuerdo con el protocolo del fabricante. El ARN y el ADN se almacenaron a 280 uC hasta que se realizaron los análisis.
F. Análisis de expresión de Fluidigm y Nanostring
El análisis de expresión génica se realizó usando la plataforma de PCR en tiempo real BioMark HD™ (Fluidigm) como se describe por Schleifman et al. (PLoS One 8:e74231,2014). Todos los ensayos TAQMAN® en el panel de expresión usaron sondas de ligando del surco menor (MGB) TAQMAN® marcadas con colorante FAM™ y se solicitaron a través de Life Technologies, ya sea por encargo o por diseño personalizado, incluyendo cuatro genes de referencia: SP2, GUSB, TMEM55B y VPS33B. Se calculó una mediana geométrica de los valores de Ct para los cuatro genes de referencia (SP2, GUSB, TMEM55B y VPS33B) para cada muestra, y los niveles de expresión se determinaron usando el procedimiento delta Ct (ACt) como sigue: Ct (gen diana)2GeoMediana Ct (genes de referencia). Las medianas de los niveles de expresión de ARNm (medidos por immunochip (iChip)) en los pacientes del estudio se usaron como puntos de corte para derivar la categorización de expresión alta frente a baja. Los valores de P se determinaron mediante la prueba de la t.
Los datos de expresión génica de NanoString se procesaron usando el paquete R/Bioconductor "NanoStringQCPro". Los recuentos brutos se ajustaron mediante recuentos de control positivo antes de que se calculara el fondo específico de la sonda y del carril en base a los controles negativos y a las mediciones de blanco. Después de la corrección de fondo, los recuentos se transformaron en log2 y se normalizaron mediante la expresión génica constitutiva (TMEM55B, VPS33B, TBP y TUBB).
G. Secuenciación de TCR
La amplificación y secuenciación del repertorio de TCRp se realizaron en Adaptive Biotechnologies como se describe por Klinger et al. (PLoS One 8:e74231, 2013).
H. Citometría de flujo
La citometría de flujo de sangre completa para la expresión de CD3, CD8, HLA-DR y Ki-67 se realizó en el laboratorio central de LabCorp de acuerdo con los protocolos establecidos. Se aislaron leucocitos monomorfonucleares en sangre periférica (PBMC) en Precision Bioservices y las muestras criopreservadas se enviaron a Genentech para el análisis de la expresión del receptor de fractalcina y la detección de linfocitos T específicos de tumores. Los PBMC se descongelaron y se dejaron reposar durante la noche, y una pequeña alícuota de células se tiñó con anti-HLA-A2-FITC (BB7.2, BD) y anti-CD45-APC-H7 (2D1, BD) para determinar el estado de HLA-A2. Las células restantes se tiñeron con una mezcla de dextrámeros y pentámeros de HLA-A*0201/péptido (Immudex y Proimmune, véase la tabla 1) durante 10 minutos a temperatura ambiente, seguido de tinción con anti-CD3-BV510 (UCHTI, Biolegend), anti-CD8-A700 (RPA-T8, BD), anti-CD4-PE-Cy7 (RPA-T4, eBioscience), anti-CD45RA-eVolve605 (HI100, eBioscience), anti-CCR7-BV421 (G043H7, Biolegend), anti-CX3CR1-PerCP-eFluor710 (2A9-1, eBioscience) y tinte de viabilidad fijable eFluor780 (eBioscience) durante 30 minutos en hielo. Las muestras se lavaron dos veces antes de la adquisición de datos y la clasificación en un BD FACSARIA™ con el programa informático FACSDIVA™ v8. Un mínimo de 10 acontecimientos positivos para el dextrámero por cada 50.000 linfocitos T CD8+ se considera una respuesta específica del tumor. La tabla 3 muestra una lista de dextrámeros usados para la citometría de flujo.
Tabla 3. Dextrámeros para citometría de flujo
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I. Análisis estadístico
Los datos de los diez pacientes con CCR que recibieron más de una dosis de atezolizumab y bevacizumab por vía intravenosa cada 21 días se usaron para determinar las características de referencia y las tasas de acontecimientos adversos. La eficacia se evaluó de acuerdo con RECIST v1.1. La tasa de respuesta objetiva global mejor confirmada se obtuvo a partir de las evaluaciones informadas por los investigadores. La tasa de respuesta objetiva (TRO) se definió como el número de pacientes con una mejor respuesta objetiva global de respuesta completa o parcial dividido por el número total de pacientes con una evaluación de referencia del tumor.
