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Technisches
Gebiet der Erfindung
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Diese
Erfindung bezieht sich auf Membran-assoziierte Polypeptide der Mycobakterien
und insbesondere auf den Einsatz solcher Polypeptide und der Nucleinsäuren, welche
für diese
kodieren, als Vakzine und diagnostische Reagenzien.
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Hintergrund
der Erfindung
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Mycobakterien
umfassen eine Vielfalt säurefester,
grampositiver Bakterien, von denen einige wichtige Krankheiten bei
Mensch und Tier verursachen. Beim Menschen sind die beiden meistverbreiteten
Krankheiten, die durch Mycobakterien hervorgerufen werden, Tuberkulose
(TB) und Lepra, welche jeweils durch eine Infizierung mit M. tuberculosis
und M. leprae entstehen.
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Tuberkulose
weist sämtliche
Hauptmerkmale einer epidemischen Krankheit von globalem Ausmaß auf. Derzeit
sind weltweit über
35 Millionen Menschen von Tuberkulose befallen, die jährlich in über 4 Millionen Fällen zum
Tode führt.
Zu jedem gegebenen Zeitpunkt wird in Indien von beinahe 8 Millionen
Menschen berichtet, die an dieser Krankheit leiden, und 500000 Tote
sind verzeichnet. Diese Zahlen erfassen möglicherweise nicht die Gesamtheit
jener, die in diesem Land an Tuberkulose leiden. Demzufolge scheint
die Krankheit sowohl in Indien als auch in vielen anderen Ländern der
Erde ein Problem von großer
Wichtigkeit darzustellen.
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Verursacht
wird Tuberkulose durch M. tuberculosis, M. bovis, M. africanum und
M. microti, den säurefesten,
grampositiven Tuberkelbazillen aus der Familie Mycobacteriaceae.
Darüber
hinaus wurden bei Patienten in Madras und anderen indischen Städten einige
lokale pathogene Bakterienstämme
von M. tuberculosis isoliert, die sich in mancher Hinsicht von M.
tuberculosis-H37Rv unterscheiden, bei dem es sich um einen virulenten
Bakterienstamm handelt.
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In
jüngsten
Jahren wurde bei gewissen, an AIDS erkrankten Personengruppen festgestellt,
dass auch sie eine merklich erhöhte
TB-Häufigkeit
aufweisen. Nun wurde nachgewiesen, dass eine Gruppe von Mycobakterien,
bestehend aus M. avium, M. intracellulare und M. scrofulaceum, die
gemeinsam als MAIS-Komplex bekannt sind, bei einer Vielzahl an AIDS
erkrankter Menschen für
eine Krankheitsdissemination verantwortlich ist (Kiehn, u.a., J.
Clin. Microbiol., 21: 168–173
(1985); Wong, u.a., Amer. J. Med., 78: 35–40 (1985)).
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Seit
Koch im Jahre 1882 M. tuberculosis als Verursacher von Tuberkulose
identifiziert hat, sind etliche wissenschaftliche Studien und Bemühungen um öffentliche
Gesundheit auf die Diagnose, Behandlung und Kontrolle dieser Krankheit
gerichtet. Jedoch stellen die Charakteristiken von M. tuberculosis
bei der Forschung zur Verbesserung der Diagnostik und zur Entwicklung
wirksamerer Vakzine von jeher ein Hindernis dar. Überdies
erschwert die biochemische Zusammensetzung des Organismus die Identifizierung
und Reinigung der zellulären
Bestandteile, und vielen dieser Materialien fehlt es, sobald sie
gereinigt sind, in ihrer Eigenschaft als diagnostische Reagenzien
an Sensitivität
und Spezifität.
Als Ergebnis davon haben sich die diagnostischen und immunoprophylaktischen
Maßnahmen
gegen mycobakterielle Krankheiten in den letzten fünfzig Jahren nur
wenig verändert.
Die herkömmlichen
Verfahren zur Diagnose von M. tuberculosis sind mühselig,
und die Ergebnisse werden mit Verzögerung erhalten.
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Der
Bazillus Calmette-Guérin
(BCG), ein avirulenter Stamm von M. bovis (Calmette, A., Masson
et Cie, Paris (1936)), wird extensiv als Vakzin gegen Tuberkulose
eingesetzt. Obwohl bei zahlreichen wissenschaftlichen Untersuchungen
herausgefunden wurde, dass BCG eine Schutzwirkung gegen Tuberkulose
besitzt (Luelmo, F., Am. Rev. Respir. Dis., 125, 70–72 (1982)),
ist es dem Bazillus in mehreren Studien nicht gelungen, vor Tuberkulose
zu schützen
(WHO, Tech. Rep. Ser., 651: 1–15
(1980)), und zwar aus Gründen,
die nicht ganz eindeutig sind (Fine, P., Tubercle, 65: 137–153 (1984);
Fine, u.a., Lancet, (ii): 499–502
(1986)).
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Die
Ausmerzung durch Vakzination, Frühdiagnose
und effiziente Therapie bildet ein wichtiges Ziel bei dem Bestreben,
Mycobakteriosen zu bekämpfen.
Die Lücken
im derzeitigen Wissen über
die Biologie dieser Pathogene – über deren
Aufbau, naturgeschichtliche Entwicklung, Physiologie, Biochemie
und immunologische Reaktivitäten – akzentuieren
die Notwendigkeit von Versuchen zur Lösung des Rätsels um deren Schwachstellen,
so dass wirkungsvollere Wege zur Bekämpfung von Mycobakteriosen
eingeschlagen werden können.
Zur Entwicklung effizienterer Instrumente für Diagnose und Prävention
dieser Krankheiten ist es von Bedeutung, die Immunreaktion auf die
Infektion durch mycobakterielle Pathogene zu verstehen. Bisher gibt
es keine sinnvolle Definition der mycobakteriellen Komponenten,
die beim Ermitteln der zellulären
Immunreaktion maßgeblich
sind. Die Antikörper-
und T-Zellen-Reaktionen auf die Infektion mit bzw. die Inokulation
von abgetöteten
Mycobakterien wurden an Mensch und Tier untersucht. Menschliche
Patienten mit TB oder Lepra erzeugen Serumantikörper, welche sich gegen mycobakterielle
Antigene richten. Obgleich Antikörper
eine gewisse Funktion bei der antimycobakteriellen Immunreaktion übernehmen
können,
bleibt ihre genaue Tätigkeit noch
zu klären,
weil sich diesen Antikörpern
keine Schutzfunktion zuschreiben lässt. Der Schutz gegen mycobakterielle
Krankheiten beinhaltet zellvermittelte Immunität.
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Mycobakterien
erzeugen keinerlei Substanzen mit direkt toxischer Wirkung, woraus
folgt, dass sich ihre Pathogenität
aus vielerlei Faktoren ergibt, die bei ihrer Interaktion mit dem
infizierten Wirt involviert sind. Intrazellulärer Parasitismus hängt wahrscheinlich
von trophischen Faktoren der Wirtszellen ab; denkbar ist, dass deren
knapper Vorrat bakteriostatisch ist und eine Rolle beim mycobakteriellen
Ruhezustandmechanismus spielt.
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Allgemeingut
ist, dass Schutzimmunität
bei mycobakterieller Infektion durch spezifische T-Zellen vermittelt
wird, welche Makrophagen zu nicht-spezifischer tuberkulozider Aktivität anregen.
Beweise deuten darauf hin, dass gamma-Interferon Makrophagen zur
H2O2-vermittelten
Abtötung
von Bakterien veranlasst, aber verwandte oder andere MAF-Moleküle (MAF:
Macrophage Activating Factor) können
ebenfalls involviert sein. Die Gründe, die für die inadäquate bakterizide Funktion
an Stellen verantwortlich sind, die über eine reichhaltige T-Zellen-Proliferation
verfügen,
sind noch nicht geklärt.
Die Dissoziation von Hypersensivität vom verzögerten Typ (DTH: Delayed-type
Hypersensitivity) und Schutzimmunität hat zu der Ansicht geführt, dass
T-Zellen einer distinkten Untergruppe oder Spezifität für die gewonnene
Resistenz gegenüber
mycobakterieller Infektion verantwortlich sein könnten. Alternativ dazu kann
die Beeinträchtigung
des Schutzes aus zellulären
Folgereaktionen resultieren, nämlich
durch Suppressor-T-Zellen und Makrophagen, oder aus der Überstellung von
T-Zellen zur Helferfunktion für
B-Zellen.
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Im
Unterschied zu viralen und einigen parasitären Pathogenen, welche in der
Lage sind, die Resistenz des Wirts durch Antigenic Shift zu umgehen,
verfügen
Mycobakterien über
eine elastische Zellwandstruktur und können die immunlogischen Abwehrreaktionen
des Wirts durch die Aktion ihrer immunomodulatorischen Zellwandkonstituenten
unterdrücken.
Während
der Erfolg der Schutzimmunisierung gegenüber anderen mikrobiellen Pathogenen
in erster Linie von quantitativen Immunitätsparametern abhängt, hat
es den Anschein, dass mycobakterielle immunomodulatorische Stimuli
eine regulatorische Dysfunktion des Immunsystems des Wirts hervorrufen.
