KR101532308B1 - 복부비만 예측용 ｓｎｐ 마커 및 이의 용도 - Google Patents

Abstract

본 발명은 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 SNP(single nucleotide polymorphism) 마커에 관한 것으로, 보다 자세하게는 태음인, 소양인, 소음인 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 SNP 마커, 상기 마커를 검출할 수 있는 제제를 포함하는 조성물, 상기 조성물을 포함하는 키트 또는 마이크로어레이, 상기 마커를 이용한 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단을 위한 정보의 제공 방법 및 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 SNP를 선별하는 방법에 관한 것이다.

Description

복부비만 예측용 ＳＮＰ 마커 및 이의 용도 {SNP markers for abdominal obesity and use thereof}

본 발명은 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 SNP(single nucleotide polymorphism) 마커에 관한 것으로, 보다 자세하게는 태음인, 소양인, 소음인 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 SNP 마커, 상기 마커를 검출할 수 있는 제제를 포함하는 조성물, 상기 조성물을 포함하는 키트 또는 마이크로어레이, 상기 마커를 이용한 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단을 위한 정보의 제공 방법 및 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 SNP를 선별하는 방법에 관한 것이다.

현대인의 건강을 위협하는 고혈압, 고지혈증, 중풍, 당뇨병과 같은 심혈관대사질환의 주요 위험 예측 인자로 사용되는 것이 허리 둘레(WC, waist circumference)나 허리-엉덩이 둘레비(WHR, waist-hip ratio)와 같은 복부비만(abdominal obesity)과 관련된 표현형이다. 따라서 복부비만에 대해 위험도를 사전에 측정할 수 있다면 심혈관대사질환을 효과적으로 예방할 수 있을 것으로 예상되어 위험도를 사전에 측정하기 위한 많은 연구가 진행되고 있는 실정이다.

사상체질에서는 사람을 태양인, 태음인, 소양인, 소음인의 네 가지 체질로 분류하는데, 상기 네 가지 체질은 약에 대한 반응성이 다를 뿐만 아니라 외모, 체형, 성격, 장부기능, 식생활 등에서도 차이를 보인다고 알려져 있다. 이와 더불어 심혈관대사질환에 대한 발병률 또한 달라서 그 수가 매우 적은 태양인을 제외하고 나머지 세 체질에 대해서 비교했을 때, 대체로 소음인, 소양인, 태음인 순으로 발병률이 높아지는 것으로 알려져 있다. 이와 같이 체질에 따라 발병률이 다른 주요 원인 중의 하나는 식생활 및 활동량의 차이가 체질별로 다르기 때문이다. 즉, 대체로 태음인은 많이 먹지만 활동량이 적은 반면, 소음인은 활동량은 적어도 적게 먹으며, 소양인은 많이 먹더라도 활동량이 높아서 위에서 언급한 것과 같이 질환 발병률이 체질별로 차이가 나는 것으로 보고 있다.

하지만, 이러한 환경적인 요인 이외에도 체질별 유전적 차이도 질환 발병률 차이에 대한 또 다른 요인으로 작용할 것으로 여겨지고 있다. 왜냐하면 사상체질은 선천적으로 정해지면 일생 동안 체질이 변하지 않는 것으로 받아들여지고 있기 때이다. 즉, 태어날 때 정해진 체질은 일생 동안 변하지 않는다고 보기 때문에 체질 형성과 유전적인 차이는 서로 연관성이 큰 것이다. 개인별 유전적 차이가 심혈관대사질환 발병에 영향을 주는 것으로 집단 유전학 연구를 통해서 계속 밝혀지고 있는데, 이와 마찬가지로 체질간 유전적 차이가 질환 차이에 영향을 줄 것으로 예상된다.

개인 맞춤의학에서 유전적 집단 연관성 연구에서는 황인, 백인, 흑인 세 인종이 가지고 있는 고유한 차이점으로 인해서, 인종별로 분리하여 집단 연관성 연구를 수행해야 유전적 질병 감수성을 밝히는데 효과적이라고 알려져 있다. 이것은 인종별로 식생활 문화, 유전적 성향(체형, 외모, 생리 등에 반영) 등이 달라서 실제 질병 감수성과 인종별로 열거된 위와 같은 차별성을 통계적으로 분리하여 다루기가 어렵기 때문이다. 이와 마찬가지로 사람이 체질별로 유전적 소양이 다르다면 한 인종 내에서라 할지라도 체질 집단별 연관성 분석을 수행하는 것이 질병의 유전적 감수성을 밝히는데 더 효과적일 것이다.

최근에 이루어진 전장유전체연구(GWAS, genome-wide association study)를 통해서 체질량지수(BMI), WC, WHR, 혈압, 지질 수치(triglyceride, cholesterol level) 등과 같은 비만, 고혈압, 고지혈증 관련 표현형에 대해 연관성이 있는 다수의 SNP(단일염기다형성, single nucleotide polymorphism)들이 밝혀졌으며, 다수의 후속 집단 연구를 통해서 연관성에 대한 재현성이 보장된 SNP들이 다수 발표되고 있다. 이러한 연구는 백인, 황인, 흑인들을 대상으로도 여러 연구가 이루어져 왔다. 하지만, 아직 체질별 집단 연구는 이러한 심혈관대사질환과 관련해서 이루어진 것이 거의 없는 실정이다. 즉, 아직까지는 사상체질의 유전성을 이용하여 사상체질과 뚜렷하게 연관된 심혈관대사질환을 예측할 수 있는 유전자를 밝히거나 유전적 지표를 찾지 못하였다.

심혈관대사질환 각각에 관련된 표현형들은 위에서 열거한 것과 같이 여러 가지가 있지만, 여러 심혈관대사질환에 있어서 공통적으로 작용하는 주요 위험 인자 중에 하나로는 복부 표현형을 들 수 있다. 이 표지자는 BMI보다도 심혈관대사질환을 예측하는데 더 효과적인 것으로 알려져 있다.

이러한 배경하에 본 발명자들은 복부비만 발병률을 정확하게 예측할 수 있는 표지자를 찾기 위해 노력한 결과, 복부비만에 영향을 줄 수 있는 심혈관 질환 및 만성 대사성 질환인 비만, 고지혈증, 고혈압, 혈구이상증, 당뇨병, 골다공증 등과 관련된 GWAS SNP를 대상으로 연구를 수행하였다. 심혈관대사질환의 주요 예측 인자인 복부비만 및 관련 표현형을 대상으로 비만, 고지혈증, 고혈압, 혈구이상증 네 가지 질환과 관련된 GWAS SNP 중 체질별 복부비만 특이 SNP 세트를 확인하고 본 발명을 완성하였다.

본 발명의 하나의 목적은 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 SNP(single nucleotide polymorphism) 마커를 제공하는 것이다.

본 발명의 또 하나의 목적은 상기 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 SNP 마커를 검출할 수 있는 프로브 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 조성물을 제공하는 것이다.

본 발명의 또 하나의 목적은 상기 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 조성물을 포함하는 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 키트 또는 마이크로어레이를 제공하는 것이다.

본 발명의 또 하나의 목적은 상기 SNP 마커의 다형성 부위를 결정하는 단계를 포함하는, 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단을 위한 정보의 제공 방법을 제공하는 것이다.

본 발명의 또 하나의 목적은 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 SNP 마커를 선별하는 방법을 제공하는 것이다.

상기 목적을 달성하기 위한 하나의 양태로서, 본 발명은 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 단일염기다형성인 SNP(single nucleotide polymorphism) 마커를 제공한다.

바람직하게는 서열번호 1 내지 28로 구성된 폴리뉴클레오티드들에 있어서, SNP 위치인 각 서열의 101번째 염기를 포함하고, 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 SNP(single nucleotide polymorphism) 마커일 수 있다.

본 발명에서 용어, "다형성(polymorphism)"이란 하나의 유전자 좌위(locus)에 두 가지 이상의 대립유전자(allele)가 존재하는 경우를 말하며 다형성 부위 중에서, 사람에 따라 단일 염기만이 다른 것을 단일염기 다형성(single nucleotide polymorphism, SNP)이라 한다. 바람직한 다형성 마커는 선택된 집단에서 1% 이상, 더욱 바람직하게는 5% 또는 10% 이상의 발생빈도를 나타내는 두 가지 이상의 대립유전자를 가진다.

본 발명에서 용어, "대립유전자(allele)"는 상동염색체의 동일한 유전자좌위에 존재하는 한 유전자의 여러 타입을 말한다. 대립유전자는 다형성을 나타내는데 사용되기도 하며, 예컨대, SNP는 두 종류의 대립인자(biallele)를 갖는다.

본 발명에서 용어, "rs_id"란 1998년부터 SNP 정보를 축적하기 시작한 NCBI가 초기에 등록되는 모든 SNP에 대하여 부여한 독립된 표지자인 rs-ID를 의미한다. 본 발명에서는 rs6265와 같은 형태로 기재하였다. 이와 같은 표에 기재된 rs_id는 본 발명의 다형성 마커인 SNP 마커를 의미한다. 당업자라면 상기 rs_id를 이용하여 SNP의 위치 및 서열을 용이하게 확인할 수 있을 것이다. NCBI의 dbSNP(The Single Nucleotide Polymorphism Database) 번호인 rs_id에 해당하는 구체적인 서열은 시간이 지남에 따라 약간 변경될 수 있다. 본 발명의 범위가 상기 변경된 서열에도 미치는 것은 당업자에게 자명할 것이다.

상기 "서열번호 1 내지 28"은 다형성 부위를 포함하는 다형성 서열(polymorphic sequence)이다. 다형성 서열이란 폴리뉴클레오티드 서열 중에 SNP를 포함하는 다형성 부위(polymorphic site)를 포함하는 서열을 의미한다. 상기 폴리뉴클레오티드 서열은 DNA 또는 RNA가 될 수 있다.

본 발명의 SNP 마커는 표 2에 표시된 마커로서, 개체의 SNP 마커의 다형성 부위가 효과 대립유전자(effect allele)로 표시된 대립유전자일 경우, 복부비만 위험성이 높아 복부비만 발병 또는 위험이 높은 개체로 판단할 수 있는 것이다. 본 발명에서 "효과 대립유전자"는 "위험 대립유전자"와 혼용될 수 있다.

본 발명에서 용어, "사상체질"이란 사상의학에 의해 사람의 체질을 태양인, 소양인, 태음인 및 소음인의 네 가지로 분류한 것을 의미하는 것으로 체질은 선천적이며 일생에 걸쳐 변하지 않아 생물학적으로 유전적인 특성을 가진 것으로 볼 수 있다. 체질별로 질환 발병률이 차이가 있어서, 사상체질 특이적 질환 마커를 제공할 수 있다면 보다 정확한 질환의 예측 또는 진단이 이루어 질 수 있을 것으로 기대되고 있어 본 발명자들에 의해 최초로 사상체질별로 특이적인 복부비만 예측 또는 진단용 SNP 마커를 제공한 것이다. 본 발명의 목적상, 복부비만은 수가 적은 태양인을 제외하고 태음인, 소양인 및 소음인에 특이적인 SNP 마커를 제공한다. 태양인 체질은 한국인에 있어서 그 빈도가 매우 낮기 때문이다.

본 발명에서 용어, "복부비만"은 심혈관대사질환을 예측하는 표현형 표지자로 이용할 수 있으며, 복부비만에 의해 고혈압, 고지혈증, 중풍, 당뇨병, 혈구이상증, 골다공증 또는 비만 등의 발병률이 높아질 수 있다. 본 발명에서 제공하는 SNP 마커는 복부비만의 위험도를 정확히 예측하여 심혈관대사질환에 위험도 여부를 판단할 수 있도록 할 수 있다.

본 발명에서 용어, "예측 또는 진단"은 질병 발생의 예측 및 질병 발생위험도를 결정하거나 도출시키는데 사용되는 모든 유형의 분석을 포함하며, 바람직하게는 복부비만인지 여부를 판단하여 진단을 하거나 발병 위험을 예측하는 것일 수 있다.

바람직하게 상기 SNP 마커는 태음인 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 SNP 마커로서, 상기 서열번호 1 내지 8로 구성된 폴리뉴클레오티드들 중, 서열번호 1로 기재되는 rs29943에 있어서, 101번째 염기가 A 또는 G인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호 2로 기재되는 rs987237에 있어서, 101번째 염기가 A 또는 G인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호 3으로 기재되는 rs6717858에 있어서, 101번째 염기가 T 또는 C인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호 4로 기재되는 rs1822438에 있어서, 101번째 염기가 C 또는 A인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호 5로 기재되는 rs6544366에 있어서, 101번째 염기가 T 또는 G인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호 6으로 기재되는 rs1716685에 있어서, 101번째 염기가 C 또는 T인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호 7로 기재되는 rs632057에 있어서, 101번째 염기가 T 또는 G인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호 8로 기재되는 rs6581830에 있어서, 101번째 염기가 A 또는 G인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드일 수 있다. 더 바람직하게는 2개 이상, 더욱 바람직하게는 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 가장 바람직하게는 8개 모두의 SNP 마커 세트일 수 있다. 상기 마커는 각 SNP 마커의 101번째 염기가 표 2의 효과 대립 유전자 염기인 경우에는 태음인 특이적 복부비만의 위험이 높은 것으로 판단할 수 있으며, 효과 대립 유전자 염기가 아닌 경우에는 태음인 특이적 복부비만 위험이 낮은 것으로 판단할 수 있으며, 개체의 SNP 마커의 수가 많을수록 정확도가 높아질 수 있다.

바람직하게 상기 SNP 마커는 소양인 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 SNP 마커로서, 상기 서열번호 9로 기재된 rs17817449에 있어서, 101번째 염기가 T 또는 G인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호 10으로 기재된 rs1424233에 있어서, 101번째 염기가 A 또는 G인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호 11로 기재된 rs9482771에 있어서, 101번째 염기가 G 또는 C인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호 12로 기재된 rs6717858에 있어서, 101번째 염기가 T 또는 C인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호 13으로 기재된 rs4149270에 있어서, 101번째 염기가 C 또는 T인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호 14로 기재된 rs1919484에 있어서, 101번째 염기가 G 또는 A인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호 15로 기재된 rs1566732에 있어서, 101번째 염기가 A 또는 C인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호 16으로 기재된 rs857721에 있어서, 101번째 염기가 T 또는 A인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호 17로 기재된 rs649729에 있어서, 101번째 염기가 A 또는 T인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드일 수 있다. 더 바람직하게는 2개 이상, 더욱 바람직하게는 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 가장 바람직하게는 9개 모두의 SNP 마커 세트일 수 있다. 상기 마커는 각 SNP 마커의 101번째 염기가 표 2의 효과 대립 유전자 염기인 경우에는 소양인 특이적 복부비만의 위험이 높은 것으로 판단할 수 있으며, 효과 대립 유전자 염기가 아닌 경우에는 소양인 특이적 복부비만 위험이 낮은 것으로 판단할 수 있으며, 개체의 SNP 마커의 수가 많을수록 정확도가 높아질 수 있다.

바람직하게 상기 SNP 마커는 소음인 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 SNP 마커로서, 상기 서열번호 18로 기재된 rs6265에 있어서, 101번째 염기가 G 또는 A인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호 19로 기재된 rs7561317에 있어서, 101번째 염기가 G 또는 A인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호 20으로 기재된 rs13130484에 있어서, 101번째 염기가 C 또는 T인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호 21로 기재된 rs29943에 있어서, 101번째 염기가 A 또는 G인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호 22로 기재된 rs1424233에 있어서, 101번째 염기가 A 또는 G인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호 23으로 기재된 rs2074356에 있어서, 101번째 염기가 C 또는 T인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호 24로 기재된 rs4149270에 있어서, 101번째 염기가 C 또는 T인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호 25로 기재된 rs6544366에 있어서, 101번째 염기가 T 또는 G인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호 26으로 기재된 rs17315646에 있어서, 101번째 염기가 C 또는 G인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호 27로 기재된 rs4667570에 있어서, 101번째 염기가 C 또는 T인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호 28로 기재된 rs12485738에 있어서, 101번째 염기가 G 또는 A인 101번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드일 수 있다. 더 바람직하게는 2개 이상, 더욱 바람직하게는 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 9개 이상, 10개 이상, 가장 바람직하게는 11개 모두의 SNP 마커 세트일 수 있다. 상기 마커는 각 SNP 마커의 101번째 염기가 표 2의 효과 대립 유전자 염기인 경우에는 소음인 특이적 복부비만의 위험이 높은 것으로 판단할 수 있으며, 효과 대립 유전자 염기가 아닌 경우에는 소음인 특이적 복부비만 위험이 낮은 것으로 판단할 수 있으며, 개체의 SNP 마커의 수가 많을수록 정확도가 높아질 수 있다.

