ES2278210T3 - Alfa-amilasas termoestables. - Google Patents
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Abstract
Polinucleótido aislado que comprende un marco de lectura abierto que codifica un polipéptido con actividad alfa-amilasa, el polipéptido seleccionado del grupo que se compone de: a) un polipéptido que comprende una secuencia de aminoácidos que tiene al menos el 70% de identidad con los aminoácidos 22 a 450 de la SEC ID NO:4; b) un polipéptido que comprende una secuencia de aminoácidos que tiene al menos el 70% de identidad con el polipéptido codificado por la parte codificadora de la amilasa del polinucleótido insertado en un plásmido presente en el huésped de E. coli depositado conforme al Tratado de Budapest con DSMZ bajo el número de accesión DSM 15334; c) un polipéptido codificado por un polinucleótido que comprende una secuencia de nucleótidos que tiene al menos el 70% identidad con la secuencia mostrada desde la posición 68 a 1417 en la SEC ID NO:3; y d) un fragmento de (a), (b) o (c) que tiene actividad alfa-amilasa.
Description
Alfa-amilasas termoestables.
La presente invención se refiere a
alfa-amilasas termoestables, en particular con
termoestabilidad mejorada a pH ácido. La invención también se
refiere al uso de tales alfa-amilasas.
Alfa-amilasas
(alfa-1,4-glucan-4-glucanohidrolasas,
EC. 3.2.1.1) constituyen un grupo de enzimas que catalizan la
hidrólisis de almidón y otros oligo y polisacáridos
1,4-glucosídicos lineales y ramificados.
Hay un cuerpo muy extenso de patente y
bibliografía científica acerca de esta clase de enzimas
industrialmente muy importante. A varias
alfa-amilasas se les hace referencia como
"alfa-amilasas de tipo Termamyl®" y variantes
de las mismas son conocidas de, p. ej., WO 90/11352, WO 95/10603,
WO 95/26397, WO 96/23873 y WO 96/23874. Las
alfa-amilasas de tipo Termamyl® son muy
termoestables y en consecuencia adecuadas para procesos realizados
a temperaturas altas tales como licuefacción del almidón en
procesos de producción de la dextrosa.
A otro grupo de alfa-amilasas se
les hace referencia como "alfa-amilasas de tipo
Fungamyl^{TM}", que son alfa amilasas relacionadas u homólogas
a la alfa-amilasa derivada de Aspergillus
oryzae. Las alfa-amilasas de tipo Fungamyl
tienen una termoestabilidad relativamente baja. El producto
comercial vendido con el nombre comercial FUNGAMYL^{TM} por
Novozymes A/S, Dinamarca, tiene una termoestabilidad óptima
alrededor de 55°C, y no es adecuado para procesos realizados a
temperaturas altas. Las alfa-amilasas de tipo
FUNGAMYL^{TM} se utilizan actualmente para hacer jarabes para, p.
ej., la industria cervecera.
Claramente, sería ventajoso proporcionar una
alfa-amilasa con aumentada termoestabilidad
preferiblemente a un pH ácido. Ésta no es una nueva forma de
realización, pero en realidad hay mucha necesidad en la técnica. Ya
en 1980, Somkuti y Steinberg describieron una
alfa-amilasa extracelular termoacidofílica de
Rhizomucor pusillus (Mucor pusillus), la cual lograron aislar
y caracterizar. Establecieron que: "a una temperatura elevada,
el uso de amilasas termoestables y estables en ácido de origen
microbiano con fines industriales está recomendado", y
continúan para concluir acerca de la amilasa de Rhizomucor
que: "Aparentemente es el primer ejemplo de
alfa-amilasa fúngica que presenta acidofilia y
termofilia al mismo tiempo. En consecuencia, la
alfa-amilasa de M. pusillus debería ser de
importancia económica". (Somkuti GA, Steinberg DH (1980)
Thermoacidophilic extracellular amylase of Mucor pusillus.
Dev Indust Microbiol 21:327-337).
No obstante, a pesar de las conclusiones muy
claras de Somkuti y Steinberg también en el año 1980, el gen que
codifica la alfa-amilasa de Rhizomucor
pusillus no ha sido clonado o secuenciado hasta el momento, y la
amilasa no ha sido producida recombinantemente hasta el momento en
cantidades industrialmente relevantes. En 1987 un método de
purificación mejorado fue proporcionado, pero sólo para la enzima
producida por el tipo salvaje de Rhizomucor pusillus (Turchi
SL y Becker T (1987) Curr Microbiol 15:203- 205).
Un problema a resolver por esta invención es
cómo proporcionar una alfa-amilasa recombinante
termoacidofílica. Los presentes inventores han aislado de manera
exitosa un gen de Rhizomucor pusillus que codifica una
alfa-amilasa a la que han denominado AM782, han
introducido exitosamente el gen de codificación en un sistema
industrial de expresión fúngica filamentosa recombinante, y han
producido la alfa-amilasa. La caracterización de la
amilasa ha demostrado ser una alfa-amilasa
altamente termoacidofílica que tiene una actividad muy interesante
según ha sido demostrado por el perfil del azúcar a partir de la
hidrólisis de la maltodextrina por la amilasa AM782.
La amilasa AM782 puede funcionar a una
temperatura muy alta, al menos hasta 70°C. La amilasa AM782 tiene
una velocidad de reacción muy rápida; cuando se compara en la misma
dosificación con FUNGAMYL^{TM} 800 L, la amilasa AM782 puede
conseguir en aproximadamente 3 horas, lo que el FUNGAMYL^{TM}
tarda de 24 a 48 horas. Además, la amilasa AM782 puede degradar DP3
en DP2 y DP1, así da un resultado de DP1 más alto.
En consecuencia, en un primer aspecto la
invención se refiere a un polinucleótido aislado que comprende un
marco de lectura abierto que codifica un polipéptido con actividad
alfa-amilasa, el polipéptido seleccionado del grupo
que se compone de: a) un polipéptido que comprende una secuencia de
aminoácidos que tiene al menos el 70% de identidad con los
aminoácidos 22 a 450 de la SEC ID NO:4, preferiblemente el 75%, más
preferiblemente el 80%. incluso más preferiblemente el 85%, además
más preferiblemente el 90%, más preferiblemente el 95%, y más
preferiblemente al menos el 97% de identidad con los aminoácidos 22
a 450 de la SEC ID NO:4; b) un polipéptido que comprende una
secuencia de aminoácidos con al menos el 70% de identidad con el
polipéptido codificado por la amilasa que codifica parte del
polinucleótido insertado en un plásmido presente en el huésped de
E. coli depositado según el tratado de Budapest con DSMZ
bajo el número de accesión DSM 15334, preferiblemente el 75%, más
preferiblemente el 80%, incluso más preferiblemente el 85%, aún más
preferiblemente el 90%, más preferiblemente el 95%, y más
preferiblemente al menos el 97% de identidad con el polipéptido
codificado por la amilasa que codifica parte del polinucleótido
insertado en un plásmido presente en el huésped de E. coli
depositado según el tratado de Budapest con DSMZ bajo el número de
accesión DSM 15334; c) un polipéptido codificado por un
polinucleótido que comprende una secuencia de nucleótidos con al
menos el 70% de identidad con la secuencia mostrada desde la
posición 68 a la 1417 en la SEC ID NO:3, preferiblemente el 75%,
más preferiblemente el 80%, incluso más preferiblemente el 85%, aún
más preferiblemente el 90%, más preferiblemente el 95%, y más
preferiblemente al menos el 97% de identidad con la secuencia
mostrada desde la posición 68 a la 1417 en la SEC ID NO:3; y d) un
fragmento de (a), (b) o (c) con actividad
alfa-amilasa.
En un segundo aspecto la invención se refiere a
un constructo de ácidos nucleicos que comprende un polinucleótido
tal y como se define en el primer aspecto operativamente enlazado a
una o más secuencias de control que dirigen la producción del
polipéptido en un huésped adecuado.
Un tercer aspecto se refiere a un vector de
expresión recombinante que comprende un constructo de ácidos
nucleicos tal y como se define en el segundo aspecto.
En un cuarto aspecto la invención se refiere a
una célula huésped recombinante que comprende un constructo de
ácidos nucleicos tal y como se define el segundo aspecto, o al
menos una copia de un vector de expresión tal y como se define en
el tercer aspecto.
La producción industrial de la amilasa AM782 con
homólogos y variantes es por supuesto muy interesante.
En consecuencia, en un quinto aspecto la
invención se refiere a un método para la producción de un
polipéptido con actividad alfa-amilasa codificada
por un polinucleótido tal y como se define en el primer aspecto, el
método comprendiendo: (a) el cultivo de una célula huésped
recombinante tal y como se define en cualquiera de las
reivindicaciones 12 - 16 bajo unas condiciones propicias para la
producción del polipéptido; y (b) la recuperación del
polipéptido.
Hay algunas aplicaciones para una amilasa tal
como la amilasa AM782, una visión de conjunto de algunas de las más
importantes está proporcionada en la presente, e incluye pero no se
limita a: la industria del almidón, la industria del procesamiento
de los alimentos, la industria textil, y la industria de los
detergentes.
En consecuencia, unos aspectos adicionales de la
invención se refieren a un método para producir un derivado de
almidón enzimáticamente modificado, donde un polipéptido con
actividad alfa-amilasa producido según un método
como se ha definido en el quinto aspecto se utiliza para la
licuefacción y/o sacarificación del almidón; y a un método para
producir jarabes con alto contenido en maltosa, donde un
polipéptido con actividad alfa-amilasa producido
según un método tal y como se define en el quinto aspecto se usa
para la licuefacción del almidón; un método para el desencolado
textil, donde un polipéptido con actividad
alfa-amilasa producido según un método tal y como
se define en el quinto aspecto se usa para el tratamiento textil; y
a un proceso de fabricación, donde un polipéptido con actividad
alfa-amilasa producido según un método tal y como
se define en el quinto aspecto se añade durante la fermentación del
mosto; y a un proceso de producción de alcohol, donde un
polipéptido con actividad alfa-amilasa producido
según un método tal y como se define en el quinto aspecto se usa
para la licuefacción del almidón en una mezcla triturada para
destilería; y a un proceso, donde un producto amasado que comprende
un polipéptido con actividad alfa-amilasa producido
según un método tal y como se define en el aspecto quinto es
horneado.
Varios usos de la amilasa AM782 junto con
homólogos y variantes están también contemplados en la presente
invención.
En consecuencia, varios aspectos no limitativos
de la invención se refieren al uso de un polipéptido con actividad
alfa amilasa producido según un método tal y como se define en el
quinto aspecto en un proceso de conversión del almidón para la
licuefacción y/o sacarificación; al uso de un polipéptido con
actividad alfa-amilasa producido según un método tal
y como se define en el quinto aspecto para la licuefacción del
almidón en un proceso de producción de jarabe rico en maltosa; al
uso de un polipéptido con actividad alfa-amilasa
producido según un método tal y como se define en el quinto aspecto
para el desencolado textil; al uso de un polipéptido con actividad
alfa-amilasa producido según un método tal y como
se define en el quinto aspecto para producir alcohol; al uso de un
polipéptido con actividad alfa-amilasa producido
según un método tal y como se define en el quinto aspecto para la
fabricación de cerveza; y al uso de un polipéptido con actividad
alfa-amilasa producido según un método tal y como
se define en el quinto aspecto para la cocción al horno.
Fig. 1 muestra el perfil de pH de la amilasa
purificada AM782.
Fig. 2 muestra el perfil de la temperatura de la
amilasa purificada AM782.
Fig. 3-1 a 3-3
muestran la actividad residual de AM782 a pH 5 y 60°C, 70°C y 80°C,
respectivamente.
Fig. 4-1 a 4-3
muestran la actividad residual de AM782 a pH 6 y 60°C, 70°C y 80°C,
respectivamente.
Fig. 5-1 a 5-3
muestran la actividad residual de AM782 a pH 7 y 60°C, 70°C y 80°C,
respectivamente.
Fig. 6 muestra el plásmido de expresión
pDAu7l.
Fig. 7 muestra el plásmido de expresión
pPFJo143.
Fig. 8 muestra los resultados de ejemplo 4.
