CN1526111A - 可用于评估干扰素疗效的多态标记 - Google Patents
可用于评估干扰素疗效的多态标记 Download PDFInfo
- Publication number
- CN1526111A CN1526111A CNA028004310A CN02800431A CN1526111A CN 1526111 A CN1526111 A CN 1526111A CN A028004310 A CNA028004310 A CN A028004310A CN 02800431 A CN02800431 A CN 02800431A CN 1526111 A CN1526111 A CN 1526111A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- seq
- interferon
- individuality
- genotype
- ifn
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 108010050904 Interferons Proteins 0.000 title claims abstract description 40
- 102000014150 Interferons Human genes 0.000 title claims abstract description 40
- 229940079322 interferon Drugs 0.000 title claims abstract description 40
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 title claims abstract description 33
- 239000003550 marker Substances 0.000 title abstract description 11
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 91
- 108010054267 Interferon Receptors Proteins 0.000 claims abstract description 25
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 102
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims description 66
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 61
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 61
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 61
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 55
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 30
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 30
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 claims description 22
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 20
- 238000004590 computer program Methods 0.000 claims description 16
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 14
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 13
- 241000711549 Hepacivirus C Species 0.000 claims description 10
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 10
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 9
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 claims description 8
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 7
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 7
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 claims description 5
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 claims description 5
- 102000003996 Interferon-beta Human genes 0.000 claims description 4
- 108090000467 Interferon-beta Proteins 0.000 claims description 4
- 229960001388 interferon-beta Drugs 0.000 claims description 4
- 102000001617 Interferon Receptors Human genes 0.000 claims 5
- 102100040019 Interferon alpha-1/13 Human genes 0.000 description 115
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 43
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 39
- 108091092878 Microsatellite Proteins 0.000 description 33
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 description 30
- 230000003252 repetitive effect Effects 0.000 description 28
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 description 23
- 108700039691 Genetic Promoter Regions Proteins 0.000 description 14
- 101000852870 Homo sapiens Interferon alpha/beta receptor 1 Proteins 0.000 description 13
- 102100036714 Interferon alpha/beta receptor 1 Human genes 0.000 description 13
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 13
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 12
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 12
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 11
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 11
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 11
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 11
- 230000005055 memory storage Effects 0.000 description 11
- 101150002553 Ifnar1 gene Proteins 0.000 description 9
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 8
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 7
- 102100036475 Alanine aminotransferase 1 Human genes 0.000 description 6
- 108010082126 Alanine transaminase Proteins 0.000 description 6
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 6
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 6
- KTWOOEGAPBSYNW-UHFFFAOYSA-N ferrocene Chemical compound [Fe+2].C=1C=C[CH-]C=1.C=1C=C[CH-]C=1 KTWOOEGAPBSYNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 6
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 6
- 230000004087 circulation Effects 0.000 description 5
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 5
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 5
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 5
- 230000036039 immunity Effects 0.000 description 5
- 239000000463 material Substances 0.000 description 5
- 238000011160 research Methods 0.000 description 5
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 5
- 206010008909 Chronic Hepatitis Diseases 0.000 description 4
- 239000000138 intercalating agent Substances 0.000 description 4
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 4
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 4
- 230000008569 process Effects 0.000 description 4
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 4
- 208000006154 Chronic hepatitis C Diseases 0.000 description 3
- 208000005176 Hepatitis C Diseases 0.000 description 3
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 3
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 3
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 3
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 3
- 241000282898 Sus scrofa Species 0.000 description 3
- 230000008859 change Effects 0.000 description 3
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 3
- 238000012854 evaluation process Methods 0.000 description 3
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 3
- 208000006454 hepatitis Diseases 0.000 description 3
- 208000010710 hepatitis C virus infection Diseases 0.000 description 3
- 230000008676 import Effects 0.000 description 3
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 3
- -1 siloxane nucleic acid Chemical class 0.000 description 3
- 230000005026 transcription initiation Effects 0.000 description 3
- BZTDTCNHAFUJOG-UHFFFAOYSA-N 6-carboxyfluorescein Chemical compound C12=CC=C(O)C=C2OC2=CC(O)=CC=C2C11OC(=O)C2=CC=C(C(=O)O)C=C21 BZTDTCNHAFUJOG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010059313 Anogenital warts Diseases 0.000 description 2
- 108700009124 Transcription Initiation Site Proteins 0.000 description 2
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 2
- 239000003918 blood extract Substances 0.000 description 2
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 2
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 2
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 2
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 2
- 230000001276 controlling effect Effects 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 2
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 2
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 2
- 238000010562 histological examination Methods 0.000 description 2
- 238000007689 inspection Methods 0.000 description 2
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 2
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 2
- 244000000010 microbial pathogen Species 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 2
