CN117551782B - 与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记在鸡遗传育种中的应用 - Google Patents

与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记在鸡遗传育种中的应用 Download PDF

Info

Publication number
CN117551782B
CN117551782B CN202311581236.4A CN202311581236A CN117551782B CN 117551782 B CN117551782 B CN 117551782B CN 202311581236 A CN202311581236 A CN 202311581236A CN 117551782 B CN117551782 B CN 117551782B
Authority
CN
China
Prior art keywords
est
tip
chicken
eggshell thickness
thickness
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN202311581236.4A
Other languages
English (en)
Other versions
CN117551782A (zh
Inventor
郭军
曲亮
童海兵
邵丹
窦套存
胡玉萍
王星果
王强
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Jiangsu Institute Poultry Sciences
Original Assignee
Jiangsu Institute Poultry Sciences
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Jiangsu Institute Poultry Sciences filed Critical Jiangsu Institute Poultry Sciences
Priority to CN202311581236.4A priority Critical patent/CN117551782B/zh
Publication of CN117551782A publication Critical patent/CN117551782A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN117551782B publication Critical patent/CN117551782B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6858—Allele-specific amplification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/124—Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
    • Y02P60/00—Technologies relating to agriculture, livestock or agroalimentary industries
    • Y02P60/80—Food processing, e.g. use of renewable energies or variable speed drives in handling, conveying or stacking
    • Y02P60/87—Re-use of by-products of food processing for fodder production

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明提供了与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记在鸡遗传育种中的应用，属于畜禽遗传标记和生物技术领域，所述与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记包括EST_A9和/或EST_R8；所述EST_A9的ensemble编号为rs312796152，位于基因ABCC9第8内含子，此处碱基为C或G；所述EST_R8的ensemble编号为rs13881711，位于基因RASSF8第4内含子，此处碱基为A或G。所述分子标记有助于从遗传上改善鸡蛋壳品质，提升鸡蛋尖端蛋壳厚度，将该分子标记应用于鸡的遗传育种，有利于获得尖端蛋壳厚度更高的鸡品种。

