KR20030051425A - 인터페론 요법의 효능 평가에 사용 가능한 다형성 마커 - Google Patents

인터페론 요법의 효능 평가에 사용 가능한 다형성 마커 Download PDF

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Abstract

본 발명은 인터페론 요법의 효능을 평가하는 데 사용할 수 있는, 인터페론 수용체 유전자의 한 영역에서 발견되는 다형성 마커를 제공한다. 따라서, 본 발명은 또한 개체에서 인터페론 요법의 효능을 평가하는 방법, 및 그러한 방법을 성취하기 위한 수단에 관한 것이다.

Description

인터페론 요법의 효능 평가에 사용 가능한 다형성 마커 {Polymorphic Marker That Can Be Used to Assess the Efficacy of Interferon Therapy}
일본에는 C형 간염 바이러스 (이하 HCV로 약칭함)로 감염된 개체가 대략 2,000,000명이다. 감염된 개체의 약 70％에서 만성 간염이 발생하고, 이 중 일부는 10 내지 20년 후에 간암의 징후를 초래하는 것으로 여겨진다. 그러한 만성 간염은 인터페론 (이하 IFN으로 약칭함) α 또는 β를 사용하여 효과적으로 치료할 수 있다. 그러나, IFN α/β의 효능은 주로 숙주 및 바이러스의 인자들에 따라 현저하게 달라지는 것으로 보고되고 있다.
IFN 치료와 관련된 실질적인 부작용, 장기간의 치료 기간 및 높은 치료 비용을 고려하면, 성공적인 결과가 기대되지 않는 환자를 IFN으로 치료하는 것은 환자를 지치게 할 뿐만 아니라, 환자 또는 국가가 지불하는 건강 관리 비용을 실질적으로 낭비하는 것이다. 따라서, 특정 IFN 요법을 이용하여 개개의 환자에서 성공적인 결과가 기대될 수 있는지의 여부를 평가하는 방법의 개발에 대한 상당한 요구가 존재하는 실정이다.
따라서, 본 발명의 목적은 특정 IFN 요법을 이용하여 개개의 환자에서 성공적인 결과가 기대될 수 있는지의 여부를 평가하기 위한 방법을 제공하는 것이다.
<발명의 개요>
따라서 본 발명의 한 목적은, 인터페론으로 치료될 개체에서 인터페론 수용체의 유전자형을 결정하고 이 유전자형에 기초하여 인터페론 요법의 효능을 평가함으로써, 상기 개체에서 인터페론 요법의 효능을 평가하는 방법을 제공하는 것이다.
본 발명 방법의 한 실시양태에서, 유전자형의 결정에는 인터페론 수용체 유전자의 프로모터 중 -77 부근의 영역에서 발견되는 GT 반복 서열의 수를 결정하는 것이 포함되며, 바람직하게는 인터페론 요법이 이로울 개체는 적어도 하나의 대립유전자에 약 5개의 GT 반복 서열을 가질 것이다.
본 발명 방법의 다른 실시양태에서, 인터페론 수용체 유전자는 인터페론 α 및(또는) 인터페론 β이다.
본 발명 방법의 다른 실시양태에서, 개체는 C형 간염 바이러스로 감염되어 있다.
본 발명 방법의 다른 실시양태에서, 유전자형의 결정은 특정 프로브와의 혼성화를 포함하고, 일부의 경우에는 핵산 증폭과 결부되어 있으며, 증폭은 또한 검출을 위해 디자인된 특정 올리고뉴클레오티드 프라이머를 사용하여 유전자형을 결정하는 데도 이용될 수 있다.
본 발명 방법의 다른 실시양태에서, 결정 단계는 적어도 부분적으로 핵산 칩 상에서 수행한다.
본 발명의 다른 목적은 컴퓨터, 컴퓨터 프로그램, 또는 다른 데이터 기록 및 분석 장치를 이용하여, 인터페론으로 치료될 개체에서 인터페론 요법의 효능을 평가하는 자동화 공정을 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은 인터페론 요법의 효능을 평가하기 위해 개체의 유전자형을 결정하는 데 사용할 수 있는 1종 이상의 특정 폴리뉴클레오티드 프로브 및 프라이머를 제공하는 것이다. 이 목적의 한 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드는 핵산 칩, 예를 들어 유리 또는 실리콘 핵산 칩 상에 담지 또는 고정시킬 수 있다.
본 발명은 인터페론 요법의 효능을 평가하는 데 사용할 수 있는, 인터페론 수용체 유전자의 한 영역에서 발견되는 다형성 마커에 관한 것이다. 따라서, 본 발명은 또한 개체에서 인터페론 요법의 효능을 평가하는 방법, 및 그러한 방법을 수행하기 위한 수단에 관한 것이다.
도 1은 IFNAR1 유전자 (서열 4)의 일부를 나타낸다.
도 2는 본 발명의 한 측면에 따른 방법의 예를 보여주는 흐름도이다.
도 3은 본 발명의 한 측면에 따라 사용되는 장치의 예를 보여주는 블럭도이다.
도 4는 본 발명의 한 측면에 따른 방법의 예를 보여주는 흐름도이다.
도 5는 본 발명의 한 측면에 따른 방법의 예를 보여준다 (서열들은 서열목록에서의 서열 식별기호에 상응하는 숫자로 기록함).
도 6은 본 발명의 한 측면에 따른 방법의 예를 보여준다.
도 7은 완전한 효과를 나타내는 경우와 무효과를 나타내는 경우에 대해 인터페론으로 치료된 환자에서 관찰된 IFNAR1 마이크로세텔라이트 (microsatellite)(GT)의 개수 빈도를 보여주는 그래프이다.
도 8은 본 발명의 한 측면에 따른 DNA 칩의 예를 보여주는 개략도이다.
도 9는 본 발명의 한 측면에 따른 DNA 칩의 예를 보여주는 개략도이다.
본 발명은, 인터페론 α 수용체 1형에 있는 마이크로세텔라이트 다형성의 유전자형과 인터페론 α 및(또는) β (이하 IFN α/β로 약칭함)의 효능 사이에 통계학적으로 유의한 상관관계가 있다는 본 발명자들의 발견을 토대로 완성된 것이다.
IFN α 및 β는 세포의 표면에 표출된 수용체에 결합하여 신호를 전달함으로써 자신의 효과를 발휘한다. 인터페론 α 및 β에 대한 수용체인 인터페론 α 수용체 1형 (이하 IFNAR1으로 약칭함)의 유전자 구조는 공지되어 있다 (Lufalla, G. et al., J. Biol. Chem. 1992; 267, 2802). 프로모터 영역에 존재하는 단일 뉴클레오티드 다형성 (single nucleotide polymorphism; 이하 SNP로 약칭함) 및 GT 반복 서열로 이루어진 미세 다형성 (micropolymorphism)은 보고된 바 있다 (Muldoon, A. et al., Genes and Immunity 2001, 2, 159-169).
본 발명자들은 IFNAR1의 프로모터 영역에 존재하는 SNP 및 마이크로세텔라이트 다형성과 IFN의 치료 효능과의 관련성을 분석하였다. 그 결과, 전사 개시부로부터 약 -77번째 뉴클레오티드 (이하 -77 위치로 언급)에서 시작되는 GT 반복 서열의 반복 횟수가 인터페론 요법의 효능과 관련성이 있음을 발견하였다.
도 1은 IFNAR1 프로모터 영역에서 인트론 1까지의 영역을 보여준다. 서열의 왼쪽에 기재된 숫자는 mRNA 전사 개시점을 +1로 간주했을 때의 위치를 나타낸다.SNP는 -408 위치, -18 위치 및 -13 위치에 존재한다. 관련 마이크로세텔라이트 다형성은 -77 위치 내지 -50 위치에 존재하며, 도 1에 도시된 서열의 반복 횟수는 9이다. 그러나, 이 반복 횟수는 개체의 유전자형에 따라 달라진다. 그러므로, 마이크로세텔라이트 다형성의 위치는 반복 횟수에 따라 달라진다. 따라서, 반복 회수가 5인 경우, 상기 마이크로세텔라이트 다형성의 위치는 전사 개시점을 +1로 간주했을 때 -59 위치 내지 -50 위치에 존재한다.
IFN 감수성과 관련된 다형성 이외의 영역 및 IFN 감수성과 무관한 SNP 부위는 도 1에 기재된 서열들 사이에 공통적이다. 본 명세서의 서열목록 및 도면에 기재된 각 서열에 있어서, 특정되지 않은 임의의 염기에 상응하는 "N" 또는 "n"은 아데닌, 티민, 구아닌 및 시토신 중 임의의 염기를 나타낸다.
대립유전자에서 관련 마이크로세텔라이트 다형성의 반복 서열 개수가 5/5 동형접합체인 경우, 또는 임의의 대립유전자에서 관련 반복 서열의 개수가 5/m 이형접합체인 경우 (여기서, "m"은 5 이외의 정수로, 바람직하게는 14이며, 예컨대 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 15, 16, 17, 20, 25, 26 또는 그 이상이 포함되며, 그 사이의 모든 값 및 하위 범위가 포함됨), IFN 요법이 IFN으로 치료될 개체에 효과적일 가능성은 높다. 반대로, 임의의 대립유전자에서 관련 반복 서열의 개수가 5가 아닌 경우, 특히 5/5 동형접합체, 5/m 이형접합체 또는 5/14 이형접합체가 아닌 경우에는 IFN 요법이 효과적일 가능성이 낮다. 따라서, 본 발명의 한 측면에 따라, IFNAR1 유전자의 프로모터 영역에 존재하는 GT 반복 서열이 인터페론으로 치료될 개체에서 인터페론 요법의 효능을 평가하기 위한 마이크로세텔라이트 마커로서제공된다.
