DE102011051723A1 - Marker zum optischen Nachweis von Biomolekülen - Google Patents

Marker zum optischen Nachweis von Biomolekülen Download PDF

Info

Publication number
DE102011051723A1
DE102011051723A1 DE102011051723A DE102011051723A DE102011051723A1 DE 102011051723 A1 DE102011051723 A1 DE 102011051723A1 DE 102011051723 A DE102011051723 A DE 102011051723A DE 102011051723 A DE102011051723 A DE 102011051723A DE 102011051723 A1 DE102011051723 A1 DE 102011051723A1
Authority
DE
Germany
Prior art keywords
marker
biomolecules
coupling group
optical detection
biomolecule
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Withdrawn
Application number
DE102011051723A
Other languages
English (en)
Inventor
Dr. Böse Guido
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Nanospot GmbH
Original Assignee
Nanospot GmbH
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Nanospot GmbH filed Critical Nanospot GmbH
Priority to DE102011051723A priority Critical patent/DE102011051723A1/de
Publication of DE102011051723A1 publication Critical patent/DE102011051723A1/de
Withdrawn legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/483Physical analysis of biological material
    • G01N33/4833Physical analysis of biological material of solid biological material, e.g. tissue samples, cell cultures
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L3/00Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
    • B01L3/50Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes
    • B01L3/508Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes rigid containers not provided for above
    • B01L3/5085Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes rigid containers not provided for above for multiple samples, e.g. microtitration plates
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N21/00Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
    • G01N21/62Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
    • G01N21/63Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
    • G01N21/64Fluorescence; Phosphorescence
    • G01N21/645Specially adapted constructive features of fluorimeters
    • G01N21/6452Individual samples arranged in a regular 2D-array, e.g. multiwell plates
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N21/00Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
    • G01N21/62Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
    • G01N21/63Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
    • G01N21/64Fluorescence; Phosphorescence
    • G01N21/6486Measuring fluorescence of biological material, e.g. DNA, RNA, cells
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2300/00Additional constructional details
    • B01L2300/08Geometry, shape and general structure
    • B01L2300/0809Geometry, shape and general structure rectangular shaped
    • B01L2300/0829Multi-well plates; Microtitration plates
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2300/00Additional constructional details
    • B01L2300/08Geometry, shape and general structure
    • B01L2300/0848Specific forms of parts of containers
    • B01L2300/0858Side walls
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2300/00Additional constructional details
    • B01L2300/16Surface properties and coatings
    • B01L2300/168Specific optical properties, e.g. reflective coatings
    • YGENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10TTECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER US CLASSIFICATION
    • Y10T156/00Adhesive bonding and miscellaneous chemical manufacture
    • Y10T156/10Methods of surface bonding and/or assembly therefor
    • Y10T156/1052Methods of surface bonding and/or assembly therefor with cutting, punching, tearing or severing
    • Y10T156/1062Prior to assembly

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Clinical Laboratory Science (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Optics & Photonics (AREA)
  • Investigating, Analyzing Materials By Fluorescence Or Luminescence (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Investigating Or Analysing Materials By The Use Of Chemical Reactions (AREA)
  • Investigating Or Analysing Materials By Optical Means (AREA)

Abstract

Die Erfindung betrifft einen Marker (1) zum optischen Nachweis von Biomolekülen. Um ein verstärktes optisches Signal zu liefern und eine höhere Messgenauigkeit zu ermöglichen wir vorgeschlagen, dass der Marker (1) ein Polymer (2), an dem mehrere Chromophore (3) und eine reaktive Kopplungsgruppe (4) gebunden sind, umfasst.

