CN114231620B - Uqcc1基因多态性在中重度mafld诊断中的应用 - Google Patents

Uqcc1基因多态性在中重度mafld诊断中的应用 Download PDF

Info

Publication number
CN114231620B
CN114231620B CN202111664796.7A CN202111664796A CN114231620B CN 114231620 B CN114231620 B CN 114231620B CN 202111664796 A CN202111664796 A CN 202111664796A CN 114231620 B CN114231620 B CN 114231620B
Authority
CN
China
Prior art keywords
mafld
sample
severe
snp
probe
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN202111664796.7A
Other languages
English (en)
Other versions
CN114231620A (zh
Inventor
丁艳华
阿儒汗
朱晓雪
陈红
张洪
李晓娇
胡月
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
First Hospital Jinlin University
Original Assignee
First Hospital Jinlin University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by First Hospital Jinlin University filed Critical First Hospital Jinlin University
Priority to CN202111664796.7A priority Critical patent/CN114231620B/zh
Publication of CN114231620A publication Critical patent/CN114231620A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN114231620B publication Critical patent/CN114231620B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118—Prognosis of disease development
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Abstract

本发明公开了UQCC1基因多态性在中重度MAFLD诊断中的应用，所述基因多态性位点为rs878639。通过对MAFLD的样本进行SNP检测，首次发现了rs878639与中重度MAFLD相关，在非MAFLD和轻度MAFLD受试者与中重度MAFLD受试者中存在显著性差异。可以通过检测rs878639的基因型判断受试者是否患有中重度MAFLD。

