ES2300347T3 - Levaduras modificadas y utilizaciones, particularmente para la produccion de derivados esteroideos. - Google Patents

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Abstract

Cepa de levadura que presenta una actividad de tipo 20a hidroxiesteroide deshidrogenasa (20a HSD) reducida caracterizada porque posee : -una modificación genética inactivadora del gen GCY1, o -una modificación genética inactivadora del gen YPR1, o -una modificación genética inactivadora de los genes GCY1 e YPR1, con la excepción de las cepas gcyD0 y gcyDD0.

Description

Levaduras modificadas y utilizaciones, particularmente para la producción de derivados esteroideos.
La presente invención se refiere al campo de la biología y de la farmacia. Se refiere principalmente a nuevas composiciones y métodos útiles para la producción de compuestos esteroideos o para la transformación (selectiva) de compuestos esteroideos. Se refiere, más particularmente, a nuevas cepas de levadura, a los procedimientos y construcciones genéticas para su preparación, así como a su utilización para la síntesis o la modificación de compuestos esteroideos. Las cepas de levadura de la invención permiten mejorar la eficacia de la síntesis o aumentar la selectividad o los rendimientos del procedimiento, así como la calidad del producto final. Las cepas, procedimientos y compuestos de la invención son útiles en la investigación, el desarrollo y la producción de productos con actividad terapéutica o profiláctica, en el ser humano o los animales, principalmente de derivados esteroideos.
La capacidad natural de los microorganismos de transformar los esteroides se ha descrito ampliamente en la bibliografía. A este respecto, representan una alternativa ventajosa para la producción de derivados esteroideos difíciles de obtener por síntesis química. Las levaduras están, por otra parte, adaptadas particularmente para la expresión de ADNc que codifica enzimas activas en los orgánulos. Por esto, las levaduras, tales como S. cerevisiae, se han utilizado ampliamente para expresar los ADNc que codifican enzimas esteroidógenas, tales como las P450 microsomales o mitocondriales. Además, determinados estudios destinados a expresar las enzimas implicadas en la vía de biosíntesis de la hidrocortisona han permitido mostrar que las levaduras eran capaces de transformar eficazmente determinados intermedios. Así, la utilización de levaduras transformadas que permiten la expresión de una o varias enzimas de mamíferos implicadas en la vía de biosíntesis de los esteroides se ha descrito, por ejemplo, en la solicitud EP340878, la patente EEUU5.137.822 o en Dumas et al. En particular, se ha descrito anteriormente la utilización de una levadura Saccharomyces cerevisiae que expresa el citocromo P450 C21 adrenal bovino para producir 11-desoxicortisol a partir de 17\alpha-hidroxiprogesterona (Base de Datos WPI Sección Ch., Semana 199011 Derwent Publications Ltd., Londres, Inglaterra). Así mismo, los solicitantes han encontrado que los hidroxiesteroides \Delta5-3\beta tales como la pregnenolona, la 17\alpha-hidroxipregnenolona y la DHEA se convertían por las levaduras en los ésteres acetato correspondientes. Los solicitantes han puesto de manifiesto igualmente que esta conversión la realizaba esencialmente el producto del gen ATF2 (Cauet et al., 1999). Las levaduras representan, por lo tanto, un organismo particularmente útil en el plano industrial para la producción de derivados esteroideos.
Sin embargo, se sabe igualmente que la 17\alpha-hidroxiprogesterona puede, en determinadas condiciones, reducirse por las levaduras en 4-pregneno-17\alpha,20\alpha-diol-3-ona (Dumas et al., 1994) y que la producción de este sub-producto afecta a los rendimientos de la síntesis así como a la calidad del producto final. Sin embargo, hasta ahora, no se han identificado la o las actividades enzimáticas responsables de esta reacción, de tipo 20\alpha hidroxiesteroide deshidrogenasa (20\alphaHSD).
La presente invención resulta precisamente del estudio de las actividades endógenas de la levadura que actúan sobre la hidroxiprogesterona y describe la identificación de dos genes que codifican enzimas dotadas de actividad de tipo 20\alphaHSD. Más particularmente, la presente solicitud muestra que los genes GCY1 e YPR1 son portadores de la actividad de tipo 20\alphaHSD en la levadura y que el producto de estos genes permite, por ejemplo, convertir la hidroxiprogesterona en sub-productos in vitro. En efecto, aún cuando se ha descrito una inactivación del gen GCY en la levadura por Oechsner et al. (1988), no se ha identificado ningún fenotipo asociado a esta inactivación. Así mismo, se ha propuesto inactivar el gen YPR1 para limitar la virulencia de cepas fúngicas (WO99/25865, Microbia Inc.). La presente solicitud muestra, por otra parte, que la supresión de la actividad de estos genes en la levadura reduce considerablemente o suprime la formación de sub-productos de tipo 4-pregneno-17\alpha,20a-diol-3-ona y permite mejorar de manera significativa los rendimientos de la síntesis de derivados esteroideos y/o transformar la hidroxiprogesterona (o sus precursores) en derivados esteroideos de manera más selectiva. La presente solicitud describe, por lo tanto, composiciones y métodos nuevos utilizables para la síntesis de derivados esteroideos con una selectividad mejor. La invención describe, en particular, cepas de levadura nuevas que tienen una actividad de tipo 20\alphaHSD reducida y que son esencialmente incapaces de transformar la hidroxiprogesterona en sub-productos de tipo 4-pregneno-17\alpha,20a-diol-3-ona. La invención puede utilizarse igualmente para aumentar la producción de dichos productos, con objeto de su utilización o transformación en compuestos activos.
Un primer objeto de la invención reside, más particularmente, en un procedimiento de modificación de un compuesto esteroide, que comprende poner en contacto este compuesto (o un precursor de éste) con una levadura que presenta una actividad 20\alphaHSD reducida, en particular, una levadura que presenta un gen GCY1 y/o YPR1 no funcional, principalmente interrumpido, más preferiblemente una levadura del género Saccharomyces, o una preparación derivada de dicha levadura.
La invención se refiere igualmente a la utilización de una levadura que presenta una actividad 20\alphaHSD reducida, en particular, una levadura que presenta un gen GCY1 y/o YPR1 no funcional, principalmente interrumpido, más preferiblemente, una levadura del género Saccharomyces, o una preparación derivada de dicha levadura, para la preparación, la producción, la síntesis, la modificación y/o la mejora de compuestos esteroideos in vitro o ex vivo.
La invención se refiere igualmente a cualquier procedimiento de producción de derivados esteroideos a partir de compuestos hidroxi-esteroide, principalmente de hidroxiprogesterona o de sus precursores, utilizando una levadura que presenta una actividad de tipo 20\alphaHSD reducida, principalmente una levadura que presenta un gen GCY1 y/o YPR1 no funcional, principalmente interrumpido, más preferiblemente, una levadura del género Saccharomyces, o una preparación derivada de dicha levadura.
La invención se refiere igualmente a un procedimiento de conversión de 17\alpha-hidroxiprogesterona, principalmente en 11-desoxicortisol, utilizando una levadura que presenta una actividad de tipo 20\alphaHSD reducida, principalmente una levadura que presenta un gen GCY1 y/o YPR1 no funcional, principalmente interrumpido, más preferiblemente, una levadura del género Saccharomyces, o una preparación derivada de dicha levadura.
La invención tiene igualmente por objeto la utilización de una levadura que presenta una actividad 20\alphaHSD reducida, en particular, una levadura que presenta un gen GCY1 y/o YPR1 no funcional, principalmente interrumpido, más preferiblemente, una levadura del género Saccharomyces, o una preparación derivada de dicha levadura, para la conversión de 17\alpha-hidroxiprogesterona en 11-desoxicortisol.
Otro objeto de la invención reside además en un procedimiento de modificación de la actividad de tipo 20\alphaHSD de una levadura, que comprende la modificación de la actividad del gen GCY1 y/o YPR1 de dicha levadura. Se trata, más particularmente, de un procedimiento para reducir o inhibir la actividad 20\alphaHSD de una levadura, que comprende la inactivación del gen GCY1 y/o YPR1 de dicha levadura, preferiblemente por disrupción génica, aún más preferiblemente sobre levaduras del género Saccharomyces.
La presente invención también tiene por objeto las cepas particulares de levadura que presentan una actividad de tipo 20\alpha-HSD reducida. Más preferiblemente, se trata de levaduras que poseen un gen YPR1 no funcional, de levaduras que poseen un gen GCY1 y un gen YPR1 no funcionales o también de determinadas levaduras que poseen un gen GCY1 no funcional.
La invención también se refiere a cualquier preparación acelular derivada de una levadura tal como se ha descrito anteriormente, principalmente un lisado celular, homogenado celular, sobrenadante de cultivo, una disolución (pre) purificada o enriquecida derivada, etc.
