CN105349637A - 一种与鸡蛋蛋重相关的snp分子标记及其应用 - Google Patents

一种与鸡蛋蛋重相关的snp分子标记及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明提供一种与鸡蛋蛋重相关的SNP分子标记及其应用。所述SNP分子标记对应于NCBI中公布的鸡参考基因组Gallus_gallus-4.0版本序列信息一号染色体正义链第169,930,974位脱氧核苷酸，所述核苷酸为T或G。本发明的SNP位点在之前没有被报道过，是一新发现的遗传分子标记。其可以应用于不同周龄蛋重的早期选择及辅助于鸡的育种，能够有助于节省生产成本并加快遗传进展，具有很大的经济应用价值和科研价值。

Description

一种与鸡蛋蛋重相关的SNP分子标记及其应用
技术领域
本发明属于基因检测技术领域，具体涉及一种与鸡蛋蛋重相关的SNP分子标记及其应用。
背景技术
在家禽生产中，蛋重是一个重要的经济性状，选择符合市场需要的蛋重是家禽育种的主要目标和研究目的。由于不同国家和地区的消费者对蛋重的偏好不同，蛋重的大小会直接影响鸡蛋在市场上的销售和价格，所以蛋重具有重要的经济价值。对于育种，种蛋的蛋重也会影响雏鸡的质量，包括雏鸡初生体重、适应性和生产性能。
对同一只母鸡，周龄因素对蛋重影响显著，在整个产蛋期，蛋重随母鸡周龄增加而变大。产蛋后期蛋重过大会影响鸡蛋包装和销售。因此，探讨影响不同周龄母鸡所产鸡蛋蛋重的遗传结构具有重要的经济价值和生物学意义。对不同母鸡，影响蛋重的主要原因是遗传因素。目前发现共计有分布在17条染色体上的77个数量性状基因座(QTL)与蛋重相关。但是大部分报道的与蛋重相关的QTL置信区间比较大，很难通过QTL图谱鉴定到影响蛋重的突变原因。
因此，为了鉴定表型和基因型之间的遗传联系，较准确地确定待测鸡的基因型以方便对不同周龄母鸡所产鸡蛋蛋重进行早期选择，节省生产成本，更好地服务于家禽育种，有必要研究开发新的与鸡蛋蛋重相关的遗传标记。
发明内容
本发明的目的是为了准确地确定待测鸡的基因型以方便对不同周龄母鸡所产鸡蛋的蛋重进行早期选择，节省生产成本，而提供一种与鸡蛋蛋重相关的SNP分子标记及其应用。
为实现上述目的，本发明提供下述技术方案。
本发明提供的技术方案之一是：一种鸡的SNP分子标记，其对应于NCBI中公布的鸡参考基因组Gallus_gallus-4.0版本序列信息一号染色体正义链第169,930,974位脱氧核苷酸，所述核苷酸为T或G。
所述的鸡参考基因组Gallus_gallus-4.0版本序列信息为NCBI网站上的公开信息。所述一号染色体(对应Genbank登录号为CM000093.3)正义链第169,930,974位单核苷酸多态性在NCBI网站上对应的rs号为rs314058619。
所述鸡的SNP分子标记与母鸡所产鸡蛋的蛋重相关，是一个新的分子标记。
本发明提供的技术方案之二是：前述鸡的SNP分子标记在家禽遗传育种中的应用。
所述应用优选为根据SNP位点的基因型对不同周龄母鸡所产鸡蛋的蛋重进行早期选择。
其中，所述早期选择的判断依据为：TT基因型母鸡所产鸡蛋蛋重高于TG基因型和GG基因型个体，TG基因型母鸡所产鸡蛋蛋重高于GG基因型个体。所述TT基因型母鸡是指一号染色体正义链第169,930,974位脱氧核苷酸为T的纯合子的母鸡；GG基因型是指该位点为碱基G的纯合子；TG基因型母鸡是指该位点为T和G的杂合子。
所述不同周龄母鸡所产鸡蛋是指母鸡处于不同周龄时所产的鸡蛋。所述不同周龄母鸡所产鸡蛋的蛋重优选为初产蛋重、32周龄蛋重、36周龄蛋重、40周龄蛋重、44周龄蛋重、48周龄蛋重、52周龄蛋重、56周龄蛋重或60周龄蛋重。
