JPWO2006068111A1 - PPARγ遺伝子の遺伝子多型に関連する表現型の判定方法 - Google Patents
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Abstract
本発明は、PPARγ遺伝子における発現量が異なるアレルを識別するための遺伝子多型、及びPPARγ遺伝子の遺伝子多型に関連する表現型の判定方法に関する。
Description
本発明は、PPARγ遺伝子における発現量が異なるアレルを識別するための遺伝子多型、及びPPARγ遺伝子の遺伝子多型に関連する表現型の判定方法に関する。
ゲノムの同じ位置にある同じ遺伝子であっても、それが異なるアレル上にある場合にその遺伝子発現量に差が見られる現象は、近年報告されている比較的新しい概念である(非特許文献1:Knight JC. Allele-specific gene expression uncovered. Trends Genet. Mar;20(3):113-6. PMID: 15049300、2004年)。
アレル間で異なる発現を示す遺伝子というのは大きく分けて刷り込みを受ける遺伝子(imprinted gene)と刷り込みを受けない遺伝子(non-imprinted gene)の2種類がある。前者は、刷り込み(imprinting)といって、ある細胞若しくは組織において、両親から片アレルずつ受け継いだ場合にどちらか一方が生理的にメチル化などの不活化を受けて発現が抑制されるという現象である。後者、すなわち刷り込みを受けない遺伝子(non-imprinted gene)においても、アレル間で異なる発現差が見られる場合がある。これは、遺伝子内若しくはそれに近接しているアレル間のゲノムの多型が、近傍の遺伝子の発現を調節するシス作用領域(cis-acting element)として働き、アレル間の遺伝子発現量の差を生み出すと考えられている。後者に見られる、ゲノムDNAの配列の違いに起因するアレルごとの発現の変化は、世代を超えて引き継がれる性質と考えられ、個体間の遺伝子発現量の差、ひいては個人の体質の差、病態とそのリスク、また薬剤の応答性の違いに影響することが考えられる。従って、このようなアレル間で発現量が異なる遺伝子は疾患又は障害などの表現型と関係する可能性がある。
一方、ヒトのペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γ(PPARγ又はPPARG)は、糖尿病、肥満、虚血性心疾患、炎症、脂質代謝に関わる疾患、腫瘍などの疾患と関連していること、また薬剤アクトス(塩酸ピオグリタゾン)に対する薬剤応答性と関連していることが報告されている(非特許文献2:公共データベースOMIN(on-line menderian inheritance in man) インターネット(URL:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/dispomim.cgi?id=601487))。従って、PPARγ遺伝子の多型又はその発現量と形質発現との関連性を調べることができれば、疾患の原因や有効な治療法などを検討することができると考えられる。
そこで、本発明は、上述した実状に鑑み、PPARγ遺伝子の遺伝子多型又は発現量を利用してPPARγ遺伝子に関連した表現型を判定する方法を提供することを目的とする。
本発明者は、上記課題を解決するため、アレル間で発現量が異なる遺伝子を判定することができる遺伝子多型を検索するための方法を開発し、実際に当該方法を実施したところ、ヒトのペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γ遺伝子がアレル間で発現量が異なることを見出し、また、各アレルからの発現量の違いを判定することができる遺伝子多型を見つけることができ、本発明を完成するに至った。
すなわち、本発明は、以下のいずれかのステップを含む、PPARγ遺伝子に関連した疾患の存在の可能性若しくは発症リスク、又はPPARγ遺伝子に関連した薬剤応答性の判定方法である:
(a)試料中のペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γ(PPARγ)遺伝子の核内RNA(一次転写産物)又はmRNAから増幅したcDNAを用いて、PPARγ遺伝子の遺伝子多型をタイピングするステップ、
(b)試料中のペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γ(PPARγ)遺伝子のゲノムDNAを用いて、PPARγ遺伝子の遺伝子多型をタイピングするステップ、
