CN1454082A - 使用肽和核酸组合物诱导针对乙型肝炎病毒的细胞免疫应答 - Google Patents

使用肽和核酸组合物诱导针对乙型肝炎病毒的细胞免疫应答 Download PDF

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Abstract

本发明使用我们关于T细胞识别抗原的机制的知识来发展针对HBV的基于表位的疫苗。更特别的是，本申请公开了我们关于用于预防和治疗HBV感染的药物组合物和方法的发现。

Description

使用肽和核酸组合物诱导针对乙型肝炎 病毒的细胞免疫应答
                  联邦政府赞助的研究和发展
本发明部分由美国政府的国立卫生研究院基金提供资助。美国政府享有本发明的某些权力。
索引I.发明背景II.发明概述III.附图简述IV.发明详述A.定义B.对抗HBV的CTL和HTL应答的刺激C.肽表位对HLA分子的结合亲和力D.肽表位结合基元和超基元
 1.HLA-A1超基元
 2.HLA-A2超基元
 3.HLA-A3超基元
 4.HLA-A24超基元
 5.HLA-B7超基元
 6.HLA-B27超基元
 7.HLA-B44超基元
 8.HLA-B58超基元
 9.HLA-B62超基元
 10.HLA-A1基元
 11.HLA-A2.1基元
  12.HLA-A3基元
  13.HLA-All基元
  14.HLA-A24基元
  15.HLA-DR-1-4-7超基元
  16.HLA-DR3基元
E.增强疫苗的人群覆盖度
F.免疫应答刺激性肽类似物
G.在疾病相关抗原的蛋白序列中计算机筛选含超基元或基元的肽
H.肽表位的制备
I.检测T细胞应答的试验
J.使用肽表位估计免疫应答
K.疫苗组合物
  1.小基因疫苗
  2.CTL肽与辅助细胞肽的组合
L.为治疗或预防目的给予疫苗
M.试剂盒V.实施例VI.权利要求VII.摘要I.发明背景
乙型肝炎病毒(HBV)引起的慢性感染影响着世界人口的至少5％，是肝硬化和肝细胞癌的主要原因(Hoofnagle，J.，N.Engl.J.Med.323：337，1990；Fields，B.和Knipc，D.，In：FieldsVirology 2：2137，1990)。世界卫生组织将乙型肝炎列为全世界死亡的重要原因，紧跟慢性肺病之后，比AIDS更流行。慢性HBV感染可包括从无症状携带者到持续肝细胞坏死和炎症，并可导致肝细胞癌。
据信对HBV的免疫应答在控制乙型肝炎感染中起着重要作用。已经鉴定了对HBV不同区域，包括核壳核心，聚合酶和表面抗原的各种体液和细胞反应。据信T细胞介导的免疫，尤其包括I类人白细胞抗原限制性细胞毒性T淋巴细胞(CTL)，在对抗已经建立的HBV感染中起着决定性作用。
I类人白细胞抗原(HLA)分子在几乎所有有核细胞的表面表达。CTL识别各种抗原细胞内加工得到的与I类HLA分子形成复合体形式的肽片段。这个识别事件接着直接引起携载HLA-肽复合体的细胞破坏或活化抑制病毒复制的非破坏机制，如产生干扰素。
几个研究强调自限性急性肝炎和多特异性CTL反应之间的关联(Penna，A.等，J.Exp.Med.174：1565，1991；Nayersina，R.等，J.Immunol.150：4659，1993)。自发的和干扰素相关的慢性HBV感染的清除也与有力的CTL反应重现相关联(Guidotti，L.G.等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91：3764，1994)。在所有这种情况下，CTL反应是多克隆的，且对多种病毒蛋白包括HBV包膜，核心和聚合酶抗原有特异性。相比之下，慢性肝炎患者中，通常缺乏CTL活性或这种活性微弱，且抗原上受限。
使用HBV转基因小鼠的研究已经进一步强调了CTL在HBV感染消散中的决定性作用。HBV特异性CTL过继转移给HBV基因组转基因小鼠引起病毒复制的抑制。这个作用主要是由非裂解性的基于淋巴因子的机制介导的(Guidotti，L.G.等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA91：3764，1994；Guidotti，L.G.，Guilhot，S.，和Chisari，F.V.J.Virol.68：1265，1994；Guidotti，L.G.等，J.Virol.69：6158，1995；Gilles，P.N.，Fey，G.，和Chisari，F.V.，J.Virol.66：3955，1992)。
正如I类HLA限制的反应的情况，II类HLA限制的T细胞反应通常在急性肝炎患者中检测到，且在慢性感染患者中缺乏或微弱。(Chisari，F.V.和Ferrari，C.，Annu.Rev.Immunol.13：29，1995)。II类HLA反应依附于活化辅助T细胞(HTLs)。辅助T淋巴细胞，它们识别II类HLA分子，可通过分泌抑制病毒复制的细胞因子而直接有助于HBV感染的清除(Franco，A.等，J.Immunol.159：2001，1997)。然而，据信它们在疾病消散中的主要作用是通过诱导病毒特异性CTL和B细胞的活化和扩充而介导的。
鉴于HBV感染观察到的多相免疫应答，看来诱导同时对抗多种表位的多特异性免疫发应对于抗HBV有效疫苗的发展很重要。需要建立引起相当于清除HBV感染的患者中见到的应答的免疫应答的疫苗方案。基于表位的疫苗看来有用。
一旦开发了适当技术，基于表位的疫苗的使用具有优于目前疫苗的几个优点。为了降低逃避突变体的可能性，在这种疫苗中包含的表位将从病毒或肿瘤关联抗原的保守区选择。基于表位的方法相对于使用完整抗原的优点是有对完整抗原的免疫应答大多针对抗原的可变区，允许由于突变造成的免疫逃避的证据。此外，使用基于表位的疫苗可避免完整抗原中可能存在的免疫抑制表位。
另外，在基于表位的疫苗方法中，能够组合所选择的表位(CTL和HTL)并另外修饰表位组成达到例如增强免疫原性。因此，针对靶疾病，可以适当地对免疫应答进行调节。传统方法不可能进行类似的应答改造。
基于表位的免疫刺激性疫苗的另一个主要益处是它们的安全性。消除了可能具有自身内在生物活性的传染物或完整蛋白抗原可能引起的病理副作用。
基于表位的疫苗也提供了指向和聚焦于针对多种从相同病原体选择的抗原的免疫应答的能力。因此，疫苗组合物中包含来自所述病原体的多种抗原的表位可以减弱患者与患者间对特定病原体的免疫应答的可变性。“病原体”可以是传染物或肿瘤相关分子。
然而，广泛有效的基于表位的免疫疗法发展的最大障碍之一是HLA分子的极度多态性。迄今为止，有效的无遗传学偏倚性的人群覆盖度(population coverage)一直是相当复杂的任务，这种覆盖需要使用的表位对对应于每个个体HLA等位基因的HLA分子是特异性的，因此，为了覆盖人种不同的人群，将不得不使用不切实际的大量表位。已经存在开发被多种HLA抗原分子结合的肽表位用于基于表位的疫苗的需要。结合的HLA抗原分子数量越大，疫苗的人群覆盖宽度就越大。
此外，如这里更详细描述的，存在调节肽结合性能的需要，例如使得结合多种HLA抗原的肽可以做到这些，而且亲和力将刺激免疫应答。以与免疫原性相关的亲和力而受限于一个以上HLA等位基因的表位的鉴定，对于提供全面人群覆盖并允许引发足够活力的应答，由此在不同人群中诱导在自限性急性肝炎中观察到的，或慢性HBV感染自发清除的自然免疫应答很重要。这种应答也可以对准广泛表位阵列。这里公开的技术提供了这种有益的免疫应答。
这个部分提供的信息旨在公开本申请申请日之时本领域目前的理解的现有技术。本申请优先权日之后产生的信息也包含在这个部分。因此，这个部分的背景不意欲以任何方式划定本发明的优先权日。II.发明概述
本发明将我们关于抗原被T细胞识别的机制的知识应用于例如开发针对HBV的基于表位的疫苗。更具体的是，本申请传达了我们关于特异表位药物组合物和用于HBV感染的预防和治疗的方法的发现。
在适当技术开发后，基于表位的疫苗的使用具有优于目前疫苗的几个优点，尤其是与在疫苗组合物中使用完整抗原进行比较时。有证据表明对完整抗原的免疫应答大多针对抗原的可变区，允许由于突变造成的免疫逃避。基于表位的疫苗中包含的表位选自病毒或肿瘤关联抗原的保守区，由此降低逃避突变体的可能性。此外，使用基于表位的疫苗可避免完整抗原中可能存在的免疫抑制性表位。
基于表位的疫苗方法另外的优点是能够组合所选择的表位(CTL和HTL)，并进一步修饰表位组成达到例如增强免疫原性。因此，针对靶疾病，可以适当地对免疫应答进行调节。传统方法不可能对应答进行类似的改造。
基于表位的免疫刺激性疫苗的另一个主要益处是它们的安全性。消除了可能具有自身内在生物活性的传染物或完整蛋白抗原可能引起的病理副作用。
基于表位的疫苗也提供了指导和聚焦于针对多种从相同病原体选择的抗原的免疫应答的能力。因此，疫苗组合物中包含来自所述病原体的多种抗原的表位可以减轻患者与患者间对特定病原体的免疫应答的可变性。“病原体”可以是传染物或肿瘤关联分子。
然而，广泛有效的基于表位的免疫疗法的发展的最大障碍之一是HLA分子的极度多态性。迄今为止，有效的无遗传学偏倚性的人群覆盖已经成为相当复杂的任务，这种覆盖需要使用的表位对对应于每个个体HLA等位基因的HLA分子是特异性的，因此，为了覆盖人种不同的人群，将不得不使用不切实际的大量表位。已经存在开发被多种结合的HLA抗原分子肽表位用于基于表位的疫苗的需要。结合的HLA抗原分子数量越大，疫苗的人群覆盖宽度就越大。
此外，如这里更详细描述的，存在调节肽结合性能的需要，例如使得能结合多种HLA抗原的肽可以以将刺激免疫应答的亲和力进行这种结合。以与免疫原性相关的亲和力而限制于一个以上HLA等位基因的表位的鉴定对于提供全面人群覆盖并允许引发足够强的反应，以在不同人群中预防或清除感染很重要。这种反应也可以对准广泛的表位阵列。这里公开的技术提供了这种有益的免疫应答。
在一个优选的实施方案中，本发明疫苗组合物中包含的表位是用评估已知抗原的蛋白序列中基元或超基元携载表位的存在的方法选择的。然后合成相当于基元或超基元携载表位的肽并测试其与识别所选基元的HLA分子结合的能力。进一步评估以中等或高亲和力结合，即对I类HLA分子以500nM或更低的IC50(或KD值)或对II类HLA分子以1000nM或更低的IC50结合的那些肽诱导CTL或HTL反应的能力。选择免疫原性肽用来包含在疫苗组合物中。
另外可以测试超基元携载肽结合HLA超型(supertype)家族内多种等位基因(alleles)的能力。而且，可以模拟肽表位来改变结合亲和力和/或结合HLA超型内的多种等位基因的能力。
本发明也包括一种实施方案，它包括监测HBV疫苗在具有已知HLA类型的患者中的免疫原性活性，该方法包括将来自患者的T淋巴细胞样品与含基本上由表VI至表XX或表XXII所述的氨基酸序列组成的、结合所述患者中存在的至少一个HLA等位基因之产物的HBV表位的肽组合物共同培养，和检测与该肽结合的T淋巴细胞的存在。在一个优选的实施方案中，该肽包括四聚体复合体。
定义本发明肽的可供选择的形式是描述物理性质，如长度；一级，可能的二级和/或三级结构；或电荷，它与对特定等位基因特异性HLA分子或等位基因特异性HLA分子组的结合有关。定义肽的另一个形式是列举HLA结合袋的物理性质，或几种等位基因特异性HLA结合袋共同具有的性质(如袋构型和电荷分布)和说明该肽适合和结合所述袋。
如从下面的讨论中将很显然的，本发明也包含其它方法和实施方案。此外，这里描述的任何方法制备的新合成肽也是本发明的一部分。III.附图简述
图1：提供了平均人群中基因型总频率作为HLA-A和B分子结合的HBV候选表位数量的函数的图。
图2：图解了实验模型小基因构建体中肽表位的位置。IV.发明详述
本发明的肽和相应核酸组合物可用于通过刺激产生CTL或HTL反应刺激针对HBV的免疫应答。该肽，直接或间接来自天然HBV氨基酸序列，能够结合HLA分子并刺激对HBV的免疫应答。HBV的完整多蛋白序列及其变异体可从Genbank得到。如从下面公开将清楚知晓的，从随后发现的迄今未知HBV变异体的序列信息也可以很容易确定肽。
如下面将讨论的，很多方法已经鉴定了本发明的肽。此外，已经衍生出类似肽并且通过改变特定氨基酸残基产生显示免疫原性改变的肽类似物而调节与HLA分子的结合活性。此外，本发明提供了组合物和组合物的组合，使得能够与多种HLA抗原相互作用的基于表位的疫苗可提供比已有疫苗更广泛的人群覆盖度。
IV.A.定义
参考下列按字母顺序列出的定义可更好理解本发明。
“计算机”或“计算机系统”通常包括：处理器；至少一个信息存储/取回装置如，例如，硬盘驱动器，磁盘驱动器或磁带驱动器；至少一个输入装置如，例如，键盘，鼠标，触感屏或麦克风；和显示结构。另外，该计算机可以包括与网络联系的通信信道。这种计算机可以包括多于或少于上面所列的内容。
这里使用的“构建体”通常表示自然不存在的成分。通过合成技术可制备构建体，如重组DNA制备和表达或核酸或氨基酸的化学合成技术。构建体也可以通过一个物质与另一个物质的添加或连接使得不能在自然中找到那种形式的结果而制备。
“交叉反应性结合”是指肽被一个以上HLA分子结合；同义词是简并结合。
“隐蔽肽”通过用分离的肽免疫而引发应答，但是当包含该表位的完整蛋白用作抗原时，该应答不是体外交叉反应性的。
“优势表位”是用完整天然抗原免疫时诱导免疫应答的表位(如见Sercarz，等，Annu.Rev.Immunol.11：729-766，1993)。这种应答与分离的肽表位有体外交叉反应。
关于特定氨基酸序列，“表位”是一组氨基酸残基，它参与被特定免疫球蛋白识别，或在T细胞背景下，是T细胞受体(TCR)蛋白和/或主要组织相容性复合体(MHC)受体识别所必需的那些残基。在免疫系统环境下，无论体内或体外，表位是分子的集合特征，如一级，二级和三级肽结构，和电荷，它们一起形成免疫球蛋白，TCR或HLA分子识别的位点。在这公开的内容中，表位和肽常可相互交换使用。
可领会到包含本发明表位以及另外的氨基酸的蛋白或肽分子仍在本发明的范围内。在某些实施方案中，对本身不是构建体的本发明肽的长度存在限制。当包含本发明表位的蛋白/肽包含与天然序列有100％等同性的区域(即连续氨基酸串)时，出现长度受限的实施方案。为了避免表位的定义例如在完整天然分子上解读，与天然肽序列具有100％等同性的任何区域的长度都有限制。因此，对于包含本发明表位和与天然肽序列100％等同的区域的肽(本身不是构建体)，与天然序列100％等同的区域通常具有如下长度：小于或等于600个氨基酸，常常小于或等于500个氨基酸，常常小于或等于400个氨基酸，常常小于或等于250个氨基酸，常常小于或等于100个氨基酸，常常小于或等于85个氨基酸，常常小于或等于75个氨基酸，常常小于或等于65个氨基酸，常常小于或等于50个氨基酸。在某些实施方案中，本发明的“表位”包含在具有与天然肽序列100％等同的不到51个氨基酸的区域的肽中，该区域的长度可以以任何增量(49，48，47，46，45，44，43，42，41，40，39，38，37，36，35，34，33，32，31，30，29，28，27，26，25，24，23，22，21，20，19，18，17，16，15，14，13，12，11，10，9，8，7，6，5)下降到5个氨基酸。
因此，长于600个氨基酸的肽或蛋白序列在本发明的范围内，只要它们不包含与天然肽序列100％等同超过600个氨基酸的任何连续序列(如果它们本身不是构建体)。对于具有五个或更少对应于天然序列连续残基的任何肽，为了落入本发明的范围内，对于那个肽的最大长度没有限制。目前优选CTL表位少于600个残基长，以任何增量下降到八个氨基酸残基。
“人白细胞抗原”或“HLA”是人I类或II类主要组织相容性复合体(MHC)蛋白(见Stites，等，IMMUNOLOGY，第8版，LangePublishing，Los Altos，CA(1994)。
这里使用的“HLA超型(supertype)或家族”描述基于共同的肽结合特异性分类的HLA分子组。对携带某些氨基酸基元的肽共有少许类似的结合亲和力的I类HLA分子归类为HLA超型。术语HLA超家族，HLA超型家族和HLA xx样超型分子(其中xx代表特定HLA型)是同义词。
在这里公开的内容中，结果以术语“IC50”表示。IC50是结合试验中，观察到参照肽结合50％抑制的肽浓度。给定试验进行的条件(即限制HLA蛋白和标记的肽浓度)，这些值接近KD值。PCT公开号WO94/20127和WO94/03205等中详细描述了确定结合的试验。应该注意的是，如果试验条件被改变，IC50值可以改变，常常是巨大的改变，这依赖于使用的特定试剂(如HLA制剂等)。例如，HLA分子浓度过高将增加给定配体的表观测定的IC50。
可供选择地，结合可相对于参照肽来表示。尽管由于特定试验更高或更低敏感，测试的肽的IC50可以多少改变，但相对于参照肽的结合将改变不明显。例如，在使得参照肽IC50增加10倍的条件下进行的试验中，测试肽的IC50值也将变化大约10倍。因此，为了避免不明确，肽是否是很好，中等，微弱或负的结合剂的估计通常基于其相对于标准肽IC50的IC50。
也可以使用其它试验系统测定结合，包括使用以下物质或方法的那些系统：活细胞(如Ceppellini等，Nature 339：392，1989；Christnick等，Nature352：67，1991；Busch等，Immunol.2：443，1990；Hill等，J.Immunol.147：189，1991；del Guercio等，J.Immunol.154：685，1995)，采用去污剂裂解物的无细胞系统(如，Cerundolo等，J.Immunol.21：2069，1991)，固定的纯化MHC(如Hill等，J.Immunol.152，2890，1994；Marshal等，J.Immunol.152：4946，1994)，ELISA系统(如Reay等，EMBOJ.11：2829，1992)，表面等离子体共振(如Khilko等，J.Biol.Chem.268：15425，1993)；高流量可溶相试验(Hammer等，J.Exp.Med.180：2353，1994)，和I类MHC稳定化或装配测定(如Ljunggren等，Nature 346：476，1990；Schumacher等，Cell 62：563，1990；Townsend等，Cell62：285，1990；Parker等，J.Immunol.149：1896，1992)。
这里使用的对于I类HLA分子的“高亲和力”定义为以50nM或更低的IC50或KD值结合，“中等亲和力”是以约50和约500nM之间的IC50或KD值结合。对于结合II类HLA分子的“高亲和力”定义为
l00nM或更低的IC50或KD值结合，“中等亲和力”是以约100和约1000nM之间的IC50或KD值结合。
在两个或更多肽序列的上下文中，术语“等同”或百分比“等同性”是指当在比较窗口比较和比对最大对应性时，使用序列比较算法或人工比对和肉眼观察测定，相同或具有指明百分比相同氨基酸残基的两个或更多序列或亚序列。
“免疫原性肽”或“肽表位”是包含等位基因特异性基元或超基元，使得肽会结合HLA分子并诱导CTL和/或HTL反应的肽。因此，本发明的免疫原性肽能够结合适当HLA分子，其后诱导针对衍生出免疫原性肽的抗原的细胞毒性T细胞反应，或辅助T细胞反应。
短语“分离的”或“生物学纯”是指实质上或基本上不含其天然状态发现的正常伴随该物质的成分的物质。因此，优选按照本发明的分离的肽不含有在其原始环境中正常伴随肽的物质。
“连接”或“结合”是指本领域已知的功能性地连接肽的任何方法，包括但不限于重组融合，共价键接，二硫键键接，离子键键接，氢键键接和静电键键接。
“主要组织相容性复合体”或“MHC”是在控制负责生理免疫应答的细胞相互作用中起作用的一簇基因。在人类中，MHC复合体也称HLA复合体。对于MHC和HLA复合体的详细描述参见Paul，FUNDAMENTAL IMMUNOLOGY，第3版，Raven Press，New York，1993。
术语“基元”是指在确定长度的肽中残基的模式，对于I类HLA基元，通常为约8至约13个氨基酸的肽，对于II类HLA基元，通常为约6至约25个氨基酸的肽，所述肽被特定HLA分子识别。典型地，对于每个人HLA等位基因编码的每个蛋白，肽基元不同，且一级和二级固定残基的模式不同。
“负结合残基”或“有害残基”是如果存在于肽表位的某些位置(典型地不是一级固定位置)，将引起肽对肽相应HLA分子的结合亲和力降低的氨基酸。不是“有害”的任何残基是“无害”残基。
“非天然”序列或“构建体”是指天然未发现的序列，即“非天然存在的”。这种序列包括，例如脂化或其它修饰的肽和含有天然蛋白序列中不相邻的表位的多表位组合物。
在本说明书中，术语“肽”与“寡肽”可交换使用，指典型地通过相邻氨基酸的氨基和羧基之间的肽键彼此连接的一系列残基，典型地是L氨基酸。在一些实施方案中，本发明优选的CTL诱导性寡肽的长度是13个残基或更少，通常由约8个至约11个残基，优选9个或10个残基组成。在一些实施方案中，优选的HTL诱导性寡肽长度少于约50个残基，通常由约6至约30个残基组成，更常约12至25个，常常是约15至20个残基。
“药物可接受的”是指一般无毒，惰性和生理相容的成分。
“一级固定残基(primary anchor residue)”是沿肽序列特定位置的氨基酸，它提供免疫原性肽和HLA分子之间的接触点。长度限定的肽内一至三个，通常是两个一级固定残基一般定义免疫原性肽的“基元”。这些残基被理解为适应与HLA分子的肽结合沟密切接触，他们的侧链埋藏在结合沟本身的特殊袋中。在一个实施方案中一级固定残基位于按照本发明的九残基肽的第2位(从氨基末端位置开始)和羧基末端位置。表I列出了每个基元和超基元的一级固定位置。例如，通过改变这些一级固定位置中特定残基的存在或缺乏可产生类似肽。这种类似物用于精细地调节包含特定基元或超基元的肽的结合亲和力。
“混杂识别”是在多HLA分子背景下由相同T细胞克隆识别不同肽的情形。混杂结合是交叉反应性结合的同义词。
“保护性免疫应答”或“治疗性免疫应答”是指针对来自传染物的抗原或肿瘤抗原的CTL和/或HTL应答，它预防或至少部分阻止疾病症状或进展。免疫应答也可以包括辅助T细胞刺激所推动的抗体应答。
术语“残基”是指通过酰胺键或酰胺键模拟物掺入到寡肽中的氨基酸或氨基酸模拟物。
“二级固定残基(Secondary anchor residue)”是在肽中处于一级固定位置以外的位置的氨基酸，它可能影响肽结合。二级固定残基在结合肽中以比在一个位置氨基酸随机分布所期望的明显高的频率出现。称二级固定残基出现在“二级固定位置”。二级固定残基可鉴定为在高亲和力结合肽中以更高频率出现的残基或以其它方式与高亲和力结合关联的残基。例如，通过改变这些二级固定位置中特定残基的存在或缺乏可产生类似肽，这种类似物用于精细地调节包含特定基元或超基元的肽的结合亲和力。
“亚优势表位”是对包含该表位的完整抗原免疫很少或不激发应答的表位，但是用分离肽免疫可获得应答，而且当整个蛋白用于体外或体内回忆该应答时可检测到这个应答(不像隐蔽表位的情况)。
“超基元(supermotif)”是由两个或更多HLA等位基因编码的HLA分子共有的肽结合特异性。优选携带超基元的表位被两个或更多HLA抗原以高或中等亲和力(如这里定义的)识别。
“合成肽”是指用化学合成或重组DNA技术等方法人工制备的肽。
这里使用的“疫苗”是含有本发明一个或更多肽的组合物。根据本发明，有很多疫苗的实施方案，如一个或更多肽的混合物；多表位肽包含的本发明一个或更多表位；或编码这种肽或多肽的核酸，如编码多表位肽的小基因。“一个或更多肽”可以包括1-150的任何整数，如至少2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，45，50，55，60，65，70，75，80，85，90，95，100，105，110，115，120，125，130，135，140，145或150或更多本发明的肽。肽或多肽可以任选地被修饰，如脂化，导向序列或其它序列的添加。本发明的I类HLA结合肽可与II类HLA结合肽混合或连接，以利于细胞毒性T淋巴细胞和辅助T淋巴细胞两者的活化。疫苗也可以包含肽脉冲的抗原呈递细胞，如，树突细胞。
用于描述肽化合物的命名法符合传统实践，其中氨基出现在每个氨基酸残基的左侧(N末端)，羧基在右侧(C末端)。当在肽表位中提及氨基酸残基位置时，它们以氨基至羧基方向编号，位置1在氨基末端最近的位置。在代表所选本发明具体实施方案的式子中，尽管未特别显示，氨基和羧基末端基团是它们在生理pH值下假定的形式，除非有相反的说明。在氨基酸结构式中，每个残基一般用标准的三字母或单字母命名来表示。L型的氨基酸残基用大写单字母或三字母符号的首字母大写来表示，具有D型的那些氨基酸的D型用小写单字母或小写三字母符号表示。甘氨酸没有不对称碳原子，简单记做“Gly”或G。氨基酸符号显示如下。
 单字母符号    三字母符号    氨基酸
  A               Ala        丙氨酸
  C               Cys        半胱氨酸
  D               Asp        天冬氨酸
  E               Glu        谷氨酸
  F               Phe        苯丙氨酸
  G               Gly        甘氨酸
  H               His        组氨酸
  I               Ile        异亮氨酸
  K               Lys        赖氨酸
  L               Leu        亮氨酸
  M               Met        甲硫氨酸
  N               Asn        天冬酰胺
  P               Pro        脯氨酸
Q         Gln       谷氨酰胺
R         Arg       精氨酸
S         Ser       丝氨酸
T         Thr       苏氨酸
V         Val       缬氨酸
W         Trp       色氨酸
Y         Tyr        酪氨酸
IV.B.对抗HBV的CTL和HTL反应的刺激
在过去十年里已经勾划了T细胞识别抗原的机制。基于我们对免疫系统的新的理解，我们产生了可在广泛人群内诱导针对HBV感染的治疗或预防性免疫应答的有效肽表位疫苗组合物。为了理解要求保护的组合物的价值和功效，提供了该技术的简要回顾。
HLA分子和肽抗原的复合体作为HLA限制性T细胞识别的配体(Buus，S.等，Cell 47：1071，1986；Babbitt，B.P.等，Nature317：359，1985；Townsend，A.和Bodmer，H.，Annu.Rev.Immunol.7：601，1989；Germain，R.N.，Annu.Rev.Immunol.11：403，1993)。通过单个氨基酸置换的抗原类似物的研究和内源性结合的天然加工肽的测序，已经鉴定了对应于特异性结合HLA抗原分子所必需的基元的关键性残基，它们在这里进行了描述并在表I、II和III中列出(也参见例如，Southwood，等，J.Immunol.160：3363，1998；Rammensee，等，Immunogenetics41：178，1995；Rammensee等，SYFPEITHI，网址为：http：//134.2.96.221/scripts.hlaserver.dll/home.htm；Sette，A.和Sidney，J.Curr.Opin.Immunol.10：478，1998；Engelhard，V.H.，Curr.Opin.Immunol.6：13，1994；Sette，A.和Grey，H.M.，Curr.Opin.Immunol.4：79，1992；Sinigaglia，F.和Hammer，J.Curr.Biol.6：52，1994；Ruppert等，Cell74：929-937，1993；Kondo等，J.Immunol.155：4307-4312，1995；Sidney等，J.Immunol.157：3480-3490，1996；Sidney等，Human Immunol.45：79-93，1996；Sette，A.和Sidney，J.Immunogenetics，出版中，1999)。
此外，HLA-肽复合体的X射线结晶分析显示了HLA分子肽结合裂口内的袋，它以等位基因特异的方式容纳肽配体携带的残基；这些残基反过来决定它们所存在的肽的HLA结合能力(如参见Madden，D.R.Annu.Rev.Immunol.13：587，1995；Smith，等，Immunity4：203，1996；Fremont等，Immunity8：305，1998；Stern等，Structure2：245，1994；Jones，E.Y.Curr.Opin.Immunol.9：75，1997；Brown，J.H.等，Nature364：33，1993；Guo，H.C.等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA90：8053，1993；Guo，H.C.等，Nature360：364，1992；Silver，M.L.等，Nature360：367，1992；Matsumura，M.等，Science257：927，1992；Madden等，Cell 70：1035，1992；Fremont，D.H.等，Science257：919，1992；Saper，M.A.，Bjorkman，P.J.和Wiley，D.C.，J.Mol.Biol.219：277，1991.)。
因此，I类和II类等位基因特异性HLA结合基元或I类超基元的确定允许具有结合特定HLA抗原潜力的蛋白内区域的鉴定(也参见如Sette，A.和Grey，H.M.，Cure.Opin.Immunol.4：79，1992；Sinigaglia，F.和Hammer，J.，Curr.Biol.6：52，1994；Engelhard，V.H.，Curr.Opin.Immunol.6：13，1994；Kast，W.M.等，J.Immunol.，152：3904，1994)。
此外，也已经建立了定量肽和HLA之间相互作用亲和力的各种试验。这种试验包括，例如，IC50值测定，抗原呈递抑制(Sette等，J.Immunol.141：3893，1991)，体外装配试验(Townsend等，Cell62：285，1990)，解离速率测定(Parker等，J.Immunol.149：1896-1904，1992)和使用变异细胞如RMA.S的基于FACS的试验(Melief，等，Eur.J.Immunol.21：2963，1991)。
本发明人已经发现结合亲和力与免疫原性的相关是评价候选肽时要考虑的一个重要因素。因此，通过基元检索和HLA-肽结合试验的结合，已经鉴定了基于表位的候选疫苗。确定它们的结合亲和力之后，可实施其它证实工作，从这些候选疫苗中选择抗原性和免疫原性方面具有优选特征的表位。可利用各种策略评价免疫原性，包括：
1)来自正常个体的原代T细胞培养物的评价(Wentworth，P.A.等，Mol.Immunol.32：603，1995；Celis，E.等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA91：2105，1994；Tsai，V.等，J.Immunol.158：1796，1997；Kawashima，I.等，Human Immunol.59：1，1998)；这个方法包括在抗原呈递细胞存在下，用测试肽体外刺激正常受试者的PBL几周的时间。这段时间内，该肽特异性的T细胞被活化，并使用涉及肽致敏靶细胞的51Cr-释放试验进行检测。
2)HLA转基因小鼠的免疫(Wentworth，P.A.等，J.Immunol.26：97，1996；Wentworth，P.A.等，Int.Immunol.8：651，1996；Alexander，J.等，J.Immunol.159：4753，1997)；在这个方法中，将不完全弗氏佐剂中的肽皮下给予HLA转基因小鼠。免疫后几周，取出脾细胞并在测试肽存在下体外培养约一周。用涉及肽致敏靶细胞和表达内源产生的抗原的靶细胞的51Cr-释放试验检测肽特异性T细胞。
3)已从感染康复的免疫个体和/或慢性感染患者的回忆T细胞反应的证实(Rehennann，B.等，J.Exp.Med.  181：1047，1995；Doolan，D.L.等，Immunity7：97，1997；Bertoni，R.等，J.Clin.Invest.100：503，1997；Threlkeld，S.C.等，J.Immunol.159：1648，1997；Diepolder，H.M.等，J.Virol.71：6011，1997)。应用这个策略时，培养已自然接触过抗原，例如通过感染接触过抗原，并因此曾产生“天然”免疫应答的受试者的PBL来检测回忆反应。在测试肽和抗原呈递细胞(APC)存在下，受试者的PBL体外培养1-2周，以允许与“幼稚”T细胞相比，“记忆”T细胞活化。在培养期末，用T细胞活性试验，包括涉及肽致敏靶细胞的51Cr-释放，T细胞增殖或淋巴因子释放来检测T细胞活性。
下面描述本发明的肽表位和相应核酸。
IV.C.肽表位与HLA分子的结合亲和力
如这里指出，HLA多态性的巨大程度是用基于表位的方法进行疫苗开发要考虑的一个重要因素。为了解决这个问题，优选利用包括鉴定能够以高或中等亲和力结合多种HLA分子的肽的表位选择，更优选这些表位以高或中等亲和力结合两个或更多等位基因特异的HLA分子。
疫苗组合物的感兴趣CTL诱导性肽优选包括对I类HLA分子具有500nM或更低的IC50或结合亲和力值的那些肽。HTL诱导性肽优选包括对II类HLA分子具有1000nM或更低的IC50或结合亲和力值的那些肽。例如，通过测试候选肽体外结合纯化HLA分子的能力来评价肽结合。然后考虑显示高或中等亲和力的肽进行进一步分析。所选肽在该超型家族的其它成员中测试。在优选实施方案中，显示交叉反应性结合的肽接着被用于疫苗或细胞筛选分析。
如这里公开的，高HLA结合亲和力与高免疫原性相关。高免疫原性可以以几种不同方法证明。免疫原性对应于是否完全引起免疫应答，以及任何特定应答的活力。例如，一个肽可以在多种人群中引起免疫应答，但是在任何情况下都不产生有力的应答。根据这些原则，发现与结合亲和力中等的大约50％的肽相比接近90％的高结合肽，具有免疫原性。而且，结合亲和力更高的肽导致更有力的免疫原应答。结果，如果使用高亲和力结合的肽，引起类似生物学效果需要较少的肽。因此，在本发明的优选实施方案中，特别期望高结合的表位。
本领域中，本发明人已经首次确定了与I类HLA分子的结合亲和力和结合抗原上离散肽表位的免疫原性之间的关系。以两种不同的试验方法分析了结合亲和力和免疫原性之间的相关性(Sette，等，J.Immunol.153：5586-5592，1994)。在第一个方法中，分析了HLA-A*0201转基因小鼠中HLA结合亲和力在10000倍范围内的潜在表位的免疫原性。在第二个方法中，使用急性肝炎患者的PBL(外周血淋巴细胞)估计大约100个不同的乙型肝炎病毒(HBV)来源的潜在表位的抗原性，所有表位都携带A*0201结合基元。依照这些方法，确定了大约500nM(优选500nM或更低的IC50值)的亲和力阈值确定肽表位引起CTL反应的能力。这些数据对天然加工肽和合成T细胞表位的I类结合亲和力测定是确实的。这些数据也表明决定簇的选择在T细胞应答修整中的重要作用。
也已经描述了与II类HLA DR分子背景下的免疫原性关联的亲和力阈值(Southwood等J.Immunology160：3363-3373，1998，和U.S.S.N 60/087192，申请日为5/29/98)。为了定义DR结合亲和力的有生物学意义的阈值，编辑了32个DR限制性表位与其限制性元素的结合亲和力的数据库。大约一半的情况(32个表位中的15个)中，DR限制与高结合亲和力关联，即IC50值为100nM或更低的结合亲和力。在其它一半情况(32个中的16个)中，DR限制与中等亲和力(结合亲和力在100-1000nM范围)关联。32个例子中仅一个是DR限制与1000nM或更高的IC50值相关。因此，1000nM可以定义为DR分子背景中与免疫原性关联的亲和力阈值。
可如下面实施例1所述确定肽与HLA分子的结合亲和力。
IV.D.肽表位结合基元和超基元
在过去几年中，已经累积证据证明大部分I类HLA和可能II类分子可归类为特征是大部分重叠的肽结合库(peptide bindingrepertoires)和主要肽结合袋的共有结构的相对较少的超型。
对于HLA分子袋分析，已经从Parham，等(Parham，P.，Adams，E.J.，和Arnett，K.L.，Immunol.Rev.143：141，1995)的数据库汇编了如结晶研究(Guo，H.C.等，Nature360：364，1992；Saper，M.A.，Bjorlcman，P.J.和Wiley，D.C.，J.Mol.Biol.219：277，1991；Madden，D.R.，Garboczi，D.N.和Wiley，D.C.，Cell 75：693，1993)中所述的包含I类HLA分子B和F袋的残基。在这些分析中，认为残基9，45，63，66，67，70和99组成了B袋，并决定对肽配体第二个位置的残基的特异性。类似地，认为残基77，80，81和116决定F袋的特异性，并决定对HLA分子结合的肽配体的C末端残基的特异性。
通过单个氨基酸置换的抗原类似物的研究和内源性结合的天然加工肽的测序，已经鉴定了等位基因特异的与HLA分子的结合所需的关键残基。这些残基的存在与对HLA分子的结合亲和力相关。与高和中等亲和力结合相关的基元和/或超基元的鉴定对于用在疫苗中的免疫原性肽表位的鉴定是一个重要问题。Kast等(J.Immunol.152：3904-3912，1994)已经表明基元携载肽占与等位基因特异性I类HLA分子结合的表位的90％。在这个研究中，评价了长度是9个氨基酸并有八个氨基酸重叠的所有可能的肽(240个肽)(这些肽覆盖人乳头瘤病毒16型的E6和E7蛋白完整序列)与在不同人种群中以高频率表达的五个等位基因特异性HLA分子的结合。这个无偏倚性的肽组允许评价I类HLA基元的预测价值。这组240个肽中，鉴定了以高或中等亲和力结合等位基因特异性HLA分子的22个肽。这22个肽中，20个(即91％)是携带基元的。因此，这个研究证明了基元对于鉴定用于包含在疫苗内的肽表位的价值：基于基元的鉴定技术的应用消除了90％潜在表位的筛选。
下述表中鉴定了这些肽表位。I类HLA表位的表包括90％以上的将以中等或高亲和力结合等位基因特异性I类HLA分子的肽。
本发明的肽也可以包括结合II类MHC DR分子的表位。I类和II类HLA分子之间的显著差异是，尽管对于结合I类分子的肽存在严格的大小限制，但是可证明对于II类肽配体，相对于肽的N和C末端，基元的大小和结合框架位置(binding frame position)有更大程度的不均一性。这种不均一性增加是由于II类结合沟的结构不象其I类相应物，它在两个末端是开放的。DRB*0101-肽复合体的晶体学分析(参见如Madden，D.R.Ann.Rev.Immunol.13：587，1995)表明与DRB*0101复合的占据肽的位置1和位置6的残基嵌入DRBa*0101上的两个互补袋，P1位置对应于最关键的固定残基和最深的疏水袋。其它研究也指出P6位置是结合各种其它DR分子的关键固定残基。
因此，本发明的肽由几种HLA特异性氨基酸基元中任何一种来鉴定(如见表I-III)。如果基元的存在对应于结合几种等位基因特异性HLA抗原的能力，则它称做超基元。结合具有特定氨基酸超基元的肽的等位基因特异性HLA分子统称做HLA“超型”。
下述肽基元和超基元提供了鉴定和使用根据本发明的肽的指导。
表中包括了携载各个超基元或基元的肽表位的实例，如在每个基元或超基元的说明中所指定的。这些表包括对一些肽表位所列的结合亲和力比例。该比例可以使用下列公式转换为IC50：标准肽的IC50/比例＝测试肽(即所述肽表位)的IC50。表IV显示了用于确定I类肽的结合亲和力的标准肽的IC50值。表V显示了用于确定II类肽的结合亲和力的标准肽的IC50值。用作结合试验标准的肽是标准的例子；当进行这种分析时，也可以使用其它的标准肽。
为了得到每个表列出的肽表位序列，对自20个HBV株(HPBADR，HPBADR1CG，HPBADRA，HPBADRC，HPBADRCG，HPBCGADR，HPBVADRM，HPBADW，HPBADW1，HPBADW2，HPBADW3，HPBADWZ，HPBHEPB，HPBVADW2，HPBAYR，HPBV，HPBVAYWC，HPBVAYWCI，NAD HPBVAYWE)的蛋白序列数据评价指定超基元或基元的存在。也在它们保守性的基础上选择肽表位。保守性标准需要肽的全部序列在特定蛋白可获得的序列的75％中是完全保守的。所选肽表位的保守性百分比在表中指出。也显示了频率，即20个株中肽序列被鉴定的株的数量。表中的“第1位”栏指定HBV蛋白对应于表位第一个氨基酸残基的氨基酸位置。“氨基酸数量”表示表位序列中残基的数量。
指示CTL诱导性肽表位的I类HLA基元：
表I总结了下面描述的I类HLA肽表位超基元和基元的一级固定残基。表I(a)所列的I类HLA基元是与这里要求保护的发明最特别相关的基元。表II总结了一级和二级固定位置。表VI列出了包含I类HLA超型家族的等位基因特异性HLA分子。
IV.D1.HLA-A1超基元
HLA-A1超基元的特征在于肽配体位置2中存在小(T或S)或疏水(L，I，V或M)一级固定残基，和该表位的C末端位置存在芳香(Y，F或W)一级固定残基。结合A1超基元的HLA分子的相应家族(即HLA-A1超型)至少由A*0101，A*2601，A*2602，A*2501和A*3201组成(如见DiBrino，M.等，J.Immunol.151：5930，1993；DiBrino，M.等，J.Immunol.152：620，1994；Kondo，A.等，Immunogenetics45：249，1997)。表VI显示了预测是A1超家族成员的其它等位基因特异性HLA分子。在一级和/或二级固定位置置换，优选选择为该超基元所指定的各个残基，可调节结合每个HLA蛋白的肽。
所附表VII列出了含A1超基元的代表性肽表位。
IV.D.2.HLA-A2超基元
已经描述了对等位基因特异性HLA A2.1分子的一级固定特异性(Falk等，Nature 351：290-296，1991；Hunt等，Science255：1261-1263，1992)和HLA A2家族内的交叉反应性结合(Fruci等，Human Immunol.38：187-192，1993；Tanigaki等，HumanImmunol.39：155-162，1994)。本发明人定义了决定与多种等位基因特异性HLA A2分子交叉反应结合的另外的一级固定残基(DelGuercio等，J.Immunol.154：685-693，1995)。HLA-A2超基元包含在位置2有L，I，V，M，A，T或Q作为一级固定残基和在该表位C末端位置有L，I，V，M，A或T作为一级固定残基的肽配体。
HLA分子的相应家族(即结合这些肽的HLA-A2超型)至少由A*0201，A*0202，A*0203，A*0204，A*0205，A*0206，A*0207，A*0209，a*0214，A*6802和A*6901组成。表VI显示了预测是A2超家族成员的其它等位基因特异性HLA分子。如下详细解释的，在一级固定和/或二级固定位置置换，优选选择为该超基元所指明的各个残基，可调节与各个等位基因特异性HLA分子中每一个的结合。
所附表VIII列出了含A2超基元的代表性肽表位。在位置2含有一级固定残基V，A，T或Q和在C末端位置含有L，I，V，A或T的基元是与这里要求保护的发明最特别相关的基元。
IV.D.3.HLA-A3超基元
HLA-A3超基元的特征在于在肽配体位置2中存在A，L，I，V，M，S或T作为一级固定残基，和在该表位的C末端位置(如9-mers的位置9)存在带正电荷残基R或K。结合A3超基元的HLA分子相应家族(HLA-A3超型)的示例成员至少包括A*0301，A*1101，A*3101，A*3301和A*6801。表VI显示了预测是A3超家族成员的其它等位基因特异性HLA分子。如下详细解释的，在肽的一级固定和/或二级固定位置氨基酸的置换，优选选择为该超基元所指明的各个残基，可调节与各个等位基因特异性HLA蛋白中每一个结合的肽。
所附表IX列出了包含A3超基元的代表性肽表位。
IV.D.4.HLA-A24超基元
HLA-A24超基元的特征在于肽配体位置2中存在芳香残基(F，W或Y)作为一级固定残基，和在表位的C末端位置存在疏水残基(Y，F，L，I，V或M)作为一级固定残基。结合A24超基元的HLA分子相应家族(即A24超型)至少包括A*2402，A*3001和A*2301。表VI显示了预测是A24超家族成员的其它等位基因特异性HLA分子。在一级固定位置置换，优选选择为该超基元指明的各个残基，可调节与各个等位基因特异性HLA分子中每一个结合的肽。
所附表X列出了包含A24超基元的代表性肽表位。
IV.D.5.HLA-B7超基元
HLA-B7超基元的特征在于肽位置2具有脯氨酸作为一级固定残基，和在表位的C末端位置具有疏水或脂肪族氨基酸(L，I，V，M，A，F，W或Y)作为一级固定残基。结合B7超基元的HLA分子相应家族(即HLA-B7超型)至少由二十六个HLA-B蛋白组成，包括：B*0702，B*0703，B*0704，B*0705，B*1508，B*3501，B*3502，B*3503，B*3504，B*3505，B*3506，B*3507，B*3508，B*5101，B*5102，B*5103，B*5104，B*5105，B*5301，B*5401，B*5501，B*5502，B*5601，B*5602，B*6701，和B*7801(如见Sidney，等，J.Immunol.154：247，1995；Barber，等，Curr.Biol.5：179，1995；Hill，等，Nature360：434，1992；Rammensee，等，Immunogenetics41：178，1995)。表VI显示了预测是B7超家族成员的其它等位基因特异性HLA分子。如下详细解释的，在肽的一级固定和/或二级固定位置氨基酸的置换，优选选择为该超基元指明的各个残基，可调节与各个等位基因特异性HLA蛋白中每一个结合的肽。
所附表XI列出了包含B7超基元的代表性肽表位。
IV.D.6.HLA-B27超基元
HLA-B27超基元的特征在于肽配体位置2存在带正电荷(R，H或K)残基作为一级固定残基，和在表位的C末端位置存在疏水残基(F，Y，L，W，M，I，A或V)作为一级固定残基。结合B27超基元的HLA分子相应家族(即HLA-B27超型)的示例成员至少包括B*1401，B*1402，B*1509，B*2702，B*2703，B*2704，B*2705，B*2706，B*3801，B*3901，B*3902和B*7301。表VI显示了预测是B27超家族成员的其它等位基因特异性HLA分子。在一级固定位置置换，优选选择对该超基元指明的各个残基，可调节与每个等位基因特异性HLA分子结合的肽。
所附表XII列出了包含B27超基元的代表性肽表位。
IV.D.7.HLA-B44超基元
HLA-B44超基元的特征在于肽配体位置2存在带负电荷(D或E)残基作为一级固定残基，和在表位的C末端位置存在疏水残基(F，W，Y，L，I，M，V或A)作为一级固定残基。结合B44超基元的HLA分子相应家族(即HLA-B44超型)的示例成员至少包括B*1801，B*1802，B*3701，B*4001，B*4002，B*4006，B*4402，B*4403，和B*4006。通过在一级固定位置置换，优选选择为该超基元指明的各个残基，可调节与每个等位基因特异性HLA分子结合的肽。
IV.D.8.HLA-B58超基元
HLA-B58超基元的特征在于肽配体位置2存在小脂肪族残基(A，S或T)作为一级固定残基，和表位的C末端位置存在芳香或疏水残基(F，W，Y，L，I，V，M或A)作为一级固定残基。结合B58超基元的HLA分子相应家族(即B58超型)的示例成员至少包括B*1516，B*1517，B*5701，B*5702和B*5801。表VI显示了预测是B58超家族成员的其它等位基因特异性HLA分子。通过在一级固定位置置换，优选选择为该超基元指明的各个残基，可调节与每个等位基因特异性HLA分子结合的肽。
所附表XIII列出了包含B58超基元的代表性肽表位。
IV.D.9.HLA-B62超基元
HLA-B62超基元的特征在于肽配体位置2存在极性脂肪族残基Q或疏水脂肪族残基(L，V，M或I)作为一级固定残基，和表位的C末端位置存在疏水残基(F，W，Y，M，I，V，L或A)作为一级固定残基。结合B62超基元的HLA分子相应家族(即HLA-B62超型)的示例成员至少包括B*1501，B*1502，B*1513和B5201。表VI显示了预测是B62超家族成员的其它等位基因特异性HLA分子。通过在一级固定位置置换，优选选择为该超基元指明的各个残基，可调节与每个等位基因特异性HLA分子结合的肽。
所附表XIV列出了包含B62超基元的代表性肽表位。
IV.D.10.HLA-A1基元
等位基因特异性HLA-A1基元的特征在于肽配体位置2存在T，S或M作为一级固定残基，和表位的C末端位置存在Y作为一级固定残基。可供选择的等位基因特异性A1基元(即“亚基元”)以位置3而不是位置2的一级固定残基为特征。这个亚基元以位置3存在D，E，A或S作为一级固定残基，和表位C末端位置存在Y作为一级固定残基为特征。延伸的亚基元以位置3存在D和C末端存在A，I，L或F为特征。通过在一级固定和/或二级固定位置置换，优选选择为该基元指明的各个残基，可调节与HLA-A1结合的肽。
所附表XV列出了包含任一A1基元的代表性肽表位。表VII所列的携带HLA-A1超基元的肽表位的列表中也包括在位置2含T，S或M和在C末端位置含Y的那些表位。
IV.D.11.HLA-A2.1基元
首次确定等位基因特异性HLA-A2.1基元的特征在于肽配体位置2中存在L或M作为一级固定残基，和9氨基酸表位的C末端位置存在L或V作为一级固定残基(Falk等，Nature351：290-296，1991)。此外，确定A2.1基元进一步包括在位置2存在I和九氨基酸肽的C末端位置存在I或A(Hunt等，Science255：1261-1263，March 6，1992)。另外，发现A2.1等位基因特异性基元在C末端位置包含T(Kast等，J.Immunol.152：3904-3912，1994)。后来，本发明人确定A2.1等位基因特异性基元在位置2另外包含V，A，T或Q作为一级固定残基，和在表位C末端位置包含M作为一级固定残基。因此，HLA-A2.1基元包括位置2有L，I，V，M，A，T或Q作为一级固定残基，和表位C末端位置有L，I，V，M，A或T作为一级固定残基的肽配体。表征HLA-A2.1基元一级固定位置的优选和容许的残基与A2超基元的优选残基相同(相关资料的综述，如见Del Guercio等，J.Immunol.154：685-693，1995；Sidney等，Immunol.Today17：261-266，1996；Sette和Sidney，Curr.Opin.in Immunol.10：478-482，1998)。表征A2.1基元的二级固定残基已另外限定，如这里所公开的。这些在表II中公开。通过在一级固定和/或二级固定位置置换，优选选择为该基元指定的各个残基，可调节与HLA-A2.1分子结合的肽。
所附表VII列出了包含A2.1基元的代表性肽表位。位置2包含一级固定残基V，A，T或Q，和C末端位置包含L，I，V，A或T的A2.1基元是这里要求保护的本发明最特别相关的基元。
IV.D.12 HLA-A3基元
等位基因特异性HLA-A3基元的特征在于肽配体位置2存在L，M，V，I，S，A，T，F，C，G或D作为一级固定残基，和表位的C末端位置存在K，Y，R，H，F或A作为一级固定残基。在一级固定和/或二级固定位置置换，优选选择为该基元指明的各个残基，可调节与HLA-A3结合的肽。
所附表XVI列出了包含A3基元的代表性肽表位。表IX也列出了也包含A3超基元的那些肽表位。
IV.D.13.HLA-A11基元
等位基因特异性HLA-A11基元的特征在于肽配体位置2存在V，T，M，L，I，S，A，G，N，C，D或F作为一级固定残基，和表位的C末端位置存在K，R，Y或H作为一级固定残基。在一级固定和/或二级固定位置置换，优选选择为该基元指定的各个残基，可调节与HLA-A11结合的肽。
所附表XVII列出了包含A11基元的代表性肽表位。因为A3和A11基元一级固定特异性之间广泛的重叠，这个表中也存在含A3等位基因特异性基元的肽表位。此外，表IX也列出了包含A3超基元的那些肽表位。
IV.D.14.HLA-A24基元
等位基因特异性HLA-A24基元的特征在于肽配体位置2存在Y，F，W或M作为一级固定残基，和表位的C末端位置存在F，L，I或W作为一级固定残基。在一级固定和/或二级固定位置置换，优选选择为该基元指明的各个残基，可调节与HLA-A24结合的肽。
所附表XVIII列出了包含A24基元的代表性肽表位。表X(HLA-A24超基元携载表位)也列出了这些表位。指示II类HLA HTL表位的基元
表III总结了下面描述的II类HLA超基元和基元的一级和二级固定残基。
IV.D.15.HLA DR-1-4-7超基元
也已经鉴定了结合三个共同II类HLA等位基因特异性HLA分子：HLA DRB1*0401，DRB1*0101和DRB1*0701的肽的基元。总的来说，这些基元的共同残基描述了HLA DR-1-4-7超基元。结合这些DR分子的肽携带以在位置1用大芳香族或疏水残基(Y，F，W，L，I，V或M)作为一级固定残基，和在表位的位置6有小的不带电荷残基(S，T，C，A，P，V，I，L或M)作为一级固定残基为特征的超基元。也已经鉴定了这些HLA型每一个的等位基因特异性二级作用(secondaryeffects)和二级固定残基(secondary anchors)。这些在表III中列出。在一级固定和/或二级固定位置置换，优选选择为该超基元指定的各个残基，可调节结合HLA-DR4，DR1和/或DR7的肽。
保守的肽表位(即用于分析的20个HBV株中75％保守)，对应于含DR-1-4-7超基元的九个残基核心(其中基元的位置1是九个残基核心的位置1)，在表XIXa中列出(如见Madden，Annu.Rev.Immunol.13：587-622，1995)。长度15个氨基酸残基的各个示例肽表位(每一个包含保守的九个残基核心)也在该表的“a”部分中显示。表XIXb中显示了肽编号(peptide number)表示的示例的15残基超基元携载肽的交叉反应性结合数据。
IV.D.16.HLA DR3基元
两个可供选择的基元(即超基元)描述了结合HLA-DR3分子的肽表位的特性。在第一个基元(超基元DR3A)中，固定位置1存在大的疏水残基(L，I，V，M，F或Y)，位置4存在D作为固定残基，朝向表位的羧基末端。
可供选择的DR3超基元要求固定位置1缺乏大的疏水残基，和/或位置4缺乏带负电荷或酰胺样固定残基，朝向表位羧基末端的位置6存在正电荷。因此，对于该可供选择的等位基因特异性DR3基元(超基元DR3B)：在固定位置1存在L，I，V，M，F，Y，A或Y；固定位置4存在D，N，Q，E，S或T；和固定位置6存在K，R或H。在一级固定和/或二级固定位置置换，优选选择为该基元指定的各个残基，可调节结合HLA-DR3的肽。
保守的肽表位(即用于分析的20个HBV株中75％保守的序列)，对应于含DR3A超基元的九个残基核心(其中基元的位置1在九个残基核心的位置1)，在表XXa中列出。长度15个氨基酸残基的各个示例肽表位(每一个包含保守的九残基核心)也在表的“a”部分中显示。表XXb中显示了肽编号表示的示例性DR3超基元A携载肽的结合数据。
对应于含DR3B超基元的九残基核心的保守肽表位(即用于分析的20个HBV株中75％保守)和含DR3超基元B表位的各个示例15mer肽在表XXc中列出。表XXd显示了肽编号表示的示例的DR3超基元B携载肽的结合数据。
认为这里的表中列出的每个I类或II类HLA肽表位各个都是本申请的发明方面。而且，每个肽表位可以与任何其它肽表位组合使用也是本申请的发明方面。
IV.E.增加疫苗的人群覆盖度
优选具有宽群体覆盖度的疫苗，因为它们更具商业活力并且通常适用于大多数人。通过选择结合从整体上考虑存在于多数人群中的HLA等位基因的肽表位，使用本发明的肽(和编码这种肽的核酸组合物)可以得到宽人群覆盖度。表XXI列出了各种种族中I类HLA超型的总频率(表XXIa)和A2-，A3-和B7超型得到的组合人群覆盖度(表XXIb)。A2-，A3-和B7超型每一个在这五个主要人种群每一个中都平均以40％以上存在。这些超基元的组合达到了超过80％的覆盖度。这些结果提示使用有限数量的交叉反应性肽可达到有效和无人种偏倚的人群覆盖度。尽管这三个主要肽特异性达到的人群覆盖度高，但是覆盖度可扩大达到95％人群覆盖度和更高，使用另外的超基元或等位基因特异性基元携载肽可更容易达到真正多特异性应答。
B44-，A1-和A24-超型平均以25％至40％的频率存在于这些主要人种人群中(表XXIa)。尽管总体上不太普遍，B27-，B58-和B62超型的每种在至少一个主要人种群中以＞25％的频率存在(表XXIa)。表XXIb总结了已经鉴定的HLA超型在五个主要人种群中估计的组合流行性。显示了A1-，A24-和B44-超型包含在A2，A3和B7覆盖度内得到的，或这里描述的所有超型得到的增长的覆盖度。通过包含六个最高频率的超型的表位，五个主要人种群达到了99％的平均人群覆盖度。
这里提供的数据结合前面A2-，A3-和B7-超型的定义表明所有抗原，可能除了A29，B8和B46，可分为总共九个HLA超型。集中六个最常见超型提供了对于所有主要人种人群大于98％的人群覆盖度。
IV.F.免疫应答刺激性肽类似物
尽管用上述筛选方法鉴定到了在超家族所有等位基因中具有合适交叉反应性的肽，交叉反应性并不总是完全的，在这种情况下，进一步增加肽的交叉反应性的方法可能有用；这种方法也可以用于修饰该肽的其它性能。由于已经建立了控制给定基元或超基元内肽对HLA等位基因的交叉反应性的一般规律，为了达到更广(或在其它方面修饰)HLA结合能力，可以进行特别感兴趣肽结构的修饰(即模拟(analoging))。更特别的是，可以根据这里的教导制备显示最宽交叉反应性模式的肽(在已知T细胞表位中，以及含适当超基元的更广泛肽组中)。
使用的策略利用了与结合某些HLA分子相关的基元或超基元。限定该基元或超基元具有一级固定残基，虽然二级固定残基也可以被修饰。在一级固定，二级固定，或在一级和二级固定位置置换氨基酸残基可产生类似肽。通常，类似物最适于已经携载基元或超基元的肽。表II和III分别显示了已经为I类和II类HLA结合肽限定的超基元和基元的优选二级固定残基。
对于根据本发明的大量基元或超基元，定义了对与结合各自基元或超基元的等位基因特异性HLA分子或HLA超型成员的结合有害的残基(表II和III)。因此，根据本发明，可去除对结合有害的残基。例如，在A3超型的情况下，当具有这种有害残基的所有肽从分析的肽群中去除时，交叉反应性发生率从22％增加到37％(如见Sidney，J.等，Hu.Immunol.45：79，1996)。因此，改善给定超基元内肽的交叉反应性的一个策略就是简单地删除肽内存在的一个或更多有害残基并置换为小的“中性”残基如Ala(不能影响该肽的T细胞识别)。如果除去了肽内的有害残基，同时又插入与和超家族内多种等位基因以高亲和力结合关联的残基，预期交叉反应性可能增强。
为了确保类似肽用作疫苗时确实引起针对体内天然表位的CTL反应(或，在II类表位的情况下，引起与野生型肽交叉反应的辅助T细胞)，类似肽也可以用于体外免疫来自适当HLA等位基因个体的T细胞。其后，评价免疫的细胞诱导野生型肽致敏的靶细胞溶解的能力。作为抗原呈递细胞，期望使用已经感染或转染适当基因的细胞，或，仅在II类表位的情况下，用已经用完整蛋白抗原脉冲的细胞，来确定内源产生的抗原是否也被相关T细胞识别。
确保足够数量交叉反应细胞结合物的本发明另一个实施方案是产生弱结合肽的类似物。显示500-50000nM结合亲和力，并在一个或两个位置携带可接受但是次佳的一级固定残基的I类肽可以通过根据各自的超型置换为优选固定残基来“调整”。接着可测试这些类似肽的交叉结合活性。
产生有效的肽类似物的另一个实施方案包括置换掉对液体环境中肽的稳定性或溶解性有不利影响的残基。这种置换可以在该肽表位的任何位置发生。例如，可以将半胱氨酸(C)置换为α-氨基丁酸。由于其化学性质，半胱氨酸具有形成二硫键桥的习性，并且足以在结构上改变肽，从而降低结合能力。α-氨基丁酸置换C不仅减轻了这个问题，而且确实在某些情况下提高了结合和交叉结合能力(综述：A.Sette等，In： Persistent Viral Infections，Eds.R.Ahmed和I.Chen，John Wiley & Sons，England，1999)。用α-氨基丁酸替换半胱氨酸可以发生在肽表位的任何残基处，即可在固定或非固定位置。
通常，CTL和HTL反应不能对抗所有可能的表位。而是，它们限于少数几种优势免疫决定簇(Zinkernagel，等，Adv.Immunol.27：5159，1979；Bennink，等，J.Exp.Med.168：19351939，1988；Rawle，等，J.Immunol.146：3977-3984，1991)。已经认识到免疫优势(Benacerraf，等，Science175：273-279，1972)可以用给定表位选择性地结合特定HLA蛋白的能力(决定簇选择理论)(Vitiello，等，J.Immunol.131：1635，1983)；Rosenthal，等，Nature267：156-158，1977)或被现存TCR(T细胞受体)特异性选择性地识别(库理论(repertoire theory)(Klein，J.，IMMUNOLOGY，THE SCIENCE OF SELFNONSELF DISCRIMINATION，John Wiley & Sons，New York，pp.270-310，1982)来解释。已经证明另外的因素，多数与加工事件相联，可能也在指示(除了严格的免疫原性外)许多潜在决定簇中哪些将被呈递为免疫优势者中起关键作用(Sercarz，等，Annu.Rev.Immunol.11：729-766，1993)。
优势和亚优势的概念与传染性疾病和癌症的免疫治疗有关。例如，在慢性病毒疾病过程中，亚优势表位的恢复(recruitment)可能对感染的成功清除很重要，特别是如果优势CTL或HTL特异性已经由功能性耐受，抑制，病毒突变和其它机制灭活(Franco，等，Curr.Opin.Immunol.7：524-531，(1995))。在癌症和肿瘤抗原的情况下，识别至少一些最高结合亲和力的肽的CTLs可能被功能性地灭活。此时最好识别较低结合亲和力的肽。
特别是，已经指出大量来自已知非病毒肿瘤相关抗原(TAA)的表位以中等亲和力(IC50在50-500nM范围)结合I类HLA。例如，已经发现被肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)或CTL识别的15个已知TAA肽中的8个在50-500nM范围结合。(这些数据与估计90％被识别为肽的已知病毒抗原以50nM或更低的IC50结合HLA，而仅大约10％以50-500nM结合形成对照)(Sette，等，J.Immunol.，153：558-5592(1994))。在癌症情况中，这个现象可能是由于识别几种最高结合肽的CTL消除或功能性抑制造成的，推测由于T细胞耐受事件。
不愿受任何理论的限制，我们认为因为针对优势表位的T细胞可能已经被克隆性删除，选择亚优势表位可能允许现存T细胞募集，接着它们将引起治疗性反应。然而，HLA分子与亚优势表位的结合常常比优势表位活力低。因此，需要能够调节特定免疫原性表位对一个或多个HLA分子的结合亲和力，并由此调节该肽引起的免疫应答。因此，存在制备引起更强应答的类似肽的需要。这个能力将大大增加基于肽的疫苗和治疗剂的有效性。
表XXII列出了代表性类似肽。这个表指出了类似肽的长度和序列，以及如果适当，还有基元或超基元。“修整名称”(FixedNomenclature)栏中的信息指出各个类似物在指明位置编号处置换的残基。
IV.G.为得到含超基元或基元的肽，计算机筛选来自疾病相关抗原的蛋白序列
为了鉴定靶抗原中的超基元或基元携载表位，使用计算工具，如智能计算或计算机，筛选天然蛋白序列，如肿瘤关联抗原，或来自传染性生物体或移植的供体组织的序列，来确定序列内超基元或基元的存在。天然肽分析得到的信息可直接用于评价天然肽的状况或可以随后利用来产生肽表位。
允许快速筛选蛋白序列中主题超基元或基元的存在的计算机程序包含在本发明中；允许产生类似肽的程序也同样包括在内。执行这些程序分析任何鉴定的氨基酸序列或对未知序列进行操作并同时确定序列并鉴定其基元携载表位，也可以同时确定类似物。通常，鉴定的序列来自病原生物体或肿瘤相关肽。例如，这里考虑的靶分子包括所有的HBV蛋白(如表面，核心，聚合酶和X)。
在可以获得同一靶蛋白的多种变异体序列的情况下，也可以在肽保守性的基础上选择肽。目前优选的保守性标准定义肽的完整序列在75％用于评价特定蛋白的序列中完全保守；这里使用这个保守性定义。预测肽结合的选择标准尽可能准确以最有效地与真实结合相关是重要的。基于适当一级固定残基的存在预测结合例如HLA-A*0201的肽，大约30％比率是正确的(Ruppert，J.等Cell 74：929，1993)。然而，通过分析大范围肽-HLA结合数据库，本发明人已经开发了大量等位基因特异性多项式算法(polynomial algorithms)，它们比仅基于一级固定残基的存在进行的鉴定显著地增加了预中率。这些算法不仅考虑正确一级固定残基的存在或缺乏，而且考虑积极或有害二级固定残基的存在(来说明在不同位置不同氨基酸的影响)。该算法主要基于以下前提：肽-HLA相互作用的总体亲和力(或ΔG)可近似认为是这种类型的线性多项函数：
ΔG＝a1ixa2ixa3i...xani
其中，aij是代表沿n个氨基酸的肽序列在给定位置(i)存在给定氨基酸(j)的作用的系数。本方法的重要假定是在每个位置的作用基本上彼此独立。证实了肽主要以延伸构象结合HLA分子和被T细胞识别的研究证明了这个假定。Gulukota等(Gulukota，K.等，J.Mol.Biol.267：1258，1997)描述了具体算法系数的推导。
也利用了特定基元的鉴定优选肽序列的另外方法包括使用神经网络和分子建模(molecular modeling)程序(如见Milik等，NatureBiotechytology16：753，1998；Altuvia等，Hum.Immunol.58：1，1997；Altuvia等，J.Mol.Biol.249：244，1995；Buus，S.Curr.Opin.Immunol.11：209-213，1999；Brusic，V.等，Bioinformatics14：121-130，1998；Parker等，J.Immunol.152：163，1993；Meister等，Vaccine13：581，1995；Hammer等，J.Exp.Med.180：2353，1994；Sturniolo等，NatureBiotechnol.17：555 1999)。
例如，已经表明在A*0201基元肽组中，含至少一个优选的二级固定残基，又避免了任何有害二级固定残基存在的肽的69％将以低于500nM的IC50结合A*0201(Ruppert，J.等Cell74：929，1993)。这些算法也可灵活运用，因为可以调节截断值选择有如期望的更高或更低预测结合性能的肽组。
在利用计算机筛选鉴定肽表位中，可以使用开发用于搜索基元的软件，例如“FINDPATTERNS”程序(Devereux，等Nucl.Acids Res.12：387-395，1984)或MotifSearch 1.4软件程序(D.Brown，SanDiego，CA)来分析所有蛋白序列或翻译的序列以鉴定合适当HLA结合基元的潜在肽序列。本领域普通技术人员可以领会到有大量可以用于实现与已知或未知肽序列相关的本发明基元的软件和硬件选择。接着将使用定制的多项算法对鉴定到的肽进行打分来预测它们结合特定I类或II类HLA等位基因的能力。
按照上述方法，已经鉴定了能够结合HLA超型组或等位基因特异性HLA分子的HBV肽及其类似物(表VII-XX；表XXII)。
IV.H.肽表位的制备
可以通过合成，重组DNA技术或化学合成，或从自然来源如天然肿瘤或病原生物体来制备本发明的肽。可以单个或以多表位肽合成肽表位。尽管优选该肽基本上不含其它天然存在的宿主细胞蛋白或其片段，但在一些实施方案中，肽可能通过合成偶联天然片段或颗粒。
按照本发明的肽可以是各种长度，或以其中性(不带电荷)形式或以盐的形式。按照本发明的肽或不含修饰如糖基化，侧链氧化，或磷酸化；或它们含有这些修饰，条件是修饰不破坏这里所述肽的生物活性。
可能时，最好可以优化本发明的I类HLA结合表位，如可用于多表位构建体，使长度为大约8至约13个氨基酸残基，常常是8至11个，优选9至10个。可以优化本发明的II类HLA结合肽表位使长度为大约6至约30个氨基酸，优选在大约13至约20个残基之间。优选，该肽表位在大小上与结合相关HLA分子的内源加工的病原体来源的肽或肿瘤细胞肽相当，然而，使用这里描述的技术也可以进行含本发明表位的肽的鉴定和制备。
在可供选择的实施方案中，本发明的表位可以连接成多表位肽，或编码多表位肽的小基因。
在另一个实施方案中，优选鉴定含高浓度I类和/或II类表位的天然肽区域。通常在每氨基酸长度含有最大数量的表位的基础上选择这种序列。可以领会到表位可以以嵌套或重叠方式存在，如10个氨基酸长度的肽可能含有两个9个氨基酸长的表位和一个10个氨基酸长的表位；给予这种肽后，经过细胞内加工，HLA分子可以接触和结合每个表位。这个较大的，优选多表位的肽可以合成、重组或通过从天然来源切割而产生。
各种方法可以制备本发明的肽。对于优选的相对短的长度，可以按照常规技术在溶液或在固相载体上合成该肽。商业上可获得各种自动合成仪并可以根据已知方案使用(例如，参见Stewart & Young，SOLID PHASE PEPTIDE SYNTHESIS，第2版，Pierce Chemical Co.，1984)。此外，可以使用化学连接法连接各个肽表位而制备仍在本发明范围内的较大的肽。
可供选择地，可以使用重组DNA技术，其中编码感兴趣的免疫原性肽的核苷酸序列插入到表达载体中，转化或转染到适当的宿主细胞并在适合表达的条件下培养。这些步骤是本领域通常知晓的，如Sambrook等，MOLECULAR CLONING，A LABORATORY MANUAL，ColdSpring Harbor Press，Cold Spring Harbor，New York(1989)中一般描述的。因此，含一个或多个本发明的肽序列的重组多肽可用于提供适当的T细胞表位。
这里包含的优选长度的肽表位的核苷酸编码序列可以用化学技术合成，例如，Matteucci，等，J.Am.Chem.Soc.103：3185(1981)的磷酸三酯法。通过用适当和期望的核酸碱基置换编码天然肽序列的那些可简单制备肽类似物；示例核酸置换是编码这里的基元/超基元定义的氨基酸的那些。然后，可提供带适当接头的编码序列并连接到本领域通常利用的表达载体，该载体用于转化合适的宿主产生期望的融合蛋白。现在已有大量这种载体和合适的宿主系统。对于融合蛋白的表达，将给编码序列提供可操作连接的起始和终止密码子，启动子和终止区以及通常有的复制系统，以提供用于在期望细胞宿主中表达的表达载体。例如，含用于插入期望编码序列的方便的限制性酶切位点的质粒提供了与细菌宿主相容的启动子序列。将所获表达载体转化至适当细菌宿主中。当然，也可以使用酵母，昆虫或哺乳动物细胞宿主，利用合适的载体和调控序列。
IV.I.检测T细胞应答的试验
一旦鉴定了HLA结合肽，可测试它们引发T细胞应答的能力。PCT出版物WO94/20127和WO94/03205描述了基元携载肽的制备和评价。简言之，合成含来自特定抗原的表位的肽并测试它们结合适当HLA蛋白的能力。这些试验可以包括评价相对于放射性参照肽的结合，本发明的肽与纯化的I类HLA分子的结合。可供选择地，对表达空I类分子(即其中缺乏肽)的细胞可以用免疫荧光染色和流动显微荧光测定法来评价肽结合。可以用于评价肽结合的其它试验包括肽依赖性I类装配试验和/或肽竞争造成的CTL识别抑制。进一步评价(典型地以500nM或更低的亲和力)结合I类分子的那些肽用作来自感染或免疫个体的CTLs目标的能力，以及它们诱导体外或体内原始CTL反应(primary CTL responses)的能力，该反应可产生能够和与疾病关联的所选靶细胞进行反应的CTL群。
采用类似的试验用于II类HLA结合肽的评价。进一步评价表现出结合，典型地以1000nM或更低的亲和力结合的II类HLA基元携载肽刺激HTL反应的能力。
用于检测T细胞反应的常规试验包括增殖试验，淋巴因子分泌试验，直接细胞毒性试验和限制性稀释试验。例如，可检测已经与肽共同培养的抗原呈递细胞诱导应答细胞群中CTL反应的能力。抗原呈递细胞可以是正常细胞如外周血单个核细胞或树突细胞。可供选择地，I类分子负载内部加工肽能力缺陷并已经用适当人I类基因转染的突变非人哺乳动物细胞系可用于测试该肽诱导体外原始CTL反应的能力。
外周血单个核细胞(PBMCs)可用作CTL前体的应答细胞来源。适当的抗原呈递细胞与肽孵育，之后负载肽的抗原呈递细胞接着在优化的培养条件下与应答细胞群孵育。通过检测培养物中杀死放射性标记的靶细胞(特异性肽脉冲靶以及表达肽序列所来源的内源加工形式的抗原的靶细胞)的CTLs的存在，可确定阳性CTL活化。
另外，已经设计了通过用荧光素标记的HLA四聚体复合物染色允许直接定量抗原特异性T细胞的方法(Altman，J.D.等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA90：10330，1993；Altman，J.D.等，Science 274：94，1996)。其它新近的技术发展包括染色细胞内淋巴因子和干扰素释放试验或ELISPOT试验。四聚体染色，细胞内淋巴因子染色和ELISPOT试验看来均比更传统的试验敏感至少10倍(Lalvani，A.等，J.Exp.Med.186：859，1997；Dunbar，P.R.等，Curr.Biol.8：413，1998；Murali-Krishna，K.等，Immunity 8：177，1998)。
使用本领域技术人员已知的技术如T细胞增殖和淋巴因子如IL-2的分泌，也可以评估HTL活化(如见Alexander等，Immunity 1：751-761，1994)。
可供选择地，HLA转基因小鼠的免疫可用于确定肽表位的免疫原性。已经表征了几个转基因小鼠模型，包括含人A2.1，A11(可另外用于分析HLA-A3表位)和B7等位基因的小鼠，还正在开发其它的模型(如HLA-A1和A24转基因小鼠)。也已经开发了HLA-DR1和HLA-DR3小鼠模型。也可以在需要的时候产生带其它HLA等位基因的另外的转基因小鼠模型。可以用不完全弗氏佐剂中乳化的肽免疫小鼠，测试所得T细胞识别肽脉冲靶细胞和适当基因转染的靶细胞的能力。可以使用上述细胞毒性试验分析CTL反应。类似地，可以使用如T细胞增殖或淋巴因子分泌等试验分析HTL反应。
表XXIII列出了免疫原性肽表位。
III.J.肽表位用作诊断试剂和用于评价免疫应答
在本发明的一个方面中，这里所述的I类和II类HLA结合肽可用作评价免疫应答的试剂。使用可引起识别和结合待用作所述试剂的肽表位的抗原特异性CTLs或HTLs产生的任何物质作为免疫原诱导待评价的免疫应答。该肽试剂不必须用作免疫原。用于这种分析的试验系统包括较新的技术发展如四聚体，细胞内淋巴因子染色和干扰素释放试验，或ELISPOT试验。
例如，本发明的肽用于四聚体染色(tetramer staining)试验来评价外周血单个核细胞在接触病原体或免疫原后，抗原特异性CTLs的存在。HLA-四聚体复合物用于直接显现抗原特异性CTLs(如见Ogg等，Science279：2103-2106，1998；和Altman等，Science174：94-96，1996)并确定外周血单个核细胞样品中抗原特异性CTL群的频率。
使用本发明肽的四聚体试剂是如下产生的：结合HLA分子的肽在相应HLA重链和β2-微球蛋白存在下重折叠产生三分子复合物。该复合物在重链羧基末端在先前改造到蛋白中的一个位点被生物素化。然后添加链霉抗生物素诱导四聚体形成。依靠荧光标记链霉抗生物素，该四聚物可用于染色抗原特异性细胞。然后可很容易鉴定该细胞，例如，用流式细胞计数仪。这种方法用于诊断或预后目的。该方法鉴定的细胞也可用于治疗目的。
本发明的肽也用作评价免疫回忆反应的试剂(如见Bertoni等，J.Clin.Invest.100：503-513，1997和Penna等，J.Exp.Med.174：1565-1570，1991.)。例如，使用特定肽分析来自HPV感染个体的患者PBMC样品检测抗原特异性CTLs或HTLs的存在。可以培养PBMCs并用本发明的肽刺激该细胞来评价含单个核细胞的血液样品。适当培养期后，例如可以分析扩增的细胞群的CTL或HTL活性。
该肽也可以用作评价疫苗功效的试剂。使用例如上述的任何一个方法分析从免疫原接种的患者得到的PBMCs。对患者的HLA分型，选择识别那个患者中存在的等位基因特异性分子的肽表位试剂进行分析。PBMC样品中存在HPV表位特异性CTLs和/或HTLs指示疫苗的免疫原性。
使用本领域熟知的技术(如见CURRENT PROTOCOLS INIMMUNOLOGY，Wiley/Greene，NY；和Antibodies A LaboratoryManual，Harlow，Harlow和Lane，Cold Spring HarborLaboratory Press，1989)，本发明的肽也可以用于制备抗体，后者可用作为诊断HPV感染的试剂。这种抗体包括HLA分子的背景下识别肽的抗体，即结合肽-MHC复合体的抗体。
IV.K.疫苗组合物
含有免疫原性有效量的这里所述的一种或多种肽的疫苗和制备该疫苗的方法是本发明进一步的实施方案。一旦已定义了适当免疫原性表位，可以用各种手段对它们分选和送递，这里称作“疫苗”组合物。这种疫苗组合物可包括，例如，脂肽(见Vitiello，A.等，J.Clin.Invest.95：341，1995)，聚(DL-丙交酯-共-乙交酯)(″PLG″)微球体包裹的肽组合物(如见Eldridge，等，Molec.Immunol.28：287-294，1991：Alonso等，Vaccine12：299-306，1994；Jones等，Vaccine13：675-681，1995)，免疫刺激复合物(ISCOMS)中含有的肽组合物(如见Takahashi等，Nature344：873-875，1990；Hu等，Clin Exp Immunol.113：235-243，1998)，多抗原肽系统(MAPs)(如见Tam，J.P.，Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.85：5409-5413，1988；Tam，J.P.，J.Immunol.Methods196：17-32，1996)，配制成多价肽的肽；用于冲击传送系统(ballisticdelivery systems)的肽，典型的是结晶肽，病毒送递载体(Perkus，M.E.等，In：Concepts in vaccine development，Kaufmaim，S.H.E.，编，p.379，1996；Chakrabarti，S.等，Nature320：535，1986；Hu，S.L.等，Nature320：537，1986；Kieny，M.-P.等，AIDS Bio/Technology4：790，1986；Top，F.H.等，J.Infect.Dis.124：148，1971；Chanda，P.K.等，Virology175：535，1990)，病毒或合成来源的颗粒(如Kofler，N.等，J.Immunol.Methods.192：25，1996；Eldridge，J.H.等，Sem.Hemato.30：16，1993；Falo，L.D.，Jr.等，Nature Med.7：649，1995)，佐剂(Warren，H.S.，Vogel，F.R.，和Chedid，L.A.Annu.Rev.Immunol.4：369，1986；Gupta，R.K.等，Vaccine 11：293，1993)，脂质体(Reddy，R.等，J.Immunol.148：1585，1992；Rock，K.L.，Immunol.Today17：131，1996)，或裸露或颗粒吸附的cDNA(Ulmer，J.B.等，Science259：1745，1993；Robinson，H.L.，Hunt，L.A.，和Webster，R.G.，Vaccine 11：957，1993；Shiver，J.W.等，In：Concepts invaccine development，Kaufmann，S.H.E.，编，p.423，1996；Cease，K.B.，和Berzofsky，J.A.，Annu.Rev.Immunol.12：923，1994和Eldridge，J.H.等，Sem.Hematol.30：16，1993)。也可以使用毒素靶向送递技术，也称受体介导寻靶，如Avant Immunotherapeutics，Inc.(Needham，Massachusetts)的那些技术。
本发明的疫苗组合物包括核酸介导的形式。编码一个或多个本发明肽的DNA或RNA也可以给予患者。这个方法在例如Wolff等，Science 247：1465(1990)以及美国专利5,580,859；5,589,466；5,804,566；5,739,118；5,736,524；5,679,647；WO98/04720中有描述，下面更详细地说明。基于DNA的送递技术实例包括“裸露DNA”，易化(布比卡因，聚合物，肽介导)送递，阳离子脂质复合体和颗粒介导(“基因枪”)或压力介导的送递(如见美国专利5,922,687)。
为了治疗或预防性免疫目的，可用病毒或细菌载体表达本发明的肽。表达载体的实例包括减毒病毒宿主，如痘苗或禽痘。这个方法包括使用痘苗病毒，例如，作为载体表达编码本发明肽的核苷酸序列。导入急性或慢性感染宿主或未感染宿主后，该重组痘苗病毒表达免疫原性肽，由此引起宿主CTL和/或HTL反应。在如美国专利4,722,848中描述了免疫方案中有用的痘苗载体和方法。另一载体是BCG(卡介苗)。Stover等，Nature 351：456-460(1991)描述了BCG载体。对本发明肽的治疗性给药或免疫有用的各种其它载体，如腺病毒和腺病毒相关病毒载体，逆转录病毒载体，伤寒杆菌载体，去毒炭疽毒素载体等等，根据这里的说明书，这些对于本领域技术人员将很明显。
此外，根据本发明的疫苗包括一个或多个请求保护的肽的组合物。肽可以单独存在于疫苗中。可供选择地，该肽可以以含相同肽多个拷贝的均聚物存在，或以各种肽的杂聚物存在。聚合物具有增加免疫应答的优点，而且如果不同的肽表位用于组成聚合物，还具有诱导与要对其引起免疫应答的病原生物体或肿瘤相关肽的不同抗原决定簇反应的抗体和/或CTLs的另外能力。该组合物可以是抗原天然存在的区域或可以是制备的，如通过重组或化学合成。
可用于本发明疫苗的载体是本领域熟知的，包括如甲状腺球蛋白，白蛋白如人血清白蛋白，破伤风类毒素，聚氨基酸如聚L-赖氨酸，聚L-谷氨酸，流感，乙型肝炎病毒核心蛋白等等。疫苗可以含有生理耐受(即可接受)稀释剂如水，或盐水，优选磷酸缓冲盐水。疫苗也典型地包括佐剂。佐剂如不完全弗氏佐剂，磷酸铝，氢氧化铝或明矾是本领域熟知物质的实例。另外，如这里公开，本发明的肽与脂类如三棕榈酰-S-甘油半胱氨酰丝氨酰-丝氨酸(P3CSS)结合可致敏CTL反应。
通过注射，气雾剂，口服，经皮，经粘膜，胸膜内，鞘内或其它合适途径用根据本发明的肽组合物免疫，宿主的免疫系统对该疫苗产生反应，产生对期望抗原特异的大量CTLs和/或HTLs。所以，宿主变得至少部分对后来感染产生免疫，或至少部分抵抗发展为进行性慢性感染，或当抗原是肿瘤关联抗原时，至少得到一些治疗益处。
在一些实施方案中，可能希望将I类肽成分与诱导或利于针对感兴趣靶抗原的中和抗体和或辅助T细胞应答的成分组合。这种成分的优选实施方案包括根据本发明的I和II类表位。这种成分的可供选择的实施方案包括根据本发明的I类和/或II类表位和PanDR分子一起，如PADRETM(Epimmune，San Diego，CA；描述于例如美国专利5,736,142)。
本发明的疫苗也可包括抗原呈递细胞(APC)，如树突细胞(DC)作为呈递本发明肽的载体。可以在树突细胞活动化和收获，由此在体外发生树突细胞的负载之后在体外产生疫苗组合物。例如，用如用根据本发明的小基因转染树突细胞，或用肽脉冲之。然后树突细胞可给予患者引起体内免疫应答。
基于DNA或肽的疫苗组合物也可以与树突细胞活动化组合体内给予，由此树突细胞的负载在体内发生。
抗原肽也用于引起离体CTL和/或HTL反应。所得CTL或HTL细胞可用于治疗对其它传统形式治疗不反应，或对根据本发明的治疗疫苗肽或核酸不反应的患者的慢性感染或肿瘤。组织培养中将患者的，或遗传学相容的，CTL或HTL前体细胞与APC来源，如DC和适当免疫原性肽一起培养可诱导对特定抗原(传染性或肿瘤关联抗原)的离体CTL或HTL反应。适当培养时间(典型大约7-28天)后，前体细胞被活化和扩增为效应细胞，该细胞回输给患者，在那里它们将破坏或利于破坏它们特异性的靶细胞(感染细胞或肿瘤细胞)。转染的树突细胞也可以用作抗原呈递细胞。
本发明的疫苗组合物也可以与用于慢性病毒感染的其它治疗组合使用，包括与免疫佐剂如IFN-γ等等组合使用。
优选地，当选择用于疫苗的多表位组合物内含的表位系列时，或用于选择待包含于疫苗中和/或被核酸如小基因编码的离散表位时，利用下列原则。为了进行选择，优选平衡下列每个原则。待引入给定疫苗组合物的多种表位可以是，但不必须是，在该表位来源的天然抗原中序列相邻。
1.)选择给药时模拟已经观察到与HBV清除有关的免疫应答的表位。对于I类HLA，这包括来自至少一个HBV抗原的3-4个表位。换句话说，已经观察到在自发清除HBV的患者中，他们已经对至少一个HBV抗原上至少3个表位产生免疫应答。对于II类HLA，使用类似的原则；再次从至少一个HBV抗原中选择3-4个表位(如见Rosenberg等Science278：1447-1450)。
2.)选择具有已证实与免疫原性相关的必需结合亲和力的表位：对于I类HLA，500nM或更低的IC50，常常是200nM或更低；对于II类，1000nM或更低的IC50。
3.)选择足够的超基元携载肽，或足够多的等位基因特异性基元携载肽系列以得到宽的人群覆盖度。例如，优选具有至少80％的人群覆盖度。可使用本领域已知的统计学评估法-蒙特卡罗(MonteCarlo)分析来评价人群覆盖度的宽度或丰余性(redundancy)。
4.)当选择来自癌症相关抗原的表位时，选择类似物常常有效，因为患者可能已经对天然表位产生了耐受。当选择传染性疾病相关抗原的表位时，优选选择天然或类似的表位。
5.)特别有意义的是称作“嵌套表位”的表位。当在给定肽序列中至少两个表位重叠时，产生嵌套表位。嵌套肽序列可包括I类HLA和II类HLA表位。当提供嵌套表位时，一般的目的是每个序列提供最大数量的表位。因此，一个方面是避免提供比肽的氨基末端表位的氨基末端和羧基末端表位的羧基末端还长的肽。当提供多表位序列，如含嵌套表位的序列时，为了确保它不具有病理或其它有害生物性能，筛选该序列通常很重要。
6.)如果产生多表位蛋白，或当产生小基因时，一个目的是产生包含感兴趣表位的最小的肽。该原则与当选择含嵌套表位的肽时使用的原则是类似的(如果不是相同的话)。然而，对于人工多表位肽，大小最小化的目的要与多表位蛋白中表位之间整合任何间隔序列的需要相平衡。可以例如导入间隔氨基酸残基来避免接合表位(junctional epitopes)(免疫系统识别的表位，不存在于靶抗原中，仅由表位人工并列产生)，或便于表位间切割并因此增强表位呈递。通常避免接合表位，因为受体可能对该非天然表位产生免疫应答。要特别关注的是“优势表位”的接合表位。优势表位可能引起减少或抑制对其它表位的免疫应答的强烈反应。
7.)在可获得同一靶蛋白的多种变异体序列的情况下，也可以在它们保守性的基础上选自潜在肽表位。例如，保守性标准可以限定I类HLA结合肽的完整序列或II类结合肽的完整9-mer核心在对特定蛋白抗原评价的指定百分比的序列中保守。
IV.K.1.小基因疫苗
可利用允许多种表位同时送递的很多不同方法。编码本发明肽的核酸是本发明特别有用的实施方案。优选根据前面部分列出的指导选择小基因包含的表位。给予编码本发明肽的核酸的优选方法使用编码含一个或多个本发明表位的肽的小基因构建体。
下面和在如共同待决申请U.S.S.N.09/311,784；Ishioka等，J.Immunol.162：3915-3925，1999；An，L.和Whitton，J.L.，J.Virol.71：2292，1997；Thomson，S.A.等，J.Immunol.157：822，1996；Whitton，J.L.等，J.Virol.67：348，1993；Hanke，R.等，Vaccine16：426，1998中描述了多表位小基因的使用。例如，可构造编码来自一个和多个HBV抗原的多个区域的超基元和/或基元携载表位，通用辅助T细胞表位，如PADRETM，(或来自HBV抗原的多个HTL表位)和内质网移位信号序列的多表位DNA质粒。疫苗与可以包含来自其它TAAs的表位。
可测试转基因小鼠中多表位小基因的免疫原性来评价对所测试表位的CTL诱导反应的大小。而且，DNA编码表位的体内免疫原性可与特定CTL系对DNA质粒转染的靶细胞的体外反应相关联。因此，这些实验可表明小基因有助于：1.)产生CTL反应和2.)诱导的CTLs识别表达编码肽的细胞。
例如，为了产生编码所选的用于人细胞中表达的表位的DNA序列(小基因)，该表位的氨基酸序列可以反向翻译。人密码子使用表可用于指导每个氨基酸的密码子选择。这些编码表位的DNA序列可以直接邻接，使得当被翻译后，产生连续多肽序列。为了优化表达和/或免疫原性，可以将另外的元件引入小基因设计中。可反向翻译并包含在小基因序列中的氨基酸序列实例包括：I类HLA表位，II类HLA表位，遍在蛋白化信号序列，和/或内质网靶向信号。另外，包括与CTL或HTL表位相邻的合成(如聚丙氨酸)或天然存在的侧翼序列可以提高CTL和HTL表位的HLA呈递；这些包含该表位的较大肽在本发明的范围内。
通过装配编码小基因正和负链的寡核苷酸，小基因序列可以转变为DNA。可以使用熟知技术在适当条件下合成，磷酸化，纯化和退火重叠寡核苷酸(30-100个碱基长)。寡核苷酸的末端可以，例如，使用T4 DNA连接酶连接。这个编码表位多肽的合成小基因接着可以克隆到期望的表达载体中。
优选在载体中包括本领域技术人员熟知的标准调控序列来确保在靶细胞中表达。期望的几种载体元件是：含为小基因插入的下游克隆位点的启动子；为有效转录终止的多腺苷酸化信号；大肠杆菌复制起点；和大肠杆菌选择标记(如氨苄西林或卡那霉素抗性)。很多启动子可用于这个目的，如人巨细胞病毒(hCMV)启动子。如见美国专利5,580,859和5,589,466的其它合适启动子序列。
期望另外的载体修饰以优化小基因表达和免疫原性。在有些情况下，有效基因表达需要内含子，一个或多个合成或天然存在的内含子可以引入小基因的转录区。为了增加小基因表达，也可以考虑包含mRNA稳定序列和在哺乳动物复制的序列。
一旦选择了表达载体，小基因就被克隆到启动子下游的多接头区。这个质粒转化到适当的大肠杆菌株中，使用标准技术制备DNA。使用限制性制图和DNA序列分析证实载体中小基因的定向和DNA序列，以及包含的其它元件。含有正确质粒的细菌细胞可保存为原始细胞库和工作细胞库。
另外，免疫刺激性序列(ISSs或CpGs)看来在DNA疫苗的免疫原性中起着作用。如果期望增加免疫原性的话，载体中可以包含这些序列在小基因编码序列之外。
在有些实施方案中，可以使用允许产生小基因编码肽和第二蛋白(导入以增加或降低免疫原性)的双顺反子表达载体。如果共表达的话，可有益增强免疫应答的蛋白或多肽实例包括细胞因子(如IL-2，IL-12，GM-CSF)，细胞因子诱导分子(如LeIF)或共刺激分子。辅助(HTL)表位可与细胞内靶向信号连接并与表达的CTL表位分开表达；这允许指导HTL表位进入与CTL表位的区室不同的细胞区室。如果需要，这可促进HTL表位更有效地进入II类HLA途径，因此改善CTL诱导。与HTL或CTL诱导相反，通过免疫抑制分子(如TGF-β)的共表达特异性降低免疫应答在某些疾病中可能有益。
治疗数量质粒DNA可以通过例如在大肠杆菌中发酵，随后纯化而制备。按照熟知技术，将工作细胞库的等分试样用于接种生长培养基，并在摇瓶或生物反应器中长至饱和。可以使用标准生物分离技术如QIAGEN，Inc.(Valencia，California)提供的固相阴离子交换树脂纯化质粒DNA。如果需要，可使用凝胶电泳或其它方法从开放环状和线性形式分离超螺旋DNA。
可使用各种制剂制备纯化质粒DNA用于注射。这些中最简单的是在无菌磷酸缓冲盐水(PBS)中重新配制冻干DNA。这个方法，也称为“裸露DNA”，目前在临床试验中正用于肌肉内(IM)注射。为了使小基因DNA疫苗的免疫治疗作用达到最大，可能期望配制纯化质粒DNA的可供选择的方法。已经描述了各种方法，而且新技术可能可以利用。在制剂中可以使用阳离子脂类(如见WO93/24640；Mannino &Gould-Fogerite，BioTechniques6(7)：682(1988)；美国专利5,279,833；WO9I/06309和Felgner，等，Proc.Nat’l.Acad.Sci.USA84：7413(1987)。另外，统称为保护性的相互作用的非缩合化合物(PINC)的糖脂，促融合脂质体，肽和化合物也可以与纯化质粒DNA复合来影响变量如稳定性，肌肉内分散，或运输到特定器官或细胞类型。
靶细胞致敏可以用作小基因编码CTL表位的表达和I类HLA呈递的功能性试验。例如，将质粒DNA导入适合作为标准CTL铬释放试验靶的哺乳动物细胞系。使用的转染方法将依赖于最终的制剂。电穿孔可用于“裸露”DNA，而阳离子脂类允许指导体外转染。可共转染表达绿色荧光蛋白(GFP)的质粒以允许使用荧光细胞激活分类术(FACS)富集转染细胞。这些细胞然后用铬-51(51Cr)标记并用作表位特异性CTL系的靶细胞；51Cr释放检测的细胞溶解表明小基因编码CTL表位的产生和HLA呈递。
体内免疫原性是小基因DNA制剂功能性测试的第二个方法。用该DNA产物免疫表达适当HLA蛋白的转基因小鼠。给予的剂量和途径是制剂依赖性的(如对于PBS中的DNA，用IM，对于脂类复合DNA，用腹膜内(IP))。免疫后二十一天，收获脾细胞并在正测试的每个表位的编码肽存在下再次刺激1周。其后，对于CTL效应细胞，使用标准技术进行试验来分析负载肽的51Cr标记的靶细胞的细胞溶解。对应于小基因编码表位的肽的HLA负载致敏的靶细胞溶解证明DNA疫苗体内诱导CTLs的功能。以类似方式估计转基因小鼠中HTL表位的免疫原性。
可供选择地，使用如美国专利5,204,253所述的冲击送递法给予核酸。使用这个技术，给予只包括DNA的颗粒。在进一步的可供选择的实施方案中，DNA可与颗粒如金颗粒粘附。
也可以使用本领域熟知的其它细菌或病毒送递系统送递小基因，如编码本发明表位的表达构建体可引入病毒载体如痘苗病毒中。
IV.K.2.CTL肽和辅助细胞肽(helper peptide)组合
可以修饰含本发明CTL肽的疫苗组合物提供期望的性质，如血清半衰期提高，人群覆盖度扩大或免疫原性增强。
例如，将肽与含有至少一个能诱导T辅助细胞应答的表位的序列连接可增强该肽诱导CTL活性的能力。例如在共同未决的申请U.S.S.N.08/820,360，U.S.S.N.08/197,484和U.S.S.N.08/464,234中阐述了使用T辅助细胞表位与CTL表位结合以增强免疫原性。
尽管CTL肽可直接与T辅助细胞肽连接，但常常CTL表位/HTL表位接合物通过间隔分子连接起来。间隔典型地由相对小的中性分子组成，如氨基酸或氨基酸模拟物，在生理条件下基本不带电荷。间隔典型地选自例如Ala，Gly或非极性氨基酸或中性极性氨基酸的其它中性间隔。将理解任选存在的间隔不需要由相同的残基组成，因此可以是异型或同型低聚物。当存在时，间隔将通常是至少一个或两个残基，更通常是三个至六个残基，有时是10个或更多残基。CTL肽表位可直接或通过CTL肽的氨基或羧基末端的间隔与T辅助细胞肽表位连接。免疫原性肽或T辅助细胞肽的氨基末端可以酰化。
在某些实施方案中，T辅助细胞肽是大多数人群中存在的T辅助细胞识别的肽。这可以通过选择结合许多，大多数，或全部II类HLA分子的肽来完成。这些称作“HLA宽松限制的”或“混杂”T辅助细胞序列。混杂的氨基酸序列实例包括来自抗原的序列，如破伤风毒素830-843位(QYIKANSKFIGITE；SEQ ID NO：51484)，恶性疟原虫环子孢子(CS)蛋白378-398位(DIEKKIAKMEKASSVFNVVNS；SEQ ID NO：51485)和链球菌18kD蛋白116位(GAVDSILGGVATYGAA；SEQ ID NO：51486)。其它实例包括携带DR 1-4-7超基元或DR3基元中任何一个的肽。
可供选择地，使用自然界未发现的氨基酸序列，制备能够以宽松HLA限制模式刺激T辅助淋巴细胞的合成肽是可能的(如见PCT出版物WO95/07707)。设计这些称作泛DR结合表位(pan-DR bindingepitopes)的合成化合物(如PADRETM，Epimmune，Inc.，SanDiego，CA)最优选结合大多数HLA-DR(人II类HLA)分子。例如，已经发现具有式：aKXVAAWTLKAAa的泛DR结合表位肽，其中“X”是环己基丙氨酸，苯丙氨酸或酪氨酸，a是D-丙氨酸或L-丙氨酸，结合大多数HLA-DR等位基因，并刺激大多数个体的T辅助淋巴细胞的反应，无论其HLA类型如何。泛DR结合肽的替换物包含所有“L”天然氨基酸并可提供为编码该表位的核酸形式。
也可以修饰HTL肽表位，改变其生物性能。例如，可以修饰它们以包括D-氨基酸，从而增加其对蛋白酶的抗性并因此延长其血清半衰期，或它们可以与其它分子，如脂类，蛋白，碳水化合物等等结合而增加其生物活性。例如，T辅助细胞肽可以在氨基或羧基末端与一个或多个棕榈酸链结合。
III.K.3.CTL肽与T细胞致敏剂组合
在有些实施方案中，可能期望本发明的药物组合物中包括致敏细胞毒性T淋巴细胞的至少一个成分。脂类已经鉴定为能够体内致敏抗病毒抗原的CTL的物质。例如，棕榈酸残基可以与赖氨酸残基的ε和α氨基连接，然后通过如一个或多个连接残基如Gly，Gly-Gly-，Ser，Ser-Ser等连接免疫原性肽。然后，脂化肽可直接在微团或颗粒中给予，或掺入脂质体中，或乳化于佐剂如不完全弗氏佐剂中给予。在优选实施方案中，特别有效的免疫原性组合物包含与Lys的ε和α氨基连接的棕榈酸，它通过键合，如Ser-Ser，与免疫原性肽的氨基末端连接。
脂类致敏CTL反应的另一个实例，大肠杆菌脂蛋白，如三棕榈酰-S-甘油半胱氨酰丝氨酰-丝氨酸(P3CSS)，当与适当肽共价连接时，可用于致敏病毒特异性CTL(如见Deres，等，Nature 342：561，1989)。例如，本发明的肽可与P3CSS连接，该脂肽施用给个体，特异性致敏对靶抗原的CTL反应。而且，因为结合P3CSS的表位也可以致敏中和抗体的诱导，两个这种成分可以组合，更有效地引起体液和细胞介导的反应。
也可以通过在肽的末端添加氨基酸来修饰CTL和/或HTL肽，以便于肽彼此之间的连接，与载体支持物或较大肽的偶连，修饰肽或寡肽的物理或化学性能等等。氨基酸如酪氨酸，半胱氨酸，赖氨酸，谷氨酸或天冬氨酸等等，可导入肽或寡肽，特别是I类肽的C或N末端。然而，要指出的是在有些情况下，CTL表位的羧基末端修饰可能改变肽的结合特性。另外，通过末端-NH2酰化修饰，如烷酰基(C1-C20)或硫基乙醇酰乙酰化，末端羧基酰胺化，如氨，甲胺等，肽或寡肽序列可与天然序列不同。在有些情况下，这些修饰可以提供连接支持物或其它分子的位点。
IV.K.4.含用CTL和/或HTL肽脉冲的DC的疫苗组合物
根据本发明的疫苗组合物的实施方案包括离体将表位携载肽混合物施用给来自患者血液的PBMC，或从中分离的DC。可以使用利于收获DC的药剂，如ProgenipoietinTM(Monsanto，St.Louis，MO)或GM-CSF/IL4。用肽脉冲DC后且在再输入患者前，洗涤DC去除未结合的肽。在这个实施方案中，疫苗包括肽脉冲的DCs，其在它们表面上呈递与HLA分子复合的脉冲肽表位。
可以用肽(其中一些刺激对感兴趣的一个或多个HBV抗原的CTL反应)的混合物离体脉冲DC。任选地，可以包括辅助T细胞(HTL)肽如PADRE家族分子，以利于CTL应答。因此，优选含多个HBV抗原的表位的根据本发明的疫苗可用于治疗HBV感染。
IV.L.为治疗或预防目的给予疫苗
本发明的肽和本发明的药物和疫苗组合物典型地用于治疗和/或预防HBV感染。含本发明肽的疫苗组合物给予感染HBV的患者或容易罹患HBV感染的个体，或其它存在HBV感染风险的人，引起抗HBV抗原的免疫应答并因此增强患者本身的免疫应答能力。
如这里讨论的，含本发明的CTL和/或HTL表位的肽，当被HLA分子呈递并接触该肽包含的表位特异性的CTL或HTL时，诱导免疫应答。肽(或编码它们的DNA)可单独给予，或作为一个或多个肽序列的融合物给予。肽接触CTL或HTL的方式对本发明不是关键的。例如，肽可以在体内或体外接触CTL或HTL。如果接触发生在体内，肽本身可给予患者，或可以使用其它载体，如编码一个或多个肽的DNA载体，编码该肽的病毒载体，脂质体等等，如这里所述。
当肽在体外接触时，接种物可包括细胞群，如肽脉冲的树突细胞，或HPV特异性CTLs，它们通过用肽体外脉冲抗原呈递细胞或用本发明的小基因转染抗原呈递细胞已经被诱导。这种细胞群随后以治疗有效量给予患者。
在治疗应用中，肽和/或核酸组合物以足以引起对病毒抗原的CTL和/或HTL反应和足以治愈或至少部分阻止或减慢症状和/或并发症的剂量给予患者。足以完成这些目的的量定义为“治疗有效量”。这个用途的有效量将依赖于例如给予的特定组合物，给药方式，正治疗的疾病的阶段和严重性，患者的体重和一般健康状况，和主治医师的判断。
对于药物组合物，本发明的免疫原性肽，或编码它们的DNA一般施用给已经感染HBV的个体。肽或编码它们的DNA可单独给予或作为一个或多个序列的融合物给予。可用免疫原性肽独立地或与其它适当的治疗结合治疗HBV感染患者。
对于治疗用途，一般应该在首次诊断HBV感染时开始给药。这之后加强剂量直到至少症状实质上减轻并持续其后一段时间。送递给患者的疫苗组合物的实施方案(即包括但不限于实施方案，如肽混合物，多表位多肽，小基因，或HBV抗原特异性CTLs或脉冲树突细胞)可以根据疾病阶段或患者的健康状况变化。例如，对于慢性HBV感染患者，含HBV特异性CTL的疫苗可能对杀死HBV感染细胞比可供选择的其它实施方案更有效。
在感染之前或期间鉴定出易感个体的情况下，组合物可以针对他们，由此减少给予更多人群的需要。
用于治疗或预防HBV感染的肽或其它组合物可以用于，例如没有表现症状的人。在这种情况下，提供给药方式送递的肽表位的量足以有效刺激细胞毒性T细胞反应一般很重要；刺激辅助T细胞反应的组合物也可以根据本发明的这个实施方案给予。
初次治疗免疫的剂量一般在单位剂量范围，其中较低值是大约1，5，50，500或1000μg，较高值是大约10000；20000；30000或50000μg。人的剂量值典型范围是每70公斤患者大约500μg至大约50000μg。根据数周至数月内的加强方案，可以给予大约1.0μg至大约50000μg肽的加强剂量可以给予数周或数月，这依赖于患者的反应和测定从患者血液得到的CTL和HTL特异活性确定的情况。应该连续给药直到至少临床症状或实验室测试表明病毒感染已经消除或降低且其后持续一段时间。根据本领域已知的方法调整剂量、给药途径和剂量安排。
在某些实施方案中，在严重疾病状态下，即，生命受到威胁或有潜在生命威胁的情况下，使用本发明的肽和组合物。在这种情况下，由于本发明的优选组合物中含最小量外来物质和肽的相对无毒性质，治疗医师可能且可以期望给予相对于这些规定剂量相当过量的这些肽组合物。
本发明的疫苗组合物也可以纯粹用作预防剂。初次预防免疫剂量一般在以下单位剂量范围内，其中较低值大约1，5，50，500或1000μg，较高值是大约10000；20000；30000或50000μg。人的剂量值典型范围从每70公斤患者大约500μg至大约50000μg。这之后是从初次给予疫苗后以限定的间隔给予大约1.0μg至大约50000μg肽的加强剂量，间隔为大约四周至六个月。测定从患者血液样品得到的CTL和HTL的特异活性可估计疫苗的免疫原性。
治疗用的药物组合物以肠胃外，局部，口服，鞘内，或局部(如霜或局部软膏)给药。优选肠胃外给予药物组合物，如静脉内，皮下，真皮内或肌肉内。因此，本发明提供了肠胃外给予的组合物，它包括溶于或悬浮于可接受载体，优选含水载体中的免疫原性肽溶液。可以使用各种含水载体，如水，缓冲水，0.8％盐水，0.3％甘氨酸，透明质酸等等。可以用常规，熟知的灭菌技术消毒这些成分，或可以过滤灭菌。所得含水溶液可以包装就此使用，或冻干，作为给药前与无菌溶液组合的冻干制剂。该组合物可以含有接近生理条件所需的药物可接受辅助物质，如pH调节和缓冲剂，张力调节剂，湿润剂，防腐剂等等，例如，醋酸钠，乳酸钠，氯化钠，氯化钾，氯化钙，脱水山梨醇单月桂酸酯，油酸合三乙醇胺等。
药物制剂中本发明肽的浓度可以广泛变化，即，从重量低于大约0.1％，通常是或至少大约2％至20％至50％之多或更多，并将主要由液体体积，粘滞性等，根据选择给药的特定模式选择。
肽组合物的人单位剂量形式典型地包含在含人单位剂量的可接受载体，优选含水载体的药物组合物中，并以本领域技术人员所知的用于这种组合物给药的液体体积给予人(如见Remington’sPharmaceutical Sciences，第17版，A.Gennaro，Editor，Mack式Publising Co.，Easton，Pennsylvania，1985)。
本发明的肽和/或编码该肽的核酸，也可以通过脂质体给予，也可以用来将肽导向特定组织，如淋巴组织，或选择性导向感染的细胞，以及增加肽组合物的半衰期。脂质体包括乳剂，泡沫，胶束，不溶性单层，液晶，磷脂分散体，片状层等等。在这些制剂中，待送递的肽作为脂质体的一部分单独或与结合淋巴细胞中普遍存在的受体结合的分子，如结合CD45抗原的单克隆抗体，或其它治疗或免疫原性组合物结合而引入。因此，期望的本发明肽填充或修饰的脂质体可指向淋巴细胞部位，然后在那里脂质体送递肽组合物。根据本发明使用的脂质体是从标准载体形成脂类形成的，它通常包括中性和带负电荷磷脂和甾醇如胆固醇。脂类的选择通常考虑如脂质体大小，酸不稳定性和脂质体在血流中的稳定性来进行。可利用各种方法制备脂质体，如Szoka，等，Ann.Rev.Biophys.Bioeng.9：467(1980)，和美国专利4,235,871，4,501,728，4,837,028，和5,019,369所述。
对于导向免疫系统的细胞，待引入脂质体的配体可包括，如期望的免疫系统细胞细胞表面决定簇特异性的抗体或其片段。含肽的脂质体悬液可以通过静脉内，局部，皮肤等给予，剂量根据尤其是，给药方式，正送递的肽和正治疗疾病的阶段而变化。
对于固体组合物，可以使用常规无毒固体载体，包括例如，药物级甘露醇，乳糖，淀粉，硬脂酸镁，糖精钠，滑石粉，纤维素，葡萄糖，蔗糖，碳酸镁等等。对于口服给药，药物可接受无毒组合物是通过掺入正常使用的任何赋形剂，如前面列出的那些载体，和通常10-95％的活性成分，即，一个或多个本发明的肽而形成，所述活性成分更优选25％-75％的浓度。
对于气雾剂给药，优选免疫原性肽以与表面活性剂和抛射剂一起以精细粉碎的形式提供。肽典型的百分比是0.01％-20％的重量，优选1％-10％。表面活性剂当然应该是无毒的，优选溶于抛射剂中。这种试剂的代表是6至22个碳原子的脂肪酸例如己酸，辛酸，月桂酸，棕榈酸，硬脂酸，亚油酸，亚麻酸，油硬酸和油酸，与脂肪族多元醇或其环状酐形成的酯或偏酯。可以使用混合酯，如混合或天然甘油酯。表面活性剂可以构成组合物重量的0.1％-20％，优选0.25-5％。组合物的余量一般是抛射剂。如所期望的，也可以包括载体，如用于鼻内传递的卵磷脂。
IV.M.试剂盒
本发明的肽和核酸组合物可以以试剂盒形式，连同疫苗给药的说明书一起提供。典型地，试剂盒将包括在容器中的期望肽组合物(优选以单位剂量形式)和给药说明。可供选择的试剂盒将包括在容器中带有本发明期望核酸的小基因构建体(优选以单位剂量形式)连同给药说明。试剂盒中也可以包含淋巴因子如IL-2或IL-12。也可能期望包括的其它试剂盒成分包括，例如，无菌注射器，加强剂量和其它期望的赋形剂。
根据本发明的表位已成功用于诱导免疫应答。给予各种形式的表位已诱导这些表位的免疫应答。表位以肽，核酸和含编码本发明表位的核酸的病毒载体给予。给予基于肽的表位形式后，通过表位直接负载到细胞上表达的空HLA分子上，和通过表位内在化和经I类HLA途径加工已经诱导免疫应答，在任何一个事件中，表达表位的HLA分子接着能够和CTC相互作用并诱导CTL反应。肽可以直接送递或使用试剂如脂质体。此外，可使用冲击送递来送递它们，其中肽典型地采用结晶形式。当DNA用于诱导免疫应答，它可以以裸露DNA给予，通常以大约1-5mg的剂量范围，或通过冲击“基因枪”送递，典型地以大约10-100μg的剂量范围。DNA可以以各种构象送递，如线性，环状等。也已经成功使用包含编码本发明表位的核酸的各种病毒载体。
因此，根据本发明的组合物以多种形式存在。根据本发明的这些组合物形式的每一种的实施方案已经成功用于诱导免疫应答。
根据本发明的一个组合物包含多种肽。这种多种肽或肽混合物通常与一种或多种药物可接受赋形剂混合。肽混合物(Peptidecocktail)可以包含同一肽的多个拷贝或可以包含多种肽的混合物。该肽可以是天然存在表位的类似物。该肽可以包含人工氨基酸和/或化学修饰如添加表面活性分子，如脂化；乙酰化，糖基化，生物素化，磷酸化等。该肽可以是CTL或HTL表位。在优选的实施方案中，肽混合物包含多个不同CTL表位和至少一个HTL表位。该HTL表位可以是天然或非天然的(如PADRE_Epimmune Inc.，San Diego，CA)。本发明实施方案中不同表位的数量通常是从一至一百五十的全部整数(如1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，97，98，99，100或150)。
根据本发明的组合物的另外实施方案包括多肽多表位构建体，即多表位肽。使用本领域熟知的技术制备根据本发明的多表位肽。通过使用这些已知技术，根据本发明的表位彼此连接起来。多表位肽可以是线性或非线性的，如多价的。这些多表位构建体可以包含人工氨基酸，间隔(Spacing)或间隔(Spacer)氨基酸，侧翼氨基酸或相邻表位单位间的化学修饰。多表位构建体可以是杂聚物或同聚物。该多表位构建体通常包含2-150之间任何整数(如2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，1 3，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，97，98，99，100或150)数量的表位。多表位构建体可包含CTL和/或HTL表位。可以修饰构建体中一个或多个表位，如添加表面活性物质，如脂类，或化学修饰，如乙酰化等。而且，多表位构建体中的键可以不是肽键，如共价键，酯或醚键，二硫键，氢键，离子键等。
可供选择地，根据本发明的组合物包括含与天然序列具有同源性(即对应于或与其邻近)的氨基酸系列，序列，片段等的构建体。此氨基酸段包含至少一个氨基酸序列，如果从较长系列氨基酸切割或分离的话，该氨基酸序列起根据本发明的I类HLA或II类HLA表位的作用。在这个实施方案中，使用任何数量本领域已知或待提供的技术修饰肽序列使得变为这里定义的构建体。该多表位构建体可含有与天然序列具有70-100％中的任何整数增量的同源性，如百分之70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，97，98，99，或100。
根据本发明的组合物进一步的实施方案是含根据本发明的一个或多个表位的抗原呈递细胞。抗原呈递细胞可以是“专门的”抗原呈递细胞，如树突细胞。抗原呈递细胞可以通过本领域已知或待确定的任何方法而包含本发明的表位。这些方法包括通过给予核酸如核酸冲击送递或本领域给予核酸的其它技术，包括基于载体(如病毒载体)的核酸送递，用一个或多个表位或含多个表位的一个或多个肽脉冲树突细胞。
根据本发明的组合物进一步的实施方案包括编码本发明一个或多个肽的核酸，或编码根据本发明的多表位肽的核酸。本领域任何一个技术人员可领会到，由于遗传密码的简并性，多种核酸组合物将编码同一肽。这些核酸组合物的每一个都落在本发明的范围内。本发明的这个实施方案包括DNA或RNA，在某些实施方案是DNA和RNA的组合。可以领会到含编码本发明肽或根据本发明的其它任何基于肽的组合物的核酸的组合物落在本发明的范围内。
可以领会到本发明基于肽(以及编码它们的核酸)的形式可包括使用本领域已知或待知的原则产生的本发明表位的类似物。模拟相关的原则是本领域现在已知的，并在这里公开；此外，1999年1月6日申请的共同未决的申请系列号U.S.S.N.09/226,775公开了模拟原则(构造畸形模拟)。通常本发明的组合物是分离或纯化的。V.实施例
以下将用具体实施例更详细描述本发明。下列实施例是为了说明的目的提供的，不意欲以任何方式限制本发明。本领域技术人员容易认识各种非关键参数，该参数可以根据本发明改变或改动产生可供选择的实施方案。
实施例1：I类和II类HLA结合试验
结合HLA分子的肽的下列实施例显示了I类和II类HLA肽的结合亲和力的定量。可用基元携载或无基元携载的肽进行结合试验。
按照已公开的方案(Sidney等，Current Protocols inImmunology 18.3.1(1998)；Sidney，等，J.Immunol.154：247(1995)；Sette，等，Mol.Immunol.31：813(1994))制备细胞溶解产物和纯化HLA分子。这些出版物中也描述了用作HLA分子来源的细胞系和用于从细胞溶解物中提取HLA分子的抗体。
非洲淋巴瘤病毒(EBV)转化的纯合细胞系，成纤维细胞，CIR或721.221转化体用作I类HLA分子的来源。用添加2mML谷氨酰胺(GIBCO，Grand Island，NY)，50μM 2-ME，100μg/ml链霉素，100U/ml青霉素(Irvine Scientific)和10％热灭活FCS(IrvineScientific，Santa Ana，CA)的RPMI 1640培养基培养体外维持这些细胞。细胞在225m2的组织培养瓶中生长，对于大规模培养，在摇瓶装置中生长。
如下制备细胞溶解产物。简言之，细胞在1080个细胞/ml浓度下，在含1％Nonidet P-40(Fluka Biochemika，Buchs，瑞士)，150mMNaCl，5mM EDTA和2mM PMSF的50mM Tris-HCl，pH8.5中裂解。15,000xg离心30分钟清除溶解产物中的杂质和核。
通过亲和层析从溶解产物中纯化HLA分子。溶解产物两次通过灭活Sepharose CL4-B和蛋白A-Sepharose两个预制柱。接下来，溶解产物通过结合适当抗体的Sepharose CL-4B珠柱。接着用10柱体积的在1％NP-40，PBS中的10mM Tris-HCL，pH8.0，2柱体积PBS，和含0.4％正辛基葡糖苷的2柱体积PBS洗涤抗HLA柱。最后，用含50mM二乙胺，0.4％正辛基葡糖苷，pH11.5的0.15M NaCl洗脱MHC分子。洗脱物中加入1/25体积的2.0M Tris，pH6.8使pH降低至～8.0。然后，在Centriprep30浓缩器中以2000rpm(Amicon，Beverly，MA)离心浓缩洗脱物。BCA蛋白试验(Pierce ChemicalCo.，Rockford，IL)估计蛋白含量并用SDS-PAGE证实。
用于测定肽与I类和II类MHC结合的方案的详细描述已经公开(Sette等，Mol.Immunol.31：813，1994；Sidney等，见Current Protocols in Immunology，Margulies，Ed.，JohnWiley & Sons，New York，Section 18.3，1998)。简言之，纯化的MHC分子(5至500nM)与各种未标记的肽抑制剂和1-10nM125I放射性标记的探针肽在含0.05％ Nonidet P-40(NP40)(或对于H-2 IA试验用20％w/v洋地黄皂甙)的PBS中，蛋白酶抑制剂混合物存在下，孵育48小时。蛋白酶抑制剂(每种来自CalBio Chem，LaJolla，CA)的终浓度是1mM PMSF，1.3nM 1.10二氮杂菲，73μM胃蛋白酶抑制剂A，8mM EDTA，6mM N-乙基马来酰亚胺(对于II类试验)和200μMN-α-p-甲苯磺酰基-L-赖氨酰氯甲酮(TLCK)。所有试验在pH7.0进行，除了DRB1*0301，它在pH4.5进行，和DRB1*1601(DR2w21 β1)和DRB4*0101(DRw53)，它们在pH5.0进行。如别处(见Sidney等，于Current Protocols in Immunology，Margulies，Ed.，JohnWiley & Sons，New York，Section 18.3，1998)所述调整pH。
孵育后，在7.8mm×15cm TSK200柱(TosoHaas16215，Montgomeryville，PA)中凝胶过滤，用含0.5％ NP40和0.1％NaN3的PBS pH6.5，以1.2mls/min洗脱，使MHC-肽复合体与游离肽分离。因为用于DRB1*1501(DR2w2β1)试验的放射性标记的肽的大小很大，使得在这些条件下分离结合和未结合峰更加困难，所以所有DRB1*1501(DR2w2β1)试验使用7.8mm×30cm TSK2000柱进行，以0.6mls/min洗脱。TSK柱的洗脱物经过Beckman170放射性同位素检测器，绘制放射活性并使用Hewlett-Packard 3396A积分仪积分，确定结合肽馏分。