Möglicherweise
kann diese nicht einfach durch eine entschlossenere Immunisierung
unter Verwendung von Vakzinen komplexer Zusammensetzung, wie ganzen
Mycobakterien (z.B. BCG), überwunden
werden. Vielleicht haben Mycobakterien starke „Hilfs"-Strukturen nicht zur Stärkung der
Immunität
des Wirts entwickelt, sondern vielmehr zur Zerschlagung von dessen
Abwehrkräften
zu ineffizienten zellulären
Reaktionen, die sich zum Vorteil des Pathogens auswirken. Die Vakzination
mit einem abgeschwächten
Pathogen wie BCG könnte
die Immunreaktionen weiter verstärken,
bei jedoch eingeschränktem
Schutz für
den Wirt; der potentielle Anwendungsbereich für die Immunisierung mit definierten
Antigenen muss noch erforscht werden.
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Die
Reinigung und die Charakterisierung individueller antigener Proteine
sind wesentlich für
das Verständnis
des Grundmechanismus der DTH-Reaktion auf molekularem Level. Die
mögliche
funktionelle Rolle von Proteinen mit definierter Struktur sowohl
bei der Pathogenese mycobakterieller Krankheiten als auch bei diagnostischen
Zwecken bleibt von großem
Interesse. Zahlreiche Gruppen haben den Versuch unternommen, mycobakterielle
Antigene mittels gängiger
biochemischer und immunologischer Verfahren zu definieren, und es
wurde sowohl von allgemeinen als auch von speziesspezifischen Antigenen
in Mycobakterien berichtet (Minden, u.a., Infect. Immun., 46: 519–525 (1984);
Closs, u.a., Scand. J. Immunol., 12: 249–263 (1980); Chaparas, u.a.,
Am. Rev. Resair. Dis., 122: 533 (1980); Daniel, u.a., Microbiol.
Rev., 42: 84–113
(1978); Stanford, u.a., Tubercle, 55: 143–152 (1974); Kuwabara, S.,
J. Biol. Chem., 250: 2556–2562
(1975)).
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Über das
mycobakterielle Genom sind nur sehr wenige Informationen verfügbar. Anfänglich wurden grundlegende
Studien betrieben, um die Genomgröße, den G/C-Gehalt und den
Grad der DNA-Homologie zwischen den verschiedenen mycobakteriellen
Genomen zu beurteilen (Grosskinsky, u.a., Infect. Immun., 57, 5:
1535–1541
(1989); Garcia, u.a., J. Gen. Microbiol., 132: 2265–2269 (1986);
Imaeda, T., Int. J. Sys. Bacteriol., 35, 2: 147–150 (1985); Clark-Curtiss,
u.a., J. Bacteriol., 161 3: 1093–1102 (1985); Baess, I., u.a.,
B., Acta. Path. Microbiol. Scand., (1978) 86: 309–312; Bradley,
S.G., Am. Rev. Respir. Dis., 106: 122–124 (1972)). Jüngst wurden
rekombinante DNA-Verfahren für
das Klonen und die Expression mycobakterieller Gene eingesetzt.
Genomische DNA-Fragmente von M. tuberculosis, M. leprae und einigen
anderen mycobakteriellen Spezies wurden zur Konstruktion der Lambda-gtII-Phage
(Young, u.a., Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 82: 2583–2587 (1985);
Young, u.a., Nature (London), 316: 450–452 (1985)) oder anderer vektorbasierter
rekombinanter Genbibliotheken benutzt. Diese Bibliotheken wurden
mit monoklonalen Antikörpern
der Maus durchsucht (Engers, u.a., Infect. Immun., 48: 603–605 (1985);
Engers, u.a., Infect. Immun., 51: 718–720 (1986)), und auch polyklonale
Antisera und einige immunodominante Antigene wurden identifiziert.
Beim Hauptantigen unter diesen handelte es sich um fünf 12, 14,
19, 65 & 71 kDa-Antigene
von M. tuberculosis (Young, u.a., Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 82:
2583–2587
(1985); Shinnick, u.a., Infect. Immun., 55(7): 1718–1721 (1987);
Husson und Young, Proc. Natl. Sc. Acad., 84: 1679–1683 (1987)
und um fünf
12, 18, 23, 36 & 65
kDa-Antigene von M. leorae (Young, u.a., Nature (London), 316: 450–452 (1985)).
Ein paar Homologe einiger dieser Antigene wurden ebenfalls bei einigen
anderen mycobakteriellen Spezies (z.B. BCG) identifiziert (Yamaguchi,
u.a., FEB 06511, 240: 115–117
(1988); Yamaguchi, u.a., Infect. Immun., 57: 283–288 (1989); Matsuo, u.a.,
J. Bacteriol., 170, 9: 3847–3854
(1988); Radford, u.a., Infect. Immun., 56, 4: 921–925 (1988);
Lu, u.a., Infect. Immun., 55, 10: 2378–2382 (1987); Minden, u.a.,
Infect. Immun., 53, 3: 560–564
(1986); Harboe, u.a., Infect. Immun., 52, 1: 293–302 (1986); Thole, u.a., Infect.
Immun., 50, 3: 800–806
(1985)). Jedoch sind diese Antigene entweder intrazelluläre oder
sezernierte Moleküle.
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Zwar
ist M. bovis-BCG als Vakzin gegen Tuberkulose weithin zum Einsatz
gekommen, aber die Bestimmung der Membran-assoziierten Polypeptide
von Mycobakterium, die eine schützende
Immunreaktion induzieren können,
ist in hohem Maße
wünschenswert.
Die Verwendung eines solchen Membran-assoziierten Polypeptids oder
der DNA, welche für
dieses kodiert, ermöglicht
die Erzeugung rekombinanter Vakzine, z.B. mycobakterieller Membran-assoziierter
Immunogene, die beispielsweise in einem als Live Carrier eingesetzten
Virus oder Bakterium wie Vaccinia-Virus oder Salmonella, etc. exprimiert
werden, oder die Anzeige nicht-mycobakterieller Immunogene auf der
Oberfläche
eines kultivierbaren mycobakteriellen Stamms, der als rekombinantes
Lebendvakzin verwendbar ist.
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Dementsprechend
besteht hierbei eine Aufgabe darin, Verfahren zur Identifizierung
und Isolierung von Nucleinsäuren
zu bieten, die für
ein Membran-assoziiertes Polypeptid von Mycobakterien kodieren.
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Weiterhin
besteht hierbei eine Aufgabe darin, Membran-assoziierte Polypeptide
von Mycobakterien zur Verfügung
zu stellen und die Nucleinsäuren,
welche für
diese kodieren.
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Weiterhin
besteht hierbei eine Aufgabe darin, Vakzine zu bieten, welche die
Gesamtheit oder einen Teil des Membran-assoziierten Polypeptids
eines Mycobakteriums nutzen oder die DNA, welche für ein solches
Membran-assoziiertes Polypeptid kodiert.
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Weiterhin
ist es eine Aufgabe, Reagenzien zu bieten, welche besagtes Membran-assoziiertes
Polypeptid mit einem Mycobakterium umfassen oder DNA, welche dafür kodiert,
was von Nutzen bei Diagnostikassays für mycobakterielle Infektion
ist.
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Noch
eine weitere Aufgabe besteht darin, eine Promotersequenz zur Verfügung zu
stellen, welche den Promoter des Membran-assoziierten Polypeptids
umfasst, welcher Genexpression sowohl in Mycobakterien als auch
in anderen Mikroorganismen wie E. coli. steuern kann.
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Zusammenfassung
der Erfindung
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In Übereinstimmung
mit den obengenannten Aufgaben umfasst die Erfindung isolierte Nucleinsäure, welche
für die
Gesamtheit oder einen Teil eines Membran-assoziierten Polypeptids
eines Mycobakteriums kodiert, wie in Anspruch 1 dargelegt, und ferner
umfasst die Erfindung das Membran-assoziierte Polypeptid, wofür von besagter
DNA kodiert wird. Das Membran-assoziierte Polypeptid kennzeichnet
sich durch die Fähigkeit,
eine Immunreaktion auf pathogene Mycobakterien oder jene Mycobakterien
nachzuweisen, aus welchen das Membran-assoziierte Polypeptid oder
ein Teil desselben abgeleitet ist. Zu derartigen Mycobakterien zählen M.
bovis, M. tuberculosis und M. bovis-BCG.
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Um
ein besonderes mycobakterielles Membran-assoziiertes Polypeptid
handelt es sich bei einer ionenbewegenden 79-kD-ATPase. Extrazelluläre, intrazelluläre und transmembrane
Domänen
werden in diesem mycobakteriellen Membran-assoziierten Polypeptid basierend auf
dessen DNA und abgeleiteter Aminosäuresequenz identifiziert.
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Außerdem umfasst
die Erfindung Vakzine, welche ein Membran-assoziiertes mycobakterielles
Polypeptid oder eine Expressionsform einer Nucleinsäure nutzen,
welche dafür
kodiert. Mycobakterielle Promotersequenzen sind in der Lage, Genexpression
sowohl in Mycobakterien als auch in anderen Mikroorganismen wie
E. coli zu steuern. Solche Promoter stammen aus mycobakteriellen
Genen, die für
Membran-assoziierte ATPasen kodieren. Ein bevorzugter Promoter ist
jener des Gens, das für
das M. bovis-BCG-79-kD-Membran-assoziierte Polypeptid kodiert. Diese
Promotersequenz ist besonders nützlich
zur Expression maßgeblicher
Gene in Mycobakterien.