(c)試料中のペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γ(PPARγ)遺伝子の発現量を測定するステップ。
(a)試料中のペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γ(PPARγ)遺伝子の核内RNA(一次転写産物)又はmRNAから増幅したcDNAを用いて、PPARγ遺伝子の遺伝子多型をタイピングするステップ、
(b)試料中のペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γ(PPARγ)遺伝子のゲノムDNAを用いて、PPARγ遺伝子の遺伝子多型をタイピングするステップ、
(c)試料中のペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γ(PPARγ)遺伝子の発現量を測定するステップ。
上記判定方法において、PPARγ遺伝子の遺伝子多型は、一塩基多型rs10510410、rs10510411及びrs10510410、並びに該一塩基多型の近傍に存在する遺伝子多型及び該一塩基多型と連鎖不均衡にある遺伝子多型からなる群より選択される少なくとも1つの多型とすることができる。
またタイピングしたrs10510410、rs10510411及びrs10510412の遺伝子多型がそれぞれCC、AA及びAAのホモ接合体である場合には、例えばPPARγ遺伝子の過剰発現に関連した疾患の存在の可能性若しくは発症リスク、又はPPARγ遺伝子の過剰発現に関連した薬剤応答性があると判定する。
ここで、PPARγ遺伝子に関連した疾患としては、限定されるものではないが、糖尿病、肥満、虚血性心疾患、炎症、脂質代謝にかかわる疾患、及び腫瘍などが挙げられる。
また、上記判定方法において、PPARγ遺伝子に関連した薬剤応答性は、例えばアクトス(塩酸ピオグリタゾン)に対する応答性である。
本発明により、PPARγ遺伝子に関連した表現型を判定する方法が提供される。すなわち、PPARγ遺伝子に関連した疾患の存在の可能性や発症リスク、又はPPARγ遺伝子に関連した薬剤応答性を判定することが可能となる。本発明に従って疾患の存在や薬剤応答性を判定することによって、疾患の早期発見や有効な治療法の検討などを行うことができるため、本発明は医療及び薬学分野において有用である。
以下、本発明を詳細に説明する。本願は、2004年12月22日に出願された日本国特許出願第2004−371948号の優先権を主張するものであり、上記特許出願の明細書及び/又は図面に記載される内容を包含する。
本発明者は、アレル間で発現量が異なる遺伝子を判定することができる遺伝子多型を検索するための方法を開発し、実際に当該方法を実施したところ、ヒトのペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γ(PPARγ又はPPARG)遺伝子がアレル間で発現量が異なることを見出し、また、各アレルからの発現量の違いを判定することができる遺伝子多型を見つけることができた。そのため、PPARγ遺伝子の発現量、及びPPARγ遺伝子の遺伝子多型は、PPARγ遺伝子に関連する表現型、例えば疾患の存在や疾患の発症リスク、薬剤応答性に関係している可能性がある。
ここで、PPARγ遺伝子は、公知の遺伝子であり、その転写産物(mRNA)の塩基配列はNM015869、NM005037、NM138711及びNM138712として登録されている。また、PPARγ遺伝子は、糖尿病、肥満、虚血性心疾患、炎症、脂質代謝にかかわる疾患、腫瘍(大腸癌、乳癌、前立腺癌、甲状腺癌、脳腫瘍、血液腫瘍、下垂体腫瘍等)などの疾患と関連していることが報告されている。またPPARγ遺伝子は、薬剤アクトス(塩酸ピオグリタゾン)に対する薬剤応答性と関連していることが報告されている。PPARγ遺伝子の機能及び性質については、公共データベースOMIN(on-line menderian inheritance in man) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/dispomim.cgi?id=601487)を参照されたい。
