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Die
vorliegende Erfindung hat die Verwendung von DNA-Sequenzen, die
für eine
Cinnamoyl-CoA-Reduktase (CCR) bei Pflanzen codieren, oder von Fragmenten
dieser Sequenzen oder auch von Sequenzen, die von Letzteren abgeleitet
sind, oder von ihren komplementären
Sequenzen im Rahmen der Umsetzung von Verfahren zur Regulierung
des Ligningehalts bei Pflanzen zum Gegenstand.
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Das
Lignin ist ein komplexes, heterogenes, aromatisches Polymer, das
die Wände
bestimmter Pflanzenzellen impermeabel macht und verstärkt.
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Lignin
wird durch Polymerisation von freien Radikalen gebildet, die von
Monolignolen wie para-Cumaryl-, Coniferyl- und Sinapylalkoholen
stammen (Higuchi, 1985, in: Biosynthesis und degradation of wood
components (T. Higuchi ed.), Academic Press, Orlandon, FL, pp. 141–160).
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Die
Lignine weisen eine große
Variation in ihrem relativen Gehalt an Monolignolen auf, abhängig von der
Sorte und den verschiedenen Geweben innerhalb ein und derselben
Pflanze.
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Diese
Variation ist wahrscheinlich zurückzuführen auf
und gesteuert durch die verschiedenen Aktivitäten und Spezifitäten von
Substraten, für
die Biosynthese der Ligninmonomere notwendigen Enzymen (Higuchi, 1985,
loc. cit.).
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Neben
seiner Rolle bei der Struktur und der Entwicklung von Pflanzen stellt
das Lignin einen Hauptbestandteil der terrestrischen Biomasse dar
und weist eine große ökonomische
und ökologische
Bedeutung auf (Brown, 1985, J. Appl. Biochem., 7, 371–387; Whetten
und Sederoff, 1991, Forest Ecology und Management, 43, 301–316).
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Hinsichtlich
der Verwertung der Biomasse ist es angebracht, zuerst anzumerken,
dass Lignin ein begrenzender Faktor für die Verdaulichkeit und die
Futterverwertung von Futterpflanzen ist. Tatsächlich ist klar gezeigt, dass
die Verdaulichkeit von Futterpflanzen durch Wiederkäuer indirekt
proportional zum Ligningehalt dieser Pflanzen ist, wobei die Beschaffenheit
der Lignine ebenfalls ein bestimmender Faktor bei diesem Phänomen ist
(Buxton und Roussel, 1988, Crop. Sci., 28, 553–558; Jung und Vogel, 1986,
J. Anim. Sci., 62, 1703–1712).
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Unter
den Hauptfutterpflanzen, bei denen es interessant wäre, die
Ligningehalte zu verringern, kann man nennen: Luzerne, Schwingel,
Mais, Futtermittel, die zur Ensilage verwendet werden, ...
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Anzumerken
ist auch, dass hohe Ligningehalte teilweise für die begrenzte Qualität von Sonnenblumenkuchen,
die für
die Ernährung
von Vieh bestimmt sind, und die Verminderung der Keimfähigkeit
bestimmter Samen auf dem Gebiet des Gartenbaus verantwortlich sind.
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Man
kann auch hervorheben, dass die starke Lignifizierung, die sich
während
der Aufbewahrung von Pflanzenbestandteilen nach der Ernte einstellt,
Erzeugnisse wie Spargel, Yamswurzel, Karotten etc. rasch für den Verzehr
ungeeignet macht.
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Außerdem muss
man auch anmerken, dass mehr als 50 Millionen Tonnen Lignine jedes
Jahr im Rahmen der Herstellung von Papierbrei in der Papierindustrie
aus der holzigen Substanz extrahiert werden. Dieser Extraktionsvorgang,
der notwendig ist, um Cellulose zu erhalten, ist energetisch kostspielig
und verursacht zweitens Verschmutzung durch die für die Extraktion
verwendeten Chemikalien, die man in der Umwelt wiederfindet (Dean
und Eriksson, 1992, Holzforschung, 46, 135–147; Whetten und Sederoff,
1991, loc. cit.).
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Eine
Reduktion der Ligninanteile (die je nach Sorte 20 bis 30% der Trockensubstanz
ausmachen) um einige Prozent (2 bis 5%) würde einen Ertragsanstieg, eine
wesentliche Ersparnis (chemische Produkte) darstellen und zur Verbesserung
der Umwelt (Verringerung der Verschmutzung) beitragen. In Anbetracht
des Ausmaßes
der Verwendung von holzigem Material hätten diese Folgeerscheinungen
sehr bedeutende Rückwirkungen.
In diesem Fall könnten
die betroffenen Sorten Pappel, Eukalyptus, Acacia mangium, die Gattung
Casuarina und die Gesamtheit der Angiospermen und Gymnospermen,
die für
die Herstellung von Papierbrei verwendet werden, sein.
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Es
ist klar, dass auf den beiden betrachteten Gebieten die Reduktion
der Ligningehalte gemäßigt sein muss,
um bei der Pflanze (oder bei dem Baum) ihre bzw. seine Merkmale
der Steifheit und ihre bzw. seine normale Architektur zu erhalten,
da die Lignine, die die Zellwände
festigen, eine wichtige Rolle beim Erhalt des aufrechten Wuchses
von Pflanzen spielen.
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Die
natürlichen
Schwankungen in den Ligningehalten, die in der Natur für ein und
dieselbe Sorte beobachtet werden (Unterschiede zwischen Individuen
können
bis zu 6 bis 8% der Trockenmasse betragen), erlauben die vorgeschlagene
höhere
Verringerung.
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Der
Widerstand gegenüber
dem Abbau von Lignin ebenso wie die Schwierigkeiten, denen man im
Zusammenhang mit seiner Extraktion begegnet, sind wahrscheinlich
auf die komplexe Struktur dieses Polymers zurückzuführen, das aus Etherbindungen
und Kohlenstoff-Kohlenstoff-Bindungen zwischen den Monomeren aufgebaut
ist, sowie auf zahlreiche chemische Bindungen, die zwischen dem
Lignin und anderen Bestandteilen der Zellwand bestehen (Sarkanen
und Ludwig, 1971, in: Lignins: Occurrence, Formation, Structure
und Reactions (K. V. Sarkanen und C. H. Ludwig eds), New York: Wiley-
Interscience, pp. 1–18).
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Ausgehend
von Cinnamoyl-CoA wird die Biosynthese der Lignine bei Pflanzen
auf folgende Weise bewirkt:
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Ein
Ansatz, die Reduktion des Ligningehaltes in Pflanzen durch Gentechnologie
zu versuchen, wäre die
Hemmung der Synthese eines der Enzyme der Biosynthesekette dieser
Lignine, die oben angegeben sind.
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Eine
besonders geeignete Technik im Rahmen eines solchen Ansatzes ist
die Verwendung von Antisense-mRNA, die in der Lage ist, mit der
mRNA, die für
diese Enzyme codiert, zu hybridisieren und folglich, zumindest teilweise,
die Produktion dieser Enzyme von ihrer entsprechenden mRNA zu verhindern.
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Eine
solche Antisense-Strategie, die mit Hilfe des Gens, das für die CAD
bei Tabak codiert, realisiert wurde, ist Gegenstand der europäischen Patentanmeldung
Nr. 584 117, die die Verwendung von Antisense-mRNA beschreibt, die
fähig ist,
die Produktion von Ligninen bei Pflanzen durch Hybridisierung mit
der mRNA, die für
die CAD bei diesen Pflanzen codiert, zu hemmen.
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Die
Ergebnisse im Bereich der so transformierten Pflanzen zeigen eine
Reduktion der Aktivität
der CAD, aber paradoxerweise zeigen die Ligningehalte keine Veränderung.
Ergänzende
Studien zeigen, dass die Lignine von transformierten Pflanzen von
Vergleichsligninen verschieden sind, da die Cinnamylaldehyde direkt in
das Ligninpolymer eingebaut sind.
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Eines
der Ziele der vorliegenden Erfindung ist genau jenes, ein Verfahren
bereitzustellen, das es erlaubt, die Ligningehalte in Pflanzen wirksam
zu regulieren, sei es im Sinne einer beträchtlichen Verringerung dieser
Gehalte in Bezug auf die normalen Gehalte in den Pflanzen, sei es
im Sinne einer Erhöhung
dieser Gehalte.
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Ein
anderes Ziel der vorliegenden Erfindung ist es, Mittel für die Durchführung eines
solchen Verfahrens und insbesondere Konstruktionen, die für die Transformation
von Pflanzen verwendet werden können,
zu liefern.
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Ein
anderes Ziel der vorliegenden Erfindung ist es, genetisch transformierte
Pflanzen zu liefern, insbesondere Futterpflanzen, die geeignet sind,
besser als nichttransformierte Pflanzen verdaut zu werden, oder auch
transformierte Pflanzen oder Bäume
für die
Herstellung von Papierbrei, wobei die Extraktion der Lignine erleichtert
und weniger verschmutzend ist als im Falle von nichttransformierten
Bäumen.
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Ein
anderes Ziel der vorliegenden Erfindung ist es, transformierte Pflanzen
zu liefern, die gegen Umweltangriffe, insbesondere Parasitenbefall,
resistenter sind als nichttransformierte Pflanzen, oder auch transformierte
Pflanzen, die größer oder
kleiner sind (als die nichttransformierten Pflanzen).
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Die
vorliegende Erfindung betrifft die Verwendung von rekombinanten
Nucleotidsequenzen, die eine (oder mehrere) codierende Region(en)
enthalten, wobei diese codierende(n) Region(en) aus einer Nucleotidsequenz
gebildet wird (werden), die aus den Folgenden ausgewählt ist:
- – die
Nucleotidsequenz, die durch SEQ ID NO 1 dargestellt wird, die für eine mRNA
codiert, wobei die mRNA selbst für
die Cinnamoyl-CoA-Reduktase (CCR) der Luzerne codiert, die durch
SEQ ID NO 2 dargestellt wird,
- – die
Nucleotidsequenz, die durch SEQ ID NO 3 dargestellt wird, die für eine mRNA
codiert, wobei die mRNA selbst für
die CCR von Mais codiert, die durch SEQ ID NO 4 dargestellt wird,
- – ein
Fragment der Nucleotidsequenz, die durch SEQ ID NO 1 dargestellt
wird, oder jener, die durch SEQ ID NO 3 dargestellt wird, wobei
dieses Fragment für
ein Fragment der CCR, die durch SEQ ID NO 2 dargestellt wird, bzw.
für ein
Fragment der CCR, die durch SEQ ID NO 3 dargestellt wird, codiert
und wobei dieses CCR-Fragment eine enzymatische Aktivität aufweist,
die jener der beiden oben genannten CCRs äquivalent ist,
- – die
Nucleotidsequenz, die komplementär
zu jener ist, die durch SEQ ID NO 1 oder SEQ ID NO 3 dargestellt
wird, wobei diese komplementäre
Sequenz für
eine Antisense-mRNA codiert, die in der Lage ist, mit der mRNA zu
hybridisieren, die durch die Sequenzen SEQ ID NO 1 bzw. SEQ ID NO
3 codiert wird,
- – ein
Fragment der Nucleotidsequenz, die komplementär zu jener ist, die durch SEQ
ID NO 1 oder SEQ ID NO 3 dargestellt wird, wobei dieses Sequenzfragment
für eine
Antisense-mRNA codiert, die in der Lage ist, mit der mRNA, die selbst
für die
CCR codiert, die durch SEQ ID NO 2 dargestellt wird, bzw. mit der
mRNA, die selbst für
die CCR codiert, die durch SEQ ID NO 4 dargestellt wird, zu hybridisieren,
- – die
Nucleotidsequenz, die von der Sequenz, die durch SEQ ID NO 1 oder
SEQ ID NO 3 dargestellt wird, abgeleitet ist, insbesondere durch
Mutation und/oder Addition und/oder Suppression und/oder Substitution eines
oder mehrerer Nucleotide, wobei diese abgeleitete Sequenz entweder
für eine
mRNA codiert, die selbst für
die CCR codiert, die durch SEQ ID NO 2 bzw. SEQ ID NO 4 dargestellt
wird, oder für
ein Fragment oder ein von Letzteren abgeleitetes Protein, wobei
dieses Fragment oder abgeleitete Protein eine enzymatische Aktivität aufweist,
die äquivalent
zu jener der genannten CCRs bei den Pflanzen ist,
- – die
Nucleotidsequenz, die von der oben genannten komplementären Nucleotidsequenz
oder dem Fragment dieser komplementären Sequenz, wie es oben beschrieben
ist, durch Mutation und/oder Addition und/oder Suppression und/oder
Substitution eines oder mehrerer Nucleotide abgeleitet ist, wobei
diese abgeleitete Sequenz für
eine Antisense-mRNA codiert, die in der Lage ist, mit einer der
oben genannten mRNAs zu hybridisieren,
für die Transformation
von Pflanzenzellen, um transgene Pflanzen zu erhalten, in denen
die Ligninbiosynthese im Sinne einer Erhöhung oder im Sinne einer Verringerung
der Gehalte an produzierten Ligninen im Vergleich zu den normalen
Gehalten an in den Pflanzen produzierten Ligninen und/oder im Sinne
einer Modifizierung der Zusammensetzung der Lignine, die durch die
transgenen Pflanzen produziert werden, im Vergleich zu Ligninen,
die bei nichttransformierten Pflanzen produziert werden, reguliert
wird, insbesondere durch Umsetzung eines der nachstehend beschriebenen
Verfahren zur Regulierung der Ligninmenge bei den Pflanzen.
