KR102181563B1 - 성조숙증 진단 또는 치료 예후 예측용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도 - Google Patents

성조숙증 진단 또는 치료 예후 예측용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도 Download PDF

Info

Publication number
KR102181563B1
KR102181563B1 KR1020190046714A KR20190046714A KR102181563B1 KR 102181563 B1 KR102181563 B1 KR 102181563B1 KR 1020190046714 A KR1020190046714 A KR 1020190046714A KR 20190046714 A KR20190046714 A KR 20190046714A KR 102181563 B1 KR102181563 B1 KR 102181563B1
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
base
dna sequences
human chromosome
sequences including
polynucleotide consisting
Prior art date
Application number
KR1020190046714A
Other languages
English (en)
Other versions
KR20200097617A (ko
Inventor
황진순
정선용
이해상
김은영
Original Assignee
아주대학교산학협력단
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 아주대학교산학협력단 filed Critical 아주대학교산학협력단
Priority to EP19914656.4A priority Critical patent/EP3922733A4/en
Priority to PCT/KR2019/018703 priority patent/WO2020162663A1/ko
Publication of KR20200097617A publication Critical patent/KR20200097617A/ko
Application granted granted Critical
Publication of KR102181563B1 publication Critical patent/KR102181563B1/ko
Priority to US17/395,769 priority patent/US20210395826A1/en

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118—Prognosis of disease development
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

본 발명은 성조숙증 진단 또는 치료 예후 예측용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도에 관한 것으로, 본 발명에서는 700명의 성조숙증 여아 환자의 DNA를 총 8,754,887 SNP 프로브가 포함된 마이크로어레이 칩에 처리하여 SNP 유전형 데이터를 획득하고 전장유전체 연관성 분석을 통해 성조숙증 발병 위험도와 연관된 23개의 SNP를 발굴한 바, 상기 SNP는 성조숙증 진단 또는 치료 예후 예측에 활용될 수 있으며, 간편하고 신속하게 성조숙증의 조기 진단이 가능하고 치료 효과 및 예후에 대한 예측이 가능하여 개인별 맞춤 치료에 유용하게 활용될 수 있다.