요법의 효과와 관련하여 본원에 사용된 용어 "높은"은 IFN 요법 후에 6개월의 추적 조사 기간 동안 혈액 알라닌 아미노트랜스퍼라제가 정상 범위 내에 있으며 HCV RNA 시험에서 (-) 반응을 나타냈기 때문에 요법에 대해 완전한 효과를 나타내는 것으로 간주될 수 있는 환자를 의미한다. 요법의 효과와 관련하여 본원에 사용된 용어 "낮은"은 동일한 추적 조사 기간 동안 HCV RNA가 발견되거나 알라닌 아미노트랜스퍼라제의 농도가 높아서 요법에 대해 무효과를 나타내는 것으로 간주될 수 있는 환자를 의미한다.
본 명세서에서, 용어 "인터페론"은 인터페론 α, β, γ 및(또는) ω를 의미하기 위해 사용된다. 용어 "인터페론 수용체 유전자"는 IFNR 유전자로 약칭될 수 있는 인터페론 α, β, γ 및(또는) ω에 대한 수용체를 코딩하는 유전자를 의미한다. 용어 "IFNAR1 유전자"는 인터페론 α 및 β에 대한 수용체, 특히 인터페론 α 수용체 1형을 코딩하는 유전자이다.
본원에 사용된 "다형성 유전자" 또는 "다형성"은 단일 유전자 좌위 (locus)를 점유하는 몇몇 대립유전자의 군, 또는 그러한 대립유전자 군에 속하는 개개의 대립유전자를 의미한다. 다형성 부위들 중에서, 단일 염기만이 상이한 것을 "단일 뉴클레오티드 다형성", 즉 SNP라 명명한다.
"유전자형"은 관련 유전자 좌위의 대립유전자의 존재 상태를 의미한다. "인터페론 수용체 유전자의 유전자형"은 인터페론 수용체 유전자의 프로모터 영역에 존재하는 GT 반복 서열을 포함하는 마이크로세텔라이트 다형성의 반복 서열 개수를의미한다. 편의상, 여기서는 마이크로세텔라이트 다형성의 "유전자형"은 정수 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16 또는 그 이상, 및 그 사이의 모든 값 및 하위 범위에 의해 표시되는 반복 서열의 개수로서 나타낸다 (여기서, "m"은 5 이외의 정수임).
"IFN 감수성 관련 다형성"은 IFN 효능의 결정 요소인 다형성 유전자를 의미한다.
"마이크로세텔라이트 마커"는 GT 반복 서열을 의미하며, 이는 반복 서열의 개수를 토대로 평가되는 IFN의 치료 효과를 판단하는 지표로서 사용되는 마커이다. 특히, 마이크로세텔라이트 마커는 대상체로부터 수집한 샘플에 함유된 특정 핵산의 특정 부위이다. 그러한 마커는 IFN의 치료 효가를 평가하는 데 사용될 수 있다.
본 발명의 한 측면에 따라, IFN으로 치료될 개체에서 IFN 요법의 효능을 평가하기 위한 방법이 제공된다.
본 발명의 한 측면에 따라, IFN 요법을 시작하기 전에, IFN으로 치료될 개체, 특히 HCV로 감염된 개체에서 상기 설명한 마이크로세텔라이트 다형성의 유전자형을 결정함으로써 인터페론 요법이 상기 HCV로 감염된 개체에서 효과적인지의 여부를 평가할 수 있다. 이 방법은 본원에서 설명한 바와 같이, 예를 들어 개체로부터 얻은 샘플에서 IFN 수용체 유전자의 유전자형을 결정한 후에 이 유전자형을 기초로 IFN 요법의 효능을 평가하는 것을 포함하여 수행할 수 있다.
또한, 본 발명의 한 측면에 따라 HCV로 감염된 개체에서 IFN 요법의 효능을 평가하는 방법이 제공되며, 이 방법에서 HCV로 감염된 개체에서 적어도 하나의 대립유전자 내의 인터페론 수용체 유전자 프로모터 서열에 존재하는 GT 반복 서열의 개수가 5일 때, 즉 IFN 수용체 유전자의 유전자형이 5/5 동형접합체 또는 5/m 이형접합체 (바람직하게는 5/14 이형접합체)일 때 인터페론 요법이 효과적일 가능성은 높은 것으로 평가된다.
더욱이, 본 발명은 HCV로 감염된 개체에서 IFN 요법의 효능을 평가하는 방법을 제공하며, 이 방법에서 HCV로 감염된 개체에서 임의 대립유전자 내의 상기 GT 반복 서열의 개수가 5가 아닐 때, 즉, 5/5 동형접합체도 아니고 5/m 이형접합체 (예, 5/14 이형접합체)도 아닐 때 인터페론 요법이 효과적일 가능성은 낮은 것으로 평가된다.
IFN 요법이 C형 간염 바이러스로 감염된 개체에 한정되지 않기 때문에, 본 발명의 한 측면은 개체로부터 얻은 샘플에서 IFN 수용체 유전자의 유전자형을 결정한 후에 이 유전자형을 기초로 IFN 요법의 효능을 평가함으로써 IFN으로 치료될 개체에서 인터페론 요법의 효능을 평가하는 방법에 관한 것이다.
본 발명이 유익할 수 있는 개체는 인터페론 요법이 효과적인 질환 (바람직하게는 IFN α, β 또는 ω를 사용하여 효과적으로 치료할 수 있는 질환)에 걸린 환자일 수 있다. 한 실시양태에서, 개체는 또한 건강한 개체일 수도 있다. IFN α, β 또는 ω가 효과적인 질환에는 교모세포종, 수모세포종, 성상세포종, 피부의 악성 흑색종, B형 간염, 위암, 다발성 골수종, 모발상 세포 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 아급성 경화성 범뇌염, 바이러스성 내염, 면역억제된 환자에서의 전신성 대상포진 및 수두대상포진, 상인두 퇴행성 암종, 바이러스성 내이 감염에 따른 청력감소, 포진성 각막염, 편평 콘딜로마, 첨형 콘딜로마, 아데노바이러스 및 허피스 바이러스의 감염으로 인한 결막염, 음부 포진, 구강 포진, 자궁경부암, 암성 흉막 유출, 각질극세포종, 기저세포암, δ형 만성 활성 간염이 포함되지만, 이에 한정되는 것은 아니다.
도 2을 참조하여 본 발명의 한 측면을 설명한다. 하기 절차는 전적으로 오퍼레이터에 의해 처리된다.
단계 2a에서, 오퍼레이터는 IFN으로 치료될 개체로부터 혈액 샘플과 같은 샘플을 채취하여 평가를 시작한다. 채취된 샘플은 필요한 경우 정제 또는 추출 등의 처리를 수행한 후, 단계 2b 이전에 순서에 상관없이 IFN 수용체 유전자의 유전자형을 결정한다.
단계 2b에서, 단계 2a에서 결정된 IFN 수용체 유전자의 유전자형을 판정한 후, 관련 마이크로세텔라이트 다형성의 유전자형이 5/5 동형접합체 또는 5/14 이형접합체일 때 연산은 단계 2c로 넘어가고, 관련 마이크로세텔라이트의 유전자형이 다른 것일 때 연산은 단계 2d로 넘어간다.
단계 2c에서는, 단계 2b의 판정에 기초하여 관련 개체에서의 IFN 요법이 효과적일 가능성이 높을 것으로 평가하고 전체 평가 과정을 완결한다.
단계 2d에서는, 단계 2b의 판정에 기초하여 관련 개체에서의 IFN 요법이 효과적일 가능성이 낮을 것으로 평가하고 전체 평가 과정을 완결한다.
별법으로, 유전자형과 IFN 감수성과의 관련성을 나타내기 위해, 예를 들어 표 1을 사용하여 스크리닝될 개체의 유전자형을 비교할 수 있다. 이러한 비교로부터 개체의 IFN 감수성을 평가할 수 있다.
IFNR 유전자형 효능
5/5 동형접합체5/14 이형접합체 높음
기타 낮음
상기 표는 유전자형과 IFN의 효과와의 관련성을 나타내는 데 사용할 수 있다면, 매트릭스, 차트, 그래프, 및 관련성 데이터를 나타내는 다른 수단의 형태일 수도 있다. 예를 들어, 표 1은 관련 유전자형과 IFN의 효과 사이의 관련성을 나타내는 표이다. 이 표에서, "IFNR 유전자형"의 컬럼은 인터페론 수용체 유전자의 유전자형을 나타내는 한편, "효능"은 IFN 요법의 효능을 나타낸다.
여기서 사용된 표 1에 기재된 요소로서의 용어 "높음" 및 "낮음"은 유전자형과 IFN 감수성 또는 IFN 효과와의 관련성 정보를 나타내는 예이고, 이 표에 기재된 문자로만 한정되지는 않는다. 따라서, "Ｏ", "Ｘ", "△" 또는 간소화된 값과 같은 수치 (예, 1, 2, 3, 4 및 5)를 비롯하여 실질적으로 유전자형과 효과/무효과 사이의 관련성을 나타낼 수만 있으면 어떤 표시를 사용해도 무방하다.
IFN 감수성과 관련한 다형성의 유전자형을 결정하기 위해 임의의 공지 수단이 채택될 수 있다. 예를 들어, 의도된 서열을 함유하는 핵산을 시험될 개체에서 채취한 샘플로부터 준비한 후에 유전자형을 결정할 수 있다.
본 발명의 일면에 따른 방법의 대상체인 "개체"는 인간, 개, 고양이, 소, 염소, 돼지, 양 및 원숭이를 비롯한 임의의 포유동물일 수 있으며, 바람직하게는 개체가 인간이다.
"샘플"은 개체로부터 수집된 혈액, 혈청, 림프 및 조직 등의 생물학적 샘플이다. 또한, "샘플"은 생물학적 샘플을 전처리하여, 예를 들어 필요한 경우에 균질화 또는 추출에 의해 얻은 샘플일 수도 있다. 그러한 전처리는 처리될 생물학적 샘플에 따라 당업자에 의해 적당히 선택될 수 있다.
