CN109182534A - 建鲤新品种选育方法 - Google Patents

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CN109182534A CN201811101562.XA CN201811101562A CN109182534A CN 109182534 A CN109182534 A CN 109182534A CN 201811101562 A CN201811101562 A CN 201811101562A CN 109182534 A CN109182534 A CN 109182534A
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李建林
俞菊华
李红霞
唐永凯
于凡
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    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
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    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/124Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
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    • C12Q2600/156Polymorphic or mutational markers

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Abstract

本发明公开了建鲤新品种选育方法,所述方法包括候选基因筛选、个体标记、基因与表型性状分子标记筛选、个体之间遗传距离检测、配组繁殖、子代繁育、建立育种档案和新品种育成过程。与现有技术相比,本发明具有以下优点:(1)本发明所述建鲤新品种选育方法通过与建鲤增重性状相关的分子标记筛选建鲤群体中的优良性状个体,并经过多代选育获得稳定的亲鱼,从而培育增重快性状优良的子代;(2)本发明所述方法能够有效避免建鲤近亲交配,保持、提高建鲤群体遗传多样性;(3)本发明所述方法能够做到精准选育,提高育种的效率,选育出建鲤新品种。

Description

建鲤新品种选育方法
技术领域
本发明属于鱼类育种领域,涉及一种采用分子标记选育新品种鱼类的方法,尤其涉及建鲤新品种选育方法。
背景技术
建鲤(Cyprinus carplo vat.jian)具有生长快、体型好、青灰色、肉质肉味好、饲料转化率高、适应性抗逆能力强等优点,它是通过家系选育,多系杂交及雌核发育相结合的综合育种技术所培育成功的遗传性状稳定的一个鲤鱼品种。作为人工育成品种,在大规模育种和推广过程中,要保持或提高其优良的经济性状和遗传稳定性,避免种质退化,仍需要对建鲤不断地进行选育。随着分子生物学技术、分子遗传学和数量遗传学的发展,分子标记辅助选育成为现代育种的一个重要技术手段。分子标记辅助选育的核心是把传统育种中的表型选择转化为基因型选择。如果某个表型相关的基因与某个分子标记紧密连锁,那么通过分子标记的检测,就能获知选育个体目标基因的基因型,因此,分子标记辅助选育不易受环境的影响,没有年龄的限制,可以进行早期选种,缩短世代间隔,提高选择强度,做到精准选育,提高育种的效率。
发明内容
解决的技术问题:为了克服传统通过表型选育技术的缺陷,获得一种能够做到精准选育,提高育种效率的方法,本发明提供了建鲤新品种选育方法。
技术方案:建鲤新品种选育方法,包含以下步骤:
第1步、候选基因筛选:从与建鲤生长相关的功能基因中选定候选基因,用于建鲤各表型的相关联分析;
第2步、个体标记:从同一时间繁殖的建鲤群体中选取部分个体进行个体标记,并在同一环境中饲养,构建选育基础群体,定期测定表型性状;
第3步、基因与表型性状分子标记筛选:抽提每个个体标记的建鲤基因组DNA,克隆每尾鱼的候选基因片段,查找基因多态性位点,并判定每个个体的基因型,通过基因型与表型性状进行关联分析,筛选并确定分子标记;
第4步、个体之间遗传距离检测:选用微卫星位点,设计微卫星引物,以第3步提取的基因组DNA为模板,进行PCR扩增、判定基因型,并将基因型判定结果进行数字化处理,用遗传分析软件进行分析,获得每个个体之间的遗传距离;
第5步、配组繁殖:根据基础群体每个个体分子标记位点的基因型、遗传距离以及体型、健康状况,选择成熟亲鱼进行配组繁殖获得子代;
第6步、子代繁育:以第5步繁殖获得的子代,按第2步进行个体标记和测定表型性状;按第3步所确定的分子标记,检测个体分子标记基因型;按第4步检测个体之间的遗传距离;子代培育至性成熟,按第5步构建家系获得新一代;
第7步、建立育种档案:详细记录第2步~第6步获得的个体表型参数、遗传信息、配组繁殖情况和培育过程情况;
第8步、新品种育成:重复第6步选育4至5代,直到子代达到新品种选育目标要求,即育成新品种。
优选的,第1步中选定的候选基因为脂肪酸结合蛋白基因(Fatty acid bindingprotein,FABP),生长激素受体基因(Growth hormone receptor,GHR),胰岛素样生长因子基因(Insulin-1ike growth factor IGFs),胰岛素样生长因子结合蛋白基因(Insulin-1ike growth factor binding proteins,IGFBPs),以及生长激素促泌素受体基因(Growthhormone secretagogue-receptor,GHSR)。
优选的,第2步中从建鲤群体中选取的部分个体为随机选取,且外形正常,雌雄个体均为500尾以上;个体标记采用PIT电子标记;表型性状选择增重性状。
优选的,第3步中筛选的分子标记为13个增重快的单核苷酸多态性分子标记,具体为:FABP3b-I3-C30G(CC),GHSR1a-I-C386T(CC),GHSR1a-E1-A450C(CC),GHSR-1b-E1G159T(GG),IGFBP3-bI2-G30T(GG),IGF-1a-I4-A511C(CC),GHR1a-I3-A43G(AA),GHR1a-E8-A361G(GG),ODCa-E6-A212G(AA),ODCa-E9-G19A(AA),ODCb-I3-A126G(GG),FABP2a-I1-A99G(CC),FABP2a-I2-T487C(CC),上述分子标记括号内为标记基因型;含有上述7个及上的增重快分子标记的个体能够使增重提高17%以上。