所述根据SNP位点的基因型对不同周龄母鸡所产鸡蛋的蛋重进行早期选择之应用优选包括如下步骤：检测鸡一号染色体正义链第169,930,974位脱氧核苷酸，以“TT基因型母鸡所产鸡蛋蛋重高于TG基因型和GG基因型个体，TG基因型母鸡所产鸡蛋蛋重高于GG基因型个体”为判断依据进行个体选择。
具体地，其优选包括步骤：
(1)提取待测鸡的基因组DNA；
(2)采用基因分型芯片AxiomTMGenome-WideChickenGenotypingArray检测待测鸡的基因型；
(3)按照“TT基因型母鸡所产鸡蛋蛋重高于TG基因型和GG基因型个体，TG基因型母鸡所产鸡蛋蛋重高于GG基因型个体”为判断依据进行个体选择。
其中，步骤(1)中所述提取待测鸡的基因组DNA的方法可以为本领域常规，较佳地为：对待测鸡进行鸡翅静脉采血，用抗凝剂进行抗凝处理后经裂解、蛋白酶消化处理，然后采用酚仿法提取基因组DNA，以灭菌双蒸水溶解后备用。所述鸡翅静脉采血和酚仿法均为本领域的常规操作。
步骤(2)中所述基因分型芯片AxiomTMGenome-WideChickenGenotypingArray为美国昂飞公司(Affymetrix，Inc.)产品，其产品货号为902148。
步骤(2)中所述检测待测鸡的基因型是指检测鸡一号染色体正义链第169,930,974位脱氧核苷酸，其结果为TT、TG或GG。TT基因型母鸡是指一号染色体正义链第169,930,974位脱氧核苷酸为T的纯合子的母鸡；GG基因型是指该位点为碱基G的纯合子；TG基因型的鸡是指该位点为T和G的杂合子。
在符合本领域常识的基础上，上述各优选条件，可任意组合，即得本发明各较佳实例。
本发明所用试剂和原料均市售可得。
本发明的积极进步效果在于：
本发明的SNP位点在之前没有被报道过，是一新发现的遗传分子标记。其可以应用于不同周龄母鸡所产鸡蛋的蛋重的早期选择及辅助于鸡的育种，能够有助于节省生产成本并加快遗传进展，具有很大的经济应用价值和科研价值。
附图说明
图1为实施例2中不同基因型与蛋重关联分析的结果图，其中，横坐标为周龄，纵坐标表示蛋重。
具体实施方式
以下实施例用于说明本发明，但并不用来限制本发明的范围。除特殊说明的之外，各实施例中所用的设备和试剂均常规市售可得。
下述实施例中的％，如无特殊说明，均为质量百分含量。
待测群体来自于江苏省家禽科学研究所，将白来航纯系与东乡绿壳蛋鸡纯系进行正反交，产生F2代群体用于后续表型记录和全基因组关联分析。
实施例1rs314058619位点SNP与蛋重相关性的确认
实验材料：1534只江苏省家禽科学研究所白来航与东乡绿壳蛋鸡杂交F2代个体。
一、蛋重测定
分别测定每个个体初产蛋重以及32周龄蛋重、36周龄蛋重、40周龄蛋重、44周龄蛋重、48周龄蛋重、52周龄蛋重、56周龄蛋重、60周龄蛋重。
二、SNP的检测
1、基因组DNA提取
鸡翅静脉采血，ACD抗凝剂(1.32％(m/v)柠檬酸钠、0.48％(m/v)柠檬酸、1.47％(m/v)葡萄糖)抗凝后经裂解、蛋白酶(购自生工生物工程(上海)股份有限公司)消化处理，采用酚仿法提取DNA，灭菌双蒸水溶解。
2、基因分型
取各待测鸡的基因组DNA，采用美国昂飞公司的600KAffymetrixAxiomChickenGenotypingArray(商品目录号：902148)检测每个个体的基因型。
三、母鸡在每个周龄所产鸡蛋的蛋重单性状全基因组关联分析
采用genome-wideefficientmixed-modelassociation(GEMMA)统计分析软件的混合线性模型进行统计分析，具体可参考:“Genome-wideefficientmixed-modelanalysisforassociationstudies”，XiangZhouetal.,NatureGenetics,VOLUME44,NUMBER7,JULY2012，以及“Efficientmultivariatelinearmixedmodelalgorithmsforgenome-wideassociationstudies”,KrinaTZondervanandLonRCardon,PROTOCOL,VOLUME2,NUMBER10,OCTOBER,2012。
统计分析模型为：
y＝Wa+xβ+μ+ε；
y代表个体表型值；
W代表协变量；
a代表对应系数；
x代表SNP基因型；
β代表对应的SNP效应；
μ代表剩余多基因效应；
ε代表剩余残差效应。
数据分析采用GeneTitan(美国昂飞公司产品)基因芯片自动处理系统进行分析，对数据进行分析的软件为AffymetrixPowerTools。
结果表明有位于1号、3号和4号上共计73个SNP与一个或者多个周龄的蛋重性状显著相关。
四、每个周龄蛋重多性状全基因组关联分析
采用GEMMA统计分析软件的混合线性模型对所有显著关联SNP同时进行九个蛋重性状的多性状关联分析。
统计分析模型同上所述。
结果表明：SNP位点rs314058619(T/G；Chr1：168,456,799)与九个周龄的蛋重均存在显著相关性。
实施例2F2代个体rs314058619T/G基因型与蛋重的关联分析
一、实验材料：1534只江苏省家禽科学研究所白来航蛋鸡与东乡绿壳蛋鸡杂交F2代个体。
分别测定每个个体初产蛋重以及32周龄蛋重、36周龄蛋重、40周龄蛋重、44周龄蛋重、48周龄蛋重、52周龄蛋重、56周龄蛋重、60周龄蛋重。
二、SNP的检测
1、基因组DNA提取
鸡翅静脉采血，ACD抗凝剂抗凝后经裂解、蛋白酶消化处理，采用酚仿法提取DNA，灭菌双蒸水溶解。
2、基因型确定
取基因组DNA，采用美国昂飞公司的600KAffymetrixAxiomChickenGenotypingArray(商品目录号902148)检测每个个体的基因型。
结果见表1和图1。
表1位点rs314058619T/G基因型在F2群体中的分布。
从表1结果可以看出，TG基因型为实验群体优势基因型。
三、基因型与蛋重关联分析
采用SAS统计分析软件包的GLM过程进行统计分析，根据广义线性模型对供试鸡群的基因型和九个周龄蛋重性状进行方差统计分析，P-value＜0.05表明差异显著。
统计分析模型：
y＝μ+G+e
y代表个体表型值；
μ代表群体均值；
G代表基因型效应；
e代表剩余残差效应。
结果见图1和表2。
表2各周龄蛋重(g)与不同基因型关联结果。
从表2可以看出，三种基因型的母鸡初产蛋重以及32周龄蛋重、36周龄蛋重、40周龄蛋重、44周龄蛋重、48周龄蛋重、52周龄蛋重、56周龄蛋重、60周龄蛋重间均有显著差异。在所测的九个周龄中，TT基因型的鸡蛋重均显著高于TG基因型和GG基因型的鸡，TG基因型的鸡蛋重均显著高于GG基因型的鸡。
实施例3rs314058619位点SNP的应用
一、实验材料：北京市华都峪口禽业有限责任公司洛岛红纯系蛋鸡1065只，分别测定每个个体初产蛋重、28周龄蛋重、36周龄蛋重、56周龄蛋重和66周龄蛋重。
二、SNP检测
1、基因组DNA的提取
鸡翅静脉采血，ACD抗凝剂抗凝后经裂解、蛋白酶消化处理，采用酚仿法提取DNA，灭菌双蒸水溶解。
2、基因型确定
方法同实施例2。
结果见表3。
表3位点rs314058619T/G基因型在洛岛红纯系蛋鸡实验群体中的分布
结果显示，此洛岛红纯系蛋鸡实验群体中T基因频率较高，而且TT纯合个体所占比例最高。
三、基因型与蛋重关联分析
方法同实施例2。
结果见表4。
表4各周龄蛋重与基因型关联分析结果
周龄/蛋重 TT TG GG P-value
初产 42.6±5.0 42.3±5.2 42.1±4.8 0.5014
28 57.5±3.4 56.9±3.6 56.9±3.3 0.0357
36 59.6±3.2 59.1±3.3 58.9±2.9 0.0233
56 61.4±4.5 60.7±4.6 60.1±4.3 0.0120
66 61.2±4.6 60.6±4.5 59.8±3.6 0.0142
表4的结果显示，三种基因型的母鸡蛋重具有显著差异，TT基因型的鸡在蛋重性状上具有优势。除初产蛋重外，28周龄蛋重、36周龄蛋重、56周龄蛋重和66周龄蛋重，各基因型间差异显著。
结果表明，rs314058619位点TT纯合型个体在蛋重方面具有优势，特别是在产蛋后期。rs314058619位点可以作为蛋重的遗传标记，应用于蛋重性状的分子标记辅助选择，提高蛋鸡蛋重选择的准确性。
虽然，上文中已经用一般性说明、具体实施方式及试验，对本发明作了详尽的描述，但在本发明的基础上，可以对之作一些修改或改进，这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此，在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进，均属于本发明要求保护的范围。

Claims (8)

1.一种鸡的SNP分子标记，其特征在于，其对应于NCBI中公布的鸡参考基因组Gallus_gallus-4.0版本序列信息一号染色体正义链第169,930,974位脱氧核苷酸，所述核苷酸为T或G。
2.权利要求1所述的鸡的SNP分子标记在家禽遗传育种中的应用。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述应用为根据SNP位点的基因型对不同周龄母鸡所产鸡蛋的蛋重进行早期选择。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述早期选择的判断依据为：TT基因型母鸡所产鸡蛋蛋重高于TG基因型和GG基因型个体，TG基因型母鸡所产鸡蛋蛋重高于GG基因型个体。
5.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述不同周龄母鸡所产鸡蛋的蛋重为初产蛋重、32周龄蛋重、36周龄蛋重、40周龄蛋重、44周龄蛋重、48周龄蛋重、52周龄蛋重、56周龄蛋重或60周龄蛋重。
6.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述根据SNP位点的基因型对不同周龄母鸡所产鸡蛋的蛋重进行早期选择包括如下步骤：检测鸡一号染色体正义链第169,930,974位脱氧核苷酸，以“TT基因型母鸡所产鸡蛋蛋重高于TG基因型和GG基因型个体，TG基因型母鸡所产鸡蛋蛋重高于GG基因型个体”为判断依据进行个体选择。
7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，所述根据SNP位点的基因型对不同周龄母鸡所产鸡蛋的蛋重进行早期选择包括如下步骤：
(1)提取待测鸡的基因组DNA；
(2)采用AxiomTMGenome-WideChickenGenotypingArray检测待测鸡的基因型；
(3)按照“TT基因型母鸡所产鸡蛋蛋重高于TG基因型和GG基因型个体，TG基因型母鸡所产鸡蛋蛋重高于GG基因型个体”为判断依据进行个体选择。
8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，步骤(1)中所述提取待测鸡的基因组DNA的方法为：对待测鸡进行鸡翅静脉采血，用抗凝剂进行抗凝处理后经裂解、蛋白酶消化处理，然后采用酚仿法提取基因组DNA，以灭菌双蒸水溶解后备用。
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