JP4110159B2

JP4110159B2 - インターフェロンを投与されるべき個体においてインターフェロン療法の有効性を予測する方法、その方法をコンピュータにより実行させるためのプログラム、インターフェロン感受性に関連する多型部位の遺伝子型を検出するための核酸プローブ、およびその核酸プローブを具備する塩基配列検出用チップ

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Publication number: JP4110159B2
Application number: JP2005239873A
Authority: JP
Inventors: 俊治三代; 裕彦太田
Original assignee: Toshiba Corp
Current assignee: Toshiba Corp
Priority date: 2005-08-22
Filing date: 2005-08-22
Publication date: 2008-07-02
Anticipated expiration: 2021-09-18
Also published as: JP2005341974A

Description

本発明は、インターフェロンを投与されるべき個体、特に、Ｃ型肝炎ウイルス感染者におけるインターフェロン療法の有効性を予測する方法、その方法をコンピュータに実行させるためのプログラム、インターフェロン感受性に関連する多型を含むポリヌクレオチドおよびその断片、並びに前記ポリヌクレオチドまたは断片を具備する塩基配列検出用チップに関する。

日本にはＨＣＶ感染者が２００万人存在する。Ｃ型肝炎ウイルス（以下、ＨＣＶと称す）に感染すると、７０％近くの人は慢性肝炎を発症し、そのうちの一部は１０年から２０年を経た後に肝癌を発症すると考えられている。慢性肝炎の治療には、インターフェロン（以下、ＩＦＮと記す）が有効である。しかしながらその一方で、ＩＦＮの効果は、宿主およびウイルスの側の要因により大きく左右されるため、ＩＦＮの副作用やその高額な治療費を考慮すると、効果の期待できない患者にＩＦＮを投与することは患者を苦しめるだけではなく、無駄に多額の医療費を患者にも国にも負担させることになってしまう。従って、個々の患者についてＩＦＮ治療効果がどの程度期待出来るかどうか予め診断することには大きな意味がある。

ＨＣＶ感染患者に対するＩＦＮの治療効果に影響を与える因子として、ウイルス側の因子と患者側の因子が知られている。

ウイルス側の因子としては、血中のウイルス量が多い患者ほどＩＦＮの効果が低いこと、また、患者が感染しているウイルスのタイプによって、治療効果に違いのあることが知られている（A. Tsubota et al., Hepatology 19, 1088-1094, 1994）。血中ウイルス量は、ＨＣＶを一旦ｃＤＮＡに変化させた後に、ポリメラーゼ連鎖反応（以下、ＰＣＲと記す）により定量されている。また、ウイルスのタイピングは、ＮＳ５領域の配列をＰＣＲで増幅し、その塩基配列を決定すること等により行われている。

一方、宿主の側の要因によってもＩＦＮの治療効果は異なる。例えば、マンノース結合レクチン（ＭＢＬ）の遺伝子の２箇所のＳＮＰのタイプにより（M.Matsushita et al., J.Hepatology, 29;695-700, 1998）、また、ＭｘＡ遺伝子のプロモータ領域に存在するＳＮＰのタイプにより、ＩＦＮの治療効果が左右されること（M.Hijikata et al., Intervirology, 43;124-127, 2000）が知られている。例えば、当該ＳＮＰの遺伝子型がＧ／Ｇ、Ｇ／Ｔ、Ｔ／Ｔである患者の順に治療効果は高くなることが報告されている（M. Hijikata, Y. Ohta and S. Mishiro, Intervirology 43, 124-127, 2000）。また、マンノース結合レクチンをコードするＭＢＬ遺伝子の二箇所のＳＮＰがＸＢタイプのハプロタイプである患者は、ＹＡタイプのハプロタイプである患者よりも、ＩＦＮの効き目が悪いことが知られている（M. Matsushita et al., J. Hepatology 29, 695-700, 1998）。これらＳＮＰの決定は、ＳＮＰを含むＤＮＡ断片をＰＣＲにて増幅し、その塩基配列を決定することにより行われている。

しかしながら、上述したウイルスのタイプ、ＭｘＡおよびＭＢＬのＳＮＰなどのデータを以てしても、従来の方法では、ＩＦＮの効果を臨床的に十分に予想するには至っていない。

従って、本発明の目的は、インターフェロンを投与されるべき個体、特に、ＨＣＶ感染者におけるＩＦＮの治療効果の程度、即ち、ＩＦＮ療法の有効性を従来よりも精度よく予測する方法を提供することである。

本発明者らは、上記の目的を達成するために鋭意研究を行い、以下のような手段を見出した。即ち、
インターフェロンを投与されるべき個体においてインターフェロン療法の有効性を予測する方法であって、
（１）前記個体に由来するサンプルを得ること、
（２）（１）のサンプルについて、以下の型を順不同に決定すること、
（ａ）前記個体のＭｘＡ−８および／またはＭｘＡ−１２３の遺伝子型を決定すること、
（ｂ）前記個体のＭＢＬ−２２１とＭＢＬのコラーゲン様ドメインのコドン５４の遺伝子型を決定すること、
（３）（２）で決定された型からインターフェロン療法の有効性の予測を行うこと、
を具備するインターフェロンを投与されるべき個体においてインターフェロン療法の有効性を予測する方法である。

本発明は、これまでに本発明者らが、Ｃ型肝炎患者において、患者の２種類の遺伝子（即ち、ＭＢＬおよびＭｘＡ）に含まれるインターフェロン（以下、ＩＦＮと記す）感受性関連多型の部位における遺伝子型と、その対立遺伝子の接合の状態を決定することにより、ＩＦＮ治療効果の低い患者と治療効果の高い患者を従来よりも精度よく予測できることを発見したことに基づく。

即ち、本発明に従うと、（１）ＭＢＬの多型の遺伝子型がＸＢタイプであり、且つＭｘＡ−８８の遺伝子型がＧ／Ｇホモ接合および／またはＭｘＡ−１２３の遺伝子型がＣ／Ｃホモ接合である場合に、Ｃ型肝炎患者はＩＦＮ抵抗性である確率が非常に高い；（２）ＭＢＬの多型の遺伝子型がＹＡタイプであり、且つＭｘＡ−８８の遺伝子型がＧ／Ｔヘテロ接合若しくはＴ／Ｔホモ接合であり、および／またはＭｘＡ−１２３の遺伝子型がＣ／Ａヘテロ接合若しくはＡ／Ａホモ接合である場合に、Ｃ型肝炎患者はＩＦＮ易感受性である確率が高い；という知見を基礎としたＣ型肝炎患者のＩＦＮ療法の有効性を予測する方法が提供される。

また、一般的に感染したウイルスの型（以下、タイプとも称する）によって、ＩＦＮの治療効果は異なる。即ち、タイプ１のＣ型肝炎ウイルス（以下、ＨＣＶと記す）に感染した患者は一般的にＩＦＮ療法の有効性は低く、タイプ２のＨＣＶに感染した患者は一般的にＩＦＮ療法の有効性は高い。従って、本発明に従うと、患者の感受性関連多型の遺伝子型を決定し、それを基に、タイプ１のＨＣＶ感染者であってもＩＦＮ療法が有効である可能性の高い患者を検出する、およびタイプ２のＨＣＶ感染者のうちＩＦＮ療法が有効でない可能性の高い患者を検出するためのＣ型肝炎患者のＩＦＮ療法の有効性を予測する方法が提供される。

また、本明細書において「インターフェロン」とは、インターフェロンα、β、γおよび／またはωを示す語として使用する。

ここで使用される「ＩＦＮ感受性関連多型」とは、ＩＦＮの有効性を左右する多型遺伝子をいう。

ここにおいて「多型遺伝子」または「多型」とは、１つの遺伝子座を占める複数種の対立遺伝子群、又はこのような対立遺伝子群に属する個々の対立遺伝子を指称するものとする。また、多型部位の中で１塩基のみが異なるものは、特に「単塩基多型」（Single Nucleotide Polymorphism、以後、SNPと称する）と指称する。

また、ここで使用する「遺伝子型」の語は、注目している遺伝子座の対立遺伝子の存在状態を示す。また、「ＭＢＬの遺伝子型」の語は、ＭＢＬ遺伝子に含まれる複数のＩＦＮ感受性関連多型の遺伝子型を総括的に表す。例えば、ＹＡおよびＸＢなどである。同様に「ＭｘＡの（多型の）遺伝子型」の語は、ＭｘＡ遺伝子に含まれる複数のＩＦＮ感受性関連多型の遺伝子型を総括的に表す。例えば、Ｇ／Ｇ−Ｃ／ＣおよびＴ／Ｔ−Ａ／Ａなどである。

Ｉ．各ＩＦＮ感受性関連多型とＩＦＮの効果
１．ＭｘＡ遺伝子とＩＦＮの効果
ＭｘＡタンパク質は、インフルエンザウイルスに抵抗性を有するマウスから見出されたインターフェロン依存性タンパク質であり、ヒトにも見出されている。ＭｘＡタンパク質は、また、Ｃ型肝炎ウイルス(以下、HCVと称する)の感染者におけるＭｘＡｍＲＮＡ及びＭｘＡタンパク質の発現レベルが、インターフェロン療法に対する感染者の応答と関連があることが報告されている。例えば、ヒトの細胞がＩＦＮに反応するとＭｘＡ蛋白質の合成が高まること、また、ＭｘＡ遺伝子のプロモータ領域に存在する一塩基多型（single nucleotide polymorphism；以下、SNPと記す）は、ＩＦＮの治療効果に影響を与えることが知られている。

図１に示す通り、ＩＦＮの効果に影響を及ぼすＭｘＡの多型は、ＳＮＰであり、ＭｘＡのプロモータ領域における−８８位（以下、MxA-88またはMxA(-88)と記す）と−１２３位（以下、MxA-123またはMxA(-123)と記す）に存在する（図１）。

これらの「−８８位」および「−１２３位」の表記は、ＭｘＡ遺伝子の転写開始部位を＋１とした場合の位置である。これらのＳＮＰ部位およびＩＦＮ感受性に関連しない他の多型以外の領域は各配列ともに共通である。本明細書の配列表に記載した各配列中、他の多型部位は主に任意の塩基を表す表記「N」または「ｎ」によって示される。しかしながら「Ｎ」および「ｎ」は、当該ＩＦＮ感受性関連の多型部位の任意の塩基を表す場合にも使用される。「Ｎ」および「ｎ」はアデニン、チミン、グアニンまたはシトシンの何れかの塩基を示す。

図１に示す通り、ＭｘＡ−８８の遺伝子型の取り得る塩基はグアニン（以下、Ｇと記す）またはチミン（以下、Ｔと記す）であり、ＭｘＡ−１２３の遺伝子型の取り得る塩基はシトシン（以下、Ｃと記す）またはアデニン（以下、Ａと記す）である。

ＭｘＡ−８８およびＭｘＡ−１２３を含むヒトＭｘＡ遺伝子のプロモータ領域を包含するポリヌクレオチドを、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、および配列番号８に示す。

ＩＦＮ感受性に関連するＳＮＰ部位は、配列番号１から配列番号８における４５５位と４２０位とに存在する。この部位は、転写開始部位を＋１とする通常の表記によれば、それぞれ−８８位と−１２３位に相当する。従って、以下、本明細書を通じて、配列番号１から配列番号８の４５５位を「ＭｘＡ−８８」と称し、配列番号１から配列番号８の４２０位を「ＭｘＡ−１２３」と記す。

各々のポリヌクレオチドの４４１〜４５６位には、インターフェロン応答配列（interferon-stimulated response element）（以下、ISREと称する）が存在する。ここで「ＩＳＲＥ」とは、インターフェロンα、β、γ、またはωの刺激によって誘導される遺伝子の転写調節領域に存在する約１２〜１５のヌクレオチドからなる塩基配列を意味する。

配列番号１の４４１〜４５６位のＩＳＲＥの塩基配列は、「GGTTTCGTTTCTGCTC」（配列番号９）であり、ＩＳＲＥの１５番目がＭｘＡ−８８に相当し、Ｔである。

配列番号２の４４１〜４５６位のＩＳＲＥの塩基配列は、「GGTTTCGTTTCTGCGC」（配列番号１０）であり、ＩＳＲＥの１５番目がＭｘＡ−８８に相当し、Ｇである。

配列番号３の４４１〜４５６位のＩＳＲＥの塩基配列は、「GGTTTCGTTTCTGCAC」（配列番号１１）であり、ＩＳＲＥの１５番目がＭｘＡ−８８に相当し、Ａである。

配列番号４の４４１〜４５６位のＩＳＲＥの塩基配列は、「GGTTTCGTTTCTGCCC」（配列番号１２）であり、ＩＳＲＥの１５番目がＭｘＡ−８８に相当し、Ｃである。

以下、ＳＮＰの遺伝子型とＩＦＮ感受性の関連について説明する。

これらのＩＳＲＥの１５番目のヌクレオチド（即ち、ＭｘＡ−８８）がチミンである配列（配列番号９）を有するＨＣＶ感染者は、インターフェロン療法が有効であるのに対して、１５番目のヌクレオチドがチミンである配列（配列番号９）を持たないＨＣＶ感染者は、インターフェロン療法が有効でない。

即ち、ＭｘＡ−８８の遺伝子型をＴ／Ｔホモ接合（以下、T/Tホモ、または単にT/Tと略記する）で有する感染者またはＧ／Ｔヘテロ接合（以下、G/Tヘテロ、または単にG/Tと略記する）で有する感染者は、Ｇ／Ｇホモ接合（以下、G/Gホモ、または単にG/Gと略記する）で有する感染者よりもＩＦＮ療法は有効である。

また、ＭｘＡ−１２３の遺伝子型がアデニンであるヌクレオチド断片をＡ／Ａホモ接合（以下、A/AホモまたはA/Aと記す）またはＣ／Ａヘテロ接合（以下、C/AヘテロまたはC/Aと記す）で有するＨＣＶ感染者は、インターフェロン療法が有効である可能性が高いのに対して、ＭｘＡ−１２３の遺伝子型がシトシンのホモ接合体（即ち、C/Cホモ接合、以下、C/CホモまたはC/Cと記す）であるＨＣＶ感染者はインターフェロン療法が有効である可能性は低い。

２．ＭＢＬ遺伝子とＩＦＮの効果
Ｃ型肝炎患者におけるＩＦＮの効果は、ＭＢＬ遺伝子の多型部位における遺伝子型によっても影響を受ける。図２に示す通り、ＩＦＮの効果に影響を及ぼす多型部位は、一塩基多型(single nucleotide polymorphism：以下、ＳＮＰと称する）であり、ＭＢＬ遺伝子のプロモータ領域の−２２１位（以下、MBL-221と記す）と、ＭＢＬ遺伝子のエクソン１のコドン５２、５４および５７に存在する（図２）。

この「−２２１位」の表記は、ＭＢＬ遺伝子の転写開始部位を＋１とした場合の位置である。これらのＳＮＰ部位およびＩＦＮ感受性に関連しない他の多型以外の領域は各配列ともに共通である。本明細書の配列表に記載した各配列中、他の多型部位は主に任意の塩基を表す表記「ｎ」によって示される。しかしながら「ｎ」は、当該ＩＦＮ感受性関連の多型部位の任意の塩基を表す場合にも使用する。

ＭＢＬ−２２１とコドン５２、５４および５７を含むＭＢＬ遺伝子を配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３および配列番号４４に示す。ＭＢＬ−２２１はこれらのポリヌクレオチドの４２５位に存在するＳＮＰである。このＳＮＰ部位は、転写開始部位を＋１とする通常の表記によれば−２２１位である。従って、以下、本明細書を通じて、配列番号１から配列番号８の４２５位を「ＭＢＬ−２２１」と記す。

また、エクソン１はこれらのポリヌクレオチドの６４６位から始まり、コドン５２は同８６８から８７０位に、コドン５４は同８７４から８７６位に、コドン５７は同８８３から８８５位に存在する。コドン５２のＳＮＰは同８６８位に、コドン５４のＳＮＰは同８７５位に、コドン５７のＳＮＰは同８８４に存在する。これらのＳＮＰ部位は、転写開始部位を＋１とする通常の表記によれば、それぞれ８６８位、８７５位および８８４位に相当する。

図２に示す通りに、ＭＢＬ−２２１の遺伝子型の取り得る塩基は、ＣまたはＧであり、Ｃの場合にはタイプＸと称し、Ｇの場合にはタイプＹと称す（この命名法はマッドセンらに従う；Madsen HO, Garred P, Thiel S, Kurtzhals JAL, Lamm LU, Ryder LP, et al. 「プロモータと構造遺伝子との間の相互作用はヒトマンナン結合蛋白質の最低血清レベルをコントロールする」 J Immuol 1995;155:3013-20）。

ＭＢＬ遺伝子のエクソン１のコドン５２、５４および５７は、構造遺伝子であるコラーゲン様ドメイン内に存在する。図２に示す通りに、コドン５２の取り得る遺伝子型は、ＣＧＴまたはＴＧＴであり、マッドセンらの分類によると前者がタイプＡ、後者がタイプＤである（図２）（マッドセンら、前掲）。同様に、コドン５４の取り得る遺伝子型は、ＧＧＣまたはＧＡＣであり、同分類によると前者がタイプＡ、後者がタイプＢである（図２）（マッドセンら、前掲）。また、コドン５７の取り得る遺伝子型はＧＧＡまたはＧＡＡであり、同分類によると前者がタイプＡ、後者がタイプＣである（図２）（マッドセンら、前掲）。これら全てコドンにおいて、タイプＡは野生型対立遺伝子であり、その他のタイプＢ、ＣおよびＤは変異型対立遺伝子である。コドン５２、５４および５７の対立遺伝子が全てタイプＡである場合には、他の場合、即ち、少なくとも何れかの対立遺伝子がタイプＡではない場合に比較してＩＦＮの効果は高い。

上記ＭＢＬ−２２１がタイプＹであり、且つコドン５２、５４および５７の対立遺伝子がタイプＡである、ＹＡ−ＹＡホモ接合である患者の場合、他のタイプの患者に比べてＩＦＮの効果は得られやすい。また、上記ＭＢＬ−２２１がタイプＹであり、且つコドン５２、５４および５７の対立遺伝子の何れかがタイプＡではない場合、即ち、ＹｎｏｎＡ−ＹＡヘテロ接合またはＹｎｏｎＡ−ＹｎｏｎＡホモ接合である患者の場合には、ＹＡ−ＹＡホモ接合の患者に比べてＩＦＮの効果は得られにくい。

また、日本人においては、コラーゲン様ドメインの変異型はコドン５４に存在する場合が多い。従って、日本人の場合は、コドン５４に含まれるＳＮＰについてのみ決定してもよい。一方、日本人以外の人種では、コラーゲン様ドメイン内のコドン５４よりも、コドン５２および５７のＳＮＰに変異型対立遺伝子を有する場合もある。その場合、コドン５２および／または５７の遺伝子型を決定すればよい。また、人種に関係なく、コドン５２、５４および５７の遺伝子型を同時に検出してもよい。

ＩＩ．患者の遺伝子型からインターフェロン療法の有効性を予測する方法
１．Ｃ型肝炎患者のＩＦＮ抵抗性の予測
本発明に従うと、患者のＭＢＬおよびＭｘＡ遺伝子に含まれる多型の遺伝子型を決定して得られる結果をオリジナルな方法で解析することにより、従来の予測と実測の一致率よりも顕著に高い一致率を得ることが可能である。具体的には、ＭＢＬがＸＢタイプであり、且つＭｘＡ−８８がＧ／Ｇホモあるか又はＭｘＡ−１２３がＣ／Ｃホモである患者と、ＭＢＬがＸＢタイプであり、且つＭｘＡ−８８がＧ／Ｇホモあり、且つＭｘＡ−１２３がＣ／Ｃホモである患者はＩＦＮ抵抗性である可能性が非常に高い。従って、そのような患者にはＩＦＮ治療は控えることが望ましいと考えられる。

（１）本発明の予測値と従来の予測値の比較
Ｃ型肝炎患者の従来知られていたＩＦＮ抵抗性に関する知見は以下の通りである；
（ａ）ＭＢＬの遺伝子多型においてはＸＢタイプがＩＦＮ抵抗性に関与している；
（ｂ）ＭｘＡプロモータの−８８位のＳＮＰにあってはＧ／ＧホモがＩＦＮ抵抗性に関与している；
（ｃ）ＭｘＡプロノーターの−１２３位のＳＮＰにあってはＣ／ＣホモがＩＦＮ抵抗性に関与している。

我々は、以上の従来の方法によりＩＦＮ抵抗性を予測した場合と、実際の治療効果とを比較した（詳細は実施例に記載した）。

その結果、上記（ａ）に関しては、ＩＦＮ抵抗性を予測せしめる遺伝子型であるＸＢタイプを示したＣ型肝炎患者は８５名であったが、実際にＩＦＮ治療が無効であったのはそのうちの６５名であった。従って、予測値と実際値の一致率は７６％であった。

上記（ｂ）に関しては、ＩＦＮ抵抗性を予測せしめる遺伝子型であるＧ／Ｇホモを示したＣ型肝炎患者は７５名であったが、実際にＩＦＮ治療が無効であったのはそのうちの５９名であった。従って、予測値と実際値の一致率は７９％であった。

上記（ｃ）に関しては、ＩＦＮ抵抗性を予測せしめる遺伝子型であるＣ／Ｃホモを示したＣ型肝炎患者は９１名であったが、実際にＩＦＮ治療が無効であったのはそのうちの７０名であった。従って、予測値と実際値の一致率は７７％であった。

（２）本発明
一方、本発明に従ってＩＦＮ抵抗性を予測した結果を以下に示す。即ち、ＭＢＬがＸＢタイプであり、且つＭｘＡ−８８がＧ／Ｇホモであり、且つＭｘＡ−１２３がＣ／ＣホモであるＣ型肝炎患者は３９名であった。実際にＩＦＮ治療が無効であったのは、そのうちの３２名であった。従って予測値と実際値の一致率は８７％であった。驚くべきことに、本発明に従って予測を行えば、従来の方法と比較して顕著に予測確度が向上した。

本発明にしたがってＩＦＮ抵抗性を予測した結果を以下に示す。即ち、ＭＢＬがＸＢタイプであり、且つＭｘＡ−８８がＧ／ＧホモであるＣ型肝炎患者は３９名であった。実際にＩＦＮ治療が無効であったのは、そのうちの３４名であった。従って予測値と実際値の一致率は８７％であった。驚くべきことに、本発明に従って予測を行えば、従来の方法と比較して顕著に予測確度が向上した。

本発明にしたがってＩＦＮ抵抗性を予測した結果を以下に示す。即ち、ＭＢＬがＸＢタイプであり、ＭｘＡ−１２３がＣ／ＣホモであるＣ型肝炎患者は４４名であった。実際にＩＦＮ治療が無効であったのは、そのうちの３９名であった。従って予測値と実際値の一致率は８９％であった。驚くべきことに、本発明に従って予測を行えば、従来の方法と比較して顕著に予測確度が向上した。

２．Ｃ型肝炎患者のＩＦＮ易感受性の予測
本発明に従うと、患者のＭＢＬおよびＭｘＡ遺伝子に含まれる多型の遺伝子型を決定して得られる結果をオリジナルな方法で解析することにより、従来の予測と実際の一致率よりも顕著に高い一致率を得ることが可能である。具体的には、ＭＢＬがＹＡタイプであり、且つＭｘＡ−８８がＧ／ＴヘテロまたはＴ／Ｔホモでおよび／またはＭｘＡ−１２３がＣ／ＡヘテロまたはＡ／Ａホモである患者はＩＦＮ易感受性である可能性が高い。

（１）本発明の予測値と従来の予測値の比較
Ｃ型肝炎患者の従来知られていたＩＦＮ抵抗性に関する知見は以下の通りである；
（ａ）ＭＢＬの遺伝子多型においてはＹＡタイプがＩＦＮ易感受性に関与している；
（ｂ）ＭｘＡプロモータの−８８位のＳＮＰにあってはＧ／ＴヘテロまたはＴ／ＴホモがＩＦＮ易感受性に関与している；
（ｃ）ＭｘＡプロノーターの−１２３位のＳＮＰにあってはＣ／ＡヘテロまたはＡ／ＡホモがＩＦＮ易感受性に関与している。

その結果、上記（ａ）に関しては、ＩＦＮ易感受性を予測せしめる遺伝子型であるＹＡタイプを示したＣ型肝炎患者は７４名であったが、実際にＩＦＮ治療が有効であったのはそのうちの３２名であった。従って、予測値と実際値の一致率は４３％であった。

上記（ｂ）に関しては、ＩＦＮ易感受性を予測せしめる遺伝子型であるＧ／ＴヘテロまたはＴ／Ｔホモを示したＣ型肝炎患者は８４名であったが、実際にＩＦＮ治療が有効であったのはそのうちの３６名であった。従って、予測値と実際値の一致率は４３％であった。

上記（ｃ）に関しては、ＩＦＮ易感受性を予測せしめる遺伝子型であるＣ／ＡヘテロまたはＡ／Ａホモを示したＣ型肝炎患者は６８名であったが、実際にＩＦＮ治療が有効であったのはそのうちの３１名であった。従って、予測値と実際値の一致率は４６％であった。

（２）本発明
一方、本発明に従ってＩＦＮ易感受性を予測した結果を以下に示す。即ち、ＭＢＬがＹＡタイプであり、且つＭｘＡ−８８がＧ／ＴヘテロまたはＴ／Ｔホモであり、且つＭｘＡ−１２３がＣ／ＡヘテロまたはＡ／ＡホモであるＣ型肝炎患者は２７名であった。実際にＩＦＮ治療が有効であったのは、そのうちの１６名であった。従って予測値と実際値の一致率は５９％であった。驚くべきことに、本発明に従って予測を行えば、従来の方法と比較して顕著に予測確度が向上した。

一方、本発明に従ってＩＦＮ易感受性を予測した結果を以下に示す。即ち、ＭＢＬがＹＡタイプであり、且つＭｘＡ−８８がＧ／ＴヘテロまたはＴ／ＴホモであるＣ型肝炎患者は３８名であった。実際にＩＦＮ治療が有効であったのは、そのうちの２１名であった。従って予測値と実際値の一致率は５５％であった。驚くべきことに、本発明に従って予測を行えば、従来の方法と比較して顕著に予測確度が向上した。

一方、本発明に従ってＩＦＮ易感受性を予測した結果を以下に示す。即ち、ＭＢＬがＹＡタイプであり、ＭｘＡ−１２３がＣ／ＡヘテロまたはＡ／ＡホモであるＣ型肝炎患者は２７名であった。実際にＩＦＮ治療が有効であったのは、そのうちの１６名であった。従って予測値と実際値の一致率は５９％であった。驚くべきことに、本発明に従って予測を行えば、従来の方法と比較して顕著に予測確度が向上した。

３．インターフェロン療法の有効性を予測する方法
本発明によれば、インターフェロン療法の実施に先立って、インターフェロンを投与されるべき個体、特に、ＨＣＶ感染者において、前記ＳＮＰの遺伝子型を決定することによって、該ＨＣＶ感染者に対して、インターフェロン療法が有効であるかどうかを予測することができる。

本発明に従うと、ＨＣＶ感染者においてインターフェロン療法の有効性を予測する方法であって、
（１）前記感染者に由来するサンプルを得ること、
（２）（１）のサンプルについて、以下の型を順不同に決定すること、
（ａ）前記感染者のＭｘＡ−８８および／またはＭｘＡ−１２３の遺伝子型を決定すること、
（ｂ）前記感染者のＭＢＬ−２２１とＭＢＬのコラーゲン様ドメインのコドン５４の遺伝子型を決定すること、
（３）（２）で決定された型からインターフェロン療法の有効性を予測を行うこと、
を具備するＨＣＶ感染者においてインターフェロン療法の有効性を予測する方法が提供される。

前記感染者のＭｘＡ−８８およびＭｘＡ−１２３の遺伝子型は少なくとも一方を決定すれば予測は可能であるが、より好ましくは、両方の遺伝子型の決定を行い予測を行った方が予測の精度が高くなり望ましい。

また、本発明に従うと、ＭＢＬの遺伝子型がＸＢであり、且つ前記ＭｘＡ−８８の遺伝子型がＧ／Ｇであり、且つ前記ＭｘＡ−１２３の遺伝子型がＣ／Ｃである場合、或いは前記ＭＢＬの遺伝子型がＸＢであり、且つ前記ＭｘＡ−８８の遺伝子型がＧ／Ｇである場合、或いは前記ＭＢＬの遺伝子型がＸＢであり、且つ前記ＭｘＡ−１２３の遺伝子型がＣ／Ｃである場合に、ＩＦＮ療法が有効である可能性は非常に低いと予測されるＨＣＶ感染者においてインターフェロン療法の有効性を予測する方法が提供される。

また、ＨＣＶ感染者においてインターフェロン療法の有効性を予測する方法であって、前記ＭＢＬの遺伝子型がＹＡであり、且つ前記ＭｘＡ−８８の遺伝子型がＧ／ＴまたはＴ／Ｔであり、且つ前記ＭｘＡ−１２３の遺伝子型がＣ／ＡまたはＡ／Ａである場合、前記ＭＢＬの遺伝子型がＹＡであり、且つ前記ＭｘＡ−８８の遺伝子型がＧ／ＴまたはＴ／Ｔである場合、前記ＭＢＬの遺伝子型がＹＡであり、且つ前記ＭｘＡ−１２３の遺伝子型がＣ／ＡまたはＡ／Ａである場合、ＩＦＮ療法が有効である可能性は非常に高いと予測されるＨＣＶ感染者においてインターフェロン療法の有効性を予測する方法が提供される。

更に、インターフェロン療法の適応症はＣ型肝炎に限られないので、本発明に従うと、インターフェロンを投与されるべき個体においてインターフェロン療法の有効性を予測する方法であって、
（１）前記個体に由来するサンプルを得ること、
（２）（１）のサンプルについて、以下の型を順不同に決定すること、
（ａ）前記個体のＭｘＡ−８８および／またはＭｘＡ−１２３の遺伝子型を決定すること、
（ｂ）前記個体のＭＢＬ−２２１とＭＢＬのコラーゲン様ドメインのコドン５４の遺伝子型を決定すること、
（３）（２）で決定された型からインターフェロン療法の有効性を予測を行うこと、
を具備するインターフェロンを投与されるべき個体においてインターフェロン療法の有効性を予測する方法が提供される。

本方法を適用すべき個体は、インターフェロン療法が有効である疾患、好ましくはインターフェロンα、βまたはωが有効である疾患に罹患した患者であり得る。また、前記個体は、健康な者であってもよい。インターフェロンα、βまたはωが有効である疾患には、Ｃ型肝炎の他に、膠芽腫、髄芽腫、星細胞腫、皮膚悪性黒色腫、Ｂ型肝炎、腎癌、多発性骨髄腫、ヘアリー細胞白血病、慢性骨髄性白血病、亜急性硬化性全脳炎、ウイルス性脳炎、免疫抑制患者の全身性帯状疱疹及び水痘、上咽頭未分化癌、聴力低下を伴うウイルス性内耳感染症、ヘルペス性角膜炎、偏平コンジローマ、尖圭コンジローマ、アデノウイルス及びヘルペスウイルス感染による結膜炎、性器ヘルペス、口唇ヘルペス、子宮頸癌、癌性胸水症、角化棘細胞腫、基底細胞癌、δ型慢性活動性肝炎が含まれるが、これらに限定されない。

図３を用いて本発明の１態様を説明する。以下の操作は全て実施者の手によって行われる。

ステップ３ａでは、実施者が、インターフェロンを投与されるべき個体から血液サンプル等のサンプルを採取し、予測を開始する。採取されたサンプルは、必要に応じて精製および抽出などの処理がなされた後で、ＭＢＬおよびＭｘＡの遺伝子型を決定する。具体的には、ＭｘＡ−８８、ＭｘＡ−１２３の少なくとも一方の遺伝子型、ＭＢＬ−２２１の遺伝子型、ＭＢＬのコラーゲン様ドメインのコドン５４の遺伝子型を順不同で決定し、ステップ３ｂへ進む。

ステップ３ｂでは、ステップ３ａにおいて決定したＭＢＬとＭｘＡの遺伝子型を基に、当該個体がＩＦＮ抵抗性であるのか、またはＩＦＮ易感受性であるのかのＩＦＮ感受性を決定し、ステップ３ｃへ進む。この決定は予めＩＦＮ感受性を決定する指標となる遺伝子型を定めておくことにより行うことが可能である。そのような指標となる遺伝子型は表１に示す通りである。即ち、ＭＢＬがＸＢタイプである、またはＭｘＡ−８８がＧ／Ｇである、またはＭｘＡ−１２３がＣ／Ｃである場合にはＩＦＮ抵抗性であり、ＭＢＬがＹＡタイプである、またはＭｘＡ−８８がＧ／Ｔ若しくはＴ／Ｔである、またはＭｘＡ−１２３がＣ／Ａ若しくはＡ／Ａである場合にはＩＦＮ易感受性である。例えば、そのような指標をＭＢＬとした場合には、当該個体のＭＢＬの遺伝子型が、ＸＢまたはＹＡの何れかであるかによって感受性を決定する。或いは、遺伝子型とＩＦＮ感受性を対応付けたテーブル、例えば、表１に表として示したテーブル１に従って決定してもよい。

ステップ３ｃでは、ステップ３ｂにおいて決定したＩＦＮ感受性が抵抗性の場合にはステップ３ｄへ進むと判定し、易感受性である場合にはステップ３ｇへ進むと判定する。

ステップ３ｄでは、ステップ３ａで決定したＭＢＬとＭｘＡの遺伝子型の組合せが、ＸＢとＧ／Ｇ（ＭｘＡ−８８）、ＸＢとＣ／Ｃ（ＭｘＡ−１２３）、またはＸＢとＧ／Ｇ（ＭｘＡ−８８）とＣ／Ｃ（ＭｘＡ−１２３）の何れかであればステップ３ｅへ進むと判定し、それ以外の場合にはステップ３ｆへ進むと判定する。尚、本明細書においては、ＸＢとＧ／Ｇ（ＭｘＡ−８８）は「ＸＢ−Ｇ／Ｇ」、ＸＢとＣ／Ｃ（ＭｘＡ−１２３）は「ＸＢ−Ｃ／Ｃ」、ＸＢとＧ／Ｇ（ＭｘＡ−８８）とＣ／Ｃ（ＭｘＡ−１２３）は「ＸＢ−Ｇ／Ｇ−Ｃ／Ｃ」と記す。

ステップ３ｅでは、ステップ３ｄの判定の結果から、当該個体におけるＩＦＮ療法が有効である可能性は非常に低いと予測し、全予測工程を終了する。

ステップ３ｆでは、ステップ３ｄの判定の結果から、当該個体におけるＩＦＮ療法が有効である可能性は低いと予測し、全予測工程を終了する。

ステップ３ｇでは、ステップ３ａにおいて決定したＭＢＬとＭｘＡ遺伝子型の組合せが、「ＸＢ又はＧ／Ｇを含まない」（即ち、ＹＡ−Ｇ／Ｔ又はＹＡ−Ｔ／Ｔ）、「ＸＢ又はＣ／Ｃを含まない」（即ち、ＹＡ−Ｃ／Ａ、ＹＡ−ＡＡ）又は「ＸＢ又はＧ／Ｇ又はＣ／Ｃを含まない」（即ち、ＹＡ−Ｇ／Ｔ−Ｃ／Ａ、ＹＡ−Ｇ／Ｔ−Ａ／Ａ、ＹＡ−Ｔ／Ｔ−Ｃ／Ａ、ＹＡ−Ｔ／Ｔ−Ａ／Ａ）の何れかである場合にはステップ３ｈへ進むことを判定し、それ以外の場合にはステップ３ｉへ進むことを判定する。

ステップ３ｈでは、ステップ３ｄの判定の結果から、当該個体におけるＩＦＮ療法が有効である可能性は非常に高いと予測し、全予測工程を終了する。

ステップ３ｉでは、ステップ３ｄの判定の結果から、当該個体におけるＩＦＮ療法が有効である可能性は高いと予測し、全予測工程を終了する。

図４を用いて本発明の他の１態様を説明する。以下の操作は全て実施者の手によって行われる。

ステップ４ａでは、実施者が、インターフェロンを投与されるべき個体から血液サンプル等のサンプルを採取し、予測を開始する。採取されたサンプルは、必要に応じて精製および抽出などの処理がなされた後で、ＭＢＬおよびＭｘＡの遺伝子型を決定する。具体的には、ＭｘＡ−８８およびＭｘＡ−１２３の遺伝子型、ＭＢＬ−２２１の遺伝子型、ＭＢＬのコラーゲン様ドメインのコドン５４の遺伝子型を順不同で決定し、ステップ４ｂへ進む。

ステップ４ｂでは、ステップ４ａにおいて決定したＭＢＬとＭｘＡの遺伝子型を基に、遺伝子型とＩＦＮの感受性を対応付けたテーブル１を検索して対応するＩＦＮ感受性を抽出し、当該個体がＩＦＮ抵抗性であるのか、またはＩＦＮ易感受性であるのかを決定し、ステップ４ｃへ進む。或いは、この決定は予めＩＦＮ感受性を決定する指標となる遺伝子型を定めておくことにより行ってもよい。例えば、そのような指標をＭＢＬとした場合には、当該個体のＭＢＬの遺伝子型が、ＸＢまたはＹＡの何れかであるかによって感受性を決定する。

ステップ４ｃでは、ステップ４ｂで決定したＩＦＮ感受性が抵抗性である場合にはステップ４ｄへ進むことを判定し、易感受性である場合にはステップ４ｅへ進むことを判定する。

ステップ４ｄでは、ステップ４ａで決定したＭＢＬおよびＭｘＡの遺伝子型を基に、遺伝子型とＩＦＮの効果を対応付けたテーブル２を検索して対応するＩＦＮの効果を抽出し、それによってＩＦＮ療法の有効性を予測し、全予測工程を終了する。

ステップ４ｅでは、ステップ４ａ決定したＭＢＬおよびＭｘＡの遺伝子型を基に、テーブル２に従って対応するＩＦＮの効果を抽出し、その結果からＩＦＮ療法の有効性を予測する。以上で予測を終了する。

ここで使用されるテーブルは遺伝子型とＩＦＮ感受性またはＩＦＮの効果を対応付けた情報である。各テーブルを表として示したものがそれぞれのテーブル番号に対応する表である。上述の方法において使用した各表は例として示したものである。また、ここで使用されるテーブルおよび表は、各遺伝子型とＩＦＮの効果を対応付けたものであればよい。例えば、表２は、ＩＦＮ抵抗性の遺伝子型とＩＦＮの効果の関係を示す表である。使用される表は、そのうちの何れかの成分のみを含む表であってもよく、或いは他の組合せの成分からなる表であってもよい。また、上述の例ではステップ４ｄとステップ４ｅにて参照したテーブルとして、表２を使用しているが、夫々のステップ毎に必要な項目を予め選択して作製した２つの表を使用してもよい。或いは他の組合せの成分からなる表であってもよい。成分の選択は、例えば、ステップ４ｅで使用されるテーブルには、抵抗性に関連する遺伝子型と著効または非著効の関連を示す情報を選択し、ステップ４ｄでは易感受性に関連する遺伝子型と著効または非著効の関連を示す情報を選択すればよい。しかしながらこれに限られるものではなく、成分の選択は実施者が任意に行ってよい。

また、ここで使用される表２に記載される成分としての数値は、遺伝子型とＩＦＮ感受性またはＩＦＮの効果を対応付けた情報を示す表示の１例であり、当該表に記載の数値に限定されるものではない。即ち、遺伝子型と著効または非著効との相関関係を実質的に示すことが可能な表記であれば、例えば、「○」、「×」、「△」であっても、簡略化された数値によるスコア（例えば、１、２、３、４および５等）であってもよい。

ＩＦＮ感受性に関連する多型の遺伝子型を決定する手段は、それ自身公知の何れの手段を用いておこなってよい。例えば、対象となる個体から得たサンプル、より、目的のポリヌクレオチドを含む核酸を調製し、遺伝子型を決定すればよい。

本発明の方法の対象となる「個体」は、ヒト、イヌ、ネコ、ウシ、ヤギ、ブタ、ヒツジ、及びサルを含む任意の哺乳動物であり得るが、ヒトが最も好適な個体である。

ここで使用される「サンプル」とは、生物個体から採取した血液、血清、リンパ液および組織などの生物試料をいう。また、「サンプル」必要に応じて、生物試料をホモジネートおよび抽出等の必要な任意の前処理を行って得た試料であってもよい。このような前処理は、対象となる生物試料に応じて当業者によって選択され得るであろう。

生物試料から調製される目的のポリヌクレオチドを含む核酸は、ＤＮＡおよびＲＮＡから調製すればよい。例えば、対象からゲノムＤＮＡサンプルを準備する手段は、対象から得た末梢血中の白血球、単球、リンパ球および顆粒球等の血球細胞からフェノールクロロホルム法、塩析法または市販のキット等を用いて抽出する方法等、一般的に使用される何れの手段を用いて行うことが可能であるmRNAを抽出する場合には、オリゴｄＴカラムにかけてもよい。。

ポリヌクレオチドの量が少ないときには、必要に応じてポリヌクレオチドを増幅する操作を行ってもよい。増幅操作は、例えば、逆転写ポリメラーゼ反応(RT-PCR)を含むポリメラーゼ連鎖反応（以下PCRと略記する）によって行い得る。

必要に応じて、抽出操作及び／又は増幅操作を行った後に、目的とする多型部位の遺伝子型を決定する。遺伝子型を決定する手段は、直接シークエンス法、ＳＳＣＰ法、オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション法および特異的プライマー法等の一般的に使用される何れの手段を使用してもよい。

決定すべきヌクレオチドが、制限酵素の認識部位の中に存在している場合には、制限酵素断片長多型法を用いてもよい。例えば、上記ＭｘＡ遺伝子のプロモータ領域の多型を決定する場合、４５５位のヌクレオチドがグアニンである配列番号３のＩＳＲＥは、塩基配列GCGCを特異的に認識して切断し得る制限酵素ＨｈａＩによって切断されるのに対して、４５５位のヌクレオチドがグアニンでない場合は、ＨｈａＩによって切断されない。従って、配列番号１の４５５位のヌクレオチドを同定する場合には、ＨｈａＩを用いたＲＦＬＰ法を使用し得る。

その他、多型を決定する方法としては、ＰＣＲ−ＳＳＰ(PCR-specific sequence primers)法、ドットプロット法とＰＣＲを組み合わせたPCR-SSO（PCR-sequence specific oligonucleotide）法、及びＰＣＲ−ＳＳＣＰ法等の周知の方法を使用することもできるが、これらに限定されない。

なお、ドットブロット法とは、配列が既知のプローブ核酸鎖を用いて、試料中に含まれる特定の配列をもった核酸鎖を検出する一つの方法である。この方法では、例えば基板上の有機薄膜に一本鎖核酸の試料を固定化し、次に蛍光物質等で標識した一本鎖のプローブ核酸鎖の溶液をこの薄膜上の試料に接触させる。試料がプローブ核酸鎖と相補的な配列を有していれば、プローブ核酸鎖とハイブリダイズして二本鎖を形成するので、基板上に固定される。したがって、洗浄により未反応の核酸鎖を除去した後、プローブに付された標識を検出することにより、プローブに対して相補的な配列を有する試料核酸鎖を検出することができる。従って、本発明は、ＩＦＮ感受性関連多型遺伝子の検出における、本発明によるポリヌクレオチドのプローブとしての使用をも含むものである。また、そのようなポリヌクレオチドを含有することを特徴とする、インターフェロンを投与すべき個体に対してインターフェロン療法が有効であるかどうかを予測するための試験薬もまた、本発明に含まれる。

上記のような方法によって、ＭｘＡ−８８、ＭｘＡ−１２３、ＭＢＬ−２２１および当該コドンに存在する多型部位の遺伝子型を決定し、その結果を基にインターフェロン療法の有効性を予測することができる。

ＩＩＩ．Ｃ型肝炎ウイルスの型とＩＦＮの効果
上述した通り、Ｃ型肝炎ウイルス（以下、ＨＣＶとも記す）にはタイプ１とタイプ２の２つの型が存在する。更に、タイプ２には２ａと２ｂの二つの型が存在する。

タイプ１のＨＣＶに感染している患者よりも、タイプ２のＨＣＶに感染している患者の方が、ＩＦＮの効果はよく現れる（表３）。また、タイプ１とタイプ２の両方に感染している患者では、タイプ１のみに感染している患者と同様にＩＦＮの効果は得られにくい。また、感染しているウイルスの量が多いほどＩＦＮの効果は弱い。

従って、本発明に従うと、タイプ１に感染している患者の場合、患者側のＩＦＮ感受性関連多型の遺伝子型を決定することによって、ＩＦＮの効果が得られる可能性の高い患者を検出することが可能である。

一方、患者が感染しているＨＣＶの型がタイプ２の場合には、タイプ１に感染している場合と比較して、ＩＦＮの効果は得られ易い。従って、タイプ２に感染している患者の場合には、患者側のＩＦＮ感受性関連多型の遺伝子型を決定することによって、ＩＦＮの効果が得られる可能性の低い患者を検出することが可能である。また、本発明の方法では、ＭｘＡ遺伝子型としてＭｘＡ−８８とＭｘＡ−１２３の少なくとも一方を決定しているが、特に、ウイルスの型がタイプ１である場合には、ＭｘＡ−８８の決定を必須として決定することによって予測を行うことが望ましい。

本発明に従うと、Ｃ型肝炎感染者の感染しているＨＣＶのウイルス型、感染者のＭｘＡ−８８、ＭｘＡ−１２３、ＭＢＬ−２２１およびＭＢＬのコラーゲン様ドメインのコドン５４の遺伝子型から、Ｃ型肝炎感染者におけるインターフェロン療法の有効性を予測することが可能である。

従って、本発明に従うと、Ｃ型肝炎感染者におけるインターフェロン療法の有効性を予測する方法であって、
（１）前記感染者に由来するサンプルを得ること、
（２）（１）のサンプルについて、以下の型を順不同に決定すること、
（ａ）Ｃ型肝炎ウイルスの型を決定すること、
（ｂ）前記感染者のＭｘＡ−８８および／またはＭｘＡ−１２３の遺伝子型を決定すること、
（ｃ）前記感染者のＭＢＬ−２２１とＭＢＬのコラーゲン様ドメインのコドン５４の遺伝子型を決定すること、
（３）（２）で決定された型からインターフェロン療法の有効性を予測を行うこと、
を具備するＣ型肝炎感染者におけるインターフェロン療法の有効性を予測する方法が提供される。

以下に図５を用いてウイルスの型、ＭＢＬおよびＭｘＡの遺伝子型よりＩＦＮ療法の効果を予測する方法の１例を説明する。

ステップ５ａでは、実施者が、インターフェロンを投与されるべき個体から血液サンプル等のサンプルを採取し、予測を開始する。採取されたサンプルは、必要に応じて精製および抽出などの処理がなされた後で、ウイルスの型、並びにＭＢＬおよびＭｘＡの遺伝子型、即ち、ＭｘＡ−８８とＭｘＡ−１２３の遺伝子型、ＭＢＬ−２２１の遺伝子型、ＭＢＬのコラーゲン様ドメインのコドン５４の遺伝子型を順不同で決定し、ステップ５ｂへ進む。

ステップ５ｂでは、ステップ５ａで決定したウイルスの型にタイプ１が含まれている場合ステップ５ｃへ進むと判定し、タイプ２のみであれば（５ｄ）へ進むと判定する。

ステップ５ｃでは、ステップ５ａで決定したＭＢＬおよびＭｘＡの遺伝子型を基に、遺伝子型とＩＦＮの効果を対応付けたテーブル４を検索して対応するＩＦＮの効果を抽出し、それによってＩＦＮ療法の有効性を予測し、全予測工程を終了する。

ステップ５ｄでは、ステップ５ａで決定したＭＢＬおよびＭｘＡの遺伝子型を基に、遺伝子型とＩＦＮの効果を対応付けたテーブル５を検索し対応するＩＦＮの効果を抽出し、それによってＩＦＮ療法の有効性を予測し、全予測工程を終了する。

ここで使用されるテーブルは遺伝子型とＩＦＮ感受性を対応付けた情報である。各テーブルを表として示したものがそれぞれのテーブル番号に対応する表である。上述の方法において使用した各表は例として示したものである。ここで使用されるテーブルおよび表は、各遺伝子型とＩＦＮの効果を対応付けたものであればよい。例えば、表４は、タイプ１のＨＣＶに感染している患者における遺伝子型といＦＮの効果の関係を示す表である。一方、表５は、タイプ２のＨＣＶに感染している患者における遺伝子型とＩＦＮの効果の関係を示す表である。また、使用される表は、そのうちの何れかの成分のみを含む表であってもよく、或いは他の組合せの成分からなる表であってもよい。上述の例ではステップ５ｃとステップ５ｄにて参照したテーブルとして、それぞれ表４と表５を使用し、夫々のステップ毎に必要な項目を予め選択して作製した２つの表を使用している。しかしながら、これらをあわせて作製した１つの表を用いてもよい。或いは他の組合せの成分からなる表であってもよい。成分の選択は、例えば、ステップ５ｃで使用されるテーブルには、タイプ１のＨＣＶ感染者における遺伝子型と著効または非著効の関連を示す情報を選択し、ステップ５ｄではタイプ２のＨＣＶ感染者における遺伝子型と著効または非著効の関連を示す情報を選択すればよい。しかしながらこれに限られるものではなく、成分の選択は実施者が任意に行ってよい。

また、ここで使用される表４および５に記載される成分としての数値は、遺伝子型とＩＦＮ感受性またはＩＦＮの効果を対応付けた情報を示す表示の１例であり、当該表に記載の数値に限定されるものではない。即ち、遺伝子型と著効または非著効との相関関係を実質的に示すことが可能な表記であれば、例えば、「○」、「×」、「△」であっても、簡略化された数値によるスコア（例えば、１、２、３、４および５等）であってもよい。

また、Ｃ型肝炎ウイルスの型の決定は、それ自身公知の一般的にＣ型肝炎ウイルスの型の決定に使用される方法を使用することが可能である。例えば、プライマーを用いて、それ自身公知の増幅反応、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（一般的にPCRと称される、以下、ＰＣＲと記す）を利用した方法により行うことが可能である。例えば、典型的には逆転写 PCR、逆転写 nested PCR、またはその変法、例えば、逆 PCR、5‘RACE、3’RACEが利用できる。或いは、ＨＣＶウイルス検出方法は、ＨＣＶウイルスの夫々の型に特異的な公知の何れかのプローブを用いたハイブリダイゼーション反応を利用して行うことも可能である。

更に、遺伝子型の決定方法等は、上述したＭｘＡとＭＢＬの遺伝子型からインターフェロン療法の有効性を予測する方法と同様に行うことが可能である。

更に、上述したような本発明に従う方法は、コンピュータを用いて解析することも可能である。即ち、本発明は、コンピュータを用いてインターフェロンを投与されるべき個体においてインターフェロン療法の有効性を予測する方法であって、
（１）オペレータが前記個体に由来するサンプルを用いて決定されたＭｘＡ−８８およびＭｘＡ−１２３の遺伝子型、ＭＢＬ−２２１の遺伝子型およびＭＢＬのコラーゲン様ドメインのコドン５４の遺伝子型をコンピュータに入力すること、
（２）（１）で入力された前記遺伝子型に基づいて、予めコンピュータの記憶手段に記憶された遺伝子型とインターフェロンの有効性を対応付けたテーブルに従って、コンピュータがＩＦＮ療法の有効性を予測すること、
（３）（２）で得られた予測結果をコンピュータがオペレータに示すこと、
を具備するコンピュータを用いてインターフェロンを投与されるべき個体においてインターフェロン療法の有効性を予測する方法も提供する。

そのような方法は、例えば以下のように実施することが可能である。

図６に、本発明の方法を実施するための装置の１態様の構成図を示す。ここで全ての構成要素は共有する信号路で接続されている。図６に示す通り、本態様は、コンピュータとして一般的な構成要素を具備したコンピュータ１と、前記コンピュータ１に人がデータを入力するための入力手段２と、種々の情報を表示する表示手段３とを少なくとも具備する。また、一般的なコンピュータの構成要素の一部として、当該コンピュータを制御したり種々の処理を行うためのプロセッサまたはＣＰＵなどの処理手段４、プログラムおよびテーブル等を記憶する記憶手段５を少なくとも具備する。

コンピュータを用いてインターフェロンを投与されるべき個体においてインターフェロン療法の有効性を予測する方法の例を図７を用いて以下に説明する。

。ここで処理手段４は、当該コンピュータの各部を統括して制御する主制御部であり、記憶部に記憶される予測プログラムを実行してインターフェロン療法の有効性を予測する。

ステップ７ａでは、オペレータが、インターフェロンを投与されるべき個体に由来するＭＢＬおよびＭｘＡの遺伝子型の情報を入力手段２から入力すると、入力された情報は、記憶手段５に記録され、ステップ７ｂへ移行する。ここで、入力される遺伝子型の情報は、具体的な遺伝子型であっても、生データであってもよく、目的とする遺伝子型の情報を表す何れかの情報であればよい。

ステップ７ｂでは、処理手段４が、記録された情報から、記憶手段５に予め記憶されている遺伝子型とＩＦＮ感受性を対応付けたテーブル１を読み出し検索することによって、対応するＩＦＮ感受性を抽出し、ステップ７ｃに移行する。

ステップ７ｃでは、処理手段４が、ステップ７ｂにおいて決定されたＩＦＮ感受性から、当該感受性が抵抗性であればステップ７ｄへ移行することを判定し、易感受性であればステップ７ｆへ移行することを判定する。

ステップ７ｄでは、処理手段４が、ステップ７ａで記録された情報から、記憶手段５に予め記憶されている遺伝子型とＩＦＮ感受性を対応付けたテーブル２読み出し検索することによって対応するＩＦＮ療法の効果を抽出することによってＩＦＮ療法の有効性予測し、ステップ７ｅへ移行する。

ステップ７ｅでは、処理手段４が、ステップ７ｄで予測した結果を表示手段３に表示しおよび／または記憶手段５に記録し、全ての予測工程を終了する。ここでの表示は、予め記憶手段５に記憶させたＩＦＮ療法の効果を示す画像として出力されてもよい。また、必要に応じてステップ７ｅから７ａに移行するようなループを設定してもよい。

また、上述の方法では、ステップ５ａにおいて、ＭｘＡ遺伝子型としてＭｘＡ−８８とＭｘＡ−１２３の少なくとも一方を決定してるが、特に、ウイルスの型がタイプ１である場合には、ＭｘＡ−８８の決定を必須として決定することによって予測を行うことが望ましい。それに応じて使用するテーブルの構成を変更してもよい。

ここで使用されるテーブルは遺伝子型とＩＦＮ感受性を対応付けた情報である。各テーブルを表として示したものがそれぞれのテーブル番号に対応する表である。上述の方法において使用した各表は例として示したものである。また、ここで使用されるテーブルおよび表は、各遺伝子型とＩＦＮの効果を対応付けたものであればよい。

また、同様に上述した本発明の全ての態様をコンピュータにより実行することが可能である。また、上述した本発明に従う方法は、所望に応じて本願発明の範囲を逸脱しない範囲において変更することが可能であり、そのような方法も同様にコンピュータにより実行することが可能である。

更に、上述したコンピュータを用いてインターフェロンを投与されるべき個体においてインターフェロン療法の有効性を予測する方法を実行するためのプログラムも本発明の範囲内である。そのようなプログラムは、例えば、インターフェロンを投与されるべき個体においてインターフェロン療法の有効性を予測するためにコンピュータを、
（１）前記個体に由来するサンプルを用いて決定されたＭｘＡ−８８およびＭｘＡ−１２３の遺伝子型、ＭＢＬ−２２１の遺伝子型およびＭＢＬのコラーゲン様ドメインのコドン５４の遺伝子型の情報を記録しておくためのデータ記録手段、
（２）（１）で記録された遺伝子型から、予めコンピュータに記憶されている遺伝子型とインターフェロンの有効性を対応付けたテーブルに従って、ＩＦＮ療法の有効性を予測する手段、および
（３）（２）で得られた予測結果を出力する出力手段、
として機能させるためのプログラムである。

更に前記プログラムは、インターフェロンを投与されるべき個体においてインターフェロン療法の有効性を予測するためにコンピュータを、前記個体に由来するサンプルを用いて決定されたＭｘＡ−８８およびＭｘＡ−１２３の遺伝子型、ＭＢＬ−２２１の遺伝子型およびＭＢＬのコラーゲン様ドメインのコドン５４の遺伝子型の情報を入力する入力手段として機能させてもよい。

また、インターフェロンを投与されるべき個体においてインターフェロン療法の有効性を予測する有効性予測装置であって、
（１）遺伝子型とインターフェロンの有効性を対応付けたテーブルを記憶する記憶手段と、
（２）被検対象である個体に由来するサンプルを用いて決定されたＭｘＡ−８８およびＭｘＡ−１２３の少なくとも一方の遺伝子型、ＭＢＬ−２２１の遺伝子型およびＭＢＬのコラーゲン様ドメインのコドン５４の遺伝子型の情報を入力する入力手段と、
（３）前記入力手段を通じて入力された遺伝子型と、前記記憶手段が記憶するテーブルとに基づいて、ＩＦＮ療法の有効性を予測する予測手段と、
（４）前記予測手段の予測結果を表示する表示手段とを具備することを特徴とする有効性予測装置も本発明の範囲内である。

また、本発明は、コンピュータを用いてインターフェロンを投与されるべき個体においてインターフェロン療法の有効性を予測する方法であって、
（１）前記個体に由来するサンプルを用いて決定されたＭｘＡ−８８およびＭｘＡ−１２３の遺伝子型、ＭＢＬ−２２１の遺伝子型およびＭＢＬのコラーゲン様ドメインのコドン５４の遺伝子型の情報をデータ記録手段に記録すること、
（２）（１）で記録された遺伝子型から、予めコンピュータに記憶されている遺伝子型とインターフェロンの有効性を対応付けたテーブルに従って、ＩＦＮ療法の有効性を予測すること、
（３）（２）で得られた予測結果を出力すること、
を具備するコンピュータを用いてインターフェロンを投与されるべき個体においてインターフェロン療法の有効性を予測する方法も提供する。

また更に、インターフェロンを投与されるべき個体においてインターフェロン療法の有効性を予測する有効性予測方法であって、
（１）前記個体に由来するサンプルを用いて決定されたＭｘＡ−８８およびＭｘＡ−１２３の遺伝子型、ＭＢＬ−２２１の遺伝子型およびＭＢＬのコラーゲン様ドメインのコドン５４の遺伝子型の情報を入力する入力工程と、
（２）前記入力工程で入力された遺伝子型と、伝子型とインターフェロンの有効性を対応付けたテーブルが記憶するテーブルとに基づいて、ＩＦＮ療法の有効性を予測する予測工程と、
（３）この予測工程の予測結果を表示する表示工程と
を具備することを特徴とする有効性予測方法も本発明の範囲内である。

＜インターフェロン療法の有効性を予測するためのポリヌクレオチド＞
本発明は、インターフェロン療法の有効性を予測するためのポリヌクレオチドも提供する。

本明細書において「ポリヌクレオチド」とは、２以上のヌクレオシドがリン酸エステル結合で結合されてなる物質を意味する。「ヌクレオシド」には、デオキシリボヌクレオシド及びリボヌクレオシドが含まれるが、これらに限定されない。さらに、本発明において「ポリヌクレオチド」とは、ペプチド核酸、モルホリノ核酸、メチルフォスフォネート核酸、Ｓ-オリゴ核酸などの人工合成核酸も指称するものとする。

なお、本明細書において「プロモータ領域」とは、TATAボックス等の転写開始反応に直接関与する領域のみを指すのではなく、該領域の近傍または遠隔に存在して転写開始反応の効率に影響を与える調節配列を含む配列も指称するものとする。従って、「プロモータ領域」なる語には、転写開始反応に関与する配列のみ、調節配列のみ、及びその両者が連結された配列が含まれることに留意しなければならない。

ポリヌクレオチドは、所望の配列を有するように合成しても、また生体試料から調製してもよい。生体試料から調製する場合、個体から試料を採取した後、通常は、該試料からポリヌクレオチドを抽出する操作を行えばよい。生体成分からポリヌクレオチドを抽出する方法としては、例えばフェノール抽出、エタノール沈澱の他、任意の抽出方法を使用し得る。mRNAを抽出する場合には、オリゴdTカラムにかけてもよい。

本発明にしたがって提供されるポリヌクレオチドは個体に由来するサンプルのポリヌクレオチドの塩基配列を決定するためのプローブやプライマーとして使用できる。

本発明に従って提供されるポリヌクレオチドには、以下の（ａ）〜（ｏ）が含まれる。

（ａ）配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７および配列番号８のいずれか１に示されるポリヌクレオチド。

（ｂ）前記（ａ）に示されるポリヌクレオチドにおいて、ＭｘＡ−８８およびＭｘＡ−１２３を除く１もしくは数個のヌクレオチドが欠失、置換、または付加された修飾ポリヌクレオチド。

付加による修飾ポリヌクレオチドの他の例としては、前記配列番号１、２、３、４、５、６、７および８のポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの断片に、プロモータ、エンハンサー、上流活性化配列、サイレンサー、上流抑制配列、アテニュエーター、ポリAテール、核移行シグナル、Kozak配列、ISRE、薬物耐性因子、シグナルペプチドの遺伝子、膜貫通領域の遺伝子、ルシフェリン、緑色蛍光タンパク質、フィコシアニン、西洋ワサビペルオキシダーゼを含むマーカータンパク質の遺伝子、インターフェロン応答性タンパク質の遺伝子、非インターフェロン応答性タンパク質の遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つのポリヌクレオチドが連結されてなるポリヌクレオチドが挙げられる。

（ｃ）また、配列番号１、２、３、４、５、６、７および８に示される前記ポリヌクレオチドの塩基配列のうち、インターフェロン療法の有効性に関与しているのはＭｘＡ−８８およびＭｘＡ−１２３のＳＮＰ部位に存在する各々１個のヌクレオチドであるので、本発明のポリヌクレオチドは、前記ＭｘＡ−８８および／またはＭｘＡ−１２３のＳＮＰ部位を含むポリヌクレオチドの断片であってもよい。（ｃ）で示される断片は個体に由来するサンプルのポリヌクレオチドの塩基配列を決定するためのプローブとして好適に利用され得る。

また、上述のポリヌクレオチドの断片をプライマーまたはプローブとして使用する場合は、約８ヌクレオチド以上５００ヌクレオチド以下であることが望ましい。さらに望ましくは１０ヌクレオチド以上１００ヌクレオチド以下、特にプローブとして用いる場合、ＰＮＡプローブでは１０ヌクレオチド以上１５ヌクレオチド以下、ＤＮＡプローブでは１５ヌクレオチド以上３０ヌクレオチド以下が望ましい。ポリヌクレオチド断片の長さが過度に長いと、１個のヌクレオチドの相違を識別することが困難になる。一方、基体にポリヌクレオチドの長さが過度に短いと試料中に含まれるポリヌクレオチドの塩基配列の決定が困難になる。

特に、ＭｘＡ−８８の遺伝子型を決定するためのプローブとして好適なポリヌクレオチドとしては、下記の（ｄ）〜（ｆ）が挙げられる。

（ｄ）前記ＭｘＡ−８８のＳＮＰ部位を含む配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４のポリヌクレオチドの断片であって、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４の４４１〜４５６位に相当する配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２で示される配列を有するポリヌクレオチド（すなわち前記ISRE）を含む断片。

（ｅ）前記ＭｘＡ−８８のＳＮＰ部位を含む配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４のポリヌクレオチドの断片であって、配列番号１から配列番号４の４４９〜４５９位に相当する配列番号１７、１８、１９、２０のポリヌクレオチドを含む断片。特に（ｅ）は前記ＳＮＰをほぼ中心とし、前後同等の長さの塩基配列を含むものであるため、高精度で塩基配列の決定が行われる。更に精度の高い検出を行うためには、望ましくは配列番号１から配列番号４の４４７〜４６１位に相当するポリヌクレオチドを含む断片が好ましい。同様にそのような断片がプローブとして使用される場合には、相当するＳＮＰ部位をほぼ中央に含むことが好ましい。

さらに、本発明の好適なポリヌクレオチドとしては
（ｆ）前記（ｄ）〜（ｅ）に示されるポリヌクレオチドの相補鎖であってもよい。

例えば、前記配列番号９、配列番号１０，配列番号１１，配列番号１２で示される配列（すなわち前記ISRE）の相補鎖は、配列番号２１、２２、２３、２４で表される配列である。

前記配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０で示される配列の相補鎖は、それぞれ配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８で示される配列である。

また、ＭｘＡ−１２３の遺伝子型を決定するためのプローブとして好適なポリヌクレオチドとしては下記の（ｇ）、（ｈ）が挙げられる。

（ｇ）前記ＭｘＡ−１２３のＳＮＰ部位を含む配列番号５、６、７、８の断片であって、配列番号４１５位〜４２５位に相当する配列番号１３、１４、１５、１６のポリヌクレオチドを含む断片。

配列番号１３は、配列番号５の４１５〜４２５位の塩基配列である「tgctgaaggtg」であり、そのＭｘＡ−１２３の遺伝子型はアデニンである；
配列番号１４は、配列番号６の４１５〜４２５位の塩基配列である「tgctgcaggtg」であり、そのＭｘＡ−１２３の遺伝子型はシトシンである；
配列番号１５は、配列番号７の４１５〜４２５位の塩基配列である「tgctgtaggtg」であり、そのＭｘＡ−１２３の遺伝子型はチミンである；
配列番号１６は、配列番号８の４１５〜４２５位の塩基配列である「tgctggaggtg」であり、そのＭｘＡ−１２３の遺伝子型はグアニンである。

前記（ｇ）は前記ＳＮＰをほぼ中心として前後ほぼ同等の長さの塩基配列を含むものであることが望ましく、それにより高精度で塩基配列の決定が行われる。

さらに好適なポリヌクレオチドとしては
（ｈ）前記（ｇ）に示されるポリヌクレオチドの相補鎖。

であってよい。

また、ＭＢＬ−２２１とコドン５２、５４および５７の遺伝子型を決定するために使用するために好適なポリヌクレオチドとしては、下記の（ｉ）〜（ｔ）が挙げられる。下記（ｉ）〜（ｔ）に示されるポリヌクレオチドの断片をプライマーまたはプローブとして使用する場合は、約８ヌクレオチド以上５００ヌクレオチド以下であることが望ましい。さらに望ましくは１０ヌクレオチド以上１００ヌクレオチド以下、特にプローブとして用いる場合、ＰＮＡプローブでは１０ヌクレオチド以上１５ヌクレオチド以下、ＤＮＡプローブでは１５ヌクレオチド以上３０ヌクレオチド以下が望ましい。ポリヌクレオチド断片の長さが過度に長いと、１個のヌクレオチドの相違を識別することが困難になる。一方、基体にポリヌクレオチドの長さが過度に短いと試料中に含まれるポリヌクレオチドの塩基配列の決定が困難になる。

（ｉ）前記ＭＢＬ−２２１のＳＮＰ部位を含む配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２のポリヌクレオチド断片であって、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２の４１８〜４３２位に相当する配列を有するポリヌクレオチドを含む断片。

（ｊ）前記ＭＢＬ−２２１のＳＮＰ部位を含む配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２のポリヌクレオチド断片であって、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２の４２１〜４３０位に相当する配列を有するポリヌクレオチドを含む断片。

（ｋ）上記（ｉ）および（ｊ）に記載の相補鎖。

（ｌ）前記コドン５２、５４および５７のＳＮＰ部位を含む配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３および配列番号４４のポリヌクレオチドの断片であって、これらの配列の８６８から８８５位に相当する配列を有するポリヌクレオチドを含む断片。例えば、配列番号４５から配列番号５６に示すポリヌクレオチドを含む断片。

（ｍ）前記コドン５２および５４のＳＮＰ部位を含む配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３および配列番号４４のポリヌクレオチドの断片であって、これらの配列の８６８から８７６位に相当する配列を有するポリヌクレオチドを含む断片。例えば、配列番号４５から配列番号５６に示すポリヌクレオチドを含む断片。

（ｎ）前記コドン５４および５７のＳＮＰ部位を含む配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３および配列番号４４のポリヌクレオチドの断片であって、これらの配列の８７４から８８５位に相当する配列を有するポリヌクレオチドを含む断片。例えば、配列番号４５から配列番号５６に示すポリヌクレオチドを含む断片。

（ｏ）前記コドン５４のＳＮＰ部位を含む配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３および配列番号４４のポリヌクレオチドの断片であって、これらの配列の８７４から８７６位に相当する配列を有するポリヌクレオチドを含む断片。例えば、配列番号４５から配列番号５６に示すポリヌクレオチドを含む断片。特に869位〜880位を含む断片が望ましい。

（ｐ）前記コドン５２のＳＮＰ部位を含む配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３および配列番号４４のポリヌクレオチドの断片であって、これらの配列の８６８から８７０位に相当する配列を有するポリヌクレオチドを含む断片。例えば、配列番号４５から配列番号５６に示すポリヌクレオチドを含む断片。特に８６４位から８７３位を含む断片が望ましい。

（ｑ）前記コドン５７のＳＮＰ部位を含む配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３および配列番号４４のポリヌクレオチドの断片であって、これらの配列の８８３から８８５位に相当する配列を有するポリヌクレオチドを含む断片。例えば、配列番号４５から配列番号５６に示すポリヌクレオチドを含む断片。特に８８０〜８９０位を含む断片が望ましい。

（ｒ）前記コドン５４のＳＮＰ部位を含む配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３および配列番号４４のポリヌクレオチドの断片であって、当該コドン５４のＳＮＰが存在する前記配列の８７５位を含むポリヌクレオチドを含む断片。例えば、配列番号４５から配列番号５６に示すポリヌクレオチドを含む断片。

（ｓ）前記（ｉ）から（ｍ）に示されるポリヌクレオチド断片であって、長さが１１から３０であるポリヌクレオチド断片。

（ｔ）前記（ｉ）から（ｍ）に示されるポリヌクレオチド断片であって、当該多型部位を除く１もしくは数個のヌクレオチドが欠失、置換、または付加された修飾ポリヌクレオチド。

付加による修飾ポリヌクレオチドの例としては、前記（ｆ）から（ｎ）の何れかに記載のポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチド断片に、プロモータ、エンハンサー、上流活性化配列、サイレンサー、上流抑制配列、アテニュエーター、ポリAテール、核移行シグナル、Kozak配列、ISRE、薬物耐性因子、シグナルペプチドの遺伝子、膜貫通領域の遺伝子、ルシフェリン、緑色蛍光タンパク質、フィコシアニン、西洋ワサビペルオキシダーゼを含むマーカータンパク質の遺伝子、インターフェロン応答性タンパク質の遺伝子、非インターフェロン応答性タンパク質の遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つのポリヌクレオチドが連結されてなるポリヌクレオチドが挙げられる。

なお、配列表に記載した塩基配列中の「ｎ」は、Ａ、Ｔ、ＣおよびＧから任意に選択される。

＜塩基配列検出用チップ＞
本発明は、前記ポリヌクレオチドまたは断片を具備する塩基配列検出用チップも提供する。そのような塩基配列検出用チップも本発明の範囲内である。

本発明の態様に従うと、上述したポリヌクレオチドまたは断片を具備する塩基配列検出用チップが提供される。それらは、例えば、蛍光検出用 DNA チップおよび電流検出型 DNA チップ等であるが、これに限られるものではない。ウイルスの検出を、前記ポリヌクレオチドまたはその相補鎖をプローブとして配置した塩基配列検出用チップを使用することにより行えば、検出方法は簡便化および効率化される。塩基配列検出用チップは、以下の手順により作成することができる。

（ａ）蛍光検出用塩基配列検出用チップの作製
上述した本発明の態様に従うポリヌクレオチドまたはその一部の配列を有するポリヌクレオチド断片、またはそれらの配列に相補的な配列を有したポリヌクレオチドを基板に固定化する。基板は、例えば、ガラス基板およびシリコン基板等、従来用いられる何れの基板も使用することが可能である。固定化手段は、スポッター等を使用する手段、一般的な半導体技術を使用した手段等、当業者にそれ自身公知の手段を用いて固定することが可能である。

（ｂ）電流検出型塩基配列検出用チップの作製
上述した本発明の態様に従うポリヌクレオチドまたはその一部の配列を有するポリヌクレオチド断片、またはそれらの配列に相補的な配列を有したポリヌクレオチドを、基板、例えば、電極基板、に共有結合、イオン結合、物理吸着または化学吸着等によって固定化する。電流検出型 DNA チップの例は、平成８年１０月２４日に登録された特許番号第２５７３４４３号の遺伝子検出装置等であるが、これに限られるものではない。当該文献は引用することによりここに組み込まれる。

1つの塩基配列検出用チップに固定化するプローブとしては、上記したMXA遺伝子、MBL遺伝子に由来する塩基配列のプローブに加えてウイルス遺伝子の型を検出するプローブが１つのチップに共に固定化されていても良い。それにより罹患したウイルスの遺伝子型も同時に検出可能である。ウイルス遺伝子の型を検出するプローブとしては、ＨＣＶ−ＲＮＡ、その断片またはそれらの相補配列、に対応する塩基配列が挙げられる。例えばＣ型肝炎ウイルスの１型（配列番号５７「cgctcaatgcctggagat」）、２型（配列番号５８「cactctatgcccggccat」）、３型（配列番号５９「cgctcaatacccagaaat」）の遺伝子型をそれぞれ特異的に検出するプローブを検出したい遺伝子型に応じて用いればよい。すなわちそれぞれ配列表に示される配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９またはそれらの相補配列に対応する塩基配列を有するものを用いることが可能である。

遺伝子型を検出可能なプローブを用いる際は、異なる遺伝子型に対応する複数のプローブを基体上に同時に固定化して用いることにより精度の高い検出が可能である。

試料物質中の病原微生物の遺伝子型を検出するには、試料物質中の病原微生物の遺伝子に対して予めその遺伝子型に特徴的なプライマーを用いてＰＣＲ反応を行い、その後ユニバーサルプローブを固定化したチップで検出することも可能である。

Ｃ型肝炎の場合は、センス鎖としては配列番号６０(「cgcgcgactaggaagacttc」)あるいは配列番号６１(「cgcgcgacgcgcaaaacttc」)に示される塩基配列のものを用いて、アンチセンス鎖として１ａ型には配列番号６２(「tgccttggggataggctgac」)、１ｂ型には配列番号６３(「gagccatcctgcccacccca」)、２ａ型には配列番号６４(「gccccatgaagggcgagaac」)、２ｂ型には配列番号６５(「accctcgtttccgtacagag」)、３ａ型には配列番号６６(「gctgagcccaggaccggtct」)の塩基配列のものを用いてＰＣＲ反応を行い、ユニバーサルプローブとして配列番号６７(「aggaagacttccgagcggtc」)の塩基配列のものを用いれば良い。また、前記第１プローブは、試料物質中の前記病原微生物の有無のみならず前記病原微生物の遺伝子変異を検出するプローブであることが望ましい。

本発明の態様に従って、ポリヌクレオチド類を具備するプローブおよび塩基配列検出用チップを用いて検出を行えば、その検出を簡便且つ効率よく行える。

［実施例］
１．概要
１５９人のＨＣＶ感染患者より採取した血液よりＤＮＡおよびＲＮＡを抽出し、解析用のサンプルとした。ＲＮＡ分画を用いてウイルスのタイピングを行い、ＤＮＡを用いてＭｘＡ遺伝子およびＭＢＬ遺伝子のＳＮＰ解析を行った。そして、ＩＦＮαの治療効果とウイルスのタイプ、ＭｘＡおよびＭＢＬに存在する多型の遺伝子型との関連を調べた。

２．患者
肝臓の組織化学的検査により慢性肝炎Ｃであることが証明された１５９人のＨＣＶ感染患者のサンプルがこの研究に使用された。なお、すべての患者からは本研究の対象となることのインフォームドコンセントが得られている。ＩＦＮα療法を行った後の６ヶ月の追跡期間中に、血中のアラニンアミノトランスフェラーゼが正常範囲であり、且つＨＣＶのＲＮＡが陰性であった患者を完全著効と判定した。一方、この追跡期間中にＨＣＶのＲＮＡが検出されたり、或いはアラニンアミノトランスフェラーゼが高値を示した患者は非著効とした。

３．ＨＣＶおよびＳＮＰのタイピング
血液より抽出したＲＮＡからｃＤＮＡを作製し、その一部分をＰＣＲにより増幅し、塩基配列を決定したＨＣＶの遺伝子のタイピングを行った（K. Chayama et al., J. Gastroenterol. Hepatol.8, 40-44, 1993）。また、血液より抽出したＤＮＡを用いてＭｘＡおよびＭＢＬ遺伝子のＳＮＰ解析を行った。ＰＣＲによりＭｘＡ遺伝子プロモータ領域の５９９ｂｐ断片をＰＣＲにて増幅し、塩基配列を決定することでＳＮＰ解析を行った（M. Hijikata, Y. Ohta and S. Mishiro, Intervirology 43, 124-127, 2000）。ＳＮＰはＭｘＡ遺伝子プロモータ領域の−８８位と−１２３位のヌクレオチドに存在する。ＭＢＬではＩＦＮαに影響するＳＮＰが二箇所、即ち、ＭＢＬ−２２１とコドン５４に存在する。従って、ＭｘＡ−８８、ＭｘＡ−１２３、ＭＢＬ−２２１およびコドン５４の遺伝子型を決定した。まず、それぞれに対応するＤＮＡをＰＣＲにて増幅した。次に、ＭｘＡ−８８およびＭｘＡ−１２３の断片の解析はシーケンススペシフィックプライミングＰＣＲ（sequence specific priming PCR）によって、ＭＢＬ−２２１およびコドン５４の断片の解析は制限酵素による切断の有無で解析し、ＳＮＰのタイプを同定した（M. Matsushita et al., J. Hepatology 29, 695-700, 1998）。

４．結果
（１）Ｃ型肝炎ウイルスの型とＩＦＮαの治療効果
患者の感染しているウイルスの型とＩＦＮαの治療効果との関係を解析した結果を表３に示す（表３）。

表３に示す通り、１５９人の感染者のうちＨＣＶの遺伝子がタイプ１の感染者は１０３人であり、その全てがタイプ１ｂであった。ＩＦＮαの治療効果は、そのうちの１８人が完全著効、残りの８５人が非著効であった。タイプ２ａまたは２ｂの何れかに感染しているタイプ２の感染者は５５人であった。ＩＦＮαの治療効果は、そのうちの３４人が完全著効、残りの２１人が非著効であった。残る１人は両方のタイプのＨＣＶに感染しており、ＩＦＮαの治療効果は、非著効であった。

（２）各ＳＮＰの遺伝子型を夫々単独で用いて予測した場合
ＭＢＬの遺伝子型については、ＩＦＮ抵抗性を予測せしめる遺伝子型であるＸＢタイプを示したＣ型肝炎患者は８５名であった。そのうち、実際にＩＦＮ治療が無効であったのは６５名であった。従って、予測値と実際値の一致率は７６％であった。また、ＩＦＮ易感受性を予測せしめる遺伝子型であるＹＡタイプを示したＣ型肝炎患者は７４名であった。そのうち、実際にＩＦＮ治療が有効であったのはそのうちの３２名であった。従って、予測値と実際値の一致率は４３％であった。

ＭｘＡ−８８の遺伝子型については、ＩＦＮ抵抗性を予測せしめる遺伝子型であるＧ／Ｇホモを示したＣ型肝炎患者は７５名であった。そのうち、実際にＩＦＮ治療が無効であったのは５９名であった。従って、予測値と実際値の一致率は７９％であった。また、ＩＦＮ易感受性を予測せしめる遺伝子型であるＧ／ＴヘテロまたはＴ／Ｔホモを示したＣ型肝炎患者は８４名であった。そのうち、実際にＩＦＮ治療が有効であったのはそのうちの３６名であった。従って、予測値と実際値の一致率は４３％であった。

ＭｘＡ−１２３の遺伝子型については、ＩＦＮ抵抗性を予測せしめる遺伝子型であるＣ／Ｃホモを示したＣ型肝炎患者は９１名であった。そのうち、実際にＩＦＮ治療が無効であったのは７０名であった。従って、予測値と実際値の一致率は７７％であった。また、ＩＦＮ易感受性を予測せしめる遺伝子型であるＣ／ＡヘテロまたはＡ／Ａホモを示したＣ型肝炎患者は６８名であった。そのうち、実際にＩＦＮ治療が有効であったのはそのうちの３１名であった。従って、予測値と実際値の一致率は４６％であった。

（２）本発明に従って総合的に予測した場合
本発明に従ってＩＦＮ抵抗性を予測した結果を以下に示す。ＭＢＬがＸＢタイプであり、且つＭｘＡ−８８がＧ／Ｇホモであり、且つＭｘＡ−１２３がＣ／ＣホモであるＣ型肝炎患者は３９名であった。そのうち、実際にＩＦＮ治療が無効であったのは、３２名であった。従って予測値と実際値の一致率は８７％であった。

本発明にしたがってＩＦＮ抵抗性を予測した結果を以下に示す。即ち、ＭＢＬがＸＢタイプであり、且つＭｘＡ−８８がＧ／ＧホモであるＣ型肝炎患者は３９名であった。実際にＩＦＮ治療が無効であったのは、そのうちの３４名であった。従って予測値と実際値の一致率は８７％であった。本発明に従って予測を行えば、従来の方法と比較して顕著に予測確度が向上した。

本発明にしたがってＩＦＮ抵抗性を予測した結果を以下に示す。即ち、ＭＢＬがＸＢタイプであり、ＭｘＡ−１２３がＣ／ＣホモであるＣ型肝炎患者は４４名であった。実際にＩＦＮ治療が無効であったのは、そのうちの３９名であった。従って予測値と実際値の一致率は８９％であった。本発明に従って予測を行えば、従来の方法と比較して顕著に予測確度が向上した。

一方、本発明に従ってＩＦＮ易感受性を予測した結果を以下に示す。ＭＢＬの遺伝子型がＹＡタイプであり、且つＭｘＡ−８８がＧ／ＴヘテロまたはＴ／Ｔホモであり、且つＭｘＡ−１２３がＣ／ＡヘテロまたはＡ／ＡホモであるＣ型肝炎患者は２７名であった。そのうち、実際にＩＦＮ治療が有効であったのは、１６名であった。従って予測値と実際値の一致率は５９％であった。

本発明に従ってＩＦＮ易感受性を予測した結果を以下に示す。即ち、ＭＢＬがＹＡタイプであり、且つＭｘＡ−８８がＧ／ＴヘテロまたはＴ／ＴホモであるＣ型肝炎患者は３８名であった。実際にＩＦＮ治療が有効であったのは、そのうちの２１名であった。従って予測値と実際値の一致率は５５％であった。

一方、本発明に従ってＩＦＮ易感受性を予測した結果を以下に示す。即ち、ＭＢＬがＹＡタイプであり、ＭｘＡ−１２３がＣ／ＡヘテロまたはＡ／ＡホモであるＣ型肝炎患者は２７名であった。実際にＩＦＮ治療が有効であったのは、そのうちの１６名であった。従って予測値と実際値の一致率は５９％であった。

５．考察
治療抵抗性の予測においても、治療感受性の予測においても、ＭＢＬ、ＭｘＡ−８８、ＭｘＡ−１２３の夫々の遺伝子型を単独で用いるよりも、組み合わせて用いると、予測精度は飛躍的に向上した。同時に、これらの遺伝子多型の遺伝子型によるインターフェロン治療効果予測は、「効果の期待できるケース」よりは「効果の期待できないケース」の方をより敏感に指呼し得るものであることも示唆された。

これらの結果から、本発明は、長期投与が必要で副作用も強く且つ高価な薬剤であるインターフェロンの投与候補から、「効きそうもない患者」を未然に除外することを可能にする点において、その主たる有効性を発揮される。

本発明の態様に従うと、Ｃ型肝炎患者におけるインターフェロン治療の有効性予測が従来よりも高い確度で可能である。

ＭｘＡ遺伝子のＳＰＮ部位および遺伝子型を示す遺伝子地図の略図。ＭＢＬ遺伝子のＳＰＮ部位および遺伝子型を示す遺伝子地図の略図。本発明に従う方法の例を示すフローチャート。本発明に従う方法のもう１つの例を示すフローチャート。本発明に従う方法のもう１つの例を示すフローチャート。本発明に従う１態様を示すブロック図。本発明に従う方法の更なる例を示すフローチャート。

Claims

ＭｘＡ−１２３を含むように配列番号５より選択される１５から３０の連続した配列からなるポリヌクレオチドまたはその相補鎖を含むＤＮＡプローブであるインターフェロンを投与されるべき個体においてインターフェロン療法の有効性を予測するための核酸プローブ。
ＭｘＡ−１２３を含むように配列番号６より選択される１５から３０の連続した配列からなるポリヌクレオチドまたはその相補鎖を含むＤＮＡプローブである、インターフェロンを投与されるべき個体においてインターフェロン療法の有効性を予測するための核酸プローブ。
インターフェロンを投与されるべき個体においてインターフェロン療法の有効性を予測するための、請求項１記載の核酸プローブ及び請求項２記載の核酸プローブを具備する塩基配列検出用チップ。
請求項３に記載の塩基配列検出用チップであって、更に、以下の（１）に記すＭｘＡ−８８の遺伝子型を検出するための核酸プローブおよび/または以下の（２）に記すＭＢＬ遺伝子のコラーゲン様ドメインのコドン５２、５４および５７の遺伝子型を検出するための核酸プローブおよび/または以下の（３）に記すＭＢＬ−２２１の遺伝子型を検出するための核酸プローブを具備する塩基配列用チップ；
（１）前記ＭｘＡ−８８の遺伝子型を検出するために具備される核酸プローブが、配列番号９と１０、および配列番号２１と２２からなる群より少なくとも１組選択される配列で示されるポリヌクレオチドを含む核酸プローブ；
（２）前記ＭＢＬ遺伝子のコラーゲン様ドメインのコドン５２、５４および５７の遺伝子型を検出するための核酸プローブが、配列番号４５から５６で示されるポリヌクレオチドを含む1組の核酸プローブまたはそれらの相補鎖であるポリヌクレオチドを含む1組の核酸プローブ；
（３）前記ＭＢＬ−２２１の遺伝子型を検出するための核酸プローブが、配列番号２９の４１８位から４３２位の配列で示されるポリヌクレオチドまたはその相補鎖を含む核酸プローブと配列番号３０の４１８位から４３２位の配列で示されるポリヌクレオチドまたはその相補鎖を含む核酸プローブからなる１組の核酸プローブ。