Description

  • Die Erfindung betrifft einen Marker zum optischen Nachweis der Bindung eines Biomoleküls an eine Bindungsstelle.
  • Ein wichtiges Ziel der medizinischen Diagnostik ist der Nachweis von Bindungen eines Biomoleküls an eine Bindungsstelle. Eine beispielhafte Anwendung ist der „Enzyme Linked Immunosorbent Assay” (ELISA), der für zahlreiche medizinischdiagnostische Verfahren eingesetzt wird, z. B. zum Nachweis von Antigenen aus Blutproben im Nachweis verschiedener Erreger, Autoimmunkrankheiten oder der Quantifizierung von Blutbestandteilen. Hierbei wird eine Antigen-Antikörper-Bindung im Assay in ein colorimetrisches oder fluoreszentes Signal umgewandelt, um ein nachweisbares Messsignal zu erhalten.
  • Ein kommerzielles System zur Verstärkung des Fluoreszenzsignals der Antigen-Antikörper-Bindung ist der O-Link-Assay. Hierbei ist an einem Antikörper eine kurze Nukleinsäure gebunden, an die erst eine weitere Nukleinsäure hybridisiert wird. Durch eine Polymerase wird in einer „Rolling Circle Amplifikation” dieser Strang verlängert. An den verlängerten Strang können dann viele Oligonukleotide gebunden werden, die jeweils mit einem Fluorophor markiert sind. So kann ein verstärktes Fluoreszenzsignal erzeugt und gemessen werden. Hierfür ist allerdings sowohl die Fixierung der Zellen als auch verschiedene Wasch-, Polymerisations- und Hybridierungsschritte notwendig. Diese Nachweismethode ist daher sehr zeitaufwendig und kostenintensiv.
  • Aufgabe der Erfindung ist es daher, eine Marker zum optischen Nachweis der Bindung eines Biomoleküls an eine Bindungsstelle vorzuschlagen, der ein verstärktes optisches Signal liefert und somit einen höheren Messgenauigkeit ermöglicht.
  • Diese Aufgabe wird dadurch gelöst, dass der Marker ein Polymer umfasst, an dem mehrere Chromophore und eine reaktive Kopplungsgruppe gebunden sind. Die reaktive Kopplungsgruppe bindet dabei spezifisch an Biomoleküle beispielsweise wie Proteine oder Nukleinsäuren, die optisch nachgewiesen werden soll. Die für den Nachweis der Bindung notwendige Verstärkung des optischen Signals erfolgt dadurch, dass nicht ein sondern mehrere Chromophore an das Polymer gebunden sind. Hierdurch wird eine stärkeres und besseres Signal geliefert als bei lediglich einem Chromophor.
  • Vorteilhafte Ausgestaltungen sind in den Unteransprüchen angegeben und werden nachfolgend erläutert.
  • Als besonders geeignete Polymere haben sich Dendrimere erwiesen. Dendrimere sind Kaskadenpolymere, die ausgehend von einem Verzweigungskern repetitive Molekülketten aufweisen. Es kann eine Verzweigung zu zwei oder auch mehr Verknüpfungsstellen geben. Durch die baumartige Struktur können sehr viele Chromophore in günstiger räumlicher Anordnung an die Molekülketten des Dendrimers gebunden werden.
  • Die reaktive Kopplungsgruppe kann über einen Linker am Polymer bzw. Dendrimer gebunden sein. Hierdurch wird die Bindung der reaktiven Kopplungsgruppe an das nachzuweisenden Biomolekül sterisch erleichtert.
  • Wenn die Chromophore als Fluorophore ausgebildet sind, kann als optischer Nachweis dass Fluoreszenzsignal des Farbstoffes verwendet werden.
  • Die Erfindung wird unter Bezugnahme auf eine Zeichnung beispielhaft beschrieben, wobei weitere vorteilhafte Einzelheiten den Figuren der Zeichnung zu entnehmen sind.
  • Funktionsmäßig gleiche Teile sind dabei mit denselben Bezugszeichen versehen.
  • Die Figuren der Zeichnung zeigen im Einzelnen:
  • 1 ein nach dem Stand der Technik bekanntes Dendrimer; und
  • 2 eine schematische Ansicht eines Markers.
  • 1 zeigt ein nach dem Stand der Technik bekanntes Dendrimer 2. Dies sind Kaskadenpolymere mit sich verzweigenden, repetitiven Molekülketten. Es kann eine Verzweigung zu zwei oder auch mehr Verknüpfungsstellen geben. Durch die baumartige Struktur können sehr viele Chromophore in günstiger räumlicher Anordnung an die Molekülketten des Dendrimers gebunden werden.
  • 2 zeigt eine schematische Ansicht eines Markers 1. Ein Marker 1 im Sinne dieser Erfindung ist eine optische Sonde zum Nachweis von Biomolekülen wie etwa Proteinen oder Nukleinsäuren. Der Marker 1 weist als Basis ein zentrales Dendrimer 2 auf. Dieses ist schematisch als Kreis dargestellt. An den (nicht dargestellten) Aminogruppen des Dendrimers 2 sind zahlreiche hydrophile Fluorophore 3 gebunden. Fluorophore 3 sind Farbstoffe, die zur Fluoreszenz angeregt werden können. Der Anzahl nach sind mindestens zwei vorgesehen, bevorzugt sind zehn bis hundert Fluorophore 3 oder mehr.
  • Der Marker 1 weist außerdem eine reaktive Kopplungsgruppe 4 auf, die spezifisch an das nachzuweisende Biomolekül (nicht gezeigt) bindet. Die Kopplungsgruppe 4 kann beispielsweise einen Maleimid- oder N-Hydroxysuccinimidesterrest aufweisen, der an eine Thiol- oder Aminogruppe des Biomoleküls bindet. Die Kopplungsgruppe 4 ist über einen Linker 5 am Dendrimer 2 gebunden. Der Linker 5 fungiert als Abstandshalter zwischen dem Dendrimer 2 und der Kopplungsgruppe 4. Hierdurch wird einerseits die Bindung an ein Biomolekül sterisch erleichtert und andererseits ein eventuelles Quenching des Fluoreszenzsignals durch das Biomolekül vermieden.
  • Zum Nachweis eines Biomoleküls wird es einer Lösung bzw. Suspension ausgesetzt, die den Marker 1 enthält. Der Marker 1 bindet über seine Kopplungsgruppe 4 an die spezifische Bindungsstelle des Biomoleküls. Nicht gebundener Marker wird ausgewaschen und das Biomolekül kann über die Fluoreszenz des Markers 1 nachgewiesen werden.
  • Durch die mögliche große Anzahl an Fluorophoren 3 wird das Fluoreszenzsignal für jedes nachzuweisende Biomolekül um einen Faktor verstärkt, der ungefähr der Anzahl der Fluorophore 3 entspricht. Hierdurch ist der Nachweis auch bei kleinen Mengen von Biomolekülen bei verbesserter Messqualität möglich.
  • Bezugszeichenliste
  • 1
    Marker
    2
    Polymer
    3
    Fluorophor
    4
    Kopplungsgruppe
    5
    Linker