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 description 2
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 2
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 2
- 238000012552 review Methods 0.000 description 2
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 2
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 2
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 1
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710105075 Agglutinin-2 Proteins 0.000 description 1
- 206010003571 Astrocytoma Diseases 0.000 description 1
- 208000032791 BCR-ABL1 positive chronic myelogenous leukemia Diseases 0.000 description 1
- 206010004146 Basal cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 208000019838 Blood disease Diseases 0.000 description 1
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 1
- 201000009030 Carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 1
- 208000010833 Chronic myeloid leukaemia Diseases 0.000 description 1
- 206010010741 Conjunctivitis Diseases 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-QTVWNMPRSA-N D-mannopyranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-QTVWNMPRSA-N 0.000 description 1
- 206010063045 Effusion Diseases 0.000 description 1
- 206010014612 Encephalitis viral Diseases 0.000 description 1
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 244000187656 Eucalyptus cornuta Species 0.000 description 1
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 1
- 206010019755 Hepatitis chronic active Diseases 0.000 description 1
- 208000001688 Herpes Genitalis Diseases 0.000 description 1
- 208000007514 Herpes zoster Diseases 0.000 description 1
- 241000175212 Herpesvirales Species 0.000 description 1
- 208000005100 Herpetic Keratitis Diseases 0.000 description 1
- 101000829171 Hypocrea virens (strain Gv29-8 / FGSC 10586) Effector TSP1 Proteins 0.000 description 1
- XQFRJNBWHJMXHO-RRKCRQDMSA-N IDUR Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C(I)=C1 XQFRJNBWHJMXHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- 101150103227 IFN gene Proteins 0.000 description 1
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 1
- 206010023347 Keratoacanthoma Diseases 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 208000000172 Medulloblastoma Diseases 0.000 description 1
- 208000033761 Myelogenous Chronic BCR-ABL Positive Leukemia Diseases 0.000 description 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 206010073938 Ophthalmic herpes simplex Diseases 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 1
- 108091093037 Peptide nucleic acid Proteins 0.000 description 1
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 208000005718 Stomach Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 208000037065 Subacute sclerosing leukoencephalitis Diseases 0.000 description 1
- 206010042297 Subacute sclerosing panencephalitis Diseases 0.000 description 1
- 108700005077 Viral Genes Proteins 0.000 description 1
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 1
- 208000019065 cervical carcinoma Diseases 0.000 description 1
- YTRQFSDWAXHJCC-UHFFFAOYSA-N chloroform;phenol Chemical compound ClC(Cl)Cl.OC1=CC=CC=C1 YTRQFSDWAXHJCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 230000008034 disappearance Effects 0.000 description 1
- KPUWHANPEXNPJT-UHFFFAOYSA-N disiloxane Chemical class [SiH3]O[SiH3] KPUWHANPEXNPJT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BFMYDTVEBKDAKJ-UHFFFAOYSA-L disodium;(2',7'-dibromo-3',6'-dioxido-3-oxospiro[2-benzofuran-1,9'-xanthene]-4'-yl)mercury;hydrate Chemical compound O.[Na+].[Na+].O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC(Br)=C([O-])C([Hg])=C1OC1=C2C=C(Br)C([O-])=C1 BFMYDTVEBKDAKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 238000013467 fragmentation Methods 0.000 description 1
- 238000006062 fragmentation reaction Methods 0.000 description 1
- 201000004946 genital herpes Diseases 0.000 description 1
- 210000003714 granulocyte Anatomy 0.000 description 1
- 201000009277 hairy cell leukemia Diseases 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 208000014951 hematologic disease Diseases 0.000 description 1
- 208000018706 hematopoietic system disease Diseases 0.000 description 1
- 208000002672 hepatitis B Diseases 0.000 description 1
- 201000010884 herpes simplex virus keratitis Diseases 0.000 description 1
- 238000000265 homogenisation Methods 0.000 description 1
- 230000001506 immunosuppresive effect Effects 0.000 description 1
- 230000001524 infective effect Effects 0.000 description 1
- 210000000088 lip Anatomy 0.000 description 1
- 201000007270 liver cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000014018 liver neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 210000002751 lymph Anatomy 0.000 description 1
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 101150011109 mbl gene Proteins 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 210000001616 monocyte Anatomy 0.000 description 1
- 101150009493 mxa gene Proteins 0.000 description 1
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 1
- 201000005261 otitis interna Diseases 0.000 description 1
- 210000004976 peripheral blood cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000002205 phenol-chloroform extraction Methods 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- 238000004375 physisorption Methods 0.000 description 1
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 1
- 208000029340 primitive neuroectodermal tumor Diseases 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 1
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 1
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 239000004065 semiconductor Substances 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 201000000498 stomach carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 230000009885 systemic effect Effects 0.000 description 1
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 1
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 1
- 208000010576 undifferentiated carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 description 1
- 201000002498 viral encephalitis Diseases 0.000 description 1
- 239000002699 waste material Substances 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Abstract
本发明提供了在干扰素受体基因的一个区域中发现的多态标记，其可以用于评估干扰素的疗效。所以，本发明还涉及评估干扰素个体疗效的方法，和完成这一方法的装置。
Description
技术领域
本发明涉及在干扰素受体基因的一个区域中发现的可用于评估干扰素疗效的多态标记。所以，本发明也涉及评估干扰素个体疗效的方法，和实施这样的方法的装置。
背景技术
在日本，约有2,000,000个体感染了丙型肝炎病毒(下文中缩写为HCV)。约70％的感染个体发生慢性肝炎，认为其中一部分在10到20年后会发生肝癌。这样的慢性肝炎可以有效地用干扰素(下文中缩写为IFN)α或β来治疗。但是，根据宿主和病毒因子的不同，已报道IFNα/β的效力变化也很大。
考虑到与IFN治疗相关的可观副作用，延长的治疗期和治疗价格高，用IFN治疗一个病人而不能期望成功的结果不仅对病人造成痛苦而且也是对病人或国家支付的健康护理资金的巨大浪费。因此，显然需要发展一种方法以评估在用特定IFN治疗的个体病人中，是否有希望获得成功的结果。
所以，本发明的目的是提供估计在用特定IFN治疗的个体病人中是否有希望获得成功的结果的方法。
发明内容
因此，本发明的一个目的是提供通过确定个体干扰素受体基因的基因型，并且根据这一基因型估计干扰素疗效，来估计用干扰素治疗的个体中干扰素疗效的方法。
在本方法的一个实施方案中，确定基因型包括确定在干扰素受体基因的启动子中围绕-77的区域中发现的GT重复数目；优选地，得益于干扰素治疗的个体具有至少一个含约5个GT重复的等位基因。
在本方法的另一个实施方案中，干扰素受体基因是干扰素α和/或干扰素β。
在本方法的另一个实施方案中，个体感染丙型肝炎病毒。
在本方法的另一个实施方案中，确定基因型包括用特异的探针杂交，和在某些情况中结合核酸扩增；扩增也可以用于利用为检测设计的特异性寡核苷酸引物进行的基因型的确定。
在本方法的另一个实施方案中，至少部分地在核酸芯片上进行确定步骤。
本发明的另一个目的是提供利用计算机、计算机程序或其他数据记录和分析设备的自动化过程来估计在将用干扰素治疗的个体中干扰素的疗效。
本发明的另一个目的是提供可以用于确定个体的基因型来评估干扰素疗效的一个或多个特异性多核苷酸探针和引物。在针对这一目的的一个实施方案中，可以在核酸芯片上，例如玻璃或硅氧烷核酸芯片上附带或固定多核苷酸。
附图的简要说明
图1显示了IFNAR1基因的一部分(SEQ ID NO：4)。
图2是显示根据本发明的一个方面的方法例流程图。
图3是根据本发明的一个方面利用的设备例的方块图。