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Kurzbeschreibung
der Zeichnungen
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1 veranschaulicht die Ergebnisse eines
Immunoscreening rekombinanter Kolonien, welche M. bovis-BCG-DNA
(Tafel A) und M. tuberculosis-H37Rv-DNA (Tafel B) tragen; das Immunoscreening
erfolgt mittels Sera von TB-Patienten, bei denen die Anwesenheit
von M. bovis-BCG-Antigenen und M. tuberculosis-H37Rv-Antigenen,
die mit den Antisera in Reaktion treten können, durch ein qualitatives
Signal angezeigt wird.
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2 zeigt den Vergleich von Restriktionskarten
rekombinanter Klone, welche BCG-DNA tragen, die mittels des hierin
beschriebenen Immunoscreening-Assays (Tafel B) identifiziert wird,
mit den Restriktionskarten jeweils fünf immunodominanter Antigene
von M. tuberculosis und M. bovis-BCG genomischer DNAs (Husson und
Young, Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 84: 1679–1683 (1987); Shinnick, u.a.,
Infect. Immun., 55: 1718–1721
(1987) (Tafel A)). Die Restriktionskarten in jeder Tafel wurden
mit dem gleichen (im oberen Abschnitt angegebenen) Maßstab erstellt,
und Restriktionsstellen sind über
den Restriktionskarten angegeben. Die gepunktete Linie in Tafel
A stellt die nicht-mycobakterielle
DNA dar. Restriktionsenzyme: B, BamHI, E, EcoRI, G, BglII, K, KpnI,
P, PvuI, X, XhoI, N, HincII, U, PvuII, Ps, PstI, Hi, HindIII. In
Tafel A handelt es sich bei A um SalI, und s ist SacI. In Tafel
B handelt es sich bei S um SalI.
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3 veranschaulicht die Ergebnisse einer
Western-Blot-Analyse des beschallten Überstands des rekombinanten
Klons pMBB51A, der ein BCG-DNA-Insert trägt, das im Anschluss an das
Immunoscreening der rekombinanten Kolonien identifiziert wird. Die
obere Tafel stellt die Reaktivität
von MBB51A (Bahn 2) und E. coli (Bahn 1) mit Sera von TB-Patienten dar. Die
untere Tafel (Teil A) gibt die Reaktivität von MBB51A (Bahnen 1 und
2) und E. coli (Bahn 3) mit in Kaninchen gezüchteten anti-H37Rv-Sera wieder.
Teil B veranschaulicht die Reaktivität von MBB51A (Bahnen 1 und
2) und E. coli (Bahn 3) mit dem zweiten Antikörper alleine. Pfeile geben
die Position des immunoreaktiven 90-kD-BCG-Proteins an, das durch
das rekombinante MBB51A exprimiert wird, welches bei der negativen
Kontrolle abwesend war.
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4 zeigt die Nukleotidsequenz (Seq.-ID
Nr. 1) von Klon-pMBB51A-3.25-kb-Insert-DNA, die das immunoreaktive
MBB51A-Gen von M. bovis-BCG enthält,
das für
eine ionenbewegende ATPase kodiert, und zwar mit einer abgeleiteten
Molekularmasse von 79 kD. Die abgeleitete Aminosäuresequenz (Seq.-ID Nr.2) ist unterhalb
der Nukleotidsequenz aufgeführt.
Upstream liegende Promoterelemente sind unterstrichen. Die Transkriptionsterminationsregion
wird durch entgegengesetzte Pfeile angezeigt. Die 5' und 3' flankierenden Regionen
sind ebenfalls dargestellt.
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5 veranschaulicht
ein schematisches Modell, welches für das 79 kD-Protein abgeleitet
ist, für
das von pMBB51A kodiert wird, der eine ionenbewegende ATPase von
BCG darstellt. Das Modell betrachtet nur die strukturellen und funktionellen
Merkmale, die bei den anderen ionenbewegenden ATPase-Homologen transmembraner
Domänen
des Proteins hervortreten. Unter funktionellem Gesichtspunkt werden
wichtige Aminosäurereste
angegeben mit (P) für
Prolin an Position 400, (D) für
Asparaginsäure
an Position 443, (G) für Glycin
an Position 521 und (A) für
Alanin an Position 646. Ziffern kennzeichnen Aminosäurereste,
welche grob die Grenzen der Transmembrandomänen bestimmen.
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6 zeigt die Ergebnisse der Southern-Blot-Hybridisierung
von BamHI-Verdau genomischer DNAs von M. bovis-BCG (Bahn 6), M.
tuberculosis-H37Rv (Bahn 5), M. smegmatis (Bahn 4) und M. vaccae
(Bahn 3) unter Verwendung von pMMB51A-DNA-Insert (Bahn 8) als Sonde.
Tafel A stellt Ethidiumbromid-gefärbtes Gel dar, und Tafel B
gibt die Ergebnisse der Southern-Blot-Hybridisierung wieder.
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Detaillierte
Beschreibung der Erfindung
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Wie
hierin gebraucht, ist ein „Membran-assoziiertes
Polypeptid" eines
Mycobakteriums als beliebiges mycobakterielles Membran-assoziiertes
Polypeptid definiert, das in der Lage ist, eine Immunreaktion gegen das
Wildtyp-Mycobakterium
nachzuweisen, welches das Membran-assoziierte Polypeptid enthält. Beruhend auf
der beobachteten Kreuzreaktivität
des 79 kD Membran-assoziierten Polypeptids eines M. bovis-BCG mit einem
Antiserumpool von an Tuberkulose leidenden Patienten und der Kreuzhybridisierung
zwischen der DNA, die für
das 79 kD Membran-assoziierte Polypeptid kodiert, und der DNA von
M. tuberculosis-H37Rv ist jedoch ein Membran-assoziiertes Polypeptid
nicht auf jenes eingegrenzt, das hierin anhand von M. bovis-BCG identifiziert
wird. Vielmehr umfasst dieses Homologe zu der ionenbewegenden 79
kD-ATPase in M. bovis und M. tuberculosis.
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Wie
hierin gebraucht, umfasst „Nucleinsäure„ sowohl
DNA oder RNA als auch modifizierte Nucleinsäure, worin ein nachweisbares
Label eingegliedert wurde oder worin verschiedene Modifikationen
zur Verbesserung der Stabilität
vorgenommen wurden, z.B. die Eingliederung von Phosphorothioatbindungen
in das Phosphoribose-Rückgrat,
etc. Solch eine Nucleinsäure
beinhaltet auch Sequenzen, die für
die Antisense-Sequenz der DNA kodieren, die für das Membran-assoziierte Polypeptid
kodiert, so dass die nun wohlbekannte Antisense-Technologie anwendbar
ist, um die Expression derartiger Membran-assoziierter Polypeptide
zu modulieren.
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Bei
einigen Aspekten der Erfindung wird die Nucleinsäuresequenz, die für das Membran-assoziierte Polypeptid
des Mycobakteriums kodiert, als Vakzin eingesetzt.
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Wenn
sie in dieser Art gebraucht wird, ist die Nucleinsäure gemeinhin
eine „exprimierbare
Nucleinsäure", die alle Expressionsregulationssequenzen
enthält,
die zur Kontrolle von Transkription und Translation der Nucleinsäure in einem
bestimmten Wirtssystem notwendig sind. In einigen Vakzin-Ausführungsformen
kodiert die DNA für
ein chimäres
Polypeptid, das zumindest eine Transmembrandomäne des Membran-assoziierten Polypeptids
und ein „immunogenes
Polypeptid" enthält. Die
Transmembrandomäne
wird verwendet, um das immunogene Polypeptid auf der Oberfläche eines
bestimmten Wirtsorganismus, z.B. eines attenuiertes Lebendvakzins,
anzuzeigen. Wenn das Membran-assoziierte Polypeptid mehr als eine
Transmembranregion umfasst, können
eine oder mehrere Transmembranregionen mit einem immunogenen Polypeptid
verwendet werden. Auf diese Weise hat z.B. die ionenbewegende 79
kD-ATPase, wie in 5 dargestellt, mindestens drei extrazelluläre Domänen, in
welche ein immunogenes Polypeptid mittels wohlbekannter Verfahren
eingebaut werden kann, die rekombinante DNA-Technologie einschließen. Obwohl
bevorzugt wird, dass mehr als eine Transmembranregion benutzt wird,
um ein immunogenes Polypeptid anzuzeigen, sind Fachleute auf diesem Gebiet
problemlos dazu in der Lage, die Länge derartiger Membran-assoziierter
Polypeptide zu variieren, um eine immunogene Reaktion zu maximieren
oder die Menge des Membran-assoziierten Polypeptids zu minimieren,
das in solchen Anwendungen eingesetzt wird.
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Wie
hierin gebraucht, umfasst „immunogenes
Polypeptid" die
Gesamtheit oder einen Teil eines beliebigen Polypeptids, das sich
potentiell in einem Vakzin oder einer diagnostischen Anwendung nutzen
lässt.