Description

与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记在鸡遗传育种中的应用
技术领域
本发明属于畜禽遗传标记和生物技术领域，特别涉及与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记在鸡遗传育种中的应用。
背景技术
蛋壳厚度是蛋鸡选育的重要指标。蛋壳厚度与蛋壳强度密切相关，蛋壳厚度过薄，不仅导致其易于破裂，还会影响孵化率。此外，蛋壳厚度还是检测环境毒素的重要指标，比如有机氯类杀虫剂使蛋壳变薄，汞、磺胺类药物可以改变蛋壳厚度。就整体而言，蛋壳厚度并不是均匀一致的，有的品种尖端厚、钝端薄，有的品种则相反，但同一纬度的蛋壳厚度基本相同。影响蛋壳厚度因素很多，除了遗传、环境激素之外，母鸡年龄、营养、应激也会影响蛋壳厚度。从经济学角度看，遗传改良蛋壳厚度可获得少投入、多产出的效果，因为它既是永久性的，也是累积性的。因此，有必要剖析蛋壳厚度的遗传变异，以便更好地选择蛋壳质量性状。
发明内容
为了解决鸡蛋壳厚度不足的问题，本发明提供了与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记在鸡遗传育种中的应用，所述分子标记有助于从遗传上改善鸡蛋壳品质，提升鸡蛋尖端蛋壳厚度，将该分子标记应用于鸡的遗传育种，有利于获得尖端蛋壳厚度更高的鸡品种。
本发明通过以下技术方案实现：
本发明提供与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记在鸡遗传育种中的应用，所述与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记包括EST_A9和/或EST_R8；
所述EST_A9的ensemble编号为rs312796152，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.pat.whiteleghornlayer.GRCg7w版本序列信息1号染色体第67285687位，位于基因ABCC9第8内含子，此处碱基为C或G；
所述EST_R8的ensemble编号为rs13881711，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.pat.whiteleghornlayer.GRCg7w版本序列信息1号染色体第67938095位，位于基因RASSF8第4内含子，此处碱基为A或G。
基于同一发明构思，本发明提供一种鸡蛋尖端蛋壳厚度性状的早期选择方法，所述早期选择方法包括基于分子标记EST_A9和/或EST_R8的基因型对鸡蛋尖端蛋壳厚度性状进行早期选择；
所述EST_A9的ensemble编号为rs312796152，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.pat.whiteleghornlayer.GRCg7w版本序列信息1号染色体第67285687位，位于基因ABCC9第8内含子，此处碱基为C或G；
所述EST_R8的ensemble编号为rs13881711，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.pat.whiteleghornlayer.GRCg7w版本序列信息1号染色体第67938095位，位于基因RASSF8第4内含子，此处碱基为A或G。
进一步的，所述早期选择方法具体包括：
检测待测鸡EST_A9和/或EST_R8的基因型；
基于所述EST_A9和/或EST_R8的基因型对待测鸡的鸡蛋尖端蛋壳厚度性状进行早期选择；
其中，所述EST_A9的CC基因型个体的尖端蛋壳厚度大于GC基因型个体的蛋壳厚度，GC基因型个体的蛋壳厚度大于GG基因型个体的蛋壳厚度；
所述EST_R8的GG基因型个体的尖端蛋壳厚度大于GA基因型个体的蛋壳厚度，GA基因型个体的蛋壳厚度大于AA基因型个体的蛋壳厚度。
进一步的，所述检测待测鸡EST_A9和/或EST_R8的基因型，具体包括：
检测待测鸡EST_A9和/或EST_R8的基因型,其中，检测待测鸡所述EST_A9的基因型的方法包括：
以P_EST9f和P_EST9r为引物，对待测鸡的基因组DNA进行PCR扩增；