图4是显示根据本发明的一个方面的方法例的流程图。
图5显示根据本发明的一个方面的方法示例(序列用对应于序列表中的SEQ ID NO：标识的号码标记)。
图6显示了根据本发明的一个方面的方法示例。
图7是显示在用干扰素治疗完全有效和无效的病人中观察到的IFNAR1微卫星(GTs)的数目的频度图。
图8是显示根据本发明的一个方面的DNA芯片例的示意图。
图9是显示根据本发明的一个方面的DNA芯片例的示意图。
实施本发明的最佳方式
本发明的基础是我们发现，1型干扰素α受体的微卫星多态的基因型与干扰素α和/或β(下文中缩写为IFNα/β)的效力之间存在显著的统计学关系。
IFNα和β结合细胞表面上存在的受体来传递信号，从而发挥它们的作用。1型干扰素α受体(缩写为IFNAR1)即干扰素α和β的受体的基因结构是已知的(Lufalla，G.et al.，生物学化学杂志(J.Biol.Chem.)，1992；267，2802)。单一核苷酸的多态(下文中缩写为SNP)和由启动子区中存在的GT重复序列组成的微多态已有报道(Muldoon，A.et al.，基因和免疫(Genes and Immunity)，2001，2，159-169)。
本发明人分析过SNP和在IFNAR1的启动子区存在的微卫星多态与IFN疗效的关系。结果发现，离转录起始点约第-77个核苷酸(下文中称为-77位置)开始的GT重复序列的重复数目与干扰素疗效相关。
图1显示了IFNAR1启动子区到内含子1的区域。序列左边的数字表示当mRNA转录起始点认为是+1时的位置。SNP存在于-408，-18和-13位置。相关的微卫星多态存在于-77到-50位置的区域中，图1中所示的序列的重复数目是9。但是，这一重复数目是随着个体的基因型而变化的。相应地，微卫星多态的位置是随着重复数目而变化的。所以，当重复数目是5时，假设转录起始点是+1，所述的微卫星多态的位置存在于-59到-50位的区域。
与IFN敏感性相关的多态以外的区域和与IFN敏感性没有关系的SNP位点在图1所示的序列中是常见的。在序列表和本说明书附图中所示的每个序列中，对应于任何非特定碱基的“N”或“n”表示腺嘌呤，胸腺嘧啶，鸟嘌呤和胞嘧啶中的任一个。
当等位基因中相关的微卫星多态的重复数目是5/5纯合子，或在任何等位基因中相关重复数目是5/m杂合子的情况下(其中“m”是5以外的整数，优选地是14，也包括6，7，8，9，10，11，12，13，15，16，17，20，25，和26或以上，包括其间的所有值和亚范围(subrange))，IFN治疗在将用IFN治疗的个体中有效的可能性是高的。相反，在任何等位基因中相关重复数目不是5的情况下，特别是除5/5纯合子、5/m杂合子或5/14杂合子以外的情况下，IFN治疗有效的可能性是低的。所以，根据本发明的一个方面，存在于IFNAR1基因启动子区的GT重复序列被提供作为估计在将用干扰素治疗的个体中干扰素疗效的微卫星标记。
本文所用的术语“高”，当涉及疗效时，指病人的血丙氨酸转氨酶的水平在IFN治疗后6个月的随访期间在正常范围内，并且该病人在HCVRNA测试中呈阴性，也可以表征为治疗完全有效。本文所用的术语“低”，当涉及疗效时，是指病人在同一随访期间发现有HCV RNA，或者丙氨酸转氨酶的水平高，也可以表征为对治疗无效。
在本说明书中，术语“干扰素”用于指干扰素α，β，γ和/或ω。术语“干扰素受体基因”指编码干扰素α，β，γ和/或ω的受体的基因，可以缩写为IFNR基因。术语“IFNAR1基因”是编码干扰素α和β的受体，特别是1型干扰素α受体的基因。
本文所用的“多态基因”或“多态”指占据单一基因座的一组数个等位基因或属于这样的等位基因组的各等位基因。在多态位点中，只有单个碱基不同的位点命名为“单一核苷酸多态”或SNP。
“基因型”是指相关的基因座的等位基因存在的状态。“干扰素受体基因的基因型”是指在干扰素受体基因的启动子区中存在的含有GT重复序列的微卫星多态的重复数目。为了方便，微卫星多态的“基因型”在本文中表示为整数1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16或以上，以及其间所有的数值和亚范围指定的重复数目，此处“m”是5以外的整数。
“IFN敏感性相关多态”指是IFN效力决定因素的多态基因。
“微卫星标记”是指GT重复序列，也是用作允许根据重复数目估计IFN疗效的指标的标记。具体地说，微卫星标记是从受试者收集的样本中含有的特异性核酸中的特异性位点。这样的标记可以用于估计IFN的疗效。
根据本发明的一个方面，提供了在将用IFN治疗的个体中估计IFN疗效的方法。
根据本发明的一个方面，在开始IFN治疗之前，在将用IFN治疗的个体中，特别是感染HCV的个体中，通过确定如上所述的微卫星多态的基因型，可以估计干扰素治疗在感染所述HCV的个体中是否会有效。这一方法可以如本文所述进行，例如包括在从个体得到的样本中确定IFN受体基因的基因型，然后根据这一基因型估计IFN的疗效。
同时，根据本发明的一个方面，我们提供了一个方法来估计感染HCV的个体中IFN的疗效，其中当在感染HCV的个体中，在至少一个等位基因中干扰素受体基因启动子序列中的GT重复数目是5，即IFN受体基因的基因型是5/5纯合子或5/m杂合子(优选5/14杂合子)时，估计干扰素治疗有效的可能性是高的。
另外，本发明提供了在感染HCV的个体中估计IFN疗效的方法，其中当在感染HCV的个体的任何等位基因中如上所述的GT重复数目不是5，即在既不是5/5纯合子也不是5/m例如5/14杂合子的情况下，干扰素治疗有效的可能性估计是低的。
因为IFN治疗的适应征不限于感染丙型肝炎病毒的个体，本发明的一个方面是用于估计将用IFN治疗的个体中干扰素的疗效的方法，其中通过确定在从个体得到的样本中IFN受体基因的基因型，然后根据基因型估计IFN的疗效。
可以得益于本发明的个体可能是患有IFN治疗有效的疾病的病人，优选这样的疾病可以用IFNα、β或ω有效治疗。在一个实施方案中，所述个体也可以是健康的个体。IFNα、β或ω有效的疾病包括，但不限于成胶质细胞瘤，成神经管细胞瘤，星形细胞瘤，皮肤恶性黑素瘤，乙型肝炎，胃癌，多发性骨髓瘤，毛细胞白血病，慢性粒细胞白血病，亚急性硬化性全脑炎，病毒性脑炎，免疫抑制病人中的系统性带状疱疹和水痘，咽上部间变癌(epipharyngeal anaplastic carcinoma)，伴随听力降低的病毒性内耳感染，疱疹性角膜炎，扁平湿疣，尖锐湿疣，由于感染腺病毒和疱疹病毒导致的结膜炎，生殖器疱疹，口腔疱疹，宫颈癌，癌性胸膜渗漏，角化棘皮瘤，基底细胞癌，6型慢性活动性肝炎。
参考图2，描述了本发明的一个方面。下面的过程完全由操作者进行。
在步骤2a中，操作者从将要用IFN治疗的个体取样如血样，并且开始估计。如果需要，对所取的样本进行处理，如纯化或提取，然后确定IFN受体基因的基因型，在进行步骤2b之前不考虑顺序。
在步骤2b中，判断步骤2a中确定的IFN受体基因的基因型，当相关的微卫星多态的基因型是5/5纯合子或5/14杂合子时，操作跳至步骤2c，而当相关的微卫星基因型是任何其他类型时，操作跳至步骤2d。
在步骤2c中，根据步骤2b中的判断，估计在相关的个体中IFN治疗有效的可能性是高的，并且完成整个评估过程。
在步骤2d中，根据步骤2b中的判断，估计在相关的个体中IFN治疗有效的可能性是低的，并且完成整个评估过程。
或者，为了将基因型与IFN敏感性关联起来，例如可以利用表1，例如用于比较待筛选的个体的基因型。从这一比较中可以评估个体的IFN敏感性。
表1
该表也可以是矩阵，图表，图形形式，和表示相关数据的其他方式，只要其可以用于将基因型与IFN的效力相关联。例如，表1是表示相关基因型与IFN的效力之间的关系的表。在表中，“IFNR基因型”一栏表示干扰素受体基因的基因型，而“效力”表示IFN疗效。
| IFNR基因型 | 效力 |
| 5/5纯合子5/14杂合子 | 高 |
| 其他 | 低 |
术语“高”和“低”作为此处所用表1中的所述成分是基因型与IFN敏感性或IFN效力相关情况的标示的例子，对这一表中表示的字符是没有限制的。所以，只要实质上能够指示基因型和有效/无效之间的关系，可以利用任何标记，包括“O”，“X”，“Δ”，或数值如简化值的评分(例如，1，2，3，4和5)。
为了确定与IFN敏感性相关的多态的基因型，可以利用任何已知的方法。例如，从待测试的个体所取的样本制备含有目标序列的核酸，然后确定基因型。
“个体”是根据本发明的一个方面的方法的受试者，可以是任何哺乳动物，包括人，狗，猫，牛，山羊，猪(pig，swine)，绵羊和猴，优选个体是人。
“样本”是生物样本，如血液，血清，淋巴，和从个体收集的组织。如果需要，“样本”也可以是将生物样本进行预处理后得到的样本，例如经过匀浆化或提取。这样的预处理可以由本领域技术人员根据待处理的生物样本适当选择。
从生物样本制备的含有目标序列的核酸可以从DNA或RNA制备。例如，对于提供个体的基因组DNA，可以利用任何常规采用的方法，包括利用例如酚-氯仿进行的细胞提取，盐析。其他例子包括利用外周血细胞，如白细胞，单核细胞，淋巴细胞和粒细胞，利用酚氯仿方法，盐析或利用商业试剂盒。当用于分析的样本是mRNA时，可以利用寡-dT柱选择性地富集mRNA。
当多核苷酸的量较低或不足以评估时，可以扩增多核苷酸。这样的扩增过程可以用本领域已知的方法来完成，包括例如聚合酶链式反应(PCR)和逆转录聚合酶反应(RT-PCR)。
在进行了提取和/或扩增过程后，可以确定目标多态位点的基因型。为了确定基因型，可以利用通常利用的任何方法。例如，利用直接测序方法，SSCP方法，寡核苷酸杂交方法，特异引物方法，和核酸检测芯片。
当待确定的核苷酸存在于限制酶识别位点中时，也可以利用限制酶片段-长度多态性(RFLP)方法。
另外，可以利用任何已知的方法确定多态，包括但不限于PCR-SSP(PCR特异序列引物)方法，包括与PCR结合的点印迹方法的PCR-SSO(PCR序列特异性寡核苷酸)方法，和PCR-SSCP方法。
点印迹方法是利用序列已知的核酸探针检测样本中含有的核酸序列的方法。在这一方法中，将单链核酸样本固定在有机底物上，然后，将可以用例如荧光物质标记的单链探针核酸链的溶液与该底物上的样本接触。如果固定的序列与探针序列互补，那么它们将杂交形成双链，导致探针固定于底物上。从而，通过洗涤除去任何未反应的探针，接着检测探针上的标记，就可以检测具有与探针互补的序列的样本核酸链。所以，本发明也提供了可以用于检测与IFN敏感性相关的多态基因的探针。本发明还提供了含有这些探针的试剂或核酸检测芯片，用于估计干扰素治疗是否会在个体中有效。
对IFNα/β对HCV感染病人的治疗情况有影响的其他已知因素可以是例如如下所述的这些。关于病毒因素，已知在血液病毒水平较高的病人中，IFNα/β的效力较低，而在感染了2型病毒的病人中，疗效比感染1型病毒的病人高(A.Tsubota et al.，Hepatology 19，1088-1094，1994)。
同样已知，与具有YA型为特征的基因型的病人相比，具有在结合甘露糖编码凝集素的MBL基因中2个SNP以XB型为特征的基因型的病人用IFNα/β疗效较低(M.Matsushita et al.，J.Hepatology 29，695-700，1998)。另一方面，同样已知，在编码MxA蛋白质的MxA基因启动子中存在的SNP在慢性丙型肝炎病人中涉及干扰素治疗的敏感性(M.Hijikataet al.，Intervirology 43，124-127，2000)。这样一个SNP可以通过PCR扩增含有SNP的DNA片段，接着确定它的碱基序列来确定。
根据本发明，提供了将有关这些常规的与IFN敏感性相关的多态基因类型和病毒的信息与相关的微卫星多态的基因型的信息一起考虑，来估计在将用IFN治疗的个体中IFN的疗效的方法。
根据本发明的一个方面，可以用计算机进行如上所述的分析。所以，本发明也提供了用计算机估计在将用IFN治疗的个体中IFN疗效的方法。在这一方法中，由操作者将利用来自所述个体的样本确定的IFN受体基因的基因型的信息输入计算机，从而通过与如上所述的将IFN效力与基因型相关联的图表，表格或类似物相比，可以基于输入的基因型估计IFN的疗效。在一个实施方案中，图表存储在计算机存储装置中，或者可以存储在可移动的存储介质上，其可以在适当的时间输入计算机。在进行关联后，可以在计算机上或显示装置如计算机显示器上显示比较或评估的结果或在例如打印机上输出。
图3显示了进行本发明的一个方面的方法的设备的一个方面的示意图。在这一图中，处理装置4与输入装置2，显示装置3和存储装置5相联系。正如图3中所示，计算机1作为所述方面至少是与输入装置2一起提供的，操作者利用输入装置将数据输入计算机1，显示装置3用于显示各种信息，处理装置4用于控制所述的计算机或执行各种处理如处理器或CPU，存储装置5用于存储程序、图表和诸如此类。
利用计算机估计IFN治疗在将用IFN治疗的个体中的效力的方法的实例如下所述。
此处利用的处理装置4是主要的控制单元，用于监视计算机的各个部分，并且执行存储在存储单元中的程序，所述程序评估IFN疗效。
在步骤4a中，当操作者通过输入装置2输入IFN受体基因的基因型信息时，输入的信息存储在存储装置5中，并且程序跳至步骤4b。在此处输入的基因型信息可以是典型的基因型或原始数据，只要信息是目的基因特征性的。
在步骤4b中，处理装置4从存储的信息读图表1，该表将基因型与IFN效力相关并预先存储在存储装置5中，然后搜索该图表，从而概括出相应的IFN效力，并且操作跳至步骤4c。
在步骤4c中，处理装置4当在步骤4d中确定的IFN效力是“高”时判断操作前进至步骤4d，当步骤4d中确定的IFN效力是“低”时至步骤4e。
在步骤4d中，处理装置4根据步骤4c中得到的结果估计在相关个体中IFN有效的可能性是高的，操作跳至步骤4f。
在步骤4f中，在步骤4d中估计的结果通过处理装置4显示在显示装置3上，和/或存储在存储装置5中，从而完成整个评估过程。此处完成的显示可以作为表示IFN疗效的图象输出，图象是预先存储在存储装置5中的。如果需要，可以提供从步骤4f到4a的循环。
在步骤4e中，处理装置4根据步骤4c中得到的结果估计IFN有效的可能性是低的，操作跳至步骤4g。
在步骤4g中，步骤4e中估计的结果通过处理装置4显示在显示装置3上和/或记录在存储装置5中，从而完成整个估计过程。此处完成的显示可以作为表示IFN疗效的图象输出，该图象预先存储在存储装置5中。如果需要，可以提供步骤4g到4a的循环。
当在如上所述的方法中，专门确定了相关IFN受体基因的微卫星多态的基因型并且作为信息输入用于估计时，已知的其他与IFN敏感性相关的多态和/或与IFN疗效相关的丙型肝炎病毒型敏感性标记也可以结合本发明的IFN基因的相关基因型的信息来进行评估，并作为相关信息输入用于评估。在这样的情况下，利用的图表的结构可以根据待输入的信息而变化。
本文所述的方法可以进行修改而不脱离本发明的范围。
另外，执行本文所述的方法的计算机程序在本发明的范围内。这样的程序可用于例如在将用IFN治疗的个体中估计IFN疗效的目的。这一计算机程序能使计算机实施该方法并且应该包括记录关于IFN受体基因的基因型信息的装置，基因型是从来自个体的样本确定的；也包括通过将基因型与将IFN效力与基因型相关联的图表作比较，根据记录的基因型评估IFN疗效的装置。这一图表可以是计算机程序本身的一部分，或单独存储在计算机上或其他可移动存储介质上。计算机程序也应该含有输出比较的结果的装置。
另外，如上所述的计算机程序可以使计算机作为基因型信息的输入装置发挥作用。计算机程序本身可以存储在计算机、可移动存储设备或任何其他本领域已知的存储装置上。优选带有如上所述的计算机程序的可以实施本文所述的方法的计算机设备包括存储将基因型与IFN的效力相关联的图表的存储装置；用于输入IFN受体基因的基因型信息的输入装置；根据输入的基因型和在所述的存储装置中存储的图表估计IFN疗效的估计装置；和显示通过所述的估计方法估计的结果的显示装置。
所以由此，本发明的一个方面是利用计算机进行本文所述的方法。这样的方法包括记录关于IFN受体基因的基因型的信息；通过比较记录的基因型与将IFN效力与预先存储在计算机中的基因型相关联的图表来评估IFN疗效；和输出评估的结果。
另外，为了评估IFN疗效，可以包括输入IFN受体基因的基因型信息的输入步骤；根据输入的基因型和将基因型与IFN的效力相关联的存储的图表估计IFN疗效的估计步骤；和显示评估结果的显示步骤。
本发明的一个方面也提供了用于估计IFN疗效的多核苷酸。
术语“多核苷酸”指通过磷酸键结合两个或多个核苷形成的物质。术语“核苷”包括但不限于脱氧核糖核苷和核糖核苷。同样在本发明中，术语“多核苷酸”意在包括人工合成的核酸，如肽核酸，吗啉代核酸，甲基膦酸酯核酸，和S-寡核酸。
术语“启动子区”不仅意指直接参与转录起始反应的区域，如TATA框，而且也指含有存在于上述区域的近端或远端并且对转录起始反应的效率有影响的调控序列的序列。因此，应该注意到，术语“启动子区”包括直接参与转录起始反应的序列或调控序列和两者结合形成的序列。