Los pacientes que estaban vivos y no experimentaron progresión de la enfermedad en la fecha límite fueron censurados en el punto temporal de la última evaluación del tumor. La duración de la respuesta se obtuvo mediante el procedimiento de Kaplan Meier. Se proporcionan resúmenes de todos los AA, AA relacionados con el tratamiento y AA de grado 3-4 de los diez pacientes.
Ejemplo 2: El análisis de expresión génica identifica biomarcadores asociados con la monoterapia con bevacizumab y la politerapia con bevacizumab y atezolizumab
Se llevó a cabo un ensayo clínico de fase 1b en el que 10 pacientes con CCRm no tratado previamente recibieron una dosis única de bevacizumab en C1D1, seguida de la administración combinada de atezolizumab y bevacizumab cada tres semanas a partir de C2D1. Los datos demográficos de referencia de la cohorte de pacientes se muestran en la tabla 4. Se observaron respuestas parciales (RP) en cuatro de cada diez pacientes usando RECIST v1.1, mientras que otros cinco pacientes tenían enfermedad estable (EE) prolongada (FIGS. 1 y 2). La actividad clínica observada en esta pequeña cohorte fue mayor que la obtenida previamente con cualquiera de las dos monoterapias. No se ha alcanzado la duración de la respuesta y la mediana del tiempo de respuesta fue de 4,2 meses.
Tabla 4. Datos demográficos de referencia
Figure imgf000080_0001
Además de la seguridad, la tolerancia y la actividad clínica, un objetivo clave del estudio de fase Ib descrito anteriormente fue evaluar el mecanismo de la actividad combinada. El diseño del ensayo incluyó un período de preinclusión con bevacizumab para investigar específicamente los efectos de bevacizumab en el microambiente inmunitario del tumor local, seguido de una politerapia con bloqueo de puntos de control inmunológico usando atezolizumab. Se recogieron biopsias tumorales y sangre antes del tratamiento, 15-18 días después del bevacizumab y 4-6 semanas después de que se iniciara la politerapia de atezolizumab y bevacizumab.
Para identificar los marcadores tumorales asociados con la monoterapia con bevacizumab o la politerapia, se realizó un análisis de expresión génica usando un panel Fluidigm basado en PCR de 90 genes y un panel NanoString personalizado de 800 genes. Los genes asociados con la neovasculatura, que reflejan la actividad de señalización posterior del VEGF, se redujeron significativamente en ambos puntos temporales durante el tratamiento en todos los pacientes (FIG. 3), lo que confirma la actividad antiangiogénica del bevacizumab. Sorprendentemente, la comparación del punto temporal previo al tratamiento y el punto temporal del tratamiento con bevacizumab solo reveló que hubo un incremento de la expresión génica de las quimiocinas Th1 (CXCL9, CXLC10, CXCL11 y CXCL13) (que van desde aproximadamente 0,7 veces hasta 6,9 veces con respecto a niveles previos al tratamiento), marcadores de linfocitos T efectores CD8 (CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y Pr F1) (que van desde aproximadamente 0,4 veces hasta 6,2 veces con respecto a los niveles previos al tratamiento), así como marcadores de linfocitos NK (GZMB, KLRK1 y SLAMF7) (que van desde aproximadamente 0,7 veces hasta 8,2 veces con respecto a los niveles previos al tratamiento) (FIG. 3). El tratamiento con bevacizumab dio como resultado que cuatro de los seis pacientes mostraran un incremento significativo en las firmas génicas relacionadas con la señalización de Th1. Es importante destacar que, al nivel de paciente individual, estas firmas se desvincularon del grado de reducción de la firma dependiente de VEGF. La expresión de FasL por IHC se ha descrito como una barrera potencial para las células inmunitarias en varios cánceres, incluyendo el CCR (Motz et al. Nat. Med. 20:607-615, 2014). En este estudio no se observaron cambios consecuentes en la expresión génica de FasL con bevacizumab o con la politerapia. En general, estas diferencias indican que el tratamiento con bevacizumab solo da como resultado la modulación del microambiente inmunológico tumoral con firmas relacionadas con Th1 que reflejan las alteraciones más significativas inducidas por el tratamiento en el microambiente tumoral.