So kann das immunogene Polypeptid heterologe Immunogene umfassen,
d.h. Immunogene aus nicht-mycobakteriellen Quellen, z.B. Salmonella
oder Shigella, oder aus anderen Mycobakterien, aus denen das Membran-assoziierte
Polypeptid abgeleitet ist, z.B. Immunogene aus Mycobakterium tuberculosis,
die mit einem Membran-assoziierten Polypeptid von M. bovis-BCG verschmolzen
sind. Allerdings sind in einigen Fällen homologe Immunogene verwendbar.
Beispielsweise kann jede der extrazellulären Domänen, wie hierin in 5 dargestellt,
kombiniert und angezeigt werden, und zwar durch Kombination mit
einer oder mehreren Transmembrandomänen aus dem Membran assoziierten
Polypeptid, welches diese normalerweise enthält. Alternativ dazu lassen
sich die interzellulären
Domänen
mittels geeigneter Transmembranregionen aus dem gleichen Molekül extrazellulär anzeigen.
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In
einer abgewandelten Vakzin-Ausführungsform
wird vielmehr das Membran-assoziierte Polypeptid von Mycobakterien
als Teil eines Vakzins genutzt als die kodierende DNA. Derartige
proteinöse
Vakzine werden mit wohlbekannten Adjuvantia formuliert und wohletablierten
Standards zufolge verabreicht, welche Fachleuten auf diesem Gebiet
bekannt sind.
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Die
Nucleinsäure,
die für
das Membran-assoziierte Polypeptid der Erfindung kodiert, ist als
Diagnostikum einsetzbar, um basierend auf Hybridisierung mit Wildtyp-Genen,
welche das infektiöse
Mycobakterium enthält,
eine Infektion nachzuweisen. Ein derartiger Nachweis kann die direkte
Hybridisierung von DNA umfassen, die aus einer geeigneten diagnostischen
Probe extrahiert wird, oder die PCR-Amplifikation mit Primern aus
der Nukleotidsequenz der Nucleinsäure, die für das Membran-assoziierte Polypeptid
der Erfindung kodiert. Falls die PCR-Amplifikation mittels Primern
in einer konservierten Region vorgenommen wird, kann die Anwesenheit
von Mycobakterien in einer diagnostischen Probe bestimmt werden.
Wenn diese in einer nicht-konservierten Region, die speziesspezifisch
ist, erfolgt, wird das spezifische Mycobakterium, das eine Infektion
verursacht, durch den diagnostischen Assay ermittelt.
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Außerdem kann
das Membran-assoziierte Polypeptid der Erfindung verwendet werden,
um die Anwesenheit von Antikörpern
in den Sera von Patienten nachzuweisen, bei denen möglicherweise
eine Infektion mit Mycobakterien vorliegt. Zu derartigen Nachweissystemen
zählen
Radioimmunoassays und verschiedene Modifikationen davon, die Fachleuten
auf diesem Gebiet wohlbekannt sind. Überdies ist das erfindungsgemäße Membran-assoziierte
Polypeptid einsetzbar, um die Anwesenheit einer Zell-vermittelten
Immunreaktion in einer biologischen Probe nachzuweisen. Derartige
Assaysysteme sind Fachleuten auf diesem Gebiet ebenfalls wohlbekannt
und beinhalten gemeinhin die klonale Expansion einer Subpopulation
von T-Zellen, die auf Stimuli des Membran-assoziierten Polypeptids
reagieren. Bei einer solchen Verwendung lässt sich die humorale und/oder
Zell-vermittelte Reaktion eines Patienten bestimmen und im Verlauf
der Krankheit überwachen.
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Rekombinante
Klone, die für
immunogene Proteinantigene von M. bovis-BCG kodieren, wurden aus einer
genomischen Bibliothek von M. bovis-BCG-DNA isoliert. Insbesondere
DNA-Fragmente, die für
vier Proteinantigene von M. bovis-BCG kodieren, wurden isoliert
durch Erforschung einer pBR322-Bibliothek von M. bovis-BCG-DNA mit
Sera von TB-Patienten,
absorbiert auf E. coli. Die Restriktionskarten dieser vier rekombinanten
Klone unterscheiden sich von jenen der fünf immunodominanten Antigene
von Mycobakterien (Young, u.a., Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 82:
2583–2587
(1987); Husson und Young, Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 84: 1679–1683 (1987);
Shinnick, u.a., Infect. Immun., 55: 1718–1721 (1987)), was anzeigt,
dass diese geklonten Proteinantigene neuartig sind. Einer der rekombinanten
DNA-Klone kodierte für
ein immunoreaktives Protein mit einer apparenten Molekularmasse
von 90 kD gemäß Western-Blot-Analyse.
Die vollständige
Nukleotidsequenz der Insert-DNA dieses Klons wurde bestimmt. Dabei
wurde herausgefunden, dass der Klon einen mycobakteriellen Promoter
und einen monocistronischen OLR trägt, der für ein Protein von 761 Aminosäuren mit einer
abgeleiteten Molekularmasse von 79 kD kodiert. Dieses 79 kD-Protein
besaß eine
extensive Homologie mit ionenbewegenden ATPasen von S. faecalis
(Solioz, u.a., J. Biol. chem., 262: 7358–7362 (1987)), E. coli (Hesse,
u.a., Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 81: 4746–4750 (1984)) sowie mehreren
anderen Organismen und stellt so eine ionenbewegende ATPase oder
eine potentielle K+-ATPase von BCG dar.
Mittels Computeralgorithmen wurde bestimmt, dass es sich bei dieser
ionenbewegenden ATPase um ein Membranprotein handelt und dass sie
ein Homolog in dem beim Menschen pathogenen M. tuberculosis-H37Rv
hat, aber nicht in M. vaccae und M. smegmatis, welche nicht pathogen
sind. Als Ergebnis davon sind neuartige BCG-Immunogene verfügbar, die
bei der Prävention,
Diagnose und Behandlung von Tuberkulose und anderen mycobakteriellen Infektionen
von Nutzen sein können.
Einsetzen lassen sich diese Immunogene beispielsweise bei der Entwicklung
hochspezifischer serologischer Tests, um Patienten nach Individuen
zu durchsuchen, welche Antikörper gegen
M. tuberculosis erzeugen oder welche mit M. tuberculosis infiziert
sind, weiterhin bei der Entwicklung von Vakzinen gegen die Krankheit
und bei der Beurteilung der Effizienz, mit welcher infizierte Individuen
behandelt werden.
-
Ferner
können
auf Grundlage der Nukleotidsequenz der pMBB51A-Insert-DNA geeignete
Oligonukleotidprimer zur PCR-Amplifikation eingesetzt werden, wobei
M. bovis-BCG- oder M. tuberculosis-H37Rv-DNA als Template benutzt
wird. Solch ein PCR-Amplifikationsschema kann somit für den Nachweis
mycobakterieller DNA in einer gegebenen Probe nützlich sein. Außerdem lässt sich
durch eine vernünftige
Wahl des Primer-Designs ein derartiges Amplifikationsverfahren für die taxonomische
Klassifikation mycobakterieller DNAs anpassen. Bei Verwendung von
Primern zur Flankierung einer stark konservierten Region wie der
ATP-Bindungsstelle ist beispielsweise die PCR-Amplifikation für alle mycobakteriellen
Spezies gängig,
wohingegen bei Verwendung von Primern aus nicht-konservierten Bereichen
die Amplifikation speziesspezifisch erfolgen kann.
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Beispiel 1
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Isolation und Charakterisierung
von Genen. die für
immunogene Proteinantigene von Mycobakterium bovis-BCG und Mycobakterium
tuberculosis-H37Rv kodieren
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A. Konstruktion rekombinanter
DNA-Bibliotheken von M. bovis-BCG-DNA und Mycobakterium tuberculosis-H37Rv
-
Konstruiert
wurde eine Bibliothek rekombinanter DNA von genomischer M. bovis-BCG-DNA,
wobei pBR322 eingesetzt wurde, ein High-Copy-Number-Plasmidvektor
(Bolivar, u.a., Gene, 2: 95–133
(1977)) mit antibiotischen Markern (Ampizillin und Tetracyclin)
und mehreren unique Cloning-Sites. M. bovis-BCG-Zellen wurden aus
einer Kultur in deren später
logarithmischer Wachstumsphase geerntet, und DNA mit hoher Molekularmasse
wurde durch das Verfahren von (Eisenach, u.a., J. Mol. Biol., 179:
125–142
(1986)) mit geringfügigen
Modifikationen isoliert. BCG-DNA wurde mit BamHI vollständig verdaut,
und ein Shotgun-Cloning dieser Fragmente in die BamHI-Stelle von
pBR322 wurde durchgeführt.
Die genomische Bibliothek wurde in E. coli-Bakterienstamm-DHI umgesetzt,
und Rekombinanten wurden auf der Basis von Ampizillinresistenz und
Tetracyclinsensitivität
selektioniert. Das Ziel dieser Herangehensweise bestand darin, Restriktionsfragmente
mit breitgefächerter
Größe zu erzeugen,
um die Bibliothek nicht auf DNA-Fragmente aus einem bestimmten Größenbereich
einzuschränken.