Como se ha indicado anteriormente, la presente invención describe por primera vez cepas (o células o cultivos) de levadura, así como preparaciones derivadas, que presentan una actividad de tipo 20\alphaHSD reducida, incluso indetectable. La invención describe, en efecto, la identificación de genes de levadura que presentan esta actividad, los genes GCY1 e YPR1, y muestra que estos genes pueden modificarse de manera específica, principalmente mediante técnicas de recombinación genética, sin perjudicar la capacidad de crecimiento o de supervivencia de las células, ni su facultad de transformar o convertir los compuestos esteroideos. La invención proporciona así, por primera vez, procedimientos de síntesis, producción, modificación y/o conversión de compuestos esteroideos utilizando levaduras ventajosas.
Un objeto de la invención reside, por lo tanto más particularmente, en la utilización de una cepa (o una célula o un cultivo) de levadura, caracterizada porque posee una modificación genética y porque presenta una actividad 20\alphaHSD reducida, para la producción de compuestos esteroideos. La presente invención utiliza, más particularmente, una cepa de levadura caracterizada porque posee:
-
una modificación genética del gen GCY1, o
-
una modificación genética del gen YPR1, o
-
una modificación genética de los genes GCY1 e YPR1.
Más preferiblemente, la o las modificaciones genéticas presentes en las levaduras de la invención son modificaciones inactivadoras, es decir, que dan lugar a la pérdida de actividad del gen y/o de la proteína correspondiente. Un tipo más particularmente preferido de modificación genética inactivadora según la invención es una disrupción génica, como se describirá con detalle en el texto que sigue.
De manera más específica, la invención reside, por lo tanto, en la utilización de levaduras en las que:
-
el gen GCY1 no es funcional, o
-
el gen YPR1 no es funcional, o
-
los genes GCY1 e YPR1 no son funcionales, para la preparación de compuestos esteroideos.
Dichas levaduras presentan una actividad 20\alphaHSD reducida, incluso indetectable, y son, por lo tanto, particularmente ventajosas para la producción o la modificación o la conversión de compuestos esteroideos.
Según un modo de realización preferido de la invención, las levaduras pertenecen, más preferiblemente, al género Saccharomyces, principalmente S. cerevisiae. Así, en un modo de realización más específico, la presente invención reside en procedimientos o utilizaciones de células (o cepas o cultivos) de levaduras del género S. cerevisiae que comprenden un gen GCY1 y/o un gen YPR1 no funcional, preferiblemente interrumpido.
Sin embargo, aunque los ejemplos se refieren, más específicamente, a la levadura Saccharomyces cerevisiae, se entiende que la enseñanza de la invención no está limitada a este tipo particular de levaduras y puede extenderse esencialmente a cualquier levadura que presenta una actividad natural de tipo 20\alphaHSD o que contiene un gen GCY1 o YPR1. En este contexto, se pueden citar principalmente las levaduras Saccharomyces, Kluyveromyces (principalmente K. lactis), Schizosaccharomyces, Hansenula, Pichia (principalmente P. pastoris), Candida (principalmente C. maltosa), etc., cuyo cultivo en fermentadores y modificación genética se han descrito en la técnica
anterior.
Por otra parte, en el sentido de la invención, se entiende por gen GCY1 el gen GCY1 de S. cerevisiae tal como se describe en GenBank con la referencia X96740 (Bandlow et al., Gene 90(1), 1990, 105-114), así como cualquier variante u homólogo funcional de éste presente en las células de levadura. De manera similar, el gen YPR1 designa al gen YPR1 (o YDR368w) de S. cerevisiae tal como se describe en GenBank con la referencia X80642, así como cualquier variante u homólogo funcional de éste presente en las células de levadura. La secuencia de estos genes puede obtenerse igualmente a partir de otros bancos en los que se describe la secuencia completa del genoma de la levadura S. cerevisiae (Universidad Stanford, MIPS, etc.). Los homólogos funcionales pueden identificarse mediante la investigación de las homologías de secuencias o mediante la clonación por hibridación, utilizando sondas derivadas de los genes GCY1 e YPR1 de S. cerevisiae, según las técnicas clásicas de biología
molecular.
Como se ha indicado, la presente invención reside en procedimientos o utilizaciones de levaduras que presentan una modificación genética de uno o varios genes implicados en la actividad 20\alphaHSD, principalmente los genes GCY1 y/o YPR1, y que tienen preferiblemente una actividad 20\alphaHSD reducida, incluso suprimida.
En el sentido de la invención el término "modificación genética" designa cualquier alteración del genoma de una célula, obtenida por cualquier método posible, tal como el empleo de agentes mutágenos y/o la realización de una modificación o de modificaciones por vía genética o recombinante. Preferiblemente, una modificación genética es una modificación de la secuencia de un gen al menos, que resulta en la modificación de la actividad del gen, y principalmente en la estimulación o, preferiblemente, en la inactivación de dicho gen. La inactivación de un gen, o el carácter no funcional de un gen, puede manifestarse por la ausencia de la expresión de una proteína, por la expresión de una forma no funcional de la proteína, debido a mutación o mutaciones, deleción o deleciones, sustitución o sustituciones, inserción o inserciones, etc., o además por la expresión de la proteína a niveles bajos, que no permiten una actividad suficiente. Por esto, la modificación genética de un gen puede referirse principalmente a toda o parte de la región que codifica dicho gen o de una región reguladora de dicho gen (promotor, etc.).
Preferentemente, la modificación genética según la invención comprende al menos una mutación, sustitución, deleción y/o inserción de uno o varios pares de bases en la región reguladora o codificadora del gen considerado. Aún más preferiblemente, se trata de una modificación por deleción de todo o parte del gen considerado, que puede estar reemplazado por secuencias extrañas, según la técnica de disrupción génica (o "reemplazo génico"). Se prefieren las modificaciones genéticas por deleción y/o inserción para la realización de la presente invención, en la medida en la que son selectivas del gen considerado y estables en el tiempo. Más preferiblemente, la modificación genética reside, por lo tanto, en el reemplazo de una parte al menos del gen considerado por secuencias extrañas. Esta modificación puede realizarse por técnicas conocidas que consisten en preparar un gen modificado in vitro, que puede introducirse en el genoma de las levaduras por doble recombinación homóloga, como se describe en los ejemplos (véase igualmente Baudin et al., Nucleic Acids Res. 21 (14) (1993) 3329).
Así, un objeto preferido de la invención reside en procedimientos o utilizaciones de levaduras en las que todo o una parte del gen GCY1 y/o YPR1 se ha reemplazado por secuencias extrañas (o heterólogas), por ejemplo, por un gen marcador (que codifica una resistencia a un antibiótico). Más particularmente, para la disrupción génica, se prepara un ácido nucleico recombinante in vitro, que comprende una secuencia extraña elegida bordeada de secuencias homólogas a las regiones contiguas o no contiguas del gen considerado. La secuencia extraña puede ser, por ejemplo, un gen marcador, un gen que complementa una auxotrofía, un bloque de la expresión, etc. Más particularmente, la secuencia extraña puede ser un gen de selección auxótrofa que complementa una exigencia nutricional de la cepa de levadura anfitriona, tal como el gen URA3, el gen LEU2, el gen TRP1, el gen HIS3 o el gen ADE2, por ejemplo; un gen de selección dominante, tal como un gen de resistencia a un antibiótico (G418, fleomicina, higromicina B, etc.); o además un gen informador (\beta-galactosidasa, etc.). Puede tratarse igualmente de un bloque interruptor de la expresión, que comprende, por ejemplo, un terminador transcripcional tal como principalmente un terminador de levadura elegido entre CYC1, TDH3, TEF1 o PGK. Se entiende que en el marco de la presente invención, puede utilizarse cualquier otra secuencia extraña (es decir, que no está naturalmente presente en esta forma en el gen considerado) que permita alterar las condiciones de expresión del gen y/o la estructura misma de la proteína codificada. El ácido nucleico así preparado se introduce en las levaduras, por las técnicas convencionales (litio, protoplastos, etc.), lo que da lugar a la inserción de la secuencia extraña en el genoma de la levadura, en la secuencia del gen considerado, reemplazando opcionalmente una región de éste por doble recombinación
homóloga.
Se entiende que en el marco de la presente invención puede utilizarse cualquier otra técnica de modificación genética, como, por ejemplo, la mutagénesis dirigida, la utilización de transposones, etc.
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Los ejemplos específicos de levaduras que presentan un gen GCY1 y/o YPR1 inactivado por disrupción génica son principalmente:
-
las células TGY170 (gcy1 ::LEU2): en las células TGY170, una parte del gen GCY1 se ha reemplazado por un ácido nucleico que codifica la proteína LEU2 lo que permite la selección de los recombinantes.
-
las células TGY197 (gcy1 :LEU2, ydr368w ::URA3): las células TGY197 contienen, respecto a las células TGY170, una modificación genética adicional que afecta al gen YPR1 (designado igualmente YDR368w), en el que una parte se ha reemplazado por el gen de selección URA3.
-
Las células TGY195 (ydr368w ::URA3): las células TGY195 contienen una modificación genética que afecta al gen YPR1 (designado igualmente YDR368W), en el que una parte se ha reemplazado por el gen de selección URA3.