El incremento de la expresión de quimiocinas Th1 (CXCL9, CXLC10, CXCL11 y CXCL13), marcadores de linfocitos T efectores CD8 (CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1) y marcadores de linfocitos NK (GZMB, KLRK1 y SLAMF7) se potenciaron con la administración de atezolizumab en combinación con bevacizumab (FIG. 4). El nivel de expresión de la firma de quimiocinas Th1 se incrementó de 2,9 a 250,4 veces en el punto temporal del bevacizumab+atezolizumab con respecto al tratamiento previo, y se incrementó de 0,9 a 81,8 veces en comparación con el punto temporal del bevacizumab solo. El nivel de expresión de la firma de Teff CD8 se incrementó de 0,8 a 51,8 veces en el punto temporal de bevacizumab+atezolizumab con respecto al tratamiento previo, y se incrementó de 0,3 a 17,6 veces en comparación con el punto temporal de bevacizumab solo. El nivel de expresión de la firma de linfocitos NK se incrementó de 0,7 a 7,8 veces en el punto temporal del bevacizumab+atezolizumab con respecto al tratamiento previo, y se incrementó de 0,4 a 13,1 veces en comparación con el punto temporal del bevacizumab solo.
Ejemplo 3: Caracterización de los biomarcadores de las respuestas vasculares e inmunitarias después de la monoterapia con bevacizumab o la politerapia en ambos puntos temporales durante el tratamiento
Para confirmar los cambios en la expresión génica vascular e inmunitaria observados en el tumor, se evaluaron mediante inmunohistoquímica los cambios en la expresión de proteínas vasculares e inmunitarias en el tejido previo al tratamiento y durante el tratamiento. Se observó una disminución de CD31, un marcador de las células endoteliales que recubren los vasos (FIGS. 5 y 6). La tinción dual de CD34, otro marcador de células endoteliales, con alfa-actina del músculo liso (aSMA) mostró que los vasos inmaduros o inestables (CD34+/aSMA) se vieron afectados principalmente por el tratamiento con bevacizumab (FIGS. 7 y 8), de acuerdo con otros informes publicados (véase, por ejemplo, Gasparini et al. Nat. Clin. Pract. Oncol. 2:562-577, 2005). Los cambios morfológicos en las células endoteliales también fueron evidentes para la politerapia, de acuerdo con los hallazgos en el melanoma metastásico después del tratamiento con ipilumimab y bevacizumab (véase, por ejemplo, Hodi et al. Cáncer Immunol. Res. 2:632-642, 2014). Además, se observó localización contextual de macrófagos CD68+/CD163+ pero no de CD68+/CD163' en cuatro pacientes en tratamiento contiguos a los vasos inmaduros, pero no a los vasos maduros, que en gran medida no se vieron afectados por el tratamiento con bevacizumab (FIGS. 7, 9 y 10). Sin quedar vinculado a ninguna teoría, una posible explicación es que los macrófagos localizados en vasos inestables podrían estar respondiendo a la inflamación y los cambios vasculares inducidos por bevacizumab. Se ha demostrado que los macrófagos promueven la vascularización secretando VEGF (Lamagna et al. J. Leukoc. Biol. 80:705-713, 2006), y la expresión del transcrito de VEGF se reguló por incremento en los tumores durante el tratamiento (FIG. 11).
Los incrementos intratumorales de linfocitos T CD8+ fueron pronunciados después de la politerapia en todos los pacientes menos uno (FIGS. 5, 6 y 12). Sin embargo, la regulación por incremento de PD-L1, que es un gen de respuesta al IFN-y, solo se detectó mediante inmunohistoquímica en un paciente, que demostró una RP (FIG. 5). Inversamente e inesperadamente, se observó un incremento concomitante en la tinción de MHC-I después tanto de bevacizumab como de la politerapia (FIGS. 5 y 6). La modulación de MHC-I por el tratamiento con anticuerpos anti-VEGF no se ha descrito previamente y no se asoció de manera consecuente con un incremento en los linfocitos T CD8+. Estudios previos han descubierto que la hipoxia está ligada a una expresión incrementada de MHC-I a través de HIF-1a (Ghosh et al. Mol. Cell. Biol. 33:2718-2731, 2013).