Description

성조숙증 진단 또는 치료 예후 예측용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도{Single nucleotide polymorphism marker for diagnosing precocious puberty or prognosising treatment of precocious puberty, and use thereof}
본 발명은 성조숙증 발병 위험도와 관련된 유전자의 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism; SNP)을 이용한 성조숙증 진단 또는 치료 예후 예측용 조성물, 성조숙증 진단 또는 치료 예후 예측 방법에 관한 것이다.
성조숙증은 2차 성징이 평균치의 2표준편차보다 이르게 나타나는 현상으로, 일반적으로 여아에게서는 8세 이전(유방발달이 8세 이전, 음모발달이 9세 이전, 초경이 9.5세 이전), 남아에게서는 9세 이전에 2차 성징이 나타나는 경우를 의미한다. 시상하부-뇌하수체-생식샘축의 조기 활성화로 인한 성호르몬의 분비 증가로 성조숙증이 초래되는 경우를 진성(중추성) 성조숙증, 시상하부-뇌하수체-생식샘축의 활성화 없이 2차 성징이 초래되는 경우를 가성 성조숙증이라고 말하며, 일반적으로 남아에 비해 여아에서 5~10배 정도 흔하게 발생하는 것으로 알려져 있다.
성조숙증에는 몇 가지 요인들이 관련되어 있는데, 그 중에서 첫째는 유전이다. 최근 연구에서 156명의 성조숙증 환자의 가계를 조사한 결과, 부모나 형제에게서 성조숙증이 있는 경우가 27.5%인 것으로 보고된 바 있다. 두 번째는 서구화된 식습관과 비만의 증가이다. 최근 연구에서 비만도가 증가할수록 초경의 연령이 빨라지고, 정상체중인 군보다 비만인 군에서 성조숙증의 발생 비율이 더 높은 것으로 보고된 바 있다.
이러한 성조숙증을 치료하지 않으면, 여아에서는 12 cm, 남아에서는 20 cm 전후로 최종 키가 손실된다. 또한, 여아의 경우, 사춘기가 일찍 시작되면서 초경이 빨라지고, 이로 인해 여성 호르몬에 빨리 노출되어 성인이 되었을 때, 유방암, 난소암, 자궁내막암 등의 여성암의 발생 위험률이 증가하게 된다. 초경 연령(age at menarche)이 12세 이전으로 이르면 규칙적 월경주기에 따른 호르몬 환경이 일찍 시작되어 초경 수 년 후부터 생식기간 내내 혈중 에스트로겐 농도가 높게 유지되기 때문에 유방암의 위험이 높아진다. 최근 유방암의 발생률이 점차 증가하고 있는데 이는 성조숙증의 증가와 연관이 있을 것이라고 추측되고 있다. 또한, 조기 초경이 성인 비만 및 2형 당뇨의 발생률을 증가시킨다는 많은 연구가 보고되고 있다.
성조숙증이 의심되는 환자를 진단하는 방법은 문진과 진찰을 통하여 2차 성징(유방발달 또는 음모발달)의 시작 시기를 확인하는 것이 우선이다. 이후 좌측 수부 및 수근골을 X선 촬영하여 측정된 골연령이 연령에 비해 진행되어 있는지 여부를 확인한다. 2차 성징 발현이 빠르고 골연령이 진행되었다면, 시상하부-뇌하수체-생식샘 축이 활성화 되어 있는지를 확인하기 위해 생식샘자극호르몬방출호르몬(gonadotropin-releasing hormone; GnRH) 자극검사를 시행하는 것이 필수적이다. GnRH 자극 후 사춘기 호르몬 중 황체형성호르몬(luteinizing hormone; LH)이 5 IU/L 이상이면 성조숙증으로 진단한다. 그러나 현재까지 성조숙증을 진단하는데 가장 많이 사용되고 있는 GnRH 자극검사는 특이도는 높으나 민감도가 상대적으로 떨어지며, 혈중 황체형성호르몬 측정방법에 따라 민감도가 상이한 단점이 있으며, 4-5번 이상의 채혈 및 1시간 이상의 시간이 소요되는 단점이 있다.
따라서, 쉽고 간편하게 성조숙증을 진단 또는 예측할 수 있는 유전자 바이오마커의 개발이 필요하다. 유전자 바이오마커를 임상정보와 연계하여 분석하면 치료 예후를 평가할 수 있고, 이를 통해 치료 용량 및 투여 주기의 조절 등 개인별 맞춤 치료 전략을 구축할 수 있다. 성조숙증은 특히 조기 진단과 환자의 임상증상에 따른 맞춤형 치료가 중요하기 때문에 성조숙증 맞춤의료를 위한 유전자 바이오마커는 매우 유용한 진단 바이오마커로 활용될 수 있다.
한편, 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism; SNP)은 인간 유전체상에 가장 많이 존재하는 형태의 유전적 다형성으로, 유전체 상의 특정 염기서열 하나의 변화를 의미한다. 유전학적으로 SNP는 그 위치에 따라 각 개체에 큰 차이를 야기할 수 있다. 예를 들어, SNP가 단백질을 암호화하고 있는 위치에 존재할 경우, 단백질의 구조에 영향을 미쳐 단백질 기능이 달라질 수 있고, 질병과도 연관될 수도 있다. SNP가 단백질을 암호화하지 않는 비암호화 영역, 즉 프로모터(promoter) 또는 인트론(intron)에 존재할 경우, 각각에 대하여 단백질의 발현 수준에 차이를 가져와 그 단백질의 전체적인 활성이 줄어들 수 있고, 선택적 이어 맞추기(alternative splicing)를 통하여 비정상적 단백질이 발현될 수도 있다.
성조숙증을 조기에 진단하고 치료할수록 성조숙증으로 인해 초래되는 다양한 장애들을 더 효과적으로 개선하고 치료할 수 있는 바, 성조숙증에 있어서 치료 시작시기는 매우 중요하다. 이에, 높은 정확도 및 민감도로 성조숙증을 진단하고, 성조숙증의 위험도를 예측할 수 있는 바이오마커의 개발이 필요한 실정이다.
대한민국 공개특허 제10-2015-0143095호 (2015.12.23.공개)
본 발명의 목적은 성조숙증 진단용 마커 조성물 또는 성조숙증 치료 예후 예측용 마커 조성물을 제공하는 데에 있다.
본 발명의 다른 목적은 성조숙증 진단용 조성물 또는 성조숙증 치료 예후 예측용 조성물을 제공하는 데에 있다.
본 발명의 또 다른 목적은 성조숙증 진단용 키트 또는 성조숙증 치료 예후 예측용 키트를 제공하는 데에 있다.
본 발명의 또 다른 목적은 성조숙증 진단용 마이크로어레이 또는 성조숙증 치료 예후 예측용 마이크로어레이를 제공하는 데에 있다.
본 발명의 또 다른 목적은 성조숙증 진단에 대한 정보 또는 성조숙증 치료 예후 예측에 대한 정보를 제공하는 데에 있다.
상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 인간의 5번 염색체의 137937537번째 염기가 C인(rs10900855), 상기 137937537번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드를 유효성분으로 포함하는 성조숙증 진단용 마커 조성물 또는 성조숙증 치료 예후 예측용 마커 조성물을 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 마커 조성물을 검출할 수 있는 프로브 또는 증폭할 수 있는 제제를 유효성분으로 포함하는 성조숙증 진단용 조성물 또는 성조숙증 치료 예후 예측용 조성물을 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 성조숙증 진단용 조성물을 포함하는 성조숙증 진단용 키트 또는 성조숙증 치료 예후 예측용 키트를 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 마커 조성물을 포함하는 성조숙증 진단용 마이크로어레이 또는 성조숙증 치료 예후 예측용 마이크로어레이를 제공한다.
또한, 본 발명은 (a) 인간으로부터 분리된 시료에서 DNA 또는 RNA를 수득하는 단계; (b) 상기 DNA 또는 RNA로부터 상기 마커의 다형성 부위를 증폭하거나 프로브와 혼성화하는 단계; 및 (c) 상기 증폭된 또는 혼성화된 다형성 부위의 염기를 확인하는 단계;를 포함하는 성조숙증 진단에 대한 정보 또는 성조숙증 치료 예후 예측에 대한 정보를 제공한다.
본 발명에서는 700명의 성조숙증 여아 환자의 DNA를 총 8,754,887 SNP 프로브가 포함된 마이크로어레이 칩에 처리하여 SNP 유전형 데이터를 획득하고 전장유전체 연관성 분석을 통해 성조숙증 발병 위험도와 연관된 23개의 SNP를 발굴한 바, 상기 SNP는 성조숙증 진단 또는 치료 예후 예측에 활용될 수 있으며, 간편하고 신속하게 성조숙증의 조기 진단이 가능하고 치료 효과 및 예후에 대한 예측이 가능하여 개인별 맞춤 치료에 유용하게 활용될 수 있다.
도 1은 SNP 칩을 이용한 DNA 마이크로어레이의 개념도를 나타낸 것이다.
도 2는 PLINK 프로그램을 이용한 GWAS 분석의 흐름도를 나타낸 것이다.
도 3은 성조숙증 환자와 정상인의 GWAS Manhattan plot 결과를 나타낸 것이다.
도 4는 rs10900855 SNP의 염색체 상의 위치를 나타낸 것이다.
도 5는 다중회귀 분석을 이용한 질환 예측 정확도 검증 결과를 나타낸 것이다.