用氯胺-T方法碘化放射性标记的肽。表IV和V总结了每个试验中使用的代表性的放射性标记探针，和试验特定的IC50nM。典型地，在初步实验中，在固定量放射性标记的肽存在下滴定每个MHC制剂，确定结合全部放射活性的10-20％所需HLA分子的浓度。用这些HLA浓度进行所有随后的抑制和直接结合试验。
由于在这些条件下[标记物]＜[HLA]和IC50≥[HLA]，测定的IC50值是真实KD值的合理近似值。典型地在120μg/ml至1.2ng/ml范围的浓度下测试肽抑制剂，在两个或四个完全独立的实验中测试。为了允许比较不同实验得到的数据，用每个测试肽的IC50(典型地，放射性标记探针肽的未标记形式)除抑制阳性对照的IC50计算每个肽的相对结合值。对于实验间比较，汇编相对结合值。这些值随后可通过感兴趣肽的相对结合除抑制阳性对照的IC50nM转变回IC50nM值。已经证明数据汇编的这个方法是最精确的，与比较不同天测试的肽或不同批次纯化的MHC测试一致。
因为用于HLA-DR纯化的抗体(LB3.1)是α链特异性的，β1分子不与β3(和/或β4和β5)分子分开。对于DRB1*0101(DR1)，DRB1*0802(DR8w2)和DRB1*0803(DR8w3)的情况，结合试验的β1特异性是显而易见的，它们不表达β3。对于DRB1*0301(DR3)和DRB3*0101(DR52a)，DRB1*0401(DR4w4)，DRB1*0404(DR4w14)，DRB1*0405(DR4w15)，DRB1*1101(DR5)，DRB1*1201(DR5w12)，DRB1*1302(DR6w19)和DRB1*0701(DR7)，也已经证明。DRB1*1501(DR2w2β1)，DRB5*0101(DR2w2β2)，DRB1*1601(DR2w21β1)，DRB5*0201(DR51Dw21)和DRB4*0101(DRw53)试验的β链特异性的问题通过成纤维细胞的应用而避免。以前已经描述了关于DRβ分子特异性的试验的发展和有效性(如见Southwood等，J.Immunol.160：3363-3373，1998)。
上面略述的结合试验可以用于分析超基元和/或基元携载表位，如例如实施例2所述。
实施例2. 保守的HLA超基元CTL候选表位的鉴定
本发明的疫苗组合物可包括含多个HLA超基元或基元的多个表位，以达到广泛的人群覆盖度。这个实施例阐述了用于包含在这种疫苗组合物内的超基元携载表位的鉴定。用下面描述的策略进行人群覆盖度的计算。然后选择携带HLA-A2，-A3或-B7超基元或HLA-A1或-A24基元的表位。
用于鉴定超基元和/或基元携载表位的计算机检索和算法
如下进行携载I类或II类HLA超基元或基元的表位的计算机检索。使用文本串搜索软件程序如MotifSearch1.4(D.Brown，SanDiego)分析所有翻译的HBV分离株序列，鉴定含适当HLA结合基元的可能肽序列；考虑到这里公开的基元/超基元，根据本领域的信息容易产生可供选择的程序。此外，可以脑力进行这种计算。用多项式算法对鉴定的A2-，A3-和DR-超基元序列打分，预测它们结合特定I类或II类HLA分子的能力。这些多项式算法考虑延伸的和精细的基元(即，解释不同位置的不同氨基酸的影响)，并且主要基于前提：肽-HLA分子相互作用的总体亲和力(ΔG)可近似为以下类型的线性多项式函数：
“ΔG”＝a1ixa2ixa3i...xani
其中，aij是代表沿n个氨基酸的肽序列在给定位置(i)给定氨基酸(j)的存在的作用的系数。本方法的关键假设是在每个位置的作用基本上彼此独立(即各个侧链的独立结合)。当残基.j出现在肽的i位置时，假定给肽结合的自由能贡献常量ji，而不考虑肽剩余的序列。证实了肽基本上以伸展的构象结合HLA分子和被T细胞识别的我们实验室的研究证明了这个假定(这里省略了数据)。
Gulukota等，J.Mol.Biol.267：1258-126，1997(也见Sidney等，Human Immunol.45：79-93，1996；和Southwood等，J.Immunol.160：3363-3373，1998)已经描述了具体算法系数推导的方法。简言之，对于固定和非固定样的所有i位置，计算相对于该组的剩余者而言携带j的所有肽的平均相对结合(ARB)的几何平均数，用作ji的估计值。对于II类肽，如果多比对是可能的，则在重复程序(iterative procedure)之后仅利用最高分比对。为了计算测试组中给定肽的算法分值，将对应于肽序列的ARB值乘积。如果这个乘积超过了选择的阈值，预测该肽将结合。适当的阈值选择为期望的预测严格程度的函数。
HLA-A2超型交叉反应肽的选择
利用定制的计算机程序对来自20个HBV分离株的完整序列进行比对，然后扫描，鉴定含HLA-A2-超型主要固定特异性的保守的9-和10-mer序列。
鉴定到共150个保守和基元阳性序列。然后使用A*0201特异性多项式算法估计这些肽的A*0201优选的二级固定残基的存在。选择和合成了共85个保守的基元阳性序列。
接着测试这85个保守的含基元的9-和10-mer肽体外结合纯化HLA-A*0201分子的能力。发现三十四个肽是好的A*0201结合者(IC50≤500nM)；15个是高度结合者(IC50≤50nM)，19个是中等结合者(IC50是50-500nM)(表XXVI)。
在独立分析过程中，也合成25个保守的来自HBV的，含适当A2超型主要固定残基的8或11-mer序列并检测其对A*0201的结合。一个肽，HBV env 259 11-mer(肽1147.14)，以500nM或更低的IC50结合A*0201，表XXVI已包括它。表XXVI也显示了类似肽，代表了HBV pol 538 9-mer肽的单一置换，其以5.1nM的IC50结合A*0201(见下)。
随后测试36个A*0201结合者中30个结合另外的A2超型等位基因(A*0202，A*0203，A*0206和A*6802)的能力。如表XXVI显示的，发现15/30(50％)肽是A2超型交叉反应结合者，结合所测试的5个A2超型等位基因中至少3个。选择这15个肽进一步分析。
HLA-A3超基元携载表位的选择
也检测了20个相同分离株序列中含HLA-A3超基元一级固定残基的保守肽的存在。鉴定了共80个保守的9-或10-mer含基元的序列。使用A03和A11算法进一步分析鉴定到一个或两个算法中分值都高的40个序列。合成相应的三十六个肽并测试与两个最流行的A3超型等位基因-HLA-A*03和HLA-A*11的结合。鉴定了以亲和力或IC50≤500nM结合A3和/或A11的二十三个肽(表XXVII)。
在独立的系列研究过程中，选择在75％或更多的分离株中保守的30个来自HBV的8-mer和24个11-mer序列并测试A*03和A*11结合。发现四个8-mer和9个11-mer结合一个或两个等位基因(表XXVII)。最后，已经鉴定了用上面概括的检索标准没有选择、但显示出结合A*03和/或A*11的四个9-mer和一个10-mer的保守的HBV来源肽，表XXVII包括了这些肽。这些肽中的两个含有非典型固定残基(肽20.0131和20.0130)，另外3个是算法阴性的(肽1142.05，1099.03，和1090.15)。
随后测试结合A*03和/或A*11的41个肽中38个与其它常见A3超型等位基因(A*3101，A*3301和A*6801)的结合交叉反应性。发现这些肽中17个是A3超型交叉反应性的，结合所测试5个A3超型等位基因中至少3个(表XXVII)。
HLA-B7超基元携载表位的选择
当也分析相同20个分离株中含HLA-B7超基元的保守的9-或10-mer肽的存在时，鉴定到46个序列。合成相应的三十四个肽并测试与最普通的B7超型等位基因HLA-B*0702的结合。九个肽≤500nM的IC50值结合B*0702(表XXVIII)。然后测试这九个肽对其它普通B7超型等位基因(B*3501，B*51，B*5301和B*5401)的结合。9个B*0702结合者中五个能够结合所测试5个B7超型等位基因中的3个或更多。
在调查B7超型等位基因的二级固定必要条件的独立研究中，测试所有可得到的含B7超型的肽与所有B7超型等位基因的结合。结果，也测试上述所有34个肽与其它B7超型等位基因的结合。这些实验鉴定到另外10个肽，它们≤500nM的IC50值结合至少一个B7超型等位基因，包括结合3个或更多等位基因的2个肽。表XXVIII也显示了这10个肽。
由于与A2和A3超型比较，保守B7超型的简并的HBV来源的9-和10-mer肽的数量低，再次检测这20个分离株以鉴定保守的含基元的8-mer和11-mer。再次扫描鉴定到51个肽。合成这些中的三十一个并测试与5个最常见B7超型等位基因每一个的结合。十九个8-和11-mer肽与至少一个B7超型等位基因以高或中等亲和力(IC50≤500nM)结合(表XXVIII)。两个肽是简并结合者，结合所测试的5个等位基因中的3个。
总之，已经鉴定了共9个来自HBV、在75％或更多所分析的分离株中保守、是简并B7超型结合者的肽(表XXVIII)。
A1和A24基元携载表位的选择
为了进一步增加人群覆盖度，HLA-A1和A24表位已经引入本分析中。A1平均在五个不同主要人种群体(白种人，北美黑人，中国人，日本人和西班牙人)人口的12％中存在，A24以大约29％存在。在这些相同人群中，组合这些等位基因将以39％的平均频率出现。当A1和A24与A2-，A3-和B7超型等位基因组合时，主要人种的总覆盖度＞95.4％；相比之下，A2-，A3-和B7-超型组合的覆盖度是86.2％。
对于HBV的A1和A24结合者的系统分析尚未完成。然而，在独立研究过程中，已经鉴定到15个保守的来自HBV的肽，它们以低于500nM的IC50结合A*0101；这些肽中有7个IC50低于100nM。在类似情况中，也已经鉴定了14个保守的结合A*2402的来自HBV的肽，其中6个以低于100nM的IC50结合A*2402(表XXIX)。
实施例3： 免疫原性的证实
A*0201免疫原性的估计
表XXX总结了上面鉴定的15个来自HBV的HLA-A2超型交叉反应肽的免疫原性分析。用三个系统中至少一个筛查肽的免疫原性。使用人PBMC筛选肽对原始抗原特异性CTL的体外诱导(Wentworth等，Molec.Immunol.32：603，1995)；这个数据在表XXX中表示为“原始CTL(primary CTL)”。
Wentworth等(Wentworth等，Molec.Immunol.32：603，1995)已经描述了从人PBMC体外诱导原始抗原特异性CTL的方案。已富集CD8+T细胞的来自正常供体的PBMC与负载肽的抗原呈递细胞(SAC-I活化的PBMCs)在IL-7存在下培养。七天后，用肽脉冲的辐射过的自体粘附细胞再次刺激培养物，然后七天后测试细胞毒活性。
此外，HLA转基因小鼠用于估计肽免疫原性，这个数据在表XXX中表示为“转基因CTL”。以前的研究已经表明A*0201/Kb转基因小鼠中诱导的CTL显示出类似于人中CTL诱导的特异性(Vitiello等，J.Exp.Med.173：1007，1991；Wentworth等，Eur.J.Immunol.26：97，1996)。
Vitiello等(Vitiello等，J.Exp.Med.173：1007，1991)和Alerander等(Alexander等，J.Immunol.159：4753，1997)已经描述了肽免疫后转基因小鼠的CTL诱导。简言之，合成肽(50μg/小鼠)和辅助表位HBV核心128(140μg/小鼠)乳化于不完全弗氏佐剂(IFA)中并在尾基部皮下注射。注射后十一天，在负载肽的同基因LPS母细胞存在下培养脾细胞。六天后，用肽脉冲的靶检测培养物的细胞毒活性。
也测试了在急性HBV感染患者中肽刺激回忆CTL反应(recallCTL response)的能力(Bertoni等，J.Clin.Invest.100：503，1997；Rehermann等，J.Clin.Invest.97：1655-1665，1996；Nayersina等，J.Immunol.150：4659，1993)；这些数据在表XXX中表示为“患者CTL”。患者免疫原性数据特别能够提供信息，因为它表示在天然感染过程中肽被识别。这些数据证明肽被加工和呈递在将作为CTL的靶的人细胞中。而且，这个数据与疫苗设计特别相关，因为患者CTL反应诱导已经与感染消散相关。
对于回忆CTL反应的评价，如Bertoni等(Bertoni等，J.Clin.Invest.100：503，1997)所述进行筛选。简言之，在10μg/ml合成肽存在下，培养来自急性HBV感染患者的PBMC。七天后，用肽再次刺激培养物。在第14天，用肽脉冲的靶细胞检测培养物的细胞毒活性。
在15个A2超型结合肽中，发现有11个在至少一个所用的系统中具有免疫原性。以前已经在急性HBV患者中鉴定了这11个肽中的5个(Bertoni等，J.Clin.Invest.100：503，1997)。五个另外的简并肽(1069.06，1090.77，1147.14，927.42和927.46)诱导了HLA-A*0201转基因小鼠的CTL反应。这11个免疫原性超型交叉反应性肽由三个HBV抗原编码；核心，包膜和聚合酶。
这组11个免疫原性A2超基元携载表位包括一个类似肽1090.77。野生型肽1090.14(这个类似物来源的野生型肽)是A2超型无交叉反应性的，但已经显示在急性HBV患者的回忆CTL反应中被识别，在HLA-A*0201转基因小鼠以及原代人培养物中具有免疫原性(表XXX)。下面详细描述了探寻野生型肽1090.14和1090.77类似物交叉识别的进一步研究。
在独立分析过程中，发现表XXXb显示的14个无交叉反应性肽，包括1090.14，在至少一个系统中是免疫原性的。这些肽中的五个肽在患者中被识别；4个肽在转基因小鼠中诱导CTL。
总之，已经鉴定了11个A2超型交叉反应性肽，它们在所检测的三个系统的至少一个中能够显示出免疫原性。
A*03/A11免疫原性的评价
评价了17个A3超型交叉反应性肽中7个的免疫原性(表XXXI)。如前面部分所述，用原代培养物，患者应答或HLA-A11转基因小鼠筛选A3超基元携载肽(Alexander等，J.Immunol.159：4753，1997)。除了肽1.0219之外，发现插表XXXI中所列的所有保守交叉反应肽具有免疫原性。
另外，发现显示交叉反应超型结合的保守性低的肽(1150.51；40％保守)在转基因小鼠中具有免疫原性，表XXXI中已包括该肽。已经显示两个其它的保守但无交叉反应的肽在急性HBV感染患者中被识别(Bertoni等，J.Clin.Invest.100：503，1997)。表XXXI显示了这些表位。
值得注意的是，对于8个保守的免疫原性的来自HBV的A3超基元携载表位中的7个，包括所有6个交叉反应肽，从患者得到了阳性数据。这些表位主要来自聚合酶蛋白序列，只有一个表位来自核心蛋白序列。尽管在X抗原中已经鉴定了大量交叉反应肽(表XXXI)，迄今为止，没有筛选这些肽的免疫原性。
总之，已经鉴定了7个携带A3超基元的交叉反应肽，它位在急性感染患者中被CTL识别，或在HLA转基因小鼠中诱导CTL。
B7免疫原性的评价
表XXXII总结了有关来自HBV的携带HLA-B7超基元的交叉反应肽的免疫原性研究。只在测定原代培养物或急性HBV感染患者中反应的人系统中筛选HLA-B7肽。筛选的7个简并肽中，4个显示具有免疫原性。一个无交叉反应的肽(XRN＜3)1147.04也显示在急性HBV感染患者中被识别的  (Bertoni等，J.Clin.Invest.100：503，1997；见表XXXII)。
总之，已经鉴定了在急性HBV感染患者中被识别的5个保守的来自HBV的B7超基元携载表位。这些表位提供了4个不同HBV抗原(核心，包膜，聚合酶和X)的覆盖度。
实施例4：通过产生类似物实现延伸的超基元以提高天然肽的结 合能力
HLA基元和超基元(包括一级和/或二级残基)在制备高度交叉反应天然肽中有用，如这里证明的。而且，HLA基元和超基元的定义也允许人们通过鉴定天然肽序列内可被模拟或修整”的残基而改造高度交叉反应表位，赋予肽以某些特征，如在组成超型的HLA分子组内更高的交叉反应性，和/或对一些或全部那些HLA分子的更高的结合亲和力。提供了显示调节的结合亲和力的类似肽的实例。
对一级固定残基模拟
已经表明I类肽配体可以被修饰，或“修整”而增加它们的结合亲和力和/或简并性(Sidney等，J.Immunol.157：3480，1996)。这些修整的肽也可以证明免疫原性增加和被野生型表位特异性的T细胞交叉反应识别(Parkhurst等，J.Immunol.157：2539，1996；Pogue等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA92：8166，1995)。特别是，A2超型肽的主要固定残基(main archors)可以在位置2被“修整”，或模拟为L或V(或M，如果是天然的)，和在C末端为V。如表XXVI指出的，14个A2超型交叉反应结合肽中的9个可以被这些标准修整”，21个无交叉反应结合者中的16个也是如此。修整的理想候选者将是以IC50≤5000nM结合至少3个A2超型等位基因特异性分子的肽。
肽1090.14的情形提供了这个产生更宽交叉反应肽策略之功效的例子(表XXVI)。以前，这个肽在所检测的每个系统中显示出高免疫原性。然而，它仅仅显示出结合单一A2超型等位基因特异性分子A*0201。这个肽无交叉反应结合能力限制人群覆盖度，所以限制这个肽包括在候选疫苗中的价值。在增加结合亲和力和交叉反应性的工作中，肽1090.14的C末端由“丙氨酸”变为A2超基元优选残基“缬氨酸”。这个改变导致对A*0201的结合亲和力急剧(40倍)增加(从200nM至5.1nM)，还产生了能够结合3个其它A2超型等位基因特异性分子的肽(见肽1090.77，表XXVI)。
对HLA-A*0201转基因小鼠的研究已经表明1090.77肽免疫小鼠的CTL反应识别加载天然肽1090.14或缬氨酸置换的类似物(即1090.77)的靶细胞。事实上，不论是类似物还是野生型序列用于负载靶细胞，不能区分1090.77诱导的CTL引起的细胞溶解(B.Livingston，未发表数据)。
用有效病毒复制抑制剂拉米夫定治疗慢性HBV患者的研究表明这些观察结果与疫苗构建体设计的相关性。用拉米夫定长期治疗导致选择在1090.14肽位置2缬氨酸置换甲硫氨酸的耐药HBV株，提示用于和拉米夫定组合的基于表位的疫苗可能需要具有诱导识别野生型和突变序列两者的CTL反应的能力。
为了证明天然肽(1090.14)，类似肽和拉米夫定诱导的突变M2肽之间可能交叉识别，用1090.77类似肽产生CTL。接着用野生型肽(1090.14)或拉米夫定诱导的突变M2肽刺激这些CTL培养物。然后检测这些CTL溶解负载野生型，或拉米夫定诱导的突变肽的靶细胞的能力。任何一个CTL培养物均类似地溶解了呈递二者任何一个肽的靶细胞(表XXVI)。
这些研究证明当仍允许野生型和突变表位间交叉识别时，模拟一个肽可如何引起HLA-A2超型简并性急剧增加。更特别是，这些结果表明利用类似肽1090.77的疫苗应该刺激将识别野生型和抗拉米夫定HBV株的反应。
类似地，也可以产生HLA-A3超基元携载表位的类似物。例如，可以模拟肽使得在位置2具有优选的V，和在C末端具有R或K。表XXVII鉴定的12个A3超型简并肽是主要固定残基修整的候选者，如同24个无交叉反应结合者中的19个一样。
首先测试类似肽对A*03和A*11的结合，然后将检测那些相对于亲本肽显示等同或提高的结合亲和力的那些肽的A3超型交叉反应性。然后，如果需要，进一步评价显示交叉反应性提高的类似物的免疫原性。
典型地，鉴定B7超基元携载表位更困难。如A2和A3超型表位的情况，可利用肽模拟策略产生交叉反应结合增加的另外的B7超基元携载表位。通常，应该修整B7超基元携载表位使其在位置2具有P，在它们的C末端具有I。
合成代表在两个不同B7样肽(HBV env 313和HBV pol 541)C末端用I残基置换一级固定单一氨基酸残基的类似物并测试它们的B7超型结合能力。发现I置换对两种情况的结合亲和力和/或交叉反应性都具有整体积极作用。在HBV env 313的情况下，I9(I在C末端位置9)取代对增加交叉反应性有效，依靠增加几乎400倍的B*5401结合亲和力，结合的等位基因从4个增至5个。在HBV pol541情况下，B*5401结合大大增加实现了类似的交叉反应性增加。而且，观察到HBV pol 541 I9类似物对B*0702，B51和B*5301结合亲和力明显增加。
对二级固定残基模拟
此外，HLA超基元在通过鉴定与交叉反应性能关联的二级固定位置的特定残基而设计高交叉反应肽中有价值。为了证明这一点，合成代表在五个不同B7超型结合肽位置1和3独立的单一氨基酸置换的第二组肽，测试它们的B7超型结合能力。在4/4情况中，位置1用芳香残基F(“F1”置换)取代天然残基的作用引起与亲本肽相比，交叉反应性增加，且在大多数情况下，结合亲和力增加三倍或更好(表XXVIII)。更特别的是，对HBV env 313，MAGE2 170，和HBV core168，F1置换类似物达到了全部超型交叉反应性。这种结果是通过急剧增加B*5401结合亲和力实现的。而且，在HBV core 168(B*3501和B*5301)和MAGE2 170(B*3501，B51和B*5301)的情况下，注意到对其它等位基因的亲和力增加。最后，在MAGE3 196的情况下，F1替代对增加交叉反应性有效，因为B*0702结合增加。也注意到B51结合能力增加几乎70倍。
位置3用超基元阳性F置换(“F3”置换)也制备了两个类似物。在两种情况下，获得了结合亲和力和交叉反应性增加。特别是，在HBV pol 541情况下，F3置换对增加交叉反应性有效，这依靠其对B*5401结合的作用。在MAGE3 196情况下，通过增加B*0702和B*3501结合能力，达到了完全超型交叉反应性。而且，在MAGE3 196情况下，值得注意的是对B*3501，B51，B*5301和B*5401，结合能力增加了40至5000倍。
总之，这些数据证明通过使用甚至单一氨基酸置换，可能增加肽配体对HLA超型分子的结合亲和力和/或交叉反应性。
实施例5： 含HLA-DR结合基元的保守的HBV序列的鉴定也可以如下文所述使用实施例1-3所述的类似方法鉴定携载II类HLA超基元或基元的肽表位。
HLA-DR超基元携载表位的选择
II类HLA分子典型地结合长度在12和20个残基之间的肽。然而，与I类HLA类似，相互作用的特异性和能量通常包含在大约9个残基的短核心区域中。多数DR分子在这个9-mer核心内享有重叠的特异性，其中位置1(P1)的疏水残基是主要固定残基(O’Sullivan等，J.Immunol.147：2663，1991；SouthWood等，J.Immunol.160：3363，1998)。位置6(P6)存在小或疏水残基对多数DR-肽相互作用也很重要。这个在9-mer核心区域重叠的P1-P6的特异性，已经定义为DR超基元。不象I类分子，DR分子在结合沟两个末端开放，并因此可容纳长度变化的更长肽。事实上，尽管看来肽-DR相互作用的多数能量由核心区域提供，但是看来侧翼残基对高亲和力相互作用很重要。而且，尽管不是MHC结合严格所需的，在大多数情况下，T细胞识别明显必需侧翼残基。
为了鉴定来自HBV的DR交叉反应HTL表位，扫描为鉴定I类HLA基元序列而扫描的相同的20个HBV多蛋白中含结合HLA-DR的基元的序列的存在。特别地，选择由含DR超基元的9-mer核心和三残基N和C末端侧翼区域组成的15-mer序列。也需要15-mer序列的100％在扫描的至少85％(17/20)的HBV株中保守。使用这些标准，鉴定到36个非冗余序列。随后合成三十五个这些肽。
也已经建立了预测结合DR分子的肽的算法(Southwood等，J.Immunol.160：3363，1998)。对各个DR分子特异的这些算法允许对9-mer核心区域的打分和评级。使用选择表，已发现这些算法有效选择高几率结合适当DR分子的肽序列。另外，已发现依次运行这些算法，特别是对DR1，DR4w4和DR7的那些算法，可有效地选择DR交叉反应肽。
为了看看这些算法是否可鉴定另外的肽，重新扫描上面使用的相同HBV多蛋白中15-mer肽的存在，其中100％9-mer核心区域有385％(17/20株)保守性。接下来，用DR1，DR4w4和DR7算法对这些肽每一个的9-mer核心区域打分。结果，鉴定到8个另外的序列并进行合成。
总之，鉴定到44个15-mer肽，其中9-mer核心区域含有DR超基元或是用预测DR结合序列的算法选择的。合成了四十三个这些肽(表XXXIII)。
执行上述来自HBV的肽的分析时，也鉴定了在其DR1，DR4w4和DR7算法谱基础上预测是DR交叉反应结合肽，但具有仅80％保守的9-mer核心区域的9个肽。以前合成了含有95％保守的DR超基元核心区域的，但位于离N末端仅一个残基的另外的肽。也选择这10个肽进行进一步分析，表XXXIII显示了这些肽。
最后，考虑对含上面选择的肽(27.0280)冗余的2个肽，CF-08和1186.25作另外的分析。肽1186.25含有多个DR超基元序列。肽CF-08是嵌套27.0280和1186.25的20-mer肽。这些肽在表XXXIII中显示。
测试上面鉴定的55个来自HBV的肽结合普通HLA-DR等位基因的能力。为了使人群覆盖度以及多数DR等位基因的结合清单(repertoires)间的关系二者均最大化(见例如Southwood等J.Immunol.160：3363，1998)，筛选肽与DR试验的顺序板的结合。这些筛选板的成分，相关抗原的表型频率在表XXXIV中显示。首先测试所有肽与一级板：DR1，DR4w4和DR7中等位基因的结合。然后在二级试验(DR2w2β1，DR2w2β2，DR6w19和DR9)中仅测试结合这3个等位基因中至少2个的肽的结合。最后，在三级试验(DR4w15，DR5w11和DR8w2)中仅筛选结合4个二级板等位基因中的至少2个，因此总共结合7等位基因中的4个的肽的结合。
测试时，发现原始的55个肽中有25个(45％)结合两个或更多一级板等位基因。当随后在二级试验中测试这25个肽时，发现有20个结合一级和二级试验板中7个DR等位基因中的至少4个。最后，在三级试验中测试通过二级筛选阶段的20个肽中18个肽的结合。结果，显示12个肽结合10个普通HLA-DR等位基因中至少7个。这12个肽的序列及其在一级至三级板中每个试验的结合能力在表XXXV中显示。也显示了肽CF-08和857.02，它们分别结合迄今测试的等位基因中的5/5和5/6。
总之，已经鉴定了能够结合多个HLA-DR等位基因的来自HBV基因组12个独立区域的14个肽。这组肽包括至少2个表位，每个来自Core(Nuc)，Pol和Env抗原。
保守的DR3基元肽的选择
因为HLA-DR3是白种人，黑种人和西班牙人群中流行的等位基因，DR3结合能力是选择HTL表位的重要标准。然而，以前得到的资料表明DR3仅很少与其它DR等位基因交叉反应(Sidney等，J.Immunol.149：2634-2640，1992；Geluk等，J.Immunol.152：5742-5748，1994；Southwood等，J.Immunol.160：3363-3373，1998)。这完全不奇怪，因为DR3肽结合基元看来与多数其它DR等位基因的特异性不同。
为了有效鉴定结合DR3的肽，分析了靶蛋白中携带Geluk等(J.Immunol.152：5742-5748，1994)报道的两个DR3特异性结合基元之一的保守序列。鉴定到十八个序列。这些序列中八个与表XXXVI显示的肽有很大的冗余性，3个与以前为其它研究合成的肽有冗余性。合成了7个独特的序列。
已测试了十八个肽中含有DR3基元的十七个肽的DR3结合能力。发现四个肽以1000nM或更好的亲和力结合DR3(表XXXVI)。
实施例6.来自HPV的HTL表位的免疫原性
这个实施例确定了用实施例5中的方法鉴定的那些表位中免疫原性的DR超基元和DR3基元携载表位。
以类似于确定CTL表位免疫原性的方式，通过评价刺激HTL反应的能力和/或使用适当转基因小鼠模型，来评价HTL表位的免疫原性。通过筛选1.)用正常PBMC体外原始诱导或2.)癌症患者PBMCs的回忆反应来确定免疫原性。实施例7.计算HIA超型在各人种背景中的表型频率以确定人群覆 盖度的宽度
这个实施例阐述了包括含多个超基元和/或基元的多个表位的疫苗组合物的人群覆盖度宽度的评价。
为了分析人群覆盖度，确定了HLA等位基因的基因频率。利用二项分布公式gf＝1-(SQRT(l-af))从抗原或等位基因频率计算每个HLA等位基因的基因频率(如见Sidney等，Human Immunol.45：79-93，1996)。为了获得整体表型频率，计算累积基因频率，累积抗原频率使用反向公式[af＝l-(l-Cgf)2]得到。
在DNA分型水平得不到频率数据时，假定对应于血清学定义的抗原频率。为了得到总的潜在超型人群覆盖度，假定没有连锁不平衡，并且仅包括证实属于每种超型的等位基因(最小估计)。通过将可以预期被所考虑的B等位基因覆盖的非A覆盖人群比例添加到A覆盖度中，进行座位间组合得到的总的潜在覆盖度的估计(如，总体＝A+B*(1-A))。A3样超型的已证实成员是A3，A11，A31，A*3301和A*6801。尽管A3样超型可能潜在包括A34，A66和A*7401，但是整体频率计算中不包括这些等位基因。同样，A2样超型家族的已证实成员是A*0201，A*0202，A*0203，A*0204，A*0205，A*0206，A*0207，A*6802和A*6901。最后，B7样超型证实的等位基因是B7，B*3501-03，B51，B*5301，B*5401，B*5501-2，B*5601，B*6701和B*7801(可能还有B*1401，B*3504-06，B*4201和B*5602)。组合A2-，A3-和B7-超型得到的人群覆盖度在五个主要人种群中是大约86％(见表XXI)。通过包括携载A1和A24基元的肽可能扩大覆盖度。平均地，A1存在于五个不同主要人种群(白种人，北美黑人，中国人，日本人和西班牙人)12％的人口中，A4存在于29％的人口中。合起来，这些等位基因在这些相同人种群中以39％的覆盖频率出现。当A1和A24与A2-，A3-和B7-超型等位基因的覆盖度组合时，主要人种中的总覆盖度＞95％。
基于这里公开的内容，可类似得到II类HLA分子的人群覆盖度。
候选I类和II类HLA表位的总结
总之，基于上面提供的数据，选择34个保守CTL表位作为疫苗候选物(表XXXVII)。在这34个表位中，7个来自核心，18个来自聚合酶，9个来自包膜。该组表位中不包含X抗原的表位，因为这个蛋白表达量低，因此免疫学意义低。
估计这组CTL表位提供的人群覆盖度在5个主要人种群体中超过95％。使用Monte Carlo分析(图1)，预测由白种人，北美黑人，中国人，日本人和西班牙人组成的人群有大约90％个体将识别五个或更多的疫苗候选表位。
虽然优选的CTL表位包括34个离散肽，但是两个肽完全嵌套在较长肽内，因此有效降低了疫苗候选物中将不得不包括的肽的数量。特别是，A2限制性肽927.15嵌套在B7限制性肽26.0570中，B7限制性肽988.05嵌套在A2限制性肽924.07中。类似地，A24限制性肽20.0136和A2限制性肽1013.01含有相同核心区域，仅第一个氨基酸不同。相关点是，A2限制性肽1090.14和B7限制性肽1147.05有两个氨基酸重叠，增加了将这两个表位作为一个连续的肽序列送递的可能性。
该肽组包括9个A2限制性CTL表位；四个聚合酶来源的表位，四个包膜来源的表位和一个核心表位。这9个肽中7个在急性患者回忆CTL试验中被识别。在患者识别的7个肽中，2个是无交叉反应的结合肽。包含这些肽作为潜在疫苗候选物源自HLA-A*0201是在所检测的所有人种中优势表达的A2超型等位基因的观察结果。据此，无交叉反应的A*0201结合肽的包括增加抗原覆盖度和人群覆盖度的冗余性。缺乏患者免疫原性数据的惟独两个A2限制性肽是肽1090.77和1069.06。1090.77肽是急性HBV患者识别的高免疫原性肽的类似物。尽管还没有测试患者回忆反应识别该类似肽的能力，但是在HLA转基因小鼠中进行的免疫原性研究已经表明1090.77诱导的CTL能够识别负载天然产生的序列的靶细胞。这些数据表明1090.77肽唤起的CTL是交叉反应性的且应该识别HBV感染细胞。1069.06肽被包含作为潜在的疫苗表位，因为其对A*6802的高结合亲和力引起更高的人群覆盖度。该肽在HLA-A2转基因小鼠和原代人培养物中具有免疫原性。
优选的CTL表位包括7个A3超型限制性肽；6个来自聚合酶抗原和一个来自核心区域。所有A3超型疫苗候选肽在患者中具有免疫原性。尽管肽1142.05是无交叉反应的A3限制性肽，但是已经表明它可被患者识别且能够结合HLA-A1。
九个B7限制性肽是实施例中鉴定的优选CTL表位。在这个组中，已经表明患者体内可识别3个表位。尽管这些肽中的一个，1147.04，是无交叉反应结合者，但是它结合主要B7超型等位基因中的2个，IC50或结合亲和力值小于100nM。基于超型结合，优选的表位包括六个B7超型表位。人体内的免疫原性研究(Bertoni等，1997；Doolan等，1997；Threlkeld等，1997)已经证明高交叉反应肽几乎总是作为表位被识别。已知这些结果，并根据可得到的有限免疫原性数据，相信使用B7超型结合亲和力作为选择标准是合适的。
类似地，有关A1和A24限制性肽的免疫原性数据很少。已经报道一个优选CTL表位1069.04在急性HBV患者的回忆反应中被识别。如前段所讨论，发现高百分比的结合亲和力＜100nM的肽具有免疫原性。由于这个原因，认为结合亲和力＜100nM的所有A1和A24肽是优选的CTL表位。使用这个选择标准，鉴定3个A1限制性和6个A24限制性肽作为候选表位。进一步研究发现3个来自核心的肽以中等亲和力结合A24。由于这个研究过程中鉴定了相对较少的核心表位，优选的表位组中也包括该中等A24结合核心肽以提供更大程度的抗原覆盖度冗余性(redundancy in antigen coverage)。
表XXXVII总计了优选的来自HBV的HTL表位的列表。这组HTL表位包括12个DR超基元结合肽和4个DR3结合肽。多数HTL表位来自聚合酶；该优选的HTL表位组也包括2个包膜和2个核心来源的表位。该套HTL表位代表的估计总人群覆盖度在五个主要人种群体的每一个中都超过91％(表XXXVIII)。
实施例8：致敏后，内源加工抗原产生的识别
这个实施例确定了如实施例1-5所述鉴定和选择的天然或模拟表位诱导的CTL识别内源合成的，即天然的抗原。
用肽包被的刺激细胞体外重复刺激从如实施例3用肽表位(例如，HLA-A2超基元携载表位)免疫的转基因小鼠分离的效应细胞。六天后，检测效应细胞的细胞毒性，进一步重复刺激含有肽特异性细胞毒活性的细胞系。再过六天后，肽缺乏或存在下，在51Cr标记的Jurkat-A2.1/Kb靶细胞上测试这些细胞系的细胞毒活性，也在携载内源合成抗原的51Cr标记的靶细胞，如HBV表达载体稳定转染的细胞上测试。
结果表明从肽表位致敏的动物得到的CTL系识别内源合成的HBV抗原。待用于这种分析的转基因小鼠模型的选择依赖于要评价的表位。除了HLA-A*0201/Kb转基因小鼠，几种其它转基因小鼠模型包括含人A11的小鼠(它也可以用于估计A3表位和B7等位基因)已被表征，其它的(如HLA-A1和A24的转基因小鼠)正在开发。也已经开发了HLA-DR1和HLA-DR3小鼠模型，它们可以用于评价HTL表位。
实施例9：转基因小鼠中CTL-HTL结合表位的活性
这个实施例阐述了使用HBV CTL/HTL肽结合物(conjugate)在转基因小鼠中对CTLs和HTLs的诱导。在Oseroff等Vaccine16：823-833(1998)中可以发现类似研究。
该肽组合物可包括多个CTL和/或HTL表位，进一步可包括选自多个HPV靶抗原的表位。用实施例1-6所述的方法鉴定表位。例如，这种肽组合物可包括与含例如至少一个以500nM或更低的亲和力结合多个HLA家族成员的CTL表位的优选CTL表位或该表位的类似物结合的HTL表位。如果期望，肽可以脂化。
免疫步骤：如文献所述免疫转基因小鼠(Alexander等，J.Immunol.159：4753-4761，1997)。例如，人HLA A2.1等位基因转基因的和可用于评价HLA-A*0201基元或HLA-A2超基元携载表位的免疫原性的A2/Kb小鼠，用溶在不完全弗氏佐剂，或如果肽组合物是脂化CTL/HTL结合物，溶于DMSO/盐水，或如果该肽组合物是多肽，溶于PBS或不完全弗氏佐剂中的0.1ml肽皮下(尾巴基部)致敏。致敏后七天，用肽包被的照射过的LPS活化的同基因淋巴母细胞再次刺激从这些动物得到的脾细胞。
细胞系：肽特异性细胞毒性试验的靶细胞是HLA-A2.1/Kb嵌合基因转染的Jurkat细胞(如Vitiello等，J.Exp.Med.173：1007，1991)。
体外CTL活化：致敏后一周，脾细胞(30×106个细胞/瓶)与同基因的经照射(3000rads)的肽包被的淋巴母细胞(10×106个细胞/瓶)在10ml的培养基/T25瓶中37℃共同培养。六天后，收获效应细胞并检测细胞毒活性。
细胞毒活性试验：靶细胞(1.0-1.5×106)在200μl51Cr存在下，37℃培养。60分钟后，细胞洗涤三次并重悬于R10培养基中。需要的时候加入肽，浓度为1μg/ml。对于这个试验，向U底96孔板中不同浓度的效应细胞(终体积200μl)中加入104 51Cr标记的靶细胞。37℃培养6小时后，每孔中取0.1ml量的上清并用Micromedic自动γ计数器确定放射活性。用以下公式确定特异性溶解百分比：特异性释放百分比＝100×(实验释放-自发释放)/(最大释放-自发释放)。为了便于比较相同条件下运行的分开的CTL试验，％51Cr释放数据表示为溶解单位/106个细胞。一个溶解单位随意定义为在6小时51Cr释放试验中10,000个靶细胞达到30％溶解所需的效应细胞数量。为了获得特异性溶解单位/106，从在肽存在时得到的溶解单位/106减去肽缺乏时得到的溶解单位/106。例如，如果肽缺乏时，以效应细胞(E)：靶细胞(T)比率50∶1(即，5×105效应细胞，10,000靶)得到30％51Cr释放，而肽存在时，以5∶1(即，5×104效应细胞，10,000靶)得到30％51Cr释放，则特异性溶解单位将是：[(1/50,000)-(1/500,000)]×106＝18LU。
分析结果来评价免疫原性CTL/HTL结合物疫苗制剂注射的动物的CTL反应大小并与用实施例3概述的CTL表位得到的CTL反应大小比较。可以进行与此类似的分析来评价含多个CTL表位和/或多个HTL表位的肽结合物的免疫原性。根据这些方法，发现诱导了CTL反应，同时，给予这种组合物诱导了HTL反应。
实施例10.包含在HBV特异性疫苗中的CTL和HTL表位的选择
这个实施例举例说明了用于本发明疫苗组合物的肽表位的选择方法。本发明组合物中的肽可以是核酸序列的形式，包括编码肽的单一或一个或多个序列(即小基因)，或可以是单一和/或多表位肽。
当选择包含在疫苗组合物中的表位队列时，利用下列原则。为了进行选择，平衡下列每个原则。
选择在给予后模拟观察到与HBV清除相关的免疫应答的表位。使用的表位数量依赖于自发清除HBV的患者的观察结果。例如，如果已经观察到自发清除HBV的患者对至少一个HPB抗原上至少3个表位产生了免疫应答，那么对于I类HLA应该包括3-4个表位。用类似的原理确定II类HLA表位。
常常选择对I类HLA分子具有500nM或更低IC50的结合亲和力，或对于II类，有1000nM或更低IC50的结合亲和力的表位。
选择足够的超基元携载表位，或足够的等位基因特异性基元携载肽队列以得到宽的人群覆盖度。例如，选择表位提供至少80％的人群覆盖度。可使用本领域已知的统计学评价法——Monte Carlo分析，评价人群覆盖度的宽度和冗余度。
当构建多表位组合物如小基因时，典型地期望产生包含感兴趣表位的尽可能小的肽。采用的原则与选择含嵌套表位的肽时采用的类似，如果不是相同的话。
在可获得相同靶蛋白的多个变异体的序列的情况下，也可以基于它们的保守性选择可能的肽表位。例如，保守性的标准可以定义为在为特定蛋白抗原而评价的指定百分比的序列中I类HLA结合肽的完整序列或II类结合肽的完整9-mer核心是保守的。
例如，包含在疫苗组合物中的表位从表XXXVIIa和b所列的那些中选择。当给予所选肽组成的疫苗组合物时，是安全、有效的，且引起与清除急性HBV感染的免疫应答大小类似的免疫应答。
实施例11：小基因多表位DNA质粒的构建
这个实施例提供了构建小基因表达质粒的指导。小基因质粒当然可包含这里所述的各种构型的CTL和/或HTL表位或表位类似物。例如在1999年5月13日申请的共同未决的U.S.S.N.09/311,784中描述了表达质粒的构建和评价的实施例。图2显示了这种质粒的实例，阐述了小基因构建体中HBV表位的方向。这种质粒也可以包括例如多个CTL和HTL肽表位。
小基因表达质粒典型地包括多个CTL和HTL肽表位。在本实施例中，HLA-A2，-A3，-B7超基元携载肽表位和HLA-A1和A24基元携载肽表位与DR超基元携载表位和/或DR3表位结合使用(图2)。例如，表XXVI-XXXIII中鉴定了优选的表位，选择来自多个HBV抗原如核心，聚合酶，包膜和X蛋白的I类HLA超基元或基元携载肽表位，使得提供的多个超基元/基元确保宽人群覆盖度。类似地，从多个HBV抗原选择II类HLA表位以提供宽人群覆盖度，即选择HLA DR-1-4-7超基元携载表位和HLA DR-3基元携载表位包含在小基因构建体中。然后，将所选的CTL和HTL表位合并至小基因中以在表达载体中进行表达。
这个实施例举例说明了用于构建这种携带小基因的表达质粒的方法。本领域技术人员可得到并且知晓可以用于小基因组合物的其它表达载体。
小基因DNA质粒含有共有Kozak序列和共有小鼠Kappa Ig轻链信号序列，随后是根据这里公开的原则选择的CTL和/或HTL表位串。
合成和HPLC纯化重叠寡核苷酸，例如八个寡核苷酸，平均长度大约70个核苷酸，含15个核苷酸重叠。寡核苷酸编码所选肽表位以及适当的接头核苷酸。用PCR在三组反应中延伸重叠的寡核苷酸装配最后的多表位小基因。使用Perkin/Elmer 9600 PCR仪，用下列条件执行共30个循环：95℃15秒，退火温度(比所计算的每个引物对最低Tm值低5℃)30秒和72℃1分钟。
对于第一个PCR反应，两个寡核苷酸每一个5μg退火和延伸：在含pfu聚合酶缓冲液(lx＝10mM KCL，10mM(NH4)2SO4，20mMTris-Cl，pH8.75，2mM MgSO4，0.1％ Triton X-100，100μg/ml BSA)，0.25mM每种dNTP和2.5U pfu聚合酶的100μl反应中混合寡核苷酸1+2，3+4，5+6和7+8。凝胶纯化全长二聚体产物，含1+2和3+4产物，及5+6和7+8产物的两个反应混合，退火并延伸10个循环。然后混合两个反应物的一半，进行5个循环的退火和延伸之后，加入侧翼引物进行25个另外的循环扩增全长产物。凝胶纯化全长产物并克隆进入pCR-blunt(Invitrogen)中，通过测序筛选各个克隆。
实施例12.质粒构建体和其诱导免疫原性的程度
通过用表达表位的核酸构建体转导或转染APC后，测试APC对表位的呈递，体外评价质粒构建体，例如根据实施例11构建的质粒能够诱导免疫原性的程度。这种研究确定“抗原性”并允许使用人APC。通过定量细胞表面上的表位-I类HLA复合体的密度，该试验确定在被T细胞识别的背景下肽被APC呈递的能力。直接测定从APC洗脱的肽量可进行定量(如见Sijts等，J.Immunol.156：683-692，1996；Demotz等，Nature342：682-684，1989)；或通过测定感染或转染的靶细胞诱导的溶解或淋巴因子释放量，然后确定得到等同水平溶解或淋巴因子释放所需的肽浓度，可估计肽-I类HLA复合体数量(如见Kageyama等，J.Immunol.154：567-576，1995)。
可供选择地，通过体内注射给小鼠和随后体外估计CTL和HTL活性可评价免疫原性，所述CTL和HTL活性可分别使用细胞毒性和增殖试验分析，如5/13/99申请的共同未决的U.S.S.N.09/311,784和Alexander等，Immunity 1：751-761，1994详述。
例如，为了评价含至少一个HLA-A2超基元肽的DNA小基因构建体(如U.S.S.N.09/311,784所述产生的pMin小基因构建体)体内诱导CTLs的能力，例如用100μg裸cDNA肌肉内免疫HLA-A2.1/Kb转基因小鼠。作为比较cDNA免疫诱导的CTLs水平的方法，也用含合成作为单个多肽的多个表位的真实肽组合物免疫对照组动物，就象它们由小基因编码一样。
用各组合物(小基因或多表位肽编码的肽表位)的每一个刺激免疫动物的脾细胞两次，然后以51Cr释放试验检测肽特异性细胞毒活性。结果表明针对A2限制性表位的CTL反应大小，由此表明了小基因疫苗和多表位疫苗的体内免疫原性。因此发现小基因引起了针对HLA-A2超基元肽表位的免疫应答，多表位肽疫苗也是如此。也用其它HLA-A3和HLA-B7转基因小鼠模型进行类似研究，评价HLA-A3和HLA-B7基元或超基元表位对CTL的诱导。
为了评价编码II类表位的小基因诱导体内HTLs的能力，例如用100μg质粒DNA肌肉内免疫DR转基因小鼠，或对于与适当小鼠MHC分子交叉反应的那些表位，免疫I-Ab限制性小鼠。作为比较DNA免疫诱导的HTLs水平的方法，也用乳化于完全弗氏佐剂中的真实肽组合物免疫对照组动物。从免疫动物的脾细胞纯化CD4+T细胞，即HTLs，并用相应的每个组合物(小基因编码的肽)刺激。用3H-胸腺嘧啶核苷掺入增殖试验测定HTL反应(如见Alexander等Immunity 1：751-761，1994)。结果表明HLT反应大小，因此证明小基因的体内免疫原性。
如实施例11所述构建的DNA小基因也可以用致敏加强方案(prime boost protocol)与加强试剂组合作为疫苗进行评价。加强试剂可由重组蛋白(如Barnett等，Aids Res.And HumanRetroviruses 14，Supplement 3：S299-S309，1998)或重组痘苗组成，例如，表达编码感兴趣的完整蛋白的小基因或DNA(如见Hanke等，Vaccine16：439-445，1998；Sedegah等，Proc.Natl.Acad.Sci USA 95：7648-53，1998；Hanke和Mc Michael，Immunol.Letters 66：177-181，1999；和Robinson等，Nature Med.5：526-34，1999)。
例如，首先在转基因小鼠中评价用于致敏加强方案的DNA小基因的功效。在这个实施例中，用100μg编码免疫原性肽(包括至少一个HLA-A2超基元携载肽)的DNA小基因IM(肌肉)免疫A2.1/Kb转基因小鼠。一定培养期后(范围3-9周)，用107pfu/小鼠的表达DNA小基因编码的相同序列的重组痘苗病毒IP(腹膜内)加强小鼠。用不含小基因序列的100μg DNA或重组痘苗或用编码小基因的DNA但没有痘苗加强，免疫对照小鼠。两周的另外培养期后，用ELISPOT试验立即检测小鼠脾细胞的肽特异性活性。另外，用在小基因和重组痘苗中编码的A2限制性肽表位体外刺激脾细胞，然后用IFN-γELISA检测肽特异性活性。
发现致敏加强方案利用的小基因引起的对HLA-A2超基元肽的免疫应答比单独用DNA大。也可以使用HLA-A11或HLA-B7转基因小鼠模型进行这种分析，评价HLA-A3或HLA-B7基元或超基元表位对CTL的诱导。
实施例20中描述了对人使用致敏加强方案。
实施例13：预防用途的肽组合物
本发明的疫苗组合物可用于预防有这种感染风险的人发生HJBV感染。例如，将含多个CTL和HTL表位(如实施例9和/或10选择的那些表位，也选择它可对准超过80％的人群)的多表位肽表位组合物(或含它们的核酸)给予有HBV感染风险的个体。
例如，基于肽的组合物可以以包含多个表位的单一多肽提供。疫苗典型地在包含佐剂，如不完全弗氏佐剂的生理溶液中给药。初次免疫的肽剂量是70kg患者约1至约50,000μg，通常100-5,000g。疫苗初次给予后跟随第4周的加强剂量，随后采用确定PBMC样品中表位特异性CTL存在的技术评价患者免疫应答的大小。如果需要，给予另外的加强剂量。发现该组合物作为抗HPV感染的预防是安全和有效的。
可供选择地，按照本领域已知和这里公开的方法，典型地包含转染试剂的组合物可用于给予基于核酸的疫苗。
实施例14：来自天然HBV序列的多表位疫苗组合物
优选使用定义用于每个I类和/或II类超基元或基元的计算机算法筛选天然HBV多蛋白序列，鉴定含多个表位的多蛋白“相对短”的区域并优选长度低于完整天然抗原。选择这个含有多个不同，甚至重叠的表位的相对短序列并用于产生小基因构建体。改造该构建体以表达对应于天然蛋白序列的肽。“相对短”肽通常长度少于250个氨基酸，长度常常少于100个氨基酸，优选长度少于75个氨基酸，更优选长度少于50个氨基酸。选择疫苗组合物的该蛋白序列，因为在该序列中含有最大数量的表位，即它具有高浓度的表位。如这里指出，表位基元可以嵌套或重叠(即相对于彼此，框架移动)。例如，利用f重叠表位，两个9-mer表位和一个10-mer表位可以存在于一个10个氨基酸的肽中。给予这种疫苗组合物用于治疗或预防。
疫苗组合物将包括，例如，来自至少一个HBV靶抗原的三个CTL表位和至少一个HTL表位。这个多表位的天然序列以肽或编码该肽的核酸序列给予。可供选择地，可以由这个天然序列制备类似物，其中一个或多个表位包含改变该多表位肽的交叉反应性和/或结合亲和力性能的置换。
这个实施例的实施方案提供了尚未被发现的免疫系统加工方面将作用于该天然嵌套序列并因此利于制备诱导治疗或预防性免疫应答的疫苗组合物的可能性。另外，这种实施方案提供了目前未知的HLA构造(HLA makeup)的基元携载表位的可能性。此外，这个实施方案(缺乏类似物)使免疫应答针对实际存在于天然HBV抗原中的多个肽序列，由此避免评价任何接合表位的需要。最后，这个实施方案提供了制备核酸疫苗组合物时的规模经济。
与这个实施方案相关，可以根据本领域的原则得到计算机程序，该程序鉴定在靶序列中每序列长度中最大数量的表位。
实施例15.针对多种疾病的多表位疫苗组合物
本领域的HBV肽表位和与一个或多个其它疾病相关的靶抗原的肽表位结合，用于产生有效预防或治疗HBV以及另一种疾病的疫苗组合物。其它疾病的实例包括但不限于HIV，HCV和HPV。
例如，可以产生含对准超过98％的人群的多个CTL和HTL表位的多表位肽组合物给予有HBV和HIV感染风险的个体。该组合物可以以合并了来自各种疾病相关来源的多个表位的单一多肽提供，或可作为含一个或多个分开的表位的组合物给予。
实施例16.肽评价免疫应答的应用
本发明的肽可以用于分析免疫应答，检测针对HBV的特异性CTL或HTL群的存在。可以以Ogg等，Science279：2103-2106，1998所述方式进行这种分析。在下列实施例中，根据本发明的肽用作诊断或预后目的的试剂，不是作为免疫原。
在这个实施例中，高敏感人白细胞抗原四聚物复合体(“四聚物”)用于例如HLA A*0201阳性个体在不同感染阶段或用含A*0201基元的HBV肽免疫后的HBV HLA-A*0201特异性CTL频率的抽样分析。如(Musey等，N.Engl.J.Med.337：1267，1997)所述合成四聚物复合体。简言之，用原核表达系统方法合成纯化的HLA重链(在这个实施例中是A*0201)和β2-微球蛋白。通过删除跨膜-胞质尾和COOH末端添加含BirA酶促生物素化位点的序列，修饰重链。通过稀释重折叠重链，β2-微球蛋白和肽。快速蛋白液相层析分离45-KD重折叠产物，然后在生物素(Sigma，St.Louis，Missouri)，腺苷5’三磷酸和镁存在下，用BirA生物素化。以1：4摩尔比加入链霉抗生物素-藻红蛋白结合物，将四聚体产物浓缩到1mg/ml。所得产物称作四聚物-藻红蛋白。
对于患者血液样品的分析，大约一百万PBMCs以300g离心5分钟并重悬于50μl冷磷酸缓冲盐水中。四聚物-藻红蛋白和抗CD8-Tricolor和抗CD38一起进行Tri-color分析。PBMCs与四聚物和抗体在冰上孵育30至60分钟，然后洗涤两次后用甲醛固定。采用含＞99.98％的对照样品的门(gates)。四聚物对照包括A*0201阴性个体和A*0201阳性未感染供体。然后用流式细胞计数仪确定四聚物染色的细胞百分比。结果指出PBMC样品中含表位限制性CTLs的细胞数量，由此容易指出对HBV表位的免疫应答的程度，并因此指出HBV感染阶段，接触HBV的状态，或对引起保护性或治疗性反应的疫苗的接触。
实施例17：肽表位用于评价回忆反应的应用
本发明的肽表位用作评价T细胞反应，如患者的急性或回忆反应的试剂。可以对从感染康复，慢性HBV感染，或已经接种HBV疫苗的患者进行这种分析。
例如，可以分析已经接种的人的I类限制性CTL反应。疫苗可以是任何HBV疫苗。从接种过疫苗的个体收集PBMC并进行HLA分型。然后使用适当的本发明肽表位，最好从携带提供与多个HLA超型家族成员的交叉反应性的超基元，用于分析从携载该HLA型的个体得到的样品。
在Ficoll-Histopaque密度梯度(Sigma Chemical Co.，St.Louis，MO)上分离接种过疫苗的个体的PBMC，在HBSS(GIBCOLaboratories)中洗涤三次，重悬于添加L-谷氨酰胺(2mM)，青霉素(50U/ml)，链霉素(50μg/ml)和Hepes(10mM)，含10％热灭活人AB血清的RPMI-1640(GIBCO Laboratories)(完全RPMI)中并用微培养格式铺板。含本发明表位的合成肽以10μg/ml加入到每个孔中，HBV核心128-140表位以1μg/ml加入到每个孔中，作为第一周刺激过程中的T细胞辅助的来源。
在微培养格式中，用肽刺激96孔圆底板100μl/孔的完全RPMI中8个复制培养物中的4×105个PBMC。在第3和10天，向每个孔加入100ml完全RPMI和20U/ml总浓度的rIL-2。第7天，培养物转移到96孔平底板中并用肽，rIL-2和105个照射过(3000rad)的自体饲养细胞再次刺激。第14天测试培养物的细胞毒性活性。基于与如前所述的未感染对照受试者的比较，阳性CTL反应要求八复制培养物中两个或更多个显示10％以上特异性51C释放(Rehermann，等，Nature Med.2：1104，1108，1996；Rehermann等，J.Clin.Invest.97：1655-1665，1996；和Rehermann等J.Clin.Invest.98：1432-1440，1996)。
靶细胞系是自体和同种异体的EBV转化的B-LCL，购自美国组织相容性和免疫遗传学协会(ASHI，Boston，MA)或如文献(Guilhot，等J.Virol.66：2670-2678，1992)所述由患者库建立的。
以下列方式实施细胞毒性试验。靶细胞由同种异体HLA匹配或自体EBV转化B类淋巴母细胞细胞系组成，它们与10μM合成的本发明的肽表位培养过夜，用100μCi的51Cr(Amersham Corp.，Arlington Heights，IL)标记1小时，然后用HBSS洗涤四次。
使用含3000靶/孔的U底96孔板，用标准4小时分裂孔51Cr释放试验确定细胞毒性活性。第14天，以20-50∶1的效应细胞/靶细胞(E/T)比率测试受刺激的PBMC。由公式100×[(实验释放-自发释放)/最大释放-自发释放]确定细胞毒性百分比。以去污剂(2％Triton X-100；Sigma Chemical Co.，St.Louis，MO)溶解靶细胞确定最大释放。所有实验中自发试验小于最大释放的25％。
这种分析的结果表明以前接触HBV或HBV疫苗已刺激HLA限制性CTL群的程度。
也分析II类限制性HTL反应。在96孔平底板中以1.5×105个细胞/孔的密度培养纯化的PBMC并用10μg/ml的合成肽，完整抗原或PHA刺激。细胞以每种条件4-6复制孔常规接种。培养七天后，弃去培养基，用含10U/ml IL-2的新鲜培养基替换。两天后，每孔加入1μCi 3H-胸苷并继续培养另外18小时。然后玻璃纤维垫上收集细胞DNA并分析3H胸苷的掺入。以缺乏抗原时3H胸苷掺入除抗原存在时3H胸苷掺入的比率计算抗原特异性T细胞增殖。
实施例18.人体内特异性CTL反应的诱导
含本发明HBV CTL和HTL表位的免疫原性组合物的人临床试验设立为IND I期，剂量递增研究(5，50和500μg)并实施为随机，双盲，有安慰剂对照的试验。例如这种试验设计如下：
共大约27个受试者登记并分成3组：
I组：3个受试者注射安慰剂和6个受试者注射5μg肽组合物；
II组：3个受试者注射安慰剂和6个受试者注射50μg肽组合物；
III组：3个受试者注射安慰剂和6个受试者注射500μg肽组合物。
首次注射4周后，所有受试者接受相同剂量的加强接种。
本研究测定的终点涉及该肽组合物的安全性和耐受性及其免疫原性。对该肽组合物的细胞免疫应答是这个肽组合物内在活性的指标，因此可以认为是生物功效的测定。下面总结了有关安全性和功效终点的临床和实验室数据。
安全性：监测安慰剂和药物处理组中不利事件的发生率并评价程度和可逆性。
疫苗功效评价：对于疫苗效力的评价，在注射前和后对受试者进行抽血。经Ficoll-Hypaque密度梯度离心从新鲜肝素化血液中分离外周血单个核细胞，等分于冰冷培养基中并冷冻保存。检测样品的CTL和HTL活性。
由此，发现疫苗安全和有效。实施例19.HBV感染患者的II期试验
进行II期试验研究CTL-HTL肽组合物给予慢性HBV感染患者(男性和女性)的作用。该试验的一个主要目的是确定诱导慢性HBV感染患者的CTL的有效剂量和方案，确立诱导这些患者的CTL反应的安全性，以及看检查CTLs活化改善慢性CTL感染患者的临床症像至何种程度，这由丙氨酸转氨酶(ALT)短暂突发(transient flare)，ALT正常化和HBV DNA降低来显示。例如这种试验设计如下：
在美国和加拿大的多个中心进行研究。试验设计是开放标记(open label)，无对照的，剂量渐增方案，其中给予单一剂量的肽组合物，六周后单次加强注射相同剂量。剂量是每次注射50，500和5000微克。记录药物相关副作用。
有三个患者分组。第一个组注射50微克肽组合物，第二和第三个组分别注射500和5000微克肽组合物。每组患者年龄为21-65岁并且包括男性和女性。患者代表不同人种背景。它们全部感染HBV五年以上且HIV，HCV和HDV阴性，但是HBe抗原和HBs抗原水平阳性。
监测ALT突发的大小和发生率和血液中HBV DNA水平以评价给予肽组合物的作用。血液中HBV DNA的水平是治疗进展的间接指示。发现该疫苗组合物在治疗慢性HBV感染中安全且有效。
实施例20.用致敏加强方案诱导CTL反应
致敏加强方案也可以用于将疫苗给予人。这种疫苗方案可以包括初次给予例如裸DNA，随后是使用编码该疫苗的重组病毒，或重组蛋白/多肽或肽混合物在佐剂中加强给予。
例如，可以使用表达载体，如实施例11构建的载体，进行初次免疫，采用裸核酸形式IM(或SC或ID)在多个部位给予0.5-5mg的量。也可以用基因枪给予核酸(0.1-1000μg)。3-4周的潜伏期后，给予加强剂量。加强物可以是以5-107至5×109pfu剂量给予的重组鸡痘病毒。可供选择的重组病毒，如MVA，金丝雀痘病毒，腺病毒或腺相关病毒，也可以用于加强，或也可以给予多表位蛋白或肽混合物。对于疫苗功效的评价，免疫前以及给予初次疫苗和加强剂量疫苗后每隔一段时间获得患者血液样品。用Ficoll-Hypaque密度梯度离心从新鲜肝素化血液中分离外周血单个核细胞，等分于冰冷冻培养基中并冰冻保存。检测样品的CTL和HTL活性。
结果表明产生了足以获得抵抗HBV的保护性免疫或足以治疗HBV感染的反应大小。
实施例21.用树突细胞(DC)给予疫苗组合物
可以用APCs，如DC给予含本发明肽表位的疫苗。在这个实施例中，肽脉冲的DC给予患者以刺激体内CTL反应。在这个方法中，分离树突细胞，扩充，用含本发明肽CTL和HTL表位的疫苗脉冲。树突细胞回输给患者，引起体内CTL和HTL反应。然后，诱导的CTL和HTL破坏或利于破坏携载疫苗中表位所来源的蛋白的特异靶细胞。
例如，携载表位的肽的混合物离体给予PBMC，或从中分离的DC。可以使用利于收获DC的药剂，如ProgenipoietinTM(Monsanto，St.Louis，M0)或GM-CSF/IL-4。用肽脉冲DC后且在再次输给患者前，洗涤DC去除未结合的肽。
如临床上领会到和基于临床结果本领域技术人员容易确定的，再输给患者的DC数量可以改变(如见Nature Med.4：328，1998；Nature Med.2：52，1996和Prostate 32：272，1997)。尽管典型地每个患者给予2-50×106个DC，但是也可以提供更多数量DC，如107或108个。这种细胞群典型含有50-90％之间DC。
在一些实施方案中，负载肽的PBMC注射给患者，而不纯化DC。例如，用试剂如ProgenipoietinTM处理后产生的含DC的PBMC，不纯化DC，注射给患者。给予的PBMC总数量范围从108至1010。通常，注射给患者的细胞剂量基于每个患者血液中DC的百分比，如例如由特异性抗DC抗体的免疫荧光分析确定的。因此，例如，如果ProgenipoietinTM动员了给定患者外周血中2％DC，而且该患者要接受5×106个DC，则将给患者注射共2.5×108个负载肽的PBMC。估计试剂如ProgenipoietinTM动员的DC百分比典型地在2-10％之间，但如本领域技术人员领会的，可以变化。
CTL/HTL反应的离体活化
可供选择地，在组织培养中将患者的，或遗传学相容的CTL或HTL前体细胞与APC源，如DC，和适当的免疫原性肽一起培养可诱导对HPV抗原的离体CTL或HTL反应。适当培养期(典型大约7-28天)后(此期间前体细胞被活化并扩充为效应细胞)，细胞回输给患者，在那里它们将破坏(CTL)或利于破坏(HTL)它们特异性的靶细胞。
实施例22.鉴定基元携载肽的可供选择的方法
鉴定基元携载肽的另一个方法是从携带确定的MHC分子的细胞中洗脱它们。例如，已经广泛描述了用于组织分型的EBV转化的B细胞系的特性，确定它们表达哪些HLA分子。在某些情况下，这些细胞仅表达单一类型的HLA分子。这些细胞可被病原体生物感染或被表达感兴趣抗原，如HBV蛋白的核酸转染。感染之后(或作为转染的结果)产生的肽的内源性抗原加工得到的肽将接着结合细胞内HLA分子并运输和展示在细胞表面。然后通过接触弱酸条件，从HLA分子中洗脱肽并用例如质谱分析确定氨基酸序列(如Kubo等，J.Immunol.152：3913，1994)。因为大多数结合特定HLA分子的肽携载着基元，所以这是得到与细胞上表达的特定HLA分子相关的基元携载肽的可供选择的形式。
可供选择地，可用编码单一HLA等位基因的表达构建体转染不表达内源HLA分子的细胞系。这些细胞接着可以如所述使用，如它们可被病原体感染或被编码感兴趣抗原的核酸转染，来分离已在细胞表面表达的对应于感兴趣病原体或抗原的肽。这种分析得到的肽将携载相应于结合细胞中表达的单一HLA等位基因的基元。
本领域技术人员可领会到，人们可对携载一个以上HLA等位基因的细胞进行类似分析并随后确定表达的每个HLA等位基因特异性的肽。而且，本领域技术人员也将认识到除感染或转染以外的方法，如负载蛋白抗原，可用于给细胞提供抗原来源。
这里提供的实施例用来举例说明本发明，但不限制其范围。本发明的其它变型将对本领域技术人员非常明显，也包括在所附的权利要求中。在此，为了所有目的，这里引用的所有出版物、专利和专利申请引入作为参考。
                                  表I
超基元 位置 位置 位置
2(一级固定) 3(一级固定) C端(一级固定)
A1 T，I，L，V，M，S F，W，Y
A2 L，I，V，M，A，T，Q I，V，M，A，T，L
A3 V，S，M，A，T，L，I R，K
A24 Y，F，W，I，V，L，M，T F，I，Y，W，L，M
B7 P V，I，L，F，M，W，Y，A
B27 R，H，K F，Y，L，W，M，I，V，A
B44 E，D F，W，L，I，M，V，A
B58 A，T，S F，W，Y，L，I，V，M，A
B62 Q，L，I，V，M，P F，W，Y，M，I，V，L，A
基元
A1 T，S，M Y
A1 D，E，A，S Y
A2.1 L，M，V，Q，I，A，T V，L，I，M，A，T
A3 L，M，V，I，S，A，T，F，C，G，D K，Y，R，H，F，A
A11 V，T，M，L，I，S，A，G，N，C，D，F K，R，Y，H
A24 Y，F，W，M F，L，I，W
A*3101 M，V，T，A，L，I，S R，K
A*3301 M，V，A，L，F，I，S，T R，K
A*6801 A，V，T，M，S，L，I R，K
B*0702 P L，M，F，W，Y，A，I，V
B*3501 P L，M，F，W，Y，I，V，A
B51 P L，I，V，F，W，Y，A，
B*5301 P I，M，F，W，Y，A，L，V
B*5401 P A，T，I，V，L，M，F，EW，Y
优选粗体残基，次优选斜体残基：如果肽在每个一级固定位置具有上表所指明的基元或超基元的一级固定残基，则认为该肽是携带基元的。
                                 表Ia
超基元 位置 位置 位置
2(一级固定) 3(一级固定) C端(一级固定)
A1 T，I，L，V，M，S F，W，Y
A2 V，Q，A，T I，V，L，M，A，T
A3 V，S，M，A，T，L，I R，K
A24 Y，F，W，I，V，L，M，T F，I，Y，W，L，M
B7 P V，I，L，F，M，W，Y，A
B27 R，H，K F，Y，L，W，M，I，V，A
B58 A，T，S F，W，Y，L，I，V，M，A
B62 Q，L，I，V，M，P F，W，Y，M，I，V，L，A
基元
A1 T，S，M Y
A1 D，E，A，S Y
A2.1 V，Q，A，T* V，L，I，M，A，T
A3.2 L，M，V，I，S，A，T，F，C，G，D K，Y，R，H，F，A
A11 V，T，M，L，I，S，A，G，N，C，D，F K，R，H，Y
A24 Y，F，W F，L，I，W
*如果2是V或Q，则C端不是L优选粗体残基，次优选斜体残基：如果肽在每个一级固定位置具有上表所指明的基元或超基元的一级固定残基，则认为该肽是携带基元的。
                                                 表II
Figure A0081994101011
Figure A0081994101041
Figure A0081994101051
Figure A0081994101061
斜体残基表示次优选或“容许”残基。表II中的信息是9-mers特异的，除非另外指明。二级固定特异性是独立地为每个位置指定的。1*Anchor＝一级固定残基斜体残基表示次优选或“容许”残基。二级固定特异性是为每个位置独立指定的。1*Anchor＝一级固定残基表IV I类HLA标准肽结合亲和力。
等位基因  标准肽  序列 结合亲和力(nM)
A*0101  944.02  YLEPAIAKY 25
A*0201  941.01  FLPSDYFPSV 5.0
A*0202  941.01  FLPSDYFPSV 4.3
A*0203  941.01  FLPSDYFPSV 10
A*0205  941.01  FLPSDYFPSV 4.3
A*0206  941.01  FLPSDYFPSV 3.7
A*0207  941.01  FLPSDYFPSV 23
A*6802  1141.02  FTQAGYPAL 40
A*0301  941.12  KVFPYALINK 11
A*1101  940.06  AVDLYHFLK 6.0
A*3101  941.12  KVFPYALINK 18
A*3301  1083.02  STLPETYVVRR 29
A*6801  941.12  KVFPYALINK 8.0
A*2402  979.02  AYIDNYNKF 12
B*0702  1075.23  APRTLVYLL 5.5
B*3501  1021.05  FPFKYAAAF 7.2
B51  1021.05  FPFKYAAAF 5.5
B*5301  1021.05  FPFKYAAAF 9.3
B*5401  1021.05  FPFKYAAAF 10
表V    II类HLA标准肽结合亲和力
等位基因  命名  标准肽        序列  结合亲和力(nM)
DRB1*0101  DR1  515.01  PKYVKQNTLKLAT  5.0
DRB1*0301  DR3  829.02  YKTIAFDEEARR  300
DRB1*0401  DR4w4  515.01  PKYVKQNTLKLAT  45
DRB1*0404  DR4w14  717.01  YARFQSQTTLKQKT  50
DRB1*0405  DR4w15  717.01  YARFQSQTTLKQKT  38
DRB1*0701  DR7  553.01  QYIKANSKFIGITE  25
DRB1*0802  DR8w2  553.01  QYIKANSKFIGITE  49
DRB1*0803  DR8w3  553.01  QYIKANSKFIGITE  1600
DRB1*0901  DR9  553.01  QYIKANSKFIGITE  75
DRB1*1101  DR5w11  553.01  QYIKANSKFIGITE  20
DRB1*1201  DR5w12  1200.05  EALIHQLKINPYVLS  298
DRB1*1302  DR6w19  650.22  QYIKANAKFIGITE  3.5
DRB1*1501  DR2w2β1  507.02  GRTQDENPVVHFFKNIVTPRTPPP  9.1
DRB3*0101  DR52a  511  NGQIGNDPNRDIL  470
DRB4*0101  DRw53  717.01  YARFQSQTTLKQKT  58
DRB5*0101  DR2w2β2  553.01  QYIKANSKFIGITE  20
                                                           表VI
                                                等位基因特异性HLA超型成员HLA超型                              已证实的a                                               预测的bA1                 A*0101，A*2501，A*2601，A*2602，A*3201                 A*0102，A*2604，A*3601，A*4301，A*8001A2         A*0201，A*0202，A*0203，A*0204，A*0205，A*0206，A*0207，       A*0208，A*0210，A*0211，A*0212，A*0213
                     A*0209，A*0214，A*6802，A*6901A3                 A*0301，A*1101，A*3101，A*3301，A*6801            A*0302，A*1102，A*2603，A*3302，A*3303，A*3401，
                                                                            A*3402，A*6601，A*6602，A*7401A24                          A*2301，A*2402A*3001                               A*2403，A*2404，A*3002，A*3003B7  B*0702，B*0703，B*0704，B*0705，B*1508，B*3501，B*3502，B*3503，                  B*1511，B*4201，B*5901
B*3503，B*3504，B*3505，B*3506，B*3507，B*3508，B*5101，B*5102，
B*5103，B*5104，B*5105，B*5301，B*5401，B*5501，B*5502，B*5601，
                         B*5602，B*6701，B*7801B27 B*1401，B*1402，B*1509，B*2702，B*2703，B*2704，B*2705，B*2706，B*2701，B*2707，B*2708，B*3802，B*3903，B*3904，
              B*3801，B*3901，B*3902，B*7301                         B*3905，B*4801，B*4802，B*1510，B*1518，B*1503B44 B*1801，B*1802，B*3701，B*4402，B*4403，B*4404，B*4001，B*4002，           B*4101，B*4501，B*4701，B*4901，B*5001B58       B*5701，B*5702，B*5801，B*5802，B*1516，B*1517B62            B*1501，B*1502，B*1513，B*5201                            B*1301，B*1302，B*1504，B*1505，B*1506，B*1507，
                                                                          B*1515，B*1520，B*1521，B*1512，B*1514，B*1510a.已证实的等位基因包括其特异性已经通过库测序(pool sequencing)分析、肽结合试验、或CTL表位序列的分析被确定的等位基因。b.预测的等位基因是其特异性基于B和F袋结构预测与所述超型特异性重叠的等位基因。表VII                  HBV   A01超基元(及结合信息)保守性  频率  蛋白质    位置      序列               字符串                A*010195      19      POL     521       AICSVVRRAF         XIXXXXXXXF95      19      NUC     54        ALRQAILCW          XLXXXXXXW80      16      ENV     108       AMQWNSTTF          XMXXXXXXF100     20      POL     166       ASFCGSPY           XSXXXXXY100     20      POL     166       ASFCGSPYSW         XSXXXXXXXW90      18      NLC     19        ASKLCLGW           XSXXXXXW85      17      NUC     19        ASKLCLGWLW         XSXXXXXXXW80      16      POL     822       ASPLHVAW           XSXXXXXW100     20      ENV     312       CIPIPSSW           XIXXXXXW100     20      ENV     312       CIPIPSSWAF         XIXXXXXXXF95      19      ENV     253       CLIFLLVLLDY        XLXXXXXXXXY95      19      ENV     239       CLRRFIIF           XLXXXXXF75      15      ENV     239       CLRRFIIFLF         XLXXXXXXXF95      19      POL     523       CSVVRRAF           XSXXXXXF100     20      ENV     310       CTCIPIPSSW         XTXXXXXXXW90      18      NUC     31        DIDPYKEF           XIXXXXXF85      17      NLC     29        DLLDTASALY         XLXXXXXXXY           11.100095      19      ENV     196       DSWWTSLNF          XSXXXXXXF95      19      NUC     43        ELLSFLPSOF         XLXXXXXXXF95      19      NLC     43        ELLSFLPSDFF        XLXXXXXXXXF95      19      POL     374       ESRLVVDF           XSXXXXXF95      19      POL     374       ESRLVVDFSQF        XSXXXXXXXXF80      16      ENV     248       FILLLCLIF          XIXXXXXXF80      16      ENV     246       FLFILLLCLIF        XLXXXXXXXXF95      19      ENV     256       FLLVLLDY           XLXXXXXY95      19      POL     658       FSPTYKAF           XSXXXXXF90      18      X       63        FSSAGPCALRF        XSXXXXXXXXXF100     20      ENV     333       FSWLSLLVPF         XSXXXXXXXF95      19      POL     656       FTFSPTYKAF         XTXXXXXXXF95      19      ENV     346       FVGLSPTVW          XVXXXXXXW95      19      POL     627       GLLGFAAPF          XLXXXXXXF95      19      POL     509       GLSPFLLAOF         XLXXXXXXXF85      17      NUC     29        GMDIDPYKEF         XMXXXXXXXF95      19      NUC     123       GVWIRTPPAY         XVXXXXXXXY           0.001775      15      POL     569       HLNPNKTKRW         XLXXXXXXXW80      16      POL     491       HLYSHPIILGF        XLXXXXXXXXF85      17      POL     715       HTAELLAACF         XTXXXXXXXF95      19      NUC     52        HTALRQAILCW        XTXXXXXXXXW100     20      POL     149       HTLWKAGILY         XTXXXXXXXY           0.0300100     20      ENV     249       ILLLCLIF           XLXXXXXF80      16      POL     760       ILRGTSFVY          XLXXXXXXY            0.001790      18      ENV     188       ILTIPQSLDSW        XLXXXXXXXXW90      18      POL     625       IVGLLGFAAPF        XVXXXXXXXXF80      16      POL     503       KIPMGVGLSPF        XIXXXXXXXXF85      17      NUC     21        KLCLGWLW           XLXXXXXW75      15      POL     108       KXLIMPARF          XLXXXXXF75      15      POL     108       KLIMPARFY          XLXXXXXXY            0.001780      16      POL     610       KLPVNRPIDW         XLXXXXXXXW85      17      POL     574       KTKRWGYSLNF        XTXXXXXXXXF95      19      POL     55        KVGNFTGLY          XVXXXXXXY            0.068095      19      ENV     254       LIFLLVLLDY         XIXXXXXXXY           0.0084100     20      POL     109       LIMPARFY           XIXXXXXY85      17      NUC     30        LLDTASALY          XLXXXXXXY            25.000080      16      POL     752       LLGCAANW           XLXXXXXW95      19      POL     628       LLGFAAPF           XLXXXXXXF100     20      ENV     378       LLPIFFCLW          XLXXXXXXW100     20      ENV     378       LLPIFFCLWVY        XLXXXXXXXY95      19      NUC     44        LLSFLPSDF          XLXXXXXXF95      19      NUC     44        LLSFLPSDFF         XLXXXXXXXF90      18      POL     407       LLSSNLSW           XLXXXXXW95      19      ENV     175       LLVLQAGF           XLXXXXXF95      19      ENV     175       LLVLQAGFF          XLXXXXXXF100     20      ENV     338       LLVPFQW            XLXXXXXW100     20      ENV     338       LLVPFVQWF          XLXXXXXXF85      17      NUC     100       LLWFHISCLTF        XLXXXXXXXXF95      19      NUC     45        LSFLPSOF           XSXXXXXF95      19      NUC     45        LSFLPSDFF          XSXXXXXXF95      19      POL     415       LSLDVSAAF          XSXXXXXXF95      19      POL     415       LSLDVSAAFY         XSXXXXXXXY           4.2000100     20      ENV     336       LSLLVPFVQW         XSXXXXXXXW100     20      ENV     336       LSVPFVQWF          XSXXXXXXXXF95      19      X       53        LSLRGLPVCAF        XSXXXXXXXF95      19      POL     510       LSPFLLAQF          XSXXXXXXXF75      15      ENV     349       LSPTVWLSVIW        XSXXXXXXXXW85      17      POL     742       LSRKYTSF           XSXXXXXF85      17      POL     742       LSRXYTSFPW         XSXXXXXXW75      15      ENV     16        LSVPNPLGF          XSXXXXXXF75      15      NUC     137       LTFGRETVLEY        XTXXXXXXXXY90      18      ENV     189       LTIPQSLDSW         XTXXXXXXXW90      18      ENV     189       LTIPQSLDSWW        XTXXXXXXXXW90      18      POL     404       LTNLLSSNLSW        XTXXXXXXXXW95      19      ENV     176       LVLQAGFF           XVXXXXXF100     20      ENV     339       LVPFVQWF           XVXXXXXF100     20      POL     377       LVVDFSOF           XVXXXXXF85      17      ENV     360       MMWYWGP5LY         XMXXXXXXXY           0.081075      15      X       103       MSTTDLEAY          XSXXXXXXY            0.850075      15      X       103       MSTTDLEAYF         XSXXXXXXXF表VII                HBV A01超基元(及结合信息)保守性  频率    蛋白质  位置       序列                      字符串            A*010195      19      POL     42         NLGNLNVSIPW               XLXXXXXXXXW90      18      POL     406        NLLSSNLSW                 XLXXXXXXW95      19      POL     45         NLNVSIPW                  XLXXXXXW75      15      ENV     15         NLSVPNPLGF                XLXXXXXXXF90      18      POL     738        NSVVLSRKY                 XSXXXXXXY         0.0005100     20      ENV     380        PIFFCLWVY                 XIXXXXXXY         0.0078100     20      ENV     314        PIPSSWAF                  XIXXXXXF100     20      POL     124        PLDKGIKPY                 XLXXXXXXY         0.0190100     20      POL     124        PLDKGIKPYY                XLXXXXXXXY        0.1600100     20      ENV     377        PLLPIFFCLW                XLXXXXXXXW95      19      ENV     174        PLLVLQAGF                 XLXXXXXXF95      19      ENV     174        PLLVLQAGFF                XLXXXXXXXF80      16      POL     505        PMGVGLSPF                 XMXXXXXXF85      17      POL     797        PTTGRTSLY                 XTXXXXXXY         0.770075      15      ENV     351        PTVWLSVIW                 XTXXXXXXW85      17      POL     612        PVNRPIDW                  XVXXXXXW95      19      POL     685        QVFADATPTG                XVXXXXXXXXW90      18      POL     624        RIVGLLGF                  XIXXXXXF75      15      POL     106        RLKLIMPARF                XLXXXXXXXF75      15      POL     106        RLKLIMPARFY               XLXXXXXXXXY95      19      POL     376        RLVVDFSQF                 XLXXXXXXF90      18      POL     353        RTPARVTGGVF               XTXXXXXXXXF100     20      POL     49         SIPWTHKVGNF               XIXXXXXXXXF95      19      ENV     194        SLDSWWTSLNF               XLXXXXXXXXF95      19      POL     416        SLDVSAAF                  XLXXXXXF95      19      POL     416        SLDVSAAFY                 XLXXXXXXY         17.2000100     20      ENV     337        SLLVPFVQW                 XLXXXXXXW100     20      ENV     337        SLLVPFVQWF                XLXXXXXXXF95      19      X       54         SLRGLPVCAF                XLXXXXXXXF90      18      X       64         SSAGPCALRF                XSXXXXXXXF75      15      X       104        STTDLEAY                  XTXXXXXY75      15      X       104        STTDLEAYF                 XTXXXXXXF75      15      ENV     17         SVPNPLGF                  XVXXXXXF90      18      POL     739        SVVLSRKY                  XVXXXXXY85      17      POL     739        SVVLSRKYTSF               XVXXXXXXXXF90      18      ENV     190        TIPQSLDSW                 XIXXXXXXW90      18      ENV     190        TIPQSLDSWW                XIXXXXXXXW100     20      POL     150        TLWKAGILY                 XLXXXXXXY         0.001775      15      X       105        TTDLEAYF                  XTXXXXXF85      17      POL     798        TTGRTSLY                  XTXXXXXY80      16      NUC     16         TVQASKLCLGW               XVXXXXXXXXW75      15      ENV     352        TVWLSVIW                  XVXXXXXXW85      17      POL     741        VLSRKYTSF                 XLXXXXXXF85      17      POL     741        VLSRKYTSFPW               XLXXXXXXXXW85      17      POL     740        VVLSRKYTSF                XVXXXXXXXF80      16      POL     759        WILRGTSF                  XIXXXXXF80      16      POL     759        WILRGTSFVY                XIXXXXXXXY        0.002395      19      NUC     125        WIRTPPAY                  XIXXXXXY80      16      POL     751        WLLGCAANW                 XLXXXXXXW95      19      POL     414        WLSLDVSAAF                XLXXXXXXXF95      19      POL     414        WLSLDVSAAFY               XLXXXXXXXXY100     20      ENV     335        WLSLLVPF                  XLXXXXXF100     20      ENV     335        WLSLLVPFVQW               XLXXXXXXXXW85      17      NUC     26         WLWGMDIDPY                XLXXXXXXXY        0.081095      19      ENV     237        WMCLRRFIIF                XMXXXXXXXF85      17      ENV     359        WMMWYWGPS                 XMXXXXXXXXY100     20      POL     52         WTHKVGNF                  XTXXXXXF100     20      POL     122        YLPLDKGIKPY               XLXXXXXXXXY90      18      NUC     118        YLVSFGVW                  XLXXXXXW80      16      POL     493        YSHPIILGF                 XSXXXXXXF85      17      POL     580        YSLNFMGY                  XSXXXXXY表VIII                                  HBV A02超基元(及结合信息)
保守性     频率     蛋白质    位置       序列        AA       A*0201  A*0202   A*0203    A*0206    A*680285         17       POL      721    AACFARSRSGA      1185         17       POL      431    AAMPHLLV         880         16       POL      756    AANWILRGT        995         19       POL      632    AAPFTQCGYPA      1195         19       POL      521    AICSVVRRA        9       0.000190         18       NUC      58     AILCWGEL         890         18       NUC      58     AILCWGELM        9       0.5000    0.0340    3.3000     0.2500     0.047095         19       POL      642    ALMPLYACI        980         16       ENV      108    AMQWNSTT         875         15       X        102    AMSTTDLEA        9       0.001395         19       POL      516    AQFTSAICSV       1095         19       POL      516    AQFTSAICSVV      1195         19       POL      690    ATPTGWGL         880         16       POL      690    ATPTGWGLA        975         15       POL      690    ATPTGWGLAI       1095         19       POL      397    AVPNLQSL         895         19       POL      397    AVPNLQSLT        9       0.000195         19       POL      397    AVPNLQSLTNL      1180         16       POL      755    CAANWILRGT       1095         19       X        61     CAFSSAGPCA       10      0.000195         19       X        61     CAFSSAGPCAL      1190         18       X        69     CALRFTSA         8100        20       ENV      312    CIPIPSSWA        9       0.001080         16       ENV      312    CIPIPSSWAFA      1190         18       POL      533    CLAFSYMDDV       10      0.000890         18       POL      533    CLAFSYMDDVV      1185         17       NUC      23     CLGWLWGM         885         17       NUC      23     CLGWLWGMDI       10      0.0093100        20       ENV      253    CLIFLLVL         8       0.0002100        20       ENV      253    CLIFLLVLL        9       0.000695         19       ENV      239    CLRRFIIFL        9       0.000275         15       ENV      239    CLRRFIIFLFI      11      0.000490         18       NUC      107    CLTFGRET         890         18       NUC      107    CLTFGRETV        9       0.000180         16       X        7      CQLDPARDV        980         16       X        7      CQLDPARDVL       1085         17       POL      622    CQRIVGLL         885         17       POL      622    CQRIVGLLGFA      1195         19       POL      684    CQVFADAT         895         19       POL      684    CQVFADATPT       10100        20       ENV      310    CTCIPIPSSWA      1195         19       POL      689    DATPTGWGL        9       0.0001表VIII                                 HRV A02超基元(及结合信息)
                                                            AA   A*0201   A*0202   A*0203   A*0206   A*6802保守性     频率    蛋白质   位置      序列80         16      POL      689       DATPTGWGLA                1075         15      POL      689       DATPTGWGLAI               1190         18      NUC      31        DIDPYKEFGA                1085         17      NUC      29        DLLDTASA                  885         17      NUC      29        DLLDTASAL                 9     0.000195         19      POL      40        DLNLGNLNV                 9     0.000495         19      POL      40        DLNLGNLNVSI               1180         16      NUC      32        DTASALYREA                1080         16      NUC      32        DTASALYREAL               1195         19      X        14        DVLCLRPV                  895         19      X        14        DVLCLRPVGA                10    0.000190         18      POL      541       DVVLGAKSV                 9     0.0003100        20      POL      17        EAGPLEEEL                 9     0.000180         16      X        122       ELGEEIRL                  890         18      POL      718       ELLAACFA                  875         15      NUC      142       ETVLEYLV                  895         19      POL      687       FADATPTGWGL               1185         17      POL      724       FARSRSGA                  880         16      POL      821       FASPLHVA                  895         19      POL      396       FAVPNLQSL                 995         19      POL      396       FAVPNLQSLT                10    0.000380         16      ENV      243       FIIFLFIL                  8     0.000680         16      ENV      243       FIIFLFILL                 9     0.000280         16      ENV      243       FIIFLFILLL                10    0.001280         16      ENV      248       FILLLCLI                  8     0.000380         16      ENV      248       FILLLCLIFL                10    0.028080         16      ENV      248       FILLLCLIFLL               11    0.001080         16      ENV      246       FLFILLLCL                 9     0.000280         16      ENV      246       FLFILLLCLI                10    0.001375         15      ENV      171       FLGPLLVL                  875         15      ENV      171       FLGPLLVLQA                10    0.019095         19      POL      513       FLLAQFTSA                 9     0.240095         19      POL      513       FLLAQFTSAI                10    0.2100    0.0320    7.0000    0.1100    0 088095         19      POL      562       FLLSLGIHL                 9     0.6500    0.0010    0.0100    0.1100    0.003580         16      ENV      183       FLLTRILT                  880         16      ENV      183       FLLTRILTI                 9     0.5100    0.0430    8.0000    0.2000    0.001095         19      ENV      256       FLLVLLDYQGM               11100        20      POL      363       FLVDKNPHNT                10    0.001295         19      POL      656       FTFSPTYKA                 9     0.0056    0.0150    0.0031    0.8000    7.300095         19      POL      656       FTFSPTYKAFL               1195         19      POL      59        FTGLYSST                  890         18      POL      59        FTGLYSSTV                 9     0.0005表VIII                                   HBV  A02超基元(及结合信息)
                                                            AA   A*0201   A*0202   A*0203   A*0206   A*6802保守性     频率    蛋白质   位置     序列95         19      POL      635      FTQCGYPA                   895         19      POL      635      FTQCGYPAL                  9     0.000995         19      POL      635      FTQCGYPALM                 10    0.002495         19      POL      518      FTSAICSV                   895         19      POL      518      FTSAICSVV                  9     0.009095         19      ENV      346      FVGLSPTV                   895         19      ENV      346      FVGLSPTVWL                 10    0.000890         18      X        132      FVLGGCRHKL                 10    0.003090         18      X        132      FVLGGCRHKLV                1195         19      ENV      342      FVQWFVGL                   895         19      ENV      342      FVQWFVGLSPT                1190         18      POL      766      FVYVPSAL                   890         18      POL      766      FVYVPSALNPA                1195         19      X        50       GAHLSLRGL                  9     0.000190         18      X        50       GAHLSLRGLPV                1185         17      POL      545      GAKSVQHL                   885         17      POL      545      GAKSVQHLESL                1175         15      POL      567      GIHLNPNKT                  990         18      POL      155      GLYKRET                    890         18      POL      155      GILYKRETT                  985         17      POL      682      GLCQVFADA                  9     0.002485         17      POL      682      GLCQVFADAT                 1095         19      POL      627      GLLGEAAPFT                 10    0.004985         17      ENV      62       GLLGWSPQA                  9     0.4000    0.0003    0.0350    0.2800    0.000595         19      X        57       GLPVCAFSSA                 10    0.000895         19      POL      509      GLSPFLLA                   895         19      POL      509      GLSPFLLAQFT                11100        20      ENV      348      GLSPTVWL                   8     0.003675         15      ENV      348      GLSPTVWLSV                 10    0.280075         15      ENV      348      GLSPTVWLSVI                11    0.003690         18      ENV      265      GMLPVCPL                   890         18      POL      735      GTDNSVVL                   875         15      ENV      13       GTNLSVPNPL                 1080         16      POL      763      GTSFVYVPSA                 1080         16      POL      763      GTSFVYVPSAL                1180         16      POL      507      GVGLSPFL                   880         16      POL      507      GVGLSPFLL                  9     0.000280         16      POL      507      GVGLSPFLLA                 1095         19      NUC      123      GVWIRTPPA                  9     0.003090         18      NUC      104      HISCLTFGRET                1180         16      POL      435      HLLVGSSGL                  9     0.003190         18      X        52       HLSLRGLPV                  9     0.0014表VIII                                       HBV A02超基元(及结合信息)
                                                                  AA   A*0201   A*0202   A*0203  A*0206   A*6802保守性     频率    蛋白质   位置    序列90         18      X        52      HLSLRGLPVCA                       1180         16      POL      491     HLYSHPII                          880         16      POL      491     HLYSHPIIL                         9     0.2200    0.0003    0.9300    0.1700    0.053085         17      POL      715     HTAELLAA                          885         17      POL      715     HTAELLAACFA                       11100        20      NUC      52      HTALRQAI                          895         19      NUC      52      HTALRQAIL                         9     0.0001100        20      POL      149     HTLWKAGI                          8100        20      POL      149     HTLWKAGIL                         9     0.000180         16      ENV      244     IIFLFILL                          8     0.000480         16      ENV      244     IIFLFILLL                         9     0.000280         16      ENV      244     IIFLFILLLCL                       11    0.000280         16      POL      497     IILGFRKI                          880         16      POL      497     IILGFRKIPM                        1090         18      NUC      59      ILCWGELM                          880         16      POL      498     ILGFRKIPM                         9     0.0002100        20      ENV      249     ILLLCLIFL                         9     0.0015100        20      ENV      249     ILLLCLIFLL                        10    0.0190    0.0001    0.0002    0.1300    0.0015100        20      ENV      249     ILLLCLIFLLV                       11    0.005680         16      POL      760     ILRGTSFV                          880         16      POL      760     ILRGTSFVYV                        10    0.0160100        20      NUC      139     ILSTLPET                          8100        20      NUC      139     ILSTLPETT                         9     0.0001100        20      NUC      139     ILSTLPETTV                        10    0.0210    0.0085    0.0770    0.3100    0.0067100        20      NUC      139     ILSTLPETTVV                       1195         19      ENV      188     ILTIPQSL                          890         18      POL      156     ILYKRETT                          890         18      POL      625     IVGLLGFA                          890         18      POL      625     IVGLLGFAA                         9     0.000990         18      POL      153     KAGILYKRET                        1090         18      POL      153     KAGILYKRETT                       1180         16      POL      503     KIPMGVGL                          885         17      NUC      21      KLCLGWLWGM                        10    0.000195         19      POL      489     KLHLYSHPI                         9     0.0690    0.0340    2.7000    0.5900   0.001580         16      POL      489     KLHLYSHPII                        1080         16      POL      489     KLHLYSHPIIL                       1180         16      POL      610     KLPVNRPI                          895         19      POL      653     KQAFTFSPT                         995         19      POL      574     KTKRWGYSL                         9     0.000185         17      POL      620     KVCQRIVGL                         9     0.000385         17      POL      620     KVCQRIVGLL                        10    0.000195         19      POL      55      KVGNFTGL                          8表VIII                                 HBV A02超基元(及结合信息)
                                                                  AA    A*0201  A*0202   A*0203  A*0206 A*6802保守性     频率    蛋白质    位置   序列85         17      X         91     KVLHKRTL                          885         17      X         91     KVLHKRTLGL                        10    0.000490         18      POL       534    LAFSYMDDV                         9     0.000290         18      POL       534    LAFSYMDDVV                        10    0.000390         18      POL       534    LAFSYMDDVVL                       1195         19      POL       515    LAQFTSAI                          895         19      POL       515    LAQFTSAICSV                       11100        20      ENV       254    LIFLLVLL                          8     0.002595         19      POL       514    LLAQFTSA                          895         19      POL       514    LLAQFTSAI                         9     0.1000    0 2700    3.7000    0.2600  0.7900100        20      ENV       251    LLCLIFLL                          8     0.0004100        20      ENV       251    LLCLIFLLV                         9     0.0048100        20      ENV       251    LLCLIFLLVL                        10    0.0075100        20      ENV       251    LLCLIFLLVLL                       11    0.001385         17      NUC       30     LLDTASAL                          895         19      ENV       260    LLDYQGML                          8     0.000490         18      ENV       260    LLDYQGMLPV                        10    0.0980    0.0001    0.0200    0.6700  0.000980         16      POL       752    LLGCAANWI                         9     0.001180         16      POL       752    LLGCAANWIL                        10    0.014095         19      POL       628    LLGFAAPFT                         9     0.000885         17      ENV       63     LLGWSPQA                          875         15      ENV       63     LLGWSPQAQGI                       11100        20      ENV       250    LLLCLIFL                          8     0.0006100        20      ENV       250    LLLCLIFLL                         9     0.0065100        20      ENV       250    LLLCLIFLLV                        10    0.0036100        20      ENV       250    LLLCLIFLLVL                       11    0.0005100        20      ENV       378    LLPIFFCL                          8     0.0055100        20      ENV       378    LLPIFFCLWV                        10    0.0320    0.0008    0.0150    0.8000   0.000595         19      POL       563    LLSLGIHL                          890         18      POL       407    LLSSNLSWL                         9     0.0110    0.0780    3.9000    0.2700   0.010090         18      POL       407    LLSSNLSWLSL                       1180         16      ENV       184    LLTRILTI                          8     0.002680         16      POL       436    LLVGSSGL                          895         19      ENV       257    LLVLLDYQGM                        10    0.005095         19      ENV       257    LLVLLDYQGML                       1190         18      ENV       175    LLVLQAGFFL                        10    0.0310    0.0037    0.0045    0.1500   0.011090         18      ENV       175    LLVLQAGFFLL                       11    0.007495         19      ENV       338    LLVPFVQWFV                        10    0.6700    0.3800    1.7000    0.2900   0.140090         18      NUC       100    LLWFHISCL                         9     0.0130    0.0002    0.0420    0.3100   0.009885         17      NUC       100    LLWFHISCLT                        1095         19      POL       643    LMPLYACI                          895         19      ENV       178    LQAGFFLL                          8表VIII                                HBV A02超基元(及结合信息)
                                                            AA   A*0201   A*0202   A*0203   A*0206   A*6802保守性      频率     蛋白质    位置     序列95          19       ENV       178      LQAGFFLLT               980          16       ENV       178      LQAGFFLLTRI             11100         20       POL       401      LQSLTNLL                895          19       NUC       108      LTFGRETV                875          15       NUC       137      LTFGRETVL               990          18       POL       404      LTNLLSSNL               980          16       ENV       185      LTRILTIPQSL             1185          17       POL       99       LTVNEKRRL               9100         20       POL       364      LVDKNPHNT               9     0.000195          19       ENV       258      LVLLDYQGM               9     0.000195          19       ENV       258      LVLLDYQGML              10    0.000190          18       ENV       176      LVLQAGFFL               9     0.009690          18       ENV       176      LVLQAGFFLL              10    0.002290          18       ENV       176      LVLQAGFFLLT             1195          19       ENV       339      LVPFVQWFV               9     0.0420    0.0150    0.0048    0.7900    2.800095          19       ENV       339      LVPFVQWFVGL             1190          18       NUC       119      LVSFGVWI                8     0.000490          18       NUC       119      LVSFGVWIRT              1085          17       ENV       360      MMWYWGPSL               9     0.640075          15       NUC       1        MQLFHLCL                8100         20       NUC       136      NAPILSTL                8100         20       NUC       136      NAPILSTLPET             1195          19       POL       42       NLGNLNVSI               9     0.004790          18       POL       406      NLLSSNLSWL              10    0.001695          19       POL       45       NLNVSIPWT               9     0.0005100         20       POL       400      NLQSLTNL                8100         20       POL       400      NLQSLTNLL               9     0.004775          15       ENV       15       NLSVPNPL                890          18       POL       411      NLSWLSLDV               9     0.0650    0.0051    0.6400    0.1600    0.099090          18       POL       411      NLSWLSLDVSA             11100         20       POL       47       NVSIPWTHKV              10    0.0001100         20       POL       430      PAAMPHLL                885          17       POL       430      PAAMPHLLV               990          18       POL       775      PADDPSRGRL              1090          18       ENV       131      PAGGSSSGT               990          18       ENV       131      PAGGSSSGTV              1095          19       POL       641      PALMPLYA                895          19       POL       641      PALMPLYACI              10    0.000175          15       X         145      PAPCNFFT                875          15       X         145      PAPCNFFTSA              1080          16       X         11       PARDVLCL                875          15       X         11       PARDVLCLRPV             11表VIII                                       HBV  A02超基元(及结合信息)
                                                                         AA   A*0201   A*0202   A*0203   A*0206   A*6802保守性      频率     蛋白质    位置      序列90          18       POL       355       PARVTGGV                            890          18       POL       355       PARVTGGVFL                          1090          18       POL       355       PARVTGGVFLV                         1195          19       NUC       130       PAYRPPNA                            895          19       NUC       130       PAYRPPNAPI                          10    0.000195          19       NUC       130       PAYRPPNAPIL                         1185          17       POL       616       PIDWKVCQRI                          10    0.000185          17       POL       616       PIDWKVCQRIV                         11100         20       ENV       380       PIFFCLWV                            8100         20       ENV       380       PIFFCLWVYI                          10    0.000485          17       POL       713       PIHTAELL                            885          17       POL       713       PIHTAELLA                           985          17       POL       713       PIHTAELLAA                          1080          16       POL       496       PIILGFRKI                           9     0.000180          16       POL       496       PIILGFRKIPM                         11100         20       NUC       138       PILSTLPET                           9     0.0001100         20       NUC       138       PILSTLPETT                          10    0.0001100         20       NUC       138       PILSTLPETTV                         11    0.000180          16       ENV       314       PIPSSWAFA                           995          19       POL       20        PLEEELPRL                           9     0.000390          18       POL       20        PLEEELPRLA                          10    0.000195          19       ENV       10        PLGFFPDHQL                          10    0.0002100         20       POL       427       PLHPAAMPHL                          10    0.0001100         20       POL       427       PLHPAAMPHLL                         11100         20       ENV       377       PLLPIFFCL                           9     0.0650    0.0001    0.0018    0.1100    0.0047100         20       ENV       377       PLLPIFFCLWV                         1190          18       ENV       174       PLLVLQAGFFL                         11    0.000880          16       POL       711       PLPIHTAEL                           9     0.000480          16       POL       711       PLPIHTAELL                          10    0.000180          16       POL       711       PLPIHTAELLA                         1175          15       POL       2         PLSYQHFRKL                          10    0.000175          15       POL       2         PLSYQHFRKLL                         1185          17       POL       98        PLTVNEKRRL                          10    0.000180          16       POL       505       PMGVGLSPFL                          10    0.000180          16       POL       505       PMGVGLSPFLL                         1195          19       ENV       106       PQAMQWNST                           980          16       ENV       106       PQAMQWNSTT                          1090          18       ENV       192       PQSLDSWWT                           990          18       ENV       192       PQSLDSWWTSL                         1175          15       POL       692       PTGWGLAI                            880          16       ENV       219       PTSNHSPT                            885          17       POL       797       PTTGRTSL                            8表VIII                                    HBV A02超基元(及结合信息)
                                                                     AA       A*0201   A*0202   A*0203   A*0206   A*6802保守性     频率    蛋白质   位置    序列85         17      POL      797     PTTGRTSLYA                           1080         16      NUC      15      PTVQASKL                             880         16      NUC      15      PTVQASKLCL                           1075         15      ENV      351     PTVWLSVI                             875         15      ENV      351     PTVWLSVIWM                           1095         19      X        59      PVCAFSSA                             885         17      POL      612     PVNRPIDWKV                           10        0.000295         19      POL      654     QAFTFSPT                             895         19      POL      654     QAFTFSPTYKA                          1195         19      ENV      179     QAGFFLLT                             880         16      ENV      179     QAGFFLLTRI                           1080         16      ENV      179     QAGFFLLTRIL                          1190         18      NUC      57      QAILCWGEL                            990         18      NUC      57      QAILCWGELM                           1095         19      ENV      107     QAMQWNST                             880         16      ENV      107     QAMQWNSTT                            980         16      NUC      18      QASKLCLGWL                           1080         16      X        8       QLDPARDV                             8         0.000180         16      X        8       QLDPARDVL                            9         0.000180         16      X        8       QLDPARDVLCL                          11        0.000190         18      NUC      99      QLLWFHISCL                           10        0.006085         17      NUC      99      QLLWFHISCLT                          1195         19      POL      685     QVFADATPT                            9         0.000195         19      POL      528     RAFPHCLA                             880         16      ENV      187     RILTIPQSL                            9         0.001090         18      POL      624     RIVGLLGFA                            990         18      POL      624     RIVGLLGFAA                           1075         15      POL      106     RLKLIMPA                             890         18      NUC      56      RQAILCWGEL                           1090         18      NUC      56      RQAILCWGELM                          1190         18      NUC      98      RQLLWFHI                             890         18      NUC      98      RQLLWFHISCL                          1185         17      ENV      88      RQSGRQPT                             890         18      POL      353     RTPARVTGGV                           1095         19      NUC      127     RTPPAYRPPNA                          1195         19      POL      36      RVAEDLNL                             890         18      POL      36      RVAEDLNLGNL                          1180         16      POL      818     RVHFASPL                             875         15      POL      818     RVHFASPLHV                           10        0.000175         15      POL      818     RVHFASPLHVA                          11100        20      POL      357     RVTGGVFL                             8100        20      POL      357     RVTGGVFLV                            9         0.0041表VIII                                  HBV A02超基元(及结合信息)
                                                                      AA   A*0201   A*0202   A*0203   A*0206 A*6802保守性     频率    蛋白质   位置    序列90         18      X        65      SAGPCALRFT                            1095         19      POL      520     SAICSVVRRA                            10    0.000190         18      NUC      35      SALYREAL                              8100        20      POL      49      SIPWTHKV                              895         19      ENV      194     SLDSWWTSL                             975         15      POL      565     SLGIHLNPNKT                           1195         19      ENV      337     SLLVPFVQWFV                           1175         15      POL      581     SLNFMGYV                              875         15      POL      581     SLNFMGYVI                             9     0.003895         19      X        54      SLRGLPVCA                             9     0.000790         18      POL      403     SLTNLLSSNL                            10    0.001475         15      ENV      216     SQSPTSNHSPT                           1175         15      ENV      280     STGPCKTCT                             9100        20      NUC      141     STLPETTV                              8100        20      NUC      141     STLPETTVV                             9     0.001980         16      ENV      85      STNRQSGRQPT                           1185         17      POL      548     SVQHLESL                              880         16      ENV      330     SVRFSWLSL                             9     0.000180         16      ENV      330     SVRFSWLSLL                            10    0.000480         16      ENV      330     SVRFSWLSLLV                           1190         18      POL      739     SVVLSRKYT                             995         19      POL      524     SVVRRAFPHCL                           1185         17      POL      716     TAELLAACFA                            1095         19      NUC      53      TALRQAIL                              880         16      NUC      33      TASALYREA                             980         16      NUC      33      TASALYREAL                            1090         18      ENV      190     TIPQSLDSWWT                           11100        20      NUC      142     TLPETTVV                              8100        20      POL      150     TLWKAGIL                              895         19      POL      636     TQCGYPAL                              895         19      POL      636     TQCGYPALM                             995         19      POL      636     TQCGYPALMPL                           1185         17      POL      798     TTGRTSLYA                             975         15      ENV      278     TTSTGPCKT                             975         15      ENV      278     TTSTGPCKTCT                           1185         17      POL      100     TVNEKRRL                              880         16      NUC      16      TVQASKLCL                             9     0.000275         15      ENV      352     TVWLSVIWM                             9     0.000295         19      POL      37      VAEDLNLGNL                            10    0.000195         19      X        15      VLCLRPVGA                             9     0.001485         17      POL      543     VLGAKSVQHL                            10    0.000190         18      X        133     VLGGCRHKL                             9     0.0009表VIII                                  HBV A02超基元(及结合信息)
                                                                  AA       A*0201   A*0202   A*0203   A*0206   A*6802保守性    频率    蛋白质    位置    序列90        18      X         133     VLGGCRHKLV                        10        0.000185        17      X         92      VLHKRTLGL                         9         0.001295        19      ENV       259     VLLDYQGM                          895        19      ENV       259     VLLDYQGML                         9         0.0440    0.0001    0.0210    0.9000    0.000290        18      ENV       259     VLLDYQGMLPV                       11        0.5800    0.2200    4.9000    0.3400    0.017095        19      ENV       177     VLQAGFFL                          8         0.001995        19      ENV       177     VLQAGFFLL                         9         0.066095        19      ENV       177     VLQAGFFLLT                        10        0.001180        16      NUC       17      VQASKLCL                          880        16      NUC       17      VQASKLCLGWL                       1195        19      ENV       343     VQWFVGLSPT                        1095        19      ENV       343     VQWFVGLSPTV                       11100       20      POL       358     VTGGVFLV                          890        18      POL       542     VVLGAKSV                          880        16      POL       542     VVLGAKSVQHL                       1190        18      POL       740     VVLSRKYT                          895        19      POL       525     VVRRAFPHCL                        10        0.000395        19      POL       525     VVRRAFPHCLA                       1180        16      POL       759     WILRGTSFV                         9         0.027080        16      POL       759     WLRGTSFVYV                         1180        16      POL       751     WLLGCAANWI                        10        0.005380        16      POL       751     WLLGCAANWIL                       11100       20      POL       414     WLSLDVSA                          895        19      POL       414     WLSLDVSAA                         9         0.0059100       20      ENV       335     WLSLLVPFV                         9         1.1000    0.0380    7.2000    0.3600    0.031095        19      ENV       237     WMCLRRFI                          895        19      ENV       237     WMCLRRFII                         9         0.000595        19      ENV       237     WMCLRRFIIFL                       11        0.001985        17      ENV       359     WMMWYWGPSL                        10        0.0009100       20      POL       52      WTHKVGNFT                         9         0.000195        19      POL       52      WTHKVGNFTGL                       11100       20      POL       147     YLHTLWKA                          8100       20      POL       147     YLHTLWKAGI                        10        0.0160    0.0005    0.5600    0.1000    0.0320100       20      POL       147     YLHTLWKAGIL                       11100       20      POL       122     YLPLDKGI                          890        18      NUC       118     YLVSFGVWI                         9         0.380090        18      NUC       118     YLVSFGVWIRT                       1190        18      POL       538     YMDDVVLGA                         9         0.0250    0.0001    0.0024    0.1000    0.000290        18      ENV       263     YQGMLPVCPL                        1075        15      POL       5       YQHFRKLL                          875        15      POL       5       YQHFRKLLL                         975        15      POL       5       YQHFRKLLLL                        10表VIII                                   HBV A02超基元(及结合信息)
                                                        AA   A*0201   A*0202   A*0203   A*0206   A*6802保守性    频率    蛋白质    位置    序列85        17      FOL       746     YTSFPWLL                875        15      POL       746     YTSFPWLLGCA             1190        18      POL       768     YVPSALNPA               9     0.0039表IX                               HBV A03超基元(及结合信息)保守性     频率    蛋白质    位置    序列           P2    C-端    AA   A*0301  A*1101   A*3101   A*3301   A*680185         17      POL       721     AACFARSR       A      R      8     0.0004   0.0003    0.0056    0.0035    0.001495         19      P0L       521     AICSVVRR       I      R      8    -0.0002   0.0003    0.0014   -0.0009    0.000690         18      POL       772     ALNPADDPSR     L      R      10    0.0003   0.000185         17      X         70      ALRFTSAR       L      R      8     0.0047   0.0009    0.0450    0.0230    0.000480         16      POL       822     ASPLHVAWR      S      R      975         15      ENV       84      ASTNRQSGR      S      R      9     0.0009   0.0002    0.0088    0.0008    0.000180         16      POL       755     CAANWILR       A      R      885         17      X         69      CALRFTSAR      A      R      9     0.0034   0.0230    1.5000    8.0000    0.730090         18      X         17      CLRPVGAESR     L      R      10    0.0011   0.0001100        20      NUC       48      CSPHHTALR      S      R      9     0.0029   0.0001    0.0520    0.0250    0.044085         17      NUC       29      DLLDTASALYR    L      R      11    0.0042  -0.0003   -0.0012    3.7000    0.041085         17      NUC       32      DTASALYR       T      R      8     0.0004  -0.0002   -0.0009    0.0018    0.000995         19      POL       17      EAGPLEEELPR    A      R      11   -0.0009  -0.0003   -0.0012    0.0015    0.011090         18      POL       718     ELLAACFAR      L      R      9     0.0002   0.000485         17      POL       718     ELLAACFARSR    L      R      11    0.0062   0.0016    0.0200    0.2000    0.160095         19      NUC       174     ETTVVRRR       T      R      8     0.0003  -0.0002   -0.0009    0.1400    0.002780         16      NUC       174     ETTVVRRRGR     T      R      10    0.0003   0.000180         16      POL       821     FASPLHVAWR     A      R      1090         18      X         63      FSSAGPCALR     S      R      1095         19      POL       656     FTFSPTYK       T      K      8     0.0100   0.0100    0.0023    0.2100    0.059095         19      POL       518     FTSAICSVVR     T      R      10    0.0003   0.000395         19      POL       518     FTSAICSVVRR    T      R      11    0.0065   0.0092    0.0170    0.0350    1.500090         18      X         132     FVLGGCRHK      V      K      9     0.0430   0.009075         15      POL       567     GIHLNPNK       I      K      875         15      POL       567     GIHLNPNKTK     I      K      10    0.0025   0.0011    0.0009    0.0009    0.000375         15      POL       567     GIHLNPNKTKR    I      R      1185         17      NUC       29      GMDIDPYK       M      K      8     0.0006   0.0004   -0.0009   -0.0009    0.000190         18      POL       735     GTDNSVVLSR     T      R      10    0.0010   0.0420    0.0030    0.0019    0.000890         18      POL       735     GTDNSVVLSRK    T      K      11    0.0140   0.5600   -0.0002   -0.0006    0.000195         19      NUC       123     GVWIRTPPAYR    V      R      11    0.1900   0.1700    6.8000    0.7300    0.660090         18      NUC       104     HISCLTFGR      I      R      9     0.0160   0.006575         15      POL       569     HLNPNKTK       L      K      875         15      POL       569     HLNPNKTKR      L      R      9     0.0025   0.0001100        20      POL       149     HTLWKAGILYK    T      K      11    0.5400   0.4400    0.0370    0.0720    0.190090         18      NUC       105     ISCLTFGR       S      R      8     0.0004   0.0002    0.0017   -0.0009    0.0017100        20      POL       153     KAGILYKR       A      R      8     0.0002  -0.0002    0.0015   -0.0009    0.000180         16      POL       610     KLPVNRPIDWK    L      K      1175         15      X         130     KVFVLGGCR      V      R      9     0.0420  0.0820     0.6000    0.0710    0.003085         17      POL       720     LAACFARSR      A      R      9     0.0058  0.006590         18      POL       719     LLAACFAR       L      R      8     0.0024  0.0003     0.0015    0.0029    0.006485         17      POL       719     LLAACEARSR     L      R      1085         17      NUC       30      LLDTASALYR     L      R      10    0.0050  0.000280         16      POL       752     LLGCAANWILR    L      R      1175         15      POL       564     LSLGIHLNPNK    S      K      1195         19      NUC       169     LSTLPETTVVR    S      R      11   -0.0009  0.0008    -0.0012   -0.0023    0.007875         15      POL       3       LSYQHFRK       S      K      885         17      POL       99      LTVNEKRR       T      R      8    -0.0002  -0.0002   -0.0009   -0.0009    0.000190         18      NUC       119     LVSFGVWIR      V      R      9     0.0028  0.0120100        20      POL       377     LVVDFSQFSR     V      R      10    0.0016  0.3600     0.0260    0.2300    0.490075         15      X         103     MSTTDLEAYFK    S      K      1190         18      NUC       75      NLEDPASR       L      R      8    -0.0002  -0.0002   -0.0009   -0.0009    0.0001表IX                                 HBV A03超基元(及结合信息)保守性    频率     蛋白质   位置    序列             P2    C-端    AA    A*0301    A*1101   A*3101    A*3301   A*680195        19       POL      45      NLNVSIPWTHK      L      K      11    -0.0009     0.0005   -0.0012    -0.0023    0.001990        18       POL      738     NSVVLSRK         S      K      8      0.0006     0.0010   -0.0009    -0.0009    0.0007100       20       POL      47      NVSIPWTHK        V      K      9      0.0820     0.0570    0.0002     0.0100    0.032090        18       POL      775     PADDPSRGR        A      R      9      0.0008     0.0002    0.0004     0.0015    0.000280        16       X        11      PARDVLCLR        A      R      9      0.0002     0.0002    0.0100     0.0180    0.000275        15       ENV      83      PASTNRQSGR       A      R      1090        18       POL      616     PIDWKVCQR        I      R      9      0.0002     0.000580        16       POL      496     PIILGFRK         I      K      895        19       POL      20      PLEEELPR         L      R      8      0.0002    -0.0002   -0.0009    -0.0009    0.0001100       20       POL      2       PLSYQHFR         L      R      8     -0.0002    -0.0002   -0.0009    -0.0009    0.000175        15       POL      2       PLSYQHFRK        L      K      9      0.0011     0.0031    0.0006     0.0008    0.000285        17       POL      98      PLTVNEKR         L      R      8      0.0002    -0.0002   -0.0009    -0.0009    0.000185        17       POL      98      PLTVNEKRR        L      R      9      0.0008     0.0005    0.0004     0.0027    0.000290        18       X        20      PVGAESRGR        V      R      9      0.0002     0.0005    0.0004     0.0043    0.000285        17       POL      612     PVNRPIDWK        V      K      9      0.0310     0.1400    0.0002     0.0006    0.000995        19       POL      654     QAFTFSPTYK       A      K      10     0.0450     0.5400    0.0010     0.0057    1.200080        16       ENV      179     QAGFFLLTR        A      R      975        15       NUC      169     QSPRRRRSQSR      S      R      1180        16       POL      189     QSSGILSR         S      R      875        15       POL      106     RLKLIMPAR        L      R      9      0.0950     0.0002    3.1000     0.0490    0.000275        15       X        128     RLKVFVLGGCR      L      R      1195        19       POL      376     RLVVDFSQFSR      L      R      11     0.2800     3.8000    2.6000     1.2000    6.100095        19       NUC      183     RSPRRRTPSPR      S      R      11    -0.0007    -0.0003    0.0190    -0.0023    0.000375        15       NUC      167     R9QSPRRR         S      R      875        15       NUC      167     RSQSPRRRR        S      R      995        19       NUC      188     RTPSPRRR         T      R      8     -0.0002    -0.0002    0.0033     0.0014    0.000295        19       NUC      188     RTPSPRRRR        T      R      9      0.0054     0.0005    0.2000    -0.0016    0.0003100       20       POL      357     RVTGGVRVDK       V      K      11     0.0190     0.0290   -0.0002    -0.0003    0.000190        18        X       65      SAGPCALR         A      R      8     -0.0002     0.0020    0.0029     0.0024    0.036095        19       POL      520     SAICSVVR         A      R      8     -0.0002     0.0071    0.0280     0.0081    0.069095        19       POL      520     SAICSVVRR        A      R      9      0.0058     0.2100    0.1500     0.0650    0.380090        18       POL      771     SALNPADDPSR      A      R      11    -0.0004    -0.0003   -0.0012    -0.0023    0.000375        15       POL      565     SLGIHLNPNK       L      K      1090        18       X        64      SSAGPCALR        S      R      9      0.0080     0.1400    0.3300     0.1600    0.750095        19       NUC      170     STLPETTVVR       T      R      10     0.0007     0.0600    0.0080     0.0240    0.025095        19       NUC      170     STLPETTVVRR      T      R      11     0.0150     1.4000    0.1000     0.1600    0.310080        16       ENV      85      STNRQSGR         T      R      875        15       X        104     STTDLEAYFK       T      K      10     0.0066     2.700085        17       POL      716     TAELLAACFAR      A      R      11     0.0006     0.0023    0.0066     0.1600    0.059095        19       NUC      171     TLPETTVVR        L      R      9      0.0008     0.0002    0.0009     0.0024    0.018095        19       NUC      171     TLPETTVVRR       L      R      10     0.0007     0.0230    0.0006     0.0120    0.044095        19       NUC      171     TLPETTVVRRR      L      R      11     0.0005     0.0160    0.0061     0.0710    0.6400100       20       POL      150     TLWKAGILYK       L      K      10     5.3000     0.3600    0.0051     0.0010    0.0130100       20       POL      150     TLWKAGILYKR      L      R      11     0.0082     0.0095    0.1000     0.1100    0.064095        19       POL      519     TSAICSVVR        S      R      9      0.0005     0.0008    0.0600     0.0200    0.082095        19       POL      519     TSAICSVVRR       S      R      10     0.0018     0.0006    0.0030     0.0066    0.004875        15       X        105     TTDLEAYFK        T      K      9      0.0006     0.9200    0.0006     0.0012    0.017075        15       ENV      278     TTSTGPCK         T      K      880        16       NUC      175     TTVVRRRGR        T      R      9      0.0008     0.0005    0.2500     0.1400    0.009580        16       NUC      176     TVVRRRGR         V      R      8      0.0003     0.000180        16       NUC      176     TVVRRRGRSPR      V      R      11表IX                                HBV A03超基元(及结合信息)保守性     频率    蛋白质   位置    序列          P2     C-端    AA   A*0301   A*1101    A*3101    A*3301   A*680190         18      X        133     VLGGCFHK      L       K      8     0.0150    0.0002    -0.0005    -0.0009    0.000180         16      ENV      177     VLQAGFFLLTR   L       R      1190         18      NUC      120     VSFGVWIR      S       R      8     0.0040    0.0290     0.0750     0.0270    0.0360100        20      POL      48      VSIPWTHK      S       K      8     0.0130    0.0170     0.0031     0.0013    0.0004100        20      POL      358     VTGGVFLVDK    T       K      10    0.0390    0.0920     0.0002     0.0006    0.0022100        20      POL      378     VVDFSQFSR     V       R      9     0.0015    0.0750     0.0013     0.0170    0.033080         16      NUC      177     VVRRRGRSPR    V       R      10    0.0027    0.000180         16      NUC      177     VVRRRGRSPRR   V       R      1195         19      NUC      125     WIRTPPAYR     I       R      9     0.0008    0.000590         18      POL      314     WLQFRNSK      L       K      8    -0.0002    0.0005     0.0020     0.0052    0.000185         17      NUC      26      WLWGMDIDPYK   L       K      11    0.0030    0.0013    -0.0003     0.0039    0.0490100        20      POL      122     YLPLDKGIK     L       K      9     0.0001    0.0001     0.0006     0.0006    0.000290         18      NUC      118     YLVSFGVWIR    L       R      10    0.0005    0.000290         18      POL      538     YMDDVVLGAK    M       K      10    0.0330    0.0043     0.0002     0.0006    0.000180         16      POL      493     YSHPIILGFR    S       R      1080         16      POL      493     YSHPIILGFRK   S       K      11表X                    HBV A24超基元(及结合信息)保守性     频率    蛋白质   位置    序列           字符串                          A*240195         19      POL      529     AFPHCLAF       XFXXXXXF95         19      POL      529     AFPHCLAFSY     XFXXXXXXXY95         19      POL      529     AFPHCLAFSYM    XFXXXXXXXXM95         19      X        62      AFSSAGPCAL     XFXXXXXXXL                       0.001290         18      POL      535     AFSYMDDVVL     XFXXXXXXXL                       0.000995         19      POL      655     AFTFSPTY       XFXXXXXY95         19      POL      655     AFTFSPTYKAF    XFXXXXXXXF95         19      POL      521     AICSVVRRAF     XIXXXXXXXF90         18      NUC      58      AILCWGEL       XIXXXXXL90         18      NUC      58      AILCWGELM      XIXXXXXXM95         19      POL      642     ALMPLYACI      XLXXXXXXI95         19      NUC      54      ALRQAILCW      XLXXXXXXW80         16      ENV      108     AMQWNSTTF      XMXXXXXXF95         19      POL      690     ATPTGWGL       XTXXXXXL75         15      POL      690     ATPTGWGLAI     XTXXXXXXXI95         19      POL      397     AVPNLQSL       XVXXXXXL95         19      POL      397     AVPNLOSLTNL    XVXXXXXXXXL100        20      NUC      131     AYRPPNAPI      XYXXXXXXI                        0.0260100        20      NUC      131     AYRPPNAPIL     XYXXXXXXXL                       0.022075         15      POL      607     CFRKLPVNRPI    XFXXXXXXXXI100        20      ENV      312     CIPIPSSW       XIXXXXXW100        20      ENV      312     CIPIPSSWAF     XIXXXXXXXF85         17      NUC      23      CLGWLGM        XLXXXXXM85         17      NUC      23      CLGWLWGMDI     XLXXXXXXXI100        20      ENV      253     CLIFLLVL       XLXXXXXL100        20      ENV      253     CLIFLLVLL      XLXXXXXXL95         19      ENV      253     CLIFLLVLLDY    XLXXXXXXXXY95         19      ENV      239     CLRRFIIF       XIXXXXXF95         19      ENV      239     CLRRFIIFL      XLXXXXXXL75         15      ENV      239     CLRRFIIFLF     XLXXXXXXXF75         15      ENV      239     CLRRFIIFLFI    XLXXXXXXXXI100        20      ENV      310     CTCIPIPSSW     XTXXXXXXXW90         18      NUC      31      DIDPYXEF       XIXXXXXF85         17      NUC      29      DLLDTASAL      XLXXXXXXL85         17      NUC      29      DLLDTASALY     XLXXXXXXXY95         19      POL      40      DLNLGNLNVSI    XLXXXXXXXXI80         16      NUC      32      DTASALYREAL    XTXXXXXXXXL85         17      POL      618     DWKVCQRI       XWXXXXXI85         17      POL      618     DWKVCQRIVGL    XWXXXXXXXXL90         18      ENV      262     DYQGMLPVCPL    XYXXXXXXXXL                      0.000280         16       X       122     ELGEEIRL       XLXXXXXL95         19      NUC      43      ELLSFLPSDF     XLXXXXXXXF95         19      NUC      43      ELLSFLPSDFF    XLXXXXXXXXF90         18      NUC      117     EYLVSFGVW      XYXXXXXXW90         18      NUC      117     EYLVSFGVWI     XYXXXXXXXI                       0.0340100        20      ENV      382     FFCLWVYI       XFXXXXXI80         16      ENV      182     FFLLTRIL       XFXXXXXL80         16      ENV      182     FFLLTRILTI     XFXXXXXXXI85         17      ENV      13      FFPDHCLDPAF    XFXXXXXXXXF80         16      ENV      243     FIIFLFIL       XIXXXXXL80         16      ENV      243     FIIFLFILL      XIXXXXXXL80         16      ENV      243     FIIFLFILLL     XIXXXXXXXL80         16      ENV      248     FILLLCLI       XIXXXXXI80         16      ENV      248     FILLLCLIF      XIXXXXXXF80         16      ENV      248     FILLLCLIFL     XIXXXXXXXL80         16      ENV      248     FILLLCLIFLL    XIXXXXXXXXL80         16      ENV      246     FLFILLLCL      XLXXXXXXL80         16      ENV      246     FLFILLLCLI     XLXXXXXXXI80         16      ENV      246     FLFILLLCLIF    XLXXXXXXXXF75         15      ENV      171     PLGPLLVL       XLXXXXXL95         19      POL      513     FLLAQFTSAI     XLXXXXXXX95         19      POL      562     FLLSLGIHL      XLXXXXXXL80         16      ENV      183     FLLTRILTI      XLXXXXXXI95         19      ENV      256     FLLVLLDY       XLXXXXXY95         19      ENV      256     FLLVLLDYQGM    XLXXXXXXXXM95         19      POL      656     FTFSPTYKAF     XTXXXXXXXF95         19      POL      656     FTFSPTYKAFL    XTXXXXXXXXL95         19      POL      635     FTQCGYPAL      XTXXXXXXL95         19      POL      635     FTQCGYPALM     XTXXXXXXXM95         19      ENV      346     FVGLSPTVW      XVXXXXXXW95         19      ENV      346     FVGLSPTVWL     XVXXXXXXXL90         18      X        132     FVLGGCRHKL     XVXXXXXXXL95         19      ENV      342     FVQWFVGL       XVXXXXXL90         18      POL      766     FVYVPSAL       XVXXXXXL95         19      POL      630     GFAAPFTQCGY    XFXXXXXXXXY80         16      EAV      181     GFFLLTRI       XFXXXXXI80         16      ENV      181     GFFLLTRIL      XFXXXXXXL80         16      ENV      181     GFFLLTRILTI    XFXXXXXXXXI95         19      ENV      12      GFFPDHCL       XFXXXXXL75         15      ENV      170     GFLGPLLVL      XFXXXXXXL80         16      POL      500     GFRKIPMGVGL    XFXXXXXXXXL95         19      POL      627     GLLGFAAPF      XLXXXXXXF95         19      POL      509     GLSPFLLAXF     XLXXXXXXXF表X                     HBV A24超基元(及结合信息)保守性    频率      蛋白质   位置    序列            字符串              A*2401100       20        ENV      348     GLSPTVWL        XLXXXXXL75        15        ENV      348     GLSPTVWLSVI     XLXXXXXXXXI85        17        NUC      29      GMDIDPYKEF      XMXXXXXXXF90        18        ENV      265     GMLPVCPL        XMXXXXXL90        18        POL      735     GTDNSVVL        XTXXXXXL75        15        ENV      13      GTNLSVPNPL      XTXXXXXXXL80        16        POL      763     GTSFVYVPSAL     XTXXXXXXXXL80        16        POL      507     GVGLSPFL        XVXXXXXL80        16        POL      507     GVGLSPFLL       XVXXXXXXL95        19        NUC      123     GVWIRTPPAY      XVXXXXXXXY85        17        NUC      25      GWLWGMDI        XWXXXXXI85        17        NUC      25      GWLWGMDIDPY     XWXXXXXXXXY85        17        ENV      65      GWSPQAQGI       XWXXXXXXI            0.002485        17        ENV      65      GWSPQAQGIL      XWXXXXXXXL           0.000395        19        POL      639     GYPALMPL        XYXXXXXL95        19        POL      639     GYPALMPLY       XYXXXXXXY            0.049095        19        ENV      234     GYRWMCLRRF      XYXXXXXXXF           0.011095        19        ENV      234     GYRWMCLRRFI     XYXXXXXXXXI85        17        POL      579     GYSLNFMGY       XYXXXXXXY            0.000275        15        POL      579     GYSLNFMGYVI     XYXXXXXXXXI80        16        POL      820     HFASPLHVAW      XFXXXXXXXW75        15        POL      7       HFRKLLLL        XFXXXXXL80        16        POL      435     HLLVGSSGL       XDXXXXXXL75        15        POL      569     HLNPNKTKRW      XLXXXXXXXW80        16        POL      491     HLYSHPII        XLXXXXXI80        16        POL      491     HLYSHPIIL       XLXXXXXXL80        16        POL      491     HLYHPIILGF      XLXXXXXXXXF85        17        POL      715     HTAELLAACF      XTXXXXXXXF100       20        NUC      52      HTALRQAI        XTXXXXXI95        19        NUC      52      HTALRQAIL       XTXXXXXXL95        19        NUC      52      HTALRQAILCW     XTXXXXXXXXW100       20        POL      149     HTLWKAGI        XTXXXXXI100       20        POL      149     HTLWKAGIL       XTXXXXXXL100       20        POL      149     HTLWKAGILY      XTXXXXXXXY100       20        POL      146     HYLHTLWKAGI     XYXXXXXXXXI100       20        ENV      381     IFFCLWVY        XFXXXXXY100       20        ENV      381     IFFCLWVYI       XFXXXXXXI            0.008780        16        ENV      245     IFLFILLL        XFXXXXXL80        16        ENV      245     IFLFILLLCL      XFXXXXXXXL80        16        ENV      245     IFLFILLLCLI     XFXXXXXXXXI95        19        ENV      255     IFLLVLLDY       XFXXXXXXY80        16        ENV      244     IIFLFILL        XIXXXXXL80        16        ENV      244     IIFLFLLL        XIXXXXXXL80        16        ENV      244     IIFLFILLLCL     XIXXXXXXXXXL80        16        POL      497     IILGFRKI        XIXXXXXI80        16        POL      497     IILGFRKIPM      XIXXXXXXXM90        18        NUC      59      ILCWGELM        XLXXXXXM80        16        POL      498     ILGFRKIPM       XLXXXXXXM100       20        ENV      249     ILLLCLIF        XLXXXXXF100       20        ENV      249     ILLLCLIFL       XDXXXCCCL100       20        ENV      249     ILLLCLIFLL      XLXXXXXXXL80        16        POL      760     ILRGTSFVY       XLXXXXXXY95        19        ENV      188     ILTIPQSL        XLXXXXXL90        18        ENV      188     ILTIPQSLDSW     XLXXXXXXXXW90        18        POL      625     IVGLLGFAAPF     XVXXXXXXXXF85        17        ENV      358     IWMMWYWGPS      XWXXXXXXXXL          0.000495        19        POL      395     KFAVPNLQSL      XFXXXXXXXL           0.002080        16        POL      503     KIPMGVGL        XIXXXXXL80        16        POL      503     KIPMGVGLSPF     XIXXXXXXXXF85        17        NUC      21      KLCLGWLW        XLXXXXXW85        17        NUC      21      KLCLGWLWGM      XLXXXXXXXM95        19        POL      489     KLHLYSHPI       XLXXXXXXI80        16        POL      489     KLHLYSHPII      XLXXXXXXXI80        16        POL      489     KLHLYSHPIIL     XLXXXXXXXXL75        15        POL      108     KLIMPARF        XLXXXXXF75        15        POL      108     KLIMPARFY       XLXXXXXXY80        16        POL      610     KLPVNRPI        XLXXXXXI80        16        POL      610     KLPVNRPIDW      XLXXXXXXXW95        19        POL      574     KTKRWGYSL       XTXXXXXXL85        17        POL      574     KTKRWGYSLNF     XTXXXXXXXXF85        17        POL      620     KVCQRIVGL       XVXXXXXXL85        17        POL      620     KVCQRIVGLL      XVXXXXXXXL95        19        POL      55      KVGNFTGL        XVXXXXXL95        19        POL      55      KVGNFTGLY       XVXXXXXXY85        17        X        91      KVLHKRTL        XVXXXXXL85        17        X        91      KVLHKRTLGL      XVXXXXXXXL100       20        PCL      121     KYL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HBV A24超基元(及结合信息)保守性     频率     蛋白质          位置    序列            字符串                    A*2401100        20       ENV             254     LIFLLVLL        XIXXXXXL95         19       ENV             254     LIFLLVLLDY      XIXXXXXXXY100        20       POL             109     LIMPARFY        XIXXXXXY95         19       POL             514     LLAQFTSAI       XLXXXXXXI100        20       ENV             251     LLCLIFLL        XLXXXXXL100        20       ENV             251     LLCLIFLLVL      XLXXXXXXXL100        20       ENV             251     LLCLIFLLVLL     XLXXXXXXXXL85         17       NUC             30      LLDTASAL        XLXXXXXL85         17       NUC             30      LLDTASALY       XLXXXXXXY95         19       ENV             260     LLDYQGML        XLXXXXXL80         16       POL             752     LLGCAANW        XLXXXXXW80         16       POL             752     LLGCAANWI       XLXXXXXXI80         16       POL             752     LLGCAANWIL      XLXXXXXXXL95         19       POL             628     LLGFAAPF        XLXXXXXF75         15       ENV             63      LLGWSPQAQGI     XLXXXXXXXXI100        20       ENV             250     LLLCLIFL        XLXXXXXL100        20       ENV             250     LLLCLIFLL       XLXXXXXXL100        20       ENV             250     LLLCLIFLLVL     XLXXXXXXXXL100        20       ENV             378     LLPIFFCL        XLXXXXXL100        20       ENV             378     LLPIFFCLW       XLXXXXXXW100        20       ENV             378     LLPIFFCLWVY     XLXXXXXXXXY95         19       NUC             44      LLSFLPSDF       XLXXXXXXF95         19       NUC             44      LLSFLPSDFF      XLXXXXXXXF95         19       POL             563     LLSLGIHL        XLXXXXXL90         18       POL             407     LLSSNLSW        XLXXXXXW90         18       POL             407     LLSSNLSWL       XLXXXXXXL90         18       POL             407     LLSSNLSWLSL     XLXXXXXXXXL80         16       ENV             184     LLTRILTI        XLXXXXXI80         16       POL             436     LLVGSSGL        XLXXXXXL95         19       ENV             257     LLVLLDYQGM      XLXXXXXXXM95         19       ENV             257     LLVLLDYQGML     XLXXXXXXXXL95         19       ENV             175     LLVLQAGF        XLXXXXXF95         19       ENV             175     LLVLQAGFF       XLXXXXXXF90         18       ENV             175     LLVLQAGFFL      XLXXXXXXXL90         18       ENV             175     LLVLQAGFFLL     XLXXXXXXXXL100        20       ENV             338     LLVPFVQW        XLXXXXXW100        20       ENV             338     LLVPFVQWF       XLXXXXXXF90         18       NUC             100     LLWFHISCL       XLXXXXXXL85         17       NUC             100     LLWFHISCLTF     XLXXXXXXXXF95         19       POL             643     LMPLYACI        XMXXXXXI75         15       NUC             137     LTFGRETVL       XTXXXXXXL75         15       NUC             137     LTFGRETVLEY     XTXXXXXXXXY90         18       ENV             189     LTIPQSLDSW      XTXXXXXXXW90         18       ENV             189     LTIPQSLDSWW     XTXXXXXXXXW90         18       POL             404     LTNLLSSNL       XTXXXXXXL90         18       POL             404     LTNLLSSNLSW     XTXXXXXXXXW80         16       ENV             185     LTRILTIPQSL     XTXXXXXXXXL85         17       POL             99      LTVNEKRRL       XTXXXXXXL95         19       ENV             258     LVLLDYOGM       XVXXXXXXM95         19       ENV             258     LVLLDYQGML      XVXXXXXXXL95         19       ENV             176     LVLQAGFF        XVXXXXXF90         18       ENV             176     LVLQAGFFL       XVXXXXXXL90         18       ENV             176     LVLQAGFFLL      XVXXXXXXXL100        20       ENV             339     LVPFVQWF        XVXXXXXF95         19       ENV             339     LVPFVXWFVGL     XVXXXXXXXXL90         18       NUC             119     LVSFGVWI        XVXXXXXI100        20       POL             377     LVVDFSQF        XVXXXXXF90         18       NUC             101     LWFHISCL        XWXXXXXL85         17       NUC             101     LWFHISCLTF      XWXXXXXXXF85         17       NUC             27      LWGMDIDPY       XWXXXXXXY100        20       POL             151     LWKAGILY        XWXXXXXY80         16       POL             492     LYSHPIIL        XYXXXXXL80         16       POL             492     LYSHPIILGF      XYXXXXXXXF                 1.100085         17       ENV             360     MMWYWGPSL       XMXXXXXXL                  0.001285         17       ENV             360     MMWYWGPSLY      XMXXXXXXXY                 0.000185         17       ENV             361     MWYWGPSL        XWXXXXXL85         17       ENV             361     MWYWGPSLY       XWXXXXXXY                  0.002795         19       POL             561     NFLLSLGI        XFXXXXXI95         19       POL             561     NFLLSLGIHL      XFXXXXXXL                  0.009995         19       POL             42      NLGNLNVSI       XLXXXXXXI95         19       POL             42      NLGNLNVSIPW     XLXXXXXXXXW90         18       POL             406     NLLSSNLSW       XLXXXXXXW90         18       POL             406     NLLSSNLSWL      XLXXXXXXXL95         19       POL             45      NLNVSIPW        XLXXXXXW100        20       POL             400     NLQSLTNL        XLXXXXXL100        20       POL             400     NLQSLTNLL       XLXXXXXXL75         15       ENV             15      NLSVPNPL        XLXXXXXL75         15       ENV             15      NLSVPNPLGF      XLXXXXXXXF80         16       POL             758     NWILRGTSF       XWXXXXXXF80         16       POL             758     NWILRGTSFVY     XWXXXXXXXXY95         19       POL             512     PFLLAQFTSAI     XFXXXXXXXXI95         19       POL             634     PFTQCGYPAL      XFXXXXXXXL                 0.000295         19       POL             634     PFTQCGYPALM     XFXXXXXXXXM表X                   HBV A24超基元(及结合信息)保守性    频率    蛋白质    位置    序列           字符串                 A*240195        19      ENV       341     PFVQWFVGL      XFXXXXXXL               0.000385        17      POL       616     PIDWKVCQRI     XIXXXXXXXI100       20      ENV       380     PIFFCLWVY      XIXXXXXXY100       20      ENV       380     PIFFCLWVYI     XIXXXXXXXI85        17      POL       713     PIHTAELL       XIXXXXXL80        16      POL       496     PIILGFRKI      XIXXXXXXI80        16      POL       496     PIILGFRKIPM    XIXXXXXXXXM100       20      ENV       314     PIPSSWAF       XIXXXXXF100       20      POL       124     PLDKGIKKPY     XLXXXXXXY100       20      POL       124     PLDKGIKPYY     XLXXXXXXXY95        19      POL       20      PLEEFLPPL      XLXXXXXXL95        19      ENV       10      PLGFFPDHQL     XLXXXXXXXL100       20      POL       427     PLHPAAMPHL     XLXXXXXXXL100       20      POL       427     PLHPAAMPHLL    XLXXXXXXXXL100       20      ENV       377     PLLPIFFCL      XLXXXXXXL100       20      ENV       377     PLLPIFFCLW     XLXXXXXXXW95        19      ENV       174     PLLVLQAGF      XLXXXXXXF95        19      ENV       174     PLLVLQAGFF     XLXXXXXXXF90        18      ENV       174     PLLVLQAGFFL    XLXXXXXXXXL80        16      POL       711     PLPIHTAEL      XLXXXXXXL80        16      POL       711     PLPIHTAELL     XLXXXXXXXL75        15      POL       2       PLSYQHFRKL     XLXXXXXXXL75        15      POL       2       PLSYQHFRKLL    XLXXXXXXXXL85        17      POL       98      PLTVNEKRRL     XLXXXXXXXL80        16      POL       505     PMGVGLSPF      XMXXXXXXF80        16      POL       505     PMGVGLSPFL     XMXXXXXXXL80        16      POL       505     PMGVGLSPFLL    XMXXXXXXXXL75        15      POL       692     PTGWGLAI       XTXXXXXI85        17      POL       797     PTTGRTSL       XTXXXXXL85        17      POL       797     PTTGRTSLY      XTXXXXXXY80        16      NLC       15      PTVQASKL       XTXXXXXL80        16      NUC       15      PTVQASKLCL     XTXXXXXXXL75        15      ENV       351     PTVWLSVI       XTXXXXXI75        15      ENV       351     PTVWLSVIW      XTXXXXXXW75        15      ENV       351     PTVWLSVIWM     XTXXXXXXXM85        17      POL       612     PVNRPIDW       XVXXXXXW80        16      POL       750     PWLLGCAANW     XWXXXXXXXW80        16      POL       750     PWLLGCAANWI    XWXXXXXXXXI100       20      POL       51      PWTHKVGNF      XWXXXXXXF               0.029080        16      X         8       QLDPARDVL      XLXXXXXXL80        18      X         8       QLDPARDVLCL    XLXXXXXXXXL90        18      NUC       99      QLLWFHISCL     XLXXXXXXXL95        19      POL       685     QVFADATPTGW    XVXXXXXXXXXW95        19      ENV       344     QWFVGLSPTVW    XWXXXXXXXX75        15      ENV       242     RFIIFLFI       XFXXXXXI75        15      ENV       242     RFIIFLFIL      XFXXXXXXL75        15      ENV       242     RFIIFLFILL     XFXXXXXXXL75        15      ENV       242     RFIIFLFILLL    XFXXXXXXXXL100       20      ENV       332     RFSWLSLL       XFXXXXXL100       20      ENV       332     RFSWLSLLVPF    XFXXXXXXXXF80        16      ENV       187     RILTIPQSL      XIXXXXXXL90        18      POL       624     RIVGLLGF       XIXXXXXF75        15      POL       106     RLKLIMPARF     XLXXXXXXXF75        15      POL       106     RLKLIMPARFY    XLXXXXXXXXY95        19      POL       376     RLVVDFSQF      XLXXXXXXF90        18      POL       353     RTPARVTGGVF    XTXXXXXXXXF95        19      POL       36      RVAEDLNL       XVXXXXXL90        18      POL       36      RVAEDLNLGNL    XVXXXXXXXXL80        16      POL       818     RVHFASPL       XVXXXXXL100       20      POL       357     RVTGGVFL       XVXXXXXL85        17      POL       577     RWGYSLNF       XWXXXXXF85        17      POL       577     RWGYSLNFM      XWXXXXXXM85        17      POL       877     RWGYSLNFMGY    XWXXXXXXXXY95        19      ENV       236     RWMCLRRF       XWXXXXXF95        19      ENV       236     RWMCLRRFI      XWXXXXXXI               0.071095        19      ENV       236     RWMCLRRFII     XWXXXXXXXI              1.100095        19      ENV       236     RWMCLRRFIIF    XWXXXXXXXXF100       20      POL       167     SFCGSPYSW      XFXXXXXXW               0.071095        19      NUC       46      SFLPSDFF       XFXXXXXF80        16      POL       765     SFVYVPSAL      XFXXXXXXL100       20      POL       49      SIPWTHKVGNF    XIXXXXXXXXF95        19      ENV       194     SLDSWWTSL      XLXXXXXXL95        19      ENV       194     SLDSWWTSLNF    XLXXXXXXXXF95        19      POL       416     SLDVSAAF       XLXXXXXF95        19      POL       416     SLDVSAAFY      XLXXXXXXY100       20      ENV       337     SLLVPFVQW      XLXXXXXXW100       20      ENV       337     SLLVPFVQWF     XLXXXXXXXF75        15      POL       581     SLNFMGYVI      XLXXXXXXI95        19      X         54      SLRGLPVCAF     XLXXXXXXXF90        18      POL       403     SLTNLLSSNL     XLXXXXXXXL75        15      X         104     STTDLEAY       XTXXXXXY75        15      X         104     STTDLEAYF      XTXXXXXXF75        15      ENV       17      SVPNPLGF       XVXXXXXF表X                    HBV A24超基元(及结合信息)保守性    频率    蛋白质    位置     序列           字符串                A*240185        17      POL       548      SVQHLESL       XVXXXXXL80        16      ENV       330      SVRFSWLSL      XVXXXXXXL80        16      ENV       330      SVRFSWLSLL     XVXXXXXXXL90        18      POL       739      SVVLSRKY       XVXXXXXY85        17      POL       739      SVVLSRKYTSF    XVXXXXXXXXF95        19      POL       524      SVVRRAFPHCL    XVXXXXXXXXL95        19      POL       413      SWLSLDVSAAF    XWXXXXXXXXF100       20      ENV       334      SWLSLLVPF      XWXXXXXXF              0.390095        19      POL       392      SWPKFAVPNL     XWXXXXXXXL             5.6000100       20      ENV       197      SWWTSLNF       XWXXXXXF95        19      ENV       197      SWWTSLNFL      XWXXXXXXL              0.380090        18      POL       537      SYMDDVVL       XYXXXXXL75        15      POL       4        SYQHFRKL       XYXXXXXL75        15      POL       4        SYQHFRKLL      XYXXXXXXL              0.005175        15      POL       4        SYQHFRKLLL     XYXXXXXXXL             0.066075        15      POL       4        SYQHFRKLLLL    XYXXXXXXXXL75        15      NUC       138      TFGRETVL       XFXXXXXL75        15      NUC       138      TFGRETVLEY     XFXXXXXXXY75        15      NUC       138      TFGRETVLEYL    XFXXXXXXXXL95        19      POL       657      TFSPTYKAF      XFXXXXXXF              0.006095        19      POL       657      TFSPTYKAFL     XFXXXXXXXL             0.004390        18      ENV       190      TIPQSLDSW      XIXXXXXXW90        18      ENV       190      TIPQSLDSWW     XIXXXXXXXW100       20      POL       150      TLWKAGIL       XLXXXXXL100       20      POL       150      TLWKAGILY      XLXXXXXXY75        15      X         105      TTDLEAYF       XTXXXXXF85        17      POL       798      TTGRTSLY       XTXXXXXY85        17      POL       100      TVNEKRRL       XVXXXXXL80        16      NUC       16       TVQASKLCL      XVXXXXXXL80        16      NUC       16       TVQASKLCLGW    XVXXXXXXXXW75        15      ENV       352      TVWLSVIW       XVXXXXXW75        15      ENV       352      TVWLSVIWM      XVXXXXXXM95        19      POL       686      VFADATPTGW     XFXXXXXXXW             0.018075        15      X         131      VFVLGGCRHKL    XFXXXXXXXXL85        17      POL       543      VLGAKSVQHL     XLXXXXXXXL90        18      X         133      VLGGCRHKL      XLXXXXXXL85        17      X         92       VLHKRTLGL      XLXXXXXXL95        19      ENV       259      VLLDYQGM       XLXXXXXM95        19      ENV       259      VLLDYQGML      XLXXXXXXL95        19      ENV       177      VLQAGFFL       XLXXXXXL95        19      ENV       177      VLQAGFFLL      XLXXXXXXL85        17      POL       741      VLSRKYTSF      XLXXXXXXF85        17      POL       741      VLSRKYTSFPW    XLXXXXXXXXW80        16      POL       542      VVLGAKSVQHL    XVXXXXXXXXL85        17      POL       740      VVLSRKYTSF     XVXXXXXXXF95        19      POL       525      VVRRAFPHCL     XVXXXXXXXL95        19      NUC       124      VWIRTPPAY      XWXXXXXXY75        15      ENV       353      VWLSVIWM       XWXXXXXM90        18      NUC       102      WFHISCLTF      XFXXXXXXF              0.030095        19      ENV       345      WFVGLSPTVW     XFXXXXXXXW             0.012095        19      ENV       345      WFVGLSPTVWL    XFXXXXXXXXL80        16      POL       759      WILRGTSF       XIXXXXXF80        16      POL       759      WILRGTSFVY     XIXXXXXXXY95        19      NUC       125      WIRTPPAY       XIXXXXXY80        16      POL       751      WLLGCAANW      XLXXXXXXW80        16      POL       751      WLLGCAANWI     XLXXXXXXXI80        16      POL       751      WLLGCAANWIL    XLXXXXXXXXL95        19      POL       414      WLSLDVSAAF     XLXXXXXXXF95        19      POL       414      WLSLDVSAAFY    XLXXXXXXXXY100       20      ENV       335      WLSLLVPF       XLXXXXXF100       20      ENV       335      WLSLLVPFVQW    XLXXXXXXXXW85        17      NUC       26       WLWGMDIDPY     XLXXXXXXXY95        19      ENV       237      WMCLRRFI       XMXXXXXI95        19      ENV       237      WMCLRRFII      XMXXXXXXI              0.023095        19      ENV       237      WMCLRRFIIF     XMXXXXXXXF             0.001395        19      ENV       237      WMCLRRFIIFL    XMXXXXXXXXL85        17      ENV       359      WMMWYWGPSL     XMXXXXXXXL             0.000585        17      ENV       359      WMMWYWGPSL     XMXXXXXXXXY100       20      POL       52       WTHKVGNF       XTXXXXXF95        19      POL       52       WTHKVGNFTGL    XTXXXXXXXXL95        19      ENV       198      WWTSLNFL       XWXXXXXL85        17      ENV       362      WYWGPSLY       XYXXXXXY               0.0001100       20      POL       147      YLHTLWKAGI     XLXXXXXXXI100       20      POL       147      YLHTLWKAGIL    XLXXXXXXXXL100       20      POL       122      YLPLDKGI       XLXXXXXI100       20      POL       122      YLPLDKGIKPY    XLXXXXXXXXY90        18      NUC       118      YLVSFGVW       XLXXXXXW90        18      NUC       118      YLVSFGVWI      XLXXXXXXI85        17      POL       746      YTSFPWLL       XTXXXXXL表XI                   HBV B07超基元(及结合信息)保守性    频率    蛋白质    位置    序列           P2     C-端    AA   B*0702   B*3501   B*5101   B*5301   B*540175        15      X         146     APCNFFTSA      P       A      995        19      POL       633     APFTQCGY       P       Y      8     0.0001    0.0012    0.0019     0.0002   0.000295        19      POL       633     APFTQCGYPA     P       A      10    0.0029    0.0001               0.0002   1.400095        19      POL       633     APFTQCGYPAL    P       L      11    0.2300    0.0010    0.0004    -0.0003   0.0093100       20      ENV       232     CPGYRWMCL      P       L      980        16      NUC       14      CPTVQASKL      P       L      980        16      NUC       14      CPTVQASKLCL    P       L      1180        16      X         10      DPARDVLCL      P       L      980        16      ENV       122     DPRVRGLY       P       Y      890        18      POL       778     DPSRGRLGL      P       L      9     0.0120    0.0001    0.0001     0.0001   0.000190        18      NUC       33      DPYKEFGA       P       A      8     0.0001    0.0001    0.0019     0.0002   0.001975        15      ENV       130     FPAGGSSSGTV    P       V      1190        18      ENV       14      FPDHQLDPA      P       A      985        17      ENV       14      FPDHQLDPAF     P       F      10    0.0002    0.0016    0.0003     0.0011   0.002195        19      POL       530     FPHCLAFSY      P       Y      9     0.0001    0.5250    0.0665     0.5400   0.019995        19      POL       530     FPHCLAFSYM     P       M      10    0.0990    0.2200    0.0900     0.0790   0.048075        15      POL       749     FPWLLGCA       P       A      875        15      POL       749     FPWLLGCAA      P       A      975        15      POL       749     FPWLLGCAANW    P       W      1190        18      X         67      GPCALRFTSA     P       A      10    0.0900    0.0001    0.0001     0.0002   0.003595        19      POL       19      GPLEEELPRL     P       L      10    0.0001    0 0001    0.0002     0.0001   0.000290        18      POL       19      GPLEEELPRLA    P       A      11   -0.0002    0.0001    0.0001    -0.0003   0.000195        19      ENV       173     GPLLVLQA       P       A      8     0.0003    0.0001    0.0110     0.0002   0.006595        19      ENV       173     GPLLVLQIAGF    P       F      10    0.0001    0.0001    0.0002     0.0001   0.000295        19      ENV       173     GPLLVLQAGFF    P       F      11    0.0011    0.0001    0.0001     0.0008   0.000985        17      POL       97      GPLTVNEKRRL    P       L      11    0.0031    0.0001    0.0001    -0.0003   0.0001100       20      POL       429     HPAAMPHL       P       L      8     0.0650    0.0004    0.3100     0.0037   0.0160100       20      POL       429     HPAAMPHLL      P       L      9     0.0980    0.0270    0.0110     0.0500   0.012085        17      POL       429     HPAAMPHLLV     P       V      10    0.0160    0.0020    0.0078     0.0140   0.017080        16      POL       495     HPIILGFRKI     P       I      10100       20      ENV       313     IPIPSSWA       P       A      8     0.0004    0.0004    0.0019     0.0002   0.0600100       20      ENV       313     IPIPSSWAF      P       F      9     0.1300    2.7679    2.3500     0.7450   0.003480        16      ENV       313     IPIPSSWAFA     P       A      10    0.0013    0.0024               0.0014   0.450080        16      POL       504     IPMGVGLSPF     P       F      1080        16      POL       504     IPMGVGLSPFL    P       L      1190        18      ENV       191     IPQSLDSW       P       W      890        18      ENV       191     IPQSLDSWW      P       W      980        16      ENV       315     IPSSWAFA       P       A      8100       20      POL       50      IPWTHKVGNF     P       F      10    0.0013    0.0001    0.0007    0.0001    0.0002100       20      ENV       379     LPIFFCLW       P       W      8     0.0001    0.0001    0.0360    0.1400    0.0035100       20      ENV       379     LPIFFCLWV      P       V      9100       20      ENV       379     LPIFFCLWVY     P       Y      10    0.0002    0.0079    0.0002    0.0006    0.0002100       20      ENV       379     LPIFFCLWVYI    P       I      11    0.0002    0.0001    0.0043    0.0139    0.002185        17      POL       712     LPIHTAEL       P       L      885        17      POL       712     LPIHTAELL      P       L      9     0.0040    0.0630    0.0052    0.3100    0.000585        17      POL       712     LPIHTAELLA     P       A      10    0.0018    0.0011              0.0016    0.330085        17      POL       712     LPIHTAELLAA    P       A      11    0.0090    0.0027    -0.0003   0.0120    2.750080        16      X         89      LPKVLHKRTL     P       L      10表XI                   HBV B07超基元(及结合信息)保守性    频率    蛋白质    位置    序列           P2    C-端        AA       B*0702   B*3501   B*5101   B*5301   B*5401100       20      POL       123     LPLDKGIKPY     P      Y          10        0.0001    0.0290    0.0002    0.0003    0.0002100       20      POL       123     LPLDKGIKPYY    P      Y          11       -0.0002    0.0009    0.0001    0.0007    0.000195        19      X         58      LPVCAFSSA      P      A          9         0.0480    0.0710    0.0110    0.0009    19.000080        16      POL       611     LPVNRPIDW      P      W          980        16      POL       611     LPVNRPIDWKV    P      V          1180        16      POL       433     MPHLLVGSSGL    P      L          11100       20      POL       1       MPLSYQHF       P      F          8         0.0001    0.0097    0.0120    0.0370    0.019075        15      POL       1       MPLSYQHFRKL    P      L          1190        18      POL       774     NPADDPSRGRL    P      L          11        0.0120    0.0001    0.0001   -0.0003    0.000195        19      ENV       9       NPLGFFPDHQL    P      L          11        0.0012    0.0021    0 0001    0.0028    0.000175        15      POL       571     NPNKTKRW       P      W          875        15      POL       571     NPNKTKRWGY     P      Y          1095        19      NUC       129     PPAYRPPNA      P      A          9         0.0001    0.0001    0.0001    0.0002    0.000395        19      NUC       129     PPAYRPPNAPI    P      I          11        0.0003    0.0001    0.0001   -0.0003    0.000185        17      ENV       58      PPHGGLLGW      P      W          9         0.0001    0.0002    0.0001    0.0003    0.0002100       20      NUC       134     PPNAPILSTL     P      L          10        0.0001    0.0001    0.0035    0.0001    0.000280        16      POL       615     RPIDWKVCQRI    P      I          11100       20      NUC       133     RPPNAPIL       P      L          8         0.0076    0.0001    0.0280    0.0002    0.0002100       20      NLC       133     RPPNAPILSTL    P      L          11        0.1300    0.0001    0.0018   -0.0003    0.0001100       20      NUC       44      SPEHCSPHHTA    P      A          11       -0.0002    0.0001    0.0001   -0.0003    0.001195        19      POL       511     SPFLLAQF       P      F          8         0.5500    0.0009    0.0180    0.0009    0.009395        19      POL       511     SPFLLAQFTSA    P      A          11        0.0820    0.0001    0.0001   -0.0003    12.0500100       20      NUC       49      SPHHTALRQA     P      A          10        0.0012    0.0001              0.0002    0.0035100       20      NUC       49      SPHHTALRQAI    P      I          11        0.5800    0.0001    0.0004    0.0005    0.000285        17      ENV       67      SPQAQGIL       P      L          885        17      POL       808     SPSVPSHL       P      L          875        15      ENV       350     SPTVWLSV       P      V          875        15      ENV       350     SPTVWLSVI      P      I          975        15      ENV       350     SPTVWLSVIW     P      W          1075        15      ENV       350     SPTVWLSVIWM    P      M          1195        19      POL       659     SPTYKAFL       P      L          8         0.3900    0.0001    0.0019    0.0002    0.000290        18      POL       354     TPARVTGGV      P      V          9         0.0078    0.0001    0.0013    0.0001    0.001590        18      POL       354     TPARVTGGVF     P      F          10        0.3200    0.1000    0.0001    0.0099    0.000690        18      POL       354     TPARVVTGGVFL   P      L          11        0.0950    0.0001    0.0001    0.0005    0.000595        19      NUC       128     TPPAYRPPNA     P      A          10        0.0001    0.0001              0.0002    0.010075        15      ENV       57      TPPHGGLL       P      L          875        15      ENV       57      TPPHGGLLGW     P      W          1080        16      POL       691     TPTGWGLA       P      A          875        15      POL       691     TPTGWGLAI      P      I          995        19      ENV       340     VPFVQWFV       P      V          8         0.0010    0.0001    19.0000   0.0002    0.110095        19      ENV       340     VPFVQWFVGL     P      L          10        0.0011    0.0001    0.0100    0.0001    0.002595        19      POL       398     VPNLQSLTNL     P      L          10        0.0006    0.0001    0.0004    0.0001    0.000295        19      POL       398     VPNLQSLTNLL    P      L          11        0.0004    0.0001    0.0001   -0.0003    0.000290        18      POL       769     VPSALNPA       P      A          8         0.0011    0.0001    0.0070    0.0002    1.000095        19      POL       393     WPKFAVPNL      P      L          9         0.0054    0.0002    0.0015    0.0001    0.001595        19      POL       640     YPALMPLY       P      Y          8         0.0004    0.2600    0.4100    0.0450    0.005695        19      POL       640     YPALMPLYA      P      A          9         0.0180    0.0480    0.0340    0.0140    16.000095        19      POL       640     YPALMPLYACI    P      I          11        0.0040    0.0001    0.0470    0.0320    0.0700表XII                       HBV B27超基元(无结合数据可用)蛋白质      序列           HBV中位置      氨基酸数      序列频率       保守性(％)AYW         AHLSLRGL       51             8             19             95AYW         ARVTGGVF       356            8             18             90AYW         DHGAHLSL       48             8             19             95AYW         DHQLDPAF       16             8             18             90AYW         DKGIKPYY       126            8             20             100AYW         FHISCLTF       103            8             18             90AYW         FRKIPMGV       501            8             16             80AYR         GRETVLEY       140            8             15             75AYW         HHTALRQA       51             8             20             100AYW         IHTAELLA       714            8             17             85AYW         LHKRTLGL       93             8             18             90AYW         LHLYSHPI       490            8             19             95AYW         LRGLPVCA       55             8             19             95AYW         LRGTSFVY       761            8             16             80AYW         LRQAILCW       55             8             19             95AYW         LRRFIIFL       240            8             19             95AYW         NKTKRWGY       573            8             15             75AYW         NRPIDWKV       614            8             18             90AYW         NRRVAEDL       34             8             17             85AYW         PHCLAFSY       531            8             19             95AYW         PHGGLLGW       59             8             17             85AYW         PKFAVPNL       394            8             19             95AYR         QHFRKLLL       6              8             15             75AYW         RHYLHTLW       145            8             20             100AYW         RKYTSFPW       744            8             17             85AYW         RRAFPHCL       527            8             19             95AYW         RRFIIFLF       241            8             15             75AYW         SHPIILGF       494            8             16             80AYW         SKLCLGWL       20             8             18             90AYW         SRNLYVSL       472            8             16             80AYW         TKRWGYSL       575            8             19             95AYW         TRHYLHTL       144            8             20             100AYW         VRFSWLSL       331            8             16             80AYW         WKVCQRIV       619            8             17             85AYW         YRPPNAPI       132            8             20             100AYW         ARVTGGVFL      356            9             18             90AYW         EHCSPHHTA      46             9             20             100AYR         GRETVLEYL      140            9             15             75AYW         HHTALRQAI      51             9             20             100AYW         HKVGNFTGL      54             9             19             95AYW         IHTAELLAA      714            9             17             85AYW         KRWGYSLNF      576            9             17             85AYW         LHLYSHPII      490            9             16             80AYW         LHPAAMPHL      428            9             20             100AYW         LHTLWKAGI      148            9             20             100表XII                         HBV B27超基元(无结合数据可用)蛋白质        序列           HBV中位置           氨基酸数       序列频率      保守性(％)AYR           LKLIMPARF      107                 9              15            75AYW           LRGLPVCAF      55                  9              19            95AYW           LRGTSFVYV      761                 9              16            80AYW           LRRFIIFLF      240                 9              15            75AYW           PHCLAFSYM      531                 9              19            95AYW           PHHTALRQA      50                  9              20            100AYW           PKVLHKRTL      90                  9              17            85AYR           QHFRKLLLL      6                   9              15            75AYW           QRIVGLLGF      623                 9              18            90AYW           RKIPMGVGL      502                 9              16            80AYW           RKLPVNRPI      609                 9              16            80AYW           RKYTSFPWL      744                 9              17            85AYW           RRAFPHCLA      527                 9              19            95AYW           RRFIIFLFI      241                 9              15            75AYR           RRLKLIMPA      105                 9              15            75AYW           RRVAEDLNL      35                  9              18            90AYW           SKLCLGWLW      20                  9              17            85AYW           SRKYTSFPW      743                 9              17            85AYW           TRHYLHTLW      144                 9              20            100AYW           VHFASPLHV      819                 9              16            80AYW           VRFSWLSLL      331                 9              16            80AYW           VRRAFPHCL      526                 9              19            95AYW           YRPPNAPIL      132                 9              20            100AYW           YRWMCLRRF      235                 9              19            95AYW           AHLSLRGLPV     51                  10             18            90AYW           AKSVQHLESL     546                 10             17            85AYW           ARDVLCLRPV     12                  10             15            75AYW           ARVTGGVFLV     356                 10             18            90AYW           EHCSPHHTAL     46                  10             20            100AYW           FRKIPMGVGL     501                 10             16            80AYW           FRKLPVNRPI     608                 10             16            80AYR           GRETVLEYLV     140                 10             15            75AYW           HHTALRQAIL     51                  10             19            95AYW           HKVGNFTGLY     54                  10             19            95AYW           KRWGYSLNFM     576                 10             17            85AYW           LHLYSHPIIL     490                 10             16            80AYW           LHPAAMPHLL     428                 10             20            100AYW           LHTLWKAGIL     148                 10             20            100AYR           LKLIMPARFY     107                 10             15            75AYW           LRRFIIFLFI     240                 10             15            75AYW           NKTKRWGYSL     573                 10             15            75AYW           NRRVAEDLNL     34                  10             17            85AYW           PHHTALRQAI     50                  10             20            100AYW           PHLLVGSSGL     434                 10             16            80AYW           QRIVGLLGFA     623                 10             18            90AYW           RHYLHTLWKA     145                 10             20            100表XII                           HBV B27超基元(无结合数据可用)蛋白质        序列             HBV中位置         氨基酸数       序列频率      保守性(％)AYW           RKYTSFPWLL       744               10             17            85AYW           RRAFPHCLAF       527               10             19            95AYW           RRFIIFLFIL       241               10             15            75AYW           SRKYTSFPWL       743               10             17            85AYW           SRLVVDFSQF       375               10             19            95AYW           THKVGNFTGL       53                10             19            95AYW           TKRWGYSLNF       575               10             17            85AYW           TKYLPLDKGI       120               10             20            100AYW           TRILTIPQSL       186               10             16            80AYW           VHFASPLHVA       819               10             16            80AYW           VRFSWLSLLV       331               10             16            80AYW           VRRAFPHCLA       526               10             19            95AYW           WKVCQRIVGL       619               10             17            85AYW           YRWMCLRRFI       235               10             19            95AYW           DHGAHLSLRGL      48                11             19            95AYW           IHLNPNKTKRW      568               11             15            75AYW           IHTAELLAACF      714               11             17            85AYW           LHPAAMPHLLV      428               11             17            85AYW           LHTLWKAGILY      148               11             20            100AYW           LRQAILCWGEL      55                11             18            90AYW           LRRFIIFLFIL      240               11             15            75AYW           PHHTALRQAIL      50                11             19            95AYW           PKFAVPNLQSL      394               11             19            95AYW           PKVLHKRTLGL      90                11             17            85AYW           PRTPARVTGGV      352               11             18            90AYW           QRIVGLLGFAA      623               11             18            90AYW           RKLPVNRPIDW      609               11             16            80AYW           RRFIIFLFILL      241               11             15            75AYR           RRLKLIMPARF      105               11             15            75AYW           SHPIILGFRKI      494               11             16            80AYW           SKLCLGWLWGM      20                11             17            85AYW           SRKYTSFPWLL      743               11             17            85AYW           THKVGNFTGLY      53                11             19            95AYW           TKRWGYSLNFM      575               11             17            85AYW           TRHYLHTLWKA      144               11             20            100AYW           VHFASPLHVAW      819               11             16            80AYW           VRRAFPHCLAF      526               11             19            95AYW           WKVCQRIVGLL      619               11             17            85AYW           YRWMCLRRFII      235               11             19            95表XIII                            HBV B58超基元蛋白质        序列           位置        氨基酸数     序列频率     保守性(％)POL           AAMPHLLV       431         8            17           85NUC           ASALYREA       34          8            17           85POL           ASFCGSPY       166         8            20           100NUC           ASKLCLGW       19          8            18           90POL           ASPLHVAW       822         8            16           80ENV           ASVRFSWL       329         8            16           80POL           ATPTGWGL       690         8            19           95X             CALRFTSA       69          8            18           90NUC           CSPHHTAL       48          8            20           100POL           CSVVRRAF       523         8            19           95POL           ESRLVVDF       374         8            19           95NUC           ETVLEYLV       142         8            15           75POL           FARSRSGA       724         8            17           85POL           FASPLHVA       821         8            16           80POL           FSPTYKAF       658         8            19           95X             FSSAGPCA       63          8            19           95ENV           FSWLSLLV       333         8            20           100POL           FSYMDDVV       536         8            18           90POL           FTQCGYPA       635         8            19           95POL           FTSAICSV       518         8            19           95POL           GAKSVOHL       545         8            17           85POL           GTDNSVVL       735         8            18           90POL           HTAELLAA       715         8            17           85NUC           HTALRQAI       52          8            20           100POL           HTLWKAGI       149         8            20           100POL           LAQFTSAI       515         8            19           95NUC           LSFLPSDF       45          8            19           95POL           LSLDVSAA       415         8            19           95ENV           LSLLVPFV       336         8            20           100X             LSLRGLPV       53          8            19           95POL           LSRKYTSF       742         8            17           85POL           LSSNLSWL       408         8            18           90POL           LSWLSLDV       412         8            20           100NUC           LTFGRETV       108         8            19           95X             MSTTDLEA       103         8            16           80NUC           NAPILSTL       136         8            20           100POL           PAAMPHLL       430         8            20           100POL           PALMPLYA       641         8            19           95X             PARDVLCL       11          8            16           80POL           PARVTGGV       355         8            18           90NUC           PAYRPPNA       130         8            19           95POL           PSRGRLGL       779         8            18           90POL           PTGWGLAI       692         8            15           75POL           PTTGRTSL       797         8            17           85NUC           PTVQASKL       15          8            16           80ENV           PTVWLSVI       351         8            15           75表XIII                            HBV B58超基元蛋白质         序列           位置          氨基酸数      序列频率      保守性(％)POL            RAFPHCLA       528           8             19            95X              RTLGLSAM       96            8             24            120NUC            SALYREAL       35            8             18            90X              SSAGPCAL       64            8             19            95ENV            SSGTVNPV       136           8             15            75ENV            SSKPRQGM       5             8             18            90NUC            STLPETTV       141           8             20            100X              STTDLEAY       104           8             15            75NUC            TALRQAIL       53            8             19            95POL            TSAICSVV       519           8             19            95ENV            TSGFLGPL       168           8             16            80X              TTDLEAYF       105           8             15            75POL            TTGRTSLY       798           8             17            85POL            VSWPKFAV       391           8             19            95NUC            VSYVNVNM       115           8             20            100POL            VTGGVFLV       358           8             20            100ENV            WSPQAQGI       66            8             17            85POL            WTHKVGNF       52            8             20            100POL            YSLNFMGY       580           8             17            85POL            YTSFPWLL       746           8             17            85POL            AAPFTQCGY      632           9             19            95NUC            ASALYREAL      34            9             17            85NUC            ASKLCLGWL      19            9             18            90POL            ATPTGWGLA      690           9             16            80POL            CSRNLYVSL      471           9             16            80POL            DATPTGWGL      689           9             19            95ENV            DSWWTSLNF      196           9             19            95POL            EAGPLEEEL      17            9             20            100POL            FADATPTGW      687           9             19            95POL            FASPLHVAW      821           9             16            80POL            FAVPNLQSL      396           9             19            95POL            FSPTYKAFL      658           9             19            95X              FSSAGPCAL      63            9             19            95POL            FSYMDDVVL      536           9             18            90POL            FTFSPTYKA      656           9             19            95POL            FTGLYSSTV      59            9             18            90POL            FTQCGYPAL      635           9             19            95POL            FTSAICSVV      518           9             19            95X              GAHLSLRGL      50            9             19            95NUC            HTALRQAIL      52            9             19            95POL            HTLWKAGIL      149           9             20            100POL            KSVQHLESL      547           9             17            85POL            KTKRWGYSL      574           9             19            95POL            LAFSYMDDV      534           9             18            90NUC            LSFLPSDFF      45            9             19            95POL            LSLDVSAAF      415           9             19            95表XIII                           HBV B58超基元蛋白质          序列           位置        氨基酸数      序列频率     保守性(％)POL             LSPFLLAQF      510         9             19           95ENV             LSPTVWLSV      349         9             15           75NUC             LSTLPETTV      140         9             20           100ENV             LSVPNPLGF      16          9             15           75POL             LSYQHFRKL      3           9             15           75NUC             LTFGRETVL      137         9             15           75POL             LTNLLSSNL      404         9             18           90POL             LTVNEKRRL      99          9             17           85X               MSTTDLEAY      103         9             15           75POL             NSVVLSRKY      738         9             18           90POL             PAAMPHLLV      430         9             17           85POL             PARVTGGVF      355         9             18           90POL             PTTGRTSLY      797         9             17           85ENV             PTVWLSVIW      351         9             15           75POL             QAFTFSPTY      654         9             19           95NUC             QAILCWGEL      57          9             18           90NUC             QASKLCLGW      18          9             16           80POL             RAFPHCLAF      528         9             19           95ENV             RTGDPAPNM      167         9             16           80X               SAGPCALRF      65          9             18           90POL             SASFCGSPY      165         9             20           100POL             SSNLSWLSL      409         9             18           90ENV             SSSGTVNPV      135         9             15           75NUC             STLPETTVV      141         9             20           100X               STTDLEAYF      104         9             15           75POL             TAELLAACF      716         9             17           85NUC             TASALYREA      33          9             16           80POL             TSFVYVPSA      764         9             16           80ENV             TSGFLGPLL      168         9             15           75POL             TTGRTSLYA      798         9             17           85POL             VSIPWTHKV      48          9             20           100ENV             WSPQAQGIL      66          9             17           85ENV             WSSKPRQGM      4           9             18           90POL             YSHPIILGF      493         9             16           80POL             YSLNFMGYV      580         9             15           75POL             ASFCGSPYSW     166         10            20           100NUC             ASKLCLGWLW     19          10            17           85ENV             ASVRFSWLSL     329         10            16           80POL             ATPTGWGLAI     690         10            15           75X               CAFSSAGPCA     61          10            19           95ENV             CTCIPIPSSW     310         10            20           100ENV             CTIPAQGTSM     298         10            16           80POL             DATPTGWGLA     689         10            16           80ENV             DSWWTSLNFL     196         10            18           90NLC             DTASALYREA     32          10            16           80POL             FAAPFTQCGY     631         10            19           95表XIII                           HBV B58超基元蛋白质      序列              位置      氨基酸数      序列频率      保守性(％)ENV         FSWLSLLVPF        333       10            20            100POL         FTFSPTYKAF        656       10            19            95POL         FTQCGYPALM        635       10            38            190ENV         GSSSGTVNPV        134       10            15            75ENV         GTNLSVPNPL        13        10            15            75POL         GTSFVYVPSA        763       10            16            80POL         HTAELLAACF        715       10            17            85POL         HTLWKAGILY        149       10            20            100POL         LAFSYMDDVV        534       10            18            90POL         LSLDVSAAFY        415       10            19            95ENV         LSLLVPFVQW        336       10            20            100X           LSLRGLPVCA        53        10            19            95ENV         LSPTVWLSVI        349       10            15            75POL         LSRKYTSFPW        742       10            17            85POL         LSSNLSWLSL        408       10            18            90NUC         LSTLPETTVV        140       10            20            100POL         LSWLSLDVSA        412       10            20            100POL         LSYQHFRKLL        3         10            15            75ENV         LTIPQSLDSW        189       10            18            90X           MSTTDLEAYF        103       10            15            75POL         PADDPSRGRL        775       10            18            90ENV         PAGGSSSGTV        131       10            18            90POL         PALMPLYACI        641       10            19            95X           PAPCNFFTSA        145       10            15            75POL         PARVTGGVFL        355       10            18            90NLC         PAYRPPNAPI        130       10            19            95POL         PTTGRTSLYA        797       10            17            85NUC         PTVQASKLCL        15        10            16            80ENV         PTVWLSVIWM        351       10            30            150ENV         QAGFFLLTRI        179       10            16            80NUC         QAILCWGELM        57        10            36            180ENV         QAMQWNSTTF        107       10            16            80NUC         QASKLCLGWL        18        10            16            80ENV         QSLDSWWTSL        193       10            18            90POL         RTPARVTGGV        353       10            18            90POL         SAICSVVRRA        520       10            19            95X           SSAGPCALRF        64        10            18            90PCL         TAELLAACFA        716       10            17            85NUC         TALRQAILCW        53        10            19            95NUC         TASALYREAL        33        10            16            80POL         TSFPWLLGCA        747       10            15            75POL         TSFVYVPSAL        764       10            16            80ENV         TSGFLGPLLV        168       10            15            75POL         VAEOLNLGNL        37        10            19            95POL         YSLNFMGYVI        580       10            15            75POL         AACFARSRSGA       721       11            17            85表XIII                            HBV B58超基元蛋白质         序列             位置      氨基酸数      序列频率      保守性(％)POL            AAPFTQCGYPA      632       11            19            95ENV            ASVRFSWLSLL      329       11            16            80X              CAFSSAGPCAL      61        11            19            95X              CALRFTSARRM      69        11            26            130NUC            CSPHHTALRQA      48        11            20            100ENV            CTCIPIPSSWA      310       11            20            100POL            DATPTGWGLAI      689       11            15            75NUC            DTASALYREAL      32        11            16            80POL            ESRLVVDFSQF      374       11            19            95POL            FADATPTGWGL      687       11            19            95X              FSSAGPCALRF      63        11            18            90ENV            FSWLSLLVPFV      333       11            20            100POL            FSYMDDVVLGA      536       11            18            90POL            FTFSPTYKAFL      656       11            19            95X              GAHLSLRGLPV      50        11            18            90POL            GAKSVQHLESL      545       11            17            85POL            GTSFVYVPSAL      763       11            16            80POL            HTAELLAACFA      715       11            17            85NUC            HTALRQAILCW      52        11            19            95NUC            ISCLTFGRETV      105       11            18            90POL            KTKRWGYSLNF      574       11            17            85POL            LAFSYMDDVVL      534       11            18            90POL            LAQFTSAICSV      515       11            19            95ENV            LSLLVPFVQWF      336       11            20            100X              LSLRGLPVCAF      53        11            19            95ENV            LSPTVWLSVIW      349       11            15            75POL            LSRKYTSFPWL      742       11            17            85POL            LSWLSLDVSAA      412       11            19            95POL            LSYQHFRKLLL      3         11            15            75NUC            LTFGRETVLEY      137       11            15            75ENV            LTIPQSLDSWW      189       11            18            90POL            LTNLLSSNLSW      404       11            18            90ENV            LTRILTIPQSL      185       11            16            80X              PARDVLCLRPV      11        11            15            75POL            PARVTGGVFLV      355       11            18            90NUC            PAYRPPNAPIL      130       11            19            95ENV            PTVWLSVIWMM      351       11            28            140POL            QAFTFSPTYKA      654       11            19            95ENV            QAGFFLLTRIL      179       11            16            80NUC            QASKLCLGWLW      18        11            15            75POL            QSLTNLLSSNL      402       11            18            90POL            RAFPHCLAFSY      528       11            19            95POL            RTPARVTGGVF      353       11            18            90NUC            RTPPAYRPPNA      127       11            19            95POL            SAICSVVRRAF      520       11            19            95POL            SASFCGSPYSW      165       11            20            100表XIII                               HBV B58超基元蛋白质        序列                位置        氨基酸数      序列频率      保守性(％)POL           SSNLSWLSLDV         409         11            18            90POL           TSAICSVVRRA         519         11            19            95POL           TSFPWLLGCAA         747         11            15            75ENV           TSGFLGPLLVL         168         11            15            75POL           VSWPKFAVPNL         391         11            19            95POL           WTHKVGNFTGL         52          11            19            95POL           YTSFPWLLGCA         746         11            15            75表XIV                          HBV B62超基元蛋白质        序列          位置         氨基酸数        序列频率      保守性(％)NUC           AILGWGEL      58           8               18            90POL           APFTQCGY      633          8               19            95POL           AVPNLQSL      397          8               19            95ENV           CIPIPSSW      312          8               20            100NUC           CLGWLWGM      23           8               17            85ENV           CLIFLLVL      253          8               20            100ENV           CLRRFIIF      239          8               19            95POL           CQRIVGLL      622          8               17            85NUC           DIDPYKEF      31           8               18            90NUC           DLLDTASA      29           8               17            85ENV           DPRVRGLY      122          8               16            80NUC           DPYKEFGA      33           8               18            90X             DVLCLRPV      14           8               19            95X             FLGEEIRL      122          8               16            80POL           ELLAACFA      718          8               18            90ENV           FIIFLFIL      243          8               16            80ENV           FILLLCLI      248          8               16            80ENV           FLGPLLVL      171          8               15            75ENV           FLLVLLDY      256          8               19            95POL           FPWLLGCA      749          8               15            75ENV           FVGLSPTV      346          8               19            95ENV           FVQWFVGL      342          8               19            95POL           FVYVPSAL      766          8               18            90POL           GLSPFLLA      509          8               19            95ENV           GLSPTVWL      348          8               20            100ENV           GMLPVCPL      265          8               18            90ENV           GPLLVLQA      173          8               19            95POL           GVGLSPFL      507          8               16            80POL           HLYSHPII      491          8               16            80POL           HPAAMPHL      429          8               20            100ENV           IIFLFILL      244          8               16            80POL           IILGFRKI      497          8               16            80NUC           ILCWGELM      59           8               18            90ENV           ILLLCLIF      249          8               20            100POL           ILRGTSFV      760          8               16            80ENV           ILTIPQSL      188          8               19            95ENV           IPIPSSWA      313          8               20            100ENV           IPQSLDSW      191          8               18            90ENV           IPSSWAFA      315          8               16            80POL           IVGLLGFA      625          8               18            90POL           KIPMGVGL      503          8               16            80NUC           KLCLGWLW      21           8               17            85POL           KLIMPARF      108          8               15            75POL           KLPVNRPI      610          8               16            80POL           KVGNFTGL      55           8               19            95X             KVLHKRTL      91           8               17            85ENV           LIFLLVLL      254          8               20            100表XIV                          HBV B62超基元蛋白质       序列           位置        氨基酸数      序列频率       保守性(％)POL          LIMPARFY       109         8             20             100POL          LLAQFTSA       514         8             19             95ENV          LLCLIFLL       251         8             20             100NUC          LLDTASAL       30          8             17             85ENV          LLDYQGML       260         8             19             95POL          LLGCAANW       752         8             16             80POL          LLGFAAPF       628         8             19             95ENV          LLGWSPQA       63          8             17             85ENV          LLLCLIFL       250         8             20             100ENV          LLPIFFCL       378         8             20             100POL          LLSLGIHL       563         8             19             95POL          LLSSNLSW       407         8             18             90ENV          LLTRILTI       184         8             16             80POL          LLVGSSGL       436         8             16             80ENV          LLVLQAGF       175         8             19             95ENV          LLVPFVQW       338         8             20             100POL          LMPLYACI       643         8             19             95ENV          LPIFFCLW       379         8             20             100POL          LPIHTAEL       712         8             17             85ENV          LQAGFFLL       178         8             19             95POL          LQSLTNLL       401         8             20             100ENV          LVLQAGFF       176         8             19             95ENV          LVPFVQWF       339         8             20             100NUC          LVSFGVWI       119         8             18             90POL          LVVDFSQF       377         8             20             100POL          MPLSYQHF       1           8             20             100NUC          MQLFHLCL       1           8             15             75ENV          MQWNSTTF       109         8             16             80POL          NLNVSIPW       45          8             19             95POL          NLQSLTNL       400         8             20             100ENV          NLSVPNPL       15          8             15             75POL          NPNKTKRW       571         8             15             75ENV          PIFFCLWV       380         8             20             100POL          PIHTAELL       713         8             17             85ENV          PIPSSWAF       314         8             20             100ENV          PQSLDSWW       192         8             18             90X            PVCAFSSA       59          8             19             95POL          PVNRPIDW       612         8             17             85K            QLDPARDV       8           8             16             80POL          RIVGLLGF       624         8             18             90POL          RLKLIMPA       106         8             15             75NUC          RPPNAPIL       133         8             20             100NUC          ROLLWFHI       98          8             18             90POL          RVAEDLNL       36          8             19             95POL          RVHFASPL       818         8             16             80POL          RVTGGVFL       357         8             20             100POL          SIPWTHKV       49          8             20             100表XIV                          HBV B62超基元蛋白质       序列           位置       氨基酸数      序列频率     保守性(％)POL          SLDVSAAF       416        8             19           95POL          SLNFMGYV       581        8             15           75POL          SPFLLAQF       511        8             19           95ENV          SPQAQGIL       67         8             17           85POL          SPSVPSHL       808        8             17           85ENV          SPTVWLSV       350        8             15           75POL          SPTYKAFL       659        8             19           95ENV          SVPNPLGF       17         8             15           75POL          SVQHLESL       548        8             17           85POL          SVVLSRKY       739        8             18           90NUC          TLPETTVV       142        8             20           100POL          TLWKAGIL       150        8             20           100ENV          TPPHGGLL       57         8             15           75POL          TPTGWGLA       691        8             16           80POL          TQCGYPAL       636        8             19           95POL          TVNEKRRL       100        8             17           85ENV          TVWLSVIW       352        8             15           75ENV          VLLDYQGM       259        8             19           95ENV          VLQAGFFL       177        8             19           95ENV          VPFVQWFV       340        8             19           95POL          VPSALNPA       769        8             18           90NUC          VQASKLCL       17         8             16           80POL          VVLGAKSV       542        8             18           90POL          WILRGTSF       759        8             16           80NUC          WIRTPPAY       125        8             19           95POL          WLSLDVSA       414        8             20           100ENV          WLSLLVPF       335        8             20           100ENV          WMCLRRFI       237        8             19           95POL          YLHTLWKA       147        8             20           100POL          YLPLDKGI       122        8             20           100NUC          YLVSFGVW       118        8             18           90POL          YPALMPLY       640        8             19           95POL          YQHFRKLL       5          8             15           75POL          AICSVVRRA      521        9             19           95NUC          AILCWGELM      58         9             18           90POL          ALMPLYACI      642        9             19           95NUC          ALRQAILCW      54         9             19           95ENV          AMQWNSTTF      108        9             16           80X            AMSTTDLEA      102        9             15           75X            APCNFFTSA      146        9             15           75ENV          CIPIPSSWA      312        9             20           100ENV          CLIFLLVLL      253        9             20           100ENV          CLRRFIIFL      239        9             19           95NUC          CLTFGRETV      107        9             18           90ENV          CPGYRWMCL      232        9             20           100NLC          CPTVQASKL      14         9             16           80X            CQLDPARDV      7          9             16           80表XIV                          HBV B62超基元蛋白质       序列           位置       氨基酸数      序列频率      保守性(％)NUC          DLLDTASAL      29         9             17            85POL          DLNLGNLNV      40         9             19            95X            DPARDVLCL      10         9             16            80POL          DPSRGRLGL      778        9             18            90POL          DVVLGAKSV      541        9             18            90ENV          FIIFLFILL      243        9             16            80ENV          FILLLCLIF      248        9             16            80ENV          FLFILLLCL      246        9             16            80POL          FLLAQFTSA      513        9             19            95POL          FLLSLGIHL      562        9             19            95ENV          FLLTRILTI      183        9             16            80ENV          FPDHQLDPA      14         9             18            90POL          FPHCLAFSY      530        9             19            95POL          FPWLLGCAA      749        9             15            75ENV          FVGLSPTVW      346        9             19            95POL          GLCQVFADA      682        9             17            85POL          GLLGFAAPF      627        9             19            95ENV          GLLGWSPQA      62         9             17            85POL          GVGLSPFLL      507        9             16            80NUC          GVWIRTPPA      123        9             19            95POL          HLLVGSSGL      435        9             16            80X            HLSLRGLPV      52         9             18            90POL          HLYSHPIIL      491        9             16            80POL          HPAAMPHLL      429        9             20            100ENV          IIFLFILLL      244        9             16            80POL          ILGFRKIPM      498        9             16            80ENV          ILLLCLIFL      249        9             20            100POL          ILRGTSFVY      760        9             16            80ENV          IPIPSSWAF      313        9             20            100ENV          IPQSLDSWW      191        9             18            90POL          IVGLLGFAA      625        9             18            90POL          KLHLYSHPI      489        9             19            95POL          KLIMPARFY      108        9             15            75POL          KVCQRIVGL      620        9             17            85POL          KVGNFTGLY      55         9             19            95POL          LLAQFTSAI      514        9             19            95ENV          LLCLIFLLV      251        9             20            100NUC          LLDTASALY      30         9             17            85POL          LLGCAANWI      752        9             16            80ENV          LLLCLIFLL      250        9             20            100ENV          LLPIFFCLW      378        9             20            100NUC          LLSFLPSDF      44         9             19            95POL          LLSSNLSWL      407        9             18            90ENV          LLVLQAGFF      175        9             19            95ENV          LLVPFVQWF      338        9             20            100NUC          LLWFHISCL      100        9             18            90ENV          LPIFFCLWV      379        9             20            100表XIV                            HBV B62超基元蛋白质       序列             位置       氨基酸数       序列频率       保守性(％)POL          LPIHTAELL        712        9              17             85X            LPVCAFSSA        58         9              19             95POL          LPVNRPIDW        611        9              16             80ENV          LVLLDYQGM        258        9              19             95ENV          LVLQAGFFL        176        9              18             90ENV          LVPFVQWFV        339        9              19             95ENV          MMWYWGPSL        360        9              17             85POL          NLGNLNVSI        42         9              19             95POL          NLLSSNLSW        406        9              18             90POL          NLQSLTNLL        400        9              20             100POL          NLSWLSLDV        411        9              18             90ENV          PIFFCLWVY        380        9              20             100POL          PIHTAELLA        713        9              17             85POL          PIILGFRKI        496        9              16             80ENV          PIPSSWAFA        314        9              16             80POL          PLDKGIKPY        124        9              20             100POL          PLEEELPRL        20         9              19             95ENV          PLLPIFFCL        377        9              20             100ENV          PLLVLQAGF        174        9              19             95POL          PLPIHTAEL        711        9              16             80POL          PMGVGLSPF        505        9              16             80NUC          PPAYRPPNA        129        9              19             95ENV          PPHGGLLGW        58         9              17             85X            QLDPARDVL        8          9              16             80ENV          RILTIPQSL        187        9              16             80POL          RIVGLLGFA        624        9              18             90POL          RLVVDFSQF        376        9              19             95POL          RVTGGVFLV        357        9              20             100ENV          SLDSWWTSL        194        9              19             95POL          SLDVSAAFY        416        9              19             95ENV          SLLVPFVQW        337        9              20             100POL          SLNFMGYVI        581        9              15             75X            SLRGLPVCA        54         9              19             95ENV          SPTVWLSVI        350        9              15             75ENV          SVRFSWLSL        330        9              16             80ENV          TIPQSLDSW        190        9              18             90POL          TLWKAGILY        150        9              20             100POL          TPARVTGGV        354        9              18             90POL          TPTGWGLAI        691        9              15             75POL          TQCGYPALM        636        9              19             95NUC          TVQASKLCL        16         9              16             80ENV          TVWLSVIWM        352        9              15             75X            VLCLRPVGA        15         9              19             95X            VLGGCRHKL        133        9              18             90X            VLHKRTLGL        92         9              17             85ENV          VLLDYQGML        259        9              19             95ENV          VLQAGFFLL        177        9              19             95表XIV                            HBV B62超基元蛋白质       序列            位置       氨基酸数      序列频率      保守性(％)POL          VLSRKYTSF       741        9             17            85POL          WILRGTSFV       759        9             16            80POL          WLLGCAANW       751        9             16            80POL          WLSLDVSAA       414        9             19            95ENV          WLSLLVPFV       335        9             20            100ENV          WMCLRRFII       237        9             19            95POL          WPKFAVPNL       393        9             19            95NUC          YLVSFGVWI       118        9             18            90POL          YMDDVVLGA       538        9             18            90POL          YPALMPLYA       640        9             19            95POL          YQHFRKLLL       5          9             15            75POL          YVPSALNPA       768        9             18            90POL          AICSVVRRAF      521        10            19            95POL          APFTQCGYPA      633        10            19            95POL          AQFTSAICSV      516        10            19            95ENV          CIPIPSSWAF      312        10            20            100POL          CLAFSYMDDV      533        10            18            90NUC          CLGWLWGMDI      23         10            17            85ENV          CLRRFIIFLF      239        10            15            75X            CQLDPARDVL      7          10            16            80POL          CQRIVGLLGF      622        10            17            85NUC          DIDPYKEFGA      31         10            18            90NUC          DLLDTASALY      29         10            17            85X            DVLCLRPVGA      14         10            19            95NUC          ELLSFLPSDF      43         10            19            95ENV          FIIFLFILLL      243        10            16            80ENV          FILLLCLIFL      248        10            16            80ENV          FLFILLLCLI      246        10            16            80ENV          FLGPLLVLQA      171        10            15            75POL          FLLAQFTSAI      513        10            19            95ENV          FPDHQLDPAF      14         10            17            85POL          FPHCLAFSYM      530        10            19            95ENV          FVGLSPTVWL      346        10            19            95X            FVLGGCRHKL      132        10            18            90X            GLPVCAFSSA      57         10            19            95POL          GLSPFLLAQF      509        10            19            95ENV          GLSPTVWLSV      348        10            15            75NUC          GMDIDPYKEF      29         10            17            85X            GPCALRFTSA      67         10            18            90POL          GPLEEELPRL      19         10            19            95ENV          GPLLVLQAGF      173        10            19            95POL          GVGLSPFLLA      507        10            16            80NUC          GVWIRTPPAY      123        10            19            95POL          HLNPNKTKRW      569        10            15            75POL          HPAAMPHLLV      429        10            17            85POL          HPIILGFRKI      495        10            16            80POL          IILGFRKIPM      497        10            16            80表XIV                           HBV B62超基元蛋白质      序列             位置       氨基酸数      序列频率      保守性(％)ENV         ILLLCLIFLL       249        10            20            100POL         ILRGTSFVYV       760        10            16            80NUC         ILSTLPETTV       139        10            20            100ENV         IPIPSSWAFA       313        10            16            80POL         IPMGVGLSPF       504        10            16            80POL         IPWTHKVGNF       50         10            20            100NUC         KLCLGWLWGM       21         10            17            85POL         KLHLYSHPII       489        10            16            80POL         KLPVNRPIDW       610        10            16            80POL         KQAFTFSPTY       653        10            19            95POL         KVCQRIVGLL       620        10            17            85X           KVLHKRTLGL       91         10            17            85ENV         LIFLLVLLDY       254        10            19            95ENV         LLCLIFLLVL       251        10            20            100ENV         LLDYQGMLPV       260        10            18            90POL         LLGCAANWIL       752        10            16            80ENV         LLLCLIFLLV       250        10            20            100ENV         LLPIFFCLWV       378        10            20            100NUC         LLSFLPSDFF       44         10            19            95ENV         LLVLLDYQGM       257        10            19            95ENV         LLVLQAGFFL       175        10            18            90ENV         LLVPFVQWFV       338        10            19            95ENV         LPIFFCLWVY       379        10            20            100POL         LPIHTAELLA       712        10            17            85X           LPKVLHKRTL       89         10            16            80POL         LPLDKGIKPY       123        10            20            100ENV         LVLLDYQGML       258        10            19            95ENV         LVLQAGFFLL       176        10            18            90ENV         MMWYWGPSLY       360        10            17            85POL         NLLSSNLSWL       406        10            18            90ENV         NLSVPNPLGF       15         10            15            75POL         NPNKTKRWGY       571        10            15            75POL         NVSIPWTHKV       47         10            20            100POL         PIDWKVCQRI       616        10            17            85ENV         PIFFCLWVYI       380        10            20            100POL         PIHTAELLAA       713        10            17            85POL         PLDKGIKPYY       124        10            20            100POL         PLEEELPRLA       20         10            18            90ENV         PLGFFPDHQL       10         10            19            95POL         PLHPAAMPHL       427        10            20            100ENV         PLLPIFFCLW       377        10            20            100ENV         PLLVLQAGFF       174        10            19            95POL         PLPIHTAELL       711        10            16            80POL         PLSYQHFRKL       2          10            15            75POL         PLTVNEKRRL       98         10            17            85POL         PMGVGLSPFL       505        10            16            80NUC         PPNAPILSTL       134        10            20            100表XIV                             HBV B62超基元蛋白质      序列              位置       氨基酸数      序列频率     保守性(％)POL         PVNRPIDWKV        612        10            17           85NUC         QLLWFHISCL        99         10            18           90POL         RIVGLLGFAA        624        10            18           90POL         RLKLIMPARF        106        10            15           75NUC         RQAILCWGEL        56         10            18           90POL         RVHFASPLHV        818        10            15           75ENV         SLLVPFVQWF        337        10            20           100X           SLRGLPVCAF        54         10            19           95POL         SLTNLLSSNL        403        10            18           90NUC         SPHHTALRQA        49         10            20           100ENV         SPTVWLSVIW        350        10            15           75ENV         SVRFSWLSLL        330        10            16           80ENV         TIPQSLDSWW        190        10            18           90POL         TPARVTGGVF        354        10            18           90NUC         TPPAYRPPNA        128        10            19           95ENV         TPPHGGLLGW        57         10            15           75POL         VLGAKSVQHL        543        10            17           85X           VLGGCRHKLV        133        10            18           90ENV         VPFVQWFVGL        340        10            19           95POL         VPNLQSLTNL        398        10            19           95NUC         VQASKLCLGW        17         10            16           80POL         VVLSRKYTSF        740        10            17           85POL         VVRRAFPHCL        525        10            19           95POL         WILRGTSFVY        759        10            16           80POL         WLLGCAANWI        751        10            16           80POL         WLSLDVSAAF        414        10            19           95NUC         WLWGMDIDPY        26         10            17           85ENV         WMCLRRFIIF        237        10            19           95ENV         WMMWYWGPSL        359        10            17           85POL         YLHTLWKAGI        147        10            20           100ENV         YQGMLPVCPL        263        10            18           90POL         YQHFRKLLLL        5          10            15           75POL         APFTQCGYPAL       633        11            19           95POL         AQFTSAICSVV       516        11            19           95POL         AVPNLQSLTNL       397        11            19           95ENV         CIPIPSSWAFA       312        11            16           60POL         CLAFSYMDDVV       533        11            18           90ENV         CLIFLLVLLDY       253        11            19           95ENV         CLRRFIIFLFI       239        11            15           75NUC         CPTVQASKLCL       14         11            16           80POL         CQRIVGLLGFA       622        11            17           85POL         DLNLGNLNVSI       40         11            19           95NUC         ELLSFLPSDFF       43         11            19           95ENV         FILLLCLIFLL       248        11            16           80ENV         FLFILLLCLIF       246        11            16           80ENV         FLLVLLDYQGM       256        11            19           95ENV         FPAGGSSSGTV       130        11            15           75表XIV                               HBV B62超基元蛋白质      序列                位置        氨基酸数      序列频率      保守性(％)POL         FPWLLGCAANW         749         11            15            75X           FVLGGCRHKLV         132         11            18            90POL         FVYVPSALNPA         766         11            18            90ENV         GLSPTVWLSVI         348         11            15            75POL         GPLEEELPRLA         19          11            18            90ENV         GPLLVLQAGFF         173         11            19            95POL         GPLTVNEKRRL         97          11            17            85X           HLSLRGLPVCA         52          11            18            90POL         HLYSHPIILGF         491         11            16            80ENV         IIFLFILLLCL         244         11            16            80ENV         ILLLCLIFLLV         249         11            20            100NUC         ILSTLPETTVV         139         11            20            100ENV         ILTIPQSLDSW         188         11            18            90POL         IPMGVGLSPFL         504         11            16            80POL         IVGLLGFAAPF         625         11            18            90POL         KIPMGVGLSPF         503         11            16            80POL         KLHLYSHPIIL         489         11            16            80ENV         LLCLIFLLVLL         251         11            20            100ENV         LLGWSPQAQGI         63          11            15            75ENV         LLLCLIFLLVL         250         11            20            100ENV         LLPIFFCLWVY         378         11            20            100POL         LLSSNLSWLSL         407         11            18            90ENV         LLVLLDYQGML         257         11            19            95ENV         LLVLQAGFFLL         175         11            18            90NUC         LLWFHISCLTF         100         11            17            85ENV         LPIFFCLWVYI         379         11            20            100POL         LPIHTAELLAA         712         11            17            85POL         LPLDKGIKPYY         123         11            20            100POL         LPVNRPIDWKV         611         11            16            80ENV         LQAGFFLLTRI         178         11            16            80ENV         LVPFVQWFVGL         339         11            19            95POL         MPHLLVGSSGL         433         11            16            80POL         MPLSYQHFRKL         1           11            15            75POL         NLGNLNVSIPW         42          11            19            95POL         NLSWLSLDVSA         411         11            18            90POL         NPADDPSRGRL         774         11            18            90ENV         NPLGFFPDHQL         9           11            19            95POL         PIDWKVCQRIV         616         11            17            85POL         PIILGFRKIPM         496         11            16            80NUC         PILSTLPETTV         138         11            20            100POL         PLHPAAMPHLL         427         11            20            100ENV         PLLPIFFCLWV         377         11            20            100ENV         PLLVLQAGFFL         174         11            18            90POL         PLPIHTAELLA         711         11            16            80POL         PLSYQHFRKLL         2           11            15            75POL         PMGVGLSPFLL         505         11            16            80NUC         PPAYRPPNAPI         129         11            19            95表XIV                             HBV B62超基元蛋白质      序列              位置      氨基酸数     序列频率      保守性(％)ENV         PQAMQWNSTTF       106       11           16            80ENV         PQSLDSWWTSL       192       11           18            90X           QLDPARDVLCL       8         11           16            80POL         QVFADATPTGW       685       11           19            95POL         RLKLIMPARFY       106       11           15            75POL         RPIDWKVCQRI       615       11           16            80NUC         RPPNAPILSTL       133       11           20            100NUC         RQAILCWGELM       56        11           18            90NUC         RQLLWFHISCL       98        11           18            90POL         RVAEDLNLGNL       36        11           18            90POL         RVHFASPLHVA       818       11           15            75POL         SIPWTHKVGNF       49        11           20            100ENV         SLDSWWTSLNF       194       11           19            95ENV         SLLVPFVQWFV       337       11           19            95NUC         SPEHCSPHHTA       44        11           20            100POL         SPFLLAQFTSA       511       11           19            95NUC         SPHHTALRQAI       49        11           20            100ENV         SPTVWLSVIWM       350       11           15            75ENV         SVRFSWLSLLV       330       11           16            80POL         SVVLSRKYTSF       739       11           17            85POL         SVVRRAFPHCL       524       11           19            95POL         TPARVTGGVFL       354       11           18            90POL         TQCGYPALMPL       636       11           19            95NUC         TVQASKLCLGW       16        11           16            80ENV         VLLDYQGMLPV       259       11           18            90POL         VLSRKYTSFPW       741       11           17            85POL         VPNLQSLTNLL       398       11           19            95NUC         VQASKLCLGWL       17        11           16            80ENV         VQWFVGLSPTV       343       11           19            95POL         VVLGAKSVQHL       542       11           16            80POL         VVRRAFPHCLA       525       11           19            95POL         WILRGTSFVYV       759       11           16            80POL         WLLGCAANWIL       751       11           16            80POL         WLSLDVSAAFY       414       11           19            95ENV         WLSLLVPFVQW       335       11           20            100ENV         WMCLRRFIIFL       237       11           19            95ENV         WMMWYWGPSLY       359       11           17            85POL         YLHTLWKAGIL       147       11           20            100POL         YLPLDKGIKPY       122       11           20            100POL         YPALMPLYACI       640       11           19            95表XV                                 HBV A01基元及结合信息保守性      频率      蛋白质      位置      序列            AA      A*0101100         20        POL         166       ASFCGSPY        890          18        POL         737       DNSVVLSRKY      10       0.000195          19        POL         631       FAAPFTQCGY      10       0.068095          19        POL         630       GFAAPFTQCGY     1175          15        NUC         140       GRETVLEY        885          17        POL         579       GYSLNFMGY       9100         20        POL         149       HTLWKAGILY      10       0.110095          19        POL         653       KQAFTFSPTY      10       0.000185          17        NUC         30        LLDTASALY       9        12.000095          19        POL         415       LSLDVSAAFY      10       0.015075          15        NUC         137       LTFGRETVLEY     1185          17        ENV         360       MMWYWGPSLY      10       0.081075          15        X           103       MSTTDLEAY       9        0.850090          18        POL         738       NSVVLSRKY       9        0.0005100         20        POL         124       PLDKGIKPY       9100         20        POL         124       PLDKGIKPYY      10       0.170085          17        POL         797       PTTGRTSLY       9        0.2100100         20        POL         165       SASFCGSPY       995          19        POL         416       SLDVSAAFY       9        5.200075          15        X           104       STTDLEAY        885          17        POL         798       TTGRTSLY        895          19        POL         414       WLSLDVSAAFY     1185          17        ENV         359       WMMWYWGPSLY     11       0.320095          19        POL         640       YPALMPLY        885          17        POL         580       YSLNFMGY        8
                                      表XVI
                                 HBV A03基元及结合保守性      频率      蛋白质       位置        序列              AA       A*030185          17        POL          721         AACFARSR          8         0.000485          17        POL          721         AACFARSRSGA       1195          19        POL          632         AAPFTQCGY         995          19        POL          632         AAPFTQCGYPA       1185          17        POL          722         ACFARSRSGA        1080          16        POL          688         ADATPTGWGLA       1190          18        POL          776         ADDPSRGR          895          19        POL          529         AFPHCLAF          895          19        POL          529         AFPHCLAFSY        1095          19        X            62          AFSSAGPCA         990          18        X            62          AFSSAGPCALR       1195          19        POL          655         AFTFSPTY          895          19        POL          655         AFTFSPTYK         9         0.260095          19        POL          655         AFTFSPTYKA        1095          19        POL          655         AFTFSPTYKAF       1180          16        ENV          180         AGFFLLTR          890          18        X            66          AGPCALRF          890          18        X            66          AGPCALRFTSA       1195          19        POL          18          AGPLEEELPR        10        0.000495          19        POL          521         AICSVVRR          8        -0.000295          19        POL          521         AICSVVRRA         995          19        POL          521         AICSVVRRAF        1095          19        NUC          41          ALESPEHCSPH       1190          18        POL          772         ALNPADDPSR        10        0.000385          17        X            70          ALRFTSAR          8         0.004780          16        ENV          108         AMQWNSTTF         980          16        ENV          108         AMQWNSTTFH        1075          15        X            102         AMSITDLEA         985          17        NUC          34          ASALYREA          8100         20        POL          166         ASFCGSPY          8         0.046080          16        POL          822         ASPLHVAWR         975          15        ENV          84          ASTNRQSGR         9         0.000980          16        POL          690         ATPTGWGLA         980          16        POL          755         CAANWILR          895          19        X            61          CAFSSAGPCA        1090          18        X            69          CALRFTSA          885          17        X            69          CALRFTSAR         9         0.003480          16        X            6           CCQLDPAR          885          17        POL          723         CFARSRSGA         9
                                                表XVI
                                           HBV A03基元及结合保守性     频率      蛋白质      位置      序列               AA          A*030175         15        POL         607       CFRKLPVNR          995         19        POL         638       CGYPALMPLY         1095         19        POL         638       CGYPALMPLYA        11100        20        ENV         312       CIPIPSSWA          9100        20        ENV         312       CIPIPSSWAF         1080         16        EVN         312       CIPIPSSWAFA        1195         19        ENV         253       CLIFLLVLLDY        11           0.008390         18        X           17        CLRPVGAESR         10           0.001195         19        ENV         239       CLRRFIIF           875         15        ENV         239       CLRRFIIFLF         10100        20        NUC         48        CSPHHTALR          9            0.0029100        20        NUC         48        CSPHHTALRQA        1195         19        POL         523       CSVVRRAF           895         19        POL         523       CSVVRRAFPH         10100        20        ENV         310       CTCIPIPSSWA        1180         16        POL         689       DATPTGWGLA         1090         18        POL         540       DDVVLGAK           890         18        NUC         31        DIDPYKEF           890         18        NUC         31        DIDPYKEFGA         1085         17        NUC         29        DLLDTASA           885         17        NUC         29        DLLDTASALY         10           0.000185         17        NUC         29        DLLDTASALYR        11           0.004295         19        ENV         196       DSWWTSLNF          9            0.000685         17        NUC         32        DTASALYR           8            0.000480         16        NUC         32        DTASALYREA         1095         19        X           14        DVLCLRPVGA         1095         19        POL         418       DVSAAFYH           890         18        POL         541       DVVLGAKSVQH        1195         19        POL         17        EAGPLEEELPR        11          -0.000990         18        NUC         40        EALESPEH           890         18        POL         718       ELLAACFA           890         18        POL         718       ELLAACFAR          9            0.000285         17        POL         718       ELLAACFARSR        11           0.008295         19        NUC         43        ELLSFLPSDF         1095         19        NUC         43        ELLSFLPSDFF        1195         19        NUC         43        ESPEHCSPH          995         19        NUC         43        ESPEHCSPHH         1095         19        POL         374       ESRLVVDF           895         19        POL         374       ESRLVVDFSQF        11
                                             表XVI
                                         HBV A03基元及结合保守性      频率       蛋白质      位置      序列              AA        A*030195          19         NUC         174       ETTVVRRR          8          0.000380          16         NUC         174       ETTVVRRRGR        10         0.000395          19         POL         631       FAAPFTQCGY        1085          17         POL         724       FARSRSGA          880          16         POL         821       FASPLHVA          880          16         POL         821       FASPLHVAWR        1090          18         ENV         13        FFPDHQLDPA        1085          17         ENV         13        FFPDHQLDPAF       1175          15         NUC         139       FGRETVLEY         975          15         POL         244       FGVEPSGSGH        1095          19         NUC         122       FGVWIRTPPA        1095          19         NUC         122       FGVWIRTPPAY       1180          16         ENV         248       FILLLCLIF         980          16         ENV         246       FLFILLLCLIF       1175          15         ENV         171       FLGPLLVLQA        1095          19         POL         513       FLLAQFTSA         9          0.000695          19         POL         562       FLLSLGIH          895          19         ENV         256       FLLVLLDY          8          0.0050100         20         POL         363       FLVDKNPH          895          19         POL         658       FSPTYKAF          895          19         X           63        FSSAGPCA          890          18         X           63        FSSAGPCALR        1090          18         X           63        FSSAGPCALRF       11100         20         ENV         333       FSWLSLLVPF        10         0.000490          18         POL         536       FSYMDDVVLGA       1195          19         POL         656       FTFSPTYK          8          0.010095          19         POL         656       FTFSPTYKA         995          19         POL         656       FTFSPTYKAF        10         0.000495          19         POL         635       FTOCGYPA          895          19         POL         518       FTSAICSVVR        10         0.000395          19         POL         518       FTSAICSVVRR       11         0.006595          19         X           132       FVLGGCRH          890          18         X           132       FVLGGCRHK         9          0.043090          18         POL         766       FVYVPSALNPA       1180          16         POL         754       GCAANWILR         995          19         POL         630       GFAAPFTOCGY       1190          18         ENV         12        GFFPDHOLDPA       1175          15         ENV         170       GFLGPLLVLOA       1185          17         ENV         61        GGLLGWSPQA        10
                                                  表XVI
                                              HBV A03基元及结合保守性      频率       蛋白质       位置       序列               AA          A*0301100         20         POL          360        GGVFLVDK           8100         20         POL          360        GGVFLVDKNPH        1175          15         POL          567        GIHLNPNK           875          15         POL          567        GIHLNPNKTK         10           0.002575          15         POL          567        GIHLNPNKTKR        1185          17         POL          682        GLCQVFADA          9            0.000195          19         POL          627        GLLGFAAPF          9            0.000685          17         ENV          62         GLLGWSPOA          995          19         X            57         GLPVCAFSSA         1095          19         POL          509        GLSPFLLA           895          19         POL          509        GLSPFLLAQF         1085          17         NUC          29         GMDIDPYK           8            0.000685          17         NUC          29         GMDIDPYKEF         10          -0.000390          18         POL          735        GTDNSVVLSR         10           0.001090          18         POL          735        GTDNSVVLSRK        11           0.014080          16         POL          763        GTSFVYVPSA         1080          16         POL          245        GVEPSGSGH          9100         20         POL          361        GVFLVDKNPH         1080          16         POL          507        GVGLSPFLLA         1095          19         NUC          123        GVWIRTPPA          995          19         NUC          123        GVWIRTPPAY         10           0.004795          19         NUC          123        GVWIRTPPAYR        11           0.1900100         20         NUC          47         HCSPHHTA           8100         20         NUC          47         HCSPHHTALR         1080          16         POL          820        HFASPLHVA          980          16         POL          820        HFASPLHVAWR        1195          19         X            49         HGAHLSLR           885          17         ENV          60         HGGLLGWSPQA        1190          18         NUC          104        HISCLTFGR          975          15         POL          569        HLNPNKTK           875          15         POL          569        HLNPNKTKR          990          18         X            52         HLSLRGLPVCA        1180          16         POL          491        HLYSHPIILGF        1185          17         POL          715        HTAELLAA           885          17         POL          715        HTAELLAACF         1085          17         POL          715        HTAELLAACFA        11100         20         POL          149        HTLWKAGILY         10           0.0440100         20         POL          149        HTLWKAGILYK        11           0.540095          19         POL          522        ICSVVRRA           8
                                                    表XVI
                                                HBV A03基元及结合保守性      频率       蛋白质       位置         序列               AA        A*030195          19         POL          522          ICSVVRRAF          995          19         POL          522          ICSVVRRAFPH        1190          18         NUC          32           IDPYKEFGA          990          18         POL          617          IDWKVCQR           8100         20         ENV          381          IFFCLWVY           895          19         ENV          255          IFLLVLLDY          980          16         POL          734          IGTDNSVVLSR        11100         20         ENV          249          ILLLCLIF           880          16         POL          760          ILRGTSFVY          9          0.044090          18         NUC          105          ISCLTFGR           8          0.000490          18         POL          625          IVGLLGFA           890          18         POL          625          IVGLLGFAA          990          18         POL          625          IVGLLGFAAPF        11100         20         POL          153          KAGILYKR           8          0.000280          16         POL          503          KIPMGVGLSPF        1175          15         POL          108          KLIMPARF           875          15         POL          108          KLIMPARFY          980          16         POL          610          KLPVNRPIDWK        1185          17         POL          574          KTKRWGYSLNF        1175          15         X            130          KVFVLGGCR          9          0.042075          15         X            130          KVFVLGGCRH         1095          19         POL          55           KVGNFTGLY          9          0.210085          17         POL          720          LAACFARSR          9          0.005895          19         X            16           LCLRPVGA           890          18         X            16           LCLRPVGAESR        1195          19         POL          683          LCQVFADA           8100         20         POL          125          LDKGIKPY           8100         20         POL          125          LDKGIKPYY          980          16         X            9            LDPARDVLCLR        1195          19         ENV          195          LDSWWTSLNF         1085          17         NUC          31           LDTASALY           885          17         NUC          31           LDTASALYR          9          0.000480          16         NUC          31           LDTASALYREA        1195          19         POL          417          LDVSAAFY           895          19         POL          417          LDVSAAFYH          980          16         ENV          247          LFILLLCLIF         1095          19         POL          544          LGAKSVQH           880          16         POL          753          LGCAANWILR         1075          15         POL          566          LGIHLNPNK          9
                                                表XVI
                                            HBV A03基元及结合保守性      频率      蛋白质     位置         序列                AA           A*030175          15        POL        566          LGIHLNPNKTK         1195          19        ENV        172          LGPLLVLQA           995          19        ENV        172          LGPLLVLQAGF         1195          19        EMI        254          LIFLLVLLDY          10            0.0022100         20        POL        109          LIMPARFY            8            -0.000290          18        POL        719          LLAACFAR            8             0.002485          17        POL        719          LLAACFARSR          1095          19        POL        514          LLAQFTSA            885          17        NUC        30           LLDTASALY           9             0.001385          17        NUC        30           LLDTASALYR          10            0.005080          16        POL        752          LLGCAANWILR         1195          19        POL        628          LLGFAAPF            885          17        EMI        63           LLGWSPQA            8100         20        ETV        378          LLPIFFCLWVY         11            0.023095          19        NUC        44           LLSFLPSDF           995          19        NUC        44           LLSFLPSDFF          1095          19        ENV        175          LLVLQAGF            895          19        ENV        175          LLVLQAGFF           9             0.0006100         20        ENV        336          LLVPFVQWF           985          17        NUC        100          LLWFHISCLTF         1195          19        NUC        45           LSFLPSDF            895          19        NUC        45           LSFLPSDFF           9             0.000695          19        POL        415          LSLDVSAA            895          19        POL        415          LSLDVSAAF           9             0.000495          19        POL        415          LSLDVSAAFY          1095          19        POL        415          LSLDVSAAFYII        1175          15        POL        564          LSLGIHLNPNK         11100         20        ENV        336          LSLLVPFVQWF         1195          19        X          53           LSLRGLPVCA          1095          19        X          53           LSLRGLPVCAF         1195          19        POL        510          LSPFLLAQF           99585        17        POL        742          LSRKYTSF            895          19        NUC        169          LSTLPETTVVR         11           -0.000975          15        ENV        16           LSVPNPLGF           9100         20        POL        412          LSWLSLDVSA          10            0.0048100         19        POL        412          LSWLSLDVSAA         1195          15        POL        3            LSYQIIFRK           875          15        NLC        137          LTFGRETVLEY         1185          17        POL        99           LTVNEKRR            8            -0.0002
                                              表XVI
                                          HBV A03基元及结合保守性      频率      蛋白质      位置      序列            AA            A*030195          19        ENV         176       LVLQAGFF        8100         20        ENV         339       LVPFVQWF        8              0.002890          18        NUC         119       LVSFGVWIR       9100         20        POL         377       LWDFSQF         8              0.0016100         20        POL         377       LWDFSQFSR       1095          19        ENV         238       MCLRRFIIF       975          15        ENV         238       MCLRRFIIFLF     1190          18        POL         539       MDDWLGA         890          18        POL         539       MDDWLGAK        990          18        NUC         30        MDIDPYKEF       990          18        NUC         30        MDIDPYKEFGA     1180          16        POL         506       MGVGLSPF        880          16        POL         506       MGVGLSPFLLA     1185          17        ENV         360       MMWYWGPSLY      10             0.050080          16        X           103       MSTTDLEA        875          15        X           103       MSTTDLEAY       9              0.000875          15        X           103       MSTTDLEAYF      1075          15        X           103       MSTTDLEAYFK     1195          19        POL         561       NFLLSLGIH       990          18        NUC         75        NLEDPASR        8             -0.000295          19        POL         45        NLNVSIPWTH      1095          19        POL         45        NLNVSIPWTHK     11            -0.000995          15        ENV         15        NLSVPNPLGF      1090          18        POL         411       NLSWLSLDVSA     1175          15        ENV         215       NSQSPTSNH       990          18        POL         738       NSVVLSRK        8              0.000690          18        POL         738       NSVVLSRKY       9              0.0020100         20        POL         47        NVSIPWVTH       8100         20        POL         47        NVSIPWTHK       9              0.082090          18        POL         775       PADDPSRGR       9              0.000895          19        POL         641       PALMPLYA        875          15        X           145       PAPCNFFTSA      1080          16        X           11        PARDVLCLR       9              0.000290          18        POL         355       PARVTGGVF       975          15        ENV         83        PASTNRQSGR      1095          19        NUC         130       PAYRPPNA        890          18        X           68        PCALRFTSA       985          17        X           68        PCALRFTSAR      1075          15        X           147       PCNFFTSA        8
                                                  表XVI
                                              HBV A03基元及结合保守性      频率      蛋白质      位置      序列              AA             A*030195          19        ENV         15        PDHQLDPA          890          18        ENV         15        PDHQLDPAF         995          19        POL         512       PFLLAQFTSA        1095          19        POL         634       PFTQCGYPA         9100         20        ENV         233       PGYRWMCLR         9              0.000895          19        ENV         233       PGYRWMCLRR        10             0.004895          19        ENV         233       PGYRWMCLRRF       1190          18        POL         616       PIDWKVCQR         9              0.0002100         20        ENV         380       PIFFCLWVY         9              0.001185          17        POL         713       PIHTAELLA         985          17        POL         713       PIHTAELLAA        1080          16        POL         496       PIILGFRK          8100         20        ENV         314       PIPSSWAF          880          16        ENV         314       PIPSSWAFA         9100         20        POL         124       PLDKGIKPY         9              0.0001100         20        POL         124       PLDKGIKPYY        10             0.000295          19        POL         20        PLEEELPR          8              0.000290          16        POL         20        PLEEELPRLA        1090          19        ENV         10        PLGFFPDH          8100         20        POL         427       PLHPAAMPH         9              0.001295          19        ENV         174       PLLVLQAGF         995          19        ENV         174       PLLVLQAGFF        1080          16        POL         711       PLPIHTAELLA       11100         20        POL         2         PLSYQHFR          8             -0.000275          15        POL         2         PLSYQHFRK         9              0.001185          17        POL         98        PLTVNEKR          8              0.000285          17        POL         98        PLTVNEKRR         9              0.000880          16        POL         505       PMGVGLSPF         985          17        POL         797       PTTGRTSLY         9              0.000185          17        POL         797       PTTGRTSLYA        1095          19        X           59        PVCAFSSA          890          18        X           20        PVGAESRGR         9              0.000285          17        POL         612       PVNRPIDWK         9              0.031095          19        POL         654       QAFTFSPTY         9              0.003095          19        POL         654       QAFTFSPTYK        10             0.045095          19        POL         654       QAFTFSPTYKA       1180          16        ENV         179       QAGFFLLTR         980          16        ENV         107       QAMQWNSTTF        1080          16        ENV         107       QAMQWNSTTFH       11
                                                 表XVI
                                             HBV A03基元及结合保守性      频率      蛋白质        位置       序列                AA         A*030195          19        POL           637        QCGYPALMPLY         1195          19        POL           517        QFTSAICSVVR         1175          15        NUC           169        QSPRRRRSQSR         1180          16        POL           189        QSSGILSR            895          19        POL           528        RAFPHCLA            895          19        POL           528        RAFPHCLAF           9          0.001595          19        POL           528        RAFPHCIAFSY         11         0.120085          17        NUC           28         RDLLDTASA           985          17        NUC           28         RDLLDTASALY         1195          19        X             13         RDVLCLRPVGA         11100         20        ENV           332        RFSWLSLLVPF         1195          19        X             56         RGLPVCAF            895          19        X             56         RGLPVCAFSSA         11100         20        NUC           152        RGRSPRRR            880          16        POL           762        RGTSFVYVPSA         1190          18        POL           624        RNGLLGF             890          18        POL           624        RIVGLLGFA           990          18        POL           624        RIVGLLGFAA          1075          15        POL           106        RLKLIMPA            875          15        POL           106        RLKLIMPAR           9          0.095075          15        POL           106        RLKLIMPARF          1075          15        POL           106        RLKLIMPARFY         1175          15        X             128        RLKVFVLGGCR         1195          19        POL           376        RLVVDFSQF           9          0.000695          19        POL           376        RLVVDFSQFSR         11         0.280095          19        NUC           163        RSPRRRTPSPR         11        -0.000775          15        NUC           167        RSQSPRRR            875          15        NUC           167        RSQSPRRRR           990          18        POL           353        RTPARVTGGVF         1195          19        NUC           127        RTPPAYRPPNA         1195          19        NUC           188        RTPSPRRR            8         -0.000295          19        NUC           188        RTPSPRRRR           9          0.005495          16        POL           818        RVHFASPLH           975          15        POL           818        RVHFASPLHVA         11100         20        POL           357        RVTGGVFIVDK         11         0.019090          18        X             65         SAGPCALR            8         -0.000290          18        X             65         SAGPCALRF           9         -0.000395          19        POL           520        SAICSVVR            8         -0.000295          19        POL           520        SAICSVVRR           9          0.0058
                                                  表XVI
                                            HBV A03基元及结合保守性       频率      蛋白质      位置      序列               AA           A*030195           19        POL         520       SAICSWRRA          1095           19        POL         520       SAICSWRRAF         1195           18        POL         771       SALNPADDPSR        11          -0.000490           20        POI         165       SASFCGSPY          9100          18        NUC         121       SFGVWIRTPPA        1190           19        NUC         46        SFLPSDFF           895           15        POL         748       SFPWLIGCA          975           15        POL         740       SFPWLLGCAA         1075           16        POL         765       SFVWPSA            880           20        POL         49        SIPWTHKVGNF        11100          19        ENV         194       SLDSWWTSINF        1195           19        POL         416       SLDVSAAF           895           19        POL         416       SIQVSAAFY          9            0.001695           19        POL         416       SLDVSAAFYH         1075           15        POL         565       SIGIHLNPNK         10100          20        ENV         337       SLLVPFVQWF         1095           19        X           54        SLRGLPVCA          995           19        X           54        SLRGLPVCAF         10           0.000495           18        X           64        SSAGPCALR          9            0.008090           18        X           64        SSAGPCALRF         10          -0.000390           19        NUC         170       STIPETTVVR         10           0.000795           19        NUC         170       STLPETTWRR         11           0.015095           16        ENV         85        STNRQSGR           880           15        X           104       STTDLEAY           875           15        X           104       STTDLEAYF          975           15        X           104       STTDLEAYFK         10           0.006675           15        ENV         17        SVPNPLGF           890           18        POL         739       SVVLSRKY           8           -0.000285           17        POL         739       SVVLSRKYTSF        1195           19        POL         524       SVVRRAFPH          9            0.110085           17        POL         716       TAELLAACF          985           17        POL         716       TAELLAACFA         1085           17        POL         716       TAELLAACFAR        11           0.000680           16        NUC         33        TASALYREA          9100          20        ENV         311       TCIPIPSSWA         10100          20        ENV         311       TCIPIPSSWAF        1180           16        X           106       TDLEAYFK           890           18        POL         736       TDNSVVLSR          990           18        POL         736       TDNSVVLSRK         10           0.0006
                                                表XVI
                                            HBV A03基元及结合保守性     频率      蛋白质       位置        序列               AA          A*030190         18        POL          736         TDNSVVLSRKY        1175         15        NUC          138         TFGRETVLEY         1095         19        POL          657         TFSPTYKA           895         19        POL          857         TFSPTYKAF          9100        20        POL          359         TGGVFLVQK          9           0.000785         17        POL          799         TGRTSLYA           695         19        NUC          171         TLPETTVVR          9           0.000895         19        NUC          171         TLPETTVVRR         10          0.000795         19        NUC          171         TLPETTVVRRR        11          0.0005100        20        POL          150         TLWKAGILY          9           0.1300100        20        POL          150         TLWKAGILYK         10          5.3000100        20        POL          150         TLWKAGILYKR        11          0.008295         19        POL          519         TSAICSVVR          9           0.000595         19        POL          519         TSAICSVVRR         10          0.001895         19        POL          519         TSAICSVVRRA        1175         15        POL          747         TSFPWLLGCA         1075         15        POL          747         TSFPWLLGCAA        1180         16        POL          764         TSFVYVPSA          975         15        X            105         TTDLEAYF           875         15        X            105         TTDLEAYFK          9           0.000685         17        POL          798         TTGRTSLY           8           0.000485         17        POL          798         TTGRTSLYA          975         15        ENV          278         TTSTGPCK           880         16        NUC          175         TTVVRRRGR          9           0.000880         16        NUC          176         TVVRRRGR           8           0.000380         16        NUC          176         TVVRRRGRSPR        1195         19        X            60          VCAFSSAGPCA        1185         17        POL          621         VCQRNGLLGF         11100        20        POL          379         VDFSQFSR           8100        20        POL          362         VFLVDKNPH          980         16        X            131         VFVLGGCR           880         16        X            131         VFVLGGCRH          975         15        X            131         VFVLGGCRHK         1095         19        X            21          VGAESRGR           895         19        POL          626         VGLLGFAA           895         19        POL          626         VGLLGFAAPF         1080         16        POL          508         VGLSPFLLA          980         16        POL          508         VGLSPFLLAQF        1195         19        POL          56          VGNFTGLY           8
                                                 表XVI
                                            HBV A03基元及结合保守性       频率       蛋白质      位置      序列              AA      A*030185           17         POL         96        VGPLTVNEK         9       0.000785           17         POL         96        VGPLTVNEKR        1085           17         POL         96        VGPLTVNEKRR       1195           19         X           15        VLCLRPVGA         995           19         POL         543       VLGAKSVQH         990           18         X           133       VLGGCRHK          8       0.015080           16         ENV         177       VLQAGFFLLTR       1185           17         POL         741       VLSRKYTSF         990           18         NUC         120       VSFGVWIR          8       0.0040100          20         POL         48        VSIPWTHK          8       0.0130100          20         POL         358       VTGGVFLVDK        10      0.0390100          20         POL         378       VVDFSQFSR         9       0.001590           18         POL         542       VVLGAKSVQH        1085           17         POL         740       VVLSRKYTSF        10      0.000495           19         POL         525       VVRRAFPH          895           19         POL         525       VVRRAFPHCLA       1180           16         NUC         177       VVRRRGRSPR        10      0.002780           16         NUC         177       VVRRRGRSPRR       1190           18         NUC         102       WFHISCLTF         990           16         NUC         102       WFHISCLTFGR       1185           17         NUC         28        WGMDIDPY          885           17         NUC         28        WGMDIDPYK         9      -0.000385           17         NUC         28        WGMDIDPYKEF       1185           17         POL         578       WGYSLNFMGY        1080           16         POL         759       WILRGTSF          880           16         POL         759       WILRGTSFVY        10      0.007695           19         NUC         125       WIRTPPAY          8      -0.000295           19         NX          125       WIRTPPAYR         9       0.000890           18         POL         314       WLQFRNSK          8      -0.0002100          20         POL         414       WLSLDVSA          895           19         POL         414       WLSLDVSAA         995           19         POL         414       WLSLDVSAAF        1095           19         POL         414       WLSLDVSAAFY       11      0.0034100          20         ENV         335       WLSLLVPF          885           17         RUC         26        WLWGMDIDPY        10      0.000285           17         NUC         26        WLWGMDIDPYK       11      0.003095           19         ENV         237       WMCLRRFIIF        10      0.000485           17         ENV         359       WMMWYWGPSLY       11      0.0009100          20         POL         52        WTHKVGNF          8
                                               表XVI
                                               HBV A03基元及结合保守性      频率       蛋白质         位置      序列            AA        A*0301100         20         POL            147       YLHTLWKA        8100         20         POL            122       YLPLDKGIK       9         0.0001100         20         POL            122       YLPLDKGIKPY     11       -0.000490          18         NUC            118       YLVSFGVWIR      10        0.000590          18         POL            538       YMDDVVLGA       9         0.000190          18         POL            538       YMDDWLGAK       10        0.033080          16         POL            493       YSHPIILGF       980          16         FOL            493       YSHPIILGFR      1080          16         POL            493       YSHIPIILGFRK    1185          17         POL            580       YSLNFMGY        8        -0.000275          15         POL            746       YTSFPWLLGCA     1190          18         POL            768       YVPSALNPA       9
                                 表XVII
                                 A11基元及结合信息保守性      频率      蛋白质      位置      序列           AA    A*110185          17        POL         721       AACFARSR       895          19        POL         632       AAPFTQCGY      990          18                    776       ADDPSRGR       895          19        POL         529       AFPHCLAFSY     1090          19        X           62        AFSSAGPCALR    1195          19        POL         655       AFTFSPTY       895          19        POL         655       AFTFSPTYK      980          16        ENV         180       AGFFLLTR       895          19        POL         18        AGPLEEELPR     1095          19        POL         521       AICSVVRR       895          19        NUC         41        ALESPEHCSPH    1190          18        POL         772       ALNPADDPSR     1085          17        X           70        ALRFTSAR       880          16        ENV         108       AMQWNSTTFH     1080          8         POL         166       ASFCGSPY       880          16        POL         822       ASPLHVAWR      975          15        ENV         84        ASTNRQSGR      980          16        POL         755       CAANWILR       885          17        X           69        CALRFTSAR      980          16        X           6         CCQLDPAR       875          15        POL         607       CFRKLPVNR      995          19        POL         638       CGYPALMPLY     1095          19        ENV         253       CLIFLLVLLDY    1190          18        X           17        CLRPVGAESR     10100         20        NUC         48        CSPHHTALR      995          19        POL         523       CSVVRRAFPH     1090          18        POL         540       DDVVLGAK       885          17        NUC         29        DLLDTASALY     1085          17        NUC         29        DLLDTASALYR    1190          18        POL         737       DNSVVLSR       890          18        POL         737       DNSVVLSRK      990          18        POL         737       DNSVVLSRKY     1085          17        NUC         32        DTASALYR       895          19        POL         418       DVSAAFYH       890          18        POL         541       DVVLGAKSVQH    1195          19        POL         17        EAGPLEEELPR    1190          18        NUC         40        EALESPEH       890          18        POL         718       ELLAACFAR      985          17        POL         718       ELLAACFARSR    11
                                  表XVII
                                  A11基元及结合信息保守性      频率      蛋白质      位置      序列             AA    A*110195          19        NUC         43        ESPEHCSPH        995          19        NUC         43        ESPEHCSPHH       1095          19        NUC         174       ETTVVRRR         880          16        NUC         174       ETTVVRRRGR       1095          19        POL         631       FAAPFTQCGY       1080          16        POL         821       FASPLHVAWR       1075          15        NUC         139       FGRETVLEY        975          15        POL         244       FGVEPSGSGH       1095          19        NUC         122       FGVWIRTPPAY      1195          19        POL         562       FLLSLGIH         895          19        ENV         256       FLLVLLDY         8100         20        POL         363       FLVDKVPH         890          18        X           63        FSSAGPCALR       1095          19        POL         656       FTFSPTYK         895          19        POL         518       FTSAICSVVR       1095          19        POL         518       FTSAICSVVRR      1195          19        X           132       FVLGGCRH         890          18        X           132       FVLGGCRHK        980          16        POL         754       GCAANWILR        995          19        POL         630       GFAAPFTQCGY      11100         20        POL         360       GGVFLVDK         8100         20        POL         360       GGVFLVDKNPH      1175          15        POL         567       GIHLNPNK         875          15        POL         567       GIHLNPNKTK       1075          15        POL         567       GIHLNPNKTKR      1185          17        NUC         29        GMDIDPYK         895          19        POL         44        GNLNVSIPWTH      1190          18        POL         735       GTDNSVVLSR       1090          18        POL         735       GTDNSVVLSRK      1180          16        POL         245       GVEPSGSGH        9100         20        POL         361       GVFLVDKNPH       1095          19        NUC         123       GVWIRTPPAY       1095          19        NUC         123       GVWIRTPPAYR      11100         20        NUC         47        HCSPHHTALR       1080          16        POL         820       HFASPLHVAWR      1195          19        X           49        HGAHLSLR         890          18        NUC         104       HISCLTFGR        975          15        POL         569       HLNPNKTK         875          15        POL         569       HLNPNKTKR        9
                                 表XVII
                                 A11基元及结合信息保守性      频率      蛋白质      位置      序列               AA      A*1101100         20        POL         149       HTLWKAGILY         10100         20        POL         149       HTLWKAGILYK        1195          19        POL         522       ICSVVRRAFPH        1190          18        POL         617       IDWKVCQR           8100         20        ENV         381       IFFCLWVY           895          19        ENV         255       IFLLVLLDY          980          16        POL         734       IGTDNSVVLSR        1180          16        POL         760       ILRGTSFVY          990          18        NUC         105       ISCLTFGR           8100         20        POL         153       KAGILYKR           875          15        POL         108       KLIMPARFY          980          16        POL         610       KLPVNRPIDWK        1175          15        X           130       KVFVLGGCR          975          15        X           130       KVFVLGGCRH         1095          19        POL         55        KVGNFTGLY          985          17        POL         720       LAACFARSR          990          18        X           16        LCLRPVGAESR        11100         20        POL         125       LDKGIKPY           8100         20        POL         125       LDKGIKPYY          980          16        X           9         LDPARDVLCLR        1185          17        NUC         31        LDTASALY           885          17        NUC         31        LDTASALYR          995          19        POL         417       LDVSAAFY           895          19        POL         417       LDVSAAFYH          995          19        POL         544       LGAKSVQH           880          16        POL         753       LGCAANWILR         1075          15        POL         566       LGIHLNPNK          975          15        POL         566       LGIHLNPNKTK        1195          19        ENV         254       LIFLLVLLDY         10100         20        POL         109       LIMPARFY           890          18        POL         719       LLAACFAR           885          17        POL         719       LLAACFARSR         1085          17        NUC         30        LLDTASALY          985          17        NUC         30        LLDTASALYR         1080          16        POL         752       LLGCAANWILR        11100         20        ENV         378       LLPIFFCLWVY        1190          18        POL         773       LNPADDPSR          990          18        POL         773       LNPADDPSRGR        1175          15        POL         570       LNPNKTKR           8
                                表XVII
                                A11基元及结合信息保守性      频率      蛋白质      位置      序列              AA      A*110175          15        POL         570       LNPNKTKRWGY       1195          19        POL         46        LNVSIPWTH         1195          19        POL         46        LNVSIPWTHK        1095          19        POL         415       LSLDVSAAFY        1095          19        POL         415       LSLDVSAAFYH       1175          15        POL         564       LSLGIHLNPNK       1195          19        NUC         169       LSTLPETTVVR       1175          15        POL         3         LSYQHFRK          875          15        NUC         137       LTFGRETVLEY       1185          17        POL         99        LTVNEKRR          890          18        NUC         119       LVSFGVWIR         9100         20        POL         377       LVVDFSQFSR        1090          18        POL         539       MDDVVLGAK         985          17        ENV         360       MMWYWGPSLY        1075          15        X           103       MSTTDLEAY         975          15        X           103       MSTTDLEAYFK       1195          19        POL         561       NFLLSLGIH         990          18        NUC         75        NLEDPASR          895          19        POL         45        NLNVSIPWTH        1095          19        POL         45        NLNVSIPWTHK       1175          15        ENV         215       NSQSPTSNH         990          18        POL         738       NSVVLSRK          890          18        POL         738       NSVVLSRKY         9100         20        POL         47        NVSIPWTH          8100         20        POL         47        NVSIPWTHK         990          18        POL         775       PADDPSRGR         980          16        X           11        PARDVLCLR         975          15        ENV         83        PASTNRQSGR        1085          17        X           68        PCALRFTSAR        10100         20        ENV         233       PGYRWMCLR         995          19        ENV         233       PGYRWMCLRR        1090          18        POL         616       PIDWKVCQR         9100         20        ENV         380       PIFFCLWVY         980          16        POL         496       PIILGFRK          8100         20        POL         124       PLDKGIKPY         9100         20        POL         124       PLDKGIKPYY        1095          19        POL         20        PLEEELPR          895          19        POL         10        PLGFFPDH          8100         20        POL         427       PLHPAAMPH         9
                                      表XVII
                                      A11基元及结合信息保守性       频率       蛋白质      位置       序列             AA      A*1101100          20         POL         2          PLSYQHFR         875           15         POL         2          PLSYQHFRK        985           17         POL         98         PLTVNEKR         885           17         POL         98         PLTVNEKRR        975           15         POL         572        PNKTKRWGY        985           17         POL         797        PTTGRTSLY        990           18         X           20         PVGAESRGR        985           17         POL         612        PVNRPIDWK        995           19         POL         654        QAFTFSPTY        995           19         POL         654        QAFTFSPTYK       1080           16         ENV         179        QAGFFLLTR        980           16         ENV         107        QAMQWNSTTFH      1095           19         POL         637        QCGYPALMPLY      1195           19         POL         517        QFTSAICSVVR      1175           15         NUC         169        QSPRRRRSQSR      1180           16         POL         189        QSSGILSR         895           19         POL         528        RAFPHCLAFSY      1185           17         NUC         28         RDLLDTASALY      11100          20         NUC         152        RGRSPRRR         875           15         POL         106        RLKLIMPAR        975           15         POL         106        RLKLIMPARFY      1175           15         X           128        RLKVFVLGGCR      1195           19         POL         376        RLVVDFSQFSR      1195           19         NUC         183        RSPRRRTPSPR      1175           15         NUC         167        RSQSPRRR         875           15         NUC         167        RSQSPRRRR        995           19         NUC         188        RTPSPRRR         895           19         NUC         188        RTPSPRRRR        980           16         POL         818        RVHFASPLH        9100          20         POL         357        RVTGGVFLVDK      1190           18         X           65         SAGPCALR         895           19         POL         520        SAICSVVR         895           19         POL         520        SAICSVVRR        990           18         POL         771        SALNPADDPSR      11100          20         POL         165        SASFCGSPY        995           19         POL         416        SLDVSAAFY        995           19         POL         416        SLDVSAAFYH       1075           15         POL         565        SLGIHLNPNK       1090           18         X           64         SSAGPCALR        9
                                表XVII
                                A11基元及结合信息保守性      频率      蛋白质      位置        序列                    AA      A*110195          19        NUC         170         STLPETTVVR              1095          19        NUC         170         STLPETTVVRR             1180          16        ENV         85          STNRQSGR                875          15        X           104         STTDLEAY                875          15        X           104         STTDLEAYFK              1090          18        POL         739         SVVLSRKY                895          19        POL         524         SVVRRAFPH               985          17        POL         716         TAELLAACFAR             1180          16        X           106         TDLEAYFK                890          18        POL         736         TDNSVVLSR               990          18        POL         736         TDNSVVLSRK              1090          18        POL         736         TDNSVVLSRKY             1175          15        NUC         138         TFGRETVLEY              10100         20        POL         359         TGGVFLVDK               995          19        NUC         171         TLPETTVVR               995          19        NUC         171         TLPETTVVRR              1095          19        NUC         171         TLPETTVVRRR             11100         20        POL         150         TLWKAGILY               9100         20        POL         150         TLWKAGILYK              10100         20        POL         150         TLWKAGILYKR             1195          19        POL         560         TNFLLSLGIH              1095          19        POL         519         TSAICSVVR               995          19        POL         519         TSAICSVVRR              1075          15        X           105         TTDLEAYFK               985          17        POL         798         TTGRTSLY                875          15        ENV         278         TTSTGPCK                880          16        NUC         175         TTVVRRRGR               980          16        NUC         176         TVVRRRGR                880          16        NUC         176         TVVRRRGRSPR             11100         20        POL         379         VDFSQFSR                8100         20        POL         362         VFLVDKNPH               980          16        X           131         VFVLGGCR                880          16        X           131         VFVLGGCRH               975          15        X           131         VFVLGGCRHK              1095          19        X           21          VGAESRGR                895          19        POL         56          VGNFTGLY                885          17        POL         96          VGPLTVNEK               985          17        POL         96          VGPLTVNEKR              1085          17        POL         96          VGPLTVNEKRR             11
                                 表XVII
                                 A11基元及结合信息保守性      频率      蛋白质      位置        序列                 AA          A*110195          19        POL         543         VLGAKSVQH            990          18        X           133         VLGGCRHK             880          16        ENV         177         VLQAGFFLLTR          1185          17        POL         613         VNRPIDWK             890          18        NUC         120         VSFGVWIR             8100         20        POL         48          VSIPWTHK             8100         20        POL         358         VTGGVFLVDK           10100         20        POL         378         VVDFSQFSR            990          18        POL         542         VVLGAKSVQH           1095          19        POL         525         VVRRAFPH             880          16        NUC         177         VVRRRGRSPR           1080          16        NUC         177         VVRRRGRSPRR          1190          18        NUC         102         WFHISCLTFGR          1185          17        NUC         28          WGMDIDPY             885          17        NUC         28          WGMDIDPYK            985          17        POL         578         WGYSLNFMGY           1080          16        POL         759         WILRGTSFVY           1095          19        NUC         125         WIRTPPAY             895          19        NUC         125         WIRTPPAYR            990          18        POL         314         WLQFRNSK             895          19        POL         414         WLSLDVSAAFY          1185          17        NUC         26          WLWGMDIDPY           1085          17        NUC         26          WLWGMDIDPYK          1185          17        ENV         359         WMMWYWGPSLY          11100         20        POL         122         YLPLDKGIK            9100         20        POL         122         YLPLDKGIKPY          1190          18        NUC         118         YLVSFGVWIR           1090          18        POL         538         YMDDVVLGAK           1080          16        POL         493         YSHPIILGFR           1080          16        POL         493         YSHPIILGFRK          1185          17        POL         580         YSLNFMGY             8表XVIII                                HBV A24基元及结合信息保守性        频率        蛋白质       位置        序列                  AA      Filed      A*240195            19          POL          529         AFPHCLAF              895            19          X            62          AFSSAGPCAL            10                 0.001290            18          POL          535         AFSYMDDVVL            10                 0.000995            19          POL          655         AFTFSPTYKAF           1180            16          ENV          108         AMQWNSTTF             9100           20          NUC          131         AYRPPNAPI             9                  0.0310100           20          NUC          131         AYRPPNAPIL            10                 0.004275            15          POL          607         CFRKLPVNRPI           1185            17          POL          618         DWKVCQRI              885            17          POL          618         DWKVCQRIVGL           1190            18          ENV          262         DYQGMLPVCPL           11                 0.000290            18          NUC          117         EYLVSFGVW             990            18          NUC          117         EYLVSFGVWI            10100           20          ENV          382         FFCLWVYI              880            16          ENV          182         FFLLTRIL              880            16          ENV          182         FFLLTRILTI            1085            17          ENV          13          FFPDHQLDPAF           1180            16          ENV          181         GFFLLTRI              880            16          ENV          181         GFFLLTRIL             980            16          ENV          181         GFFLLTRILTI           1195            19          ENV          12          GFFPDHQL              875            15          ENV          170         GFLGPLLVL             980            16          POL          500         GFRKIPMGVGL           1185            17          NUC          29          GMDIDPYKEF            1090            18          ENV          265         GMLPVCPL              885            17          NUC          25          GWLWGMDI              885            17          ENV          65          GWSPQAQGI             9                  0.002485            17          ENV          85          GWSPQAQGIL            10                 0.000395            19          POL          639         GYPALMPL              895            19          ENV          234         GYRWMCLRRF            10                 0.000795            19          ENV          234         GYRWMCLRRFI           1175            15          POL          579         GYSLNFMGYVI           1180            16          POL          820         HFASPLHVAW            1075            15          POL          7           HFRKLLLL              8100           20          POL          146         HYLHTLWKAGI           11100           20          ENV          381         IFFCLWVYI             9                  0.008780            16          ENV          245         IFLFILLL              880            16          ENV          245         IFLFILLLCL            1080            16          ENV          245         IFLFILLLCLI           1185            17          ENV          358         IWMMWYWGPSL           11                 0.000495            19          POL          395         KFAVPNLQSL            10                 0.0020100           20          POL          121         KYLPLDKGI             985            17          POL          745         KYTSFPWL              8表XVIII                               HBV A24基元及结合信息保守性       频率       蛋白质       位置        序列                    AA          Filed             A*240185           17         POL          745         KYTSFPWLL               9           *                 5.300080           16         ENV          247         LFILLLCL                880           16         ENV          247         LFILLLCLI               980           16         ENV          247         LFILLLCLIF              1080           16         ENV          247         LFILLLCLIFL             1195           19         POL          643         LMPLYACI                890           18         NUC          101         LWFHISCL                885           17         NUC          101         LWFHISCLTF              1080           16         POL          492         LYSHPIIL                880           16         POL          492         LYSHPIILGF              10          *                 1.100085           17         ENV          360         MMWYWGPSL               9           *                 0.006085           17         ENV          361         MWYWGPSL                8                             0.000595           19         POL          561         NFLLSLGI                895           19         POL          561         NFLLSLGIHL              10                            0.009980           16         POL          758         NWILRGTSF               995           19         POL          512         PFLLAQFTSAI             1195           19         POL          634         PFTQCGYPAL              10                            0.000295           19         ENV          341         PFVQWFVGL               9                             0.000380           16         POL          505         PMGVGLSPF               980           16         POL          505         PMGVGLSPFL              1080           16         POL          505         PMGVGLSPFLL             1180           16         POL          750         PWLLGCAANW              1080           16         POL          750         PWLLGCAANWI             11100          20         POL          51          PWTHKVGNF               9           *                 0.029095           19         ENV          344         QWFVGLSPTVW             1175           15         ENV          242         RFIIFLFI                875           15         ENV          242         RFIIFLFIL               975           15         ENV          242         RFIIFLFILL              1075           15         ENV          242         RFIIFLFILLL             11100          20         ENV          332         RFSWLSLL                8100          20         ENV          332         RFSWLSLLVPF             1185           17         POL          577         RWGYSLNF                895           19         ENV          236         RWMCLRRF                895           19         ENV          236         RWMCLRRFI               9           *                 0.071095           19         ENV          236         RWMCLRRFII              10          *                 1.100095           19         ENV          236         RWMCLRRFIIF             11100          20         POL          167         SFCGSPYSW               9           *                 0.071095           19         NUC          46          SFLPSDFF                880           16         POL          765         SFVYVPSAL               995           19         POL          413         SWLSLDVSAAF             11100          20         ENV          334         SWLSLLVPF               9           *                 0.390095           19         POL          392         SWPKFAVPNL              10          *                 5.6000100          20         ENV          197         SWWTSLNF                8表XVIII                              HBV A24基元及结合信息保守性       频率       蛋白质       位置        序列              AA      Filed      A*240195           19         ENV          197         SWWTSLNFL         9       *          0.380090           18         POL          537         SYMDDVVL          875           15         POL          4           SYQHFRKL          875           15         POL          4           SYQHFRKLL         9                  0.005175           15         POL          4           SYQHFRKLLL        10      *          0.066075           15         POL          4           SYQHFRKLLLL       1175           15         NUC          138         TFGRETVL          875           15         NUC          138         TFGRETVLEYL       1195           19         POL          657         TFSPTYKAF         9                  0.006095           19         POL          657         TFSPTYKAFL        10                 0.004395           19         POL          686         VFADATPTGW        10      *          0.018075           15         X            131         VFVLGGCRHKL       1190           18         NUC          102         WFHISCLTF         9       *          0.030095           19         ENV          345         WFVGLSPTVW        10      *          0.012095           19         ENV          345         WFVGLSPTVWL       1195           19         ENV          237         WMCLRRFI          895           19         ENV          237         WMCLRRFII         9       *95           19         ENV          237         WMCLRRFIIF        10                 0.001395           19         ENV          237         WMCLRRFIIFL       1185           17         ENV          359         WMMWYWGPSL        10      *95           19         ENV          198         WWTSLNFL          8表XIXa                                               HBV DR-超基元
                                                                       在HBV多蛋       示例序     示例序例蛋白质       核心序列      核心频率    核心保守      示例序例              白中的位置      列频率     保守性(％)
                                   性(％)FOL          FAAPFTQCG     19          95            LLGFAAPFTQCGYPA        628            19          95POL          FADATPTGW     19          95            CQVFADATPTGWGLA        684            16          80POL          FAVPNLQSL     19          95            WPKFAVPNLQSLTNL        393            19          95NUC          FGRETVLEY     15          75            CLTFGRETVLEYLVS        136            14          70POL          FGVEPSGSG     15          75            RRSFGVEPSGSGHID        252            6           30NUC          FHISCLTFG     18          90            LLWFHISCLTFGRET        100            17          85NUC          FHLCLIISC     16          80            MQLFHLCLIISCSCP        1              10          50ENV          FILLLCLIF     16          80            IFLFILLLCLIFLLV        245            16          80ENV          FLFILLLCL     16          80            FIIFLFILLLCLIFL        243            16          80ENV          FLGPLLVLQ     15          75            TSGFLGPLLVLQAGF        168            15          75ENV          FLLTRILTI     16          80            AGFFLLTRILTIPQS        180            16          80ENV          FLLVLLDYQ     19          95            CLIFLLVLLDYQGML        253            19          95ENV          FPAGGSSSG     15          75            GLYFPAGGSSSGTVN        127            11          55ENV          FPDHQLDPA     18          90            LGFFPDHQLDPAFGA        22             9           45POL          FPHCLAFSY     19          95            RRAFPHCLAFSYMDD        527            19          95POL          FRKIPMGVG     16          80            ILGFRKIPMGVGLSP        498            13          65POL          FRKLPVNRP     16          80            KQCFRKLPVNRPIDW        616            9           45X            FSSAGPCAL     19          95            VCAFSSAGPCALRFT        60             18          90ENV          FSWLSLLVP     20          100           SVRFSWLSLLVPFVQ        330            16          80POL          FTFSPTYKA     19          95            KQAFTFSPTYKAFLC        653            12          60POL          FTGLYSSTV     18          90            VGNFTGLYSSTVPVF        56             11          55POL          FTSAICSVV     19          95            LAQFTSAICSVVRRA        515            19          95ENV          FVGLSPTVW     19          95            VQWFVGLSPTVWLSV        343            14          70X            FVLGGCRHK     18          90            LKVFVLGGCRHKLVC        129            14          70ENV          FVQWFVGLS     19          95            LVPFVQWFVGLSPTV        339            19          95POL          FVYVPSALN     18          90            GTSFVYVPSALNPAD        763            16          80POL          IDWKVCQRI     17          85            NRPIDWKVCQRIVGL        614            16          80ENV          IFLFILLLC     16          80            RFIIFLFILLLCLIF        242            15          75ENV          IFLLVLLDY     19          95            LCLIFLLVLLDYQGM        252            19          95POL          IGTDNSVVL     16          80            AKLIGTDNSVVLSRK        731            13          65PCL          IHTAELLAA     17          85            PLPIHTAELLAACFA        711            16          80ENV          IIFLFILLL     16          80            RRFIIFLFILLLCLI        241            15          75ENV          ILLLCLIFL     20          100           FLFILLLCLIFLLVL        246            16          80POL          ILRGTSFVY     16          80            ANWILRGTSFVYVPS        757            16          80NUC          ILSTLPETT     20          100           NAPILSTLPETTVVR        165            19          95ENV          IPIPSSWAF     20          100           CTCIPIPSSWAFARF        321            8           40NUC          IRTPPAYRP     19          95            GVWIRTPPAYRPPNA        123            19          95POL          LAACFARSR     17          85            AELLAACFARSRSGA        717            16          80POL          LAFSYMDDV     18          90            PHCLAFSYMDDVVLG        531            18          90POL          LAQFTSAIC     19          95            PFLLAQFTSAICSVV        512            19          95NUC          LCLGWLWGM     17          85            ASKLCLGWLWGMDID        19             17          85ENV          LCLIFLLVL     20          100           ILLLCLIFLLVLLDY        249            19          95X            LCLRPVGAE     19          95            RDVLCLRPVGAESRG        13             18          90POL          LCQVFADAT     19          95            RPGLCQVFADATPTG        680            11          55ENV          LDSWWTSLN     19          95            PQSLDSWWTSLNFLG        192            17          85NUC          LDTASALYR     17          85            RDLLDTASALYREAL        28             16          80POL          LDVSAAFYH     19          95            WLSLDVSAAFYHIPL        425            11          55ENV          LDYQGMLPV     18          90            LVLLDYQGMLPVCPL        258            18          90POL          LEEELPRLA     18          90            AGPLEEELPRLADEG        18             13          65ENV          LFILLLCLI     16          80            IIFLFILLLCLIFLL        244            16          80表XIXa                                           HBV DR-超基元
                               核心保守                          在HBV多蛋       示例序       示例序列蛋白质    核心序列       核心频率               示例序列             白中的位置      列频率       保守性(％)
                               性(％)POL       LGAKSVQHL      17        85            DVVLGAKSVQHLESL     541             16           80POL       LGFAAPFTQ      19        95            VGLLGFAAPFTQCGY     626             19           95POL       LGFRKIPMG      19        95            PIILGFRKIPMGVGL     496             13           65POL       LGNLNVSIP      19        95            DLNLGNLNVSIPWTH     40              19           95ENV       LGPLLVLQA      19        95            SGFLGPLLVLQAGFF     169             15           75POL       LHPAAMPHL      20        100           HLPLHPAAMPHLLVG     425             9            45ENV       LIFLLVLLD      19        95            LLCLIFLLVLLDYQG     251             19           95POL       LKLIMPARF      15        75            KRRLKLIMPARFYPN     104             7            35X         LKVFVLGGC      15        75            EIRLKVFVLGGCRHK     126             13           65POL       LLAQFTSAI      19        95            SPFLLAQFTSAICSV     511             19           95NUC       LLDTASALY      17        85            IROLLDTASALYREA     56              9            45POL       LLGCAANWI      16        80            FPWLLGCAANWILRG     749             15           75POL       LLGFAAPFT      19        95            IVGLLGFAAPFTQCG     625             18           90ENV       LLGWSPQAQ      17        85            HGGLLGWSPQAQGIL     60              15           75ENV       LLLCLIFLL      20        100           LFILLLCLIFLLVLL     247             16           80NUC       LLSFLPSDF      19        95            SVELLSFLPSDFFPS     41              11           55POL       LLSLGIHLN      19        95            TNFLLSLGIHLNPNK     560             15           75POL       LLSSNLSWL      18        90            LTNLLSSNLSWLSLD     404             18           90ENV       LLTRILTIP      16        80            GFFLLTRILTIPOSL     181             16           80ENV       LLVLQAGFF      19        95            LGPLLVLQAGFFLLT     172             18           90ENV       LLVPFVQWF      20        100           WLSLLVPFVQWFVGL     335             19           95NUC       LLWFHISCL      18        90            IRQLLWFHISCLTFG     126             13           65POL       LMPLYACIQ      19        95            YPALMPLYACIQSKQ     640             11           55POL       LNLGNLNVS      19        95            AEDLNLGNLNVSIPW     38              19           95POL       LNPNKTKRW      15        75            GIHLNPNKTKRWGYS     567             15           75POL       LNRRVAEDL      17        85            DEGLNRRVAEDLNLG     30              12           60POL       LNVSIPWTH      19        95            LGNLNVSIPWTHKVG     43              19           95NUC       LPETTVVRR      19        95            LSTLPETTVVRRRGR     169             16           80ENV       LPIFFCLWV      20        100           LPLLPIFFCLWVYIZ     376             13           65POL       LPIHTAELL      17        85            VAPLPIHTAELLAAC     709             9            45POL       LPVNRPIDW      16        80            FRKLPVNRPIDWKVC     608             15           75POL       LQFRNSKPC      18        90            CWWLQFRNSKPCSDY     312             10           50X         LRGLPVCAF      19        95            HLSLRGLPVCAFSSA     52              18           90X         LRPVGAESR      18        90            VLCLRPVGAESRGRP     15              18           90NUC       LRQAILCWG      18        90            HTALRQAILCWGELM     52              18           90ENV       LRRFIIFLF      15        75            WMCLRRFIIFLFILL     237             15           75NUC       LSFLPSDFF      19        95            VELLSFLPSDFFPSI     42              10           50POL       LSLDVSAAF      19        95            LSWLSLDVSAAFYHI     423             11           55ENV       LSLLVPFVQ      20        100           FSWLSLLVPFVQWFV     333             19           95X         LSLRGLPVC      19        95            GAHLSLRGLPVCAFS     50              18           90POL       LSPFLLAQF      19        95            GVGLSPFLLAQFTSA     507             16           80POL       LSRKYTSFP      17        85            SVVLSRKYTSFPWLL     739             17           85POL       LSSNLSWLS      18        90            TNLLSSNLSWLSLDV     405             18           90ENV       LSVPNPLGF      15        75            GTNLSVPNPLGFFPD     13              14           70POL       LSWLSLDVS      20        100           SSNLSWLSLDVSAAF     409             17           85ENV       LTIPQSLDS      18        90            TRILTIPQSLDSWWT     186             15           75POL       LTNLLSSNL      18        90            LQSLTNLLSSNLSWL     401             18           90ENV       LTRILTIPQ      16        80            FFLLTRILTIPQSLD     182             15           75POL       LVDKNPHNT      20        100           GVFLVDKNPHNTTES     372             11           55NUC       LVSFGVWIR      18        90            LEYLVSFGVWIRTPP     145             14           70表XIXa                                             HBV DR-超基元
                                  核心保守                       在HBV多蛋      示例序     示例列蛋白质    核心序列      核心频率      性(％)      示例序列           白中的位置     列频率     保守性(％)POL       LVVDFSQFS     20            100         ESRLVVDFSQFSRGN    374            9          45NUC       LWFHISCLT     17            85          RQLLWFHISCLTFGR    98             17         85NUC       LWGMDIDPY     17            85          LGWLWGMDIDPYKEF    24             17         85POL       LWKAGILYK     20            100         LHTLWKAGILYKRET    148            18         90NUC       LYREALESP     17            85          ASALYREALESPEHC    34             17         85POL       LYSHPIILG     16            80          KLHLYSHPIILGFRK    489            16         80POL       MDDVVLGAK     18            90          FSYMDDVVLGAKSVQ    536            18         90POL       MGVGLSPFL     16            80          KIPMGVGLSPFLLAQ    503            16         80POL       MPHLLVGSS     17            85          PAAMPHLLVGSSGLS    430            8          40ENV       MQWNSTTFH     16            80          PQAMQWNSTTFHQTL    106            8          40X         MSTTDLEAY     15            75          LSAMSTTDLEAYFKD    100            9          45ENV       MWYWGPSLY     17            85          IWMMWYWGPSLYNIL    369            9          45X         VCAFSSAGP     19            95          GLPVCAFSSAGPCAL    57             18         90POL       VCQRIVGLL     17            85          DWKVCQRIVGLLGFA    618            17         85POL       VFADATPTG     19            95          LCQVFADATPTGWGL    683            19         95ENV       VGLSPTVWL     19            95          QWFVGLSPTVWLSVI    344            14         70POL       VGPLTVNEK     17            85          QQYVGPLTVNEKRRL    93             8          40POL       VHFASPLHV     16            80          PDRVHFASPLHVAWR    816            12         60X         VLCLRPVGA     19            95          ARDVLCLRPVGAESR    12             14         70POL       VLGAKSVQH     19            95          DDVVLGAKSVQHLES    540            16         80X         VLHKRTLGL     17            85          LPKVLHKRTLGLSAM    89             11         55POL       VPNLQSLTN     19            95          KFAVPNLQSLTNLLS    395            19         95NUC       VQASKLCLG     16            80          CPTVQASKLCLGWLW    14             15         75ENV       VRFSWLSLL     16            80          WASVRFSWLSLLVPF    328            13         65POL       VRRAFPHCL     19            95          CSVVRRAFPHCLAFS    523            19         95POL       VSIPWTHKV     20            100         NLNVSIPWTHKVGNF    45             19         95NUC       VWIRTPPAY     19            95          SFGVWIRTPPAYRPP    121            18         90POL       VYVPSALNP     18            90          TSFVYVPSALNPADD    764            16         80NUC       WFHISCLTF     18            90          QLLWFHISCLTFGRE    99             17         85ENV       WFVGLSPTV     19            95          FVQWFVGLSPTVWLS    342            19         95POL       WILRGTSFV     16            80          AANWILRGTSFVYVP    756            14         70NUC       WIRTPPAYR     19            95          FGVWIRTPPAYRPPN    122            19         95POL       WKAGILYKR     20            100         HTLWKAGILYKRETT    149            18         90POL       WLLGCAANW     16            80          SFPWLLGCAANWILR    748            15         75POL       WLSLDVSAA     19            95          NLSWLSLDVSAAFYH    411            17         85ENV       WLSLLVPFV     20            100         RFSWLSLLVPFVQWF    332            20         100POL       WPKFAVPNL     19            95          RVSWPKFAVPNLQSL    390            11         55POL       YMDDVVLGA     18            90          AFSYMDDVVLGAKSV    535            18         90POL       YPALMPLYA     19            95          QCGYPALMPLYACIQ    637            19         95ENV       YQGMLPVCP     18            90          LLDYQGMLPVCPLIP    260            10         50NUC       YRPPNAPIL     20            100         PPAYRPPNAPILSTL    129            19         95ENV       YRWMCLRRF     19            95          CPGYRWMCLRRFIIF    232            19         95POL       YSHPIILGF     16            80          LHLYSHPIILGFRKI    490            16         80POL       YSLNFMGYV     15            75          RWGYSLNFMGYVIGS    588            11         55POL       YVPSALNPA     18            90          SFVYVPSALNPADDP    765            16         80ENV       FFCLWVYIZ     20                                           382ENV       MGTNLSVPN     15                                           12表XIXB                                    HBV DR-超基元及结合数据核心序列     示例序列           DR1       DR2w2β1    DR2w2β2    DR3      DR4w4    DR4w15    DR5w11    DR5w12    DR6w19    DR7       DR8w2     0R9       Drw53FAAPFTQCG    LLGFAAPFTQCGYPAFADATPTGW    CQVFADATPTGWGLA                                                        0.2800FAVPNLQSL    WPKFAVPNLQSLTNL    0.0007                0.0013               0.0023             0.0002                        0.0008                        0.0180FGRETVLEY    CLTFGRETVLEYLVSFGVEPSGSG    RRSFGVEPSGSGHIDFHISCLTFG    LLWFHISCLTFGRETFHLCLIISC    MQLFHLCLIISCSCPFILLLCLIF    IFLFILLLCLIFLLV    0.0005                                     0.0041                                           0.0018FLFILLLCL    FIIFLFILLLCLIFLFLGPLLVLQ    TSGFLGPLLVLQAGFFLLTRILTI    AGFFLLTRILTIPQS    4.6000    0.0420      0.0190      0.0040   5.3000   0.1500    3.6000    0.0700    0.3700    3.1000    0.2600    1.3000FLLVLLDYQ    CLIFLLVLLDYQGMLFPAGGSSSG    GLYFPAGGSSSGTVNFPDHQLDPA    LGFFPDHQLDPAFGAFPHCLAFSY    RRAFPHCLAFSYMDD    0.0010                0.0010              -0.0009             0.0010                        0.0017FRKIPMGVG    ILGFRKIPMGVGLSPFRKUVNRP     KQCFRKLPVNRPIDW    1.5000    0.0022      0.0210     -0.0006   1.2000   0.8500    0.0130    0.0013    0.0043    0.4000    0.0580    0.0250FSSAGPCAL    VCAFSSAGPCALRFT    0.2100                0.2600               0.0023             0.0003                        0.0200                        0.0150FSWLSLLVP    SVRFSWLSLLVPFVQ    0.9000                                     0.0099                                           0.0037FTFSPTYKA    KQAFTFSPTYKAFLC    0.5300    0.2400      0.1400      0.0090   1.1000   0.2200    0.2400    0.0024    0.0200    0.3300    0.1200    0.5400FTGLYSSTV    VGNFTGLYSSTVPVF    1.7000    0.0100      0.0016               0.0140   0.1700    0.0035              0.0580    0.5800    0.0044    0.3100FTSAICSVV    LAQFTSAICSVVRRA    0.0120    0.0065      0.1500     -0.0009   0.0150   0.0280    0.0076    0.0091    0.0010    0.0280    0.0150    0.0880    0.0190FVGLSPTVW    VQWFVGLSPTVWLSVFVLGGCRHK    LKVFVLGGCRHKLVCFVQWFVGLS    LVPFVQWFVGLSPTV    0.0130    0.6900      0.0140     -0.0013   0.1500   1.4000    0.3800    0.6600    0.0018    0.0092    0.6600    2.5000    2.6000FVYVPSALN    GTSFVYVPSALNPAD    0.3500    0.0140      0.0500     -0.0006   0.3800   0.4100    0.0470   -0.0001    0.0001    0.2700    0.0610    0.3400IDWKVCQRI    NRPIDWKVCQRIVGLIFLFILLLC    RFIIFLFILLLCLIFIFLLVLLDY    LCLIFLLVLLDYQGM    0.0016                0.0060               0.0230             0.0017                        0.0044IGTDNSVVL    AKLIGTDNSVVLSRKIHTAELLAA    PLPIHTAELLAACFA    0.0046                                     0.0490                                          -0.0003IIFLFILLL    RRFIIFLFILLLCLIILLLCLIFL    FLFILLLCLIFLLVLILRGTSFVY    ANWILRGTSFVYVPSILSTLPETT    NAPILSTLPETTVVR    0.0009                0.0009              -0.0007            -0.0002                        0.0005                        0.1600IPIPSSWAF    CTCIPIPSSWAFARFIRTPPAYRP    GVWIRTPPAYRPPNA    0.3700    0.0420      7.2000      0.0120   3.4000   0.5700    0.4800    0.0140   -0.0004    0.2200    0.5300    0.0450LAACFARSR    AELLAACFARSRSGALAFSYMDDV    PHCLAFSYMDDVVLGLAQFTSAIC    PFLLAQFTSAICSVV    0.1800    0.0270      0.0042     -0.0013   0.0800   0.1200    0.0120    0.0016    0.0800    0.0770    0.0580    0.0590LCLGWLWGM    ASKLCLGWLWGMDID    0.0002               -0.0005               0.0017            -0.0002                        0.0013                        0.0010LCLIFLLVL    ILLLCLIFLLVLLDY    0.0026                0.0069               0.0320             0.0018                        0.0047LCLRPVGAE    RDVLCLRPVGAESRGLCQVFADAT    RPGLCQVFADATPTGLDSWWTSLN    PQSLDSWWTSLNFLGLDTASALYR    RDLLDTASALYREAL    0.0001                                     0.0092                                           0.0770LDVSAAFYH    WLSLDVSAAFYHIPLLDYQGMLPV    LVLLDYQGMLPVCPL    0.0034                                    -0.0013                                           0.0011LEEELPRLA    AGPLEEELPRLADEG                                      0.0022LFILLLCLI    IIFLFILLLCLIFLL表XIXB                                                         HBV DR-超基元及结合数据核心序列         示例序列          DR1     DR2w2β1  DR2w2β2  DR3     DR4w4 DR4w15   DR5w11  DR5w12   DR6w19   DR7     DR8w2   DR9     DRw53LGAKSVQHL        DVVLGAKSVQHLESLLGFAAPFTQ        VGLLGFAAPFTQCGY   0.0470  0.3100    0.0008           -0.0014         -0.0004          -0.0001  0.0014          0.5700LGFRKIPMG        PIILGFRKIPMGVGLLGNLNVSIP        DLNLGNLNVSIPWTH   0.0038                              0.0240                                                   0.0010LGPLLVLQA        SGFLGPLLVLQAGFFLHPAAMPHL        HLPLHPAAMPHLLVGLIFLLVLLD        LLCLIFLLVLLDYQGLKLIMPARF        KRRLKLIMPARFYPNLKVFVLGGC        EIRLKVFVLGGCRHKLLAQFTSAI        SPFLLAQFTSAICSV   0.1200  0.0200    0.0085   -0.0013  0.0740  0.0190  -0.0002 -0.0013  0.0540  0.0330  0.0014  0.0380  0.2000LLDTASALY        IRDLLDTASALYREALLGCAANWI        FPWLLGCAANWILRGLLGFAAPFT        IVGLLGFAAPFTQCG   0.0200           -0.0005            -0.0007         -0.0002                  0.0009                  0.0067LLGWSPQAQ        HGGLLGWSPQAQGILLLLCLIFLL        LFILLLCLIFLLVLLLLSFLPSDF        SVELLSFLPSDFFPSLLSLGIHLN        TNFLLSLGIHLNPNK   3.5000  0.0410    0.1200             0.0220  0.0360  0.0053          0.0160  0.2200   0.0032 0.3800LLSSNLSWL        LTNLLSSNLSWLSLD   0.0010            0.0083             0.0160          0.0013                  0.0019                  0.0200LLTRILTIP        GFFLLTRILTIPQSL   0.4300  0.0150    0.0110             3.1000  0.4500  2.3000          0.0780  3.5000   1.6000 0.5500LLVLQAGFF        LGPLLVLQAGFFLLTLLVPFVQWF        WLSLLVPFVQWFVGLLLWFHISCL        IRQLLWFHISCLTFGLMPLYACIQ        YPALMPLYACIQSKQ   0.2400                               0.0014                                  0.0011LNLGNLNVS        AEDLNLGNLNVSIPW   0.0001           -0.0005             -0.0007         -0.0002                 -0.0003                 0.0170LNPNKTKRW        GIHLNPNKTKRWGYSLNRRVAEDL        DEGLNRRVAEDLNLGLNVSIPWTH        LGNLNVSIPWTHKVGLPETTVVRR        LSTLPETTVVRRRGRLPIFFCLWV        LPLLPIFFCLVYYIZLPIHTAELL        VAPLPIHTAELLAACLPVNRPIDW        FRKLPVNRPIDWKVCLQFRNSKPC        CWWLQFRNSKPCSDYLRGLPVCAF        HLSLRGLPVCAFSSA   1.3000                               0.0028                                0.0130LRPVGAESR        VLCLRPVGAESRGRPLRQAILCWG        HTALRQAILCWGELMLRRFIIFLF        WMCLRRFIIFLFILLLSFLPSDFF        VELLSFLPSDFFPSILSLDVSAAF        LSWLSLDVSAAFYHILSLLVPFVQ        FSWLSLLVPFVQWFVLSLRGLPVC        GAHLSLRGLPVCAFS   0.7800            0.0042    -0.0041 0.0011           0.0025                0.0077                    0.0150LSPFLLAQF        GVGLSPFLLAQFTSALSRKYTSFP        SVVLSRKYTSFPWLL   0.0005            0.0057    0.2100  -0.0016          0.5300                0.0130LSSNLSWLS        TNLLSSNLSWLSLDV   0.0016           -0.0005             0.1300          0.0006                0.0019                    0.0410LSVPNPLGF        GTNLSVPNPLGFFPDLSWLSLDVS        SSNLSWLSLDVSAAF   0.1400  0.0030   -0.0005    1.5000   0.2700          0.0046 0.0180  0.1000 0.0039   0.0460 0.0110    6.2000LTIPQSLDS        TRILTIPQSLDSWWTLTNLLSSNL        LQSLTNLLSSNLSWL   2.5000  0.4400    0.0200     -0.0013 4.8000  0.8100  0.0680 0.7500  0.0260 0.1500   0.0880 0.1100LTRILTIPQ        FFLLTRILTIPQSLDLVDKNPHNT        GVFLVDKNPHNTTESLVSFGWIR         LEYLVSFGVWIRTPP表XIXB                                           HBV DR-超基元及结合数据核心序列         示例序列              DR1       DR2w2β1      DR2w2β2       DR3        DR4w4     DR4w15    DR5w11      DR5w12       DR6w19    DR7       DR8w2     DR9       DRw53LVVDFSQFS        ESRLVVDFSQFSRGN       0.0007    0.0074       -0.0010         2.6000                        -0.0004                   0.0040   -0.0014    0.0029LWFHISCLT        RQLLWFHISCLTFGR       0.0002                  0.0009                    0.0140              0.0011                             0.0061                        0.0096LWGMDIDPY        LGWLWGMDIDPYKEF       0.0004                  0.0006         0.0200     0.0280             -0.0002                             0.0004                        0.0430LWKAGILYK        LHTLWKAGILYKRETLYREALESP        ASALYREALESPEHCLYSHPIILG        KLHLYSHPIILGFRKMDDVVLGAK        FSYMDDVVLGAKSVQMGVGLSPFL        KIPMGVGLSPFLLAQMPHLLVGSS        PAAMPHLLVGSSGLSMQWNSTTFH        PQAMQWNSTTFHQTL       0.0012                                            0.0300                                                 0.1200MSTTDLEAY        LSAMSTTDLEAYFKDMWYWGPSLY        IWMMWYWGPSLYNILVCAFSSAGP        GLPVCAFSSAGPCALVCQRIVGLL        DWKVCQRIVGLLGFA       0.0120                 -0.0026                    0.0030              0.2500                             0.0018                        0.0130VFADATPTG        LCQVFADATPTGWGL       0.0020                                            0.9600                                                 0.0013VGLSPTVWL        QWFVGLSPTVWLSVIVGPLTVNEK        QQYVGPLTVNEKRRLVHFASPLHV        PDRVHFASPLHVAWR       0.0510    0.0290        0.0008                    0.0008    0.0054    0.0008                   0.0190    0.0810    0.0035    0.2400VLCLRPVGA        ARDVLCLRPVGAESRVLGAKSVQH        DDVVLGAKSVQHLESVLHKRTLGL        LPKVLHKRTLGLSAMVPNLQSLTN        KFAVPNLQSLTNLLS       0.0180    0.0005       -0.0003                    0.1300              0.0043                   0.0088   -0.0003              0.0056VQASKLCLG        CPTVQASKLCLGWLWVRFSWLSLL        WASVRFSWLSLLVPFVRRAFPHCL        CSVVRRAFPHCLAFS       0.1000    0.1024        0.0770         0.0032     0.0016   -0.0022    0.0008     -0.0013       0.0540    0.0590    0.0250    1.2000    0.0460VSIPWTHKV        NLNVSIPWTHKVGNF       0.0001                 -0.0005        -0.0041    -0.0007             -0.0002                             0.0005                        0.0009VWIRTPPAY        SFGVWIRTPPAYRPP       0.0094    0.0110        0.4300        -0.0009     0.0780    0.0630    0.0260      0.0071       0.0002    0.0240    0.2500    0.0800    0.0016VYVPSALNP        TSFVYVPSALNPADDWFHISCLTF        QLLWFHISCLTFGREWFVGLSPTV        FVQWFVGLSPTVWLS       0.4700    0.0035        0.0160        -0.0013     0.0130              0.0072      0.0021       0.0190    0.0690    0.0180    0.0410    0.0044WILRGTSFV        AANWILRGTSFVYVP       0.0920    0.0240        0.0061         0.0023     0.0510    0.0250    0.0140      0.3700       0.0250    0.5800    0.2500    0.2700WIRTPPAYR        FGVWIRTPPAYRPPNWKAGILYKR        HTLWKAGILYKAETTWLLGCAANW        SFPWLLGCAANWILRWLSLDVSAA        NLSWLSLDVSAAFYH       0.1400    0.0003       -0.0005         1.3000     0.2900              0.0033      0.0022       0.0330    0.0041    0.0150    0.0620    2.4000WLSLLVPFV        RFSWLSLLVPFVQWF       0.0430                  0.0009                   -0.0007              0.0002                             0.0005                        0.0031WPKFAVPNL        RVSWPKFAVPNLQSLYMDDVVLGA        AFSYMDDVVLGAKSV       0.0027                 -0.0005         0.0130     2.9000              0.0006                            -0.0003                       -0.0005YPALMPLYA        QCGYPALMPLYACIQ       0.0062                  0.0018                    0.0068              0.0023                             0.0006YQGMLPVCP        LLDYQGMLPVCPLIPYRPPNAPIL        PPAYRPPNAPILSTL       0.0056                 -0.0005                    0.0038              0.0022                             0.0024                        0.0015YRWMCLRRF        CPGYRWMCLRRFIIFYSHPIILGF        LHLYSHPIILGFRKI       0.0220    0.0340        0.0400         0.0040     0.6800    0.1600    0.0410      0.0310       0.0002    0.0006    0.0610    0.0490YSLNFMGYV        RWGYSLNFMGYVIGSYVPSALNPA        SFVYVPSALNPADDPFFCLWVYIZMGTNLSVPN表XXa                                    HBV DR-3A基元蛋白质 核心序列     核心频率  核心保守性(％)    示例序列           在多蛋白中的位置       示例序列频率    示例序列保守性(％)ENV    FFPDHQLDP    19        95                PLGFFPDHQLDPAFG    10                     9               95NUC    FGRETVLEY    15        75                CLTFGRETVLEYLVS    136                    14              75POL    FGVEPSGSG    15        75                RRSFGVEPSGSGHID    241                    6               75POL    FLVDKNPHN    20        100               GGVFLVDKNPHNTTE    360                    11              100POL    IGTDNSVVL    16        80                AKLIGTDNSVVLSRK    731                    13              80POL    LEEELPRLA    18        90                AGPLEEELPRLADEG    18                     13              90POL    LPLDKGIKP    20        100               TKYLPLDKGIKPYYP    120                    20              100POL    LSLDVSAAF    19        95                LSWLSLDVSAAFYHI    412                    11              95POL    LVVDFSQFS    20        100               ESRLVVDFSQFSRGN    374                    9               100NUC    LYREALESP    17        85                ASALYREALESPEHC    34                     17              85NUC    MDIDPYKEF    17        85                LWGMDIDPYKEFGAS    27                     9               85POL    VAEDLNLGN    20        100               NRRVAEDLNLGNLNV    34                     17              100POL    VFADATPTG    19        95                LCQVFADATPTGWGL    683                    19              95ENV    VLLDYQGML    19        95                FLLVLLDYQGMLPVC    256                    18              95POL    YMDDVVLGA    18        90                AFSYMDDVVLGAKSV    535                    18              90表XXb                                                                HCV DR 3A基元核心序列      示例序列            DR1   DR2w2β1  DR2w2β2  DR3  DR4w4  DR4w15  DR5w11  DR5w12  DR6w19  DR7      DR8W2  DR9  DRW53FFPDHQLDP     PLGFFPDHQLDPAFGFGRETVLEY     CLTFGRETVLEYLVSFGVEPSGSG     RRSFGVEPSGSGHIDFLVDKNPHN     GGVFLVDKNPHNTTE                               0.0790IGTDNSVVL     AKLIGTDNSVVLSRKLEEELPRLA     AGPLEEELPRLADEG                               0.0022LPLDKGIKP     TKYLPLDKGIKPYYP                               -0.0017LSLDVSAAF     LSWLSLDVSAAFYHILVVDFSQFS     ESRLVVDFSQFSRGN     0.0007 0.0074    -0.0010  2.6000                       -0.0004 0.4000  -0.0014 0.0029LYREALESP     ASALYREALESPEHCMDIDPYKEF     LWGMDIDPYKEFGASVAEDLNLGN     NRRVAEDLNLGNLNV                               0.1400VFADATPTG     LCQVFADATPTGWGL     0.0020                                 0.9600                          0.0013VLLDYQGML     FLLVLLDYQGMLPVC                               0.0170YMDDVVLGA     AFSYMDDVVLGAKSV     0.0027            -0.0005 0.0130       2.9000         0.0006           -0.0003           -0.0005表XXc                                       HBV DR-3B基元蛋白质    核心序列     核心频率    核心保守    示例序列           在HBV多蛋      示例序     示例序列
                               性(％)                         白中的位置     列频率X         AHLSLRGLP    18          90          DHGAHLSURGLPVCA    48             18         90.00POL       FSPTYKAFL    19          95          AFTFSPTYKAFLCKQ    655            11         55.00PDL       IPWTHKVGN    20          100         NVSIPWTHKVGNFTG    47             20         100.00POL       LTVNEKRRL    17          85          VGPLTVNEKRRUKLI    96             12         60.00X         VGAESRGRP    19          95          LRPVGAESRGRPVSG    18             7          35.00POL       VVLSRKYTS    18          90          DNSVVLSRKYTSFPW    737            17         85.00表XXd                                           HBV DR-3B基元及结合信息核心序列       示例序列          DR1   DR2w2β1 DR2w2β2 DR3  DR4w4  DR4w15  DR5w11  DR5w12  DR6w19  DR7    DR8w2  DR9  DRw53AHLSLRGLP      DHGAHLSLRGLPVCAFSPTYKAFL      AFTFSPTYKAFLCKQ                           0.0035IPWTHKVGN      NVSIPWTHKVGNFTGLTVNEKRRL      VGPLTVNEKRRLKLI   0.0006 0.0022  0.0047   2.2000              0.0030          0.0009  -0.0014 0.0092VGAESRGRP      LRPVGAESRGRPVSG                           -0.0017VVLSRKYTS      DNSVVLSRKYTSFPW表XXI人群覆盖度及组合的HLA超型
                                   表型频率
                        白种人    北美黑人    日本人  中国人  西班牙人    平均值HLA超型a.单个超型A2                          45.8      39.0        42.4    45.9    43.0        43.2A3                          37.5      42.1        45.8    52.7    43.1        44.2B7                          38.6      52.7        48.8    35.5    47.1        44.7A1                          47.1      16.1        21.8    14.7    26.3        25.2A24                         23.9      38.9        58.6    40.1    38.3        40.0B44                         43.0      21.2        42.9    39.1    39.0        37.0B27                         28.4      26.1        13.3    13.9    35.3        23.4B62                         12.6      4.8         36.5    25.4    11.1        18.1B58                         10.0      25.1        1.6     9.0     5.9         10.3b.组合的超型A2，A3，B7                  83.0      86.1        87.5    88.4    86.3        86.2A2，A3，B7，A24，B44，A1    99.5      98.1        100.0   99.5    99.4        99.3A2，A3，B7，A24，B44，A1，  99.9      99.6        100.0   99.8    99.9        99.8B27，B62，B58表XXII                                   HBV类似物AA    序列                    A1       A2         A3        A24      B7        一级固定       类似物
               修整名称   基元     超基元     超基元    基元     超基元    残基修整10    CILLLCLIFL              N        Y          N         N         N        No             A9     RMTGGVFLV    VM2.V9     N        Y          N         N         N        1              A9     LMPFVQWFV    VM2.V9     N        Y          N         N         N        1              A9     RLTGGVFLV    VL2.V9     N        Y          N         N         N        1              A9     GLCQVFADV    L2.AV9     N        Y          N         N         N        1              A9     WLLRGTSFV    IL2.V9     N        Y          N         N         N        1              A9     NLGNLNVSV    L2.IV9     N        Y          N         N         N        1              A9     YLPSALNPV    VL2.AV9    N        Y          N         N         N        1              A9     GLWIRTPPV    VL2.AV9    N        Y          N         N         N        1              A9     RLSWPKFAV    VL2.V9     N        Y          N         N         N        1              A9     ILGLLGFAV    VL2.AV9    N        Y          N         N         N        1              A9     RMLTIPQSV    IM2.LV9    N        Y          N         N         N        1              A9     SLDSWWTSV    L2.LV9     N        Y          N         N         N        1              A10    FMLLLCLIFL   IM2.L10    N        Y          N         Y         N        1              A10    LMLQAGFFLV   VM2.LV     N        Y          N         N         N        1              A10    SMLSPFLPLV   IM2.LV1    N        Y          N         N         N        1              A10    LMLLDYQGMV   VM2.LV     N        Y          N         N         N        1              A10    FLGLSPTVWV   VL2.LV1    N        Y          N         N         N        1              A8     FPAAMPHL                N        N          N         N         Y                       A8     HPFAMPHL                N        N          N         N         Y                       A8     HPAAMPHI                N        N          N         N         Y                       A8     FMFSPTYK                N        N          Y         N         N                       A8     FVFSPTYK                N        N          Y         N         N                       A9     FLLTRILTV    L2.IV9     N        Y          N         N         N        1              A9     ALMPLYACV    L2.IV9     N        Y          N         N         N        1              A9     LLAQFTSAV    L2.IV9     N        Y          N         N         N        1              A9     LLPFVQWFV    VL2.V9     N        Y          N         N         N        1              A9     FLLAQFTSV    L2.AV9     N        Y          N         N         N        1              A9     KLHLYSHPV    L2.IV9     N        Y          N         N         N        1              A9     KLFLYSHPI               N        Y          N         N         No                      A9     LLSSNLSWV    L2.LV9     N        Y          N         N         N        1              A9     FLLSLGIHV    L2.LV9     N        Y          N         N         N        1              A9     MMWYWGPSV    M2.LV9     N        Y          N         N         N        1              A9     VLQAGFFLV    L2.LV9     N        Y          N         N         N        1              A9     PLLPIFFCV    L2.LV9     N        Y          N         N         N        1              A9     FLLPIFFCL               N        Y          N         N         N        No             A9     VLLDYQGMV    L2.LV9     N        Y          N         N         N        1              A9     YMFDVVLGA               N        Y          N         N         N        No             A9     GLLGWSPQV    L2.AV9     N        Y          N         N         N        1              A9     FPAAMPHLL               N        N          N         N         Y                       A9     HPFAMPHLL               N        N          N         N         Y                       A9     HPAAMPHLI               N        N          N         N         Y                       A表XXII                                   HBV类似物AA   序列                        A1      A2       A3     A24     B7         一级固定      类似物
                修整名称     基元    超基元   基元   基元    超基元     残基修整9    FPVCAFSSA                   N       N        N      N        Y                       A9    LPFCAFSSA                   N       N        N      N        Y                       A9    LPVCAFSSI                   N       N        N      N        Y                       A9    FPALMPLYA                   N       N        N      N        Y                       A9    YPFLMPLYA                   N       N        N      N        Y                       A9    YPALMPLYI                   N       N        N      N        Y                       A9    FPSRGRLGL                   N       N        N      N        Y                       A9    DPFRGRLGL                   N       N        N      N        Y                       A9    DPSRGRLGI                   N       N        N      N        Y                       A9    SMICSVVRR                   N       N        Y      N        N                       A9    SVICSVVRR                   N       N        Y      N        N                       A9    KVGNFTGLK                   N       N        Y      N        N                       A9    KVGNFTGLR                   N       N        Y      N        N                       A9    VVFFSQFSR                   N       N        Y      N        N                       A9    SVNRPIDWK                   N       N        Y      N        N                       A9    TLWKAGILK                   N       N        Y      N        N                       A9    TLWKAGILR                   N       N        Y      N        N                       A9    TMWKAGILY                   Y       N        Y      N        N                       A9    TVWKAGILY                   N       N        Y      N        N                       A9    RMYLHTLWK                   N       N        Y      N        N                       A9    RVYLHTLWK                   N       N        Y      N        N                       A9    AMTFSPTYK                   N       N        Y      N        N                       A9    SVVRRAFPR                   N       N        Y      N        N                       A9    SVVRRAFPK                   N       N        Y      N        N                       A9    SAIXSVVRR                   N       N        Y      N        N                       A9    LPVXAFSSA                   N       N        N      N        Y                       A10   FLLAQFTSAV     L2.IV10      N       Y        N      N        N         1             A10   YLFTLWKAGI                  N       Y        N      N        N         No            A10   YLLTLWKAGI                  N       Y        N      N        N         No            A10   LLFYQGMLPV                  N       Y        N      N        N         No            A10   LLLYQGMLPV                  N       Y        N      N        N         No            A10   LLVLQAGFFV     L2.LV10      N       Y        N      N        N         1             A10   ILLLCLIFLV     L2.LV10      N       Y        N      N        N         1             A10   FPFCLAFSYM                  N       N        N      N        Y                       A10   FPHCLAFSYI                  N       N        N      N        Y                       A10   FPARVTGGVF                  N       N        N      N        Y                       A10   TPFRVTGGVF                  N       N        N      N        Y                       A10   TPARVTGGVI                  N       N        N      N        Y                       A10   FPCALRFTSA                  N       N        N      N        Y                       A10   GPFALRFTSA                  N       N        N      N        Y                       A10   GPCALRFTSI                  N       N        N      N        Y                       A10   FPAAMPHLLV                  N       N        N      N        Y                       A表XXII                               HBV类似物AA    序列                 A1     A2       A3       A24     B7         一级固定    类似物
             修整名称  基元   超基元   超基元   基元    超基元     残基修整10    HPFAMPHLLV           N      N        N        N       Y                       A10    HPAAMPHLLI           N      N        N        N       Y                       A10    QMFTFSPTYK           N      N        Y        N       N                       A10    QVFTFSPTYK           N      N        Y        N       N                       A10    TMWKAGILYK           N      N        Y        N       N                       A10    TVWKAGILYK           N      N        Y        N       N                       A10    VMGGVFLVDK           N      N        Y        N       N                       A10    VVGGVFLVDK           N      N        Y        N       N                       A10    SMLPETTVVR           N      N        Y        N       N                       A10    SVLPETTVVR           N      N        Y        N       N                       A10    TMPETTVVRR           N      N        Y        N       N                       A10    TVPETTVVRR           N      N        Y        N       N                       A10    HTLWKAGILK           N      N        Y        N       N                       A10    HTLWKAGILR           N      N        Y        N       N                       A10    HMLWKAGILY           Y      N        Y        N       N                       A10    HVLWKAGILY           N      N        Y        N       N                       A10    GMDNSVVLSR           N      N        Y        N       N                       A10    GVDNSVVLSR           N      N        Y        N       N                       A10    GTFNSVVLSR           N      N        Y        N       N                       A10    YMFDVVLGAK           N      N        Y        N       N                       A10    MMWYWGPSLK           N      N        Y        N       N                       A10    MMWYWGPSLR           N      N        Y        N       N                       A9     ILLLXLIFL            N      Y        N        N       N                       A9     LLLXLIFLL            N      Y        Y        N       N                       A9     LLXLIFLLV            N      Y        Y        N       N                       A9     PLLPIFFXL            N      Y        N        N       N                       A9     ALMPLYAXI            N      Y        N        N       N                       A9     GLXQVFADA            N      Y        N        N       N                       A9     HISXLTFGR            N      N        Y        N       N                       A9     FVLGGXRHK            N      N        Y        N       N                       A10    FILLLXLIFL           N      Y        N        N       N                       A10    ILLLXLIFLL           N      Y        N        N       N                       A10    LLLXLIFLLV           N      Y        N        N       N                       A10    LLPIFFXLWV           N      Y        N        N       N                       A10    QLLWFHISXL           N      Y        N        N       N                       A10    LLGXAANWIL           N      Y        N        N       N                       A10    TSAIXSVVRR           N      N        Y        N       N                       A10    GYRWMXLRRF           N      N        N        Y       N                       A10    GPXALRFTSA           N      N        N        N       Y                       A10    FPHXLAFSYM           N      N        N        N       Y                       A11    HMLWKAGILYK          N      N        Y        N       N                       A11    HVLWKAGILYK          N      N        Y        N       N                       A表XXII                                    HBV类似物AA    序列                       A1      A2      A3         A24      B7        一级固定    类似物
                  修整名称  基元    超基元   超基元    基元      超基元    残基修整11    SMLPETTVVRR               N       N        Y         N         N                     A11    SVLPETTVVRR               N       N        Y         N         N                     A11    GMDNSVVLSRK               N       N        Y         N         N                     A11    GVDNSVVLSRK               N       N        Y         N         N                     A11    GTFNSVVLSRK               N       N        Y         N         N                     A8     MPLSYQHI                  N       N        N         N         Y                     A8     LPIFFCLI                  N       N        N         N         Y                     A8     SPFLLAQI                  N       N        N         N         Y                     A8     YPALMPLI                  N       N        N         N         Y                     A8     VPSALNPI                  N       N        N         N         Y                     A9     LPIFFCLWI                 N       N        N         N         Y                     A9     LPIHTAELI                 N       N        N         N         Y                     A10    VPFVQWFVGI                N       N        N         N         Y                     A11    NPLGFFPDHQI               N       N        N         N         Y                     A11    LPIHTAELLAI               N       N        N         N         Y                     A9     FLPSYFPSA       L2.FY5.   N       Y        N         N         N         Rev3        A10    YLHTLWKAGV      L2.IV10   N       Y        N         N         N         1           A11    STLPETYVVRR               N       N        Y         N         N                     A9     YMDDVVLGV       M2.AV9    N       Y        N         N         N         1           A9     FPIPSSWAF                 N       N        N         N         Y                     A9     IPITSSWAF                 N       N        N         N         Y                     A9     IPILSSWAF                 N       N        N         N         Y                     A9     FPVCLAFSY                 N       N        N         N         Y                     A9     FPHCLAFAY                 N       N        N         N         Y                     A9     FPHCLAFSL                 N       N        N         N         Y                     A9     IPIPMSWAF                 N       N        N         N         Y                     A9     FPHCLAFAL                 N       N        N         N         Y                     A10    FLPSZFFPSV                N       Y        N         N         N         No          A10    FLPSZFFPSV                N       Y        N         N         N         No          A9     IPFPSSWAF                 N       N        N         N         Y                     A9     IPIPSSWAI                 N       N        N         N         Y                     A9     FPFCLAFSY                 N       N        N         N         Y                     A9     FPHCLAFSI                 N       N        N         N         Y                     A9     FPHCLAFSA                 N       N        N         N         Y                     A10    FQPSDYFPSV                N       Y        N         N         N         Rev         A9     YLLTRILTI                 N       Y        N         N         N                     A9     FLYTRILTI                 N       Y        N         N         N                     A9     FLLTYILTI                 N       Y        N         N         N                     A9     FLLTRILYI                 N       Y        N         N         N                     A11    FLPSDFFPSVR               N       N        Y         N         N                     A9     FLPSDFFPS                 N       N        N         N         N                     A8     FLPSDFFP                  N       N        N         N         N                     A表XXII                                       HBV类似物AA        序列                         A1      A2        A3        A24     B7        一级固定     类似物
                    修整名称      基元     超基元    超基元    基元    超基元    残基修整10        FLPSDFFPSI    L2.VI10       N        Y         N         N       N         Rev          A10        FLPSDYFPSV                  N        Y         N         N       N         No           A12        YSFLPSDFFPSV                N        N         N         N       N                      A10        YNMGLKFRQL                  N        N         N         N       N                      A9         NMGLKYRQL                   N        Y         N         Y       N         No           A10        FLPS(X)YFPSV                N        N         N         N       N                      A10        FLPSD(X)FPSV                N        N         N         N       N                      A11        FLPSDLLPSVR                 N        N         Y         N       N                      A12        FLPSDFFPSVRD                N        N         N         N       N                      A12        LSFLPSDFFPSV                N        N         N         N       N                      A11        SFLPSDFFPSV                 N        N         N         N       N                      A8         PSDFFPSV                    N        N         N         N       N                      A9         FLMSYFPSV                   N        Y         N         N       N         No           A9         FLPSYFPSV     L2.FY5.       N        Y         N         N       N         3            A10        FLMSDYFPSV                  N        Y         N         N       N         No           A11        CILLLCLIFLL                 N        Y         N         N       N         No           A10        FLPNDFFPSA    L2.SN4.       N        Y         N         N       N         Rev          A10        FLPDDFFPSA    L2.SD4.       N        Y         N         N       N         Rev          A10        FLPNDFFPSV                  N        Y         N         N       N         No           A10        FLPSDFFPSA    L2.VA10       N        Y         N         N       N         Rev          A10        FLPDDFFPSV                  N        Y         N         N       N         No           A10        FLPADFFPSV                  N        Y         N         N       N         No           A10        FLPVDFFPSV                  N        Y         N         N       N         No           A10        FLPADFFPSI    L2.SA4.       N        Y         N         N       N         Rev          A10        FLPVDFFPSI    L2.SV4.       N        Y         N         N       N         Rev          A10        FLPSDAFPSV                  N        Y         N         N       N         No           A10        FLPSAFFPSV                  N        Y         N         N       N         No           A10        FLPSDFAPSV                  N        Y         N         N       N         No           A10        FLPSDFFASV                  N        Y         N         N       N         No           A10        FLPSDFFPAV                  N        Y         N         N       N         No           A10        FLASDFFPSV                  N        Y         N         N       N         No           A10        FAPSDFFPSV    LA2.V10       N        Y         N         N       N         Rev          A10        ALPSDFFPSV                  N        Y         N         N       N         No           A10        YLPSDFFPSV                  N        Y         N         N       N         No           A10        FMPSDFFPSV    LM2.V1        N        Y         N         N       N         1            A10        FLKSDFFPSV                  N        Y         N         N       N         No           A10        FLPSEFFPSV                  N        Y         N         N       N         No           A10        FLPSDFYPSV                  N        Y         N         N       N         No           A10        FLPSDFFKSV                  N        Y         N         N       N         No           A10        FLPSDFFPKV                  N        Y         N         N       N         No           A
      FLPSDFFPSV(CONH2)
      VLEYLVSFGV(NH2)表XXII                                          HBV类似物AA    序列                               A1      A2        A3        A24     B7         一级固定   类似物
                       修整名称     基元     超基元    超基元    基元    超基元     残基修整
  ATVELLSFLPSDFFPSV-NH2
  TVELLSFLPSDFFPSV-NH2
  VELLSFLPSDFFPSV-NH2
  ELLSFLPSDFFPSV-NH2
  LLSFLPSDFFPSV-NH2
  LSFLPSDFFPSV-NH2
  SFLPSDFFPSV-NH2
  FLPSDFFPSV-NH2
  LPSDFFPSV-NH2
  PSDFFPSV-NH2
  FLPSDFFPS-NH2
  FLPSDFFP-NH2
  FLPSDFF-NH2
  ALPSDFFPSV-NH2
  SLNFLGGTTV(NH2)
  FLPSDFFPSVR-NH2
  ALFKDWEEL
  VLGGSRHKL
  KIKESFRKL
  ALMPLYASI
  FLSKQYLNL
  LLGSAANWI
  NLNNLNVSI
  IIKKSEQFV
  ALSLIVNLL
   RIPRTPRSV表XXIII：HBV来源肽的免疫原性
                                                                 免疫原性超基元       肽         序列          蛋白质         XRN    原代     转基因    患者       总体A2超基元     924.07     FLPSDFFPSV    HBV core 18    5      10/10    6/6       25/32a    +
         1069.06    LLVPFVQWFV    HBV env 338    5      3/4      6/9                  +
         1147.13    FLLAQFTSAI    HBV pol 513    5               0/3                  unk
         1090.77    YMDDVVLGV     HBV pol 538    5               9/9                  +
         777.03     FLLTRILTI     HBV env 183    4                         14/23a    +
         927.15     ALMPLYACI     HBV pol 642    4      10/12    3/5       2/15a     +
         1013.01    WLSLLVPFV     HBV env 335    4      2/6      5/9       23/29a    +
         1069.05    LLAQFTSAI     HBV pol 504    4      0/4      0/5                  unk
         1132.01    LVPFVQWFV     HBV env 339    4      0/3      0/4                  unk
         1147.14    VLLDYQGMLPV   HBV env 259    4      4/4      6/6                  +
         927.41     LLSSNLSWL     HBV pol 992    3      0/4      0/3                  unk
         927.42     NLSWLSLDV     HBV pol 411    3      2/8                           +
         927.46     KLHLYSHPI     HBV pol 489    3      0/4      4/6                  +
         1069.07    FLLAQFTSA     HBV pol 503    3      1/2      0/3                  +
         1168.02    GLSRYVARL     HBV Pol 455    3                         9/13a     +A2超基元     927.11     FLLSLGIHL     HBV pol 562    2      15/22    12/13     9/15a     +
         927.47     HLYSHPIIL     HBV pol 1076   2               10/14                +
         1039.03    MMWYWGPSL     HBV env 360    2      3/4      0/4                  +
         1069.12    YLHTLWKAGV    HBV pol 147    2      2/4                           +
         1137.02    LLDYQGMLPV    HBV env 260    2      1/2      0/4                  +
         1142.07    GLLGWSPQA     HBV env 62     2      3/4      5/6                  +
         1.0573     ILRGTSFVYV    HBV pol 773    1                         3/7b      +
         1013.14    VLQAGFFLL     HBV env 177    1      0/4      5/12                 +
         1069.10    LLPIFFCLWV    HBV env 378    1      3/3      0/4       2/5c      +
         1069.13    PLLPIFFCL     HBV env 377    1      0/4      7/12                 +
         1090.06    LLVLQAGFFL    HBV env 175    1      1/5      0/4                  +
         1090.12    YLVSFGVWI     HBV nuc 118    1      9/9                           +
         1.0518     GLSPTVWLSV    HBV env 338    1                         3/9c      +
         1090.14    YMDDVVLGA     HBV pol 538    1      2/7      2/5       2/7b      +A3超基元     1147.16    HTLWKAGILYK   HBV POL 149    5      0/6      3/3       1/22       +
        1083.01    STLPETTVVRR    HBV core 141       4    3/5    6/6    8/32    +
        1150.51    GSTHVSWPK      HBV pol 398        4           3/6            +
        1.0219     FVLGGCRHK      HBV adr＂X＂1550   3    0/4                   unk
        1069.16    NVSIPWTHK      HBV pol 47         3    0/8    0/3    1/21    +
        1069.20    LVVDFSQFSR     HBV pol 388        3    0/4    6/6    1/22    +
        1090.10    QAFTFSPTYK     HBV pol 665        3    3/6    0/3    3/21    +
        1090.11    SAICSVVRR      HBV pol 531        3    1/4           2/22    +A3超基元    1069.15    TLWKAGILYK     HBV pol 150        2    3/8    0/3    5/28    +
        1142.05    KVGNFTGLY      HBV adr POL 629    2    0/3           2/22    +B7超基元    1147.05    FPHCLAFSYM     HBV POL 530        5    1/3           0/12    +
        988.05     LPSDFFPSV      HBV core 19-27     4                  2/16    +
        1145.04    IPIPSSWAF      HBV ENV 313        4    0/4           1/12    +
        1147.02    HPAAMPHLL      HBV POL 429        4    0/5           0/12    unk
        1147.06    LPVCAFSSA      HBV X 58           4    1/4                   +
        1147.08    YPALMPLYA      HBV POL 640        4                  0/12    unk
        1145.08    FPHCLAFSYM     HBV POL 541        3    0/4                   unkB7超基元    1147.04    TPARVTGGVF     HBV POL 354        2                  2/12    +从原代培养物、急性患者(a-Bertoni et al.，J Clin Invest 100：503，b-Rehermann et al.，J.Clin.Invest97：1655，c-Nayersina et al.，J Immunol 150：4659)或转基因小鼠得到的免疫原性评价。在这些系统之一中观察到应答时给出阳性评价(+)。Unk＝未知
          表XXIV MHC-肽结合试验：细胞系和放射性标记的配体A.I类结合试验
                                                          放射性标记的肽物种   抗原     1等位基因     细胞系           来源                            序列人     A1        A*0101       Steinlin         Hu.J chain 102-110              YTAVVPLVY
   A2        A*0201       JY               HBVc 18-27 F6-＞Y               FLPSDYFPSV
   A2        A*0202       P815(转染的)     HBVc 18-27 F6-＞Y               FLPSDYFPSV
   A2        A*0203       FUN              HBVc 18-27 F6-＞Y               FLPSDYFPSV
   A2        A*0206       CLA              HBVc 18-27 F6-＞Y               FLPSDYFPSV
   A2        A*0207       721.221(转染的)  HBVc 18-27 F6-＞Y               FLPSDYFPSV
   A3                      GM3107           非天然的(A3CONI)                KVFPYALINK
   A11                     BVR              非天然的(A3CON1)                KVFPYALINK
   A24       A*2402       KAS116           非天然的(A24CON1)               AYIDNYNKF
   A31       A*3101       SPACH            非天然的(A3CON1)                KVFPYALINK
   A33       A*3301       LWAGS            非天然的(A3CON1)                KVFPYALINK
   A28/68    A*6801       CIR              HBVc 141-151 T7-＞Y             STLPETYVVRR
   A28/68    A*6802       AMAI             HBV pol 646-654 C4-＞A          FTQAGYPAL
   B7        B*0702       GM3107           A2 sigal seq.5-13(L7-＞Y)       APRTLVYLL
   B8        B*0801       Steinlin         HIVgp 586-593 Y 1-＞F，Q5-＞Y   FLKDYQLL
   B27       B*2705       LG2              R 60s                           FRYNGLIHR
   B35       B*3501       CIR，BVR         非天然的(B35CON2)               FPFKYAAAF
   B35       B*3502       TISI             非天然的(B35CON2)               FPFKYAAAF
   B35       B*3503       EHM              非天然的(B35CON2)               FPFKYAAAF
   B44       B*4403       PITOUT           EF-1G6-＞Y                      AEMGKYSFY
   B51                     KAS116           非天然的(B35CON2)               FPFKYAAAF
   B53       B*5301       AMAI             非天然的(B35CON2)               FPFKYAAAF
   B54       B*5401       KT3              非天然的(B35CON2)               FPFKYAAAF
   Cw4       Cw*0401      C1R              非天然的(C4CON1)                QYDDAVYKL
   Cw6       Cw*0602      721.221转染的    非天然的(C6CON1)                YRHDGGNVL
   Cw7       Cw*0702      721.221转染的    非天然的(C6CON1)                YRHDGGNVL小鼠   Db                     EL4              腺病毒EIA P7-＞Y                SGPSNTYPEI
   Kb                     EL4              VSV NP 52-59                    RGYVFQGL
   Dd                     P815             HIV-IIIB ENV G4-＞Y             RGPYRAFVTI
   Kd                     P815             非天然的(KdCON1)                KFNPMKTYI
   Ld                     P815             HBVs 28-39                      IPOSLDSYWTSLB.II类结合试验
                                                              放射性标记的肽物种    抗原       等位基因           细胞系             来源                       序列人      DR1        DRBI*0101          LG2               HA Y307-319                YPKYVKQNTLKLAT
    DR2        DRB1*1501          L466.1            MBP 88-102Y                VVHFFKNIVTPRTPPY
    DR2        DRB1*1601          L242.5            非天然的(760.16)           YAAFAAAKTAAAFA
    DR3        DRB1*0301          MAT               MT 65kD Y3-13              YKTIAFDEEARR
    DR4w4      DRB1*0401          Preiss            非天然的(717.01)           YARFQSQTTLKQKT
    DR4w10     DRB1*0402          YAR               非天然的(717.10)           YARFQRQTTLKAAA
    DR4w14     DRB1*0404          BIN 40            非天然的(717.01)           YARFQSQTTLKQKT
    DR4w15     DRB1*0405          KT3               非天然的(717.01)           YARFQSQTTLKQKT
    DR7        DRB1*0701          Pitout            Tet.tox.830-843            QYIKANSKFIGITE
    DR8        DRB1*0802          OLL               Tet.tox.830-843            QYIKANSKFIGITE
    DR8        DRB1*0803          LUY               Tet.tox.830-843            QYIKANSKFIGITE
    DR9        DRB1*0901          HID               Tet.tox.830-843            QYIKANSKFIGITE
    DR11       DRB1*1101          Sweig             Tet.tox.830-843            QYIKANSKFIGITE
    DR12       DRB1*1201          Herluf            未知洗脱肽                 EALIHQLKINPYVLS
    DR13       DRB1*1302          H0301             Tet.tox.830-843 S-＞A      QYIKANAKFIGITE
    DR51       DRB5*0101          GM3107 or 1416.3  Tet.tox.830-843            QYIKANAKFIGITE
    DR51       DRB5*0201          L255.1            HA 307-319                 PKYVKQNTLKLAT
    DR52       DRB3*0101          MAT               Tet.tox.830-843            NGQIGNDPNRDIL
    DR53       DRB4*0101          L257.6            非天然的(717.01)           YARFQSQTTLKQKT
    DQ3.1      QA1*0301/DOR1*03  PF                非天然的(ROIV)             AHAAHAAHAAHAAHAA小鼠    IAb                           DB27.4            非天然的(ROIV)             AHAAHAAHAAHAAHAA
    IAd                           A20               非天然的(ROIV)             AHAAHAAHAAHAAHAA
    IAk                           CH-12             HEL 46-61                  YNTDGSTDYGILQINSR
    IAs                           LS102.9           非天然的(ROIV)             AHAAHAAHAAHAAHAA
    IAu                           91.7              非天然的(ROIV)             AHAAHAAHAAHAAHAA
    IEd                           A20               Lambda阻遏蛋白12-26        YLEDARRKKAIYEKKK
    IEk                           CH-12             Lambda阻遏蛋白12-26        YLEDARRKKAIYEKKK表XXV MHC纯化中使用的抗体单克隆抗体                  特异性W6/32                       HLA-class IB123.2                      HLA-B and CIVD12                       HLA-DQLB3.1                       HLA-DRM1/42                       H-2 class I28-14-8S                    H-2Db and Ld34-5-8S                     H-2DdB8-24-3                     H-2KbSF1-1.1.1                   H-2KdY-3                         H-2Kb10.3.6                      H-2IAK14.4.4                      H-2IEd，IEKMKD6                        H-2LAdY3JP                        H-2 IAb，IAs，IAu
              表XXVI：保守HBV来源肽与HLA-A2超型等位基因的体外结合
                                                                    A2超型结合能力(IC50nM)                结合的等肽          AA    分子    第1位      序列        保守性1   A*0201  A*0202   A*0203   A*0206   A*6802   位基因2924.07      10    Core    18         FLPSDFFPSV    95         2.5       2.1       6.0       3.0       36        51069.06     10    ENV     349        LLVPFVQWFV    95         7.5       11        5.9       13        286       51147.13     10    POL     524        FLLAQFTSAI    95         24        134       1.4       34        455       51013.0102   9     ENV     346        WLSLLVPFV     100        4.6       113       1.4       10        1290      4
                                                                                                  3777.03      9     ENV     183        FLLTRILTI     80         9.8       100       1.3       19        -         4927.15      9     POL     653        ALMPLYACI     95         10        126       3.0       160       851       41069.05     9     POL     525        LLAQFTSAI     95         50        16        3.0       1538      51        41132.01     9     ENV     350        LVPFVQWFV     95         119       287       2083      463       14        41147.14     11    ENV     259        VLLDYQGMLPV   90         8.6       20        2.0       13        2353      41090.77     9     POL     538(a)     YMDDVVLGV     90         5.1       90        6.7       71        1905      41069.071    9     POL     524        FLLAQFTSA     95         6.0       1654      9.1       39        870       3927.46      9     POL     500        KLHLYSHPI     95         72        126       3.7       627       26667     3927.42      9     POL     422        NLSWLSLDV     90         77        843       16        2313      404       31168.02     9     POL     455        GLSRYVARL     90         79        391       18        12333     -         3927.41      9     POL     418        LLSSNLSWL     90         455       55        2.6       1370      4000      31039.031    9     ENV     360        MMWYWGPSL     85         5.6       5375      833       112       3636      2927.11      9     POL     573        FLLSLGIHL     95         7.7       4300      1000      34        11429     21142.07     9     ENV     73         GLLGWSPQA     85         13        14333     286       1429      -         2927.47      9     POL     502        HLYSHPIIL     80         23        14333     11        2176      755       21137.02     10    ENV     271        LLDYQGMLPV    90         51        -         500       552       -         21069.09     9     ENV     270        VLLDYQGML     95         114       -         476       4111      -         21069.14     10    NUC     168        ILSTLPETTV    100        238       506       130       1194      5970      21069.11     10    POL     147        YLHTLWKAGI    100        313       8600      18        4000      1250      21142.01     9     NUC     129        LLWFHISCL     90         385       21500     238       1194      4082      21090.12     9     NUC     147        YLVSFGVWI     90         13                                                11.0518      10    ENV     359        GLSPTVWLSV    75         18                                                11013.1402   9     ENV     177        VLQAGFFLL     95         33        2389      3704      1947      6349      11069.13     9     ENV     388        PLLPIFFCL     100        77        -         5556      3364      8511      11069.10     10    ENV     389        LLPIFFCLWV    100        156       5375      667       5000      -         11090.06     10    ENV     175        LLVLQAGFFL    90         161       1162      2222      2467      3636      11.0895      10    ENV     248        FILLLCLIFL    80         179                                               1927.24      9     POL     770        WILRGTSFV     80         185                                               11090.14     9     POL     538        YMDDVVLGA     90         200       -         4167      -         -         13.0205      10    ENV     171        FLGPLLVLQA    75         263                                               11069.08     10    ENV     260        ILLLCLIFLL    100        263       -          -        2846      26667     11.0573      10    POL     773        ILRGTSFVYV    80         313                                               11.完整序列在所扫描的分离株中的频率2.结合的超型等位基因数。结合3个或更多等位基因的肽被认为是简并的。3.破折号(-)表示IC50
        表XXVII：保守HBV来源肽与HLA-A3超型等位基因的体外结合
                                                                A3超型结合能力(IC50nM)                         结合的等肽          AA    分子         第1位     序列         保守性1   A*03   A*11   A*3101     A*3301    A*6801   位基因26.0535     11    X NUC FUS    299       GVWIRTPPAYR    95         58      35      3.0         40         12        51147.16     11    pol          149       HTLWKAGILYK    100        20      14      486         403        42        526.0539     11    POL          376       RLVVDFSQFSR    95         39      2.0     7.0         24         1.0       526.0149     9     X            69        CALRFTSAR      85         3235    261     12          3.6        11        41.0993      9     X            130       KVFVLGGCR      75         262     73      30          408        2667      426.0153     9     X            64        SSAGPCALR      90         1375    43      55          181        11        41083.01     11    Core         141       STLPETTVVRR    95         733     4.0     180         181        26        420.0130     9     pol          655       AFTFSPTYK      95         42      150     3103        13182      296       326.0008     8     POL          656       FTFSPTYK       95         193     136     1286        1000       73        31.0219      9     X            1550      FVLGGCRHK      80         169     316     1500        744        103       31069.20     10    POL          388       LVVDFSQFSR     100        6875    17      692         126        16        3
                                                                               31069.16     9     POL          47        NVSIPWTHK      100        134     105     -           2900       250       31090.10     10    POL          665       QAFTFSPTYK     95         244     11      18000       5088       6.7       31090.11     9     POL          531       SAICSVVRR      95         1897    29      1200        446        21        320.0131     9     pol          524       SVVRRAFPH      95         100     10      621         -          500       326.0545     11    X NUC FUS    318       TLPETTVVRRR    95         22000   375     2951        408        13        326.0023     8     X NUC FUS    296       VSFGVWIR       90         2750    207     240         1074       222       31142.05     9     POL          55        KVGNFTGLY      95         52      353     -           -          -         21142.06     9     POL          623       PVNRPIDWK      85         355     43      -           -          8889      21.0975      9     POL          106       RLKLIMPAR      75         116     -       5.8         592        -         21.0562      10    POL          576       SLGIHLNPNK     75         55      77                                       21069.21     10    NUC          170       STLPETTVVR     95         15714   100     2250        1208       320       21069.22     10    NUC          171       TLPETTVVRR     95         15714   261     -           2417       182       21069.15     10    POL          150       TLWKAGILYK     100        2.1     17      3529        29000      615       21.0215      9     X            105       TTDLEAYFK      75         18333   6.5     -           24167      471       21069.17     10    POL          369       VTGGVFLVDK     100        282     65      -           -          3636      21069.19     9     POL          389       VVDFSQFSR      100        7333    80      13846       1706       242       226.0026     8     POL          168       ASFCGSPY       100        239     26      -           -          20000     226.0549     11    ENV          389       LLPIFFCLWVY    100        478     10000   2609        644        82        226.0550    11    POL    528    RAFPHCLAFSY    95     92       15     667     26364    2667     21090.04    10    POL    746    GTDNSVVLSR     90     11000    143    6000    15263    10000    11069.04    10    POL    149    HTLWKAGILY     100    250      7500   -       8529     6667     11.0205     9     POL    771    ILRGTSFVY      80     250      -      -       -        -        11090.08    9     NUC    148    LVSFGVWIR      90     3929     500                              11039.01    10    ENV    360    MMWYWGPSLY     85     220      7500   -       -        26667    11.0584     10    X      104    STTDLEAYFK     75     1667     2.2                              11147.17    11    pol    735    GTDNSVVLSRK    90     786      11     -       -        -        11147.18    11    pol    357    RVTGGVFLVDK    100    578      207    -       -        -        11099.03    9     POL    150    TLWKAGILY      100    85       7500   -       -        -        11090.15    10    POL    549    YMDDVVLGAK     90     333      1395   -       -        -        126.0024    8     POL    50     VSIPWTHK       100    846      353    5806    22308    20000    11.完整序列在所扫描的分离株中的频率2.结合的超型等位基因数。结合3个或更多等位基因的肽被认为是简并的。3.破折号(-)表示IC50
`              表XXVIII：保守HBV来源肽与HLA-B7超型等位基因的体外结合
                                                                B7超型结合能力(IC50nM)                          结合的等肽         AA      分子     第1位     序列       保守性1     B*0702   B*3501.   B*5101     B*5301   B*5401   位基因11147.05    10      POL      541       FPHCLAFSYM    95           56        33         61          118       208       51145.04    9       ENV      324       IPIPSSWAF     100          42        2.6        2.3         12        2941      41147.02    9       POL      440       HPAAMPHLL     100          56        267        500         186       833       41147.06    9       X        58        LPVCAFSSA     95           115       101        500         10333     0.53      41147.08    9       POL      651       YPALMPLYA     95           306       150        162         664       0.63      4988.05     9       CORE     19        LPSDFFPSV     95           1774      343        90          120       4.8       4
                                                             31145.08    9       POL      541       FPHCLAFSY     95           -         14         83          17        503       319.0014    8       POL      640       YPALMPLY      190          13750     28         13          207       1786      326.0570    11      pol      640       YPALMPLYACI   95           1375      -          117         291       143       31147.04    10      POL      365       TPARVTGGVF    90           17        72         -           939       16667     215.0034    9       ENV      390       LPIFFCLWV     100          -         -          57          2325      53        220.0140    9       POL      723       LPIHTAELL     85           1375      114        1058        30        20000     219 0006    8       ENV      340       VPFVQWFV      95           5500      -          0.29        -         91        219.0007    8       ENV      379       LPIFFCLW      100          -         -          153         66        2857      219.0010    8       POL      1         MPLSYOHF      100          -         742        458         251       526       219.0011    8       POL      429       HPAAMPHL      100          85        18000      18          2514      625       219.0012    8       POL      511       SPFLLAQF      95           10        8000       306         10333     1075      226.0566    11      pol      511       SPFLLAQFTSA   95           67        -          -           -         0.83      21147.01    9       POL      789       DPSRGRLGL     90           458       -          -           -         -         116.0182    10      X        67        GPCALRFTSA    90           61        -          -           -         2857      120.0273    10      POL      440       HPAAMPHLLV    85           344       3600       705         664       588       115.0030    9       ENV      191       IPQSLDSWW     90           -         -          27500       62        -         115.0210    10      POL      123       LPLDKGIKPY    100          -         248        27500       -         -         116.0006    9       ENV      25        FPDHQLDPA     90           -         8000       -           -         12        116.0177    10      ENV      324       IPIPSSWAFA    80           4231      3000                   6643      22        116.0180    10      POL      644       APFTQCGYPA    95           1897      -                      -         7.1       116.0181    10      POL      723       LPIHTAELLA    85           3056      6545                   5813      30        119.0003    8       ENV      173       GPLLVLQA      95           18333     -          500         -         1538      119.0005    8       ENV      313       IPIPSSWA      100          13750     18000      2895        -         167       119.0009    8       NUC      133       RPPNAPIL      100          724       -          196         -         -         119.0015    8       POL      659       SPTYKAFL      95           14        -          2895        -         -         119.0016    8       POL      769       VPSALNPA      90           5000      -          786         -         10        126.0554    11      pol      633       APFTQCGYPAL   95           24        7200       13750       -         1075      126.0559    11      pol      712       LPIHTAELLAA   85           611       2667       -           775       3.6       126.0561    11      pol      774       NPADDPSRGRL   90           458       -          -           -         -         126.0564    11      Core     133       RPPNAPILSTL   100          42        -          3056        -         -         126.0567    11      Core     49        SPHHTALRQAI   100          9.5       -          13750       18600     -         126.0568    11      pol      354       TPARVTGGVFL   90           58        -          -           18600     20000     11.完整序列在所扫描的分离株中的频率2.结合的超型等位基因数。结合3个或更多等位基因的肽被认为是简并的。3.破折号(-)表示IC50表XXIX：HBV来源的含A1和A24基元的肽a.A1基元肽
                                                   HLA-A*0101肽         分子    位置       序列           保守性    结合(IC50 nM)1069.01    Core    59         LLDTASALY      75        2.11.0519     Core    419        DLLDTASALY     75        2.31069.02    pol     427        SLDVSAAFY      95        4.82.0239             1000       LSLDVSAAFY     95        6.02.0126             1521       MSTTDLEAY      75        291039.06    ENV     359        WMMWYWGPSLY    85        781090.14    pol     538        YMDDVVLGA      90        961090.09    pol     808        PTTGRTSLY      85        1191069.03    pol     124        PLDKGIKPYY     100       1471069.08    env     249        ILLLCLIFLL     100       1921069.04    pol     149        HTLWKAGILY     100       3811039.01            360        MMWYWGPSLY     85        3091.0774     Core    416        WLWGMDIDPY     75        30920.0254    pol     631        FAAPFTQCGY     95        3681.0166     pol     629        KVGNFTGLY      95        368破折号表示IC50nMb.A24基元肽
                                                   HLA-A*2402肽         分子    位置      序列            保守性    结合(IC50 nM)20.0271    POL     392       SWPKFAVPNL      95        2.11069.23    POL     745       KYTSFPWLL       85        2.32.0181     POL     492       LYSHPIILGF      80        1120.0269    ENV     236       RWMCLRRFII      95        1120.0136    ENV     334       SWLSLLVPF       100       3120.0137    ENV     197       SWWTSLNFL       95        3220.0135    ENV     236       RWMCLRRFI       95        16920.0139    POL     167       SFCGSPYSW       100       1692.0173     POL     4         SYQHFRKLLL      75        1822.0060             1224      GYPALMPLY       95        24513.0129    NUC     117       EYLVSFGVWI      90        3531090.02    core    131       AYRPPNAPI       90        38713.0073    NUC     102       WFHISCLTF       80        40020.0138    POL     51        PWTHKVGNF       100       414破折号表示IC50nM
表XXXa：HBV来源的A2超基元交反应性肽的免疫原性
                                                          免疫原性肽          序列           蛋白质         XRN      原代     转基因    患者     总体1924.07      FLPSDFFPSV     HBV core 18    5        10/10    6/6       25/32a   +1069.06     LLVPFVQWFV     HBV env 338    5        3/4      6/9                 +1147.13     FLLAQFTSAI     HBV pol 513    5                 0/3                 -1090.77     YMDDVVLGV      HBV pol 538    5                 9/9                 +777.03      FLLTRILTI      HBV env 183    4                           14/23a   +927.15      ALMPLYACI      HBV pol 642    4        10/12    3/5       2/15a    +1013.01     WLSLLVPFV      HBV env 335    4        2/6      5/9       23/29a   +l069.05     LLAQFTSAI      HBV pol 504    4        0/4      0/5                 -1132.01     LVPFVQWFV      HBV env 339    4        0/3      0/4                 -1147.14     VLLDYQGMLPV    HBV env 259    4        4/4      6/6                 +927.41      LLSSNLSWL      HBV pol 992    3        0/4      0/3                 -927.42      NLSWLSLDV      HBV pol 411    3                 2/8                 +927.46      KLHLYSHPI      HBV pol 489    3        0/4      4/6                 +1069.07     FLLAQFTSA      HBV pol 503    3        1/2      0/3                 +1168.02     GLSRYVARL      HBV pol 455    3                           9/13a    +从原代培养物、急性患者(a-Bertoni et al.J Clin Invest 100：503，b-Rehermann etal.，J.Clin.Invest 97：1655，c-Nayersina et al.，J Immunol 150：4659)或转基因小鼠得到的免疫原性评价。在这些系统之一中观察到应答时给出阳性评价(+)。
表XXXb：非交叉反应性HBV A2超基元肽的免疫原性
                                                              免疫原性肽          序列           蛋白质           XRN      原代      转基因    患者     总体1927.11      FLLSLGIHL      HBV pol 562      2        15/22     12/13     9/15a   +927.47      HLYSHPIIL      HBV pol 1076     2                  10/14              +1039.03     MMWYWGPSL      HBV env 360      2        3/4       0/4                +1069.12     YLHTLWKAGV     HBV pol 147      2        2/4                          +1137.02     LLDYQGMLPV     HBV env 260      2        1/2       0/4                +1142.07     GLLGWSPQA      HBV env 62       2        3/4       5/6                +1.0573      ILRGTSFVYV     HBV pol 773      1                            3/7b    +1013.14     VLQAGFFLL      HBV env 177      1        0/4       5/12               +1069.10     LLPIFFCLWV     HBV env 378      1        3/3       0/4       2/5c    +1069.13     PLLPIFFCL      HBV env 377      1        0/4       7/12               +1090.06     LLVLQAGFFL     HBV env 175      1        1/5       0/4                +1090.12     YLVSFGVWI      HBV nuc 118      1        9/9                          +1.0518      GLSPTVWLSV     HBV env 338      1                            3/9c    +1090.14     YMDDVVLGA      HBV pol 538      1        2/7       2/5       2/7b    +从原代培养物、急性患者(a-Bertoni et al.J Clin Invest 100：503，b-Rehermann etal.，J.Clin.Invest 97：1655，c-Nayersina et al.，J Immunol 150：4659)或转基因小鼠得到的免疫原性评价。在这些系统之一中观察到应答时给出阳性评价(+)。表XXXc：用pol538类似物诱导的CTL对HBV pol 538和拉米夫定诱导的pol 538变体的交叉识别a。
                  第6天CTL反应(ΔLU)
                      HBV pol538       HBV pol 538突变体
刺激性肽              (YMDDVVLGA)b   (YVDDVVLGA)
HBV pol 538           27.8             54.2
HBV pol 538突变体     35.3             27.9a.使用HBV pol 538(肽1090.14)的1090.77类似物诱导CTL。在DNA小基因pEP2、AOS中编码1090.77。b.所显示的值代表2个独立培养物的эLU的几何平均值。加载至靶细胞上的肽是1090.14(HBV pol 538)或1353.02(pol 538的拉米夫定诱导变体)。表XXXTa：HBV来源的A3超基元交叉反应性肽的免疫原性
                                                          免疫原性肽         序列            蛋白质              XRN  原代    转基因    患者       总体11147.16    IITLWKAGILYK    HBV POL 149         5    0/6     3/3       1/22       +1083.01    STLPETTVVRR     HBV core 141        4    3/5     6/6       8/32       +1150.51    GSTHVSWPK       HBV pol 398         4    3/6                          +1.0219     FVLGGCRHK       HBV adr＂X＂1550    3    0/4                          -1069.16    NVSIPWTHK       HBV pol 47          3    0/8     0/3       1/21       +1069.20    LVVDFSQFSR      HBV pol 388         3    0/4     6/6       1/22       +1090.10    QAFTFSPTYK      HBV pol 665         3    3/6     0/3       3/21       +1090.11    SAICSVVRR       HBV pol 531         3    1/4               2/22       +1.从原代培养物，Bertoni等，J Clin Invest 100：503或转基因小鼠得到的免疫原性评价。当这些系统之一中发现应答者时给出阳性评价(+)。阴性评价表示在检查时无应答者。
    表XXXIb：非交叉反应性HRV A3超基元肽的免疫原性
                                                         免疫原性肽         序列          蛋白质             XRN    原代    转基因    患者  总体11069.15    TLWKAGILYK    HBV pol 150        2      3/8     0/3       5/28  +1142.05    KVGNFTGLY     HBV adr POL 629    2              0/3       2/22  +1.从原代培养物，Bertoni等，J Clin Invest 100：503或转基因小鼠得到的免疫原性评价。当这些系统之一中发现应答者时给出阳性评价(+)。阴性评价表示在检查时无应答者。
表XXXIIa：HBV B7超基元交叉反应性肽的免疫原性
                                                            免疫原性肽         序列          蛋白质             XRN     原代    转基因    患者    总体11147.05    FPHCLAFSYM    HBV POL 530        5       1/3               0/12    +988.05     LPSDFFPSV     HBV core 19-27     4                         2/16    +1145.04    IPIPSSWAF     HBV ENV 313        4       0/4               1/12    +1147.02    HPAAMPHLL     HBV POL 429        4       0/5               0/12    -1147.06    LPVCAFSSA     HBV X 58           4       1/4                       +1147.08    YPALMPLYA     HBV POL 640        4       0/12                      -1145.08    FPHCLAFSY     HBV POL 541        3       0/4                       -1.从原代培养物，Bertoni等，J Clin Invest 100：503或转基因小鼠得到的免疫原性评价。当这些系统之一中发现应答者时给出阳性评价(+)。阴性评价表示在检查时无应答者。
表XXXIIb：非交叉反应性HBV B7超基元肽的免疫原性
                                                     免疫原性肽        序列          蛋白质         XRN      原代    转基因     患者    总体11147.04   TPARVTGGVF    HBV POL 354    2                           2/12    +1.从原代培养物，Betroni等，J Clin Invest 100：503或转基因小鼠得到的免疫原性评价。当这些系统之一中发现应答者时给出阳性评价(+)。阴性评价表示在检查时无应答者。
 表XXXIII：候选的HBV来源HTL表位选择标准                                    保守性
         肽         分子     第1位    核心    总计    序列DR-超基元    F107.01    ENV      249      100     95      ILLLCLIFLLVLLDY
         F107.02    ENV      252      95      95      LCLIFLLVLLDYQGM
         1280.17    ENV      258      90      90      LVLLDYQGMLPVCPL
         1186.22    ENV      332      100     100     RFSWLSLLVPFVQWF
         1186.15    ENV      339      95      95      LVPFVQWFVGLSPTV
         1186.06    ENV      342      95      95      FVQWFVGLSPTVWLS
         1186.03    NUC      19       85      85      ASKLCLGWLWGMDID
         1186.12    NUC      24       85      85      LGWLWGMDIDPYKEF
         857.02     NUC      50               90      PHHTALRQAILCWGELMTLA
         1186.23    NUC      98       85      85      RQLLWFHISCLTFGR
         27.0279    NUC      117              90      EYLVSFGVWIRTPPA
         27.0280    NUC      123      95      95      GVWIRTPPAYRPPNA
         1186.20    NUC      129      100     95      PPAYRPPNAPILSTL
         1186.16    NUC      136      100     95      NAPILSTLPETTVVR
         1186.01    POL      38       95      95      AEDLNLGNLNVSIPW
         1186.17    POL      45       100     95      NLNVSIPWTHKVGNF
         27.0281    POL      145      100     100     RHYLHTLWKAGILYK
         1280.13    POL      406      95      95      KFAVPNLQSLTNLLS
         27.0283    POL      409              85      VPNLQSLTNLLSSNL
         F107.03    POL      412      90      90      LQSLTNLLSSNLSWL
         1186.28    POL      416      90      90      TNLLSSNLSWLSLDV
         1186.27    POL      420      100     85      SSNLSWLSLDVSAAF
         F107.04    POL      523      95      95      PFLLAQFTSAICSVV
         1186.10    POL      526      95      95      LAQFTSAICSVVRRA
         1186.04    POL      534      95      95      CSVVRRAFPHCLAFS
         F107.05    POL      538      95      95      RRAFPHCLAFSYMDD
         1186.02    POL      546      90      90      AFSYMDDVVLGAKSV
         1186.05    POL      629      85      85      DWKVCQRIVGLLGFA
         1280.21    POL      637      95      95      VGLLGFAAPFTQCGY
         27.0278    POL      643              95      AAPFTQCGYPALMPL
         1186.21    POL      648      95      95      QCGYPALMPLYACIQ
         1280.14    POL      694      95      95      LCQVFADATPTGWGL
         27.0282    POL      750      85      85      SVVLSRKYTSFPWLL
                    X        13       95      90      RDVLCLRPVGAESRG
         1186.07    X        50       95      90      GAHLSLRGLPVCAFS
         1186.29    X        60       95      90      VCAFSSAGPCALRFT算法         1280.20    ENV      330      100     80      SVRFSWLSLLVPFVQ
         1280.19    NUC      28       85      80      RDLLDTASALYREAL
         1298.02    POL      56       90      55      VGNFTGLYSSTVPVF
         1298.03    POL      571      95      75      TNFLLSLGIHLNPNK
         1298.05    POL      651      95      55      YPALMPLYACIQSKQ
         1298.06    POL      664      95      60      KQAFTFSPTYKAFLC
         1280.181   POL      722      85      80      PLPIHTAELLAACFA
         1280.09    POL      774      90      80      GTSFVYVPSALNPADDR3基元      795.05     ENV      10               95      PLGFFPDHQLDP
         35.0090    ENV      312      95      90      FLLVLLDYQGMLPVC
         CF-03      NUC      28       85      80      RDLLDTASALYREALESPEH
         35.0091    POL      18       90      65      AGPLEEELPRLADEG
         35.0092    POL      34       100     85      NRRVAEDLNLGNLNV
         35.0093    POL      96       85      6D      VGPLTVNEKRRLKLI
         35.0094    POL      120      100     100     TKYLPLDKGIKPYYP
         35.0095    POL      371      100     55      GGVFLVDKNPHNTTE
         35.0096    POL      385      100     45      ESRLVVDFSQFSRGN
         1186.18    POL      422      95      85      NLSWLSLDVSAAFYH
         35.0099    POL      666      95      55      AFTFSPTYKAFLCKQ
         35.0101    X        18       95      35      LRPVGAESRGRPVSG较低保守性   799.01     ENV      11       80      75      PLLVLQAGFFLLTRILTIPQ或混杂的     799.02     ENV      31       95              SLDSWWTSLNFLGGTTVCLG
         799.04     ENV      71       95      75      GYRWMCLRRFIIFLFILLLC
表XXXIII：候选的HBV来源HTL表位选择标准
                                           保守性
       肽           分子        第1位    核心    总计     序列
       1298.01      ENV         117      80      40       PQAMQWNSTTFHQTL
       1280.06      ENV         180      80      80       AGFFLLTRILTIPQS
       1280.11      ENV         245      80      80       IFLFILLLCLIFLLV
       CF-08        NUC         120              90       VSFGVWIRTPPAYRPPNAPI
       1186.25      NUC         121      95      90       SFGVWIRTPPAYRPP
       1280.15      POL         501      80      80       LHLYSHPIILGFRKI
       1298.04      POL         618      80      45       KQCFRKLPVNRPIDW
       1298.07      POL         767      80      70       AANWILRGTSFVYVP
       1298.08      POL         827      80      60       PDRVHFASPLHVAWR
                 表XXXIV HLA-DR筛选板筛选板                  代表性试验                                                表型频率
       抗原      等位基因            等位基因       别名         Cauc.    Blk.    Jpn.    Chn.     Hisp.    Avg.一级       DR1       DRB1*0101-03      DRB1*0101     (DR1)        18.5     8.4     10.7    4.5      10.1     0.4
       DR4       DRB1*0401-12      DRB1*0401     (DR4w4)      23.6     6.1     40.4    21.9     29.8     24.4
       DR7       DRB1*0701-02      DRB1*0701     (DR7)        26.2     11.1    1.0     15.0     16.6     14.0
       板总计                                                    59.6     24.5    49.3    38.7     51.1     44.6二级       DR2      DRB1*1501-03        DRB1*1501    (DR2w2 β1)  19.9     14.8    30.9    22.0     15.0     20.5
       DR2      DRB5*0101           DRB5*0101    (DR2w2 β2)  -        -       -       -        -        -
       DR9      DRB1*09011，09012   DRB1*0901    (DR9)        3.6      4.7     24.5    19.9     6.7      11.9
       DR13     DRB1*1301-06        DRB1*1302    (DR6w19)     21.7     16.5    14.6    12.2     10.5     15.1
       板总计                                                    42.0     33.9    61.0    48.9     30.5     43.2三级       DR4      DRB1*0405           DRB1*0405    (DR4w15)     -        -       -       -        -        -
       DR8      DRB1*0801-5         DRB1*0802    (DR8w2)      5.5      10.9    25.0    10.7     23.3     15.1
       DR11     DRB1*1101-05        DRB1*1101    (DR5w11)     17.0     18.0    4.9     19.4     18.1     15.5
       板总计                                                    22.0     27.8    29.2    29.0     39.0     29.4四级       DR3      DRB1*0301-2         DRB1*0301    (DR3w17)     17.7     19.5    0.4     7.3      14.4     11.9
       DR12     DRB1*1201-02        DRB1*1201    (DR5w12)     2.8      5.5     13.1    17.6     5.7      8.9
       板总计                                                    20.2     24.4    13.5    24.2     19.7     20.4表XXXV：HBV来源的交叉反应性HLA-DR结合肽
                     保守性                                         HHLA-DR结合能力(IC50nM)                                                                                                              结合的总肽      分子 第1位 核心 总计 序列                 DR1 DR2w2β1 DR2w2β2 DR3 DR4w4 DR4w15 DR5w11 DR6    DR7   DR8 DR9 DR等位基因F107.03 POL  412   90   90   LQSLTNLLSSNLSWL      2.0 21       1000     -a 9.4   47     294   135     167   557 682  101298.06 POL  664   95   60   KQAFTFSPTYKAFLC      9.4 38       143      -   41    173    83     175     76   408 139  101280.06 ENV  180   80   80   AGFFLLTRILTIPQS      11  217      1053     -   8.5   253    5.6    9.5     8.1  188 58    91280.09 POL  774   90   80   GTSFVYVPSALNPAD      14  650      400      -   118   93     426     -      93   803 221   91186.25 NUC  121   95   90   SFGVWIRTPPAYRPP      532 827      47       -   577   603    769     17500  1042 196 938   827.0280 NUC  123   95   95   GVWIRTPPAYRPPNA      14  217      2.8      -   13    67     42      -      114  92  1667  8CF-08   NUC  120        90   VSFGVWIRTPPAYRPPNAPI 192          105          300          426            124            527.0281 POL  145   100  100  RHYLHTLWKAGILYK      17  5.4      35       -   2250  1462   42      745    61    27  174  81186.15 ENV  339   95   95   LVPFVQWFVGLSPTV      385 13       1429     -   300   27     53      1944   2717  74  30   71280.15 POL  501   80   80   LHLYSHPIILGFRKI      227 268      500      -   66    238    488     17500  -     803 1531 7F107.04 POL  523   95   95   PFLLAQFTSAICSVV      28  337      4762     -   563   317    1667    44     325   845 1271 71298.04 POL  618   80   45   KQCFRKLPVNRPIDW      3.3 4136     952      -   38    45     1538    814    63    845 3000 71298.07 POL  767   80   70   AANWILRGTSFVYVP      54  379      3279     -   882   1520   1429    140    43    196 278  7857.02  NUC  50         90   PHHTALROAILCWGELMTLA 70  9.1      211      -   85           263     193000 676   196 2273 7a.破折号表示IC50nM＞20000。表XXXVI：HBV来源的DR-3结合肽
                            保守性肽          分子    第1位    核心    总计    序列                   DR31280.14*   POL     694      95      95      LCQVFADATPTGWGL        6735.0096     POL     385      100     45      ESRLVVDFSQFSRGN        11535.0093     POL     96       85      60      VGPLTVNEKRRLKLI        1361186.27     POL     420      100     85      SSNLSWLSLDVSAAF        2001186.18     POL     422      95      85      NLSWLSLDVSAAFYH        231*被测试为肽35.0100表XXXVIIa：HBV的优选的CTL表位肽              序列                蛋白质                HLA924.07          FLPSDFFPSV         core 18                A2777.03          FLLTRILTI           env 183               A2927.15          ALMPLYACI           pol 642               A21013.01         WLSLLVPFV           env 335               A21090.77         YMDDVVLGV           pol 538               A2/A11168.02         GLSRYVARL           pol 455               A2927.11          FLLSLGIHL           pol 562               A21069.10         LLPIFFCLWV          env 378               A21069.06         LLVPFVOWFV          env 338               A21147.16         HTLWKAGILYK         pol 149               A3/A11083.01         STLPETTVVRR        core 141               A31069.16         NVSIPWTHK           Pol 47                A31069.20         LVVDFSQFSR          pol 388               A31090.10         QAFTFSPTYK          Pol 665               A31090.11         SAICSVVRR           pol 531               A31142.05         KVGNFTGLY           pol 629               A3/A11147.05         FPHCLAFSYM          pol 530               B7988.05          LPSDFFPSV          core 19                B71145.04         IPIPSSWAF           env 313               B71147.02         HPAAMPHLL           pol 429               B726.0570         YPALMPLYACI         pol 640               B71147.04         TPARVTGGVF          pol 354               B71.0519          DLLDTASALY         core 419               A12.0239          LSLDVSAAFY          pol 1000              A11039.06         WMMWYWGPSLY         env 359               A120.0269         RWMCLKRFII          env 236               A2420.0136         SWLSLLVPF           env 334               A2420.0137         SWWTSLNFL           env 197               A2413.0129         EYLVSFGVWI         core 117               A241090.02         AYRPPNAPI          core 131               A2413.0073         WFHISCLTF          core 102               A2420.0271         SWPKFAVPNL          Pol 392               A241069.23         KYTSFPWLL           pol 745               A242.0181          LYSHPIILGF          pol 492               A24表XXXVIIb：HBV的优选的HTL表位
                                               保守性选择标准        肽          分子    第1位       核心       总计      序列DR-超基元       F107.03     POL     412         90         90        LQSLTNLLSSNLSWL
            1298.06     POL     664         95         60        KQAFTFSPTYKAFLC
            1280.06     ENV     180         80         80        AGFFLLTRILTIPQS
            1280.09     POL     774         90         80        GTSFVYVPSALNPAD
            CF-08       CORE    120                    90        VSFGVWIRTPPAYRPPNAPI
            27.0281     POL     145         100        100       RHYLHTLWKAGILYK
            1186.15     ENV     339         95         95        LVPFVQWFVGLSPTV
            1280.15     POL     501         80         80        LHLYSHPIILGFRKI
            F107.04     POL     523         95         95        PFLLAQFTSAICSVV
            1298.04     POL     618         80         45        KQCFRKLPVNRPIDW
            1298.07     POL     767         80         70        AANWILRGTSFVYVP
            857.02      CORE    50                     90        PHHTALRQAILCWGELMTLADR3基元         1280.14     POL     694         95         95        LCQVFADATPTGWGL
            35.0096     POL     385         100        45        ESRLVVDFSQFSRGN
            35.0093     POL     96          85         60        VGPLTVNEKRRLKLI
            1186.27     POL     420         100        85        SSNLSWLSLDVSAAF表XXXVIII：一组HBV来源的HTL表位的估计人群覆盖度
                            代表性试验      表位数2              人群覆盖度(表型频率)抗原        等位基因                                        Cauc.    Blk.    Jpn.    Chn.    Hisp.     Avg.DR1        DRB1*0101-03         DR1              12        18.5     8.4     10.7    4.5     10.1      10.4DR2        DRB1*1501-03         DR2W2β1         11        19.9     14.8    30.9    22.0    15.0      20.5DR2        DRB5*0101            DR2w2β2         8         -        -       -       -       -         -DR3        DRB1*0301-2          DR3              4         17.7     19.5    0.40    7.3     14.4      11.9DR4        DRB1*0401-12         DR4w4            11        23.6     6.1     40.4    21.9    29.8      24.4DR4        DRB1*0401-12         DR4w15           9         -        -       -       -       -         -DR7        DRB1*0701-02         DR7              9         26.2     11.1    1.0     15.0    16.6      14.0DR8        DRB1*0801-5          DR8w2            7         5.5      10.9    25.0    10.7    23.3      15.1DR9        DRB1*09011，09012    DR9              10        3.6      4.7     24.5    19.9    6.7       11.9DR11       DRB1*1101-05         DR5w11           11        17.0     18.0    4.9     19.4    18.1      15.5DR13       DRB1*1301-066        DR6w19           7         21.7     16.5    14.6    12.2    10.5      15.1总计1                                                      98.5     95.1    97.1    91.3    94.3      95.11.已修正了总人群覆盖度以解释许多人种群体中DRX的存在。已假设DRX等位基因代表的特异性的范围将反映先前表征的HLA-DR等位基因的那些。在每个基元下掺入的DRX的比例代表该基元在人群剩余者中的频率。总覆盖度还未修正来解释未知的基因型。2.表位数代表最小估计，仅考虑了表12中显示的表位。嵌套表位可能结合的其它等位基因还未计算。

Claims (37)

1.包含至少一个乙型肝炎病毒(HBV)肽的组合物，该肽包含由选自下组的序列组成的分离的、制备的表位：ALMPLYACI，        WLSLLVPFV，      YMIDDVVLGA，LLPIFFCLWV，       HTLWKAGILYK，    NVSIPWTHK，LVVDFSQFSR，       QAFTFSPTYK，     SAICSVVRR，KVGNFTGLY，        FPHCLAFSYM，     IPIPSSWAF，HPAAMPHLL，        YPALMPLYACI      TPARVTGGVF，DLLDTASALY，       LSLDVSAAFY，     WMMWYWGPSLY，RWMCLRRFII，       SWLSLLVPF，      SWWTSLNFL，EYLVSFGVWI，       AYRPPNAPI，      WFHISCLTF，SWPKFAVPNL，       KYTSFPWLL，      LQSLTNLLSSNLSWL，KQAFTFSPTYKAFLC，AGFFLLTRILTIPQS，GTSFVYVPSALNPAD，VSFGVWIRTPPAYRPPNAPI，RHYLHTLWKAGILYK，LVPFVQWFVGLSPTV，LHLYSHPIILGFRKI，PFLLAQFTSAICSVV，KQCFRKLPVNRPIDW，AANWILRGTSFVYVP，PHHTALRQAILCWGELMTLA，LCQVFADATPTGWGL，ESRLVVDFSQFSRGN，VGPLTVNEKPPLKLI，和SSNLSWLSLDVSAAF。
2.权利要求1的组合物，进一步包含选自FLLSLGIHL，FLPSDFFPSV，LPSDFFPSV，FLLTRILTI，LLVPFVQWFV，LYSHPIILGF，STLPETTVVRR和GLSRYVARL的表位。
3.权利要求1的组合物，其中表位与氨基酸接头连接。
4.权利要求1的组合物，其中表位与CTL表位混合或连接。
5.权利要求1的组合物，其中表位与HTL表位混合或连接。
6.权利要求5的组合物，其中HTL表位是泛DR结合分子。
7.权利要求1的组合物，进一步包含脂质体，其中表位存在于脂质体上或内部。
8.权利要求1的组合物，其中表位与脂质连接。
9.权利要求1的组合物，其中表位是杂聚物。
10.权利要求1的组合物，其中表位是同聚物。
11.权利要求1的组合物，其中表位与HLA重链，β2-微球蛋白和链霉抗生物素复合体结合，由此形成四聚物。
12.权利要求1的组合物，进一步包括抗原呈递细胞，其中表位存在于抗原呈递细胞上或内部。
13.权利要求12的组合物，其中表位与抗原呈递细胞上的HLA分子结合，由此当限制于该HLA分子的细胞毒性T淋巴细胞(CTL)存在时，CTL的受体结合HLA分子和该表位的复合体。
14.权利要求12的组合物，其中抗原呈递细胞是树突细胞。
15.包含一个或多个肽的组合物，进一步包含至少两个表位，其中表位之一选自：
ALMPLYACI，      WLSLLVPFV，      YMDDVVLGA，
LLPIFFCLWV，     HTLWKAGILYK，    NVSIPWTHK，
LVVDFSQFSR，     QAFTFSPTYK，     SAICSVVRR，
KVGNFTGLY，      FPHCLAFSYM，     IPIPSSWAF，
HPAAMPHLL，      YPALMPLYACI      TPARVTGGVF，
DLLDTASALY，     LSLDVSAAFY，     WMMWYWGPSLY，
RWMCLRRFII，     SWLSLLVPF，      SWWTSLNFL，
EYLVSFGVWI，     AYRPPNAPI，      WFHISCLTF，
SWPKFAVPNL，     KYTSFPWLL，      LQSLTNLLSSNLSWL，
KQAFTFSPTYKAFLC，AGFFLLTRILTIPQS，GTSFVYVPSALNPAD，
VSFGVWIRTPPAYRPPNAPI，RHYLHTLWKAGILYK，LVPFVQWFVGLSPTV，
LHLYSHPIILGFRKI，PFLLAQFTSAICSVV，KQCFRKLPVNRPIDW，
AANWILRGTSFVYVP，PHHTALRQAILCWGELMTLA，LCQVFADATPTGWGL，
ESRLVVDFSQFSRGN，VGPLTVNEKRRLKLI，和SSNLSWLSLDVSAAF；和其中每个所述的一个或多个肽包含与乙型肝炎病毒(HBV)的天然肽序列100％等同的少于50个的连续氨基酸。
16.权利要求15的组合物，进一步包含选自FLLSLGIHL，FLPSDFFPSV，LPSDFFPSV，FLLTRILTI，LLVPFVQWFV，LYSHPIILGF，STLPETTVVRR和GLSRYVARL的表位。
17.权利要求15的组合物，其中一个肽包含所述的至少两个表位。
18.权利要求15的组合物，其中所述的一个或多个肽中至少一个是杂聚物。
19.权利要求15的组合物，其中选自权利要求15所列表位组的表位与细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位连接。
20.权利要求15的组合物，其中选自权利要求15所列表位组的表位与辅助T淋巴细胞(HTL)表位连接。
21.权利要求20的组合物，其中HTL表位是泛DR结合分子。
22.权利要求15的组合物，进一步包含脂质体，其中表位存在于脂质体上或内部。
23.权利要求15的组合物，其中选自权利要求15所列表位组的表位与脂质连接。
24.权利要求15的组合物，进一步包含抗原呈递细胞，其中选自权利要求15所列表位组的表位存在于抗原呈递细胞上或内部。
25.权利要求24的组合物，其中表位与抗原呈递细胞上的HLA分子结合，由此当限制于该HLA分子的细胞毒性T淋巴细胞(CTL)存在时，CTL的受体结合HLA分子和该表位的复合体。
26.权利要求24的组合物，其中抗原呈递细胞是树突细胞。
27.权利要求15的组合物，进一步包含与所述一个或多个肽混合的另外的肽。
28.权利要求27的组合物，其中另外的肽包含CTL或HTL表位。
29.疫苗组合物，包括：单位剂量的包含不到50个的与乙型肝炎病毒天然肽序列100％等同的连续氨基酸的肽，该肽包含选自下组的表位：
ALMPLYACI，    WLSLLVPFV，      YMDDVVLGA，
LLPIFFCLWV，   HTLWKAGILYK，    NVSIPWTHK，
LVVDFSQFSR，   QAFTFSPTYK，     SAICSVVRR，
KVGNFTGLY，    FPHCLAFSYM，     IPIPSSWAF，
HPAAMPHLL，    YPALMPLYACI      TPARVTGGVF，
DLLDTASALY，     LSLDVSAAFY，     WMMWYWGPSLY，
RWMCLRRFII，     SWLSLLVPF，      SWWTSLNFL，
EYLVSFGVWI，     AYRPPNAPI，      WFHISCLTF，
SWPKFAVPNL，     KYTSFPWLL，      LQSLTNLLSSNLSWL，
KQAFTFSPTYKAFLC，AGFFLLTRILTIPQS，GTSFVYVPSALNPAD，
VSFGVWIRTPPAYRPPNAPI，RHYLHTLWKAGILYK，LVPFVQWFVGLSPTV，
LHLYSHPIILGFRKI，PFLLAQFTSAICSVV，KQCFRKLPVNRPIDW，
AANWILRGTSFVYVP，PHHTALRQAILCWGELMTLA，LCQVFADATPTGWGL，
ESRLVVDFSQFSRGN，VGPLTVNEKRRLKLI，和SSNLSWLSLDVSAAF；
以及药物赋形剂。
30.根据权利要求29的疫苗组合物，进一步包括另外的表位。
31.权利要求30的组合物，其中另外的表位选自：FLLSLGIHL，FLPSDFFPSV，LPSDFFPSV，FLLTRILTI，LLVPFVQWFV，LYSHPIILGF，STLPETTVVRR和GLSRYVARL。
32.权利要求30的疫苗组合物，其中另外的表位是泛DR结合分子。
33.权利要求29的疫苗组合物，其中药物赋形剂包含佐剂。
34.权利要求29的疫苗组合物，进一步包括抗原呈递细胞。
35.权利要求34的疫苗组合物，其中表位与抗原呈递细胞上的HLA分子结合，由此当限制于该HLA分子的细胞毒性T淋巴细胞(CTL)存在时，CTL的受体结合HLA分子和该表位的复合体。
36.权利要求34的疫苗组合物，其中抗原呈递细胞是树突细胞。
37.权利要求29的疫苗组合物，进一步包括脂质体，其中至少一个表位存在于脂质体上或内部。
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