Para abordar si el incremento en las densidades de linfocitos T CD8+ tras la politerapia se atribuía a una proliferación intratumoral potenciada o a un incremento del transporte, se empleó la tinción inmunohistoquímica dual de CD8 con el marcador de proliferación Ki67. La proporción de células Ki67+/CD8+ con respecto a células Ki67'//CD8+ permaneció sin cambios durante el tratamiento (FIGS. 7, 13, 14A-14C, 15A-15C y 16A-16C), lo que sugiere que el incremento de linfocitos T CD8+ no se debió a una proliferación intratumoral potenciada, sino más bien al incremento del transporte y a la infiltración de linfocitos T CD8+ en proliferación.
Ejemplo 4: Caracterización de la respuesta de linfocitos T específicos de antígeno después de la politerapia
Para confirmar si la elevación de los linfocitos T CD8+ intratumorales se debía a un incremento del transporte, se fenotipificaron las poblaciones de células de la periferia mediante citometría de flujo. Se usaron dextrámeros HLA-A2 que contenían péptidos de antígenos tumorales de CCR descritos previamente (tabla 1) para determinar si había linfocitos T específicos de antígeno presentes en la sangre de pacientes y si estas poblaciones de células cambiaban con el tratamiento. De los 10 pacientes, sólo dos pacientes positivos para HLA-A2 fueron positivos para células en el canal Dex-APC en el punto temporal previo al tratamiento (FIG. 19). De estos dos pacientes, solo el paciente 6 demostró un incremento de los linfocitos T CD8+ intratumorales. De forma interesante, la tinción positiva para Dex-APC disminuyó en al menos 3 veces en el punto temporal posterior a la politerapia para el paciente 6, pero no para el paciente 2, que no mostró un incremento en los linfocitos T CD8+ intratumorales. Estos cambios pueden sugerir que los linfocitos T específicos de antígeno de CCR se trasladan desde la periferia hasta los tumores.
Los datos de expresión génica también indicaron que varias otras quimiocinas y receptores de quimiocinas se incrementaron en los tumores de los pacientes durante el tratamiento (FIG. 20). El cambio más significativo se produjo con la fractalcina (CX3CL1), que se sabe que se expresa en la membrana de las células endoteliales activadas en entornos inflamatorios o hipóxicos (Szukiewicz et al. Mediators Inflamm. 2013:437576, 2013; Umehara et al. Arterioscler. Thromb. Vasc. Biol. 24:34-40, 2004).
Se ha demostrado que el receptor de fractalcina, CX3CR1, se expresa en linfocitos T CD8+ activados (perforina+/granzima B+) (Nishimura et al. J. Immunol. 168:6173-6180, 2002). En el presente estudio, CX3CR1 se reguló por incremento en linfocitos T CD8+ periféricos después de la politerapia (FIG. 13). Además, la mayoría de las células positivas para dextrámero (FIG. 19) también expresaron CX3CR1 (84 % y 100 % para los pacientes 2 y 6, respectivamente; FIGS. 16A y 16C). La regulación por incremento concordante de fractalcina y otras quimiocinas en el tumor y de CX3CR1 en linfocitos T CD8+ durante el tratamiento sugieren un mecanismo para el incremento de la infiltración tumoral de los linfocitos T CD8+.
La secuenciación del receptor de linfocitos T (TCR) se realizó en tumores y los linfocitos T CD8+ se clasificaron de los PBMC emparejados para investigar los cambios inducidos por el tratamiento en el repertorio de linfocitos T y el transporte de linfocitos T hacia el tumor. La comparación de los clones superiores de los TIL previos al tratamiento y durante el tratamiento para los pacientes 3 y 6 mostró que algunos clones se retuvieron durante el tratamiento (FIGS.
21A-21C y 22). Hubo clones que aparecieron después del tratamiento con bevacizumab solo, mientras que otros clones surgieron solo después de la politerapia. También se detectaron clones en tumores previos al tratamiento pero no durante el tratamiento. En conjunto, estos cambios dinámicos en la composición de los linfocitos T intratumorales sugieren que la respuesta de los linfocitos T antitumorales está evolucionando durante el tratamiento.
