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HINTERGRUND
DER ERFINDUNG
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Diese
Erfindung betrifft die Herstellung von alpha-amidierenden Enzymen
durch rekombinante DNA-Techniken und insbesondere Expressionsvektoren
und Wirte, die in der Lage sind, alpha-amidierende Enzyme in hohen
Ausbeuten und mit hoher zu erzielender Reinheit zu exprimieren.
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Die
intrazelluläre
Prozessierung (Spaltung und/oder Modifikation funktioneller Gruppen)
von Vorläuferformen
nativer Proteine im Anschluss an ihre Translation ausgehend von
Nukleinsäure-kodierenden
Sequenzen wurde eindeutig dokumentiert.
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Im
Allgemeinen können
Säugerzellen
und andere Eukaryoten bestimmte posttranslationale Prozessierungsverfahren
durchführen,
während
Prokaryoten dies nicht können.
Bestimmte Prokaryoten, wie zum Beispiel E. coli, werden weithin
als Wirte für
die Herstellung von Säugerproteinen
durch rekombinante DNA (rDNA)-Technologie verwendet, da sie einfach
in Chargen-Fermentationsverfahren gezüchtet werden können und da
sie genetisch gut charakterisiert sind. Viele Säugerproteine benötigen jedoch
eine bestimmte Art der posttranslationalen Prozessierung, und wenn
diese Proteine durch genetische Techniken beispielsweise von E.
coli hergestellt werden, muss die posttranslationale Prozessierung
häufig
durch die Verwendung komplexer, in vitro chemischer Verfahren erfolgen,
welche für
Herstellungsanwendungen im großen
Maßstab
unerschwinglich teuer sind.
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Eine
Art der Prozessierungsaktivität
betrifft die spezifische Amidierung der Carboxy-terminalen Aminosäure eines
Peptids oder Proteins. Viele natürlich
vorkommende Hormone und Peptide beinhalten eine solche Modifikation,
welche häufig
essentiell ist, wenn das Protein biologisch aktiv sein muss. Ein
Beispiel ist Calcitonin, bei dem die Substitution eines nicht-amidierten Prolinrests
für das
amidierte Prolin der nativen Form in einer 3.000-fachen Reduktion
der biologischen Aktivität
resultiert. Andere biologische Peptide, die zur voll-ständigen Aktivität die posttranslationale
Amidierung benötigen,
beinhalten, ohne darauf beschränkt
zu sein, den Growth hormone releasing factor, andere Calcitonine
und Calcitonin-Gen-verwandte
Peptide.
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Die
spezifische Amidierung der Carboxy-terminalen Aminosäure eines
Proteins wird durch alpha-amidierende Enzyme katalysiert. Die Polypeptidsequenzen
für viele
wichtige biologische Proteine, welche die Amidierung für ihre maximale
Wirksamkeit benötigen,
können
beispielsweise durch genetische Techniken hergestellt werden. Die
wichtige und manchmal essentielle Carboxy-terminale Amidierung muss
jedoch häufig
in vitro durchgeführt
werden. Es ist wünschenswert,
an diesem Punkt kostspielige und mühsame chemische Amidierungstechniken
zu vermeiden, und daher ist es wünschenswert,
ein amidierendes Enzym zur Durchführung der spezifischen Amidierung
zu verwenden. Alpha-amidierende Enzyme werden -jedoch nicht leicht
in der Natur gefunden.
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Das
Vorhandensein amidierter Peptide in einem bestimmten Gewebe ist
nicht notwendigerweise mit hohen Niveaus alpha-amidierender Enzyme
gleichzusetzen. Zum Beispiel enthält das Hypophysenvorderlappen-Gewebe
von Ratten hohe alpha-amidierende Aktivität, jedoch keine bekannten Substrate
(Eipper et al., PNAS 80: 5144–5148
(1983)). Das Hypophysenhinterlappen-Gewebe von Ratten enthält amidierte
Peptide (Oxytocin und Vasopressin), hat jedoch nur sehr geringe
alpha-amidierende Aktivität
(Eipper et al., Endo 116: 2497–2504
(1985)). Bis einzelne Gewebe auf ihre alpha-amidierende Aktivität getestet
sind, kann daher das Vorhandensein oder das potentielle Niveau des
Enzyms nicht vorhergesagt werden.
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Ein
noch größeres Hindernis
für die
Verfügbarkeit
amidierender Enzyme, die aus natürlichen
Quellen gewonnen werden, ist der üblicherweise geringe Grad an
Reinheit. Aus natürlichen
Quellen erhältliche
amidierende Enzyme sind mit proteolytischen Enzymen und anderen
Verunreinigungen kontaminiert. Die effektive Gewinnung eines amidierten
Produkts ist stark beeinträchtigt,
wenn diese von Verunreinigungen durchsetzten Enzyme zur Amidierung
eines Substrats bestehend aus L-Aminosäuren verwendet werden. Vor
allem das Vorhandensein von Proteasen kann zum Abbau des Substrats
und/oder des amidierten Produkts und/oder des amidierenden Enzyms
selbst führen.
Die meisten biologisch wichtigen Polypeptide enthalten L-Aminosäuren und
sind für
diesen proteolytischen Abbau und für andere Amidierungsbehindernde
Hindernisse anfällig,
welche durch Verunreinigungen in Ansätzen mit amidierenden Enzymen
verursacht werden.
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Da
die Natur nur wenige Quellen, geringe Mengen und keine ausreichende
Reinheit an alphaamidierenden Enzymen bereitstellt, besteht ein
Bedarf an effizienten Methoden der Massenproduktion alpha-amidierender
Enzyme, die mit hohem Ertrag und hoher Reinheit gewonnen werden.
Die Herstellung amidierender Enzyme durch rekombinante Mittel könnte diesen
Bedarf erfüllen.
Stoffers et al. (Stoffers, D. A., Green, C. B.–R. und Eipper, B. A. (1989)
PNAS, 86, 735–739)
beschreiben die Isolierung und Sequenzierung von zwei cDNAs, welche
die als rPAM-1 und rPAM-2 bezeichneten Rattenpolypeptide kodieren.