-
las células TGY194 (gcy1 ::URA3): en las células TGY194, una parte del gen GCY1 se ha reemplazado por un ácido nucleico que codifica la proteína URA3 lo que permite la selección de los recombinantes.
Dichas células constituyen igualmente un objeto particular de la invención. Principalmente, la invención se refiere a cualquier célula (o cepa o cultivo) de levadura que comprende una modificación genética del (o en el) gen YPR1, principalmente una deleción y/o una inserción del o en el gen YPR1. La invención se refiere igualmente a cualquier célula (o cepa o cultivo) de levadura que comprende una modificación genética de los (o en los) genes GCY1 e YPR1, principalmente una deleción y/o una inserción de los o en los genes GCY1 e YPR1. La invención se refiere también a las preparaciones acelulares derivadas de dichas levaduras.
Las células de la invención o utilizadas en los procedimientos de la invención presentan ventajosamente una actividad de tipo 20\alphaHSD reducida, es decir, disminuida un 20% al menos, preferiblemente un 40% al menos, más preferiblemente un 60% al menos, respecto a la cepa no modificada genéticamente. Como se muestra en los ejemplos, la invención demuestra que la inactivación del gen GCY1 en la levadura da lugar a una reducción del 95% de la actividad de tipo 20\alphaHSD en el sobrenadante de un homogenado celular. Los resultados obtenidos muestran igualmente que la doble modificación genética de los genes GCY1 e YPR1 da lugar a la supresión de la actividad de tipo 20\alphaHSD, que es indetectable en el sobrenadante de un homogenado celular. Estos resultados aportan la demostración del papel de estos genes e ilustran la posibilidad de modificarlos para mejorar las propiedades de las levaduras para las aplicaciones de producción de derivados esteroideos.
La presente invención es utilizable para la producción de compuestos esteroideos, con el objeto de aplicaciones farmacéuticas variadas. A este respecto, la invención describe métodos de producción de compuestos esteroideos utilizando las levaduras de la invención. La solicitud reside igualmente en métodos mejorados de producción de compuestos esteroideos utilizando levaduras que tienen una actividad 20\alpha-HSD reducida. Los métodos de la invención se realizan ventajosamente poniendo en contacto, in vitro, una población de levaduras tales como se han descrito anteriormente con un compuesto esteroideo, seguido de la extracción de los compuestos sintetizados. El compuesto esteroideo de partida puede ser cualquier esteroide natural o modificado o de síntesis, principalmente cualquier compuesto hidroxi-esteroide o precursor, en particular, el colesterol, la progesterona, la pregnenolona o la 17OH-progesterona. Los procedimientos de la invención son utilizables para la producción de derivados esteroideos tales como el 11-desoxicortisol, el cortisol, la hidrocortisona, etc. o derivados de éstos.
Otros aspectos y ventajas de la presente invención aparecerán con la lectura de los ejemplos siguientes, que deben considerarse como ilustrativos y no limitativos.
Leyenda de las figuras
Figura 1: Análisis SDS-PAGE de una fracción purificada de la actividad 20\alpha-HSD por cromatografía en Red120-Agarosa a partir de un homogenado de levadura. La flecha superior indica la banda cuya secuencia N-terminal corresponde a GCY1, la flecha inferior, la correspondiente a la secuencia N-terminal de YPR1. La línea 1 corresponde al marcador de peso molecular mientras que la línea 2 corresponde a la fracción purificada de la actividad 20\alphaHSD.
Figura 2: Producción de 4-pregneno-17\alpha,20\alpha-diol-3-ona por las levaduras S. cerevisiae cultivadas en medio galactosa (YNB-gal) o glucosa (YPD) en presencia de 0,1 mg/ml de 17\alphahidroxiprogesterona.
Figura 3: Producción de 4-pregneno-17\alpha,20\alpha-diol-3-ona por las levaduras S. cerevisiae de tipo salvaje (wt) o mutado en la secuencia del gen GCY1 (gcy-) cultivadas en medio galactosa (YNB-gal) o glucosa (YPD) en presencia de 0,1 mg/ml de 17\alphahidroxiprogesterona.
Figura 4: Estructura del plásmido de disrupción del gen GCY1. El plásmido se lineariza con las enzimas BamHI y HindIII y se transforma en S. cerevisiae según el método descrito en el apartado de Materiales y Métodos. La deleción de la secuencia del gen GCY1 comprende el promotor y 306pb de secuencia codificadora, incluido el codón de inicio de la traducción.
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Figura 5: Estructura del plásmido de disrupción del gen GCY1 (plásmido pTG12010 clón 40). El plásmido se lineariza con las enzimas EcoRI y SphI y se transforma en S. cerevisiae según el método descrito en el apartado de Materiales y Métodos. La deleción de la secuencia proteica de GCY1 comprende los aminoácidos 47 a 268 inclus. pTG12010 clón 36 posee la misma estructura, sin el sitio ClaI en 5' del gen URA3 pero con un sitio HindIII en 3' del gen URA3.
Figura 6: Estructura del plásmido de disrupción del gen YPR1 (YDR368w) (plásmido pTG12011). El plásmido se lineariza con la enzima XhoI y se transforma en S. cerevisiae según el método descrito en el apartado de Materiales y Métodos. La deleción de la secuencia proteica de YPR1 comprende los aminoácidos 5 a 198 inclus.
Materiales y métodos
Productos químicos: La 17\alpha-hidroxiprogesterona se obtuvo de Hoechst Marion Roussel (Romainville, Francia). El Tergitol Nonidet P40 y el Tiloxapol provienen de Sigma.
Ensayo enzimático
Conversión in vivo de 17\alpha-hidroxiprogesterona: las células de levadura se cultivaron a 28ºC en medio YPD (10 ml) inoculado a A_{600} = 0,1 a partir de un precultivo de 24 h. A continuación, se añaden al cultivo 100 \mul de una disolución de 17\alpha-hidroxiprogesterona (10 mg/ml) en una mezcla de Tergitol y de etanol (1:1; v:v). A diferentes intervalos se tomaron alicuotas del medio de cultivo (250 \mul) y los esteroides se extrajeron con diclorometano. Los esteroides se separaron en Ultrasphere ODS en presencia de 45% de acetonitrilo acuoso con un caudal de 1 ml/min, a 45ºC. Estos esteroides se detectaron a 240 nm.
Células
La cepa E. coli BJ5183 (Hanahan, 1983) se utilizó para las recombinaciones in vivo y la cepa C600, hsdR (Hubacek y Glover, 1970) para las reacciones clásicas de ligación.
Se utilizó la cepa parental de levadura FY1679-28c (MATa ura3-52 trpl-63 leu2- 1fen1 his3- 200 GAL) (Thierry et al., 1995). Las cepas TGY170, TGY197, TGY195, TGY194 TGY212, TGY245 y FY1679-28c/pTG10497 se construyeron como se describe en los ejemplos.
Se utilizaron los métodos clásicos de biología molecular y de recombinación in vivo en E. coli o en la levadura, como se describe en Sambrook et al. (1989) o en Degryse et al (1995, 1996).
Cultivo de las levaduras
Las levaduras se cultivaron generalmente en medio mínimo sintético (Sherman, 1991) suplementado con aportes nutricionales a 100 \mug/ml. Para las transformaciones de S. cerevisiae, las células se hicieron competentes según la técnica del acetato de Litio (Ito et al., 1983), después de crecimiento en medio YPD (Sherman, 1991).
Resultados Identificación de la actividad 20\alpha-HSD de levadura, responsable de reacciones parásitas sobre la 17\alpha-hidroxiprogesterona
La reducción dependiente de NADPH de la 17\alpha-hidroxiprogesterona en el C20 en 4-pregneno-17\alpha,20\alpha-diol-3-ona por la levadura S. cerevisiae se ha descrito anteriormente (Dumas et al., 1994). Esta actividad es similar a la actividad 20\alpha-HSD mostrada en diferentes tejidos. Las enzimas caracterizadas a partir de estos tejidos son monoméricas, con un peso molecular de aproximadamente 35 kDa. Con el objetivo de identificar la o las enzimas responsables de la actividad 20\alpha-HSD en la levadura, se han realizado estudios de homologías con la enzima 20\alpha-HSD de testículo bovino en los bancos de S. cerevisiae. Estas investigaciones han permitido identificar 6 productos de genes de levadura que presentan 44 a 32% de identidad de secuencias de aminoácidos con la enzima de mamífero. Estos genes se reúnen en la Tabla I.
Con el objetivo de caracterizar mejor las enzimas implicadas, se ha reconstituido in vitro la actividad de tipo 20\alpha-HSD de levadura utilizando la 17\alpha-hidroxiprogesterona y el NADPH como sustratos. En este sistema se han ensayado diferentes preparaciones derivadas del cultivo de la levadura S. cerevisiae, lo que ha permitido la localización de la actividad en el sobrenadante después de centrifugar a 100.000 xg un homogenado celular. Este resultado indica que la actividad enzimática es soluble. A continuación, se realizó una purificación parcial de la actividad de tipo 20\alpha-HSD mediante cromatografía Red 120, lo que ha permitido la obtención de un doblete en la región 35 kDa, después de SDS-PAGE (Fig. 1). La secuenciación de estas bandas ha mostrado que estaban compuestas principalmente por el producto de los genes GCY1 e YPR1. Estas dos enzimas forman parte de los homólogos bovinos de 20\alpha-HSD listados en la Tabla I. La secuencia completa de los genes GCY1 e YPR1 es accesible, por ejemplo, en GenBank con las referencias X96740 y X80642, respectivamente.
