CN117070639B - 与鸡产蛋总重关联的snp遗传标记在鸡遗传育种中的应用 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了与鸡产蛋总重关联的SNP遗传标记在鸡遗传育种中的应用，属于畜禽遗传标记和动物遗传育种技术领域，所述与鸡产蛋总重关联的SNP遗传标记包括EM_tag1，所述EM_tag1对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGa lGa l 1.mat.broi ler.GRCg7b版本序列信息1号染色体第170198447位，属于l ncRNA基因LOC107051691功能区序列，此处碱基为G或A。所述与鸡产蛋总重关联的SNP遗传标记有助于从遗传上提高蛋鸡产蛋总重，将其应用于鸡的遗传育种，能够辅助筛选出较高产蛋总重的蛋鸡。
Description
技术领域
本发明属于畜禽遗传标记和动物遗传育种技术领域，特别涉及与鸡产蛋总重关联的SNP遗传标记在鸡遗传育种中的应用。
背景技术
产蛋总重不仅是决定养鸡收益的一项重要指标，还影响采食量、蛋品质、蛋鸡存活率，具有经济上的重要意义。然而，以往蛋品质遗传评估研究中，由于统计产蛋总重费时费力，产蛋总重在以往的研究中不作为主要选择指标。随着活禽市场逐步取缔，提高产蛋总重在蛋鸡选育上越来越重要。多篇文献报道单纯提高产蛋率并非提高养殖收益的最佳选择，究其原因，产蛋数与单个蛋重存在负相关，高强度选择产蛋数导致蛋重下降，进而影响总蛋重。影响产蛋总重的因素较多，包括年龄、营养、遗传背景以及饲养方式，而从经济学角度来看，遗传选育是解决产蛋总重的优选手段。然而，蛋鸡产蛋总重难于测量，导致该性状选育进展缓慢。
发明内容
为了解决鸡产蛋总重遗传选育问题，本发明提供了与鸡产蛋总重关联的SNP遗传标记在鸡遗传育种中的应用，所述与鸡产蛋总重关联的SNP遗传标记有助于从遗传上提高蛋鸡产蛋总重，将其应用于鸡的遗传育种，能够辅助筛选出较高产蛋总重的蛋鸡。
本发明通过以下技术方案实现：
本发明提供与鸡产蛋总重关联的SNP遗传标记在鸡遗传育种中的应用，所述与鸡产蛋总重关联的SNP遗传标记包括EM_tag1，所述EM_tag1对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal 1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息1号染色体第170198447位，属于lncRNA基因LOC107051691功能区序列，此处碱基为G或A。
基于同一发明构思，本发明提供一种鸡产蛋总重性状的早期选择方法，所述早期选择方法包括基于SNP遗传标记EM_tag1的基因型对鸡产蛋总重性状进行早期选择；
所述EM_tag1对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal 1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息1号染色体第170198447位，属于lncRNA基因LOC107051691功能区序列，此处碱基为G或A。
进一步的，所述早期选择方法具体包括：
检测待测鸡EM_tag1的基因型；
基于所述EM_tag1的基因型对待测鸡的产蛋总重性状进行早期选择；
其中，所述EM_tag1的GG基因型个体的产蛋总重大于GA基因型个体的产蛋总重，GA基因型个体的产蛋总重大于AA基因型个体的产蛋总重。
进一步的，所述检测待测鸡EM_tag1的基因型，具体包括：
以P_EM1f和P_EM1r为引物，对待测鸡的基因组DNA进行PCR扩增；
对PCR扩增产物进行测序，获得待测鸡1号染色体第170198447位的基因型；
其中，所述P_EM1f的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述P_EM1r的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。
进一步的，所述待测鸡的品种包括东乡绿壳蛋鸡和/或白来航鸡。
基于同一发明构思，本发明提供用于检测与鸡产蛋总重关联的SNP遗传标记的引物，所述引物包括P_EM1f和P_EM1r，所述P_EM1f的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述P_EM1r的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；