Die verschiedenen Regionen der Sequenz und ihre Funktionen wurden
ebenfalls identifiziert. EP-A-308067 offenbart aufgereinigte enzymatische
Zusammensetzungen aus alpha-amidierenden Enzymen sowie Gene, die
zur Expression derselben fähig
sind. EP-A-299790, WO 89/02460 und WO 90/08190 offenbaren die Gesamtlängen-Aminosäuresequenzen,
enthaltend Startkodons stromaufwärts
der kodierenden Region, von amidierenden Enzymen aus Xenopus, Rind
und Mensch. Trotzdem besteht weiterhin ein Bedarf an der verbesserten
Expression alpha-amidierender Enzyme.
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Die
hier verwendeten Begriffe "amidierendes
Enzym" und "alpha-amidierendes
Enzym" beziehen
sich auf jedes Agens, das zur Katalyse der Umsetzung eines Peptidylsubstrats
in ein entsprechendes Peptidylamid mit einer Aminogruppe anstelle
der C-terminalen Aminosäure
des genannten Substrats fähig
ist.
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KURZE BESCHREIBUNG
DER ERFINDUNG
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Es
ist ein Ziel der vorliegenden Erfindung, alpha-amidierende Enzyme
bereitzustellen, die in hohen Mengen und mit hoher Reinheit gewonnen
werden können.
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Ein
anderes Ziel der Erfindung besteht im Bereitstellen von Wirtsorganismen,
welche zur Expression alpha-amidierender Enzyme, die in hohen Mengen
und mit hoher Reinheit gewonnen werden können, fähig sind.
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Ein
anderes Ziel der Erfindung besteht im Bereitstellen von Expressionsvektoren,
enthaltend DNA-Sequenzen, die für
alpha-amidierende Enzyme kodieren.
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Ein
anderes Ziel der Erfindung besteht im Bereitstellen von Expressionsvektoren,
die zur Expression alpha-amidierender Enzyme in einer Weise fähig sind,
durch die das exprimierte Enzym einfach gewonnen und zu einem solchen
Grad aufgereinigt wird, der für
die Amidierung von Peptidylsubstraten enthaltend L-Aminosäuren, z.
B. aus natürlichen
Quellen aufgereinigte Substrate, chemisch synthetisierte Substrate
oder durch rekombinante DNA-Techniken
hergestellte Substrate, wirksam ist.
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Ein
anderes Ziel der Erfindung besteht im Bereitstellen von Expressionsvektoren,
die besonders zum Ausführen
der Expression alpha-amidierender Enzyme in einem eukaryotischen
Wirt geeignet sind.
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Ein
anderes Ziel der Erfindung besteht im Bereitstellen von Expressionsvektoren,
die besonders zum Ausführen
der Expression alpha-amidierender Enzyme in einem prokaryotischen
Wirt geeignet sind.
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Ein
anderes Ziel der Erfindung besteht im Bereitstellen eines Mittels
zur effizienten, kostengünstigen Massenproduktion
alpha-amidierender Enzyme.
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Diese
und andere Ziele werden durch das Bereitstellen eines Wirts erreicht,
der zur Expression der Polypeptidsequenz eines alpha-amidierenden
Systems fähig
ist, wobei besagter Wirt einen Expressionsvektor enthält, der
einen Transkriptionspromotor enthält, stromabwärts gefolgt
von einer dem genannten Wirt fremden DNA-Sequenz, welche für eine Peptidylglycin
alpha-amidierende Monooxygenase kodiert und eine Sequenz hat, die
ausgewählt
ist aus:
wobei
besagte DNA-Sequenz ein Stopkodon stromaufwärts einer Sequenz beinhaltet,
welche ansonsten für eine
Transmembranregion kodieren würde.
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Der
hier verwendete Begriff "stringente
Bedingungen" bedeutet
2 × SSC
(0,3 M Natriumchlorid und 0,03 M Natriumcitrat) bei 62°C.
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Die
vorliegende Erfindung stellt ebenfalls Expressionsvektoren aus genannten
Wirten wie oben beschrieben bereit. Weitere Aspekte der Erfindung
sind wie in den Ansprüchen
beschrieben.
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Der
hier verwendete Begriff "Transmembrandomäne" ist eine DNA-Sequenz,
welche gemäß des Tests von
Kyte und Doolittle, J. Mol. Biol., 157, 105–132 (1982) (dessen gesamte
Offenbarung hiermit als Referenz eingefügt wird) für eine Aminosäuresequenz
von ausreichender Hydrophobizität,
Länge,
strukturellem Charakter und ähnlichem
kodiert, um in der Membran befestigt zu sein. Dies kann zum Beispiel
erfolgen, wenn ein Protein an einem Membran-gebundenen Ribosom synthetisiert
wird, oder die von der Transmembrandomäne kodierte Aminosäuresequenz
kann alternativ mit anderen Regionen des Proteins, von dem sie ein
Teil ist, assoziiert werden, so dass die Sequenz posttranslational
in die hydrophobe Umgebung der Membran eingefügt wird. Transmembrandomänen werden
detaillierter in Von Heijne, Sequence Analysis in Molecular Biology:
Treasure Trove or Trivial Pursuit, 81–121 (Acad. Press 1987) diskutiert,
dessen Lehren hiermit als Referenz eingefügt werden.
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Die
hier verwendeten Basennummern sind diejenigen Nummern, die spezifisch
für eine
jegliche DNA-Sequenz festgelegt wurden, die ausdrücklich mit
den Referenzen der Basennummern dargelegt werden. Bei allen Sequenzen,
denen hier keine ausdrücklichen
Basennummern zugeordnet sind, sollen die Basen fortlaufend nummeriert
werden, wobei die Basennummer 1 die erste Base des durch die in
Frage stehende Sequenz exprimierten ersten Kodons darstellt und
die Aminosäurenummern
fortlaufend nummeriert werden, wobei die erste Nummer diejenige
Aminosäure
ist, die von den Basen 1–3
exprimiert wird.
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KURZE BESCHREIBUNG
DER ABBILDUNGEN
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1 ist
ein Flussdiagramm zur Herstellung eines Säuger-Expressionsvektors für alphaamidierende Enzyme.
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2 ist
ein Flussdiagramm zur Herstellung eines prokaryotischen Expressionsvektors
für alpha-amidierende
Enzyme.
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3 ist
ein Coomassie-Blau gefärbtes
SDS-PAGE Elektrophoretogramm der unlöslichen Proteinfraktion aus
E. coli JM105 enthaltend die angegebenen Plasmide (welche die in
Beispiel 1 dargelegten Merkmale haben) nach Kultivierung mit (+)
oder ohne (–)
dem Wachstumsmedium zugefügten
IPTG (C = unlösliche Proteine
von E. coli JM105 enthaltend pKK233-2).
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4 ist
ein Western Blot des in 3 gezeigten Gels, wobei im Anschluss
an den Proteintransfer auf Nitrocellulose der Filter mit Kaninchen-Anti-AE-Antiserum
und dem Alkaline Phosphatase-konjugierten Anti-Kaninchen-Ig behandelt
wurde, gefolgt von einem chromogenen Substrat für die Alkaline Phosphatase.
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DETAILLIERTE
BESCHREIBUNG BEVORZUGTER AUSFÜHRUNGSFORMEN
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Gemäß der Erfindung
werden für
prokaryotische Systeme geeignete Expressionsvektoren und für eukaryotische
Systeme geeignete Expressionsvektoren hergestellt. DNA kodierend
für in
diesen Vektoren verwendbare amidierende Enzyme kann isoliert werden,
wie in der EPÜ-Anmeldung Nr. 88307533.5
gelehrt und als Veröffentlichungsnummer
0308067 veröffentlicht,
deren gesamte Offenbarung hiermit als Referenz eingefügt wird.
Alpha-amidierende Enzyme wurden aus dem Schilddrüsenmark-Karzinomgewebe von
Ratten oder konditioniertem Medium einer Rattenzelllinie isoliert
und bis zur Homogenität
aufgereinigt, wie gelehrt in der oben genannten Teilanmeldung und
in der Stammanmeldung mit der Stammnummer 655,366, angemeldet am 27.
September 1984, jetzt herausgegeben als US-Patent 4,708,934, dessen
Priorität
beansprucht und dessen gesamte Offenbarung hier als Referenz eingefügt wurde.
Für die
aufgereinigten alpha-amidierenden Enzyme wurden die Aminosäuresequenzen
ermittelt, und diese Sequenzen wurden verwendet, um eine Vielzahl
an Oligonukleotidsonden zu entwerfen, welche radioaktiv markiert
und zur Isolierung von cDNAs für
amidierende Enzyme verwendet wurden.
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Die
isolierten cDNAs wurden zum Screening von Banken verwendet, die
z. B. aus der Gesamt-RNA von Schilddrüsenmark-Karzinomgewebe von
Ratten, den daraus abgeleiteten Zelllinien oder aus Zelllinien hergestellt
wurden, die bekannt dafür
sind, amidierende Enzyme herzustellen, beispielsweise die biologische Hinterlegung
IVI 10028 (In Vitro International, Linthicum, Maryland) (Ratten
MTC-Gewebe) oder die abgeleitete Zelllinie IVI 10029. Es wurde Gesamt-RNA
gewonnen und Poly A-RNA mittels Oligo-DT-Cellulose selektiert. cDNAs
wurden durch bekannte Methoden, unter Verwendung von zunächst reverser
Transkriptase und anschließend
einer DNA-Polymerase, hergestellt. Die cDNA wurde zur Generierung
von cDNA-Banken im Vektor λgt
11 verwendet, und die rekombinanten DNAs wurden in vitro zur Bildung
von infektiösen
Bakteriophagenpartikeln verpackt.
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Extrakte
zum Verpacken sind beispielsweise bei Promega Biotech oder Clontech
Laboratories kommerziell erhältlich
oder können
gemäß im Stand
der Technik bekannten Methoden hergestellt werden. Die Phagen wurden
mit radioaktiv markierten Oligonukleotidsonden gescreent, welche
wie oben dargelegt hergestellt wurden. Das Screening auf Bakteriophagen
enthaltend alpha-amidierende Enzym-cDNA ("AE-cDNA") wurde durch das Ausplattieren von
Bakteriophagenproben und das Übertragen
der Phagen auf Nitrocellulose-Filterscheiben durchgeführt. Die
Hybridisierung mit zwei oder mehr radioaktiv markierten AE-spezifischen
Oligonukleotidsonden bestätigte
die Spezifität.
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Die
als AE4, AE5, AE8 und AE9 bezeichneten Oligonukleotidsonden auf
den Seiten 61–64
der EPÜ-Anmeldung
Nr. 88307533.5 und als Veröffentlichungsnummer
0308067 veröffentlichten
Anmeldung werden besonders für
das Screening von Banken bevorzugt, welche aus der oben genannten
biologischen Hinterlegung IVI 10029 hergestellt wurden.
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Die
Analyse der AE-cDNAs aus vielen Bakteriophagen, die durch das oben
genannte Oligonukleotid-Hybridisierungs-Screening-Verfahren isoliert
wurden, wies darauf hin, dass die cDNAs in eine Vielzahl verschiedener
Typen eingeteilt werden konnten. Die Struktur eines Typs ist unten
als Darstellung A angegeben, wobei die Nukleotide derart nummeriert
wurden, dass die Base 1 als die erste Base des Kodons für den Initiator Methionin
bezeichnet wurde.
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Unter
der Nukleotidsequenz ist der Einbuchstaben-Aminosäurecode
zur Translation der Gensequenz in ein Protein angegeben. Die Nummern
in Klammern am Ende der Zeilen geben die Aminosäurenummern an:
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Ein
anderer Typ einer cDNA-Sequenz, die durch das oben dargelegte Oligonukleotid-Hybridisierungs-Screening
isoliert wurde, ist durch die unten angegebene Darstellung B aufgezeigt,
wobei die Nummerierung und andere Angaben denen entsprechen, wie
sie oben für
Typ A angegeben wurden:
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Die
Anmelder haben cDNAs verwendet, welche auf die oben angegebene Weise
isoliert wurden, um sowohl prokaryotische als auch eukaryotische
Expressionsvektoren herzustellen, und eine Anzahl von Wirten wurden
mit diesen Vektoren zur effizienten Expression alphaamidierender
Enzyme transfiziert.
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In
bevorzugten Ausführungsformen
der Erfindung haben die Anmelder den vorhergehenden cDNAs neuartige
Modifikationen zugefügt,
um nicht nur die Expression, sondern auch die Gewinnung amidierender Enzyme
zu optimieren. Die Natur und das Ausmaß der Modifikation können in
Abhängigkeit
vom gewählten Wirt
und/oder Vektor variieren. In einigen Ausführungsformen der Erfindung
wurde stromaufwärts
der Sequenz, welche andernfalls für eine Transmembrandomäne kodieren
würde,
ein Stopkodon eingefügt.
Die Gegenwart dieser Transmembrandomänen kann für ein rekombinantes DNA-Expressionssystem
unerwünscht sein,
da sie dazu führen
können,
dass das exprimierte Protein Membran-assoziiert und möglicherweise
im Wirtsorganismus oder der Zelllinie inaktiv ist. Beispiele für Transmembrandomänen erscheinen
in den beiden Beispielen für
cDNAs, die in den obigen Darstellungen A und B dargelegt sind (ungefähr Basen
2275–2355 der
in Darstellung A gezeigten Sequenz und ungefähr Basen 2587–2667 der
in Darstellung B gezeigten Sequenz). Die cDNAs der Darstellungen
A und B sind auf der Aminoseite dieser Transmembrandomänen im Wesentlichen
identisch, mit der Ausnahme einer scheinbaren Intronregion von Base
1178 bis Base 1492 der Typ B cDNA.
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Die
cDNAs der obigen Darstellungen A und B kodieren für Proteinprodukte
von ungefähr
94 bzw. 105 kD. Beide Proteine sind größer als reife, aktive Enzyme,
welche aus tierischen Gewebeextrakten oder Zellliniensekretionen
aufgereinigt wurden. Bei jedem dieser primären Translationsprodukte handelt
es sich um Prä-Proenzyme,
welche im C-terminalen Drittel der kodierenden Sequenz Transmembrandomänen enthalten. Vorzugsweise
wird das Stopkodon so platziert, dass das exprimierte Protein ein
Molekulargewicht von ungefähr
75 besitzt, wenn es von der cDNA der Darstellung A exprimiert wird
(d. h. der Stop wird zwischen den Basen 2025 und 2275 platziert),
und 87 kD, wenn es von der cDNA von Darstellung B exprimiert wird
(d. h. das Stop ist ungefähr
zwischen Basen 2340 und 2587 platziert). Das Gewicht eines von den
Anmeldern aufgereinigten reifen, natürlichen amidierenden Enzyms.
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Für die cytoplasmatische
Expression des reifen alpha-amidierenden Enzyms beispielsweise in
E. coli wird es bevorzugt, dass die Gensequenzen, welche die natürliche sekretorische
Signalsequenz kodieren, entfernt werden, dass ein Initiationskodon
innerhalb von etwa 50 Nukleotiden der Gensequenzen platziert wird, welche
den Start des reifen, dem alpha-amidierenden Enzym entsprechenden
Proteins kodieren, und dass die die Transmembrandomäne im C-terminalen Bereich
kodierenden Gensequenzen durch die Insertion eines Stopkodons nicht
translatiert werden, wie es gemäß der Erfindung
erforderlich ist. Das Initiationskodon liegt natürlich im Leserahmen mit der
das Enzym kodierenden Sequenz und befindet sich in einigen bevorzugten Ausführungsformen
stromaufwärts
dieses Bereichs, manchmal unmittelbar stromaufwärts.
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Als
die AE-cDNA in E. coli exprimiert wurde, wurde entdeckt, dass die
natürliche
Gensequenz eine kryptische E. coli-Ribosomenbindungsstelle ("RBS") sowie ein Initiationskodon
enthielten, welches innerhalb der natürlichen Initiationssequenzen
lag. Dies führte
zur Generierung eines N-terminal verkürzten amidierenden Enzymproteins.
Während
dies nicht die Produktion des gewünschten Produkts in E. coli
verhinderte, erschwert die Ko-Existenz der korrekt initiierten und
der intern initiierten Produkte die Prozessierung und Aufreinigung
des rekombinanten Produkts zu einer nützlichen Form und ist daher
unerwünscht.
Um das unerwartete, unerwünschte
Produkt zu entfernen, war es nötig,
die Ribosomenbindungsstelle, das interne Initiationskodon oder beide
zu entfernen.
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Beispielsweise
wird in bestimmten bevorzugten Ausführungsformen der Erfindung
ein Valinkodon, welches in prokaryotischen Systemen ein initiierendes
Methionin kodiert, durch eine Punktmutation in ein äquivalentes
nicht-initiierendes Valinkodon bei den Basen 661–663 (der cDNAs von entweder
Darstellung A oder B) umgewandelt. Anstelle oder zusätzlich zu
dieser Punktmutation haben die Anmelder in anderen bevorzugten Ausführungsformen
jegliche Region entfernt oder stark modifiziert, welche für eine Ribosomenbindungsstelle
kodiert, die genau stromaufwärts
einer internen Initiationsstelle auftritt, und noch mehr bevorzugt
jegliche Ribosomenbindungsstelle, wann auch immer sie auftritt.
Diese Modifikationen werden durchgeführt, um die interne Initiation
wesentlich zu eliminieren, so dass das aufgrund der internen Initiation
exprimierte Protein nicht als eine separate Bande nach der Elektrophorese
auftritt.
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Um
die Expression eines sekretierten, aktiven alpha-amidierenden Enzymproteins
zu erreichen, war es notwendig, die die Transmembran-Domäne in der
C-terminalen Region der natürlichen
Gensequenzen kodierenden Gensequenzen aus einer rekombinanten eukaryotischen
Wirtszelllinie zu entfernen. Für
die Typ A cDNA wurde dies durch das Verkürzen der das Protein kodierenden
Region durch das Einführen
eines Stopkodons an oder in der Nähe der Position erreicht, an
der das natürliche
amidierende Enzym, wie später
detailliert beschrieben, in einigen natürlichen Systemen posttranslational
prozessiert wird. Für
die Typ B cDNA wurde dies ebenfalls durch das Einführen eines
neuen Stopkodons in der. Region des Enzymproteins erreicht, an der
das natürliche
Typ B amidierende Enzym posttranslational prozessiert wird (siehe
unten). Dies sollte nicht so verstanden werden, dass die Möglichkeit
ausgeschlossen wird, dass in einigen Wirtszellsystemen vorzugsweise
die gesamte natürliche
vorkommende Gensequenz exprimiert wird. Da die Typ B cDNA Sequenzen
mit den Merkmalen eines unprozessierten Introns enthält, könnte eine
Schwierigkeit darin bestehen, diese cDNA in einigen eukaryotischen
Wirtszellen zu exprimieren. Aufgrund der Gegenwart der paarweisen
Splice-Donor- und -Akzeptorstellen könnten diese Zellen eine mRNA
vom Typ B nicht effizient herstellen. Um eine effiziente Expression
der Typ B AE-cDNA
zu gewährleisten,
könnte
daher das Entfernen der Akzeptorstelle nötig sein.
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Wir
haben entdeckt, dass das Carboxy-Ende des natürlich vorkommenden 75 kD alpha-amidierenden Enzymproteins
hinter der Aminosäureposition
709 (814 vom Typ B) auftritt. Für
die Herstellung des 75 kD Proteins (87 kD vom Typ B) in einer rekombinanten
DNA-Wirtszelle wurde durch Mutation des Kodons für das Lysin an Aminosäureposition
716 (821 vom Typ B) ein Stopkodon in die cDNA eingefügt. Diese
Modifikation wurde durch Verwendung von Oligonukleotid-gerichteter
Positions-spezifischer Mutagenese erzielt. Diese Mutagenese kann
durch eine Vielzahl von Wegen ausgeführt werden. Die Methoden wurden
ausführlich
in der molekularbiologischen Literatur diskutiert. Die von uns verwendete
allgemeine Methode wurde in Taylor, J. W. et al. (1985), Nucl. Acids
Res., 13: 8749–8764;
Taylor, J. W. et al. (1985), Nucl. Acids Res., 13: 8764–8785; Nakamaye,
K. und Eckstein, F. (1986), Nucl. Acids Res., 14: 9679–9698 beschrieben.
Die zur Anwendung dieser Methode benötigten Reagenzien sind in Form
eines Mutagenesekits bei Amersham Corporation erhältlich.
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Die
von uns generierte Mutation der Sequenz wandelt das AAA Lysin-Kodon
in ein TAA Stopkodon um. Das für
diese Mutagenese verwendete Oligonukleotid enthielt diesen Aus tausch,
war aber ansonsten in seiner Sequenz identisch zur natürlich vorkommenden
cDNA-Sequenz für das entsprechende
zu mutierende Enzym (Typ A oder Typ B).
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Wir
haben ebenfalls entdeckt, dass eine natürlich vorkommende verkürzte Form
des alphaamidierenden Enzymproteins durch Prozessierung des Typ
B Proteins an der internen Region des Proteins, welche einzigartig
für das
Typ B Enzymprotein ist, generiert wird. Dies führt zu einem Enzymprodukt mit
einem Molekulargewicht von ungefähr
43 kD. Es wird angenommen, ohne sich durch die Theorie binden zu
wollen, dass die DNA-Sequenz stromaufwärts der Intronregion für die Kodierung
eines Polypeptids ausreicht, welches fähig ist, signifikante alpha-amidierende
Aktivität
aufzuweisen. Entsprechend können
Polypeptide, die einfach zu gewinnen und in der Lage sind, alpha-amidierende
Aktivität
zu exprimieren, von cDNAs kodiert werden, welche durch das Einfügen eines
Stopkodons irgendwo in der Intronregion der Typ B cDNA direkt vor
oder hinter der entsprechenden Stelle, an der dieses Intron in der
Typ A cDNA fehlt, signifikant verkürzt sind. Eine bevorzugte Verkürzung resultiert
aus dem Einfügen
eines Stopkodons innerhalb von etwa 30 Basen ab dem Beginn der Intronregion,
vorzugsweise unmittelbar stromabwärts hiervon. Um die Herstellung
einer bevorzugten kurzen Form eines alpha-amidierenden Enzymproteins
in rekombinanten Wirtszellen zu ermöglichen, wird eine modifizierte
cDNA mit einem Stopkodon anstelle des Lysinkodons an Aminosäureposition
436 der Typ B cDNA hergestellt. Diese Mutation wurde durch Oligonukleotid-gerichtete
Positions-spezifische Mutagenese der Typ B AE-cDNA ausgeführt.
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Während das
Verkürzen
des amidierenden Enzymproteins durch das Einführen des Stopkodons an Aminosäureposition
436 der Typ B cDNA zu einem Protein führt, das am ehesten demjenigen
entspricht, welches durch das proteolytische Spalten des primären Translationsprodukts
(oder eines anderen Spaltungsintermediats im Biosyntheseweg) hergestellt
wird, kann eine weitere Verkürzung
des amidierenden Enzymproteins ebenfalls zur Generierung eines aktiven
Produkts in rekombinanten DNA-Wirtszellen führen. Wir haben die AE-cDNA
auf verschiedene andere Arten modifiziert, um solche kürzeren Formen
des Proteins herzustellen. In einem Beispiel haben wir die Oligonukleotid-gerichtete
Positions-spezifische Mutagenese verwendet, um ein Tyrosinkodon
an Aminosäureposition
396 der Typ B cDNA in ein Stopkodon umzuwandeln. Diese Änderung
resultiert in einem Protein, das nach Translation der cDNA und Prozessierung
ungefähr
39 kD hat. In einem zweiten Fall haben wir die natürlich vorkommende
Bam H1-Enzymerkennungsstelle der Typ B cDNA verwendet, um durch
Linkermutagenese ein Stopkodon einzuführen. Diese Methode ist in
der Molekularbiologie altbekannt und beinhaltet einfach das Spalten
der cDNA, gefolgt von der Ligation an ein doppelsträngiges synthetisches
Linkerfragment, das komplementär
zu einem Ende der gespaltenen cDNA ist und im Leserahmen direkt
hinter der Spaltstelle ein Stopkodon einführt. Um diese Modifikation
durchzuführen,
haben wir ein Oligonukleotidfragment mit der folgenden Sequenz verwendet:
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Dieser
Linker führt
ein Stopkodon im Anschluss an das Histidinkodon der Aminosäure 469
ein. Die Translation und Prozessierung der auf diese Weise modifizierten
cDNA führt
zur Synthese eines Proteins von ungefähr 46 kD.