Para objetivos de la presente invención, los
alineamientos de secuencias y el cálculo de los niveles de
homología pueden hacerse usando un alineamiento completo de
Smith-Waterman, útil tanto para alineamientos de las
proteínas como del ADN. Las matrices del marcado por defecto
BLOSUM50 y la matriz de identidad son usadas para los alineamientos
de proteínas y del ADN respectivamente. La penalización para el
primer residuo en un espacio es de - 12 para las proteínas y de -16
para el ADN, mientras que la penalización para los residuos
adicionales en un espacio es de -2 para las proteínas y de -4 para
el ADN. El alineamiento puede hacerse con la versión v20u6 del
paquete FASTA (W. R. Pearson y D. J. Lipman (1988), "Improved
Tools for Biological Sequence Analysis", PNAS
85:2444-2448, y W. R. Pearson (1990) "Rapid and
Sensitive Sequence Comparison with FASTP and FASTA", Methods in
Enzymology, 183:63-98).
Los alineamientos múltiples de secuencias
proteínicas pueden ser hechos usando "ClustalW" (Thompson,
J.D., Higgins, D.G. and Gibson, T.J. (1994) CLUSTAL W: improving
the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through
sequence weighting, positions-specific gap penalties
and weight matrix choice. Nucleic Acids Research,
22:4673-4680). El alineamiento múltiple de
secuencias de ADN puede ser hecho usando el alineamiento de la
proteína como molde, sustituyendo los aminoácidos con el codón
correspondiente de la secuencia de ADN.
El término "polinucleótido sustancialmente
puro" como se utiliza en este caso se refiere a una preparación
de polinucleótidos, donde el polinucleótido ha sido eliminado de su
medio natural genético, y así está libre de otras secuencias de
codificación extrañas o indeseadas y está en una forma adecuada
para el uso dentro de los sistemas de producción de proteínas
creados por ingeniería genética. Así, un polinucleótido
substancialmente puro contiene como mucho el 10% en peso de otro
material polinucleótido con el cual está originalmente asociado
(porcentajes inferiores de otro material polinucleótido son
preferidos, p. ej. como mucho el 8% en peso, como mucho el 6% en
peso, como mucho el 5% en peso, como mucho el 4% como mucho el 3%
en peso, como mucho el 2% en peso, como mucho el 1% en peso, y como
mucho el 1/2% en peso). Un polinucleótido substancialmente puro
puede, no obstante, incluir regiones sin traducir de origen natural
5' y 3', tales como promotores y terminadores. Se prefiere que el
polinucleótido substancialmente puro tenga al menos el 92% de
pureza, es decir que el polinucleótido constituya al menos el 92%
en peso del material polinucleótido total presente en la
preparación, y porcentajes más altos son preferidos tales como al
menos el 94% de pureza, al menos el 95% de pureza, al menos el 96%
de pureza, al menos el 96% de pureza, al menos el 97% de pureza, al
menos el 98% de pureza, al menos el 99%, y como mucho el 99.5% de
pureza. Los polinucleótidos descritos en la presente están
preferiblemente en una forma substancialmente pura. En particular,
se prefiere que los polinucleótidos descritos aquí estén en
"forma esencialmente pura", es decir que la preparación del
polinucleótido esté esencialmente libre de otro material
polinucleótido con el cual está originalmente asociada. Aquí, la
expresión "polinucleótido sustancialmente puro" es sinónima de
la expresión "polinucleótido aislado" y "polinucleótido en
forma aislada".
El término "ADNc" cuando se usa en el
presente contexto, se destina a cubrir una molécula de ADN que
puede ser preparada por transcripción inversa desde una molécula de
ARNm madura empalmada derivada de una célula eucariótica. El ADNc
carece de las secuencias del intrón que están normalmente presentes
en el ADN genómico correspondiente. El transcrito de ARN inicial
primario es un precursor de ARNm y atraviesa una serie de eventos
de procesamiento antes de aparecer como ARNm maduro dividido. Estos
eventos incluyen la eliminación de secuencias del intrón por un
proceso llamado empalme. Cuando el ADNc es derivado del ARNm en
consecuencia carece de secuencias del intrón.
El primer aspecto de la invención se refiere a
un polinucleótido aislado que comprende un marco de lectura abierto
que codifica un polipéptido con actividad
alfa-amilasa, el polipéptido seleccionado del grupo
que se compone de: a) un polipéptido que comprende una secuencia de
aminoácidos que tiene al menos el 70% de identidad con los
aminoácidos 22 a 450 de la SEC ID NO:4; b) un polipéptido que
comprende una secuencia de aminoácidos con al menos el 70% de
identidad con el polipéptido codificado por la amilasa que codifica
parte del polinucleótido insertado en un plásmido presente en el
huésped de E. coli depositado según el tratado de Budapest
con DSMZ bajo el número de accesión DSM 15334; c) un polipéptido
codificado por un polinucleótido que comprende una secuencia de
nucleótidos con al menos el 70% de identidad con la secuencia
mostrada desde la posición 68 a la 1417 en la SEC ID NO:3; y d) un
fragmento de (a), (b) o (c) con actividad
alfa-amilasa.
Las técnicas usadas para aislar o donar una
secuencia de nucleótidos que codifica un polipéptido son conocidas
en la técnica e incluyen el aislamiento de ADN genómico,
preparación de ADNc, o una combinación de los mismos. La clonación
de las secuencias de nucleótidos de la presente invención a partir
de este ADN genómico puede ser efectuada, p. ej., usando la
reacción en cadena de la polimerasa bien conocida (PCR) o selección
de anticuerpos de bibliotecas de expresión para detectar fragmentos
donados de ADN con características compartidas estructurales. Ver,
p. ej., Innis et al., 1990, PCR: A Guide to Methods and
Application, Academic Press, New York. Otros procedimientos
para la amplificación tales como la reacción en cadena de la ligasa
(LCR), la transcripción activada ligada (LAT) y la amplificación
basada en secuencias de nucleótidos (NASBA) pueden ser usados. La
secuencia de nucleótidos puede ser donada a partir de una cepa de
Rhizomucor, u otro organismo relacionado y así, por ejemplo,
puede ser una variante alélica o de las especies de la región que
codifica polipéptido de la secuencia de nucleótidos.
La secuencia de nucleótidos puede ser obtenida
por procedimientos de clonación estándares usados en ingeniería
genética para recolocar la secuencia de nucleótidos desde su
ubicación natural hasta un sitio diferente donde será reproducida.
Los procedimientos de clonación pueden implicar escisión y
aislamiento de un fragmento deseado comprendiendo la secuencia de
nucleótidos que codifica el polipéptido, inserción del fragmento en
una molécula del vector, e incorporación del vector recombinante en
una célula huésped donde se replicarán copias múltiples o clones de
la secuencia de nucleótidos. La secuencia de nucleótidos puede ser
de origen genómico, ADNc, ARN, semisintético, sintético, o
cualquier combinación de los mismos.
Los términos "variante polipeptídica",
"variante proteínica", "variante enzimática", o
simplemente "variante" se refieren a un polipéptido de la
invención que comprende una o más alteración(es), tal como
substitución(es), inser-
ción(es), deleción(es), y/o truncamiento(s) de uno o más residuo(s) aminoácidos específicos en una o más posición(es) específica(s) en el polipéptido. El número total de tales alteraciones es normalmente no superior a 10, p. ej. uno, dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, o nueve de dichas alteraciones. Además, la variante de la invención puede incluir otras modificaciones de la enzima madre, normalmente no más de 10, p. ej. no más de 5 de tales modificaciones. La variante generalmente tiene cierta identidad de secuencia con el polipéptido genitor de al menos el 80%, p. ej. al menos el 85%, normalmente al menos el 90%, o al menos el 95%.
ción(es), deleción(es), y/o truncamiento(s) de uno o más residuo(s) aminoácidos específicos en una o más posición(es) específica(s) en el polipéptido. El número total de tales alteraciones es normalmente no superior a 10, p. ej. uno, dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, o nueve de dichas alteraciones. Además, la variante de la invención puede incluir otras modificaciones de la enzima madre, normalmente no más de 10, p. ej. no más de 5 de tales modificaciones. La variante generalmente tiene cierta identidad de secuencia con el polipéptido genitor de al menos el 80%, p. ej. al menos el 85%, normalmente al menos el 90%, o al menos el 95%.
Los términos "polipéptido genitor",
"proteína genitora", "enzima genitora", "enzima
estándar", o simplemente "genitor" se refieren al
polipéptido sobre el cual se basaba la variante. Estos términos
también se refieren al polipéptido con el cual una variante es
comparada y alineada. El genitor puede ser un polipéptido de origen
natural (tipo salvaje), o puede a ser a su vez incluso una variante
del mismo, preparada por cualquiera de los medios adecuados. Por
ejemplo, la proteína precursora puede ser una variante de un
polipéptido de origen natural que ha sido modificado o alterado en
la secuencia de aminoácidos. Un genitor puede también ser una
variante alélica que es cualquiera de dos o más formas de la
alternativa de un gen que ocupa el mismo locus cromosómico. La
variación alélica surge naturalmente a través de la mutación, y
puede resultar en polimorfismo dentro de poblaciones como está bien
descrito en la técnica. Una variante alélica de un polipéptido es un
polipéptido codificado por la variante alélica correspondiente de
un gen.
El término "biblioteca aleatoria",
"biblioteca variante", o simplemente "biblioteca" se
refiere a una biblioteca de polipéptidos variantes. La diversidad
en la biblioteca variante puede ser generada mediante mutagénesis de
los genes que codifican las variantes a nivel del triplete de ADN,
de manera que los codones individuales sean alterados p. ej. usando
cebadores de la secuencia parcialmente aleatorizada en una reacción
PCR. Diferentes técnicas han sido descritas, por las cuales se
puede crear una biblioteca combinatoria diversa mediante la
alteración de diferentes posiciones de los nucleótidos en un gen y
recombinándolas, por ejemplo cuando estas posiciones están
demasiado alejadas para ser cubiertas por un único cebador
oligonucleótido (adicionado o dopado). Estas técnicas incluyen el
uso de la recombinación in vivo de los segmentos del gen
diversificado individualmente como se describe en WO 97/07205 en
página 3, líneas 8 a 29 (Novozymes A/S). También incluyen el uso de
técnicas de redistribución del ADN para crear una biblioteca de
genes de longitud total, donde diferentes segmentos del gen son
combinados, y donde cada segmento puede ser diversificado p. ej. por
mutagénesis adicionada, (Stemmer, Nature 370, págs.
389-391,1994 y US 5.811.238; US 5.605.793; y US
5.830.721). Se puede usar un gen que codifica un "esqueleto"
de proteína (polipéptido genitor de tipo salvaje) como un
polinucleótido molde, y combinarlo con uno o más oligonucleótidos de
cadena mono o bicatenaria como se describe en WO 98/41623 y en WO
98/41622 (Novozymes A/S). Los oligonucleótidos monocatenarios
podrían ser parcialmente aleatorizados durante la síntesis. Los
oligonucleótidos bicatenarios podrían ser productos de la PCR que
incluyen diversidad en una zona específica. En ambos casos, se
puede diluir la diversidad con los segmentos correspondientes que
codifican la secuencia del esqueleto de la proteína para limitar el
número medio de cambios que son introducidos.
Los métodos también han sido establecidos para
diseñar las proporciones de mezclas de nucleótidos (A; C; T; G)
para ser insertadas en las posiciones del codón específico durante
la síntesis de oligo o polinucleótidos, para introducir un sesgo
para aproximarse a una distribución de frecuencias deseada hacia un
grupo de uno o más aminoácidos deseados que será codificado por los
codones particulares. Puede ser interesante producir una biblioteca
variante, que comprenda permutaciones de varias modificaciones del
aminoácido conocido en localizaciones diferentes en la secuencia
primaria del polipéptido. Estas podrían ser introducidas de forma
postraduccional o por sitios de modificación química, o bien
podrían ser introducidas a través de mutaciones en los genes de
codificación. Las modificaciones por sí mismas pueden haber sido
indicadas previamente como provechosas por una razón o por otra (p.
ej. disminución de la antigenicidad, o mejora de la actividad
específica, rendimiento, estabilidad, u otras características). En
tales ejemplos, puede ser deseable primero crear una biblioteca de
combinaciones diversas de las secuencias conocidas. Por ejemplo, si
doce mutaciones individuales son conocidas, se podría combinar (al
menos) doce segmentos del gen de codificación de la proteína
precursora, donde cada segmento está presente de dos formas: una
con, y una sin la mutación deseada. Variando las cantidades
relativas de estos segmentos, se podría diseñar una biblioteca (de
tamaño 212) para que el número medio de mutaciones por gen pueda
ser predicho. Ésta puede ser una vía útil de combinar mutaciones,
que por sí mismas producen algún efecto, pero no lo bastante
suficiente, sin recurrir a bibliotecas muy grandes, como es
frecuentemente el caso cuando se usa la "mutagénesis
adicionada". Otro modo de combinar estas "mutaciones
conocidas" podría ser usando la familia que redistribuye el ADN
oligomérico que codifica las mutaciones conocidas con fragmentos de
la secuencia de tipo salvaje de longitud completa.