従って、本発明に係る方法は、PPARγ遺伝子の発現量を測定するか、又はPPARγ遺伝子の遺伝子多型をタイピングし、その結果に基づいて、PPARγ遺伝子に関係する疾患の存在若しくは疾患の発症リスク、又は薬剤応答性を判定するものである。ここで、「疾患の存在」とは、すでに疾患に罹患していることを意味する。また、「発症リスク」とは、疾患への罹りやすさ(感受性)又は罹りにくさ(抵抗性)を意味し、「発症リスクが高い」とは、他の被験者と比較して、特定の多型を有する被験者が疾患を発症する確率が高いことを意味し、一方「発症リスクが低い」とは、他の被験者と比較して、特定の多型を有する被験者が疾患を発症する確率が低いことを意味する。また、「薬剤応答性」とは、薬剤に対する被験者の応答性を意味し、例えば、薬剤に対して顕著な効果を示す被験者(good responder)、薬剤の有効性が低い被験者(poor responder)及び薬剤の効果を全く示さない被験者(non responder)に分類することができる。
本方法は、具体的には以下のいずれかのステップを含むものである:
(a)試料中のペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γ(PPARγ)遺伝子の核内RNA(一次転写産物)又はmRNAから増幅したcDNAを用いて、PPARγ遺伝子の遺伝子多型をタイピングするステップ、
(b)試料中のペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γ(PPARγ)遺伝子のゲノムDNAを用いて、PPARγ遺伝子の遺伝子多型をタイピングするステップ、
(c)試料中のペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γ(PPARγ)遺伝子の発現量を測定するステップ。
(a)試料中のペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γ(PPARγ)遺伝子の核内RNA(一次転写産物)又はmRNAから増幅したcDNAを用いて、PPARγ遺伝子の遺伝子多型をタイピングするステップ、
(b)試料中のペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γ(PPARγ)遺伝子のゲノムDNAを用いて、PPARγ遺伝子の遺伝子多型をタイピングするステップ、
(c)試料中のペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γ(PPARγ)遺伝子の発現量を測定するステップ。
本方法において、試料は、ヒト被験者に由来する生物学的試料であれば特に限定されるものではなく、例えば血液、唾液、リンパ液、気道粘液、骨髄液、尿、腹腔液等の体液、細胞、組織等である。PPARγ遺伝子は血球系、脂肪細胞などで発現されることが多いため、そのような細胞が含まれる試料を用いることが好ましい。
核内RNA又はmRNAからのcDNAの合成は、当技術分野で公知の方法に従って行うことができる。ここで「核内RNA」とは、ゲノムDNAから転写された後、スプライシングを受けておらず、そのため細胞質には移行せず、まだ核内に存在している一次転写産物(primary transcript)をいう。すなわち、核内RNAは、ゲノム上のエキソン及びイントロンの両方を含み、長い鎖長を有するものが多い。例えば、試料から総RNA、細胞質RNA又は核内RNAを抽出した後、得られたRNAからPPARγ遺伝子に特異的なcDNA合成用プライマーを使用して選択的にcDNAを合成してもよいし、あるいは得られたRNAからランダムプライマー又はポリTプライマーを使用してcDNAを合成した後、PPARγ遺伝子に特異的な増幅用プライマーを使用して選択的にcDNAを増幅することができる。RNAの抽出は当技術分野で公知の方法、例えば、総RNAを抽出する場合には、AGPC(酸グアニジウム−フェノール−クロロホルム)法などを用いて行うことができる。またPPARγ遺伝子の合成用プライマー又は増幅用プライマーの設計は、当技術分野で公知の一般的なプライマー設計法に従って行うことができる。
ゲノムDNAの抽出は、当技術分野で公知の方法(フェノール・クロロホルム法など)又は市販のキットを用いて行うことができる。
cDNA又はゲノムDNAにおける遺伝子多型(SNP又はハプロタイプなど)のタイピング(検出)は、当技術分野で公知の手法を用いて行うことができる。例えば、遺伝子多型のタイピングは、一の遺伝子多型に特異的なプローブとのハイブリダイゼーションにより行うことができる。プローブは、必要に応じて、蛍光物質や放射性物質等の適当な手段により標識することができる。プローブは、遺伝子多型部位を含み、cDNAと特異的にハイブリダイズするものである限りいかなるものでもよく、具体的なプローブの設計は当技術分野で公知である。また、ハイブリダイゼーションの条件も、遺伝子多型を区別するのに十分な条件であればよく、例えば一の遺伝子多型の場合にはハイブリダイズするが、他の遺伝子多型の場合にはハイブリダイズしないような条件、例えばストリンジェントな条件であり、このような条件は当業者に公知である。