所述与鸡产蛋总重关联的SNP遗传标记包括EM_tag1，所述EM_tag1对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal 1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息1号染色体第170198447位，属于lncRNA基因LOC107051691功能区序列，此处碱基为G或A。
基于同一发明构思，本发明还提供引物P_EM1f和P_EM1r在鸡遗传育种中的应用。
基于同一发明构思，本发明提供一种试剂盒，所述试剂盒包含引物P_EM1f和P_EM1r。
基于同一发明构思，本发明还提供上述一种试剂盒在鸡遗传育种中的应用。
基于同一发明构思，本发明提供与鸡产蛋总重关联的SNP遗传标记在预测鸡产蛋总重中的应用，所述与鸡产蛋总重关联的SNP遗传标记包括EM_tag1，所述EM_tag1对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal 1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息1号染色体第170198447位，属于lncRNA基因LOC107051691功能区序列，此处碱基为G或A。
本发明实施例中的一个或多个技术方案，至少具有如下技术效果或优点：
本发明与鸡产蛋总重关联的SNP遗传标记在鸡遗传育种中的应用，所述与鸡产蛋总重关联的SNP遗传标记为EM_tag1，可用于从遗传上改善鸡产蛋总重，将其应用于鸡的遗传育种，能够辅助筛选出较高产蛋总重的蛋鸡，降低生产成本的同时提高了产蛋性能，进而提升养殖收益。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例中的技术方案，下面将对实施例描述中所需要使用的附图作一简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图是本发明的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其它的附图。
图1为本发明实施例2资源群体产蛋总重GWAS分析曼哈顿图；
图2为本发明实施例2资源群体产蛋总重GWAS分析QQ图；
图3为本发明实施例3不同基因型产蛋总重比较图。
具体实施方式
下文将结合具体实施方式和实施例，具体阐述本发明，本发明的优点和各种效果将由此更加清楚地呈现。本领域技术人员应理解，这些具体实施方式和实施例是用于说明本发明，而非限制本发明。
在整个说明书中，除非另有特别说明，本文使用的术语应理解为如本领域中通常所使用的含义。因此，除非另有定义，本文使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域技术人员的一般理解相同的含义。若存在矛盾，本说明书优先。
除非另有特别说明，本发明中用到的各种原材料、试剂、仪器和设备等，均可通过市场购买得到或者可通过现有方法制备得到。
下面将结合实施例及实验数据对本申请与鸡产蛋总重关联的SNP遗传标记在鸡遗传育种中的应用进行详细说明。
实施例1
资源群体构建与产蛋总重数据整理
依照F2设计，以地方品种东乡绿壳蛋鸡与高产品种白来航鸡杂交组建蛋鸡资源群体。具体地，以6只东乡绿壳蛋鸡公鸡与86只白来航鸡母鸡交配，繁育F1代正交群体，出雏552只；以140只东乡绿壳蛋鸡母鸡与6只白来航鸡公鸡组成并繁育反交群体，F1出雏1029只。F1代正交群体组成23个家系，获得1 760只F2代鸡雏；F1代反交群体组成26个家系，获得1 989只F2代鸡雏。试验鸡分3个阶段饲养，第一阶段从出雏到7周龄为育雏期，第二阶段从8周龄到18周龄为育成期，第三阶段从19周龄到淘汰为产蛋期。试验鸡单笼饲养，鸡笼为3层阶梯式，鸡只单独戴翅号。育成期每日光照8h，产蛋期每日光照16h，以风机、湿帘降温。饲料来自中粮公司，产蛋鸡饲料组分包括16.5％粗蛋白，11 511kJ/kg饲料代谢能。产蛋期自由采食，以乳头饮水器供水，以行车式喂料机供给饲料，以鸡粪传送带清粪。按着江苏省家禽研究所制定的免疫程序进行常规免疫。以一次性注射器从试验鸡翅静脉采集血样2ml左右，置入EDTA抗凝管，-70℃保存。从血液样品提取基因组DNA，经0.8％琼脂糖电泳检测以及紫外分光光度检测，合格后稀释DNA样品至50±5ng/μl，用于基因芯片分型。
