CN111996262B - 奶水牛产奶性状相关snp的获得方法与应用 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及动物分子标记领域，具体涉及奶水牛产奶性状相关SNP的获得方法与应用。本发明公开了提供水牛5个SNP位点在水牛产奶性状或分子育种分析中的应用；本发明的5个SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1‑5所示。本发明又公开了水牛产奶性状或分子育种分析的方法。本发明的5个SNP位点可为育种上下游过程提供支持，具有测定准确率高等优势；可以提高奶水牛产奶性能，为选育具有优良产奶性能的奶水牛提供技术支撑和奠定理论基础。
Description
【技术领域】
本发明涉及一种动物分子标记领域。具体涉及奶水牛产奶性状相关SNP的获得方法与应用。
【背景技术】
水牛是我国南方特有的种畜资源，而较低的产奶量和繁殖性能已成为了影响其产业发展的两大科学问题。显然，利用先进的分子标记技术应用于优良奶水牛种质资源的选育将会有效的提高选种效率。
全基因组关联分析(GWAS)，即在全基因组范围。上寻找变异位点一单核苷酸多态性(SNPs)，并从中筛选出与表型性状相关联的SNPs。随着各种生物全基因组测序的完成和高通量芯片不断的研发，GWAS在人的疾病性状和畜禽，植物的经济性状等的研究中得到了广泛应用，并取得了新的进展。
产奶性状是奶水牛的一个重要经济性状，由多种微效基因决定，是一种典型的由多基因控制的数量性状。克隆奶水牛泌乳性能相关基因并探讨其遗传特性，以提高奶水牛生产性能，为选育具有高产奶量的优良的奶水牛品种提供技术支撑和奠定理论基础。
目前，水牛产奶性状的GWAS研究已有报导，但是这些报道均采用了90K AxiomBuffalo SNP array进行奶水牛群体SNP分型。众所周知，基于SNP芯片的分型只能检测已知的变异位点，无法检测未知的变异位点。而简化基因组测序是一种高通量的SNP分型手段，均可检测已知和未知的SNP位点。同时，基于简化基因组测序技术的奶水牛SNP分型的研究报道较少，在此基础上进行的奶水牛GWAS研究报道尚未报道。本专利率先利用简化基因组测序技术(GBS法)进行了奶水牛群体SNP分型，并开展了奶水牛产奶性状的GWAS研究，筛选出一批与产奶性状相关的SNP，为今后水牛育种奠定了基础。
【发明内容】
本发明的发明目的在于：针对上述存在的问题，提供与奶水牛产奶性状相关SNP的获得方法与应用，为选育具有高产奶量的优良的奶水牛品种提供技术支撑和奠定理论基础。
为了实现上述目的，本发明采用的技术方案如下：
一种与奶水牛产奶性状相关的SNP分子标记，所述产奶性状包括产奶量、奶中的乳脂量、奶中的乳蛋白量、奶中的乳脂率、奶中的乳蛋白率；
所述与产奶量相关的分子遗传标记位于第22号染色体的第16586372核酸位点，该位点的碱基为C或G，对应位于核酸序列表SEQ ID NO.1的第51位核酸位点；
所述与奶中的乳脂量相关的分子遗传标记位于第17号染色体的第6752954核酸位点，该位点的碱基为C或T，对应位于核酸序列表SEQ ID NO.2的第51位核酸位点；
所述与奶中的乳蛋白量相关的分子遗传标记位于第11号染色体的第69783448核酸位点，该位点的碱基为G或A，对应位于核酸序列表SEQ ID NO.3的第51位核酸位点；
所述与奶中的乳脂率相关的分子遗传标记位于第3号染色体的第174223881核酸位点，该位点的碱基为C或A，对应位于核酸序列表SEQ ID NO.4的第51位核酸位点；
所述与奶中的乳蛋白率相关的分子遗传标记位于第19号染色体的第59614102核酸位点，该位点的碱基为T或C，对应位于核酸序列表SEQ ID NO.5的第51位核酸位点。