对PCR扩增产物进行测序，获得待测鸡1号染色体第67285687位的基因型；
检测待测鸡所述EST_R8的基因型的方法包括：
以P_EST8f和P_EST8r为引物，对待测鸡的基因组DNA进行PCR扩增；
对PCR扩增产物进行测序，获得待测鸡1号染色体第67938095位的基因型；
其中，所述P_EST9f的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述P_EST9r的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，所述P_EST8f的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，所述P_EST8r的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。
进一步的，所述待测鸡的品种包括东乡绿壳蛋鸡和/或白来航鸡。
基于同一发明构思，本发明提供用于检测与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记的引物，包括检测EST_A9的引物和/或检测EST_R8的引物，所述检测EST_A9的引物包括P_EST9f和P_EST9r，所述检测EST_R8的引物包括P_EST8f和P_EST8r；
所述P_EST9f的碱基序列如SEQ ID NO.1所示，所述P_EST9r的碱基序列如SEQ IDNO.2所示，所述P_EST8f的碱基序列如SEQ ID NO.3所示，所述P_EST8r的碱基序列如SEQ IDNO.4所示；
所述EST_A9的ensemble编号为rs312796152，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.pat.whiteleghornlayer.GRCg7w版本序列信息1号染色体第67285687位，位于基因ABCC9第8内含子，此处碱基为C或G；
所述EST_R8的ensemble编号为rs13881711，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.pat.whiteleghornlayer.GRCg7w版本序列信息1号染色体第67938095位，位于基因RASSF8第4内含子，此处碱基为A或G。
基于同一发明构思，本发明提供上述用于检测与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记的引物在鸡遗传育种中的应用。
基于同一发明构思，本发明还提供一种试剂盒，所述试剂盒包含上述用于检测与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记的引物。
基于同一发明构思，本发明还提供上述一种试剂盒在鸡遗传育种中的应用。
本发明实施例中的一个或多个技术方案，至少具有如下技术效果或优点：
1.本发明与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记在鸡遗传育种中的应用，所述与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记为EST_A9和/或EST_R8，有助于从遗传上提高鸡蛋尖端蛋壳厚度，进而提升鸡蛋蛋壳品质，将SNP分子标记EST_A9和/或EST_R8应用于鸡的遗传育种，有利于获得尖端蛋壳厚度更高的鸡品种。
2.本发明与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记在鸡遗传育种中的应用，将SNP分子标记EST_A9和/或EST_R8应用于鸡的遗传育种，能够辅助筛选出高蛋壳厚度的蛋鸡，从遗传上减少蛋鸡在产蛋后期出现的破壳蛋、沙壳蛋等问题，避免产蛋后期蛋壳质量下降，实现在不降低蛋壳厚度的前提下延长产蛋周期，从而提高养殖收益。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例中的技术方案，下面将对实施例描述中所需要使用的附图作一简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图是本发明的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其它的附图。