생물학적 샘플로부터 제조한, 의도된 서열을 포함하는 핵산은 DNA 또는 RNA로부터 제조될 수 있다. 예를 들어, 개체로부터의 게놈 DNA는 페놀-클로로포름, 염석 등을 이용하는 세포 추출을 비롯한 임의의 수단을 채택하여 통상적으로 제공할 수 있다. 부가의 예로는 말초 혈액 세포, 예를 들어 백혈구, 단핵구, 림프구 및 과립구의 경우 페놀 클로로포름법, 염석 또는 시판되는 킷트에 의한 방법이 포함된다. mRNA가 분석용 샘플로 사용되는 경우, 올리고-dT 컬럼을 채택하여 mRNA의 양을 선택적으로 늘일 수 있다.
폴리뉴클레오티드의 질이 낮거나 평가에 불충분한 경우에는, 폴리뉴클레오티드를 증폭시킬 수 있다. 그러한 증폭 절차는 중합효소 연쇄반응 (PCR) 및 역전사 중합효소 반응 (RT-PCR)을 비롯한 당업계 공지의 방법에 의해 수행될 수 있다.
추출 및(또는) 증폭 절차를 수행한 후에, 의도된 다형성 부위의 유전자형을 결정할 수 있다. 유전자형을 결정하기 위해서는 통상 채택된 임의의 수단을 이용할 수 있다. 예를 들어 직접 서열분석 방법, SSCP 방법, 올리고뉴클레오티드 혼성화 방법, 특이적 프라이머 방법 및 핵산 검출용 칩을 사용한 수단을 이용할 수 있다.
결정될 뉴클레오티드가 제한효소 인식 부위 내에 존재하는 경우에는 제한효소 단편-길이 다형성 (restriction enzyme fragment-length polymorphism; RFLP) 방법을 채택할 수도 있다.
별법으로, 다형성은 PCR-SSP (PCR-특이적 서열 프라이머) 방법, PCR과 도트 (dot) 블롯팅 방법을 병행하여 포함하는 PCR-SSO (PCR-특이적 올리고뉴클레오티드) 방법, 및 PCR-SSCP 방법 등을 비롯한 임의의 공지 방법을 이용하여 결정할 수 있다.
도트 블롯팅 방법은 서열이 공지된 핵산 프로브를 사용하여 샘플에 함유된 핵산 서열을 검출하는 방법이다. 이 방법에서는, 단일 가닥 핵산 샘플을 유기 기질에 고정시킨 후, 단일 가닥 프로브 핵산 사슬 (예를 들어, 형광 물질로 표지될 수 있음)의 용액을 이 기질 상에서 샘플과 접촉시킨다. 고정된 서열이 프로브 서열에 상보적인 경우에는 혼성화되어 이중 가닥을 형성할 것이고, 그 결과 기질 상에 프로브가 고정된다. 그러므로, 세척에 의해 반응하지 않은 모든 프로브를 제거한 후에 프로브 상의 표지를 검출함으로써, 프로브에 상보적인 서열을 갖는 샘플 핵산 사슬을 검출할 수 있다. 따라서, 본 발명은 IFN 감수성 관련 다형성 유전자를 검출하는 데 사용할 수 있는 프로브를 또한 제공한다. 또한, 본 발명은 인터페론 요법이 개체에서 효과적인지의 여부를 평가하기 위한 이들 프로브를 함유하는 시약 또는 핵산 검출용 칩을 제공한다.
HCV로 감염된 환자에서 IFN α/β의 치료능에 영향을 미치는 다른 공지 인자들은, 예를 들어 하기 설명하는 것들일 수 있다. 바이러스의 인자들로는, 혈중 바이러스 양이 많은 환자는 IFN α/β의 효과가 더 낮고, 2형 바이러스로 감염된 환자는 1형 바이러스로 감염된 환자에 비해 치료 효과가 더 높은 것으로 알려져 있다 (A. Tsubota et al., Hepatology 19, 1088-1094, 1994).
또한, 만노스 결합 렉틴을 코딩하는 MBL 유전자 중 2개의 SNP에서 유전자형이 XB형임을 특징으로 하는 환자는 유전자형이 YA형임을 특징으로 하는 환자에 비해 IFN α/β로의 치료 효과가 더 낮은 것으로 알려져 있다 (M. Matsushita et al., J. Hepatology 29, 695-700, 1998). 한편, MxA 단백질을 코딩하는 MxA 유전자의 프로모터에 존재하는 SNP는 만성 C형 간염 환자에서 인터페론 요법의 감수성과 관련성이 있음도 알려져 있다 (M. Hijikata et al., Intervirology 43, 124-127, 2000). PCR에 의해 SNP 함유 DNA 단편을 증폭한 후에 그의 염기 서열을 결정함으로써 그러한 SNP를 결정할 수 있다.
본 발명에 따라, 이러한 통상적인 IFN 감수성 관련 다형성 유전자의 유형 및 바이러스에 대한 정보를, 관련 마이크로세텔라이트 다형성의 유전자형에 대한 정보와 함께 고려함으로써, IFN으로 치료될 개체에서 IFN 요법의 효능을 평가하는 방법이 제공된다.
본 발명의 일면에 따라, 상기 설명한 분석법을 컴퓨터로 수행할 수 있다. 따라서, 본 발명은 컴퓨터를 사용하여 IFN으로 치료될 개체에게서 IFN 요법의 효능을 평가하는 방법도 제공한다. 이 방법에서, 상기 개체에서 유래한 샘플을 사용하여 결정된 IFN 수용체 유전자의 유전자형에 대한 정보를 오퍼레이터가 컴퓨터에 입력하고, 이를 IFN 효능과 유전자형의 관련성을 나타내는 상기 차트 또는 표 등과비교함으로써 입력된 유전자형을 기초로 IFN 요법의 효능을 평가할 수 있다. 한 실시양태에서, 차트는 컴퓨터의 저장 수단에 저장되어 있거나, 적당한 시간에 컴퓨터에 입력될 수 있는 제거가능한 저장 매체에 저장되어 있을 수 있다. 관련성을 평가한 후, 비교 또는 평가의 결과를 컴퓨터나 컴퓨터 모니터 등의 표시 장치에 표시하거나, 또는 프린터 등에 출력할 수 있다.
도 3은 본 발명의 한 측면에 따른 방법을 수행하기 위한 장치의 일면을 나타내는 개략도이다. 이 도면에서, 프로세싱 수단 (4)는 입력 수단 (2), 표시 수단 (3) 및 저장 수단 (5)와 연결되어 있다. 도 3에 도시된 바와 같이, 컴퓨터 (1)은 적어도, 오퍼레이터가 컴퓨터 (1)에 데이터를 입력하기 위한 입력 수단 (2), 다양한 정보를 표시하기 위한 표시 수단 (3), 상기 컴퓨터를 제어하거나 다양한 프로세싱을 실행하기 위한 프로세싱 수단 (4) (예, 프로세서 또는 CPU), 및 프로그램 및 차트 등을 저장하기 위한 저장 수단 (5)를 구비하고 있다.
IFN으로 치료될 개체에게서 IFN 요법의 효능을 평가하기 위해 컴퓨터를 이용하는 방법의 예는 아래에 설명한다.
여기서 채택된 프로세싱 수단 (4)는 컴퓨터의 다양한 부분을 통제하는 메인 제어 유닛으로, 저장 유닛에 저장된 프로그램을 실행하여 IFN 요법의 효능을 평가하게 해준다.
단계 4a에서, 오퍼레이터가 입력 수단 (2)를 통해 IFN 수용체 유전자의 유전자형에 대한 정보를 입력하면, 입력된 정보는 저장 수단 (5)에 저장되고, 절차는 단계 4b로 넘어간다. 여기서 입력된 유전자형에 대한 정보는, 이 정보가 의도된유전자의 특징이기만 하면 통상적인 유전자형일 수도, 또는 가공하지 않은 데이터일 수도 있다.
단계 4b에서, 프로세싱 수단 (4)는 저장 수단 (5)에 미리 저장된, 유전자 형과 IFN 효능과의 관련성을 나타내는 차트 1을 저장된 정보에서 꺼내어 판독하고 이 차트를 검색함으로써 상응하는 IFN 효능을 추출하게 되며, 연산은 단계 4c로 넘어간다.
단계 4c에서, 프로세싱 수단 (4)는 단계 4d에서 결정된 IFN 효능이 "높음"인 경우에 연산을 단계 4d로 넘기도록, 또는 단계 4d에서 결정된 IFN 효능이 "낮음"인 경우에 연산을 단계 4e로 넘기도록 판정한다.
단계 4d에서, 프로세싱 수단 (4)는 단계 4c에서 얻은 결과를 토대로 관련 개체에서 IFN이 효과적일 가능성이 높을 것으로 평가하고, 연산은 단계 4f로 넘어간다.
단계 4f에서는, 단계 4d에서 평가된 결과를 표시 수단 (3)에 표시하고(하거나) 프로세싱 수단 (4)에 의해 저장 수단 (5)에 저장함으로써, 전체 평가 과정을 완결한다. 여기서, 표시는 미리 저장 수단 (5)에 저장된 IFN 요법의 효능을 나타내는 화상으로서 출력될 수 있다. 필요한 경우, 단계 4f에서 단계 4a로의 루프 (loop)를 제공할 수 있다.
단계 4e에서, 프로세싱 수단 (4)는 단계 4c에서 얻은 결과를 토대로 IFN이 효과적일 가능성이 낮을 것으로 평가하고, 연산은 단계 4g로 넘어간다.
단계 4g에서는, 단계 4e에서 평가된 결과를 표시 수단 (3)에 표시하고(하거나) 프로세싱 수단 (4)에 의해 저장 수단 (5)에 저장함으로써, 전체 평가 과정을 완결한다. 여기서, 표시는 미리 저장 수단 (5)에 저장된 IFN 요법의 효능을 나타내는 화상으로서 출력될 수 있다. 필요한 경우, 단계 4g에서 단계 4a로의 루프를 제공할 수 있다.