本申请还提供了一种所述的SNP分子标记在选育或辅助选育与奶水牛产奶性状相关的奶水牛品种或品系的用途，所述选育或辅助选育与奶水牛产奶性状相关的奶水牛品种或品系包括高/低产奶产奶量的奶水牛、奶中的乳脂量高/低的奶水牛、奶中的乳蛋白量高/低的奶水牛、奶中的乳脂率高/低的奶水牛、奶中的乳蛋白率高/低的奶水牛。
本申请还提供了一种所述的SNP分子标记选育或辅助选育与奶水牛产奶性状相关的奶水牛品种或品系的方法，具体步骤为：
提取奶水牛DNA，检测奶水牛的第22号染色体的第16586372位核苷酸，检测出第16586372位核苷酸的序列为C或G，确定待测奶水牛的基因型是CC或GG型，根据需要选择CC或GG型基因的奶水牛进行下一步选种和/或育种；所述CC型基因奶水牛的产奶量高于GG型奶水牛；和/或
提取奶水牛DNA，检测奶水牛的第17号染色体的第6752954位核苷酸，检测出第6752954位核苷酸的序列为C或T，确定待测奶水牛的基因型是CC或TT型，根据需要选择CC或TT型基因的奶水牛进行下一步选种和/或育种；所述CC型基因奶水牛的奶中的乳脂量高于TT型奶水牛；和/或
提取奶水牛DNA，检测奶水牛的第11号染色体的第69783448位核苷酸，检测出第69783448位核苷酸的序列为A或G，确定待测奶水牛的基因型是AA或GG型，根据需要选择AA或GG型基因的奶水牛进行下一步选种和/或育种；所述GG型基因奶水牛的奶中的乳蛋白量高于AA型奶水牛；和/或
提取奶水牛DNA，检测奶水牛的第3号染色体的第174223881位核苷酸，检测出第174223881位核苷酸的序列为A或C，确定待测奶水牛的基因型是AA或CC型，根据需要选择AA或CC型基因的奶水牛进行下一步选种和/或育种；所述CC型基因奶水牛的奶中的乳脂率高于AA型奶水牛；和/或
提取奶水牛DNA，检测奶水牛的第19号染色体的第59614102位核苷酸，检测出第59614102位核苷酸的序列为C或T，确定待测奶水牛的基因型是CC或TT型，根据需要选择CC或TT型基因的奶水牛进行下一步选种和/或育种；所述CC型基因奶水牛的奶中的乳蛋白率高于TT型奶水牛。
进一步说明，如上所述的方法，所述奶水牛的第22号染色体中基因型是CC或GG型分别表示在第16586372位核苷酸为C的纯合体或G的纯合体；
所述奶水牛的第17号染色体中基因型是CC或TT型分别表示在第6752954位核苷酸为C的纯合体或T的纯合体；
所述奶水牛的第11号染色体中基因型是AA或GG型分别表示在第69783448位核苷酸为A的纯合体或G的纯合体；
所述奶水牛的第3号染色体中基因型是AA或CC型分别表示在第174223881位核苷酸为A的纯合体或C的纯合体；
所述奶水牛的第19号染色体中基因型是CC或TT型分别表示在第59614102位核苷酸为C的纯合体或T的纯合体。
本发明还提供一种获取与奶水牛产奶性状相关的SNP分子标记的方法，所述方法为：
(1)选取若干头地中海水牛，
(2)水牛产奶性状去回归育种值计算：
1)用Asreml-R4软件包依据动物模型计算每一个个体产奶性状的估计育种值，公式如下：
yijklmn＝u+Herdi+Yearj+Seasonk+Parityl+Agem+an+eijklmn
其中，yijklmn为表型观测值；u为整体均值；Herdi为场固定效应；Yearj为年固定效应；Seasonk为季节固定效应；Parityl为胎次效应；Agem为产犊年龄的固定效应；an为个体加性效应；eijklmn为随机误差；
2)每一个个体产奶性状的去回归估计育种值计算，首先利用R语言计算出加权值，其公式为(Garrick et al.2009)：
其中c假定为0.4(Saatchi et al.，2014)；h2为性状的遗传力；ri 2为个体估计育种值的可靠性，最后，共计274个个体的去回归估计育种值作为表型值，用于全基因组关联分析；
(3)基因分型：共有309头个体用于简化基因组测序分析，用GATK4软件包进行SNP分型，参考基因组为地中海水牛基因组((UOA_WB_1)。采用plink软件进行SNP质控经过质控，共有274个体，142326个SNPs用于后续分析；