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Es interesante indicar que GCY1 se ha descrito como codificador de una aldo-ceto-reductasa (AKR) cuya expresión se incrementa significativamente en presencia de galactosa (Magdolen et al., Gene 90(1), 1990, 105). Las enzimas AKR tienen una gran especificidad de sustrato. Metabolizan diferentes sustratos, incluyendo los aldehídos alifáticos, monosacáridos, prostaglandinas y esteroides. Así, GCY1 constituye un buen candidato potencial y hemos decidido verificar si esta enzima podía estar implicada en la generación de 4-pregneno-17\alpha-20\alpha-diol-3-ona a partir de 17\alpha-hidroxiprogesterona.
Carácter inducible de la actividad 20\alpha-HSD y expresión en sistema acelular
Los experimentos realizados han permitido mostrar que la actividad 20\alpha-HSD es inducible por la galactosa en la levadura. Así, la conversión in vivo de 17\alpha-hidroxiprogesterona en 4-pregneno-17\alpha-20a-diol-3-ona se ha determinado en cultivos de levaduras cultivadas en diferentes fuentes de carbono. El retraso observado cuando las levaduras se cultivan en glucosa no se observa en presencia de galactosa (Fig. 2). Esta observación concuerda con una represión por la glucosa del gen que codifica 20\alpha-HSD. La conversión comienza después de 16 h cuando se agota la glucosa. La conversión de 17\alpha-hidroxiprogesterona en 4-pregneno-17\alpha-20\alpha-diol-3-ona es aproximadamente 4 veces mayor después de 48 h cuando las levaduras se cultivan en presencia de galactosa. Estos resultados se han confirmado, por otra parte, in vitro midiendo la actividad 20\alpha-HSD en un extracto acelular obtenido a partir de levaduras cultivadas en medio galactosa o glucosa. Las actividades específicas 20\alpha-HSD fueron respectivamente de 0,05 y de 0,75 \muM/min/mg en los homogenados de células cultivadas en medio con glucosa o galactosa.
Estos resultados muestran, por lo tanto, (i) que la actividad 20\alpha-HSD está producida por el producto de los genes GCY1 e YPR1 de levadura, (ii) que estas enzimas son solubles, y (iii) que su actividad puede aumentarse en presencia de galactosa y reprimirse en presencia de glucosa.
Construcción y propiedades de levaduras que contienen un gen GCY1 y/o YPR1 no funcional
Con el objetivo de confirmar que Gcylp era responsable de la actividad 20\alpha-HSD, se delecionó el gen correspondiente de ORF YOR120w ("Knock Out") del genoma de la levadura. Los resultados obtenidos muestran que la cepa obtenida presenta una actividad 20\alpha-HSD fuertemente reducida respecto a la cepa salvaje. Por otra parte, también se construyeron y ensayaron para su actividad cepas en las que el gen YPR1 solo o en combinación con GCY1 está delecionado, como se describe a continuación.
Construcción de levaduras deficientes en GCY1 y/o YPR1
Las levaduras deficientes en la actividad GCY1 y/o YPR1 se prepararon por disrupción génica. Mas particularmente:
La cepa TGY170 (FY1679-28c, gcy1::LEU2) se construyó por disrupción del gen GCY1 mediante el plásmido Pgcy1::LEU2.
La cepa TGY197 (FY1679-28c, gcy1::LEU2 ydr368w::URA3) se generó por disrupción adicional del gen YDR368w (YPR1), según el método descrito para ATF2 (Cauet et al., 1999) mediante el plásmido pTG12011.
Las cepas TGY195 se generaron por disrupción del gen YDR368w (YPR1), según el método descrito para ATF2 (Cauet et al., 1999) mediante el plásmido pTG12011.
Las cepas TGY194 (FY1679-28c, gcyl::URA3) se construyeron por disrupción del gen GCY1 mediante el plásmido pTG12010.
Las cepas FY1679-28c/pTG10497 y TGY245 se construyeron mediante los plásmidos pTG10497 y pTG12045.
Los plásmidos siguientes se utilizaron para interrumpir los genes GCY1 e YPR1: pgcy1::LEU2, pTG12010, pTG12011 (Figuras 4-6), pTG12086 y pTG12045. El plásmido monocopia pTG10497 se utilizó para la expresión de P450c21.
El plásmido pgcy1 : :LEU2, descrito por Magdolen et al Gene, 90 (1990) 105-114, contiene el gen GCY1 cuya secuencia codificadora y el promotor se han interrumpido con la secuencia que codifica el gen LEU2. Más precisamente, el promotor y la parte codificadora correspondiente al fragmento de restricción EcoRV, HincII se han reemplazado por el fragmento HpaI de 2,17 Kbases del gen LEU2. Así, se delecionó del gen GCY1 su promotor y 306 pares de bases de su secuencia codificadora.
El plásmido pgcyl : : LEU2 se linearizó con las enzimas de restricción HindIII y BamHI, el fragmento HindIII BamHI de 3,1 kb que contiene el gen interrumpido se preparó para transformar la cepa Fy 1679-28c utilizando el protocolo descrito por Gietz RD et al (Yeast 1995 Abr 15; 11(4):355-60 Studies on the transformation of intact yeast cells by the LiAc/SS-DNA/PEG procedure). Las colonias se seleccionaron en medio desprovisto de leucina. Las colonias positivas en este cribado se cultivan en medio rico para hacer una bioconversión de 17OH progesterona como se describe en Dumas et al (Eur J Biochem 1996 Jun 1;238(2):495-504 11 beta-hydroxylase activity in recombinant yeast mitochondria. In vivo conversion of 11-deoxycortisol to hydrocortisone). La concentración del sustrato 17OH progesterona es 100 mg/l, la fuente de carbono es galactosa y la densidad óptica de partida es 0,1. El volumen del cultivo es 10 ml, la incubación es 48 horas a 30ºC. Después de 48 horas de incubación, los clones positivos se evalúan por extracción de un ml de medio (con las células) con 2 ml de diclorometano y análisis de la fase orgánica mediante cromatografía de alta presión en fase reversa como se ha descrito anteriormente (Dumas et al 1996). Los cromatogramas se analizan para la presencia de 17,20 dihidro progesterona en comparación con el producto purificado. Durante esta incubación, aparece en el medio de cultivo de la cepa salvaje (no transformada por el fragmento de disrupción) una cantidad del orden de 4 mg/l de 17,20 dihidro progesterona, es decir 4% del sustrato, mientras que en determinados transformantes la presencia de 17, 20 dihidroprogesterona no es mayor de 1 mg/l. Se selecciona una cepa TGY170 que convierte a un nivel bajo la 17OH progesterona en 17,20 OH progesterona y que presenta un crecimiento idéntico a la cepa salvaje.
Se construyeron dos plásmidos nuevos pTG12010 y pTG12011 para permitir la disrupción de los genes GCY1 e YPR1 asociados al marcador de selección URA3.
El plásmido pTG 12010 se construyó sobre una base del plásmido pUC19 (Gene 1985;33(1):103-19 Improved M13 phage cloning vectors and host strains: nucleotide sequences of the M13mp18 and pUC19 vectors. Yanisch-Perron C, Vieira J, Messing J) mientras que el plásmido pTG12011 se construyó sobre una base del plásmido pPOLYIII (Lathe,R., Vilotte, J.-L. y Clark,J.A. Plasmid and bacteriophage vectors for excision of intact inserts JOURNAL Gene 57, 193-201 (1987)).
Construcción de los plásmidos pTG12010 y pTG12011
La construcción de la disrupción del gen GCY1 por el gen URA3 en el plásmido pUC19 para dar lugar a pTG12010 se obtuvo por cuatro amplificaciones por PCR sucesivas. Por una parte, se realizaron tres PCR independientes para obtener la parte 5' del gen GCY1 (PCR1), el gen URA3 funcional bordeado por las secuencias GCY1 (PCR2), la parte 3' del gen GCY1(PCR3). Las partes 5' y 3' del gen GCY1 se obtuvieron mediante las parejas OTG11285, OTG11286 y OTG11287, OTG11289, en una matriz de ADN genómico de la cepa Fy 1679-28c. La secuencia de los oligonucleótidos es la siguiente: OTG11285: GATTCGGTAATCTCCGAACAggtaccAATTATATCAGTTATTACCCGGGA (SEQ ID NO 1); OTG11286: AGCCATCTTTCAAAGCGGTT (SEQ ID NO: 2); OTG11287: CCGATCGAATCAAAAC
GAACAG (SEQ ID NO: 3); OTG11289: TCTAATCAGCTAGTAAGAAC (SEQ ID NO: 4).