多核苷酸可以从生物样本得到或利用特定的所需序列来合成，为了从生物样本制备多核苷酸，从个体取样，多核苷酸通常是从所述的样本中提取的。从生物成分中提取多核苷酸的方法可以是例如酚提取，乙醇沉淀或任何其他提取方法。当提取的是mRNA时，可以利用寡-dT柱。
根据本发明的一个方面提供的多核苷酸可以用作探针或引物来确定从个体得到的样本中的多核苷酸的碱基序列。
根据本发明的一个方面提供的多核苷酸包括如下所述的(a)到(f)列出的那些。
(a)SEQ ID NO：1，SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：3，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：5，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：7，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：9，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：11，SEQ ID NO：12的任何一个所代表的多核苷酸。
(b)在如上所述(a)中列出的多核苷酸的启动子区中的微卫星多态位点以外的位点中一个或几个核苷酸的缺失，替换或添加而形成的经修饰的多核苷酸。
(c)因为在SEQ ID NO：1，SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：3，SEQ IDNO：4，SEQ ID NO：5，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：7，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：9，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：11和SEQ ID NO：12代表的上述多核苷酸的碱基序列中，涉及干扰素疗效的是在相关的启动子区中的微卫星多态位点中存在的核苷酸，所以根据本发明的一个方面的多核苷酸可以是含有所述的微卫星多态位点的多核苷酸的片段。在(c)中列出的片段可以优选地用作对来自个体样本的多核苷酸进行碱基测序的探针。例如，优选作为探针核酸链的片段是IFN受体基因的启动子区中的碱基序列，含有至少目的微卫星多态位点的8-到500-核酸链或其互补链。更优选利用具有10到100个核苷酸，特别当在碱基序列检测芯片中用作探针时优选10到15个核苷酸的RNA探针，和11到30个核苷酸的DNA探针。过长的多核苷酸片段在区别单核苷酸差异时增加了困难。另一方面，在底物上过短的多核苷酸在确定样本中含有的多核苷酸的碱基序列中增加了困难。
本文中所述以外的其他多核苷酸包括例如利用任何已知的算式评估同一性或同源性百分数时，具有至少75％，80％，85％，90％，95％，96％，97％，98％和99％同一性的那些。
另外，在本文所述的方法中可以用作探针的那些多核苷酸会在严格条件下与本文所述的多核苷酸和其互补序列杂交。严格条件可由技术人员评估，通常包括杂交反应中在65℃ 0.1×SSC和0.5％SDS中的洗涤步骤。
SEQ ID NO：1是当相关的微卫星多态的重复数目是5时的序列。SEQID NO：2到SEQ ID NO：12是当重复数目是6到16时的序列，每个序列表示为相关的微卫星多态的重复数目是5以外的例子。相应地，相关微卫星多态的重复数目是1到4或16或以上的序列事实上也在本发明的范围内，可以优选地与本文所示的多核苷酸类似地进行使用。
(d)也可以利用与上述(a)到(c)列出的多核苷酸互补的链。
优选用作探针的多核苷酸包括下述序列。
(e)SEQ ID NO：19，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22和SEQ ID NO：23的多核苷酸。
SEQ ID NO：19是总长度为30个碱基的多核苷酸，含有GT重复序列，重复数目是5，在其3’末端；
SEQ ID NO：20是总长度为32个碱基的多核苷酸，含有GT重复序列，重复数目是6，在其3’末端。SEQ ID NO：20代表的序列是含有GT重复序列，重复数目是5以外的多核苷酸的一个例子。因此，GT重复数目是5以外的序列可以根据本发明的这一方面，类似于SEQ ID NO：20进行使用，并且优选地是多核苷酸。
SEQ ID NO：22是总长度为40个碱基的多核苷酸，具有IFN受体基因双链中含有GT重复微卫星的单链的部分序列，但不含有启动子区中相关的GT重复微卫星，含有从与相关的GT重复微卫星的3’末端相邻接的碱基起的20个碱基，在其更远的3’末端存在AT重复序列。
SEQ ID NO：23是总长度为20个碱基的多核苷酸，具有IFN受体基因双链中含有GT重复微卫星的单链的部分序列，但不含有启动子区中相关的GT重复微卫星，含有从与相关的GT重复微卫星的3’末端相邻接的碱基起的20个碱基，在其更远的3’末端存在二茂铁。
优选地，将SEQ ID NO：19和23中的每一个与SEQ ID NO：22或26结合，来使用如上所述的(e)中的序列。例如，将在目的微卫星多态位点的序列中具有预定数目的序列用作如上所述的探针核酸链，从而检测与样本的任何杂交，或者检测与具有目的微卫星多态位点的探针杂交的样本的碱基序列长度的差异，从而检测微卫星多态位点的重复数目。测量源于加入的嵌入剂的电流的差异，例如检测电流的DNA芯片，可以检测与探针核酸杂交的碱基序列长度的差异。其他细节如实施例中所述。
在SEQ ID NO：23代表的序列中所含的二茂铁是为了测量电流的目的加入的物质。根据检测方法，也可以加入二茂铁以外的标记如染料，荧光物质，发光物质和放射性同位素。
(f)在PCR反应中用作引物的多核苷酸的例子是SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：14，SEQ ID NO：15，SEQ ID NO：16，SEQ ID NO：17和SEQID NO：18代表的那些以及与这些多核苷酸互补的那些。
根据本发明的一个方面，同时提供了与本文所述的多核苷酸或片段一起提供的核酸检测芯片。这样的核酸检测芯片也包括在本发明中。
这样的芯片包括，但不限于荧光检测DNA芯片，电流检测DNA芯片等等。通过利用与多核苷酸或其互补链作为探针一起提供的碱基序列检测来估计效力，可以简化估计方法，并且赋予更高的效率。通过如下的方法可以生产核酸检测芯片。
(a)生产检测荧光的碱基序列检测芯片
可以将多核苷酸，其多核苷酸片段，或具有与其序列互补的序列的多核苷酸片段固定在底物30上作为探针31(参见图8)。该底物可以是任何通常使用的底物，如玻璃底物和硅氧烷底物。通过本领域技术人员已知的方法可以完成固定，如利用点样器(spotter)，或半导体技术。
(b)生产检测电流的碱基序列检测芯片
多核苷酸，具有其一部分的片段或互补多核苷酸可以通过共价键，离子键，物理吸附或化学吸附而被固定在底物40上作为探针41，例如固定在与电极42一起提供的底物上(参见图9)。检测电流的DNA芯片可以例如是在引入本文作为参考的1996年10月24日登记的日本专利号2573443中公开的基因检测装置。
除了IFN受体基因的探针之外，检测病毒基因类型的探针和/或确定任何其他已知的与IFN敏感性相关的多态的基因型的探针可以一起固定在一个芯片上。这使得感染病毒的基因型和其他相关的多态的基因型可以同时检测。
当利用能够检测基因型的探针时，可以利用同时固定在底物上的对应于不同基因型的多个探针来完成高度精确的检测。
为了检测样本中的病原微生物的基因型，利用对这一基因型特征性的引物，将样本中的病原微生物的基因进行PCR，然后利用固定通用探针的芯片来检测也是可能的。
利用与多核苷酸一起提供的探针和根据本发明这一方面的碱基序列检测芯片来完成检测，可以简化检测，并且有效得多。
也可以利用本文所述的核酸芯片与本文所述的计算机程序和/或计算机一起来完成本发明的方法。
实施例
1.IFNRA1基因和IFN疗效的证实
1-1.第一部分
在各病人中确定病毒类型、IFNAR1基因SNP和微卫星标记类型，研究这些指标和疗效之间的关系。
(1)概要
从138个感染HCV的病人的血样中提取DNA和RNA，并且用作分析样本。利用RNA组分将病毒分型，利用DNA分析IFNAR1基因的SNP并且将微卫星标记分型。随后，研究IFNα/β的疗效与病毒类型、IFNAR1基因的SNP或微卫星标记之间的关系。
(2)病人
在这一研究中，利用了来自138个感染HCV的病人的样本，根据血液生物化学检查，组织学检查和肝脏的影像学分析检查已经确定这些病人有慢性丙型肝炎。所有病人都知情同意参加这一研究。在IFNα/β治疗后的6个月随访期中，血丙氨酸转氨酶在正常的范围内，并且HCV RNA试验是阴性的病人判断为治疗完全有效。另一方面，在随访期发现有HCVRNA，或丙氨酸转氨酶水平高的病人判断为治疗无效。
(3)HCV，SNP和微卫星分型
利用从血液或血清中提取的DNA分析了在如上所述的丙型肝炎病人中表现出干扰素疗效例的39个样本和无效例的99个样本(总共138个样本)。从血液提取的RNA制备cDNA，其一部分经过PCR扩增，接着进行碱基测序，和HCV基因分型(K.Chayama等人，J.Gastroenterlo.Hepatol.，8，40-44，1993)。利用从血液提取的DNA还研究了在IFNAR1启动子中两个位点的SNP和一个位置的微卫星多态(GT：-79-56)(基因和免疫(Genes and Immunity)，2001；2：159-160)。
根据GenBank登记号X60459的IFNAR序列制备了用作引物的序列，转录起始位点命名为nt1。对于引物，利用约1ng的DNA与-629F(5’-TCTCGCCCCTCAGCCAAGTC-3’)和+205R(5’-CAGCTGCGTGCCCTACCTCC-3’)引物，用GeneAmp PCR 9600(Roche)扩增FNAR1引物片段。
在SNP的分析中，利用MilliPore 96孔clean up滤器纯化扩增的片段，并且利用ABI3100 Genetic Analyzer(Applied Biosystems)进行直接的测序，以确定碱基的序列。通过GeneScan分析方法确定(GT)重复数目。利用从-629F和+205R引物得到的PCR片段作为模板以及6FAM+92R和-245F引物，其中的一个引物用荧光染料(6-FAM)标记，再次利用ABI3100 Genetic Analyzer GeneScan(3.7版)进行PCR。PCR利用如下的30到35个循环：95℃10秒，58℃30秒，和72℃30秒，在循环之前和之后，在95℃处理2分钟和在72℃处理7分钟。
(4)结果
用IFNα/β治疗感染HCV和有慢性肝炎的138个病人。结果和SNP之间的关系表示在表2。
表2
IFNAR1启动子位点SNP(-408C/T，-3C/T)与IFN治疗之间的关系
| IFN治疗 样本数 | 病毒类型样本数 | *基因型 样本数 | 等位基因 |
| 完全有效 39 | I 12 | C 9 (75.0％)C/T 2 (16.7％)T 1 (8.3％) | C 20 (83.3％)T 4 (16.7％) |
| II 27 | C 11 (40.7％)C/T 13 (48.2％)T 3 (11.1％) | C 35 (64.8％)T 19 (35.2％) | |
| 无效 39 | I 80 | C 51 (63.6％)C/T 26 (32.6％)T 3 (3.8％) | C 128 (80.0％)T 32 (20.0％) |
| II 19 | C 13 (68.4％)C/T 4 (21.1％)T 2 (10.5％) | C 30 (78.9％)T 8 (21.1％) |
*SNP的变异(408C/T，-3C/T)是相同碱基的。
感染1型HCV的92个病人中的12个(13％)表现出完全有效，80个(87％)无效，而感染2型HCV的46个病人中的27个(57％)完全有效，19个(43％)无效(表2)。同样从这些结果表明，在感染2型HCV的病人中，比在感染1型HCV的病人中观察到用IFNα/β治疗效力更高。
根据IFNAR1中的2个SNP和疗效之间的关系，在感染1型HCV的病人中没有发现特别的关系(表2)。在感染2型HCV的病人中，在完全有效的病人中T型趋向于相对占优势(表2)。由于两个SNP(-408C/T和-3C/T)完全连锁并且完全一致，表2中只表示了一个基因型。在报道-408C/T的SNP的文献中(Genes and Immunity，2001；2：159-160)，报道了在西方人中SNP还存在于-18C/T位置。但是，在日本，这一位置没有SNP，并且新鉴定了一个SNP在-3C/T位置。相应地进行如上所述的分析。
表3表示了微卫星的GT重复序列代表的基因型与IFNα/β疗效的关系。当有9个基因型即5，6，9和11到16时，5是占优势的。因此，5/5纯合子存在比例更高。当比较所有样本而不考虑病毒类型时，5/5纯合子在24例(40％)中表现出完全有效，在40例(60％)中无效，而其他的基因型在15例(20％)中表现出完全有效，在59例(80％)中无效。这些发现反映了在5/5纯合子群体中效力更高(p＜0.025)。当将5/5纯合子或5-相关的即5/m杂合子群体与其他进行比较时，前者在39例(28％)中完全有效，在85例(72％)中无效，而后者在0例(0％)中完全有效，在14例(100％)中无效。这些发现反映了在个体的至少一个等位基因上具有基因型5或5个GT重复的病人中IFNα/β的效力更高(p＜0.030)。应该注意到，在任何没有基因型5的病例中，都没有观察到完全有效(表3)。
表3
IFN治疗与IFNAR1(GT)重复之间的关系
| 病毒类型 | 基因型 样本数 | |
| 完全有效 | I 12II 27 | 结合子 7 5/5 7 |
| 杂合子 5 5/13 5 | ||
| 纯合子 17 5/5 17 | ||
| 杂合子 10 5/13 85/14 2 | ||
| 无效 | I 80 | 纯合子 33 5/5 33 |
| 杂合子 47 5/11 35/12 35/13 155/14 95/15 15/16 26/14 19/13 111/12 111/13 111/14 112/13 512/14 113/14 213/16 1 | ||
| II 19 | 纯合子 7 5/5 7 | |
| 杂合子 12 5/12 35/13 55/14 35/15 1 |
虽然目标病例的数目相对少(14/138＝10.1％)，如上所述的结果仍表明，基于避免任何无效的IFNα/β治疗的能力的所述应用的价值是高的。据信，IFNα通过与受体如IFNAR1结合发挥它的效力。因为本文分析的微卫星存在于参与这一受体表达的启动子区中，这一微卫星的基因型很有可能影响IFNAR1的表达，并且依次影响IFNα/β的疗效。
1-2.第二部分
将包括如上所述1-1第一部分利用的138个病人的样本和来自19个病人的新样本总共157个病例的样本类似于第一部分进行测试。即，确定病毒类型、IFNAR1基因SNP和微卫星标记类型，研究这些指标与疗效之间的关系。
(1)概要
将从157个感染HCV的病人的血样提取的DNA和RNA用作分析样本。将RNA组分用于病毒分型，DNA用于分析IFNAR1基因的SNP和将微卫星标记分型。随后，研究了IFNα/β的疗效与病毒类型、IFNAR1基因的SNP或微卫星标记的关系。
(2)病人
在这一研究中利用了来自157个感染HCV的病人的样本，这些病人已经根据血液生物化学检查，组织学检查和肝脏影像学分析检查确定有慢性丙型肝炎。所有病人都知情同意参加这一研究。在IFNα/β治疗后的6个月的随访期间，血丙氨酸转氨酶在正常范围内，HCV RNA测试阴性的病人判断为完全有效。另一方面，在随访期发现HCV RNA，或丙氨酸转氨酶水平高的病人判断为无效。
(3)HCV、SNP和微卫星分型
利用从血液或血清提取的DNA分析在如上所述的丙型肝炎病人中干扰素治疗有效例的50个样本和无效例的107个样本(总共157个样本)。从血液中提取的RNA制备cDNA，并且其一部分经PCR扩增，接着进行碱基测序和HCV基因分型(K.Chayama et al.，J.Gastroenterlo.Hepatol.，8，40-44，1993)。利用从血液提取的DNA还研究了在IFNAR1启动子中两个位点的SNP和一个位置的微卫星多态(GT：-79-56)(Genes andImmunity 2001：2：159-160)。
根据GenBank登记号X60459的IFNAR序列制备用作引物的序列，转录起始位点命名为nt1。对于引物，利用约1ng的DNA以及-629F和+205R引物用GeneAmp PCR 9600(Roch)扩增FNAR1引物片段。