优选的,第4步中选用15个扩增稳定、且在基础群体中含有3个以上等位基因的微卫星位点,检测到建鲤基础群体个体之间遗传距离为0.0900~0.7546,平均为0.4652。
优选的,第5步中亲鱼配组以增加后代分子标记数和提高后代群体遗传多样性为原则,即:配组亲鱼个体之间遗传距离大于0.4652,后代含增重快分子标记数多于亲鱼。
优选的,第5步中亲鱼体型选择长体型,即体长/体高值大于3.11。
优选的,第8步中新品种选育目标为选育所得后代含有第3步所确定的13个增重快分子标记中7个以上分子标记的个体占99%以上,生长速度比基础群体快15%以上。
有益效果:(1)本发明所述建鲤新品种选育方法通过与建鲤增重性状相关的分子标记筛选建鲤群体中的优良性状个体,并经过多代选育获得稳定的亲鱼,从而培育增重快性状优良的子代;(2)本发明所述方法能够有效避免建鲤近亲交配,保持、提高建鲤群体遗传多样性;(3)本发明所述方法能够做到精准选育,提高育种的效率,选育出建鲤新品种。
具体实施方式
以下实施例进一步说明本发明的内容,但不应理解为对本发明的限制。在不背离本发明精神和实质的情况下,对本发明方法、步骤或条件所作的修改和替换,均属于本发明的范围。若未特别指明,实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段。
实施例1
建鲤新品种选育方法,包含以下步骤:
第1步、候选基因筛选:从与建鲤生长相关的功能基因中选定候选基因,用于建鲤各表型的相关联分析;选定的候选基因为脂肪酸结合蛋白基因(Fatty acid bindingprotein,FABP),生长激素受体基因(Growth hormone receptor,GHR),胰岛素样生长因子基因(Insulin-1ike growth factor IGFs),胰岛素样生长因子结合蛋白基因(Insulin-1ike growth factor binding proteins,IGFBPs),以及生长激素促泌素受体基因(Growthhormone secretagogue-receptor,GHSR)。
第2步、个体标记:从同一时间繁殖的建鲤群体中选取部分个体进行个体标记,并在同一环境中饲养,构建选育基础群体,定期测定表型性状;从建鲤群体中选取的部分个体为随机选取,且外形正常,雌雄个体均为500尾,定位F1代;每尾鱼体重20克左右时,在腹腔打入PIT电子标记,放在同一池塘养殖。并定期测量、记录没尾鱼的体长、体高、体厚等性状参数。
第3步、基因与表型性状分子标记筛选:抽提F1代个体标记的建鲤基因组DNA,克隆每尾鱼的候选基因片段,查找基因多态性位点,并判定每个个体的基因型,通过基因型与表型性状进行关联分析,筛选并确定分子标记。如表1所示,共筛选到13个与建鲤增重快相关的SNP标记,具体为:FABP3b-I3-C30G(CC),GHSR1a-I-C386T(CC),GHSR1a-E1-A450C(CC),GHSR-1b-E1G159T(GG),IGFBP3-bI2-G30T(GG),IGF-1a-I4-A511C(CC),GHR1a-I3-A43G(AA),GHR1a-E8-A361G(GG),ODCa-E6-A212G(AA),ODCa-E9-G19A(AA),ODCb-I3-A126G(GG),FABP2a-I1-A99G(CC),FABP2a-I2-T487C(CC),上述分子标记括号内为标记基因型。统计分析表明,增重快分子标记多于7个的个体增重极显著大于标记数少于等于6个的个体,在F1代中,富集7个以上增重快分子标记的个体可以使增重提高17%以上。由此,选育出稳定富集7个以上增重快分子标记的建鲤,可以显著提高建鲤生长速度,在F1代中富集7个以上增重快分子标记的个体占41.4%。
表1 13个与建鲤增重快相关的SNP标记
序号 标记名称 标记基因型
1 FABP3a-I3-C30G CC
2 GHSR1a-I-C386T CC
3 GHSR1a-E1-A450C CC
4 GHSR1b-E1-G159T GG
5 IGFBP3-b-I2G30T GG
6 IGF1a-I4-A511C CC
7 GHR1a-I3-A43G AA
8 GHR1a-E8-A361G GG
9 ODCa-E6-A212G AA
10 ODCa-E9-G19A AA
11 ODCb-I3-A126G AA
12 FABP2a-I1-A99G GG
13 FABP2a-I2-C487T CC
第4步、个体之间遗传距离检测:选出等位基因在4~13个之间的15个微卫星位点,用于进行遗传距离,微卫星位点的引物序列如表2所示。在F1代中,检测到个体之间遗传距离为0.0900~0.7546,平均为0.4652。
表2 15对微卫星位点引物序列
第5步、F1代培育至性成熟,根据F1代每个个体分子标记位点的基因型,以后代富集7个以上增重快分子标记为主要目标,进行亲本精准选择和配组,达到增重快的目的;配组亲鱼之间的遗传距离需要在0.4652以上,以避免近亲繁殖;所选亲鱼为体质健康、长体型,体长/体高值大于3.11;繁殖获得子代定为F2代,在F2代中富集7个以上增重快分子标记的个体占80.3%,增重速度比F1代快13.2%。
第6步、子代繁育:F2代在体重20克左右时,选出体质健康、长体型的个体1500尾,用PIT电子标记进行个体标记,放在同一池塘养殖。抽提个体DNA,鉴定个体在13个SNP位点的基因型,使用15个SSR位点确定个体间的遗传距离。培育至性成熟按第5步配组繁殖获得F3代。在F2代中富集7个以上增重快分子标记的个体占95%,增重速度比在F1代快15.7%。
第7步、建立育种档案:将第2步~第6获得的个体PIT号、表型参数、遗传信息、配组繁殖情况、培育过程等情况详细记录,以备选育参考、查阅。
第8步、新品种育成:重复第6步,选育至F4代,在F4代中富集7个以上增重快分子标记的个体占99%,增重速度比在F1代快18.4%,基本达到新品种育成要求。