(4)全基因组关联(GWAS)分析：采用rMVP R包中的FarmCPU法进行SNP与产奶性状的关联分析，获得与奶水牛产奶性状相关的SNP；显著SNP筛选的阈值为P<10-4。
进一步说明，所述SNP质控的标准为：SNP检出率<90％，个体检出率<80％，最小等位基因频率(MAF)<0.02以及哈迪-温伯格平衡(HWE)的p值<10-6；此外，染色体未知或重复的SNPs也被去除。
进一步说明，所述牛场固定效应包括了4个水平；所述年份固定效应包括了10个水平：≤2007，2008到2016；所述季节固定效应包括了2个水平；所述胎次效应包括了8个水平：1到7，以及≥8。
综上所述，由于采用了上述技术方案，本发明的有益效果是：
本发明通过对奶水牛产奶性状相关的基因型进行全基因组关联分析，为选育具有育或辅助选育与奶水牛产奶性状相关的奶水牛品种或品系包括高/低产奶产奶量的奶水牛、奶中的乳脂量高/低的奶水牛、奶中的乳蛋白量高/低的奶水牛、奶中的乳脂率高/低的奶水牛、奶中的乳蛋白率高/低的优良的奶水牛提供技术支撑和奠定理论基础。
【附图说明】
图1为本申请一全基因组关联分析图。研究的是水牛的产奶量性状，黑色圆圈及箭头指向的标记为本发明筛选的分子标记，该标记位于水牛第22号染色体上。
图2为本申请另一全基因组关联分析图。研究的是水牛的奶中的乳脂量性状，黑色圆圈及箭头指向的标记为本发明筛选的分子标记，该标记位于水牛第17号染色体上。
图3为本申请另一全基因组关联分析图。研究的是水牛的奶中的乳脂率性状，黑色圆圈及箭头指向的标记为本发明筛选的分子标记，该标记位于水牛第3号染色体上。
图4为本申请另一全基因组关联分析图。研究的是水牛的奶中的乳蛋白量性状，黑色圆圈及箭头指向的标记为本发明筛选的分子标记，该标记位于水牛第11号染色体上。
图5为本申请另一全基因组关联分析图。研究的是水牛的奶中的乳蛋白率性状，黑色圆圈及箭头指向的标记为本发明筛选的分子标记，该标记位于水牛第19号染色体上。
【具体实施方式】
为使本发明的上述目的、特征和优点能够更加明显易懂，下面结合附图对本发明的具体实施方式做详细的说明。在下面的描述中阐述了很多具体细节以便于充分理解本发明。但是本发明能够以很多不同于在此描述的其它方式来实施，本领域技术人员可以在不违背本发明内涵的情况下做类似改进，因此本发明不受下面公开的具体实施的限制。
实施例1：水牛基因分型
共有309头地中海水牛个体用于简化基因组测序分析，用GATK4软件包进行SNP分型，参考基因组为地中海水牛基因组((UOA_WB_1)。采用plink软件进行SNP质控，其标准为：SNP检出率<90％，个体检出率<80％，最小等位基因频率(MAF)<0.02以及哈迪-温伯格平衡(HWE)的p值<10-6。此外，染色体未知或重复的SNPs也被去除。经过质控，共有274个体，142326个SNPs用于后续分析。
结果分析：
表1基于简化基因组测序的水牛SNP分布统计
由表1可知基于简化基因组测序技术共检测出142326个SNPs覆盖了水牛基因组约2.62Gb的大小。每一条染色体的SNP数量位于2661到10976之间。SNP的平均密度是每18425kb存在一个SNP。此外共有25156个单倍型模块被检测出其每条染色体的单倍型模块数位于367到1868之间。
实施例2：产奶性状的去回归育种值计算
1)用Asreml-R4软件包依据动物模型计算每一个个体产奶性状的估计育种值(EBV)公式如下：
yijklmn＝u+Herdi+Yearj+Seasonk+Parityl+Agem+an+eijklmn
其中，yijklmn为表型观测值；u为整体均值；Herdi为场固定效应(4个水平)；Yearj为年固定效应(≤2007 and 2008-2016)；Seasonk为季节固定效应(2 levels)；Parityl为胎次效应(1 to 7 and≥8)；Agem为产犊年龄的固定效应；an为个体加性效应；eijklmn为随机误差；