在SNP的分析中，利用Millipore 96-孔clean-up滤器纯化扩增的片段，并且利用ABI3100 Genetic Analyzer(Applied Biosystems)完成直接测序，确定碱基序列。利用GeneScan分析方法确定(GT)重复数目。利用从-629F和-205R引物得到的PCR片段作为模板以及6FAM+92R和-245F引物，其中的一个用荧光染料标记(6-FAM)，利用ABI3100 GeneticAnalyzer GeneScan(3.7版)再次进行PCR。PCR利用了如下的30到35个循环：95℃10秒，58℃30秒，和72℃30秒，之前和之后在95℃处理2分钟和在72℃处理7分钟。
(4)结果
显示了微卫星的GT重复序列代表的基因型与IFNα/β疗效之间的关系。其中有11个基因型，即5，6和10到18。当具有基因型5或14时，观察到完全有效的比例比无效的高，否则，无效的比例比完全有效的高(图7)。
根据这些发现，当具有基因型5或14时，即在5/5纯合子或5/14杂合子的情况下，预计IFN治疗是有效的。基因型和IFNα/β疗效之间的这种关系进一步在表4中详细描述。
表4
病人群 (GT)n基因型 统计学
5/5 or 5/14 其它基因型 (χ2检验)
感染1型HCV的病人(n＝102)
完全有效(n＝16) 13(81％) 3(19％) P＝0.122*
无效(n＝86) 49(57％) 37(43％)
感染2型HCV的病人(n＝55)
完全有效(n＝34) 27(79％) 7(21％) P＝0.462*
无效(n＝-21) 14(67％) 7(33％)
总计(n＝157)
完全有效(n＝50) 40(80％) 10(20％) P＝0.009*
无效(n＝107) 63(59％) 44(41％)
*经Yates’校正
在感染1型病毒的病人中，完全有效的16例中，13例(81％)是5/5纯合子和5/14杂合子，3例(19％)是其他基因型。同样，在感染2型病毒的病人中，34例完全有效中的27例(79％)具有5/5纯合子和5/14杂合子，是比7例(21％)组成的具有其他基因型的群体大得多的群体。另一方面，在无效的107个病人中，具有5/5纯合子和5/14杂合子的病人和具有其他基因型的病人的比例，当两种病毒类型合并时，分别是59％(63例)和41％(44例)。所以，在完全有效的病人中，具有5/5纯合子和5/14杂合子的病人的频度(80％)在统计上有显著意义(p＝0.009)。这些发现表明，当基因型是5/5纯合子和5/14杂合子时，IFNα/β治疗完全有效的可能性很高。另一方面，在不具有基因型5或14的病人中没有观察到完全有效是值得注意的，虽然靶病人的数目少(4/157)。
2.重复序列检测DNA芯片1
参考图5讨论利用含有SEQ ID NO：19，20和22代表的多核苷酸的探针的重复序列检测(或核酸检测芯片)的实施例。在这一实施例中，利用了其上探针19含有SEQ ID NO：19代表的多核苷酸和探针20含有SEQID NO：20代表的多核苷酸的DNA芯片。这里讨论检测重复数目是6的序列的实施例。在这一实施例中，利用检测电流的碱基序列检测芯片作为DNA芯片。
首先，制备电极18C(装备有DNA芯片)，其上探针19中GT重复序列的重复数目是5并且还具有上游碱基序列，制备电极18E(存在为装备有DNA芯片)，其上探针20除了GT重复序列的重复数目是6以外具有与探针19相似的序列。
使这些探针与含有靶序列的样本核酸链21杂交。随后，与SEQ ID NO：22的核酸链22反应。然后，加入连接酶进行连接。然后，在95℃加热电极，以变性成单链。在如上所述的连接中，因为在电极18C上没有连接反应，在电极表面上的核酸链22被裂解下来，而核酸24仍然以核酸链22与在电极18E上的探针19结合的形式存在。最后，当测量来自嵌入剂的电流时，注意到来自电极18E的电流增加。因此，显示这一样本中的重复数目是6。以同样的方法，也可以鉴定6以外的重复数目。
3.重复序列检测DNA芯片2
参考图6讨论利用含有SEQ ID NO：19，20和23代表的多核苷酸的探针的重复序列检测(核酸检测芯片)的实施例。在这一实施例中，利用了一个DNA芯片，其上探针19含有SEQ ID NO：19代表的多核苷酸，探针20含有SEQ ID NO：20代表的多核苷酸。这里讨论检测重复数目是6的序列的例子。在这一实施例中，将检测电流的碱基序列检测芯片用作DNA芯片。在这一部分，讨论检测重复数目是6的序列的例子。
首先，制备其上探针19的重复数目是5的电极18C和其上探针20的重复数目是6的电极18E。与含有靶序列的核酸链21进行杂交，与用二茂铁标记的SEQ ID NO：23的核酸23反应，加入连接酶进行连接。然后，在95℃加热电极。在这一步骤中，因为在电极18C上没有连接反应，在电极18C表面上的核酸链被裂解下来，而核酸25仍然为核酸链23与在电极18E上的探针19结合的形式。最后，当测量来自二茂铁的电流时，注意到来自电极18E的电流增加，从而证实这一样本中的重复数目是6。以同样的方法，也可以鉴定6以外的重复数目。
4.重复序列检测DNA芯片和其检测方法的优选实施例
可以如下修改利用如上所述的重复序列检测DNA芯片1和2的方法。
用于检测样本中干扰素α受体基因的启动子区中重复序列的数目的DNA芯片可以是其上固定有探针核酸链和/或其互补链的DNA芯片，所述核酸链由所述基因的启动子区中也具有待检测的特定重复数目的重复序列和其上游(或下游)5到50个碱基序列组成。优选地，利用多个上述预定重复数目不同的探针核酸链进行每次检测。
为了检测样本中的重复序列的数目，利用如上所述的DNA芯片完成样本核酸链的杂交。随后，加入辅助核酸链和/或其互补链，例如是如上所述的基因启动子区中的碱基序列并且由位于重复序列的下游(或上游)的碱基序列组成的5到50个单元的核酸链，然后，加入连接酶进行连接反应。在这一步骤中，当探针核酸链和样本核酸的重复序列的数目相同时，连接进行并且辅助核酸链与探针核酸链的下游(上游)结合，当重复序列的数目不同时，不进行连接，并且辅助核酸链不与探针核酸结合。
如上所述，最后在DNA芯片上结合的核酸链的碱基序列的长度根据样本核酸链中重复序列的数目而变化。例如，通过加入与核酸链特异性结合的嵌入剂，并且检测通过DNA芯片的电流，将这一长度的差异作为来自探针核酸链的电信号来检测，从而确定样本核酸链是否具有与探针核酸相似的重复序列数目。
当根据来自DNA芯片的电流差异检测与DNA芯片结合的核酸链的碱基序列长度差异时，优选地可以通过在辅助核酸链的下游结合一种物质如二茂铁或AT重复序列以促进嵌入剂的结合从而提高准确度。
其他优点和修改将是本领域技术人员容易了解和进行的。所以，在更广的范围内，本发明不限于本文显示和描述的具体细节和代表性实施方案。因此，不脱离如所附权利要求书和相当内容定义的总的发明构思的精神或范围可以进行各种修改。
序列表
<110>Inventor，Inventor
<120>可用于评估干扰素疗效的多态标记
<130>227389USOS
<160>25
<170>PatentIn version 3.1
<210>1
<211>1042
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(252)..(252)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(634)..(634)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(649)..(649)
<223>n是a、c、g或t
<400>1
gggcccgtgg ctgttctctc caagggacca tctcgcccct cagccaagtc gcccggaaaa 60
cgagcgctcg accgcctctg ccccgctctc ggtctgcaca cagcaacggt ctggtcgctc 120
agccacttcc tccttccagc ctcatctggt tcccaggccg ctggggactc ccaacgccac 180
tgtccaagac tctagggtca gcaagcgccc cgggcggaga agggcgagga cgaagagcgc 240
cgggccgcga cnaggagccc acccgcgccc tccgactgca gacatgggga agagacgcgg 300
ggactccaaa gtcgctgggt ctgcgcaggt gtgtgccgcg atcctgtgaa ggtcaaggcc 360
tcctgtgagg gggagtcgtc ctggaatgcg atggtgaagt gctccagacc ggccataggc 420
cggaaagagt gaggaagaag agaatgcagg aggcctgcga tttctaaggc gcgcgcgcac 480
aggggtgctg caattaggat ggggcaatgg gagcttggag aaggggtgct agctaggagg 540
aaaggcgcgt gcgtggagga acggcgcgtg cgcggagggg cggtgtgtgt gtcagaagag 600
gcggcgcgtg cgtagagggg cggtgagagc taanaggggc agcgcgtgng cagaggggcg 660
gtgtgactta ggacggggcg atggcggctg agaggagctg cgcgtgcgcg aacatgtaac 720
tggtgggatc tgcggcggct cccagatgat ggtcgtcctc ctgggcgcga cgaccctagt 780
gctcgtcgcc gtggcgccat gggtgttgtc cgcagccgca ggtgagaggc ggggaggaga 840
gtcttggcgc agggcgggag gtagggcacg cagctgggct acgggggcgg cgatgctgtt 900
gggggcgaca gacgcccagt ctgggaaacc ttcggtccac tttgccgcgc caaagattaa 960
acccgacctg ggctcgcaaa tcaaccagga gaaagtggtg ttctgggtcc tctcttgccg 1020
cttgcctgtg ccgtgtacgg tc 1042
<210>2
<211>1044
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(252)..(252)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(636)..(636)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(651)..(651)
<223>n是a、c、g或t
<400>2
gggcccgtgg ctgttctctc caagggacca tctcgcccct cagccaagtc gcccggaaaa 60
cgagcgctcg accgcctctg ccccgctctc ggtctgcaca cagcaacggt ctggtcgctc 120
agccacttcc tccttccagc ctcatctggt tcccaggccg ctggggactc ccaacgccac 180
tgtccaagac tctagggtca gcaagcgccc cgggcggaga agggcgagga cgaagagcgc 240
cgggccgcga cnaggagccc acccgcgccc tccgactgca gacatgggga agagacgcgg 300
ggactccaaa gtcgctgggt ctgcgcaggt gtgtgccgcg atcctgtgaa ggtcaaggcc 360
tcctgtgagg gggagtcgtc ctggaatgcg atggtgaagt gctccagacc ggccataggc 420
cggaaagagt gaggaagaag agaatgcagg aggcctgcga tttctaaggc gcgcgcgcac 480
aggggtgctg caattaggat ggggcaatgg gagcttggag aaggggtgct agctaggagg 540
aaaggcgcgt gcgtggagga acggcgcgtg cgcggagggg cggtgtgtgt gtgtcagaag 600
aggcggcgcg tgcgtagagg ggcggtgaga gctaanaggg gcagcgcgtg ngcagagggg 660
cggtgtgact taggacgggg cgatggcggc tgagaggagc tgcgcgtgcg cgaacatgta 720
actggtggga tctgcggcgg ctcccagatg atggtcgtcc tcctgggcgc gacgacccta 780
gtgctcgtcg ccgtggcgcc atgggtgttg tccgcagccg caggtgagag gcggggagga 840
gagtcttggc gcagggcggg aggtagggca cgcagctggg ctacgggggc ggcgatgctg 900
ttgggggcga cagacgccca gtctgggaaa ccttcggtcc actttgccgc gccaaagatt 960
aaacccgacc tgggctcgca aatcaaccag gagaaagtgg tgttctgggt cctctcttgc 1020
cgcttgcctg tgccgtgtac ggtc 1044
<210>3
<211>1046
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(252)..(252)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(638)..(638)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(653)..(653)
<223>n是a、c、g或t
<400>3
gggcccgtgg ctgttctctc caagggacca tctcgcccct cagccaagtc gcccggaaaa 60
cgagcgctcg accgcctctg ccccgctctc ggtctgcaca cagcaacggt ctggtcgctc 120
agccacttcc tccttccagc ctcatctggt tcccaggccg ctggggactc ccaacgccac 180
tgtccaagac tctagggtca gcaagcgccc cgggcggaga agggcgagga cgaagagcgc 240
cgggccgcga cnaggagccc acccgcgccc tccgactgca gacatgggga agagacgcgg 300
ggactccaaa gtcgctgggt ctgcgcaggt gtgtgccgcg atcctgtgaa ggtcaaggcc 360
tcctgtgagg gggagtcgtc ctggaatgcg atggtgaagt gctccagacc ggccataggc 420
cggaaagagt gaggaagaag agaatgcagg aggcctgcga tttctaaggc gcgcgcgcac 480
aggggtgctg caattaggat ggggcaatgg gagcttggag aaggggtgct agctaggagg 540
aaaggcgcgt gcgtggagga acggcgcgtg cgcggagggg cggtgtgtgt gtgtgtcaga 600
agaggcggcg cgtgcgtaga ggggcggtga gagctaanag gggcagcgcg tgngcagagg 660
ggcggtgtga cttaggacgg ggcgatggcg gctgagagga gctgcgcgtg cgcgaacatg 720
taactggtgg gatctgcggc ggctcccaga tgatggtcgt cctcctgggc gcgacgaccc 780
tagtgctcgt cgccgtggcg ccatgggtgt tgtccgcagc cgcaggtgag aggcggggag 840
gagagtcttg gcgcagggcg ggaggtaggg cacgcagctg ggctacgggg gcggcgatgc 900
tgttgggggc gacagacgcc cagtctggga aaccttcggt ccactttgcc gcgccaaaga 960
ttaaacccga cctgggctcg caaatcaacc aggagaaagt ggtgttctgg gtcctctctt 1020
gccgcttgcc tgtgccgtgt acggtc 1046
<210>4
<211>1048