상기 설명한 방법에서는 관련 IFN 수용체 유전자의 마이크로세텔라이트 다형성의 유전자형만이 결정되고 평가용 정보로서 입력되었지만, IFN 요법의 효능과 관련하여 공지의 다른 IFN 감수성 관련 다형성 및(또는) C형 간염 바이러스 유형의 감수성 마커도 본 발명에서의 IFN 유전자의 관련 유전자형에 대한 정보와 병행하여 평가될 수 있고, 또한 평가를 위한 관련 정보로서 입력될 수 있다. 그러한 경우, 채택된 차트의 구조는 입력될 정보에 따라 달라질 수 있다.
본원에 설명된 방법은 본 발명의 범위 내에서 변형될 수 있다.
또한, 본원에 설명된 방법을 실행하기 위한 컴퓨터 프로그램은 본 발명의 범위 내에 있다. 그러한 프로그램은, 예를 들어 IFN으로 치료될 개체에서 IFN 요법의 효능을 평가하기 위한 목적으로 사용될 수 있다. 이 컴퓨터 프로그램은 컴퓨터가 상기 방법을 수행할 수 있게 해주고, 개체로부터 유래한 샘플에서 결정된 IFN 수용체 유전자의 유전자형에 대한 정보를 기록하는 수단, 및 기록된 유전자형에 기초하여 이 유전자형을 IFN 효능과 유전자형과의 관련성을 나타내는 차트와 비교함으로써 IFN 요법의 효능을 평가하는 수단을 포함한다. 이 차트는 컴퓨터 프로그램 자체의 일부일 수도 있고, 또는 컴퓨터나 제거가능한 다른 저장 매체에 별도로 저장된 것일 수도 있다. 또한, 컴퓨터 프로그램은 비교의 결과를 출력하는 수단을포함해야 한다.
더욱이, 상기 설명한 컴퓨터 프로그램은 컴퓨터가 유전자형 정보의 입력 수단으로서 기능할 수 있게 해줄 수 있다. 이 컴퓨터 프로그램 자체는 컴퓨터, 제거가능한 저장 장치 또는 당업계에 공지된 임의의 다른 저장 수단에 저장될 수 있다. 본원에서 설명한 방법, 바람직하게는 상기 컴퓨터 프로그램을 이용한 방법을 수행할 수 있는 컴퓨터 장치는, 유전자형과 IFN 효능과의 관련성을 나타내는 차트를 저장하기 위한 저장 수단; IFN 수용체 유전자의 유전자형에 대한 정보를 입력하기 위한 입력 수단; 입력된 유전자형 및 상기 저장 수단에 저장된 차트를 토대로 IFN 요법의 효능을 평가하기 위한 평가 수단; 및 상기 평가 수단에 의한 평가 결과를 표시하기 위한 표시 수단을 포함할 것이다.
따라서, 이로부터 본 발명의 한 측면은 컴퓨터를 이용하여 상기 설명한 방법을 수행하는 것이다. 그러한 방법은 IFN 수용체 유전자의 유전자형에 대한 정보를 기록하는 단계; 기록된 유전자형을, 앞서 컴퓨터에 저장되고 IFN 효능과 유전자형과의 관련성을 나타내는 차트와 비교함으로써 IFN 요법의 효능을 평가하는 단계; 및 평가 결과를 출력하는 단계를 포함할 것이다.
더욱이, IFN 요법의 효능을 평가하는 것은 IFN 수용체 유전자의 유전자형에 대한 정보를 입력하는 입력 단계; 입력된 유전자형과, 유전자형과 IFN 효능과의 관련성을 나타내는 저장된 차트를 토대로 IFN 요법의 효능을 평가하는 평가 단계; 및 평가 결과를 표시하는 표시 단계를 포함할 수 있다.
또한, 본 발명의 한 측면은 IFN 요법의 효능을 평가하기 위한 폴리뉴클레오티드를 제공한다.
용어 "폴리뉴클레오티드"는 2개 이상의 뉴클레오시드를 인산 결합을 통해 결합시킴으로써 형성된 물질을 의미한다. 용어 "뉴클레오시드"에는 데옥시리보뉴클레오시드 및 리보뉴클레오시드가 포함되지만, 이에 한정되는 것은 아니다. 또한, 본 발명에서의 용어 "폴리뉴클레오티드"에는 인공적으로 합성된 핵산, 예를 들어 펩티드 핵산, 모르폴리노 핵산, 메틸포스포네이트 핵산 및 S-올리고 핵산도 포함되는 것으로 간주한다.
용어 "프로모터 영역"은 전사 개시 반응에 직접 관여하는 영역 (예, TATA 박스) 뿐만 아니라, 상기 설명한 영역에 근접하여 또는 멀리 떨어져 존재하며 전사 개시 반응의 효율에 영향을 미치는 조절 서열을 함유하는 서열도 의미한다. 따라서, 용어 "프로모터 영역"에는 전사 개시 반응에 직접 관여하는 서열, 또는 두 서열의 결합에 의해 형성된 조절 서열과 상기 서열이 포함된다.
폴리뉴클레오티드는 생물학적 샘플로부터 얻거나, 또는 생물학적 샘플로부터 폴리뉴클레오티드를 제조하기 위한 특정 목적 서열을 사용하여 합성할 수 있으며, 샘플은 개체로부터 채취하고, 폴리뉴클레오티드는 통상 상기 샘플로부터 추출한다. 생물학적 성분으로부터 폴리뉴클레오티드를 추출하기 위한 방법은, 예를 들어 페놀 추출, 에탄올 침전 또는 임의의 다른 추출법일 수 있다. mRNA를 추출하는 경우에는 올리고-dT 컬럼을 사용할 수 있다.
본 발명의 한 측면에 따라 제공된 폴리뉴클레오티드는 개체로부터 유래한 샘플에서 폴리뉴클레오티드의 염기 서열을 결정하기 위한 프로브 또는 프라이머로서사용될 수 있다.
본 발명의 한 측면에 따라 제공된 폴리뉴클레오티드에는 하기 (a) 내지 (f)에 기재된 것들이 포함된다.
(a) 서열 1, 서열 2, 서열 3, 서열 4, 서열 5, 서열 6, 서열 7, 서열 8, 서열 9, 서열 10, 서열 11 및 서열 12 중 어느 하나로 표시되는 폴리뉴클레오티드.
(b) 상기 (a)에 기재된 폴리뉴클레오티드의 프로모터 영역 중 마이크로세텔라이트 다형성 부위 이외의 부위에서 1개 또는 여러개의 뉴클레오티드가 결실, 치환 또는 삽입되어 형성된 변형된 폴리뉴클레오티드.
(c) 서열 1, 서열 2, 서열 3, 서열 4, 서열 5, 서열 6, 서열 7, 서열 8, 서열 9, 서열 10, 서열 11 및 서열 12로 표시되는 상기 폴리뉴클레오티드의 염기 서열 중에서 인터페론 요법의 효능과 관련된 것은 관련 프로모터 영역에서의 마이크로세텔라이트 다형성 부위에 존재하는 뉴클레오티드이기 때문에, 본 발명의 한 측면에 따른 폴리뉴클레오티드는 상기 마이크로세텔라이트 다형성 부위를 함유하는 폴리뉴클레오티드의 단편일 수도 있다. (c)에 기재된 단편은 바람직하게는 개체로부터 유래한 샘플의 폴리뉴클레오티드 염기 서열 분석을 위한 프로브로서 사용될 수 있다. 예를 들어, 프로브 핵산 사슬로서 바람직한 단편은 IFN 수용체 유전자의 프로모터 영역에 있는 염기 서열로, 적어도 의도된 마이크로세텔라이트 다형성 부위 또는 그에 상보적인 가닥을 함유하는 8 내지 500개의 핵산 사슬이다. 보다 바람직하게 사용되는 것으로는, 10 내지 100개의 뉴클레오티드를 갖는 핵산, 10 내지 15개의 뉴클레오티드를 갖는 PNA 프로브, 및 11 내지 30개의 뉴클레오티드를 갖는DNA 프로브 (특히, 염기 서열 검출용 칩에서의 프로브로 사용되는 경우)가 있다. 과도하게 길이가 긴 폴리뉴클레오티드 단편을 사용하면 단일 뉴클레오티드에 의한 차이를 구별하기 어렵다. 한편, 과도하게 길이가 짧은 폴리뉴클레오티드를 기판에 사용하면 샘플에 함유된 폴리뉴클레오티드의 염기 서열을 결정하기 어렵다.
본원에 기재된 것들 이외의 부가 폴리뉴클레오티드에는 동일성 ％ 또는 상동성 ％ 등의 평가를 위해 공지된 임의의 연산법을 이용하여 75％ 이상, 80％ 이상, 85％ 이상, 90％ 이상, 95％ 이상, 96％ 이상, 97％ 이상, 98％ 이상 및 99％ 이상의 동일성을 갖는 것들이 포함될 것이다.
또한, 본원에서 설명한 방법에 프로브로서 사용될 수 있는 폴리뉴클레오티드는 엄격한 조건하에서 본원에서 설명한 폴리뉴클레오티드 및 그의 상보적 서열과 혼성화될 것이다. 엄격한 조건은 당업자에 의해 평가될 수 있으며, 통상 혼성화 반응에서 65℃에서 0.1X SSC 및 0.5％ SDS로 세척하는 단계를 포함한다.
서열 1은 관련 마이크로세텔라이트 다형성의 반복 서열 개수가 5인 경우의 서열이다. 서열 2 내지 서열 12는 반복 서열 개수가 6 내지 16인 경우의 서열이고, 각각 관련 마이크로세텔라이트 다형성의 반복 서열 개수가 5가 아닌 경우의 예로서 제시되어 있다. 따라서, 사실상 관련 마이크로세텔라이트 다형성의 반복 서열 개수가 1 내지 4 또는 16 이상인 것이 본 발명에 포함되며, 이것이 바람직하게는 본원에 나타낸 폴리뉴클레오티드와 유사하게 사용될 수 있다.
(d) 상기 (a) 내지 (c)에 기재된 폴리뉴클레오티드에 상보적인 가닥도 사용될 수 있다.
프로브로서 사용하기에 바람직한 폴리뉴클레오티드에는 아래 설명하는 것들이 포함된다.
(e) 서열 19, 서열 20, 서열 22 및 서열 23의 폴리뉴클레오티드;
서열 19는 반복 횟수가 5인 GT 반복 서열을 3' 말단에 함유하는, 총 길이 30 염기의 폴리뉴클레오티드이다.
서열 20은 반복 횟수가 6인 GT 반복 서열을 3' 말단에 함유하는, 총 길이 32 염기의 폴리뉴클레오티드이다. 서열 20으로 표시되는 서열은 반복 횟수가 5가 아닌 GT 반복 서열을 함유하는 폴리뉴클레오티드의 일례를 나타낸다. 따라서, GT 반복 서열 개수가 5가 아닌 서열이 서열 20과 유사하게 본 발명의 측면에 따라 사용될 수 있으며, 이는 바람직하게는 폴리뉴클레오티드이다.
서열 22는 IFN 수용체 유전자의 이중 가닥 중에 GT 반복 마이크로세텔라이트를 함유하는 단일 가닥의 일부인 서열을 갖되 프로모터 영역의 관련 GT 반복 마이크로세텔라이트는 함유하지 않으며, 관련 GT 반복 마이크로세텔라이트의 3' 말단에 인접한 염기로부터의 염기 20개를 함유하고 그보다 더 3' 말단에는 AT 반복 서열이 존재하는, 총 길이 40 염기의 폴리뉴클레오티드이다.
서열 23은 IFN 수용체 유전자의 이중 가닥 중에 GT 반복 마이크로세텔라이트를 함유하는 단일 가닥의 일부인 서열을 갖되 프로모터 영역의 관련 GT 반복 마이크로세텔라이트는 함유하지 않으며, 관련 GT 반복 마이크로세텔라이트의 3' 말단에 인접한 염기로부터의 염기 20개를 함유하고 그보다 더 3' 말단에는 페로센 (ferrocene)이 존재하는, 총 길이 20 염기의 폴리뉴클레오티드이다.
상기 (e)의 서열들은, 서열 19 및 서열 23을 각각 서열 22 또는 서열 26과 병행하여 사용하는 것이 바람직하다. 예를 들어, 의도된 마이크로세텔라이트 다형성 부위의 서열에 예정된 개수를 갖는 서열을 상기 설명한 프로브 핵산 사슬로서 사용함으로써 샘플과의 혼성화를 조사하거나, 또는 의도된 마이크로세텔라이트 다형성 부위를 갖는 프로브와 혼성화된 샘플의 염기 서열 길이의 차이를 검출함으로써 마이크로세텔라이트 다형성 부위의 반복 서열 개수를 검출한다. 프로브 핵산과 혼성화된 염기 서열 길이의 차이는, 예를 들어 전류 검출형 DNA 칩의 경우에 첨가된 삽입제 (intercalating agent)로부터 유래한 전류의 차이를 측정함으로써 검출할 수 있다. 부가의 상세한 설명은 실시예에서 설명한다.
서열 23으로 표시되는 서열에 함유된 페로센은 전류를 측정하기 위해 첨가된 물질이다. 검출 수단에 따라, 염료, 형광 물질, 발광 물질 및 방사성 동위원소와 같은 페로센 이외의 표지도 첨가할 수 있다.
(f) PCR 반응에서 프라이머로서 사용되는 폴리뉴클레오티드의 예로는 서열 13, 서열 14, 서열 15, 서열 16, 서열 17 및 서열 18로 표시되는 서열, 및 이들 폴리뉴클레오티드에 상보적인 서열이 있다.
본 발명의 한 측면에 따라, 본원에서 설명된 폴리뉴클레오티드 또는 단편을 구비한 핵산 검출용 칩도 제공된다. 그러한 핵산 검출용 칩도 또한 본 발명에 포함된다.
그러한 칩에는 형광 검출형 DNA 칩 및 전류 검출형 DNA 칩 등이 포함되지만, 이것으로 한정되지는 않는다. 프로브로서 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 가닥을 구비한 염기 서열 검출법을 이용하여 효율을 평가함으로써, 평가 방법은 간소화될 수 있고 보다 높은 효율을 부여받을 수 있다. 핵산 검출용 칩은 하기 설명하는 절차에 의해 제조될 수 있다.
(a) 형광 검출형 염기 서열 검출 칩의 제조
폴리뉴클레오티드, 그의 폴리뉴클레오티드 단편, 또는 그의 서열에 상보적인 서열을 갖는 폴리뉴클레오티드 단편을 기판 (30)에 프로브 (31)로서 고정시킬 수 있다 (도 8 참조). 이 기판은 유리 기판 및 실리콘 기판과 같이 통상적으로 사용되는 임의의 기판일 수 있다. 고정화는 당업자에게 공지된 수단, 예를 들어 스파터 (spotter) 사용 또는 반도체 기술에 의해 수행할 수 있다.
(b) 전류 검출형 염기 서열 검출 칩의 제조
폴리뉴클레오티드, 그의 일부를 갖는 단편, 또는 상보적 폴리뉴클레오티드를 공유결합, 이온결합, 물리적 흡착 또는 화학적 흡착을 통해 기판 (40) (예, 전극 (42)가 구비된 기판)에 프로브 (41)로서 고정시킬 수 있다 (도 9 참조). 전류 검출형 DNA 칩은, 예를 들어 1996년 10월 24일 등록된 일본 특허 제2573443호에 개시되어 있으며, 상기 문헌은 이 거명을 통해 본 명세서에 참고로 포함된다.
IFN 수용체 유전자에 대한 프로브 이외에, 바이러스 유전자의 유형을 검출하기 위한 프로브 및(또는) 임의의 다른 공지 IFN-감수성-관련 다형성의 유전자형 결정을 위한 프로브가 단일 칩 상에 함께 고정될 수 있다. 이는 감염 바이러스의 유전자형과 다른 관련 다형성의 유전자형을 동시에 검출할 수 있게 해준다.
유전자형을 검출할 수 있는 프로브를 사용하는 경우, 상이한 유전자형에 상응하는 다수의 프로브를 한 기판에 동시에 고정시켜 사용함으로써 고정밀도의 검출을 달성할 수 있다.
샘플에서 병원성 미생물의 유전자형을 검출하기 위해, 샘플 중 병원성 미생물의 유전자를 이 유전자형에 특징적인 프라이머로 PCR 반응시킨 후에 보편적인 (universal) 프로브가 고정된 칩을 사용하여 검출하는 것도 가능하다.
본 발명의 한 측면에 따라 폴리뉴클레오티드가 구비된 프로브 및 염기 서열 검출 칩을 사용하여 검출을 수행함으로써, 검출은 간소화될 수 있고 보다 효율적이 될 수 있다.
또한, 본원에서 설명된 핵산 칩을 본원에서 설명한 컴퓨터 프로그램 및(또는) 컴퓨터와 함께 사용하여 본 발명의 방법을 수행할 수도 있다.
1. IFNAR1 유전자 및 IFN 요법의 효능에 대한 타당성 평가
1-1. 파트 1
개개의 환자에서 바이러스 유형, IFNAR1 유전자 SNP 및 마이크로세텔라이트 마커 유형을 결정하여 이들 지표와 치료 효과 사이의 관련성을 조사하였다.
(1) 개요
138명의 HCV 감염 환자로부터 채취한 혈액 샘플로부터 DNA 및 RNA를 추출하여 분석용 샘플로서 사용하였다. RNA 분획을 바이러스 유형 분류에 사용하고, 그리고 DNA를 IFNAR1 유전자의 SNP 분석 및 마이크로세텔라이트 마커의 유형 분류에 사용하였다. 그 후, IFN α/β의 치료 효과와 바이러스 유형, IFNAR1 유전자의SNP 또는 마이크로세텔라이트 마커와의 관련성을 조사하였다.
(2) 환자
간의 혈액 생화학적 조사, 조직학적 조사 및 화상 분석 조사를 토대로 만성 C형 간염에 걸린 것으로 판명된 138명의 HCV 감염 환자로부터 채취한 샘플을 본 조사에 사용하였다. 본 조사에 참여하는 것과 관련하여 고지에 입각한 동의서를 모든 환자에게서 받았다. 혈액 알라닌 아미노트랜스퍼라제가 IFN α/β 요법 후에 6개월의 추적 조사 기간 동안 정상 범위 내에 있으며 HCV RNA 시험에서 (-) 반응을 나타낸 환자는 완전한 효과를 나타내는 것으로 판정하였다. 한편, 상기 추적 조사 기간 동안 HCV RNA가 발견되거나 알라닌 아미노트랜스퍼라제의 농도가 높아진 환자는 무효과를 나타내는 것으로 판정하였다.
(3) HCV, SNP 및 마이크로세텔라이트 유형 분류
상기 설명한 C형 간염 환자 중 인터페론 요법 효능을 나타내는 경우의 39개 샘플, 및 무효능을 나타내는 경우의 99개 샘플 (총 138개 샘플)을, 혈액 또는 혈청으로부터 추출한 DNA를 사용하여 분석하였다. cDNA를 혈액에서 추출한 RNA로부터 제조하고, 그의 일부를 PCR에 의해 증폭한 후, 염기 서열을 분석하고 HCV 유전자의 유형을 분류하였다 (K. Chayama et al., J. Gastroenterlo. Hepatol. 8, 40-44, 1993). IFNAR1 프로모터의 두 위치에 있는 SNP 및 한 위치에 있는 마이크로세텔라이트 다형성 (GT: -79-56)도 혈액으로부터 추출한 DNA를 사용하여 조사하였다 (Genes and Immunity 2001; 2:159-160).