본 발명자들은 상기 SNP가 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 마커임을 다음과 같은 입증을 통하여 확인하였다. 구체적으로 사상체질 한약에 대해 반응을 보고 체질을 확정한 사람을 대상으로 비만, 고지혈증, 고혈압, 혈구이상증의 4가지 만성 질환과 관련된 표현형에 대해서 반복 재현성이 확립된 SNP들을 확보한 후, 연관 통계 분석결과, 연관성이 있는 SNP 57개를 선별하고(표 1), 체질별로 복부 연관성이 있는 특이적 SNP를 선별하였다(표 2). 체질별 특이성 부여는 다음과 같이 수행하였다. 예를 들어, 태음인에서 복부비만 표현형에 연관성이 있는 SNP 세트를 대상으로 다른 체질인 소양인, 소음인에서 통계 분석을 했을 때, 심혈관대사질환 지표들인 WC, WHR, 상복부 및 하복부 둘레, 혈압, 지질, 전혈구 표현형에 대해서 연관성이 나타나지 않는 경우에 태음인 특이적인 SNP 세트라고 명명할 수 있다. 즉, 초기에 선별된 태음인 연관 복부비만 SNP 세트는 9개 였지만, 다른 체질에서 상기 표현형과 연관성을 부여하는 SNP 1개를 제외함으로써 최종 8개의 태음인 특이 복부비만 SNP 세트를 구성하게 되었다. 소양인 및 소음인 특이 복부비만 SNP 세트의 경우도 상기 특이성 여부를 통해서 각각 3개, 4개의 SNP가 제외되어 최종적으로 소양인 9개, 소음인 11개의 SNP 세트가 구성되었다. 상기 SNP의 GRS(genetic risk score)를 측정하여(표 3 및 4), 사상체질별 복부비만에 유의성을 갖는 SNP를 규명하였으며, 이와 같은 SNP는 본 발명자들에 의해 최초로 규명된 것이다.

또 하나의 양태로서, 본 발명은 상기 사상체질별 복부비만 예측 또는 진단용 마커를 검출할 수 있는 프로브 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 조성물을 제공한다.

본 발명에서 용어, "사상체질별 복부비만 예측 또는 진단용 마커를 검출할 수 있는 프로브"는 상기와 같은 유전자의 다형성 부위와 특이적으로 혼성화 반응을 통해 확인하여 특이적 사상체질 및 복부비만을 예측 또는 진단할 수 있는 조성물을 의미하며, 이와 같은 유전자 분석의 구체적 방법은 특별한 제한이 없으며, 이 발명이 속하는 기술분야에 알려진 모든 유전자 검출 방법에 의하는 것일 수 있다.

본 발명에서 용어, "사상체질별 복부비만 예측 또는 진단용 마커를 증폭할 수 있는 제제"란 상기와 같은 유전자의 다형성 부위를 증폭을 통해 확인하여 특이적 사상체질 및 복부비만을 예측 또는 진단할 수 있는 조성물을 의미하며, 바람직하게는 상기 사상체질별 복부비만 예측 또는 진단용 마커의 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머를 의미한다.

상기 다형성 마커 증폭에 사용되는 프라이머는, 적절한 버퍼 중의 적절한 조건(예를 들면, 4개의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트 및 DNA, RNA 폴리머라제 또는 역전사 효소와 같은 중합제) 및 적당한 온도 하에서 주형-지시 DNA 합성의 시작점으로서 작용할 수 있는 단일가닥 올리고뉴클레오티드를 말한다. 상기 프라이머의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있으나, 통상 15 내지 30 뉴클레오티드이다. 짧은 프라이머 분자는 일반적으로 주형과 안정한 혼성체를 형성하기 위해서는 더 낮은 온도를 필요로 한다. 프라이머 서열은 주형과 완전하게 상보적일 필요는 없으나, 주형과 혼성화 할 정도로 충분히 상보적이어야 한다.

본 발명에서 용어, "프라이머"는 짧은 자유 3' 말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 염기 서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 폴리머레이즈 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. PCR 증폭을 실시하여 원하는 생성물의 생성 여부를 통해 사상체질 특이적 복부비만을 예측할 수 있다. PCR 조건, 센스 및 안티센스 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.

본 발명의 프로브 또는 프라이머는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비-제한적인 예로는 메틸화, "캡화", 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다.

또 하나의 양태로서, 본 발명은 상기 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 조성물을 포함하는 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 키트를 제공한다.

상기 키트는 RT-PCR 키트 또는 DNA 분석용 (예, DNA 칩) 키트일 수 있다.

본 발명의 키트는 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 마커인 SNP 마커를 증폭을 통해 확인하거나, SNP 마커의 발현 수준을 mRNA의 발현 수준을 확인함으로써 사상체질 특이적 복부비만을 예측 또는 진단할 수 있다. 구체적인 일례로서, 본 발명에서 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 마커의 mRNA 발현 수준을 측정하기 위한 키트는 RT-PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다. RT-PCR 키트는, 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 마커의 유전자에 대한 특이적인 각각의 프라이머 쌍 외에도 RT-PCR 키트는 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드(dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNase, RNAse 억제제, DEPC-수(DEPC-water), 멸균수 등을 포함할 수 있다. 또한 정량 대조군으로 사용되는 유전자에 특이적인 프라이머 쌍을 포함할 수 있다. 또한 바람직하게는, 본 발명의 키트는 DNA 칩을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 키트일 수 있다. DNA 칩 키트는, 일반적으로 편평한 고체 지지판, 전형적으로는 현미경용 슬라이드보다 크지않은 유리 표면에 핵산 종을 격자형 배열(gridded array)로 부착한 것으로, 칩 표면에 핵산이 일정하게 배열되어, DNA 칩 상의 핵산과 칩 표면에 처리된 용액 내에 포함된 상보적인 핵산 간에 다중 혼성화(hybridization) 반응이 일어나 대량 병렬 분석이 가능하도록 하는 도구이다.

또 하나의 양태로서, 본 발명은 상기 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 마커의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 마이크로어레이를 제공한다.

상기 마이크로어레이는 DNA 또는 RNA 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것일 수 있다. 상기 마이크로어레이는 프로브 폴리뉴클레오티드에 본 발명의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것을 제외하고는 통상적인 마이크로어레이로 이루어진다.

프로브 폴리뉴클레오티드를 기판상에 고정화하여 마이크로어레이를 제조하는 방법은 당업계에 잘 알려져 있다. 상기 프로브 폴리뉴클레오티드는 혼성화할 수 있는 폴리뉴클레오티드를 의미하는 것으로, 핵산의 상보성 가닥에 서열 특이적으로 결합할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 본 발명의 프로브는 대립유전자 특이적 프로브로서, 같은 종의 두 구성원으로부터 유래한 핵산 단편 중에 다형성 부위가 존재하여, 한 구성원으로부터 유래한 DNA 단편에는 혼성화하나, 다른 구성원으로부터 유래한 단편에는 혼성화하지 않는다. 이 경우 혼성화 조건은 대립유전자간의 혼성화 강도에 있어서 유의한 차이를 보여, 대립유전자 중 하나에만 혼성화 하도록 충분히 엄격해야 한다. 이렇게 함으로써 다른 대립유전자 형태 간에 좋은 혼성화 차이를 유발할 수 있다. 본 발명의 상기 프로브는 대립유전자를 검출하여 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단 방법 등에 사용될 수 있다. 상기 예측 또는 진단 방법에는 서던 블롯트 등과 같은 핵산의 혼성화에 근거한 검출방법들이 포함되며, DNA 칩을 이용한 방법에서 DNA 칩의 기판에 미리 결합된 형태로 제공될 수도 있다. 상기 혼성화란 엄격한 조건, 예를 들면 1M 이하의 염 농도 및 25 ℃ 이상의 온도 하에서 보통 수행될 수 있다. 예를 들면, 5x SSPE(750 mM NaCl, 50 mM Na Phosphate, 5 mM EDTA, pH 7.4) 및 2530 ℃의 조건이 대립유전자 특이적 프로브 혼성화에 적합할 수 있다.

본 발명의 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단과 연관된 프로브 폴리뉴클레오티드의 기판상에 고정화하는 과정도 또한 이러한 종래 기술을 사용하여 용이하게 제조할 수 있다. 또한, 마이크로어레이 상에서의 핵산의 혼성화 및 혼성화 결과의 검출은 당업계에 잘 알려져 있다. 상기 검출은 예를 들면, 핵산 시료를 형광 물질 예를 들면 Cy3 및 Cy5와 같은 물질을 포함하는 검출가능한 신호를 발생시킬 수 있는 표지 물질로 표지한 다음, 마이크로어레이 상에 혼성화하고 상기 표지 물질로부터 발생하는 신호를 검출함으로써 혼성화 결과를 검출할 수 있다.

또 하나의 양태로서, 본 발명은 (a) 분리된 시료의 DNA로부터 상기 SNP 마커의 다형성 부위를 증폭하거나 프로브와 혼성화하는 단계; 및 (b) 상기 (a) 단계의 증폭된 또는 혼성화된 다형성 부위의 염기를 결정하는 단계를 포함하는, 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단을 위한 정보의 제공 방법을 제공한다.

상기 분리된 시료의 DNA는 개체로부터 분리된 시료로부터 수득할 수 있다.

본 발명의 용어, "개체"란 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단을 하기 위한 피험자로서, 상기 사상체질 특이적 복부비만은 태음인, 소양인 또는 소음인 특이적 복부비만 여부를 판단할 수 있다. 상기 검체에서 머리카락, 뇨, 혈액, 각종 체액, 분리된 조직, 분리된 세포 또는 타액과 같은 시료 등으로부터 DNA를 수득할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

상기 (a) 단계의 DNA로부터 상기 SNP 마커의 다형성 부위를 증폭하거나 프로브와 혼성화하는 단계는 당업자에게 알려진 어떠한 방법이든 사용 가능하다. 예를 들면, 표적 핵산을 PCR을 통하여 증폭하고 이를 정제하여 얻을 수 있다. 그 외 리가제 연쇄 반응(LCR)(Wu 및 Wallace, Genomics 4, 560(1989), Landegren 등, Science 241, 1077(1988)), 전사증폭(transcription amplification)(Kwoh 등, Proc. Natl.Acad. Sci. USA 86, 1173(1989)) 및 자가유지 서열 복제(Guatelli 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 1874(1990)) 및 핵산에 근거한 서열 증폭(NASBA)이 사용될 수 있다.

상기 방법 중 (b)단계의 다형성 부위의 염기를 결정하는 것은 서열 분석, 마이크로어레이(microarray)에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR(allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 기법(dynamic allele-specifichybridization, DASH), PCR 연장 분석, PCR-SSCP, PCR-RFLP 분석 또는 TaqMan 기법, SNPlex 플랫폼(Applied Biosystems), 질량 분석법(예를 들면, Sequenom의 MassARRAY 시스템), 미니-시퀀싱(mini-sequencing) 방법, Bio-Plex 시스템(BioRad), CEQ and SNPstream 시스템(Beckman), Molecular Inversion Probe 어레이 기술(예를 들면, Affymetrix GeneChip), 및 BeadArray Technologies(예를 들면, Illumina GoldenGate 및 Infinium 분석법)를 포함하나, 이에 한정되지 않는다. 상기 방법들 또는 본 발명이 속하는 기술분야의 당업자에게 이용 가능한 다른 방법에 의해, 마이크로새틀라이트, SNP 또는 다른 종류의 다형성 마커를 포함한, 다형성 마커에서의 하나 이상의 대립유전자가 확인될 수 있다. 이와 같은 다형성 부위의 염기를 결정하는 것은 바람직하게는 SNP 칩을 통해 수행할 수 있다.

본 발명에서 용어, "SNP 칩"은 수십만 개의 SNP의 각 염기를 한번에 확인할 수 있는 DNA 마이크로어레이의 하나를 의미한다.

TaqMan 방법은 (1) 원하는 DNA 단편을 증폭할 수 있도록 프라이머 및 TaqMan 탐침을 설계 및 제작하는 단계; (2) 서로 다른 대립유전자의 탐침을 FAM 염료 및 VIC 염료로 표지(Applied Biosystems)하는 단계; (3) 상기 DNA를 주형으로 하고, 상기의 프라이머 및 탐침을 이용하여 PCR을 수행하는 단계; (4) 상기의 PCR 반응이 완성된 후, TaqMan 분석 플레이트를 핵산 분석기로 분석 및 확인하는 단계; 및 (5) 상기 분석결과로부터 단계 (1)의 폴리뉴클레오티들의 유전자형을 결정하는 단계를 포함한다.

상기에서, 시퀀싱 분석은 염기서열 결정을 위한 통상적인 방법을 사용할 수 있으며, 자동화된 유전자분석기를 이용하여 수행될 수 있다. 또한, 대립유전자 특이적 PCR은 SNP가 위치하는 염기를 3' 말단으로 하여 고안한 프라이머를 포함한 프라이머 세트로 상기 SNP가 위치하는 DNA 단편을 증폭하는 PCR 방법을 의미한다. 상기 방법의 원리는, 예를 들어, 특정 염기가 A에서 G로 치환된 경우, 상기 A를 3' 말단염기로 포함하는 프라이머 및 적당한 크기의 DNA 단편을 증폭할 수 있는 반대 방향 프라이머를 고안하여 PCR 반응을 수행할 경우, 상기 SNP 위치의 염기가 A인 경우에는 증폭반응이 정상적으로 수행되어 원하는 위치의 밴드가 관찰되고, 상기 염기가 G로 치환된 경우에는 프라이머는 주형 DNA에 상보결합할수 있으나, 3' 말단 쪽이 상보결합을 하지 못함으로써 증폭반응이 제대로 수행되지 않는 점을 이용한 것이다. DASH는 통상적인 방법으로 수행될 수 있고, 바람직하게는 프린스 등에 의한 방법에 의하여 수행될 수 있다.

한편, PCR 연장 분석은 먼저 단일염기 다형성이 위치하는 염기를 포함하는 DNA 단편을 프라이머 쌍으로 증폭을 한 다음, 반응에 첨가된 모든 뉴클레오티드를 탈인산화시킴으로써 불활성화시키고, 여기에 SNP 특이적 연장 프라이머, dNTP 혼합물, 디디옥시뉴클레오티드, 반응 완충액 및 DNA 중합효소를 첨가하여 프라이머 연장반응을 수행함으로써 이루어진다. 이때, 연장 프라이머는 SNP가 위치하는 염기의 5' 방향의 바로 인접한 염기를 3' 말단으로 삼으며, dNTP 혼합물에는 디디옥시뉴클레오티드와 동일한 염기를 갖는 핵산이 제외되고, 상기 디디옥시뉴클레오티드는 SNP를 나타내는 염기 종류 중 하나에서 선택된다. 예를 들어, A에서 G로의 치환이 있는 경우, dGTP, dCTP 및 TTP 혼합물과 ddATP를 반응에 첨가할 경우, 상기 치환이 일어난 염기에서 프라이머는 DNA 중합효소에 의하여 연장되고, 몇 염기가 지난 후 A 염기가 최초로 나타나는 위치에서 ddATP에 의하여 프라이머 연장반응이 종결된다. 만일 상기 치환이 일어나지 않았다면, 그 위치에서 연장반응이 종결되므로, 상기 연장된 프라이머의 길이를 비교함으로써 SNP를 나타내는 염기 종류를 판별할 수 있게 된다.

이때, 검출방법으로는 연장 프라이머 또는 디디옥시뉴클레오티드를 형광 표지한 경우에는 일반적인 염기서열 결정에 사용되는 유전자 분석기(예를 들어, ABI사의 Model 3700 등)를 사용하여 형광을 검출함으로써 상기 SNP을 검출할 수 있으며, 무-표지된 연장 프라이머 및 디디옥시뉴클레오티드를 사용할 경우에는 MALDI-TOF(matrix assisted laser desorption ionization-time of flight) 기법을 이용하여 분자량을 측정함으로써 상기 SNP를 검출할 수 있다.

바람직하게, 상기 (b) 단계에서 결정된 염기서열 중, 서열번호 1로 기재되는 rs29943에 있어서, 101번째 염기가 G인 경우; 서열번호 2로 기재되는 rs987237에 있어서, 101번째 염기가 A인 경우; 서열번호 3으로 기재되는 rs6717858에 있어서, 101번째 염기가 T인 경우; 서열번호 4로 기재되는 rs1822438에 있어서, 101번째 염기가 C인 경우; 서열번호 5로 기재되는 rs6544366에 있어서, 101번째 염기가 T인 경우; 서열번호 6으로 기재되는 rs1716685에 있어서, 101번째 염기가 C인 경우; 서열번호 7로 기재되는 rs632057에 있어서, 101번째 염기가 G인 경우; 또는 서열번호 8로 기재되는 rs6581830에 있어서, 101번째 염기가 A인 경우, 사상체질 중 태음인 특이적 복부비만으로 판단할 수 있다. 상기 다형성 부위는 위험 대립유전자로 판단하며, 상기 대립유전자의 빈도가 높을수록 태음인 특이적 복부비만 위험이 높다고 판단할 수 있다. 보다 바람직하게는 서열번호 1 내지 8 중 다형성 부위 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상이 위험 대립유전자인 경우, 가장 바람직하게는 8개 모두 위험 대립유전자일수록 태음인 특이적 복부비만 위험이 높다고 판단할 수 있다. 상기 101번째 염기가 표 2의 효과 대립유전자의 염기가 아닌 경우 이는 복부비만 위험이 낮다고 판단할 수 있다.