试验鸡系谱资料完整。从32周到52周每4周称量1次蛋重，每个测定周每只母鸡连续收集3枚蛋，称取单个蛋重，取3个蛋重平均值作为测量周蛋重。蛋重原始数据来自2146只母鸡，共有10 825条记录。去除数据明显错误和重复个体，整理成Exce l格式；除去3倍标准差之外数值，去除少于4条记录的个体。经初步筛选，数据集剩余10 426条记录。
以内插法计算非测定周的平均蛋重。针对线性内插法、三次样条内插法和三次Hermite多项式内插法，以现有的测定周平均蛋重数据进行交互验证，最终选择线性内插法预测非测量周蛋重。以周平均蛋重乘以周产蛋数，然后将周产蛋总重累加即为测定期内产蛋总重。
实施例2
GWAS分析产蛋总重
利用昂飞公司的鸡高密度基因芯片600K ChickenGenotyping Array进行基因分型。参照芯片说明书进行数据的质量控制，主要包括：利用APT软件进行分型前的质量控制；用PLINK进行质量控制，剔除检出率低于0.97，去除偏离哈代温伯格平衡的SNP标记；以metrics.R、SNP_filter.R以及SNP、CR、FLD信息分析，筛选SNP；以BEAGLE进行基因型填充。质控后剩余435867个SNPs和1512个样本用于后续分析。
全基因组关联分析之前先进行多维度主成分分析以消除假阳性，以前5个主成分作为协变量参数加入到遗传模型，将开产日龄列入模型协变量。利用R脚本“s imp leM"方法计算各SNPs位点独立检验估计，得到了59308个独立标记。利用Bonferron i进行校正，得到基因组显著阈值为8.43×10-7，基因组建议阈值为1.69×10-5。以混合线性模型分析产蛋总重，获得各个SNPs标记显著性检验P值。线性模型的矩阵表达式为，
y＝Wα+xβ+u+ε
其中y代表样本表型值向量；W代表协方差矩阵；α为截距向量；x标记的基因型向量；u为随机效应向量；ε为残差。
经GWAS分析,获得与产蛋总重紧密连锁的EM_tag1 SNP标记(表1)，对1512只鸡产蛋总重进行全基因组关联分析，结果如图1、图2所示。由曼哈顿图可知，鸡1号染色体存在基因组显著水平标记，1号染色体其它区域存在基因组建议性标记。QQ图进一步验证GWAS结果可靠。
表1鸡产蛋总重的遗传标记
其中：所述标记染色体物理位置参考鸡全基因组(Gallus gallus-GRCg7b)。
实施例3
遗传标记的检测与验证
应用上述SNP遗传标记对资源群体进行候选基因关联分析。具体操作步骤如下：
1)PCR引物：从NCBI网站下载DNA模板序列信息，以pr imer premier 6.0软件设计PCR扩增引物，引物信息如表2所示。由生工生物工程(上海)股份有限公司合成PCR引物。
表2检测鸡产蛋总重遗传标记所用扩增引物
2)基因组DNA提取：以CTAB法提取1512份血液样品基因组DNA，经紫外分光光度计检测、琼脂糖电泳检测合格后进行PCR扩增。
3)PCR扩增过程：
①反应体系：10μl体系包括鉴定材料DNA模板50ng，正、反向引物各l0 ng,5μL 2×power Taq MasterMix，剩余体积用超纯水补足。
②反应程序：首先94℃变性30s，53.6℃退火30s，72℃延伸30s，共5个循环；接着94℃变性30s，53.6℃退火30s，72摄氏度延伸30s，共30个循环；72℃延伸5min，4℃保存。
4)扩增产物送至测序公司进行序列多态性检测。
5)关联分析：受试个体均有基因型和32周龄-51周龄产蛋总重，然后进行显著性检验。分析结果如图3所示，AA基因型个体的产蛋总重平均值为4806.95g，AG基因型个体的产蛋总重平均值为4966.40g，GG基因型个体的产蛋总重平均值为5218.21g，GG为遗传标记EM_tag1的优选基因型。
实施例4
遗传标记EM_tag1在地方鸡种中的基因频率
采集4个地方鸡种，包括溧阳鸡、如皋黄鸡、徐海鸡、汶上芦花鸡。每个品种按照家系选择个体(公母各半)，翅静脉采血0.5ml，置入抗凝管，-70℃保存。
以常规血液DNA提取试剂盒(天根生化科技有限公司，DP705试剂盒)抽取基因组DNA。以限制性内切酶对基因组DNA进行酶切，然后加上测序接头，构建小片段文库，进行GBS简化基因组测序。