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Unter "abgeleiteter Nucleotidsequenz" versteht man im
bisherigen und im folgenden Text jede Sequenz, die mindestens ungefähr 50% (vorzugsweise
mindestens 70%) Nucleotide aufweist, die homolog mit jenen der Sequenz
sind, von der sie abgeleitet ist.
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Unter "abgeleitetem Protein" versteht man im
bisherigen und im folgenden Text jedes Protein, das mindestens ungefähr 50% (vorzugsweise
mindestens 70%) Aminosäuren
aufweist, die homolog zu jenen des Proteins sind, von dem es abgeleitet
ist.
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Die
vorliegende Erfindung hat insbesondere jede DNA-Sequenz zum Gegenstand,
die dadurch gekennzeichnet ist, dass sie als codierende Region enthält:
- – die
Nucleotidsequenz, die durch SEQ ID NO 1 dargestellt wird, welche
für eine
mRNA codiert, welche mRNA selbst für die CCR codiert, die durch
SEQ ID NO 2 dargestellt wird, oder
- – ein
Fragment der oben genannten Nucleotidsequenz, wobei das Fragment
für ein
Fragment der CCR codiert, die durch SEQ ID NO 2 dargestellt wird,
und wobei das Fragment der CCR eine enzymatische Aktivität aufweist,
die zu jener der oben genannten CCR äquivalent ist, oder
- – jede
Nucleotidsequenz, die von der oben genannten Sequenz, die durch
SEQ ID NO 1 dargestellt wird, oder einem Fragment dieser Sequenz,
wie es oben beschrieben ist, abgeleitet ist, insbesondere durch
Mutation und/oder Addition und/oder Suppression und/oder Substitution
eines oder mehrerer Nucleotide, wobei diese abgeleitete Sequenz
für eine
mRNA codiert, die selbst für
die CCR codiert, die durch SEQ ID NO 2 dargestellt wird, oder für ein Protein,
das von Letzterer abgeleitet ist und eine enzymatische Aktivität aufweist,
die äquivalent
zu jener der genannten CCR bei den Pflanzen ist.
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Die
vorliegende Erfindung hat insbesondere jede DNA-Sequenz zum Gegenstand,
die dadurch gekennzeichnet ist, dass sie als codierende Region enthält:
- – die
Nucleotidsequenz, die durch SEQ ID NO 3 dargestellt wird, die für eine mRNA
codiert, wobei diese mRNA selbst für die CCR codiert, die durch
SEQ ID NO 4 dargestellt wird, oder
- – ein
Fragment der oben genannten Nucleotidsequenz, wobei dieses Fragment
für ein
Fragment der CCR codiert, die durch SEQ ID NO 4 dargestellt wird,
wobei dieses Fragment der CCR eine enzymatische Aktivität aufweist,
die äquivalent
zu jener der oben genannten CCR ist, oder
- – jede
Nucleotidsequenz, die von der oben genannten Sequenz, die durch
SEQ ID NO 3 dargestellt wird, oder einem Fragment dieser Sequenz,
wie es oben beschrieben ist, abgeleitet ist, insbesondere durch
Mutation und/oder Addition und/oder Suppression und/oder Substitution
eines oder mehrerer Nucleotide, wobei diese abgeleitete Sequenz
für eine
mRNA codiert, die selbst für
die CCR codiert, die durch SEQ ID NO 4 dargestellt wird, oder für ein Protein,
das von Letzterer abgeleitet ist und eine enzymatische Aktivität aufweist,
die äquivalent
zu jener der genannten CCR bei den Pflanzen ist.
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Unter
einem Protein, das eine enzymatische Aktivität aufweist, die äquivalent
zu jener der CCR ist, die bei den Pflanzen vorhanden sind, und insbesondere
der CCR, die durch SEQ ID NO 2 und SEQ ID NO 4 dargestellt werden,
versteht man alle Proteine, die eine CCR-Aktivität aufweisen, wie sie nach dem
Verfahren von Luderitz und Grisebach, veröffentlicht in Eur. J. Biochem.
(1981), 119: 115–127,
gemessen wird.
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Zum
Zweck der Illustration: Dieses Verfahren wird durch eine spektralphotometrische
Messung der reduzierenden Aktivität des Proteins (CCR oder abgeleitet)
realisiert, indem das Verschwinden von Cinnamoyl-CoA bei 366 nm
verfolgt wird. Die Reaktion läuft
bei 30°C
während
2 bis 10 min ab. Die Zusammensetzung des Reaktionsmediums ist wie
folgt: Phosphatpuffer 100 mM, pH 6,25, 0,1 mM NADPH, 70 μM Feruloyl-CoA, 5
bis 100 μl
enzymatischer Extrakt in einem Gesamtvolumen von 500 μl.
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Die
Erfindung hat auch jede DNA-Sequenz zum Gegenstand, die dadurch
gekennzeichnet ist, dass sie als codierende Region enthält:
- – die
Nucleotidsequenz, die zu jener komplementär ist, die durch SEQ ID NO
1 dargestellt wird, wobei diese komplementäre Sequenz für eine Antisense-mRNA
codiert, die in der Lage ist, mit der mRNA zu hybridisieren, die
selbst für
die CCR codiert, die durch SEQ ID NO 2 dargestellt wird, nämlich der
mRNA, die von der durch SEQ ID NO 1 dargestellten Sequenz codiert
wird oder von einer Sequenz, die von Letzterer abgeleitet ist, wie
oben definiert, oder
- – ein
Fragment der oben genannten komplementären Sequenz, welches Sequenzfragment
für eine
Antisense-mRNA codiert, die in der Lage ist, mit der mRNA zu hybridisieren,
die selbst für
die CCR codiert, die durch SEQ ID NO 2 dargestellt wird, wie oben
definiert, oder
- – jede
Nucleotidsequenz, die von der oben genannten komplementären Sequenz
abgeleitet ist, oder vom Fragment dieser komplementären Sequenz,
wie es oben beschrieben ist, insbesondere durch Mutation und/oder
Addition und/oder Suppression und/oder Substitution eines oder mehrerer
Nucleotide, wobei diese abgeleitete Sequenz für eine Antisense-mRNA codiert,
die in der Lage ist, mit der oben genannten mRNA zu hybridisieren.
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Die
vorliegende Erfindung hat insbesondere alle DNA-Sequenzen zum Gegenstand,
die dadurch gekennzeichnet sind, dass sie als codierende Region
enthalten:
- – die Nucleotidsequenz, die
zu jener komplementär
ist, die durch SEQ ID NO 3 dargestellt wird, wobei diese komplementäre Sequenz
für eine
Antisense-mRNA codiert, die in der Lage ist, mit der mRNA zu hybridisieren,
die selbst für
die CCR codiert, die durch SEQ ID NO 4 dargestellt wird, nämlich der
mRNA, die von der durch SEQ ID NO 3 dargestellten Sequenz codiert
wird oder von einer Sequenz, die von Letzterer abgeleitet ist, wie
oben definiert, oder
- – ein
Fragment der oben genannten komplementären Sequenz, wobei dieses Sequenzfragment
für eine Antisense-mRNA
codiert, die in der Lage ist, mit der mRNA zu hybridisieren, die
selbst für
die CCR codiert, die durch SEQ ID NO 4 dargestellt wird, wie oben
definiert, oder
- – jede
Nucleotidsequenz, die von der oben genannten komplementären Sequenz
abgeleitet ist, oder vom Fragment dieser komplementären Sequenz,
wie oben beschrieben, insbesondere durch Mutation und/oder Addition
und/oder Suppression und/oder Substitution eines oder mehrerer Nucleotide,
wobei diese abgeleitete Sequenz für eine Antisense-mRNA codiert,
die in der Lage ist, mit der oben genannten mRNA zu hybridisieren.
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Es
versteht sich von selbst, dass die erfindungsgemäßen Sequenzen, die durch SEQ
ID NO 1 und SEQ ID NO 3 dargestellt werden, die komplementären Sequenzen,
die abgeleiteten Sequenzen und die Fragmente der Sequenzen, die
oben genannt sind, als in Richtung 5' → 3' dargestellt zu berücksichtigen
sind.
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So
ist das erste Nucleotid einer komplementären Sequenz in Richtung 5' → 3', wie sie oben beschrieben wurde, das
Gegenstück
des letzten Nucleotids der Sequenz in Richtung 5' → 3', die für eine CCR
(oder ein CCR-Fragment oder abgeleitetes Protein) codiert, das zweite
Nucleotid dieser komplementären
Sequenz ist das Gegenstück
des vorletzten Nucleotids der Sequenz, die für eine CCR codiert, usw. bis
zum letzten Nucleotid der komplementären Sequenz, das das Gegenstück des ersten
Nucleotids der Sequenz ist, die für eine CCR codiert.
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Die
mRNA, die von der oben genannten komplementären Sequenz codiert wird, ist
so, dass, wenn diese mRNA in Richtung 5' → 3' dargestellt wird,
ihr erstes Nucleotid dem letzten Nucleotid der Sequenz entspricht,
die für
eine CCR codiert, und daher mit dem letzten Nucleotid der mRNA hybridisiert,
die von dieser Letzteren codiert wird, wohingegen ihr letztes Nucleotid
dem ersten Nucleotid der Sequenz entspricht, die für eine CCR
codiert, und daher mit dem ersten Nucleotid der mRNA hybridisiert,
die von dieser Letzteren codiert wird.
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Daher
versteht man unter Antisense-mRNA, in dem, was vorausging und was
folgen wird, jede mRNA, die von der oben genannten komplementären Sequenz
codiert wird und in inverser Richtung (3' → 5') zu der Richtung
dargestellt wird, in welcher die mRNA dargestellt wird, die von
der Sequenz codiert wird, die für
eine CCR (oder ein CCR-Fragment
oder ein abgeleitetes Protein) codiert, wobei diese letztere mRNA
auch als Sense-mRNA (5' → 3') bezeichnet wird.
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Der
Begriff Antisense-RNA bezieht sich also auf eine RNA-Sequenz, die
komplementär.
zu der Basensequenz der messenger-RNA ist, wobei der Begriff komplementär in dem
Sinn zu verstehen ist, dass jede Base (oder eine Mehrheit der Basen)
der Antisense-Sequenz
(gelesen in Richtung 3' → 5') zur Paarbildung
mit den entsprechenden Basen (G mit C, A mit U) der messenger-RNA
(Sequenz gelesen in Richtung 5' → 3') in der Lage ist.
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Die
Strategie der Antisense-RNA im Rahmen der vorliegenden Erfindung
ist ein molekularer Ansatz, der insbesondere an das Ziel einer Modulation
der Ligningehalte der Pflanzen angepasst ist. Die Antisense-RNA
ist eine RNA, die durch die Transkription des nicht codierenden
DNA-Stranges (Nichtsinnstrang) produziert wird.
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Diese
Antisense-Strategie ist insbesondere im europäischen Patent Nr. 240 208 beschrieben.