본 발명의 발명자들은 700명의 성조숙증 여아 환자의 DNA를 총 8,754,887 SNP 프로브가 포함된 마이크로어레이 칩에 처리하여 SNP 유전형 데이터를 획득하고 전장유전체 연관성 분석을 통해 성조숙증 발병 위험도와 연관된 23개의 SNP를 발굴하며 본 발명을 완성하였다.
이에, 본 발명은 인간의 5번 염색체의 137937537번째 염기가 C인(rs10900855), 상기 137937537번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드를 유효성분으로 포함하는 성조숙증 진단용 마커 조성물을 제공한다.
상기 조성물은 인간의 11번 염색체의 30643668번째 염기가 T인(rs373629), 상기 30643668번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 7번 염색체의 78084567번째 염기가 C인(rs56252016), 상기 78084567번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 9번 염색체의 130141353번째 염기가 A인(rs62579679), 상기 130141353번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 27973513번째 염기가 C인(rs4680885), 상기 27973513번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 18번 염색체의 67320971번째 염기가 C인(rs4891764), 상기 67320971번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 188237881번째 염기가 G인(rs6806402), 상기 188237881번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 6번 염색체의 137554245번째 염기가 T인(rs17321070), 상기 137554245번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 5번 염색체의 137876920번째 염기가 G인(rs154069), 상기 137876920번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 6번 염색체의 38920449번째 염기가 C인(rs35890417), 상기 38920449번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 8번 염색체의 112828038번째 염기가 C인(rs16882683), 상기 112828038번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 7번 염색체의 134644454번째 염기가 A인(rs12707194), 상기 134644454번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 22번 염색체의 43645133번째 염기가 G인(rs11705577), 상기 43645133번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 20번 염색체의 12945963번째 염기가 A인(rs3903703), 상기 12945963번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 5번 염색체의 2182854번째 염기가 T인(rs6555069), 상기 2182854번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 184087417번째 염기가 T인(rs9849502), 상기 184087417번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 20번 염색체의 20914430번째 염기가 T인(rs7267229), 상기 20914430번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 12번 염색체의 16128785번째 염기가 G인(rs12368628), 상기 16128785번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 2번 염색체의 43431337번째 염기가 T인(rs72875506), 상기 43431337번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 13번 염색체의 71138478번째 염기가 A인(rs4083786), 상기 71138478번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 25번 염색체의 2633801번째 염기가 C인(rs5982579), 상기 2633801번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 10번 염색체의 29812602번째 염기가 T인(rs7070678), 상기 29812602번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 및 인간의 6번 염색체의 73531644번째 염기가 G인(rs10943068), 상기 73531644번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오타이드 또는 이들의 상보적인 폴리뉴클레오타이드를 더 포함할 수 있다.
본 발명에서 사용된 용어 "다형성(polymorphism)"은 단일유전자 좌위에 두 가지 이상의 대립유전자가 존재하는 경우를 의미하며, '다형성 부위(polymorphic site)'란 상기 대립유전자가 존재하는 유전자 좌위를 의미한다. 다형성 부위 중에서, 사람에 따라 단일염기만이 상이한 것을 ‘단일염기다형성’, 즉 SNP(single nucleotide polymorphism)라고 한다.
상기 "대립유전자(allele)"는 상동염색체의 동일한 유전자 좌위에 존재하는 한 유전자의 여러 타입을 말한다. 대립유전자는 다형성을 나타내는데 사용되기도 하며, 예컨대, 본 발명에서는 오직 두 가지 대립형질로만 이루어질 수 있는 단일염기다형성을 마커로 사용하였는 바, 본 발명에서 사용되는 SNP는 두 종류의 대립인자(biallele)를 갖는다.
본 발명에서 용어 "rs_id"는 1998년부터 SNP 정보를 축적하기 시작한 NCBI가 초기에 등록되는 모든 SNP에 대하여 부여한 독립된 표지자인 rs-ID를 의미한다. 이와 같은 표에 기재된 rs_id는 본 발명의 다형성 마커인 SNP 마커를 의미한다.
또한, 본 발명은 상기 마커 조성물을 검출할 수 있는 프로브 또는 증폭할 수 있는 제제를 유효성분으로 포함하는 성조숙증 진단용 조성물을 제공한다.
본 발명에서 사용된 용어 "프로브"는 mRNA외 특이적으로 결합을 이룰 수 있는 짧게는 수 염기 내지 길게는 수백 염기에 해당하는 RNA 또는 DNA 등의 핵산 단편을 의미하며 라벨링되어 있어서 특정 mRNA의 존재 유무, 발현양을 확인할 수 있다. 프로브는 올리고뉴클레오타이드(oligonucleotide) 프로브, 단쇄 DNA(single strand DNA) 프로브, 이중쇄 DNA(double strand DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다. 적절한 프로브의 선택 및 혼성화 조건은 당해 기술분야에 공지된 기술에 따라 적절히 선택할 수 있다.
상기 다형성 마커 증폭에 사용되는 프라이머는, 적절한 버퍼 중의 적절한 조건(예를 들면, 4개의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트 및 DNA, RNA 폴리머라제 또는 역전사 효소와 같은 중합제) 및 적당한 온도 하에서 주형-지시 DNA 합성의 시작점으로서 작용할 수 있는 단일가닥 올리고뉴클레오티드를 말한다. 상기 프라이머의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있으나, 통상 15 내지 30 뉴클레오티드이다. 짧은 프라이머 분자는 일반적으로 주형과 안정한 혼성체를 형성하기 위해서는 더 낮은 온도를 필요로 한다. 프라이머 서열은 주형과 완전하게 상보적일 필요는 없으나, 주형과 혼성화 할 정도로 충분히 상보적이어야 한다.
상기 "프라이머"는 짧은 자유 3' 말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 염기 서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 폴리머레이즈 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다.
