WO2020162663A1 - 성조숙증 진단 또는 치료 예후 예측용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도 - Google Patents

성조숙증 진단 또는 치료 예후 예측용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도 Download PDF

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황진순
정선용
이해상
김은영
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아주대학교산학협력단
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    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Definitions

  • the present invention relates to a composition for diagnosing or predicting treatment prognosis using single nucleotide polymorphism (SNP) of a gene associated with the risk of precocious puberty, and a method for diagnosing precocious puberty or predicting treatment prognosis.
  • SNP single nucleotide polymorphism
  • Precocious puberty is a phenomenon in which the secondary sexual characteristics appear earlier than the 2 standard deviation of the average value.
  • girls before 8 years old (breast development before 8 years old, pubic hair development before 9 years old, menarche before 9.5 years old), boys 9 years old
  • Hypothalamic-pituitary-gonadotropin is known as true (central) precocious puberty as a result of increased secretion of sex hormones due to early activation of the hypothalamus-pituitary-gonadotropin
  • precocious puberty Several factors are involved in precocious puberty, the first of which is heredity. In a recent study, a survey of the households of 156 precocious puberty patients reported that 27.5% of parents or siblings had precocious puberty. The second is westernized eating habits and increased obesity. In a recent study, it has been reported that the age of menarche increases as the degree of obesity increases, and the incidence of precocious puberty is higher in the obese group than in the normal-weight group.
  • the first priority is to check the timing of the start of secondary sexual characteristics (breast development or pubic hair development) through an interview and examination. Then, X-rays of the left hand and carpal bones are taken to determine whether the measured bone age is progressing compared to the age. If secondary sexual characteristics are fast and bone age has progressed, it is essential to perform a gonadotropin-releasing hormone (GnRH) stimulation test to confirm whether the hypothalamic-pituitary-gonadotropin axis is activated. After GnRH stimulation, luteinizing hormone (LH) of 5 IU/L is diagnosed as precocious puberty.
  • GnRH gonadotropin-releasing hormone
  • the GnRH stimulation test which is most commonly used to diagnose precocious puberty, has a high specificity but relatively low sensitivity, and has a disadvantage in that the sensitivity is different depending on the method of measuring luteinizing hormone in the blood.More than 4-5 blood collections and more than 1 hour There is a drawback of taking time.
  • genetic biomarker that can easily and conveniently diagnose or predict precocious puberty. If the genetic biomarker is analyzed in connection with clinical information, it is possible to evaluate the treatment prognosis, and through this, it is possible to establish personalized treatment strategies such as adjustment of the treatment dose and administration cycle. Since precocious puberty is particularly important for early diagnosis and customized treatment according to the patient's clinical symptoms, genetic biomarkers for customized precocious puberty can be used as a very useful diagnostic biomarker.
  • SNP single nucleotide polymorphism
  • SNPs can cause significant differences in each individual depending on their location. For example, when the SNP is present at a position encoding a protein, it may affect the structure of the protein, thereby altering the protein function, and may be associated with a disease.
  • the SNP When the SNP is present in a non-coding region that does not encode a protein, that is, a promoter or intron, it may bring about a difference in the expression level of the protein for each, reducing the overall activity of the protein, and selective splicing ( Alternative splicing) may be used to express abnormal proteins.
  • a protein that is, a promoter or intron
  • precocious puberty The early diagnosis and treatment of precocious puberty is the more effective the improvement and treatment of various disorders caused by precocious puberty. Therefore, the start time of treatment is very important in precocious puberty. Accordingly, there is a need to develop a biomarker capable of diagnosing precocious puberty with high accuracy and sensitivity and predicting the risk of precocious puberty.
  • An object of the present invention is to provide a marker composition for diagnosing precocious puberty or a marker composition for predicting prognosis of precocious puberty treatment.
  • Another object of the present invention is to provide a composition for diagnosing precocious puberty or a composition for predicting a prognosis for treating precocious puberty.
  • Another object of the present invention is to provide a kit for diagnosing precocious puberty or a kit for predicting prognosis of precocious puberty treatment.
  • Another object of the present invention is to provide a microarray for diagnosing precocious puberty or a microarray for predicting prognosis of precocious puberty.
  • Another object of the present invention is to provide information on the diagnosis of precocious puberty or information on predicting the prognosis of treatment for precocious puberty.
  • the present invention is a polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive DNA sequences including the 137937537 nucleotide, wherein the 137937537 th base of human chromosome 5 is C (rs10900855) or a complementary It provides a marker composition for diagnosing precocious puberty comprising a polynucleotide as an active ingredient or a marker composition for predicting prognosis of precocious puberty treatment.
  • the present invention provides a composition for diagnosing precocious puberty or a composition for predicting prognosis of precocious puberty, including a probe capable of detecting the marker composition or an agent capable of amplifying as an active ingredient.
  • the present invention provides a kit for diagnosing precocious puberty or a kit for predicting prognosis of precocious puberty, including the composition for diagnosing precocious puberty.
  • the present invention provides a microarray for diagnosing precocious puberty or a microarray for predicting prognosis of precocious puberty comprising the marker composition.
  • the present invention comprises the steps of: (a) obtaining DNA or RNA from a sample isolated from humans; (b) amplifying the polymorphic site of the marker from the DNA or RNA or hybridizing with a probe; And (c) confirming the base of the amplified or hybridized polymorphic site; information on diagnosis of precocious puberty or information on prediction of a prognosis for precocious puberty treatment is provided.
  • the DNA of 700 precocious girls patients was processed on a microarray chip containing a total of 8,754,887 SNP probes to obtain SNP genotyping data and discovered 23 SNPs associated with the risk of precocious puberty through full-length genetic association analysis.
  • SNP can be used to diagnose precocious puberty or predict treatment prognosis, and it can be usefully used for personalized treatment because it enables early diagnosis of precocious puberty easily and quickly, and predicts treatment effect and prognosis.
  • FIG. 1 shows a conceptual diagram of a DNA microarray using a SNP chip.
  • FIG. 2 shows a flow chart of GWAS analysis using a PLINK program.
  • Figure 3 shows the GWAS Manhattan plot results of precocious puberty patients and normal people.
  • Figure 4 shows the location of the rs10900855 SNP on the chromosome.
  • the inventors of the present invention process the DNA of 700 precocious girls patients on a microarray chip containing a total of 8,754,887 SNP probes to obtain SNP genotyping data, and discover 23 SNPs associated with the risk of precocious precociousness through full-length genetic association analysis. The invention was completed.
  • the present invention uses a polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive DNA sequences including the 137937537 th base, wherein the 137937537 th base of human chromosome 5 is C (rs10900855) or a complementary polynucleotide thereof as an active ingredient It provides a marker composition for diagnosing precocious puberty comprising as.
  • the composition comprises a polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive DNA sequences including the 30643668 th base, wherein the 30643668 th base of human chromosome 11 is T (rs373629); A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive DNA sequences including the 78084567 nucleotide, wherein the 78084567 th base of human chromosome 7 is C (rs56252016); A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive DNA sequences including the 130141353 nucleotide, wherein the 130141353 nucleotide of human chromosome 9 is A (rs62579679); A polynucleotide consisting of 5-100 consecutive DNA sequences including the 27973513th base, wherein the 27973513 th base of human chromosome 3 is C (rs4680885); A polynucleotide consisting of 5-100 consecutive DNA sequences including the 67320971st
  • polymorphism refers to a case where two or more alleles exist in a single gene locus, and'polymorphic site' refers to a locus in which the allele is present. .
  • polymorphic sites one that differs only in a single base from person to person is called'single nucleotide polymorphism', that is, single nucleotide polymorphism (SNP).
  • alleles refers to several types of a gene present at the same locus of a homologous chromosome. Alleles are sometimes used to indicate polymorphism. For example, in the present invention, single nucleotide polymorphism, which can be composed of only two alleles, was used as a marker, and SNPs used in the present invention contain two types of alleles. Have.
  • rs_id refers to rs-ID, which is an independent marker assigned to all SNPs initially registered by NCBI, which started accumulating SNP information from 1998.