2)每一个个体产奶性状的DEBV计算首先利用R语言计算出加权值其公式为(Garrick et al.2009)
其中c假定为0.4(Saatchi etal.2014)；h2为性状的遗传力；ri 2为个体EBV的可靠性最后共计274个个体的DEBV值作为表型值用于GWAS分析。
实施例3：产奶性状的全基因组关联(GWAS)分析
采用rMVP R包中的FarmCPU法进行SNP与产奶性状的关联分析。显著SNP筛选的阈值为P<10-4。结果见下表：
表2水牛产奶性状GWAS分析结果
备注：显著标记水平为P值<10-4。
由表2可知共有128个SNP通过了选择阈值可视为与产奶性状显著相关的SNP。其中与产奶量相关的SNP有24个而与乳脂量、乳脂率、乳蛋白量和乳蛋白率相关的SNP分别有11、42、22和29个。重要的是snp16586372(p-value 5.39E-06该位点位于第22号染色体上)、snp6752954(p-value 7.16E-06该位点位于第17号染色体上)和snp69783448(p-value2.58E-06该位点位于第11号染色体上)分别是与产奶量、乳脂量和乳蛋白量最显著相关的SNP。对于乳脂率和乳蛋白率而言snp174223881(p-value 2.44E-06该位点位于第3号染色体上)和snp59614102(p-value 5.53E-06该位点位于第19号染色体上)则是与两种分别最显著相关的SNP。
实施例4：选育或辅助选育与奶水牛产奶性状相关的奶水牛品种或品系的方法的应用
在水牛群中对16586372、6752954、69783448、174223881和59614102位点的不同基因型与水牛产奶性状进行关联分析。
16586372位点上的CC个体比基因型GG的个体产奶量更高。并且已经达到了显著相关联水平且该标记突变成C时奶水牛有更高的产奶量。
6752954位点上的CC个体比基因型TT的个体奶中乳脂量含量更高。并且已经达到了显著相关联水平且该标记突变成C时奶水牛的奶中具有更高的乳脂量含量。
69783448位点上的GG个体比基因型AA的个体奶中乳蛋白量含量更高。并且已经达到了显著相关联水平且该标记突变成G时奶水牛的奶中具有更高的乳蛋白量含量。
174223881位点上的CC个体比基因型AA的个体奶中乳脂率含量更高。并且已经达到了显著相关联水平且该标记突变成C时奶水牛的奶中具有更高的乳脂率含量。
59614102位点上的CC个体比基因型TT的个体奶中乳蛋白率含量更高。并且已经达到了显著相关联水平且该标记突变成C时奶水牛的奶中具有更高的乳蛋白率含量。
综上由表3可知snp16586372可用于高产奶水牛个体的选育其中CC基因型为优势基因型；snp174223881可用于高乳脂率奶水牛个体的选育其中CC基因型为优势基因型。snp69783448可用于高乳蛋白量奶水牛个体的选育其中GG基因型为优势基因型。snp6752954可用于高乳脂量奶水牛个体的选育其中CC基因型为优势基因型。snp59614102可用于高乳蛋白率奶水牛个体的选育其中CC基因型为优势基因型。
序列表SEQ ID NO：1是本发明筛选的与奶水牛产奶量性状相关联的分子标记的上下游各50bp的核苷酸序列序列长度为101bp在该序列的第51bp处存在一个等位基因突变(C/G，本发明的序列表51bp处的碱基是选取的突变碱基C为例)该突变引起SEQ IDNO：1所示的核苷酸序列产生多态性。
序列表SEQ ID NO：2是本发明筛选的与奶水牛的奶中的乳脂量性状相关联的分子标记的上下游各50bp的核苷酸序列序列长度为101bp在该序列的第51bp处存在一个等位基因突变(C/T，本发明的序列表51bp处的碱基是选取的突变碱基C为例)该突变引起SEQIDNO：2所示的核苷酸序列产生多态性。