Zudem gewährleistete
diese Klonierungsstrategie weitgehend, dass beliebige Rekombinanten,
die zur Expression mycobakterieller Antigene ausgewählt wurden,
die Expression wahrscheinlich vielmehr anhand eines mycobakteriellen
Promoters als anhand des Tet-Promoters von pBR322 herbeiführen würden.
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Die
in dieser Weise konstruierte BCG-Bibliothek enthielt 2051 Klone
mit BCG-Herkunft. Auf analoge Art wurde eine genomische Bibliothek
von Mycobacterium tuberculosis-H37Rv-DNA konstruiert, wordurch 1100
Klone erhalten wurden.
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Die
Größe der BCG-DNA-Inserts
lag in einem Bereich von 0.9 bis 9.5 kb. Die Durchschnittsgröße der in
pBR322 eingefügten
Mycobakterien-DNA-Fragmente wurde auf etwa 4 kb geschätzt. In
Anbetracht dessen, dass die Genomgröße von BCG 4.5 × 103 kb beträgt
(Bradley, S. G., J. Bacteriol., 113: 645–651 (1973), Imaeda, u.a.,
Int. J. Syst. Bacteriol., 32, 456–458 (1982)), würden ungefähr 1000
Klone mit dieser durchschnittlichen Insert-Größe das ganze Genom des Mikroorganismus
umfassend darstellen.
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B. Isolation rekombinanter
DNA-Klone, die für
Mycobakterium bovis-BCG- und Mycobakterium tuberculosis-H37Rv-Proteinantigene kodieren
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Zur
Identifizierung von Rekombinanten, welche mycobakterielle Antigene
exprimieren, wurde ein CIA (Colony Immunoscreening Assay) eingerichtet,
um rekombinante Kolonien mit geeigneten Antisera zu durchsuchen.
Sera von zwanzig Patienten mit jüngst
diagnostizierter aktiver Lungentuberkulose wurden zur Verwendung
beim Immunoscreening gepoolt. Keiner der Patienten hatte vor dieser
Studie eine Tuberkulosebehandlung erhalten, und ihre Sputa ergaben
in allen Fällen
ein positives Ergebnis für
säurefeste
Bakterien. Gepoolte Sera wurden auf einem E. coli-Sonikat bei 4°C über Nacht
absorbiert, um zu E. coli-Antigenen kreuzreaktive Antikörper zu
beseitigen und dadurch das Signal-Rausch-Verhältnis während des Immunoscreenings
zu verbessern.
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Über Nacht
wurden individuelle rekombinante Kolonien auf Nitrocellulosemembranen
gezüchtet,
und ein Immunoscreening wurde wie erläutert ausgeführt, allerdings
mit geringfügigen
Modifikationen. Die Kolonien wurden zwecks Freisetzung der geklonten
mycobakteriellen Antigene in Chloroformdampf lysiert und dann auf
dem Nitrocellulosepapier immobilisiert. Die immobilisierten Antigene
wurden mit TB-Sera in Reaktion gebracht, und die Bindung des Antikörpers wurde
durch gängige
Verfahren mittels eines Nachweissystems kenntlich gemacht, welches
Meerrettichperoxidase-Protein A nutzt. Die mit den rekombinanten
Klonen erhaltenen Signale wurden mit jenen verglichen, die im Fall
von E. coli-Kolonien, welche allein den pBR322-Vektor beherbergten,
erhalten wurden, was als negative Kontrolle zur Beurteilung des
Signal-Rausch-Verhältnis diente.
Zwecks Feststellung, ob die Immunoreaktivität der rekombinanten Klone durch
anti-mycobakterielle Antikörper
bedingt war oder durch eine Reaktion mit normalen Serumkomponenten,
wurde ein weiterer CIA an den ausgewählten Rekombinanten vorgenommen,
wobei TB-Sera und normale menschliche Sera (NHS: Normal Human Sera)
verwendet wurden, die auf E. coli in einer zu der zuvor für TB-Sera
beschriebenen analogen Weise absorbiert worden waren. Nur jene Klone,
welche selektiv mit TB-Sera und nicht mit HNS reagierten, wurden
als unzweifelhaft auf die Anwesenheit mycobakterieller Antigene
hinweisend angesehen. Die Anwendung dieser Herangehensweise mittels
Immunoscreening zwecks Identifizierung rekombinanter Kolonien, die
mycobakterielle DNA-Inserts tragen, welche mycobakterielle Antigene
exprimieren können,
wird nachstehend erläutert:
1 zeigt das Ergebnis des mittels Sera
von TB-Patienten durchgeführten
Immunoscreenings rekombinanter Kolonien, welche M. bovis-BCG-DNA
(Tafel A) oder M. tuberculosis-H37Rv-DNA (Tafel B) tragen. Die Kolonien wurden
auf Nitrocellulosepapier über
Nacht gezüchtet,
dann lysiert, um das geklonte mycobakterielle Antigen freizusetzen,
und in Reaktion mit den Antikörpern
gebracht. Die Anwesenheit von mycobakteriellem Antigen wird durch
ein qualitatives Signal in den rekombinanten Klonen angezeigt, welches
bei der negativen Kontrolle nicht auftritt, welche Kolonien umfasst,
die allein den pBR322-Vektor beherbergen. Ein ähnlicher Assay wurde mit normalem
menschlichem Serum wiederholt, um die Spezifität der geklonten mycobakteriellen
Antigene zu ermitteln. 51 rekombinante Kolonien, welche M. bovis-BCG-DNA-Inserts
trugen, und 45 rekombinante Kolonien, welche M. tuberculosis-H37Rv-DNA-Inserts
trugen, wurden mittels des obigen Verfahrens durchsucht; 14 Klone
mit BCG-Herkunft (Tafel A) und 2 Klone mit H37Rv-Herkunft (Tafel
B) wiesen unterschiedlich starke Signale auf, welche die Immunoreaktivität dieser
Klone (1) anzeigten. Alle diese Klone
wurden auch auf Immunoreaktivität
mit NHS getestet. Allerdings hat mit Ausnahme von 3 Klonen, die
eine geringfügige
Reaktivität auf
NHS zeigten, keiner dieser Klone mit NHS reagiert, was zu erkennen
gab, dass diese exprimierten mycobakteriellen Antigene selektiv
mit TB-Sera reagierten. Somit resultierte dieses Verfahren in der
direkten Identifikation rekombinanter Klone, welche für mycobakterielle
Antigene kodieren. Diese Strategie ist allgemein auf mycobakterielle
Genbanken anwendbar, die in Plasmid- oder Cosmidvektoren erzeugt
werden, um Gene, die in E. coli exprimiert werden, zumindest bis
zu der durch den Immunoassay nachweisbaren Grenze zu identifizieren.
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C. Restriktionskartierung
immunoreaktiver Mycobakterium bovis-BCG-DNA-Rekombinanten
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Die
Insert-DNAs von vier der durch die TB-Sera isolierten Klone rekombinanter
DNA von immunoreaktivem BCG wurden mit Restriktionsendonukleasen
kartiert. Tafel B in 2 zeigt die Restriktionskarten
genomischer DNA, abgeleitet für
die geklonte BCG-DNA, in vier Rekombinanten, wobei SalI von A repräsentiert wird,
BamHI von B, EcoRI von E, BglII von G, KpnI von K, PvuI von P, SacI
von S und XhoI von X. Dann wurden diese Restriktionskarten mit jenen
verglichen, die zuvor für
die fünf
immunodominanten Antigene von M. tuberculosis/M. bovis-BCG konstruiert
worden waren (Young, u.a, Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 82: 2583–2587 (1985));
Husson, u.a., Proc. Natl. Acad. Sci., 84: 1679–1683 (1987); Shinnick, u.a.,
Infect. Immun., 55, 7: 1718–1721
(1987)) (2 Tafel A). Da die in den
Tafeln A und B dargestellten Restriktionskarten mit dem gleichen
Maßstab
angelegt wurden, sind die Unterschiede zwischen den beiden offensichtlich.
Es gibt keine ähnlichen
Regionen zwischen den Restriktionskarten rekombinanter Klone immunoreaktiver
BCG und jenen der zuvor charakterisierten immunodominanten Antigene
von M. tuberculosis/M. bovis-BCG. Daraus kann gefolgert werden,
dass die geklonten BCG-DNA-Inserts
in den vier Rekombinanten neuartig sind.
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Beispiel II
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Isolation und Charakterisierung
eines Gens, das für
eine ionenbewegende BCG-ATPase kodiert
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A. Identifikation eines
neuartigen BCG-Antigens
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Einer
der vier immunoreaktiven BCG-Klone, nämlich pMBB51A, ließ die Anwesenheit
eines Proteins von Mr 90 kD erkennen, und zwar bei einer Western-Blot-Analyse
unter Verwendung von sowohl TB-Sera als auch polyklonalem anti-H37Rv-Antiserum, das in
Kaninchen gezüchtet
wurde (3). Eine ähnliche Western-Blot-Analyse
von pMBB51A mit einem Pool aus einigen anti-mycobakteriellen monoklonalen
Antikörpern (TB23,
TB71, TB72, TB68, TB78; Engers, u.a., Infec. Immun., 48: 603–605 (1985))
oder mit normalen menschlichen Sera gab dieses immunoreaktive Protein
von 90 kD nicht zu erkennen. Dies bestätigt, dass pMBB51A für ein BCG-Antigen
kodiert, welches sich von jenen unterscheidet, die zuvor in BCG
identifiziert wurden, was dieses Antigen neuartig macht.
