CN113166810A

CN113166810A - 包括gba基因单碱基多态性的脑动脉瘤诊断用snp标志物

Info

Publication number: CN113166810A
Application number: CN201980005528.9A
Authority: CN
Inventors: 全进平
Original assignee: Hanlin University Industry University Cooperation Group
Current assignee: Hanlin University Technology Holding Co ltd
Priority date: 2019-04-03
Filing date: 2019-12-24
Publication date: 2021-07-23
Also published as: KR102158713B1; WO2020204313A1

Abstract

本发明涉及一种包括GBA基因SNP的脑动脉瘤诊断用SNP标志物组合物、包括可以检测或扩增所述SNP标志物的制剂的脑动脉瘤诊断用组合物、包括所述组合物的脑动脉瘤诊断用试料盒以及利用所述组合物和试料盒的脑动脉瘤诊断用信息提供方法。根据本发明的脑动脉瘤诊断用SNP标志物组合物、脑动脉瘤诊断用组合物、脑动脉瘤诊断用试料盒以及脑动脉瘤诊断用信息提供方法，可以将GBA基因上单碱基多态性(SNP)，用作为韩国人或亚洲人预测脑动脉瘤发病危险或诊断脑动脉瘤的标志物。

Description

包括GBA基因单碱基多态性的脑动脉瘤诊断用SNP标志物

技术领域

本发明涉及一种包括GBA基因SNP的脑动脉瘤诊断用SNP标志物组合物、包括检测或扩增所述SNP标志物的制剂的脑动脉瘤诊断用组合物、包括所述组合物的脑动脉瘤诊断用试料盒以及利用所述组合物和试料盒的脑动脉瘤诊断用信息提供方法。

背景技术

碱基序列多样性(Polymorphism)是指频率超过1％的碱基序列的变异，其中，90％是单碱基多样性(single nucleotide polymorphism，SNP)。人类基因序列99.9％是相同的，大约250～1000bp出现1次SNP，人类基因组里存在约2百万个SNP，其中，基因里存在约21,000个。并且，频率为1％以下的其他单碱基的变异通常被称作突变(mutation)。

碱基序列突变分析或SNP不仅可以分析DNA序列，还可以作为标志物，在挖掘癌症、哮喘、糖尿等疾病的引发基因或者判定与特定疾病之间的相关性方面，起到重要作用。因此，分析单碱基多态性，有助于了解人类特定疾病的人体敏感度，预防由于碱基序列差异引发的先天性疾病或者治疗发病的疾病。

脑动脉瘤，具体地，颅内动脉瘤约占所有蛛网膜下腔出血(蜘蛛膜下腔出血)的85％，其死亡率高达50％。脑动脉瘤通常会引发蛛网膜下腔出血，该症状首先可以通过拍摄脑CT确认。有蛛网膜下腔出血疑似病症，但CT上观察不到时，可以通过腰椎部穿刺抽取混有血液的脑脊髓液做出诊断。并且，为脑动脉瘤破裂确诊病例制定治疗计划时，需要查找破裂的部位，准确地掌握位置、大小、形态和数量等，为此，需要进行“脑血管造影术”检查，除此之外，还可以采用CT血管摄影术或MRI血管摄影术等，但上述方法的弊端在于：不仅繁琐，还难以预测到脑动脉瘤的发病前或预后。

鉴于此，本发明人始终没有放弃开发有效容易地诊断脑动脉瘤已发病、预计发病危险和预测预后的方法，其结果，终于开发出了可以从特定基因上SNP等位基因诊断和预测脑动脉瘤的诊断用组合物，完成了本发明。

发明内容

所要解决的课题

本发明的第1方面，提供一种包括GBA(Glucocerebrosidase)基因单碱基多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)rs75822236的脑动脉瘤诊断用SNP标志物组合物。

本发明的第2方面，提供一种包括可以检测或扩增rs75822236的制剂，该rs75822236是GBA基因的SNP。

本发明的第3方面，提供一种包括脑动脉瘤诊断用组合物的脑动脉瘤诊断用试料盒。

本发明的第4方面，提供一种脑动脉瘤诊断用信息提供方法，其包括从个体分离的生物学试料确定rs75822236等位基因的步骤，所述rs75822236是GBA基因的SNP。

课题解决方案

以下做出具体说明。本发明公开的各种说明和实施方式还可以适用于各种其他说明和实施方式。即，本发明公开的各种成分的所有组合属于本发明的范畴。并且，不能认为，本发明的范畴受到下述具体说明的限定。

发明效果

本发明的脑动脉瘤诊断用SNP标志物组合物、脑动脉瘤诊断用组合物、脑动脉瘤诊断用试料盒以及脑动脉瘤诊断用信息提供方法可以将GBA基因上单碱基多态性(SNP)用作韩国人或亚洲人脑动脉瘤的预测发病危险或诊断标志物。

附图说明

<1、开发13个脑动脉瘤诊断用SNP标志物>

图1示出了利用GBA基因SNP的脑动脉瘤诊断过程。

图2用曼哈顿图示出了GWAS结果。红线表示全基因组显著临界(P-value＝5x10-8)。

图3示出了rs371331393的变体位置±500kb区域图(regional plot)，该rs371331393是ARHGAP32基因的SNP。该图表示250名脑动脉瘤患者和294名对比组(调整年龄、性别、高血压、糖尿病、高血脂症、吸烟和4种主要因素)中rs371331393和脑动脉瘤的相关性。X轴表示染色体位置(Mb)，Y轴表示将P-值转换为-log10的数值。紫色菱形示出了用于表示本发明GWAS中最具意义相关性的rs371331393变体(P＝9.3Х10-27)，灰色圆表示rs371331393变体的500kb内其他SNP。

图4的A示出了RNF144A基因SNPrs6741819的变体位置(±500kb)的区域图(regional plot)。该图表示250名脑动脉瘤患者和294名对比组(调整年龄、性别、高血压、糖尿病、高血脂症、吸烟和4种主要因素)中rs6741819和脑动脉瘤的相关性。X轴表示染色体位置(Mb)，Y轴表示将P-值转换为-log10的数值。紫色菱形示出了用于表示本发明GWAS中rs6741819变体(P＝4.0Х10-14)，灰色圆表示rs6741819变体的500kb内其他SNP。

图4的B利用单细胞eQTL示出了副肾组织(n＝175)中rs6741819变体的表达水平。X轴表示基因型，Y轴表示次序-标准化的基因表达水平。所述变体基因型的参考型(Ref)/对立型(Alt)等位基因与宏效/微效等位基因相同。

图4的C示出了TMOD1基因SNPrs1052270的变体位置(±500kb)的区域图(regionalplot)。该图表示250名脑动脉瘤患者和294名对比组(调整年龄、性别、高血压、糖尿病、高血脂症、吸烟和4种主要因素)中rs1052270和脑动脉瘤的相关性。X轴表示染色体位置(Mb)，Y轴表示将P-值转换为-log10的数值。紫色菱形示出了用于表示本发明GWAS中rs1052270变体(P＝4.0Х10-14)，灰色圆表示rs1052270变体的500kb内其他SNP。

图4的D利用单细胞eQTL示出了睾丸组织(n＝225)中rs1052270变体的表达水平。X轴表示基因型，Y轴表示次序-标准化的基因表达水平。所述变体基因型的参考型(Ref)/对立型(Alt)等位基因与宏效/微效等位基因相同。

图5的A示出了EDNRA基因SNPrs6841581的变体位置(±500kb)的区域图(regionalplot)。该图表示250名脑动脉瘤患者和294名对比组(调整年龄、性别、高血压、糖尿病、高血脂症、吸烟和4种主要因素)中rs6741819和脑动脉瘤的相关性。X轴表示染色体位置(Mb)，Y轴表示将P-值转换为-log10的数值。紫色菱形示出了用于表示本发明GWAS中rs6841581变体(P＝4.0Х10-14)，灰色圆表示rs6841581变体的500kb内其他SNP。

图5的B和C利用单细胞eQTL示出了食管(粘膜)(B)(358个样品、effect size＝0.38、effect size＝0.38)以及未暴露于阳光的皮肤(耻骨上部)(C)(335个样品、effectsize＝0.21、p＝1.2Х10-6)中rs6841581变体的表达水平。X轴表示基因型，Y轴表示次序-标准化的基因表达水平。所述变体基因型的参考型(Ref)/对立型(Alt)等位基因与宏效/微效等位基因相同。

<2、利用LOX(Lysyl oxidase)基因的SNP诊断脑动脉瘤>

图6示出了实施例4中脑动脉瘤与10个SNP之间的相关性分析结果。

图7示出了实施例4中脑动脉瘤与10个SNP的单倍型相关性分析结果。

<3、利用SOX17(SRY-box 17)基因的SNP诊断脑动脉瘤>

图8示出了实施例4中脑动脉瘤与4个SNP之间的相关性分析结果。

图9示出了实施例4中脑动脉瘤破裂和4个SNP的相关性分析结果。

具体实施方式

以下，做出具体说明。本发明公开的各种说明和实施方式还可以适用于各种其他说明和实施方式。即，本发明公开的各种成分的所有组合属于本发明的范畴。并且，不能认为，本发明的范畴受到下述具体说明的限定。

在本发明的整篇说明书中使用的术语“SNP(single nucleotide polymorphism)”是指单碱基多态性，由于染色体的单一部位发生多种DNA碱基中之一出现的一般性突然变异，SNP会频率高且稳定，并分布在整个基因组，由此，人体会发生遗传多态性。本发明中，所述“SNP标志物”可以与“SNP”混用。

在本发明的整篇说明书中使用的术语“标志物(marker)”意指生物标志物，可以探测生命体的变化，客观地检测到生命体的正常或病理状态、药物反应度等。

在本发明的整篇说明书中使用的术语“脑动脉瘤(cerebral aneurysm或brainaneurysm)”也称作颅内动脉瘤(Intracranial aneurysm，IA)，是一种脑动脉或脑静脉壁变弱，引起血管局部扩张或球囊扩张(ballooning)而引发的脑血管病。脑动脉瘤通常发生在被称作脑底动脉环(Circle of Willis)的位于脑基底部的动脉。脑动脉瘤的约85％发生在脑底动脉环的前部，包括为脑的前部和中间部分供血的内颈动脉及其主要分支。脑动脉瘤依据大小和形态分类。小动脉瘤(small aneurysm)的直径不足15mm。更大的动脉瘤(largeraneurysm)包括大型(large)(15至25mm)、特大型(giant)(25至50mm)以及超大型(supergiant)(超过50mm)动脉瘤。囊状动脉瘤(saccular aneurysm)是球囊外翻(saccularoutpouching)的动脉瘤，是脑动脉瘤的最常见形态。草莓状动脉瘤是具有相似草莓的颈干或主干的囊状动脉瘤。梭状动脉瘤(fusiform aneurysm)是指没有主干的动脉瘤。

根据本发明的一实现例，根据本发明的脑动脉瘤诊断用SNP标志物组合物可以诊断脑动脉瘤的发明，或者预测脑动脉瘤的发病危险，或者预测脑动脉瘤的预后，但不受此限定。

在本发明的整篇说明书中使用的术语“诊断”意指判定特定人体是否已经发生脑动脉瘤。

在本发明的整篇说明书中使用的术语“预测”意指判定特定人体是否存在脑动脉瘤的发病可能性，如有发病可能性，判定脑动脉瘤的发病可能性是否比非特定多数人相对高。

根据本发明的一实现例，rs75822236是所述GBA基因的SNP，可以包括序列号1的第26个核苷酸，所述rs75822236的碱基等位基因是可以是C或T。根据本发明的一实施例，所述rs75822236碱基等位基因是C，或者其互补性碱基等位基因是G时，可以诊断出脑动脉瘤已发病或者预测到发病危险高。根据本发明的一实施例，全基因组相关分析结果表示，诊断脑动脉瘤时，rs75822236在统计上显著性高(统计显著性1.00)(表2)，利用所述SNP，可以有效地诊断出脑动脉瘤。

在本发明的整篇说明书中使用的术语“等位基因”或“对偶基因”意指位于同源染色体上相同基因位置的某一基因的多种形态。对偶基因用于表示多样性，例如，SNP具有两种以上等位基因，例如，具有两种等位基因。

根据本发明的一实现例，所述脑动脉瘤诊断用SNP标志物组合物可以进一步包括：选自由1)rs112859779，其是TCF24(transcription factor 24)基因的SNP；2)rs79134766，其是OLFML2A(Olfactomedin Like 2A)基因的SNP；3)rs371331393，其是ARHGAP32(RhoGTPase Activating Protein 32)基因的SNP；4)rs138525217，其是CD163L1(CD163Molecule Like 1)基因的SNP；5)rs74115822，其是CUL4A(cullin 4A)基因的SNP；6)rs75861150，其是LOC102724084基因的SNP；7)rs116969723，其是LRRC3(Leucine richrepeat containing 3)基因的SNP；8)rs6741819，其是RNF144A(Ring Finger Protein144A)基因的SNP；9)rs59626274，其是FLJ45964基因的SNP；10)rs17688188，其是SPCS3(Signal Peptidase Complex Subunit 3)基因的SNP；11)rs56942085，其是LINGO2(Leucine Rich Repeat And Ig Domain Containing 2)基因的SNP；以及12)rs72835045，其是MINK1(misshapen/Nck-interacting kinase(NIK)-related kinase 1)基因的SNP组成的群组的1个以上SNP，但不受此限定。

根据本发明的一实现例，rs112859779是所述TCF24基因的SNP，可以包括序列号2的第26个核苷酸，所述rs112859779的碱基等位基因可以是C或T。根据本发明的一实施例，所述rs112859779的碱基等位基因是T，或者其互补性碱基等位基因是A时，可以诊断出脑动脉瘤已发病或者预测到发病危险高。根据本发明的一实施例，全基因组相关分析结果表示，诊断脑动脉瘤时，rs112859779在统计上显著性高(统计显著性0.94)(表2)，利用所述SNP，可以有效地诊断出脑动脉瘤。

根据本发明的一实现例，rs79134766是所述OLFML2A基因的SNP，可以包括序列号3的第26个核苷酸，所述rs79134766的碱基等位基因可以是G或A。根据本发明的一实施例，所述rs79134766的碱基等位基因是A，或者其互补性碱基等位基因是T时，可以诊断出脑动脉瘤未发病或者预测到发病危险度低。根据本发明的一实施例，全基因组相关分析结果表示，诊断脑动脉瘤时，rs79134766在统计上显著性高(统计显著性0.96)(表2)，利用所述SNP，可以有效地诊断出脑动脉瘤。

根据本发明的一实现例，rs371331393是所述ARHGAP32基因的SNP，可以包括序列号4的第26个核苷酸，所述rs371331393的碱基等位基因可以是G或A。根据本发明的一实施例，所述rs371331393的碱基等位基因是G，或者其互补性碱基等位基因是C时，可以诊断出脑动脉瘤未发病或者预测到发病危险度低。根据本发明的一实施例，全基因组相关分析结果表示，诊断脑动脉瘤时，rs371331393在统计上显著性高(统计显著性1.00)(表2)，利用所述SNP，可以有效地诊断出脑动脉瘤。

根据本发明的一实现例，rs138525217是所述CD163L1基因的SNP，可以包括序列号5的第26个核苷酸，所述rs138525217的碱基等位基因可以是C或T。根据本发明的一实施例，所述rs138525217的碱基等位基因是C，或者其互补性碱基等位基因是G时，可以诊断出脑动脉瘤已发病或者预测到发病危险高。根据本发明的一实施例，全基因组相关分析结果表示，诊断脑动脉瘤时，rs138525217在统计上显著性高(统计显著性1.00)(表2)，利用所述SNP，可以有效地诊断出脑动脉瘤。

根据本发明的一实现例，rs74115822是所述CUL4A基因的SNP，可以包括序列号6的第26个核苷酸，所述rs74115822的碱基等位基因可以是G或A。根据本发明的一实施例，所述rs74115822的碱基等位基因是G，或者其互补性碱基等位基因是C时，可以诊断出脑动脉瘤已发病或者预测到发病危险高。根据本发明的一实施例，全基因组相关分析结果表示，诊断脑动脉瘤时，rs74115822在统计上显著性高(统计显著性0.80)(表2)，利用所述SNP，可以有效地诊断出脑动脉瘤。

根据本发明的一实现例，rs75861150是所述LOC102724084基因的SNP，可以包括序列号7的第26个核苷酸，所述rs75861150的碱基等位基因可以是T或C。根据本发明的一实施例，所述rs75861150的碱基等位基因是C，或者其互补性碱基等位基因是G时，可以诊断出脑动脉瘤未发病或者预测到发病危险度低。根据本发明的一实施例，全基因组相关分析结果表示，诊断脑动脉瘤时，rs75861150在统计上显著性高(统计显著性1.00)(表2)，利用所述SNP，可以有效地诊断出脑动脉瘤。

根据本发明的一实现例，rs116969723是所述LRRC3基因的SNP，可以包括序列号8的第26个核苷酸，所述rs116969723的碱基等位基因可以是G或A。根据本发明的一实施例，所述rs116969723的碱基等位基因是A，或者其互补性碱基等位基因是T时，可以诊断出脑动脉瘤未发病或者预测到发病危险度低。根据本发明的一实施例，全基因组相关分析结果表示，诊断脑动脉瘤时，rs116969723在统计上显著性高(统计显著性0.81)(表2)，利用所述SNP，可以有效地诊断出脑动脉瘤。

根据本发明的一实现例，rs6741819是所述RNF144A基因的SNP，可以包括序列号9的第26个核苷酸，所述rs6741819的碱基等位基因可以是C或T。根据本发明的一实施例，所述rs6741819的碱基等位基因是T，或者其互补性碱基等位基因是A时，可以诊断出脑动脉瘤未发病或者预测到发病危险度低。根据本发明的一实施例，全基因组相关分析结果表示，诊断脑动脉瘤时，rs6741819在统计上显著性高(统计显著性0.72)(表2)，利用所述SNP，可以有效地诊断出脑动脉瘤。

根据本发明的一实现例，rs59626274是所述FLJ45964基因的SNP，可以包括序列号10的第26个核苷酸，所述rs59626274的碱基等位基因可以是C或T。根据本发明的一实施例，所述rs59626274的碱基等位基因是T，或者其互补性碱基等位基因是A时，可以诊断出脑动脉瘤未发病或者预测到发病危险度低。根据本发明的一实施例，全基因组相关分析结果表示，诊断脑动脉瘤时，rs59626274在统计上显著性高(统计显著性0.71)(表2)，利用所述SNP，可以有效地诊断出脑动脉瘤。

根据本发明的一实现例，rs17688188是所述SPCS3基因的SNP，可以包括序列号11的第26个核苷酸，所述rs17688188的碱基等位基因可以是G或A。根据本发明的一实施例，所述rs17688188的碱基等位基因是A，或者其互补性碱基等位基因是T时，可以诊断出脑动脉瘤未发病或者预测到发病危险度低。根据本发明的一实施例，全基因组相关分析结果表示，诊断脑动脉瘤时，rs17688188在统计上显著性高(统计显著性0.73)(表2)，利用所述SNP，可以有效地诊断出脑动脉瘤。

根据本发明的一实现例，rs56942085是所述LINGO2基因的SNP，可以包括序列号12的第26个核苷酸，所述rs56942085的碱基等位基因可以是G或A。根据本发明的一实施例，所述rs56942085的碱基等位基因是G，或者其互补性碱基等位基因是C时，可以诊断出脑动脉瘤已发病或者预测到发病危险高。根据本发明的一实施例，全基因组相关分析结果表示，诊断脑动脉瘤时，rs56942085在统计上显著性高(统计显著性0.78)(表2)，利用所述SNP，可以有效地诊断出脑动脉瘤。

根据本发明的一实现例，rs72835045是所述MINK1基因的SNP，可以包括序列号13的第26个核苷酸，所述rs72835045的碱基等位基因可以是G或A。根据本发明的一实施例，所述rs72835045的碱基等位基因是A，或者其互补性碱基等位基因是T时，可以诊断出脑动脉瘤未发病或者预测到发病危险度低。根据本发明的一实施例，全基因组相关分析结果表示，诊断脑动脉瘤时，rs72835045在统计上显著性高(统计显著性0.79)(表2)，利用所述SNP，可以有效地诊断出脑动脉瘤。

根据本发明的一实现例，所述脑动脉瘤诊断用SNP标志物组合物可以进一步包括：由10个以上连续碱基组成的多核苷酸或其互补性多核苷酸，其包括LOX(lysyl oxidase)基因中序列号为14的第205个碱基(rs2303656)；由10个以上连续碱基组成的多核苷酸或其互补性多核苷酸，其包括序列号为15的第488个碱基(rs3900446)；由10个以上连续碱基组成的多核苷酸或其互补性多核苷酸，其包括序列号为15的第678个碱基(rs763497)以及其组合，但不受此限定。

根据本发明的一实现例，所述序列号为14的第205个碱基的等位基因是T，或者其互补性碱基的等位基因是A时，可以预测到：比起所述序列号为14的第205个碱基的等位基因是G或其互补性碱基的等位基因是C时，脑动脉瘤的发病危险低。