  • Rs_id described in this table refers to the SNP marker, which is a polymorphic marker of the present invention.
  • the present invention provides a composition for diagnosing precocious puberty comprising a probe capable of detecting the marker composition or an agent capable of amplifying as an active ingredient.
  • probe refers to a nucleic acid fragment such as RNA or DNA corresponding to a few bases to hundreds of bases that can be specifically bound in addition to mRNA, and is labeled so that the presence or absence of a specific mRNA , You can check the expression level.
  • the probe may be manufactured in the form of an oligonucleotide probe, a single strand DNA probe, a double strand DNA probe, an RNA probe, or the like. Selection of an appropriate probe and conditions for hybridization can be appropriately selected according to techniques known in the art.
  • the primers used for the amplification of the polymorphic markers are template-directed DNA under appropriate conditions (e.g., 4 different nucleoside triphosphates and a polymerizing agent such as DNA, RNA polymerase or reverse transcriptase) in an appropriate buffer. It refers to a single-stranded oligonucleotide that can serve as a starting point for synthesis.
  • the appropriate length of the primer may vary depending on the intended use, but is usually 15 to 30 nucleotides. Short primer molecules generally require a lower temperature to form a stable hybrid with the template.
  • the primer sequence need not be completely complementary to the template, but must be sufficiently complementary to hybridize to the template.
  • the "primer” is a base sequence having a short free 3'hydroxyl group, and can form a base pair with a complementary template and function as a starting point for template strand copying. Means a short sequence. Primers can initiate DNA synthesis in the presence of a reagent for polymerization (ie, DNA polymerase or reverse transcriptase) and four different nucleoside triphosphates at an appropriate buffer and temperature.
  • a reagent for polymerization ie, DNA polymerase or reverse transcriptase
  • the length of the sense and antisense primers can be modified based on those known in the art.
  • the probe or primer of the present invention can be chemically synthesized using a phosphoramidite solid support method, or other well known method.
  • Such nucleic acid sequences can also be modified using a number of means known in the art. Non-limiting examples of such modifications include methylation, “encapsulation”, substitution of one or more homologs of natural nucleotides, and modifications between nucleotides, such as uncharged linkers (eg, methyl phosphonate, phosphotriester, Phosphoroamidate, carbamate, etc.) or to a charged linker (e.g. phosphorothioate, phosphorodithioate, etc.).
  • uncharged linkers eg, methyl phosphonate, phosphotriester, Phosphoroamidate, carbamate, etc.
  • a charged linker e.g. phosphorothioate, phosphorodithio
  • the present invention provides a kit for diagnosing precocious puberty comprising the composition for diagnosing precocious puberty.
  • kit may be a DNA chip kit or an RT-PCR kit, but is not limited thereto.
  • the kit can diagnose the type by confirming the amplification of the SNP polymorphic marker, which is a marker for precocious puberty, or by checking the level of DNA or mRNA for the expression level of the SNP polymorphic marker.
  • the kit for measuring the mRNA expression level of the marker for precocious puberty may be a kit including essential elements necessary for performing RT-PCR.
  • the RT-PCR kit in addition to each primer pair specific for the gene of the marker for precocious puberty, is a test tube or other suitable container, reaction buffer (varies in pH and magnesium concentration), deoxynucleotides (dNTPs), Enzymes such as Taq-polymerase and reverse transcriptase, DNase, RNAse inhibitor, DEPC-water, sterile water, and the like may be included.
  • dNTPs deoxynucleotides
  • Enzymes such as Taq-polymerase and reverse transcriptase, DNase, RNAse inhibitor, DEPC-water, sterile water, and the like may be included.
  • a primer pair specific to a gene used as a quantitative control may be included.
  • the kit of the present invention may be a kit for diagnosing precocious puberty including essential elements necessary to perform a DNA chip.
  • a DNA chip kit is a gridded array of nucleic acid species attached to a generally flat solid support plate, typically a glass surface that is not larger than a microscope slide, in which nucleic acids are uniformly arranged on the chip surface. It is a tool that enables mass-parallel analysis by causing multiple hybridization reactions between the nucleic acid on the image and the complementary nucleic acid contained in the solution treated on the surface of the chip.
  • the present invention provides a microarray for diagnosing precocious puberty comprising the marker composition.
  • the microarray of the present invention may include DNA or RNA polynucleotides.
  • the microarray is composed of a conventional microarray, except that the polynucleotide of the present invention is included in the probe polynucleotide.
  • a method of preparing a microarray by immobilizing a probe polynucleotide on a substrate is well known in the art.
  • the probe polynucleotide refers to a polynucleotide capable of hybridizing, and refers to an oligonucleotide capable of sequence-specific binding to a complementary strand of a nucleic acid.
  • the probe of the present invention is an allele-specific probe, and a polymorphic site exists in a nucleic acid fragment derived from two members of the same species, and hybridizes to a DNA fragment derived from one member, but does not hybridize to a fragment derived from another member. .
  • the hybridization conditions show a significant difference in hybridization strength between alleles, and must be sufficiently stringent to hybridize to only one of the alleles. This can lead to good hybridization differences between different allelic types.
  • the diagnostic methods include detection methods based on hybridization of nucleic acids such as Southern blot, and may be provided in a form that is previously bound to a substrate of a DNA chip in a method using a DNA chip.
  • the hybridization may be usually carried out under stringent conditions, for example, a salt concentration of 1 M or less and a temperature of 25° C. or more.
  • the present invention comprises the steps of: (a) obtaining DNA or RNA from a sample isolated from humans; (b) amplifying the polymorphic site of the marker from the DNA or RNA or hybridizing with a probe; And (c) confirming the base of the amplified or hybridized polymorphic site; it provides a method for providing information on the diagnosis of precocious puberty.
  • the DNA or RNA can be isolated from all cells such as blood, skin cells, mucous membrane cells, and hair of a subject.
  • a method of extracting DNA or RNA from the cell is not particularly limited, and a technique known in the art or a commercially available DNA or RNA extraction kit may be used.
  • the step of amplifying the polymorphic site of the monobasic polymorphism marker in step (b) or hybridizing with the probe may be performed by any method known to those skilled in the art. For example, it can be obtained by amplifying a target nucleic acid through PCR and purifying it. Other ligase chain reaction (LCR) (Wu and Wallace, Genomics 4, 560 (1989), Landegren et al., Science 241, 1077 (1988)), transcription amplification (Kwoh et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86, 1173 (1989)) and self-maintained sequence replication (Guatelli et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 1874 (1990)) and nucleic acid-based sequence amplification (NASBA) can be used.
  • LCR ligase chain reaction
  • NASBA nucleic acid-based sequence amplification
  • Identifying the base of the polymorphic site in step (c) is sequencing analysis, hybridization by microarray, allele specific PCR, dynamic allele-specific hybridization (DASH), PCR. Extended analysis, SSCP, PCR-RFLP analysis or TaqMan technique, SNPlex platform (Applied Biosystems), mass spectrometry (e.g. Sequenom's MassARRAY system), mini-sequencing method, Bio-Plex system (BioRad) , CEQ and SNPstream system (Beckman), Molecular Inversion Probe array technology (eg, Affymetrix GeneChip), and BeadArray Technologies (eg, Illumina GoldenGate and Infinium assays), but are not limited thereto.
  • One or more alleles in polymorphic markers can be identified by the above methods or other methods available to those skilled in the art to which the present invention pertains. Determining the base of such a polymorphic site may be preferably performed through an SNP chip.
  • sequence analysis may be performed in the step of confirming the genotype.
  • Sequence analysis can be performed using any method known in the art, and is not specifically limited thereto, but using an automatic sequencing analyzer, pyrosequencing, PCR-RELP method (restriction fragment length polymorphism), PCRSSCP method (single strand conformation polymorphism), PCR-SSO method (specific sequence oligonucleotide), ASO (allele specific oligonucleotide) hybridization method combining PCR-SSO method and dot hybridization method, TaqMan-PCR method, MALDI-TOF/MS method, Any one or more selected from known methods such as rolling circle amplification (RCA) method, high resolution melting (HRM) method, primer extension method, southern blot hybridization method, and dot hybridization method may be used.