La evaluación de las secuencias de TCR de los linfocitos T CD8+ periféricos clasificados mostró que muchos de los clones superiores se mantuvieron entre las muestras previas al tratamiento y durante el tratamiento, pero también hubo cierta superposición entre los clones encontrados en PBMC y los TIL durante el tratamiento (FIGS. 23A y 23B). En particular, no hubo clones compartidos entre PBMC y TIL del paciente 2, el paciente en el que los linfocitos T CD8+ intratumorales no se incrementaron durante el tratamiento. Para los pacientes 3 y 6, hubo algunos clones presentes en frecuencias similares entre PBMC y TIL. Un blast de la base de datos Adaptive Public Clone reveló que algunos de los clones superiores de PBMC probablemente reconocen antígenos víricos, pero solo algunos de estos clones se detectaron en TIL, lo que sugiere además que los linfocitos T específicos de antígeno tumorales pueden estar migrando hacia el tumor (FIG. 24). La mayoría de los clones superiores en los TIL durante el tratamiento estaban presentes en niveles mucho más bajos en la sangre, mientras que los clones más dominantes en la sangre no se detectan en el tumor. Debido a que las proporciones relativas de los clones superiores no se mantienen en los PBMC en comparación con los TIL, esto puede sugerir que el incremento de los linfocitos T CD8+ en el tumor inducido por la politerapia se produce a través de un mecanismo de transporte selectivo. También es posible que la infiltración no esté sesgada y haya retención de linfocitos T específicos de antígeno en el tumor.

Claims (15)

REIVINDICACIONES
1. Un procedimiento para monitorizar la respuesta de un paciente que tiene un cáncer de riñón al tratamiento con un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje de PD-L1, comprendiendo el procedimiento:
(a) determinar, en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior a la administración del tratamiento antineoplásico, el nivel de expresión de ARNm de CD8A, Cd 8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1; y (b) comparar el nivel de expresión de ARNm de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 en la muestra biológica con un nivel de referencia, monitorizando de este modo la respuesta del paciente al tratamiento con el tratamiento antineoplásico.
2. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que:
(i) el nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 se correlaciona con la presencia de linfocitos T efectores (Teff) CD8+ en el microambiente tumoral;
(ii) el procedimiento comprende además determinar el nivel de expresión de uno o más de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13, opcionalmente en el que el nivel de expresión de uno o más de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13 se correlaciona con la presencia de quimiocinas Th1 en el microambiente tumoral, además opcionalmente en el que se determina el nivel de expresión de al menos dos o al menos tres de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13, además opcionalmente en el que se determina el nivel de expresión de CXCL9, CXCL10, CXCL11 y CXCL13; y/o
(iii) el procedimiento comprende además determinar el nivel de expresión de uno o más de GZMB, KLRK1 o SLAMF7, opcionalmente en el que la presencia de GZMB, KLRK1 o SLAMF7 se correlaciona con la presencia de linfocitos citolíticos naturales (NK) en el microambiente tumoral, además opcionalmente en el que se determina el nivel de expresión de al menos dos de GZMB, KLRK1 o SLAMF7, además opcionalmente en el que se determina el nivel de expresión de GZMB, KLRK1 y SLAMF7.
3. El procedimiento de la reivindicación 1 o 2, en el que el nivel de referencia se selecciona del grupo que consiste en (i) el nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 en una muestra biológica del paciente obtenida antes de la administración del tratamiento antineoplásico; (ii) el nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 en una población de referencia; (iii) un nivel de expresión preasignado para CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1; (iv) el nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal previo, en el que el punto temporal previo es posterior a la administración del tratamiento antineoplásico; o (v) el nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior.
4. El procedimiento de una cualquiera de las reivindicaciones 1-3, en el que:
(i) el nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 se incrementa en la muestra biológica obtenida del paciente con respecto al nivel de referencia, opcionalmente en el que:
(a) el nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 se incrementa al menos aproximadamente 2 veces, aproximadamente 15 veces o aproximadamente 50 veces con respecto al nivel de referencia;
(b) el nivel de expresión de uno o más de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13 se incrementa al menos aproximadamente 3 veces, aproximadamente 80 veces o aproximadamente 250 veces con respecto a un nivel de referencia para el uno o más genes; y/o
(c) el nivel de expresión de uno o más de GZMB, KLRK1 o SLAMF7 se incrementa al menos aproximadamente 2 veces, aproximadamente 8 veces o aproximadamente 13 veces con respecto a un nivel de referencia para el uno o más genes;
(ii) el incremento del nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 indica que el paciente está respondiendo al tratamiento antineoplásico; y/o
(iii) la muestra biológica del paciente se obtiene de aproximadamente 4 a aproximadamente 6 semanas después de la administración del tratamiento antineoplásico.