Claims (4)

  1. Marker (1) zum optischen Nachweis von Biomolekülen, umfassend ein Polymer (2), an dem mehrere Chromophore (3) und eine reaktive Kopplungsgruppe (4) gebunden sind.
  2. Marker (1) nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass das Polymer ein Dendrimer (2) ist.
  3. Marker (1) nach Anspruch 1 oder Anspruch 2, dadurch gekennzeichnet, dass die reaktive Kopplungsgruppe (4) über einen Linker (5) am Polymer bzw. Dendrimer (2) gebunden ist.
  4. Marker (1) nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass die Chromophore als Fluorophor (3) ausgebildet sind.
DE102011051723A 2010-07-12 2011-07-11 Marker zum optischen Nachweis von Biomolekülen Withdrawn DE102011051723A1 (de)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DE102011051723A DE102011051723A1 (de) 2010-07-12 2011-07-11 Marker zum optischen Nachweis von Biomolekülen

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DE102010036344 2010-07-12
DE102010036344.8 2010-07-12
DE102011051723A DE102011051723A1 (de) 2010-07-12 2011-07-11 Marker zum optischen Nachweis von Biomolekülen

Publications (1)

Publication Number Publication Date
DE102011051723A1 true DE102011051723A1 (de) 2012-03-01

Family

ID=44280649

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
DE102011051723A Withdrawn DE102011051723A1 (de) 2010-07-12 2011-07-11 Marker zum optischen Nachweis von Biomolekülen

Country Status (5)

Country Link
US (1) US20140134711A1 (de)
EP (1) EP2593772A1 (de)
JP (1) JP2013540986A (de)
DE (1) DE102011051723A1 (de)
WO (2) WO2012006995A1 (de)

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2015194442A (ja) * 2014-03-31 2015-11-05 株式会社ニコン 支持装置
JP6607936B2 (ja) * 2015-06-08 2019-11-20 国立研究開発法人科学技術振興機構 高密度微小チャンバーアレイおよびこれを用いた測定方法
DE102020100244A1 (de) 2020-01-08 2021-07-08 X-FAB Global Services GmbH Verfahren zur Herstellung eines Membran-Bauelements und ein Membran-Bauelement

Family Cites Families (18)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPH0131957Y2 (de) * 1980-03-28 1989-10-02
JPS6117651U (ja) * 1984-07-07 1986-02-01 株式会社 堀場製作所 ガス分析計
US6900055B1 (en) * 1998-10-28 2005-05-31 Cellon S.A. Preparation of porous silicone rubber for growing cells or living tissue
US6917726B2 (en) 2001-09-27 2005-07-12 Cornell Research Foundation, Inc. Zero-mode clad waveguides for performing spectroscopy with confined effective observation volumes
AU2002224831A1 (en) * 2000-11-17 2002-05-27 Zeptosens Ag Kit and method for determining multiple analytes
JP2003075440A (ja) * 2001-06-19 2003-03-12 Fuji Photo Film Co Ltd 生化学解析用ユニット
US7335153B2 (en) * 2001-12-28 2008-02-26 Bio Array Solutions Ltd. Arrays of microparticles and methods of preparation thereof
DE10200541A1 (de) * 2002-01-09 2003-07-24 Zeiss Carl Jena Gmbh Mikrotiterplatte
US20060275182A1 (en) * 2002-05-24 2006-12-07 Hudson Gordon S Fluorescence validation microplate and method of use
JP2003344276A (ja) * 2002-05-30 2003-12-03 Fuji Photo Film Co Ltd 測定装置
US7422911B2 (en) * 2002-10-31 2008-09-09 Agilent Technologies, Inc. Composite flexible array substrate having flexible support
US7384744B2 (en) * 2002-11-29 2008-06-10 Boehringer Ingelheim Pharma Gmbh & Co., Kg Expression vector, methods for the production of heterologous gene products and for the selection of recombinant cells producing high levels of such products
US20050266582A1 (en) * 2002-12-16 2005-12-01 Modlin Douglas N Microfluidic system with integrated permeable membrane
US7276351B2 (en) * 2003-09-10 2007-10-02 Seahorse Bioscience Method and device for measuring multiple physiological properties of cells
JP2010518855A (ja) * 2007-02-22 2010-06-03 コーニング インコーポレイテッド 細胞培養に有用な基体およびそれを製造し、使用する方法
DE102007016699A1 (de) * 2007-04-04 2008-10-09 Synentec Gmbh Biochip für die Fluoreszenzanalyse von einzelnen Transportern
JP5349016B2 (ja) * 2008-11-20 2013-11-20 日本電信電話株式会社 膜タンパク質機能測定基板及び膜タンパク質機能測定方法
US20110011157A1 (en) * 2009-07-16 2011-01-20 Bertrand Bourlon Gas chromatograph column with carbon nanotube-bearing channel

Also Published As

Publication number Publication date
JP2013540986A (ja) 2013-11-07
WO2012025110A1 (de) 2012-03-01
US20140134711A1 (en) 2014-05-15
EP2593772A1 (de) 2013-05-22
WO2012006995A1 (de) 2012-01-19

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US11254974B2 (en) RNA fixation and detection in clarity-based hydrogel tissue
CN108474029B (zh) 通过扩展显微法的蛋白质和核酸的纳米级成像
US10309879B2 (en) Expansion microscopy
WO2017216270A1 (de) Einzelmolekülnachweis bzw. -quantifizierung durch dna-nanotechnologie
CN105392898B (zh) 通过顺序杂交编条形码的分子多重标记
DE102012107719B4 (de) Standard auf DNA-Origami-Basis
DE102011057021A1 (de) Verfahren zur selektiven Quantifizierung von A-Beta-Aggregaten
DE60317315T2 (de) Nachweis von dna-bindungsproteinen
JP2021523388A (ja) ターゲット物質の検出方法及びキット
DE102011051723A1 (de) Marker zum optischen Nachweis von Biomolekülen
AT503189A1 (de) Methode zur 5-methylcytosin-detektion
US20170234887A1 (en) Method for detecting a spatial proximity of a first and a second epitope
EP3283879B1 (de) Verfahren zum reaktionsraumbegrenzten nachweis von einem oder mehreren analyten in einer probe
EP2942623B1 (de) Detektionsvorrichtung zur anreicherung von probenmaterial
DE102011053541A1 (de) Marker zum optischen Nachweis der Bindung eines Biomoleküls und Verfahren zur Anwendung des Markers
EP3644047B1 (de) Verfahren zur bestimmung der konzentration eines fluoreszierenden und/oder fluoreszenzmarkierten analyten und kalibrierverfahren zur vorbereitung dieser bestimmung
DE102020103966B4 (de) Sondenkomplex zum spezifischen Nachweis von wenigstens einer Substanz, korrespondierendes Verfahren und Verwendung
DE102005029811B4 (de) Oligonukleotidanordnungen, Verfahren zu deren Einsatz und deren Verwendung
DE602004008043T2 (de) Verwendung eines viruses, der ein bindungsteil exprimiert, zur messung von analyten in einer probe
DE102020103965B4 (de) Verfahren zum Nachweis einzelner Zelltypen
US20180353114A1 (en) Biological detection system
DE102005056639A1 (de) Verfahren, Vorrichtung und Kit zur Untersuchung von Makromolekülen in einer Probe
DE102020103958B4 (de) Oligonukleotidsonde zum spezifischen Nachweis von Mikroorganismen, korrespondierendes Verfahren und Verwendung
DE102005022057B3 (de) Verfahren zur Herstellung von Liganden, Liganden und Test-Kit
DE102004038163A1 (de) Fluoreszenz-basierte Assays zur schnellen, quantitativen Analyse von Biomolekülen (Proteine und Nukleinsäuren) durch Anreicherung auf Zellen oder Beads

Legal Events

Date Code Title Description
R409 Internal rectification of the legal status completed
R120 Application withdrawn or ip right abandoned

Effective date: 20120118

R409 Internal rectification of the legal status completed
R119 Application deemed withdrawn, or ip right lapsed, due to non-payment of renewal fee

Effective date: 20140201