序列表SEQ ID NO：3是本发明筛选的与奶水牛的奶中的乳蛋白量性状相关联的分子标记的上下游各50bp的核苷酸序列序列长度为101bp在该序列的第51bp处存在一个等位基因突变(G/A，本发明的序列表51bp处的碱基是选取的突变碱基G为例)该突变引起SEQIDNO：3所示的核苷酸序列产生多态性。
序列表SEQ ID NO：4是本发明筛选的与奶水牛的奶中的乳脂率性状相关联的分子标记的上下游各50bp的核苷酸序列序列长度为101bp在该序列的第51bp处存在一个等位基因突变(C/A，本发明的序列表51bp处的碱基是选取的突变碱基C为例)该突变引起SEQIDNO：4所示的核苷酸序列产生多态性。
序列表SEQ ID NO：5是本发明筛选的与奶水牛的奶中的乳蛋白率性状相关联的分子标记的上下游各50bp的核苷酸序列序列长度为101bp在该序列的第51bp处存在一个等位基因突变(T/C，本发明的序列表51bp处的碱基是选取的突变碱基C为例)该突变引起SEQIDNO：5所示的核苷酸序列产生多态性。
表3显著SNP在奶水牛群体中的选育应用
实施例5：
可应用本申请的分子遗传标记辅助进行水牛的育种或辅助育种工作具体方法为：
提取水牛的基因组DNA，依据第22号染色体上的第16586372位点突变碱基处的两侧序列设计引物进行基因型判断；根据该位点基因型判断待测水牛是CC型、CG或GG型；根据育种需求选择CC型的水牛进行留种或配种；其中CC纯合基因型的奶水牛产奶量高于CG杂合基因型奶水牛产奶量且高于GG纯合基因型奶水牛产奶量。和/或
提取水牛的基因组DNA，依据第17号染色体上的第6752954位点突变碱基处的两侧序列设计引物进行基因型判断；根据该位点基因型判断待测水牛是CC型、CT或TT型；根据育种需求选择CC型的水牛进行留种或配种；其中CC纯合基因型的奶水牛的奶中的乳脂量高于CT杂合基因型奶水牛奶中的乳脂量且高于TT纯合基因型奶水牛的奶中的乳脂量。和/或
提取水牛的基因组DNA，依据第11号染色体上的第69783448位点突变碱基处的两侧序列设计引物进行基因型判断；根据该位点基因型判断待测水牛是AA型、GA或GG型；根据育种需求选择GG型的水牛进行留种或配种；其中GG纯合基因型的奶水牛的奶中的乳蛋白量高于GA杂合基因型奶中的乳蛋白量且高于AA纯合基因型奶水牛的奶中的乳蛋白量。和/或
提取水牛的基因组DNA，依据第3号染色体上的第174223881位点突变碱基处的两侧序列设计引物进行基因型判断；根据该位点基因型判断待测水牛是AA型、CA或CC型；根据育种需求选择CC型的水牛进行留种或配种；其中CC纯合基因型的奶水牛的奶中的乳脂率高于CA杂合基因型奶水牛的奶中的乳脂率且高于AA纯合基因型奶水牛的奶中的乳脂率。
和/或
提取水牛的基因组DNA，依据第19号染色体上的第59614102位点突变碱基处的两侧序列设计引物进行基因型判断；根据该位点基因型判断待测水牛是CC型、TC或TT型；根据育种需求选择CC型的水牛进行留种或配种；其中CC纯合基因型的奶水牛的奶中的乳蛋白率高于TC杂合基因型奶水牛的奶中的乳蛋白率且高于TT纯合基因型奶水牛的奶中的乳蛋白率。
综上所述使用本申请的方法能简单、高效、准确的获取与奶水牛产奶性状相关的分子遗传标记根据该突变可设计出用于扩增该分子标记的引物和鉴定分子标记的探针；快速筛选出具有高产奶产奶量的奶水牛和/或奶中的乳脂量高的奶水牛和/或奶中的乳蛋白量高的奶水牛和/或奶中的乳脂率高的奶水牛和/或奶中的乳蛋白率高的奶水牛本申请利用两步法全基因组关联分析法进行分析能有效提高筛选分子标记的准确率和效率。
以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式其描述较为具体和详细但并不能因此而理解为对本发明范围的限制。应当指出的是对于本领域的普通技术人员来说在不脱离本发明构思的前提下还可以做出若干变形和改进这些都属于本发明的保护范围。因此本发明的保护范围应以所附权利要求为准。
序列表
<110> 广西壮族自治区水牛研究所
<120> 奶水牛产奶性状相关SNP的获得方法与应用
<160> 5
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 101
<212> DNA
<213> 水牛属(bubalus)
<220>
<221> misc_feature
<222> (51 )..( 51)
<223> n is c or g
<220>
<221> misc_feature
<222> (51)..(51)
<223> n is a, c, g, t or u
<400> 1
ctgctggaga gatttcaagg gcactccccg gacagcctca ctgacatctc nagtggagac 60
ggattcaccg aatcggtgag actgaggcgg acaagtccga g 101
<210> 2
<211> 101
<212> DNA
<213> 水牛属(bubalus)
<220>
<221> misc_feature
<222> (51 )..( 51)
<223> n is c or t
<220>
<221> misc_feature
<222> (51)..(51)
<223> n is a, c, g, t or u
<400> 2
atactgaccc gaaagcccgg gtgtggctgt cgtggctttg atctgccagg nggcggaatg 60
gaaacctgtc tgggtagcag gctccaggcc tccctacttg c 101
<210> 3
<211> 101
<212> DNA
<213> 水牛属(bubalus)
<220>
<221> misc_feature
<222> (51 )..( 51)
<223> n is a or g
<220>
<221> misc_feature
<222> (51)..(51)
<223> n is a, c, g, t or u
<400> 3
gtcttagacc tagctgaatc agttttaaga aaaatgatgc agcgaaagtg ntgggatatc 60
acttctgaga ttgggttaac aaggatgtca gcttcagctc c 101
<210> 4
<211> 101
<212> DNA
<213> 水牛属(bubalus)
<220>
<221> misc_feature
<222> (51 )..( 51)
<223> n is c or a
<220>
<221> misc_feature
<222> (51)..(51)
<223> n is a, c, g, t or u
<400> 4
tcgtccccgg tccgccagcc ccgtttcctg gcaccaccgg ttcacccccg nctgtgaatc 60
cgtgtccgtc cacgctccgg ctgcggctcc cccgctgctg a 101
<210> 5
<211> 101
<212> DNA
<213> 水牛属(bubalus)
<220>
<221> misc_feature
<222> (51 )..( 51)
<223> n is c or t
<220>
<221> misc_feature
<222> (51)..(51)
<223> n is a, c, g, t or u
<400> 5
ggattattaa ccactagacc accagggaag ccctcagggt agatttctga ngaagagaga 60
gggaaagtcc ttgaagttca gagaggtcag cccttcttag t 101
Claims (3)
1.一种检测与奶水牛产奶性状相关的SNP分子标记的试剂在选育或辅助选育与奶水牛产奶性状相关的奶水牛品种或品系的用途，其特征在于：所述选育或辅助选育与奶水牛产奶性状相关的奶水牛品种或品系包括高/低产奶量的奶水牛和/或奶中的乳脂量高/低的奶水牛和/或奶中的乳蛋白量高/低的奶水牛和/或奶中的乳脂率高/低的奶水牛和/或奶中的乳蛋白率高/低的奶水牛；