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B. Bestimmung der Nukleotidsequenz
von pMBB51A
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Um
dieses neuartige BCG-Antigen weiter zu charakterisieren, wurde das
pMBB51A-DNA-Insert einer Nukleotidsequenzierung unterzogen. An dem
BamHI-BamHI-Insert, das in pMBB51A getragen wurde, erfolgte eine
Kartierung zusätzlicher
Restriktionsenzymspaltstellen. Es wurde ermittelt, dass sich in
dieser Sequenz mindestens eine einzige PstI-Stelle und drei SalI-Stellen
befanden. Überlappende
Fragmente, abgeleitet aus Einzel- und Doppelverdaus von SalI, BamHI
und SalI, BamHI und PstI und aus PstI und SalI wurden zwecks Vorbereitung
für die
DNA-Sequenzanalyse in M13mp18- und M13mp19-Vektoren subkloniert.
Daraufhin wurde die DNA-Sequenzierung mittels handelsüblicher
Kits wie des Sequenase-Systems
und des T7-Systems von Pharmacia durchgeführt. Von der bestimmten Sequenz
abgeleitete Oligonukleotide wurden synthetisiert und als Primer
verwendet, um die Sequenz mit den größeren Inserts zu vervollständigen.
Während
der Sequenzierung wurden mehrere Kompressionsbereiche angetroffen;
diese wurden durch Verwendung von dITP in den Sequenzierungsreaktionen
und durch Veränderung
der Reaktionsbedingungen aufgelöst.
Die vollständige
Nukleotidsequenz der pMBB51A-Insert-DNA wurde durch Sequenzieren
beider Stränge
bestimmt, wobei sowohl dGTP als auch dITP benutzt wurden. Bestimmt
wurde, dass die DNA-Sequenz des pMBB51A-Inserts eine Länge von
3.25 kb bei einem G/C-Gehalt von 67.1% besaß; diese Sequenz ist in 4 dargestellt.
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Die
Bestimmung der DNA-Sequenz des 3.25 kb-Inserts von Klon pMBB51A
(4) ermöglichte die Klärung der
Aminosäuresequenz
des 90 kD-BCG-Antigens. In 4 sind
die Nukleotide von dem linken Ende der pMBB51A-Insert-DNA aus nummeriert.
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Eine
Untersuchung der pMBB51A-Insert-DNA-Sequenz auf mögliche OLR
in allen drei Leserahmen ließ den
längsten
OLR mit 2286 bp, kodierend für
ein Polypeptid aus 761 Aminosäuren,
auf einem der Stränge erkennen. Über den
anderen Strang wurde herausgefunden, dass er einen kleineren OLR
mit 1047 bp aufwies, der in der Lage war, für ein Polypeptid aus 349 Aminosäuren zu
kodieren. Der längste
OLR, der für
ein Protein mit einer Länge
von 761 Aminosäuren
kodierte, entsprach einer abgeleiteten Molekularmasse von 79 kD,
die dem immunoreaktiven BCG-Protein mit einer auf Western-Blot erkannten
apparenten Molekularmasse von 90 kD am Nächsten kam. Die für dieses
Protein abgeleitete Aminosäuresequenz
ist unterhalb der Nukleotidsequenz in 4 angegeben.
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Dieser
OLR war auf der pMBB51-Insert-DNA so platziert, dass auf beiden
Seiten lange Strecken flankierender DNA-Sequenzen vorhanden waren, die keine
bedeutsamen OLR besaßen.
Dies schloss die Expression dieses OLR anhand des pBR322-Tet-Genpromoters
aus und ließ anstatt
dessen vermuten, dass dieser OLR anhand seines eigenen Promoters
in pMBB51A exprimiert wurde. Weiterhin gab dies Grund zu der Annahme,
dass E. coli die M. bovis-BCG-Transkriptions- und Translations-Start-
und Stopstellen in diesem Gen korrekt verwenden kann.
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Unmittelbar
oberhalb des OLR wurden Regulatorsequenzen identifiziert, die eine
starke Übereinstimmung
mit den –35, –10 und
den Shine-Dalgarno-Sequenzen von E. coli aufwiesen (Rosenberg, u.a.,
Annul. Rev. Genet., 13: 319–353
(1979)). Außerdem
war der Abstand zwischen diesen drei Regulatormotiven auch sehr
gut konserviert. Obgleich die anderen sequenzierten mycobakteriellen
Promoter (Dale, u.a., Molecular Biologe of the Mycobacteria, Kap.
8, 173–198
(1990)) in allen der drei Regionen, also in –35, –10 und SD, einige Unterschiede
gegenüber
den E. coli-Konsensussequenzen aufwiesen, zeigten die Regulatorelemente
von pMBB51A-DNA einen Höchstgrad
an Sequenzgleichheit mit E. coli in den –35 und SD-Sequenzelementen, und zwar mit einer
einzigen Fehlübereinstimmung
in jedem Element, und eine etwa 50%-ige Sequenzgleichheit in der
Pribnow Box. Alle obengenannten Merkmale wiesen deutlich daraufhin,
dass diese Region die Promoterregion für das in pMBB51A enthaltene
mycobakterielle Gen ist. Der Umfang der Ähnlichkeit zwischen dieser
BCG-Promotersequenz
und einem typischen E. coli-Promoter ist bemerkenswert und erklärt die funktionelle
Aktivität
dieses Promoters, im Unterschied zu vielen anderen mycobakteriellen
Promotern, in E. coli. Der Translationsinitiationskodon in diesem
OLR war ATG an Position 508, während
ein einzelner Translationsterminationskodon TGA an Position 2790
identifiziert wurde. Potentielle Transkriptionsterminationsstrukturen,
fähig zur
Bildung von Stamm- und Schleife-Konformationen, wurden in der Region
3' dieses OLR identifiziert. Somit
repräsentierte
der pMBB51A-OLR vielmehr ein monocistronisches Gen als ein Operon.
Die Promoterregion des MBB51A-Gens kann die Genexpression sowohl
in E. coli als auch in Mycobakterien steuern. Diese Promotersequenz
ist nützlich
zur Steuerung der Expression mycobakterieller Gene in E. coli. Zudem
kann diese Promotersequenz auch verwendet werden, um homologe und/oder
heterologe Gene in einem Mycobakterium zu exprimieren und so ein
Schlüsselelement
für die
Entwicklung von Genexpressionssystemen in Mycobakterien bieten.
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Um
Informationen über
die mögliche
biologische Funktion des MBB51A-Proteins abzuleiten, wurde die Aminosäuresequenz
dieses Proteins verwendet, um nach einer Homologie mit verfügbaren Sequenzen
in der PIR-Proteindatenbank,
Ausgabe 20 (Tabelle I) und einer Genebank-Nucleinsäuredatenbank
(Tabelle II) zu suchen, wobei die Fast A-Programmfolge eingesetzt
wurde, geschrieben von (Lipman and Pearson, Proc. Natl. Acad. Sci.,
USA, 85: 2 (1988)). Die MBB51A-Proteinsequenz wies eine Homologie
mit einer Familie ionenbewegender ATPasen aus verschiedenen Organismen
auf, vom Bakterium bis hin zum Säugetier.
Die 13 besten Treffer aus einer Suche mit k-Tupel 2 sind in der
oberen Tafel von Tabelle I dargestellt, und die 10 besten Treffer aus
einer Suche mit k-Tupel 1 sind in der unteren Tafel aufgeführt. In
jedem Fall zeigte das MBB51A-Protein maximale Homologie (75.9% Homologie
bei einer 593 Aminosäuren-Überlappung
mit 31.9% Gleichheit) mit einer K+-transportierenden
ATPase von S. faecalis (Solioz, u.a., 1987). Die nächstbeste
Homologie wurde bei der β-Kette
K+-transportierender ATPase von E. coli
beobachtet (Hesse, u.a., Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 81: 4746–4750/1984))
(68.8% Homologie bei einer 397 Aminosäuren-Überlappung mit 24.2% Gleichheit).
Ein geringeres Ausmaß an
Homologie wurde auch erkannt bei H+, Ca2+ und Na+-ATPasen
aus verschiedenen Organismen. Somit zeigten die Ergebnisse aus der
Homologiesuche an, dass MBB51A-Protein eine ionenbewegende ATPase
von M. bovis-BCG und eng mit den anderen bakteriellen ionenbewegenden
ATPasen verwandt ist. Dies ist der erste Bericht über die
Klonung und Identifikation einer solchen ATPase in Mycobakterien.
Die ionenbewegende BCG-ATPase zeigte Homologien zu anderen ionenbewegenden
ATPasen, wobei die Größe überlappender
Regionen in einem Bereich von 593 Aminosäuren im Fall von S. faecalis
bis 82 Aminosäuren im
Fall von L. donovani lag (Meade, u.a., Mol. Cell. Biol., 7, 3937–3946 (1987)),
obwohl die meisten der Regionen mit Sequenzgleichheit oder -konservierung
in der C-terminalen Hälfte
des MBB51A-Proteins lokalisiert wurden. Weiterhin wurde herausgefunden,
dass eine Region mit 30 Aminosäuren
in der C-terminalen Hälfte des
MBB51A-Proteins mit den meisten dieser ATPasen geteilt wird, was
auf die funktionelle Wichtigkeit dieser Region hinwies. Die detaillierte
Anordnung des MBB51A-Proteins mit den K+-ATPasen
von S. faecalis und E. coli zeigte weiterhin an, dass mehrere Reste
zwischen den drei ATPasen konserviert wurden, einschließlich jener,
die invariabel in allen ATPasen sind, vom Bakterium bis hin zum
Menschen.