根据本发明的一实现例，所述序列号为15的第488个碱基的等位基因是G，或者其互补性碱基的等位基因是C时，可以预测到：比起所述序列号为15的第488个碱基的等位基因是A或其互补性碱基的等位基因是T时，脑动脉瘤发病危险高；或者可以诊断出脑动脉瘤的发病。

根据本发明的一实现例，所述序列号为15的第678个碱基的等位基因是G，或者其互补性碱基的等位基因是C时，可以预测到：比起所述序列号为15的第678个碱基的等位基因是A或其互补性碱基的等位基因是T时，脑动脉瘤发病危险高；或者可以诊断出脑动脉瘤的发病。

根据本发明的一实现例，所述序列号为15的第488个碱基的等位基因是G或其互补性碱基的等位基因是C，所述序列号为15的第678个碱基的等位基因是G或其互补性碱基的等位基因是C时，可以预测到：比起所述序列号为15的第488个碱基的等位基因是A或其互补性碱基的等位基因是T，所述序列号为15的第678个碱基的等位基因是A或其互补性碱基的等位基因是T时，脑动脉瘤的发病危险高；或者可以诊断出脑动脉瘤的发病。

根据本发明的一实现例，所述脑动脉瘤诊断用SNP标志物组合物可以进一步包括：由10个以上连续碱基组成的多核苷酸或其互补性多核苷酸，其包括SOX17(SRY-box17)基因中序列号为38的第326个碱基(rs1072737)，但不受此限定。

根据本发明的一实现例，可以预测到：所述序列号为38的第326个碱基的等位基因是C，或者其互补性碱基的等位基因是G时，比起所述序列号为38的第326个碱基的等位基因是A或其互补性碱基的等位基因是T时，脑动脉瘤的发病危险高。

包括在根据本发明一实现例的所述脑动脉瘤诊断用SNP标志物组合物的SNP的遗传信息可以从公知的数据库获取，例如，美国国立生物信息中心(National Center forBiotechnology Information：NCBI)的GenBank等，但不受此限定。

根据本发明的一实现例，所述脑动脉瘤诊断用SNP标志物组合物可以用于韩国人及亚洲人的脑动脉瘤诊断，但不受此限定。

根据本发明的一实施例，包括在所述脑动脉瘤诊断用SNP标志物组合物的SNP是通过全基因组相关分析开发而成，其可以通过确认所述SNP的等位基因，简单有效地诊断脑动脉瘤。

在本发明的整篇说明书中使用的术语“全基因组相关分析(Genome-wideassociation study：GWAS)”是指探测约50万-200万个单碱基多态性的基因型，统计分析与疾病之间相关性的方法，这是一种日本理化学研究所的Ozaki(2002)集团首次尝试的研究方法，具体地，GWAS研究采用对比分析患者和健康人的DNA或SNP的方式，患有疾病的人群中发现更多的遗传变异时，研究人员认为该变异与患病“有关”。目前，由于HapMap项目的完成和微点阵技术的急速发展，有关基因多样性的全基因组扫描成了平常工作，成功实施数百全基因组的相关分析，正在引领着与心血管疾病、糖尿等通常疾病相关的多个已经公知或新增的基因变体的发现。并且，该项技术为与多种疾病的诊断相关的基因多样性识别提供强有力的手段。

本发明的第2方面，rs75822236是GBA基因的SNP，提供一种包括可以检测或扩增的制剂的脑动脉瘤诊断用组合物。与第1方面重复的内容同样适用于第2方面的脑动脉瘤诊断用组合物。

根据本发明的一实现例，所述脑动脉瘤诊断用组合物可以进一步包括：可以检测或扩增以下SNP的制剂，该SNP选自由1)rs112859779，其是TCF24基因的SNP；2)rs112859779，其是OLFML2A基因的SNP；3)rs371331393，其是ARHGAP32基因的SNP；4)rs138525217，其是CD163L1基因的SNP；5)rs74115822，其是CUL4A基因的SNP；6)rs75861150，其是LOC102724084基因的SNP；7)rs116969723，其是LRRC3基因的SNP；8)rs6741819，其是RNF144A基因的SNP；9)rs59626274，其是FLJ45964基因的SNP；10)rs17688188，其是SPCS3基因的SNP；11)rs56942085，其是LINGO2基因的SNP；以及12)rs72835045，其是MINK1基因的SNP组成的群组的1个以上SNP，但不受此限定。

在本发明的整篇说明书中使用的术语“可以检测SNP的制剂”是指特异地结合到包括在所述SNP标志物组合物的SNP标志物或SNP，以便于识别，或者可以检测所述SNP并扩增的制剂，“可以扩增SNP标志物的制剂”是指反复复制包括在所述SNP标志物组合物的SNP标志物或SNP，并增加其数量的制剂，例如，特异地扩增包括所述SNP的多核苷酸的引物或者可以特异结合的探针，但不受此限定。

用于所述SNP扩增的引物可以是适当缓冲剂中的妥当条件(例如，4种不同核苷三磷酸、DNA、RNA聚合酶或逆转录酶等聚合剂)以及在妥当温度下，可以作为柱状显示DNA合成的起点，起作用的单链寡核苷酸，根据使用目的，所述引物的妥当长度会有不同，但通常是15至30个核苷酸。短的引物分子通常为了形成柱状和稳定的混合体，需要更低的温度。所述引物序列不需要与包括所述SNP的多核苷酸形成完整的互补性，但其互补性需要达到可以与包括所述SNP的多核苷酸混合的程度。

在本发明的整篇说明书中使用的术语“引物”是指可以用具有短链游离3’羟基(free 3'hydroxyl group)的碱基序列，与互补性模板(template)形成碱基对(basepair)，起到柱状链条复制起点功能的短序列。引物可以用作在妥当的缓冲溶剂和温度下进行聚合反应(即，DNA聚合酶或逆转录酶)的试料，以及存在4种不同核苷三磷酸时，可以开启DNA合成。此时，PCR条件、敏感度和反义引物的长度可以依据本领域的公知技术进行变形。

用于所述SNP检测的探针可以是混合探针，也可以是可以依据特异序列结合到核酸互补性链条的寡核苷酸。混合条件要在等位基因之间的混合强度上显示出显著差异，以进行严格控制，使其仅混合到等位基因中之一。最佳地，所述本发明的探针的中心部位与多样性序列的多样性部位排列。因此，可能会产生相互不同等位基因性形态之间的优化混合差异。所述探针可以应用于检测等位基因，诊断脑动脉瘤的微点阵等试料盒或预测方法等。重要的探针可以为进行检测做出标记，例如，可以用放射性同位素、荧光化合物、生物发光化合物、化学发光化合物、金属螯合物或酶做出标记。妥当标记所述探针是本领域的公知技术，可以采用通常方法实施。

根据本发明的一实现例，所述引物或探针可以采用亚磷酰胺固体载体法或者其他公知的方法，进行化学合成。所述核酸序列可以利用本领域公知的多种技术手段进行变形。所述变形的非限定性例有：取代为甲基化,吸附、天然核苷酸中一种以上同系物，以及核苷酸之间的变形，如，变形为未带电连接体(例如：甲基膦酸酯、磷酸三酯、亚磷酰胺、氨基甲酸酯等)，或者带电连接体(例如：硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)。

根据本发明的一实现例，rs75822236是所述GBA基因的SNP，可以包括序列号为1的第26个核苷酸，所述rs75822236的碱基的等位基因可以是C或T。

根据本发明的一实现例，所述脑动脉瘤诊断用组合物可以进一步包括：可以检测或扩增以下组分的制剂：由包括LOX(lysyl oxidase)基因中序列号为14的第205个碱基(rs2303656)的10个以上连续碱基组成的多核苷酸或其互补性多核苷酸、由包括序列号为15的第488个碱基(rs3900446)的10个以上连续碱基组成的多核苷酸或其互补性多核苷酸、由包括序列号为15的第678个碱基(rs763497)的10个以上连续碱基组成的多核苷酸或其互补性多核苷酸以及其组合，但不受此限定。

根据本发明的一实现例，所述脑动脉瘤诊断用组合物进一步包括可一检测或扩增以下组分的制剂：由包括SOX17(SRY-box 17)基因中序列号为38的第326个碱基(rs1072737)的10个以上连续碱基组成的多核苷酸或其互补性多核苷酸，但不受此限定。

本发明的第3方面，提供一种包括所述脑动脉瘤诊断用组合物的脑动脉瘤诊断用试料盒。与第1方面和第2方面重复的内容同样适用于第2方面的脑动脉瘤诊断用试料盒。

根据本发明的一实现例，所述试料盒可以是PCR试料盒、RT-PCR试料盒或DNA芯片试料盒，但不受此限定。

根据本发明的一实现例，所述试料盒除了本发明的SNP、多核苷酸、cDNA等之外，还可以包括符合分析方法的其他组分组合物、溶液或装置。

根据本发明的一实现例，所述脑动脉瘤诊断用PCT试料盒可以是包括实施PCR时必备成分的试料盒。除了所述SNP的特异多核苷酸、引物或探针之外，PCR试料盒还可以包括：试管或其他妥当容器、反应缓冲液(多种pH及镁浓度)、脱氧核苷酸(dNTPs)、Taq-聚合酶及逆转录酶等酶、DNase、RNAse抑制剂、DEPC-水(DEPC-water)及灭菌水等。

根据本发明的一实现例，所述脑动脉瘤诊断用DNA芯片试料盒可以是包括运行DNA芯片时必备成分的试料盒，DNA芯片试料盒包括：贴附所述SNP的特异多核苷酸、引物或探针的基板，基板可以包括相当于定量对比区或其片段的核酸。

根据本发明的一实现例，所述脑动脉瘤诊断用RT-PCR试料盒可以是包括实施RT-PCR时必备成分的试料盒。除了所述SNP的特异性各种引物之外，RT-PCR试料盒还可以包括：试管或其他妥当容器、反应缓冲液(多种pH及镁浓度)、脱氧核苷酸(dNTPs)、双脱氧核苷酸(ddNTPs)、Taq-聚合酶及逆转录酶等酶、DNase、RNAse抑制剂、DEPC-水(DEPC-water)及灭菌水等。

本发明的第4方面，提供一种脑动脉瘤诊断用信息提供方法，其包括从个体分离的生物学试料确定GBA基因SNP的rs75822236等位基因的步骤。与第1方面乃至第3方面重复的内容同样适用于第4方面的脑动脉瘤诊断用信息提供方法。

根据本发明的一实现例，根据本发明的脑动脉瘤诊断可以诊断脑动脉瘤的发病，或者预测脑动脉瘤的发病危险，或者诊断脑动脉瘤预后，但不受此限定。

在本发明的整篇说明书中使用的术语“个体”意指脑动脉瘤已发病或可能发病的所有生物体，具体例可以包括：包括白鼠、猴子、牛、猪、迷你猪、家畜、人类等在内的呃哺乳动物、养殖鱼类等，但不受此限定。

在本发明的整篇说明书中使用的术语“试料”意指源自脑动脉瘤已经发病或可能会发病的个体的物质，具体地，可以包括组织、细胞、全血、血清、血浆、唾液、咯痰、脑脊髓液、小便等，但不受此限定。并且，可以从其试料获取基因试料，基因试料可以包括核酸，例如，从DNA、mRNA或mRNA合成的cDNA等，只要从其确认SNP的碱基信息，其种类就不受此限定。

根据本发明的一实现例，所述个体可以是人类，具体地，可以是韩国人或亚洲人，但不受此限定。

根据本发明的一实现例，还包括：为所述个体的危险预测或诊断，分析非基因性(non-genetic)信息的步骤，所述非基因性信息可以是选自由性别、年龄、高血压、糖尿、高血脂症、吸烟、动脉瘤的家族病史、生物化学性尺度及临床性尺度组成的群组的一种以上。

根据本发明的一实现例，所述信息提供方法中，确定SNP碱基的步骤可以是确认SNP基因型的步骤。确认SNP基因型的步骤可以通过排序分析实施，例如，使用自动碱基序列分析仪的排序分析、焦磷酸测序(pyrosequencing)、依据微点阵混合、PCR-RELP(restriction fragment length polymorphism)法、PCR-SSCP(single strandconformation polymorphism)法、PCR-SSO(specific sequence oligonucleotide)法、组合PCR-SSO法和点杂交法的ASO(allele specific oligonucleotide)杂交法、TaqMan-PCR法、MALDI-TOF/MS法、RCA(rolling circle amplification)法、HRM(high resolutionmelting)法、引物拉伸法、印迹杂交法、点杂交法等方法。具体地，例如，根据本发明的信息提供方法中确定SNP碱基的步骤可以依据取自对象的试料分离的核酸排序(sequencing)包括SNP部位的碱基序列，直接确认SNP的等位基因。可以通过本领域公知的方法排序碱基序列。例如，碱基序列的排序步骤可以依次实施以下步骤：从取自个体的试料分离的核酸铸成柱状，采用可以扩增包括各SNP部位在内的基因位置的引物，实施PCR的步骤；以及采用限制酶切割方法，确认所述PCR反应物序列的步骤。

根据本发明的一实现例，rs75822236是所述GBA基因的SNP，可以包括序列号为1的第26个核苷酸，进一步包括：所述rs75822236的等位基因是C时，诊断出脑动脉瘤已发病或预测发病危险高的步骤。

根据本发明的一实现例，所述脑动脉瘤诊断用信息提供方法可以进一步包括：依据分离自个体的生物学性试料，确定选自由以下SNP组成的群组的1个以上SNP的等位基因的步骤：1)rs112859779，其是TCF24基因的SNP；2)rs112859779，其是OLFML2A基因的SNP；3)rs371331393，其是ARHGAP32基因的SNP；4)rs138525217，其是CD163L1基因的SNP；5)rs74115822，其是CUL4A基因的SNP；6)rs75861150，其是LOC102724084基因的SNP；7)rs116969723，其是LRRC3基因的SNP；8)rs6741819，其是RNF144A基因的SNP；9)rs59626274，其是FLJ45964基因的SNP；10)rs17688188，其是SPCS3基因的SNP；11)rs56942085，其是LINGO2基因的SNP；以及12)rs72835045，其是MINK1基因的SNP。

根据本发明的一实现例，所述脑动脉瘤诊断用信息提供方法可以进一步包括：1)rs371331393是ARHGAP32基因的SNP，其等位基因为G时；2)rs138525217是CD163L1基因的SNP，其等位基因为C时；3)rs74115822是CUL4A基因的SNP，其等位基因为G时；4)rs56942085是LINGO2基因的SNP，其等位基因为G时，或者其中两种以上的组合时，诊断出脑动脉瘤已发病或发病危险度高的步骤。

根据本发明的一实现例，所述脑动脉瘤诊断用信息提供方法可以进一步包括：1)rs112859779是TCF24基因的SNP，其等位基因是T是2；2)rs79134766是OLFML2A基因的SNP，其等位基因是A时；3)rs75861150是LOC102724084基因的SNP，其等位基因是C时；4)rs116969723是LRRC3基因的SNP，其等位基因是A时；5)rs6741819是RNF144A基因的SNP，其等位基因是T时；6)rs59626274是FLJ45964基因的SNP，其等位基因是T时；7)rs17688188是SPCS3基因的SNP，其等位基因是A时；8)rs72835045是MINK1基因的SNP，其等位基因是A时，或者其中两种以上的组合时，诊断出脑动脉瘤未发病或预测出发病危险度低的步骤。

根据本发明的一实现例，所述脑动脉瘤诊断用信息提供方法进一步包括：依据从个体分离的生物学性试料确认LOX基因中序列号为14的第205个碱基(rs2303656)、序列号为15的第488个碱基(rs3900446)、序列号为15的第678个碱基(rs763497)及其组合的等位基因的步骤。

根据本发明的一实现例，所述脑动脉瘤诊断用信息提供方法进一步包括：依据从个体分离的生物学性试料确认SOX17基因中序列号为38的第326个碱基(rs1072737)的等位基因的步骤。

根据本发明的一实现例，所述脑动脉瘤诊断用信息提供方法中，所述SNP多样性的结果可以利用本领域通常使用的统计学分析方法进行统计处理，例如，可以通过利用t校验(Student's t-test)、x2检验(Chi-square test)、回归分析(linear regression lineanalysis)、多元回归分析(multiple logistic regression analysis)、统合分析(meta-analysis)等获取的连续型变量(continuous variables)、分类变量(categoricalvariables)、比值比(odds ratio，OR)和95％置信区间(confidence interval，CI)等的变量进行分析。

【发明的实施形态】

以下，通过实施例和实验例，更详细说明本发明。但是，其实施例和实验例仅用于示意说明本发明，本发明的范围不受其实施例和实验例的限定。

<1、开发13个脑动脉瘤诊断用SNP标志物>

实施例1：收集实验组和对比组

为了实施本发明，群组(cohort)来自春川圣心医院脑卒中数据库(2015-2018)，为了收集数据库，召集了与出血性或缺血性脑卒中一致的临床诊断及神经影像显示患者，GWAS研究中，分析了患有囊状(saccular)及分散性(sporadic)脑动脉瘤的18岁以上患者。并且，排除了变形、解剖学、外伤性及传染性动脉瘤及家族病史动脉瘤等非囊状动脉瘤。

对比组符合以下标准：1)为头痛门诊或体检，接受计算层析X射线照相术或磁共振血管造影术的患者；2)未伴有脑动静脉畸形、颅内出血或梗塞等神经病征；3)近亲属未出现脑动脉瘤或蛛网膜下腔出血的家族病史；4)无帕金森病或阿尔茨海默病病史；以及5)18岁以上。

并且，考虑性别、年龄、非破裂脑动脉瘤或蛛网膜下腔出血等临床症状、高血压、糖尿、高血脂症、吸烟、动脉类家族病史等多种变量，研究了医疗记录，审核了动脉瘤的大小、位置(前循环或后循环)及数量(单数或复数)的血管造影变量。本项研究得到了春川圣心医院临床试验委员会的核准(No.2016-3,2017-9)。

实施例2：基因型分析(Genotyping)及试样品质管理(sample quality control)

基因组DNA利用HiGeneTM Genomic DNA Prep Kit(BIOFACT、大田、韩国)，采自实验组和对比组的末梢血液。为了分析所述试样的基因型，基于人类基因组version 19(build 37)，包括东南亚地区人在内，使用了包括5万个新增标志物在内的包括75万个SNP的AxiomTM Asia Precision Medicine Research Array(PMRA)试料盒(Thermo FisherScientific,MA,USA)。包括小插入/缺失(indels)的798,148个变异中，508,192个变异通过了以下标准的品质评估检验(基因型call rate＝95％，微效对偶基因频率(MAF)＝0.01以及遗传平衡定律(HWE)p-值＝1Х10^-6)，利用通过的变异实施GWAS。

实施例3：统计性分析

技术分析(Descriptive analysis)使用个别型及范畴型变量的主体数量(百分比)显示，平均用标准误差表示。本发明中，去除2个遗漏值之后，针对250名脑动脉瘤患者和294名对比组，实施了具有7个干扰因子(性别、年龄、高血压、糖尿、高血脂症、吸烟及4个主要诱因)的多元逻辑分析(multivariate logistic analysis)，所述分析利用了STATAv11.2(Stata Corp.,TX,USA)。另外，调整所述7个干扰因子之后，在附加遗传效应模型下，为确认脑动脉瘤敏感度的候选基因变异，利用PLINK 1.9程序(https://www.cog- genomics.org/plink/1.9/)进行了全基因组相关分析。

并且，为了计算统计显著性(statistics power)而评估GWAS中潜在遗传的可靠性，依据以下假设，采用了Genetic Power Calculator(http://pngu.mgh.harvard.edu/～ purcell/gpc/)：5％的脑动脉瘤发病概率：附加性效应模型(additive effect model)中比值比(odds-ratio，OR)：D-prime 0.8；1:1.18的实验组-对比组比率；以及5Х10^-8(全基因组显著度)类1报错率。

进一步，在此后的分析中，评估了151名蛛网膜下腔出血及99名非破裂性脑动脉瘤患者之间的遗传相关性，并且，为了评估GWAS中全基因组的相关性的个别变体表达程度，利用Genotype-Tissue Expression(GTEx v7)(https://gtexportal.org/home/)分析了单细胞表达数量性状基因座(expression quantitative trait loci,eQTL)。曼哈顿图(Manhattan plot)和区域关联图(regional association plot)分别利用了R数据包v3.4.0的“qqman”指令(https://cran.r-project.org/web/packages/qqman)及LocusZoomv1.3(http://locuszoom.org/)。

试验例1：确认实验组和对比组的具体特性

依据实施例1中记载的标准划分了患者(实验组)和对比组(非患者)，其特性如下表1。具体地，在546名中，250名被划分为动脉瘤(intracranial aneurysm，IA)患者，其余296名被划分为非患者(对比组)。所述两组之间，不存在因为性别、高血压(Hypertension，HTN)、糖尿病(Diabetes mellitus，DM)、高血脂症(hyperlipidemia)及吸烟发生的统计差异，对比组比脑动脉瘤患者年轻(p<0.001)。所述脑动脉瘤患者中，患有蛛网膜下腔出血(subarachnoid hemorrhage，SAH)和非破裂性脑动脉瘤(unruptured intracranialaneurysm，UIA)的患者分别是151名(60.4％)和99名(39.6％)。并且，脑动脉瘤患者中，大部分是前循环动脉瘤(Anterior-circulation aneurysms)(n＝221，88.4％)，所述前循环动脉瘤在大脑中动脉(middle cerebral artery)(n＝71)、前交通动脉(anteriorcommunicating artery)或前大脑动脉(anterior cerebral artery)(n＝50)、颈内动脉(internal carotid artery)(n＝38)和后交通动脉(posterior communicating artery)(n＝53)发生动脉瘤。

【表1】

变量<sup>a</sup>	实验组(n＝250)	对比组(n＝296)	P<sup>b</sup>
				女性，名(％)	146(58.4)	154(52.0)	0.74
年龄，岁	59.3±0.8	52.1±1.0	<0.001
				高血压(Hypertension)，(％)	93(37.2)	88(29.7)	0.865
糖尿(Diabetes mellitus)，名(％)	17(6.8)	37(12.5)	0.001
				高血脂症(Hyperlipidemia)，名(％)	29(11.6)	27(9.1)	0.476
吸烟(Cigarette smoking)，名(％)	26(10.4)	37(12.5)	0.615
				主成分(Principal components)，平均<sup>c</sup>
主成分1	0.0014	-0.0012	0.169
				主成分2	-0.0002	0.0001	0.656
主成分3	-0.0010	0.0008	0.039
				主成分4	-0.0011	0.0009	0.031
破裂状态(Rupture status)，N(％)
				非破裂性脑动脉瘤(UIA)	99(39.6)	-	-
蛛网膜下腔出血(SAH)	151(60.4)	-	-

*a:表中数据用患者的人数(％)和平均±标准误差表示。

*b:P值在多元逻辑回归模型中进行评估。

*c:主成分以4个集群进行分析和预测。

*128

实验例2：关于全基因组相关分析(GWAS)的结果分析

为了挖掘出与脑动脉瘤发病相关的SNP标志物，进行了以下实验。

首先，在所述实验例1中确认的实验组和对比组，调整干扰因素(年龄、性别、高血压、糖尿、高血脂症、吸烟)及4种主成分(principal components)之后，通过全基因组相关分析(genome-wide association study，GWAS)，筛选出了表示p-值不足1Х10^-5的默认相关性的共315个SNP(包括indel)(图2)。

其次，所述315个SNP中，去除了pairwise连锁不平衡(linkage disequilibrium)不足0.8的SNP，筛选出了显示全基因组显著性阈值(genome-wide significancethreshold)不足5x10^-8的p-值的共29个SNP。被筛选的SNP的具体内容如下表2。

【表2】

*L95,lower 95％confidence interval；OR,odds ratio；U95,upper 95％confidence interval.

*a:M/m,主要等位基因(major allele type)/微效等位基因(minor alleletype)

*b:MAF，实验组(左侧)就对比组(右侧)的对偶基因型陪你率(minor allelefrequency)

*c：修改年龄、性别、高血压、糖尿病、高血脂症、吸烟及4种主成分之后，在多元逻辑回归分析预测OR、95％置信区间及P-值

*d：各SNP的统计显著性(power)是利用基于网络的Genetic Power Calculator(http://zzz.bwh.harvard.edu/gpc/cc2.html)进行预测，采用了以下参数。5％的脑动脉瘤发病概率、对比组中MAF、附加性效应模型中OR、D-prime 0.8；1:1.18的实验组-对比组比率(对比组296名/实验组250名＝1.18)及5Х10^-8(全基因组显著度)的1类报错率。

*e:pairwise连锁不平衡(LD,r²<0.8)中显示的1个SNP；rs7964241及rs56168082(r²＝0.81)；rs2440154及rs2289668(r²＝1.0)

具体地，位于ARHGAP32(11q24.3)上的rs371331393在形成脑动脉瘤的过程中，显示出了最具意义的相关性(OR＝43.57；95％置信区间21.84-86.95；p＝9.3Х10^-27)(图3)，位于GBA基因上的rs75822236

SNP也在形成脑动脉瘤的过程中，显示出了有意义的相关性(OR＝161.46；95％CI53.86-483.60；p＝1.1Х10^-19)，与脑动脉瘤患者的“C”等位基因相比，所述变异在对比组中的“T”等位基因回归(MAF＝0.01vs 0.33)。并且，位于CD163L1基因3'非编码区非编码区(untranslated region，UTR)的rs138525217SNP中，“T”等位基因的出现频率低，显示出高效应量(effect size)(MAF实验组/对比组＝0.31/0.01；OR＝75.98；p＝6.2Х10^-23)。

并且，经确认，附加的4个SNP[rs75822236(R535H、GBA、1q22)、rs112859779(G141S、TCF24、8q13.1)、rs79134766(A208T、OLFML2A、9q33.3)、rs3744644(E639D、SCARF1、17p13.3)]和附加的人体敏感度SNP的rs59626274(stop-gained、FLJ45964、2q37.3)与序列上加密蛋白质具有潜在的直接相关性。

总之，与脑动脉瘤发明相关问题上，位于GBA、TCF24、OLFML2A、ARHGAP32、CD163L1、CUL4A、LOC102724084及LRRC3基因上的SNP显示的统计显著性达到0.8以上，位于RNF144A、FLJ45964 SPCS3、LINGO2、MINK1基因上的SNP显示的统计显著性达到0.7至0.8。可以有效利用所述13个SNP，预测脑动脉瘤的发病危险或诊断其是否已发病。

实验例3：分析单细胞eQTL

为了确认是否已经在所述实验例2中筛选的SNP标志物的组织中表达，实施了如下实验。

具体地，利用取自45个人类组织的70个以上试样进行的单细胞eQTL(single-celleQTL)分析中，3个SNP显示出了有意义的表达上差异(p<1Х10^-5)。具体地，rs6741819(RNF144A,2p25.1；p＝4.0Х10^-14)在副肾组织得到了下调(175个样品、effect size＝-0.36、p＝1.5Х10^-6)(图4A、B)，rs1052270(TMOD1.9q22.33；p＝2.7Х10^-8)在睾丸组织得到了上调(225个样品、effect size＝0.42、p＝8.6Х10^-10)(图4C、D)。

并且，rs6841581(EDNRA.4q31.22；p＝5.2Х10^-12)和未暴露于阳光的皮肤(耻骨上部)(335个样品、effect size＝0.21、p＝1.2Х10^-6)均得到了上调(图5)。

<2、利用LOX(Lysyl oxidase)基因SNP诊断脑动脉瘤>

实施例1、研究对象

委托单一机构召集了经放射学确认，患有囊状(saccular shape)脑动脉瘤的患者80名，以及与患者组中患者的年龄及性别相匹配的对比组80名。所述脑动脉瘤中，排除了梭状或解剖学中非囊状动脉瘤，以及外伤性或传染性动脉瘤。对比组由为头痛门诊或体检，接受计算层析X射线照相术或磁共振血管造影术的匹配患者组成，但，患有动静脉畸形、颅内出血或梗塞等其他神经系统疾病的患者除外。考虑到性别、年龄、非破裂脑动脉瘤或蛛网膜下腔出血等临床症状、高血压、糖尿、高血脂症、吸烟、动脉瘤家族病史等多种变量，研究了医疗记录，审核了动脉瘤的大小、位置(前循环或后循环)及数量(单数或复数)的血管造影变量。本项研究得到了春川圣心医院临床试验委员会的核准(No.2016-31)。

据研究结果，脑动脉瘤患者组中，女性人数是43名(53.8％)，平均年龄为57.1±12.9岁。41名(51.3％)患者出现了蛛网膜下腔出血症状。前循环动脉瘤(n＝73；91.3％)关于动脉瘤位置记录如下：颈内动脉，n＝15；前交通动脉或前大脑动脉，n＝21；大脑中动脉，n＝25；以及后交通动脉，n＝12。75名(93.8％)患者患有单一动脉瘤，无蛛网膜下腔出血家族病史患者。两组之间，高血压、糖尿、高血脂症及吸烟发生率没有显著不同。

实施例2、单碱基多样性筛选及检测

为了检测LOX基因上单碱基多样性和脑动脉瘤发病可能性的相关性，在等位基因SNPinfo(https://snpinfo.niehs.nih.gov/)的LD TAG SNP挑选(TagSNP)中日本及中国(JPT+CHB)HapMap数据库(Phase II)适用连锁不平衡(linkage disequilibrium，LD；r²<0.8)之后，选择位于LOX基因5'-上游和3'-下游之间的10个标签(tag)SNP(请参考序列号14至序列号21)。

【表3】

为了分析10个标签SNP的基因型(genotyping)，利用HiGene^TM Genomic DNA提取试料盒(BIOFACT，大田，韩国)，从160名受试者的末梢血液提取了基因组DNA。10个SNP引物采用引物-3v.0.4.0程序(http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/)设计而成，设计的引物如表4。

【表4】

利用上表4的引物和Solg^TM 2X Taq PCR Pre-Mix(Solgent，大田，韩国)实施聚合酶链式反应(PCR)。在95℃下预改性5分钟，在95℃下改性30秒，在63℃下退火30秒，在72℃下拉伸1分钟，在72℃下最终拉伸5分钟，该最终拉伸反复实施34次。依据1.5％琼脂糖凝胶电泳确认扩增的片段，用Solg^TM PCR炼制试料盒(SolGent，大田，韩国)精炼之后，采用ABIPRISM 3730XL分析仪(Applied Biosystems，加利福尼亚，USA)分析了各序列。

实施例3、统计分析

通过克鲁斯卡尔-沃利斯检验(Kruskal-Wallis)，评估了脑动脉瘤80名和对比组80名之间的非遗传性因子差异。为了预测比值比(OR)，通过费雪精确检验，评估了脑动脉瘤和LOX基因邻近或者位于LOX基因上的10个SNP之间的对立关系。

在后续分析中，分析了LOX基因对于动脉瘤破裂形成脑动脉瘤产生的基因性影响。并且，采用似然比检验法，通过包括h-1自由度(h是指依据SNP数，滑动窗口中所有可行的单倍型数)在内的渐进卡方检验统计法，分析单倍型特异相关性，从而检验了与脑动脉瘤之间的显著单倍型相关性。在所述检验中，使用10个SNP，排除了具备可行组合不足0.01的微效单倍型频率(MHF)的单倍型结构。

单体SNP和单倍型的相关性上，对于0.01和0.001分别进行多重比较校正和默认有效p值检测之后，通过两两比较(Bonferroni)校正的显著p值适用了不足0.005以及不足2.0x10^-4。技术和单变量分析采用了STATA软件v.11.2(Stata Corp.、College Station、德克萨斯、美国)。为了评估基因分型呼叫率(genotyping call rate，GCR)、微效对偶基因频率(MAF)、遗传平衡定律(Hardy Weinberg equilibrium，HWE)p值及成对LD(pairwise LD)，采用Haploview v.4.2(https://www.broadinstitute.org/haploview/haploview)，实施关于10个SNP的质量管理检验。采用PLINK程序v.1.07(http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/)分析了基因型和单倍型的相关性。

实施例4、单碱基多样性和脑动脉瘤之间的遗传相关性研究

所述实施例2选择的10个所有SNP进行质量管理检验之后，完整基因分型呼叫率(GCR)、微效对偶基因频率(MAF)超出了0.01，遗传平衡定律(HWE)p值超出了0.05，成对连锁不平衡(LD)超出了0.8。

10个SNP中，3个SNP(rs2303656、rs3900446及rs763497)与脑动脉瘤在统计上显示出了显著相关性(p<0.05)(图6)，2个SNP(rs2303656和rs3900446)达到了采用两两比较法校正的显著度(p<0.005)。rs3900446的C对偶基因随着脑动脉瘤危险增加，显示出了最具意义的强相关性(OR＝20.15，p＝4.8Υ10^-5)。反之，rs2303656的A对偶基因具有了脑动脉瘤防护效应，患者组中，时常未见其效应(p＝8.2Υ10^-4)。rs763497的G对偶基因显示出了与脑动脉瘤危险增加之间的相关性(OR＝2.26，p＝0.009)。但是，在之后的分析中，患有脑动脉瘤的80名患者体内未见与脑动脉瘤破裂相关的SNP(p>0.05)。

在有关单倍型相关性的似然比检验中，45个滑动窗口(SNP群组)的共247个单倍型结构中，136个显示出了不足0.05的渐进p值，17个单倍型显示出了与脑动脉瘤之间的默认相关性(渐近线p<0.001，图7)。10个SNP单倍型组合中，rs3900446和rs763497的CG组合在单体SNP分析(MHF＝0.113，渐近线p＝1.3Υ10^-5)中显示出了显著相关性。

在单体SNP分析中，6个SNP(rs10040971、rs17148773、rs3792801、rs10519694、rs2956540及rs1800449)未独自具有相关性，但组合该SNP与rs2303656、rs3900446或rs763497的单倍型结构在单倍型分析中具有了显著性(6.5Υ10^-4<p<7.5Υ10^-4)。

<3、利用SOX17(SRY-box 17)基因的SNP诊断脑动脉瘤>

实施例1、研究对象

委托单一机构(春川圣心医院)召集了经放射学确认，患有囊状(saccular shape)脑动脉瘤的患者187名，以及与患者组中患者的年龄及性别相匹配的对比组372名(患者组和对比组的比率为1：2)。所述脑动脉瘤中，排除了梭状或解剖学中非囊状动脉瘤，以及外伤性或传染性动脉瘤。对比组由为头痛门诊或体检，接受计算层析X射线照相术或磁共振血管造影术的匹配患者组成，但，患有动静脉畸形、颅内出血或梗塞等其他神经系统疾病的患者除外。考虑到性别、年龄、非破裂脑动脉瘤或蛛网膜下腔出血等临床症状、高血压、糖尿、高血脂症、吸烟、动脉瘤家族病史等多种变量，研究了医疗记录，审核了动脉瘤的大小、位置(前循环或后循环)及数量(单数或复数)的血管造影变量。本项研究得到了春川圣心医院临床试验委员会的核准(No.2017-9)。

据研究结果，脑动脉瘤患者组和对比组中，女性人数分别是108名(57.8％)和212名(57.9％)，平均年龄分别为58.2±11.5岁和56.9±14.2岁(P＝0.305)。两组之间，包括高血压、糖尿、高血脂症及吸烟状态的其他诱因未见显著差异。95名(50.8％)患者出现了蛛网膜下腔出血症状。前循环动脉瘤(n＝167；89.3％)关于动脉瘤位置记录如下：颈内动脉，n＝34；前交通动脉或前大脑动脉，n＝39；大脑中动脉，n＝56；以及后交通动脉，n＝38。本群组中，未提及脑动脉瘤的家族病史。

实施例2、单碱基多样性筛选及检测

为了检测SOX17基因上单碱基多样性和脑动脉瘤发病可能性的相关性，从由东亚人和欧洲人群组组成的之前GWAS筛选了之前报告的5个SNP(rs1072737、rs1504749、rs10958409、rs12541742及rs9298506)(请参考表5的序列号38至序列号42)。

【表5】

为了分析5个SNP的基因型(genotyping)，利用HiGene^TM Genomic DNA提取试料盒(BIOFACT，大田，韩国)，从559名受试者的末梢血液提取了基因组DNA。5个SNP引物采用引物-3v.0.4.0程序(http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/)设计而成，设计的引物如表6。

【表6】

利用上表6的引物和Solg^TM 2X Taq PCR Pre-Mix(Solgent，大田，韩国)实施聚合酶链式反应(PCR)。在95℃下预改性5分钟，在95℃下改性30秒，在63℃下退火30秒，在72℃下拉伸1分钟，在72℃下最终拉伸5分钟，该最终拉伸反复实施34次。依据1.5％琼脂糖凝胶电泳确认扩增的片段，用Solg^TM PCR炼制试料盒(SolGent，大田，韩国)精炼之后，采用ABIPRISM 3730XL分析仪(Applied Biosystems，加利福尼亚，USA)分析了各序列。

实施例3、统计分析

为了针对年龄、性别、高血压、糖尿、高血脂症及吸烟，评估脑动脉瘤患者组187名和对比组372名之间的差异，实施了多元逻辑回归分析(Univariate logistic regressionanalysis)。为了在增效遗传模型下，评估脑动脉瘤和SOX17基因多样性之间的遗传相关性，采用一般性线性模型，预测了95％置信区间(CI)和比值比(OR)。在后续分析中，分析了SOX17对于动脉瘤破裂形成脑动脉瘤产生的基因性影响。并且，采用采用Stata II.2(StataCorp LLC，College Station，德克萨斯、美国)分析了说明和单变量。为了评估基因分型呼叫率(genotyping call rate，GCR)、微效对偶基因频率(MAF)、遗传平衡定律(HardyWeinberg equilibrium，HWE)p值和成对LD(pairwise LD)，采用Haploview 4.2(https://www.broadinstitute.org/haploview/haploview)，对于SOX17基因邻近或者位于SOX17基因上的5个SNP进行了质量管理检验。采用PLINK程序1.07(http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/)分析了基因型和单倍型的相关性。

实施例4、单碱基多样性和脑动脉瘤之间的遗传相关性研究

进行质量管理检验之后，所述实施例2筛选的5个SNP中，4个SNP的完整基因分型呼叫率(GCR)、微效对偶基因频率(MAF)超出了10％，遗传平衡定律(HWE)p值超出了0.05，成对连锁不平衡(LD)超出了0.8。由于遗传平衡定律(HWE)，本项相关性测试祛除了位于SOX17基因内含子区的rs12541742。

4个SNP中，只有1个SNP，即，只有rs1072737的微效C对偶基因在统计上显示出了与脑动脉瘤之间的显著相关性(OR＝0.69，95％CI＝0.49-0.96，P＝0.03)(图8)，该rs1072737的微效C对偶基因位于距SOX17基因的5'-非编码区(5'-UTR)约41kb的上游区。与包括欧洲先祖群组在内的表达研究相比，该变异显示出了相反效应量(分别为OR＝0.69及OR＝1.02)。在后续分析中，4个SNP中，未见与脑动脉瘤破裂相关的SNP(P>0.2，图9)。

如上所述，本发明所属技术领域的技术人员应该理解，本发明即使不变更其技术思想或必备特征，也能够以其他具体方式实施。鉴于此，应该理解，以上描述的所有实施例仅用于以事例说明本发明，本发明并不受其限定。依据上述说明乃至所附权利要求范围的含义和范围及其等同概念导出的所有变更或变形的形态均应该落入本发明的范围之内。

<110> 翰林大学产学合作团（Industry Academic Cooperation Foundation, HallymUniversity）

<120> 包括GBA基因单碱基多态性的脑动脉瘤诊断用SNP标志物

<130> 1

<160> 52

<170> KoPatentIn 3.0

<210> 1

<211> 51

<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 1

ccttgagtat ctgctccatc actggygacg ccacaggtag gtgtgaatgg a 51

<210> 2

<211> 51

<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 2

tgcttcagaa actgaccagt agcacygatg tacaatcttg atcgcatggg c 51

<210> 3

<211> 51

<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 3

cctccagctg ctgcagaagg atgccrccgc cgcccctgcc acccctgcca c 51

<210> 4

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<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 4

ttgtggttca gtcttaaaga ttcttrcccg gatgcagcat attttactcc a 51

<210> 5

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<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 5

ttcacaagtc ggacatctgt atatcytagg aggagacaag gccatagaag a 51

<210> 6

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<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 6

gaatccacgt tgaaaaatct gtccarggct cacccagtat caacaatagt g 51

<210> 7

<211> 51

<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 7

atatctttct gtgcctttat ttattytgca tatgttaaaa gtggatgagg c 51

<210> 8

<211> 51

<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 8

ttcaggaggt ccccgaggac atcccrgcca acaccgtgct cctgaagctc g 51

<210> 9

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<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 9

tattgaacag atagaacaaa cgggcygcgc tgcccacacc accgcttctc t 51

<210> 10

<211> 51

<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 10

gaggcccgag aaccaggcac gccgaygaca gcacacttcc agcctgagag c 51

<210> 11

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<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 11