En consecuencia, una forma de realización
preferida de la invención se refiere a un polinucleótido del primer
aspecto, donde el polipéptido es una variante artificial que
comprende una secuencia de aminoácidos que tiene uno o más
truncamiento(s), y/o al menos una sustitución, deleción, y/o
inserción de un aminoácido en comparación con los aminoácidos 22 a
450 de la SEC ID NO:4.
Será evidente para los expertos en la técnica
que tales modificaciones pueden ser hechas fuera de las regiones
fundamentales para la función de la molécula y además resultan en
un polipéptido activo. Los residuos aminoácidos esenciales para la
actividad del polipéptido codificado por la secuencia de
nucleótidos de la invención, y en consecuencia preferiblemente no
sujeto a modificaciones, como por ejemplo sustitución, pueden ser
identificados según procedimientos conocidos en la técnica, como
por ejemplo mutagénesis sitio dirigida o mutagénesis de barrido de
alanina (ver, p. ej., Cunningham y Wells, 1989, Science 244:
1081-1085). En ésta técnica, las mutaciones son
introducidas a cada residuo cargado positivamente en la molécula, y
las moléculas mutantes resultantes son evaluadas por la actividad
amilasa para identificar los residuos aminoácidos que son
fundamentales para la actividad de la molécula. Los sitios de
interacción enzima-sustrato pueden también ser
determinados por análisis de la estructura tridimensional según está
determinado por tales técnicas como el análisis de resonancia
magnética nuclear, cristalografía o marcado por fotoafinidad (ver,
p. ej., de Vos et al., 1992, Science 255:
306-312; Smith et al., 1992, Journal of
Molecular Biology 224: 899-904; Wlodaver et
al., 1992, FEBS Letters 309: 59-64).
Además, una secuencia de nucleótidos que
codifica un polipéptido de la presente invención puede ser
modificada mediante la introducción de sustituciones de nucleótidos
que no dan lugar a otra secuencia de aminoácidos del polipéptido
codificado por la secuencia de nucleótidos, pero que corresponden
al uso del codón del organismo huésped destinado a la producción de
la enzima.
La introducción de una mutación en la secuencia
de nucleótidos para intercambiar un nucleótido por otro nucleótido
puede ser realizada por mutagénesis sitio dirigida usando
cualquiera de los métodos conocidos en la técnica. Particularmente
útil es el procedimiento que utiliza un vector de ADN bicatenario
superenrollado con una inserción de interés y dos cebadores
sintéticos que contienen la mutación deseada. Los cebadores
oligonucleótidos, cada uno complementario de las cadenas opuestas
del vector, se extienden durante la variación de la temperatura por
la Pfu ADN polimerasa. Con la incorporación de los
cebadores, se genera un plásmido mutado que contiene mellas en
bisel. Después de la variación de la temperatura, el producto es
tratado con Dpnl que es específico para el ADN metilado y
hemimetilado para digerir el molde de ADN parental y para
seleccionar para el ADN sintetizado conteniendo la mutación. Otros
procedimientos conocidos en la técnica pueden también ser usados.
Para una descripción general sobre la sustitución de nucleótidos,
ver, p. ej., Ford et al., 1991, Protein Expression and
Purification 2: 95-107.
Otra forma de realización preferida se refiere a
un polinucleótido del primer aspecto, donde el polipéptido
comprende una secuencia de aminoácidos que tiene al menos el 70% de
identidad con los aminoácidos 22 a 450 de la SEC ID NO:4,
preferiblemente al menos el 75%, más preferiblemente el 80%, aún
más preferiblemente el 85%, incluso más preferiblemente el 90%, más
preferiblemente el 95%, y más preferiblemente al menos el 97% de
identidad con los aminoácidos 22 a 450 de la SEC ID NO:4.
Otra forma de realización preferida se refiere a
un polinucleótido del primer aspecto, donde el polipéptido
comprende los aminoácidos 22 a 450 de la SEC ID NO:4.
En una forma de realización preferida la
invención se refiere a un polinucleótido del primer aspecto, donde
el polipéptido consiste en los aminoácidos 22 a 450 de la SEC ID
NO:4.
Otra forma de realización preferida de la
invención se refiere a un polinucleótido del primer aspecto, donde
el polipéptido comprende una secuencia de aminoácidos que tiene al
menos el 70% de identidad con el polipéptido codificado por la
amilasa que codifica parte de la secuencia de nucleótidos insertada
en un plásmido presente en el huésped de E. coli depositado
conforme al Tratado de Budapest con DSMZ bajo número de accesión
DSM 15334, preferiblemente al menos el 80% de identidad, al menos
el 85% de identidad, al menos el 90% identidad, al menos el 95% de
identidad, o al menos el 97% de identidad con el polipéptido
codificado por la amilasa que codifica parte de la secuencia de
nucleótidos insertada en un plásmido presente en el huésped de
E. coli depositado conforme al Tratado de Budapest con DSMZ
bajo el número de accesión DSM 15334; preferiblemente el
polipéptido comprende la secuencia de aminoácidos codificada por la
amilasa que codifica parte de la secuencia de nucleótidos insertada
en un plásmido presente en el huésped de E. coli depositado
conforme al Tratado de Budapest con DSMZ bajo el número de accesión
DSM 15334; además más preferiblemente el polipéptido consiste en la
secuencia de aminoácidos codificada por la amilasa que codifica
parte de la secuencia de nucleótidos insertada en un plásmido
presente en el huésped de E. coli depositado conforme al
Tratado de Budapest con DSMZ bajo el número de accesión DSM
15334.
Otra forma de realización preferida se refiere
al polinucleótido del primer aspecto, donde el polipéptido es una
variante artificial que comprende una secuencia de aminoácidos con
uno o más truncamiento(s), y/o al menos una sustitución,
deleción, y/o inserción de un aminoácido en comparación con la
secuencia de aminoácidos codificada por la amilasa que codifica
parte de la secuencia de nucleótidos insertada en un plásmido
presente en el huésped de E. coli depositado según el
tratado de Budapest con DSMZ bajo el número de accesión DSM
15334.
Cuando se usa en la presente, el término
"constructo de ácidos nucléicos" significa una molécula de
ácido nucleico, bien mono o bicatenaria, que está aislada de un gen
de origen natural o modificado para contener segmentos de ácidos
nucleicos de modo que de lo contrario no existiría en la
naturaleza.
El término constructo de ácidos nucleicos es
sinónimo del término "casete de expresión" cuando el
constructo de ácidos nucleicos contiene las secuencias de control
requeridas para la expresión de una secuencia de codificación de la
presente invención. Una secuencia de polinucleótidos que codifica
un polipéptido de la presente invención puede ser manipulada de
varias maneras para proporcionar la expresión del polipéptido. La
manipulación de la secuencia de nucleótidos antes de su inserción
en un vector puede ser deseable o necesario dependiendo del vector
de expresión. Las técnicas para modificar secuencias de nucleótidos
utilizando métodos de ADN recombinantes son bien conocidas en la
técnica.
La expresión "secuencias de control" se
define aquí como incluyendo todos los componentes, que son
necesarios o ventajosos para la expresión de un polipéptido de la
presente invención. Cada secuencia de control puede ser nativa o
externa a la secuencia de nucleótidos que codifica el polipéptido.
Tales secuencias de control incluyen, pero no se limitan a, una
secuencia líder, secuencia de poliadenilación, secuencia
propéptida, promotor, secuencia del péptido señal, y terminador de
la transcripción. Como mínimo, las secuencias de control incluyen
un promotor, y señales de parada transcripcionales y
traduccionales. Las secuencias de control pueden estar provistas de
enlaces para introducir sitios de restricción específicos que
faciliten la unión de las secuencias de control con la región de
codificación de la secuencia de nucleótidos que codifica un
polipéptido.
La expresión "operativamente enlazado" se
define aquí como una configuración donde una secuencia de control
está apropiadamente colocada en una posición con respecto a la
secuencia de codificación de la secuencia de ADN de manera que la
secuencia de control dirige la expresión de un polipéptido.
Cuando se usa aquí el término "secuencia de
codificación" se destina a cubrir una secuencia de nucleótidos,
que especifica directamente la secuencia de aminoácidos de su
producto proteínico. Los límites de la secuencia de codificación
están generalmente determinados por un marco de lectura abierto,
que normalmente empieza con el codón de iniciación ATG. La secuencia
de codificación normalmente incluye ADN, ADNc, y secuencias de
nucleótidos recombinantes.
Un aspecto de la invención se refiere a un
constructo de ácidos nucleicos que comprende un polinucleótido tal
y como se define en el primer aspecto operativamente enlazado a una
o más secuencias de control que dirigen la producción del
polipéptido en un huésped adecuado.
En el presente contexto, el término
"expresión" incluye cualquier fase implicada en la producción
del polipéptido que incluye, pero no se limita a, transcripción,
modificación postranscripcional, traducción, modificación
postraduccional, y secreción.
En el contexto presente, el término "vector de
expresión" cubre una molécula de ADN, lineal o circular, que
comprende un segmento que codifica un polipéptido de la invención,
y que está operativamente enlazado a segmentos adicionales los
cuales permiten su transcripción.
Un aspecto de la invención se refiere a un
vector de expresión recombinante que comprende un constructo de
ácidos nucleicos tal y como se define en el aspecto anterior.
Según la invención, un polinucleótido que
codifica una amilasa de la invención puede ser expresado usando un
vector de expresión el cual normalmente incluye secuencias de
control tales como un promotor, un operador, un sitio de unión del
ribosoma, una señal de iniciación de la traducción, y opcionalmente
un gen represor, o varios genes activadores. El vector de expresión
recombinante que transporta el polinucleótido que codifica una
alfa-amilasa de la invención puede ser cualquier
vector que puede ser sometido a procedimientos de ADN recombinante,
y la elección del vector frecuentemente dependerá de la célula
huésped en la que debe ser introducido. El vector puede ser uno
que, al introducirse en una célula huésped, se integra en el genoma
de la célula huésped y se replica con el(los)
cromoso-
ma(s) en el(los) que ha sido integrado. Ejemplos de vectores de expresión adecuados incluyen pMT838.
ma(s) en el(los) que ha sido integrado. Ejemplos de vectores de expresión adecuados incluyen pMT838.
En el vector, la secuencia de ADN debería estar
operativamente conectada a una secuencia del promotor adecuada. El
promotor puede ser cualquier secuencia de ADN, que muestre
actividad transcripcional en la célula huésped de elección y puede
derivar de genes que codifican proteínas bien homólogas o
heterólogas a la célula huésped.
El vector de expresión de la invención puede
también comprender un terminador de la transcripción adecuado y, en
eucariotas, secuencias de poliadenilación operativamente conectadas
a la secuencia de ADN que codifica la variante de la
alfa-amilasa de la invención. Las secuencias de
terminación y de poliadenilación pueden de manera adecuada derivar
de las mismas fuentes que el promotor.
El vector puede además comprender una secuencia
de ADN que permita que el vector se replique en la célula huésped
en cuestión. Ejemplos de tales secuencias son los orígenes de
replicación de los plásmidos pUC19; pACYC177; pUB110; pE194, pAMB1
y pIJ702.
El vector puede también comprender un marcador
seleccionable, p. ej. un gen cuyo producto implementa una falta en
la célula huésped, tal como los genes dal de B.
subtilis o B. licheniformis, o uno que confiera
resistencia a los antibióticos tal como resistencia a la ampicilina,
a la canamicina, al cloranfenicol o a la tetracidina. Además, el
vector puede comprender marcadores de selección de
Aspergillus tales como amdS, argB, niaD y sC,
un marcador que da lugar a la resistencia a la higromicina, o a la
selección puede ser obtenido por cotransformación, p. ej., como se
describe en WO 91/17243.
Los procedimientos usados para enlazar el
constructo de ADN de la invención que codifica una variante de la
glucoamilasa, el promotor, terminador y otros elementos,
respectivamente, e insertarlos en los vectores adecuados que
contienen la información necesaria para la replicación, son
conocidos por los expertos en la técnica (ver, por ejemplo,
Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd
Ed., Cold Spring Harbor, 1989).