为了检查酶切的效率，便于后续DNA序列多态性分析，进行了染色体电子酶切评估。为了保证数据质量，对原始序列进行更严格的过滤：去除含有接头序列的读长；去除未知碱基比例大于10％的读长；去除低质量读长(Q值低于10的碱基占比高于50％以上)。去除质控不合格个体。通过质量控制的序列存成VCF格式。
以TASSEL5.0软件打开VCF文件，依据染色体物理位置读取EM_tag1标记分型信息，经核对后统计最小等位基因频率，结果如表3所示。
表3地方鸡种产蛋总重相关SNP基因型频率以及最小等位基因频率
最后，还需要说明的是，术语“包括”、“包含”或者其任何其他变体意在涵盖非排他性的包含，从而使得包括一系列要素的过程、方法、物品或者设备不仅包括那些要素，而且还包括没有明确列出的其他要素，或者是还包括为这种过程、方法、物品或者设备所固有的要素。
尽管已描述了本发明的优选实施例，但本领域内的技术人员一旦得知了基本创造性概念，则可对这些实施例作出另外的变更和修改。所以，所附权利要求意欲解释为包括优选实施例以及落入本发明范围的所有变更和修改。
显然，本领域的技术人员可以对本发明进行各种改动和变型而不脱离本发明的精神和范围。这样，倘若本发明的这些修改和变型属于本发明权利要求及其等同技术的范围之内，则本发明也意图包含这些改动和变型在内。
Claims (6)
1.检测与鸡产蛋总重关联的SNP遗传标记的试剂在鸡产蛋总重遗传育种中的应用，其特征在于，所述与鸡产蛋总重关联的SNP遗传标记为EM_tag1，所述EM_tag1对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息1号染色体物理位置第170198447位，属于lncRNA基因 LOC107051691功能区序列，此处碱基为G或A；
所述EM_tag1的GG基因型个体的产蛋总重大于GA基因型个体的产蛋总重，GA基因型个体的产蛋总重大于AA基因型个体的产蛋总重；
所述鸡的品种为东乡绿壳蛋鸡和/或白来航鸡。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述试剂为检测与鸡产蛋总重关联的SNP遗传标记的引物，所述引物包括P_EM1f和P_EM1r，所述P_EM1f的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述P_EM1r的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。
3.一种鸡产蛋总重性状的早期选择方法，其特征在于，所述早期选择方法包括：
检测待测鸡的SNP遗传标记EM_tag1的基因型，基于SNP遗传标记EM_tag1的基因型对鸡产蛋总重性状进行早期选择；
所述鸡的品种为东乡绿壳蛋鸡和/或白来航鸡；
所述EM_tag1对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息1号染色体物理位置第170198447位，属于lncRNA基因LOC107051691功能区序列，此处碱基为G或A；
其中，所述EM_tag1的GG基因型个体的产蛋总重大于GA基因型个体的产蛋总重，GA基因型个体的产蛋总重大于AA基因型个体的产蛋总重。
4.根据权利要求3所述的一种鸡产蛋总重性状的早期选择方法，其特征在于，检测待测鸡EM_tag1的基因型，具体包括：
以P_EM1f和P_EM1r为引物，对待测鸡的基因组DNA进行PCR扩增；
对PCR扩增产物进行测序，获得待测鸡1号染色体物理位置第170198447位的基因型；
其中，所述P_EM1f的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述P_EM1r的核苷酸序列如SEQID NO.2所示。
5.检测与鸡产蛋总重关联的SNP遗传标记的试剂盒在鸡产蛋总重遗传育种中的应用，其特征在于，所述与鸡产蛋总重关联的SNP遗传标记为EM_tag1，所述EM_tag1对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal 1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息1号染色体物理位置第170198447位，属于lncRNA基因LOC107051691功能区序列，此处碱基为G或A；
所述EM_tag1的GG基因型个体的产蛋总重大于GA基因型个体的产蛋总重，GA基因型个体的产蛋总重大于AA基因型个体的产蛋总重；