바람직하게는, 상기 (b) 단계에서 결정된 염기서열 중, 서열번호 9로 기재된 rs17817449에 있어서, 101번째 염기가 G인 경우; 서열번호 10으로 기재된 rs1424233에 있어서, 101번째 염기가 A인 경우; 서열번호 11로 기재된 rs9482771에 있어서, 101번째 염기가 G인 경우; 서열번호 12로 기재된 rs6717858에 있어서, 101번째 염기가 C인 경우; 서열번호 13으로 기재된 rs4149270에 있어서, 101번째 염기가 T인 경우; 서열번호 14로 기재된 rs1919484에 있어서, 101번째 염기가 G인 경우; 서열번호 15로 기재된 rs1566732에 있어서, 101번째 염기가 A인 경우; 서열번호 16으로 기재된 rs857721에 있어서, 101번째 염기가 T인 경우; 또는 서열번호 17로 기재된 rs649729에 있어서, 101번째 염기가 A인 경우, 사상체질 중 소양인 특이적 복부비만으로 판단할 수 있다. 상기 다형성 부위는 위험 대립유전자로 판단하며, 상기 대립유전자의 빈도가 높을수록 소양인 특이적 복부비만 위험이 높다고 판단할 수 있다. 보다 바람직하게는 서열번호 9 내지 17 중 다형성 부위 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상이 위험 대립유전자인 경우, 가장 바람직하게는 9개 모두 위험 대립유전자일수록 소양인 특이적 복부비만 위험이 높다고 판단할 수 있다. 상기 101번째 염기가 표 2의 효과 대립유전자의 염기가 아닌 경우 이는 복부비만 위험이 낮다고 판단할 수 있다.

바람직하게는, 상기 (b) 단계에서 결정된 염기서열 중, 서열번호 18로 기재된 rs6265에 있어서, 101번째 염기가 A인 경우; 서열번호 19로 기재된 rs7561317에 있어서, 101번째 염기가 G인 경우; 서열번호 20으로 기재된 rs13130484에 있어서, 101번째 염기가 T인 경우; 서열번호 21로 기재된 rs29943에 있어서, 101번째 염기가 A인 경우; 서열번호 22로 기재된 rs1424233에 있어서, 101번째 염기가 G인 경우; 서열번호 23으로 기재된 rs2074356에 있어서, 101번째 염기가 C인 경우; 서열번호 24로 기재된 rs4149270에 있어서, 101번째 염기가 C인 경우; 서열번호 25로 기재된 rs6544366에 있어서, 101번째 염기가 G인 경우; 서열번호 26으로 기재된 rs17315646에 있어서, 101번째 염기가 C인 경우; 서열번호 27로 기재된 rs4667570에 있어서, 101번째 염기가 C인 경우; 또는 서열번호 28로 기재된 rs12485738에 있어서, 101번째 염기가 G인 경우, 사상체질 중 소음인 특이적 복부비만으로 판단할 수 있다. 상기 다형성 부위는 위험 대립유전자로 판단하며, 상기 대립유전자의 빈도가 높을수록 소음인 특이적 복부비만 위험이 높다고 판단할 수 있다. 보다 바람직하게는 서열번호 18 내지 28 중 다형성 부위 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 9개 이상, 10개 이상이 위험 대립유전자인 경우, 가장 바람직하게는 11개 모두 위험 대립유전자일수록 복부비만 위험이 높다고 판단할 수 있다. 상기 101번째 염기가 표 2의 효과 대립유전자의 염기가 아닌 경우 이는 복부비만 위험이 낮다고 판단할 수 있다.

또 하나의 양태로서, 본 발명은 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 SNP를 선별하는 방법을 제공하는 것이다.

상기 방법은 구체적으로, (a) 비만, 고지혈증, 고혈압 및 혈구이상증의 표현형과 연관성이 있는 SNP를 선별하는 단계; (b) 상기 (a) 단계의 선별된 SNP 중 다중 회귀 분석(multiple regression analysis)을 이용하여 복부 표현형과 연관성이 있는 SNP를 선별하는 단계; (c) 상기 (b) 단계에서 선별된 SNP 중 다중 회귀 분석을 이용하여 복부 표현형 및 복부비만에 대해서 체질별 연관성이 있는 SNP를 선별하는 단계; 및 (d) 상기 (c) 단계에서 선별된 SNP의 GRS(genetic risk score)를 계산하여 이를 독립변수로 다중 회귀 분석을 수행하여 체질별 특이 SNP를 선별하는 단계를 포함하는, 사상체질 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 SNP 선별 방법일 수 있다.

상기 (a) 단계의 비만, 고지혈증, 고혈압 및 혈구이상증의 표현형이란 이에 제한되지는 않으나, 그 예로 비만은 BMI, WC, WHR; 고지혈증은 HDL cholesterol, LDL cholesterol, triglyceride; 고혈압은 수축기 혈압, 이완기 혈압; 혈구이상증은 백혈구수, 적혈구수, 헤마토크리트, 헤모글로빈 농도 등일 수 있다.

상기 (b) 단계의 복부 표현형이란 이에 제한되지는 않으나, 그 예로 복부비만과 상복부, 허리, 하복부 둘레 및 각각의 엉덩이 둘레의 비율일 수 있다. 본 발명의 일 실시 예에 따르면 상기 (a) 및 (b) 단계를 수행하여 57개의 SNP 세트를 선별하였다(표 1).

상기 (c) 단계는 이에 제한되지는 않으나, 바람직하게는 복부비만은 P < 0.1이고, 복부 표현형은 P < 0.05 인 경우를 선택할 수 있으며, 체질별로 공통적인 연관성을 보여서 체질에 대한 특이성을 상실한 SNP를 제외할 수 있다. 본 발명의 일 실시 예에서는 특이성 분석 이전 단계로서 태음인의 경우 9개, 소양인의 경우 12개, 소음인의 경우 15개의 SNP 세트를 선별하였다.

상기 (d) 단계의 GRS 계산은 이에 제한되지는 않으나, 그 예로 비위험 대립유전자만 두 개 가지는 경우 0, 헤테로(hetero)는 1, 위험 대립유전만 두 개 가지는 경우 2로 유전형 점수로 계산하여 선별된 SNP의 유전형 점수를 모두 계산하는 simple count method 및 각 SNP의 복부비만에 대한 다중 회귀 분석의 베타 계수를 유전형 점수에 곱한 값을 모두 더하고, 유전형 점수에 베타 계수를 곱한 최대 총 점수로 나눈 다음 최대 위험 대립유전자 수를 곱하는 방법으로 정해진 GRS일 수 있다. 이렇게 구해진 GRS를 독립변수로 하여 복부비만 및 관련 표현형에 대해서 회귀 분석을 수행해서 체질별 특이성이 보장되는 최대의 체질 특이 SNP를 선별할 수 있다. 본 발명의 일 실시 예에서는 태음인의 경우 8개, 소양인의 경우 9개, 소음인의 경우 11개를 선별하였다(표 2).

본 발명의 선별 방법은 복부비만에 대한 유전적 위험도 예측을 전체 집단에서 하지 않고, 체질별로 하여 보다 특이성을 나타내는 SNP를 선별할 수 있는 장점이 있다.

본 발명의 SNP 마커는 사상체질 특이적 복부비만을 예측 또는 진단하는 특이적 SNP 마커로서, 위험도 예측이 보다 정확하여 객관적인 진단 및 위험도 예측을 할 수 있을 것이다.

도 1은 본 발명의 SNP를 선별하기 위한 방법의 순서도를 간략하게 나타낸 것이다.

이하, 실시 예를 통하여 본 발명을 더욱 상세하게 설명하기로 한다. 이들 실시 예는 단지 본 발명을 예시하기 위한 것으로, 본 발명의 범위가 이들 실시 예에 의해 제한되는 것으로 해석되지는 않는다.

실시 예 1: 대상자 선별 및 복부 관련 표현형 및 복부비만 측정

본 발명의 연구대상자들은 2006부터 2010년까지 25개의 한방의료원을 대상으로 수집된 2279명의 사람들로, 한의사가 사상체질 한약에 대한 반응을 보고 체질을 확정한 사람을 대상으로 하였다. 체질확진자는 사상체질 처방에 대해서 기본적으로 60첩(보통 한달 섭취하는 양)을 먹었을 때에 체질에 대한 호전 반응이 뚜렷하면서 부작용이 없는 사람을 선별하였다. 연구대상자는 연구에 동의하였고, 연구윤리심의를 거쳤다. 이 체질확진자를 대상으로 이미 다수의 임상 역학연구 및 분자 유전학 연구가 수행되었고, 그 결과가 여러 해외 SCI 저널(Evidence-based Complementary and Alternative Medicine, Journal of Alternative and Complementary Medicine, European Journal of Integrative Medicine)에 보고되어 왔다.

복부 관련 표현형 중 연속형 표현형은 세 가지로서 상복부, 허리, 하복부 둘레와 함께 각 둘레와 엉덩이 둘레비로 되어 있다. 상복부 둘레는 상체 좌우 제 7-8 늑연골 접합부 융기부분을 지나는 수평 둘레(cm)를 측정하였고, 허리 둘레(WC)는 배꼽 부위 둘레(cm)를 측정하였으며, 하복부 둘레는 좌우 전상장골극을 지나는 수평둘레(cm)를 측정하였다. 각 복부 둘레와 엉덩이 둘레 비율의 경우 상복부-엉덩이 둘레비는 상복부 둘레는 엉덩이 둘레로 나눈 것이고, 허리-엉덩이 둘레비(WHR)는 허리 둘레를 엉덩이 둘레로 나누었으며, 하복부-엉덩이 둘레비는 하복부 둘레를 엉덩이 둘레로 나눈 것이다. 엉덩이 둘레는 치골상방(곡골)을 지나는 수평둘레(cm)이다. 복부비만은 남성의 경우 허리 둘레가 90 cm 이상일 때, 여성의 경우는 85 cm 이상일 때로 선정하였다. 이 기준은 한국인의 복부비만 기준이다.

실시 예 2: 통계적 연관성 분석

연관성 분석은 다중 회귀 분석으로 수행하였으며, 종속 변수가 선형일 때는 선형 회귀분석으로 분석하고 선형이 아닐 때는 로지스틱 회귀분석을 수행하였다. 보정변수는 성별, 나이, 만성질환 유무를 사용했다. 연구 대상자 중에 만성 질환 중 고혈압, 고지혈증, 당뇨병, 중풍이 있어서 복부비만에 영향을 줄 수 있기 때문에 이들 질병이 있는지 유무를 보정변수로 넣었다.

실시 예 3: 체질별 특이 SNP ( Single nucleotide polymorphism ) 세 트 선별

<3-1> 복부 표현형과 연관성이 있는 SNP 선정

비만, 고지혈증, 고혈압, 혈구이상증의 네 가지 만성 질환과 관련된 표현형(비만: BMI, WC, WHR; 고지혈증: HDL cholesterol, LDL cholesterol, triglyceride; 고혈압: 수축기 혈압, 이완기 혈압; 혈구이상증: 백혈구수, 적혈구수, 헤마토크리트, 헤모글로빈 농도 등)에 대해서 반복 재현성이 확립된 SNP들을 확보하였다. 이중 아시아인에서 마이너 대립유전자 빈도(minor allele frequency)가 5%가 안 되는 것과 LD(linkage disequilibrium) 분석에서 강한 linkage(r²≥ 0.8)가 있는 SNP는 제외하였다. Affymetrix SNP chip으로 유전형이 결정된 연구대상자 일부(전체 대상자의 40% 정도)를 대상으로 연관 통계 분석을 수행하였고, 복부 표현형(복부비만과 상복부, 허리, 하복부 둘레 및 각각의 엉덩이 둘레와의 비율)과 연관성이 있는 SNP 57개를 선별하였다(표 1).

<3-2> 체질별로 복부 연관성이 있는 SNP 선별

상기 실시 예 <3-1>에서 총 2279명의 연구대상자에서 57개 SNP의 유전형을 모두 결정한 후에 복부 관련 표현형(WC, WHR) 및 복부비만에 대해서 체질별로 연관성 분석을 수행하였다. 복부비만은 P < 0.1인 경우를 선택하고 그 외 복부 표현형은 P < 0.05인 경우를 선택하였다. 이와 함께 체질별로 상기 배꼽 부위 복부 관련 변수에 공통적인 연관성을 보여서 체질에 대해 특이성을 상실한 SNP를 제외하였다.

그 결과, GRS(genetic risk score)를 계산하는 분석에는 태음인의 경우는 9개, 소양인의 경우는 12개, 소음인의 경우는 15개의 SNP 세트가 사용되었다.

<3-3> GRS(Genetic risk score ) 계산

복부비만에 대한 유전적 위험도(복부 GRS)는 Chloe YY, et al. 및 Cornelis MC, et al. 이 개시한 두 가지 방법으로 측정하였다(Chloe YY, et al. Obesity Susceptibility Genetic Variants Identified from Recent Genome-Wide Association Studies: Implications in a Chinese Population. J ClinEndocrinolMetab. 2010;95(3)1395-1403., Cornelis MC, et al. Joint Effects of Common Genetic Variants on the Risk for Type 2 Diabetes in U.S. Men and Women of European Ancestry. Ann Intern Med. 2009;50(8):541-550). 먼저 개인이 가지는 각 SNP에 대한 유전형 점수는 비위험 대립유전자(nonrisk allele)만 두 개 가지면 0, 헤테로(hetero)는 1, 위험 대립유전자(risk allele)만 두 개 가지는 경우는 2로 정했다. 10개의 SNP 세트가 선별되었다고 가정했을 때, 한 가지 방법은 simple count method로서 10개 SNP의 유전형 점수를 모두 더하게 되는데 최소 0부터 최대 20개까지의 GRS가 가능하게 된다. 나머지 하나는 weighted count method로서 각 SNP의 복부비만에 대한 다중 회귀 분석의 베타 계수를 유전형 점수에 곱해서 10개의 SNP의 점수를 더하고 유전형 점수에 베타 계수를 곱한 최대 총 점수로 나눈 다음 최대 위험 대립유전자 수인 20을 곱해서 구하는 방법이다. 이렇게 구해진 GRS를 독립변수로 하여 복부비만 및 관련 표현형에 대해서 회귀분석을 수행해서 체질별 특이성이 보장되는 최대의 체질 특이 SNP 세트를 선별하였다.

체질별 특이성에 대한 분석은 복부비만 및 관련 표현형인 WC, WHR 이외에도 다른 복부 변수(상복부와 하복부 둘레) 및 혈압, 지질, 전혈구 표현형을 모두 고려하여 분석하였다. 따라서, 배꼽 부위의 복부비만에 대한 특이성뿐만 아니라 심혈관대사질환과 관련된 여러 표현형들에 대해서도 체질 특이성을 지니도록 고려하였다.

그 결과, 최종 선별된 체질별 특이 SNP 세트는 태음인의 경우는 8개, 소양인의 경우는 9개, 소음인의 경우는 11개로 구성되었다(표 2).

실시 예 4: 체질 특이 SNP 세 트 GRS 의 연관성 분석

<4-1> Simple count method

각 체질집단을 GRS에 따라서 네 개의 하위그룹으로 나눈 다음 가장 GRS가 낮은 하위그룹을 기준으로 나머지 세 개의 그룹의 복부비만에 대한 OR(odds ratio)값을 구했다. 태음인 GRS의 범위는 5~15이며, 10일 때 가장 사람 수가 많았고, 소양인의 GRS 범위는 4~15이고, 9일 때 가장 큰 하위 그룹을 가졌으며, 소음인의 GRS 범위는 7~20이고 13일 때 하위그룹이 가장 컸다. 하위 그룹별 GRS의 OR 값은 세 체질 모두 GRS 값이 커지는 하위 그룹의 경우에 OR 값이 계속 증가하는 경향을 보였다. 그래서 태음인은 최대 2.9배(GRS 5~8 vs. GRS 13~15) 복부비만 위험성이 커졌고, 소양인은 최대 4.7배(GRS 4~7 vs. GRS 12~15), 소음인은 최대 4.6배(GRS 7~11 vs. GRS 16~20)로 복부비만 위험성이 커지는 것을 보였다(표 3).

복부 표현형인 WC나 WHR에 대해서 선형 회귀분석의 결과에서도 각 체질별로 특이성을 보이며 강한 연관성을 보였다. 태음인 특이 SNP 세트의 경우, WC는 GRS 한 점당 증가량이 0.69 cm(P < 0.0001)이며, WHR은 0.0047(P < 0.0001)이었고, 소양인 특이 SNP 세트는 GRS 한 점당 증가량이 WC는 0.86 cm(P < 0.0001), WHR은 0.0054((P < 0.0001)이었으며, 소음인 특이 SNP 세트의 경우는 GRS 한 점당 증가량이 WC는 0.73 cm(P < 0.0001), WHR은 0.0064(P < 0.0001)이었다(표 4).

<4-2> Weighted count method

복부비만에 대한 GRS의 OR 값은 상기 실시 예 <4-1>의 simple count method와 비교했을 때 약간 높은 경향을 보이는 경우도 있지만, 거의 비슷한 값을 가지는 것으로 나왔고, 태음인은 최대 3.0배(GRS 5.0~9.5 vs. GRS 13.5~15.6) 복부비만 위험성이 커졌고, 소양인은 최대 6.1배(GRS 4.3~7.5 vs. GRS 11.5~14.8), 소음인은 최대 5.8배(GRS 6.5~12.5 vs. GRS 16.5~21.0)로 복부비만 위험성이 커지는 것을 확인하였다(표 3).

복부 표현형인 WC나 WHR에 대해서 선형 회귀분석의 결과의 경우 simple count method와 유사한 결과를 보였다. 태음인 특이 SNP 세트의 경우 WC는 GRS 한 점당 증가량이 0.62 cm(P < 0.0001)이며, WHR은 0.0041(P < 0.0001)이었고, 소양인 특이 SNP 세트는 GRS 한 점당 증가량이 WC는 0.86 cm(P < 0.0001), WHR은 0.0052((P < 0.0001)이었으며, 소음인 특이 SNP 세트의 경우는 GRS 한 점당 증가량이 WC는 0.61 cm(P <0.0001), WHR은 0.0050(P < 0.0001)이었다(표 4).

상기와 같은 결과들은 본 발명에서 선별한 체질 특이적 SNP 마커가 객관적 체질진단에 이어 복부비만에 대해서 체질별 유전적 위험도를 예측할 수 있다는 것을 시사하는 것이다.

<110> Korea Institute of Oriental Medicine <120> SNP markers for abdominal obesity and use thereof <130> PA110783/KR <160> 28 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> R=A or G <400> 1 gccagcccct gatctccagg tgagggcaag ccctctctct acaaggaaac tcctcctttg 60 ggcggggttg gggtgagcaa agagagccac ccacattctc rtcacacatg tgacaagacc 120 aatattactt ggctgacttg agccttgtgg ctaaacacat tgcctacccc ccttgagatg 180 gccatcaacc tgtgacatcc t 201 <210> 2 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> R=A or G <400> 2 tatgaattag agtgattggt tgattgatca gggcacctgt tgtaaatcat aactgttcca 60 aacaatcact agccggtgct ttaatttgta aacaaaattc rtgtcactgc agaattgctt 120 tcactgaaga tgagcatttg ggttcctttc taaatgaatc tgttgttatt atgtagggaa 180 gaatggggca cactttaaag a 201 <210> 3 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> Y=T or C <400> 3 acaaacctgc acacatgtac ttcatataaa tacatctata tagggcttca tatcaaaata 60 ttaacagcta tctttggaga ggagagtggg atgctgggga ygaaaaagaa tgtattttat 120 actctatcat atatatgtaa tctgaattat aattttaata ttatataaat aaataacttg 180 attggaggaa agaaggaaaa g 201 <210> 4 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> M=C or A <400> 4 aaaaaagaag aagaagaaag aggaggagga ggtgaagaag aagaaaaagg aaagcctgtg 60 caggctcact actggtgcat tgggacactg gtaagcctaa maaggacctc agttcctgag 120 tgcctgtgag ccctcgtgca gtgcattaaa tatacccaga tttattttgg aggagtatca 180 tgcctggact tatttggata t 201 <210> 5 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> K=T or G <400> 5 atggcagata ttctcaactt ggccaagaca atgcagcccc tgctgtgccc ttcttctgag 60 ccacacagac ccagtgaagg actgggtgtt gcaaagggca ktttcccatt tcctgggctt 120 ggccttatac ctggacaagg aaaggagtca ccttgtcata tggtgtcagt agatgtagag 180 tgccctgctc ccacatctgc c 201 <210> 6 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> Y=C or T <400> 6 tatgtttaag cctaaaggtc tgttgaggta acagttttag 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gtaactggag tctcccctta actggtcttt attgttaaag 60 aagagtgatc cctttgtgtt tcagcttggc acacagaaac kgttttaatt taacagtcca 120 gctcctttaa tagatcaatt ctctattgtg gtttgaattt ggtgcactcc caatttactc 180 taaacttcta cgggcttcct t 201 <210> 10 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> R=A or G <400> 10 gtaccgtgaa aaatggattt gattccattt ttattctcca agtttgacca tagtaactca 60 agatagggac agccagcgag ggtaggagcg acaggaataa rggtttgagc tcaacatgca 120 gtggaatctt gtaacaattg cagcttttat gcagcactat tcaatagaaa aataacatga 180 ggcatacata acaattgtgt a 201 <210> 11 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> S=G or C <400> 11 gagaaggtag actcagaagt taaagacctg ggttccagat ccagcattgc tgctaatgcc 60 tgaataaccc aagaaagtcc ttttactata ccaagctaaa stttttcatc tgcaaaatga 120 ggaggttgat caaaaactta gatctagtga tccctacggt ttcctcaaca tttaatcttt 180 tggtatgaga atataagtca c 201 <210> 12 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> Y=T or C <400> 12 acaaacctgc acacatgtac ttcatataaa tacatctata tagggcttca tatcaaaata 60 ttaacagcta tctttggaga ggagagtggg atgctgggga ygaaaaagaa tgtattttat 120 actctatcat atatatgtaa tctgaattat aattttaata ttatataaat aaataacttg 180 attggaggaa agaaggaaaa g 201 <210> 13 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> Y=C or T <400> 13 cccaagtccc ctctatgtct gagagctgag gctggctgtc aaagaggaac taaggatgcc 60 agggactttc tgcttaggac ccctctcatc acttctccaa ygctggtatc atgaacccca 120 ttctacagat gatgtccact agattaagaa tggcatgtga ggccaagttt ccacctgaga 180 gtcagtttta ttcagaagag a 201 <210> 14 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> R=G or A <400> 14 catgaaggga cagtgtcatg ctactttagc ttttgctttg acagactttc ctgaaaattc 60 tgatcaagtc acttactgta gactgagcat gaagaagagt rttcaaacag caaaaaattc 120 cagtgggtgg cgagagaaag gttactctcg gacaaattcc ttttcataag tcctgactgt 180 gatttccgtg tgactacagc t 201 <210> 15 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> M=A or C <400> 15 ttcatcatac ccacccagat ttttagccct gtgtgtgcat acctgttgga aacaaagacc 60 acatttccca gctcccatgg agctagatgt tgcaatgtga mtaagttttg ctcaacgaag 120 catgagcaga ggtactgggt gacttctagg aagtgtcctt taagggtggg gcacaacctt 180 ctgcccttcc tccttcttat a 201 <210> 16 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> W=T or A <400> 16 cttctgaaga acctgctcca catcagactc tgaagtctct gagagcaggc atggtagcct 60 caacagtcag aaagtgttaa agtatcaagg gtgatgacta wccaaccaac aagctcggaa 120 tggtgaaatt ttccaagatt cctattttga acttgcctga atgttagtgg cgtctttgta 180 ggattcatca caggctgtgg g 201 <210> 17 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> W=A or T <400> 17 ggcaccttta tctcctcctc cttcaaatgg aatgataatc taggtaattt aaggtactgg 60 ttaaatgctt aacttctgca atgaatttaa tccccagaac wccctgtgag ataggttttc 120 ttattaggtc catttgatga ggaagagcat agtgctgata tcatagtatg tgggaaggtg 180 aaacgagata atccatggaa a 201 <210> 18 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> R=G or A <400> 18 ggcctaccca ggtgtgcgga cccatgggac tctggagagc gtgaatgggc ccaaggcagg 60 ttcaagaggc ttgacatcat tggctgacac tttcgaacac rtgatagaag agctgttgga 120 tgaggaccag aaagttcggc ccaatgaaga aaacaataag gacgcagact tgtacacgtc 180 cagggtgatg ctcagtagtc a 201 <210> 19 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> R=G or A <400> 19 gctcactgtg gacacttccc agccccttcc cagaggtgag gtctcctgct agcactggct 60 tagaagatgt aggcagagat gacaagtgac acttcctgtc rtctgcctac aagttcccaa 120 agatcctccc ctttcttgct ctgttttcac ctccagaata agcgtgaatg agccctggaa 180 gatgcacggt ctggacagat g 201 <210> 20 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> Y=C or T <400> 20 ttttggtgca cattgtggta gaagaattca tagatctgca ttcactgctt ccatcatttg 60 gcagctttct tcagtcaggg gagtatttac ccagtcatgg yagaggcaat gcagtgctct 120 gttcactgat tttctgattt ggaaacaagt tttcttgggc aggaaaagga tgcttcagag 180 gacatgatac tttagagaag c 201 <210> 21 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> R=A or G <400> 21 gccagcccct gatctccagg tgagggcaag ccctctctct acaaggaaac tcctcctttg 60 ggcggggttg gggtgagcaa agagagccac ccacattctc rtcacacatg tgacaagacc 120 aatattactt ggctgacttg agccttgtgg ctaaacacat tgcctacccc ccttgagatg 180 gccatcaacc tgtgacatcc t 201 <210> 22 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> R=A or G <400> 22 gtaccgtgaa aaatggattt gattccattt ttattctcca agtttgacca tagtaactca 60 agatagggac agccagcgag ggtaggagcg acaggaataa rggtttgagc tcaacatgca 120 gtggaatctt gtaacaattg cagcttttat gcagcactat tcaatagaaa aataacatga 180 ggcatacata acaattgtgt a 201 <210> 23 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> Y=C or T <400> 23 tgcttgtcaa tttagctgaa tattttgggt tgatgggctg ctgcagtgaa gctggagtgg 60 ttatactggg aaactctgtg gtctggtggt taacagttca yatctgaagt catactgttt 120 accagctgtg tggacttgag aaaattactt aacatctctg ggctttcccc atctttaaaa 180 tggaatatgt gctctgcaag g 201 <210> 24 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> Y=C or T <400> 24 cccaagtccc ctctatgtct gagagctgag gctggctgtc aaagaggaac taaggatgcc 60 agggactttc tgcttaggac ccctctcatc acttctccaa ygctggtatc atgaacccca 120 ttctacagat gatgtccact agattaagaa tggcatgtga ggccaagttt ccacctgaga 180 gtcagtttta ttcagaagag a 201 <210> 25 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> K=T or G <400> 25 atggcagata ttctcaactt ggccaagaca atgcagcccc tgctgtgccc ttcttctgag 60 ccacacagac ccagtgaagg actgggtgtt gcaaagggca ktttcccatt tcctgggctt 120 ggccttatac ctggacaagg aaaggagtca ccttgtcata tggtgtcagt agatgtagag 180 tgccctgctc ccacatctgc c 201 <210> 26 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> S=C or G <400> 26 tctacctatt ctgaaagaga ggcttaaaac taaagtcctg gttagttgag gatcagatgt 60 gtcatacttt tctcagaggg gaggggacgg tcactttgct staagtttgg gccatgaggt 120 ccacactgag cctacatggg gtagggggaa accgtgaagt gtgcagtgac ctgagggtgc 180 cagatcaccc cgagccgttg t 201 <210> 27 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> Y=C or T <400> 27 actgattaaa tcaaccaaat ggaagccaaa cattccacaa agaaatgtct attgctattc 60 acacagataa acggatacac ccactggcaa ggccaaaagg yacaagtgtc ctggtttgaa 120 tatgtatgct gtggtggtgg cttctgattc cttactgctt caacctcaag ccacctgtaa 180 atgggaaggg ctctatatgc a 201 <210> 28 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (101) <223> R=G or A <400> 28 gaagcaatct ttggtttcca tctgtcattc agttattatg aggcctggta atcagagatg 60 atctcttccc agcacactgg tgtgtacgtt cagaaaacat ratcaacatt ttaagaaagg 120 tcaaggtctt ctgtccagtt ccacatcaac cagttaccat gttgacagaa acagaaatgg 180 ctctcttcca tttttttctg g 201