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(252)..(252)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(640)..(640)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(655)..(655)
<223>n是a、c、g或t
<400>4
gggcccgtgg ctgttctctc caagggacca tctcgcccct cagccaagtc gcccggaaaa 60
cgagcgctcg accgcctctg ccccgctctc ggtctgcaca cagcaacggt ctggtcgctc 120
agccacttcc tccttccagc ctcatctggt tcccaggccg ctggggactc ccaacgccac 180
tgtccaagac tctagggtca gcaagcgccc cgggcggaga agggcgagga cgaagagcgc 240
cgggccgcga cnaggagccc acccgcgccc tccgactgca gacatgggga agagacgcgg 300
ggactccaaa gtcgctgggt ctgcgcaggt gtgtgccgcg atcctgtgaa ggtcaaggcc 360
tcctgtgagg gggagtcgtc ctggaatgcg atggtgaagt gctccagacc ggccataggc 420
cggaaagagt gaggaagaag agaatgcagg aggcctgcga tttctaaggc gcgcgcgcac 480
aggggtgctg caattaggat ggggcaatgg gagcttggag aaggggtgct agctaggagg 540
aaaggcgcgt gcgtggagga acggcgcgtg cgcggagggg cggtgtgtgt gtgtgtgtca 600
gaagaggcgg cgcgtgcgta gaggggcggt gagagctaan aggggcagcg cgtgngcaga 660
ggggcggtgt gacttaggac ggggcgatgg cggctgagag gagctgcgcg tgcgcgaaca 720
tgtaactggt gggatctgcg gcggctccca gatgatggtc gtcctcctgg gcgcgacgac 780
cctagtgctc gtcgccgtgg cgccatgggt gttgtccgca gccgcaggtg agaggcgggg 840
aggagagtct tggcgcaggg cgggaggtag ggcacgcagc tgggctacgg gggcggcgat 900
gctgttgggg gcgacagacg cccagtctgg gaaaccttcg gtccactttg ccgcgccaaa 960
gattaaaccc gacctgggct cgcaaatcaa ccaggagaaa gtggtgttct gggtcctctc 1020
ttgccgcttg cctgtgccgt gtacggtc 1048
<210>5
<211>1050
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(252)..(252)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(642)..(642)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(657)..(657)
<223>n是a、c、g或t
<400>5
gggcccgtgg ctgttctctc caagggacca tctcgcccct cagccaagtc gcccggaaaa 60
cgagcgctcg accgcctctg ccccgctctc ggtctgcaca cagcaacggt ctggtcgctc 120
agccacttcc tccttccagc ctcatctggt tcccaggccg ctggggactc ccaacgccac 180
tgtccaagac tctagggtca gcaagcgccc cgggcggaga agggcgagga cgaagagcgc 240
cgggccgcga cnaggagccc acccgcgccc tccgactgca gacatgggga agagacgcgg 300
ggactccaaa gtcgctgggt ctgcgcaggt gtgtgccgcg atcctgtgaa ggtcaaggcc 360
tcctgtgagg gggagtcgtc ctggaatgcg atggtgaagt gctccagacc ggccataggc 420
cggaaagagt gaggaagaag agaatgcagg aggcctgcga tttctaaggc gcgcgcgcac 480
aggggtgctg caattaggat ggggcaatgg gagcttggag aaggggtgct agctaggagg 540
aaaggcgcgt gcgtggagga acggcgcgtg cgcggagggg cggtgtgtgt gtgtgtgtgt 600
cagaagaggc ggcgcgtgcg tagaggggcg gtgagagcta anaggggcag cgcgtgngca 660
gaggggcggt gtgacttagg acggggcgat ggcggctgag aggagctgcg cgtgcgcgaa 720
catgtaactg gtgggatctg cggcggctcc cagatgatgg tcgtcctcct gggcgcgacg 780
accctagtgc tcgtcgccgt ggcgccatgg gtgttgtccg cagccgcagg tgagaggcgg 840
ggaggagagt cttggcgcag ggcgggaggt agggcacgca gctgggctac gggggcggcg 900
atgctgttgg gggcgacaga cgcccagtct gggaaacctt cggtccactt tgccgcgcca 960
aagattaaac ccgacctggg ctcgcaaatc aaccaggaga aagtggtgtt ctgggtcctc 1020
tcttgccgct tgcctgtgcc gtgtacggtc 1050
<210>6
<211>1052
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(252)..(252)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(644)..(644)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(659)..(659)
<223>n是a、c、g或t
<400>6
gggcccgtgg ctgttctctc caagggacca tctcgcccct cagccaagtc gcccggaaaa 60
cgagcgctcg accgcctctg ccccgctctc ggtctgcaca cagcaacggt ctggtcgctc 120
agccacttcc tccttccagc ctcatctggt tcccaggccg ctggggactc ccaacgccac 180
tgtccaagac tctagggtca gcaagcgccc cgggcggaga agggcgagga cgaagagcgc 240
cgggccgcga cnaggagccc acccgcgccc tccgactgca gacatgggga agagacgcgg 300
ggactccaaa gtcgctgggt ctgcgcaggt gtgtgccgcg atcctgtgaa ggtcaaggcc 360
tcctgtgagg gggagtcgtc ctggaatgcg atggtgaagt gctccagacc ggccataggc 420
cggaaagagt gaggaagaag agaatgcagg aggcctgcga tttctaaggc gcgcgcgcac 480
aggggtgctg caattaggat ggggcaatgg gagcttggag aaggggtgct agctaggagg 540
aaaggcgcgt gcgtggagga acggcgcgtg cgcggagggg cggtgtgtgt gtgtgtgtgt 600
gtcagaagag gcggcgcgtg cgtagagggg cggtgagagc taanaggggc agcgcgtgng 660
cagaggggcg gtgtgactta ggacggggcg atggcggctg agaggagctg cgcgtgcgcg 720
aacatgtaac tggtgggatc tgcggcggct cccagatgat ggtcgtcctc ctgggcgcga 780
cgaccctagt gctcgtcgcc gtggcgccat gggtgttgtc cgcagccgca ggtgagaggc 840
ggggaggaga gtcttggcgc agggcgggag gtagggcacg cagctgggct acgggggcgg 900
cgatgctgtt gggggcgaca gacgcccagt ctgggaaacc ttcggtccac tttgccgcgc 960
caaagattaa acccgacctg ggctcgcaaa tcaaccagga gaaagtggtg ttctgggtcc 1020
tctcttgccg cttgcctgtg ccgtgtacgg tc 1052
<210>7
<211>1054
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(252)..(252)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(646)..(646)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(661)..(661)
<223>n是a、c、g或t
<400>7
gggcccgtgg ctgttctctc caagggacca tctcgcccct cagccaagtc gcccggaaaa 60
cgagcgctcg accgcctctg ccccgctctc ggtctgcaca cagcaacggt ctggtcgctc 120
agccacttcc tccttccagc ctcatctggt tcccaggccg ctggggactc ccaacgccac 180
tgtccaagac tctagggtca gcaagcgccc cgggcggaga agggcgagga cgaagagcgc 240
cgggccgcga cnaggagccc acccgcgccc tccgactgca gacatgggga agagacgcgg 300
ggactccaaa gtcgctgggt ctgcgcaggt gtgtgccgcg atcctgtgaa ggtcaaggcc 360
tcctgtgagg gggagtcgtc ctggaatgcg atggtgaagt gctccagacc ggccataggc 420
cggaaagagt gaggaagaag agaatgcagg aggcctgcga tttctaaggc gcgcgcgcac 480
aggggtgctg caattaggat ggggcaatgg gagcttggag aaggggtgct agctaggagg 540
aaaggcgcgt gcgtggagga acggcgcgtg cgcggagggg cggtgtgtgt gtgtgtgtgt 600
gtgtcagaag aggcggcgcg tgcgtagagg ggcggtgaga gctaanaggg gcagcgcgtg 660
ngcagagggg cggtgtgact taggacgggg cgatggcggc tgagaggagc tgcgcgtgcg 720
cgaacatgta actggtggga tctgcggcgg ctcccagatg atggtcgtcc tcctgggcgc 780
gacgacccta gtgctcgtcg ccgtggcgcc atgggtgttg tccgcagccg caggtgagag 840
gcggggagga gagtcttggc gcagggcggg aggtagggca cgcagctggg ctacgggggc 900
ggcgatgctg ttgggggcga cagacgccca gtctgggaaa ccttcggtcc actttgccgc 960
gccaaagatt aaacccgacc tgggctcgca aatcaaccag gagaaagtgg tgttctgggt 1020
cctctcttgc cgcttgcctg tgccgtgtac ggtc 1054
<210>8
<211>1056
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(252)..(252)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(648)..(648)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(663)..(663)
<223>n是a、c、g或t
<400>8
gggcccgtgg ctgttctctc caagggacca tctcgcccct cagccaagtc gcccggaaaa 60
cgagcgctcg accgcctctg ccccgctctc ggtctgcaca cagcaacggt ctggtcgctc 120
agccacttcc tccttccagc ctcatctggt tcccaggccg ctggggactc ccaacgccac 180
tgtccaagac tctagggtca gcaagcgccc cgggcggaga agggcgagga cgaagagcgc 240
cgggccgcga cnaggagccc acccgcgccc tccgactgca gacatgggga agagacgcgg 300
ggactccaaa gtcgctgggt ctgcgcaggt gtgtgccgcg atcctgtgaa ggtcaaggcc 360
tcctgtgagg gggagtcgtc ctggaatgcg atggtgaagt gctccagacc ggccataggc 420
cggaaagagt gaggaagaag agaatgcagg aggcctgcga tttctaaggc gcgcgcgcac 480
aggggtgctg caattaggat ggggcaatgg gagcttggag aaggggtgct agctaggagg 540
aaaggcgcgt gcgtggagga acggcgcgtg cgcggagggg cggtgtgtgt gtgtgtgtgt 600
gtgtgtcaga agaggcggcg cgtgcgtaga ggggcggtga gagctaanag gggcagcgcg 660
tgngcagagg ggcggtgtga cttaggacgg ggcgatggcg gctgagagga gctgcgcgtg 720
cgcgaacatg taactggtgg gatctgcggc ggctcccaga tgatggtcgt cctcctgggc 780
gcgacgaccc tagtgctcgt cgccgtggcg ccatgggtgt tgtccgcagc cgcaggtgag 840
aggcggggag gagagtcttg gcgcagggcg ggaggtaggg cacgcagctg ggctacgggg 900
gcggcgatgc tgttgggggc gacagacgcc cagtctggga aaccttcggt ccactttgcc 960
gcgccaaaga ttaaacccga cctgggctcg caaatcaacc aggagaaagt ggtgttctgg 1020
gtcctctctt gccgcttgcc tgtgccgtgt acggtc 1056
<210>9
<211>1058
