CN110452990B - 用于选择母鸡产蛋后期产蛋率的snp分子标记及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了一种用于选择母鸡产蛋后期产蛋能力的SNP分子标记及其应用，通过全基因组关联分析（GWAS）和限制性内切酶长度多态性（PCR‑RFLP）技术方法，首次在母鸡基因组上筛选到3个与母鸡产蛋后期产蛋率相关联的SNP分子标记，位于13号染色体。该SNP位点的多态性与母鸡的产蛋后期产蛋率显著关联，所述的SNP分子标记可以单独使用，用于选择和改良母鸡的产蛋后期产蛋率。
Description
技术领域
本发明属于家畜繁殖性状的分子标记选择技术领域，具体涉及3个与母鸡产蛋后期产蛋率相关的SNPs分子标记及其应用。
背景技术
母鸡的产蛋后期产蛋率是指母鸡淘汰前2个月产蛋总个数占产蛋总天数的百分率。从整个产蛋群体的产蛋率来看，产蛋高峰期过后，产蛋率以大约每周1％的速度下降，下降的原因有2种：一是整个群体的所有母鸡个体产蛋率均匀下降，导致整体产蛋率下降；二是群体中每个个体产蛋率下降速度各不相同，有些个体产蛋率维持不变，有些个体产蛋率缓慢下降，有些个体产蛋率迅速下降，使整个群体的产蛋率下降。发明人通过对2个群体(群体1:858只，群体2:818只有效个体)，共1676只母鸡的淘汰前2个月的个体产蛋记录的分析，发现群体产蛋率下降属于第二种情况，即：群体中每个个体产蛋率下降速度各不相同，有些个体产蛋率维持不变，有些个体产蛋率缓慢下降，有些个体产蛋率迅速下降，使整个群体的产蛋率下降，我们发现部分母鸡到淘汰时仍然有95-100％的产蛋率。在生产中如果能够对产蛋率高的母鸡进行选择，则可延长母鸡高峰期的时长，降低饲养成本增加生产效益。利用全基因组关联分析(GWAS)检测与性状相关联的SNPs及基因组区域，可大大提高工作效率和统计效力。本研究是目前首例利用鸡全基因组SNP芯片(600K，Affymetrix)对鸡产蛋后期产蛋率进行全基因组关联分析，在全基因组范围内检测与母鸡产蛋后期产蛋率相关联SNPs及基因组区域的报道，该项研究工作国家基金资助下完成，项目编号：31372301，项目名称：鸡贮精能力差异相关新基因的筛选及其分子机制初探。
发明内容
本发明的目的在于提供一种用于选择母鸡产蛋后期产蛋率的SNP分子标记及其应用，通过全基因组关联分析首次在母鸡13号染色体上筛选到3个与产蛋后期产蛋率相关联的SNP分子标记。
为了实现上述目的，本发明通过以下技术方案实现：
用于选择母鸡产蛋后期产蛋率的SNP分子标记，位于13号染色体，所述分子标记有3个，单独使用，核苷酸序列如下所示：
分子标记1的核苷酸序列(SEQ ID NO.1)如下所示：
CCTGTTAGCCRCCTTAAGAAG
上述序列第11位碱基R是T或C，导致多态性；
分子标记2的核苷酸序列(SEQ ID NO.2)如下所示：
AGAGACACAGRAATGAGTGCC
上述序列第11位碱基R是A或G，导致多态性；
分子标记3的核苷酸序列(SEQ ID NO.3)如下所示：
TAGCAGGATCRCCTTCAAAGT
上述序列第11位碱基R是A或G，导致多态性。
上述SNP分子标记通过下述方法筛选获得：
1)实验样品采集：采集试验鸡血样用于DNA提取；
2)母鸡产蛋后期产蛋率的测定：淘汰日龄前2个月，母鸡单笼饲养，记录母鸡每天的产蛋情况，统计60天内母鸡的产蛋个数，产蛋总个数与总天数的比值百分数，作为产蛋后期产蛋率；
3)鸡基因组DNA的提取与检测：从试验鸡血样中提取鸡基因组DNA，制备母鸡全基因组DNA样品；
4)基因型判定及基因型与鸡产蛋后期产蛋率的关联分析：将试验鸡血样中提取的基因组DNA在与鸡600K高密度SNP芯片(Affymetrix Axiom)杂交，然后采用PLINK软件对所有个体的原始基因型数据进行质控检验，利用TASSEL统计分析软件将产蛋后期产蛋率与基因型进行关联分析，从中选取达到全基因组的基因组水平显著的SNP。
为了验证选取的3个SNP分子标记的可靠性，对1671只母鸡进行了产蛋后期产蛋率的测定和PCR-RFLP分析，进一步证实了这3个SNP位点的多态性与母鸡产蛋后期产蛋率极显著关联(P<0.0001)，可以单独使用于母鸡产蛋后期产蛋率的选择及改良。
与现有技术相比，本发明具有以下优点及有益效果：
本发明首次运用全基因组关联分析(GWAS,Genome wide association study)技术方法在母鸡全基因组范围内筛选得到与母鸡产蛋后期产蛋率相关的SNPs分子标记，进一步采用限制性内切酶长度多态性(PCR-RFLP，restricted fragment lengthpolymorphism)分析方法在扩大的群体里对这3个SNP与母鸡产蛋后期产蛋率的相关性进行了验证。利用分子标记辅助育种，为母鸡产蛋后期产蛋率进行选择和改良提供了3个新的SNP分子标记。
具体实施方式
实施例1与母鸡产蛋后期产蛋率相关的SNP分子标记的筛选
1)实验样品采集：
试验群体为1676只健康母鸡，来源于“京红1号”蛋鸡核心育种鸡场，父母代群体60周龄开始，至68周结束实验(420-480日龄)，所有母鸡2批次孵化而来。饲养于湖北荆州峪口禽业有限公司，执行单笼饲养，16小时光照制度，自由采食及饮水。在饲养期间，温度、湿度、通风、光照等条件均相同，为常规方法。
2)鸡产蛋后期产蛋率的测定：
淘汰日龄前2个月，母鸡单笼饲养，记录母鸡每天的产蛋情况，统计60天内母鸡的产蛋个数，产蛋总个数与总天数的比值百分数，作为产蛋后期产蛋率。
母鸡产蛋后期产蛋率测定实验结束后，对试验鸡群翅下静脉采血0.5mL，置于1.5mL事先加入0.3mL抗凝剂的EP管中，混匀后-20℃保存以备DNA提取。
3)鸡基因组DNA的提取与检测：
采用苯酚-氯仿法从试验鸡血样中提取鸡基因组DNA，再用凝胶电泳判断DNA的完整性；对提取后的DNA进行质量检测；调整浓度至50ng/μL，制备母鸡全基因组DNA样品。
4)基因型判定及基因型数据与母鸡产蛋后期产蛋率的关联分析：
根据前一部分母鸡群体的母鸡产蛋后期产蛋率，筛选母鸡产蛋后期产蛋率高于95％与低于80％母鸡各60只，将他们提取的基因组DNA在与鸡600K高密度SNP芯片(Affymetrix Axiom)杂交。在全基因组范围内成功检测到552395个SNPs位点的基因型信息，通过质量控制(剔除检出率(Call rate)小于90％的SNPs；剔除最小等位基因频率(Minor allele frequency，MAF)小于5％的SNPs)，最后剩下的SNPs数目为341176个。申请人利用TASSEL统计分析软件将试验鸡群的产蛋后期产蛋率与基因型数据进行关联分析，关联分析模型为混合线性模型：
Y＝S+K+e
其中Y表示表型值；S表示基因型效应；K表示亲缘关系矩阵，作为模型的随机效应；e为残差效应。
当某个SNP符合P<4.18E-06条件时，我们就认为这个SNP达到了全基因组的基因组水平显著。
5)分析结果
关联分析发现3个与母鸡产蛋率性状显著关联的SNP((AX-75745366和AX75745340，AX75745341)，P<4.18E-06)，见表1。
表1与母鸡产蛋率显著关联的SNP位点
*P<4.18E-06；
实施例2验证该SNP分子标记的有效性
为了验证对全基因组关联分析结果的可靠性，我们利用已测定母鸡产蛋后期产蛋率的2个群体(群体1:858只，群体2:818只有效个体)共1676只母鸡，对全基因组关联分析中与母鸡产蛋后期产蛋率显著关联的3个SNP(AX-75745366和AX75745340，AX75745341)进行限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)，比较不同基因型个体的母鸡产蛋后期产蛋率，结果见表2。结果显示这3个SNP位点的多态性均与母鸡产蛋后期产蛋率显著关联(P<0.0001)。
表2 3个SNP位点与母鸡产蛋后期产蛋率关联分析结果
注：产蛋率：母鸡产蛋后期产蛋个数与产蛋天数的百分率；性状中具有不同肩标的SNP基因型之间表示差异显著(P<0.05)。*表示差异显著，P<0.05；**表示差异极显著P<0.01；***表示差异极显著P<0.001，表中性状值为平均数±标准差。
通过PCR-RFLP分析，得到1676只母鸡SNP位点AX-75745366、AX75745340及AX75745341基因型信息，其中TT，AA和GG基因型分别是母鸡产蛋率的有利标记。
序列表
<110> 华中农业大学
<120> 用于选择母鸡产蛋后期产蛋率的SNP分子标记及其应用
<160> 3