Claims (10)

1. 서열번호 9 내지 17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드 세트를 포함하며,
   상기 염기서열은 101 번째 염기를 SNP(single nucleotide polymorphism)로서 포함하고,
   상기 서열번호 9의 101번째 염기는 G이고, 서열번호 10의 101번째 염기는 A이고, 서열번호 11의 101번째 염기는 G이고, 서열번호 12의 101번째 염기는 C이고, 서열번호 13의 101번째 염기는 T이고, 서열번호 14의 101번째 염기는 G이고, 서열번호 15의 101번째 염기는 A이고, 서열번호 16의 101번째 염기가 T이고, 서열번호 17의 101번째 염기는 A인,
   사상체질 중 소양인 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 마이크로 어레이.
   
2. 제1항에 있어서, 상기 복부비만은 고혈압, 고지혈증, 비만 또는 혈구이상증의 위험인자인 것인, 마이크로 어레이.
   
3. 제1항에 있어서, 상기 예측 또는 진단은 복부비만을 진단하거나 위험을 예측하는 것인, 마이크로 어레이.
   
4. 서열번호 9 내지 17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드 세트를 검출할 수 있는 프로브, 또는 이를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머를 포함하고,
   상기 서열번호 9의 101번째 염기는 G이고, 서열번호 10의 101번째 염기는 A이고, 서열번호 11의 101번째 염기는 G이고, 서열번호 12의 101번째 염기는 C이고, 서열번호 13의 101번째 염기는 T이고, 서열번호 14의 101번째 염기는 G이고, 서열번호 15의 101번째 염기는 A이고, 서열번호 16의 101번째 염기가 T이고, 서열번호 17의 101번째 염기는 A인,
   사상체질 중 소양인 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 조성물.
   
5. 제4항의 조성물을 포함하는 사상체질 중 소양인 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 키트.
   
6. 제5항에 있어서, 상기 키트는 RT-PCR 키트 또는 DNA 칩 키트인 것인, 키트.
   
7. (a) 분리된 시료의 DNA로부터 서열번호 9 내지 17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드 세트의 다형성 부위인 101번째 염기서열을 증폭하거나 프로브와 혼성화하는 단계;
   (b) 상기 (a) 단계의 증폭된 또는 혼성화된 다형성 부위의 염기를 결정하는 단계; 및
   (c) 상기 (b) 단계에서 결정된 염기서열 중,
   서열번호 9로 기재된 rs17817449에 있어서, 101번째 염기가 G인 경우;
   서열번호 10으로 기재된 rs1424233에 있어서, 101번째 염기가 A인 경우;
   서열번호 11로 기재된 rs9482771에 있어서, 101번째 염기가 G인 경우;
   서열번호 12로 기재된 rs6717858에 있어서, 101번째 염기가 C인 경우;
   서열번호 13으로 기재된 rs4149270에 있어서, 101번째 염기가 T인 경우;
   서열번호 14로 기재된 rs1919484에 있어서, 101번째 염기가 G인 경우;
   서열번호 15로 기재된 rs1566732에 있어서, 101번째 염기가 A인 경우;
   서열번호 16으로 기재된 rs857721에 있어서, 101번째 염기가 T인 경우; 및
   서열번호 17로 기재된 rs649729에 있어서, 101번째 염기가 A인 경우,
   사상체질 중 소양인 특이적 복부비만으로 판단하는 단계를 포함하는, 사상체질 중 소양인 특이적 복부비만 예측 또는 진단을 위한 정보의 제공 방법.
   
8. 삭제
9. 제7항에 있어서, 상기 (b) 단계의 염기 결정은 서열 분석, 마이크로어레이에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR(allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 기법(dynamic allele-specific hybridization, DASH), PCR 연장 분석, PCR-SSCP(PCR-single strand conformation polymorphism), PCR-RFLP(PCR-restriction fragment length polymorphism) 및 TagMan 기법으로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 방법에 의해 수행되는 것인 방법.
   
10. (a) 비만, 고지혈증, 고혈압 및 혈구이상증의 표현형과 연관성이 있는 SNP를 선별하는 단계;
    (b) 상기 (a) 단계의 선별된 SNP 중 다중 회귀 분석(multiple regression analysis)을 이용하여 복부 표현형과 연관성이 있는 SNP를 선별하는 단계;
    (c) 상기 (b) 단계에서 선별된 SNP 중 다중 회귀 분석을 이용하여 복부 표현형 및 복부비만에 대해서 사상체질 중 소양인과 연관성이 있는 SNP를 선별하는 단계; 및
    (d) 상기 (c) 단계에서 선별된 SNP의 GRS(genetic risk score)를 계산하여 이를 독립변수로 다중 회귀 분석을 수행하여 사상체질 중 소양인 특이적 SNP를 선별하는 단계를 포함하는, 사상체질 중 소양인 특이적 복부비만 예측 또는 진단용 SNP 선별 방법.

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