所述产奶性状包括产奶量、奶中的乳脂量、奶中的乳蛋白量、奶中的乳脂率、奶中的乳蛋白率；
与产奶量相关的分子遗传标记位于第22 号染色体的第16586372核酸位点，该位点的碱基为C或G，对应位于核酸序列表SEQ ID NO.1的第51位核酸位点；
与奶中的乳脂量相关的分子遗传标记位于第17 号染色体的第6752954核酸位点，该位点的碱基为C或T，对应位于核酸序列表SEQ ID NO.2的第51位核酸位点；
与奶中的乳蛋白量相关的分子遗传标记位于第11 号染色体的第69783448核酸位点，该位点的碱基为G或A，对应位于核酸序列表SEQ ID NO.3的第51位核酸位点；
与奶中的乳脂率相关的分子遗传标记位于第3 号染色体的第174223881核酸位点，该位点的碱基为C或A，对应位于核酸序列表SEQ ID NO.4的第51位核酸位点；
与奶中的乳蛋白率相关的分子遗传标记位于第19 号染色体的第59614102核酸位点，该位点的碱基为T或C，对应位于核酸序列表SEQ ID NO.5的第51位核酸位点。
2.一种应用检测权利要求1所述的SNP分子标记的试剂在选育或辅助选育与奶水牛产奶性状相关的奶水牛品种或品系的方法，其特征在于：具体步骤为：
提取奶水牛DNA，检测奶水牛的第22 号染色体的第16586372位核苷酸，检测出第16586372位核苷酸的序列为C或G，确定待测奶水牛的基因型是CC或GG型，根据需要选择CC或GG型基因的奶水牛进行下一步选种和/或育种；CC型基因奶水牛的产奶量高于GG型奶水牛；和/或
提取奶水牛DNA，检测奶水牛的第17 号染色体的第6752954位核苷酸，检测出第6752954位核苷酸的序列为C或T，确定待测奶水牛的基因型是CC或TT型，根据需要选择CC或TT型基因的奶水牛进行下一步选种和/或育种；CC型基因奶水牛的奶中的乳脂量高于TT型奶水牛；和/或
提取奶水牛DNA，检测奶水牛的第11号染色体的第69783448位核苷酸，检测出第69783448位核苷酸的序列为A或G，确定待测奶水牛的基因型是AA或GG型，根据需要选择AA或GG型基因的奶水牛进行下一步选种和/或育种；GG型基因奶水牛的奶中的乳蛋白量高于AA型奶水牛；和/或
提取奶水牛DNA，检测奶水牛的第3号染色体的第174223881位核苷酸，检测出第174223881位核苷酸的序列为A或C，确定待测奶水牛的基因型是AA或CC型，根据需要选择AA或CC型基因的奶水牛进行下一步选种和/或育种；CC型基因奶水牛的奶中的乳脂率高于AA型奶水牛；和/或
提取奶水牛DNA，检测奶水牛的第19号染色体的第59614102位核苷酸，检测出第59614102位核苷酸的序列为C或T，确定待测奶水牛的基因型是CC或TT型，根据需要选择CC或TT型基因的奶水牛进行下一步选种和/或育种；CC型基因奶水牛的奶中的乳蛋白率高于TT型奶水牛。
3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述奶水牛的第22 号染色体中基因型是CC或GG型分别表示在第16586372位核苷酸为C的纯合体或G的纯合体；
所述奶水牛的第17 号染色体中基因型是CC或TT型分别表示在第6752954位核苷酸为C的纯合体或T的纯合体；
所述奶水牛的第11号染色体中基因型是AA或GG型分别表示在第69783448位核苷酸为A的纯合体或G的纯合体；
所述奶水牛的第3号染色体中基因型是AA或CC型分别表示在第174223881位核苷酸为A的纯合体或C的纯合体；
所述奶水牛的第19号染色体中基因型是CC或TT型分别表示在第59614102位核苷酸为C的纯合体或T的纯合体。
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