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TABELLE
I ERGEBNISSE DER SUCHE NACH HOMOLOGEN ZUR MBB51A-AMINOSÄURESEQUENZ IN DER PIR-PROTEINDATENBANK
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Die
PIR-Proteindatenbank (2378611 Reste in 9124 Sequenzen) wurde mit
dem FASTA-Programm durchsucht. Das Mittel des ursprünglichen
Anfangsergebnisses betrug 27.2 bei einer Standardabweichung von 6.9.
Anfangsergebnisse (initn) über
75.6 lagen um sechs Standardabweichungen über dem Durchschnitt, eine Signifikanzebene,
die gewöhnlich
biologische Verwandtschaft anzeigt. Die Optimierung (opt) verbessert
im Allgemeinen das Anfangsergebnis hinsichtlich verwandter Proteine,
und zwar durch Einbringen von Lücken
in die Sequenz. Bei nicht verwandten Sequenzen verbessert die Optimierung
das Ergebnis meist nicht.
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TABELLE
II ERGEBNISSE DER SUCHE NACH HOMOLOGEN ZUR MBB51A-AMINOSÄURESEQUENZ
IN DER GENEBANK-NUCLEINSÄURESEQUENZDATENBANK
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Das
KdpB-Protein von E. coli und möglicherweise
die S. faecalis-K+-ATPase gehören zu den
E1E2-ATPasen, von denen bekannt ist, dass sie ein Aspartylphosphat-Intermediat
bilden, und zwar mit zyklischer Transformation des Enzyms zwischen
phosphorylierter und dephosphorylierter Spezies. In Analogie zu
anderen ATPasen wurde der phosporylierte Aspartatrest (D) (Furst,
u.a., J. Biol. Chem., 260: 50–52
(1985)) an Position 443 in der MBB51A-ATPase identifiziert. Dieser
Rest ist der erste einer Pentapeptidsequenz DKTGT, die in ATPasen – vom Bakterium
bis hin zum Menschen – konserviert
ist, und muss ein wesentliches Element der katalytischen Stelle
bilden. In ähnlicher
Weise wurde von Prolin (P) an Position 400 in der MBB51A-ATPase herausgefunden,
dass es in anderen ATPasen eine unveränderliche Aminosäure darstellt,
und es wird von Prolin angenommen, dass es sich in einer Membran-durchspannenden
Domäne
aufhält.
Von solchen in die Membran eingelagerten Prolinresten wird vermutet,
dass sie für
die reversiblen konformativen Veränderungen benötigt werden,
die für
die Regulierung eines Transportkanals notwendig sind (Brandl, u.a.,
Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 83: 917–921 (1986)). Außerdem wurde
für weitere
Sequenzmotive, denen funktionelle Bedeutung in anderen ionenbewegenden
ATPasen beigemessen wird, ebenfalls herausgefunden, dass sie in
der MBB51A-ATPase konserviert werden. Zu diesen zählen Gly
(G) (Farley und Faller, J. Biol. Chem., 260: 3899–3901 (1985))
an Position 521 und Ala (A) (Ohta, u.a., Proc. Natl. Acad. Sci.,
USA, 83: 2071–2075
(1986)) an Position 646, welche in 5 dargestellt
sind.
-
Da
die MBB51A-ATPase homolog zu Membran-assoziierten ATPasen war, wurde
die Charakterisierung der Membran-assoziierten Helices im MBB51A-Protein
mittels Computeralgorithmen vorgenommen. Unter Verwendung eines
Hydropathieprofils (Rao, u.a., Biochem. Biophys. Acta., 869: 197–214 (1986))
wurden sieben Transmembrandomänen
in dem MBB51A-Protein identifiziert und sind nun in Tabelle III
und 5 aufgeführt.
Nahezu die gleichen Transmembrandomänen wurden außerdem durch
den Plot des hydrophoben Moments identifiziert (Eisenberg, u.a.,
J. Mol. Biol., 179: 125–142
(1984)) und sind ebenfalls in Tabelle III und 5 dargestellt.
Die Durchschnittsgröße einer
Transmembrandomäne
beläuft
sich auf ungefähr
21 Reste, weil sich 21 Reste zu einer α-Helix mit annähernd der
Dicke der apolaren Position einer Lipiddoppelschicht (32Å) winden.
Allerdings ist diese Größe einer
Transmembrandomäne
innerhalb eines Bereichs, der ein paar Aminosäuren umfasst, flexibel, wie
durch die funktionellen Eigenschaften eines gegebenen Membran-assoziierten
Proteins bestimmt wird. Die Größe der im
MBB51A-Protein identifizierten Transmembrandomänen liegt im Bereich von 20–37 Resten.
Die ersten sechs Transmembrandomänen
durchspannen die Membran nur einmal, wie sowohl das Hydropathieprofil
als auch der Plot des hydrophoben Moments ergeben hat. Die siebte Transmembrandomäne kann
die Membran zweimal durchqueren. Gemeinsam mit dem in der Membran
eingelagerten Prolin (P) an Position 400 entsprechen diese Merkmale
den Kanaltransportfunktionen ionenbewegender ATPasen und schließen eine
reversible Veränderung
bei der Konformation dieser Proteine ein. Ferner bestimmen solche
Transmembrandomänen
die intrazellulären
und extrazellulären
Domänen
dieses Moleküls. S. 5.
-
-
Das
Hydropathieprofil des MBB51A-Proteins deckte sich beinahe mit jenem
der S. faecalis-K+-ATPase, obwohl die MBB51A-ATPase
am N-Terminus 154 zusätzliche
Aminosäuren
aufweist, welche in S. faecalis nicht vorhanden waren. Dies hebt
deutlich die starke evolutionäre
Konservierung der breiten Domänenstruktur zwischen
diesen beiden Proteinen hervor, was die Wahrscheinlichkeit vergrößert, dass
die beiden Proteine über
einen ähnlichen
dreidimensionalen strukturellen Aufbau verfügen.
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Beruhend
auf dem Hydropathieprofil und auf Vorhersagen über die sekundäre Struktur
wird in 5 ein schematisches Modell der
MBB51A-ATPase präsentiert.
Dieses Modell umfasst mindestens sieben Transmembrandomänen, welche
die Membran einmal durchspannen und zusammen mit den jeweiligen
Aminosäurepositionen
in 5 angegeben sind. Darüber hinaus definiert dieses
Modell extrazelluläre
und intrazelluläre Domänen des
MBB51A-Proteins. Ebenfalls veranschaulicht werden viele der Reste,
deren funktionelle Bedeutung in anderen ionenbewegenden ATPasen
dargelegt wurde und die auch in dem MB551A-Protein konserviert werden.
Von diesen befindet sich Prolin (P) an Position 400 im Transmembranbereich,
wohingegen Asparaginsäure
(D) an 443, Glycin (G) an 521 und Alanin (A) an 646 dem Zytoplasma
zugewandt sind.
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Um
zu bestimmen, ob das Gen, das für
die ionenbewegende MBB51A-ATPase kodiert, in anderen mycobakteriellen
Stämmen
vorhanden ist, seien sie mit BCG verwandt oder nicht, wie der virulente
Stamm M. tuberculosis-H37Rv und andere nicht-tuberkulöse, nicht-pathogene
Mycobakterien wie M. vaccae und M. smegmatis, wurde eine Southern-Blot-Hybridisierung
mit genomischer DNA von den obigen Spezies durchgeführt, wobei
als Sonde BCG-Insert-DNA von pMBB51A zum Einsatz kam. Wie in 6 veranschaulicht, war mit der pMBB51A-Insert-DNA
hybridisierbare DNA auch in M. tuberuclosis-H37Rv-DNA vorhanden, jedoch nicht
in M. smegmatis und M. vaccae. Dies zeigte an, dass das M. tuberuclosis-H37Rv-Homolog
des pMBB51A-Gens einen ähnlichen
genetischen Aufbau besitzt, wie bei M. bovis-BCG-DNA vorgefunden,
und auf einem 3.25 kb-BamHI-Fragment
präsent
ist.
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Die
Verfügbarkeit
neuartiger Mycobacterium bovis-BCG- und/oder Mycobacterium tuberculosis-H37Rv-Antigene
eröffnet
die Möglichkeit,
an grundlegende biochemische, immunologische, diagnostische und
therapeutische Fragen über
Tuberkulose und Mycobacterium tuberculosis heranzugehen, die noch
unbeantwortet sind. Beispielsweise können Mycobacterium tuberculosis
spezifische, antigene Determinanten eingesetzt werden, um einfache
und zielgerichtete seroepidemiologische Versuche zur Durchsuchung
menschlicher Populationen zu entwickeln. Derartige serologische
Versuche sind hochspezifisch aufgrund der Verwendung antigener Determinanten,
die durch die obig erläuterten
Herangehensweisen bestimmt sind und von denen bekannt ist, dass
sie spezifisch für
Mycobacterium tuberculosis-H37Rv sind. Solche serologischen Versuche
sind nützlich
zur Frühdiagnose
von Tuberkulose, womit sie eine frühzeitige Behandlung gestatten
und die Übertragung
der Krankheit von infizierten Individuen an andere eingrenzen.