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
cctgttagcc rccttaagaa g 21
<210> 2
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
agagacacag raatgagtgc c 21
<210> 3
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
tagcaggatc rccttcaaag t 21
Claims (1)
1.SNP分子标记在选择京红l号母鸡产蛋后期产蛋能力方面的应用，其特征在于：
SNP分子标记1的核苷酸序列为CCTGTTAGCCRCCTTAAGAAG，上述序列第11位碱基R是T或C，导致多态性，该位点的基因型包括TT、TC、CC，TT基因型是母鸡产蛋率的有利标记；
SNP分子标记2的核苷酸序列为AGAGACACAGRAATGAGTGCC，上述序列第11位碱基R是A或G，导致多态性，该位点的基因型包括AA、AG、GG，AA基因型是母鸡产蛋率的有利标记；
SNP分子标记3的核苷酸序列为TAGCAGGATCRCCTTCAAAGT，上述序列第11位碱基R是A或G，导致多态性，该位点的基因型为AA、AG、GG，CG基因型是母鸡产蛋率的有利标记；
所述的母鸡产蛋后期产蛋率是指母鸡淘汰前2个月产蛋总个数占产蛋总天数的百分率。
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Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN105238859A (zh) * | 2015-10-13 | 2016-01-13 | 中国农业大学 | 一种获取鸡全基因组高密度snp标记位点的方法 |
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| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP3019631A1 (en) * | 2014-07-18 | 2016-05-18 | GVG Genetic Monitoring GmbH | Genetic profiling method for animals |
| CN105238859A (zh) * | 2015-10-13 | 2016-01-13 | 中国农业大学 | 一种获取鸡全基因组高密度snp标记位点的方法 |
| CN107354220A (zh) * | 2017-08-24 | 2017-11-17 | 中国农业大学 | 一种与鸡产蛋数性状相关的分子标记及其应用 |
Non-Patent Citations (5)
| Title |
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| Relationship Between Egg Productivity and Insulin-Like Growth Factor-I Genotypes in Korean Native Ogol Chickens;M.H.Kim等;《Poultry Science》;20040731;第83卷(第7期);第1203-1208页 * |
| rs14064621;Ensembl release 92;《EMBL-EBI》;20180430;"Flanking sequence" * |
| rs14064622;Ensembl release 92;《EMBL-EBI》;20180430;"Flanking sequence" * |
| rs317875768;Ensembl release 92;《EMBL-EBI》;20180430;"Flanking sequence" * |
| 利用PCR-SSCP分析鸡绿壳蛋基因的SNP标记;赵瑞等;《农业生物技术学报》;20060531;第14卷(第5期);第673-676页 * |
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