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(252)..(252)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(650)..(650)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(665)..(665)
<223>n是a、c、g或t
<400>9
gggcccgtgg ctgttctctc caagggacca tctcgcccct cagccaagtc gcccggaaaa 60
cgagcgctcg accgcctctg ccccgctctc ggtctgcaca cagcaacggt ctggtcgctc 120
agccacttcc tccttccagc ctcatctggt tcccaggccg ctggggactc ccaacgccac 180
tgtccaagac tctagggtca gcaagcgccc cgggcggaga agggcgagga cgaagagcgc 240
cgggccgcga cnaggagccc acccgcgccc tccgactgca gacatgggga agagacgcgg 300
ggactccaaa gtcgctgggt ctgcgcaggt gtgtgccgcg atcctgtgaa ggtcaaggcc 360
tcctgtgagg gggagtcgtc ctggaatgcg atggtgaagt gctccagacc ggccataggc 420
cggaaagagt gaggaagaag agaatgcagg aggcctgcga tttctaaggc gcgcgcgcac 480
aggggtgctg caattaggat ggggcaatgg gagcttggag aaggggtgct agctaggagg 540
aaaggcgcgt gcgtggagga acggcgcgtg cgcggagggg cggtgtgtgt gtgtgtgtgt 600
gtgtgtgtca gaagaggcgg cgcgtgcgta gaggggcggt gagagctaan aggggcagcg 660
cgtgngcaga ggggcggtgt gacttaggac ggggcgatgg cggctgagag gagctgcgcg 720
tgcgcgaaca tgtaactggt gggatctgcg gcggctccca gatgatggtc gtcctcctgg 780
gcgcgacgac cctagtgctc gtcgccgtgg cgccatgggt gttgtccgca gccgcaggtg 840
agaggcgggg aggagagtct tggcgcaggg cgggaggtag ggcacgcagc tgggctacgg 900
gggcggcgat gctgttgggg gcgacagacg cccagtctgg gaaaccttcg gtccactttg 960
ccgcgccaaa gattaaaccc gacctgggct cgcaaatcaa ccaggagaaa gtggtgttct 1020
gggtcctctc ttgccgcttg cctgtgccgt gtacggtc 1058
<210>10
<211>1060
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(252)..(252)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(652)..(652)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(667)..(667)
<223>n是a、c、g或t
<400>10
gggcccgtgg ctgttctctc caagggacca tctcgcccct cagccaagtc gcccggaaaa 60
cgagcgctcg accgcctctg ccccgctctc ggtctgcaca cagcaacggt ctggtcgctc 120
agccacttcc tccttccagc ctcatctggt tcccaggccg ctggggactc ccaacgccac 180
tgtccaagac tctagggtca gcaagcgccc cgggcggaga agggcgagga cgaagagcgc 240
cgggccgcga cnaggagccc acccgcgccc tccgactgca gacatgggga agagacgcgg 300
ggactccaaa gtcgctgggt ctgcgcaggt gtgtgccgcg atcctgtgaa ggtcaaggcc 360
tcctgtgagg gggagtcgtc ctggaatgcg atggtgaagt gctccagacc ggccataggc 420
cggaaagagt gaggaagaag agaatgcagg aggcctgcga tttctaaggc gcgcgcgcac 480
aggggtgctg caattaggat ggggcaatgg gagcttggag aaggggtgct agctaggagg 540
aaaggcgcgt gcgtggagga acggcgcgtgcgcggagggg cggtgtgtgt gtgtgtgtgt 600
gtgtgtgtgt cagaagaggc ggcgcgtgcg tagaggggcg gtgagagcta anaggggcag 660
cgcgtgngca gaggggcggt gtgacttagg acggggcgat ggcggctgag aggagctgcg 720
cgtgcgcgaa catgtaactg gtgggatctg cggcggctcc cagatgatgg tcgtcctcct 780
gggcgcgacg accctagtgc tcgtcgccgt ggcgccatgg gtgttgtccg cagccgcagg 840
tgagaggcgg ggaggagagt cttggcgcag ggcgggaggt agggcacgca gctgggctac 900
gggggcggcg atgctgttgg gggcgacaga cgcccagtct gggaaacctt cggtccactt 960
tgccgcgcca aagattaaac ccgacctggg ctcgcaaatc aaccaggaga aagtggtgtt 1020
ctgggtcctc tcttgccgct tgcctgtgcc gtgtacggtc 1060
<210>11
<211>1062
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(252)..(252)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(654)..(654)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(669)..(669)
<223>n是a、c、g或t
<400>11
gggcccgtgg ctgttctctc caagggacca tctcgcccct cagccaagtc gcccggaaaa 60
cgagcgctcg accgcctctg ccccgctctc ggtctgcaca cagcaacggt ctggtcgctc 120
agccacttcc tccttccagc ctcatctggt tcccaggccg ctggggactc ccaacgccac 180
tgtccaagac tctagggtca gcaagcgccc cgggcggaga agggcgagga cgaagagcgc 240
cgggccgcga cnaggagccc acccgcgccc tccgactgca gacatgggga agagacgcgg 300
ggactccaaa gtcgctgggt ctgcgcaggt gtgtgccgcg atcctgtgaa ggtcaaggcc 360
tcctgtgagg gggagtcgtc ctggaatgcg atggtgaagt gctccagacc ggccataggc 420
cggaaagagt gaggaagaag agaatgcagg aggcctgcga tttctaaggc gcgcgcgcac 480
aggggtgctg caattaggat ggggcaatgg gagcttggag aaggggtgct agctaggagg 540
aaaggcgcgt gcgtggagga acggcgcgtg cgcggagggg cggtgtgtgt gtgtgtgtgt 600
gtgtgtgtgt gtcagaagag gcggcgcgtg cgtagagggg cggtgagagc taanaggggc 660
agcgcgtgng cagaggggcg gtgtgactta ggacggggcg atggcggctg agaggagctg 720
cgcgtgcgcg aacatgtaac tggtgggatc tgcggcggct cccagatgat ggtcgtcctc 780
ctgggcgcga cgaccctagt gctcgtcgcc gtggcgccat gggtgttgtc cgcagccgca 840
ggtgagaggc ggggaggaga gtcttggcgc agggcgggag gtagggcacg cagctgggct 900
acgggggcgg cgatgctgtt gggggcgaca gacgcccagt ctgggaaacc ttcggtccac 960
tttgccgcgc caaagattaa acccgacctg ggctcgcaaa tcaaccagga gaaagtggtg 1020
ttctgggtcc tctcttgccg cttgcctgtg ccgtgtacgg tc 1062
<210>12
<211>1064
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<220>
<221>misc_feature
<222>(252)..(252)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(656)..(656)
<223>n是a、c、g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(671)..(671)
<223>n是a、c、g或t
<400>12
gggcccgtgg ctgttctctc caagggacca tctcgcccct cagccaagtc gcccggaaaa 60
cgagcgctcg accgcctctg ccccgctctc ggtctgcaca cagcaacggt ctggtcgctc 120
agccacttcc tccttccagc ctcatctggt tcccaggccg ctggggactc ccaacgccac 180
tgtccaagac tctagggtca gcaagcgccc cgggcggaga agggcgagga cgaagagcgc 240
cgggccgcga cnaggagccc acccgcgccc tccgactgca gacatgggga agagacgcgg 300
ggactccaaa gtcgctgggt ctgcgcaggt gtgtgccgcg atcctgtgaa ggtcaaggcc 360
tcctgtgagg gggagtcgtc ctggaatgcg atggtgaagt gctccagacc ggccataggc 420
cggaaagagt gaggaagaag agaatgcagg aggcctgcga tttctaaggc gcgcgcgcac 480
aggggtgctg caattaggat ggggcaatgg gagcttggag aaggggtgct agctaggagg 540
aaaggcgcgt gcgtggagga acggcgcgtg cgcggagggg cggtgtgtgt gtgtgtgtgt 600
gtgtgtgtgt gtgtcagaag aggcggcgcg tgcgtagagg ggcggtgaga gctaanaggg 660
gcagcgcgtg ngcagagggg cggtgtgact taggacgggg cgatggcggc tgagaggagc 720
tgcgcgtgcg cgaacatgta actggtggga tctgcggcgg ctcccagatg atggtcgtcc 780
tcctgggcgc gacgacccta gtgctcgtcg ccgtggcgcc atgggtgttg tccgcagccg 840
caggtgagag gcggggagga gagtcttggc gcagggcggg aggtagggca cgcagctggg 900
ctacgggggc ggcgatgctg ttgggggcga cagacgccca gtctgggaaa ccttcggtcc 960
actttgccgc gccaaagatt aaacccgacc tgggctcgca aatcaaccag gagaaagtgg 1020
tgttctgggt cctctcttgc cgcttgcctg tgccgtgtac ggtc 1064
<210>13
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>合成的DNA
<400>13
tctcgcccct cagccaagtc 20
<210>14
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>合成的DNA
<400>14
cagctgcgtg ccctacctcc 20
<210>15
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>合成的DNA
<400>15
gactctaggg tcagcaagcg 20
<210>16
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>合成的DNA
<400>16
cagctgcgtg ccctacctcc 20
<210>17
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>合成的DNA
<400>17
taggccggaa agagtgagga 20
<210>18
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>合成的DNA
<400>18
aggaggacga ccatcatctg 20
<210>19
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>合成的DNA
<400>19
ggcgcgtgcg cggaggggcg gtgtgtgtgt 30
<210>20
<211>32
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<400>20
ggcgcgtgcg cggaggggcg gtgtgtgtgt gt 32
<210>21
<211>52
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<400>21
ccgcgcacgc gcctccccgc cacacacaca cagtcttctc cgccgcgcac gc 52
<210>22
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>合成的DNA
<400>22
cagaagaggc ggcgcgtgcg atatatatat atatatatat 40
<210>23
<211>20
<212>DNA
<213>智人(Homo sapiens)
<400>23
cagaagaggc ggcgcgtgcg 20
<210>24
<211>72
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>合成的DNA
<400>24
ggcgcgtgcg cggaggggcg gtgtgtgtgt gtcagaagag gcggcgcgtg cgatatatat 60
atatatatat at 72
<210>25
<211>52
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>合成的DNA
<400>25