プローブは、一端を基板に固定してDNAチップ(マイクロアレイ)として用いることもできる。この場合、DNAチップには、一の遺伝子多型に対応するプローブのみが固定されていても、両方の遺伝子多型に対応するプローブが固定されていてもよい。このようなDNAチップを用いた遺伝子多型の検出は、例えば「DNAマイクロアレイと最新PCR法」、村松正明及び那波宏之監修、秀潤社、2000年、第10章などに記載されている。
DNAチップを用いた遺伝子多型の検出の具体的な例として、Affymetrix社製のGeneChip(登録商標) Human Mapping 100K arrayを用いる方法について説明する。GeneChip(登録商標) Human Mapping 100K arrayは、2枚のアレイを含み、ゲノム上に存在する100,000個を超えるSNPの検出を行うことができるアレイである。使用方法は、試料(ゲノム、cDNAなど)を制限酵素(XbaI若しくはHindIII)で切断し、アダプターをつけて、そのアダプターに特異的な1種類のプライマー(XbaI、HindIIIについてそれぞれ1種類ずつ)を用いてPCR反応により増幅し、ラベリングを行う。2枚のアレイは各SNPのアレルごとに相補的になるように設計されており、ハイブリダイゼーション後、シグナルに基づいて試料のSNPを判定し、また各アレルの発現量をシグナル強度又はシグナル比に基づいて比較することができる。このDNAチップの詳細については、http://www.affymetrix.co.jp/products/arrays/specific/100k.及びhtmlhttp://www.affymetrix.co.jp/pdf/Mapping_100K.pdfで公開されている製品情報及びデータシートを参照されたい。
また、遺伝子多型は、上述した以外にも、当業者に公知のあらゆる方法によってタイピングすることができる。そのような方法としては、遺伝子多型に特異的なプライマーを用いる方法、制限断片長多型(RFLP)を利用する方法、直接配列決定法、変性勾配ゲル電気泳動法(DGGE)、ミスマッチ部位の化学的切断を利用した方法(CCM)、プライマー伸長法(PEX)、インベーダー(Invader)法、定量的リアルタイムPCR検出法(TaqMan法)等を用いることができる。
本方法においては、簡便かつ迅速に遺伝子多型をタイピングすることができるDNAチップ(マイクロアレイ)を使用することが好ましい。
本方法において、タイピングすべきPPARγ遺伝子の遺伝子多型としては、一塩基多型rs10510410、rs10510411及びrs10510410、並びにそれらの近傍に存在する遺伝子多型及びそれらと連鎖不均衡にある遺伝子多型からなる群より選択される少なくとも1つの多型である。好ましくは、rs10510410、rs10510411及びrs10510410からなるハプロタイプをタイピングすることが好ましい。ここで、2004年4月に報告されたHuman Genome Build34(http://genome.ucsc.edu/)によるとrs10510410は染色体3番の12321738番目に位置するA/CのSNPであり、rs10510411は染色体3番の12321849番目に位置するG/AのSNPであり、rs10510412は染色体3番の12321962番目に位置するG/AのSNPである。
PPARγ遺伝子の一塩基多型rs10510410、rs10510411、及びrs10510412をタイピングするには、例えば上述したGeneChip(登録商標) Human Mapping 100K array(Affimetrix社製)を用いることができる。具体的には、限定するものではないが、下記のプローブを用いることができる:
rs10501410:
tagataaaaatatacttcacttcca[G/T]attacactcagagacaaccaaaggc(配列番号1)
rs10510411:
gttgctctttatgagacgaaataaa[A/G]ttggatgtcacttataaatggattt(配列番号2)
rs10510412:
ttaggagttattcaacaagccatta[C/T]gcttacaaaaatttatgagtcaaag(配列番号3)
また、上記遺伝子多型の近傍に存在する遺伝子多型とは、上記遺伝子多型から、約30,000kb以内、好ましくは約10,000kb以内に位置する遺伝子多型である。このような近傍に存在する遺伝子多型は、染色体組換え時に一緒に組換わる確率が高い。また、上記遺伝子多型と連鎖不均衡にある遺伝子多型とは、上記遺伝子多型と関連性のある遺伝子多型であり、具体的には、上記遺伝子多型がXである場合には、常に別の遺伝子多型がYとなるという関係が成立するようなものである。
rs10501410:
tagataaaaatatacttcacttcca[G/T]attacactcagagacaaccaaaggc(配列番号1)
rs10510411:
gttgctctttatgagacgaaataaa[A/G]ttggatgtcacttataaatggattt(配列番号2)
rs10510412:
ttaggagttattcaacaagccatta[C/T]gcttacaaaaatttatgagtcaaag(配列番号3)
また、上記遺伝子多型の近傍に存在する遺伝子多型とは、上記遺伝子多型から、約30,000kb以内、好ましくは約10,000kb以内に位置する遺伝子多型である。このような近傍に存在する遺伝子多型は、染色体組換え時に一緒に組換わる確率が高い。また、上記遺伝子多型と連鎖不均衡にある遺伝子多型とは、上記遺伝子多型と関連性のある遺伝子多型であり、具体的には、上記遺伝子多型がXである場合には、常に別の遺伝子多型がYとなるという関係が成立するようなものである。
上記rs10510410、rs10510411及びrs10510412の遺伝子多型がそれぞれCC、AA及びAAのホモ接合体である場合には、PPARγ遺伝子の発現量が多いという結果が得られたため(実施例2)、当該ホモ接合体を有する被験者は、PPARγ遺伝子の過剰発現に起因する疾患の存在の可能性若しくは発症リスクがある、またPPARγ遺伝子の過剰発現に関連した薬剤応答性があると判定することができる。
また本方法においては、PPARγ遺伝子の発現量を測定することにより、PPARγ遺伝子と関連する表現型を判定することもできる。このPPARγ遺伝子の発現量の測定においては、PPARγ遺伝子の転写産物(核内RNA又はmRNA)を測定してもよいし、又はPPARγ遺伝子によりコードされるタンパク質を測定してもよい。このような遺伝子発現量の測定は、当技術分野で周知であり、任意の方法により行うことができる。
上記判定方法は、PPARγ遺伝子上の上記遺伝子多型を検出することができる手段を含むキットを用いることにより簡便に行うことができる。従って、本発明は、かかるPPARγ遺伝子に関連する疾患又は薬剤応答性の判定キットも包含する。PPARγ遺伝子上の遺伝子多型を検出することができる手段としては、上記遺伝子多型を有する核酸と特異的にハイブリダイズすることができるオリゴヌクレオチドプローブ、上記遺伝子多型を有する核酸を鋳型として特異的な増幅反応を行うことができるプライマーセット、制限断片長多型(RFLP)を利用する方法、直接配列決定法、変性勾配ゲル電気泳動法(DGGE)、ミスマッチ部位の化学的切断を利用した方法(CCM)、プライマー伸長法(PEX)、インベーダー(Invader)法、定量的リアルタイムPCR検出法(TaqMan法)等などが挙げられる。そのほか、判定キットは、ポリメラーゼ、バッファー、dNTP、標識及び検出用試薬(蛍光など)、説明書などを含んでもよい。
以下、実施例を用いて本方法をより詳細に説明するが、本発明の技術的範囲はこれら実施例に限定されるものではない。
〔実施例1〕
本実施例においては、アレル間で発現量に差異のある遺伝子の検索を行った。
本実施例においては、アレル間で発現量に差異のある遺伝子の検索を行った。
EBウイルスにて株化したリンパ球BL1395(ATCC CRL−5957)及びBL2122(ATCC CRL−5967)の総RNAそれぞれ1μgをDNAase処理をした後に逆転写酵素(Invitrogen社SuperscriptIII RT enzyme)を用いて、添付プロトコールどおり逆転写して1本鎖cDNAを作製した。得られた反応液20μlより1μlを精製なしに、Amersham Bioscienceより発売されている商品名Genomiphiのプロトコールどおりのランダムプライマー及びphi29酵素の入った反応溶液に添加し、30℃にて16時間の反応を行い、それぞれ2.34μg及び2.27μgの収量のcDNAを得た。
増幅したcDNAを用いて、100Kアレイのプロトコール(Affimetrix)(http://www.affymetrix.com/support/downloads/manuals/100k_manual.pdf)にしたがって250ngから反応をスタートした。具体的には、増幅したcDNAと、同様にphi29で増幅したゲノムDNAとを、通常の100Kのプロトコールにしたがって増幅した後、そのシグナル強度の比(cDNAのシグナル強度/ゲノムDNAのシグナル強度)を取り、その度数分布を調べた。このようにしてシグナル強度の比を求めることにより、配列の差異が生み出す二次構造の差によってphi29によって増えやすい配列と増えにくい配列がある(増幅のバイアス)が、cDNAのシグナル値をphi29で増幅したゲノムのシグナル値で割ることによって、こうした増幅のバイアスを除くことができた。
その結果、シグナル比の低いところにはノイズと思われる正規分布曲線に近い形があらわれ、そこでは遺伝子のない領域に存在する遺伝子多型に基づくシグナル(プローブセット)が多かった。この度数分布の形及びプローブセットとゲノム上の遺伝子との位置関係から、このアッセイによって遺伝子(cDNA)由来のシグナルとノイズが分離出来ており、cDNAとゲノムとのシグナル比の測定によって、シグナル比の高い部分を、発現遺伝子(主に核内RNA由来のcDNA)によるシグナルであると考えてよいことがわかった。
このようにして一方のアレルと他方のアレルとの間の発現量の差異を、cDNA/ゲノム比を利用して比較したところ、ヒトペルオキシソーム増殖活性化受容体γ(PPARG)遺伝子に存在する3つの一塩基多型(SNP)において有意差があった。そのため、PPARG遺伝子をアレル間で発現量に差がある遺伝子として選択した。
〔実施例2〕
本実施例においては、PPARG遺伝子のアレル間の発現差を調べた。
100Kアレイに含まれる50K XbaIアレイにはゲノム上のPPARG遺伝子領域に合計7箇所のSNPの位置にプローブセットが設計されている。実施例2で行ったリンパ球BL1395の解析では、上流に近い300bp以内に近接したrs10510411、rs10510411及びrs10510412(NCBI dbSNPデータベースID)の3つのSNPがゲノムのタイピングで多型で(すなわち二つのアレルが区別可能で)あった。この3つのSNPのPPARG遺伝子上の位置を図1に示す。図1中、白抜きの星印が、PPARG遺伝子のアレル間の発現量の差異を判定することができるSNP(informative SNP)である。
この3つのSNPを含む領域をダイレクト・シーケンス法によりアレルの存在比を確認した。その概要は図2に示すが、例えばBL1395のサンプルにおけるrs10510410の場合には、図のようにゲノムDNA(c)においてはA/Cのヘテロであり、それはphi29で増幅されたゲノムDNA(a及びb)においても変化はなかった。一方、phi29で増幅されたcDNAにおいてはアレルAからのシグナルが低下しほぼアレルCのみの波形になっている。すなわち、ゲノム上でrs10510410はA/Cのヘテロであるが、実際に発現される遺伝子においてはCのアレルからの発現量が多いことがわかる。この結果は50K XbaIアレイの結果と一致していた。BL2122のリンパ球ではPPARG遺伝子の発現は認められなかった。
またこの3つのSNPについて、日本人30人をダイレクト・シーケンス法によってタイピングし、抹消血リンパ球のPPARG遺伝子の発現との相関を調べた。すなわち、上記3つのSNPのタイプとPPARG遺伝子の発現量との関係について分析した。PPARG遺伝子の発現解析にはAmersham Bioscience社発現解析用アレイCodeLinkを通常のプロトコールどおりに使用し、各アレイの総プローブのシグナルを中央値が1となるように平均化した。
その結果、図3A及び3B(表と度数分布)に示すように、検体は、日本人30人における存在頻度に応じて、rs10510411、rs10510411及びrs10510412においてそれぞれC型、A型及びA型である存在頻度の低いアレル(m)のホモ型、rs10510411、rs10510411及びrs10510412においてそれぞれA型、G型及びG型である存在頻度の高いアレル(M)のホモ型、並びにこれらのヘテロ型に分類することができた。存在頻度の低いアレルのホモ型(mm型とする。図3A及び3Bで網掛けで表示)ではそれ以外(mM及びMM型とする)のものに比して発現値が高く(mmの平均値1.58に対しそれ以外0.80)、特に発現の特に高い上位3検体のうち2検体でmmであった。