Description

UQCC1基因多态性在中重度MAFLD诊断中的应用
技术领域
本发明属于生物医药领域，涉及UQCC1基因多态性在中重度MAFLD诊断中的应用，具体的涉及SNP为rs878639。
背景技术
非酒精性脂肪性肝病(nonalcoholicfattyliverdisease,NAFLD)是一组高度异质性疾病，与多种机体代谢功能障碍密切相关，在2020年3月，国际专家共识建议将NAFLD改为代谢相关脂肪性肝病(metabolicdysfunction-associatedfattyliverdisease，MAFLD)(薛苗，范建高.代谢相关脂肪性肝病新定义的国际专家共识简介[J].临床肝胆病杂志，2020,36(06):1224-1227.)。据统计上，大约25％的MAFLD患者可进展为脂肪性肝炎(MASH)，这其中又有5％-8％的患者会在5年内进一步发展为肝硬化，之后12.8％的肝硬化患者将在3年之内进展为肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)，危及患者的生命。随着快速的生活节奏，久坐不动的生活方式、缺乏体育锻炼、高热量膳食、营养失衡和不健康的饮食习惯，使得MAFLD发病率不断攀升、在中国，MAFLD已经超过慢性乙型病毒性肝炎成为第一大慢性肝病，尤其是在抗病毒药物在临床上广泛应用之后，使得乙肝及丙肝得到规范的治疗，并且延缓了疾病的进展，控制了并发症的发生。目前，MAFLD患者的总体病死率高(王中涛，胡荣华，熊勇.非酒精性脂肪性肝病治疗进展[J].中国肝脏病杂志，2018,10(04):48-53.)，它不仅引起肝脏损伤，发展为肝硬化和HCC，还可以引起心血管疾病和恶性肿瘤等肝外疾病发生、并且与乙型肝炎、丙型肝炎、酒精性肝炎相比，MAFLD相关肝癌的患者，性别差异小、常无肝硬化背景、甲胎蛋白阳性率低，使得临床工作容易出现漏诊，得不到及时有效的治疗。
根据脂肪含量，可以将脂肪肝分为轻度脂肪肝，中度脂肪肝和重度脂肪肝。临床上多数中重度脂肪肝患者表现为食欲不振、疲倦乏力、恶心、呕吐，部分重度脂肪肝患者还可伴有蜘蛛痣、内分泌失调、维生素缺乏症、黄疸等。中、重度轻度脂肪肝若不积极诊治，肝脏组织进一步损伤、脂肪浸润程度加重，可演变为肝纤维化、肝硬化等病变。截止目前，尚无防治脂肪肝的特效药物。
本申请拟通过检测受试者的基因型，筛选与MAFLD相关的基因型，从而为不同亚型的MAFLD如中重度MAFLD的诊断提供分子基础。
发明内容
为了弥补现有技术的不足，本发明的目的在于提供一种用于判断中重度MAFLD的SNP标志物，通过检测SNP基因型来判断中重度MAFLD患者的预后。
为了实现上述目的，本发明采用了如下技术方案：
本发明提供了受试者样本中SNP标志物的试剂在制备判断中重度MAFLD的产品中的应用，所述SNP为rs878639。
进一步，当rs878639位置上发生等位基因变异时，患者存在患中重度MAFLD的风险或患中重度MAFLD。
进一步，所述等位基因变异为A变为G。
进一步，检测样本中SNP标志物的试剂包括通过直接测序、单碱基延伸、等位基因特异性探针杂交、等位基因特异性引物延伸、等位基因特异性扩增、等位基因特异性核苷酸掺入、5'核酸酶消化、分子信标测定、寡核苷酸连接测定、MALDI-TOF/MS、RCA、印记杂交、点杂交、大小分析和单链构象多态性方法检测rs878639基因型的试剂。
进一步，所述样本选自血液、组织。
进一步，所述样本为血液。
本发明提供了一种判断中重度MAFLD的产品，所述产品包括检测受试者样本中SNP位点rs878639基因型的试剂。
进一步，所述试剂包括引物、探针或抗体。
进一步，所述产品还包括处理样本获得核酸的试剂。
进一步，所述核酸是DNA。
进一步，所述核酸是RNA。
进一步，所述产品包括试剂盒、芯片。
本发明提供了一种筛选易感中重度MAFLD的生物样品的系统，包括：
核酸提取装置，用于从所述生物样品中提取核酸样本，
核酸序列确定装置，与所述核酸提取装置相连，用于对所述核酸样本进行分析，以便确定所述核酸样本的核酸序列，
判断装置，与所述核酸序列确定装置相连，以便基于所述核酸样本的核酸序列与野生型UQCC1基因序列相比较，是否存在rs878639的等位基因变异，判断所述生物样品是否易感中重度MAFLD。
进一步，所述生物样品为选自人体血液或组织。
进一步，所述核酸样本为DNA。
进一步，所述核酸样本为RNA。
本发明提供了rs878639在构建预测中重度MAFLD的计算模型中的应用。
进一步，所述计算模型以rs878639的等位基因型作为输入变量。
本发明的优点和有益效果：
本发明首次发现了SNP位点rs878639的基因型与中重度MAFLD相关，通过检测rs878639的基因型，可以判断受试者是否患有中重度MAFLD或存在患中重度MAFLD的风险。
具体实施方式
术语“样本”或“样品”是指含有或假定含有靶核酸的任何组合物。这包括从个体分离的组织或流体的样品，例如，皮肤、血浆、血清、脊髓液、淋巴液、滑液、尿液、泪液、血细胞、器官，并且也表示从取自个体的细胞建立的体外培养物的样品，包括福尔马林固定的石蜡包埋的组织(FFPET)和从其分离的核酸。样品还可以包括无细胞材料，诸如含有无细胞DNA(cfDNA)级分。样品还可以指处理的组织或生物流体，例如，纯化或部分纯化的核酸。