图1为本发明实施例2资源群体蛋壳厚度GWAS分析曼哈顿图；
图2为本发明实施例2资源群体蛋壳厚度GWAS分析QQ图；
图3为本发明EST_A9和EST_R8分子标记基因型与鸡蛋尖端蛋壳厚度关联分析结果。
具体实施方式
下文将结合具体实施方式和实施例，具体阐述本发明，本发明的优点和各种效果将由此更加清楚地呈现。本领域技术人员应理解，这些具体实施方式和实施例是用于说明本发明，而非限制本发明。
在整个说明书中，除非另有特别说明，本文使用的术语应理解为如本领域中通常所使用的含义。因此，除非另有定义，本文使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域技术人员的一般理解相同的含义。若存在矛盾，本说明书优先。
除非另有特别说明，本发明中用到的各种原材料、试剂、仪器和设备等，均可通过市场购买得到或者可通过现有方法制备得到。
本发明整体思路如下：
目前，关于鸡蛋壳厚度性状的遗传研究，几项研究报道了蛋壳厚度的中低等遗传力。例如Zhang(2005)提出，纯系褐壳蛋鸡蛋壳厚度的遗传力为0.34±0.09；这一结果与Begli(2014)的结果一致，后者估计伊朗地方鸡蛋壳厚度的遗传力为0.51±0.09；Kibala(2015)报道了洛岛白鸡蛋壳厚度的遗传力为0.19，洛岛红鸡的则为0.23；Bogdanski(2023)发现巴西地方鸡的蛋壳厚度的遗传力较低，其值为0.13±0.06；国内学者窦套存(2016)、等也得到了类似的结果，遗传力为0.27±0.04。
对此，申请人基于家禽遗传学、生物统计学，结合家禽生产数据筛选出一组与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的SNP遗传标记，即EST_A9和EST_R8，该SNP遗传标记为基因组显著水平标记，有助于从遗传上改善鸡蛋壳厚度，将其应用于鸡的遗传育种，有利于获得蛋壳品质表现优异的种鸡。
本发明应用高密度芯片进行基因分型，然后进行全基因组关联分析。与候选基因关联分析相比，GWAS有效解决了群体分层问题，定位结果更可靠；与QTL连锁分析相比，GWAS标记密度高，可解析稀有、低频变异，可分析复杂性状的遗传结构，还可识别新型变异。
下面将结合实施例及实验数据对本申请与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记在鸡遗传育种中的应用进行详细说明。
实施例1
资源群体构建与蛋壳厚度数据测定
试验数据采集自江苏省家禽科学研究所蛋鸡资源群体，试验群体构建信息详见文献(郭军等.应用随机回归模型分析蛋鸡蛋黄质量遗传参数[J].南京农业大学学报,2016,39(1):145-149.)。简言之，以东乡绿壳蛋鸡、白来航鸡为亲本，经正反交获得F1代、F2代。试验鸡以翅号为标识，单笼饲养。产蛋期自由采食，以乳头饮水器供水。产蛋鸡饲料组分包括16.5％粗蛋白，11 511kJ/kg饲料代谢能。鸡舍以风机、湿帘降温，机械化喂料、清粪。按照江苏省家禽研究所制定的免疫程序进行常规免疫。试验鸡于60周龄测量蛋壳厚度，每个个体至少测量2枚蛋，集蛋当日用以色列奥卡ORKA食品有限公司的超声波设备测量鸡蛋尖端蛋壳厚度。
对系谱记录及生产数据进行初步筛选，去除明显错误、重复的数据后，去除离群值，整理成excel表格形式。数据清洗后，收集资源群体60周龄鸡蛋尖端蛋壳厚度2083条。经单因素方差分析，确定将品种、批次、鸡舍列为固定效应。然后，用WOMBAT软件分析资源群体60周龄尖端蛋壳厚度方差组分以及遗传参数。
实施例2
GWAS分析
首先，提取基因组DNA。从试验鸡翅静脉采集血样2ml左右，置入EDTA抗凝管，-70℃保存。以试剂盒从血液样品提取基因组DNA，经0.8％琼脂糖电泳检测以及紫外分光光度检测，合格后稀释DNA样品至50±5ng/μl，用于基因芯片分型。
用昂飞公司的鸡高密度基因芯片600K Chicken GenotypingArray进行基因分型。参照芯片说明书进行数据的质量控制，主要包括：利用APT软件进行分型前的质量控制；用PLINK进行质量控制，剔除检出率低于0.97，去除偏离哈代温伯格平衡的SNP标记；以metrics.R、SNP_filter.R以及SNP、CR、FLD信息分析，筛选SNP；以BEAGLE进行基因型填充。质控后剩余435867个SNPs和1512个样本用于后续分析。