以上の結果から、これらのSNP(ハプロタイプ)の存在がPPARG遺伝子の発現量と相関し、個人のPPARG活性、PPARGとの関連が示唆される病気の診断、スクリーニング及びPPARGを標的とする薬剤の応答性を調べるためにこれらのSNPタイピングが有効であることが示された。
またこれらの30人の検体で3箇所のSNP(rs10510411、rs10510411及びrs10510412)においてメジャーアレルMとマイナーアレルmの組み合わせが全て一致すること(図3A)より、3つのSNPは完全に連鎖不均衡の状態にあってハプロタイプを形成し、図3Cに示すように二つのハプロタイプM及びmが存在しハプロタイプmがPPARGの発現量の高いほうであると考えられた(図3A)。このハプロタイプ内及びそれと連鎖不均衡にある周辺のSNPを調べることによっても上記の目的が達成できると考えられた。
本発明により、PPARγ遺伝子に関連した表現型を判定する方法が提供される。すなわち、PPARγ遺伝子に関連した疾患の存在の明確化やそれらの疾患の治療薬の開発、PPARγ遺伝子に関連する薬剤による適応症の拡大や薬剤評価、新たな治療薬の開発、発症リスク診断、又はPPARγ遺伝子に関連した薬剤応答性を判定することが可能となる。本発明に従って疾患の存在や薬剤応答性を判定することによって、疾患の早期発見や診断、有効な薬剤の選択や副作用の予測、それに基づく治療法の検討などを行うことができるため、本発明は診断、医療及び医薬品産業において有用である。
配列番号1:26番目のkはg又はtを表す
配列番号2:26番目のrはa又はgを表す
配列番号3:26番目のyはc又はtを表す
配列番号4〜6:ヒトペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γの部分配列(配列番号6におけるnはg又はtを表す)
配列番号2:26番目のrはa又はgを表す
配列番号3:26番目のyはc又はtを表す
配列番号4〜6:ヒトペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γの部分配列(配列番号6におけるnはg又はtを表す)
Claims (5)
- 以下のステップ:
(a)試料中のペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γ(PPARγ)遺伝子の核内RNA(一次転写産物)又はmRNAから増幅したcDNAを用いて、PPARγ遺伝子の遺伝子多型をタイピングするステップ、
(b)試料中のペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γ(PPARγ)遺伝子のゲノムDNAを用いて、PPARγ遺伝子の遺伝子多型をタイピングするステップ、
(c)試料中のペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γ(PPARγ)遺伝子の発現量を測定するステップ、
のいずれかのステップを含む、PPARγ遺伝子に関連した疾患の存在の可能性若しくは発症リスク、又はPPARγ遺伝子に関連した薬剤応答性の判定方法。 - PPARγ遺伝子の遺伝子多型が、一塩基多型rs10510410、rs10510411及びrs10510410、並びに該一塩基多型の近傍に存在する遺伝子多型及び該一塩基多型と連鎖不均衡にある遺伝子多型からなる群より選択される少なくとも1つの多型である、請求項1記載の方法。
- タイピングしたrs10510410、rs10510411及びrs10510412の遺伝子多型がそれぞれCC、AA及びAAのホモ接合体である場合に、PPARγ遺伝子の過剰発現に関連した疾患の存在の可能性若しくは発症リスク、又はPPARγ遺伝子の過剰発現に関連した薬剤応答性があると判定する、請求項2記載の方法。
- PPARγ遺伝子に関連した疾患が、糖尿病、肥満、虚血性心疾患、炎症、脂質代謝にかかわる疾患、及び腫瘍からなる群より選択されるものである、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
- PPARγ遺伝子に関連した薬剤応答性がアクトス(塩酸ピオグリタゾン)に対する応答性である、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
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