术语“核酸”、“多核苷酸”和“寡核苷酸”可以互换使用以指单一核苷酸的多聚体或聚合物。“寡核苷酸”是有时用于描述较短多核苷酸的术语。寡核苷酸可以包含至少6个核苷酸，例如至少约10-12个核苷酸，或至少约15-30个核苷酸，例如，对应于指定的核苷酸序列的区域。术语“核苷酸”通常是指单体或单碱基。
如本文所用，术语“引物”指的是能与模板互补配对，在DNA聚合酶的作用合成与模板互补的DNA链的寡聚核苷酸的总称。引物可以是天然的RNA、DNA，也可以是任何形式的天然核苷酸，引物甚至可以是非天然的核苷酸如LNA或ZNA等。引物“大致上”(或“基本上”)与模板上一条链上的一个特殊的序列互补。引物必须与模板上的一条链充分互补才能开始延伸，但引物的序列不必与模板的序列完全互补。比如，在一个3’端与模板互补的引物的5’端加上一段与模板不互补的序列，这样的引物仍大致上与模板互补。只要有足够长的引物能与模板充分的结合，非完全互补的引物也可以与模板形成引物-模板复合物，从而进行扩增。
如本文所用，术语“探针”是指与靶核酸中的序列杂交且经常可检测地标记的寡核苷酸。探针可以具有修饰(诸如3’-端修饰，其使探针不可被核酸聚合酶延伸)和一种或多种非天然存在的标记物(例如，荧光团、生色团，其任选地与猝灭剂组合)。具有相同序列的寡核苷酸可以在一种测定中充当引物且在不同的测定中充当探针。
如本文所用，术语“靶序列”、“靶核酸”或“靶标”是指待检测或分析的样品中的核酸序列的部分。术语靶标包括靶序列的所有变体，例如，一种或多种突变型变体和野生型变体。
术语“测序”是指确定靶核酸中核苷酸序列的任何方法。
“SNP(single nucleotide polymorphism)”是指单碱基多态性，由于染色体的单一部位发生多种DNA碱基中之一出现的一般性突然变异，SNP会频率高且稳定，并分布在整个基因组，由此，人体会发生遗传多态性。本发明中，所述“SNP标志物”可以与“SNP”混用。
术语“标志物(marker)”意指生物标志物，可以探测生命体的变化，客观地检测到生命体的正常或病理状态、药物反应度等。
术语“等位基因”意指位于同源染色体上相同基因位置的某一基因的多种形态。
术语“基因型”指存在于个体或样品中的等位基因的同一性。典型地，其指与感兴趣的特定基因相关的个体的基因型；在多倍体个体中，其指个体携带有基因等位基因的何种组合。
术语“患者”和“受试者”是指可以或不可以被诊断患有疾病或针对疾病治疗、但是是医学护理的受试者的个体。
术语“检测SNP的试剂”是指特异地结合到包括在所述SNP标志物组合物的SNP标志物或SNP，以便于识别，或者可以检测所述SNP并扩增的制剂，“可以扩增SNP标志物的试剂”是指反复复制包括在所述SNP标志物组合物的SNP标志物或SNP，并增加其数量的试剂，例如，特异地扩增包括所述SNP的多核苷酸的引物或者可以特异结合的探针，但不受此限定。
用于所述SNP扩增的引物可以是适当缓冲剂中的妥当条件(例如，4种不同核苷三磷酸、DNA、RNA聚合酶或逆转录酶等聚合剂)以及在妥当温度下，可以作为柱状显示DNA合成的起点，起作用的单链寡核苷酸，根据使用目的，所述引物的妥当长度会有不同，但通常是15至30个核苷酸。短的引物分子通常为了形成柱状和稳定的混合体，需要更低的温度。所述引物序列不需要与包括所述SNP的多核苷酸形成完整的互补性，但其互补性需要达到可以与包括所述SNP的多核苷酸混合的程度。
术语“引物”是指可以用具有短链游离3’羟基的碱基序列，与互补性模板形成碱基对，起到柱状链条复制起点功能的短序列。引物可以用作在妥当的缓冲溶剂和温度下进行聚合反应(即，DNA聚合酶或逆转录酶)的试料，以及存在4种不同核苷三磷酸时，可以开启DNA合成。此时，PCR条件、敏感度和反义引物的长度可以依据本领域的公知技术进行变形。
用于所述SNP检测的探针可以是混合探针，也可以是可以依据特异序列结合到核酸互补性链条的寡核苷酸。混合条件要在等位基因之间的混合强度上显示出显著差异，以进行严格控制，使其仅混合到等位基因中之一。最佳地，所述本发明的探针的中心部位与多样性序列的多样性部位排列。因此，可能会产生相互不同等位基因性形态之间的优化混合差异。所述探针可以应用于检测等位基因，诊断MAFLD的微点阵等试剂盒或预测方法等重要的探针可以为进行检测做出标记，例如，可以用放射性同位素、荧光化合物、生物发光化合物、化学发光化合物、金属螯合物或酶做出标记。妥当标记所述探针是本领域的公知技术，可以采用通常方法实施。
本发明提供了UQCC1中变体rs878639在中重度MAFLD中的发生插入缺失突变的频率发生变化，提供了该突变可以赋予中重度MAFLD诊断的证据。
在一些实施方案中，通过直接测序、单碱基延伸、等位基因特异性探针杂交、等位基因特异性引物延伸、等位基因特异性扩增(allele-specific PCR，AS-PCR)、等位基因特异性核苷酸掺入、5'核酸酶消化、分子信标测定、寡核苷酸连接测定、PCR-RELP(restriction fragment length polymorphism)法、PCR-SSO法、组合PCR-SSO法和点杂交法的ASO(allele specific oligonucleotide)杂交法、TaqMan-PCR法、MALDI-TOF/MS法、RCA(rolling circle amplification)法、HRM(high resolution melting)法、印迹杂交法、点杂交法、大小分析或单链构象多态性(SSCP)方法来检测样本中的SNP。