  • RCA rolling circle amplification
  • HRM high resolution melting
  • primer extension method primer extension method
  • southern blot hybridization method and dot hybridization method
  • the present invention is a polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive DNA sequences comprising the 137937537 th base, wherein the 137937537 th base of human chromosome 5 is C (rs10900855) or a complementary polynucleotide thereof as an active ingredient It provides a marker composition for predicting the prognosis of precocious puberty treatment comprising as.
  • the composition comprises a polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive DNA sequences including the 30643668 th base, wherein the 30643668 th base of human chromosome 11 is T (rs373629); A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive DNA sequences including the 78084567 nucleotide, wherein the 78084567 th base of human chromosome 7 is C (rs56252016); A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive DNA sequences including the 130141353 nucleotide, wherein the 130141353 nucleotide of human chromosome 9 is A (rs62579679); A polynucleotide consisting of 5-100 consecutive DNA sequences including the 27973513th base, wherein the 27973513 th base of human chromosome 3 is C (rs4680885); A polynucleotide consisting of 5-100 consecutive DNA sequences including the 67320971st
  • the present invention provides a composition for predicting the prognosis of treatment for precocious puberty comprising a probe capable of detecting the marker composition or an agent capable of amplifying as an active ingredient.
  • the present invention provides a kit for predicting the prognosis of precocious puberty, including the composition for predicting the prognosis of precocious puberty.
  • kit may be a DNA chip kit or an RT-PCR kit, but is not limited thereto.
  • the present invention provides a microarray for predicting the prognosis of precocious puberty treatment comprising the marker composition.
  • the present invention comprises the steps of: (a) obtaining DNA or RNA from a sample isolated from humans; (b) amplifying the polymorphic site of the marker from the DNA or RNA or hybridizing with a probe; And (c) confirming the base of the amplified or hybridized polymorphic site;
  • GnRH gonadotropin-releasing hormone
  • LH luteinizing hormone
  • Example 2 SNP selection associated with risk of precocious puberty
  • the extracted DNA sample was processed on a chip (axiom precision medicine research array (PMRA) microarray chip, affymetrix, Santa Clava, CA, USA) containing a total of 8,754,887 SNP probes to bind to the probe (hybridization). ), the SNP genotype was investigated.
  • PMRA axiom precision medicine research array
  • GWAS genome wide association study
  • SNPs single nucleotide polymorphisms
  • rs10900855 23 single nucleotide polymorphisms
  • the 23 monobasic polymorphisms may be usefully used in diagnosing precocious puberty or predicting the risk of onset.

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Abstract

본 발명은 성조숙증 진단 또는 치료 예후 예측용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도에 관한 것으로, 본 발명에서는 700명의 성조숙증 여아 환자의 DNA를 총 8,754,887 SNP 프로브가 포함된 마이크로어레이 칩에 처리하여 SNP 유전형 데이터를 획득하고 전장유전체 연관성 분석을 통해 성조숙증 발병 위험도와 연관된 23개의 SNP를 발굴한 바, 상기 SNP는 성조숙증 진단 또는 치료 예후 예측에 활용될 수 있으며, 간편하고 신속하게 성조숙증의 조기 진단이 가능하고 치료 효과 및 예후에 대한 예측이 가능하여 개인별 맞춤 치료에 유용하게 활용될 수 있다.

Description

성조숙증 진단 또는 치료 예후 예측용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도
본 발명은 성조숙증 발병 위험도와 관련된 유전자의 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism; SNP)을 이용한 성조숙증 진단 또는 치료 예후 예측용 조성물, 성조숙증 진단 또는 치료 예후 예측 방법에 관한 것이다.
성조숙증은 2차 성징이 평균치의 2표준편차보다 이르게 나타나는 현상으로, 일반적으로 여아에게서는 8세 이전(유방발달이 8세 이전, 음모발달이 9세 이전, 초경이 9.5세 이전), 남아에게서는 9세 이전에 2차 성징이 나타나는 경우를 의미한다. 시상하부-뇌하수체-생식샘축의 조기 활성화로 인한 성호르몬의 분비 증가로 성조숙증이 초래되는 경우를 진성(중추성) 성조숙증, 시상하부-뇌하수체-생식샘축의 활성화 없이 2차 성징이 초래되는 경우를 가성 성조숙증이라고 말하며, 일반적으로 남아에 비해 여아에서 5~10배 정도 흔하게 발생하는 것으로 알려져 있다.
성조숙증에는 몇 가지 요인들이 관련되어 있는데, 그 중에서 첫째는 유전이다. 최근 연구에서 156명의 성조숙증 환자의 가계를 조사한 결과, 부모나 형제에게서 성조숙증이 있는 경우가 27.5%인 것으로 보고된 바 있다. 두 번째는 서구화된 식습관과 비만의 증가이다. 최근 연구에서 비만도가 증가할수록 초경의 연령이 빨라지고, 정상체중인 군보다 비만인 군에서 성조숙증의 발생 비율이 더 높은 것으로 보고된 바 있다.
이러한 성조숙증을 치료하지 않으면, 여아에서는 12 cm, 남아에서는 20 cm 전후로 최종 키가 손실된다. 또한, 여아의 경우, 사춘기가 일찍 시작되면서 초경이 빨라지고, 이로 인해 여성 호르몬에 빨리 노출되어 성인이 되었을 때, 유방암, 난소암, 자궁내막암 등의 여성암의 발생 위험률이 증가하게 된다. 초경 연령(age at menarche)이 12세 이전으로 이르면 규칙적 월경주기에 따른 호르몬 환경이 일찍 시작되어 초경 수 년 후부터 생식기간 내내 혈중 에스트로겐 농도가 높게 유지되기 때문에 유방암의 위험이 높아진다. 최근 유방암의 발생률이 점차 증가하고 있는데 이는 성조숙증의 증가와 연관이 있을 것이라고 추측되고 있다. 또한, 조기 초경이 성인 비만 및 2형 당뇨의 발생률을 증가시킨다는 많은 연구가 보고되고 있다.
성조숙증이 의심되는 환자를 진단하는 방법은 문진과 진찰을 통하여 2차 성징(유방발달 또는 음모발달)의 시작 시기를 확인하는 것이 우선이다. 이후 좌측 수부 및 수근골을 X선 촬영하여 측정된 골연령이 연령에 비해 진행되어 있는지 여부를 확인한다. 2차 성징 발현이 빠르고 골연령이 진행되었다면, 시상하부-뇌하수체-생식샘 축이 활성화 되어 있는지를 확인하기 위해 생식샘자극호르몬방출호르몬(gonadotropin-releasing hormone; GnRH) 자극검사를 시행하는 것이 필수적이다. GnRH 자극 후 사춘기 호르몬 중 황체형성호르몬(luteinizing hormone; LH)이 5 IU/L 이상이면 성조숙증으로 진단한다. 그러나 현재까지 성조숙증을 진단하는데 가장 많이 사용되고 있는 GnRH 자극검사는 특이도는 높으나 민감도가 상대적으로 떨어지며, 혈중 황체형성호르몬 측정방법에 따라 민감도가 상이한 단점이 있으며, 4-5번 이상의 채혈 및 1시간 이상의 시간이 소요되는 단점이 있다.
따라서, 쉽고 간편하게 성조숙증을 진단 또는 예측할 수 있는 유전자 바이오마커의 개발이 필요하다. 유전자 바이오마커를 임상정보와 연계하여 분석하면 치료 예후를 평가할 수 있고, 이를 통해 치료 용량 및 투여 주기의 조절 등 개인별 맞춤 치료 전략을 구축할 수 있다. 성조숙증은 특히 조기 진단과 환자의 임상증상에 따른 맞춤형 치료가 중요하기 때문에 성조숙증 맞춤의료를 위한 유전자 바이오마커는 매우 유용한 진단 바이오마커로 활용될 수 있다.
한편, 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism; SNP)은 인간 유전체상에 가장 많이 존재하는 형태의 유전적 다형성으로, 유전체 상의 특정 염기서열 하나의 변화를 의미한다. 유전학적으로 SNP는 그 위치에 따라 각 개체에 큰 차이를 야기할 수 있다. 예를 들어, SNP가 단백질을 암호화하고 있는 위치에 존재할 경우, 단백질의 구조에 영향을 미쳐 단백질 기능이 달라질 수 있고, 질병과도 연관될 수도 있다. SNP가 단백질을 암호화하지 않는 비암호화 영역, 즉 프로모터(promoter) 또는 인트론(intron)에 존재할 경우, 각각에 대하여 단백질의 발현 수준에 차이를 가져와 그 단백질의 전체적인 활성이 줄어들 수 있고, 선택적 이어 맞추기(alternative splicing)를 통하여 비정상적 단백질이 발현될 수도 있다.
성조숙증을 조기에 진단하고 치료할수록 성조숙증으로 인해 초래되는 다양한 장애들을 더 효과적으로 개선하고 치료할 수 있는 바, 성조숙증에 있어서 치료 시작시기는 매우 중요하다. 이에, 높은 정확도 및 민감도로 성조숙증을 진단하고, 성조숙증의 위험도를 예측할 수 있는 바이오마커의 개발이 필요한 실정이다.
본 발명의 목적은 성조숙증 진단용 마커 조성물 또는 성조숙증 치료 예후 예측용 마커 조성물을 제공하는 데에 있다.
본 발명의 다른 목적은 성조숙증 진단용 조성물 또는 성조숙증 치료 예후 예측용 조성물을 제공하는 데에 있다.
본 발명의 또 다른 목적은 성조숙증 진단용 키트 또는 성조숙증 치료 예후 예측용 키트를 제공하는 데에 있다.
본 발명의 또 다른 목적은 성조숙증 진단용 마이크로어레이 또는 성조숙증 치료 예후 예측용 마이크로어레이를 제공하는 데에 있다.
본 발명의 또 다른 목적은 성조숙증 진단에 대한 정보 또는 성조숙증 치료 예후 예측에 대한 정보를 제공하는 데에 있다.
상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 인간의 5번 염색체의 137937537번째 염기가 C인(rs10900855), 상기 137937537번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드를 유효성분으로 포함하는 성조숙증 진단용 마커 조성물 또는 성조숙증 치료 예후 예측용 마커 조성물을 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 마커 조성물을 검출할 수 있는 프로브 또는 증폭할 수 있는 제제를 유효성분으로 포함하는 성조숙증 진단용 조성물 또는 성조숙증 치료 예후 예측용 조성물을 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 성조숙증 진단용 조성물을 포함하는 성조숙증 진단용 키트 또는 성조숙증 치료 예후 예측용 키트를 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 마커 조성물을 포함하는 성조숙증 진단용 마이크로어레이 또는 성조숙증 치료 예후 예측용 마이크로어레이를 제공한다.
또한, 본 발명은 (a) 인간으로부터 분리된 시료에서 DNA 또는 RNA를 수득하는 단계; (b) 상기 DNA 또는 RNA로부터 상기 마커의 다형성 부위를 증폭하거나 프로브와 혼성화하는 단계; 및 (c) 상기 증폭된 또는 혼성화된 다형성 부위의 염기를 확인하는 단계;를 포함하는 성조숙증 진단에 대한 정보 또는 성조숙증 치료 예후 예측에 대한 정보를 제공한다.
본 발명에서는 700명의 성조숙증 여아 환자의 DNA를 총 8,754,887 SNP 프로브가 포함된 마이크로어레이 칩에 처리하여 SNP 유전형 데이터를 획득하고 전장유전체 연관성 분석을 통해 성조숙증 발병 위험도와 연관된 23개의 SNP를 발굴한 바, 상기 SNP는 성조숙증 진단 또는 치료 예후 예측에 활용될 수 있으며, 간편하고 신속하게 성조숙증의 조기 진단이 가능하고 치료 효과 및 예후에 대한 예측이 가능하여 개인별 맞춤 치료에 유용하게 활용될 수 있다.
도 1은 SNP 칩을 이용한 DNA 마이크로어레이의 개념도를 나타낸 것이다.
도 2는 PLINK 프로그램을 이용한 GWAS 분석의 흐름도를 나타낸 것이다.
도 3은 성조숙증 환자와 정상인의 GWAS Manhattan plot 결과를 나타낸 것이다.
도 4는 rs10900855 SNP의 염색체 상의 위치를 나타낸 것이다.
도 5는 다중회귀 분석을 이용한 질환 예측 정확도 검증 결과를 나타낸 것이다.
본 발명의 발명자들은 700명의 성조숙증 여아 환자의 DNA를 총 8,754,887 SNP 프로브가 포함된 마이크로어레이 칩에 처리하여 SNP 유전형 데이터를 획득하고 전장유전체 연관성 분석을 통해 성조숙증 발병 위험도와 연관된 23개의 SNP를 발굴하며 본 발명을 완성하였다.
이에, 본 발명은 인간의 5번 염색체의 137937537번째 염기가 C인(rs10900855), 상기 137937537번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드를 유효성분으로 포함하는 성조숙증 진단용 마커 조성물을 제공한다.
상기 조성물은 인간의 11번 염색체의 30643668번째 염기가 T인(rs373629), 상기 30643668번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 7번 염색체의 78084567번째 염기가 C인(rs56252016), 상기 78084567번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 9번 염색체의 130141353번째 염기가 A인(rs62579679), 상기 130141353번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 27973513번째 염기가 C인(rs4680885), 상기 27973513번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 18번 염색체의 67320971번째 염기가 C인(rs4891764), 상기 67320971번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 188237881번째 염기가 G인(rs6806402), 상기 188237881번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 6번 염색체의 137554245번째 염기가 T인(rs17321070), 상기 137554245번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 5번 염색체의 137876920번째 염기가 G인(rs154069), 상기 137876920번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 6번 염색체의 38920449번째 염기가 C인(rs35890417), 상기 38920449번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 8번 염색체의 112828038번째 염기가 C인(rs16882683), 상기 112828038번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 7번 염색체의 134644454번째 염기가 A인(rs12707194), 상기 134644454번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 22번 염색체의 43645133번째 염기가 G인(rs11705577), 상기 43645133번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 20번 염색체의 12945963번째 염기가 A인(rs3903703), 상기 12945963번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 5번 염색체의 2182854번째 염기가 T인(rs6555069), 상기 2182854번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 184087417번째 염기가 T인(rs9849502), 상기 184087417번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 20번 염색체의 20914430번째 염기가 T인(rs7267229), 상기 20914430번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 12번 염색체의 16128785번째 염기가 G인(rs12368628), 상기 16128785번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 2번 염색체의 43431337번째 염기가 T인(rs72875506), 상기 43431337번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 13번 염색체의 71138478번째 염기가 A인(rs4083786), 상기 71138478번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 25번 염색체의 2633801번째 염기가 C인(rs5982579), 상기 2633801번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 10번 염색체의 29812602번째 염기가 T인(rs7070678), 상기 29812602번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 및 인간의 6번 염색체의 73531644번째 염기가 G인(rs10943068), 상기 73531644번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오타이드 또는 이들의 상보적인 폴리뉴클레오타이드를 더 포함할 수 있다.
본 발명에서 사용된 용어 "다형성(polymorphism)"은 단일유전자 좌위에 두 가지 이상의 대립유전자가 존재하는 경우를 의미하며, '다형성 부위(polymorphic site)'란 상기 대립유전자가 존재하는 유전자 좌위를 의미한다. 다형성 부위 중에서, 사람에 따라 단일염기만이 상이한 것을 ‘단일염기다형성’, 즉 SNP(single nucleotide polymorphism)라고 한다.
상기 "대립유전자(allele)"는 상동염색체의 동일한 유전자 좌위에 존재하는 한 유전자의 여러 타입을 말한다. 대립유전자는 다형성을 나타내는데 사용되기도 하며, 예컨대, 본 발명에서는 오직 두 가지 대립형질로만 이루어질 수 있는 단일염기다형성을 마커로 사용하였는 바, 본 발명에서 사용되는 SNP는 두 종류의 대립인자(biallele)를 갖는다.
본 발명에서 용어 "rs_id"는 1998년부터 SNP 정보를 축적하기 시작한 NCBI가 초기에 등록되는 모든 SNP에 대하여 부여한 독립된 표지자인 rs-ID를 의미한다. 이와 같은 표에 기재된 rs_id는 본 발명의 다형성 마커인 SNP 마커를 의미한다.
또한, 본 발명은 상기 마커 조성물을 검출할 수 있는 프로브 또는 증폭할 수 있는 제제를 유효성분으로 포함하는 성조숙증 진단용 조성물을 제공한다.
본 발명에서 사용된 용어 "프로브"는 mRNA외 특이적으로 결합을 이룰 수 있는 짧게는 수 염기 내지 길게는 수백 염기에 해당하는 RNA 또는 DNA 등의 핵산 단편을 의미하며 라벨링되어 있어서 특정 mRNA의 존재 유무, 발현양을 확인할 수 있다. 프로브는 올리고뉴클레오타이드(oligonucleotide) 프로브, 단쇄 DNA(single strand DNA) 프로브, 이중쇄 DNA(double strand DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다. 적절한 프로브의 선택 및 혼성화 조건은 당해 기술분야에 공지된 기술에 따라 적절히 선택할 수 있다.
상기 다형성 마커 증폭에 사용되는 프라이머는, 적절한 버퍼 중의 적절한 조건(예를 들면, 4개의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트 및 DNA, RNA 폴리머라제 또는 역전사 효소와 같은 중합제) 및 적당한 온도 하에서 주형-지시 DNA 합성의 시작점으로서 작용할 수 있는 단일가닥 올리고뉴클레오티드를 말한다. 상기 프라이머의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있으나, 통상 15 내지 30 뉴클레오티드이다. 짧은 프라이머 분자는 일반적으로 주형과 안정한 혼성체를 형성하기 위해서는 더 낮은 온도를 필요로 한다. 프라이머 서열은 주형과 완전하게 상보적일 필요는 없으나, 주형과 혼성화 할 정도로 충분히 상보적이어야 한다.
상기 "프라이머"는 짧은 자유 3' 말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 염기 서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 폴리머레이즈 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다.
센스 및 안티센스 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다. 본 발명의 프로브 또는 프라이머는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비-제한적인 예로는 메틸화, "캡화", 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다.
또한, 본 발명은 상기 성조숙증 진단용 조성물을 포함하는 성조숙증 진단용 키트를 제공한다.
상기 키트는 DNA 칩 키트 또는 RT-PCR 키트일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아님을 명시한다.
상기 키트는 성조숙증 진단용 마커인 SNP 다형성 마커의 증폭을 통하여 확인하거나, SNP 다형성 마커의 발현 수준을 DNA 또는 mRNA의 수준을 확인함으로써 타입을 진단할 수 있다. 구체적인 일례로서, 본 발명에서 성조숙증 진단용 마커의 mRNA 발현 수준을 측정하기 위한 키트는 RT-PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다. RT-PCR 키트는, 성조숙증 진단용 마커의 유전자에 대한 특이적인 각각의 프라이머 쌍 외에도 RT-PCR 키트는 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드(dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNase, RNAse 억제제, DEPC-수(DEPCwater), 멸균수 등을 포함할 수 있다. 또한 정량 대조군으로 사용되는 유전자에 특이적인 프라이머 쌍을 포함할 수 있다. 또한 바람직하게는, 본 발명의 키트는 DNA 칩을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 성조숙증 진단용 키트일 수 있다. DNA 칩 키트는, 일반적으로 편평한 고체 지지판, 전형적으로는 현미경용 슬라이드보다 크지 않은 유리 표면에 핵산 종을 격자형 배열(gridded array)로 부착한 것으로, 칩 표면에 핵산이 일정하게 배열되어, DNA 칩 상의 핵산과 칩 표면에 처리된 용액 내에 포함된 상보적인 핵산 간에 다중 혼성화(hybridization) 반응이 일어나 대량 병렬 분석이 가능하도록 하는 도구이다.
또한, 본 발명은 상기 마커 조성물을 포함하는 성조숙증 진단용 마이크로어레이를 제공한다.
본 발명의 마이크로어레이는 DNA 또는 RNA 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것일 수 있다. 상기 마이크로어레이는 프로브 폴리뉴클레오티드에 본 발명의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것을 제외하고는 통상적인 마이크로어레이로 이루어진다. 프로브 폴리뉴클레오티드를 기판상에 고정화하여 마이크로어레이를 제조하는 방법은 당업계에 잘 알려져 있다. 상기 프로브 폴리뉴클레오티드는 혼성화할 수 있는 폴리뉴클레오티드를 의미하는 것으로, 핵산의 상보성 가닥에 서열 특이적으로 결합할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 본 발명의 프로브는 대립유전자 특이적 프로브로서, 같은 종의 두 구성원으로부터 유래한 핵산 단편 중에 다형성 부위가 존재하여, 한 구성원으로부터 유래한 DNA 단편에는 혼성화하나, 다른 구성원으로부터 유래한 단편에는 혼성화하지 않는다. 이 경우 혼성화 조건은 대립유전자간의 혼성화 강도에 있어서 유의한 차이를 보여, 대립유전자 중 하나에만 혼성화 하도록 충분히 엄격해야 한다. 이렇게 함으로써 다른 대립유전자 형태 간에 좋은 혼성화 차이를 유발할 수 있다. 상기 진단 방법에는 서던 블롯트 등과 같은 핵산의 혼성화에 근거한 검출방법들이 포함되며, DNA 칩을 이용한 방법에서 DNA 칩의 기판에 미리 결합된 형태로 제공될 수도 있다. 상기 혼성화란 엄격한 조건, 예를 들면 1 M 이하의 염 농도 및 25 ℃ 이상의 온도하에서 보통 수행될 수 있다.
또한, 본 발명은 (a) 인간으로부터 분리된 시료에서 DNA 또는 RNA를 수득하는 단계; (b) 상기 DNA 또는 RNA로부터 상기 마커의 다형성 부위를 증폭하거나 프로브와 혼성화하는 단계; 및 (c) 상기 증폭된 또는 혼성화된 다형성 부위의 염기를 확인하는 단계;를 포함하는 성조숙증 진단에 대한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.
상기 DNA 또는 RNA는 대상의 혈액, 피부세포, 점막 세포 및 모발 등 모든 세포로부터 분리될 수 있다. 해당 세포로부터 DNA 또는 RNA를 추출하는 방법은 특별히 한정되지 않으며, 당업계에 공지된 기술 또는 시판되고 있는 DNA 또는 RNA 추출용 키트를 사용할 수 있다.
상기 (b) 단계의 단일염기다형성 마커의 다형성 부위를 증폭하거나 프로브와 혼성화하는 단계는 당업자에게 알려진 어떠한 방법이든 사용가능하다. 예를 들면, 표적 핵산을 PCR을 통하여 증폭하고 이를 정제하여 얻을 수 있다. 그 외 리가제 연쇄 반응(LCR) (Wu 및 Wallace, Genomics 4, 560(1989), Landegren 등, Science 241, 1077(1988)), 전사증폭(transcription amplification)(Kwoh 등,Proc. Natl.Acad. Sci. USA 86, 1173(1989)) 및 자가유지 서열 복제 (Guatelli 등, Proc. Natl. Acad. Sci.USA 87, 1874(1990)) 및 핵산에 근거한 서열 증폭(NASBA)이 사용될 수 있다.
