CN111197089B - 用于选择母鸡产蛋后期产蛋率的snp分子标记及其应用 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了一种用于选择母鸡产蛋后期产蛋能力的SNP分子标记及其应用，通过限制性内切酶长度多态性（PCR‑RFLP）技术方法与母鸡产蛋后期产蛋率的关联分析，首次在母鸡基因组第18号染色体长链非编码RNA 8138.1基因上筛选到1个与母鸡产蛋后期产蛋率显著关联的SNP分子标记，该染色体第4937159（Galgal 4.0）位碱基呈现多态性，其碱基为A或G，所述的SNP分子标记用于选择和改良母鸡的产蛋后期产蛋率。

Description

用于选择母鸡产蛋后期产蛋率的SNP分子标记及其应用
技术领域
本发明属于家畜繁殖性状的分子标记选择技术领域，具体涉及1个与母鸡产蛋后期产蛋率相关的SNP分子标记及其应用。
背景技术
母鸡的产蛋后期产蛋率是指母鸡淘汰前2个月产蛋总个数占产蛋总天数的百分率。从整个产蛋群体的产蛋率来看，产蛋高峰期过后，产蛋率以大约每周1％的速度下降，下降的原因有2种：一是整个群体的所有母鸡个体产蛋率均匀下降，导致整体产蛋率下降；二是群体中每个个体产蛋率下降速度各不相同，有些个体产蛋率维持不变，有些个体产蛋率缓慢下降，有些个体产蛋率迅速下降，使整个群体的产蛋率下降。申请人通过对2个群体(群体1:858只，群体2:1042只有效个体)，共1900只的淘汰前2个月的个体产蛋记录的分析，发现群体产蛋率下降属于第二种情况，即：群体中每个个体产蛋率下降速度各不相同，有些个体产蛋率维持不变，有些个体产蛋率缓慢下降，有些个体产蛋率迅速下降，使整个群体的产蛋率下降，我们发现部分母鸡到淘汰时仍然有95-100％的产蛋率。在生产中如果能够对产蛋率高的母鸡进行选择，可延长母鸡高峰期的时长，降低饲养成本增加生产效益。该项研究工作在国家基金(项目编号：31372301)、自主创新基金重大培育项目(2662018PY088)、西藏自治区重点研发及转化计划(CGZH2017000237)资助下完成。
发明内容
本发明的目的在于提供一种用于选择母鸡产蛋后期产蛋率的SNP分子标记及其应用，通过限制性内切酶长度多态性(PCR-RFLP)分析发现18号染色体长链非编码RNA 8138.1基因多态性与母鸡产蛋后期产蛋率相关联。
为了实现上述目的，本发明通过以下技术方案实现：
用于选择母鸡产蛋后期产蛋率的SNP分子标记，位于18号染色体长链非编码RNA8138.1基因，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其中第15位碱基为A或G，GG基因型是母鸡产蛋后期产蛋率的有利标记。
上述SNP分子标记通过下述方法筛选获得：
1)实验样品采集：采集试验鸡血样用于DNA提取；
2)母鸡产蛋后期产蛋率的测定：淘汰日龄前2个月，母鸡单笼饲养，记录母鸡每天的产蛋情况，统计60天内母鸡的产蛋个数，产蛋总个数与总天数的比值百分数，作为产蛋后期产蛋率；
3)鸡基因组DNA的提取与检测：从试验鸡血样中提取鸡基因组DNA，制备母鸡全基因组DNA样品；
4)基因型判定及基因型与鸡产蛋后期产蛋率的关联分析：在研究母鸡贮精能力的过程中，发现Long non-coding RNA 8138.1(lncRNA8183.1)在高低贮精能力母鸡阴道子宫结合部贮精管中的表达存在差异，该基因可能与母鸡产蛋率相关，测序发现在该lncRNA的基因组序列中有一个SNP分子标记，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其中第15位碱基为A或G，导致了HindIII酶切位点的改变，进一步利用PCR-RFLP技术检测发现的SNP位点在母鸡群体中的分布，以验证该SNP位点的多态性与母鸡产蛋后期产蛋率的相关性。
对1900只母鸡进行了产蛋后期产蛋率的测定和PCR-RFLP分析，证实了这个SNP位点的多态性与母鸡产蛋后期产蛋率极显著关联(P<0.0001)，SNP位点的等位基因均为G，则是母鸡产蛋率的有利标记，可以用于母鸡产蛋后期产蛋率的选择及改良。
与现有技术相比，本发明具有以下优点及有益效果：
采用限制性内切酶长度多态性(PCR-RFLP，restricted fragment lengthpolymorphism)分析方法在1900只的群体里对这个SNP与母鸡产蛋后期产蛋率的相关性进行了关联分析。利用分子标记辅助育种，为母鸡产蛋后期产蛋率进行选择和改良提供了1个新的SNP分子标记。
附图说明
图1为lncRNA基因的测序结果。