SSCP是指单链DNA由于碱基序列不同可引起空间构象差异，这种差异会导致相同或相近长度单链DNA电泳迁移率的不同，从而可以通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行有效地检测。PCR-SSCP是将SSCP用于PCR扩增产物的基因突变检测的方法，PCR扩增的DNA片段在变性剂条件下，通过高温处理使双链DNA扩增片段解旋并且维持单链状态，进一步进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳。目前，PCR-SSCP技术被广泛应用于分子生物学的各个领域。
AS-PCR的原理是由于Taq DNA聚合酶对位于引物3'末端的单个碱基的错配无法修复，当引物3'末端的碱基与SNP位点的等位基因互补配对时，才能发生扩增反应；当引物3'末端的碱基与SNP位点的等位基因不互补配对时，则扩增反应不能发生。目前，已出现了基于AS-PCR改良的一些方法，如四引物扩增受阻突变体系PCR(tetra-primer amplificationrefractory mutation system PCR,Tetra-primer ARMS-PCR)、片段长度差异等位基因特异PCR(fragment length discrepant allele specific PCR,FLDAS-PCR)、多等位基因特异扩增(PCR amplification of multiple specific alleles,PMASA)等。
直接测序检测SNP是最直接可靠的方法，检出率高达100％，代表测序技术有焦磷酸测序(Pyrosequencing)、taqman技术、微测序(SNaPshot)等。该方法通过比对不同样本中的同一基因或是基因片段的PCR扩增产物的测序结果，或是重测序分析已定位的序列标签位点(STS)及表达序列标签(EST)来检测SNP。可以将PCR产物纯化回收后通过连接到载体上进行测序，也可以对PCR产物直接进行测序。通过序列的比对，就能够准确地检测SNP的突变类型和位置。
本领域技术人员可选择任一种或几种方法(不限于上述的方法)来检测SNP位点，只要可以实现SNP位点的检测。
用于从生物样品分离核酸的方法是已知的，例如，如Sambrook等人,MOLECULARCLONING,A LABORATORY MANUAL,Cold Springs Harbor Press(Cold Springs Harbor,N.Y.1989)中所述，并且几种试剂盒是可商购的(例如，来自Roche的高纯RNA分离试剂盒、高纯病毒核酸试剂盒和MagNA Pure LC总核酸分离试剂盒)。在一些实施方案中，制备DNA并将其用作本发明公开的扩增和检测方法的模板。在一些实施方案中，制备RNA。当RNA用作通过PCR扩增的模板时，需要逆转录步骤来制备cDNA。然后可以使用DNA聚合酶诸如Taq、Taq衍生物或其它热稳定聚合酶来实施扩增。
在一些实施方案中，通过用突变特异性寡核苷酸引物(例如，等位基因特异性引物)的等位基因特异性PCR检测UQCC1基因中的rs878639位点的突变的方法。等位基因特异性引物通常具有与靶序列(例如，突变型序列)匹配且与替代序列(例如野生型序列)错配的3'-末端。任选地，等位基因特异性引物可以含有与野生型和突变型靶序列的内部错配。
在一些实施方案中，所述方法进一步包括使用等位基因特异性PCR来以任何组合检测患者样品中的一种或多种UQCC1突变。可以使用突变位点的任一侧上的扩增引物或用与涵盖特定融合产物的融合点的序列互补的一个引物来检测融合产物。在一些实施方案中，使用与涵盖突变位点的序列互补(杂交)的标记探针检测基因突变。在一些实施方案中，标记的探针与UQCC1的序列互补，并且基于与该探针杂交的扩增产物的尺寸或存在来检测突变。
进一步提供了用于用特异性探针检测UQCC1基因中的rs878639位点突变的方法。该探针可用于许多核酸检测技术，例如Southern或Northern杂交、实时PCR或NGS。一种典型的突变特异性的检测探针在实施检测的反应条件下与靶序列(例如，突变型序列)形成稳定的杂交物，并且不与替代序列(例如，在相同位点的野生型序列)形成稳定的杂交物。对于成功的探针杂交，所述探针需要与靶序列具有至少部分互补性。通常，靠近探针的中心部分的互补性比在探针末端处的互补性更关键。在一些实施方案中，所述探针具有特定结构，包括蛋白-核酸(PNA)、锁定核酸(LNA)、分子信标探针或可以包括于
Figure BDA0003450788350000081
自探测引物中(Whitcombe等人,(1999)Nat.Biotechnol.8:804-807)。可以用放射性标记物、荧光标记物或生色团标记物(任选地与猝灭部分(例如BHQ)组合)来标记探针。例如，可以通过实时等位基因特异性的聚合酶链式反应来检测突变，其中探针与扩增产物的杂交导致探针的酶促消化和消化产物的检测。通过检测由核酸双链体形成引起的荧光变化或通过检测探针和靶标之间的杂交物的特征性解链温度，也可以检测探针和靶标之间的杂交。在一些实施方案中，所述方法进一步包括使用杂交探针来以任何组合检测患者样品中的一种或多种基因突变。