序列表
<110> 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心
<120> 建鲤新品种选育方法
<160> 30
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
ggctacaagg caacactg 18
<210> 2
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
tgcggttaat gaggtctg 18
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
cttctgctca tacgggtttc 20
<210> 4
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
acggcgttcg ttgtggat 18
<210> 5
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
cctgatgtcg ggaaatag 18
<210> 6
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
ctctggacac ggctcatt 18
<210> 7
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
tgagccaatc catcagtc 18
<210> 8
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
taagcaaacc tccatcct 18
<210> 9
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
ttgttagaac accggctcaa 20
<210> 10
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
gctcccacgg aagtgtgac 19
<210> 11
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
tcgacgatca gccagataga 20
<210> 12
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
agttggccag gttggattt 19
<210> 13
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
cgacgatcaa gttaatgtgt cc 22
<210> 14
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
gacagcctat tcccagtcca 20
<210> 15
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
tggactgtta aagaagggta tgtg 24
<210> 16
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
tgcttgggta ctggatgaac 20
<210> 17
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
tcctgcatct gagtgacagc 20
<210> 18
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
cagacattag ccgggtagga 20
<210> 19
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
acacacctgc gctcactaaa 20
<210> 20
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
ttgtgtttca ggctacaaaa gg 22
<210> 21
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
aaacacagcc agacatgcag 20
<210> 22
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
tgcttcaaat caatccacaa a 21
<210> 23
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
tagagtgcca caccctttgg 20
<210> 24
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
cattgggagc ttaagggaga 20
<210> 25
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
ctgagctgac ctcgtgtctg 20
<210> 26
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
ttttctgcgg aaacattgtg 20
<210> 27
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
ctgcccaaca tcaacaagtg 20
<210> 28
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 28
catgcaaact gcaaggacat 20
<210> 29
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 29
tgcattattg tgtccctcca 20
<210> 30
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
cacagcatga gcagaggaag 20

Claims (8)

1.建鲤新品种选育方法,其特征在于,包含以下步骤:
第1步、候选基因筛选:从与建鲤生长相关的功能基因中选定候选基因,用于建鲤各表型的相关联分析;
第2步、个体标记:从同一时间繁殖的建鲤群体中选取部分个体进行个体标记,并在同一环境中饲养,构建选育基础群体,定期测定表型性状;
第3步、基因与表型性状分子标记筛选:抽提每个个体标记的建鲤基因组DNA,克隆每尾鱼的候选基因片段,查找基因多态性位点,并判定每个个体的基因型,通过基因型与表型性状进行关联分析,筛选并确定分子标记;
第4步、个体之间遗传距离检测:选用微卫星位点,设计微卫星引物,以第3步提取的基因组DNA为模板,进行PCR扩增、判定基因型,并将基因型判定结果进行数字化处理,用遗传分析软件进行分析,获得每个个体之间的遗传距离;
第5步、配组繁殖:根据基础群体每个个体分子标记位点的基因型、遗传距离以及体型、健康状况,选择成熟亲鱼进行配组繁殖获得子代;
第6步、子代繁育:以第5步繁殖获得的子代,按第2步进行个体标记和测定表型性状;按第3步所确定的分子标记,检测个体分子标记基因型;按第4步检测个体之间的遗传距离;子代培育至性成熟,按第5步构建家系获得新一代;
第7步、建立育种档案:详细记录第2步~第6步获得的个体表型参数、遗传信息、配组繁殖情况和培育过程情况;
第8步、新品种育成:重复第6步选育4至5代,直到子代达到新品种选育目标要求,即育成新品种。
2.根据权利要求1所述的建鲤新品种选育方法,其特征在于,第1步中选定的候选基因为脂肪酸结合蛋白基因,生长激素受体基因,胰岛素样生长因子基因,胰岛素样生长因子结合蛋白基因,以及生长激素促泌素受体基因。
3.根据权利要求1所述的建鲤新品种选育方法,其特征在于,第2步中从建鲤群体中选取的部分个体为随机选取,且外形正常,雌雄个体均为500尾以上;个体标记采用PIT电子标记;表型性状选择增重性状。
4.根据权利要求1所述的建鲤新品种选育方法,其特征在于,第3步中筛选的分子标记为13个增重快的单核苷酸多态性分子标记,具体为:FABP3b-I3-C30G(CC),GHSR1a-I-C386T(CC),GHSR1a-E1-A450C(CC),GHSR-1b-E1G159T(GG),IGFBP3-bI2-G30T(GG),IGF-1a-I4-A511C(CC),GHR1a-I3-A43G(AA),GHR1a-E8-A361G(GG),ODCa-E6-A212G(AA),ODCa-E9-G19A(AA),ODCb-I3-A126G(GG),FABP2a-I1-A99G(CC),FABP2a-I2-T487C(CC);含有上述7个及上的增重快分子标记的个体能够使增重提高17%以上。
5.根据权利要求1所述的建鲤新品种选育方法,其特征在于,第4步中选用15个扩增稳定、且在基础群体中含有3个以上等位基因的微卫星位点,检测到建鲤基础群体个体之间遗传距离为0.0900~0.7546,平均为0.4652。
6.根据权利要求1所述的建鲤新品种选育方法,其特征在于,第5步中亲鱼配组以增加后代分子标记数和提高后代群体遗传多样性为原则,即:配组亲鱼个体之间遗传距离大于0.4652,后代含增重快分子标记数多于亲鱼。
7.根据权利要求1所述的建鲤新品种选育方法,其特征在于,第5步中亲鱼体型选择长体型,即体长/体高值大于3.11。
8.根据权利要求1所述的建鲤新品种选育方法,其特征在于,第8步中新品种选育目标为选育所得后代含有第3步所确定的13个增重快分子标记中7个以上分子标记的个体占99%以上,生长速度比基础群体快15%以上。
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