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Man
denkt, dass die Hemmung der Synthese eines Proteins gemäß der Antisense-Strategie beim Vorkommen
der CCR im vorliegenden Fall die Konsequenz der Bildung eines Duplex
zwischen den beiden komplementären
RNA (Sense und Antisense) ist, wobei die Produktion des Proteins
verhindert wird. Der Mechanismus bleibt jedoch unklar. Der Komplex
RNA-RNA kann eine spätere
Transkription, die Reifung, den Transport oder die Translation stören oder
auch zu einem Abbau der mRNA führen.
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Eine
Kombination dieser Effekte ist ebenfalls möglich.
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Die
Erfindung betrifft auch jede mRNA, die von einer DNA-Sequenz gemäß der Erfindung
codiert wird, und insbesondere:
- – die mRNA,
die von der DNA-Sequenz codiert wird, die durch SEQ ID NO 1 dargestellt
wird, oder die von einem Fragment oder einer abgeleiteten Sequenz,
wie oben definiert, codiert wird, wobei die mRNA fähig ist,
ihrerseits für
die CCR zu codieren, die bei der Luzerne vorhanden ist, wie sie
durch SEQ ID NO 2 dargestellt wird, oder für ein Fragment dieser CCR oder
ein abgeleitetes Protein, wie oben definiert,
- – die
mRNA, die von der DNA-Sequenz codiert wird, die durch SEQ ID NO
3 dargestellt wird, oder die von einem Fragment oder einer abgeleiteten
Sequenz, wie oben definiert, codiert wird, wobei die mRNA fähig ist,
ihrerseits für
die CCR zu codieren, die in Mais vorhanden ist, wie sie durch SEQ
ID NO 4 dargestellt wird, oder für
ein Fragment dieser CCR oder ein abgeleitetes Protein, wie oben
definiert.
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Die
Erfindung hat auch jede Antisense-mRNA zum Gegenstand, wie sie oben
definiert ist, dadurch gekennzeichnet, dass sie Nucleotide enthält, die
komplementär
zur Gesamtheit oder nur zu einem Teil der Nucleotide sind, die eine
mRNA, wie sie oben beschrieben ist, gemäß der Erfindung bilden, wobei
die Antisense-mRNA fähig
ist, mit der Letzteren zu hybridisieren (oder paarweise zu verbinden).
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Daher
betrifft die Erfindung insbesondere Antisense-mRNA, die von DNA-Sequenzen
gemäß der Erfindung
codiert werden, die mindestens einen Bereich von 50 Basen enthalten,
die homolog zu jenen eines Bereichs der Sequenzen sind, die komplementär zu den
oben genannten DNA-Sequenzen der Erfindung sind.
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Es
gibt keine obere Grenze für
die Größe der DNA-Sequenzen,
die für
eine Antisense-RNA
gemäß der Erfindung
codieren; sie können
so lang sein wie die der Messenger, die normalerweise in den Zellen
hergestellt werden, sogar so lang wie die genomische DNA-Sequenz, die für die mRNA
der CCR codiert.
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Vorteilhafterweise
enthalten solche DNA-Sequenzen, die für eine Antisense-RNA gemäß der Erfindung
codieren, zwischen ungefähr
100 und ungefähr
1000 Basenpaare.
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Die
Erfindung hat besonders bevorzugt jede Antisense-Sequenz zum Gegenstand,
die eine (oder mehrere) Antisense-mRNA(s) umfasst, wie oben beschrieben,
oder (ein) Fragment(e) dieser Antisense-mRNA(s), und eine (oder
mehrere) Sequenz(en), die einer (oder mehreren) katalytischen Domäne(n) eines Ribozyms
entspricht (entsprechen).
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Daher
betrifft die Erfindung insbesondere jede Antisense-Sequenz, wie
oben beschrieben, die die katalytische Domäne eines Ribozyms umfasst,
beiderseits flankiert von Ar men von ungefähr 8 Basen, die zu Sequenzen
komplementär
sind, die ein Motiv GUX (X stellt C, U oder A dar) begrenzen, die
in einer der mRNAs der Erfindung enthalten sind, die oben beschrieben
wurden (auch als Target-RNA bezeichnet) (Haseloff J. und Gerlach
W. L., 1988, Nature, 334: 585–591).
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Die
Erfindung betrifft auch jede DNA-Sequenz, die fähig ist, für eine Antisense-Sequenz zu
codieren, wie oben beschrieben, die zumindest eine katalytische
Domäne
eines Ribozyms enthält,
gebunden an eine oder mehrere Antisense-mRNAs der Erfindung oder
(ein) Fragment(e) der Antisense-mRNA (vorzugsweise Fragmente mit
ungefähr
8 Basen, wie oben beschrieben).
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Die
Erfindung hat insbesondere zum Gegenstand:
- – jede Antisense-mRNA,
wie oben beschrieben, dadurch gekennzeichnet, dass sie von der Nucleotidsequenz
codiert wird, die komplementär
zu jener ist, die durch SEQ ID NO 1 dargestellt wird, wobei die
Antisense-mRNA fähig
ist, mit der mRNA zu hybridisieren, die von der DNA-Sequenz codiert
wird, die durch SEQ ID NO 1 dargestellt wird,
- – jede
Antisense-mRNA, wie oben beschrieben, dadurch gekennzeichnet, dass
sie von der Nucleotidsequenz codiert wird, die komplementär zu jener
ist, die durch SEQ ID NO 3 dargestellt wird, wobei die Antisense-mRNA
fähig ist,
mit der mRNA zu hybridisieren, die von der DNA-Sequenz codiert wird,
die durch SEQ ID NO 3 dargestellt wird.
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Die
Erfindung betrifft auch rekombinante Polypeptide, die von den DNA-Sequenzen
der Erfindung codiert werden, wobei die rekombinanten Polypeptide
eine enzymatische Aktivität
aufweisen, die äquivalent
zu jener der CCR bei den Pflanzen ist, und insbesondere rekombinante
CCRs, die von den Sequenzen codiert werden, die durch SEQ ID NO
1 und SEQ ID NO 3 dargestellt werden, oder von Sequenzen, die von
diesen Letzteren gemäß der Erfindung
abgeleitet sind.
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Die
Erfindung betrifft insbesondere rekombinante Polypeptide und insbesondere
rekombinante CCRs, wie jene, die durch Transformation von Pflanzenzellen
erhalten werden, indem in ihr Genom eine rekombinante Nucleotidsequenz,
wie sie nachfolgend definiert wird, welche eine DNA-Sequenz gemäß der Erfindung
enthält,
insbesondere mit Hilfe eines Vektors, wie nachfolgend beschrieben
wird, auf stabile Weise integriert wird.
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Unter
dem Ausdruck "rekombinante
Polypeptide" ist
jedes Molekül
zu verstehen, das eine Polypeptidkette besitzt, die durch Gentechnologie
erzeugt werden kann mittels einer Phase zur Transkription der DNA des
entsprechenden Gens, was zum Erhalt der RNA führt, die in Folge in mRNA (durch
Suppression von Introns) transformiert wird, wobei Letztere in Folge
durch Ribosomen in Form von Proteinen translatiert wird, wobei dies
alles unter Kontrolle von geeigneten Regulierungselementen im Inneren
einer Wirtszelle erfolgt. Folglich schließt der verwendete Ausdruck "rekombinante Polypeptide" nicht die Möglichkeit
aus, dass diese Polypeptide andere Gruppierungen, wie glycosylierte
Gruppierungen, enthalten.
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Selbstverständlich zeigt
der Ausdruck "rekombinant" an, dass das Polypeptid
gentechnologisch hergestellt wurde, da es aus der Expression, in
einer geeigneten Wirtszelle, der entsprechenden Nucleotidsequenz
resultiert, die zuvor in einen Expressionsvektor eingebracht wurde,
der zum Transformieren der Wirtszelle verwendet wurde. Jedenfalls
schließt
dieser Ausdruck "rekombinant" nicht die Möglichkeit
aus, dass das Polypeptid durch ein anderes Verfahren hergestellt
sein kann, z.B. durch klassische chemische Synthese nach bekannten
Verfahren, die für
die Synthese von Proteinen verwendet werden, oder durch proteolytische
Spaltung größerer Moleküle.
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Die
Erfindung betrifft insbesondere die CCR, wie sie in den Zellen von
Luzerne vorhanden ist und durch SEQ ID NO 2 dargestellt wird, oder
die CCR, wie sie in den Zellen von Mais vorhanden ist und durch SEQ
ID NO 4 dargestellt wird, wobei diese CCR so sind, wie sie in im
Wesentlichen reiner Form durch Extraktion und Reinigung, ausgehend
von Luzerne oder von Mais, erhalten werden, oder jedes Protein,
das von diesen Letzteren abgeleitet ist, insbesondere durch Addition
und/oder Suppression und/oder Substitution einer oder mehrerer Aminosäuren, oder
jedes Fragment, das von diesen CCR oder ihren abgeleiteten Sequenzen stammt,
wobei diese Fragmente und abgeleiteten Sequenzen eine enzymatische
Aktivität
besitzen können,
die äquivalent
zu jener der oben genannten CCR ist.
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Die
Erfindung bezieht sich auch auf Nucleotidsequenzen, die für die CCR
codieren, die durch SEQ ID NO 2 oder SEQ ID NO 4 dargestellt wird,
oder jede abgeleitete Sequenz oder jedes Fragment dieser Letzteren, wie
oben definiert, wobei diese Nucleotidsequenzen dadurch gekennzeichnet
sind, dass sie ganz oder teilweise den Sequenzen entspre chen, die
durch SEQ ID NO 1 bzw. SEQ ID NO 3 dargestellt werden, oder Sequenzen,
die von Letzteren abgeleitet sind durch Degenerierung des genetischen
Codes, und die dennoch fähig sind,
für die
CCR oder abgeleitete Sequenzen oder Fragmente dieser Letzteren,
wie oben definiert, zu codieren.
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Die
Erfindung betrifft auch Komplexe, die zwischen den Antisense-mRNA,
wie oben beschrieben, und den mRNA gemäß der Erfindung gebildet sind,
die fähig
sind, für
die ganze oder einen Teil der CCR bei Pflanzen zu codieren.
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Die
Erfindung hat insbesondere den Komplex zum Gegenstand, der zwischen
der mRNA, die von der SEQ ID NO 1 codiert wird, und der Antisense-mRNA,
die von der zur Sequenz SEQ ID NO 1 komplementären Sequenz codiert wird, gebildet
wird, ebenso wie den Komplex, der zwischen der mRNA, die von der
Sequenz SEQ ID NO 3 codiert wird, und der Antisense-mRNA, die von
der zur Sequenz SEQ ID NO 3 komplementären Sequenz codiert wird, gebildet
wird.
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Die
Erfindung betrifft insbesondere jede rekombinante Nucleotidsequenz
(oder rekombinante DNA), die dadurch gekennzeichnet ist, dass sie
zumindest eine DNA-Sequenz gemäß der Erfindung
enthält,
die unter den oben beschriebenen ausgewählt ist, wobei die DNA-Sequenz
in eine heterologe Sequenz inseriert ist.
-
Die
Erfindung betrifft insbesondere jede rekombinante Nucleotidsequenz,
wie oben beschrieben, die als codierende Region die Nucleotidsequenz
enthält,
die durch SEQ ID NO 1 oder durch SEQ ID NO 3 dargestellt wird, oder
jedes Fragment oder eine Nucleotidsequenz, die von diesen Letzteren
abgeleitet ist, wie jene, die oben definiert sind, wobei diese Nucleotidsequenzen
oder dieses Fragment in eine heterologe Sequenz inseriert sind,
und die fähig
sind, für
die CCR zu codieren, die durch SEQ ID NO 2 bzw. SEQ ID NO 4 dargestellt wird,
oder für
ein Fragment dieser CCR oder für
ein Protein, das von Letzteren abgeleitet ist, wie oben definiert.
-
Die
Erfindung betrifft insbesondere noch jede rekombinante Nucleotidsequenz,
die als codierende Region eine Nucleotidsequenz enthält, die
komplementär
zu jener ist, die durch SEQ ID NO 1 oder SEQ ID NO 3 dargestellt
wird, oder jedes Fragment oder jede Nucleotidsequenz, die von dieser
komplementären
Sequenz abgeleitet ist, wie oben definiert, wobei die komplementären Sequenzen
oder das Fragment in eine heterologe Sequenz inseriert sind, und
die fähig
sind, für
eine Antisense-mRNA zu codieren, die mit der gesamten oder Teilen
der mRNA hybridisieren kann, die für eine CCR bei Pflanzen codiert,
und insbesondere mit der gesamten oder Teilen der mRNA, die für die CCR
codiert, die durch SEQ ID NO 2 oder SEQ ID NO 4 dargestellt wird.
-
Die
erfindungsgemäßen rekombinanten
DNA sind darüber
hinaus dadurch gekennzeichnet, dass sie die Elemente enthalten,
die für
das Regulieren der Expression der Nucleotidsequenz, die für eine CCR
codiert, oder ihrer komplementären
Sequenz, die für
eine Antisense-mRNA gemäß der Erfindung
codiert, notwendig sind, insbesondere einen Promotor und einen Terminator
für die
Transkription dieser Sequenzen.
-
Unter
den verschiedenen Promotoren, die bei den Konstruktionen der rekombinanten
DNA gemäß der Erfindung
verwendet werden können,
kann man nennen:
- – den endogenen Promotor, der
die Expression der CCR bei einer Pflanze kontrolliert, insbesondere
den Promotor, der stromaufwärts
der DNA-Sequenz gelegen ist, die durch SEQ ID NO 5 dargestellt wird,
die bei Eukalyptus für
die CCR codiert, die durch SEQ ID NO 6 dargestellt wird, oder
- – Promotoren
des Typs, der starke Expression verleiht. Beispiele: 35S
CAMV (beschrieben in Benfey et al. (1990), EMBO J., 9(6), 1677–1684),
EF1α (Promotor
des Gens eines Elongationsfaktors in der Proteinsynthese, beschrieben
von Curie et al. (1991), Nucl. Acids Res., 19, 1305–1310),
- – Promotoren
des Typs, der spezifisch für
besondere Expression in einzelnen Geweben ist. Beispiele: Promotor
CAD (beschrieben von Feuillet C. (1993), These de l'Université de Toulouse
III), Promotor GRP 1-8 (beschrieben von Keller und Baumgartner,
(1991), Plant Cell., 3, 1051–1061)
für Expression
in, speziellen vaskulären
Geweben.
-
Die
Erfindung betrifft auch jede rekombinante Nucleotidsequenz, wie
oben beschrieben, die auch als codierende Region zumindest eine
Nucleotidsequenz enthält,
die für
die gesamte oder einen Teil der mRNA codiert, die selbst für ein anderes
Enzym als die CCR codiert, das mit einem Ligninbiosyntheseschritt
bei Pflanzen in Zusammenhang steht, insbesondere die mRNA, die für Cinnamylalkoholdehydrogenase
(CAD) codiert, oder die auch als codierende Region mindestens eine
Nucleotidsequenz enthält,
die für
die gesamte oder einen Teil einer Antisense-mRNA codiert, die in
der Lage ist, mit der oben genannten mRNA zu hybridisieren, insbesondere
mit der mRNA, die für
CAD codiert.
-
Die
oben genannten rekombinanten Nucleotidsequenzen gemäß der Erfindung
werden zweckmäßigerweise
ausgehend von Vektoren erhalten, in die die DNA-Sequenzen inseriert
sind, die für
ein Enzym codieren, das für
die Ligninbiosynthese bei den Pflanzen notwendig ist.
-
Die
oben genannten Vektoren werden mit Hilfe von geeigneten Restriktionsenzymen
verdaut, um diese DNA-Sequenzen, die sich dort inseriert finden,
wieder zu erhalten.
-
Die
Letzteren werden dann stromabwärts
eines geeigneten Promotors und stromaufwärts eines geeigneten Terminators
der Expression in die rekombinanten DNAs gemäß der Erfindung inseriert.
-
Die
Erfindung betrifft insbesondere rekombinante DNAs, die die durch
SEQ ID NO 1 dargestellte Sequenz oder jene, die durch SEQ ID NO
3 dargestellt wird, enthalten, wie sie durch Verdauung der oben
genannten Vektoren und Rückgewinnung
der DNA-Sequenz gemäß der Erfindung
und Inserieren dieser Letzteren in Richtung 5' → 3' in eine heterologe
DNA-Sequenz, die einen Promotor und einen Terminator für die Expression
der genannten Sequenz enthält,
erhalten werden.
-
Die
Erfindung hat auch insbesondere zum Gegenstand rekombinante DNAs,
die eine Sequenz enthalten, die komplementär zur Sequenz ist, die durch
SEQ ID NO 1 dargestellt wird, oder zu jener, die durch SEQ ID NO
3 dargestellt wird, wie sie durch Verdauung der oben genannten Vektoren,
Rückgewinnung
der DNA-Sequenz gemäß der Erfindung
und Inserieren dieser Letzteren in inverser Richtung, d.h. in Richtung
3' → 5', in eine heterologe
DNA-Sequenz, die einen Promotor und einen Terminator für die Expression
der komplementären
Sequenz enthält,
erhalten werden.
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Als
Beispiel für
den Terminator, der in solchen Konstruktionen verwendbar ist, kann
man das 3'-Ende des
Gens der Nopalinsynthase von Agrobacterium tumefaciens nennen.
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So
werden in allgemeiner Weise die rekombinanten Nucleotidsequenzen
gemäß der Erfindung,
die eine DNA-Sequenz enthalten, die für eine CCR (oder ein Fragment
der CCR oder ein abgeleitetes Protein) codiert, und/oder andere
Enzyme, die für
die Ligninbiosynthese notwendig sind, erhalten durch Rückgewinnung
der genannten DNA-Sequenz aus den oben genannten Vektoren und Inserieren
dieser Sequenz in die heterologe Sequenz, während die rekombinanten Nucleotidsequenzen,
die eine DNA-Sequenz enthalten, die für eine Antisense-mRNA gemäß der Erfindung
codiert, durch Rückgewinnung
der oben genannten DNA-Sequenz und Inserieren der Letzteren in inverser
Richtung in die genannte heterologe Sequenz erhalten werden.
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Zur
Illustration: Man kann die gesamte oder einen Teil der komplementären DNA
(cDNA), die durch SEQ ID NO 1 oder SEQ ID NO 3 dargestellt wird,
für die
Konstruktion der oben genannten rekombinanten DNAs verwenden, oder
auch den ganzen oder Teile des genomischen Klons, der einer CCR
entspricht (entsprechend der oben genannten cDNA + eventuellen Introns).
Dieser genomische Klon kann erhalten werden, indem die cDNAs als
Sonden zum Screening einer genomischen Bank verwendet werden, wobei
diese Letztere selbst gemäß dem Verfahren
erhalten wird, das von Sambrook, Fritsch und Maniatis, Molecular
Cloning Laboratory Manual, Cold Spring Harbour Laboratory Press,
1989, beschrieben wird.
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Die
Erfindung hat auch jeden rekombinanten Vektor zum Gegenstand, der
für die
Transformation von Pflanzen verwendbar ist, dadurch gekennzeichnet,
dass er eine rekombinante Nucleotidsequenz enthält, die unter jenen ausgewählt ist,
die oben beschrieben sind, gemäß der Erfindung,
die in eine der Stellen seines Genoms integriert ist, die für seine
Replikation nicht essentiell sind.
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Unter
den oben genannten rekombinanten Vektoren, die für die Transformation von Pflanzen
verwendbar sind, kann man nennen: die binären Vektoren, die von pBIN
19 stammen (Bevan et al., (1984), Nucl. Acids Res., 12(22), 8711–8721).
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Beispiele
für die
Konstruktion rekombinanter Vektoren gemäß der Erfindung sind in der
folgenden detaillierten Beschreibung der Erfindung beschrieben.
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Die
vorliegende Erfindung hat auch zum Gegenstand ein Verfahren zur
Regulierung der Biosynthese von Lignin bei Pflanzen, sei es durch
Verringerung, sei es durch Vergrößerung der
produzierten Ligninmengen im Vergleich zu den normalen Ligninmengen,
die bei diesen Pflanzen produziert werden, wobei das Verfahren einen
Schritt der Transformation von Zellen dieser Pflanzen mit Hilfe
eines Vektors umfasst, der enthält:
- – die
Nucleotidsequenz, die durch SEQ ID NO 1 oder durch SEQ ID NO 3 dargestellt
wird, oder ein Fragment der oben genannten Nucleotidsequenzen, wobei
dieses Fragment für
eine mRNA codiert, wobei diese mRNA selbst für ein Fragment einer CCR bei
den Pflanzen codiert, dieses CCR-Fragment eine enzymatische Aktivität aufweist,
die äquivalent
zu jener der CCR ist, die durch SEQ ID NO 2 oder durch SEQ ID NO 4
dargestellt wird, oder einer Nucleotidsequenz, die von den oben
genannten Nucleotidsequenzen abgeleitet ist, oder die vom oben genannten
Fragment abgeleitet ist, insbesondere durch Mutation und/oder Addition
und/oder Suppression und/oder Substitution eines oder mehrerer Nucleotide,
wobei diese abgeleitete Sequenz für eine mRNA codiert, wobei
diese mRNA selbst für
ein abgeleitetes Protein codiert, das eine enzymatische Aktivität aufweist,
die äquivalent
zu jener von mindestens einer der oben genannten CCR ist, oder
- – eine
Nucleotidsequenz, die komplementär
zur gesamten oder Teilen der Nucleotidsequenzen ist, die durch SEQ
ID NO 1 oder durch SEQ ID NO 3 dargestellt werden, welche für eine mRNA
codieren, oder zum Fragment dieser Sequenzen oder der Sequenz, die
von diesen Letzteren abgeleitet ist, wie oben definiert, wobei diese
komplementäre
Sequenz für
eine Antisense-mRNA codiert, die in der Lage ist, mit einer der
oben genannten mRNA zu hybridisieren,
wobei die Transformation
insbesondere mit Hilfe eines Vektors, wie jenem, der oben beschrieben
ist, durchgeführt
wird.
-
Die
Erfindung hat insbesondere zum Gegenstand ein Verfahren zur Verminderung
der Menge der durch Biosynthese bei den Pflanzen produzierten Lignine,
wobei dieses Verfahren durch Transformation des Genoms dieser Pflanzen
bewirkt wird, wobei eingebracht wird:
- – mindestens
eine DNA-Sequenz gemäß der Erfindung,
wie oben beschrieben, die für
eine Antisense-mRNA codiert, die in der Lage ist, mit der gesamten
oder Teilen der mRNA zu hybridisieren, die für die CCR codiert, die durch
SEQ ID NO 2 oder SEQ ID NO 4 dargestellt wird, oder für ein Protein,
das von den Letzteren abgeleitet ist, wie oben definiert, und
- – gegebenenfalls
mindestens eine DNA-Sequenz, die für eine Antisense-mRNA codiert,
die in der Lage ist, mit einer mRNA zu hybridisieren, die für anderes
Enzym als CCR codiert, das mit einem Schritt der Biosynthese von
Ligninen bei den Pflanzen in Zusammenhang steht, insbesondere die
mRNA, die für
CAD codiert,
wobei die Transformation durchgeführt wird: - – entweder
mit Hilfe eines rekombinanten Vektors, wie er oben beschrieben ist,
der eine DNA-Sequenz enthält,
die für
eine Antisense-mRNA codiert, die fähig ist, mit der mRNA zu hybridisieren,
die für
die CCR oder für
ein abgeleitetes Protein codiert, wie oben definiert, und gegebenenfalls
eine oder mehrere DNA-Sequenz(en) enthält, die für eine Antisense-mRNA codiert
(codieren), die fähig
ist, mit einer mRNA zu hybridisieren, die für ein anderes Enzym als CCR,
wie oben definiert, codiert,
- – oder
mit Hilfe mehrerer rekombinanter Vektoren, von denen mindestens
einer eine DNA-Sequenz enthält, die
für eine
Antisense-mRNA codiert, die fähig
ist, mit der mRNA zu hybridisieren, die für CCR oder für ein abgeleitetes
Protein codiert, wie oben definiert, während der (oder die) andere(n)
rekombinante(n) Vektor(en) eine DNA-Sequenz enthält (enthalten), die für eine Antisense-mRNA
codiert, die fähig
ist, mit einer mRNA zu hybridisieren, die für ein anderes Enzym als die
CCR codiert, wie oben definiert.
