CN112368400A - 用于扩增和检测沙眼衣原体的多核苷酸 - Google Patents

用于扩增和检测沙眼衣原体的多核苷酸 Download PDF

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Abstract

本发明提供了用于检测测试样品中的沙眼衣原体的方法和组合物。它在所述样品中的存在或不存在通过基于核酸的测试方法使用与23S核糖体基因或基因转录物结合的引物和/或探针和或分子信标来确定。

Description

用于扩增和检测沙眼衣原体的多核苷酸
相关申请的交叉引用
本申请要求2018年5月9日提交的美国临时申请第62/669,236号和2018年5月10日提交的美国非临时申请第15/976,733号的权益，所述临时申请和非临时申请的公开内容通过引用整体并入本文。
序列表
本申请含有已通过EFS网提交并且据此通过引用整体并入的序列表。所述ASCII副本创建于2019年5月8日，命名为TSM-045WO_CRF_sequencelisting.txt，大小为29,937字节。
发明领域
本发明涉及分子生物学和核酸化学领域。本发明提供了用于检测病原体诸如沙眼衣原体的方法和试剂，因此，还涉及医学诊断和预后领域。特别地，本发明涉及用于扩增和检测沙眼衣原体的多核苷酸和方法。
发明背景
迫切需要为性传播感染(STI)开发快速、可负担起的、样本入-结果出(sample-inanswer-out)的即时检验型(POC)诊断平台。世界卫生组织(WHO)估计，全球每年在年龄为15至49岁的男性和女性中有超过4.99亿例可治愈性STI(即由于淋病奈瑟氏菌(Neisseriagonorrhoeae)(NG)、沙眼衣原体(CT)、阴道毛滴虫(Trichomonas vaginalis)(TV)和梅毒(Syphilis)的那些)引起的新病例发生，导致很高的发病率和死亡率。撒哈拉以南非洲地区妇女未经治疗的淋球菌(gonococcal)和衣原体感染为寻求不育干预的妇女中高达85％的不育症的原因。
沙眼衣原体是美国最常见的性传播感染的原因。衣原体可男性中引起尿道炎以及在女性中引起盆腔炎、异位妊娠和不孕症。无症状感染在男性和女性中都很常见，因此有必要进行筛查以防止疾病传播(如CDC所建议的)。
附图说明
图1标识了能够结合从每个引物组产生的扩增子的标记的多核苷酸序列或分子信标。
发明内容
在一些实施方案中，本发明包括包含选自由组-1至组-81组成的组的多核苷酸的组的组合物。在一些实施方案中，组合物还包含探针。在一些实施方案中，探针包含标记物。在一些实施方案中，探针为标记的多核苷酸。在优选实现方式中，标记物为荧光团，其优选共价附接于多核苷酸的末端。在特别优选的实施方案中，探针或多核苷酸为包含荧光团、淬灭剂和多核苷酸的分子信标。在一个实施方案中，荧光团为FAM，并且淬灭剂为BHQ1。在另一个实现方式中，荧光团为ATTO 565或Alexa 594，并且淬灭剂为BHQ1或BHQ2。
在一些实现方式中，组合物包含标记的多核苷酸，所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97的核苷酸5-34、SEQ ID NO:98的核苷酸5-31、SEQ IDNO:99的核苷酸3-31、SEQ ID NO:100的核苷酸5-30、SEQ ID NO:101的核苷酸6-29、SEQ IDNO:102的核苷酸6-30、SEQ ID NO:103的核苷酸5-26、SEQ ID NO:104的核苷酸4-27、SEQ IDNO:105的核苷酸7-30、SEQ ID NO:106的核苷酸5-27、SEQ ID NO:107的核苷酸6-29、SEQ IDNO:108的核苷酸6-29、SEQ ID NO:109的核苷酸6-29、SEQ ID NO:110的核苷酸6-30、SEQ IDNO:111的核苷酸8-31、SEQ ID NO:112的核苷酸6-29、SEQ ID NO:113的核苷酸8-31、SEQ IDNO:114的核苷酸5-29、SEQ ID NO:115的核苷酸5-29、SEQ ID NO:116的核苷酸4-28以及SEQID NO:117的核苷酸5-30、SEQ ID NO:118的核苷酸8-28、SEQ ID NO:119的核苷酸8-30、SEQID NO:120的核苷酸8-29、SEQ ID NO:121的核苷酸4-33、SEQ ID NO:122的核苷酸7-34、SEQID NO:123的核苷酸9-34、SEQ ID NO:124的核苷酸8-34、SEQ ID NO:125的核苷酸6-28、SEQID NO:126的核苷酸7-28、SEQ ID NO:127的核苷酸3-27、SEQ ID NO:128的核苷酸7-32、SEQID NO:129的核苷酸4-27、SEQ ID NO:130的核苷酸6-27和SEQ ID NO:131的核苷酸8-29。在另外的实现方式中，标记的多核苷酸可包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97至131。在某些实现方式中，标记的多核苷酸的序列选自由以下组成的组：SEQ ID NO:97至131。在其它实施方案中，标记的多核苷酸的序列选自由以下组成的组：SEQ ID NO:97至131。
在一些实施方案中，多核苷酸的组选自由以下组成的组：组-12、组14-27、组-39、组41-54、组-66和组68-81，并且所述组合物包含标记的多核苷酸，所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:103的核苷酸5-26、SEQ ID NO:104的核苷酸4-27、SEQ ID NO:105的核苷酸7-30、SEQ ID NO:107的核苷酸6-29、SEQ ID NO:108的核苷酸6-29、SEQ ID NO:109的核苷酸6-29、SEQ ID NO:111的核苷酸8-31、SEQ ID NO:114的核苷酸5-29、SEQ ID NO:115的核苷酸5-29、SEQ ID NO:116的核苷酸4-28、SEQ ID NO:117的核苷酸5-30、SEQ ID NO:118的核苷酸8-28、SEQ ID NO:119的核苷酸8-30、SEQ ID NO:123的核苷酸9-34、SEQ ID NO:124的核苷酸8-34、SEQ ID NO:128的核苷酸7-32和SEQ ID NO:129的核苷酸4-27。在一些实现方式中，标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:128和SEQ ID NO:129。在一些实现方式中，标记的多核苷酸的序列是SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ IDNO:105、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ IDNO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:128和SEQ ID NO:129。在优选实现方式中，标记的多核苷酸的序列为SEQ ID NO:115，并且多核苷酸的组选自由以下组成的组：组-20、组-24、组-47、组-51、组-74和组-78。甚至更优选地，多核苷酸的组是组-20或组-24。
在又一个实施方案中，多核苷酸的组选自由以下组成的组：组12-27、组39-54和组66-81，并且所述组合物包含标记的多核苷酸，所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97的核苷酸5-34、SEQ ID NO:98的核苷酸5-31、SEQ ID NO:99的核苷酸3-31、SEQ ID NO:100的核苷酸5-30、SEQ ID NO:101的核苷酸6-29、SEQ ID NO:106的核苷酸5-27、SEQ ID NO:110的核苷酸6-30、SEQ ID NO:112的核苷酸6-29、SEQ ID NO:120的核苷酸8-29、SEQ ID NO:121的核苷酸4-33和SEQ ID NO:122的核苷酸7-34。更特别地，标记的多核苷酸可包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:112、SEQID NO:120、SEQ ID NO:121和SEQ ID NO:122。在某些实现方式中，标记的多核苷酸的序列选自由以下组成的组：SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQID NO:101、SEQ ID NO:106、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121和SEQ ID NO:122。
在一个实现方式中，多核苷酸的组选自由以下组成的组：组-12、组14-18、组-20、组-24、组-27、组-39、组41-45、组-47、组-51、组-54、组-66、组68-72、组74、组-78和组-81，并且所述组合物包含标记的多核苷酸，所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:125的核苷酸6-28和SEQ ID NO:126的核苷酸7-28。在某些实现方式中，标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:125和SEQ ID NO:126。在一些实施方案中，标记的多核苷酸的序列是SEQ ID NO:125或SEQ ID NO:126。
在另一个实现方式中，多核苷酸组的组选自由以下组成的组：组14-27、组41-54和组68-81，并且组合物包含标记的多核苷酸，所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:113的核苷酸8-31和SEQ ID NO:127的核苷酸3-27。在一些实施方案中，标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:113和SEQ ID NO:127。在其它实施方案中，标记的多核苷酸的序列是SEQ ID NO:113或SEQ ID NO:127。
在又一个实施方案中，多核苷酸的组选自由以下组成的组：组12-20、组22-27、组39-47、组49-54、组66-74和组76-81，并且组合物包含标记的多核苷酸，所述标记的多核苷酸包含SEQ ID NO:130的核苷酸6-27。在一些实现方式中，标记的多核苷酸包含SEQ ID NO:130。在其它实施方案中，标记的多核苷酸的序列是SEQ ID NO:130。
在一个实现方式中，多核苷酸的组选自由以下组成的组：组-13、组-40和组-67，并且组合物包含标记的多核苷酸，所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQID NO:102的核苷酸6-30和SEQ ID NO:131的核苷酸8-29。在这样的实施方案中，标记的多核苷酸可包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:102和SEQ ID NO:131。在另一个实施方案中，标记的多核苷酸的序列是SEQ ID NO:102或SEQ ID NO:131。
本发明的另一方面提供了包含荧光团、淬灭剂和多核苷酸的分子信标，其中所述多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97的核苷酸5-34、SEQ ID NO:98的核苷酸5-31、SEQ ID NO:99的核苷酸3-31、SEQ ID NO:100的核苷酸5-30、SEQ ID NO:101的核苷酸6-29、SEQ ID NO:102的核苷酸6-30、SEQ ID NO:103的核苷酸5-26、SEQ ID NO:104的核苷酸4-27、SEQ ID NO:105的核苷酸7-30、SEQ ID NO:106的核苷酸5-27、SEQ ID NO:107的核苷酸6-29、SEQ ID NO:108的核苷酸6-29、SEQ ID NO:109的核苷酸6-29、SEQ IDNO:110的核苷酸6-30、SEQ ID NO:111的核苷酸8-31、SEQ ID NO:112的核苷酸6-29、SEQ IDNO:113的核苷酸8-31、SEQ ID NO:114的核苷酸5-29、SEQ ID NO:115的核苷酸5-29、SEQ IDNO:116的核苷酸4-28、SEQ ID NO:117的核苷酸5-30、SEQ ID NO:118的核苷酸8-28、SEQ IDNO:119的核苷酸8-30和SEQ ID NO:120的核苷酸8-29。
本发明的另一方面提供了检测测试样品中的沙眼衣原体的方法，所述方法包括(a)从测试样品中提取核酸，(b)通过使步骤(a)中提取的核酸与包含链置换DNA聚合酶和序列特异性引物组的反应混合物反应来扩增靶序列，其中所述序列特异性引物组选自由以下组成的组：组-1至组-81，以及(c)检测步骤(b)的扩增产物的存在或不存在；其中所述扩增产物的存在指示测试样品中沙眼衣原体的存在。在一个实施方案中，在约60℃与约67℃之间对靶序列进行步骤(b)中的扩增少于30分钟。优选地，进行扩增步骤少于15分钟、少于10分钟或少于6分钟。在一些实现方式中，反应混合物还包含逆转录酶。在一些实现方式中，沙眼衣原体以≤100IFU/mL、≤50IFU/mL、≤5IFU/mL或甚至≤2IFU/mL的浓度存在于测试样品中。在一种实现方式中，沙眼衣原体以≤5IFU/ml的浓度存在于测试样品中，并且进行扩增步骤少于15分钟。在另一个实现方式中，沙眼衣原体以≤10IFU/ml的浓度存在于测试样品中，并且进行扩增步骤少于6分钟。
在某些实施方案中，检测扩增产物的存在或不存在包括使扩增产物与包含附接至标记物的多核苷酸的探针杂交。在优选实现方式中，标记物为荧光团，其优选共价附接于多核苷酸的末端。在特别优选的实施方案中，探针或多核苷酸为包含荧光团、淬灭剂和多核苷酸的分子信标。在一个实施方案中，荧光团为FAM，并且淬灭剂为BHQ1。在另一个实现方式中，荧光团为ATTO 565或Alexa 594，并且淬灭剂为BHQ1或BHQ2。该方法可使用本文所述的引物组和标记的多核苷酸例如分子信标的任意组合来实施。图1标识了标记的多核苷酸序列或分子信标，它们能够与由每个引物组产生的扩增子结合，因此可用于检测测试样品中沙眼衣原体的存在。
本发明的又一方面提供了试剂盒，其包括包含选自由组-1至组-81组成的组的多核苷酸的组的组合物。在一些实施方案中，试剂盒还包含链置换聚合酶和，任选地，逆转录酶。在某些实施方案中，所述试剂盒包含分子信标，所述分子信标包含荧光团、淬灭剂和多核苷酸，其中所述多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97的核苷酸5-34、SEQ ID NO:98的核苷酸5-31、SEQ ID NO:99的核苷酸3-31、SEQ ID NO:100的核苷酸5-30、SEQ ID NO:101的核苷酸6-29、SEQ ID NO:102的核苷酸6-30、SEQ ID NO:103的核苷酸5-26、SEQ ID NO:104的核苷酸4-27、SEQ ID NO:105的核苷酸7-30、SEQ ID NO:106的核苷酸5-27、SEQ ID NO:107的核苷酸6-29、SEQ ID NO:108的核苷酸6-29、SEQ ID NO:109的核苷酸6-29、SEQ ID NO:110的核苷酸6-30、SEQ ID NO:111的核苷酸8-31、SEQ ID NO:112的核苷酸6-29、SEQ ID NO:113的核苷酸8-31、SEQ ID NO:114的核苷酸5-29、SEQ ID NO:115的核苷酸5-29、SEQ ID NO:116的核苷酸4-28、SEQ ID NO:117的核苷酸5-30、SEQ ID NO:118的核苷酸8-28、SEQ ID NO:119的核苷酸8-30、SEQ ID NO:120的核苷酸8-29、SEQ ID NO:121的核苷酸4-33、SEQ ID NO:122的核苷酸7-34、SEQ ID NO:123的核苷酸9-34、SEQ IDNO:124的核苷酸8-34、SEQ ID NO:125的核苷酸6-28、SEQ ID NO:126的核苷酸7-28、SEQ IDNO:127的核苷酸3-27、SEQ ID NO:128的核苷酸7-32、SEQ ID NO:129的核苷酸4-27、SEQ IDNO:130的核苷酸6-27和SEQ ID NO:131的核苷酸8-29。分子信标的多核苷酸序列可包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97至SEQ ID NO:131。在一些实施方案中，分子信标的多核苷酸序列由选自由SEQ ID NO:97至SEQ ID NO:131组成的组的序列组成。在一个实施方案中，分子信标的多核苷酸序列由SEQ ID NO:115组成并且多核苷酸的组是组-20或组-24。
本发明的又一方面提供了检测测试样品中的沙眼衣原体的方法，所述方法包括(a)从测试样品中提取核酸，(b)通过使步骤(a)中提取的核酸与包含链置换DNA聚合酶和序列特异性LAMP引物组的反应混合物反应少于10分钟来扩增靶序列，以及(c)检测步骤(b)的扩增产物的存在或不存在；其中所述扩增产物的存在指示测试样品中沙眼衣原体的存在。在一些实现方式中，沙眼衣原体以≤100IFU/mL、≤50IFU/mL、≤5IFU/mL或甚至≤2IFU/mL的浓度存在于测试样品中。在某些实现方式中，扩增步骤包括使步骤(a)中提取的核酸与包含链置换DNA聚合酶和序列特异性引物组的反应混合物反应，其中所述序列特异性引物组选自由以下组成的组：组-1至组-81。在此类实现方式中，检测扩增产物的存在或不存在可包括使扩增产物与分子信标杂交，所述分子信标包含选自由以下组成的组的多核苷酸序列：SEQ ID NO:97至SEQ ID NO:131。在一些实现方式中，检测扩增产物的存在或不存在包括使扩增产物与分子信标杂交，所述分子信标包含选自由以下组成的组的多核苷酸序列：SEQ ID NO:99至SEQ ID NO:120。
在本文描述的方法的一些实施方案中，测试样品除了沙眼衣原体以外还包含一种或多种其它微生物，并且其中来自沙眼衣原体的靶序列优先于来自所述一种或多种其它微生物的多核苷酸序列被扩增。
在一些实施方案中，本发明提供了与SEQ ID NO 1-96中任一个具有至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％％、至少99.1％、至少99.2％、至少99.3％、至少99.4％、至少99.5％、至少99.6％、至少99.7％、至少99.8％或至少99.9％同一性的核酸序列，以及使用这些核酸序列检测测试样品中的沙眼衣原体的方法。在一些实施方案中，本发明提供了与由以下序列组成的组中的任一个具有至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％％、至少99.1％、至少99.2％、至少99.3％、至少99.4％、至少99.5％、至少99.6％、至少99.7％、至少99.8％或至少99.9％同一性的核酸序列：SEQ ID NO:99的核苷酸3-31、SEQ ID NO:100的核苷酸5-30、SEQ ID NO:101的核苷酸6-29、SEQ ID NO:102的核苷酸6-30、SEQ ID NO:103的核苷酸5-26、SEQ ID NO:104的核苷酸4-27、SEQ ID NO:105的核苷酸7-30、SEQ ID NO:106的核苷酸5-27、SEQ ID NO:107的核苷酸6-29、SEQ ID NO:108的核苷酸6-29、SEQ ID NO:109的核苷酸6-29、SEQ ID NO:110的核苷酸6-30、SEQ ID NO:111的核苷酸8-31、SEQ ID NO:112的核苷酸6-29、SEQ ID NO:113的核苷酸8-31、SEQ ID NO:114的核苷酸5-29、SEQ ID NO:115的核苷酸5-29、SEQ ID NO:116的核苷酸4-28和SEQ ID NO:117的核苷酸5-30，以及使用这些核酸序列来检测测试样品中的砂眼衣原体的方法。
具体实施方式
在医学领域，检测低浓度的物种(下至样品中的少量分子或微生物)是一项挑战。本发明涉及沙眼衣原体的选择性检测。特别地，基于利用核酸扩增，特别是RT-LAMP和分子信标检测的新检测策略，可使用本文所述的方法和试剂来诊断衣原体感染。使用RNA(核糖体RNA(rRNA)或信使RNA)作为靶区域为每个沙眼衣原体基因组提供了多个拷贝的靶标。因此，即使当每个基因组以多个拷贝存在时，这也相对于靶向基因组DNA的技术，利用本文所述的方法促进了样品中沙眼衣原体的检测。另外，本文所述的分子信标检测试剂提供了额外的特异性，在大多数情况下不能与脱靶的扩增DNA结合，从而使例如假阳性的发生降至最低。该特异性尤其在下面提供的实施例4中进行说明。本文还描述了本发明的许多其它特征。
如本文中所用，“核酸”包括DNA和RNA，包括含有非标准核苷酸的DNA和RNA。“核酸”包含至少一个多核苷酸(“核酸链”)。“核酸”可以是单链或双链的。术语“核酸”是指构成例如脱氧核糖核酸(DNA)大分子和核糖核酸(RNA)大分子的核苷酸和核苷。最常见的核酸是脱氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA)。应当进一步理解，本发明可用于包含人工核苷酸的生物序列，所述人工核苷酸为诸如肽核酸(PNA)、吗啉代、锁核酸(LNA)、乙二醇核酸(GNA)和苏糖核酸(TNA)，等等。优选地，人工核苷酸为锁核酸分子，包括[α]-L-LNA。LNA包含核糖核酸类似物，其中核糖环被2′-氧与4′-碳之间的亚甲基桥“锁定”，即含有至少一个LNA单体(即，一个2′-O,4′-C-亚甲基-β-D-呋喃核糖基核苷酸)的寡核苷酸。LNA碱基形成标准的Watson-Crick碱基对，但锁定构型增加了碱基配对反应的速率和稳定性(Jepsen等人，Oligonucleotides,14,130-146(2004))。
如本文中所用，“多核苷酸”是指包含两个或更多个核苷酸的聚合物链，其包含脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸和/或其类似物，诸如含有经修饰的主链(例如肽核酸(PNA)或硫代磷酸酯)或经修饰的碱基的那些。“多核苷酸”包括引物、寡核苷酸、核酸链等。多核苷酸可以包含标准或非标准核苷酸。因此，该术语包括mRNA、tRNA、rRNA、核酶、DNA、cDNA、重组核酸、支链核酸、质粒、载体、探针、引物等。通常，多核苷酸在链的一个末端(“5′末端”)包含5′磷酸并且在另一末端(“3′末端”)包含3′羟基。多核苷酸的最5′核苷酸在本文中可称为多核苷酸的“5′末端核苷酸”。多核苷酸的最3′核苷酸在本文中可称为多核苷酸的“3′末端核苷酸”。当本发明的核酸采取RNA形式时，其可具有或可以不具有5′帽。
LAMP是依赖于由Bst DNA聚合酶或其它链置换聚合酶进行的自循环链置换DNA合成的核酸扩增方法。扩增产物是具有几个靶标的重复序列的茎环结构，并具有多个环。该方法的主要优点是不需要DNA模板的变性，因此LAMP反应可在等温条件(范围为60至67℃)下进行。LAMP只需要一种酶和四种类型的引物，所述引物可识别靶序列中六个不同的杂交位点。可通过添加两个额外的引物来加速反应。所述方法产生大量扩增产物，导致更容易检测，诸如通过目视判断反应混合物的浊度或荧光进行检测。
简言之，通过一对“成环”引物(分别为正向和反向内部引物FIP和BIP)的退火和延伸，然后一对侧翼引物(F3和B3)的退火和延伸来引发反应。这些引物的延伸导致成环元件的链置换，所述成环元件折叠形成末端发夹环结构。一旦出现了这些关键结构，扩增过程便会自我维持，并在恒定温度下以连续和指数方式(而不是像PCR那样以循环方式)进行，直至反应混合物中的所有核苷酸(dATP、dTTP、dCTP及dGTP)已被掺入扩增的DNA中。任选地，可包括另外一对引物以加速反应。这些引物，称为环引物，与内部引物哑铃状产物的非内部引物结合的末端环杂交。
如本文中所用，术语“引物”是指寡核苷酸，所述寡核苷酸当被置于诱导与核酸链(模板)互补的引物延伸产物合成的条件下时，即在核苷酸和聚合试剂诸如DNA聚合酶存在的情况下并且在合适的温度和pH下，能够充当合成起始点。
LAMP允许以比PCR更高的灵敏度和特异性扩增靶DNA序列，通常反应时间少于30分钟，这相当于最快的实时PCR测试。被扩增的靶序列的长度通常为200-300个碱基对(bp)，并且反应依赖于在扩增过程中由几个引物同时识别该序列的120bp至160bp。这种高水平严格性使扩增具有高度特异性，使得只有当最初存在整个靶序列时，才会在反应中出现扩增的DNA。
LAMP的应用已被进一步扩展到包括通过添加逆转录酶(RT)来检测RNA分子。通过包括RNA检测，LAMP可应用的靶标类型也得以扩展，并增加了额外靶向基于RNA的病毒、重要的调控性非编码RNA(sRNA、miRNA)和与特定疾病或生理状态相关的RNA分子的能力。检测RNA的能力还具有例如在选择高表达的、稳定的和/或丰富的信使RNA(mRNA)或核糖体RNA(rRNA)靶标方面提高测定灵敏度的潜力。扩增的初步阶段涉及将RNA分子逆转录为互补DNA(cDNA)。然后，cDNA充当链置换DNA聚合酶的模板。使用热稳定的RT酶(即NEB RTx)可以使反应能够在单一温度下并在一步、单一混合反应中完成。
如本文中所用，“靶序列”意指使用本文提供的一种或多种多核苷酸扩增、检测或者扩增并检测的沙眼衣原体的核酸序列或其互补序列。另外，虽然术语靶序列有时指双链核酸序列，但本领域技术人员将认识到靶序列也可以是单链的，例如，RNA。可选择对特定生物体或多或少具有特异性的靶序列。例如，靶序列可以对整个属、一个以上的属、物种或亚种、血清群、营养型、血清型、菌株、分离物或其它生物体的亚组具有特异性。
本文描述的引物/探针组合物和方法的速度、特异性和灵敏度由几个方面决定。用于根据本发明的组合物和方法的示例性引物包括：
表1：引物序列
Figure BDA0002820292710000121
Figure BDA0002820292710000131
Figure BDA0002820292710000141
Figure BDA0002820292710000151
LAMP扩增的产物的检测可通过多种方法实现。在优选实施方案中，通过向引物混合物中加入荧光标记的探针来进行产物的检测。如本文中所用，术语“探针”是指包含与靶序列互补或基本上互补的一个或多个部分的单链核酸分子。在某些实现方式中，荧光标记的探针为分子信标。
如本文中所用，“分子信标”是指被设计成报告溶液中特定核酸存在的单链发夹形寡核苷酸探针。分子信标由四个组分组成：茎、发夹环、末端标记的荧光团和相反末端标记的淬灭剂(Tyagi等人，(1998)Nature Biotechnology 16:49-53)。当发夹样信标不与靶结合时，荧光团和淬灭剂紧密地靠在一起，荧光被抑制。在互补的靶核苷酸序列存在的情况下，信标的茎打开与靶杂交。这将荧光团和淬灭剂分开，使荧光团发出荧光。或者，分子信标还包括在末端标记的供体附近发射的荧光团。“波长转换分子信标”结合了额外的捕获荧光团(harvester fluorophore)，使荧光团能够更强地发射。目前关于分子信标的综述包括Wang等人，2009,Angew Chem Int Ed Engl,48(5):856-870；Cissell等人，2009,AnalBioanal Chem 393(1):125-35；Li等人，2008,Biochem Biophys Res Comm 373(4):457-61；以及Cady,2009,Methods Mol Biol 554:367-79。
在一个实现方式中，分子信标包含荧光团、淬灭剂和多核苷酸，其中多核苷酸包括选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97的核苷酸5-34、SEQ ID NO:98的核苷酸5-31、SEQ ID NO:99的核苷酸3-31、SEQ ID NO:100的核苷酸5-30、SEQ ID NO:101的核苷酸6-29、SEQ ID NO:102的核苷酸6-30、SEQ ID NO:103的核苷酸5-26、SEQ ID NO:104的核苷酸4-27、SEQ ID NO:105的核苷酸7-30、SEQ ID NO:106的核苷酸5-27、SEQ ID NO:107的核苷酸6-29、SEQ ID NO:108的核苷酸6-29、SEQ ID NO:109的核苷酸6-29、SEQ ID NO:110的核苷酸6-30、SEQ ID NO:111的核苷酸8-31、SEQ ID NO:112的核苷酸6-29、SEQ ID NO:113的核苷酸8-31、SEQ ID NO:114的核苷酸5-29、SEQ ID NO:115的核苷酸5-29、SEQ ID NO:116的核苷酸4-28、SEQ ID NO:117的核苷酸5-30、SEQ ID NO:118的核苷酸8-28、SEQ ID NO:119的核苷酸8-30和SEQ ID NO:120的核苷酸8-29。在一个实施方案中，多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:99至SEQ ID NO:120。在另一个实施方案中，多核苷酸由选自由SEQ ID NO:99至SEQ ID NO:120组成的组的序列组成。具有上述序列的多核苷酸可包括一个或多个非天然核苷或键联，诸如肽核酸(PNA)、吗啉代、锁定核酸(LNA)、乙二醇核酸(GNA)和苏糖核酸(TNA)，等等。在一些实施方案中，分子信标的多核苷酸包含一至六个锁核酸。在优选实施方案中，分子信标的多核苷酸包含三个锁核酸。在另一个优选实施方案中，分子信标的多核苷酸包含四个锁核酸。
分子信标优选用于也包含一组序列特异性LAMP引物的组合物中。在一个实现方式中，分子信标包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97的核苷酸5-34、SEQ ID NO:98的核苷酸5-31、SEQ ID NO:99的核苷酸3-31、SEQ ID NO:100的核苷酸5-30、SEQ ID NO:101的核苷酸6-29、SEQ ID NO:102的核苷酸6-30、SEQ ID NO:103的核苷酸5-26、SEQ ID NO:104的核苷酸4-27、SEQ ID NO:105的核苷酸7-30、SEQ ID NO:106的核苷酸5-27、SEQ IDNO:107的核苷酸6-29、SEQ ID NO:108的核苷酸6-29、SEQ ID NO:109的核苷酸6-29、SEQ IDNO:110的核苷酸6-30、SEQ ID NO:111的核苷酸8-31、SEQ ID NO:112的核苷酸6-29、SEQ IDNO:113的核苷酸8-31、SEQ ID NO:114的核苷酸5-29、SEQ ID NO:115的核苷酸5-29、SEQ IDNO:116的核苷酸4-28、SEQ ID NO:117的核苷酸5-30、SEQ ID NO:118的核苷酸8-28、SEQ IDNO:119的核苷酸8-30、SEQ ID NO:120的核苷酸8-29、SEQ ID NO:121的核苷酸4-33、SEQ IDNO:122的核苷酸7-34、SEQ ID NO:123的核苷酸9-34、SEQ ID NO:124的核苷酸8-34、SEQ IDNO:125的核苷酸6-28、SEQ ID NO:126的核苷酸7-28、SEQ ID NO:127的核苷酸3-27、SEQ IDNO:128的核苷酸7-32、SEQ ID NO:129的核苷酸4-27和SEQ ID NO:130的核苷酸6-27。在这样的实现方式中，分子信标可包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97至SEQ IDNO:130。更优选地，分子信标的多核苷酸序列由选自由SEQ ID NO:97至SEQ ID NO:130组成的组的序列组成。在特别优选的实现方式中，分子信标的多核苷酸序列是SEQ ID NO:115。
当包括在包含选自由组12-27、组39-54和组66-81组成的组的多核苷酸的组的组合物中时，分子信标优选包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97的核苷酸5-34、SEQ ID NO:98的核苷酸5-31、SEQ ID NO:99的核苷酸3-31、SEQ ID NO:100的核苷酸5-30、SEQ ID NO:101的核苷酸6-29、SEQ ID NO:106的核苷酸5-27、SEQ ID NO:110的核苷酸6-30、SEQ ID NO:112的核苷酸6-29、SEQ ID NO:120的核苷酸8-29、SEQ ID NO:121的核苷酸4-33和SEQ ID NO:122的核苷酸7-34。更具体地说，分子信标可包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQID NO:106、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121和SEQ ID NO:122。在某些实现方式中，分子信标的多核苷酸序列选自由以下组成的组：SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:106、SEQ IDNO:110、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121和SEQ ID NO:122。
当包括在包含选自由组-12、组14-18、组-20、组-24、组-27、组-39、组41-45、组-47、组-51、组-54、组-66、组68-72、组74、组-78和组-81组成的组的多核苷酸的组的组合物中时，分子信标优选包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:125的核苷酸6-28和SEQID NO:126的核苷酸7-28。在某些实现方式中，分子信标可包含选自由以下组成的组的多核苷酸序列：SEQ ID NO:125和SEQ ID NO:126。在一些实施方案中，分子信标的多核苷酸序列是SEQ ID NO:125或SEQ ID NO:126。
当与选自由组14-27、组41-54和组68-81组成的组的多核苷酸的组结合使用时，分子信标优选包含选自由以下组成的组的多核苷酸序列：SEQ ID NO:113的核苷酸8-31和SEQID NO:127的核苷酸3-27。在一些实施方案中，分子信标的标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:113和SEQ ID NO:127。在其它实施方案中，分子信标的多核苷酸序列是SEQ ID NO:113或SEQ ID NO:127。
当包括在包含选自由组12-20、组22-27、组39-47、组49-54、组66-74和组76-81组成的组的多核苷酸的组的组合物中时，分子信标优选包含SEQ ID NO:130的核苷酸6-27。在一些实现方式中，分子信标包含SEQ ID NO:130。在其它实施方案中，分子信标的多核苷酸序列是SEQ ID NO:130。
当与选自由组-13、组-40和组-67组成的组的多核苷酸的组结合使用时，分子信标优选包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:102的核苷酸6-30和SEQ ID NO:131的核苷酸8-29。在这样的实施方案中，分子信标可包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:102和SEQ ID NO:131。在另一个实施方案中，分子信标的多核苷酸序列是SEQ ID NO:102或SEQ ID NO:131。
如本文中所用，术语“标记物”意指具有能够检测和任选地定量的性质或特征的分子或部分。标记物可以是可直接检测的，例如(但不限于)放射性同位素、荧光团、化学发光体、酶、胶体颗粒、荧光微粒等；或者标记物可以是用例如特异性结合成员可间接检测的。应当理解，可直接检测的标记物可能需要额外的组分，例如底物、触发试剂、淬灭部分、光等，以使得能够检测和/或定量标记物。当使用可间接检测的标记物时，它们通常与“缀合物”结合使用。缀合物通常是已经附接至或偶联至可直接检测的标记物的特异性结合成员。用于合成缀合物的偶联化学在本领域中是公知的，并且可以包括例如不破坏特异性结合成员的特异性结合性质或标记物的可检测性质的任何化学手段和/或物理手段。如本文中所用，“特异性结合成员”意指结合对的成员，即两个不同的分子，其中所述分子之一通过例如化学或物理手段与另一个分子特异性结合。除了抗原和抗体特异性结合对以外，其它特异性结合对包括但不限于抗生物素蛋白和生物素；半抗原和对半抗原具有特异性的抗体；互补核苷酸序列；酶辅助因子或底物和酶；等等。
分子信标可仅由核酸诸如DNA或RNA组成，或者其可由肽核酸(PNA)缀合物组成。荧光团可以是任何荧光有机染料或单个量子点。淬灭部分理想地淬灭荧光团的发光。可以使用任何合适的淬灭荧光团发光的淬灭部分。荧光团可以是本领域已知的任何荧光标记物/染料。合适的荧光标记物的实例包括但不限于Fam、Hex、Tet、Joe、Rox、Tamra、Max、Edans、Cy染料诸如Cy5、荧光素、香豆素、曙红、罗丹明、Bodipy、Alexa、Cascade Blue、YakimaYellow、Lucifer Yellow、Texas Red和ATTO染料家族。淬灭剂可以是本领域已知的任何淬灭剂。淬灭剂的实例包括但不限于Dabcyl、Dark Quencher、Eclipse Dark Quencher、ElleQuencher、Tamra、BHQ和QSY(它们均为商品名)。当设计探针时，技术人员将知道染料/淬灭剂的哪些组合是合适的。在示例性实施方案中，将荧光素(FAM)与BlackholeQuencherTM(BHQTM)(Novato,Calif.)结合使用。随后可直接目测评估分子信标与扩增产物的结合。或者，荧光水平可通过光谱学来测量，以提高灵敏度。
各种商业供应商生产标准和定制分子信标，包括Abingdon Heal th(UK；www.abingdonhealth.com)、Attostar(US,MN；www.attostar.com)、Biolegio(NLD；www.biolegio.com)、Biomers.net(DEU；www.biomers.net)、Biosearch Technologies(US,CA；www.biosearchtech.c om)、Eurogentec(BEL；www.eurogentec.com)、Gene Link(US,NY；www.genelink.com)、Integrated DNA Technologies(US,IA；www.i dtdna.com)、Isogen Life Science(NLD；www.isogen-lifescience.com)、Midland Certified Reagent(US,TX；www.oligos.com)、Eurofins(DE U；www.eurofinsgenomics.eu)、Sigma-Aldrich(US,TX；www.sigmaal drich.com)、Thermo Scientific(US,MA；www.thermoscientific.com)、TIB MOLBIOL(DEU；www.tib-molbiol.de)、TriLink BioTechnologi es(US,CA；www.trilinkbiotech.com)。利用分子信标的各种试剂盒也是商购可得的，诸如来自Stratagene(La Jolla,Calif.)的SentinelTM Molecular BeaconAllelic Discrimination试剂盒和来自Eurogentec SA(Belgium,eurogentec.com)和Isogen Bioscience BV(The Netherla nds,isogen.com)的各种试剂盒。
本发明的寡核苷酸探针和引物任选地使用本领域已知的基本上任何技术来制备。例如，在某些实施方案中，本文所述的寡核苷酸探针和引物使用基本上任何核酸合成方法来化学合成，所述方法包括，例如，根据Beaucage和Caruthers(1981),TetrahedronLetts.22(20):1859-1862(其通过引用并入)所述的固相亚磷酰胺三酯法，或本领域已知的另一种合成技术，例如使用自动合成仪，如Needham-VanDevanter等人(1984)NucleicAcids Res.12:6159-6168(其通过引用并入)中所述的。用于自动化寡核苷酸合成的非常多种类的设备可商购获得。还可任选地使用多核苷酸合成方法(例如，三核苷酸合成等)。此外，本文描述的引物核酸任选地包含各种修饰。为了进一步说明，还可任选地修饰引物，以提高扩增反应的特异性，如在例如1999年12月14日发布的美国专利第6,001,611号(其通过引用并入)中所述的。引物和探针还可用本文所述或其它本领域中所知晓的各种其它修饰来合成。
另外，基本上任何核酸(以及实际上任何标记的核酸，无论是标准的还是非标准的)都可从各种商业来源的任何来源定制或标准订购，所述商业来源为诸如IntegratedDNA Technologies、the Midland Certified Reagent Company、Eurofins、BiosearchTechnologies、Sigma Aldrich和许多其它公司。
测试样品通常源自或分离自被怀疑患有衣原体感染的受试者，通常为哺乳动物受试者，更常见地为人受试者。示例性样品或样本包括血液、血浆、血清、尿液、滑液、精液、精浆、前列腺液、阴道液、宫颈液、子宫液、宫颈碎屑、羊水、肛门碎屑、粘液、痰、组织等。基本上用于采集这些样品的任何技术都可以任选地使用，包括例如刮擦、静脉穿刺、擦拭、活组织检查或本领域已知的其它技术。
如本文中所用，术语“测试样品”意指从怀疑含有或可能含有靶序列的生物体或生物流体中采集的样品。测试样品可以取自任何生物来源，诸如组织、血液、唾液、痰、粘液、汗液、尿液、尿道拭子、宫颈拭子、阴道拭子、泌尿生殖器或肛门拭子、结膜拭子、眼球晶状体液、脑脊液、乳汁、腹水、滑液、腹膜液、羊水、发酵液、细胞培养物、化学反应混合物等。可以(i)直接使用从来源获得的测试样品或(ii)在预处理(以改变样品的特征)后使用测试样品。因此，可通过例如从血液中制备血浆或血清、破碎细胞或病毒颗粒、从固体材料中制备液体、稀释粘性液体、过滤液体、蒸馏液体、浓缩液体、灭活干扰组分、添加试剂、纯化核酸等来在使用前预处理测试样品。
有利的是，本发明使得能够可靠地快速检测临床样品诸如尿样中的沙眼衣原体。
为了进一步说明，在分析本文所述的靶核酸之前，可从通常包括不同组分的复杂混合物的样品中纯化或分离这些核酸。通常裂解收集的样品中的细胞以释放细胞内容物。例如，特定样品中的沙眼衣原体和其它细胞可通过将它们与各种酶、化学物质接触来裂解，和/或通过本领域已知的其它方法裂解，所述方法降解例如细菌细胞壁。在一些实施方案中，直接在细胞裂解物中分析核酸。在其它实施方案中，在检测之前，从细胞裂解物中进一步纯化或提取核酸。基本上任何核酸提取方法都可用于纯化本发明方法中使用的样品中的核酸。可用于纯化核酸的示例性技术包括例如亲和色谱、与固定在固体载体上的探针杂交、液-液提取(例如苯酚-氯仿提取等)、沉淀(如使用乙醇)、用滤纸提取、用胶束形成试剂(例如，十六烷基-三甲基-溴化铵等)提取、与固定的嵌入染料(例如，溴化乙锭、吖啶等)结合、在离液条件下至硅胶或双原子土的吸附、至磁性玻璃颗粒或有机硅烷颗粒的吸附和/或类似技术。例如，在美国专利第5,155,018号、第6,383,393号和5,234,809号中也描述了样品处理，所述专利中各自通过引用并入。
测试样品可以任选地根据本领域技术人员已知的任何技术进行处理和/或纯化，以提高扩增效率和/或定性准确性和/或定量准确性。因此，无论是通过纯化、分离还是通过化学合成获得，样品都可仅由或基本上由一种或多种核酸组成。各种手段对于想从测试样品中分离或纯化核酸诸如DNA，例如从宫颈刮屑中分离或纯化DNA的本领域技术人员来说是可获得的(例如，QIAamp-DNA Mini试剂盒；Qiagen,Hilden,Germany)。
实施例：
实施例1：靶标选择和引物探针设计
考虑到细菌细胞中核糖体基因的组成型和高水平表达，选择这些基因(特别是16S和23S基因)作为扩增测定的靶标。
可从NCBI数据库中检索到沙眼衣原体、诸如肺炎衣原体和鹦鹉热衣原体等密切相关的物种以及尿液或阴道液中常见的其它物种的16S和23S基因序列。使用Clustal omega(Sievers等人，2011年Molecular Systems Biology 7:539)对序列进行比对，并鉴定对沙眼衣原体物种具有独特的特定碱基的区域。使用LAMP设计器(Premier Biosoft)设计环介导扩增引物。为了提高特异性，手动设计或使用信标设计器(Premier Biosoft)设计靶向扩增产物的分子信标或探针。使用BLAST针对人基因组和NCBI核苷酸数据库进一步分析设计的引物组和信标的特异性。针对反应速度设计和筛选了各种引物组和探针。
表2概述了本发明的引物组，所述引物组最少包括正向内部引物(forward innerprimer)(FIP)和反向内部引物(backward inner primer)(BIP)。另外，引物组通常还包括至少两个选自正向外部引物(forward outer primer)(F3)、反向外部引物(backwardouter primer)(B3)、正向环引物(forward loop primer)(LF)和反向环引物(backwardloop prime r)(LB)的附加引物。
表2：LAMP引物组
Figure BDA0002820292710000231
Figure BDA0002820292710000241
Figure BDA0002820292710000251
Figure BDA0002820292710000261
Figure BDA0002820292710000271
实施例2：扩增反应动力学
用两种不同浓度(103IFU/mL和10IFU/mL)的经滴定的沙眼衣原体(Z054株，D-UW3(Zeptometrix)或ATCC血清变型D株VR-885)加标阴性尿基质。使用标准提取方法提取核酸，并使用表2中所述的LAMP引物组扩增样品。将YoProTM染料(Life Technologies；绿色荧光碳花青素(carbocyanine)核酸染色)用于检测扩增产物。在本实施例中，25μl反应物含有1X等温扩增缓冲液，所述等温扩增缓冲液补充有4.8mM或6mM MgCl2、1.4mM或1.6mM dNTP、200nMYO-PRO-1染料(Life Technologies)、引物(0.2μM的F3和B3(当存在时)；1.6μM的FIP和BIP；0.4-0.8μM的LF和LB(当存在时))、8或12个单位的Bst2聚合酶(New England Biolabs)、7.5个单位的RTx Warmstart(逆转录酶；New England Biolabs)和提取的核酸(作为模板)或水(作为无模板对照)。将反应物在63°或65℃下孵育，并使用Roche实时Lightcycler96(Roche)监测动力学。
本实施例表明，通过使用这组引物和环介导的扩增方法，可获得快速的扩增动力学。结果概述于表3中，其中通过仪器计算达到阳性时的时间(Tp)。NT表示未测试的浓度。将结果按达到阳性时的时间分类(NT表示“未测试的”，“未检出(no call)”表示未检测到扩增)。
表3：达到阳性染料检测时的时间
引物 T<sub>p</sub> 10<sup>3</sup>IFU/mL T<sub>p</sub> 10IFU/mL NTC
组-1 6.1 7.8 25.12
组-2 8.6 10.8 36.81
组-3 6.6 9.1 28.59
组-4 8.2 19.8 36.77
组-5 7.9 11.1 31.42
组-6 8.8 12.2 38.28
组-7 11.0 14.4 21.05
组-8 10.9 14.2 19.86
组-9 NT 7.0 42.89
组-10 NT 6.8 32.68
组-11 NT 11.0 27.34
组-12 4.1 6.54 48.03
组-13 7.3 10.13 46.55
组-14 4.4 5.18 29.24
组-15 4.6 5.21 20.34
组-16 4.6 5.40 43.24
组-17 4.5 5.36 23.37
组-18 3.9 6.00 23.78
实施例3：信标设计位置对测定动力学的影响
当使用水或阴性尿液提取物或密切相关物种(诸如肺炎衣原体或鹦鹉热衣原体)的DNA作为模板时，在0％至75％的时间频率范围内(表4)，在我们的测定时间截止窗口的可变间隔内，含有一些上述引物组和嵌入染料的扩增反应导致扩增产物的检测。将结果按达到阳性的时间分类(“未检出”表示未检测到扩增)。
表4：交叉反应-染料检测
Figure BDA0002820292710000291
为了提高特异性，沿着这些引物组设计分子信标，以确保仅检测到来自沙眼衣原体靶标的信号(序列列于表5中)。每个分子信标探针经设计包含有5′荧光团/3′淬灭剂修饰(6-羧基荧光素(FAM)和Black Hole淬灭剂1(BHQ1))以提供靶特异性荧光检测。
表5：探针序列
Figure BDA0002820292710000292
Figure BDA0002820292710000301
Figure BDA0002820292710000311
Figure BDA0002820292710000321
用两种不同浓度(103IFU/mL和10IFU/mL)的经滴定的沙眼衣原体(Z054株，D-UW3(Zeptometrix)或ATCC血清变型D株VR-885)加标阴性尿基质。使用标准提取方法提取核酸，使用LAMP引物组(根据表2)扩增样品，使用分子信标之一(根据表4)检测扩增产物。在本实施例中，25μl反应物含有1X等温扩增缓冲液(New England Biolabs)，所述等温扩增缓冲液补充有4.8mM或6mM MgCl2、1.4mM或1.6mM dNTP、200nM分子信标(Sigma-Aldrich)、引物(0.2μM的F3和B3，如果存在的话；1.6μM或2μM的FIP和BIP；0.4-0.8μM的LF和LB，如果存在的话)、8或12个单位的Bst2聚合酶(New England Biolabs)、7.5个单位的RTx Warmstart(逆转录酶；New England Biolabs)和提取的核酸(作为模板)或水(作为无模板对照)引物。将反应物在63℃下孵育，并使用Roche实时Lightcycler96(Roche)监测动力学。表6报告了每种引物-探针组合的达到阳性时的时间。如下将结果按从反应开始到达到阳性时的时间(Tp)分类：“NT”表示未测试此组合，“未检出”表示未检测到扩增。
表6：达到阳性探针检测时的时间
Figure BDA0002820292710000322
Figure BDA0002820292710000331
Figure BDA0002820292710000341
使用分子信标进行检测导致反应Tp略有增加，但检测特异性的显著增强提供了合理的权衡，在45分钟的测试期内，在水样或来自密切相关的物种的DNA中未观察到扩增(参见实施例4，表7)。
实施例4：特异性测试
经滴定的沙眼衣原体或通常与性传播感染相关的生物体(例如，淋病奈瑟氏菌)或与沙眼衣原体密切相关的物种(肺炎衣原体或鹦鹉热衣原体)加标阴性尿基质。在加入所需浓度的尿基质之前，将细菌原液在PBS中连续稀释。根据上述实施例3所述的方法，在含有LAMP引物和分子信标探针的RT-LAMP反应中，使用测试物种的相应提取的核酸或DNA作为模板。NT表示未测试的反应。
表7：交叉反应性-探针检测
Figure BDA0002820292710000351
该实施例表明，CT23S测定及其反应制剂可被设计成高度特异性的，限制与密切相关的生物体的序列和通常与性传播感染相关的序列的交叉反应。
实施例5：灵敏度测试
将RNA分子标准品稀释至不同浓度，以评估指定的引物组/分子信标组合的灵敏度(表8)。将标准品用0.1mg/mL的于PBS中的Poly A载体RNA(Sigma)中连续稀释，并在RTLAMP反应中用作扩增的模板。反应物的终浓度为40个拷贝/uL、8个拷贝/uL或4个拷贝/uL。反应条件等同于上述实施例3中描述的条件。用低至4个拷贝/uL的浓度获得扩增信号(参见表8)。
表8：关于LAMP和分子信标的灵敏度
引物组 信标 40个拷贝/uL 8个拷贝/uL 4个拷贝/uL
组-14 MB2 6.5 7.6 12.3
组-20 MB2 6.5 7.8 9.9
序列表
<110> 达丽斯生物医学公司
<120> 用于扩增和检测沙眼衣原体的多核苷酸
<130> 32582-40570/WO
<140>
<141> 2019-05-09
<150> 62/669,236
<151> 2018-05-09
<160> 131
<170> PatentIn 3.5版
<210> 1
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<223> 人工序列的描述：合成
引物
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cgaaggaatg acggagta 18
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引物
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<210> 37
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 37
cacaggtggg cgagatgaat at 22
<210> 38
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 38
ctgacatatc cctttaacct tttggc 26
<210> 39
<211> 49
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 39
atagtcaccc taaaaggctc cccttattcc aggcgcgcga gataacttt 49
<210> 40
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 40
agaaatggcc caggcgactg tttaggcagg cgtcacacca tatact 46
<210> 41
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 41
gggataattt gccgagttcc ttaacg 26
<210> 42
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 42
aaaacacagc actatgcaaa cctctaag 28
<210> 43
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 43
cacaggtggg cgagatgaat 20
<210> 44
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 44
ctgacatatc cctttaacct tttggc 26
<210> 45
<211> 49
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 45
atagtcaccc taaaaggctc cccttattcc aggcgcgcga gataacttt 49
<210> 46
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 46
agaaatggcc caggcgactg tttaggcagg cgtcacacca tatact 46
<210> 47
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 47
gggataattt gccgagttcc ttaacg 26
<210> 48
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 48
aaaacacagc actatgcaaa cctctaag 28
<210> 49
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 49
attcgaagac agttggaatg t 21
<210> 50
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 50
tattatcggc gcaatgattc tcgaggctta gaggcagcaa tc 42
<210> 51
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 51
gtgagctgtt acgcactct 19
<210> 52
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 52
tcgttactta tgccatggat c 21
<210> 53
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 53
taaacgggac taagcataaa accgaccttc tctgctgaat actacg 46
<210> 54
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 54
gataagacac gcggtaggag 20
<210> 55
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 55
cttaccaacg gaaatcaaac tc 22
<210> 56
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 56
cacttagcat aaaattaggg accttaatcg gggggctaag cttcgt 46
<210> 57
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 57
gcggtctggg ctgttc 16
<210> 58
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 58
tatcggcgca atgattctc 19
<210> 59
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 59
tgggtaagga agtgatgatt cgaagggtga gctgttacgc ac 42
<210> 60
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 60
tggcttagag gcagcaatc 19
<210> 61
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 61
atcggcgcaa tgattctcga tggcttagag gcagcaatc 39
<210> 62
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 62
cgttacttat gccatggatc t 21
<210> 63
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 63
taagacacgc ggtaggaga 19
<210> 64
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 64
gaaatcgaag agattccctg tg 22
<210> 65
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 65
ggtgttgagg tcggtctt 18
<210> 66
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 66
ttatcctcaa tcctacaacc ccgagtagcg gcgagcgaaa g 41
<210> 67
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 67
ggatcaggac tcctagttga acacactcct ttcgtctacg ggac 44
<210> 68
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 68
ccttatcagc tcggtttagg c 21
<210> 69
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 69
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<210> 70
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 70
gttgtaggat tgaggataaa ggatc 25
<210> 71
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 71
tactggttca ctatcggtca tt 22
<210> 72
<211> 47
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 72
tcggtctttc tctcctttcg tctactccta gttgaacaca tctggaa 47
<210> 73
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 73
cctcaacacc tgagtaggac tagacgcctt ggagagtggt ctc 43
<210> 74
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 74
ggactatcac cctgtatcat cca 23
<210> 75
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 75
cgtgaaacct agtctgaatc tgg 23
<210> 76
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 76
tattcccctt tcgctcgc 18
<210> 77
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 77
ggctattccc ctttcgctc 19
<210> 78
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 78
ttaggctatt cccctttcgc 20
<210> 79
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 79
gctattcccc tttcgctcgc 20
<210> 80
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 80
gtttaggcta ttcccctttc 20
<210> 81
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 81
ctgaaacatc ttagtaagca gagg 24
<210> 82
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 82
gtgtctagtc ctactcaggt g 21
<210> 83
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 83
cctacaaccc cgagccttat caagagattc cctgtgtagc g 41
<210> 84
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 84
ggactcctag ttgaacacat ctggattctc tcctttcgtc tacgg 45
<210> 85
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 85
gctcggttta ggctattccc 20
<210> 86
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 86
aagatggatg atacagggtg atagt 25
<210> 87
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 87
cgaactgaaa catcttagta agcag 25
<210> 88
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 88
ctcctttcgt ctacgggact a 21
<210> 89
<211> 49
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 89
atcagctcgg tttaggctat tcccgaaaag aaatcgaaga gattccctg 49
<210> 90
<211> 49
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 90
gctcggggtt gtaggattga ggatacctgt atcatccatc tttccagat 49
<210> 91
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 91
ctttcgctcg ccgctac 17
<210> 92
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 92
ggatcaggac tcctagttga acac 24
<210> 93
<211> 47
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 93
cctacaaccc cgagccttat cagaaaagaa atcgaagaga ttccctg 47
<210> 94
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 94
atcagctcgg tttaggctat tcccagagat tccctgtgta gcg 43
<210> 95
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 95
gctcggggtt gtaggattga ggatattctc tcctttcgtc tacgg 45
<210> 96
<211> 50
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成引物
<400> 96
gctcggggtt gtaggattga ggatactgta tcatccatct ttccagatgt 50
<210> 97
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 97
cgcgcacatc tggaaagatg gatgatacag ggtgcgcg 38
<210> 98
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 98
cgtccaggac tcctagttga acacatctgg acg 33
<210> 99
<211> 37
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 99
ccggatcagg actcctagtt gaacacatct gatccgg 37
<210> 100
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 100
cggccaggac tcctagttga acacatctgg ccg 33
<210> 101
<211> 35
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 101
cgtccggatc aggactccta gttgaacacc ggacg 35
<210> 102
<211> 34
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 102
ctcgccacgt gaaacctagt ctgaatctgg cgag 34
<210> 103
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 103
ccgtggatga tacagggtga tagtccacgg 30
<210> 104
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 104
cgtgggatga tacagggtga tagtcccacg 30
<210> 105
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 105
cggctcgaga ttccctgtgt agcggcgagc cg 32
<210> 106
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 106
cgccaggatc aggactccta gttgaacctg gcg 33
<210> 107
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 107
caccgggatg atacagggtg atagtcccgg tc 32
<210> 108
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 108
caccgggatg atacagggtg atagtcccgg tg 32
<210> 109
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 109
tcgcgggatg atacagggtg atagtcccgc gg 32
<210> 110
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 110
cagcgggatc aggactccta gttgaacccg ctg 33
<210> 111
<211> 34
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 111
cacgctcgag attccctgtg tagcggcgag cgtg 34
<210> 112
<211> 35
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 112
caggcggatc aggactccta gttgaacacc gcctg 35
<210> 113
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 113
cagcgacaga aatcgaagag attccctgtg tcgctg 36
<210> 114
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 114
cacgggatga tacagggtga tagtcccgtc 30
<210> 115
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 115
cacgggatga tacagggtga tagtcccgtg 30
<210> 116
<211> 34
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 116
cacgatggat gatacagggt gatagtccat cgtg 34
<210> 117
<211> 37
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 117
caccgatgga tgatacaggg tgatagtccc atcggtg 37
<210> 118
<211> 35
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 118
cgcgatcgag gataaaggat caggactcga tcgcg 35
<210> 119
<211> 37
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 119
cgcgatcatt gaggataaag gatcaggact gatcgcg 37
<210> 120
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 120
cgcgatcctc ctagttgaac acatctggag atcgcg 36
<210> 121
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 121
cgcgatcagg actcctagtt gaacacatct ggatcgcg 38
<210> 122
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 122
cgcgactcag gactcctagt tgaacacatc tggagtcgcg 40
<210> 123
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 123
cgcgatccgg ataaaggatc aggactccta gttgggatcg cg 42
<210> 124
<211> 37
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 124
cgcgagtagg attgaggata aaggatcagg actcgcg 37
<210> 125
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 125
cgcgatccct gtgtagcggc gagcgagatc gcg 33
<210> 126
<211> 34
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 126
cgcgatcctg tgtagcggcg agcgaaagat cgcg 34
<210> 127
<211> 34
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 127
cggctcgggg ttgtaggatt gaggatacga gccg 34
<210> 128
<211> 35
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 128
ccggagccta caaccccgag ccttatcagc tccgg 35
<210> 129
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 129
gcgcagctcg gtttaggcta ttcccctgcg cg 32
<210> 130
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 130
cgcggtctct cctttcgtct acgggaccgc g 31
<210> 131
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 人工序列的描述：合成探针
<400> 131
cgcagtgaga gaaagaccga cctcaacact gcg 33

Claims (104)

1.一种包含多核苷酸的组的组合物，所述多核苷酸的组选自由以下组成的组：组-20、组-24、组-47、组-51、组-74和组-78。
2.如权利要求1所述的组合物，所述组合物还包含探针。
3.如权利要求2所述的组合物，其中所述探针为标记的多核苷酸。
4.如权利要求3所述的组合物，其中所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97的核苷酸5-34、SEQ ID NO:98的核苷酸5-31、SEQ ID NO:99的核苷酸3-31、SEQ ID NO:100的核苷酸5-30、SEQ ID NO:101的核苷酸6-29、SEQ ID NO:103的核苷酸5-26、SEQ ID NO:104的核苷酸4-27、SEQ ID NO:105的核苷酸7-30、SEQ ID NO:106的核苷酸5-27、SEQ ID NO:107的核苷酸6-29、SEQ ID NO:108的核苷酸6-29、SEQ ID NO:109的核苷酸6-29、SEQ ID NO:110的核苷酸6-30、SEQ ID NO:111的核苷酸8-31、SEQ ID NO:112的核苷酸6-29、SEQ ID NO:113的核苷酸8-31、SEQ ID NO:114的核苷酸5-29、SEQ ID NO:115的核苷酸5-29、SEQ ID NO:116的核苷酸4-28、SEQ ID NO:117的核苷酸5-30、SEQ ID NO:118的核苷酸8-28、SEQ ID NO:119的核苷酸8-30、SEQ ID NO:120的核苷酸8-29、SEQ IDNO:121的核苷酸4-33、SEQ ID NO:122的核苷酸7-34、SEQ ID NO:123的核苷酸9-34、SEQ IDNO:124的核苷酸8-34、SEQ ID NO:125的核苷酸6-28、SEQ ID NO:126的核苷酸7-28、SEQ IDNO:127的核苷酸3-27、SEQ ID NO:128的核苷酸7-32、SEQ ID NO:129的核苷酸4-27和SEQID NO:130的核苷酸6-27。
5.如权利要求2所述的组合物，其中所述探针为包含荧光团、淬灭剂和多核苷酸的分子信标。
6.如权利要求5所述的组合物，其中所述分子信标包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97的核苷酸5-34、SEQ ID NO:98的核苷酸5-31、SEQ ID NO:99的核苷酸3-31、SEQ ID NO:100的核苷酸5-30、SEQ ID NO:101的核苷酸6-29、SEQ ID NO:103的核苷酸5-26、SEQ ID NO:104的核苷酸4-27、SEQ ID NO:105的核苷酸7-30、SEQ ID NO:106的核苷酸5-27、SEQ ID NO:107的核苷酸6-29、SEQ ID NO:108的核苷酸6-29、SEQ ID NO:109的核苷酸6-29、SEQ ID NO:110的核苷酸6-30、SEQ ID NO:111的核苷酸8-31、SEQ ID NO:112的核苷酸6-29、SEQ ID NO:113的核苷酸8-31、SEQ ID NO:114的核苷酸5-29、SEQ ID NO:115的核苷酸5-29、SEQ ID NO:116的核苷酸4-28、SEQ ID NO:117的核苷酸5-30、SEQ ID NO:118的核苷酸8-28、SEQ ID NO:119的核苷酸8-30、SEQ ID NO:120的核苷酸8-29、SEQ ID NO:121的核苷酸4-33、SEQ ID NO:122的核苷酸7-34、SEQ ID NO:123的核苷酸9-34、SEQ IDNO:124的核苷酸8-34、SEQ ID NO:125的核苷酸6-28、SEQ ID NO:126的核苷酸7-28、SEQ IDNO:127的核苷酸3-27、SEQ ID NO:128的核苷酸7-32、SEQ ID NO:129的核苷酸4-27和SEQID NO:130的核苷酸6-27。
7.如权利要求6所述的组合物，其中所述分子信标包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97-101和103-130。
8.如权利要求7所述的组合物，其中多核苷酸序列由SEQ ID NO:115组成。
9.一种包含荧光团、淬灭剂和多核苷酸的分子信标，其中所述多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97的核苷酸5-34、SEQ ID NO:98的核苷酸5-31、SEQ ID NO:99的核苷酸3-31、SEQ ID NO:100的核苷酸5-30、SEQ ID NO:101的核苷酸6-29、SEQ ID NO:103的核苷酸5-26、SEQ ID NO:104的核苷酸4-27、SEQ ID NO:105的核苷酸7-30、SEQ IDNO:106的核苷酸5-27、SEQ ID NO:107的核苷酸6-29、SEQ ID NO:108的核苷酸6-29、SEQ IDNO:109的核苷酸6-29、SEQ ID NO:110的核苷酸6-30、SEQ ID NO:111的核苷酸8-31、SEQ IDNO:112的核苷酸6-29、SEQ ID NO:113的核苷酸8-31、SEQ ID NO:114的核苷酸5-29、SEQ IDNO:115的核苷酸5-29、SEQ ID NO:116的核苷酸4-28、SEQ ID NO:117的核苷酸5-30、SEQ IDNO:118的核苷酸8-28、SEQ ID NO:119的核苷酸8-30、SEQ ID NO:120的核苷酸8-29、SEQ IDNO:121的核苷酸4-33、SEQ ID NO:122的核苷酸7-34、SEQ ID NO:123的核苷酸9-34、SEQ IDNO:124的核苷酸8-34、SEQ ID NO:125的核苷酸6-28、SEQ ID NO:126的核苷酸7-28、SEQ IDNO:127的核苷酸3-27、SEQ ID NO:128的核苷酸7-32、SEQ ID NO:129的核苷酸4-27和SEQID NO:130的核苷酸6-27。
10.如权利要求9所述的分子信标，其中所述多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97-101和103-130。
11.如权利要求10所述的组合物，其中所述多核苷酸序列由SEQ ID NO:115组成。
12.如权利要求9所述的分子信标，其中所述荧光团为FAM，并且所述淬灭剂为BHQ1。
13.一种检测测试样品中的沙眼衣原体的方法，所述方法包括：
(a)从所述测试样品中提取核酸；
(b)通过使步骤(a)中提取的所述核酸与包含链置换DNA聚合酶和序列特异性引物组的反应混合物反应来扩增靶序列，其中所述序列特异性引物组选自由以下组成的组：组-20、组-24、组-47、组-51、组-74和组-78；以及
(c)检测步骤(b)的扩增产物的存在或不存在；其中所述扩增产物的存在表明所述测试样品中沙眼衣原体的存在。
14.如权利要求13所述的方法，其中在约60℃与约67℃之间对所述靶序列进行步骤(b)中的所述扩增少于15分钟。
15.如权利要求14所述的方法，其中进行所述扩增步骤少于10分钟。
16.如权利要求13所述的方法，其中所述反应混合物还包含逆转录酶。
17.如权利要求13所述的方法，其中检测所述扩增产物的存在或不存在包括使所述扩增产物与探针杂交，所述探针包含附接至标记物的多核苷酸。
18.如权利要求17所述的方法，其中所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97的核苷酸5-34、SEQ ID NO:98的核苷酸5-31、SEQ ID NO:99的核苷酸3-31、SEQ ID NO:100的核苷酸5-30、SEQ ID NO:101的核苷酸6-29、SEQ ID NO:103的核苷酸5-26、SEQ ID NO:104的核苷酸4-27、SEQ ID NO:105的核苷酸7-30、SEQ ID NO:106的核苷酸5-27、SEQ ID NO:107的核苷酸6-29、SEQ ID NO:108的核苷酸6-29、SEQ ID NO:109的核苷酸6-29、SEQ ID NO:110的核苷酸6-30、SEQ ID NO:111的核苷酸8-31、SEQ ID NO:112的核苷酸6-29、SEQ ID NO:113的核苷酸8-31、SEQ ID NO:114的核苷酸5-29、SEQ ID NO:115的核苷酸5-29、SEQ ID NO:116的核苷酸4-28、SEQ ID NO:117的核苷酸5-30、SEQ ID NO:118的核苷酸8-28、SEQ ID NO:119的核苷酸8-30、SEQ ID NO:120的核苷酸8-29、SEQ IDNO:121的核苷酸4-33、SEQ ID NO:122的核苷酸7-34、SEQ ID NO:123的核苷酸9-34、SEQ IDNO:124的核苷酸8-34、SEQ ID NO:125的核苷酸6-28、SEQ ID NO:126的核苷酸7-28、SEQ IDNO:127的核苷酸3-27、SEQ ID NO:128的核苷酸7-32、SEQ ID NO:129的核苷酸4-27和SEQID NO:130的核苷酸6-27。
19.如权利要求18所述的方法，其中所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97-101和103-130。
20.如权利要求19所述的方法，其中所述标记的多核苷酸的序列是SEQ ID NO:115。
21.如权利要求13所述的方法，其中沙眼衣原体以≤100IFU/mL的浓度存在于所述测试样品中。
22.如权利要求21所述的方法，其中沙眼衣原体以≤5IFU/ml的浓度存在于所述测试样品中，并且进行所述扩增步骤少于15分钟。
23.如权利要求21所述的方法，其中沙眼衣原体以≤10IFU/ml的浓度存在于所述测试样品中，并且进行所述扩增步骤少于6分钟。
24.一种试剂盒，所述试剂盒包含根据权利要求1的组合物。
25.如权利要求24所述的试剂盒，所述试剂盒还包含链置换聚合酶。
26.如权利要求24所述的试剂盒，所述试剂盒还包含分子信标，所述分子信标包含荧光团、淬灭剂和多核苷酸，其中所述多核苷酸由选自由SEQ ID NO:97-101和103-130组成的组的序列组成。
27.如权利要求26所述的试剂盒，其中所述多核苷酸由SEQ ID NO:115组成。
28.一种检测测试样品中的沙眼衣原体的方法，所述方法包括：
(a)从所述测试样品中提取核酸；
(b)通过使步骤(a)中提取的所述核酸与包含链置换DNA聚合酶和选自由组-20和组-24组成的组的序列特异性LAMP引物组的反应混合物反应少于10分钟来扩增靶序列；以及
(c)检测步骤(b)的扩增产物的存在或不存在；其中所述扩增产物的存在表明所述测试样品中沙眼衣原体的存在。
29.如权利要求28所述的方法，其中检测所述扩增产物的存在或不存在包括使所述扩增产物与分子信标杂交，所述分子信标包含选自由以下组成的组的多核苷酸序列：SEQ IDNO:97的核苷酸5-34、SEQ ID NO:98的核苷酸5-31、SEQ ID NO:99的核苷酸3-31、SEQ IDNO:100的核苷酸5-30、SEQ ID NO:101的核苷酸6-29、SEQ ID NO:103的核苷酸5-26、SEQ IDNO:104的核苷酸4-27、SEQ ID NO:105的核苷酸7-30、SEQ ID NO:106的核苷酸5-27、SEQ IDNO:107的核苷酸6-29、SEQ ID NO:108的核苷酸6-29、SEQ ID NO:109的核苷酸6-29、SEQ IDNO:110的核苷酸6-30、SEQ ID NO:111的核苷酸8-31、SEQ ID NO:112的核苷酸6-29、SEQ IDNO:113的核苷酸8-31、SEQ ID NO:114的核苷酸5-29、SEQ ID NO:115的核苷酸5-29、SEQ IDNO:116的核苷酸4-28、SEQ ID NO:117的核苷酸5-30、SEQ ID NO:118的核苷酸8-28、SEQ IDNO:119的核苷酸8-30、SEQ ID NO:120的核苷酸8-29、SEQ ID NO:121的核苷酸4-33、SEQ IDNO:122的核苷酸7-34、SEQ ID NO:123的核苷酸9-34、SEQ ID NO:124的核苷酸8-34、SEQ IDNO:125的核苷酸6-28、SEQ ID NO:126的核苷酸7-28、SEQ ID NO:127的核苷酸3-27、SEQ IDNO:128的核苷酸7-32、SEQ ID NO:129的核苷酸4-27和SEQ ID NO:130的核苷酸6-27。
30.如权利要求28所述的方法，其中检测所述扩增产物的存在或不存在包括使所述扩增产物与分子信标杂交，所述分子信标包含选自由以下组成的组的多核苷酸序列：SEQ IDNO:97-101和103-130。
31.一种组合物，所述组合物包含选自由组-1至组-81组成的组的多核苷酸的组。
32.如权利要求31所述的组合物，所述组合物还包含探针。
33.如权利要求32所述的组合物，其中所述探针包含标记物。
34.如权利要求33所述的组合物，其中所述探针为标记的多核苷酸。
35.如权利要求34所述的组合物，其中所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97的核苷酸5-34、SEQ ID NO:98的核苷酸5-31、SEQ ID NO:99的核苷酸3-31、SEQ ID NO:100的核苷酸5-30、SEQ ID NO:101的核苷酸6-29、SEQ ID NO:102的核苷酸6-30、SEQ ID NO:103的核苷酸5-26、SEQ ID NO:104的核苷酸4-27、SEQ ID NO:105的核苷酸7-30、SEQ ID NO:106的核苷酸5-27、SEQ ID NO:107的核苷酸6-29、SEQ ID NO:108的核苷酸6-29、SEQ ID NO:109的核苷酸6-29、SEQ ID NO:110的核苷酸6-30、SEQ ID NO:111的核苷酸8-31、SEQ ID NO:112的核苷酸6-29、SEQ ID NO:113的核苷酸8-31、SEQ ID NO:114的核苷酸5-29、SEQ ID NO:115的核苷酸5-29、SEQ ID NO:116的核苷酸4-28以及SEQ IDNO:117的核苷酸5-30、SEQ ID NO:118的核苷酸8-28、SEQ ID NO:119的核苷酸8-30、SEQ IDNO:120的核苷酸8-29、SEQ ID NO:121的核苷酸4-33、SEQ ID NO:122的核苷酸7-34、SEQ IDNO:123的核苷酸9-34、SEQ ID NO:124的核苷酸8-34、SEQ ID NO:125的核苷酸6-28、SEQ IDNO:126的核苷酸7-28、SEQ ID NO:127的核苷酸3-27、SEQ ID NO:128的核苷酸7-32、SEQ IDNO:129的核苷酸4-27、SEQ ID NO:130的核苷酸6-27和SEQ ID NO:131的核苷酸8-29。
36.如权利要求34所述的组合物，其中所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97至131。
37.如权利要求34所述的组合物，其中所述标记物为荧光团。
38.如权利要求37所述的组合物，其中所述荧光团共价附接至所述多核苷酸的末端。
39.如权利要求31所述的组合物，所述组合物还包含标记的多核苷酸，所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:103的核苷酸5-26、SEQ ID NO:104的核苷酸4-27、SEQ ID NO:105的核苷酸7-30、SEQ ID NO:107的核苷酸6-29、SEQ ID NO:108的核苷酸6-29、SEQ ID NO:109的核苷酸6-29、SEQ ID NO:111的核苷酸8-31、SEQ ID NO:114的核苷酸5-29、SEQ ID NO:115的核苷酸5-29、SEQ ID NO:116的核苷酸4-28、SEQ ID NO:117的核苷酸5-30、SEQ ID NO:118的核苷酸8-28、SEQ ID NO:119的核苷酸8-30、SEQ IDNO:123的核苷酸9-34、SEQ ID NO:124的核苷酸8-34、SEQ ID NO:128的核苷酸7-32和SEQID NO:129的核苷酸4-27，并且其中所述多核苷酸的组选自由以下组成的组：组-12、组14-27、组-39、组41-54、组-66和组68-81。
40.如权利要求39所述的组合物，其中所述经标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQID NO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:128和SEQ ID NO:129。
41.如权利要求40所述的组合物，其中所述标记的多核苷酸的序列是SEQ ID NO:115，并且所述多核苷酸的组选自由以下组成的组：组-20、组-24、组-47、组-51、组-74和组-78。
42.如权利要求41所述的组合物，其中所述多核苷酸的组是组-20或组-24。
43.如权利要求31所述的组合物，所述组合物还包含标记的多核苷酸，所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97的核苷酸5-34、SEQ ID NO:98的核苷酸5-31、SEQ ID NO:99的核苷酸3-31、SEQ ID NO:100的核苷酸5-30、SEQ ID NO:101的核苷酸6-29、SEQ ID NO:106的核苷酸5-27、SEQ ID NO:110的核苷酸6-30、SEQ ID NO:112的核苷酸6-29、SEQ ID NO:120的核苷酸8-29、SEQ ID NO:121的核苷酸4-33和SEQ ID NO:122的核苷酸7-34，并且其中所述多核苷酸的组选自由以下组成的组：组12-27、组39-54和组66-81。
44.如权利要求43所述的组合物，其中所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQID NO:106、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121和SEQ ID NO:122。
45.如权利要求31所述的组合物，所述组合物还包含标记的多核苷酸，所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:125的核苷酸6-28和SEQ ID NO:126的核苷酸7-28，并且其中所述多核苷酸的组选自由以下组成的组：组-12、组14-18、组-20、组-24、组-27、组-39、组41-45、组-47、组-51、组-54、组-66、组68-72、组74、组-78和组-81。
46.如权利要求45所述的组合物，其中所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:125和SEQ ID NO:126。
47.如权利要求31所述的组合物，所述组合物还包含标记的多核苷酸，所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:113的核苷酸8-31和SEQ ID NO:127的核苷酸3-27，并且其中所述多核苷酸的组选自由以下组成的组：组14-27、组41-54和组68-81。
48.如权利要求47所述的组合物，其中所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:113和SEQ ID NO:127。
49.如权利要求31所述的组合物，所述组合物还包含标记的多核苷酸，所述标记的多核苷酸包含SEQ ID NO:130的核苷酸6-27，并且其中所述多核苷酸的组选自由以下组成的组：组12-20、组22-27、组39-47、组49-54、组66-74和组76-81。
50.如权利要求49所述的组合物，其中所述标记的多核苷酸包含SEQ ID NO:130。
51.如权利要求31所述的组合物，所述组合物还包含标记的多核苷酸，所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:102的核苷酸6-30和SEQ ID NO:131的核苷酸8-29，并且其中所述多核苷酸的组选自由以下组成的组：组-13、组-40和组-67。
52.如权利要求51所述的组合物，其中所述多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:102和SEQ ID NO:131。
53.如权利要求52所述的组合物，其中所述探针为包含荧光团、淬灭剂和多核苷酸的分子信标。
54.如权利要求53所述的组合物，其中所述分子信标包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97的核苷酸5-34、SEQ ID NO:98的核苷酸5-31、SEQ ID NO:99的核苷酸3-31、SEQ ID NO:100的核苷酸5-30、SEQ ID NO:101的核苷酸6-29、SEQ ID NO:102的核苷酸6-30、SEQ ID NO:103的核苷酸5-26、SEQ ID NO:104的核苷酸4-27、SEQ ID NO:105的核苷酸7-30、SEQ ID NO:106的核苷酸5-27、SEQ ID NO:107的核苷酸6-29、SEQ ID NO:108的核苷酸6-29、SEQ ID NO:109的核苷酸6-29、SEQ ID NO:110的核苷酸6-30、SEQ ID NO:111的核苷酸8-31、SEQ ID NO:112的核苷酸6-29、SEQ ID NO:113的核苷酸8-31、SEQ ID NO:114的核苷酸5-29、SEQ ID NO:115的核苷酸5-29、SEQ ID NO:116的核苷酸4-28、SEQ ID NO:117的核苷酸5-30、SEQ ID NO:118的核苷酸8-28、SEQ ID NO:119的核苷酸8-30、SEQ ID NO:120的核苷酸8-29、SEQ ID NO:121的核苷酸4-33、SEQ ID NO:122的核苷酸7-34、SEQ IDNO:123的核苷酸9-34、SEQ ID NO:124的核苷酸8-34、SEQ ID NO:125的核苷酸6-28、SEQ IDNO:126的核苷酸7-28、SEQ ID NO:127的核苷酸3-27、SEQ ID NO:128的核苷酸7-32、SEQ IDNO:129的核苷酸4-27和SEQ ID NO:130的核苷酸6-27。
55.如权利要求54所述的组合物，其中所述分子信标包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97至SEQ ID NO:130。
56.如权利要求55所述的组合物，其中所述多核苷酸序列由SEQ ID NO:115组成。
57.一种包含荧光团、淬灭剂和多核苷酸的分子信标，其中所述多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97的核苷酸5-34、SEQ ID NO:98的核苷酸5-31、SEQ ID NO:99的核苷酸3-31、SEQ ID NO:100的核苷酸5-30、SEQ ID NO:101的核苷酸6-29、SEQ ID NO:102的核苷酸6-30、SEQ ID NO:103的核苷酸5-26、SEQ ID NO:104的核苷酸4-27、SEQ IDNO:105的核苷酸7-30、SEQ ID NO:106的核苷酸5-27、SEQ ID NO:107的核苷酸6-29、SEQ IDNO:108的核苷酸6-29、SEQ ID NO:109的核苷酸6-29、SEQ ID NO:110的核苷酸6-30、SEQ IDNO:111的核苷酸8-31、SEQ ID NO:112的核苷酸6-29、SEQ ID NO:113的核苷酸8-31、SEQ IDNO:114的核苷酸5-29、SEQ ID NO:115的核苷酸5-29、SEQ ID NO:116的核苷酸4-28、SEQ IDNO:117的核苷酸5-30、SEQ ID NO:118的核苷酸8-28、SEQ ID NO:119的核苷酸8-30和SEQID NO:120的核苷酸8-29。
58.如权利要求57所述的分子信标，其中所述多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:99至SEQ ID NO:120。
59.如权利要求58所述的分子信标，其中所述多核苷酸由选自由SEQ ID NO:99至SEQID NO:120组成的组的序列组成。
60.如权利要求57所述的分子信标，其中所述荧光团为FAM，并且所述淬灭剂为BHQ1。
61.如权利要求57所述的分子信标，其中所述荧光团为ATTO565或Alexa 594，并且所述淬灭剂为BHQ1或BHQ2。
62.一种检测测试样品中的沙眼衣原体的方法，所述方法包括：
(a)从所述测试样品中提取核酸；
(b)通过使步骤(a)中提取的所述核酸与包含链置换DNA聚合酶和序列特异性引物组的反应混合物反应来扩增靶序列，其中所述序列特异性引物组选自由以下组成的组：组-1至组-81；以及
(c)检测步骤(b)的扩增产物的存在或不存在；其中所述扩增产物的存在表明所述测试样品中沙眼衣原体的存在。
63.如权利要求62所述的方法，其中在约60℃与约67℃之间对所述靶序列进行步骤(b)中的扩增少于30分钟。
64.如权利要求63所述的方法，其中进行所述扩增步骤少于15分钟。
65.如权利要求64所述的方法，其中进行所述扩增步骤少于10分钟。
66.如权利要求65所述的方法，其中进行所述扩增步骤少于6分钟。
67.如权利要求62所述的方法，其中所述反应混合物还包含逆转录酶。
68.如权利要求62所述的方法，其中检测所述扩增产物的存在或不存在包括使所述扩增产物与探针杂交，所述探针包含附接至标记物的多核苷酸。
69.如权利要求68所述的方法，其中所述标记物为荧光团。
70.如权利要求69所述的方法，其中所述荧光团共价附接至所述多核苷酸的末端。
71.如权利要求68所述的方法，其中所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97的核苷酸5-34、SEQ ID NO:98的核苷酸5-31、SEQ ID NO:99的核苷酸3-31、SEQ ID NO:100的核苷酸5-30、SEQ ID NO:101的核苷酸6-29、SEQ ID NO:102的核苷酸6-30、SEQ ID NO:103的核苷酸5-26、SEQ ID NO:104的核苷酸4-27、SEQ ID NO:105的核苷酸7-30、SEQ ID NO:106的核苷酸5-27、SEQ ID NO:107的核苷酸6-29、SEQ ID NO:108的核苷酸6-29、SEQ ID NO:109的核苷酸6-29、SEQ ID NO:110的核苷酸6-30、SEQ ID NO:111的核苷酸8-31、SEQ ID NO:112的核苷酸6-29、SEQ ID NO:113的核苷酸8-31、SEQ ID NO:114的核苷酸5-29、SEQ ID NO:115的核苷酸5-29、SEQ ID NO:116的核苷酸4-28、SEQ ID NO:117的核苷酸5-30、SEQ ID NO:118的核苷酸8-28、SEQ ID NO:119的核苷酸8-30、SEQ IDNO:120的核苷酸8-29、SEQ ID NO:121的核苷酸4-33、SEQ ID NO:122的核苷酸7-34、SEQ IDNO:123的核苷酸9-34、SEQ ID NO:124的核苷酸8-34、SEQ ID NO:125的核苷酸6-28、SEQ IDNO:126的核苷酸7-28、SEQ ID NO:127的核苷酸3-27、SEQ ID NO:128的核苷酸7-32、SEQ IDNO:129的核苷酸4-27、SEQ ID NO:130的核苷酸6-27和SEQ ID NO:131的核苷酸8-29。
72.如权利要求71所述的方法，其中所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97至130。
73.如权利要求68所述的方法，其中所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:103的核苷酸5-26、SEQ ID NO:104的核苷酸4-27、SEQ ID NO:105的核苷酸7-30、SEQ ID NO:107的核苷酸6-29、SEQ ID NO:108的核苷酸6-29、SEQ ID NO:109的核苷酸6-29、SEQ ID NO:111的核苷酸8-31、SEQ ID NO:114的核苷酸5-29、SEQ ID NO:115的核苷酸5-29、SEQ ID NO:116的核苷酸4-28、SEQ ID NO:117的核苷酸5-30、SEQ ID NO:118的核苷酸8-28、SEQ ID NO:119的核苷酸8-30、SEQ ID NO:123的核苷酸9-34、SEQ ID NO:124的核苷酸8-34、SEQ ID NO:128的核苷酸7-32和SEQ ID NO:129的核苷酸4-27，并且其中所述序列特异性引物组选自由以下组成的组：组-12、组14-27、组-39、组41-54、组-66和组68-81。
74.如权利要求73所述的方法，其中所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:104、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:108、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:114、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:116、SEQ IDNO:117、SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:128和SEQ ID NO:129。
75.如权利要求74所述的方法，其中所述标记的多核苷酸的序列是SEQ ID NO:115，并且所述序列特异性引物组选自由以下组成的组：组-20、组-24、组-47、组-51、组-74和组-78。
76.如权利要求75所述的方法，其中所述序列特异性引物组是组-20或组-24。
77.如权利要求68所述的方法，其中所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97的核苷酸5-34、SEQ ID NO:98的核苷酸5-31、SEQ ID NO:99的核苷酸3-31、SEQ ID NO:100的核苷酸5-30、SEQ ID NO:101的核苷酸6-29、SEQ ID NO:106的核苷酸5-27、SEQ ID NO:110的核苷酸6-30、SEQ ID NO:112的核苷酸6-29、SEQ ID NO:120的核苷酸8-29、SEQ ID NO:121的核苷酸4-33和SEQ ID NO:122的核苷酸7-34，并且其中所述序列特异性引物组选自由以下组成的组：组12-27、组39-54和组66-81。
78.如权利要求77所述的方法，其中所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:101、SEQID NO:106、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:112、SEQ ID NO:120、SEQ ID NO:121和SEQ ID NO:122。
79.如权利要求68所述的方法，其中所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:125的核苷酸6-28和SEQ ID NO:126的核苷酸7-28，并且其中所述序列特异性引物组选自由以下组成的组：组-12、组14-18、组-20、组-24、组-27、组-39、组41-45、组-47、组-51、组-54、组-66、组68-72、组74、组-78和组81。
80.如权利要求79所述的方法，其中所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:125和SEQ ID NO:126。
81.如权利要求68所述的方法，其中所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:113的核苷酸8-31和SEQ ID NO:127的核苷酸3-27，并且其中所述序列特异性引物组选自由以下组成的组：组14-27、组41-54和组68-81。
82.如权利要求81所述的方法，其中所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:113和SEQ ID NO:127。
83.如权利要求68所述的方法，其中所述标记的多核苷酸包含SEQ ID NO:130的核苷酸6-27，并且其中所述序列特异性引物组选自由以下组成的组：组12-20、组22-27、组39-47、组49-54、组66-74和组76-81。
84.如权利要求83所述的方法，其中所述标记的多核苷酸包含SEQ ID NO:130。
85.如权利要求68所述的方法，其中所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:102的核苷酸6-30和SEQ ID NO:131的核苷酸8-29，并且其中序列特异性引物组选自由以下组成的组：组-13、组-40和组-67。
86.如权利要求85所述的方法，其中所述多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:102和SEQ ID NO:131。
87.如权利要求62所述的方法，其中沙眼衣原体以≤100IFU/mL的浓度存在于所述测试样品中。
88.如权利要求87所述的方法，其中沙眼衣原体以≤50IFU/mL的浓度存在于所述测试样品中。
89.如权利要求88所述的方法，其中沙眼衣原体以≤5IFU/mL的浓度存在于所述测试样品中。
90.如权利要求89所述的方法，其中沙眼衣原体以≤2IFU/mL的浓度存在于所述测试样品中。
91.如权利要求87所述的方法，其中沙眼衣原体以≤5IFU/ml的浓度存在于所述测试样品中，并且进行所述扩增步骤少于15分钟。
92.如权利要求87所述的方法，其中沙眼衣原体以≤10IFU/ml的浓度存在于所述测试样品中，并且进行所述扩增步骤少于6分钟。
93.一种试剂盒，所述试剂盒包含根据权利要求31的组合物。
94.如权利要求93所述的试剂盒，所述试剂盒还包含链置换聚合酶。
95.如权利要求94所述的试剂盒，所述试剂盒还包含分子信标，所述分子信标包含荧光团、淬灭剂和多核苷酸，其中所述多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97的核苷酸5-34、SEQ ID NO:98的核苷酸5-31、SEQ ID NO:99的核苷酸3-31、SEQ ID NO:100的核苷酸5-30、SEQ ID NO:101的核苷酸6-29、SEQ ID NO:102的核苷酸6-30、SEQ ID NO:103的核苷酸5-26、SEQ ID NO:104的核苷酸4-27、SEQ ID NO:105的核苷酸7-30、SEQ IDNO:106的核苷酸5-27、SEQ ID NO:107的核苷酸6-29、SEQ ID NO:108的核苷酸6-29、SEQ IDNO:109的核苷酸6-29、SEQ ID NO:110的核苷酸6-30、SEQ ID NO:111的核苷酸8-31、SEQ IDNO:112的核苷酸6-29、SEQ ID NO:113的核苷酸8-31、SEQ ID NO:114的核苷酸5-29、SEQ IDNO:115的核苷酸5-29、SEQ ID NO:116的核苷酸4-28、SEQ ID NO:117的核苷酸5-30、SEQ IDNO:118的核苷酸8-28、SEQ ID NO:119的核苷酸8-30、SEQ ID NO:120的核苷酸8-29、SEQ IDNO:121的核苷酸4-33、SEQ ID NO:122的核苷酸7-34、SEQ ID NO:123的核苷酸9-34、SEQ IDNO:124的核苷酸8-34、SEQ ID NO:125的核苷酸6-28、SEQ ID NO:126的核苷酸7-28、SEQ IDNO:127的核苷酸3-27、SEQ ID NO:128的核苷酸7-32、SEQ ID NO:129的核苷酸4-27、SEQ IDNO:130的核苷酸6-27和SEQ ID NO:131的核苷酸8-29。
96.如权利要求95所述的试剂盒，其中所述多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:97至SEQ ID NO:131。
97.如权利要求96所述的试剂盒，其中所述多核苷酸由选自由SEQ ID NO:97至SEQ IDNO:131组成的组的序列组成。
98.如权利要求97所述的试剂盒，其中所述多核苷酸由SEQ ID NO:115组成，并且所述多核苷酸的组是组-20或组-24。
99.一种检测测试样品中的沙眼衣原体的方法，所述方法包括：
(a)从所述测试样品中提取核酸；
(b)通过使步骤(a)中提取的所述核酸与包含链置换DNA聚合酶和序列特异性LAMP引物组的反应混合物反应少于10分钟来扩增靶序列；以及
(c)检测步骤(b)的扩增产物的存在或不存在；其中所述扩增产物的存在表明所述测试样品中沙眼衣原体的存在。
100.如权利要求99所述的方法，其中沙眼衣原体以≤100IFU/mL的浓度存在于所述测试样品中。
101.如权利要求100所述的方法，其中沙眼衣原体以≤10IFU/mL的浓度存在于所述测试样品中。
102.如权利要求99所述的方法，其中所述扩增步骤包括使步骤(a)中提取的所述核酸与包含链置换DNA聚合酶和序列特异性引物组的反应混合物反应，其中所述序列特异性引物组选自由以下组成的组：组-1至组-81。
103.如权利要求102所述的方法，其中检测所述扩增产物的存在或不存在包括使所述扩增产物与分子信标杂交，所述分子信标包含选自由以下组成的组的多核苷酸序列：SEQID NO:97至SEQ ID NO:131。
104.如权利要求102所述的方法，其中检测所述扩增产物的存在或不存在包括使所述扩增产物与分子信标杂交，所述分子信标包含选自由以下组成的组的多核苷酸序列：SEQID NO:99至SEQ ID NO:120。
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