acagagaaaa tgtgggaggc aatacrgtga cagtggtgta attaaaatgt t 51

<210> 12

<211> 51

<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 12

aagttttgac tattctactg gcctgrattt atctaacttg tgttgtactt t 51

<210> 13

<211> 51

<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 13

ctcagtctca gggggactgg gaagarggaa ggacaaaagg atggtggccc t 51

<210> 14

<211> 504

<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 14

tacgcatgat gtcctgtgta gcgaatgtca cagcgcacaa cattgttggt atagtcagat 60

tcaggaacca ggtagctggg gtttacactg acctgggcaa cacaaagagt tcctcagtat 120

ttctttttcc atagggctac aataaggaaa ttgttaatga ggacttagct aaatcaagca 180

gggaagggat tttaacttaa gtaagtggtt aaactctgga gacgttatgg aaagagactg 240

catattttcc cctgaagttc tttaaaataa gacagattag attagattag attgtttata 300

aatagtttga ggatgtataa ttgcttccaa taccatgatt atttaacatt tgaatccaga 360

gaagagggcc tattgatctg caatatcaat atatgatata ttttcaaagg tctttacctt 420

taggatatag tttccaggtt ttacatctgt aatatcaatc cactggcagt ctatgtctgc 480

accataggta tcataacagc cagg 504

<210> 15

<211> 815

<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 15

gagcatgcaa cctaaatccc tcatatgcac agttcacaat ggggttcacg ctcatatgag 60

aatctaatgc catgattgat ctgacaggaa gcaaagctca ggtggtaatg tgaggaaaga 120

ggatcttggt aaacatgcta ttgtaagttt aatgtctcta ctccccttcc gagaacccca 180

tgtctcctta ctgggaaact tcaagtcaaa tggttttagg atttactgac agaggttact 240

tgctagtatg aatttgagaa attcatggga ggtacctcac caggaaccca aaaaatggaa 300

tttttgacgt ggggagtgtc tgtaaataca gatgaagctt cacttgctgg cccactgctc 360

acctcctgct gtgcagccca gttcctaaca gggatggtac tggtccgtgt cctggggttt 420

gggaaccact ggtttattga aaagacattc tgctgggttg gtatggagcc caagttatat 480

ttgggttaca cattagggac tacttcttgt gattttgagc ctaaattata ataaactcta 540

gatatacaca ccctatgcct atcagaatag taatgaaggg gtaaatggcc cccaacacaa 600

gtggcaatgg tttttggaat aataccaaaa gccaacgaaa tgtgatggag atttactgaa 660

gctaagcatt aattttgggg ataggatgtt ctcgatgtag gcctagatgt atgcagcatc 720

gtgtaaggct atctattaaa gaagtctaaa aaattcactt gtgatattga gtcataaagt 780

tggtttttaa tccattctca acagactctc aattt 815

<210> 16

<211> 603

<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 16

tctagctcag ggcatcaaca aacagtacaa aaatgagagt gcaaatgaat aaataaatgg 60

agaatggatg aataaattaa ggaattataa aaattaagaa aaaactaatc tgtttattta 120

agtgcaaatt attttagctt aaattataat ggtgttctgg cggtgggggt cgggggttgg 180

ttctactata accaactcca cacaatatgg gccataaaac ctgccaggtt ttctgtgctg 240

tgggcatgtt cagaagaatg tatgtgactc tgttttttca gtgctatcct tttgctatca 300

caggcttcat ctatctctaa tgttgtgaca acacttgtaa agcacagtct ctgcttcttt 360

atgtagaaag tcctgggttt ttgtatcagg cagaaatttc tattaattat gagattctag 420

tatagctctg ctatacctgt ctgtatgatc cagtggcact ggtggttctc cagtgacaaa 480

gcaaagctga tgagtgttga gtatcattcc aatggaaata gtattctcat tgttgggaag 540

gcataactca agtggcatat gtaattataa tctagcaccc agcaacactt ggggaggtag 600

tgc 603

<210> 17

<211> 696

<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 17

aataggcaga aactggacca aagctaatca atcaaatatt actgtcttta aatgtgacca 60

tagatcttca tgtaaggaag tgaaaattca cttattcaaa tcataaacta ccaatttcca 120

aacagtaaat tctgtgagga gaaaaaaaaa aacttacata gtatcttata actgaaagaa 180

gcctcagagt cacctggtcc gtacattttg tttcagtgag gaaaatgaag gagagagggt 240

acattaacag cacataccta ttcaactatt tactgggtgg cttttacaca tcaacagaat 300

gctcttaaat atctggcagg aaaagcaatc agtgaactga tacatgatat gtcttcagag 360

tcacactcac tgctgcttac acagccacca gactgacctg atggccttag gcaagttaca 420

cttcctgctc aaaaagcttc agcctcccac tgcctccaga ataaatttta gcctgctctt 480

cagggctgtc ttccatctgg ctcaacttac ttttccatcc tttttgtcca actcgtaact 540

ccacaaaatt cbatgcttta gccaaactag aagacttgtt tttccaaaca tgccctgcag 600

tttcctcctg ccatgcaagt tgcctgtgac gttgacttgc cctgggcttc ctttccttaa 660

tgctccccgg tgcattcccc agacttcaag gctcaa 696

<210> 18

<211> 549

<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 18

ctacatgagg ggctattatc tccattttat agatgagaaa actaaggcac actaagatca 60

aataacttac ccaagggtat ccagcctagt aagtggctaa gctggttttg agtttaggta 120

atcaaggtcc agagtccctg ttcttaacta ccccactata ctctctctca tacagtcact 180

gaaatatgac atattttgtt gaaggggtaa atgcatgact aaattgatga atgccacatc 240

actccacttg ctaaaatatt cacatcaata agtaaatgaa tgccttctac aggctgggag 300

gagaaaaata taacaaatac aatccttgct tttaagaatg ttatagtcta gagaagtttc 360

ctcagattgg agtctgtagg tatattcttg attccattag ttcttcacaa aaagttttaa 420

cttgtatttt tattctaata gtaatttaaa ttcaaagtac atgctagatt cattttaact 480

caatactgcc attcaattct agcaaccaat attgctttgc tgtttaagat cactttggtc 540

acccaagag 549

<210> 19

<211> 706

<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 19

ccgggactgc aaagcaatgt gaaaaggaag caggaggggc cagacgcgcg gtttgcactg 60

gattccaggg ctgccactgc aggcgcgtgg gggagggatc ggatctgcga ggaccggggc 120

ccgccgcgcc caggcagcca cgtcgagaag ccacatagct ggggaccagg tgcacgggtg 180

cttccagcgg acttgggggt acttaccgta ctggaagtag ccagtgccgt atccgggccg 240

gtacctgccc ccaggtctgg gcctttcata agtatcgtag tagttgtaat aagggttgtc 300

gtcagagtac ttgtaggggt tgtaagggtc gtcgcccacc atgccgtcca cgcggctggg 360

cggccgcagg ttactgagcg caggaacttc tcccggcgct gtctggttct ccgcgcgcga 420

ggcgccagct tcgcgggctc tagatgtcga gtagccagct tggaaccagt gacgggcggt 480

gggcctgggg cggccagcgg tgactccaga tgagccggcc gtccgcgttc gcgccgcggc 540

ggtgcggttg tcgcggatca gcaggatcgg agtgcggggc tgctgggcgg aggcgttggc 600

tgcaccaggg acggcggcgc ccgggtcccg gcggcgctga ggctggtact gtgagcccag 660

gctcagcaag ctgaacacct gcccgttgtt ctcccattgg atctgc 706

<210> 20

<211> 505

<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 20

gatctgggcg ggagtcaaat tataatgtcc ttttacaaat tagggtttca tatggaaata 60

ctgacataga ttttaactga cacgcatttt ccaatgataa aacatgcaaa ctgcttagtt 120

cagcactact ttaaaaaaat ccatccaaac aacatctgac atcaattata ctgtagattt 180

aaatatatat gtgtggagaa agaaatggtg tccttctgct cttatttgca ttattaaaag 240

aggcaacttt ttaaagtgct tttaaagaaa cttatttttc ctccatttgc taaccgcaac 300

cactattcta ttttcagcat aaaacagaag gaaggaatgg tttcacaggt gaaaaaacag 360

agatatcttt ttttacagtt atttactaag ccggttaagg aatacagaat gggtgcatat 420

gttgtcaacc attcagactt tttcagagag taaatttttg ttcttcattg tggactgtaa 480

caaggaccca cactgacctg tgatc 505

<210> 21

<211> 698

<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 21

ctaccctttg tcacacatgc taatgaaaag cttagttgat tttcactctc cttcatttcc 60

tctaaaatct ctctggctta ggactctgtc agctgaaaaa caaacatgtg gctaccacat 120

ttggggacaa tacagtgttt gcaagccctg cgggagataa tctagccaca cattgtgttc 180

cctgttcaat aacaaaacta ttattcacaa aattggagaa accatagttc ctttccactc 240

aaatctgaga tgataatgat gatgacaata ataataataa gccacggcta catcaagata 300

caaacagctt tttttgcttt gataagatcc acagctgatt tcacttttga ccatgagatt 360

ttcttctcgt gaacaattct gcagtatgtg ccataagaga agggaaggaa tgttgctaat 420

tctttttttg agtttctagc ccatcaatat caaatcttta aatggcaatg tctggcccat 480

tggccaagaa atgaaagttg ttgtaatgct atgttcctgg tatttgttaa atacatttat 540

ttttgtagga catttcacat aaatggaaaa cagaaagccg aaaccataaa gcagggcctc 600

tgaattgcag aagccagaac agtaatgcca cattcaaagc aatcaggttc aagtgtaaat 660

tcttttgttt gaggctcaag aagctcatac aaagcttg 698

<210> 22

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

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<223> 引物 (正向)

<400> 22

cgcatgatgt cctgtgtagc 20

<210> 23

<211> 23

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

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<223> 引物 (反向)

<400> 23

tggctgttat gatacctatg gtg 23

<210> 24

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 引物 (正向)

<400> 24

catgcaacct aaatccctca t 21

<210> 25

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 引物 (反向)

<400> 25

ttgagagtct gttgagaatg ga 22

<210> 26

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 引物 (正向)

<400> 26

agctcagggc atcaacaaac 20

<210> 27

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

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<223> 引物 (反向)

<400> 27

ctacctcccc aagtgttgct 20

<210> 28

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 引物 (正向)

<400> 28

aggcagaaac tggaccaaag 20

<210> 29

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

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<223> 引物 (反向)

<400> 29

agccttgaag tctggggaat 20

<210> 30

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 引物 (正向)

<400> 30

catgaggggc tattatctcc a 21

<210> 31

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

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<223> 引物 (反向)

<400> 31

ttgggtgacc aaagtgatct t 21

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<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 引物 (正向)

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ggactgcaaa gcaatgtgaa 20

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<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

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<223> 引物 (反向)

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gatccaatgg gagaacaacg 20

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<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 引物 (正向)

<400> 34

ctgggcggga gtcaaattat 20

<210> 35

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 引物 (反向)

<400> 35

cacaggtcag tgtgggtcct 20

<210> 36

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 引物 (正向)

<400> 36

ccctttgtca cacatgctaa tg 22

<210> 37

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 引物 (反向)

<400> 37

gctttgtatg agcttcttga gc 22

<210> 38

<211> 573

<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 38

gacatggttt tgccatgttg gcccggctgg tatcaaactc ctggcctcag gtgatccacc 60

tgcctcggcc tcccaaagtg ctgggattat aggcgtgagc caccgtggct taacctaaac 120

ttctagatat gaaaactata atgtctgagg tgaaaaatag actggaggaa gaaaaaggca 180

gattggacat tgtagaagaa aggcgagatc agtgaaatta aaagtgtggc aatgaaaact 240

acccaaaata aaacacgcag aaaataaaat tccaaaaaat gaaaaagcat aagtgatatg 300

tgggatagtt tcagtggcct aatacatgag taactggagt ccctgaagaa gaaagactga 360

aaaatatatt tttagaaata atggctgaaa aatttccaaa cttagtgaag ctataaacct 420

acagatctaa gctcaatgaa caccaagaaa aataaacatg aaaataacta ccccaaatta 480

cagcataagt tactaaaaaa caatgacaaa gagaaaaatc tgacagccag aaaatatacc 540

cgtattacat ccagagaaac aaagataagg ctg 573

<210> 39

<211> 494

<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 39

cgtgctggca aacttgaaat ctgatgaacc cactaccttc actacactca ctgtctggtc 60

tctctcaggt agctgaggac tgagaaacac cccagccagg caggttgggg tcactataaa 120

ttcacagtca ccaaccacac atggtgctct gtttggctgg ccatctcatt atacctgtct 180

gacttgctta ctgtcctgcc ctccgaaaaa gcttttcaaa cactatctcc ttctgcctca 240

aatgtatcac ctccccctca atgactttgc ttcatatgtg acacaaagaa atgttaatac 300

cagccaagac cttcctcaac ttccggccag caaatctgga acacaagctg catctgtcct 360

ggtttgcctc ttctctcttc tcgttacagt agagtagcca ttcctcttct aaaaaacact 420

gatctcccat cctgctctgg acattaaagt actgagaagt ggttttgtgt tcccagcaat 480

atgggagtca ttgg 494

<210> 40

<211> 450

<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 40

aagtgatcca cccacctgag cctcccaaag ttctgggatt acaggcttga gccactgcgc 60

ccagctataa ccttcacgtt caaagcactc tcccatctat tattaaggcc tctgagaaaa 120

tctccttttt atatatattc tcaagtcaga attattagtc tccatctttc atcttagtct 180

tcttcaaata ccaaactctt tactaagcag ttagacacaa gtagtttcac cagttctatc 240

actcaaatac ggtttcataa gttctgccta gtgattgccc atcagagggg atatggattt 300

gtgggcagga aatagaatag aaacctaact ctaactcttc tgtgaaatgt agtgtttagg 360

ttaatattct tccttaactg ccatctgctt ttttttgttt gtttaacact ttgtccaaat 420

ctctcaaacc ttacaccgca gaatcatgga 450

<210> 41

<211> 568

<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 41

gctttcatgg tgtgggctaa ggacgagcgc aagcggctgg cgcagcagaa tccagacctg 60

cacaacgccg agttgagcaa gatgctgggt gagtccgagt cgcagaccca ggcggccggg 120

cgcgctggcg cgaatcgcta ggccgatttc ttaaacccca aactgttctt tgcgagcctg 180

acgcccaaaa ccaggggtgt gtagcggcca cgtcctttct taaggctctg ggttcccttc 240

ccgcttcccg ccctccgacc ctccaaagca gctttccgcc ttgctctccg gctcccggat 300

tccccaggtg gccgggggcg cgggtccaac ggctctggga aggcgacttc ccggcacctc 360

cgggcggcgc gagagcaccc ttggccctga actgggccgg ttgtgtccat ccctcgaccc 420

cttccctagt taggtgtcct tttctgtttt tcgaacgacc gggtgatggg tgagcggaaa 480

gccgcttcca ggagaccaaa agaaaggggt gcctttagag gacgggtgtt ccccaagggc 540

tcggactcag gagtcccaga tctccctc 568

<210> 42

<211> 529

<212> DNA

<213> 人类（Homo sapiens）

<400> 42

aggtgtacca accccagaca ctggcagaac gctctcttta tgtaagacct caaaatctta 60

ctggttggtg tctgctgact tgtttttctc tgttatcttg cctgtctgca gtgacaaatt 120

cagtgcagct ctaactcatg tggacaggga ggaaatgatt ctaggattga ggacttaagg 180

gtgtctggaa gagaagagaa ttgttttgtt ttgttttgtt ttgttagttg ttgttttcct 240

cagacaggac cttgtcaacg ctttcaaata tgtaggctgt ttgctgtttc ctttatgttg 300

gtccctgaga aggatctgcc cttctaccct gtttccctgg ggggtgtgga cagagccttt 360

gtctttgggg aagggggtca tcttgggaaa aggagaacag ggcatcctga ggacctgctc 420

cgtctaagga gagaaagccg aacagatggc agctgccacg cagagggcac tttgtaggaa 480

ctctggctgg agcaggcttc ctgcgctcca atgccaaatc cttcccttc 529

<210> 43

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 引物 (正向)

<400> 43

gacatggttt tgccatgttg 20

<210> 44

<211> 23

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 引物 (反向)

<400> 44

cagccttatc tttgtttctc tgg 23

<210> 45

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 引物 (正向)

<400> 45

cgtgctggca aacttgaaat 20

<210> 46

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 引物 (反向)

<400> 46

ccaatgactc ccatattgct g 21

<210> 47

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 引物 (正向)

<400> 47

aagtgatcca cccacctgag 20

<210> 48

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 引物 (反向)

<400> 48

tccatgattc tgcggtgtaa 20

<210> 49

<211> 19

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 引物 (正向)

<400> 49

gctttcatgg tgtgggcta 19

<210> 50

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 引物 (反向)

<400> 50

gagggagatc tgggactcct 20

<210> 51

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 引物 (正向)

<400> 51

aggtgtacca accccagaca 20

<210> 52

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 引物 (反向)

<400> 52

gaagggaagg atttggcatt 20

Claims

1.一种脑动脉瘤诊断用SNP标志物组合物，其特征在于：包括rs75822236，其是GBA(Glucocerebrosidase)基因的单碱基多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)。

2.根据权利要求1所述的脑动脉瘤诊断用SNP标志物组合物，其特征在于：rs75822236是所述GBA基因的SNP，其包括序列号为1的第26个核苷酸。

3.根据权利要求1所述的脑动脉瘤诊断用SNP标志物组合物，其特征在于：所述组合物进一步包括选自由以下组分组成的群组的1个以上SNP：

1)rs112859779，其是TCF24(transcription factor 24)基因的SNP；

2)rs79134766，其是OLFML2A(Olfactomedin Like 2A)基因的SNP；

3)rs371331393，其是ARHGAP32(Rho GTPase Activating Protein 32)基因的SNP；

4)rs138525217，其是CD163L1(CD163 Molecule Like 1)基因的SNP；

5)rs74115822，其是CUL4A(cullin 4A)基因的SNP；

6)rs75861150，其是LOC102724084基因的SNP；

7)rs116969723，其是LRRC3(Leucine rich repeat containing 3)基因的SNP；

8)rs6741819，其是RNF144A(Ring Finger Protein 144A)基因的SNP；

9)rs59626274，其是FLJ45964基因的SNP；

10)rs17688188，其是SPCS3(Signal Peptidase Complex Subunit 3)基因的SNP；

11)rs56942085，其是LINGO2(Leucine Rich Repeat And Ig Domain Containing 2)基因的SNP；以及

12)rs72835045，其是MINK1(misshapen/Nck-interacting kinase(NIK)-relatedkinase 1)基因的SNP。

4.一种脑动脉瘤诊断用组合物，其特征在于，包括：可以检测或扩增rs75822236的制剂，该rs75822236是GBA基因的SNP。

5.根据权利要求4所述的脑动脉瘤诊断用组合物，其特征在于：所述组合物进一步包括可以检测或扩增选自由以下组分组成的群组的1个以上SNP：

1)rs112859779，其是TCF24基因的SNP；

2)rs79134766，其是OLFML2A基因的SNP；

3)rs371331393，其是ARHGAP32(Rho GTPase Activating Protein 32)基因的SNP；

4)rs138525217，其是CD163L1基因的SNP；

5)rs74115822，其是CUL4A基因的SNP；

6)rs75861150，其是LOC102724084基因的SNP；

7)rs116969723，其是LRRC3基因的SNP；

8)rs6741819，其是RNF144A基因的SNP；

9)rs59626274，其是FLJ45964基因的SNP；

10)rs17688188，其是SPCS3基因的SNP；

11)rs56942085，其是LINGO2基因的SNP；以及

12)rs72835045，其是MINK1基因的SNP。

6.一种脑动脉瘤诊断用信息提供方法，其特征在于：包括：从个体分离的生物学试料确定rs75822236的制剂，该rs75822236是GBA基因的SNP。

7.根据权利要求6所述的脑动脉瘤诊断用信息提供方法，其特征在于，进一步包括：rs75822236是GBA基因的SNP，其等位基因为C时，诊断脑动脉瘤已发病或预测发明危险度高的步骤。

8.根据权利要求6所述的脑动脉瘤诊断用信息提供方法，其特征在于：该方法进一步包括：从个体分离的生物学试料确定选自由以下组分组成的群组的1个以上SNP的等位基因的步骤：

1)rs112859779，其是TCF24基因的SNP；

2)rs79134766，其是OLFML2A基因的SNP；

3)rs371331393，其是ARHGAP32(Rho GTPase Activating Protein 32)基因的SNP；

4)rs138525217是CD163L1基因的SNP；

5)rs74115822，其是CUL4A基因的SNP；

6)rs75861150，其是LOC102724084基因的SNP；

7)rs116969723，其是LRRC3基因的SNP；

8)rs6741819，其是RNF144A基因的SNP；

9)rs59626274，其是FLJ45964基因的SNP；

10)rs17688188，其是SPCS34基因的SNP；

11)rs56942085，其是LINGO2基因的SNP；以及

12)rs72835045，其是MINK1基因的SNP。

9.根据权利要求8所述的脑动脉瘤诊断用信息提供方法，其特征在于：该方法进一步包括：

1)rs371331393是ARHGAP32基因的SNP，其等位基因为G时；

2)rs138525217是CD163L1基因的SNP，其等位基因为C时；

3)rs74115822是CUL4A基因的SNP，其等位基因为G时；

4)rs56942085是LINGO2基因的SNP，其等位基因为G时，

或者其中两种以上的组合时，诊断脑动脉瘤已发病或预测发病危险度高的步骤。

10.根据权利要求8所述的脑动脉瘤诊断用信息提供方法，其特征在于：该方法进一步包括:

1)rs112859779是TCF24基因的SNP，其等位基因为T时；

2)rs79134766是OLFML2A基因的SNP，其等位基因为A时；

3)rs75861150是LOC102724084基因的SNP，其等位基因为C时；

4)rs116969723是LRRC3基因的SNP，其等位基因为A时；

5)rs6741819是RNF144A基因的SNP，其等位基因为T时；

6)rs59626274是FLJ45964基因的SNP，其等位基因为T时；

7)rs17688188是SPCS3基因的SNP，其等位基因为A时；

8)rs72835045是MINK1基因的SNP，其等位基因为A时，

或者其中两种以上的组合时，诊断脑动脉瘤未发病或预测发病危险度低的步骤。

11.权利要求6所述的脑动脉瘤诊断用信息提供方法，其特征在于：所述个体是韩国人及亚洲人。