图2为lncRNA基因PCR-RFLP酶切图谱。M：Marker I，样本1、4、7为AA基因型，样本8、10为GG基因型，其余样本为AG杂合基因型。
具体实施方式
实施例1与母鸡产蛋后期产蛋率相关的SNP分子标记的筛选与验证
在研究母鸡贮精能力的过程中，发现Long non-coding RNA 8138.1(lncRNA8183.1)基因在高低贮精能力母鸡阴道子宫结合部贮精管中的表达存在差异，该基因可能与母鸡产蛋率相关，测序发现在该lncRNA的基因组序列中有一个SNP分子标记，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其中第15位碱基为A或G，导致了HindIII酶切位点的改变，进一步利用PCR-RFLP技术检测发现的SNP位点在母鸡群体中的分布，以验证该SNP位点的多态性与母鸡产蛋后期产蛋率的相关性。
1)实验样品采集：
试验群体为1900只健康母鸡，来源于“京红1号”蛋鸡核心育种鸡场，父母代群体60周龄开始，至68周结束实验(420-480日龄)，所有母鸡2批次孵化而来。饲养于湖北荆州峪口禽业有限公司，执行单笼饲养，16小时光照制度，自由采食及饮水。在饲养期间，温度、湿度、通风、光照等条件均相同，为常规方法。
2)鸡产蛋后期产蛋率的测定：
淘汰日龄前2个月，母鸡单笼饲养，记录母鸡每天的产蛋情况，统计60天内母鸡的产蛋个数，产蛋总个数与总天数的比值百分数，作为产蛋后期产蛋率。
母鸡产蛋后期产蛋率测定实验结束后，对试验鸡群翅下静脉采血0.5mL，置于1.5mL事先加入0.3mL抗凝剂的EP管中，混匀后-20℃保存以备DNA提取。
3)鸡基因组DNA的提取与检测：
采用苯酚-氯仿法从试验鸡血样中提取鸡基因组DNA，再用凝胶电泳判断DNA的完整性；对提取后的DNA进行质量检测；调整浓度至50ng/μL，制备母鸡全基因组DNA样品。
4)基因型判定及基因型数据与母鸡产蛋后期产蛋率的关联分析：
引物序列：
M1-SNP1-F119:GACAGAGATGGCCTAAGGAC；
M1-SNP1-R366:GAGGAGATTATTGCATGCTT。
反应体系：2×PCR缓冲液(含Taq酶等)5ul；M1-SNP1-F119：0.15ul(10uM)；M1-SNP1-R366：0.15ul(10uM)；DNA模板：1.3ul；ddH2O：3.4ul，共计：10ul。
扩增条件：95℃5min；(95℃30s；53℃30s；72℃30s)35个循环；72℃5min；25℃1min。
酶切及电泳：PCR产物6.0ul，10×酶切缓冲液1.0ul，ddH2O：4.0ul，HindIII酶1UI。
扩增产物经HindIII酶切后可被切为156bp和111bp两个片段，其中AA基因型显示2条带(156bp+111bp)，GG基因型显示1条带(267bp)，杂合子AG显示3条带(267bp+156bp+111bp)，各种基因型见图2。
5)分析结果
我们利用已测定母鸡产蛋后期产蛋率的2个群体(群体1:858只，群体2:1042只有效个体)共1900只母鸡，对该SNP进行限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)，比较不同基因型个体的母鸡产蛋后期产蛋率，从表1结果可以看出，这个SNP位点的多态性与母鸡产蛋后期产蛋率显著关联(P<0.0001)，GG基因型是母鸡产蛋率的有利标记。
表1 3个SNP位点与母鸡产蛋后期产蛋率关联分析结果
Figure GDA0003173757150000041
注：产蛋率：母鸡产蛋后期产蛋个数与产蛋天数的百分率；性状中具有不同肩标的SNP基因型之间表示差异显著(P<0.05)。*表示差异显著，P<0.05；**表示差异极显著P<0.01；***表示差异极显著P<0.001，表中性状值为平均数±标准差。
序列表
<110> 华中农业大学
<120> 用于选择母鸡产蛋后期产蛋率的SNP分子标记及其应用
<160> 1
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
gcaacgtagg ataarcttta agacaaataa ag 32

Claims (1)

1.一种分子标记在选择母鸡产蛋后期产蛋率方面的应用，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其中第15位碱基是A或G，GG基因型是母鸡产蛋后期产蛋率的有利标记。
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