El gen URA3 flanqueado por las secuencias GCY1 (de tal forma que se obtiene una deleción de una parte de la secuencia codificadora del gen GCY1) se amplifica mediante los oligonucleótidos OTG 11305 (aaccgctttgaaagatggc
tATCGATTTTCAATTCAATTCATCATTTTTTTTTTATTCTT TTTTTTG, (SEQ ID NO: 5) y OTG11306 (ctgttcgtttt
gattcgatcgggAAGCTTGGGTAATAACTGATATAATTAAATTGAACTC (SEQ ID NO: 6) a partir de una matriz del plásmido pTG10054 linearizado (Degryse et al In vivo cloning by homologous recombination in yeast using a two-plasmid-based system. Yeast. 1995 Jun 15;11(7):629-40). Las condiciones del tampón y de concentración en la matriz y de los cebadores para la amplificación están descritas por el productor o fabricante de la enzima TAQ ADN polimerasa y, en particular, para la enzima elongasa desarrollada por Life Technologies. Los ciclos de temperaturas son los siguientes: un primer ciclo de 6'30 para desnaturalizar el cebador y la matriz y 30 ciclos de 30s a 93ºC, 2 mn a 54ºC y 3 mn a 68ºC, el último ciclo es de 5 mn a 72ºC. Los productos PCR1, PCR2 y PCR3 se mezclan de forma equimolecular y se amplifican de nuevo mediante los oligonucleótidos OTG 11285 y OTG11289 (Véase más arriba). El producto final PCR4 de un tamaño de 1,9 Kbases se subclona entre los sitios de restricción KpnI y BamHI del plásmido pUC19 para obtener el plásmido pTG12010. La estructura del plásmido se verificó mediante el perfil de restricción y secuenciación nucleotídica de los extremos. La clonación de pTG12010 ha permitido obtener de hecho dos versiones de este plásmido, la versión pTG12010#40 (pTG12010 clón 40) y pTG12010#36 (pTG12010 clón 36). La voluntad inicial era obtener el gen GCY1 interrumpido por el gen URA3 bordeado por los sitios de ClaI y HindIII respectivamente en 5' y en 3' del gen. De hecho, se obtuvieron dos plásmidos diferentes, PTG12010#36 y pTG12010#40. Estos dos plásmidos difieren únicamente por la presencia o ausencia de sitios ClaI y HindIII en los extremos del gen URA3. El plásmido pTG12010#40 posee un sito de restricción HindIII en el extremo 3' del gen URA3 pero no posee un sitio ClaI en 5'. El plásmido pTG12010#36 no posee el sitio HindIII en el extremo 3' pero posee un sitio ClaI en el extremo 5' del gen.
Esta propiedad se utiliza para obtener el plásmido que posee el gen URA3 bordeado por los sitios HindIII y ClaI interrumpiendo la secuencia codificadora de GCY1.
Construcción del plásmido pTG12036
El plásmido pTG12036 se construyó en 4 etapas a partir de pTG10802. El plásmido pTG10801 (que es el origen del plásmido pTG10802) es un plásmido de tipo pUC en el que se ha insertado una serie de sitios de restricción entre los sitios XhoI y XhoI. Esta serie de sitios comprende los sitios HindIII, SnabI, ClaI y SpeI. Entre los sitos HindIII y ClaI, el casete HindIII ClaI de pTG10470 (como se describe más adelante) que comprende el promotor TEF1, el ADNc P450c21 humano y el terminador PGK se insertó entre los sitos HindIII y ClaI de pTG10801 para proporcionar pTG10802. Este plásmido se digirió con XhoI y, por lo tanto, el casete introducido se deleciona para introducir un fragmento de PCR bordeado por sitios XhoI. Este fragmento de 2,5 kb proviene de la amplificación por la pareja de oligonucleótidos OTG11844. (tttgctcgaggttacagaagggc, SEQ ID NO: 13) y OTG11845 (gattctcgagcaattggctgacta, SEQ ID NO: 14) en el plásmido pTG12010 (#40) para obtener un fragmento bordeado por XhoI que contiene el gen GCY1 interrumpido por el gen URA3 bordeado en 5' por un sitio de restricción ClaI. Este fragmento se clonó entre los sitos XhoI del plásmido pTG10802 para obtener el plásmido pTG12035. Con el objetivo de introducir el sitio HindIII ausente, se utilizó el plásmido pTG12010 (#36). Este plásmido es esencialmente idéntico a pTG12010 (#40) pero posee un sitio HindIII en 3' del gen URA3 en el límite con el gen GCY1 y no posee el sitio ClaI en 5' del gen URA3 en la unión con el gen GCY1. Se procede a una recombinación in vivo en E. coli, entre el fragmento NcoI BamHI de 2,2 kb de pTG12010 (#36) (que contiene de 5' hacia 3' un fragmento del gen URA3 y en 3' un fragmento del gen GCY1) y una parte del plásmido pTG12035, es decir, el fragmento grande StuI, AflII de 4,45 kb. El plásmido obtenido pTG12036 posee el gen GCY1 interrumpido por el gen URA3 bordeado por sitios ClaI y HindIII respectivamente en 5' y 3'.
Construcción del plásmido pTG12086
Este fragmento se reemplaza por el casete de expresión de P450c21 producido por el fragmento 2,33 Kb ClaI, HindIII del plásmido pTG10469 (véase más abajo) para obtener el plásmido pTG12036.
Construcción de los plásmidos de expresión para el citocromo P450c21
Para la sobreexpresión de esta proteína en la levadura se utilizaron dos tipos de promotores, TEF1 ("Transcription elongation factor 1") y TDH3 ("Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 3"). En todos los casos, el terminador de la transcripción es el terminador PGK.
En estos plásmidos, el fragmento SalI, MluI lleva el ADNc de P450c21 humana.
Construcción de los plásmidos pTG10470 y pTG10469
El plásmido pTG10289 se obtuvo por modificación de pMAc21 (Expression and functional study of wild-type and mutant human cytochrome P450c21 in Saccharomyces cerevisiae. Wu DA, Hu MC, Chung BC DNA Cell Biol 1991 Abr; 10(3): 201-9)) digestión KpnI, MluI e introducción del oligonucleótido OTG5868. El ADNc de este plásmido proviene de la American Type Culture Collection con el nombre pc21/3c. Este es el fragmento EcoRI-BamHI de 1,6 Kb que ha servido de base para la construcción de los diferentes plásmidos. Las modificaciones aportadas se describen en el artículo anterior y en el artículo (Expression of human 21-hydroxylase (P450c21) in bacterial and mammalian cells: A system to characterize normal and mutant enzyme Meng-Chun Hu y Bon-chu Chung DNA and Cell Biology 1991 Abr; 10 (3) 201-209).
En esta maniobra, la parte no codificadora de P450c21 del plásmido pMAc21 que contiene el casete de expresión de P450c21 se eliminó así como el sitio KpnI que estaba presente. El plásmido pTG10292 se obtuvo por transferencia del ADNc c21 humano (fragmento SalI, MluI) del plásmido pTG10289 en el plásmido pTG10031 mediante los sitios SalI y MluI. El plásmido pTG10475 se obtuvo por PCR y recombinación. En efecto, a partir del plásmido pTG10292, se amplificó un fragmento del ADNc P450c21 humano que representa aproximadamente 250 nucleótidos mediante los oligonucleótidos OTG7410 (GGAATTCCGTCGACAAAAATGCTGCTCCTGGGCCTGCTGC, SEQ ID NO: 15) y OTG5927 (CCTCAATGGTCCTCTTGGAGTTCAGCACC, SEQ ID NO: 16). Este fragmento representa la secuencia codificadora de P450c21 humana bordeada por un sitio SalI y por la secuencia AAAA, como se describe en el oligonucleótido OTG7410. Este fragmento se digirió con SalI y se ligó en el fragmento lineal de pTG10292 digerido con SalI y se realizó un experimento de recombinación en la cepa BJ5183. El plásmido obtenido pTG10475 lleva un ADNc de P450c21 con una secuencia codificadora idéntica a la del ADNc natural contrariamente al plásmido pMAc21 en un fragmento que es compatible con los vectores que utilizamos en el laboratorio, es decir, un fragmento bordeado por los sitios de restricción SalI y MluI. Este fragmento posee el entorno siguiente alrededor del codón ATG de inicio de la traducción GTCGACAAAAATGCTGCTCCTGGGCCTGCTGC (SEQ ID NO: 17). A partir de este plásmido, se transfirió el fragmento SalI, MluI que lleva el ADNc de P450c21 humana al plásmido pTG10158 (Degryse et al 1996) por clonación clásica para proporcionar el plásmido pTG10472. Este mismo fragmento SalI MluI del plásmido pTG10472 se transfirió por recombinación al plásmido pTG 10085 (Degryse et al 1996) para proporcionar el plásmido pTG 10469. Este mismo fragmento que lleva el ADNc P450c21 en un fragmento de restricción SalI y MluI se transfirió al plásmido pTG10092 para proporcionar el plásmido pTG10470 (Degryse et al 1996). Este plásmido lleva, por lo tanto, el ADNc de P450c21 humana bajo el control del promotor TEF1 y de un terminador PGK con un marcador de selección URA3-d con un entorno del codón de inicio ATG, como se ha descrito anteriormente.
Construcción del plásmido pTG12086
Este plásmido sirve para la integración de un casete de expresión para P450c21 así como para la disrupción del gen GCY1 al mismo tiempo.
Este plásmido se construyó a partir del plásmido pTG12036 y del plásmido pTG10614.
Este último plásmido se construyó a partir de pTG10212 (Degryse et al Yeast 11: 629-640 (1995)) que es un plásmido de expresión de levadura basado en un promotor TDH3, un terminador PGK y un marcador de selección URA3-d.
Por recombinación homóloga en E. coli, el marcador de selección se reemplaza por el marcador de selección del plásmido pTG10054 (Degryse et al 1995), para hacer esto el fragmento MluI, FspI de pTG10054 de 2,1 kb que contiene el marcador URA3 flanqueado por las secuencias de recombinación se recombina con el fragmento grande HindIII de pTG10212 para proporcionar el plásmido pTG10610 que posee las mismas características que pTG10212 (Degryse et al 1995) con un marcador URA3 en la misma orientación que pTG10054. El fragmento SalI MluI que lleva el ADNc del citocromo P450 c21 humano del plásmido pTG10472 (véase más arriba) se transfiere al plásmido pTG10610 para proporcionar el plásmido pTG10614. El fragmento ClaI HindIII de este plásmido que contiene de 5' hacia 3', el promotor TDH3, el ADNc de P450c21 humana bordeado por sitios SalI y MluI y el terminador PGK se transfiere al plásmido pTG12036 para proporcionar el plásmido pTG12086 que contiene, por lo tanto, la secuencia del gen GCY1 interrumpida por el casete de expresión TDH3 del citocromo P450c21 humano.
Construcción del plásmido pTG12045
El sitio único SphI del plásmido pPolyIII se destruye por inserción de la pareja de oligonucleótidos complementarios OTG11975 (AAATCGATAACATG, SEQ ID NO: 18) y OTG 11976 (TTATCGATTTCATG, SEQ ID NO: 19). El sitio SphI de pPOLYIII se destruye y se reemplaza por un sitio ClaI para proporcionar el plásmido pTG12040. En el plásmido pTG12040 entre los sitos únicos ClaI y EcoRI se introduce un fragmento de ADN genómico ClaI EcoRI correspondiente a la parte 3' de 0,7 kb del gen YPR1 obtenido por amplificación con los oligonucleótidos OTG11981 (ATTGATATCGATAAAAAGCACGGCGTTGAG, SEQ ID NO: 20) y OTG11982 (TCTCGGAATTCAGGTACTG
CAGCCAG, SEQ ID NO: 21) para proporcionar el plásmido pTG12041. En este plásmido pTG12041 de 2,84 kb, la parte 5' del gen YPR1 (0,66 kb) amplificada con los oligonucleótidos OTG11314 (tacgctcgagACGTTGGTGTCATT
GATATTCA, SEQ ID NO: 22) y OTG11980 (CAACTAAGCTTCATTCAAATAGATAGCCGC, SEQ ID NO: 23) a partir de ADN genómico de levadura salvaje se clona en forma de un fragmento XhoI HindIII entre los sitios SalI y HindIII del plásmido pTG12041. Se obtiene el plásmido pTG12042 de 3,5 kb. Este plásmido lleva el gen YPR1 interrumpido por los sitios ClaI y HindIII. Entre estos sitios se clona el casete de expresión del citocromo P450c21 en forma de un fragmento ClaI HindIII de 2,33 kb que proviene del plásmido pTG10469. Se obtiene así el plásmido pTG12045.
Construcción del plásmido pTG10497
Este plásmido es un plásmido de expresión con un número de copias bajo (de tipo ARS CEN), que contiene un casete de expresión para el citocromo P450c21 humano que se encuentra bajo el control del promotor TDH3 y del terminador PGK. Este plásmido se construyó a partir del plásmido pTG10434 que contiene el marcador de selección URA3 así como el promotor TEF1, el terminador PGK así como un origen de replicación en la levadura de tipo ARSH4/CEN6 (Degryse et al 1995).
Este plásmido se modificó para contener un marcador LEU2 y el promotor TDH3 en lugar de los marcadores URA3 y del promotor TEF1, respectivamente. Para hacer esto, el fragmento SpeI, MluI que contiene el marcador LEU2 bordeado por los fragmentos de recombinación que son el terminador PGK y un fragmento del origen de replicación, se clona por recombinación en lugar de la región URA3 del plásmido pTG10434 digerido con HindIII para obtener el plásmido pTG10466. En este plásmido pTG10466, el promotor TEF1 se reemplaza por el promotor TDH3 recombinando en E. coli el fragmento HindIII-EcoRI de pTG10212 (Degryse et al 1995) (que contiene el origen de replicación de E. coli así como el promotor y el terminador TDH3 y PGK respectivamente) con el fragmento MluI FspI de pTG10466 que contiene el marcador LEU2 y el origen de replicación ARSCEN bordeados por las secuencias de recombinación; se obtiene así el plásmido pTG10612. Entre los sitios SalI y MluI de este plásmido, se sitúa el casete de expresión TDH3 : :citocromo P450c21 humano y el terminador para proporcionar el plásmido pTG10497.
Construcción de las cepas deficientes
Para obtener la cepa desprovista de actividad GCY1, la cepa FY 167928c se transforma con el plásmido pTG121010 linearizado con las enzimas SphI y EcoRI según el método del acetato de litio descrito anteriormente. Los clones transformados se seleccionan en un medio desprovisto de uracilo y se criban por amplificación en colonia mediante las parejas de oligonucleótidos OTG11285, OTG11289 y OTG11285, OTG11306 utilizando como matriz un extracto o una preparación de ADN genómico de levadura según las condiciones descritas anteriormente. Las colonias que muestran los productos ADN de PCR del tamaño esperado respectivamente 1,9 Kb y 1,4 Kb se cultivan en medio rico para hacer una bioconversión de 17OH progesterona como se describe en Dumas et al (Eur J Biochem 1996 Jun 1;238(2):495-504 11 beta-hydroxylase activity in recombinant yeast mitochondria. In vivo conversion of 11-deoxycortisol to hydrocortisone). La concentración de sustrato es 100 mg/l, la fuente de carbono es la galactosa y la densidad óptica de partida es 0,1. El volumen del cultivo es 10 ml, la incubación es 24 horas a 30ºC. Después de 24 horas de incubación, los clones positivos se evalúan por extracción de un ml de medio (con las células) con 2 ml de diclorometano y análisis de la fase orgánica mediante cromatografía de alta presión en fase reversa como se ha descrito anteriormente (Dumas et al 1996). Las cepas TGY194 #10 y TGY194#11 están desprovistas de actividad 20 ceto reductasa sobre la 17OH progesterona y proporcionan una señal positiva en PCR.
La construcción de la interrupción del gen YPR1 (YDR368w) por el gen URA3 en el plásmido pPOLYIII para dar lugar a pTG12011 se obtuvo mediante 4 PCR sucesivas. Por una parte, se realizaron tres PCR independientes para obtener la parte 5' del gen YPR1 (PCR 5), el gen URA3 funcional bordeado por las secuencias YPR1 (PCR 6), la parte 3' del gen YPR1 (PCR 7). El ADN de PCR5 se obtuvo por amplificación sobre una matriz de ADN genómico con los oligonucleótidos OTG11314 (tacgctcgagACGTTGGTGTCATTGATATTCA, (SEQ ID NO: 7) y OTG11315 (CTTCATTCAAATAGATAGCCG, (SEQ ID NO: 8), así mismo el ADN de PCR7 se obtiene por amplificación mediante los oligonucleótidos OTG11316 (TATGGCTAAAAAGCACGGCGTT, (SEQ ID NO: 9) y OTG11317 (cgatctcgagTTTCTCGTTGTTCAGGTACTG, (SEQ ID NO: 10) sobre la misma matriz. El gen URA3 flanqueado por la región YPR1 5' y 3' se amplifica mediante los oligonucleótidos OTG11463 (CGGCTATCTATTTGAATGAAGatcgattttcaattcaattcatcattttttttttattct tttttttg, (SEQ ID NO: 11) y OTG11464 (AACGCCGTGCTTTTTAGCCATAAGCTTgggtaataactgatataattaaattgaactc, (SEQ ID NO: 12) sobre una matriz pTG10054 linearizado como se ha descrito anteriormente. Los productos de las PCR, PCR6 y PCR7 se mezclaron de forma equimolecular y se amplificaron por PCR mediante los oligonucleótidos OTGI1314 y OTG11317 para obtener un producto de PCR8 de 1,X kb como se ha descrito anteriormente. Este producto PCR8 se digirió con la enzima XhoI y se subclonó en el plásmido pPOLYIII digerido con XhoI. La orientación de la inserción en el plásmido pPOLYIII se determinó por digestión con las enzimas NcoI y EcoRI.
Curiosamente, se observa la ausencia de un sitio ClaI y de un sitio HindIII respectivamente para el plásmido pTG12010 y pTG12011. Las uniones de clonación se verificaron por secuenciación nucleotídica.
Construcción de la cepa TGY195
El plásmido pTG12011 se digiere con la enzima XhoI y el producto de la digestión se utiliza para transformar la cepa Fy 1679-28c utilizando el método del cloruro de litio citado anteriormente. Los transformantes se seleccionan en un medio desprovisto de uracilo. Los transformantes se analizan por amplificación por PCR utilizando los oligonucleótidos que han servido para la construcción del plásmido pTG12011. Los clones positivos en este ensayo se criban por el método de bioconversión de 17OH progesterona descrito más arriba en presencia de glucosa como fuente de carbono. Se selecciona un clón TGY195#4 para nuevas caracterizaciones.
Construcción de la cepa TGY197
Se selecciona un clón TGY195#4 que presenta una actividad 20 ceto reductasa reducida en estas condiciones para una nueva transformación mediante el plásmido pgcy1 : :LEU2 como se ha descrito anteriormente para la cepa Fy1679-28c. Los clones capaces de crecer en ausencia de Leucina se seleccionan para una nueva bioconversión sobre la 170H progesterona como se ha descrito anteriormente en presencia de glucosa o de galactosa. Se selecciona un clón TGY197#a que presenta una actividad reducida en las dos condiciones de bioconversión. Así, la actividad 20 ceto reductasa que en un principio era 12% (a 100 mg/l de sustrato) se reduce a 0,2% aproximadamente, es decir una reducción de más de 60 veces.
Construcción de la cepa TGY245
La cepa TGY245 se construye a partir de la cepa TGY195#4. A partir de la cepa TGY195#4, se obtiene en primer lugar la cepa TGY212#1 y después la cepa TGY243#1 y finalmente la cepa TGY245.
La cepa TGY195#4 se transforma a la vez con el plásmido YRP7 (1 \mug) y 5 \mug del plásmido pTG12045 digerido con NotI. Las cepas transformadas se seleccionan en un medio desprovisto de triptófano. Las colonias (678 colonias) se subcultivan en un medio que contiene triptófano (para eliminar el plásmido YRP7) y en un medio que contiene triptófano y 5 fluoro orotato (5FO) para seleccionar las colonias que han perdido el gen URA3 que interrumpe el gen GCY1. En este cribado se selecciona una colonia, TGY212#1. Esta colonia se somete a un experimento de bioconversión como se ha descrito anteriormente con 100 \mug/ml de sustrato 17OH progesterona, la cepa se crece en un medio mínimo complementado con los aminoácidos necesarios y uracilo. Esta cepa es capaz de convertir la 17OH progesterona en 11-desoxicortisol con una eficacia del orden del 47% en 24 horas con una producción baja de 4 pregneno 17\alpha-20\alpha-diol-3ona en estas condiciones (< 0,5%). En determinadas condiciones (medio rico definido de tipo Kappeli con galactosa como fuente de carbono y comienzo del cultivo a alta densidad: DO 600 nm=5), la capacidad de reducción de la cetona se aumenta para llegar al 11% del sustrato de partida con una capacidad de bioconversión reducida al 1,5% de sustrato de partida. En estas condiciones, la presencia probable del gen GCY1 afecta negativamente la bioconversión de la 170H progesterona. Por lo tanto, decidimos interrumpir el gen GCY1 para impedir su actividad.
Para hacer esto, la cepa TGY212#1 se transformó con 3 \mug del plásmido pTG12010#36 linearizado con las enzimas de restricción SphI y EcoRI. Se seleccionaron veintisiete transformantes en un medio mínimo complementado para los auxotrofías de TGY212#1 pero que no contiene uracilo. Estas colonias se sometieron a ensayos de bioconversión en un medio mínimo complementado con galactosa como fuente de carbono porque ésta es un inductor conocido de GCY1. Todos los clones TGY243 presentaban una capacidad de convertir la 17OH progesterona en 11-desoxicortisol sin producir sin embargo cantidades detectables de 4 pregneno 17\alpha,20\alpha-diol-3ona. Se seleccionó un clón TGY243#1 para introducir en lugar del gen URA3 un casete de expresión para P450c21 humana.
Esta cepa TGY243#1 se transforma con el plásmido YRP7 (2 \mug) y con el plásmido pTG12086 linearizado con la enzima XhoI (5 \mug). El fragmento transformador de pTG12086 contiene la secuencia que codifica GCY1 interrumpida por un casete de expresión para P450c21 humana (TDH3 : : ADNcP450c21 humana : : terminador PGKº). Se seleccionan las colonias que crecen en ausencia de triptófano. Estas 381 colonias se transfieren a un medio que contiene triptófano y 5 fluoro orotato. Se ensaya una decena de colonias en un medio rico de tipo YPG complementado con triptófano, histidina, leucina y uracilo a una concentración de 50 \mug/ml. Las cepas se ponen a convertir la 17OH progesterona a una concentración de 100 \mug/ml a partir de una DO600 nm de 0,1 durante 16 horas.
Entre estos 10 clones, se elige un clón TGY245#1D siguiendo dos criterios, principalmente la capacidad de convertir la 17OH progesterona en 11-desoxicortisol y en segundo lugar la ausencia de formación de 4 pregneno 17\alpha-20\alpha-diol-3ona lo que indica la interrupción de GCY1.
Propiedad de las cepas deficientes en GCY1:
Los resultados obtenidos muestran que el "Knock Out" de CGY1 elimina la actividad 20\alpha-HSD inducible por la galactosa. Así, se ensayó la producción in vivo de 4-pregneno-17\alpha-20\alpha-diol-3-ona a partir de 17\alpha-hidroxiprogesterona (100 \mug/ml) en cultivos de cepas salvajes y de cepas TGY170 (gcyl-\Delta::LEU2), cultivadas bien en medio glucosa o bien en medio galactosa (Fig. 3). En el caso de un cultivo en medio galactosa, se observó una reducción de aproximadamente el 95% de la producción de 4-pregneno-17\alpha-20\alpha-diol-3-ona de la cepa mutante respecto a la cepa salvaje. En medio glucosa, la reducción es más baja, lo que parece indicar que el producto del gen GCY1 comporta una actividad 20\alpha-HSD inducible por la galactosa. Cualquiera que sea la fuente de carbono utilizada, está presente una actividad residual en el mutante gcyl1-\Delta, que es sensiblemente idéntica.
Propiedades del doble mutante deficiente en GCY1, YPR1
Habida cuenta del hecho de que se ha encontrado que Gcylp e Yprlp están asociados a la actividad 20\alpha-HSD (véase más arriba), y que Yprlp es el homólogo más cercano de Gcylp (65% de identidad de los aminoácidos), se realizó una disrupción doble de GCY1 y de YPR1 y se ensayó para su actividad de tipo 20\alpha-HSD. Los resultados obtenidos muestran que la cepa deficiente para los dos genes (TGY197) está desprovista esencialmente de actividad 20\alpha-HSD.
Más particularmente, las levaduras TGY197 (gcy1::LEU2, ypr1::URA3) se generaron y se ensayaron in vivo para su actividad 20\alpha-HSD. Las células se cultivaron bien con glucosa o con galactosa como fuente de carbono, en presencia de 100 \mug/ml de 17\alpha-hidroxiprogesterona. Después de 72 h, la 4-pregneno-17\alpha-20\alpha-diol-3-ona es indetectable en el líquido de fermentación, lo que demuestra que la inactivación de los dos genes da lugar a una supresión de la actividad 20\alpha-HSD detectable.
Especificidad de sustrato de las cepas salvajes y mutantes
Se ensayó una serie de componentes ya descritos como sustratos para diferentes clases de reductasas (aldosa-, aldehído- y carbonil-reductasas) en homogenados salvajes y en cepas mutantes en diferentes condiciones de cultivo (Tabla II). Se observó que Gcylp e Ypr1P son las únicas reductasas de levaduras aldo-ceto que aceptan a la 17\alpha-hidroxiprogesterona como sustrato.
Gcylp parece utilizar todos los sustratos ensayados ya que, en todos los casos, la inducción por galactosa incrementa la actividad. En medio glucosa, se observó una actividad basal para todos los componentes con la excepción de la 17\alpha-hidroxiprogesterona, independientemente de la presencia de GcylP y de Yprlp. En medio galactosa, se observó una actividad mayor en las cepas mutantes para los dos aldehídos ensayados, aunque menos pronunciada que en las cepas salvajes. Esto indica que una enzima específica para los aldehídos distintos de GcylP es inducible por la galactosa.
En una publicación reciente sobre la fisiología de las levaduras bajo estrés osmótico, GCY1 se ha identificado como reactivo. La secuenciación de un péptido aislado a partir de una glicerol deshidrogenasa de Aspergillus niger ha mostrado una homología con dos proteínas de levaduras: Gcylp e Yprlp. La inducción de GCY1 bajo estrés osmótico (además de su inducción por galactosa) podría indicar que GCY1 contiene una actividad glicerol deshidrogenasa, así como se sugiere en Norbeck y Blomberg. Sin embargo, hasta la fecha no se ha evidenciado una actividad de este tipo.