Ejemplos de promotores adecuados para dirigir la
transcripción de la secuencia de ADN que codifica una variante de
la alfa-amilasa de la invención, especialmente en
un huésped bacteriano, son el promotor del operón lac de E.
coli, los promotores del gen de agarasa dagA de
Streptomyces coelicolor, los promotores del gen de
alfa-amilasa (amyL) de Bacillus
licheniformis, los promotores del gen de amilasa maltogénica
(amyM) de Bacillus stearothermophilus, los promotores
de alfa-amilasa (amyQ) de Bacillus
amylolicuefaciens, los promotores de los genes xylA y
xylB de Bacillus subtilis etc. para la transcripción
en un huésped fúngico, ejemplos no limitativos de promotores útiles
son aquellos derivados del gen que codifica la TAKA amilasa de A.
oryzae, el promotor TPI (isomerasa de triosa fosfato) de S.
cerevisiae (Alber et al. (1982), J. Mol. Appl. Genet 1,
p. 419-434, la proteinasa aspártica de Rhizomucor
miehei, alfa-amilasa neutra de A. Niger,
la alfa-amilasa estable ácida de A. Niger, la
glucoamilasa de A. niger, la lipasa de Rhizomucor
miehei, la proteasa alcalina de A. oryzae, la triosa
fosfato isomerasa de A. oryzae o la acetamidasa de A.
nidulans, y, los promotores mutados truncados, y/o híbridos de
los mismos.
Ejemplos de terminadores preferidos para células
huéspedes filamentosas fúngicas son obtenidos a partir de los genes
para TAKA amilasa de Aspergillus oryzae, glucoamilasa de
Aspergillus niger, antranilato sintasa de Aspergillus
nidulans, alfa-glucosidasa de Aspergillus
niger, y proteasa de tipo tripsina de Fusarium
oxysporum.
La secuencia de control puede también ser una
secuencia líder adecuada, una región no-traducida
de un ARNm que es importante para la traducción por la célula
huésped. La secuencia líder está operativamente enlazada al término
5' de la secuencia de nucleótidos que codifica el polipéptido.
Cualquier secuencia líder que sea funcional en la célula huésped de
elección puede ser usada en la presente invención.
Los líderes preferidos para células huéspedes
filamentosas fúngicas se obtienen a partir de los genes para TAKA
amilasa de Aspergillus oryzae y de la triosa fosfato
isomerasa de Aspergillus nidulans.
La secuencia de control puede también ser una
secuencia de poliadenilación, una secuencia operativamente enlazada
al término 3' de la secuencia de nucleótidos y la cual, al ser
transcrita, es reconocida por la célula huésped como una señal para
añadir residuos de poliadenosina al ARNm transcrito. Cualquier
secuencia de poliadenilación que sea funcional en la célula huésped
de elección puede ser usada en la presente invención.
Las secuencias de poliadenilación preferidas
para células huéspedes filamentosas fúngicas son obtenidas a partir
de los genes para TAKA amilasa de Aspergillus oryzae,
glucoamilasa de Aspergillus niger, antranilato sintasa de
Aspergillus nidulans, proteasa de tipo tripsina de
Fusarium oxysporum, y alfa-glucosidasa de
Aspergillus niger.
La secuencia de control puede también ser una
región de codificación del péptido señal que codifica para una
secuencia de aminoácidos enlazada al término amino de un polipéptido
y dirige el polipéptido codificado en la vía segregadora de la
célula. El extremo 5' de la secuencia de codificación de la
secuencia de nucleótidos puede intrínsecamente contener una región
de codificación del péptido señal naturalmente enlazada en el marco
de lectura de la traducción con el segmento de la región de
codificación que codifica el polipéptido segregado. De forma
alternativa, el extremo 5' de la secuencia de codificación puede
contener una región de codificación del péptido señal que es
externa a la secuencia de codificación. La región de codificación
del péptido señal externa puede ser requerida cuando la secuencia
de codificación naturalmente no contiene una región de codificación
del péptido señal. De forma alternativa, la región de codificación
del péptido señal externa puede simplemente reemplazar la región de
codificación del péptido señal natural para aumentar la secreción
del polipéptido. No obstante, cualquier región de codificación del
péptido señal que dirige el polipéptido expresado en la vía
segregadora de una célula huésped de elección puede ser usada en la
presente invención.
Las regiones de codificación del péptido señal
eficaces para las células huéspedes bacterianas son las regiones de
codificación del péptido señal obtenidas a partir de los genes para
amilasa maltogénica NCIB 11837 de Bacillus,
alfa-amilasa de Bacillus stearothermophilus,
subtilisina de Bacillus licheniformis,
alfa-amilasa de Bacillus licheniformis,
proteasas neutras de Bacillus stearothermophilus (nprT,
nprS, nprM), y prsA de Bacillus subtilis. Otros
péptidos señales adicionales están descritos por Simonen y Palva,
1993, Microbiological Reviews 57:
109-137.
Las regiones de codificación del péptido señal
eficaces para células huéspedes filamentosas fúngicas son las
regiones de codificación del péptido señal obtenidas a partir de
los genes para TAKA amilasa de Aspergillus oryzae, amilasa
neutra de Aspergillus niger, glucoamilasa de Aspergillus
niger, proteinasa aspártica de Rhizomucor miehei,
celulasa de Humicola insolens, y lipasa de Humicola
lanuginosa.
La secuencia de control puede también ser una
región de codificación del propéptido que codifica para una
secuencia de aminoácidos situada en el término amino de un
polipéptido. El polipéptido resultante es conocido como una
proenzima o propolipéptido (o un zimógeno en algunos casos). Un
propolipéptido es generalmente inactivo y puede ser convertido en un
polipéptido maduro activo por seccionamiento catalítico o
autocatalítico del propéptido del propolipéptido. La región de
codificación del propéptido puede ser obtenida a partir de los
genes para la proteasa alcalina de Bacillus subtilis (aprE),
proteasa neutra de Bacillus subtilis (nprT),
alfa-factor de Saccharomyces cerevisiae,
proteinasa aspártica de Rhizomucor miehei, y la casa de
Myceliophthora thennophila (WO 95/33836). Cuando ambas
regiones del péptido señal y del propéptido están presentes en el
término amino de un polipéptido, la región del propéptido está
situada junto al término amino de un polipéptido y la región del
péptido señal está situada junto al término amino de la región del
propéptido.
Puede también ser deseable añadir secuencias
reguladoras que permitan la regulación de la expresión del
polipéptido relativa al crecimiento de la célula huésped. Ejemplos
de sistemas reguladores son los que causan la expresión del gen
para ser activados o desactivados en respuesta a un estímulo
químico o físico, incluyendo la presencia de un compuesto regulador.
Los sistemas reguladores en los sistemas procarióticos incluyen los
sistemas del oprador lac, tac, y trp. En hongos
filamentosos, el promotor TAKA de alfa-amilasa, el
promotor de glucoamilasa de Aspergillus niger, y el promotor
de glucoamilasa de Aspergillus oryzae pueden ser usados como
secuencias reguladoras.
Otros ejemplos de secuencias reguladoras son las
que tienen en cuenta la amplificación génica. En los sistemas
eucarióticos, estos incluyen el gen de la
dihidrofolato-reductasa que es amplificado en
presencia de metotrexato, y los genes de la metalotioneina que son
amplificados con metales pesados. En estos casos, la secuencia de
nucleótidos que codifica el polipéptido sería operativamente
enlazada con la secuencia reguladora. El vector puede ser un vector
de replicación autónoma, es decir, un vector que existe como una
entidad extracromosómica, cuya replicación es independiente de la
replicación cromosómica, p. ej., un plásmido, un elemento
extracromosómico, un minicromosoma, o un cromosoma artificial.
El vector puede contener cualquier medio para
asegurar la autorreplicación. De forma alternativa, el vector puede
ser uno que al introducirse en la célula huésped, se integre en el
genoma y se replique con el(los) cromosoma(s) donde
haya sido integrado. Además, se puede usar un único vector o
plásmido o dos o más vectores o plásmidos que juntos contienen el
ADN total para ser introducido en el genoma de la célula huésped, o
en un transposón.
Los vectores de la presente invención
preferiblemente contienen uno o más marcadores seleccionables que
permiten una fácil selección de las células transformadas. Un
marcador seleccionable es un gen cuyo producto proporciona
resistencia biocida o vírica, resistencia a metales pesados,
prototrofía a auxótrofos, y similares. Ejemplos de marcadores
bacterianos seleccionables son los genes dal de Bacillus
subtilis o de Bacillus licheniformis, o los marcadores
que confieren resistencia a los antibióticos tal como resistencia a
la ampicilina, a la canamicina, al cloranfenicol o a la
tetraciclina. Los marcadores seleccionables para el uso en una
célula huésped filamentosa fúngica incluyen, pero no se limitan a,
amdS (acetamidasa), argB (omitina
carbamoiltransferasa), bar (fosfonitricina acetiltransferasa),
hygB (higromicina fosfotransferasa), niaD (nitrato
reductasa), pyrG
(orotidina-5'-fosfato-descarboxilasa),
sC (sulfato adeniltransferasa), trpC (antranilato
sintasa), así como equivalentes de los mismos.
Para el uso en una célula de Aspergillus
se prefieren los genes amdS y pyrG de Aspergillus
nidulans o de Aspergillus oryzae y el gen bar de
Streptomyces hygroscopicus.
Los vectores de la presente invención
preferiblemente contienen un(os) elemento(s) que
permite(n) la integración estable del vector en el genoma de
la célula huésped o la replicación autónoma del vector en la célula
independiente del genoma.
Para la integración en el genoma de la célula
huésped, el vector puede depender de la secuencia de nucleótidos
que codifica el polipéptido o cualquier otro elemento del vector
para la integración estable del vector en el genoma por
recombinación homóloga o no homóloga. De forma alternativa, el
vector puede contener secuencias de nucleótidos adicionales para
dirigir la integración por recombinación homóloga en el genoma de
la célula huésped. Las secuencias de nucleótidos adicionales
permiten que el vector sea integrado en el genoma de la célula
huésped en una(s) localización(es) precisa(s)
en el(los) cromosoma(s). Para aumentar la probabilidad
de integración en una ubicación precisa, los elementos
integracionales deberían preferiblemente contener un número
suficiente de nucleótidos, tal como de 100 a 1.500 pares de bases,
preferiblemente de 400 a 1.500 pares de bases, y más
preferiblemente de 800 a 1.500 pares de bases, que son altamente
homólogos a la secuencia meta correspondiente para aumentar la
probabilidad de recombinación homóloga. Los elementos
integracionales pueden ser cualquier secuencia que sea homóloga a
la secuencia meta en el genoma de la célula huésped. Además, los
elementos integracionales pueden ser secuencias de nucleótidos no
codificantes o codificantes. En cambio, el vector puede ser
integrado en el genoma de la célula huésped por recombinación no
homóloga.
Para la replicación autónoma, el vector puede
además comprender un origen de replicación que permita que el
vector se replique de manera autónoma en la célula huésped en
cuestión. Ejemplos de orígenes bacterianos de replicación son los
orígenes de replicación de los plásmidos pBR322; pUC19; pACYC177, y
pACYC184 que permiten la replicación en E. coli, y pUB110;
pE194; pTA1060, y pAM\beta1 que permiten la replicación en
Bacillus. Un ejemplo de una secuencia que asegura un
mantenimiento autónomo en una célula huésped filamentosa fúngica es
la secuencia AMA1. El origen de replicación puede ser uno que tenga
una mutación que haga su funcionamiento termosensible en la célula
huésped (ver, p. ej., Ehrlich, 1978, Proceedings of the National
Academy of Sciences USA 75:1433).
Más de una copia de una secuencia de nucleótidos
de la presente invención puede ser insertada en la célula huésped
para aumentar la producción del producto genético. Un aumento en el
número de copias de la secuencia de nucleótidos puede ser obtenido
mediante la integración de al menos una copia adicional de la
secuencia en el genoma de la célula huésped o mediante la inclusión
de un gen marcador seleccionable amplificable con la secuencia de
nucleótidos donde las células que contienen copias amplificadas del
gen marcador seleccionable, y por lo tanto las copias adicionales de
la secuencia de nucleótidos, pueden ser seleccionadas mediante el
cultivo de las células en presencia del agente apropiado
seleccionable.