-
Ein
anderes Verfahren zur Verringerung der Menge der durch Biosynthese
bei den Pflanzen hergestellten Lignine ist jenes, das durch Transformation
des Genoms dieser Pflanzen durchgeführt wird, indem eingebracht
wird:
- – mindestens
eine DNA-Sequenz gemäß der Erfindung,
dargestellt durch SEQ ID NO 1 oder SEQ ID NO 3, oder ein Fragment
oder eine abgeleitete Sequenz der Letzteren, wie oben definiert,
und
- – gegebenenfalls
wenigstens eine DNA-Sequenz, die für das gesamte oder einen Teil
eines anderen Enzyms als CCR codiert, das mit einem Schritt der
Biosynthese der Lignine bei den Pflanzen in Zusammenhang steht,
insbesondere eine DNA-Sequenz die für das gesamte oder einen Teil
der CAD codiert,
wobei die Transformation durchgeführt wird: - – entweder
mit Hilfe eines rekombinanten Vektors, wie er oben beschrieben ist,
der die oben genannte DNA-Sequenz gemäß der Erfindung enthält, oder
ein Fragment oder eine Sequenz, die von der Letzteren abgeleitet
ist, wie oben definiert, und gegebenenfalls eine oder mehrere DNA-Sequenz(en)
enthält,
die für die
Gesamtheit oder einen Teil eines anderen Enzyms als CCR codiert
(codieren), wie oben definiert,
- – oder
mit Hilfe mehrerer rekombinanter Vektoren, von denen mindestens
einer eine oben genannte DNA-Sequenz gemäß der Erfindung enthält, oder
ein Fragment oder eine Sequenz, die von dieser Letzteren abgeleitet
ist, wie oben defi niert, während
der (oder die) andere(n) rekombinante(n) Vektor(en) eine DNA-Sequenz enthält (enthalten),
die für
die Gesamtheit oder einen Teil eines anderen Enzyms als CCR, wie
oben definiert, codiert.
-
Dieses
letztere Verfahren beruft sich auf den Mechanismus der Co-Suppression.
Die Co-Suppression wurde
beobachtet, als Kopien des endogenen Gens in das Genom eingebracht
wurden. Obwohl der Mechanismus der Co-Suppression derzeit unbekannt
ist, ist eine der am häufigsten
genannten Hypothesen, dass die negative Regulierung der Expression
des Gens von der Produktion eines geringen Anteils an Antisense-RNA kommt,
die von einem Transgen über
ein Lesen des "schlechten" Stranges des Transgens
stammt (Grierson et al., Trends Biotech., 9: 122–123).
-
Die
Erfindung hat auch ein Verfahren zur Verringerung der Menge der
durch Biosynthese bei den Pflanzen produzierten Lignine zum Gegenstand,
wobei dieses Verfahren durch Transformation des Genoms dieser Pflanzen
durchgeführt
wird, indem dort eine DNA-Sequenz eingebracht wird, wie sie oben
beschrieben ist, gemäß der Erfindung,
die für
eine Antisense-Sequenz codiert, die eine (oder mehrere) katalytische
Domäne(n)
eines Ribozyms enthält,
die mit einer (oder mehreren) Antisense-mRNA oder (einem) Fragment(en)
der Antisense-mRNA gemäß der Erfindung
verbunden sind, wobei diese Transformation mit Hilfe eines rekombinanten
Vektors durchgeführt
wird, der eine rekombinante Nucleotidsequenz gemäß der Erfindung enthält, welche
selbst die oben genannte DNA-Sequenz enthält.
-
Es
ist wichtig anzumerken, dass die oben genannten Verfahren erlauben,
zu transformierten Pflanzen zu gelangen, die unterschiedliche Niveaus
der Reduktion der CCR-Aktivität (gemäß dem Niveau
der Insertion der DNA-Sequenz, die für die Antisense-mRNA codiert, der
Anzahl der Kopien dieser DNA-Sequenz, die in das Genom integriert
wurde ...) und daher der Gehalte an Ligninen aufweisen.
-
Die
Wahl der Transformanten erlaubt daher eine kontrollierte Modulation
der Gehalte an Ligninen, die mit einer normalen Entwicklung der
Pflanze kompatibel sind.
-
Allgemein:
Wenn man bedenkt, dass der normale mittlere Ligningehalt einer Pflanze
zwischen ungefähr
15% und ungefähr
35 Gew.-% der Trockensubstanz variiert, ist die Reduktion des Ligningehalts,
die aus der Umsetzung eines der oben genannten Verfah ren resultiert,
vorzugsweise so, dass die so transformierten Pflanzen einen mittleren
Ligningehalt aufweisen, der ungefähr zwischen 10% und ungefähr 30% oder
zwischen ungefähr
12% und ungefähr
32% variiert.
-
Zum
Zwecke der Illustration: Der Ligningehalt einer Pflanze kann gemäß einer
Variante des Verfahrens von Johnson et al., (1961), T. A. P. P.
I., 44, 793–798,
das im Detail in Alibert und Boudet (1979), Physiol., Veg., 17(1),
67–74,
beschrieben ist, und dessen Hauptschritt wie folgt sind, gemessen
werden: Nach Erhalt eines Benzol-Alkohol-Pulvers, das die Lignine
des pflanzlichen Materials beinhaltet, werden die Lignine durch
Acetylbromid gelöst
und in Abhängigkeit
von ihrer Absorption in UV-Licht quantitativ bestimmt.
-
Die
Erfindung betrifft insbesondere die Anwendung von oben genannten
Verfahren zur Verringerung der Ligningehalte in den Pflanzen, zum
Erhalt von genetisch transformierten Futterpflanzen, die Ligningehalte aufweisen,
die gegenüber
den normalen Ligningehalten bei diesen Pflanzen reduziert sind,
und deren Verdaulichkeit sich so gegenüber jener der gleichen nichttransformierten
Pflanzen verbessert ist.
-
Unter
den Hauptfutterpflanzen, die geeignet sind, im Rahmen der vorliegenden
Erfindung transformiert zu werden, kann man nennen: Luzerne, Schwingel,
Mais, der zur Ensilage bestimmt ist, usw.
-
Die
Erfindung betrifft auch die Anwendung der oben genannten Verfahren
zur Verringerung der Ligningehalte bei den Pflanzen, den Erhalt
von Pflanzen und insbesondere von Bäumen, die genetisch transformiert wurden,
die reduzierte Ligningehalte gegenüber den normalen Ligningehalten
bei diesen Pflanzen aufweisen, wobei diese Pflanzen oder Bäume besonders
vorteilhaft im Rahmen der Herstellung von Papierbrei zu verwenden
sind.
-
Eine
dritte potentielle Domäne
für die
Anwendung der oben genannten Verfahren zur negativen Regulierung
der Expression des Gens der CCR betrifft die Stimulation des Wachstums
der transformierten Pflanzen. Verschiedene Argumente unterstreichen
(Sauter und Kende, 1992, Plant and Cell Physiology, 33(8): 1089), dass
eine vorzeitige und rasche Lignifizierung eine Bremse für Zellvergrößerung und
daher für
das Wachstum von Pflanzen ist. So ist die Umsetzung der oben genannten
Verfahren geeignet, um so transformierten Pflanzen mit reduzierter
Lignifizierung ein verbessertes Wachstum und daher bessere Erträge zu erlauben.
-
Die
Erfindung betrifft auch ein Verfahren zur Vergrößerung der Menge der durch
Biosynthese bei den Pflanzen produzierten Lignine, wobei dieses
Verfahren durch Transformation des Genoms dieser Pflanzen bewirkt
wird, indem eingebracht wird:
- – mindestens
eine DNA-Sequenz gemäß der Erfindung,
die durch SEQ ID NO 1 oder SEQ ID NO 3 dargestellt wird, oder ein
Fragment oder eine Sequenz, die von der Letzteren abgeleitet ist,
wie oben definiert, und
- – gegebenenfalls
mindestens eine DNA-Sequenz, die für die Gesamtheit oder einen
Teil eines anderen Enzyms als die CCR codiert, welches mit einem
Schritt der Ligninbiosynthese bei den Pflanzen in Zusammenhang steht,
insbesondere eine DNA-Sequenz, die für die Gesamtheit oder einen
Teil der CAD codiert,
wobei die Transformation durchgeführt wird: - – entweder
mit Hilfe eines rekombinanten Vektors, wie oben beschrieben, der
die oben genannte DNA-Sequenz gemäß der Erfindung enthält, oder
ein Fragment oder eine von dieser Letzteren abgeleitete Sequenz,
wie oben definiert, und gegebenenfalls eine oder mehrere DNA-Sequenz(en)
enthält,
die für
die Gesamtheit oder einen Teil eines anderen Enzyms als die CCR
codiert, wie oben definiert,
- – oder
mit Hilfe mehrerer rekombinanter Vektoren, von denen mindestens
einer eine oben genannte DNA-Sequenz gemäß der Erfindung enthält, oder
ein Fragment oder eine Sequenz, die von der Letzteren abgeleitet
ist, wie oben definiert, während
der (oder die) andere(n) rekombinante(n) Vektor(en) eine DNA-Sequenz
enthält
(enthalten), die für
die Gesamtheit oder einen Teil eines anderen Enzyms als die CCR
codiert, wie oben definiert.
-
Allgemein:
Wenn man bedenkt, dass der normale mittlere Ligningehalt einer Pflanze
zwischen ungefähr
15% und ungefähr
35 Gew.-% der Trockensubstanz variiert, ist die Erhöhung des
Ligningehalts, die aus der Umsetzung des oben genannten Verfahrens
resultiert, vorteilhafterweise so, dass die so transformierten Pflanzen
einen mittleren Ligningehalt aufweisen, der zwischen ungefähr 20% und
ungefähr
40% oder zwischen ungefähr
18% und ungefähr
38% variiert.
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Die
Erfindung betrifft insbesondere die Anwendung des oben genannten
Verfahrens zur Vergrößerung der
Ligningehalte bei den Pflanzen (auch Verfahren zur Überexpression des
Gens der CCR genannt), zum Erhalt von genetisch transformierten
Pflanzen, die erhöhte
Ligningehalte im Vergleich zu normalen Ligningehalten bei diesen
Pflanzen aufweisen und deren Widerstand gegen Umweltattacken, insbesondere
Parasitenbefall, gegenüber
den gleichen nichttransformierten Pflanzen verbessert ist. Es ist
insbesondere in dem letzteren Fall von Vorteil, in Verbindung mit
dem CCR-Gen oder einer abgeleiteten Sequenz in den oben genannten
Vektoren spezifische Promotoren zu verwenden, die insbesondere in
Oberflächengeweben
und/oder bei Wundreaktion exprimiert werden.
-
Außerdem betrifft
die Erfindung auch die Anwendung des oben genannten Verfahrens zur Überexpression
des Gens der CCR zur Verbesserung des Wachstums der so genetisch
transformierten Pflanzen, insbesondere in bestimmten Gebieten, wie
dem Gartenbau oder der Forstwirtschaft, wo Pflanzen mit reduzierter Dimension
erwünscht
sind.
-
Schließlich haben
die Benzolringe des Lignins eine viel größere innere Energie als die
aliphatischen Ketten der Glucosereste der Cellulose. Daher erlaubt
die Vergrößerung des
Anteils an Ligninen bei den Pflanzen, die als Brennstoff verwendet
werden, gemäß dem oben
genannten Verfahren der Erfindung die Verbesserung der potentiellen
Energie dieser so transformierten verbrennbaren Pflanzen.
-
In
den beiden Fällen
der negativen Regulierung oder der Überexpression der CCR ist es
durchaus vorhersehbar, dass die Modulation dieser Aktivität sich auf
den Gehalt an Ligninen der transformierten Pflanzen niederschlägt. Tatsächlich scheint
die CCR, deren Aktivitätsniveau
in der Pflanze sehr niedrig ist, das Regulatorenzym für die Synthese
der Lignine zu sein.
-
Beim
Ausführen
der Transformationstechniken, die zur Umsetzung eines der oben beschriebenen
Verfahren der Erfindung verwendet werden, kann man vorzugsweise
auf folgende Techniken zurückgreifen:
- A) Die Technologie der Transformation mit Hilfe
von Plasmid Ti von Agrobacterium tumefaciens, beschrieben von Bevan
(1984), Nucleic Acid Research, 12: 8711–8721. Sie stützt sich
im Wesentlichen auf das Verfahren der Co-Kultur und setzt eine Co-Transformation mit
einem ausgewählten
Gen ein, um die Transformanten zu erkennen. Sie ist insbesondere
auf Dikotyle, z.B. Tabak, Luzerne, Raps, anwendbar.