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Eine
Resistenz gegenüber
Tuberkulose wird durch zellvermittelte Immunität verliehen. Die hier identifizierten
Antigene können
weiterhin benutzt werden, um zu bestimmen, welche Segmente dieser
Antigene von Mycobacterium tuberculosis spezifischen T-Zellen erkannt
werden. Eine Mischung aus Peptiden, die durch Helfer-T-Zellen erkannt
wird, liefert ein spezifisches Hauttestantigen zur Verwendung bei
der Feststellung des immunologischen Status von Patienten und deren
Kontakten. Eine Mischung aus solchen Peptiden ist außerdem bei
der raschen Beurteilung der immunologischen Effizienz von Kandidatenvakzinen
nützlich.
Zusätzlich können Peptide,
die durch Mycobacterium tuberculosis spezifische T-Zellen erkannt
werden, Komponenten eines Vakzins gegen die Krankheit sein.
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Die
Kenntnis der vollständigen
Nukleotidsequenz von pMBB51A-DNA-Insert bietet eine reichhaltige Quelle
von Sequenzinformationen, die sich nutzen lassen, um geeignete Primer
für die
PCR-Amplifikation mycobakterieller genomischer DNA-Fragmente zu
entwerten. Die ionenbewegende ATPase von BCG weist Bereiche mit
stark konservierten Sequenzen auf (z.B. für die ATP-Bindungsstelle),
von denen angenommen wird, dass sie bei allen mycobakteriellen Spezies
die gleichen sind, und Sequenzdivergenzbereiche (z.B. für die N-terminale
Region), welche sich bei verschiedenen mycobakteriellen Spezies
unterscheiden. Auf Grundlage dieses Wissens können Primer entweder anhand
der konservierten Regionen oder anhand der divergierenden Regionen
gestaltet werden, um zu identifizieren, ob in einer gegebenen Probe
die Ziel-DNA mycobakteriell ist oder nicht, und um im Fall mycobakterieller
DNA zu ermitteln, zu welcher mycobakteriellen Spezies die DNA gehört.
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Solche
Amplifikationsschemen sind zweckmäßig zur Entwicklung hochsensibler
und spezifischer diagnostischer Verfahren für Mycobakterien, die auf PCR-Amplifikation
beruhen. Die Beobachtung, dass das 3.25kb-pMBB51A-DNA-Insert in
Mycobacterium tuberculosis-H37Rv und Mycobacterium bovis-BCG vorhanden
ist und nicht in den avirulenten Mycobacterium vaccae und Mycobacterium
smegmatis, die einen Einfluss auf andere Aspekte der biologischen
Unterschiede zwischen diesen Spezies haben, manifestiert sich in
Bezug auf Virulenz, Wachstumscharakteristiken und Metabolismus.
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Rekombinante
Vakzine lassen sich auch dadurch konstruieren, dass die DNA, die
für die
Gesamtheit oder einen Teil der erfindungsgemäßen Membran-assoziierten Polypeptide
kodiert, in ein geeignetes Vakzinvehikel eingegliedert wird. Beispielsweise
kann die Gesamtheit oder ein Teil der DNA, die für das 79 kD-Mycobakterium bovis-BCG-Protein
oder einen Abschnitt des Proteins kodiert, in ein Vakzinvehikel
eingegliedert werden, das in der Lage ist, die besagte DNA zu exprimieren.
Ein solches Vakzinvehikel könnte
ein Virus, z.B. Vaccinia-Virus, etc. sein oder ein Bakterium, z.B.
Mycobakterium, Salmonella, Vibrio, Bacillus, Yersinia, Bordetella,
etc., damit ein Vakzin hergestellt wird, welches Individuen, denen
es verabreicht wird, eine langanhaltende Immunität verleihen kann.
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Ein
besonderes Merkmal der ionenbewegenden 79 kD-BCG-ATPase besteht
dann, dass diese ein Membran-gebundenes
Antigen darstellt. Deshalb ist sie einsetzbar, um fremde DNA-Sequenzen,
die für
maßgebliche
antigene Epitope (B-Zellen-Epitope oder T-Zellen-Epitope) kodieren,
mit diesem Gen oder einem Abschnitt dieses Gens in einer Weise zu
verkoppeln, die bewirkt, dass das fremde Epitop als Immunogen verwendet
wird. Solche Verkoppelungen können
in extrazelluläre
oder intrazelluläre
Domänen
des MBB51A-Proteins oder in eine Kombination aus beiden Domäntypen eingebaut
werden. Das Einbauen immunogener Fremdepitope in MBB51A-DNA wird
durch gängige
Verfahren mit rekombinanter DNA erreicht, welche Fachleuten auf
diesem Gebiet bekannt sind. Einige dieser Verfahren umfassen den
Gebrauch von unique Cloning-Sites, In-Vitro-Mutagenese und/oder
mit PCR verwandte Techniken. Eines dieser geeigneten Verfahren beinhaltet die
Verwendung einer unique NdeI-Site an Position 1090 in der MBB51-DNA,
wo fremde DNA eingefügt
werden kann. Das Grafting von Epitopen auf der Zelloberfläche induziert
eine schnelle Antikörperreaktion
aufgrund dessen, dass das Epitop auf der bakteriellen Zelle gut
exponiert ist, was wiederum zur direkten Aktivierung von B-Zellen
führt.
Außerdem
induziert die intrazelluläre
Lokalisierung eines Epitops ein 8-Zellen-Gedächtnis und eine sehr brauchbare
T-Zellen-Reaktion. Zu den Beispielen für maßgebliche Epitope, von denen bekannt
ist, dass sie an der Immunreaktion auf verschiedene Pathogene beteiligt
sind, zählen
Epitope von E. coli-LT-Toxin, das Maul- und Klauenseuchevirus, HIV,
Choleratoxin, etc.
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So
ist das 79 kD-Antigen nutzbringend bei der Gestaltung rekombinanter
Vakzine gegen verschiedene Pathogene. Zu diesen Vakzinen gehören ein
rekombinantes Vakzinvehikel, das in der Lage ist, die Gesamtheit oder
einen Teil des 79 kD-Membran-assoziierten
Proteins von Mycobakterien zu exprimieren, worin Fremdepitope eingebaut
sind, so dass die Fremdepitope auf der äußeren Oberfläche und/oder
auf der inneren Seite der Zellmembran exprimiert werden, wodurch
den Fremdepitopen Immunogenität
verliehen wird. Das für
diesen Zweck verwendete Vakzinvehikel kann ein kultivierbares Mycobakterium
wie z.B. BCG sein. Bei diesen Anwendungen kann das ionenbewegende
BCG-ATPase-Gen auf einem mycobakteriellen Shuttle-Vektor transportiert
werden, oder alternativ dazu kann die fremde DNA, die für antigene
Epitope der immunogenen Polypeptide kodiert, in das mycobakterielle
Genom mittels homologer Rekombination in dem ionenbewegenden ATPase-Gen
oder mittels Random-Integration eingefügt werden. Ein solcher Prozess
ergibt stabile rekombinante mycobakterielle Stämme, die auf ihrer Oberfläche und/oder
im Cytoplasma maßgebliche
antigene Sequenzen exprimieren können,
die beispielsweise dazu in der Lage sind, Schutz gegen eine Vielzahl
infektiöser Pathogene
zu bieten. Das Targeting rekombinanter Antigene zu der Zellwand
ist nicht nur aufgrund der hohen Immunogenität mycobakterieller Zellwänder attraktiv,
sondern auch aufgrund von Belangen hinsichtlich der Einführung eines
Lebendvakzins in Populationen mit hoher Prävalenz von HIV-Seropositivität. Überdies
kann auf Grundlage des MBB51A-Proteins eine nicht lebendes, aber
immunogenes rekombinantes Zelloberflächen-Untereinheit-Vakzin entwickelt
werden, um eine nützliche
Alternative zu Lebendvakzinen zur Verfügung zu stellen. Alternativ
könnten
andere bakterielle, virale oder einzellige Vakzinvehikel transformiert
werden, um diese rekombinanten Vakzine zu erzeugen. Zu den Beispielen
für potentielle
Vakzinvehikel gehören
Vaccinia-Virus, Pocken-Viren, Salmonella, Yerisinia, Vibrio, Bordetella,
Bacillus, etc.
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Ferner
könnten
bei einer solchen Herangehensweise multivalente rekombinante Vakzine
entworfen werden, welche die simultane Expression multipler protektiver
Epitope/Antigene verschiedener Pathogene gestatten.
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Äquivalente
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Fachleute
auf diesem Gebiet werden viele Äquivalente
zu den speziellen Materialien und Komponenten, die hierin spezifisch
beschrieben sind, erkennen oder in der Lage sein, diese unter bloßem Einsatz
von Routineversuchen herauszufinden. Es ist beabsichtigt, dass die
Tragweite der folgenden Ansprüche
derartige Äquivalente
umfasst.
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