全基因组关联分析之前先进行多维度主成分分析以消除群体结构导致的假阳性，以前5个主成分作为协变量参数加入到遗传模型，将鸡舍效应模型固定效应。利用R脚本“simpleM"方法计算各SNPs位点独立检验估计，得到了59308个独立标记。利用Bonferroni进行校正，得到基因组显著阈值为8.43×10-7，基因组建议阈值为1.69×10-5。以混合线性模型分析蛋壳厚度，获得各个SNPs标记显著性检验P值。线性模型的矩阵表达式为，
y＝Wα+xβ+Gu+ε
其中y代表样本蛋壳厚度表型值向量；W代表协方差矩阵；α为截距向量；x标记的基因型向量；β为标记的遗传效应；G为基因组关系矩阵；u为随机效应向量，即待测鸡育种值；ε为残差。
经GWAS分析,获得与鸡蛋尖端蛋壳厚度关联的遗传标记EST_A9和EST_R8(表1)。对1512只鸡蛋壳厚度进行全基因组关联分析，结果如图1、图2所示。由曼哈顿图可知，鸡1号染色体存在基因组显著水平标记。QQ图进一步验证GWAS结果可靠。
表1鸡蛋尖端蛋壳厚度的遗传标记
其中：所述标记染色体物理位置参考鸡全基因组(bGalGal1.pat.whiteleghornlayer.GRCg7w)。
实施例3
遗传标记的检测与验证
应用上述尖端蛋壳厚度相关遗传标记对东乡绿壳蛋鸡-白来航鸡资源群体进行候选基因关联分析。具体操作步骤如下：
1)PCR引物：从NCBI网站下载DNA模板序列信息(bGalGal1.pat.whiteleghornlayer.GRCg7w)，以primer premier 6.0软件设计PCR扩增引物，引物信息如表2所示。由生工生物工程(上海)股份有限公司合成PCR引物。
表2检测鸡尖端蛋壳厚度遗传标记所用扩增引物
2)基因组DNA提取：以CTAB法提取1364份血液样品基因组DNA，经紫外分光光度计检测、琼脂糖电泳检测合格后进行PCR扩增。
3)PCR扩增过程：
①反应体系：10μl体系包括鉴定材料DNA模板50ng，正、反向引物各l0 ng,5μL 2×power Taq MasterMix，剩余体积用超纯水补足。
②反应程序：首先94℃变性30s，退火温度如表2所示，退火时长为30s，72℃延伸30s，共5个循环；接着94℃变性30s，退火温度如表2所示，退火时长为30s，72摄氏度延伸30s，共30个循环；72℃延伸5min，4℃保存。
4)扩增产物送至测序公司进行序列多态性检测。
5)关联分析：采用超声波法无损检测蛋壳厚度，所用仪器为以色列奥卡食品公司ESTG-1蛋壳厚度测定仪。基于PCR测序结果获得受试个体基因型，将其与60周龄尖端蛋壳厚度进行单因素方差分析。
分析结果如图3所示，所述EST_A9遗传标记,CC基因型个体蛋壳厚度平均值为0.397±0.029mm,GC基因型个体蛋壳厚度平均值为0.390±0.027mm,GG基因型个体蛋壳厚度平均值为0.383±0.025mm,基因型间两两比较差异显著(P<0.01),CC为遗传标记EST_A9的优选基因型，优选基因型比淘汰基因型蛋壳厚度高出3.7％。
所述EST_R8遗传标记,GG基因型个体蛋壳厚度平均值为0.399±0.029mm,GA基因型个体蛋壳厚度平均值为0.391±0.028mm,AA基因型个体蛋壳厚度平均值为0.384±0.025,基因型间两两比较差异显著(P<0.01),GG为遗传标记EST_R8的优选基因型，优选基因型比淘汰基因型蛋壳厚度高出3.9％。
最后，还需要说明的是，术语“包括”、“包含”或者其任何其他变体意在涵盖非排他性的包含，从而使得包括一系列要素的过程、方法、物品或者设备不仅包括那些要素，而且还包括没有明确列出的其他要素，或者是还包括为这种过程、方法、物品或者设备所固有的要素。
尽管已描述了本发明的优选实施例，但本领域内的技术人员一旦得知了基本创造性概念，则可对这些实施例作出另外的变更和修改。所以，所附权利要求意欲解释为包括优选实施例以及落入本发明范围的所有变更和修改。
显然，本领域的技术人员可以对本发明进行各种改动和变型而不脱离本发明的精神和范围。这样，倘若本发明的这些修改和变型属于本发明权利要求及其等同技术的范围之内，则本发明也意图包含这些改动和变型在内。

Claims (8)

1.与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记在鸡遗传育种中的应用，其特征在于，所述与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记包括EST_A9和/或EST_R8；
所述EST_A9的ensemble编号为rs312796152，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal 1.pat.whiteleghornlayer.GRCg7w版本序列信息1号染色体第67285687位，位于基因ABCC9第8内含子，此处碱基为C或G；
所述EST_R8的ensemble编号为rs13881711，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal 1.pat.whiteleghornlayer.GRCg7w版本序列信息1号染色体第67938095位，位于基因RASSF8第4内含子，此处碱基为A或G；
所述鸡遗传育种为鸡关于鸡蛋尖端蛋壳厚度性状的遗传育种；
其中，所述EST_A9的CC基因型个体的尖端蛋壳厚度大于GC基因型个体的蛋壳厚度，GC基因型个体的蛋壳厚度大于GG基因型个体的蛋壳厚度；
所述EST_R8的GG基因型个体的尖端蛋壳厚度大于GA基因型个体的蛋壳厚度，GA基因型个体的蛋壳厚度大于AA基因型个体的蛋壳厚度。
2.一种鸡蛋尖端蛋壳厚度性状的早期选择方法，其特征在于，所述早期选择方法包括基于分子标记EST_A9和/或EST_R8的基因型对鸡蛋尖端蛋壳厚度性状进行早期选择；
所述EST_A9的ensemble编号为rs312796152，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal 1.pat.whiteleghornlayer.GRCg7w版本序列信息1号染色体第67285687位，位于基因ABCC9第8内含子，此处碱基为C或G；
所述EST_R8的ensemble编号为rs13881711，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal 1.pat.whiteleghornlayer.GRCg7w版本序列信息1号染色体第67938095位，位于基因RASSF8第4内含子，此处碱基为A或G；
所述早期选择方法具体包括：
检测待测鸡EST_A9和/或EST_R8的基因型；
基于所述EST_A9和/或EST_R8的基因型对待测鸡的鸡蛋尖端蛋壳厚度性状进行早期选择；
其中，所述EST_A9的CC基因型个体的尖端蛋壳厚度大于GC基因型个体的蛋壳厚度，GC基因型个体的蛋壳厚度大于GG基因型个体的蛋壳厚度；
所述EST_R8的GG基因型个体的尖端蛋壳厚度大于GA基因型个体的蛋壳厚度，GA基因型个体的蛋壳厚度大于AA基因型个体的蛋壳厚度。
3.根据权利要求2所述的一种鸡蛋尖端蛋壳厚度性状的早期选择方法，其特征在于，所述检测待测鸡EST_A9和/或EST_R8的基因型，具体包括：
检测待测鸡EST_A9和/或EST_R8的基因型,其中，检测待测鸡所述EST_A9的基因型的方法包括：
以P_EST9f和P_EST9r为引物，对待测鸡的基因组DNA进行PCR扩增；
对PCR扩增产物进行测序，获得待测鸡1号染色体第67285687位的基因型；
检测待测鸡所述EST_R8的基因型的方法包括：
以P_EST8f和P_EST8r为引物，对待测鸡的基因组DNA进行PCR扩增；
对PCR扩增产物进行测序，获得待测鸡1号染色体第67938095位的基因型；
其中，所述P_EST9f的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述P_EST9r的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，所述P_EST8f的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，所述P_EST8r的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。
4.根据权利要求2或3所述的一种鸡蛋尖端蛋壳厚度性状的早期选择方法，其特征在于，所述待测鸡的品种包括东乡绿壳蛋鸡和/或白来航鸡。
5.用于检测与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记的引物，其特征在于，包括检测EST_A9的引物和/或检测EST_R8的引物，所述检测EST_A9的引物包括P_EST9f和P_EST9r，所述检测EST_R8的引物包括P_EST8f和P_EST8r；
所述P_EST9f的碱基序列如SEQ ID NO.1所示，所述P_EST9r的碱基序列如SEQ ID NO.2所示，所述P_EST8f的碱基序列如SEQ ID NO.3所示，所述P_EST8r的碱基序列如SEQ IDNO.4所示；
所述EST_A9的ensemble编号为rs312796152，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal 1.pat.whiteleghornlayer.GRCg7w版本序列信息1号染色体第67285687位，位于基因ABCC9第8内含子，此处碱基为C或G；
所述EST_R8的ensemble编号为rs13881711，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal 1.pat.whiteleghornlayer.GRCg7w版本序列信息1号染色体第67938095位，位于基因RASSF8第4内含子，此处碱基为A或G。
6.如权利要求5所述的引物在鸡遗传育种中的应用。
7.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含如权利要求5所述的引物。
8.如权利要求7所述的一种试剂盒在鸡遗传育种中的应用。
CN202311581236.4A 2023-11-24 2023-11-24 与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记在鸡遗传育种中的应用 Active CN117551782B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202311581236.4A CN117551782B (zh) 2023-11-24 2023-11-24 与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记在鸡遗传育种中的应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202311581236.4A CN117551782B (zh) 2023-11-24 2023-11-24 与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记在鸡遗传育种中的应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN117551782A CN117551782A (zh) 2024-02-13
CN117551782B true CN117551782B (zh) 2024-05-07