프라이머로서 사용된 서열은 젠뱅크 허가번호 X60459의 IFNAR 서열을 토대로준비하였고, 전사 개시 부위를 nt1로 지정하였다. 프라이머에 있어서, FNAR1 프라이머 단편은 -629F (5'-TCTCGCCCCTCAGCCAAGTC-3') 및 +205R (5'-CAGCTGCGTGCCCTACCTCC-3') 프라이머와 함께 약 1 ng의 DNA를 사용하여 GeneAmp PCR 9600 (Roche)에 의해 증폭하였다.
SNP의 분석에 있어서, 증폭된 단편을 밀리포어 (MilliPore) 96-웰 클린 업 (clean up) 필터로 정제하고, ABI3100 유전자 분석기 (Genetic Analyzer; Applied Biosystems)를 사용한 직접 서열분석 방법에 의해 염기 서열을 결정하였다. (GT) 반복 서열의 개수는 진스캔 (GeneScan) 분석법에 의해 결정하였다. -629F 및 +205R 프라이머로부터 얻은 PCR 단편을 주형으로 사용하고 6FAM+92R 및 -245F 프라이머 (이 중 하나는 형광 염료 (6-FAM)로 표지됨)를 사용하여, ABI3100 유전자 분석기 진스캔 (버전 3.7)으로 다시 PCR을 수행하였다. PCR은 95℃에서 10초, 58℃에서 30초 및 72℃에서 30초의 주기를 30 내지 35회 반복하고, 그 이전 및 그 이후에 95℃에서 2분 및 72℃에서 7분 동안 처리하였다.
(4) 결과
HCV로 감염되고 만성 간염에 걸린 138명의 환자를 IFN α/β로 치료하였다. 그 결과와 SNP 사이의 관련성을 표 2에 나타내었다.
IFNAR1 프로모터 부위의 SNP (-408C/T, -3C/T)와 IFN 요법 사이의 관련성
IFN 요법 샘플수 바이러스 샘플수유형 *유전자형 샘플수 대립유전자
완전한 39효과 Ⅰ 12 C 9 (75.0％)C/T 2 (16.7％)T 1 (8.3％) C 20 (83.3％)T 4 (16.7％)
Ⅱ 27 C 11 (40.7％)C/T 13 (48.2％)T 3 (11.1％) C 35 (64.8％)T 19 (35.2％)
무효과 99 Ⅰ 80 C 51 (63.6％)C/T 26 (32.6％)T 3 (3.8％) C 128 (80.0％)T 32 (20.0％)
Ⅱ 19 C 13 (68.4％)C/T 4 (21.1％)T 2 (10.5％) C 30 (78.9％)T 8 (21.1％)
*SNP의 변화 (-408C/T, -3C/T)는 동일한 염기임.
1형 HCV로 감염된 92명의 환자 중 12명 (13％)이 완전한 효과를 나타냈고 80명 (87％)이 무효과를 나타낸 반면, 2형 HCV로 감염된 46명의 환자 중 27명 (57％)이 완전한 효과를 나타냈고 19명 (43％)이 무효과를 나타냈다 (표 2). 또한 이들 결과로부터 분명한 바와 같이, 1형 HCV로 감염된 환자에 비해 2형 HCV로 감염된 환자의 경우에 IFN α/β로의 치료 효능이 더 높은 것으로 관찰되었다.
IFNAR1의 2개 SNP와 치료 효과 사이의 관련성에 기초하여, 1형 HCV로 감염된 환자에서는 특별한 관련성이 나타나지 않았다 (표 2). 2형 HCV로 감염된 환자에 있어서는, 유형 T가 완전한 효과를 나타내는 환자에 있어서 상대적으로 우세한 경향이 있었다 (표 2). 2개 SNP (-408C/T 및 -3C/T)는 완전히 연관되어 있고 완전히 일치하기 때문에 하나의 유전자형만을 표 2에 기재하였다. -408C/T의 SNP를 기록하는 것과 관련하여 (Genes and Immunity 2001; 2:159-160), 서양인에 있어서는 SNP가 -18C/T 위치에도 존재함이 보고되었다. 그러나, 일본인의 경우에는 이 위치에 SNP가 존재하지 않으며, -3C/T 위치에서 SNP가 새로이 확인되었다. 따라서, 상기한 바와 같이 분석을 수행하였다.
마이크로세텔라이트의 GT 반복 서열에 의해 나타나는 유전자형과 IFN α/β의 치료 효과와의 관련성은 표 3에 기재되어 있다. 여기에는 9가지 유전자형 (즉, 5, 6, 9, 11 내지 16)이 있었지만, 유전자형 5가 우세하였다. 따라서, 5/5 동형접합체가 보다 높은 비율로 존재하였다. 바이러스 유형에 무관하게 모든 샘플을 비교하는 경우, 5/5 동형접합체는 24가지 경우 (40％)에서 완전한 효과를 나타냈고 40가지 경우 (60％)에서 무효과를 나타낸 반면, 다른 것들은 15가지 경우 (20％)에서 완전한 효과를 나타냈고 59가지 경우 (80％)에서 무효과를 나타냈다. 이 발견은 5/5 동형접합체 군집에서의 보다 높은 효능을 반영한다 (p < 0.025). 5/5 동형접합체 또는 5-관련 (즉, 5/m 이형접합체) 군집을 다른 군집과 비교하는 경우, 전자는 39가지 경우 (28％)에서 완전한 효과를 나타냈고 85가지 경우 (72％)에서 무효과를 나타낸 반면, 후자는 0가지 경우 (0％)에서 완전한 효과를 나타냈고 14가지 경우 (100％)에서 무효과를 나타냈다. 이들 발견은 개체에서 대립 유전자들 중 적어도 하나에 유전자형 5 또는 5개의 GT 반복 서열을 갖는 환자에 있어서 IFN α/β의 보다 높은 효능을 반영한다 (p < 0.030). 완전한 효과는 유전자형 5가 아닌 경우에는 전혀 관찰되지 않았음을 유념해야 한다 (표 3).
IFN 요법과 IFNAR1 (GT) 반복 서열 개수와의 관련성
바이러스 유형 유전자형 샘플수
완전한효과 Ⅰ 12Ⅱ 27 호모 7 5/5 7
헤테로 5 5/13 5
호모 17 5/5 17
헤테로 10 5/13 85/14 2
무효과 Ⅰ 80 호모 33 5/5 33
헤테로 47 5/11 35/12 35/13 155/14 95/15 15/16 26/14 19/13 111/12 111/13 111/14 112/13 512/14 113/14 213/16 1
Ⅱ 19 호모 7 5/5 7
헤테로 12 5/12 35/13 55/14 35/15 1
상기 기재된 결과는, 표적 경우의 수가 비교적 작기는 하지만 (14/138 = 10.1％), 불필요한 임의의 IFN α/β 요법을 피하는 능력을 토대로 한 이 적용법이 아주 가치있음을 보여준다. IFN α는 IFNAR1과 같은 수용체에 결합함으로써 그의 효과를 발휘하는 것으로 생각된다. 본원에서 분석된 마이크로세텔라이트는 이 수용체의 발현에 관여하는 프로모터 영역에 존재하기 때문에, 이 마이크로세텔라이트의 유전자형이 IFNAR1의 발현에 영향을 미침으로써 IFN α/β의 치료 효과에 영향을 미칠 가능성은 매우 높다.
1-2. 파트 2
새로운 19명의 환자로부터의 샘플과 1-1의 파트 1에서 사용된 138명의 환자 샘플을 포함한 총 157가지 경우의 샘플을 파트 1과 유사하게 시험하였다. 즉, 바이러스 유형, IFNAR1 유전자 SNP 및 마이크로세텔라이트 마커 유형을 결정하여 이들 지표와 치료 효과 사이의 관련성을 조사하였다.
(1) 개요
157명의 HCV 감염 환자로부터 채취한 혈액 샘플로부터 DNA 및 RNA를 추출하여 분석용 샘플로서 사용하였다. RNA 분획을 바이러스 유형 분류에 사용하고, 그리고 DNA를 IFNAR1 유전자의 SNP 분석 및 마이크로세텔라이트 마커의 유형 분류에 사용하였다. 그 후, IFN α/β의 치료 효과와 바이러스 유형, IFNAR1 유전자의 SNP 또는 마이크로세텔라이트 마커와의 관련성을 조사하였다.
(2) 환자
간의 혈액 생화학적 조사, 조직학적 조사 및 화상 분석 조사를 토대로 만성 C형 간염에 걸린 것으로 판명된 157명의 HCV 감염 환자로부터 채취한 샘플을 본 조사에 사용하였다. 본 조사에 참여하는 것과 관련하여 고지에 입각한 동의서를 모든 환자에게서 받았다. 혈액 알라닌 아미노트랜스퍼라제가 IFN α/β 요법 후에 6개월의 추적 조사 기간 동안 정상 범위 내에 있으며 HCV RNA 시험에서 (-) 반응을 나타낸 환자는 완전한 효과를 나타내는 것으로 판정하였다. 한편, 상기 추적 조사 기간 동안 HCV RNA가 발견되거나 알라닌 아미노트랜스퍼라제의 농도가 높아진 환자는 무효과를 나타내는 것으로 판정하였다.
(3) HCV, SNP 및 마이크로세텔라이트 유형 분류
상기 설명한 C형 간염 환자 중 인터페론 요법 효능을 나타내는 경우의 50개 샘플, 및 무효능을 나타내는 경우의 107개 샘플 (총 157개 샘플)을, 혈액 또는 혈청으로부터 추출한 DNA를 사용하여 분석하였다. cDNA를 혈액에서 추출한 RNA로부터 제조하고, 그의 일부를 PCR에 의해 증폭한 후, 염기 서열을 분석하고 HCV 유전자의 유형을 분류하였다 (K. Chayama et al., J. Gastroenterlo. Hepatol. 8, 40-44, 1993). IFNAR1 프로모터의 두 위치에 있는 SNP 및 한 위치에 있는 마이크로세텔라이트 다형성 (GT: -79-56)도 혈액으로부터 추출한 DNA를 사용하여 조사하였다 (Genes and Immunity 2001; 2:159-160).
프라이머로서 사용된 서열은 젠뱅크 허가번호 X60459의 IFNAR 서열을 토대로 준비하였고, 전사 개시 부위를 nt1로 지정하였다. 프라이머에 있어서, FNAR1 프라이머 단편은 -629F 및 +205R 프라이머와 함께 약 1 ng의 DNA를 사용하여 GeneAmp PCR 9600 (Roche)에 의해 증폭하였다.
SNP의 분석에 있어서, 증폭된 단편을 밀리포어 96-웰 클린-업 필터로 정제하고, ABI3100 유전자 분석기 (Applied Biosystems)를 사용한 직접 서열분석 방법에 의해 염기 서열을 결정하였다. (GT) 반복 서열의 개수는 진스캔 분석법에 의해 결정하였다. -629F 및 +205R 프라이머로부터 얻은 PCR 단편을 주형으로 사용하고 6FAM+92R 및 -245F 프라이머 (이 중 하나는 형광 염료 (6-FAM)로 표지됨)를 사용하여, ABI3100 유전자 분석기 진스캔 (버전 3.7)으로 다시 PCR을 수행하였다. PCR은 95℃에서 10초, 58℃에서 30초 및 72℃에서 30초의 주기를 30 내지 35회 반복하고,그 이전 및 그 이후에 각각 95℃에서 2분 및 72℃에서 7분 동안 처리하였다.
(4) 결과
이는 마이크로세텔라이트의 GT 반복 서열에 의해 대표되는 유전자형과 IFN α/β 치료 효과 사이의 관련성을 나타낸다. 여기에는 11가지 유전자형 (즉, 5, 6 및 10 내지 18)이 있었다. 유전자형 5 또는 14가 포함된 경우에 완전한 효과가 무효과에 비해 보다 높은 비율로 관찰되었고, 그렇지 않은 경우에는 무효과가 완전한 효과에 비해 보다 높은 비율로 관찰되었다 (도 7).
이들 발견에 기초하여, 유전자형 5 또는 14가 포함된 경우, 즉 5/5 동형접합체 또는 5/14 이형접합체의 경우에 IFN 요법이 보다 효과적일 것으로 기대된다. 유전자형과 IFN α/β 치료 효과 사이의 이러한 관련성은 표 4에 보다 상세히 설명된다.
환자 군집 (GT)n 유전자형 통계(x2시험)
5/5 또는 5/14 다른 유전자형
1형 HCV 감염 환자 (n=102)완전한 효과 (n=16)무효과 (n=86) 13 (81％)49 (57％) 3 (19％)37 (43％) P=0.122*
2형 HCV 감염 환자 (n=55)완전한 효과 (n=34)무효과 (n=21) 27 (79％)14 (67％) 7 (21％)7 (33％) P=0.462*
총계 (n=157)완전한 효과 (n=50)무효과 (n=107) 40 (80％)63 (59％) 10 (21％)44 (41％) P=0.009*
*예이츠 보정 (Yates' adjustment)
1형 HCV로 감염된 환자들 중 완전한 효과를 나타내는 16가지 경우에서, 13가지 경우 (81％)는 5/5 동형접합체 및 5/14 이형접합체였고, 3가지 경우 (19％)는 다른 유전자형이었다. 2형 바이러스로 감염된 환자에 있어서도, 완전한 효과를 나타내는 34가지 경우 중 27가지 경우 (29％)가 5/5 동형접합체 및 5/14 이형접합체였으며, 이는 7가지 경우 (21％)를 구성하는 다른 유전자형을 갖는 군집에 비해 실질적으로 더 큰 군집 내에 있었다. 한편, 무효과를 나타내는 107명의 환자에서, 5/5 동형접합체 및 5/14 이형접합체를 갖는 환자와 다른 유전자형을 갖는 환자의 비율은 바이러스 유형 둘 다를 합한 경우에 각각 59％ (63가지 경우) 및 41％ (44가지 경우)였다. 따라서, 완전한 효과를 나타내는 환자들 중에서 5/5 동형접합체 및 5/14 이형접합체를 갖는 환자의 빈도 (80％)는 통게적으로 유의했다 (P = 0.009). 이들 발견은 유전자형이 5/5 동형접합체 및 5/14 이형접합체인 경우에 IFN α/β 요법이 완전한 효과를 나타낼 가능성이 매우 높음을 시사한다. 한편, 완전한 효과는 5 또는 14의 유전자형을 갖지 않는 환자에서는 관찰되지 않았고, 이는 비록 표적 환자의 수가 작기는 했지만 (4/157) 주목할만한 것이다.
2. 반복 서열 검출용 DNA 칩 1
서열 19, 서열 20 및 서열 22로 표시되는 폴리뉴클레오티드를 함유하는 프로브를 사용한 반복 서열 검출 (또는 핵산 검출용 칩)의 예는 도 5를 참조하여 논의한다. 본 실시예에서는, 서열 19로 표시되는 폴리뉴클레오티드를 함유하는 프로브 (19) 및 서열 20으로 표시되는 폴리뉴클레오티드를 함유하는 프로브 (20)이 고정된 DNA 칩을 사용하였다. 여기서는 반복 서열의 개수가 6인 서열의 검출에 대한 예를 논의한다. 본 실시예에서는 전류 검출형 염기 서열 검출 칩을 DNA 칩으로서 사용하였다.
우선, GT 반복 서열의 반복 횟수가 5이고 추가로 상류 염기 서열을 갖는 프로브 (19)에 대한 전극 (18C) (DNA 칩에 적합한 것임), 및 GT 반복 서열의 반복 횟수가 6인 것을 제외하고는 프로브 (19)와 유사한 서열을 갖는 프로브 (20)에 대한 전극 (18E) (DNA 칩에 적합하도록 존재함)를 제조하였다.
이들 프로브를 표적 서열을 함유하는 샘플 핵산 사슬 (21)과 혼성화시켰다. 이어서, 서열 22의 핵산 사슬 (22)를 반응시켰다. 그 후, 리가아제를 첨가하여 라이게이션 (ligation) 반응을 수행하였다. 그 후, 전극을 95℃로 가열하여 단일 가닥으로 변성시켰다. 상기 라이게이션 반응에서, 전극의 표면에 있는 핵산 사슬 (22)는 전극 (18C)에서 라이게이션 반응의 부재로 인하여 절단되는 한편, 핵산 (24)는 전극 (18E) 상의 프로브에 결합된 핵산 사슬 (22)의 형태로 남아있게 된다. 마지막으로, 삽입제로부터의 전류를 측정할 때 전극 (18E)에서의 전류 증가를 기록한다. 따라서, 이 샘플에서 반복 서열의 개수는 6인 것으로 밝혀진다. 유사한 방식으로, 6이 아닌 반복 서열의 개수도 확인할 수 있다.
3. 반복 서열 검출용 DNA 칩 2
서열 19, 서열 20 및 서열 23으로 표시되는 폴리뉴클레오티드를 함유하는 프로브를 사용한 반복 서열 검출 (핵산 검출용 칩)의 예는 도 6을 참조하여 논의한다. 본 실시예에서는, 서열 19로 표시되는 폴리뉴클레오티드를 함유하는 프로브 (19) 및 서열 20으로 표시되는 폴리뉴클레오티드를 함유하는 프로브 (20)이 고정된 DNA 칩을 사용하였다. 여기서는 반복 서열의 개수가 6인 서열의 검출에 대한 예를논의한다. 본 실시예에서는 전류 검출형 염기 서열 검출 칩을 DNA 칩으로서 사용하였다. 이 단락에서는 반복 서열의 개수가 6인 서열의 검출에 대한 예를 논의한다.
우선, 반복 횟수가 5인 프로브 (19)에 대한 전극 (18C) 및 반복 횟수가 6인 프로브 (20)에 대한 전극 (18E)를 제조하였다. 그 후, 표적 서열을 함유하는 핵산 사슬 (21)을 혼성화시키고, 페로센으로 표지된 서열 23의 핵산 (23)을 반응시키고, 리가아제를 첨가하여 라이게이션 반응을 수행하였다. 그 후, 전극을 95℃로 가열하였다. 이 단계에서, 전극 (18C)의 표면에 있는 핵산 사슬은 전극 (18C)에서 라이게이션 반응의 부재로 인하여 절단되는 한편, 핵산 (25)는 전극 (18E) 상의 프로브에 결합된 핵산 사슬 (23)의 형태로 남아있게 된다. 마지막으로, 페로센으부터의 전류를 측정할 때 전극 (18E)에서의 전류 증가를 기록함으로써, 이 샘플에서의 반복 횟수가 6임을 확인한다. 유사한 방식으로, 6이 아닌 반복 횟수도 확인할 수 있다.
4. 반복 서열 검출용 DNA 칩 및 그를 이용한 검출 방법의 바람직한 실시예
상기 반복 서열 검출용 DNA 칩 1 및 2를 사용한 방법을 아래와 같이 변형시킬 수 있다.
샘플 중 인터페론 α 수용체 유전자의 프로모터 영역에서 반복 서열의 개수를 검출하기 위한 DNA 칩은, 상기 유전자의 프로모터 영역에서의 염기 서열로 이루어진 핵산 사슬이며 또한 특정한 개수의 검출하고자 하는 반복 서열 및 그 상류 (또는 하류)의 5- 내지 50-염기 서열을 갖는 반복 서열인 프로브 핵산 사슬 및(또는) 그에 상보적인 가닥이 고정되어 있는 DNA 칩일 수 있다. 상기 설명한 반복 서열의 예정된 수가 상이한 다수의 프로브 핵산 사슬을 사용하여 각각의 검출을 수행하는 것이 바람직하다.