상기 (c)단계의 다형성 부위의 염기를 확인하는 것은 시퀀싱 분석, 마이크로어레이(microarray)에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR(allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 기법(dynamic allelespecifichybridization, DASH), PCR 연장 분석, SSCP, PCR-RFLP 분석 또는 TaqMan 기법, SNPlex 플랫폼(Applied Biosystems), 질량 분석법(예를 들면, Sequenom의 MassARRAY 시스템), 미니-시퀀싱(mini-sequencing) 방법, Bio-Plex 시스템(BioRad), CEQ and SNPstream 시스템(Beckman), Molecular Inversion Probe 어레이 기술(예를 들면, Affymetrix GeneChip), 및 BeadArray Technologies(예를 들면, Illumina GoldenGate 및 Infinium 분석법)를 포함하나, 이에 한정되지 않는다. 상기 방법들 또는 본 발명이 속하는 기술분야의 당업자에게 이용 가능한 다른 방법에 의해, 마이크로새틀라이트, SNP 또는 다른 종류의 다형성 마커를 포함한, 다형성 마커에서의 하나 이상의 대립유전자가 확인될 수 있다. 이와 같은 다형성 부위의 염기를 결정하는 것은 바람직하게는 SNP 칩을 통해 수행할 수 있다.
또한, 유전자형을 확인하는 단계에서는 유전자 서열 분석이 수행될 수 있다. 서열 분석은 당업계에 공지된 방법을 모두 이용할 수 있으며, 구체적으로는 이에 제한되는 것은 아니나, 자동염기서열분석기를 사용하거나, 파이로시퀀싱(pyrosequencing), PCR-RELP법(restriction fragment length polymorphism), PCRSSCP법(single strand conformation polymorphism), PCR-SSO법(specific sequence oligonucleotide), PCR-SSO법과 도트 하이브리드화법을 조합한 ASO(allele specific oligonucleotide) 하이브리드화법, TaqMan-PCR법, MALDI-TOF/MS법, RCA법(rolling circle amplification), HRM(high resolution melting)법, 프라이머 신장법, 서던 블롯 하이브리드화법 및 도트 하이브리드화법 등의 공지의 방법 중 선택된 어느 하나 이상을 사용할 수 있다.
또한, 본 발명은 인간의 5번 염색체의 137937537번째 염기가 C인(rs10900855), 상기 137937537번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드를 유효성분으로 포함하는 성조숙증 치료 예후 예측용 마커 조성물을 제공한다.
상기 조성물은 인간의 11번 염색체의 30643668번째 염기가 T인(rs373629), 상기 30643668번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 7번 염색체의 78084567번째 염기가 C인(rs56252016), 상기 78084567번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 9번 염색체의 130141353번째 염기가 A인(rs62579679), 상기 130141353번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 27973513번째 염기가 C인(rs4680885), 상기 27973513번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 18번 염색체의 67320971번째 염기가 C인(rs4891764), 상기 67320971번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 188237881번째 염기가 G인(rs6806402), 상기 188237881번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 6번 염색체의 137554245번째 염기가 T인(rs17321070), 상기 137554245번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 5번 염색체의 137876920번째 염기가 G인(rs154069), 상기 137876920번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 6번 염색체의 38920449번째 염기가 C인(rs35890417), 상기 38920449번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 8번 염색체의 112828038번째 염기가 C인(rs16882683), 상기 112828038번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 7번 염색체의 134644454번째 염기가 A인(rs12707194), 상기 134644454번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 22번 염색체의 43645133번째 염기가 G인(rs11705577), 상기 43645133번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 20번 염색체의 12945963번째 염기가 A인(rs3903703), 상기 12945963번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 5번 염색체의 2182854번째 염기가 T인(rs6555069), 상기 2182854번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 184087417번째 염기가 T인(rs9849502), 상기 184087417번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 20번 염색체의 20914430번째 염기가 T인(rs7267229), 상기 20914430번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 12번 염색체의 16128785번째 염기가 G인(rs12368628), 상기 16128785번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 2번 염색체의 43431337번째 염기가 T인(rs72875506), 상기 43431337번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 13번 염색체의 71138478번째 염기가 A인(rs4083786), 상기 71138478번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 25번 염색체의 2633801번째 염기가 C인(rs5982579), 상기 2633801번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 10번 염색체의 29812602번째 염기가 T인(rs7070678), 상기 29812602번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 및 인간의 6번 염색체의 73531644번째 염기가 G인(rs10943068), 상기 73531644번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오타이드 또는 이들의 상보적인 폴리뉴클레오타이드를 더 포함할 수 있다.
또한, 본 발명은 상기 마커 조성물을 검출할 수 있는 프로브 또는 증폭할 수 있는 제제를 유효성분으로 포함하는 성조숙증 치료 예후 예측용 조성물을 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 성조숙증 치료 예후 예측용 조성물을 포함하는 성조숙증 치료 예후 예측용 키트를 제공한다.
상기 키트는 DNA 칩 키트 또는 RT-PCR 키트일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아님을 명시한다.
또한, 본 발명은 상기 마커 조성물을 포함하는 성조숙증 치료 예후 예측용 마이크로어레이를 제공한다.
또한, 본 발명은 (a) 인간으로부터 분리된 시료에서 DNA 또는 RNA를 수득하는 단계; (b) 상기 DNA 또는 RNA로부터 상기 마커의 다형성 부위를 증폭하거나 프로브와 혼성화하는 단계; 및 (c) 상기 증폭된 또는 혼성화된 다형성 부위의 염기를 확인하는 단계;를 포함하는 성조숙증 치료 예후 예측에 대한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.
이하에서는 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시예는 오로지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로, 본 발명의 요지에 따라 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되지 않는다는 것은 당업계에서 통상의 지식을 가진 자에 있어서 자명할 것이다.
실시예 1: 시료 준비
성조숙증 의증으로 내원한 한국인 여아와 여아의 부모로부터 참여에 대한 동의 및 참여자들의 건강과 사춘기 상태에 대한 정보를 제공 받았다.
여아 만 8세 전에 이차성징, 즉 유방발달, 음모발달, 초경 등이 나타나는 경우, 생식샘자극호르몬방출호르몬(gonadotropin-releasing hormone; GnRH) 자극검사를 시행하였으며, 황체형성호르몬(luteinizing hormone; LH) 최고치가 5 IU/L 이상으로 측정되고, 뼈 나이(bone age)가 역연령보다 증가해 있는 경우 성조숙증으로 진단하였다.
성조숙증 여아 환자 700명 및 정상인 여아 300명의 혈액을 채취하여 ExgeneTM Blood Kit(GeneAll, Seoul, Korea)로 genomic DNA를 추출한 후, UV 흡광도 260/280 및 260/230의 값으로 DNA의 질(quality)과 양(quantity)을 검증하였다. 또한, 아가로오즈 겔 전기영동을 사용하여 모든 DNA 시료의 질을 추가적으로 확인하였다.
실시예 2: 성조숙증 발병 위험도와 연관된 SNP 선정
도 1과 같이, 추출한 DNA 시료를 총 8,754,887 SNP 프로브(probe)가 포함된 칩(axiom precision medicine research array(PMRA) microarray chip, affymetrix, Santa Clava, CA, USA)에 처리하여 프로브에 대한 결합(hybridization)의 차이로 SNP 유전형을 조사하였다.
먼저, 총 8,754,887 SNP 프로브가 포함된 PMRA 칩에 대한 품질 검사(QC)를 수행한 결과, cluster가 잘 이루어져 있는 것을 확인하였으며, call rate(98.1%) 및 DQC(development quality check) 결과로부터 PMRA 칩의 유용성을 검증하였다.
이후, 성조숙증 여아 환자 700명 및 정상인 여아 300명의 SNP 유전형 데이터와 성조숙증 검사 임상 데이터를 이용하여 전장유전체 연관성분석(genome wide associatioin study; GWAS)을 수행하였다. 도 2와 같이, PLINK 프로그램을 사용하여 환자와 정상인의 전장유전체 연관성 분석을 시행하였다.
그 결과, 하기 표 1 및 도 3과 같이, 성조숙증 여아의 GWAS Manhattan plot에서 염색체 별로 통계적 유의수준(p-value) 값을 나타내는 45개의 SNP를 발굴하였으며, 하기 SNP가 성조숙증과 연관되어 있음을 확인하였다. 또한, 도 4와 같이, 5번 염색체에 있는 rs10900855 SNP가 가장 높은 유의성을 나타내는 것을 확인하였다.