센스 및 안티센스 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다. 본 발명의 프로브 또는 프라이머는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비-제한적인 예로는 메틸화, "캡화", 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다.
또한, 본 발명은 상기 성조숙증 진단용 조성물을 포함하는 성조숙증 진단용 키트를 제공한다.
상기 키트는 DNA 칩 키트 또는 RT-PCR 키트일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아님을 명시한다.
상기 키트는 성조숙증 진단용 마커인 SNP 다형성 마커의 증폭을 통하여 확인하거나, SNP 다형성 마커의 발현 수준을 DNA 또는 mRNA의 수준을 확인함으로써 타입을 진단할 수 있다. 구체적인 일례로서, 본 발명에서 성조숙증 진단용 마커의 mRNA 발현 수준을 측정하기 위한 키트는 RT-PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다. RT-PCR 키트는, 성조숙증 진단용 마커의 유전자에 대한 특이적인 각각의 프라이머 쌍 외에도 RT-PCR 키트는 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드(dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNase, RNAse 억제제, DEPC-수(DEPCwater), 멸균수 등을 포함할 수 있다. 또한 정량 대조군으로 사용되는 유전자에 특이적인 프라이머 쌍을 포함할 수 있다. 또한 바람직하게는, 본 발명의 키트는 DNA 칩을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 성조숙증 진단용 키트일 수 있다. DNA 칩 키트는, 일반적으로 편평한 고체 지지판, 전형적으로는 현미경용 슬라이드보다 크지 않은 유리 표면에 핵산 종을 격자형 배열(gridded array)로 부착한 것으로, 칩 표면에 핵산이 일정하게 배열되어, DNA 칩 상의 핵산과 칩 표면에 처리된 용액 내에 포함된 상보적인 핵산 간에 다중 혼성화(hybridization) 반응이 일어나 대량 병렬 분석이 가능하도록 하는 도구이다.
또한, 본 발명은 상기 마커 조성물을 포함하는 성조숙증 진단용 마이크로어레이를 제공한다.
본 발명의 마이크로어레이는 DNA 또는 RNA 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것일 수 있다. 상기 마이크로어레이는 프로브 폴리뉴클레오티드에 본 발명의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것을 제외하고는 통상적인 마이크로어레이로 이루어진다. 프로브 폴리뉴클레오티드를 기판상에 고정화하여 마이크로어레이를 제조하는 방법은 당업계에 잘 알려져 있다. 상기 프로브 폴리뉴클레오티드는 혼성화할 수 있는 폴리뉴클레오티드를 의미하는 것으로, 핵산의 상보성 가닥에 서열 특이적으로 결합할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 본 발명의 프로브는 대립유전자 특이적 프로브로서, 같은 종의 두 구성원으로부터 유래한 핵산 단편 중에 다형성 부위가 존재하여, 한 구성원으로부터 유래한 DNA 단편에는 혼성화하나, 다른 구성원으로부터 유래한 단편에는 혼성화하지 않는다. 이 경우 혼성화 조건은 대립유전자간의 혼성화 강도에 있어서 유의한 차이를 보여, 대립유전자 중 하나에만 혼성화 하도록 충분히 엄격해야 한다. 이렇게 함으로써 다른 대립유전자 형태 간에 좋은 혼성화 차이를 유발할 수 있다. 상기 진단 방법에는 서던 블롯트 등과 같은 핵산의 혼성화에 근거한 검출방법들이 포함되며, DNA 칩을 이용한 방법에서 DNA 칩의 기판에 미리 결합된 형태로 제공될 수도 있다. 상기 혼성화란 엄격한 조건, 예를 들면 1 M 이하의 염 농도 및 25 ℃ 이상의 온도하에서 보통 수행될 수 있다.
또한, 본 발명은 (a) 인간으로부터 분리된 시료에서 DNA 또는 RNA를 수득하는 단계; (b) 상기 DNA 또는 RNA로부터 상기 마커의 다형성 부위를 증폭하거나 프로브와 혼성화하는 단계; 및 (c) 상기 증폭된 또는 혼성화된 다형성 부위의 염기를 확인하는 단계;를 포함하는 성조숙증 진단에 대한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.
상기 DNA 또는 RNA는 대상의 혈액, 피부세포, 점막 세포 및 모발 등 모든 세포로부터 분리될 수 있다. 해당 세포로부터 DNA 또는 RNA를 추출하는 방법은 특별히 한정되지 않으며, 당업계에 공지된 기술 또는 시판되고 있는 DNA 또는 RNA 추출용 키트를 사용할 수 있다.
상기 (b) 단계의 단일염기다형성 마커의 다형성 부위를 증폭하거나 프로브와 혼성화하는 단계는 당업자에게 알려진 어떠한 방법이든 사용가능하다. 예를 들면, 표적 핵산을 PCR을 통하여 증폭하고 이를 정제하여 얻을 수 있다. 그 외 리가제 연쇄 반응(LCR) (Wu 및 Wallace, Genomics 4, 560(1989), Landegren 등, Science 241, 1077(1988)), 전사증폭(transcription amplification)(Kwoh 등,Proc. Natl.Acad. Sci. USA 86, 1173(1989)) 및 자가유지 서열 복제 (Guatelli 등, Proc. Natl. Acad. Sci.USA 87, 1874(1990)) 및 핵산에 근거한 서열 증폭(NASBA)이 사용될 수 있다.
상기 (c)단계의 다형성 부위의 염기를 확인하는 것은 시퀀싱 분석, 마이크로어레이(microarray)에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR(allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 기법(dynamic allelespecifichybridization, DASH), PCR 연장 분석, SSCP, PCR-RFLP 분석 또는 TaqMan 기법, SNPlex 플랫폼(Applied Biosystems), 질량 분석법(예를 들면, Sequenom의 MassARRAY 시스템), 미니-시퀀싱(mini-sequencing) 방법, Bio-Plex 시스템(BioRad), CEQ and SNPstream 시스템(Beckman), Molecular Inversion Probe 어레이 기술(예를 들면, Affymetrix GeneChip), 및 BeadArray Technologies(예를 들면, Illumina GoldenGate 및 Infinium 분석법)를 포함하나, 이에 한정되지 않는다. 상기 방법들 또는 본 발명이 속하는 기술분야의 당업자에게 이용 가능한 다른 방법에 의해, 마이크로새틀라이트, SNP 또는 다른 종류의 다형성 마커를 포함한, 다형성 마커에서의 하나 이상의 대립유전자가 확인될 수 있다. 이와 같은 다형성 부위의 염기를 결정하는 것은 바람직하게는 SNP 칩을 통해 수행할 수 있다.
또한, 유전자형을 확인하는 단계에서는 유전자 서열 분석이 수행될 수 있다. 서열 분석은 당업계에 공지된 방법을 모두 이용할 수 있으며, 구체적으로는 이에 제한되는 것은 아니나, 자동염기서열분석기를 사용하거나, 파이로시퀀싱(pyrosequencing), PCR-RELP법(restriction fragment length polymorphism), PCRSSCP법(single strand conformation polymorphism), PCR-SSO법(specific sequence oligonucleotide), PCR-SSO법과 도트 하이브리드화법을 조합한 ASO(allele specific oligonucleotide) 하이브리드화법, TaqMan-PCR법, MALDI-TOF/MS법, RCA법(rolling circle amplification), HRM(high resolution melting)법, 프라이머 신장법, 서던 블롯 하이브리드화법 및 도트 하이브리드화법 등의 공지의 방법 중 선택된 어느 하나 이상을 사용할 수 있다.
또한, 본 발명은 인간의 5번 염색체의 137937537번째 염기가 C인(rs10900855), 상기 137937537번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드를 유효성분으로 포함하는 성조숙증 치료 예후 예측용 마커 조성물을 제공한다.