La célula de la invención, que comprende sea un
constructo de ADN o sea un vector de expresión de la invención tal
como se ha definido anteriormente, es ventajosamente usado como una
célula huésped en la producción recombinante de una variante de la
alfa-amilasa de la invención. La célula puede ser
transformada con el constructo de ADN de la invención que codifica
la variante, convenientemente integrando el constructo de ADN (en
una o más copias) en el cromosoma huésped. Esta integración está
generalmente considerada como una ventaja ya que la secuencia de ADN
es más propensa a ser mantenida estable en la célula. La
integración de los constructos de ADN en el cromosoma huésped puede
ser realizada según los métodos convencionales, p. ej., por
recombinación homóloga o heteróloga. De forma alternativa, la
célula puede ser transformada con un vector de expresión según el
modo descrito anteriormente en relación con los diferentes tipos de
células huéspedes.
La célula de la invención puede ser una célula
de un organismo superior tal como un mamífero o un insecto, pero es
preferiblemente una célula microbiana, p. ej., una célula
bacteriana o fúngica (incluso de levadura).
Ejemplos de bacterias adecuadas son bacterias
gram-positivas tales como Bacillus subtilis,
Bacillus licheniformis, Bacillus lentus, Bacillus brevis, Bacillus
stearothermophilus, Bacillus alkalophilus, Bacillus
amylolicuefaciens, Bacillus coagulans, Bacillus circulans, Bacillus
lautus, Bacillus megaterium, Bacillus thuringiensis, o
Streptomyces lividans o Streptomyces murinus, o
bacterias gram-negativas tales como E. coli.
La transformación de las bacterias puede, por ejemplo, efectuarse
por transformación del protoplasto o usando células competentes en
cierto modo conocido per se.
La célula huésped puede también ser un hongo
filamentoso, p. ej., una cepa perteneciente a una especie de
Aspergillus, más preferiblemente de Aspergillus
oryzae o de Aspergillus Niger, o una cepa de
Fusarium, tal como una cepa de Fusarium oxisporium,
Fusarium graminearum (en el estado perfecto denominada
Gribberella zeae previamente Sphaeria zeae, sinónimo
de Gíbberella roseum y Gibberella roseum f. sp.
cerealis), o Fusarium sulphureum (en el estado perfecto
denominada Gibberella puricaris, sinónimo de Fusarium
trichothecioides, Fusarium bactridioides, Fusarium
sambucium, Fusarium roseum, y Fusarium roseum var.
graminearum), Fusarium cerealis (sinónimo de
Fusarium crokkwellnse), o Fusarium venenatum.
En una forma de realización preferida de la
invención la célula huésped es una cepa carente de proteasa o sin
proteasa. Ésta por ejemplo puede ser la cepa carente de proteasa
del género Aspergillus, en particular una cepa de A.
oryzae, tal como JaL 125 de A. oryzae que tiene el gen de
la proteasa alcalina denominado "alp" delecionado. Esta cepa
está descrita en WO 97/35956 (Novo Nordisk).
Las células de hongos filamentosos pueden ser
transformadas por un proceso que implica la formación de
protoplastos y la transformación de los protoplastos seguido de la
regeneración de la pared celular en cierto modo conocido per
se. El uso de Aspergillus como un microrganismo huésped
está descrito en EP 238 023 (Novo Nordisk), cuyos contenidos están
incorporados en la presente por referencia.
Un aspecto de la invención se refiere a una
célula huésped recombinante que comprende un constructo de ácidos
nucleicos tal como se ha definido anteriormente, o al menos una
copia de un vector de expresión tal como se ha definido
anteriormente.
Una forma de realización preferida se refiere a
una célula del aspecto precedente, que es un microorganismo;
preferiblemente una célula que es una bacteria o un hongo; más
preferiblemente una célula que es una bacteria grampositiva tal
como Bacillus subtilis, Bacillus licheniformis, Bacillus lentus,
Bacillus brevis, Bacillus stearothermophilus, Bacillus alkalophilus,
Bacillus amylolicuefaciens, Bacillus coagulans, Bacillus circulans,
Bacillus lautus o Bacillus thuringiensis; o más preferiblemente
una célula que es una cepa carente de proteasa del hongo
Aspergillus, en particular A. oryzae.
En otro aspecto adicional, la presente invención
se refiere a un método para producir una variante de la
alfa-amilasa de la invención, dicho método
comprende el cultivo de una célula huésped bajo condiciones
propicias para la producción de la variante y la recuperación la
variante de las células y/o del medio de cultivo.
El medio usado para cultivar las células puede
ser cualquier medio convencional adecuado para que la célula
huésped en cuestión crezca y para obtener la expresión de la
variante de la alfa-amilasa de la invención. Los
medios adecuados están disponibles por proveedores comerciales o
pueden ser preparados según recetas publicadas (p. ej., como se
describe en catálogos de la Colección Americana de Cultivos
Tipo).
La variante de la alfa-amilasa
segregada a partir de las células huéspedes pueden convenientemente
ser recuperadas del medio de cultivo por procedimientos bien
conocidos, incluyendo la separación de las células del medio por
centrifugado o filtración, y la precipitación de los componentes
proteínicos del medio mediante una sal tal como sulfato de amonio,
seguido del uso de procedimientos cromatográficos tales como la
cromatografía de intercambio fónico, la cromatografía de afinidad,
o similares.
Varios métodos para usar tales amilasas
producidas, así como otros usos más específicos están perfilados en
otros aspectos de la invención como se ha mencionado anteriormente
en el resumen de esta invención.
La presente invención proporciona un método de
utilización de alfa-amílasa codificada por los
polinucleótidos de la invención para producir glucosa o maltosa o
similares a partir de almidón.
Generalmente, el método incluye las fases de
hidrolización parcial del almidón precursor en presencia de la
alfa-amilasa y después hidrolización adicional de
la liberación de D-glucosa desde los extremos no
reductores del almidón o moléculas oligo y polisacáridas
relacionadas en presencia de glucoamilasa seccionando los enlaces
alfa-(1100 4) y alfa-(1100 6)
glucosídicos.
La hidrólisis parcial del precursor del almidón
que utiliza alfa-amilasa proporciona una ruptura
inicial de las moléculas del almidón al hidrolizar los enlaces
alfa-(1100 4) internos. En aplicaciones comerciales,
la hidrólisis inicial usando alfa-amilasa se realiza
a una temperatura de aproximadamente 105°C. Una concentración muy
alta de almidón es procesada, normalmente del 30% al 40% de sólidos
secos. La hidrólisis inicial es normalmente realizada durante
aprox. cinco minutos a esta temperatura elevada. El almidón
parcialmente hidrolizado puede después ser transferido a un segundo
tanque e incubado durante aproximadamente una hora a una
temperatura de 85° a 90°C para derivar en un equivalente de
dextrosa (D.E) de 10 a 15.
La fase de hidrolización adicional de la
liberación de D-glucosa de las extremidades no
reducidas del almidón o moléculas oligo y polisacáridas
relacionadas en presencia de glucoamilasa es normalmente realizada
en un tanque separado a una temperatura reducida entre 30° y 60°C.
Preferiblemente la temperatura del líquido del sustrato cae entre
55° y 60°C. El pH de la solución cae de 6 - 6.5 a una gama entre 3
y 5.5. Preferiblemente, el pH de la solución es de 4 a 4.5. La
glucoamilasa es añadida a la solución y la reacción se realiza
durante 24-72 horas, preferiblemente
36-48 horas.
Las alfa-amilasas codificadas
por los polinucleótidos de la invención pueden también ser usados
en los procesos de fabricación de la cerveza. Además, la
alfa-amilasa codificada por los polinucleótidos de
la invención pueden ser usados para la producción de la maltosa. El
jarabe rico en maltosa es normalmente producido como sigue. Para
producir "jarabe rico en maltosa" (conteniendo
50-55% de maltosa), el almidón es licuado hasta un
DE 10-20. El pH y la temperatura del almidón
licuado se ajusta a 65°C y a un pH alrededor de 5.0,
respectivamente, y está sujeto a la actividad de la
alfa-amilasa maltogénica (p. ej., amilasa de
Bacillus stearothermophilus, tal como Maltogenase^{TM}
4000 L, 0.4 L/T DS (Novozymes)), actividad pululanasa (p. ej.,
pululanasa de Bacillus, tal como Promozyme^{TM} 600 L, 0.3
L/T DS (Novozymes) y actividad alfa-amilasa (p.
ej., BAN 240 L o Termamyl^{TM} 120 L, tipo LS, 0.4 kg/T DS
(Novozymes) durante 24-41 horas. El tiempo de
procesamiento específico depende de la consecución del espectro del
sacárido deseado. Mediante el aumento de la dosificación de la
alfa-amilasa maltogénica y del contenido de
pululanasa, el contenido en maltosa puede ser aumentado.
De forma alternativa, "jarabe rico en
maltosa" puede ser producido primero mediante la licuefacción
del almidón hasta un DE 10-20 y luego ajustando el
pH y la temperatura a 55°C o superior y a un pH alrededor de 5.5 o
inferior, y luego sometiendo el almidón licuado a una actividad
alfa-amilasa fúngica (p. ej., amilasa de
Bacillus stearothermo- philus, tal como
Fungamyl^{TM} 800L (Novozymes) durante 22-44
horas. La dosificación de Fungamyl^{TM} 800L fúngico depende del
tiempo de sacarificación previsto, p. ej., 200 g/T DS durante 44
horas y 400 g/T DS durante 22 horas. Las
alfa-amilasas codificadas por los polinucleótidos de
la invención pueden sustituir el Fungamyl^{TM} 800L en el proceso
anterior, y luego la temperatura puede ser incluso más alta, y el pH
incluso inferior, dando como resultado un nivel de conversión más
rápido, y así una mejor economía global.
Para producir "jarabe rico en maltosa", el
almidón con contenido en maltosa del 55-65% de
almidón es licuado hasta DE 10-20. La temperatura y
el pH del almidón licuado es ajustado a 60°C o superior, y a un pH
alrededor de 6 o inferior, y está sujeto a la actividad
alfa-amilasa maltogénica (p. ej.,
Maltogenase^{TM} 4 000 L, 0.25-1.0 L/T d S
(Novozymes)), y actividad alfa-amilasa fúngica (p.
ej., amilasa de Aspergillus, tal como Fungamyl^{TM} 800 L,
0.4-1.0 kg/T DS (Novo Nordisk) durante
24-48 horas; o la alfa-amilasa
codificada por el polinucleótido de la invención durante un tiempo
más corto.
La variante de la alfa-amilasa
de la invención puede también ser usada en procesos de cocción. En
un aspecto la invención se refiere al uso de una variante de la
invención para la conversión del almidón, la producción del
alcohol, la fabricación de la cerveza, y la cocción al horno.
La invención también se refiere a un proceso de
producción de jarabe de maltosa que incluye las etapas de: 1)
licuefacción del almidón en presencia de una
alfa-amilasa; 2) dextrinización en presencia de una
variante de alfa- amilasa fúngica de la invención; y 3) recuperación
del jarabe; y purificación opcional del jarabe.
La alfa-amilasa usada para la
licuefacción en la fase 1) puede ser cualquier
alfa-amilasa. Las alfa-amilasas
preferidas son las alfa-amilasas de
Bacillus, tal como una alfa-amilasa del tipo
Termamyl, que incluya la alfa-amilasa de B.
licheniformis (comercialmente disponible como Termamyl^{TM}
(Novo Nordisk)), la alfa-amilasa de B.
amylolicuefaciens (vendida como BAN (Novo Nordisk), la
alfa-amilasa de B. stearothermophilus
(vendida como Termamyl^{TM} 120 L tipo S), las
alfa-amilasas derivadas de una cepa de Bacillus
sp. NCIB 12289, NCIB 12512, NCIB 12513 o DSM 9375, todas ellas
descritas con detalle en WO 95/26397, y la
alfa-amilasa descrita por Tsukamoto et al.,
Biochemical and Biophysical Research Communications, 151
(1988), pp. 25-31. Las alfa-amilasas
dentro de la definición de "alfa-amilasa de tipo
Termamyl" están definidas por ejemplo en WO 96123874 (Novo
Nordisk).
En otro aspecto la invención se refiere a un
proceso de producción de maltosa que incluye las etapas de: 1)
licuefacción del almidón a una temperatura de
140-160°C a un pH de 4-6, 2)
dextrinización a una temperatura en la gama de
60-95°C, en particular a 65-85°C,
tal como 70-80°C, a un pH 4-6 en
presencia de una variante de alfa-amilasa fúngica de
la invención; y 3) recuperación del jarabe; y purificación opcional
del jarabe.
En una forma de realización de la invención, se
añade una cantidad eficaz de glucoamilasa en la fase 2). El jarabe
en esta forma de realización (incluyendo el tratamiento con una
glucoamilasa) no es jarabe de maltosa, sino jarabe con un perfil de
azúcar diferente. La glucoamilasa puede ser una glucoamilasa de
Aspergillus, en particular una glucoamilasa de Aspergillus
Niger.
De forma alternativa, el proceso incluye las
etapas de: 1) licuefacción del almidón a una temperatura de 9
5-110°C a un pH de 4-6 en presencia
de una alfa-amilasa de Bacillus; 2)
licuefacción a una temperatura en la gama de
70-95°C a un pH 4-6 en presencia de
una alfa-amilasa codificada por un polinucleótido
tal y como se define en el primer aspecto de la invención, seguido
de la recuperación y/o purificación opcional del producto
obtenido.
Finalmente, algunos aspectos de la invención se
refieren a varios usos de detergentes. Un aspecto se refiere a un
aditivo detergente que comprende una alfa-amilasa
codificada por un polinucleótido tal y como se define en el primer
aspecto, opcionalmente en forma de un granulado no pulverulento,
líquido estabilizado o enzima protegida. Una forma de realización
preferida de este aspecto se refiere a un aditivo detergente que
contiene 0.02-200 mg de proteína enzimática/g de
aditivo. Otra forma de realización preferida se refiere a un
aditivo de detergente según el aspecto precedente, que
adicionalmente comprende otra enzima tal como una proteasa, una
lipasa, una peroxidasa, otra enzima amilolítica y/o una celulasa.
Otro aspecto se refiere a una composición de detergente que
comprende una alfa-amilasa codificada por un
polinucleótido tal y como se define en el primer aspecto, y una
forma de realización preferida de este aspecto se refiere a una
composición de detergente que adicionalmente comprende otra enzima
tal como una proteasa, una lipasa, una peroxidasa, otra enzima
amilolítica y/o una celulasa. Además otro aspecto se refiere a una
composición de detergente para lavavajillas manual o automático que
comprende una variante de la alfa-amilasa codificada
por un polinucleótido tal y como se define en el primer aspecto.
Una composición de detergente para lavavajillas preferido
adicionalmente comprende otra enzima tal como una proteasa, una
lipasa, una peroxidasa, otra enzima amilolítica y/o una celulasa. Un
aspecto relacionado de detergente final es una composición para el
lavado de la ropa manual o automático que comprende una variante de
la alfa-amilasa codificada por un polinucleótido tal
y como se define en el primer aspecto; y una composición para el
lavado de la ropa preferida comprende adicionalmente otra enzima
tal como una proteasa, una lipasa, una peroxidasa, una enzima
amilolítica y/o una
celulasa.
celulasa.
\newpage
Esta alfa-amilasa denominada
AM782 fue purificada del caldo de cultivo de la cepa termofílica
fúngica NN046782, y demostró ser más estable que la amilasa BAN
(Bacillus amylolicuefaciens) a 60, 70, y 80°C, a pH = 5.0,
6.0, y 7.0. Las características están resumidas como sigue:
Peso molecular (SDS) | \approx50 kDa (SDS-PAGE) | |
pl | pH 3.5 | |
Gama de pH activo | pH 3-9 | |
pH óptimo | pH 4-5 | |
Gama de temperatura activa | 30-80°C | |
Temperatura óptima | 70°C | |
Estabilidad del pH | estable a pH = 5,6,7. |
5.0 g extracto de levadura en polvo Difco; | 10.0 g de glucosa | |
20.0 g de agar; | 1000 ml de agua corriente | |
Autoclave a 121°C durante 15-20 min. |
30 g harina de soja, | 15 g maltosa | |
5 g peptona, | 1000 ml de H_{2}O | |
1 g de aceite de oliva (2 gotas/matraz) |
50 ml en 500 ml matraz de Erlenmeyer con 2
deflectores. Autoclave a 121°C durante 30 min.
Los hongos fueron dejados crecer en una placa de
agar YG (4.5 cm diámetro) durante 3 días a 45°C en la oscuridad y
usados para inocular un matraz de agitación. Las placas con
cultivos completamente desarrollados fueron almacenadas a 4°C antes
del uso.
Para la producción enzimática,
4-6 tapones de agar con cultivos fúngicos
completamente desarrollados en las placas anteriores fueron usados
para inocular un matraz de agitación con FG-4 y
dejados crecer a 45°C, a 160 rpm durante 72 horas, luego se
cosecharon por centrifugado del caldo de cultivo a 8000 rpm y 4°C
durante 30 minutos. El sobrenadante fue recogido y usado para la
purificación enzimática.
BAN estándar y Fungamyl^{TM} 800 L (Novozymes
A/S, Dinamarca) fueron usados como punto de referencia.
AZCL-amilosa (Megazyme) fue usada para el ensayo
enzimático.
Otros productos químicos y tampones
incluyen:
25 mM de Tris-HCl, pH 7.0, 25 mM
de tris-HCl; 1 M de NaCl, pH 7.0, 0.1 M de
Na_{3}PO_{4}/Ácido cítrico, pH 5.5; sulfato amónico; 0.1 M de
NaAc, pH 5.0, 0.1 M de MES, pH 6.0, 0.1 M de
tris-HCl, pH 7.0 tampón para perfil del pH:100 mM de
ácido succínico, 100 mM de HEPES, 100 mM de CHES, 100 mM de CABS, 1
mM de CaCl_{2}, 150 mM de KCl, 0.01% de Tritón
X-100 ajustado a valores de pH 2.0, 3.0, 4.0, 5.0,
6.0, 7.0, 8.0, 9.0, 10.0 y 11.0 con HCl o NaOH.
Los sobrenadantes fueron evaluados por su
actividad alfa-amilasa por un ensayo en placas de
microtitulación. Una solución del 0.2% de la
AZCL-amilosa del sustrato azul (Megazyme) fue
suspendida en un 0.1 M de tampón fosfato-citrato
(pH 5.5) o tampón tris-HCl (pH 7) bajo agitación. La
solución fue distribuida bajo agitación a una placa de
microtitulación (200 \mul para cada pocillo), 20 \mul de
muestra enzimática fueron añadidos y las placas fueron incubadas en
un termomezclador Eppendorf durante 15-30 minutos a
50°C y 650 rpm. La muestra de la enzima desnaturalizada fue
preparada a 100°C hirviéndola durante 20 min. y luego usada como
controles blancos. Tras la incubación, la solución coloreada fue
separada del sólido por centrifugado a 3000 rpm durante 5 minutos a
4°C. Luego 150 \mul de sobrenadante fue transferido a una placa de
microtitulación y la absorbencia fue medida en un lector de
microplacas BioRad a 595 nm.
Una solución del 0.2% de sustrato azul
AZCL-amilosa (Megazyme) fue suspendida en tampones
a diferentes valores de pH bajo agitación. Las soluciones fueron
distribuidas bajo agitación en tubos Eppendorf de 1.5 ml (900
\mul para cada uno), se añaden 100 \mum de muestra enzimática a
cada tubo y éstos fueron luego incubados al baño maría durante
10-60 min. a 50°C. Las muestras de la enzima
desnaturalizada (preparadas por ebullición a 100°C durante 20 min)
fueron usadas como controles blancos. Tras la incubación la
solución coloreada fue separada del sólido por centrifugado a 5000
rpm durante 10 minutos a 4°C. Luego 200 \mul de sobrenadante
fueron transferidos a una placa de microtitulación y la absorbancia
fue medida en un lector de microplacas BioRad a 595 nm.
El isoelectroenfoque se efectuó en una placa PAG
Ampholine a pH 3.5-9.5 (Pharmacia, Suecia) según las
instrucciones del fabricante. Las muestras fueron aplicadas por
triplicado y después de la electroforesis el gel fue dividido en
tres. Una sobrecapa que contenía el 1% de agarosa y el 0.4% de
AZCL-amilosa en un tampón a pH 5-7
fue vertida sobre cada parte del gel que fue incubado a 45°C
durante 12-16 horas. La actividad enzimática y el pl
de la proteína enzimática fueron identificados por las zonas
azules.
Para controlar la purificación y determinar el
peso molecular de la amilasa purificada, 30 \mul de muestras
enzimáticas fueron aplicadas al 12% de la electroforesis en gel
SDS-poli acrilamida. El gel fue realizado a 100 V
durante 1.5 hrs y coloreado con azul de Coomassie.
300 ml de sobrenadante de la cepa NN046782
fueron precipitados con sulfato amónico (80% de saturación) y
redisueltos en 20 ml de 25 mM de tampón tris-HCl,
pH 7.0, luego dializados contra el mismo tampón y filtrados a
través de un filtro de 0.45 mm, el volumen final fue 200 ml. La
solución fue aplicada a una columna de 35 ml Source 15Q (Phamacia)
equilibrada en 25 mM de tampón tris-HCl, pH 7.0, y
las proteínas fueron eluidas con un gradiente del NaCl lineal (0
-0.3 M). Las fracciones de la columna fueron analizadas por la
actividad amilasa en AZCL-amilosa a pH 5.5. Las
fracciones con actividad amilasa fueron agrupadas. Luego la
solución agrupada fue ultrafiltrada, la solución concentrada fue
aplicada a una columna de 180 ml Superdex75 equilibrada con 25 mM
de tris-HCl, pH 7.0, las proteínas fueron eluidas
con el mismo tampón. Las fracciones conteniendo la amilasa fueron
analizadas por SDS-PAGE y las fracciones puras
fueron agrupadas.
20 \mul de muestra enzimática y 200 \mul
0.2% de AZCL-amilosa en el sistema del tampón
siguiente (100 mM de ácido succínico, 100 mM de HEPES, 100 mM de
CHES, 100 mM de CABS, 1 mM de CaCl_{2}, 150 mM de KCl, 0.01% de
Triton X-100 ajustado a los valores de pH 2.0, 3.0,
4.0, 5.0, 6.0, 7.0, 8.0, 9.0, 10.0 y 11.0 con HCl o NaOH) con
diferente pH fueron mezclados en una placa de microtitulación y
colocados en hielo antes de la reacción. El ensayo fue iniciado
transfiriendo la placa de microtitulación a un termomezclador
Eppendorf, que fue preparado a una temperatura de ensayo de 50°C. La
placa fue incubada durante 20 minutos en el termomezclador
Eppendorf a un nivel de agitación de 650 rpm. La incubación fue
detenida transfiriendo la placa de nuevo al baño de hielo. Luego la
placa fue centrifugada en un centrifugador enfriado en hielo
durante unos minutos y 150 \mul de sobrenadante fueron
transferidos a una nueva placa de microtitulación. La absorbencia,
OD_{595}, fue leída como una medida de la actividad amilasa. Todas
las reacciones fueron hechas por triplicado, y un tampón ciego fue
incluido en el ensayo (en vez de la enzima). Las enzimas
comerciales BAN y Fungamyl^{TM} fueron usadas como controles
positivos. Los resultados están mostrados en la figura 1.
Tubos Eppendorf con 200 \mul del 0.2% de
AZCL-amilosa en 0.1 M de tampón
Na_{3}PO_{4}/ácido cítrico pH 5.5 fueron preincubados a 20, 30,
40, 50, 55, 60, 70, 80°C. El ensayo fue iniciado mediante la mezcla
de 20 \mul de muestra enzimática con el tampón. Los tubos fueron
incubados durante 10 minutos en el termomezclador Eppendorf a su
nivel de agitación máximo (1400 rpm). La incubación fue detenida
transfiriendo el tubo al baño de hielo. Luego los tubos fueron
centrifugados en un centrifugador enfriado en hielo durante unos
minutos y 150 \mul de sobrenadante fueron transferidos a una placa
de microtitulación. La OD_{695} fue leída como una medida de la
actividad amilasa. Toda la reacción fue realizada por triplicado y
un tampón ciego fue incluido en el ensayo (en vez de la enzima).
BAN y Fungamyl^{TM} fueron usados como control. Los resultados
están mostrados en la figura 2.
80 \mul de muestra enzimática (diluidos con
0.1 M de NaAc pH 5.0, 0.1 M de MES pH 6.0, 0.1 M de
tris-HCl pH 7.0 respectivamente) en un tubo
Eppendorf fueron incubados durante 5, 10, 15 y 20 minutos en el
termomezciador Eppendorf a 60, 70, 80°C y agitándose a 300 rpm. La
incubación fue detenida transfiriendo el tubo de nuevo al baño de
hielo. La muestra no incubada fue usada como control. Los 20 \mul
de la muestra incubada anterior fueron transferidos a una nueva
placa de microtitulación y 200 \mul del 0.2% de
AZCL-amilosa fueron añadidos en 0.1 M de tampón
Na_{3}PO_{4}/Cítrico pH 5.5. El ensayo fue iniciado
transfiriendo la placa de microtitulación a un termomezclador
Eppendorf, que fue preparado a la temperatura de ensayo de 50°C. La
placa fue incubada durante 30 minutos en el termomezciador
Eppendorf a un nivel de agitación de 650 rpm. La incubación fue
detenida transfiriendo de nuevo la placa al baño de hielo. Luego la
placa fue centrifugada en un centrifugador enfriado en hielo
durante unos minutos y 150 \mul de sobrenadante fueron
transferidos a una placa de microtitulación nueva. La OD_{595} fue
leída como una medida de la actividad amilasa. Toda la reacción fue
realizada por duplicado y un tampón ciego fue incluido en el ensayo
(en vez de la enzima). BAN y Fungamyl^{TM} fueron usados como
control. Los resultados están mostrados en las
Figuras 3-5.
Figuras 3-5.
La amilasa purificada fue evaluada en los
siguientes sustratos a pH 7.0: AZCL-galactomanano,
AZCL-beta-glucano,
AZCL-dextrano, AZCL-xiloglucano,
AZCL-patata galactano,
AZCL-arabinano, AZCL-pululano,
AZCL-xilano, AZCL- he-celulosa,
AZCL-caseína. No se detectó ninguna actividad
secundaria en ninguno de los substratos.
La pureza de la amilasa purificada fue
controlada en el 12% de SDS-PAGE, el peso molecular
de la enzima está alrededor de 50 kDa como se ha visto en
SDS-PAGE, el pl de AM782 está alrededor de pH 3.5
según se ha determinado por IEF.
Rhizomucor pusillus NN046782 fue
desarrollada a 45°C, 165 rpm durante 48 horas en un medio de FG4
con el 2% de almidón. El micelio fue cosechado por centrifugado a
7000 rpm durante 30 minutos. El micelio cosechado fue almacenado a
-80°C antes del uso para la extracción del ARN.
El ARN total fue extraído de 100 mg micelio
usando el RNeasy Mini Kit (Qiagen).
Se descubrió que la amilasa AM782 de
Rhizomucor pusillus NN046782 tenía la misma secuencia
N-terminal que un gen codificador de amilasa que
hemos identificado y secuenciado en un proyecto anterior a partir de
otra cepa Rhizomucor pusillus NN101459. Así dos cebadores
específicos fueron diseñados a partir de la secuencia de ADN
previamente determinada, y éstos fueron usados para la clonación de
la amilasa de NN046782.
Cebador AM298-CDSF | (SEC ID NO:1): | 5' tat cat gaa att cag cat | |
Cebador AM298-CDSR | (SEC ID NO:2): | 5' agt tca aaa tgg aca aag t |
Se usó el sistema de reacción PCR y condiciones
siguientes:
Pfu ADN polimerasa tampón 10 x PCR con MgSO_{4} | 5 \mul | |
10 mM de mezcla dNTP | 1 \mul | |
Cebador AM298-CDSF (10 \muM) | 1 \mul | |
Cebador AM298-CDSR (10 \muM) | 1 \mul | |
Pfu ADN polimerasa (3 u/\mul) | 0.5 \mul | |
Reacción de síntesis de ADNc (molde) | 2 \mu1 | |
Agua sometida a autoclave, destilada añadida a | 50 \mul |
\newpage
Condiciones:
95°C | 3 min | ||
95°C | 30 seg | ||
45 o 50 o 53°C | 30 seg | 40 ciclos | |
72°C | 3 min | ||
72°C | 7 min |
El producto de la PCR fue visto en gel de
agarosa y una banda específica fue identificada y purificada. Así
0.3 \mul de este producto de la PCR fue usado como molde en una
segunda PCR en las condiciones siguientes.
Pfu ADN polimerasa tampón 10 x PCR con MgSO_{4} | 5 \mul | |
10 mM mezcla dNTP | 1 \mul | |
Cebador AM298-CDSF (10 \muM) | 1 \mul | |
Cebador AM298-CDSR (10 \muM) | 1 \mul | |
Pfu ADN polimerasa (3 u/\mul) | 0.5 \mul | |
reacción de síntesis de ADNc | 0.3 \mul | |
Agua sometida a autoclave, destilada añadida a | 50 \mul |
Condiciones:
95°C | 3 min | ||
95°C | 30 seg | ||
55°C | 30 seg | 40 ciclos | |
72°C | 3 min | ||
72°C | 7 min |
Una banda específica con el tamaño de
aproximadamente 1.5 kb fue el resultado de esta amplificación. Una
cola poliA fue añadida usando Taq ADN polimerasa (producto de la
PCR 20 \mul, tampón 10 x 2 \mul, Mg 2+ 1 \mul, DATP (10 mM)
0.5 \mul, Taq polimerasa (5 unidad/\mul) 0.3 \mul) e
incubándose a 72°C durante 30 min. El fragmento con cola dA fue
recuperado del gel con el kti GFX y redisuelto en 30 \mul de agua.
Luego el fragmento purificado fue ligado en el vector
pGEM-T (mezclando el tampón 2 x 10 \mul,
T-vector (50 N g/l) 1 \mul, T4 ligasa (3 unidad/L)
1 \mul y el producto de la PCR purificado 8 \mul; luego se deja
reposar durante toda la noche a 4 grados), y se transforma en las
células competentes (condición de la transformación: 1 \mul de
solución de enlace y 40 \mul de célula competente DH10B en una
cubeta de 0.1 cm, 1.8 KV. 8 clones positivos fueron seleccionados
por la colonia PCR.
Tampón 10 x PCR | 5 \mu1 | |
25 mM de MgCl_{2} | 3 \mul | |
10 mM de mezcla dNTP | 1 \mul | |
AM298-CDSF | 1 \mul | |
AM298-CDSR | 1 \mul | |
pfu polimerasa | 1 \mul | |
Agua sometida a autoclave, destilada añadida a | 50 \mul |
Una colonia blanca fue transferida directamente
en una mezcla de PCR en la que sirvió como molde. Las condiciones
de la PCR fueron las siguientes:
94°C | 3 min | ||
94°C | 30 seg | ||
55°C | 30 seg | 30 ciclos | |
72°C | 1 min | ||
72°C | 10 min |
Después de la reacción PCR, 10 \mul de
productos de la PCR fueron cargados en el 1% de agarosa en un
tampón 0.5 x TBE y pasados a través del gel a 90 V durante 1 hora y
luego visualizados por UV, todas las colonias dieron resultado
positivo.
\newpage
Luego el plásmido fue extraído de 3 de estos 8
clones con el Wizards Plus Minipreps DNA Purification System
(Promega). Los plásmidos fueron ordenados usando el ET terminater
kit (Amersham) con los dos cebadores AM298-CDSF y
AM298-CDFR, y los 3 clones resulatron ser idénticos,
la secuencia de longitud total está mostrada en la SEC ID NO:3.
Un plásmido comprendiendo una secuencia de ADN
codificadora de la alfa-amilasa AM782 ha sido
transformada en una cepa Escherichia coli DH10B que fue
depositada por los Inventores conforme al Tratado de Budapest en el
Reconocimiento Internacional del Depósito de Microorganismos para
fines del Procedimiento en Materia de Patentes en el Deutsche
Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH, Mascheroder Weg
1b, D-38124 Braunschweig, República federal
alemana, el 29 de Noviembre de 2002 con el número de depósito DSM
15334. El depósito fue realizado por Novozymes A/S. Está
contemplado que la secuencia de ADN de este plásmido comprende la
secuencia de ADN de la SEC ID NO: 3.
Un análisis adicional de las secuencias del clon
de ADNc indicó que la secuencia contenía una región de codificación
de 1413 nucleótidos. El producto de la traducción de la región de
codificación es un péptido de 471 aminoácidos. La secuencia de
aminoácidos deducida codificada por este gen, con un péptido señal
(de aa 1-21) y un péptido maduro (de aa
22-471) está mostrada en la SEC ID NO:4.
La cepa BECh2 de A. oryzae usada como
huésped de la expresión tiene el siguiente genotipo:
amy^{-} alp^{-}, Npr^{-},
CPA^{-}, KA^{-}. E.coli DH5alpha
(Invitrogen^{TM}) fue usada como huésped de la donación en la
construcción del vector de expresión. Se utilizó el plásmido de
expresión pDAu7l (figura 6) conteniendo el gen amdS de A.
nidulans como marcador de la selección en Aspergillus y
el gen de resistencia a la ampicilina para la selección en E.
coli, dos copias del promotor NA2 (amilasa neutra) de A.
Niger con 3 sitios extra amyR + la parte 5' sin traducir del
promotor TPI de A. nidulans para la expresión heteróloga y el
terminador AMG de A. niger.
Tampón 10 x PCR (incl. MgCl_{2}) | 5 \mul | |
2.5 mM de mezcla dNTP | 5 \mul | |
168/R.p. amy3-forw (10 \muM) | 5 \mul | |
169/R.p. amy4-rev (10 \muM) | 5 \mul | |
Polimerasa Expand High Fidelity (Roche) | 0.5 \mul | |
Molde de ADN | 1 \mul | |
Agua sometida a autoclave, destilada añadida a | 50 \mul |
Condiciones:
95°C | 1 min | 1 ciclo | |
94°C | 30 seg | ||
60°C | 30 seg | 20 ciclos | |
72°C | 1.30 min | ||
72°C | 2 min | 1 ciclo |
Construcción del plásmido pPFJo143 (figura 7):
un fragmento de ADN conteniendo el gen AM782 fue amplificado por
PCR a partir de un plásmido conteniendo el ADNc de longitud total
con cebadores diseñados a partir de la secuencia completa:
Cebador 168/R.p. amy3-forw | (SEC ID NO: 5): | gaagatctaccatgaaattcagcatctctctc | |
Cebador 169/R.p. amy4-rev | (SEC ID NO:6): | ccgctcgagttaagcagaggtgaagatagc |
Los cebadores tienen los sitios de restricción
de la clonación BglII-XhoI, respectivamente, en los
extremos. Una agrupación del producto de la PCR de reacciones PCR
individuales fue usada para la clonación. El producto de la PCR fue
digerido con BglII y XhoI y clonado en pDAu7l,
digerido con BamHI y XhoI. El producto de la PCR fue secuenciado y
se comprobó que era idéntico a la secuencia original.
La transformación de BECh2 fue realizada por un
método que implicaba la formación de protoplastos y su
transformación. Los procedimientos adecuados para la transformación
en Aspergillus están descritos en EP 0 238 023 y en Yelton
et al., 1984, Proceedings of the National Academy of
Sciences USA 81: 1470-1474. Los transformantes
fueron aislados y dejados crecer en recipientes Nunc en 10 ml de YPM
(1% extracto de levadura, 2% Bacto-peptona, y 2%
maltosa) durante 3 días a 30°C (rotados).
Electroforesis en gel SDS-PAGE:
10 \mul de muestras de sobrenadantes de los cultivos de 10 ml
anteriormente descritos fueron sometidos a electroforesis en gel
SDS. Los geles fueron coloreados con SYPRO Orange Protein Gel Stain
(Molecular Probes).
La alfa-amilasa fue evaluada por
PNP como sigue. Se realizó una solución de trabajo: 5 ml de
solución de alfa-glucosidasa + 1 ml de solución de
sustrato (PNP-sustrato). Se usó Termamyl^{TM} como
estándar (concentraciones de 0-100 NU/ml). Tampón
para dilución: 50 mM de ácido acético, ácido bórico y ácido
fosforoso y 0.1 mM de CaCl_{2} + 0.25% de BRIJ35. 20 \mul de
sobrenadante en una placa de microtitulación fueron incubados
durante 2 mins. 200 \mul de solución de trabajo fueron añadidos.
Cinética a 405 nm durante 3 min.
