CN111647663B - 一种鸡步行数性状的分子遗传标记及应用 - Google Patents

一种鸡步行数性状的分子遗传标记及应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种鸡步行数性状的分子遗传标记，所述分子遗传标记为皖南三黄鸡的ANKRD2基因外显子8的2477位点SNP，本发明利用现代生物技术，通过转录组、候选基因分析，发现ANKRD2基因外显子8的2477位点SNP与皖南三黄鸡步行数显著关联，可作为鸡运动量的分子遗传标记，用于运动量性状分子标记辅助选择，可大大提高对鸡运动量性状的选择效率。

Description

一种鸡步行数性状的分子遗传标记及应用
技术领域：
本发明涉及分子遗传标记技术领域，具体是涉及一种鸡步行数性状的分子遗传标记及应用。
背景技术：
在养鸡生产中，为了追求生产性能和品质的平衡，希望所饲养的鸡种有合适的运动量，希望活跃度、运动量大的品种适当降低运动量，而温顺、运动量低的品种适当提高运动量。所以，在品种改良中，要对运动量性状开展选择。然而，鸡运动量性状是一个综合、复杂性状，本课题组开发出利用鸡步行数间接度量鸡的运动量，研究结果表明，不同鸡的品种间平均日均步行数存在显著的差异，同一品种内不同个体之间步行数也存在较大的差异，变异系数达30％以上。广阔的变异为选种提供了基础；然而采用鸡专用计步系统，可以较准确地度量鸡的步行数，然而成本高、时间长，在育种实际应用价值有限。
发明内容：
针对现有技术的缺陷，本发明提供一种鸡步行数性状的分子遗传标记及应用，利用现代生物技术，通过转录组、候选基因分析，发现鸡骨骼肌锚定重复蛋白2(ANKRD2)基因外显子8的2477位点SNP与皖南三黄鸡步行数显著关联，可作为鸡运动量的分子遗传标记，用于运动量性状分子标记辅助选择，可大大提高对鸡运动量性状的选择效率。
为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：
一种鸡步行数性状的分子遗传标记，所述分子遗传标记为皖南三黄鸡的ANKRD2基因外显子8的2477位点SNP。
本发明还提供了一种鸡步行数性状的分子遗传标记方法，包括以下步骤：
步骤S1：PCR引物合成：
F-GGTGGACATCAACTCCCCAGAC，R-CAGACAACAGCACGAGCACATC；
步骤S2：PCR扩增；
步骤S3：PCR产物进行测序和分型。
作为本发明进一步的方案，所述步骤S2具体包括：PCR反应体系和PCR反应程序；所述PCR反应体系包括添加模板DNA 1μL，添加上游引物1μL，添加下游引物1μL，添加2×HieffTM PCR Master Mix 10μL，添加ddH2O 7μL；所述PCR反应程序包括：第一步94℃起始变性5min，第二步94℃解链30s，第三步55℃退火30s，第四步72℃延伸1min，其中解链到延伸循环次数为35次，第五步72℃最终延伸10min，第六步4℃保存。
本发明还提供了一种鸡步行数性状的分子遗传标记的应用，该标记应用于鸡品系对运动量性状的分子标记辅助选择。
本发明具有如下优点：利用现代生物技术，通过转录组、候选基因分析，发现ANKRD2基因外显子8的2477位点SNP与皖南三黄鸡步行数显著关联，可作为鸡运动量的分子遗传标记，用于运动量性状分子标记辅助选择，可大大提高对鸡运动量性状的选择效率。
为更清楚地阐述本发明的结构特征和功效，下面结合附图与具体实施例来对本发明进行详细说明。
附图说明：
图1-图3是本发明中ANKRD2基因外显子8的2477位点基因型测序结果示意图。
具体实施方式：
下面将结合附图和有关知识对本发明作出进一步的说明，进行清楚、完整地描述，显然，所描述的附图应用仅仅是本发明的一部分实施例，而不是全部的实施例。
参照图1所示，一种鸡步行数性状的分子遗传标记，该分子遗传标记为皖南三黄鸡的ANKRD2基因外显子8的2477位点SNP，具体为本发明利用现代生物技术，通过转录组、候选基因分析，发现ANKRD2基因外显子8的2477位点SNP与皖南三黄鸡步行数显著关联，可作为鸡运动量的分子遗传标记，用于运动量性状分子标记辅助选择，可大大提高对鸡运动量性状的选择效率；
其中，鸡步行数性状的分子遗传标记方法，包括以下步骤：
步骤S1：PCR引物合成：
F-GGTGGACATCAACTCCCCAGAC，R-CAGACAACAGCACGAGCACATC；
步骤S2：PCR扩增；PCR反应体系(20μL)：添加模板DNA 1μL，添加上游引物1μL，添加下游引物1μL，添加2×HieffTM PCR Master Mix 10μL，添加ddH2O7μL；PCR反应程序：第一步94℃起始变性5min，第二步94℃解链30s，第三步55℃退火30s，第四步72℃延伸1min，其中解链到延伸循环次数为35次，第五步72℃最终延伸10min，第六步4℃保存。
步骤S3：PCR产物进行测序和SNP分型；参照图1所示，SNP分型包括基因型CC、基因型CT、基因型TT。
本发明还包括一种鸡步行数性状的分子遗传标记的应用，该标记应用于鸡品系对运动量性状的分子标记辅助选择。
具体为：
1、鸡品系饲养与常规指标测定：品系出雏后，常规饲养管理。
2、8周龄时，测定每只鸡的体重，按照育种目标，对8周龄体重开展选择；
3、8周龄选种后，每只鸡从翅静脉采集血液0.5ml，提取DNA，对ANKRD2基因外显子8的2477位点SNP分型。
4、10-12周龄时，对留种鸡的基因型进行选择：选择CC型，可降低步行数性状，选择TT型，可提高步行数性状。若一代淘汰数量过大，可每代适当保留CT型个体，并逐代提高所需的等位基因频率。
为了更清楚了解本发明，提供以下实施例
实施例1
皖南三黄鸡低步行数品系选育
皖南三黄鸡是我国地方遗传资源，被列入《中国畜禽遗传资源志家禽志》中。该品种属于肉蛋兼用型品种，由于活泼，运动量大，不利于规模化养殖，我们对其运动量向下选择，降低运动量，有利于饲养管理。
育种目标是基本维持现有生长速度，适当降低鸡的活泼程度，即适当降低运动量(以日均步行数为指标)，育种得到皖南三黄鸡新品系(Q系)。
选育流程：
Q系第一批纯繁：选皖南三黄鸡纯繁，获得雏鸡8000只，公母翻肛法鉴别，留母雏约4000只，公雏约1500只。每只鸡佩戴翅号，登记系谱。
Q系体重选择：通过常规饲养管理，8周龄全群称重，记录每只鸡的体重，淘汰体重过大和过小、留取体重居中的个体母鸡约3500只，公鸡约1000只。
对留下的公鸡和母鸡采集个体血液样品，提取DNA，对ANKRD2基因外显子8的2477位点SNP分型。获得CC型公鸡266只，CT型公鸡180只，TT型公鸡554只。CC型母鸡1009只，CT型母鸡486只，TT型母鸡2005只。
12周龄时，对基因型进行选择，从266只CC型公鸡中选择生长发育良好的公鸡120只，其余公鸡淘汰；从1009只CC型母鸡中选择生长发育良好的母鸡900只，从486只CT型母鸡中选择生长发育良好的母鸡300只，其余母鸡淘汰。
继续纯繁，繁育Q系第二世代，重复上世代的选育方法，完全淘汰CT型和TT型个体。
选育效果：
选择Q系第二世代、保种群(作为对照组)母鸡各100只，地面平养，测定84-112日龄期间的步行数。结果如下表：
表：分子标记选择对运动量(步行数)的影响
Q系 保种群(对照组)
日均步行数 18332±3170a 20458±4128b
112天体重，g 1366±140.6 1347±152.5
从表可见，Q系经过两个世代分子标记选择，日均步行数显著低于保种群(P<0.05)，同时生长速度基本保持稳定。
以上结合具体实施例描述了本发明的技术原理，仅是本发明的优选实施方式。本发明的保护范围并不仅局限于上述实施例，凡属于本发明思路下的技术方案均属于本发明的保护范围。本领域的技术人员不需要付出创造性的劳动即可联想到本发明的其它具体实施方式，这些方式都将落入本发明的保护范围之内。
序列表
<110> 安徽农业大学
<120> 一种鸡步行数性状的分子遗传标记及应用
<160> 4
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 2825
<212> DNA
<213> 鸡(Gallus gallus)
<220>
<221> mutation
<222> (2477)..(2477)
<400> 1
ccgtatctgt ggcactcatg ggatacagca cccgagtgtg gccctgggtc ctacacgtgc 60
ccaggagtgt gacgtgtcct catctgtccc tcctctgctt gatcccaggg gctggtgccc 120
agtgcattaa ctgtcccggc acgaggtgcg ctggcctcat cttacaaata gggaaagcaa 180
agcttggagt ggctgagcaa tgttcctggc actgggaacg actgcggtct ctgtctgccg 240
gccctgctgc ctgtgtgcat gtggtaagga gaccaggtgg ccatggggct gttctggatg 300
ctccggacct gagatcatcc tccaaagcag catagagcca ccgcgagcat cctgactgcc 360
cagggtgggt ggcatggact caggaaccac agggctactg cataccctgg caccgctcca 420
tcccggctct ggaccggctc tacaagccct gcgtgcccta cgtccctgtg cccagtatgg 480
gggtcccagg cagccaggtg gggagggggc atgggttgct ttaagagcgt gcaggaggtg 540
agctaggggc accagaaagc agcagggtga gctcatggca aagctgcccc agtcatgtgg 600
agcaggcaca gctgttggtg cccttgggca gtgggacgga ggggccggag gcataaagcc 660
ccaccgccag cggagctgct ggggccagga actctgtgcc tgcagtgagg aggagaggct 720
gtgtgctgtg agtgcacccc agtggggctg aacaccaggc aggcatggaa ctggacgggg 780
aaaaaggcaa ggagctggag gtggaacaga tcacggagct ggatgtggaa aaagcgaagg 840
agctcattga ccagaagctg gcggaggaag aagaggaaga gaaggtgggt tcttgaccat 900
ccttggggat cctgccatac tggcagattc agccaggagg ctgagggcta ctgctggcat 960
catattccca gctggaggca ccctgaaagc tggctactga gcagagcagg tgggcaagtg 1020
agagaccagg ggctgctggg catcccggag acatcagcgg tgcccagggc tggacgctgg 1080
gctgcttggt gcccacctcg agctctccag atcccccatg tctccacaga ggctgaaagg 1140
tgatggccca cgggagccac tggccgtgga acggatgagc acgccggagc tggaggagga 1200
gaaacgccaa gggccccgga accgcggcat tgaggccatc aaggtgaggg ctctgtgcag 1260
gggagtggga tgcaggaggg ctcccagctg gggaccgaca gagtgctgca tgtccccgca 1320
gggccaggac cgggtgcgga ggagctcggt ggacctgcgg cgggagatca ttgacgtggg 1380
gagcattcag aggctcattg agcttcgcaa gcagcgccgc aagcgccggg aagagcgggc 1440
agccacccca gagcccaccc caccaccaga gcccgaggag attgtatgtg cagggtgcgg 1500
gaggggggct gcagcagctg gggatccctc ctggagaagc aggacagggg acccctgctg 1560
tagccatgcc ccagccctgc cctgtcctgc cccaggaggg tcccgtggag ccggaggact 1620
tcctgcgagc cgccgtgcag ggcaagatcc gtgtcattga gaagtttctg gcagatggtg 1680
gtcccccaga tacgtgtgat gaggtagtgc ggtgcccctg ggatgaggct gctctgggcc 1740
aggggcatta gagccagctg ccaacaccat acctcggccc cttcagttcc accgtacagc 1800
cctgcaccgc tcctcgctag agggacacat ggacatcctg cagaagctgc tggacagtgg 1860
ggccaccgtt gacttcaggg accgggtgag gctgagtccc ttcctacgcc tgagccactg 1920
ggcacagtat agggtggggg gcccctaagc agagctgggc tgtccccagc ccagtagaga 1980
ccataagcca agctctgtca gctcagcctg gagattggct gggtggtggc cctgctgaga 2040
cacagctctg tgtgcccagc tggacagtgc tgctgtgcac tgggcctgcc ggggagggca 2100
cctggatgcc gtgaagctgc tgcaggaccg gggggcagac ctcaacctga aggacaaggt 2160
gagcccgggg atggggcagc atcaggggca cgggaaggcc gcatggatac aaggctgtcc 2220
atgtgccgcg ttagtgggga gggggtgctg atccattcca gtgtctgctc ctcccaccca 2280
gctgctcagc acccccctcc acgtggccac ccgcactggg cacctcgata ttgtggagca 2340
cctcatccac tgcggggtgg acatcaactc cccagacagg gtgagtgcaa cacccacgtg 2400
ttcaccgtcc ccgtgttccc ttggggatgc ggtgcacaga gccaggctgc ttctcttgca 2460
ggaaggcgac acagcgttgc acgacgccac acggctcagc cgctacaaga tcattaaagt 2520
gctgatcctg catggggccg acatgatggc caggaacctg gtgagtggcg tgagatgtgc 2580
tcgtgctgtt gtctgccacc ctgttcccaa cctctgcccc cctcacaggc tggtaagact 2640
ccgacggacc tggtgcagca gtggcaggta gacacacgcc aggcactgga gaccaaggaa 2700
cggccacaag aggagactga ggtcccagca tgatggcact gggcagggac cagcactggg 2760
cttggctcca aggaacaaga tcctgctgag gctcatccgt gtcaataaaa ccagcaaaga 2820
ggaga 2825
<210> 2
<211> 180
<212> DNA
<213> 鸡(Gallus gallus)
<220>
<221> mutation
<222> (77)..(77)
<400> 2
ttcaccgtcc ccgtgttccc ttggggatgc ggtgcacaga gccaggctgc ttctcttgca 60
ggaaggcgac acagcgttgc acgacgccac acggctcagc cgctacaaga tcattaaagt 120
gctgatcctg catggggccg acatgatggc caggaacctg gtgagtggcg tgagatgtgc 180
<210> 3
<211> 0
<212> DNA
<213> 人工序列(“人工序列”)
<400> 3
<210> 4
<211> 0
<212> DNA
<213> 人工序列(“人工序列”)
<400> 4

Claims (4)

1.一种鸡步行数性状的分子遗传标记，其特征在于，所述分子遗传标记为皖南三黄鸡的ANKRD2基因外显子8的2477位点SNP，所述ANKRD2基因的核苷酸序列为SEQ ID NO.1，SNP分型包括基因型CC、基因型CT、基因型TT；选择CC型，为降低步行数性状，选择TT型，为提高步行数性状。
2.一种采用权利要求1所述的分子遗传标记检测鸡步行数性状的方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤S1：PCR引物合成：
F-GGTGGACATCAACTCCCCAGAC，R-CAGACAACAGCACGAGCACATC；
步骤S2：PCR扩增；
步骤S3：PCR产物进行测序和SNP分型。
3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述步骤S2具体包括：PCR反应体系和PCR反应程序；所述PCR反应体系包括添加模板DNA 1μL，添加上游引物1μL，添加下游引物1μL，添加2×HieffTM PCR Master Mix 10μL，添加ddH2O 7μL；所述PCR反应程序包括：第一步94℃起始变性5min，第二步94℃解链30s，第三步55℃退火30s，第四步72℃延伸1min，其中解链到延伸循环次数为35次，第五步72℃最终延伸10min，第六步4℃保存。
4.一种权利要求1所示的鸡步行数性状的分子遗传标记的应用，其特征在于，该标记应用于鸡品系对运动量性状的分子标记辅助选择。
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