ggcgcgtgcg cggaggggcg gtgtgtgtgt gtcagaagag gcggcgcgtg cg 52
Claims (36)
1.在将用干扰素治疗的个体中估计干扰素疗效的方法，包括：
(1)确定来自所述个体的样本中干扰素受体基因的基因型；和
(2)根据所述干扰素受体基因的基因型估计干扰素的疗效。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述的干扰素受体是干扰素α受体或干扰素β受体。
3.根据权利要求1所述的方法，其中所述在(1)中的确定包括确定干扰素受体基因启动子中的GT重复数目。
4.根据权利要求1所述的方法，其中所述的个体感染了丙型肝炎病毒。
5.根据权利要求3所述的方法，其中所述的个体感染了丙型肝炎病毒。
6.根据权利要求3所述的方法，其中在所述个体中至少一个等位基因上存在至少5个GT重复表示干扰素治疗会有效。
7.根据权利要求6所述的方法，其中所述个体在两个等位基因上均具有至少5个GT重复。
8.根据权利要求6所述的方法，其中所述个体在一个等位基因上具有至少5个重复并在第二个等位基因上具有至少14个重复。
9.根据权利要求1所述的方法，其中所述在(1)中的确定包括将来自所述个体的基因组DNA样本与包含选自SEQ ID NO：1，SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：3，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：5，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：7，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：9，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：11，SEQID NO：12及其互补多核苷酸的多核苷酸的8到500个连续核苷酸的探针杂交。
10.根据权利要求1所述的方法，其中所述的(1)中的确定包括将从所述个体得到的基因组DNA的样本与选自SEQ ID NO：19，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：21，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：23及其互补多核苷酸的多核苷酸杂交。
11.根据权利要求1所述的方法，其中所述的(1)中的确定包括扩增干扰素受体基因的一个区域，其中所述的区域含有足够数目的核苷酸以确定所述干扰素受体基因的基因型。
12.根据权利要求9所述的方法，其中所述的探针固定在核酸芯片上。
13.根据权利要求10所述的方法，其中所述的探针固定在核酸芯片上。
14.估计将用干扰素治疗的个体中干扰素疗效的方法，包括：
(1)用数据记录装置记录来自所述个体的样本中干扰素受体基因的基因型；
(2)比较(1)中的基因型与存储在计算机中的矩阵，其中所述矩阵将干扰素疗效与所述干扰素受体的基因型相关联；和
(3)根据所述干扰素受体基因的基因型估计干扰素的疗效。
15.根据权利要求14所述的方法，其中所述的(3)中的估计包括输出(2)中比较的结果。
16.根据权利要求14所述的方法，其中在(1)中的记录包括将基因型输入计算机，用于(2)中的比较。
17.根据权利要求15所述的方法，其中所述的输出包括在计算机屏幕上显示结果。
18.根据权利要求15所述的方法，其中所述的输出包括打印结果。
19.根据权利要求13所述的方法，其中所述的干扰素受体是干扰素α受体或干扰素β受体。
20.根据权利要求13所述的方法，其中所述的在(2)中的比较包括将干扰素受体基因启动子中的GT重复数目与所述矩阵作比较。
21.根据权利要求13所述的方法，其中所述的个体感染了丙型肝炎病毒。
22.根据权利要求20所述的方法，其中在所述个体中的至少一个等位基因上存在至少5个GT重复表示干扰素治疗会有效。
23.根据权利要求22所述的方法，其中所述个体在两个等位基因上均有至少5个GT重复。
24.根据权利要求22所述的方法，其中所述个体在一个等位基因上有至少5个重复，在第二个等位基因上有至少14个重复。
25.一个计算机程序，包括：
(1)记录个体中干扰素受体基因的基因型的装置；
(2)将所述个体中干扰素受体基因的基因型与矩阵比较的装置，其中所述的矩阵将干扰素疗效与所述干扰素受体的基因型相关联；和
(3)输出所述基因型与所述矩阵比较的装置。
26.根据权利要求25所述的计算机程序，其中所述的干扰素受体是干扰素α受体或干扰素β受体。
27.根据权利要求25所述的计算机程序，其中所述的在(2)中的比较包括将干扰素受体基因启动子中的GT重复数目与所述的矩阵作比较。
28.根据权利要求25所述的计算机程序，其中所述的个体感染了丙型肝炎病毒。
29.权利要求27所述的计算机程序，其中在所述个体中至少一个等位基因上存在至少5个GT重复表示干扰素治疗会有效。
30.根据权利要求27所述的计算机程序，其中所述个体在两个等位基因上均具有至少5个GT重复。
31.权利要求27所述的计算机程序，其中所述个体在一个等位基因上具有至少5个重复，在第二个等位基因上具有至少14个重复。
32.核酸探针，含有选自SEQ ID NO：1，SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：3，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：5，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：7，SEQ IDNO：8，SEQ ID NO：9，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：11，SEQ ID NO：12及其互补多核苷酸的多核苷酸的8到500个连续核苷酸。
33.包括根据权利要求32所述的核酸探针的核酸检测芯片。
34.核酸探针，包含至少一个选自SEQ ID NO：19，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：23及其互补多核苷酸的多核苷酸。
35.包括权利要求34所述的核酸探针的核酸检测芯片。
36.多核苷酸，选自SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：14，SEQ ID NO：15，SEQ ID NO：16，SEQ ID NO：17和SEQ ID NO：18。
Applications Claiming Priority (4)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP318472/2001 | 2001-10-16 | ||
| JP2001318472 | 2001-10-16 | ||
| JP2002143004 | 2002-05-17 | ||
| JP143004/2002 | 2002-05-17 |
Related Child Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CNA200710193977XA Division CN101182587A (zh) | 2001-10-16 | 2002-09-20 | 可用于评估干扰素疗效的多态标记 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN1526111A true CN1526111A (zh) | 2004-09-01 |
Family
ID=26623931
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CNA028004310A Pending CN1526111A (zh) | 2001-10-16 | 2002-09-20 | 可用于评估干扰素疗效的多态标记 |
Country Status (8)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US7101670B2 (zh) |
| EP (1) | EP1436756B1 (zh) |
| JP (1) | JP2005505304A (zh) |
| KR (1) | KR100481659B1 (zh) |
| CN (1) | CN1526111A (zh) |
| DE (1) | DE60230785D1 (zh) |
| ES (1) | ES2319510T3 (zh) |
| WO (1) | WO2003033738A2 (zh) |
Families Citing this family (6)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US7393924B2 (en) * | 2004-01-06 | 2008-07-01 | Franco Vitaliano | Smart bio-nanoparticle elements |
| JP2005211023A (ja) * | 2004-01-30 | 2005-08-11 | Hayashibara Biochem Lab Inc | 腎細胞癌の転移若しくは再発の可能性を予測する方法 |
| US7405043B2 (en) * | 2004-06-29 | 2008-07-29 | Vita Genomics, Inc. | Responsiveness to therapy for liver disorders |
| JP2007267644A (ja) * | 2006-03-30 | 2007-10-18 | Toshiba Corp | 単位塩基の繰り返し回数の測定方法 |
| KR200453682Y1 (ko) * | 2008-07-28 | 2011-05-23 | 주식회사 바로크주방가구 | 선반 고정장치 결합구조 |
| US20100028868A1 (en) * | 2008-07-29 | 2010-02-04 | Yuchi Hwang | Responsiveness to Therapy for Liver Disorders |
Family Cites Families (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2573443B2 (ja) | 1990-09-28 | 1997-01-22 | 株式会社東芝 | 遺伝子検出法 |
| JP4021627B2 (ja) * | 2000-03-22 | 2007-12-12 | 株式会社東芝 | 遺伝子検出用担体、及びインターフェロン療法の有効性を検出するためのその使用 |
| GB0024442D0 (en) * | 2000-10-05 | 2000-11-22 | Isis Innovation | Genetic factors affecting the outcome of viral infections |
-
2002
- 2002-09-20 WO PCT/JP2002/009674 patent/WO2003033738A2/en active IP Right Grant
- 2002-09-20 JP JP2003536460A patent/JP2005505304A/ja active Pending
- 2002-09-20 CN CNA028004310A patent/CN1526111A/zh active Pending
- 2002-09-20 ES ES02763042T patent/ES2319510T3/es not_active Expired - Lifetime
- 2002-09-20 DE DE60230785T patent/DE60230785D1/de not_active Expired - Lifetime
- 2002-09-20 KR KR10-2002-7014984A patent/KR100481659B1/ko not_active IP Right Cessation
- 2002-09-20 EP EP02763042A patent/EP1436756B1/en not_active Expired - Lifetime
- 2002-10-16 US US10/270,524 patent/US7101670B2/en not_active Expired - Fee Related
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| DE60230785D1 (de) | 2009-02-26 |
| EP1436756B1 (en) | 2009-01-07 |
| US20030148336A1 (en) | 2003-08-07 |
| JP2005505304A (ja) | 2005-02-24 |
| KR100481659B1 (ko) | 2005-04-11 |
| WO2003033738A2 (en) | 2003-04-24 |
| KR20030051425A (ko) | 2003-06-25 |
| EP1436756A2 (en) | 2004-07-14 |
| WO2003033738A3 (en) | 2004-04-22 |
| US7101670B2 (en) | 2006-09-05 |
| ES2319510T3 (es) | 2009-05-08 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN100343389C (zh) | 基因突变检出法 | |
| CN1602361A (zh) | 杂交部分控制寡核苷酸及其应用 | |
| CN1948503A (zh) | 一种人乳头瘤病毒检测分型方法及试剂盒 | |
| CN1286985C (zh) | 与疾病相关的核酸 | |
| CN1497049A (zh) | 雄激素受体复合物-相关蛋白 | |
| CN1589331A (zh) | 诊断探针检测系统 | |
| CN1687454A (zh) | 基于环介导的等温扩增技术的血液病毒核酸筛查方法 | |
| CN1777684A (zh) | 用于多元结合分析的寡核苷酸对 | |
| CN1748028A (zh) | 用于变异基因检测的信号扩增方法 | |
| CN1222615C (zh) | 根据人呼吸道胰蛋白酶基因多态性分析体质 | |
| CN1169824C (zh) | M×a蛋白质的多型基因及其应用 | |
| CN1616676A (zh) | 稳定的杂交体 | |
| CN1635159A (zh) | 结核分枝杆菌耐药基因检测试剂盒及其制备方法 | |
| CN1526111A (zh) | 可用于评估干扰素疗效的多态标记 | |
| CN1912139A (zh) | 细胞色素p450基因遗传变异的检测芯片及其应用 | |
| CN1712543A (zh) | Leber’s遗传性视神经病的定量检测方法 | |
| CN101048504A (zh) | 对干扰素治疗肾细胞癌反应的鉴定标记 | |
| CN1635142A (zh) | 用于预测偏执型精神分裂症易感性的试剂盒及所用引物 | |
| CN1308462C (zh) | 个体化用药基因型诊断芯片及其制造方法和应用方法 | |
| CN1166947C (zh) | 检测样品中核苷酸序列靶分析物的装置和方法 | |
| CN1276094C (zh) | 用于诊断地中海贫血的dna芯片 | |
| CN1186457C (zh) | 均相基因矩阵 | |
| CN1693481A (zh) | 定制的微阵列构建体及其在靶分子检测中的应用 | |
| CN1771337A (zh) | 包含单核苷酸多态性且与结肠癌有关的多核苷酸、包括该多核苷酸的微阵列和诊断试剂盒以及用该多核苷酸诊断结肠癌的方法 | |
| CN100351374C (zh) | 用于检测结核分枝杆菌的寡核苷酸和方法 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| C06 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| C10 | Entry into substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| C12 | Rejection of a patent application after its publication | ||
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |