JP5787337B2 - C型肝炎の治療効果を予測するためのマーカー群、検査方法及び検査用キット - Google Patents
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Description
1.C型肝炎の治療効果を予測するためのマーカー群であって、各マーカーはヒトゲノム上に存在するオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドから選択され、第一のマーカーは、遺伝子多型のうちrs8099917を含むオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドであり、さらにrs2076954, rs12907066, rs9528038及びrs341554から選択されるいずれかを含むオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドを他のマーカーとして少なくとも1種含むことを特徴とする、C型肝炎の治療効果を予測するためのマーカー群。
2.rs8099917を含むオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドからなる第一のマーカーのほか、rs2076954若しくはrs12907066のいずれかを含むオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドを第二のマーカーとし、さらにrs9528038若しくはrs341554のいずれかを含むオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドを第三のマーカーとすることを特徴とする、前項1に記載の、C型肝炎の治療効果を予測するためのマーカー群。
3.rs8099917を含むオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドを第一のマーカー、rs12907066を含むオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドを第二のマーカー、及びrs341554を含むオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドを第三のマーカーとすることを特徴とする、前項1又は2に記載の、C型肝炎の治療効果を予測するためのマーカー群。
4.各マーカーとしてのオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドの長さが、40k塩基長以下であることを特徴とする、前項1〜3のいずれか1に記載の、C型肝炎の治療効果を予測するためのマーカー群。
5.C型肝炎の治療効果が、インターフェロン及び/又はPEG化インターフェロンを用いた治療による治療効果であることを特徴とする、前項1〜4のいずれか1に記載の、C型肝炎の治療効果を予測するためのマーカー群。
6.C型肝炎の治療効果が、PEG化インターフェロン/RBV併用療法による治療効果であることを特徴とする、前項5に記載の、C型肝炎の治療効果を予測するためのマーカー群。
7.黄色人種におけるC型肝炎の治療効果を予測するためのマーカーである、前項1〜6のいずれか1に記載の、C型肝炎の治療効果を予測するためのマーカー群。
8.前項1〜7のいずれかに記載のマーカー群を構成するマーカーとしてのオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドにハイブリダイズする、オリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチド。
9.前項8に記載のオリゴヌクレオチド又はその標識物からなるプローブ。
10.前項8に記載のオリゴヌクレオチド又はその標識物からなるプライマー。
11.前項9に記載のプローブ及び/又は前項10に記載のプライマーを含むことを特徴とする、C型肝炎の治療効果を予測するための検査用キット。
12.下記(1)〜(3)の工程を含む、C型肝炎の治療効果の予測のための検査方法:
(1)被検者から取得したサンプルより、C型肝炎の治療効果を予測するためのマーカー群のうち、第一のマーカーに含まれるrs8099917のアリルプロファイルを決定する工程;
(2)さらに、第二のマーカーに含まれるrs2076954又はrs12907066のいずれかのSNPのアリルプロファイルを決定する工程;
(3)(1)及び(2)で検出された各SNPのアリルプロファイルの組み合わせから、C型肝炎の治療効果の予測を行う工程。
13.(1)又は(2)の工程の後、さらに、第三のマーカーに含まれるrs9528038又はrs341554のいずれかのSNPのアリルプロファイルを決定する工程(2’)を含み、工程(3)において、(1)、(2)及び(2’)で検出された各SNPのアリルプロファイルの組み合わせから、C型肝炎の治療効果の予測を行う、前項12に記載のC型肝炎の治療効果の予測のための検査方法。
14.被検者から取得したサンプルより、C型肝炎の治療効果を予測するためのマーカー群のうち、第一のマーカーに含まれるrs8099917、第二のマーカーに含まれるrs12907066及び第三のマーカーに含まれるrs341554の各SNPのアリルプロファイルを決定し、得られた各アリルプロファイルの組み合わせから、C型肝炎の治療効果の予測を行う、C型肝炎の治療効果の予測のための検査方法。
15.C型肝炎の治療効果を予測するためのマーカー群のうち、第一のマーカーに含まれるrs8099917、第二のマーカーに含まれるrs12907066及び第三のマーカーに含まれるrs341554が、各々メジャーアリルの場合に、PEG化インターフェロン/RBV併用療法による治療有効性が90%以上と予測する、前項14に記載のC型肝炎の治療効果の予測のための検査方法。
本発明において、「遺伝子」、「オリゴヌクレオチド」、及び「ポリヌクレオチド」とは、アデニン(A)、グアニン(G)等のプリン塩基や、チミン(T)、ウラシル(U)、シトシン(C)等のピリミジン塩基やそれらの修飾塩基を構成要素として含むものであり、一本鎖又は二本鎖のDNA、一本鎖又は二本鎖のRNA、一本鎖DNAと一本鎖RNAからなるハイブリッド体、RNAとDNAが結合して一本鎖となったキメラ体のいずれか、又は複数を意味するものである。また、DNAには、cDNAも含まれる。
本明細書において、「C型肝炎の治療効果を予測するためのマーカー」とは、C型肝炎の治療効果を予測するための指標となるものであって、ヒトゲノム上に存在するDNA配列から選択される遺伝子多型を含むオリゴ(又はポリ)ヌクレオチドである。本発明において、遺伝子多型(polymorphism)とは、遺伝子を構成しているDNAの配列の個体差であり、その頻度が母集団の1%以上であるものを意味し、SNP(single nucleotide polymorphism:一塩基多型)のみならず、1〜数個のヌクレオチドの欠失、置換、付加、及び/又は挿入等の変異の他、VNTR(variable number of tandem repeat:反復配列多型)やSTRP(short tandem repeat polymorphism:マイクロサテライト多型)等をも含むものであり、反復多型部分の一部が、欠失、置換、付加、及び/又は挿入等の変異を受けているものも含む。
本発明の、C型肝炎の治療効果を予測するためのマーカー群を使用して、治療効果を予測する対象となる具体的な治療方法は、IFN単独療法、PEG化IFN単独療法、PEG化IFN/RBV(2剤併用)療法、PEG化IFN/RBV/その他の薬剤(3剤、あるいは4剤併用)療法等の、IFN又はPEG化IFNを用いた治療等が挙げられる。
本明細書において、ハイブリダイズするオリゴ(又はポリ)ヌクレオチドとは、目的のオリゴ(又はポリ)ヌクレオチドに対して、完全に、又は部分的に相補的に結合しうるオリゴ(又はポリ)ヌクレオチドをいう。例えば、本発明のマーカー群を構成するマーカーとしてのいずれかのオリゴ(又はポリ)ヌクレオチドに対して、完全に、又は部分的に相補的に結合しうるオリゴ(又はポリ)ヌクレオチドをいい、完全に相補的な配列、又は相補的な配列から1〜複数個の塩基が、置換、欠失、付加若しくは挿入された配列からなり、かつ結合可能な配列からなるオリゴ(又はポリ)ヌクレオチドをいう。そのようなオリゴ(又はポリ)ヌクレオチドは、プライマーやプローブとして使用することができる。
本発明のプローブやプライマーとしては、上述の本発明のマーカーとしてのいずれかのオリゴ(又はポリ)ヌクレオチドに対してハイブリダイズするオリゴ(又はポリ)ヌクレオチドを利用することができ、それらは標識物質により標識されたものであっても良い。標識物質としては、蛍光分子、放射性物質、ビオチン、ジゴキシゲニン、酵素標識等が挙げられる。オリゴ(又はポリ)ヌクレオチドへの標識物の結合は、自体公知の方法に従って行うことができる。
a)rs8099917検出用プローブ(IL28B)
Query probe 1 for rs8099917:GGTTCCAATTTGGGTGAC(配列番号1)
Query probe 2 for rs8099917:GGTTCCAATTTGGGTGAA(配列番号2)
Common probe for rs8099917:ATTGCTCACAGAAAGGAAAACAAAAGGAGGAAC(配列番号3)
Query probe 1 for rs2076954:TGGCCTGAATTAAGGATCT(配列番号4)
Query probe 2 for rs2076954:GGCCTGAATTAAGGATCC(配列番号5)
Common probe for rs2076954:TCCTGCCATCCATACCTTGTAGGACTG(配列番号6)
Query probe 1 for rs12907066:ATCTCTCCAGAAGATCCCTA(配列番号7)
Query probe 2 for rs12907066:CTCTCCAGAAGATCCCTG(配列番号8)
Common probe for rs12907066:AGCACATGTCTGGATGCCTCAGC(配列番号9)
Query probe 1 for rs9528038:TCTAAAACTGTAGATTCACCAAGA(配列番号10)
Query probe 2 for rs9528038:AACTGTAGATTCACCAAGC(配列番号11)
Common probe for rs9528038:ATTTGACATGCCCATGAAAGTTTAGTTCTCAAATGG(配列番号12)
Query probe 1 for rs341554:ACATATGTGTGTATGTATATGGG(配列番号13)
Query probe 2 for rs341554:GCACATATGTGTGTATGTATATGGA(配列番号14)
Common probe for rs341554:CAACTCTTTTCATTTATGAATCTCATAGTTTTCTG(配列番号15)
a)rs8099917増幅用プライマー(IL28B)
sense primer:CCAACAAAGTGAGACTGCATCTCTGGGGAAAAAAA(配列番号16)
antisense primer:AGTAACACTTGTTCCTTGTAAAAGATTCCATCCATACAAAAA(配列番号17)
forward primer for:GAGCCAAGACTGTATATAGAGCAGACATCTGCCATCTATA(配列番号18)
reverse primer for:GGCTCATACTGGTTTTACGGAAATTTTACTGTCTATACAAGTA(配列番号19)
forward primer:CGGGATCCTAAGACAACCTTGATTTCCTCCTTTAATATCA(配列番号20)
reverse primer:TCCCCAGAAGTGTTGATGTTTCCTCTGTCAACCGAA(配列番号21)
forward primer:TGCCCATTCTGAATCTCTCCCTTTTCTTATGGCAAAA(配列番号22)
reverse primer:GATCCAGTAAGACCAAAGACTATCCCAGGTACACATGA(配列番号23)
forward primer:CCTTCTAATTTGGAAAATTCCATTTGTATTCTGTAAATTA(配列番号24)
reverse primer:AAGTTGTCAGTCTGTTGAAAGGTCAACCATTTCTATAGTA(配列番号25)
本発明の検査用キットは、C型肝炎の治療効果を予測するために用いられる検査用キットである。本発明の検査用キットには、少なくとも上記本発明のプローブ及び/又はプライマーを含み、さらに、PCR等の遺伝子増幅操作に必要な試薬、例えば耐熱性DNAポリメラーゼ、アリルプロファイル決定に一般に必要とされる試薬などを含んでいても良い。また、上述した試薬のみならず、装置・試薬・ソフト・コンピューター等のいずれかをキットに含んでいてもよく、適宜必要なものが選択される。
本発明のC型肝炎の治療効果の予測のための検査は、(1)〜(3)の工程を含む方法により行うことができる。
(2)さらに、rs2076954又はrs12907066のいずれかのSNPのアリルプロファイルを決定する工程;
(3)(1)及び(2)で検出された各SNPのアリルプロファイルの組み合わせから、C型肝炎の治療効果の予測を行う工程。
C型慢性肝炎に対してPEG-IFN/RBV併用療法が施行された日本人患者について、薬剤応答性に応じて無効群(NVR)及び有効群(VR)について、90万種以上のSNP解析用プローブを用いてゲノムワイド関連解析(GWAS)を行った。その結果、特に染色体19番目に位置するIL28B近傍のSNPsであるrs2980286及びrs8099917が、p値が低く、薬剤応答性について予測可能なマーカーとなりうることが確認された(非特許文献5)。そこで、PEG-IFN/RBV併用療法が施行された日本人患者のうち無効群(NVR)128名及び有効群(VR)186名についてさらに解析を行ない、薬剤応答性について予測可能なマーカーとなりうるSNPsを選別した。解析結果は、表2に示す如くである。
参考例1により選別されたSNPsのうち、rs8099917並びにRYR3及びDIAPH3の各遺伝子に関連するSNPsをマーカー群とし、C型慢性肝炎に対してPEG-IFN/RBV併用療法が施行された日本人患者(425名)のうち薬剤応答性に応じて無効群(NVR)及び有効群(VR)について、上記マーカー情報に基づく治療予測と治療結果の一致率を確認した。RYR3に関連するSNPsでは、連鎖不平衡状態にある2種のSNPs、即ちrs2076954及びrs12907066があり、DIAPH3に関連する連鎖不平衡状態にある2種のSNPs、即ちSNPsではrs9528038及びrs341554がある。本実施例では、RYR3及びDIAPH3の各遺伝子に関連するSNPsとしてrs12907066、及びrs341554を用いて以下の検討を行なった。
Claims (6)
- 被検者から取得したサンプルより、C型肝炎の治療効果を予測するためのマーカー群のうち、第一のマーカーに含まれるrs8099917、第二のマーカーに含まれるrs12907066及び第三のマーカーに含まれるrs341554の各SNPのアリルプロファイルを決定し、得られた各アリルプロファイルの組み合わせから、C型肝炎の治療効果の予測を行う、C型肝炎の治療効果の予測のための検査方法。
- C型肝炎の治療効果を予測するためのマーカー群のうち、第一のマーカーに含まれるrs8099917、第二のマーカーに含まれるrs12907066及び第三のマーカーに含まれるrs341554が、各々メジャーアリルの場合に、PEG化インターフェロン/RBV併用療法による治療有効性が90%以上と予測する、請求項1に記載のC型肝炎の治療効果の予測のための検査方法。
- C型肝炎の治療効果が、インターフェロン及び/又はPEG化インターフェロンを用いた治療による治療効果であることを特徴とする、請求項1に記載のC型肝炎の治療効果の予測のための検査方法。
- C型肝炎の治療効果が、PEG化インターフェロン/RBV併用療法による治療効果であることを特徴とする、請求項3に記載のC型肝炎の治療効果の予測のための検査方法。
- 黄色人種におけるC型肝炎の治療効果を予測するための、請求項1〜4のいずれか1に記載の検査方法。
- C型肝炎の治療効果を予測するためのプローブ及び/又はプライマーの組み合わせであって、C型肝炎の治療効果を予測するためのマーカー群のうち、第一のマーカーに含まれるrs8099917、第二のマーカーに含まれるrs12907066及び第三のマーカーに含まれるrs341554の各SNPのアリルプロファイルを決定するためのプローブ及び/又はプライマーの組み合わせ。
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