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Das
bevorzugte Einfügen
eines verkürzenden
Stopkodons findet innerhalb von ungefähr 15 Basen einer DNA-Sequenz
statt, die für
aufeinanderfolgende basische Reste (üblicherweise ein Lys-Lys) und
insbesondere direkt stromaufwärts
hiervon kodiert. Es wird angenommen, ohne sich durch die Theorie
binden zu wollen, dass das von den cDNAs vom Typ B kodierte natürliche Polypeptid
während
posttranslationaler Modifikationen, die während der natürlichen
Expression des amidierenden Enzyms auftreten, an oder in der Nähe solcher aufeinanderfolgender
basischer Reste prozessiert wird, beispielsweise an den aufeinanderfolgenden
Lysinen, die innerhalb der Intronregion der cDNA der Darstellung
B kodiert werden. Selbst wenn die eingefügten Stopkodons nicht dazu
dienen sollen, das exprimierte Polypeptid in der oben beschriebenen
Weise zu verkürzen, ist
es bevorzugt, dass das eingefügte
Stopkodon innerhalb von ungefähr
20 Basen inseriert wird, und vorzugsweise unmittelbar stromaufwärts von
DNA-Sequenzen, die für
aufeinanderfolgende basische Aminosäurereste kodieren. Das Einfügen von
Stopkodons an diesen Positionen führt voraussichtlich zur Expression
eines Polypeptids, das bestimmten natürlichen amidierenden Enzymen ähnelt, nachdem
sie eine posttranslationale Prozessierung durchlaufen haben.
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Zur
cytoplasmatischen Expression in prokaryotischen Systemen werden
vorzugsweise jegliche für
Signalsequenzen kodierende Regionen (z. B. die ersten Basen sowohl
vom Typ A als auch vom Typ B der cDNAs der vorherigen Darstellungen)
entfernt und ein Methionin-Initiatorkodon
innerhalb von ungefähr
50 Nukleotiden ab dem Beginn der für die amidierenden Enzyme kodierenden
Region eingefügt.
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Die
Sequenzen der Erfindung zur prokaryotischen Expression können ferner
verändert
werden, um durch das Einfügen
eines Initiator-Methioninkodons innerhalb von ungefähr 50 Nukleotiden
ab dem Beginn der für
das amidierende Enzym kodierenden Region jegliche für eine Signalsequenz
der Proenzymsequenz kodierende Sequenzen zu entfernen. In vielen
natürlichen
AE-cDNAs entspricht dies dem Beginn der Region, welche Ser-X-Ser
(X = Phe oder Leu) kodiert. Siehe z. B. Basen 124 bis 132 der Sequenz
für die
Typ A oder Typ B cDNA. In einigen Ausführungsformen kann die Sekretion
des alpha-amidierenden Enzyms erwünscht sein. In diesem Fall
werden die für
die Signalsequenz kodierenden Regionen vorzugsweise erhalten oder
alternativ durch heterologe Sequenzen ersetzt, die dem gleichen
Zweck dienen können,
z. B. die Signalsequenzen des bakteriellen OMP A-Proteins.
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Für den Fachmann
ist es klar ersichtlich, dass im Rahmen der Erfindung eine Vielzahl
von Mutationen und Verkürzungen
der hier dargelegten DNA-Sequenzen zum Kodieren amidierender Enzyme
möglich
sind und dass solche modifizierenden Sequenzen für Polypeptide kodieren würden, die
in der Lage wären,
als amidierende Enzyme zu funktionieren. Entsprechend sollen die
Ansprüche
des Anmelders so ausgelegt werden, dass sie alle funktionalen Äquivalente
von spezifisch dargelegten DNA-Sequenzen, Expressionsvektoren und Wirtszellen
beinhalten.
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Beispiele
für prokaryotische
Expressionsvektoren, welche wünschenswerterweise
so modifiziert werden können,
dass sie erfindungsgemäße für amidierende
Enzyme kodierende DNA-Sequenzen
enthalten, beinhalten, ohne darauf beschränkt zu sein, pKK233-, pKK322-2,
pPROK-1, pkT279, 280, 287, pPL Lambda, pYEJ001, pKC30, pPROK-C,
alle kommerziell erhältlich.
Prokaryotische Wirte, die mit den erfindungsgemäßen Expressionsvektoren transfiziert
werden können,
beinhalten, ohne darauf beschränkt
zu sein, C600, LE392, RR1, DH1, SF8, alle kommerziell erhältlich.
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Eukaryotische
Expressionsvektoren, die wünschenswerterweise
so modifiziert werden können,
dass sie erfindungsgemäße, für amidierende
Enzyme kodierende DNA-Sequenzen enthalten, beinhalten, ohne darauf
beschränkt
zu sein, pMAMNeo, pdBPVMMTNeo, pRSV, peuK-C1, pCH110, alle kommerziell
erhältlich.
Geeignete Hefevektoren können
ebenfalls verwendet werden. Bevorzugte eukaryotische Wirte, die
mit erfindungsgemäßen Expressions vektoren
transfiziert werden können,
beinhalten, ohne darauf beschränkt
zu sein, IVI Hinterlegung 10029, Hela, CV1, C127, CHO (Chinese Hamster
Ovary) und COS.
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BEISPIEL 1
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Expression eines alpha-amidierenden
Enzymproteins in E. coli
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Zur
Expression eines alpha-amidierenden Enzyms in E. coli (siehe das
Flussdiagramm in
2) wurde ein cDNA-Fragment mit
der in obiger Darstellung A gezeigten Sequenz mit KpnI und Hind
III verdaut und das Fragment von ungefähr 2,1 kb isoliert. Um wieder
einen Aminoterminus entsprechend einem natürlichen, reifen Enzym zu bilden,
wurde ein Oligonukleotidlinker mit der Sequenz
![Figure 00200001](https://patentimages.storage.googleapis.com/43/c3/53/25b72b3d93f7c0/00200001.png)
an dieses DNA-Fragment ligiert.
Das entstehende Fragment enthielt ein Nco I-kompatibles klebriges
Ende sowie ein Hind III klebriges Ende. Der E. coli-Expressionsvektor
pKK233-2 wurde kommerziell von Pharmacia erworben und mit den Restriktionsenzymen
Nco I und Hind III verdaut. Das große lineare Fragment wurde isoliert
und an das Linker-angepasste cDNA-Fragment ligiert. Die Ligationsmischung
wurde zur Transformation kompetenter E. coli JM105 verwendet. Die
Transformanten wurden über
Ampicillin-Resistenz ausgewählt,
und die isolierten Klone wurden durch Restriktionsenzyme und DNA-Sequenzanalyse
auf das rekombinante Plasmid analysiert, um die Struktur des Expressionsvektors
(nachstehend "pAE12"), den sie enthielten,
zu bestätigen.