상기 조성물은 인간의 11번 염색체의 30643668번째 염기가 T인(rs373629), 상기 30643668번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 7번 염색체의 78084567번째 염기가 C인(rs56252016), 상기 78084567번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 9번 염색체의 130141353번째 염기가 A인(rs62579679), 상기 130141353번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 27973513번째 염기가 C인(rs4680885), 상기 27973513번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 18번 염색체의 67320971번째 염기가 C인(rs4891764), 상기 67320971번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 188237881번째 염기가 G인(rs6806402), 상기 188237881번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 6번 염색체의 137554245번째 염기가 T인(rs17321070), 상기 137554245번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 5번 염색체의 137876920번째 염기가 G인(rs154069), 상기 137876920번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 6번 염색체의 38920449번째 염기가 C인(rs35890417), 상기 38920449번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 8번 염색체의 112828038번째 염기가 C인(rs16882683), 상기 112828038번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 7번 염색체의 134644454번째 염기가 A인(rs12707194), 상기 134644454번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 22번 염색체의 43645133번째 염기가 G인(rs11705577), 상기 43645133번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 20번 염색체의 12945963번째 염기가 A인(rs3903703), 상기 12945963번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 5번 염색체의 2182854번째 염기가 T인(rs6555069), 상기 2182854번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 184087417번째 염기가 T인(rs9849502), 상기 184087417번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 20번 염색체의 20914430번째 염기가 T인(rs7267229), 상기 20914430번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 12번 염색체의 16128785번째 염기가 G인(rs12368628), 상기 16128785번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 2번 염색체의 43431337번째 염기가 T인(rs72875506), 상기 43431337번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 13번 염색체의 71138478번째 염기가 A인(rs4083786), 상기 71138478번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 25번 염색체의 2633801번째 염기가 C인(rs5982579), 상기 2633801번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 10번 염색체의 29812602번째 염기가 T인(rs7070678), 상기 29812602번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 및 인간의 6번 염색체의 73531644번째 염기가 G인(rs10943068), 상기 73531644번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오타이드 또는 이들의 상보적인 폴리뉴클레오타이드를 더 포함할 수 있다.
또한, 본 발명은 상기 마커 조성물을 검출할 수 있는 프로브 또는 증폭할 수 있는 제제를 유효성분으로 포함하는 성조숙증 치료 예후 예측용 조성물을 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 성조숙증 치료 예후 예측용 조성물을 포함하는 성조숙증 치료 예후 예측용 키트를 제공한다.
상기 키트는 DNA 칩 키트 또는 RT-PCR 키트일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아님을 명시한다.
또한, 본 발명은 상기 마커 조성물을 포함하는 성조숙증 치료 예후 예측용 마이크로어레이를 제공한다.
또한, 본 발명은 (a) 인간으로부터 분리된 시료에서 DNA 또는 RNA를 수득하는 단계; (b) 상기 DNA 또는 RNA로부터 상기 마커의 다형성 부위를 증폭하거나 프로브와 혼성화하는 단계; 및 (c) 상기 증폭된 또는 혼성화된 다형성 부위의 염기를 확인하는 단계;를 포함하는 성조숙증 치료 예후 예측에 대한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.
이하에서는 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시예는 오로지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로, 본 발명의 요지에 따라 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되지 않는다는 것은 당업계에서 통상의 지식을 가진 자에 있어서 자명할 것이다
실시예 1: 시료 준비
성조숙증 의증으로 내원한 한국인 여아와 여아의 부모로부터 참여에 대한 동의 및 참여자들의 건강과 사춘기 상태에 대한 정보를 제공 받았다.
여아 만 8세 전에 이차성징, 즉 유방발달, 음모발달, 초경 등이 나타나는 경우, 생식샘자극호르몬방출호르몬(gonadotropin-releasing hormone; GnRH) 자극검사를 시행하였으며, 황체형성호르몬(luteinizing hormone; LH) 최고치가 5 IU/L 이상으로 측정되고, 뼈 나이(bone age)가 역연령보다 증가해 있는 경우 성조숙증으로 진단하였다.
성조숙증 여아 환자 700명 및 정상인 여아 300명의 혈액을 채취하여 ExgeneTM Blood Kit(GeneAll, Seoul, Korea)로 genomic DNA를 추출한 후, UV 흡광도 260/280 및 260/230의 값으로 DNA의 질(quality)과 양(quantity)을 검증하였다. 또한, 아가로오즈 겔 전기영동을 사용하여 모든 DNA 시료의 질을 추가적으로 확인하였다.
실시예 2: 성조숙증 발병 위험도와 연관된 SNP 선정
도 1과 같이, 추출한 DNA 시료를 총 8,754,887 SNP 프로브(probe)가 포함된 칩(axiom precision medicine research array(PMRA) microarray chip, affymetrix, Santa Clava, CA, USA)에 처리하여 프로브에 대한 결합(hybridization)의 차이로 SNP 유전형을 조사하였다.
먼저, 총 8,754,887 SNP 프로브가 포함된 PMRA 칩에 대한 품질 검사(QC)를 수행한 결과, cluster가 잘 이루어져 있는 것을 확인하였으며, call rate(98.1%) 및 DQC(development quality check) 결과로부터 PMRA 칩의 유용성을 검증하였다.
이후, 성조숙증 여아 환자 700명 및 정상인 여아 300명의 SNP 유전형 데이터와 성조숙증 검사 임상 데이터를 이용하여 전장유전체 연관성분석(genome wide associatioin study; GWAS)을 수행하였다. 도 2와 같이, PLINK 프로그램을 사용하여 환자와 정상인의 전장유전체 연관성 분석을 시행하였다.
그 결과, 하기 표 1 및 도 3과 같이, 성조숙증 여아의 GWAS Manhattan plot에서 염색체 별로 통계적 유의수준(p-value) 값을 나타내는 45개의 SNP를 발굴하였으며, 하기 SNP가 성조숙증과 연관되어 있음을 확인하였다. 또한, 도 4와 같이, 5번 염색체에 있는 rs10900855 SNP가 가장 높은 유의성을 나타내는 것을 확인하였다.
　 염색체 SNP 변이형 NMISS 위험도 유의수준 민감도 특이도 정확도 r2 바이오
마커