ORF amplificado por la PCR fue clonado en el
vector de expresión pDAu71, dando como resultado pPFJo143 como se
describe en Materiales y Métodos (figura 7). El plásmido fue
transformado en BECh2 (A. oryzae). 10 transformantes fueron
aislados, dejados crecer en YPM durante 3 días y los sobrenadantes
fueron sometidos a SDS-PAGE. Estos niveles de
expresión mostraron variables que varían entre muy poca y bastante
buena expresión. El peso molecular está alrededor de 50 kDa,
conforme al resultado encontrado para la enzima de tipo salvaje. Se
eligió BECh2/pPFJo143-9 transformante para
fermentar para una purificación de la amilasa a poca escala. Un
ensayo de la alfa-amilasa fue realizado según
Materiales y Métodos (tabla 1). Se realizó con Termamyl^{TM} como
estándar - y las unidades son NU/ml - lo
que significa que sólo nos proporciona números relativos, pero podíamos ver que había una buena correlación entre actividad y cantidad de proteína.
que significa que sólo nos proporciona números relativos, pero podíamos ver que había una buena correlación entre actividad y cantidad de proteína.
Equipo Neto lab en baño maría termostatizado
DT1; peachímetro (Mettler MP220); sistema de HPLC Waters (A/P
TSCN-QI-2411); pipeta electrónica;
espectrofotómetro UV-1601; balanza (Mettler Ag 204);
Refractómetro.
250 ml de matraz con tapa; anillos pesados para
matraz; 500 ml de matraz volumétrico; 500 ml vaso de precipitación;
10 ml tubos de vidrio.
AM 782 alfa-amilasa a 0.225
FAU/ml, y como control una amilasa fúngica Fungamyl^{TM} 800 L
comercialmente disponible (Novozymes A/S. Dinamarca;
AFN-000515) a 0.135 FAU/g.ds.
La actividad alfa-amilasa puede
ser expresada en "Unidades de alfa-Amilasa
Fúngica" (FAU). Una (1) FAU es la cantidad de enzima que bajo
condiciones estándar (es decir a 37°C y pH 4.7) se fracciona en 5260
mg de almidón sólido (Amylum solubile, Merck) por hora. Un archivo
AF 9.1/3, describiendo este ensayo FAU con más detalles, está
disponible bajo pedido por Novozymes NS, Dinamarca, dicho archivo
está incluido en la presente por referencia.
DE 11 maltodextrina
FFS-99039.
Dos baños maría fueron preparados a una
temperatura de 55°C y 70°C respectivamente. 53 g de maltodextrina
fueron lentamente añadidos en 397 g de agua Milli-Q
hirviendo en un vaso de precipitado de cristal y agitados con un
agitador electrónico simultáneamente, hasta que toda la
maltodextrina fue disuelta en el agua. El peso de la solución de
maltodextrina fue observado, y se añadió más agua hirviendo hasta
450 g. La solución de maltodextrina fue transferida en el baño
maría y enfriada hasta la temperatura de la hidrólisis. Luego la
solución de maltodextrina fue dividida en dos partes iguales: una
parte fue ajustada a pH 5.0 con 1 N de HCl; el resto fue mantenida
a su pH natural (5.5). La concentración del sustrato fue controlada
por refractómetro (DS aproximadamente el 10%).
Las soluciones de la maltodextrina fueron
transferidas en cuatro frascos con tapas de 250 ml: Matraz #1 con
90 g de solución pH 5.5; Matraces #2 & #3 con 90 g de solución
pH 5.0; matraz #4 con 95 g de solución pH 5.5. Los matraces fueron
mantenidos al baños maría a la temperatura de la hidrólisis, los
matraces #1-3 a 70°C, y el matraz #4 a 55°C.
10 ml de enzima AM782 diluida (6 ml de muestra
de AM782 con 4 ml de agua Milli-Q) fueron añadidos
a cada uno de los matraces #1-3 conteniendo 90 g de
solución, y se añadieron 5 ml de Fungamyl^{TM} diluido (0.04 g de
Fungamyl en 100 ml de agua Milli-Q) al matraz #4
conteniendo 95 g de solución. De esta manera, se dosificó AM782 y
Fungamyl^{TM} al mismo nivel de actividad, es decir 0.135
FAU/g.ds.
El pH de cada matraz fue controlado y el DS de
cada matraz fue medido por muestreo a T=0 horas. Después se tomaron
muestras de 4 ml de cada matraz de agitación a T=3, 6, 9, 21, 24,
28, 45, y 48 horas tras la incubación al baño maría.
Las enzimas en las muestras de la hidrólisis
fueron inactivadas inmediatamente después del muestreo hirviendo
las muestras durante 15 minutos, y luego enfriándolas hasta la
temperatura ambiente para el análisis de HPLC. Tras el
enfriamiento, pH y DS fueron medidos por cada muestra para
determinar la dilución de la muestra, y luego la muestra fue diluida
con agua Milli-Q hasta una concentración de DS=5%.
Las muestras fueron mezcladas con resina de intercambio iónico de
lecho mezclado (Bio-Rad AG 501/X8 (D)) y se dejaron
reposar durante 20 minutos, esto eliminó la ceniza y el N soluble de
las muestras. Las muestras fueron luego filtradas a través de un
filtro de 0.2 \muM (Sartorius MINISART^{TM} NML 0.2 micras) y
las muestras filtradas fueron recogidas en botellas de HPLC y
analizadas por HPLC. Los resultados están proporcionados en las
tablas 2-4 a continuación, y en la figura 8.
Este experimento indicó que la amilasa AM782
puede funcionar a una temperatura muy alta, al menos hasta 70°C. La
amilasa AM782 tiene una velocidad de reacción muy rápida; al
compararse en la misma dosificación con Fungamyl^{TM} 800 L, la
amilasa AM782 puede conseguir en aproximadamente 3 horas, lo que el
Fungamyl^{TM} tarda de 24 a 48 horas. Además, la amilasa AM782
puede degradar DP3 en DP2 y DP1, así proporciona un resultado de
DP1 mayor.
<110> Novozymes A/S
\hskip1cmWu, Wenping
\hskip1cmTang, Lan
\hskip1cmDuan, Junxin
\hskip1cmJohannesen, Pia Francke
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<120> Amilasas termoestables
\vskip0.400000\baselineskip
<130> 10348.000-DK
\vskip0.400000\baselineskip
<160> 6
\vskip0.400000\baselineskip
<170> PatentIn version 3.1
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 1
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
AM298-CDSF
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 1
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskiptatcatgaaa ttcagcat
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 2
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador
AM298-CDSR
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 2
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipagttcaaaat ggacaaagt
\hfill19
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 3
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 1438
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Rhizomucor pusillus
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> CDS
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (5)..(1417)
\vskip0.400000\baselineskip
<223>
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> sig péptido
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (5)..(68)
\vskip0.400000\baselineskip
<223>
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> mat péptido
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (68)..()
\vskip0.400000\baselineskip
<223>
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 3
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 4
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 471
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Rhizomucor pusillus
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 4
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 5
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 32
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador 168/R.p.
amy3-forw
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 5
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\hskip-.1em\dddseqskipgaagatctac catgaaattc agcatctctc tc
\hfill32
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<210> 6
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<211> 30
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Secuencia artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Cebador 169/R.p.
amy4-rev
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<400> 6
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\hskip-.1em\dddseqskipccgctcgagt taagcagagg tgaagatagc
\hfill30
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Claims (25)
1. Polinucleótido aislado que comprende un marco
de lectura abierto que codifica un polipéptido con actividad
alfa-amilasa, el polipéptido seleccionado del grupo
que se compone de:
a) un polipéptido que comprende una secuencia de
aminoácidos que tiene al menos el 70% de identidad con los
aminoácidos 22 a 450 de la SEC ID NO:4;
b) un polipéptido que comprende una secuencia de
aminoácidos que tiene al menos el 70% de identidad con el
polipéptido codificado por la parte codificadora de la amilasa del
polinucleótido insertado en un plásmido presente en el huésped de
E. coli depositado conforme al Tratado de Budapest con DSMZ
bajo el número de accesión DSM 15334;
c) un polipéptido codificado por un
polinucleótido que comprende una secuencia de nucleótidos que tiene
al menos el 70% identidad con la secuencia mostrada desde la
posición 68 a 1417 en la SEC ID NO:3; y
d) un fragmento de (a), (b) o (c) que tiene
actividad alfa-amilasa.
2. Polinucleótido según la reivindicación 1,
donde el polipéptido es una variante artificial que comprende una
secuencia de aminoácidos que tiene uno o más
truncamiento(s), y/o al menos una sustitución, deleción, y/o
inserción de un aminoácido en comparación con los aminoácidos 22 a
450 de la SEC ID NO:4.
3. Polinucleótido según la reivindicación 1 o 2,
donde el polipéptido comprende una secuencia de aminoácidos que
tiene al menos el 70% de identidad con los aminoácidos 22 a 450 de
la SEC ID NO:4.
4. Polinucleótido según cualquiera de las
reivindicaciones 1-3, donde el polipéptido
comprende los aminoácidos 22 a 450 de la SEC ID NO:4.
5. Polinucleótido según cualquiera de las
reivindicaciones 1-4, donde el polipéptido consiste
en los aminoácidos 22 a 450 de la SEC ID NO:4.
6. Constructo de ácidos nucleicos que comprende
un polinucleótido tal y como se define en cualquiera de las
reivindicaciones 1 - 5 operativamente enlazado a una o más
secuencias de control que dirigen la producción del polipéptido en
una célula huésped adecuada.
7. Vector de expresión recombinante que
comprende un constructo de ácidos nucleicos tal y como se define en
la reivindicación 6.
8. Célula huésped recombinante que comprende un
constructo de ácidos nucleicos tal y como se define en la
reivindicación 6, o al menos una copia de un vector de expresión tal
y como se define en la reivindicación 7.
9. Célula según la reivindicación 8, que es un
microorganismo.
10. Célula según la reivindicación 9, que es una
bacteria o un hongo.
11. Célula según la reivindicación 10, que es
una bacteria grampositiva tal como Bacillus subtilis, Bacillus
licheniformis, Bacillus lentus, Bacillus brevis, Bacillus
stearothermophilus, Bacillus alkalophilus, Bacillus
amylolicuefaciens, Bacillus coagulans, Bacillus circulans, Bacillus
lautus o Bacillus thuringiensis.
12. Célula según la reivindicación 10, que es
una cepa carente de proteasa del hongo Aspergillus, en
particular A. oryzae.
13. Método para la producción de un polipéptido
con actividad alfa-amilasa codificado por un
polinucleótido tal y como se define en cualquiera de las
reivindicaciones 1-5, el método comprendiendo:
(a) el cultivo de una célula huésped
recombinante tal y como se define en cualquiera de las
reivindicaciones 8-12 bajo las condiciones propicias
para la producción del polipéptido; y
(b) la recuperación del polipéptido.
14. Método para producir un derivado de almidón
modificado enzimáticamente, en el que se utiliza un polipéptido con
actividad alfa-amilasa producido según un método tal
y como se define en reivindicación 13 para la licuefacción y/o
sacarificación del almidón.
15. Método para producir jarabes ricos en
maltosa, en el que se utiliza un polipéptido con actividad
alfa-amilasa producido según un método tal y como
se define en reivindicación 13 para la licuefacción del almidón.
16. Método para desencolado textil, en el que se
usa un polipéptido con actividad alfa-amilasa
producido según un método tal y como se define en reivindicación 13
para el tratamiento textil.
17. Proceso de fabricación, en el que se añade
un polipéptido con actividad alfa-amilasa producido
según un método tal y como se define en reivindicación 13 durante
la fermentación del mosto.
18. Proceso de producción de alcohol, en el que
se usa un polipéptido con actividad alfa-amilasa
producido según un método tal y como se define en la reivindicación
13 para la licuefacción del almidón en una pasta de destilería.
19. Proceso, en el que un producto amasado que
comprende un polipéptido con actividad alfa-amilasa
producido según un método tal y como se define en reivindicación 13
es horneado.
20. Uso de un polipéptido con actividad
alfa-amilasa producido según un método tal y como
se define en la reivindicación 13 en un proceso de conversión del
almidón para licuefacción y/o sacarificación.
21. Uso de un polipéptido con actividad
alfa-amilasa producido según un método tal y como
se define en la reivindicación 13 para la licuefacción del almidón
en un proceso de producción de jarabe rico en maltosa.
22. Uso de un polipéptido con actividad
alfa-amilasa producido según un método tal y como
se define en la reivindicación 13 para el desencolado textil.
23. Uso de un polipéptido con actividad
alfa-amilasa producida según un método tal y como
se define en la reivindicación 13 para la producción de
alcohol.
24. Uso de un polipéptido con actividad
alfa-amilasa producido según un método tal y como
se define en la reivindicación 13 para la fabricación de la
cerveza.
25. Uso de un polipéptido con actividad
alfa-amilasa producido según un método tal y como
se define en la reivindicación 13 para la cocción al horno.
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