- B) Die Technik des direkten Transfers von Genen durch Biolistik,
im Detail beschrieben von Zumbrum et al., 1989, Technique 1, 204–216; Sanford
et al., 1991, Technique 3, 3–16.
-
Diese
Technik umfasst die Kombination der rekombinanten DNA gemäß der Erfindung
mit Mikropartikeln von Gold oder Wolfram, die mit Hilfe einer Partikelkanone
auf das zu transformierende Gewebe geschossen werden. Sie wird insbesondere
bei der Transformation von Sorten verwendet, die widerstandsfähig gegen Agrobakterien
sind.
-
In
den beiden oben genannten Fällen
wird der Nachweis des Vorhandenseins von rekombinanter DNA gemäß der Erfindung
durch Hybridisierungsexperimente des Typs Southern und Gen-Amplifikation
(Polymerase-Kettenreaktion), mit Hilfe von Sonden und Oligonucleotid-Primern
realisiert, die insbesondere von der Sequenz SEQ ID NO 1 oder SEQ
ID NO 3 abgeleitet sind.
-
Die
Erfindung betrifft auch Pflanzenzellen, die durch einen Vektor gemäß der Erfindung
transformiert wurden, insbesondere durch die oben beschriebenen
Techniken, und eine DNA-Sequenz gemäß der Erfindung in stabiler
Weise in ihrem Genom integriert haben.
-
Die
Erfindung betrifft auch transformierte Pflanzen, wie jene, die durch
Kultur der oben genannten transformierten Zellen erhalten werden.
-
Die
transformierten Pflanzen können
dann auf geschlechtlichem oder vegetativem Weg in vitro oder in
natura vermehrt werden.
-
Die
Erfindung hat auch zum Gegenstand Fragmente von Pflanzen, insbesondere
Früchte,
Samen, Pollen, die durch Einbringung einer DNA-Sequenz gemäß der Erfindung
mit Hilfe von oben genannten rekombinanten Vektoren in ihr Genom
transformiert sind.
-
Die
Erfindung betrifft auch Antikörper,
der gegen die rekombinanten Polypeptide der Erfindung gerichtet
sind, und insbesondere jene, die gegen die oben genannten rekombinanten
CCR gerichtet sind.
-
Derartige
Antikörper
können
durch Immunisierung eines Tieres mit diesen Polypeptiden, gefolgt
von Gewinnung der gebildeten Antikörper erhalten werden.
-
Es
versteht sich, dass diese Herstellung nicht auf polyklonale Antikörper beschränkt ist.
-
Sie
ist auch auf alle monoklonalen Antikörper anwendbar, die durch ein
Hybridom erzeugt werden, das geeignet ist, durch klassische Methoden
gebildet zu werden, ausgehend von einerseits Milzzellen eines Tieres, insbesondere
einer Maus oder einer Ratte, die gegen eines der gereinigten Polypeptide
der Erfindung immunisiert sind, und andererseits von geeigneten
Myelom-Zellen, und ausgewählt
zu werden nach ihrer Kapazität, monoklonale
Antikörper
zu erzeugen, die das oben genannte Polypeptid wiedererkennen, das
ursprünglich
für die
Immunisierung der Tiere eingesetzt wurde.
-
Die
Erfindung betrifft auch die Verwendung der genannten Antikörper, die
gegen die rekombinanten Polypeptide der Erfindung gerichtet sind,
um ein Verfahren zum Auffinden oder für die Analyse der CCR bei Pflanzen
an Proben, die diesen Letzteren entnommen wurden.
-
Es
empfiehlt sich zu präzisieren,
dass von den Nucleotidsequenzen der Erfindung und ihrer oben genannten
Verwendung ausgeschlossen sind: die Nucleotidsequenzen, die durch
SEQ ID NO 5, SEQ ID NO 7, SEQ ID NO 9 und SEQ ID NO 11 dargestellt
werden, die jeweils für
die CCR von Eukalyptus, die durch SEQ ID NO 6 dargestellt wird,
die CCR von Pappeln, die durch SEQ ID NO 8 dargestellt wird, die
CCR von Schwingel, die durch SEQ ID NO 10 dargestellt wird, und
die CCR von Tabak, die durch SEQ ID NO 12 dargestellt wird, codieren,
sowie die Sequenz, die durch SEQ ID NO 13 dargestellt wird, die
für das
Protein codiert, das durch SEQ ID NO 14 dargestellt wird, das von
der oben genannten CCR des Eukalyptus stammt.
-
Ebenso
sind von den Nucleotidsequenzen der Erfindung und ihrer oben genannten
Verwendung ausgeschlossen: die Sequenzen, die komplementär zu den
Nucleotidsequenzen SEQ ID NO Nr. 5, SEQ ID NO 7, SEQ ID NO 9, SEQ
ID NO 11 und SEQ ID NO 13 sind, sowie die Fragmente oder Sequenzen,
die von diesen Nucleotidsequenzen oder ihren komplementären Sequenzen
abgeleitet sind, insofern als diese Fragmente und abgeleiteten Sequenzen
identisch sind mit Fragmenten und abgeleiteten Sequenzen, wie oben
definiert, von Nucleotidsequenzen, die dargestellt sind durch SEQ
ID NO 1 und SEQ ID NO 3, oder ihren komplementären Sequenzen.
-
Ebenfalls
ausgeschlossen vom Rahmen der vorliegenden Erfindung sind:
- – die
mRNA, die von den Sequenzen der DNA codiert wird, die durch SEQ
ID NO 5, SEQ ID NO 7, SEQ ID NO 9, SEQ ID NO 11 und SEQ ID NO 13
dargestellt sind, oder die codiert werden von einem Fragment oder einer
Sequenz, die von diesen DNA-Sequenzen abgeleitet ist, insofern als
dieses Fragment oder die abgeleitete Sequenz identisch zu Fragmenten
und abgeleiteten Sequenzen sind, wie oben definiert, von Sequenzen,
die durch SEQ ID NO 1 und SEQ ID NO 3 dargestellt werden,
- – die
Antisense-mRNA, die aus Nucleotiden besteht, die zu den oben genannten
mRNA komplementär sind,
- – die
Polypeptide, die durch SEQ ID NO 6, SEQ ID NO 8, SEQ ID NO 10, SEQ
ID NO 12 und SEQ ID NO 14 dargestellt werden, sowie jedes Fragment
oder jede Sequenz, die von den oben genannten Polypeptiden abgeleitet
ist, insofern als dieses Fragment oder diese abgeleitete Sequenz
identisch sind mit Fragmenten und abgeleiteten Sequenzen, wie oben
definiert, von Polypeptidsequenzen, die durch SEQ ID NO 2 und SEQ
ID NO 4 dargestellt werden.
-
Die
Erfindung wird detaillierter beschrieben in der folgenden Beschreibung über den
Erhalt der CCR in gereinigter Form bei Eukalyptus und der cDNA,
die für
die CCR von Eukalyptus, Luzerne und Mais codiert.
-
A) Erhalt von gereinigter
CCR von Eukalyptus und von cDNA, die für eine CCR von Eukalyptus codiert
-
I Reinigung der CCR von
Eukalyptus
-
Die
CCR war Gegenstand einer sehr beschränkten Anzahl von Untersuchungen.
Von den wenigen sie betreffenden Publikationen kann man zitieren:
- Wengenmayer H., Ebel J., Grisebach H., 1976 – Enzymatic synthesis of lignin
precursors, purification and properties of a cinnamoyl CoA: NaDPH
reductase from cell suspension cultures from soybean (Glycine max),
Eur. J. Biochem., 65: 529–536.
- Luderitz T., Grisebach H., 1981 – Enzymatic synthesis of lignin
precursors, comparison of cinnamoyl: CoA reductase and cinnamyl
alcohol dehydrogenase: NADP dehydrogenase from spruce (Picea abies
L.) und soybean (Glycine max L.), Eur. J. Biochem., 119: 115–127.
- Sarni F., Grand C., Boudet A. M., 1984 – Purification und properties
of cinnamoyl: CoA reductase and cinnamoyl alcohol dehydrogenase
from poplar stems (Populus x euramericana), Eur. J. Biochem., 139:
259–265.
-
Die
nachstehend beschriebene Arbeit hat dazu beigetragen, ein neuartiges,
einfaches und rasches Reinigungsprotokoll für die CCR von Eukalyptus festzulegen.
Dieses Protokoll ist auch wirksamer als die zuvor in der Literatur
beschriebenen. Tatsächlich
gestattete es zum ersten Mal, ausreichende Mengen an bis zur Homogenität gereinigtem
Enzym zu erhalten, um interne Peptidsequenzen zu erhalten und zur
Klonierung der entsprechenden cDNA zu führen.
-
Alle
Schritte der Reinigung der CCR wurden bei 4°C ausgeführt.
-
1. Erhalt
eines Rohextraktes aus dem Xylem von Eukalyptus
-
Das
pflanzliche Material wurde durch "Schaben" einer Gewebefraktion, die an Xylem
angereichert ist, von Ästen
von 5 Jahre altem Eukalyptus gunnii erhalten.
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300
g Xylem, das zuvor in flüssigem
Stickstoff eingefroren wurde, wurde mit Hilfe einer Kaffeemühle in Pulver
umgewandelt. Das so erhaltene Mahlgut wurde in einem Liter Extraktionspuffer
(100 mM Tris-HCl pH 7,6, 2% PEG 6000, 5 mM DTT, 2% PVPP) homogenisiert,
durch zwei Lagen Miracloth filtriert, und einer 30%-Sättigung
an Ammoniumsulfat zugeführt.
Nach 30-minütigem
Zentrifugieren bei 15000 × g
wurde der erhaltene Rückstand
in 60 ml Puffer 1 [20 mM Tris-HCl pH 7,5, 5 mM DTT (Dithiothreitol),
5 Ethylenglycol] resuspendiert. Der so erhaltene Extrakt wird durch
15-minütige
Zentrifugation bei 10000 × g "geklärt", dann durch Durchgang
durch eine Sephadex G25, äquilibriert
im Puffer 1, entsalzt.
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2. Affinitätschromatographie
auf Red Sepharose
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Der
entsalzte Rohextrakt wird auf eine Affinitätssäule "Red Sepharose" (1,5 × 19 cm, Pharmacia), äquilibriert
in Puffer 1, gebracht. Nach einem ersten Durchspülen der Säule mit 50 ml Puffer 1 werden
die Proteine durch einen linearen Tris-Gradienten von 20 mM bis
1,5 M Tris-HCl pH 7,5, der 5 mM DTT, 5% Ethylenglycol enthält, eluiert.
Das Gesamtvolumen des Gradienten ist 200 ml und der Durchsatz 36
ml/h. Die eine OCR-Aktivität
aufweisenden Fraktionen werden vereinigt und durch Durchgang durch
eine Sephadex G25-Säule, äquilibriert
in Puffer 1, entsalzt.
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3. Anionenaustauschchromatographie
auf MonoQ
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Die
so vereinigten und entsalzten Fraktionen werden auf einer Anionenaustauschsäule MonoQ
(HR 5/5, Pharmacia) chromatographiert. Die Elution der Proteine
erfolgt durch Anwendung eines linearen Gradienten von 20 bis 300
mM Tris-HCl pH 7,5, das 5% Ethylenglycol und 5 mM DTT enthält. Das
Gesamtvolumen des Gradienten ist 50 ml und der Durchsatz 1 ml/min.
Wie beim vorherigen Schritt werden die aktives CCR-Enzym enthaltenden
Fraktionen vereinigt und entsalzt, aber in diesem Fall ist der Äquilibrierungspuffer
der Sephadex-G25-Säulen
ein 20 mM – pH
7,6 – Phosphatpuffer,
der 5 mM DTT enthält
(Puffer 2).
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4. Affinitätschromatographie
auf "Mimetic Red"
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Die
so erhaltene Gruppe der CCR-Fraktionen wird auf eine Mimetic Red
2 A6XL Säule
(ACL, Cambridge) gebracht. Die Säule
wurde zuvor mit 30 ml Puffer 2, der 8 mM NAD enthielt, gewaschen.
Dieses Waschen hat zum Ziel, Enzyme zu eliminieren, die insbesondere
mit NAD als Co-Faktor funktionieren, wie die Malatdehydrogenase,
die zusammen mit der CCR in den vorherigen Schritten gereinigt wird.
Die spezifische Elution der CCR erfolgt durch Anwendung eines NADP-Gradienten
(15 ml) 0–8
mM in Puffer 2. Die das reine und aktive CCR enthaltenden Fraktionen
werden nach Zugabe eines Stabilisators (Ethylenglycol in einer Endkonzentration
von 5%) bei –80°C gelagert.
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Das
so erhaltene gereinigte Enzym weist eine spezifische Aktivität von 451
nKat/mg Protein auf, wobei Feruloyl-CoA als Substrat verwendet wird.
Die erhaltene Ausbeute (36 μg
reines Protein pro 300 g pflanzlichem Ausgangsmaterial) spiegelt
nicht den Anteil an CCR in planta wieder, denn in dem Bestreben,
das Maximum an Verunreinigungen bei jedem Reinigungsschritt zu eliminieren,
wurden nur die Fraktionen im nächsten
Schritt behandelt, die eine sehr hohe CCR-Aktivität zeigten.
Der Reinigungsfaktor, der durch dieses Protokoll erreicht wurde,
ist 282.
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II Charakterisierung
der CCR
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Die
CCR von Eukalyptus ist ein Monomer von 38 kD, wie das konvergente
Ergebnisse zeigen, die man für
die Größe des nativen
Enzyms durch Ausschlusschromatographie auf Superose 6 (Pharmacia)
und für
die Größe der Monomer-Untereinheit
auf denaturierendem Elektrophorese-Gel erhält. Der isoelektrische Punkt, bestimmt
durch Chromatographie auf MonoP (Pharmacia), liegt nahe bei 7.
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Die
Untersuchung zum optimalen pH-Wert und Puffer zeigt, dass die Messung
der CCR-Aktivität, wie sie
anfänglich
beschrieben wurde (Luderitz und Grisebach, 1981), ausgezeichnet
für die
Messung der CCR-Aktivität
von Eukalyptus angepasst ist (Phosphatpuffer 100 mM, pH 6,25).
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Die
Reinheit der CCR, die in monodimensionalem Elektrophorese-Gel (SDS
PAGE) als eine einzelne Bande vorliegt, wurde dadurch bestätigt, dass
nach zweidimensionaler Elektrophorese und Färbung mit Silber ein einziger
Fleck erhalten wurde.
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III Erhalt
der für
die CCR von Eukalyptus codierenden cDNA
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Um
eventuell Probleme durch nicht nachweisbare Restkontamination zu
vermeiden, wurde das reine Enzym einer präparativen Elektrophorese unter
semidenaturierenden Bedingungen unterworfen und in situ im Gel verdaut.
Die Verdauung wurde mit Hilfe von Endolysin C durchgeführt, das
die Proteine spezifisch nach Lysinresten schneidet, was den Erhalt
von relativ langen Peptiden erlaubt. Die aus der Verdauung resultierenden
Peptide wurden in Umkehrphasen-HPLC getrennt und bestimmte unter
ihnen wurden mit Hilfe eines Proteinmikrosequenators (Applied Biosystems
470) sequenziert. Die Sequenzen dieser internen Peptide sind nachstehend
angeführt:
Peptid
8:
- (a) Asn-Trp-Tyr-Cys-Tyr-Gly-Lys
- (b) His-Leu-Pro-Val-Pro-X-Pro-Pro-Glu-Asp-Ser-Val-Arg
X
stellt irgendeine Aminosäure
dar
Peptid 10 Thr-Tyr-Ala-Asn-Ser-Val-Gln-Ala-Tyr-Val-His-Val-Lys
Peptid
13 Gly-Cys-Asp-Gly-Val-Val-His-Thr-Ala-Ser-Pro-Val-Thr-Asp-Asp
Peptid
17 Leu-Arg-Asp-Leu-Gly-Leu-Glu-Phe-Thr-Pro-Val-Lys
Peptid 18
Gly-Asp-Leu-Met-Asp-Tyr-Gly-Ser-Leu-Glu-Glu-Ala-Ile-Lys
-
Die
für die
CCR codierende cDNA wurde durch Screening mit Hilfe von Oligonucleotiden
einer cDNA-Bank erhalten, die im Phagen λ ZAPII (kommerziell erhältlicher
Vektor, Stratagene) konstruiert wurde, ausgehend von Messengern,
die vom Xylem des Eukalyptus gunnii extrahiert wurden. 600 000 Phagen
wurden mit Hilfe einer Gruppe degenerierter Oligonucleotide, die
am 3'-Ende mit Hilfe
einer Terminaltransferase mit 32P markiert
waren, gescreent. Die für
das Screening verwendeten Oligonucleotidsequenzen wurden ausgehend
von den oben genannten internen Peptidsequenzen bestimmt. Da diese
Peptide durch Schneiden mit Endolysin C hergestellt wurden, wurde
ein Lysin an erster Position hinzugefügt, um die Herstellung von
Oligonucleotiden mit geringster Degenerierung zu erlauben. Tatsächlich gehört diese
Aminosäure,
die nur durch zwei Codons codiert werden kann, zu den Aminosäuren, deren
Code am geringsten degeneriert ist, und daher ist sie vollkommen
für die
Bildung von Oligonucleotiden ausgehend von Peptidsequenzen geeignet.
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Die
Oligonucleotid-Sequenzen, die für
das Screening der cDNA-Bank von Eukalyptus verwendet wurden, die
von den unterstrichenen Aminosäuren
(I = Inosin) stammen, sind unten angegeben:
Peptid 8: (a) Lys-Asn-Trp-Tyr-Cys-Tyr-Gly-Lys
Oligonucleotid
8 AA(A/G)AA(C/T)TGGTA(C/T)TG(C/T)TA(T/C)GGIAA
Peptid 13 Lys-Gly-Cys-Asp-Gly-Val-Val-His-Thr-Ala-Ser-Pro-Val-Thr-Asp-Asp
Oligonucleotid
13 AA(G/A)GGITG(C/T)GA(C/T)GGIGTIGTICA
Peptid 17 Lys-Leu-Arg-Asp-Leu-Gly-Leu-Glu-Phe-Thr-Pro-Val-Lys
Oligonucleotid
17 GA(G/A)TT(C/T)ACICCIGTIAA
Peptid 18 Lys-Gly-Asp-Leu-Met-Asp-Tyr-Gly-Ser-Leu-Glu-Glu-Ala-Ile-Lys
Oligonucleotid
18 AA(G/A)GGIGA(C/T)(C/T)TIATGGA(C/T)TA(C/T)GG
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Die
für das
Screening verwendeten Hybridisierungsbedingungen sind wie folgt:
Die Vorhybridisierung wurde für
6 bis 7 Stunden in 5 × SSPE,
0,25% Magermilchpulver, 0,05% SDS (Natriumdodecylsulfat) bei 42°C durchgeführt. Die
Hybridisierung wurde in dieser selben Lösung in Gegenwart der 4 Oligonucleotide,
die an 3' mit ddATPα32P
markiert waren, für
24' Stunden bei
42°C durchgeführt. Am
Ende dieser 24 Stunden Hybridisierung wurden die Filter dreimal
15 Minuten in 2 × SSC,
0,1% SDS gewaschen und dann 24 Stunden bei –80°C mit einem Autoradiographiefilm
in Kontakt gebracht. Die mit der Gruppe von Oligonucleotiden hybridisierenden Phagen
wurden durch zwei zusätzliche
Screening-Durchgänge
("plaque purification") gereinigt. Nach
dem Reinigen wurden die sechs positiven Klone mit jedem der Oligonucleotide
unabhängig
getestet. Ein Phage hat positiv mit den 4 Oligonucleotiden reagiert,
er wurde derart behandelt, dass das rekombinante Bluescript-Plasmid "ausgeschnitten" wurde, indem die
Angaben des Herstellers (Stratagene) befolgt wurden. Die Restriktionskarte
für das
in diesem Plasmid enthaltene Insert (für CCR codierend) ist in 1 schematisch
dargestellt.
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IV Charakterisierung
und Identifizierung der cDNA der CCR
-
Die
Aminosäurensequenz
(dargestellt durch SEQ ID NO 6), abgeleitet von der Nucleotidsequenz
(dargestellt durch SEQ ID NO 5), codiert für ein Protein aus 335 Aminosäuren, dessen
Molekulargewicht 36,5 kD und dessen isoelektrischer Punkt ungefähr 5,8 ist.
Es ist wichtig hervorzuheben, dass alle Peptidsequenzen, die ausgehend
von der gereinigten CCR erhalten wurden, in der Peptidsequenz, die
von der Nucleotidsequenz der cDNA hergeleitet wurde, gefunden wurden.
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Homologieuntersuchungen
mit bereits existierenden Klonen wurden unter Verwendung der Programme
BLAST und FASTA in allen verfügbaren
Protein- und Nucleic-Bibliotheken durchgeführt. Eine signifikante Homologie
wurde mit einer anderen Reduktase des Metabolimus von Phenolverbindungen,
der Dihydroflavonolreduktase (DFR) gefunden. Die Identität ist ungefähr 40% und
die Ähnlichkeit
nahe 20% zwischen der Peptidsequenz, die von der cDNA der CCR abgeleitet
wurde, und den verschiedenen Dihydroflavonolreduktasen, die in den
Banken katalogisiert sind, was bestätigt, dass der identifizierte
Klon von einem Klon, der für
DFR codiert, verschieden ist.
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V Herstellung aktiver
rekombinanter CCR in E. Coli
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Für die weitere
Identifikation der cDNA der CCR wurde das rekombinante Protein in
E. Coli hergestellt, und seine enzymatische Aktivität wurde
untersucht. Die experimentellen Details dieses Versuchs sind im
Folgenden beschrieben.
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1 – Einbringen der cDNA in den
Expressionsvektor pT7-7
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Um
die cDNA in dem Expressionsvektor pT7-7 (kommerziell erhältlich)
unter der Kontrolle des Promotors der T7-Polymerase zu klonieren,
musste man eine Nde1-Stelle beim ATG der cDNA einbringen. Das wurde
mit Hilfe einer Taq-Polymerase während
einer Gen-Amplifikation mit PCR (Polymerase-Kettenreaktion) zwischen
einem mutierten Oligonucleotid und einem kommerziellen Primer, T7,
realisiert, die auf Bluescript stromabwärts des 3'-Endes der cDNA gelegen ist. Das erhaltene
Amplifikationsprodukt wird durch KpnI verdaut, diese Stelle wird
dann mit Hilfe eines Klenow-Fragments der DNA-Polymerase 1 repariert, bevor man das
Fragment einer Verdauung mit Nde1 unterwirft, dann wird das erhaltene
Fragment, das eine Nde1-Stelle bei 5' und ein freies Ende bei 3' aufweist, mit Hilfe
einer DNA-T4-Ligase in den Vektor pT7-7, der zuvor durch NdeI und Sma1
geöffnet
wurde, eingebracht.
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Die
oben genannte mutierte Oligonucleotidsequenz ist im Folgenden angegeben.
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Die
unterstrichenen und kursiven Basen wurden gegenüber der ursprünglichen
Sequenz geändert
und erlauben die Bildung einer Nde1-Stelle (CATATG):
5'GGCAATCCCCATATGCCCGTCGACGC3'
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2. Überexpression von CCR in E.
Coli BL21
-
Die
so erhaltene Konstruktion wurde in den Stamm E. Coli BL21 (kommerziell
erhältlich)
eingebracht, der auf seinem Chromosom das Gen der T7-Polymerase
unter Kontrolle des Promotors lac UV5, einem Promotor der durch
IPTG induzierbar ist, trägt.
Die rekombinante Kultur wird bei 37°C bis zum Erhalt einer gemessenen
OD von 1 bis 600 nm kultiviert, dann wird die Produktion von CCR
durch Zugabe von IPTG (0,25% zum Schluss) in das Kulturmedium induziert.
Probenahmen werden zu verschiedenen Zeit punkten nach der Induktion
vorgenommen, und die Zellen werden gemäß dem Protokoll lysiert, das
von Grima-Pettenati et al. (1993) beschrieben wurde. Nach der Zentrifugation
wird der die löslichen
Proteine enthaltende Überstand
zur Messung der CCR-Aktivität
und zur Sichtbarmachung der Produktion von CCR nach Elektrophorese
unter denaturierenden Bedingungen verwendet. Man bemerkt das Auftreten
eines Polypeptids von ungefähr
38 kD, dessen Intensität
mit der Zeit nach der Induktion wächst und das nicht in den negativen
Vergleichsproben (Stamm BL21, nur den Vektor pT7-7 ohne Insert enthaltend)
existiert. Zusätzlich
wurde der endgültige
Beweis der Identität
des CCR-Klons durch Messung einer CCR-Aktivität (ungefähr 7 nKat/ml Kultur nach 3
h Induktion bei 37°C)
nur in den Proteinextrakten erhalten, die von den BL21-Stämmen, die
das pT7-7 + cDNA-CCR enthielten, stammten.
-
Der
pEUCCR benannte Vektor (dargestellt in 2), der
die durch SEQ ID NO 5 dargestellten Sequenz kloniert in dem Bluescriptvektor
enthält,
wurde in Kultur in Zellen von E. Coli DH5α bei der Collection National
de Culture de Microorganismes (CNCM) des Institut Pasteur in Paris
am 17. März
1994 unter der Nr. I-1405 hinterlegt.
-
Figurenlegenden:
-
1:
Restriktionskarte der für
die CCR von Eukalyptus codierenden cDNA.
-
2:
Schematische Darstellung des Plasmids pEUCCR, das die Sequenz enthält, die
durch SEQ ID NO 5 dargestellt ist (und identifiziert durch CCR in
dem Plasmid pEUCCR).
-
3:
Schematische Darstellung der Konstruktion eines Vektors, der eine
DNA-Sequenz enthält,
die für
die CCR von Eukalyptus codiert, gemäß der Erfindung (oder Sense-CCR-Vektor).
-
4:
Schematische Darstellung der Konstruktion eines Vektors, der eine
DNA-Sequenz enthält,
die für
eine Antisense-RNA codiert, die fähig ist, mit der mRNA zu hybridisieren,
die für
die CCR von Eukalyptus codiert, gemäß der Erfindung (oder Antisense-CCR-Vektor).
-
Hinsichtlich der DNA-Quelle,
die der Konstruktion eines Antisense- (oder Sense-)Vekors dient
-
Die
Antisense-RNA stammt vorzugsweise von der im Klon pEUCCR enthaltenen
Sequenz. Diese Sequenz kann auf verschiedene Weise erhalten werden:
- 1) durch Zerschneiden der DNA-Sequenz (cDNA)
der CCR, die in pEUCCR enthalten ist, mit geeigneten Restriktionsenzymen
- 2) durch Durchführung
einer Gen-Amplifikation (PCR) mit Hilfe definierter Oligonucleotide,
so dass das gewünschte
DNA-Fragment synthetisiert wird.
-
Das
so erhaltene DNA-Fragment wird in einem Expressionsvektor von Pflanzen
stromabwärts
eines Promotors und stromaufwärts
eines Terminators kloniert. Die Klonierung wird derart durchgeführt, dass
das DNA-Fragment in inverser Ausrichtung in Bezug auf den Promotor
inseriert wird. In diesem neuen Vektor wird der Strang, der ursprünglich der
Matrizenstrang war, der codierende Strang und vice versa.
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Der
neue Vektor codiert für
eine RNA, deren Sequenz zu der Sequenz der messenger-RNA, die von der
in pEUCCR enthaltenen Sequenz abgeleitet ist, komplementär ist.
-
Daher
sind die beiden RNA bezüglich
ihrer Sequenz, aber auch bezüglich
ihrer Orientierung (5'-3') komplementär.
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Es
ist zweckmäßig, als
DNA-Quelle für
die Transkription der Antisense-RNA einen Klon der cDNA, wie jenen,
der in pEUCCR enthalten ist, zu verwenden.
-
Beispiel für Antisense-Klonierung
(cf. 4)
-
Die
cDNA der CCR wird durch Doppelverdauung (BamHI und KpnI) ausgehend
vom Vektor pEUCCR erhalten. Das so freigesetzte DNA-Fragment wird
durch eine Agarosegelelektrophorese (Bluescript) physisch vom Klonierungsvektor
getrennt.
-
Der
Gelabschnitt, der dieses DNA-Fragment aufweist, wird ausgeschnitten
und behandelt, um gereinigte DNA zu erhalten (mehrere Verfahren
können
verwendet werden, darunter die "Low
Melting Agarose",
beschrieben in Sambrook et al., loc. cit., Gene Clean, dessen Kit
kommerziell erhältlich
ist).
-
Das
Fragment, das die BamHI- und KpnI-Enden trägt, wird mit einem Expressionsvektor
von Pflanzen „ligiert", der zuvor durch
dieselben Enzyme verdaut wurde, die derart ausgewählt wurden,
dass die cDNA in inverser Orientierung in Bezug auf den 35S-Promotor eingefügt wird. Der Strang, der in
den Pflanzen transkribiert wird, ist in diesem Fall der nicht codierende
Strang.
-
Beispiel für Sense-Klonierung
(cf. 3)
-
In
diesem Fall existieren keine "praktischen" Restriktionsstellen,
um eine translationale Fusion mit dem 35S-Promotor
des Expressionsvektors durchzuführen.
Neue zweckmäßigere Stellen
wurden mit Hilfe der Technik der Gen-Amplifikation (PCR) eingefügt. Zwei
Oligonucleotide wurden an 5' und
3' der cDNA definiert,
an welche die Sequenzen der Stellen, die durch KpnI und BamHI erkannt
werden, angefügt
wurden (NB.: Es sind die gleichen Stellen, die für die oben genannte Antisense-Klonierung
verwendet wurden, aber in Bezug auf die Orientierung 5'-3' verschieden positioniert).
-
Die
Gen-Amplifikation führt
zum Erhalt eines Fragments, das die Gesamtheit der codierenden Sequenz
der cDNA flankiert von 2 Restriktionsstellen enthält. Die
Verfahrensfolge ist identisch zu jener, die für die Antisense-Konstruktion
beschrieben wurde.
-
Aber
in diesem Fall führte
man eine Fusion des Promotors in Phase mit dem ATG der CCR aus,
die zu einer Überexpression
der messenger-RNA und daher des Proteins CCR führen soll.
-
Die
oben beschriebenen Klonierungsbeispiele der Sense- und Antisense-Sequenzen
im Falle von CCR von Eukalyptus sind ebenso auf den Fall von CCR
der Luzerne und auf jene des Mais anwendbar.
-
B) Erhalt der für die CCR
von Luzerne (Medicago truncatula) codierenden cDNA
-
Merkmale der cDNA-Bank:
-
Die
verwendete Bank wurde, ausgehend von RNA-Gesamtextrakten von Wurzeln
von Medicago truncatula, im Vektor λ ZAPH (Kit „ZAP-cDNA Synthesis" von Stratagene)
konstruiert.
-
Screening der cDNA-Bank:
-
Sonde:
-
Das
Screening der Bank der Luzerne wurde mit Hilfe der cDNA, die für die CCR
von Eukalyptus codiert, durchgeführt.
Ein Fragment von 800 bp (Xho-Xho) von pEUCCR, markiert durch die
Technik des „Random
Priming", diente
als Sonde.
-
Ausbreiten der Bank und
Abdruck am Nitrocellulosefilter:
-
300000
Klone wurden ausgebreitet, dann auf Nitrocellulosefilter (Schleicher & Schuell) transferiert. Dazu
wurden die Filter 5 min in Kulturschalen angeordnet und dann nacheinander
mit den folgenden Lösungen getränkt:
1,5
M NaCl/0,5 M NaOH | 5
min |
1,5
M NaCl/0,5 M Tris pH 8 | 5
min |
3 × SSC | 2
min |
Backen
2 Stunden bei 80°C | |
-
Vorhybridisierung – Hybridisierung:
-
Die
Filter wurden 12 Stunden vorhybridisiert, dann 24 Stunden bei 37°C in folgendem
Medium hybridisiert:
-
Vorhybridisierungs- und
Hybridisierungsmedium:
-
- Formamid 20%
- Dextran 10%
- NaCl 1 M
- Lachssperma-DNA (1 mg/ml)
- 0,2% Polyvinylpyrrolidon
- 0,2% BSA
- 0,2% Ficoll
- 0,05 M Tris-HCl pH 7,5
- 0,1% Natriumpyrophosphat
- 1% SDS
-
Nach
der Hybridisierung, wurden die Filter 2 × 10 min bei Umgebungstemperatur
in 2 × SSC-1%
SDS und dann 2 × 30
min bei 55°C
in der gleichen Lösung
gewaschen.
-
Nach
autoradiographischer Exposition der Filter wurden 15 positive Lysebereiche
identifiziert. Diese Lysebereiche wurden durch 2 zusätzliche
Screening-Zyklen unter den oben beschriebenen Hybridisierungsbedingungen
gereinigt.
-
Exzision in vivo
-
Ausgehend
von positiven Klonen, wurde das Bluescript Plasmid des λ-Phagen gemäß dem Protokoll der
in vivo Exzisonen des „ZAP-cDNA
Synthesis Kit" exzisiert.
-
CCR-cDNA von Luzerne:
-
Die
cDNA, die für
die CCR von Luzerne codiert, mit einer Größe von 1404 bp wird zwischen
den Stellen EcoR1 (Seite 5')
und Xho (Seite 3')
des Bluscriptvektors inseriert. Er ist aus den folgenden Teilen
gebildet:
- – ein
nicht translatierter transkribierter 5'-Teil mit 167 bp,
- – ein
Bereich mit 1028 bp, der für
ein Protein von 342 Aminosäuren
codiert,
- – ein
nicht translatierter transkribierter 3'-Teil mit 209 bp.
-
Die
erhaltene cDNA ist durch SEQ ID NO 1 dargestellt, und die von dieser
cDNA abgeleitete Aminosäurensequenz
ist durch SEQ ID NO 2 dargestellt.
-
C) Erhalt der cDNA, die
für die
CCR von Mais codiert:
-
Merkmale der cDNA-Bank:
-
Die
verwendete Bank wurde ausgehend von RNA-Gesamtextrakten von Wurzeln
von Mais (Sorte AMO 406) mit Eisenmangel im Vektor λ ZAP (Kit „ZAP-cDNA
Synthesis" von Stratagene)
konstruiert.
-
Screening der cDNA-Bank:
-
Sonde:
-
Das
Screening der Bank des Mais wurde mit Hilfe der CCR cDNA von Eukalyptus
durchgeführt.
Ein Fragment von 800 bp (Xho-Xho) von pEUCCR, markiert durch die
Technik des „Random
Priming" diente
als Sonde.
-
Ausbreiten der Bank und
Abdruck am Nitrozellulosefilter:
-
500000
Klone wurden ausgebreitet, dann auf Nitrocellulosefilter (Schleicher & Schuell) transferiert. Dazu
wurden die Filter 5 min in Kulturschalen angeordnet und dann nacheinander
mit den folgenden Lösungen getränkt:
1,5
M NaCl/0,5 M NaOH | 5
min |
1,5
M NaCl/0,5 M Tris pH 8 | 5
min |
3 × SSC | 2
min |
Backen
2 Stunden bei 80°C | |
-
Vorhybridisierung – Hybridisierung:
-
Die
Filter wurden 12 Stunden vorhybridisiert, dann 24 Stunden bei 55°C in folgendem
Medium hybridisiert:
-
Vorhybridisierungs- und
Hybridisierungsmedium:
-
- 3 × SSC
- 0,5% SDS
- 0,1% Milchpulver
- Lachssperma-DNA (1 mg/ml)
-
Nach
der Hybridisierung wurden die Filter 2 × 10 min bei Umgebungstemperatur
in 3 × SSC-0,5%
SDS und dann 2 × 45
min bei 60°C
in der gleichen Lösung
gewaschen.
-
Nach
autoradiographischer Exposition der Filter, wurden 20 positive Lysebereiche
identifiziert. Diese Lysebereiche wurden durch 3 zusätzliche
Screening-Zyklen unter den oben beschriebenen Hybridisierungsbedingungen
gereinigt.
-
Exzision in vivo
-
Ausgehend
von positiven Klonen, wurde das Bluescript Plasmid des λ-Phagen gemäß dem Protokoll der
in vivo Exzison des „ZAP-cDNA
Synthesis Kit" exzisiert.
-
Die
erhaltene cDNA ist durch SEQ ID NO 3 dargestellt, und die von dieser
cDNA abgeleitete Aminosäuresequenz
ist durch SEQ ID NO 4 dargestellt.
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