Family

ID=89812414

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202311581236.4A Active CN117551782B (zh) 2023-11-24 2023-11-24 与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记在鸡遗传育种中的应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN117551782B (zh)

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2010088432A (ja) * 2008-09-09 2010-04-22 Kansetsu Saisei Kenkyusho:Kk Ｔｎｆ阻害薬治療による有効性・副作用発現に関する多型、およびその利用
EP3134541A1 (en) * 2014-04-21 2017-03-01 Natera, Inc. Detecting mutations and ploidy in chromosomal segments
CN108174972A (zh) * 2017-08-19 2018-06-19 江苏省家禽科学研究所 一种改善产蛋后期蛋鸡蛋壳品质的功能性预混料
CN110468219A (zh) * 2019-09-19 2019-11-19 江苏省家禽科学研究所 一种与鸡绿壳蛋蛋壳颜色深浅相关的snp分子标记及其应用
CN112481389A (zh) * 2020-12-04 2021-03-12 江苏省家禽科学研究所 用于寿光鸡种鉴定的分子标记引物组合及鉴定方法

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2010088432A (ja) * 2008-09-09 2010-04-22 Kansetsu Saisei Kenkyusho:Kk Ｔｎｆ阻害薬治療による有効性・副作用発現に関する多型、およびその利用
EP3134541A1 (en) * 2014-04-21 2017-03-01 Natera, Inc. Detecting mutations and ploidy in chromosomal segments
CN108174972A (zh) * 2017-08-19 2018-06-19 江苏省家禽科学研究所 一种改善产蛋后期蛋鸡蛋壳品质的功能性预混料
CN110468219A (zh) * 2019-09-19 2019-11-19 江苏省家禽科学研究所 一种与鸡绿壳蛋蛋壳颜色深浅相关的snp分子标记及其应用
CN112481389A (zh) * 2020-12-04 2021-03-12 江苏省家禽科学研究所 用于寿光鸡种鉴定的分子标记引物组合及鉴定方法

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Genetic variations for the eggshell crystal structure revealed by genome-wide association study in chickens;Quanlin Li等;BMC Genomics;20211231;第22卷;1-12 *
基于个体动物模型分析蛋鸡蛋壳厚度遗传参数;窦套存等;扬州大学学报（农业与生命科学版）;20160630;第37卷(第2期);31-35 *

Also Published As

Publication number Publication date
CN117551782A (zh) 2024-02-13

Similar Documents

Publication Publication Date Title
KR102062452B1 (ko) 터봇 친자 식별용 유전자 마커 및 이를 이용한 친자 확인방법
KR102301324B1 (ko) 문치가자미 친자 식별용 유전자 마커 및 이를 이용한 친자 확인방법
CN113667759B (zh) 与鸡产蛋持续能力相关的snp遗传标记及其应用
CN116083597B (zh) 影响鸡后期产蛋数的snp遗传标记及其应用
CN112609009B (zh) 基于全基因组测序筛选的与广西三黄鸡体重、体尺相关的snp分子标记组合及应用
CN117587143B (zh) 与鸡蛋赤道蛋壳厚度关联的snp遗传标记在鸡遗传育种中的应用
CN115927649B (zh) 与鸡腹脂率相关的snp遗传标记及其应用
CN113493843A (zh) 一种影响鸡卵黄重的snp遗传标记及其应用
CN108913779B (zh) 一种影响猪日增重性状的snp标记及其应用
CN114891894A (zh) 一种鉴定广西涠洲岛豹纹鳃棘鲈原生种的ssr分子标记引物组及其应用
CN109182534A (zh) 建鲤新品种选育方法
CN116356038A (zh) 一种筛选具有快速生长性能的红鳍东方鲀个体的育种方法
CN116377081A (zh) 一种鸡胸肌性状选育用分子标记及其应用
CN117210570B (zh) 与鸡蛋壳强度相关的snp遗传标记在鸡遗传育种中的应用
CN117070639B (zh) 与鸡产蛋总重关联的snp遗传标记在鸡遗传育种中的应用
CN117070638B (zh) 与鸡产蛋期体增重相关的snp遗传标记在鸡遗传育种中的应用
CN111073983B (zh) 与大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种鉴定相关的snp标记及其应用
CN115927648B (zh) 一种与鸡骨钙含量相关的snp遗传标记及其应用
CN117551782B (zh) 与鸡蛋尖端蛋壳厚度相关的分子标记在鸡遗传育种中的应用
CN114875157B (zh) 与黄颡鱼个体生长性状相关的snp标记及应用
CN117551781B (zh) 一种与鸡蛋钝端蛋壳厚度相关的分子标记在鸡遗传育种中的应用
CN117551783B (zh) 与鸡龙骨长相关的遗传标记在鸡遗传育种中的应用
CN117187403B (zh) 与鸡产蛋期剩余饲料消耗相关的snp遗传标记在鸡遗传育种中的应用
CN118222719B (zh) Dis3l2基因中与鸡蛋长径关联的遗传标记在鸡遗传育种中的应用
CN118166112B (zh) 与鸡蛋短径相关的遗传标记在鸡遗传育种中的应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant