CN107354220A - 一种与鸡产蛋数性状相关的分子标记及其应用 - Google Patents

一种与鸡产蛋数性状相关的分子标记及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了属于基因检测技术领域的一种与鸡产蛋数性状相关的分子标记及其应用。该SNP分子标记对应于NCBI中公布的鸡参考基因组Gallus_gallus‑5.0版本序列信息1号染色体正义链第424,365位，此处碱基为T或C。本发明的SNP分子标记与鸡产蛋数性状相关，是一个新的分子标记，通过确定待测鸡SNP位点的基因型对鸡产蛋数性状进行早期选择，可以节省生产成本并加快遗传进展，更好地服务于鸡的育种，具有很大的经济应用价值和科研价值。

Description

一种与鸡产蛋数性状相关的分子标记及其应用
技术领域
本发明属于基因检测技术领域，具体涉及一种与鸡产蛋数性状相关的分子标记及其应用。
背景技术
产蛋性状一直是家禽育种的重要性状，包括产蛋数、产蛋率、蛋重等。而产蛋数作为最重要的产蛋性状已经在蛋鸡的育种实践中得到巨大的提升，目前高产蛋鸡在高峰期可以达到几乎一天产一个的水平。而对于肉鸡或中国地方品种而言，对产蛋数的提升仍有巨大的空间。
随着高通量基因型测定平台的发展，通过分子标记手段从遗传上提升产蛋数成为可能。与产蛋数相关的遗传变异可以用遗传标记进行关联，从而通过对标记的选择而提高产蛋数。全基因组关联分析是鉴定表型与表型性状显著关联的基因型之间遗传联系的最主要手段之一。鉴定表型和基因型之间的遗传联系，便于对产蛋数性状进行早期选择，节省生产成本并加快遗传进展，更好地服务于鸡的育种。因此，研究新的与鸡产蛋数性状相关的分子标记具有重要意义。
发明内容
本发明为了准确地确定待测鸡的基因型以方便对产蛋数性状进行早期选择，节省生产成本并加快遗传进展，提出一种与鸡产蛋数性状相关的分子标记及其应用。具体技术方案如下：
一种与鸡产蛋数性状相关的SNP分子标记，所述SNP(单核苷酸多态性)分子标记对应于NCBI中公布的鸡参考基因组Gallus_gallus-5.0版本序列信息1号染色体正义链第424,365位，此处碱基为T或C(NCBI网站上对应的rs号为rs313919620)。
所述的SNP分子标记在鸡遗传育种中的应用。
一种鸡产蛋数性状早期选择的方法，为根据上述SNP位点的基因型对鸡产蛋数性状进行早期选择，包括如下步骤：
(1)提取待测鸡的基因组DNA；
(2)检测待测鸡1号染色体正义链第424,365位的SNP位点的基因型；
(3)基于SNP位点的基因型对鸡产蛋数性状进行早期选择，其中，TT基因型鸡产蛋数高于TC基因型和CC基因型个体，TC基因型鸡产蛋数高于CC基因型个体。
步骤(1)中所述提取待测鸡的基因组DNA的方法为：对待测鸡进行鸡翅静脉采血，用抗凝剂进行抗凝处理后经裂解、蛋白酶消化处理，然后采用酚仿法提取基因组DNA，以灭菌双蒸水溶解。
步骤(2)中基因型采用AxiomTMGenome-Wide Chicken Genotyping Array检测。
步骤(2)中所述待测鸡1号染色体正义链第424,365位的SNP位点的基因型为TT、TC或CC。
步骤(3)中所述鸡产蛋数为第21-40周龄的累计产蛋数。
步骤(3)中所述TT基因型是指1号染色体正义链第424,365位碱基为T的纯合子；CC基因型是指该位点碱基为C的纯合子；TC基因型是指该位点碱基为T和C的杂合子。
本发明的有益效果为：本发明的SNP分子标记与鸡产蛋数性状相关，是一个新的分子标记，通过确定待测鸡SNP位点的基因型对鸡产蛋数性状进行早期选择，可以节省生产成本并加快遗传进展，更好地服务于鸡的育种，具有很大的经济应用价值和科研价值。
附图说明
图1为实施例2中不同基因型与产蛋数关联分析的结果图。
具体实施方式
以下实施例便于更好地理解本发明，但不限于此。除特殊说明的之外，各实施例中所用的设备和试剂均常规市售可得。
待测群体来自于江苏省家禽科学研究所，将白来航纯系与东乡绿壳蛋鸡纯系进行正反交，产生F2代群体用于后续表型记录和全基因组关联分析。
实施例1：rs313919620位点SNP分子标记与产蛋数相关性的确认
实验材料：1534只江苏省家禽科学研究所白来航与东乡绿壳蛋鸡杂交F2代个体。
一、产蛋数测定
测定每个个体21周龄至40周龄的累计产蛋数。
二、SNP分子标记的检测
1、基因组DNA提取
1)取20μl ACD抗凝鸡血样，加入500μl细胞裂解液作用30min，10％蛋白酶K 10μl，55℃水浴过夜。
ACD抗凝剂：1.32％(m/v)柠檬酸钠、0.48％(m/v)柠檬酸、1.47％(m/v)葡萄糖。
蛋白酶K：购自生工生物工程(上海)股份有限公司
2)将消化后的血液加入等量体积的Tris饱和酚(PH8.0)，缓慢颠倒离心管10min，12000rpm离心10分钟，用大口径的枪头小心吸取上清液至干净的离心管中。
3)重复一次上一步工作。如果上清液清亮透明，此步可以省略。
4)加入等量的酚:氯仿(1:1)，缓慢颠倒离心管10分钟，12000rpm离心10分钟，用大口径的枪头小心吸取上清液至干净的离心管中。
5)加入等体积的氯仿，缓慢颠倒离心管10分钟，12000rpm离心10分钟，用大口径的枪头小心吸取上清液至干净的离心管中。
6)加入两倍体积的无水乙醇，轻摇离心管，待有白色雾状沉淀出现停止摇动。
7)用枪头小心将DNA沉淀挑出，置于盛有75％乙醇的离心管中。
8)将乙醇吸净，室温下让乙醇挥发干净，加入适量TE缓冲液溶解DNA。
9)将溶解好的DNA置于-20℃保存。
2、基因分型
取各待测鸡的基因组DNA，采用美国昂飞公司的600K Affymetrix Axiom ChickenGenotyping Array(商品目录号：902148)，根据每个位点的信号强度，对每个个体的基因型进行分型。
三、鸡产蛋性状全基因组关联分析
采用genome-wide efficient mixed-model association(GEMMA)统计分析软件的混合线性模型进行统计分析，具体可参考:“Genome-wide efficient mixed-modelanalysis for association studies”，Xiang Zhou et al.,Nature Genetics,VOLUME44,NUMBER 7,JULY 2012，以及“Efficient multivariate linear mixed modelalgorithms for genome-wide association studies”,“Krina T Zondervan and Lon RCardon,PROTOCOL,VOLUME 2,NUMBER 10,OCTOBER,2012”。
统计分析模型为：
y＝Wa+xβ+μ+ε；
y代表个体表型值；
W代表协变量；
a代表对应系数；
x代表SNP基因型；
β代表对应的SNP效应；
μ代表剩余多基因效应；
ε代表剩余残差效应。
数据分析采用GeneTitan(美国昂飞公司产品)基因芯片自动处理系统进行分析，对数据进行分析的软件为Affymetrix Power Tools。
结果表明，1号染色体424,365位置SNP分子标记与产蛋数性状显著相关。
实施例2:F2代个体rs313919620T/C基因型与产蛋数的关联分析
实验材料：1534只江苏省家禽科学研究所白来航蛋鸡与东乡绿壳蛋鸡杂交F2代个体。
一、产蛋数测定
测定每个个体21周龄至40周龄的累计产蛋数。
二、SNP的检测
1、基因组DNA提取
操作步骤同实施例1。
2、基因型确定
取基因组DNA，采用美国昂飞公司的600K Affymetrix Axiom ChickenGenotyping Array(商品目录号902148)检测每个个体的基因型，结果见表1。
表1位点rs313919620T/C基因型在F2群体中的分布
从表1结果可以看出，CC基因型为实验群体优势基因型。
三、基因型与产蛋数关联分析
采用SAS统计分析软件包的GLM过程进行统计分析，根据广义线性模型对供试鸡群的基因型和产蛋数性状进行方差统计分析，P-value＜0.05表明差异显著。
统计分析模型：
y＝μ+G+e
y代表个体表型值；
μ代表群体均值；
G代表基因型效应；
e代表剩余残差效应。
结果见图1和表2。
表2不同基因型个体的21～40周龄累计产蛋数
从表2可以看出，三种基因型的母鸡21-40周龄累计产蛋数有显著差异。TT基因型鸡的产蛋数高于TC基因型和CC基因型的鸡，TC基因型的鸡产蛋数显著高于CC基因型的鸡。

Claims (8)

1.一种与鸡产蛋数性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记对应于NCBI中公布的鸡参考基因组Gallus_gallus-5.0版本序列信息1号染色体正义链第424,365位，此处碱基为T或C。
2.权利要求1所述的SNP分子标记在鸡遗传育种中的应用。
3.一种鸡产蛋数性状早期选择的方法，其特征在于，根据权利要求1所述SNP位点的基因型对鸡产蛋数性状进行早期选择。
4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，包括如下步骤：
(1)提取待测鸡的基因组DNA；
(2)检测待测鸡1号染色体正义链第424,365位的SNP位点的基因型；
(3)基于SNP位点的基因型对鸡产蛋数性状进行早期选择，其中，TT基因型鸡产蛋数高于TC基因型和CC基因型个体，TC基因型鸡产蛋数高于CC基因型个体。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，步骤(1)中所述提取待测鸡的基因组DNA的方法为：对待测鸡进行鸡翅静脉采血，用抗凝剂进行抗凝处理后经裂解、蛋白酶消化处理，然后采用酚仿法提取基因组DNA，以灭菌双蒸水溶解。
6.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，步骤(2)中基因型采用AxiomTM Genome-Wide Chicken Genotyping Array检测。
7.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，步骤(2)中所述待测鸡1号染色体正义链第424,365位的SNP位点的基因型为TT、TC或CC。
8.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，步骤(3)中所述鸡产蛋数为第21-40周龄的累计产蛋数。
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