CN113462751A - 一种新型探针标记方法 - Google Patents

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王少辉
李三华
齐华
李贵喜
胡娟
霍清园
张绍敏
刘文弟
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    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay

Abstract

本发明涉及一种新型探针标记方法。本发明提供的新型探针标记方法,是在切口平移法的基础上进行改进,先将BAC克隆的质粒进行DNA酶1消化,使其片段化处理,处理后的质粒用过柱纯化也可以直接进行下一步标记。然后对片段化的质粒进行末端转移酶标记,将dUTP‑荧光素插入到DNA片段的5’端,标记好的探针无需纯化,可以直接配制探针溶液进行杂交。整个流程在一小时内即可完成,并且中间过程损耗量少,探针得率高。试验证明,切口平移法标记探针每2μg的质粒可以得到10‑20人份的探针,而本发明的方法每2μg的质粒可以得到40‑50人份的探针,极大的提高了生产效率。

Description

一种新型探针标记方法
技术领域
本发明属于分子生物学技术领域,具体涉及一种新型探针标记方法。
背景技术
目前主要的荧光标记方法依然是切口平移法,随机引物法,聚合酶链式反应法等,每种方法都各有其优缺点,随机引物法产量低,操作复杂;聚合酶链式反应法得率较高,但方法不稳定,批间差比较大;切口平移法发展最早,最为成熟,但标记时间长,得率低。常规的切口平移法标记探针是将DNase I,DNA polymerase I,BAC质粒加入一个体系中进行反应,DNase I首先对质粒产生切口,DNA polymerase I在切口处进行延伸,在延伸的过程中通过错配的方式将dUTP-荧光素插入到新合成的DNA分子中,从而获得标记的探针。但此方法反应时间比较长,2.5h左右,且反应结束后需要酒精沉淀纯化,有时需过夜沉淀,大大限制了探针生产的效率。
发明内容
本发明的目的在于提供一种新型探针标记方法,该方法对常规切口平移法进行改进,既缩短了标记时间又提高了标记效率。
为了实现上述目的,本发明采用以下技术方案:
本发明提供了一种新型探针标记方法,包括如下步骤:
1)用DNA酶I消化BAC克隆质粒,形成大小不一的DNA片段;
2)用TdT末端转移酶对DNA片段进行末端标记;
3)配制探针溶液。
优选的,步骤1)中DNA片段的长度为200-500bp。
优选的,步骤1)用DNA酶I消化BAC克隆质粒的酶切体系如下:BAC克隆2μg,DNase I1μL,10×DNase buffer 2μL,ddH2O补足20μL。进一步优选的,酶切程序为:37℃5-10min,75℃10min。
优选的,步骤2)中先对DNA片段进行纯化再进行末端标记。进一步优选的,采用PCR产物纯化试剂盒对DNA片段进行纯化。
优选的,步骤2)中标记体系如下:DNA片段700ng,Terminal DeoxynucleotidylTransferase 0.5μL,5×Reaction Buffer 2μL,Aminoallyl-dUTP-xx-AF555 0.5μL,ddH2O补足10μL,其中Terminal Deoxynucleotidyl Transferase的浓度为20U/μL。进一步优选的,标记程序如下:37℃25min,70℃5min。
优选的,步骤3)中按照杂交缓冲液:标记溶液:Human Cot-1DNA:1×TE buffer=7:1:1:1比例配制,获得探针溶液。进一步优选的,所述杂交缓冲液由水和甲酰胺、硫酸葡聚糖、氯化钠、柠檬酸组成,其中,甲酰胺的体积百分含量为30%,硫酸葡聚糖的质量百分含量为28%,氯化钠的终浓度为8.75g/L,柠檬酸的终浓度为4.4g/L。
本发明取得的有益效果:
本发明提供的新型探针标记方法,是在切口平移法的基础上进行改进,先将BAC克隆的质粒进行DNA酶1消化,使其片段化处理,处理后的质粒用过柱纯化也可以直接进行下一步标记。然后对片段化的质粒进行末端转移酶标记,将dUTP-荧光素插入到DNA片段的5’端,标记好的探针无需纯化,可以直接配制探针溶液进行杂交。整个流程在一小时内即可完成,并且中间过程损耗量少,探针得率高。试验证明,切口平移法标记探针每2μg的质粒可以得到10-20人份的探针,而本发明的方法每2μg的质粒可以得到40-50人份的探针,极大的提高了生产效率。
附图说明
图1为切口平移法标记的探针结果;
图2为本发明提供的新型标记方法制备的探针结果。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明作进一步描述,但本发明的保护范围并不仅限于此。实施例及试验例中所用的仪器设备如无特别说明,均为市售常规仪器设备;所用试剂材料,如无特别说明,均为市售常规试剂材料;其中,Terminal DeoxynucleotidylTransferase购自碧云天生物,试剂盒包含Reaction buffer(反应缓冲液)、TdT末端转移酶;Recombinant DNase I(RNase-free)购自takara,试剂盒包含10×DNase I buffer(10×DNA酶I缓冲液)、Recombinant DNase I(RNase-free)(重组DNA酶I(无RNA酶));DNAPolymerase I(E.coli)购自takara,试剂盒包含DNA polymerase I DNA聚合酶I。Aminoallyl-dUTP-xx-AF555(荧光素)和DTT(二硫苏糖醇)市售可得。
取同一批次质粒DNA(以HER2探针BAC克隆CTD-2019C10为例)2μg,分别采用常规切口平移法和本发明提供的新型标记方法标记探针,具体实施如下:
实施例 新型探针标记法
本实施例的新型探针标记方法,包括如下步骤:
1.探针的标记
配制酶切反应体系如下:
Figure BDA0003164778970000031
配置完毕后,用移液器吹打混匀,离心后,放在PCR仪上反应,程序如下:37℃,10min;75℃,10min;4℃,∞。
配制标记体系,如下:
Figure BDA0003164778970000032
配置完毕后,用移液器吹打混匀后离心,放在PCR仪上反应,程序如下:37℃,25min;70℃,5min,4℃,∞。
反应完毕后,即得探针溶液。
2.探针的配制
Figure BDA0003164778970000033
其中,杂交缓冲液由水和甲酰胺、硫酸葡聚糖、氯化钠、柠檬酸组成,其中,甲酰胺的体积百分含量为30%,硫酸葡聚糖的质量百分含量为28%,氯化钠的终浓度为8.75g/L,柠檬酸的终浓度为4.4g/L。
上述试验中,TdT末端转移酶购自翊圣生物,货号:10302ES76,Aminoallyl-dUTP-xx-AF555购自Jena;封闭剂Cot-1DNA购自Invitrogen,货号1996778。
对比例切口平移标记法
本对比例的切口平移标记法,包括如下步骤:
1.探针的标记
配制反应体系如下:
Figure BDA0003164778970000034
Figure BDA0003164778970000041
其中10*nick translation Buffer配方为1M Tris-HCl(PH7.8),500mM MgCl2,0.5mg/mlBSA;DTT购自sigma,DNA polymerase I和Recombinant DNase I购自takara。
配置完毕后,用移液器吹打混匀,离心后,放在PCR仪上反应,程序如下:16℃,2h20min;80℃,10min,4℃,∞。
2.探针的纯化
A)将PCR产物转入到新的1.5ml EP管中,加入等体积的无菌去离子水和0.1倍的3MNaAC(PH=5.2)后混匀,
B)再加入2.5倍体积的无水乙醇(提前预冷),混匀;
C)置于-20℃冰箱沉淀过夜或-80℃冰箱沉淀2h;
D)取出离心管,4℃12000rpm离心20min;
E)弃上清,加入700μl 70%乙醇,4℃12000rpm离心10min;
F)重复上述步骤一次;
G)弃上清,4℃12000rpm离心10min;
H)室温放置5~10min,以使乙醇挥发完全;
I)加入10μl 1*TE(pH8.0)溶解沉淀即得探针溶液。
3.探针的配制:
Figure BDA0003164778970000042
试验例 探针检测
1.样本收集及玻片制备:
1)样本于常温下在10%中性福尔马林缓冲液中固定6~48小时,为了达到最佳的和均匀的固定与石蜡包埋效果,样本大小不宜超过0.5cm3
2)标准操作和石蜡包埋,使用高质量的石蜡。渗透和包埋应在低于65℃下进行。
3)切成3μm厚度的切片。
2.玻片预处理程序:
1)56-65℃左右烤片三小时以上(过夜)。
2)提前预热胃蛋白酶处理液,使其温度达到37℃保温备用。
3)二甲苯中室温放置切片10分钟,重复该步骤两次。
4)无水乙醇中室温放置切片5分钟,重复该步骤一次。
5)依次85%、70%乙醇中室温处理切片3分钟。
6)去离子水洗2分钟,重复3次。
7)用微波炉将适量的预处理缓冲液煮沸后,然后使其处于保温状态,放入切片修复20分钟,或是在高压锅内加入适量的预处理缓冲液,高压修复5分钟。
8)取出玻片,用去离子水洗涤三次。将切片直接放入蛋白酶消化液中,消化15±10分钟。
注:根据不同的组织(细胞)类型及切片厚度,消化时间有所不同,一般来讲,建议预实验找到样本的最佳消化时间。
9)去离子水清洗2分钟,三次。
10)脱水:70%,85%,100%乙醇溶液中依次处理各2分钟,晾干。
3.FISH操作步骤
警告和预防:荧光基团遇强光会产生光漂白现象。将含有荧光基团的试剂与玻片避光有助于减少此效应。所有需避光的步骤均在暗处进行。FISH实验操作过程中请注意防护,试剂勿与皮肤直接接触。
a)标本变性与杂交
1)将配制好的探针的杂交液从冰箱取出,瞬时离心,用移液器取10μl至各个样本。滴加至目标区域;
2)样本盖上盖玻片,避免气泡;封片胶封片;
3)将玻片放入杂交仪,80℃(±2℃)变性6分钟,40℃过夜杂交(建议使用82℃变性6分钟,40℃杂交过夜)。
注意:杂交期间片子不能干!
b)杂交后的处理
1)提前30分钟将洗涤液I水浴加热到73±1℃,小心除去封片胶;
2)将切片置于洗涤液II溶液中,放置5-10分钟,除去盖玻片;
3)将切片置于洗涤液I洗液(水浴加热到73±1℃)中,上下提拉切片1-3s,放置分钟;
4)室温条件下,将切片置于洗涤液II洗液中,上下提拉1-3s,处理切片2分钟;
5)在70%、85%的乙醇溶液中依次放置2分钟。
6)避光晾干样本。
注:考普林缸中每次最好同时放置4张切片,当最后一张玻片放入考普林缸时开始计时。
c)观察
1)滴加10μl DAPI复染液到切片组织上,盖上盖玻片,避免气泡,暗处-20℃处理15分钟。
2)于荧光显微镜下观察计数。
3)长期保存应放于-20℃。
4.结果分析
1)探针产量对比
2μg质粒用对比例1的切口平移法共获得探针100μl,即10人份探针;而用本专利提供新型标记方法(参见实施例)共获得探针476μl,约为47人份探针。
2)标记时间对比
对比例的切口平移法标记共计需要工作时间4h左右(不计过夜时间);而本发明实施例的新型标记方法共计工作时长1h左右。
3)标记结果对比
图1-2为切口平移法和新型标记法对比,图1为对比例切口平移法标记探针,图2为本发明实施例提供的新型标记方法制备的探针。
4)标记效率分析
切口平移法标记的1人份探针包含200ng质粒DNA,而本发明提供的新型标记方法标记的1人份探针包含42ng质粒DNA,从结果看出两者信号亮度相当,可得知两个探针中荧光素的总量相当,而后者质粒总量较少,由此可知,本发明的新型探针标记法的荧光素插入率要显著高于切口平移法,即是说,本发明方法标记探针效率要远远高于传统的切口平移法。

Claims (9)

1.一种新型探针标记方法,包括如下步骤:
1)用DNA酶I消化BAC克隆质粒,形成DNA片段;
2)用TdT末端转移酶对DNA片段进行末端标记;
3)配制探针溶液。
2.根据权利要求1所述方法,其特征在于,所述步骤1)中DNA片段的长度为200-500bp。
3.根据权利要求1所述方法,其特征在于,所述步骤1)中用DNA酶I消化BAC克隆质粒的酶切体系如下:BAC克隆2μg,DNase I 1μL,10×DNase buffer 2μL,ddH2O补足20μL。
4.根据权利要求3所述方法,其特征在于,酶切程序为:37℃5-10min,75℃10min。
5.根据权利要求1所述方法,其特征在于,所述步骤2)中先对DNA片段进行纯化再进行末端标记。
6.根据权利要求1所述方法,其特征在于,所述步骤2)中标记体系如下:DNA片段700ng,Terminal Deoxynucleotidyl Transferase 0.5μL,5×Reaction Buffer 2μL,Aminoallyl-dUTP-xx-AF555 0.5μL,ddH2O补足10μL,其中Terminal DeoxynucleotidylTransferase的浓度为20U/μL。
7.根据权利要求6所述方法,其特征在于,标记程序如下:37℃25min,70℃5min。
8.根据权利要求6所述方法,其特征在于,所述步骤3)中按照杂交缓冲液:标记溶液:Human Cot-1 DNA:1×TE buffer=7:1:1:1比例配制,获得探针溶液。
9.根据权利要求8所述方法,其特征在于,所述杂交缓冲液由水和甲酰胺、硫酸葡聚糖、氯化钠、柠檬酸组成,其中,甲酰胺的体积百分含量为30%,硫酸葡聚糖的质量百分含量为28%,氯化钠的终浓度为8.75g/L,柠檬酸的终浓度为4.4g/L。
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