5. Un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje de PD-L1 para su uso en un procedimiento de tratamiento de un paciente que tiene un cáncer de riñón, comprendiendo el procedimiento:
(a) determinar, en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior a la administración del tratamiento antineoplásico, el nivel de expresión de ARNm de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1;
(b) comparar el nivel de expresión de ARNm de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 en la muestra biológica con un nivel de referencia; y
(c) continuar administrando el tratamiento antineoplásico al paciente si el nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 se incrementa con respecto al nivel de referencia.
6. El tratamiento antineoplásico para su uso en la reivindicación 5, en el que:
(i) el nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 se correlaciona con la presencia de linfocitos T efectores (Teff) CD8+ en el microambiente tumoral;
(ii) el procedimiento comprende además determinar el nivel de expresión de uno o más de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13, opcionalmente en el que el nivel de expresión de uno o más de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13 se correlaciona con la presencia de quimiocinas Th1 en el microambiente tumoral, además opcionalmente en el que se determina el nivel de expresión de al menos dos o al menos tres de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13, además opcionalmente en el que se determina el nivel de expresión de CXCL9, CXCL10, CXCL11 y CXCL13; y/o
(iii) el procedimiento comprende además determinar el nivel de expresión de uno o más de GZMB, KLRK1 o SLAMF7, opcionalmente en el que la presencia de GZMB, KLRK1 o SLAMF7 se correlaciona con la presencia de linfocitos citolíticos naturales (NK) en el microambiente tumoral, además opcionalmente en el que se determina el nivel de expresión de al menos dos de GZMB, KLRK1 o SLAMF7, además opcionalmente en el que se determina el nivel de expresión de GZMB, KLRK1 y SLAMF7.
7. El tratamiento antineoplásico para su uso en la reivindicación 5 o 6, en el que el nivel de referencia se selecciona del grupo que consiste en (i) el nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 en una muestra biológica del paciente obtenida antes de la administración del tratamiento antineoplásico; (ii) el nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 en una población de referencia; (iii) un nivel de expresión preasignado para CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, Gz MB, IFNG y PRF1; (iv) el nivel de expresión de CD8A, c D8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal previo, en el que el punto temporal previo es posterior a la administración del tratamiento antineoplásico; o (v) el nivel de expresión de CD8A, CD8B, Eo Me S, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior.
8. El tratamiento antineoplásico para su uso en una cualquiera de las reivindicaciones 5-7, en el que:
(i) el nivel de expresión de CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1 se incrementa al menos aproximadamente 2 veces, aproximadamente 15 veces o aproximadamente 50 veces con respecto al nivel de referencia;
(ii) el nivel de expresión de uno o más de CXCL9, CXCL10, CXCL11 o CXCL13 se incrementa al menos aproximadamente 3 veces, aproximadamente 80 veces o aproximadamente 250 veces con respecto a un nivel de referencia para el uno o más genes;
(iii) el nivel de expresión de uno o más de GZMB, KLRK1 o SLAMF7 se incrementa al menos aproximadamente 2 veces, aproximadamente 8 veces o aproximadamente 13 veces con respecto a un nivel de referencia para el uno o más genes; y/o
(iv) la muestra biológica del paciente se obtiene de aproximadamente 4 a aproximadamente 6 semanas después de la administración del tratamiento antineoplásico.
9. El procedimiento de una cualquiera de las reivindicaciones 1-4, o el tratamiento antineoplásico para su uso en una cualquiera de las reivindicaciones 5-8, en el que:
(i) el antagonista de VEGF es un anticuerpo anti-VEGF; y/o
(ii) el antagonista de unión al eje de PD-L1 se selecciona del grupo que consiste en un antagonista de unión a PD-L1, un antagonista de unión a PD-1 o un antagonista de unión a PD-L2.