샘플 중에서 반복 서열의 개수를 검출하기 위해, 상기 설명한 DNA 칩을 사용하여 샘플 핵산 사슬의 혼성화를 수행한다. 그 후, 상기 설명한 유전자의 프로모터 영역에 있는 염기 서열이며 반복 서열의 하류 (또는 상류)에 위치한 염기 서열로 이루어진 염기 서열 및(또는) 그의 상보적인 가닥인 보조 핵산 사슬 (예, 5 내지 50 유닛)을 첨가한 다음, 라이게이션 반응을 위해 리가아제를 첨가한다. 이 단계에서, 프로브 핵산 사슬과 샘플 핵산의 반복 서열 개수가 동일한 경우에는 라이게이션을 먼저 수행하여 보조 핵산 사슬을 프로브 핵산 사슬의 하류 (상류)에 결합시키는 반면, 반복 서열의 개수가 상이한 경우에는 라이게이션을 먼저 수행하지 않아 보조 핵산 사슬을 프로브 핵산에 결합시키지 않는다.
상기 설명한 바와 같이, 마지막에 DNA 칩에 결합된 핵산 사슬의 염기 서열 길이는 샘플 핵산 사슬의 반복 서열 수에 따라 달라진다. 이러한 길이의 차이는 프로브 핵산 사슬로부터의 전기적 신호에 의해, 예를 들어 핵산 사슬에 특이적으로 결합하는 삽입제를 첨가하고 DNA 칩을 통해 흐르는 전류를 검출하여 샘플 핵산 사슬이 프로브 핵산의 반복 서열 개수와 유사한 반복 서열 개수를 갖는지의 여부를 결정함으로써 검출한다.
DNA 칩으로부터의 전류 차이에 기초하여 DNA 칩에 결합된 핵산 사슬의 염기 서열 길이 차이를 검출할 때, 보조 핵산 사슬의 하류에 페로센이나 AT 반복 서열과같은 삽입제의 결합을 촉진시키는 물질을 결합시킴으로써 정밀도가 바람직하게 개선될 수 있다.
당업자는 부가의 이점 및 변형을 용이하게 인식할 수 있을 것이다. 그러므로, 본 발명은 그의 광범위한 측면이 본원에 예시 및 설명된 특정 설명 및 대표적 실시양태로 한정되지 않는다. 따라서, 첨부된 청구의 범위 및 그의 등가물에 의해 정의된 전반적인 발명 개념의 정신 또는 범위를 벗어나지 않고 다양한 변형이 가능할 것이다.

Claims (36)

  1. (1) 인터페론으로 치료될 개체로부터의 샘플에서 인터페론 수용체 유전자의 유전자형을 결정하는 단계, 및
    (2) 상기 인터페론 수용체 유전자의 유전자형에 기초하여 인터페론 요법의 효능을 평가하는 단계
    를 포함하는, 상기 개체에서 인터페론 요법의 효능을 평가하는 방법.
  2. 제1항에 있어서, 상기 인터페론 수용체가 인터페론 α 수용체 또는 인터페론 β 수용체인 방법.
  3. 제1항에 있어서, 상기 (1)의 결정 단계가 인터페론 수용체 유전자 프로모터에서의 GT 반복 서열의 수를 결정하는 단계를 포함하는 것인 방법.
  4. 제1항에 있어서, 상기 개체가 C형 간염 바이러스로 감염된 것인 방법.
  5. 제3항에 있어서, 상기 개체가 C형 간염 바이러스로 감염된 것인 방법.
  6. 제3항에 있어서, 상기 개체에서 적어도 하나의 대립유전자 상에 5개 이상의 GT 반복 서열이 존재하는 것이 인터페론 요법이 효과적일 것임을 지시하는 것인 방법.
  7. 제6항에 있어서, 개체가 둘 모두의 대립유전자 상에 5개 이상의 GT 반복 서열을 갖는 것인 방법.
  8. 제6항에 있어서, 개체가 한 대립유전자 상에 5개 이상의 반복 서열을 갖고 두번째 대립유전자 상에 14개 이상의 반복 서열을 갖는 것인 방법.
  9. 제1항에 있어서, 상기 (1)의 결정 단계가 상기 개체로부터 얻은 게놈 DNA의 샘플을 서열 1, 서열 2, 서열 3, 서열 4, 서열 5, 서열 6, 서열 7, 서열 8, 서열 9, 서열 10, 서열 11, 서열 12, 및 이들의 상보적 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택되는 폴리뉴클레오티드의 연속적인 뉴클레오티드 8 내지 500개를 포함하는 프로브와 혼성화시키는 단계를 포함하는 것인 방법.
  10. 제1항에 있어서, 상기 (1)의 결정 단계가 상기 개체로부터 얻은 게놈 DNA의 샘플을 서열 19, 서열 20, 서열 21, 서열 22, 서열 23, 및 이들의 상보적 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택되는 폴리뉴클레오티드와 혼성화시키는 단계를 포함하는 것인 방법.
  11. 제1항에 있어서, 상기 (1)의 결정 단계가 인터페론 수용체 유전자의 유전자형을 결정하기에 충분한 수의 뉴클레오티드를 함유하는 인터페론 수용체 유전자의 영역을 증폭시키는 단계를 포함하는 것인 방법.
  12. 제9항에 있어서, 상기 프로브가 핵산 칩에 고정된 것인 방법.
  13. 제10항에 있어서, 상기 프로브가 핵산 칩에 고정된 것인 방법.
  14. (1) 인터페론으로 치료될 개체로부터의 샘플에서 데이터 기록 수단을 이용하여 인터페론 수용체 유전자의 유전자형을 기록하는 단계,
    (2) 상기 (1)의 유전자형을, 인터페론 요법의 효능과 상기 인터페론 수용체의 유전자형과의 관련성을 나타내는 컴퓨터에 저장된 매트릭스와 비교하는 단계, 및
    (3) 상기 인터페론 수용체 유전자의 유전자형에 기초하여 인터페론 요법의 효능을 평가하는 단계
    를 포함하는, 상기 개체에서 인터페론 요법의 효능을 평가하는 방법.
  15. 제14항에 있어서, 상기 (3)의 평가 단계가 단계 (2)의 비교 결과를 출력하는 단계를 포함하는 것인 방법.
  16. 제14항에 있어서, 상기 (1)의 기록 단계가 단계 (2)의 비교에 사용되는 컴퓨터에 유전자형을 입력하는 단계를 포함하는 것인 방법.
  17. 제15항에 있어서, 상기 출력 단계가 컴퓨터 스크린 상에 결과를 표시하는 것을 포함하는 것인 방법.
  18. 제15항에 있어서, 상기 출력 단계가 결과를 인쇄하는 것을 포함하는 것인 방법.
  19. 제13항에 있어서, 상기 인터페론 수용체가 인터페론 α 수용체 또는 인터페론 β 수용체인 방법.
  20. 제13항에 있어서, 상기 (1)의 비교 단계가 인터페론 수용체 유전자 프로모터에서의 GT 반복 서열의 수를 상기 매트릭스와 비교하는 것을 포함하는 것인 방법.
  21. 제13항에 있어서, 상기 개체가 C형 간염 바이러스로 감염된 것인 방법.
  22. 제20항에 있어서, 상기 개체에서 적어도 하나의 대립유전자 상에 5개 이상의 GT 반복 서열이 존재하는 것이 인터페론 요법이 효과적일 것임을 지시하는 것인 방법.
  23. 제22항에 있어서, 개체가 둘 모두의 대립유전자 상에 5개 이상의 GT 반복 서열을 갖는 것인 방법.
  24. 제22항에 있어서, 개체가 한 대립유전자 상에 5개 이상의 반복 서열을 갖고 두번째 대립유전자 상에 14개 이상의 반복 서열을 갖는 것인 방법.
  25. (1) 특정 개체의 인터페론 수용체의 유전자형을 기록하기 위한 수단,
    (2) 상기 개체에서의 인터페론 수용체의 유전자형을, 인터페론 요법의 효능과 상기 인터페론 수용체의 유전자형과의 관련성을 나타내는 매트릭스와 비교하기 위한 수단, 및
    (3) 상기 유전자형과 상기 매트릭스의 비교 결과를 출력하기 위한 수단
    을 포함하는 컴퓨터 프로그램.
  26. 제25항에 있어서, 상기 인터페론 수용체가 인터페론 α 수용체 또는 인터페론 β 수용체인 컴퓨터 프로그램.
  27. 제25항에 있어서, 상기 (2)에서의 비교가 인터페론 수용체 유전자 프로모터에서의 GT 반복 서열의 수를 상기 매트릭스와 비교하는 것을 포함하는 것인 컴퓨터 프로그램.
  28. 제25항에 있어서, 상기 개체가 C형 간염 바이러스로 감염된 것인 컴퓨터 프로그램.
  29. 제27항에 있어서, 상기 개체에서 적어도 하나의 대립유전자 상에 5개 이상의 GT 반복 서열이 존재하는 것이 인터페론 요법이 효과적일 것임을 지시하는 것인 컴퓨터 프로그램.
  30. 제27항에 있어서, 개체가 둘 모두의 대립유전자 상에 5개 이상의 GT 반복 서열을 갖는 것인 컴퓨터 프로그램.
  31. 제27항에 있어서, 개체가 한 대립유전자 상에 5개 이상의 반복 서열을 갖고 두번째 대립유전자 상에 14개 이상의 반복 서열을 갖는 것인 컴퓨터 프로그램.
  32. 서열 1, 서열 2, 서열 3, 서열 4, 서열 5, 서열 6, 서열 7, 서열 8, 서열 9, 서열 10, 서열 11, 서열 12, 및 이들의 상보체로 이루어진 군으로부터 선택되는 폴리뉴클레오티드 중 연속적인 뉴클레오티드 8 내지 500개를 포함하는 핵산 프로브.
  33. 제32항의 핵산 프로브를 포함하는 핵산 검출용 칩.
  34. 서열 19, 서열 20, 서열 22, 서열 23, 및 이들의 상보체로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 핵산 프로브.
  35. 제34항의 핵산 프로브를 포함하는 핵산 검출용 칩.
  36. 서열 13, 서열 14, 서열 15, 서열 16, 서열 17 및 서열 18로 이루어진 군으로부터 선택되는 폴리뉴클레오티드.
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