Der Expressionsvektor enthält
den hybriden trp-lac-Promotor,
der durch den lac-Repressor reprimiert und durch Behandlung der
Zellen mit Isopropylthiogalaktosid (IPTG) induziert wird. Stromaufwärts vom
Initiator-Methionin enthält
der Vektor auch die Sequenzen einer starken Ribosomenbindungsstelle.
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Um
eine Expression des alpha-amidierenden Enzyms in E. coli zu erzielen,
wurden die rekombinanten Zellen unter Schütteln in LB-Medium bei 37°C auf eine
OD600 von 0,4 gezüchtet. IPTG wurde der Kultur
zu einer Endkonzentration von 1 mM zugefügt, und das Wachstum wurde
bei 37°C
unter Schütteln
für drei
bis fünf
Stunden fortgesetzt. Die Zellen wurden durch Zentrifugation der
Kultur geerntet und der Überstand
verworfen. Die Zellen wurden in einem Puffer mit einem Cocktail
an Proteaseinhibitoren resuspendiert, mit Lysozym behandelt und
dann zur Lyse der Zellmembranen mit Ultraschall behandelt. Zur Trennung
der löslichen
und unlöslichen Fraktionen
der Zellen wurden die Lysate bei 12.000 × g zentrifugiert. Jede Fraktion
wurde durch SDS-PAGE und Proteinfärbung analysiert. Das alpha-amidierende
Enzymprotein ließ sich
einfach in der unlöslichen
Proteinfraktion als IPTG-induzierbares Produkt identifizieren. Da
das initiale Expressionsplasmid kein durch die Gensequenz für das alpha-amidierende
Enzym spezifiziertes Stopkodon enthielt, enthält das induzierte gebildete
Produkt Sequenzen, die durch die Fusion der Vektor-DNA stromabwärts mit
den C-terminalen Proteinsequenzen des alpha-amidierenden Enzyms
spezifiziert waren. Zusätzlich
enthielt das induzierte unlösliche
Protein ebenfalls ein kleineres spezifisches Amidierungs-Enzymprotein,
welches ein Produkt darstellte, das durch die interne Initiation
der Proteinsynthese an einer kryptischen RBS und das Initiationskodon
(Aminosäureposition
221 der alpha-amidierenden Enzymsequenz) gebildet wurde.
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Um
die unerwünschten
Sequenzen aus dem C-terminalen Bereich des exprimierten Produkts
zu entfernen, wurde eine Mutation des Lysinkodons an Position 716
der Typ A Sequenz eingeführt,
um an dieser Position ein TAA Stopkodon zu generieren. Die mutierte
cDNA wurde dann mit Kpn I und Eco R1 verdaut und zum Ersetzen des
ursprünglichen
Kpn I-Eco R1-Fragments
im initialen Expressionsvektor pAE12 verwendet. In ähnlicher
Weise wurden die Typ B cDNA-Sequenzen an der vergleichbaren Position
(Aminosäre
821) mutiert, um ein Stopkodon herzustellen, und das Kpn I-Eco R1-Fragment
der mutierten Typ B cDNA wurde zum Ersetzen des entsprechenden Fragments
in pAE12 verwendet. Die beiden so hergestellten Expressionsplasmide
pAE24 (Typ A) und pAE25 (Typ B) wurden dann zur Transformation von
JM105 verwendet. Die resultierenden Stämme wurden wie zuvor die pAE12-enthaltenden Stämme zur
Expression kultiviert. pAE24 produzierte zwei IPTG-induzierbare,
unlösliche
Proteine von etwa 75 kD und 55 kD, während pAE25 zwei IPTG-induzierbare,
unlösliche
Proteine von etwa 87 kD und 67 kD produzierte. Erneut stellt das
kleine Protein in jedem dieser Paare das unerwünschte, aminoterminal verkürzte Produkt
entweder der Typ A oder der Typ B cDNA dar.
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Um
die Initiation der Proteinsynthese an der kryptischen internen Ribosomenbindungsstelle
und dem Initiationskodon (Aminosäureposition
221) auszuschalten, wurde das GTG Startkodon (GTG kann als Initiator-Met-Kodon
in Bakterien dienen) in ein GTT Kodon umgewandelt, das keine Proteinsynthese
initiieren kann, aber weiterhin das Valin kodiert, welches normalerweise
an dieser Position in alpha-amidierenden Enzymproteinen gefunden
wird, die von natürlichen
Genen kodiert werden. Als die mutierte Region der cDNA in den Expressionsvektoren
pAE24 und pAE25 durch die natürliche
Sequenz ersetzt wurde, entstanden zwei neue Vektoren pAE31 und pAE32.
Die Transformation von E. coli JM105 mit diesen modifizierten Expressionsvektoren und
das Analysieren der Proteinherstellung in den resultierenden rekombinanten
Stämmen
deutete darauf hin, dass diese Mutagenese zum Eliminieren der unerwünschten
internen Initiation effektiv war. Das IPTG-induzierte Produkt der
Wirtszellen mit pAE31 hatte 75 kD, während das Produkt aus den mit
pAE32 transformierten Zellen 87 kD hatte.
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Da
wir zeigen konnten, dass ein natürlich
vorkommendes amidierendes Enzym der Typ B cDNA posttranslational
prozessiert wird und zu Proteinen mit etwa 43 kD führt, haben
wir eine Reihe von Mutationen in die Typ B AE-cDNA eingefügt, welche
die Expression von Proteinen ermöglichen,
die an oder nahe der Position terminieren, an der das natürlich prozessierte
Enzym endet. Zwei dieser Mutationen wurden durch Oligonukleotid-Mutagenese
hergestellt, während
eine dritte wie oben beschrieben durch Adapter-Linker-Mutation generiert
wurde. Wenn cDNAs mit diesen Mutationen zum Ersetzen der entsprechenden
Segmente von pAE32 verwendet, in JM105 transformiert und in Experimenten ähnlich zu
den oben beschriebenen auf ihre Proteinproduktion analysiert wurden,
wurden verkürzte
alphaamidierende Enzymproteine gefunden. Mittels einer Mutation
an Aminosäureposition
396 der Typ B cDNA, die ein natürliches
Tyrosinkodon in ein Stopkodon umwandelt (pAE36), wurde ein 39 kD
Enzymprotein gefunden, während
eine Linker-Mutagenese, welche die Translation am Histidinkodon
der Aminosäure
464 beendete, in einem Vektor pAE51 resultierte, der nach Transformation
und Induktion von E. coli JM105 ein rekombinantes alpha-amidierendes
Enzymprotein von 46 kD produzierte.
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Alle
oben beschriebenen, in E. coli produzierten, rekombinanten alpha-amidierenden
Enzymproteine segregierten mit der unlöslichen Fraktion der Zellextrakte.
Die Enzyme konnten durch Behandlung mit 8 M Harnstoff, gefolgt von
schneller Lösung
in 50 mM Tris-HCl pH 7 löslich
und aktiv gemacht werden. Wenn E. coli JM105 enthaltend pAE12 wie
beschrieben gezüchtet
und mit IPTG induziert wurde, waren die alpha-amidierenden Enzymproteine
in Konzentrationen von mindestens 30 mg pro Liter der Bakterienkultur
vorhanden.
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Repräsentative
Proben des induzierten, unlöslichen
Proteins, das in E. coli enthaltend AE-Expressionsplasmide hergestellt wurde,
sind in den 3 und 4 gezeigt.
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BEISPIEL 2
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Herstellung des Säuger-Expressionsvektors
pd BPV-MMTNEO-AEA75
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Zur
Herstellung eines Säuger-Expressionsvektors,
der ein 75 kD Typ A alpha-amidierendes Enzym aus Säugerzellen
exprimiert und konstitutiv sekretiert (siehe das Flussdiagramm in 1),
wurde Folgendes durchgeführt:
- 1) Der intermediäre Expressionsvektor pdMMTNeo
(kommerziell erhältlich
bei American Type Culture Collection) (wie gezeigt) wurde mit Bgl
II verdaut. Die lineare Form wurde isoliert und aufgereinigt.
- 2) Die rekombinante Typ A cDNA enthaltend die gesamte Prä-Prosequenz
sowie ein künstliches
Stopkodon TAA an Position 2146–2148
wurde durch sequentiellen Verdau mit Bgl I und Xho I isoliert. Das
dem alpha-amidierenden Enzym korrespondierende Fragment wurde anschließend isoliert
und aufgereinigt.
- 3) Das Insert (Typ A alpha-amidierendes Enzym) und der Vektor
(pdMMTNeo) wurden gemischt und die korrespondierenden Enden unter
Verwendung des Klenowfragments der DNA-Polymerase I geglättet. Die 5'-überhängenden Segmente wurden durch
Zugabe von dNTP ausgefüllt,
und die 3'-überhängenden
Segmente wurden zur Generierung eines glatten Endes verdaut (alternativ
könnten
zur Generierung glatter Enden die sequentielle S1-Nuklease und Klenow
+ dNTP verwendet werden). Die Moleküle mit den geglätteten Enden
wurden dann für
16 Stunden bei 15°C
ligiert.
- 4) Das ligierte Material wurde anschließend in E. coli RRI transformiert.
Rekombinante Klone wurden in Gegenwart von 50 μg/ml Ampicillin selektiert.
Die Orientierung des Inserts in den rekombinanten Klonen wurde durch
die Verwendung einer Batterie an Restriktionsenzymen verifiziert.
Ein als pdMMTNeo α-AEA75 bezeichneter
Klon (Klon 11) enthielt ermittlungsgemäß die Typ A cDNA in der richtigen
Orientierung bezüglich des
MMT-Promotors.
- 5) Plasmid-DNA des rekombinanten pdMMTNeo α-AEA75 (Klon
11) wurde mit BamHI verdaut. Der linearisierte Vektor wurde isoliert
und aufgereinigt und anschließend
zum Entfernen der 5'-Phosphate
für zwei Stunden
bei 37°C
mit bakterieller alkaliner Phosphatase (B. A. P.) behandelt. Im
Anschluss an B und BamHI- Verdau
des Vektors pdBPVMMTNeo wurde das BPV-1-Genom isoliert und auf gereinigt.
Dieses BamHI-Fragment der BPV-1-DNA von ungefähr 8,0 kb wurde anschließend in
den BamHI-linearisierten und B. A. P.-behandelten pdMMTNeo α-AEA75-Vektor
für drei
Stunden bei 14°C
ligiert. Nachdem die Ligationsmischung in E. coli RR1 transformiert
wurde, wurden die rekombinanten Klone wurden auf 50 μg/ml Ampicillin-LB-Agarplatten
selektiert. Die rekombinanten Plasmide wurden auf BPV-DNA und ebenfalls
auf Typ A AE-cDNA analysiert. Die Restriktionskartierung ließ erkennen,
dass Klon 21 ungefähr
17 kb hatte und eine erwartungsgemäße Restriktionskarte produzierte.
Dieses Expressionsplasmid wurde dann zur Expression von α-AEA75 in murinen C127-Zellen verwendet.
- 6) Marine C127-Zellen wurden durch das Standard CaPO4-Präzipitationsverfahren
mit 20 μg
pdBPV-MMTNeo α-AEA75 transfiziert. Ungefähr zwei Wochen nach der Transfektion
wurden transformierte Foci einzeln gepickt und in Wachstumsmedium
enthaltend das Antibiotikum G418 gezüchtet. Sobald die Zellen zu
einer ausreichenden Kapazität
in Dulbecco's Modified
Eagle Medium plus 10% fötalem
Kälberserum
angewachsen waren, wurden die Klone auf ihre Fähigkeit zur Sekretion des alpha-amidierenden
Enzyms analysiert, und zwar durch Messung der enzymatischen Aktivität im konditionierten
Zellkulturmedium, sowie durch die Messung der alpha-amidierenden
Enzym-Immunreaktivität
im Medium unter Verwendung von Standard-Radiomarkierungs- und Immunopräzipitations-Techniken.
Klone, die aktives, immunreaktives 75 kD alpha-amidierendes Enzym
sekretierten, wurden zu großen
Zellzahlen expandiert (Wechsel zu einem Zellkulturmedium mit reduziertem
Serum und daher reduzierter Menge an exogenem Protein) und sind
zur Herstellung großer
Mengen an aktivem rekombinanten Enzym aus dem konditionierten Zellmedium
in Verwendung.
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Die
hier verwendeten Begriffe und Beschreibungen sind Ausführungsformen,
die nur der Illustration dienen sollen und nicht beabsichtigen,
eine Einschränkung
der vielen Variationen darzustellen, die der Fachmann als durchführbar erkennt,
wenn er die vorliegende Erfindung praktiziert, wie in den folgenden
Ansprüchen
definiert.