s01 5 rs1 C 883 2.21 1.10E-08 0 100 66.6 0.041 SNP1
s02 5 rs2 T 872 2.006 7.07E-07 Collinearity 　 66.6 　 　
s03 11 rs3 T 880 0.5839 1.94E-06 9.5 95.4 66.8 0.064 SNP2
s04 5 rs4 T 884 1.959 2.24E-06 Collinearity 　 66.6 　 　
s05 7 rs4 C 882 0.1212 3.48E-06 16.7 94.2 68.5 0.089 SNP3
s06 9 rs6 A 875 2.493 3.66E-06 16.4 95.7 69.2 0.111 SNP4
s07 3 rs7 C 873 0.4638 6.41E-06 30.6 91.1 70.8 0.133 SNP5
s08 18 rs8 C 877 0.5933 8.66E-06 39.9 88.3 72.2 0.158 SNP6
s09 10 rs9 A 884 0.298 1.39E-05 　 　 71.6 0.17 　
s10 3 rs10 G 883 0.5668 1.43E-05 36.5 90.6 72.5 0.179 SNP7
s11 6 rs11 T 882 0.4147 1.44E-05 39.9 89.5 73 0.192 SNP8
s12 5 rs12 T 881 1.775 1.66E-05 　 　 72.4 0.192 　
s13 5 rs13 G 878 1.844 1.69E-05 40 89.4 73 0.193 SNP9
s14 6 rs14 C 874 0.5242 1.99E-05 47.3 87.4 74 0.209 SNP10
s15 8 rs15 C 877 0.2951 2.04E-05 48.4 86.9 74.2 0.213 SNP11
s16 5 rs16 G 882 1.571 2.39E-05 　 　 74.1 0.221 　
s17 5 rs17 G 881 1.766 2.51E-05 　 　 74.1 0.213 　
s18 7 rs18 A 881 1.648 2.57E-05 46.9 89.4 75.4 0.23 SNP12
s19 22 rs19 G 882 0.6026 3.36E-05 54 87.1 76.2 0.25 SNP13
s20 20 rs20 A 883 1.605 3.38E-05 52.9 88.9 77 0.256 SNP14
s21 5 rs21 T 881 0.6326 3.94E-05 52 89.6 77.2 0.274 SNP15
s22 8 rs22 A 884 1.533 4.27E-05 　 　 77.2 0.286 　
s23 20 rs23 T 881 0.4467 4.42E-05 　 　 77.2 0.289 　
s24 8 rs24 T 880 1.535 4.46E-05 　 　 77 0.285 　
s25 3 rs25 T 875 2.006 4.52E-05 56.3 88 77.4 0.291 SNP16
s26 20 rs26 T 884 0.5289 4.53E-05 55.9 89.1 78 0.3 SNP17
s27 18 rs27 T 883 0.5919 4.68E-05 　 　 77.5 0.302 　
s28 10 rs28 C 884 1.827 5.05E-05 　 　 77.8 0.314 　
s29 11 rs29 T 883 0.6117 5.63E-05 　 　 77.8 0.301 　
s30 13 rs30 G 871 0.5993 6.00E-05 　 　 76.9 0.301 　
s31 12 rs31 G 883 0.5011 6.12E-05 59.8 88 78.6 0.31 SNP18
s32 2 rs32 T 884 2.67 6.54E-05 60.5 88.1 79 0.325 SNP19
s33 13 rs33 T 877 1.569 6.93E-05 　 　 78.6 0.331 　
s34 10 rs34 C 883 0.3324 7.16E-05 　 　 78.9 0.329 　
s35 13 rs35 A 878 0.583 7.35E-05 60.4 88.3 79.1 0.332 SNP20
s36 7 rs36 A 883 0.654 7.60E-05 　 　 79.1 0.339 　
s37 25 rs37 C 884 0.6517 7.72E-05 62.7 87.9 79.6 0.342 SNP21
s38 10 rs38 T 883 0.4703 7.89E-05 65.5 88.1 80.7 0.358 SNP22
s39 6 rs39 G 880 0.6486 7.95E-05 66 88.6 81.2 0.362 SNP23
s40 5 rs40 A 871 0.6378 8.32E-05 　 　 81.2 0.358
s41 11 rs41 C 883 1.52 8.36E-05 　 　 80.7 0.363
s42 16 rs42 G 883 1.543 9.43E-05 　 　 81.1 0.372
s43 3 rs43 T 882 0.3479 9.63E-05 　 　 81 0.366
s44 19 rs44 A 881 0.6068 9.80E-05 　 　 80.3 0.368
s45 12 rs45 C 879 2.188 9.88E-05 　 80.4 0.371
또한, 도 5와 같이, 45개의 SNP에 대한 다중회귀분석에서 정확도(precision) 값 상승에 영향을 미치는 SNP 분석하여 하기 표 2와 같이 최종적으로 23개의 SNP를 선정하였다. 하기 23개의 SNP 및 하기 계산식을 이용하여 성조숙증 예측 모델을 개발한 결과, 다인자성 질환인 성조숙증의 조기진단 예측률과 정확도가 민감도 66%, 특이도 88.6%, 정확도 81.2%의 수치로 매우 높은 것을 확인할 수 있었다.
[계산식]
Formula = 3.374 + Σ(i=1~23) [SNPiB*SNPiGenotype(0 or 1 or 2)]
(0: Majou allele homozygote, 1: Heterozygote, 2: Minor allele homozygote); High risk 예측 = Formula < 0.
바이오마커 단일염기다형성 염색체 염색체상 위치 변이형 위험도 유의수준
(p-value)
SNP1 rs10900855 5 137937537 C 2.21 1.1E-08
SNP2 rs373629 11 30643668 T 0.5839 1.9E-06
SNP3 rs56252016 7 78084567 C 0.1212 3.5E-06
SNP4 rs62579679 9 130141353 A 2.493 3.7E-06
SNP5 rs4680885 3 27973513 C 0.4638 6.4E-06
SNP6 rs4891764 18 67320971 C 0.5933 8.7E-06
SNP7 rs6806402 3 188237881 G 0.5668 1.4E-05
SNP8 rs17321070 6 137554245 T 0.4147 1.4E-05
SNP9 rs154069 5 137876920 G 1.844 1.7E-05
SNP10 rs35890417 6 38920449 C 0.5242 2.0E-05
SNP11 rs16882683 8 112828038 C 0.2951 2.0E-05
SNP12 rs12707194 7 134644454 A 1.648 2.6E-05
SNP13 rs11705577 22 43645133 G 0.6026 3.4E-05
SNP14 rs3903703 20 12945963 A 1.605 3.4E-05
SNP15 rs6555069 5 2182854 T 0.6326 3.9E-05
SNP16 rs9849502 3 184087417 T 2.006 4.5E-05
SNP17 rs7267229 20 20914430 T 0.5289 4.5E-05
SNP18 rs12368628 12 16128785 G 0.5011 6.1E-05
SNP19 rs72875506 2 43431337 T 2.67 6.5E-05
SNP20 rs4083786 13 71138478 A 0.583 7.3E-05
SNP21 rs5982579 25 2633801 C 0.6517 7.7E-05
SNP22 rs7070678 10 29812602 T 0.4703 7.9E-05
SNP23 rs10943068 6 73531644 G 0.6486 7.9E-05
즉, 본 발명에서는 rs10900855을 포함하여 총 23개의 단일염기다형성(SNP)들이 성조숙증 발병 위험도와 밀접하게 연관되어 있음을 확인한 바. 상기 23개의 단일염기다형성은 성조숙증의 진단 또는 발병 위험도를 예측하는데 유용하게 활용될 수 있다.
이상으로 본 발명의 특정한 부분을 상세히 기술한 바, 당업계의 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 이러한 구체적인 기술은 단지 바람직한 구현 예일 뿐이며, 이에 본 발명의 범위가 제한되는 것이 아닌 점은 명백하다. 따라서, 본 발명의 실질적인 범위는 첨부된 청구항과 그의 등가물에 의하여 정의된다고 할 것이다.
본 발명의 범위는 후술하는 특허청구범위에 의하여 나타내어지며, 특허청구범위의 의미 및 범위 그리고 그 균등 개념으로부터 도출되는 모든 변경 또는 변형된 형태가 본 발명의 범위에 포함되는 것으로 해석되어야 한다.

Claims (14)

  1. 인간의 5번 염색체의 137937537번째 염기가 C인(rs10900855), 상기 137937537번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드를 유효성분으로 포함하는 성조숙증 진단용 마커 조성물.
  2. 제 1항에 있어서, 상기 조성물은 인간의 11번 염색체의 30643668번째 염기가 T인(rs373629), 상기 30643668번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 7번 염색체의 78084567번째 염기가 C인(rs56252016), 상기 78084567번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 9번 염색체의 130141353번째 염기가 A인(rs62579679), 상기 130141353번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 27973513번째 염기가 C인(rs4680885), 상기 27973513번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 18번 염색체의 67320971번째 염기가 C인(rs4891764), 상기 67320971번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 188237881번째 염기가 G인(rs6806402), 상기 188237881번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 6번 염색체의 137554245번째 염기가 T인(rs17321070), 상기 137554245번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 5번 염색체의 137876920번째 염기가 G인(rs154069), 상기 137876920번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 6번 염색체의 38920449번째 염기가 C인(rs35890417), 상기 38920449번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 8번 염색체의 112828038번째 염기가 C인(rs16882683), 상기 112828038번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 7번 염색체의 134644454번째 염기가 A인(rs12707194), 상기 134644454번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 22번 염색체의 43645133번째 염기가 G인(rs11705577), 상기 43645133번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 20번 염색체의 12945963번째 염기가 A인(rs3903703), 상기 12945963번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 5번 염색체의 2182854번째 염기가 T인(rs6555069), 상기 2182854번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 184087417번째 염기가 T인(rs9849502), 상기 184087417번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 20번 염색체의 20914430번째 염기가 T인(rs7267229), 상기 20914430번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 12번 염색체의 16128785번째 염기가 G인(rs12368628), 상기 16128785번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 2번 염색체의 43431337번째 염기가 T인(rs72875506), 상기 43431337번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 13번 염색체의 71138478번째 염기가 A인(rs4083786), 상기 71138478번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 25번 염색체의 2633801번째 염기가 C인(rs5982579), 상기 2633801번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 10번 염색체의 29812602번째 염기가 T인(rs7070678), 상기 29812602번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 및 인간의 6번 염색체의 73531644번째 염기가 G인(rs10943068), 상기 73531644번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오타이드 또는 이들의 상보적인 폴리뉴클레오타이드를 더 포함하는 것을 특징으로 하는 성조숙증 진단용 마커 조성물.
  3. 제 1항 또는 제 2항에 따른 마커 조성물을 검출할 수 있는 프로브 또는 증폭할 수 있는 제제를 유효성분으로 포함하는 성조숙증 진단용 조성물.
  4. 제 3항에 따른 조성물을 포함하는 성조숙증 진단용 키트.
  5. 제 4항에 있어서, 상기 키트는 DNA 칩 키트 또는 RT-PCR 키트인 것을 특징으로 하는 성조숙증 진단용 키트.
  6. 제 1항 또는 제 2항에 따른 마커 조성물을 포함하는 성조숙증 진단용 마이크로어레이.
  7. (a) 인간으로부터 분리된 시료에서 DNA 또는 RNA를 수득하는 단계;
    (b) 상기 DNA 또는 RNA로부터 제 1항 또는 제 2항에 따른 단일염기다형성 마커의 다형성 부위를 증폭하거나 프로브와 혼성화하는 단계; 및
    (c) 상기 증폭된 또는 혼성화된 다형성 부위의 염기를 확인하는 단계;
    를 포함하는 성조숙증 진단에 대한 정보를 제공하는 방법.
  8. 인간의 5번 염색체의 137937537번째 염기가 C인(rs10900855), 상기 137937537번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드를 유효성분으로 포함하는 성조숙증 발병 위험도 예측용 마커 조성물.
  9. 제 8항에 있어서, 상기 조성물은 인간의 11번 염색체의 30643668번째 염기가 T인(rs373629), 상기 30643668번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 7번 염색체의 78084567번째 염기가 C인(rs56252016), 상기 78084567번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 9번 염색체의 130141353번째 염기가 A인(rs62579679), 상기 130141353번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 27973513번째 염기가 C인(rs4680885), 상기 27973513번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 18번 염색체의 67320971번째 염기가 C인(rs4891764), 상기 67320971번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 188237881번째 염기가 G인(rs6806402), 상기 188237881번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 6번 염색체의 137554245번째 염기가 T인(rs17321070), 상기 137554245번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 5번 염색체의 137876920번째 염기가 G인(rs154069), 상기 137876920번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 6번 염색체의 38920449번째 염기가 C인(rs35890417), 상기 38920449번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 8번 염색체의 112828038번째 염기가 C인(rs16882683), 상기 112828038번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 7번 염색체의 134644454번째 염기가 A인(rs12707194), 상기 134644454번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 22번 염색체의 43645133번째 염기가 G인(rs11705577), 상기 43645133번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 20번 염색체의 12945963번째 염기가 A인(rs3903703), 상기 12945963번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 5번 염색체의 2182854번째 염기가 T인(rs6555069), 상기 2182854번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 184087417번째 염기가 T인(rs9849502), 상기 184087417번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 20번 염색체의 20914430번째 염기가 T인(rs7267229), 상기 20914430번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 12번 염색체의 16128785번째 염기가 G인(rs12368628), 상기 16128785번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 2번 염색체의 43431337번째 염기가 T인(rs72875506), 상기 43431337번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 13번 염색체의 71138478번째 염기가 A인(rs4083786), 상기 71138478번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 25번 염색체의 2633801번째 염기가 C인(rs5982579), 상기 2633801번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 10번 염색체의 29812602번째 염기가 T인(rs7070678), 상기 29812602번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 및 인간의 6번 염색체의 73531644번째 염기가 G인(rs10943068), 상기 73531644번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오타이드 또는 이들의 상보적인 폴리뉴클레오타이드를 더 포함하는 것을 특징으로 하는 성조숙증 발병 위험도 예측용 마커 조성물.
  10. 제 8항 또는 제 9항에 따른 마커 조성물을 검출할 수 있는 프로브 또는 증폭할 수 있는 제제를 유효성분으로 포함하는 성조숙증 발병 위험도 예측용 조성물.
  11. 제 10항에 따른 조성물을 포함하는 성조숙증 발병 위험도 예측용 키트.
  12. 제 11항에 있어서, 상기 키트는 DNA 칩 키트 또는 RT-PCR 키트인 것을 특징으로 하는 성조숙증 발병 위험도 예측용 키트.
  13. 제 8항 또는 제 9항에 따른 마커 조성물을 포함하는 성조숙증 발병 위험도 예측용 마이크로어레이.
  14. (a) 인간으로부터 분리된 시료에서 DNA 또는 RNA를 수득하는 단계;
    (b) 상기 DNA 또는 RNA로부터 제 1항 또는 제 2항에 따른 단일염기다형성 마커의 다형성 부위를 증폭하거나 프로브와 혼성화하는 단계; 및
    (c) 상기 증폭된 또는 혼성화된 다형성 부위의 염기를 확인하는 단계;
    를 포함하는 성조숙증 발병 위험도 예측에 대한 정보를 제공하는 방법.
KR1020190046714A 2019-02-08 2019-04-22 성조숙증 진단 또는 치료 예후 예측용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도 KR102181563B1 (ko)