La reducción de 17\alpha-hidroxiprogesterona en 4-pregneno-17\alpha-20\alpha-diol-3-ona en S. cerevisiae se debe principalmente al producto del gen GCY y, en menor medida, al producto del gen YPR1. Según la nomenclatura propuesta por Jez et al. (1997), estas enzimas deberían clasificarse en la sub-familia AKR1C. En los mamíferos, hemos propuesto las HSD, que pertenecen a la familia de las AKR, para regular la disponibilidad de las hormonas esteroideas. El papel fisiológico de estas enzimas en la levadura no se conoce, ya que no se espera que las levaduras puedan estar en presencia de esteroides en un entorno natural. Cualquiera que sea el significado biológico de dicha actividad en la levadura, su eliminación contribuye a la mejora de la producción de corticosteroides a partir de levaduras, principalmente de levaduras genéticamente modificadas según la invención.
Ejemplo de bioconversión con P450c21 humana en la levadura en presencia y en ausencia de GCY1 e YPR1
Con el objetivo de mostrar que la interrupción de GCY1 e YPR1 es indispensable para obtener una bioconversión específica en la levadura S. cerevisiae, hemos comparado la capacidad de bioconversión de la 17OH-progesterona de las cepas Fy1679-28c/pTG10497 (Fy/pTG10497), TGY212#1 y TGY245#2D.
La cepa Fy/pTG10497 contiene los dos genes salvajes GCY 1 e YPR1 y el plásmido monocopia de tipo ARSCEN ("Autonomously Replicating Sequence Centromere") de expresión de P450c21 humana. El ADNc de P450c21 humana está bajo el control del promotor TEF1 en este plásmido.
La cepa TG212#1 contiene una copia del casete de expresión del gen P450c21 humano (TEF1: : P450c21 humano : : terminador PGK) integrada en el locus YPR1 y posee una copia salvaje del gen GCY1.
TGY245#2D no posee copias de los genes YPR1 y GCY1: en su lugar, una copia del casete TEF1 : :P450c21 humano y una copia de TDH3 : P450c21 están integradas en cada uno de los loci, respectivamente.
Estas cepas se cultivaron en un medio mínimo con un suplemento de aminoácidos durante 48 horas. Las cepas se resuspenden en medio fresco Kappeli con un suplemento de uracilo, histidina y triptófano en presencia de 200 mg/l de 170H progesterona. Después de una incubación de 72 horas, el medio en presencia de las células de levadura se extrae y se analiza como anteriormente mediante cromatografía líquida de alta presión en fase inversa. Se mide la presencia de 17OH progesterona, 11-desoxicortisol y 4 pregneno 17\alpha-20\alpha-diol-3ona.
Los resultados se presentan en la tabla III. Cada producto se expresa en porcentaje de la suma del conjunto de los productos.
Según este experimento, parece claramente que la interrupción de GCY1 e YPR1 disminuye de forma significativa la cantidad de 4 pregneno 17\alpha-20\alpha-diol-3ona de 7-11% a un nivel no detectable por nuestras técnicas (sensibilidad de 0,5 a 1 mg/l).
Referencias
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TABLA I
1
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TABLA III
2
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TABLA II
3
<110> AVENTIS PHARMA SA
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<120> LEVADURAS MODIFICADAS Y UTILIZACIONES, PRINCIPALMENTE PARA LA PRODUCCIÓN DE DERIVADOS ESTEROIDEOS
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<130> 17142WO
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<140>
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<141>
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<150> 00FR0010437
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<151> 2000-08-08
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<160> 23
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<170> Ver. PatentIn 2.1
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\vskip0.400000\baselineskip
<210> 1
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<211> 50
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> Descripción de la secuencia artificial: oligonucleótido
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<400> 1
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gattcggtaa tctccgaaca ggtaccaatt atatcagtta ttacccggga
\hfill
50
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<210> 2
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<211> 20
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<212> ADN
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<213> Secuencia artificial
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<223> Descripción de la secuencia artificial: oligonucleótido
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agccatcttt caaagcggtt
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20
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<212> ADN
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<223> Descripción de la secuencia artificial: oligonucleótido
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ccgatcgaat caaaacgaac ag
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\hfill
60
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cgatctcgag tttctcgttg ttcaggtact g
\hfill
31
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<210> 11
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<211> 68
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5
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<211> 58
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\hfill
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tttgctcgag gttacagaag ggc
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23
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24
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ggaattccgt cgacaaaaat gctgctcctg ggcctgctgc
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cctcaatggt cctcttggag ttcagcacc
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29
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gtcgacaaaa atgctgctcc tgggcctgct gc
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32
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aaatcgataa catg
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attgatatcg ataaaaagca cggcgttgag
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tctcggaatt caggtactgc agccag
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tacgctcgag acgttggtgt cattgatatt ca
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caactaagct tcattcaaat agatagccgc
\hfill
30

Claims (19)

1. Cepa de levadura que presenta una actividad de tipo 20\alpha hidroxiesteroide deshidrogenasa (20\alpha HSD) reducida caracterizada porque posee:
-
una modificación genética inactivadora del gen GCY1, o
-
una modificación genética inactivadora del gen YPR1, o
-
una modificación genética inactivadora de los genes GCY1 e YPR1,
con la excepción de las cepas gcyD0 y gcyDD0.
2. Cepa de levadura según la reivindicación 1, caracterizada porque la modificación génica comprende al menos una mutación, sustitución, deleción y/o inserción de uno o varios pares de bases en la región reguladora o codificadora del o de los genes considerados.
3. Cepa de levadura según la reivindicación 2, caracterizada porque la modificación genética es una deleción de todo o parte del o de los genes considerados.
4. Cepa de levadura según la reivindicación 3, caracterizada porque la deleción de todo o parte del o de los genes considerados se reemplaza por secuencias extrañas, según la técnica de disrupción génica.
5. Cepa de levadura según la reivindicación 4, caracterizada porque la secuencia extraña es un gen de selección auxótrofa que complementa una exigencia nutricional de la cepa de levadura anfitriona; un gen de selección dominante, tal como un gen de resistencia a un antibiótico o un gen informador.
6. Cepa de levadura según la reivindicación 5, caracterizada porque el gen de selección auxótrofa es el gen URA3, el gen LEU2, el gen TRP1, el gen HIS3 o el gen ADE2.
7. Cepa de levadura según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6, caracterizada porque se trata de una levadura del género Saccharomyces.
8. Cepa de levadura según la reivindicación 7, caracterizada porque se trata de una levadura Saccharomyces cerevisiae.
9. Cepa de levadura según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, que comprende un gen GCY1 y un gen YPR1 interrumpidos.
10. Procedimiento de producción de derivados esteroideos a partir de compuestos hidroxi-esteroides, utilizando una levadura que presenta una actividad de tipo 20\alpha hidroxiesteroide deshidrogenasa (20\alphaHSD) reducida y que presenta un gen GCY1 y/o YPR1 no funcional, o una preparación derivada de dicha levadura.
11. Procedimiento según la reivindicación 10, caracterizado porque la levadura utilizada posee:
-
una modificación genética inactivadora del gen GCY1, o
-
una modificación genética inactivadora del gen YPR1, o
-
una modificación genética inactivadora de los genes GCY1 e YPR1.
12. Procedimiento según cualquiera de las reivindicaciones 10 u 11, en el que el hidroxi-esteroide es la hidroxiprogesterona o sus precursores.
13. Procedimiento según la reivindicación 12 en el que el hidroxiesteroide es la 17\alpha-hidroxiprogesterona y el derivado esteroideo es el 11-desoxicortisol.
14. Procedimiento según cualquiera de las reivindicaciones 10 a 13, caracterizado porque la levadura presenta un gen GCY1 y un gen YPR1 interrumpidos.
15. Procedimiento según cualquiera de las reivindicaciones 10 a 14, caracterizado porque la levadura es una levadura del género Saccharomyces.
16. Utilización de una levadura que presenta una actividad de tipo 20\alpha hidroxiesteroide deshidrogenasa (20\alphaHSD) reducida y que presenta un gen GCY1 y/o YPR1 no funcional, o una preparación derivada de dicha levadura, para la preparación, la producción, la síntesis y/o la modificación de compuestos esteroideos in vitro o ex vivo.
17. Utilización según la reivindicación 16, caracterizada porque la levadura presenta:
-
una modificación genética inactivadora del gen GCY1, o
-
una modificación genética inactivadora del gen YPR1, o
-
una modificación genética inactivadora de los genes GCY1 e YPR1.
18. Utilización según la reivindicación 17, caracterizada porque la levadura presenta un gen GCY1 y un gen YPR1 interrumpidos.
19. Utilización según la reivindicación 18, caracterizada porque la levadura es una levadura del género Saccharomyces.
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