　 염색체 SNP 변이형 NMISS 위험도 유의수준 민감도 특이도 정확도 r2 바이오마커
s01 5 rs1 C 883 2.21 1.10E-08 0 100 66.6 0.041 SNP1
s02 5 rs2 T 872 2.006 7.07E-07 Collinearity 　 66.6 　 　
s03 11 rs3 T 880 0.5839 1.94E-06 9.5 95.4 66.8 0.064 SNP2
s04 5 rs4 T 884 1.959 2.24E-06 Collinearity 　 66.6 　 　
s05 7 rs4 C 882 0.1212 3.48E-06 16.7 94.2 68.5 0.089 SNP3
s06 9 rs6 A 875 2.493 3.66E-06 16.4 95.7 69.2 0.111 SNP4
s07 3 rs7 C 873 0.4638 6.41E-06 30.6 91.1 70.8 0.133 SNP5
s08 18 rs8 C 877 0.5933 8.66E-06 39.9 88.3 72.2 0.158 SNP6
s09 10 rs9 A 884 0.298 1.39E-05 　 　 71.6 0.17 　
s10 3 rs10 G 883 0.5668 1.43E-05 36.5 90.6 72.5 0.179 SNP7
s11 6 rs11 T 882 0.4147 1.44E-05 39.9 89.5 73 0.192 SNP8
s12 5 rs12 T 881 1.775 1.66E-05 　 　 72.4 0.192 　
s13 5 rs13 G 878 1.844 1.69E-05 40 89.4 73 0.193 SNP9
s14 6 rs14 C 874 0.5242 1.99E-05 47.3 87.4 74 0.209 SNP10
s15 8 rs15 C 877 0.2951 2.04E-05 48.4 86.9 74.2 0.213 SNP11
s16 5 rs16 G 882 1.571 2.39E-05 　 　 74.1 0.221 　
s17 5 rs17 G 881 1.766 2.51E-05 　 　 74.1 0.213 　
s18 7 rs18 A 881 1.648 2.57E-05 46.9 89.4 75.4 0.23 SNP12
s19 22 rs19 G 882 0.6026 3.36E-05 54 87.1 76.2 0.25 SNP13
s20 20 rs20 A 883 1.605 3.38E-05 52.9 88.9 77 0.256 SNP14
s21 5 rs21 T 881 0.6326 3.94E-05 52 89.6 77.2 0.274 SNP15
s22 8 rs22 A 884 1.533 4.27E-05 　 　 77.2 0.286 　
s23 20 rs23 T 881 0.4467 4.42E-05 　 　 77.2 0.289 　
s24 8 rs24 T 880 1.535 4.46E-05 　 　 77 0.285 　
s25 3 rs25 T 875 2.006 4.52E-05 56.3 88 77.4 0.291 SNP16
s26 20 rs26 T 884 0.5289 4.53E-05 55.9 89.1 78 0.3 SNP17
s27 18 rs27 T 883 0.5919 4.68E-05 　 　 77.5 0.302 　
s28 10 rs28 C 884 1.827 5.05E-05 　 　 77.8 0.314 　
s29 11 rs29 T 883 0.6117 5.63E-05 　 　 77.8 0.301 　
s30 13 rs30 G 871 0.5993 6.00E-05 　 　 76.9 0.301 　
s31 12 rs31 G 883 0.5011 6.12E-05 59.8 88 78.6 0.31 SNP18
s32 2 rs32 T 884 2.67 6.54E-05 60.5 88.1 79 0.325 SNP19
s33 13 rs33 T 877 1.569 6.93E-05 　 　 78.6 0.331 　
s34 10 rs34 C 883 0.3324 7.16E-05 　 　 78.9 0.329 　
s35 13 rs35 A 878 0.583 7.35E-05 60.4 88.3 79.1 0.332 SNP20
s36 7 rs36 A 883 0.654 7.60E-05 　 　 79.1 0.339 　
s37 25 rs37 C 884 0.6517 7.72E-05 62.7 87.9 79.6 0.342 SNP21
s38 10 rs38 T 883 0.4703 7.89E-05 65.5 88.1 80.7 0.358 SNP22
s39 6 rs39 G 880 0.6486 7.95E-05 66 88.6 81.2 0.362 SNP23
s40 5 rs40 A 871 0.6378 8.32E-05 　 　 81.2 0.358
s41 11 rs41 C 883 1.52 8.36E-05 　 　 80.7 0.363
s42 16 rs42 G 883 1.543 9.43E-05 　 　 81.1 0.372
s43 3 rs43 T 882 0.3479 9.63E-05 　 　 81 0.366
s44 19 rs44 A 881 0.6068 9.80E-05 　 　 80.3 0.368
s45 12 rs45 C 879 2.188 9.88E-05 　 80.4 0.371
또한, 도 5와 같이, 45개의 SNP에 대한 다중회귀분석에서 정확도(precision) 값 상승에 영향을 미치는 SNP 분석하여 하기 표 2와 같이 최종적으로 23개의 SNP를 선정하였다. 하기 23개의 SNP 및 하기 계산식을 이용하여 성조숙증 예측 모델을 개발한 결과, 다인자성 질환인 성조숙증의 조기진단 예측률과 정확도가 민감도 66%, 특이도 88.6%, 정확도 81.2%의 수치로 매우 높은 것을 확인할 수 있었다.
[계산식]
Formula = 3.374 + Σ(i=1~23) [SNPiB*SNPiGenotype(0 or 1 or 2)]
(0: Majou allele homozygote, 1: Heterozygote, 2: Minor allele homozygote); High risk 예측 = Formula < 0.
바이오마커 단일염기다형성 염색체 염색체상 위치 변이형 위험도 유의수준(p-value)
SNP1 rs10900855 5 137937537 C 2.21 1.1E-08
SNP2 rs373629 11 30643668 T 0.5839 1.9E-06
SNP3 rs56252016 7 78084567 C 0.1212 3.5E-06
SNP4 rs62579679 9 130141353 A 2.493 3.7E-06
SNP5 rs4680885 3 27973513 C 0.4638 6.4E-06
SNP6 rs4891764 18 67320971 C 0.5933 8.7E-06
SNP7 rs6806402 3 188237881 G 0.5668 1.4E-05
SNP8 rs17321070 6 137554245 T 0.4147 1.4E-05
SNP9 rs154069 5 137876920 G 1.844 1.7E-05
SNP10 rs35890417 6 38920449 C 0.5242 2.0E-05
SNP11 rs16882683 8 112828038 C 0.2951 2.0E-05
SNP12 rs12707194 7 134644454 A 1.648 2.6E-05
SNP13 rs11705577 22 43645133 G 0.6026 3.4E-05
SNP14 rs3903703 20 12945963 A 1.605 3.4E-05
SNP15 rs6555069 5 2182854 T 0.6326 3.9E-05
SNP16 rs9849502 3 184087417 T 2.006 4.5E-05
SNP17 rs7267229 20 20914430 T 0.5289 4.5E-05
SNP18 rs12368628 12 16128785 G 0.5011 6.1E-05
SNP19 rs72875506 2 43431337 T 2.67 6.5E-05
SNP20 rs4083786 13 71138478 A 0.583 7.3E-05
SNP21 rs5982579 25 2633801 C 0.6517 7.7E-05
SNP22 rs7070678 10 29812602 T 0.4703 7.9E-05
SNP23 rs10943068 6 73531644 G 0.6486 7.9E-05
즉, 본 발명에서는 rs10900855을 포함하여 총 23개의 단일염기다형성(SNP)들이 성조숙증 발병 위험도와 밀접하게 연관되어 있음을 확인한 바. 상기 23개의 단일염기다형성은 성조숙증의 진단 또는 발병 위험도를 예측하는데 유용하게 활용될 수 있다.
이상으로 본 발명의 특정한 부분을 상세히 기술한 바, 당업계의 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 이러한 구체적인 기술은 단지 바람직한 구현 예일 뿐이며, 이에 본 발명의 범위가 제한되는 것이 아닌 점은 명백하다. 따라서, 본 발명의 실질적인 범위는 첨부된 청구항과 그의 등가물에 의하여 정의된다고 할 것이다.
본 발명의 범위는 후술하는 특허청구범위에 의하여 나타내어지며, 특허청구범위의 의미 및 범위 그리고 그 균등 개념으로부터 도출되는 모든 변경 또는 변형된 형태가 본 발명의 범위에 포함되는 것으로 해석되어야 한다.

Claims (14)

  1. 인간의 5번 염색체의 137937537번째 염기가 C인(rs10900855), 상기 137937537번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드를 유효성분으로 포함하는 성조숙증 진단용 마커 조성물.
  2. 제 1항에 있어서, 상기 조성물은 인간의 11번 염색체의 30643668번째 염기가 T인(rs373629), 상기 30643668번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 7번 염색체의 78084567번째 염기가 C인(rs56252016), 상기 78084567번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 9번 염색체의 130141353번째 염기가 A인(rs62579679), 상기 130141353번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 27973513번째 염기가 C인(rs4680885), 상기 27973513번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 18번 염색체의 67320971번째 염기가 C인(rs4891764), 상기 67320971번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 188237881번째 염기가 G인(rs6806402), 상기 188237881번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 6번 염색체의 137554245번째 염기가 T인(rs17321070), 상기 137554245번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 5번 염색체의 137876920번째 염기가 G인(rs154069), 상기 137876920번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 6번 염색체의 38920449번째 염기가 C인(rs35890417), 상기 38920449번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 8번 염색체의 112828038번째 염기가 C인(rs16882683), 상기 112828038번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 7번 염색체의 134644454번째 염기가 A인(rs12707194), 상기 134644454번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 22번 염색체의 43645133번째 염기가 G인(rs11705577), 상기 43645133번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 20번 염색체의 12945963번째 염기가 A인(rs3903703), 상기 12945963번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 5번 염색체의 2182854번째 염기가 T인(rs6555069), 상기 2182854번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 184087417번째 염기가 T인(rs9849502), 상기 184087417번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 20번 염색체의 20914430번째 염기가 T인(rs7267229), 상기 20914430번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 12번 염색체의 16128785번째 염기가 G인(rs12368628), 상기 16128785번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 2번 염색체의 43431337번째 염기가 T인(rs72875506), 상기 43431337번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 13번 염색체의 71138478번째 염기가 A인(rs4083786), 상기 71138478번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 25번 염색체의 2633801번째 염기가 C인(rs5982579), 상기 2633801번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 10번 염색체의 29812602번째 염기가 T인(rs7070678), 상기 29812602번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 및 인간의 6번 염색체의 73531644번째 염기가 G인(rs10943068), 상기 73531644번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오타이드 또는 이들의 상보적인 폴리뉴클레오타이드를 더 포함하는 것을 특징으로 하는 성조숙증 진단용 마커 조성물.
  3. 제 1항 또는 제 2항에 따른 마커 조성물을 검출할 수 있는 프로브 또는 증폭할 수 있는 제제를 유효성분으로 포함하는 성조숙증 진단용 조성물.
  4. 제 3항에 따른 조성물을 포함하는 성조숙증 진단용 키트.
  5. 제 4항에 있어서, 상기 키트는 DNA 칩 키트 또는 RT-PCR 키트인 것을 특징으로 하는 성조숙증 진단용 키트.
  6. 제 1항 또는 제 2항에 따른 마커 조성물을 포함하는 성조숙증 진단용 마이크로어레이.
  7. (a) 인간으로부터 분리된 시료에서 DNA 또는 RNA를 수득하는 단계;
    (b) 상기 DNA 또는 RNA로부터 제 1항 또는 제 2항에 따른 단일염기다형성 마커의 다형성 부위를 증폭하거나 프로브와 혼성화하는 단계; 및
    (c) 상기 증폭된 또는 혼성화된 다형성 부위의 염기를 확인하는 단계;
    를 포함하는 성조숙증 진단에 대한 정보를 제공하는 방법.
  8. 인간의 5번 염색체의 137937537번째 염기가 C인(rs10900855), 상기 137937537번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드를 유효성분으로 포함하는 성조숙증 치료 예후 예측용 마커 조성물.
  9. 제 1항에 있어서, 상기 조성물은 인간의 11번 염색체의 30643668번째 염기가 T인(rs373629), 상기 30643668번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 7번 염색체의 78084567번째 염기가 C인(rs56252016), 상기 78084567번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 9번 염색체의 130141353번째 염기가 A인(rs62579679), 상기 130141353번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 27973513번째 염기가 C인(rs4680885), 상기 27973513번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 18번 염색체의 67320971번째 염기가 C인(rs4891764), 상기 67320971번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 188237881번째 염기가 G인(rs6806402), 상기 188237881번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 6번 염색체의 137554245번째 염기가 T인(rs17321070), 상기 137554245번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 5번 염색체의 137876920번째 염기가 G인(rs154069), 상기 137876920번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 6번 염색체의 38920449번째 염기가 C인(rs35890417), 상기 38920449번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 8번 염색체의 112828038번째 염기가 C인(rs16882683), 상기 112828038번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 7번 염색체의 134644454번째 염기가 A인(rs12707194), 상기 134644454번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 22번 염색체의 43645133번째 염기가 G인(rs11705577), 상기 43645133번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 20번 염색체의 12945963번째 염기가 A인(rs3903703), 상기 12945963번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 5번 염색체의 2182854번째 염기가 T인(rs6555069), 상기 2182854번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 3번 염색체의 184087417번째 염기가 T인(rs9849502), 상기 184087417번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 20번 염색체의 20914430번째 염기가 T인(rs7267229), 상기 20914430번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 12번 염색체의 16128785번째 염기가 G인(rs12368628), 상기 16128785번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 2번 염색체의 43431337번째 염기가 T인(rs72875506), 상기 43431337번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 13번 염색체의 71138478번째 염기가 A인(rs4083786), 상기 71138478번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 25번 염색체의 2633801번째 염기가 C인(rs5982579), 상기 2633801번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 인간의 10번 염색체의 29812602번째 염기가 T인(rs7070678), 상기 29812602번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드; 및 인간의 6번 염색체의 73531644번째 염기가 G인(rs10943068), 상기 73531644번째 염기를 포함하는 5-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오타이드로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오타이드 또는 이들의 상보적인 폴리뉴클레오타이드를 더 포함하는 것을 특징으로 하는 성조숙증 치료 예후 예측용 마커 조성물.
  10. 제 8항 또는 제 9항에 따른 마커 조성물을 검출할 수 있는 프로브 또는 증폭할 수 있는 제제를 유효성분으로 포함하는 성조숙증 치료 예후 예측용 조성물.
  11. 제 10항에 따른 조성물을 포함하는 성조숙증 치료 예후 예측용 키트.
  12. 제 11항에 있어서, 상기 키트는 DNA 칩 키트 또는 RT-PCR 키트인 것을 특징으로 하는 성조숙증 치료 예후 예측용 키트.
  13. 제 8항 또는 제 9항에 따른 마커 조성물을 포함하는 성조숙증 치료 예후 예측용 마이크로어레이.
  14. (a) 인간으로부터 분리된 시료에서 DNA 또는 RNA를 수득하는 단계;
    (b) 상기 DNA 또는 RNA로부터 제 1항 또는 제 2항에 따른 단일염기다형성 마커의 다형성 부위를 증폭하거나 프로브와 혼성화하는 단계; 및
    (c) 상기 증폭된 또는 혼성화된 다형성 부위의 염기를 확인하는 단계;
    를 포함하는 성조숙증 치료 예후 예측에 대한 정보를 제공하는 방법.
PCT/KR2019/018703 2019-02-08 2019-12-30 성조숙증 진단 또는 치료 예후 예측용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도 WO2020162663A1 (ko)

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