Priority Applications (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP19914656.4A EP3922733A4 (en) 2019-02-08 2019-12-30 MONONUCLEOTIDE POLYMORPHISM MARKER FOR THE DIAGNOSIS OF EARLY PUBERTY OR ITS THERAPEUTIC PROGNOSTIC, AND USE THEREOF
PCT/KR2019/018703 WO2020162663A1 (ko) 2019-02-08 2019-12-30 성조숙증 진단 또는 치료 예후 예측용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도
US17/395,769 US20210395826A1 (en) 2019-02-08 2021-08-06 Single nucleotide polymorphism marker for precocious puberty diagnosis or treatment prognosis prediction, and use thereof

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020190014993 2019-02-08
KR20190014993 2019-02-08

Publications (2)

Publication Number Publication Date
KR20200097617A KR20200097617A (ko) 2020-08-19
KR102181563B1 true KR102181563B1 (ko) 2020-11-23

Family

ID=72291806

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020190046714A KR102181563B1 (ko) 2019-02-08 2019-04-22 성조숙증 진단 또는 치료 예후 예측용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도

Country Status (2)

Country Link
EP (1) EP3922733A4 (ko)
KR (1) KR102181563B1 (ko)

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN108753995A (zh) 2018-07-19 2018-11-06 江苏省淡水水产研究所 一种与中华绒螯蟹性早熟性状显著相关的snp位点及应用

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20150143095A (ko) 2014-06-13 2015-12-23 안련섭 타액을 이용한 성조숙증 진단 방법
KR102367260B1 (ko) * 2017-05-29 2022-02-24 안련섭 진성성조숙증 의증 여아의 GnRH 자극 반응 결과의 사전예측 방법

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN108753995A (zh) 2018-07-19 2018-11-06 江苏省淡水水产研究所 一种与中华绒螯蟹性早熟性状显著相关的snp位点及应用

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
BMC Genetics (2018) 19:47
Journal of Korean Medical Sciences (2017) 32:108-114
김기정, "Identification of novel genetic svariants associated with precocious puberty by genome-wide association analysis in Korean girls", 석사학위논문, 아주대학교대학원(2019)
조미란, "한국인 여아 코호트를 이용한 전장유전체분석으로 발굴된 성조숙증 연관 유전자의 기능 연구", 석사학위논문, 아주대학교대학원(2019)

Also Published As

Publication number Publication date
KR20200097617A (ko) 2020-08-19
EP3922733A4 (en) 2022-11-23
EP3922733A1 (en) 2021-12-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
KR102158717B1 (ko) Cd163l1 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커
EP3332031B1 (en) Snp rs12603226 as a predictive marker for nafld
KR101536213B1 (ko) 복부비만 예측용 ｓｎｐ 마커 및 이의 용도
KR101532308B1 (ko) 복부비만 예측용 ｓｎｐ 마커 및 이의 용도
KR102181563B1 (ko) 성조숙증 진단 또는 치료 예후 예측용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도
KR20170051747A (ko) 피부 주름 발생 민감도 진단용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도
KR102543907B1 (ko) 치주질환 위험도 평가용 유전자 마커
KR20110034297A (ko) 내인성 아토피 피부염 진단용 마커 및 그의 용도
KR102189144B1 (ko) 만성신장질환 악화 예측 마커 및 이를 이용한 악화 예측 방법
KR102189143B1 (ko) 만성신장질환 예후 예측을 위한 조성물 및 방법
KR102158713B1 (ko) Gba 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커
KR102158721B1 (ko) Rnf144a 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커
KR102158715B1 (ko) Olfml2a 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커
US20210395826A1 (en) Single nucleotide polymorphism marker for precocious puberty diagnosis or treatment prognosis prediction, and use thereof
KR20170133888A (ko) 급성관동맥증후군 후 우울증 발병 위험성 예측용 마커 및 이의 용도
KR20170049768A (ko) 피부 색상 및 흑화 민감도 진단용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도
KR101777911B1 (ko) 골다공증 골절 발생 예측용 바이오마커
KR102158714B1 (ko) Tcf24 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커
KR102158722B1 (ko) Flj45964 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커
KR102158720B1 (ko) Lrrc3 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커
KR102158725B1 (ko) Mink1 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커
KR102158716B1 (ko) Arhgap32 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커
KR102158718B1 (ko) Cul4a 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커
KR102158724B1 (ko) Lingo2 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커
KR102158723B1 (ko) Spcs3 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커

Legal Events

Date Code Title Description
E701 Decision to grant or registration of patent right
GRNT Written decision to grant