10. El procedimiento o el tratamiento antineoplásico para su uso en la reivindicación 9, en el que el anticuerpo anti-VEGF es bevacizumab.
11. El procedimiento de una cualquiera de las reivindicaciones 1-4, 9 o 10, o el tratamiento antineoplásico para su uso en una cualquiera de las reivindicaciones 5-10, en el que:
(i) el antagonista de unión al eje de PD-L1 es un antagonista de unión a PD-L1, opcionalmente en el que el antagonista de unión a PD-L1 inhibe la unión de PD-L1 a uno o más de sus compañeros de unión ligandos, además opcionalmente en el que el antagonista de unión a PD-L1 inhibe la unión de PD-L1 a PD-1, B7-1, o tanto a PD-1 como a B7-1, además opcionalmente en el que el antagonista de unión a PD-L1 es un anticuerpo; o
(ii) el antagonista de unión al eje de PD-L1 es un antagonista de unión a PD-1, opcionalmente en el que el antagonista de unión a PD-1 inhibe la unión de PD-1 a uno o más de sus compañeros de unión ligandos, además opcionalmente en el que el antagonista de unión a PD-1 inhibe la unión de PD-1 a PD-L1, PD-L2, o tanto a PD-L1 como a PD-L2, además opcionalmente en el que el antagonista de unión a PD-1 es un anticuerpo o una proteína de fusión Fc, opcionalmente en el que el anticuerpo se selecciona del grupo que consiste en: MDX-1106 (nivolumab), MK-3475 (pembrolizumab), Me Di-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810 y BGB-108, o la proteína de fusión Fc es A m P-224.
12. El procedimiento de una cualquiera de las reivindicaciones 1-4 o 9-11, o el tratamiento antineoplásico para su uso en una cualquiera de las reivindicaciones 5-11, en el que:
(i) el anticuerpo se selecciona del grupo que consiste en: atezolizumab, YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (durvalumab) y MSB0010718C (avelumab), preferentemente en el que el anticuerpo es atezolizumab;
(ii) el anticuerpo comprende una cadena pesada que comprende la secuencia de HVR-H1 de SEQ ID NO: 19, la secuencia de HVR-H2 de SEQ ID NO: 20 y la secuencia de HVR-H3 de SEQ ID NO: 21; y una cadena ligera que comprende la secuencia de HVR-L1 de Se Q ID NO: 22, la secuencia de HVR-L2 de SEQ ID No : 23 y la secuencia de HVR-L3 de SEQ ID NO: 24 o
(iii) el anticuerpo comprende una región variable de cadena pesada que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 25 y una región variable de cadena ligera que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 4.
13. El procedimiento de una cualquiera de las reivindicaciones 1-4 o 9-12, o el tratamiento antineoplásico para su uso en una cualquiera de las reivindicaciones 5-12, en el que:
(i) el tratamiento antineoplásico se administra en combinación con un agente terapéutico adicional, opcionalmente en el que el agente terapéutico adicional se selecciona del grupo que consiste en un agente inmunoterápico, un agente citotóxico, un agente inhibidor del crecimiento, un agente de radioterapia, un agente antiangiogénico y combinaciones de los mismos; y/o
(ii) el cáncer de riñón es un carcinoma de células renales, opcionalmente en el que el carcinoma de células renales es un carcinoma de células renales metastásico.
14. El procedimiento de una cualquiera de las reivindicaciones 1-4 o 9-13, o el antagonista de VEGF para su uso en una cualquiera de las reivindicaciones 5-13, en el que el nivel de expresión de ARNm se determina usando un procedimiento seleccionado del grupo que consiste en reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (qPCR), qPCR con transcripción inversa (RT-qPCR), secuenciación de ARN, análisis de micromatrices, hibridación in situ y análisis en serie de la expresión génica (SAGE).
15. El procedimiento de una cualquiera de las reivindicaciones 1-4 o 9-14, o el antagonista de VEGF para su uso en una cualquiera de las reivindicaciones 5-14, en el que:
(i) la muestra biológica obtenida del paciente es una muestra tumoral o una muestra celular, opcionalmente en el que la muestra tumoral es una muestra tumoral fijada con formol e incluida en parafina, fresca, de archivo o congelada o en el que la muestra celular comprende linfocitos T CD8+ periféricos; y/o
(ii) el paciente es un paciente humano.
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