所述鸡的品种为东乡绿壳蛋鸡和/或白来航鸡；
所述试剂盒包含权利要求2中的引物。
6.检测与鸡产蛋总重关联的SNP遗传标记的试剂在预测鸡产蛋总重中的应用，其特征在于，所述与鸡产蛋总重关联的SNP遗传标记为EM_tag1，所述EM_tag1对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息1号染色体物理位置第170198447位，属于lncRNA基因 LOC107051691功能区序列，此处碱基为G或A；
所述EM_tag1的GG基因型个体的产蛋总重大于GA基因型个体的产蛋总重，GA基因型个体的产蛋总重大于AA基因型个体的产蛋总重；
所述鸡的品种为东乡绿壳蛋鸡和/或白来航鸡。
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Citations (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20090054024A (ko) * | 2007-11-26 | 2009-05-29 | 한경대학교 산학협력단 | 닭의 칼슘감지수용체 유전자를 이용하여 닭의 유전적경제형질을 판정하는 방법 |
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| CN110122411A (zh) * | 2019-05-13 | 2019-08-16 | 江苏省家禽科学研究所 | 一种鸡近交系的组建方法 |
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| CN115927647A (zh) * | 2022-07-13 | 2023-04-07 | 江苏省家禽科学研究所 | 与鸡蛋重曲线斜率相关的snp遗传标记及其应用 |
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Patent Citations (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20090054024A (ko) * | 2007-11-26 | 2009-05-29 | 한경대학교 산학협력단 | 닭의 칼슘감지수용체 유전자를 이용하여 닭의 유전적경제형질을 판정하는 방법 |
| CN105349637A (zh) * | 2015-10-26 | 2016-02-24 | 中国农业大学 | 一种与鸡蛋蛋重相关的snp分子标记及其应用 |
| CN110122411A (zh) * | 2019-05-13 | 2019-08-16 | 江苏省家禽科学研究所 | 一种鸡近交系的组建方法 |
| CN113493843A (zh) * | 2021-07-05 | 2021-10-12 | 江苏省家禽科学研究所 | 一种影响鸡卵黄重的snp遗传标记及其应用 |
| CN115927647A (zh) * | 2022-07-13 | 2023-04-07 | 江苏省家禽科学研究所 | 与鸡蛋重曲线斜率相关的snp遗传标记及其应用 |
| CN116144796A (zh) * | 2023-04-06 | 2023-05-23 | 中国农业大学 | 一种与鸡蛋蛋壳重相关的snp分子模块及其应用 |
| CN116200506A (zh) * | 2023-04-06 | 2023-06-02 | 中国农业大学 | 一种与鸡蛋蛋重相关的snp分子标记组合及其应用 |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| A genome-wide SNP scan reveals novel loci for egg production and quality traits in white leghorn and brown-egg dwarf layers;Wenbo Liu等;PLoS One .;第6卷(第12期);1-8 * |
| 文昌鸡促卵泡激素β基因内含子1的SNP分析及其与早期产蛋性能的相关性研究;王青娟等;中国畜牧兽医;第39卷(第12期);117-121 * |
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