在一些实施方案中，所述引物或探针可以采用亚磷酰胺固体载体法或者其他公知的方法，进行化学合成。所述核酸序列可以利用本领域公知的多种技术手段进行变形。所述变形的非限定性例有：取代为甲基化，吸附、天然核苷酸中一种以上同系物，以及核苷酸之间的变形，如，变形为未带电连接体(例如：甲基膦酸酯、磷酸三酯、亚磷酰胺、氨基甲酸酯等)，或者带电连接体(例如：硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)。
本发明提供了用于判断中重度MAFLD的产品，所述产品包括检测样本中SNP位点rs878639基因型的试剂。
在一些实施方案中，所述产品可以是试剂盒、芯片或试纸。
在一些实施方案中，本发明中的芯片包括：固相载体；以及有序固定在所述固相载体上的寡核苷酸探针，所述的寡核苷酸探针特异性地对应于rs878639所在的序列。
所述固相载体可采用基因芯片领域的各种常用材料，例如包括但不限于塑料制品、微颗粒、膜载体等。所述塑料制品可通过非共价或物理吸附机制与抗体或蛋白抗原相结合，最常用的塑料制品为聚苯乙烯制成的小试管、小珠和微量反应板；所述微颗粒是由高分子单体聚合成的微球或颗粒，其直径多为微米，由于带有能与蛋白质结合的功能团，易与抗体(抗原)形成化学偶联，结合容量大；所述膜载体包括硝酸纤维素膜、玻璃纤维素膜及尼龙膜等微孔滤膜。
在一些实施方案中，所述产品为试剂盒。所述试剂盒可以是PCR试剂盒、RT-PCR试剂盒或DNA芯片试剂盒，但不受此限定。
在一些实施方案中，所述试剂盒除了本发明的SNP、多核苷酸、cDNA等之外，还可以包括符合分析方法的其他组分组合物、溶液或装置。
在一些实施方案中，所述中重度MAFLD诊断用PCR试剂盒可以是包括实施PCR时必备成分的试剂盒。除了所述SNP的特异多核苷酸、引物或探针之外，PCR试剂盒还可以包括：试管或其他妥当容器、反应缓冲液(多种pH及镁浓度)、脱氧核苷酸(dNTPs)、Taq-聚合酶及逆转录酶等酶、DNase、RNAse抑制剂、DEPC-水(DEPC-water)及灭菌水等。
在一些实施方案中，所述中重度MAFLD诊断用DNA芯片试剂盒可以是包括运行DNA芯片时必备成分的试剂盒，DNA芯片试剂盒包括：贴附所述SNP的特异多核苷酸、引物或探针的基板，基板可以包括相当于定量对比区或其片段的核酸。
在一些实施方案中，所述中重度MAFLD诊断用RT-PCR试剂盒可以是包括实施RT-PCR时必备成分的试剂盒。除了所述SNP的特异性各种引物之外，RT-PCR试剂盒还可以包括：试管或其他妥当容器、反应缓冲液(多种pH及镁浓度)、脱氧核苷酸(dNTPs)、双脱氧核苷酸(ddNTPs)、Taq-聚合酶及逆转录酶等酶、DNase、RNAse抑制剂、DEPC-水(DEPC-water)及灭菌水等。
下面结合具体的实施例进一步说明本发明，本发明的实施例仅用于解释本发明，并不意味着限制本发明的保护范围。
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
实施例研究与MAFLD相关的SNP位点
1、研究对象
纳入于吉林大学第一医院按照标准诊断为MAFLD的患者376例。同时选取对照组无肝病患者82例。
纳入标准：
(1)年龄≥18周岁；(2)具有完整的临床资料：血压、身高、年龄、体重、血常规、肝功、血脂、空腹血糖、肾功、肝脏影像学检查或者肝脏活检、FibroScan等；(3)男性饮酒折合乙醇量小于30克/每天，女性小于20克/每天。
排除标准：
(1)甲肝、乙肝、丙肝或其他病毒性肝病患者；(2)药物性肝损伤或自身免疫性肝病患者；(3)存在肝细胞癌或肝细胞癌可能(甲胎蛋白>100ng/ml且影像学提示肝脏恶性占位可能；或甲胎蛋白持续3个月>100ng/ml；(4)合并其他系统恶性肿瘤及恶性血液系统疾病；(5)既往或计划行肝脏移植者；(6)临床资料不全者。
肥胖定义：本研究分别将BMI<25kg/m2，25kg/m2<BMI<30kg/m2,BMI>30kg/m2的NAFLD人群定义为非肥胖型MAFLD、肥胖型MAFLD、严重肥胖型MAFLD。
2、使用MRI-PDFF检测脂肪含量(LFC)
每位参与者均接受MRI-PDFF检查。参与者接受腹部磁共振成像(MRI)(GEDiscovery 750 3.0T MR)。使用MRI-PDFF，通过MRI迭代分解水和脂肪，利用回波不对称性和最小二乘估计(理想IQ)精确测量(GE Discovery 750 3.0TMR)。在轴向ideal IQ检查中覆盖整个肝脏。关键参数如下：采集矩阵＝256×256，回波时间＝3，重复时间＝6ms，翻转角度＝3，视野＝480mm，厚度＝9mm。单次屏气，采集时间＝19秒。将284mm2的方形感兴趣区(ROI)分别手动放置在右后段、右前段、左外侧段和左内段的单层上。避免了肝脏病灶、大血管、伪影和胆管。测量四个ROls部分的脂肪分数，以代表肝脏的脂肪分数。在ideal IQ扫描后自动执行在线后处理，并在图像列表中生成定量脂肪分数图。然后将图像传输到工作站(AW4.5，GE医疗系统)以测量肝脂肪。具有MRI-PDFF值的参与者LFC≥5.1％诊断为MAFLD，5.2～14.0％为轻度MAFLD，≥14.1％建议中度和重度MAFLD。
3、血液基因组DNA的提取
使用Qiagen DNeasy血液试剂盒从上述队列中个体的血液中提取基因组DNA。使用Quibt3评估DNA的纯度和浓度。
4、基因型检测
检测表1所述基因的SNP位点，检测方法如下：
以DNA为模板，荧光定量PCR检测目的基因，Taqman探针法检测SNP，加入10ng基因组DNA检测每个反应。除PNPLA3外，所有SNP均处于Hardy-Weinberg平衡。
表1检测位点
GENE RS w/v
ADIPOQ rs1501299 G/T
PNPLA3 rs738409 C/G
RASGRP1 rs7403531 C/T
UQCC1 rs878639 A/G
MBOAT7 rs641738 C/T
NOS3 rs2070744 C/T
APLNR rs948847 G/T
HSD17B13 rs72613567 -/A
FAM13A rs9991328 C/T
5、数据分析
对所获取的9个SNP分型按不同的分组分别进行卡方检验，探讨9个SNP的分型不同MAFLD分组的关系，P<0.05意味该SNP与疾病有联系。Logistic回归分析用于计算SNP分型对疾病的危险程度(OR)，OR大于1提示是脂肪肝的危险因素，OR＜1提示是脂肪肝的保护因素，分析的过程中校正了年龄，性别，BMI。
6、结果
不同基因的基因型与不同分组MAFLD之间的相关性如表2-12所示，rs738409(PNPLA3)、rs72613567(HSD17B13)、rs878639(UQCC1)与中重度MAFLD显著相关(表3)。rs641738(MBOAT7)与非肥胖型MAFLD显著相关(表4)。rs72613567(HSD17B13)与非肥胖型中重度MAFLD显著相关(表5)。
在纳入的所有人群中，HSD17B13基因rs72613567位置发生插入变异的有120人，未发生变异的有340人，LFC呈现显著性差异(表6)。在未发生变异的所有人群中，no-mildMAFLD(非MAFLD和轻度MAFLD)占比74.12％，在发生插入变异的所有人群中，no-mild MAFLD占比为56.67％(表7)。在纳入的非肥胖型人群中，发生插入变异的有52人，未发生变异的有134人(表8)。在未发生变异的非肥胖型人群中，非肥胖型轻度MAFLD占比为70.90％；在发生插入变异的非肥胖型人群中，非肥胖型轻度MAFLD占比为51.90％(表9)。
在非肥胖型人群中，MBOAT7基因rs641738位置发生基因型变异的有39人，未发生变异的有203人，LFC呈现显著性差异(表10)。在未发生变异的非肥胖型人群中，Non-obeseno MAFLD的占比为26.1％；在发生变异的非肥胖型人群中，Non-obese no MAFLD的占比为7.7％(表11)。
在纳入的所有人群中，UQCC1基因rs878639位置发生变异的有137人，未发生变异的有323人；在未发生变异的所有人群中，no-mild MAFLD占比66.56％，在发生插入变异的所有人群中，no-mild MAFLD占比为76.64％(表12)。
表2 SNP与MAFLD的相关性分析
Figure BDA0003450788350000121
表3 SNP与中重度MAFLD的相关性分析
Figure BDA0003450788350000122
Figure BDA0003450788350000131
表4 SNP与非肥胖型MAFLD的相关性分析
Figure BDA0003450788350000132
表5 SNP与非肥胖型中重度MAFLD的相关性分析
Figure BDA0003450788350000133
表6所有人群中rs72613567(HSD17B13A)不同表型的LFC
Figure BDA0003450788350000134
表7 rs72613567(HSD17B13A)在中重度MAFLD中的表型
Figure BDA0003450788350000135
Figure BDA0003450788350000141
表8非肥胖型MAFLD人群中rs72613567(HSD17B13A)不同表型的LFC
Figure BDA0003450788350000142
表9 rs72613567(HSD17B13A)在非肥胖型中重度MAFLD中的表型
Figure BDA0003450788350000143
表10非肥胖型人群中rs641738(MBOAT7)不同表型的LFC
Figure BDA0003450788350000144
表11 rs641738(MBOAT7)在非肥胖型MAFLD中的表型
Figure BDA0003450788350000145
表12 rs878639(UQCC1)在中重度MAFLD中的表型
Figure BDA0003450788350000146
Figure BDA0003450788350000151
上述实施例的说明只是用于理解本发明的方法及其核心思想。应当指出，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明原理的前提下，还可以对本发明进行若干改进和修饰，这些改进和修饰也将落入本发明权利要求的保护范围内。

Claims (8)

1.检测受试者样本中SNP标志物的试剂在制备判断中重度MAFLD的产品中的应用，其特征在于，所述SNP为rs878639。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述试剂包括通过直接测序、单碱基延伸、等位基因特异性探针杂交、等位基因特异性引物延伸、等位基因特异性核苷酸掺入、5'核酸酶消化、分子信标测定、寡核苷酸连接测定、MALDI-TOF/MS、RCA、印记杂交、点杂交或单链构象多态性方法检测rs878639基因型的试剂。
3.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于，所述样本选自组织。
4.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于，所述样本为血液。
5.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于，所述试剂包括引物、探针或抗体。
6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述产品还包括处理样本获得核酸的试剂。
7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，所述核酸是DNA。
8.根据权利要求1的应用，其特征在于，所述产品包括试剂盒、芯片。
CN202111664796.7A 2021-12-31 2021-12-31 Uqcc1基因多态性在中重度mafld诊断中的应用 Active CN114231620B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202111664796.7A CN114231620B (zh) 2021-12-31 2021-12-31 Uqcc1基因多态性在中重度mafld诊断中的应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202111664796.7A CN114231620B (zh) 2021-12-31 2021-12-31 Uqcc1基因多态性在中重度mafld诊断中的应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN114231620A CN114231620A (zh) 2022-03-25
CN114231620B true CN114231620B (zh) 2023-03-10

Family

ID=80745033

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202111664796.7A Active CN114231620B (zh) 2021-12-31 2021-12-31 Uqcc1基因多态性在中重度mafld诊断中的应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN114231620B (zh)

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2017021926A1 (en) * 2015-08-05 2017-02-09 Orga Bio Human S.R.L. Snp rs12603226 as a predictive marker for nafld
CN110079597A (zh) * 2019-05-29 2019-08-02 阿吉安(福州)基因医学检验实验室有限公司 非酒精性脂肪肝易感相关基因检测试剂盒

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105039513B (zh) * 2015-05-29 2018-12-28 广州市第一人民医院 用于非酒精性脂肪肝相关目的基因多态性检测方法及其引物，以及试剂盒
CN113160983A (zh) * 2021-04-09 2021-07-23 南京医科大学附属逸夫医院 一种代谢相关脂肪性肝病临床预测模型

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2017021926A1 (en) * 2015-08-05 2017-02-09 Orga Bio Human S.R.L. Snp rs12603226 as a predictive marker for nafld
CN108012546A (zh) * 2015-08-05 2018-05-08 奥尔加生物人类有限责任公司 Snp rs12603226作为nafld的预测性标记物
CN110079597A (zh) * 2019-05-29 2019-08-02 阿吉安(福州)基因医学检验实验室有限公司 非酒精性脂肪肝易感相关基因检测试剂盒

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Non-Invasive Evaluation of MAFLD and the Contribution of Genes: An MRI-PDFF-Based Cross-Sectional Study;Aruhan Yang等;《Research Square》;20220315;全文 *
Skeletal muscle enhancer interactions identify genes controlling whole-body metabolism;Kristine Williams等;《NATURE COMMUNICATIONS》;20200601;第11卷;摘要，第6页右栏最后一段，图5，第13页倒数第2段 *

Also Published As

Publication number Publication date
CN114231620A (zh) 2022-03-25

Similar Documents

Publication Publication Date Title
KR101752144B1 (ko) 보습 피부 타입 유전자 다형성 마커 및 이의 용도
CN110484621B (zh) 一种肝癌早期预警的方法
US7833710B2 (en) Polynucleotide associated with breast cancer comprising single nucleotide polymorphism, microarray and diagnostic kit comprising the same and method for diagnosing breast cancer using the same
CN114231620B (zh) Uqcc1基因多态性在中重度mafld诊断中的应用
US20100093549A1 (en) Polynucleotide associated with a colon cancer comprising single nucleotide polymorphism, microarray and diagnostic kit comprising the same and method for diagnosing a colon cancer using the polynucleotide
KR101100437B1 (ko) 단일염기 다형을 포함하는 대장암과 관련된 폴리뉴클레오티드, 그를 포함하는 마이크로어레이 및 진단 키트 및 그를 이용한 대장암의 진단방법
EP3625370A1 (en) Composite epigenetic biomarkers for accurate screening, diagnosis and prognosis of colorectal cancer
CN114262738B (zh) Hsd17b13基因多态性在中重度mafld诊断中的应用
US10731219B1 (en) Method for preventing progression to metabolic syndrome
CN113166810A (zh) 包括gba基因单碱基多态性的脑动脉瘤诊断用snp标志物
CN114317715B (zh) Mboat7的snp标志物在非肥胖型mafld诊断中的应用
US9139881B2 (en) Method for assessing breast cancer susceptibility
EP3922733A1 (en) Single nucleotide polymorphism marker for precocious puberty diagnosis or treatment prognosis prediction, and use thereof
KR20230036926A (ko) 비타민 d 결핍증 진단용 단일염기다형성 및 이의 용도
WO2015037681A1 (ja) 抗甲状腺薬誘発性無顆粒球症リスクを判定するための検査方法及び判定用キット
CN112424381A (zh) 包括arhgap32基因单碱基多态性的脑动脉瘤诊断用snp标志物
KR100841556B1 (ko) 단일염기다형을 포함하는 폴리뉴클레오티드 및 그를 포함하는 진단키트
KR20230036504A (ko) 근감소증 진단용 마커 및 이의 용도
EP4350006A1 (en) Nucleic acid combination for liver cancer diagnosis or aided diagnosis, test kit, and application
CN117062916A (zh) 用于判断皱纹皮肤类型的基因多态性标记及其用途
KR101071081B1 (ko) Ｄｅｆａ4 유전자로부터 유래된 단일염기다형을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 이를 포함하는 마이크로어레이 및 진단키트, 이를 이용한 검출 방법
JPWO2006068111A1 (ja) ＰＰＡＲγ遺伝子の遺伝子多型に関連する表現型の判定方法
US20130017961A1 (en) Biomarkers for predicting response of esophageal cancer patient to chemoradiotherapy

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant